Acids, pH, and Buffers:

Some Basic Chemistry for Biological

Science

Terry Platt
University of Rochester

Internal use
Paul Mathews has just learned about acidity
in his chemistry class, and…
• surprises his parents with questions about
the acidity of common substances, such as:
 Coffee pH 5!
 Vinegar pH 3!
• Can you guess the pH of tomatoes? Cola or
beer? Lemon juice? Your stomach?

But what is an acid, and what is pH?

Internal use
 What is an Acid?
An acid is a substance which, when dissolved in
water, releases protons.
The extent of dissociation, that is, the amount of
protons released compared to the total amount of
compound, is a measure of the strength of the acid.
For example, HCl (hydrochloric acid) is a strong acid,
because it dissociates completely in water,
generating free [H+] and [Cl-].
Acidity can be measured on a scale called pH (more
scarily, “the negative logarithm of the hydrogen ion
concentration”).
3
Internal use
 pH SOURCE: http://en.wikipedia.org/wiki/Image:PH_scale.png#file

[H+] M A strong acid

100
 Most living cells have a very 10-1
narrow range of tolerance for pH, 10-2
i.e. [H+]. 10-3
10-4

 The [H+] concentration will be 10-5

important (either explicitly or 10-6
implicitly) for many other topics in 10-7
biology. 10-8
10-9
 [H+] is controlled in all biological 10-10
organisms, and in virtually all 10-11
biochemical experiments.
10-12
10-13
 Each pH unit represents a factor A strong base
10-14
of 10 difference in [H+].

The pH scale goes from 0 to 14—because [H+][OH-] = 10 -14use

Internal 4
¿Por qué el agua de la lluvia no presenta un pH
neutro?

A.- Porque se combina con el CO2 atmosférico y se

basifica.
B.- Porque se combina con el CO2 atmosférico y se
acidifica.
C.- Porque se combina con el O2 atmosférico y se
basifica.
D.- Todas son ciertas.

Internal use
Indica cómo varía la concentración de H+ cuando el
pH pasa de 7,00 a 7,30

A.- Aumenta 0,3 unidades

B.- Se duplica.

C.- Se hace la mitad.

D.- Disminuye 0,3 unidades

Internal use
Si la [OH-] de una solución es igual a 10-13,2 ¿Cuál
será su pH?
A.- 7,3
B.- 13,2
C.- 0,8
D.- 4,7

Internal use
The Conceptual Problem with pH

Because it’s a logarithmic scale, it doesn’t make

“sense” to our brains.
But Paul explains it well—every factor of 10
difference in [H+] represents 1.0 pH units, and
Every factor of 2 difference in [H+] represents 0.3
pH units.
Therefore, even numerically small differences in pH,
can have profound biological effects…

Internal11
use
But What’s a Weak Acid?

Some substances, like acetic acid (vinegar!)

dissociate poorly in water.
Thus, they release protons, but only a small fraction
of their molecules dissociate (ionize).
Such compounds are considered to be weak acids.
Thus, while 1 M HCl is pH = 0 (why?), 1 M acetic acid
is only pH = 2.4…

Internal use
Weak acids thus are in equilibrium
with their ionized species:
Governed by the Law of Mass Action, and
characterized by an equilibrium constant:

-
HA H+ +A
-
Keq = [H ][A ]
+

[HA] Internal use

Un ácido fuerte se diferencia de uno débil en que:

A.- En que un ácido fuerte puede actuar como sistema

tampón independientemente del pH del medio y el
ácido débil solo a pH por debajo de 7.
B.- En una disolución el ácido fuerte se disocia
completamente y el débil lo hace parcialmente.
C.- Al añadir a una disolución un ácido fuerte el pH
disminuye y al añadir un ácido débil el pH aumenta.
D.- Los ácido fuertes están presentes en los sistemas
biológicos y los débiles no.

Internal use
Water: A Very Weak Acid

+ +
hydronium ion hydroxide ion
2 H2O H3O+ + OH-
(an acid) (a base)

But this hardly happens at all: In fact, at equilibrium,

[H+] = [OH-] = 0.0000001 M = 10-7 M = pH 7

Indeed, only two of every 109 (1 billion) molecules in pure water are
ionized at any instant Internal use
Comparative Equilibrium Constants

• Water: Keq = 1.8 x 10-16

• Acetic acid Keq = 1.7 x 10-5

A 100 billion-fold difference…

But still, of every 1000 acetic acid molecules in a 1

M solution of acetic acid, only 4 are ionized.

Can you figure out how to figure that out?

Internal use
For biological systems:

 Ionization of a strong acid is TOO BIG!

 Ionization of water itself is way TOO LITTLE!

 Ionization of a weak acid is JUST RIGHT!

Internal use
Weak acids, their conjugate bases,
and buffers…

 Weak acids have only a modest tendency to shed

their protons (definition of an acid).
 When they do, the corresponding negatively
charged anion becomes a willing proton acceptor
and is called the conjugate base.
 The properties of a buffer rely on a balance between
a weak acid and its conjugate base.

Internal use
¿Cuál de las siguientes sustancias puede
actuar como ácido y como base (sustancia
anfótera)?

A.-HCO3-
B.-H3O+
C.-CO3 2-
D.-CH3COO-

Internal use
 HA H+ + A-

[H+] [A-] Ka ↑ strong acid

Ka = Ka ↓ weak acid
[HA]
pKa ↓ strong acid
pKa = -log Ka pKa ↑ weak acid

-log[H+] = -log Ka + log [A-]

[HA]
Internal use
 -log[H+] = -log Ka + log [A-]
[HA]
Sustituyendo –log[H+] y –log ka

pH = pKa + log [A-]

[HA]
Ecuación de Henderson-Hasselbalch

 ↑[A-] → ↑ pH
 ↑[AH]→ ↓ pH
 [A-] = [AH] → pH = pKa
Internal use
En un ácido HA, a pH 7 las concentraciones de
HA y de A- son 0,02 M y 0,01 M,
respectivamente. ¿Cuál es el valor de pKa para
HA?
A.-5,7
B.-7,3
C.-6,3
D.-6,7

Internal use
La relación HPO42- / H2PO4- (pKa= 7,2) en un
medio cuyo pH es 7,5
A.-Es igual a 10
B.-Es igual a 2.
C.-Es igual a 1/2.
D.-Es igual a 1/10

Internal use
Si el pKa de un ácido tiene un valor de 3,7
podemos afirmar que:

A. A pH=2 presenta carga negativa.

B. Puede actuar como sistema tampón a pH
fisiológico.
C. pH=6 se encuentra mayoritariamente en su
forma básica.
D. Si aumenta su concentración intracelular el pH
también aumenta,
Internal use
Internal use
 Ionization of acetic acid:
Resisting changes both ways

OH- H2O

Acetic acid HAc Ac- Acetate

(CH3COOH) (CH3COO-)

H+
Internal31
use
Indique a qué pH la solubilidad en agua del
paracetamol (pKa=9,9) será mayor.

A.- pH=12.
B.- pH=1.
C.- pH= 7,3.
D.- pH=9.

Internal use
El ácido ascórbico o vitamina C (en la figura) presenta
dos pKa (4,17 y 11,6). Indica en qué forma se
presentará en la matriz extracelular si el pH es de 7,0.

A.- Cargado positivamente

B.- Cargado negativamente.
C.- Descargado.
D.- Todas son falsas

Internal use
 Otros escenarios clínicos en los
que el pH se ve alterado
 Linda es una mujer de 26 años a quien se diagnosticó
diabetes mellitus tipo I a la edad de 12 años. Tiene una
deficiencia absoluta de insulina como efecto de la
destrucción inmunitaria de las células β del páncreas.
En consecuencia, depende de inyecciones diarias de
insulina para impedir las elevaciones graves de glucosa
y cuerpos cetónicos en la sangre.

Lieberman & Marks. “Bioquímica Médica Básica: Un enfoque Clínico” 4ª Ed. LWW.
Internal36
use
 Durante una crisis diabética se obtienen muestras
sanguíneas y de orina de Linda para medir una serie de
parámetros. Los resultados revelan una alta glucemia,
pH sanguíneo bajo, cuerpos cetónicos elevados en
sangre y orina, baja PaCO2 y bajo el bicarbonato
plasmático.

Lieberman & Marks. “Bioquímica Médica Básica: Un enfoque Clínico” 4ª Ed. LWW.
Internal use
 A Michael, como a cualquier otra persona que
consuma alcohol de manera excesiva, se le puede
detectar acidosis metabólica. Los principales ácidos
débiles involcrados serían el ácido láctico, el ácido
úrico y los cuerpos cetónicos.

Megan M. Emge, Zenobia N. Okwunwanne, Raphinos Uragu, Johnna L. Yowell and

Breanna N. Harris; Department of Biological Sciences, Texas Tech University
Internal use