Основе системске биологије, проф.

Марко Ђорђевић, 2017/2018

Вежба
Моделовање и симулација динамике
експресије биолошких система у Matlab-у
Припремила: Анђела Родић

Литература и додатни материјал

o www.mathworks.com (документација Matlab-а укључујући и SimBiology, примери решених

проблема и видео туторијали)
o Pratap, R. (2010). Getting started with MATLAB: a quick introduction for scientists and
engineers. USA: Oxford University Press. (основе кодирања у Matlab-у, објашњено како се
решавају диференцијалне једначине)
o Djordjevic, M., Djordjevic, M., & Severinov, K. (2012). CRISPR transcript processing: a
mechanism for generating a large number of small interfering RNAs. Biology direct, 7(1),
24. (постављен модел обраде pre-crRNK у CRISRP-Cas систему)
o Bogdanova, E., Djordjevic, M., Papapanagiotou, I., Heyduk, T., Kneale, G., & Severinov,
K. (2008). Transcription regulation of the type II restriction-modification system AhdI.
Nucleic acids research, 36(5), 1429. (постављен термодинамички и динамички модел
експресије протеина рестрикционо-модификационог система AhdI)
o Ingalls, B. (2013). Mathematical Modelling in Systems Biology: An Introduction. The MIT
Press. (описан модел репресилатора)

Пример 1 Везивање лиганда за рецептор

Дат је једноставан модел у коме се молекул лиганда концентрације [L] реверзибилно
везује за рецептор концентрације [R]. Брзинска константа реакције везивања, kon, је 2
пута већа од брзинске константе реакције дисоцијације комплекса, koff, која износи 0.1.
Комплекс лиганд-рецептор се разграђује са брзинском константом kdeg = 0.2. Почетне
концентрације су: [R] = 5 nM, [L] = 10 nM, [R:L] = 0 nM.

kon 2koff

 R : L 
R  L 

deg

k
k off

 Ако су брзине хемијских реакција дате у јединицама nM/s, које су јединице

брзинских константи?

 Према закону о дејству маса: 1) брзина реакције везивања лиганда за рецептор је

дата производом kon[L][R], 2) брзина дисоцијације комплекса на лиганд и рецептор
је дата производом koff[R:L], а 3) брзина деградације комплекса производом
kdeg[R:L]. Како све брзине имају исте јединице nM/s, брзинске константе koff и kdeg
имају јединице 1/s, а kon 1/(nM·s).

1
 Основе системске биологије, проф. Марко Ђорђевић, 2017/2018

 Помоћу Matlab-овог алата SymBiology, користећи приказ модела у виду

дијаграма, дефинишите модел овог система игноришући деградацију
комплекса. Експлицитно задајте вредности све три брзинске константе.

