Cập nhật ngày 26-04-2022 (Các protocol còn thiếu sẽ được cập nhật trong thời gian tới).

1. Xây dựng mô hình pharmacophore (Ligand-based):

2. Xây dựng mô hình pharmacophore (Structure-based):

3. Docking bán linh động bằng MOE:

Bước 1: Chuẩn bị cấu trúc đích tác động (Receptor / Target) – Có thể dùng cho cả phương pháp bằng
Autodock Vina nếu các bạn muốn:

- Mở cấu trúc đích tác động (dạng .pdb) khi tải từ các ngân hàng dữ liệu cấu trúc về trên MOE
(File/Open).
- Mở SEQ để xem thành phần của hệ ( Hình 3.1 và 3.2).

Hình 3.1. Vị trí nút SEG.

 Hình 3.2. Bảng giao diện Sequence Editor khi mở nút SEG.

 Từ bảng Sequence Editor có thể kiểm tra xem chuỗi peptid có bị thiếu amino acid hay không (Nên
kiểm tra trực tiếp từ file gốc khi mở file bằng WordPad).
 Tiến hành loại bỏ dung môi, ion không cần thiết và các chuỗi protein (hoặc complex) không sử dụng
trong bảng Sequence Editor.
 Thêm hydro, tích điện cấu trúc bằng cách vào Compute/Prepare/Structure Preparation (Hình 3.3),
vào Protonate 3D (Hình 3.4) thiết lập các thông số nhiệt độ, pH, nồng độ muối trong dung môi dựa
trên dữ liệu thử nghiệm hoạt tính trong thực nghiệm và bấm Ok.

Hình 3.3. Bảng công cụ Structure Preparation trong đó chỉ các vấn đề xuất hiện của cấu trúc.

Hình 3.4. Bảng công cụ Protonate 3D.

 Sau khi thêm hydro và tích điện cho cấu trúc, kiểm tra phần Structure Preparation xem có vấn đề
nào bất thường nào cần xử lí hay không.
 Loại bỏ ligand khỏi bảng Sequence Editor (Nếu xử lí cho Autodock Vina) và lưu cấu trúc bằng nút
File/Save -> Chọn định dạng pdb (Nếu dùng cho dock bằng autodock vina hoặc sử dụng trên
Discovery Studio Visualizer để phân tích kết quả chạy).

Bước 2: Xác định vị trí khoang gắn:

 Sử dụng công cụ Site Finder (Compute/Site Finder) để tiến hành tìm kiếm khoang gắn trên đích tác
động (Hình 3.5).

Hình 3.4. Bảng công cụ Site Finder.

 Dựa vào vị trí của ligand và thông tin về khoang gắn, chọn tổ hợp các Site biểu thị cho khoang gắn,
bấm nút Dummies để tạo các điểm tọa độ mô tả khoang gắn.
 Loại bỏ ligand khỏi bảng Sequence Editor và lưu cấu trúc bằng nút File/Save -> Chọn định dạng MOE.

Bước 3: Chuẩn bị phối tử (Ligand) – Có thể dùng cho cả phương pháp bằng Autodock Vina nếu các bạn
muốn:

 Tạo cơ sở dữ liệu ligand (File/New/Database).

 Trong bảng Database, nhập dữ liệu ligand vào bằng nút File/Import. Trong bảng Import dữ liệu, nút
Add để thêm cấu trúc ligand các bạn vẽ / tải về vào cơ sở dữ liệu.
 Khi dữ liệu đã được thêm vào cơ sở dữ liệu ligand, tiến hành tối thiểu hóa năng lượng và thêm
hydro cho ligand bằng công cụ Compute/Molecule/Energy Minimize (Thiết lập Gradient ở mốc
0.0001).
 Nếu các bạn muốn xuất dữ liệu ra để dock bằng Autodock Vina, chọn Cột chứa ligand trong bảng cơ
sở dữ liệu (Thường là cột mol), bấm File/Save as và chỉnh định dạng ligand về pdb, chọn One Entry
Per File (và thiết lập tên của cấu trúc lưu / đánh số tùy theo mong muốn ở Use Chain Name và File
Prefix) rồi lưu lại để sử dụng.

Bước 4: Docking bán linh động bằng MOE: Dùng công cụ dock Compute/Dock (Hình 3.5) để tiến hành
dock.
 Hình 3.5. Công cụ Dock

 Các thiết lập: Receptor dùng file đã lưu ở bước 2; Site chọn Dummy Atom, Pharmacophore sử dụng
nếu các bạn dock pharmacophore còn không cứ để None; Density bỏ qua; Ligand chọn file MDB ở
bước 3; Placement method và Refinement method lựa chọn tùy vào yếu tố liên quan đến đích tác
động; phương pháp dock (Quá trình tìm kiếm cấu dạng và tinh chỉnh cấu dạng tối ưu) và thuật toán
chấm điểm cũng tương tự (Chấm điểm sơ bộ khi tìm kiếm và chấm điểm sâu); Poses là số cấu dạng
sử dụng để chấm điểm sâu và số cấu dạng xuất ra sau khi được chấm điểm bởi 2 thuật toán chấm
điểm khác nhau; Output chọn vị trí lưu và gõ tên file output mong muốn với đuôi .mdb.

