Professional Documents
Culture Documents
Asam Amino Dan Protein Kuliah - s1
Asam Amino Dan Protein Kuliah - s1
ASAM AMINO
ASAM AMINO, PEPTIDA DAN PROTEIN
PROTEIN
Insulin 51 2
Haemoglobin 574 4
Lisosim 129 1
Ribonuklease 124 1
• MEMPUNYAI BERBAGAI PERANAN BIOLOGIS.
-JUMLAH KOMSUMSI
-DAYA SERAP TUBUH
-KOMPOSISI ASAM AMINO
(ESENSIAL DAN NON ESENSIAL)
FUNGSI BIOLOGI:
1. SEBAGAI ENZIM
2. PROTEIN SIMPANAN
4. PROTEIN KONTRAKTIL
5. PROTEIN PERTAHANAN
7. PROTEIN PENGATUR
MENGATUR AKTIVITAS SELULER ATAU FISIOLOGI
COOH (karboksil)
l
(Amina) NH2 – C – H (hidrogen)
l
R
(Gugus samping)
R DIBEDAKAN :
- STRUKTUR
- KELARUTAN
- MUATAN LISTRIK
- UKURAN
2. MEMPUNYAI ATOM C ASIMETRIK KECUALI – GLISIN –
COOH COOH
NH2 – C – H H – C – NH2
CH3 CH3
L – ALA D – ALA
H H
R – C – COO - R – C – COO - + H+
NH3+ NH2
H H
R – C – COO - + H + R – C – COOH
NH3+ NH3+
Pk 2
pI
pK 1
BEBERAPA INFORMASI:
1. AS. AMINO ALANIN MEMPUNYAI 2 KUTUB YG DAPAT MENGION:
1. GUGUS KARBOKSIL PADA pH 2,34.
2. GUGUS AMINA PADA Ph 9,69.
PI = (Pk1 + Pk2)/2
1. ELEKTROFORESIS KERTAS
METODA PEMISAHAN
2. KHROMATOGRAFI PENUKAR ION
ASAM AMINO 3. AMINO ACID ANALYZER
BEBERAPA REAKSI SPESIFIK ASAM AMINO
1. REAKSI PEMBENTUKAN IKATAN PEPTIDA
R1 O H H H20
H 2N – C - C + N – C – COOH -------
H OH H R2
H2O
R1 O H
H 2N - C - C - N - C - COOH
H H R2
O O
H
l C OH C OH
R – C – COOH + C - C
l C OH C
NH2 ll ll H
O O
C = N–C + 3H2O + H+
C C
ll l
O O -
NH2 O CH2 O
SH
GLUTATION ( GLUTAMILSISTEINILGLISIN)
CONTOH LAINNYA:
Tyr – Gly – Gly - Phe – Met– Tyr – Gly – Gly– Phe – Leu
COOH COOH
l l
NH2 – C – CH2 – SH + SH – CH2 – C – NH2 ---
l l
H H
COOH COOH
l l
NH2 – C – CH2 – S - S – CH2 – C – NH2
l l
H H
IKATAN
DISULFIDA
TEKNIK PEMISAHAN ASAM AMINO
1. ELEKTROFORESIS KERTAS
+ ANION o KATION -
------- -------
T1
........
T2
.. . .. . . SEMPROT DG
NINHIDRIN
COCOKKAN DG MARKER
2. CHROMATOGRAPHY
PENUKAR ION
PENGGOLONGAN PROTEIN BERDASARKAN
BENTUK/STRUKTUR DAN SIFAT FISIK TERTENTU
1. PROTEIN GLOBULAR
2. PROTEIN SERABUT
1. ALPHA HELIKS
2. TRIPLE HELIKS
3. BETA PLEATED SHEET
1. BETA PLEATED SHEET PARALEL
2. BETA PLEATED SHEET ANTI PARALEL
PROTEIN GLOBULAR
TERMINAL
O R2
AMINO
NH3+ C C NH3+ COOH TERMINAL
KARBOKSIL
C NH3+ C C
R1 O R3 Dst, dst
S -S
S-S
PROTEIN GLOBULAR
SIFAT:
1. MEMPUNYAI KELARUTAN YANG TINGGI DALAM AIR
2. BANYAK DISUSUN OLEH ASAM AMINO POLAR
(HIDROFILIK)
3. JIKA ADA ASAM AMINO HIDROFOBIK TERSEMBUNYI
DIBAHAGIAN DALAM.
