Grado en Ingeniería de la salud

Bioquímica estructural y metabólica - Curso 2022-23

Unidad I
INTRODUCCIÓN AL CURSO DE BIOQUÍMICA

Tema 2. Introducción a la Bioquímica

1. Concepto y objetivos de la Bioquímica
2. Biomoléculas: relación estructura-función
3. Interacciones débiles en medio acuoso y su importancia en los
sistemas biológicos
4. Misión del agua en los procesos biológicos

Dra. Natividad Ortega Santamaría

Área de Bioquímica y Biología Molecular - UBU
 Grado en Ingeniería de la salud
Bioquímica estructural y metabólica - Curso 2022-23

Unidad I
INTRODUCCIÓN AL CURSO DE BIOQUÍMICA

Tema 2. Introducción a la Bioquímica

1. Concepto y objetivos de la Bioquímica
2. Biomoléculas: relación estructura-función
3. Interacciones débiles en medio acuoso y su importancia en los
sistemas biológicos
4. Misión del agua en los procesos biológicos

Dra. Natividad Ortega Santamaría

Área de Bioquímica y Biología Molecular - UBU
1. Concepto y objetivos de la Bioquímica

OBJETO Concepto de METOLOGÍA

Bioquímica

Estudio de la materia Método científico

viva a nivel molecular

● Estudio de la base molecular de la vida

● La ciencia que estudia los procesos biológicos a nivel molecular
● La ciencia que estudia los constituyentes de los seres vivos, sus funciones y
transformaciones y los procesos que las controlan
● La ciencia que estudia la naturaleza y comportamiento de la materia viva,
utilizando técnicas físicas, químicas y biológicas
● La parte de la Química que estudia la composición y transformaciones de los
seres vivos

Ciencia de la vida, que se dedica a estudiar su base molecular

Bioquímica estructural y metabólica

1. Concepto y objetivos de la Bioquímica

OBJETO Concepto de METOLOGÍA

Bioquímica

Estudio de la materia Método científico

viva a nivel molecular

Cuerpo de conocimiento
(la materia viva)
HIPÓTESIS
PROBLEMA

CONSECUENCIAS
CONTRASTABLES
ESTIMACIÓN
DE LA
HIPÓTESIS
TÉCNICA DE
CONTRASTACIÓN EVIDENCIA
EXPERIMENTAL

NUEVO CUERPO
NUEVO DE
PROBLEMA CONOCIMIENTO

Aplicación del método científico en el ciclo de investigación (Bunge, 1969) Bioquímica estructural y metabólica
1. Concepto y objetivos de la Bioquímica

ÁREAS DE LA BIOQUÍMICA
BIOQUÍMICA BIOQUÍMICA GENÉTICA
ESTRUCTURAL METABÓLICA MOLECULAR

Componentes de La totalidad de Bioquímica de los procesos

y las sustancias que
la materia viva y las reacciones almacenan y trasmiten la
la relación de la químicas que se información biológica.
Pretende conocer la
función biológica producen en la herencia y la expresión de
con la estructura materia viva la información genética en
términos moleculares
química BIOLOGÍA
MOLECULAR:
Estudio de la estructura y
función de los ácidos
nucleicos y los aspectos
Temas 11-19 genéticos de la bioquímica

Genética Molecular
Temas 3-10 (2º Ing de la Salud)

Bioquímica estructural y metabólica

1. Concepto y objetivos de la Bioquímica

IMPORTANCIA DE LA BIOQUÍMICA EN LAS CIENCIAS

DE LA SALUD

• Todas las enfermedades (excepto las traumáticas), tienen un componente

molecular.
• Los modernos métodos de diagnóstico y las nuevas terapias han sentado las
bases de la Patología Molecular (estudio y diagnóstico de enfermedades a
través del análisis de las moléculas dentro de órganos, tejidos o fluidos).
• Ejemplos de enfermedades moleculares
- Enfermedades de origen hereditario (hemofilia,
anemias hemolíticas)
- Enfermedades somáticas (diabetes, cáncer)
- Enfermedades de etiología exógena (infecciones,
déficits de vitaminas)
- Enfermedades neurológicas (esquizofrenia, enfermedades
neurodegenerativas)
Bioquímica estructural y metabólica
1. Concepto y objetivos de la Bioquímica

IMPORTANCIA DE LA BIOQUÍMICA EN LAS CIENCIAS

DE LA SALUD
MEDICINA DE PRECISIÓN

La medicina de precisión usa la

información sobre genes,
proteínas y otras características
de la patología de una persona a
fin de determinar el diagnóstico o
el tratamiento de la enfermedad.