Menu Option Description

Poses are generated by aligning ligand conformations'

principal moments of inertia to a randomly generated subset
of alpha spheres in the receptor site. This method is most
suited to tight pockets and is quite fast. Using this method
results in the search space being greatly truncated. The
options for this method are:

Samples per
Conformation Maximum number of times to place each sample

Maximum number of poses returned from each

Maxiumum Poses sampling iteration
Alpha PMI

Alpha Triangle: Poses are generated by superposition of ligand atom triplets

and triplets of receptor site points. The receptor site points are
alpha sphere centers which represent locations of tight
packing. At each iteration, a random conformation is selected.
 A random triplet of ligand atoms and a random triplet of alpha
sphere centers are used to determine the pose. The options
for this method are:

Minimum
Iterations Mininum number of iterations to use for placement

Maximum
Iterations Maximum number of iterations to use for placement

Maximum number of seconds allowed for each

Timeout (seconds) placement

This method is the preferred method when a pharmacophore

is present, but will not work if there is no pharmacophore. The
ligand is placed using the features in the pharmacophore.
Volume constraints are applied as a final filter but are ignored
during the placement stage. If there are more than two
pharmacophore features and they do not lie on or close to a
straight line, the pharmacophore search engine is used to
orient the ligand. If the pharmacophore features lie on or very
close to a line, the ligand is anchored by the pharmacophore
features and rotated such that a third atom matches an alpha
site point. If all pharmacophore features lie at a point or very
close to one point, the ligand is first anchored at that point.
Then, two more atoms on the ligand are matched to two alpha
site points to orient the ligand. Since the ligand pose changes
upon refinement, if there is a refinement stage, the
pharmacophore constraints are loosened for placement.
Furthermore, if a pharmacophore search returns too few hits,
the pharmacophore constraints are further loosened so that
more hits are obtained. The options for this method are:

Timeout Maximum number of seconds allowed for each ligand

(seconds) placement

No. of Return
Poses Maximum number of poses returned for each ligand
Pharmacophore

Proxy Triangle This method was developed for tackling medium to large sized
ligands which have a very large number of conformers. For
small ligands, the Triangle Matcher method is called. For
 medium and large ligands, conformers are pre-superposed
prior to being placed into the binding site, thus saving
computational time. For large ligands, the score for internal
ranking uses atom representatives rather than all of the ligand
atoms. More time is allowed for larger ligands. The options for
this method are:

This slider may be used to adjust the relative amount of

Speed Factor time allowed for the placement of each ligand.

No. of Return Maximum number of poses returnd by each ligand

Poses placement

Poses are generated by aligning ligand triplets of atoms on

triplets of alpha spheres in a more systematic way than in the
Alpha Triangle method. The options for this method are:

Amount of time allowed for each ligand

Timout (seconds) placement

Number of Returned Maximum number of poses returned by each

Triangle
Poses ligand placement
Matcher

No placement is carried out. The ligands are passed through

with unchanged coordinates. Choose this method when you
wish to use Dock's refinement and scoring tools to post-
process already-docked poses, either from an earlier Dock run
None or from other sources.

Bảng 3.1. Thông tin thiết lập quá trình tìm kiếm.

 Bấm Run và chờ dock, quá trình dock xong thì nút Stop sẽ không bấm được (Mờ). Lưu ý khi quá trình
dock đang diễn ra tuyệt đối không mở cái khác trong MOE để tránh lỗi / hỏng / bất thường.

Bước 5: Đánh giá kết quả docking:

 Xuất ligand từ kết quả docking (tương tự với phần lưu ở bước 3) ra vị trí phù hợp.
 Mở Discovery Studio Visualizer (DSV) lên.
 Mở file đích tác động (định dạng pdb ở bước 1) và ligand vừa mới xuất ra bằng DSV.
 Chuột phải chọn View/Hierarchy để mở bảng thông tin.
 Từ bảng thông tin ở file đích tác động, xóa ligand đi nếu không có nhu cầu xử dụng ligand để tính
RMSD khi redock.
 Từ bảng thông tin ở file ligand, coppy dữ liệu ligand sang file đích tác động.
 Sau khi hoàn thiện dữ liệu complex mới từ docking, tiến hành phân tích tương tác chi tiết. Quá trình
phân tích kết quả sẽ được cô hướng dẫn chi tiết.

4. Docking bán linh động bằng Autodock Vina:

5. Xây dựng mô hình 2D-QSAR bằng MOE: