Il nucleo

Il nucleo è l'organello che più di tutti caratterizza la cellula eucariotica:

ευ καρυον = vero nucleo

Una doppia membrana (l’involucro nucleare) racchiude il DNA, separandolo dal citoplasma

Ma le sue funzioni non si limitano a questo:

- regolazione dell'espressione genica
- ciclo cellulare
- sintesi dei ribosomi e degli RNA non codificanti (rRNA, tRNA, miRNA, iRNA...)

Effetti non limitati alla cellula ma su tutto l'organismo

La più ovvia funzione del nucleo è quella di separare l’ambiente intracellulare in due compartimenti:
citoplasma e nucleoplasma.

La presenza di una barriera permette alla cellula eucariotica di separare funzioni cellulari diverse nei due
ambienti:
- Trascrizione nel nucleo // traduzione nel citoplasma
- I macchinari molecolari deputati ai due processi sono fisicamente separati e lavorano in modo più efficiente
- Splicing e maturazione dell’RNA

- meccanismi di controllo più rigorosi tra la trascrizione degli mRNA e la loro traduzione in proteine
 ATGGCCTAC
Genotipo Genoma TACCGGATG
insieme dei geni (DNA)
posseduti da un organismo Trascrizione

e
e nt ATG GCC TAC
bi Trascrittoma m
am insieme degli RNA
Traduzione

Met-Ala-Tyr

Proteoma
Fenotipo insieme delle proteine

Metaboloma Funzione cellulare,

Insieme dei processi metabolici
carattere fenotipico

PROCARIOTI

Trascrizione

Splicing

Maturazione

Poro
nucleare Nucleo

Citoplasma
Traduzione Proteina

Separazione spazio-temporale tra

trascrizione e traduzione

EUCARIOTI
Morfologia generale del nucleo nelle cellule vegetali

- organello di forma sferoidale, spesso l’unico organello cellulare visibile al microscopio ottico
- Al suo interno si distinguono diverse strutture, la più evidente è il nucleolo

- Nelle piante si osservano spesso più nucleoli in ogni nucleo (normalmente uno solo negli animali)
L’involucro nucleare

- un’estensione del reticolo

endoplasmatico (origine
evolutiva)
- Le due membrane si
uniscono in corrispondenza
dei pori nucleari, che quindi
permettono il passaggio di
sostanze tra citoplasma e
nucleo

L’involucro nucleare

- un’estensione del reticolo

endoplasmatico (origine
evolutiva)
- Le due membrane si
uniscono in corrispondenza
dei pori nucleari, che quindi
permettono il passaggio di
sostanze tra citoplasma e
nucleo
 L’involucro nucleare

- un’estensione del reticolo

endoplasmatico (origine
evolutiva)
- Le due membrane si
uniscono in corrispondenza
dei pori nucleari, che quindi
permettono il passaggio di
sostanze tra citoplasma e
nucleo

Il complesso del poro nucleare è costituito da

decine di proteine, le nucleoporine, che
svolgono la funzione di filtro selettivo verso le
macromolecole che devono venire importate o
esportate dal nucleo
L’involucro nucleare
- un’estensione del reticolo
endoplasmatico (origine
evolutiva)
- Le due membrane si
uniscono in corrispondenza
dei pori nucleari, che quindi
permettono il passaggio di
sostanze tra citoplasma e
nucleo
- I pori sono controllati dai
‘complessi del poro nucleare’:
imponenti sistemi di proteine
che governano
rigorosamente l’ingresso e
l’uscita di macromolecole dal
nucleo (proteine e RNA)
Il complesso del poro nucleare è costituito da
decine di proteine, le nucleoporine, che
svolgono la funzione di filtro selettivo verso le
macromolecole che devono venire importate o
esportate dal nucleo
RNA
proteine
L’involucro nucleare
- un’estensione del reticolo
endoplasmatico (origine
evolutiva)
- Le due membrane si
uniscono in corrispondenza
dei pori nucleari, che quindi
permettono il passaggio di
sostanze tra citoplasma e
nucleo
- I pori sono controllati dai
‘complessi del poro nucleare’:
imponenti sistemi di proteine
che governano
rigorosamente l’ingresso e
l’uscita di macromolecole dal
nucleo (proteine e RNA)

