, .

,
R R SS T R L S I No 5 M a v 20 04

S o l id P h a s e ba s e d D N A s o l u t io n o f the c o lo r in g Pr o b le m

苦 , ,
P A N L in q ia n ,
l a n u n 3
g , L lu Gu gw u l x u Ji n l a n
d L lu Y a e
h
. .
-
t o
D e p a rt m e n
f C b n t ro l ie n a n in g rs i t y a ;
,
U n iv i ,
e e
d E吃 in e r
H u az h o n g e o e n e e a n e e
W uha n 4 30 0 7 4 ,
C h in Re
( 1 cS f cS d T n l呢 y
ho 2
.

t is t i
ta i e la Li n g n v e
it y S p a in ; 3 e n t
.
s e a
cr h G or u p o n
M a
h m e u e s
Rv ir a
1 V i呀 111 U i rs
,
PI I m p e ri a
l T么 r r
l
,
43005 r r
ag o na ,
D p a tr e
m
o aco aT
t t ie a
sr i t y
, a n
He n g y
o , ,
f M a
he m a
l an d P h y s ie a l S e i e n e e
N hu
a U n
iv e a
眼 4 2 1 00 1 C h in a
)

u st , ; is e d O to .
R e e
ie v e
d Au g 2 1 2003 r e v e
ber 8 2003

.
一

A b s t ar e t D N A e o
m p u t i 飞 h as t
he 卯t
e n t ia l to t ae k le co m P u t a t io n
al y d iff ie u lt p r o
b le m s t
ha t
ha v e r e
al d d i m p l i e a t oi n s
T he
ow -
p e s e e a p b ilit i
a o e it u t p in g i n tr a e t p ut a t p e , r ie eo n v e n t io n
ll l h es f D N A m a
k a v a
l ab l e
l of r
aP a e
h ab l e
n al
io or b l of w h h al e o
m
ar aer o or
com sm -
te t e t e n t ia s
.

Pu U p to t s t s r e
. a n e n a v e e e n a e e v e t o im p e it e a n e e ne r e a s e
li b i li
p li s p
而rm
a v e y a e s a
rs h lim i d op l on w m co m hm h b hi d an d i i
ty
.
t t te e
vor . 一

h n iq
,
In h is p a p e r
he c
o of r
in g p r o
bl h as be e n v e
d b y m ae n s o
f m o
l e e ul ar b i ol y u e s
T he e o
l o r i呢 p o
r b l e m 15 a
w e
ll k n o
w n

一
.
em osl og
一
.

r
N P e p l e t e p or bl e m T hi s w o r
k re p e es n t s
f u rt h e r e v id e n e e
of r t
he a
b i li t y o
o m p u t i飞
f DN A c to
os l v e N P e o
m P le t e p ro
b le m s
om
·
s 二
.

Key e n
co m P l e te b le m n
d DN A P u ti g
姗
, ,
r
N P p , co l o ir g Pr o bl
ow om
, .

n in
oC mpu te r t ee h on l
o g y e
ha g e s th e blin k o
f a n I n 2000 Li u e t a l de s ig n e
d a D NA co m p u t in g mo de l
, ,
-
a e e一
.
-
e y e In th e
b g e in n in g o
f th e 19 7 0 5 th e f ir s t m ie r o s ys te m w hi h e 15 e a
ll d e
f s u r
b d DNA m pu t a s e e o
, .
,
e o u t e r s e r e in t r o u e e a e o e r e q u e n e y o in g a n
s lv e d
d o t he s a tis f i a b il i t y p r o b l e m [ 4 ] I n 2 0 0 1
mp w d d w it h l k f f
一
a n a a n
u
ly z e d v e
he ir s u r
f a e e ba s e d
.

a
bo u t 100 k Hz No w the fas te s t po
r e e s
so r
ha s a e
lo e k W d im p o
r d t
. .

fr e q u e n e y o
f 1 GH z ,
w hie h e a n Pe r
m a pp x im a te
-
m e th o d [5 ] In th e s a m e y e a r B e n e n
so n e t a l de sig n e d
for or
a n
a ro r a a e a u to o u s e o u t in g a e
h in e
. .

ly 2 7 b i l l io n i n s t r u e t io n s p e r s e e o n
d T h e in e r e a s e in p g m m bl d no m mp m
,
, ,
e n sit a e o io o e e u e s o n w h ie a in it e a u to a to n
s P e e
d 15 o
f e o u r s e re a
l t e
d t o t h e
d e v ie e d y o n m d f b m l l h f m
.

