Disini kami mempunyai data kasus Kelimpahan fitoplankton

dipengaruhi oleh parameter kualitas air

 Untuk data lingkungan ( Parameter kualitas air yang sebagai

variabel independen)
 Untuk data biologis ( kelimpahan fitoplankton yang sebagai
variabel dependen)
 Untuk grafik tersebut ,kita bisa simpulkan bahwa untuk
fitoplankton cyanophyta dan Biacillariophyceae ia muncul
dipengaruhi oleh konsentrasi Nitrat,DO, dan salinitas. Untuk
Dinophyceae lebih sensitif terhadap ke konsentrasi pH,Suhu
dan PO4

1. Disini kami mempunyai 2. Kelompok data yang bersifat variabel

parameter kualitas air dan kelimpahan fitoplankton, dimana
variabel lingkungan kualitas air ini menjadi Independennya
sedangkan yang kelimpahan fitoplankton itu menjadi dependen

2. Untuk melakukan analisis, kita blok terlebih dahulu semua

variabel

3. Setelah itu, untuk melakukan perhitungan CCA, kita pilih

multivariate, kemudian kita pilih CCA

4. Setelah itu kita masukan jumlah variabel lingkungan yang kita

gunakan, disini variabel lingkungan yang kita gunakan ialah 6

5. Setelah itu saya akan menginterpretasikan hasil analisis CCA

6. Untuk kemunculan fitoplankton yang berasal dari
cyanophyceae, dia berasosiasi untuk konsentrasi nitrat, DO,
Salinitas dan Fosfat yang tinggi

