Universitat Autònoma de Barcelona

Estudi computacional de l’autoensamblatge de

molècules prebiòtiques

Treball de fi de grau de Fı́sica

Mario Rodrigo Sánchez (1425978)

Director: Jordi Faraudo

Tutor: Juan Camacho

Juliol 2018/19
 Resum
La hipòtesi més estudiada per explicar l’origen de la vida és la que es coneix amb el nom de
RNA World, que defensa que les molècules de RNA van ser la primera forma de vida molecular. Ara
bé, davant la impossibilitat de resoldre l’origen quı́mic no biològic dels nucleòtids que conformen les
molècules de RNA, el que es coneix com a The Nucleoside Problem, han sorgit teories alternatives que
proposen nucleòtids prebiòtics diferents. En un article recent (B. J. Cafferty et al. Nat. Commun.
2016, vol. 7, pp. 11328) s’ha trobat experimentalment que dos hipotètics nucleòtids prebiòtics, la
melamine i l’àcid barbitúric, en dissolució aquosa amb ions s’autoensamblen espontàniament i formen
estructures supramoleculars ordenades que, segons la seva proposta a partir de dades experimentals,
podrien recordar l’estructura d’hèlix del RNA. En aquest treball es pretén, mitjançant simulacions
de dinàmica molecular, verificar la plausibilitat dels resultats i propostes des del punt de vista fona-
mental. S’ha trobat que sobre una superfı́cie dos nucleòtids, amb un àtom d’hidrogen en el radical,
s’autoensamblen espontàniament, tot i que no sempre ho fan amb la mateixa configuració i que la
configuració més freqüent no es correspon amb la que se suposa a l’article de 3 ponts d’hidrogen.
En dissolució aquosa amb ions es produeix també autoensamblatge i agregació en compostos insolu-
bles quan s’augmenta la concentració de molècules, tal i com van observar experimentalment. Caldria
completar la investigació amb simulacions dels nucleòtids amb la molècula de ribosa 5-fosfat al radical
per comprovar el rol d’aquesta molècula en la formació de l’estructura supramolecular proposada.
Índex
1 Introducció 1

2 Mètodes 3
2.1 Dinàmica molecular . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3
2.1.1 Discretització de les equacions del moviment . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3
2.1.2 Col·lectivitats . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5
2.2 Model del camp de forces moleculars . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6
2.2.1 Model CHARMM (Chemistry at HARvard Macromolecular Mechanics) per l’ener-
gia potencial . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7
2.2.2 Models atomı́stics i moleculars . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8
2.3 Protocols seguits a les simulacions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10
2.3.1 General . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10
2.3.2 Especificitats . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11
2.4 Eines per l’anàlisi dels resultats . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 12

3 Resultats i discussió 13
3.1 Interacció BMP-MMP en superfı́cie i in vacuo . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14
3.1.1 Configuració inicial . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14
3.1.2 Estudi qualitatiu de l’estructura quı́mica . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14
3.1.3 Estudi quantitatiu de l’estructura quı́mica . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15
3.1.4 Energia de les configuracions més representatives . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 16
3.2 Interacció BMP-MMP en dissolució amb ions i en 3D . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 18
3.3 Agregació de molècules BMP-MMP en dissolució sense ions i en 3D . . . . . . . . . . . . 19
3.4 Agregació de molècules BMP-MMP en dissolució amb ions i en 3D . . . . . . . . . . . . . 21
3.4.1 Influència dels ions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21
3.4.2 Influència de la concentració . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21

4 Conclusions 23

Referències 25

Annex 26
Anàlisis de l’assoliment de l’equilibri de les simulacions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26
Configuració pel càlcul de l’origen d’energies de les simulacions . . . . . . . . . . . . . . . 27
Influència de la temperatura . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 27
Eines computacionals . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 28
Programa per a la visualització dels resultats . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 28
Arxius informàtics requerits i generats per les simulacions . . . . . . . . . . . . . . 29
1 Introducció
L’autoconsciència li ha conferit a l’ésser humà la capacitat de preguntar-se pel seu origen i per l’origen
de la vida en general. La resposta a aquesta pregunta és important no només pel plaer del coneixement
sinó també per les aplicacions que podria generar relacionades amb la creació de vida artificial i en la
recerca de vida diferent a la que coneixem nosaltres en altres planetes.

Des del punt de vista de la ciència encara no existeix una explicació a la creació de la vida a partir de
matèria no viva, entesa la vida com molècules biòtiques amb la capacitat d’ensamblar-se i formar estruc-
tures organitzades que contenen i transmeten informació. Sorprèn que sapiguem més sobre l’estructura
d’un àtom que és un concepte amb el qual no podem experimentar directament ni veure a ull nu que
sobre l’origen de sistemes fı́sics complexos vius com els éssers humans.

El fet que aquesta pregunta segueixi sense resoldre i l’existència de diverses hipòtesis és el que ha motivat
la realització d’aquest treball.

Ara bé, pot semblar un problema d’àmbit purament biològic i quı́mic amb poc o nul contingut fı́sic. Res
més lluny de la realitat, els fı́sics tenen un paper important a jugar a l’hora de crear una teoria de la vida
que inclogui una definició clara i quines caracterı́stiques universals presenta, que sigui útil per avaluar els
diversos models sobre l’origen de la vida que vagin sorgint [1].

La hipòtesi més estudiada és la que rep el nom de RNA World que defensa que la vida es va originar en
forma de molècules de RNA basant-se en el rol que actualment tenen en múltiples funcions cel·lulars. En
defensa d’aquesta hipòtesi hi ha l’evidència que les bases nitrogenades que conformen el RNA (adenina,
guanina, citosina i uracil) estaven ja presents a la Terra prebiòtica a partir d’anàlisi de meteorits i de mo-
dels de reaccions prebiòtiques. Tot i que s’han trobat rutes quı́miques no biològiques per generar alguns
dels components de les bases nitrogenades (un sucre anomenat ribosa) encara es desconeix l’origen quı́mic
de les molècules completes. La impossibilitat de resoldre la seva ruta quı́mica no biològica ha acabat
rebent el nom de The Nucleoside Problem i és el que ha donat origen a altres hipòtesi que consideren
bases nitrogenades diferents com a origen de la vida.

En concret en aquest treball em centro en considerar la hipòtesi del proto-RNA, alternativa a la hipòtesi
del RNA world, que defensa l’existència d’unes bases nitrogenades alternatives a les del RNA que poden
formar nucleòsids més fàcilment sense la presència de catalitzadors. Dins d’aquesta teoria es postula
que el RNA va sorgir com a evolució quı́mica i/o biològica d’aquests nucleòsids. Els nucleòsids aquı́
considerats són molècules formades per la unió d’una base nitrogenada i d’una ribosa a través d’un enllaç
concret que rep el nom de glucòsid.

Recentment (B. J. Cafferty et al. Nat. Commun. 2016, vol. 7, pp. 11328) [2] s’ha trobat en el laboratori
que dues possibles molècules prebiòtiques, l’àcid barbitúric i la melamine en dissolució aquosa amb ions
NaCl, formen estructures supramoleculars ordenades sense enllaços covalents. El terme supramolecular
fa referència a un conjunt de moltes molècules unides per interaccions no covalents que poden ser de
diferents tipus. En la Fig. 1.a es mostra la representació d’aquestes molècules prebiòtiques en el progra-
ma de visualització molecular utilitzat i en la Fig. 1.b la seva estructura quı́mica. Com que són citades
contı́nuament al llarg del treball utilitzo les abreviacions MMP (melamine mono phosphate) i BMP (bar-
bituric mono phosphate) per a la melamine i l’àcid barbitúric respectivament.

1
Figura 1: (a) model atòmic en representació CPK i (b) estructura quı́mica de l’enllaç de les molècules
de BMP (àcid barbitúric) i MMP (melamine) amb indicació (−−) de possibles ponts d’hidrogen entre les
dues molècules [2]

Segons l’article [2] és una evidència experimental que les molècules de MMP i BMP s’autoensamblen per
formar estructures ordenades amb caracterı́stiques d’hèlix i aquests investigadors interpreten que la forma
d’aquesta estructura supramolecular deu ser la de la Fig. 2. Amb simulacions de dinàmica molecular i
reproduint les condicions experimentals es pretén comprovar si realment són aquestes les estructures que
es formen i no unes altres. Prèviament també es vol comprovar si la manera més probable d’enllaçar-se
les molècules de MMP i BMP és la de la Fig. 1.b i si aquestes interaccions són prou fortes per mantenir
els enllaços i estructures formades en comparació amb l’energia tèrmica.

Figura 2: Resum esquemàtic de la motivació i orientació del treball, inspirat en una figura de [2]. A dalt
s’observa el no autoensamblatge espontani de dues molècules canòniques del RNA com són l’adenina i
l’uracil, a baix l’autoensamblatge i formació espontània d’estructures supramoleculars per part de BMP i
MMP que es vol comprovar.

2
2 Mètodes
En aquest treball s’utilitza el mètode de dinàmica molecular, esquematitzat a la Fig. 3. Es pot diferen-
ciar entre una primera part de creació de les condicions inicials del sistema fı́sic i de definició del model
matemàtic i fı́sic a aplicar i una segona de realització de la simulació de dinàmica molecular aplicant les
equacions de Newton.