[6 〕
-
e a n r u n o
th e e
hip
.

By re ’
5
la w
,
th e n u
m be r o t r a n sis t o r s lAl of t he m u se t he t
o l
s
f m o l e e u la r b i
Mo f
〕n a n o n s tr a y in g
o
lo g y a
ll d e m t e th e f e a s i b i l it y o e a r r
.
,
o n a e o n e s e n f
hiP do u
b le s e v e r y 18 m t hs Sx t he p r t d
’
.
-
o u e o u t a t io n s a th e o e e u a r e v e n
his p a
, -
n u e r s t e s u r a s s e a n to a 5 e o u t t mp t m l l l l I t
mb o w ill b p d d d y mp
, -
,
p e r th e eo
lo r i n g P or b l e m 15 s o
lv e
d by D N A e o
m pu t
.

e rs w il l s e e
m s
lo w in e o
m P a r ios n
Y e t
on m a t te r
.
-

ho w fas t to m o r
or w
’
5 e o
mpu t e rs
be e o m e ,
s pe e ifie in g It 15 w e
ll k n o
w n th a t e o
lo r in g p or b l m e 15 a n N P
.

e
la s s e s o
f P ro
b le m s o v e r
w h e lm e o n v e n tio n a
l e o
mpu t
- e o
m P le t e P r o b le m T h is w o r
k fu r t he r
de m o n s t r at es
, 一 -
e
sr
,
re q u ir in g t h m e to e a
l e u
l a t e
fo r
m o n t
h s o r e v e n t h e po t e n t ia l Po w e r o
f Pa ra
ll l e
h ig h d e n s it y e o
m Pu ta
.

y e a r s
.

n y n o , t io n b y D N A m o le e u le s
Ma o
f t he s e p or b le m s a r e o
f t ee h l o g ie a l
, -
e ia l a s
w e
ll a s r e s e a r e
h im p o r ta n e e a n
d 5 0 th e d e
so o a n e a o -

T g iv e th e re a
d e r id f th e po ss ib le im p le
e n n o
v e
l Pm o t o f e P u te r te e h lo
g y to a
dd r e s s th e m 15
eo n s
om t . m e n t a t io n o
f t he a
lg o r it h m s t ha t a ppe a r in D N A e o
m
-

o
f id e r a
ble in e r e s t
,
p u t in g e
de s e r ib e e
b io lo g i e a l o Pe r a t io n s
w on w so m
.

- in vo l v e
d
DN A e o
m P u t i n g 15 a n o v e
lm e t
ho d fo r
so l v in g in
.
,
t ra e ta
bl e e o
m P u t a t io n a l P or b l m e s
I n 19 94 A dl m e a n
n t :
( i) Sy he s is A de s ir e d s t r an d o
f DN A c a n
b e
o n s n ia n
fir s t de m tr a te d tha t a
dir e e t e d H a m i lt o pat h .

-
s y n t
h e s iz e d in l a
bo r a to r y T h is 15 Po s s ibl e
fo r s tr a n ds
r b le m
po ( HP P ) co u
ld be e n e o d e d in D N A a n d e v a lu .

.
,
u p t o a e e r t a in l e n gth Th y e e a n
b e e a s il y P r o
d u e e
d in
a te dl l ] A f te r th a t m a n y r e s e a r e h e r s a ro u n d t h e
.

a r g e q u a n t i t ie s
l
o r e n n e
w ld h a v e
be a tt r a e te d t o th e w fie ld o
f DN A
.
, ’
e o
m p u t in g In L ip to n e x te n d e d A dle m a n s -
19 9 5 t io n T h e h y d or g e n bo n din g be
( 11 ) H y b r id iz a :
.
,
id e a t o
so l v e th e s a t is f i a b i l i t y p or b l e m [ 2 ] In 199 7 tw e e n tw o eo
m p le m e n ta r y s e qu e n e e s
m a k e s it p o s s ib le
.
一 -
u a n r e s e n e e u o e x a n a n e n t a r in
O y g e t a
l p t e
d m l a
l o a r
b l g y b io d a s e t o P a ir t w o t iP a r a
ll l e
d e o
m Pl m e y s g le
.