Tomado de
https://www.institutoroche.es/static/pdfs/ma
terial_divulgativoMPP_3_2019WEB.pdf
Bioquímica estructural y metabólica
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Unidad I
INTRODUCCIÓN AL CURSO DE BIOQUÍMICA

Tema 2. Introducción a la Bioquímica

1. Concepto y objetivos de la Bioquímica
2. Biomoléculas: relación estructura-función
3. Interacciones débiles en medio acuoso y su importancia en los
sistemas biológicos
4. Misión del agua en los procesos biológicos

Dra. Natividad Ortega Santamaría

Área de Bioquímica y Biología Molecular - UBU
2. Biomoléculas: relación estructura-función

Composición de los seres vivos

• 30 elementos químicos (de los más de 90 presentes en la naturaleza) son
esenciales para los seres vivos
- La mayoría tienen un número atómico bajo: por debajo de 34
• Los más abundantes son: H, O, C, N (más del 95% de la masa celular), P,
S, Na, K, Ca, Cl (3% de la masa celular)
- Componentes estructurales de células y tejidos
- Presentes en la dieta en cantidades diarias de gramos
• Oligoelementos: Fe, Mn, Mg, Zn, Mo, Se… (> 0,01% de la biomasa).
- Imprescindibles para la función de proteínas específicas, incluidas muchas
enzimas.
Elementos principales
Oligoelementos

Lantánidos
Actinidos Tomado de Lehninger (2015)
Bioquímica estructural y metabólica
2. Biomoléculas: relación estructura-función

Biomoléculas
• La química de los organismos vivos se organiza alrededor del carbono
- La biomoléculas la mayoría son compuestos orgánicos

Versatilidad de enlace del

carbono: puede formar
enlaces covalentes simples,
dobles y triples.

Geometría de los enlaces de carbono Bioquímica estructural y metabólica

2. Biomoléculas: relación estructura-función

Biomoléculas

• Los átomos de C enlazados covalentemente en las biomoléculas pueden

formar cadenas lineales, ramificadas y estructuras circulares.
• Biomoléculas: esqueleto carbonado con grupos funcionales
- Los grupos funcionales confieren propiedades químicas específicas a las
moléculas
- Algunas biomoléculas son polifuncionales
- Familias más comunes de compuestos orgánicos son:

Grupo amino: Aminas

Grupo hidroxilo: Alcoholes

Grupo carboxilato:
ácidos carboxílicos

Grupo carbonilo: Grupo carbonilo:

Aldehídos Cetonas Bioquímica estructural y metabólica
2. Biomoléculas: relación estructura-función

Grupos funcionales comunes en biomoléculas

Bioquímica estructural y metabólica

2. Biomoléculas: relación estructura-función

Niveles de complejidad de las biomoléculas

• Moléculas sencillas: metabolitos y unidades estructurales (piruvato, glucosa,

ácidos grasos….)
• Macromoléculas: polímeros de masa molecular superior a ∼5.000
construidos a partir de precursores relativamente sencillos (polisacáridos,
lípidos, proteínas, ácidos nucleicos).
- Los polímeros más cortos de denominan oligómeros (del griego oligos,
“pocos”)

Bioquímica estructural y metabólica

2. Biomoléculas: relación estructura-función

La estructura tridimensional de las biomoléculas se describe en términos de

configuración y conformación

CONFIGURACIÓN
• Estereoisómeros: moléculas que contienen los mismos enlaces químicos y la
misma fórmula química pero con diferente configuración o distribución
espacial de sus átomos constituyentes.
• La configuración es el resultado de la presencia de:
– Enlaces dobles (alrededor de los cuales no existe libertad de rotación)
(isómeros geométricos o isómeros cis-trans)
– Centros quirales: contiene carbonos asimétrico, es decir, los cuatros
sustituyentes del carbono son diferentes
• Para pasar de una configuración a otra es necesario romper enlaces.

Bioquímica estructural y metabólica

2. Biomoléculas: relación estructura-función

La estructura tridimensional de las biomoléculas se describe en términos de

configuración y conformación

Isómeros geométricos o isómeros cis-trans

Ácido maleico (cis) Ácido maleico (trans)

Bioquímica estructural y metabólica

2. Biomoléculas: relación estructura-función

La estructura tridimensional de las biomoléculas se describe en términos de

configuración y conformación

Imagen Molécula
Imagen especular aquiral:
especular de la después de
Molécula quiral:
de la molécula hacer rotar la
después de hacer
molécula original molécula, esta
rotar la molécula no
original puede
es posible
superponerse
superponerla sobre
sobre su imagen
su imagen especular
Molécula Molécula especular
º
original original

Bioquímica estructural y metabólica

2. Biomoléculas: relación estructura-función

La estructura tridimensional de las biomoléculas se describe en términos de

configuración y conformación

CONFORMACIÓN
Describe la disposición espacial de los grupos sustituyentes que, gracias a la
libertad de rotación alrededor de enlaces simples, tienen libertad para adoptar
posiciones diferentes en espacio sin necesidad de romper enlaces.