1. Model·lització 2. Dinàmica molecular

1.1 Estructures moleculars 1.2 Interaccions atòmiques

U total =U bond +U angle +U dihedral +U vdW +U Coulomb

Equacions de Newton
Camps de forces
semi-empírics m α r⃗¨α = −∂ U total ( r⃗1, ... , r⃗N ) α =1, ... , N
VMD ∂ r⃗α

Figura 3: Esquema del mètode de dinàmica molecular aplicat en la realització de les simulacions

2.1 Dinàmica molecular

El mètode de dinàmica molecular aplica simulacions a nivell atòmic que són adequades per realitzar estu-
dis d’interaccions de molècules amb superfı́cies i solvents donades unes certes condicions termodinàmiques
(pressió i temperatura). Es basen en el fet que sota condicions ordinàries de pressió i temperatura (lluny
de condicions extremes) el moviment dels àtoms es pot calcular aplicant les equacions del moviment de
Newton [4]. El mètode requereix d’una model·lització de l’estructura atòmica del sistema detallada i
càlculs de totes les interaccions entre àtoms. Aquests càlculs es poden realitzar amb diferents nivells de
detall, des de considerar la mecànica quàntica de l’estructura electrònica dels àtoms fins a considerar
camps de forces que poden ser prèviament calculats de manera semi empı́rica o resolent càlculs analı́tics
de l’estructura electrònica. En aquest treball no es considera l’estructura electrònica a l’hora de realitzar
els càlculs per poder fer simulacions amb un major nombre d’àtoms i amb més temps de simulació.

2.1.1 Discretització de les equacions del moviment

Degut a l’elevat nombre d’àtoms que intervenen en les simulacions de dinàmica molecular, de l’ordre de
fins a N ∝ 106 , les equacions del moviment no són resolubles analı́ticament, per tant, es fa imprescindible
l’ús d’eines computacionals. Existeixen molts programes diferents per realitzar estudis de dinàmica mo-
lecular desenvolupats per grups de recerca de diversos àmbits. En aquest treball s’ha utilitzat un conjunt

3
d’eines computacionals dirigides a l’estudi de les estructures quı́miques relacionades amb la biologia que
rep el nom de MDScope [3]. Les dues eines utilitzades han estat un programa de dinàmica molecular de
nom NAnoescale Molecular Dynamics (NAMD) [4] amb el qual han estat realitzades totes les simulacions
de dinàmica molecular i un programa de visualització anomenat Visual Molecular Dynamics (VMD) [5].

Al resoldre numèricament la dinàmica dels àtoms es fa necessari discretitzar el temps d’evolució del siste-
ma, la qual cosa implica també una discretització de les equacions de Newton. És sensiblement important
el pas de temps (∆t) que s’escull perquè un pas de temps massa gran pot fer que la dinàmica molecular
no sigui prou precisa i s’allunyi molt de la situació real a simular i un pas massa petit pot allargar molt el
temps de simulació. El pas de temps s’ha triat segons l’escala temporal del fenomen simulat. Tı́picament
en les simulacions de dinàmica molecular s’escull un pas de temps de 1 o 2 fs depenent de si es tenen en
compte les vibracions dels enllaços covalents dels àtoms d’hidrogen o si es negligeixen, respectivament.
En aquest treball es consideren els enllaços covalents amb un àtom d’hidrogen fixes, per tant, ∆t = 2 fs.

A l’hora de discretitzar les equacions de Newton existeixen també diversos mètodes, però per aquest
treball estem interessats en un que sigui ràpid en la resolució numèrica i sobretot que conservi l’energia
del sistema per poder realitzar estudis de variables termodinàmiques. El mètode de discretització que
utilitza NAMD és l’algoritme de Verlet perquè és suficientment precı́s i satisfà els requisits anteriors [4]
[11]. El mètode de Verlet calcula les posicions i velocitats dels àtoms en el següent pas de temps (rn+1 ,
vn+1 ) a partir de les dades actuals (rn , vn ) suposant que la força Fn = F (rn ) que actua sobre un àtom
donat en el pas actual ja ha estat calculada, en el següent apartat veurem com es calcula aquesta força.
Les equacions discretes en una dimensió que descriuen el moviment d’un àtom, per simplificar la notació,
són:

∆t
vn+1/2 = vn + M −1 Fn , (1)
2
rn+1 = rn + vn+1/2 ∆t , (2)
Fn+1 = F (rn+1 ) , (3)
∆t
vn+1 = vn+1/2 + M −1 Fn+1 , (4)
2

on M és la massa de l’àtom. El procés descrit per aquestes equacions és iteratiu fins a finalitzar el temps
que volem que duri la simulació i s’ha d’aplicar per a tots els àtoms del sistema. L’error del mètode és
proporcional a ∆t2 [4][11].

En la Fig. 4 es mostra un senzill esquema de la discretització del temps de la simulació i la versió discreta
de les equacions de Newton aplicades a una simulació de dinàmica molecular.

4
 t0 tf
Δt
Fn Δ t F n+1 Δ t
v n+ 1/ 2=v n + r n+ 1=r n +v n+1/ 2 Δ t F n +1= F (r n+1 ) v n+ 1=v n+1/ 2 +
M 2 M 2

Figura 4: Discretització del temps i de les equacions del moviment de Newton per a poder resoldre
numèricament el problema de la dinàmica d’un nombre elevat d’àtoms

2.1.2 Col·lectivitats

Si només es consideren les interaccions entre els àtoms i es resolen les equacions del moviment utilitzant
el mètode de Verlet les simulacions es realitzarien mantenint constant el nombre d’àtoms (N), el volum
del sistema (V) i l’energia total (E). Això defineix el sistema a estudi com un sistema aı̈llat o dit d’una
altra manera la col·lectivitat que s’aplica és la col·lectivitat microcanònica, també coneguda en l’àmbit
de la dinàmica molecular com NVE. Però tenint en compte l’objectiu de l’estudi d’aquest treball les si-
mulacions s’han de realitzar en la col·lectivitat canònica o NVT i en la col·lectivitat isobàrica-isotèrmica
o NPT, depenent de si es realitzen sobre una superfı́cie o en dissolució aquosa, respectivament.

Per realitzar el canvi de col·lectivitat cal simular de manera efectiva un termòstat i/o un baròstat [4].
Això es fa a través de forces externes fictı́cies i variables en cada pas de temps de la simulació amb
l’objectiu de mantenir constant la temperatura i/o la pressió i aleshores les variables termodinàmiques
que fluctuaran seran l’energia i/o el volum.

En la col·lectivitat canònica el sistema S es troba rodejat per un bany tèrmic S’ a temperatura T que fa
mantenir constant la temperatura del sistema S també a temperatura T intercanviant energia en forma
de calor, fet que produeix fluctuacions en l’energia del sistema S. El conjunt del sistema S i el bany tèrmic
S’ formen un sistema aı̈llat i, per tant, l’energia total E(S + S 0 ) si que es conserva. Aquesta nova situació
del sistema S es mostra en la Fig. 5.a. A la pràctica això s’aconsegueix aplicant un mètode conegut com
el termòstat de Langevin.

El termòstat de Langevin consisteix en imaginar que el bany tèrmic S’ és un fluid a temperatura T i
llavors les partı́cules (àtoms) del sistema S que es troben en equilibri tèrmic amb el bany descriuen un
moviment brownià. Les partı́cules del sistema interaccionen amb el fluid del bany tèrmic a través de
dues forces diferents. D’una banda la força de fricció que senten les partı́cules del sistema i que fa que
aquestes perdin energia per donar-la al fluid. D’altre banda una força estocàstica que transmet energia a
les partı́cules del sistema a través de col·lisions amb el fluid. Aquestes dues forces no són independents,
sinó que estan relacionades a través del teorema de fluctuació - dissipació.

5
Amb aquestes consideracions l’equació que descriu el moviment d’una partı́cula del sistema és l’equació
de Langevin que aplicant el teorema de fluctuació-dissipació queda com:
r
dv 2γkB T
m = F (~r) − γv + W (t) , (5)
dt m

on F (~r) són totes les interaccions entre àtoms del sistema i també les forces degudes a camps externs
si existeixen, com per exemple un camp elèctric extern, γ és el coeficient d’acoblament dels àtoms de S
amb el termòstat i W (t) és una distribució de probabilitat Gaussiana de mitja zero i funció de correlació
hW (t)W (t0 )i = δ(t − t0 ).

Per a les simulacions que es realitzen en col·lectivitat NPT a banda del termòstat de Langevin per man-
tenir la temperatura constant cal també mantenir constant la pressió. Per això s’utilitza un mètode
conegut com a pistó de Langevin que consisteix en imaginar un pistó en contacte amb el sistema S i
capaç d’ampliar o disminuir el seu volum. A la pràctica el volum s’ajusta també amb una combinació de
dues forces, de fricció i estocàstica. Quan el volum s’ajusta per mantenir la pressió constant, les posicions
de tots els àtoms es tornen a calcular de manera que l’ajust del volum afecta a tots els àtoms per igual i
no només als més propers a les fronteres. En la Fig. 5.b es representa esquemàticament un sistema S en
col·lectivitat NPT.

b
a S’, T

S N T dq S N dq

S’

dq
P

Figura 5: Representació esquemàtica de les dues col·lectivitats aplicades durant el treball: (a) col·lectivitat
canònica o NVT i (b) col·lectivitat NPT.

