Professional Documents
Culture Documents
ABSTRACT In year 1970 was found nucleotide (Matiat and Vergmaud, 1982). Microsatelite
sequence which have repeated sequence of analysis was used to analyse of paternity and
nucleotide. with high polymorh and using PCR identity of animal, which was done as a
could be amplified. That sequenz of nucleotide conventional analysis with blood group analysis.
called Microsatelite. Microsatelite consist of 1 – 6 The advantage of microsatelite analysis compare to
repeated nucleotide, which is CA repeated as blood group system are the exclution probability
mostly a repeated DNA in the animal (Tautz and was high (EXP 99.9%), needs small sampel
Renz, 1984). Based on difference of long and (tissues, sperm or follicel of hair), could be use for
amount ofrepeated nucleotide, there are three kind all animal without special age and possible for died
of DNA satelite, midi-, mini- and microsatelite animal.
Analisa Mikrosatelit dalam Bioteknologi Reproduksi Ternak (Suatu Kajian Pustaka (Dr. Agr. Ir. Siti Darodjah Rasad, MS)
50
merupakan metode standar untuk menduga Keunggulan analisa mikrosatelit
keragaman genetik (gentic diversity) pada Adapun keunggulan dari analisa
ternak. Hal ini diperkuat oleh hasil penelitian mikrosatelit, bila dibandingkan dengan analisa
Diez-Tascon et al. (2000), Arranz et al. (2001), golongan darah, adalah tingkat kecermatan dan
Rendo et al. (2004), Alvarez et al. (2004) yang ketelitiannya yang lebih dengan hanya
telah melakukan analisa mikrosatelit pada menggunakan sedikit penciri atau marker pada
sekelompok kecil ternak kambing. Pada babi, analisa mikrosatelit, dimana tingkat ketepatan
mikrosatelit telah banyak digunakan pada pengujian keturunan dengan metode atau
penelitian biodiversitas baik pada bangsa analisa mikrosatelit tinggi (EXP 99,9%)
komersial maupun bangsa liar (Groenen et al., dibandingkan dengan sistem golongan darah.
2003). Dengan demikian dari segi ekonomis, jauh
Penggunaan analisa mikrosatelit sebagai lebih ekonomis metode analisa mikrosatelit
uji keturunan pada ternak Kuda sudah secara serta secara teknis pelaksanaan lebih sederhana
rutin digunakan diberbagai laboratorium dan tanpa diperlukan sampel serum sebagai bahan
balai penelitian. Pada Sapi dan Anjing, test dalam hal ini sampel darah, yang akan
pengujian ini telah ditawarkan secara menimbulkan efek stres pada ternak saat
pengujian komersial. Berbagai penelitian telah pengambilan darah sebagai bahan sampel
dilakukan, terutama mengenai keuntungan dan pengujian. Analisa ini juga memungkinkan
kemungkinan analisa mikrosatelit sebagai alat untuk analisa produk hasil ternak seperti
kontrol keturunan dan tingkat kekerabatan daging (Hohenhörst et al., 1994; Lauk, 1999).
pada berbagai ternak. Sebagai contoh pada Keunggulan lain adalah, untuk pengujian
Kuda (Bowling et al, 1997 and Hertner et al, kekerabatan dengan metode analisa
1999), Sapi (Glowatzki-Mullis et al, 1995; mikrosatelit, sampel yang diperlukan selain
Usha et al, 1995 and Heyen et al, 1997), sedikit sampel darah, juga dapat digunakan
Anjing (Binns et al, 1995; Fredholm and sampel sel, berupa sel sperma, jaringan, atau
Wintero, 1996 and Koskinen and Bredbacka, folikel rambut. Dari aspek umur ternak, tidak
1999) serta Babi (Hohenhörst et al, 1994 and ada batasan umur ternak, bahkan ternak yang
van Zeveren et al, 1995). telah matipun dapat diuji. Dengan demikian
Analisa mikrosatelit pada tiga bangsa sampel yang diperlukan sangat mudah didapat,
babi telah diteliti oleh Rasad (2001) dengan dengan jumlah sampel yang sedikit, dan
menggunakan 25 marker mikrosatelit. Dari dengan bantuan PCR, alat sekuenser serta
hasil penelitiannya telah dapat dihasilkan tiga program computer, analisa kekerabatan dan uji
kelompok marker PCR masing-masing terdiri keturunan dapat dilakukan dengan praktis
dari lima marker mikrosatelit yang dapat (Hohenhörst, 1997).
digunakan untuk menguji tingkat kekerabatan
dan identitas tiga bangsa babi (Deutsche Perhitungan Produk Analisa Mikrosatelit
Edelschwein/DE, Deutsche Landrace/DL dan Pada analisa mikrosatelit, selanjutnya
Pitrain), dimana dari analisa mikriosatelit produk yang dihasilkan dari PCR akan
tersebut dihasil angka EXP 99,9%. Adapun dianalisa dengan bantuan alat sekuenser,
susunan marker mikrosatelit tersebut seperti sehingga dapat diketahui urutan alel yang
tertera pada tabel 1 berikut. dihasilkan, yaitu berupa pita-pita nukleotida.
