Introduction

The skin serves as a physical barrier between the body and the external
environment, and it also provides a substrate for the colonization of various
microorganisms, including bacteria, fungi, viruses, archaea, and microeukaryotes.
Recent advances in genomic technologies have enabled the development of
culture independently.
The skin microbiome is a complex ecosystem that maintains topographically
distinct microbial populations.
Our knowledge of host-microbe interactions at the skin surface has improved
thanks to modern. This knowledge influences the diagnosis and management of
skin diseases.
Traducción
La piel sirve de barrera física entre el cuerpo y el medio externo, y también
proporciona un sustrato para la colonización de diversos microorganismos, como
bacterias, hongos, virus, arqueas y micro eucariotas.
Los recientes avances en tecnologías genómicas han permitido el desarrollo de
cultivos independientes.
El microbioma de la piel es un ecosistema complejo que mantiene poblaciones
microbianas topográficamente distintas.
Nuestro conocimiento de las interacciones huésped-microbio en la superficie
cutánea ha mejorado gracias a las modernas. Este conocimiento influye en el
diagnóstico y la gestión de las enfermedades cutáneas.
 The dawning of
the molecular
microbiology era
The study of the human skin
microbiota has a rich history
spanning over five decades
(Marples 1965). The first
methods for studying bacteria,
fungi, and viruses associated
with the skin limited
themselves to cultivating the
microorganism and defining
their phylogeny and taxonomy
through phenotypic and
microscopic phenomena and
biochemical relationships.
Culture-based virus studies
(including bacteriophage) are
further limited because they
require co-cultivation with
their prokaryotes or
eukaryotic hosts, also
preventing the identification of
associated viruses with
unknown hosts. Viruses are
also not easily visible by basic
microscopic methods and
therefore are very difficult to
characterize by direct
morphology observation.
Although great intuition in
microbial colonization of skin surfaces in health and disease was obtained using
culture-dependent methods.
Advances in DNA sequencing technology and microbe-independent culture
methods identification have largely enabled high-performance, detailed
characterization of microbe communities. These methods are based on surveys of
marker genes, usually conserved, universal genes found in all organisms within
taxonomic levels. Bacterial communities are most commonly classified by the
sequence of their small 16S ribosomal subunit RNA gene (rRNA) (Fig. 1) (Lane et
al. 1985).
These genes contain both conserved regions, enabling PCR primer binding and
phylogenetics analysis.
After amplification and sequencing of 16S rRNA genes, sequence data can be
analyzed in a variety of ways, including the allocation of taxonomy, phylogenetic
analysis, and community analysis.
Fungi are often classified by sequencing the region of the internal transcribed
spacer (ITS) that lies between the small and large subunit rRNA genes in
eukaryotes (Chase and Fay 2009).
In addition to offering clearer definitions for determining microbes’ taxonomy,
analysis of conserved gene sequences does not require the microorganism to be
cultured, which therefore eliminates those biases associated with culture
procedures.
Unlike bacteria and fungi, viruses and bacteriophages present a special difficulty
because they do not contain a consensus gene that can be used for generalized
taxonomic identification.
Closely related groups may be phylogenetically analyzed using specific conserved
genes.
The analysis is complicated by the high-frequency gene transfer between virus and
host genomes and the lack of complete and annotated information reference
databases and assigned taxonomy.
A solution to this problem is to use whole-genome shotgun metagenomics, which is
not based on amplification and sequencing of marker genes but, rather, allows the
sequencing and analysis of the full genetic potential of the sample (National
Research Council Committee in Metagenomics 2007).
This kind of strategy not only bypasses PCR but can also provide an idea of what
microbial communities are doing on the surface of the skin. These kinds of
approaches are still in development skin because high amounts of host DNA and
low amounts of microbial DNA present technical limitations for metagenomic
approaches.
Traducción
El estudio de la microbiota de la piel humana tiene una rica historia que abarca
más de cinco décadas (Marples 1965). Los primeros métodos para estudiar
bacterias, hongos y virus asociados a la piel se limitaban a cultivar el
microorganismo y definir su filogenia y taxonomía mediante fenómenos fenotípicos
y microscópicos y relaciones bioquímicas.
Los estudios de virus basados en cultivos (incluidos los bacteriófagos) son aún
más limitados porque requieren el co-cultivo con sus hospedadores procariotas o
eucariotas, lo que también impide la identificación de virus asociados con
hospedadores desconocidos. Los virus tampoco son fácilmente visibles mediante
métodos microscópicos básicos y, por tanto, son muy difíciles de caracterizar
mediante la observación morfológica directa.
Aunque se han obtenido grandes intuiciones sobre la colonización microbiana de
las superficies cutáneas en la salud y la enfermedad utilizando métodos
dependientes del cultivo.
Los avances en la tecnología de secuenciación del ADN y la identificación de
métodos de cultivo independientes de los microbios han permitido en gran medida
la caracterización detallada y de alto rendimiento de las comunidades microbianas.
Estos métodos se basan en estudios de genes marcadores, por lo general
conservados, genes universales que se encuentran en todos los organismos
dentro de los niveles taxonómicos. Las comunidades bacterianas se clasifican más
comúnmente por la secuencia de su pequeño gen de ARN de la subunidad
ribosómica 16S (ARNr) (Fig. 1) (Lane et al. 1985).
Estos genes contienen regiones conservadas, lo que permite la unión de
cebadores PCR y el análisis filogenético.
Tras la amplificación y secuenciación de los genes 16S rRNA, los datos de la
secuencia pueden analizarse de diversas formas, incluyendo la asignación de
taxonomía, el análisis filogenético y el análisis de comunidades.
Los hongos suelen clasificarse secuenciando la región del espaciador transcrito
interno (ITS) que se encuentra entre los genes de ARNr de subunidad pequeña y
grande en eucariotas (Chase y Fay 2009).
Además de ofrecer definiciones más claras para determinar la taxonomía de los
microbios, el análisis de las secuencias genéticas conservadas no requiere que el
microorganismo sea cultivado, por lo que elimina los sesgos asociados a los
procedimientos de cultivo.
A diferencia de las bacterias y los hongos, los virus y los bacteriófagos presentan
una dificultad especial porque no contienen un gen de consenso que pueda
utilizarse para una identificación taxonómica generalizada.
Los grupos estrechamente relacionados pueden analizarse filogenéticamente
utilizando genes específicos conservados.
El análisis se complica por la alta frecuencia de transferencia de genes entre los
genomas del virus y del hospedador y la falta de bases de datos de referencia de
información completa y anotada y de taxonomía asignada.
Una solución a este problema es utilizar la metagenómica de escopeta de genoma
completo, que no se basa en la amplificación y secuenciación de genes
marcadores, sino que permite secuenciar y analizar todo el potencial genético de
la muestra (National Research Council Committee in Metagenomics 2007).
Este tipo de estrategia no sólo evita la PCR, sino que también puede proporcionar
una idea de lo que hacen las comunidades microbianas en la superficie de la piel.
Este tipo de enfoques todavía están en desarrollo en la piel porque las grandes
cantidades de ADN del huésped y las pequeñas cantidades de ADN microbiano
presentan limitaciones técnicas para los enfoques metagenómicos.