7. .Untuk Dinophyceae dia berasosiasi untuk konsentrasi Ph,suhu

dan fosfat yang tinggi

8. Untuk Bacillariophyceae ia muncul di kondisi salinitas dan DO

yang tinggi

1. **Apa pengertian Canonical Correspondence Analysis (CCA)?**

Canonical Correspondence Analysis (CCA) adalah metode statistik multivariat yang
digunakan dalam ekologi untuk menganalisis hubungan antara keberadaan spesies
(data biologis) dengan variabel lingkungan (data ekologis). CCA bertujuan untuk
mengidentifikasi dan menjelaskan pola-pola hubungan antara spesies dan
lingkungan.
2. **Bagaimana CCA berbeda dari metode analisis multivariat lainnya seperti PCA atau Analisis
Diskriminan?**
CCA berbeda dari PCA (Principal Component Analysis) dan Analisis Diskriminan
karena CCA dirancang khusus untuk menggabungkan informasi dari dua set variabel,
yaitu keberadaan spesies dan variabel lingkungan. PCA hanya mengolah satu set data
(misalnya, data lingkungan atau data spesies), sedangkan Analisis Diskriminan
biasanya digunakan untuk perbedaan antara kelompok, bukan untuk
menghubungkan variabel lingkungan dengan keberadaan spesies.
3. **Mengapa CCA penting dalam studi ekologi?**
CCA penting dalam ekologi karena membantu ilmuwan ekologi dalam memahami
bagaimana faktor lingkungan memengaruhi distribusi dan keberadaan spesies. Ini
memungkinkan identifikasi faktor-faktor lingkungan yang paling berperan dalam
membentuk komunitas spesies.
4. **Bagaimana CCA dapat membantu dalam mengidentifikasi faktor lingkungan yang
mempengaruhi keberadaan spesies?**
CCA dapat membantu dalam identifikasi faktor lingkungan yang mempengaruhi
keberadaan spesies dengan menganalisis pola-pola statistik antara data spesies dan
data lingkungan. Dengan menggabungkan keduanya, CCA mencari hubungan linier
antara spesies dan variabel lingkungan, memungkinkan pengidentifikasian faktor
lingkungan yang paling signifikan.
5. **Apa aplikasi praktis dari CCA dalam ekologi?**
Aplikasi praktis dari CCA dalam ekologi termasuk pemahaman yang lebih baik
tentang faktor-faktor lingkungan yang mempengaruhi komunitas spesies,
 perencanaan konservasi dan restorasi, serta pengelolaan lingkungan yang lebih
efektif. CCA juga dapat digunakan untuk memprediksi dampak perubahan lingkungan
pada komunitas spesies.
6. **Bagaimana CCA bekerja pada dua set variabel, yaitu lingkungan dan keberadaan spesies?
**
CCA bekerja dengan mengidentifikasi hubungan linear antara set data keberadaan
spesies dan set data lingkungan. Ini melibatkan pencarian kombinasi linier dari
variabel lingkungan yang paling berkorelasi dengan variasi dalam data keberadaan
spesies.
7. **Apa peran eigenvalues dan eigenvectors dalam CCA?**
Eigenvalues dan eigenvectors digunakan dalam CCA untuk menghitung komponen
kanonikal. Eigenvalues mengukur sejauh mana variasi dalam data dijelaskan oleh
setiap komponen kanonikal, sedangkan eigenvectors adalah vektor yang
menentukan arah dan besar kontribusi setiap variabel terhadap komponen
kanonikal.
8. **Bagaimana cara interpretasi komponen kanonikal dan koefisien kanonikal dalam CCA?**
Interpretasi komponen kanonikal melibatkan melihat koefisien kanonikal (bobot) dari
variabel lingkungan dan bagaimana variabel tersebut berkontribusi terhadap
komponen. Koefisien positif menunjukkan hubungan positif, sedangkan koefisien
negatif menunjukkan hubungan negatif dengan keberadaan spesies.
9. **Bagaimana proses perhitungan CCA dan apa yang dihasilkan dari analisis tersebut?**
Proses perhitungan CCA melibatkan penghitungan matriks kovariansi antara dua set
variabel, kemudian menghitung eigenvalues dan eigenvectors dari matriks tersebut.
Hasilnya adalah komponen kanonikal yang menghubungkan keberadaan spesies
dengan variabel lingkungan.
10. **Bagaimana demonstrasi CCA dilakukan dalam perangkat lunak analisis statistik?**
Demonstrasi CCA dapat dilakukan dengan menggunakan perangkat lunak statistik
seperti R, Python, atau paket statistik lainnya. Dalam perangkat lunak ini, Anda akan
mengimpor data spesies dan lingkungan, menjalankan analisis CCA, dan
menginterpretasikan hasilnya.
11. **Bagaimana hasil analisis CCA dapat digunakan dalam konteks konservasi dan restorasi
lingkungan?**
Hasil analisis CCA dapat digunakan untuk merencanakan tindakan konservasi dan restorasi
dengan fokus pada faktor lingkungan yang paling berpengaruh terhadap keberadaan spesies.
Ini memungkinkan upaya konservasi yang lebih efektif untuk mempertahankan keragaman
hayati dan memulihkan ekosistem yang terganggu.

Fitur-fitur yang Anda sebutkan adalah bagian dari analisis Canonical Correspondence Analysis (CCA)
dalam perangkat lunak PAST (Paleontological Statistics). Berikut adalah penjelasan kapan dan untuk
apa masing-masing fitur digunakan:

1. **Triplot:** Triplot adalah grafik yang digunakan untuk memvisualisasikan hasil CCA. Ini
menggambarkan hubungan antara keberadaan spesies, variabel lingkungan, dan sumbu
kanonikal. Triplot sangat berguna untuk melihat bagaimana spesies terdistribusi dalam
hubungannya dengan lingkungan.
2. **Row (site) dots:** Dots pada row (site) dots adalah representasi dari situs atau lokasi
dalam analisis. Ini membantu Anda melihat letak situs atau lokasi dalam ruang kanonikal dan
bagaimana mereka berkaitan dengan spesies dan variabel lingkungan.
 3. **Row labels:** Row labels adalah label yang menunjukkan identifikasi atau nama dari
setiap situs atau lokasi yang digunakan dalam analisis. Ini membantu dalam mengidentifikasi
setiap titik data dalam triplot.
4. **Group labels:** Group labels adalah label yang digunakan untuk mengelompokkan atau
membedakan situs atau lokasi dalam analisis. Misalnya, jika Anda memiliki beberapa kategori
atau kelompok yang berbeda, Anda dapat menggunakan group labels untuk
membedakannya dalam triplot.
5. **95% ellipses:** 95% ellipses adalah elips yang menggambarkan tingkat kepercayaan 95%
untuk setiap grup atau kelompok situs dalam analisis. Ini membantu Anda melihat sejauh
mana sebaran situs dalam kelompok tersebut.
6. **Convex hulls:** Convex hulls adalah poligon yang mengelilingi kelompok situs yang serupa
dalam analisis. Ini membantu dalam mengidentifikasi kelompok situs yang berkumpul
bersama dalam ruang kanonikal.
7. **Column (sp.) dots:** Dots pada column (sp.) dots adalah representasi dari spesies dalam
analisis. Ini membantu Anda melihat sebaran spesies dalam hubungannya dengan
lingkungan.
8. **Column labels:** Column labels adalah label yang menunjukkan identifikasi atau nama
dari setiap spesies yang digunakan dalam analisis. Ini membantu dalam mengidentifikasi
setiap titik data spesies dalam triplot.
9. **Scaling Type 2:** Scaling Type 2 adalah salah satu metode untuk menskalakan data dalam
analisis CCA. Metode ini mengutamakan jarak Euclidean antara titik data dan sumbu
kanonikal. Ini digunakan ketika Anda ingin menekankan jarak dalam interpretasi hasil CCA.

Pada banyak aplikasi statistik, termasuk Canonical Correspondence Analysis (CCA) dalam PAST,
pemilihan Axis 1 dan Axis 2 untuk sumbu X dan Y dalam analisis adalah konvensi umum yang telah
digunakan. Ini sebagian besar didasarkan pada pertimbangan konvensi tata letak dan interpretasi
hasil analisis. Berikut adalah alasan mengapa Axis 1 dan Axis 2 biasanya digunakan:

1. **Explained Variance:** Axis 1 dipilih sebagai sumbu X karena itu adalah sumbu yang paling
banyak menjelaskan variasi dalam data. Ini berarti bahwa sumbu X (Axis 1) biasanya memuat
sebagian besar informasi yang dapat diekstraksi dari hubungan antara keberadaan spesies
dan variabel lingkungan. Sebagai hasilnya, sumbu ini diplot pada sumbu X untuk memberikan
gambaran yang lebih kuat tentang bagaimana perubahan dalam variabel lingkungan
mempengaruhi keberadaan spesies.
2. **Axis 2 sebagai Orthogonal:** Axis 2 dipilih sebagai sumbu Y karena itu adalah sumbu yang
ortogonal (berpotongan tegak lurus) dengan Axis 1. Ini membantu dalam mempertahankan
interpretasi yang lebih jelas antara sumbu X dan Y. Jika Axis 2 diposisikan sebagai sumbu X,
maka hasilnya mungkin akan sulit untuk diinterpretasikan karena sebagian besar variasi telah
dijelaskan oleh Axis 1.
3. **Interpretability:** Penempatan Axis 1 pada sumbu X juga mempermudah interpretasi
grafik. Biasanya, kita lebih tertarik untuk melihat bagaimana variasi dalam variabel
lingkungan (yang terletak di sumbu X) mempengaruhi keberadaan spesies (yang terletak di
sumbu Y).

Analisis multivariat tidak hanya digunakan untuk memeriksa hubungan antara dua variabel saja.
Sebaliknya, teknik analisis multivariat memungkinkan kita untuk mengeksplorasi hubungan kompleks
antara beberapa variabel sekaligus. Dalam konteks ekologi, ini sangat penting karena lingkungan dan
kumpulan spesies seringkali melibatkan banyak variabel yang saling terkait.

