Harper's Illustrated Biochemistry 30th Ed

A LANGE medical book
Harper’s
Illustrated
Biochemistry Thirtieth Edition
Victor W. Rodwell, PhD Peter J. Kennelly, PhD

Professor (Emeritus) of Biochemistry Professor and Head
Purdue University Department of Biochemistry
West Lafayette, Indiana Virginia Tech
Blacksburg, Virginia
David A. Bender, PhD
Professor (Emeritus) of Nutritional Biochemsitry P. Anthony Weil, PhD
University College London Professor
London, United Kingdom Department of Molecular Physiology & Biophysics
Vanderbilt University
Kathleen M. Botham, PhD, DSc Nashville, Tennessee
Emeritus Professor of Biochemistry
Department of Comparative Biomedical Sciences
Royal Veterinary College
University of London
London, United Kingdom
New York Chicago San Francisco Athens London Madrid Mexico City
Milan New Delhi Singapore Sydney Toronto
00_Rodwell_FM_pi-xii.indd 1 03/11/14 4:58 PM

Copyright © 2015 by The McGraw-Hill Education. All rights reserved. Except as permitted under the United States Copyright Act of 1976, no part of this publication may be reproduced
or distributed in any form or by any means, or stored in a database or retrieval system, without the prior written permission of the publisher, with the exception that the program listings
may be entered, stored, and executed in a computer system, but they may not be reproduced for publication.
ISBN: 978-0-07-182537-5
MHID: 0-07-182537-1
The material in this eBook also appears in the print version of this title: ISBN: 978-0-07-182534-4,
MHID: 0-07-182534-7.
eBook conversion by codeMantra

Version 1.0
All trademarks are trademarks of their respective owners. Rather than put a trademark symbol after every occurrence of a trademarked name, we use names in an editorial fashion only,
and to the benefit of the trademark owner, with no intention of infringement of the trademark. Where such designations appear in this book, they have been printed with initial caps.
McGraw-Hill Education eBooks are available at special quantity discounts to use as premiums and sales promotions or for use in corporate training programs. To contact a representa-
tive, please visit the Contact Us page at www.mhprofessional.com.
Notice
Medicine is an ever-changing science. As new research and clinical experience broaden our knowledge, changes in treatment and drug therapy are required. The authors and the
publisher of this work have checked with sources believed to be reliable in their efforts to provide information that is complete and generally in accord with the standards accepted at the
time of publication. However, in view of the possibility of human error or changes in medical sciences, neither the authors nor the publisher nor any other party who has been involved
in the preparation or publication of this work warrants that the information contained herein is in every respect accurate or complete, and they disclaim all responsibility for any errors
or omissions or for the results obtained from use of the information contained in this work. Readers are encouraged to confirm the information contained herein with other sources. For
example and in particular, readers are advised to check the product information sheet included in the package of each drug they plan to administer to be certain that the information
contained in this work is accurate and that changes have not been made in the recommended dose or in the contraindications for administration. This recommendation is of particular
importance in connection with new or infrequently used drugs.
TERMS OF USE
This is a copyrighted work and McGraw-Hill Education and its licensors reserve all rights in and to the work. Use of this work is subject to these terms. Except as permitted under
the Copyright Act of 1976 and the right to store and retrieve one copy of the work, you may not decompile, disassemble, reverse engineer, reproduce, modify, create derivative works
based upon, transmit, distribute, disseminate, sell, publish or sublicense the work or any part of it without McGraw-Hill Education’s prior consent. You may use the work for your own
noncommercial and personal use; any other use of the work is strictly prohibited. Your right to use the work may be terminated if you fail to comply with these terms.
THE WORK IS PROVIDED “AS IS.” McGRAW-HILL EDUCATION AND ITS LICENSORS MAKE NO GUARANTEES OR WARRANTIES AS TO THE ACCURACY,
ADEQUACY OR COMPLETENESS OF OR RESULTS TO BE OBTAINED FROM USING THE WORK, INCLUDING ANY INFORMATION THAT CAN BE ACCESSED
THROUGH THE WORK VIA HYPERLINK OR OTHERWISE, AND EXPRESSLY DISCLAIM ANY WARRANTY, EXPRESS OR IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED
TO IMPLIED WARRANTIES OF MERCHANTABILITY OR FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. McGraw-Hill Education and its licensors do not warrant or guarantee
that the functions contained in the work will meet your requirements or that its operation will be uninterrupted or error free. Neither McGraw-Hill Education nor its licensors shall be
liable to you or anyone else for any inaccuracy, error or omission, regardless of cause, in the work or for any damages resulting therefrom. McGraw-Hill Education has no responsibility
for the content of any information accessed through the work. Under no circumstances shall McGraw-Hill Education and/or its licensors be liable for any indirect, incidental, special,
punitive, consequential or similar damages that result from the use of or inability to use the work, even if any of them has been advised of the possibility of such damages. This limitation
of liability shall apply to any claim or cause whatsoever whether such claim or cause arises in contract, tort or otherwise.
Co-Authors
Peter L. Gross, MD, MSc, FRCP(C) Robert K. Murray, MD, PhD
Associate Professor Emeritus Professor of Biochemistry
Department of Medicine University of Toronto
McMaster University Toronto, Ontario
Hamilton, Ontario, Canada
Margaret L. Rand, PhD
Molly Jacob, MBBS, MD, PhD Senior Associate Scientist
Professor and Chair The Hospital for Sick Children
Department of Biochemistry Toronto, and Professor
Christian Medical College Department of Laboratory Medicine & Pathobiology
Vellore, Tamil Nadu, India University of Toronto, Toronto, Canada
Peter A. Mayes, PhD, DSc Joe Varghese, MBBS, MD, DNB

Emeritus Professor of Veterinary Biochemistry Associate Professor
Royal Veterinary College Department of Biochemistry
University of London Christian Medical College
London, United Kingdom Vellore, Tamil Nadu
iii

Halaman ini sengaja dikosongkan
Daftar Isi
Kata Pengantar xi
ION 10 Bioinformatika & Biologi 97

Peter J. Kennelly, PhD & Victor W. Rodwell, PhD
Struktur & Fungsi pada
I Protein dan Enzim 1
1 Biokimia & Kedokteran 1 ION

Victor W. Rodwell, PhD & Robert K. Murray, MD, PhD
2 Air & pH 6
III Bioenergetika 113
11 Bioenergetika : Peran ATP 113

3 Asam Amino & Peptida 15 Kathleen M. Botham, PhD, DSc & Peter A. Mayes, PhD, DSc
12 Oksidasi Biologis 119
4 Protein : Penentuan Struktur Primer 25 Kathleen M. Botham, PhD, DSc & Peter A. Mayes, PhD, DSc
13 Rantai Respiratorik & Fosforilasi

5 Protein : Urutan Struktur yang Lebih Oksidatif 126
Tinggi 36 Kathleen M. Botham, PhD, DSc & Peter A. Mayes, PhD, DSc
ION
Metabolisme
IV
ION
Enzim : Kinetik,
Karbohidrat 139
II Mekanisme, Peraturan,
dan Bioinfotmatika 51
14 Tinjauan Umum Metabolisme dan
6 Protein : Mioglobin dan Hemoglobin 51 Penyediaan Bahan Bakar Metabolik 139
Peter J. Kennelly, PhD & Victor W. Rodwell, PhD David A. Bender, PhD & Peter A. Mayes, PhD, DSc
7 Enzim : Mekanisme Kerja 60 15 Karbohidrat yang Penting Secara

Peter J. Kennelly, PhD & Victor W. Rodwell, PhD Fisiologis 152
David A. Bender, PhD & Peter A. Mayes, PhD, DSc
8 Enzim : Kinetika 73
Peter J. Kennelly, PhD & Victor W. Rodwell, PhD 16 Siklus Asam Sitrat : Jalur Sentral dari
Karbohidrat, Lipid dan Asam Amino
9 Enzim Pengendalian Aktivitas 87 Metabolisme 161
Peter J. Kennelly, PhD & Victor W. Rodwell, PhD David A. Bender, PhD & Peter A. Mayes, PhD, DSc
vii

viii DAFTAR ISI
17 Glikolisis & Oksidasi Piruvat 168 28 Katabolisme Protein & Nitrogen

David A. Bender, PhD & Peter A. Mayes, PhD, DSc Asam Amino 287
Victor W. Rodwell, PhD
18 Metabolisme Glikogen 176
David A. Bender, PhD & Peter A. Mayes, PhD, DSc 29 Katabolisme Rangka Karbon
Asam Amino 297
19 Glukoneogenesis & Kontrol Glukosa Victor W. Rodwell, PhD
Darah 185
David A. Bender, PhD & Peter A. Mayes, PhD, DSc 30 Pengubahan Asam Amino Menjadi Produk
Khusus 313
20 Jalur Pentosa Fosfat & Jalur Lain Victor W. Rodwell, PhD
Metabolisme Heksosa 196
David A. Bender, PhD & Peter A. Mayes, PhD, DSc 31 Porfirin & Pigmen Empedu 323
B A G I A N
V Metabolisme Lipid 211

B A G I A N
Struktur, Fungsi, &
21 Lipid yang Penting Secara Fisiologis 211

Kathleen M. Botham, PhD, DSc & Peter A. Mayes, PhD, DSc
VII Replikasi Makromolekul
Pembawa Informasi 339
32 Nukleotida 339
22 Oksidasi Asam Lemak : Ketogenesis 223 Victor W. Rodwell, PhD
33 Metabolisme Nukleotida Purin &
23 Biosintesis Asam Lemak & Pirimidin 347
Eikosanoid 232 Victor W. Rodwell, PhD
34 Struktur & Fungsi Asam Nukleat 359
24 Metabolisme Asilgliserol & P. Anthony Weil, PhD
Sfingolipid 245
Kathleen M. Botham, PhD, DSc & Peter A. Mayes, PhD, DSc 35 Susunan, Replikasi, &
Perbaikan DNA 370
25 Pengangkutan & Penyimpanan Lipid 253 P. Anthony Weil, PhD
36 Sintesis, Pemrosesan, & Modifikasi
26 Sintesis, Transpor, & Ekskresi RNA 394
Kolestrol 266 P. Anthony Weil, PhD
37 Sintesis Protein & Kode Genetik 413
P. Anthony Weil, PhD
B A G I A N
Metabolisme Protein &
VI Asam Amino 281 38 Regulasi Ekspresi Gen 428
27 Biosintesis Asam Amino yang Nonesensial 39 Genetika Molekular, DNA Rekombinan,

Secara Nutrisional 281 dan Teknologi Genomik 451
Victor W. Rodwell, PhD P. Anthony Weil, PhD

DAFTAR ISI ix
B A G I A N
Biokimia Komunikasi B A G I A N
VIII Ekstrasel & Intrasel

X Topik Khusus (B) 607
40 Membran : Struktur & Fungsi 477 49 Lalu Lintas Intrasel & Penyortiran
Robert K. Murray, MD, PhD & P. Anthony Weil, PhD Protein 607
Kathleen M. Botham , PhD, DSc & Robert K. Murray, MD, PhD
41 Keragaman Sistem Endokrin 498
P. Anthony Weil, PhD 50 Matriks Ekstrasel 627
Kathleen M. Botham, PhD, DSc & Robert K. Murray, MD, PhD
42 Kerja Hormon & Transduksi

Sinyal 518 51 Otot & Sitoskeleton 647
P. Anthony Weil, PhD Peter J. Kennelly, PhD & Robert K. Murray, MD, PhD
52 Protein Plasma & Imunoglobulin 668

Peter J. Kennelly, PhD, Robert K. Murray, MD, PhD, Molly
Jacob, MBBS, MD, PhD & Joe Varghese, MBBS, MD
53 Sel Darah Merah 689

B A G I A N
Peter J. Kennelly, PhD & Robert K. Murray, MD, PhD
IX Topik Khusus (A) 537

54 Sel Darah Putih 700
Peter J. Kennelly, PhD & Robert K. Murray, MD, PhD
43 Nutrisi, Pencernaan, &

Penyerapan 537 B A G I A N
David A. Bender, PhD & Peter A. Mayes , PhD, DSc
44 Mikronutrien Vitamin XI Topik Khusus (C) 711
& Mineral 546

David A. Bender, PhD 55 Hemostasis & Trombosis 711
Peter L. Gross, MD, MSc, FRCP(C), Robert K. Murray, MD, PhD,
P. Anthony Weil, PhD, & Margaret L. Rand, PhD
45 Radikal Bebas & Nutrien
Antioksidan 564
David A. Bender, PhD 56 Kanker : Suatu Tinjauan 722
Molly Jacob, MBBS, MD, PhD, Joe Varghese, MBBS, MD,
Robert K. Murray, MD, PhD & P. Anthony Weil, PhD
46 Glikoprotein 569
David A. Bender, PhD & Robert K. Murray, MD, PhD
57 Riwayat Kasus-Kasus Biokimia 746
47 Metabolisme Xenobiotik 583
58 Biokimia Penuaan 755
Peter J. Kennelly, PhD
48 Biokimia Klinis 589
David A. Bender, PhD, Joe Varghese, MBBS, MD,
Molly Jacob, MBBS, MD, PhD, & Robert K. The Answer Bank 771
Murray, MD, PhD Indeks 777

Kata Pengantar
Para penulis dan penerbit dengan gembira memper- sukses di sekolah kedokteran. Selain memperbarui konten
sembahkan Harper's Illustrated Biochemistry edisi ke-30. secara tepat waktu, mempersembahkan urutan konsep telah
Edisi pertama buku ini, berjudul Harper's Biochemistry, mengalami revisi besar. Mempersembahkan 58 bab yang
diterbitkan pada tahun 1939 dengan penulis tunggal, Dr. diatur di bawah perluasan daftar menjadi sebelas Bagian.
Harold Harper, Universitas California School of Medicine, Bab dan topik di bagian ini menekankan cakupan terpadu
San Francisco, California. Saat ini judul Harpers Illustrated penyakit biokimia dan informasi klinis. Perubahan besar
Biochemistry, buku ini berlanjut, Seperti yang semula adalah setelah pensiun Dr. Murray, Penulisan dan revisi dari
dimaksudkan, untuk memberikan survei singkat tentang ketiga belas babnya telah diasumsikan oleh Drs. Bender,
aspek biokimia yang paling relevan dengan studi kedokteran. Botham, Kennelly dan Rodwell. Sebagai contoh, Bagian X
Berbagai penulis telah berkontribusi pada edisi berikutnya berisi bab baru tentang sel darah putih, dan Bagian XI
dari teks biokimia berorientasi medis ini, yang sekarang memiliki sembilan fitur yang sepenuhnya baru, masalah
mengobservasi di tahun ke-75. kasus klinis terbuka yang menekankan relevansi klinis dan
menguji pengetahuan serta pemahaman. Untuk
Ilustrasi Sampul untuk Edisi ke-30 memudahkan pemahaman mahasiswa terhadap setiap
kelompok konsep, Kumpulan pertanyaan sekarang muncul
Ilustrasi pada sampulnya menggambarkan proteasom dan setelah masing-masing dari sebelas bagian baru. Banyak
degradasi proteolitik awal protein intraselular di mana- pertanyaan baru telah ditambahkan, dan bank jawaban
mana. Proteasom terdiri dari kompleks makromolekul dari mengikuti bab terakhir. Baru untuk edisi ini adalah inklusi
subunit 14 α dan 14 b (ditunjukkan hijau dan kuning, Bank Jawaban penjelasan komprehensif banyak jawaban.
masing-masing) disusun sebagai empat cincin α7b7b7α7
yang ditumpuk. Ini membentuk ruang, berbentuk tabung
berongga yang berisi protease amobil. Sebuah polipeptida
yang ditandai untuk degradasi (ditunjukkan merah) Pengaturan Buku
memasuki proteasom (kiri atas) dan dihidrolisis menjadi
Semua 58 bab pada edisi tiga puluh menekankan pada
fragmen peptida oleh proteaseom internal proteosom.
relevansi medis biokimia. Topik diatur dalam sebelas judul
Setelah keluar dari proteasom (bawah, kanan), protease
utama. Untuk memudahkan penyimpanan informasi yang
ekstraselular menurunkan fragmen peptida ini menjadi
terkandung, Pertanyaan mengikuti setiap Bagian dan
asam amino.
kumpulan Jawaban mengikuti Lampiran.
Degradasi protein intraseluler yang tepat waktu dan
terkontrol sangat penting untuk proses biologis mendasar Bagian I mencakup sejarah singkat biokimia dan
seperti diferensiasi sel dan pembelahan sel. Kemampuan menekankan keterkaitan antara biokimia dan
untuk mengenali dan membuang protein yang didenaturasi kedokteran. Air dan pH ditinjau ulang, dan berbagai
atau rusak sangat penting untuk kesehatan, karena susunan struktur protein yang disebut.
akumulasi kumpulan protein berkontribusi secara
Bagian II dimulai dengan bab tentang hemoglobin,
signifikan terhadap etiologi berbagai penyakit manusia,
tiga bab menjelaskan kinetika, mekanisme tindakan,
termasuk banyak kelainan neurologis. Untuk penemuan
dan regulasi metabolik enzim. Bagian ini juga berisi
degradasi protein termediasi ubiquitin, Aaron Ciechanover
sebuah bab tentang Bio Informatika dan Biologi
dan Avram Hershko dari Israel dan Irwin Rose dari
Komputasional, yang mencerminkan semakin
Amerika Serikat dianugerahi Hadiah Nobel Kimia tahun
pentingnya topik-topik ini dalam biokimia, biologi,
2004.
dan kedokteran modern
Perubahan di Edisi Ketiga Puluh Bagian III menjelaskan bioenergetika dan peran
fosfat energi tinggi dalam penangkapan dan
Edisi ke 30 dari Harper’s Illustrated Biochemistry terus pengalihan energi, oksidasi–reaksi reduksi yang
berlangsung tepat waktu, pembaharuan pengetahuan terlibat dalam oksidasi biologis, dan rincian
biokimia secara terpadu, dengan penekanan berulang pada metabolisme penangkapan energi melalui rantai
hubungannya dengan penyakit genetik, informasi klinis, dan pernafasan dan fosforilasi oksidatif.
praktik kedokteran. Edisi ini mencakup ilustrasi dan tabel Bagian IV mempertimbangkan metabolisme
warna baru, dan sejumlah contoh yang relevan secara medis karbohidrat melalui glikolisis, siklus asam sitrat, jalur
yang menyajikan tinjauan singkat dan ringkas tentang dasar- fosfat pentosa, metabolisme glikogen, glukoneogenesis,
dasar biokimia yang perlu dimengerti mahasiswa untuk dan kontrol pada glukosa darah.
xi

xii Kata Pengantar
Bagian V menguraikan sifat lipid sederhana dan Bagian X Mengatasi pertukaran intrasel dan
kompleks, transportasi dan penyimpanan lipid, pemilahan protein, matriks ekstraselular, otot
biosintesis dan degradasi asam lemak dan lipida yang dan sitoskeleton, protein plasma dan
lebih kompleks, dan reaksi dan regulasi metabolisme imunoglobulin, dan biokimia sel darah
biosintesis kolesterol dan transpor pada subyek merah dan sel darah putih.
manusia. Bagian XI termasuk hemostasis dan trombosis,
Bagian VI menjelaskan katabolisme protein, biosintesis gambaran kanker, dan biokimia dari penuaan.
urea, dan katabolisme asam amino dan menekankan
gangguan metabolik yang signifikan secara medis yang
terkait dengan katabolisme yang tidak lengkap. Bab Ucapan Terima Kasih
terakhir mempertimbangkan biokimia porfirin dan Penulis berterima kasih kepada Michael Weitz atas perannya
pigmen empedu. dalam perencanaan edisi ini, serta Regina Y. Brown atas
Bagian VII menjelaskan struktur dan fungsi nukleotida perannya dalam mempersiapkan edisi ini agar siap untuk
dan asam nukleat, replikasi dan perbaikan DNA, sintesis diterbitkan. Kami juga berterimakasih kepada Shruti Awasthi
dan modifikasi RNA, sintesis protein, prinsip-prinsip dan teman-teman di Cenveo Publisher Services atas usaha-
teknologi DNA rekombinan, serta pemahaman terbaru nya dalam menyunting, menyusun dan membuat karya seni.
mengenai bagaimana ekspresi gen diatur. Saran dari siswa-siswa dan kolega di seluruh dunia sangat
membantu dalam merumuskan edisi ini. Kami terus terbuka
Bagian VIII berisi berbagai aspek komunikasi ekstrasel
untuk menerima masukan serupa di masa datang. Akhirnya,
dan intrasel. Topiknya antara lain adalah struktur dan
kami mengakui Robert Murray atas ke-pemimpinan dan
fungsi membran, dasar molekular kerja hormon, dan
kontribusinya terhadap edisi awal buku ini.
wilayah transduksi sinyal.
Bagian-bagian IX, X, & XI mengatasi empat
belas topik penting medis yang signifikan. Victor W. Rodwell
Bagian IX menjelaskan nutrisi, pencernaan, dan David A. Bender
penyerapan, nutrisi mikronutrien termasuk, vitamin, Kathleen M. Botham
radikal bebas dan antioksidan, glikoprotein, Peter J. Kennelly
metabolisme xenobiotik, dan biokimia klinis. P. Anthony Weil

B A G I A N
Struktur & Fungsi pada
I Protein & Enzim
1
B A B
Biokimia dan Kedokteran

■ Memahami pentingnya dari kemampuan ƉĂĚĂ sel bebas dari sel ekstrak ragi
TUJUAN untuk fermentasi gula, observasi yang memungkinkan penemuan dari
intermediasi pada fermentasi, glikolisis, dan jalur metabolik lainnya.
■ Menjelaskan apa itu biokimia dan mengerti peran pentingnya dalam ilmu
Setelah mempelajari bab ini,
kehidupan, dan bahwa biokimia serta kedokteran yang disiplin terkait erat.
Anda diharapkan dapat:
■ Menjelaskan bahwa biokimia mengintegrasikan pengetahuan dari proses
kimia dalam sel-sel hidup dengan strategi untuk menjaga kesehatan,
memahami penyakit, mengidentifikasi terapi potensial, dan meningkatkan
pemahaman kita dari asal-usul pada kehidupan di bumi.
■ Jelaskan bagaimana pendekatan genetik telah memiliki kritis untuk
menjelaskan berbagai bidang dari biokimia, dan bagaimana Proyek Genom
Manusia menimbulkan, atau merangsang minat dalam berbagai disiplin ilmu
yang telah menerangkan banyak aspek biologin dan kedokteran.
PENTINGNYA BIOMEDIS BIOKIMIA DIMULAI DENGAN

Biokimia dan kedokteran menikmati hubungan saling PENEMUAN BAHWA SEBUAH
kerjasama. Studi biokimia telah menjelaskan banyak aspek
dari kesehatan dan penyakit, dan studi dari berbagai aspek
EKSTRAK SEL BEBAS DARI RAGI
pada kesehatan dan penyakit telah membuka daerah baru DAPAT MEMFERMENTASI GULA
dari biokimia. Relevansi medis dari biokimia baik dalam Pengetahuan bahwa ragi bisa mengkonversi gula menjadi etil
situasi normal dan abnormal ditekankan dalam buku ini. alkohol mendahului mencatat sejarah. Itu tidak,
Biokimia membuat kontribusi signifikan untuk bidang dari bagaimanapun, sampai tahun-tahun awal dari abad ke-20
biologi sel, fisiologi, imunologi, mikrobiologi, farmakologi, bahwa proses ini dipimpin langsung kepada ilmu dari
dan toksikologi, baik sebagai bidang dari peradangan, cedera biokimia. Meskipun penyelidikan yang berwawasan dari
sel, dan kanker. Hubungan ini dekat menekankan bahwa pembuatan bir dan membuat anggur, besar mikrobiologi
hidup, seperti yang kita tahu, tergantung pada reaksi Perancis Louis Pasteur menyatakan bahwa proses dari
biokimia dan proses. fermentasi hanya bisa terjadi dalam sel utuh. kesalahannya
adalah ditunjukkan pada tahun 1899 oleh saudara Buchner,
yang menemukan bahwa fermentasi memang bisa terjadi
Rodwell_CH01_p001-005.indd 1 03/11/14 3:33 PM

2 BAGIAN I Struktur & Fungsi pada Protein & Enzim
pada ekstrak sel bebas. Pembukaan ini dihasilkan dari Metode yang digunakan untuk mempersiapkan, menganalisis,
penyimpanan pada ekstrak ragi dalam sebuah wadah dari memurnikan, dan mengidentifikasi metabolit serta aktivitas
larutan gula pekat ditambahkan sebagai pengawet. Selama dari enzim natural dengan rekombinan dan struktur tiga
satu malam, isi dari wadah fermentasi, tumpah di bangku dimensi yang dibahas dalam bab-bab berikut.
laboratorium dan lantai, serta secara dramatis menunjukkan
bahwa fermentasi dapat melanjutkan dengan tidak adanya BIOKIMIA & KEDOKTERAN
dari sel utuh. Penemuan ini mungkin terbuat sebuah MERANGSANG KEMAJUAN
serangkaian cepat dan sangat produktif penyelidikan di tahun-
tahun awal dari abad ke-20 yang dimulai ilmu dari biokimia. BERSAMA
Penyelidikan ini mengungkapkan peran vital dari fosfat Dua perhatian utama bagi pekerja di bidang kesehatan, dan
anorganik, ADP, ATP, dan NAD (H), dan akhirnya terutama dokter, adalah pemahaman dan pemeliharaan
mengidentifikasi gula terfosforilasi dan reaksi kimia serta kesehatan serta pemahaman dan pengobatan penyakit
enzim (Gk "dalam ragi") yang mengubah glukosa menjadi secara efektif. Biokimia berdampak besar terhadap kedua
piruvat (glikolisis) atau etanol dan CO2 (fermentasi). masalah mendasar kedokteran ini, kenyataannya hubungan
Penelitian selanjutnya pada tahun 1930 dan 1940-an biokimia dengan kedokteran bersifat luas dan berjalan dua
mengidentifikasi intermediasi dari siklus asam sitrat dan pada arah. Studi di bidang biokimia telah menjelaskan banyak
biosintesis urea, dan memberikan wawasan ke dalam peran aspek kesehatan dan penyakit, dan sebaliknya, penelitian
penting dari kofaktor vitamin yang berasal tertentu atau aspeks kesehatan dan penyakit telah membuka bidang baru
"koenzim" seperti tiamin pirofosfat, riboflavin, dan akhirnya biokimia (Gambar 1–1). Misalnya, struktur dan fungsi
koenzim A, koenzim Q, dan koenzim cobamide. Tahun 1950 protein diperlukan untuk menguraikan satu-satunya
mengungkapkan bagaimana karbohidrat kompleks yang perbedaan biokimiawi antara hemoglobin normal dan
disintesis dari, dan dipecah menjadi gula sederhana, dan hemoglobin sel sabit, dan analisis hemoglobin sel sabit
digambarkan jalur untuk biosintesis dari pentosa dan berperan penting untuk memahami struktur dan fungsi
pemecahan asam amino serta lipid. model hewan, diperfusi hemoglobin normal dan protein lain. Archibald Garrod,
organ utuh, irisan jaringan, homogenat sel dan subfraksi, dan seseorang dokter di Inggris awal tahun 1900 ia mempelajari
semua enzim dimurnikan digunakan untuk mengisolasi dan sejumlah pasien dengan beberapa kelainan yang relatif
mengidentifikasi metabolit serta enzim. Kemajuan ini yang jarang dari alkaptonuria, albinisme, sistinuria, dan
mungkin terbuat oleh pembangunan pada akhir 1930-an dan pentosuria dan menetapkan bahwa kondisi-kondisi ini
awal 1940-an teknik seperti ultrasentrifugasi analitis, kertas ditentukan secara genetik. Garrod menyebut kondisi-
dan bentuk lain dari kromatografi, dan ketersediaan Perang kondisi ini sebagai kelainan metabolisme bawaan.
Dunia II pasca dari radioisotop, terutama 14C, 3H dan 32P, Temuannya menjadi dasar utama perkembangan bidang
sebagai "pelacak" untuk mengidentifikasi intermediasi dalam genetik bikomia manusia. Usaha yang lebih baru utuk
jalur yang kompleks seperti yang mengarah ke biosintesis dari memahami dasar penyakit genetik yang dikenal sebagai
kolesterol dan isoprenoid lain serta jalur biosintesis dari asam hiperkolesterolemia, sebuah penyakit yang menyebabkan
amino dengan katabolisme. Sinar-X kristalografi kemudian awal timbulnya aterosklerosis. Selain untuk menjelaskan
digunakan untuk memecahkan struktur tiga dimensi, pertama mutasi genetik yang berbeda bertanggung jawab untuk
mioglobin, dan kemudian dari berbagai protein, penyakit ini, membawa kemajuan dramatis dalam
polinukleotida, enzim, serta virus yang termasuk dari flu biasa. memahami reseptor sel dan mekanisme ambilan kolesterol,
Kemajuan genetik yang diikuti realisasi bahwa DNA adalah tapi bagaimana dari membran sel silang molekul lain. Studi
sebuah heliks ganda termasuk reaksi rantai polimerase, dan mengenai onkogen dan gen penekan tumor pada sel
hewan transgenik atau dengan knockout gen. kanker, mengarahkan perhatian pada mekanisme molekuler
Biokimia
Asam
nukleat Protein Lipid Karbohidrat
penyakit Anemia sel Atero- Diabetes

genetik sabit sklerosis melitus
Kedokteran
GAMBAR 1–1 Contoh hubungan dua arah yang menghubungkan biokimia dan
kedokteran. Pengetahuan molekul biokimia yang diperlihatkan di bagian atas di
diagram membuka pemahaman kita tentang penyakit yang diperlihatkan pada
bagian bawah. Sebaliknya, analisis penyakit yang diperlihatkan di bawah berhubung-
an dengan banyak bidang biokimia. Perhatikan bahwa anemia sel sabit adalah
penyakit genetik dan bahwa aterosklerosis dan diabetes melitus memiliki komponen
genetik.

BAB 1 Biokimia dan Kedokteran 3
yang terlibat dalam pengendalian pertumbuhan sel normal. mendukung penggunaan metode ilmiah dalam memecahkan
Semua contoh ini dan banyak contoh lainnya menekankan masalah penting misalnya lingkungan dan lain-lain yang kita
bagaimana studi mengenai penyakit dapat membuka bidang hadapi.
fungsi sel untuk penelitian dasar biokimia. Cara-cara untuk Pengaruh Proyek Genom Manusia (HGP)
menentukan pentingnya ilmu untuk dokter dan untuk
pekerja lain di bidang perawatan kesehatan atau biologis
pada Biokimia, Biologi, dan Kedokteran
dengan sebuah dasar bahwa dampak praktek merangsang Terjadi kemajuan pesat di akhir tahun 1990-an dalam
rasa ingin tahu, dan mempromosikan adopsi dari pendekatan mengurutkan genom manusia memimpin pada
ilmiah untuk belajar terus. Selama pengobatan medis pertengahan 2000 untuk mengumumkan bahwa lebih 90%
didasarkan pada pengetahuan biokimia dan ilmu dasar lain, genom telah diurutkan. Upaya ini dipimpin oleh
praktik kedokteran akan memiliki dasar rasional yang dapat Internasional Human Genome Sequencing Consortium dan
disesuaikan untuk mendukung ilmu baru. Celera Genomik, suatu perusahaan swasta. Dengan
pengecualian sedikit kekosongan, urutan seluruh genom
manusia telah diselesaikan pada tahun 2003, 50 tahun setelah
PROSES BIOKIMIA NORMAL penjelasan sifat DNA heliks ganda oleh Watson dan Crick.
ADALAH DASAR DARI KESEHATAN Implikasi untuk biokimia, kedokteran, dan memang untuk
semua dari biologi, yang hampir tak terbatas. Sekarang kita
Penelitian Biokimia Memiliki Pengaruh dapat mengisolasi gen apapun dan biasanya menentukan
Terhadap Nutrisi & Kedokteran Preventif struktur serta fungsinya, misalnya dengan mengurutkan dan
Organisasi kesehatan dunia (WHO) mendefinisikan percobaan knockout banyak gen yang tidak dikenal
kesehatan sebagai suatu keadaan "kesejahterahan fisik, jiwa, sebelumnya telah terungkap produknya telah diterapkan
dan sosial yang lengkap serta bukan semata-mata bebas dari atau sedang diteliti, ada harapan baru mengenai evolusi
penyakit dan kelemahan". Dari sudut pandang biokimia manusia, dan prosedur untuk melacak gen penyakit semakin
secara ekstrem, kesehatan dapat dianggap sebagai keadaan baik.
ketika ribuan reaksi intra dan ekstrasel yang terjadi dalam Seiring dengan meningkatkan dampak HGP, penting
tubuh, berlangsung dengan kecepatan yang selaras dengan untuk membaca memahami sumbangsih besar dalam
ketahanan hidup maksimal organisme di bawah tekanan dari memahami penyakit dan kesehatan manusia yang telah
kedua tantangan internal dan eksternal. Satu prasyarat utama diberikan, dan sedang diberikan, oleh penelitian genom
untuk pemeliharaan kesehatan adalah bahwa ada asupan diet organisme model, terutama Drosophila melanogaster (lalat
optimal berupa sejumlah bahan kimia; terutama vitamin, buah) dan Caenorhabditis elegans (cacaing bulat). Setiap
asam amino tertentu, asam lemak tertentu, berbagai organisme memiliki waktu generasi pendek dan dapat
mineral, dan air. Memahami nutrisi tergantung untuk genetik dimanipulasi untuk memberikan wawasan ke fungsi
sebuah tingkat besar pada pengetahuan dari biokimia, dan gen individu. Kemajuan ini secara potensial dapat
ilmu pengetahuan dari biokimia dan nutrisi berbagi sebuah diterjemahkan ke dalam pendekatan yang membantu
fokus pada bahan kimia ini. Selain itu, ada penekanan lebih manusia oleh menyediakan petunjuk untuk mengobati
pada upaya sistematik untuk mempertahankan kesehatan penyakit manusia seperti kanker dan penyakit Alzahetmer.
dan mencegah penyakit, yaitu, pada kedokteran preventif Gambar 1-2 memeprlihatkan bidang yang sekarang sangat
jadi, pendekatan nutrisi untuk pencegahan penyakit seperti diminati yang telah berkembang entah langsung sebagai hasil
atheosklerosis dan kanker. kemajuan yang dibuat dalam Proyek Genom Manusia
Sebagian Besar Penyakit memiliki (HGP). Bidang "-omik" baru telah berkembang, yang
masing-masing berfokus pada pembelajaran komprehensif
Dasar Biokimia struktur dan fungsi molekul dalam bidang tersendiri.
Selain dari organisme menular dan polusi lingkungan, semua
Definisi bidang-bidang -omik yang disebutkan di bawah ini
penyakit manifestasi yang muncul akibat kelainan molekul,
terdapat dalam Glosarium di bab ini. Produk gen (protein
reaksi kimia atau proses biokimia, reaksi kimia, atau proses
dan molekul RNA) sedang dipelajari menggunakan teknik
biokimia, yang dari masing-masing dapat mempengaruhi
transkriptomik dan proteomik. Satu contoh bagus
satu atau lebih kritis fungsi biokimia. Contoh dari gangguan
kecepatan perkembangan transkriptomik adalah ledakan
dalam biokimia manusia bertanggung jawab untuk penyakit
pengetahuan tentang molekul RNA kecil sebagai regulator
atau kondisi yang mengurangi tenaga lainnya termasuk
kegiatan gen. Bidang -omik lain adalah glikomik, lipidomik,
ketidakseimbangan elektrolit, ingesti cacat gizi atau
metabolomik, nutrigenomik, dan farmako-genomik.
penyerapan, ketidakseimbangan hormon, bahan kimia
Untuk berpacu dengan jumlah informasi yang timbul,
beracun atau agen biologis, dan kelainan genetik berbasis
bioinformatik banyak diperhatikan. Bidang terikat lain
DNA. Untuk menjawab tantangan ini, ilmu biokimia telah
yang muncul akibat dorongan HGP adalah bioteknologi,
dan akan terus berjalin dengan disiplin-disiplin ilmu lainnya,
bioengineering, biofisika, dan bioetik. Nanoteknologi
seperti genetik, biologi sel, imunologi, nutrisi, patologi, dan
adalah bidang aktif, yang, misalnya, dapat memberikan
farmakologi. Selain itu, banyak ahli biokimia yang sangat
metode diagnosis dan pengobatan baru untuk kanker dan
tertarik untuk ikut mencari pemecahan masalah kunci
kelainan lain. Biologi sel punca berada di pusat penelitian
seperti bagaimana kelangsungan hidup manusia dapat
saat ini. Terapi gen masih belum memberikan hasil yang
dipastikan, dan juga mengajarkan masyarakat untuk
dijanjikan, tetapi tampaknya mungkin terjadi cepat atau

Transkriptomik Proteomik Glikomik Lipidomik
Metabolomik Nutrigenomik
farmakogenomik Bioinformatik
HGP
(Genomik)
Bioengineering Bio-teknologi
Biofisika
Bioetik
Biologi sel punca

Terapi gen
Nanoteknologi
Diagnosis molekular Biologi sistem Biologi sintetik
GAMBAR 1–2 Proyek Genom Manusia (HGP) memengaruhi banyak disiplin dan
bidang penelitian. Biokimia sendiri tidak terlihat dalam gambar ini, karena sudah
berlangsung sebelum HGP dimulai, namun, sejumlah disiplin yang diperlihatkan
misalnya bioinformatik, genomik, glikomik, lipidomik, metabolomik, diagnosis
molekular, proteomik, dan transkriptomik merupakan bidang penelitian yang sangat
aktif diteliti oleh biokimia.
lambat. Banyak uji diagnostik molekular berkembang di ■ Pengetahuan yang kuat mengenai biokimia serta disiplin dasar
daerah seperti genetika, mikrobiologi, dan uji imunologi serta lain yang terkait sangat penting untuk praktik kedokteran dan
diagnosis. Biologi sistem juga sedang berkembang. Hasil ilmu kesehatan terkait yang rasional.
penelitian dalam berbagai daerah yang disebut di atas akan ■ Hasil HGP dan penelitian dalam bidang terkait akan
sangat mempengaruhi ilmu kesehatan, kedokteran, dan berpengaruh besar pada masa depan biologi, kedokteran, dan
biologi di masa depan. Biologi sintetik mungkin yang paling ilmu kesehatan lainnya.
membangkitkan minat, bidang ini memiliki potensi ■ Ditekankan pentingnya penelitian genom pada organisme
menciptakan organisme hidup misalnya bakteri yang awalnya model seperti D melanogaster dan C elegans untuk memahami
kecil dari bahan genetik in vitro, hal ini mungkin dirangcang penyakit manusia.
untuk melalukan tugas khusus misalnya membersihkan
tumpukan minyak. Semua yang di atas telah membuat saat ini
sangat menggembirakan untuk mempelajari atau langsung
REFERENSI
terlibat dalam biologi dan kedokteran. Alberts B: Model organisms and human health. Science
2010;330:1724.
Alberts B: Lessons from genomics. Science 2011;331:511.
RINGKASAN Cammack R, Attwood T, Campbell P, et al (editors): Oxfo-
■ Biokimia adalah ilmu mengenai pembelajaran berbagai rd Dictionary of Biochemistry and Molecular Biology.
molekul yang terjadi dalam organisme dan sel hidup dan 2nd ed. Oxford University Press, 2006.
dengan reaksi kimianya dan katalis enzim, serta ekspresi dan Cooke M: Science for physicians. Science 2010;329:1573.
regulasi dari setiap proses metabolisme. Karena kehidupan Feero WG, Guttmacher AE, Collins FS: Genomic medicine
tergantung pada reaksi biokimia, maka biokimia menjadi —an updated primer. N Engl J Med 2010;362:2001.
bahasa dasar semua ilmu biologi. Gibson DG, Glass JI, Lartigue C, et al: Creation of a bacter-
■ Meskipun fokus pada biokimia manusia dalam teks ini, ial cell controlled by a chemically synthesized genome.
biokimia menyangkut seluruh spektrum dari bentuk Science 2010;329:52.
kehidupan, dari virus relatif sederhana dan bakteri sederhana Kornberg A: Centenary of the birth of modern biochemist-
serta tanaman sederhana untuk eukariota kompleks seperti ry. FASEB J 1997;11:1209.
manusia. Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM): Center for
■ Biokimia dan kedokteran serta disiplin perawatan kesehatan Medical Genetics, Johns Hopkins University & Natio-
lain terikat erat. Kesehatan pada semua spesies tergantung nal Center for Biotechnology Information, National
pada keseimbangan serasi reaksi-reaksi biokimia yang terjadi Library of Medicine. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
dalam tubuh, dan penyakit mencerminkan kelainan dalam omim/.
biomolekul, reaksi biokimia, atau proses bikimia. Scriver CR, Beaudet AL, Valle D, et al (editors): T he Meta-
■ Kemajuan pengetahuan biokimia telah menjelaskan banyak bolic and Molecular Bases of Inherited Disease, 8th ed.
bidang kedokteran, sebaliknya pembelajaran penyakit sering McGraw-Hill, 2001. Available online and updated as
mengungkap aspeks biokimia yang sebelumnya tidak diduga. The Online Metabolic & Molecular Bases of Inherited
■ Pendekatan biokimia adalah sering mendasar dalam yang Disease at www.ommbid.com.
memperjelas penyebab dari penyakit dan dalam merancang
terapi yang tepat, dan berbagai uji laboratorium biokimia
adalah komponen diagnosa dan pemantauan pengobatan yang
utuh.

BAB 1 Biokimia dan Kedokteran 5
Weatherall DJ: Systems biology and red cells. N Engl J Med 20 Diagnostik Molekular: Penggunaan pendekatan molekular misal-
11;364:376. nya probe DNA untuk menunjang diagnosis berbagai keadaan
biokimiawi, genetik, imunologi, mikrobiologi, dan lainnya.
Nanoteknologi: Perkembangan dan penerapan pada kedokteran dan
GLOSARIUM bidang alat lain seperti kerangka nano, yang ukurannya hanya
beberapa nanometer (10-9 = 1 nm).
Bioengineering: Penerapan teknik pada biologi dan kedokteran.
Nutrigenomik: Pembelajaran sistematik tentang efek nutrien pada
Bioetik: Bidang etik yang berhubungan dengan penerapan pri- ekspresi genetik dan juga efek variasi genetik pada penanganan
nsip etik dan moral pada biologi dan kedokteran.
nutrien.
Bioinformatika: Disiplin ilmu yang berhubungan dengan pen- Farmakogenomik: Pengguanan informasi genom dan teknologi un-
gumpulan, penyimpanan, dan analisis data biologi, terutama
tuk mengoptimalkan penemuan dan perkembangan obat dan
DNA dan urutan protein (lihat Bab 10).
target obat.
Biofisik: Penerapan fisika dan tekniknya pada biologi dan ked- Proteomik: Proteom adalah komplemen lengkap protein sebuah or-
okteran.
ganisme. Proteomik adalah pembelajaran sistematik tentang
Bioteknologi: Bidang tempat digabungkannya biokimia, teknik, struktur dan fungsi proteom, termasuk variasinya dalam keadaan
dan pendekatan lain untuk mengembangkan produk biologi sehat dan sakit.
untuk digunakan dalam kedokteran dan industri. Bilologi Sel Punca: Sel punca adalah suatu sel tak berdiferensiasi
Terapi Gen: Diterapkan untuk penggunaan gen yang dibangun yang berpotensi memperbarui diri dan berdiferensiasi menjadi
secara genetik untuk mengobati berbagai penyakit. salah satu sel dewasa yang ada dalam organisme. Biologi sel
Genomik: Genom adalah set lengkap gen-gen sebuah organis- punca berkenaan dengan biologi sel-sel punca serta pengguna-
me dan genomik adalah pembelajaran mendalam tentang annya dalam berbagai penyakit.
struktur dan fungsi genom. Biologi Sintetik: Bidang yang menggabungkan teknik biomolekular
dengan pendekatan teknik untuk membangun sistem dan fungsi
Glikomik: Glikom adalah komplemen total karbohidrat seder-
biologi yang baru.
hana dan kompleks dalam sebuah organisme. Glikomik
Sistem Biologis: Bidang ini memperlihatkan kepentingan sistem bi-
adalah pembelajaran sistematik tentang struktur dan fungsi
ologis yang kompleks dipelajari sebagai entitas yang terintegrasi.
glikom seperti glikom manusia.
Transkriptomik: Transkriptomik adalah pembelajaran komprehen-
Lipidomik: Lipidom adalah komplemen lengkap lipid yang di- sif, set lengkap transkrip RNA yang dihasilkan oleh genom pada
temukan dalam organisme. Lipidomik adalah pembelajaran suatu masa waktu tertentu.
mendalaman struktur dan fungsi semua anggota lipidom
serta interaksinya, dalam keadaan sehat dan sakit.
Metabolik: Metabolom adalah komplemen lengkap metabolit
(molekul kecil yang terlibat dalam metabolisme) yang
ditemukan dalam organisme. Metabolomik adalah
pembelajaran mendalam struktur, fungsi dan perubahan
dalam berbagai keadaan metabolik.

2
B A B
H
TUJUAN ■ Menjelaskan sifat-sifat air yang berperan untuk tegangan permukaan,

kekentalan, keadaan cair pada suhu ruang, dan kekuatan pelarutnya.
■ Menggunakan rumus struktur untuk mewakili beberapa senyawa organik yang
Setelah mempelajari bab ini, dapat bertindak sebagai donor atau akseptor ikatan hidrogen.
Anda diharapkan dapat: ■ Menjelaskan peran yang dimainkan oleh entropi dalam orientasi, dalam lingkungan
cair, dari daerah makromolekul polar dan nonpolar.
■ Menunjukkan peran kuantitatif jembatan garam, interaksi hidrofobik, dan gaya
van der Walls terhadap kestabilan makromolekul.
■ Menjelaskan hubungan pH dengan keasaman, kebasaan, dan determinan
kuantitatif yang mencirikan asam kuat dan lemah.
■ Menghitung pergeseran pH yang menyertai penambahan jumlah asam atau basa
tertentu pada pH larutan dapar.
■ Mejelaskan apa yang dilakukan dapar, bagaimana melalukannya, dan pada
keadaan apa dapar paling efektif di bawah keadaan fisiologi atau lainnya.
■ Menggambarkan bagaimana persamaan Henderson-Hasselbalch dapat diguna-
kan untuk menghitung muatan bersih pada suatu polielektrolit pada pH tertentu.
KEPENTINGAN BIOMEDIK mempertahankan pH cairan ekstrasel di antara 7,35 dan

7,45. Dugaan gangguan keseimbangan asam-basa dipastikan
Air adalah komponen kimia yang menojol dalam organisme dengan mengukur pH darah arteri dan kandungan CO2
hidup. Sifat fisiknya yang unik, yang mencangkup darah vena. Penyebab asidosis (pH darah <7,35) adalah
kemampuannya melarutkan banyak molekul organik dan ketosis diabetik dan asidosis laktat. Alkalosis (pH > 7,45)
anorganik, berasal dari struktur dipolar air dan kapasitas dapat terjadi setelah muntah isi lambung yang asam.
yang luar biasa untuk membentuk ikatan hidrogen. Sifat air
yang berinteraksi dengan biomolekul yang dilarutkan
mempengaruhi struktur keduanya yaitu biomolekul dan air itu AIR ADALAH PELARUT
sendiri. Sebagai nukleofil yang hebat, air adalah reaktan atau
produk di banyak reaksi metabolik. Pengaturan keseimbang- BIOLOGI YANG IDEAL
an air tergantung pada mekanisme hipotalamus yang
mengatur haus, pada hormon antidiuretik (ADH), pada retensi Molekul Air Membentuk Dipolar
atau eksresi air oleh ginjal, dan pada penguapan. Diabetes Molekul air adalah tetrahedron yang agak miring, tidak
insipidus nefrogenik urin atau menyesuaikan pada perubahan teratur, dengan oksigen di tengahnya (Gambar 2–1). Dua
samar pada osmolaritas cairan ekstrasel, diakibatkan oleh hidrogen dan elektron tak berbagi dari sisa orbital sp3-
tidak responsifnya osmoreseptor tubulus ginjal terhadap ADH. hibridisasi menepati sudut-sudut tetrahedron. Sudut 105°
Air memiliki sedikit kecenderungan untuk terpecah antara hidrogen membedakannya sedikit dari sudut
menjadi proton dan ion hidroksida. Kosentrasi proton, atau tetrahedral ideal, 109,5°. Amonia juga berbentuk
keasaman larutan encer, pada umumnya disebutkan dengan tetrahedral, dengan sudut 107° di antara hidrogen-
skala pH logaritma. Bikarbonat dan dapar lain normalnya hidrogennya. Atom-atom oksigen dalam air yang

H 7
H
CH3 CH2 O H O
2e H
2e
H
H
CH3 CH2 O H O
105°
CH2 CH3
H
GAMBAR 2–1 Molekul air memiliki geometri tetrahedral. R R II

C O H N
elektrogen, meninggalkannya inti hidrogen dengan muatan RI R III

positif sebagian, sementara dua pasang elektron tak berbagi GAMBAR 2–3 Gugus polar tambahan berperan dalam ikatan
membentuk daerah muatan negatif setempat. hidrogen. Diperlihatkan ikatan hidrogen yang terbentuk alkohol dan
Molekul dengan muatan listrik yang tersebar tak simetris air, antara dua molekul etanol, dan antara peptida oksigen karbonil
dalam strukturnya disebut dipolar. Dipolar air yang kuat serta peptida nitrogen hidrogen suatu asam amino yang berdekatan.
berperan dalam konstanta dielektriknya yang tinggi. Seperti
dijelaskan secara kuantitatif oleh hukum Coulomb, kekuatan
interaksi F antarpartikel yang muatannya berlawanan, Ikatan hidrogen membuat air mampu melarutkan
berbanding terbalik dengan konstanta dielektrik ε medium banyak biomolekul organik yang mengandung gugus
sekitarnya. Konstanta dielektrik untuk ruang hampa adalah fungsional yang dapat berperan dalam ikatan hidrogen.
satu; untuk heksana 1,9; untuk etanol 24,3, dan untuk air Atom-atom oksigen pada aldehida, keton, dan amida
25o C, 78,5. Dengan demikian air sangat menurunkan misalnya, meyediakan pasangan elektron lepas yang dapat
ralatif terhadap lingkungan bebas-air dengan konstanta berperan sebagai akseptor hidrogen. Alkohol, asam
dielektrik yang lebih rendah. Dipolarnya yang kuat dan karboksilat, dan amina dapat berperan sebagai akseptor
konstanta dielektrik yang tinggal membuat air dapat hidrogen dan donor atom hidrogen tak berpelindung
melarutkan sejumlah besar senyawa bermuatan seperti membuat ikatan hidrogen (Gambar 2–3).
garam.
Molekul Air Membentuk Ikatan Hidrogen INTERAKSI DENGAN AIR
Inti hidrogen yang sebagian tak berperisai yang terikat
secara kovalen dengan oksigen penarik-elektron atau atom MEMPENGARUHI STRUKTUR
nitrogen dapat berinteraksi dengan pasangan elektron tak BIOMOLEKUL
berbagai pada atom nitrogen atau oksigen lain untuk
membentuk ikatan hidrogen. Karena molekul air Ikatan Kovalen dan Nonkovalen
mengandung kedua sifat ini, ikatan hidrogen membantu
asosiasi-sendiri molekul air menjadi susunan teratur
Menstabilkan Molekul Biologi
(Gambar 2–2). Ikatan hidrogen sangat mempengaruhi sifat Ikatan kovalen adalah gaya terkuat yang menahan molekul
fisik air dan berperan pada kekentalannya yang luar biasa bersama (Tabel 2–1). Gaya nonkovalen, walaupun lebih
tinggi, tegangan permukaan, dan titik didih. Rata-rata, kecil, berperan penting pada struktur, stabilitas, dan
setiap molekul dalam air yang cair terhubungan melalui kemampuan fungsional makromolekul dalam sel hidup.
ikatan hidrogen dengan 3,5 lainnya. Ikatan ini relatif
lemah dan sementara, dengan waktu paruh beberapa
nanodetik atau kurang. Hancurnya ikatan hidrogen dalam TABEL 2–1 Energi Ikatan untuk Atom yang Bermakna
air yang cair memerlukan hanya sekitar 4,5 kkal/mol, Biologis
kurang dari 5% dari energi yang diperlukan untuk
Energi Energi
menghancurkan ikatan O—H konvalen. Jenis ikatan (kkal/mol) Jenis ikatan (kkal/mol)
H H H H O[O 34 O:O 96
O O H S[S 51 C[h 99
H H H O
H C[N 70 C:S 108
O O
H O H H S[h 81 O[h 110
H O
H C[C 82 C:C 147
GAMBAR 2–2 Air molekul berasosiasi-diri melalui ikatan C[O 84 C:N 147
hidrogen. Kiri: Hubungan dua molekul air dipolar oleh ikatan
N[h 94 C:O 164
hidrogen (garis titk-titik). Kanan: Kluster empat molekul air yang
terikat hidrogen. Perhatikan bahwa air dapat berperan secara
bersama menjadi donor hidrogen dan akseptor hidrogen.