e n ta u t io n
p e r im l so l to t he m a x im a l e
l i q u e p or b l e m [3 ]
.

s t ra n ds T his o p e r a t io n e a n
be r e a
li z e d b y e re a t in g

` 一

I〕 G U S B Z o o l 0 0 9 2
一 ,

d b y S p a n i s h M i n i s t 即 fo t u r e
) C h in to r t t io n a
, ,
S upo r te r
E du e a n e s e o s ie n e e
Fo u n
d a t io n
he N a
p t io
.
Cu
l an d s 卯 rt ( p td oc al cS l
tu r ,
Na al cS ie n e e
F o u n
d a t io n o
f C h in a
(G r n
a t N o
60373089) a n
d H u
az o 呢
h U n i v e rs i t y o
f cS i e n e e a n
d T e e
h n ol o gy
. , . .

* ` 一
o
w ho m c
o r es n
de ne e s o u
ld b e a
ddr e
E m a il: l叩 a n @ m a i l h u s t e
du e n
T 因 h
es d
 o n o on r r r
l t l

.
, , .

o o o n n e t et r r o a r a v e r t ie e s e a s th at
t tp H t f g p h w ith 4 I t 15 y to p or v e
X
, , , , -
= a n v , v 3 v Z v ; a r e th r e e e r
(G ) 3 d { } } } } } d i ft
:
t io n i n g le tr a n a s
( 111) P o l y m e r iz a
A s s
d h h t a t a
e n t e o
lo r e
la s s e s
.

-
Po r t io n o
f do u
b le s t ra n de d s e q u e n e e e a n
b e P o ly m e r

.
’ -
iz e d e re su 15 e n
T h lt t ha t th e fre e
s d 15 do u
b le 2 DN A a lg o r ithm fo r e o lo r in g P r o blem
.

s tr a n de d
-

A DN A a
l即 r i t h m fo r s o
lv i n g the
co lo r i n g po
r b
iv R e s tr ie t io n e n z y e s : e re a r e a n in s .
-
( ) m T h m y k d l m e 15 d e s e r ib d b l w e e o
T h e
fo l l w o in g 3 s t e P s eo n s ti

o e n z y e s th a t a r e th e r o t e in o e e u e s e a a e o :
f m p m l l p bl f t u te t he a
l g o ir thm
.
-
o p e ra t in g o n o t
he r
m o le e u
le s m e o
f t he m a re r e
oS .

s t r i e t io n e n z y m e s th a t e u t D N A do u
b le s tr a n ds w he re S te P 1 G e n e r a te r a n
do m e o
lo r i n g o
f th e g r a ph
.

a n e o o r s a s v e r t ie e s
s Pe e if ie s e q u e n e e a pp e a rs
.

w it h as m y l

. .

e e e o n in g the r a
: St P 2 K P ly P or p e r col
o r o
f g Ph
(v ) G el e
le e t
or Ph
o
r e s is A te e
hn iq u e t ha t u s e s a

p a r t ie u la r g e l t o s e pa ra te s t r an d s o
f d if f e r e n t le n g t h s .
-

St e P 3 F in d o u t th e r pe
Po r e o
l o r i n g w i t h m in i
, .

u n u e r o e o o wh ie e o u r u io n
u e n e in g :
U s in g S a n ’
t。
.

m m mb f l sr h w ill b so l t
(v i ) Se q g e r 5
m e th o d e to
.

s e qu e n e e DN A s t r an ds .

e ta r a P h in a s a n e x a to
W ke t he g F ig 1 m P le
-
th e a e a n re a
s
h w h w o o
b o v e a
lg o r it hm b e
l iz e d by b io
1 C o lo r i n g P r o b le m . .
-
ie a t ee n iqu e s iv e s u s a n o v e rv ie o io
lo
g l h F ig 2 g w f b
-

in g in t o l o g ie a l r e a
l iz a t io n o o u r a
lg o r i t h m f o r e o
lo r i n g p or b
P a r t it io n a s e t o
f o
bj
e e t s e
la s s e s a e e o r
d in g f
. .
-
e o te th a t ta k in g t he g r a P h in F ig a s a n e x
-
to e e r t a in ru
l e s 15 a
f u n
d m a e n ta l Po
r e e s s in m a t h m e a t l m N 1
o n e o n v e n n ee a n
a
m p le 15 ly fo r ie v ide s n o s p e e ia l
.

