HELICOBACTER PYLORI INFECTION IN INDONESIA:

THE ROLE OF GASTROINTESTINAL MICROBIOME

Muhammad Miftahussurur, dr., M.Kes., Sp.PD-KGEH., Ph.D

Pertemuan Ilmiah Tahunan XXIV
Perhimpunan Dokter Spesialis Penyakit Dalam Indonesia Cabang Semarang
2020

1
Helicobacter pylori Introduction
• A spiral-shaped, gram-negative bacterium is a causative pathogen of
various gastroduodenal diseases, including gastritis, peptic ulcers, gastric
cancer, and mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma.1

• H. pylori infection generally results in chronic gastritis, but a small

proportion of infected patients develop more severe diseases such as
peptic ulcers and gastric cancer.2

• Based on the age-standardized incidence rate of gastric cancer, Asian

countries are categorized as high-risk (e.g. Japan, Korea, China),
intermediate-risk (e.g. Vietnam), or low-risk (e.g. Thailand) for gastric
cancer.3

1Peek RM, et al. Nature reviews Cancer (2002), 2Fox JG, et al. (2007), 3Ferlay J, et al. International journal of cancer (2010). 2
 45
Indonesia South
Korea

Age-standardized incidence rate of gastric

?
40

35

Japan
30

cancer
25 Bhutan China
Vietnam
20
Turkey
Kazakhstan
15
Iran
10 Singapore Malaysia
India Jordan
Banglades
5 Pakista UAE h
Thailand
n Kuwait
0
0 20 40 60 80 100
Prevalence of H. pylori infection
3
Summary for prevalence of H. pylori infection in Indonesia
Study Average age
Author Area n Test Positive rate
period (range)
Abdullah 1998-1999 Jakarta 125 50.3 (18-82) RUT Antrum 68% (85/125)
Corpus 4% (5/125)
Culture *
Histology
Syam 2001 Jakarta 63 42.4 (16-73) HpSA 66.7%(42/63)
RUT 4.8%(3/63)
Histology 11.1%(7/63)
Tokudome 2003 Yogyakarta 91 ♂ 48.0 UBT ♂ 4% ♀ 0%
♀ 46.6 Serum Ab ♂5% ♀ 4%
Syam 2003-2004 6 cities 550 44.98 (15-82) Histology 10.2% (56/550)

Saragih JB 1998-2005 Jakarta 2903 no information Histology 12.8% (52/407) in 1998

2.9% (50/403) in 2005
Aulia 2007 Jakarta 70 47.6 (18-79) Histology 5.7 % (4/70)
Tokudome 2005 Semarang 171 ♂ 57.4 UBT ♂ 0% ♀ 0%
♀ 49.2 Serum Ab ♂ 2% ♀ 2%
Arinton 2005 Jakarta 81 56.8 (45-75) PCR 41.9% (34/81)
Zhao 2007 Mataram 294 34.0 (6-74) UBT 11.2% (33/294)
HpSA ; Stool antigen, RUT ; Rapid urease test, UBT ; Urea breath test 4
*; this study mentioned that the presence of H. pylori was determined by histology, culture, and RUT
H. pylori infections were diagnosed based on the combined results
of five different methods

X X
X
X

1 2 3 3 5
4 4

Culture Rapid Histology Urine

Urease Test (the updated Sydney System) test

Genotyping Immunohistochemistry 5
http://i.istockimg.com/file_thumbview_approve/54520746/3/stock-illustration-54520746-stomach-symbol-on-black-background-clean-vector.jpg
modification
Method
1

2 5
3

A total of 267 consecutive patients at the five largest islands in Indonesia;

(1) Medan (Sumatera island),
(2) Jakarta (Java island),
(3) (3) Surabaya (Java island),
(4) Pontianak (Borneo island),
(5) Makassar (Sulawesi island),
6
(6) Jayapura (Papua island).
Prevalence of Helicobacter pylori infection in the sixth
largest ethnics number group (%)

Papuan Batak Buginese Chinese Dayak Javanese

n 21 70 30 54 40 42
-29 2 (50.0) 4 (66.7) 2 (66.7) 0 (0.0) 0 (0.0) 0 (0.0)
30-39 2 (33.3) 1 (12.5) 1 (16.7) 1 (14.3) 0 (0.0) 0 (0.0)
40-49 2 (28.6) 11 (52.4) 2 (28.6) 1 (7.7) 2 (20.0) 1 (35.7)
50-59 2 (100) 10 (55.6) 2 (50.0) 2 (20.0) 1 (10.0) 0 (0.0)
60- 1 (50) 2 (11.8) 4 (40.0) 3 (18.8) 0 (0.0) 0 (0.0)
Total 9 (42.9) 28 (40.0) 11 (36.7) 7 (13.0) 3 (7.5) 1 (2.4%)
Overall, the prevalence of H. pylori infection was 22.1% (59/267). We confirmed low
prevalence of H. pylori in Javanese and Papuan, Batak and Buginese ethnics had
higher risk for H. pylori infection than Javanese, Dayak and Chinese ethnics (OR =
30.57, 6.31, 4.95; OR = 28.39, 5.81, 4.61 and OR = 23.23, 4.76, 3.77, respectively, P
<0.05). The age, religion and water source may implicate as a risk factor for H. pylori
infection in Indonesia.
Syam AF, Miftahussurur M, Makmun D, Nusi IA, Zain LH, Zulkhairi, et al.
Risk factors and prevalence of Helicobacter pylori in five largest islands of Indonesia: A preliminary study. PLoS One. 2015;10(11):1–14. 7
 Predominant virulence factors in Indonesian strains
97,7% 93.2%
100% 90.9%
80%
61.4% 63.6%
60%
40%
20%
0%
vacA s1m1 iceA1 positive/iceA2 double positive of oipA `on` dupA negative
negative jhp0562/β-(1,3)galT

