Quantum

 Numbers/Electron  Configurations  
The  Schrodinger  equation,  which  was  shown  in  class,  is  a  wave  function  and  the  solutions  to  
this  function  provide  information  about  the  probability  of  finding  electrons  in  a  particular  
space.    Each  electron  in  an  atom  can  be  uniquely  described  using  four  quantum  numbers:    
Principle  quantum  number  (n):  This  number  describes  the  most  probable  distance  
from  the  nucleus  and  thus  the  size  of  the  orbital.  Because  electrons  farther  from  the  
nucleus  also  have  higher  energy,  this  number  describes  the  overall  energy  of  an  
electron.    Each  value  of  n  (integers  1,2,…)  refers  to  a  shell  of  electrons.      
Angular  momentum  quantum  number  (l):  This  number  describes  the  shape  of  an  
orbital  and  the  value  ranges  from  0,1,…(n-­‐1).    These  are  referred  to  as  subshells.      
 
   
l  value   Subshell   Number  of  
   
Orbitals  
 
  0   s   1  
  1   p   3  
  2   d     5  
  3   f     7  
 
Magnetic  quantum  number  (ml):  This  number  describes  the  orientation  of  an  orbital  
in  space.    It  ranges  from  –l  to  l.    For  s  orbitals,  a  sphere  only  has  one  orientation,  but  
for  p  orbitals,  there  are  three  orbitals  and  they  have  three  orientations  px,  py,  pz    
which  are  oriented  along  the  3  perpendicular  axes.      
Spin  quantum  number  (ms):  It  represents  the  spin  of  an  electron  and  can  only  take  
one  of  two  values:  up  or  down.      
Valence  Electrons/Octets/Bonding  
You’ve  learned  how  to  assign  electrons  to  the  different  subshells  to  obtain  the  atomic  
configuration  for  a  particular  atom.    We  are  particularly  interested  in  the  electrons  
contained  in  the  outermost  shell.    These  outermost  electrons  are  called  valence  electrons  
and  they  are  the  only  electrons  that  participate  in  bonding.      
 
Examples:        
 
 
Element   Configuration   Valence  Electrons  
Lithium   1s22s1       1  
Magnesium   1s 2s 2p 3s
2 2 6 2   2  
Carbon   1s22s22p2   4  
Silicon   1s22s22p63s23p2   4  
Nitrogen   1s22s22p3   5  
Oxygen   1s 2s 2p  
2 2 4 6  
Sulfur   1s22s22p63s23p4   6  
Fluorine   1s22s22p5   7  
 
You  can  notice  from  the  table  below  that  for  main  group  elements  (groups  1,2,  13-­‐18)  the  
number  of  valence  electrons  corresponds  to  the  group  (column  number  or  (column  number  
–  10)  for  columns  13-­‐18)  on  the  periodic  table.    Transition  metals  are  harder  to  predict  so  
often  you  must  actually  write  out  the  electron  configuration.    Since  valence  electrons  are  the  
only  electrons  involved  in  bonding,  they  are  largely  responsible  for  the  different  properties  
of  atoms  and  thus  you  can  use  the  columns  of  the  periodic  table  to  predict  properties.      
  

 
 
 
Elements  tend  to  form  bonds  in  order  to  form  a  closed  shell,  meaning  all  orbitals  in  that  
particular  shell  have  the  maximum  two  electrons.    So  for  main  group  elements,  this  
corresponds  to  achieving  s2p6  in  the  outermost  shell.    This  is  often  called  the  octet  rule  
because  the  bonded  atoms  prefer  to  have  eight  valence  electrons  either  through  sharing  or  
giving/taking.      
 
Group  1  and  Group  2  metals  have  only  one  or  two  valence  electrons  respectively,  thus  they  
are  most  likely  to  lose  electrons  and  form  cations.    
 
  Na Na+ e-
 
  Mg Mg2+ 2e-
 
Group  7  elements  have  seven  valence  electrons  and  thus  only  need  one  to  fill  their  octet.    
They  can  gain  this  electron  either  through  removing  it  from  another  atom  to  form  an  ionic  
bond  or  through  sharing  with  another  atom  to  form  covalent  bonds.      
 
