21.

İNSAN ÜRÜNÜ ÇEVRENİN

MİKROBİYOLOJİSİ
I • Mineral Geri Kazanımı ve Asit Maden Drenajı

21.1 Mikroorganizmalar ile Madencilik

Doğada demirin en yaygın formlarından biri genellikle maden
kömürlerinde ve metal cevherlerinde bulunan pirit (FeS2)’tir. Sülfür
(HS-) formları birçok metalle çözünmez mineralleri oluşturur ve bu
metallerin kaynağı olarak kullanılan maden cevheri sülfür
cevherleridir.
Eğer cevherdeki metal konsantrasyonu düşük olursa ilgili metal ilk
önce mikrobiyal liçing ile konsantre etmek koşuluyla minerali elde
etmek ekonomik olabilir
 Asit üretiminin oluşması ve Acidithiobacillus ferrooxidans
gibi asidofilik bakteriler tarafından FeS2’nin çözünürlüğü
büyük ölçekli madencilik işlemlerinde metal cevherleri süzmek
için kullanılmaktadır.
 Liçing özellikle bakır cevheri için kullanışlıdır. Çünkü bakır
sülfür cevherlerin oksidasyonu sırasında oluşmuş olan CuSO4
oldukça iyi bir şekilde suda çözünür. Ayrıca, dünyada bulunan
bakır madeninin yaklaşık dörtte biri mikrobiyal liçing ile elde
edilmektedir.
 Liçing Süreci

 Oksidasyona duyarlılık minerallere göre değişiklik

gösterir ve kolayca oksitlenmesi nedeniyle bu minereller,
mikrobiyal liçinge daha uyumludur. Böylece demir ve
bakır sülfür cevherleri kolayca liç edilir. Buna karşın,
kurşun ve molibden cevherlerinde bu işlem çok daha az
oranda gerçekleşir.
 Liçing Süreci

 Mikrobiyal liçing yönteminde, düşük kalitede maden

cevheri liç döküm alanı denilen büyük bir yığın halinde
dökülür ve pH 2’deki seyreltik sülfürik asit solüsyonu
yığının tepesinden aşağıya süzdürülür. Yığının
aşağısından çıkan sıvı çözünmüş metalce zengin olup bir
çöktürme tesisine nakledilir. Sıvı daha sonra yığının
tepesine geri pompalanır ve döngü devam ettirilir.
Gerekirse asidik pH’ı sürdürmek için asit eklenir.
 Liçing Süreci

 Bakırın +2 değerlikli olarak bulunan formu olan ve yaygın olarak

bulunan bakır cevheri CuS’deki bakırın mikrobiyal liçingi; A.
ferrooxidans, CuS’deki sülfürü SO4’a okside eder. Bu reaksiyon
ayrıca kendiliğinden de gerçekleşir. Ancak, Bakır liçingdeki anahtar
reaksiyon aslında CuS’deki sülfürün bakteriyal oksidasyonuna değil
onun yerine ferro demir (Fe+2)’in bakteriyal oksidasyonuyla oluşmuş
olan ferrik demir (Fe+3)’le sülfürün kendiliğinden oksidasyonudur.
 Ayrıca herhangi bir bakır cevherinde, FeS2’de bulunmakta olup onun
bakteriler tarafından oksidasyonu Fe+3 oluşumuna yol açar. CuS’in
Fe+3’le kendiliğinden reaksiyona girmesi O2’nin yokluğunda
gerçekleşir ve Cu+2 yanında Fe2+ oluşur. Bu reaksiyon koşulların
anoksik olduğu liç döküm alanının dip kısımlarında gerçekleşir.
 Metal Kazanımı