8 section Struktur & Fungsi pada Protein & Enzim
Gaya-gaya ini, yang dapat bersifat menarik atau menolak, .50

melibatkan interaksi di dalam biomolekul dan di antaranya,
Energi interaksi (kkaI mol–1)

dan dengan air yang membentuk komponen utama .25
lingkungan sekitaranya.
Biomolekul Melipat untuk Menempatkan 0
Gugus Polar & Bermuatan pada –0.25

A
Permukaannya
Sebagian besar biomolekul bersifat amfifatik; yaitu, –0.50
memiliki daerah yang kaya gugus bermuatan atau 3.0 4.0 5.0 6.0 7.0 8.0
fungsional polar dan juga daerah dengan sifat hidrofobik. R (Å)
Protein cenderung meliputi dengan gugus-R asam amino
GAMBAR 2–4 Kekuatan interaksi van der Waals beragam sesuai
dengan rantai samping hidrofobik di bagian dalam. Asam jarak, R, di antara spesies yang berinteraksi. Gaya interaksi di antara
amino dengan rantai sisi asam amino polar atau spesies yang berinteraksi meningkat bila jarak menurun sampai
bermuatan (misal arginin, glutamat, serin, Tabel 3–1) mereka dipisahkan oleh jarak kontak van der Waals (lihat panah A).
umumnya berada di permukaan yang berkontak dengan Kemudian terjadi tolakan akibat interaksi antara elektron-elektron
setiap molekul atau atom. Walapun interaksi van der Waals tersendiri
air. Pola serupa berlaku dalam lapisan ganda fosfolipid,
sangat lemah, namun efek kumulatifnya kuat untuk makromolekul
yaitu "gugus kepala" fosfatidil serin yang bermuatan tau seperti DNA dan protein dengan atom-atom yang berkontak dekat.
fosfatidil etanolamin berkontak dengan air sementara rantai
samping asli lemak yang hidrofobik berkumpul bersama,
menjauhi air (lihat Gambar 40–5). Pola ini memperbesar Interaksi Elektrostatik
kemungkinan terbentuknya interaksi yang sangat Interaksi antara gugus-gugus bermuatan membantu
menguntungkan yaitu bermuatan-dipolar, dipolar-dipolar, membentuk struktur biomolekul. Interaksi elektrostatis
serta ikatan hidrogen di antara gugus-gugus polar pada di antara gugus yang muatannya berlawanan di dalam
biomolekul dan air. Hal ini juga memperkecil kontak tak atau di antara biomolekul disebut jembatan garam.
menguntungkan antara air dan gugus-gugus hidrofobik. Jembatan garam sebanding kekuatannya dengan ikatan
hidrogen tetapi kerjanya pada jarak yang lebih besar. Jadi
mereka sering membantu pengikatan molekul dan ion
Interaksi Hidrofobik bermuatan dengan protein dan asam nukleat.
Interaksi hidrofobik adalah kecenderungan senyawa
nonpolar untuk berasosiasi-diri dalam lingkungan encer. Gaya van der Waals
Asosiasi-diri ini didorong bukan oleh tarikan bersama Gaya van der Waals timbul dari tarikan di antara
ataupun yang kadang secara salah disebut "ikatan dipolar sementara yang ditimbulkan oleh gerakan
hidrofobik". Asosiasi-diri memperkecil kerusakan interaksi elektron cepat dari semua atom netral. Lebih lemah
yang menguntungkan antara molekul-molekul air di secara bermakna dibanding ikatan hidrogen tetapi
sekelilingya. potensinya sangat banyak, gaya van der Waals turun
Walaupun hidrogen dari gugus nonpolar seperti gugus menjadi kekuatan keenam dari jarak yang memisahkan
hidrokarbon metilen tidak membentuk ikatan hidrogen, atom (Gambar 2–4). Jadi, gaya ini berperan pada jarak
mereka mempengaruhi struktur air yang mengelilinginnya. yang sangat pendek, biasanya 2-4 A.
Molekul air yang berdekatan dengan gugus hidrofobik
terbatas jumlah orientasinya (derajat kebebasan) yang Gaya Multipel Menstabilkan Biomolekul
memungkinkan berperan dalam jumlah maksimum ikatan
Heliks ganda DNA menggambarkan peran gaya
hidrogen yang menguntungkan. Pembentukan maksimal
multipel terhadap struktur biomolekul. Walaupun setiap
ikatan hidrogen multipel, yang memperbesar entalpi, dapat
untai DNA masing-masing ditahan oleh ikatan kovalen,
dipertahankan hanya dengan meningkatkan susunan
dua untai heliks ditahan semata-mata oleh interaksi
molekul air yang berdekatan, dengan penurunan entropi
nonkovalen seperti ikatan hidrogen antara basa-basa
yang menyertai.
nukleotida (pasangan basa Watson-Crick) serta interaksi
Hal ini mengikuti hukum kedua termodinamik bahwa
van der Waals di antara tumpukan basa purin dan
energi bebas optimal suatu campuran hidrokarbon air
pirimidin. Heliks ganda membawa gugus fosfat bermuatan
adalah fungsi entalpi maksimal (dari ikatan hidrogen) dan
dan gugus hidroksil polar dari gula ribosom pada rangka
entropi minimum (derajat kebebasan maksimum). Jadi,
utama DNA ke air sambil menyimpan basa nukleotida yang
molekul nonpolar cenderung membentuk tetesan yang
relatif hidrofobik di dalamnya. Rangka utama yang luas
memperkecil luas permukaan yang terpajan serta
memperbesar jarak di antara fosfat yang bermuatan
mengurangi jumlah molekul air yang kebebasan geraknya
negatif, sehingga memperkecil interaksi elektrostatik yang
dibatasi. Hal serupa, dalam lingkungan encer dalam sel
tidak menguntungkan (lihat Gambar 34–2).
hidup, bagian hidrofobik biopolimer cenderung terpendam
di dalam struktur molekul tersebut, atau dalam lapisan
ganda lipid, yang memperkecil kontak dengan air.

H 9
AIR ADALAH NUKLEOFIL hidrolisis ATP, reaksi terangkai baru dapat ditimbulkan yang
perubahan keseluruhannya dalam energi bebas mendukung
YANG BAIK sintesis biopolimer.
Reaksi metabolik sering melibatkan serangan oleh pasangan Bila air bersifat nukleofilik dan konsentrasinya tinggi
elektron tersendiri yang terletak pada molekul kaya-elektron dalam sel, megapa niopolimer seperti protein dan DNA
yang disebut nukleofil pada atom yang miskin-elektron yang relatif stabil? Dan bagaimana sintesis biopolimer terjadi
disebut elektrofil. Nukleofil dan elektrofil tidak perlu dalam lingkungan yang encer dan tampak prohidrofilik?
memiliki muatan negatif atau positif yang kaku. Air, dengan Jawaban kedua pertanyaan ini adalah sifat-sifat enzim. Bila
dua pasangan tersendiri elektron sp3 yang membawa muatan tidak ada katalisis enzim, bahkan reaksi yang sangat
negatif sebagian (Gambar 2-1), adalah nukleofil yang baik. didukung termodinamik pun tidak dapat berlangsung cepat.
Nukleofil lain yang penting secara biologi adalah atom Kontrol aktivitas enzim yang tepat dan berbeda, serta
oksigen pada fosfat, alkohol, dan asam karbohidrat; sulfur sekuestrasi berbagai enzim di dalam organel tertentu
pada tiol; serta nitrogen pada amina dan cincin imidazol pada menentukan pada keadaan fisiologik apa suatu biopolimer
histidin. Elektrofil yang lazim adalah karbon karbonil dalam akan disintesis atau dihancurkan. Biopolimer yang baru
amida, ester, aldehida, dan keton serta atom fosfor pada disintesis tidak segera dihidrolisis karena tempat aktif enzim
fosfoeter. biosintetik mensekuestrasi substrat dalam lingkungan yang
Serangan nukleofilik oleh air biasanya menyebabkan airnya dapat dikeluarkan.
terbelahnya ikatan amida, glikosida, atau ester yang
menahan biopolimer bersama. Proses ini disebut hidrolisis. Molekul Air Menunjukkan Kecenderungan
Sebaliknya, saat satuan monomer digabungkan bersama Sedikit tetapi Penting untuk Berdisosiasi
membentuk biopolimer seperti protein atau glikogen, air Kemampuan air untuk berionisasi, walaupun kecil, ber-
adalah produknya, misalnya, selama pembentukan ikatan peran penting untuk kehidupan. Karena air dapat berperan
peptida di antara dua asam amino. sebagai asam dan basa, ionisasinya dapat dinyatakan sebagai
Sementara hidrolisis adalah reaksi yang didukung transfer proton intermolekular yang membentuk sebuah ion
bermodinamik, ikatan fosfoester dan amida pada hidronium (H3O+) dan sebuah ion hidroksida(OH−):
polipeptida dan oligonukleotida stabil dalam lingkungan sel H2O + H2O  H3O + OH−
yang encer. Perilaku yang tampak berlawanan ini
mencerminkan fakta bahwa termodinamik yang mengatur Proton yang ditransfer sesungguhnya terasosiasi dengan
keseimbangan suatu reaksi dan tidak menentukan kecepatan kluster molekul air. Protein terdapat dalam larutan tidak
terjadinya. Dalam sel, katalis protein yang disebut enzim hanya sebagai H3O+, tetapi juga sebagai multimer seperti
mempercepat kecepatan reaksi hidrolitik bila diperlukan. H5O2+ dan H7O3+. Namun proton biasanya dinyatakan
Protease mengkatalis hidrolisis protein menjadi kompo- sebagai H+, meskipun sesungguhnya sangat terhidrasi.
nennya yaitu asam amino, sementara nuklease mengatalisis Karena ion hidroksida dan hidronium terus bergabung
hidrolisis ikatan fosfotester dalam DNA dan RNA. membentuk molekul air, hidrogen atau oksigen tersendiri
Pengendalian seksama kerja enzim-enzim ini diperlukan tidak dapat dinyatakan ada sebagai ion atau bagian dari
agar hanya bekerja pada molekul sasaran yang tepat pada molekul air. Pada suatu saat berbentuk ion; di saat lain
waktu yang tepat. menjadi bagian molekul air. Dengan demikian ion atau
molekul tersendiri tidak dianggap. Kita bahkan menunjuk-
Banyak Reaksi Metabolik kan kemungkinan bahwa pada suatu waktu sebuah hidrogen
Melibatkan Transfer Gugus tertentu akan ada sebagai ion atau bagian dari molekul air.
Banyak reaksi enzim yang berperan untuk sintesis dan Karena 1 g air mengandung 3,46 × 1022 molekul, ionisasi air
pemecahan biomolekul melibatkan transfer gugus kimia G dapat digambarkan secara statistik. Untuk menyatakan
dari donor D ke akseptor A membentuk kompleks gugus probabilitas bahwa sebuah hidrogen berada sebagai ion
akseptor, A—G: adalah 0,01 berarti bahwa pada suatu waktu, sebuah atom
hidrogen rnemiliki kesempatan menjadi sebuah ion 1
D´G + A  A ´G + D
banding 100 dan menjadi bagian dari molekul air 99 banding
Hidrolisis dan fosforolisis glikogen misalnya, melibatkan 100. Probabilitas sebenarnya sebuah atom hidrogen dalam
transfer gugus glukosit ke air atau ke ortofosfat. air mumi berada sebagai ion hidrogen adalah kira-kira 1,8 ×
Ekuilibrium yang terus menerus untuk hidrolisis ikatan 10−9. Jadi probabilitasnya menjadi bagian dari molekul air
kovalen sangat mendukung pembentukan produk akhir. hampir satu. Dinyatakan dengan cara lain, dalam setiap ion
Sebaliknya, pada banyak kasus, reaksi transfer gugus hidrogen atau ion hidroksida dalam air murni, terdapat 0,56
menyebabkan biosintesis makromolekul termasuk miliar atau 0,56 × 109 molekul air. Meskipun demikian ion
pembentukan ikatan kovalen yang tidak didukung hidrogen dan ion hidroksida berperan penting pada sifat air.
termodinamik. Katalis enzim berperan penting dalam
mengatasi hambatan ini dengan bantuan kapasitasnya untuk Untuk disosiasi air,
mengikat langsung dua reaksi yang secara normal terpisah.
[H+ ][OH− ]
Dengan menggunakan reaksi transfer gugus yang didukung K=
energi dengan reaksi yang didukung termodinamik, seperti [H2O]

Di mana tanda kurung menyatakan konsentrasi molar 2. Hitung logaritma berdasarkan 10 [H+].
(tepatnya aktivitas molar) dan K adalah konstanta disosiasi. 3. pH adalah negatif dari nilai yang didapatkan dari
Karena 1 mol air beratnya 18 g, 1 liter (L) (1000 g) air langkah 2
mengandung 1000 : 18 = 55,56 mol. Jadi air murni adalah
55,56 molar. Karena probabilitas sebuah hidrogen dalam air Misalnya, untuk air murni pada 25oC,
murni akan berada sebagai ion hidrogen adalah 1,8 × 10−9,
konsentrasi molar ion H+ (atau ion OH− ) dalam air murni pH = −log [H+] = −log 10-7 = −(−7) - 7,0
adalah produk probabilitas, 1.8 × 10−9, dikali konsentrasi Nilai ini juga dikenal sebagai power (bahasa Inggris),
molar air, 55,56 mol/L Hasilnya adalah 1,0 × 10−7 mol/L. puissant (Perancis), atau potennz (Jerman) dari pangkat
Sekarang kita dapat menghitung K untuk air murni: tersebut, maka digunakan istilah "p".
Nilai pH rendah sesuai dengan konsentrasi H+ yang
[H+ ][OH− ] [10−7 ][10−7 ] tinggi dan nilai pH tinggi sesuai dengan konsentrasi yang H+
K= = rendah.
[H2O] [55,56]
Asam adalah donor proton dan basa adalah akseptor
= 0,018 x 10-14 = 1,8 x 10-16 mol/L proton. Asam kuat (eg, HCl, H2SO4) berdisosiasi lengkap
menjadi anion dan proton bahkan dalam larutan yang sangat
asam (pH rendah). Asam lemah hanya berdisosiasi sebagian
Konsentrasi molar air, 55,56 mol/L, terlalu besar untuk
dalam larutan asam. Hal serupa, basa kuat (misal, KOH,
dipengaruhi oleh disosiasi. Karena itu dianggap sebagai
NaOH), tetapi bukan basa lemah, misal Ca(OH)2,
konstanta. Konstanta ini dapat digabungkan ke dalam berdisosiasi lengkap bahkan pada pH tinggi. Banyak zat
konstanta disosiasi K menjadi konstanta baru yang berguna biokimia adalah asam lemah. PerkecuaIiannya adalah
Kw diistilahkan produk ion untuk air. Hubungan antara Kw intermediat terfosforilasi, yang gugus fosforilnya
dan K adalah sebagai berikut: mengandung dua proton yang dapat berdisosiasi, yang
[H+ ][OH− ] pertama bersifat sangat asam.
K= = 1,8 x 10-16 mol/L
[H2O] Contoh berikut menggambarkan bagaimana meng-
hitung pH larutan asam dan basa.
K w = ( K )[H2O] = [H+ ][OH− ]
Contoh 1: Berapa pH larutan yang konsentrasi ion
= (1,8 x 10-16 mol/L) (55,56 mol/L) hidrogennya 3,2 × 10−4 mol/L?
= 1,00 x 10-14 (mol/L)2
pH = − log[H+ ]
Perhatikan bahwa satuan K adalah mol per liter dan Kw = − log (3,2) − log (10-4)
adalah mol2 per liter2. Seperti ditunjukkan namanya, produk = − log (3,2) − log (10-4)
ion Kw menurut angkatan sama dengan produk kosentrasi
= − 0,5 + 4,0
molar H+ dan OH-:
= 3,5
K w = [H+ ][OH− ]
Contoh 2: Berapa pH larutan yang konsentrasi ion
Pada 25°C, Kw = (10−7)2, atau 10−14 (mol/L)2. Pada suhu di hidroksidanya 4,0 × 10−4 mol/L? Pertama kali kita mencari
bawah 25°C, Kw isedikit di bawah 10−14, dan pada suhu di atas pOH kuantitatif yang sama dengan −log[OH−] dan yang
25°C sedikit di atas 10−14. Dalam pembatasan yang didapat dari definisi Kw:
dinyatakan oleh efek suhu, Kw sama dengan 10−14 (mol/L)2
untuk semua larutan encer, bahkan larutan asam atau basa. K w = [H+ ][OH− ] = 10−14
Kita menggunakan Kw untuk menghitung pH larutan asam
Dengan demikian,
dan basa.
log[H+ ] + log[OH− ] = log10−14
pH ADALAH NEGATIF LOG DARI atau
KONSENTRASI ION HIDROGEN pH + pOH = 14
Istilah pH diperkenalkan oleh Sorensen pada 1909, yang
mendefinisikan pH sebagai negatif log konsentrasi ion Untuk mencegah masalah dengan cara ini:
hidrogen:
[OH-] = 4.0 x 10-4
pH = − log[H+ ]
pOH = − log[OH− ]
Definisi ini, meskipun tidak tepat, cukup untuk banyak
tujuan biokimia. Untuk menghitung pH suatu larutan: = − log (4,0 x 10-4)
= − log (4,0) − log (10-4)
1. Hitung konsentrasi ion hidrogen [H+].
= − 0,6 + 4,0
= 3,4

H 11
Sekarang Kita menyatakan kekuatan relatif asam dan basa lemah

dengan konstanta disosiasinya. Diperlihatkan di bawah
pH = 14 − pOH = 14 − 3,4
adalah pernyataan untuk konstania disosiasi (Ka) untuk
= 10,6 dua contoh asam lemah, R—COOH and R—NH3+.
Contoh di atas menggambarkan bagaimana skala pH R ´ COOH  R ´ COO− + H+
logaritmik membantu pencatatan dan membandingkan
konsentrasi ion hidrogen yang berbeda sesuai urutan [R ´ COO− ][H+ ]
Ka =
besaran satu sama lain, yaitu, 0,00032 M (pH 3,5) dan [R ´ COOH]
0,000000000025 M (pH 10.6). R ´ NH3+  R ´ NH2 + H+
Contoh 3: Berapa nilai pH (a) 2.0 × 10−2 mol/L KOH dan
[R ´ NH2 ][H+ ]
(b) 2.0 × 10−6 mol/L KOH? OH− timbul dari dua sumber, Ka =
KOH dan air. Karena pH ditentukan oleh [H+] (dan pOH [R ´ NH3+ ]
oleh [OH−] total), kedua sumber harus dipertimbangkan.
Pada kasus pertama (a), peran air terhadap [OH−] total dapat Karena nila numerik dari Ka untuk asam lemah adalah
distabilkan. Hal yang sama tidak bisa untuk kasus kedua (b): angka pangkat negatif, kita menyatakan Ka sebagai pKa,
dengan
pK a = − log K a
Konsentrasi (mol/L)
(a) (b) Perhatikan bahwa pKa terkait dengan Ka seperti pH dengan

[H+]. makin kuat asam, makin rendah nilai pKa nya.
H 2,0 × 10−2 2,0 × 10−6
Contoh asam lemah (kiri), basa konjugasinya (tengah),
H 2,0 × 10−2 2,0 × 10−6 dan nilai pKa (kanan) adalah sebagai berikut:
[OH−] dari air 1,0 × 10−7 1,0 × 10−7
R ´ CH2 ´ COOH R ´ CH2COO− pK a = 4 − 5
[OH−] total 2,00001 × 10−2 2,1 × 10−6
R ´ CH2 ´ NH3+ R ´ CH2 ´ NH2 pK a = 9 − 10
−
Bila telah dicapai keputusan tentang pentingnya peran air, H2CO3 HCO3 pKa = 6,4
pH dapat dihitung seperti di atas. H2PO4 −
HPO−42 pKa = 7,2
Contoh di atas menganggap bahwa basa kuat KOH
berdisosiasi sempurna dalam larutan dan bahwa konsentrasi
pKa digunakan untuk menyatakan kekuatan relatif asam dan
ion OH− sama dengan yang didapat dari KOH ditambah
basa. Untuk setiap asam lemah, konjungsinya adalah basa kuat.
yang awalnya ada dalam air. Anggapan ini sah untuk larutan
Hal serupa, konjugasi basa kuat adalah asam lemah.
cair basa atau asam kuat, tetapi tidak untuk basa atau asam
Kekuatan relatif basa dinyatakan dengan istilah pKa asam
lemah. Karena elektrolit lemah hanya berdisosiasi sedikit
konjugasinya. Untuk senyawa poliprotik yang mengandung
dalam larutan, kita harus menggunakan konstanta disosiasi
lebih dari satu proton disosiasi, diberi angka di bawah garis
untuk menghitung konsentrasi [H+] (atau [OH−]) yang
pada setiap disosiasi, angkanya mulai dari satu dan menurun
dihasilkan oeh molaritas tertentu asam (atau basa) lemah
menurut keasaman relatif. Untuk disosiasi jenis ini
sebelum menghitung [H+] total (atau [OH−] total) dan
selanjutnya pH. R ´ NH+3 → R ´ NH2 + H+
Gugus Fungsional yang
pKa adalah pH yang konsentrasi asam R—NH3+ sama
Berupa Asam Lemak Memiliki dengan basa R—NH2.
Makna Fisiologis yang Besar Dari persamaan di atas yang menghubungkan Ka dengan
Banyak zat biokimia memiliki gugus fungsional yang berupa [H+] dan dengan konsentrasi asam tak terdisosiasi serta basa
asam atau basa lemah. Gugus karboksil, gugus amino, dan konjugasinya, bila
ester fostat, yang disosiasi keduanya berada dalam rentang
fisiologik, terdapat dalam protein dan asam nukleat, [R ´ COO− ] = [R ´ COOH]
sebagian besar koenzim, dan sebagian besar metabolit
tau bila
perantara. Karena itu, pengetahuan disosiasi asam dan basa
lemah merupakan dasar pemahaman pengaruh pH intrasel [R ´ NH2 ] = [R ´ NH3+ ]
pada struktur dan aktivitas biologik. Pemisahan berdasar-
muatan seperti elektroforesis dan kromatografi pertukaran Maka
ion juga paling baik dipahami dalam istilah perilaku disosiasi
gugus fungsional. K a = [H+ ]
kita menyebut senyawa berproton (misal HA atau R—
Jadi, bila senyawa terasosiasi (berproton) dan disosiasi
NH3+) sebagai asam dan senyawa tak berproton (misal A−
(basa konjugasi) berada pada konsentrasi yang sama,
atau R—NH2) sebagai basa konjugasinya. Hal serupa, kita
dapat menyebut basa (misal A− atau R—NH2) dan asam
konjugasinya (misal HA atau R—NH3+).

12 section Struktur & Fungsi pada Protein & Enzim
secara angka konsentrasi ion hidrogen yang berlaku [H+] Pembalikan pecahan terakhir menghilangkan tanda minus
sama dengan konstanta disosiasi Ka. Bila kedua sisi dan menghasilkan persamaan Henderson-Hasselbalch
persamaan diatas diberi logaritma dan kedua sisi dikalikan
[A − ]
−1, persamaannya sebagai berikut: pH = pK a + log
[HA]
K a = [H+ ]
− log K a = − log[H+ ] Persamaan Henderson-Hasselbalch mempunyai nilai pre-
diktif yang baik dalam ekuilibria protonik. Misalnya,
Karena −log Ka didefinisikan sebagai pKa, dan −log [H+] 1. Bila suatu asam dinetralkan tepat separuhnya, [A−] =
disebut pH, persamaannya dapat dituliskan kembali sebagai [HA]. Pada keadaan ini,
pK a = pH [A− ] 1 
pH = pK a + log = pK a + log   = pK a + 0
[HA] 1 
yaitu, pKa sebuah gugus asam adalah pH ketika pH senyawa
berproton dan takberproton berada pada konsentrasi yang Dengan demikian pada separuh netralisasi pH = pKa.
sama. pKa untuk suatu asam dapat ditentukan dengan
menambahkan 0,5 ekuivalen alkali per ekuivalen asam. pH 2. Bila rasio [A−]/[HA] = 100:1,
yang didapat akan sama dengan pKa asam tersebut. [A− ]
pH = pK a + log
[HA]
Persamaan Henderson-Hasselbalch pH = pK a + log(100/1) = pK a + 2
Menggambarkan Perilaku Asam
3. Bila rasio [A−]/[HA] = 1:10,
lemak dan Dapar
Persamaan Henderson-Hasselbalch diturunkan seperti di pH = pK a + log(1/10) = pK a + (−1)
bawah ini.
Suatu asam lemah, HA, terionisasi sebagai berikut: Bila persamaan ini dievaluasi pada rasio [A−]/[HA] yang
berkisar dari 103 sampai 10−3 dan nilai pH terhitung
HA  H+ + A− digambarkan, grafik yang dihasilkan menggambarkan kurva
titrasi untuk suatu asam lemah (Gambar 2–5).
Konstanta ekuilibrium untuk disosiasi ini adalah
[H+ ][A− ] Larutan Asam Lemah dan
Ka =
[HA] H
Larutan asam atau basa lemah serta konjugatnya
Perkalian silang menghasilkan menunjukkan pendaparan, yaitu kemampuan menolak
[H+ ][A− ] = K a[HA] perubahan pH setelah penambahan asam atau basa kuat.
Karena banyak reaksi metabolik disertai pelepasan atau
Kedua sisi dibagi dengan [A−]: pengambilan proton. Metabolisme oksidatif menghasilkan
CO2, anhidrida asam karbonat, yang bila tidak didapar akan
[HA] menyebabkan asidosis berat. Pemeliharaan pH konstan
[H+ ] = K a
[A− ] melibatkan pendaparan oleh fosfat, bikarbonat, dan protein,
yang menerima atau melepaskan proton untuk menolak
Ambil log kedua sisi: perubahan pH.
 [HA] 
log[H+ ] = log  K a − 
Meq basa yang ditambahkan per meq asam
 [A ] 
[HA] 1.0 –1.0
= log K a + log −
[A ] 0.8 –0.8
Muatan bersih
Dikalikan −1: 0.6 –0.6
[HA]
− log[H+ ] = − log K a − log 0.4 –0.4
[A− ]
0.2 –0.2
Gantikan pH dan pKa untuk −log [H+] dan −log Ka, maka
0 0
2 3 4 5 6 7 8
[HA]
pH = pK a − log pH
[A− ]
GAMBAR 2–5 Kurva titrasi untuk suatu asam jenis HA.
Titik tebal di tengah kurva menunjukkan pKa, 5,0.

BAB 2 Air & pH 13
Untuk percobaan menggunakan enzim atau ekstrak jaringan, TABEL 2–2 Kekuatan Relatif asam Tertentu yang
pH yang konstan dipertahankan dengan penambahan dapar Penting secara Biologi
seperti MES ([2-N-morfolino]-asam etanesulfonat, pKa 6,1), Asam Menoprotik
ortofosfat anorganik (pKa2 7,2), HEPES (N-hidroksi-
etilpiperazin-N′-2-asam etansulfonat, pKa 6,8), atau Tris Format pK 3,75
(tris[hidroksimetil] aminometan, pKa 8,3). Nilai pKa relatif Laktat pK 3,86
terhadap pH yang diinginkan adalah determinan utama untuk
Asetat pK 4,76
memilih dapar.
Pendaparan dapat diamati dengan menggunakan pH Ion amonium pK 9,25
meter sambil mentitrasi asam atau basa lemah (Gambar Asam diprotik
2–5). Kita juga dapat menghitung pergeseran pH yang
Karbonat pK1 6,37
menyertai penambahan asam atau basa pada larutan
dapar. Pada contoh tersebut, larutan dapar (asam lemah, pK2 10,25
pKa = 5,0, dan basa konjugasinya) awalnya nilai pHnya Suksinat pK1 4,21
satu dari empat nilai. Kita akan menghitung pergeseran
pK2 5,64
pH yang dihasilkan bila ditambahkan 0,1 meq KOH pada 1
meq masing-masing larutan. Glutarat pK1 4,34
pK2 5,41
pH awal 5,00 5,37 5,60 5,86 Asam triprotik
[A ]awal
−
0,50 0,70 0,80 0,88 Fosforat pK1 2,15
[HA]awal 0,50 0,30 0,20 0,12 pK2 6,82
([A ]/[HA])awal
−
1,00 2,33 4,00 7,33 pK3 12,38
Penambahan 0,1 meq KOH menghasilkan Sitrat pK1 3,08
[A−]akhir 0,60 0,80 0,90 0,98 pK2 4,74
[HA]akhir 0,40 0,20 0,10 0,02 pK3 5,40
([A−]/[HA])akhir 1,50 4,00 9,00 49,0 Catatan: Nilai dalam tabel adalah nilai pKa (-log konstanta disosiasi) asam
monoprotik, diprotik dan tripotik tertentu.
log ([A−]/[HA])akhir 0,18 0,60 0,95 1,69
pH akhir 5,18 5,60 5,95 6,69

jarak. pKa kedua untuk asam suksinat, yang memiliki dua
H 0,18 0,60 0,95 1,69
gugus metilen di antara gugus-gugus karboksilnya, adalah
Perhatikan bahwa ΔpH, perubahan pH per miliekuivalen 5,6, sedangkan pKa kedua untuk glutarat, yang memiliki
OH− yang ditambahan tergantung pada pH awal. Larutan ini satu gugus metilen tambahan , adalah 5,4.
menolak perubahan pH paling efektif pada nilai pH yang
dekat dengan pKa. Suatu larutan asam lemah dan dapar Nilai pKa Bergantung Pada
basa konjugatnya paling efektif pada rentang pH pKa ± 1,0
satuan pH.
Sifat Medium
(Gambar 2-5) juga menggambarkan muatan bersih pa- pKa suatu gugus fungsional juga sangat dipengaruhi oleh
da satu molekul asam sebagai fungsi pH. Muatan fraksional medium sekelilingnya. Medium ini dapat meningkatkan
−0,5 tidak berarti bahwa satu molekul tersendiri membawa atau menurunkan pKa relatif terhadap nilai dalam air,
muatan fraksional, tetapi bahwa probabilitas molekul tergantung pada apakah asam tak terdisosiasi atau basa
tertentu memiliki satu unit muatan negatif pada suatu konjugatnya yang merupakan senyawa bermuatan. Efek
waktu tertentu adalah 0,5. Penetapan muatan bersih pada konstanta dielektrik pada pKa dapat diamati dengan
makromoIekul sebagai fungsi pH menjadi dasar teknik menambahkan etanol pada air. pKa asam karboksilat
pemisahan seperti kromatografi pertukaran ion dan meningkat, sedangkan pKa suatu menurun karena etanol
elektroforesis (lihat Bab 4). menurunkan kemampuan air melarutkan senyawa
bermuatan. Jadi nilai pKa gugus disosiasi di bagian dalam
Kekuatan Asam Bergantung protein sangat dipengaruhi oleh lingkungan setempat,
pada Struktur Molekul termasuk ada atau tidak adanya air.
Banyak asam yang berkepentingan biologi memiliki lebih dari
satu gugus disosiasi. Adanya muatan negatif yang Ringkasan
berdekatan menghalangi pelepasan proton dari gugus di ■ Air membentuk kluster terikat hidrogen dengan dirinya
dekatnya, sehingga meningkatkan pKanya. Hal ini nyata dari sendiri dan dengan donor atau akseptor proton lain. Ikatan
nilai pKa untuk tiga gugus disosiasi asam fosforat dan asam hidrogen berperan pada tegangan permukaan, kekentalan,
sitrat (Tabel 2-2). Efek muatan berdekatan menurun sesuai keadaan cair pada suhu ruang, serta kekuatan air untuk
melarutkan.

14 section
■ Senyawa yang mengandung O atau N dapat berperan sebagai

donor dan/atau akseptor ikatan hidrogen.
REFERENSI
Reese KM: Whence came the symbol pH. Chem & Eng News
■ Gaya entropi memerintahkan makromolekul untuk memajan-
2004;82:64.
kan daerah polar ke perbatasan encer dan memendam daerah
nonpolar. Segel IM: Biochemical Calculations. Wiley, 1968.
Skinner JL: Following the motions of water molecules in aqu-
■ Jembatan garam, interaksi hidrofobik, dan gaya van der Waals eous solutions. Science 2010;328:985.
berperan dalam mempertahankan struktur molekul. Stillinger FH: Water revisited. Science 1980;209:451.
■ pH adalah negatif log [H+]. pH rendah menandakan larutan Suresh SJ, Naik VM: Hydrogen bond thermodynamic proper-
asam, dan pH tinggi menandakan larutan basa. ties of water from dielectric constant data. J Chem Phys
■ Kekuatan asam lemah dinyatakan dengan pKa, negatif log 2000;113:9727.
konstanta disosiasi asam tersebut. Asam kuat memiliki nilai Wiggins PM: Role of water in some biological processes. Mic-
pKa rendah dan asam Iemah memiliki nilai pKa tinggi. robiol Rev 1990;54:432.
■ Dapar menolak perubahan pH bila menghasilkan atau
mengambil proton. Kapasitas dapar maksimum terjadi ± 1
unit pH pada kedua sisi pKa. Dapar fisiologis antara lain
bikarbonat, ortofosfat, dan protein.

3
er
Asam amino & Peptida

TUJUAN
■ Struktur diagram dan menuliskan nama tiga huruf dan satu huruf untuk setiap
asam amino yang lazim.
Setelah memperlajari bab ini
■ Menjelaskan peran masing-masing jenis gugus R asam amino yang lazim
terhadap sifat kimianya.
■ Daftar fungsi utama tambahan dari asam amino dan menjelaskan bagaimana
asam amino tertentu dalam biji tanaman parah dapat mempengaruhi kesehatan
manusia.
■ Nama gugus terionisasi dari asam amino protein dan daftar nilai pKa perkiraan
asam amino bebas dalam larutan encer.
■ Menghitung pH larutan encer tanpa dapar suatu asam amino polifungsi dan
perubahan pH yang terjadi setelah penambahan sejumlah asam atau basa kuat.
■ Mendefinisikan pl dan menunjukkan hubungannya dengan muatan bersih pada
elektrolit polifungsi.
■ Menjelaskan bagaimana pH, pKa dan pl dapat digunakan untuk memperkirakan
mobilitas suatu polielektrolit, seperti asam amino, dalam bidang listrik arus
searah.
■ Menjelaskan arah, penamaan, dan struktur, serta struktur primer peptida.
■ Mengenali ikatan dalam suatu peptida yang memperlihatkan sifat ikatan ganda
sebagian dan koformasinya dalam peptida dan mengidentifikasi ikatan di tulang
punggung peptida yang bebas untuk memutar.
KEPENTINGAN BIOMEDIS proksimal, melindungi dari kerusakan untuk sintesis protein

Selain menyediakan satuan monomer yang mensintesis dan fungsi vital lainnya. Tidak semua asam amino, namun,
rantai polipeptida panjang protein, asam amino-L-α dan bermanfaat. Sementara protein manusia hanya mengandung
turunannya berperan dalam fungsi sel yang bermacam- asam amino-L-α, mikroorganisme sangat menggunakan
macam seperti transmisi saraf dan biosintesis porfirin, purin, asam amino-D. Banyak bakteri menguraikan peptida yang
pirimidin, dan urea. Sistem neuroendokrin mempekerjakan mengandung asam amino-D dan L-α,beberapa di antaranya
polimer pendek asam amino yang disebut peptida berperan memiliki nilai terapeutik, termasuk antibiotik basitrasin dan
penting dalam sistem neuroendokrin sebagai hormon, faktor gramisidin A serta obat antitumor bleomisin. Peptida
pelepas hormon, neuromodulator, atau neurotransmiter. mikroba tertentu lainnya bersifat racun. Peptida sianobakteri
Manusia dan hewan tingkat tinggi tidak mampu mensintesis mikrosistin dan nodularin bersifat letal pada dosis besar,
10 asam amino-L-α yang lazim dalam jumlah yang cukup sedangkanbila sedikit merangsang pembentukan tumor hati.
untuk mendukung pertumbuhan bayi atau mempertahankan Konsumsi dari asam amino tertentu hadir dalam biji pada
kesehatan pada dewasa. Akibatnya, diet manusia harus kacang-kacangan dari genus Lathyrus menghasilkan
mengandung jumlah mencukupi nutrisi asam amino esensial latirismo, penyakit ireversibel tragis di mana individu
ini. Setiap hari ginjal menyaring lebih dari 50 g pada asam kehilangan kontrol dari anggota badan mereka. Biji tanaman
amino bebas dari darah ginjal arteri. Namun, hanya jejak asam amino tertentu lainnya juga telah terlibat dalam
dari asam amino bebas normal muncul dalam urin karena penyakit neurodegeneratif di penduduk asli Guam.
asam amino yang hampir sama sekali diserap di tubulus
15

SIFAT ASAM AMINO dan metilasi, formilasi, asetilasi, prenilasi, dan fosforilasi
residu aminoasil tertentu. Modifikasi ini memperluas
Kode Genetik Menentukan keragaman biologik protein dengan mengubah kelarutan,
kestabilan, dan interaksi dengan protein lain.
20 Asam Amino-l-`
Di dalam terdapat lebih dari 300 asam amino terjadi di alam,
protein disintesis hampir secara eksklusif dari set pada 20
asam amino-L-α dikodekan oleh triplet nukleotida disebut Selenosistein, Asam Amino-l-`- ke 21
kodon (lihat Tabel 37-1). Walaupun kode genetik tiga-huruf
dapat memuat lebih dari 20 asam amino, kode genetik adalah Selenosistein (Gambar 3–1) adalah asam amino-L-α yang
yang bayak sekali karena beberapa asam amino ditentukan terdapat dalam protein dari setiap domain kehidupan.
oleh beberapa kodon. Para ilmuwan sering menyatakan Manusia mengandung sekitar dua lusin selenoprotein
urutan dari peptida dan protein menggunakan satu serta tiga meliputi peroksidase dan reduktase tertentu, selenoprotein
huruf singkatan untuk setiap asam amino (Tabel 3-1). Asam P yang bersirkulasi dalam plasma, dan iodotironin
amino ini dapat mencirikan sebagai antara hidrofilik atau deiodinase yang berperan mengubah prohormon tiroksin
hidrofobik (Tabel 3-2), sifat yang mempengaruhi lokasi di (T4) menjadi hormon tiroid 3,3'5-triiodotironin (T3) (Bab
sebuah matur konformasi berlipat protein (lihat Bab 5). 41). Seperti yang ditunjukkan namanya, atom selenium
Beberapa protein mengandung asam amino tambahan yang menggantikan sulfur analog strukturalnya, sistein.
timbul oleh modifikasi pasca-translasi suatu asam amino Selenosistein bukan produk modifikasi post translasi lebih
yang sudah ada dalam peptida. Contohnya adalah konversi lanjut, selenosistein disisipkan langsung ke dalam
prolin dan lisin menjadi 4-hidroksiprolin dan 5-hidro- polipeptida yang sedang berkembang selama translasi.
ksilisin; konversi peptidil menjadi y-karboksiglutamat;
TABEL 3–1 Asam Amino-l-` yang Terdapat dalam Protein

Nama Simbol Rumus Struktur pK1 pK2 pK3
Dengan Rantai Samping Alifatik `-COOH `-N H3+ Gugus R
Glisin Gly [G] H CH COO

— 2,4 9,8
NH3+
Alanin Ala [A] 2,4 9,9

CH3 CH COO—
NH3+
Valin Val [V] H3C 2,2 9,7

CH CH COO—
H3C +
NH3
Leusin Leu [L] H3C 2,3 9,7

—
CH CH2 CH COO
H3C +
NH3
Lsoleusin Ile [I] CH3 2,3 9,8

CH2
CH CH COO—
CH3 +
NH3
Dengan Rantai Samping yang mengandung Gugus Hidroksilat (OH)
Serin Ser [S] CH2 CH COO— 2,2 9,2 Sekitar 13

+
OH NH3
Treonin thr [t] CH3 CH CH COO— 2,1 9,1 Sekitar 13

+
OH NH3
Tirosin tyr [Y] See di

lihat below.
bawah
(berlanjut)

BAB 3 Asam Amino & Peptida 17
TABEL3–1 Asam Amino-l-` yang terdapat dalam Protein (lanjutan)

Nama Simbol Rumus Struktur pK1 pK2 pK3
Dengan Rantai Samping yang mengandung Gugus Sulfut `-COOH `-N H3+ Gugus R
Sistein Cys [C] CH2 CH COO— 1,9 10,8 8,3

+
SH NH3
Metionin Met [M] CH2 CH2 CH COO

— 2,1 9,3
+
S CH3 NH3
Dengan Rantai Samping yang Mengandung Gugus Asam atau Amidanya
Asam aspartat Asp [D] —

OOC CH2 CH COO— 2,1 9,9 3,9
+
NH3
Aspargin Asn [N] H2N C CH2 CH COO— 2,1 8,8

+
O NH3
Asam glutamat Glu [E] —

OOC CH2 CH2 CH COO— 2,1 9,5 4,1
+
NH3
Glutamin Gin [Q] H2N C CH2 CH2 CH COO— 2,2 9,1

+
O NH3
Dengan Rantai Samping yang Mengandung Gugus Basa

Arginin Arg [R] H 1,8 9,0 12,5
N CH2 CH2 CH2 CH COO—
C NH2+ NH3
+
NH2
Lisin Lys [K] CH2 CH2 CH2 CH2 CH COO— 2,2 9,2 10,8
NH3+ NH3+
Histidin His [H] CH2 CH COO— 1,8 9,3 6,0
HN N NH3+
Mengandung Cincin Aromatik

Histidin His [H] Lihat di atas See above.
Fenilalanin Phe [F] 2,2 9,2
CH2 CH COO—
NH3+
Tirosin Tyr [Y] 2,2 9,1 10,1

HO CH2 CH COO—
NH3+
Triptofan Trp [W] 2,4 9,4

CH2 CH COO—
NH3+
N
Asam Imino
Prolin Pro [P] 2,0 10,6

+
N COO—
H2

TABEL 3–2 Asam Amino Hidrofilik & Hidrofobik HO

OH
Hidrofilik Hidrofobik COOH

H2N
N COOH
Arginin Alanin H
Aspargin Isoleusin NH
Asam aspartat Leusin 2

GAMBAR 3–2 4-Hidroksiprolin & 5-hidroksilisin.
Sistein Metionin
Asam glutamat Fenilalanin Modifikasi Pascatranslasi memberi
Glutamin Prolin Properti Tambahan
Glisin Triptofan Sementara beberapa prokariota menggabungkan pirolisis
Histidin Tirosin menjadi protein, dan tanaman dapat menggabungkan asam
Lisin Valin
azetidin-2-karboksilat, sebuah analog dari prolin, sebuah set
hanya dari 21 asam amino-α-L jelas sudah cukup untuk
Serin pembentukan dari kebanyakan protein. Modifikasi pasca-
Treonin translasi bisa, namun, menghasilkan novel gugus R yang
Perbedaan ini didasarkan pada kecenderungan untuk mengasosiasikan dengan,
memberikan sifat lebih lanjut. Dalam kolagen, misalnya,
atau untuk meminimalkan kontak dengan, lingkungan encer. protein terikat prolin dan lisin residu merupakan konversi ke
4-hidroksiprolin dan 5-hidroksilisin (Gambar 3-2) . Karbok-
Selenosistein dengan demikian sering disebut "asam amino silasi dari residu glutamil pada protein dari kaskade
ke-21". Namun, tidak seperti 20 asam amino protein lainnya, koagulasi untuk residu γ-karboksi-glutamil (Gambar 3-3)
penggabungan dari selenosistein ditentukan oleh sebuah membentuk sebuah gugus chelating untuk ion kalsium yang
elemen genetik yang besar dan kompleks untuk tRNA biasa penting untuk pembekuan darah. Rantai samping asam
disebut tRNASec yang memanfaatkan UGA anti-kodon yang amino dari histon merupakan subyek untuk banyak
sinyal normalnya STOP. Namun, apparatus sintetis protein modifikasi, termasuk asetilasi dan metilasi dari lisin serta
dapat mengidentifikasi sebuah UGA kodon spesifik seleno- metilasi dengan deaminasi dari arginin (lihat Bab 35 dan 37).
sistein dengan kehadiran struktur putaran batang yang me- Hal ini juga sekarang mungkin di laboratorium untuk
ngiringi, elemen selenosistein insersi, di regio yang tidak genetika memperkenalkan banyak asam amino tidak alamiah
diterjemahkan dari mRNA (lihat Bab 27). yang berbeda menjadi protein, menghasilkan protein melalui
ekspresi gen rekombinan dengan sifat baru atau ditingkatkan
Stereokimia dari Asam dan memberikan sebuah cara baru untuk mengeksplorasi
Amino Protein hubungan fungsi struktur protein.
Dengan satu-satunya perkecualian yaitu glisin, karbon-α Asam Amino Ekstraterestrial Telah
setiap asam amino bersifat kiral. Meskipun beberapa asam
amino protein berputar kanan dan beberapa berputar kiri,
Terdeteksi di Meteorit
semua konfigurasi mutlaknya adalah L-gliseraldehid dan Pada bulan Februari tahun 2013, ledakan dari sekitar 20.000
dengan demikian disebut asam amin-L-α. Meskipun hampir metrik ton meteor di langit di atas Chelyabinsk, Siberia Barat,
semua asam amino protein adalah (R), kegagalan untuk secara dramatis menunjukkan kekuatan destruktif potensi
menggunakan (R) atau (S) untuk mengekspresikan dari badan-badan luar angkasa. Namun, tidak semua efek
stereokimia mutlak adalah yang tidak lebih dari aberasi dari meteor yang tentu tidak diinginkan. Beberapa meteorit,
historis. L-sistein adalah (S) karena massa atom dari atom sisa-sisa dari asteroid yang telah mencapai bumi, me-
sulfur pada C-3 melebihi dari gugus amino pada C2. Lebih ngandung beberapa jejak dari asam amino-α. Ini termasuk
secara signifikan, pada mamalia reaksi biokimia dari asam asam protein amino Ala, Asp, Glu, Gly, Ile, l eu, Phe, Ser,
amino-L-α, prekursor dan katabolisme dikatalisasi oleh Thr, Tyr, dan Val, baik sebagai asam amino-α nonprotein
enzim yang bertindak secara eksklusif pada L-isomer, terlepas biologis penting seperti N-metilglisin (sarcosine) dan alanin-
dari konfigurasi absolut. β.
NH3+ NH3+ Asam amino ekstraterestrial pertama kali dilaporkan
pada tahun 1969 setelah analisis dari meteorit Murchison
O– O– terkenal dari Australia tenggara. Kehadiran dari asam amino
HS HSe
pada meteorit lainnya, termasuk beberapa contoh murni dari
O O Antartika,
GAMBAR 3–1 Sistein (kiri) & selenosistein (kanan). PK3, untuk COOH
proton selenil dari selenosistein adalah 5,2. Karena ini adalah 3 unit
pH lebih rendah dari sistein, selenosistein merupakan baik pada
sebuah nukleofil atau di bawah pH 7,4. HOOC
H2N COOH
GAMBAR 3–3 Asam f-karboksiglutamik.

sekarang telah memiliki cukup dikonfirmasi. Tidak seperti Tumbuhan Tertentu Asam Amino-l-` BISA
asam amino terestrial, meteorit ini mengandung campuran
rasemat dari isomers-D dan isomers-L asam amino 3- ke 5-
Berdampat Terhadap Kesehatan Manusia
karbon, serta banyak asam amino tambahan yang kurang Konsumsi dari asam amino nonprotein tertentu hadir dalam
pasangan terestrial dari asal biotik. Selain itu, nukleobasa, tanaman dapat berdampak buruk terhadap kesehatan
fosfat diaktifkan dan molekul terkait untuk gula juga telah manusia. Benih dan produk biji dari tiga spesies pada
memiliki terdeteksi di meteorit. Temuan ini menawarkan Lathyrus legum telah terlibat dalam genesis neurolatirismo,
wawasan potensial menjadi kimia prebiotik dari Bumi, dan sebuah gangguan neurologis yang mendalam ditandai
berdampak pada pencarian kehidupan ekstraterestrial. dengan progresif dan ireversibel kelumpuhan spastik pada
Beberapa berspekulasi bahwa, dengan memberikan molekul kaki. Latirismo terjadi secara luas selama kelaparan, ketika
organik ekstraterestrial dihasilkan ke bumi awal, meteorit benih Lathyrus merupakan kontribusi besar untuk diet.
mungkin telah berkontribusi terhadap asal dari kehidupan di Asam amino-L-α yang telah terlibat dalam gangguan
planet kita. neurologis manusia, terutama neurolatirismo (Tabel 3-4)
termasuk L-homoarginine dan β-N-oksalil-L-α, asam β-
Asam Amino -L-` Melayani peran diaminopropionik (β-ODAP). Benih dari "kacang manis,"
Tambahan Metabolik sebuah legum Lathyrus yang banyak dikonsumsi selama
kelaparan, mengandung osteolatirogen g-glutamil-β-amino-
Asam amino-α-L memenuhi peran penting metabolik dalam propionitril (BAPN), sebuah turunan glutamin dari β-
tambahan untuk melayani sebagai "blok bangunan" dari aminopropionitril (struktur tidak ditampilkan). Benih-benih
protein. Seperti yang dibahas dalam bab-bab selanjutnya, spesies Lathyrus tertentu juga mengandung α, asam g-
hormon tiroid terbentuk dari tirosin, glutamat berfungsi diaminobutyric, analog dari ornitin, yang menghambat
sebagai neurotransmiter serta prekursor dari asam g- siklus urea hati enzim trans karbamilase ornitin. Gangguan
aminobutirat (GABA); ornitin dan sitrulin yang intermediet yang dihasilkan dari siklus urea menyebabkan keracunan
dalam biosintesis urea; dan homosistein, homoserine, dan amonia. Akhirnya, L-β-metilaminoalanin, menyajikan
glutamat-g-semialdehid berpartisipasi dalam metabolisme sebuah asam amino neurotoksik dalam biji Cycad, telah
perantara dari asam amino protein (Tabel 3-3). Asam
protein amino fenilalanin dan tirosin berfungsi sebagai
TABEL 3–4 Asam Amino-l-` Berpotensi Beracun
prekursor dari epinefrin, norepinefrin, dan DOPA
(dihidroksi fenilalanin). Asam Amino l-`- Nonprotein Relevansi medis
TABEL 3–3 Contoh dari Asam Amino-l-` nonprotein NH NH2 Dibelah oleh arginase
untuk L-lisin dan urea.
Asam Amino Fungsi OH
H2N N Terlibat dalam
H neurolatirismo manusia.
Intermediet dalam sintesis urea O
NH2 Homoarginin
(Gambar 28-13).
H2N OH
O NH2 Sebuah neurotokin.
H
O N Terlibat dalam
OH
Ornitin HO neurolatirismo
manusia.
O O
O O Intermediet dalam sintesis a-N-Oksalil
urea (Gambar 28-13). Asam diaminopropionik (a-ODAP)
H2N N OH
H O NH2 Sebuah osteolatirogen.
NH2
Sitrulin OH
H2N
Intermediet dalam biosintesis NH O
NH2
sistein (Gambar 27-9). N
OH H3C C
HS
a-N-Glutamilamin-propiononitril
O (BAPN)
Homosistein
NH2 NH2 Menghambat trans
NH2 Produk dari biosintesis karbamilase ornitin,
sistein (Gambar 27-9). OH
OH mengakibatkan
HO keracunan amonia.
O
O Asam 2.4-diaminobutyric
Homoserin
CH3 faktor risiko yang
NH2 Serin katabolit (Gambar 29-3). HN mungkin untuk
NH penyakit
H OH OH
neurodegeneratif.
O O O
Glutamat-f-semialdehid Metilaminoalanin-a

terlibat sebagai faktor risiko untuk penyakit neuro- Molekul yang mengandung jumlah yang sama gugus
degeneratif termasuk amiotropik lateral sklerosis-Parkinson terionisasi dengan muatan berlawanan dan dengan demikian
demensia kompleks dalam pribumi dari Guam yang muatan bersihnya nol. Spesies netral ini terionisasi disebut
mengkonsumsi kelelawar buah baik yang memakan buah Zwitterions Oleh karena itu asam amino dalam darah dan
cycad, atau tepung yang terbuat dari biji cycad. sebagian besar jaringan digambarkan seperti A, di bawah ini.
Asam Amino-d NH3+ NH2
Asam amino-D yang terjadi secara alami termasuk bebas
–
O OH
serin-D dan aspartat-D dalam jaringan otak, alanin-D dan
R R
glutamat-D dalam dinding sel dari bakteri gram positif, dan O O
amino-D asam dalam peptida tertentu dan antibiotik yang A B
dihasilkan oleh bakteri, jamur, reptil, dan spesies
Struktur B tidak bisa berada dalam larutan encer karena pada
nonmammalian lainnya. Bacillus subtilis mengeluarkan
pH yang cukup rendah untuk protonasi gugus karboksil,
metionin-D, tirosin-D, leusin-D, dan triptofan-D untuk
gugus amino juga akan terprotonasi. Hal serupa, pada pH
memicu pembongkaran biofilm, dan Vibrio cholerae
yang cukup tinggi untuk gugus amino tidak bemuatan untuk
menggabungkan leusin-D dan metionin-D menjadi komponen
peptida dari lapisan peptidoglikan. menonjol, gugus karboksil akan berada sebagai RĆOO–.
Namun, bentuk takbemuatan B sering digunakan untuk
reaksi yang tidak melibatkan ekuilibria protonik.
SIFAT DARI GUGUS FUNGSIONAL Nilai pKa Menyatakan
PADA ASAM AMINO Kekuatan Asam Lemah
Kekuatan asam lemah dinyatakan dengan pKa nya. Untuk
Asam Amino Dapat Bermuatan molekul dengan proton disosiasi multipel, pKa untuk
Positif, Negatif, atau Nol masing-masing gugus asam dinyatakan dengan mengganti
Dalam larutan air, bentuk bermuatan dan tak bermuatan huruf "a" di bawah dengan angka. Muatan bersih pada suatu
pada gugus asam lemah yang dapat terionisasi ĆOOH dan asam amino—jumlah aljabar semua gugus bermuatan positif
ŃH3+ yang terdapat dalam larutan dalam ekuilibrium dan negatif yang ada—tergantung pada nilai pKa gugus
protonik: fungsionalnya dan pada pH medium sekelilingnya. Di
laboratorium, mengubah muatan pada asam amino dan
R  COOH  R  COO− + H+ derivatnya dengan mengubah pH menyebabkan pemisahan
R  NH+3  R  NH2 + H+ fisik asam amino, peptida, dan protein (lihat Bab 4).
Walaupun RĆOOH dan RŃH3+ merupakan asam lemah,

RĆOOH jauh lebih kuat daripada RŃH3+. Jadi pada pH Pada pH Isoelektrik (pI), Asam Amino
fisiologis (pH 7,4), gugus karboksil hampir seluruhnya berada Tidak Membawa Muatan Bersih
sebagai RĆOO– dan gugus amino yang utama RŃH3+. Zwitterion adalah satu contoh senyawa isoelektrik bentuk
Gugus imidazol dari histidin dan gugus guanidino dari arginin molekul yang memiliki jumlah sama muatan positif dan
ada sebagai hibrida resonansi dengan muatan positif negatif dan dengan demikian netral secara listrik. pH
didistribusikan antara dua nitrogen (histidin) atau tiga isoelektrik, yang disebut juga pl, adalah pH pertengahan
nitrogen (arginin) (Gambar 3-4). Gambar 3-5 dan 3-6 antara nilai pKa untuk ionisasi pada setiap sisi senyawa
menggambarkan efek bahwa pH dari lingkungan encer isoelektrik. Untuk suatu asam amino seperti alanin yang
memiliki pada keadaan terisi dari asam aspartat dan lisin, hanya memiliki dua gugus disosiasi, tidak ada kedwiartian.
masing-masing. pKa pertama (RĆOOH) adalah 2,35 dan pKa kedua (R
R R ŃH3+) adalah 9,69. pH isoelektrik (pI) alanin dengan
demikian adalah
N H N H
pK1 + pK 2 2,35 + 9,69
N N pI = = = 6,02
2 2
H H
Untuk asam poliprotik, pI juga pH pertengahan antara nilai

R R R pKa pada kedua sisi senyawa isoionik. Misalnya, pI untuk
NH NH NH asam aspartat adalah
C NH2 C NH2 C NH2 pK1 + pK 2 2,09 + 3,96
pI = = = 3,02
NH2 NH2 NH2 2 2
GAMBAR 3–4 Hibrida resonansi pada bentuk terprotonasi Untuk lisin, pI dihitung dari
gugus R pada histidin (ATAS) dan arginin (BAWAH). pK 2 + pK 3
pI =
2

hapter Asam Amino & Peptida 21
O H+ O H+ O H+ O
OH OH O– O–
pK1 = 2,09 pK2 = 3,86 pK3 = 9,82

NH3+ (α-COOH) NH3+ (β-COOH) NH3+ (— NH3+) NH2
– – –
HO O O O
O O O O
A B C D
Pada asam kuat Sekitar pH 3; Sekitar pH 6-8; Pada basa kuat
(pH <1); muatan muatan bersih = 0 muatan bersih = -1 (pH >11);
bersih = +1 muatan bersih = -2
GAMBAR 3–5 Ekuilibria protonik pada asam aspartat.
Pertimbangan yang sama diterapkan untuk semua asam TABEL 3–5 Rentang Nilai pKa yang Khas untuk Gugus
poliprotik (misal protein) tanpa memandang jumlah gugus lonisasi dalam Protein
disosiasi yang ada. Dalam laboratorium klinik, Gugus Disosiasi Rentang pKa
pengetahuan pI menuntun pemilihan keadaan untuk
pemisahan elektroforetik. Sebagai contoh, dua asam amino α-karboksil 3,5–4,0
sederhana (dengan satu COOH dan satu gugus NH3+) dapat Non-α COOH Asp atau Glu 4,0–4,8
dipisahkan dengan elektroforesis baik pada pH asam atau
Imidazol pada His 6,5–7,4
basa yang mengeksploitasi perbedaan yang halus dalam
muatan bersih berdasarkan perbedaan halus dalam nilai SH pada Cys 8,5–9,0
pK1 atau pK2. Pertimbangan serupa diterapkan untuk OH pada tyr 9,5–10,5
mengerti pemisahan kromatografik pada perlengkapan
α-Amino 8,0–9,0
ionik seperti dietilaminoetil (DEAE) selulosa (lihat Bab 4).
ε-Amino of Lys 9,8–10,4
Nilai Pka Beragam Sesuai Lingkungan Guanidinium Arg ~12,0
Lingkungan suatu gugus disosiasi mempengaruhi pKa nya
(Tabel 3–5). Lingkungan nonpolar, yang memiliki
kapasitas kurang dari air untuk menstabilkan spesies Kelarutan Asam Amino
bermuatan, dengan demikian meningkatkan pKa gugus Mencerminkan Sifat loniknya
karboksil menjadi asam yang lebih lemah tetapi menurunkan Muatan yang diberikan oleh gugus fungsional disosiasi
pKa gugus amino menjadi asam yang lebih kuat. Adanya pada asam amino memastikan bahwa mereka mudah
gugus bermuatan yang berdekatan dapat menguatkan atau dilarutkan o1eh— dan maka larut dalam—pelarut polar
dari pada sebuah gugus bermuatan sama dapat men- seperti air dan etanol tetapi tidak larut dalam pelarut
destabilisasi, muatan yang berkembang. Oleh karena itu, nonpolar seperti benzena, heksana, atau eter.
Nilai pKa gugus R pada asam amino bebas dalam larutan Asam amino tidak menyerap cahaya yang terlihat dan
encer (Tabel 3-1) hanya memberikan panduan perkiraan dengan demikian tidak berwarna. Namun, tirosin,
nilai pKa asam amino yang sama saat berada dalam protein. fenilalanin, dan terutama triptofan menyerap sinar
pKa dari rantai samping asam amino sehingga akan ultraviolet panjang gelombang tinggi (250-290 nm). Karena
tergantung pada letaknya dalam protein tertentu. Nilai pKa menyerap sinar ultraviolet kira-kira sepuluh kali lebih
yang berbeda dari yang terdapat dalam daftar sebesar 3 efisien dibanding fenilalanin atau tirosin, triptofan
satuan pH sering berada di tempat aktif enzim. Sebagai
contoh ekstrem, asam aspartat yang terbenam pada
tioredoksin, memiliki pKa di atas 9—pergeseran lebih dari 6
satuan pH. + +
NH3 NH3 NH3+ NH2
H+ H+ H+
pK1 = 2.2 pK2 = 9.2 pK3 = 10.8

(α-NH3+)
+
(COOH) ( -NH3 )
'
NH3+ NH3+ NH2 NH2
– – –
HO O O O
O O O O
A B C D
Dalam asam kuat Sekitar pH 4 Sekitar pH 6-8 Dalam basis kuat
(pH < 1) muatan bersih = +1 muatan bersih = 0 (pH >12) muatan
muatan bersih = +2 bersih = -1
GAMBAR 3–6 Kesetimbangan protoni dari lisin.