 
  F e- F-
 
 
  F H H F
 
 
 
 
 
Lewis  Structures/Formal  Charge  
The  number  of  valence  electrons  tells  you  the  number  of  bonds  an  atom  prefers  to  form.    
For  example,  carbon  has  4  valence  electrons  and  will  form  4  bonds  while  nitrogen  has  5  
valence  electrons  and  prefers  to  form  3  bonds.    This  does  not  mean  that  nitrogen  cannot  
form  more  than  three  bonds,  but  if  it  does,  it  will  be  charged.    When  nitrogen  has  four  
bonds,  it  has  8  valence  electrons  which  is  good,  but  it  is  sharing  all  eight  in  bonds,  so  it  
really  only  has  four  to  itself.    Since  it  normally  has  5,  it  is  one  electron  short  and  thus  has  a  
positive  charge.    This  can  be  calculated  through  finding  the  formal  charge  which  is  basically  
finding  the  difference  between  the  expected  number  of  valence  electrons  in  an  isolated  
atom  and  the  number  of  electrons  it  actually  has  when  it  is  within  a  compound  either  
through  lone  pairs  or  covalent  bonds.    Each  covalent  bond  contains  two  shared  electrons,  
but  for  formal  charge  calculations,  an  atom  is  considered  to  have  “possession”  of  one  per  
bond.      
 
Examples    
 
  H2O H3O+ HO-
 
 
H o H H o H H o
 
H
 
 
  NH3 NH4+ NH2-
 
  H
 
H N H H N H H N H
 
H H
 
 
Formal  charge  =  #valence  electrons  –  (number  of  lone  pair  electrons  +  #bonds  
 
Electronegativity  
 
Above,  we  have  been  considering  bonding  as  either  purely  ionic  (electrons  lost  or  gained)  
or  purely  covalent  (electrons  shared),  but  in  reality  bonding  falls  on  a  spectrum  with  many  
bonds  having  unequal  sharing  of  electrons.    This  is  due  to  differences  in  electronegativity  
which  can  be  thought  of  as  a  measure  of  the  atom’s  ability  to  pull  electrons  towards  it.      
When  one  atom  in  a  bond  is  much  more  electronegative  than  the  other,  it  can  pull  the  
electrons  closer  to  its  nucleus,  thus  concentrating  a  bit  more  of  the  negative  charge  on  itself.    
These  bonds  are  considered  polar  and  they  result  in  one  atom  having  a  partial  negative  
charge  and  the  other  (the  less  electronegative)  having  a  partial  positive  charge  (indicated  
by  a  δ-­‐  or  δ+.      
Bonding Spectrum

Ionic Polar Covalent Nonpolar Covalent

Na+ F- δ+ δ-
H F F F
Electronegativity 0.9 4.0 2.1 4.0 4.0 4.0
Values  
 
Molecular  Orbital  Theory    
 
When  two  atoms  come  together  to  form  a  bond,  the  orbitals  containing  the  electrons  
involved  in  bonding  must  begin  to  overlap  to  form  an  orbital  that  is  shared  by  both  atoms.    
This  combined  orbital  is  called  a  molecular  orbital  because  it  belongs  to  the  entire  molecule  
rather  than  a  specific  atom  and  just  like  an  atomic  orbital,  it  describes  the  volume  of  space  
where  an  electron  is  likely  to  be  found.    Bonding  must  be  energetically  favorable,  otherwise  
it  would  not  occur.    Thus  bonding  molecular  orbitals  are  lower  in  energy  than  the  individual  
atomic  orbitals  that  form  them.    Intuitively  this  makes  sense  as  when  two  atoms  are  far  
apart  there  is  no  interaction  between  their  nuclei,  but  as  they  approach,  the  positively  
charged  nuclei  attract  the  negatively  charged  electrons  of  the  other  atom.    At  some  distance  
though,  the  repulsion  of  the  nuclei  of  the  two  atoms  will  begin  to  outweigh  the  attraction  to  
the  electrons  and  moving  the  nuclei  any  closer  together  is  energetically  unfavorable.    This  is  
what  determines  the  atomic  distances  in  bond  length.    The  diagram  below  shows  this  effect.      
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Remember  that  electrons  behave  like  a  standing  wave  (see  image  of  sinusoidal  wave),  so  
atomic  orbitals  have  phases  and  nodes.    For  
each  shell,  there  is  a  single  s  orbital  which  is  
spherical  in  shape.  Shells  with  number  two  
and  above  have  three  identical  p  orbitals  
oriented  at  90  angles  to  each  other.  With  a  
standing  wave,  you  have  both  upward  and  
downward  displacement  which  are  the  two  
phases.    The  the  region  with  no  displacement  
is  called  the  node.    Atomic  orbitals  also  have  
phases  and  nodes  and  it  is  easiest  to  visualize  
this  with  p  orbitals.        
 
 
 
 
 
 
 
  
 
 
In  the  image  above,  the  colors  represent  the  two  phases  and  there  is  a  nodal  plane  between  
the  two  lobes  where  there  is  zero  probability  of  finding  an  electron.      
 
