Microbiota adalah kuman yang tinggal alami di tubuh manusia.

Interest in the role of the

microbiome in human health has burgeoned over the past decade with the advent of new
technologies for interrogating complex microbial communities. The large-scale dynamics of the
microbiome can be described by many of the tools and observations used in the study of
population ecology. Deciphering the metagenome and its aggregate genetic information also can
be used to understand the functional properties of the microbial community. Both the
microbiome and metagenome probably have important functions in health and disease; their
exploration is a frontier in human genetics.
The congruent phylogenies of mammals and their microbiota provide strong evidence for the
inheritance of the microbiota Although inheritance of the microbiota from the father is presently
little studied, increasing evidence supports inheritance from the mother. Until the amniotic sac
ruptures, a fetus is considered to be sterile, or essentially sterile. Immediately after vaginal
delivery, founding microbial populations in the baby closely resemble that of their mother’s
vagina, with lactobacilli predominating. Since lactic acid-producing bacteria dominate in both
vagina and in mother’s milk, the initial gastro-intestinal tract bloom of lactobacilli in the baby
cannot be considered accidental. Lactobacilli represent the pioneer community in mice as well as
humans, preparing the gastrointestinal tract for subsequent microbial successions, until microbial
maturity is reached.
The multiple opportunities for the microbiota to be transferred from a mother to her baby may be
disrupted by modern lifestyles. Caesarian section instead of vaginal delivery is an obvious
example of the potential impact of medical practice on microbiota composition, with substantial
differences in founding population, that may persist for months (Figure 3). In many host species,
paternal contributions to offspring traits have been well documented; these observations have
been extended to the microbiome, where paternal contributions to offspring H. pylori allele
composition have been shown, In any event, there is evidence for extensive horizontal gene
transfer (HGT) within human populations, functional classes, and ecological niches, indicating
the site-specificity and dynamism of selection on the human microbiome. Even so, microbial
inheritance can provide important confirmation of human ancestry.
Over a lifetime, each human develops a densely populated microbiome that is recapitulated in
every individual and in every generation. The eruption of teeth is responsible for major
successions in the oral microbiota, suggesting that succession may be a general property of
microbiome dynamics in humans. In mice, this clearly occurs in the GI tract. Exposure (or not)
to environmental microbes is another important but highly variable reservoir for the resident
microbiota. Early life antibiotic use produces major shifts in both microbiota characteristics and
in host developmental phenotypes, both on the farm and in experimental animals. Whether such
precedents are applicable to human children is unknown, but seems likely. If so, then both the
timing of microbiome succession and the specific organisms present may affect development.
The concept of time-dependent compositional variation affecting host immunological, metabolic,
cognitive, and reproductive development is a potentially important and testable hypothesis. We
further speculate that nature orchestrates microbiome development so to optimize fecundity,
reaching a climax state at or near parturition to maximize success for the next generation. The
noted heterozygote advantage for fecundity may be an analogue to a genetically diverse
microbiota.