in addition to a low H. pylori infection rate, the low incidence of gastric cancer in Indonesia might be
attributed to less virulent genotypes in predominant strains, which are characterized by the East-Asian-
type-cagA with a 6-bp deletion and EPIYT motif, a high proportion of m2, dupA negative or short type
dupA, and the jhp0562/β-(1,3)galT double positive genotype.
Syam AF, Miftahussurur M, Makmun D, Nusi IA, Zain LH, Zulkhairi, et al.
8
Risk factors and prevalence of Helicobacter pylori in five largest islands of Indonesia: A preliminary study. PLoS One. 2015;10(11):1–14.
• In Indonesia, endoscopy services are limited and studies about gastric mucosal status by using
pepsinogens (PGs) are rare. We measured PG levels, and calculated the best cutoff and
predictive values for discriminating gastric mucosal status among ethnic groups in Indonesia. We
collected gastric biopsy specimens and sera from 233 patients with dyspepsia living in three
Indonesian islands. When ≥5.5 U/mL was used as the best cutoff value of Helicobacter pylori
antibody titer, 8.6% (20 of 233) were positive for H. pylori infection.
• PG I and II levels were higher among smokers, and PG I was higher in alcohol drinkers than in
their counterparts. PG II level was significantly higher, whereas PG I/II ratios were lower in H.
pylori-positive than in H. pylori-negative patients. PG I/II ratios showed a significant inverse
correlation with the inflammation and atrophy scores of the antrum. The best cutoff values of PG
I/II were 4.05 and 3.55 for discriminating chronic and atrophic gastritis, respectively. PG I, PG II,
and PG I/II ratios were significantly lower in subjects from Bangli than in those from Makassar
and Surabaya, and concordant with the ABC group distribution; however, group D (H. pylori
negative/PG positive) was the lowest in subjects from Bangli.
• In conclusion, validation of indirect methods is necessary before their application. We confirmed
that serum PG level is a useful biomarker determining chronic gastritis, but a modest sensitivity
for atrophic gastritis in Indonesia. The ABC method should be used with caution in areas with a
low prevalence of H. pylori.

Miftahussurur M, Nusi IA, Akil F, Syam AF, Wibawa IDN, Rezkitha YAA, et al.
Gastric mucosal status in populations with a low prevalence of Helicobacter pylori in Indonesia. PLoS One. 2017;12(5). 9
 ANALYSIS OF RISKS OF GASTRIC CANCER BY GASTRIC
MUCOSA AMONG INDONESIAN ETHNIC GROUPS

• We performed a nationwide survey and obtained histological specimens from 1053

individuals in 19 cities across the country.
• We examined the gastric mucosa, the topography, the atrophic gastritis risk factors, and the
gastric cancer risk scores. Almost half (46.1%) of the patients with dyspeptic symptoms had
histological abnormalities; chronic (36.3%) and atrophic gastritis (28.9%) being the most
frequent. Individuals of the Timor ethnicity had the highest prevalence of acute (52.6%) and
chronic gastritis (68.4%), even those negative for H. pylori.
• Our topographic analysis showed the majority of patients had predominantly antral acute and
chronic gastritis. A multivariate logistic regression model showed age (Odds ratio [OR],
1.107), Timor ethnicity (OR, 8.531), and H. pylori infection (OR, 22.643) as independent risk
factors for presence of atrophic gastritis. In addition, the gastric cancer risk score was highest
in those from Timor, Papuan, and Bugis ethnic populations.
• Overall, Indonesia is a low-risk gastric cancer country. However, several ethnic groups
displayed severe gastric mucosa symptoms suggesting policy makers should focus on those
ethnic groups to perform gastric cancer screenings and to eradicate H. pylori. 10
Miftahussurur M. PLoS One. 2019; 14(5): e0216670.
 Prevalence of antibiotic resistance of H. pylori isolates in Indonesia
Regiment Antibiotics (%)
Characteristic n
CAM AMX MNZ LVX TCN
Total 77 7 (9.1) 4 (5.2) 36 (46.7) 24 (31.2) 2 (2.6)
Gender
Male 38 3 (7.9) 2 (5.2) 21 (55.2) 11 (28.9) 1 (2.7)
Female 39 4 (10.2) 2 (5.1) 15 (38.4) 13 (33.3) 1 (2.6)
Age Groups
17-30 9 0 (0.0) 0 (0.0) 6 (66.6) 3 (33.3) 0 (0.0)
31-40 10 2 (20.0) 0 (0.0) 6 (60.0) 3 (30.0) 1 (10.0)
41-50 21 2 (9.1) 1 (4.7) 5 (22.7) 4 (18.1) 1 (4.5)
51-60 25 1 (4.1) 1 (4.0) 14 (58.3) 10 (41.6) 0 (0.0)
>61 12 2 (16.6) 2 (16.6) 5 (41.6) 4 (33.3) 0 (0.0)
Clinical Outcome
Gastritis 70 6 (8.9) 4 (5.9) 30 (44.7) 21 (31.3) 0 (0.0)
PUD 7 0 (0.0) 0 (0.0) 3 (42.8) 0 (0.0) 0 (0.0)
Abbreviations: AMX, amoxicillin; CAM, clarithromycin; MNZ, metronidazole; TCN, tetracycline; LVX, levofloxacin; PUD, peptic
ulcer disease
Miftahussurur M, Syam AF, Nusi IA, Makmun D, Waskito LA, et al. (2016) Surveillance of Helicobacter pylori Antibiotic Susceptibility in
Indonesia: Different Resistance Types among Regions and with Novel Genetic Mutations. PLOS ONE 11(12): e0166199.
https://doi.org/10.1371/journal.pone.0166199 11
http://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0166199
Prevalence of H. pylori antibiotic resistance in Indonesia by
location
Resistant Regiment (%)
Island n
CAM AMX MNZ* LVX TCN

