Sinh học phân tử (Molecular Biology) là một môn khoa học nghiên cứu giới sinh vật ở mức

độ phân tử. Phạm vi nghiên cứu của môn này có phần trùng lặp với các ngành khác trong
sinh học đặc biệt là di truyền học và hóa sinh. Sinh học phân tử chủ yếu tập trung nghiên
cứu mối tương tác giữa các hệ thống cấu trúc khác nhau trong tế bào, bao gồm mối quan
hệ qua lại giữa quá trình tổng hợp của DNA, RNA và protein và tìm hiểu cách thức điều hòa
các mối tương tác này.

Mối quan hệ với các khoa học sinh học khác

Các nhà nghiên cứu về sinh học phân tử sử dụng các kỹ thuật cụ thể có nguồn gốc sinh học
phân tử nhưng ngày càng kết hợp chúng với các kỹ thuật và ý tưởng từ di truyền học và
hóa sinh. Không có một đường phân định giữa các nguyên tắc này. Hình bên dưới là sơ đồ
mô tả một quan điểm có thể có của các mối quan hệ giữa các lĩnh vực:

Quan hệ giản lược giữa sinh hóa học, di truyền học và sinh học phân tử

Hoá sinh: là nghiên cứu các chất hoá học và các quá trình quan trọng xảy ra trong sinh vật
sống. Các nhà sinh học tập trung chủ yếu vào vai trò, chức năng và cấu trúc của các phân
tử sinh học. Nghiên cứu về hóa học đằng sau quá trình sinh học và tổng hợp các phân tử
hoạt tính sinh học là những ví dụ về sinh hóa.

Di truyền học là nghiên cứu về ảnh hưởng của sự khác biệt di truyền đến sinh vật. Điều này
thường có thể được suy ra bởi sự vắng mặt của một thành phần bình thường (ví dụ như
một gen). Nghiên cứu về "đột biến" - các sinh vật thiếu một hoặc nhiều thành phần chức
năng liên quan đến cái gọi là "kiểu hoang dã" hoặc kiểu hình bình thường. Tương tác di
truyền (cây ký chủ) thường có thể làm nhầm lẫn sự giải thích đơn giản của các nghiên cứu
"loại trực tiếp" như vậy.

Sinh học phân tử là nghiên cứu cơ sở phân tử của quá trình sao chép, phiên mã, dịch mã
và chức năng của tế bào. Niềm tin trung tâm của sinh học phân tử, nơi vật liệu di truyền
được chuyển mã thành RNA và sau đó chuyển thành protein, mặc dù được đơn giản hoá,
vẫn là điểm khởi đầu tốt cho việc hiểu lĩnh vực này.

Phần lớn sinh học phân tử là định lượng, và gần đây đã có nhiều công việc được thực hiện
với giao diện của nó với khoa học máy tính trong tin sinh học và sinh học tính toán. Vào đầu
những năm 2000, nghiên cứu về cấu trúc và chức năng gen, di truyền học phân tử, là một
trong những lĩnh vực quan trọng nhất của sinh học phân tử. Ngày càng có nhiều lĩnh vực
khác của sinh học tập trung vào các phân tử, hoặc trực tiếp nghiên cứu các tương tác theo
chính mình như trong sinh học tế bào và sinh học phát triển, hoặc gián tiếp, khi các kỹ thuật
phân tử được sử dụng để suy ra các thuộc tính lịch sử của quần thể hoặc các loài, như
trong các lĩnh vực sinh học tiến hóa chẳng hạn như di truyền nhân chủng và phát sinh loài.
Ngoài ra còn có một truyền thống lâu đời của nghiên cứu sinh học phân tử "từ dưới mặt đất"
trong sinh lý học.
Các kỹ thuật trong sinh hoc phân tử:

Nhân bản phân tử( molecular cloning):

