Professional Documents
Culture Documents
omoguava izgradnju pojedninog proteina, naziva se gen, a itava elijska DNK se naziva
genom.
Izraavanje (ekspresija) gena je proces u kojem se informacija, pohranjena u rasporedu
nukleotida u DNK, prevede u protein. To omoguava transportna RNK (tRNK), koja se
specifino vee za odreenje aminokiseline i prenese ih do mjesta biosinteze proteina na
ribozomima, ribozomskih RNK (rRNK), koje su pored brojnih proteina sastavni dio
ribozoma, i informacione RNK (messenger, mRNK) kao matrice, pomou koje se na
ribozomima odreeni raspored nukleotida prenese u raspored aminokiselina, to ini primarnu
strukturu proteina. Prepisivanje rasporeda nukleotida DNK u raspored nukleotida RNK naziva
se transkripcija - prepisivanje, a prevoenje informacije iz rasporeda nukleotida RNK u
raspored aminokiselina proteina se naziva translacija prevoenje.
Genom, koji je ukupna osnova nasljednih osobina bakterijske elije, je kod bakterija mali i
jednostavno graen. Tako je kod crijevne bakterije Escherichiae coli genom sastavljen od
jedne krune molekule DNK duge oko 1 mm, koja je sa malim molekulama poliamina
uvrena i savijena u bakterijski hromozom, koji zauzima dio citoplazme (nukleotid)
bakterijske elije. Pored hromozomske DNK bakterija posjeduje nekoliko destina do nekoliko
hiljada plazmida, koji su hiljadu puta manje krune molekule od bakterijskog hromozoma.
Vei dio bakterijske DNK zauzimaju geni, dijelovi DNK, koji su u prosjeku dugi od oko
1.000 baznih parova (bp) sa zapisom za neki genski produkt, odnosno za molekulu RNK
odgovarajueg proteina. Procjenjuje se da Escherichia coli ima genom sastavljen od 4,7 bp
(parova baza) koji sadri oko 4.000 razliitih gena.
Strukturni dio gena je odsjeak DNK u ijem rasporedu nukleotida je pohranjena informacija
o strukturi proteina. Po tri nukleotide ovog gena ine triplete, nazvani kodoni, sa specifinim
zapisom za aminokiseline, koje su gradivni elementi proteina. Startni kodon je triplet ATG
(adenin, timin, gvanin), koji kod bakterija kodira aminokiselinu N-formilmetionin. Za
prevoenje rasporeda nukleotida u raspored aminokiselina, koji se odvija na ribozomima,
potrebno je da se strukturni gen prepie u raspored ribonukleotida na mRNK. Tada se startni
kodon ATG prepie u AUG (adenin, uracil, gvanin). Pri tome je vrlo znaajan prepis
rasporeda od 8 do 13 nukleotida ispred startnog kodona, koji sadri 4 do 9 nukleotida dug
regulacijski zapis to omoguava matrici mRNK da se vee na ribozome i tako ispostavi
kodon AUG za poetak sinteze proteina. Zadnji triplet strukturnog dijela gena se sastoji od 3
stop kodona: TAA, TAG i TGA. Stop kodoni ne kodiraju aminokiseline i zbog toga su znak
za okonanje sinteze proteina na ribozomima. Prepis gena u potrebnu mRNK se ne zavrava
sa stopkodonima nego se produuje za vie od 10 nukleotida, to ini regulaciju zavretka
sinteze proteina.
Vrlo znaajna regulacijska osobina gena je raspored nukleotida pred mjestom na kojem
zapoinje prepisivanje DNK u mRNK. Na taj raspored, koji se zove promotor, vee se enzim
RNK polimeraza i poinje na jednom od oba lanca DNK sintetizirati RNK komplementarnog
rasporeda.
Kod bakterija su strukturini geni, kao i proteini koji su povezani u grupne bioloke procese
potrebne za vot bakterije, rasporeeni jedan iza drugog u tzv. genske grozdove. Svaki genski
grozd nadzire jedan promotor. To omoguava da se tokom izraavanja (ekspresije) gena
prepisuje skupa u jednoj cjelini neprekinuta molekula mRNK, koja se naziva policistronska.