When  two  waves  combine,  they  can  combine  in  a  constructive,  additive  manner  or  a  
destructive  manner  and  atomic  orbitals  are  the  same  way.    When  two  atomic  orbitals  
overlap  to  form  a  bond,  you  get  two  separate  molecular  orbitals  because  the  atomic  orbitals  
combine  either  in  an  additive  or  destructive  manner.    If  they  combine  such  that  the  in-­‐phase  
ends  overlap  (additive),  this  generates  a  bonding  molecular  orbital.    If  they  combine  in  the  
opposite  way  (destructive),  you  get  an  antibonding  molecular  orbital.    The  following  
diagram  demonstrates  this  with  two  p  orbitals.      
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Orbitals  can  overlap  to  form  two  different  types  of  bonds:  sigma  and  pi    
 
Sigma  Bonds  
 
Sigma  bonds  are  cylindrically  symmetrical  which  just  means  that  electrons  are  
symmetrically  distributed  around  the  bond,  or  around  an  imaginary  line  connecting  the  
centers  of  the  two  atoms.    The  overlap  of  two  s  orbitals  always  results  in  a  sigma  bond  while  
two  p  orbitals  can  give  sigma  bonds  when  they  overlap  end-­‐to-­‐end  (as  shown  in  the  figure  
above).    As  was  mentioned  above,  you  always  generate  two  molecular  orbitals  when  you  
combine  two  atomic  orbitals  which  in  this  case  are  denoted  as  σ  and  σ*.      
• The  σ  orbital  is  the  bonding  molecular  orbital  and  is  lower  in  energy  than  either  of  
the  p  or  s  orbitals  that  combined  to  form  it.      
• The  σ*  is  the  antibonding  orbital  and  it  is  higher  in  energy  than  either  of  the  atomic  
orbitals.    The  σ*  orbital  has  a  node  between  the  two  nuclei  meaning  the  electrons  
are  more  likely  to  be  found  somewhere  other  than  between  the  two  nuclei.    This  
means  that  the  two  nuclei  can  repel  each  other  because  the  positive  nuclear  charge  
isn’t  mediated  by  the  negative  charge  of  the  electrons.    This  repulsion  explains  why  
this  is  a  higher  energy  orbital.      
Much  like  with  atomic  orbitals,  you  always  fill  the  lowest  energy  molecular  orbital  first  
which  in  this  case  is  always  σ.    Any  electrons  in  the  σ*  orbital  actually  detract  from  bonding  
because  they  are  in  a  higher  energy  state  than  they  would  be  if  they  were  in  the  original  s  or  
p  atomic  orbital.          
The  diagram  below  just  shows  the  molecular  orbital  diagram  for  bonding  two  H  atoms.    The  
two  s  orbitals  from  H  overlap  to  give  a  σ  and  σ*  where  the  σ  is  lower  in  energy  and  σ*  is  
higher.    The  two  electrons  from  the  two  H  atoms  each  fill  the  σ  orbital  leaving  the  σ*  empty.  
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Pi  Bonds    
For  p  orbitals  forming  σ  bonds,  they  overlap  end-­‐to-­‐end,  but  the  two  orbitals  can  also  
overlap  side-­‐to-­‐side  forming  what  is  known  as  a  π  bond.    This  type  of  overlap  results  in  
electron  density  above  and  below  the  axis  of  the  bond  (shown  below).    Just  like  with  σ  
bonds,  you  form  two  molecular  orbitals  when  making  a  π  bond,  π  and  π*.    The  amount  of  
orbital  overlap  in  π  bonds  is  less  than  that  with  σ  bonds,  thus  π  bonds  are  weaker.    This  
image  is  representing  the  different  phases  with  +/-­‐  signs  instead  of  the  colors  that  had  been  
used  in  previous  diagrams.      
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 The  image  below  shows  the  relative  energies  of  the  different  σ  and  π  bonds  from  the  2  shell.    
Since  the  π  bonds  are  weaker  than  σ,  they  are  slightly  higher  in  energy.    Also,  σ  bonds  
resulting  from  s  orbitals  are  lower  in  energy  than  σ  from  p  orbitals  because  the  s  orbitals  
were  lower  in  energy  to  begin  with.      Antibonding  orbitals  can  contain  electrons  as  long  as  
the  overall  energy  of  the  filled  molecular  orbitals  is  less  than  that  of  the  atomic  orbitals.    If  
you  have  so  many  electrons  to  put  into  the  molecular  orbitals  that  this  is  not  the  case,  then  
the  compound  you  are  considering  is  unlikely  to  form.      
 