Densitas optik dari larutan 1,0-mM (1,0-cm path)

6 Urutan Asam Amino Menentukan Struktur
5
Primer
Asam amino merupakan dihubungkan oleh ikatan peptida.
Triptofan
4 +
H3N O
H
N O–
3 N
H
O O
SH
2
Tirosin Alanil SIstelnil Valln
1
Jumlah dan urutan semua residu asam amino dalam suatu
Fenilalanin polipeptida membangun struktur primemya. Asam amino
0
240 260 280 yang berada dalam peptida disebut residu aminoasil dan
Panjang gelombang (nm) dinamakan dengan menggantikan akhiran -at atau -in dari
asam amino bebas dengan -il (misal alanil, aspartil, tirosil) .
GAMBAR 3–7 Penyerapan spektrum ultraviolet dari triptofan, Peptida kemudian disebut sebagai derivatif dari residu amino
tirosin, dan fenilalanin.
ujung karboksi. Misalnya, Lys-Leu-Tyr-Gln disebut lisil-
leusil-tirosil-gluta-min. Akhiran -in pada residu ujung
berperan penting pada kemampuan sebagian besar protein karboksi (misalnya, glutamin) menunjukkan bahwa gugus α-
menyerap cahaya dalam daerah 280 nm (Gambar 3–7). karboksilnya tidak terlibat dalam pembentukan ikatan
peptida. Singkatan tiga huruf yang dirangkai dengan garis
lurus menyatakan struktur primer yang sudah jelas. Garis
dihilangkan untuk singkatan satu huruf
GUGUS `-R MENENTUKAN Glu-Ala-Lys-Gly-Tyr-Ala
SIFAT ASAM AMINO E A K G Y A
Setiap gugus fungsional dari asam amino menunjukkan Awalan seperti tri- atau okta- menunjukkan peptida
semua pada reaksi kimia yang khas. Untuk gugus asam dengan tiga atau delapan residu, berturut-turut.
karboksilat, reaksi ini meliputi pembentukan dari ester, Menurut aturan, peptida ditulis dengan residu yang
amida, dan anhidrida asam; untuk kelompok amino, membawa gugus α-amino bebas di sebelah kiri. Konvensi ini
asilasi, amidasi, serta esterifikasi; dan untuk gugus ÓH diadopsi jauh sebelum ditemukan bahwa peptida disintesis
and ´SH, oksidasi dan esterifikasi. Karena glisin, asam secara in vivo mulai dari residu amino- ujung.
amino terkecil, dapat dimuat dalam tempat yang tak dapat
ditempati asam amino lain, hal ini sering terjadi di tempat
Struktur Peptida Mudah Digambarkan
peptida menekuk tajam. Gugus R hidrofobik pada alanin, Untuk menggambar sebuah peptida, gunakan zigzag untuk
valin, leusin, dan isoleusin serta gugus R aromatik pada menyatakan rantai utama atau rangka utama. Tambahkan
fenilalanin, tirosin, dan triptofan biasanya hanya terjadi di atom rantai utama, yang berurutan: α-nitrorgen, α-karbon, dan
bagian dalam protein sitosol. Gugus R bermuatan pada asam karbonil karbon. Sekarang tambahkan satu atom hidrogen
amino basa dan asam menstabilkan konformasi protein pada setiap α-karbon dan pada setiap peptida nitrogen, serta
khusus melalui interaksi ion atau jembatan garam. Interaksi satu atom oksigen pada karbonil karbon. Akhirnya,
ini juga berfungsi dalam sistem "penyambung muatan" tambahkan gugus R yang tepat (diarsir) pada setiap atom α-
selama katalisis enzimatik dan pengangkutan elektron dalam karbon.
mitokondria pernapasan. Histidin berperan unik dalam N C Cα N C
katalisis enzimatik. pKa proton imidazolnya memungkinkan Cα N C Cα
histidin berfungsi pada pH netral sebagai katalis asam atau

O HC H
basa tanpa perlu pergeseran yang diinduksi Iingkungan. 3
H
Gugus alkohol primer pada serin dan gugus tioalkohol
+H N
3 C C N COO–
C N C C
primer (-SH) pada sistein adalah nukleofil yang sangat baik, H H H CH2
dan dapat melakukan fungsi tersebut selama katalisis CH2 O
– OH
enzimatik. PK3 dari selenosistein, 5,2, merupakan 3 unit OOC
lebih rendah dari sistein, sehingga harus, pada prinsipnya,
menjadi nukleofil yang lebih baik. Namun, gugus alkohol Beberapa Peptida Mengandung
sekunder pada treonin, meskipun merupakan nukleofil yang
baik, tidak memiliki peran yang analog dalam katalisis.
Asam Amino yang Tidak Lazim
Gugus -OH pada serin, tirosin, dan treonin sering berfungsi Pada mamalia, hormon peptida biasanya hanya me-
sebagai titik dari kovalen lampiran untuk gugus fosforil yang ngandung 20 asam amino-α yang dikode secara genetik yang
mengatur fungsi protein (lihat Bab 9). dirangkai oleh ikatan peptida standar. Namun peptida Iain,
mengandung asam amino nonprotein, deriyat asam amino

SH
O R′ H H O
O CH2 H
0.123 nm
C CH N
121° 122° 0.
13
CH2 N C CH2 C C N C 2
nm
120°
0.
117° 14 nm
CH2 H O COO– N 110°
C
7
nm C .1
53 N
120° 120° 0
0.1 nm
+
H C NH3
COO– H O H R′′ H
GAMBAR 3–8 Glutation (f -glutamil-sisteinil-glisin).
0.36 nm
Perhatikan ikatan non-α peptida yang mengikat Glu dengan Cys.
GAMBAR 3–9 Dimensi rantai polipeptida yang terbuka penuh.
Empat atom pada ikatan peptida adalah koplanar. Rotasi bebas dapat
protein, atau asam amino yang dirangkai oleh ikatan peptida terjadi di sekitar ikatan yang menghubungkan karbon dengan α-
tidak khas. Misalnya, gIutamat ujung amino pada glutation, nitrogen dan dengan karbon α-karbonil (panah coklat). Rantai
polipeptida yang diperluas dengan demikian adalah struktur semirigid
suatu tripeptida yang berperan dalam pelipatan protein dan dengan dua pertiga atom rangka utama tertahan dalam hubungan
dalam metabolisme xenobiotik (lihat Bab 47) terangkai planar menetap satu dengan lainnya. Jarak antara atom α-karbon
dengan sistein dengan ikatan peptida non-α (Gambar 3–8). yang berdekatan adalah 0,36 nm (3,6 A). Jarak antara atom dan sudut
Glutamat amino ujung pada hormon pelepas tirotropin ikatan, yang tidak sama, juga diperlihatkan. (Digambar ulang dan
diperbanyak, dengan izin, dari Pauling L, Corey LP, Branson HR: The
(TRH) diputar menjadi asam piroglutamik, dan gugus structure of proteins: Two Hydrogen-bonded helical configurations of
karboksil residu prolil ujung karboksil mengalami amidasi. the polypeptide chain. Proc Natl Acad Sci USA 1951;37:205.)
Asam amino nonprotein d-fenilalanin dan ornitin berada
dalam antibiotik peptida siklik tirosidin dan gramisidin S,
sedangkan opioid heptapeptida dermorfin dan deltoforin
Konformasi yang sering adalah lembar heliks-α dan lipatan-
dalam kulit katak pohon Amerika Selatan mengandung d-
β (lihat Bab 5).
tirosin dan d-alanin.
Ikatan Peptida Memiliki Sifat Peptida Adalah Polielektrolit

Ikatan-Ganda Sebagian Ikatan peptida tidaklah bemuatan pada pH fisiologis.
Meskipun peptida dituliskan seolah-olah satu ikatan tunggal Pembentukan peptida dari asam amino disertai dengan
terangkai dengan atom α-nitrogen dan α-karboksil, kehilangan bersih satu muatan positif dan satu negatif
sesungguhnya ikatan ini memperlihatkan sifat ikatan ganda per ikatan peptida yang terbentuk. Meskipun demikian
sebagian: peptida menjadi bermuatan pada pH fisiologis karena
O O– gugus amino dan karboksil ujungnya dan, bila ada, gugus
R asam atau basanya. Seperti asam amino, muatan bersih
C C +
N N pada sebuah peptida tergantung pada pH lingkungann dan
pada nilai pKa gugus disosiasinya.
H H
Dengan demikian tidak ada kebebasan rotasi pada ikatan

yang menghubungkan karbon karbonil ke sebuah α-nitrogen
tidak dapat memutar, karena hal ini akan memerlukan ANALISIS KANDUNGAN ASAM
pemecahan ikatan ganda parsial. Akibatnya, atom O, C, N,
dan H suatu ikatan peptida bersifat koplanar. Semirigiditas AMINO PADA BAHAN BIOLOGI
ikatan peptida ini memiliki akibat penting yang bertujuan
Seperti yang dibahas dalam Bab 4, kandungan asam amino dari
agar peptida dan protein melipat menghasilkan susunan
protein umumnya diekstrapolasi dari urutan DNA dari gen
struktur yang lebih tinggi. Panah coklat melingkar
encoding, atau langsung dianalisis oleh spektrometri massa.
menunjukkan rotasi bebas tentang sisa ikatan rangka utama
Bahan berikut, sementara terutama dari kepentingan sejarah,
polipeptida (Gambar 3–9).
masih bisa menemukan aplikasi, misalnya, dalam mendeteksi
dari jumlah abnormal pada asam amino kemih ketika peralatan
Gaya Nonkovalen Mendesak modern yang kurang. Asam amino bebas yang dirilis oleh
Konformasi Peptida pembelahan dari ikatan peptida dalam asam klorida panas dapat
Pelipatan suatu peptida mungkin terjadi secara kebetulan dipisahkan dan diidentifikasi oleh kromatografi cair tekanan
pada biosintesisnya (lihat Bab 37). Konformasi yang aktif tinggi (HPLC) atau oleh kromatografi kertas (TlC) asam amino
secara fisiologi mencerminkan peran kolektif rangkai asam yang ada dipecahkan oleh fase berpindah yang mengandung
amino, penghindaran sterik, dan interaksi nonkovalen (misal campuran komponen polar dan nonpolar (misal n-butanol,
ikatan hidrogen, interaksi hidrofobik) antara residu-residu. asam format, dan air). Maka asam amino terbagi di antara fase
diam yang

polar dan fase berpindah yang kurang polar. Asam amino ■ Semua asam amino memiliki setidaknya dua gugus
nonpolar (misal Leu, Ile) bermigrasi paling jauh sementara asam fungsional asam lemah, RŃH3+ dan RĆOOH. Banyak
amino polar (misal Glu, Lys) berjalan paling dekat dari asalnya. yang memiliki juga gugus fungsional asam lemah seperti
Setelah pelarut dihilangkan dengan pengeringan udara, asam ÓH, ´SH, guanidino, atau komponen imidazol.
amino dilihat menggunakan ninhidrin, yang membentuk ■ Nilai pKa semua gugus fungsional asam amino menentukan
produk ungu dengan asam amino- α, tetapi kuning dengan muatan bersihnya pada pH bertentu. pI adalah pH saat suatu
prolin dan hidroksiprolin. asam amino tidak membawa muatan bersih dan dengan
demikian tidak berpindah dalam bidang listrik arus searah.
■ Nilai PKa asam amino bebas dengan terbaik nilai pKa hanya
RINGKASAN perkiraan dalam sebuah protein, yang dapat berbeda secara
luas karena pengaruh dari lingkungan dalam sebuah protein.
■ Kedua asam amino-D dan asam amino-non-α terjadi di alam,
tetapi protein disintesis hanya menggunakan asam amino-L-α
Melakukan asam amino-D, namun, melayani peran
metabolisme, tidak hanya pada bakteri, tetapi juga pada
REFERENSI
manusia. Bell EA: Nonprotein amino acids of plants. Signifi ance in medici
■ Asam amino-L-α melayani fungsi metabolisme yang vital di ne, nutrition, and agriculture. J Agric Food Chem
penambahan ke sintesis protein. Contohnya termasuk biosintesis 2003;51:2854.
dari urea, heme, asam nukleat, dan hormon seperti epinefrin dan Bender, DA: Amino Acid Metabolism, 3rd ed. Wiley, 2012.
DOPA. Burton AS, Stern JC, Elsila JE, et al: Understanding prebiotic che-
■ Kehadiran di meteorit dari jumlah jejak dari banyak pada asam mistry through the analysis of extraterrestrial amino acids and
amino protein memberikan kepercayaan untuk hipotesis bahwa nucleobases in meteorites. Chem Soc Rev 2012;41:5459.
serangan asteroid mungkin telah berkontribusi terhadap ke Kolodkin-Gal I: d-Amino acids trigger biofilm disassembly. Scien-
pengembangan kehidupan di bumi. ce 2010;328:627.
Kreil G: d-Amino acids in animal peptides. Annu Rev Biochem
■ Tertentu dari asam amino-L-α hadir dalam tanaman dan bibit
1997;66:337.
tanaman dapat memiliki efek merusak pada kesehatan manusia,
deMunck E, Muñoz-Sáez E, Miguel BG, et al: β-N-Methylamino-
misalnya dalam latirismo.
l -alanine causes neurological and pathological phenotypes
■ Gugus R asam amino menentukan fungsi biokimianya yang
mimicking Amyotrophic l ateral Sclerosis (Al S): The fi st step
unik. Asam amino digolongkan sebagai basa, asam, aromatik,
towards an experimental model for sporadic Al S. Environ
alifatik, atau mengandung sulfur berdasarkan sifat gugus Rnya.
Toxicol Pharmacol 2013;36:243.
■ Sifat ikatan-ganda sebagian pada ikatan yang merangkai Nokihara K, Gerhardt J: Development of an improved automated
karbon karbonil dan nitrogen suatu peptida membuat empat gas-chromatographic chiral analysis system: application to
atom ikatan peptida koplanar dan membatasi jumlah nonnatural amino acids and natural protein hydrolysates.
konformasi peptida yang mungkin. Chirality 2001;13:431.
■ Peptida dinamakan menurut jumlah residu asam amino yang Papp l V: From selenium to selenoproteins: Synthesis, identity, and
ada, dan sebagai derivat residu ujung karboksil. Struktur their role in human health. Antioxidants Redox Signal.
primer suatu peptida adalah rangkaian asam aminonya, yang 2007;9:775.
dimulai dari residu amino-ujung, sebuah arah di mana peptida Wilson NA et al: Aspartic acid 26 in reduced Escherichia coli thir-
sebenarnya disintesis in vivo. edoxin has a pKa greater than 9. Biochemistry 1995;34:8931.

4
B A B
Protein: Penentuan
Struktur Primer
TUJUAN ■ Menggambarkan metode kromatografik multipe yang sering digunakan

untuk isolasi protein dari bahan biologi.
■ Menjelaskan bagaimana elektroforesis dalam gel poliakrilamida dapat
Setelah mempelajari bab ini, digunakan untuk menentukan kemurnian sebuah protein, massa relatif, dan titik
Anda diharapkan dapat isoelektrik.
■ Menjelaskan dasar pada spektrometer dan massa waktu perjalanan
spektrofotometer menentukan massa molekul.
■ Memberikan tiga alasan mengapa spektrometri massa (MS) telah
sangatmenggantikan metode kimia untuk menentukan struktur primer protein
serta deteksi perubahan pascatranslasi.
■ Menjelaskan mengapa MS dapat medeteksi perubahan pascatranslasi yang
tidak terdeteksi dengan pengaturan Edman atau pengurutan DNA.
■ Menggambarkan bagaimana kloning DNA dan biologi molekular membuat
penentuan struktur primer protein lebih cepat dan efisien.
■ Menjelaskan apa arti "proteom" dan contoh tempat yang bermakna.
■ Menjelaskan keunggulan dan keterbatasan dari chip gen sebagai alat untuk
ekspresi pemantauan protein.
■ Menjelaskan tiga strategi untuk mengatasi protein individu dan peptida dari
sampel biologis kompleks untuk memfasilitasi identifikasi oleh MS.
■ Memberi pendapat pada peran genomik, algoritma komputer, dan database
pada identifikasi kerangka pembacaan terbuka (ORF = open reading frames) yang
mengkode protein tertentu.
KEPENTINGAN BIOMEDIK Protein adalah pokok pada perubahan fisik dan fungsional
yang mencerminkan daur kehidupan organisme tempat
Protein adalah makromolekul yang kompleks secara fisik
mereka berada. Suatu protein khas "dilahirkan" pada translasi
dan fungsional yang melakukan peran sangat penting
(Bab 37), matang melalui proses pascatranslasi seperti
yang banyak. Misalnya, suatu jaringan protein internal,
proteolisis selektif (Bab 9 dan 37), bergantian di antara
sitoskeleton (Bab 51) mempertahankan bentuk sel dan
keadaan bekerja dan istirahat melalui intervensi faktor
integritas fisik. Filamen aktin dan miosin pada mesin
pengatur (Bab 9), menua melalui oksidasi, deamidasi, dll
kontraktil otot (Bab 51). Hemoglobin mengangkut
(Bab 58), dan "mati" saat dihancurkan menjadi komponen
oksigen (Bab 6), sedangkan antibodi dalam sirkulasi
asam aminonya (Bab 29). Tujuan penting kedokteran
melawan penyerang asing (Bab 52). Reaksi katalis enzim
molekular adalah mengenali biomarker seperti protein dan/
yang membangkitkan energi, mensintesis dan meng-
atau perubahan menjadi protein yang ada dan tidaknya atau
hancurkan biomolekul, memperbanyak dan mentranskrip
kekurangannya terkait dengan keadaan fisiologi khusus atau
gen, mengolah mRNA, dll (Bab 7). Reseptor memampu-
penyakit (Gambar 4-1).
kan sel merasakan dan merespons terhadap hormon dan
isyarat lingkungan lainnya (Bab 41 dan 42).
25

3' AAAAA 2 Pelipatan 3 Pengolahan

5' SH S
mRNA SH S
Val Val
Gln Gln
Phe Ribosom Phe + −
2H 2e
Asp Asp
Met Met Met-Asp-Phe-Gln-Val
1 Sintesis
4 Modifikasi kovalen
(mis. asilasi asam lemak)
Trp Phe
Gly His
Lys Glu S
Pro Ala
Asn S
lle Thr Cys
8 "Menua" (mis. Produk Substrat
oksidasi,
Ub deamidasi,
10 Degradasi denaturasi) 7 Katalisis 5 Translokasi
Ub
Ub
Ub 6 Aktivitas
S 9 Ubiquitinasi S S
S S
S S S
Membran
GAMBAR 4–1 Penyajian diagramatik daur hidup suatu protein hipotetik. (1) Daur hidup dimulai dengan
sintesis pada ribosom suatu rantai polipeptida, yang struktur primernya ditentukan oleh mRNA. (2) Berlangsung
sintesis, polipeptida mulai melipat menjadi konformasi aslinya (biru). (3) Pelipatan dapat disertai dengan
pengolahan seperti pembelahan proteolitik suatu urutan pemimpin N terminal (Met-Asp-Phe-Gln-Val) atau
pembentukan ikatan disulfida (S-S). (4) Perubahan kovalen selanjutnya dapat, misalnya, menempelkan molekul
asam lemak (kuning) untuk (5) translokasi protein yang telah berubah ke suatu membran. (6) Pengikatan
efektor alosterik (merah) dapat memicu adopsi suatu konformasi yang aktif secara katalitik. (7) Seiring waktu,
protein dihancurkan oleh serangan kimia, deamidasi, atau denaturasi, dan (8) dapat "ditandai" oleh
penempelan kovalen beberapa molekul ubiquitin (Ub). (9) Protein yang terubiquitinasi selanjutnya dihancurkan
menjadi komponennya yaitu asam amino,yang tersedia untuk sintesis protein baru.
PROTEIN DAN PEPTIDA HARUS manapis melalui kolom. Manik fase diam dapat dijiplak
secara kimiawi untuk melapisi permukaannya dengan gugus
DIMURNIKAN SEBELUM ANALISIS asam, basa, hidrofobik, atau mirip-ligan yang diperlukan
Protein yang sangat mumi amatlah penting untuk pe- untuk kromatografi pertukaran ion, interaksi hidrofobik,
meriksaan rinci sifat fisik dan fungsionalnya. Sel me- atau afinitas. Saat cairan fase berpindah timbul dari kolom,
ngandung ribuan protein yang berbeda, masing-masing cairan ini secara otomatis dikumpulkan dalam serangkaian
dalam jumlah yang sangat beragam. Isolasi protein khusus bagian kecil yang disebut fraksi. (Gambar 4-2) melukiskan
dalam jumlah yang cukup untuk analisis sifatnya dengan penyusunan dasar sistem kromatografi tanda-atas sederhana.
demikian memberikan tantangan berat yang mungkin
memerlukan penerapan teknik pemurnian multipel yang HPLC—Kromatografi-Cair
berturutan. Presipitasi selektif memanfaatkan perbedaan Akselerasi Tinggi
kelarutan relatif setiap protein sebagai fungsi pH (presipitasi
Matriks kromatografi kolom generasi pertama terdiri dari
isoelektrik), polaritas (presipitasi dengan etanol atau
polimer oligosakarida panjang, saling menjalin yang
aseton), atau konsentrasi garam (mengeluarkan garam
dibentuk menjadi manik bulat kasar yang garis tengahnya
dengan amonium sulfat). Teknik kromatografik memisah-
sepuluh milimeter. Sayangnya, ukurannya yang relatif
kan satu protein dengan lainnya berdasarkan perbedaan
besar mengacaukan aliran fase berpindah dan membatasi
ukurannya (kromatografi pengeluaran ukuran), muatan
daerah permukaan yang ada. Bila ukuran partikel
(kromatografi pertukaran ion), hidrofobisitas (kromatografi
dikecilkan, berpotensi sangat meningkatkan resolusi.
interaksi hidrofobik), atau kemampuan mengikat ligan
Namun, resistansi yang tercipta dengan matriks yang
khusus (kromatografi afinitas).
dikemas lebih padat memerlukan penggunaan tekanan
sangat tinggi yang akan menghancurkan manik
polisakarida yang lunak dan berrongga serta bahan se-
Kromatografi Kolom rupa, misal akrilamid. Secara bertahap, dikembangkan
Pada kromatografi kolom, matriks fase diam terdiri dari metode untuk membuat partikel silikon dengan ukuran
manik-manik kecil yang dimuat ke dalam wadah tabung yang dan bentuk yang diperlukan, untuk menjiplak permu-
terbuat dari kaca, plastik, atau baja yang disebut kolom. kaannya dengan berbagai gugus fungsional, dan
Lembar permeabel-cairan mengurung manik-manik dalam mengemasnya ke dalam kolom baja stainless yang
rongga ini sementara cairan fase berpindah mengalir atau mampu menahan tekanan beberapa ribu psi.

BAB 4 Protein:Penentuan Struktur Primer 27
1 M 2
C
R1 R2
GAMBAR 4–2 Komponen aparatus kromatografi liquid yang khas. R1 dan R2: Reservoir
cairan fase berpindah. P: sistem pompa terprogram yang berisi dua pompa, 1 dan 2, dan
ruang pencampur, M. Sistem ini dapat dibuat menjadi cairan pompa hanya dari satu
reservoir, untuk menukar reservoir pada satu titik yang telah ditentukan untuk
membangkitkan gradien langkah atau untuk mencampur cairan dari dua reservoir dalam
perbandingan yang beragam seiring waktu untuk menciptakan gradien kontinu. C: Kolom
kaca, logam, atau plastik yang berisi fase diam. F: Pengumpul fraksi untuk bagian yang
mengumpulkan, disebut fraksi, pada cairan elusi dalam tabung uji yang terpisah.
Karena kekuatan memecahkan yang lebih besar, sistem melekat kuat pada manik-manik dengan gugus fungsional
kromatografi cair akselerasi tinggi telah menggantikan bermuatan negatif seperti karboksilat atau sulfat (penukar
kolom kaca yang pernah popular dalam laboratorium kation). Hal serupa, protein dengan muatan negatif bersih
pemurnian protein. melekat pada manik-manik dengan gugus fungsional
bermuatan positif, biasanya amina tersier, atau quartener
Kromatografi Eksklusi (penukar anion). Protein nonadheren mengalir melalui
Kromatografi eksklusi—atau filtrasi gel—memisahkan protein matriks dan dibuang. Protein yang terikat kemudian
berdasarkan radius Stokesnya; radius bola yang mereka digantikan secara selektif dengan cara perlahanlahan
tempati saat terguling dalam larutan. Radius Stokes adalah meningkatkan kekuatan ion fase berpindah, jadi melemah-
fungsi massa dan bentuk molekul. Ketika cepat berjatuhan, kan interaksi muatan-muatan. Protein berelusi dengan
protein panjang yang terguling menempati volume lebih besar urutan terbalik dari kekuatan interaksinya dengan fase diam.
dibanding protein bulat dengan massa yang sama.
Kromatografi eksklusi menggunakan manik-manik berpori
(Gambar 4-3). Pori ini analog dengan lekukan di tepi sungai. Kromatografi Interaksi Hidrofobik
Saat benda bergerak mengalir ke bawah, benda yang masuk ke Kromatografi interaksi hidrofobik memisahkan protein
lekukan diperlambat sampai mengalir kembali ke arus utama. berdasarkan kecenderungannya berasosiasi dengan matriks
Hal serupa, protein dengan radius Stokes terlalu besar untuk fase diam yang dilapisi gugus hidrofobik (rnisal fenil
masuk pori (protein yang dikeluarkan), tetap dalam fase Sefarosa, oktil Sefadeks). Protein yang permukaan hidro-
berpindah yang mengalir, dan muncul sebelum protein yang fobiknya terpajan melekat dengan matriks melalui interaksi
dapat masuk pori (termasuk protein). Dengan demikian hidrofobik yang ditingkatkan dengan menggunakan fase
protein muncul dari kolom filtrasi gel dalam urutan menurun berpindah yang kekuatan ionnya tinggi. Setelah protein
menurut radius Stokesnya. nonadheren dibuang, polaritas fase berpindah diturunkan
dengan menurunkan perlahan lahan konsentrasi garam
Kromatografi Pertukaran lon pada fase berpindah yang mengalir. Bila interaksi di antara
Pada kromatografi pertukaran ion, protein berinteraksi protein dan fase diam sangat kuat, etanol atau gliserol dapat
dengan fase diam dengan interaksi muatan-muatan. ditambahkan ke fase berpindah untuk menurunkan polaritas-
Protein dengan muatan positif bersih pada pH tertentu akan nya dan selanjutnya melemahkan interaksi hidrofobik.

A B C
GAMBAR 4–3 Kromatografi eksklusi. A:Suatu campuran molekul besar (coklat) dan molekul
kecil (merah) diletakkan di atas kolom filtrasi gel. B: Saat memasuki kolom, molekul kecil masuk pori
dalam matriks fase diam (kelabu), molekul besar dikeluarkan dari situ. Saat fase berpindah (biru)
mengalir menuruni kolom, molekul besar yang dikeluarkan ikut mengalir dengan nya, sedangkan
molekul kecil, yang sementara tersembunyi dari aliran saat di dalam pori, tertinggal makin jauh di
belakang.
Kromatografi Afinitas mengatasi kontribusi muatan gugus fungsional asam amino

terhadap polipeptida. Karena perbandingan muatan-
Kromatografi afinitas memanfaatkan selektivitas yang tinggi
terhadap-massa setiap kompleks SDS polipeptida hampir
sebagian besar protein terhadap ligandnya. Enzim dapat
sama, resistensi fisik yang setiap peptida hadapi saat bergerak
dimurnikan dengan kromatografi afinitas menggunakan
melalui matriks akrilamid menentukan kecepatan migrasi.
substrat tak bergerak, produk, koenzim, atau inhibitor.
Karena kompleks yang besar bertemu resistensi Iebih besar,
Teorinya, hanya protein yang berinteraksi dengan ligan tak
polipeptida berpisah berdasarkan massa molekul relatifnya
bergerak yang menempel. Kemudian protein yang terikat
(Mr). Polipeptida tersendiri yang terperangkap dalam gel
dielusi dengan cara persaingan dengan ligan yang bebas
akrilamid setelah hilangnya lapangan listrik dapat dilihat
dan larut atau, yang kurang selektif, dengan cara
dengan pewarnaan seperti biru Coomassie (Gambar 4-5).
mengganggu interaksi protein-ligan menggunakan urea,
guanidin hidroklorida, pH yang sedikit asam, atau
konsentrasi garam yang tinggi. Matriks fase diam yang
tersedia di pasaran mengandung ligan seperti NAD+ atau NH
HN
analog ATP. Pemurnian protein yang dinyatakan secara O
H
O
rekombinan seringkali dibantu dengan mengubah gen yang S
HN S
diklon untuk menambahkan domain fusi baru yang H
O NH
dirancang untuk berinteraksi dengan ligan terikat matriks O
khusus (Bab 7).
Kemurnian Protein Dinilai dengan O SH
Elektroforesis Gel Poliakrilamid (PAGE) HCOOH C2H5
Metode yang paling banyak digunakan untuk menentukan OH

kemurnian suatu protein adalah SDS-PAGE — elektroforesis
gel poliakrilamid (PAGE) dengan adanya deterjen anion NH
O
natrium dodesil sulfat (SDS). Elektroforesis memisahkan H
HN
biomolekul bermuatan berdasarkan kecepatannya bermigrasi SO2−
HN O
dalam bidang listrik yang diberikan. Untuk SDS-PAGE, O HS H
akrilamid mengalami polimerisasi dan ikatan silang untuk NH
membentuk matriks berpori. SDS berikatan dengan protein O
dengan perbandingan satu molekul SDS per dua ikatan
peptida, yang menyebabkan polipeptida terbuka atau GAMBAR 4–4 Pemecahan oksidatif rantai polipeptida
berubah sifat. Bila digunakan bersama 2-merkaptoetanol atau berdampingan yang terangkai dengan ikatan disulfida (diwarnai biru)
oleh asam performat (kiri) atau pemecahan reduktif oleh β-
ditiotreitol untuk mereduksi dan memecahkan ikatan merkaptoetanol (kanan) membentuk dua peptida yang mengandung
disulfida (Gambar 4-4), SDS-PAGE memisahkan komponen residu asam sisteat atau residu sisteinil.
polipeptida pada protein multimerik. Sejumlah besar molekul
SDS anionik, yang masing-masing membawa muatan -1,

BAB 4 Protein: Penentuan Struktur Primer 29
S E C H D SANGER ADALAH ORANG

111
PERTAMA YANG MENENTUKAN
73
URUTAN POLIPEPTIDA
Insulin matang terdiri dari rantai A 21 residu dan rantai B 30
48 residu yang terangkai dengan ikatan disulfida. Frederick
Sanger mereduksi ikatan disulfida (Gambar 4-4),
memisahkan rantai A dan B, dan membelah setiap rantai
menjadi peptida yang lebih kecil menggunakan tripsin,
kimotripsin, dan pepsin. Peptida yang dihasilkan kemudian
diisolasi dan ditambahkan asam untuk menghidrolisis
34
sebagian ikatan peptida serta menghasilkan peptida dengan
dua atau tiga asam amino. Setiap peptida direaksikan dengan
29 1-fluoro-2,4-dinitrobenzena (reagen Sanger), yang menjiplak
gugus a-amino yang terpajan dari residu amino ujung. Isi
GAMBAR 4–5 Penggunaan SDS-PAGE untuk mengamati
pemurnian berturut-turut suatu protein rekombinan. Gel diwarnai asam amino pada setiap peptida kemudian ditentukan dan
dengan biru Coomassie. Terlihat standar protein (jalur S) yang ditandai amino-ujung asam amino ditetapkan. Gugus ε-amino pada
Mr, dalam kDa, ekstrak sel kasar (E), sitosol (C), cairan supernatan lisin juga bereaksi dengan reagen Sanger; tetapi karena
berkecepatan tinggi (H), dan fraksi DEAN-Sefarosa (D). Protein ujung amino lisin bereaksi dengan 2 mol reagen Sanger,
rekombinasi memiliki massa sekitar 45 kDa.
mudah dibedakan dari lisin di bagian dalam suatu
Pemusatan Isoleketrik peptida. Dengan bekerja dari di- dan tripeptida ke atas
melalui fragmen yang semakin besar, Sanger mampu
(IEF = isoelectrk Focusing) merekonstruksi urutan lengkap insufin, suatu pencapaian
Dapar ion yang disebut amfolit dan bidang listrik digunakan yang membuatnya menerima Hadiah Nobel pada tahun
untuk membangkitkan gradien pH di dalam suatu matriks 1958. Sanger, yang menerima hadiah Nobel kedua untuk
poliakrilamid. Protein yang diberikan bermigrasi sampai pengembangan dari teknik untuk pengurutan DNA,
mencapai daerah matriks saat pH mencapai titik meninggal pada 2013 pada usia 95.
isoelektriknya (pI), pH yang muatan bersih molekulnya 0.
IEF digunakan bersama dengan SDS-PAGE untuk
elektroforesis dua dimensi, yang memisahkan polipeptida
REAKSI EDMAN DAPAT
berdasarkan pI dalam satu dimensi dan Mr dalam dimensi MENGURUTKAN PEPTIDA &
ke dua (Gambar 4-6). Elektroforesis dua dimensi terutama
cocok untuk memisahkan komponen campuran protein PROTEIN
yang rumit. Pehr Edman menambahkan fenilisotiosianat (reagen Edman)
pada residu amino ujung suatu peptida yang ditandai secara
pH = 3 pH = 10
IEF selektif. Berbeda dengan reagen Sanger, derivat fenfiflo-
hidantion (PTH) dapat dihilangkan di bawah kondisi
ringan menghasilkan residu amino ujung yang baru
(Gambar 4-7). Putaran berturut-turut derivatisasi dengan
reagen Edman dengan demikian dapat digunakan untuk
mengurutkan banyak residu suatu sampel tunggal peptida.
Bahkan, penentuan urutan lengkap suatu protein dengan
SDS metode kimia tetap merupakan proses yang menyita waktu
PAGE
dan tenaga sampai hari ini.
Sifat kimia yang heterogen pada asam-asam amino
berarti bahwa setiap langkah dalam prosedur menunjukkan
kompromi antara efisiensi untuk asam amino tertentu atau
set asam amino dan fleksibilitas yang diperlukan untuk
memuat ke-20nya. Akibatnya, setiap langkah dalam proses
bekerja dengan efisiensi kurang dari 100%, yang menyebab-
kan bertumpuknya fragmen polipeptida dengan berbagai N-
terminal. Pada akhirnya, tidak mungkin membedakan asam
GAMBAR 4–6 IEF-SDS-PAGE dua dimensi. Gel diwarnai dengan biru amino PTH yang benar untuk posisi dalam peptida dengan
Coomassie. Pertama kali diberikan ekstrak bakteri kasar pada pemusatan kontaminan. Akibatnya, panjang pembacaan untuk urutan
isoelektrik (IEF) pada gradien pH 3-10. Gel IEF kemudian diletakkan Edman beragam dari 5 sampai 30 residu asam amino ter-
horisontal pada bagian atas gel SDS-PAGE, dan protein kemudian gantung pada kuantitas dan kemurnian peptida tersebut.
dipisahkan oleh SDS-PAGE. Perhatikan resolusi yang sangat baik pada
polipeptida yang berbeda, relatif terhadap gel SDS PAGE yang asii
(Gambar 4-5).

S
BIOLOGI MOLEKULAR
MEROMBAK PENENTUAN
C
N
O
+ NH2 STRUKTUR PRIMER
H
N
N R Reaksi yang menjiplak urutan dan memecahkan asam
H R′
O amino PTH dari akhir amino ujung suatu peptida biasa-
nya dilakukan dalam sequenator otomatis, sebaliknya,
Fenilisotiosianat (reagen Edman) dan
suatu peptida
pengurutan DNA jauh lebih cepat dan lebih ekonomis.
Teknik rekombinan memungkinkan peneliti membuat
persediaan DNA yang sungguh takterbatas dengan meng-
gunakan sampel asli sebagai cetakan (Bab 39). Metode
pengurutan DNA, yang ilmu kimianya juga dikembangkan
S oleh Sanger, memampukan urutan polideoksiribonukleotida
yang panjangnya beberapa ratus residu ditentukan secara
N NH
H
rutin dalam sebuah analisis tunggal, sementara alat pengurut
O
otomatis dapat "membaca" urutan beberapa ribu nukleotida
H
N panjangnya. Pengetahuan kode genetik memampukan
N R urutan polipeptida yang terkode tersebut ditentukan hanya
H O
R′ dengan menerjemahkan urutan oligonukleotida gennya.
Asam feniltiohidantoat Sebaliknya, ahli biologi molekular awal merancang probe
oligonukleotida komplemen untuk mengenali klon DNA
H+, nitro- H2 O yang mengandung gen yang diperiksa dengan membalikkan
metana
proses ini dan menggunakan segmen urutan asam amino
S O
yang ditentukan secara kimia sebagai cetakan. Kedatangan
NH2 kloning DNA dengan demikian mengantarkan pada luasnya
N NH + N penggunaan cara hibrid yang menggunakan ilmu kimia
H R Edman untuk mengurutkan bagian kecil protein, kemudian
O R memanfaatkan informasi ini untuk menentukan sisa urutan
Feniblohidantoin dan peptida
dengan kloning dan pengurutan DNA dan pengurutan
yang lebih pendek satu residu polideoksiribonukleotida
GAMBAR 4–7 Reaksi Edman. Fenilisotiosianat menjiplak
residu amino ujung suatu peptida sebagai asam feniltiohidantoat. GENOMIK MEMBUAT PROTEIN
Penarnbahan asam dalam pelarut nonhidroksilat melepaskan
feniltiohidantoin, yang selanjutnya ditentukan dengan pergerakan DAPAT DIKENALI DARI
kromatografiknya, dan sebuah peptida satu residu lebih pendek.
Proses ini kemudian diulang. SEJUMLAH KECIL DATA URUTAN
Sekarang jumIah organisme yang urutan lengkap DNA
Untuk menentukan urutan lengkap suatu polipeptida pada genomnya telah ditentukan dan tersedia untuk ko-
yang panjangnya beberapa ratus residu, pertama kali protein munitas ilmuwan berjumlah ratusan (lihat Bab 10).
harus dipecahkan menjadi peptida-peptida yang lebih kecil, Urutan ini mencakup hampir semua "organisme model"
dengan menggunakan protease atau reagen seperti sianogen yang sering digunakan dalam laboratorium penelitian
bromida. Setelah permurnian dengan kromatografi cair biomedik: Homo sapiens, mencit, tikus, Escherichia
akselerasi tinggi (HPLC) fase terbalik, peptida-peptida ini Drosophila melanogaster, Caenorhabditis elegans, ragi, dll,
kemudian dianalisis dengan pengurutan Edman. Untuk urutan dari protein (s) yang mereka kerjakan telah
menyusun urutan peptida pendek untuk memecahkan ditentukan dan menunggu dinilai dalam database seperti
urutan lengkap polipeptida utuh, perlu menganalisis peptida GenBank (Bab 10). Semua yang diperlukan ilmuwan adalah
yang urutannya tumpang tindih satu sama lain. Hal ini mendapatkan informasi urutan asam amino yang
diIaksanakan dengan menciptakan beberapa set peptida mencukupi dari protein, terkadang sejumlah lima atau enam
dengan menggunakan lebih dari satu metode pemecahan. residu yang berturutan, untuk membuat identifikasi yang
Diperlukan sejumlah besar protein murni untuk menguji jelas. Walaupun informasi urutan asam amino yang
sejumlah fragmentasi protein dan keadaan pemumian diperlukan dapat diperoleh menggunakan teknik Edman,
peptida berperan pada kekurangan utama ke dua teknik saat ini spektometri massa (MS) telah menjadi metode
pengurutan protein kimia langsung. pilihan untuk identifikasi protein.

BAB 4 Proteirt:Penerituan Struktur Primer 31
TABEL 4–1 Massa Meningkat Akibat Modifikasi Pasca- kecepatan setelah dipercepat, dan dengan demikian
Transiasi yang Lazim waktu yang diperlukan untuk mencapai detektor, ber-
Modifikasi Peningkatan Massa (Da)
banding terbalik dengan massanya.
Spektrometer massa quadrupol umumnya digunakan
Fosforilasi 80
untuk menentukan massa molekul 4000 Da atau kurang,
Hidroksilasi 16 sedangkan spektrometer massa TOF digunakan untuk
Metilasi 14 menentukan massa besar pada protein lengkap. Berbagai
kombinasi quadrupol multipel, atau pemantulan ion kembali
Asetilasi 42
ke bawah tabung perjalanan lurus suatu spektrometer massa
Miristilasi 210 TOF, digunakan untuk menciptakan alat yang lebih canggih.
Palmitoilasi 238 Peptida Dapat Divapkan untuk Analisis
Glikosilasi 162 dengan lonisasi Elektrospray atau
Desorpsi Laser Dibantu Matriks
Analisis peptida dan protein dengan spektrometri massa
pada awalnya diganggu oleh kesulitan menguapkan
SPEKTROMETRI MASSA molekul organik yang besar. Sedangkan molekul organik
kecil dengan mudah dapat diuapkan dengan memanaskan
DAPAT MENDETEKSI dalam suatu vakum (Gambar 4-9), protein, oligonukleotida,
MODIFIKASI KOVALEN dll dihancurkan pada keadaan ini. Hanya bila ditemukan
teknik yang andal untuk mendispersi peptida, protein, dan
Sensitivitas dan kecepatan yang unggul, serta kepandai- biomolekul besar lainnya ke dalam fase uap, mungkin
an MS telah menggantikan teknik Edman sebagai menerapkan MS untuk analisis struktural dan penentuan
metode utama untuk menentukan urutan peptida dan urutannya. Dispersi ke fase uap dilakukan dengan ionisasi
protein. MS secara bermakna lebih sensitif dan toleran elektrospray, dan desorpsi dan ionisasi laser dibantu
untuk berbagai mutu sampel. Lebih jauh, karena massa dan matriks (MALDI = matrix-assisted laser desorption and
muatan adalah sifat lazim pada banyak biomolekul, MS ionization) dan pengeboman atom cepat (FAB).. Pada
dapat digunakan untuk menganalisis metabolit, karbo- ionisasi elektrospray, molekul yang akan dianalisis
hidrat, dan modifikasi pascatranslasi seperti fosfofilasi atau dilarutkan dalam pelarut uap dan dimasukkan ke dalam
hidroksilasi yang menambahkan tambahan massa yang ruang sampel dalam sedikit arus melalui kapiler (Gambar
mudah dikenali pada suatu protein (Tabel 4-1). Modifikasi 4-9). Saat tetesan cairan timbul ke dalam ruang sampel,
ini sulit dideteksi dengan menggunakan teknik Edman dan pelarut cepat berdispersi meninggalkan makromolekul yang
tak terdeteksi dalam urutan asam amino derivat-DNA. terhenti dalam fase gas. Probe yang bermuatan berperan
mengionisasi sampel. Ionisasi elektrospray sering diguna-
kan untuk menganalisis peptida dan protein saat berelusi
dari HPLC atau kolom kromatografi lain yang telah
dilarutkan dalam suatu pelarut uap. Pada MALDI, sampel
SPEKTROMETER MASSA ADA dicampurkan dengan matriks liquid yang mengandung
DALAM BERBAGAI KONFIGURASI pewarna menyerap cahaya dan sumber proton. Dalam ruang
sampel, campuran ini dibangkitkan dengan menggunakan
Dalam spektrometer massa quadrupol tunggal yang laser, menyebabkan matriks sekelilingnya berdispersi
sederhana, sebuah sampel diletakkan di bawah vakum dan menjadi fase uap dengan cepat untuk menghindari
dibiarkan menguap dengan adanya donor proton untuk pemanasan pada protein atau peptida yang tertanam
memberi muatan positif. Kemudian lapangan listrik men- (Gambar 4-9). Dalam pengeboman atom cepat,
dorong kation menuju suatu tabung perjalanan melengkung makromolekul besar tersebar di gliserol atau matriks
dan menemui medan magnetik, yang membelokkan dengan protonik lain dibombardir oleh aliran dari atom netral,
sudut yang tepat ke arah penerbangan asalnya (Gambar 4-8). misalnya, xenon, yang telah dipercepat untuk sebuah
Arus pengatur kekuatan elektromagnet ini perlahanlahan kecepatan tinggi. "Lunak" ionisasi oleh FAB merupakan
ditingkatkan sampai jalan setiap ion cukup menekuk untuk sering diterapkan untuk menguap makromolekul besar
membentur detektor yang ditempatkan di akhir tabung utuh.
perjalanan. Untuk ion yang muatan bersihnya identik, gaya
Peptida di dalam spektrometer massa dapat dipecahkan
yang diperlukan untuk menekuk jalan yang sama luasnya
menjadi satuan yang lebih kecil dengan kolisi de-ngan atom
sebanding dengan massanya.
argon atau helium netral (disosiasi diinduksi kolisi) dan
Tabung perjalanan untuk suatu spektrometer massa massa masing-masing fragmen ditentukan. Karena ikatan
waktu perjalanan (TOF = time-of-flight) adalah lurus. peptida jauh lebih Iabil dibanding ikatan karbon-karbon,
Setelah penguapan sampel dengan adanya donor proton, fragmen yang paling banyak akan berbeda satu dengan
dengan cepat diberikan medan listrik untuk mem- lainnya oleh satuan yang sama dengan satu atau dua asam
percepat ion menuju detektor di akhir tabung per- amino. Karena massa molekul setiap asam amino bersifat
jalanan. Untuk molekul yang muatannya identik, unik—dengan pengecualian (1) leusin dan isoleusin dan

Probe Lempeng akselerator
sampel
Tabung perjalanan
Sampel Ruangan
Elektromagnet
Sumber
Listrik
Variabel
Detektor
Pompa Vakum
Detektor
keluaran
Tegangan
GAMBAR 4–8 Komponen dasar spektrometer massa sederhana. Suatu campuran molekul, yang digambarkan
dengan lingkaran merah, segitiga hijau, dan kotak biru, diuapkan dalam keadaan terion dalam ruang sampel. Molekul ini
kemudian dipercepat ke bawah tabung perjalanan dengan potensial listrik yang diberikan pada kisi akselerator (kuning).
Medan elektromagnet yang kekuatannya dapat disesuaikan memberikan medan magnet yang membelokkan perjalanan
setiap ion sampai mereka membentur detektor. Semakin besar massa ion, semakin tinggi lapangan magnetik yang
diperlukan untuk memusatkannya pada detektor.
Panas Ionisasi dengan MALDI

penyemprotan listrik
Laser
Dari sistem kromatografi

GAMBAR 4–9 Tiga metode lazim untuk menguapkan molekul dalam ruang
sampel suatu spektrometer massa.
32

BAB 4 Protein: Penentuan Struktur Primer 33
(2) glutarnin dan lisin, urutan peptida dapat direkonstruksi Penentuan Simultan dari Ratusan
dari massa fragmen-fragmennya. Protein Merupakan Teknis Menantang
Satu tujuan proteomik adalah identifikasi protein yang
Spektrometri Massa Tandem tingkat ekspresinya bersesuaian dengan kejadian yang
Campuran peptida kompleks sekarang dapat dianalisis, tanpa bermakna secara medis. Dianggap bahwa protein yang ada
pemurnian sebelumnya, dengan MS tandem, yang atau tidak adanya terkait dengan keadaan fisiologi khusus
menggunakan perlengkapan dua spektrometer massa yang atau penyakit, terkait dengan mekanisme dan penyebab
terangkai secara seri. Karena itu, kedua alat demikian sering pokoknya, secara langsung atau tidak langsung, untuk
disebut MS-MS, atau MS2. Spektrometer massa yang pertama penyebab dasar dan mekanisme. Sementara para peneliti
memisahkan setiap peptida berdasarkan perbedaan massanya. telah mengembangkan beberapa alat untuk mendeteksi dan
Dengan menyesuaikan kekuatan medan magnet pertama, menilai keberadaan serta jumlah dari protein yang dipilih
sebuah peptida tunggal dapat diarahkan ke spektrometer menggunakan antibodi, tes enzim, dll, kekhususan membuat
massa kedua, di sini fragmennya dihasilkan dan massanya tidak cocok untuk secara bersamaan menentukan ratusan
ditentukan. Cara lain, peptida dapat ditahan dalam pe- atau ribuan dari protein dalam sebuah sampel biologis yang
rangkap ion yang diletakkan di antara dua quadrupol dan khas. Tes dari konsentrasi protein, misalnya, oleh metode
secara selektif dilewatkan ke quadrupol kedua dan tidak Lowry atau Bradford, dan berwarna seperti Biru Coomassie,
hilang saat quadrupol pertama disetel untuk memilih ion sementara universal, tidak memberikan informasi mengenai
yang massanya berbeda. identitas dari sebuah polipeptida yang diberikan.
MS tandem dapat digunakan untuk menyaring sampel Proteomik generasi pertama yang digunakan SDS-PAGE
darah dari bayi baru lahir terhadap adanya dan konsentrasi atau elektroforesis dua dimensi untuk menyelesaikan protein
asam amino, asam lemak, dan metabolit lain. Kelainan dalam sampel biologis satu dari yang lain, diikuti oleh
tingkat metabolik dapat berperan sebagai petunjuk diag- penentuan urutan dari asam amino dari ujung amino oleh
nostik berbagai ketainan genetik, seperti fenilketonuria, metode Edman. Identitas ditentukan dengan mencari urutan
ensefalopati etilmalonat, dan asidemia glutarat tipe 1. polipeptida tersedia untuk protein yang terkandung sebuah
pencocokan urutan N-terminal dan diperkirakan untuk
memiliki Mr serupa dan, untuk gel 2D, pI.
PROTEOMIK & PROTEOM Upaya awal yang dibatasi oleh jumlah terbatas dari
urutan polipeptida tersedia dan kesulitan dalam mengisolasi
Tujuan Proteomik Adalah Mengenali polipeptida dalam jumlah yang cukup untuk analisis Edman
dari gel. Upaya untuk meningkatkan menyelesaikan daya dan
Keseluruhan Komplemen Protein yang hasil sampel dengan meningkatkan ukuran dari gel hanya
Diuraikan oleh Sel pada Berbagai Keadaan sedikit yang berhasil. Akhirnya, pengembangan teknik dari
Walaupun urutan genom manusia telah diketahui, gambar spektrometri massa menyediakan sarana untuk penentuan
yang diberikan oleh genomik saja bersifat statik dan tidak urutan protein yang sensitivitas adalah kompatibel dengan
lengkap. Karena gen berganti-ganti nyala dan mati, protein pendekatan pemisahan elektroforesis.
disintesis dalam jenis sel tertentu pada waktu pertumbuhan Pengetahuan tentang urutan genom dari organisme
atau diferensiasi khusus dan sebagai respon terhadap tersebut sangat difasilitasi identifikasi oleh menyediakan
rangsang luar. Sel otot mengekspresikan protein yang tidak komprehensif dari urutan polipeptida DNA-dikodekan.
diekspresikan oleh sel saraf, dan jenis subunit yang ada Selain itu juga disediakan data urutan nukleotida dari untuk
dalam hemoglobin tetramer mengalami perubahan sebelum yang membangun susunan gen, yang kadang-kadang
dan sesudah kelahiran. Banyak protein menjalani disebut chip DNA, berisi ratusan dari probe oligonukleotida
modifikasi pasca translasi selama pematangan menjadi yang berbeda. Chip ini kemudian dapat digunakan untuk
bentuk yang kompeten secara fungsional atau untuk mendeteksi keberadaan dari mRNA mengandung urutan
mengatur sifat-sifatnya. Dengan demikian pengetahuan nukleotida komplementer. Walaupun perubahan ekspresi
tentang genom manusia hanya menyajikan permulaan mRNA yang mengkode protein tidak selalu mencerminkan
tugas yang menggambarkan organisme hidup dalam perubahan yang sebanding pada tingkat protein yang
rincian molekul serta memahami dinamika proses seperti bersesuaian, susunan gen kedua secara teknis kurang
pertumbuhan, penuaan, dan penyakit. Karena tubuh menuntut dan lebih sensitif dibandingkan pendekatan
manusia mengandung ribuan jenis sel, masing-masing proteomik generasi pertama, khususnya yang berkaitan
mengandung ribuan protein, proteom—set semua protein dengan protein kelimpahan rendah.
yang diekspresikan oleh suatu sel pada suatu waktu tertentu Pasangan proteomik generasi kedua baru dikembangkan
—menyajikan sasaran bergerak pada dimensi yang hebat. teknik kromatografi skala nano dengan spektrometri massa.
Pengetahuan tentang genom manusia karena hanya Protein dalam sampel biologis pertama kali diperlakukan
mewakili awal dari tugas pada menggambarkan organisme dengan protease menghidrolisis menjadi peptida yang lebih
hidup secara rinci molekul dan memahami dinamika dari kecil yang kemudian dikenakan fase terbalik, pertukaran ion,
proses seperti pertumbuhan, penuaan, dan penyakit. atau ukuran kromatografi eksklusi untuk membagi jumlah
besar dari peptida menjadi subset

yang lebih kecil lebih menerima untuk analisis. Subset ini ■ Gel poliakrilamida menyediakan sebuah matriks berpori
dianalisis dengan menyuntikkan kolom eluen langsung ke untuk memisahkan protein di dasar dari mobilitas yang
quadrupol ganda atau massa waktu perjalanan spektrometer diterapkan bidang listrik arus searah.
massa. Teknologi identifikasi protein multidimensi ■ Rasio hampir konstan dimana deterjen SDS anionik mengikat
(MudPIT = multidimensional protein identification protein memungkinkan SDS-PAGE untuk memisahkan
technology) menggunakan putaran kromatografi berturut- polipeptida terutama atas dasar dari ukuran relatif.
turut untuk memecahkan peptida yang dihasilkan dari ■ Karena massa adalah sebuah properti universal dari semua
pencemaan sampel biologi kompleks menjadi beberapa biomolekul dan turunannya, MS telah muncul suatu alat yang
sensitif dan serba guna untuk menentukan struktur primer,
fraksi yang lebih sederhana yang dapat dianalisis secara
untuk mengenali modifikasi pasca translasi, serta untuk
terpisah menggunakan MS.
mendeteksi kelainan metabolik.
Sekarang, suspensi dari campuran peptida kompleks
■ Kloning DNA dan biologi molekular bersama dengan ilmu
dalam spektrometer massa itu sendiri dan kemudian
kimia protein memberikan pendekatan hibrid yang sangat
mengekspor subset kecil untuk analisis akhir menggunakan meningkatkan kecepatan dan efisiensi untuk penentuan
perangkap ion sering memungkinkan bahkan kompleks struktur primer protein.
campuran untuk dianalisis langsung oleh MS tanpa
■ Genomik, penentuan dari seluruh urutan polinukleotida,
fraksinasi kromatografi sebelumnya. Upaya juga terus untuk
menyediakan peneliti dengan cetak biru (blueprint) untuk
menyaring metode untuk analisis dari mRNA dan ekspresi setiap makromolekul dikodekan genetik dalam suatu
protein dalam sel-sel individual. organisme.
■ Analisis proteomik menggunakan data genomik untuk
mengidentifikasi seluruh komplemen dari protein dalam
Bioinformatik Membantu sampel biologis dari urutan data asam amino parsial diperoleh
Identifikasi Fungsi Protein dengan kopling protein dan metode pemisahan peptida
Fungsi banyak protein yang dikode oleh genom manusia saat dengan pengurutan oleh MS.
ini belum diketahui. Perkembangan susunan protein atau ■ Tujuan utama dari proteomik adalah identifikasi protein dan
chip untuk langsung menguji fungsi potensial protein pada modifikasi pascatranslasinya yang ada atau tidak adanya
skala massa masih belum berkembang. Namun, sementara berkaitan dengan fenomena fisiologi, penuaan, atau penyakit
beberapa fungsi protein yang relatif mudah untuk kadar khusus.
logam, seperti protease atau kegiatan esterase, yang lain jauh ■ Bioinformatika mengacu pada pengembangan dari algoritma
lebih mudah dikerjakan. Data pertambangan melalui komputer yang dirancang untuk menyimpulkan sifat
bioinformatika memungkinkan peneliti untuk membanding- fungsional pada makromolekul melalui perbandingan urutan
dari protein novel dengan sifat lain yang dikenal.
kan sekuens asam amino dari protein yang tidak diketahui
dengan fungsi yang telah ditentukan. Menyediakan sebuah
cara untuk menemukan petunjuk pada sifat potensial, peran
fisiologi, dan mekanisme kerja protein. Algoritma me-
REFERENSI
Anderson L: Six decades searching for meaning in the proteome. J
manfaatkan kecenderungan alam untuk menggunakan variasi
Proteomics 2014;107:24.
suatu tema struktur untuk menggunakan fungsi serupa pada
Barderas MG, Laborde CM, Posada M, et al: Metabolomic profiling
beberapa protein [misal ikatan nukleotida Rossman melipat for identifi ation of novel potential biomarkers in cardio-
untuk mengikat NAD(P)H, urutan sasaran inti, dan tangan vascular diseases. J Biomed Biotechnol 2011;2011:790132.
EF untuk mengikat Ca2+]. Domain-domain ini umumnya Biemann K: Laying the groundwork for proteomics: Mass spectro-
dideteksi dalam struktur primer yang menempatkan asam metry from 1958 to 1988. J Proteomics 2014;107:62.
amino tertentu pada posisi kunci. Dengan demikian, Brady PD, Vermeesch JR: Genomic microarrays: A technology ove-
wawasan pada sifat dan peran fisiologis protein yang baru view. Prenat Diagn 2012;32:336.
ditemukan, dapat diduga dengan membandingkan struktur Deutscher MP (editor): Guide to Protein Purification. Methods En-
primernya dengan protein yang telah diketahui. zymol, vol. 182, Academic Press, 1990 (Entire volume).
Ghafourian S, Sekawi Z, Raftari M, et al: Application of proteomics
RINGKASAN in lab diagnosis. Clin Lab 2013;59:465.
Gorreta F, Carbone W, Barzaghi D: Genomic profiling: cDNA arra-
■ Polimer asam amino panjang atau polipeptida menyusun unit ys and oligoarrays. Methods Mol Biol 2012;823:89.
struktural dasar protein, dan struktur protein memberikan
LaBorde CM, Mourino-Alvarez L, Akerstrom F, et al: Potential blo-
wawasan tentang bagaimana memenuhi fungsinya.
od biomarkers for stroke. Expert Rev Proteomics 2012;9:437.
■ Protein menjalani perubahan pasca transisi selama masa
Levy PA: An overview of newborn screening. J Dev Behav Pediatr
hidupnya yang mempengaruhi fungsinya serta menentukan
nasibnya. 2010;31:622.
Loewenstein Y, Raimondo D, Redfern OC, et al: Protein function
■ Dengan menghasilkan sebuah terminus amino baru, Edman
annotation by homology-based inference. Genome Biol
reagen diizinkan penentuan dari segmen panjang pada urutan
2009;10:207.
asam amino.