Ketertarikan pada peran microbiome dalam kesehatan manusia telah berkembang selama dekade
terakhir dengan munculnya teknologi baru untuk menginterogasi komunitas mikroba yang
kompleks. Dinamika mikrobioma skala besar dapat dijelaskan oleh banyak alat dan pengamatan
yang digunakan dalam studi ekologi populasi. Menguraikan metagenom dan informasi genetik
agregatnya juga dapat digunakan untuk memahami sifat fungsional komunitas mikroba.
Mikrobiom dan metagenom mungkin memiliki fungsi penting dalam kesehatan dan penyakit;
eksplorasi mereka adalah perbatasan dalam genetika manusia.
Filogeni mamalia yang kongruen dan mikrobiota mereka memberikan bukti kuat untuk
pewarisan mikrobiota Meskipun pewarisan mikrobiota dari ayah saat ini sedikit dipelajari,
semakin banyak bukti yang mendukung pewarisan dari ibu. Sampai kantung ketuban pecah,
janin dianggap steril, atau pada dasarnya steril. Segera setelah persalinan pervaginam, ditemukan
populasi mikroba pada bayi sangat mirip dengan vagina ibu mereka, dengan dominasi
laktobasilus. Karena bakteri penghasil asam laktat mendominasi baik di vagina maupun di air
susu ibu, pertumbuhan awal laktobasilus pada saluran pencernaan pada bayi tidak dapat
dianggap kebetulan. Lactobacilli mewakili komunitas perintis pada tikus dan juga manusia,
menyiapkan saluran pencernaan untuk suksesi mikroba berikutnya, hingga tercapai kematangan
mikroba.
Berbagai peluang mikrobiota untuk ditransfer dari ibu ke bayinya dapat terganggu oleh gaya
hidup modern. Operasi caesar alih-alih persalinan pervaginam adalah contoh nyata dari dampak
potensial praktik medis pada komposisi mikrobiota, dengan perbedaan substansial dalam
populasi awal, yang dapat bertahan selama berbulan-bulan (Gambar 3). Di banyak spesies inang,
kontribusi paternal terhadap sifat keturunan telah didokumentasikan dengan baik; pengamatan ini
telah diperluas ke mikrobioma, di mana kontribusi paternal terhadap komposisi alel H. pylori
keturunan telah ditunjukkan. Bagaimanapun, ada bukti untuk transfer gen horizontal (HGT) yang
luas dalam populasi manusia, kelas fungsional, dan ceruk ekologis, yang menunjukkan
kekhususan lokasi dan dinamisme seleksi pada mikrobioma manusia. Meski begitu, warisan
mikroba dapat memberikan konfirmasi penting tentang nenek moyang manusia.
The intestinal microbiota is a plastic ecosystem that is shaped by environmental and genetic
factors, interacting with virtually all tissues of the host. Many signals result from the interplay
between the microbiota with its mammalian symbiont that can lead to altered metabolism.
Disruptions in the microbial composition are associated with a number of comorbidities linked to
the metabolic syndrome. Promoting the niche expansion of beneficial bacteria through diet and
supplements can improve metabolic disorders. Reintroducing bacteria through probiotic
treatment or fecal transplant is a strategy under active investigation for multiple pathological
conditions. Here, we review the recent knowledge of microbiota’s contribution to host
pathology, the modulation of the microbiota by dietary habits, and the potential therapeutic
benefits of reshaping the gut bacterial landscape in context of metabolic disorders such as
obesity.
Mikrobiota usus adalah ekosistem plastik yang dibentuk oleh faktor lingkungan dan genetik,
berinteraksi dengan hampir semua jaringan inang. Banyak sinyal dihasilkan dari interaksi antara
mikrobiota dengan simbion mamalia yang dapat menyebabkan perubahan metabolisme.
Gangguan pada komposisi mikroba dikaitkan dengan sejumlah penyakit penyerta yang terkait
dengan sindrom metabolik. Mempromosikan perluasan ceruk bakteri menguntungkan melalui
diet dan suplemen dapat memperbaiki gangguan metabolisme. Memperkenalkan kembali bakteri
melalui pengobatan probiotik atau transplantasi feses adalah strategi dalam penyelidikan aktif
untuk berbagai kondisi patologis. Di sini, kami meninjau pengetahuan baru-baru ini tentang
kontribusi mikrobiota terhadap patologi inang, modulasi mikrobiota berdasarkan kebiasaan diet,
dan manfaat terapeutik potensial untuk membentuk kembali lanskap bakteri usus dalam konteks
gangguan metabolisme seperti obesitas.
The intestinal microbiota is a highly dynamic ecosystem in which hundreds of bacterial species
and other microorganisms coexist along with their neighboring mammalian cells. Estimated
numbers vary across studies, but it is believed that there are at least as many bacteria as host cells
in humans, if not drastically more. The most abundant phyla in humans and rodent models
are Proteobacteria, Firmicutes, Actinobacteria, and Bacteroidetes, sharing functional structure
among hosts species despite having low taxonomic identity. Environmental factors such as early
microbial exposure and lifestyle, as well as host genetics, shape its composition and function.
The gut microbiota in turn affects the host metabolic phenotype, contributes to food and drug
metabolism, and helps the immune system to develop. From the first observation that obese
individuals have a distinct gut microflora compared to lean people, and the following efforts to
elucidate the function of this altered microbiota, the past 10 years have seen a growing body of
evidence on the impact of the gut microflora on the host. By transplanting the gut microbiota to
germ-free (GF) animals, it has become possible to directly assess the causality of microbiota
composition with diseases. In this review, we focus on the relationship between gut microbiota
composition and host pathophysiology, and on how shaping the microbiota can be beneficial to
promote host health and combat metabolic disorders.

