Machine Translated by Google

Bioorg. Med. Chem. Lett. 47 (2021) 128169

Danh sách nội dung có sẵn tại ScienceDirect

Thư hóa học sinh học và dược phẩm

trang chủ tạp chí: www.elsevier.com/locate/bmcl

Thiết kế, tổng hợp và đánh giá sinh học các phân tử mới có tiềm năng
Thuốc ức chế PARP-1

Huệ Thần a,†, Yiran Ge b,†, Junwei Wang , Huệ Lý , Yungen Xu a,b,* , Qihua Zhu a,b,*
Một Một

Một

Phòng thí nghiệm trọng điểm về thiết kế và tối ưu hóa thuốc Giang Tô, Đại học Dược phẩm Trung Quốc, Nam Kinh 211198, Trung Quốc
b
Khoa Hóa Dược, Đại học Dược Trung Quốc, Nam Kinh 211198, Trung Quốc

THÔNG TIN BÀI VIẾT TRỪU TƯỢNG

Từ khóa: Hai loạt hợp chất mới có hoạt tính ức chế PARP-1 đã được thiết kế và tổng hợp. Tất cả các hợp chất mục tiêu được đánh giá về hoạt tính ức

Thuốc chống ung thư chế PARP-1 và các hợp chất có hoạt tính ức chế PARP-1 cao đã được chọn để đánh giá các thử nghiệm tế bào trong ống nghiệm. Trong số đó,
sửa chữa DNA hợp chất II-4 cho kết quả ấn tượng về khả năng ức chế enzyme PARP-1 với giá trị IC50 là 0,51 nM và hoạt tính chống tăng sinh đối với các
Thuốc ức chế PARP-1
dòng tế bào HCT116 và HCC1937 với giá trị IC50 lần lượt là 6,62 nM và 12,65 nM. Ngoài ra, II-4 thể hiện sự ổn định trao đổi chất tốt
Thiết kế thuốc
trong ống nghiệm với t1/2 là 173,25 phút và CLint là 0,04 mL/phút/mg. Dự đoán tính chất phân tử và lắp ghép protein đã được áp dụng để

thiết kế cấu trúc. Nghiên cứu của chúng tôi cung cấp các hợp chất chì tiềm năng và hướng thiết kế để phát triển chất ức chế PARP-1.

Poly (ADP-ribose) polymerase (PARP) là một enzyme sửa chữa DNA phổ biến trong Ngoài ra, các chất ức chế PARP khác nhau đang trong các giai đoạn thử nghiệm lâm sàng khác

tế bào nhân chuẩn với vai trò quan trọng trong việc sửa chữa cắt bỏ bazơ (BER) nhau dưới dạng một tác nhân đơn lẻ hoặc liệu pháp kết hợp với các tác nhân chống ung thư khác.

của các đứt gãy chuỗi đơn (SSB), được Chambon và nhóm của ông báo cáo lần đầu Với sự thành công của thuốc ức chế PARP như tác nhân chống ung thư trong thực
tiên vào năm 2014. 1963.1 Năm 1980, Durkacz báo cáo rằng hoạt tính gây độc tế hành lâm sàng, đây vẫn là một lĩnh vực nghiên cứu rất tích cực.

bào của dimethyl sulfate có thể được tăng cường bằng cách ức chế PARP, dẫn đến Để khám phá các chất ức chế PARP mới, nhóm của chúng tôi đã công bố hai loạt

khả năng sử dụng thuốc ức chế PARP và thuốc gây độc tế bào như một liệu pháp kết hợp chất mới có khung imidazole[4,5-c]pyridine car-boxamide và 8,9-dihydro-2,4,7,9a-

hợp để điều trị ung thư.2 Các enzyme thuộc họ PARP đóng vai trò thiết yếu trong tetraazabenzo[cd]azulen -6(7H)- một là chất ức chế PARP-1 trong các nghiên cứu

nhiều quá trình tế bào ngoài Sửa chữa DNA, bao gồm biệt hóa tế bào, phiên mã trước đây của chúng tôi và đạt đến đỉnh điểm là thu được hai hợp chất chì

gen, viêm, nguyên phân, chết tế bào và trao đổi chất.3 Cho đến nay, 18 thành Hz-12031212,13 và Xperia Z-16081114 (Hình 1). Tuy nhiên, chúng vẫn thua kém
viên của họ PARP đã được xác định và mô tả. Trong số đó, PARP-1 chiếm tỷ lệ lớn Olaparib và tính chất PK chưa đạt yêu cầu cũng cản trở việc nghiên cứu sâu hơn.

