FONAMENTS DE BIOLOGIA

MOLECULAR I CEL·LULAR

- Bioquímica i Biologia Molecular –

Grau en Química
 FBiBM – Tema 7
Els Àcids Nucleics

• Nucleòtids. Estructura i Funció.

• Estructura primària, secundària i terciària del DNA

• Complexes DNA-proteína: organització del cromosoma

• Transmissió de la informació genètica

 FBiBM – Tema 7
Els Àcids Nucleics

• Nucleòtids. Estructura i Funció.

• Estructura primària, secundària i terciària del DNA

• Complexes DNA-proteína: organització del cromosoma

• Transmissió de la informació genètica

FBiBM – Tema 7: Els àcids nucleics
Nucleòtids. Estructura i Funció.

La importància dels Àcids nucleics en la vida, el dogma central de la biologia molecular

Emmagatzematge de la informació genètica (DNA)

Transmissió de la informació genètica (RNA)

Traducció de la informació genètica (proteïnes)

FBiBM – Tema 7: Els àcids nucleics
Nucleòtids. Estructura i Funció.

Jerarquia estructural dels Àcids Nucleics i flux de la informació genètica

Els àcids nucleics són heteropolímers de nucleòtids

→ la combinació dels nucleòtids esdevé la base per la vida
 FBiBM – Tema 7: Els àcids nucleics
Nucleòtids. Estructura i Funció.

DNA: doble hèlix

RNA. Estructura 2D

Complex supramolecular

Cromosoma:
Empaquetament del DNA
RNA. Estructura 3D
FBiBM – Tema 7: Els àcids nucleics
Nucleòtids. Estructura i Funció.

Els nucleòtids, on els trobem i quines funcions realitzen

1. Metabolisme energètic: ATP la moneda energètica

2. Cofactors enzimàtics: NAD+/NADH, NADP+/NADPH, FAD/FADH2

3. Senyalització cel·lular: cAMP

4. Transmissió de la informació genètica: DNA, RNA, tRNA

(cAMP)
FBiBM – Tema 7: Els àcids nucleics
Nucleòtids. Estructura i Funció.

Els nucleòtids
Formats per: Base nitrogenada + Pentosa + Fosfat(s)

Ribosa (2’ OH) 2’ Desoxiribosa

Nucleòsid: Base nitrogenada + Pentosa (sense grup(s) fosfat) De 1 a 3 fosfats: mono-, di-, tri-
FBiBM – Tema 7: Els àcids nucleics
Nucleòtids. Estructura i Funció.

Els nucleòtids: la base nitrogenada

Les bases nitrogenades corresponen a la regió variable dels nucleòtids

Les PIRIMIDINES Les PURINES

FBiBM – Tema 7: Els àcids nucleics
Nucleòtids. Estructura i Funció.

Els nucleòtids: la base nitrogenada

Les bases nitrogenades absorbeixen llum ultra violada (UV)
FBiBM – Tema 7: Els àcids nucleics
Nucleòtids. Estructura i Funció.

Els nucleòtids: les pentoses

• -D-ribofuranosa en el RNA (ribosa)
• -2’-deoxi-D-ribofuranosa en el DNA (deoxiribosa)

Ribosa (en el RNA) Deoxiribosa (en el DNA)

FBiBM – Tema 7: Els àcids nucleics
Nucleòtids. Estructura i Funció.

Els nucleòtids: les pentoses

Podem trobar les pentoses en diferents conformacions

Les bases nitrogenades i les pentoses s’uneixen covalentment

→ Enllaç N--glicosídic: OH- del C-1’ de la ribosa (o deoxi) amb l’àtom N-1 de les pirimidines o l’àtom N-9 de les purines
FBiBM – Tema 7: Els àcids nucleics
Nucleòtids. Estructura i Funció.

Els nucleòtids: les pentoses

Conformacions al voltant de l’enllaç N-glicosídic

Sin (~ 0º) i anti (~ 180º) Angles torsió

FBiBM – Tema 7: Els àcids nucleics
Nucleòtids. Estructura i Funció.