BAGIAN 4 Protein: Penentuan Struktur Primer 35
Ruhaak LR, Miyamoro S, Lebrilla CB: Developments in the identiti- Vaudel M, Sickmann A, Martens L: Introduction to opportunities
ation of glycan biomarkers for the detection of cancer. Mol Cell and pitfalls in functional spectrometry based proteomics.
Proteomics 2013;12:846. Biochim Biophys Acta 2014;1844:12.
Schena M, Shalon D, Davis RW, et al: Quantitative monitoring of Wood DW: New trends and affity tag designs for recombinant
gene expression patterns with a complementary DNA micro- protein purifi ation. Curr Opin Struct Biol 2014;26:54.
array. Science 1995;270:467. Yates JR, Ruse CI, Nakochevsky A: Proteomics by mass spectrome-
Scopes RK: Protein Purification. Principles and Practice, 3rd ed. Sp- try:Approaches, advances, and applications. Annu Rev
ringer, 1994. Biomed Eng 2009;11:49.
Sun H, Chen GY, Yao SQ: Recent advances in microarray technol- Zhu H, Qian J: Applications of functional protein microarrays in
ologies for proteomics. Chem Biol 2013;20:685. 2009;11:49.sic and clinical research. Adv Genet 2012;79:123.
Van Riper SK, de Jong EP, Carlis JV, et al: Mass spectrometry-based
proteomics: Basic principles and emerging technologies and
directions. Adv Exp Med Biol 2013;990:1.

5
B A B
Protein: Urutan Struktur

yang Lebih Tinggi
TUJUAN
■ Menunjukan kelebihan dan kekurangan beberapa cara penggolongan protein
■ Menjelaskan dan menggambarkan struktur primer, sekunder, tersier, dan
kuaterner protein.
■ Mengenali jenis yang paling dikenal pada struktur sekunder dan menjelaskan
motif supersekunder.
■ Menguraikan jenis dan kekuatan relatif gaya-gaya yang menstabilkan setiap
urutan struktur protein.
■ Menguraikan informasi yang diringkas oleh gambar Ramachandran.
■ Menunjukan pengetahuan saat ini yang berkenaan dengan proses dugaan
protein mendapatkan konformasi alamnya.
■ Mengenali peran fisiologis dalam pematangan protein chaperon, protein
disulfida isomerase, dan peptidilprolin cis-trans-isomerase.
■ Menguraikan teknik biofisik pokok yang digunakan untuk mempelajari struktur
tersier dan kuaterner protein.
■ Menjelaskan bagaimana kelainan genetik dan nutrisional pada pematangan
kolagen menggambarkan kaitan erat antara struktur dan fungsi protein.
■ Untuk penyakit prion, menjelaskan keseluruhan kejadian dalam patologi
molekularnya dan menyebutkan bentuk kehidupan yang dipengaruhi masing-
masing.
KEPENTINGAN BIOMEDIK pematangan dari protein viral dikodekan dengan meng-

hambat aktivitas dari siklofilin, famili dari protein peptida cis-
Di alam, bentuk mengikuti fungsi. Agar polipeptida yang trans isomerase.
baru disintesis dapat matang menjadi protein yang berfungsi
secara bioiogis yang mampu mengkatalisis reaksi metabolik,
menjadi kekuatan gerakan sel, atau membentuk batang dan
kabel makromolekul yang memberikan integritas struktur KONFORMASI
pada rambut, tulang, tendon, dan gigi, polipeptida tersebut
harus melipat menjadi susunan tiga dimensi yang khusus,
VERSUS KONFIGURASI
atau konformasi. Selain itu, selama pematangan modifikasi Istilah konfigurasi dan konformasi seringkali membi-
pascatranslasi dapat menambahkan gugus kimia baru atau ngungkan. Konfigurasi adalah hubungan geometrik antara
menghilangkan segmen peptida yang diperlukan semen- set atom tertentu, misalnya, yang membedakan asam amino
tara. Defisiensi genetik atau nutrisional yang mengganggu l dan d. Perubahan pilihan konfigurasional memerlukan
pematangan protein bersifat merusak kesehatan. Contoh pemecahan (dan pembentukan kembali) ikatan kovalen.
yang pertama adalah penyakit Creutzfeldt-Jakob, scrapie, Konformasi menunjukkan hubungan ruang setiap atom
penyakit Alzheimer, dan ensefalopati spongiformis sapi dalam suatu molekul. Perubahan di antara konformer
("penyakit sapi gila"). Contoh dari yang terakhir termasuk terjadi tanpa pecahnya ikatan kovalen, dengan bertahannya
penyakit skorbut (asam askorbat) dan sindrom Menkes (Cu). konfigurasi, dan biasanya melalui rotasi ikatan-ikatan
Berikutnya terapi generasi untuk hepatitis C dan penyakit tunggal.
virus lainnya mencari untuk memblokir
36

BAB 5 Protein: Urutan Struktur yang Lebih Tinggi 37
PROTEIN AWALNYA yang tersusun secara geometrik; struktur tersier—perakitan

satuan struktural sekunder menjadi satuan fungsional yang
DIGOLONGKAN lebih besar seperti polipeptida matang dan domain
komponennya; serta struktur kuaterner—jumlah dan jenis
MENURUT CIRI MAKRONYA satuan polipeptida dari protein oligomerik dan penyusunan
Ilmuwan pada awalnya meneliti hubungan struktur-fungsi ruangnya.
dalam protein dengan memisahkan ke dalam golongan-
golongan berdasarkan sifat seperti kelarutan, bentuk, atau STRUKTUR SEKUNDER
adanya gugus nonprotein. Misalnya, protein yang dapat
diekstraksi dari sel dengan menggunakan larutan encer Ikatan Peptida Membatasi
dengan pH fisiologi dan kekuatan ion digolongkan sebagai Konformasi Sekunder yang Mungkin
dapat larut (soluble). Ekstraksi protein membran integral Rotasi bebas hanya dapat terjadi dua dari tiga ikatan kovalen
memerlukan disolusi membran dengan deterjen. Protein
tulang punggung polipeptida: ikatan a-karbon (Ca) menjadi
globular adalah molekul padat, bulat kasar yang memiliki
karbonil karbon (Co) dan Ca menjadi ikatan nitrogen (lihat
rasio sumbu (rasio dimensi terpendek terhadap terpanjang)
Gambar 3–9). Sifat ikatan ganda sebagian pada ikatan
tidak lebih dari 3. Sebagian besar enzim adalah protein
peptida yang merangkai Co dengan a-nitrogen mengharus-
globular. Sebaliknya, banyak protein struktural memiliki
kan karbonil karbon, karbonil oksigen, dan a-nitrogen tetap
konformasi yang sangat diperluas. Protein fibrosa ini
koplanar, jadi mencegah rotasi. Sudut antara ikatan Ca[N
memiliki rasio sumbu 10 atau lebih.
disebut sudut phi (Φ) dan sudut antara ikatan Co[Ca disebut
Lipoprotein dan glikoprotein masing-masing me- sudut psi (Ψ). Untuk asam amino selain glisin, sebagian besar
ngandung lipid dan karbohidrat yang terikat secara kombinasi sudut phi dan psi tak memungkinkan karena peng-
kovalen. Mioglobin, hemoglobin, sitokrom, dan banyak hindaran sterik (Gambar 5-1). Konformasi prolin bahkan
metaloprotein lain mengandung ion logam yang terrangkai lebih terbatas karena tidak adanya rotasi bebas ikatan
erat. Walaupun telah ada skema penggolongan yang lebih N[Ca.
tepat berdasarkan kesamaan, atau homologi, pada urutan
Daerah pada struktur sekunder yang tersusun timbul bila
asam amino dan struktur tiga dimensi, masih digunakan
suatu rangkaian residu aminoasil memiliki sudut phi dan psi
banyak istilah penggolongan yang awal.
yang sama. Segmen polipeptida yang panjang (misal
lengkung) dapat memiliki berbagai sudut demikian. Sudut
PROTEIN DIBANGUN MENGGUNA- yang menetapkan dua jenis struktur sekunder yang lazim,
KAN PRINSIP MODULAR
Protein melakukan fungsi fisik dan katalitik yang rumit
dengan meletakkan gugus kimia khusus dalam susunan tiga
dimensi yang tepat. Rangkaian polipeptida yang me-
ngandung gugus-gugus ini harus memiliki konformasi yang
efisien secara fungsional dan kuat secara fisik. Pada
pandangan pertama, biosintesis polipeptida yang terdiri dari 90
sepuluh dari ribuan atom tersendiri akan tampak
menantang. Bila dianggap bahwa polipeptida khusus dapat
memiliki ≥1050 konformasi yang berbeda, pelipatan agar
menjadi konformasi yang cocok dengan fungsi biologiknya ψ 0
akan menjadi lebih sulit lagi. Seperti diuraikan dalam Bab 3

dan 4, sintesis rangka utama polipeptida protein mengguna-
kan set kecil dari blok atau modul pembangun yang lazim,
–90
yaitu asam amino, yang digabung dengan ikatan lazim, yaitu
ikatan peptida. Hal serupa, jalan modular yang bijaksana
menyederhanakan pelipatan dan proses polipeptida yang
baru disintesis menjadi protein matang.
–90 0 90
EMPAT URUTAN φ
STRUKTUR PROTEIN GAMBAR 5–1 Gambar Ramachandran pada sudut phi (F) dan
psi (Y) utama untuk kira-kira 1000 residu nonglisin dalam delapan
Sifat modular sintesis dan pelipatan protein diwujudkan protein yang strukturnya dipecahkan pada resolusl tinggi. Titik-titik
dalam konsep urutan struktur protein: struktur primer— mewakili kombinasi yang mungkin, dan kombinasi yang dihalangi oleh
ruang, dengan sudut phi dan psi. (Diperbanyak, dengan izin, dari
urutan asam amino dalam suatu rantai polipeptida; Richardson JS: The anatomy and taxonomy of protein structures. Adv
struktur sekunder—pelipatan segmen pendek yang ber- Protein Chem 1981;34:167. Hak cipta 1981. Dicetak kem bali dengan
dekatan (3 sampai 30 residu) polipeptida menjadi satuan izin dari Elsevier.)

38 BAGIAN i Struktur & Fungsi pada Protein & Enzim
R R
N
C R
C R
N
C
C
N
C R
C
N
C R
R
C
N
C
C R
N R
C
C GAMBAR 5–3 Pandangan dari bawah sumbu suatu heliks `.

N Rantai samping (R) berada di luar heliks. Radius van der Waals atom
C
C lebih besar dari yang diperlihatkan di sini; jadi, hampir tidak ada
N ruang bebas di dalam heilks. (Sedikit dimodifikasi dan diperbanyak,
C dengan izin, dari Stryer L: Biochemistry, ed. ke-3. Freeman, 1988. Hak
C cipta 1988 W. H. Freeman dan Company).
Puncak 0,54 nm
(3,6 residu) N
C
C Akibatnya, prolin hanya dapat stabil ditampung dalam
N pergantian pertama dari sebuah heliks. Bila terdapat di
C
C
0,15 nm tempat lain, prolin mengganggu konformasi heliks, sehingga
N
C
menghasilkan tekukan. Karena ukurannya yang kecil, glisin
juga sering menyebabkan tekukan dalam heliks a.
N
GAMBAR 5–2 Orientasi atom rantai utama suatu peptida pada C
C R
sumbu suatu heliks `. N
C R
C
N
heliks ` dan lembar a, berada dalam kuadran kiri atas dan R C
bawah gambar Ramachandran, berturut-turut (Gambar 5-1). C
N
R C
C
N
Heliks Alfa C R
C
Rangka utama polipeptida suatu heliks a terpilih oleh jumlah N
yang sama dari setiap a-karbon dengan sudut phi sekitar C R
C
−57° dan sudut psi sekitar −47°. Putaran lengkap heliks N O
tersebut mengandung rata-rata 3,6 residu amino asil, dan R C
jarak yang ditempuh per putaran (puncaknya) adalah 0,54 C
N
nm (Gambar 5-2). Gugus R setiap residu aminoasil dalam R C
suatu a heliks menghadap keluar (Gambar 5-3). Protein C
N
hanya mengandung asam amino-l, sehingga suatu heliks a C R
putaran kanan lebih stabil, dan hanya heliks a putaran kanan C
N
yang ada dalam protein. Diagram skematik protein
C R
menggambarkan heliks a sebagai kumpulan atau tabung. C
N
Kestabilan suatu heliks a timbul terutama dari ikatan R C
hidrogen yang terbentuk antara oksigen ikatan peptida karbonil C
dan atom hidrogen ikatan peptida nitrogen dari residu keempat
di bawah rantai polipeptida (Gambar 5-4). Kemampuan
membentuk jumlah maksimum ikatan hidrogen, yang
GAMBAR 5–4 Ikatan hidrogen (titik-titik) yang terbentuk di
ditambah dengan interaksi van der Waals dalam inti antara atom H dan O menstabilkan polipeptida dalam konformasi `-
struktur yang dikemas padat ini, memberikan tenaga heliks. (Dicetak kembali, dengan izin, dari Haggis GH, dkk, (1964),
penggerak untuk pembentukan heliks a. Karena nitrogen "Introduction to Molecular Science 146:1455-1456. Dicetak kembali
ikatan peptida pada prolin tidak memiliki atom hidrogen dengan izin dari AAAS.)
untuk membentuk ikatan hidrogen, dengan oksigen
korbonil.

Banyak heliks a memiliki gugus R yang terutama arah (Gambar 5-5) . Setiap konfigurasi memungkinkan
hidrofobik pada satu sisi sumbu heliks tersebut dan yang jumlah ikatan hidrogen maksimum di antara segmen, atau
terutama hidrofilik di sisi lain. Heliks amfipatik ini untai, pada lembar tersebut. Sebagian besar lembar β tidak
menyesuaikan diri dengan baik pada pembentukan datar sempuma tetapi cenderung berpilin ke kanan. Kluster
perbatasan antara daerah polar dan nonpolar seperti dari helai memutar dari lembaran β, kadang-kadang disebut
interior hidrofobik suatu protein dan lingkungannya yang barel sebagai β, membentuk inti banyak protein globular
encer. Kluster heliks ampifatik dapat membuat saluran, atau (Gambar 5–6). Diagram skematik mewakili lembar β sebagai
pori yang memungkinkan molekul polar khusus dapat panah-panah yang menunjuk dalam amino tersebut ke arah
melalui membran sel hidrofobik. ujung karboksil.
Lembar Beta Lengkungan & Tekukan
Struktur sekunder teratur yang nomor dua dikenali (maka Kira-kira setengah dari residu dalam protein globular "khas"
dinamakan "beta") dalam protein adalah lembar β. Residu terletak dalam heliks a atau lebar β dan setengahnya dalam
asam amino pada suatu lembar β bila dilihat dari tepi, lengkungan, belokan, tekukan, dan bentuk konformasi
membentuk pola zigzag atau melipat sehingga gugus R dari panjang lainnya. Belokan dan tikungan adalah segmen
residu yang berdekatan menunjuk ke arah yang berlawanan. pendek asam amino yang menggabungkan dua satuan
Tidak seperti rangka utama padat pada heliks a, rangka stuktur sekunder, seperti dua untai yang berdekatan pada
utama peptida pada lembar β sangat panjang. Tetapi seperti suatu lembar β antiparalel. Belokan β melibatkan empat
heliks a, lembar β mendapat kestabilannya terutama dari residu aminoasil, residu yang pertama berikatan hidrogen
ikatan hidrogen di antara oksigen-oksigen karbonil dan dengan yang keempat, menghasilkan belokan tajam 180°
hidrogen-hidrogen amida pada ikatan peptida. Namun, (Gambar 5-7). Prolin dan glisin seringkali berada dalarn
berbeda dengan heliks a, ikatan ini terbentuk dengan segmen belokan β.
berdekatan lembar (Gambar 5-5). Lengkungan adalah daerah yang mengandung residu di
luar jumlah minimum yang diperlukan untuk meng-
hubungkan daerah-daerah struktur sekunder yang
berdekatan. Walaupun konformasinya tidak teratur,
lengkungan berperan penting secara biologi. Untuk banyak
enzim, lengkungan yang menjembatani domain, berperan
pada pengikatan substrat seringkali mengandung residu
aminoasil yang ikut dalam katalisis. Motif heliks-
lengkungan-heliks menyediakan bagian pengikatan
oligonukleotida pada banyak protein pengikat DNA seperti
represor dan faktor transkripsi. Motif struktural seperti
motif heliks-lengkungan-heliks atau tangan E-F dari
kalmodulin (lihat Bab 51) yang skalanya pertengahan di
antara struktur sekunder dan tersier seringkali disebut
struktur supersekunder. Karena banyak lengkungan dan
tekukan terletak pada permukaan protein dan dengan
demikian terpajan dengan pelarut, mereka mempunyai
tempat-tempat yang mudah dicapai, atau epitop, untuk
pengenalan dan peng-ikatan antibodi.
Walaupun lengkungan tidak menunjukkan keteraturan
struktur yang jelas, banyak yang memiliki konformasi khusus
yang distabilkan oleh ikatan hidrogen, jembatan garam, dan
interaksi hidrofobik dengan bagian lain protein. Namun,
GAMBAR 5–5 Jarak dan sudut ikatan pada ikatan hidrogen pada tidak semua bagian protein perlu disusun. Protein dapat
lembar a yang melipat paralel dan antiparalel. Panah menunjukkan mengandung daerah yang "tidak tersusun", seringkali pada
arah setiap untai. Ikatan hidrogen ditunjukka dengan titik-titik dengan ujung karboksil atau amino ekstrem, yang ditandai oleh
atom a-nitrogen yang ikut serta (donor hidrogen) dan atom oksigen kelenturan konformasional yang tinggi. Pada banyak hal,
(akseptor hidrogen) diperlihatkan masing-masing dengan warna biru
daerah tidak teratur ini dianggap merupakan konformasi
dan merah. Atom karbon rangka utama diperlihatkan dengan warna
hitam. Agar penyajiannya jelas, gugus R dan atom hidrogen yang teratur pada pengikatan sebuah ligand. Kelenturan
dihilangkan. Atas: Lembar β antiparalel. Pasangan ikatan hidrogen struktural ini memampukan daerah ini beperan sebagai
berganti-ganti antara menutup bersama dan terpisah serta arahnya tombol terkontrol ligand yang mempengaruhi struktur dan
kira-kira tegak lurus dengan rangka utama polipeptida. Bawah: Lembar fungsi protein.
β paralel. Ikatan hidrogen berjarak sama tetapi miring pada arah yang
bergerak. Struktur Tersier & Kuaterner
Lembar β yang berinteraksi dapat disusun untuk membentuk Istilah "struktur tersier" menunjukkan keseluruhan konformasi
lembar β paralel sehingga segmen yang berdekatan pada tiga dimensi sebuah polipeptida. Ini menunjukkan, dalam
rantai polipeptida tetap memiliki arah amino dan karboksil ruang tiga dimensi, bagaimana gambaran struktur sekunder—
yang sama, atau lembar antiparalel, yaitu tetap berlawanan heliks, lembaran, tekukan, belokan, dan Iengkungan

GAMBAR 5–6 Contoh struktur tersier protein.

Atas: Enzim triosa fosfat isomerase yang membentuk
kompleks dengan analog substrat 2-fosfogliserat
(merah). Perhatikan susunan simetris dan rapi pada
lembar β biru muda) dan heliks β (hijau), dengan
lembar β yang membentuk inti tong β yang dikelilingi
oleh heliks. (Disesuaikan dari Bank Data Protein no. 1o5x.)
Bawah: Lisozim yang berkompleks dengan analog
substrat pepta-N-asetil chitopentaose (merah). Warna
rantai polipeptida bergradasi sesuai spektrum yang
terlihat dari ungu (ujung N) sampai coklat (ujung C).
Perhatikan bagaimana bentuk konkaf domain tersebut
membentuk kantung pengikatan untuk pentasakarida,
tidak memiliki lembar β, dan banyaknya lengkungan dan
tekukan (Disesuaikan dari Protein Data Bank ID no. 1 sfb).
—dirakit untuk membentuk domain dan bagaimana domain- kedua, piruvat (Gambar 5-8). Laktat dehidrogenase adalah salah
domain ini berhubungan secara ruang satu sama lain. Domain satu keluarga oksidoreduktase yang memiliki domain pengikat
adalah suatu bagian pada struktur protein yang mampu NAD (P)+ N ujung yang sama, dikenal sebagai lipatan
melakukan tugas fisik atau kimia tertentu seperti pengikatan Rossmann. Dengan penyatuan domain ikatan Rossmann
substrat atau ligan lain. Sebagian besar domain bersifat modular, dengan berbagai domain C ujung, banyak famili
dan berdekatan dalam urutan primer maupun ruang tiga oksidoreduktase telah muncul yang menggunakan NAD(P)
dimensi (Gambar 5-8). Protein sederhana, terutama yang +NAD(P)H untuk oksidasi dan reduksi sejumlah besar
berinteraksi dengan substrat tunggal, seperti lisozim atau triosa metabolit. Contohnya adalah alkohol dehidrogenase,
fosfat isomerase (Gambar 5-6) dan mioglobin protein penyimpan gliseraldehida-3-fosfat dehidrogenase, malat dehidrogenase,
oksigen (Bab 6), sering mengandung domain tunggal. Sebaliknya, quinon oksidoreduktase, 6-fosfoglukonat dehidrogenase, d-
laktat dehidrogenase terdiri dari dua domain, domain terikat gliserat dehidrogenase, format dehidrogenase, dan 3a, 20β-
NAD+ N ujung dan domain terikat C ujung untuk substrat hidroksisteroid dehidrogenase.

H
COOH
FAKTOR MULTIPEL
MENSTABILKAN STRUKTUR
H CH2
N
Cα H
TERSIER & QUATERNER
H
Cα C
H N O C O
Urutan struktur protein yang lebih tinggi distabilkan
CH3 C O H N teutama—dan seringkali semata-mata—oleh ikatan non-
CH2OH
kovalen. Prinsipnya adalah interaksi hidrofobik yang
Cα Cα
H H
menggerakkan sebagian besar rantai samping asam amino
hidrofobik ke bagian dalam protein, yang melindunginya
dari air. Hal lain yang berperan bermakna adalah ikatan
hidrogen dan jembatan garam di antara karboksilat pada
asam aspartat dan glutamat serta rantai samping yang
muatannya berlawanan pada residu lisil berproton, argininil,
dan histidil terprotonasi. Walaupun satu persatu relatif
GAMBAR 5–7 Sebuah belokan a yang menghubungkan dua
lemah dibanding ikatan kovalen yang khas 80-120 kkal/mol.
segmen lembar a anti-paralel. Titik-titik menunjukkan ikatan
Seperti alat pengunci Velcro menggunakan kekuatan
hidrogen antara asam amino pertama dan keempat pada
segmen empat residu Ala-Gly-Asp-Ser. kumulatif banyak lengkung dan kait plastik kecil, secara
keseluruhan interaksi yang banyak ini memberikan
kestabilan derajat tinggi terhadap konformasi fungsional
Tidak semua domain mengikat substrat. Domain biologi suatu protein.
membran hidrofobik menempelkan protein ke membran atau
Beberapa protein mengandung ikatan disulfida kovalen (S
memampukannya menjangkau membran. Urutan lokalisasi
—S) yang menghubungkan gugus sulfhidril pada residu
mengarahkan protein ke lokasi ekstrasel atau subsel khusus
sisteinil. Pembentukan ikatan disulfida melibatkan oksidasi
seperti inti, mitokondria, vesikel sekretori, dll. Domain
gugus sulfhidril sisteinil dan memerlukan oksigen. Ikatan
pengatur mencetuskan perubahan fungsi protein sebagai
disulfida intrapolipeptida selanjutnya meningkatkan
respon terhadap pengikatan efektor alosterik atau modifikasi
kestabilan konformasi peptida yang terlipat, sedangkan
kovalen (Bab 9). Penggabungan modul domain memberikan
ikatan disulfida antar-polipeptida menstabilkan struktur
jalan yang mulus untuk menciptakan protein dengan
quaterner protein oligomerik tertentu.
kerumitan struktur dan kepandaian fungsional yang baik
(Gambar 5-9). STRUKTUR TIGA DIMENSI
Protein yang mengandung domain multipel juga dapat
dirakit melalui asosiasi polipeptida multipel, atau protomer. DITENTUKAN OLEH
Struktur quaterner menjelaskan komposisi polipeptida suatu KRISTALOGRAFI SINAR-X
protein dan, untuk protein oligomerik, hubungan ruang
antara protomer atau subunitnya. Protein monomerik SPEKTROSKOPI NMR
terdiri dari suatu rantai polipeptida tunggal. Protein dimerik
mengandung dua rantai polipeptida. Homodimer me- Kristalografi Sinar-X
ngandung dua rantai dari rantai polipeptida yang sama, Setelah pada tahun 1960 John Kendrew mengungkap
sedangkan dalam heterodimer polipeptidanya berbeda. struktur tiga dimensi mioglobin, kristalografi sinar-X
Huruf yunani (a, β, γ, etc) digunakan untuk membedakan mengungkap struktur ribuan makromolekul biologi mulai
subunit yang berbeda pada suatu protein hetero-oligomerik, dari protein sampai banyak oligonukleotida dan beberapa
dan huruf di bawah menunjukkan jumlah setiap jenis virus. Untuk pengungkapan strukturnya dengan kris-
subunit. Misalnya, a4 menunjukkan protein homotetramerik, talografi sinar-X, suatu protein pertama-tama diendapkan
dan a2β2γ, suatu protein dengan lima subunit dari tiga jenis pada keadaan yang membentuk kristal besar dan tersusun
yang berbeda. rapi. Untuk membuat keadaan yang tepat, trial kristalisasi
Karena bahkan protein-protein kecil mengandung ri- menggunakan beberapa mikroliter larutan protein dan
buan atom, gambar struktur protein yang menunjukkan matriks dengan variabel (suhu, pH, adanya garam atau zat
posisi setiap atom pada umumnya telalu rumit untuk terlarut organik seperti poltetilen glikol) untuk membuat
ditafsirkan. Jadi digunakan diagram skematik yang keadaan optimal untuk pembentukan kristal. Kristal yang
disederhanakan untuk melukiskan gambaran kunci struktur tersusun dalam kapiler kwarsa pertama-tama diradiasi
tersier dan quaterner protein. Diagram pita (Gambar 5-6 dengan sinar-X mono-kromatik dengan panjang gelombang
dan 5-8) melukiskan konformasi rangka utama polipeptida, kira-kira 0,15 nm untuk memastikan bahwa itu protein,
dengan tabung dan panah yang menunjukkan daerah heliks bukan garam. Kristal protein kemudian dapat dibekukan
a dan lembar β berturut-turut. Pada penyajian yang lebih dalam nitrogen cair untuk pengumpulan set data resolusi
sederhana, segmen garis yang menghubungkan karbon a tinggi selanjutnya. Awal kristalografi dikumpulkan pola
menunjukkan jalur rangka utama polipeptida. Agar dapat melingkar yang dibentuk oleh sinar-x terdifraksi pada film
untuk menekankan hubungan fungsi struktur spesifik, dan dianalisis oleh tangan. Saat ini, pola dicatat secara
diagram skematik sering menggambarkan rantai samping elektronik dengan menggunakan detektor area, kemudian
dari asam amino yang dipilih. dianalisis

GAMBAR 5–8 Polipeptida yang mengandung dua domain. Atas: Diperlihatkan struktur tiga dimensi suatu unit monomer pada enzim
tetramerik laktat dehidrogenase dengan substrat NADH (merah) dan piruvat (biru) yang terikat. Tidak semua ikatan dalam NADH diperlihatkan.
Warna rantai polipeptida bergradasi menurut spektrum yang terlihat dari biru (N-ujung) sampai jingga (C-ujung). Perhatikan bagaimana N ujung
polipeptida membentuk domain yang berdekatan, yang mencakup bagian kiri enzim tersebut, yang berperan untuk pengikatan NADH. Hal serupa,
bagian C-ujung membentuk domain berdekatan yang berperan untuk pengikatan piruvat. (Disesuaikan dari Protein Data Bank ID no 3Idh.). Bawah:
Yang terlihat adalah struktur tiga dimensi subunit katalitik protein kinase tergantung cAMP (Bab 42) dengan analog substrat ADP (merah) dan
peptida (ungu) yang terikat. Warna rantai polipeptida bergradasi menurut spektrum yang terlihat dari biru (N-ujung) sampai jingga (C-ujung).
Protein kinase menghantarkan gugus γ-fosfat ATP kepada substrat protein dan peptida (Bab 9). Perhatikan bagaimana bagian N-ujung polipeptida
membentuk domain berdekatan yang banyak akan lembar β yang mengikat ADP. Hal serupa, bagian C-ujung membentuk domain berdekatan yang
banyak a heliks yang berperan untuk pengikatan substrat protein (Disesuaikan dari Protein Data Bank ID no. 1 jbp).

Faktor transkripsi kepala garpu
Pengikatan DNA NLS Pr-Pr
6-Fosfofrukto-2-kinase / Fruktosa-2,6-bifosfatase
Reg katalisis Pr-Pr Katalisis Reg
Fenilalanin Hidroksilase
Reg Katalisis Pr-Pr
Reseptor EGF
Reg (peningkatan EGF Transmembran Katalisis Pr-Pr
200 400 600 800 1000 1200

Jumlah Residu
GAMBAR 5–9 Beberapa protein multidomairt. Persegi panjang menunjukkan urutan

polipeptida pada suatu faktor transkripsi kepala garpu; 6-fosfofrukto-2-kinase/
fruktosa-2,6-bifosfatase, suatu enzim bifungsi yang aktivitasnya dikendalikan dengan
cara timbal balik oleh efektor alosterik dan modifikasi kovalen (Bab 20); fenilalanin
hidroksilase (Bab 27 dan 29), yang aktivitasnya dirangsang oleh fosforilasi domain
pengaturnya; dan reseptor faktor pertumbuhan epidermal (EGF) (Bab 41), suatu
protein transmembran yang domain protein kinase intraselnya diatur melalui
pengikatan hormon peptida EGF pada domain ekstraselnya. Domain pengatur
diwarnai hijau, dornain katalitik biru tua dan biru muda, domain interaksi protein-
protein jingga muda, domain pengikat DNA jingga tua, urutan lokalisasi inti biru
sedang, dan domain transmembran kuning. Aktivitas kinase dan bifosfatase pada 6-
fosfofrukto-2-kinase/fruktose-2,6-bifosfatase dikatalisis oleh domain katalitik terdekat
N dan C-ujung, berturut-turut.
menggunakan kan cara matematika yang disebut sintesis tahap dan sumasi Fourier memberikan profil densitas
Fourier, yang menyajikan fungsi gelombang. Amplitudo elektron atau peta tiga dimensi bagaimana atom dihu-
gelombang berkaitan dengan intensitas bintik, tetapi karena bungkan atau dikaitkan satu sama lain. Kemampuan
gelombang tidak dalam fase, hubungan antara fase-fasenya beberapa enzim terkristal untuk mengkatalisis reaksi kimia
harus ditentukan kemudian Agar dapat untuk mem- sangat menunjukkan bahwa struktur-struktur yang ditentu-
perkirakan posisi dari atom yang memunculkan pola kan oleh kristalografi sesungguhnya mewakili struktur yang
difraksi. ada dalam larutan bebas.
Cara tradisional untuk menyelesaikan "masalah fase"
dilakukan menggunakan pemindahan isomorfosa. Spektroskopi Resonansi
Sebelum iradiasi, atom dengan "tanda" sinar-X tertentu Magnetik Nuklir
dimasukkan ke dalam kristal yang posisinya diketahui Spektroskopi resonansi magnetik nuklir (NMR = nuclear
dalam stuktur primer protein. Pemindahan isomorfosa megnetik resonance), suatu pelengkap kuat kristalografi sinar
atom berat pada umumnya menggunakan raksa atau x, mengukur penyerapan energi elektromagnetik frekuensi
uranium, yang mengikat residu sistein. Cara altematif radio oleh inti atom tertentu. Isotop "aktif NMR" dengan
menggunakan ekspresi protein rekombinan yang dikode- elemen yang sesuai secara biologi adalah 1H, 13C, 15N, dan 31P.
plasmid, lengan selenium menggantikan sulfur metionin. Frekuensi, atau pergeseran kimiawi, kondisi saat inti tertentu
Ekspresi menggunakan auksotrofik pejamu bakteri untuk menyerap energi, adalah fungsi dari gugus fungsional tempat
biosintesis metionin dan medium tertentu tempat tinggalnya dan kedekatan inti aktif NMR lainnya. Dahulu
selenometionin menggantikan metionin. Selain itu, bila pernah terbatas pada metabolit dan makromolekul yang relatif
struktur yang tidak diketahui serupa dengan yang telah kecil, ≤30 kDa, sekarang protein dan kompleks protein >100
dipecahkan, penggantian molekul pada model yang ada kDa dapat dianalisis dengan NMR. Spektroskopi NMR dua
menjadi cara menarik untuk membuat tahap data tanpa dimensi memungkinkan penyajian tiga dimensi suatu
menggunakan atom berat. Akhirnya, hasil dari pembuatan protein dikonstruksikan dengan menentukan kedekatan

inti-inti ini satu sama lain. Spektroskopi NMR menganalisis Model molekular juga digunakan untuk menduga struktur
protein dalam larutan encer. Tidak hanya meniadakan protein yang strukturnya tidak dapat diperoleh dengan
kebutuhan membentuk kristal (keuntungan tertentu bila sulit kristalografi sinar-X atau NMR. Algoritma struktur
mengkristalkan protein membran), cara ini memungkinkan sekunder menimbang kecenderungan residu tertentu untuk
pengamatan secara real-time terhadap perubahan konformasi menyatu ke dalam heliks a atau lembar β dalam protein
yang menyertai pengikatan ligand atau katalisis. Cara ini juga yang dipelajari sebelumnya untuk memperkirakan struktur
menawarkan kemungkinan suatu hari dapat mengamati sekunder polipeptida lain. Pada model homologi, struktur
struktur dan dinamika protein (dan metabolit) di dalam seI tiga dimensi suatu protein yang diketahui digunakan sebagai
hidup. cetakan untuk membangun model struktur protein terkait
yang mungkin. Ilmuwan sedang bekerja untuk menemukan
Mikroskop Krio-Elektron program komputer yang akan memperkirakan secara handal
Perkembangan dari mikroskop di tahun 1600-an oleh van konformasi tiga dimensi suatu protein secara langsung dari
Leeuwenhoek memicu revolusi dalam biologi. Untuk pertama urutan primernya, dengan demikian memungkinkan
kalinya, para ilmuwan mampu mendapatkan gambar dua penentuan struktur banyak protein yang belum diketahui
dimensi yang mengungkapkan sifat dari sel jaringan hidup yang saat ini belum ada cetakannya.
dan keberadaan dari organisme mikroba. Namun, resolusi
dari analisis mikroskopis dibatasi oleh panjang gelombang PELIPATAN PROTEIN
yang relatif panjang tersedia sumber dari radiasi
Protein adalah molekul yang dinamik secara konformasi
elektromagnetik, cahaya umumnya terlihat (4-7 × 10-7 m).
yang dapat melipat menjadi konformasi yang kompeten
Dengan bahan pelapis tersebar di monolayer dengan uranil
secara fungsional dalam rangka waktu milidetik. Selain itu,
asetat atau beberapa logam yang mengandung senyawa,
sering dapat melipat kembali bila konformasinya
mikroskop elektron [EM] dapat menghasilkan banyak
terganggu, atau terdenaturasi. Bagaimana proses yang
proyeksi gambar dua dimensi lainnya pada resolusi beberapa
hebat ini terjadi? Pelipatan menjadi keadaan asalnya
Angstrom dengan menggunakan elektron energi tinggi
tidak dilakukan sembarangan terhadap semua struktur
dengan panjang gelombang 1-10 × 10-12 m di tempat dari
yang mungkin. Protein yang terdenaturasi bukan hanya
cahaya terlihat.
kumparan acak. Kontak asli lebih didukung, dan
Sementara resolusi dari EM cukup tinggi untuk daerah struktur asli bertahan bahkan dalam keadaan
memvisualisasikan virus dan kompleks makromolekul denaturasi. Yang dibahas di bawah adalah faktor yang
besar, paparan aliran dari elektron energi tinggi dengan memfasilitasi dan fitur mekanistik dasar dari protein melipat
cepat menghancurkan bahan organik seperti protein dan pelipatan
polinukleutida. Mikroskop Krio-elektron (krio-EM) Konformasi Asli Suatu Protein Didukung
memperluas resolusi dari EM untuk bahan biologis dengan
menggunakan agen kriogenik seperti nitrogen cair dan Secara Termodinamik
helium cair untuk melindungi bahan organik dari Jumlah kombinasi sudut phi dan psi yang berbeda beda yang
kehancuran. Sementara tidak mampu mencapai resolusi menetapkan konformasi potensial pada polipeptida yang
tingkat atom dari kristalografi sinar-x dan spektroskopi relatif kecil—15 kDa sangatlah banyak. Protein dituntun
NMR, kemampuan dari krio-EM untuk menyelesaikan dan melalui labirin kemungkinan yang banyak ini oleh ter-
menganalisis makromolekul individu menjadi cocok untuk modinamik. Karena konformasi yang sesuai secara biologi—
mendeteksi keadaan konformasi dan kompleks. Selain itu, atau asli—pada suatu protein umumnya adalah salah satu
resolusi makromolekul yang memungkinkan krio-EM untuk yang didukung energi, pengetahuan konformasi asli
diterapkan pada analisis dari komponen individu dalam ditetapkan dalam urutan primer. Namun, bila ingin me-
sampel yang heterogen, sedangkan kristalografi dan NMR nunggu polipeptida menemukan konformasi aslinya
membutuhkan jumlah besar dari analit sangat murni. dengan pemeriksaan acak semua kemungkinan konformasi,
proses ini akan memerlukan milyaran tahun untuk selesai.
Jelas, di alam, pelipatan protein terjadi dengan cara yang
Model Molekular lebih teratur dan tertuntun.
Tambahan yang bernilai pada penentuan empiris struktur
tiga dimensi protein adalah penggunaan teknologi komputer Pelipatan Bersifat Modular
untuk model molekular. Saat struktur tiga dimensi diketahui, Pelipatan protein pada umumnya terjadi melalui proses yang
program dinamika molekular dapat digunakan untuk bertahap. Pada tahap pertama, saat polipeptida yang baru
meniru dinamika konformasional suatu protein dan faktor- disintesis muncul dari ribosom, segmen pendek melipat
faktor seperti suhu, pH, kekuatan ion, atau substitusi asam menjadi unit struktural yang menyediakan daerah setempat
amino yang mempengaruhi gerakan ini. Program perakitan yang strukturnya teratur. Pelipatan sekarang berkurang
molekular meniru interaksi yang terjadi saat protein menjadi pemilihan susunan yang tepat pada jumlah elemen
berhadapan dengan substrat, inhibitor, atau ligan lain. struktural sekunder yang relatif sedikit ini. Pada tahap kedua,
Skrining virtual untuk molekul yang mungkin berinteraksi daerah hidrofobik memisahkan diri ke bagian dalam protein
dengan tempat kunci pada suatu protein yang menarik jauh dari pelarut, membentuk "tetesan meleleh", suatu
secara biomedik, banyak digunakan untuk mempermudah polipeptida yang melipat sebagian hingga modul struktur
penemuan obat-obat baru. sekunder tersusun kembali sampai tercapai konformasi

yang matang. Proses ini teratur, tetapi tidak kaku. Kelen- O O

O
turan yang amat sangat ini terdapat dengan dan urutan H
N
H
N
α1′
yang elemen struktur sekundernya dapat disusun kembali. α1 N α1 N
Secara umum, setiap elemen struktur sekunder atau super R1 α1′ R1
sekunder mempermudah pelipatan yang tepat dengan me- O
ngarahkan proses pelipatan menuju konformasi asli dan
menjauhi cara lain yang tidak produktif. Untuk protein GAMBAR 5–10 Isomerisasi ikatan peptida N-`1 prolil dari
oligomerik, protomer satu persatu cenderung melipat konfigurasi relatif cis menjadi trans terhadap rangka utama polipeptida.
sebelum berasosiasi dengan subunit lain.
oleh peningkatan insiden dari pelipatan yang tidak tepat
Protein Penolong Membantu Pelipatan mengandung protein disulfida .
Pada keadaan laboratorium yang tepat, banyak protein akan
melipat kembali secara spontan setelah terdenaturasi (yaitu Prolin-cis, trans-lsomerase
terbuka) oleh penambahan asam atau basa, agen chaotropik, Semua ikatan peptida X-Pro—X adalah setiap residu—
atau deterjen. Namun, pelipatan kembali pada kondisi- disintesis dalam konfigurasi trans. Namun, dari ikatan X-Pro
kondisi ini lambat—beberapa menit sampai jam. Selain itu, protein matang, sekitar 6% adalah cis. Konfigurasi cis
banyak protein tidak melipat kembali secara spontan in vitro. terutama sering pada belokan β. Isomerisasi dari trans
Sebaliknya protein membentuk agregat yang tidak larut, menjadi cis dikatalisis oleh enzim prolin-cis, trans-isomerase,
kompleks tak teratur dengan polipeptida yang tidak melipat sebuah famili dari enzim juga dikenal sebagai siklofilin
atau melipat sebagian yang disatukan oleh interaksi (Gambar 5-10). Selain untuk mempromosikan pematangan
hidrofobik. Agregat menunjukkan ujung mati yang tidak dari protein asli, siklofilin juga berpartisipasi dalam pelipatan
produktif pada proses pelipatan. Sel menggunakan protein dari protein diungkapkan oleh penyerang viral. Akibatnya,
penolong untuk mempercepat proses pelipatan dan menun- siklofilin sedang dikejar sebagai target untuk pengembangan
tunnya menuju akhir yang produktif. dari obat-obatan seperti siklosporin dan Alisporivir untuk
pengobatan dari HIV, hepatitis C dan penyakit viral menular
Chaperon lainnya.
Protein chaperon berperan dalam pelipatan lebih dari
separuh semua protein mamalia. Keluarga hsp70 (heat shock Pelipatan Adalah Proses Dinamik
protein 70 kDa) chaperon mengikat urutan pendek asam Protein adalah molekul dinamik secara konformasi yang
amino hidrofobik yang muncul saat polipeptida baru sedang dapat melipat dan membuka ratusan atau ribuan kali dalam
disintesis, yang melindunginya dari pelarut. Chaperon masa hidupnya. Bagaimana protein, yang pemah terbuka,
mencegah agregasi, dengan demikian memberikan kese- melipat kembali dan mengembalikan konformasi fungsio-
mpatan untuk pembentukan elemen struktural sekunder nalnya? Pertama, pembukaan jarang menyebabkan rando-
yang tepat dan koalesen selanjutnya menjadi tetesan misasi lengkap rantai polipeptida di bagian dalam sel.
meleleh. Keluarga hsp60 chaperon, yang kadangkala disebut Protein yang terbuka umumnya mempertahankan
chaperonin, yang berbeda urutan dan strukturnya dari sejumlah kontak dan daerah struktur sekunder yang
hsp70 dan homolognya. Hsp60 bertindak lebih lanjut dalam mempermudah proses pelipatan kembali. Kedua, protein
proses pelipatan, seringkali bersama dengan chaperon hsp70. chaperon dapat "menyelamatkan" protein yang terbuka
Rongga tengah chaperon hsp60 yang berbentuk donat yang telah terperangkap secara termodinamik dalam ujung
memberikan lingkungan terlindung sehingga polipeptida mati yang salah lipat dengan membuka daerah hidrofobik
dapat melipat sampai semua daerah hidrofobik terpendam yang terbuka serta memberikan kesempatan kedua untuk
dalam bagian dalamnya, dengan demikian memiliki melipat produktif. Glutation dapat mengurangi ikatan
kecenderungan menjadi agregasi. disulfida yang tidak tepat yang mungkin terbentuk pada
pajanan terhadap agen pengoksidasi seperti O2, hidrogen
Protein Disulfida Isomerase peroksida, atau superoksida (Bab 54).
Ikatan disulfida di antara dan di dalam polipeptida
menstabilkan struktur tersier dan kuarterner. Proses ini KEKACAUAN KONFORMASI
dimulai oleh oksidase enzim protein sulfhidril, yang
mengkatalis oksidasi dari residu sistein membentuk ikatan PROTEIN DAPAT MEMILIKI
disulfida. Namun, pembentukan ikatan disulfida tidak
spesifik—sistein tertentu dapat membentuk ikatan disulfida
AK1BAT PATOLOGIK
dengan -SH pada setiap residu sisteinil yang dapat dicapai. Prion
Dengan mengkatalisis pertukaran disulfida, pecahnya ikatan
Ensefalopati spongiformis yang dapat ditularkan, atau
S-S dan pembentukannya kembali dengan partner sistein yang
penyakit prion, adalah penyakit neurodegeneratif fatal
berbeda, protein disulfida isomerase mempermudah pemben-
yang ditandai oleh perubahan spongiformis, glio-
tukan ikatan disulfida yang menstabilkan konformasi asli
mastrosit, dan kehilangan neuron akibat deposisi agregat
suatu protein. Karena banyak oksidase sulfhidril eukariotik
protein tak larut dalam sel-sel saraf. Penyakit ini
flavin dependen, defisiensi riboflavin diet seringkali disertai
mencakup penyakit Creutzfeldt-Jakob pada manusia, scrapie

pada domba, dan ensefalopati spongiformis sapi (penyakit

sapi gila) pada sapi. Bentuk varian penyakit Creutzfeldt-
KOLAGEN MENGGAMBARKAN
Jakob (vCJD) yang mengenai pasien lebih muda PERAN PROSES
menyebabkan kelainan psikiatrik dan perilaku yang
awitannya dini. Penyakit prion dapat bermanifes sebagai PASCATRANSLASI DALAM
kelainan infeksi, genetik, atau sporadik. Karena tidak ada gen PEMATANGAN PROTEIN
bakteri atau virus yang mengkode protein prion patologik
yang dapat dikenali, sumber dan mekanisme penularan Pematangan Protein Seringkali
penyakit prion tetap sulit dipahami. Melibatkan Pembuatan &
Sekarang diketahui bahwa penyakit prion adalah pe- Pemecahan Ikatan Kovalen
nyakit konformasi protein yang ditularkan dengan Pematangan protein menjadi keadaan struktur akhirnya
mengubah konformasi, dan dengan demikian sifat fisik sering melibatkan pemecahan atau pembentukan (atau
protein yang endogen terhadap pejamunya. Protein terkait- keduanya) ikatan kovalen, suatu proses modifikasi pas-
prion (PrP) manusia, suatu glikoprotein yang dikode pada catranslasi. Banyak polipeptida awalnya disintesis sebagai
lengan pendek kromosom 20, normalnya monomerik dan prekursor besar yang disebut proprotein. Segmen polipeptida
kaya akan heliks a. Protein prion patologik beperan sebagai "ekstra" dalam proprotein ini sering berperan sebagai urutan
cetakan untuk transformasi konformasional PrP normal, yang pemimpin yang menargetkan polipeptida pada organel
dikenal sebagai PrPc, menjadi PrPsc. PrPsc kaya akan lembar β tertentu atau mempermudah lewat melalui membran.
dengan banyak rantai samping aminoasil hidrofobik yang Segmen lain memastikan bahwa aktivitas protein yang
terpajan dengan pelarut. Saat setiap molekul PrPsc baru potensial berbahaya seperti protease tripsin dan kimotripsin
terbentuk, molekul ini memicu pembentukan varian yang tetap dihambat sampai protein-protein ini mencapai tujuan
lebih patologik dalam suatu reaksi rantai konformasional. akhimya. Namun, bila keperluan sementara ini terpenuhi
Karena molekul PrPsc berikatan kuat satu sarna lain medan peptida yang berlebihan ini sekarang dihilangkan oleh
lalui daerah hidrofobik yang terpajan, unit PrPsc yang proteolisis selektif. Modifikasi kovalen lain dapat terjadi yang
berkumpul akan bersatu membentuk agregat resisten menambahkan fungsi kimia baru pada suatu protein. Pe-
protease yang tidak Iarut. Karena satu prion patologik atau matangan kolegen menggambarkan kedua proses ini.
protein terkait prion dapat berperan sebagai cetakan untuk
transformasi konformasional beberapa kali jumlah molekul Kolagen Adalah Protein Fibrosa
PrPc, penyakit prion dapat ditularkan oleh protein saja tanpa Kolagen adalah protein fibrosa yang paling banyak yang
keterlibatan DNA atau RNA. menyusun lebih dari 25% massa protein dalam tubuh
manusia. Protein fibrosa lain yang menonjol adalah keratin
Penyakit Alzheimer dan miosin. Protein-protein fibrosa ini mewakili sumber
Pelipatan kembali atau salah lipat pada protein lain yang di utama kekuatan struktural untuk sel-sel (yaitu sitoskeleton)
dalam jaringan otak manusia, β-amiloid, adalah gambaran dan jaringan. Kulit mendapatkan kekuatan dan kelenturan-
menonjol penyakit Alzheimer. Walaupun penyebab utama nya dari jala serat kolagen dan keratin yang saling berpilin,
penyakit Alzheimer tetap sulit dipahami, plak senil yang khas sedangkan tulang dan gigi ditahan oleh jaringan dasar dari
dan berkas neurofibriler mengandung agregat protein β- serat kolagen yang analog dengan untai baja dalam baja
amiloid, suatu polipeptida 4,3 kDa yang dihasilkan oleh bertulang. Kolagen juga ada dalam jaringan ikat seperti
pemecahan proteolitik protein lebih besar yang dikenal ligamen dan tendon. Derajat daya rentang yang tinggi
sebagai protein prekursor amiloid. Pada pasien penyakit diperlukan untuk memenuhi peran struktural ini memerlu-
Alzheimer, kadar β-amiloid meningkat, dan protein ini kan pemanjangan protein yang ditandai oleh urutan asam
mengalami transformasi konformasional dari keadaan kaya amino berulang dan struktur sekunder yang teratur.
a heliks yang larut menjadi keadaan kaya lembar β dan
rentan agregasi sendiri. Apolipoprotein E telah menjadi Kolagen Membentuk Heliks Tripel yang Unik
mediator potensial transformasi konformasional ini. Tropokolagen, unit berulang pada serat kolagen matang,
terdiri dari tiga polipeptida kolagen, masing-masing
Talasemia Beta mengandung sekitar 1000 asam amino, yang diikat bersama
Talasemia disebabkan oleh defek genetik yang mengganggu dalam konformasi unik, heliks tripel kolagen (Gambar 5-11).
sintesis salah satu subunit polipeptida pada hemoglobin (Bab
6). Selama ledakan sintesis hemoglobin yang terjadi selama Urutan asam
–Gly – X – Y – Gly – X – Y – Gly – X – Y –
amino
perkembangan eritrosit, chaperon khusus yang disebut
protein penstabil hemoglobin a (AHSP = α hemoglobin
stabilizing protein) berikatan dengan subunit α hemoglobin Struktur 2o
bebas yang menunggu penyatuan ke multimer hemoglobin.
Tanpa chaperon ini, subunit hemoglobin a bebas akan
beragregasi, dan presipitat yang dihasilkan berefek sito- Heliks tripel
toksik pada eritrosit yang sedang berkembang. Penelitian

terhadap mencit yang diubah secara genetik, mengesankan GAMBAR 5–11 Struktur kolagen primer, sekunder, dan tersier.
peran AHSP dalam mengubah derajat talasemia β pada
manusia.