Bali 6 1 (16.7) 0 (0.0) 2 (33.3) 1 (16.6) 0 (0.0)

Borneo 5 0 (0.0) 0 (0.0) 1 (20.0) 1 (20.0) 0 (0.0)

Java 14 3 (21.4) 0 (0.0) 7 (50.0) 7 (50.0) 2 (14.3)

Papua 7 1 (14.3) 1 (14.3) 3 (42.9) 2 (28.6) 0 (0.0)

Sulawesi 13 1 (7.7) 1 (7.7) 4 (30.8) 2 (15.4) 0 (0.0)

Sumatera 18 1 (5.6) 1 (5.6) 16 (88.9) 8 (44.4) 0 (0.0)

Timor 14 0 (0.0) 1 (7.1) 3 (21.4) 3 (21.4) 0 (0.0)

Abbreviations: AMX, amoxicillin; CAM, clarithromycin; MNZ, metronidazole; TCN, tetracycline; LVX,
levofloxacin
*Strains isolated from Sumatera Island had significantly higher MNZ resistance rates than strains isolated from
other island even after adjusting for ages and sex
Miftahussurur M, Syam AF, Nusi IA, Makmun D, Waskito LA, et al. (2016) Surveillance of Helicobacter pylori Antibiotic Susceptibility in
Indonesia: Different Resistance Types among Regions and with Novel Genetic Mutations. PLOS ONE 11(12): e0166199.
https://doi.org/10.1371/journal.pone.0166199
http://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0166199 12
 NEW ANTIBIOTICS PROJECT

• We have tested 94 Indonesian strain using 5 new regiment (Furazolidone,

Sitafloxacin, Garenoxacin, Rifaximine and Rifabutin)
• The break-off point of these particular antibiotics were:
 Rifaximine (>= 4ug/ml)
 Furazolidone (>= 4ug/ml)
 Garenoxacine (>= 1ug/ml)
 Sitafloxacin (>= 1ug/ml)
 Rifabutin (>= 1ug/ml)

Miftahussurur M, Infect Drug Resist. 2019;12:345–58. 13

 CONCLUSIONS
• The rates of resistance to MNZ and LVX were high in Indonesia, which implies
that MNZ-, and LVX-based triple therapies are not valuable for first-line
treatment of H. pylori in Indonesia.
• In general, we revealed a low prevalence of CAM, AMX, and TCN resistance.
Nevertheless, individuals of several ethnicities were shown to be associated
with a high prevalence of CAM, TC, and MNZ resistance.
• In this manner, CAM- or MNZ-based triple therapy should be used with caution
or should be demographic-based in some regions of Indonesia.
• Furazolidone-, Rifabutin-, Garenoxacin- and Sitafloxacin-based regimens could
become an alternative regimens for second-line and Third-Line drugs to
combat H. pylori infection in Indonesia.
Miftahussurur M, Infect Drug Resist. 2019;12:345–58 14
GASTRIC MICROBIOME

15
 LATAR B E LAKAN G
• Gastritis kronis merupakan penyakit yang relatif umum. Penyebab utama adalah
infeksi H. pylori (Kayaçetin, 2014).

• Indonesia mempunyai prevalensi infeksi H. pylori yang relatif rendah; tetapi

dispepsia dan gastritis masih umum didapatkan (Makmun, 2014).

• Dispepsia termasuk dalam 10 penyakit terbanyak pada pasien rawat inap dan
rawat jalan di rumah sakit di Indonesia (Makmun, 2014),

• Angka kejadian gastritis di Indonesia adalah sebesar 40,8% (WHO, 2013).

