Amali 6 Tajuk Tujuan : MENGUKUR DIVERSITI GENETIK : Untuk mengkaji dan mengukur diversiti genetik.

Pengenalan : Kepelbagaian genetik ( genetic diversity ) didefinisikan sebagai tahap biodeversiti yang merujuk kepada jumlah ciri-ciri genetik dari segi komposisi genetik sesuatu spesis. Ia merupakan satu satu ukuran yang relatif sebagai jarak antara mana-mana pasangan penyertaan dalam kajian ini adalah lebih atau kurang yang melibatkan perbandingan dari segi pasangan yang boleh dibuat dalam kajian. Mengukur kepelbagaian genetik ini boleh dibahagikan kepada dua iaitu ciri-ciri kuantitatif dan ciri-ciri molecular. Mengukur diversiti genetik dengan ciri-ciri kuantitatif adalah satu cara yang rumit kerana phenotype boleh dipengaruhi oleh faktor persekitran. Dalam persekitaran yang seragam antara populasi menunjukan perbezaan genetik. Langkah-langkah molekul kepelbagaian genetik hanya keupayaan yang terhad untuk meramalkan genetik kuantitatif kebolehubahan. Apabila maklumat mengenai sesuatu spesis potensi evolusi jangka pendek atau anggaran, penyesuaian tempatan yang diperlukan dan perubahan genetik perlu diukur secara langsung. Mengukur kepelbagaian genetik ini amat penting untuk sebagai bahan mentah ( raw material ) dimana pemilihan boleh bertindak dan dengan itu spesis boleh bertindak balas terhadap selective pressure. Majoriti alel frekuansi rendah wujud dalam bentuk heterozigot. Selain itu, kepelbagaian genetik juga memainkan peranan yang amat penting dalam menentukan kategori IUCN. Sekiranya kepelbagaian genetik berkurang maka, risiko kepupusan amatlah tinggi.

Tugasan

: Anda bertugas untuk sebuah agensi pemuliharaan dan berdepan dengan satu krisis: sebuah kawasan dengan enam jenis tanah lembap yang berbeza, yang diketahui hanya tanah bagi dua jenis orkid liar yang sedang dibangunkan menjadi kawasan perindustrian.Organisasi anda hanya mampu membeli dan menjaga empat tanah sahaja. Mana satukah antara keenam-enam tanah yang harus dijaga? Dua daripadanya ialah tanah lembap, tiga lagi adalah paya bersama dengan populasi Pterostylis isozymus. Tiga jenis paya yang lain merupakan satu-satunya populasi yang paling berkait rapat tetapi spesies yang jauh Pterostylis polyzymous tinggal.Anda menghantar sampel daun ke sebuah kolej untuk analisa genetik, dan menerima data seperti di bawah, iaitu di dalam bentuk gel protien elektroforesis untuk satu lokus allozyme yang polimorfik bagi kedua-dua spesies. Lokus tersebut mempunyai dua alel. `Cepat` dan `Pelahan` kerana mereka bergerak pada kadar yang berbeza merentasi gel tersebut, di mana alel yang cepat berada di bawah alel yang perlahan. Langkah 1 : Untuk mengukur bagaimana variasi genetik tersebar di antara poulasi, frekuensi alel perlu dikenalpasti di dalam setiap populasi. Lokus alozyme mempunyai dua bentuk. Identiti bagi setiap alel di dalam setiap individu ditunjukkan melalui banding pattern yang ada di dalam gel. Sebagai contoh,individu pertama di baris pertama di dalam gel pertama adalah heterozygous, di mana dua alel tersebut adalah berbeza dan diwakili oleh simbol (+) bagi kedua-dua `cepat` dan `pelahan`. Sebaliknya, individu di baris kedua ialah homozygous, yang mempunyai satu band mewakili dua alel perlahan. Tentukan frekuansi alel di dalam setiap populasi bagi alel cepat (p) dan alel perlahan (q) dengan megira bilangan alel bagi individu di dalam setiap populasi (homozygote mempunyai dua alel yang sama, oleh itu anda perlu mengira + dua kali ganda, dan jumlah bagi alel bagi 15 individu tersebut ialah 2 x 15 = 30). Bahagikan jumlah tersebut dengan jumlah alel yang hadir dalam

populasi tersebut(sentiasa sama dengan dua kali ganda bilangan individu

Pterostylis isozymus 1 Pelahan + Cepat + 2 + 3 + 4 + 5 + 6 +

Populasi 1(individu 1 hingga 15 dari kiri ke kanan) 7 8 + + 9 + 10 + + 1 1 1 2 + 1 3 + + 14 + + 15 + Jumlah 23 7

Pterostylis isozymus 1 Pelahan + Cepat 2 3 + + 4 + 5 + + 6

Populasi 2(individu 1 hingga 15 dari kiri ke kanan) 7 + + 8 9 + + 10 + + 1 1 1 2 + + 1 3 + + 14 + + 15 Jumlah 12 18

