120 Estructura tridimensional de las proteinas Bl enlace peptidico tiene un carécter de doble enlace parcial que mantiene a los seis étomos del grupo pepti- ddico en una configuracién plana rigida. Los enlaces N—C—y C,—C pueden rotar asumiendo, respectiva- mente, diversos valores en los angulos $y %. La representacion de Ramachandran es una des- cripcién visual de las combinaciones de los Angulos diedros @ y yque estan permitidos en una cadena pept!- dea 0 que no lo estan debido a impedimentos estéricos, 4.2 Estructura secundaria de las proteinas Bl término estructura secundaria se refere a cual- ‘quier segmento de una eadena polipeptidica y describe la distribucién espacial Jocal de los étomos de su cadena principal, sin tener en cuenta la conformacién de sus ‘calenas laterales i su relacion con otros sesmentos. Una estructura secundaria se considera regular cuando todos los éngulos diedros ¢ y ¥ adoptan valores iguales fen todo el segmento. Existe un niimero limitado de estructuras secundarias que son particularmente esta- bles y que se encuentran ampliamente distribuidas en las, proteinas. Las més destacables son las conformaciones en hiélice a y f; otra muy habitual recibe el nombre de ‘iro 8. All donde no se observa una estructura regular, la estructura se suele deseribir como indefinida o como estructura al azar. Sin embargo, esta ditima denomina- cidn no describe correctamente la estructura de estos segmentos. En la mayoria de protefnas el camino que sigue una cadena polipeptiica no es al azar, sino que es constante y aktamente especifica en relacién con la FIGURA 4-4 Modelos de hice a que muesran aspects diterntes desu estructura (2) Moco de eters y aise qu se mest lor enlaces de hidrégen intracataarc. La uniad repetitive und eta de ce, de 35 esidos (8 La cea sta desde un extrem 2 largo del ee orgusina (btenida» pate de PDB ID TNC) (Obstrense as posiiones de los grupos R representa po eferas roca. Ete mde de bolas y vais, que resto espana: ‘aid, d stn morn de que hice ets hues ora as ese ‘a5 no representa lon radon devo der Wal des Somos nau les (€) Come mustra et madelo de esterase van der Wass, os estructura y funci6n de cada proteina, Nuestra discusién se centraré en las estracturas regulares mAs frecuentes, La hélice cx es una estructura secundaria habitual en proteinas Pauling y Corey eran conscientes de la importancia de los enlaces de hidrégeno en la orientacion de los grupos qui- ‘icos polares tales como el O-O y el NH del enlace peptidico. Eran también conocedores de los resultados ‘experimentales de Wiliam Astbury quien, ena década de 1990, habia Nevado a cabo un trabajo pionero sobre las proteinas con rayos X. Astbury demostré que la protein ‘que constituye las puis del puerco espin y el cabello (ia ‘protein fbrosa c-queratina) pasee una estructura regu- Jar que se repite cada 6,165.2 A. (El angstrom, A, nom- ‘re debidoalfiieo Anders J es igual 0,1 nm, ‘Aunque no es una uni del Sistema internacional (SD, ulilizada universalmente por ls bidlogosestructurales ‘para describirdistancias aeicas ya que cquivale aproxi- madamente a lalongitud de un enlace C—H tpico.) Con esta informacién y sus datos acerca del enlace peptiico, ¥ con la ayuda de modelos moleculares precios, Pauling 'y Corey se propusieron determinar cudles eran las confor- maciones ms protables de las moléculas de proteina. Bl primer avance importante ego en 1948. Pauling cra enlonces profesor visitante en ln Universidad de Oxford; cay6 enfermo y se retiré a su apartamento para tomarse unos dias de deseanso, Aburrido porque no encontraba lecturasestimulantes, cogio papel y liz para trabajar en algtin modelo plausible de la estructura que podria adoptar una cadena polipeptidica, El modelo desa- © eros en cent de a hice ean en contacto muy cecana. (4) Prec de ued hacia de una hice a. Er est presenta Se utlzan colores para identiicar sper con proedaces partis es Los esis amaritos, po empl, podian ser doibicos y ae curse 2 apostle itrase ete esa hdc y oa part del mismo © de ove oleic, Los residus en rj (negates) y az (psiios) ‘Aistan ef potencl de eteaci erve cadnas aeles de cpa puesta cuando extn separa por dos reiduos de a hice (Fn: (© ceriadoe de POB ID ATC, KA. Sattar e al. Bek Chem 631628, 1988137 Conformacn antpaalela = -199° 4195 Paral -u9* 43° ‘Triple nétice del colageno — ~61° +153" Giro tipo lhreee | ‘ie 90° o Giro po ie “so s10" a 190°" Notas menudo. rctenas rele s anguos dos vran geramari respect alos aes les al epresdos “Los trqdon ty «12 son on del cogundoytrersiovos ‘ranotcos el ro oapectvamert. rrollado, que més tarde confirmaria conjuntamente con Corey y con su colega Herrman Branson, erala disposiciin mds simple adoptada por la cadena potipeptidica capaz de rmaximizar el uso de enlaces de hidrégena internos. Esta es una estructura en hélice, a la que Pauling y Corey ddenominaron hélice a (Fig. 4-4). En esta estructura el ‘esqueleto polipeptidico se encuentra fuertemente enso- lado alrededor del efe longitudinal imaginario de la mols- cla, y los grupos R de ls residuos aminosicidos sobresa- Jen del esqueleto helicoidal hacia el exterior. La unidad repetitiva es un gio de hélice, que se extiende 5,4 A ao Jargo del ge longitudinal, ligeramente superior ala perio- dicidad observada por Astbury en su andlisis de la quera- tina del cabello por rayos X. Los dtomos de los residuos ‘aminoscidos de la cadena principal de una hélice a tipica Dresentan una pareja caracteristica de Angulos diedros ‘que definen la conformacién en hélice a (Tabla 4-1), ¥ cada giro de la Nélice incluye 3,6 residuos aminodicidos. [os segmentos a-helicoidales de las proteinas a menudo suelen desviarse ligeramente de estos valores de los ngu- Orn Existe un método sencillo para determinar el sentido de giro de una estructura helicoidal. Cerre 1os pufios ddejando el pulgar estirado y dirigido hacia arriba, Observando su mano derecha, imagine una hélice que se prolonga en la direccién indicada por el pulgar y ‘con su espiral girando en el sentido en que se pliegan los otros cuatro dedos (el de las agujas del reloj). La lice resultante es dextrdgira. La repeticién del pro- ‘eeso con la mano izquierda proporcionaré la imagen de la hélicelevogira, que gira en direccion en el senti- do contrario al de las agujas del reloj si la hélice se prolonga en la direccién del pulgar. 42troctura secundaria des protenas 121 Jos diedros, que incluso varian algo dentro de un mismo ssegmento continuo, generando pequeflas curvaturas 0 dobleces en el ee de la hélice. Pauling y Carey considera- ron las variantes dextrégira y levégira de la hélice a. La lucidacién posterior de la estructura tridimensional dela miogiobina y de otras proteinas demostré que la hélice a a eee aul mostra, alin miento de los ues de cabeza de cada cara moicula rode est tares 640 A (4 en ene elas. (Microgala egal de 1. Gross/ Biozertum Unieraty of Bara/Scence Source]residuo Gly diferente en cada caso, Estas sustituciones de un solo residuo tienen un efecto catastréfico sobre la funcién del coligeno, pues destruyen la estructura repetitiva Gly-X-Y que confiere al colageno su estructu- ‘a helicoidal tinica. La glicina, debido a su papel en ta triple hélice del colégeno (Fig4-124), no puede ser sustituida por ningiin otro residuo aminoécido sin un ‘efecto perjudicial en la estructura, ® Fibroina dea seda La fibroina, la proteina dela seda, es producida por los insectos y las arafias. Sus cadenas polipeptidicas estén mayoritariamente en conformacién {8 La fibroina es rica en residuos Ala y Gly, lo que per- mite un empaquetamiento compacto de las hojas y ‘una disposicién indentada de los grupos R (Fig. 4-14), uso exhaustivo de a capacidad de formacién de enla- cces de hidrogeno entre todas las uniones peptidicas de los polipéptidos de cada hoja 6 y la optimizacién de las interacciones de van der Waals entre las hojas estabili- zan la estructura global. La seda no se estira ya que la conformacién 6 ya esté muy extendida (Fig. 4-6). Sin ‘embargo, la estructura es flexible debido a que las hojas ‘se mantienen unidas mediante numerosas interacciones débiles en lugar de enlaces covalentes tales como los ppuentes disulfuro de las a-queratinas. En as proteinas globular la diversidad estructural refleja la