Dari tampilan analisa sekuenser tersebut, dapat
Tabel 1. Susunan Marker Mikrosatelit untuk Uji dihitung setiap alel spesifik yang terekspresi
Kekerabatan dan Identitas Ternak Babi dari sampel yang diuji. Hal ini dikarenakan
Multiplex-PCR 1 Multiplex-PCR 2 Multiplex-PCR 3 kodominan alel yang diwariskan pada
SW936 SW240 S0026 keturunan harus berasal dari 50% induk dan
SW857 S0101 SW951 50% dari bapaknya. Dengan demikian alel
S0115 S0355 S0225 yang diekspresikan pada keturunan atau anak,
CGA SW122 S0227 sebagian akan berasal dari induk (50%) dan
S0068 SW911 S0178 sebagian dari bapak (50%).
Dari tampilan pita-pita alel keturunan
yang muncul, dapat dibandingkan dengan
Analisa Mikrosatelit dalam Bioteknologi Reproduksi Ternak (Suatu Kajian Pustaka (Dr. Agr. Ir. Siti Darodjah Rasad, MS)
52
Diez-Tascon, C., Littlejohn, R.P., Almeida, Hohenhörst, J., Fries, R., Vögeli, P. and
P.A., Crawford, A.M., 2000. Genetic Stranzinger, G., 1994. Use
variation within the Merino sheep microsatellites for parentage control in
breeds: analysis of closely related pigs. Anim. Gen. 25 (Suppl.2): 33
populations using microsatellites. Hohenhörst, J., 1997. Hochpolymorph DNA-
Anim. Gen. 31: 243-251 Markerloci im Schweinegenom und
Ellegren, H., 1995. Mutation rates at porcine ihre Verwendung für die
microsatellite loci. Mammalian Abstammungs-kontrole,
Genome 6: 376-377 Characterisierung von Schweine-rassen
Fredholm, M., and Wintero, A.K., 1996. und Kartierung von Blutgruppenloci.
Efficient resolution of parentage in Dissertation, Eidgenössischtechnische
dogs by amplification of Hochschule Zürich
Microsatellites. Anim. Gen. 27: 19-23 Jamieson, A. and Taylor, S.C.S., 1997.
Fu, Y.H., Kuhl, D.P.A., Pizzutii, M., Pieretti, Comparisons of three probability
M., Sutcliffe, J.S., Richards, S., formulae for parentage exclusion.
Verkerk, A., Holden, J., Fenwick, R., Anim. Gen. 28: 397-400
and Warren, S.T., 1991. Variation of Jeffreys, A.J., Royle, N.J., Wilson, V. and
the CGG repeat at the fragile X Site Wong, Z., 1988. Spontaneous mutation
result in genetic instability: Resolution rates to new length alleles at tandem-
of the Sherman paradox. Cell. 67: repetitive hypervariable loci in human
1047-1058 DNA. Nat. 332: 278-281
Glowatski-Mulli, M.L, Gaillard, C., Wigger, Klesert, R.T., Otten, A.D., Bird, T.D. and
G, Fries, R., 1995. Microsatellite based Tapscott, S.J., 1997. Trinucleotide
parentage control in cattle. Anim. Gen. repeat expansion at the myotonic locus
26: 7-12 reduces expression of DMAHP. Nat.
Gordenin, D.A., Kunkel, T.A., Resnick, M.A., Gen. 16: 402-406
1997. Repeat expansion all in a flap. Koskinen, M.T. and Bredbacka, P., 1999. A
Nat. Gen. 16: 116-118 convenient and efficient microsatellite
Groenen M.A.M., Joosten, R., Boscher, M.Y., based assay for resolving parentages in
Amigues, Y., Rattink, A., Harlizius, B., dogs. Anim. Gen. 30: 148-149
van der Poel, J.J. and Crooijmans, R., Lauk, C., 1999. Abstammungsbegutachtung
2003. The use of microsatellite bei Lamas und Alpakas. Lamas: 8-9
grnotyping for population studies in Levinson, G. and Gutman, G.A., 1987. Slipped
the pig with individual and pooled strand mispairing: a major mechanism
DNA samples. Arch. Zoo. 52: 145-155 for DNA sequence evolution. Mol and
Hamada, H., Petrino, M.G., Kakunaga, T., Biol. Evol. 4: 203-221
Seidman, M. and Stollar, B.D., 1984. Litt, M. and Luty, J.A., 1989. A hypervariable
Charakterization of poly(dT-dG). microsatellite revealed by in vitro
poly(dC-dA) sequences: structure, amplification of a dinucleotide repeat
organization and corformation. Mol. within the cardiac muscle actin gene.
and Cell. Biol. 4(12): 2610-2621 Am. J. of Hum. Gen. 44: 397-401
Hertner, U., Ruβ, I. and Förster, M., 1999. Mullis, K.B. and Faloona, F.A., 1987. Specific
DNA-Typisierung – die Methode der synthesis of DNA in vitro polymerase
Zukunft. Arab. J. 5: 46-50 catalyzed chain reaction. Meth. of
Heyen, D.W, Beever, J.E, Da, Y., Evert, R.E., Enz. 155: 335-350
Green, C., Bates, S.R.E., Ziegle, J.S. Naylor, L.H. and Clark, E.M., 1990. d(TG) n.d
and Lewin, H.A., 1997. Exclusion (CA)n sequences upstream of the rat
probabilities of 22 bovine prolactin gene Z-DNA and inhibits
microsatellite markers in fluorescent gene transcription. Necl. Acids Res.
multiplexes for semiautomated 18: 1594-1601
parentage testing. Animal Genetics 28:
21-27
Analisa Mikrosatelit dalam Bioteknologi Reproduksi Ternak (Suatu Kajian Pustaka (Dr. Agr. Ir. Siti Darodjah Rasad, MS)
54