4. BANYAK MENGANDUNG PROLIN PEMBENKOKAN.
5. ASAM AMINO Ser, Thr, DAN Asn JUGA MENYEBABKAN
PEMBENGKOKAN
6. MEMPUNYAI FUNGSI SEPERTI: ENZIM, PROTEIN
SIMPANAN, HORMON, ANTIBODI TRANSPORT.
CONTOH :
* HAEMOGLOBIN 4 RANTAI POLIPEPTIDA DG 574 ASAM
AMINO (ALPHA 1 DAN 2 = 141 AA, BETA 1 DAN 2 = 146
AA).
* INSULIN (2 RANTAI DG 51 ASAM AMINO)
* ADENILAT KINASE 3 RANTAI
Haemoglobin
Alpha2
Alpha1 ( 141 as. amino)
(141 as.amino)
Beta 1 (146
as.amino
S S-S
S
S S-S
S
FUNGSI:
1. PROTEIN STRUKTURAL
2. PROTEIN PERLINDUNGAN LUAR
3. PROTEIN KONTRAKTIL
ADA 3 JENIS:
1. ALPHA HELIKS ALPHA KERATIN (BULU BINATANG,
KUKU, WOOL, SAYAP, SISIK, TANDUK, KULIT PENYU)
b. Alpha heliks
c. Triple heliks
BETA PLEETED
SHEET PRALEL
BETA PLEETED
SHEET ANTIPARALEL
IKATAN KOVALEN DAN NON KOVALEN YANG
MEMPERTAHANKAN STRUKTUR PROTEIN
R1 O H
H H R2
COOH COOH
l l
NH2 – C – CH2 – S - S – CH2 – C – NH2 IKATAN DISULFIDA
l l
H H
IKATAN NONKOVALEN
1. IKATAN HIDROGEN
2. IKATAN HIDROFOBIK/INTERAKSI HIDROFOBIK
3. IKATAN ELEKTROSTATIK
RANTAI 1
RANTAI 2
RANTAI 3
IKATAN HIDROFOBIK TERJADI
ANTARA RESIDU GUGUS R DARI 2
ASAM AMINO YANG SAMA-SAMA
HIDROFOBIK
RENATURASI
HIDROLISIS PROTEIN
1. HIDROLISIS DG ASAM.
6 N HCl, PADA SUHU 110oC SELAMA 20 – 70 JAM, PADA
TABUNG REAKSI YG TERTUTUP RAPI SEHINGGA TDK ADA KONTAK
DG OKSIGEN. TERJADI PEMUTUSAN SEMUA IKATAN PEPTIDA,
TETAPI BBRP ASAM AMINO MENGALAMI DEAMINASI (Trp, Ser,
Tre, Asp, Glu).
2. HIDROLISIS DG BASA
2 – 4 N NaOH, SUHU 100oC, SELAMA 4 – 8 JAM.
UNTUK MENDAPATKAN Trp YG RUSAK PADA HIDROLISIS
ASAM.
3. HIDROLISIS DG ENZIM
1. MERKAPTOETANOL
2. ASAM PERFORMAT
3. DITIOREITOL (DTT)
DTT (DITIOREITOL)
HS-CH2-CHOH-CHOH-CH2SH
ATAU
ASAM PERFORMAT MERKAPTOETANOL
(HCOO-OH) (HS-CH2-CH2-OH)
ENZIM (BIOKATALISATOR)
BEBERAPA SIFAT KHAS ENZIM:
Ex: Alkoholdehidrogenase
H H
H–C-H H-C-H
+ NAD+ + NADH + H+
H - C – OH H-C =O
H
etanol Asetaldehid
GRUP 2. TRANSFERASE ENZIM YANG BEKERJA UNTUK
MENGKATALISA PEMINDAHAN ELEKTRON, ATOM
ATAU GUGUS FUNGSIONAL (KARBON,
ALDEHID,KETON, ASIL, ALKIL,P, S ) DLL.