 Hybridization  
The  idea  of  hybridized  orbitals  helps  to  explain  known  properties  of  molecules.    For  
example,  methane  (CH4)  has  four  hydrogen  atoms  bonded  to  a  central  carbon  atom  and  all  
of  the  bonds  angles  are  the  same  (109.5°).    When  you  think  about  carbon,  it  only  has  two  
unpaired  electrons  in  its  outer  shell  (both  in  p  orbitals),  so  you  might  think  that  it  would  
only  form  two  bonds.    To  explain  why  carbon  can  form  four  bonds,  you  could  promote  one  
of  the  electrons  from  the  s  orbital  to  the  empty  p  orbital  which  results  in  four  unpaired  
electrons.    This  would  allow  for  four  covalent  bonds  to  form,  but  there  is  still  one  problem.    
p  orbitals  are  higher  in  energy  than  s  orbitals  so  the  four  bonds  formed  would  not  be  
identical,  but  we  know  that  that  they  are  in  fact  identical  in  methane.    Orbital  hybridization  
helps  to  address  this  inconsistency.    If  you  combine  the  single  s  orbital  with  the  three  p  
orbitals,  you  can  create  four  degenerate  (equal  energy)  orbitals.    These  are   H
known  as  sp3  hybridized  orbitals.    These  four  orbitals  adopt  a  spatial  
arrangement  that  minimizes  repulsion,  thus  keeping  the  four  orbitals  as  far   H H
H
apart  as  possible.    This  explains  the  tetrahedral  geometry  of  methane  and  the  
109.5°  bond  angles.      
 

p p p p p p
sp3 sp3 sp3 sp3
s s
     
In  methane,  the  sp3  orbitals  of  carbon  are  overlapping  with  the  s  orbitals  of  H  to  form  a  σ  
bond.      
 
In  ethylene  (C2H4),  each  carbon  molecule  is  forming  four  bonds,  but  only  to  three  different  
atoms.    In  this  case  you  want  three  identical  hybrid  orbitals  to  form  three  sigma  bonds  (C-­‐C  
and  two  C-­‐H)  which  occurs  through  the  hybridization  of  the  s  orbital  and  two  
H H
of  the  three  p  orbitals.    This  results  in  3  degenerate  sp2  orbitals  and  one  p  
C C
orbital.    The  C-­‐C  bond  is  a  result  of  sp2-­‐sp2  orbital  overlap  while  the  C-­‐H  bonds  
H H
are  from  sp2-­‐s  orbital  overlap  since  the  H  only  has  an  s  orbital.    The  remaining  
p  orbital  can  form  a  π  bond  which  gives  the  second  bond  between  the  two  carbon  atoms.    
The  geometry  of  ethene  can  also  be  inferred  from  the  orbitals.    In  this  case  the  3  sp2  orbitals  
want  to  be  as  far  apart  as  possible  which  results  in  trigonal  planar  geometry  with  bond  
angles  of  120°.    Also,  the  π  bond  cannot  rotate  because  of  the  electron  density  above  and  
below  the  C-­‐C  bond  thus  that  bond  is  rigid.      
 
 
 
 
  p p p p
sp2 sp2 sp2
s
  
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Molecules  with  triple  bonds  are  much  the  same  except  that  you  form  2  sp  orbitals  which  
leaves  2  p  orbitals  free  to  form  two  separate  π  bonds.      
 
Resonance    
Sometimes  molecules  have  several  structures  that  contribute  equally  to  the  overall  
structure  of  the  molecule.  Resonance  structures  provide  a  way  of  representing  delocalized  
electrons,  meaning  the  electrons  are  spread  across  more  than  one  bond.    It  is  important  to  
realize  that  the  individual  resonance  structures  themselves  do  not  exist  in  equilibrium.    
There  is  actually  just  one  structure  that  is  a  hybrid  of  all  of  the  individual  resonance  
structures.      
 
O
  O O
  C O O
O O O O
 
 
 
  S C N S C N
 
 
 
 
 
 
 
Isomers  
The  term  isomer  refers  to  compounds  that  have  the  same  molecular  formula  (meaning  the  
same  atoms)  but  they  do  not  have  identical  structures.  There  are  two  types  of  isomers:  
constitutional  isomers  and  stereoisomers    
Constitutional  Isomers:  differ  in  the  way  their  atoms  are  connected    
 
OH
  OH
O
  C3H8O  
  propan-2-ol propan-1-ol methoxyethane
  isopropanol propanol
Stereoisomers:  atoms  are  connected  the  same  way  but  they  differ  in  their  arrangement  in  
space.    This  is  a  result  of  the  chirality  of  the  molecule.    A  chiral  object  is  one  that  has  a  
nonsuperimposable  mirror  image.    Chiral  molecules  have  an  asymmetric  center  which  
simply  means  there  is  a  tetrahedral  atom  bonded  to  four  different  groups.    Since  a  
tetrahedral  atom  is  usually  carbon,  one  can  identify  chiral  centers  by  finding  carbon  atoms  
bonded  to  four  different  groups.    We  call  the  two  mirror  image  molecules  enantiomers.      
 
