CHAPITRE IV 

: LES PROTIDES
Structure et propriétés physico-
chimiques

PLAN DU COURS :
Les acides aminés :
- Structure
- Classification
- Propriétés physiques et chimiques.
- Méthodes de séparation

Les peptides :
- Structure
- Nomenclature
- Séquençage.

Les protéines :
- Classification
- Structure
- Purification

Elaboré par : Dr Belhadia .I

Cours de biochimie- laborantin de sante publique (2021-2022)

 LES ACIDES AMINES

1. Définition :
Les acides aminés (ou aminoacides) sont des molécules organiques composés de C, H, O et N
(et parfois S).
Ils possèdent deux fonctions:
– Une fonction acide carboxylique COOH
– Une fonction amine primaire NH2
Ces deux fonctions sont portées par un même atome de carbone (noté α)
Ils ont pour formule générale R-C2H4O2N.

2. Rôles des acides aminés :

- Structural : monomères des protéines.
- Energétique : substrats énergétiques.
- Métabolique : précurseurs plus ou moins directs de molécules d’intérêt biologique.
- Fonctionnel : ex : glutamine et transmission de l’influx nerveux.

3. Classification des acides aminés :

Chez l’homme, les protéines sont constituées de 20 acides aminés différents dont 9 sont
indispensables (essentiels) et doivent être apportés par l’alimentation :
Leucine, Isoleucine, Valine, Thréonine, Méthionine, Phénylalanine, Tryptophane, Lysine et
l’histidine.

Les acides aminés peuvent être classés en différentes familles selon la nature de leur radical :
- Polaires (hydrophile), non polaires (hydrophobe)
- Chargés ou non-chargés
- Chargés (+) et Chargés (–)
- Acides et basiques
- Aliphatiques et cycliques
- Soufrés et non soufrés
Structure des 20 acides aminés
4. Propriétés physiques des acides aminés :

4.1. La stéréochimie des acides aminés :

Comme dans le cas des glucides, on distingue les deux séries D et L selon la position du
(NH2) porté par le carbone α.

D et L sont des énantiomères (Image l’un de l’autre dans un miroir).

Les acides aminés présents dans les protéines naturels appartiennent à la série L.

4.2. Le pouvoir rotatoire :

A l'exception de la glycine, tous les acides aminés comportent au moins un carbone
asymétrique, ce sont donc des molécules chirales qui possèdent un pouvoir reptatoire (activité
optique = la propriété de dévier la lumière polarisée).

L’un des énantiomère est dextrogyre (+) : dévie la lumière polarisée dans le sens des aiguilles
d’une montre.
L’autre est lévogyre (-) : dévie la lumière polarisée dans le sens inverse des aiguilles d’une
montre.

4.3. La solubilité :
- Les AA les plus solubles dans l’eau sont les plus petit (Glycine) ou ceux qui portent des
radicaux comme COOH, NH2 et OH.
- Les acides aminés à longue chaine carbonée sont peu solubles dans l’eau.

4.4. La coloration et l’absorption de la lumière (Propriété spectrales) :

- Les solutions d’acides aminés sont incolores.
- La plupart des acides aminés absorbent à une λ= 230 nm.
- Les acides aminés aromatiques absorbent vers λ= 280 nm (ultraviolet).
- Le tryptophane est fluorescent.
5. Propriétés chimiques des acides aminés :

5.1. Ionisation :
Un acide aminé a un caractère amphotère parce qu’il se comporte comme un acide en milieu
basique et comme une base en milieu acide.

- En milieu acide (excès d’H+) : l’AA est essentiellement sous forme de cation (charge +).
- En milieu basique (excès d’OH ̄ ) : l’AA est essentiellement sous forme d’anion (charge -).
- En milieu neutre : l’AA est sous une forme neutre (charge 0) qu’on appelle ion mixte ou
Amphion ou encore Zwitterion.