Serat kolagen matang membentuk batang panjang dengan skorbut, akibat defisiensi vitamin C makanan yang
rasio aksial sekitar 200. Tiga untai polipeptida yang saling diperlukan oleh prolil dan lisil hidroksilase. Defisit residu
berpilin, yang berpilin ke kiri, membungkus satu sama lain hidroksiprolin dan hidroksilisin merusak kestabilan kon-
dengan berpilin ke kanan membentuk heliks tripel kolagen. formasional serat kolagen, yang menyebabkan gusi ber-
Posisi superheliks berlawanan ini dan polipeptida kom- darah, pembengkakan sendi, penyembuhan luka lambat,
ponennya membuat heliks tripel kolagen sangat sulit dibuka dan akhirnya kematian. Sindrom Menkes, yang ditandai
—prinsip yang juga berlaku pada kabel baja jembatan oleh rambut rapuh dan retardasi pertumbuhan, mencer-
suspensi. Heliks tripel kolagen memiliki 3,3 residu per minkan defisiensi tembaga pada makanan yang diperlukan
putaran dan peningkatan per residu hampir dua kali sebuah oleh lisil oksidase, yang mengkatalisis langkah kunci dalam
heliks a. Gugus R setiap untai polipeptida kemasan heliks pembentukan ikatan silang kovalen yang menguatkan serat
tripel begitu dekatnya sehingga, agak pas, satu dari tiga kolagen.
harus H. Jadi, setiap residu asam amino ketiga dalam Kelainan genetik biosintesis kolagen termasuk beberapa
kolagen adalah residu glisin. Pengejutan tiga untai ini bentuk osteogenesis imperfekta, ditandai oleh tulang rapuh.
memberikan posisi yang tepat pada glisin yang diperlukan di Pada sindrom Ehlers-Danlos, sekelompok kelainan jaringan
sepanjang heliks. Kolagen juga kaya akan prolin dan ikat yang melibatkan gangguan integritas struktur
hidroksiprolin, yang menghasilkan pola Gly-X-Y berulang penunjang, defek dalam gen yang mengkode α kolagen-1,
(Gambar 5-11) yang Y umumnya prolin atau hidroksiprolin. prokolagen N-peptidase, atau lisil hidroksilase menyebabkan
Heliks tripel kolagen distabilkan oleh ikatan hidro- kelainan kulit dan sendi bergerak (lihat juga Bab 50).
gen di antara residu-residu dalam rantai polipeptida
yang berbeda, suatu proses yang dibantu oleh gugus
hidroksil residu hidroksiprolil. Tambahan kestabilan di- RINGKASAN
berikan oleh ikatan silang kovalen yang terbentuk antara ■ Protein dapat digolongkan berdasarkan kelarutan, bentuk, atau
residu lisil yang diubah di dalam dan di antara rantai-rantai fungsi atau adanya gugus prostetik, seperti heme.
polipeptida. ■ Struktur primer yang dikode gen pada suatu polipeptida adalah
urutan asam aminonya. Struktur sekundernya dihasilkan dari
Kolagen Disintesis pelipatan polipeptida menjadi motif terikat hidrogen seperti
Sebagai Prekursor Besar heliks α, lembar berlipat β, tekukan β, dan lengkungan.
Kombinasi motif ini dapat membentuk motif supersekunder.
Kolagen pada awalnya disintesis sebagai polipeptida
prekursor yang lebih besar, prokolagen. Banyak residu ■ Struktur tersier berkenaan dengan hubungan antara domain-
prolil dan lisil pada prokolagen dihidroksilasi oleh prolil domain struktur sekunder. Struktur quaterner protein dengan
dua atau lebih polipeptida (protein oligomerik) berkenaan
hidroksilase dan lisil hidroksilase, enzim yang me-
dengan hubungan ruang antara berbagai jenis polipeptida.
merlukan asam askorbat (vitamin C; lihat Bab 27 dan
44). Residu hidroksiprolil dan hidroksilisil meningkatkan ■ Struktur primer distabilkan oleh ikatan peptida kovalen.
Urutan struktur yang lebih tinggi distabilkan oleh gaya lemah
kemampuan pengikatan hidrogen yang menstabilkan
—ikatan hidrogen multipel, ikatan garam (elektrostatik), dan
protein matang. Selain itu, glukosil dan galaktosil transferase
asosiasi gugus-gugus R hidrofobik.
melekatkan residu glukosil atau galaktosil pada gugus ■ Sudut phi (Φ) suatu polipeptida adalah sudut pada ikatan
hidroksil residu hidroksilisil tertentu. Ca[N; sudut psi ( Ψ) adalah antara ikatan Ca[Co. Sebagian
Bagian tengah polipeptida prekursor kemudian bersatu besar kombinasi sudut phi—psi tidak dimungkinkan karena
dengan molekul lain membentuk heliks tripel yang khas. Proses penghindaran sterik. Sudut phi-psi yang membentuk heliks α
ini disertai penghilangan ujung amino globular dan dan lembar β masung-masing terletak dalam kuadran kiri
perluasan ujung karboksil polipeptida prekursor oleh bawah dan atas gambar Ramachandran.
proteolisis tertentu. Residu lisil tertentu diubah oleh lisil ■ Pelipatan protein adalah proses yang belum dimengerti. Pada
oksidase, suatu protein yang mengandung tembaga yang umumnya, segmen pendek polipeptida yang baru disintesis
mengubah gugus ε amino menjadi aldehida. Aldehida dapat melipat menjadi unit struktural sekunder. Gaya yang
menjalani kondensasi aldol membentuk ikatan ganda C=C memendam daerah hidrofobik dari pelarut kemudian
atau pun membentuk basa Schiff (eneimina) dengan gugus ε mendorong polipeptida yang melipat sebagian ke dalam
amino sebuah residu lisil yang tak berubah, yang selanjutnya sebuah "tetesan meleleh", di sini modul-modul struktur
sekunder disusun kembali memberikan konformasi asli
direduksi membentuk ikatan tunggal C-N. Ikatan kovalen ini
protein.
mengikat silang polipeptida tersendiri dan memberikan
■ Protein yang membantu pelipatan adalah protein disulfida
kekuatan dan kekakuan yang luar biasa.
isomerase, prolin cis, trans-isomerase, dan chaperon yang
berperan dalam pelipatan lebih dari separuh protein mamalia.
Kelainan Nutrisi dan Genetik Dapat Chaperon melindungi polipeptida yang baru disintesis dari
Mengganggu Pematangan Kolagen pelarut dan memberikan lingkungan untuk elemen struktur
sekunder agar timbul dan berkoalesen menjadi tetesan meleleh.
Rangkaian kejadian yang rumit dalam pematangan ko-
lagen memberikan model yang menggambarkan akibat segi ■ Peneliti biomedis saat ini bekerja untuk mengembangkan
agen yang mengganggu pelipatan dari protein viral dan prion
biologi pada pematangan polipeptida yang tidak sempuma.
sebagai obat untuk pengobatan pada hepatitis C dan berbagai
Defek biosintesis kolagen yang diketahui baik adalah
gangguan dari neurodegeneratif.

■ Kristalografi sinar X dan NMR adalah teknik kunci yang Jorgensen WL: The many roles of computation in drug discovery.
digunakan untuk mempelajari urutan struktur protein yang Science 2004;303:1813.
lebih tinggi. Jucker M, Walker LC: Self-propagation of pathogenic protein ag-
gregates in neurodegenerative diseases. Nature 2013;501:45.
■ Sementara kekurangan resolusi tingkat atom dari
kristalografi sinar-x atau NMR, krio-EM telah muncul Kim YE, Hipp MS, Bracher A, et al: Molecular chaperone func-
sebagai alat yang ampuh untuk menganalisis dinamika tions in protein folding and proteostasis. Annu Rev Biochem
2013;82:323.
makromolekul dari makromolekul biologis dalam sampel
heterogen. Kong Y, Zhou S, Kihm AJ, et al: Loss of alpha-hemoglobin-stab-
■ Prion—partikel protein yang tidak memiliki asam nukleat— ilizing protein impairs erythropoiesis and exacerbates beta-
menyebabkan ensefalopati spongiformis fatal yang dapat thalassemia. J Clin Invest 2004;114:1457.
ditularkan seperti penyakit Creutzfeldt-Jakob, scrapie, dan Kwan AH, Mobli M, Gooley PR, et al: Macromolecular NMR sp-
ectroscopy for the non-spectroscopist. FEBS J 2011; 278:687.
ensefalopati spongiformis sapi. Penyakit prion berkenaan
Lee J, Kim SY, Hwang KJ, et al: Prion diseases as transmissible
dengan perubahan struktur sekunder-tersier pada protein zoonotic diseases. Osong Public Health Res Perspect
yang timbul alamiah, PrPc. Saat PrPc berinteraksi dengan 2013;4:57.
isoform patologiknya PrPSc, konformasinya berubah dari Milne JLS, Borgnia MJ, Bartesaghi A, et al: Cryo-electron micro-
struktur heliks α yang menonjol menjadi struktur lembar β scopy: A primer for the non-microscopist. FEBS J
yang khas untuk PrPSc. 2013;280:28.
■ Kolagen menggambarkan ikatan kuat antara struktur Manthey KC, Chew YC, Zempleni J: Riboflavin deficiency impai-
protein dan fungsi biologi. Penyakit pematangn kolagen rs oxidative folding and secretion of apolipoprotein B-100 in
adalah sindrom Ehlers-Danlos dan penyakit defisiensi HepG2 cells, triggering stress response systems. J Nutr
vitamin C skorbut. 2005;135:978.
Myllyharju J: Prolyl 4-hydroxylases, the key enzymes of collagen
biosynthesis. Matrix Biol 2003;22:15.
REFERENSI Narayan M: Disulfide bonds: Protein folding and subcellular pr-
Doyle SM, Genest O, Wickner S: Protein rescue from aggregates by otein trafficking. FEBS J 2013;279:2272.
powerful molecular chaperone machines. Nat Rev Mol Cell Rider MH, Bertrand L, Vertommen D, et al: 6-Phosphofructo-2-
Biol 2013;10:617. kinase/fructose-2,6-bisphosphatase: head-to-head with a
Frausto SD, Lee E, Tang H: Cyclophilins as modulators of viral re- bifunctional enzyme that controls glycolysis. Biochem J
plication. Viruses 2013;5:1684. 2004;381:561.
Hartl FU, Hayer-Hartl M: Converging concepts of protein folding Shoulders MD, Raines RT: Collagen structure and stability. Annu
in vitro and in vivo. Nat Struct Biol 2009;16:574. Rev Biochem 2009;78:929.
Ho BK, Thomas A, Brasseur R: Revisiting the Ramachandran plot:
hard-sphere repulsion, electrostatics, and H-bonding in the a-
helix. Protein Sci 2003;12:2508.

Soal ujian
Bagian I - Protein: Struktur & Fungsi E. Untuk mempermudah, daya dari basa lemah umumnya
dinyatakan sebagai pKa pada asam konjugasi.
Jelaskan bagaimana pengamatan Buchner di bagian pada awal 11. Pilih salah satu dari pernyataan berikut yang TIDAK BENAR.
abad ke-20 menyebabkan penemuan dari rincian pada A. Jika pKa asam lemah adalah 4,0, 50% dari molekul akan
fermentasi.
lingkungan adalah 4,0. dalam keadaan dipisahkan saat pH
Berikan beberapa nama dari penemuan paling awal yang diikuti dari sekitarnya
realisasi bahwa persiapan sel bebas dari sel ragi bisa
B. Sebuah asam lemah dengan pKa dari 4,0 akan menjadi
mengkatalisis proses fermentasi. penyangga lebih efektif pada pH 3,8 daripada pH 5,7.
Berikan beberapa nama dari jenis persiapan jaringan yang awal C. Pada pH sama dengan pI yang polipeptidanya tidak membawa
ahli biokimia abad ke-20 yang digunakan untuk belajar gugus bermuatan.
glikolisis dan urea biosintesis, dan untuk menemukan peran D. Asam kuat dan basa dinamakan demikian karena
dari vitamin derivatif. menjalani pemisahan lengkap ketika dilarutkan dalam air.
Jelaskan bagaimana ketersediaan dari isotop radioaktif E. PKa dari gugus terionisasi dapat dipengaruhi oleh sifat fisik
memfasilitasi identifikasi pada intermediet metabolisme. dan kimia dari lingkungan sekitarnya.
Beberapa nama "kesalahan metabolisme dari bawaan" yang 12. Pilih salah satu dari pernyataan berikut yang TIDAK BENAR.
diidentifikasi oleh dokter Archibald Garrod. A. Tujuan utama dari proteomik adalah untuk
Berikan contoh mengutip dalam metabolisme lipid yang mengidentifikasi semua dari protein hadir dalam sel di
menghubung-kan pendekatan dari biokimia dan genetik telah bawah kondisi yang berbeda serta keadaan-keadaan dari
memberikan kontribusi terhadap kemajuan dari kedokteran modifikasi.
dan biokimia. B. Spektrometri massa sebagian besar telah menggantikan
Berikan beberapa nama lengkap dari organisme "model" yang metode Edman untuk pengurutan dari peptida dan protein.
genom dapat selektif diubah untuk memberikan wawasan ke C. Sanger reagen adalah perbaikan pada Edman karena
dalam proses biokimia. sebelumnya menghasilkan terminus amino baru, yang
8. Pilih salah satu dari pernyataan berikut yang TIDAK BENAR. memungkinkan beberapa siklus berturut-turut dari
Kecenderungan dari molekul air untuk membentuk ikatan pengurutan berlangsung.
hidrogen dengan satu sama lain adalah faktor utama yang D. Karena massa adalah properti universal dari semua atom
bertanggung jawab untuk semua properti berikut dari air dan molekul, spektrometri massa sangat ideal untuk
KECUALI: deteksi pada modifikasi pascatranslasi dalam protein.
A. Titik didihnya atipikal tinggi. E. Masa waktu perjalanan spektrometer massa mengambil
B. Yang panasnya tinggi dari penguapan. manfaat dari hubungan F = ma.
C. Tegangan permukaan yang tinggi. 13. Mengapa minyak zaitun ditambahkan ke air cenderung
D. Kemampuannya untuk melarutkan hidrokarbon. membentuk tetesan besar?
E. Ekspansinya pada pembekuan.
14. Apa yang membedakan dasar yang kuat dari basa lemah?
9. Pilih salah satu dari pernyataan berikut yang TIDAK BENAR. A.
Rantai samping dari sistein asam amino dan metionin me- 15. Pilih salah satu dari pernyataan berikut yang TIDAK BENAR.
nyerap cahaya pada 280 nm. A.kromatografi pertukaran ion memisahkan protein
berdasarkan tanda dan besarnya dari daya pada pH
B. Glisin sering hadir di regio polipeptida di mana membentuk
tertentu .
lengkungan tajam, membalik arah dari polipeptida. B. Elektroforesis gel dua dimensi memisahkan protein
C. Polipeptida diberi nama sebagai turunan dari ujung residu pertama atas dasar dari nilai-nilai pI dan kedua pada massa
aminoasi C. daya rasio menggunakan SDS-PAGE.
D. Atom C, N, O, dan H dari ikatan peptida yang koplanar.
E. Sebuah pentapeptida linier berisi empat ikatan peptida. C. Kromatografi afinitas mengeksploitasi selektivitas dari
interaksi protein ligan untuk mengisolasi protein tertentu
Pilih salah satu dari pernyataan berikut yang TIDAK BENAR. dari campuran kompleks.
A. Penyangga jaringan manusia termasuk bikarbonat, protein, D. Banyak protein rekombinan disajikan dengan domain
dan ortofosfat. tambahan menyatu ke N- atau C-terminus. Salah satu
B. Suatu asam lemah atau basa lemah menunjukkan kapasitas komponen umum dari domain fusi ini adalah situs ligan
penyangga terbesar ketika pH sama dengan ditambah pKa mengikat dirancang tegas untuk memfasilitasi pemurnian
atau kurang satu unit pH. oleh kromatografi afinitas.
C. PH isoelektrik (pI) dari lisin dapat dihitung dengan E. Berikut pemurnian oleh teknik klasik, tandem spektrometri
menggunakan rumus (pK2 + PK3) / 2. massa biasanya digunakan untuk menganalisis peptida
homogen individu berasal dari campuran protein
D. Mobilitas dari asam lemah monofungsional dalam bidang
listrik arus searah mencapai maksimum ketika pH dari kompleks.
lingkungan sekitarnya adalah sama dengan pKa nya.
49

16. Pilih salah satu dari pernyataan berikut yang TIDAK BENAR. D. Pembentukan dari heliks distabilkan oleh ikatan hidrogen
A.Pelipatan protein dibantu oleh intervensi dari protein antara masing-masing ikatan peptida karboksil oksigen
tambahan khusus yang disebut chaperon. dan gugus N-H dari ikatan peptida berikutnya.
B. Pelipatan protein cenderung modular, dengan bidang dari E. Dalam lembaran β gugus R dari residu yang berdekatan
struktur sekunder lokal pertama membentuk, kemudian menunjuk dalam arah yang berlawanan relatif terhadap
penggabungan menjadi globul cair. bidang dari lembaran.
C. Pelipatan protein pertama didorong dan terutama oleh 21. Pilih salah satu dari pernyataan berikut yang TIDAK BENAR.
termodinamika dari molekul air di sekitarnya polipeptida
A. Deskriptor α2β2γ3 menunjukkan protein dengan tujuh
baru lahir.
subunit dari tiga jenis.
D. Pembentukan dari ikatan S-S dalam protein matang B. Lengkungan diperpanjang regio yang menghubungkan
difasilitasi oleh protein enzim disulfida isomerase. regio yang berdekatan dari struktur sekunder.
E. Hanya beberapa protein yang tidak biasa, seperti kolagen, C. Lebih dari setengah pada residu dalam protein tipikal
memerlukan memproses pascatranslasi oleh proteolisis berada antara heliks atau lembaran β.
parsial untuk mencapai konformasi matang. D. Kebanyakan lembar β memiliki putaran tangan kanan.
17. Memperkirakan pI untuk polielektrolit yang berisi tiga gugus E. Prion adalah virus yang menyebabkan penyakit pelipatan
karboksil dan tiga gugus amino yang nilai pKa 4.0, 4.6, 6.3, 7.7, protein yang menyerang otak.
8.9, dan 10.2. 22. Apa keuntungan gugus asam dari asam fosfat yang
18. Keadaan satu kelemahan dari kategorisasi protein asam amino berhubungan dengan pK2 memberikan untuk penyangga pada
hanya sebagai "penting" atau "tidak penting"? jaringan manusia?
19. Pilih salah satu dari pernyataan berikut yang TIDAK BENAR. Konstanta disosiasi untuk asam amino rasemik sebelumnya
A.Modifikasi pascatranslasi dari protein dapat mempengaruhi terkarakterisasi ditemukan di meteor telah ditentukan untuk
fungsi dan keadaan metabolisme. menjadi pK1 = 2,0, pK2 = 3,5, PK3 = 6,3, pK4 = 8,0, PK5 = 9,8,
B. Keadaan konformasi asli umumnya adalah bahwa yang dan pK7 = 10,9:
disukai termodinamika. A.Apa karboksil atau gugus fungsional amino yang anda
C. Struktur tiga dimensi yang kompleks dari kebanyakan harapkan untuk dihubungkan dengan masing-masing
protein terbentuk dan distabilkan oleh efek kumulatif dari disosiasi?
sejumlah besar pada interaksi lemah. B. Kira-kira apa yang akan menjadi muatan bersih pada asam
amino ini pada pH 2?
D. Penelitian ilmuwan menggunakan susunan gen untuk
mendeteksi tinggi laju kehadiran dan ekspresi tingkat dari C. Kira-kira apa yang akan menjadi muatan bersih tersebut
protein. pada pH 6,3?
E. Contoh dari interaksi lemah yang menstabilkan pelipatan D. Selama elektroforesis arus searah pada pH 8,5, ke arah
protein termasuk ikatan hidrogen, jembatan garam, dan mana elektroda akan asam amino ini cenderung untuk
pasukan van der Waals. bergerak?
20. Pilih salah satu dari pernyataan berikut yang TIDAK BENAR. 24. Penyangga biokimia adalah senyawa yang cenderung untuk
menolak perubahan pH bahkan ketika asam atau basa
A.Perubahan konfigurasi melibatkan pecahnya dari ikatan
kovalen. ditambahkan. Apa dua sifat yang diperlukan dari penyangga
fisiologis yang efektif? Selain fosfat, apa senyawa fisiologis
B. Perubahan konformasi melibatkan rotasi dari satu atau lebih lainnya memenuhi kriteria tersebut?
ikatan tunggal.
25. Nama dua asam amino yang modifikasi pascatranslasi
C. Gambar Ramachandran menggambarkan sejauh mana sudut memberikan sifat baru yang signifikan untuk protein.
membatasi gangguan sterik diperbolehkan dari ikatan tunggal
dalam tulang punggung pada peptida atau protein . 26. Jelaskan mengapa diet kekurangan (a) tembaga (Cu) atau (b)
memimpin asam askorbat untuk memproses pascatranslasi
lengkap dari kolagen.
27. Menggambarkan peran dari urutan ujung sinyal N dalam
biosintesis pada protein tertentu.

B A G I A N Enzim: Kinetik,
Mekanisme, Peraturan,
II & Bioinformatika
6
B A B
Protein: Mioglobin
& Hemoglobin
TUJUAN ■ Menjelaskan persamaan dan perbedaan struktur yang paling penting antara
mioglobin dan hemoglobin.
Setelah memperlajari bab ini, ■ Menggambarkan kurva pengikatan untuk oksigenasi mioglobin dan hemoglobin.
Anda diharapkan dapat: ■ Mengidentifikasi tautan kovalen dan kemiripan lain antara heme dan globin
dalam oksimioglobin dan oksihemoglobin.
■ Menjelaskan mengapa fungsi fisiologis hemoglobin mensyaratkan kurva
pengikatan O2-nya sigmoid dan bukan hiperbola.
■ Menjelaskan peran lingkungan yang tak ramah (hindered environment) pada
kemampuan hemoglobin mengikat karbon monoksida.
■ Menjelaskan P50 dan signifikasinya pada transpor dan penyaluran oksigen.
■ Menjelaskan perubahan-perubahan struktural dan konformasional pada
hemoglobin yang menyertai oksigenasi dan dilanjutkan dengan
deoksigenasinya.
■ Menjelaskan peran 2,3-bisfosfogliserat (BPG) dalam pengikatan dan penyaluran
oksigen.
■ Menguraikan secara garis besar peran hemoglobin dalam transpor CO2 dan
proton, dan menjelaskan perubahan-perubahan yang menyertai pada pKa gugus
imidazolium yang relevan.
■ Menjelaskan akibat penurunan pO2 pada struktur HbS.
■ Mengidentifikasi cacat metabolik yang terjad sebagai akibat talasemia α dan β
KEPENTINGAN BIOMEDIS kekurangan oksigen. Beberapa subunit pada hemoglobin,

eritrosit pada protein tetrametrik, berinteraksi secara
Pengiriman yang efisien oksigen dari paru-paru ke jaringan kooperatif yang memungkinkan transporter ini untuk
perifer dan pemeliharaan cadangan jaringan untuk melepas proporsi yang tinggi dari terikat O2 di jaringan
melindungi terhadap episode anoksik sangat penting untuk perifer sekaligus mempertahankan kapasitas untuk mengikat
kesehatan. Pada mamalia, fungsi-fungsi ini dilakukan oleh secara efisien di dalam paru-paru. Selain memberikan O2,
homolog protein heme hemoglobin dan mioglobin, masing- hemoglobin membersihkan produk limbah respirasi, CO2
masing. Mioglobin, protein monomeri otot merah, dan proton, untuk transportasi ke dan pembuangan akhir di
menyimpan oksigen sebagai cadangan untuk menghadapi paru-paru. Pengiriman oksigen ditingkatkan oleh pengikatan
2,3-bisfosfogliserat (BPG), yang menstabilkan struktur
51

52 BAGIAN II Enzim: Kinetik, Mekanisme, Peraturan, & Bioinformatika
kuartener deoksihemoglobin. Hemoglobin dan mioglobin

menggambarkan kedua hubungan struktur-fungsi protein
H
dan molekuler penyakit genetik seperti penyakit sel sabit dan
talasemia. Sianida dan karbon monoksida membunuh karena
mengganggu fungsi fisiologis dari oksidase sitokrom protein
heme dan hemoglobin, masing-masing. F
A
G
HEME & BESI FERRO MEMILIKI Pr

C
B
KEMAMPUAN MENYIMPAN & E
MENGANGKUT OKSIGEN
Mioglobin dan hemoglobin mengandung heme, suatu D
tetrapirol siklik yang terdiri dari empat molekul pirol GAMBAR 6–2 Struktur mioglobin tiga dimensi. Gambar di atas
yang dihubungkan oleh jembatan metina. Jaringan planar adalah diagram pita yang menelusuri rangka utama mioglobin. Warna
ikatan rangkap dua konjugasi ini menyerap sinar tampak dan rantai polipeptida dibuat bergradasi sepanjang spektrum visibel mulai
mewarnai heme menjadi merah tua. Substituen di posisi β- dari biru (N-ujung) hingga cokelat muda (C-ujung). Gugus prostetik
heme berwarna merah. Regio α-heliks dinamai A sampai H. Residu
heme adalah gugus metil (M), vinil (V), dan propionat (Pr) histidin distal (E7) dan proksimal (F8) masing-masing ditunjukkan
yang tersusun dalam urutan M, V, M, V, M, Pr, Pr, M dengan warna biru dan jingga. Perhatikan bagaimana substituen
(Gambar 6–1). Satu atom besi ferro (Fe2+) terletak dibagian propionat polar (Pr) proyek keluar dari heme ke arah pelarut.
pusat tetrapirol planar. Protein lain dengan gugus prostetik (Diadaptasi dari Protein Data Bank ID no. 1a6n.)
tetrapirol yang mengandung logam adalah sitokrom (Fe dan
Cu) dan klorofil (Mg) (lihat Bab 31). Oksidasi dan reduksi yang terdiri dari 153 residu aminoasil (MW 17,000),
atom-atom Fe dan Cu pada sitokrom sangat penting bagi mioglobin mengalami pelipatan menjadi suatu bentuk padat
fungsi biologis molekul ini sebagai pembawa elektron. yang berukuran 4.5 × 3.5 × 2.5 nm (Gambar 6–2). Proporsi
Sebaliknya, oksidasi Fe2+ pada mioglobin atau hemoglobin yang sangat tinggi, sekitar 75%, residu terdapat pada delapan
menjadi Fe3+ merusak aktivitas biologis keduanya. α heliks kanan yang mengandung 7–20 residu. Mulai dari di
terminal amino, disebut heliks A-H. Umumnya protein
globular, permukaan mioglobin kaya akan asam amino
Mioglobin Kaya Akan Heliks ` bantalan polar dan berpotensi dikenakan rantai samping,
Oksigen yang disimpan dalam mioglobin otot merah sementara—dengan hanya dua pengecualian—bagian dalam
dibebaskan selama keadaan kekurangan O2 (misalnya, saat hanya mengandung residu yang memiliki gugus R nonpolar
olahraga berat) untuk digunakan dimitokondria otot untuk (seperti, Leu, Val, Phe, dan Met). Pengecualiannya adalah
menghasilkan ATP secara aerobik (lihat Bab 13). Polipeptida residu ketujuh dan kedelapan di heliks E dan F, His E7 dan
His F8, yang terletak berdekatan dengan besi heme, tempat
keduanya berfungsi dalam mengikat O2.
Histidin F8 & E7 Melakukan Peran Unik

N
dalam Mengikat Oksigen
N Fe2+ N Heme pada mioglobin terletak di suatu celah antara heliks E
dan heliks F yang berorientasi dengan gugus propionat
N polarnya menghadap permukaan globin (Gambar 6–2).
–O
Sisanya terletak di bagian inferior nonpolar. Posisi
O koordinasi ke lima pada besi ditempati oleh nitrogen dari
cincin imidazol histidin proksimal, His F8. Histidin distal,
His E7, terletak di sisi cincin heme berlawanan dengan His
O F8.
O–
GAMBAR 6–1 Heme. Cincin-cincin pirol dan karbon jembatan

Besi Berpindah Menuju Bidang Heme
metina terletak koplanar, dan atom besi (Fe2+) terletak di bidang Ketika Oksigen Terikat
yang hampir sama. Posisi kooerdinasi kelima dan keenam FE2+ Besi pada mioglobin tidak-teroksigenasi terletak 0.03 nm (0.3
mengarah tegak lurus—dan tepat di atas dan di bawah—bidang cincin
heme. Perhatikan sifat metil (biru), vinil (hijau), dan propionat (jingga)
Å) di luar bidang cincin heme, ke arah His F8. Oleh sebab
kelompok substituen pada b karbon dari cincin pirol, atom besi sentral itu, heme agak “mengerut”. Ketika O2 menempati posisi
(merah), dan lokasi sisi polar cincin heme (pada sekitar jam 7) yang koordinasi keenam, besi bergerak dalam jarak 0.01 nm (0.1
menghadap permukaan molekul mioglobin. Å) pada bidang cincin heme. Oksigenasi mioglobin disertai

BAB 6 Protein: Mioglobin & Hemoglobin 53
N N menyendiri oksigen berhibridisasi sp molekul CO dan besi

E7 E7 Fe2+ (Gambar 6–4, kanan). Namun, dalam mioglobin dan
N N hemoglobin histidin distal secara steris mencegah orientasi
O O
CO afinitas tinggi dan lebih disukai ini sementara masih
O C
memungkinkan O2 untuk mencapai orientasi yang paling
menguntungkan. Pengikatan dengan sudut yang kurang
Fe Fe menguntungkan akan mengurangi kekuatan ikatan heme-
N N CO menjadi sekitar 200 kali lipat daripada ikatan heme-O2
F8 F8
(Gambar 6–3, kanan). Oleh karena itu O2 yang biasanya
N N
mendominasi sangat berlebih dibandingkan CO. Bagaimana-
pun, sekitar 1% mioglobin biasanya berikatan dengan CO.
GAMBAR 6–3 Sudut-sudut pengikatan oksigen dan karbon
monoksida (CO) ke besi heme pada mioglobin. Histidin E7 distal
menghambat pengikatan CO di sudut yang disukai (90°) terhadap KURVA DISOSIASI OKSIGEN
bidang cincin heme.
UNTUK MIOGLOBIN &
oleh gerakan besi, His F8, dan residu-residu yang
HEMOGLOBIN MENGGAMBARKAN
berkaitan dengan His F8. PERAN FISIOLOGIS KEDUANYA
Mengapa mioglobin tidak cocok digunakan sebagai protein
Apomioglobin Membentuk Lingkungan pengangkut O2, tetapi sangat cocok untuk menyimpan O2?
Hubungan antara konsentrasi, atau tekanan parsial, O2
yang Menghambat Besi Heme
(Po2) dan jumlah O2 yang terikat dinyatakan sebagai
Ketika O2 mengikat mioglobin, ikatan antara atom oksigen isoterm saturasi O2 (Gambar 6–5). Kurva pengikatan
pertama dan atom oksigen kedua terletak pada sudut 121° oksigen untuk mioglobin berbentuk hiperbola. Jadi,
terhadap bidang heme, yang mengarahkan oksigen ke dua mioglobin secara cepat memuat O2 pada Po2 jaringan kapiler
menjauhi histidin distal (Gambar 6–3, kiri). Geometri ini paru (100 mmHg). Namun, karena hanya membebaskan
memungkinkan tumpang tindih maksimum antara besi dan sebagian kecil dari O2 yang diikatnya pada nilai Po2 yang
salah satu elektron pasangan menyendiri atom oksigen biasanya dijumpai di otot aktif (20 mmHg) atau jaringan lain
berhibridisasi sp2, yang terletak pada sudut sekitar 120° (40 mm Hg), mioglobin adalah kendaraan yang kurang
terhadap aksis ikatan rangkap dua O:O (Gambar 6–4, efektif untuk menyalurkan O2. Ketika olahraga berat
kiri). Heme yang terisolasi mengikat karbon monoksida menurunkan Po2 jaringan otot menjadi sekitar 5 mmHg,
(CO) 25.000 kali lebih kuat daripada oksigen. Jadi mioglobin membebaskan O2 untuk sintesis ATP di
mengapa CO tidak menggantikan O2 sepenuhnya dari besi mitokondria, sehingga aktivitas otot, dapat berlanjut.
heme? CO hadir dalam satu menit, tapi masih terbatas,
jumlah dalam atmosfer dan tebentuk dalam sel dari
100
katabolisme heme. Penjelasan yang diterima adalah bahwa
Mioglobin
apoprotein mioglobin dan hemoglobin menciptakan suatu
80 Darah teroksigenasi
hindered environment ("lingkungan yang tak-ramah"). meninggalkan paru-paru
Ketika CO mengikat heme terisolasi, ketiga atom (Fe, C,
% saturasi
60
dan O) tegak lurus terhadap bidang heme. Geometri ini
menghasilkan tumpang tindih antara elektron pasangan Darah tereduksi
40 kembali dari jaringan
2e− 2e−
20
O O 2e− C O 2e−
Hemoglobin
2e− 2e−
0 20 40 60 80 100 120 140

GAMBAR 6–4 Orientasi elektron pasangan menyendiri relatif Tekanan gas oksigen (mm Hg)
terhadap ikatan-ikatan O = O dan C O pada oksigen dan karbon
monoksida. Pada oksigen molekuler, pembentukan ikatan rangkap GAMBAR 6–5 Kurva pengikatan-oksigen untuk hemoglobin dan
dua antara kedua atom oksigen dimungkinkan karena elektron valens mioglobin. Tekanan oksigen arteri adalah sekitar 100 mmHg; tekanan
masing-masing atom oksigen membentuk hibridasi sp2. Akibatnya, vena campuran adalah sekitar 40 mmHg; tekanan oksigen kapiler
kedua atom molekul oksigen dan masing-masing pasangan elektron (otot aktif) adalah sekitar 20 mmHg; dan tekanan oksigen minimal
menyendiri terletak kolponar dan dipisahkan oleh sudut sekitar 120° yang diperlukan untuk sitokrom oksidase adalah sekitar 5 mmHg.
(kiri). Sebaliknya, kedua atom pada karbon karbon monoksida Ikatan rantai-rantai menjadi struktur tetramerik (hemoglobin)
disatukan oleh ikatan rangkap tiga, yang mempersyaratkan agar atom menyebabkan penyaluran oksigen menjadi jauh lebih besar
karbon dan oksigen membentuk hibridisasi sp. Pada tingkat hibridisasi dibandingkan seandainya hanya terdapat rantai tunggal. (Dimodifikasi,
ini, pasangan elektron menyendiri dan ikatan rangkap tiga tersusun dengan izin, dari Scriver CR, et al (ed): The Molecular and Metabolic
dalam posisi linear, dan dipisahkan oleh sudut 180° (kiri). Bases of Inherited Disease, 7th ed. McGraw-Hill, 1995.)

SIFAT ALOSTERIK HEMOGLOBIN Huruf Yunani digunakan untuk menamai masing-masing

jenis subunit. Komposisi subunit hemoglobin utama adalah
DISEBABKAN OLEH STRUKTUR α2b2 (HbA; hemoglobin dewasa normal), α2γ2 (HbF;
hemoglobin janin), α2bS2 (HbS; hemoglobin sel sabit), and
KUATERNERNYA α2δ2 (HbA2; hemoglobin dewasa minor). Struktur primer
Sifat masing-masing hemoglobin merupakan konsekuensi rantai b, γ, dan δ pada hemoglobin manusia bersifat sangat
struktur kuaterner serta struktur sekunder dan tersiernya. lestari (conserved).
Struktur kuaterner hemoglobin juga memberi sifat
tambahan, yang tidak terdapat pada mioglobin monomerik, Mioglobin & Subunit β Hemoglobin
sehingga hemoglobin dapat beradaptasi dengan peran Memiliki Struktur Sekunder dan Tersier
biologisnya yang unik. Sifat alosterik (Yn allos “lain,” steros
“ruang”) hemoglobin merupakan model untuk memahami
yang Hampir Identik
protein-protein alosterik lain (lihat Bab 17). Meskipun jumlah dan jenis asam amino yang ada berbeda,
mioglobin dan polipeptida b hemoglobin A memiliki
struktur sekunder dan tersier yang hampir identik.
Kemiripan tersebut mencakup lokasi heme dan regio heliks,
Hemoglobin Bersifat Tetramerik serta adanya asam amino dengan sifat serupa di lokasi-lokasi
yang sepadan. Meskipun memiliki tujuh (bukan delapan)
Hemoglobin adalah tetramer yang terdiri dari pasangan
regio heliks, polipeptida α hemoglobin juga mirip dengan
dua subunit polipeptida yang berkelainan (Gambar 6–6).
mioglobin.
GAMBAR 6–6 Hemoglobin. Gambar ini adalah struktur tiga dimensi deoksihemoglobin dengan
molekul 2,3-bifosfogliserat (biru tua) terikat. Kedua subunit α diberi dengan bayangan hijau dan biru
yang lebih gelap, kedua subunit b diberi bayangan hijau dan biru yang lebih terang, dan gugus postetik
heme diberi warna merah. (Diadaptasi dari Protein Data Bank ID no. 1b86.)

Oksigenasi Hemoglobin Memicu Histidin F8

Heliks F N
Perubahan Konfrimasi Apoprotein C
CH
Hemoglobin mengikat empat molekul O2 per tetramer, satu HC
N
per heme. Satu molekul O2 akan lebih mudah mengikat Penolakan
tertramer hemoglobin jika molekul O2 lainnya sudah terikat sterik
(Gambar 6–5). Fenomena ini, yang disebut cooperative Fe

Bidang
porfirin
binding, memungkinkan hemoglobin memaksimalkan baik
jumlah O2 yang ditampung pada Po2 jaringan perifer.
+O2
Interaksi kooperatif, sifat yang hanya terdapat pada protein
multimerik, sangat penting bagi kehidupan aerob. Heliks F
C N
P50 Menyatakan Afinitas Relatif Berbagai HC CH

N
Hemoglobin Terhadap Oksigen
Kuantitas P50, suatu ukuran konsentrasi O2, adalah tekanan Fe
parsial O2 yang menyebabkan saturasi hemoglobin menjadi
O
setengahnya. Bergantung pada organisme, P50 dapat sangat
O
bervariasi, tetapi pada semua kasus besaran ini akan melebihi
Po2 jaringan perifer. Sebagai contoh, nilai P50 untuk HbA dan GAMBAR 6–8 Atom besi bergerak ke dalam bidang heme pada
HbF masing-masing adalah 26 dan 20 mm Hg. Di plasenta, oksigenasi. Histidin F8 dan residu-residu terkaitnya tertarik bersama
dengan atom besi. Untuk representasi dari gerakan ini, lihat http://
perbedaan ini memungkinkan HbF mengekstraksi oksigen www.rcsb.org/pdb/101/motm.do?momID=41. (Sedikit dimodifikasi
dari HbA di darah ibu. Namun, HbF bersifat suboptimal dan diproduksi ulang, dengan izin, dari Stryer L: Biochemistry, 4th ed.
pada masa pascapartum karena afinitasnya yang tinggi Freeman, 1995. Copyright © 1995 W. H. Freeman and Company.)
terhadap O2 membatasi jumlah O2 yang disalurkan ke
jaringan. Oksigenasi Hemoglobin Disertai
Komposisi subunit tetramer hemoglobin mengalami oleh Perubahan Konformasi Besar
perbahan kompleks selama perkembangan janin. Janin Terikatnya molekul O2 pertama ke deoksiHb menggeser besi
manusia pada awalnya membentuk tetramer ξ2ε2. Pada akhir heme ke arah bidang cincin heme dari posisi sekitar 0,04 nm
trimester pertama, subunit ξ dan ε telah diganti oleh subunit di belakangnya (Gambar 6–8). Gerakan ini disalurkan ke
α dan γ, membentuk HbF (α2γ2), hemoglobin masa histidin proksimal (F8) dan ke residu-residu yang melekat
kehidupan janin lanjut. Meskipun sintesis subunit b dimulai padanya, yang selanjutnya menyebabkan putusnya jembatan
pada trimester ketiga, subunit β belum mengganti seluruh garam antara residu-residu terminal karboksil di keempat
subunit γ untuk membentuk HbA dewasa (α2b2) sampai subunit. Akibatnya, satu pasang subunit α/b berputar 15°
beberapa minggu setelah lahir (Gambar 6–7). relatif terhadap yang lain sehingga tetramer menjadi lebih
kompak (Gambar 6–9). Perubahan mencolok pada struktur
sekunder, tersier, dan kuaterner menyertai transisi
hemoglobin (yang dipicu oleh O2) dari keadaan T (taut,
50 tegang) berafinitas rendah menjadi keadaan R (relaxed, rileks)
Rantai α
Sintesis rantai globin (% total)
Rantai γ
40 (janin)
α1 β2 α1 β2
30 Rantai β (dewasa) Sumbu
20
α2
Rantai є dan ζ
(embrionik) α2 β1 β1
10
15°
Rantai δ
0 Bentuk T Bentuk R
3 6 Lahir 3 6
Gestasi (bulan) Usia (Bulan) GAMBAR 6–9 Selama transisi hemoglobin dari bentuk T ke
bentuk R, pasangan subunit α2β2 (hijau) berputar sebesar 15o relatif
GAMBAR 6–7 Pola perkembangan struktur kuaterner terhadap pasangan subunit α1β1 (kuning). Sumbu rotasi terletak
hemoglobin janin dan neonatus. (Diproduksi ulang, dengan izin, eksentril, dan pasangan α2β2 juga agak bergeser ke arah sumbu. Dalam
dari Ganong WF: Review of Medical Physiology, 20th ed. McGraw- diagram, pasangan α1β1 (cokelat muda) tampak terfiksasi sementara
Hill, 2001.) pasangan α2β2 (hijau) mengalami pergeseran dan perputaran.

Struktur T
α1 α2 O2 O2 O2 O2 O2
β1 β2 O2
O2 O2 O2 O2 O2 O2 O2
O2 O2 O2
Struktur R
GAMBAR 6–10 Transisi dari struktur T ke struktur R. Dalam model ini, jembatan garam (garis
merah) yang menghubungkan subunit-subunit di struktur T terputus secara progresif seiring dengan
penambatan oksigen, dan bahkan jembatan garam yang belum putus akan melemah secara progresif
(garis merah bergelombang). Transisi dari T ke R tidak langsung terjadi begitu sejumlah tertentu molekul
oksigen terikat, tetapi menjadi semakin besar kemungkinannya seiring dengan semakin bertambahnya
oksigen yang terikat. Transisi antara kedua struktur dipengaruhi oleh proton, karbon dioksida, klorida, dan
BPG; semakin tinggi konsentrasinya, semakin banyak oksigen yang harus terikat untuk memicu transisi.
Molekul yang teroksigenasi penuh dalam struktur T dan molekul yang terdeoksigenasi penuh dalam
struktur R tidak diperlihatkan karena tidak stabil. (Dimodifikasi dan digambar ulang, dengan izin, dari
Perutz MF: Hemoglobin structure and respiratory transport. Sci Am [Dec] 1978;239:92.)
berafinitas tinggi. Perubahan ini meningkatkan secara Deoksihemoglobin mengikat satu proton untuk setiap
bermakna afinitas heme yang belum teroksigenasi terhadap dua molekul O2 yang dibebaskan, dan berperan signifikan
O2, karena pengikatan selanjutnya mensyaratkan putusnya pada kapasitas pendaparan darah. Kadar pH jaringan
jembatan garam yang berjumlah lebih sedikit (Gambar 6– perifer yang agak lebih rendah, ditambah dengan
10). Istilah T dan R juga digunakan masing-masing untuk karbamasi, menstabilkan keadaan T sehingga meningkatkan
merujuk ke konformasi enzim alosterik berafinitas rendah dan penyaluran O2. Di paru-paru, prosesnya terbalik. Sewaktu O2
berafinitas tinggi. berikatan dengan deoksihemoglobin, proton dibebaskan
dan berikatan dengan bikarbonat untuk membentuk asam
Setelah Membebaskan O2 di karbonat. Dehidrasi H2CO3, cyang dikatalisis oleh karbonik
Jaringan, Hemoglobin Mengangkut anhidrase, membentuk CO2, yang kemudian
CO2 & Proton ke Paru-Paru dihembuskan keluar. Pengikatan oksigen mendorong
Selain mengangkut O2 dari paru-paru ke jaringan perifer, pengeluaran CO2 (Gambar 6–11). Penggabungan
hemoglobin mengangkut CO2, produk-sampingan respirasi, (coupling) timbal-balik antara proton dan O2 ini disebut
dan proton dari jaringan perifer ke paru-paru. Hemoglobin efek Bohr. Efek Bohr bergantung pada interaksi
membawa CO2 sebagai karbamat yang terbentuk dengan kooperatif antara heme pada tetramer hemoglobin.
nitrogen terminal amino rantai polipeptida: Mioglobin, suatu monomer, tidak memperlihatkan efek
Bohr.
O
H
CO2 + Hb NH3 + 2H+ + Hb N C O Proton Terbentuk dari Putusnya
Karbamat mengubah muatan terminal amino dari positif ke Ikatan Garam Ketika O2 Terikat
negatif, yang mempermudah pembentukan ikatan garam Proton yang berperan dalam efek Bohr berasal dari
antara rantai α dan b. putusnya jembatan garam sewaktu pengikatan O2 ke
Karbamat hemoglobin merupakan sekitar 15% CO2 hemoglobin pada keadaan T. Di dalam paru-paru, konversi
dalam darah vena. Sebagian besar CO2 lainnya diangkut menjadi keadaan R teroksigenasi memutuskan jembatan
sebagai bikarbonat, yang terbentuk dalam eritrosit oleh garam yang melibatkan residu rantai β His 146. Disosiasi
hidrasi CO2 menjadi asam karbonat (H2CO3), suatu proses proton yang terjadi kmudian dari His 146 mendorong
yang dikatalisis oleh karbonik anhidrase. Pada pH darah perubahan bikarbonat menjadi asam karbonat (Gambar 6–
vena, H2CO3 terurai menjadi bikarbonat dan proton. 11). Pada waktu pelepasan O2, struktur T dan jembatan-
jembatan garamnya kembali terbentuk. Perubahan
KARBONIK
ANHIDRASE
Spontan konformasi ini meningkatkan pKa dari rantai b residu His
146, yang mengikat proton. Dengan mempermudah
pembentukan kembali jembatan garam, peningkatan
konsentrasi proton meningkatkan pembebasan O2 dari
(Asam karbonat) hemoglobin teroksigenasi (keadaan R). Sebaliknya,
peningkatan Po2 mendorong pembebasan proton.

Diembuskan
His H21
2CO2 + 2H2O
Karbonik
anhidrase Lys EF6
2H2CO3
BPG Val NA1
Jaringan
perifer Val NA1 α-NH3+
2HCO3– + 2H+ Hb • 4O2
4O2 Lys EF6
2H+ + 2HCO3–
4O2 Hb • 2H+ His H21

(dapar)
2H2CO3
Paru-paru Karbonik
anhidrase
GAMBAR 6–12 Cara pengikatan 2,3-bisfosfogliserat (BPG) ke
2CO2 + 2H2O
deoksihemoglobin manusia. BPG berinteraksi dengan tiga gugus
bermuatan positif di setiap rantai β. (Berdasarkan Arnone A: X-ray
Dibentuk oleh diffraction study of binding of 2,3-diphosphoglycerate to human
siklus Krebs deoxyhemoglobin. Nature 1972;237:146. Hak Cipta © 1972.
GAMBAR 6–11 Efek Bohr. Karbondioksia yang dihasilkan di Diadaptasi dengan izin dari Macmillan Publishers Ltd.)
jaringan perifer berikatan dengan air untuk membentuk asam
karbonat, yang terurai menjadi proton dan ion bikarbonat.
Deoksihemoglobin bekerja sebagai dapar dengan mengikat proton oleh BPG merupakan penyebab lebih tingginya afinitas HbF
dan menyalurkannya ke paru-paru. Di paru-paru, penyerapan oksigen terhadap O2 daripada HbA.
oleh hemoglobin membebaskan proton untuk berkombinasi dengan
ion bikarbonat, membentuk asam karbonat, yang jika mengalami Adaptasi di Ketinggian
dehidrasi oleh karbonik anhidrase akan menjadi karbondioksida, yang
kemudian diembuskan keluar. Perubahan fisiologis yang terjadi saat berada di tempat yang
terletak tinggi dalam waktu lama antara lain mencakup
peningkatan jumlah eritrosit, serta konsentrasi hemoglobin
2,3-BPG Menstabilkan dan BPG-nya. Peningkatan BPG menurunkan afinitas HbA
Struktur T Hemoglobin untuk O2 (penurunan P50), yang meningkatkan pembebas O2
Po2 yang rendah di jaringan perifer mendorong di jaringan perifer.
pembentukan 2,3-bisfosfogliserat (BPG) dalam eritrosit.
Tetramer hemoglobin mengikat satu molekul BPG di ruang BANYAK MUTASI PADA
sentral yang dibentuk oleh keempat subunitnya (Gambar 6–
6). Namun, ruang antara heliks-heliks H rantai b yang
HEMOGLOBIN MANUSIA TELAH
melapisi ruang tersebut cukup lebar untuk mengakomodasi BERHASIL DIIDENTIFIKASI
BPG hanya jika hemoglobin berada dalam keadaan T. BPG
membentuk jembatan garam dengan gugus amino terminal Mutasi gen-gen yang menyandi subunit α atau b hemoglobin
kedua rantai b melalui Val NA1 dan dengan Lys EF6 dan berpotenso memengaruhi fungsi bilogis hemoglobin.
His H21 (Gambar 6–12). Oleh sebab itu, BPG menstabilkan Namun, hampir semua dari lebih 1.100 mutasi genetik
hemoglobin terdeoksigenasi (keadaan T) dengan hemoglobin manusia yang telah diketahui bersifat sangat
membentuk jembatan-jembatan garam tambahan yang harus jarang dan jinak, tanpa menimbulkan masalah klinis. Jika
suatu mutasi memang menimbulkan gangguan fungsi biologis,
diputuskan sebelum terkonversi ke keadaan R.
keadaannya disebut hemoglobinopati. Diperkirakan lebih
Sintesis pada BPG dari antara glikolitik 1,3-
dari 7% populasi manusia di seluruh dunia merupakan
bisfosfogliserat mengkatalisasi enzim bifunctional 2,3-
pembawa (carrier) gangguan hemoglobin. URL http://
bisfosfogliserat sintase/2-fosfatase (BPGM). BPG
globin.cse.psu.edu/ (Globin Gene Server) memberikan
dihidrolisis untuk 3-fosfogliserat dengan aktivitas 2-fosfatase
informasi mengenai tentang muatan. Beberapa contoh
dari BPGM dan 2-fosfogliserat oleh enzim kedua, beberapa diberikan berikut ini.
inositol polifosfat fosfatase (MIPP). Kegiatan enzim ini, dan
karenanya tingkat BPG dalam eritrosit, yang sensitif
terhadap pH. Sebagai konsekuensi, konsentrasi BPG dan Methemoglobin & Hemoglobin M
mengikat dipengaruhi oleh dan, memperkuat dampak pada, Pada methemoglobinemia, besi heme adalah ferri dan
efek Bohr pada O2 mengikat dan pengiriman oleh bukan ferro. Methemoglobin tidak dapat mengikat atau
hemoglobin. mengangkut O2. Secara normal, enzim methemoglobin
Residu H21 pada subunit γ HbF adalah Ser dan bukan reduktase mereduksi Fe3+ methemoglobin menjadi Fe2+.
His. Karena Ser tidak dapat membentuk jembatan garam, Methemoglobin dapat terbentuk oleh oksidasi Fe2+
BPG berikatan lebih lemah dengan HbF dari pada dengan menjadi Fe3+ sebagai efek samping obat, seperti
HbA. Stabilisasi lebih rendah yang terjadi pada keadaan T sulfonamid, dari

58 BAGIAN II Enzim: Kinetik, Mekanisme, Peraturan, & Bioinformasi
hemoglobin M herediter, atau akibat berkurangnya

aktivitas enzim methemoglobin reduktase.
DAMPAK BIOMEDIS
Pada hemoglobin M, histidin F8 (His F8) diganti oleh Mioglobinuria
tirosin. Besi pada HbM membentuk kompleks ionik ketat Setelah terjadinya suatu cedera merusak yang masif,
dengan anion fenolat tirosin yang menstabilkan bentuk Fe3+. mioglobin yang dibebaskan dari serabut otot yang rusak
Di varian hemoglobin M rantai α, keseimbangan R-T akan mewarnai urine menjadi merah tua. Mioglobin dapat
menguntungkan keadaan T. Afinitas oksigen berkurang, dideteksi dalam plasma setelah infark miokardium, tetapi
dan efek Bohr tidak dijumpai. Varian hemoglobin M rantai b pemeriksaan enzim serum (lihat Bab 7) merupakan indeks
memperlihatkan pertukaran R-T sehingga terjadi efek Bohr. cedera miokardium yang lebih sensitif.
Mutasi yang menguntungkan keadaan R (misalnya,
hemoglobin Chesapeake) meningkatkan afinitas O2. Jadi,
Anemia
hemoglobin ini tidak dapat menyalurkan O2 secara memadai Anemia, berkuragnya jumlah sel darah merah atau
ke jaringan perifer. Hipoksia jaringan yang terjadi hemoglobin dalam darah, dapat mencerminkan gangguan
menyebabkan polisitemia, suatu peningkatan konsentrasi sintesis hemoglobin (misalnya, pada defisiensi besi; lihat Bab
eritrosit. 53) atau gangguan produksi eritrosit (misalnya, pada
dfisiensi asam folat atau vitamin B12; lihat Bab 44).
Hemoglobin S Diagnosis anemia dimulai dengan pengukuran kadar
hemoglobin darah secara spektroskopik.
Pada HbS, asam amino nonpolar valin menggantikan residu
permukaan polar Glu6 subunit β, yang membentuk suatu Talasemia
“sticky patch” (bercak lengket) hidrofobik pada permukaan Cacat genetik yang dikenal sebagai talasemia terjadi akibat
subunit β baik oksiHbS maupun deoksiHbS. Baik HbA ktiadaan parsial atau total satu atau lebih rantai α atau b
maupun HbS mengandung satu sticky patch komplementer hemoglobin. Lebih dari 750 mutasi berbeda telah berhasil
pada permukaan yang terpajan hanya pada keadaan diidentifikasi, tetapi hanya tiga yang sering ditemukan. Baik
terdeoksigenasi, yaitu keadaan T. Jadi, pada Po2 rendah, rantai α (talasemia alfa) maupun b (talasemia beta) dapat
deoksiHbS dapat mengalami polimerisasi menjadi serat terkena. Huruf atas (superscript) menunjukkan apakah suatu
panjang, yang tidak-larut. Pengikatan deoksiHbA mengakhri subunit sama sekali tidak ada (α0 atau b0) atau apakah
polimerisasi serat, karena HbA tidak memiliki sticky patch sintesisnya berkurang (α− atau b−). Selain transplantasi
kedua yang diperlukan untuk mengikat molekul Hb yang sumsum tulang, terapi bersifat simtomatik.
lain (Gambar 6–13). Serat heliks yang terpuntir ini Hemoglobin mutan tertentu sering ditemukan banyak
menyebabkan distorsi eritrosit menjadi bentuk khas sabit, populasi, dan pasien mungkin mewarisi lebih dari satu
sehingga sel ini menjadi rentan mengalami lisis di tipe. Gangguan hemoglobin merupakan suatu pola fenotipe
interstisium sinusoid limpa. Serat-serat ini juga klinis yang kompleks. Pemakaian pelacak DNA (DNA probe)
menimbulkan banyak efek klinis sekunder. Pada Po2 rendah, untuk diagnosis penyakit golongan ini dibahas di Bab 39.
seperti di ketinggian, kecenderung pembentukan polimer
akan meningkat. Terapi-terapi baru bagi penyakit sel sabit Hemoglobin Terglikasi (HbA1c)
antara lain adalah induksi ekspresi HbF untuk mencegah Ketika masuk ke eritrosit, glukosa darah menyebabkan
polimerisasi HbS, transplantasi sel punca, dan, dimasa glikasi gugus ε-amino residu lisil dan terminal amino
mendatang, terapi gen. hemoglobin. Fraksi hemoglobin terglikasi, yang dalam
β β β β
α α α α
α α α α
β β β β
Oksi HbA Deoksi HbA Oksi HbS Deoksi HbS
β β β β β β β β β β β
α α α α α α α α α α α
α α α α α α α α α α α
β β β β β β β β β β β
GAMBAR 6–13 Polimerisasi pada deoksihemoglobin S. Disosiasi oksigen dari hemoglobin S (HbS) menemukan sebuah sticky patch
(segitiga merah) pada permukaan β-subunit nya (hijau) yang dapat mengikuti situs pelengkap pada β-subunit molekul lain deoksiHbS.
Polimerisasi untuk polimer berserat terganggu deoksiHbA, yang β-subunit (lavender) Kurangnya sticky patch (bercak lengket) diperlukan
untuk mengikat subunit HbS tambahan. (Dimodifikasi dan diproduksi ulang, dengan izin, dari Stryer L: Biochemistry, 4th ed. Freeman, 1995.
Hak Cipta © 1995 W. H. Freeman and Company.)