*Remember  that  the  solid  wedge  represents  a  bond  that  is  coming  out  of  the  plane  of  the  
paper  and  the  hashed  wedge  represents  a  bond  that  is  going  into  the  paper.    Normal  lines  
indicate  bonds  in  the  plane  of  the  paper.      
  Br
Br
   
C H C
  HO HO H
 
 
Fisher  Projections:  Sometimes  Fisher  projections  are  used  to  show  the  3D  
arrangement  of  molecules  in  2D  space.    The  asymmetric  center  is  located  at  
the  intersection  of  two  perpendicular  lines.    The  horizontal  line  represents  
bonds  that  project  out  of  the  plane  of  the  paper  towards  you  and  vertical  line  
represents  bonds  extending  back  behind  the  plane  of  the  paper.      You  can  
start  by  putting  the  four  groups  wherever  you  want  and  then  to  draw  the  
enantiomer,  you  exchange  two  of  the  groups.    While  it  doesn’t  matter  which  
two  you  interchange,  typically  it  is  the  two  on  the  horizontal  line.      
 
  CH3 CH3
 
H OH HO H
 
  Br Br
Enantiomers  share  all  of  their  physical  properties  such  as  density,  melting  point,  etc.    The  
one  property  that  they  do  not  share  is  the  way  they  interact  with  polarized  light.    Polarized  
light  has  light  waves  oscillating  only  in  a  single  plane.    If  you  pass  polarized  light  through  a  
solution  of  achiral  molecules,  the  light  that  emerges  with  the  same  plane  of  polarization.    
Chiral  compounds  however  rotate  the  polarized  light  in  either  a  clockwise  or  
counterclockwise  direction  and  this  rotation  can  be  measured.    If  one  enantiomer  rotates  
light  in  the  clockwise  direction,  the  other  enantiomer  will  rotate  it  in  the  counterclockwise  
direction  to  the  same  degree.    A  compound  that  rotates  light  clockwise  is  dextrorotatory  (+)  
and  one  that  rotates  counterclockwise  is  levorotatory  (-­‐).    The  image  below  shows  a  
diagram  of  how  a  chiral  compound  rotates  light.      
 
 
 
 
One  result  of  this  is  that  a  mixture  of  a  chiral  compound  that  is  50%  one  enantiomer  and  
50%  of  the  other  enantiomer  will  not  rotate  the  light.    This  type  of  mixture  is  called  racemic.      
 
Since  chiral  compounds  have  almost  identical  physical  properties,  the  enantiomers  cannot  
be  distinguished  by  an  achiral  compound.    Many  of  the  fundamental  biological  molecules  
such  as  amino  acids  and  sugars  are  chiral  and  many  enzymes  are  chiral  and  thus  can  tell  the  
difference  between  two  enantiomers.      
 
Multiple  Asymmetric  Centers    
If  you  have  more  than  one  asymmetric  center  in  a  molecule,  there  are  going  to  be  2n  
stereoisomers  of  that  molecule  (where  n  is  the  number  of  asymmetric  centers).    If  the  
molecules  have  opposite  configurations  at  each  of  the  stereocenters,  then  they  will  be  
mirror  images  and  thus  enantiomers.    But  what  if  the  two  molecules  have  the  same  
configuration  at  one  center  and  opposite  configuration  at  the  other?    They  will  no  longer  be  
mirror  images.    They  are  called  diastereomers.  These  relationships  are  easiest  to  see  with  
Fisher  projections  as  shown  below.      
 
 
 
CH3 CH3 CH3 CH3
  Cl
  H OH HO H H OH HO H
  H Cl Cl H Cl H H Cl
  OH CH3 CH3 CH3 CH3
 
1 2 3 4
 
 
 
On  the  left  is  the  compound  with  two  asymmetric  carbons  and  on  the  right  are  the  Fisher  
projections.    The  pairs  of  compounds  1&2  and  then  3&4  are  enantiomers  of  each  other  
because  at  each  of  the  horizontal  lines,  they  are  completely  opposite  of  each  other.    1&3  and  
1&4  are  diastereomers  of  each  other  because  they  are  the  same  at  one  stereocenter  and  
opposite  at  the  other.    There  are  several  other  pairs  of  diastereomers.      
 
Unlike  enantiomers,  diastereomers  do  not  have  the  same  physical  and  chemical  properties  
and  thus  can  react  differently.    This  can  be  explained  by  the  fact  that  the  OH  and  Cl  groups  
are  closer  together  in  space  in  1&2  and  farther  apart  in  3&4.    This  spatial  difference  can  
affect  the  types  of  interactions  the  molecules  can  have  and  thus  their  physical  properties.        
 
Intermolecular  Forces  
These  are  forces  (attraction/repulsion)  that  act  between  molecules.    They  are  much  weaker  
than  intramolecular  forces  (bonds).    There  are  several  classes  of  intermolecular  forces  that  
vary  in  strength.      
 
