PENGELOLAAN SPESIMEN

UNTUK PEMERIKSAAN
MIKROBIOLOGI

RUMAH SAKIT SARI ASIH KARAWACI

September 2019
Angky Budianti
Rationale use of Data
Antibiotik epidemiologi:
antibiotic Empirik Pola kuman
dan pola AST
lokal rumah
sakit secara
Antibiotik Antibiotik periodik
Definitif Profilaksis

Hasil kultur dan AST PPAB  Jenis

spesimen setiap operasi, usia, riwayat
pasien infeksi alergi
 Antibiotik Patogen
Definitif Kolonisasi
Kontaminan
+
Hasil kultur dan Kondisi
AST spesimen klinis
pasien infeksi - pasien
Infeksi selain
bakteri
Efek antibiotik
Pengambilan spesimen Betul negatif
dan penyimpanan Spesimen salah
spesimen yang benar,
serta transporting
spesimen yang tepat
 TUJUAN PEMERIKSAAN
MIKROBIOLOGI
• Memberikan informasi yang akurat tentang ada atau
tidaknya mikroba di dalam spesimen yang mungkin
merupakan penyebab infeksi

• Bila terdapat pertumbuhan dan merupakan patogen

maka dilanjutkan dengan uji kepekaan mikroba
terhadap antibiotik
 Data from Microbiology
Laboratories

Improve patient Harm patient

care
 QA

Test ordering
Result transcription
Order transcription
Result delivery
Patient preparation Sample testing
Result review
Specimen collection
Action taken on basis
Specimen labelling of result
Specimen transport

Pre analytical Analytical Post analytical

7
PENDAHULUAN
• Pemeriksaan Mikrobiologi:
• Mikroskopik
• Kultur dan Resistensi
• Serologi:
• Deteksi antigen
• Deteksi antibodi
• Molekular:
• Deteksi asam nukleat

Spesimen yang baik

 … pendahuluan

Pengelolaan spesimen baik  kualitas baik

• Pemilihan
• Pengambilan
• Pengiriman
• Penyimpanan/pengawetan  cooling, avoid
freeze-thawing

 Kualitas spesimen baik  hasil akurat

 … pendahuluan

• Pengelolaan tidak tepat  Misleading diagnosis, biaya

tinggi, bahaya untuk pasien
• Mikroorganisme tidak ditemukan
• Hasil yang ditemukan: mikroorganisme bukan penyebab
•‼
• Spesimen mikrobiologi mungkin mengandung organisme hidup
yang dapat bermultiplikasi dan cepat mati
• Spesimen tidak lagi representatif bila flora pendamping
bermultiplikasi selama pengumpulan, pengiriman atau penyimpanan
• Patogenesitas penyakit, sifat-sifat mikroorganisme tersangka
 PRINSIP PENGELOLAAN SPESIMEN

1. Utamakan keselamatan dan keamanan

petugas rumah sakit / laboratorium:
Menggunakan alat-alat proteksi
standar (jas lab, sarung tangan, dll)

Wadah spesimen ditutup rapat dan

tidak bocor

Letakkan syringe di box limbah

biohazard

2. …….
 … prinsip pengelolaan spesimen

2. Pertimbangkan kenyamanan dan keamanan

pasien:

Informed consent sebelum mengambil spesimen

Tepat dalam waktu dan prosedur pengambilan dan

pemilihan spesimen  mencegah resampling

3. …..
 … prinsip pengelolaan spesimen

3. Jumlah mikroorganisme hidup saat kultur cukup

Jenis spesimen tepat, labelling yang benar
Waktu pengumpulan spesimen tepat, fase akut
Volume cukup
Penyimpanan dan transportasi yang baik
Pemeriksaan yang benar dan sesuai
Media transport  hubungi lab
Sebelum pemberian antibiotika/ bebas antibiotika ± 3 hari
Bakteri anaerob: tidak/sedikit mungkin kontak dengan oksigen
Swab tidak boleh kering
Tidak menggunakan fiksatif seperti formalin atau zat bakteriostatik
untuk kultur.