Genski grozd, promotor i preostali regulacijski raspored nukleotida ispred i iza promotora
ine jednu transkripcijsku cjelinu koju nazivamo operon. Veina operona sadri 2 do 6
razliitih strukturnih gena. Neki operoni posjeduju i po 20 ili vie strukturnih gena. Preostali
regulacijski raspored nukleotida ispred i iza promotora su vezna mjesta za proteine koja
aktiviraju ili koe poetak prepisivanja DNK i time reguliraju djelovanje promotora.
Izraavanje (ekspresija) bakterijskih gena
Enzim za sintezu RNK je RNK-polimeraza, koja se velikom brzinom (1.000 nukleotida u
jednoj sekundi) pomie na DNK i trai promotor. Kada ga svojim oblikom prepozna prema
obliku DNK i rasporedu nukleotida na tom mjestu, vrsto se vee sa njim te utie na strukturu
DNK i razgrauje je. Promjene u promotoru prepoznaju sada i drugi, pomoni proteini, kao
to je npr. topoizomeraza koja se vee i uestvuje u razvijanju dvostrukolanane DNK i
odvajanju njenih lanaca tako da se svaki od dva lanca dvostrukolanane DNK moe ponaati
kao matrica za sintezu komplementarne RNK. U toj kompleksnoj strukturi DNK je odvijena i
udaljena prosjeno 17 nukleotida. Enzim RNK-polimeraza je sastavljen od vie proteinskih
podjedinica, od kojih svaka ima svoju ulogu od prepoznavanja posebnih oblika promotora,
vezanja na njeg i odvajanja oba lanca DNK i pomicanja naprijed i sinteze RNK. RNKpolimeraza se pomie du DNK i sintetizira RNK brzinom 30 do 60 nukleotida u sekundi,
tako da se prosjeno bakterijski gen prepie (faza transkripcije) u mRNK za jedan minut.
Sinteza RNK se zaustavi kada RNK-polimeraza doe do terminacijskog rasporeda. Na tom
mjestu se prekida veza izmeu RNK-polimeraze i DNK te matrine DNK i novonastale RNK.
RNK-polimeraza se odlijepi i spremna je da zapoinje slijedei ciklus transkripcije.
Kako prokarioti nemaju elijsko jedro, bakterijski hromozom pliva u citoplazmi i nije fiziki
odvojen od ribozoma. Zato, u fazi transkripcije, nastala mRNK dolazi kao vlaga do
ribozoma i pone se prevoditi u proteine (faza translacije prevoenja). Tako se translacija i
transkripcija u bakterijskoj eliji odvijaju skoro istovremeno.Na svaku molekulu mRNK se
privrsti grozd od 10 do 100 ribozoma, koji se pomiu uzdu nastajue mRNK. Na taj nain
iz svakog ribozoma raste nanovo sintetizirana molekula proteina. Tako moe jedna matrica
mRNK da slui za sntezu 10 do 100 molekula odreenog proteina.
Proces translacije je dosta komplikovan. U njemu uestvuje najmanje 50 proteina i
ribozomskih RNK (rRNK) koje ine ribozome, vie od 20 enzima koji u citoplazmi veu
pojedine aminokiseline na vie od 20 specifinh transportnih RNK (tRNK), vie od 10
razliitih enzima i drugih proteinskih faktora koji su potrebni za poetak sinteze proteina
(inicijacija), njihovo produivanje (elongacija) i kraj (terminacija). Uestvuju takoer brojni
enzimi za posttranslacijske promjene kao to su odcjepljenje i oblikovanje poetnog i krajnjeg
dijela proteina te pripajanje razliitih funkcionalnih grupa (fosfatne, metilne, karboksilne,
ugljikohidratne grupe) do konanog oblikovanja zrelog proteina. Bakterija upotrijebljava
oko 90% energije za sintezu proteina jer se u svakom trenutku u njoj sintetizira na hiljade
proteina koji su joj potrebni da savlada sve ivotne potrebe.