16
 LATAR B E LAKAN G
• Peran mikrobiota lambung dalam perkembangan penyakit lambung semakin
jelas (Sheh, 2013).
Prevalensi H. pylori di Indonesia yang rendah memungkinkan
untuk menganalisis peran mikrobiota lambung pada gastritis
• Komposisi mikrobiota lambung dipengaruhi oleh usia, pola diet dan etnik
(Chong, 2015).
• Indonesia terdiri dari ratusan etnis dengan diet khas yang dapat
mempengaruhi komposisi mikrobiota lambung.
• Indonesia merupakan populasi ideal untuk menganalisis
perbandingan komposisi mikrobiota lambung antar etnik

17
 LATAR B E LAKAN G
• Mikrobiota lambung dapat menginduksi reactive oxygen dan nitrogen species
melalui enzim detoksifikasi yang membatasi produksi nitric oxide (Sheh, 2013).
Hal ini akan dapat memicu peningkatan sitokin pro inflamasi yang memicu
peradangan pada sel epitel lambung (Cao, 2015).
• Berbagai produk bakteri non-H. pylori mungkin dapat bertahan di lambung sebagai
stimulator antigenik yang disebabkan infeksi H. pylori dan koinfeksi ini dapat
meningkatkan perkembangan gastritis atrofi (Sanduleanu et al., 2001).
• Mikrobiota lambung : Lactobacillus, Bifidobacterium dan Saccharomyces dapat
mencegah terjadinya adesi, kolonisasi dan pertumbuhan H. pylori di mukosa
lambung (Zaman et al., 2010).
• Dilaporkan ada perbedaan signifikan keragaman mikrobiota usus diantara
kelompok etnis Cina, Eropa dan Amerika (Liao et al., 2018). 18
 LATAR B E LAKAN G
• Sebagian besar studi mikrobiota dan H. pylori dengan model hewan dan dibatasi oleh metode
menggunakan feses (Brooks, 2018).
komposisi mikrobiota yang dapat menghambat atau mendukung kolonisasi
intragastrik H. pylori belum atau tidak dapat dipahami secara komprehensif.
• Dengan perkembangan biologi molekuler dan teknik identifikasi bakteri 16Sr RNA, komposisi flora
lambung secara bertahap dapat dianalisis lebih detail.
Next generation sequencing dengan strategi metagenomics cukup menjanjikan untuk
mendapatkan informasi flora lambung yang lebih rinci dan menunjukkan bahwa sejumlah besar
bakteri selain H. pylori ada di lambung

19
 Ekstraksi DNA dan Amplifikasi PCR dari 16s rRNA
• DNA library divalidasi menggunakan sistem bioanalisis MCE-202 MultiNA
(Shimadzu, Kyoto, Jepang) dan sistem QuantFluor dsDNA (Promega
Corporation, Madison, WI, USA)
• Akhirnya, pooled 5 pM of DNA library didenaturasi dengan 0,2N NaOH dan
dicampur dengan PhiX Control v3 (Illumina Inc., CA) pada 15% dari konsentrasi
akhir seperti yang dijelaskan dalam prosedur Illumina.
• Paired-end sequencing dilakukan dengan NGS MiSeq platform (Illumina Inc.,
CA) dengan kit MiSeq Reagent versi 3 (2 × 300 bp Paired-End Reads) (Illumina
Inc., CA).
• 16s rRNA gen DNA library sampai dengan Paired-end sequencing dilakukan di
Global Oita Medical Advanced Research Center for Health, Oita University, Yufu,
Jepang.
20
1. Karakteristik Umum Subjek Penelitian
• 784 Sampel biopsi :
97 sampel biopsi dieksklusi karena hasil histologi tidak lengkap
687 sampel biopsi dilanjutkan untuk diteliti

• Kemudian randomisasi dengan melakukan algoritme pembobotan pada setiap

etnis dan lokasi terlepas dari status H. pylori, sehingga terpilih 192 sampel

• 14 sampel mempunyai kualitas suboptimal untuk deteksi 16s rRNA gene

libraries, sehingga tersisa 178 sampel yang dilakukan analisis

• H. pylori positif berdasarkan histologi dan dikonfirmasi oleh imunohistokimia atau

kultur : 16,3% (29/178)

Miftahussurur M, Helicobacter, 2020 Aug 1;25(4):e12695 21

2. Komposisi Mikrobiota Lambung
• Analisis OTU menunjukkan pembagian taksonomi bakteri ke dalam 68 kelas, 135 ordo, dan 253
famili. 5 peringkat terbesar sesuai kelas, ordo, dan famili

Kelas Ordo Famili

Epsilonproteobacteria Campylobacterales Helicobacteraceae

Bacilli Lactobacillales Streptococcaceae

Bacteroidetes Bacteroidales Prevotellaceae

Negativicutes Vellionellales Veillonellaceae

Actinobacteria Actinomycetales Micrococcaceae

• 41 sampel dieksklusi karena hasil status H. pylori yang bertentangan yaitu adanya perbedaan
hasil antara histologi, kultur dan 16s rRNA.
• 137 sampel tersisa (tabel 5.3) dianalisis pada tahap berikutnya terdiri dari :
27 H. pylori positif dan 110 H. pylori negatif
79 laki-laki dan 58 perempuan
rerata usia 48,34±14,8 tahun Miftahussurur M, Helicobacter, 2020 Aug 1;25(4):e12695 22
 3. Hubungan Infeksi H. pylori dengan komposisi
mikrobiota lambung
• Didapatkan α-diversity yang secara signifikan lebih rendah pada sampel H. pylori positif (n = 22)
dibandingkan dengan sampel H. pylori negatif (n = 110) (semua p <0,001)

• Kelompok H. pylori positif memiliki jumlah OTU yang lebih rendah yang berarti menunjukkan keragaman
yang lebih rendah dibandingkan dengan sampel H. pylori negatif.
• Kelompok H. pylori positif juga memiliki skor Pielou’s index untuk evenness yang lebih rendah, berarti
menunjukkan dominasi oleh satu atau lebih OTU. 23