4. …..
 … prinsip pengelolaan spesimen

4. Hindari kontaminasi flora normal atau dari lingkungan

Cara pengambilan spesimen

Tindakan asepsis
Wadah steril dan tertutup rapat/ tidak bocor
Dekontaminasi permukaan sebelum pengambilan specimen
Pemilihan spesimen yang lebih tepat: urin, luka dan sputum

5. Komunikasi yang baik antara dokter dan laboratorium

mikrobiologi
• Catat: diagnosis, gejala klinis penting, perjalanan ke tempat asing, kontak
dengan binatang, penyakit imunodefisiensi atau dugaan patogen
 SPESIMEN YANG DIAMBIL
PASIEN
• Urin, Sputum, Feses, Semen

• Jangan menganggap pasien sudah tahu cara

mengambil

• Instruksi tertulis: apakah akan dibaca dan dimengerti?

Verbal, gambar dan tertulis
SUMBER KONTAMINASI OLEH FLORA NORMAL

Tempat Infeksi Sumber Kontaminasi

Vesika Urinaria Uretra dan perineum

Darah Kulit tempat pungsi

Fistula Saluran cerna

Infeksi subkutan dan Kulit dan membran

luka superfisial mukosa

Miller J. A Guide to Specimen Management in Clinical Microbiology. 1996

 SALURAN NAPAS BAWAH
• SPUTUM

• Bukan saliva !!!

• Mukolitik dan inhalasi sebelumnya
• Bangun tidur – berkumur dengan air matang –
batuk dalam
• Wadah steril
 SPUTUM
• Sputum yang dikeluarkan secara spontan
• Sputum yang dikeluarkan dengan induksi
• Sputum dari endotrakeal yang diambil melalui mucus extractor
atau double lumen suction
• TIDAK dapat digunakan potongan ujung selang
• Dikirim suhu ruang dalam 2 jam, jika tertunda, simpan dan kirim
dalam suhu 2-8oC
 … saluran napas bawah

• Beberapa mikroorganisme yang memerlukan teknik isolasi atau

media tertentu seperti bakteri Corynebacterium diphteriae,
Bordetella pertussis, N. gonorrhoeae, Legionella spp.,
Chlamydia, atau Mycoplasma, dokter pengirim hendaknya
menghubungi laboratorium mikrobiologi terlebih dahulu
sebelum mengambil spesimen.
PEMERIKSAAN
MYCOBACTERIUM
Sputum
Waktu pengambilan :
•Sputum pertama pagi sesudah bangun tidur, 3 kali
berturut-turut bila diperlukan
•Sputum sewaktu di bawah pengawasan dokter –
pagi - sewaktu

• Alat: Wadah + Penutup (bersih)

• Jelaskan cara pengambilan (bukan saliva!)
• Jumlah : 3-5 ml
 … pemeriksaan Mycobacterium
BAHAN LAIN
• Waktu pengambilan : sewaktu.
• Cairan pleura (> 50 cc)
• Bronchial wash ( minimal 40 – 50 cc )
• Aspirat trakhea
• Liquor ceresbrospinal & cairan sendi
• Jaringan biopsi ( dianjurkan jaringan yang nekrotik ).
• Bilasan lambung ( minimal 50 cc ).
• Urin (urin porsi tengah bangun tidur, minimal 10 cc, 3 hari berturut-turut)
• Feces/tinja
 SALURAN KEMIH: URIN

• Pemeriksaan semikuantitatif
• Sampel:
• Mid stream urine (clean catch urine, urin porsi tengah)
• Supra pubic puncture – terutama kultur anaerob
• Urin kateter
• Transport :
• Dalam 2 jam, suhu ruang
• > 2 jam : lemari es 4oC (bukan freezer)/ cooler box
 Cara Pengumpulan Spesimen Urin

1. Mid stream urine (clean catch urine)

JELASKAN!
Urin pertama di pagi hari
Spesimen yang dikumpulkan
adalah di pertengahan urin
Penis/vulva dibersihkan dengan
air sabun atau tissue basah steril
Hindari urin mengenai kulit
 Cara pengumpulan spesimen
urin
2. Urin Kateter