Mikrobiota usus adalah ekosistem yang sangat dinamis di mana ratusan spesies bakteri dan
mikroorganisme lainnya hidup berdampingan dengan sel mamalia tetangganya. Perkiraan jumlah
bervariasi di seluruh penelitian, tetapi diyakini bahwa jumlah bakteri setidaknya sama banyaknya
dengan sel inang pada manusia, jika tidak lebih drastis. Filum yang paling melimpah pada model
manusia dan hewan pengerat adalah Proteobacteria, Firmicutes, Actinobacteria, dan
Bacteroidetes, berbagi struktur fungsional di antara spesies inang meskipun memiliki identitas
taksonomi yang rendah. Faktor lingkungan seperti paparan mikroba awal dan gaya hidup, serta
genetik inang, membentuk komposisi dan fungsinya. Mikrobiota usus pada gilirannya
memengaruhi fenotipe metabolisme inang, berkontribusi pada metabolisme makanan dan obat,
dan membantu sistem kekebalan untuk berkembang. Dari pengamatan pertama bahwa orang
gemuk memiliki mikroflora usus yang berbeda dibandingkan dengan orang kurus, dan upaya
berikut untuk menjelaskan fungsi mikrobiota yang berubah ini, 10 tahun terakhir telah terlihat
semakin banyak bukti tentang dampak mikroflora usus pada tubuh. tuan rumah. Dengan
mentransplantasikan mikrobiota usus ke hewan bebas kuman (GF), menjadi mungkin untuk
secara langsung menilai kausalitas komposisi mikrobiota dengan penyakit. Dalam ulasan ini,
kami fokus pada hubungan antara komposisi mikrobiota usus dan patofisiologi inang, dan
bagaimana pembentukan mikrobiota dapat bermanfaat untuk meningkatkan kesehatan inang dan
memerangi gangguan metabolisme.
Factors that determine the composition of the oral microbiota. The main factors that determine
the composition of the oral microbiota are shown in the left column. Examples of different
variables within these factors are listed in the right column and can vary within the same
individual (i.e., over time) and between different individuals. (A) Age (time). The diversity of the
microbiota changes as the host ages (e.g., due to tooth eruption and age-related changes in
hormones and the immune system). In addition, horizontal transfer of microorganisms and
microevolution of the oral microbiota takes place over time. (B) Host and environment.
Differences among hosts, such as genetics and the (integrity of the) immune system, affect the
microbiota composition. In addition, the environment in which the host is present further affects
the composition by, for example, influencing host habits and diet. (C) Habitat. The habitats of the
oral cavity differ in environmental conditions such as oxygen levels, pH, and nutrition.
Importantly, the oral mucosal surfaces undergo desquamation (e.g., the buccal mucosa sheds
frequently, preventing biofilm accumulation), while the dental surfaces do not. Three examples
of habitats are given of the many different habitats inside the oral cavity. Changes due to biofilm
maturation are most relevant to the teeth and gingival crevice in light of the most common oral
diseases (i.e., caries and periodontal diseases), indicated by the thicker arrow in the middle going
to row D. (D) Biofilm maturation. Physical and chemical perturbations from food, oral hygiene,
and, in the case of the oral mucosa, shedding remove biofilms from surfaces. Young biofilms
differ from mature ones due to changes in density that affect the internal environment (e.g., the
interior of the biofilm becomes more anaerobic as it becomes thicker), microbial interactions
(e.g., quorum sensing), and the immune response that is triggered by the host. 1Teeth are only
present after a certain age and extractions and denture wearing cause variability during the life
span of a person. 2GCF, Gingival crevicular fluid. 3The 2-way arrow between saliva and
maturing biofilms means that the saliva inoculates clean surfaces, while detached microbes from
colonized surfaces enter saliva.
Faktor-faktor yang menentukan komposisi mikrobiota rongga mulut. Faktor utama yang
menentukan komposisi mikrobiota rongga mulut ditunjukkan pada kolom kiri. Contoh variabel
yang berbeda dalam faktor-faktor ini tercantum di kolom kanan dan dapat bervariasi dalam
individu yang sama (yaitu, dari waktu ke waktu) dan antara individu yang berbeda. (A) Umur
(waktu). Keragaman mikrobiota berubah seiring bertambahnya usia inang (misalnya, karena
erupsi gigi dan perubahan hormon dan sistem kekebalan yang berkaitan dengan usia). Selain itu,
perpindahan mikroorganisme secara horizontal dan mikroevolusi mikrobiota rongga mulut
berlangsung dari waktu ke waktu. (B) Tuan rumah dan lingkungan. Perbedaan di antara inang,
seperti genetika dan (keutuhan) sistem kekebalan tubuh, mempengaruhi komposisi mikrobiota.
Selain itu, lingkungan di mana inang berada lebih lanjut mempengaruhi komposisi, misalnya
dengan mempengaruhi kebiasaan dan pola makan inang. (C) Habitat. Habitat rongga mulut
berbeda dalam kondisi lingkungan seperti kadar oksigen, pH, dan nutrisi. Yang penting,
permukaan mukosa mulut mengalami deskuamasi (misalnya, mukosa bukal sering terlepas,
mencegah akumulasi biofilm), sedangkan permukaan gigi tidak. Tiga contoh habitat diberikan
dari banyak habitat berbeda di dalam rongga mulut. Perubahan karena pematangan biofilm
paling relevan dengan gigi dan celah gingiva mengingat penyakit mulut yang paling umum
(yaitu, karies dan penyakit periodontal), ditunjukkan oleh panah yang lebih tebal di tengah
menuju baris D. (D) Pematangan biofilm. Gangguan fisik dan kimia dari makanan, kebersihan
mulut, dan, dalam kasus mukosa mulut, pengelupasan menghilangkan biofilm dari permukaan.
Biofilm muda berbeda dari biofilm dewasa karena perubahan densitas yang memengaruhi
lingkungan internal (misalnya, bagian dalam biofilm menjadi lebih anaerobik karena menjadi
lebih tebal), interaksi mikroba (misalnya, penginderaan kuorum), dan respons imun yang dipicu
oleh sang penyelenggara. 1Gigi baru muncul setelah usia tertentu dan pencabutan serta
pemakaian gigi palsu menyebabkan variabilitas selama masa hidup seseorang. 2GCF, cairan
sulkus gingiva. 3 Panah 2 arah antara air liur dan biofilm yang matang berarti bahwa air liur
menginokulasi permukaan yang bersih, sementara mikroba yang terlepas dari permukaan yang
terkolonisasi memasuki air liur.

Educates and assists the immune system and alerts immune system to pathogenicity. AMPs production
is upregulated by the presence of Propionibacterium species and other Gram-positive bacteria. S.
epidermidis' Pheno Soluble Modulins have bacteria-killing activity but no effect on neutrophils.

Cancer Immunology and microbiome •

Workers, such as farmers and waste incinerator workers, who were exposed heavily to environmental
microbiota, had lower cancer rates. Evidence has now been provided that certain microbial components
actually do have antitumor activity against bladder and colon cancers, at least in part by heightening
immunosurveillance.

They compete against pathogenic strains and interfere with their presence. They make the
environment acidic & thereby inhibits growth of organisms. Example, P. acnes converts lipid to
FFA and Lactobacilli produce lactic acid. Both thereby create an acidic environment and inhibits
organisms such as Streptococcus pyogenes (eg. P. acnes) and G. vaginalis (eg. Lactobacilli).
Mereka bersaing melawan strain patogen dan mengganggu keberadaan mereka. Mereka
membuat lingkungan menjadi asam & dengan demikian menghambat pertumbuhan organisme.
Contoh, P. acnes mengubah lipid menjadi FFA dan Lactobacilli menghasilkan asam laktat.
Keduanya dengan demikian menciptakan lingkungan asam dan menghambat organisme seperti
Streptococcus pyogenes (mis. P. acnes) dan G. vaginalis (mis. Lactobacilli).

