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Dedicace
Résumé
Abstract
‫ملخص‬
Sommaire
Liste des figures
Liste des tableaux
Liste des abréviations
Sommaire
Introduction générale
Chapitre 1 : Criblage virtuel in silico
1. Généralités
2. Chimiothèques
2.1 Différentes chimiothèques
2.2 Filtrage ADME-Tox
2.3 Règles de Lipinski
2.4 Autres critères de sélection ADME-Tox
2.5Toxicologie
3. Méthodes de criblage
A. Criblage virtuel « ligand-based »
1 Recherche de similarité
2 Modèles pharmacophoriques « ligand-based »
3 Quantitative Structure-Activity Relationship (QSAR) « ligand-
based »
3.1 Principe
3.2 Stratégie globale
3.3 Bases de données
3.4 Descripteurs
3.5Méthodes statistiques
3.6Paramètres statistiques de la validation
3.7Techniques de validation
B. Criblage virtuel « structure based»…
1. Modèles pharmacophoriques « structure-based »
2. Quantitative Structure-Activity Relationship (QSAR) « structure-
based »RD-QSAR (Receptor Dependent-Quantitative Structure-
ActivityRelationship)
3. Approches de novo
4. Docking moléculaire
4.1 Principe générale de Docking moléculaire
4.2Types de Docking moléculaires
4.3Algorithmes de recherche
4.4Le processus de scoring
Chapitre 2 : COVID-19 et ses inhibiteurs
I. Généralités
II. Caractéristique virologique du SARS CoV- 2
1 Classification et taxonomie
2 Type et origine
3 Structure de virion et son génome
3.1 Le virion
3.2 Le Génome
III. Pathogénie du SARS CoV-2
1.
Transmissions
2.
Pénétration du virus dans la cellule hôte
3.
Cycle de réplication
4.
Les variants du SARS-CoV-2
4.1 Signification de « variant »
4.2 La dénomination des différents variants
IV Epidémiologie

A. Evolution de l’épidémie
V. Principale thérapies et prophylaxie
1. Les thérapies antivirales
1.1La chloroquine - L’hydroxychloroquine
1.2Inhibiteurs de la protéase du VIH
2. Les thérapies adjuvantes
2.1La thérapie antibactérienne
2.2La vitaminothérapie
Chapitre3 : Matériel et méthode
I.Docking moléculaire :
1. Matériels utilisés
1.1Programmes (logiciels)
1.2 Banques de données (chimiothèques)
2. Méthodes
2.1Docking moléculaire
2.2Reproduction de la structure cristalline
2.3Le choix du complexe
2.4Choix du logiciel de docking moléculaire
2.5Préparation des molécules au docking moléculaire
3. Criblage Par Docking
3.1Protocole du Docking moléculaire
3.2Paramètres de la grille de calculs
3.3L’algorithme de recherche

 II. QSAR
1. Stratégie globale d’une étude QSAR :
2. Collecte des données
4. Traitements des données
4.1Matériels utilisés
4.2 Programmes (logiciels)
5 Méthodologie du QSAR
6. Répartition des échantillons
7. Méthodes statistique utilisées
Chapitre4 : Résultat et discussion
I. DOCKING MOLECULAIRE
1. RMSD
2. La boite GRID BOX des protéines
3. Interactions ACE2
4. Interactions 6LU7 Mpro
5. Comparaison entre les résultats de Docking obtenus avec les deux
récepteurs ACE2 et MPro
6. Inhibition du récepteur SARS-CoV-2 (MPro) par les ligands
d’origine naturelle
7. Énergies d’interaction : affinité des ligands pour le récepteur Mpro
8. Etude des interactions du Mpro (6LU7)
9. Propriétés pharmacologiques des ligands
10. Résultats ADMET (absorption, distribution, métabolisme,
l'excrétion, et de toxicité)
11. Simulation de dynamique moléculaire
II. Relation Quantitative Structure-Activité (QSAR)
A. Régression linéaire multiple
1- Equation et analyse de régression
2- Analyse de variance
2.1 Analyse des résultats
2.2 Interprétation
3-Validation du modèle
3.1 Validation Leave one out
3.2 Vérification des critères de Tropsha
Conclusion général