2023-2024 HBHM Program TR

YILDIZ TEKNİK ÜNİVERSİTESİ
BİYOMÜHENDİSLİK BÖLÜMÜ
BYM2222-HÜCRE BİYOLOJİSİ VE
HÜCRESEL MEKANİZMALAR DERSİ
LABORATUVAR FÖYÜ
2023-2024 BAHAR YARIYILI
Sorumlu Öğretim Üyesi

Prof. Dr. Dilek BALIK
Sorumlu Öğretim Yardımcıları

Araş. Gör. Selcan AKAR
Araş. Gör. Cem ÖZEL
Araş. Gör. Hilal ÇALIK
Araş. Gör. Başak AKIN
Araş. Gör. Zişan TOPRAK
BYM2222-HÜCRE BİYOLOJİSİ VE HÜCRESEL MEKANİZMALAR
2023-2024 BAHAR
DERS PROGRAMI
1. hafta 20.02.2024 Ders Tanıtımı

Hücre Biyolojisine Giriş, Hücrelerin Kökeni ve Evrimi, Hücre
2. hafta 27.02.2024
Kimyası ve Hücrelerin Moleküler Bileşimi
Hücrenin Yapısı ve İşlevi, Protein Tasnifi ve Taşınması (Çekirdek,
3. hafta 05.03.2024
ER, Golgi, Lizozomlar)
Hücrenin Yapısı ve İşlevi (Mitokondri, Kloroplastlar,

4. hafta 12.03.2024
Peroksizomlar)
5. hafta 19.03.2024 Hücre İskeleti ve Hücre Hareketi
6. hafta 26.03.2024 Plazma Zarı
7. hafta 02.04.2024 Hücre Duvarları, Ekstraselüler Matriks ve Hücre Etkileşimleri
8. hafta 09.04.2024 Resmî Tatil
9. hafta 16.04.2024 I. Ara Sınav (Tahmini Tarih)
11. hafta 30.04.2024 Hücre Sinyal İletimi
12. hafta 07.05.2024 Hücre döngüsü, Hücre Ölümü ve Hücre Yenilenmesi
13. hafta 14.05.2024 Kanser Biyolojisi ve Genetiği
14. hafta 21.05.2024 Proje Sunumu

27.05.2024-
FİNAL SINAVLARI
06.06.2024
• Ders programının hazırlanmasında "Hücre: Moleküler Yaklaşım, Cooper, Hausman,

İzmir Güven Bilimsel Yayınlar, 7. Baskı, 2016” referans olarak kullanılmıştır.
2023-2024 BAHAR
LABORATUVAR PROGRAMI
D.BALIK Tüm Gruplar
1. hafta 20.02.2024 Ders tanıtımı
Yüz Yüze
Teorik Ders Tüm Gruplar

Yüz Yüze
+
D.BALIK
Laboratuvara giriş ve grupların oluşturulması
2. hafta 27.02.2024 Laboratuvarda uyulması gereken kurallar S. AKAR
Laboratuvarda kullanılan sarf malzemelerin ve cihazların
tanıtımı
Rapor hazırlanması ve bir rapor formatının
değerlendirilmesi
Tüm Gruplar
3. hafta 05.03.2024 Mikroskopların teorik ve uygulamalı olarak tanıtımı I Z. TOPRAK
Yüz Yüze
Tüm Gruplar
4. hafta 12.03.2024 Mikroskopların teorik ve uygulamalı olarak tanıtımı II Z. TOPRAK
Yüz Yüze
Tüm Gruplar
5. hafta 19.03.2024 Sterilizasyon ve Besiyeri Hazırlama Grup I & Grup II S. AKAR
Yüz Yüze
Tüm Gruplar
6. hafta 26.03.2024 Antibiyotik Duyarlılık Testi (Antibiyogram) Grup I B. AKIN
Yüz Yüze
Antibiyotik Duyarlılık Testi (Antibiyogram) Grup II
Tüm Gruplar
7. hafta 02.04.2024 (Proje son teslim tarihi)
B. AKIN Yüz Yüze
9. hafta 16.04.2024 I. Ara Sınav (Tahmini Tarih)
Bakteri Hücre Duvarının Gösterilmesi (Gram Boyama) C. ÖZEL Tüm Gruplar

11. hafta 30.04.2024 Grup I Yüz Yüze
Bakteri Hücre Duvarının Gösterilmesi (Gram Boyama) C. ÖZEL Tüm Gruplar

12. hafta 07.05.2024 Grup II Yüz Yüze
Tüm Gruplar
13. hafta 14.05.2024 Ökaryotik Hücrelerin Sayımı Grup I & Grup II H. ÇALIK
Yüz Yüze
14. hafta 21.05.2024 Proje Sunumları
27.05.2024-
FİNAL SINAVLARI
06.06.2024
2023-2024 BAHAR
DENEYLER VE SORUMLU ÖĞRETİM ELEMANLARI

HÜCRE BİYOLOJİSİ DERSİ KOORDİNATÖRÜ
Prof. Dr. Dilek BALIK
SORUMLU ÖĞRETİM SORUMLU ÖĞRETİM

DENEY ADI E-POSTA ADRESİ
ÜYESİ ELEMANLARI
Laboratuvara giriş ve grupların

oluşturulması
Laboratuvarda uyulması gereken
dilekbalik@gmail.com
kurallar Prof.Dr. Dilek BALIK Prof.Dr. Dilek BALIK
Laboratuvarda kullanılan sarf
malzemelerin ve cihazların
tanıtımı
Mikroskopların teorik ve
uygulamalı olarak tanıtımı – I & Prof.Dr. Dilek BALIK Araş. Gör. Zişan TOPRAK zisantoprakytu@gmail.com
II
Sterilizasyon
Prof.Dr. Dilek BALIK Araş. Gör. Selcan AKAR seakar@yildiz.edu.tr
Besiyeri Hazırlama
Antibiyotik etksinin ölçülmesi
Prof.Dr. Dilek BALIK Araş. Gör. Başak AKIN basakakin00@gmail.com
(Antibiyogram)
Bakteri hücre duvarının

Prof.Dr. Dilek BALIK Araş Gör. Cem ÖZEL cemozel@yildiz.edu.tr
gösterilmesi (Gram Boyama)
Ökaryotik Hücrelerin Sayımı Prof.Dr. Dilek BALIK Araş.Gör. Hilal ÇALIK hcalik@yildiz.edu.tr
2023-2024 BAHAR
ÇALIŞMA YÖNERGESİ
1) Laboratuvarda beyaz laboratuvar önlüğü giyilmesi ve deney süresince önlüklerin önünün kapalı
olması zorunludur.
2) Deney süresince alev ile çalışıldığı durumda öğrencilerin saçları toplu olmalı ve herhangi bir aksesuar
bulundurmamalıdırlar.
3) Laboratuvara geç gelenler, laboratuvara alınmazlar ve o gün deney yapamazlar.
4) Laboratuvarda herhangi bir şeyin yenilmesi ve içilmesi yasaktır.
5) Laboratuvarda çalışma esnasında kaza olasılıkları bulunduğundan öğrenciler dikkatli çalışmak zorundadırlar.
Bu nedenle, laboratuvar süresince deneylerin başından uzaklaşmamaları gerekmektedir.
6) Laboratuvar başlangıcında ve çalışma süresince sorumlu öğretim elemanları, öğrencileri deneyin yapılışı ve
teorisine ilişkin bilgileri yoklayarak değerlendireceklerdir. Hazır olmadıkları saptanan öğrenciler deneye
alınmayacaktır.
7) Deney bitiminde her öğrenci ve öğrenci grubu yerini, cihazları ve diğer cam malzemeyi temiz, eksiksiz ve
düzenli olarak, sorumlu öğretim elemanına teslim etmek zorundadır.
8) QUİZE GİRMEYEN ÖĞRENCİLERİN QUİZ NOTU 0 OLACAKTIR.
9) Sonuç raporu ilgili haftada yapılacak olan deneyin laboratuvardaki uygulamasının nasıl yapıldığı,
sonucunun ne olduğu ve bu uygulama ile ilgili olarak verilen ucu açık sorunun/soruların cevabını
kapsar. Word dokümanı formatındaki sonuç raporları, turnitin sonucu ile birlikte her hafta en geç
PAZARTESİ günü 12:00 kadar ilgili haftanın asistanına e-mail olarak gönderilir. Bu tarihten sonra
verilen raporlar kabul edilmeyecek olup teslim edilemeyen raporlar “0” olarak değerlendirilecektir.
10) Deneye gelmeden önce ilgili deney ile ilgili güvenlik kaygısı ve MSDS bilgileri araştırılıp çalışılarak
deneye gelinmelidir. Deney öncesi yapılan pre-quizlerde ilgili deneye ait MSDS ve güvenlik kaygısı
ile ilgili en az bir sorudan sorumlu olunacaktır!
11) Deneye veya quize katılmayan öğrenciler mazeretlerini resmi bir belge ile (sağlık raporu gibi)
kanıtlamadığı sürece, katılmadıkları deneyin quiz ve rapor notu sıfır olarak işlenecektir.
2023-2024 BAHAR
Turnitin Sınıf Numarası: 42842213

Sınıf Kayıt Anahtarı: BYM2222GR1
Raporlar en geç deneyden sonraki hafta PAZARTESİ günü 23:59’a kadar Turnitin sistemine yüklenmelidir.
Her gruptan sadece bir üye kayıt yapmalı ve final raporunu yüklemelidir. ‘Your First Name’ sekmesine
TR/Grup numarası yazılmalıdır. ‘Your Last Name’ sekmesine ise deney adı yazılmalıdır. Bu sekmelere öğrenci
isim soy ismi yazılmamalıdır!
Raporlar Turnitin sistemine ön kapağı silinmeden yüklenmelidir. Sisteme geç yüklenen raporlardan puan
kırılacaktır.
Raporlar laboratuvar koordinatörüne e-mail ile, yazılı çıktıları ise deneyden sorumlu asistana deneyden sonraki
pazartesi günü elden teslim edilmelidir.
Her geç teslim için raporlardan 10 puan kırılacaktır.
BAŞARI VE DEĞERLENDİRME DURUMU
Yıl İçi Değerlendirme: %60
I. ara sınav %30
Quizler %6
Raporlar %14
(Laboratuvar raporunun %2’lik kısmı grup liderinin notu ile değerlendirilir)
*Proje Sunumları %10
Final: % 40
Proje Konusu: Hücre Biyolojisi ve Hücresel Mekanizmalar dersi temel prensipleri kullanılarak herhangi
bir Biyomühendislik sorununa çözüm oluşturacak bir proje tasarımı
Proje Son Gönderim Tarihi: 02.04.2024- 7. Hafta
DÖNEM SONU GEÇME NOTU(DC SINIRI) 45 OLACAKTIR.

SONUÇ RAPORU
2023-2024 BAHAR
DENEY ADI
DENEY SORUMLUSU Öğretim Üyesi :
DENEY SORUMLUSU Araştırma Görevlisi :

DENEYİN YAPILIŞ TARİHİ :
RAPOR TESLİM TARİHİ :
DENEY GRUBU:
Öğrencinin Öğrencinin Öğrencinin Grup
Adı - Soyadı Numarası İmzası Lideri*
* Eğer varsa, rapor yazımı sırasında liderlik yapan öğrencinin bulunduğu satıra “X” işareti
yazınız.
Deney sonuç raporu aşağıdaki bölümleri içerecektir.
SONUÇ RAPOR
1. Deneyin Amacı
2. Giriş (Teorik Bilgi)
3. Deneysel Yöntem
3.1. Deney Düzeneğinin Şematik Gösterimi ve Tanıtımı
3.2. Deney Koşulları
3.3. Güvenlik Kaygısı
4. Deney Verilerinin Saptanması ve Analizi
4.1. Deney Verileri
4.2. Grafikler/Denklemler/Hesaplamalar
5. Deney Sonuçları ve Yorum
6. Kaynaklar
1. Deneyin Amacı: Bu bölümde deneyin amacı, kısaca (50-100 kelimeyi aşmayacak şekilde) özetlenmelidir.
2. Giriş (Teorik Bilgi): Bu bölümde deneyin dayandığı teorik esaslar ve endüstriyel uygulama alanları,
kullanılan cihazların çalışma prensip ve teorilerine yönelik bilgi verilecektir. En az üç kaynak (referans)
taranmalıdır. Taranan her kaynak numarası verilerek ve ana metinde atıf yapılarak kullanılmalıdır. Bu bölüm
formüller içeriyorsa formüller de numaralandırılmalıdır. Aynı şekilde herhangi bir kaynaktan tablo veya grafik
alınmışsa; bunlara da gerekli işlem yapılmalıdır.
3. Deneysel Yöntem
3.1 Malzemeler ve Cihazlar: Deney sırasında kullanılacak malzemeler gerekiyorsa saflık ve edinildiği kaynak
belirtilerek listelenmelidir. Kullanılacak malzemeler ise hacim, vb. gibi özellikleri belirtilerek listelenmelidir.
Deney esnasında kullanılması gereken cihazlar ise marka ve tam isimleriyle listelenmelidir.
3.2 Deney Düzeneğinin Şematik Gösterimi ve Tanıtımı: Deney düzeneğinin mühendislik kurallarına uygun
olarak çizimi üzerinde önemli kısımlar numaralandırılmalıdır. Şekil altında verilen numara karşısında gerekli
açıklamalar yazılmalıdır.
3.3 Deney Koşulları: Deneyde gerçekleştirilen reaksiyon veya analizlerle ilgili olarak sıcaklık, basınç, süre,
karıştırma hızı, ışık dalgaboyu gibi parametrelerin birimleriyle beraber yazılması gerekmektedir. Eğer deney
koşulu sonucu doğrudan etkiliyorsa bu başlık altında belirtilmelidir.
3.4 Güvenlik Kaygısı: Deney esnasında kullanılan çözücü vb kimyasal maddelerin sağlık üzerine
etkileri MSDS (Material Safety Data Sheets) (www.hazard.com) etkileri yazılmalıdır.
4. Deney Verilerinin Saptanması ve Analizi: Deneyden elde edilen sonuçlar uygun şekilde (tablo, grafik)
verilmelidir. Beklenen sonuçlardan farklılıkları varsa nedenleri ile açıklanmalıdır. Deney yürütücüsünün deney
sonuçları ile ilgili istemiş olduğu soruların yanıtları bu bölümde cevaplandırılmalıdır. Bu bölüme varsa, deneyin
içeriği ve yapılışı hakkındaki öneriler de eklenmelidir. Gerekli olan istatistiki hesaplar burada yer almalıdır.
5. Deney Sonuçları ve Yorumlar: Deney sonuçları ve bunları analizi sonucunda elde edilen tüm veriler
kullanılarak deneyde istenen hedefe ulaşılıp ulaşılmadığı açıklanmalı, eğer ulaşılamadıysa sebepleri somut olarak
açıklanmalıdır. Elde edilen sonuçlar literatür bilgileriyle karşılaştırılarak yorumlanmalıdır. Gerekliyse, istatistik
hesaplamalar burada verilmelidir. Deney hakkında varsa öneriler belirtilmelidir.
6. Kaynaklar: Gerek kaynak taraması gerekse raporun diğer kısımlarında kullanılan kaynaklar aşağıdaki yazım
kurallarına göre sıralandırılmalıdır.
Yazarlar (önce soyadı, adının baş harfi). Tırnak içinde kaynağın başlığı. Kaynağın varsa yayıncısı veya editörü,
Cilt, Sayı, Sayfa, Yayın şehri ve Yayın yılı
Örnekler:
1. Bird, R.B., Stewart, W.E. and Lightfoot, E.N., “Transport Phenomena” John Wiley & Sons, Revised
Second Edition ed., 2007.
2. Yoshida, Y., Niki, E., Noguchi, N. “Comparative study on the action of tocopherols and tocotrienols
as antioxidant: chemical and physical effects”, Chemistry Physics Lipids, 123, 63-75, 2003.
Yıldız Teknik Üniversitesi Lisans Eğitim- Öğretim Yönetmeliği aşağıdaki linktedir.
http://www.ogi.yildiz.edu.tr/ogi/2
Kaynaklar :
• Cooper G. M., Hausman R. E., Hücre: Moleküler Yaklaşım, Çeviri Editörleri: Sakızlı M., Atabey N.,
Kalay E. 7. Baskıdan Çeviri, İzmir Tıp Kitabevi, 2016.
• Lodish, Harvey et al. Moleculer Hücre Biolojisi, Çeviri Editörleri: Geçkil H. 6. Baskıdan Çeviri, Palme
Yayıncılık, 2011.
• Güneş, Hasan Veysi. Moleküler hücre biyolojisi. İstanbul Tıp Kitabevi, 2018.
DENEY RAPORU VE ÖĞRENCİNİN DENEYİN YAPILIŞINA KATKISINI