2.2 Model del camp de forces moleculars

Per poder aplicar les equacions del moviment de Newton (1) − (4) és necessari definir un model de les
interaccions entre els àtoms de manera que sigui possible calcular la força que apareix en les equacions
de la següent manera:

∂
F~α = − Utotal (~r1 , ~r2 , ..., ~rN ) ,
∂~rα

on el subı́ndex α = 1, 2, ..., N fa referència a cada àtom del sistema i ja es consideren vectors tridimensi-
onals, que és el cas de les nostres simulacions.

6
2.2.1 Model CHARMM (Chemistry at HARvard Macromolecular Mechanics) per l’ener-
gia potencial

En l’aproximació que usarem per a les nostres simulacions l’energia potencial total Utotal està composada
per cinc termes [4], tres dels quals consideren les interaccions intramoleculars, entre àtoms de la mateixa
molècula, i els altres dos interaccions intermoleculars, entre àtoms de diferents molècules:

Utotal = Ubond + Uangle + Udihedral + UvdW + UCoulomb (6)

Abans d’entrar en la formulació matemàtica de cada terme cal destacar que els enllaços quı́mics entre els
àtoms d’una mateixa molècula són enllaços covalents, és a dir, es comparteixen electrons entre diferents
àtoms i les forces de repulsió i atracció degut a la separació de càrregues és el que els manté units. En
aquest model no es considera que aquests enllaços covalents es puguin crear o trencar durant les simulaci-
ons, sinó que es considera l’aproximació de que la distància i l’angle d’enllaç poden vibrar en oscil·lacions
harmòniques de petita amplitud al voltant de la posició d’equilibri. El mateix pot passar per l’angle entre
dos plans definits per dos enllaços covalents entre tres àtoms, l’angle dihèdric. Aquests models s’il·lustren
en la Fig. 6. A banda de l’aproximació d’enllaços covalents amb petites vibracions harmòniques, també
existeixen altres dos tipus d’aproximacions, la d’enllaços fixos i oscil·lacions anharmòniques (que es des-
vien de l’harmonicitat), que poden sortir més endavant en altres aspectes del model.

θ (t )

(t)

ϕ (t)

Figura 6: Models d’oscil·ladors harmònics per la distància d’enllaç (a), l’angle d’enllaç (b) i l’angle
dihèdric (c). Tots els àtoms han estat representats amb el model CPK.

Aixı́ doncs, els termes de l’energia potencial intramoleculars són deguts a les petites oscil·lacions que tot
just s’han comentat i les seves expressions matemàtiques són:

X
Ubond = kibond (ri − r0i )2 , (7)
i bond
X
Uangle = kiangle (θi − θ0i )2 , (8)
i angle
X
Udihedral = kidihedral (φi − φ0i )2 , (9)
i dihedral

7
on la suma es realitza per tots els enllaços, angles i dihedres d’un mateix àtom, les k són constants
elàstiques i les distàncies i angles amb un zero al subı́ndex fan referència a la posició d’equilibri.

En quant a les interaccions intermoleculars s’han de considerar les forces de van der Waals i la interacció
de Coulomb. En els enllaços covalents entre àtoms d’una mateixa molècula els electrons es comparteixen
asimètricament originant càrregues parcials en cada àtom de l’enllaç. Aquestes càrregues parcials es
model·litzen adjudicant una càrrega intrı́nseca a cada àtom que comparteixi almenys un enllaç covalent.
El valor de la càrrega adjudicada es calcula amb consideracions quàntiques. Aquestes càrregues parcials
són les responsables de la interacció de Coulomb. D’altra banda l’energia potencial deguda a les forces de
van der Waals s’aproxima al potencial de Lennard-Jones 12-6. Amb tot, les expressions matemàtiques
són:

" 12  6 #
XX σij σij
UvdW = 4ij − , (10)
i j>i
rij rij
XX qi qj
UCoulomb = , (11)
i j>i
4π0 rij

on les sumes es realitzen sobre totes les parelles d’àtoms, les q són les càrregues de cada àtom, rij és
la distància entre els àtoms i i j, 0 és la permitivitat del buit, ij i σij són la profunditat del pou de
potencial i la distància finita en què el potencial es fa zero, respectivament, pel potencial generat pels
àtoms i i j. Els paràmetres del potencial de Lennard-Jones es mostren en el gràfic de la Fig. 7.c.

De l’expressió de l’energia de van der Waals (9) el terme que va com r−12 representa la repulsió a
distàncies curtes entre àtoms, comparant amb σij , degut al solapament dels orbitals electrònics, mentre
que el terme que va com r−6 representa l’atracció a distàncies llargues, també en comparació amb σij ,
degut a les forces de van der Waals.

Les interaccions intermoleculars consideren interaccions de tots els àtoms amb tots. Com que UvdW ∝ r−6
ràpidament tendeix a zero per a àtoms molt separats, en comparació amb la σ corresponent, i es pot
limitar la seva regió d’influència per agilitzar els càlculs [4]. En tot el treball s’ha utilitzat una distància
lı́mit de 1, 2 nm, que és un valor comú en aquest tipus de simulacions. No es pot realitzar la mateixa
aproximació per a la interacció de Coulomb ja que decau molt més lentament amb la distància entre
àtoms. Per calcular les interaccions electrostàtiques entre tots els àtoms s’utilitza el mètode estàndard
de la suma d’Ewald [4] [6].

Definides les equacions diferencials que descriuen el moviment dels àtoms cal considerar les condicions
de contorn que han de satisfer aquestes. En totes les simulacions de dinàmica molecular d’aquest treball
s’utilitzen condicions periòdiques de contorn en totes direccions per tal d’evitar interaccions amb les su-
perfı́cies frontera.

2.2.2 Models atomı́stics i moleculars

Fins ara s’ha explicat el model de les interaccions entre àtoms i de resolució numèrica de les equacions del
moviment, però també cal un model que descrigui com són les molècules. En les simulacions del treball

8
apareixen 4 tipus diferents d’àtoms o molècules cadascuna amb el seu model i les seves caracterı́stiques.

Per l’aigua s’utilitza el model TIP3P que considera la distància i l’angle d’enllaç fixos a uns valors de-
terminats experimentalment. Aquests valors són: rHO = 0, 9572 nm i θHOH = 104, 52◦ . La interacció
electrostàtica es calcula considerant que els àtoms d’hidrogen tenen una càrrega parcial de q = 0, 417e i
l’oxigen de Q = −0, 834e, amb e la càrrega de l’electró [9][10]. En la Fig. 7.a s’il·lustra el model atòmic
per l’aigua, on p és el moment dipolar elèctric.

Per les molècules de BMP i MMP s’utilitza un model atomı́stic, que considera tots els àtoms de les
molècules. Pels àtoms d’hidrogen es consideren fixos la distància i l’angle d’enllaç en la seva posició
d’equilibri, perquè el seu perı́ode de vibració és inferior al pas de temps de la simulació. Per la resta
d’àtoms es model·litzen la distància d’enllaç, l’angle d’enllaç i l’angle dihèdric com oscil·ladors harmònics.
S’observa una representació gràfica del model en la Fig. 7.b.

El model per la superfı́cie són àtoms d’or neutres que es model·litzen com esferes de Lennard-Jones.
Això vol dir que l’única força intermolecular és la de van der Waals model·litzada per un potencial de
Lennard-Jones com el de l’equació (10) i representat en la Fig 7.c. Per cada parella d’àtoms es consideren
uns paràmetres (σ, ) diferents [8]. Una superfı́cie d’aquestes caracterı́stiques ja ha estat utilitzada en
estudis previs [7].

Finalment, només falten per model·litzar els ions que es formen de les molècules de N aCl → N a+ + Cl−
que també es consideren esferes de Lennard-Jones però amb càrrega q = ±e. Llavors també senten la
força de Coulomb a més de la de van der Waals. Fig. 7.d

a b
p q rHO θ0
r0
θ HOH
q Q θ (t )
r(t)
c
d
+q
-q

U(r)
σ
ε
Na+ Cl-
r

Figura 7: Models dels àtoms i molècules que apareixen en les simulacions. (a) model per la molècula
d’aigua en representació vdW, (b) model de la molècula de BMP en representació CPK (equivalent per la
molècula MMP), (c) model de la superfı́cie en representació vdW i gràfic del potencial de Lennard-Jones
12-6, (d) model pels ions en representació vdW.

9
Per a la representació dels àtoms que apareixen al llarg del treball s’ha usat la coloració CPK que es
mostra en les dades de la Taula 1.

Color Tipus d’àtom Representació

Blanc Hidrogen (H)
Blau marı́ Nitrogen (N)
Cian Carboni (C)
Vermell Oxigen (O)
Salmó Or (Au)
Groc Catió sodi (N a+ )
Cian Anió clor (Cl− )

Taula 1: Informació qualitativa sobre tipus d’àtoms que apareixen a les simulacions en coloració CPK

Tot i que els àtoms de carboni i els anions de clor tinguin el mateix color són fàcilment diferenciables ja
que els àtoms de carboni es troben en l’estructura de les molècules de BMP i MMP mentre que els anions
de clor estan dissolts en aigua.

