M o l e c u l a r A n a l y s i s o f l s o p h t h a l a t e a n d

T e r e p h t h a l a t e D e g r a d a t i o n b y Co ma mo n a s
t e s t o s t e r o n i YZW-D
Yo n g Zh a o Wa n g , Yi mi n g Zh o u , a n d G e r b e n J . Zy l s t r a
Ce n t e r f o r A g r i c u l t u r a l M o l e c u l a r B i o l o g y , Co o k Co l l e g e , R u t g e r s U n i v e r s i t y , Ne w B r u n s wi c k , Ne w J e r s e y
Co ma mo n a s t e s t o s t e r o n i YZW-D wa s i s o l a t e d f r o m P a s s a i c R i v e r s e d i me n t f o r i t s a b i l i t y t o d e g r a d e i s o p h t h a l a t e a n d t e r e p h t h a l a t e . D e g r a d a t i o n o f
t h e t wo i s o me r i c c o mp o u n d s p r o c e e d s v i a s e p a r a t e l y i n d u c i b l e c a t a b o l i c p a t h wa y s t h a t c o n v e r g e a t p r o t o c a t e c h u a t e . A n a l y s i s o f t h e c a t a b o l i c p a t h -
wa y s b y wh i c h t h e s e t wo i s o me r s a r e d e g r a d e d d e mo n s t r a t e d t h a t a c i s -d i h y d r o d i o l i n t e r me d i a t e i s i n v o l v e d i n b o t h p a t h wa y s . T h e g e n e s f o r t h e
c o n v e r s i o n o f i s o p h t h a l a t e a n d t e r e p h t h a l a t e t o p r o t o c a t e c h u a t e we r e c l o n e d o n a s i n g l e f r a g me n t o f g e n o mi c D NA f r o m C. t e s t o s t e r o n i YZW-D .
T h e t wo o p e r o n s we r e l o c a t e d b y s u b c l o n i n g a n d mu t a n t c o mp l e me n t a t i o n e x p e r i me n t s . T h e r e g i o n s c o d i n g f o r t h e t wo d e g r a d a t i v e p a t h wa y s
we r e s e q u e n c e d . A n a l y s i s o f t h e n u c l e o t i d e s e q u e n c e f o r t h e i s o p h t h a l a t e d e g r a d a t i o n o p e r o n l o c a t e d g e n e s f o r a d i o x y g e n a s e , a t r a n s p o r t p r o t e i n ,
a c i s -d i h y d r o d i o l d e h y d r o g e n a s e , a n d a r e d u c t a s e . A n a l y s i s o f t h e n u c l e o t i d e s e q u e n c e f o r t h e t e r e p h t h a l a t e d e g r a d a t i o n o p e r o n l o c a t e d g e n e s f o r a
r e g u l a t o r y p r o t e i n , a t r a n s p o r t p r o t e i n , a d i o x y g e n a s e l a r g e s u b u n i t , a d i o x y g e n a s e s ma l l s u b u n i t , a c i s -d i h y d r o d i o l d e h y d r o g e n a s e , a n d a r e d u c t a s e .
-
E n v i r o n H e a l t h P e r s p e c t 1 0 3 ( S u p p l 5 ) : 9 -1 2 ( 1 9 9 5 )
K e y wo r d s : i s o p h t h a l a t e , t e r e p h t h a l a t e , C. t e s t o s t e r o n i , c i s -d i h y d r o d i o l , d e g r a d a t i o n , g e n e s , c l o n i n g
I n t r o d u c t i o n
P h t h a l a t e a n d p h t h a l a t e e s t e r s a r e wi d e l y
u s e d b y i n d u s t r y f o r a v a r i e t y o f a p p l i c a -
t i o n s . T h e l a r g e s t u s e o f p h t h a l a t e s i s i n t h e
ma n u f a c t u r e o f p o l y me r s . F o r i n s t a n c e ,
c e r t a i n s y n t h e t i c t e x t i l e f i b e r s , f i l ms , p l a s -
t i c s , a n d b a k e d -o n p a i n t s a r e c o mp o s e d o f
p o l y me r s f o r me d f r o m p h t h a l a t e s a n d
o t h e r ma t e r i a l s . I n a d d i t i o n , p h t h a l a t e s a r e
u s e d i n p e s t i c i d e c a r r i e r s , mu n i t i o n s , c o s -
me t i c s , a n d i n s e c t r e p e l l e n t s . D u e t o t h e i r
wi d e u s e , p h t h a l a t e s a r e a c o mmo n c o n t a -
mi n a n t i n t h e e n v i r o n me n t . P h t h a l a t e s a n d
p h t h a l a t e e s t e r s h a v e b e e n s h o wn t o b e t e r -
a t o g e n i c , h a v i n g n e u r o mu s c u l a r e f f e c t s a n d
p r o d u c i n g c o n g e n i t a l ma l f o r ma t i o n s .
