ATREEPhD Programme  
Handbook 
Conservation Science and Sustainability Studies 

 
The Academy for Conservation Science and Sustainability Studies 
Ashoka Trust for Research in Ecology and The Environment 
Royal Enclave, Sriramapura, Jakkur PO.,  
Bangalore 560024 

(Last updated: August 2nd 2016)

Page 1 of 18
 Table of contents
 
Preface ........................................................................................................................................................................ 3 
1. Introduction ............................................................................................................................................................ 4 
2. The PhD Programme ............................................................................................................................................. 4 
2.1. Academic Committee (AC) ............................................................................................................................ 5 
2.3. Fellowship ....................................................................................................................................................... 5 
2.4. Duration of the Programme ............................................................................................................................ 6 
2.5. Guide ............................................................................................................................................................... 6 
2.6. Doctoral Advisory Committee (DAC)............................................................................................................ 6 
2.7. Registration at Manipal University................................................................................................................. 7 
2.8. What should go into a synopsis? .................................................................................................................... 8 
2.9. Change of synopsis/title of research ............................................................................................................... 8 
2.10. What is a 6-monthly progress report? .......................................................................................................... 8 
2.11. Fees and other costs ...................................................................................................................................... 8 
2.12. Leave ............................................................................................................................................................. 9 
2.13. Cancellation of Registration ......................................................................................................................... 9 
3. Coursework ............................................................................................................................................................ 9 
3.1. Core courses .................................................................................................................................................. 10 
3.2. Electives ........................................................................................................................................................ 10 
3.3. Prerequisites .................................................................................................................................................. 11 
3.4. Public talks and seminars.............................................................................................................................. 11 
3.5. Course Exemptions ....................................................................................................................................... 12 
3.6. Credits, Assessments and Grading System .................................................................................................. 12 
3.7. Performance requirements in coursework .................................................................................................... 13 
4. Qualifying Exam .................................................................................................................................................. 13 
5. Thesis.................................................................................................................................................................... 14 
5.1. Research ........................................................................................................................................................ 14 
5.2. Field Research ............................................................................................................................................... 14 
5.3. Submission of thesis ..................................................................................................................................... 15 
5.4. Thesis defence ............................................................................................................................................... 16 
5.5. Publication of thesis ...................................................................................................................................... 17 
5.6. Award of Degree ........................................................................................................................................... 17 
6. Complaint Redressal ............................................................................................................................................ 17 
7. Plagiarism - Zero tolerance .................................................................................................................................. 18 

Page 2 of 18
Preface 
 
This handbook includes the policies, guidelines, forms, and procedures for ATREE’s PhD programme 
affiliated with Manipal University.   The contents may be amended when Manipal University revises 
its  policy  or  when  changes  need  to  be  made  to  improve  the  structure  and  governance  of  the  PhD 
programme.    The  Academic  committee  at  ATREE  approves  all  changes  and  revisions.  The  policy 
governing  the  appointment  and  functions  of  the  Academic  committee  are  approved  by  the 
Governing Board and ratified by the Executive committee at ATREE. However, all other policies and 
guidelines  that  govern  the  quality  of  the  programmes,  student  welfare  and  functioning  of  the 
Academy  are  approved  by  the  Academic  committee.  We  remain  open  to  constructive  feedback  to 
improve this handbook. We welcome you to the PhD Programme at ATREE and wish you all success.  

 
The Academic Committee 
Nitin Rai (Chair), Ankila Hiremath, Jagdish Krishnawamy, Sharad Lele, Bejoy Thomas and Aniruddha 
Marathe (Student representative) 
 

Page 3 of 18
1. Introduction 

ATREE’s  PhD  programme  was  officially  launched  in  2007.    The  doctoral  programme  at  ATREE  is 
designed to equip students with in‐depth knowledge and necessary skills to understand and address 
complex  conservation  and  environmental  issues  using  a  broad  interdisciplinary  framework.    We 
expect and encourage students to draw from relevant natural and social science disciplines and apply 
it to their research.   ATREE requires its students to complete rigorous course work, pass a qualifying 
exam, conduct primary research, submit a thesis and meet all the requirements of Manipal University 
before  students  are  awarded  their  PhD  degrees.    ATREE  is  recognized  as  a  research  centre  by  the 
Manipal University (MU). 
ATREE’s PhD programme is unique in many ways; first, it is the only interdisciplinary programme in 
the  country  that  covers  conservation  science  and  sustainability  studies;  second,  it  intentionally 
selects  students  who  show  a  potential  for  research  and  builds  capacity  for  critical  thinking  and 
leadership; third the PhD faculty at ATREE represent a diverse disciplinary background covering both 
natural and social sciences with a commitment to interdisciplinarity; finally it offers students the rare 
opportunity  to  ground  their  research  in  the  field  through  ATREE’s  widespread  field  stations  in  the 
Western  Ghats  and  the  Eastern  Himalayas.  According  to  the  Stanford  Social  Innovation  Review 
(Summer  2008)  ATREE  is  a  globally  unique  conservation  and  development  organization  for  its 
pioneering work crossing diverse sectors and linking sound research with strategic action.   
ATREE’s  research  covers  the  broad  themes  of  environment  and  development,  and  biodiversity  and 
conservation.  Areas  of  specialization  include  biodiversity  conservation,  environmental  governance, 
forests and ecosystem services, ecological agriculture, water management, urban environments, and 
development  and  environmental  change.    Disciplines  represented  in  the  faculty  include  ecology, 
taxonomy,  hydrology,  economics,  development  studies,  forestry,  sociology,  history,  wildlife  science, 
and political ecology. 
 