nhất trong họ và chịu trách nhiệm về khoảng 90% chức năng.4 Một số nghiên cứu đã Do đó, cần tiếp tục phát triển các chất ức chế PARP-1 mạnh hơn với các đặc tính

xác nhận sự liên quan của PARP-1 trong nhiều tình trạng bệnh lý, bao gồm chứng có thể dùng được của thuốc được cải thiện. Trong tài liệu này, chúng tôi đã mô

đột quỵ, bệnh thoái hóa thần kinh, thiếu máu cục bộ cơ tim, viêm bệnh tiểu đường, tả việc phát hiện ra các hợp chất mới có tác dụng mạnh như chất ức chế PARP-1

ung thư và các bệnh khác.5 Người ta đã xác nhận rằng ức chế PARP có thể đạt được và đỉnh điểm là thu được hợp chất II-4 có hiệu lực cao chống lại enzyme PARP-1

hiệu quả tiêu diệt các tế bào ung thư có đột biến BRCA1/2 thông qua khả năng và các dòng tế bào ung thư trong ống nghiệm.
gây chết tổng hợp. Vì vậy, PARP-1 được coi là mục tiêu chống ung thư quan trọng

và thu hút nhiều sự chú ý từ các nhà nghiên cứu và các công ty dược phẩm. Đầu tiên, các hợp chất thuộc dãy I được điều chế theo quy trình như trong

Sơ đồ 1–4. Các hợp chất I-1 ~ I-3 được tổng hợp từ các chất trung gian chính 1a

~ 1c và 2-flo-5-((4-oxo-3,4-dihydroph-thalazin-1-yl)metyl)axit benzoic (2) bằng

cách ngưng tụ phản ứng sử dụng PyBOP làm tác nhân ghép nối (Sơ đồ 1). Trong sơ

Cho đến nay, năm chất ức chế PARP, bao gồm Olaparib,6 Rucaparib,7 đồ 2, chất trung gian quan trọng 6, được tổng hợp từ nguyên liệu ban đầu 2 thông

Niraparib,8,9 Talazoparib10 và Fluzoparib,11 đã được phê duyệt để điều trị ung qua phản ứng este hóa, clo hóa, thay thế alkoxy và thủy phân, ngưng tụ

thư buồng trứng hoặc ung thư vú có đột biến BRCA1 hoặc BRCA2.

* Các tác giả tương ứng tại: Phòng thí nghiệm thiết kế và tối ưu hóa thuốc trọng điểm Giang Tô, Đại học Dược phẩm Trung Quốc, Nam Kinh 211198, Trung Quốc.

Địa chỉ email: xyg64@126.com (Y. Xu), zhuqihua@vip.126.com (Q. Chúc).

† Cả hai tác giả đều đóng góp như nhau cho tác phẩm này.

https://doi.org/10.1016/j.bmcl.2021.128169 Nhận ngày 8

tháng 4 năm 2021; Nhận ở dạng sửa đổi ngày 19 tháng 5 năm 2021; Được chấp nhận ngày 29 tháng 5 năm 2021 Có
sẵn trực tuyến ngày 6 tháng 6 năm 2021

0960-894X/© 2021 Elsevier Ltd. Mọi quyền được bảo lưu.

Machine Translated by Google

H. Shen và cộng sự.

Thư hóa học hữu cơ & dược phẩm 47 (2021) 128169

Hình 1. Các công trình trước đây nhằm khám phá các chất ức chế PARP-1 mới.

Sơ đồ 1. Tổng hợp các hợp chất I-1 ~ I-3.

