See discussions, stats, and author profiles for this publication at: https://www.researchgate.

net/publication/272791270

Teknologi Genome Scanning Menggunakan 1536-dan 384-SNP Chip untuk

Mendukung Program Pemuliaan Padi Rice Genome Scanning using 1536-and
384-SNP Chip Technology for Supporting Rice B...

Article · January 2014

CITATION READS

1 745

1 author:

Dr. Dwinita Wikan Utami

Indonesian Center Agricultural Biotechnology and Genetic Resources, R&D
74 PUBLICATIONS   259 CITATIONS   

SEE PROFILE

Some of the authors of this publication are also working on these related projects:

Association mapping of Fe toxicity tolerant by using Genome Wide Association (GWAS) approach View project

Mapping blast resistance gene(s) from O. rufipogon View project

All content following this page was uploaded by Dr. Dwinita Wikan Utami on 26 February 2015.

The user has requested enhancement of the downloaded file.

 Forum Tahunan Pengembangan Iptek dan Inovasi Nasional IV, Tahun 2014 A. I.2

Teknologi Genome Scanning Menggunakan 1536- dan 384-SNP Chip untuk

Mendukung Program Pemuliaan Padi
Rice Genome Scanning using 1536- and 384- SNP Chip Technology for
Supporting Rice Breeding Programs
Dwinita W. Utami
Indonesian Centre of Agricultural Biotechnology and Genetic Resources R&D, Jl. Tentara Pelajar 3A, Bogor 16111.
INFO ARTIKEL ABSTRACT
Rice is a staple crop in Indonesia whic have the stategic impact. Increasing and
stabilizing rice production as main target in agriculture development. Utilization of
molecular markes technology gain prominance in rice breeding, particularly to speed
up and precission increasing of selection step. Towards this technology, utilization of
rice genomic are now being widely used to provide accelerate the rice breeding
program particularly on genetic relatedness, linkage to important traits, and detection
of donor introgressions in segregating population. Finally, all of these programs, were
Keywords: targeted to support the attainment of food self-sufficiency in Indonesia. This paper
summarizes the genome research status of recent developments in ICABIOGRAD, R &
keyword1 : Indonesian rice germplasm D Agency, The Ministry of Agriculture. Rice genome research was initiated in
keyword2 : 1536-and 384-SNP set ICABIOGRAD, IAARD, Ministry of Agriculture, since 2011. Currently, the total of 851
keyword3 : genotyping and accessions of Indonesian rice germplasm were scanned their genome using 2 sets of
phenotyping SNP (Single Nucleotide Polymorphism) markers chip. To acces the expression, in
keyword4 : association analysis parallel, has also carried out some phenotyping analysis in across conditions, dry and
rainny seassons. Some important traits which were targetted in these analysis, as : date
to flowering, date to harvesting, yield components and also respons to biotics and
abiotics stress. A large number of total data both genotyping and phenotyping were
analyzed on their association to obtaine a set of SNP markers and selected genotypes
which significant associated with the target traits. The selected SNP markers could be
as markers assited for selection while the selected genotypes could be a new promising
rice lines or to to be as a source of potential genes for breeding. In other way, the
genotypes and phenotypes data have completed were also applicable for DNA
fingerprints detections as a barcode of commercial variety. These rice genome
research achieved will packaging as the inovation technology which advantage provide
for rice stakholders in Indonesia.