Ionic  Forces:  This  is  just  the  interaction  between  two  ions  –  it  results  in  an  ionic  
bond.      
 
                                                           Na+              Cl-­‐  
 
 Dipole-­‐Dipole:  Bonds  have  polarity  and  often  these  polar  bonds  result  in  a  molecule  
that  has  an  overall  dipole.    The  partial  positive  charge  of  one  molecule  can  be  
attracted  the  partial  negative  charge  of  another  molecule.      
  δ-
  O
 
δ+ δ-
  O δ+ δ- δ+ δ-
  H Cl H Cl
  δ+
 
Hydrogen  Bond:  A  hydrogen  bond  is  a  specific  example  of  a  dipole-­‐dipole  
interaction.    It  involves  a  hydrogen  bonded  to  a  strongly  electronegative  atom  (F,  N,  
O).    This  hydrogen  has  a  significant  partial  positive  charge  because  of  the  large  
electronegativity  difference  and  is  the  donor.    A  different  electronegative  atom  (F,  N,  
O)  will  be  attracted  to  the  H,  creating  an  intermolecular  force.    This  atom  is  the  
hydrogen  bond  acceptor.    Hydrogen  bonds  are  extremely  relevant  in  biological  
systems  because  water,  which  can  be  both  an  acceptor  and  a  donor,  is  ubiquitous.    
They  also  play  a  major  role  in  protein  structure.    
 
donor
 
O
  H H
  O H
  H
acceptor
 
 
Induced  Dipole  (van  der  waals):  Since  electrons  are  constantly  moving,  even  
nonpolar  bonds  can  have  instantaneous  polarity  where  there  is  a  slight  unbalance  of  
the  electron  distribution  towards  one  atom.    This  induced  dipole  can  then  trigger  an  
instantaneous  partial  charge  in  a  neighboring  atom  creating  an  attraction.      
 
You  can  have  any  combination  of  the  above  as  well.    For  example  a  molecule  with  a  
permanent  dipole  such  as  HCl  could  induce  a  dipole  in  a  nonpolar  molecule  such  as  CCl4.    In  
terms  of  relative  strengths  
 
  Ionic  >  Ion-­‐Dipole  >  Dipole-­‐Dipole  >  Dipole-­‐Induced  Dipole  >  Induced-­‐Induced  
 
Intermolecular  forces  also  have  a  significant  impact  on  physical  properties  such  as  boiling  
points.    The  stronger  the  intermolecular  interaction,  the  more  energy  you  must  put  into  the  
system  to  break  the  interaction.      
 
Carbohydrates  
Referred  to  based  on  the  number  of  carbon  atoms  –  triose,  pentose,  etc.    They  are  visualized  
in  a  variety  of  ways  including  Fisher  projections  which  are  helpful  since  monosaccharides  
have  multiple  sterocenters.    Sugars  can  exist  in  either  the  linear  form  that  is  shown  by  the  
Fisher  projection  or  a  cyclic  form  which  is  shown  by  the  Haworth  projection  as  seen  below.    
You  don’t  need  to  know  the  details  of  the  reaction,  but  the  alcohol  (OH)  on  the  C5  attacks  
the  aldehyde  (CHO)  of  C1  to  form  a  ring  with  C6  extraneous  to  the  ring.    The  red  arrows  
shown  in  the  figure  represent  electron  movement  (it  is  often  called  arrow  pushing).    In  
aqueous  solutions,  glucose  (shown  below)  exists  almost  exclusively  in  the  cyclic  form.    You  
will  also  see  glucose  drawn  in  a  chair  conformation.    All  of  these  representations  provide  
different  information  about  the  structure,  the  details  of  which  you  will  learn  in  organic  
chemistry.    For  this  course,  it  is  just  important  to  be  able  to  recognize  different  forms  as  
sugars.      
 
  1 CHO
 
2  
H OH
 
3  
HO H
 
  4
  H OH
  5
  H OH
 
  6 CH2OH
 
 
 
 
  6 6
  CH2OH CH2OH 6
5 OH H 5 O OH HOH2C  
4 5 O
4 HO 4
OH C OH 1 OH
1 O 1 HO
OH OH 2 OH
3 2 3 2 3
OH OH  
 
Haworth Projection Chair Conformation
 
 
The  figure  below  shows  the  Fisher  projections  of  glucose  and  galactose  in  their  two  
enantiomeric  forms  (D  and  L).    D-­‐glucose  and  L-­‐glucose  can  be  differentiated  by  certain  
enzymes,  but  not  taste  receptors,  hence  they  both  taste  identically.    Otherwise  their  physical  
properties  are  the  same  because  they  are  enantiomers.    Glucose  and  galactose,  however,  are  
daistereomers  and  even  though  they  only  differ  at  one  of  four  chiral  centers,  they  have  
distinctly  different  properties.    Galactose  tastes  less  sweet  than  glucose  and  is  metabolized  
through  a  different  pathway.      
 
