1. A magyar területek kormányzására, mivel az udvar és a király nem tartózkodott az
országban, helyettesről kellett gondoskodni. Ferdinánd ezért helytartót nevezett ki, aki a mellette működő tanáccsal együtt Pozsonyban székelt. A helytartói intézmény lényegében az ország kormánya volt, megbeszélésein részt vehettek az országos főkapitányok, az országos vagy udvari tisztséget viselő méltóságok, valamint a Magyar Tanács tagjai. A helytartó a belügyekben széles körű felhatalmazást kapott, de nem rendelkezhetett a had- és pénzügyekkel, és nem tárgyalhatott külföldi követekkel sem. A Magyar Tanács a korábbi Királyi Tanács jogutódja volt, jelentősége azonban látványosan visszaesett. Az írásbeli ügyintézést a Magyar Kancellária végezte, élén a főkancellárral. A pénzügyigazgatás feladatait a Magyar Kamara látta el, hatásköre a Magyar Korona országainak egész területére és az összes kincstári jövedelemre kiterjedt. A kamara közvetlenül a királytól függött, a kapcsolatot azonban az Udvari Kamarán keresztül tartották. Később a keleti országrészek pénzügyeinek intézésére Kassán megszervezték a Szepesi Kamarát. A védelmi rendszer az országos főkapitány alá tartozott, a tennivalók azonban egyre sokasodtak, így a főkapitányságokat két alkalommal is megosztották, így jött létre a Bányavidéki, a Felső-magyarországi, a Győri és a Kanizsai Főkapitányság. A Drávától délre fekvő vidékek védelmét külön szervezet, a Vend (Szlavón) és a Horvát Főkapitányság látta el.
2. Az udvari kormányszervekbe magyarok csak ritkán kerültek be, a magyarországi
igazgatás azonban túlnyomórészt a magyar főurak és nemesek kezében volt. A kormányzatban alkalmazottakat a kincstár fizette, utasításokat az udvartól kaptak, helyzetüknél fogva azonban a rendiséghez tartoztak, s ez nemegyszer okozott feszültségeket. Az ország kormányzásába a rendek továbbra is az országgyűléseken szólhattak bele. A török veszély miatt sajátos viszony alakult ki az uralkodó és az országgyűlés között: a védelemre rászorultak a rendek, annak költségeit a királynak nemegyszer rendkívüli adók kivetésével kellett előteremtenie, ehhez viszont szükség volt az országgyűlés hozzájárulására. Ezért az uralkodó időről időre összehívni kényszerült a rendeket, s ők az alkalmat megragadva felpanaszolták az anarchikus viszonyok és a külföldi katonaság miatt elszenvedett sérelmeiket. Mindez azonban nem változtatott kölcsönös egymásrautaltságukon, így a török veszély a hatalom mindkét pólusát erősítette. És bár az országgyűléseken gyakran összecsaptak a főnemesek és a vármegyei követek érdekei, az uralkodónak soha nem sikerült végletesen szembefordítani, egymás ellen kijátszani őket. (történészi szöveg) 3. 4. Zrínyi Miklós fia, György viszi a Magyar Királyság zászlaját I. Ferdinánd temetésén. Az apja ugyanezen alkalommal a Szent Korona másolatát vitte.