El etano tiene muchas conformaciones posibles

al existir libertad de rotación alrededor del
enlace simple C-C

Bioquímica estructural y metabólica

2. Biomoléculas: relación estructura-función

Estructura Función

Bioquímica estructural y metabólica

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Unidad I
INTRODUCCIÓN AL CURSO DE BIOQUÍMICA

Tema 2. Introducción a la Bioquímica

1. Concepto y objetivos de la Bioquímica
2. Biomoléculas: relación estructura-función
3. Interacciones débiles en medio acuoso y su importancia en
los sistemas biológicos
4. Misión del agua en los procesos biológicos

Dra. Natividad Ortega Santamaría

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3. Interacciones débiles en medio acuoso y su importancia en los sistemas biológicos

¿Qué es lo que hace que las interacciones no covalentes sean tan importantes
en Biología y en Bioquímica?

Valores bajos de energía de enlace

Los enlaces no covalentes en Bioquímica son de 10 a 100 veces
más débiles que los covalentes

Se rompen y forman con facilidad

Importes para la estructura y función

de las biomoléculas.
Flexibilidad, dinamismo, interacciones
y reconocimiento molecular
Energías de los enlaces covalentes y no
covalentes.
Bioquímica estructural y metabólica
3. Interacciones débiles en medio acuoso y su importancia en los sistemas biológicos

1. Interacciones carga-carga

• Entre átomos o grupos cargados

– Atracción entre iones de carga
opuesta
– Repulsión entre iones de la misma
carga
– Depende de:
• Las cargas eléctricas (q)
• La polaridad del entorno (ε) 2

• La distancia (r). La energía de

interacción (U) α 1/r
• No dependen de la orientación

• En macromoléculas, dan lugar a puentes

salinos
– Estabilizan el plegamiento
– Intervienen en interacciones
intramoleuclares e intermoleculares

Bioquímica estructural y metabólica

3. Interacciones débiles en medio acuoso y su importancia en los sistemas biológicos

2. Enlaces de hidrógeno

• Atracción débil entre un átomo de H en un grupo polar y un átomo

electronegativo (O, N, S) en otro grupo polar
– Aceptores
Aceptores
• H2O, -C=O, -N, -SH
– Dadores
• H2O, -OH, -NH, -NH2, -SH
Donador
– Depende de la distancia
y de la orientación
Hidroxilo Carbonilo Carbonilo Grupos
dador y agua aceptor y aceptor y complementarios
aceptor agua dador amina dador de bases de DNA
Dependencia de la orientación

Enlace de Enlace de
hidrógeno hidrógeno
fuerte débil

Bioquímica estructural y metabólica

3. Interacciones débiles en medio acuoso y su importancia en los sistemas biológicos

3. Interacciones de dipolos permanentes o inducidos

• Las moléculas sin carga neta pueden, pueden tener una distribución interna
asimétrica de la carga. Una molécula así se denomina polar, o dipolo permanente, y
se dice que tiene un momento dipolar µ.
• Una molécula es polarizable cuando se le pude inducir un dipolo ⇒ dipolo inducido
Interacción carga-dipolo
δ+
C=O δ ─
-
Depende de la orientación del U α 1/r2
dipolo y de la distancia

Interacción dipolo-dipolo
δ+
C=O δ δ+
C=O δ
- -
Depende de la orientación mutua de U α 1/r3

Energía de interacción
los dipolos

Interacción carga-dipolo inducido

δ+ δ-
Depende de la polarizabilidad de la
molécula en la que se inducido el dipolo
─C─ ─ U α 1/r4

Interacción dipolo-dipolo inducido

δ+
C=O δ δ+ δ-
-
Depende de la polarizabilidad de la ─C─ U α 1/r5
molécula en la que se inducido el dipolo

Interacción dipolo inducido-dipolo δ+ δ- δ+ δ-

inducido (Fuerzas de dispersión) ─C─ ─C─ U α 1/r6

Bioquímica estructural y metabólica

3. Interacciones débiles en medio acuoso y su importancia en los sistemas biológicos

4. Fuerzas de Van der Walls

5. Interacciones hidrofóbicas
• Entre átomos o grupos apolares o hidrofóbicos
– Tienden a agruparse entre sí en un medio acuoso
– Al aproximarse mutuamente excluyen el agua que pueda haber entre
ellas (situación más estable) Bioquímica estructural y metabólica
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Unidad I
INTRODUCCIÓN AL CURSO DE BIOQUÍMICA