Pterostylis isozymus 1 Pelahan Cepat + 2 + + 3 4 5 6

Populasi 3(individu 1 hingga 15 dari kiri ke kanan) 7 + + 8 9 10 1 1 1 2 + 1 3 + + + + + + + 4 26 14 15 Jumlah

Pterostylis polyzymus 1 Pelahan + Cepat 2 3 + + 4 + 5 + + 6

Populasi 1(individu 1 hingga 15 dari kiri ke kanan) 7 + + 8 9 + + 10 + + 1 1 1 2 + + 1 3 + + 14 + + 15 Jumlah 12 18

Pterostylis polyzymus 1 Pelahan + Cepat + 2 3 + + 4 + 5 + + 6

Populasi 2(individu 1 hingga 15 dari kiri ke kanan) 7 + + 8 9 + + 10 + + 1 1 + + 1 2 + + 1 3 + + 14 + + 15 Jumlah 14 16

Pterostylis polyzymus 1 Pelahan + Cepat 2 3 4 + + + 5 + + 6

Populasi 3(individu 1 hingga 15 dari kiri ke kanan) 7 8 9 + + 10 1 1 + + + + + 1 2 + 1 3 + + 14 + + 15 Jumlah 8 22

Langkah 2 :Anda perlu mengukur perbezaan genetik diantara populasi tersebut. Biasanya Wright`s Fixation Index or Fst digunakan, dari julat 0 yang mewakili tiada perbezaan antara populasi tersebut, meningkat, menandakan kenaikan perbezaan. Untuk menentukan F st, heterozygousity perlu dikira bagi setiap spesies (Hs), dengan menggandakan 2pq bagi setiap satu populasi dan mengira nilai purata bagi ketiga-tiga populasi untuk setiap spesies.

Frekuensi alel bagi Pterostylis isozymus Alel cepat, Populasi 1 Populasi 2 Populasi 3 p 7/30= 18/30 26/30 0.23 0.6 0.87 Alel perlahan, q 23/30= 12/30 4/30 0.77 0.4 0.13 2xpxq 2x0.23x 0.77=0.35 0.48 0.22

Purata=1.06/3 (Hs) =0.35

Frekuensi alel bagi Pterostylis polyzymus Alel cepat, Populasi 1 Populasi 2 Populasi 3 p 18/30 16/30 22/30 0.6 0.53 0.73 Alel perlahan, q 12/30 14/30 8/30 2xpxq

0.4 0.48 0.47 0.50 0.27 0.40 Purata= 1.38/3 (Hs) = 0.46

Langkah 3 : Kira heterozygositi jika ketiga-tiga populasi meneruskan pembiakan, (Ht). Lakukan kiraan dengan mencari purata bagi p dan q ke atas ketiga-tiga populasi bagi setiap speseis, digandakan dengan 2 x purata p x purata q. Jangkaan frekuensi heterozigot di dalam populasi ini dikatakan mempunyai kawasan pembiakan yang besar dengan tiadanya perbezaan genetik pada tahap populasi biasa. Jangkaan heterozigositi (Ht) bagi Pterostylis isozymus Alel cepat p 7/30= 18/30 26/30 Alel pelahan q 23/30= 0.77 12/30 0.4 4/30 0.13 1.3/3 = 0.43

Populasi 1 Populasi 2 Populasi 3 Purata frekuensi alel

0.23 0.60 0.87 1.70/3 =0.57

(Ht) = 2 x purata p x purata q = 2 x 0.57 x purata q= 0.49

Jangkaan heterozigositi (Ht) bagi Pterostylis polyzymus Alel cepat p 18/30 16/30 22/30 Alel pelahan q 12/30 0.4 14/30 0.47 8/30 0.27 1.14/3 = 0.38

Populasi 1 Populasi 2 Populasi 3 Purata frekuensi alel

0.6 0.53 0.73 1.86/3 = 0.62

(Ht) = 2 x purata p x purata q = 2 X 0.62 X 0.38 = 0.47

Langkah 4 : Anda perlu mengira jumlah `local`, dengan variasi populasi. Frekuensi sisihan bagi heterozigot di dalam populasi yang berasingan, (Hs) perlu dicari jika mereka adalah dari populasi besar yang sama, (Ht) sertakan indeks jumlah variasi genetik yang ditemui di dalam satu populasi `local`. Oleh itu, Fst = (Ht Hs ) / Ht , di mana nilai Fst < 0.1 menunjukkan nilai divergen yang kecil di dalam populasi ( iaitu populasi yang berbeza dari segi genetik antara satu sama lain). Nilai antaranya menunjukkan beberapa divergen genetik.

RUMUSAN

Pterostylis isozymus Fst = ( Ht Hs ) / Ht = 0.49 0.35 / 0.49 = 0.29 F st > 0.1, menunjukkan divergen yang besar di antara populasi Pterostylis isozymus Pterostylis polyzymus Fst = ( Ht Hs ) / Ht = 0.47 0.46/ 0.47 = 0.02 Fst < 0.02 menunjukkan tiada divergen di antara populasi Pterostylis polyzymus Populasi Pterostylis Isozymus adalah lebih divergen daripada populasi Pterostylis polyzymus . Oleh itu Pterostylis polyzymus adalah sama secara genetik antara satu sama lain.