2.3 Protocols seguits a les simulacions

2.3.1 General

En la realització de totes les simulacions d’aquest treball ha existit un protocol general que s’explica a
continuació punt per punt i que es mostra gràficament en la Fig. 8:
1. Usant el programa VMD (del qual es presenta informació detallada a l’Annex) es genera la con-
figuració inicial desitjada a partir de les parts individuals, especı́ficament utilitzant una eina per
unir diferents estructures. Els arxius de l’estructura de la molècula (PSF) i de les coordenades dels
àtoms i enllaços (PDB) em van ser proporcionats pel director del treball i estan basats en treballs
anteriors del seu grup de recerca.
2. Petit càlcul per minimitzar l’energia de la configuració triada i d’aquesta manera assegurar que
no queden àtoms superposats que puguin donar errors a l’hora d’aplicar la 2a llei de Newton. El
procés de minimització d’energia consisteix en anar movent de manera aleatòria àtoms i acceptar la
nova configuració si redueix l’energia del sistema. Aquest procés té una durada marcada per mi de
manera arbitrària. Accepto la configuració final obtinguda si al representar l’evolució de l’energia
del sistema observo que aquesta s’estabilitza, tal i com es mostra en la Fig. 19 de l’annex.
3. Aplicar les equacions que descriuen l’evolució del sistema i que actualitzen les posicions i velocitats
dels àtoms per a cada pas de temps (1) − (4). Com ja s’ha comentat en l’apartat de col·lectivitats,
depenent del sistema es treballa amb la col·lectivitat NVT o NPT, si la simulació és sobre superfı́cie
o en dissolució aquosa, respectivament.
4. Representar el sistema, visualitzar les trajectòries i analitzar els resultats amb VMD i altres pro-
grames d’anàlisi estadı́stic de dades i representació gràfica.

10
 1. Creació sistema inicial 2. Minimització d’energia
3. Dinàmica molecular

Ajust de les posicions

dels àtoms per Equacions de Newton
trobar la configuració
de menor energia mα r⃗¨α = −∂ U total ( r⃗1, ... , r⃗N ) α =1, ... , N
∂ r⃗α

Unió
d’estrucutures

ΔE

Figura 8: Esquema dels passos generals seguits en la realització de les simulacions d’aquest treball

2.3.2 Especificitats

Moltes simulacions han estat realitzades en aigua perquè és el medi on van fer els seus experiments Brian
J. Cafferty et al. (2015) [2]. Per generar la caixa d’aigua que simula l’entorn en el qual es troben les
molècules en estudi es fa mitjançat una eina del programa VMD que s’anomena Add solvation box. Amb
aquesta eina especifico les mides tridimensionals de la caixa d’aigua que vull generar dins de la qual el pro-
grama col·loca tot de molècules d’H2 O. A més, moltes d’aquestes simulacions també incloı̈en molècules
de clorur de sodi que en aigua es dissocien en cations sodi i anions clor. Per incloure la concentració
desitjada de ions s’utilitza l’eina Add ions del VMD.

Per preparar la configuració inicial de les simulacions amb múltiples molècules s’usa un programa senzill
per replicar estructures. Els passos a seguir han estat els següents:
1. Especificar l’arxiu PDB del qual es vol replicar la informació de l’estructura que allà apareix. En
aquest cas un dels arxius ja creats per l’apartat anterior.
2. Especificar el nom de l’arxiu PDB de sortida.
3. Especificar el nombre de replicacions en cadascuna de les direccions de la base canònica.
4. Especificar les 3 dimensions del volum que es vol replicar.
5. Un cop generat l’arxiu PDB es necessita crear un arxiu PSF que contingui informació de cada àtom
del sistema. Això es pot fer automàticament amb una eina del programa VMD que s’anomena
Automatic PSF builder.
6. Afegir l’aigua i els ions, si cal, amb les eines esmentades anteriorment, Add solvation box i Add ions.

11
2.4 Eines per l’anàlisi dels resultats

En la versió discreta de les equacions del moviment, es calculen les posicions i velocitats de tots els àtoms,
aixı́ com les forces que actuen sobre cada àtom per a tots els passos de temps. A partir d’aquests resultats
és possible calcular les variables termodinàmiques que ens donin informació de l’evolució del sistema des
d’un punt de vista més global [11]. L’energia potencial d’interacció Utotal (6) pot ser calculada amb les
formules mostrades més amunt (7) − (11) mentre que l’energia cinètica total del sistema es calcula amb:

X mi (~vi )2
Ekin = , (12)
i atom
2

on la suma es realitza sobre tots els àtoms del sistema, mi és la massa d’un àtom i ~vi és el vector velocitat
tridimensional d’un àtom en un instant donat.

La temperatura també pot ser calculada cada pas de temps a partir de l’energia cinètica total (12) aplicant
el teorema d’equipartició:

nkB Tinst (t) 2Ekin

Ekin = ; Tinst (t) = , (13)
2 nkB
on n és el nombre de graus de llibertat, kB la constant de Boltzmann i Tinst (t) és la temperatura ins-
tantània del sistema S que fluctua amb el temps. Quan el sistema es troba en equilibri tèrmic amb el
termòstat, la mitjana temporal de Tinst (t) ha de ser igual a la temperatura del termòstat T.

Quant a la pressió existeixen diverses maneres de calcular aquesta variable termodinàmica per a un
sistema de molts àtoms, però la més comuna es basa en l’equació del virial per a la pressió. Per a diversos
termes sumats que consideren interaccions entre parelles d’àtoms l’expressió que queda es pot escriure
com:
* +
1 X
P = ρkB T + f~(~rij ) · ~rij , (14)
3V j>i

on ρ és la densitat del sistema i f~(~rij ) és la força entre dos àtoms i i j que es troben a una distància ~rij .

A més d’aquestes variables hi ha un altre que resulta molt útil per l’estudi de l’evolució de les simulacions
d’aquest treball que és el nombre de ponts d’hidrogen per a cada pas de temps. El VMD inclou una eina
que calcula el nombre de ponts d’hidrogen que s’estableixen entre dos àtoms, dues molècules, dos tipus
de molècules o els ponts d’hidrogen totals, segons s’especifiqui, per a tots els passos de temps. També
permet generar gràfics d’aquesta variable en funció del temps de la simulació i extreure informació més
detallada sobre tots els tipus de ponts d’hidrogen que s’estableixen i amb quina freqüència.

Per tal que el programa detecti un pont d’hidrogen s’han de satisfer les següents condicions: donat un
àtom que anomenem D i que té un àtom d’hidrogen H enllaçat i un altre àtom A sense cap H
enllaçat, existirà un pont d’hidrogen entre els àtoms A i H si la distància |D−A| < dist
(|D − A| s’interpreta com la distància entre els àtoms D i A) i l’angle D − H − A < ang,
on dist i ang es poden definir lliurement. S’han escollit els valors tı́pics de dist = 3 Å i ang =
20◦ .

12
3 Resultats i discussió
Per una major claredat a l’hora de citar les diverses simulacions que es presenten al llarg del treball se’ls
dóna nom i es presenten totes amb les seves caracterı́stiques en la Taula 2.

Nom Medi Col·lectivitat Molècules de Nombre Durada (ns) Mides caixa

MMP o BMP d’àtoms simulació (Å3 )
S1 superfı́cie en buit NVT 1 327 250 34 × 27 × 13
S2 aigua i 1M NaCl NPT 1 5474 32 38 × 39 × 39
S3 aigua NPT 72 6327 12 36 × 36 × 36
S4 aigua i 1M NaCl NPT 72 6219 12 36 × 36 × 36
S5 aigua i 1M NaCl NPT 66 5771 12 36 × 36 × 36
S6 aigua i 1M NaCl NPT 48 5547 12 36 × 36 × 36
S7 aigua i 1M NaCl NPT 32 5099 12 36 × 36 × 36
S8 aigua i 1M NaCl NPT 24 4875 32 36 × 36 × 36
S9 aigua i 1M NaCl NPT 16 4651 12 36 × 36 × 36
S10 aigua i 1M NaCl NPT 8 4427 32 36 × 36 × 36

Taula 2: Caracterı́stiques de totes les simulacions del treball: el nom assignat per una ràpida identificació
durant les explicacions, el medi en el qual es troben les molècules, la col·lectivitat termodinàmica aplicada,
el nombre de molècules de MMP o BMP que apareixen a la simulació, el nombre total d’àtoms, la durada
en ns de la simulació de dinàmica molecular i les mides inicials de la caixa de simulació.

D’algunes d’aquestes simulacions hi pot haver més d’una versió amb variacions en les condicions inicials.
En aquests cassos s’especifiquen les variacions dels noms per evitar confusions. Totes les simulacions han
estat realitzades a una temperatura de 298 K. Els experiments in vitro [2] van ser realitzats a 278 K. A
l’annex es presenta un petit estudi per demostrar que l’autoensamblatge de les molècules i la formació
d’estructures supramoleculars no varia en aquest rang de temperatures, per tant, és possible comparar
els resultats obtinguts en les simulacions amb els experimentals.

Per estudiar si una molècula de MMP i una altra de BMP s’enllacen de manera espontània i quina és
l’estructura quı́mica d’enllaç més estable es comencen realitzant les simulacions S1 sobre superfı́cie amb
diferents posicions inicials de les molècules perquè és més probable que dues molècules es trobin en dues
dimensions i perquè no existeix competència a l’hora de formar ponts d’hidrogen com si que passa en
aigua. A l’article [2] es fa una proposta de com s’enllacen una molècula de MMP i una altra de BMP
que cal contrastar.

Tot seguit, en la simulació S2, es vol comprovar si els enllaços i configuracions observades en les simulaci-
ons sobre superfı́cie també es donen en aigua amb una concentració 1M de NaCl, que són les condicions
experimentals del medi de l’article [2].