CTH : HEKSOKINASE
ATP + D–HEKSOSA ADP + D-HEKSOSA 6 P
C=O
C=O
H - C – OH
H - C – OH
HO – C - OH
ATP + HO – C - OH ADP + H – C - OH
H – C - OH
H – C - OH
H – C - OH
CH2OP
CH2OH
3 . HIDROLASE ENZIM YANG BEKERJA MENGKATALISIS
REAKSI HIDROLISIS PADA IKATAN
ESTER,ETER,GLIKOSID, PEPTIDA, C-N,
C-C, P-N, ASAM ANHIDRAT, HALIDA)
O
C–O–C
R1
O H
R1COOH
+ H2O H - C – OH
C–O–C +
R2COOH
R2 H - C – OH
R3COOH
O H - C – OH
C–O–C H
R3
4. LIASE ENZIM YANG BEKERJA MENGKATALISIS
PENAMBAHAN ATAU PEMBUANGAN GUGUS
DARI SUBSTRAT DAN MENINGGALKAN IKATAN
RANGKAP
FUMARASE (MALATHIDROLIASE)
COOH H COOH
HO – C – H C
H–C–H C + H2O
COOH HOOC H
L- MALAT FUMARAT
5. ISOMERASE SEMUA ENZIM YANG MENGKATALISIS
KONVERSI
ISOMER OPTIK,GEOMETRIK
H
CH2OH
C=O
C=O
H – C – OH
HO – C – H
HO – C – H
H – C – OH
H – C – OH
H – C – OH
H – C – OH
CH2 – O – PO3
CH2 – O – PO3
6. LIGASE ENZIM YANG MENGKATALISIS
PENGGABUNGAN DUA SENYAWA
DIIKUTI PEMECAHAN IKATAN
PIROFOSPAT PADA ATP.
Glutamin sintetase
COOH
COOH
H2N – C – H
H2N – C – H
+ NH4+ + ATP CH2 + ADP
CH2
CH2
CH2
C=o
COOH
NH2
L - Glu L- Gln
ENZIM MEMPERCEPAT LAJU REAKSI DENGAN
CARAMENURUNKAN “ENERGI AKTIFASI”
KOMPLEK
+
ENZIM-SUBSTRAT
ENZIM SUBSTRAT
PRODUK
ENZIM
2. INDUCED – FIT HYPOTESIS OLEH KOSHLAND
KOMPLEK
+ ENZIM-SUBSTRAT
ENZIM substrat
PRODUK ENZIM
BEBERAPA ENZIM HANYA TERDIRI DARI POLIPEPTIDA (TIDAK
MENGANDUNG SENYAWA LAIN SELAIN RESIDU ASM AMINO)
RIBONUKLEASE PANKREAS
2. SUHU
37, 45, >55
STABIL SUHU TINGGI
STABIL SUHU RENDAH
3. Ph
MASING2 ENZIM PUNYA Ph OPTIMUM YG
KHAS
7-9
v = k3 [ES] 1)
[E][S]
KM = ----------- 2) Tetapan mechaelis-Menten
[ES]
k1 k3
E + S <-------> ES ------> E + P
k2
V maks = k3 [Eo] 3)
5) -> 1)
Vmaks . [S]
v = ------------------ -------------->
Pers. M-M
KM + [S]
E + P
TIDAK
TERBENTUK
PRODUK
2. INHIBITOR NON KOMPETITIF
- BERIKATAN DG ENZIM PADA SISI LAIN DARI
ACTIVE SITE SHGG MEROBAH KONFORMASI ENZIM
ENZIM MENJADI INAKTIF
TIDAK
E+S E-S + I E-S-I
TERBENTUK
PRODUK
REAKSI INHIBISI