L’involucro nucleare

- un’estensione del reticolo

endoplasmatico (origine
evolutiva)
- Le due membrane si
uniscono in corrispondenza
dei pori nucleari, che quindi
permettono il passaggio di
sostanze tra citoplasma e
nucleo
- I pori sono controllati dai
Inner ‘complessi del poro nucleare’:
imponenti sistemi di proteine
che governano
rigorosamente l’ingresso e
Outer l’uscita di macromolecole dal
nucleo (proteine e RNA)
 ni co
b o ta
gli o
r g o
O

Joachim Hämmerling
• Joachim August Wilhelm Hämmerling (March 9, 1901 - August 5, 1980)
was a pioneering Danish-German biologist born March 9, 1901 in Berlin.
• He was educated at the University of Berlin and University of Marburg.
• He received his doctorate in 1924.

Acetabularia: genere di alghe unicellulari

macroscopiche
L’esperimento di Hammerling
1943

1953

Conclusioni

1) il nucleo contiene informazioni genetiche

e controlla la morfogenesi dell’alga.

2) esistono delle sostanze morfogenetiche

fuori dal nucleo, che trasmettono questa
informazione… oggi le chiamiamo RNA
messaggeri

Scoperte di primaria importanza per la biologia,

fatte studiando sistemi vegetali
 Il contenuto del nucleo

R OM ATINA
r ot e ine =C
DNA +P

DNA: un codice a quattro lettere, A T G C

L’ordine (sequenza) delle basi è alla base dell’informazione

custodita nel DNA

Rosalind Franklin
By 17 March 1953 (the day before
news of the Crick/Watson structure was
made public) Franklin had carried the
quantitive analysis of the B form
patterns to the point of determining the
paths of the backbone chains.
This draft paper contains all the
essentials of her later paper, which
accompanied Crick and Watson’s
announcement.
La cromatina
Video 1
Jim Watson Francis Crick
Franklin had deduced that the
phosphate groups of the
backbone lay on the outside,
and had already formed the notion
of base interchangeability,
although she had not identified the
specific base pairing postulated by
Crick and Watson.
She made a crucial contribution
to one of the most important
discoveries of the twentieth
century and helped to lay the
foundations of structural molecular
biology.
 Le molecole di DNA
Si organizzano in cromosomi

Chiamiamo corredo cromosomico

l’insieme dei cromosomi
e GENOMA l’informazione genetica
che contengono

Eukaryotic DNA is packaged in nucleosomes

8 histones
Approximately 147 base pairs of DNA 2 each:
wrapped around a histone octamer H2A
H2B
H3
H4

~ 147 bp DNA

nucleosome
 Il DNA è impacchettato in cromosomi
solo durante la divisione cellulare.

RNA
Pol

Per consentire la trascrizione, la molecola deve

srotolarsi per esporre le sequenze di basi ai complessi
proteici della RNA polimerasi

Questo processo, tuttavia, non è omogeneo: avviene solo in alcuni tratti

del cromosoma, mentre altri restano compatti perché non contengono
sequenze codificanti, o geni che in quel momento non servono alla cellula

I cromosomi sono fatti di

eucromatina ed eterocromatina
Eterocromatina
densamente impaccata

CENTROMERO
Il DNA in prossimità di
centromeri e telomeri è Eucromatina
solitamente compattato in aree di più distesa e
eterocromatina accessibile
 Modifiche degli istoni

Modifiche post-traduzionali agli istoni e processi di metilazione del

DNA caratterizzano le regioni eterocromatiche che restano compatte

Questa diversa densità della cromatina si

rispecchia nella morfologia del contenuto
nucleare ossservata al microscopio

Eucromatina

Densità
diversa

Eterocromatina
 l’organizzazione della cromatina
in eu- ed etero-cromatina
dipende anche dalla dimensione del genoma
e dal numero di cromosomi

Quanti cromosomi
hanno le piante?
 Dimensione del genoma
Un paio di basi

Arabidopsis

3miliardi

100.000 1milione 10 milioni 100 milioni 1miliardo 10 miliardi 100 miliardi

Il paradosso del contenuto in DNA

Quanto DNA c’è in una cellula?

Peso del genoma aploide espresso in pg

Il paradosso del contenuto in DNA

Tanto più grande è il genoma, tanto maggiore è l’impacchettamento
Il volume del nucleo non aumenta in modo proporzionale alla dimensione del genoma

Genomi grandi contengono

Densely packaged
grandi quantità di sequenze
heterochromatin
non codificanti o silenziate

Less densely
packaged
euchromatin

heterochromatin vs euchromatin
Questo spiega almeno in parte il paradosso

cromonemi

di nuclei

cromocentri
 Riassumendo

La cromatina nelle cellule vegetali

•Cromatina - è il materiale nucleare che si colora specificamente con coloranti basici:
è il materiale di cui sono fatti i cromosomi sia mitotici che interfasici
(DNA, istoni e altre proteine)

Eterocromatina
Eucromatina

•Due tipi di organizzazione

nuclei diffusi
nuclei reticolati
Correlazione con quantità di DNA nucleare, aumento delle sequenze ripetute e
non trascritte

•Organizzazione molecolare: la trascrizione del DNA richiede che la cromatina

sia accessibile alla RNA polimerasi e a proteine regolatrici

The Human Genome

I progetti di sequenziamento dei genomi…
Project2001
Stele di Rosetta
 Genoma à la carte

The Diploid Genome Sequence of

an Individual Human, PLOs 2007
Craig Venter

These data depict a definitive

molecular portrait of a human
genome that provides a starting point
for future genome comparisons
and enables an era of individualized
genomic information.

2015: Medicina personalizzata sulla base

del genoma personale
http://www.mypersonalgenome.com/how-to-order/

I progetti di sequenziamento dei genomi…

Arabidopsis thaliana Oryza sativa Populus trichocarpa Vitis vinifera

2000 2002 2006 2007

Solanum tuberosum Prunus persica Malus domestica

2011 2013 2010
 Oryza sativa L. Oryza sativa L.
ssp. japonica ssp. indica

Dimensione 420 Mb 466 Mb

DNA ripetuto 45% 42%
N° di geni 33.000-50.000 46.000-55.000

La conoscenza del genoma è solo

il primo gradino per conoscere
gli organismi viventi

È una conoscenza statica…

Leggere un vocabolario ma non conoscere il senso delle parole

Genomica funzionale
assegnare una funzione biologica ad ogni gene

genetica funzionale, mutanti…

Adattamenti ecologici…
 r e s s ione
e e d e sp
e r v a z ion
olo c ons e ne t ic o
Non s l c o d ic eg
de

Le altre funzioni del nucleo

Nel nucleo vengono sintetizzati e assemblati i ribosomi,

le ‘macchine’ molecolari che costruiscono le proteine
 I ribosomi sono composti da molecole di RNA + proteine

RNA
PROTEINE

Subunità maggiore Subunità minore

RNA e proteine ribosomali sono codificati da sequenze di DNA: i geni ribosomali

La trascrizione dei geni ribosomali genera

- mRNA (che codifica per le proteine dei ribosomi)
- rRNA (le molecole di RNA che faranno parte del ribosoma).

rRNA e Proteine ribosomali si incontrano nel nucleolo, dove vengono assemblate

le due subunità dei ribosomi

Traduzione Proteine
ribosomali

Ribosomi

mRNA
(proteine

lo
Geni
o
ribosomali)

e
ribosomali
cl
Trascrizione
NuMaturazione
rRNA
 La maturazione dell’RNA ribosomale

Gli rRNA subiscono un complesso processo di maturazione, in cui da una sequenza

principale vengono ritagliate ed elaborate le sequenze di rRNA più corte che faranno
parte dei ribosomi

Un esempio: il pre-rRNA 45S

I geni ribosomali sono localizzati in sequenze ripetute

in un solo punto del genoma o in più siti, a seconda delle specie

Questi siti sono chiamati organizzatori nucleolari (NO), perché è da essi che inizia a
formarsi il nucleolo dopo ogni divisione cellulare.
Dal numero di NO nel genoma dipende il numero di nucleoli che una specie può
presentare nei propri nuclei

NO:
nucleolar
organizer

il NO non è altro che un tratto di DNA dove sono

raggruppati i geni ribosomiali, in corrispondenza
del quale inizia la formazione del nucleolo
(perché in prossimità di quelle sequenze di DNA vengono
sintetizzati rRNA e mRNA ribosomali)
 Nel nucleolo delle piante si riconoscono
Componente fibrillare: RNA appena formato
Componente granulare: subunità in attesa di
essere trasferite nel citoplasma
Cavità nucleolare: zona a minore densità

