Genom

Sveukupna genetska informacija jednog organizma se zove genom, i sva genetska informacija se nalazi na molekulu DNK. Svaki
funkcionalni region molekula DNK se naziva gen. Svaki gen se putem procesa tranckripcije, transkriptuje u odgovarajući
molekul RNK, koji se procesom translacije, prevodi u azbuku kojom se određuju amino kiseline. Proces translacije je moguć usled
postojanja ribozoma (kao region sinteze proteina), enzima i grupe RNK molekula.
Sekvenca gena koja se nalazi na DNK i RNK molekulima se sastoji od po tro nukleodita i ta trojka čini jedinicu koju
nazivamo kodon. Svaki kodon kodira jednu amino kiselinu. Svaki nukleotid se sastoji od podgrupe koju čine fosfatna grupa, šećer
deoksiriboze i jedna od četiri moguće azotne baze, koje su grupisane u po dve kategorije purini i pirimidini. Purinske
baze Adenin (A) i Guanin (G) su veće i sastoje se od po dva aromatična prstena. Pirimidinske baze Citozin (C) i Timin (T) su manje i
sastoje se od jednog aromatičnog prstena. Kod molekula RNK Timin je zamenjen Uracilom (U) i šećer deoksiriboze je zamenjen
šećerom riboze.
Kako se kodon sastoji od po tri nukleotida, a postoje četiri različite baze, te su moguće 64 različite kombinacije 4 3 = 64. Na primer,
RNK sekvenca 5'- UUUAAACCC -3', se sastoji od kodona UUU, AAA i CCC, i svaki od tri kodona kodira po tri amino kiseline. Tako
da ova RNK sekvenca predstavlja sekvencu proteina, koji je dugačak tri amino kiseline.

Stop i Start Kodoni

U klasičnoj genetici, stop kodonima su data imena, na primer je UAG ćilibar, je UGA opal, i UAA oker. Ova imena su ustvari
originalno data specifičnim genima na kojima su kasnije detektovane mutacije ovih kodona, te kodoni po tim genima nose imena.
Translacija počinje sa kodonom koji inicira sam proces, i taj kodon je start kodon. Međutim za razliku od stop kodona, start kodon
sam nije dovljan da bi translacija počela, jer su neophodni informativna RNK kao i ribozomi. Dok recimo, jedan stop kodon je
dovoljan da se ceo proces zaustavi. Najčešći start kodon je AUG, koji takođe kodira i za amino kiselinu Metionin. CUG i UUG, i
kod prokariota GUG i AUU, takođe imaju ulogu start kodona, ali se češće pojavljuju.

Čitanje kodona
Kodon je potpuno definisan u zavisnosti od toga gde me je početna pozicija. Na primer, data je sledeća sekvenca 5'- GGGAAACCC
-3'. Ako počnemo da čitamo sa prvog G na levoj strani, onda se sekvenca sastoji od kodona GGG, AAA i CCC. Ako počnemo da
čitamo sa drugog na desno, onda se sekvenca sastoji od GGA i AAC (u ovom primeru ignorišemo dva poslednja nukleotida, jer čine
nepotpun kodon). Ako krenemo da čitamo od trećeg G na desno, onda se sekvenca sastoji od GAA i ACC. Tako da data sekvenca
može da bude čitana na tri različita načina, i svaka od ova tri načina može drastično da promeni tok sinteze proteina, jer ova tri gore
pomenuta načina čitanja proizvode potpuno različite amino kiseline. U ovom primeru prvo čitanje je proizvelo amino kiseline Gly-
Lys-Pro, drugo čitanje Gly-Asp, i treće je Glu-Thr.
Način na koji se ovaj problem rešava je pomoću jasnog deifnisanja gde je start kodon. Tako da obično prvo pojavljivanje AUG
sekvence u molekulu RNK se uzima kao start kodon. Mutacije i greške prilikom DNK replikacije mogu znatno da utiču ili čak
potpuno unište funkciju proteina.