This  handbook  is  designed  to  provide  both  the  regular  and  project‐based  students  the  necessary 
information to enable them to successfully complete the requirements for a PhD at ATREE and obtain 
their degree from Manipal University.        
 
2. The PhD  Programme 
 
Students  are  given  a  brief  orientation  to  the  Academy,  ATREE  and  the  PhD  programme  when  they 
join.  The  academic  year  starts  in  August  on  alternate  years  and  courses  will  be  offered  in  three 
semesters.  Students  are  required  to  take  a  total  of  29  credit  hours  of  both  core,  elective  and 
prerequisite courses.  Students are expected to finalize their guide and doctoral advisory committee 
within the first 12 months and required to defend and register their research synopsis within 15‐18 
months  of  joining  the  programme.    All  regular  full‐time  PhD  students  are  provided  a  5‐year 
fellowship with a research contingency grant in the 2nd and 3rd year of their programme depending 
on satisfactory progress.  We expect students to write the thesis and defend it in the 5th year.   
 
In general the policies and guidelines in this handbook cover the requirements for both regular and 
project‐funded  PhD  students  at  ATREE.    However,  there  are  some  exceptions  and  these  are  clearly 
mentioned in blue boxes where relevant under each section.  
 
 
 

Page 4 of 18
2.1. Academic Committee (AC) 
The  Academic  Committee  is  the  final  decision  making  body  for  all  matters  with  regard  to  the 
programmes  of  the  Academy  for  Conservation  Science  and  Sustainability  Studies  at  ATREE.    The 
academic  committee  meets  regularly  to  review  and  recommend  changes  to  improve  the quality  of 
the  PhD  programme  at  ATREE.     The  AC  is composed  of the Convenor who  is  the  chair, the centre 
convenors,  representatives of  the two  programmes  to  ensure the  necessary  disciplinary  breadth  in 
the AC and an elected student representative.   
 
2.2. Schedule of important requirements for the PhD programme 
Sl No  Activities  Schedule with deadlines 
1  Core course (C1 & C2+P1&P2)  August to December (4 months) 
2  Core course (C3 to C5)  January to April (4 months) 
3  Electives  August to November
4  Identifying guide  Before 10 months 
5  Formation of DAC  Before 12 months 
6  Qualifying exam  Between 15‐18 months 
7  Synopsis presentation  After successfully completing the 
qualifying exam, between 15 and 24 
months. Earlier the better. 
8  Registration with Manipal University  To be completed between 16 and 24 
months. Earlier the better. 
9  Thesis submission  Between 3 and 6 years after 
registration for all students except 
students with MPhil degrees who can 
submit it between 2 and 6 years. 
10  Thesis Defense  Within 3‐6 months after submission 
 

2.3. Fellowship 

A modest fellowship of Rs. 16,000 per month prior to the registration and Rs. 18,000 per month after 
the registration will be provided for the number of years mentioned in the contract. 
 
 Students are not allowed to defer their fellowship.  
 In case where funding agencies do not allow dual payments, students have to choose 
amongst the fellowships. If students opt for other sources, ATREE fellowships will not be 
reserved for them for future use. 
 ATREE Fellowship will be paid only till the end of the contract duration or until the PhD 
award notification by MU, whichever is earlier. 
 Fellowship will not be reserved/paid back in case of fellowship suspensions. 

In addition to this, contingency grant of Rs. 50,000 per year for two years will be provided after 
successfully clearing of qualifying exam and registration with Manipal University. 
 
 

Page 5 of 18
2.4. Duration of the Programme 
2.4.1. We prefer that students plan their PhD programme in such a way to enable them to finish 
within 5 years.  
 
2.4.2. However, as per the rules of the university the duration of the programme, from the time of 
registration at Manipal University to submission of the thesis is as follows: 
 
2.4.2.1. The minimum duration for PhD candidates will be 3 years and maximum duration 
shall not exceed 6 years which will be based on the recommendation of the Doctoral 
Advisory Committee (DAC). 
 
2.4.2.2. The minimum duration for candidates with MPhil qualification [in addition to 
postgraduate qualification] shall be 2 years in case of full time candidates. 
 

2.5. Guide   
2.5.1. All students are required to identify their guide within 10 months of starting the programme.   
Students are encouraged to interact with all faculty in order to find a guide who is a good fit 
with their interests and needs.  
 
2.5.2. All guides have to be Fellows or Senior Fellows at ATREE.  
 
2.5.3. Co‐guides can be ATREE faculty or adjunct faculty who are recognized as co‐guides by MU. 
 
2.5.4. Tenure as Guides: Faculty who leave ATREE will continue to serve as a guide for the students 
assigned to them in the best interests of the student, unless the student requests a change. If 
students request a change, the convenor will need to find an appropriate guide from within 
ATREE. 