ie s A eo n e e pt u a
lly s im P le se t 15 o
f r u
le s te ll i n g u s
fo r d P or
.

a v a n ta g e in o u r e o u t a t io n
e a e
h p a ir o
f o e e ts w he the r o r n o t t
he y a r e a
ll o w e
d in d mP
bj
.

the s a
m e e a s s
l T h e th e o r y o
f g ra Ph e o o r
l in g d e a
l s
v `
e x a e t ly t h is s it u a t io n
.
L e t
N * (j ) d e n o te th a t v e r te x 15 c o
lo re
d w it h
w it h T he o
j
b e e ts fo rm th e s e t
, , , , , , .

o r e i = a n a n
, co l j w h er 1 2 3 d 4 j = 1 2 3 d 4
o
f v e r t ie e S V (G ) o
f a g r a ph G tw o v e r t ie e s be in g ` r a n e n eo
L e t
S ( j ) be t he s in g le s t de d D N A di n g
in e d by a n in G w he n e v e r t n o t
jo e
dg e
he y a r e a
llo w e
d
`
.

e s r a n ` e o n s o s e e -
.
N (j ) T h t d S (j ) is t s
f th re e DN A
in th e s a
m e e a s s
l T o
d is t in g u i s h th e e a ss e s
l w e u se a
,

s e t o
f e o
lo r s
C
,
a n
d th e d i v is i o n in t o e
la s se s 15 g i v e n
t io n s
N、1 q N 、2
( N ` I N 、: e n e o
de v e r t ex v 、
jC
e n e o
de s

.
,
e o o r o r e th e e n g th o `1 a n `2 15
l j ) w k w ll l f N d N
by a eo
lo r in g 沪
:
V ( G )~ C If C h a s
.

e a r
d in a
lit y k
,
oT .
,
s e t to 10 n t
T h e
le n g th o
f 15 s e t to s (j 一 1) n t
甲
一
沪 ` jC
.

n 一
t he n 15 a k eo o r
l i g F o r i 任 C t he s e t
(i) 15
, , , .

wh e r e = 1 2 3 4 Fo r th e o Pe r a t io n s o
f a t ta e hm e n t
.

沪 甲(x j
t he 1th c
o lo r e a s s
l If co lo r i n g sa t is f ie s tha t
) .
,
a n
d e n z y m e e
l e a v
娘 e
( s e e F ig 2 ) a
b i o t in a n
d th e
半 沪 ( 夕 ) fo r a
ll 却 b e lo n g in g to th e se t o
f e
dg e s
E ( G ) o f G
,
w e e a
ll 沪 a po e r e o o r in
.

r a
r e e o g n i t io n s it e o
f e n z y m e
P
D
n
(g a t。 ) a r e a d de d t o
11
r p l g A g ph G
th e
’
e n n ,
一
e x 一 s d o
f t he DNA s t ra
d 5 1 (j ) de n e
o t d by
is n e o
lo r a
b l e if th e r e is t s a n
m pr o pe r e o
lo r i n g o
f
s
;(j )
.
: ,
.
-
T h e
ba se s e qu e n e e s o
f t he o
l ig o m e rs S (j )
G fo r
so m e
m 镇 n
I t is o
b v io u s t ha t if G ha s P v e r

,
2 3 a n s :
(z ) d 5 4 (j ) a r e
一 a s
f o l lo w
, , 一 r a
.

e a n
t ie e s th e n G be P eo
lo r e
d 50
G is P e o
lo b le 5 5 (j )
一
T h e
m in im u
m n
fo r wh ie h a g r a p h G is n e o
l o ra
bl e , : ` 一 一 一
a t e
一 一 -

S ( 1) 5 b T T T T T g CA A C CC A A A A C C
,
15 e a
ll e d the v e r te x e
h ro
m a t ie n u
m be r o r s im p ly t h e ~ ’

,
T GG T AGAG 3
t i。 n u
.

e
h or m a
m be r o
f G a n
d 15 d e n o t e d by x ( G ) ’ 一 一 一 一 一
1 : -

5 (2 ) 5 b T T TT T g
a ct CA A CC CA A A A A C
T h e e o
l o r in g p r o b l e m a s
k s w h a t 15 2 ( G ) fo r a g iv e n
一 `

ie e s a n d m
.
T CG C CT G G T A G A -G 3
g r a ph G w it h n v e r t e
dg e s The e o
lo r i n g
一 . .