diversidad funcional En las proteinas globulares los diferentes segmentos de la cadena polipeptiica (0 de muitiples cadenas polipep- tidieas) se pliegan unos sobre otros, generando. unas codenas laters aecly 43 fstructuas teary cuteraria dels protenas 131 {formas mucho més compactas que las que hernos visto en las proteinas fibrosas (Fig. 4-15). El plegamiento pro- porciona también la diversidad estructural necesaria para ‘que las proteinas puedan llevar a término una amplia variedad de funciones biclogicas. Entre las proteins ‘lobulares se incluyen enzimas, proteinas de transporte, proteinas motoras, protenas reguladoras, inmunoglobu- linas y protesnas con muchas otras funciones. ‘Nuestra discusién acerca de Ja estructura de las proteinas globulares comienza con los principios extrai- ‘dos de las primeras estructuras proteicas descritas. A sta le seguiré una descripcién detallada de las subes tructuras proteicas y una categorizacion comparativa, Este tipo de discusion s6lo es posible gracias a la gran cantidad de informacién disponible en Internet através, de bases de datos de acceso pablico, en. particular el Protein Data Bank (Recuadro 4-4) La mioglabina proprcions las primeras claves acerca de fa complejidad dels estructurasproteicas lobulares EI primer avance decisivo en la comprensién de la estructura tridimensional de las protefnas globulares se produ gracias alos estudios de difraccién de rayos X can la moglobina,evados a eabo por John Kendrew y colaboradores en los aos 1950. La mioglobina es una protena fjadora de oxigenorelaivamente pequena (M, 16.700), que se encuentra en las células musculares. Su_ funcion'esalmacenar y facitar la dfusin del oxigeno enel mdsculoen rida contraccin, La mioglobina esta formada por una (nica cadena polipeptidica de 153 resi- duos aminodcides de secuencia conocida y por un solo PERS ees FIGURA 4-14 tstructra de asda. 2s Fras de unto de secs © una teaafa estin consttidas princpelmerte oor la proieha Fora (a La frona consist en capas de hj 3 anigaaels eas ‘er resicuos Alay Gly Las pequascodenas teas estén ners 62s, o ae permite un emsacuetamients compact de as hoi a coos runsira ene epesntacin de ols y varias Los segments «ques munstran_representan tan sol una pequea parte de ia cadena de ecina. (8) En lo micrgrata @ecténca de bade coleada las eras de ona (zu sen de as sls de na aa. [Fuerces (2) Modelo derivado de PDB ID 'SiK, SA Fossey et al. Bopotmers 311529, 1991 (2) Tina Weatherby Cartha/McroArgla)132 éstructua tridimensional dels proteins I mimero de protetnas de las que se conoce actual- mente la estructura tridimensional es actualmente superior a 100,000 y esta cantidad se multipica por dos cada dos ais, Esta enorme cantidad de informa clon esta revolucionando nuestro conocimiento sobre || estructura de proteinas a rlacin estructurafun- con y los caminos evalutivos por los que las protetnas aadqulrieron su estructura actual, deductbles a partir de las relacones dentro de familias estructurales que salen a la luz al analizar y seleccionar la informacion de las bases de datos. Uno de ls recursos mds impor: tantes a disposicin de ls bioqulinicos es el Protein || Data tank CBanco de datos de protein, PDB || www-pdb org. | “"ETPDB es un archivo de estructurastridimensio- | nales de macromoléculs bioligicas determinadas | cexperimentalmente, que contiene précticamente todas | tas estructuras macromolecuares (proteinas, RNA, || DNA, ete) deducidas hastala fecha. A cada estructura || sete ana una etait dentieadora (un denen Contoracgns 3600554 —_—_— oe Helice a Forma gd nati 900% 100% 808 FIGURA 4-15 Las estructras dels proteinas globular sn com pacasy vada. Ls albmine sna mons (M, 64500) tee 585. residues en ue sola cadena. esta igure muestra 2erosivadas de esta cadena polenta sencia en el caso de ue ‘ods le hala en I confrmacion etendi 90 Mice a. Ta tien se muesra el tamato reat dela prea en su forma globular native, deci apart de cistsgraks de aos Xl cadena polipeti- ca debe encorrarse sega oe fra comoaca pra pode adoptar > s FIGURA 4-16 txtructrstercaria dela miglcbina de cachlots. (P98 10 1MBO) La rentacién del pretenses a misma en fos las figuras: el grupo hemo se muesta en ojo. Adem de sara est {ura de i mogiobna, est gra prosrcona eels sabre as deren- tes mares de represents i esrctra dune protein. 8) exaue- leo popeptisco se murat en une epezatacin de ents dl po introduc por lane Rihardion, qe dstca as regions de estructura secundoni.Lasregines en hdc se cbservan con aricad (8) a> er del conte dea supercede a poteina resuta it ora vis.a- dor de cuatro caracteres denominado PDB ID). Estas etiquetas se pueden ver en todos los pies de figura correspondientes alas iustraciones de este libro en las que hay estructuras derivadas del PDB, con el fin de ue profesores y estudiantes puedan explorarlas par su cuenta. Los archivos de datos del PDB describen las coordenadas espaciales de todos los tomos para los ‘que se ha determinado su posicion (muchas de las estructuras catalogadas no son completas). Otros archivos adicionales proporcionan informacion acerca de los métodos de determinacion estructural y de la ‘precisin,o resolucién, dela estructura. Las coordena- das atomicas se pueden convertir en una imagen de la ‘macromolécula utiizando los programas de visualiza cién adecuados. Animamas a los estudiantes a acceder al PDB y explorar las estructuras utiizando el software de visualizacién que ofrece la propia base de datos, ‘También es posible extraer una copia de los archivos de estructuras para luego explorarias en el propio ordenador mediante software gratuito tal eomo Jmol ‘grupo ferroprotoporfirina 0 hemo. En la hemoglobina, la proteina fjadora de oxigeno de los eritroctos, se encuentra un grupo hemo idéntico; él es el responsable del color rojo-amarronado oscuro de la mioglobina y de la hemoglobina. La mioglobina es muy abundante en los, rmiisculos de los mamiferos buceadores tales camo la ballena, la foca y la marsopa, cuyos mtisculos son tan ricos en esta proteina que tienen un color marrén. El almacenamiento y distribucién de oxigeno por la mio alobina muscular les permite permanecer sumergidos durante largos periodos de tiempo. La actividad de la rmioglobina y la de otras moléculas de globina se inves- tiga con més detalle en el Capftulo 5. Enla Figura 4-16 se muestran varias representacio- nes estructurales de la mioglobina que fstran la manera en que se pliega la cadena polipeptidica en tres dimensio- nes: su estructura terciaria. El grupo en rojo rodeado por la proteina es el hemo. El esqueleto polipeptiico de la + & alas balsas donde pueden use otras mldels (6 Represertacn de cits que ince as cadena aera en mail) de os esiduos hdotbcos Leu ie, Vly Pe.) Un melo espaci con tds ls ‘dena atrales de los amines. Cada lomo estdrepresentado or ra ser ue abara su rao de van der Was. La mayo pare de los resios dolboe Cambs en ail) n0 sn ie. bo ce estén sepuitados en el interor de a protein. [Fuente PDS 10 180, SE Philips, 1 Mol Bio 14253, 1980)rmolécula de mioglobina est4 formado par ocho segmen- tos relativamente rectos de hélice a, conectados por iros, algunos de los cuales son giros (3. La hélice a de ‘mayor longitud tiene 23 residuos aminodcidos y la més ccorta solamente 7; todas ellas son dextrégiras. En las regiones a-helicoidales se encuentran més del 70% de los aminodcidos de la moléeula de mioglobina. El andlisis por rayos X revel6 la posicién precisa de cada uno de los ‘grupos R, que ocupan précticamente todo el espacio con- tenido dentro de ls limites de la cadena plegada que no ‘est ocupado por los étomos de la cadena principal. ‘A partir de la estructura de la mioglobina se extra- Jeron muchas conclusiones importantes. La posicién de Jas cadenas laterales de los aminodcidos indica que la estructura debe gran parte de su estabilidad al efecto Iidrofébico. La mayor parte de los grupos R hidrof6bi- cos se hallan situados en el interior de la molécula de rioglobina, les del contacto con el agua. Todos Jos ‘grupos R polares, excepto dos, se encuentran en la superficie externa de la molécula, y todos ellos estén hidratados. La molécula de mioglobina es tan compacta, ‘que en su interior solamente hay espacio para cuatro moléculas de agua. Este denso nicleo hidrofbico es tipico de las protefnas globulares. La fraccién de espacio ccupada por los stomos en un liquido orgénico oscila entre 0,4 0,6. En una proteina globular este valor est alrededor de 0,75, comparable al de un cristal (en un cristal tipico la fraccién esta entre 0,70 y 0,78, cercana al méximo teérico). En este entorno tan empaquetado, Jas interacciones débiles se potencian mutuamente. Por ejemplo, las cadenas laterales apolares del nacleo se encuentran tan cercanas que las interacciones de van der Waals de corto aicance contribuyen significativa- ‘mente alas interacciones hidrof6bicas estabilizantes. La deduccién de la estructura dela mioglobina confi- :n6 algunas expectativas y ala vez introdujo algunos nue- vs elementos de estructura secundaria. Como predijeron ‘Pauling y Corey, todos los enlaces peptidicas se hallan en cH, FFIGURA 4-17 Et grupo amo Este griso es resent ena mio: stobira emoyabina,cReciomesy muchas eras hemoprtenas. (a) Elmo esd frmado por una estructura aur orginica compl olen, aa que Se ure un iomo de aro en estado feroso Fe") some de aro er sei enlaces de coordina, cura en plano de a mots parade porrnay unis a la, y dos pe pendculres 21s misma. (6 Eni miglbina yen la hemelebina ‘no de os enacs de coordracén perpendicular est unio a un iirégena oe un resdun He El oto we encuentra “aber” y ee com sto de unin para una edela de, 43a tea yaaa dels proeinas 133 4 Ribonueleasa (124) | Carboxipeptidasa (307) | Hisocima (128) ‘Mioglobina (168) Fuerte, Datos de CR. Cantor y PR, Scie, lophyacal Chemist, Conematon of Boop! Mecomaecues, p. 100, WH 25 38 | citocromo ¢ (104) 39 40 8 Ja configuracin plana rans. Las hélices «de a ioglobina proporcionaron la primera prucba experimental directa de la exstencia de este tipo de estructura secundaria. Tres de os cuatro residuos Po dela mioglobina se encuentran en girs dela cadena. El cuarto resi Pro se encuentra en una héice a, donde origina la curvatura necesaria para un empaquetariento compacto de la hie El grupo hemo plano estésituado en una hendidura © bolsa de la molécula de mioglobina. El étomo de hierro rica de xo ura parte a estructra,e ero. () Las veiones con mayor desiad eect ican la ealzacsn de nls atémcos, eta intormacin se uiza sara recompone i estructura fa. aul st mode a ectrctra del grupo heme devo de su ap de densidad ectévca (A) ta estructra completa dela miogotina de cacao Incuyerdo el hema Cents (be Cortesa de George N. Pils ‘niverty of Wiscorsin- Madson, Depart of Bchemsty (8) PDB 10 2MBW,€A Brucker. 1 Bo Chem 27125 19,196 ‘adecuada (frecuencia de resonancis, dentro de la ‘zona de radiofrecuencia) y en Angulo recto con los Iicleos alineados en el campo magnético. Parte de la energia es absorbida debido al paso del nicleo al esta- do de energia elevada y el espectro de absorcién resultante contiene informacién acerca de la identi- dad del nicleo y de su entorno quimico inmediato, Para generar un espectro de RMN como el que mues- tra la Figura 2, se recogen los datos de muchos expe- rimentos levados a cabo sobre una muestra y se pro- median, aumentando ast la relacion sefial-ruido, El'Hes especialmente importante en los experi- mentos de RMN debido a su clevada sensibilidad y abundancia natural. El espectro de RMN 'H puede egar a ser muy complicado en el caso de las macro- moléculas. Incluso una proteina pequefa tiene cien- tos de tomos 'H, dando lugar a un espectro de RMN ‘monodimensional demasiado complejo para analiza. El andlisis estructural de protefnas fue posible con la egada de las técnicas de RMN bidimensional (Fig. 8). Estos métodos permiten medir los acoplamientos dependientes de la distancia a través del espacio de los spines nucleares en dtomos cercanos (el efec- to nuclear Overhauser (NOE), aplicado aun método ——_——_— a4 “20 0080 60 40 2000 Desplazamierto quimic el" (opm) FIGURA 2 Especto monodimensona de RMIN de una B= bina de ue gua main. Eta peter y a miglbina de cachalte san andlagosesttrales muy cercaros, ere ‘eles In misma lola estructural de potas y comeae ter union de ransporte de ongeo. Fuerte Datos de BF ‘elim, Nationa! Magnetic Resonance acy at Maison}