2.5.5. In  the  unexpected  circumstances  that  the  guide  or  student  do  not  want  to  continue  their 
association,  a  letter  justifying  the  reasons  for  this  should  be  submitted  to  the  Academic 
convenor.  The convenor  will  seek to mediate between  both parties, failing which the  letter 
will be accepted with the approval of the AC.  
 
2.5.6. If the student  has  already registered  with Manipal  University, the  change  in  guide  will  need 
the approval of MU.   
 
2.5.7. The  student  with  the  help  of  the  academic  convenor  should  find  another  guide  within  3  
months.  
 

2.6. Doctoral Advisory Committee (DAC) 
 
2.6.1.  Students  are  required  to  form  their  DAC,  consisting  of  3‐5  individuals  within  the  first  12     
months of joining ATREE.   

2.6.2. Students should consult their guide while constituting the DAC.   

2.6.3. Students  from  natural  sciences  are  expected  to  have  one  member  from  a  social  science 
discipline  on  their  DAC  and  vice‐versa.  The  role  of  this  member  is  to  enable  relevant 
integration and indisciplinarity where relevant and necessary.  

Page 6 of 18
 2.6.4. Students can have DAC members who are qualified faculty from other institutions. However, 
50 percent of the committee members must be from ATREE faculty. 

2.6.5. Students should seek MU approval in case of any changes in the DAC (after the registration). 
 
In  the  exceptional  case  where    faculty  are  not  available  within  the  institution  to  meet  the  DAC 
requirements,  the  student  with  the  approval  of  the  guide  and  convenor  can  invite  eligible  faculty 
from other  institutions to  be  members  of the  DAC.   Travel  and diem  for one  trip per year  for such 
faculty will be supported by the Academy. If the student wants an additional member to the required 
minimum of 3, then the student is responsible for the costs entailed. 
 

2.7. Registration at Manipal University 
 
2.7.1 Registration at MU requires the submission, defense and approval of the synopsis by them.  
 
2.7.2 Students are expected to complete all the core courses and clear the qualifying exam before 
the registration with MU.  
 
2.7.3 Students should ensure that they are registered with Manipal University within 24 months of 
enrolling in ATREE PhD programme. If they are not registered by then they will be notified of 
the  delay  and  if  students  are  not  registered  before  30  months  of  enrolling  in  the  PhD 
programme,  their  monthly  fellowship  will  be  forfeited  from  the  31st  month  until  their 
registration at Manipal. 
 
It  is  better  to  register  as  soon  as  possible  to  avoid  delays  in  completing  a  PhD  (MU  requires  a 
minimum of 3 years after registration to submit the thesis).  
 
All communication regarding registration with Manipal University should be conducted through 
the Academy office at ATREE.  Here are the steps involved: 
   
 The candidate should present their research proposal (synopsis) to the DAC. The committee 
may recommend/recommend with modification/reject the proposal.  
 
 The student is required to make a presentation at ATREE prior to submit to the MU. During 
the synopsis presentation, presence of guide or co‐guide is essential. The DAC should meet 
after  the  synopsis  presentation  to  ensure  that  comments  that  were  received  during  the 
synopsis presentation have been incorporated. This DAC meeting is to approve the synopsis 
that will be presented to Manipal 
 
 Once the synopsis is accepted by the DAC, the candidate’s PhD registration application along 
with  supporting  documents  to  be  attached  with  the  registration  form  and  the  copy  of  the 
DAC  recommendations  are  to  be  sent  to  The  Deputy  Registrar‐  Academic  (Technical).    The 
candidate  has  to  submit  one  hard  copy  with  a  soft  black  bound  of  the  synopsis  (after 
incorporating the modifications suggested by DAC). One copy of the documents must also be 
submitted to the ATREE Academy. 
 
2.7.4  After approval of the synopsis by MU, the student's DAC at ATREE will meet twice a year to 
monitor the progress of their research. 
 
2.7.5 Students  are  required  to  submit  a  progress  report  every  6  months  signed  by  all  DAC 
members through the Academy.  

Page 7 of 18
 

2.8. What should go into a synopsis? 
2.8.1.  A  synopsis  of  the  proposed  research  is  required  for  a  formal  registration  with  Manipal 
University.  
 
2.8.2.  The  synopsis  should  be  about  10‐12  printed  pages  (single  spacing,  12  point)  but  should  not 
exceed 15 pages.   
 
2.8.3. The following format can be used:  
 Introduction/Background 
 Statement of objectives 
 Study site (explain choice, relevance, and context) 
 Proposed research (questions, study design, field methods, type of data collected, proposed 
methods of analyses) 
 Funding (any relevant information on the source of funding, etc) 
 Bibliography 
 
2.8.4.  The  research  synopsis  should  be  approved  by  the  guide  as  well  as  all  doctoral  committee 
members prior to submission to Manipal University.  