SARI KARANGAN

Kata Kunci:
kata Kunci1 : Plasma nutfah padi
Indonesia
kata Kunci2 : 1536-dan 384-SNP set
kata kunci3 : genotyping dan
phenotyping
kata kunci4 : analisis asosiasi
Padi adalah tanaman pangan utama Indonesia yang bernilai strategis. Peningkatan dan
stabilitas produksi padi menjadi target utama pembangunan pertanian. Perkembangan
teknologi marka molekular dalam pemuliaam padi berpotensi mempercepat dan
meningkatkan presisi seleksi dalam program pemuliaan padi. Melalui pengembangan
teknologi marka molekuler, saat ini informasi genome telah diaplikasikan secara luas
terutama dalam hal untuk menganalisis kekerabatan genetik antar aksesi, keterpautan
dengan sifat penting dan introgresi pada populasi segregan. Semua program pemuliaan
tersebut pada akhirnya bermuara untuk mendukung pencapaian ketahanan dan
kemandirian pangan di Indonesia. Makalah ini merangkum status perkembangan
terkini penelitian genom padi di BB Biogen, Badan Litbang, Kementerian Pertanian.
Penelitian genom padi di BB Biogen, Balitbang Kementan, telah diinisiasi mulai tahun
2011 dan sampai saat ini telah dianalisis genotyping pada 851 aksesi plasma nutfah
padi menggunakan 2 set marka SNP chip, 1536 dan 384. Secara paralel juga telah
dianalisis phenotyping sejumlah aksesi yang sama lintas musim dan lintas
agroekosistem, untuk beberapa karakter agronomi penting terkait dengan umur
tanaman komponen hasil dan ketahanan terhadap cekaman biotik ataupun abiotik.
Sejumlah besar total data baik data genotyping ataupun phenotyping di atas
selanjutnya dianalisis asosiasi keduanya untuk mendapatkan set marka-SNP chip dan
set genotipe terpilih yang terkait dengan karakter target. Pengembangan data genotipe
yang diperoleh, dilakukan untuk deteksi sidik jari DNA beberapa aksesi plasma nutfah
penting sebagai penciri spesifik varietas (sebagai barcode variety). Keluaran hasil
penelitian berbasis genome ini mulai dikemas sebagai paket inovasi teknologi yang
dimanfaatkan oleh para stakeholder padi di Indonesia.