 Çökeltim tesisi, liçing solüsyonundan çözünür Cu+2’ın kazanılması

için kullanılan yerdir. Küçük hurda demir parçacıkları (Bir
elemental demir Fe0 kaynağı) süzülen sıvıdan bakırı geri
kazanmak için çöktürme havuzuna eklenir ve bunun sonucunda
Fe+2’ce zengin sıvı oluşur. Bu sıvı demir oksitleyen
kemolitotrofların Fe+2’yi Fe+3’e oksitlediği oksitlediği sığ bir
oksidasyon havuzuna pompalanır. Artık ferrik demir bakımından
zengin olan sıvı tepenin üst kısmına doğru pompalanır ve bunun
sonucunda Fe+3 daha hızlı CuS’i oksitlenmiş olur. Tüm CuS liçing
işlemi böylece demir oksitleyen bakteriler tarafından Fe+2’yi
Fe+3’e oksidasyonu ile sürdürülür.
 Metal Kazanımı

 Liç döküm alanında sıcaklık yükselmesi olur ve bu durum demir

oksitleyen mikrobiyal populasyonların değişmesine neden olur.
A. ferrooxidans mezofil bakteridir ve mikrobiyal aktiviteler
sonucunda oluşan ısı liç döküm alanının içerisinde 300C’nin bir
miktar üzeri bir sıcaklığa kadar sıcaklık yükseltildiğinde bu
bakteri, Leptospirillum ferroxidans ve Sulfabacillus gibi ılımlı
termofilik demir oksitleyen kemolitortoflar tarafından
baskılanır. Daha yüksek sıcaklıklarda ise (60-80 0C), Sulfolobus
gibi hipertermofilik Archaea liç döküm alanında baskın hale
gelir.
Diğer Mikrobiyal liçing Süreçleri: Uranyum ve Altın

 Bakteriler uranyum (U) ve altın (Au) cevherlerinin

liçinginde de kullanılırlar. A. ferrooxidans bir elektron
alıcısı olarak O2 ile U+4’ü U+6’ ya oksitleyebilirler. Ancak, U
liçingi, bakır liçinginde olduğu gibi A. ferrooxidans’ların
katkısıyla Fe+2’ün Fe+3’e tekrar oksidasyonu sonucu oluşan
Fe+3 sayesinde gerçekleşen abiyotik U+4 oksidasyonuna daha
da fazla bağlıdır. Reaksiyon şu şekildedir:
 02’den farklı olarak, oluşan uranil sülfat yüksek oranda
çözünür haldedir ve başka süreçlerle konsantre edilmektedir.
 Altın doğal olarak, doğada çoğunlukla arsenik (As) ve FeS2
içeren minerallerle ilişkili halde bulunur. A. ferrooxidans ve
onun yakın akrabaları arsenopirit minerallerinin liç edebilir ve
böylece tutunmuş altın serbest kalır.
 ASİDİK MADEN DRENAJI

 Mikrobiyal liçing madencilik işlemlerinde muazzam bir

değeri olmasına rağmen, aynı prosesin madencilik
işlemlerinin düzgün olarak yapılmadığı ya da pirit içeren
kömür ve mineral birikintilerin atıldığı yerlerde yaygın bir
çevresel yıkımada katkıda bulunmaktadır.
 Sülfür minarelerinin bakteriyal ya da kendiliğinden
oksidasyonu, yüzey madencilik işlemleri ile oluşan ve dünya
çapında bir çevresel bir problem olan asidik maden
drenajının temel sebebidir.
 ASİDİK MADEN DRENAJI

 FeS2’nin oksidasyonu kimyasal ve bakteriyal olarak katalize

edilen reaksiyonların bir kombinasyonu olup prosese 2
elektron alıcısı katılır: O2 ve Fe+3.
 FeS2 madencilik işlemleri esnasında ilk açığa çıktığında, O2
ile yavaş bir kimyasal reaksiyon gerçekleşir. Başlatıcı
reaksiyon olarak adlandırılan bu reaksiyon sonucu HS-’in
SO42-’ye oksidasyonu ve sonuçta Fe2+’nin salındığı asidik
koşulların gelişimi görülür. A. ferrooxidans ve L.
ferrooxidans daha sonra Fe+2’yi Fe+3’e okside eder.
 ASİDİK MADEN DRENAJI

 Bu asidik koşullar altında oluşan ferrik iyonlar çözünebilir

haldedir ve kendiliğinden FeS2 ile reaksiyona girebilir ve
HS-’i sülfirik aside okside eder. Bu H2SO4 de hızlı şekilde
SO4 ve H+’ya ayrışır.