2.9. Change of synopsis/title of research  
A change in the registered synopsis/title of research may be permitted for a candidate provided it is 
recommended by the Guide and DAC and forwarded by the academy and approved by the Academic 
Senate of Manipal University.  
 

2.10. What is a 6‐monthly progress report? 
 
2.10.1.  The  submission  of  6‐monthly  progress  reports  is  mandatory  as  per  Manipal  University's 
guidelines. The candidate has to submit the 6‐monthly progress report and report‐submission form 
duly filled out and signed by all the DAC members to Manipal University through the Academy.  
 
2.10.2. Students are expected to present the progress of their coursework and research to the DAC 
every 6 months.  
 
2.10.3. Students have to submit the reports on time (every six months). At the end of the year 
(counting from the date of registration) the student will be expected to have submitted two reports. 
If reports are still pending, the academy will remind students, who have two progress reports due, to 
submit the reports within two months. If students fail to submit the reports within two months of 
receiving the reminder, the academy will send another reminder to submit the reports in an 
additional two months, failing which their fellowship will be forfeited. Reports received beyond the 
four month deadline set by the Academy, will not be forwarded to Manipal University. 

2.11. Fees and other costs 
2.11.1. At present there is no course fee at ATREE.  Students are expected to pay the fee as per MU 
requirement. Given below is the fee structure. 

Year   Annual Fee 

Page 8 of 18
First Year  Rs. 23,500 
Second Year  Rs. 12,000
Third Year  Rs. 12,000 

 
2.11.2. Students are expected to bear registration, travel, board and lodging, and thesis submission 
expenses.  
 
2.11.3.  The  Academy  will  cover  the  cost  of  travel  and  accommodation  for  faculty  and  external 
examiners.  

 
 

2.12. Leave   
 
2.12.1.  Students  are  entitled  to  holidays,  earned  leave,  casual  leave,  medical  leave,  maternity  and 
paternity leave as per ATREE staff policy. 
 
2.12.2.  Students  on  an  institutional  fellowships,  in  the  case  of  certain  circumstances,  can  take 
extraordinary leave for up to 1 year without being paid their fellowship.  
 
2.12.2.1. However, they are still entitled to the maximum of 5 years institutional fellowship if 
they are eligible and are making satisfactory progress in their PhD programme.   
 
2.12.2.2. The request for this extraordinary leave will need the consent of the Guide and the 
approval of the AC. 
 
2.12.3. Students who visit another institution either within or outside the country as part of their 
PhD programme for a maximum period of 1 year need the approval of their guide.   
 
2.12.3.1. The student is entitled to the ATREE fellowship during this time if eligible, is making 
satisfactory progress, and is not getting another fellowship from the host institution.  
 
2.12.3.2.  A  letter  of  approval  from  the  guide  indicating  the  tenure  of  the  stay  and  the 
purpose should be submitted to the Academy. 
 

2.13. Cancellation of Registration 
Registration  may  be  cancelled  on  the  recommendation  of  DAC  based  on  the  lack  of  progress  as 
requested by the supervisor and also after giving due opportunities to the candidate for defending 
his/her case.  
 
Registration will be cancelled by MU if the candidate fails to submit the thesis before the maximum 
stipulated time period. 
 
 3. Coursework 
 
Course work at ATREE is designed to basically provide students the skills to integrate both natural and 
social sciences as they research environmental problems. The foundation courses in the natural and 
social  sciences  provide  an  introduction to the basic  concepts  and principles of  ecology,  economics, 

Page 9 of 18
sociology,  political  science  and  environmental  science.  Students  also  take  a  research  and  methods 
course  that  provides  them  the  necessary  skills  in  quantitative  and  qualitative  methods  in  both 
natural  and  social  sciences  relevant  to  environmental  research.  There  is  a  separate  module  on 
statistics.  There  are  two  courses  that  help  students  integrate  across  disciplines.  The  first  one 
introduces students to issues in conservation and sustainable development, followed by a course on 
integrated approaches to conservation and sustainable development. Electives provide students with 
an  opportunity  to  dig  deeper  into  any  two  disciplines,  or  from  focused  methods  and  techniques 
courses  relevant  to  their  research.  A  science  communication  course  helps  students  with  their 
technical  writing  and  presentation  skills.  Seminar  participation  through  presentations  and 
attendance  exposes  students  to  new  ideas  and  approaches.  The  Basic  Math  and  English  writing 
courses are prerequisites that are required to be able to take the more advanced courses.     
 
Coursework  will  commence  in  August.  The  required  course  load  for  students  is  29  credits.  This 
includes completing nine core (21 credits), and two elective courses (minimum 6 credits in total), 2 
prerequisite courses (pass/fail) and a within a maximum of 29 months of joining the program.  
 