Miftahussurur M, Helicobacter, 2020 Aug 1;25(4):e12695

3. Hubungan Infeksi H. Pylori dengan Komposisi
Mikrobiota Lambung
• Perbedaan dalam β-diversity antara kelompok H. pylori positif dan H. pylori-negatif menunjukkan
posisi klaster yang berbeda

• Analisis PERMANOVA dari Bray-Curtis distance matrix mendukung hasil tersebut bahwa terhadap
pengelompokan berbeda dari H. pylori positif dibandingkan dengan kelompok H. pylori negatif
terutama terkait dengan perbedaan dalam komposisi mikroba (R2 = 0,248, p <0,001).
24
Miftahussurur M, Helicobacter, 2020 Aug 1;25(4):e12695
3. Hubungan Infeksi H. Pylori dengan Komposisi
Mikrobiota Lambung
• Kelimpahan relatif Family Helicobacteraceae (74,6%) pada sampel H. pylori positif
• Families Streptococcaceae (25,9%), Prevotellaceae (13,5%), dan Veillonellaceae (10,8%) pada kelompok
H. pylori negatif.

• Pada tingkat spesies, H. pylori memiliki kelimpahan relatif 76,2% pada kelompok H. pylori-positif.
• Pada kelompok H. pylori negatif,
Prevotella melaninogenica memiliki kelimpahan relatif 23,5%,
Rothia mucilaginosa memiliki kelimpahan relatif 19,5%,
Veillonella dispar memiliki kelimpahan relatif 18,6%, dan 25
Haemophilus parainfluenzae memiliki kelimpahan relatif 7,2%.
Miftahussurur M, Helicobacter, 2020 Aug 1;25(4):e12695
4. Hubungan Etnik dengan Komposisi Mikrobiota
Lambung
• Didapatkan perbedaan signifikan dalam α-diversity (semua P <0,001) di antara kelompok etnis
yang berbeda.

• Analisis berpasangan menunjukkan kelompok etnis Timor (n = 9), Bali (n = 7), dan Papua (n = 9) memiliki α-
diversity yang secara signifikan lebih rendah dari etnik Jawa (n = 30), Dayak (n = 12), Cina (n = 11), Bugis (n =
33), dan Batak (n = 26)

Miftahussurur M, Helicobacter, 2020 Aug

1;25(4):e12695

26
4. Hubungan Etnik dengan Komposisi Mikrobiota
Lambung
• Dalam kelompok H. pylori negatif , tidak ada perbedaan yang signifikan dalam α-
diversity (p >0,05).

• Tetapi analisis dengan β-diversity mendapatkan hasil yang signifikan saat dikaitkan
dengan kelompok etnis berdasarkan analisis PERMANOVA dari Bray-Curtis
dissimilarity matrix (p = 0,023, R2 = 0,086). Hasil ini menunjukkan OTU dominan di
beberapa kelompok etnis 27
Miftahussurur M, Helicobacter, 2020 Aug 1;25(4):e12695
4. Hubungan Etnik dengan Komposisi Mikrobiota Lambung

• Kelompok H. pylori positif secara signifikan lebih rendah dibandingkan dengan

kelompok H. pylori negatif dalam species richness, evenness, Faith’s phylogenetic
diversity dan Shannon’s diversity indexes ( semua p <0,001).

28

Miftahussurur M, Helicobacter, 2020 Aug 1;25(4):e12695

4. Hubungan Etnik dengan Komposisi Mikrobiota Lambung
Untuk menemukan kandidat OTU dilakukan analisis LEfSe hanya pada sampel H. pylori
negatif, beberapa OTU mempunyai hubungan dengan etnik tertentu.
Contohnya
• Streptococcus sp. dan Micrococcus luteus berkaitan dengan etnis Timor (skor Linier
Discriminant Analysis [LDA] masing-masing sebesar 4,78 dan 3,56,).
• Sphingomonas yabuuchiae dikaitkan dengan etnis Papua (skor LDA sebesar 3,82).
• Bulledia sp. dan Atopobium sp. dikaitkan dengan etnis Jawa (skor LDA masing-masing
sebesar 3,89 dan 3,87).
• Analisis ANOVA menunjukkan
perbedaan signifikan dalam
kelimpahan relatif Bulledia sp.,
Prevotella nanciensis, dan
Prevotella intermedia di antara
kelompok etnis ( p = 0,022, p =
0,048 dan p <0,001,)
29

Miftahussurur M, Helicobacter, 2020 Aug 1;25(4):e12695

5. Hubungan Keparahan Gastritis dengan Komposisi
Mikrobiota Lambung
• Data keparahan gastritis (Update Sydney System ) 137 sampel biopsi lambung
- - 60 sampel (43,78%) tidak memiliki nilai positif pada semua stadium
gastritis,
- 43 sampel (31,39%) gastritis akut,
- 62 sampel (45,26%) gastritis kronik,
- 53 sampel (38,69%) gastritis atrofi
- 4 sampel (2,92%) intestinal metaplasia.

• Tidak ada sampel dari pasien dengan kanker lambung.