o e t e [7 〕 1 s ho w s a n e x
pr b xe m 15 N P e o
m l
p Fig a
m p le S: (3)
:
5
’ 一 一
b T T TT T ga
一
te
一

C A A C CC A A AA A T
尸 -

一 ’
v 1
o 卜一一一一一一一一一一一一一一 G T CG T CT G
- CC T GG T A G A G 3
1 : ’ 一 一 一 一 一 -

5 (4) 5 b T T T T T ga te CA A CC CA A A A G T
一 一 ’

G C A T G CG T A T G A G CC T G G T A G A G 3
: ` 一 一 `
2
5 (1) 5 A T A T C G C G G A T T C AA C G T G G 3
: ` 一 ~ 一 -
2 A T A T C G C G G A AC T CG T T C A A C
5 (2 ) 5
朽 一 产
巧 GT G C 3
: ` 一 一 一 -
2 A T A T CG CGG A A T GT CG T CT G T
F ig
.

1
.

A ll e x p le o
f e o
lo r
in g P o
r bl e m
.

5 (3 ) 5
am
 i a a
i c 00 5 g

一 ’

’ 一 一 一 `

3 5 5
` 一 一 一
h i 5 5
-
一 `

- ’ 一 一 一
5
’

’ 一

5 5
a 】】】
i ’

-
,
a
h b d bi i t h e lo w e r e
as e
le t te r s g a te 15
t e r e e o n it io n s it e r t e r e s t r ie t io n e n z e n
h g fo h y m D P
,
e r e a e e r e n a n e e
11 T T T T T 15 a
d de d h a s a s p t o h the
.

e
f fie ie n e y o
f t h e r e s tr i e t io n e n z y m e e
l e a v a g e
T h e

,
ir s t e s o ` e o r r e s o n to 1 the a s t
f 1 0 b as f s (j ) p d 从 l 10
外i di a i
,
n 、2 a n
ba s e s e o r r e s Po d t o
N d th e r e
m a i n in g m i d d le
.

e o r r e s o n
ba s e s p d to
co lo r
j
ū。暇
s
鼠
, , , ,
S` (j ) ( i
0 ,
T he 11即 n u e
le o t id e s s (j ) = 2 3 4
, , , ,
n u e e o t `Z (`
( 艺=
a n +
j = 1 2 3 4 ) d o
li g o l ide s N N 1 )l
, -
1 2 a n e a n e s n t e s iz e d w it h a DN A s y n t e s iz
4 E
.

n Z
ym e e
le a v a
ge d 3 ) b y h h
,
a n
d a r e
m ix e d t o g e th e r
fo r
l i g a t io n re a e t io n

e r e e te s e e n t a r s t ar n o
wh 5 d on co m P l m y d f DN A
.
’ , -
a n
s tr a n d 5 A s
A d le m 5
m e t
ho d [1] th e o
li g o n u
i Z 十 l 1
e
le
o t id e s
N N (i ) th a t s e
vr e
d a s s p li n t s b r in g
, , ,
d s `(j ) ( i
,
n u e a n
o
lig o le o t id e s 5 1 ( j ) = 2 3 4 j = 1
.

5 H y b ir d i z a t i o n , , . .

n
2 3 4 ) to g e th e r fo r
l ig a t io (s e e Fig 3)

6 En z
y ln e e
le a
va ge . . .

F ig 3 i llu s t r a t io n o
f t
h e fu n e t
io n o
f N , Z
N (、 + l )1
nA

Th e
l i g a t io n r e a e t io n r e s u
lt e d in D N A m o
le e u le s
。 。
“ `。 n
.
.
e ec -
7 G l e
l t m ph 代 1 5 5
S e n e o
d i n g ar n
do m e o
lo r i n g o
f t he g a
r Ph T he ba s e se