Một trong những kỹ thuật cơ bản nhất của sinh học phân tử để nghiên cứu hàm lượng
protein là nhân bản phân tử. Trong kỹ thuật này, DNA mã hoá cho protein quan tâm được
nhân bản bằng cách sử dụng phản ứng nhân gene (PCR), và / hoặc các enzyme hạn chế
vào một plasmid (vector biểu hiện). Một vector có 3 đặc trưng: gốc sao chép, vị trí đa nhân
dòng (multiple cloning site - MCS) và một marker chọn lọc thường là kháng thuốc kháng
sinh. Vị trí đầu tiên thuộc vị trí đa nhân dòng là các vùng promoter và vùng bắt đầu phiên mã
điều chỉnh sự biểu hiện của gen nhân bản. Plasmid này có thể được đưa vào trong tế bào vi
khuẩn hoặc động vật. Việc đưa DNA vào các tế bào vi khuẩn có thể được thực hiện bằng
cách chuyển đổi thông qua việc hấp thụ DNA trần, liên hợp qua tế bào-tế bào hoặc bằng
cách truyền qua vector virus. Việc đưa DNA vào các tế bào eukaryote, như tế bào động vật,
bằng các phương tiện vật lý hoặc hóa học được gọi là chuyền nhiễm. Có một số kỹ thuật
chuyền nhiễm khác nhau, ví dụ canxi phosphate, xung điện, chuyển gen trực tiếp vào
protoplast và chuyền nhiễm liposome. Plasmid có thể được tích hợp vào bộ gen, kết quả là
sẽ có một sự chuyển đổi ổn định, hoặc có thể vẫn độc lập với bộ gen, gọi là transfection
nhất thời.
DNA mã hoá cho một protein quan tâm hiện đang ở trong tế bào, và protein bây giờ có thể
được biểu hiện. Một loạt các hệ thống, như các promoter cảm ứng và các yếu tố tin hiệu
hiệu tế bào cụ thể( specific cell-signaling factor), sẵn có để giúp biểu hiện protein mục tiêu ở
mức cao. Số lượng lớn protein sau đó có thể được chiết xuất từ tế bào vi khuẩn hoặc tế
bào eukaryote. Protein này có thể được kiểm tra hoạt tính enzym trong nhiều tình huống
khác nhau, protein có thể được kết tinh để có thể nghiên cứu cấu trúc bậc ba của nó, hoặc
trong ngành dược phẩm, có thể nghiên cứu hoạt động của các loại thuốc mới chống lại
protein

PCR( Polymerase Chain Reaction)

PCR là một kỹ thuật cực kỳ linh hoạt để sao chép DNA. Tóm lại, PCR cho phép một chuỗi
DNA cụ thể được sao chép hoặc sửa đổi theo những cách xác định trước. Phản ứng cực kỳ
mạnh mẽ và trong điều kiện hoàn hảo có thể khuếch đại một phân tử ADN trở thành 1,07 tỷ
phân tử trong vòng chưa đầy hai giờ. Kỹ thuật PCR có thể đưa các enzyme giới hạn tới các
đầu của các phân tử DNA, hoặc để biến đổi các bazơ đặc biệt của DNA, sau đó là một
phương pháp gọi là sự biến dị điểm( site-directed mutagenesis). PCR cũng có thể được sử
dụng để xác định liệu một đoạn DNA cụ thể có trong một thư viện cDNA. PCR có nhiều biến
thể, như PCR phiên mã ngược (RT-PCR) để khuếch đại RNA, và, gần đây nhất, PCR định
lượng cho phép đo đạc định lượng các phân tử DNA hoặc RNA.

Điện di Gel( Gel electrophoresis)

2% Agarose Gel trong Borate Buffer đúc trong một khay Gel (mặt trước, góc cạnh)
Gel điện di là một trong những công cụ chính của sinh học phân tử. Nguyên tắc cơ bản là
DNA, RNA, và protein có thể được tách ra dựa trên trường điện và kích cỡ của chúng.
Trong quá trình điện di agarose gel, DNA và RNA có thể được tách ra trên cơ sở kích thước
bằng cách chạy DNA thông qua một gel agarose tích điện. Protein có thể được phân tách
dựa trên kích thước bằng cách sử dụng gel SDS-PAGE, hoặc dựa trên kích thước và điện
tích của chúng bằng cách sử dụng công nghệ điện di gel 2D.
Macromolecule blotting và probe

a. Southern blotting

Southern blot được đặt tên theo nhà khoa học Edward M. Southern vì đã phát minh ra kỹ
thuật này. Southern blot là quá trình chuyển các phân tử DNA từ gel agarose lên một màng
và nhờ đó giúp các nhà nghiên cứu định vị trình tự DNA bên trong một hỗn hợp phức tạp. Ví
dụ: Southern Blot có thể được sử dụng để xác định vị trí một gen cụ thể trong toàn bộ hệ
gen.Lượng DNA cần thiết cho kỹ thuật này phụ thuộc vào kích thước và hoạt động đặc hiệu
của mẫu dò (probe). Các mẫu dò ngắn thường đặc hiệu hơn. Dưới những điều kiện tối ưu,
có thể xác định được 0.1 pg DNA trong toàn quá trình.

