Pathogen 

Environmental 
Monitoring
Thomas M. Jones
 Pathogen Monitoring Program (PEM)
• An ongoing sampling & testing 
process that measures the 
effectiveness of the 
contamination control measures 
in a plant.

• Pathogens of greatest concern 
are Salmonella, Listeria and E. 
coli O157.
 How it’s Done…
• By collecting samples of the 
plant environment:
9 Surface swabs.
9 Dust, scrapings.
9 Water/air.
• Sampling Tools can include:
9 Swabs (sponge & “Q‐tip®” style).
9 Sterile scoops, spatulas & sample 
cups.
 Samples Analyzed For:
• Indicator Organisms.
9 Non‐pathogens.
9 Indicators for contamination.
9 Examples:
¾ Aerobic plate count (APC).
¾ Coliforms. 
¾ Total Enterobacteriacea (TEB).

• Pathogens…
Salmonella Listeria O157
 The Plant Environment
• Pathogens enter the plant in many 
ways (raw products, ingredients, pests, 
workers).
• Once inside, they persist in niches and 
move through the facility (dust, traffic 
flow, condensation).
• Grow/survive within the plant.
• This a perfect recipe for 
recontamination!
 Concerns with Salmonella
• There are over 2,400 serotypes of 
Salmonella bacteria.
• May infect over 1 million 
Americans/yr. via tainted food 
(CDC).
• Survives well in the environment 
and is known to tolerate heat and 
dry conditions.
The Salmonella Control Equation
 The Primary Salmonella Control 
Area (PSCA)
• The area with the highest hygiene 
requirements (& risks).
• Product is exposed prior to final 
sorting/packaging.
• Especially sensitive with post‐
lethality‐treated product.
 The Primary Salmonella Control 
Area (PSCA)
• Should be physically separate 
from the rest of the facility.
• PSCA controls include:
9Barriers.
9Airflow changes/filtration.
9Traffic control (people, materials).
9Special sanitation measures.
PSCA Example
 E. coli O157:H7
• O157 survives well in the environment 
(spinach) and is pH resistant (fruit juices).
• Isolated from food contact surfaces (Ex: 
meat processing facilities).
• Survival at low moisture?
‐ Contamination of nuts, wheat flour reported. 
‐ Challenge studies suggest survival ranking of 
Salmonella > O157 > Listeria.
 Listeria
• Includes 6 species of common soil 
bacteria. One species (Listeria
monocytogenes) is a human pathogen.
• Likes wet areas of the facility (drains, 
condensate, chillers).
• Good sanitation & environmental 
monitoring are critical to control.
 Establishing the PEM Program 
• Step one is pick your team (like HACCP).
9 Sanitation, quality, production, 
maintenance, consultants.

• Evaluate the process flow & risks.
9 Recontamination threats!
• Define your hygiene areas:
9 PSCA.
9 Basic GMP Area.
9 Non‐process Area.
 Establishing the PEM Program
• Based on their findings, the team selects 
sampling sites.

• The “swabbing equation”:

Potential Risk =  Frequency

• “Zoning” is a helpful concept in site 
selection…
 Zone 1 Sites
• Direct product contact surfaces.
• Exposed product prior to package 
sealing.
• Examples:
9 Conveyors/buckets
9 Utensils
9 Employee hands (ex: sorters).
9 Slicers/pitters.
9 Hoppers/bins/bin liners.
9 Fillers.
Zone 1 Sites
 Zone 2 Sites
• Non‐product contact sites adjacent 
to Zone 1.
• Examples:
9 Equipment framework.
9 Drip shields/housing.
9 Control panels/buttons.
9 Pipes over Zone 1.
9 Computer screens.
9 Maintenance tools.
Zone 2 Sites
 Zone 3 Sites
• Non‐product contact sites adjacent to 
Zone 2 (not Zone 1).
9Cross‐contamination risk.
• Examples include: 
9Floors/walls/ceilings.
9Hoses/air handling units.
9Drains.
9Foot mats/baths.
9Forklifts.
9Brooms/mops
9Pallets.
Zone 3 Sites
 Zone 4 Sites
• Areas remote from Zone 1.
9 Cross‐contamination of Zones 1‐3 from 
Zone 4 can occur!
• Examples:
9 Locker/break rooms, offices.
9 Warehouses/freezers/cold storage.
9 Restrooms.
9 Loading docks.
9 Maintenance shop.
Zone 4 Sites
 Sample Collection
• Work out from Zone 1 to Zone 4.
• Samplers must practice good hygiene:
1. Wash/sanitize hands.
2. Put on sterile gloves before handling swab.
3. Change gloves/sanitize between swabs.
4. Only non‐sterile surface the swab should 
touch is the sample site!!
 Sample Collection
• The area sampled can vary:
9 40‐200 in2 for indicators.
9 40‐400 in2 for pathogens.

• Wipe Zone 1 sites with alcohol‐based 
sanitizer after sampling.
• Always submit a negative control swab:
9 Removed from bag & returned w/o being used.

• Submit samples promptly!
9 Transport < 45 oF.
9 Test < 48 hrs.
 Sampling Frequency
• Initial sampling is intensive to establish 
a baseline…
9 25‐50 swabs/zone/day for a month!
• Routine sampling:
9 Weekly in Zone 1 (# can vary).
9 10‐15/week in Zones 2‐3.
9 5‐10/month in Zone 4.
• Rotate sites.
9 Allow monitor discretion in site 
selection
9 Test each site 4 times/year.
 Sample Testing
• Zone 1 testing is typically indicators.
9 (+) pathogen = product holds/recalls.
9 Indicators allow you to quantify 
sanitation efforts.
9 Sample after cleaning/before sanitizing.
• Zones 2‐4 are tested for 
pathogens.
9 Raw process areas will have some (+) 
hits.
9 Usually taken during production.
 Sampling Summary
Microbiological  Minimum 
Examples of Sampling  Typical Number 
Zone Frequency of 
Sites Test of Samples
Sampling
Indicator 
Organisms Weekly, post‐
Product Contact Site 
cleaning pre‐ Line 
1 (conveyers, hoppers,  (APC, coliforms,  sanitizer  Dependent
utensils, etc.) TEB) pathogens  application.
sometimes.

Adjacent to Zone 1
2 (framework, control  Pathogens Weekly 10‐15
panels, catwalks, etc.)

Further From Zone 1
3 (forklifts, floors, drains,  Pathogens Weekly 10‐15
walls, brooms, etc.)

Outside the Process 
Area (warehouse, plant 
4 entrance, restrooms, 
Pathogens Monthly 5‐10
office, etc.)
 The Results…
• The quantitative data from Zone 1 can be 
used to evaluate sanitation programs:
 Pathogen Results
• A response for (+) pathogen results is 
essential. Some typical corrective 
actions:
9 Cease production/quarantine the affected area 
(& product if zone 1).
9 Vector swab site & adjacent areas (zones 2&3).
9 Breakdown lines for inspection, swabbing & 
cleaning (zones 1&2).
9 Thoroughly clean site (50 ft. radius, zones 3&4).
9 Increase sampling frequency to daily until 3 (‐) 
results occur. 
Example of Vector Swabbing
 Positive Result Follow‐up…
• Reassemble your team.
9 Root cause investigation (what happened?).
9 Audit handling practices.
9 Possible causes include:
¾Maintenance/construction events.
¾Structural damage/roof leaks.
¾Changes in personnel, traffic patterns.
¾Changes in cleaning/sanitation.
 Positive Result Follow‐up…
• Use the team’s findings to improve 
operations:
9Reinforce training (GMPs).
9Cleaning/sanitation.
9Repairs/improvements.
9Traffic patterns.
 Positive Result Follow‐up…
• Proper disposition of product 
(zone 1 positive).
9 Product placed on hold.
9 Product can be re‐worked or 
condemned.
¾ Validated processes only.

9 Testing alone is not a suitable 
method of clearing product!
 The Value of a PEM Program
• It can make your operation better.
9 Eliminate niches/hot spots before they cause 
trouble.

• Demonstrates your food safety 
competence to visitors.
9 Auditors, buyers & regulators.

• A powerful training tool!
9 Can bring food safety home to workers!
Success in Sanitation = Success 
in Swabbing!
 Sanitation Overview
• From the Latin word sanitas, which means 
health.
• “Sanitation is the creation/maintenance of 
hygienic and healthful conditions”
(Marriott, 1999).
• The objective is to create a clean 
environment so that food can be handled 
with the least possible risk of 
contamination.
 The Sanitation Sequence
• Pre‐clean: Remove gross soils with warm water 
(wet) or vacuum/compressed air (dry).
• Clean: Prepare & use chemicals as per label 
instructions (amount, temperature, contact time, 
safety).
• Rinse: Use warm water to remove soils & cleaner, 
inspect for cleanliness (verify).
• Sanitize: Apply a chemical to kill/inhibit microbial 
growth.
 Pre‐clean Clean

Verify

Sanitize
Rinse
Sanitizing Without Cleaning is Pointless
• Soils can inactivate the sanitizer before it 
kills the microbes. Ex: Hypochlorites and 
proteins.
• Microbes will form biofilms on a dirty 
surface.
• Biofilms are highly resistant to sanitizers..
Birth of a Biofilm
The Mature Biofilm
90 Minute Exposure to 4 ppm Chloramine

Green (dead cells) Red (living cells)

 Listeria spp. form biofilms
on many surfaces (stainless 
steel, rubber, 
polypropylene).

Biofilms can survive heat 
treatments, various 
sanitizers (hypochlorite, 
periacetic acid, quats).
Biofilm (+) strains Biofilm formation increases 
Salmonella survival in dry 
environments…

Biofilm (‐) strains

Iibuchi, et. al., J Food Protection 73(8) 2010, pp1506‐1510
Questions, Comments?