Els nucleòtids: el fosfat

En els àcids nucleics trobem un fosfat unit al carboni C5
El fosfat s’uneix covalentment a la pentosa

Es pot unir a grups OH de diferents carbonis

FBiBM – Tema 7: Els àcids nucleics
Nucleòtids. Estructura i Funció.

Els nucleòtids: el fosfat

Nucleòtids mono-, di-, tri-fosfat
FBiBM – Tema 7: Els àcids nucleics
Nucleòtids. Estructura i Funció.

Nucleòtids amb altres funcions biolòlògiques

Metabolisme:
g  a moneda energètica cel·lular
(ATP)

Biosenyalització:
missatger secundari
(AMPc)
FBiBM – Tema 7: Els àcids nucleics
Nucleòtids. Estructura i Funció.

Nucleòtids dels àcids nucleics

DNA RNA

A A
Purines
G G
Pirimidines C C
T U
FBiBM – Tema 7: Els àcids nucleics
Nucleòtids. Estructura i Funció.

Nucleòtids dels àcids nucleics

DNA
FBiBM – Tema 7: Els àcids nucleics
Nucleòtids. Estructura i Funció.

Nucleòtids dels àcids nucleics

RNA
FBiBM – Tema 7: Els àcids nucleics
Nucleòtids. Estructura i Funció.

Bases nitrogenades modificades - DNA

Marcadors epigenètics

- Diferenciar el DNA propi del forani

- Participar en mecanismes de regulació gènica

- Factors ambientals modifiquen l’expressió

 FBiBM – Tema 7
Els Àcids Nucleics

• Nucleòtids. Estructura i Funció.

• Estructura primària, secundària i terciària del DNA

• Complexes DNA-proteína: organització del cromosoma

• Transmissió de la informació genètica

 FBiBM – Tema 7: Els àcids nucleics
Estructura primària, secundària i terciària del DNA

Estructura primària. - Els nucleòtids s’uneixen covalentment uns als altres

→ Enllaç fosfodiéster: cadena amb càrrega negativa

- Heteropolímers líneals, no ramificats

- Alternem fosfats amb pentosa que uneix la base nitrogenada (variant)

Enllaç
fosfodiéster - Direccionalitat, extrems són diferents (5’P i 3’OH). Orientem 5’ → 3’

5’ 3’
ACGTA
FBiBM – Tema 7: Els àcids nucleics
Estructura primària, secundària i terciària del DNA

Estructura tridimensional del DNA

Model de l’estructura del DNA (1953), Watson i Crick

→ Obtenen el Premi Nobel 1962

Basen el seu model en les observacions de Wilkins i Franklin

FBiBM – Tema 7: Els àcids nucleics
Estructura primària, secundària i terciària del DNA

Experiments clau per a comprendre l’estructura del DNA

Ja sabien que el DNA és el material genètic i hereditari → mecanisme de replicació

Les regles de Chargaff: (A + G = T + C)

FBiBM – Tema 7: Els àcids nucleics
Estructura primària, secundària i terciària del DNA

Estructura tridimensional del DNA 1) Una única molècula de DNA consta de dues cadenes d’àcid

nucleic que s’enrotllen en el mateix eix en sentit antiparal·lel

2) La cadena principal (esquelet) es troba a l’exterior de la

molècula, exposada al solvent: Fosfats

3) Les nitrogenades es troben a l’interior, perpendiculars a l’eix de

la fibra. Per cada volta de hèlix trobem 10 nucleòtids

4) L’amplada de la fibra és de 20Ǻ

Patró de Difracció de Raigs X

5) Observem un solc major i un solc menor

FBiBM – Tema 7: Els àcids nucleics
Estructura primària, secundària i terciària del DNA

Aparellament de bases
Cadenes antiparal·leles i complementàries
Purina + pirimidina

3 ponts d’hidrogen
(G-C)

2 ponts d’hidrogen
(A-T)
FBiBM – Tema 7: Els àcids nucleics
Estructura primària, secundària i terciària del DNA