 Bakteriler tekrar Fe+2’yi Fe+3’e okside ederler ve bu Fe+3

daha fazla FeS2 ile reaksiyona girer. Böylece çoğalma
döngüsü denilen döngü ile FeS2 oksidasyonunda hızlı bir
artış görülür.

 ASİDİK MADEN DRENAJI

 Doğal koşullar altında Fe+2 ‘nin bir kısmı bakteriler

tarafından liç edilerek anoksik yer altı sularıyla çevredeki
akarsulara taşınır. Bununla beraber, Fe+2 ‘nin bakteriyal ya
da kendiliğinden oksidasyonu oksijen mevcut olduğunda
gerçekleşir ve çözünmeyen Fe(OH)3 oluşur.
 FeS2’nin yıkımı sonuçta H2SO4 ve Fe+2 oluşumuna götürür ve
bu ürünlerin oluştuğu sularda, pH değerleri 1’den aşağıya
düşebilir. Nehirlere ve göllere asidik maden sularının
karışması, suyun kalitesinde ciddi bozulmaya sebep olur;
çünkü hem asit hem de çözünmüş metaller sucul
organizmalara toksiktir.
 BİYOREMEDİYASYON

 Biyoremediyasyon terimi petrolün, toksik kimyasalların

veya çevresel kirleticilerin mikrobiyal temizlenmesini
ifade etmektedir. Bu da genellikle bir şekilde yerli
mikroorganizmaların aktivitelerini teşvik ederek
gerçekleştirilir.
 Bu kirleticiler, hem petrol ürünleri gibi doğal
materyalleri hem de doğada organizmalar tarafından
üretilmemiş olan ksenobiyotik kimyasalları, sentetik
kimyasalları içermektedir
 Uranyum ile Kirlenmiş Çevrelerin Biyoremediyasyonu

Uranyumun Biyoremediyasyonu

 Birleşik Devletlerde ve başka yerlerde uranyum cevherlerinin

işlendiği ya da depolandığı bölgelerde yer altı suyunun
uranyum ile kontaminasyonu oluşmaktadır. Yer altı suları
yoluyla bölge dışına radyoaktif materyallerin hareketi
çevresel ve insan sağlığına bir tehdittir. Kontaminasyon
genelilkle yaygın ve geri dönüşümde kullanılacak olan mekanik
yöntemler çok pahalı olduğu için mikrobiyologlar U+6’yı U+4’e
indirgeyecek bazı bakterilerden yararlanmaktadırlar. U+6
formu çözünürken U+4 formundaki uranyum ise uranitit
denilen hareketsiz bir uranyum mineralidir.
Uranyumun Bakteriyal Transformasyonları

 Uranyumu immobilize etmenin başlıca stratejisi, elementi

stabilize edecek olan bir forma başlıca uranyum
kontaminantlarındaki U’un oksidasyon değerliğini
değiştirmek için bakterileri kullanmaktır.
 Bu bağlamda, metal indirgeyen Shewanella ve Geobacter
türleri ile sülfat indirgeyen Desulfovibrio türlerini
kapsayan Bacteria organik maddenin ve H2’nin
oksidasyonu U6+’nın U4+’e indirgenmesine eşleşmiştir.
 Organik Kirleticilerin Biyoremedisyonu:
Hidrokarbonlar
 İnorganik kirleticilerden farklı olarak organik kirleticiler
genellikle mikroorganizmalar tarafından özellikle CO2’ye
kadar tamamıyla parçalanabilirler. Bu durum birçok farklı
mikroorganizma tarafından saldırıya uğrayabilen petrol
döküntülerinde salınan petrolün gerçeğidir. Bu organizmalar
binlerce yıldır doğal petrol sızıntıları boyunca kompleks
hidrokarbon karışımlarına maruz kalmaktadır. Böylece
doğal olarak oluşan kirliliği parçalamak için gerekli
katabolik makineleri oluşturmuşlardır.
 Petrol ve Hidrokarbon Biyoremediyasyonu