3.1. Core courses 
C1. Foundations in Natural Sciences 
C1a. Ecology (3 credits)  
C1b. Environmental Science (3 credits) 
C2. Foundations in Social Sciences 
C2a. Economics (3 credits) 
C2b. Sociology and Anthropology (3 credits)  
C3.  Practising Interdisciplinary Research on the Environment (3 credits) 
  
C4.  Research design and methods 
C4a. Research design and methods ‐ social sciences (1 credit) 
C4b. Research design and methods ‐ natural sciences (1.5 credits) 
C4c.  Statistics (2 credits) 
C5.   Science Communication (1.5 credits)  
 

3.2. Electives 
Student should take two electives that are offered from any two disciplines of the five listed below.  
 
1. Ecology  
2. Economics  
3. Sociology  
4. Environmental Science 
5. Research Methods and Tools 
 
3.2.1. Elective courses have to be completed within 24 months of joining the ATREE PhD Programme. 
Students  are  encouraged  to  discuss  their  choice  of  elective  courses  with  their  Guide,  academic 
convenor or interim faculty mentor. 
 
3.2.2.  Students  can  attend  elective  courses  at  ATREE  or  equivalent  courses  at  other  institutions  of 
higher learning such as the National Centre for Biological Sciences (NCBS), University of Agricultural 
Sciences  (UAS),  Indian  Institute  of  Science  (IISc),  National  Institute  for  Advanced  Studies  (NIAS), 
Centre for the Study of Culture and Society (CSCS), and the Institute for Social and Economic Change 
(ISEC).   
 

Page 10 of 18
3.2.3. A table of the courses on offer in these institutions will be notified from time to time by the 
Academy Office after consultation with other Institutions. 
 
3.2.4. It is the student’s responsibility to be aware of courses of interest that are available in these 
and other institutions.  
 
3.2.5.  The  student  will  need  the  approval  of  the  Convenor  and  the  consent  of  the  interim  faculty 
mentor or guide before s/he registers for an elective in another institution.  
 
3.2.6. The student will have to get a written approval to take the course and to provide grades from 
the course instructor from the other institution before registering for the course. 
 
3.2.7. Transferring credits of intensive and short courses: Students will be able to transfer the credits 
earned  in  these  courses  towards  their  elective  credit  requirements.  The  credits  will  be  calculated 
based on the number of contact hours in the course. Students requesting for course credit transfer 
will provide details on the number of hours in lectures, laboratory and field with their request. The 
credits  will  be  estimated  based  on  the  calculation  used  for  ATREE’s  courses  (1  credit  is  16  contact 
hours; 1 contact hour = 1 hour of lecture = 3 hours of Laboratory = 1 day of field exercise) 
 

3.3. Prerequisites 
Prerequisite  courses  equip  students  with  the  basic  math  and  writing  skills  needed  for  the  PhD 
programme and to be able to take the core courses.  
 
P1. Basic Math  
P2. English Writing  
 
3.3.4.  Students  obtaining  a  minimum  GRE  quantitative  score  of  660  (old)  or  151  (new)   (>  60th 
percentile rank) do not need to take that portion of the basic math course that includes the following 
topics  covered  in  the  GRE  test  ‐  algebra,  arithmetic,  trignometry,  geometry,  and  mensuration.  But 
students are required to take the calculus portion of the class and pass it. However, if students have 
successfully  passed  at  least  two  Mathematics  courses  at  the  Bachelor's  degree  level,  they  do  not 
need  to  take  the  Math  pre‐requisite  course.   (Students  are  required  to  submit  their  official  score 
document) 
 
3.3.5. All others who feel that they have the basic level of competency in Math required for ATREE's 
PhD programme and who would like to be exempt from the course will either have to take and pass 
an assessment test at the beginning of the semester or take the final assessment at the end of the 
semester to demonstrate minimum competency in Mathematics. 
 
3.3.6.  For  the  English  writing  course,  students  can  seek  an  exemption  by  taking  and  passing  an 
exemption test that is offered after the first class. The cut‐off for the exemption will be decided by 
the instructor but is typically around 70%. 
 

3.4. Public talks and seminars 
All students will have to give at least 3 public talks over the course of their programme: 
 
1. Synopsis defense – not later than 24 months 
2. Seminar  to  share  research  progress  –  once  a  year  between  registration  and  defense.  This 
includes the final presentation before submission of thesis to Manipal University. 
3. Final thesis defense 

Page 11 of 18
3.5. Course Exemptions 
 
Students can seek an exemption from one of the four foundation courses (C1 and C2) by taking and 
passing an exemption test that is offered after the first class. The cut‐off for the exemption will be 
decided by the instructor but is typically around 70%. 
 

3.6. Credits, Assessments and Grading System 
3.6.1.  The  candidate  must  successfully  complete  a  total  of  29  credits  of  coursework  to  fulfill  the 
course requirements for the PhD programme.  See table 3.1 for the courses that will be graded and 
those that will have a pass/fail requirement.  
 
3.6.2.  Normally  course  assessments  will  comprise  of  a  combination  of  in  semester  assessments, 
participation, and a final assessment or examination. 
 
3.6.3.  Students have  to  sign  up  for  each course  within 1  week of  each  semester and  Academy will 
ensure compliance with all requirements.   
 
