Presentación Tema 5-2022-23 Bioquimica

Grado en Ingeniería de la salud
Bioquímica estructural y metabólica - Curso 2022-23
Unidad II
BIOQUÍMICA ESTRUCTURAL: ESTRUCTURA Y
FUNCIÓN DE BIOMOLÉCULAS
Tema 5. Proteínas: Composición y estructura

1. Función e importancia biológica de las proteínas
2. Aminoácidos
3. Enlace peptídico y péptidos
4. Estructura y conformación de las proteínas
5. Plegamiento de las proteínas
6. Desnaturalización proteica
7. Bioinformática: base de datos de proteínas
Dra. Natividad Ortega Santamaría

Área de Bioquímica y Biología Molecular - UBU
Unidad II

2. Aminoácidos

Función biológica de las proteínas
– Enzimas (actividad catalítica) – Proteínas de defensa

• Inmunoglobulinas o anticuerpos
– Proteínas de transporte
(fabricadas por los linfocitos de
• Ej.: Hemoglobina
vertebrados)
– Proteínas nutrientes de reserva • Fibrinógeno y trombina (proteínas
• Ovoalbúmina (clara de huevo) coaguladoras de la sangre)
• Caseína (leche) • Ricina (veneno de serpientes)
• Ferritina (almacena hierro)
– Proteínas reguladoras
– Proteínas contráctiles o motiles • Hormonas: insulina (regula
• Actina y miosina (músculo metabolismo glucídico) y la
esquelético) hormona del crecimiento de la
• Tubulina (flagelos y cilios) hipófisis
– Proteínas estructurales – Otras proteínas
• Colágeno (tendones y cartílagos) • El plasma sanguíneo de algunos
• Elastina peces del Ántartico contiene
• Queratina (pelo, uñas y plumas) proteínas anticongelantes que
• Fibroína (fibras de seda y protegen su sangre contra la
telarañas) coagulación.
Bioquímica estructural y metabólica

Diversidad de estructuras proteícas

Unidad II

2. Aminoácidos

2. Aminoácidos
Definición
• Un α-aminoácido es un ácidos carboxílico con un grupo amino

en el carbono α.
(R: cadena lateral)
Lisina
Estereoisomería
• Enantiómero L y D: sólo la forma L se encuentra

en las proteínas
• Siguiendo la representación de Fischer los
enantiómeros se designan con las letras D o L,
según su analogía con el D o L-gliceraldehído

2. Aminoácidos
Aminoácidos alifáticos no polares: Gly, Ala, Val, Leu, Ile, Met, Pro
• Los grupos R son apolares e hidrófobos

• Las cadenas laterales de Ala, Val, Leu,
Ile estabilizan las estructuras proteicas a
Glicina Alanina Valina través de interacciones hidrofóbicas
Gly, G Ala, A Val, V
• Gly: (cadena lateral muy pequeña) no
tiene una contribución real en las
interacciones hidrofóbicas
• Met: contiene un grupo tioéter apolar en
su cadena lateral
• Pro tiene una cadena lateral alifática con
Leucina Metionina Isoleucina una estructura cíclica (iminoácido):
Leu, L Met, M Ile, I
• El grupo imino tiene una
conformación rígida que reduce la
flexibilidad de las regiones
polipeptídicas que contienen este
aminoácido ⇒ implica restricciones
Prolina
Pro, P conformacionales
2. Aminoácidos
Aminoácidos aromáticos: Phe, Tyr, Trp

• Sus cadenas laterales aromáticas, son
relativamente apolares (hidrófobos)
• Phe (junto con Val, Leu, Ile) es uno de los
aminoácidos más hidrófobos
• Tyr y Trp carácter ligeramente hidrófobo aunque
atenuado por los grupos polares de sus cadenas
laterales (grupo hidroxilo de la Tyr y el N del
anillo indólico del Trp)
• El grupo OH de la Tyr pude formar enlaces de
hidrógeno Fenilalanina Tirosina Triptófano
• La Tyr puede ionizarse a pH elevado Phe, F Tyr, Y Trp, W
• Trp y Tyr y en menor grado fenilalanina

absorben la luz ultravioleta
2. Aminoácidos
Aminoácidos polares sin carga: Ser, Thr, Cys, Asn, Gln
• Son aminoácidos hidrófílicos (forman

enlaces de hidrógeno con el agua)
• Su polaridad proviene:
• Ser y Thr: grupo hidroxilo
• Cys: grupo tiol
• Asn y Gln: grupo amida
Serina Treonina Cisteína
Ser, S Thr, T Cys, C • Asn y Gln son las amidas de dos
aminoácidos (Asp y Glu)
• De la Cys cabe destacar:
• Se oxida fácilmente formado un
aminoácido dímero: cistina
Asparagina Glutamina Cisteína