P h t h a l a t e s a l s o h a v e p h y s i o l o g i c a l e f f e c t s ,
wi t h c e r t a i n me mb e r s o f t h i s c l a s s a c t i n g a s
T h i s p a p e r wa s p r e s e n t e d a t t h e Co n f e r e n c e o n
B i o d e g r a d a t i o n : I t s R o l e i n R e d u c i n g T o x i c i t y a n d
E x p o s u r e t o E n v i r o n me n t a l Co n t a mi n a n t s h e l d
2 6 -2 8 A p r i l 1 9 9 3 i n R e s e a r c h T r i a n g l e P a r k , No r t h
Ca r o l i n a . M a n u s c r i p t u p d a t e d : f a l l 1 9 9 4 ; ma n u s c r i p t
r e c e i v e d : J a n u a r y 2 3 , 1 9 9 5 ; ma n u s c r i p t a c c e p t e d :
F e b r u a r y 1 3 , 1 9 9 5 .
T h i s wo r k wa s p e r f o r me d u n d e r t h e s p o n s o r s h i p
o f t h e U . S . D e p a r t me n t o f E n e r g y , E n v i r o n me n t a l
R e s t o r a t i o n a n d Wa s t e M a n a g e me n t Yo u n g F a c u l t y
A wa r d P r o g r a m a d mi n i s t e r e d b y Oa k R i d g e
A s s o c i a t e d U n i v e r s i t i e s . G . J . Z. i s t h e r e c i p i e n t o f a
Yo u n g I n v e s t i g a t o r A wa r d f r o m t h e Na t i o n a l S c i e n c e
F o u n d a t i o n .
A d d r e s s c o r r e s p o n d e n c e t o D r . G e r b e n Zy l s t r a ,
Ce n t e r f o r A g r i c u l t u r a l M o l e c u l a r B i o l o g y , F o r a n
H a l l / D u d l e y R o a d , Co o k Co l l e g e , R u t g e r s U n i v e r s i t y ,
Ne w B r u n s wi c k , NJ 0 8 9 0 3 -0 2 3 1 . T e l e p h o n e ( 9 0 8 )
9 3 2 -8 1 6 5 , e x t . 3 2 0 . F a x ( 9 0 8 ) 9 3 2 -6 5 3 5 .
c e n t r a l n e r v o u s s y s t e m d e p r e s s o r s a n d o t h -
e r s a c t i n g a s c e n t r a l n e r v o u s s y s t e m s t i mu -
l a t o r s ( 1 ) . K n o wl e d g e o f t h e b i o c h e mi c a l ,
mo l e c u l a r , a n d p h y s i o l o g i c a l me c h a n i s ms
b y wh i c h mi c r o o r g a n i s ms d e g r a d e t h e i n d i -
v i d u a l me mb e r s o f t h i s c l a s s o f c o mp o u n d s
wi l l a i d i n t h e d e s i g n a n d i mp l e me n t a t i o n
o f e f f i c i e n t r e me d i a t i o n s t r a t e g i e s .
I s o l a t i o n a n d Ch a r a c t e r i z a t i o n
o f S t r a i n s
T o a n a l y z e t h e d e g r a d a t i o n o f p h t h a l a t e s i n
mo r e d e t a i l , a n u mb e r o f s t r a i n s t h a t h a v e
t h e c a p a b i l i t y t o d e g r a d e o n e o r mo r e
p h t h a l a t e i s o me r s ( p h t h a l a t e , i s o p h t h a l a t e ,
o r t e r e p h t h a l a t e ) we r e i s o l a t e d . S e d i me n t
f r o m t h e P a s s a i c R i v e r i n Ne w J e r s e y wa s
u s e d a s t h e i n o c u l u m f o r e n r i c h me n t c u l -
t u r e s u s i n g e a c h o f t h e t h r e e p h t h a l a t e i s o -
me r s a s a c a r b o n s o u r c e . A f t e r a n u mb e r o f
s e r i a l s u b c u l t u r e s , t h e c e l l s we r e p l a t e d
o n t o s o l i d me d i u m, a n d i s o l a t e d c o l o n i e s
we r e p i c k e d a n d p u r i f i e d . E i g h t d i s t i n c t
s t r a i n s t h a t h a v e t h e c a p a b i l i t y t o g r o w o n
o n e o r mo r e o f t h e t h r e e p h t h a l a t e i s o me r s
( T a b l e 1 ) we r e i s o l a t e d . F o r i n s t a n c e ,
s t r a i n s A , C, G , a n d H c o u l d g r o w o n l y o n
o n e o f t h e t h r e e p h t h a l a t e i s o me r s , s t r a i n s
D a n d F c o u l d g r o w o n t wo o f t h e t h r e e
p h t h a l a t e i s o me r s , a n d s t r a i n s B a n d E
c o u l d g r o w o n a l l t h r e e o f t h e p h t h a l a t e
i s o me r s . I t i s i n t e r e s t i n g t o n o t e t h a t a l l o f
t h e s e s t r a i n s we r e i s o l a t e d f r o m t h e e x a c t
s a me l o c a t i o n , b u t t h e y h a v e d i f f e r i n g
a b i l i t i e s t o g r o w o n t h e a r o ma t i c a c i d s
p h t h a l a t e , i s o p h t h a l a t e , t e r e p h t h a l a t e ,
p -h y d r o x y b e n z o a t e , a n d b e n z o a t e .
I n i t i a l l y , s t r a i n D wa s c h o s e n f o r a n i n -
d e p t h i n v e s t i g a t i o n o f i s o p h t h a l a t e a n d
t e r e p h t h a l a t e d e g r a d a t i o n . T h e s t r a i n i s
G r a m-n e g a t i v e a n d wa s c l a s s i f i e d b y t h e
B i o l o g i d e n t i f i c a t i o n s y s t e m ( B i o l o g , I n c . ,
H a y wa r d , CA ) a s Co ma mo n a s t e s t o s t e r o n i .
