Demo

生物医学大数据分析
社区平台使用演示
演示人姓名:罗兆铭

生物医学大数据分析社区平台上线了！
http://bio.liwzlab.cn/html
 CONTENTS

01 02 03 04
总体流程及
注册与登录 工具上传 工作流创建
页面介绍
注册与登录
实验室网站： h t t p : / / l i w z l a b . c n
平台网站：http://bio.liwzlab.cn/html
推荐使用谷歌浏览器

3
 CONTENTS

01 02 03 04
总体流程及
注册与登录 工具上传 工作流创建
页面介绍
总体流程

建立工作流 使用工作流

开始 注册并登录平台
登录平台 上传工具 上传文件参数

使用工具

结束 创建任务并运行

5
 工具上传

工作流创建

工具开发者
工具/工作流的使用

工具使用者 数据上传
 CONTENTS

01 02 03 04
总体流程及
注册与登录 工具上传 工作流创建
页面介绍
工具上传

开始 填写基础资料

设置指令及参数 设置输入文件 上传运行程序 编写dockerfile

构建失败

等待工具构 成功
设置输出文件 提交 结束
建完成

8
Docker基本介绍
Docker ：
• 开源的应用容器引擎
• 打包应用及其依赖环境成可移植容器
• 使用沙箱机制，相互之间无任何接口

特点：
• 集装箱（轻量，可同时运行多个）
• 标准化（标准，能在各系统中运行）
• 隔离（安全，容器之间彼此隔离，容器与基础设施隔离）

9
DockerFIle
• 平台使用Docker技术，即容器管理技术进行工具的管理。
• 上传工具的过程是构建容器的过程
主机
容器1 容器2 容器3

工具1(.R) 工具2(.jar) 工具3(.py)

• 不同工具在不同容器中
• 不同容器环境不同
• 容器需要使用DockerFile文件创建

DockerFile:
• 文件中输入指令以及指令内容，docker执行指令内容最终形成容器
• 常用指令：FROM、WROKDIR、RUN……
10
系统运行工具流程图示
容器

参数 运行工具所需环境，如R环境
依赖

工具程序本身，如可执行R文件
引用
对数据文
2 执行命令行 运行程序 件进行处
理
1
系统进入容器

需要处理的数据文件
3 运行结束产生

结果文件

4 5
找到 并提供给工具使用者下载

11
系统工具容器理解图示

容器

上传者 运行工具所需环境，如R环境

编
写 工具程序本身，如可执行R文件
通过 形成
dockerfile

12
系统工具容器理解图示

容器

运行工具所需环境，如R环境

工具程序本身，如可执行R文件

通过编写 添加程序进入容器
上传者 上传工具程序 dockerfile

13
系统工具容器理解图示

容器

运行工具所需环境，如R环境

工具程序本身，如可执行R文件

编写 设置运行工具的
上传者 命令行表单 命令行

14
系统工具容器理解图示

容器
编写 设置运行工具的
上传者 命令行表单 运行工具所需环境，如R环境

工具程序本身，如可执行R文件

命令行

编写 设置命令行引用参数 需处理数据文件
上传者 参数配置表单 引
用

参数

参数类型为file代表该参数是输入文件

15
系统工具容器理解图示

容器

运行工具所需环境，如R环境

通过 工具程序本身，如可执行R文件

命令行

设置 找到 需处理数据文件
上传者 输出文件 引
用 结果文件

参数

16
 CONTENTS

01 02 03 04
总体流程及
注册与登录 工具上传 工作流创建
页面介绍
创建工作流

开始 新建工作流分类 工作流编辑页面 拖拽工具到编辑板

结束 设置默认参数 设置工作流信息 按执行流程连接工具

18
Many Thanks
2023/11/02