© Forum Tahunan Pengembangan Iptek dan Inovasi Nasional IV, Tahun 2014

Corresponding author : E-mail address: dnitawu@windowslive.com; nitautami59@gmail.com
 Forum Tahunan Pengembangan Iptek dan Inovasi Nasional IV, Tahun 2014
PENDAHULUAN
Pertumbuhan penduduk yang terus terjadi
dengan luas lahan pertanian yang cenderung tetap
bahkan berkurang menyebabkan terjadinya ancaman
krisis pangan. Hal ini diperparah dengan pengaruh
perubahan iklim global yang menekan produktifitas
tanaman pangan. Pemenuhan kebutuhan pangan
melalui peningkatan produktivitas pada saatnya
tidak akan mampu memenuhi permintaan pangan.
Perluasan lahan (ekstensifikasi) pertanian adalah
pendekatan utama yang harus ditempuh untuk
menggenjot produksi pangan nasional.
Pengembangan teknologi dapat diaplikasikan
untuk mendukung peningkatan produksi tanaman
pangan. Teknologi genom salah satu teknologi yang
dapat diaplikasikan mulai dari hulu sampai hilir dari
serangkaian perakitan varietas unggul tanaman
pangan. Teknologi genom dapat diaplikasikan mulai
dari pengenalan keragaman genetik sampai dengan
pengembangan plasma nutfah sebagai sumber
genetik bagi galur unggul baru. Pengetahuan tentang
genetika sifat-sifat unggul tanaman padi yang
didukung teknologi genom memungkinkan
dilakukannya percepatan program pemuliaan dan
perakitan varietas baru dengan akurasi dan efisiensi
yang lebih tinggi, baik melalui seleksi berbasis
marka DNA maupun perakitan tanaman transgenik.
Saat ini telah dilakukan pengembangan
teknologi high-throughput genotyping dan genome
sequencing sebagai bagian dari pengembangan
lanjut teknologi genomik. Melalui teknologi ini
dimungkinkan untuk membuka lembaran baru
dalam pemanfaatan sejumlah besar plasma nutfah
padi untuk diungkap factor genetic (gen-gen)
penting yang dimilikinya sehingga dapat
mempercepat proses pemuliaan dan pencapaian
swasembada pangan.
Pemetaan asosiasi lintas genom (Genome
Wide Association Mapping/GWAS), saat ini telah
banyak dimanfaatkan, diantaranya dalam hal :
a. Analisis kandidat gen penting dimungkinkan
untuk melacak keberadaan ‘alamat’ gen target
dalam genom beserta fungsinya terkait dengan
proses biokimia atau regulation pathway yang
berhubungan dengan sifat unggul tanaman padi
(Yu and Buckler, 2006).
b. Ketersediaan sekuen genom lengkap pada
beberapa spesies selain padi dan dukungan
beberapa teknologi genomika, seperti
sequencing, genotyping, gene expression
profiling, comparative genomics,
bioinfotmatics, linkage analysis, mutagenesis
dan biokimia, memungkinkan diketahuinya gen-
gen fungsional untuk beragam karakter penting
yang bersifat kuantitatif, seperti komponen hasil
pada beragam plasma nutfah (Zhu et al, 2008).
c. Ketersediaan sekuen genom lengkap dan
teknologi resequencing juga memungkinkan
untuk menemukan ratusan bahkan ribuan marka
SNP (Single Nucleotide Polymorphism) yang
fungsional untuk dikembangkan sebagai marka
molekuler fungsional untuk membantu seleksi
pada beragam plasma nutfah terkait dengan
karakter yang diinginkan. Penggunaan marka
SNP yang bersifat bi-allelic lebih mudah untuk
analisis genotyping dan asosiasi (McNally et al,
2009).
Dengan mengacu pada pemanfaatan teknologi
berbasis genomika, maka penelitian genom padi
yang dilakukan di BB Biogen mencoba menjawab
beberapa masalah untuk peningkatan produksi padi
nasional. Makalah ini merangkum status
perkembangan terkini penelitian genom padi di BB
Biogen, Badan Litbang, Kementerian Pertanian.
KERANGKA TEORI