Sơ đồ 2. Tổng hợp hợp chất I-4.

với hợp chất 1a để tạo ra hợp chất đích I-4. Các hợp chất I-5 và I-6
được tổng hợp bằng phản ứng ngưng tụ của hợp chất 2 và các chất trung
gian 7a ~ 7b (Sơ đồ 3). Axit cacboxyl của hợp chất 2 bị khử bởi
(CH3)2S BH3 thành rượu, do đó bị oxy hóa bởi tác nhân Dess-Martin để
thu được chất trung gian 8 (Sơ đồ 4). Các hợp chất I-7 ~ I-8 thu được
bằng cách khử các chất trung gian 8 và 7a ~ 7b.
Các hợp chất II-1 ~ II-4 được điều chế theo các con đường tổng hợp
như trong Sơ đồ 5. Các hợp chất II-1 ~ II-4 thu được thông qua phản
ứng ngưng tụ các chất trung gian 11a ~ 11d và 2. Chất trung gian chính
11a ~ 11d được tổng hợp theo tài liệu15, bắt đầu từ benzen-1,2-diamine
(9a) hoặc benzen-1,2- được thế 4
diamin (9b ~ 9d). Cấu trúc của tất cả các hợp chất mục tiêu được hoạt
1
hóa bằng H NMR, 13C NMR và HRMS (xem trong SI).
Phân tích mối quan hệ cấu trúc-hoạt tính (SAR) của Xperia Z-120312
chỉ ra rằng 2-(piperidin-4-yl)-3H-imidazo[4,5-c]pyridine-7-car-
boxamide (phần màu xanh lam của cấu trúc Hz-120312 trong Hình 2) là bộ
khung quan trọng cho việc ức chế PARP-1, trong khi phần alkyl (phần
màu đen) là không cần thiết và có thể được tối ưu hóa để tăng hiệu lực
và cải thiện các đặc tính ADMET, cũng được tìm thấy SAR tương tự trong
Olaparib rằng nhóm cyclopropane carboxamide không cần thiết cho việc
ức chế PARP-1. Do đó, ban đầu chúng tôi thiết kế hợp chất I-1 bằng
cách hợp nhất cấu trúc lõi của Olaparib (phần màu đỏ trong Hình 2) và Hz-

2
Machine Translated by Google
H. Shen và cộng sự.
Sơ đồ 3. Tổng hợp các hợp chất I-5 ~ I-6.
Sơ đồ 4. Tổng hợp các hợp chất I-7 ~ I-8.
120312. Chúng tôi rất vui mừng, hợp chất I-1 thể hiện hiệu lực cao đáng
kể so với PARP-1 với giá trị IC50 là 0,23 nM (Bảng 1) và mạnh hơn hợp
chất Hz-120312 và Olaparib với 37 lần và 4 lần , tương ứng. Được khuyến
khích bởi kết quả này, chúng tôi đã khám phá thêm hoạt động ức chế PARP-1
bị ảnh hưởng bởi các nhóm thế trên giàn giáo pyridine imidazo[4,5-c].
Nhóm alkoxyl, như MeO và EtO, được thế vào vị trí 4- của khung imidazo[4,5-
c]pyridine tạo ra các hợp chất I-2 và I-3, cho thấy hoạt tính enzyme bị
giảm nhẹ với giá trị IC50 là 2,4 nM và 1,7 nM, tương ứng. Tuy nhiên, việc
phá hủy lactam của pthalazin-1(2H)-one dẫn đến hợp chất I-4 cho thấy hoạt
tính enzyme bị giảm nhiều với tỷ lệ ức chế chỉ 40% ở nồng độ 100 nM. Các
kết quả trên chỉ ra rằng pthalazin-1(2H)-one đóng vai trò thiết yếu trong
việc duy trì hoạt động ức chế với tư cách là dược điển của thuốc ức chế
PARP-1. Ngược lại, imidazole[4,5-c]pyridine carbox-amid ít ảnh hưởng đến
hoạt động. Do đó, việc thay thế cấu trúc của imidazole[4,5-c]pyridine
carboxamide bằng cấu trúc khác là hợp lý.
3
Thư hóa học hữu cơ & dược phẩm 47 (2021) 128169
Thay thế imidazo[4,5-c]pyridin bằng 2-(piperidin-4-yl) và 2- (piperazin-1-
yl) benzo[d]imidazole thu được hợp chất I-5 và I-6, giữ lại PARP cao
Hoạt tính ức chế -1 với giá trị IC50 lần lượt là 0,63 nM và 0,19 nM. Sự
khử amit của các hợp chất I-5 và I-6 thu được các amin I-7 và I-8 tương
ứng dẫn đến hoạt tính enzyme giảm nhiều.
Để khám phá thêm các chất ức chế PARP-1 mạnh hơn, chúng tôi đã hợp
nhất benzimidazole và piperazine của hợp chất I-6 thành hệ thống ba vòng
(Hình 2). Thật bất ngờ, hợp chất II-1 được thiết kế mới cũng thể hiện
hoạt tính ức chế PARP-1 rất xuất sắc với giá trị IC50 là 0,49 nM.
Xem xét tính khả thi của quá trình tổng hợp hợp chất, chúng tôi đã tìm
hiểu sơ bộ các chất thay thế khác nhau ở vị trí 7 của hệ ba vòng
benzimidazole, dẫn đến các hợp chất II-2 ~ II-4. Như được trình bày trong
Bảng 1, tất cả các hợp chất được thiết kế mới đều thể hiện hoạt tính ức
chế PARP-1 tuyệt vời, mạnh hơn Olaparib. Những kết quả này chứng minh
rằng các sản phẩm thay thế 7 vị trí ít ảnh hưởng đến hoạt động.
Machine Translated by Google