 Petrol organik madde açısından zengin bir kaynaktır bundan

dolayıda petrol Yeryüzü’ne çıkarıldığında ve hava ile neme
maruz kaldıklarında mikroorganizmalar onun hidrokarbonlarına
kolaylıkla saldırırlar.
 Birçok bakteri, fungus ve birkaç yeşil alg petrol ürünlerini
aerobik olarak oksitleyebilmektedir. Doğal aktivitelere
ilaveten insanların yol açtığı sucul ve karasal ekosistemdeki
küçük ölçekli petrol kirliliği de yaygındır. Petrol oksitleyen
mikroorganizmalar petrol filmleri ve tabakaları üzerinde hızla
gelişirler ve uygun sıcaklığa sahipse ve inorganik nutrientler
yeterli miktarda ise hidrokarbon oksidasyonu oldukça yaygın
olmaktadır.
 Petrol ve Hidrokarbon Biyoremediyasyonu

 Petrol suda çözünmez ve daha düşük yoğunlukta olduğu için

yüzeyde kalır ve tabakalar oluşturur. Hidrokarbon
parçalayıcılar petrol damlacıklarına tutunurlar ve bu
bakteriler nihayetinde petrolü parçalarlar ve petrol
tabakasını inceltirler.
 Kesin petrol parçalayan bakteriler özelleşmiş türlerdir;
örneğin, Alcanivorax borkumensis sadece hidrokarbonlar,
yağ asitleri veya pirüvat üzerinde büyümektedir. Bu
organizma petrolü parçalamaya ve onu çözmeye yardım
eden sürfaktan kimyasallar üretir.
Depolanmış Hidrokarbonların Parçalanması

 Petrol ve suyun birleştiği ara yüzeyler ekseriya büyük

ölçekli bir alan üzerinde gerçekleşmektedir. Depolama ve
taşıma esnasında ham petrolden ayrılan suyun yanında
nemde yakıt depolama tankları içerisinde sızıntıların
olduğu yerde yoğunlaşabilmektedir. Bu su nihayetinde
petrol altında bir tabakada birikir. Bu yüzden benzin ve
ham petrol depolama tankları hidrokarbon-oksitleyen
mikroorganizmalar için potansiyel habitatdır.
Depolanmış Hidrokarbonların Parçalanması

 Ham petrolde olduğu gibi petrolde de yeterli miktarda

sülfat bulunursa, sülfat indirgeyen bakteriler anoksik
koşullar altında tanklarda hidrokarbonu tüketerek
büyüyebilir.
 Üretilen sülfür yüksek oranda koroziftir ve aşınmaya
sebep olur ve ardından yakıtın asitleşmesi ile birlikte
tanklarda sızıntılara sebep olmaktadır.
Organik Kirleticilerin Biyoremediyasyonu:
Pestisitler ve Plastikler
Pestisit Katabolizması
 Ksenobiyotikler pestisitleri, poliklorlanmış bifenilleri
(PCBs), cephaneleri, boyaları ve klorlu çözücüler gibi
birçok bileşikleri içerirler. Bazı ksenobiyotikler
kimyasal olarak herhangi bir organizmanın daha önce
doğada oldukça yavaş parçaladığı bileşiklerden
farklıdırlar.
 Pestisitler, herbisitleri, insektisitleri ve fungisitleri
kapsarlar. Pestisitlerin çok geniş çeşitlilikde kimyasal
tipleri vardır.
Pestisit Katabolizması