b. Nothern blotting

Phương pháp lai Northern blot là phương pháp áp dụng cho RNA, lai DNA-RNA hoặc RNA-
RNA. Phương pháp này được sử dụng để xác định kích thước và hàm lượng của một
mRNA đặc trưng trong một hỗn hợp RNA. Kỹ thuật lai này được phát triển vào năm 1977
bởi James Alwine, David Kemp, và George Stark tại Đại học Stanford

c. Ngoài ra còn có Western blotting và Eastern blotting

d. DNA microarray

DNA microarray (DNA chip hoặc chip sinh học) là một tập hợp các điểm DNA siêu nhỏ được
gắn trên một giá thể rắn. Các nhà khoa học sử dụng DNA microarray để đo một cách đồng
thời mức độ biểu hiện của lượng lớn gen hoặc các vùng đa gen của hệ gen. Mỗi điểm DNA
chứa hàng picomoles (10-12 moles) của một trình tự gen đặc hiệu, được biết đến như các
mẫu dò (probes hoặc reporters hay oligos). Chúng có thể là một đoạn ngắn của một gen
hoặc một yếu tố ADN khác, được sử dụng để lai với một ADNc hoặc ARNc (hay ARN anti-
sense) (được gọi là đích) dưới điều kiện nghiêm ngặt. Sự lai mẫu dò – đích thường được
phát hiện và định lượng bởi các chất đánh dấu huỳnh quang (fluorophore-labeled), bạc
(silver-labeled) hoặc sự phát quang bằng phản ứng hóa học (chemiluminescence-labeled)
để xác định mức độ lặp lại của các trình tự acid nucleic trong đích.
e. Allele-specific oligonucleotide (ASO)

Oligonucleotide đặc hiệu allele (ASO) là một kỹ thuật cho phép phát hiện các đột biến cơ
bản duy nhất mà không cần kỹ thuật PCR hoặc gel electrophoresis. Ngắn (độ dài từ 20 đến
25 nucleotide), các đầu dò được dán nhãn sẽ tiếp xúc với DNA mục tiêu không bị phân
mảnh, quá trình lai tạo xảy ra với độ đặc hiệu cao do độ dài ngắn của các đầu dò và thậm
chí một sự thay đổi cơ bản duy nhất sẽ cản trở sự lai tạp. DNA mục tiêu sau đó được rửa
sạch và các đầu do có dán nhãn không lai được loại bỏ. DNA mục tiêu sau đó được phân
tích cho sự hiện diện của đầu dò thông qua phóng xạ hoặc huỳnh quang. Trong thí nghiệm
này, như trong hầu hết các kỹ thuật sinh học phân tử, phải có một kiểm soát để đảm bảo
thử nghiệm thành công.

SDS page

Trong sinh học phân tử, quy trình và công nghệ liên tục được phát triển và các công nghệ
cũ bị bỏ rơi. Ví dụ, trước khi có sự hình thành điện di di gel DNA (agarose hoặc
polyacrylamide), kích thước của các phân tử DNA thường được xác định bởi tốc độ lắng
đọng trong gradient sucrose, một kỹ thuật sử dụng nhiều công sức và tốn nhiều thời gian đòi
hỏi thiết bị đắt tiền; trước khi gradient sucrose, phải đo độ nhớt nữa. Bên cạnh những tiến
bộ công nghệ, đôi khi công nghệ cũ lại giải quyết một số vấn đề công nghệ mới không thể
làm được.