Table 3.1: Number of credits and contact hours for each course 
 
Course  Course title  Credit  Contact (h)  Assessment 
C1a  Ecology  3  48  Grades 
C1b  Environmental Science  3 48 Grades
C2a  Economics for E&D  3 48 Grades
C2b  Sociology and Anthropology  3  48  Grades 
C3  Practising  Interdisciplinary  3  48  Grades 
Research on the Environment 
C4a  Research  Methods  in  Social  1  16  Grades 
Sciences 
C4b  Research  Methods  in  Natural  1.5  24  Grades 
Sciences 
C4c  Statistics   2  32  Grades 
C5  Science communication  1.5 24 Grades
E1    3  48  Grades 
E2    3  48  Grades 
P1    1  16  Pass/fail 
P2    1 16 Pass/fail
Total    29     
 

Table 3.2: Grades and grade point scores will be assigned based on the following format: 
 
Grade  % Marks Scored  Remarks  Grade Point 
A+  90‐100  Outstanding 10
A  80‐89  Excellent 9
B+  70‐79  Very Good  8 
B  60‐69  Good  7 
C  50‐59  Satisfactory  6 
F  <50  Fail 5

Page 12 of 18
 
 
 
Cumulative Grade Point Average,   
 

 
 

3.7. Performance requirements in coursework 
3.7.1. Students are required to pass all the courses including prerequisites. 
 
3.7.2  Graded  assignments  and  exam  papers  will  be  handed  to  the  students  within  2  weeks  of  the 
final exam.   
 
3.7.3. If a student scores an F grade in any course, s/he will have to take a repeat exam within four 
weeks.  Any  student  who  fails  in  the  reexam  in  any  course  will  have  to  discontinue  the  PhD 
programme.  However, in such cases the student can appeal to the AC with justification to request 
another opportunity to pass the course.  
 
3.7.4. A student can appeal only for 2 such courses over the entire PhD programme.  
 
 
4. Qualifying Exam 
 
4.1.  Objective:    The  exam  is  primarily  to  assess  the  preparedness  of  the  student  to  undertake 
independent research. Please note that this not a proposal defense.  A student’s preparedness will be 
assessed  by  the  depth  and  breadth  of  a  student’s  knowledge  relevant  to  his  or  her  broad  field  of 
research, including their understanding of relevant concepts, theories, and assumptions. It will also 
gauge  the  student’s  ability  to  synthesize,  integrate,  and  reason‐  skills  that  are  required  to  think 
through  and  conduct  independent  research.  The  intent  is  to  get  students  to  grapple  with  various 
dimensions  of  knowledge,  rather  than  to  test  mere  factual  recall.  The  exam  is  also  a  test  of  the 
student’s writing ability. 
 
4.2. Qualifying exam committee (QEC): The committee for the qualifiers will consist of the Guide 
(chair), the representative from the faculty, and the other faculty members on the student’s DAC. The 
faculty representative will be appointed by the convenor and s/he will ensure that quality and 
fairness are maintained during the examination. The faculty representative is a full member of the 
exam committee and has a say in the outcome of the exam. The representative will be made fully 
aware of the reading list that was given to the candidate as well as copied on the written answers 
submitted by the student. 
 
4.3. Preparation:  The Guide with inputs from the other members of the QEC will provide the student 
a single comprehensive reading list organized by three broad areas and relevant to the student’s 
research, at least 3 months prior to the exam.   
 
4.4. Process: The qualifying exam should be taken after the core courses are completed, between 12 
to 18 months of starting one’s PhD programme. 
 

Page 13 of 18
4.5. Format: The exam will have a written component, which will be in the form of a week‐long take 
home exam. Each member of the DAC will send 2 to 3 questions to the Chair of the DAC, which the 
Chair will compile and email a list of about 8 questions to the student 2 weeks before the exam. The 
questions should be based on the readings that were assigned. The student will email the DAC the 
written answers to these questions one week before the exam. The qualifying exam will be for a 
duration of about 3 hours. The exam will begin with a brief presentation by the student of their 
dissertation research topic. This will be followed by an oral examination of the student by the exam 
committee on the assigned readings within the identified thematic areas. 
4.6. The outcome of a qualifier exam is Pass, Conditional Pass or Fail.  
 
4.7. In the case of a conditional pass the committee needs to provide in writing, the conditions that 
the student should satisfy to pass the exam. A period of one month might be given to the student to 
fulfill these conditions. If the DAC is satisfied that the conditions have been met, the guide will email 
the academy that the student has passed the qualifying exam. Failure to meet these conditions will 
result  in  the  student  failing  the  qualifying  exam.  The  faculty  representative  will  be  involved  in  the 
assessment of the candidate when the conditions for the exam are evaluated. 
 
4.8. A student who fails the exam can repeat the exam within 3 months. The exam will be repeated 
with a new set of readings that the DAC will assign to the student as outlined above.   
 
4.9. If the student fails this second attempt s/he will be dropped from the PhD programme and their 
fellowship will be terminated. The QEC’s decision is final and there can be no further appeal. 
 
 
 
5. Thesis 
 

5.1. Research 
 
The thesis research should be primarily driven by the student’s interest.  Students have to develop 
and pursue independent research questions for their Ph.D.  The guide and DAC members will serve 
as mentors who will help guide one’s research.  Doctoral students will be expected to contribute to 
grant proposals and also write short proposals to secure funding for their research.  Grant proposals 
written  by  students  should  be  submitted  in  consultation  with  supervisors  and  should  follow  the 
ATREE guidelines for submitting grant proposals. 
 
