Tugas Modul 1

ZICO DANIEL DESPEN SIHOMBING
10518049
TEKNIK DAN ANALISIS BIOMOLEKUL
TUGAS MODUL 1
Gen RBCL dari Chlorella vulgaris
Pada percobaan ini, dilakukan pengunduhan sekuens asam amino dan sekuens nukleotida untuk
gen RBCL Chlorella vulgaris dari NCBI. Pemilihan data di NCBI didasarkan oleh beberapa
faktor seperti jenis RBCL, jumlah asam amino, dan kluster yang dibentuk. Berikut ini
dicantumkan berbagai data protein dan gen dari organisme yang dipilih pada Tabel 1.
Tabel 1. Data protein dan gen RBCL Chlorella
No
Nama Organisme Kode Aksesi Protein Kode Aksesi Gen
.
1. Chlorella sp. FACHB-1531 QDF82951.1 MK295222.1
2. Chlorella vulgaris QDF82950.1 MK295221.1
3. Chlorella sp. 64.01 QDF82948.1 MK295219.1
4. Chlorella regularis var. minima QDF82947.1 MK295218.1
5. Chlorella sorokiniana AHM23714.1 KJ397925.1
6. Chlorella sp. AKS-8 AHI49881.1 AHI49881.1
7. Chlorella salina QQM18156.1 MN519695.1
8. Chlorella variabilis BAF97044.1 AB260900.1
9. Chlorella sp. QD ABQ08068.1 EF537867.1
10. Chlorella sp. Wu-G23 ALF08531.1 KR069063.1
Kemudian, dilakukan penyejajaran dari kesepuluh urutan asam amino RBCL Chlorella dengan
ClustalX2 seperti tampak pada Gambar 1.
10518049
Gambar 1. Hasil penyejajaran asam amino RBCL Chlorella dengan ClustalX2
Jika hasil penyejajaran asam amino dengan ekstensi mcf dibuka dengan aplikasi GeneDoc
diperoleh tampilan seperti Gambar 2. Dari Gambar 2, dapat diperoleh daerah lestari yang
ditandai oleh kotak yang berwarna merah.
I II III
IV V
VI VII VIII IX
XI XII
Gambar 2. Daerah lestari asam amino RBCL Chlorella

Pada Gambar 2, dapat dilihat bahwa terdapat 12 daerah lestari asam amino RBCL Chlorella.
Selanjutnya, dilakukan juga tahapan yang sama terhadap urutan nukleotida di daerah lestari asam
amino dari berbagai organisme sehingga diperoleh hasil pada Gambar 3 dan Gambar 4.
10518049
Domain I Domain II
Domain III Domain IV
Domain V Domain VI
Domain VII Domain VIII
Domain IX Domain X
Domain XI Domain XII
Gambar 3. Hasil penyejajaran gen RBCL Chlorella dengan ClustalX2

10518049
Domain I
Domain II
Domain III
Domain IV
10518049
Domain V
Domain VI
Domain VII
10518049
Domain VIII
Domain IX
Domain X
10518049
Domain XI
Domain XII
Gambar 4. Daerah lestari gen RBCL Chlorella

Berdasarkan hasil-hasil analisis yang telah dilakukan, dapat dilihat bahwa seluruh urutan
nukleotida tidak bersifat conserved serta posisi awal dan akhir dari urutan nukleotida bukan
merupakan daerah yang lestari sehingga tidak dapat didesain primer untuk isolasi gen RBCL
Chlorella secara utuh. Oleh karena itu, didesain beberapa primer internal secara manual
menggunakan aplikasi ApE.
Tabel 2. Primer gen RBCL Chlorella
Domain Primer Posisi Urutan 5’-3’ Panjang Tm %GC
II Forward 151-168 GAAGAAGCTGGTGCAGCG 18 57 61
10518049
Reverse 159-176 GCTGCTACCGCTGCACCA 18 61 67

III Forward 373-392 TTTGGTTTCAAAGCTCTTCG 20 53 40
Reverse 376-395 GCACGAAGAGCTTTGAAACC 20 56 50
IV Forward 457-476 CACGGTATTCAAGTAGAACG 20 52 45
Reverse 466-485 AGTTTATCACGTTCTACTTG 20 48 35
V Forward 571-589 GAATGTTTACGTGGTGGTC 19 52 47
Reverse 575-593 TCAAGACCACCACGTAAAC 19 53 47
VII Forward 772-789 AAAGATTTAGGTGTACCT 18 45 33
Reverse 775-792 AATAGGTACACCTAAATC 18 43 33
VIII Forward 889-907 ATGCACGCTGTAATTGACC 19 54 47
Reverse 897-915 TCTTTGACGGTCAATTACA 19 50 37

IX Forward 1027-1049 TTAGGTTTCGTTGACTTAATGCG 23 55 39
Reverse 1028-1050 ACGCATTAAGTCAACGAAACCTA 23 56 39
X Forward 1123-1140 ATGCCAGTAGCTTCTGGT 18 54 50
Reverse 1138-1155 CCATACGTGAATACCACC 18 50 50
XI Forward 1285-1303 CAAGCTCGTAACGAAGGTC 19 54 53
Reverse 1296-1314 AGCAAGGTCACGACCTTCG 19 58 58
Tabel 3. Usulan pasangan primer yang mungkin

Pasangan Forward Primer Reverse Primer Amplikon (bp)
1 III XI 942
2 IV IX 594
Pada Tabel 2, dapat dilihat bahwa pada domain I, VI, dan XII tidak dicantumkan sebagai primer
gen RBCL Chlorella karena pada ketiga domain tersebut jumlah urutan nukleotida yang bersifat
lestari kurang dari 18 pasang basa.
Berdasarkan Tabel 3 dapat dilihat bahwa telah diusulkan 2 pasang primer internal terbaik yang
memenuhi syarat dimana memiliki Tm pada rentang 52 hingga 60OC (perbedaan Tm kurang dari
5OC), adanya G atau C pada ujung 3’, tidak adanya runs yang melebihi 4 pasang basa, panjang
primer optimal diantara 18 hingga 24 pasang basa, dan jumlah amplicon yang lebih dari 500
10518049
pasang basa. Namun, pada primer internal yang telah dirancang memiliki %GC yang rendah. Hal
tersebut dikarenakan spesies Chlorella hidup di air tawar yang memiliki tingkat salinitas yang
rendah sehingga masih wajar saja jika primer internal yang didesain memiliki %GC yang rendah.
Untuk melihat beberapa sifat primer lainnya yang telah dipilih dapat digunakan aplikasi Oligo
Analyzer seperti tampak pada Gambar 5, Gambar 6, dan Gambar 7.
(A)
10518049
(B)
Gambar 5. Sifat forward primer
(A) Pasangan 1, (B) Pasangan 2
(A)
10518049
(B)
Gambar 6. Sifat reverse primer
(A)
(B)
Gambar 7. Multiplex forward dan reverse primer
Dapat dilihat pada Gambar 5 dan Gambar 6, forward dan reverse primer yang dipilih memiliki
kemungkinan terjadinya self annealing dan loops. Tetapi, primer tersebut masih dapat dipakai
dikarenakan nilai dG dari kedua pasang primer tersebut lebih besar dari -5 kcal/mol yang
menandakan kejadian self annealing dan loops masih kurang spontan untuk dapat terjadi. Selain
itu, pada Gambar 7 dapat dilihat bahwa jika forward dan reverse primer di-multiplex-kan maka
akan terdapat annealing dengan nilai dG yang lebih besar dari -5 kcal/mol. Ini menandakan
bahwa primer pasangan 1 dan 2 cocok digunakan sebagai primer internal untuk isolasi gen
RBCL Chlorella.
10518049
Selanjutnya, dapat dilakukan in silico PCR dengan menggunakan FastPCR 6.3 sehingga
diperoleh hasil pada Gambar 8.
(A)
(B)
Gambar 8. Hasil in silico PCR
Berdasarkan Gambar 8, dapat dilihat bahwa kedua pasang primer yang telah dipilih sebelumnya
akan menempel pada template sehingga dihasilkan produk PCR dengan panjang 942 pasang basa
untuk pasangan 1 dan 594 pasang basa untuk pasangan 2.
10518049
Gen LPAT dari Nannochloropsis

Pada percobaan ini, dilakukan pengunduhan sekuens asam amino dan sekuens nukleotida untuk
gen LPAT Nannochloropsis dari NCBI. Pemilihan data di NCBI didasarkan oleh beberapa faktor
seperti jenis LPAT, jumlah asam amino, dan kluster yang dibentuk. Berikut ini dicantumkan
berbagai data protein dan gen dari organisme yang dipilih pada Tabel 4.
Tabel 4. Data protein dan gen LPAT Nannochloropsis
No
Nama Organisme Kode Aksesi Protein Kode Aksesi Gen
.
1. Nannochloropsis gaditana CCMP526 XP_005855952.1 XM_005855890.1
2. Nannochloropsis gaditana CCMP526 EKU20395.1 JH470636.1
Kemudian, dilakukan penyejajaran dari kedua urutan asam amino LPAT Nannochloropsis
dengan ClustalX2 seperti tampak pada Gambar 9.
Gambar 9. Hasil penyejajaran asam amino LPAT Nannochloropsis dengan ClustalX2

Jika hasil penyejajaran asam amino dengan ekstensi mcf dibuka dengan aplikasi GeneDoc
diperoleh tampilan seperti Gambar 10. Dari Gambar 10, dapat diperoleh daerah lestari yang
ditandai oleh kotak yang berwarna merah.
10518049
Gambar 10. Daerah lestari asam amino LPAT Nannochloropsis