• Bukan dari catheter bag

• Kumpulkan dari selang indwelling catheter melalui sampling
port setelah dibersihkan dengan swab alkohol terlebih dahulu
• TIDAK dapat digunakan potongan ujung kateter
Cara pengumpulan spesimen
urin

Juni 2006
 Cara pengumpulan spesimen urine
3. URIN ASPIRASI
SUPRAPUBIK
Spesimen urin paling baik
Invasif
Tindakan secara aseptik
Dikerjakan bila urin porsi
tengah sulit didapatkan
 SPESIMEN SALURAN CERNA
 FESES

 Feses segar sebanyak + 5-10 gram/1 sendok teh,

taruh dalam wadah bersih, jangan tercampur
dengan urin atau air kloset.
 Feses berdarah atau berlendir, ambil bagian
berdarah/ berlendir
 … spesimen saluran cerna

USAP DUBUR (rectal swab)

 Bayi, konstipasi

 Memasukkan lidi kapas steril

sepanjang 1 inchi/ 2,5 cm ke dalam
sfingter anus. Secara hati-hati, putar
lidi kapas pada kripte anus searah
jarum jam dan putar balik lidi kapas.

 Bila tidak langsung ditanam, masukkan

ke dalam media transport Carry-Blair.
 … spesimen saluran cerna

 Spesimen feses dikirim pada suhu dingin dalam 2 jam

 Usap dubur di dalam medium transpor dikirim pada suhu

ruang sampai 6 jam

 Pemeriksaan spesimen feses dilakukan dengan tujuan

untuk mengisolasi Shigellae, Salmonella, E. Coli patogen,
Vibrio, dan dengan permintaan khusus yaitu Clostridium
difficile, dan Yersinia.
SALURAN NAPAS ATAS
• USAP TENGGOROK

• Tekan lidah dengan spatula lidah, usap lidi kapas pada kedua tonsil
dan faring belakang, jangan menyentuh lidah & uvula
• Pemeriksaan Difteri  pseudomembran
• Bukan untuk mencari patogen penyebab sinusitis, otitis media atau
infeksi saluran nafas bawah
 … saluran napas atas

• USAP HIDUNG
• Masukkan swab sekurangnya 1 cm ke dalam lobang
hidung atau bila ada lesi ambil di pinggir lesi

• Putar swab dan diamkan 10 -15’

• Tusukkan ke medium transpor

• Hanya untuk skrining MRSA atau identifikasi virus

influenza (PCR)
Juni 2006
TELINGA
• Saluran telinga luar
• Bersihkan kotoran saluran
telinga luar menggunakan
swab yang dibasahi NaCl
• Ambil spesimen dengan
mengusapkan dinding saluran
telinga dengan tekanan
menggunakan swab kapas
TELINGA
• Saluran telinga tengah
• Indikasi biakan: complicated, recurrent, atau chronic persistent
otitis media.
• Membran timpani intak:
• Bersihkan liang telinga luar dengan swab steril yang
dibasahi NaCl steril
• Tympanocentesis  aspirasi, masukkan ke dalam medium
transport  jarang
• Membran timpani ruptur
• Bersihkan liang telinga luar dengan swab steril yang
dibasahi NaCl steril
• Ambil cairan dengan aspirasi atau swab kecil, masukkan
dalam medium transpor
• Kirim ke lab dalam waktu <2 jam
 MATA
• Konjungtiva:
• Chlamydia: gunakan swab kalsium alginat dengan medium transpor (bisa
digunakan media transpor virus)
• Virus: gunakan swab dacron dengan medium transpor
• Pemeriksaan biakan bakteri aerob: bila konjungtiva purulen, ambil dengan
swab kapas dengan medium transpor
• Tangkai swab tidak terbuat dari kayu
• Gunakan swab yang berbeda untuk mata kanan dan kiri. Pengambilan
spesimen harus dari kedua mata meskipun infeksi hanya di salah satu mata
• Ambil 2 swab untuk sediaan apus dan biakan
• Tidak untuk biakan anaerob
• Kirimkan ke lab pada suhu ruang
MATA
• Spesimen diambil oleh dokter spesialis mata
• Kornea:
• Kerokan kornea
• Langsung masuk ke medium transpor atau inokulasi
langsung ke agar darah dan agar coklat (bedside)
• Sediaan untuk mikroskopik tidak dilakukan secara rutin
• Kirimkan ke lab pada suhu ruang