Indonesia memiliki keragaman genetik tanaman
padi yang melimpah. Kekayaan keragaman genetik
ini merupakan bahan dasar untuk memperbaiki
berbagai karakter padi, seperti karakter komponen
produksi dan umur genjah. Padi lokal adalah salah
satu sumber genetik padi yang saat ini sudah
terdesak oleh varietas unggul (Crowder, 1997).
Pemanfaatan teknologi dapat mendukung
peningkatan produksi pangan nasional.
Perkembangan teknologi genomik, telah
memungkinkan untuk mengidentifikasi alel-alel dari
gen-gen potensial dalam koleksi plasma nutfah padi
yang melimpah untuk dimanfaatkan dalam
perbaikan varietas. Percepatan program pemuliaan
dengan memanfaatkan informasi genom memiliki
manfaat yang besar dalam penciptaan galur unggul
baru.
Pengembangan penelitian Genom dapat
diibaratkan seperti teknologi penginderaan jarak
jauh menggunakan citra satelit yang digunakan
untuk mendeteksi potensi sumber daya alam di
suatu titik lokasi, maka teknologi genom padi ini
ditujukan untuk ‘memotret’ potensi genetik terkait
dengan karakter unggul pada ratusan koleksi aksesi
plasma nutfah, sehingga aksesi-aksesi plasma nutfah
tersebut dapat lebih termanfaatkan secara optimal.
Secara lebih jauh, dengan termanfaatkannya plasma
nutfah padi kita, terutama padi-padi lokal secara
lebih optimal diharapkan dapat mendukung
ketahanan pangan baik pada taraf regional ataupun
nasional.
Perkembangan kemajuan teknologi genomik padi
dimulai dari teknologi mapping (cytogenetic,
molecular genetic, dan physical) sampai dengan
sekuen lengkap genom padi yang merupakan
terobosan penting untuk mengungkap bagian-bagian
fungsional dari genom padi (rice functional
genomic). Teknologi ini berperan dalam beberapa
karakter kompleks padi, seperti karakter produksi
dan umur berbunga pendek (Tyagi et al, 2004;
Yamamoto et al, 2009). Identifikasi genomik dari
beragam variasi genetik padi diharapkan dapat
mendukung percepatan program pemuliaan yang
pada akhirnya dapat mendukung ketahanan pangan
nasional.
METODE PENELITIAN
Disain dan seleksi sub set marka SNP-chip
Pada tahap awal disain 1536 dan 384 SNP chip
dilakukan dengan berkoordinasi dengan beberapa
institusi internasional yang sudah mengembangkan
illumina-SNP-chip lebih dahulu, yaitu IRRI dan
Cornell University (Zhao et al. 2010). Disamping
itu disain SNP chip juga dilakukan dengan
menganalisis sekaligus mengkompilasi marka SNP
polimorfis tinggi yang dapat diakses di website
Oryza SNP Database. Setiap marka SNP dirunut
sekuen lengkapnya dan disain primer dibuat dengan
memposisikan SNP tepat di tengah sikuen dan diapit
oleh 50-60 pasang basa nukleotida. Jumlah marka
SNP yang dipilih harus 2 kali dari target SNP-chip
yang akan didisain. Validasi masing-masing marka
SNP yang terdisain dilakukan dengan sistem deteksi
GoldenGate Illlumina-Align Disaign Tool/ADT.
Setelah melalui sistem skoring sesuai persyaratan
untuk assay Golden Gate Illumina, maka terpilih
1536 atau 384 marka SNP yang selanjutnya akan
disintesis oleh Illumina sebagai 384 atau 1536 SNP
chip. Hasil sintesis SNP chip ini dinamakan sebagai
custom OPA dan dilengkapi dengan assay kit
custom synt 1536 atau 384 SNP bead chip telah siap
untuk digunakan dalam analisis genotyping
menggunakan metode GoldenGate reader dengan
mesin iScan.
Pemilihan marka SNP yang akan didisain
sebagai SNP-chip dapat dikembangkan sesuai
dengan target tujuan pemuliaan tertentu. Seperti
misalnya untuk tujuan identifikasi profile genotipe
(sidikjari DNA) plasma nutfah padi sebagai penciri