Proces izraavanja (ekspresije) gena je strogo nadziran, pri emu pored RNK-polimeraze,
koja se vee na promotor, uestvuju jo neki proteini koji se veu u neposrednoj blizini. Ti
proteini se nazivaju faktori specifinosti i pomau RNK-polimerazi da prepozna u pravom
trenutku pravi promotor, da se na njeg vee i omogui izraavanje gena.
Druga vrsta regulacijskih proteina su represori, koji prepoznaju raspored nukleotida i koji se
veu na poseban raspored nukleotida tik iza promotora, obino ispred strukturnog gena. Taj
raspored nukleotida se naziva operator. Represori svojim vezanjem blokiraju promotor i
RNK-polimerazu te se ona ne moe pomicati u strukturni dio gena i sintetizirati RNK. Ovaj
nain nadzora nad izraavanjem gena se naziva negativno uravnjanje.
Primjer genskog uravnjanja je uravnjanje operona lac kod Escherichiae coli. Strukturni geni
lac A, lac Y i lac Z se prepiu u policistronsku m-RNK. Grupna regulacijska jedinica
posjeduje promotor (P) koji je vezivno mjesto za enzim RNK-polimerazu i operator (O), koji
je vezivno mjesto za specifinu represorsku bjelanevinu. Ispred promotora se nalazi poseban
gen I, koji nosi zapis za represorsku bjelanevinu a njega nadzire poseban vlastiti promotor.
Ovaj promotor je stalno aktivan to ima za posljedicu neprekinutu sintezu represorske
bjelanevine. Ona se sa velikim afinitetom vee na operator (O) na promotoru (P) i tako
blokira njegovu aktivnost. Kada se bakterija nae u okolini gdje postoji mnogo hrane (npr.
laktoza) ova hrana djeluje kao induktor ekspresije gena. Kako se sa velikim afinitetom vee
za represorsku bjelanevinu, ova represorska bjelanevina se odlijepi sa promotora i oslobodi
put RNK- polimerazi za sintezu m-RNK. To omoguava nastajanje enzima koji metaboliziraju
molekule hrane. U sluaju kada je manjak hrane, represorska bjelanevina ponovo zaposjeda
promotor i blokira nastavljanje sinteze m-RNK koja vie nije potrebna.
Ulogu represora imaju bjelanevine za negativno uravnjanje ekspresije gena, a ulogu
aktivatora imaju bjelanevine pozitivnog uravnjanja ekspresije gena. Veu se na posebne
nukleotide ispred promotora i svojim vezivanjem utiu na oblik rasporeda promotora tako da
se RNK-polimeraza moe bre i lake vezati za promotor i nastaviti sintezu RNK.
Sinteza bjelanevina se odvija na ribozomima, kojih se u bakteriskoj eliji Escherichiae coli
nalazi oko 15.000 i koji zauzimaju najmanje jednu etvrtinu suhe materije ove bakterije.
Svaki ribozom je sastavlje od vee i manje podjedinice; vea podjedinica je sastavljena iz
dvije molekule r-RNK (3.200 nukleotida) i 34 razliite bjelanevine, manja podjedinica je
sastavljena iz jedne molekule r-RNK (1.540 nukleotida) i 21 bjelanevine. Svaki od
pomenutih sastavnih dijelova ima odreenu ulogu u usklaivanju komplikovanih procesa
vezivanja i usmjeravanja matrine m-RNK, preuzimanju razliitih t-RNK, koje donose
odreene aminokiseline, pri povezivanju aminokiselina u peptidne lance i pri pomicanju
ribozoma po m-RNK do kraja sinteze bjelanevine. Sinteza bjelanevina protie vrlo brzo:
svake sekunde se povee 15 aminokiselina. Kako su bakterijske bjelanevine graene od
prosjeno 300 aminokiselina to sinteza jedne bjelanevine traje 20 sekundi. Na svaku m-RNK
Bakterijska elija koja ima F plazmid je F+ elija ili muka elija. Bakterijska elija koja
nema F plazmid je F- elija ili enska elija. F plazmid upravlja produkcijom seksualnih pila
duine 1-2 m. Konjugacijom se kroz pilus prenese DNK F plazmida u drugu eliju.