一
一
11
一
u e n e e s o e s e t ra n
q f t h do u
b le s
d e d D N A m o le e u le s a r e

i。 。 ’
t r 2 Z 3 3 4 4 n o t。 t a :
of m s
h
;(j .
) 5 (j ) 5 (j ) 5 (j ) ( h 5
e n n
d ha s
bio t in ) T h e
lo g e s t
DN A m o
l e e u l e 15 14 9 b p
. . .
-
o r t
F ig 2 O v e r v ie w o
f o u r a
ig i h m fo r e o o r
l i呢 p or b l m e
Op e r a ,
e n e o
d in g a
ll t h e v e r t ie e s e o
lo r e
d by e o
lo r 4 a n
d t he
t it u t e t
S t e p 1 of it h m ,
t io n s
1 a n
d Z c s
he a
lg o r a p p or p r i a
t e e y e
l es
on s
h o r t es t D N A 15 8 9 b p e n e o
din g a
ll t h e v e r t ie e s e o
l
-

-
o t i e o ns t it u t ,
t io n s ,
f 叩
e
ar on
s
3 an d 4 e
St ep Z op
e
ar s 6 an d 7 e
on .
,
n a n
st
it ut e
St ep 3
.
o re
d by e o
lo r 1 T h is d e s ig 15 s im p le d e
ff e e t iv e
-

b e e a u s e
w e o n
ly 五 d e e to k on w th e
l e n g th o
f the a n
一 `
T C AA CG T G C 3 S、V e r
.

’ 一 一 -
2
5 (4 ) :
5 A T A T C G C G G A G T G CA T G C G T A
, ,
r a n
T GA G
- T T C A A CG T G C 3
一 `
T he D N A s t ds s (j ) 5 2 (j : ) 5 3 (j 3 ) S ; ( j ; )
` , -

b io t i n y l a t e d he s e n
’ 一
w h ie h w e r e a a re o
一 `
3 : 一
t t d im m bi
5 ( 1) 5 CA G T T G A CA T G C A G G A T CG A 3
一 .

3 : ’ 一

CA G T T G A C A T A CT C G G CA G -
一 一
liz e d o n s t re pta v idin eo a te d magn e t ie be a ds T he
5 (2) 5 G
一 ` t e m p e ra tu re o
f so lu t io n 15 ra is e d t o de n a t u r e t h e
DNA
A T CG A 3
: ’ 一 一 -
s tr a n d s, a n
d t he be a ds a re
w a s
h e d w it h a w a s
hin g
3
5 ( 3 ) 5 C A G T T G A C A T A T G T C G T CT G
.
,
e o n in in g t io n s
- ` b u ff e r ta u r e a
fA te r th e s e o Pe r a t he
G CA GG A T C GA 3
, -
DN A s r a n s : : 3 3 ; ; o
5 3
( 4 )
:
5
’ 一

C A G T T G A CA T G T G CAT G C G
一 - t d s (j ) S ( j ) 5 ( j ) S (] ) im m bi
 N S N

一
z
b
S
e
h a v e P or P o s e d a n e w a l g o r i t h m fo r so l v in g
W .

o r in g p
N S th e
oc l or b l e m b y b i o lo g i e a l t e e h n iq u e s I n t h e
,
S if th e v e r t ie e s v l a n v Z .
, -
d a
lg o r i t h m o f R e f [s ]
n 2
kin ds o f r e s t r ie t io n 即
,
w e r e e o
lo r e d w i t h t he sa
m e e o
lo r th e n the e o
lo r i n g 15 z y e s e re u s e ,
a n e y e e s o e n z e e e a v a e
m w d d 2m l f y m l g
.

on t a Po
r Pe r eo
l o r in g T h e e o rr e s Po n d in g DN A a n
d PCR w e re Pe e to de s
r y t
to he D N A s tr a n
ds
tr a n n e e to
.
-
而m
r d
s
ds d b e d e s t or y e d T h i s 15 a e
h ie v e
d b y hy e n e o
d i n g im p or p e r e o o r
l in g
,
w he r e n 15 t h e n u
mber
b r idiz in g th e DN A s tr a n ds a tt a e h e d ot the be a ds w it h of v e r t ie e s of t h e g iv e n g r a Ph a n
d m 15 t h e n u
m b e r of
th o s e o o n u e e o t ide s
l ig l
.