A banda de l’estructura quı́mica dels enllaços entre molècules en aquest treball també es pretén estudiar
la formació d’estructures supramoleculars per la qual cosa es requereixen simulacions amb més d’una
molècula de cada. És en les simulacions S4 - S10 on s’estudia l’efecte de la concentració en la formació
d’aquestes estructures supramoleculars.

Aprofitant aquestes simulacions amb majors concentracions moleculars s’estudia també la influència dels
ions N a+ i Cl− en la formació d’enllaços i estructures, concretament en les simulacions S3 i S4.

13
3.1 Interacció BMP-MMP en superfı́cie i in vacuo

3.1.1 Configuració inicial

En les simulacions d’aquest apartat, S1, es fixa el volum del sistema que ve donat per la mida de la
superfı́cie, és a dir, s’aplica la col·lectivitat canònica o NVT. Com s’ha dit anteriorment la temperatura
es fixa a un valor de 298 K i al llarg de la simulació la Tinst (13) va fluctuant al voltant d’aquest valor i
en mitjana al llarg de tota la simulació són iguals, com es pot apreciar en la Fig. 20 de l’annex.

Al considerar les dues molècules amb un hidrogen en el radical sobre una superfı́cie hi ha tres posicions
relatives entre el BMP i MMP que sembla poden generar configuracions estables amb ponts d’hidrogen
degut a la simetria que presenten. Les tres configuracions inicials considerades per a la simulació S1 es
presenten en la Fig. 9.

Figura 9: Configuracions inicials triades per a l’estudi de la dinàmica molecular de l’àcid barbitúric i la
melamine sobre una superfı́cie. Tots els àtoms estan representats amb el mètode gràfic CPK, s’ha reduı̈t
la mida dels àtoms de la superfı́cie a la meitat per poder apreciar millor les molècules. (a) S1-C1, (b)
S1-C2 i (c) S1-C3.

Per a cadascuna de les configuracions inicials de la Fig. 9 es genera una simulació de dinàmica molecu-
lar per estudiar tan de forma qualitativa com quantitativa quina configuració del sistema resulta per a
cadascuna d’elles i poder comparar amb els resultats presentats en [2].

3.1.2 Estudi qualitatiu de l’estructura quı́mica

Des d’un punt de vista qualitatiu de la dinàmica de les simulacions els resultats han estat els següents.

En les simulacions S1-C1 i S1-C2 les molècules exploren altres configuracions però no estableixen ponts
d’hidrogen entre àtoms diferents als de les dues cares de cada molècula més properes en la configuració
inicial. És a dir, tots els ponts d’hidrogen que s’estableixen al llarg de la simulació són entre àtoms de les
dues cares més pròximes de la Fig. 9 a i b, això implica que aquestes configuracions inicials són les més
estables. En canvi, per a la simulació S1-C3 si que s’exploren i estableixen ponts d’hidrogen en altres

14
posicions relatives diferents de la inicial tal i com es pot observar en la Fig. 10. Aquest és l’únic dels
tres casos en què la configuració final de la simulació és diferent de la inicial, aquesta configuració final
es presenta en la Fig. 10.c. La configuració final obtinguda és equivalent a la configuració final de la
simulació S1-C2, només amb una rotació de 120◦ de la MMP.

a b

Figura 10: Diferents configuracions explorades per la simulació S1-C3. Totes les imatges en representació
CPK. (a) i (b) són configuracions explorades al llarg de la simulació i (c) es tracta de la configuració
final.

3.1.3 Estudi quantitatiu de l’estructura quı́mica

Per poder entendre el comportament de les molècules, donades diferents condicions inicials, es realitza
també un estudi quantitatiu de la freqüència de ponts d’hidrogen que s’estableixen en cada instant de
temps. Això ens permet saber quines han estat les configuracions que s’han donat més sovint per a cada
situació inicial.

Figura 11: Freqüència relativa del nombre de ponts d’hidrogen per a cadascuna de les configuracions
inicials abans presentades

15
En la Fig. 11 es representa la freqüència relativa en què les molècules han establert 0, 1, 2 o fins a 3
ponts d’hidrogen instantàniament. Clarament s’observa que la configuració inicial del sistema influeix en
la dinàmica molecular posterior, ja que la distribució de les freqüències relatives dels ponts d’hidrogen
és diferent per a la simulació S1-C1 respecte de les altres dues. Aquest ha estat un resultat inesperat
perquè el sistema hauria d’explorar tots els microestats possibles segons la probabilitat d’ocupació de
cada microestat independentment de la situació inicial. La probabilitat d’ocupació d’un microestat amb
energia En és proporcional al nombre de microestats amb aquella energia D(En ) i al factor de Boltzmann,
l’expressió matemàtica és: p(En ) ∝ D(En )e−βEn , on β = 1/kB T .

Si es deixessin totes les simulacions un temps suficientment llarg acabarien explorant totes les configura-
cions i les dades de l’histograma serien les mateixes per a totes tres simulacions. Pot haver passat que
la simulació S1-C1 hagi arribat a una configuració metaestable, amb un mı́nim relatiu d’energia, que no
li hagi permès explorar més configuracions en el temps de durada de la simulació, per això les dades
d’aquesta simulació són diferents a les altres dues.

També cal destacar que la configuració presentada en l’article [2] com a estructura quı́mica que formen
les molècules, que és l’enllaç amb 3 ponts d’hidrogen de les dues molècules, és la configuració que menys
es dóna en les meves simulacions. Com que aquesta és la configuració amb menor entropia perquè existei-
xen menys microestats amb 3 ponts d’hidrogen que amb 2 o menys ponts, considerant fixa la orientació
relativa de les molècules, aquest resultat indica que un increment del nombre de ponts d’hidrogen no
compensa la pèrdua d’entropia.

Un altre resultat que destaca de la Fig. 11 és que per a les simulacions S1-C2 i S1-C3 s’observen amb
una mica més de freqüència 2 ponts d’hidrogen en comptes d’1, trencant aixı́ la possible tendència de
disminuir la freqüència relativa al augmentar el nombre de ponts d’hidrogen, que s’observa per a la S1-C1.
Això mostra que tot i que l’entropia (S) sigui menor per a la configuració amb 2 ponts d’hidrogen la seva
energia interna (U) és prou inferior també per fer que l’energia lliure de Helmholtz (F) sigui igual o una
mica inferior, considerant la relació F = U − T S amb T la temperatura del sistema. Com he comentat
abans aquest no és el cas per a la configuració amb 3 ponts d’hidrogen.

Si ens fixem ara en els valors numèrics s’observa que per la simulació S1-C1 gairebé un 65% dels passos de
simulació no presenten ponts d’hidrogen, és més probable no observar ponts d’hidrogen que observar-ne
algun. No és aixı́ per a les altres dues simulacions per les quals el percentatge de passos de simulació sense
ponts d’hidrogen es troba al voltant de 45%. El nombre de microestats sense cap pont d’hidrogen és ma-
jor que qualsevol de les altres configuracions, per aquest motiu aquesta és la més probable en tots els casos.

3.1.4 Energia de les configuracions més representatives

A partir dels resultats de les simulacions i considerant les dades de la Fig. 11 es trien les configuracions
més representatives tenint en compte que es volen estudiar els casos en què hi ha un autoensamblatge,
per tant, no considero com a interessant l’estudi de les configuracions amb 0 ponts d’hidrogen.

Abans de calcular l’energia de les configuracions triades es realitza una petita simulació de minimització
d’energia per assegurar que s’obté la configuració de menor energia més semblant a la que s’ha triat. Les
configuracions triades i els resultats obtinguts de la minimització es resumeixen en la Fig. 12 i s’expliquen
punt per punt per cada configuració inicial:

16
Figura 12: Esquema de les configuracions triades per a l’estudi de l’energia per a cada simulació. Totes
les molècules estan representades amb el mètode gràfic CPK.

• Simulació S1-C1: inicialment es trien dues configuracions amb 1 i 2 ponts d’hidrogen, les represen-
tacions etiquetades com S1-C1-E1 i S1-C1-E2 respectivament. Al realitzar la minimització totes
dues configuracions recol·loquen els seus àtoms en les posicions de mı́nima energia i tendeixen a
establir 2 ponts d’hidrogen, la representació F1.
• Simulació S1-C2: inicialment es trien dues configuracions amb 2 i 3 ponts d’hidrogen, S1-C2-E1 i
S1-C2-E2 respectivament. Al realitzar la minimització totes dues configuracions tendeixen a la F2.
• Simulació S1-C3: inicialment es trien dues configuracions amb 2 i 3 ponts d’hidrogen, S1-C3-E1
i S1-C3-E2 respectivament. Al realitzar la minimització totes dues configuracions tendeixen a la F3.

L’esquema de la Fig. 12 mostra que les configuracions E2 mantenen l’estructura quı́mica dels enllaços al
realitzar la minimització, mentre que les E1 tendeixen a les E2 tot formant un nou pont d’hidrogen. Els
valors de la minimització de l’energia de les configuracions E1 i E2 són molt semblants, especialment en
els casos S1-C1 i S1-C2. Això indica que la variació d’energia principalment es deu a la recol·locació dels
àtoms de les molècules en noves posicions de menor energia sobre la superfı́cie i no a la formació d’un
nou pont d’hidrogen. En la Taula 3 es constata quantitativament que la formació de ponts d’hidrogen
entre molècules comporta una petita variació d’energia. Aquesta petita variació és suficient perquè les
configuracions F1, F2 i F3 siguin les de menor energia i, per tant, només es calcula l’energia d’aquestes
configuracions. En la Fig. 21 de l’annex es mostra la configuració triada com a origen d’energia, ideal-
ment les dues molècules haurien d’estar infinitament allunyades per evitar qualsevol energia d’interacció
entre elles.