H. Shen và cộng sự.

Thư hóa học hữu cơ & dược phẩm 47 (2021) 128169

Sơ đồ 5. Tổng hợp các hợp chất II-1 ~ II-4.

Hình 2. Quá trình thiết kế các hợp chất mục tiêu.

Dựa trên đặc tính ức chế PARP-1, các hợp chất I-1, I-6 và II- dòng tế bào) và HCC1937 (dòng tế bào ung thư vú thiếu BRCA1). Như được trình bày

2 ~ II-4 đã được chọn để đánh giá khả năng chống tăng sinh của chúng dưới dạng tác trong Bảng 2, mặc dù hợp chất I-1 thể hiện hoạt tính ức chế enzyme PARP-1 tuyệt

nhân đơn lẻ chống lại HCT116 tế bào nguyên phát (ung thư đại trực tràng thiếu BRCA2 vời nhưng nó ít có tác dụng đối với cả khối u ở người.

4
Machine Translated by Google

H. Shen và cộng sự. Thư hóa học hữu cơ & dược phẩm 47 (2021) 128169

Bảng 1 tương ứng) và giá trị PlogPo/w (4,83) cao hơn Olaparib và I-6 (lần lượt là
Hoạt tính ức chế PARP-1 của các hợp chất I-1 ~ I-8, II-1 ~ II-4, Hz-120312 và 2,79 và 4,15), điều này có thể góp phần mang lại khả năng thẩm thấu tế bào
Olaparib. tốt.

Compd. Sự ức chế IC50 Compd. Sự ức chế IC50 Để đánh giá khả năng dùng thuốc, đánh giá độ ổn định trao đổi chất được
(%)a (nM) (%)a (nM) thực hiện bằng cách ủ hợp chất II-4 với microsome gan người trong ống

I-1 – 0,23 I-8 42 NDb nghiệm trong 50 phút. Kết quả cho thấy hợp chất II-4 sở hữu các đặc tính
–
I-2 98 2,40 II-1 0,49 trao đổi chất ổn định, với thời gian bán hủy trao đổi chất là 173,25 phút
I-3 100 1,70 II-2 – 0,47
và giá trị thanh thải nội tại là 0,04 mL/phút/mg (Hình S1). Ngoài ra, đặc
I-4 40 NDb II-3 – 0,40
–
tính phân tử giống thuốc của các hợp chất này dự đoán rằng II-4 có khả năng
I-5 100 0,63 II-4 0,51
I-6 100 0,19 Z- – 8 giờ 60
sử dụng được do độc tính thấp và khả năng hấp thu qua đường miệng đáng kể
120312 (Bảng S1).
I-7 47 NDb – 1.10
Olaparib Để chứng nhận vai trò mục tiêu của chất ức chế mới, các nghiên cứu mô
Một