• Cairan intra-okuler:
• Aspirat
• Kirimkan ke lab pada suhu ruang
 SPESIMEN SALURAN GENITAL
• Untuk perempuan  dokter Obsgin
• Spesimen serviks harus diambil
setelah membersihkan lendIr yang
sudah terkumpul dan juga mukosa di
sekelilingnya
• Gunakan swab kedua untuk
mengambil specimen dengan
memutar swab selama 10-30 detik di
dalam lumen endoserviks
• Ambil specimen vagina menggunakan
spekulum, tanpa lubrikan/pelumas
 SPESIMEN SALURAN GENITAL

• Untuk laki-laki
• Spesimen uretra diambil dengan
insersi swab 2-4 cm ke dalam
uretra dan memutar swab 2-3
detik
SPESIMEN SALURAN GENITAL

• Untuk lesi HSV

• Cairan dari lesi diaspirasi dengan jarum suntik
• Swab juga dapat digunakan untuk mengambil cairan
vesikel atau cellular material dari dasar lesi sebelum
menjadi krusta dan proses penyembuhan dimulai
SPESIMEN SALURAN GENITAL

Asal spesimen Patogen penting

Serviks Chlamidya trachomatis, gonococcus, herpes
Cul-de-sac Anaerobes, gonococcus, Chlamidya trachomatis,
bakteri enterik
Endometrium Campuran bakteri aerob dan anaerob
Vagina Streptococcus beta haemolyticus grup B,
campuran bakteri aerob dan anaerob
LUKA / ABSES

• Cara: biopsi (terbaik), aspirasi, dan swab

• Anaerob: biopsi dan aspirasi
• Aspirasi untuk :
• Abses tertutup
• Luka bergaung dengan cairan di dalamnya yang
tertutup debris permukaan
LUKA / ABSES

• Swab:
• Pus di luar dibersihkan terlebih dahulu dengan swab
yang telah dicelupkan dengan NaCl 0.9% steril.
• Dengan swab baru, buat usapan dari dasar ulkus
• Tidak dianjurkan untuk mengambil pus yang berasal dari
drain
• Aspirat atau pus atau swab pus dikirim ke laboratorium
mikrobiologi dalam suhu ruang < 2 jam
 … luka / abses
Aspirasi untuk :

• Abses tertutup
• Luka bergaung dengan cairan di dalamnya yang tertutup debris
permukaan
 … luka / abses

SWAB
FAKTOR PENTING DALAM
PENGAMBILAN SPESIMEN DARAH

• Tipe bakteremia
• Metode pengambilan specimen: aseptic,
desinfeksi
• Volume (dewasa 10 ml/botol, anak 1-5
ml/ botol)
• Jumlah set spesimen
• Waktu pengambilan spesimen
• Interpretasi
BAKTEREMIA
 KAPAN ?
• Ambil spesimen darah sedekat mungkin dengan waktu demam.
• Jumlah bakteri menurun ketika suhu tubuh menurun.

Demam Biakan Darah

Bakteremia
Level
Temp
30

0 Waktu (min) 60
 EFEK VOLUME

100
90
80
70
60
% Relative 50
Yield 40
30
20
10
0
5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60
ml

*Reprinted from Infectious Disease Clinics of North America, Vol 16, M.L. Towns and L. B. Reller, Diagnostics
methods: Current best practices and guidelines for isolation of bacteria and fungi in infective endocarditis, p.
363-376(2002) with permission from Elsevier.