The oral cavity has the second largest and diverse microbiota after the gut harboring over 700
species of bacteria. It nurtures numerous microorganisms which include bacteria, fungi, viruses
and protozoa. The mouth with its various niches is an exceptionally complex habitat where
microbes colonize the hard surfaces of the teeth and the soft tissues of the oral mucosa. In
addition to being the initiation point of digestion, the oral microbiome is crucial in maintaining
oral as well as systemic health. Because of the ease of sample collection, it has become the most
well-studied microbiome till date. Previously, studying the microbiome was limited to the
conventional culture-dependent techniques, but the abundant microflora present in the oral cavity
could not be cultured. Hence, studying the microbiome was difficult. The emergence of new
genomic technologies including next-generation sequencing and bioinformatics has revealed the
complexities of the oral microbiome. It has provided a powerful means of studying the
microbiome. Understanding the oral microbiome in health and disease will give further
directions to explore the functional and metabolic alterations associated with the diseased states
and to identify molecular signatures for drug development and targeted therapies which will
ultimately help in rendering personalized and precision medicine. This review article is an
attempt to explain the different aspects of the oral microbiome in health.
Rongga mulut memiliki mikrobiota terbesar kedua dan beragam setelah usus yang menampung
lebih dari 700 spesies bakteri. Ini memelihara banyak mikroorganisme yang meliputi bakteri,
jamur, virus dan protozoa. Mulut dengan berbagai ceruknya merupakan habitat yang sangat
kompleks di mana mikroba mengkolonisasi permukaan keras gigi dan jaringan lunak mukosa
mulut. Selain menjadi titik awal pencernaan, mikrobioma oral sangat penting dalam menjaga
kesehatan mulut dan juga kesehatan sistemik. Karena kemudahan pengumpulan sampel, ini telah
menjadi mikrobioma yang paling banyak dipelajari hingga saat ini. Sebelumnya, mempelajari
mikrobioma terbatas pada teknik konvensional yang bergantung pada kultur, tetapi mikroflora
yang melimpah di rongga mulut tidak dapat dikultur. Karenanya, mempelajari microbiome itu
sulit. Munculnya teknologi genomik baru termasuk sequencing generasi berikutnya dan
bioinformatika telah mengungkapkan kompleksitas microbiome oral. Ini telah menyediakan
sarana yang ampuh untuk mempelajari microbiome. Memahami mikrobioma oral dalam
kesehatan dan penyakit akan memberikan arahan lebih lanjut untuk mengeksplorasi perubahan
fungsional dan metabolisme yang terkait dengan keadaan sakit dan untuk mengidentifikasi tanda
tangan molekuler untuk pengembangan obat dan terapi bertarget yang pada akhirnya akan
membantu dalam memberikan obat yang dipersonalisasi dan presisi. Artikel ulasan ini
merupakan upaya untuk menjelaskan berbagai aspek mikrobioma oral dalam kesehatan.
The oral microbiota represents an important part of the human microbiota, and includes several
hundred to several thousand diverse species. It is a normal part of the oral cavity and has an
important function to protect against colonization of extrinsic bacteria which could affect
systemic health. On the other hand, the most common oral diseases caries, gingivitis and
periodontitis are based on microorganisms. While (medical) research focused on the planktonic
phase of bacteria over the last 100 years, it is nowadays generally known, that oral
microorganisms are organised as biofilms. On any non-shedding surfaces of the oral cavity
dental plaque starts to form, which meets all criteria for a microbial biofilm and is subject to the
so-called succession. When the sensitive ecosystem turns out of balance - either by overload or
weak immune system - it becomes a challenge for local or systemic health. Therefore, the most
common strategy and the golden standard for the prevention of caries, gingivitis and
periodontitis is the mechanical removal of this biofilms from teeth, restorations or dental
prosthesis by regular toothbrushing.
Mikrobiota oral merupakan bagian penting dari mikrobiota manusia, dan mencakup beberapa
ratus hingga beberapa ribu spesies yang beragam. Ini adalah bagian normal dari rongga mulut
dan memiliki fungsi penting untuk melindungi dari kolonisasi bakteri ekstrinsik yang dapat
mempengaruhi kesehatan sistemik. Di sisi lain, penyakit mulut karies, gingivitis dan
periodontitis yang paling umum didasarkan pada mikroorganisme. Sementara penelitian (medis)
berfokus pada fase planktonik bakteri selama 100 tahun terakhir, saat ini diketahui secara umum,
bahwa mikroorganisme mulut diatur sebagai biofilm. Pada setiap permukaan rongga mulut yang
tidak rontok, plak gigi mulai terbentuk, yang memenuhi semua kriteria untuk biofilm mikroba
dan tunduk pada apa yang disebut suksesi. Ketika ekosistem sensitif berubah menjadi tidak
seimbang - baik karena kelebihan beban atau sistem kekebalan yang lemah - itu menjadi
tantangan bagi kesehatan lokal atau sistemik. Oleh karena itu, strategi yang paling umum dan
standar emas untuk pencegahan karies, gingivitis dan periodontitis adalah penghilangan biofilm
ini secara mekanis dari gigi, restorasi atau protesa gigi dengan menyikat gigi secara teratur.