Asn, N Gln, Q
Cistina
Cisteína

2. Aminoácidos
Aminoácidos cargados positivamente (básicos): Lys, His, Arg

Aminoácidos cargados negativamente (ácidos): Asp, Glu
• Los grupos R más hidrófilos los que

están cargados (+ ó -)
• Los aminoácidos con carga neta positiva
a pH 7 son:
• Lys: grupo amino primario en posición ε
• Arg: grupo guanidino
• His: grupo imidazol
• Los aminoácidos con carga neta negativa
a pH 7 son: Lysina Arginina Histidina
Lys, K Arg, R His, H
• Asp: grupo carboxilato
• Glu: grupo carboxilato
• Muy polares por lo que se encuentran en
las superficies exteriores de las proteínas,
donde pueden hidratarse por el entorno
acuoso que les rodea
Aspartato
Asp, D Glutamato
Glu, E

2. Aminoácidos
Aminoácidos proteicos modificados

• Las proteínas pueden contener residuos de aminoácidos creados por modificación
de los residuos estándar ya incorporados a un polipéptido
• Proporcionan propiedades funcionales específicas
4-Hidroxiprolina 5-Hidroxilisina
5 4 3 2 1
4 3
1
2
Se encuentran en el colágeno, proteína fibrosa del tejido conjuntivo
γ-Carboxiglutamato Desmosina
γ β
Se encuentra en la protrombina, que Derivado de 4 residuos de Lys que

interviene en la coagulación de la se encuentra en la proteína fibrosa
sangre elastina.
2. Aminoácidos
Aminoácidos no proteícas
• Ornitina y citrulina:
• Intermediarios en el ciclo de la urea
Ornitina Citrulina
• Algunos derivados de aminoácidos funcionan como mensajeros químicos:

• GABA (ácido γ-aminobutírico): se produce por descarboxilación del glutamato,
neurotransmisor. El receptor de GABA es un blanco frecuente de fármaco que
reducen la ansiedad
• Dopamina: un derivado de la Tyr es un neurotransmisor relacionado con la
enfermedad del Parkinson. Se utiliza como fármaco para aumentar la frecuencia
cardiaca y producir dilatación de los vasos renales.
Dopamina
GABA

2. Aminoácidos
Propiedades ácido base

• Los aminoácidos son anfóteros
• A pH 7 los aminoácidos sin cadena lateral cargada son zwitteriones
• Formas iónica de un aminoácido cuyo grupo R no sea ionizable:
Carga
+1 0 -1
neta:

2. Aminoácidos
Propiedades ácido base

• Los aminoácidos son anfóteros
• A pH 7 los aminoácidos sin cadena lateral cargada son zwitteriones
• Formas iónica de un aminoácido cuyo grupo R no sea ionizable:
Carga
+1 0 -1
neta:
Forma catiónica Forma zwitteriónica Forma aniónica

(dos grupos protonados) (neutra) (dos grupos desprotonados)
pK1 pK2 Bioquímica estructural y metabólica

2. Aminoácidos
Cadenas laterales ionizables

2. Aminoácidos
Ejemplo de valores de pKa de algunos aminoácidos

2. Aminoácidos
Punto isoeléctrico (pI) de los aminoácidos
pI: pH al cual la carga neta del aminoácido es cero
pI
Aminoácidos con grupos R
¿Qué carga tiene
no ionizables
el aminoácidos
por debajo y por
pK1 + pK 2 encima del pI?
pI =
2 pH
+ ▬
Aminoácidos con grupos R Aminoácidos con grupos R

ionizables – aa ácidos ionizables – aa básicos
pK1 + pK R pK 2 + pK R
pI = pI =
2 2
2. Aminoácidos
Curva de titulación del aminoácido glicina.

La molécula cambia su estado de ionización, lo que implica un cambio en su carga neta.
Se destacan en sombreado las dos zonas con poder tamponante.
2. Aminoácidos

Unidad II

2. Aminoácidos

Enlace peptídico
• Los aminoácidos pueden unirse entre ellos de modo covalente por formación de un
enlace amida entre el α-carboxilo de un aminoácido y el grupo α-amino de otro.
• Este enlace se denomina enlace peptídico
• El producto se llama dipéptido
• La porción de cada aminoácido que permanece en la cadena se denomina residuo
de aminoácido.

Propiedades del enlace peptídico

• El enlace peptídico es rígido y planar (dato obtenido en estudios de difracción de
rayos X)
• Los enlaces ─C=O y ─N─H son
aproximadamente paralelos; de hecho los
átomos O, C, N y H son habitualmente
Cα
coplanares.
• Explicación: fenómeno de resonancia de los Cα
electrones del grupo carbonilo entre los tres
átomos del enlace O-C-N que hace que el
enlace C-N (enlace peptídico) tenga un cierto
carácter de doble enlace que no permite la
rotación sobre su eje.