ATREE  promotes  collaborative  research  and  encourages  students  to  collaborate  with  scientists  in 
other institutions in India and abroad. ATREE has formal/informal partnerships with several leading 
institutions  in the  country, thus  enhancing the range  of possible  areas  for student‐driven  research. 
Students could form simple collaborations or invite external scientists to become members of their 
doctoral committee, conforming to the guidelines of the University. 
 

5.2. Field Research 
ATREE has a network of field research sites, primarily in the Western Ghats, but also in the Eastern 
Himalayas,  that  offer  excellent  field  infrastructural  facilities  for  research.  At  these  field  sites  we 
typically  have  ongoing  research,  conservation  action  and  conservation  education  programmes.  At 
many  sites  we  have  built  active  partnerships  with  local  communities  through  the  establishment  of 
community  conservation  centers.  We  also  continue  to  monitor  and  collect  basic  taxonomic, 

Page 14 of 18
ecological,  and  socio‐economic  data  on  a  regular  basis  at  these  sites.  For  more  information  about 
ATREE’s field facilities visit http://www.atree.org/sites.html. 
 
Field  research  projects  may  require  explicit  permission  from  the  state  forest  departments, 
particularly if the research is to be carried out in a protected area. Under some circumstances, special 
permits may  even be required from other governmental agencies such as the National Biodiversity 
Authority. ATREE has obtained institutional research permits at several field sites, but if any special 
research  permits  are  needed,  then  ATREE  will  assist  in  filing  for  the  grant  of  such  permits.  All 
communication  with  the  forest  departments  and  government  agencies  regarding  research  permits 
should be done through the ATREE Director’s office.  
 
 
Given below is a sample list of activities for which special permits are required: 
 
 Plant and animal specimen collection for taxonomic work 
 Collection of plant and animal genetic material for molecular ecological work 
 Field  experiments  that  involve  manipulations  such  as  transplanting,  removal  of  ground 
vegetation  controlled  burning  of  ground  vegetation,  excluding  or  trapping  of  insects,  birds, 
and animals.  
 Soils  and  hydrology  studies  that  involve  soil  sample  collection  and  field  installation  of 
instruments 
 Installing permanent vegetation plots 
 

5.3. Submission of thesis 
5.3.1. Students are required (as per UGC and University norms) to present their final thesis in ATREE 
at least one month prior to submission of thesis to Manipal. 
 
5.3.2. Before submission of the final thesis to Manipal students have to obtain a written approval 
from the guide, co‐guide and DAC members. On submission of this approval, the thesis will be 
forwarded to Manipal University. 
 
5.3.3. Each candidate for the award of the Degree of Doctor of Philosophy shall submit the two hard 
copies (with soft binding) and one soft copy (in PDF) of the final synopsis along with two copies of 
his/her thesis (in a prescribed format) and one soft copy in PDF format to Manipal University not 
earlier than the prescribed minimum period and not later than the prescribed maximum period.  
 
5.3.4.  Candidates  should  publish  minimum  of  2  publications  after  the  registration  with  MU  and 
before submission of the thesis. It is not mandatory to have the first authorship. Two peer reviewed 
journal  publications  in  the  field  of  research  are  mandatory  for  submitting  the  synopsis  and  thesis. 
Papers  that  have  been  submitted  and  are  under  review  will  be  considered  upon  showing 
correspondence  regarding  the  submission.  Book  chapters  and  conference  papers  will  not  be 
considered as publications. 
 
5.3.5.“Manipal  University,  Manipal”  name  must  be  cited  in  all  the  publications  of  the  Research 
candidates.  
 
5.3.6. Manipal University guidelines indicate that the guide in consultation with the DAC shall submit 
a  panel  of  examiners  with  their  brief  CV  and  list  of  publications  (minimum  5  publications  to  be 
mentioned for each examiner) in the relevant field. Than panel shall include 10 examiners of which 
at  least  6  must  be  from  India,  preferably  from  outside  the  state  of  Karnataka.  However, 
accomplished examiners from reputed institutions within the state may also be included. MU then 

Page 15 of 18
sends the thesis to 2 of these external examiners (out of the list of 10 potential examiners).  
 
5.3.7. The examiners submit a detailed critique of the thesis. In case any one of the examiners is of 
the opinion that the thesis has failed to achieve the desired standard, but feels that the thesis can be 
accepted after a revision, it shall be resubmitted within a maximum period of six months from the 
date on which the candidate is informed. 
 
5.3.8.  In  case  the  thesis  is  completely  rejected  by  one  examiner,  it  will  be  referred  to  another 
examiner  from  the  panel.  In  case  the  thesis  is  approved  by  this  examiner,  it  will  be  considered 
unanimously  approved.  In  case  the  thesis  is  rejected  by  more  than  one  examiner,  it  will  stand 
rejected and shall not be referred by any other examiner. 
 
