APLIKASI PENANDA MOLEKULER SIMPLE SEQUENCE REPEAT (SSR) DALAM ANALISIS KERAGAMAN GENETIK TANAMAN PALA (Myristica spp.) ASAL CIANJUR SKRIPSI Oleh : ANNE MELIA. 41204720116015 PROGRAM STUDI KIMIA FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM UNIVERSITAS NUSA BANGSA BOGOR 2019RINGKASAN ANNE MELIA. Aplikasi penanda molekuler Simple Sequence Repeat (SSR) dalam analisis keragaman genetik tanaman pala (Mpristica spp.) asal Cianjur (di bawah bimbingan LANY NURHAYATI dan KARMANAB). Pala (Myristica spp.) dikenal sebagai tanaman rempah yang memiliki nilai ekonomis dan multiguna, sehingga banyak dikembangkan untuk tujuan industri. Salah satu upaya untuk mendukung pengembangan produksi pala ialah dengan pemuliaan tanaman. Pemuliaan tanaman ini memerlukan adanya informasi mengenai keragaman genetik plasma nutfah pala Khususnya daerah Cianjur yang hhingga kini masih terbatas, Penelitian ini bertujuan menentukan keragaman genetik pala (Myristica spp.) yang berasal dati Cianjur menggunakan penanda Simple Sequence Repeat (SSR), Penelitian ini dilaksanakan di Laboratorium Biologi Molekuler Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Bioteknologi dan Sumberdaya Genetik Pertanian (BB Biogen), yang dimulai pada bulan Juni hingga November 2018. Metode yang digunakan meliputi isolasi DNA dengan buffer Cetylirimethylammonium bromide (CTAB), pengujian kuantitas dan kemumian DNA dengan Spektrofotometer Nanodrop, pengenceran DNA, amplifikasi PCR dengan 17 primer SSR, dan elektroforesis dengan gel poliakrilamida 8%, Materi genetik yang digunakan sebanyak 10 sampel daun pala muda, 2 sampel di antaranya berasal dari Kebun Pereobaan Cicurug sebagai pembanding, 6 sampel berasal dari Desa Sukawangi, dan 2 sampel berasal dari Desa Padaluyu, Kabupaten Cianjur, Jawa Barat. Konsentrasi DNA pala $1 CJR, S2 CIR, $3 CIR, S4 CIR, $5 CIR, $6 CIR, S87 CIR, S8 CIR, HBC, BC02 sebesar 141,9 ng/wL; 479,6 ng/L; 115,0 ng/pL; 101,2 ng/L; 156,9 ng/L; 396,0 ng/uL; 152,4 ng/uL; 1121 ng/L: 278.2 ng/L: dan 213,4 ng/L. Rasio kemurnian DNA (Aaso/23) nm) S1 CIR, $2 CIR, $3 CIR, 84 CIR, S85 CIR, $6 CIR, S7 CIR, $8 CIR, HBC, BCO2 sebesar 1,44; 1,64; 2,04; 2,03; 1,78; 1,82; 1,18; 1,89; 1,98; dan 2,01. Hasil amplifikasi produk PCR menunjukkan bahwa 15 dari 17 primer.SSR dapat mengamplifikasi DNA pala dengan baik. Di antara 15 primer yang teramplifikasi, 7 primer (MIr10, Vseb21, Vsur35, Vsur43, Vsur56, M2r31, dan M4s90) menghasilkan pita polimorfik, sedangkan 8 primer sisanya (Vseb3, M5r33, Vsur34, M2r6. M4s14, M4s73, Mlx6, dan M2r9) menghasilkan pita monomorfik. Hasil analisis menggunekan perangkat Iunak Power Marker versi 3.25, pada ketujuh primer polimorfik menghasilkan jumlah pita SSR total sebanyak 117 pita. Rerata jumlah pita per lokus SSR adalah 16,7 pita (berkisar antara 2-26 pita), Rerata frekuensi pita utama dan diversitas gen pada ketujuh primer polimorfik sebesar 53% dan 65%. Heterozigositas pada primer MIr10, Vseb21, Vsur35, Vsurd5, M4590 sebesar 1,00, Vsur56 sebesar 0,80, dan M2131 sebesar 0,10. Nilai PIC pada primer MIrl0, Vseb21, Vsur35, Vsurd5, Vsur56, M2r31, dan M4s90 sebesar 0,68; 0,78; 0,76; 0,78; 0,60; 0,09; dan 0,74. Primer Mir10, Vseb21, Vsur35, Vsurd5, Vsur56, dan M4s90 bersifat informatif dengan tingkat polimorfisme cukup tinggi,schingga mampu mengelompokkan sampel pala asal_Cianjur dengan pembandingnya yaitu Pala hutan (HBC) dan Pala Banda (BCO2). Hasil analisis NTSYS versi 2.02 menunjukkan tiga pengelompokkan utama pada koefisien Kemiripan genetik 0,42. Kelompok pertama (SI CJR, $7 CIR, $2 CIR, $6 CIR, dan $8 CJR) memiliki koefisien kemiripan dan tingkat keragaman genetik 0,58- 0,71 dan 42-39 %, Kelompok kedua (S3 CJR, $4 CJR, dan $5 CJR) memiliki kisaran koefisien kemiripan dan tingkat keragaman genetik 0,59-0,66 dan 41-34 %. Kelompok ketiga (HBC dan BCO2) memiliki kisaran koofisien kemiripan dan tingkat keragaman genetik 0,47 dan 53%, Kata kunei : Myristica spp., DNA, Primer, koefisien, polimorfisme.HALAMAN PENGESAHAN Judul +: Aplikasi Penanda Molekuler Simple Sequence Repeat (SSR) dalam Analisis Keragaman Genetik Tanaman Pala (Myristica spp.) Asal Cianjur Nama : Anne Melia NIM + 4120472016015 Fakultas : MIPA Program Studi : Kimia Menyetujui, Pembimbing I Pembimbing IL S.Si, M.Si Karmanah, S.P, M.Si Mengetahui, ‘Ketua Program Studi Kimia Tanggal Lulus: 9 g FER 2519PENGESAHAN TIM PENGUJI PROGRAM STUDI KIMIA FAKULTAS MIPA UNIVERSITAS NUSA BANGSA Kami menyatakan bahwa Karya Iimiah yang ditulis oleh : Nama. Anne Melia NIM + 412047201 16015 Judul + Aplikasi Penanda Molekuler Simple Sequence Repeat (SSR) dalam Analisis Keragaman Genetik Tanaman Pala (Myristica spp.) Asal Cianjur Diterima sebagai salah satu syarat kelulusan pada Program Studi Kimia, Fakultas Matematika dan Timu Pengetahuan Alam, Universitas Nusa Bangsa, TIM PENGUJI 1. Ketua Sidang — : Dr. Lany Nurhayati, S.Si, M.Si 2. Anggota I Karmanah, $.P, M.Si 3. Anggotall —_: Mamay Maslahat, $.Si, M.Si 4. Anggota I: Dian Arrisujaya, $.Pd, M.Si 5. AnggotalV —_: Nurlela, S.Si, M.Si Tanggal Sidang : 23 Januari 2019DAFTAR ISI L DAFTAR ISI Halaman DAFTAR TABEL. DAFTAR GAMBAR.... DAFTAR LAMPIRAN PENDAHULUAN A. Latar Belakang, B. Rumusan Masalah.. C. Tujuan Penelitian D. Manfaat Penelitian, E, Ruang Lingkup F. Kerangka Pemikiran G. Hipotesis.. TINJAUAN PUSTAKA A. Tanaman Pala... eas 6 B. Deoxyrybose Nucleic Acid (DNA). 8 C. DNAPala...... a9 D. _Nanodrop Spektrofotometer E. _Polymerisation Chain Reaction (PCR). F. _ Elektroforesis Gel Poliakrilamida.. G. Simple Sequence Repeat (SSR). H. UV Transluminator. I BAHAN DAN METODE PENELITIAN A. Tempat dan Waktu Penelitian.... B. Bahan dan Alat. C. Metode Penelitian 1. Preparasi Alat, Bahan dan Sampel 2, Isolasi DNA Pala... 3. Uji Konsentrasi dan Kemumian DNA Pala. 4, Uji PCR Sampel DNA Pala dengan 17 Primer SSR...5. Running PAGE DNA Hasil Amplifikasi dengan SSR .. 6. Pewarnaan dan Visualisasi Gel 7. Analisis Data IV. HASIL DAN PEMBAHASAN ‘A. Kondisi Pengambilan Sampel, B. _ Isolasi DNA : C. Uji Kuantites dan Kemurnian DNA... D. Amplifikasi PCR dengan Penanda SSR dan Elektroforesis Gel Poliakrilamit 27 E. Analisis Keragaman Genetik 10 Genotif Pala Menggunak 17 Primer SSR. eo 33 V. SIMPULAN DAN SARAN A. Simpulan.. 136 B, Saran... DAFTAR PUSTAKA... LAMPIRAN... RIWAYAT HIDUP. ii