• El enlace peptídico tiene carácter de doble enlace.
•No tiene libertad de giro
•Normalmente en configuración “trans” (excepción secuencia X-Pro)
Cα
La configuración cis
presenta mayores Cα Cα
restricciones
estéricas Cα


• El enlace peptídico tiene carácter de doble enlace.
•No tiene libertad de giro
•Normalmente en configuración “trans” (excepción secuencia X-Pro)
Cα
Cα
Cα Cα
Enlaces X-Pro cis y trans: Las energías de estas formas son semejantes porque los
choques estéricos se producen en las dos configuraciones.


• El enlace peptídico es una estructura polar.
•Participa en la formación de enlaces de H
Aceptor: Grupo carbonilo (densidad de carga negativa)
Donador: H unido al N (más electronegativo)

Péptidos
• Péptido (50 aa)
• Oligopéptidos (péptido pequeño)
• Polipéptidos (masas moleculares inferiores a 10.000) (péptido grande)
• Proteínas
Amino terminal Carboxilo terminal

N-terminal C-terminal
Ser-Gly-Tyr-Ala-Leu
SGYAL
Polipéptidos como polianfolitos

• Grupos ionizables en los péptidos:
• Grupo α-amino (extremo N-terminal) y grupo a-carboxilo (extremo C-terminal)
(El resto de grupo a-amino y a-carboxilo de todos los aminoácidos no terminales
están unidos covalentemente en forma de enlaces peptídicos, que no se ionizan y,
por tanto, no contribuyen al comportamiento ácido base de los péptidos.
• Grupos R de algunos aminoácidos pueden ionizarse (Lys, Arg, His, Lys, Tyr, Cys,
Glu, Asp).
N-terminal
Grupo R ionizable
Grupo R ionizable
C-terminal
Polipéptidos como polianfolitos

• Presentan curvas de titulación características
• Punto isoeléctrico (pI) del péptido: pH al que su carga neta es cero
• pH = pI
- El péptido no se desplaza en un campo eléctrico.
- La solubilidad de muchas proteínas es mínima en el pI: las moléculas no se
repelen unas a otras cuando su carga neta es cero.
• pH>pI: carga negativa
• pH<pI: carga positiva
• Separación de proteínas basadas en las distintas cargas:
• Electroforesis Carga positiva neta grande
Carga positiva neta
• Cromatografía de intercambio iónico

Carga negativa neta
Carga negativa neta grande
Partículas poliméricas
con grupos funcionales
cargados negativamente
Se añade la mezcla de proteínas a

la columna que contiene
intercambiador de cationes
Las proteínas se desplazan a través de la

columna a velocidades determinadas por su
carga neta de pH que se está utilizando. En el
caso de intercambiadores catiónicos, las
proteínas con carga neta negativa se
desplazan más rápido y eluyen antes

Cálculo de pI
• Ejemplo de cálculo del pI de un péptido (Glu-Gly-Ala-Lys)
4.25 Glu: pK1 = 2.19, pK2 = 9.67, pKR = 4.25

Lys: pK1 = 2.18, pK2 = 8.95, pKR = 10.79
2.18 Gly: pK1 = 2.34, pK2 = 9.60
Ala: pK1 = 2.37, pK2 = 9.64
9.67
10.79
Pep+2 Pep+1 Pep0 Pep-1 Pep-2

pK1 Lys (2.18) pKR Glu (4.25) pK2 Glu (9.67) pKR Lys (10.79)
¿Qué carga tiene el

4.25 + 9.67 péptido por debajo y
pI = = 6.96 por encima del pI?
2 pH
+ ▬
Nota: en la diapositiva 15 tienes los grupos R ionizables

Péptidos de interés biológico

• Insulina:
Péptido formado por dos cadenas unidas por
puentes disulfuro, que desempeña un importe
papel en el metabolismo de los hidratos de
carbono. Actúa como hormona. Este péptido
se sintetiza como una molécula de una única
cadena denominada proinsulina, que se
convierte en su forma activa mediante la
hidrólisis de pequeños segmentos de dos
aminoácidos.
• Vasopresina y oxitocina:
Actúan como hormonas y como
neurotransmisores. Son dos péptidos de
9 aminoácidos con una secuencia
semejante. Ambos poseen dos Cys
formando un puente disulfuro.
Oxitocina

