Μάθημα: «Βασικές Τεχνολογίες και Εφαρμογές Γονιδιωματικής»

Biocomputing
Κωδικοποίηση δεδομένων σε DNA

Σπύρος Τσαλαπάτας
 ΕΓΓΕΝΕΙΣ ΥΠΟΛΟΓΙΣΤΙΚΕΣ ΔΙΑΔΙΚΑΣΙΕΣ ΣΤΟ ΚΥΤΑΡΟ

▪ Αποθήκευση δεδομένων στο DNA

▪ Δεδομένα Εισόδου στο RNA
▪ Λογικές διεργασίες στα Ριβοσώματα
▪ Δεδομένα εξόδου: Πρωτεΐνες
 ΒΑΣΙΚΕΣ ΚΑΤΗΓΟΡΙΕΣ BIOCOMPUTING

▪ Αποθήκευση δεδομένων σε DNA

▪ Κυκλώματα από φυσικά ή τεχνητά οργανικά συστατικά
▪ Δημιουργία «υπολογιστικών οντοτήτων» από
κατασκευασμένο γονιδίωμα

▪ Προσομοίωση Νευρωνικών Δικτύων (λογισμικό & υλικό)

 ΚΩΔΙΚΟΠΟΙΗΣΗ ΚΕΙΜΕΝΟΥ
Λατινικό αλφάβητο

▪ 52 Γράμματα (πεζά, κεφαλαία)

▪ 10 Αριθμητικά
▪ Τουλάχιστον 4 σημεία στίξης (. , ! ?)
▪ Διάστημα
▪ ΣΥΝΟΛΟ > 67
▪ 6 Δυαδικά ψηφία μπορούν να κωδικοποιήσουν 64 στοιχεία
▪ Απαιτούνται 7 δυαδικά ψηφία
ASCII
 ΘΕΩΡΗΤΙΚΗ ΚΩΔΙΚΟΠΟΙΗΣΗ DNA

▪ 4 Βάσεις (A T G C)
▪ Τετραδικό σύστημα
▪ Κάθε βάση μπορεί να κωδικοποιήσει 2 bit

▪ Διαδικασία: αντιστοίχιση του δυαδικού κώδικα σε βάσεις

τεχνητή σύνθεση DNA
 ΚΩΔΙΚΟΠΟΙΗΣΗ ΣΤΗΝ ΠΡΑΓΜΑΤΙΚΟΤΗΤΑ

▪ Σφάλματα (στην εγγραφή ή στην ανάγνωση)

▪ Εφεδρική (redundant) πληροφορία για εντοπισμό/διόρθωση
▪ Διαχωριστικά πεδία
▪ Κρυπτογράφηση
 ΚΥΡΙΑ ΠΛΕΟΝΕΚΤΗΜΑΤΑ
▪ Χωρητικότητα (255PB ανά 1g DNA)
(455ΕΒ ανά 1g μονόκλωνου DNA ssDNA)

▪ Αντοχή στο χρόνο (χιλιετίες)

ΚΥΡΙΑ ΜΕΙΩΝΕΚΤΗΜΑΤΑ
▪ Ταχύτητα
▪ Κόστος
 ΕΦΑΡΜΟΓΕΣ
▪ Microvenus Project (1988)
▪ Joe Davis, Dana Boyd at Jon Beckwith's laboratory at Harvard Medical School
 ΕΦΑΡΜΟΓΕΣ
2011
▪ Κωδικοποίηση βιβλίου (659ΚΒ)
▪ George Church, Harvard University
▪ Κωδικοποίηση 2/1 (0-AC 1-GT)
▪ Κατά την ανάγνωση βρέθηκαν 22 λάθη

2013
▪ Κωδικοποίηση δεδομένων με δυνατότητες Διόρθωσης Λαθών
▪ Nick Goldman et al, European Bioinformatics Institute
▪ Ακρίβεια αναπαραγωγής >99.99%

2013
▪ Δημοσίευση λογισμικού για κωδικοποίηση ψηφιακών αρχείων σε DNS “DNACloud”
▪ Manish K. Gupta et al, Cornell University
▪ Είναι διαθέσιμο σήμερα (πιθανότατα δωρεάν) http://www.guptalab.org/dnacloud
 ΕΦΑΡΜΟΓΕΣ
2015
▪ Επιβεβαίωση Μακροχρόνιας Σταθερότητας κωδικοποίησης σε DNA
▪ Robert Grass et al, ETH Zurich
▪ Διόρθωση λαθών Reed-Solomon, “Τεχνητή Απολίθωση” (Sol-gel)
▪ Υπολογισμένη δυνατότητα διατήρησης στη Ζυρίχη 2000 χρόνια
στο Jungfraujoch (Ελβετία 3471 υψόμετρο) 100.000 χρόνια
στο Global Seed Vault (LAT 780/-180C) 2.000.000 χρόνια
 ΕΦΑΡΜΟΓΕΣ
2016
▪ Κωδικοποίηση αρχειου mpeg 22ΜΒ με Βελτιωμένη Διόρθωση Λαθών
▪ Church & Technicolor Research and Innovation
▪ Μηδενικά λάθη στην ανάκτηση

2017
▪ Δημοσίευση της μεθόδου DNA Fountain
▪ Yaniv Erlich, Dina Zielinski, Columbia University
▪ Δυνατότητα αποθήκευσης 215PB σε 1g DNA (85% της χωρητικότητας Shannon)

2018
▪ Κωδικοποίηση 400ΜΒ με δυνατότητα Τυχαίας Πρόσβασης χωρίς λάθη
▪ Lee Organick et al, University of Washington & Microsoft
▪ Υπολογισμένη δυνατότητα διατήρησης στη Ζυρίχη 2000 χρόνια
στο Jungfraujoch (3471 υψόμετρο) 100.000 χρόνια
στο Global Seed Vault (LAT 780/-180C) 2.000.000 χρόνια
ΕΦΑΡΜΟΓΕΣ