 ПОКРЕТАЊЕ АЛАТА SIMBIOLOGY: На Matlab-овој картици APPS кликните на иконицу

SimBiology.
 КРЕИРАЊЕ НОВОГ ПРОЈЕКТА: У оквиру прозора SymBiology, на картици HOME,
кликните на New да бисте креирали нови пројекат у оквиру кога ће се налазити
модели које направите, анализе које на њима изведете (у нашем случају -
симулација динамике), и резултати које притом добијете. Одмах кликните на Finish.
Сачувајте пројекат на Desktop-у компјутера кликом на Save на картици HOME.
 КРЕИРАЊЕ НОВОГ МОДЕЛА: На картици HOME, кликните на Add Model → Create
New Blank Model и назовите нови модел “Ligand-receptor binding”. Нови модел се
сада види под PROJECT WORKSPACE у фолдеру Project.
 ГРАЂЕЊЕ МОДЕЛА У ФОРМИ ДИЈАГРАМА: Отворите модел двоструким кликом на
његову иконицу. На картици MODEL, кликните на Open → Diagram. Преименујте
одељак који се види на екрану у “cell” двоструким кликом на њега. Три пута
превуците плави овал означен са species у одељак cell. Двоструким кликом на
сваки, означите их именима молекула које представљају (“L”, “R”, “R:L”) и задајте
њихове почетне концентрације под InitialAmount. Да бисте дефинисали тип и
параметре реакције везивања лиганда за рецептор, превуците жути круг означен
са reaction у одељак. Држећи тастер Ctrl, вуците курсор од овала L до круга који
означава реакцију. Поновите исто за овал R. На овај начин сте дефинисали који
реактанти улазе у реакцију везивања. Држећи тастер Ctrl, сада вуците курсор од
круга који означава реакцију до овала R:L да бисте дефинисали да је комплекс
производ реакције.
 ДЕФИНИСАЊЕ ЗАКОНА И ПАРАМЕТАРА РЕАКЦИЈЕ : Двоструким кликом на круг који
означава реакцију, назовите је “binding/unbinding”. Под Reaction може да се очита
хемијска реакција коју смо дефинисали помоћу дијаграма. Штиклирајте Reversible
да бисте означили да се реакција одвија у оба смера. Под KineticLaw одаберите
MassAction (закон о дејству маса). У доњем делу прозора видимо црвени квадратић
који нас упозорава да имамо грешку. Потребно је да дефинишемо и параметре
реакције, тј. брзинске константе када је у питању закон о дејству маса. У табели
под Quantities Used by Reaction, Forward Rate Рarameter назовите (у колони Name)
“kon” и доделите му вредност 0.2 (у колони Value). На исти начин Reverse Rate
Parameter назовите “koff” и доделите му вредност 0.1. Сада је квадратић променио
боју у зелену, а под ReactionRate можемо да очитамо израз за брзину реакције (у
смеру формирања комплекса).

 Симулирајте динамику модела током 30 s и сачувајте добијену слику под

називом “Ligand-receptor_binding_closed_system”.

 Да бисмо видели како се концентрације молекула у систему мењају са временом,

приступамо симулацији динамике модела. На картици MODEL, кликните на Add
Task → Simulate model.

2
 Основе системске биологије, проф. Марко Ђорђевић, 2017/2018

 ОПСЕГ ВРЕМЕНА НА Х - ОСИ: У прозору Task Editor - Simulation, под Task StopTime
подесите време симулације на 30 s коришћењем опције Use a StopTime specific to
this task only.
 ПОДЕШАВАЊА РЕЗУЛТУЈУЋЕГ ГРАФИКА: Да би програм приликом симулације
нацртао слику која може бити сачувана, под Plots to Generate штиклирајте Generate
Plots After Run. Тип графика који желите да нацртате можете да одаберете кликом
на минијатурну илустрацију графика, одмах испод. Да бисте видели динамику
система, одаберите тип Time који на х-осу ставља време. Под y можете да
означите величине чију концентрацију желите да пратите. Оставите да буду
нацртане све криве.
 На картици EDITOR, кликните на Run.
 ЧУВАЊЕ СЛИКЕ: У прозору Figure можете да подесите називе на x- и y-оси и наслов
слике, као и да промените њен дизајн, одабиром Edit → Figure Properties. Кликом
на File → Save Аs сачувајте слику као figure file на Desktop-у, под називом “Ligand-
receptor_binding_closed_system”.
 ЧУВАЊЕ РЕЗУЛТАТА: Затворите добијену слику и прозор Task Editor - Simulation.
Користите линију за навигацију прозора SimBiology да се вратите на страну Project.
Под TASK RESULTS видимо ставку Last Run која садржи податке о последњој
симулацији коју смо извели и резултате (у виду слике) које смо добили. Ако не
сачувамо добијени резултат, приликом следеће симулације ће бити прелепљен
новим резултатима. Десним кликом на ову ставку, из падајућег менија изаберите
Save data и назовите резултат “Zatvoren sistem”.

 Користећи табеларни приказ модела, додајте у модел реакцију деградације

лиганд-рецептор комплекса. Уведите услов да је kon = 2 · koff.