DEĞERLENDİRME FORMU
2023-2024 BAHAR YARIYILI
Deney Adı: Tarih: …/…/20…
Grup No: Sonuç: KABUL / RED
Bölümler Not (=Puan x

Puan Ağırlık
Ağırlık)
Teorik Bölüm
Deneyin Amacı 0,01
Giriş (Teorik bilgi) 0,04
Deneysel Yöntem
Malzemeler ve Cihazlar 0,05
Yöntem ve Deney Koşulları 0,05
Deney Düzeneğinin Şematik Gösterimi ve Tanıtımı 0,05
Güvenlik Kaygısı 0,05
Deney Verilerin Saptanması ve Analizi
Deney Verileri 0,05
Grafikler/Denklemler/Hesaplamalar 0,10
Sonuçların Değerlendirilmesi
Genel Sonuçlar, Yorumlar ve Öneriler 0,30
Kaynaklar 0,05
Türkçenin Etkin ve Doğru Kullanımı 0,05
Benzerlik puanı* 0,20
* Bu puan Turnitin yazılımı kullanılarak belirlenmekte ve kaynakça puanlamaya dahil

edilmemektedir.
1. Eğer benzerlik puanı %30’un üzerinde ise, rapor kabul edilmeyecektir.
2. İntihal puanının %20-30 arasında olması durumunda tabloda intihal kısmına 75 puan
verilecektir.
3. İntihal puanının %20’nin altında olması durumunda tabloda intihal kısmına 100 puan
verilecektir.
Takım üyesi-Takım Lideri Değerlendirme Anketleri
● Her deney için grup içerisinden bir kişi grup liderliği görevi yürütecektir. Grup liderleri
o hafta deney süresince deneyin yürütülmesinden, talimat alıp verilmesinden, deney
raporundaki görev dağılımı, rapor hazırlığı, raporun son halinin birleştirilmesi gibi
görevlerden sorumlu olacaktır. Bu doğrultuda paylaşılacak olan online ‘Grup Üyelerinin
Takım Lideri Değerlendirme Formu’ üzerinden grup üyeleri takım liderinin bu vasıflarını
değerlendirecektir. Aynı zamanda takım lideri de online ‘Takım Liderinin Grup Üyelerini
Değerlendirme Formu’ formu üzerinden grup üyelerini teker teker talimat alıp-verme,
takım içi çalışma, rapora katkı sağlama açısından değerlendirecektir.
● Her öğrenci dönem boyunca en az bir kez takım liderliği görevi üstlenecektir.
*** Deneye geçerli mazeret doğrultusunda katılamayacak öğrencilerin laboratuvar

koordinatörü ile iletişime geçmeleri gerekmektedir.
Rapor:
1. Deneyin Amacı: Puan
A Deneyin amacını açıkça tanımlamış ve beklenen deney sonuçları belirtmiş. 100
B Beklenen deney sonuçları listelenmiş, ancak deneyin amacı ile açıkça ilişkilendirilmemiş 50
C Deneyin amacı ve beklenen deney sonuçları belirtilmemiş 0
2. Giriş (Teorik Bilgi):

A Hedefleri karşılayacak tüm değişkenleri tanımlamış. Teknik bir hata yok. 100
B Hedefleri karşılamak için gerekli değişkenlerden birkaçı eksik veya az teknik hata var. 50
C Hedefleri karşılamak için gerekli değişkenlerden birçoğu eksik veya ciddi teknik hata var. 0
3. Deneysel Bölüm
3.1 Deney düzeneğinin şematik gösterimi ve tanıtımı
A Tam ve doğru şema. Tanımlar şema ile ilintili. 100
B Bazı şekilsel veya teknik hatalar var veya tanımlar şema ile tam ilintili değil. 50
C Ciddi teknik hata var veya şema ve/veya tanım eksik. 0
3.2 Deney koşulları (Seçilen parametreler)

A Çalışılan tüm deney koşulları açıklıkla belirtilmiş. 100
B Bazı deney koşulları açıklıkla belirtilmemiş. 50
C Deney koşulları yeterince belirtilmemiş. 0
3.3 Güvenlik
A Deneyde kullanılan her kimyasaldan ve cihazdan kaynaklanan ciddi tehlikeler belirtilmiş. Alınan korunma 100
önlemleri, ilk yardım ve atık yöntemleri açıklanmış.
B Deneyde kullanılan kimyasaldan ve cihazdan kaynaklanan ciddi tehlikelerin bazısı belirtilmiş. Alınan 50
korunma önlemleri, ilk yardım ve atık yöntemleri açıklanmış.
C Birçok önemli nokta eksik veya çok hata var. 0
4. Deney Verilerinin Saptanması ve Analizi

4.1. Deney Verileri
A Seçilen parametreler kullanılarak hedefler doğrultusunda veriler toplanmış ve birimler kullanılmış. 100
B Seçilen parametrelerle veriler toplanmış fakat birimler kullanılmamış. 50
C Toplanan verilerin aralığı ve bunları kullanarak elde edilecek sonuçlarda ciddi hata ve eksiklik var. Birimler 0
kullanılmamış.
4.2. Grafikler, denklemler ve hesaplamalar

A Veriler tüm hedefleri karşılamak üzere kullanılmış, gerekli eşitlikler yazılmış, grafikler çizilmiş, varsayımlar 100
belirtilmiş ve hesaplamalar düzenli bir sırada sunulmuş. Birimler kullanılmış.
B Veriler tüm hedefleri karşılamak üzere kullanılmış, grafikler çizilmiş ve model denklemler yazılmış ancak 50
bazı adımlar okuyucunun anlayışına bırakılmış veya bazı varsayımlar belirtilmemiş
C. Önemli adımlar ve/veya varsayımlar ve birimler eksik 0
5. Sonuçların Değerlendirilmesi
A Sonuçlar toplu olarak yorumlanmış, hedeflere ulaşmadaki eksiklikler saptanmış ve gerekli önerilerde 100
bulunulmuş
B Sonuçlar toplu olarak yorumlanmış ancak hedeflere ulaşmadaki eksiklikler için öneride bulunulmamış 50
C Sonuçlar toplu olarak yorumlanamamış ve hiçbir öneride bulunulmamış 0
6. Kaynaklar
A Kaynaklara metin içinde atıfta bulunulmuş. Kaynaklar formata uygun olarak metin sonunda verilmiş 100
B Kaynaklara metin içinde atıfta bulunulmamış, fakat kaynaklar formata uygun olarak metin sonunda verilmiş 50
C Kaynaklara metin içinde atıfta bulunulmamış ve kaynaklar formata uygun olarak metin sonunda verilmemiş 0
Doküman No: MDK-FR-005; Revizyon Tarihi: 20.09.2019; Revizyon No:00
7. Türkçenin Etkin ve Doğru Kullanımı

A Cümleler bütünlük içinde, anlatım akıcı, dilbilgisi kurallarına uyulmuş. 100
B Cümleler bütünlük içinde, anlatım akıcı, dilbilgisi kurallarına uyulmamış 50
C Anlatım akıcı değil, dilbilgisi kurallarına uyulmamış 0
8. Öğrencinin Deneyin Başında Bulunması

A Öğrenci takım ruhu içindeydi. Deneyin başında bulundu. 100
B Deneyin başında bulundu ancak deneyin yapılışına ilgisizdi 50
C Öğrenci deneyin başında bulunmadı 0
9. Öğrencinin Deneyi Bizzat Yapması

A Öğrenci takım ruhu içindeydi. Deneyin yapılışına bizzat katkıda bulundu veya yaptı. 100
B Öğrenci takımıyla uyumu düşüktü, deneyin yapılışına ilgisizdi ve kısmen katkıda bulundu. 50
C Öğrenci deneyin yapılışına hiçbir katkıda bulunmadı. 0
Proje
2023-2024 BAHAR
PROJE ADI
PROJEDEN SORUMLU Öğretim Üyesi :
PROJEDEN SORUMLU Araştırma Görevlisi :

PROJE TESLİM TARİHİ :
PROJE GRUBU:
Öğrencinin Öğrencinin Öğrencinin Grup
Adı - Soyadı Numarası İmzası Lideri*
* Eğer varsa, rapor yazımı sırasında liderlik yapan öğrencinin bulunduğu satıra “X” işareti
yazınız.
2023-2024 BAHAR
GÜVENLİK TALİMATLARI
GÜVENLİK AÇIKLAMALARI
Biyolojik ajanlar (Virüsler, Bakteriler, Mantarlar, Endoparazitler) insanlarda enfeksiyon ve hastalıklara
neden olabilir ve çalışanlar için tehlike oluşturabilir. Topluma yayılması olası değildir; etkili koruma
veya tedavi genellikle alerjik veya toksik bir potansiyel mümkün iken mevcut olabilir.
Hücre Biyolojisi ve Hücresel Mekanizmalar dersi laboratuvarında Escherichia coli ve Bacillus subtilis
hücreleri kullanılacaktır (Biyogüvenlik Seviyesi 1).
Uyarı: Biyolojik bulaş; aerosollerin solunması, numunenin yutulması, cilde nüfuz etme veya göze veya
mukozaya doğrudan numune teması vs. yollarıyla olur.
Açıklama: Güvenlik talimatları online dersler kapsamında bilgi amaçlı verilmekte olup uygulama
yapıldığı zaman mutlak bilinmesi ve uyulması gereken talimatlardır.
GÜVENLİK ÖNLEMLERİ
• Laboratuarda çalışırken kapalı laboratuvar önlüğü, kapalı ayakkabılar, güvenlik

gözlükleri ve eldivenler giyilmelidir. Laboratuvarı terk etmeden önce laboratuar
önlüğünü ve eldivenlerini çıkarın ve kontaminasyonu önlemek için
tutamaçlara, düğmelere veya telefonlara dokunmayın.
• Kontamine olmuş giysiler etiketli bir torbaya koyulmalı ve dezenfektan ile
temizlenmelidir. Eldivenler tehlikeli atık konteynırlarına atılmalıdır.
• Laboratuardan çıkarken eller temizlenmeli, kontaminasyon durumunda
dezenfekte edilmelidir.
• Çalışmalar tamamlandığında, kullanılan yüzeyler % 70 EtOH kullanarak
dezenfekte edilmelidir.
• Tüm numuneler etiketlenmeli ve kapalı olarak saklanmalıdır.
• Eğer keskin obje kullanıyor iseniz dikkatli olunuz. İğne kullanıyorsanız,
doğrudan güvenli bir kutuya atınız.
• Laboratuvarı ve çalışma alanınızı daima düzenli ve temiz tutunuz.
• Laboratuvarda yemek yemek, içmek ve sakız çiğnemek yasaktır.
BİYOTEHLİKE ÖNLEMLERİ
• Laboratuvardan ayrılmadan önce laboratuvar önlüğünü çıkarınız ve ellerinizi yıkayınız - halka

açık alanlarda önlük giymekten kaçınınız.
• Eldivenleri çıkardıktan, örnekleri kullandıktan, laboratuardan çıktıktan vb. sonra ellerinizi sık sık
sabun ve suyla yıkayınız.
• Çalışma sırasında laboratuardaki ekipmanın ve yüzeylerin kontaminasyonunu en aza indirmek
için eldivenlerinizi sık sık değiştiriniz.
• Bütün atıkları otoklavlayınız, otoklavlamanın mümkün olmadığı sıvı atıkları kimyasal olarak
etkisiz hale getiriniz.
İLK YARDIM
• Açık yaraları akan suyla yıkayın, kanamalarını sağlayın ve yarayı dezenfekte edin. Göze sıçraması
durumunda, bol su ile yıkayın ve laboratuvar sorumlularına haber verin.
• Herhangibir kontaminasyon ve/veya fiziksel yaralanma durumunda laboratuvar sorumlularına ve
dersin sorumlu öğretim üyesi Prof. Dr. Dilek Turgut-Balık'a haber veriniz (oda no: A-131, lab
no:KMD 201-202, telefon:0212 383 4629).
• Yıldız Teknik Üniversitesi İş Sağlığı Ve Güvenliği Koord. İlk Yardım Kitapçığına

aşağıdaki linkten ulaşılabilir. http://www.isg.yildiz.edu.tr/images/files/tiek.pdf
• WHO Laboratory Biosafety Manual-Third Edition

https://www.who.int/csr/resources/publications/biosafety/WHO_CDS_CSR_LYO_2004
_11/en
YASAL MEVZUATLAR
• İş Sağlığı ve Güvenliği Kanunu