BAB 6 Protein: MIoglobin & Hemoglobin 59
keadaan normal berjumlah 5%, sepadan dengan konsentrasi mengalami polimerisasi pada konsentrasi O2 rendah,
glukosa darah. Karena waktu-paruh eritrosit biasanya adalah membentuk serat yang menyebabkan eritrosit terdistorsi
60 hari, kadar hemoglobin terglikasi (HbA1c) membentuk sabit.
mencerminkan kadar glukosa rata-rata dalam 6 sampai 8 ■ Talasemia alfa dan beta adalah anemia yang masing-masing
disebabkan penurunan produksi subunit α dan b HbA.
minggu terakhir. Pengukuran HbA1c memberikan
keterangan berharga untuk penatalaksanaan diabetes
melitus.
REFERENSI
RINGKASAN Cho J, King JS, Qian X, et al: Dephosphorylation of
■ Mioglobin bersifat monomerik; hemoglobin adalah suatu 2,3-bisphosphogylcerate by MIPP expands the regulatory
tetramer dari dua tipe (α2b2 pada HbA). Meskipun memiliki capacity of the Rapoport-Luebering glycolytic shunt. Proc Natl
struktur primer berbeda, mioglobin dan subunit hemoglobin Acad Sci USA 2008;105:5998.
memiliki struktur sekunder dan tersier yang nyaris identik. Frauenfelder H, McMahon BH, Fenimore PW: Myoglobin: The
■ Heme, suatu tetrapirol siklik yang pada dasarnya planar dan hydrogen atom of biology and a paradigm of complexity. Proc
sedikit mengerut, memiliki Fe2+ dibagian tengah yang Natl Acad Sci USA 2003;100:8615.
berikatan dengan keempat atom nitrogen heme, dengan Hardison RC, Chui DH, Riemer C, et al: Databases of human
histidin F8, dan, pada oksiMb dan oksiHb, juga dengan O2. hemoglobin variants and other resources at the globin gene
Kurva pengikatan O2 untuk mioglobin berbentuk hiperbola, server. Hemoglobin 2001;25:183.
■
Lukin JA, Ho C: The structure–function relationship of hemoglobin
tetapi untuk hemoglobin berbentuk sigmoid yakni suatu
in solution at atomic resolution. Chem Rev 2004;104:1219.
akibat interaksi kooperatif dalam tetramer. Inteaksi
Ordway GA, Garry DJ: Myoglobin: An essential hemoprotein in
kooperatif memaksimalkan kemampuan hemoglobin untuk
mengangkut O2 pada Po2 paru-paru dan menyalurkan O2 striated muscle. J Exp Biol 2004;207:3441.
dari Po2 jaringan. Papanikolaou E, Anagnou NP: Major challenges for gene
therapy of thalassemia and sickle cell dsease. Curr Gene Ther
■ Afinitas relatif berbagai hemoglobin untuk oksigen 2010;10:404.
dinyatakan sebagai P50, yaitu Po2 yang menyebabkan Schrier SL, Angelucci E: New strategies in the treatment of the
hemoglobin mengalami saturasi oksigen O2. Hemoglobin thalassemias. Annu Rev Med 2005;56:157.
mengalami saturasi pada tekanan parsial organ respiratorik, Steinberg MH, Brugnara C: Pathophysiological-based approaches to
yang bersangkutan, misalnya paru atau plasenta. treatment of sickle-cell disease. Annu Rev Med 2003;54:89.
■ Pada oksigenasi hemoglobin, besi, histidin F8, dan residu- Umbreit J: Methemoglobin—it’s not just blue: A concise review. Am
residu terkait bergerak ke arah cincin heme. Perubahan J Hematol 2007;82:134.
konformasi yang menyertai oksigenasi antara lain adalah Weatherall DJ, Akinyanju O, Fucharoen S, et al: Inherited
putusnya ikatan garam dan longgarnya struktur kuaterner disorders of hemoglobin. In: Disease Control Priorities in
yang mempermudah pengikatan O2 tambahan. Developing Countries, Jamison DT, Breman JG, Measham AR
■ 2,3-BPG di ruang sentral deoksiHb membentuk ikatan garam (editors). Oxford University Press and the World Bank,
dengan subunit b yang menstabilkan deoksiHb. Pada 2006;663–680.
oksigenasi, ruang sentral berkontraksi, BPG dikeluarkan, dan Weatherall DJ, Clegg JD: The Thalassemia Syndromes. Blackwell
struktur kuaterner melonggar. Science, 2001.
Weatherall DJ, Clegg JB, Higgs DR, et al: The hemoglobinopathies.
■ Hemoglobin juga berfungsi dalam transpor CO2 dan proton
In: The Metabolic Basis of Inherited Disease, 8th ed. Scriver CR,
dari jaringan ke paru-paru. Pembebasan O2 dari oksiHb di
Sly WS, Childs B, et al (editors). McGraw-Hill, 2000;4571.
jaringan disertai oelh penyerapan proton karena
Yonetani T, Laberge M: Protein dynamics explain the
berkurangnya pKa residu histidin.
allosteric behaviors of hemoglobin. Biochim Biophys Acta
■ Pada hemoglobin sel sabit (HbS), Val menggantikan β6 Glu 2008;1784:1146.
HbA, menciptakan sutu “sticky patch” yang memiliki
komplemen di deoksiHb (tetapi tidak di oksiHb). DeoksiHbS

7
B A B
Enzim: Mekanisme
Kerja
TUJUAN Setelah ■ Menggambarkan hubungan struktural antara vitamin B dan koenzim.

■ Menguraikan secara garis besar empat mekanisme dasar enzim melakukan
mempelajari bab ini, Anda
katalisis.
diharapkan dapat: ■ Menjelaskan bagaimana model "induced fit" memudahkan pengenalan
substrat dan katalisis.
■ Menguraikan secara garis besar prinsip dasar enzyme-linked immunoassay.
■ Menjelaskan bagaimana penggandengan enzim pada dehidrogenase
dapat menyederhanakan pengukuran aktifitasnya.
■ Mengidentifikasi enzim dan protein yang kadar plasmanya digunakan
untuk diagnosis dan prognosis infark miokardium.
■ Menjelaskan penggunaan endonuklease restriksi dan restriction fragment
length polymorphism dalam deteksi penyakit genetik.
■ Menjelaskan penggunaan site-directed mutagenesis untuk identifikasi
residu-residu yang terlibat dalam katalisis, dalam pengenalan substrat
atau efektor alosterik, atau dalam mekanisme katalisis.
■ Menjelaskan bagaimana penambahan "tag" afinitas terfusi lewat teknologi
DNA rekombinan dapat memudahkan purifikasi protein yang diekspresi-
kan dari gen terklonnya.
■ Menjelaskan fungsi protease tertentu dalam purifikasi enzim bertag
afinitas.
■ Membahas peristiwa-peristiwa yang membawa pada penemuan RNA
yang bekerja sebagai enzim, dan menjelaskan secara singkat konsep
evolusi dari "dunia RNA."
KEPENTINGAN BIOMEDIS Aplikasi medis lebih lanjut termasuk perubahan dalam

Enzim, yang mengatalisis reaksi kimia yang memungkinkan kuantitas atau dalam aktivitas katalitik enzim-enzim kunci
berlangsungnya kehidupan di bumi, berpartisipasi dalam dapat terjadi akibat kelainan genetik, kekurangan gizi,
menguraikan nutrien menjadi energi dan chemical building kerusakan jaringan, racun, atau infeksi oleh virus atau
block (bahan dasar kimiawi); menyusun bahan-bahan dasar bakteri patogen (misalnya, Vibrio cholerae). Para ilmuwan
tersebut menjadi protein, DNA, membran, sel, dan jaringan; kedokteran mengatasi ketidakseimbangan aktivitas enzim
serta memanfaatkan energi untuk melakukan motilitas sel, dengan menggunakan bahan farmakologis untuk
fungsi saraf, dan kontraksi otot. Kebanyakan enzim adalah menghambat enzim-enzim tertentu dan sedang meneliti
protein. Pengecualian yang penting mencakup RNA ribosom terapi gen sebagai cara untuk mengobati defisiensi jumlah
dan beberapa molekul RNA didalami dengan aktivitas ligase atau fungsi enzim.
endonuklease atau nukleotida yang secara kolektif disebut Selain berfungsi sebagai katalis untuk semua proses
ribozim. Kemampuan mengukur aktivitas enzim tertentu metabolik aktivitas katalitik, spesifisitas substrat, dan
dalam darah, cairan jaringan lainnya, atau ekstrak sel stereospesifisitas enzim yang sangat mengesankan membuat
memberikan informasi yang melengkapi kemampuan dokter enzim mampu melakukan peran pentingnya dalam proses-
untuk mendiagnosa dan prognosis suatu penyakit. proses lain yang terkait dengan kesehatan dan kesejahteraan
manusia. Protease dan amilase melipatgandakan kapasitas
detergen untuk menghilangkan kotoran dan noda dan enzim
60

BAB 7 Enzim: Mekanisme Kerja 61
memainkan peran penting dalam pembentukan dan akhiran –ase. Contohnya, dehidrogenase mengeluarkan atom-
peningkatan nilai gizi produk pangan untuk manusia dan atom hidrogen, protease menghidrolisis protein, dan isomerase
hewan. Sebagai contoh, protease renin digunakan dalam pem- mengatalisis tata ulang dalam konfigurasi. Pemodifikasi dapat
buatan keju, sedangkan laktase digunakan untuk meng- terletak di depan atau di belakang nama enzim untuk
hilangkan laktosa dari susu, yang dilakukan untuk para menjelaskan substrat enzim (xantin oksidase), sumber enzim
penderita intoleransi laktosa yang tidak memiliki enzim (ribonuklease pankreas), pengaturannya (lipase peka-hormon),
hidrolitik ini. Akhirnya, katalis enzim stereospesifik dapat atau suatu gambaran dari mekanisme kerjanya (protease
nilai tertentu dalam biosintesis obat kompleks atau antibiotik. sistein). Jika diperlukan, ditambahkan penanda alfanumerik
untuk menunjukkan berbagai bentuk suatu enzim (misalnya,
ENZIM ADALAH KATALISIS YANG RNA polimerase III; protein kinase Cb).
EFEKTIF & SANGAT SPESIFIK Sementara sederhana dan langsung, karena lebih banyak
enzim ditemukan konvensi penamaan awal ini semakin
Enzim yang mengatalisis perubahan satu atau lebih senyawa mengakibatkan munculnya beberapa nama untuk enzim
(substrat) menjadi satu atau lebih senyawa lain (produk) yang sama dan duplikasi dalam penamaan enzim
meningkatkan laju reaksi setidaknya 106 kali dibandingkan jika menunjukkan kemampuan katalisis yang sama. Untuk
tidak dikatalisis. Seperti semua katalis lain, enzim tidak berubah mengatasi masalah ini, International Union of Biochemists
secara permanen atau dikonsumsi sebagai konsekuensi dari (IUB) menciptakan suatu sistem terpadu tatanama enzim
keikutsertaannya dalam reaksi yang bersangkutan. Selain yaitu setiap enzim memliki nama dan kode khusus yang
sangat efisien, enzim juga merupakan katalis yang sangat menunjukkan tipe reaksi yang dikatalisis dan substrat yang
selektif. Tidak seperti kebanyakan katalis yang digunakan terlibat. Enzim dikelompokkan ke dalam enam kelas berikut:
dalam bidang kimia sintetik, enzim bersifat spesifik baik bagi
tipe reaksi yang dikatalisis, maupun satu substrat atau 1. Oksidoreduktase—enzim yang mengkatalisis oksidasi
sekelompok kecil substrat yang berhubungan erat. Enzim juga dan reduksi.
merupakan katalis stereospesifik dan biasanya mengatalisis 2. Transferase—enzim yang mengatalisis pemindahan
reaksi dari hanya satu stereoisomer suatu senyawa—misalnya, gugus, seperti gugus glikosil, metil, atau kelompok
d-gula, tetapi bukan l- gula, l- amino tetapi bukan asam d- fosforil.
amino. Karena berikatan dengan substrat melalui sedikitnya 3. Hidrolase—enzim yang mengatalisis pemutusan
“tiga titik perlekatan, ” enzim bahkan dapat mengubah substrat hidrolitik dari CĆ, CÓ, CŃ, dan ikatan kovalen
nonchiral menjadi produk chiral. (Gambar 7–1) melukiskan lain.
4. Liase—enzim yang mengatalisis pemutusan CĆ, C
mengapa reduksi substrat piruvat nonchiral yang dikatalisis
oleh enzim hanya menghasilkan l- laktat, bukan campuran Ó, CŃ, dan ikatan kovalen lain dengan eliminasi
rasemik d-laktat dan l- laktat. Spesifisitas enzim yang sangat atom, yang menghasilkan ikatan rangkap dua.
5. Isomerase—enzim yang mengkatalisis perubahan
tinggi memberi sel hidup kemampuan untuk secara bersamaan
melaksanakan dan secara independen mengontrol beragam geometrik atau struktural di dalam satu molekul. Ligase
proses biokimia. 6. —enzim yang mengatalisis penyatuan (ligasi) dua
molekul yang dikaitkan dengan hidrolisis ATP.
ENZIM DIKLASIFIKASIKAN
Nama IUB untuk heksokinase adalah ATP: D-heksosa 6-
BERDASARKAN TIPE REAKSI fosfotransferase E.C. 2.7.1.1. Nama ini menunjukkan
Beberapa nama untuk enzim pertama kali dijelaskan pada hari- heksokinase sebagai anggota dari kelas 2 (transferase),
hari awal biokimia bertahan digunakan untuk hari ini. subkelas 7 (pemindahan satu gugus fosforil), sub-subkelas 1
Contohnya termasuk pepsin, tripsin, dan amilase. Namun, (alkohol adalah akseptor fosforil), dan “heksosa-6”
nama-nama yang paling sering digunakan untuk kebanyakan menunjukkan bahwa alkohol terfosforilasi berada di karbon
enzim menjelaskan tipe reaksi yang dikatalisis, diikuti oleh enam heksosa. Meskipun sistem IUB ini jelas, namun nama-
nama enzim menjadi panjang dan tidak praktis, sehingga kita
4 biasanya tetap menyebut heksokinase dan enzim berdasarkan
tradisionalnya, meskipun kadang-kadang nama itu
"menyesatkan". Di sisi lain angka E.C. sangat berguna untuk
1 3
1 membedakan enzim dengan fungsi yang sama atau kegiatan
3 katalitik, seperti yang digambarkan oleh pemanfaatannya
dalam bab-bab dari Bagian VI.
2 2
Lokasi enzim Subtrat

GUGUS PROSTETIK, KOFAKTOR,
GAMBAR 7–1 Representasi planar dari "perlekatan tiga-titik" & KOENZIM BERPERAN PENTING
suatu substrat ke bagian (tempat) aktif sebuah enzim. Meskipun
atom 1 dan 4 identik, namun jika atom 2 dan 3 telah melekat ke
DALAM KATALISIS
bagian komplementernya di enzim, hanya atom 1 yang dapat terikat. Banyak enzim mengandung berbagai molekul non-
Setelah terikat enzim, atom-atom yang tampak serupa dapat
dibedakan, dan hal ini memungkinkan perubahan kimia stereospesifik. protein kecil dan ion logam yang ikut serta secara langsung

dalam katalisis atau pengikatan substrat. Molekul/ion ini, O

yang disebut gugus prostetik, kofaktor, dan koenzim, NH2
memperluas ragam kemampuan katalisis melebihi yang +
dimungkinkan oleh gugus fingsional (yang jumlahnya N
terbatas) di rantai samping aminoasil peptida. O CH2
Gugus Prostetik Terintegrasi Secara Erat ke O

dalam Struktur Enzim
H H
Gugus prostetik digabungkan dengan kuat dan stabil ke dalam
HO OH
struktur protein oleh gaya-gaya akovalen atau nonkovalen. O P O–
Contoh-contohnya antara lain adalah piridoksal fosfat, flavin
mononukleotida (FMN), flavin adenin dinukleotida (FAD), NH2
tiamin pirofosfat, dan biotin. Logam adalah gugus prostetik N
N
yang paling sering dijumpai. Sekitar sepertiga dari semua
enzim mengandung ion-ion logam yang ikat erat Fe, Co, Cu, O N N
Mg, Mn, dan Zn disebut metaloenzim. Ion-ion logam yang O P O CH2
ikut serta dalam reaksi redoks umumnya membentuk –
O O
kompleks dengan gugus postetik (Bab 6 dan 31) atau
kelompok besi-sulfur (Bab 12). Logam juga mempermudah
H H
pengikatan dan orientasi substrat, pembentukan ikatan HO OR
kovalen dengan zat-zat antara reaksi (Co2+ pada koenzim
B12, lihat Bab 44), atau dengan berperan sevagai asam atau GAMBAR 7–2 Struktur NAD+ dan NADP+. Untuk NAD+,
basa Lewis membuat substrat lebih elektrofilik OR = -OH. Untuk NADP+, -OR = -OPO32−.
(kekurangan elektron) atau nukleofilik (kaya elektron), dan
sehingga lebih reaktif. Fungsi pengangkut ini ada dua. Pertama, pengangkut
menstabilkan spesies seperti atom hidrogen (FADH) atau
Kofaktor Berikatan Secara Reversibel ion hidrida (NADH) yang karena terlalu reaktif tidak dapat
dengan Enzim atau Substrat berada dalam satu periode waktu tertentu dengan adanya air
Kofaktor dapat berabsosiasi secara langsung dengan enzim atau molekul organik yang menembus masuk ke bagian
atau dalam bentuk kompleks kofaktor-substrat. Sementara dalam sel. Pengangkut juga berfungsi sebagai adaptor atau
kofaktor memiliki fungsi serupa dengan gugus prostetik, pemegang (handle) yang memungkinkan pengenalan dan
tetapi berikatan secara transien, dan mudah terlepas. Oleh pengikatan gugus kimia kecil, seperti asetat (koenzim A),
karena itu, tidak seperti gugus prostetik yang terikat, pada enzim targetnya. Gugus kimia lain yang diangkut oleh
kofaktor harus terdapat dalam medium di sekitar enzim agar koenzim antara lain adalah gugus metil (folat) dan
katalisis dapat terjadi. Kofaktor yang paling umum juga oligosakarida (dolikol).
adalah ion logam. Enzim yang memerlukan kofaktor ion
logam disebut enzim yang diaktifkan oleh logam (metal- KATALISIS TERJADI DI BAGIAN
activated enzymes) untuk membedakannya dari
metaloenzim dengan ion logam berfungsi sebagai gugus AKTIF
prostetik. Wawasan penting dalam bidang katalisis enzim dari awal
ĂŶǇĂŬ<ŽĞŶǌŝŵ͕<ŽĨĂŬƚŽƌ͕Θ'ƵŐƵƐ abad 20 muncul dari observasi bahwa keberadaan substrat
membuat enzim lebih resisten terhadap efek denaturasi
Prostetik adalah Turunan Vitamin B temperatur tinggi. Karena observasi ini, Emil Fischer
Vitamin B larut-air merupakan komponen penting berbagai mengusulkan bahwa enzim dan substratnya berinteraksi
koenzim. Nikotinamida adalah komponen koenzim redoks membentuk kompleks enzim-substrat (ES) yang stabilitas
NAD dan NADP (Gambar 7-2),sementara riboflavin adalah termalnya lebih besar daripada enzim sendiri. Wawasan ini
komponen koenzim redoks FMN dan FAD. Asam sangat membentuk pemahaman kita akan sifat kimia dan
pantotenat adalah komponen dari koenzim A pengangkut perilaku kinetik katalisis enzim.
gugus asil. Sebagai pirofosfatnya, tiamin ikut serta dalam Menurut Fischer, spesifisitas enzim yang sangat cermat
dekarboksilasi asam a-keto, dan koenzim asam folat dan dalam membedakan substratnya saat membentuk kompleks
kobamida berfungsi dalam metabolisme satu-karbon. Selain ES dapat disamakan dengan cara gembok mekanis
itu, beberapa koenzim mengandung adenin, ribosa, dan membedakan kunci yang tepat. Pada kebanyakan enzim,
gugus fosforil AMP atau ADP (Gambar 7–2). "gembok" terbentuk oleh celah atau kantong pada
permukaan protein yang membentuk bagian regio yang
Koenzim Berfungsi Sebagai Pengangkut
disebut bagian/tempat aktif (active site) (Gambara 5–6 dan
Substrat 5–8). Seperti kesan makna yang diberikan oleh kata sifat
Koenzim berfungsi sebagai pengangkut yang dapat didaur- "aktif," bagian aktif bukan hanya sekedar tempat pengenalan
ulang —atau agen pemindah kelompok yang memindahkan untuk pengikatan substrat; menyediakan lingkungan dimana
banyak substrat dari satu tempat ke termpat lain dalam sel. transformasi kimia berlangsung.

Arg 145
Katalisis Asam-Basa
NH
Selain berkontribusi pada kemampuan situs aktif untuk
OH
+ C mengikat substrat, kelompok-kelompok fungsional diionisasi
NH2 NH2
dari rantai samping aminoasil, dan di mana sekarang kelompok
O prostetik, dapat berkontribusi untuk katalisis dengan bertindak
H H
C O O sebagai asam atau basa. Membedakannya menjadi dua tipe
N H C C asam-basa katalisis. Spesifik katalisis asam atau basa
N H Tyr 248
H mengarahkan reaksi yang asam-satunya yang ikut serta atau basa
N
His 196 C
CH2
adalah proton atau ion hidroksida. Laju reaksi peka terhadap
O
Zn2+ perubahan dalam konsentrasi proton, tetapi tidak bergantung
NH2
O
pada konsentrasi asam (donor proton) atau basa (akseptor
O His 69
C N proton) lain yang terdapat di dalam larutan atau di bagian aktif.
Glu 72
Reaksi yang lajunya responsif terhadap semua asam atau basa
N yang ada dikatakan dapat mengalami katalisis asam umum atau
H katalisis basa umum.
GAMBAR 7–3 Gambaran dua-dimensi sebuah substrat Katalisis dengan "Paksaan"
dipeptida, glisil-tirosin, yang terikat pada bagian aktif
karboksipeptidase A. Enzim yang mengatalisis reaksi lisis, yang menyebabkan
putusnya ikatan kovalen, biasanya mengikat substratnya dalam
Dalam bagian aktif, substrat dibawa ke dalam suatu penataan suatu konformasi yang sedikit kurang menguntungkan bagi
yang saling berdekatan dengan kofaktor, gugus prostetik, ikatan yang akan putus tersebut. Konformasi ini menyerupai
dan rantai samping asam amino yang berperan mengatalisis zat antara keadaan transisi, spesies transien yang berada
transformasi kimianya menjadi produk (Gambar 7–3). dalam keadaan transisi, atau titik setengah-jalan, dalam
Katalisis lebih ditingkatkan lagi dengan adanya kapasitas transformasi substrat menjadi produk. Konformasi yang terjadi
bagian aktif membentengi substrat terhadap air dan akan meregangkan atau mendistorsi ikatan sasaran,
menciptakan lingkungan yang polaritas, hidrofobisitas, melemahkannya, dan menyebabkannya lebih rentan terputus.
keasaman, atau kebasaannya sangat berbeda dengan Penerima Nobel Linus Pauling adalah orang pertama yang
sitoplasma di sekitarnya. mengusulkan peran stabilisasi keadaan transisi sebagai
mekanisme umum yang digunakan enzim untuk
ENZIM MENGGUNAKAN mempercepat laju reaksi kimia. Pengetahuan tentang
keadaan transisi pada reaksi yang dikatalisis enzim sering
BANYAK MEKANISME UNTUK kali digunakan ahli kimia untuk merancang dan
menciptakan inhibitor enzim yang lebih efektif, yang disebut
MEMPERMUDAH KATALISIS analog keadaan transisi, sebagai farmakofor potensial.
Enzim menggunakan berbagai kombinasi dari empat
mekanisme umum untuk mencapai katalisis dengan laju
reaksi kimia yang sangat dipercepat Katalisis Kovalen
Proses katalisis kovalen melibatkan pembentukan suatu ikatan
Katalisis karena Kedekatan kovalen antara enzim dan satu atau lebih substrat. Enzim yang
Agar dapat bereaksi, molekul-molekul harus berada dalam telah mengalami modifikasi tersebut kemudian menjadi suatu
jarak yang cukup dekat untuk membentuk ikatan satu sama reaktan. Katalisis kovalen memasukkan suatu jalur reaksi baru
lain. Semakin tinggi konsentrasinya, semakin sering dengan energi aktivasi yang lebih rendah—dan karena itu lebih
molekul-molekul itu bertemu satu sama lain dan semakin cepat daripada jalur reaksi dalam larutan homogen. Namun,
besar laju reaksinya. Ketika enzim mengikat molekul substrat modifikasi kimiawi pada enzim bersifat transien. Setelah reaksi
di bagian aktifnya, enzim menciptakan suatu regio dengan selesai, enzim kembali ke keadaannya sebelum termodifikasi.
konsentrasi substrat Iokal yang tinggi dimana molekul- Jadi, peran enzim tersebut tetap katalitik. Katalisis kovalen
molekul substrat sehingga diperoleh posisi ideal untuk sering terjadi pada enzim-enzim yang mengatalisis reaksi
berinteraksi. Hal tersebut menyebabkan laju reaksi pemindahan gugus. Residu enzim yang ikut serta dalam
meningkat sedikitnya seribu kali lipat non enzim-katalisis katalisis kovalen umumnya adalah sistein atau serin dan
sama. kadang-kadang histidin. Katalisis kovalen sering mengikuti
suatu mekanisme "pingpong", yaitu mekanisme dengan substrat
pertama terikat dan produknya dibebaskan sebelum substrat
keduanya terikat (Gambar 7–4).
Pyr Glu
Ala CHO CH2NH2 KG CH2NH2 CHO
E CHO E E E CH2NH2 E E E CHO
Ala Pyr KG Glu
GAMBAR 7–4 Mekanisme "ping-pong" untuk transminasi. E-CHO dan E-CH2NH2 masing-masing mewakili
kompleks enzim-piridoksal fosfat dan enzim-piridoksamin. (Ala, alanin; Glu, glutamat; KG, α- ketoglutarat; Pyr,
piruvat.)

O
A B R′
N
.. C R
H H
.. ..
O
1
H
O O H O O
C
C
A B
CH2 CH2
Asp Y Asp X
O
R′
N
.. C R
A B
2 H OH
H H
O O O O
GAMBAR 7–5 Gambaran dua-dimensi model induced fit
Koshland untuk bagian aktif sebuah liase. Pengikatan substrat A—B C C
menginduksi perubahan konformasi di enzim yang menyejajarkan CH2 CH2
residu-residu katalitik yang ikut serta dalam katalisis serta
meregangkan ikatan antara A dan B sehingga ikatan tersebut mudah Asp Y Asp X
putus.
O
R′
SUBSTRAT MENGINDUKSI N H + C R
PERUBAHAN KONFORMASI H HO
PADA ENZIM 3
O O
H
O O
Meskipun "model gembok dan kunci" dari Fischer dapat C C
menjelaskan spesifisitas yang sangat tinggi pada interaksi
CH2 CH2
enzim-substrat, kesan bahwa bagian aktif enzim bersifat
kaku tidak sesuai dengan perubahan-perubahan dinamik Asp Y Asp X
yang menyertai katalisis. Kekurangan ini diatasi oleh Daniel GAMBAR 7–6 Mekanisme katalisis oleh suatu aspartat protease
Koshland yang mengajukan model induced fit, yang misalnya protease HIV. Tanda panah melengkung menunjukkan
menyatakan bahwa ketika mendekati dan berikatan dengan arah. 1 Aspartat X bekerja sebagai basa untuk mengaktifkan
molekul air dengan mengambil sebuah proton. 2 Molekul air yang
enzim, substrat menginduksi perubahan konformasi pada telah aktif menyerang ikatan peptida, membentuk zat antara
enzim, yaitu perubahan yang analog dengan memasukkan tetrahedral yang bersifat sementara. 3 Aspartat Y bekerja sebagai
tangan (substrat) ke dalam sarung tangan (enzim) (Gambar asam untuk mempermudah pemutusan zat antara tetrahedral dan
membebaskan produk-produk pecahan dengan memberikan sebuah
7–5). Enzim memicu perubahan timbal-balik pada substrat proton ke gugus amino yang baru terbentuk. Pemindahan proton
dengan memanfaatkan energi ikatan untuk memfasilitasi selanjutnya dari Asp X ke Asp Y memulihkan protease ke keadaan
transformasi substrat menjadi produk. Model induced fit ini awalnya.
telah banyak dibuktikan oleh studi-studi biofisik pergerakan
enzim sewaktu mengikat substrat sebuah proton ke gugus amino yang terbentuk setelah
putusnya ikatan peptida. Kedua aspartat bagian aktif yang
berbeda dapat bekerja secara bersamaan sebagai basa umum
PROTEASE HIV MENGGAMBARKAN atau sebagai asam umum karena lingkungan sekitarnya
mempermudah ionisasi salah satunya, tetapi bukan
KATALISIS ASAM-BASA keduanya.
Enzim pada famili aspartat protease, yang mencakup enzim
pencemaan pepsin, katepsin lisosom, dan protease yang KIMOTRIPSIN & FRUKTOSA-2,6-
diproduksi oleh virus imunodefisiensi manusia (HIV), memiliki
kesamaan mekanisme katalisis. Katalisis melibatkan dua residu BISFOSFATASE ADALAH CONTOH
aspartil yang bekerja sebagai katalis asam-basa. Pada tahap
pertama reaksi, sebuah aspartat yang berfungsi sebagai basa
KATALISIS KOVALEN
umum (Asp X, Gambar 7-6) mengekstraksi sebuah proton dari Kimotripsin
molekul air dan menyebabkannya lebih bersifat nukleofilik. Sementara katalisis oleh aspartat protease melibatkan
Nukleofil yang terbentuk ini kemudian menyerang karbon serangan hidrolitik Iangsung air pada ikatan peptida, katalisis
karbonil elektrofilik pada ikatan peptida yang menjadi sasaran oleh serin protease kimotripsin melibatkan pembentukan zat
hidrolisis dan membentuk zat antara transisi tetrahedral. antara asil enzim kovalen sebelumnya. Residu seril yang
Aspartat kedua (Asp Y, Gambar 7-6) kemudian memfasilitasi sangat reaktif, serin 195, diaktifkan melalui interaksi dengan
dekomposisi zat antara tetrahedral ini dengan mendonasikan histidin 57 dan aspartat 102.

Pada struktur primer, ketiga residu ini letaknya saling Peningkatan nukleofilisitas oksigen seril mempermudah
berjauhan, protein yang dewasa dan terlipat, satu sama lain serangannya ke karbon karbonil ikatan peptida substrat, yang
berada pada jarak yang cukup dekat untuk membentuk membentuk suatu zat antara asil-enzim kovalen. Proton di
ikatan. Dalam rangkaian Asp 102-His 57-Ser 195, residu- Asp 102 kemudian berpindah melalui His 57 ke gugus amino
residu ini membentuk "charge-relay network" yang berfungsi yang dibebaskan ketika ikatan peptida terputus. Bagian peptida
sebagai "pemindah proton." asli dengan satu gugus amino bebas kemudian meninggalkan
Terikatnya substrat memicu pergeseran proton yang bagian aktif enzim dan digantikan oleh molekul air. Charge-
selanjutnya memindahkan proton hidroksil Ser 195 ke Asp 102 relay network kini mengaktifkan molekul air dengan menarik
(Gambar 7–7). sebuah proton melalui His 57 ke Asp 102. Ion hidroksida yang
H O
terbentuk menyerang zat antara asil-enzim dan pergeseran
R1 N C R2 batik proton mengembalikan proton ke Ser 195 yang
memulihkan keadaannya semula. Meskipun mengalami
1 O O H N N H O modifikasi sewaktu proses katalisis, muncul tanpa perubahan
C
Ser 195 ketika reaksi selesai. Protease tripsin dan elastase menggunakan
Asp 102 His 57 mekanisme katalitik serupa, tetapi jumlah residu di pemindah
proton Ser-His-Asp berbeda.
H O
Fruktosa-2,6-Bisfosfatase
R1 N C R2
Fruktosa-2,6-bisfosfatase, yakni suatu enzim regulatorik
pada glukoneogenesis (lihat Bab 19), mengatalisis
2 O O H N N H O
pembebasan hidrolitik fosfat di karbon 2 pada fruktosa 2,6-
Ser 195
bisfosfat. (Gambar 7–8) melukiskan peran ketujuh residu
Asp 102 His 57
bagian aktif enzim. Katalisis melibatkan "trias katalitik" yaitu
O satu residu Glu dan dua residu His serta satu zat antara
R1 NH2 C R2 fosfohistidil kovalen.
Lys 356 Lys 356
3 O O H N N O Arg Arg
+ 352 + 352
Ser 195
P + P +
6– 6–
Asp 102 His 57
2– 2–
O Arg 307 Arg 307
H – O – O H+
Glu + Glu
C R2 327
+ H P
327 P
O + +
O His His
4 O O H N N H 392 392
Ser 195 Arg 257 His 258 1 Arg 257 His 258 2
Asp 102 His 57 E • Fru-2,6-P2 E-P • Fru-6-P
O
Lys 356 Lys 356
H
O C R2 Arg Arg
+ 352 + 352
H N H H + +
5 O O N O H
O
Ser 195
Arg 307 Arg 307
Asp 102 His 57 – –
Glu + Glu Pi +
+ H P +
327 + 327 +
HOOC R2
His His
392 392
Arg 257 His 258 3 Arg 257 His 258 4
6 O O H N N H O
Ser 195 E-P • H2O E • Pi
Asp 102 His 57
GAMBAR 7–8 Katalisis oleh fruktosa-2,6-bisfosfatase. (1) Lys 356
GAMBAR 7–7 Katalisis oleh kimotripsin. 1 Sistem charge-relay dan Arg 257, 307, dan 352 menstabilkan muatan negatif quadruple
mengeluarkan satu proton dari Ser 195, menyebabkannya menjadi substrat melalui interaksi antarmuatan. Glu 327 menstabilkan muatan
nukleofil yang lebih kuat. 2 Ser 195 yang telah aktif menyerang positif di His 392. (2) Nukleofil His 392 menyerang gugus fosforil C-2 dan
ikatan peptida membentuk suatu zat antara tetrahedral transien. 3 memindahkannya ke His 258 yang membentuk suatu zat antara fosforil-
Pembebasan peptida terminal amino dipermudah oleh donasi sebuah enzim. Fruktosa-6-fosfat meninggalkan enzim tersebut. (3) Serangan
proton ke gugus amino yang baru terbentuk oleh His 57 dari sistem nukleofilik oleh molekul air, mungkin dibantu oleh Glu 327 yang bekerja
charge-relay ini, menghasilkan zat antara asil-Ser 195. 4 His 57 dan
Asp 102 berkolaborasi untuk mengaktifkan satu molekul air yang sebagai sebuah basa dan membentuk fosfat anorganik. (4) Ortofosfat
menyerang asil-Ser 195 dan membentuk zat antara tetrahedral kedua. anorganik dibebaskan dari Arg 257 dan Arg 307 . (Direproduksi ulang,
5 Sistem charge-relay mendonasikan satu proton ke Ser 195 yang dengan izin, dari Pilkis SJ, et al: 6-Phosphofructo-2-kinase/fructose-2,6-
mempermudah penguraian zat antara tetrahedral untuk bisphosphatase: A metabolic signaling enzyme. Annu Rev Biochem
membebaskan peptida terminal karboksil 6 . 1995;64:799. © 1995 oleh Annual Reviews, www.annualreviews.org.)

TABEL 7–1 Sekuens Asam Amino di Sekitar Tempat Katalitik Beberapa Protease Sapi
Enzim Sekuens di Sekitar Serin S Sekuens di Sekitar Histidin H
Tripsin D S c Q D G S G G p V V c S G K V V S A A P
A S S c M G D S G G p L V c K K N V V T A A
Kimotripsin B S S c M G D S G G p L V c Q K N V V T A A
Trombin D a c e G D S G G p F V M K S P V L T A A
Catatan: Regio yang diperlihatkan adalah regio di kedua sisi tempat katalitik residu seril S dan histidil H .
RESIDU KATALITIK BERSIFAT AKTIVITAS KATALITIK ENZIM

"HIGHLY CONSERVED"(AMAT MEMPERMUDAH DETEKSINYA
LESTARI) Jumlah enzim yang relatif sedikit di dalam sel mempersulit
penentuan keberadaan dan konsentrasi enzim tersebut.
Anggota-anggota dari suatu famili enzim, misalnya
Namun, kemampuan untuk secara cepat mengubah ribuan
protease aspartat atau serin, menggunakan mekanisme
molekul suatu substrat tertentu menjadi produk
serupa untuk mengatalisis suatu tipe reaksi, tetapi bekerja
memudahkan masing-masing enzim untuk mengungkapkan
pada substrat yang berbeda. Hampir semua famili-famili
keberadaanya. Pengukuran aktivitas katalitik enzim sering
enzim tampaknya berasal dari proses duplikasi gen yang
digunakan dalam laboratorium klinis dan riset. Pada kondisi
menciptakan salinan kedua dari gen yang menyandi enzim
yang sesuai (lihat Bab 8), laju reaksi katalitik yang dipantau
tertentu. Protein yang disandi oleh kedua gen kemudian
setara dengan jumlah enzim yang ada, yang memungkinkan
dapat mengalami evolusi secara mandiri untuk mengenal
kita mengukur konsentrasi enzim.
substrat yang berbeda—dan membentuk homolog. Hasil
yang digambarkan contohnya, kimotripsin, yang memecah Enzimologi Molekul Tunggal
ikatan peptida di sisi terminal karboksil asam-asam amino Terbatasnya sensitivitas pengukuran konsentrasi enzim
hidrofob besar; dan tripsin yang memutuskan ikatan tradisional mengharuskan digunakannya sekelompok besar,
peptida di sisi terminal karboksil asam-asam amino dasar. atau ansambel, molekul enzim untuk menghasil-kan produk
Protein-protein yang berasal dari leluhur yang sama dalam jumlah yang dapat diukur. Data yang diperoleh
(common ancestor) disebut homolog satu sama lain. sehingga mencerminkan aktivitas rata-rata enzim individu
Kesamaan leluhur enzim dapat diperkirakan dari adanya di beberapa siklus katalisis. Kemajuan-kemajuan terkini
asam-asam amino spesifik di posisi yang sama di setiap dalam bidang nanoteknologi memungkinkan kita
anggota famili enzim. Residu-residu ini disebut sebagai mengamati, biasanya dengan mikroskop fluoresen, kejadian
conserved residues (residu yang tidak mengalami katalisis oleh masing-masing enzim dan molekul substrat.
perubahan evolusi). Tabel 7–1 menggambarkan konservasi Akhirnya, para ilmuwan kini dapat mengukur laju proses
struktur primer dua komponen dari charge-relay network katalisis tunggal dan kadang-kadang masing-masing tahap
untuk beberapa protease serin. Residu-residu yang ikut dalam katalisis oleh suatu proses yang disebut enzimologi
serta secara langsung dalam katalisis termasuk dalam residu molekul tunggal (single molecule enzymology) contoh yang
dengan derajat konservasi yang tinggi. diilustrasikan pada (Gambar 7–9).
ISOZIM ADALAH BENTUK ENZIM Penemuan Obat Memerlukan Pemeriksaan

BERBEDA YANG MENGATALISIS Enzim yang Sesuai untuk Penapisan "High-
Throughput"
REAKSI YANG SAMA Enzim adalah satu dari beberapa kelas utama biornolekul
Organisme tingkat-tinggi sering mengeluarkan beberapa yang menjadi sasaran untuk pembuatan obat dan agen
versi yang secara fisik berbeda dari suatu enzim, dan masing- terapeutik lain. Contohnya, banyak antibiotik menghambat
masing mengatalisis reaksi yang sama. Seperti anggota famili enzim yang khas untuk mikroba patogen. Penemuan obat
protein lainnya, katalis-katalis protein atau isozim ini berasal Baru sangat dipermudah jika kita dapat memeriksa secara
dari duplikasi gen. Sementara protease yang dijelaskan di cepat dan otomatis sejumlah besar farmakofor potensial—
atas memiliki substrat yang berbeda, isozim dapat suatu proses yang disebut sebagai high-throughput screening
memperlihatkan perbedaan ringan dalam sifat seperti (HTS). HTS memanfaatkan perkembangan terbaru dalam
sensitivitas terhadap faktor regulatorik tertentu (lihat Bab 9) bidang robotik, optik, pemrosesan data, dan mikrofluida
atau afinitas substrat (misalnya heksokinase dan untuk melakukan dan menganalisis beribu-ribu pengukuran
glukokinase) yang mengadaptasikan isozim ke jaringan atau aktifitas enzim tertentu secara simultan. Peralatan penapisan
lingkungan tertentu. Sebagian isozim juga dapat high-throughput yang paling banyak dipakai adalah peralatan
meningkatkan kelangsungan hidup dengan menyediakan terotomasi penuh dan menggunakan volume 4-100 µL dalam
salinan "cadangan" suatu enzim esensial. plat plastik dengan 96, 384, atau 1536 sumur (well).

albumin serum sapi. Kemudian ditambahkan suatu larutan

antibodi yang diikat secara kovalen ke suatu enzim reporter.
Antibodi melekat pada antigen yang telah diimobilisasi
sehingga ikut terimobilisasi. Kelebihan molekul antibodi
bebas kemudian dihilangkan dengan pembilasan.
Keberadaan dan jumlah antibodi yang terikat kemudian
ditentukan dengan menambahkan substrat untuk enzim
reporter tersebut.
Dehidrogenase Dependen-NAD(P)
Diperiksa Secara Spektrofotometris
Sifat fisikokimia reaktan dalam suatu reaksi yang dikatalisis
1 2 3 4
oleh enzim menentukan jenis pemeriksaan yang dapat
digunakan untuk menilai aktivitas enzim. Pemeriksaan
GAMBAR 7–9 Pengamatan langsung proses pemutusan DNA spektrofotometri memanfaatkan kemampuan suatu substrat
tunggal yang dikatalisis oleh suatu endonuklease restriksi. Molekul atau produk untuk menyerap sinar. Koenzim tereduksi
DNA yang telah diimobilisasi pada manik-manik (biru) diletakkan
dalam suatu aliran arus dapar (tanda panah hitam), yang
NADH dan NADPH yang ditulis sebagai NAD(P)H,
menyebabkan konformasinya memanjang. Pemutusan di satu menyerap cahaya pada panjang gelombang 340 nm,
tempat restriksi (jingga) oleh suatu endonuklease menyebabkan sedangkan bentuk teroksidasinya NAD(P)+ tidak demikian
molekul DNA memendek yang dapat diamati secara langsung (Gambar 7–10). Jika NAD(P)+ tereduksi, penyerapan pada
dengan mikroskop karena basa-basa nukleotida pada DNA
340 nm meningkat sebanding dengan—dan dengan
memperlihatkan fluoresensi. Meskipun endonuklease (merah) tidak
memperlihatkan fluoresensi, dan karenanya tidak terlihat, cara kecepatan yang ditentukan oleh jumlah NAD(P)H yang
molekul DNA memendek secara progresif (1—> 4) mengungkapkan dihasilkan. Sebaliknya, untuk suatu dehidrogenase yang
bahwa endonuklease berikatan dengan ujung bebas molekul DNA dan mengatalisis oksidasi NAD(P)H, akan dijumpai penurunan
bergerak di sepanjang molekul tersebut dari satu tempat ke tempat penyerapan pada 340 nm. Pada masing-masing kasus
lain.
tersebut, laju perubahan dalam densitas optik pada 340 nm
Peralatan ini dapat mencampur substrat, koenzim, enzim, akan sebanding dengan jumlah enzim yang ada.
dan inhibitor potensial dalam berbagai kombinasi dan Pengukuran enzim yang reaksinya tidak disertai oleh
konsentrasi. Pemeriksaan penyaring high-throughput ini ideal perubahan absorbansi atau fluoresensi umumnya lebih sulit.
untuk menyurvei berbagai produk combinatorial chemistry, Pada beberapa kasus, produk atau substrat yang tersisa
sintesis secara bersamaan berbagai senyawa kimia yang dapat diubah menjadi senyawa yang lebih mudah
mengandung semua kemungkinan kombinasi dari satu set zat dideteksi, produk reaksi mungkin perlu dipisahkan dari
kimia prekursor. Pemeriksaan kadar enzim yang substrat yang tidak bereaksi sebelum diukur. Strategi
menghasilkan produk kromagenik atau fluoresen alternatif adalah dengan merancang suatu substrat sintetik
merupakan hal ideal dalam high-throughput screening dengan produk yang menyerap sinar atau berfluoresensi.
karena detektor optik dapat dirancang secara mudah untuk Misalnya, hidrolisis ikatan fosfodiester di p-nitrofenil fosfat
menganalisis secara cepat sampel dalam jumlah banyak. (pNPP), sebuah molekul substrat buatan,
Seperti dijelaskan pada Bab 8, penggunaan utamanya
adalah untuk analisis senyawa penghambat dengan tujuan 1.0
akhir untuk digunakan sebagai obat.
Enzyme-Linked Immunoassay 0.8
Sensitivitas pengukuran enzim dapat digunakan untuk

mendeteksi protein yang tidak memiliki aktivitas katalitik. 0.6
Densitas optik
Enzyme-linked immunoassay (ELISA) menggunakan

antibodi yang secara kovalen terhubung ke suatu "enzim
reporter" misalnya alkali fosfatase atau peroksidase 0.4
NADH
horseradish (sejenis tanaman lobak) yang produk-
produknya mudah dideteksi, umumnya melalui penyerapan
0.2
sinar atau dengan fluoresensi. Serum atau sampel biologis
lain yang akan diperiksa diletakkan dalam lempeng
mikrotiter plastik, tempat protein melekat pada permukaan NAD+
0
plastik dan tidak bergerak. Semua permukaan penyerap 200 502 300 350 400
dinding sumur yang tersisa kemudian "diblok" dengan Panjang gelombang (nm)
menambahkan protein nonantigenik, misalnya
GAMBAR 7–10 Spektrum absorpsi NAD+ dan NADH. Densitas
adalah untuk larutan 44 mg/L dalam sebuah sel dengan jalur sinar 1
cm. NADP+ dan NADPH masing-masing memiliki spektrum yang
analog dengan NAD+ dan NADH.