 КРЕИРАЊЕ ИЗМЕЊЕНЕ ВЕРЗИЈЕ СТАРОГ МОДЕЛА: Под PROJECT WORKSPACE,

десним кликом на досадашњи модел отворите падајући мени и одаберите
Duplicate. Преименујте копију модела у “Ligand-receptor model with degradation”
(десни клик → Rename model) и отворите га.
 УНОШЕЊЕ РЕАКЦИЈЕ У ТАБЕЛАРНОЈ ФОРМИ МОДЕЛА: У табеларном приказу модела
(Table Overview), под Add Expression одаберите reaction. У поље Reaction унесите
“R:L -> null”, што означава да комплекс нестаје из система, и кликните на Add. За
нову реакцију која се појавила у горњој табели: у колону Name унесите “R:L
degradation”, за KineticLaw одаберите MassAction и затим Forward Rate Parameter
назовите “kdeg”. У доњој табели подесите вредност параметра kdeg на 0.2 (под
Value). У доњој табели се могу дефинисати јединице променљивих и параметара у
колони Units. Пошто су јединице у нашем задатку већ усклађене, ово можемо да
игноришемо.
 УВОЂЕЊЕ УСЛОВА: У горњој табели, под Add Expression одаберите initial
assignment, па у поље Rule упишите “kon = 2*koff” и кликните на Add. Црвени
квадратић са десне стране нам пријављује грешку зато што је, као што се може
видети у доњој табели, подручје важења (Scope) параметара kon и koff ограничено
на реакцију binding/unbinding. Ово можемо да променимo десним кликом на
одговарајуће поље у колони Scope и одабиром Change Scope, за оба параметра.
Сада цео модел има приступ параметрима. Црвени кружић поред редног броја

3
 Основе системске биологије, проф. Марко Ђорђевић, 2017/2018

параметра kon у доњој табели обавештава о томе да ће вредност овог параметра

задата у колони Value бити игнорисана, односно да ће бити рачуната поштујући
правило које смо увели.

 Симулирајте динамику модела током 30 s и сачувајте добијену слику под

називом “Ligand-receptor_binding_open_system_1”.

 Пратите горе наведена упутства.

 АУТОМАТСКА КОНВЕРЗИЈА ЈЕДИНИЦА: На картици EDITOR прозора Task Editor -
Simulation, кликом на Simulation Settings може се подесити да програм сам врши
конверзију јединица, у случају да се међусобно разликују (под Compile Options се
штиклира UnitConversion). За дати пример ово није неопходно.
 Сачувајте резултате под називом “Otvoren sistem”.

 Подесите вредност kdeg на 0.02, па симулирајте динамику система током 100 s

и сачувајте добијену слику као figure file под називом “Ligand-
receptor_binding_open_system_2”.

 Упоредите 3 слике. Која је главна одлика затвореног система? Под којим

условима се може користити апроксимација динамике везивања лиганда за
рецептор равнотежним стањем? Зашто бисмо у пракси уопште уводили овакву
апроксимацију?

Пример 2 Регулација експресије гена

На слици је илустрован модел једноставне регулације експресије гена: транскрипцијом
ДНК секвенце гена настаје иРНК, чијом се транслацијом синтетише протеин који се
везује за своје везивно место на ДНК и утишава транскрипцију сопственог гена. Овај
модел је описан доле приказаним системом хемијских реакција, при чему параметри
износе: k1 = 0.2 1/s, k2 = 20 1/s, k3f = 0.2 1/(molekul · s), k3r = 1 1/s, k4 = 1.5 1/s, k5 = 1 1/s.
За почетне услове претпоставите: DNA = 50 molekula, mRNA = 0 molekula, protein = 0
molekula, DNAproteinComplex = 0 molekula.

4
 Основе системске биологије, проф. Марко Ђорђевић, 2017/2018

 DNA  mRNA
k1
DNA 
k2
mRNA  mRNA  protein
k3 f

DNA  protein  DNAproteinComplex
k  3r
k4
mRNA 
k5
protein  

 Користите табеларни приказ модела, алата SymBiology, да дефинишете дати

модел регулације гена под називом “Simple gene regulation”. Унесите јединице
величина у колону Units.

 УНОС НОВИХ ЈЕДИНИЦА: Пошто јединице k3f нису понуђене у падајућој листи,
одаберите Add More Units и у поље Enter units list menu item унесите
“1/(molecule*second)”. Кликните на Add. Вратите се на табеларни приказ модела и
подесите тражене јединице у колони Units.
 Одељак (compartment) назовите “cell” и подесите његову запремину на 1 μm3.
Дакле, унесите јединице “micrometer^3” као што је горе описано.

 Симулирајте динамику модела током 10 s и сачувајте график.