DNA

Elevació

Pas de rosca

Diàmetre
FBiBM – Tema 7: Els àcids nucleics
Estructura primària, secundària i terciària del DNA

Importància de les propietats de torsió dels nucleòtids

Conformacions al voltant de l’enllaç N-glicosídic

Sin (~ 0º) i anti (~ 180º) Angles torsió en la cadena

FBiBM – Tema 7: Els àcids nucleics
Estructura primària, secundària i terciària del DNA

Formes de la doble hélix de DNA: A, B i Z

La doble hèlix pot adoptar diferents estructures, essent la forma B
(model descrit per Watson i Crick) la predominant en la cèl·lula
FBiBM – Tema 7: Els àcids nucleics
Estructura primària, secundària i terciària del DNA

DNA com a font d’informació genètica

La seqüència de nucleòtids (bases nitrogenades) és la base de la informació genètica
El DNA de la cèl·lula s’anomena genoma: pot replicar-se i conté les instruccions per a la
síntesi de de proteïnes

Transcripció
Replicació
+
Traducció
FBiBM – Tema 7: Els àcids nucleics
Estructura primària, secundària i terciària del DNA

Genomes
FBiBM – Tema 7: Els àcids nucleics
Estructura primària, secundària i terciària del DNA

Genomes

Comparació entre la longitud del DNA (1.7 mm) 46 cromosomes d’una cèl·lula somàtica humana
i el diàmetre de la cèl·lula bacteriana (2 µm) (Escherichia coli)

A l’interior de la cèl·lula el DNA es troba empaquetat amb un elevat grau de compactació

FBiBM – Tema 7: Els àcids nucleics
Estructura primària, secundària i terciària del DNA

Estructura terciaria del DNA

El DNA té la capacitat de superenrotllar-se
El superenrotllament del DNA facilita el seu empaquetament dins la cèl·lula:
 FBiBM – Tema 7
Els Àcids Nucleics

• Nucleòtids. Estructura i Funció.

• Estructura primària, secundària i terciària del DNA

• Complexes DNA-proteína: organització del cromosoma

• Transmissió de la informació genètica

FBiBM – Tema 7: Els àcids nucleics
Complexes DNA-proteína: organització del cromosoma

Organització estructural del DNA en un cromosoma eucariòtic

Cromosoma
• Superenrotllament i compactació màxima
del DNA

• Diferents nivells de compactació:

des de la doble cadena fins al cromosoma
→ en la cèl·lula eucariota tenim
compactació 8000X

• La cromatina és el material cromosòmic

eucariota, està format per DNA i proteïnes
FBiBM – Tema 7: Els àcids nucleics
Complexes DNA-proteína: organització del cromosoma

La cromatina i les histones

• La cromatina és el material cromosòmic eucariota, està format per DNA i proteïnes

• Les proteïnes majoritàries d’unió al DNA són les histones

• Les histones s’uneixen al DNA i formen els nucleosomes

Nucleosoma
Proteïnes del nucleosoma (histones)
FBiBM – Tema 7: Els àcids nucleics
Complexes DNA-proteína: organització del cromosoma

Els nucleosomes
• Cada nucleosoma conté 8 molècules d’histones (2 de cada: H2A, H2B, H3 i H4)

Les histones són molt catiòniques. Per què?

Uneixen el fosfat carregat negatiu.
FBiBM – Tema 7: Els àcids nucleics
Complexes DNA-proteína: organització del cromosoma

Empaquetació dels nucleosomes

Els nucleosomes s’estructuren al llarg del DNA El collar de perles empaqueta posteriorment
formant el “collar de perles” o fibra de 10 nm. per a formar la fibra de 30 nm
FBiBM – Tema 7: Els àcids nucleics
Complexes DNA-proteína: organització del cromosoma
 FBiBM – Tema 7
Els Àcids Nucleics

• Nucleòtids. Estructura i Funció.