DNA F plazmida se Crosingoverom integrie u hromozom recipijenta te tako nastale elije
nazivamo Hfr-donatorima. (High frequency of recombination).
elija Hfr donator obrazuje piluse preko kojih ubrizgava svoj F-plazmid u eliju recipijenta a
pri tome i manji ili vei dio svog hromozoma. To ubrizgavanje je konstantno i ide brzinom od
10 parova baza na minut na 37 0C.
Gram pozitivne bakterije imaju drugaiji nain konjugacije. F+ elija Enterococcus faecalis
ima namjesto spolnog pilusa adhezijske molekule preko kojih prenese dio DNK na eliju
primaoca. Obino u tom procesu signal dolazi sa elije primaoca koja izlui posebnu
supstancu koja ima osobine soplnog atraktanta (feromon). Pojedine vrste feromona ukazuju
kakvu vrstu plazmida treba elija primaoc. U odgovoru na feromon elija F+ sintetizira
adhezijske molekule za konjugaciju i zatim prenese potreban plazmid eliji primaocu.
Konjugacija kod gram pozitivnih bakterija ima poseban znaaj jer su brojni faktori virulencije
kod ovih bakterija (rezistencija na antibiotike, stvaranje adhezina, nekih endotoksina) kodirani
plazmidima koji se na ovaj nain prenose.
Plazmidi i transpozoni
To su ekstrahromozomski genetiki elementi.
Plazmidi
hromozomu bakterije. Zato se moe dogoditi da se vie razliiti R gena skupi na istom
plazmidu R pa da sa razliitim genima omogui nastanak multiple rezistencije na antibiotike.
Takav plazmid se moe prenositi na srodne bakterije. Kod gram negativnih bakterija izvor
multirezistentnih plazmida se esto nae meu saprofitnim bakterijama, posebno one koje su
pod stalnim selekcijskim pritiskom od strane antibiotika.
Vektori za kloniranje su molekule DNK koji su srazmjerno mali genetiki i fizikalno dobro
opredjeljeni samostalni replikoni. Njihovo dobijanje mora biti jednostavno. Posjeduju gene
iji su produkti upotrebljivi za jednostavnu selekciju bakterijskih elija. Moraju sadravati
mjesta za prepoznavanje za to vei broj restrikcijskih enzima. Veoma je dobro ako se u
blizini tih mjesta za prepoznavanje (koja omoguavaju ugradnju tue DNK) nalazi moan
promotor koji eliji primaocu omogui perpis i translaciju ugraene genske informacije u
potreban bjelanevinski produkt. Kao vektore za kloniranje moemo upotrijbiti plazmide ili
bakteriofage ili njihove kombinacije koje nazivamo kozmidi.
Postupak kod kloniranja se odvija najee na slijedei nain:
Za tu svrhu se najee koristi neki plazmid.
Iz plazmida se izdvoji njegova DNK koja je krunog oblika.
U DNK plazmida se unese odabrani gragment DNK neke bakterije.(na primjer Shigella
otporna na Tetracikline).
DNK plazmida i fragment DNK Shigellae se pocjepaju uzduno DNK endonukleazom koja
cjepa dvolananu DNK na dva komplementarna lanca.
Tako se od DNK plazmida i od fragmenta DNK Shigellae dobiju linearni lanci sa svojim
lepljivim krajevima (3' i 5').
Dobivene linearne jednolanane DNK se meusobno slijepe enzimom DNK ligazom.
pa se dobije plazmid koji ima u svojoj DNK i DNK starog plazmida i DNK fragmenta DNK
Shigellae.