Componente fibrillare
Processamento rRNA

Componente fibrillare densa

Trascrizione produce le
molecole di Pre-rRNA

Componente granulare
Preribosomi

Nucleolo visto al microscopio elettronico Cavità nucleolare

‘Sacca’ di cromatina inglobata nel nucleolo
Numero di nucleoli: dipende dagli organizzatori nucleolari
Volume dei nucleoli: dipende dall’attività della cellula

Nel nucleo agiscono i meccanismi che controllano il ciclo cellulare

Mitosi - meiosi - crescita - sviluppo …

 Il ciclo cellulare: crescita e divisione della cellula
Il ciclo cellulare è la serie di eventi che avvengono in una cellula tra una divisione e
la successiva

Mitosi

Interfase

Il ciclo cellulare: crescita e divisione della cellula

Il ciclo cellulare è la serie di eventi che avvengono in una cellula tra una divisione e
la successiva

A. aumento di dimensioni Interfase

B. duplicazione del DNA

C. mitosi e divisione cellulare

Mitosi
Le cellule meristematiche ripetono il ciclo più volte
Poi iniziano il differenziamento fermandosi in A, fino al raggiungimento delle
dimensioni finali

Nelle piante, anche una cellula differenziata può riattivare il proprio ciclo, in
condizioni particolari (ferite, sviluppo di radici laterali…)
 Mitosi

Crescita

Sintesi DNA
 I meccanismi di controllo del ciclo mitotico

Citodieresi
str
es
Kinasi n utr s
Ciclina- ter izion
mic a
dipendente i… li, id
r ici,
Scomparsa
involucro
nucleare

Kinasi
Ciclina-dipendente

ormoni vegetali
trienti
disponibilità di nu
ne
corretta replicazio
…

Il ruolo delle cicline

e delle kinasi ciclina-dipendenti (cyclin-dependent kinases, CDK)

Dove avvengono queste divisioni cellulari?

Meristema
dell’apice
vegetativo

Nei MERISTEMI

Meristema
dell’apice
radicale
 e Metafase
fas Ana
r fase
Inte

Citodieresi
Telofase
 La durata delle varie fasi del ciclo può essere molto variabile

M
G1
G2

M G1
S
Tra specie diverse
G2
In condizioni diverse
S
(disponibilità di nutrienti…)

Durante lo sviluppo

Allontanandosi dall’apice le divisioni cellulari si

fanno meno frequenti: il ciclo diventa più lungo,
soprattutto per un aumento della fase G1
 La mitosi
Divisione duplicativa equazionale.
Raddoppia il numero delle cellule.
Il materiale genetico per cellula è
uguale prima e dopo

Meiosi: divisione riduzionale

(corso di biologia)

La mitosi nelle cellule vegetali

Banda pre-profasica Fragmoplasto Piastra cellulare

Citodieresi

Centrioli Anello contrattile Citocinesi

Aster
 Microtubuli, DNA e parete cellulare

interfase pre-profase metafase telofase

nucleazione dei microtubuli banda fuso fragmoplasto fragmoplasto

microtubuli interfasici pre-profasica mitotico anulare

Microtubuli - DNA - parete cellulare

Pre-profase

Di lato
Dall’alto

La banda pre-profasica
 Profase

Fasci di microtubuli ‘antiparalleli’

+ equatore
- poli

Il fuso mitotico

Poli del fuso: ampi e poco definiti

Non ci sono i centrioli!

Metafase

Fasci di microtubuli con orientamento opposto si

agganciano ai cinetocori.

allineamento dei cromosomi

 Metafase

Animali Piante
V

Cromosomi (blu) Cromosomi (blu)

Microtubuli (verde) Microtubuli (rosa)

Il fuso mitotico

Anafase

separazione dei cromatidi

 Telofase

Il fragmoplasto

Fasci di microtubuli con orientamento opposto

Derivano in parte da quelli del fuso, in parte da nuova sintesi
Guidano vescicole secretorie verso l’equatore della cellula
-> piastra cellulare
Espansione dal centro verso i margini

Il fragmoplasto - microscopia elettronica tomografica (3D)

 Citodieresi

Si completa la nuova parete cellulare

Si completa l’involucro nucleare
Si ricostituisce il citoscheletro

Take-home messages

Struttura e funzioni del nucleo

L’involucro nucleare e i complessi del poro

La cromatina

I ribosomi

Il nucleolo

Il controllo del ciclo cellulare

La mitosi: peculiarità della cellula vegetale

Banda preprofasica, fuso mitotico, fragmoplasto