Contoh hubungan antara kumpulan biologis spesies dengan lingkungannya yang dapat dijelaskan
dengan analisis multivariat adalah penggunaan Canonical Correspondence Analysis (CCA), yang telah
kita diskusikan sebelumnya. Dalam CCA, kita memiliki dua set variabel:

1. **Variabel Lingkungan:** Ini adalah berbagai faktor lingkungan seperti suhu, kelembaban,
keasaman tanah, cahaya, kadar nutrisi, dll.

2. **Keberadaan Spesies:** Ini adalah data tentang keberadaan atau kelimpahan spesies-
spesies yang diamati dalam berbagai lokasi.
1. Ordination/ penahbisan adalah suatu teknik analisis multivariat yang digunakan untuk
memetakan hubungan antar variabel dalam suatu data set.

2. Permutation adalah pengacakan ulang pengaturan data pada suatu tabel untuk
menghasilkan data baru yang dapat digunakan dalam analisis statistik.

3. Sumbu kanonikal adalah suatu dimensi yang dihasilkan dari analisis Canonical
Correspondence Analysis (CCA) yang merepresentasikan variasi yang paling besar antar
variabel di dalam data set.

4. Variasi dalam data adalah variasi atau perbedaan yang ada antara setiap variabel dalam
data set.

5. Kovarians adalah ukuran statistik yang digunakan untuk mengukur tingkat hubungan atau
keterkaitan antar dua variabel dalam suatu data set.

6. Row(site) dots adalah titik-titik yang merepresentasikan setiap sampel atau lokasi pada
grafik hasil analisis Canonical Correspondence Analysis (CCA).

7. Row Label adalah label atau nama yang diberikan pada setiap lokasi atau sampel di dalam
data set.

8. Groups Label adalah label atau nama yang diberikan pada setiap grup atau kategori
tertentu dalam data set.

9. Canvex Hullss adalah suatu bentuk poligon yang dibentuk dari kumpulan titik-titik atau
sampel secara berdampingan pada grafik hasil analisis Canonical Correspondence Analysis
(CCA).

10. Column ( sp) dots adalah titik-titik yang merepresentasikan setiap spesies atau kelompok
organisme pada grafik hasil analisis Canonical Correspondence Analysis (CCA).
 1. Triplot adalah bagian dari analisis correspondence yang menampilkan diagram dengan
sumbu X dan Y yang digunakan untuk memvisualisasikan hubungan antara dua set variabel.
Dalam canonical correspondence analysis, triplot digunakan untuk memvisualisasikan
hubungan antara variabel lingkungan dan spesies dalam suatu kumpulan data.
2. Scaling type 2 adalah salah satu metode skalasi yang digunakan dalam analisis
correspondence untuk mengurangi pengaruh variabel dengan nilai numerik yang tinggi.
Dalam pengurangan ini, variabel yang memiliki nilai tinggi akan diberikan bobot yang lebih
rendah sehingga hubungan yang sama pentingnya antara variabel dengan nilai tinggi dan
rendah dapat diukur.
3. Triplot amp adalah skala yang digunakan dalam triplot sebelum visualisasi. Skala ini
mempengaruhi ukuran simbol dan label yang ditampilkan dalam triplot, sehingga
memudahkan pengguna untuk menafsirkan hubungan antara variabel.
4. Graph settings adalah bagian pada program analisis correspondence yang digunakan untuk
mengatur pengaturan visualisasi seperti warna, ukuran simbol, dan jenis garis. Pengaturan ini
memungkinkan pengguna untuk memvisualisasikan data dengan cara yang paling mudah
dipahami.
5. Matriks Kovarian adalah bagian dari analisis correspondence yang digunakan untuk
mengukur hubungan antara variabel. Matriks ini berisi nilai korelasi antara variabel yang
digunakan dalam analisis. Penggunaannya dapat membantu mengidentifikasi variabel yang
signifikan dalam memengaruhi hasil analisis correspondence.

Eigen Vektor : vektor yang menunjukkan arah dan besarnya variasi dalam data yang di jelaskan oleh
sumbu kanonikal

Vektor: sumbu hijau