En aquest punt caldria matisar que, per exemple, en el cas de la simulació S1-C1 pot semblar estrany que
quan les dues molècules s’enllacen amb 2 ponts d’hidrogen el sistema tingui una energia menor que quan
ho fan només amb 1, però en canvi a la Fig. 11 s’observa que és més probable trobar una configuració
amb 1 pont d’hidrogen que amb 2. Això és degut a que el nombre de microestats amb 1 pont d’hidrogen
és major que amb 2 ponts d’hidrogen, per tant, la probabilitat d’ocupació de la configuració amb 1 pont
d’hidrogen és major. Per aquest motiu no sempre la configuració de menor energia és la més probable,
depèn també del nombre de microestats amb aquella energia.

Aparentment les configuracions S1-C2-E2 i S1-C3-E2 són equivalents, només hi ha una rotació de 120◦
respecte l’eix perpendicular al pla de la molècula que la deixa invariant, per tant, espero que les energies
de les dues simulacions siguin iguals, tal i com es pot veure en la Taula 3. En aquesta mateixa taula

17
també es pot veure que l’energia de la configuració F1 és major que les altres dues. Aquestes dades estan
d’acord amb el fet que en l’article [2] s’indica que el BMP i la MMP s’uneixen com les configuracions
S1-C2-E2 i S1-C3-E2 i no com la S1-C1-E2.

En la tercera columna de la Taula 3 es presenta la diferència d’energia respecte de la configuració origen.

Aquestes diferències d’energia s’han de comparar amb l’energia tèrmica del sistema per saber si són grans
o petites, en la darrera columna. Destaca la petita diferència d’energia que hi ha entre les configuracions
amb 2 i 3 ponts d’hidrogen, això indica que es tracta d’interaccions febles com quedarà demostrat també
en el proper apartat.

Totes les simulacions han estat realitzades a una temperatura de 298 K, per tant, l’energia tèrmica del
sistema és ET = kB T = 0, 5918 kcal
mol . Aquest valor és quasi dos ordres de magnitud inferior a les diferències
d’energia entre configuracions, això explica perquè el sistema en general presenta dificultats per superar
les barreres d’energia i explorar altres configuracions. Per barrera d’energia s’entén el següent: per passar
d’una configuració a una altra en les quals s’estableixen ponts d’hidrogen el sistema ha de passar per
altres configuracions que tenen major energia. Donades les condicions de la configuració S1-C3-E2 sembla
que aquesta barrera d’energia sigui menor que en els altres dos casos i més propera a l’energia tèrmica,
fet que permet que passi d’una configuració a una altra. Com ja s’ha comentat anteriorment, si deixéssim
totes les simulacions un temps prou llarg veurı́em com s’exploren totes les configuracions possibles i en
cadascuna d’elles hi passaria un temps proporcional a la seva probabilitat d’ocupació. És només qüestió
que per atzar el sistema acumuli en un moment donat prou energia per superar la barrera.

|∆E|
Configuració Ponts ∆E[ kcal
mol
] kB T
d’hidrogen
F1 2 −11, 11 18, 77
F2 3 −12, 6 21, 29
F3 3 −12, 06 20, 38

Taula 3: Nombre de ponts d’hidrogen, diferència d’energia potencial respecte l’estat amb dues molècules
molt allunyades entre elles i comparació amb kB T per cada configuració final de la Fig. 12

3.2 Interacció BMP-MMP en dissolució amb ions i en 3D

En aquest apartat s’aplica la col·lectivitat isotèrmica-isobàrica o NPT, es fixa la pressió del sistema a un
valor de 1, 01325 bar = 1 atm.
Les mides de la caixa d’aigua inicialment han estat de 38 × 39 × 39 = 57798 Å3 , aquest és el valor que
apareix en la Taula 2. Un cop s’inicia la simulació el volum del sistema s’ajusta per tal que tingui la
pressió especificada tal i com es pot observar en la Fig. 18.a de l’annex de manera que el volum de la
caixa de simulació en mitjana al llarg de tota la simulació és (539, 7 ± 3, 8) × 102 Å3 .

En la Fig. 18.b de l’annex es pot apreciar que el temps que triga en equilibrar el volum del sistema és
de l’ordre d’unes poques desenes de picosegons mentre que la durada total de la simulació és de 32 ns =
32000 ps, tot i que en la figura només es representen els primers 12 ns. L’ordre del temps que triga en
equilibrar és el mateix per a totes les simulacions en condicions de pressió constant.

18
Els experiments realitzats en l’article [2] es van fer en aigua i amb concentracions de 1M ( mol
L ) NaCl.
Per reproduir fidelment les condicions experimentals també s’incorpora aquesta concentració de ions tal
i com s’explica en l’apartat de mètodes.

a b

Figura 13: (a) configuració inicial i (b) situació tı́pica de la simulació S2. Les molècules de BMP i MMP
i els ions són representades en vdW i l’aigua en estil QuikSurf. Els ions són representats en una mida
menor per poder observar millor les molècules.

La Fig. 13.a és una representació de la configuració inicial per a la simulació S2. La posició relativa entre
les molècules s’ha escollit la mateixa que en la simulació S1-C1.

D’aquesta simulació es dedueix que les molècules no s’autoensamblen en cap moment, tot i que en algun
instant arriben a establir com a màxim 1 pont d’hidrogen efı́mer, per aquest motiu ja no s’han provat
altres configuracions inicials per estudiar si s’arriba a diferents configuracions finals com en el cas de
l’apartat anterior. La configuració que es dóna més sovint durant la simulació és la representada en la
Fig. 13.b, les molècules allunyades no autoensamblades.

Com les interaccions a través de ponts d’hidrogen entre dues molècules de BMP i MMP són tan febles, tal
i com també destaca de les dades de la Taula 3, en els propers apartats s’estudiarà els efectes col·lectius,
si n’hi ha, utilitzant concentracions més grans de molècules.

3.3 Agregació de molècules BMP-MMP en dissolució sense ions i en 3D

La Fig. 14.a mostra la configuració inicial utilitzada per la simulació S3. Com que ha estat generada
a partir de la replicació en les 3 direccions d’una parella de molècules de BMP i MMP presenta una
alta ordenació que es trenca al realitzar la minimització d’energia. El nombre de molècules d’aquesta
simulació és de 144, la meitat d’elles de MMP i l’altre meitat de BMP, això fa que la concentració de
molècules sigui de 2, 31604 nm−3 . Totes les concentracions han estat calculades considerant el volum
d’equilibri en mitjana per a tota la simulació.

19
 b
a

Figura 14: (a) configuració inicial de la simulació S3 amb molècules en representació vdW i aigua en
Quicksurf. (b) estructura efı́mera de 9 molècules enllaçades amb ponts d’hidrogen en representació CPK.

En la Fig. 15.b es representa l’evolució temporal del nombre total de ponts d’hidrogen que s’estableixen
entre molècules de BMP i MMP. S’observa un augment amb molta fluctuació a mesura que evoluciona
25
la simulació fins que s’estabilitza i fluctua al voltant d’uns 25 ponts d’hidrogen, que equival a 144 ≈ 0, 17
ponts d’hidrogen per molècula. Això indica que existeix una certa agregació de molècules que va aug-
mentant durant la simulació sense arribar a una estructura ben definida ni un autoensamblatge a nivell
global. Les fluctuacions en pocs passos poden ser de fins a 10 o 15 ponts d’hidrogen

La tendència general observada en la simulació es podria resumir aixı́: dues molècules en la dissolució
es troben, exploren diverses configuracions entre elles i al cap d’un breu temps es separen sense formar
cap estructura estable. Aquesta situació es pot apreciar en la Fig. 15.a del gràfic vermell que representa
el nombre de ponts d’hidrogen establerts entre dues molècules al llarg de tota la simulació. Un bon
exemple és el de la Fig. 14.b que mostra una estructura de 9 molècules que es manté només durant 10 ps
degut a l’energia tèrmica del sistema. Avançant 20 ps en la simulació només queda 1 pont d’hidrogen dels
11 que hi havia anteriorment, les molècules s’han dispersat i entre elles no tornen a formar cap estructura.

a b

Figura 15: Nombre de ponts d’hidrogen al llarg de la simulació S3. (a) per a dues parelles de molècules
de BMP i MMP diferents que exemplifiquen una interacció efı́mera (vermell) i una més estable (blau).
(b) evolució del nombre total de ponts d’hidrogen.

També existeixen alguns casos en què l’autoensamblatge entre molècules és més estable i perdura més
temps com mostren les dades de la Fig. 15.a del gràfic blau. Aquests enllaços més estables es donen
en regions on la concentració de molècules és més gran degut a l’atzar, això fa que els seus moviments
quedin restringits en una regió menor.

20
3.4 Agregació de molècules BMP-MMP en dissolució amb ions i en 3D

3.4.1 Influència dels ions

La configuració inicial de la simulació S4 és la mateixa que la S3 amb l’única diferència respecte de la
Fig. 14 de l’afegit de la concentració de 1 M de NaCl. La concentració inicial de molècules de BMP i
MMP és de 3, 08642 nm−3 , que és la màxima utilitzada.