Sự ức chế (%) ở mức 10 nM. hình hóa hợp chất II-4 trong túi liên kết của PARP-1 (mã PDB: 5DS3) và
b
ND, không xác định. PARP-2 (mã PDB: 4TVJ) đã được thực hiện. Kết quả (Hình 3) cho thấy hướng

không gian của II-4 gần như phù hợp với Olaparib, trong đó ba tương tác
liên kết hydro chính với Ser904 và Gly863 được bảo lưu và nguyên tử nitơ 5
Bảng 2 vị trí trên hệ thống ba vòng có thể tạo thành một liên kết hydro chính với
Hoạt động chống tăng sinh của các chất ức chế PARP-1 chống lại các dòng tế bào amino của Arg878. Những điều này chỉ ra rằng hợp chất II-4 có cường độ liên
HCT116 và HCC1937. kết protein tương đương với Olaparib, góp phần tạo ra giá trị IC50 tương tự

IC50a ở cấp độ enzyme.

Compd.

HCT116 HCC1937
Thật bất ngờ, chất ức chế PARP-1 II-4 thể hiện khả năng tương tác với
I-1 160,77 ± 7,30 M 129,72 ± 8,03 μM PARP-2 yếu hơn nhiều so với Olaparib, một chất ức chế PARP1/2 kép, thiếu
I-6 0,49 ± 0,04 M 0,61 ± 0,13 μM
hai liên kết hydro chính (Hình S2). Ngoài ra, xét về điểm gắn kết, năng
II-2 10,02 ± 0,83 nM 11,59 ± 1,60 nM
II-3 11,92 ± 0,38 nM 11,68 ± 2,30 nM lượng liên kết của II-4 và Olaparib với PARP-1 lần lượt là 12,631 và
II-4 6,62 ± 0,51 nM 12,65 ± 1,90 nM 12,114 kcal/mol. Với PARP-2, năng lượng liên kết lần lượt là 9,834 và
Olaparib 5,86 ± 0,28 μM 13,00 ± 1,05 μM 8,781 kcal/mol. Giá trị điểm tiếp giáp thấp hơn có liên quan đến sự tương
Một

Các giá trị được biểu diễn dưới dạng trung bình ± SD từ ba thử nghiệm độc lập. tác mạnh hơn, chứng minh rằng vòng ba vòng được thiết kế của II-4 góp phần
liên kết với PARP-1 tốt hơn so với PARP-2.

dòng tế bào. Nó có thể là do tính thấm màng kém của hợp chất I- 1. Hợp
Tóm lại, hai loạt chất ức chế PARP-1 mới đã được thiết kế và tổng hợp.
chất I-6 thể hiện hoạt tính chống tăng sinh vừa phải chống lại cả hai dòng
Hầu hết các hợp chất đều thể hiện hoạt tính ức chế PARP-1 tuyệt vời trong
tế bào khối u với giá trị IC50 lần lượt là 0,49 và 0,61 μM, mạnh hơn hợp
ống nghiệm, thậm chí còn thể hiện ở mức độ picomole, mạnh hơn các hợp chất
chất dương tính Olaparib. Trước sự ngạc nhiên của chúng tôi, các hợp chất
Hz-120312 và Olaparib. Tất cả các hợp chất thuộc dãy II đều cho kết quả ấn
II-2 ~ II-4 thể hiện hoạt tính chống phổ biến tuyệt vời ở mức nanomol. Đặc
tượng trong xét nghiệm dòng tế bào thiếu BRCA1/2 trong ống nghiệm. Trong
biệt, hợp chất II-4 thể hiện hoạt tính đơn nano đối với HCT116, mạnh hơn
số đó, hợp chất II-4 cho thấy hoạt tính ức chế tuyệt vời đối với cả enzyme
Olaparib 885 lần. Chúng tôi suy đoán rằng sự khác biệt trong hoạt động
PARP-1 và dòng tế bào khối u, đồng thời có đặc tính trao đổi chất ổn định
chống tăng sinh tế bào của các hợp chất II-4, I-6 và Olaparib có thể là do
trong ống nghiệm. Mối quan hệ cấu trúc-hoạt động sơ bộ đã được phân tích,
các yếu tố sau. Thứ nhất, xem xét các đặc tính cấu trúc, vòng ba vòng cứng
cung cấp thêm các hướng tối ưu hóa cho các công việc sau. Để cải thiện khả
của II-4 có khả năng hòa tan trong mỡ cao hơn vòng piperazine và
năng sử dụng thuốc của các hợp chất mục tiêu, việc tối ưu hóa hơn nữa vẫn
benzimidazole của I-6, tạo điều kiện thuận lợi hơn cho sự xâm nhập màng của
đang được tiến hành trong phòng thí nghiệm của chúng tôi.
II-4. Thứ hai, các đặc tính phân tử được tính toán bởi QikProp (Bảng S1)
dự đoán rằng II-4 có giá trị PSA (100,444 Å2 ) thấp hơn Olaparib và I-6
(112,73 và 115,022 Å2
,