• Glutation:
Tripéptido no proteínico
Glu-Cys-Gly (L-glutamil-L-cisteinil-glicina)
Contiene un enlace “peptídico inusual” entre el grupo amino de la cisteína y el grupo
carboxilo de la cadena lateral del glutamato.
Función biológica:
• Defensa celular contra compuestos oxidantes:
H2O2 + 2 GSH → GSSG + 2 H2O
GSSG
GSH
• Mantenimiento de las proteínas en estado reducido


• Encefalina:
Pentapéptido
Endorfinas que participan en procesos de percepción
de dolor y analgesia y son liberadas por el SNC
(Sistema Nervioso Central).
• Aspartamo:
Estér metílico del dipéptido L-aspatil-Lfenilalanina
Poder edulcorante (200 veces más dulce que el
azúcar) sin apenas poder calórico.
Se incluye en bebidas dietéticas, dulces y otros
alimentos: se ha de indicar la presencia de fenilalanina
(información muy importante para las personas que
padecen fenilcetonuria).

Unidad II

2. Aminoácidos

4. Estructura y conformación de proteínas
Niveles estructurales de las proteínas

Tomado de Lehninger
Se refiere a disposiciones Principles of
particularmente estables Describe todos los as-
Biochemistry (2009)
Descripción de todos de los aminoácidos que pectos del plegamiento
los enlaces covalentes dan lugar a patrones Disposición en el es-
tridimensional de un
que unen los estructurales repetitivos pacio de una proteína
polipéptido
aminoácidos de una que posee dos o más
cadena polipeptídica subunidades
Estructura Estructura Estructura Estructura

primaria secundaria terciaria cuaternaria
Residuos de aminoácidos Hélice α Cadena de polipéptido Unidades ensambladas

(secuencia)
Ángulos de torsión
Carbonilo
terminal
Amino
terminal
Φ: incluye los enlaces C-N-Cα-C, la rotación tiene lugar a Φ ,Ψ: ± 180ºC y todos los
enlaces peptídicos en el
través del enlace N-Cα mismo plano.
Ψ: incluye los enlaces N-Cα-C-N, la rotación tiene lugar a ω: ± 180ºC (enlace peptídico
configuración trans)
través del enlace Cα-C 0º (enlace peptídico
ω: incluye los enlaces Cα-C-N-Cα, el enlace central es el configuración cis)
peptídico, cuya rotación está limitada. (No se considera (poco frecuente)
este ángulo).
Diagrama de Ramachandran
El choque estérico (solapamiento de los radios de van der Waals) al girar los
rotámeros Φ y Ψ impide gran número de conformaciones. Las conformaciones
posibles se representan en el diagrama de Ramachandran
• Conformación: Disposición espacial

de los átomos de una proteína. Las
posibles conformaciones incluyen
cualquier estado estructural que pueda
lograrse sin romper enlaces covalente.
• Las proteínas que se encuentran en
cualquiera de sus conformaciones
funcionales y plegadas se denominan
proteínas nativas.

Estructura primaria
• La estructura primaria se define por la secuencia de aminoácidos
• La secuencia de aminoácidos viene dada por la secuencia de ADN del gen para cada
proteína
Estructura primaria de la
enzima lisozima

Estructura primaria
El conocimiento de la secuencia de aminoácidos puede proporcionar datos acerca de:
1) Estructura tridimensional y función: Las proteínas homólogas tienen secuencias y
funciones semejantes (derivan de un antecesor común).
• Homólogos ortólogos: homólogos presentes en especies distintas con funciones idénticas o
similares
• Homólogos parólogos: homólogos presentes en la misma especie. Se diferencian en sus
funciones bioquímicas detallados. Ha tenido lugar un proceso de duplicación génica, Ej,:
mioglobina y hemoglobina.
• Se utiliza el término analogía para designar a proteínas similares estructuralmente, pero para
las cuales no se ha demostrado ninguna relación evolutiva.
2) Localización celular: Ciertas secuencias de aminoácidos sirven como señales que

determinan la localización celular
3) Evolución: La comparación de secuencias permite establecer relaciones evolutivas
Estructura primaria
• Variaciones en la secuencia: mutaciones
• Mutación conservativa: cambia un aminoácido por otro muy similar, sin afectar a
las estructuras superiores o funciones de las proteínas
• Mutación no conservativa: el cambio de un aminoácido por otro afecta a las
estructuras superiores y/o las funciones de una proteína.
- Algunas mutaciones se relacionan con enfermedades: enfermedades
moleculares (patología molecular). Ejemplo: Anemia falciforme o Sicklemia
Tipo de Hemoglobina Codones 5-6-7 Aminoácidos 5-6-7
Hemoglobina A CCU-GAG-GAG Pro-Glu-Glu
(normal)
Hemoglobina S CCU-GUG-GAG Pro-Val-Glu
(Sicklemia)
Comentar en el Tema 7
Eritrocito característico de
Sicklemia o anemia a hematies
falciformes