• Karena jumlah kelompok sedikit maka analisis selanjutnya dikelompokan
sebagai:
- gastritis akut dan gastritis kronik sebagai kelompok gastritis.
- gastritis atrofi dan intestinal metaplasia sebagai kelompok prakanker. 30

Miftahussurur M, Helicobacter, 2020 Aug 1;25(4):e12695

5. Hubungan Keparahan Gastritis dengan Komposisi Mikrobiota Lambung

• Analisis LEfSe menunjukkan hubungan antara kerusakan mukosa lambung dengan OTU H. pylori dan
Helicobacter sp.(masing-masing skor LDA = 4,83 dan 3,69)

• Analisis ANOVA mengkonfirmasi jumlah berlebih dari H. pylori dan Helicobacter sp. pada kelompok gastritis dibandingkan
kelompok normal (masing-masing p <0,001 dan p = 0,012).
• Pada kelompok H. pylori negatif, kerusakan mukosa lambung berkaitan dengan Lactobacillus sp., Paludibacter sp.,
Dialister sp., dan Scardovia sp. (masing-masing skor LDA = 3,86, 3,56, 3,52 dan 3,52)

Miftahussurur M, Helicobacter, 2020 Aug

1;25(4):e12695
31
 5. Hubungan Keparahan Gastritis dengan Komposisi Mikrobiota Lambung

• Didapatkan perbedaan bermakna α-diversity antar kelompok pra-kanker (gastritis atrofi dan intestinal
metaplasia), gastritis, dan mukosa normal (semua p <0,001).
• Keragaman terendah diamati pada kelompok prakanker, diikuti kelompok gastritis dan mukosa normal.
• Pada kelompok H. pylori-positif, α-diversity signifikan lebih rendah pada kelompok prakanker dibanding dengan
kelompok gastritis (p = 0,02, p = 0,023, dan p = 0,012, masing-masing).
• Pada kelompok H. pylori negatif, evenness berkurang pada kelompok gastritis dan prakanker dibandingkan
dengan mukosa normal (p = 0,067)
• Analisis LEfSe menunjukkan kelompok pra kanker berhubungan dengan Corynebacterium sp. dan Rothia
dentocariosa (skor LDA = 3,56 dan 3,47), dan kelompok gastritis berhubungan dengan Paludibacter sp. (skor LDA
= 3,43)

• Analisis ANOVA menunjukkan Rothia dentocariosa memiliki

kelimpahan relatif yang lebih tinggi secara signifikan pada
kelompok prakanker dibandingkan dengan kelompok lain (p
= 0,037).

Miftahussurur M, Helicobacter, 2020 Aug 1;25(4):e12695 32

1. Karakteristik Umum Subjek Penelitian
• Ketidaksesuaian antara analisis histologis dan analisis 16s rRNA pada 39 sampel
(dieksklusi) dapat disebabkan densitas bakteri lambung yang sangat rendah sehingga tidak
terdeteksi dengan analisis histologis.

• Terdapat 2 sampel dengan H. pylori positif secara histologi tetapi tidak terdeteksi dengan
16s rRNA mungkin disebabkan H. pylori berkoloni tidak merata di seluruh bagian lambung.

• Sampel biopsi untuk analisis histologis dan mikrobiota pada penelitian ini diambil tidak di
lokasi yang sama persis walaupun berasal dari lokasi lambung yang sama, sehingga ada
kemungkinan densitas berbeda diantara kedua spesimen tersebut.

• Analisis H. pylori dengan 16s rRNA mempunyai sensitifitas yang lebih tinggi dibandingkan
dengan analisis histologi sehingga mungkin terjadi negatif palsu (Peek, 1995; Ramírez-
Lázaro, 2011).

Miftahussurur M, Helicobacter, 2020 Aug 1;25(4):e12695 33

2. Komposisi Mikrobiota Lambung
• Penelitian ini ( metagenomics )
- Mendeteksi 843 OTU , secara umum terdeteksi lebih rendah dibandingkan
penelitian sebelumnya.
- Jumlah total per OTU minimum adalah 219 (Bulledia) dan maksimum adalah
77.389 (H. pylori).
- Dari total OTU tersebut terbagi menjadi 35 filum, 68 kelas, 135 ordo, dan
253 famili.

• Gantuya, 2019 : meneliti mikrobiota lambung etnik Mongolia

- mampu mengidentifikasi total 2.550 OTU ; 125 OTU mempunyai
kelimpahan relatif yang rendah.
- jumlah total per OTU minimum adalah 41 (Fusobacterium) dan maksimum
adalah 4.513.446 OTU (H. pylori)
Miftahussurur M, Helicobacter, 2020 Aug 1;25(4):e12695 34
2. Komposisi Mikrobiota Lambung
• Deteksi bakteri non H .pylori :
- Pada etnik Afrika-Amerika dapat terdeteksi 1883 bakteri non H. pylori yang
terbagi dalam 128 filum (Bik, 2006)
- Pada sampel biopsi di Rumah Sakit Hongkong terdeteksi 1223 bakteri
non H. pylori dan 133 filum (Li, 2009).

• Sehingga secara umum kelimpahan relatif mikrobiota lambung populasi

Indonesia lebih rendah dibandingkan etnik Mongolia, etnik Afrika-Amerika dan
Hongkong.