http://www.resmigazete.gov.tr/eskiler/2012/06/20120630-1.htm
• Biyolojik Etkenlere Maruziyet Risklerinin Önlenmesi
Hakkında Yönetmelik
• Kanserojen ve Mutajen Maddelerle Çalışmalarda Sağlık ve
Güven. Önlemleri Hakk. Yönetmelik
• Kimyasal Maddelerle Çalışmalarda Sağlık ve Güvenlik
Önlemleri Hakkında Yönetmelik
Deney 1
Mikroskopların Teorik ve Uygulamalı Olarak
Tanıtımı- I
GİRİŞ
Mikroskopi terimi, hayvan hücreleri, bitki hücreleri, mikroorganizmalar gibi çıplak gözle
görülemeyecek kadar küçük nesneleri görüntülemek için ışık veya elektronların ve lenslerin
kullanılmasını ifade eder. "Mikroskop" kelimesi Latince "küçük" anlamına gelen Mikro kelimesinin ve
"bakmak" anlamına gelen Yunanca skopos kelimesinin birleşimidir. Mikroskop, çok küçük nesneleri,
genel olarak 10-1000 kat büyüten ve nesnenin büyütülmüş görüntüsünü üreten optik bir alettir (1, 13).
Mikroskobun Tarihçesi
Mikroskobun mucidi tam olarak bilinmemekle birlikte, ilk olarak 1590 yılında bir tüpe çoklu lens
yerleştiren ve tüp önündeki nesnelerin büyük ölçüde genişlediğini gözlemleyen Hollandalı Hans ve
Zacharias Janssen tarafından bulunduğu kabul edilmektedir (1). 1609 yılında ise, İtalyan bilgin Galileo
Galilei, teleskopu küçük nesneleri büyütmek için kullanılabilecek bir mikroskoba dönüştürmek için daha
kısa odak uzaklığına sahip lensler kullanarak iki lensli bir dizi teleskop geliştirmiştir. 1624 yılında üç
dışbükey lens içeren teleskop geliştirmeyi başaran Galileo Galilei’nin bu icadına 1625 yılında Giovanni
Faber tarafından ilk defa mikroskop adı verilmiştir. Bugüne özgü mikroskobun ana prensiplerini ise 17.
yüzyılda İngiliz Robert Hooke ve Hollandalı Anton van Leeuwenhoek bulmuşlardır. 1665 yılında Robert
Hooke mikroskobu ile yapmış olduğu gözlemlerini ayrıntılı çizimleriyle “Mikrografya” adlı kitabında
yayınlamış ve bu kitapta mantardaki arı peteği biçimli boşluklar için biyolojinin en önemli kavramı olan
hücre terimini kullanmıştır. Anton van Leeuwenhoek ise mikroskobu ile canlı hücreler üzerine
çalışmıştır. Yaptığı çalışmalarla spermleri keşfetmiş ve kırmızı kan hücrelerinin yapısına, boyutuna dair
ilk doğru tanımı yapmıştır. Ayrıca, Leeuwenhoek bakterilerin varlığını gözlemleyen ilk bilim insanıdır
(2, 3).
Mikroskop Çeşitleri
Doku ve hücre preparatlarının mikroskobik analizi, deney sırasında numune bütünlüğünün belirlenmesi,
hücrelerin moleküler yapısının gözlemlenmesi ve dokuların bazı biyokimyasal aktivitelerinin
incelenmesi dahil olmak üzere çeşitli uygulamalarda yaygın olarak kullanılmaktadır. Mikroskoplar
genellikle ışık ve elektron mikroskopları olarak sınıflandırılmaktadır. Aralarındaki temel fark, ışık
mikroskoplarının görüntü oluşturmak ve ışığı odaklamak için bir dizi cam mercek kullanırken elektron
mikroskoplarının görünür ışık yerine elektron ışınını odaklamak için elektromanyetik mercekler
kullanmasıdır (4).
Işık Mikroskobu
Işık mikroskobu, görünür ışık kullanarak bir nesneyi büyüten ve görüntüyü yansıtan optik bir alet olarak
tanımlanır. Dikey mikroskop (upright), ters mikroskop (inverted) ve stereomikroskop üç temel ışık
mikroskobu türüdür (5). Bu mikroskoplar, örneğin yerleştirildiği tabaka, ışık kaynağı ve göz merceği,
kamera gibi çoğunlukla aynı bileşenlerden oluşur (6).
Şekil 1.1'de görüldüğü gibi dikey mikroskoplarda objektif merceği numunenin altında bulunurken ters
mikroskoplarda objektifler numunenin üzerine yerleştirilmiştir. Gözlemlenecek numunelere bağlı olarak
dikey veya ters mikroskop kullanımına karar verilmelidir. Dikey mikroskopta, ışık kaynağı ve konsandör
örnek tablasının altında bulunurken, objektifler tablonun üstündedir. Dikey ışık mikroskopları, yaşam
bilimleri laboratuvarlarında, lam ve lamel arasına sıkıştırılmış örnekleri ve fikse edilmiş hücreleri ve
doku örneklerini incelemek için yaygın olarak kullanılmaktadır. Ters mikroskoplar ise canlı hücre
görüntüleme için yararlı araçlardır çünkü hücreler, hiçbir işlem gerekmeksizin besiyeri
ortamlarındayken hücre kültürü kabının alt kısmında kolaylıkla incelenebilir. Ters mikroskopta, numune
objektiflerin üzerindedir ve ışık kaynağı tablanın altında yer alır, bu da çalışma alanını genişletir ve
örnek üzerinde değişiklikler yapmayı, çözeltileri değiştirmeyi veya örnek üzerine boya solüsyonları
eklemeyi kolaylaştırır. Ayrıca örnek ile objektif arasında herhangi bir etkileşim (çarpma vs.)
olmadığından dolayı daha steril koşullarda çalışma imkanı verirler (7).
Şekil 1.1. a) dikey ışık mikroskobu ve b) ters ışık mikroskobu (1).
Stereo Mikroskop
Stereomikroskoplar, örneklerin üç boyutlu yapıları hakkında bilgi edinmek, büyük boyutlu organizmalar
incelenemek ve diğer büyük büyütme gerektirmeyen uygulamalar (100x) için kullanılır. Geniş bir
çalışma alanına ve geniş bir görüş alanına sahiptir ve büyük objektifleriyle büyütme ve küçültme
yapabilmesini sağlar, böylelikle hayvanların anatomik yapısının (diseksiyon) gözlemlenebilmesini ve
canlı organizmalar üzerinde kolayca değişiklik yapılabilmesini sağlarlar. Uygulamaya bağlı olarak
stereomikroskoplardaki ışık kaynağı, kontrast veya gölge sağlamak için numunenin üstüne, altına veya
yanına yerleştirilebilir (4).
Şekil 1.2. a) Bir stereomikroskopun görüntüsü ve b) Chaoborus larvalarının stereomikroskop altındaki
görüntüsü (10x) (12).
Polarize Işık Mikroskobu
Polarize ışık mikroskopları, izotropik ve anizotropik malzemelerin kantitatif ve kalitatif analizinin

yapılmasını sağlarlar. İzotropik malzemeler, ışığın yönüne bakılmaksızın aynı kırılma indisine sahip
olan malzemelerdir. Bununla birlikte çift kırılımlı malzemeler olarak da adlandırılan anizotropik
malzemeler ise, birden fazla kırılma indisine sahip olan malzemelerdir. Polarize ışık mikroskopları
yüksek hassasiyete sahiplerdir ve polarize ışık kullanımı sayesinde çift kırılmalı malzemelerden yüksek
kaliteli görüntüler elde edilir (8, 10). Polarize bir ışık mikroskobu iki polarizörden oluşur. Merceğin
önünde ışık kaynağı yönünde bulunan ilk polarizör, halojen veya ark lambasından gelen ışığın polarize
edilmesini sağlar. Objektifin arkasındaki görüntüleme yolunda bulunan ve analizör olarak da
adlandırılan diğer polarizer ise, numuneden geçtikten sonra polarize ışığın analiz edilmesini sağlar.
Mikroskobun analizör kısmı ışığın çoğunu bloke eder ve bu nedenle elde edilen görüntü, çift kırılmalı
veya optik olarak anizotropik olan numune bölümleri dışında karanlıktır (10). Polarize ışık
mikroskopları genellikle opak anizotropik ve ferromanyetik malzemelerin metalografik kısımlarını
incelemek için kullanılır. Metalik malzemelerin optik özelliklerinin, tane büyüklüğünün ve biçiminin,
yönünün ve fazının dağılımının gözlemlenmesini sağlarlar. Biyolojik makromoleküller, mineral lifler,
seramikler, polimerler vb. gibi çok çeşitli maddeler de bu mikroskoplarda incelenebilirler (11).
Şekil 1.3. a) Polarize ışık mikroskobunun bileşenleri ve b) C vitamini kristalleri, 100x (12).
Faz Kontrast Mikroskobu
Faz kontrast mikroskopları, mikrobiyoloji ve yaşam bilimleri laboratuvarlarında canlı organizmaların iç

yapılarının ayrıntılı analizlerini sağlayan yararlı araçlardır. Analizler için herhangi bir fiksasyon veya
boyama işlemi gerekmez. Genellikle boyanmamış canlı hücreleri, hücre içi yapılarını, sili ve kamçı gibi
zar yapılarını incelemek ve yüksek büyütmelerde detaylı görüntüler elde etmek için kullanılır. Sıvı
ortamda bir mikroorganizma veya hücreyi analiz etmek ve iç yapılarını gözlemlemek çok zordur çünkü
numunenin ve sıvının kırılma indisi birbirine çok yakındır ve insan gözü bu ayrımı fark edemez (13).
Faz kontrast mikroskobu, boyanmamış organizmaları gözlemlemek için kontrast oluşturur ve bu nedenle
hücre bileşenlerinin kırılma indislerindeki farklılıkları görselleştirir. Örneğin, hücrenin daha kalın
kısımları, içinden geçen ışığı, sitoplazmanın daha ince kısımlarından daha fazla tutar, bu da numunenin
görüntüsünde faz farklılıklarına neden olur (4). Faz kontrast mikroskobu, ışığın dalga boyunu kısaltarak
ve genliğini değiştirerek bu faz farkını gözlemleme imkanı sağlar (8). Işık mikroskoplarına çok
benzemelerine rağmen, özel faz yoğunlaştırıcı ve faz objektif lensler içerirler. Işık mikroskobu bu
bileşenlerin eklenmesiyle faz kontrast mikroskobuna dönüştürülebilir (4).
Şekil 1.4. Bakteri ve lökositlerin aydınlık alan (üst) ve faz kontrast görüntüsü (alt) (14).
Fluorescence Microscopy
Floresan mikroskobu, nesnelerin ışığın kısa dalga boylarını (ultraviyole) absorbe etme ve daha uzun
dalga boylu ışık (görünür) sağlama prensibinden yararlanmaktadır. Bazı numuneler kendiliğinden
floresan ışıma yapsa da, örneklerin çoğu floresan değildir ve floresan izotiyosiyanat (FITC), DAPI,
propidium iyodür vb. gibi florokromlar olarak bilinen floresan boyalarla boyanarak incelenmelidirler.
Floresan mikroskobunda, ultraviyole, mavi veya mor ışık numuneye yönlendirilir ve floresan ışık ile
yayan madde görüntülenir. Güçlü bir ışık demeti oluşturmak için cıva buharlı lamba, lazerler ve LED'ler
gibi ışık kaynakları kullanılır ve bu kaynaklardan elde edilen ışık, istenen dalga boyunun aktarıldığı bir
uyarıcı filtreden geçirilir. Kondensatör, koyu bir arka plan oluşturarak floresan ışıklı nesneleri görmeyi
kolaylaştırır ve lensin arkasına yerleştirilen filtre ise, görüntü kontrastını azaltmak için UV, mavi veya
mor ışık kirliliğini önler. Floresan mikroskobu esas olarak, florofor etiketli antikorlar kullanılarak
spesifik işaretleme olarak bilinen immünofloresan tekniğiyle bilinmeyen türlerin ve organizmaların
hücre içi bölümlerinin incelenmesi için kullanılır (4, 13).
Şekil 1.5 a) Floresan mikroskobun kısımları b) pulmoner arter endotel hücrelerinin floresan mikroskop
görüntüsü.
Konfokal Lazer Mikroskobu
Konfokal mikroskop, floresan etiketli kemik, beyin ve diğer dokuların ve embriyolar gibi küçük
organizmaların incelemesi için sıklıkla kullanılır. Hücre altı bileşenlerinin, işlevlerinin ve hücre /
organizma yapılarının yüksek çözünürlükte net bir şekilde görüntülenmesini sağlar. Konfokal
mikroskopların temel avantajı, çevreden gelen ışığın detektöre ulaşmasını engellemesi ve ışığı tek bir
düzlemde toplayarak numunenin “optik kesitinin” gözlemlenmesini sağlamasıdır. Temel olarak, gelen
ışık filtreden yansıtılır, bir tarama ışınına dönüştürülür ve objektif lens yardımıyla floresan etiketli
numune üzerindeki tek bir küçük noktaya odaklanır. Yansıyan ışık ve numunenin yaydığı floresan ışığın
karışımı objektiften geri geçirilir ve numune üzerindeki tek bir noktadan yayılan floresan ışığın
toplanmasına izin veren bir fotodetektöre odaklanır. Böylelikle odak noktası etrafında saçılan ışık
ortadan kaldırılır ve taranan örnek yüksek çözünürlükte görüntülenebilir ve hatta 3D görüntüsü
oluşturulabilir (7). Konfokal mikroskopi tekniği, hücrelerin ve dokuların canlı görüntülenmesi ve doku
mühendisliği iskelelerinin karakterizasyonu için yaygın olarak kullanılmaktadır (15).
Şekil 1.6. a) Bir konfokal mikroskobun bileşenleri ve b) bir papatya poleninin üç boyutlu görüntüsü.
X-Işını Mikroskobu
X-ışını mikroskobu, numunenin farklı bölgelerinin X-ışını absorpsiyonundaki farklılara göre

malzemelerin iç özellikleri hakkında bilgi veren kontrast görüntü oluşturmak için yaygın olarak
kullanılır. X ışınları, daha kısa dalga boylarına ve görünür ışıktan çok daha yüksek enerjiye sahip bir
elektromanyetik enerji biçimidir. X-ışını mikroskopları, malzemelere nispeten derinlemesine nüfuz
etmeyi sağlayan, ışık ve elektron mikroskoplarının çözünürlükleri arasında bir çözünürlük sunan ve 10-
0.01 nm dalga boyuna sahip X-ışınları uygular (16). Ayrıca X-ışını mikroskobu, malzemelere zarar
vermeden karakterizasyonuna ve yapısal detayların yüksek kontrastlı gözlenmesine imkan sağlar. X-
ışını mikroskopları kullanılarak ıslak veya donmuş dokular veya biyomalzemelerin analizi
yapılabilmektedir (17).
Şekil 1.7. X-ışını mikroskobu (solda) ve insan elinin X-ışını görüntüsü (sağda)
Elektron Mikroskobu
Elektron mikroskobu, virüsler veya hücrelerin iç yapıları ve ışık mikroskopları altında görselleştirilmesi
zor olan ve yaklaşık 0,2 mm'den küçük örnekleri incelemek için yaygın olarak kullanılır. Elektron
mikroskopları, görünür ışık yerine hızlandırılmış elektron ışınları kullanır ve elektronların görünür
ışıktan daha kısa dalga boylarına sahip olması nedeniyle daha iyi çözünürlüğe sahiptir. Işık
mikroskobuna göre daha yüksek büyütme oranına ve daha geniş bir alan derinliğine sahip oldukları için
yüksek çözünürlüklü görüntüler oluşturabilirler. Elektron mikroskobunda elde edilen görüntüler her
zaman siyah beyazdır ancak numunelerin belirli özelliklerini vurgulamak için bilgisayar destekli
renklendirme kullanılabilir. Elektron mikroskobu, cam lens yerine elektromanyetik lensler kullanarak
elektron demetini numuneye yönlendirir. İki temel elektron mikroskobu türü vardır: Transmisyon
Elektron Mikroskobu (TEM) ve Taramalı Elektron Mikroskobu (SEM) (13, 18).
TEM, biyoloji, tıp, malzeme bilimleri ve yer bilimleri gibi farklı alanlarda yaygın olarak
kullanılmaktadır. TEM'de, bir elektron tabancasından gelen elektron ışınları, bakır örgü ızgara üzerinde
analiz için özel olarak hazırlanmış ultra ince numuneye elektromanyetik mercek tarafından yönlendirilir.
Elektron ışını probun içinden geçer, ardından bir elektromanyetik merceğe gelir ve elektronlar sonunda
bir projektör merceği tarafından yönlendirilir. TEM, numunelerin 10.000–100.000× büyütülmesine
olanak verir, bu nedenle hücre içi organeller gibi detaylı yapılar görüntülenebilir (13).
Şekil 1.8. a) Bir TEM şeması b) SARS-CoV-2 virüsünün TEM görüntüsü (NIAID)
SEM'de, bir elektron tabancası kullanılarak elektromanyetik bir mercek aracılığıyla iletilen ve
numunenin yüzeyi boyunca yönlendirilen birincil elektron ışını üretilir. Birincil elektron ışını, numune
yüzeyindeki elektronları ortadan kaldırır ve yayılan ikincil elektronlar daha sonra bir dedektöre aktarılır.
SEM numuneler 1.000–10.000× büyütebilir ve hücre, virüs vb. Yapıların yüzeylerinin incelenmesine
olanak sağlar (13).
Şekil 1.9. a) Bir SEM şeması b) İnsan kan hücrelerinin SEM görüntüsü (National Cancer Institute).
Atomik Kuvvet Mikroskobu
Atomik kuvvet mikroskobu (AFM), numunenin yüzeyi hakkında ayrıntılı bilgi elde etmek için numune
üzerine yerleştirilmiş küçük bir metal veya elmas probu kullanan taramalı elektron mikroskobu
yöntemidir. Prob, analiz sırasında numune yüzeyini tarar ve bir 3D görüntü oluşturur. Prob yüzeyde
hareket ederken, yüzey ile atomlar arasında oluşan çekici ve itici kuvvetler, prob üzerinde bir kuvvet
oluşturur ve yüzeydeki atomların bir haritasını sağlar. AFM, herhangi bir özel numune hazırlığı
gerektirmeden biyolojik numuneleri ve moleküler prosesleri atomik seviyede analiz etmek için
kullanılabilir (13). AFM kullanılarak sentetik ve biyolojik membranlar, mikroorganizmalar,
biyomalzemeler vb. gibi numuneler incelenebilir ve numunelerin fiziksel, manyetik veya kimyasal
özellikleri ve fiziksel topografyası elde edilir (19).
Şekil 1.10. AFM’nin mekanizması (sağda) ve E. coli'nin AFM görüntülerinin (sol).

DENEYSEL BÖLÜM
Bu deneyde her grup, bir önceki deneyde kullandıkları ışık mikroskopları aracılığıyla yaprak kesitlerini
birkaç farklı büyütmede inceleyecek. Bu nedenle her grubun laboratuvara birkaç yaprak getirmesi
beklenir.
TARTIŞMA VE ÇİZİMLER
ÖDEV SORULARI
1. Aşağıdaki elektron mikroskobu ile görüntülenen hücrelerden hangisinin prokaryotik hangisinin

ökaryotik hücrelere ait olduğunu belirleyin. Prokaryotik ve ökaryotik organizmalar arasındaki
farkları açıklayın ve bu organizmalara birkaç örnek verin.
2. Aşağıda E. coli bakterisine ait bir TEM görüntüsü görmektesiniz. Numaralandırılmış

kısımlardaki hücre yapılarını belirleyiniz ve bu yapıların hücredeki fonksiyonunu detaylıca
açıklayınız.
KAYNAKLAR
1) B. R. Masters, "History of the optical microscope in cell biology and medicine," e LS, 2001.
2) J. L. Slonczewski and J. W. Foster, Microbiology: An evolving science: Third international student
edition. WW Norton & Company, 2013.
3) H. Gest, "The discovery of microorganisms by Robert Hooke and Antoni Van Leeuwenhoek, fellows
of the Royal Society," Notes and records of the Royal Society of London, vol. 58, no. 2, pp. 187-
201, 2004.
4) Paddock, S. (2010). Microscopy. In K. Wilson & J. Walker (Eds.), Principles and Techniques of
Biochemistry and Molecular Biology (pp. 100-137). Cambridge: Cambridge University Press.
5) Murphy, D.B. and Davidson, M.W. (2012). Fundamentals of Light Microscopy. In Fundamentals of
Light Microscopy and Electronic Imaging (eds D.B. Murphy and M.W. Davidson).
6) Lawlor, D. (2019). The Anatomy of the Microscope. In Introduction to Light Microscopy (1st ed.,
pp. 49-55). Springer.
7) Girkin, J. (2019). Basic Microscope Optics. A Practical Guide to Optical Microscopy (1st ed.). CRC
Press.
8) Dombrowski, R. T. (2013). Microscopy techniques for analyzing the phase nature and morphology
of biomaterials. Characterization of Biomaterials, 1–33.
9) Hard, R., Hipp, J., Tangrea, M., & Tomaszewski, J. (2014). Applications of Image Science in
Pathology and Cell Biology.
10) Oldenbourg, R. (1998). Chapter 10 Polarized Light Microscopy of Spindles. Methods in Cell
Biology, 175–208.
11) Holik, A. S. (2001). Optical Microscopy. Encyclopedia of Materials: Science and Technology,
6458–6463.
12) Berdan, R. (2019). Crystals Photographed with Polarization Microscopy - The Canadian Nature
Photographer. Retrieved 12 March 2021, from
https://www.canadiannaturephotographer.com/crystals_polarizedlight.html
13) N. Murugalatha microbiological techniques 2019
14) Neuendorf, J. (2014). Distinct differentiation of urine sediments requires Phase Contrast as a method
of choice. Retrieved 13 March 2021, from https://moticeurope.blogspot.com/2015/03/distinct-
differentiation-of-urine.html
15) Wang, S. & Larina, Irina. (2017). High-resolution imaging techniques in tissue engineering.
16) Zhou, X., & Thompson, G. E. (2009). Electron and Photon Based Spatially Resolved Techniques. In
Shreir's Corrosion Elsevier BV.
17) Egerton, Ray F. 2016. An Introduction to Microscopy. Physical Principles of Electron Microscopy:
An Introduction to TEM, SEM, and AEM, 2nd ed., 1-25.
18) Terim Kapakin, K. A. 2006. Scanning- Elektron Mikroskobu. YYÜ Vet Fak Derg, 17 (1-2):55-58
19) Hameed, Bahrudeen & Bhatt, Chandra & Nagaraj, Bharathkumar & Suresh, Anil. (2016).
Chromatography as an Efficient Technique for the Separation of Diversified Nanoparticles.
10.1016/B978-0-12-812792-6.00019-4.
Deney 2
Mikroskopların Teorik ve Uygulamalı Olarak
Tanıtımı - 2
Deneyin Amacı
Hücre Biyolojisi Laboratuvarında kullanılan mikroskoplar hakkında bilgi sahibi olmak ve deneyim
kazanmak.
Işık Mikroskobu
İnsan gözü 100 µm’den daha küçük nesneleri göremez. Işık mikroskobu, bu nesnelerin mercek
yardımıyla büyütülmüş bir görüntüsünü oluşturan, böylece gözle görülemeyen nesnelerin
incelenebilmesine olanak sağlayan önemli bir alettir [1].
Işık Mikroskobunun Parçaları
Genel olarak ışık mikroskobu mekanik, aydınlatma ve optik olmak üzere 3 kısımdan oluşur [2, 3] (Şekil
2.1).
1) Mekanik Kısım
Mikroskobun optik kısmının dengeli bir şekilde çalışmasını sağlayan ana kısımlardan (gövde tüpü,
mikroskop kolu, mikroskop ayağı, tabla, şaryo, objektif taşıyıcı) ve görüntü ayarlarının yapıldığı
parçalardan (ayar (odaklama) düğmeleri) oluşur. Mekanik kısmın temel görevi; optik birimlerin aynı
eksen üzerinde birbirleri ile uyumlu olarak çalışmasını sağlamaktır.
• Gövde Tüpü: Üst kısmında oküleri alt kısmında ise objektifleri taşıyan silindir bir parçadır.
• Kol: Mikroskobun üst kısmıyla ayak kısmını birbirine bağlayan, ayrıca mikroskobun tutularak
taşınmasında görev alan kısımdır.
• Ayak: Mikroskobun dik bir şekilde dengede durmasını sağlamak amacıyla zeminle (mikroskop
tabanı) temas eden kısımdır.
• Tabla: Objektif ile ışık kaynağı arasında yer alan, ortası delik kısımdır. Preparat, tablanın üzerine
yerleştirilir. Işık kaynağından gelen ışık, ilk olarak delikten ve daha sonra preparattan geçerek
objektife ulaşır.
• Şaryo: Preparatın mikroskop tablası üzerinde, sağa-sola ve ileri-geri yer değiştirerek, değişik
alanlarının incelenmesini sağlayan düzenektir. Preparat, şaryonun vidaları sayesinde istenilen yönde
milimetrik olarak hareket ettirilebilir.
• Objektif Taşıyıcı (Revolver): Gövde tüpünün alt ucuna takılı olan, her iki yöne de sınırsız dönebilen
bu sayede objektiflerin değiştirilebilmesini sağlayan kısımdır.
• Ayar (Odaklama) Düğmeleri: Preparatın belirgin ve net görülebilmesi için kullanılan kısımdır. İki
ayar düğmesi vardır:
1. Kaba Ayar Düğmesi (Makrovida): Net görüntü için, preparat ile objektif arasındaki uzak
mesafeleri ayarlayan hareket mekanizmasıdır.
2. İnce Ayar Düğmesi (Mikrovida): Net görüntü için, preparat ile objektif arasındaki uzaklığı,
milimetrenin onda biri ya da yüzde biri kadar yaklaştırıp uzaklaştırarak kısa mesafeleri
ayarlayan hareket mekanizmasıdır [2, 3].
2) Aydınlatma Sistemi
İncelenmek istenen preparatın, uygun biçimde aydınlatılmasını sağlayan kondansör, iris diyaframı ve
ışık kaynağından oluşan kısımdır.
• Kondansör: Tabla ortasındaki açıklığın altında yer alan mercekler sistemi veya tek bir
mercekten oluşan kısımdır. Kondansör, ışık kaynağından gelen ışınları toplayıp, incelenen
preparat üzerine gönderir.
• İris Diyaframı: Gelen ışığın miktarını ayarlayan kısımdır.
• Işık Kaynağı: Genellikle kondansör altında yer alan ayak üzerine yerleştirilmiş düşük voltajlı
bir ampuldür [2, 3].
3) Optik Kısım
• Oküler mercek sistemi: Mikroskop tüpünün üst kısmında bulunur. Objektiflerin oluşturduğu
ters görüntüyü daha da büyüterek, gerçek görüntüye dönüştürür ve göze ulaştırır. Genelde
monoküler mikroskoplar 10x büyütme gücüne sahiptir. Bu, okülerin bir görüntüyü 10 kat büyük
hale getirdiği anlamını taşır.
• Objektif mercek sistemi: İlk büyütmenin gerçekleştiği kısımdır. Gövde tüpünün alt kısmında
bulunan objektif taşıyıcı adı verilen döner sisteme bağlanmışlardır. Cismi büyüterek ters görüntü
sağlar. Genellikle 4x, 10x, 40x ve 100x objektifler bulunur [2,3].
Objektif ve okülerin büyütme gücünün çarpımı ile mikroskobun büyütme gücü hesaplanır [4]
(Tablo 1).
Tablo 2.1. Mikroskobun büyütme gücü [4]

Şekil 2.1. Mikroskobun parçaları [2]
Preparat Hazırlama
Bitki ve hayvan dokuları iki şekilde incelenir:
• 1. Canlı inceleme
• 2. Cansız inceleme
1. Canlı İnceleme
Canlı incelemede, bitkilerin çeşitli kısımlarından bistüri yardımıyla kesitler alınır. Kesit örneği lam
üzerine yerleştirilir ve üzerine bir damla su damlatılır. Daha sonra örnek üzerine lamel yerleştirilerek,
lamel dışına çıkan su peçete yardımıyla temizlenir. Hayvanlarda ise canlı inceleme daha çok kan, lenf,
serebrospinal sıvı gibi dokulara uygulanır. İlk olarak, örnek sıvısı temiz bir lam üzerine damlatılır. Daha
sonra baloncuk kalmayacak şekilde üzerine lamel yerleştirilir. Hazırlanan bu yapılara preparat denir.
Preparat daha sonra mikroskop altında incelenir [5,6].
2. Cansız İnceleme
Cansız dokuların incelenmesin de bitki ve hayvan dokularından alınan örnekler, parafin tekniği
kullanılarak daimî preparatlar haline getirilirler. Dokulardan daimi preparatlar hazırlamak için aşağıda
verilen işlemlerin sırasıyla uygulanması gerekir:
a) Doku Fiksasyonu; amaç dokunun canlıdaki yapısına benzer şekilde muhafaza edilmesini
sağlamaktır. Bunun için çeşitli fiksatifler kullanılır.
b) Örneğin Kasetlere Transferi; Fiksasyondan sonra, numuneler, uygun şekilde etiketlenmiş bir
doku kasetine yerleştirilir ve diğer işlemler başlayana kadar formalin içerisinde saklanır.
c) Doku İşleme (Dehidrasyon, Saydamlaştırma, Gömme); Doku işlemenin ilk basmağında, dokudan
su ve formalini çıkarmak için doku artan alkol konsantrasyonlarına batırılır. Bu işlem basamağına
dehidrasyon denir. Daha sonra saydamlaştırma için doku ksilen gibi bir organik çözücüde
bekletilir. En son basamakta ise doku, kesim işleminin kolaylaştırılabilmesi için bir gömme ajanı
(genellikle parafin mumu) içine yerleştirilir. Hazırlanan bu yapıya blok adı verilir.
d) Kesme; Bloklar, mikrotom aracılığıyla ince kesitler halinde kesilir ve bu kesitler lam üzerine
yerleştirilir.
e) Boyama: Çoğu hücre saydamdır. Bu nedenle, histokimyasal boyalar (tipik olarak hematoksilin ve
eozin) doku kesitlerine renk sağlamak için kullanılır, bu da dokuları daha görünür hale getirir.
Boyamanın ardından, örneği korumaya yardımcı olmak için optik geçirgen yapıştırıcı kullanılır
ve örneğin üzeri lamel ile kapatılır. Hazırlanan bu yapılara daimi preparat adı verilir [5,6].
Mikroskop Kullanımı
1) Mikroskop, sert ve düz bir zemin üzerine yerleştirilir.

2) Objektif tutucusu döndürülerek en düşük güçlü objektifin tüpün altına gelmesini sağlanır. Daha
sonra ışık kaynağı açılır.
3) Preparatın bulunduğu lam tablaya yerleştirilerek, lam sıkıştırma klipsleri yardımıyla sabit hale
getirilir.
4) İlk olarak kaba ayar düğmesi ile çalışma uzaklığı ayarlanır. Bu noktada objektif lama
değmemesine dikkat edilmelidir.
5) Çalışma uzaklığı mümkün olduğu kadar azaltıldıktan sonra okülerden bakılır. Mikroskobun bir
adet görme oküleri varsa bile, mikroskop iki göz açık bir şekilde kullanılır.
6) Preparat şaryo ile görüş alanı içine alınır ve ortalanır.
7) Preparat ortalandıktan sonra ince ayar düğmesi kullanılarak, mümkün olan en keskin ve en net
görüntü elde edilmeye çalışılır.
8) Daha sonra lam yerinden oynatılmadan veya ince ayar düğmesine dokunmadan objektif tutucuyu
döndürülür ve yüksek güçlü objektif tüpün altına getirilir.
9) Okülerden bakılır ve sadece ince ayar düğmesi kullanılarak görüntü netleştirilir.
Önlemler
Mikroskop hassas ve pahalı bir alet olduğu için aşağıda belirtilen önlemlerin dikkate alınması
gerekmektedir.
1) Mikroskop, çalışma alanına düzgün bir şekilde yerleştirilmeli, gerek olmadığı sürece başka bir
yere taşınmamalıdır. Taşınması gerektiğinde, mikroskop kol kısmından tutulmalı ve tabanı
desteklenerek dik bir şekilde taşımalıdır. Mikroskop asla baş aşağı döndürülmemelidir.
2) Mikroskobun merceklerine asla el ile dokunulmamalıdır.
3) Merceğin temizliği peçete gibi bir malzemeyle değil özel mercek temizleme kağıdı kullanılarak
yapılmalıdır. Aksi takdirde merceklerin çizilmesi gibi bir sorun ortaya çıkabilir.
4) Mikroskop kullanılmadığı süre zarfında veya kapatılırken en düşük güçlü objektifin seçili
olduğuna dikkat edilmelidir.
5) Sıvı örnek ile çalışılırken, sıvıların (boya gibi) objektife temasını engellemek için daima lamel
kullanılması gerekmektedir. Sıvının merceğe temas etmesi durumunda ise derhal sorumlu
laboratuvar asistanına bildirilmelidir.
6) İmmersiyon objektifi (yağ daldırma objektifi, 100x) kullanımı için özel immersiyon yağları
kullanılmaktadır. Bu nedenle, söylenmediği takdirde immersiyon objektifi kullanılmamalıdır.
Çeşitli Preparatların İncelenmesi ve Tartışma
Ödev Sorusu
1) Aşağıdaki hücre görüntülerinden hangisinin hayvan hücresi hangisinin bitki hücresine ait
olduğunu belirleyin. Bu hücre türleri arasındaki farkları açıklayın ve birkaç örnek verin.
2) Memeli ve sürüngenlerin periferik dolaşımındaki alyuvarlarının (eritrosit) mikroskop görüntüleri

aşağıda verilmiştir. Bu kan hücreleri arasındaki farkları yorumlayarak, bu farkların nedenlerini
tartışınız.
Kurbağa alyuvarı İnsan alyuvarı

Kaynaklar
[1] W. J. Croft, Under the microscope: a brief history of microscopy. World Scientific, 2006.
[2] T. Sandle, Pharmaceutical microbiology: essentials for quality assurance and quality control.
Woodhead Publishing, 2015.
[3] L. S. Klamm, "Klamm’s Microbiology Laboratory Manual," 2019.
[4] G. J. Tortora, B. R. Funke, C. L. Case, D. Weber, and W. Bair, Microbiology: an introduction.
Benjamin Cummings San Francisco, CA, 2004.
[5] H. Gärtner, F. H. Schweingruber, Microscopic Preparation Techniques for Plant Stem Analysis,
Swiss Federal Research Institute WSL Landscape Dynamics, 2013
[6] T. Ceylan, M. A. Ünal, Patoloji ve Histoloji Laboratuvarı Uygulama Kitabı, Kapadokya
Üniversitesi -Sağlık Bilimleri Serisi VII, 2020.
Deney 3
Sterilizasyon ve Besi yeri Hazırlama
GİRİŞ
Mikroorganizmaların doğal ortamda saf halde bulunması çok nadir gerçekleşen bir durumdur.
Çeşitli amaçlar için kullanılacak olan mikroorganizmaların, bulundukları karışık kültürden ayrılarak saf
şekilde elde edilmesi gerekmektedir. On dokuzuncu yüzyılın sonlarında Koch‘un çalışmalarının
devamında, mikrobiyologlar temel teknikleri laboratuvarda bakteri kültürü için kullanmışlardır [1].
Besiyerleri, mikroorganizmaların geliştirilmesi için formülize edilmiş yapay ortamlar olarak

tanımlanmaktadır. Bu yapay ortamlar mikroorganizmaların kullanıldığı farklı analiz ve yöntemlerde
farklı amaca göre tasarlanmaktadır. Mikroorganizmaların tanımlama, sayım, klinik örnek incelemeleri,
antibiyotik ve vitamin analizleri, duyarlılık testleri gibi analizlerin yanında gıda, su ve çevre kontrolleri
gibi amaçlarla kullanılmasında bu ortamların doğru şekilde formülize edilmesi gerekmektedir.
Mikroorganizmalar insan sağlığı açısından tanısal amaç taşır. Hastalık yapıcı etkenlerin, ilgili
vücut bölgelerinden üretilmesi sonucunda hastalık belirlenebilir ve takiben patojen mikroorganizmaların
besiyerlerinde antimikrobik maddelere duyarlılıkları saptanabilmektedir. Böylece hastalara tedavi
yaklaşımları önerilebilmekte ve tedaviye hastanın verdiği cevap takip edilebilmektedir. Buna ek olarak,
mikroorganizmalar aşı, antiserum veya antijen gibi gerekli maddelerin elde edilmesi ve bilimsel
araştırma amaçlarıyla da kullanılabilmektedir. Çevremizde bulunan ve insan sağlığına etki eden su, süt
ve çeşitli besin maddeleri, bazı ortam ve araçların taşıdığı mikroorganizma içeriği açısından belli
aralıklarla kontrol edilmeleri toplum ve çevre açısından önem taşımaktadır.
Mikroorganizma aracılı gerçekleştirilen çalışmalarda sterilizasyon, dezenfeksiyon ve antisepsis

uygulamalarının doğru şekilde yapılması, sağlık ve çalışma ortamı güvenliği açısından kritik önem
taşımaktadır. Bu uygulamalar doğru şekilde yapılmadığı takdirde, yanlış tanı, hatalı ürün elde edilmesi,
çalışma ortamının kontaminasyonu, araştırmacılar veya çalışanlarda enfeksiyon sorunları, ortaya
çıkabilir.
Sterilizasyon, Dezenfeksiyon ve Antisepsis Uygulamaları
Sterilizasyon, dezenfeksiyon ve antisepsis ilkelerinin iyi anlaşılması, yanlış uygulamaları

önlemek ve laboratuvarlarda biyogüvenliği sağlamak için gereklidir [2].
Sterilizasyon, kısaca mikroorganizmaların tamamen elimine edilmesi veya öldürülmesi olarak

tanımlanır. Sterilizasyon işleminde mikroorganizmaların endosporları dahil olmak üzere elimine
edilmektedir. Diğer bir deyişle, sterilizasyon, bir ortamı veya maddeyi tüm canlı mikroorganizmalardan
arındırmak için uygulanan bir işlemdir. Steril olma koşulu, sterilizasyon işleminden sonra çevrede bir
milyon mikroorganizmada birdir. Yani sterilizasyon için kabul edilebilir limit (sterilite güvence limiti)
10-6 olarak ifade edilir. Laboratuvar uygulamalarında, yöntemle tutarlı olarak farklı sterilizasyon
teknikleri uygulanabilir.
Dezenfeksiyon, sporlar dışındaki tüm mikroorganizmaların ortadan kaldırılması işlemidir.

Dezenfeksiyon genellikle cansız yüzeylere veya çalışma alanları ve ekipman gibi nesnelere uygulanır.
Dezenfeksiyon amacıyla kullanılan dezenfektanlar aktivitelerine göre sınıflandırılır. Ayrıca,
dezenfektanların aktiviteleri mikroorganizma içeriği, sıcaklık, pH, temas süresi vb. gibi farklı
parametrelere bağlı olarak değişir. Bu nedenle, çalışma ortamına göre doğru dezenfektan seçilmesi
önemlidir.
Antisepsis, canlı bir doku veya cildin dezenfeksiyonu olarak tanımlanabilir. Sağlık çalışanları
ile ilgili olarak, derideki geçici mikrobiyal floranın azaltılması veya ortadan kaldırılmasıdır. En temel
antisepsis metodu el yıkamaktır. Laboratuvar çalışmalarının öncesi ve sonrasında el yıkanması
gerekmektedir [2].
BESİYERİ
Besiyerleri (kültür ortamı, büyüme ortamı, vasat, ortam, besi ortamı), mikroorganizmaların
büyümesini desteklemek için tasarlanmış bir sıvı veya katı ortamlardır. Farklı mikroorganizmalar farklı
ortamlarda gelişir ve çeşitli büyüme gereksinimlerine sahiptir; besin maddeleri, pH, ozmotik koşullar ve
sıcaklık gibi [3]. Farklı hücre türlerini büyütmeye uygun farklı besiyeri türleri vardır. Örneğin
mikroorganizmaların serbestçe hareket edebileceği sıvı bir ortam, tek bir türün tek bir suşunun büyüme
özelliklerini incelerken faydalıdır. Agar ile jelleştirilmiş bir katı ortam ise, farklı organizmaların
karışımlarını ayrılması veya tanımlanmasını amaçlayan uygulamalar için kullanılır.
Besiyerinin Hazırlanması
Kullanılacak besiyeri içeriği uygulamaya göre değişkenlik göstermekle birlikte, bir besiyerinin
hazırlanması genel hatlarıyla aşağıdaki gibidir. Besiyeri bileşimine giren maddeler, litreye gram olarak
tartılır ve distile su ilave edilerek, gerekirse sıcak ortamda eritilir. pH'ı ayarlandıktan sonra, tüp şişe veya
erlenmeyerlere doldurulur, ağzı gevşek şekilde kapatılır ve otoklav kullanılarak 121 oC'de 15 dakika
şartlarında sterilize edilir. Agar, 100 ° C'de sıvılaşan ancak yaklaşık 40 °C'ye kadar soğutulana kadar
katılaşmayan jel oluşturur. Sıvılaştırılmış agar ortamı sığ, kapaklı petri kaplarına dökülür ve geniş bir
düz yüzey sağlamak için soğur ve katılaşır [3]. Hazır besiyerli kullanılacağında ise firmanın el
kitapçığına uygun şekilde bileşenler hazırlanır ve distile su ile çözündürülmesini takiben sterilize edilir.
BESİYERİNİN AŞILANMASI
Besiyeri tipine veya kullanım amacına bağlı olarak farklı aşılama yöntemleri bulunmaktadır. Bir
farklı tipteki mikroorganizma türlerinin tek tipe ayrılabilmesi için çizgi ekim yöntemi uygulanabilir
(Şekil 1). Bu prosedürün amacı, tek bir alan üzerinde çizgi şeklinde ekim yapılırken seyrek hücre düşen
alanlar oluşturup, bir örnek veya kültür aşısından iyi izole edilmiş koloniler elde etmektir.
Mikroorganizmalar yüzey boyunca hareket ettikçe özeden agar üzerine düşer. Çizginin sonuna doğru,
özede çok az bakteri kalır, bu noktada tek tek hücreler iner ve agar yüzeyinde farklı alanlara tutunur.
Besiyeri, uygun bileşenleri ve büyüme faktörlerini içeriyorsa, tek bir hücre milyonlarca hücreye
çoğalarak “mikrokoloni” oluşturur [1]. İlk başta sadece mikroskop altında görülebilen mikrokoloni,
“koloni” adı verilen gözle görünür bir damlacık haline gelir. İnkübasyonu takiben, farklı kolonilerin
oluşumunun bir sonucu olarak, besiyerinde "karışık kültür" meydana gelir. Herhangi bir türün “saf
kültürü”nün elde edilmesi için, steril bir aşılama özesi ile tek bir koloniden alınmasını takiben taze
besiyerine aşılaması yapılır [1].
Şekil 3.1. Çizgi ekim yöntemi [4]
Saf kolonilerin geliştirilmesi için yayma tekniği uygulanır. Hazırlanan sıvı numune doğrudan
agar plakalarının yüzeyine aktarılır. Numune ısı ile sterilize edilmiş bir yayma aparatı kullanılarak plaka
yüzeyi üzerine yayılır [1,5]. Bu prosedürün amacı, iyi izole edilmiş kolonilerin yetiştirilebilmesi için
hücreleri eşit olarak dağıtmaktır.
Şekil 3.2. Plaka yayma yöntemi [5].
Alevle Yakma Yöntemi
Alevle yakma prosedürü, aşılama aparatının (özenin) ucunu kademeli olarak ısıtmak için tasarlanmıştır.
Hızlı ısıtma yöntemi kullanılması durumunda kültür parçacıklarının saçılması veya aerosol oluşumu
sorunlarının önüne geçilir. Alevle yakma işlemi aşağıdaki basamakları içermektedir:
1. Öze alevin açık mavi konisine (bölgesine) yerleştirilir. Bu bölge alevin soğuk bölgesi olarak
nitelendirilir.
2. Öze ucu yavaşça yukarıya (ateşin en sıcak bölgesine) doğru çekilir.
3. Öze ucu kızıl bir renk alana kadar alevde tutulur.
4. Öze ucunun tüm bölgelerinin yeterli ısı aldığından emin olunur.
5. Öze soğumaya bırakılır ve hemen kullanılır. Öze sterilizasyonu sonrasında yere indirilmemeli ve
sallanmamalıdır.
6. Kullanımdan hemen sonra aynı basamaklar takip edilerek sterilizasyon gerçekleştirilir.
Çizgi Ekim Yöntemi
Öze çizgi ekim yöntemi ile aşılama için kullanılır. Yöntem, petri kabında (plaka) katılaşan agar besiyeri
üzerinde kolonilerin birbirinden iyi şekilde ayrılması için aşamalı seyreltme prensibine dayanır. Temel
basamakları aşağıdaki gibidir:
1. Mikroorganizma içeren örnek (aşı) tüpünün kapağı gevşetilir.
2. Öze alevle yakma metoduyla kızıl renk alana kadar ısıtılır ve soğumaya bırakılır.
3. Örnek tüpünün kapağı elin küçük parmağıyla çıkarılır.
4. Örnek tüpünün ağız kısmı alevden geçirilir.
5. Öze örnek tüpündeki sıvı ortama değdirilir ve geri çekilir. Öze mümkün olduğunca sabit
tutulmalıdır.
6. Örnek tüpünün ağız kısmı yeniden alevden geçirilir. Örnek tüpünün kapağı dikkatlice kapatıldıktan
sonra, tüp çalışma bankına bırakılır
7. Katı ortam içeren petri kabının kapağını kısmen kaldırılır.
8. Örnek içeren öze agar yüzeyi ile paralel tutulur. Örnek (aşı), katı besiyerinin bir alanına ileri ve geriye
sürülür (Şekil 3.1A).
9. Petri kabı 90° çevrilir ve öze ile plakanın A alanından başlanarak ağar yüzeyinde üç paralel çizgi
halinde çizilir (Şekil 3.1B). Bu aşamada çizgilerin A alanından başlayarak çizilmesi ve kültürü
taşıdığından emin olunması gerekir.
10. Petri kabı tekrar saat yönünün tersine 90º çevrilir ve B aşamasında çizilen çizgilerle kesişecek
şekilde başlatılmış üç paralel çizgi oluşturulur (Şekil 3.1C).
11. Petri kabı saat yönünün tersine 90° çevrilir ve C bölgesinden başlayarak petri kabının ortasına doğru
“zigzag” şeklinde çizgi çekilir.
12. Petri kabı kapatılır ve öze alevle yakma işlemine tabi tutulur.
13. Petri kabı ters konuma getirilir ve inkübasyona bırakılır [4,6].
DENEYİN AMACI
Deneyin amacı laboratuvarda sterilizasyon, dezenfeksiyon ve antisepsis uygulamalarının öğrenilmesi,