varietas, maka dipilih SNP yang menyebar di total
12 kromosom genom padi dengan rata-rata jarak per
SNP bervariasi untuk masing-masing kromosom.
Marka SNP penciri genotipe tersebut dipilih tanpa
ada pertimbangan gen-gen target tertentu sehingga
marka-marka tersebut dapat membentuk profil
genotipe umum. Namun demikian tahapan ini akan
apabila ditujukan untuk pemetaan gen/QTL untuk
karakter tertentu, maka seleksi subset SNP
dilakukan pada posisi genetik dari gen/QTL karakter
target .
Analisis data
a. Studi keragaman genetik
Untuk mengurangi kesalahan terjadinya asosiasi
yang disebabkan oleh struktur populasi, data
struktur populasi padi yang dipelajari dikalkulasi
menggunakan software Structure
(http://pritch.bsd.uchicago.edu/structure.html)
dengan menggunakan data genotipe SNP sebagai
input, untuk digunakan sebagai covariate dalam
analisis asosiasi menggunakan Tassel.
b. Pemetaan gen/QTL : Teknologi Pemetaan
dengan populasi persilangan LE
Untuk memahami mekanisme yang
menyebabkan sebuah populasi berevolusi, perlu
memperhatikan kondisi-kondisi apa saja yang
diperlukan oleh suatu populasi untuk tidak
berevolusi. Asas Hardy-Weinberg menyatakan
bahwa frekuensi alel (variasi pada sebuah gen) pada
sebuah populasi yang cukup besar akan tetap
konstan jika gaya dorong yang terdapat pada
populasi tersebut hanyalah penataan ulang alel
secara acak selama pembentukan gamet dan
kombinasi acak sel genetik ini selama penyerbukan.
Populasi seperti ini tidak berevolusi dan dikatakan
sebagai dalam populasi kesetimbangan Hardy-
Weinberg atau populasi kesetimbangan pautan
(Linkage equilibrium / LE) (Kerry, 2007). Dalam
kaitan dengan pemetaan kelompok pautan maka
populasi LE terbentuk dari populasi pemetaan hasil
persilangan 2 tetua. Pada kondisi ini alel / lokus
bersifat random (random association). Jika 2 alel /
lokus berada dalam kondisi LE , maka kedua alel /
lokus tersebut diwariskan secara bebas (independent
inheritad) (Bovenhuis dan Meuwissen, 1996).
d. Pemetaan LD dan analisis asosiasi : Teknologi
pemetaan dengan populasi alami
Perkembangan teknologi genomik, yang meliputi
pemetaan QTL (Quantitative Trait Locus),
penemuan gene (gene discovery), dan tersedianya
sekuen genom secara lengkap telah memungkinkan
untuk mencari alel-alel yang berguna dalam koleksi
plasma nutfah padi untuk perbaikan varietas melalui
suatu strategi yang disebut dengan allele mining.
Pemetaan LD (linkage disequilibrium) dilakukan
untuk mendapatkan daerah genom yang sempit yang
mengandung alel yang diinginkan (Morton, 2005).
Berlainan dengan pemetaan QTL, yang
menggunakan populasi yang dikembangkan dari dua
 Forum Tahunan Pengembangan Iptek dan Inovasi Nasional IV, Tahun 2014
tetua saja, pemetaan LD dapat menggunakan secara
langsung beberapa sampai ratusan aksesi yang
berbeda untuk membuat peta tanpa harus melakukan
persilangan (Flint-Garcia et al. 2003). Jika dua
alel/lokus berada dalam LD, maka kedua alel/lokus
diwariskan secara bersama (dependent inherited)
(Bovenhuis dan Meuwissen, 1996).
Analisis asosiasi dilakukan menggunakan
software Tassel (Bradbury et al., 2007). Data marka
dan fenotipe digunakan sebagai input bagi software
Tassel untuk mencari asosiasi antara marka dengan
karakter fenotipe yang diukur. Marka yang secara
signifikan memiliki asosiasi dengan karakter yang
diukur diidentifikasi melalui pendekatan general
linear model (GLM) dan mixed linear model
(MLM). Marka-marka dianggap memiliki asosiasi