Le point isoélectrique :
- Tous les acides aminés possèdent un point isoélectrique ou pHi, c’est le PH auquel la somme
des charges d’un acide aminé est nulle (l’acide aminé est neutre).
A un pH supérieur au point isoélectrique, les AA sont sous formes d’anions.
Au-dessous du pHi, les AA sont sous formes de cations.
Le PHi est une valeur caractéristique de l'acide aminé.
 Valeur du pHi des acides aminés

Exemple :

5.2. Formation de sels :

La formation de sels se fait généralement avec la soude (NaOH) ou la potasse (KOH).
5.3. Estérification:
L’estérification se fait grâce à un alcool.

5.4. Formation d’amide :

Cette formation est à la base de la liaison peptidique.

5.5. Décarboxylation:
La fonction carboxylique (du carbone α) peut faire l’objet d’une réaction de décarboxylation
conduisant à la formation d’amine.

5.6. Désamination :
Pour maintenir la réserve intracellulaire des 20 acides aminés servant à la synthèse protéique,
le métabolisme passera par des désaminations avec oxydation qui produiront des acides α
cétoniques.

5.7. Propriétés chimiques de la chaine latérale :

- Ces propriétés sont celles des fonctions, COOH, NH2, OH.
- La fonction alcool de la sérine et la thréonine, ainsi que la fonction phénol de la tyrosine,
peuvent être estérifiés, en particulier par l’acide phosphorique.
- La cystéine peut être oxydée en cystine.

6. Les techniques de séparation des acides aminés :

6.1. L’électrophorèse :
Est une méthode de séparation des molécules chargées électriquement par migration dans
un champ électrique.
On fait migrer les AA sur un papier placé dans une solution tampon de pH fixe.
A cause de leur différents pHi, les AA possédant des charges distinct, migrent dans des
directions et à des vitesses différentes selon le pH du système tampon : séparation selon le
PHi

- Les cations (+) se déplacent vers la cathode (-) : pHm < pHi
- Les anions (-) se déplacent vers l’anode (+): pHm > pHi
- Zwitterions: Aucune migration: pHm = pHi
La vitesse de chaque espèce migrante dépend du pH de la solution tampon et du point
isoélectrique de l’acide aminé.
Les taches des acides aminés migrés sont incolores, pour la révélation on utilise la ninhydrine
(Tous les acides aminés sont colorés en pourpre de Ruhemann, seule la proline est colorées en
jaune)

6.2. La chromatographie sur papier :

C’est une méthode d’analyse physico-chimique qui sépare les constituants d’un mélange
en utilisant une phase mobile : solvant organique (éluant) qui monte par capillarité le long
d’une phase stationnaire (papier Whatman).

- Coloration par la ninhydrine.

- L’identification des différents Aa du mélange se fait par comparaison avec des témoins.

6.3. La chromatographie échangeuse d’ions :

C’est la technique la plus utilisée, car elle est sensible et permet la quantification et
l’identification.
Les AA sont déposés sur une phase stationnaire (résine portant des groupements fonctionnels
chargés (+) résine = anionique ou chargée (–) = résine cationique).

Les molécules de charges opposées à la phase stationnaire sont retenues alors que les autres
sont entrainées par la phase mobile.

L’élution se fait en diminuant ou en augmentant le pH.

Remarque : On utilise un détecteur UV-visible qui évalue la quantité des protéines séparés
et envoie un signal électronique vers l’enregistreur qui dessine les pics en fonction de leur
intensité.
6.4. HPLC: Chromatographie liquide « haute performance ».
Le mélange d’Aa à analyser est poussé par un liquide (phase mobile) dans une colonne
remplie de "grains" de très petite taille (phase stationnaire).
La phase mobile est poussée par une pression élevée (grâce à des pompes à haute pression).
Avantages :
- Diminution du temps nécessaire de séparation des composants du mélange.
- Meilleure séparation des composants.
 LES PEPTIDES

1. Liaison peptidique :
Les peptides sont le résultat de l’enchainement d’acides aminés reliés entre eux par une
liaison covalente (liaison peptidique) qui est en fait une liaison amide.