Hình 3. Chế độ kết nối của Olaparib (A) và II-4 (B) với PARP-1 (PDB: 5DS3). Liên kết H được hiển thị dưới dạng các đường chấm màu xanh lá cây và các gốc chính trong vị trí
hoạt động của PARP-1 được hiển thị dưới dạng màu đỏ tím. (A) Tư thế lắp ghép của Olaparib trong cấu trúc tinh thể PARP-1 và hợp chất được hiển thị có màu xanh lam. (B) Vị
trí lắp ghép của II-4 trong cấu trúc tinh thể PARP-1 và hợp chất có màu cam.

5
Machine Translated by Google

H. Shen và cộng sự.

Thư hóa học hữu cơ & dược phẩm 47 (2021) 128169

Tuyên bố về lợi ích cạnh tranh Người giới thiệu

1 Qiu W, Lam R, Voytyuk O, và cộng sự. Acta Crystallogr D Biol Crystallogr. 2014;70:
Các tác giả tuyên bố rằng họ không có lợi ích tài chính hoặc mối
2740–2753.
quan hệ cá nhân cạnh tranh nào có thể ảnh hưởng đến công việc được báo 2 Thợ sửa ống nước ER. Curr Opin Pharmacol. 2006;6(4):364–368.
cáo trong bài viết này. 3 Brown JS, O'Carrigan B, Jackson SP, Yap TA. Ung thư Discov. 2017;7(1):20–37.
4 Anwar M, Aslam HM, Anwar S. Hered. Phòng khám ung thư. Thực hành. 2015;13:4.
5 Peralta-Leal A, Rodríguez-Vargas JM, Aguilar-Quesada R, et al. Radic Biol Med miễn phí.
Sự nhìn nhận 2009;47(1):13–26.
6 Menear KA, Adcock C, Boulter R, và cộng sự. J Med Chem. 2008;51(20):6581–6591.

Chúng tôi cảm ơn Quỹ khoa học tự nhiên quốc gia Trung Quốc (số 7 Thomas HD, Calabrese CR, Batey MA, và cộng sự. Ung thư Mol ở đó. 2007;6(3):945–956.
8 Jones P, Altamura S, Boueres J, và cộng sự. J Med Chem. 2009;52(22):7170–7185.
81502928) và Dự án sáu đỉnh cao tài năng ở tỉnh Giang Tô, Trung Quốc
9 Jones P, Wilcoxen K, Rowley M, Toniatti C. J Med Chem. 2015;58(8):3302–3314.
(2017, YY-059) đã hỗ trợ. 10 Wang B, Chu D, Feng Y, Shen Y, Aoyagi-Scharber M, Post LE. J Med Chem. 2016;59
(1):335–357.
11 Wang L, Yang CY, Xie CY và cộng sự. Khoa học ung thư. 2019;110(3):1064–1075.
Phụ lục A. Dữ liệu bổ sung
12 Zhu QH, Wang XY, Chu ZX, He GW, Dong GP, Xu YG. Bioorg Med Chem Lett. 2013;23
(7):1993–1996.

Dữ liệu bổ sung cho bài viết này có thể được tìm thấy trực tuyến tại https://doi. 13 Zhu QH, Wang XY, Hu Y, He XR, Gong GQ, Xu YG. Bioorg Med Chem. 2015;23(20):
6551–6559.
org/10.1016/j.bmcl.2021.128169.
14 Li H, Hu Y, Wang XY, He GW, Xu YG, Zhu QH. Bioorg Med Chem. 2016;24(19):
4731–4740.

15 Cherkaoui, O.; Essassi, EM; Zniber, R. Bulletin de la Societe Chimique de

France.1991 (tháng 3-tháng 4), 255-259.