yang signifikan apabila berdasarkan analisis GLM
atau MLM memiliki p-value lebih kecil dari 0,001.
HASIL DAN PEMBAHASAN
Filterring kualitas SNPs terbaik
Dari total data genotipe yang diperoleh tidak
semuanya dapat diikutsertakan dalam analisis.
Beberapa tahapan seleksi (filtering) secara bertahap
dilakukan menggunakan beberapa program. Seleksi
pertama dilakukan menggunakan program
ALCHEMY dengan parameter koefisien inbreeding
(inbreeding coefficient) 0.9 dan batas kepercayaan
seleksi (confidence cut off threshold) 0.80.
Selanjutnya filtering dilakukan menggunakan
program PowerMarker untuk mendapatkan
informasi skor minor allele frequency (MAF) dan
dipilih marka SNP yang memiliki nilai MAF ≥ 0,7.
Hal ini menunjukkan bahwa marka-marka ini
memiliki kemampuan membedakan (polimorfis)
diantara aksesi-aksesi plasma nutfah yang dianalisis.
Struktur populasi dan keragaman genetik
Analisis struktur populasi menggunakan
program STRUCTURE dengan nilai variasi K=5
(Gambar 3A) menunjukkan adanya 5 subpopulation
utama, yaitu : I. Temperate Japonica (Japonica);
II.Tropical Japonica (Javanica); III. Aromatic,
IV.Kelompok introgresi luas dan V. Indica.
Introgresi dari subpopulation Indica (warna biru)
tampak menyebar paling luas lintas subpopulasi
yang lain, seperti Temperate Japonica, Tropical
Japonica dan bahkan introgres ke spesies padi liar
Oryza rufipogon. Hasil ini sesuai dengan fakta
bahwa sebagian besar varietas padi komersial di
Indonesia (released varieties) dirakit menggunakan
latar belakang genetik Indica. Diantara Introgresi
luas antara Indica dengan O. rufipogon telah
menghasilkan 2 varietas yang dilepas yaitu: Inpari-
Blas (SK No:3920/Kpts/SR.120/3/2013) dan Inpari-
HDB (SK No :3916/Kpts/SR.120/3/2013).
Gambar 1. Keragaman struktur populasi dan
dendrogram keragaman genetik dari 467 aksesi
plasma nutfah padi.
Dendrogram keragaman genetik tergambar
adanya hubungan kekerabatan antar kelompok
subspecies plasma nutfah padi. Beberapa aksesi
spesies padi liar terlihat menyebar pada kelompok-
kelompok yang terpisah. Spesies padi liar diyakini
sebagai ancestor dari padi budidaya (O.sativa).
Melalui beragam proses domestikasi yang
dipengaruhi oleh cara budidaya manusia di areal
geographical yang berbeda-beda, terbentuklah padi
budidaya dari spesies padi liar (Londo,et al, 2006).
Dendrogram keragaman genetik dapat memberikan
informasi kedekatan genetic satu aksesi plasma
nutfah dengan aksesi atau kelompok genetic yang
lain.
SidikJari DNA sebagai penciri plasma nutfah
Untuk tujuan mengidentifikasi penciri genetik
suatu aksesinutfah maka teknologi sidik jari DNA
menggunakan marka-marka SNP terpilih
memungkinkan untuk mendapatkan penciri genetik
yang bersifat unik yang dapat diaplikasikan pada
sejumlah genotype tertentu. Disain marka SNP
spesifik untuk setiap subspesies padi yang berbeda
(Indica/Japonica/Tropical Japonica) dapat berperan
penting dalam deteksi identitas varietas dan
kemurnian benih.
Gambar 2. Profil genotype plasma nutfah padi
berdasarkan beberapa marka SNP yang tersebar di
kromosom 1.
Profil genotype ini sebagai data mentah untuk
mendapatkan penciri unik dari setiap varietas.
Pemetaan QTL dan GWAS (Genome Wide
Association Mapping)
1. Pemetaan QTL ketahanan blas pada padi lokal
Penggunaan 1536 atau 384 SNP lebih efektif dan
efisien untuk menentukan polimorfisme diantara
genepool yang berbeda. Oleh karena itu untuk
tujuan pemetaan gen / QTL tertentu harus
diperhatikan beberapa marka SNP yang polimorfis