Tema 2. Introducción a la Bioquímica

1. Concepto y objetivos de la Bioquímica
2. Biomoléculas: relación estructura-función
3. Interacciones débiles en medio acuoso y su importancia en los
sistemas biológicos
4. Misión del agua en los procesos biológicos

Dra. Natividad Ortega Santamaría

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4. Misión del agua en los procesos biológicos

El agua, matriz de la vida

• Importancia del agua para los seres vivos

- Adaptación de los organismos al medio acuoso y aprovechamiento de las
propiedades del agua
- El agua constituye el 60% del peso total de nuestro organismo

• Medio donde se desarrolla la vida

- Fluido básico de la materia viva
- Medio disolvente de las reacciones bioquímicas

El de
- Medio de transporte agua, matriz de la vida
sustancias
- Transporte de nutrientes
- Excreción de sustancias tóxicas

- Ayuda a mantener la temperatura

Bioquímica estructural y metabólica

4. Misión del agua en los procesos biológicos

Estructura molecular del agua

• Hibridación sp3 del oxígeno

- Estructura tetraédrica
- Geometría no lineal
• Distinta electronegatividad de O y H
• Molecular polar Geometría angular

• Distribución asimétrica de los electrones de enlace: Carga parcial + (δ+) cerca de

los H y – (δ-) cerca del O
• Capacidad de formar enlaces de hidrógeno
Dipolos de enlace

Enlace de H

Dipolo neto
Bioquímica estructural y metabólica
4. Misión del agua en los procesos biológicos

Disociación de la molécula de agua

Tomado de Bioquímica Conceptos esenciales

(Feduchi et a. 2015) Repasa estos conceptos

Bioquímica estructural y metabólica

4. Misión del agua en los procesos biológicos

Disociación de la molécula de agua

Se define pH = -log10[H+]

Repasa estos conceptos

Bioquímica estructural y metabólica

4. Misión del agua en los procesos biológicos

Algunos grupos funcionales de las biomoléculas: ácidos o bases débiles

Ciertos grupos funcionales presentes en las moléculas biológicas

pueden comportarse como ácidos o base débiles. Por ello, su estado de
ionización dependerá del pH.

Ácido débil
Ka
pKa = -log10Ka

R-COOH ⇔ R-COO- + H+ R-NH3+ ⇔ R-NH2- + H+

El pH se relaciona con el pKa mediante la fórmula de Henderson-Hasselbalch

pH < pKa: [AH] > [A-]

pH = pKa: [AH] = [A-]
pH > pKa: [AH] < [A-]
Repasa estos conceptos

Bioquímica estructural y metabólica

4. Misión del agua en los procesos biológicos

Las soluciones tampón regulan el pH de la célula

En los seres vivos es imprescindible la regulación del pH para que las

biomoléculas puedan operar de manera óptima.

Las soluciones tampón (buffer) son sistemas acuosos que tienden a

amortiguar los cambios que se producen en el pH cuando se añaden
pequeñas cantidades de ácido (H+) o de base (OH-)

Repasa estos conceptos

Bioquímica estructural y metabólica

4. Misión del agua en los procesos biológicos

El agua como disolvente

• Moléculas hidrófilas Esferas de solvatación de las moléculas de agua
– Sustancias capaces de formar alrededor de los iones Na+ y Cl-.

enlaces de hidrógeno
– Compuestos iónicos
• Se disuelven a través de esferas de
solvatación
– Moléculas orgánicas no iónicas
aunque polares
• Se disuelven por interacciones
dipolo-dipolo Estructura de un clatrato
Moléculas del
• Moléculas hidrofóbicas (apolares) agua del entorno

– No se disuelven en agua
• Se agrupan entre ellas
• El agua se organiza alrededor de
ellas formando un “clatrato” (efecto Agrupación de
hidrofóbico). moléculas
hidrofóbicas
• Se produce por una disminución de
la entropía que favorece la baja
solubilidad de las sustancias Moléculas del agua muy
hidrofóbicas en agua. organizadas
Bioquímica estructural y metabólica
4. Misión del agua en los procesos biológicos

El agua como disolvente

• Sustancias anfipáticas
– Contienen un grupo de cabeza muy
hidrófilo, acoplado a una cola
hidrófoba.
– Cuando se disuelven en agua forman
• Monocapas
• Micelas
• Vesículas bicapa

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Tema 2. Introducción a la Bioquímica

1. Concepto y objetivos de la Bioquímica
2. Biomoléculas: relación estructura-función
3. Interacciones débiles en medio acuoso y su importancia en los
sistemas biológicos
4. Misión del agua en los procesos biológicos

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