 У Simulation Settings штиклирајте UnitConversion.

 Зашто количина ДНК опада са временом?

Пример 3 Динамика обраде pre-crRNK у CRISPR-Cas систему

У напредном имунском систему бактерија, CRISPR-Cas систему, транскрипцијом
CRISPR низа настаје дугачка pre-crRNK, коју одређени Cas протеини обрађују тако што
исецају појединачне spacer-e оивичене деловима директних поновака. Тако обрађени
делови pre-crRNK представљају мале crRNK. Шематски приказ динамичког модела
обраде pre-crRNK у crRNK, као и одговарајући систем диференцијалних једначина који
га описује су приказани доле. Изнад правоугаоника у шеми су дате ознаке
концентрација одговарајућих RNK уписаних у правоугаонике, док се изнад овала са
описима молекулских процеса налазе њима припадајуће брзинске константе.

du
   (u  k )  u
dt
dp
 k u  p  p
dt

5
 Основе системске биологије, проф. Марко Ђорђевић, 2017/2018

 Напишите функцију у Matlab-у за израчунавање првог извода по времену за

концентрације pre-crRNK и crRNK које фигуришу у моделу.

 НАВИГАЦИЈА ДО РАДНОГ ФОЛДЕРА: Када отворите Matlab, користите линију за

навигацију да уђете у фолдер Documents → MATLAB. У прозору Current Folder
видите садржај фолдера MATLAB. Десним кликом унутар овог прозора направите
нови фолдер у оквиру фолдера MATLAB и дајте му неки назив. Надаље све кодове
и слике које направите чувајте у овом фолдеру. Кодови се не могу извршити ако у
датом тренутку у прозору Current Folder није отворен фолдер у коме се тај код и
функције које он позива налазе!
 ПИСАЊЕ ФУНКЦИЈЕ ЗА ОДРЕЂИВАЊЕ ИЗВОДА ВЕКТОРА СТАЊА: На картици EDITOR,
кликните на New → Function. У прозору Editor се отворио нови документ са
обрасцем за писање функције. Први ред обавезно почиње речју “function” a затим
следи опис у облику „излаз = име_функције(улаз)“. Потребно је да се за дати
улазни вектор стања, односно низ променљивих у моделу x = [x1,x2,...,xn],
дефинише функција која ће израчунавати вредности извода ових променљивих у
времену, ẋ = [ẋ1,ẋ2,...,ẋn]. Ако наш улазни вектор означимо са z = [u,p] (тј. узимамо
да је u = z(1), а p = z(2)), као излаз треба да добијемо матрицу од 2 колоне, при
чему се у првој колони налазе израчунате вредности du/dt, а у другој dp/dt, за исти
низ тренутака у времену. Излаз можемо да назовемо zdot („z са тачком“) и
дефинишемо га према обрасцу: zdot = [f1(u,p,t) ; f2(u,p,t)], при чему редослед
функција у zdot мора да одговара редоследу променљивих у улазном вектору z. Да
бисмо могли да доделимо параметрима вредности изван кода дате функције, и
њих наводимо као део улазних података, одмах иза времена t и вектора
променљивих z. Све што се налази у истом реду иза знака “%” Matlab третира као
текст изван кода који се не извршава. За вршење операција на векторима члан по
члан, стављамо тачку испред *, / и ^. Дакле, код за функцију треба да гласи овако:

function zdot = CRISPR_ODE(t,z,phi,lambda_u,lambda_p,k)

% CRISPR_ODE definise j-ne modela, tj. prve izvode koncentracija pre-crRNK
% (u) i crRNK (p) po vremenu.
% Ulaz: z = [u,p]
% Call syntax: zdot = CRISPR_ODE(t,z,phi,lambda_u,lambda_p,k)
% -------------------------------------------------------------------------
zdot = [ phi - (lambda_u + k).*z(1) ; k.*z(1) - lambda_p.*z(2) ] ;
end

 Сачувајте вашу функцију под називом саме функције (“CRISPR_ODE”) кликом на

Save на картици EDITOR.

6
 Основе системске биологије, проф. Марко Ђорђевић, 2017/2018

 Напишите код који за дате вредности параметара и почетне услове решава

систем диференцијалних једначина и црта графике зависности концентрација
pre-crRNK и crRNK од времена.