Pada Gambar 10, dapat dilihat bahwa terdapat 1 daerah lestari asam amino LPAT
Nannochloropsis yang menandakan bahwa hasil penyejajaran seluruhnya bersifat conserved.
Selanjutnya, dilakukan juga tahapan yang sama terhadap urutan nukleotida di daerah lestari asam
amino dari berbagai organisme sehingga diperoleh hasil pada Gambar 11 dan Gambar 12.
Gambar 11. Hasil penyejajaran gen LPAT Nannochloropsis dengan ClustalX2

10518049
Gambar 12. Daerah lestari gen LPAT Nannochloropsis

Berdasarkan hasil-hasil analisis yang telah dilakukan, dapat dilihat bahwa seluruh urutan
nukleotida bersifat conserved serta posisi awal dan akhir dari urutan nukleotida merupakan
daerah yang lestari sehingga dapat didesain primer untuk isolasi gen LPAT Nannochloropsis
secara utuh. Dengan menggunakan Primer-BLAST, diperoleh beberapa primer seperti tampak
pada Gambar 13.
10518049
10518049
Gambar 13. Usulan primer untuk isolasi gen LPAT Nannochloropsis

Berdasarkan Gambar 13¸ dapat dipilih satu primer terbaik yaitu primer pair 5. Primer tersebut
dipilih karena memiliki nilai self complementarity yang kecil, %GC yang optimum di antara 45-
55OC, adanya C pada ujung 3’, dan perbedaan nilai Tm di bawah 5OC.
Untuk melihat beberapa sifat primer lainnya yang telah dipilih yaitu primer pair 5 dapat
digunakan aplikasi Oligo Analyzer seperti tampak pada Gambar 14, Gambar 15, dan Gambar
16.
10518049
Gambar 14. Sifat forward primer pair 5
Gambar 15. Sifat reverse primer pair 5
Gambar 16. Multiplex forward dan reverse primer pair 5

Dapat dilihat pada Gambar 14 dan Gambar 15, forward dan reverse primer yang dipilih
memiliki kemungkinan terjadinya self annealing. Tetapi, primer tersebut masih dapat dipakai
dikarenakan nilai dG dari sepasang primer tersebut lebih besar dari -5 kcal/mol yang
menandakan kejadian self annealing masih kurang spontan untuk dapat terjadi. Selain itu, pada
10518049
Gambar 16 dapat dilihat bahwa jika forward dan reverse primer di-multiplex-kan maka tidak
akan terdapat annealing. Ini menandakan bahwa primer pair 5 cocok digunakan sebagai primer
untuk isolasi gen LPAT Nannochloropsis.
Selanjutnya, dapat dilakukan in silico PCR dengan menggunakan FastPCR 6.3 sehingga
diperoleh hasil pada Gambar 17.
Gambar 17. Hasil in silico PCR dengan primer pair 5

Berdasarkan Gambar 17, dapat dilihat bahwa sepasang primer yang telah dipilih sebelumnya
akan menempel pada template sehingga dihasilkan produk PCR dengan panjang 131 pasang
basa.

Tugas Modul 1

Uploaded by

Document Information

Copyright

Available Formats

Share this document

Share or Embed Document

Sharing Options

Did you find this document useful?

Is this content inappropriate?

Copyright:

Available Formats

Tugas Modul 1

Uploaded by

Copyright:

Available Formats

ZICO DANIEL DESPEN SIHOMBING

Gambar 2. Daerah lestari asam amino RBCL Chlorella

Domain III Domain IV

Domain VII Domain VIII

Domain XI Domain XII

Gambar 3. Hasil penyejajaran gen RBCL Chlorella dengan ClustalX2

Gambar 4. Daerah lestari gen RBCL Chlorella

Reverse 159-176 GCTGCTACCGCTGCACCA 18 61 67

Reverse 897-915 TCTTTGACGGTCAATTACA 19 50 37

Tabel 3. Usulan pasangan primer yang mungkin

Gen LPAT dari Nannochloropsis

Gambar 9. Hasil penyejajaran asam amino LPAT Nannochloropsis dengan ClustalX2

Gambar 10. Daerah lestari asam amino LPAT Nannochloropsis

Gambar 11. Hasil penyejajaran gen LPAT Nannochloropsis dengan ClustalX2

Gambar 12. Daerah lestari gen LPAT Nannochloropsis

Gambar 13. Usulan primer untuk isolasi gen LPAT Nannochloropsis

Gambar 14. Sifat forward primer pair 5

Gambar 15. Sifat reverse primer pair 5

Gambar 16. Multiplex forward dan reverse primer pair 5

Gambar 17. Hasil in silico PCR dengan primer pair 5

You might also like