• Pada Penelitian ini famili Helicobacteraceae :

- Memiliki kelimpahan relatif sangat tinggi pada kelompok H. pylori-positif,
- Mewakili lebih dari tiga perempat dari total keluaran famili ,
- Menunjukkan bahwa famili Helicobacteraceae adalah bakteri yang 35
mempunyai koloni terbesar. Miftahussurur M, Helicobacter, 2020 Aug 1;25(4):e12695
3. Hubungan Infeksi H. pylori dengan Komposisi Mikrobiota Lambung

• Pada penelitian ini α-diversity pada sampel H. pylori positif signifikan lebih
rendah dibanding dengan sampel H. pylori negatif.
- Status infeksi H. pylori adalah faktor penting menentukan keanekaragaman
mikrobiota lambung, sehingga proporsi Helicobacteraceae akan menjadi paling
tinggi pada kelompok H. pylori positif (Andersson, 2008; Bik, 2006).

Hal ini berarti bahwa H. pylori mampu berkolonisasi secara berkelompok, bersifat
homogen dan lebih dominan dibandingkan dengan bakteri lainnya.
Koloni H. pylori yang terbentuk akan mampu memenangkan persaingan dan
menekan pertumbuhan koloni bakteri lainnya.

• Penelitian di Malaysia mendapatkan keragaman taxa mikrobiota lambung tidak

dipengaruhi oleh kehadiran H. pylori (Khosravi Y, 2014b).

Miftahussurur M, Helicobacter, 2020 Aug 1;25(4):e12695 36

3. Hubungan Infeksi H. pylori dengan Komposisi Mikrobiota Lambung
• Streptococcaceae, Prevotellaceae, dan Veillonellaceae merupakan tiga genus bakteri
dengan kelimpahan tertinggi dalam kelompok H. pylori negatif di Indonesia pada
penelitian ini (konsisten dengan peneliti lain)
• Pada lambung etnik Afrika-Amerika diidentifikasi lima genus dominan yaitu
Streptococcus, Prevotella, Rothia, Fusobacterium dan Veillonella (Bik EM, 2006).
• Pada 10 subyek sehat dari rumah sakit Hongkong diidentifikasi lima genus dominan yaitu
Streptococcus, Prevotella, Neisseriae, Haemophilus dan Porphyromonas (Li, 2009).

• - Secara garis besar komposisi mikrobiota cenderung sama,

- Tetapi berbeda urutan proporsinya
- Kemungkinan disebabkan perbedaan etnik, gaya hidup dan pola diet

Miftahussurur M, Helicobacter, 2020 Aug 1;25(4):e12695 37

4. Hubungan Etnik dengan Komposisi Mikrobiota Lambung

• Richness dan evenness mikrobiota :

kelompok etnis Timor, Bali, dan Papua lebih sedikit dibandingkan dengan
kelompok etnis Jawa, Dayak, Cina, Bugis, dan Batak.

• Analisis berdasarkan status H. pylori, tidak ada perbedaan signifikan dalam

komposisi mikrobiota lambung antar kelompok etnis yang berbeda di antara
individu H. pylori positif. Hal ini mungkin disebabkan H. pylori mendominasi
komposisi mikrobiota.

• Tidak ditemukan perbedaan signifikan dalam α-diversity antar kelompok etnis yang
berbeda pada kelompok H. pylori negatif.

• Perbedaan ini lebih mungkin dijelaskan oleh prevalensi H. pylori yang lebih tinggi
pada kelompok etnis ini seperti yang dijelaskan pada penelitian sebelumnya
38
(Miftahussurur, 2016; Syam, 2015) Miftahussurur M, Helicobacter, 2020 Aug 1;25(4):e12695
4. Hubungan Etnik dengan Komposisi Mikrobiota Lambung

• Pada kelompok H. pylori negatif, terdapat hubungan signifikan antara β-diversity

dan kelompok etnis berdasarkan analisis PERMANOVA yang menunjukkan
adanya OTU dominan pada masing-masing kelompok etnis.
- Streptococcus sp. dominan pada etnis Timor,
- Sphingomonas yabuuchiae dominan pada etnis Papua,
- Bulledia sp. dominan pada etnis Jawa.

analisis PERMANOVA ini cukup penting karena mungkin dapat digunakan

sebagai penanda bakteri dominan dari mikrobiota lambung etnik tertentu,
atau pada orang yang mempunyai pola diet seperti etnik tertentu
(perlu pembuktian lebih lanjut).

• Delapan etnik dalam penelitian ini mempunyai pola diet yang berbeda.
• Keterlibatan 8 etnik pada penelitian ini cukup baik karena secara garis besar39dapat
mewakili pengaruh pola diet di masyarakat indonesia. Miftahussurur M, Helicobacter, 2020 Aug 1;25(4):e12695
 5. Hubungan Keparahan Gastritis dengan Komposisi
Mikrobiota Lambung
• Hasil penelitian ini tentang keparahan gastrtis ( kriteria dari Update Sydney System)
- Gastritis terdiri dari gastritis akut (31,39%) dan gastritis kronik (45,26%),
- Gastritis atrofi (38,69%),
- Intestinal metaplasia (2,92%).
• Penelitian keparahan gastritis di masyarakat Indonesia di 19 kota Indonesia
- Gastritis akut (16,9%, 178/1053),
- Gastritis kronik (36,3%, 350/1053)
- Gastritis atrofi (28,9%, 305/1053),
- Intestinal metaplasia (2,8%, 30/1053) (Miftahussurur, 2019).
• Pada studi ini, analisis menunjukkan faktor mikrobiota berhubungan dengan kerusakan
mukosa lambung dan bahwa H. pylori serta Helicobacter sp. memiliki efek terbesar terhadap
kerusakan mukosa lambung.
• Indonesia memiliki prevalensi rendah infeksi H. pylori tetapi prevalensi tinggi kasus dispepsia
(Makmun, 2014; Miftahussurur, 2019; Syam, 2015).
Oleh karena itu, ketika menganalisis hubungan antara mikrobiota lambung dan keparahan
gastritis harus difokuskan pada subjek dengan H. pylori negatif. 40