Soalan

1. Adakah populasi bagi setiap spesies adalah berbeza antara satu sama lain? Adakah sesuatu spesies mempunyai lebih diversiti antara populasi daripada yang lain? Yang mana satu? Populasi antara spesis adalah berbeza kerana populasi Petrostylis isozymus menunjukkan divergen yang besar > 0.29 berbanding F st > 0.1 manakala spesis Pterostylis polyzymus Fst < 0.02 menunjukkan tiada divergen di antara populasi. Bagi mendapatkan diversiti genetik yang tinggi didalam sesebuah variasi populasi, Fst yang dikumpulkan mestilah melebihi 0.1 yang mana menunjukkan perbezaan yang besar antara populasi.

2. Bagaimanakah anda peruntukkan dana yang terhad bagi pemerolehan tanah lembap? Jelaskan dengan wajar keputusan anda di dalam konteks memelihara jumlah genetik diversiti yang maksimum yang menggambarkan kedua-dua spesies. Spesis Pterostylis isozymus memiliki kepelbagaian genetik yang tinggi berbanding spesis Pterostylis polyzymus. Oleh itu, peruntukkan dana yang perlu diutamakan adalah untuk memelihara spesis Pterostylis polyzymus yang mempunyai risiko ancaman kepupusan yng tinggi akibat daripada aras kepelbagaian genetik yang rendah.

3. Apakah pertimbangan selain genetik yang akan mempengaruhi pilihan anda?

Terdapat beberapa faktor yang perlu dipertimbangkan selain daripada faktor genetik seperti kualiti persekitaran pembiakan , saiz populasi dan sumbangannya dalam ekosistem. Faktor-faktor ini juga mempengaruhi dalam kemandirian sesuatui populasi spesis tersebut. Ancaman kepupusan adalah agenda utama yang mempengaruhi pemilihan spesis Pterostylis polyzymus dalam kontek pemuliharaan genetik. Hal ini adalah kerana, spesis yang terdedah kepada ancaman kepupusan sukar untuk hidup dalam habitat yang tersedia. Jika hal ini berterusan, maka kepupusan adalah jawapan yang pasti kepada permasalahan ini. Oleh itu , ia perlu dipelihara untuk mengelakkan impak yang besar terhadap sesuatu ekosistem jika kehilangannya.

4. Diberi bahawa kedua-dua alel pada lokus yang dikaji ditemui bagi setiap spesies. Mengapakah lebih daripada satu populasi akan wujud bagi setiap spesies yang dilindungi? Sesuatu populasi spesis adalah berbeza antara satu dengan yang lain yang mewujudkan diversti genetik di kalangan spesis. Oleh itu, lahirlah beberapa populasi baru bagi setiap spesis yang dilindungi akibat daripada variasi genetik yang wujud dikalangan spesis. Hal ini membolehkan populasi dengan variasi genetik yang tinggi mempunyai keupayaan yang maksimum untuk terus kekal hidup dan membentuk populasi yang baru. Konklusinya, lebih dari satu spesis perlu dilindungi untuk mengekalkan keseimbangan ekosistem malahan juga dapat menjamain saiz populasi sesuatu spesis tetap atau berada dalam julat yang besar yang akan mengurangkan risiko kepupusan. 5. Melalui pembacaan oleh Eldridge (1998) yang bertajuk `Trouble in Paradise`, bagimanakah saintis memaksimakan diversity

genetik bagi pengenalan semula spesies? Mengapakah mereka tidak memilih hanya sejenis haiwan dari pulau tersebut? Petikan artikel Trouble in Paradise Eldridge( 1998 ) telah mengatakan bahawa saintis memaksimakan diversiti genetik bagi memperkenalkan semula spesis melalui penggunaan microsatelittes. Mikrosatelittes adalah biasanya dominan bersama. Ia digunakan sebagai penanda molekul dalam genetik , persaudaraan dikalangan penduduk dan juga kajian. Penanda genetik ( genetic markers ) adalah gen atau jujukan DNA dengan lokasi yang dikenali pada kromosom untuk mengenalpasti sel, individu atau spesis. Penggunaan alat ini telah membolahkan saintis melakuakan kajian tentang variasi genetic di tanah besar dan dipulau-pulau yang mengalami kepupusan. Berdasarkan rujukan bacaan , saintis telah memaksimakan diversiti genetik bagi re-introduce population denagn memilih haiwan daripada pulau yang berbeza . hal ini kerana, haiwan dari spesis yang sama tetapi berbeza persekitaran ( habitat pulau ) mempunyai peluang terbentuknya populasi yang pelbagai. Jika haiwan dari pada satu pulau sahaja akan mempunyai profil identiti yang sama dan kajian menunjukan populasi dipulau itu akan mengalami kekurangan variasi genetik. Sekiranya jika hanya satu spesis dipilih, ia mungkin mengalami ancaman seterusnya mendorong kepada kepupusan spesis.