untuk kedua tetua persilangan.
Gambar 3. Seleksi populasi dilakukan menggunakan
marka SNP yang bersifat polimorfis untuk kedua
tetua persilangan, yaitu : Padai Emas/US2;
Gampai/US2 dan Grogol/US2.
2. Pemetaan asosiasi (GWAS) untuk karakter umur
genjah dan komponen hasil unggul padi.
Pendekatan GWAS dilakukan untuk
mendapatkan asosiasi antara data genotipe dan
fenotipe pada sejumlah besar aksesi plasma nutfah.
Beberapa karakter penting yang menjadi target
penelitian GWAS diantaranya adalah umur genjah
dan komponen hasil unggul.
Gambar 4. Manhattan Quantile-Quantile Plot (Q-Q
plots), hasil analisis GWAS untuk karakter unggul.
X axis : sebaran SNP per kromosom dan Y axis :
–log (P-value) sebagai skor asosiasi.
3. GWAS untuk sifat toleran keracunan Al
Pendekatan GWAS juga telah diaplikasikan pada
sejumlah aksesi hasil persilangan beragam untuk
mendapatkan alel potensial yang berperan dalam
membentuk sifat toleran keracunan Al pada padi.
Berdasarkan profil genotipe akan diketahui
alel/QTL mana yang berperan dalam membentuk
sifat toleran terhadap keracunan Al dari galur-galur
terpilih.
Gambar 5. Diantara hasil analisis profile genotipe
yang memiliki karakter kontras untuk sifat toleran
keracunan Al. Alel potensial dapat dilacak dengan
membandingkan profile genotype toleran dengan
yang peka.
Pengembangan marka untuk proses seleksi (Marker
assisted selection / MAS)
Sebagai langkah untuk validasi hasil GWAS
maka perlu dilakukan analisis kandidat gen terkait
karakter target (umur genjah dan komponen hasil).
Pengembangan dari hasil analisis asosiasi di atas
adalah analisis kandidat gen, yaitu dengan
menelusuri gen/lokus yang terkait dengan karakter
target berdasarkan posisi genetik dari marka SNP
yang signifikan tersebut. Sebagai contoh salah satu
marka SNP signifikan adalah TBGI068738 dan
kandidat gen yang terdeteksi adalah LOC-
Os01g72220, yang terpetakan di kromosom 1 pada
posisis genetik: 41,837,949-41,880,601, yaitu gen
WD domain, G-beta repeat domain. Gen ini
berfungsi dalam pengaturan waktu pembungaan
sampai pemasakan (fase generatif lanjut) (Ouyang
 Forum Tahunan Pengembangan Iptek dan Inovasi Nasional IV, Tahun 2014
et al, 2012). Untuk mengidentifikasi gen ini maka
dilakukan disain primer dan digunakan untuk
analisis PCR pada sampel yang memiliki karakter
kontras. Primer ini ditujukan sebagai marker yang
dapat diaplikasikan dalam proses seleksi galur-galur
hasil pemuliaan (sebagai marka MAS/ Molecular
Assited Selection).
Gambar 6. Hasil amplifikasi menggunakan primer
D-2 pada sampel B (BMIP22) dan I (IRBL2) dan
primer D-6 pada sampel I (IRBLTa2) dan B
(Bio110). Dirunning pada 2% TAE agarose gel
pada 100V selama 3 jam.
Hasil pada Gambar 6 di atas menunjukkan
bahwa primer D-2 terindikasi sebagai marka MAS
karena bersifat polimorfis pada sampel yang
memiliki umur yang berbeda. Demikian juga untuk
primer D-6 karena bersifat polimorfia pada sampel
yang memiliki jumlah gabah isi yang berbeda.
Pengembangan ’Database Variasi Genetis Plasma
Nutfah Padi’
Pembuatan dan pengembangan database padi
ditujukan untuk mendokumentasikan sekaligus
mempublikasikan hasil penelitian genom padi
sehingga dapat dimanfaatkan secara lebih optimal
bagi para stakeholder padi di Indonesia. Secara
bertahap Database Genom-Padi ini ditampilkan
dalam bentuk WebSite sehingga dapat diakses secaa
terbuka.
PENUTUP
Pengembangan teknologi high-throughput
genotyping menggunakan 1536 atau 384 SNP chip
dapat mengungkap gen-gen penting yang dimiliki