• Estructura primària, secundària i terciària del DNA

• Complexes DNA-proteína: organització del cromosoma

• Transmissió de la informació genètica

FBiBM – Tema 7: Els àcids nucleics
Transmissió de la informació genètica

Dogma central de la biologia molecular

“DNA makes RNA and RNA makes protein”

replicació // transcripció // traducció

FBiBM – Tema 7: Els àcids nucleics
Transmissió de la informació genètica

La replicació

Unna doble cadena de DNA dona lloc a dues cadenes filles idèntiques

Procés semi-conservatiu catalitzat per DNA polimerases

Sempre en el sentit 5’ → 3’
FBiBM – Tema 7: Els àcids nucleics
Transmissió de la informació genètica

La transcripció

A partir d’una doble molècula de DNA sintetitzem una cadena de RNA (RNA missatger)

L’RNA és sintetitzat per les RNA polimerases: sempe en direcció 5’ → 3’

FBiBM – Tema 7: Els àcids nucleics
Transmissió de la informació genètica

La traducció
Usem l’RNA missatger per a traduir l’informació genètica en proteïnes.

• En els eucariotes per a la síntesi d’una proteïna intervenen més de 300 molècules
diferents, que inclouen altres proteïnes, RNA ribosòmics i RNA de transferència.

• El procés de síntesi pot consumir fins el 90% de l’energia química que utilitza la
cèl·lula pel conjunt de reaccions biosintètiques.

• La síntesi es realitza a gran velocitat.

→ S’estima una velocitat aprox. de 40 aminoàcids/s

• El procés està regulat molt estretament

→ mantenim la quantitat de proteïnes exacta per a cada moment
FBiBM – Tema 7: Els àcids nucleics
Transmissió de la informació genètica

La traducció: codi genètic • Un codó és el triplet de nucleòtids que codifica un

El codi genètic ens permet desxifrar la vida
aminoàcid específic

• 43 (triplets de 4 bases) = 64 combinacions diferents.

• 61 dels 64 codons corresponen a aminoàcids, i els

altres 3 corresponen a codons de terminació.

• El codó d’inici coincideix amb el residu metionina.

• El codi genètic es caracteritza per tenir més d’un codó

per la majoria d’aminoàcids.

• El codi genètic és universal: és idèntic en totes les

espècies estudiades, a excepció d’unes petites
variacions en genomes petits: mitocondris, alguns
bacteris i alguns eucariotes unicel·lulars.
FBiBM – Tema 7: Els àcids nucleics
Transmissió de la informació genètica

La traducció: tRNA
Aparellament codó - anticodó

• El RNA de transferència s’uneix a un aminoàcid

en un extrem i interacciona amb el RNA missatger
que s’està traduint a nivell de l’anticodó.

• El RNA de transferència (tRNA) conté una

seqüència de 3 bases que es denomina anticodó,
que li serveix per aparellar-se al RNA missatger.

• La primera base del codó s’aparella amb la

tercera base de l’anticodó.
FBiBM – Tema 7: Els àcids nucleics
Transmissió de la informació genètica

La traducció: tRNA
FBiBM – Tema 7: Els àcids nucleics
Transmissió de la informació genètica

La traducció: marc de lectura

FBiBM – Tema 7: Els àcids nucleics
Transmissió de la informació genètica

La traducció: el ribosoma i la síntesi de la proteïna

El ribosoma és la màquina molecular encarregada de coordinar la síntesi protèica
FBiBM – Tema 7: Els àcids nucleics
Transmissió de la informació genètica
FBiBM – Tema 7: Els àcids nucleics
Transmissió de la informació genètica

La traducció: el ribosoma i la síntesi de la proteïna

Els procariotes poden acoblar totes les fases de la transmissió d’informació
En canvi, en els eucariotes la transcripció i la traducció es troben separades:
- En espai i en temps
FBiBM – Tema 7: Els àcids nucleics
Transmissió de la informació genètica

http://www.youtube.com/watch?v=q_n0Ij3K_Ho
MRC Laboratory of Molecular Biology