T h e f i r s t e x p e r i me n t s we r e d e s i g n e d t o
d e t e r mi n e i f C. t e s t o s t e r o n i YZW-D
p o s s e s s e s a s i n g l e c a t a b o l i c p a t h wa y f o r t h e
d e g r a d a t i o n o f b o t h i s o p h t h a l a t e a n d
t e r e p h t h a l a t e o r i f t h e s t r a i n p o s s e s s e s t wo
s e p a r a t e c a t a b o l i c p a t h wa y s , e a c h s p e c i f i c
t o o n e o f t h e t wo i s o me r s . T h e f o r me r
h y p o t h e s i s i s t r u e f o r t h e T OL p l a s mi d
t h a t d e g r a d e s t h e t wo i s o me r i c c o mp o u n d s
T a b l e 1 . A b i l i t y o f t h e i s o l a t e d s t r a i n s t o g r o w o n r e l a t e d a r o ma t i c c a r b o n s o u r c e s .
Ca r b o n s o u r c e A B C D E F G H
P h t h a l a t e
-
+
- -
+ + +
I s o p h t h a l a t e
- + + + + - - +
T e r e p h t h a l a t e + + - + + +
p -H y d r o x y b e n z o a t e + + + + + + +
B e n z o a t e + - + - - - +
E n v i r o n me n t a l H e a l t h P e r s p e c t i v e s 9
WA NG E T A L.
m-x y l e n e a n d p -x y l e n e b y t h e s a me c a t a -
b o l i c p a t h wa y ( 2 ) . m-X y l e n e i s d e g r a d e d
t h r o u g h m-t o l u i c a c i d a n d 3 -me t h y l c a t e -
c h o l , wh i l e
p -x y l e n e
i s d e g r a d e d t h r o u g h
p -
t o l u i c a c i d a n d 4 -me t h y l c a t e c h o l b y
T OL-p l a s mi d e n c o d e d e n z y me s . I t i s p o s s i -
b l e t h a t a s i mi l a r c a t a b o l i c s y s t e m e x i s t s f o r
t h e d e g r a d a t i o n o f i s o p h t h a l a t e a n d t e r e p h -
t h a l a t e ( wh i c h a r e s t r u c t u r a l l y a n a l o g o u s t o
m-t o l u i c a c i d a n d p -t o l u i c a c i d ) . Ox y g e n
p o l a r o g r a p h i c me t a b o l i c a s s a y s o f C t e s t o s -
t e r o n i YZW-D , f o l l o wi n g g r o wt h o n e i t h e r
i s o p h t h a l a t e o r t e r e p h t h a l a t e , s h o we d t h a t
t wo s e p a r a t e c a t a b o l i c p a t h wa y s c o n v e r g i n g
a t p r o t o c a t e c h u a t e a r e r e s p o n s i b l e f o r
i s o p h t h a l a t e a n d t e r e p h t h a l a t e d e g r a d a t i o n .
Wa s h e d c e l l s , f o l l o wi n g g r o wt h o n t e r e p h -
t h a l a t e , s h o we d o x y g e n u p t a k e wh e n
e x p o s e d t o t e r e p h t h a l a t e , b u t s h o we d n o
o x y g e n u p t a k e wh e n e x p o s e d t o i s o p h t h a -
l a t e . Co n v e r s e l y , wa s h e d c e l l s , f o l l o wi n g
g r o wt h o n i s o p h t h a l a t e , s h o we d o x y g e n
u p t a k e wh e n e x p o s e d t o i s o p h t h a l a t e a n d
n o o x y g e n u p t a k e wh e n e x p o s e d t o t e r e p h -
t h a l a t e . H o we v e r , b o t h s e t s o f c e l l s s h o we d
o x y g e n u p t a k e wh e n e x p o s e d t o p r o t o c a t e -
c h u a t e , s u g g e s t i n g t h a t t h i s c o mp o u n d i s
a n i n t e r me d i a t e i n t h e c a t a b o l i c p a t h wa y
f o r b o t h i s o p h t h a l a t e a n d t e r e p h t h a l a t e .
E n z y me a s s a y s f o r p r o t o c a t e c h u a t e d i o x y -
g e n a s e a c t i v i t y ( 3 ) i n c r u d e c e l l e x t r a c t s ,
f o l l o wi n g s o n i c a t i o n o f t h e c e l l s , d e mo n -
s t r a t e d t h a t p r o t o c a t e c h u a t e wa s c l e a v e d a t
t h e 4 , 5 p o s i t i o n , o n e o f t h e d e f i n i n g me t a -
b o l i c c h a r a c t e r i s t i c s o f C. t e s t o s t e r o n i .
A n u mb e r o f mu t a n t s t r a i n s t h a t a r e
b l o c k e d i n e i t h e r i s o p h t h a l a t e o r t e r e p h t h a -
l a t e d e g r a d a t i o n b y C t e s t o s t e r o n i YZW-D
we r e c o n s t r u c t e d . T h e s e mu t a n t s we r e c o n -
s t r u c t e d b y N-me t h y l -N' -n i t r o -N-n i t r o s o -
g u a n i d i n e mu t a g e n e s i s a n d s c r e e n e d b y
u s i n g t h e i n d i c a t o r d y e 2 , 3 , 5 -t r i p h e n y l -
2 H -t e t r a z o l i u m c h l o r i d e i n me d i u m c o n -
t a i n i n g s u c c i n a t e p l u s e i t h e r i s o p h t h a l a t e o r
t e r e p h t h a l a t e f o l l o wi n g e s t a b l i s h e d p r o c e -
d u r e s ( 4 ) . T h e mu t a n t s o b t a i n e d we r e
s c r e e n e d f o r e n z y ma t i c a c t i v i t y a g a i n s t
i s o p h t h a l a t e , t e r e p h t h a l a t e , a n d p r o t o c a t e -
c h u a t e . I n a d d i t i o n , a c c u mu l a t i n g o x y -
g e n a t e d me t a b o l i t e s we r e d e t e c t e d u s i n g
4 -a mi n o a n t i p y r i n e ( 5 ) a n d h i g h -p r e s s u r e
l i q u i d c h r o ma t o g r a p h y ( H P LC) . M u t a n t s
t h a t we r e mi s s i n g i s o p h t h a l a t e o x y g e n a s e
a c t i v i t y , t e r e p h t h a l a t e o x y g e n a s e a c t i v i t y ,
a n d p r o t o c a t e c h u a t e 4 , 5 -d i o x y g e n a s e a c t i v -
i t y we r e i d e n t i f i e d . M u t a n t s wi t h o u t t h e
a b i l i t y t o t r a n s p o r t t e r e p h t h a l a t e i n t o t h e
c e l l we r e i d e n t i f i e d b y t r a n s p o r t a s s a y s .
T h e s e mu t a n t s we r e u s e d i n t h e c l o n i n g
e x p e r i me n t s d e s c r i b e d i n t h e n e x t s e c t i o n .
A n u mb e r o f mu t a n t s t h a t h a d o x y g e -
n a s e e n z y me a c t i v i t y a g a i n s t i s o p h t h a l a t e o r
t e r e p h t h a l a t e a n d t h a t a c c u mu l a t e d a p o l a r
i n t e r me d i a t e i n t h e c u l t u r e me d i u m ( a s
d e t e r mi n e d b y H P LC) we r e o b t a i n e d .
T h e s e mu t a n t s we r e u s e d t o a c c u mu l a t e
t h i s i n t e r me d i a t e f o r i d e n t i f i c a t i o n t o
d e t e r mi n e t h e i n d i v i d u a l s t e p s i n t h e c a t a -
b o l i c p a t h wa y . F o l l o wi n g g r o wt h o n s u c c i -
n a t e i n t h e p r e s e n c e o f i s o p h t h a l a t e ,
mu t a n t D 6 a c c u mu l a t e d a s i n g l e p o l a r
me t a b o l i t e , a s d e t e c t e d b y H P LC. T h i s
me t a b o l i t e r e a c t e d wi t h 4 -a mi n o a n t i p y r i n e
o n l y a f t e r a c i d i f i c a t i o n a n d h e a t i n g o f t h e
c u l t u r e s u p e r n a t a n t . S i n c e 4 -a mi n o a n -
t i p y r i n e r e a c t s wi t h p h e n o l i c g r o u p s , t h e s e
d a t a s u g g e s t t h e p r e s e n c e o f a c i s -d i h y d r o -
d i o l c o mp o u n d t h a t d o e s n o t r e a c t wi t h
t h i s r e a g e n t u n l e s s i t i s d e h y d r a t e d t o a
p h e n o l i c c o mp o u n d b y a c i d i f i c a t i o n a n d
h e a t i n g . I s o l a t i o n o f t h e s u s p e c t e d c i s -d i h y -
d r o d i o l c o mp o u n d f r o m t h e c u l t u r e
me d i u m wa s p e r f o r me d b y i o n e x c h a n g e
c h r o ma t o g r a p h y f o l l o we d b y e x t r a c t i o n o f
t h e a p p r o p r i a t e f r a c t i o n s wi t h t e t r a h y d r o -
f u r a n a n d e v a p o r a t i o n t o d r y n e s s . A n a l y s i s
o f t h e e x t r a c t b y H P LC g a v e a s i n g l e p e a k
t h a t wa s l o s t u p o n a c i d i f i c a t i o n a n d h e a t -
i n g o f t h e e x t r a c t b e f o r e t h e H P LC a n a l y -
s i s . T wo n e w p e a k s a p p e a r e d i n t h e s e
s a mp l e s , o n e o f wh i c h wa s i d e n t i f i e d a s m-
h y d r o x y b e n z o a t e u s i n g a k n o wn s t a n d a r d .