iv e n u e e n u
e
dg e s o
f th e g g ar p h er d th e
m be r o
f
1 2 3 i 4 , oT
A A AA A C T A G 5 ( 1 ) 5 ( 1 ) 5 ( ) 5 (j ) k in ds o
f r e s tr ie t io n e n z y m e s n e e
d e d in th e a
lg o r i t h m
, ,
1 a n t io n s n e
AAAAA CT AG 5 (2 ) 5 2 (2 ) 5 3( i ) 5 4(j ) d t h e b i o lo g i e a l o p e r a w e
de s ig n e d t his w
.
,
a o r it h n o u r n e a o r it hm w e n e e o n o n e
AAAAA e TA G 5 1 2 3 i 4 ,
lg m I w lg d ly
(3 ) 5 ( 3 ) 5 ( ) 5 (j ) ,
,
r e s t r ie t io n e n z ym e a n
d m e y e e s o
l f hy b r idiz a t io n a n
d
AAAAA CTA G 5 1
(4 ) 5 2 (4 ) 5 3 ( i ) 5 4 (j ) e n z y m e e
le a v a g e
ot d e s t ro y the DN A s tr a n ds e n e o
din g
, , , -
a n
w he re i j = 1 2 3 d 4 ; t he n de st r o y in g t h e g e n e r
.

一
im P r o p e r e o
lo r in g
a t e
d t u
ble s tr a n de d D N A s tr a n ds w it h re s t r i e t io n
or
.

e n z y m e
DPn 11 T he re
m a in in g DNA s tr a n ds o n
R e ef r e n Ce S

e一 s
.

e a s a r e o n s in t r an e o e e u e s is P or e e s s
b d ly g l d d m l l T h .
. -

m P u t at io so l u t i o to
,
A d le m a n
L M M o l e e u 1ar e o n
of n s e
bi n a to
15 r e peat e
d s u e e e s s iv e
ly w it h e
or r e s p o n
din g e p le
-
om
e n e n e e s
om ,
r
ia l p ro
b le
s
m
.

S e ie
n e e ,
19 9 4
,
266 :
10 2 1
.

m ta ry s e qu fo r th e re
m a in in g e
dg e s o
f g r a Ph L I P ot n ,
R
.

J
.

D N A os l u t i o ns o
f har d e put a t io n a
l Po
r b le m s
.

cS i
-

e n e o
.
om
to e n s u r e o n
ly o e e u e s
din g Pr o e r
a :
th t DNA m l l p e n e e ,
1995
,
268 542
. .
.
。 〕
D N A so lu t i o n of t
,
O u 邓n g e a
l he ma x
i m al li q u e p ro
l le m
.

o n Q t
e o
lo r i n g re
m a in be a ds .

:
S iee e e , ,
n 1997 278 4 46
, .
.
, e t
m pu t ig
a o n s u a tu r e , ,
L iu Q l DN A e o
n
e e s
N 2000 403:
im p l e m e n t S te p 3 o
f t he a
l g o r it h m
,
w e in e u -
far
oT ,
175
.

st r a n
b a t e t he be a ds w it h t he D N A d A A A A A CT A G .
一
e t u ta t
.

儿 l i m P or
, v e s u e n
Wu H d e e
b as e
d m ho d of r
DN A p io
the n e e a v e th es e a r t ia o u e一 s t ra n e
arf om
l P l d bl d d DNA s ys
B io t e
m
,
200 1
,
59
:
1
.

. .

s tr a n s
T he D N A m o
l e e u l e s d e t a e h e d f or m b e a d s a re os 氏
.

d e n e n e
al r o g r a
b le a n a u
ot u s e o
m Pu t i n g
B Y t P
am m .
d on om
h in f b幻 们。 o l ce
, .
re e o v e re ,
a n 一
a
.
,
e a n u s e m a e e
ma d e o u
le s Nat u r e
200 1 4 14 : 430
d d P CR m P l if i e d A t la s t w e
. .
.

:
te r s t r ta t
d In to
,
G a re y M R e t a
l mpu an ac b i li t y A G u i de he
g e
l e
l e e to
r p h o r e s is to s e
l e e t the s
h o r te s t DN A 一
oC . . ,

t e ne e o :
T ho
e r y o
f N P e o
m ple s S a n
F r a n e is W H F re a n a n
d
. em
s t r an d s
I t 15 e o r r e s p o n
din g to th e
so l u t i o n o
f e o
lo r in g Cb m pa n y ,
1979
,
19 1
.

p r o ble m
. . . . .

e t
s l u t io
,
L iu Y C a
l D NA o n o
f a g r a Ph co ol r i 呢 p r o
b le m J
. . . . .

n u , , :
Ch m e
I f m p t S i e
2002 42 ( 3) 524
oC