Estructura secundaria
• El término estructura secundaria se refiere a cualquier segmento específico de una
cadena polipeptídica y describe la distribución espacial local de los átomos de su
cadena principal, sin tener en cuenta la conformación de sus cadenas laterales ni
su relación con otros segmentos.
• Una estructura secundaria se considera regular
cuando todos los ángulos diedros Φ y Ψ
adoptan valores iguales o casi iguales, en todo
el segmento
• Existe un número limitado de estructuras
secundarias que son muy estables:
− Impedimentos estéricos entre los grupos
-NH, -CO y R
− Depende de la secuencia de aminoácidos
− Las conformaciones posibles se estabilizan
por un número elevado de enlaces de
hidrógeno
• Las más destacables son: • Donde no se observa una estructura regular, la
- Hélice α estructura secundaria suele describirse como
- Hoja β indefinida (o como ovillo estadístico)
- Giro β
Estructura secundaria: Hélice α (3,613)
• El esqueleto polipeptídico se
encuentra enrollado alrededor de un
eje imaginario dibujado longitudinal-
mente por el centro de la hélice, y los
grupos R hacia fuera del esqueleto
• Mínima repulsión
• Posibles interacciones entre ellas
4
3
residuo i + 4 • Los residuos de aminoácidos adoptan

la conformación correspondiente a
2
residuo i Φ = 57º y Ψ = -47º
1
3.6 residuos
Cadenas
laterales
• La unidad repetitiva es el giro de la
5,4 Å hacia afuera hélice que ocupa alrededor de 5,4 Å a
(1,5 Å /residuo) lo largo del eje longitudinal. Cada
giro incluye 3,6 residuos de
aminoácidos
13 átomos por cada
bucle cerrado por un
enlace de H
Estructura secundaria: Hélice α (3,613)

• Casi todos los grupos peptídicos participan en enlaces de H
• Entre residuos i e (i+4), excepto en los extremos
Tomado de Styer, Berg

and Tymoczko (2013) Hélice
dextrógira
• 13 átomos por bucle cerrado por un enlace de H (hélice 3,613)
• La hélice es dextrógira
Hélice
levógira

Estructura secundaria: Factores que estabilizan la hélice α

• Enlaces de hidrógeno entre grupos –CO y –NH peptídicos (cada residuo i con i+4)
(contribución principal)
• Cada vuelta de hélice se mantiene unida a las vueltas adyacentes a través de varios
enlaces de H
• No es posible en los tres primeros residuos de los extremos: Se estabilizan por
enlaces de H con grupos de cadenas laterales
• Interacciones electrostáticas atractivas: interacción entre residuos R de distinta
carga situados a 3 (o a veces 4) residuos de distancia.
• Interacciones hidrofóbicas: entre residuos R de aminoácidos aromáticos situados a
3 (ó 4) residuos de distancia N-terminal
• Extremos del fragmento α-helicoidal:

• Los cuatro residuos aminoácidos de cada extremo no participan en la
formación de enlaces de H
• Las cargas parciales positivas y negativas del dipolo de la hélice
residen en los grupos N-terminal y C-terminal
• Aminoácidos cargados negativamente cerca del extremo N-
terminal
• Aminoácidos cargados positivamente cerca del extremo C-
terminal C-terminal
Estructura secundaria: Factores que desestabilizan la hélice α

• Interacciones electrostáticas repulsivas: Muchos residuos de la mima carga
• Muchos residuos de Glu consecutivos, impedirá la formación de la hélice α a pH 7
- Repulsión entre residuos cargados negativamente
• Muchos residuos de Lys y/o Arg consecutivos, impedirá la formación de la hélice α a pH 7
- Repulsión entre residuos cargados positivamente
• El tamaño y la forma de residuos de Asn, Ser, Thr y Cys pueden desestabilizar la

hélice a si están muy cerca en la cadena.
• Restricciones en la formación de la hélice α es la presencia de residuos de

• Prolina:
- El átomo de N forma parte de un anillo rígido, por lo que la rotación alrededor del enlace N-
Cα no es posible la rotación
- El N de un resido de Pro en un enlace peptídico no contiene ningún átomo de H que pueda
forma enlaces de H
• Glicina:
- Mayor flexibilidad conformacional que los otros residuos de aminoácidos
- Los polímeros de Gly tienden a formar estructuras arrolladas diferentes a la hélice α

Estructura secundaria: Hoja β

• El esqueleto de la cadena polipeptídica se Peor orientación de
encuentra extendido en zig-zag enlaces de H (más
Hoja β
• Apariencia de lámina plegada paralela
débiles)
• -CO y –NH peptídicos forman enlaces de H

entre cadenas adyacentes:
• Los segmentos individuales pueden ser
cercano o muy distantes en la secuencia
lineal del polipéptido; incluso cadenas
diferentes. Hoja β
antiparalela
• Los grupos R perpendiculares a ambos lados
de la hoja
• Las cadenas adyacentes pueden ser :
• Paralelas: misma orientación amino-
carboxilo (periodo de repetición 6.5 Ǻ)
Φ -119º, Ψ = +113º
• Antiparalelas: orientación amino- Enlaces de H mejor
carboxilo opuesta (periodo de repetición 7 orientados (más
fuertes)
Ǻ) Φ -139º, Ψ = +135º
• El patrón de formación de enlaces de H es
diferente
Estructura secundaria: Hoja β antiparalela
Vista superior
Vistas lateral
Cadenas laterales
Estructura secundaria: Hoja β paralela
Vista superior
Vistas lateral
Cadenas laterales
Estructura secundaria: Giros β

• Los giros o bucles cambian la dirección de la cadena 180º
• Son elementos de conexión que unen tramos sucesivos de hélices α o conformaciones β
- Conectan segmentos de hoja β antiparalela (muy frecuentes)
• Son giros cortos y cerrados
• Involucrados cuatro residuos aminoácido
- Cadena lateral pequeña
- Con frecuencia Gly (pequeño y flexible) y Pro (configuración cis)
• Enlaces H entre i e i+3
• Se encuentran, a menudo, cerca de la superficie de las proteínas, donde residuos
aminoácidos centrales pueden formar enlaces de H con el agua

Estructura secundaria: Giros β

• Giros más comunes: Tipo I y Tipo II
• Se diferencian en los residuos 2 y 3

Predicción de la estructura secundaria
La tendencia de un segmento determinado de una cadena

polipeptídica a plegarse en hélice α o lámina β, depende de la
identidad y de la secuencia de residuos de aminoácidos
Bioinformática estructural:
Los métodos para la predicción de la estructura secundaria de
las proteínas (globulares) son de dos tipos:
• Basados en ab initio: predicen la estructura secundaria
empleando información estadística calculada a partir de una
sola secuencia,
• Basados en homología: además de las estadísticas de los
residuos de una secuencia consideran patrones comunes
conservados entre múltiples secuencias homólogas

Estructura terciaria
• La disposición espacial de todos lo átomos de un proteína se conoce como estructura
terciaria.
• Aminoácidos alejados en la secuencia polipeptídica pueden interaccionar
• La localización de los giros (incluidos los β) y la orientación dependen del nº y
localización de aminoácidos específicos como Pro, Thr, Ser y Gly
• La estructura terciaria depende de la secuencia de aminoácidos.
• La función de una proteína depende de su estructura terciaria.
• Se determina por difracción de Rayos X y espectroscopia de resonancia magnética
nuclear (NMR)

Fuerzas que estabilizan la estructura terciaria
Enlaces covalentes Interacciones débiles (no covalentes)

• Puentes disulfuro (-S-S-) entre dos • Interacciones electróstáticas
cadenas laterales de Cys
• Enlaces de hidrógeno
• Enlaces amida (-CO-NH) entre las
• Interacciones hidrofóbicas
cadenas laterales de la Lys y un
• Fuerzas de Van der Waals
aminoácido dicarboxilo (Glu o Asp)
• Proteínas nativas son las que se

encuentran en su conformación funcional
plegada (la más estable)
• Las interacciones que estabilizan la
conformación nativa de una proteína son
los puentes disulfuro y las interacciones
no covalente.
• La conformación más estable es la que
permite la formación del máximo número
de enlaces de hidrógeno dentro de la
proteína.

Estructura terciaria: dominios estructurales

• Un dominio es una región compacta, plegada localmente de la estructura terciaria.
Los dominios están conectados entre sí mediante la cadena polipeptídica.
• Un dominio es una parte de la cadena polipeptídica
que es estable de manera independiente y que
puede moverse como una entidad única con
respecto al resto de la proteína
• Los distintos dominios suelen realizar funciones
diferentes
• A veces un tipo determinado de dominio puede
reconocerse en varias proteínas diferentes.
Dominios estructurales en la
piruvato kinasa
Dominios en el polipéptido troponina CBioquímica estructural y metabólica
Estructuras supersecundarias o motivos estructurales
• Son combinaciones de elementos de estructura secundaria que forman patrones

definidos, presenten en muchas proteínas.
• Puede diferir mucho la estructura primaria
• Hay proteínas que no contienen estructuras supersecundarias
Unidades βαβ Meandro β Unidad αα Barril β Llave griega

Predicción de estructura terciaria
La estructura terciaria puede predecirse

(Bioinformática estructural).
Tomado de Garrettt (2010)

Estructura terciaria
• Existen dos clases generales de proteínas en base a la estructura terciaria:

• Proteínas fibrosas o escleroproteínas: cadenas polipeptídicas dispuestas en largas
hebras u hojas.
Cadena polipeptídica del colágeno
• Proteínas globulares: cadenas polipeptídicas plegadas en formas globulares o

esféricas
Estructura terciaria de la mioglobina

Estructura
• Estructura cuaternaria: Asociación cuaternaria
no covalente de varias cadenas polipeptídicas
• Definiciones:
• Multímero: proteína multisubunidad
• Oligómero: multímero con sólo unas pocos subunidades
• Protómero: La unidad de repetición estructural (tanto si es una sola subunidad o un
grupo de subunidades) de un multímero. Aminoácidos alejados en la secuencia
polipeptídica pueden interaccionar
α1 α2
• Ventajas de la asociación
• Mayor estabilidad
• Regulación alostérica
• Estabilidad
• Las mismas interacciones
que la estructura terciaria
• Las subunidades se organizan

de manera simétrica
β1 β2
Estructura cuaternaria de la Hemoglobina

Unidad II

2. Aminoácidos

5. Plegamiento de proteínas
Plegamiento de proteínas
• El plegamiento de las proteínas permite que se aproximen las cadenas laterales de
residuos distante y que puedan crear estructuras tridimensionales adecuadas para
la interacción con otras moléculas.
• En la célula el proceso de plegamiento ocurre durante y después de que las
proteínas son sintetizadas en los ribosomas.
• Algunas proteínas experimentan un plegamiento asistido:
Chaperonas moleculares: proteínas que interaccionan con polipéptidos parcial o
incorrectamente plegados, facilitando rutas de plegamiento correctas o aportando
microentornos en los que pueda tener lugar el plegamiento.
Estructura molecular de Groel Hsp60

Patologías asociadas al plegamiento de proteínas
• Enfermedades amiloides: enfermedad de Alzheimer, de Huntington y de Parkinson.
Nativa Mal plegada o Desnaturalizada

parcialmente desplegada Péptido β-amiloide
(Enfermedad de Alzheimer)
Fibrillas amiloides
• Una proteína soluble que se secreta de la

Autoasociación
célula lo hace en un estado plegado
incorrecto y se convierte en una fibra
amiloide insoluble extracelular.
• Enfermedad de Alzehimer: asociada a la
deposición amiloide extracelular por las
neuronas del péptido β-amiloide
Estructura nuclear de la
fibrilla amiloide (derivado de una proteína transmembrana
Formación adicional de protobilamenteos mayor presente en la mayor parte de
tejidos humanos).
• Enfermedades por priones: encefalopatía espongiforme bovina (EEB o enfermedad

de las vacas locas), scrapie.
• Agente infeccioso una proteína (Mr 28.000) denominada prion (PrP) (proteinaceous
infectious)
• La proteína priónica es un constituyente normal del tejido cerebral
• La enfermedad aparece cuando la PrP celular normal o PrPC se pliega en una
conformación alterada denominada PrPSc (Sc indica Scrapie)
• La interacción de PrPSc con PrPC convierte a esta última en PrPSC, iniciándose un
efecto dominó, por el que más y más proteínas cerebral se convierte en la forma
causante de la enfermedad.

Estructura del dominio globular de la

PrP humana (PDB ID 1QLX) y modelos
de la conformación mal plegada y
causante de enfermedad de PrPSC y un
agregado de PrPSC.
Sección teñida del córtex cerebral de un

paciente con la enfermedad de
Creutzfeld-Jakob donde se muestra la
degeneración espongiforme (vacuolar).

Unidad II
BIOQUÍMICA ESTRCUTRUAL: ESTRUCTURA Y

2. Aminoácidos

6. Desnaturalización proteíca
Desnaturalización de proteínas
• La pérdida de estructura AGENTE MODIFICACIÓN

tridimensional suficiente Temperatura (calor) Enlaces de hidrógeno
para originar la pérdida
Cambios del pH Interacciones electrostáticas
de la función se denomina
Enlaces de H
desnaturalización.
Sales Interacciones electrostáticas
Urea Enlaces de hidrógeno
Disolvente/detergentes Interacciones hidrofóbicas
Cloruro de guanidino Interacciones hidrofóbicas

Degradación de proteínas
• Las proteínas se degradan continuamente en la célula. Este proceso unido a la biosíntesis
constituye el llamado recambio proteíco (turnover)
• Mantener un nivel adecuado de proteínas (estado estacionario)
• Indispensable para la actividad celular
• Impedir la acumulación de proteínas anómalas y no necesarias
• Facilitar el reciclado de los aminoácidos
Una proteína “sobrevive” en promedio unos dos días antes de degradarse Catepsina
• En eucariotas existen dos sistemas principales de degradación de proteínas:

• Degradación lisosómica
• Proteasas que hidrolizan las proteínas: catepsinas
• Degradación citosólica
• Proceso muy selectivo , esta bajo estricto control y requiere mayor gasto de ATP.
• Intervienen señales moleculares específicas: aminoácidos N-terminales y la
proteína ubiquitina (ubicuitina)
• Calpainas (proteasas que requieren calcio) Ubiquitina o
ubicuitina
• Proteosomas (sistemas más importante)
Calpaina
Degradación de proteínas: proteosomas

• Los proteosomas son complejos de proteínas que
actúan sobre otras proteínas que han sido marcados
específicamente para su destrucción por la unión de
forma covalente de una tercera proteína de bajo peso
molecular llamada ubiquitina.
• Importancia de los proteosomas:

• Apoptosis
• Ciclo celular,
• Diferenciación celular,
• Reparación del ADN
• Degradación de importantes enzimas en
las rutas metabólicas
• Enfermedades relacionadas con la
perdida de funcionalidad:
• Enfermedades neurodegenerativas:
Alzheimer, Partkinson
• Uso terapéutico: inhibición de la
actividad de los proteosomas para el
tratamiento del cáncer
Unidad II

2. Aminoácidos
(Seminario 1)
Unidad II

2. Aminoácidos


Presentación Tema 5-2022-23 Bioquimica

Uploaded by

Document Information

Copyright

Available Formats

Share this document

Share or Embed Document

Sharing Options

Did you find this document useful?

Is this content inappropriate?

Copyright:

Available Formats

Presentación Tema 5-2022-23 Bioquimica

Uploaded by

Copyright:

Available Formats

Grado en Ingeniería de la salud

Bioquímica estructural y metabólica - Curso 2022-23

Tema 5. Proteínas: Composición y estructura

Dra. Natividad Ortega Santamaría

Tema 5. Proteínas: Composición y estructura

Dra. Natividad Ortega Santamaría

Función biológica de las proteínas

– Enzimas (actividad catalítica) – Proteínas de defensa

Bioquímica estructural y metabólica

Diversidad de estructuras proteícas

Bioquímica estructural y metabólica

Tema 5. Proteínas: Composición y estructura

Dra. Natividad Ortega Santamaría

• Un α-aminoácido es un ácidos carboxílico con un grupo amino

• Enantiómero L y D: sólo la forma L se encuentra

Bioquímica estructural y metabólica

• Los grupos R son apolares e hidrófobos

Aminoácidos aromáticos: Phe, Tyr, Trp

• Trp y Tyr y en menor grado fenilalanina

Aminoácidos polares sin carga: Ser, Thr, Cys, Asn, Gln

• Son aminoácidos hidrófílicos (forman

Asparagina Glutamina Cisteína

Bioquímica estructural y metabólica

Aminoácidos cargados positivamente (básicos): Lys, His, Arg

• Los grupos R más hidrófilos los que

Bioquímica estructural y metabólica

Aminoácidos proteicos modificados

Se encuentran en el colágeno, proteína fibrosa del tejido conjuntivo

Se encuentra en la protrombina, que Derivado de 4 residuos de Lys que

• Algunos derivados de aminoácidos funcionan como mensajeros químicos:

Bioquímica estructural y metabólica

Propiedades ácido base

Bioquímica estructural y metabólica

Propiedades ácido base

Forma catiónica Forma zwitteriónica Forma aniónica

pK1 pK2 Bioquímica estructural y metabólica

Cadenas laterales ionizables

Bioquímica estructural y metabólica

Ejemplo de valores de pKa de algunos aminoácidos

Bioquímica estructural y metabólica

Punto isoeléctrico (pI) de los aminoácidos

pI: pH al cual la carga neta del aminoácido es cero

Aminoácidos con grupos R Aminoácidos con grupos R

Punto isoeléctrico (pI) de los aminoácidos

Curva de titulación del aminoácido glicina.

Punto isoeléctrico (pI) de los aminoácidos

Bioquímica estructural y metabólica

Tema 5. Proteínas: Composición y estructura

Dra. Natividad Ortega Santamaría

Bioquímica estructural y metabólica

Propiedades del enlace peptídico

Bioquímica estructural y metabólica

Propiedades del enlace peptídico

Bioquímica estructural y metabólica

Propiedades del enlace peptídico

Bioquímica estructural y metabólica

Propiedades del enlace peptídico

Bioquímica estructural y metabólica

Amino terminal Carboxilo terminal

Polipéptidos como polianfolitos

Polipéptidos como polianfolitos

• Cromatografía de intercambio iónico

Se añade la mezcla de proteínas a

Las proteínas se desplazan a través de la