sejumlah besar plasma nutfah padi sehingga dapat
mempercepat proses pemuliaan yang selanjutnya
dapat mendukung ketahanan pangan nasional.
Namun demikian teknologi ini perlu didukung
dengan pengembangan sistem kerjasama dalam
bentuk konsorsium nasional mengingat besarnya
dukungan dana yang diperlukan.
UCAPAN TERIMA KASIH
Penelitian ini terlaksana atas dukungan dan
koordinasi antara tim genom padi dan tim penelitian
lain. Penelitian genom padi didanai oleh DIPA
BBIOGEN-Badan Litbang Pertanian, Kementerian
Pertanian, tahun anggaran 2010-2014.
DAFTAR PUSTAKA
Bovenhuis, H., & Meuwissen,T. (1996). Detection
and mapping of quantitative trait loci. Animal
Genetics and Breeding Unit. UNE. Armidale.
Australia. ISBN1863893237.
Bradbury P.J., Z.Zhang, D.E.Kroon,
T.M.Casstevens, Y Ramdos, E.D.Buckler.
2007. Tassel : software for association mapping
of complex traits in diverse samples.
Bioinformatics Appl. Note. Vol23, No19 :
2633-2635.
Crowder, L.V. (1997). Genetika Tumbuhan. Gadjah
Mada University Press.
Flint-Garcia, S.A., Thornsberry, J.M., Buckler, E.S.
(2003). Structure of linkage disequilibrium in
plants. J. Annu.Rev. Plant.Biol. 54:357-374.
Kerry, B. (2007). Cause of evolution. Teach
Evalution and Make It Relevant. National
Science Foundation
(http://www.evolved.org/lessons/speciation.ht
m). Diakses tanggal 30 Desember 20012
McNally, K.L.,Childs,K.L.,Bohert, R.,Davidson,
R.M.,Zhao, K., Ulat, B.J., Zeller, G.G., Clark,
R.M., Hoen, D.R., Bureau, T.E. (2009).
Genome-wide SNP variation reveals
relationships among landraces and modern
varieties of rice. Proc. Natl. Acad. Sci. USA
106:12273–12278.
Morton, N.E. (2005). Linkage disequilibrium and
association pemetaan. J. Clin. Invest.
115:1425-1430.
Ouyang, Y., Huang, X., Lu, Z.,Yao, J. (2012).
Genomic survey, expression profile and co-
expression network analysis of OsWD40
family in rice. BMC Genomics 2012,
13:100.http://www.biomedcentral.com/1471-
2164/13/100.
Tyagi, A., J.P. Khurana, P. Khurana, S.
Raghuvanski, A. Gaur, A. Kapur, V. Gupta, D.
Kumar, V. Ravi, S.Viji, P. Khurana, and S.
Sharma. 2004. Structural & Functional analysis
of rice genome. J. Genetics : 83, 79-99.
 Yamamoto, T., J. Yonemaru, and M. Yano. 2009. Bioteknologi (S2) dan Agronomi (S3) di Institut
Towards the understanding of complex traits in Pertanian Bogor. Saat ini penulis meniti jenjang
Rice: substantially or superficially. J DNA fungsional, sebagai Peneliti Madya (Golongn : IVb).
Research: 16, 141-154 Beberapa karya tulis ilmiah/hasil penelitian tentang
aplikasi marka molekuler dalam pemuliaan serta
Yu, J. and E.S. Buckler. 2006. Genetic association
penelitian genomik padi telah dihasilkan. Berbagai
mapping and genome organization of maize.
seminar sebagai pembicara maupun visiting
Curr.Opin. Biotechnol, 17:155-160.
research mengenai Bioteknologi, khususnya tentang
Zhao, K., Wright, M., Kimball, K.J., G. Eizenga, A. marka molekuler dan genomik telah dilakukannya
McClung, M. Kovach, W. Tyagi, L. Ali, C.-W. baik di dalam maupun luar negeri.
Tung, A. Reynolds et al. (2010) Genomic
diversity and introgression in O. sativa reveal
the impact of domestication and breeding on
the rice genome. PLOS One 5: e10780.
Zhu, C., Gore, M., Buckler, E.S., Yu, J. (2008).
Status and prospects of association mapping in
plants. The Plant Genome, 1: 5-20.

Dwinita W. Utami
Lahir di Yogyakarta, 22 Maret 1969. Penulis
menamatkan pendidikan Pascasarjana bidang

View publication stats