Ovaj plazmid se sada transformacijom unese u osjetljivu na Tetracikline Escherichiu coli
mjeanjem sa mladom kulturom Escherichiae coli.
Tako pomjeana kultura se zasije na podlogu sa tetraciklinima. Osjetljiva Escherichia coli
nee porasti a one Escherichiae coli koje su u sebe primile novi plazmid e porasti jer su
rezistentne na Tetracikline. Tako dobiven soj Escherichiae coli se naziva genetski
rekombiniran soj ili klon Escherichiae coli otporan na Tetracikline.
Na ovaj nain se mogi izabirati bilo kakvi fragmenti gena (geni toksinosti ili geni za
produkciju nekih enzima) i unositi u novu eliju koja e imati eljene karakteristike.
Vrste bakteriofaga
Virulentni fagi se razmnoavaju u bakterijskoj eliji, sazriju, liziraju eliju i iz nje se
oslobaaju.
Umjereni fagi se razmnoavaju u eliji i u njoj ostaju ne lizirajui je kao profagi. Takva
elija u kojoj se nalazi umjereni fag naziva se lizogenina elija a proces integracije profaga u
hromozom elije lizogenija. Pri diobi takve elije i fag se sa njom dijeli tako da i elije kerke
ostaju lizogenine.
Takvu eliju moe napasti nesrodan fag i takoer inkorporisati svoju DNK u hromozom
lizogenine elije.Mutacijom u fagu oni mogu postati virulentni i lizirati eliju te se oslobode
fagi koji na sebi ponesu i neto DNK drugog faga i hromozoma bakterije.
Dokazivanje bakteriofaga
Bakterifage najee dokazujemo u vodi za pie (Coli fagi) jer je njihovo prisutvo znak
fekalnog zagaenja vode za pie. Kako su bakteriofagi vrlo specifii za pojedine sojeve
bakterija to osjetljivost pojednih sojeva na pojedine bakteriofage koristimo u svrhu
fagotipizacije (fagotipovi Echerichiae coli). Dokazivanje bakteriofaga se moe koristiti kao
indirektan metod za prisustvo za njih specifinih bakterija. Ako u sputumu bolesnika naemo
Mycobacteriofage specifine za Mycobacterium tuberculosis onda nam je to indirektan dokaz
da u sputumu postoji Mycobacterium tuberculosis.
Metode za dokazivanje bakterofaga su razliite ali se najee bakteriofagi dokazuju na
slijedei nain:
Ispitivana tenost se profiltruje kroz bakterijski filtar. Profiltriranoj tenosti se doda mlada
kultura nekog soja bakterija, pomjea i razlije na poluvrsti agar.
Ako u ispitivanoj tenosti nije bilo bakteriofaga onda e na poluvrstom agaru porasti
kolonije bakterija pomjeane kulture homogeno. Meutim, ukoliko je bilo bakteriofaga onda
e oni stvoriti plakove na podlozi.(Vidi sliku)
Fagotipizacija
Objanjenje pojmova:
Regulacijski geni su geni koji odreuju poetak i kraj sinteze nekog specifinog proteina.
U strukturnom i regulacijskom genu se mogu dogoditi promjene koje e se odraziti na njihovu
funkciju.
Modifikacije su fenotipske promjene ali u okviru zadanog genotipa. One su najee
uzrokovane induktorom, odnosno promjenama u spoljnoj sredini (Obilje hrane, pH, prisustvo
antibiotika). Ne naslijeuju se.
Mutacija je promjena unutar genotipa, odnosno unutar regulacijskog i strukturnog gena i ona
se naslijeuje. Mutacije se mogu javiti u jednom ili vie gena.
Mutant je bakterijska elija koja ima mutiran gen.
Postoje razliite mutante bakterija :
-Mutante sa poveaom sposobnou na inhibitorne agense spoljne sredine,
-Mutante koje su otporne na bakteriofage,
-Mutante koje steknu sposobnost produkcije toksina,
-Mutante koje zahtjevaju izmjenjenu ishranu,