  CHO CHO CHO CHO
 
H H H H
  OH HO OH HO

  HO H H OH HO H H OH
  H H H H
OH HO HO OH
 
  H OH HO H H OH HO H

  CH2OH CH2OH CH2OH CH2OH

 
  D-glucose L-glucose D-galactose L-galactose
The  numbering  system  for  sugars  remains  consistent  regardless  of  the  number  of  carbons.    
The  carbon  immediately  adjacent  to  the  ring  oxygen  is  C1  and  then  you  work  
counterclockwise  around  the  ring.    The  carbon  outside  of  the  ring  is  always  last.      
 
Sugars  can  form  long  chains  of  polysaccharides  with  each  monomer  attached  with  a  
glycosidic  linkage.    In  this  case,  the  alcohol  on  C1  bonds  with  C4  of  the  next  molecule.    Some  
of  the  most  common  polysaccharides  are  cellulose  (structural  material  in  plants),  starch  or  
glycogen  (glucose  storage)  and  chitin  (exoskeletons)  
 
Lipids  
Lipids  have  great  structural  variability  but  they  are  classified  based  on  their  solubility  in  
nonpolar  solvents.    They  are  able  to  dissolve  in  nonpolar  solvents  because  they  have  a  large  
hydrocarbon  (chain  of  carbon  and  hydrogen)  component.    One  of  the  main  classes  of  lipids  
are  fatty  acids  which  have  a  hydrocarbon  chain  attached  to  a  carboxylic  acid.    The  chain  
length  can  vary  and  it  can  either  be  saturated  (all  single  bonds)  or  unsaturated  (at  least  one  
double  bond).    Unsaturated  fatty  acids  have  kinks  due  to  the  rigid  double  bond  that  does  not  
allow  for  rotation  and  these  kinks  prevent  tight  packing.      
 
  O O
 
  OH OH
  Lauric Acid Palmitoleic Acid
  Saturated Unsaturated
 
Fatty  acids  can  be  combined  with  a  variety  of  molecules  to  make  more  complex  lipids.    An  
example  is  combining  glycerol  with  three  fatty  acid  chains  to  triacylglycerols  (triglycerides)  
which  are  found  in  many  oils  and  fats.      
 
  O
O
  R1 OH
  H2C OH
H2C O R1
  O O
  HC OH
R2 OH
  HC O R2
  O O
H2C OH
 
  R3 OH H2C O R3
 
  Glycerol Fatty Acids Triacylglycerol
 
 
Another  important  class  of  lipids  are  phospholipids  which  contain  a  phosphate  group.    
Many  are  similar  to  triacylglycerol  except  they  have  replaced  one  of  the  fatty  acid  chains  
with  a  phosphate.      
  O
 
  H2C O
O 1
R
 
  HC O R2
 
O
H2C O P OH
O
Lipids  perform  many  critical  functions  in  biological  systems  ranging  from  being  the  
fundamental  component  of  membranes  to  hormones  (steroids)  to  vitamins.    
 
Proteins  
The  building  blocks  of  all  peptides  are  amino  acids.  The  20  natural  amino  acids  have  a  wide  
range  of  properties,  but  all  consist  of  the  same  core.    There  is  an  asymmetric  carbon  
attached  to  an  amine  (NH2),  a  carboxylic  acid  (CO2H),  a  hydrogen  and  an  R  
R
group.    It  is  the  R  group  that  gives  each  amino  acid  its  identity  and  the  R  
groups  have  a  wide  range  of  properties.   OH
H2N
Two  amino  acids  can  be  attached  via  a  peptide  bond.    Due  to  resonance,   O
the  peptide  bond  has  partial  double  bond  character  and  this  lack  of  rotation  
means  the  bonds  are  planar.      
 
 
    R1 O R3
H
  N OH
  H2N N
H
  O R2 O
 
 
Secondary  Structure  
Secondary  structure  refers  to  local  structure  and  order  of  the  backbone.    Secondary  
structures  form  in  order  to  maximize  the  number  of  hydrogen  bonds  that  can  form  
(between  the  amide  hydrogen  (N-­‐H)  and  carbonyl  oxygen)  which  helps  to  minimize  energy.    
It  is  also  important  to  minimize  overlap  of  the  R  groups  (steric  strain)  in  space  as  that  can  
have  a  negative  effect  through  repulsion.    The  fact  that  the  
peptide  bond  is  planar  limits  the  types  of  conformations  the  
backbone  can  adopt.      
α-­‐helix:  In  an  α-­‐helix,  the  backbone  coils  around  an  axis  
with  the  R  groups  of  the  amino  acids  facing  outwards.    
This  minimizes  steric  interactions  between  the  R  
groups.    This  helix  is  stabilized  by  hydrogen  bonds:  
each  amide  hydrogen  is  hydrogen  bonded  to  a  carbonyl  
oxygen  4  amino  acids  away.    See  adjacent  image  
 