D e r i v a t i z a t i o n o f b o t h c o mp o u n d s wi t h
d i a z o me t h a n e , f o l l o we d b y a n a l y s i s b y g a s
c h r o ma t o g r a p h y a n d ma s s s p e c t r o s c o p y ,
i n d i c a t e d t h a t t h e t wo c o mp o u n d s we r e
t h e me t h y l e s t e r s o f m-h y d r o x y b e n z o a t e
a n d a h y d r o x y l a t e d i s o p h t h a l i c a c i d . T h e s e
t wo c o mp o u n d s a r e c o n s i s t e n t wi t h t h e
e x p e c t e d d e h y d r a t i o n p r o d u c t s o f a c i s -
i s o p h t h a l a t e d i h y d r o d i o l . D e r i v a t i z a t i o n o f
t h e o r i g i n a l ma t e r i a l b y d i a z o me t h a n e , f o l -
l o we d b y s i l y l a t i o n o f t h e h y d r o x y l g r o u p s
a n d a n a l y s i s b y g a s c h r o ma t o g r a p h y a n d
c o o -
COo -
l s o p h t h a l a t e
d i o x y g e n a s e
T e r e p h t h a l a t e
d i o x y g e n a s e
ma s s s p e c t r o s c o p y , i n d i c a t e d t h e p r e s e n c e
o f a c o mp o u n d wi t h t h e e x p e c t e d mo l e c u -
l a r ma s s o f a c i s -i s o p h t h a l a t e d i h y d r o d i o l .
A n a l o g o u s e x p e r i me n t s wi t h mu t a n t D 3 7
we r e p e r f o r me d f o l l o wi n g g r o wt h o n s u c c i -
n a t e i n t h e p r e s e n c e o f t e r e p h t h a l a t e . T h e
r e s u l t s we r e c o n s i s t e n t wi t h t h e a c c u mu l a -
t i o n o f c i s -t e r e p h t h a l a t e d i h y d r o d i o l .
T h e e n z y mo l o g i c a l a n d mu t a n t s t u d i e s o f
C. t e s t o s t e r o n i YZW-D a r e c o n s i s t e n t wi t h
t h e c a t a b o l i c p a t h wa y s h o wn i n F i g u r e 1 .
T h e i n i t i a l s t e p s i n t h e d e g r a d a t i o n o f
i s o p h t h a l a t e a n d t e r e p h t h a l a t e p r o c e e d b y
me a n s o f s e p a r a t e l y i n d u c i b l e e n z y me s . T h e
t wo p a t h wa y s c o n v e r g e a t p r o t o c a t e c h u a t e ,
wh i c h i s t h e s u b s t r a t e f o r me t a -r i n g c l e a v -
a g e a t t h e 4 , 5 p o s i t i o n . F u r t h e r me t a b o l i c
r e a c t i o n s l e a d t o t h e p r o d u c t i o n o f
t r i c a r b o x y l i c a c i d c y c l e i n t e r me d i a t e s .
Cl o n i n g a n d Nu c l e o t i d e
S e q u e n c e o f t h e G e n e s
f o r I s o p h t h a l a t e a n d
T e r e p h t h a l a t e D e g r a d a t i o n
T o s t u d y t h e d e g r a d a t i o n o f i s o p h t h a l a t e
a n d t e r e p h t h a l a t e i n mo r e d e t a i l a t t h e
mo l e c u l a r l e v e l , t h e g e n e s f o r t h e s e t wo
c a t a b o l i c p a t h wa y s we r e c l o n e d . A g e n o mi c
l i b r a r y o f C t e s t o s t e r o n i YZW-D wa s c o n -
s t r u c t e d i n t h e c o s mi d v e c t o r p M M B 3 4
( 6 ) u s i n g p a r t i a l l y M b o I -d i g e s t e d g e n o mi c
D NA . T h e c o s mi d l i b r a r y wa s t r a n s f e r r e d
t o t h e mu t a n t C. t e s t o s t e r o n i YZW-D
s t r a i n s a n d s c r e e n e d f o r c o mp l e me n t a t i o n
o f t h e mu t a t i o n s . T h e s e e x p e r i me n t s
y i e l d e d o n e c o s mi d c l o n e t h a t h a d t h e a b i l -
i t y t o c o mp l e me n t mu t a t i o n s i n t h e i n i t i a l
s t e p s o f t h e d e g r a d a t i o n o f b o t h i s o p h t h a -
l a t e a n d t e r e p h t h a l a t e . A s e c o n d c o s mi d
c l o n e wa s i s o l a t e d t h a t h a d t h e a b i l i t y t o
c o mp l e me n t t h e p r o t o c a t e c h u a t e 4 , 5 -
d i o x y g e n a s e mu t a n t s t r a i n s , i n d i c a t i n g t h a t
t h e d o wn s t r e a m s e g me n t s o f t h e c a t a b o l i c
c o o -
P r o t o c a t e c h u a t e
d i o x y g e n a s e
* p I ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ 1 1
T CA Cy c l e
F i g u r e 1 . P r o p o s e d c a t a b o l i c p a t h wa y s f o r d e g r a d a t i o n o f i s o p h t h a l a t e a n d t e r e p h t h a l a t e b y Co ma mo n a s t e s t o s -
t e r o n i YZW-D .
E n v i r o n me n t a l H e a l t h P e r s p e c t i v e s 1 0
D E G R A D A T I ONOF I S OP H T H A LA T E A ND T E R E P H T H A LA T E B YC. T E S T OS T E R ONI YZW-D
l e a I I f $4 x i a |l a ~ a , f f i 3 .