Miftahussurur M, Helicobacter, 2020 Aug 1;25(4):e12695

5. Hubungan Keparahan Gastritis dengan Komposisi
Mikrobiota Lambung
Analisis β-diversity.
- Lactobacillus sp., Paludibacter sp., dan Dialister sp. secara signifikan lebih tinggi
pada subjek dengan kelainan lambung.
• Paludibacter sp :
- Analisis LEfSe menunjukkan bahwa Paludibacter sp. mempunyai pengaruh
hubungan terbesar dengan kelompok gastritis.
- Paludibacter adalah genus bakteri Gram-negatif yang non-motil; anaerob; dan
kurangnya aktivitas pengurangan oksidase, katalase, dan nitrat (Ueki, 2006).
- Dilaporkan Paludibacter sp. berkurang signifikan pada subjek dengan pengobatan
PPI (Parsons, 2017).
- Paludibacter sp. mungkin berperan dalam perkembangan penyakit lambung.
• Dialister sp.
- Patogen oral yang dihipotesiskan berperan dalam perkembangan kanker lambung
(Coker, 2018).
- Dilaporkan membentuk interaksi yang terjadi bersamaan dan semakin menguat seiring
dengan perkembangan penyakit lambung (Coker, 2018). 41

Miftahussurur M, Helicobacter, 2020 Aug 1;25(4):e12695

5. Hubungan Keparahan Gastritis dengan Komposisi
Mikrobiota Lambung

• Haemophilus parainfluenzae
dari pasien lambung yang achlorhydric dapat meningkatkan akumulasi nitrit yang
merupakan prekursor senyawa N- nitroso yang bersifat karsinogenik dapat
terbentuk di saluran pencernaan melalui kombinasi reaksi kimia dan enzimatik,
dan semakin lama berlangsung, semakin besar kecenderungan karsinogen
terbentuk (Gantuya, 2019).
• Pada penelitian ini jumlah Haemophilus parainfluenzae rendah yaitu hanya
sebesar 7,2% pada kelompok H. pylori negatif.
• Studi lebih lanjut tentang mikrobiota lambung pada etnik dengan resiko kanker
lambung yang tinggi dibutuhkan untuk mengkonfirmasi peran Haemophilus
parainfluenzae sebagai salah satu agen pencetus kanker lambung di masyarakat
Indonesia.
42
Miftahussurur M, Helicobacter, 2020 Aug 1;25(4):e12695
KESIMPULAN
1. 178 sampel biopsi subjek penelitian berasal dari 12 senter Gastroentero -Hepatologi di
Indonesia, mencakup 8 etnik . H. pylori positif (konfirmasi histologi dan
imunohistokimia atau kultur) : 16,3% (29/178) .
Derajat keparahan dikelompokan menjadi kelompok gastritis ( akut dan kronis) dan
kelompok pra kanker.
Analisa selanjutnya menggunakan 137 sampel biopsi karena 41 sampel terdapat
ketidak sesuaian hasil histologi , imunohistokmia dan kultur
2. Lima peringkat terbesar komposisi mikrobiota lambung yaitu famili Helicobacteraceae,
Streptococcaceae , Prevotellaceae, Veillonellaceae dan Micrococcaceae.
Famili Helicobacteraceae memiliki kelimpahan relatif sangat tinggi pada kelompok
H. pylori positif, mewakili lebih dari tiga perempat dari total keluaran famili.
3. Komposisi mikrobiota secara signifikan lebih rendah pada sampel H. pylori positif
dibandingkan dengan sampel H. pylori negatif .
Streptococcaceae, Prevotellaceae, dan Veillonellaceae merupakan tiga genus bakteri
dengan kelimpahan tertinggi dalam kelompok H. pylori negatif.
43
Miftahussurur M, Helicobacter, 2020 Aug 1;25(4):e12695
KESIMPULAN
4. Etnik mempunyai hubungan dengan komposisi mikrobiota lambung pada
masing-masing kelompok etnis, yaitu Streptococcus sp. adalah spesies
dominan dalam spesies H. pylori negatif dari etnis Timor, Sphingomonas
yabuuchiae dominan pada orang-orang dari etnis Papua, dan Bulledia sp.
dominan pada etnis Jawa.

5. Keparahan gastritis mempunyai hubungan dengan komposisi mikrobiota

lambung.
Helicobacter sp. mempunyai efek terbesar terhadap kerusakan mukosa
lambung. Pada kelompok H. pylori negatif; Lactobacillus sp.,
Paludibacter sp., Dialister sp., dan Scardovia sp. mempunyai hubungan
dengan kerusakan mukosa lambung.

Miftahussurur M, Helicobacter, 2020 Aug 1;25(4):e12695 44

TERIMA KASIH

45