Nguồn tham khảo:

https://en.wikipedia.org/wiki/Molecular_biology
https://hoachatthinghiem.org/hoa-chat-sinh-hoc-phan-tu/

Nghiên cứu ứng dụng kỹ thuật sinh học phân tử để chẩn đoán một số vi nấm gây bệnh nội
tạng ở người
Trong khoảng 2 thập niên trở lại đây, nhiễm nấm sâu (nhiễm nấm hệ thống, nội tạng) có xu
hướng gia tăng mạnh mẽ. Những tiến bộ mới trong điều trị đã giúp cứu sống nhiều bệnh
nhân nhiễm nấm nội tạng. Tuy nhiên, tình trạng lạm dụng kháng sinh, gia tăng các bệnh lý
gây suy giảm miễn dịch, HIV/AIDS, sử dụng catheter, bệnh lý ung thư, sử dụng thuộc ức
chế miễn dịch trong điều trị bệnh… chính là nguyên nhân nhiễm nấm nội tạng ngày một
tăng. Cho tới nay, các biện pháp truyền thống như soi tươi, nuôi cấy, mô bệnh học vẫn
được xem là tiêu chuẩn vàng trong chẩn đoán nhiễm nấm mặc dù độ nhạy, độ đặc hiệu của
các biện pháp này khá thấp.

Hầu hết các trường hợp nhiễm nấm nội tạng ở Việt Nam được phát hiện bằng các kỹ thuật
nuôi cấy truyền thống khi bệnh ở giai đoạn muộn. Do đó, yêu cầu phát triển các kỹ thuật
chẩn đoán nhanh, chính xác giúp người bệnh được điều trị đúng thuốc, giảm chi phí điều trị,
rút ngắn thời gian nằm viện và tránh được các biến chứng do việc chẩn đoán muộn, chẩn
đoán sai gây ra.
Nhằm đưa ra các kỹ thuật sinh học phân tử trong chẩn đoán nhiễm nấm nội tạng ở Việt
Nam, nhóm nghiên cứu tại Học viện Quân y do PGS.TS. Nguyễn Khắc Lực dẫn đầu, đã
thực hiện đề tài: “Nghiên cứu ứng dụng kỹ thuật sinh học phân tử để chẩn đoán một số vi
nấm gây bệnh nội tạng ở người” trong giai đoạn 2013-2015.
Đề tài đã thu được những kết quả như sau:
1. Xây dựng được các quy trình sinh học phân tử xác định vi nấm gây bệnh nội tạng ở
người
- Quy trình kỹ thuật PCR-RFLP xác định loài 7 loại nấm men thường gặp.
- Quy trình kỹ thuật Nested-PCR phát hiện nấm C. albicans.
- Quy trình kỹ thuật Nested-PCR phát hiện nấm C. neoformans.
- Quy trình kỹ thuật Nested-PCR phát hiện nấm A. fumigatus.
- Quy trình kỹ thuật Nested-PCR phát hiện nấm P. marneffei.
- Quy trình kỹ thuật Multiplex-PCR phát hiện C. albicans và C. neoformans.
2. Đã xây dựng được quy trình chế tạo một số bộ sinh phẩm sinh học phân tử và đánh giá
được độ nhạy, độ đặc hiệu, độ ổn định ở phòng thí nghiệm:
- Bộ sinh phẩm Nested-PCR phát hiện C. albicans: độ nhạy 98,2%, độ đặc hiệu 100%,
ngưỡng phát hiện 1,25pg/µl, độ ổn định > 6 tháng.
- Bộ sinh phẩm Nested-PCR phát hiện C. neoformans: độ nhạy 98,11%, độ đặc hiệu 100%,
ngưỡng phát hiện 0,4pg/µl, độ ổn định > 6 tháng.
- Bộ sinh phẩm Nested-PCR phát hiện A. fumigatus: độ nhạy 100%, độ đặc hiệu 100%,
ngưỡng phát hiện 9,375pg/µl, độ ổn định > 6 tháng.
- Bộ sinh phẩm Multiplex-PCR phát hiện C. albicans và C. neoformans: độ nhạy 100%, độ
đặc hiệu 100%, ngưỡng phát hiện 0,625pg/µl với nấm C. albicans và 10pg/µl với nấm C.
neoformans, độ ổn định > 6 tháng,.
- Bộ sinh phẩm PCR-RLFP phát hiện 7 loại nấm men: độ nhạy 92,86%, độ đặc hiệu 100%,
độ ổn định > 6 tháng.
Có thể tìm đọc toàn văn Báo cáo kết quả nghiên cứu của Đề tài (Mã số 12325/2016) tại Cục
Thông tin khoa học và công nghệ quốc gia.