47
JUMLAH SPESIMEN
JUMLAH SET
• 2-3 set spesimen akan dapat meningkatkan angka deteksi ~99% episode
sepsis.
• JANGAN hanya menggunakan 1 set spesimen untuk diagnosis sepsis
pertama kali
• Set: diartikan sebagai jumlah spesimen yang diambil dari 1 tempat
(vena), untuk pemeriksaan bakteri aerob dan anaerob
• Tidak disimpan atau dikirim dalam keadaan dingin
• Hasil negatif dilaporkan setelah inkubasi 7 hari, kecuali jika dicurigai
slow grower seperti Brucella spp., Francisella tularensis  1-2 minggu
• Jika positif, pertimbangkan kultur dari specimen di lokasi focus infeksi
ANTIKOAGULAN

• Bakteri yang terperangkap di bekuan menjadi tidak

terdeteksi
• Inokulasikan ke tabung berisi antikoagulan selama
pengiriman ke lab
• Heparin, EDTA, Citrate : tidak direkomendasikan
• SPS (Sodium polyanethol sulfonate)
• 0,025-0,03%
• SPS : antikoagulan, anti-komplemen, anti-fagosit, mengganggu
aktivitas beberapa antibiotik
• Menghambat Neisseria spp., Gardnerella vaginalis,
Streptobacillus moniliformis, Peptostreptococcus anaerobius
 STEP-BY-STEP METHOD:

1.Bersihkan area yang sudah ditentukan dengan alcohol 70%,

swab secara konsentris dari lokasi pengambilan ke luar
2.Bersihkan lagi dengan povidone-iodine 10% atau tincture iodine
2%, swab konsentris dari lokasi pengambilan ke luar.
3.Biarkan iodine mengering sempurna (minimal 1 menit) sebelum
melakukan venipuncture.
4.Sementara menunggu kering, tutup plastic yang membungkus
botol kultur darah dapat dibuka terlebih dahulu dan tutup karet
didekontaminasi dengan alcohol 70% (larutan iodine akan
merusak karet, jangan digunakan)
Bersihkan bagian atas tabung dengan alkohol jika terlihat kotor
atau berdebu
 STEP-BY-STEP METHOD
5. Lakukan venipuncture, ambil 5-7 mL darah.
6. Masukkan jarum ke botol kultur darah. Masukkan
minimal 3 mL ke dalam botol kultur darah. Jangan
mengganti jarum antara venipuncture dan inokulasi botol.
7. Buang residu larutan iodine dari kulit dengan alcohol
8. Tekan 30-60 detik.
9. Obervasi dan inspeksi, apakah ada pendarahan. Jika ada
pendarahan, ulangi langkah 8.
BIAKAN UJUNG CVC

• Pemeriksaan biakan ujung CVC hanya dilakukan

bersamaan dengan darah vena
• Indikasi: sepsis karena infeksi aliran darah
• Biasanya dilakukan bila tidak ditemukan sumber infeksi
lain (pneumonia, infeksi intra abbdomen, ISK, dll)
• Bila hasil biakan ujung CVC sama dengan biakan darah,
dianggap sumber infeksi adalah ujung CVC
PEMERIKSAAN ANAEROB

• Kriteria spesimen yang baik untuk pemeriksaan kuman anaerob:

• Spesimen yang baik diambil secara tepat (aspirasi atau
biopsi jaringan)
• Tidak tercemar oleh mikroba yang tidak diinginkan
• Terhindar dari kontak dengan udara.
• Menggunakan media transport anaerob
 … pemeriksaan anaerob
PENYIMPANAN & PENGIRIMAN ANAEROB

Spesimen :
Medium transport anaerob 
thioglikolat dimasukkan kantong
anaerob

Sampel penderita dalam spuit 

tidak dianjurkan

Jangan dimasukkan dalam lemari

es
 … pemeriksaan anaerob
SPESIMEN YANG BUKAN UNTUK KULTUR
ANAEROB
Spesimen
Eksudat atau material lain yang diambil dari luka di
permukaan, abses, luka bakar, kista, ulkus
Swab vagina, serviks dan uretra