Glukosa TABEL 7–2 Enzim serum utama yang digunakan dalam

ATP, Mg2+ diagnosis klinis
Heksokinase Enzim Serum Pemakaian Diagnostik Utama
2+
ADP, Mg Aminotransferase
Glukosa 6-fosfat Aspartat aminotransferase Infark miokardium
NADP+ (AST, or SGOT)
Glukosa-6-fosfat Alanine aminotransferase Hepatitis virus
dehidrogenase (ALT, or SGPT)
NADPH + H+
Amilase Pankreatis akut Degenerasi
6-Fosfoglukonolakton
Seruloplasmin hepatolentikular (penyakit
GAMBAR 7–11 Pemeriksaan enzim gabungan untuk aktivitas Wilson)
heksokinase. Pembentukan glukosa 6-fosfat oleh heksokinase
dikaitkan dengan oksidasi produk ini oleh glukosa-6-fosfat Kreatin kinase Penyakit otot dan
dehidrogenase dengan keberadaan enzim tambahan dan NADP+. Jika infark miokardium
terdapat kelebihan glukosa-6-fosfat dehidrogenase, laju pem- γ-Glutamyl transferase Berbagai penyakit hati
bentukan NADPH, yang dapat diukur pada 340 nm, ditentukan oleh
laju pembentukan glukosa 6-fosfat oleh heksokinase. Lactate dehydrogenase Penyakit hati
isozyme 5
Lipase Pankreatitis akut

dikatalisis pada tingkat terukur oleh fosfatase banyak, β- Glucoscerebrosidase Penyakit Gaucher
fosfodiesterase, dan protease serin. Namun, setelah hidrolisis, Fosfatase, alkali Berbagai penyakit tulang,
anion p-nitrofenilat yang terbentuk akan menyerap sinar
(lisozim) penyakit hati obstruktif
pada 419 nm dan dengan demikian dapat diukur.
Catatan: Banyak enzim di atas tidak spesifik untuk penyakit yang tercantum.
Banyak Enzim Diukur dengan
Menggabungkannya ke Dehidrogenase juga dalam urine atau berbagai sel, memberi informasi
Pendekatan yang sangat umum lainnya adalah menerapkan mengenai diagnosis, prognosis, dan respons terhadap
pengukuran "gabungan" (Gambar 7–11). Biasanya, suatu pengobatan. Pengukuran aktivitas enzim biasanya
dehidrogenase dengan substrat berupa produk enzim yang menggunakan pengukuran kinetik laju reaksi awal standard.
akan diteliti ditambahkan ke dalam kelebihan katalitik. Laju Tabel 7–2 mendaftar beberapa enzim yang berguna dalam
kemunculan atau menghilangnya NAD(P)H akan diagnosis klinis. Namun, enzim-enzim ini tidak secara mutlak
bergantung pada laju reaksi enzim tempat dehidrogenase spesifik untuk penyakit yang dimaksud. Sebagai contoh,
digabungkan. peningkatan kadar fosfatase asam prostat dalam darah
umumnya dikaitkan dengan kanker prostat, tetapi juga
ANALISIS ENZIM TERTENTU dengan beberapa kanker dan kondisi nonkanker lain.
Akibatnya, data pengukuran enzim harus dipertimbangkan
MEMBANTU DIAGNOSIS bersama dengan faktor-faktor lain yang dihasilkan melalui
Analisis enzim dalam plasma darah memainkan peran pemeriksaan klinis yang komprehensif. Faktor-faktor yang
penting dalam diagnosis beberapa proses penyakit. Banyak harus dipertimbangkan dalam mengintepretasi data enzim
enzim merupakan komponen fungsional darah. Contohnya antara lain umur pasien, jenis kelamin, riwayat sebelumnya,
antara lain pseudokolinesterase, lipoprotein lipase, dan obat yang mungkin digunakan, dan sensitivitas dan
komponen-komponen kaskade yang memicu pembekuan spesifisitas diagnosis pengujian enzim.
darah dan disolusi bekuan. Enzim lain dilepaskan ke dalam
plasma setelah kematian atau trauma sel. Enzim ini tidak Enzim Membantu Diagnosis
melakukan fungsi fisiologis dalam plasma, dapat berfungsi
infark Miokardium
sebagai biomarker, pemunculan atau kadar enzim-enzim ini
dapat digunakan dalam menentukan diagnosis dan prognosis Enzim yang dapat digunakan dalam enzimologi diagnostik
penyakit dan trauma yang memengaruhi jaringan-jaringan harus relatif spesifik terhadap jaringan atau organ yang
tertentu. Setelah trauma, konsentrasi plasma enzim yang sedang diteliti, hams muncul dalam plasma atau cairan lain
dilepaskan dapat meningkat di tahap awal atau tahap akhir, pada suatu waktu yang dapat digunakan untuk diagnosis
dan dapat menurun dengan cepat atau dengan lambat. ("jendela diagnostik"), dan harus bisa diotomasi dalam
Protein dari sitoplasma cenderung muncul lebih cepat pengukuran. Enzim yang digunakan untuk memastikan
daripada protein dari organel-organel subseluler. Kecepatan infark miokardium (myocardial infarction, MI) melukiskan
suatu enzim dan protein lain dibersihkan dari plasma konsep "jendela diagnostik," dan memberikan sudut pandang
tergantung kerentanannya pada proteolisis dan per- historis penggunaan berbagai enzim untuk tujuan tersebut.
meabilitasnya melewati glomerulus ginjal. Deteksi enzim harus dapat dilakukan dalam beberapa jam
Pengukuran kuantitatif aktivitas enzim yang dilepaskan setelah MI agar diagnosis awal dapat ditegakkan dan terapi
atau protein lain, umumnya dalam plasma atau serum, tetapi yang sesuai dapat dimulai. Enzim yang muncul dalam

plasma setelah 12 jam atau Iebih setelah trauma terbatas pada kebanyakan laboratorium klinis, pengukuran kadar
kegunaannya. Enzim-enzim pertama yang digunakan untuk troponin plasma telah menggantikan CK sebagai marker
mendiagnosis MI adalah aspartat aminotransferase (AST), diagnostik pilihan untuk MI.
alanin aminotransferase (ALT), dan laktat dehidrogenase.
AST dan ALT terbukti kurang ideal karena muncul dalam Troponin
plasma relatif lambat dan tidak spesifik untuk otot jantung. Troponin adalah kompleks yang terdiri dari tiga protein yang
Sementara itu, meskipun LDH juga dilepaskan relatif lambat terlibat dalam kontraksi otot pada otot rangka dan otot jantung,
ke dalam plasma, LDH memberikan keuntungan spesifisitas tetapi tidak pada otot polos (lihat Bab 51). Pengukuran
jaringan sebagai akibat struktur kuaternernya. imunologis kadar plasma troponin jantung I dan T
Laktat dehidrogenase (LDH) adalah enzim tetramerik merupakan indikator yang spesifik dan sensitif untuk
yang terdiri dari dua tipe monomer: H (jantung/heart) dan M kerusakan otot jantung. Kadar troponin meningkat selama
(untuk otot/muscle) yang berkombinasi menghasilkan lima 2-6 jam setelah MI dan tetap tinggi selama 4-10 hari. Selain
isozim LDH: HHHH (I1), HHHM (I2), HHMM (I3), HMMM MI, kerusakan otot jantung lain juga meningkatkan kadar
(I4), dan MMMM (I5). Ekspresi spesifik-jaringan gen H dan troponin serum. Karena itu, troponin jantung merupakan
M menentukan proporsi relatif masing-masing subunit pada marker untuk semua kerusakan otot jantung. Pencarian
berbagai jaringan. Isozim I1 mendominasi di jaringan marker tambahan untuk penyakit jantung, seperti albumin
jantung, dan isozim I5 mendominasi di hati. Dengan termodifikasi-iskemia, dan pengukuran simultan suatu
demikian, ketika tingkat LDH meningkat dalam plasma spektrum marker diagnostik menggunakan proteomik terus
darah, identitas jaringan yang terluka dapat disimpulkan dari menjadi area riset klinis yang aktif.
pola karakteristik dari isozim LDH. Di laboratorium klinis,
jaringan melepaskan pola khas isozim LDH yang dapat
Penggunaan Tambahan Klinis dari Enzim
dipisahkan dengan elektroforesis dan dideteksi meng- Enzim juga dapat digunakan dalam laboratorium klinis sebagai
gunakan pengukuran bergandeng (Gambar 7–12). Saat ini, alat untuk menentukan konsentrasi metabolit yang penting.
posisi LDH sebagai marker MI sudah diganti oleh protein lain Sebagai contoh, glukosa oksidase sering digunakan untuk
yang muncul lebih cepat dalam plasma lebih cepat daripada mengukur konsentrasi glukosa plasma. Enzim semakin sering
LDL. digunakan sebagai alat untuk perawatan penyakit dan luka.
Kreatin kinase (CK) memiliki tiga isozim: CK-MM (otot Aktivator plasminogen jaringan (tissue plasminogen activator,
rangka), CK-BB (otak), dan CK-MB (otot jantung dan otot tPA) atau streptokinase digunakan dalam pengobatan MI akut,
rangka). CK-MB memiliki jendela diagnostik yang dapat sementara tripsin digunakan dalam perawatan sistik fibrosis.
digunakan. CK-MB muncul dalam 4-6 jam setelah MI, Infus intravena dari glikosilasi secara rekombinasi yang
mencapai puncak dalam 24 jam, dan turun ke garis dasar dihasilkan telah disetujui untuk pengobatan beberapa penyakit
dalam 48-72 jam. Seperti pada LDH, masing-masing isozim penyimpanan lisosomal termasuk penyakit Gaucher (b-
CK dapat dipisahkan dengan elektroforesis sehingga glukosidase), penyakit Pompe (a-glukosidase), penyakit Fabry
memudahkan deteksi. Pengukuran kadar CK plasma terus (a-galaktosidase A), dan penyakit (Lupus) Sly (b-
digunakan untuk mengkaji penyakit otot rangka, seperti glukuronidase).
distrofi muskular Duchene. Namun saat ini,
+ –
Laktat
(Laktat) SH2 S (Piruvat)
dehidrogenase
Jantung A
NAD+ NADH + H+
Normal B
PMS tereduksi PMS teroksidasi
Hati C
NBT teroksidasi NBT tereduksi
(tidak berwarna) (formazan biru)
5 4 3 2 1
GAMBAR 7–12 Pola normal dan patologis berbagai isozim laktat dehidrogenase (LDH) dalam serum
manusia. Isozim LDH pada serum dipisahkan oleh elektroforesis dan dilihat dengan menggunakan skema reaksi
bergandeng yang diperlihatkan di kiri. (NBT, nitroblue tetrazolium; PMS, fenazin metilsulfat). Di kanan tampak
elektroferogram yang telah diwarnai. Pola A adalah serum dari seorang pasien dengan infark miokardium; B adalah
serum normal; dan C adalah serum dad seorang pasien dengan penyakit hati. Angka-angka menandai isozim LDH
spesifik.

biakan sel serangga. Untuk rincian lebih lanjut mengenai

ENZIM MEMPERMUDAH teknik DNA rekombinan, lihat Bab 39.
DIAGNOSIS PENYAKIT GENETIK Protein Fusi Rekombinan Dimurnikan
DAN PENYAKIT INFEKSI dengan Kromatografi Afinitas
Banyak teknik diagnostik memanfaatkan spesifisitas dan Teknologi DNA rekombinan juga dapat digunakan untuk
efisiensi enzim yang bekerja pada oligonukleotida, seperti menciptakan protein modifikasi yang mudah dimurnikan
DNA. Enzim yang dikenal sebagai endonuklease restriksi dengan kromatografi afinitas. Gen dari protein yang
memutus DNA untai ganda pada tempat spesifik dengan bersangkutan dikaitkan ke suatu sekuens oligonukleotida
sekuens empat, enam, atau Iebih pasangan basa yang disebut yang menyandi suatu perpanjangan terminal karboksil atau
tempat restriksi. Pembelahan sampel DNA dengan enzim amino ke protein yang disandi tersebut. Protein modifikasi
restriksi menghasilkan satu set fragmen DNA yang lebih yang terbentuk, disebut protein fusi, mengandung suatu
kecil dan khas (lihat Bab 39). Penyimpangan pola produk domain yang dirancang untuk berinteraksi dengan matriks
normal, yang disebut polimorfisme panjang fragmen afinitas spesifik. Salah satu pendekatan yang populer adalah
restriksi (restriction fragment length polymerphisms, RFLPs), melekatkan suatu oligonukleotida yang menyandi enam
terjadi jika mutasi menyebabkan tempat restriksi tidak dapat residu histidin berurutan. Protein "His tag" ("berlabel
dikenali oleh endonuklease restriksi yang terkait atau secara histidin") yang diekspresikan ini kemudian mengikat
altematif menyebabkan terbentuknya tempat pengenalan matriks kromatografik yang mengandung ion logam
(recognition site) baru. Saat ini, RFLP digunakan untuk divalen, misalnya Ni2+ atau Cd2+. Pendekatan ini
memfasilitasi deteksi prenatal sejumlah penyakit turunan, memanfaatkan kemampuan dari kation divalen ini untuk
seperti sifat sel sabit, talasemia beta, fenilketonuria bayi, dan mengikat residu His. Setelah terikat, mencemari protein
penyakit Huntington. dibasuh lepas, dan enzim His-tag dielusi dengan penyangga
yang mengandung konsentrasi tinggi dari histidin atau
Aplikasi Medis dari Reaksi Berantai imidazol bebas, yang berkompetisi dengan ekor polihistidin
Polimerase (Polymerase Chain Reaction) untuk mengikat ion logam tidak bergerak. Cara lain,
Seperti dijelaskan dalam Bab 39, Reaksi berantai polimerase domain pengikat-substrat pada glutation S-transferase
(polymerase chain reaction, PCR) menggunakan polimerase (GST) dapat berfungsi sebagai "GST tag". (Gambar 7–13)
DNA yang termostabil dan primer oligonukleotida yang sesuai melukiskan pemurnian suatu protein fusi-G5T dengan
untuk menghasilkan ribuan salinan segmen DNA yang menggunakan matriks afinitas yang mengandung glutation
diinginkan dari bahan awal dalam jumlah sangat kecil. PCR yang terikat. Protein fusi juga sering menyandi suatu tempat
memungkinkan ilmuwan medis, biologis, dan forensik untuk pemutusan untuk suatu protease yang sangat spesifik
mendeteksi dan mengarakterisasi DNA yang pada awalnya misalnya trombin di regio yang menghubungkan dua bagian
terdapat dalam kadar yang terlalu rendah untuk dideteksi protein. Hal ini memungkinkan kita mengeluarkan domain
secara langsung. Selain untuk penapisan mutasi genetik, PCR fusi yang ditambahkan tersebut setelah tindakan pemurnian
dapat digunakan untuk mendeteksi dan mengindentifikasi afinitas.
patogen clan parasit, seperti Trypanosoma cruzi, penyebab GST T Enzim
penyakit Chagas, dan Neisseria meningitides, penyebab
meningitis bakterial, melalui amplifikasi selektif DNAnya Plasmid yang DNA terklon yang
menyandi GST menyandi enzim
DNA REKOMBINAN dengan tempat trombin
(T)
MERUPAKAN ALAT PENTING

Terligasi bersama
UNTUK MEMPELAJARI ENZIM
Teknologi DNA rekombinan telah muncul sebagai aset GST T Enzim
penting dalam penelitian tentang enzim. Untuk meneliti
struktur dan fungsi enzim diperlukan sampel enzim dengan Transfeksi sel,
tingkat kemurnian yang sangat tinggi. Mengisolasi suatu tambahkan bahan
penginduksi, kemudian
enzim, terutama yang terdapat dalam konsentrasi rendah, pecahkan sel
dari ribuan protein yang ada dalam sebuah sel mungkin Masukkan dalam
kolom afinitas
sangat sulit dilakukan. Jika gen untuk enzim yang bersangku glutation (GSH)
tan telah dapat diklon, biasanya kita dapat menghasilkan
Tonjolan GSH GST T Enzim
sejumlah besar protein yang disandi oleh gen tersebut sefarose
melalui Escherichia coil atau sel ragi. Namun, tidak semua
protein hewani dapat diekspresikan dalam bentuk aktif di sel Elusi dengan GSH,
reaksikan dengan trombin
mikroba, demikian juga dengan mikroba, tidak dapat
melaksanakan proses-proses pengolahan pasca-translasi GST T
GSH Enzim
tertentu. Oleh sebab itu, suatu gen dapat diekspresikan
dalam biakan sistem sel hewan yang menggunakan vektor
ekspresi baculovirus untuk mentransformasikan GAMBAR 7–13 Pemakaian protein fusi glutation S-transferase
(GST) untuk memurnikan protein rekombinan. (GSH, glutation.)

Mutagenesis Site-Directed mRNA yang terkait melalui mekanisme pasangan basa. Hal
itu sangat mengejutkan ketika ditemukan bahwa RNA
Memberikan Pemahaman Mekanistik ribosom berdua perlu dan cukup untuk katalisis.
Jika kemampuan untuk mengekspresikan suatu protein
dari gen klon-nya telah diperoleh, residu-residu aminoasil Hipotesis Dunia RNA
spesifik dari protein tersebut dapat diubah dengan Penemuan ribozim memiliki pengaruh yang sangat besar
mengubah kodon-kodonnya menggunakan site-directed terhadap teori evolusi. Selama bertahun-tahun, para ahli
mutagenesis. Pendekatan ini, jika digunakan bersama berhipotesis bahwa katalis biologis pertama terbentuk ketika
dengan analisis kinetik dan kristalografi sinar-X, asam amino yang terdapat dalam sup primordial mengalami
mempermudah kita mengidentifikasi peran-peran spesifik koalesen membentuk protein sederhana pertama. Dengan
residu aminoasil tertentu pada pengikatan dan katalisis pemahaman bahwa RNA dapat membawa informasi dan
substrat. Contohnya, kesimpulan bahwa suatu residu mengatalisis reaksi kimia sederhana, hipotesis "Dunia RNA"
aminoasil tertentu berfungsi sebagai asam umum dapat diuji baru muncul, RNA merupakan makromolekul biologis
dengan menggantinya dengan suatu residu aminoasil yang pertama. Akhirnya, DNA muncul sebagai oligonukleotida
tidak mampu mendonasikan sebuah proton. yang stabil secara kimia dalam menyimpan informasi jangka
panjang, sementara protein, yang memiliki variasi jauh lebih
RIBOZIM: ARTEFAK DARI besar dalam hal gugus fungsi kimia, mendominasi katalisis.
DUNIA RNA Jika kita berasumsi sejenis hibrida RNA-protein terbentuk
sebagai zat antara dalam transisi ribonukleotida menjadi
Cech Menemukan Molekul katalis polipeptida, kita hanya perlu melihat pada ribosom
untuk menemukan tautan yang hilang.
RNA Katalitik Pertama
Mengapa bukan protein yang mengambil-alih semua
Keikutsertaan katalis enzim dalam maturasi posttranslasi
fungsi katalitik? Kemungkinan, dalam kasus ribosom,
protein tertentu memiliki analogi dalam dunia RNA. Banyak
prosesnya terlalu kompleks dan terlalu penting untuk
molekul RNA mengalami pemrosesan yang menghilangkan
membiarkan kemungkinan adanya pesaing yang menje-
segmen-segmen oligonukleotida dan meligasi kembali
jakkan kakinya. Dalam kasus RNA pemutusan-diri kecil dan
segmen yang tersisa membentuk produk yang matur (lihat
intron penjalinan-diri, kedua molekul ini mewakili satu dari
Bab 36). Namun, tidak semua katalis ini adalah protein.
sedikit kasus autokatalisis RNA lebih efisien daripada
Sewaktu memeriksa pemrosesan molekul RNA ribosom
pengembangan katalis protein baru.
(rRNA) pada protozoa bersilia Tetrahymena, Thomas Cech
dan rekan-rekan sekerjanya mengamati, pada awal tahun
1980-an, bahwa pemrosesan rRNA 26S berlangsung dengan RINGKASAN
baik in vitro tanpa ada protein sama sekali. Sumber aktivitas ■ Enzim adalah katalis yang efisien dengan spesifisitas yang
penjalinan (splicing) ini ditelusuri pada segmen katalitik 413 bp sangat tinggi, yang meitias sampai jenis reaksi yang dikatalisis,
yang mempertahankan aktivitas katalitiknya bahkan ketika dan biasanya memiliki satu substrat tunggal.
direplikasi di E. coli (lihat Bab 39). Sebelum waktu itu, orang ■ Gugus prostetik organik dan anorganik, kofaktor, dan koenzim
mengira bahwa polinukleotida adalah satu-satunya molekul berperan penting dalam katalisis. Koenzim, yang banyak di
penyimpanan informasi dan transmisi, dan katalisis hanya antaranya berupa turunan dari vitamin B, berfungsi sebagai
"pengangkut" untuk gugus yang banyak digunakan, seperti
terjadi pada protein.
gugus amin, elektron, dan asetil
Sejak saat itu, beberapa ribozim berhasil ditemukan.
■ Selama katalisis, enzim sering mengarahkan ulang perubahan
Sebagian besar ribozim mengatalisis reaksi penggantian konformasi yang dipicu oleh pengikatan substrat untuk
nukleofilik yang menjadikan ikatan fosfodiester tulang memengaruhi perubahan komplementer pada substrat yang
punggung RNA sebagai target. Pada RNA penjalinan diri yang memudahkan transformasinya menjadi produk.
kecil, seperti RNA kepala martil atau RNA virus delta ■ Mekanisme katalitik yang digunakan oleh enzim mencakup
hepatitis, nukleofil penyerang adalah air dan hasilnya adalah introduksi strain (untai), aproksimasi reaktan, katalisis asam-
hidrolisis. Pada kelompok besar ribozim intron I, nukleofil basa, dan katalisis kovalen. Protease HIV mengambarkan
penyerang adalah 3'-hidroksil pada ribose terminal segmen katalisis asam-basa; kimotripsin dan fruktosa-2,6-bifosfatase
RNA lain dan hasilnya adalah reaksi penjalinan. melukiskan katalisis kovalen.
Residu aminoasil yang ikut serta dalam katalisis sangat
Ribosom—Ribozim yang Sebenarnya ■
terkonservasi (tidak berubah selama evolusi) pada semua kelas
Ribozim merupakan "mesin molekuler" pertama yang enzim yang ada. Site-directed mutagenesis, yang digunakan
ditemukan. Ribozim adalah kompleks yang sangat besar untuk mengubah residu yang diperkirakan memiliki fungsi
yang terdiri dari sejumlah subunit protein dan beberapa penting dalam katalisis atau pengikatan substrat, memberikan
molekul RNA ribosom besar, ribosom melakukan proses pemahaman mengenai mekanisme kerja enzim.
yang sangat penting dan kompleks dalam menyintesis rantai ■ Aktivitas katalitik enzim mengungkapkan keberadaannya,
polipeptida panjang dengan mengikuti petunjuk yang mempermudah deteksinya, dan menjadi dasar bagi berbagai
disandi dalam molekul RNA kurir (lihat Bab 37). Selama pemeriksaan enzyme-linked immunoassay. Banyak enzim dapat
bertahun-tahun, RNA ribosom dianggap memainkan peran diukur secara spektrofotometrik dengan meng-gabungkan ke
struktural yang pasif, atau mungkin membantu pengenalan dehidrogenase dependen-NAD(P)+.

■ Ilmu kimia kombinatorial menghasilkan beragam aktivator Goddard J-P, Reymond J-L: Enzyme assays for high-throughput
dan inhibitor enzim potensial yang dapat diuji dengan high- screening. Curr Opin Biotech 2004;15:314.
throughput screening. Gupta S, de Lemos JA: Use and misuse of cardiac troponins in
■ Pengukuran enzim plasma membantu diagnosis dan prognosis clinical practice. Prog Cardiovasc Dis 2007;50:151.
infark miokardium, pankreatitis akut, dan berbagai penyakit Hedstrom L: Serine protease mechanism and specific ty. Chem Rev
tulang dan hati. 2002;102:4501.
■ Endonuklease restriksi mempermudah diagnosis penyakit Knight AE: Single enzyme studies: A historical perspective. Meth
genetik dengan mengungkapkan restriction fragment length Mol Biol 2011;778:1.
polymorphism, dan reaksi berantai polimerase (PCR) Knudsen BR, Jepsen ML, Ho YP: Quantum dot-based biomarkers
mengamplifikasi DNA yang pada awalnya terdapat dalam for diagnosis via enzyme activity measurement. Expert Rev Mol
kadar yang terlalu rendah untuk analisis. Diagn 2013;13:367.
Melanson SF, Tanasijevic MJ: Laboratory diagnosis of acute
■ Pelekatan polihistidil, glutation-S-transferase (GST), atau "tag"
myocardial injury. Cardiovascular Pathol 2005;14:156.
lain pada N- atau C- terminal protein rekombinan
Parenti G, Pignata C, Vajro P, et al: New strategies for the treatment
memudahkan purifikasinya dengan kromatografi afinitas pada
of lysosomal storage diseases (Review). Int J Mol Med
pendukung padat yang mengandung ligan yang tidak
2013;31:11.
termobilisasi seperti kation divalen (misalnya Ni2+) atau GST.
Pereira DA, Williams JA: Origin and evolution of high throughput
Protease spesifik dapat menghilangkan "tag" afinitas dan
screening. Br J Pharmacol 2007;152:53.
membentuk enzim awal.
René AWF, Titman CM, Pratap CV, et al: A molecular switch and
■ Bukan semua enzim adalah protein. Beberapa ribozim proton wire synchronize the active sites in thiamine enzymes.
diketahui dapat memotong dan menjalin ulang ikatan Science 2004;306:872.
fosfodiester RNA. Pada ribosom, rRNA yang terutama Schmeing TM, Ramakrishnan V: What recent ribosome structures
bertanggung-jawab untuk katalisis dan bukan komponen have revealed about the mechanism of translation. Nature
polipeptida. 2009;461:1234.
Silverman RB: The Organic Chemistry of Enzyme-Catalyzed
REFERENSI Reactions. Academic Press, 2002.
Steussy CN, Critchelow CJ, Schmidt T, et al: A novel role
Brik A, Wong C-H: HIV-1 protease: mechanism and drug discovery. for coenzyme A during hydride transfer in 3-hydroxy-
Org Biomol Chem 2003;1:5. 3-methylglutaryl-coenzyme A reductase. Biochemistry
Burtis CA, Ashwood ER, Bruns DE: Tietz Textbook of Clinical 2013;52:5195.
Chemistry and Molecular Diagnostics. 4th ed. Elsevier, 2006. Sundaresan V, Abrol R: Towards a general model for protein-
Cornish PV, Ha T: A survey of single-molecule techniques in substrate stereoselectivity. Protein Sci 2002;11:1330.
chemical biology. ACS Chem Biol 2007;2:53. Todd AE, Orengo CA, Thornton JM: Plasticity of enzyme active
Doudna JA, Lorsch JR: Ribozyme catalysis: not different, just worse. sites. Trends Biochem Sci 2002;27:419.
Nature Struct Biol 2005;12:395. Walsh CT: Enzymatic Reaction Mechanisms. Freeman, 1979.
Frey PA, Hegeman AD: Enzyme Reaction Mechanisms. Oxford
University Press, 2006.
Geysen HM, Schoenen F, Wagner D, et al: Combinatorial compound
libraries for drug discovery: an ongoing challenge. Nature Rev
Drug Disc 2003;2:222.

8
B A B
Enzim: Kinetika
TUJUAN ■ Menjelaskan cakupan dan tujuan keseluruhan studi kinetika enzim.
Setelah mempelajari bab ini, ■ Menunjukkan apakah ∆G, perubahan keseluruhan pada energi bebas untuk
suatu reaksi,tergantung pada mekanisme reaksi.
Anda diharapkan dapat: ■ Menunjukkan apakah ∆G merupakan fungsi laju reaksi.
■ Menjelaskan hubungan antara Keq, konsentrasi substrat dan produk pada
ketimbangan, dan rasio konstanta laju k1/k-1.
■ Menjelaskan secara garis besar bagaimana suhu dan konsentrasi ion
hidrogen, enzim, dan substrat memengaruhi laju reaksi yang dikatalisis enzim.
■ Menggunakan teori kondisi untuk menjelaskan bagaimana temperatur
mempengaruhi laju reaksi kimia.
■ Menunjukkan mengapa pengukuran laboratorium laju reaksi yang dikatalisis
enzim biasanya menggunakan kondisi kecepatan awal.
■ Menjelaskan penerapan bentuk linier persamaan Michaelis-Menten pada
penentuan Km dan Vmax.
■ Memberikan satu alasan mengapa bentuk linier persamaan Hill digunakan
untuk mengevaluasi kinetika pengikatan-substrat yang diperlihatkan beberapa
enzim multimerik.
■ Membandingkan efek peningkatan konsentrasi substrat pada kinetika inhibisi
kompetitif dan nonkompetitif sederhana.
■ Menjelaskan cara substrat ditambahkan pada, dan produk dilepaskan dari,
suatu enzim yang mengikuti mekanisme ping-pong.
■ Menjelaskan cara substrat ditambahkan pada, dan produk dilepaskan dari
dan memberi penjelasan yang sama untuk enzim yang mengikuti mekanisme
kesetimbangan-cepat.
■ Menggambarkan kegunaan kinetika enzim dalam menentukan mode kerja obat.
KEPENTINGAN BIOMEDIS produk oleh enzim, dan bersama dengan site-directed

Aktivitas enzim yang lengkap dan seimbang merupakan hal mutagenesis, analisis kinetik juga dapat mengungkapkan
mendasar untuk mempertahankan homeostasis. Kinetika detail mekanisme katalitik suatu enzim. Dalam darah,
enzim, pengukuran kuantitatif laju reaksi yang dikatalisis penampilan atau meningkatnya kadar enzim tertentu
oleh enzim dan studi sistematik tentang faktor-faktor yang berfungsi sebagai indikator klinis untuk patologi seperti
memengaruhi laju tersebut, merupakan alat utama untuk infark miokard, kanker prostat, dan kerusakan hati.
analisis, diagnosis, dan pengobatan ketidakseimbangan Keterlibatan enzim dalam hampir semua proses fisiologis
enzimatik yang mendasari berbagai penyakit manusia. menyebabkannya menjadi salah satu pilihan sasaran untuk
Misalnya, analisis kinetik dapat mengungkapkan jumlah dan obat yang menyembuhkan atau mengatasi penyakit pada
urutan tahapan-tahapan transformasi substrat menjadi manusia. Penerapan kinetika enzim merupakan cara penting
73

bagi ilmuwan untuk mengidentifikasi dan menentukan menunjukkan perubahan energi bebas yang menyertai
karakter obat yang secara selektif menghambat laju proses transisi dari keadaan standar, konsentrasi satu molar substrat
tertentu yang dikatalisis oleh enzim. Dengan demikian, dan produk, menuju keseimbangan. Istilah biokimia yang
kinetika enzim berperan sentral dan penting dalam lebih bermanfaat adalah ∆G0′, yang mendefinisikan ∆G0 pada
penemuan obat, farmakodinamika perbandingan, dan keadaan standar 10−7 M proton, pH 7,0. Jika enegi bebas pada
penentuan cara kerja obat. pembentukan substrat, tanda ∆G0 dan ∆G0′ akan negatif, yang
menunjukkan bahwa reaksi tertulis cenderung dari kiri ke
REAKSI KIMIA DIJELASKAN arah kanan. Reaksi semacam ini disebut sebagai reaksi
spontan. Tanda dan besar perubahan energi bebas akan
DENGAN MENGGUNAKAN menentukan sejauh mana reaksi akan berlangsung.
PERSAMAAN KESETIMBANGAN Persamaan (3) menggambarkan hubungan antara
konstanta keseimbangan Keq dan ∆G0:
Suatu persamaan kesetimbangan kimia (balanced
cheminal equation) mencantumkan spesies kimia (substrat) ∆G0 = −RT ln Keq (3)
awal yang ada dan spesies kimia baru (produk) yang dengan R adalah konstanta gas (1.98 kal/mol°K atau 8.31 J/
dibentuk untuk reaksi kimia tertentu, semuanya dalam mol°K) dan T adalah suhu mutlak dalam derajat Kelvin. Keq
proporsi yang tepat atau stoikiometri. Sebagai contoh, setara dengan hasil kali konsentrasi produk-produk reaksi,
persamaan kesetimbangan (1) menjelaskan reaksi satu masing-masing dipangkatkan sesuai stoikiometrinya, dibagi
molekul dari masing-masing substrat A dan B untuk hasil kali substrat yang masing-masing dipangkatkan sesuai
membentuk satu molekul dari masing-masing produk P dan stoikiometrinya:
Q:
A+BLP+Q (1) Untuk reaksi A + B L P + Q
Tanda panah ganda menunjukkan reversibilitas, suatu sifat [P][Q]
K eq = (4)
intrinsik dari semua reaksi kimia. Oleh sebab itu, untuk reaksi [A][B]
(1), jika A dan B dapat membentuk P dan Q maka P dan Q juga
dapat membentuk A dan B. Dengan demikian, penentuan dan untuk reaksi (5)
suatu reaktan sebagai "substrat" atau "produk" sedikit A+ALP (5)
banyak bersifat arbitrer karena produk suatu reaksi yang
dituliskan dalam satu arah adalah substrat bagi reaksi [P]
K eq = (6)
yang berlawanan. Istilah "produk" sering digunakan [A]2
untuk menandai reaktan yang pembentukannya ∆G0 dapat dihitung dari persamaan (3) jika konsentrasi
menguntungkan secara termodinamis. Reaksi dengan molar substrat dan produk yang terdapat dalam
faktor termodinamis yang sangat mendukung pembentukan keseimbangan diketahui. Jika ∆G0 adalah suatu angka negatif,
produk yang ditunjukkan oleh tanda panah sering dituliskan Keq akan lebih pembesaran pada satu dan konsentrasi produk
dengan tanda panah tunggal seolah-olah reaksi tersebut pada keseimbangan akan melibihi konsentrasi substrat. Jika
"ireversibel": ∆G0 positif, Keq akan kurang dari 1 dan akan menguntungkan
A+B→P+Q (2) pembentukan substrat.
Tanda panah satu arah juga digunakan untuk menjelaskan Perhatikan bahwa, karena ∆G0 adalah fungsi keadaan
reaksi di dalam sel hidup tempat produk reaksi (2) segera awal dan akhir zat-zat yang bereaksi, besaran ini hanya dapat
dikonsumsi oleh reaksi selanjutnya yang dikatalisis oleh memberikan informasi mengenai arch dan keadaan
enzim atau secara cepat melepas sel, misalnya, CO2. keseimbangan reaksi. ∆G0 tidak bergantung pada mekanisme
Pengeluaran segera produk P atau Q secara efektif reaksi dan karenanya tidak memberikan informasi mengenai
meniadakan kemungkinan terjadinya reaksi kebalikan, laju (kecepatan) reaksi. Oleh sebab itu—dan seperti
sehingga persamaan (2) secara fungsional menjadi dijelaskan di bawah—meskipun suatu reaksi mungkin
ireversibel pada kondisi fisiologis. memiliki ∆G0 atau ∆G0′, yang negatif besar, reaksi tersebut
tetap berlangsung meskipun dengan kecepatan yang sangat
PERUBAHAN ENERGI BEBAS rendah.
MENENTUKAN ARAH & KEADAAN LAJU REAKSI DITENTUKAN OLEH

KESEIMBANGAN REAKSI KIMIA ENERGI AKTIVASINYA
Perubahan energi bebas Gibbs ∆G (disebut juga energi bebas
atau energi Gibbs) menjelaskan arah suatu reaksi kimia akan Reaksi Berlangsung Melalui Keadaan
cenderung berlangsung maupun konsentrasi reaktan dan Transisi
produk yang akan terdapat dalam keadaan keseimbangan. ∆G
Konsep keadaan transisi (transition state) adalah hal
untuk suatu reaksi kimia setara dengan jumlah energi bebas
mendasar untuk memahami dasar kimiawi dan termo-
dari pembentukan produk reaksi ∆Gp dikurangi jumlah
dinamik katalisis. Persamaan (7) melukiskan suatu reaksi
energi bebas dari pembentukan substrat ∆Gs . ∆G0

BAB 8 Enzim: Kinetika 75
A + B Untuk reaksi keseluruhan (10), ∆G adalah jumlah ∆GF dan

δ− ∆GD. Seperti semua persamaan yang terdiri dari dua suku,
O δ+ δ−
E O–
tidaklah mungkin untuk memperkirakan tanda atau besar
–o P O
HO δ−
∆GF atau ∆GD dari ∆G
Banyak reaksi melibatkan lebih dari satu keadaan
O– transisi, yang masing-masing disertai perubahan energi
E bebas. Untuk reaksi-reaksi ini, ∆G keseluruhan
O P O
mencerminkan jumlah semua perubahan energi bebas yang
–o OH berkaitan dengan pembentukan dan peluruhan semua
keadaan transisi. Oleh sebab itu, dari ∆G keseluruhan kita
O tidak dapat mengetahui jumlah atau tipe keadaan transisi
E O P
o–
–O
yang dilalui oleh reaksi. Dengan kata lain, termodinamika
OH keseluruhan tidak memberikan informasi mengenai
mekanisme atau kinetika.
P + Q
DGF Mendefinisikan Energi Aktivasi
GAMBAR 8–1 Pembentukan zat antara keadaan transisi pada
reaksi kimia sederhana, A + B P + Q. Gambar ini menunjukkan tiga Tanpa memperhatikan tanda dan besar ∆G, ∆GF untuk
tahap reaksi kimia yang memindahkan gugus fosforil dari gugus keluar sebagian besar reaksi kimia memiliki tanda positif, yang
L (hijau) ke gugus masuk E (biru). Atas: gugus masuk E (A) mendekati menunjukkan bahwa pembentukan zat-zat antara keadaan
reaktan lain, L-fosfat (B). Perhatikan bahwa ketiga atom oksigen transisi mengharuskan diatasinya hambatan/sawar energi.
tertaut dengan garis segitiga dan atom fosforus gugus fosforil
membentuk piramida. Tengah: saat E mendekati L-fosfat, ikatan baru Dengan demikian, ∆GF untuk mencapai keadaan transisi
antara E dan gugus fosfat mulai terbentuk (garis titik-titik) sejalan sering disebut energi aktivasi, Eact. Tingkat kemudahan—dan
dengan melemahnya ikatan L dengan gugus fosfat. Ikatan yang baru dengan demikian, frekuensi—mengatasi hambatan ini
terbentuk sebagian ini ditunjukkan dengan garis titik-titik. Bawah: berbanding terbalik dengan Eact. parameter termodinamik
pembentukan produk baru, E-fosfat (P), selesai saat gugus keluar L (Q) yang menentukan seberapa cepat suatu reaksi berlangsung
ada. Perhatikan bagaimana geometri gugus fosforil berbeda antara
keadaan transisi dan substrat atau produk. Perhatikan bagaimana adalah nilai ∆GF untuk pembentukan keadaan transisi yang
atom fosforus dan tiga oksigen yang menempati keempat sudut dilalui oleh reaksi. Untuk reaksi sederhana, dengan ∝ berarti
piramida dalam substrat dan produk menjadi planar, seperti "setara dengan,"
ditekankan oleh segitiga tersebut, pada keadaan transisi. Laju ∝ e−Eact/RT (11)
Energi aktivasi untuk reaksi yang berjalan dalam arah
penggantian, yaitu suatu gugus E yang masuk menggantikan berlawanan dengan gambar setara dengan −∆GD.
gugus L yang keluar, yang semula melekat pada R.
BANYAK FAKTOR MEMENGARUHI
E+R−LLE−R+L (7)
Hasil bersih dari proses ini adalah pemindahan gugus R dari LAJU REAKSI
L ke E. Pada pertengahan perjalanan reaksi penggantian ini, Teori kinetik—disebut juga teori tumbukan (collision
ikatan antara R dan L telah melemah, tetapi belum terputus theory) — pada kinetika kimia menyatakan bahwa agar dua
total, sedangkan ikatan baru antara E dan R belum terbentuk molekul bereaksi, keduanya harus (1) saling berdekatan
sempurna. Zat antara transien ini—tidak ada substrat atau dalam jarak yang memungkinkan pembentukan ikatan
produk yang berada dalam keadaan bebas pada keadaan ini (bond-forming distance) satu sama lain, atau "bertumbukan";
—disebut keadaan transisi, E…R…L. Garis titik-titik dan (2) memiliki energi kinetik yang cukup untuk mengatasi
mewakili ikatan "parsial" yang sedang mengalami hambatan energi untuk mencapai keadaan transisi. Oleh
pembentukan dan pemutusan. (Gambar 8–1) memberikan sebab itu, semua yang meningkatkan frekuensi atau energi
penggambaran yang lebih mendetail mengenai zat antara tumbukan di antara substrat akan meningkatkan laju reaksi
keadaan transisi yang terbentuk pada saat pemindahan gugus yang dijalani substratsubstrat tersebut.
fosforil.
Suhu
Reaksi (7) dapat dianggap terdiri dari dua "reaksi
parsial," yang pertama berkorespondensi dengan pem- Peningkatan suhu akan meningkatkan energi kinetik
bentukan (F) dan yang kedua dengan peluruhan (D) zat molekul. Seperti diperlihatkan di (Gambar 8–2), jumlah total
antara keadaan transisi selanjutnya. Seperti semua reaksi, molekul yang energi kinetiknya melebihi hambatan energi
perubahan khas dalam energi bebas, ∆GF dan ∆GD berkaitan Eact (batang vertikal) untuk membentuk produk, meningkat
dengan masing-masing reaksi parsial: dari suhu rendah (A) melalui pertengahan (B) ke tinggi (C).
Peningkatan energi kinetik molekul juga meningkatkan
E + R − L L E ⋅ ⋅ ⋅ R ⋅ ⋅ ⋅ L ∆GF (8) kecepatan gerakan molekul, sehingga frekuensi tumbukan
E ⋅ ⋅ ⋅ R ⋅ ⋅ ⋅ L L E − R + L ∆GD (9) juga meningkat. Kombinasi tumbukan yang lebih sering dan
lebih berenergi serta produktif ini akan meningkatkan laju
E + R − L L E − R + L ∆G = ∆GF + ∆GD (10) reaksi.

Hambatan energi dan (21), dengan subskrip 1 dan -1 yang masing-masing

∞ merujuk pada reaksi ke depan(kanan) dan mundur (kiri):
A B C (20)
molekul
Jumlah
(21)
Jumlah rasio molar reaktan menentukan orde kinetik reaksi.

0 Perhatikan reaksi (5). Koenfisien stoikiometrik untuk
∞
Energi kinetik reaktan tunggal, A, adalah 2. Karena itu, laju produksi P
GAMBAR 8–2 Hambatan energi untuk reaksi kimia. (lihat sebanding dengan kuadrat [A] dan reaksi disebut orde kedua
teks untuk pembahasan.) dalam kaitannya dengan reaktan. Dalam hal ini, reaksi
keseluruhan juga orde kedua. Karena itu, k1 dirujuk sebagai
Konsentrasi Reakstan konstanta laju orde kedua.
Reaksi (12) melukiskan reaksi orde kedua sederhana
Frekuensi tumbukan molekul berbanding lurus dengan
antara dua reaktan berbeda, A and B. Koefisien stoikiometrik
konsentrasi molekul-molekul yang bersangkutan. Untuk dua
untuk masing-masing reaktan adalah 1. Oleh sebab itu,
molekul yang berbeda A dan B, frekuensi tumbukan antara
sementara orde keseluruhan reaksi adalah 2, reaksi ini
keduanya akan menjadi dua kali lipat jika konsentrai A dan
disebut orde pertama dalam kaitannya dengan A dan orde
B dinaikkan dua kali lipat. Jika konsentrasi A atau B
pertama dalam kaitannya dengan B.
digandakan, kemungkinan tumbukan akan meningkat empat
kali lipat. Di laboratorium, orde kinetik reaksi dalam kaitannya
Untuk reaksi kimia yang berlangsung pada suhu tetap dengan reaktan tertentu (disebut reaktan atau substrat
dan melibatkan satu molekul A dan satu molekul B, variabel) dapat ditentukan dengan mempertahankan reaktan
lain pada konsentrasi konstan, atau tetap, dan sangat berlebih
A+B→P (12) dibandingkan reaktan variabel. Pada kondisi pseudo-orde-
pertama ini, konsentrasi reaktan yang "tetap" hampir tetap
fraksi molekul yang memiliki energi kinetik memadai untuk konstan. Oleh sebab itu, laju reaksi akan bergantung hanya
mengatasi hambatan energi aktivasi akan tetap. Jumlah pada konsentrasi reaktan variabel, terkadang disebut juga
tumbukan dengan energi yang memadai untuk meng- reaktan pembatas. Konsep orde reaksi dan kondisi pseudo-
hasilkan produk P akan berbanding lurus dengan jumlah orde-pertama berlaku bukan hanya pada reaksi kimia
tumbukan antara A dan B, karenanya, konsentrasi molar sederhana tetapi juga pada reaksi yang dikatalisis enzim.
keduanya, yang ditandai dengan tanda kurung besar:
Keq Adalah Rasio Konstanta Laju
(13) Sementara semua reaksi kimia sedikit banyak bersifat
demikian juga, untuk reaksi yang disajikan oleh reversibel, pada keseimbangan konsentrasi keseluruhan
reaktan dan produk tetap konstan. Pada keseimbangan, laju
A + 2B → P (14) perubahan substrat menjadi produk setara dengan laju
perubahan produk menjadi substrat:
yang juga dapat ditulis sebagai
(22)
A+B+B→P (15)
Ekspresi laju reaksi yang sesuai Oleh sebab itu,
(16) k1 = [A]n[B]m = k−1[P] (23)
atau dan
Laju ∝ [A][B]2 (17) k1 [P]

= (24)
k−1 [A]n[B]m
Untuk kasus umum, jika n molekul A bereaksi dengan m
molekul B,
Rasio k1 terhadap k−1 disebut konstanta keseimbangan, Keq.
nA + mB → P (18) Berikut ini adalah sifat-sifat penting suatu sistem dalam
ekspresi laju adalah keseimbangan yang perlu diingat.
1. Konstanta keseimbangan adalah rasio konstanta-
Laju ∝[A]n[ B]m (19)
konstanta laju reaksi (bukan laju reaksi).
2. Pada keseimbangan, laju reaksi (bukan konstanta laju)
Penggantian tanda proporsionalitas dengan tanda sama
dari reaksi ke depan (kanan) atau mundur (kiri) adalah
dengan melalui pemasukkan konstanta laju k yang khas
setara.
untuk reaksi tersebut akan menghasilkan persamaan (20)

3. Nilai angka konstanta keseimbangan Keq dapat dihitung Prinsip ini mungkin paling mudah digambarkan dengan
dari konsentrasi substrat dan produk pada keseimbangan menyertakan keberadaan enzim (Enz) di dalam perhitungan
atau dari rasio k1/k−1. konstanta keseimbangan untuk reaksi yang dikatalisis enzim:
4. Keseimbangan adalah suatu keadaan dinamik. Meskipun
tidak terdapat perubahan netto konsentrasi substrat atau A + B + Enz L P + Q + Enz (26)
produk saling terkonversi secara kontinu. Secara inter-
konvertibel dapat dibuktikan dengan menambahkan ke Karena enzim pada kedua sisi tanda panah ganda ada dalam
sistem pada kesetimbangan jejak produk radioisotop, yang jumlah sama dan memiliki bentuk identik, ekspresi
kemudian dapat ditampilkan untuk menghasilkan konstanta kesimbangan,
penampilan substrat radiasi.
[P][Q][Enz]
K eq = (27)
KINETIKA KATALISIS ENZIMATIK [A][B][Enz]
Enzim Menurunkan Hambatan Energi direduksi ke persamaan yang identik dengan persamaan
Aktivasi suatu Reaksi untuk reaksi tanpa keberadaan enzim:
Semua enzim mempercepat laju reaksi dengan menurunkan
[P][Q]
∆GF untuk mencapai pembentukan keadaan transisi. Namun, K eq = (28)
enzim-enzim mungkin berbeda dalam cara mencapai hal ini. [A][B]
Sementara rangkaian tahapan kimiawi di bagian aktif enzim
pada hakikatnya sama seperti reaksi yang berlangsung tanpa Oleh sebab itu, enzim tidak berefek pada Keq.
katalis, lingkungan di bagian aktif enzim menurunkan ∆GF
dengan menstabilkan zat-zat antara keadaan transisi. Dengan BANYAK FAKTOR MEMENGARUHI
kata lain, enzim dapat dianggap berikatan dengan zat antara
keadaan transisi (Gambar 8–1) lebih kuat daripada ikatan
LAJU REAKSI YANG DIKATALISIS
enzim dengan substrat atau produk. Seperti dibahas di Bab 7, OLEH ENZIM
stabilisasi dapat melibatkan (1) gugus asam-basa yang berada
di tempat yang tepat untuk memindahkan proton ke atau Suhu
dari zat antara pada keadaan transisi yang terbentuk, (2) Peningkatan suhu akan meningkatkan laju baik reaksi yang
gugus bermuatan atau ion logam di tempat yang tepat untuk tidak dikatalisis maupun yang dikatalisis enzim dengan
menstabilkan muatan yang terbentuk, atau (3) penerapan meningkatkan energi kinetik dan frekuensi tumbukan
hambatan sterik pada substrat sedemikian rupa sehingga molekul-molekul yang bereaksi. Namun, energi panas juga
geometri substrat mendekati geometri keadaan transisi. dapat meningkatkan energi kinetik enzim hingga ke suatu
Protease HIV (lihat Gambar 7–6) menggambarkan katalisis titik yang melebihi hambatan energi untuk merusak
oleh suatu enzim yang menurunkan hambatan aktivasi interaksi nonkovalen yang mempertahankan struktur tiga-
dengan menstabilkan zat antara keadaan transisi. dimensi enzim. Rantai polipeptida enzim kemudian mulai
Katalisis oleh enzim yang berlangsung melalui suatu terurai, atau mengalami denaturasi, disertai hilangnya
mekanisme reaksi unik biasanya terjadi jika zat antara kemampuan katalitik enzim. Rentang suhu suatu enzim
keadaan transisi membentuk ikatan kovalen dengan enzim mempertahankan konformasi yang stabil, dan secara
(katalisis kovalen). Mekanisme katalitik serin protease katalitis kompeten bergantung pada—dan biasanya melebihi
kimotripsin (lihat Gambar 7–7) menggambarkan bagaimana —suhu normal sel tempat enzim tersebut berada. Enzim
suatu enzim menggunakan katalisis kovalen untuk dari manusia umutnnya memperlihatkan stabilitas pada
menghasilkan suatu jalur reaksi yang unik memiliki suatu suhu hingga 45-55°C. Sebaliknya, enzim dari mikro-
yang lebih menguntungkan Eact. organisme termofilik yang berada di mata air panas
vulkanik atau celah hidrotermal bawah taut mungkin stabil
ENZIM TIDAK MEMENGARUHI Keq hingga suhu di atas 100 °C.
Koefisien suhu (Q10) adalah faktor yang menunjukkan
Sementara mengalami modifikasi transien selama proses
seberapa besar laju suatu proses biologis meningkat pada
katalisis, enzim selalu muncul dalam keadaan tidak berubah
peningkatan suhu 10°C. Untuk kisaran suhu dengan enzim
setelah reaksi selesai. Adanya suatu enzim tidak ber-
yang stabil, laju sebagian besar proses biologis biasanya
pengaruh pada ∆G 0 untuk reaksi keseluruhan, yang
meningkat dua kali lipat untuk peningkatan suhu 10°C (Q10
semata-mata merupakan fungsi dari keadaan awal dan akhir
= 2). Perubahan laju reaksi yang dikatalisis oleh enzim yang
reaktan. Persamaan (25) memperlihatkan hubungan antara
menyertai peningkatan atau penurunan suhu tubuh
konstanta keseimbangan untuk suatu reaksi dan perubahan
merupakan suatu hal penting dalam kelangsungan hidup
energi bebas standar untuk reaksi tersebut:
makhluk "berdarah dingin", seperti kadal atau ikan, yang
∆G0 =−RT ln Keq (25) suhu tubuhnya ditentukan oleh lingkungan eksternalnya.
Namun, untuk mamalia dan organisme homeotermik lain,

X Pada kondisi ini, vi setara dengan konsentrasi enzim. Oleh

100
sebab itu, pengukuran kecepatan awal memungkinkan kita
memperkirakan jumlah enzim yang ada dalam suatu sampel
SH+ E–
biologis.
%
KONSENTRASI SUBSTRAT
MEMENGARUHI LAJU REAKSI
Pada pembahasan berikut, reaksi enzim dianggap seolah-
0
Low High
olah hanya memiliki satu substrat dan satu produk. Untuk
enzim yang memiliki lebih dari satu substrat, prinsip-prinsip
pH
yang dibahas di bawah juga berlaku dengan vatiditas yang
GAMBAR 8–3 Efek pH pada aktivitas enzim. Sebagai contoh, sama. Selain itu, dengan menerapkan kondisi pseudo-orde-
suatu enzim bermuatan negatif (E−) berikatan dengan substrat pertama (lihat di atas), ilmuwan dapat mempelajari
bermuatan positif (SH+). Dalam gambar, proporsi (%) SH+ [\\\] dan E− ketergantungan laju reaksi pada suatu reaktan tunggal
[///] diperlihatkan sebagai fungsi pH. Hanya di daerah berarsir silang
baik enzim maupun substrat meiliki muatan yang sesuai. melalui pemilihan substrat tetap dan variabel yang tepat.
Dengan kata lain, pada kondisi pseudo-orde-pertama,
perilaku enzim multi-substrat menyerupai enzim yang
perubahan laju reaksi enzim sesuai suhu memiliki makna memiliki satu substrat. Namun, dalam kasus ini, konstanta
fisiologis hanya dalam keadaan-keadaan, seperti demam atau laju yang teramati adalah fungsi konstanta laju k1 untuk
hipotermia. reaksi tersebut dan juga konsentrasi substrat terfiksasi.
Konsentrasi Ion Hidrogen Untuk suatu enzim tipikal, peningkatan konsentrasi
substrat akan meningkatkan vi hingga tercapai nilai
Laju hampir semua reaksi yang dikatalisis oleh enzim
maksimal Vmax (Gambar 8–4). Jika peningkatan lebih lanjut
memperlihatkan ketergantungan signifikan pada konsentrasi
konsentrasi substrat tidak meningkatkan vi, enzim dikatakan
ion hidrogen. Sebagian besar enzim intrasel memperlihatkan
"jenuh" oleh substrat. Perhatikan bahwa bentuk kurva yang
aktivitas optimal pada nilai pH antara 5 dan 9. Hubungan
menghubungkan aktivitas dengan konsentrasi substrat
aktivitas dengan konsentrasi ion hidrogen (Gambar 8–3)
(Gambar 8–4) tampak hiperbolik. Pada setiap saat, hanya
mencerminkan keseimbangan antara denaturasi enzim pada
molekul substrat yang berikatan dengan enzim dalam bentuk
pH tinggi atau rendah dan efek pada keadaan bermuatan
kompleks enzim-substrat (ES) yang dapat diubah menjadi
dari enzim, substrat, atau keduanya. Bagi enzim yang
produk. Karena konstata keseimbangan untuk pembentukan
mekanismenya melibatkan katalisis asam-basa, residu-residu
kompleks enzim-substrat tidaklah besar tanpa-batas, hanya
yang terlibat harus berada dalam keadaan terprotonasi yang
sebagian enzim yang mungkin berada dalam bentuk
tepat agar reaksi dapat berlangsung. Pengikatan dan
kompleks ES bahkan saat substrat ada dalam jumlah sangan
pengenalan molekul substrat dengan gugus-gugus disosiatif
berlebih (titik A dan B di Gambar 8–5). Dengan demikian,
juga biasanya melibatkan pembentukan jembatan garam
di titik A atau B, peningkatan atau penurunan [S] akan
dengan enzim. Gugus bermuatan tersering adalah gugus
meningkatkan atau menurunkan jumlah kompleks ES
karboksilat (negatif) dan gugus amin berproton (positif).
disertai perubahan yang sesuai di vi. Di titik C (Gambar 8–
Penambahan atau pengurangan gugus-gugus bermuatan
5), pada hakikatnya semua enzim terdapat dalam bentuk
akan memengaruhi secara negatif pengikatan substrat
kompleks ES. Karena tidak ada enzim bebas yang tersedia
sehingga katalisis akan lambat atau lenyap.
untuk membentuk ES, peningkatan lebih lanjut [S] tidak
dapat meningkatkan laju reaksi. Dalam kondisi jenuh ini, vi
PENGUKURAN REAKSI YANG semata-mata bergantung pada—dan oleh sebab itu
DIKATALISIS OLEH ENZIM dibatasi oleh—kecepatan disosiasi (penguraian) produk
dari enzim tersebut sehingga enzim ini dapat mengikat
BIASANYA MENGUKUR lebih banyak substrat.
KECEPATAN AWAL
Sebagian besar pengukuran laju reaksi yang dikatalisis oleh
enzim menggunakan periode waktu yang relatif singkat,
v
kondisi yang menyerupai kondisi laju awal. Pada kondisi ini,
hanya sangat sedikit produk, yang mengalami akumulasi
karena laju reaksi kebalikan sangat kecil (dapat diabaikan).
Kecepatan awal (vi initial velocity) reaksi pada hakikatnya
adalah laju reaksi ke depan. Pengukuran aktivitas enzim
hampir selalu menggunakan substrat dengan konsentrasi GAMBAR 8–4 Efek konsentrasi substrat pada kecepatan awal
molar sangat berlebih (103-106) dibandingkan enzimnya. suatu reaksi yang dikatalisis oleh enzim.