A partir de la meitat de la simulació, passats uns 6 ns, s’observa com algunes molècules s’autoensamblen
formant una estructura ordenada que pot recordar una estructura helicoı̈dal i que es mostra en la Fig.
16.a. Aquest fet demostra la influència de la presència de ions en la formació d’estructures, ja que en
l’apartat anterior no se n’han detectat. Aquesta estructura és força estable ja que s’observa durant ben
bé l’últim quart de la simulació sense patir gaires canvis en l’estructura general. Els ions juguen un
paper col·lectiu per afavorir la formació d’estructures, és a dir, un ió concret interaccionant degut a la
força de Coulomb amb una molècula determinada no influeix en què aquesta s’autoensambli i formi part
d’una estructura, sinó que és l’efecte d’una alta concentració de ions i molècules el que juga un paper
important. Actualment encara no es coneix en detall el paper dels ions, és un dels temes d’investigació
del meu director del treball.

a b

Figura 16: Estructura formada per l’autoensamblatge de molècules de BMP i MMP en una dissolució
d’aigua, 1 M NaCl i densitat inicial de bases nitrogenades 3, 08642 nm−3 . Aigua representada en Quik-
Surf. En (a) ions, BMP i MMP en representació VDW. En (b) BMP i MMP en CPK, els ions no es
representen però hi són en les mateixes posicions que en (a).

En la Fig. 16.b s’observa amb més detall que l’estructura està formada per capes de dues o tres molècules
enllaçades entre elles per mitjà de ponts d’hidrogen que es formen i trenquen contı́nuament, però les
diferents capes no presenten enllaços que les mantinguin unides. Tampoc totes les capes són iguals, n’hi
ha que estan formades per una molècula de cada i d’altres formades per molècules del mateix tipus.

Aquestes estructures són diferents de la proposta de l’article [2]. Caldria estudiar la influència en la
formació d’estructures supramoleculars de la molècula de ribosa 5-fosfat en el radical dels nucleòsids.

3.4.2 Influència de la concentració

Primer s’estudia des d’un punt de vista qualitatiu si es formen o no estructures semblants i que siguin
estables per a tres concentracions representatives i després comparant el nombre de ponts d’hidrogen en

21
mitjana per tota la simulació i per molècula en funció de la concentració de molècules.

Disminuint la densitat inicial de molècules fins a un valor de 1, 02881 nm−3 també s’observa formació
d’estructures més petites però amb una organització molt semblant a les observades a major concentració
i que es representa en la Fig. 17.

a b

Figura 17: Estructura formada per l’autoensamblatge de molècules de BMP i MMP en una dissolució
d’aigua, 1 M NaCl i densitat inicial de bases nitrogenades 1, 029 nm−3 . (a) mida real dels àtoms
(VDW) i (b) mida reduı̈da per poder observar els ponts d’hidrogen, alguns d’ells s’indiquen amb fletxes,
que s’estableixen entre molècules i que mantenen l’estructura (CPK).

La concentració inicial més petita provada després de la de només dues molècules ha estat de 0, 342936 nm−3
amb la qual no s’observa formació d’estructures estables. Això demostra que la concentració de molècules
té influència en la formació d’estructures perquè el fet que es formi una estructura implica una disminució
de l’entropia en aquella regió que ha de ser compensada per la distribució d’altres molècules per altres
zones de la caixa de simulació que només es pot aconseguir a partir d’un cert nombre de molècules.

En quant a l’estudi quantitatiu s’ha volgut veure com varia per a diferents concentracions de molècules el
nombre de ponts d’hidrogen considerant el nombre mig per a tota la simulació i per nombre de molècules.
D’acord amb la Taula 4 a mesura que augmenta la concentració de molècules també ho fa el nombre de
ponts d’hidrogen per molècula fins a una concentració de saturació a partir de la qual es manté més o
menys constant. Això està d’acord amb la variació observada anteriorment en l’estudi qualitatiu.

Nom Concentració Concentració Nombre mig de ponts

simulació inicial[nm−3 ] a l’equilibri [nm−3 ] hidrogen per molècula
S4 3, 08642 2, 35156 0, 157478
S5 2, 40055 2, 0005 0, 157759
S6 2, 05761 1, 7575 0, 166541
S7 1, 37174 1, 29374 0, 154615
S8 1, 02881 0, 999167 0, 109085
S9 0, 685871 0, 709 0, 10707
S10 0, 366695 0, 342936 0, 0297138

Taula 4: Informació quantitativa sobre formació d’estructures. La concentració inicial es calcula amb el
volum inicial de la caixa de simulació que es presenta en la Taula 2 i la concentració a l’equilibri amb el
volum mig al llarg de tota la simulació un cop s’equilibra per ajustar al valor de la pressió fixada.

22
4 Conclusions
Els resultats presentats en aquest treball tenen l’objectiu d’aclarir si les molècules de BMP i MMP s’au-
toensamblen, sota quines condicions ho fan i si són capaces d’organitzar-se espontàniament per formar
estructures supramoleculars ordenades com van demostrar experimentalment in vitro en B. J. Cafferty
et al. Nat. Commun. 2016, vol. 7, pp. 11328 [2].

Les conclusions a les quals s’ha arribat són les següents:

• En simulacions de durada limitada la dinàmica de les molècules i les configuracions que exploren
depèn de la seva configuració inicial ja que es pot donar el cas que s’arribi a un estat amb un mı́nim
relatiu d’energia que no permet explorar més configuracions en un temps limitat.
• La freqüència amb la qual es poden explorar altres configuracions diferents de la inicial depèn de la
relació entre l’energia tèrmica del sistema i les diferències d’energia entre configuracions. Per a totes
les simulacions realitzades l’energia tèrmica ha estat gairebé dos ordres de magnitud inferior a les
diferències d’energies entre configuracions, tal i com s’ha pogut apreciar en la Taula 3. Això explica
les dificultats a l’hora d’explorar noves configuracions per a les simulacions S1-C1 i S1-C2. Donades
les condicions de la configuració S1-C3 sembla que aquesta barrera d’energia sigui menor que en
els altres dos casos i més propera a l’energia tèrmica, fet que permet que passi d’una configuració
a una altra. També podria ser qüestió només que per atzar el sistema acumuli prou energia en
un moment donat per superar la barrera existent. No s’ha pogut comprovar però es planteja que
donades simulacions de temps il·limitat totes haurien de donar els mateixos resultats en quant a la
freqüència de configuracions explorades independentment de la situació inicial.
• La configuració de menor energia per un sistema d’una molècula de BMP i una altra de MMP
sobre una superfı́cie és que es trobin enllaçades amb 3 ponts d’hidrogen, tal i com es proposa
en l’article [2]. Aquesta també es tracta de la configuració menys observada al llarg de les tres
simulacions realitzades, S1 - C1, C2 i C3. Se sap que l’estat amb 3 ponts d’hidrogen presenta menor
entropia que les configuracions amb 2, 1 o 0 ponts d’hidrogen, perquè el nombre de microestats
possibles, posicions en l’espai i orientacions relatives que poden presentar les molècules tenint 3
ponts d’hidrogen, també és inferior. Es conclou que els ponts d’hidrogen de més no compensen la
pèrdua d’entropia.
• En relació a aquesta última afirmació s’ha trobat, a la Taula 3, que la disminució de l’energia per
la formació d’un pont d’hidrogen és petita i no gaire superior a l’energia tèrmica. Això explica
la constant formació i destrucció de ponts d’hidrogen que s’observa en totes les simulacions i que
la configuració més probable entre una molècula de BMP i una altra de MMP sigui sense ponts
d’hidrogen per a les tres configuracions de la secció 3.1.
• Els ions juguen un paper important en l’autoensamblatge i formació d’estructures degut a efectes
col·lectius quan les concentracions de ions són prou altes. Qualitativament es va comprovar que en
la simulació amb 1M de NaCl es formaven estructures majors i sobretot més estables respecte a la
que no contenia ions.
• La concentració de molècules també influeix en l’organització i formació d’estructures. Quantita-
tivament s’ha vist que a mesura que augmenta la concentració ho fa també el nombre de ponts
d’hidrogen que estableix cada molècula fins a una concentració de saturació a partir de la qual
s’estabilitza. Qualitativament s’observa que en augmentar la concentració es generen estructures
més complexes, amb més enllaços per molècula, fins a la concentració de saturació. A partir de
llavors les estructures que es formen creixen en mida però no en complexitat. Aquesta influència
també té a veure amb efectes col·lectius ja que quan una estructura de molècules es forma hi ha

23
 una disminució de l’entropia en aquella regió que ha de ser compensada per la distribució d’altres
molècules en altres zones de la caixa de simulació.
• Una ampliació directa de l’estudi seria per determinar el paper que juga la ribosa 5-fosfat en la
orientació i ordenació de les molècules per formar estructures supramoleculars.

24
Referències
[1] Sara Imari Walker. ”Origins of life: a problem for physics, a key issues review”. Rep. Prog. Phys.,
2017, vol. 80, 092601.

[2] Cafferty, B. J. et al. ”Spontaneous formation and base pairing of plausible prebiotic nucleotides in
water”. Nat. Commun., 2016, vol. 7, pp. 11328.

[3] Nelson M., Humphrey W., Gursoy A., Dalke A., Kalé L., Skeel R., Schulten K. and Kufrin R.
”MDScope - a visual computing environment for structural biology”. Comput. Phys. Commum. 1995,
vol. 91, pp. 111-134

[4] James C. Phillips, Rosemary Braun, Wei Wang, James Gumbart, Emad Tajkhorshid, Elizabeth
Villa, Christophe Chipot, Robert D. Skeel, Laxmikant Kale, and Klaus Schulten. ”Scalable molecular
dynamics with NAMD”. J. of Computational Chemistry, 2005, vol. 26, pp. 1781-1802.