mikroorganizma geliştirilmesi için uygun besiyerleri hazırlanması, besiyerinde inokülasyonun
gerçekleştirilmesidir.
MATERYALLER
Besiyeri Hazırlanması:
● Maya Ekstraktı
● Tripton
● NaCl
● Agar
● Distile Su
● Petri kabı
● Balon joje
● Su banyosu
● Otoklav
Aşılama:
● E. coli
● İnkübatör
● Metal Öze
● Cam yayma aparatı
METOD
1. Petri Kaplarında Besiyeri Hazırlanması
• Su banyosu içerisinde bir balon jojeye aşağıdaki bileşenler eklenir.
10 g Maya ekstraktı
16 g tripton
5 g NaCl
15 g Agar
1 L sıcak distile su.
• Homojenize edilmek için karıştırılır ve pH’ı ayarlanır.

• Otoklav ile (121 oC'de ve 1 atm) sterilize edilir.
• Sterilizasyondan sonra, 50 ° C'ye kadar soğutulan ortam, steril ortamda (15-16 ml hacimlerde 9-10
cm çapında) petri kaplarına dökülür.
• Petri kaplarındaki besiyeri katılaştıktan sonra, ortamın ve petri kabının yüzeyinde oluşan ve
mikroorganizmanın büyümesi için uygun olan nemi uzaklaştırmak için 37 °C'lik bir inkübatörde
tutulur.
2. Aşılama
Laboratuvar ortamının güvenliğini sağladıktan sonra petri kapları, metal öze, cam yayma aparatı, alkol
kabı, E. coli içeren numune tüpü hazırlanır.
1. Öze/yayma aparatının sterilizasyonu için önce alkole batırılır ve bir süre alkolün uzaklaşması için
beklenir.
2. Öze kızıllaşana kadar alevde tutulur. Yayma aparatının kısa bir süre tutulması gerekir
3. Öze/yayma aparatının sıcaklığının düşmesi beklendikten sonra, döngü ile numune tüpünden E. Coli
alınır.
4. Bir petri kabı, metal öze kullanılarak çizgi ekim yöntemi ile aşılanır. Daha sonra, öze alevle sterilize
edilir.
5. Diğer bir petri kabı ise, yayma aparatı kullanılarak plaka yayma yöntemi ile aşılanır. Daha sonra, cam
yayma aparatı alevle sterilize edilir.
6. Petri kapları 24 saat inkübe edilir.
7. İnkübasyondan sonra, petri kapları incelenir ve sonuçlar yorumlanır.
ÖDEV SORULARI
1. Sterilizasyon, dezenfeksiyon ve antisepsis uygulamalarını detaylı şekilde açıklayınız.

2. Mikrobiyoloji laboratuvarında hazırlanan besiyerleri hangi amaçlarla kullanılır?
3. E. Coli kullanılan bir çalışmada uygulanan çizgi ekim yöntemi sonucunda Şekil 3’te verilen petri kabı
görüntüleri elde edilmiştir. Elde edilen görüntülere göre uygulamayı yorumlayınız.
A B
. .
Şekil. Çizgi ekim yöntemi sonucunda elde edilen petri kaplarının görüntüsü [7,8].
KAYNAKLAR
1. Microbiology: An Evolving Science, Author: Joan Slonczewski, John Watkins Foster, Kathy M.
Gillen, Editor: Michael Wright, W.W. Norton &Company, New York.
2. Ongen B., Laboratuvarda DAS Uygulamaları, 6. Ulusal Sterilizasyon Dezenfeksiyon Kongresi, 1-5
Nisan 2009, Antalya.
3. Basu S., Bose C., Ojha N., Das N., Das J., Pal M. and Khurana S., Evolution of bacterial and fungal
growth media, 2015, Bioinformation, 11(4).
4. http://www.cuteri.eu/microbiologia/manuale_microbiologia_pratica.pdf
5. Sanders E. R., Aseptic Laboratory Techniques: Plating Methods, Journal of Visualized Experiments,
2012, e3064.
6. Kats, D.S., The Streak Plate Protocol, American Society for Microbiology, 2008.
7. Şekil 3A’da kullanılan petri kabı görüntüsü https://streakedimages.com/category/galleries/bacterial-
cultures/ adresinden elde edilmiştir. [Erişim tarihi: 05.04.2021]
8. Şekil 3B’de kullanılan petri kabı görüntüsü
http://www.egybio.net/lectures/micro402prelabs/2015/Micro402_2015_Prelab6.pdf adresinden elde
edilmiştir. [Erişim tarihi: 05.04.2021].
Deney 4
Antibiyotiklerin Duyarlılık Testi (Antibiyogram)
GİRİŞ
Antimikrobiyal maddeler mikroorganizmaları öldüren (mikrosid etki) veya onların üreme/gelişimini

engelleyen (mikrobiyostatik etki) doğal ya da sentetik bileşiklerdir. Bu bileşikler antibiyotikler ve
inhibitör etkili bazı maddelerdir. Doğal antimikrobiyal maddeler bakteriler veya bitki gibi çeşitli
ökaryotik canlılar tarafından sentezlenerek, organizmayı diğer mikroorganizmaların ataklarından korur
[1][2].
Antimikrobiyal bileşikler hem insan sağlığı hem de hayvan sağlığı için faydalıdır [3]. Enfeksiyon
hastalıklarının tedavisinde, gıdalarda koruyucu katkı maddesi olarak bu bileşiklerden yararlanılır.
Dezenfektanlar medikal cihazlar, alet ve ekipmanların yüzeylerinde, oda veya ameliyathane
atmosferinde kullanılır. Antiseptikler ise canlı yüzeylerde, örneğin deri veya mukozaya uygulanır.
Antimikrobiyal maddelerin etkinliğini; antimikrobiyal maddenin kimyasal özelliği, konsantrasyonu,
uygulama sıcaklığı, uygulama süresi, çözelti pH’sı etkiler. Aynı zamanda ortamdaki organik-inorganik
kirlilik ve kalıntılar ile uygulama tekniği de etkili olan faktörlerdendir. Antimikrobiyal maddenin etkisi
ise ortamda bulunan mikroorganizmanın türüne, yaşına, canlı sayısına göre farklılık gösterir [2].
Antibiyotik duyarlılık deneylerinde yaygın olarak National Commitee For Clinical Laboratory Standarts
(NCCLS) kuralları uygulanır, alınan sonuçlar ise standartalara uygun olarak yorumlanır [4]. Sonuçlar
dirençli, duyarlı veya az duyarlı olmak üzere yorumlanır. Az duyarlı grubundaki bileşenler ile
enfeksiyonun tedavi edilebileceği gözlenir. Duyarlı grubu bileşenleri ise minimum inhibisyon
konsantrasyonundaki ilacın doku veya kan düzeylerine yakın olduğunu anlamına gelir. Bu gruptaki
bileşenler enfeksiyonların tedavisinde kullanılabilir. Dirençliler ise, bu izolatların ilacın normal sistemik
düzeyleri ile inhibe edilemeyeceğini gösterir [5].
Mikroorganizmaların, antimikrobiyal ajanlara karşı duyarlılarını belirlemek için farklı yöntemler (şekil
4.1) kullanılır. Duyarlılık testleri "difüzyon" ve "dilüsyon" testleri olarak başlıca iki başlık altında
değerlendirilir.
ANTİBİYOTİK DUYARLILIK TESTLERİ
Disk difüzyon testleri Dilüsyon Testleri

(Kirby-Bauer)
Agarda dilüsyon Sıvıda dilüsyon
Makrodilüsyon
Mikrodilüsyon
Şekil 4.1. Antibiyotik duyarlılık testleri sınıflandırılması
Disk Difüzyon Testleri
Rutin laboratuvar uygulamalarında antibiyotik duyarlılığının saptanmasında sıklıkla kullanılan bir

yöntemdir. Kolay uygulanabilirliği olan bu yöntem Kirby-Bauer tarafından geliştirilmiştir [3].
Disk difüzyon testi temelinde, antimikrobiyal ajan-kimyasal ile muamele edilmiş kâğıt diskler,
mikroorganizmaların olduğu agarlı katı besi yerlerine yerleştirilir ve inkübasyona bırakılır. İnkübasyon
süresince diskteki kimyasallar ajanlar agara difüze olurken, mikroorganizmalar da çoğalmaya başlar.
İnkübasyon süresi sonunda kimyasalın inhibitör etkisi ile diskin etrafında bakterilerin üremediği
gözlenir. Mikroorganizmaların kimyasal ajana olan duyarlılıkları ise, diskin etrafında oluşan inhibisyon
zonu-boşluğunun ölçülmesiyle değerlendirilir. İnhibisyon zon çapı ölçülür ve standart zon tablolarına
göre sonuçlar değerlendirilir (şekil 4.2) [5].
Şekil 4.2. Disk Difüzyon Tekniği ile antibiyotik duyarlılık testi [5]
Şekil 4.3. Disk Difüzyon Tekniği [11]
Tablo 4.1. Ticari antibiyotik disklerin kodları ve çeşitli mikroorganizmalara karşı oluşturdukları
inhibisyon zonları [12]
Tüp Dilüsyon Testi
Antimikrobiyal kimyasallarının-ajanların, mikroorganizmaların üremesini azaltmak veya engellemek

amacıyla gerekli olan minimum ilaç-kimyasal konsantrasyonunu tespit etmek için bu yöntem kullanılır.
İki farklı şekilde yapılır: "tüp dilüsyon" veya "agar dilüsyon".
Tüp dilüsyon tekniği "makro" ve "mikro" olmak üzere iki farklı hacimde kullanılabilir. Temelde
uygulama prensipleri aynıdır. Makrodilüsyon testinde 10-15 ml’lik test tüpleri kullanılırken,
mikrodilüsyonda ise "U" ya da "V" tabanlı "mikro hacimli tüpler veya plakalar" kullanılmaktadır.
Antimikrobiyal kimyasallarının-ajanlar önce solvent içinde dağıtılır ve sıvı besi yerlerine azalan
hacimlerde seyreltilir. Mikroorganizmaların standart bir inokülumu hazırlanıp, antimikrobiyal
kimyasalların farklı dilüsyonlarını içeren her bir tüpe eşit hacimlerde eklenir. Ayrıca kontrol olarak da
kimyasal içermeyen tüpler ile birlikte bakteri inoküle edilmemiş besiyerleri kontrolü de hazırlanır. Besi
yerleri 37°C'de 24 saat inkübasyondan sonucunda bakteri üremesini gösteren bulanıklık yorumlanır.
Bakterinin üremesini önleyen, gözle görünür bir bulanıklığın olmadığı en düşük kimyasal
konsantrasyonu, minimum inhibitör konsantrasyon (MIK) olarak değerlendirilir.
Şekil 4.4. Makrodilüsyon testi [9]
Şekil 4.5. 96 kuyulu plakada mikrodilüsyon testi [11]
Agar Dilüsyon Testi
Agar dilüsyon yönteminin prensipleri tüp dilüsyon yöntemiyle aynıdır. Farklılık, agar dilüsyon
yönteminde antibiyotik seyreltmelerinin agar içerisinde eklenerek yapılır. Böylece her petri plağında
kimyasalın farklı konsantrasyonlarına karşı mikroorganizmaların duyarlılıkları tespit edilir [6].
Şekil 4.6. Agar dilüsyon testi [10][11]
DENEYİN AMACI
Mikroorganizmaların antimikrobiyal maddelere karşı dirençlerinin agar disk difüzyon tekniği ile yarı-
kantitatif olarak duyarlılıklarının ölçülmesidir.
PROSEDÜR İLKELERI:Farklı kimyasallar içeren diskler, bakteri kültürlerinin inoküle edildiği