5.3.9.  Students  have  to  submit  the  soft  copy  of  the  thesis  as  per  the  following  guidelines,  while 
submitting the thesis to the University for evaluation in future: 
 
1. Please use the required formatting style  
2. The soft copy should be in PDF format only 
3. The entire thesis should be included in a single document 
4. The soft copy should be submitted in a CD  
 
5.3.10. Thesis  submission  fee  (at  the  time  of  submission  of  thesis)  of  Rs.  13,000/‐  should  be  paid 
through  DD/Cheque  drawn  in  favor  of  ‘Manipal  University,  Manipal’  towards  processing 
expenses for each PhD thesis.  
 
5.3.11. Documents to be submitted while submitting the thesis to Manipal University; 
 
To Registrar – Evaluation: 
 
1. Two hardcopies of synopsis with soft black binding  
2. Soft copy of the synopsis in PDF format 
3. Two hard copies of the thesis 
4. Soft copy the thesis in PDF format (one single document) 
5. List of examiners with their CV and contact details with the approval of DAC 
6. Copy of DAC recommendations 
7. Thesis submission fee(applicable to candidates admitted before 31st December 2011) 
 
To Deputy Registrar – Academics: 
 
1. Recommendations of DAC (original) 
2. Similarity  check  (plagiarism)  report  with  the  signatures  of  candidate  and  guide 
(should be less than 15%) 
3. Copies of index journal publication 

5.4. Thesis defence 
5.4.1. The candidate shall appear for the public defense of their thesis and oral examination only if 
the thesis is unanimously approved by the `Board of Examiners’ which includes the guide and one of 
the external examiners who have assessed the thesis.  
 
5.4.2.  The  topic,  date  and  time  of  the  open  defense  of  thesis  will  be  notified  well  in  advance.  The 
open defense is conducted by the external examiner.  
 

Page 16 of 18
5.4.3.  This  will  be  followed  by  a  closed‐door  oral  examination  with  the  external  examiner  and  the 
DAC members present.  
 
5.4.4. The response of the candidate to questions, criticism and suggestions offered by the audience 
in the open defense will be taken into consideration, however, the final decision wrest solely in the 
members of the `Board of Examiners’.   
 
5.4.5 The PhD defense and oral examination will be conducted at ATREE. 
   
5.4.6. Written approval of the external examiner and the guide is required to be provided to MU for 
the official notification of the PhD degree through the Academy.   
 
5.4.7. Process to follow on the day of the defense: 
a) Open defense : DAC members should be present 
b) Closed – door oral examination with board of examiners and the DAC members. 
c) Board of examiners should submit academy the Joint report recommending the award 
of PhD degree. 
d) Along  with  other  required  documents,  Academy  will  forward  the  joint  report  to  the 
Manipal University. 
 

5.5. Publication of thesis 
 
 Manipal University name must be cited in the front page of the thesis. 
 
 Copy of the publications should be sent to MU 
 
 The  full  thesis  shall  not  be  published  as  a  separate  volume  without  the  approval  of  the 
university. However, individual chapters can be published as journal papers or book chapters.  
 
 The  university  may  grant  permission  for  the  publication  of  the  full  thesis  as  a  separate 
volume under such conditions as it may impose. 
 

5.6. Award of Degree 
5.6.1. The candidate shall be declared eligible for the award of the degree of Doctor of Philosophy, 
only  on  the  unanimous  recommendations  of  the  members  of  the  board  of  examiners  after 
successfully completing the final public defense of thesis and oral examination.   
 
5..6.2. In case the examiners  are  not satisfied with the  performance of  the  candidate  in the  above 
final defense, the candidate shall be required to reappear for another oral examination after a period 
of two months provided such specific recommendation is made by the board of examiners. 
 
5.6.3. Candidates who qualify for the PhD degree shall be awarded the degree under the seal of the 
University and signed by the Vice Chancellor at the next convocation held for conferring degrees. 
 
6. Complaint Redressal  
6.1. Completing a PhD is a long and challenging task, and can often lead to tensions and occasionally 
friction  between  supervisors  and  students,  or  between  students  and  other  faculty.  Students  are 
encouraged to deal with such situations openly, preferably by taking it up with the concerned faculty 
directly. They may also consult the Convenor informally at any time.  

Page 17 of 18
  
6.2. If, however, the matter does not get resolved informally, they may submit a formal complaint to 
the Chair of the Academic Committee.  
 
6.3. If the Chair finds prima facie merit in the complaint, s/he will refer it to a sub‐committee of the 
AC for further investigation.  
 
6.4.  The  sub‐committee  will  investigate  the  matter,  including  giving  the  student  and  concerned 
faculty a proper hearing, and submit its report ordinarily within one month of the complaint being 
filed, and at most 2 months.  
 
6.5. The AC will take the final decision in the matter and recommend appropriate actions, if any.  
 
 
 
7. Plagiarism ‐ Zero tolerance 
 
Plagiarism is a serious matter and ATREE will take strong exception towards any student indulging in 
acts of plagiarism. For further information on what constitutes plagiarism, and for guidelines 
regarding proper citation and acknowledgement of published work and of data available in the public 
domain, please visit http://www.plagiarism.org/. 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 

Page 18 of 18