Terdapat dua cerita yang membawa kepada kepercayaan utama dalam asal-usul nama gunung ini.

Terbitan pertama perkataan Kinabalu diekstrak daripada bentuk pendek bagi Kadazan Dusun perkataan 'Aki Nabalu', yang bermaksud "tempat yang dihormati orang mati". Negeri-negeri sumber kedua bahawa nama "Kinabalu" sebenarnya bermaksud "Cina Balu" (yang penuh bermakna "A Balu Cina"). Oleh kerana pengaruh bahasa di kalangan Kadazan Dusun Sabah, sebutan perkataan "Cina" (chee-na) telah ditukar kepada "Kina" (kee-na). Ia telah diberitahu bahawa seorang putera Cina, telah dibuang jauh ke Borneo apabila kapal itu karam di tengah-tengah Laut China Selatan. Beliau kemudiannya telah diselamatkan oleh orang asli dari kampung yang berdekatan. Ketika dia pulih, dia perlahan-lahan diterima sebagai salah satu daripada orang-orang kampung. Akhirnya, dia jatuh cinta dengan seorang wanita tempatan, dan berkahwin. Tahun berlalu, dan dia mula rasa rindu. Jadi dia meminta izin dari keluarga yang baru ditemui untuk kembali ke China untuk melawat ibu bapanya (Maharaja dan Maharani China). Kepada isterinya, dia berjanji bahawa sebaik sahaja dia telah dilakukan dengan tugas keluarganya di China, dia akan kembali ke Borneo untuk mengambil beliau dan anak-anak mereka kembali ke China. Apabila beliau membuat kembali ke China, beliau telah diberikan sambutan besar oleh keluarganya. Walau bagaimanapun, untuk mengecewakan, ibu bapa beliau tidak bersetuju dengan beliau mengenai mengambil isteri Borneo pulang ke China. Lebih buruk lagi, mereka memberitahu bahawa dia sudah bertunang dengan seorang puteri sebuah kerajaan jiran. Setelah tiada pilihan (disebabkan berkenaan yang tinggi terhadap ibu bapanya), dia taat dengan hati yang berat. Sementara itu, kembali di Borneo, isterinya berkembang lebih dan lebih bimbang. Akhirnya, dia memutuskan bahawa dia akan menunggu kapal suaminya. Walau bagaimanapun, kerana kampung ini terletak jauh dari pantai, dia boleh tidak mampu untuk datang ke pantai dan menunggu dia setiap hari. Sebaliknya, dia memutuskan untuk mendaki ke puncak gunung tertinggi berhampiran perkampungan beliau, supaya dia boleh mempunyai pandangan yang lebih baik daripada kapal-kapal yang belayar di Laut China Selatan. Oleh itu, dia kemudiannya dilihat mendaki gunung pada setiap matahari terbit, kembali hanya pada waktu malam untuk menghadiri kepada anak-anaknya yang semakin meningkat. Akhirnya usaha beliau mengambil tol mereka. Dia jatuh sakit, dan mati di atas gunung yang sejuk sementara menunggu suaminya. Semangat gunung, setelah diperhatikan beliau selama bertahun-tahun, sangat terharu dengan kesetiaan beliau terhadap suaminya. Daripada kagum terhadap wanita ini, semangat gunung berpaling dia ke batu. Wajahnya telah dibuat untuk menghadapi Laut China Selatan, supaya dia boleh menunggu selama-lamanya untuk kembali suami sayang anaknya. Orang-orang di kampungnya yang mendengar tentang perkara ini telah juga amat terharu dengan ini. Oleh itu, mereka mengambil keputusan untuk menamakan gunung "Kinabalu" dalam mengingati beliau. Bagi mereka, gunung ini adalah simbol kasih sayang yang kekal dan kesetiaan yang perlu diambil sebagai contoh yang baik oleh wanita.

Legenda tempatan di kalangan rakyat Ranau, sebuah daerah di Sabah, mengatakan bahawa St John Peak adalah batu yang badannya telah bertukar menjadi.