ESTRUCTURA, FUNCIÓN Y MECANISMO

DE UTILIZACIÓN DE PROLINA A (Put A)

La prolina es un aminoácido que desempeña un papel esencial en varios procesos
biológicos, incluyendo la bioenergética celular, el crecimiento, la respuesta al estrés
oxidativo y osmótico, la estabilidad de las proteínas y la señalización redox. Su
descomposición en glutamato es importante para obtener carbono, nitrógeno y
energía.
En humanos, problemas con las enzimas PRODH y GSALDH pueden llevar a
trastornos mentales como la esquizofrenia. Algunos patógenos también utilizan la
prolina para su virulencia. Una enzima llamada PutA en bacterias gramnegativas
combina las actividades PRODH y GSALDH y puede funcionar como un represor
de genes de utilización de prolina.

INTRODUCCIÓN
La prolina se descompone en glutamato en dos pasos enzimáticos, donde la PRODH
cataliza la oxidación de la prolina y su producto P5C se convierte en glutamato a
través de GSALDH. Las deficiencias genéticas de PRODH y GSALDH en humanos
causan hiperprolinemia y están relacionadas con trastornos neurológicos y
esquizofrenia.
PRODH también está implicada en cambios metabólicos en el cáncer y la inhibición
de PRODH puede reducir el crecimiento tumoral y la metástasis. El catabolismo de la
prolina genera especies reactivas de oxígeno que inducen la apoptosis en células.
En ciertas bacterias Gram-negativas, PRODH y GSALDH se combinan en un solo
polipéptido llamado PutA, que les permite utilizar la prolina como fuente de carbono y
nitrógeno en condiciones de escasez de nutrientes.
Los PutA son relevantes en patógenos como Helicobacter pylori y Ehrlichia
chaffeensis, que invaden ambientes ricos en prolina en el huésped.Los PutA son
sistemas útiles para estudios de canalización de sustratos y activación alostérica
ligada a redox en proteínas.

Clasificación de PutAs
Los PutA se clasifican en tres arquitecturas de dominio (A, B y C) basadas en su
longitud y composición de dominios. Los PutA de tipo A tienen módulos PRODH y
GSALDH. Los de tipo B tienen un dominio adicional de aldehído deshidrogenasa
(ALDHSF). Los de tipo C contienen el dominio ALDHSF y un dominio de unión a ADN
(RHH), lo que les da funcionalidad represora.
Las secuencias de proteínas PutA se agrupan en tres ramas principales (1, 2 y 3) en
un árbol filogenético. La combinación de arquitectura de dominio y similitud de
secuencia da lugar a una clasificación unificada de cinco clases PutA: 1A, 1B, 1C, 2A
y 3B.

Estructura tridimensional de Put A.

Los estados plegados y oligoméricos del tipo A Put A.
Los PutA tipo A fueron los primeros en caracterizarse mediante cristalografía de alta
resolución. Se menciona la estructura de BjPutA de Bradyrhizobium japonicum y
GsPutA de Geobacter sulfurreducens.
Las enzimas tipo A tienen siete dominios en su estructura, incluyendo un dominio
PRODH catalítico, un dominio GSALDH catalítico, un dominio de oligomerización y
otros. A pesar de las diferencias en la secuencia, BjPutA y GsPutA tienen una alta
similitud estructural.
El sitio activo de PRODH se une a FAD, mientras que el módulo GSALDH tiene un
dominio de unión a dinucleótidos de Rossmann y una cisteína nucleofílica
conservada. El dominio de oligomerización permite la formación de dímeros en PutA
tipo A.

Estructuras de tipo B Put A

El tipo B de PutA posee un dominio adicional en su parte C-terminal que no está
presente en el tipo A de PutA. Este dominio C-terminal tiene una extensión de
aproximadamente 200 residuos y está compuesto por una fusión de un subdominio
α/β y un β-flap.
Lo interesante es que el subdominio α/β guarda similitud con el pliegue de Rossmann
que se encuentra en todas las enzimas de la familia ALDH, incluyendo el módulo
GSALDH de PutA. Además, el β-flap del dominio C-terminal muestra semejanza con
el flap de oligomerización presente en otras ALDH, como en el caso del tipo A de
PutA.
Debido a estas analogías estructurales, se denomina a este dominio C-terminal como
"dominio ALDHSF C-terminal"

Estructuras de tipo C Put A

Los PutA de tipo C exhiben una estructura cuaternaria única que no se encuentra en
otros tipos de PutA, lo que está relacionado con su función represora de la
transcripción. Utilizando técnicas de SAXS, se ha demostrado que EcPutA forma un
dímero alargado en forma de "V" con dimensiones de 205 × 85 × 55 Å y un radio de
giro (Rg) de 63 Å.
El análisis de eliminación de dominios y el modelado de cuerpo rígido SAXS revelan
que el dominio RHH facilita la dimerización en el centro de la partícula, mientras que
los módulos catalíticos se encuentran en los lóbulos externos grandes.
Este modo de dimerización no se presenta en los PutA de tipos A y B debido a la
ausencia del dominio RHH en estos últimos.

PutA como interruptora de flavina

Regulan procesos biológicos a través del estado redox de la flavina. Estas proteínas
responden a cambios redox mediante interacciones electrostáticas y de unión de
hidrógeno en el sitio activo de la flavina.
Las PutA tipo C, como EcPutA, regulan funciones enzimáticas y transcripcionales
según el estado redox de la flavina y su ubicación celular. Cuando la flavina se oxida,
EcPutA funciona como un represor transcripcional en el citoplasma, mientras que la
reducción de la flavina por la prolina permite que EcPutA se asocie con la membrana
citoplasmática para llevar a cabo reacciones enzimáticas.
Este cambio funcional depende de los niveles de prolina intracelular, el estado redox
de la flavina y los cambios en la estructura de la proteína asociados con la reducción
de la flavina.

Bibliografia:
Biofísica de Arch Biochem. Manuscrito del autor; disponible en PMC 2018 el 15 de
octubre.
PMCID: PMC5650515
Publicado en línea el 14 de julio de 2017. doi: 10.1016/j.abb.2017.07.005
Liu LK, Becker DF, Tanner JJ. Structure, function, and mechanism of proline
utilization A (PutA). Arch Biochem Biophys. 2017 Oct 15;632:142-157. doi:
10.1016/j.abb.2017.07.005. Epub 2017 Jul 14. PMID: 28712849; PMCID:
PMC5650515.