Mueller Hinton Agarlı besi yerlerinin yüzeylerine yerleştirilir. İnkübasyon sonrasında diskler incelenir,
inhibisyon zonları ölçülür, literatür ile karşılaştırma yapılarak en uygun antimikrobiyal etkinlik gösteren
kimyasallar değerlendirilir.
MATERYALLER
Deneyde kullanılacak besiyer : Mueller-Hinton Agar
Deneyde kullanılacak test mikroorganizmaları: Escherichia coli, Bacillus subtilis test bakterileri
Deneyde kullanılacak sarf malzemeler: Steril petri kutuları, öze, pens, bunzen, Antibiyotik diskleri
Reaktifler: standart konsantrasyonlarda Whatman kâğıtlarına adsorbe edilmiş antibiyotik diskleridir. Bu

disklerin ön ve arka yüzlerinde hangi antibiyotik olduğunu gösteren kısaltma kullanılır.
Örnekler: Ticari antibiyotik disklerinin yanı sıra, deterjan, antiseptik kimyasallar veya doğal bitki
ekstrelerinden alınan örnekler kullanılabilir.
METOD
Disk Difüzyon Yöntemi’ne göre aşağıdaki işlemler sırasıyla uygulanır:
1. Taze örnekler (bitki numunesi vb) ezilir, 1 gr örnekle toplamı 5 ml olacak şekilde distile su ile
karıştırılır. Karışım disklere emdirilir [7].
2. İçinde 48-50oC'ye kadar soğutulmuş Mueller-Hinton agar bulunan tüplere test organizmalarının
özütü ile aşılama yapılır.
3. Tüpler vortex tüp karıştırıcısı ile karıştırılır, sonra aseptik şartlar altında steril petri kaplarına
boşaltılır. Agar donduktan sonra antibiyotik diskleri ve örneklerin emdirildiği diskler pens ile
agar üzerine yerleştirilir. Disklerin üzerine hafifçe pens ile bastırılarak disklerin agarla temasının
tam olması sağlanır.
4. Mikroorganizmaların gelişmesini engellemek ve difüzyonu yeterli şekilde sağlamak için petriler
2 saat boyunca 4oC'de tutulur.
5. Petriler 24-48 saat 37oC'de inkübe edilir. İnkübasyondan sonra antibiyotik disklerinin etrafında
oluşan inhibisyon zonlarının çapı ölçülür. İnhibisyon zonunun olmayışı antibiyotiğin
mikroorganizmaya etki etmediğini gösterir [8].
ÖDEV SORULARI
1) Petri kabında gördüğünüz inhibisyon zonlarını çiziniz ve yorumlayınız

2) Antibiyogramı gerçekleştirmek için uyguladığınız disk difüzyon deneyinin sonuçlarını etkileyen
faktörler nelerdir, detaylı olarak açıklayınız.
3) Farklı konsantrasyonlarda (H-%1, E-%2, B-%3, A-%4, F-%5, D-%6, C-%7) antibiyotik
disklerinin staphylococcus aereus bakterisi üzerinde yapılan bir disk difüzyon analizi sonucu
aşağıda verilmektedir. Oluşan zonları ölçerek, bir tablo haline getirin, ve konsantrasyonların
S.aeureus üzerindeki etkisini zon çapları ile ilişkilendirerek yorumlayın.
4) İki farklı bakteri türü üzerinde, iki farklı antibiyotik türü ve iki farklı bitki ekstraktının 3 farklı
konsantrasyonlarının antibakteriyel etkileri bir arada incelenmiştir. Aşağıdaki soruları yanıtlayın.
a) Tüm zonları ölçün, Tabloyu doldurun.
b) Antibiyotiklerin (C1 ve C2) etkisini iki farklı bakteri üzerindeki etkisini karşılaştırarak
değerlendirin. Tablo 4.1’e bakarak bu antibiyotiklerin hangileri olabileceğini yorumlayın.
c) a ve b ekstrelerininin konsantrasyonlarının etkisini hem kendi içlerinde hem de iki farklı
bakteri türü üzerinde bir tablo yaparak değerlendirin. (en yüksek etki için “+++”, ortalama
değer “++” ve en düşük değer için “+” kullanın. Zon yoksa “–“ ile ifade edin)
C1 C2 a1 a2 a3 b1 b2 b3
P.aeruginosa
S. aureus
KAYNAKLAR
1. Lerner KL and Wimmoth-Lerner B. (2003). World of Microniology and Immunology. Volume
1. ISBN 0-7876-6541- p: 24-25
2. Temiz, A. (2000). Genel mikrobiyoloji uygulama teknikleri. Hatiboğlu Yayınevi. Volume 7, s:
294. ISBN: 978-975-7527-76-9.
3. Lacy, M. K., Klutman, N. E., Horvat, R. T., & Zapantis, A. (2004). Antibiograms: new NCCLS
guidelines, development, and clinical application. Hospital pharmacy, 39(6), 542-553.
4. Carlı T, Diker S, Yardımcı H, Şen A, Ülgen M, Çetin C, Akan M, Sareyyüpoğlu B. (2011).
Temel Veteriner Mikrobiyoloji ve İmmünoloji. s:69. 978-975-06-1012-7.
5. Diren Ş. (2002). Antibiyogram Yorumu. Ü. Cerrahpaşa Tıp Fakültesi Sürekli Tıp Eğitimi
Etkinlikleri Çocuklarda Akılcı Antibiyotik Kullanımı Sempozyum Dizisi No: 33. Aralık. s:19-
24
6. Demirpek U. 2012. Antimikrobiyal duyarlılık testleri. Klimik Dergisi 49: 107-112.
7. Aydın S, Geckil H, Zengin F, Ozercan Hİ, Karatas F, Aydın S, Turgut-Balık D, Ozkan Y, Daglı
F, Celik V. (2006). Ghrelin in plants: What is the function of an appetite hormone in plants? s:1-
6. 66668.
8. Özçelik S. 1985. Genel Mkrobiyoloji Uygulama Kılavuzu. s:55-56. Konya.
9. http://www.seromed.net/seromed/id2.htm (14.03.21)
10. Mota, C. R. A., Miranda, K. C., Lemos, J. D. A., Costa, C. R., Passos, X. S., & Silva, M. D. R.
R. (2009). Comparison of in vitro activity of five antifungal agents against dermatophytes, using
the agar dilution and broth microdilution methods. Revista da Sociedade Brasileira de Medicina
Tropical, 42(3), 250-254.
11. In vitro Antimicrobial Activity Evaluation of Metal Oxide Nanoparticles - Scientific Figure on
ResearchGate. Available from: https://www.researchgate.net/figure/Agar-dilution-method-with-
NPs_fig3_332522731 [accessed 14 Mar, 2021]
12. Lepp P. W., General Microbiology Laboratory Manual,2010
13. Microbe Library, http://archive.microbelibrary.org/ASMOnly/Details.asp?ID=3023
14. https://www.asmscience.org/
Deney 5
GRAM BOYAMA YÖNTEMİ
GİRİŞ
Mikroskop, mikrobiyolojide çok önemli bir araçtır, ancak genel olarak hücreleri ve özellikle de bakteri
hücrelerini gözlemlemek için kullanıldığında bazı sınırlamalara sahiptir. En önemli sınırlamalardan ikisi
çözünürlük ve kontrasttır. Çözünürlük, çok şey yapamayacağımız bir sınırlamadır, çünkü çoğu bakteri
hücresi zaten ışık mikroskobunun çözünürlük sınırına yakındır. Bununla birlikte, kontrast, faz kontrastı
veya diferansiyel girişim kontrast mikroskobu gibi farklı bir optik sistem tipi kullanılarak veya
hücrelerin (veya arka planın) sadece kontrast eklemekle kalmayıp aynı zamanda onlara renk veren bir
kromojenik boya ile boyanmasıyla geliştirilebilir. [1]. Boyama, mikroskobik görüntünün netliğini
arttırmak için kullanılan mikroskopik tekniklerde kullanılan yardımcı bir tekniktir. Lekeler (Stain) ve
boyalar biyolojik örneklerin, hücrelerin, dokuların vb. yapıları vurgulamak için bilimsel alanlarda
yaygın olarak kullanılmakta olan bir tekniktir [2].
Mikrobiyolojide kullanılan birçok farklı leke ve boyama prosedürü vardır. Bunlardan birisi ise gram
boyama tekniğidir. Gram boyama bakterileri formları, boyutları, hücresel morfolojileri ve Gram
reaksiyonları temelinde sınıflandırmak için kullanılır; ayrıca bulaşıcı ajanların olası tanısı için kritik bir
testtir ve klinik örneklerin kalitesini değerlendirmeye yarar. Test başlangıçta 1884 yılında Christian
Gram tarafından geliştirildi. Şu anda genel bakteriyoloji için kullanılan modifikasyon Hucker tarafından
1921'de geliştirildi; daha fazla reaktif stabilitesi ve organizmaların daha iyi farklılaşmasını
sağlamaktadır [3].
Gram boyama, bakterilerin ilk karakterizasyonu ve sınıflandırılmasında çok önemli bir ön adımdır.
Ayrıca, boyama özelliklerine göre bakterilerin tanımlanmasında, bakterilerin ışık mikroskobu
kullanılarak incelenmesini sağlayan önemli bir prosedürdür. Boyanmamış bakteriler, bir ışık
mikroskobu kullanılarak görüntülendiğinde görünmezdir. Boyandıktan sonra, bakterilerin morfolojisi ve
düzenlenmesi de gözlemlenebilir [4].
Gram boyama, bakterileri iki gruba ayıran diferansiyel boyama tekniğidir: gram-pozitif ve gram-negatif.
Bakterilerin hücre duvarı bileşimlerinde ve mimarilerindeki farklılıklara göre gram-pozitif veya
gram-negatif bakteriler farklı renklerle boyanırlar [5], [6]. Gram-pozitif bakteriler kalın bir
peptidoglikan tabakasına ve büyük miktarlarda teikoik asitlere sahiptir; alkol renklendirmesinden
etkilenmezler ve ilk boyayı korurlar, hücre duvarları yaş, antimikrobiyal ajanlar veya diğer faktörler
tarafından hasar görmezse mor olarak görünürler. Gram-negatif bakteriler, protein ile serpiştirilmiş
asimetrik bir lipopolisakarit-fosfolipid çift katmanlı dış membrana bağlı ince bir peptidoglikan
tabakasına sahiptir; dış zar alkol renk giderici tarafından hasar görerek kristal viyolet-iyot (mor renk)
kompleksinin dışarı sızmasına ve yerine karşı boya ile değiştirilmesine izin verir ve pembe renge (sulu
fuksin ile) boyanır [3]. Gram boyama tekniği Şekil l'de gösterilmiştir.
Şekil 5.1. Gram Boyama Tekniği [7]
Gram-Pozitif (+) Bakteri Hücre Duvarı Yapısı
Gram-pozitif bakteriler Gram boyama ile koyu mavi veya mor renk ile boyanır. Gram-pozitif
bakteriler, büyük ölçüde peptidoglikandan (mukopeptid veya murein olarak da bilinir) oluşan nispeten
kalın (yaklaşık 20 ila 80 nm), devamlı bir hücre duvarına sahiptir. Kalın hücre duvarlarında, diğer hücre
duvarı polimerleri (teikoik asitler, polisakkaritler ve peptidoglikolipidler gibi) peptidoglikana kovalent
olarak bağlıdır (Şekil 5.2.) [8]. Teikoik asit polimerleri bazen plazma zarına sabitlenir ve görünüşte dışarı
doğru peptidoglikan tabakalarına dik açılarda dışa doğru yönlendirilir. Teikoik asitler, teikoik asit
monomerleri arasında fosfodiester bağlarının varlığı nedeniyle Gram-pozitif hücre duvarına genel bir
negatif yüke sahiptir. Teikoik asidin fonksiyonları tam olarak bilinmemektedir, ancak bir kenetleme
maddesi ve bakterilere yapışma aracı olarak hizmet ettiğine inanılmaktadır. Bunlar Gram-pozitif
bakterilerin çevrede yaşayabilmesi için gereklidir ve kimyasal ve fiziksel koruma sağlamaktadır [9].
Şekil 5.2. Gram-pozitif ve Gram-negatif hücre duvarlarının şematik yapısı [10].

Gram-Negatif (-) Bakteri Hücre Duvarı Yapısı
Gram-negatif hücre duvarı, gram-pozitif hücre duvarından çok daha karmaşıktır. Gram-negatif
bakterilerdeki peptidoglikan tabakası incedir (yaklaşık 5 ila 10 nm kalınlığında) ve sadece tek tabakalı
bir kalınlığa sahiptir. Peptidoglikan içeriği gram-pozitif hücreden belirgin şekilde daha azdır [11]. Gram-
negatif hücre zarı içindeki peptidoglikan tabakasının dışında başka bir dış zar yapısı (yaklaşık 7.5 ila 10
nm kalınlığında) bulunur. Gram-negatif bakterilerin çoğunda, bu zarı yapısı, peptidoglikan a kovalent
olarak bağlı olan lipoprotein moleküllerine (Braun'un lipoprotein) kovalent olmayan bir şekilde bağlanır.
Gram-negatif hücre zarfının lipopolisakkaritleri, dış zar yapısının bir parçasını oluşturur [7], [8]. Dış zar
üzerindeki porinler, dış zardan iç zara doğru küçük hidrofilik besin maddelerinin (örneğin, şekerler gibi)
geçişine yardım ederler.
DENEYİN AMACI
Gram boyama yöntemi 1884 yılında Danimarkalı Bakteriyolog Christian Gram tarafından
geliştirilmiştir. Gram boyası ile mor renk alan bakteriler Gram-pozitif (+) veya Gram pozitif, pembe
renkte boyanan bakteriler ise, Gram-negatif (–) ya da Gram negatif olarak adlandırılırlar. Basillerin
yaklaşık yarısı, kokların büyük kısmı ve mantarlar, Gram pozitiftirlerdir. Spiral şekilli bakteriler ise
Gram negatiftirlerdir. Bu deneyle Gram-pozitif (+) ve Gram-negatif (–) bakterilerin ayrımı
öğrenilecektir.
MATERYALLER
Deneyde kullanılacak cihazlar
• Işık Mikroskobu
Deneyde kullanılacak sarf malzemeleri
• Öze
• Bek-ispirto
• Lam-lamel
• Kristal viyolet
• Lugol (iyodin solüsyonu)
• Alkol için piset
• Fuksin veya safranin
• Kurutma Kâğıdı
METOD
Gram Boyama yönteminde aşağıdaki işlemler sırasıyla uygulanır.
1. Sıvı besiyerinden bir öze dolusu örnek alınarak lamın üzerine yayılır ve kuruması beklenir. Lam alev
gibi bir ısı kaynağının üzerinden numuneyle beraber geçirilir (tespit etme=fiksasyon). Lam çok hızlı bir
şekilde alevden geçirilmeli ve aşırı ısıtılmamalıdır. Lam boyama tablasına yerleştirilir.
2. Alevden geçirilmiş preparatların üzerine kristal viyolet boyası damlatılır, 2 dakika beklenir. Preparat
çeşme suyu ile yıkanır. (Kristal viyolet hazırlanışı:100ml distile su + 2ml fenol + 10ml saf alkol + 2 gr
kristal viyolet)
3. Lugol (iyot) örnek üzerine damlatılır ve iki dakika süre ile bekletilir ve daha sonra lam musluk suyu
ile yıkanır.
4. Daha sonra lam alkol (%96) ile yıkanarak renksiz sıvı akana kadar renk giderilir
5. Renk giderme işleminden sonra preparatın üzerine sulu fuksin damlatılır, 30-60 saniye beklenir. Su
ile yıkanır. (Sulu fuksin hazırlanışı: 0.3gr fuksin + 10ml saf alkol)
6. Kurutma kâğıdı arasında hafifçe bastırılarak kurutulan preparat 100'lük büyütmeli objektif ile
immersiyon yağı damlatılarak incelenir.
Mikroskopta gördüğünüz Gram-pozitif (+) ve Gram-negatif (–) bakterileri aşağıya çiziniz.
Ödev Soruları:
1. Bir hastanın bağırsaklarından örnek aldığınızı hayal edin. Bu örneği gram boyama ile
incelediğinizde, ortamdaki tüm bakterilerin gram pozitif olduğunu gözlemlediniz. Bu numune başka
bir laboratuvarda PCR ile incelendiğinde numunede E. Coli'nin genetik materyali bulunduğunuzu
gözlemlendiniz. Gram boyama yönteminizin doğru uygulandığını düşünüyor musunuz? Yanlış
uygulanmış olsaydı hangi adım veya adımlar atılabilirdi?
2. Kristal viyole Gram pozitif hücreler tarafından nasıl tutulur? Kristal menekşe bakteri hücre
duvarına bağlanır mı?
KAYNAKLAR
[1] H. Ahern, Microbiology: A Laboratory Experience. Geneseo, New York: Open SUNY
Textbooks, 2018.
[2] S. S. Fatima and E. Al Mussaed, Bacterial Identification and Drug Susceptibility Patterns in
Pregnant and Non Pregnant UTI Patients. 2018.
[3] M. K. York, “Aerobic Bacteriology,” in Clinical Microbiology Procedures Handbook, Second.,
L. S. Garcia, H. D. Isenberg, and L. S. Garcia, Eds. Washington (DC): ASM Press, 2007.
[4] Y. Thairu, Y. Usman, and I. Nasir, “Laboratory perspective of gram staining and its significance
in investigations of infectious diseases,” Sub-Saharan African Journal of Medicine, vol. 1, no. 4,
p. 168, 2014, doi: 10.4103/2384-5147.144725.
[5] J. W. BARTHOLOMEW and T. MITTWER, “The Gram stain.,” Bacteriological reviews, vol.
16, no. 1, pp. 1–29, Mar. 1952, doi: 10.1128/MMBR.16.1.1-29.1952.
[6] E. J. Bottone, “The Gram Stain: The Century-Old Quintessential Rapid Diagnostic Test,”
Laboratory Medicine, vol. 19, no. 5, pp. 288–291, May 1988, doi: 10.1093/LABMED/19.5.288.
[7] A. C. Smith and M. A. Hussey, “Gram stain protocols,” American Society for Microbiology, pp.
1–9, 2005.
[8] P. Lake and R. Drake, “Structure,” in Advanced Information and Knowledge Processing, no.
9783319135021, Springer London, 2014, pp. 53–79.
[9] “Gram-Positive Cell Envelope - Biology LibreTexts.”
https://bio.libretexts.org/Bookshelves/Microbiology/Book%3A_Microbiology_(Boundless)/4%
3A_Cell_Structure_of_Bacteria%2C_Archaea%2C_and_Eukaryotes/4.4%3A_Cell_Walls_of_P
rokaryotes/4.4C%3A_Gram-Positive_Cell_Envelope (accessed Jun. 21, 2020).
[10] K. Atanasova, “Interactions between porcine respiratory coronavirus and bacterial cell wall toxins
in the lungs of pigs.” Ghent University, 2010.
[11] S. C. Parija, Textbook of Microbiology & Immunology , 2nd ed. Elsevier India, 2012.
Deney 6
Ökaryotik Hücrelerin Sayımı
GİRİŞ
Hücrelerin sayımı, başka bir deyişle, bir süspansiyondaki hücrelerin konsantrasyonunun

belirlenmesi, hücre kültürü için oldukça önemli bir aşama olup hücrelerin genel durumunun kontrol
edilmesi, çoğalma hızının belirlenmesi, hücrelerin pasajlanması ve hücre bazlı deneylerde hücre
sayısının belirlenmesi gibi aşamalarda sıklıkla kullanılmaktadır (1). Hücrelerin sayımı için mevcut olan
direkt ve indirekt yöntemler arasında, hemositometre, Thoma lamı olarak da bilinir, ile doğrudan sayım
yapılması, bir mililitre süspansiyondaki hücre sayısının hesaplanması için en yaygın kullanılan
yöntemlerden biridir (2).
Hemositometre ilk olarak 1874'te Louis Charles Malassez tarafından kırmızı kan hücresi
konsantrasyonunu bulmak için icat edilmiştir. Malassez, kapiler tüp içeren bir sayım aparatı kullanarak
tüpteki hücre konsantrasyonunu hesaplamıştır. Richard Thoma daha sonra sayımı kolaylaştıran çizgiler
oluşturmuştur ve günümüzde kullanılan hemositometrelerin temeli atılmıştır (4). Hemositometre, her
biri dokuz geniş kareye ayrılmış iki sayım bölümünden oluşan özel bir mikroskop lamıdır (Şekil 6.1).
Şekil 6.2’de görüldüğü gibi, 1 mm² alana sahip merkez kare, 0,04 mm2 alana sahip 25 küçük kareye
ayrılır ve bu 25 merkez 16 küçük kareye bölünür (3).
Işık mikroskobu altında hemositometre ile hücre sayımı, sıvı bir numune içerisindeki bakteri,
maya, memeli hücrelerinin konsantrasyonunu yüksek doğrulukta belirlemek için kullanılan basit ve
tekrarlanabilir bir tekniktir (3). Fakat, hemositometre ile hücrelerin sayımının birkaç dezavantajı
mevcuttur. Bunlardan biri, az miktarda hücre hacmi kullanılmasından dolayı hücre popülasyonunun
tamamınının doğru bir şekilde değerlendirilmesinin mümkün olmamasıdır. Diğeri ise canlı ve ölü
hücrelerin ayırt edilmesinin oldukça zor olmasıdır (1). Hücrelerin sayımı için öncelikle
hemositometrenin üzerine bir lamel yerleştirilir ve hemositometre ile lamel arasına bir damla hücre
süspansiyonu eklenir. Daha sonra hemositometre mikroskop altına yerleştirilir, karelerdeki hücreler
sayılır ve ortalama hücre sayısı elde edilir. Ortalama hücre sayısı daha sonra mililitre başına toplam
hücre sayısını hesaplamak için kullanılır (4, 5).
Şekil 6.1. Hemositometre Şekil 6.2. Hemositometre kılavuz çizgileri.

DENEYİN AMACI
Deneyin amacı, bir hemositometre kullanılarak ışık mikroskobu altında ökaryotik hücrelerin sayılması
ve bir hücre süspansiyonundaki toplam hücre konsantrasyonunun hesaplanmasıdır.
MALZEMELER
● Işık mikroskobu
● Hemositometre
● Lamel
● Ökaryotik hücre süspansiyonu (fibroblast, endotel, epitel vs.)
● PBS’de çözülmüş %0,4 tripan mavi solüsyonu
● Steril tüp
● Steril pipet
YÖNTEM
1. Hemositometrenin tam ortasına gelecek şekilde lameli yerleştirin. (Not: Hemositometrenin ve

lamelin temiz olduğundan emin olun.)
2. Tripan mavi solüsyonundan pipet yardımıyla 40 µl çekin ve mikrosantrifüj tüpüne aktarın.
3. Hücre solüsyonunu pipet yardımıyla süspanse edin ve ardından 10 µl hücre süspansiyonunu
tripan mavi solüsyonunun üzerine ekleyin. (Not: Hücrelerin sıvı içinde homojen bir şekilde
süspanse edildiğinden emin olun.)
4. Hücre/tripan mavi karışımından 10 µl hücre süspansiyonu alın ve hemositometre ile lamel
arasına ekleyin.
5. Hemositometreyi ışık mikroskobuna yerleştirin ve 10x objektif kullanarak sayım alanına
odaklanın.
6. Son olarak, hemositometrenin her bir çizgi alanınında bulunan hücreleri sayın.
7. Sayılan ortalama hücre sayısı, seyreltme faktörü ve 10.000'i çarparak 1 ml'lik numunede
içerisindeki mikroorganizma sayısını hesaplayın.
Konsantrasyonun hesaplanması için formül:
1 ml'deki hücre miktarı = ortalama hücre sayısı x seyreltme faktörü x 10.000 *
* mm3'ü mililitreye dönüştürmek için kullanılan sabit sayı.
GÜVENLİK ÖNLEMLERİ
Hücre kültürüyle çalışırken aseptik laboratuvar ekipmanının kullanımı çok

önemlidir. Her zaman steril ekipman ve reaktifler kullanın ve çalışmaya
başlamadan önce ellerinizi, reaktif şişelerini ve çalışma yüzeyini %70 etanol
ile temizleyin. Çalışma, aseptik teknikler kullanılarak laminer akış kabininde
yapılmalı ve aerosol oluşumundan kaçınılmalıdır. Deney tamamlandıktan
sonra, tüm atık ortam ve ekipman (yani kullanılmış şişeler, pipetler vb.)
otoklavlama veya uygun bir dezenfektan içine daldırma yoluyla dezenfekte
edilmelidir.
TARTIŞMA VE ÇİZİM
ÖDEV SORULARI
1. Thoma lamında canlı ve ölü hücreleri birbirinden ayırarak nasıl sayım yapabilirsiniz?
2. Hemositometre dışında hücreleri saymak için hangi yöntemler kullanılmaktadır? Avantaj ve
dezavantajlarıyla birlikte açıklayınız.
3. Aşağıdaki hemositometre görüntülerini kullanarak A ve B süspansiyonlarındaki toplam hücre
sayısını hesaplayınız. (Dilüsyon oranı: 1:25)
KAYNAKLAR
1. Ongena, K., Das, C., Smith, J. L., Gil, S., & Johnston, G. (2010). Determining cell number during
cell culture using the Scepter cell counter. Journal of visualized experiments : JoVE, (45), 2204.
https://doi.org/10.3791/2204
2. McKerrell M., (2004), “Microbiological Techniques (Student Materials)”. Biotechnology
3. Bastidas, O. (2016). Cell Counting with Neubauer Chamber Basic Hemocytometer Usage.
Celeromics, 6.
4. Verso M. L. (1971). Some nineteenth-century pioneers of haematology. Medical history, 15(1), 55–
67. https://doi.org/10.1017/s0025727300016124
5. Strober, W. (2001). Monitoring Cell Growth. Current Protocols in Immunology.

doi:10.1002/0471142735.ima03as21

2023-2024 HBHM Program TR

Uploaded by

Document Information

Original Title

Copyright

Available Formats

Share this document

Share or Embed Document

Sharing Options

Did you find this document useful?

Is this content inappropriate?

Copyright:

Available Formats

2023-2024 HBHM Program TR

Uploaded by

Copyright:

Available Formats

YILDIZ TEKNİK ÜNİVERSİTESİ

Sorumlu Öğretim Üyesi

Sorumlu Öğretim Yardımcıları

1. hafta 20.02.2024 Ders Tanıtımı

Hücrenin Yapısı ve İşlevi (Mitokondri, Kloroplastlar,

5. hafta 19.03.2024 Hücre İskeleti ve Hücre Hareketi

6. hafta 26.03.2024 Plazma Zarı

7. hafta 02.04.2024 Hücre Duvarları, Ekstraselüler Matriks ve Hücre Etkileşimleri

8. hafta 09.04.2024 Resmî Tatil

9. hafta 16.04.2024 I. Ara Sınav (Tahmini Tarih)

10. hafta 23.04.2024 Resmî Tatil

11. hafta 30.04.2024 Hücre Sinyal İletimi

12. hafta 07.05.2024 Hücre döngüsü, Hücre Ölümü ve Hücre Yenilenmesi

13. hafta 14.05.2024 Kanser Biyolojisi ve Genetiği

14. hafta 21.05.2024 Proje Sunumu

• Ders programının hazırlanmasında "Hücre: Moleküler Yaklaşım, Cooper, Hausman,

Teorik Ders Tüm Gruplar

8. hafta 09.04.2024 Resmî Tatil

9. hafta 16.04.2024 I. Ara Sınav (Tahmini Tarih)

10. hafta 23.04.2024 Resmî Tatil

Bakteri Hücre Duvarının Gösterilmesi (Gram Boyama) C. ÖZEL Tüm Gruplar

Bakteri Hücre Duvarının Gösterilmesi (Gram Boyama) C. ÖZEL Tüm Gruplar

14. hafta 21.05.2024 Proje Sunumları

DENEYLER VE SORUMLU ÖĞRETİM ELEMANLARI

SORUMLU ÖĞRETİM SORUMLU ÖĞRETİM

Laboratuvara giriş ve grupların

Bakteri hücre duvarının

Turnitin Sınıf Numarası: 42842213

BAŞARI VE DEĞERLENDİRME DURUMU

Yıl İçi Değerlendirme: %60

I. ara sınav %30

DÖNEM SONU GEÇME NOTU(DC SINIRI) 45 OLACAKTIR.

DENEY SORUMLUSU Öğretim Üyesi :

DENEY SORUMLUSU Araştırma Görevlisi :

Yıldız Teknik Üniversitesi Lisans Eğitim- Öğretim Yönetmeliği aşağıdaki linktedir.

BYM2222-HÜCRE BİYOLOJİSİ VE HÜCRESEL MEKANİZMALAR

DENEY RAPORU VE ÖĞRENCİNİN DENEYİN YAPILIŞINA KATKISINI

Deney Adı: Tarih: …/…/20…

Grup No: Sonuç: KABUL / RED

Bölümler Not (=Puan x

* Bu puan Turnitin yazılımı kullanılarak belirlenmekte ve kaynakça puanlamaya dahil

*** Deneye geçerli mazeret doğrultusunda katılamayacak öğrencilerin laboratuvar

2. Giriş (Teorik Bilgi):

3.2 Deney koşulları (Seçilen parametreler)

4. Deney Verilerinin Saptanması ve Analizi

4.2. Grafikler, denklemler ve hesaplamalar

Doküman No: MDK-FR-005; Revizyon Tarihi: 20.09.2019; Revizyon No:00

7. Türkçenin Etkin ve Doğru Kullanımı

8. Öğrencinin Deneyin Başında Bulunması

9. Öğrencinin Deneyi Bizzat Yapması

PROJEDEN SORUMLU Öğretim Üyesi :

PROJEDEN SORUMLU Araştırma Görevlisi :

• Laboratuarda çalışırken kapalı laboratuvar önlüğü, kapalı ayakkabılar, güvenlik

• Laboratuvardan ayrılmadan önce laboratuvar önlüğünü çıkarınız ve ellerinizi yıkayınız - halka

• Yıldız Teknik Üniversitesi İş Sağlığı Ve Güvenliği Koord. İlk Yardım Kitapçığına

• WHO Laboratory Biosafety Manual-Third Edition

• İş Sağlığı ve Güvenliği Kanunu

Şekil 1.1. a) dikey ışık mikroskobu ve b) ters ışık mikroskobu (1).

Polarize Işık Mikroskobu

Polarize ışık mikroskopları, izotropik ve anizotropik malzemelerin kantitatif ve kalitatif analizinin

Faz Kontrast Mikroskobu

Faz kontrast mikroskopları, mikrobiyoloji ve yaşam bilimleri laboratuvarlarında canlı organizmaların iç

Konfokal Lazer Mikroskobu