2. Classification des composés protidiques :

Dans les peptides le nombre d’AA est inférieur à 100 :
- Un petit peptide dont le nombre d’AA est inférieur à 10 est appelé : oligopeptide
- Un peptide dont le nombre d’AA est compris entre 10 et 100 est un polypeptide.

Exemple : un tétrapeptide (oligopeptide)

3. Nomenclature des peptides :
Les liaisons peptidiques attachent les acides aminés dans un ordre spécifique.
Les conventions sont les suivantes :
- Les acides aminés engagés dans une chaîne peptidique sont appelés résidus. Leur nom est
celui de l'acide aminé auquel on ajoute le suffixe yl.
Exemple : glutamyl--cystényl—lysyl—glycine.

- Les deux acides aminés aux extrémités de la chaîne sont appelés : N-terminal pour celui qui
a sa fonction -NH2 libre et C-terminal pour celui qui a sa fonction -COOH libre.
- On numérote les acides aminés en écrivant l'enchaînement de gauche (G) à droite (D) à
partir de l'extrémité N-terminal.

On distingue trois types de peptides :

- Peptides formés d'une seule chaîne (monocaténaire) et linéaire :

- Peptides formés d'une seule chaîne (monocaténaire) et cyclique :

Une liaison covalente (pont S-S) intra-chaîne est réalisée par l'oxydation de deux fonctions
thiol de deux cystéines.
- Peptides formés de plusieurs chaînes (polycaténaire) :
Exemple : hormone Insuline.

Remarque :
Un peptide possède de nombreux groupements ionisables libres (extrémités N et C terminales,
groupements ionisables des groupements latéraux R).
Il va donc exister sous de nombreuses formes ioniques différentes (il possède un pHi).

4. Détermination de la structure des chaînes peptidiques (séquençage):

Pour connaître la séquence des acides aminés il faut d’abord déterminer les acides aminés
N- et C- terminaux, puis l’ordre d’enchaînement des autres acides aminés.

A/ Détermination de l’acide aminé en position N-terminale :

Méthodes Réactions

SANGER par le
Dinitrofluorobenzène
DNFB

Cela permet le séquençage de peptides constitués de 40 à 60 résidus

d’AA.
• La détection des PTH-AA se fait par HPLC

EDMAN ou méthodes
par récurrence par le
phényl-
isothiocyanate
DANSYL
ou chlorure de
diméthyl amino 1-
sulfonyl 5-naphtalène

Tous les autres Aa non modifiés et un Dansyl-amino acide fluorescent

Les aminoeptidases attaquent les liaisons NH2 terminal.

Leur fonctionnement est récurrent.
Amino-peptidases

B/ Détermination de l’acide aminé en position C-terminale :

Méthodes Réactions

LiBH4 ou NaBH4 réduit la fonction carboxylique en fonction

alcool primaire
Traitement par
LiBH4
(chimique)

Hydrazinolyse
(chimique)

+ n (NH2 - NH2) formation d’hydrazides

 n-1 (H2N-CH-CO-NH-NH2) + l’acide aminé C-terminale libre

Méthodes La carboxypeptidase A : Elle coupe les liaisons

enzymatiques
C-terminales sauf celles du (Gly) et des acides
aminés basiques (Arg, Lys, His)
La carboxypeptidase B : Elle libère les acides
aminés basiques.

C/ Détermination de la structure des chaînes peptidiques :

Des endopeptidases ou des composés chimiques possédant des sites de coupure spécifique
seront employés :

Méthodes Spécificité
 La trypsine : est une endopeptidase qui
hydrolyse les liaisons peptidiques dans
Méthodes lesquelles un acide aminé basique (Lys,
enzymatiques
Arg) engage sa fonction acide.
 La chymotrypsine : qui est une
endopeptidase qui hydrolyse les liaisons
peptidiques dans lesquelles un acide
aminé aromatique (Tyr, Trp, Phe ainsi que
Met) engage sa fonction acide.
 La pepsine : qui est une endopeptidase qui
hydrolyse les liaisons peptidiques dans
lesquelles un acide aminé aromatique (Tyr,
Trp, Phe) engage sa fonction amine.
Certains réactifs hydrolysent une liaison peptidique avec une spécificité
sur un des aminoacides participant à la liaison :
Méthodes  Le bromure de cyanogène (BrCN) :
chimiques
hydrolyse la liaison peptidique du côté
carboxyle de la méthionine
 Hydroxylamine : Coupe la liaison Asn et
 Gly.
D/ Séparation de plusieurs chaînes peptidiques :
Fréquemment les chaînes peptidiques sont unies entre elles par des ponts disulfures.
Les liaisons disulfures sont scindées par des agents réducteurs tels que le β-mercaptoéthanol.

E/ Hydrolyse chimique des liaisons peptidiques

• Hydrolyse totale acide : Méthode la plus utilisée, mais nécessite d’autres méthodes pour
compléter les résultats de l’analyse.
- Par HCl à chaud, pendant 24 h environ.
Inconvénients : détruit le Tryptophane et transforme la Glutamine en Glutamate et
l'Asparagine en Aspartate.

• Hydrolyse totale alcaline : Utilisation limitée à la détermination de la teneur en

Tryptophane.
- Par NaOH à chaud pendant 4 à 8 heures environ.
Inconvénients: détruit la Sérine, l’Arginine, la Thréonine et la Cystéine.

Remarque : L’analyse qualitative et quantitative des acides aminés du mélange obtenu après
hydrolyse comporte une séparation des acides aminés par chromatographie sur résines
échangeuses d’ions, suivie du dosage de chaque acide aminé par la réaction colorée à la
ninhydrine.
Ceci donne la composition qualitative et quantitative du peptide (Identification des acides
aminés et de leur nombre).

Exemple :
Un peptide de 14 AA.
• En N terminal= Tyrosine Y
• En C terminal = Lysine K
• Après hydrolyse acide complète, les AA suivants ont été retrouvés:
D; A ; G; I ; R; K; Y; Q ; M; F;
• En utilise le CNBr qui hydrolyse spécifiquement après Met (M – X)
et analyse séquentielle d’Edman, on obtient :
D-I-K-Q–M;K;K-F-A-M;Y-R-G-M
• En utilise la trypsine qui hydrolyse les liaisons peptidiques après des résidus chargés
positivement (K, R) et analyse séquentielle d’Edman.
-Q - M – K ; G - M - D - I – K ; F - A - M – K; Y – R

Le CNBr hydrolyse spécifiquement après Met (M – X)

D-I-K-Q–M
K
K-F-A–M
Y-R-G–M

La trypsine hydrolyse les liaisons peptidiques après des résidus chargés positivement (K, R)

Q-M–K
G-M-D-I–K
F-A-M–K
Y–R
 LES PROTEINES

1. Définition :
Les protéines sont des constituants fondamentaux des organismes vivants, ce sont des
polymères formés d’un enchaînement d’acides aminés (à partir de 100 AA) liés par des
liaisons covalentes : liaisons peptidiques.
Les protéines sont des molécules de haut poids moléculaire, la plupart sont comprises entre
25 000 D et 150 000 D, certaines possèdent des poids moléculaires plus bas ou beaucoup plus
élevés.

2. Classification :
- En fonction de leur rôle biologique, on distingue :

Protéines fibreuses :
Elles sont insolubles dans l’eau et allongées.
La plus part des protéines fibreuses ont un rôle structural ou de protection.
Ex : Les kératines et Les collagènes.

Les protéines plasmatiques :

Le plasma humain renferme plus de 125 protéines différentes.
Seule la sérum-albumine est une holoprotéine, toutes les autres étant des hétéroprotéines.

Ex :
L’albumine : maintien de la pression oncotique.
La transferrine : transport du fer.
Fibrinogène : rôle dans la coagulation.
Les immunoglobulines : rôle immunitaire.

La plupart des protéines plasmatiques sont en effet des glycoprotéines. En dehors du

fibrinogène (protéine fibreuse), ce sont toutes des protéines globulaires*

Remarque :
Une protéine globulaire*, ou une sphéroprotéine, est une forme sphérique de protéine avec
une structure complexe.
les protéines globulaire sont plus ou moins soluble dans les solutions aqueuses.

3. Structure des protéines :

- Structure primaire :
L’enchainement successif des acides aminés reliés entre eux par une liaison peptidique
constitue la structure primaire ou séquence de la protéine.

- Structure secondaire :
C’est l’organisation de la chaîne polypeptidique dans l’espace par intervention des liaisons
Hydrogène entre éléments constitutifs proches.
On distingue en générale deux types principaux de structure secondaire : feuillets plissés β et
hélice α.
- Structure tertiaire :
C’est une structure tridimensionnelle compacte due au repliement et à l’enroulement de la
chaîne polypeptidique sur elle-même par suite d’interactions ioniques, de liaisons hydrogène,
hydrophobes ou covalentes (ponts disulfures).
Les chaînes latérales polaires des acides aminés se trouveront à la surface et hydratées, alors
que les chaînes latérales non polaires (hydrophobes) seront dirigées vers l’intérieur, protégées
du contact de l’eau.

- Structure quaternaire :
Dans ce cas de protéines sont formées de plusieurs sous-unités:
C’est l’association de plusieurs chaînes polypeptidiques stabilisées par des liaisons de faible
énergie (hydrogène ou hydrophobes) ou plus rarement des liaisons covalentes (ponts
disulfures)

4. La purification des protéines :

C’est la séparation de la protéine d’intérêt d’un mélange complexe d’acides nucléiques,
lipides, carbohydrates, autres protéines, métabolites.
- L’ultracentrifugation :
Procédé de séparation des composés d'un mélange en fonction de leur différence de densité en
les soumettant à une force centrifuge.
- L'appareil utilisé est une machine tournante à grande vitesse appelée centrifugeuse.

- Précipitation :
Le sel le plus utilisé pour faire précipiter les protéines est le sulfate d'ammonium (NH4)2SO4.

- Electrofocalisation :
Correspond à une électrophorèse avec un gradient de pH préétabli sur le gel.
Ainsi les molécules vont migrer et s'arrêter là où le pH correspond à leur pHi, puisqu'elles
vont y perdre leurs charges. À une certaine distance de migration correspond un certain pHi.
-Cette méthode est très sensible et offre une excellente résolution.
- Chromatographie échangeuse d'ions:
En fonction des charges, Il existe deux types de matrice:
Échangeuses d'anions qui fixent les anions, telle que la DEAE-cellulose.
Échangeuses de cations qui fixent les cations, comme la CMcellulose.
Pour cet exemple, on peut varier le pH pour récupérer tour à tour les différents anions fixés en
fonction de leur charge.

- La filtration. (Tamisage moléculaire) :

Des billes sphériques et poreuses de gel remplissent une colonne de chromatographie
Le diamètre des pores des billes est variable.
La séparation est basée sur la taille des protéines.
Les petites molécules pénètrent dans les Différents pores des billes et sortent tardivement.
Les grosses molécules ne rentrent pas dans les billes et sont exclues en premier de la colonne.

- Chromatographie d’affinité:
Isolement d’une protéine ayant une affinité particulière pour un ligand solide.
Au cours cette chromatographie, la protéine sera fixée au ligand et sera retenue sur la colonne.
Un simple lavage récupère les protéines contaminantes non fixées.