 Bunlar klorlanmış bileşikleri, aromatik halkalıları, azot- ve

fosfor içeren bileşikleri içermektedir. Bunlardan bazıları
mikroorganizmalar tarafından karbon kaynağı ve enerji
kaynağı olarak kullanılabilmelerine rağmen diğerleri az veya
hiç kullanılmamaktadır.
 Sıcaklık, pH, havalandırma ve toprağın organik madde içeriği
gibi çevresel faktörler pestisit parçalama oranını
etkilemektedir. Bazı pestisitler buharlaşma, liçing veya
kendiliğinden kimyasal yıkımla gelişen biyolojik olmayan
süreçle topraklardan kaybolabilirler.
Pestisit Katabolizması

 Ayrıca bazı pestisitler kometabolizma denilen bir

fenomenle primer enerji kaynağı olarak
kullanılabilen farklı organik materyal bulunduğunda
parçalanabilir. Birçok durumda, kometabolize
edilen pestisitler sadece kısmen parçalanırlar ve
orijinal bileşikten daha toksik parçalanması daha
zor olabilen yeni ksenobiyotik bileşikler
oluşmaktadır. Bir pestisitin kometabolizması daima
iyi olmamaktadır.
Deklorinasyon

 Birçok ksenobiyotik klorlu bileşikler olup onların

parçalanması deklorinasyon ile ilerlemektedir. Örneğin,
pestisit 2,4,5-T aerobik olarak deklorinasyona uğrar ve
süreçte klorür iyonu (Cl-) salınır. Bu reaksiyon oksijenaz
enzimleri ile katalize edilir.
 Klorlu ksenobiyotiklerin aerobik yıkımları ekolojik olarak
önemli olmasına rağmen, redüktif deklorinasyonun
çevresel önemi daha fazladır.Çünkü klorlu bileşiklerle
kirlenmiş mikrobiyal habitatlarda anoksik koşullar
hızlıca gerçekleşmektedir.
 Plastikler
 Plastikler ksenobiyotiklerin klasik örnekleri olup plastik
endüstrisi dünya çapında her yıl 40 milyon tonun üzerinde
plastik üretmektedir ve bunun yaklaşık yarısı geri
dönüşümden ziyade çevreye atılır. Plastikler kimyasal
çeşitlikleri olan polimerlerdir.
 Birçok plastik aslında çöp atık alanlarında, atık
yığınlarında ve çevredeki döküntülerde uzun zaman
dilimleri boyunca değişmeden kalırlar. Bu problem bazı
sentetik plastiklerin yerine geçen mikrobiyal plastikler
denilen biyoparçalanabilir alternatifler için araştırmayı
kamçılamaktadır.
 Plastikler
 Polihidroksialkanoatlar (PHA’lar) yaygın bir bakteriyal depo
polimeridir ve kolay şekilde biyoparçalanır polimerler
ksenobiyotik plastiklerin birçok istenen özelliklerine sahiptirler.
PHA’lar her biri eşsiz fiziksel özellikleri (gerginlik, kopma ve
darbe dayanıklığı) ile çeşitli kimyasal formlarda biyosentezi
yapılabilmektedir.
 PHB (poli–β–hidroksibutirat) ve PHV (poli–β- hidroksivalerat)’ın
yaklaşık eşit miktarlarını içeren bir kopolimer şimdiye kadar en
yüksek satış başarısı olan bileşiktir. Ancak, daha az fiyatları
olduğu için petrol–tabanlı plastikler bugün hemen hemen
tamamiyle tüm plastik pazarını oluşturmaktadır.
 Plastikler
 Ralstonia eutropha bakterisi PHA’ların ticari üretimi
amacıyla model organizma olarak kullanılmaktadır. Genetik
olarak modifiye edilebilir ve metabolik olarak çeşitliliği
olan bu bakteri yüksek verimde PHAları üretir.