 
 
β-­‐sheet:  A  β-­‐sheet  has  the  backbone  extending  in  a  
zigzag  type  fashion.    Again  it  is  held  together  by  
hydrogen  bonding,  but  this  time,  the  bonds  are  
between  amino  acids  in  adjacent  strands.    The  strands  
can  be  oriented  in  a  parallel  or  antiparallel  fashion.    
The  R  groups  are  facing  above  or  below  the  plane  of  the  
sheet.      
 
 
 
 
 
 
  
 
 
 
 
 
   
 
 
 
 
 
 
 
Tertiary  Structure    
Tertiary  structure  describes  the  3D  folded  structure  of  a  protein.    The  final  folded  structure  
of  a  protein  represents  a  lowest  energy  state,  so  one  can  think  about  the  forces  that  drive  
folding  in  relation  to  ΔG.    The  enthalpic  component  of  ΔG  relates  to  bond  energies  and  there  
are  several  important  intermolecular  interactions  in  protein  folding  that  help  to  stabilize  a  
folded  state.    Through  folding,  oftentimes  hydrogen  bonds  are  formed  as  well  as  salt  bridges  
(interactions  between  two  ions)  and  disulfide  bonds  (between  two  cysteine  amino  acids).    
All  of  these  interactions  contribute  to  the  enthalpic  component  of  folding.    When  you  take  
an  unfolded  polypeptide  which  can  adopt  many  conformations  and  fold  it  into  an  ordered  
3D  structure,  you  are  decreasing  the  entropy.    The  primary  counter  to  this  entropic  loss  is  
due  to  a  concept  called  the  hydrophobic  effect.  
Hydrophobic  Effect:  When  water  molecules  are  in  bulk  water,  they  have  many  
degrees  of  freedom  for  rotation  and  movement;  however  when  you  add  a  nonpolar  
molecule,  the  water  molecules  become  ordered  around  that  molecule  forming  
hydrogen  bonds  between  water  molecules  in  an  attempt  to  minimize  unfavorable  
interactions  with  the  nonpolar  molecule.    This  results  in  a  decrease  in  entropy;  
however,  if  the  nonpolar  molecules  then  clump  together,  they  minimize  the  surface  
area  exposed  to  the  water.    This  in  turn  reduces  the  number  of  water  molecules  that  
is  ordered  around  the  surface  of  the  nonpolar  molecule.    The  water  molecules  that  
are  no  longer  around  the  nonpolar  surface  are  now  free  to  rotate  again,  thus  
increasing  the  entropy  of  the  system.      
Since  peptides  often  have  many  nonpolar  amino  acids,  folding  that  would  collect  these  
nonpolar  sites  into  the  interior  of  the  protein  would  be  entropically  favorable.      By  excluding  
water  from  the  interior  of  the  peptide,  those  ordered  water  molecules  are  released  back  
into  the  bulk  water.      
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Nucleic  Acids  
Nucleotides,  the  subunit  of  nucleic  acids,  are  composed  of  a  5-­‐carbon  sugar,  a  phosphate,  
and  a  base.    The  5-­‐carbon  sugars  are  ribose  (RNA)  and  deoxyribose  (DNA),  which  is  missing  
the  OH  at  the  2’  position.    
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
There  are  5  nitrogenous  bases,  shown  below.    Uracil  is  only  found  in  RNA.    
 
  NH2 O NH2 O O
 
N N N NH NH
  N NH
  N N
N N NH2 N O N O N O
  H H H H H
 
Adenine Guanine Cytosine Thymine Uracil
 
 
 
A  nucleotide  is  shown  below  
 
  NH2
 
  N N
 
N N
 
  HO O
 
  O
 
O O O
  O
 
 
Nucleotide  triphosphates  are  the  starting  material  for  the  synthesis  of  nucleic  acids.    The  3’  
hydroxyl  group  of  the  most  recently  attached  nucleotide  attacks  the  α-­‐phosphorous  
(phosphorous  nearest  the  sugar)  to  form  a  bond.    This  results  in  the  cleavage  of  
pyrophosphate  (2  phosphate  groups)  which  provides  the  energy  to  make  nucleic  acid  
synthesis  favorable.    The  figure  on  the  following  page  shows  this  reaction  with  arrow  
pushing.      
  

O O
O P OH O P OH
O O
base base
O O

3 3
OH O O
O O O base
base P O
P P P O O 5
O O O O 5 O
O O O
OH
OH