- I
- t i
H
I I
I L
I
N1 1 I 1 1 [ 1 I
1 4
F i g u r e 2 . R e s t r i c t i o n ma p o f t h e 1 8 k i l o b a s e p a i r
c l o n e d r e g i o n o f Co ma mo n a s t e s t o s t e r o n i YZW-D
g e n o mi c D NA t h a t c o n t a i n s t h e g e n e s f o r t h e i n i t i a l
s t e p s i n t h e d e g r a d a t i o n p a t h wa y s o f i s o p h t h a l a t e a n d
t e r e p h t h a l a t e . T h e r e g i o n s o f D NA t h a t c o mp l e me n t
mu t a t i o n s i n t h e i s o p h t h a l a t e o r t e r e p h t h a l a t e d e g r a -
d a t i o n p a t h wa y s a r e i n d i c a t e d .
p a t h wa y a r e n o t l i n k e d t o t h e i n i t i a l s e g -
me n t s . F r a g me n t s o f t h e o r i g i n a l c o s mi d
c l o n e we r e s u b c l o n e d i n t o t h e v e c t o r
p R K 4 1 5 ( 7) a n d a n a l y z e d f o r t h e i r a b i l i t y
t o c o mp l e me n t mu t a t i o n s i n e i t h e r i s o p h -
t h a l a t e o r t e r e p h t h a l a t e d e g r a d a t i o n . T h e
r e s u l t s ( F i g u r e 2 ) i n d i c a t e t h a t t h e g e n e s
f o r i s o p h t h a l a t e d e g r a d a t i o n a r e e n c o d e d
b y a 4 . 9 k i l o b a s e p a i r B a mH I t o S a l I f r a g -
me n t a n d t h a t t h e g e n e s f o r t e r e p h t h a l a t e
d e g r a d a t i o n a r e e n c o d e d b y a 5 . 9 k i l o b a s e
p a i r E c o R I t o X b a I f r a g me n t .
T h e n u c l e o t i d e s e q u e n c e o f t h e 4 . 9 k i l o -
b a s e p a i r B a mH I t o S a l r e g i o n o f D NA
e n c o d i n g t h e g e n e s f o r i s o p h t h a l a t e d e g r a -
d a t i o n wa s d e t e r mi n e d . A c a r t o o n o f t h i s
n u c l e o t i d e s e q u e n c e i s p r e s e n t e d i n F i g u r e
3 . T h e o p e n r e a d i n g f r a me s we r e i d e n t i f i e d
b y t h e mu t a n t c o mp l e me n t a t i o n d a t a a n d
b y a mi n o a c i d s e q u e n c e h o mo l o g y wi t h
p r o t e i n s o f k n o wn f u n c t i o n . T h e g e n e s f o r
t h e d i o x y g e n a s e a n d t h e r e d u c t a s e , c o mp o -
n e n t s o f a p r e s u me d mu l t i c o mp o n e n t
e n z y me s y s t e m r e s p o n s i b l e f o r c a t a l y z i n g
t h e f i r s t s t e p i n t h e c a t a b o l i c p a t h wa y , a r e
l o c a t e d a t t h e b e g i n n i n g a n d e n d o f t h e
s e q u e n c e d r e g i o n . T h i s i s u n u s u a l s i n c e t h e
g e n e s f o r o t h e r a r o ma t i c d i o x y g e n a s e
D a h y d r o g e n a s s
D i o x y g e n a s e T r a n s p o r t R e d u c t a s e
i p h A 2 i p h C i p h O i p h A I
F i g u r e 3 . Nu c l e o t i d e s e q u e n c e c a r t o o n o f t h e 4 . 9 k i l o -
b a s e r e g i o n c o d i n g f o r i s o p h t h a l a t e d e g r a d a t i o n b y
Co ma mo n a s t e s t o s t e r o n e YZW-D . T h e g e n e s a n d g e n e
p r o d u c t s a r e i n d i c a t e d .
e n z y me s y s t e ms a r e s e q u e n t i a l l y a r r a n g e d
i n t h e o p e r o n ( 8 ) . T h e n u c l e o t i d e s e q u e n c e
d a t a a l s o i n d i c a t e t h a t t h e e n z y me c o n s i s t s
o f a t wo -c o mp o n e n t s y s t e m wi t h a s i n g l e
s u b u n i t o x y g e n a s e c o mp o n e n t . T h e g e n e
f o r t h e d e h y d r o g e n a s e , r e s p o n s i b l e f o r c a t -
a l y z i n g t h e c o n v e r s i o n o f c i s -i s o p h t h a l a t e
d i h y d r o d i o l t o p r o t o c a t e c h u a t e , i s t h e t h i r d
g e n e i n t h e o p e r o n . T h e s e c o n d g e n e i n t h e
o p e r o n e n c o d e s a p r o t e i n r e s p o n s i b l e f o r
t r a n s p o r t o f i s o p h t h a l a t e i n t o t h e c e l l . No
r e g u l a t o r y g e n e s h a v e y e t b e e n l o c a t e d f o r
t h i s o p e r o n .
T h e n u c l e o t i d e s e q u e n c e o f t h e 5 . 9 k i l o -
b a s e p a i r E c o R I t o X b a l r e g i o n o f D NA
e n c o d i n g t h e g e n e s f o r t e r e p h t h a l a t e d e g r a -
d a t i o n wa s d e t e r mi n e d . A c a r t o o n o f t h i s
s e q u e n c e i s s h o wn i n F i g u r e 4 . F u n c t i o n s
f o r e a c h o f t h e o p e n r e a d i n g f r a me s we r e
a s s i g n e d b a s e d o n mu t a n t p h e n o t y p e s , s u b -
c l o n e c h a r a c t e r i s t i c s , a n d a mi n o a c i d
s e q u e n c e h o mo l o g y t o o t h e r p r o t e i n s o f
k n o wn f u n c t i o n . A g e n e e n c o d i n g a r e g u l a -
t o r y p r o t e i n wa s i d e n t i f i e d a t t h e b e g i n n i n g
o f t h e s e q u e n c e d r e g i o n , t r a n s c r i b e d i n t h e
o p p o s i t e d i r e c t i o n f r o m t h e g e n e s e n c o d i n g
t h e e n z y me s o f t h e c a t a b o l i c p a t h wa y . T h a t
t h i s p r o t e i n i s a c t u a l l y i n v o l v e d i n r e g u l a -
t i o n wa s s h o wn b y t h e a b i l i t y o f a s u b c l o n e
c o n t a i n i n g o n l y t h i s r e g i o n o f D NA t o
c o mp l e me n t a mu t a n t s t r a i n l a c k i n g
t e r e p h t h a l a t e d e g r a d a t i v e a b i l i t y . T h e f i r s t
s t r u c t u r a l g e n e i n t h e o p e r o n e n c o d e s a
p r o t e i n r e s p o n s i b l e f o r t r a n s p o r t o f t e r e p h -
t h a l a t e i n t o t h e c e l l . A mu t a n t s t r a i n c o m-
p l e me n t e d b y t h i s s u b c l o n e d r e g i o n i s
d e f i c i e n t i n t e r e p h t h a l a t e t r a n s p o r t , a s
d e t e r mi n e d b y t r a n s p o r t a s s a y s p e r f o r me d
wi t h r a d i o a c t i v e l y l a b e l e d t e r e p h t h a l a t e . I n
a d d i t i o n , a n i n -f r a me p h o A f u s i o n wi t h t h i s
o p e n r e a d i n g f r a me wa s c o n s t r u c t e d a n d
s h o wn t o e x p r e s s P h o A a c t i v i t y . P h o A
a c t i v i t y wo u l d b e p o s s i b l e o n l y i f t h e p h o A
f u s i o n s e g me n t o f t h e p r o t e i n we r e p r e s e n t
o u t s i d e t h e c y t o p l a s mi c me mb r a n e . T h e
g e n e s f o r t h e d i o x y g e n a s e a n d t h e r e d u c -
t a s e , r e s p o n s i b l e f o r c a t a l y z i n g t h e f i r s t s t e p
i n t e r e p h t h a l a t e d e g r a d a t i o n , a r e t h e s e c -
o n d , t h i r d , a n d f i f t h o p e n r e a d i n g f r a me s
i n t h e o p e r o n . T h e s e c o n d a n d t h i r d g e n e s
p r e s u ma b l y e n c o d e f o r t h e t wo s u b u n i t s o f
a d i me r i c o x y g e n a s e c o mp o n e n t . T h e g e n e
f o r t h e d e h y d r o g e n a s e , r e s p o n s i b l e f o r t h e
R e g u l a t i o n D e h y d r o g e n a s e
T r a n s p o r t D i o x y g e n a s e R e d u c t a s e
t p h R t p h C t p h A 2 t p h A 3 t p h 8 t p h A I
F i g u r e 4 . Nu c l e o t i d e s e q u e n c e c a r t o o n o f t h e 5 . 8 k i l o -
b a s e s e q u e n c e d r e g i o n c o d i n g f o r t e r e p h t h a l a t e d e g r a -
d a t i o n b y Co ma mo n a s t e s t o s t e r o n e YZW-D . T h e g e n e s
a n d g e n e p r o d u c t s a r e i n d i c a t e d .
c o n v e r s i o n o f c i s -t e r e p h t h a l a t e d i h y d r o d i o l
t o p r o t o c a t e c h u a t e , i s t h e f o u r t h o p e n
r e a d i n g f r a me . T h i s g e n e o r d e r i s s i mi l a r t o
t h a t s e e n f o r t h e i s o p h t h a l a t e d e g r a d a t i v e
o p e r o n i n t e r ms o f t h e r e l a t i v e p o s i t i o n s o f
t h e g e n e s f o r t h e d i o x y g e n a s e , d e h y d r o g e -
n a s e , a n d r e d u c t a s e . H o we v e r , t h e p o s i t i o n
o f t h e g e n e r e s p o n s i b l e f o r t r a n s p o r t o f t h e
s u b s t r a t e s i n t o t h e c e l l i s s wi t c h e d wi t h t h a t
o f t h e d i o x y g e n a s e g e n e b e t we e n t h e t wo
o p e r o n s . T h e t e r e p h t h a l a t e d e g r a d a t i v e
o p e r o n e n c o d e s a t wo -s u b u n i t o x y g e n a s e
c o mp o n e n t o f t h e t e r e p h t h a l a t e d i o x y g e -
n a s e mu l t i c o mp o n e n t e n z y me , wh i l e t h e
i s o p h t h a l a t e d e g r a d a t i v e o p e r o n e n c o d e s a
s i n g l e s u b u n i t o x y g e n a s e c o mp o n e n t o f t h e
i s o p h t h a l a t e d i o x y g e n a s e mu l t i c o mp o n e n t
e n z y me .