[5] Humphrey, W., Dalke, A. and Schulten, K. ”VMD - Visual Molecular Dynamics”. J. Molec. Graphics,
1996, vol. 14, pp. 33-38.

[6] Darden, T. A.; York, D. M.; Pedersen, L. G. ”Ewald method”.J. Chem. Phys. 1993, vol. 98, pp. 10089.

[7] Thomas J. Roussel, Esther Barrena, Carmen Ocal and Jordi Faraudo. ”Predicting supramolecular
self-assembly on reconstructed metal surface”. Nanoscale, 2014, vol. 6, pp. 7991-8001.

[8] Hendrik Heinz, R. A. Vaia, B. L. Farmer and R. R. Naik. ”Accurate Simulation of Surfaces and
Interfaces of Face-Centered Cubic Metals Using 12-6 and 9-6 Lennard-Jones Potentials”. J. Chem.
Phys., 2008, 112, 44, pp. 17281-17290

[9] TIP3P Model of water

http : //www.sklogwiki.org/SklogW iki/index.php/T IP 3P model of water

[10] P.T. Kiss and A. Baranyai. ”Sources of the deficiencies in the popular SPC/E and TIP3P models
of water”. J. Chem. Phys., 2011, vol. 134, 054106.

[11] Daan Frenkel and Berend Smit. Understanding molecular simulation: from algorithms to applicati-
ons. Academis Press. Second Edition (1996).

25
Annex

Anàlisis de l’assoliment de l’equilibri de les simulacions

Per il·lustrar com els sistemes en estudi arriben a una situació d’equilibri en les simulacions de dinàmica
molecular i de minimització es representa la variació de les variables que fluctuen en cadascuna d’elles.
Per una simulació de dinàmica molecular en col·lectivitat NPT es representa el volum del sistema i per
la de minimització l’energia total.

Figura 18: Variació del volum de la caixa d’aigua de la simulació S2 de la Taula 2. En (b) s’ha canviat
l’escala horitzontal per poder apreciar el temps que triga la simulació en equilibrar-se.

Figura 19: Evolució de l’energia d’un sistema amb una molècula de BMP i una altra de MMP sobre una
superfı́cie durant càlcul de minimització per la simulació S1 de la Taula 2.

El termòstat de Langevin ajusta la temperatura del sistema Tinst fent que aquesta fluctuı̈ al voltant del
valor fixat. La temperatura mitjana al llarg de la simulació equival a aquest valor. Les fluctuacions
són grans, de l’ordre de desenes de graus Kelvin, perquè el sistema té tan sols dues molècules sobre una
superfı́cie i s’allunya del lı́mit termodinàmic.

26
Figura 20: Evolució de la temperatura d’un sistema amb una molècula de BMP i una altra de MMP sobre
una superfı́cie durant una simulació S1 de la Taula 2. Per cada instant de temps el sistema calcula la
temperatura amb l’equació (13).

Configuració pel càlcul de l’origen d’energies de les simulacions

Figura 21: Configuració triada per establir l’origen d’energia potencial considerant tots els termes de les
equacions (6)-(11). El valor de l’energia en aquesta configuració és −11270, 83 kcal/mol. La represen-
tació dels àtoms triada és CPK.

Influència de la temperatura

Totes les simulacions han estat realitzades a una temperatura de 298 K que és una temperatura en la
qual les estructures que es formen in vitro són estables, però no és la temperatura òptima a la qual es
realitzen els experiments que és de 278 K.

Per estudiar l’efecte de la temperatura totes les simulacions s’han allargat 10 ns més reduint la tempe-
ratura fins als òptims 278 K. No he observat canvis significatius en la dinàmica de les molècules i les
estructures formades. Tot i això, a partir d’aquest punt totes les simulacions es realitzen a la tempe-
ratura òptima a no ser que s’especifiqui el contrari. Com a mostra de la no variació incloc la Fig. 22
on aproximadament a partir del fotograma 1250 és on es produeix la disminució de la temperatura del

27
sistema. Inicialment s’observa un augment del nombre de ponts d’hidrogen durant un curt perı́ode per
tornar a fluctuar al voltant del valor anterior al canvi de temperatura. Podria ser que aquest augment no
fos degut a la disminució de la temperatura sinó a fluctuacions pròpies de la dinàmica molecular ja que
no té lloc exactament després del canvi de temperatura. També podria ser que el nombre total de ponts
d’hidrogen no variés però que es formessin estructures diferents a les observades anteriorment, fet que
també he comprovat que no té lloc observant amb deteniment tota la simulació. En resum, les simulacions
a 278 K o a 298 K mostren la mateixa dinàmica.

Figura 22: Evolució del nombre de ponts d’hidrogen al llarg de la simulació amb un canvi de temperatura
cap al temps 12500 ps aproximadament de 298 K a 278 K

Eines computacionals

Programa per a la visualització dels resultats

Totes les visualitzacions de les simulacions i gran part dels estudis sobre aquestes han estat realitzats
amb el programa VMD [5]. Aquest és un programa escrit en llenguatge C++ i amb un disseny orientat
a objectes. Les seves funcions principals són la representació i anàlisis d’estructures moleculars aixı́ com
també la visualització interactiva de trajectòries de dinàmica molecular. Amb el concepte de visualització
interactiva faig referència al fet que es pot variar l’angle d’observació, la distància d’observació, retrocedir
o avançar en la simulació, seleccionar només unes molècules o àtoms a visualitzar, etc.

El VMD permet representar simultàniament diverses estructures amb una gran varietat de mètodes de
representació i coloració de molècules. També permet crear noves configuracions mitjançant la unió de
diferents molècules o conjunts d’àtoms, replicant estructures, canviant la posició i orientació relativa dels
diferents components d’un sistema, afegint un solvent que normalment es tracta d’aigua, afegint concen-
tració de ions, modificant el pH de la dissolució, etc.

Algunes de les eines d’anàlisis que ofereix VMD són la visualització de les caracterı́stiques del sistema
(distància entre àtoms, angle entre tres àtoms, angle entre dos plans de quatre àtoms, etc), gràfics de
l’evolució de variables cinemàtiques i termodinàmiques (energia total, cinètica, potencial, temperatu-
ra, pressió, volum, etc), estudi dels ponts d’hidrogen de la simulació, càlcul de l’arrel de la distància

28
quadràtica mitja, càlcul de la funció de distribució radial, etc.

Un cop trobada una imatge interessant és possible modificar la visualització fins a trobar la representació
adequada per a prendre una imatge en alta qualitat i en molts tipus de format. Totes aquestes tasques i
moltes més es poden realitzar a través de la interfı́cie del programa o també escrivint codi a la consola.
Utilitzant la consola també és possible crear noves eines d’anàlisi, la qual cosa no ha estat necessària en
aquest treball.

Arxius informàtics requerits i generats per les simulacions

Per tal de realitzar una simulació de dinàmica molecular, a banda del model matemàtic a implementar
i del programa informàtic que realitza la simulació, es necessiten diversos tipus d’arxiu per especificar
tota la informació necessària sobre els àtoms del sistema i com interaccionen entre ells i amb el medi. A
continuació s’expliquen els més importants.

Els arxius d’estructura (arxiu PSF de Protein Strucuture File) contenen informació estàtica de les
molècules com la massa molecular, la càrrega dels àtoms, a quina molècula pertany cada àtom i co-
di d’identificació de cada àtom. sobre la distància dels enllaços entre àtoms, l’angle entre dos enllaços que
comparteixen vèrtex, angles entre plans (angle dihèrdric), tot aquests paràmetres en la posició d’equilibri
de les molècules.

Existeixen uns altres arxius (INP) per a cada molècula o estructura atòmica o molecular (superfı́cie,
caixa d’aigua, ions) que contenen informació sobre el model atòmic que s’aplica per a cada molècula.
Informació sobre tots els enllaços, angles entre enllaços consecutius i angles dihèdrics que inclouen dades
sobre posicions d’equilibri i constants elàstiques del model d’oscil·ladors harmònics.

En canvi els arxius de coordenades (arxiu PDB de Protein Data Bank ) contenen informació sobre les
posicions dels àtoms. Si utilitzant el programa de visualització de molècules es modifiquen les coordena-
des d’alguns àtoms cal guardar aquesta nova informació en aquest arxiu, això és important, per exemple,
quan es creen noves configuracions inicials.

A banda dels arxius que defineixen les caracterı́stiques i posicions dels àtoms especı́fics per a cada molècula
també calen d’altres que defineixin les interaccions entre ells, són els arxius dels camps de forces que conte-
nen tot d’informació general sobre les interaccions entre àtoms o conjunts d’àtoms més freqüents. NAMD
pot trobar en aquests arxius la informació per model·litzar qualsevol tipus d’interacció que trobi al llarg
de la simulació.

Després de la simulació es generen una gran quantitat de nous arxius amb informació sobre com s’ha
desenvolupat la simulació en quant a l’evolució de les diferents energies del sistema, volum, pressió, co-
ordenades dels àtoms, velocitats. El més utilitzat a l’hora de representar les simulacions és el que conté
la informació de les trajectòries dels àtoms (arxiu DCD) que utilitzant el VMD permet visualitzar els
moviments dels àtoms.

29