 На картици EDITOR, кликните на New → Script. У прозору Editor се отворио нови

празан документ за писање кода.
 РЕШАВАЊЕ СИСТЕМА ДИФЕРЕНЦИЈАЛНИХ ЈЕДНАЧИНА: Будући да нас занима
динамика промене концентрација pre-crRNK и crRNK у нашем моделу, а дати су
нам изрази за њихове изводе по времену, желимо да нумерички решимо систем
диференцијалних једначина и добијемо криве u(t) и p(t). Matlab садржи неколико
функција специјализованих за различите случајеве решавања система
диференцијалних једначина. Користићемо solver ode45.
 ПОЧЕТНИ УСЛОВИ : Узимамо да је на почетку систем уравнотежен у одсуству Cas
протеина који секу pre-crRNK, тј. да је k = 0 и да је du/dt = dp/dt = 0. Када применимо
ове услове на наше диференцијалне једначине, добијамо да је p0 = 0 док је u0 =
φ/λu. Такође, узимамо да се систем индукује тако што брзинска константа обраде
транскрипта, k, тренутно од нуле достигне своју задату вредност (иначе, она
зависи од концентрације Cas протеина чија синтеза овде није моделована).
 Овако треба да изгледа код (обратите пажњу на објашњења у коментарима који
следе иза знакова „%“):

% CRISPR_dynamics
% Simulacija modela obrade CRISPR transkripta tj.
% resavanje sistema diferencijalnih jednacina.
% -------------------------------------------------------------------------
clear all % ova komanda brise sve velicine iz prozora Workspace

% Definisemo vrednost parametara:

phi = 10 ;
lambda_u = 1 ;
lambda_p = 1/100 ;
k = 1 ;

% Odredimo vremenski interval tokom kojeg simuliramo ponasanje modela:

tspan = 0:0.5:500 ; % od 0 do 500 min, na svakih 0.5 min

% Definisemo pocetne uslove [u0 ; p0]:

z0 = [phi/lambda_u ; 0] ;

% Koristimo Matlabov solver diferencijalnih j-na 'ode45'. On zahteva

% sintaksu po obrascu: [izlazni_vektor_tacaka_u_vremenu,
% izlazna_matrica_izvoda_promenljivih_u_datim_tackama_vremena] =
% ode45(@(promenljive)funkcija(promenljive,
% parametri),vreme_resavanja,pocetni_uslovi) ;
[T,Z] = ode45(@(t,z)CRISPR_ODE(t,z,phi,lambda_u,lambda_p,k),tspan,z0) ;

% Dobili smo niz tacaka u vremenu (T) kojima odgovaraju izracunate

% vrednosti koncentracija u i p, date u 1. i 2. koloni matrice Z.
% Izdvajamo prvu kolonu (":" znaci "sve redove") matrice Z kao vektor u.
% Drugu kolonu izdvajamo kao vektor p.
u = Z(:,1) ;
p = Z(:,2) ;

7
 Основе системске биологије, проф. Марко Ђорђевић, 2017/2018

% Crtamo grafik zavisnosti u(t), obelezavamo x- i y-osu i dajemo naslov

% grafiku :
plot(T,u) ;
xlabel('time (min)') ;
ylabel('pre-crRNA') ;
title('Dynamics of CRISPR transcript processing') ;

% Crtamo grafik zavisnosti p(t):

figure(2) % Otvaramo novu sliku.
plot(T,p) ;
xlabel('time (min)') ;
ylabel('crRNA') ;
title('Dynamics of CRISPR transcript processing') ;

 Сачувајте script file који сте написали у вашем радном фолдеру (нпр. под називом
“CRISPR_dynamics”) кликом на Save на картици EDITOR.

 Симулирајте динамику обраде транскрипта у CRISPR-Cas систему. Коју

количину достиже crRNK?

 СИМУЛАЦИЈА ДИНАМИКЕ ИЗВРШЕЊЕМ КОДА: Код script file-а који сте написали
можете да извршите на неколико начина: 1) селектовањем фајла у прозору Current
Folder и кликом на Run на картици EDITOR, 2) одабиром Run из падајуће листе која
се отвара десним кликом на фајл у прозору Current Folder, или 3) укуцавањем
тачног назива фајла (без екстензије “.m”) у Command Window и притиском на Enter.

 Претпоставите да се повећа синтеза Cas протеина који обрађују pre-crRNK, што

повећава стопу обраде транскрипта, k. Повећајте k на 10, 100 и 1000 и
симулирајте динамику система у сва три случаја. Шта закључујете о могућности
повећања производње crRNK путем повећања синтезе Cas протеина? Шта је
ограничавајући фактор?

 При k = 100, повећајте брзину транскрипције CRISPR низа, φ, на 100. Како

бисте објаснили то што су у ћелији и промотор са ког се преписују cas гени, и
промотор са ког се преписује CRISPR низ, при стандардним условима утишани
кооперативним везивањем истог глобалног регулатора (H-NS протеина)? За
какву је производњу crRNK оптимизована регулација CRISPR-Cas система?

Задатак 1 Динамика експресије рестрикционо-модификационог система AhdI

Гени рестрикционо-модификационог система AhdI на плазмиду, у конфигурацији која је
приказана на слици, улазе у нову бактеријску ћелију, у којој њихова експресија мора да
буде таква да прво циљне секвенце у геному домаћина буду заштићене од стране
метилтрансферазе, да би затим рестрикциона ендонуклеаза безбедно и ефикасно
обављала своју функцију препознавања и сечења циљних секвенци на неметилованој,

8
 Основе системске биологије, проф. Марко Ђорђевић, 2017/2018

страној ДНК. Као што илуструју конфигурације промотора на слици, С протеин (који се
у раствору налази у форми мономера) гради димере који се могу везати за леви
оператор (OL) у промотору cr оперона, док је афинитет десног (OR) сувише мали да би
самостално везао С димер. Везани леви С димер може да регрутује RNK полимеразу
или десни С димер на DNK. Метилтрансфераза метилује промотор сопственог гена и
на тај начин га утишава. Овај механизам можемо да моделујемо претпостављајући да
је ниво метилације М промотора пропорционалан вероватноћи везивања
метилтрансферазе за њега.

 Изведите изразе за статистичке тежине конфигурација које су означене поред

сваке на слици, а затим и за транскрипционе активности промотора, φCR и φM.
Претпоставите следеће параметре: α = 1.663 (максимална брзина
CR
транскрипције са CR промотора), a = 0.16 (апсорбује константе у Z RNAP ), b =
CR CR
0.148 (апсорбује константе у Z D ~ RNAP ), c = 1.21·10-5 (апсорбује константе у ZT ),
φM(basal) = 1.6923 (стопа базалне транскрипције са М промотора - у одсуству М),
M M
KD = g/(1+f) = 1/650 (g апсорбује константе у Z M , f апсорбује константе у Z RNAP ).

 Напишите диференцијалне једначине које описују промену концентрација

транскрипта cr оперона (cr), транскрипта m гена (m), С протеина (С) и
метилтрансферазе (М), са временом. Напишите функцију у Matlab-у која
дефинише овај систем. Користите следеће параметре: λcr = λm = 1/5 (константе
деградације cr и m транскрипата), λС = λМ = 1/30 (константе деградације С
протеина и метилтрансферазе), kC = 3/5, kM = 3 (константе транслације cr,
односно m транскрипта).

 Напишите код за решавање система диференцијалних једначина, односно

симулацију динамике система током 120 минута. Претпоставите да су све
концентрације непосредно по уласку плазмида у ћелију једнаке нули.
Искористите то што су сви параметри везани за динамику С протеина и

9
 Основе системске биологије, проф. Марко Ђорђевић, 2017/2018

рестрикционе ендонуклеазе, са изузетком константи транслације, једнаки, да се

ослободите диференцијалне једначине за dR/dt и уместо тога добијете R(t)
помоћу односа R(t)/C(t) = kR/kC (kR = 3). Употребите Matlab-ову опцију Help
(кликните на знак питања у врху екрана, десно) да сазнате више о синтакси
функције plot, конкретно - како да нацртате више парова x-y података на истој
слици и задате да крива R(t) буде црвене, а M(t) плаве боје.

 Који елементи регулације AhdI система доприносе кашњењу у експресији

рестрикционе ендонуклеазе, а који брзом преласку њене експресије из
искљученог у укључено стање?

 Поставите овај модел у SimBiology алату и симулирајте његову динамику.

Треба да добијете исти график као у горњем случају.

 Постоји ВИШЕ НАЧИНА ДА ДЕФИНИШЕТЕ МОДЕЛ КОРИСТЕЋИ ТАБЕЛАРНИ ПРИКАЗ: 1)

можете да га опишете помоћу одговарајућих реакција (Add Expression: reaction), а
да φcr, φm и R(t) дефинишете као поновљене задате вредности (Add Expression:
repeated assignment), које се изнова прерачунавају у сваком кораку, или 2) можете
директно да дефинишете брзине промене концентрација варијабли са временом
коришћењем Add Expression: rate rule (ово је једноставнији начин). У другом
случају, користите образац „променљива = израз за извод по времену“. На пример,
ако имате диференцијалну једначину за променљиву x, dx/dt = k·(x+z), у поље rule
треба да упишете „x = k * (x + z)”. Када једном дефинишете модел на било који
начин, на картици MODEL можете да кликнете на Export → Export Model as
Equations, чиме добијате прегледан приказ једначина, параметара и почетних
услова модела који можете користити да проверите да ли сте све тачно унели.

Задатак 2 Репресилатор
На слици је приказана 3-компонентна генска мрежа која се назива "репресилатор". Три
гена кодирају репресоре од којих сваки утишава транскрипцију следећег по реду гена у
петљи. Овај систем при одговарајућим параметрима показује осцилаторно понашање
(концентрације протеина осцилују у времену). Под претпоставком да сва 3 гена имају
исте карактеристике, понашање ове мреже је описано доле приказаним динамичким
моделом. Променљиве у овом моделу су концентрације iRNK (m1, m2, m3) и протеина-
репресора (p1, p2, p3). Параметар  0 представља стопу транскрипционог "цурења" са
потпуно утишаног промотора (дакле, одређени низак ниво транскрипције се одвија и
када је заузетост промотора репресором максимална);  0   је максимална стопа
транскрипције, која се достиже у одсуству репресије. Степен кооперативности у
везивању молекула репресора за DNK је дат Хиловом константом n. Параметар 
представља однос стопа распада протеина и iRNK. Неки параметри су елиминисани
из модела скалирањем времена и јединица концентрације.

10
 Основе системске биологије, проф. Марко Ђорђевић, 2017/2018

d  d
m1 (t )   0   m1 (t ) p1 (t )   m1 (t )   p1 (t )
1   p3 (t ) 
n
dt dt
d  d
m2 (t )   0   m2 (t ) p2 (t )   m2 (t )   p2 (t )
1   p1 (t ) 
n
dt dt
d  d
m3 (t )   0   m3 (t ) p3 (t )   m3 (t )   p3 (t )
1   p2 (t ) 
n
dt dt

 Зашто бисте интуитивно могли да очекујете осцилације у оваквом систему?

 Напишите код у MATLAB-у за симулацију динамике репресилатора или у ову

сврху користите SymBiology алат. Користите следеће параметре:
 0  0.03,   298.2,   0.2, n  2; и почетне услове: m10  10, m20  15, m30  40,
p10  p20  p30  0. Водите рачуна о томе да задате довољно велики временски
интервал да бисте могли да уочите дугорочно понашање система у виду
одржаваних осцилација

 Симулирајте динамику система при вредности Хилове константе п  1.5. Да ли

систем и даље осцилује у дугорочном режиму? Како кооперативност (која
доприноси нелинеарности односа излаза и улаза) утиче на осцилаторно
понашање система?

 Моделујте проширену мрежу репресилатора у којој петљу чини 5 гена (уместо

садашња 3) и симулирајте њену динамику за п  1.5. Задајте следеће почетне
услове за концентрације транскрипата: [10, 15, 40, 20, 60]. Какво је дугорочно
понашање система? Како то објашњавате? Зашто репресилатор спада у
категорију осцилатора са кашњењем (енг. delay oscillator)?

 Зашто се за петљу од 4 узастопна репресора не очекује да осцилује?

11