Spesimen saluran nafas yang diambil dengan swab,

suction nasotrakeal atau orotrakeal, sputum, bronkoskopi
Feses, usap dubur
(kecuali sampel feses dengan permintaan spesifik :
C.difficile, C.botulinum)
Urin porsi tengah atau urin dari kateter
Melabel pada sisi wadah,
Bukan pada tutup.
Label mencantumkan:
•Nama
•Tanggal dan jam pengambilan
spesimen
•Nomer rekam medik/lab
•Jenis spesimen dan sumber
FORMULIR PENGIRIMAN
SPESIMEN
Identitas pasien (nama lengkap, jenis kelamin, tanggal lahir)
Identitas dokter pengirim (nama lengkap, alamat, nomor
telepon)
Alamat lengkap rumah sakit/ tempat pasien dirawat
Deskripsi singkat dan jelas asal dan jenis spesimen
Tanggal dan jam pengambilan spesimen
Diagnosis atau keadaan klinis utama pasien saat
pengambilan spesimen
Permintaan pemeriksaan laboratorium mikrobiologi: kultur
aerob, kultur anaerob, kultur jamur, kultur M.tuberculosis,
gram, bta, koh, tinta india, pcr
Antibiotika yang telah diberikan
 PENYIMPANAN DAN
PENGIRIMAN
• Wadah yang kuat (tidak pecah/ tidak bocor/ tidak tumpah)
• Terbaik bila spesimen langsung dikirim ke laboratorium pada
suhu ruang pemeriksaan/penanaman dilakukan dalam
waktu kurang dari 2 jam.
• Darah  bed site
• Swab  HARUS dalam medium transport
• Suhu tinggi (panas) dapat menyebabkan overgrowth bakteri
yang berbeda atau matinya beberapa strain bakteri. Suhu
rendah (dingin) akan meningkatkan difusi oksigen sehingga
mengganggu bakteri anaerob
 … penyimpanan & pengiriman

• Transportasi >2 jam

• Spesimen tanpa medium transport harus disimpan dalam
4C, KECUALI untuk pemeriksaan darah, anaerob, cairan
tubuh, swab luka atau curiga infeksi oleh Haemophilus,
Meningokokus, dan Gonokokus

• Gunakan medium transport  diperiksa kurang dari 24 jam.

• Medium transport : Stuart, Amies, Cary-Blair, Pepton alkali,

thioglikolat
 SPESIMEN DITOLAK ATAU
DITERIMA DENGAN CATATAN
BILA :

• Tidak dilabel
• Jumlah tidak mencukupi
• Pengawet atau medium transport tidak sesuai
• Spesimen rusak, wadah bocor
• Terlalu lama jarak waktu pengambilan dengan pemeriksaan

http://www.dhss.delaware.gov/dph/lab/routinemicroscp.html
 SPESIMEN DITOLAK ATAU
DITERIMA DENGAN CATATAN BILA :

• Penderita memakai antibiotik

• Ada kemungkinan bahan terkontaminasi
• Spesimen tidak sesuai dengan jenis pemeriksaan
• Penyimpanan dan pengiriman tidak memenuhi syarat
• Bahan untuk pemeriksaan anaerob tidak dikirim dalam suasana
anaerob.

https://www.hopkinsmedicine.org/microbiology/specimen/Specimen_Collectio
n_Guidelines_2016.pdf
 KEMUNGKINAN YANG TERJADI
JIKA HASIL NEGATIF
• Patogen tidak ada di spesimen
• Spesimen diambil pada fase penyakit di mana patogennya jarang
• Patogen mati pada fase antara pengambilan hingga akan dilakukan
pemeriksaan di laboratorium mikrobiologi
• Patogen tidak dapat dideteksi dengan metode pemeriksaan tersebut
• Sudah diberikan antibiotik sebelum pengambilan spesimen dan
CUCOK

Microbiology specimen collection guide.

http://www.dhss.delaware.gov/dph/lab/routinemicroscp.html diunduh
pada 7 Agustus, 2018
REFERENSI
• Engbaek K., El Nageh MM., Groen J. Specimen collection and transport for
microbiological investigation. WHO Regional Publications, Eastern
Mediterranean Series: 8. Bafra Graphics. Alexandria,1995.
• Microbiology specimen handling.
http://www.leehealth.org/physicianpub/lab-services/pdf/Microbiology-Gener
al-Instructions.pdf
diunduh pada 6 Agustus, 2018.
• Specimen collection handling guide.
https://www.uchealth.org/professionals/uch-clinical-laboratory/specimen-col
lecting-handling-guide/instructions-microbiology-specimen-collection/
diunduh pada 6 Agustus, 2018
TERIMA KASIH