Co n c l u s i o n a n d
F u t u r e D i r e c t i o n s
T h e c a t a b o l i c p a t h wa y s f o r i s o p h t h a l a t e
a n d t e r e p h t h a l a t e d e g r a d a t i o n i n C t e s t o s -
t e r o n i YZW-D p r o c e e d t h r o u g h a c i s -d i h y -
d r o d i o l i n t e r me d i a t e t o p r o t o c a t e c h u a t e .
T h e c a t a b o l i c p a t h wa y s f o r t h e s e t wo i s o -
me r s a r e s e p a r a t e l y r e g u l a t e d , a n d t h e
e n z y me s i n v o l v e d a r e s p e c i f i c t o o n l y o n e
i s o me r . T h e t wo o p e r o n s r e s p o n s i b l e f o r
t h e s e t wo c a t a b o l i c p a t h wa y s a r e l o c a t e d
a d j a c e n t t o e a c h o t h e r i n t h e g e n o me .
Nu c l e o t i d e s e q u e n c e a n a l y s i s o f t h e c l o n e d
r e g i o n h a s l o c a t e d t h e i n d i v i d u a l g e n e s a n d
i d e n t i f i e d t h e i r f u n c t i o n s . F u t u r e wo r k wi l l
i n v o l v e i s o l a t i o n o f t h e e n z y me s i n v o l v e d
a n d a mo r e i n -d e p t h a n a l y s i s o f r e g u l a t i o n
a n d t r a n s p o r t . I n a d d i t i o n , t h e s t u d i e s
d e s c r i b e d h e r e f o r m a b a s i s f o r a n a n a l y s i s
o f g e n e e v o l u t i o n a n d mi c r o b i a l d i v e r s i t y
t h r o u g h c o mp a r i n g t h e mo l e c u l a r a s p e c t s
o f p h t h a l a t e d e g r a d a t i v e p a t h wa y s p r e s e n t
i n d i f f e r e n t mi c r o o r g a n i s ms .
R E F E R E NCE S
1 . P e a k a l l D B . P h t h a l a t e e s t e r s : o c c u r r e n c e a n d b i o l o g i c a l e f f e c t s .
R e s i d u e R e v 5 4 : 1 -4 1 ( 1 9 75 ) .
2 . Wi l l i a ms P A , M u r r a y K . M e t a b o l i s m o f b e n z o a t e a n d t h e me t h y l -
b e n z o a t e s b y P s e u d o mo n a s p u t i d a ( a r v i l l a ) mt -2 : e v i d e n c e f o r t h e
e x i s t e n c e o f a T OL p l a s mi d . J B a c t e r i o l 1 2 0 : 4 1 6 -4 2 3 ( 1 9 74 ) .
3 . A r c i e r o D M , Or v i l i e A M , Li p s c o mb J D . P r o t o c a t e c h u a t e 4 , 5 -
d i o x y g e n a s e f r o m P s e u d o mo n a s t e s t o s t e r o n e . M e t h o d s E n z y mo l
1 8 8 : 8 9 -9 5 ( 1 9 9 0 ) .
V o l u me 1 0 3 , S u p p l e me n t 5 , J u n e 1 9 9 5 1 1
WA NG E T A L.
4 . F i n e t t e B A , S u b r a ma n i a n V , G i b s o n D T . I s o l a t i o n a n d c h a r a c -
t e r i z a t i o n o f P s e u d o mo n a s p u t i d a P p F 1 mu t a n t s d e f e c t i v e i n t h e
t o l u e n e d i o x y g e n a s e e n z y me s y s t e m. J B a c t e r i o l 1 6 0 : 1 0 0 3 -1 0 0 9
( 1 9 8 4 ) .
5 . Omo r i T , M a t s u b a r a M , M a s u d a S , K o d a ma T . P r o d u c t i o n o f
4 , 5 -d i h y d r o -4 , 5 -d i h y d r o x y p h t h a l a t e f r o m p h t h a l a t e b y a
mu t a n t s t r a i n o f P s e u d o mo n a s t e s t o s t e r o n i M 4 -1 . A p p l e
M i c r o b i o l B i o t e c h n o l 3 5 : 4 3 1 -4 3 5 ( 1 9 9 1 ) .
6 . F r e y J , B a g d a s a r i a n M , F e i s s D , F r a n k l i n F CH , D e s h u s s e s J .
S t a b l e c o s mi d v e c t o r s t h a t e n a b l e t h e i n t r o d u c t i o n o f c l o n e d
f r a g me n t s i n t o a wi d e r a n g e o f G r a m-n e g a t i v e b a c t e r i a .
G e n e 2 4 : 2 9 9 -3 0 8 ( 1 9 8 3 ) .
7. K e e n NT , T a ma k i S , K o b a y a s h i D , T r o l l i n g e r D . I mp r o v e d
b r o a d -h o s t -r a n g e p l a s mi d s f o r D NA c l o n i n g i n G r a m-n e g a t i v e
b a c t e r i a . G e n e 70 : 1 9 1 -1 9 7 ( 1 9 8 8 ) .
8 . V a n d e r M e e r J R , D e V o s WM , H a r a y a ma S , Ze h n d e r A J B .
M o l e c u l a r me c h a n i s ms o f g e n e t i c a d a p t a t i o n t o x e n o b i o t i c
c o mp o u n d s . M i c r o b i o l R e v 5 6 : 6 77-6 9 4 ( 1 9 9 2 ) .
1 2 E n v i r o n me n t a l H e a l t h P e r s p e c t i v e s