=S
=E
A B C
GAMBAR 8–5 Representasi suatu enzim pada konsentrasi substrat yang lebih rendah daripada Km (A),
setara dengan Km (B), dan pada konsentrasi yang lebih tinggi daripada Km(C). Titik A, B, dan C
berkorespondensi dengan titik-titik di Gambar 8–4.
PERSAMAAN MICHAELIS-MENTEN Oleh sebab itu, jika [S] jauh lebih besar daripada Km,
kecepatan reaksinya adalah maksimal (Vmax) dan tidak
& HILL MENGGAMBARKAN EFEK dipengaruhi oleh peningkatan lebih lanjut konsentrasi
substrat.
KONSENTRASI SUBSTRAT 3. Jika [S] = Km (titik B di Gambar 8–4 dan 8–5):
Persamaan Michaelis-Menten Vmax [S] Vmax [S] Vmax
vi = = =
Persamaan Michaelis-Menten (29) memperlihatkan secara K m +[S] 2[S] 2 (32)
matematis hubungan antara kecepatan awal reaksi vi dan Persamaan (32) menyatakan bahwa jika [S] sama dengan Km,
konsentrasi substrat [S], yang secara grafis diperlihatkan di kecepatan awal adalah separuh maksimal. Persamaan (32) juga
(Gambar 8–4): mengungkapkan bahwa Km adalah—dan dapat ditentukan
Vmax [S] secara eksperimental dari—konsentrasi substrat saat
vi = (29) kecepatan awal adalah separuh maksimal.
K m +[S]
Konstanta Michaelis Km adalah konsentrasi substrat Bentuk Linier Persamaan Michaelis-Menten
dengan vi adalah separuh dari kecepatan maksimal (Vmax/2) Digunakan untuk Menentukan Km & Vmax
yang dapat dicapai pada konsentrasi tertentu enzim. Oleh
Pengukuran langsung nilai numerik Vmax, dan karena
sebab itu, Km memiliki besaran konsentrasi substrat.
perhitungannya Km, sering memerlukan konsentrasi substrat
Ketergantungan kecepatan reaksi awal pada [S] dan Km dapat
yang sangat tinggi (sehingga secara praktis sulit dilakukan)
diilustrasikan dengan mengevaluasi persamaan Michaelis-
untuk mencapai kondisi jenuh. Bentuk linier persamaan
Menten dalam tiga kondisi.
Michaelis-Menten mengatasi masalah ini dan memungkin-
1. Jika [S] jauh lebih kecil daripada Km (titik A di Gambar kan Vmax dan Km diekstrapolasikan dari data kecepatan awal
8–4 dan 8–5), Km + [S] pada hakikatnya sama dengan Km. yang diperoleh pada konsentrasi substrat lebih rendah
Penggantian Km + [S] dengan Km mereduksi persamaan daripada konsentrasi. Dimulai dari persamaan (29),
(29) menjadi
Vmax[S]
V [S] V [S]  V  vi = (29)
vi = max vi ≈ max ≈  max  [S] (30) K m +[S]
K m +[S] Km  Km 
dengan ≈berarti “kira-kira sama dengan.” Karena Vmax dan Km dibalik
konstan, rasio keduanya konstan. Dengan kata lain, jika [S] 1 K m +[S]
jauh lebih rendah daripada Km, vi setara dengan k[s]. Dengan = (33)
demikian, kecepatan reaksi awal berbanding lurus dengan [S]. vi Vmax [S]
2. Jika [S] jauh lebih besar daripada Km (titik C di Gambar 8– faktor

4 dan 8–5), Km + [S] pada hakikatnya setara dengan [S].
Penggantian Km + [S] dengan [S] mereduksi persamaan 1 Km [S]
= + (34)
(29) menjadi vi Vmax [S] Vmax [S]
Vmax [S] V [S] dan disederhanakan
vi = vi ≈ max ≈ Vmax (31)
K m +[S] [S]
1 ° Km  1 1
=  + (35)
vi  Vmax [S] Vmax

1 Slope =
Km
Vmax
Efisiensi katalitik, kcat/Km
vi
Dengan ukuran apa efisiensi berbagai enzim, berbagai substrat
untuk suatu enzim, dan efisiensi enzim mengatalisis reaksi ke
1 kanan dan kebalikannya (kekiri) dapat dihitung dan
–
Km 1 dibandingkan? Sementara kapasitas maksimum enzim tertentu
Vmax
mengubah substrat menjadi produk adalah penting, manfaat kcat
0 1 yang tinggi hanya dapat dirasakan jika Km cukup rendah. Oleh
[S] sebab itu, efisiensi katalik enzim paling baik dinyatakan dalam
GAMBAR 8–6 Plot timbal-balik ganda atau plot Lineweaver- rasio kedua konstanta kinetik ini, kcat/Km.
Burk 1/vi versus 1/[S] yang digunakan untuk mengevaluasi Km dan Pada enzim tertentu, substrat akan diubah menjadi
Vmax.
produk dan dilepaskan dengan sangat cepat begitu substrat
Persamaan (35) adalah persamaan untuk garis lurus, y =ax +b, berikatan dengan bagian aktif enzim sehingga peristiwa ini
dengan y =1/vi dan x =1/[S]. Oleh sebab itu, plot 1/vi sebagai y dianggap berlangsung instan. Untuk katalis yang sangat
yang merupakan fungsi dari 1/[S] dan x menghasilkan garis efisien ini, tahap pembatas-laju (rate-limiting step) pada
lurus yang memotong y di 1/Vmax dengan kecuraman Km/Vmax. katalisis adalah pembentukan kompleks ES. Enzim semacam
Plot semacam ini disebut plot timbal-balik ganda atau plot ini disebut terbatas-difusi (diffusion-limited), atau enzim
Lineweaver-Burk (Gambar 8–6).Dengan menempatkan y yang secara katalitik sempurna, karena laju katalisis tercepat
pada persamaan (36) di nol dan menghitung x diperoleh yang mungkin ditentukan oleh laju molekul bergerak atau
bahwa garis x memotong di −1/Km: berdifusi melalui larutan. Contoh enzim dengan kcat/Km
mendekati batas difusi 108-109 M−1s−1 termasuk triosefosfat
−b −1 isomerase, karbonik anhidrase, asetilkolinesterase, dan
0 = ax + b; therefore, x = = (36)
a Km adenosin deaminase.
Pada sel hidup, kumpulan enzim menjadi kompleks
Km dapat dihitung dari kemiringan dan memotong sumbu y,
multimerik yang mengatalisis reaksi yang berturutan dapat
tapi mungkin mudah dihitung dari nilai negatif garis
menghindari keterbatasan yang timbul akibat difusi.
memotong sumbu x.
Hubungan geometrik enzim-enzim dalam kompleks ini
Kelebihan utama plot Lineweaver-Burk terletak pada
sedemikian rupa sehingga substrat dan produk tidak
adanya fasilitas untuk menentukan mekanisme kinetik
berdifusi ke dalam limpahan larutan sampai tahap terakhir
inhibitor enzim (lihat bawah). Namun, dalam menggunakan
dari urutan tahap katalitik terselesaikan. Sintetase asam
plot timbal-balik Banda, kita perlu menghindari masuknya bias
lemak mengembangkan konsep ini selangkah lebih jauh
melalui pengelompokan (clustering) data pada nilai 1/[S] yang
dengan melekatkan rantai asam lemak yang sedang
rendah. Bias ini dapat segera dihindari di laboratorium sebagai
memanjang pada tambat biotin yang berotasi dari bagian
berikut. Siapkan larutan substrat yang pengencerannya dalam
aktif yang satu ke bagian aktif yang lain dalam kompleks
pengukuran akan menghasilkan konsentrasi substrat yang
sampai sintesis molekul asam palmitat selesai (lihat Bab 23).
paling diinginkan. Sekarang gunakan larutan yang dibuat
dengan mengencerkan larutan stok dengan faktor 1:2, 1:3, 1:4, Km Mungkin Mendekati Konstanta Pengikatan
1:5, dst. Dalam volume sama. Dengan demikian, data akan
jatuh pada sumbu 1/[S] pada interval 1, 2, 3, 4, 5, dst. Plot Afinitas suatu enzim terhadap substratnya adalah kebalikan
timbal-balik tunggal seperti plot Eadie-Hofstee (vi versus vi/[S]) dari konstanta disosiasi Kd untuk penguraian kompleks
atau plot Hanes-Woolf ([S]/vi versus [S]) dapat digunakan enzim substrat ES:
k
untuk meminimalkan pengelompokan. 
E + S← 
1
→ ES (38)
 k−1
Konstanta Katalitik, kcat
Beberapa parameter dapat digunakan untuk membandingkan k−1
Kd = (39)
aktivitas relatif berbagai enzim atau berbagai sediaan dari k1
enzim yang sama. Aktivitas sediaan enzim yang tidak murni
biasanya dinyatakan sebagai aktivitas spesifik (Vmax dibagi Dengan kata lain, semakin kecil kecenderungan enzim dan
konsentrasi protein). Untuk enzim homogen, kita dapat substratnya terurai, semain besar afinitas enzim terhadap
menghitung bilangan perputaran (Vmax dibagi mol enzim yang substratnya. Sementara konstanta Michaelis Km sering
ada). Tetapi jika jumlah bagian aktif diketahui, aktivitas katalik mendekati konstanta disosiasi Kd, ini tidak harus
enzim homogen paling baik dinyatakan sebagai konstanta diasumsikan, hal ini tidak selalu terjadi. Untuk reaksi tipikal
katalik, kcat (Vmax dibagi jumlah bagian aktif, St): yang dikatalisis oleh enzim:
k1
V 
E + S←  → ES k
2
→E + P (40)
kcat = max (37) k−1
St
Nilai [S] yang menghasilkan vi = Vmax/2 adalah
Karena satuan-satuan konsentrasi saling menghilangkan,
k−1 + k2
satuan kcat adalah waktu timbal balik. [S] = = Km (41)
k1

Jika k−1 >> k2, maka 1
vi
k−1 + k2 ≈ k−1 (42)
Vmax –
vi
dan 0 Slope = n
k1
Log
[S] ≈ = Kd (43)
k−1 –1
Oleh sebab itu, 1/Km hanya mendekati 1/Kd pada kondisi saat
asosiasi dan diasosiasi kompleks ES berlangsungan cepat –4 S50 –3
relatif terhadap katalisis. Untuk banyak reaksi yang Log [S]
dikatalisis oleh enzim dengan k−1 + k2 kira-kira tidak akan
sama dengan k−1, 1/Km akan lebih kecil daripada 1/Kd. GAMBAR 8–8 Representasi grafik suatu bentuk linier
persamaan Hill yang digunakan untuk mengevaluasi S50, konsentrasi
substrat yang menghasilkan kecepatan separuh maksimal, dan
Persamaan Hill Menjelaskan Perilaku Enzim derajat kooperativitas n.
yang Memperlihatkan Pengikatan Kooperatif
Substrat
Meskipun kebanyakan enzim memperlihatkan kinetika
saturasi sederhana seperti di (Gambar 8-4) dan secara Sebuah grafik dari log vi/(Vmax−v i) versus log [S]
adekuat dapat dijelaskan dengan persamaan Michaelis- menghasilkan sebuah garis lurus (Gambar 8–8). Kemiringan
Menten, namun sebagian enzim mengikat substrat mereka garis, n, adalah koefisien Hill, suatu parameter empiris yang
secara kooperatif analog dengan pengikatan oksigen oleh nilainya adalah fungsi dari jumlah, jenis, dan kekuatan
hemoglobin (lihat Bab 6). Perilaku kooperatif ini adalah interaksi banyak tempat pengikatan-substrat pada enzim. Jika n
suatu sifat eksklusif enzim multimerik yang mengikat = 1, semua tempat pengikatan berperilaku secara independen,
substrat di banyak tempat. dan ditemukan perilaku kinetik Michealis-Menten biasa. Jika n
Bagi enzim yang memperlihatkan kooperativitas positif lebih besar dari 1, enzim dikatakan memperlihatkan ko-
dalam mengikat substratnya, bentuk kurva yang operativitas positif. Pengikatan substrat ke salah satu tempat
menghubungkan perubahan vi dengan perubahan [S] meningkatkan afinitas tempat pengikatan yang tersisa untuk
berbentuk sigmoidal (Gambar 8–7). Baik persamaan mengikat substrat lain. Semakin besar nilai n, semakin tinggi
derajat kooperativitas dan semakin sigmoid plot vi versus [S].
Michaelis-Menten maupun plot turunannya tidak dapat
digunakan untuk mengevaluasi kinetika kooperatif. Oleh Garis tegak lurus dari titik tempat nilai y log vi/(Vmax−v i) adalah
nol akan memotong S50, yaitu konsentrasi substrat yang
sebab itu, para ahli enzimologi menggunakan representasi
menghasilkan kecepatan separuh maksimal. S50 analog dengan
grafik dari persamaan Hill yang semula digunakan untuk
P50 untuk pengikatan oksigen oleh hemoglobin (lihat Bab 6).
menjelaskan pengikatan kooperatif O2 oleh hemoglobin.
Persamaan (44) mencerminkan persamaan Hill yang disusun
dalam suatu bentuk yang memprediksikan sebuah garis lurus,
dengan k′ adalah konstanta kompleks: ANALISIS KINETIK MEMBEDAKAN
log vi
= n log[S]− log k′
INHIBISI KOMPETITIF DAN
(44)
Vmax − vi
NONKOMPETITIF
Persamaan (44) menyatakan bahwa jika [S] relatif rendah
terhadap k′, maka kecepatan reaksi awal meningkat sebagai Inhibitor aktivitas katalitik enzim menghasilkan bahan
pangkat ke-n [S]. farmakologik maupun alat riset untuk meneliti mekanisme
∞ kerja enzim. Kekuatan interaksi antara inhibitor dan enzim
tergantung pada gaya-gaya yang penting pada struktur protein
dan pengikatan ligan (ikatan hidrogen, interaksi elektrostatik,
interaksi hidrofobik, dan gaya van der Waals; lihat Bab 5).
Inhibitor dapat diklasifikasikan berdasarkan tempat kerjanya di
enzim, apakah inhibitor tersebut memodifikasi enzim secara
vi kimiawi, atau pada parameter kinetik yang dipengaruhinya.
Senyawa yang bisa menjadi inhibitor kuat terutama senyawa
yang menyerupai keadaan transisi reaksi yang dikatalisis enzim
(analog keadaan transisi) atau yang mengambil keuntungan
dari mesin katalitik enzim (inhibitor berbasis mekanisme).
Secara kinetis, kita membedakan dua kelas inhibitor
berdasarkan pada apakah peningkatan konsentrasi substrat
0 [S] ∞ akan mengatasi inhibisi atau tidak.
GAMBAR 8–7 Representrasi kinetika saturasi substrat sigmoid.

H C COO– –2H H C COO–

– –
OOC C H OOC C H 1
Suksinat
dehidrogenase vi
r
H
to
bi
r
hi
Suksinat Fumarat
bito
inhi
In
da
+
GAMBAR 8–9 Reaksi suksinat dehidrogenase. – 1
Tid ak a
K ′m
– K1 1
m Vmax
Inhibitor Kompetitif Biasanya Mirip Substrat 0 1
[S]
Efek inhibitor kompetitif dapat diatasi dengan meningkatkan
konsentrasi substrat. Umumnya, pada inhibisi kompetitif ini, GAMBAR 8–10 Plot Lineweaver-Burk untuk inhibisi
inhibitor (I) berikatan dengan bagian dari tempat aktif yang kompetitif sederhana. Perhatikan hilangnya inhibisi secara total
pada [S] (yi. 1/[S] yang rendah).
mengikat-substrat dan menghambat akses ke substrat.
Struktur kebanyakan inhibitor kompetitif klasik cenderung
mirip dengan struktur substrat, dan karenanya dinamai atau tanpa disertai keberadaan inhibitor. Untuk inhibisi
analog substrat. Inhibisi enzim suksinat dehidrogenase oleh kompetitif klasik, garis yang menghubungkan titik-titik data
malonat menggambarkan inhibisi kompetitif oleh analog eksperimen bertemu di sumbu y (Gambar 8–10). Karena
substrat. Suksinat dehidrogenase mengatalisis pengeluaran pemotongan garis di sumbu y sama dengan 1/Vmax, pola ini
satu atom hidrogen dari setiap dua karbon metilen dari menunjukkan bahwa jika 1/[S] mendekati 0, vi tidak
suksinat (Gambar 8–9). Baik suksinat maupun analog bergantung pada keberadaan inhibitor. Namun, perhatikan
strukturalnya malonat (-OOC—CH2—COO−) dapat bahwa perpotongan garis sumbu x memang bervariasi sesuai
mengikat bagian aktif suksinat dehidrogenase, masing- dengan konsentrasi inhibitor, karena −1/K′m lebih kecil
masing membentuk suatu kompleks ES atau EI. Namun, daripada −1/Km, K′m (“Km yang terlihat”) menjadi lebih besar
karena hanya memiliki satu karbon metilen, malonat tidak jika konsentrasi inhibitor meningkat. Oleh sebab itu,
dapat mengalami dehidrogenasi. inhibitor kompetitif tidak berefek pada Vmax tetapi
Pembentukan dan penguraian kompleks EI adalah suatu meningkatkan K′m, Km yang tampak untuk substrat. Untuk
proses dinamik yang dijelaskan oleh inhibisi kompetitif sederhana, perpotongan garis dengan
k1
sumbu x adalah

E − I← 
→E + I
 (45)
k−1
−1  [I] 
x= 1 +  (47)
dengan konstanta keseimbangan Ki adalah Km  Ki 
[E][I] k1 Jika Km telah ditentukan pada keadaan tanpa inhibitor, Ki
Ki = = (46)
[E − I] k−1 dapat dihitung dari persamaan (47). Nilai Ki digunakan
Akibatnya, inhibitor kompetitif bekerja dengan me- untuk membandingkan berbagai inhibitor dari enzim yang
nurunkan jumlah molekul enzim bebas yang tersedia sama. Semakin rendah nilai Ki, semakin efektif inhibitor.
untuk mengikat substrat, yaitu, untuk membentuk ES, dan Sebagai contoh, obat golongan statin yang berkerja sebagai
akhirnya menghasilkan produk, seperti dijelaskan di inhibitor kompetitif HMG-CoA reduktase (lihat Bab 26)
bawah. memiliki nilai Ki yang beberapa kali lipat lebih rendah
Suatu inhibitor kompetitif dan substrat menimbulkan daripada Km untuk substrat, HMG-CoA.
efek timbal-baIik pada konsentrasi kompleks EI dan ES.
Sejak pembentukan ES kompleks enzim menghilangkan Inhibitor Nonkompetitif
enzim bebas yang tersedia untuk mengikat inhibitor, Sederhana Menurunkan Vmax,
peningkatan [S] menurunkan konsentrasi kompleks EI dan tetapi Tidak Memengaruhi Km
meningkatkan kecepatan reaksi. Seberapa besar [S] perlu
ditingkatkan untuk mengatasi inhibisi secara total ber- Pada inhibisi nonkompetitif, pengikatan inhibitor tidak
gantung pada konsentrasi inhibitor yang ada, afinitas mempengaruhi pengikatan substrat. Kedua kompleks EI dan
terhadap enzim (Ki), dan afinitas enzim terhadap substrat, EIS tetap dapat terbentuk. Namun, sementara kompleks
Km. enzim-inhibitor tetap dapat mengikat substrat, efisiensinya
mengubah substrat menjadi produk, yang tercermin oleh
Plot Timbal-Balik Ganda Mempermudah Vmax, berkurang. Inhibitor nonkompetitif mengikat enzim di
Evaluasi Inhibitor bagian-bagian yang berbeda dari bagian pengikat substrat
dan umumnya tidak atau sedikit memiliki kesamaan
Plot timbal-balik ganda (double reciprocal plot) membeda- struktural dengan substrat.
kan antara inhibitor kompetitif dan nonkompetitif serta
Untuk inhibisi nonkompetitif sederhana, E dan EI
memperrnudah evaluasi konstanta inhibisi. Dilakukan
memiliki afinitas yang sama terhadap substrat, dan kompleks
penentuan vi pada beberapa konsentrasi substrat baik dengan
EIS menghasilkan produk pada kecepatan yang hampir dapat
diabaikan (Gambar 8–11). Inhibisi nonkompetitif yang lebih

x- adalah −Ki (Gambar 8–12, bawah). Publikasi farmasetik

sering menggunakan plot Dixon untuk melukiskan potensi
komparatif inhibitor kompetitif.
r
v bito
hi
+
In
tor
IC50
in hibi
k ada Alternatif yang tidak terlalu ketat untuk Ki sebagai ukuran
Tida potensi inhibitor adalah konsentrasi inhibitor yang
menghasilkan 50% inhibisi, IC50. Tidak seperti konstanta
disosiasi kesetimbangan Ki, nilai numerik IC50 bervariasi
tergantung keadaan spesifik konsentrasi substrat, dll. di
GAMBAR 8–11 Plot Lineweaver-Burk untuk inhibisi bawah yang ditentukan.
nonkompetitif sederhana.
Inhibitor yang Terikat Kuat
kompleks terjadi jika pengikatan inhibitor memang Sejumlah inhibitor terikat pada enzim dengan afinitas yang
memengaruhi afinitas (yang tampak) enzim terhadap begitu tinggi, Ki ≤10−9 M, sehingga konsentrasi inhibitor yang
substrat, menyebabkan garis memotong di kuadran ketiga digunakan untuk mengukur Ki lebih rendah daripada
atau keempat pada plot timbal-balik ganda (tidak konsentrasi enzim yang lazim dalam suatu pengukuran. Pada
diperlihatkan). Inhibitor tertentu memperlihatkan ciri kondisi semacam ini, satu bagian signifikan inhibitor total
campuran inhibisi kompetitif dan nonkompetitif, evaluasi mungkin ada sebagai kompleks EI. Jika demikian, hal ini
untuk inhibitor-inhibitor ini berada di luar cakupan bab ini. melanggar asumsi, yang secara implisit ada dalam kinetika
keadaan-mantap (steady-state kinetic) , yaitu konsentrasi
Plot Dixon inhibitor bebas tidak tergantung pada konsentrasi enzim.
Analisis kinetik inhibitor terikat kuat ini membutuhkan
Plot Dixon terkadang digunakan sebagai alternatif untuk plot
persamaan kinetik khusus yang menggabungkan konsentrasi
Lineweaver-Burk dalam menentukan konstanta inhibisi.
enzim untuk memperkirakan Ki atau IC50 dan untuk
Kecepatan awal (vi) diukur pada beberapa konsentrasi membedakan antara inhibitor terikat kuat kompetif dan
inhibitor, tetapi pada konsentrasi substrat [S] yang tetap. nonkompetitif.
Untuk satu inhibitor kompetitif atau nonkompetitif tertentu,
plot 1/vi terhadap konsentrasi inhibitor [I] menghasilkan Inhibitor Ireversibel "Meracuni" Enzim
garis lurus. Percobaan diulangi pada berbagai konsentrasi
substrat yang sudah tetap. Serangkaian garis yang dihasilkan Pada contoh di atas, inhibitor membentuk suatu kompleks
berpotongan di bagian kiri sumbu-y. Pada inhibisi dinamik yang dapat terlepas dengan enzim. Oleh sebab itu,
kompetitif, garis tegak lurus yang jatuh pada sumbu-x dari enzim yang aktif penuh dapat pulih hanya dengan
menghilangkan inhibitor dari medium sekitar. Namun,
titik perpotongan garis memberikan −Ki (Gambar 8–12,
atas). Pada inhibisi nonkompetitif, perpotongan pada sumbu- berbagai inhibitor lain bekerja secara ireversibel dengan
memodifikasi enzim secara kimiawi. Modifikasi ini umumnya
1 melibatkan pembentukan atau pemutusan ikatan kovalen
vi
dengan residu aminoasil yang esensial untuk mengikat
substrat, katalisis, atau mempertahankan konformasi
[S]
fungsional enzim. Karena perubahan-perubahan kovalen ini
relatif stabil, suatu enzim yang telah "diracuni" oleh inhibitor
ireversibel, seperti atom logam berat atau reagen pengasil,
tetap terhambat bahkan setelah inhibitor yang tersisa
dibersihkan dari medium sekitar.
–K i [I]
lnhibisi Berbasis-Mekanisme
1 Inhibitor "berbasis-mekanisme" atau "bunuh diri" adalah
vi
analog substrat khusus yang mengandung gugus kimia yang
[S] dapat diubah oleh mesin katalitik enzim target. Setelah
mengikat bagian aktif, katalisis oleh enzim menghasilkan
gugus yang sangat reaktif yang membentuk ikatan kovalen
dengan residu yang sangat penting untuk katalitik dan
menghambat fungsinya. Spesifisitas dan persistensi inhibitor
–K i [I] bunuh diri, yang bersifat spesifik-enzim dan tidak reaktif di
luar ikatan dengan bagian aktif enzim, menjadikan zat ini
GAMBAR 8–12 Penerapan plot Dixon. Atas: inhibisi kompetitif, kemajuan yang menjanjikan dalam pengembangan obat yang
estimasi Ki. Bawah: inhibisi nonkompetitif, estimasi Ki.
spesifik-enzim. Analisis kinetik inhibitor bunuh diri berada di
luar cakupan bab ini. Plot Lineweaver-Burk dan Dixon tidak

dapat digunakan karena inhibitor bunuh diri melanggar A B P Q

lingkupan kondisi kunci yang lazim untuk kedua pendekatan
ini, yaitu bahwa aktivitas enzim tidak menurun selama E EA EAB-EPQ EQ E
berlangsungnya pengukuran.
A B P Q
SEBAGIAN BESAR REAKSI YANG
DIKATALISIS OLEH ENZIM EA EQ
MELIBATKAN DUA ATAU LEBIH E EAB-EPQ E
EB EP
SUBSTRAT B A Q P
Meskipun banyak enzim memiliki satu substrat, namun
banyak juga yang memiliki dua—dan kadang-kadang lebih A P B Q
dari dua—substrat dan produk. Prinsip-prinsip dasar yang
dibahas di atas, meskipun digambarkan untuk enzim E EA-FP F FB-EQ E
bersubstrat tunggal, juga berlaku untuk enzim multisubstrat.
Namun, ekspresi matematis yang digunakan untuk GAMBAR 8–13 Contoh tiga kelas mekanisme reaksi Bi-Bi.
Garis horizontal mencerminkan enzim. Tanda panah menunjukkan
mengevaluasi reaksi multisubstrat bersifat kompleks. penambahan substrat dan keluarnya produk. Atas: Reaksi Bi-Bi,
Sementara analisis kinetik terperinci tentang reaksi teratur yang khas untuk banyak oksidoreduktase dependen
multisubstrat berada di luar cakupan bab ini, beberapa jenis NAD(P)H. Tengah: Reaksi Bi-Bi acak, khas untuk banyak kinase dan
perilaku kinetik untuk reaksi dua-substrat dan dua-produk beberapa dehidrogenase. Bawah: Reaksi ping-pong, khas untuk
aminotransferase dan protease serin.
(disebut reaksi "Bi-Bi") akan dibahas di bawah.
Reaksi Sekuensial atau Penggantian Tunggal

Pada reaksi sekuensial, kedua substrat harus berkombinasi
dengan enzim untuk membentuk kompleks Lerner (ternary
Kebanyakan Reaksi Bi-Bi Sesuai dengan
complex) sebelum katalisis dapat terjadi (Gambar 8–13, Kinetika Michaelis-Menten
atas). Reaksi sekuensial kadang-kadang disebut sebagai Sebagian besar reaksi Bi-Bi sesuai dengan bentuk kinetika
reaksi penggantian tunggal (single displacement reaction) Michaelis-Menten yang sedikit-banyak lebih kompleks
karena gugus yang dipindahkan biasanya dipindahkan secara dengan Vmax yang merujuk pada laju reaksi yang dicapai jika
langsung, dalam satu tahapan, dari satu substrat ke substrat kedua substrat terdapat dalam kadar jenuh. Masing-masing
lain. Reaksi Bi-Bi sekuensial dapat dibagi lebih lanjut substrat memiliki sendiri nilai Km, substeat tersebut yang
berdasarkan apakah kedua substrat berikatan secara acak sesuai dengan konsentrasi yang menghasilkan separuh
atau sesuai urutan wajib. Untuk reaksi acak, yang pertama kecepatan maksimal jika substrat kedua terdapat dalam
kali berikatan dengan enzim mungkin adalah substrat A atau konsentrasi jenuh. Seperti pada reaksi substrat tunggal, dapat
substrat B untuk membentuk kompleks EA atau EB digunakan plot timbal-balik ganda untuk menentukan Vmax
(Gambar 8–13, tengah). Untuk reaksi urutan wajib, A mula- dan Km. vi diukur sebagai fungsi konsentrasi salah satu
mula harus berikatan dengan E sebelum B dapat berikatan substrat (substrat variabel) sementara konsentrasi substrat
dengan kompleks EA. Salah satu penjelasan mengapa lain (substrat-tetap) dipertahankan konstan. Jika garis yang
beberapa enzim menggunakan mekanisme urutan wajib ini diperoleh dari beberapa konsentrasi substrat-tetap diplotkan
dapat ditemukan pada hipotesis induced fit Koshland: ke grafik yang sama, kita dapat membedakan antara suatu
penambahan A memicu perubahan konformasi enzim mekanisme enzim ping-pong, yang menghasilkan garis
sehingga residu-residu enzim dapat mengenali dan mengikat sejajar (Gambar 8–14), dan mekanisme sekuensial yang
B. menghasilkan pola garis-garis berpotongan (tidak
ditunjukkan).
Reaksi Ping-Pong
Beberapa studi tentang inhibisi produk digunakan
Istilah "ping-pong" berlaku bagi mekanisme yang untuk melengkapi analisis kinetik dan untuk membedan
membebaskan satu atau lebih produk dari enzim sebelum antara reaksi Bi-Bi acak dan teratur. Sebagai contoh, pada
semua substrat ditambahkan. Reaksi ping-pong melibatkan reaksi Bi-Bi urutan-acak, masing-masing produk akan
katalisis kovalen dan suatu bentuk modifikasi enzim yang menjadi inhibitor kompetitif (jika tidak ada koproduk) tanpa
bersifat sementara (lihat Gambar 7–4). Reaksi ping-pong Bi- memandang substrat mana yang menjadi substrat variabel.
Bi sering dirujuk sebagai reaksi pergantian ganda (double Namun, untuk mekanisme sekuensial (Gambar 8-13, atas),
displacement reactions). Gugus yang mengalami pemindahan hanya produk Q yang akan menghasilkan pola yang
mula-mula dikeluarkan dari substrat A oleh enzim untuk menunjukkan inhibisi kompetitif jika A adalah substrat
menghasilkan produk P dan suatu bentuk modifikasi enzim variabel, sementara hanya produk P yang akan menghasilkan
(F). Pemindahan berikutnya gugus dari F ke substrat kedua pola dengan B sebagai substrat variabel. Kombinasi lain
B, yang membentuk produk Q dan membentuk kembali E, inhibitor produk dan substrat variabel akan menghasilkan
adalah penggantian kedua (Gambar 8–13, bawah). bentuk-bentuk inhibisi nonkompetitif yang kompleks.

[S2] penting untuk memilih kondisi pengukuran yang sesuai

meningkat untuk mendeteksi keberadaan suatu inhibitor. Sebagai
contoh, konsentrasi substrat harus disesuaikan sedemikian
rupa sehingga dihasilkan produk dalam jumlah memadai
agar aktivitas enzim dapat terdeteksi dengan cepat, namun
tidak terlalu tinggi sehingga menutupi keberadaan suatu
1 inhibitor. Kedua, kinetika enzim memberikan cara untuk
vi mengetahui kuantitas dan membandingkan potensi berbagai
inhibitor serta mendefinisikan cara kerjanya. Inhibitor
nonkompetitif adalah inhibitor yang sesuai karena—
berlawanan dengan inhibitor kompetitif—efek inhibitor
tersebut tidak pernah dapat diatasi secara tuntas dengan
meningkatkan konsentrasi substrat.
1
[S1] Banyak Obat Dimetabolisme In Vivo
GAMBAR 8–14 Plot Lineweaver-Burk untuk reaksi ping-pong
Pengembangan obat sering kali melibatkan lebih dari
dua-substrat. Peningkatan konsentrasi satu substrat (S1) sementara sekadar evaluasi kinetik interaksi inhibitor dengan enzim
konsentrasi substrat yang lain (S2) tahankan konstan akan mengubah sasaran. Dalam rangka meminimalkan dosis efektif, dan
titik perpotongan garis di x dan y, tetapi tidak mengubah kecuraman karenanya potensi efek samping merusak, obat harus tahan
garis.
terhadap degradasi oleh enzim yang terdapat di tubuh
pasien atau patogen, suatu proses yang disebut metabolisme
PENGETAHUAN TENTANG obat. Sebagai contoh, penisilin dan antibiotika b-laktam
lainnya menghambat sintesis dinding sel bakteri dengan
KINETIKA, MEKANISME, DAN meracuni secara ireversibel enzim alanin karboksi-
INHIBISI ENZIM MEMBANTU peptidase-transpeptidase. Namun, banyak bakteri meng-
hasilkan b-laktamase yang menghidrolisis fungsi b-laktam
PENGEMBANGAN OBAT pada penisilin dan obat terkait. Salah satu strategi untuk
Banyak Obat Bekerja Sebagai mengatasi resistensi antibiotik yang terjadi adalah dengan
memberikan suatu inhibitor b-laktamase dan antibiotik b-
Inhibitor Enzim laktam secara bersamaan.
Tujuan farmakologi adalah mengidentifikasi bahan yang Transformasi metabolik juga terkadang diperlukan untuk
dapat mengubah suatu prekursor obat inaktif atau prodrug,
menjadi bentuk yang secara biologis aktif (lihat Bab 47). Asam
1. Merusak atau mengganggu pertumbuhan, daya invasif,
2′-deoksi 5-fluorouridilat, suatu inhibitor kuat timidilat
atau perkembangan patogen invasif
sintase, target umum pada kemoterapi kanker, dihasilkan dari
2. Merangsang mekanisme pertahanan endogen.
5-fluorourasil melalui serangkaian transformasi enzimatik
3. Menghentikan atau menghambat proses molekular
yang dikatalisis oleh suatu fosforibosil transferase dan enzim-
menyimpang yang dipicu oleh rangsang genetik,
enzim di jalur penghematan deoksiribonukleosida (lihat Bab
lingkungan, atau biologik tanpa banyak mengganggu
33). Untuk merancang dan memberikan prodrug secara
fungsi normal sel pejamu.
efektif, diperlukan pengetahuan tentang kinetika dan
Berkat peran fisiologisnya yang beragam dan tingginya mekanisme enzim-enzim yang berperan mengubah prodrug
derajat selektivitas substrat, enzim menjadi sasaran alami tersebut menjadi bentuk yang secara biologis aktif.
untuk pengembangan obat yang bersifat spesifik dan paten.
Sebagai contoh, obat golongan statin menurunkan
pembentukan kolesterol dengan menghambat 3-hidroksi-3-
RINGKASAN
metilglutaril koenzim A reduktase (lihat Bab 26), sementara ■ Studi tentang kinetika enzim—faktor-faktor yang
memengaruhi laju reaksi yang dikatalisis oleh enzim—
emtrisitabin dan tenofovir disoproksil fumarat menghambat
mengungkapkan masing-masing tahapan bagaimana enzim
replikasi virus imunodefisisensi manusia dengan
mengubah substrat menjadi produk.
menghambat reverse transcriptase virus (lihat Bab 34). Terapi
■ ∆G, perubahan keseluruhan energi bebas untuk suatu reaksi,
farmakologik hipertensi sering mencakup pemberian
tidak bergantung pada mekanisme reaksi dan tidak
inhibitor enzim pengubah angiotensin (angiotensin-
memberikan informasi mengenai laju reaksi.
converting enzyme, ACE) sehingga kadar angiotensin II
(suatu vasokonstriktor) menurun (lihat Bab 42). ■ Keq, suatu rasio konstanta laju reaksi, dapat dihitung dari
konsentrasi substrat dan produk pada keseimbangan atau dari
Kinetika Enzim Menentukan Kondisi rasio k1/k−1. Enzim tidak memengaruhi Keq.
Reaksi berlangsung melalui keadaan-keadaan transisi dengan
Penapisan yang Sesuai ■
∆GF. Suhu, konsentrasi ion hidrogen, konsentrasi enzim,
Kinetika enzim berperan penting dalam penemuan obat. konsentrasi substrat, dan inhibitor memengaruhi laju reaksi
Pengetahuan tentang perilaku kinetik enzim terutama yang dikatalisis oleh enzim.

■ Pengukuran laju reaksi yang dikatalisis oleh enzim umumnya

menggunakan kondisi-kondisi kecepatan awal ketika
REFERENSI
ketiadaan produk meniadakan kemungkinan reaksi balik. Cook PF, Cleland WW: Enzyme Kinetics and Mechanism. Garland
S cience, 2007.
■ Bentuk linier persamaan Michaelis-Menten menyederhanakan
Copeland RA: Evaluation of Enzyme Inhibitors in Drug Discovery.
penentuan Km and Vmax.
John Wiley & S ons, 2005.
■ Bentuk linier persamaan Hill digunakan untuk mengevaluasi Cornish-Bowden A: Fundamentals of Enzyme Kinetics. Portland
kinetika pengikatan-substrat kooperatif yang diperlihatkan Press Ltd, 2004.
oleh beberapa enzim multi-merik. Kecuraman n, koefisien Dixon M: The determination of enzyme inhibitor constants.
Hill, mencerminkan jumlah, sifat, dan kekuatan interaksi Biochem J 1953;55:170.
tempat pengikatan substrat. Nilai n lebih dari 1 menunjukkan Dixon M: The graphical determination of Km and Ki. Biochem J
kooperativitas positif 1972;129:197.
■ Efek inhibitor kompetitif sederhana, yang biasanya mirip Fersht A: Structure and Mechanism in Protein Science: A Guide to
dengan substrat, diatasi dengan meningkatkan konsentrasi Enzyme Catalysis and Protein Folding. Freeman, 1999.
substrat. Inhibitor nonkompetitif menurunkan Vmax tetapi Fraser CM, Rappuoli R: Application of microbial genomic science to
tidak memengaruhi Km. advanced therapeutics. Annu Rev Med 2005;56:459.
■ Pada inhibitor kompetitif dan nonkompetitif sederhana, Henderson PJF: A linear equation that describes the steady-state
konstanta inhibitor Ki sama dengan konstanta disosiasi kinetics of enzymes and subcellular particles interacting with
kesetimbangan untuk kompleks enzim inhibitor yang terkait. tightly bound inhibitors. Biochem J 1972;127:321.
Pengukuran yang lebih sederhana dan tidak terlalu ketat untuk S chramm, VL: Enzymatic transition-state theory and transition-
mengevaluasi efektivitas suatu inhibitor adalah IC50, state analogue design. J Biol Chem 2007;282:28297.
konsentrasi inhibitor yang menghasilkan 50% inhibisi pada S chultz AR: Enzyme Kinetics: From Diastase to Multi-enzyme
kondisi percobaan tertentu. Systems. Cambridge University Press, 1994.
S egel IH: Enzyme Kinetics. Wiley Interscience, 1975.
■ Substrat-substrat dapat bereaksi dalam rangkaian acak (semua
substrat dapat berikatan pertama kali dengan enzim) atau Wlodawer A: Rational approach to AIDS drug design through
mengikuti urutan-wajib (substrat A harus berikatan sebelum structural biology. Annu Rev Med 2002;53:595.
substrat B).
■ Dalam reaksi ping-pong, satu atau lebih produk dibebaskan
dari enzim sebelum semua substrat ditambahkan.
■ Aplikasi kinetika enzim mempermudah kita mengidentifikasi
dan mengetahui karakter obat yang secara selektif
menghambat enzim tertentu.
■ Kinetika enzim berperan sentral dan penting dalam penemuan
obat, optimalisasi metabolisme obat, dan menentukan cara
kerja obat.

9
B A B
Enzim: Pengendalian
Aktivitas
TUJUAN ■ Menjelaskan konsep homeostasis seluruh tubuh dan responsnya terhadap

fluktuasi dalam lingkungan eksternal.
Setelah mempelajari bab ini, ■ Mendiskusikan mengapa konsentrasi seluler substrat untuk kebanyakan enzim
Anda diharapkan dapat: cenderung mendekati Km.
■ Menyebutkan berbagai mekanisme untuk mencapai kontrol aktif aliran (flux)
metabolit.
■ Menjelaskan keuntungan-keuntungan beberapa enzim dibebaskan sebagai
proenzim.
■ Menggambarkan proses fisiologis yang memicu perubahan proenzim menjadi
enzim aktifnya
■ Menjelaskan perubahan struktur biasa yang menyertai perubahan proenzim
menjadi enzim aktif.
■ Menjelaskan ciri-ciri dasar bagian pengikatan yang biasa untuk metabolit dan
second messenger yang mengatur aktivitas katalitik enzim tertentu.
■ Menunjukkan dua cara umum efektor alosterik memodifikasi aktivitas katalitik.
■ Menguraikan secara garis besar peran protein kinase, protein fosfatase, dan
peran second messenger regulatorik dan hormonal dalam memicu proses
metabolik.
■ Menjelaskan bagaimana persyaratan substrat asetil transferase lisin dan sirtuin
dapat memicu pergeseran tingkat lisin asetilasi enzim metabolik.
■ Menjelaskan dua cara dengan mana jaringan regulasi dapat dibangun dalam sel.
KEPENTINGAN BIOMEDIS Gangguan pada mesin sensor-respons yang bertugas

Ahli ilmu faal abad ke-19 Claude Bernard mengemuka- menjaga keseimbangan homeostatik dapat membahayakan
kan dasar konseptual pengaturan metabolik. Ia mengamati kese-hatan manusia. Sebagai contoh, kanker, diabetes,
bahwa makhluk hidup berespons dengan cara-cara yang fibrosis kistik, dan penyakit Alzheimer ditandai oleh
sesuai secara kuantitatif dan ternporer sehingga makhluk disfungsi regulatorik yang dipicu oleh bahan patogen atau
yang bersangkutan dapat bertahan hidup dalam mutasi genetik masukan nutrisi, dan praktek gaya hidup.
menghadapi beragam tantangan yang ditimbulkan oleh Banyak virus onkogenik mengeluarkan protein-tirosin kinase
perubahan baik lingkungan eksternal maupun internalnya. yang memodifikasi proses-proses regulatorik yang
Walter Cannon kemudian mengajukan istilah "homeostasis" mengendalikan pola ekspresi gen, sehingga ikut berperan
untuk menjelaskan kemampuan hewan mempertahankan dalam inisiasi dan progresi kanker. Toksin Vibrio cholerae
lingkungan intrasel yang konstan meskipun terjadi (organisme penyebab kolera) melumpuhkan jalur-jalur
perubahan lingkungan eksternalnya. Kini, kita mengetahui peka-sensor di sel epitel usus dengan melakukan ribosilasi
bahwa organisme berespons terhadap perubahan lingkungan ADP terhadap protein pengikat GTP (protein-G) yang
eksternal dan internalnya melalui perubahan laju reaksi- menghubungkan reseptor di permukaan sel dengan adenilil
reaksi metabolik tertentu yang seimbang dan terpadu. siklase. Pengaktifan siklase ini memicu aliran air yang
Intermediet metabolisme seperti 5′-AMP dan NAD+, serta tidak terhambat ke dalam usus, menimbulkan diare masif
oleh produk seperti spesies oksigen reaktif, berfungsi sebagai dan dehidrasi. Yersinia pestis, (organisme penyebab pes)
indikator internal status seluler. Kaskade transduksi sinyal mengeluarkan suatu protein-tirosin fosfatase yang
menghubungkan reseptor yang merasakan faktor eksternal menghidrolisis gugus fosforil di protein-protein sitoskeleton
dengan protein intraseluler yang tepat untuk memulai respon
adaptif. 87

penting. Disfungsi sistem proteolitik yang bertanggung jawab Molekul

untuk menguraikan protein yang rusak atau abnormal besar
dipercaya berperan dalam penyakit neurodegeneratif, seperti
penyakit Alzheimer dan Parkinson. Selain fungsi langsungnya
Molekul Molekul
sebagai regulator aktivitas enzim, degradasi protein, dll, Nutrien
kecil
~P ~P
kecil
Limbah
modifikasi kovalen seperti fosforilasi, asetilasi, dan ubikuitinasi

merupakan sandi berbasis protein untuk penyimpanan dan
Molekul
transmisi herediter informasi (lihat Bab 35). Sistem informasi kecil
independen-DNA semacam ini disebut epigenetik. Oleh sebab
itu, pengetahuan tentang faktor-faktor yang mengendalikan laju GAMBAR 9–2 Sel ideal dalam keadaan tetap. Perhatikan
reaksi yang dikatalisis oleh enzim sangat penting untuk bahwa aliran metabolit bersifat satu-arah.
memahami dasar molekular penyakit dan penularannya. Bab
ini menguraikan secara garis besar pola-pola pengendalian reversibel sampai tingkat tertentu, dalam sel hidup produk
proses metabolik serta contoh-contohnya. Bab-bab selanjutnya reaksi berfungsi sebagai substrat untuk—dan dibersihkan oleh
akan menyajikan contoh lain. —reaksi enzimatik lain (Gambar 9–2). Oleh sebab itu,
banyak reaksi yang secara nominal reversibel berlangsung
PENGATURAN ALIRAN METABOLIT satu-arah. Rangkaian suksesif berbagai reaksi metabolik ini
disertai perubahan keseluruhan energi bebas yang
DAPAT BERSIFAT AKTIF ATAU menguntungkan aliran metabolit satu-arah, analog dengan
PASIF aliran air yang melalui suatu pipa yang salah satu ujungnya
terletak lebih rendah daripada yang lain. Tekukan atau belitan
Enzim yang telah bekerja pada laju maksimal tidak dapat di pipa sama artinya dengan tahap-tahap reaksi enzimatik
berespons terhadap peningkatan konsentrasi substrat, dan dengan perubahan kecil energi bebas yang negatif atau positif.
hanya dapat berespons terhadap penurunan mendadak Namun, aliran air melalui pipa tetaplah satu arah karena
konsentrasi substrat. Oleh sebab itu, nilai Km untuk secara keseluruhan terdapat perubahan tinggi yang sesuai
sebagian besar enzim, cenderung mendekati konsentrasi dengan perubahan keseluruhan energi bebas jalur metabolik
intrasel rata-rata substratnya, sehingga perubahan tersebut (Gambar 9–3).
konsentrasi substrat menghasilkan perubahan yang
sepadan dalam aliran metabolit (Gambar 9–1). Respons
terhadap perubahan kadar substrat mencerminkan suatu KOMPARTEMENTASI MEMASTIKAN
cara penting, tetapi pasif untuk mengoordinasikan aliran EFISIENSI METABOLIK &
metabolit. Namun, cara ini kurang fleksibel untuk
menghadapi perubahan-perubahan lingkungan. Mekanisme MENYEDERHANAKAN
yang mengatur efisiensi enzim secara aktif sebagai respons
terhadap sinyal internal dan eksternal akan dibahas kemudian
PENGATURAN
Pada eukariot, jalur-jalur anabolik dan katabolik yang
Aliran Metabolit Cenderung Berlangsung mensintesis dan memecah biomolekul umum yang sering
secara fisik terpisah dari satu sama lain. Jalur metabolik
ke Satu Arah tertentu berada hanya dalam jenis sel khusus atau, dalam sel,
Meskipun konsentrasi metabolit dan kadar enzim mengalami di kompartemen subselular tertentu. Sebagai contoh, banyak
osilasi jangka-pendek, sel hidup berada dalam keadaan tetap enzim yang menguraikan protein dan polisakarida berada di
dinamik (dynamic steady state), yaitu konsentrasi rata-rata zat dalam organel yang disebut lisosom.
antara metabolik tetap relatif konstan dalam kurun waktu
tertentu. Meskipun semua reaksi bersifat
∆VB
A
V ∆VA
Km
B
∆S ∆S
[S]
GAMBAR 9–1 Respons diferensial laju suatu reaksi enzimatik, GAMBAR 9–3 Analogi hidrostatik untuk suatu jalur dengan
tahap penentu laju (rate-limiting step) (A) dan tahap dengan nilai
∆V, terhadap perubahan yang sama dalam konsentrasi substrat pada
DG mendekati nol 0 (B).
konsentrasi substrat mendekati Km (∆VA) atau jauh diatas Km (∆VB).

BAB 9 Enzim: Pengendalian Aktivitas 89
Demikian juga, biosintesis asam lemak terjadi di sitosol, Sebagai "pengatur" alami aliran metabolik, enzim-enzim
sementara oksidasi asam lemak berlangsung di dalam yang mengatalisis reaksi pembatas-kecepatan juga merupa-
mitokondria (lihat Bab 22 dan 23). Untungnya, banyak jalur kan sasaran yang efisien untuk intervensi regulatorik oleh
yang tampaknya bertentangan dapat berada di tempat yang obat-obatan. Sebagai contoh, "statin" obat mengurangi
sama meskipun tidak ada pemisah fisik, asalkan termodinamik sintesis kolesterol dengan menghambat HMG-KoA
menentukan bahwa setiap jalur berlangsung dengan pem- reduktase, yang mengatalisis reaksi pembatas-kecepatan
bentukan satu atau lebih zat antara khusus. Untuk setiap pada kolesterogenesis.
reaksi atau serangkaian reaksi, perubahan energi bebas yang
terjadi saat aliran metabolit berlangsung dalam arah "maju" PENGATURAN JUMLAH ENZIM
sama besar, tetapi berlawanan dalam tanda, dengan Kapasitas katalitik reaksi pembatas-kecepatan di suatu jalur
perubahan energi bebas yang dibutuhkan agar reaksi metabolik adalah hasil dari konsentrasi molekul enzim dan
berlangsung dalam arah sebaliknya. Beberapa enzim dalam efisiensi katalitik intrinsiknya. Oleh sebab itu, kapasitas
jalur-jalur ini mengatalisis reaksi, seperti isomerisasi, yang katalitik dapat dipengaruhi oleh perubahan jumlah enzim
dapat bertindak sebagai katalis bidireksional in vivo karena yang ada dan perubahan efisiensi katalitik intrinsiknya atau
perbedaan pada energi bebas antara substrat dan produk kombinasi keduanya.
mendekati nol. Namun, jalur ini merupakan pengecualian
dan bukan jalur yang lazim. Hampir semua jalur metabolik Protein Secara Terus Menerus Dibentuk
berlangsung lewat satu atau lebih tahap dengan ΔG dan Diuraikan
signifikan. Sebagai contoh, glikolisis, penguraian glukosa Dengan mengukur laju penggabungan asam amino berlabel
membentuk dua molekul piruvat, secara keseluruhan 15
N-pada protein dan laju kehilangan 15N protein,
memiliki selisih ΔG of −96 kJ/mol, nilai yang sangat terlalu Schoenheimer menyimpulkan bahwa protein tubuh berada
tinggi untuk reaksi dapat dengan mudah berlangsung "ke dalam keadaan "keseimbangan dinamik" karena protein-
arah sebaliknya" saat kita berharap dapat mengubah protein tersebut secara terus-menerus dibentuk dan diuraikan
kelebihan piruvat menjadi glukosa. Akibatnya, gluko- —suatu proses yang disebut sebagai pergantian protein
neogenesis berlangsung lewat jalur dengan tiga tahap paling (protein turnover). Hal ini bahkan berlaku pada protein
tidak menguntungkan secara energi pada glikolisis diganti yang pada hakikatnya terdapat pada kadar konstan, atau
dengan reaksi baru yang dikatalisis oleh enzim-enzim yang konstitutif, dan keadaan mantap (steady-state) sepanjang
berbeda (lihat Bab 19). waktu. Di sisi lain, konsentrasi banyak enzim dipengaruhi oleh
Kemampuan enzim membedakan koenzim NAD+ dan berbagai faktor fisiologis, hormonal, atau makanan.
NADP+ yang secara struktural mirip juga menghasilkan Jumlah absolut suatu enzim mencerminkan keseim-
suatu bentuk kompartementasi. Bentuk tereduksi kedua bangan netto antara laju sintesis dan laju penguraiannya.
koenzim ini tidak dapat dibedakan dengan mudah. Namun, Pada manusia, perubahan kadar enzim tertentu dapat di-
hampir semua enzim yang mengkatalisa reaksi yang sebabkan oleh perubahan konstanta laju untuk keseluruhan
menghasilkan elektron ditujukan untuk rantai transpor proses sintesis (ks), penguraian (kdeg), atau kedua.
elektron mengurangi NAD+, jauh dari reaksi yang digunakan Enzim
pada tahap reduktif banyak jalur biosintetik, yang dilakukan
oleh NADPH sebagai donor elektron. ks kdeg
Pengendalian Suatu Enzim yang Mengatalisis Asam amino
Reaksi Pembatas-Kecepatan akan Mengatur

Kontrol Sintesis Enzim
Keseluruhan Jalur Metabolik Pembentukan enzim tertentu bergantung pada keberadaan
Sementara aliran metabolit melalui jalur-jalur metabolik penginduksi (inducer), biasanya substrat atau senyawa
melibatkan katalisis oleh banyak enzim, kontrol aktif dengan struktur mirip yang merangsang transkripsi gen yang
homeostasis dicapai oleh pengaturan sebagian kecil enzim. menyandi enzim (lihat Bab 36 dan 37). Sebagai contoh,
Enzim yang ideal untuk intervensi regulatorik adalah enzim Escherichia coli yang ditumbuhkan pada glukosa, hanya akan
yang efisiensi katalitik atau kuantitasnya menentukan bahwa mengatabolisme laktosa setelah penambahan suatu β-
reaksi yang dikatalisis akan relatif lebih lambat dibanding- galaktosida, suatu penginduksi yang memulai sintesis β-
kan semua reaksi lain dalam jalur yang bersangkutan. galaktosida dan galaktosida permease. Enzim-enzim manusia
Penurunan efisiensi katalitik atau jumlah katalis untuk yang dapat diinduksi antara lain triptofan pirolase, treonin
reaksi pembatas-kecepatan (rate-limiting reaction, atau dehidratase, tirosin-α-ketoglutarat aminotransferase, enzim-
"bottleneck reaction") akan segera mengurangi aliran enzim siklus urea, HMG-KoA reduktase, δ-aminolevulinate
metabolit melalui seluruh jalur. Sebaliknya, peningkatan sintesis, dan sitokrom P450. Sebaliknya, kelebihan suatu
jumlah atau efisiensi katalitik meningkatkan aliran metabolit dapat menghambat pembentukan enzim terkait
melalui jalur yang bersangkutan secara keseluruhan. melalui proses represi. Baik induksi maupun represi
Sebagai contoh, asetil-KoA karboksilase mengatalisis melibatkan elemen-elemen cis, sekuens DNA spesifik yang
pembentukan malonil-KoA, reaksi pertama pada biosintesis terletak di sebelah hulu gen-gen yang diatur, dan protein
asam lemak (lihat Bab 23). Jika sintesis malonil-KoA regulatorik yang aksi-trans (trans-acting regulatory proteins).
dihambat, reaksi-reaksi selanjutnya pada sintesis asam Mekanisme molekular induksi dan represi dibahas di Bab 38.
lemak akan terhenti karena tidak tersedianya substrat. Pembentukan enzim lain dapat dirangsang melalui

interaksi hormon dan sinyal ekstra sel lain dengan reseptor

EFEKTOR ALOSTERIK
permukaan-sel. Informasi terperinci tentang pengendalian MENGATUR ENZIM TERTENTU
sintesis protein sebagai respons terhadap rangsangan hormon
Inhibisi umpan-balik merujuk pada proses dengan produk
dapat ditemukan di Bab 42.
akhir jalur biosintesis multitahap berikatan dengan, dan
menghambat, enzim yang mengatalisis salah satu tahap yang
Kontrol Penguraian Enzim lebih awal dalam jalur tersebut. Dalam kebanyakan kasus,
Pada hewan, banyak protein yang diuraikan melalui jalur umpan balik inhibitor menghambat enzim yang
proteasom ubikuitin, yang penemuannya membuat Aaron mengkatalisis langkah berkomitmen pertama di urutan
Ciechanover, Avram Hershko, dan Irwin Rose memperoleh biosintesis tertentu. Pada contoh berikut, untuk biosintesis D
Hadiah Nobel. Penguraian berlangsung di proteasom 26S, dari A yang dikatalisis oleh enzim Enz1 sampai Enz3:
kompleks makromolekuler besar yang terbentuk oleh lebih
Enz1 Enz 2 Enz 3
dari 30 subunit polipeptida yang tersusun dalam bentuk
suatu silinder berongga. Bagian aktif subunit-subunit A → B → C → D
proteolitiknya menghadap ke bagian interior silinder, Konsentrasi D yang tinggi akan menghambat pengubahan A
sehingga tidak terjadi penguraian tak-terkendali protein- menjadi B. Pada contoh ini, inhibitor umpan-balik D bekerja
protein sel (lihat gambar sampul). Protein diarahkan ke sebagai efektor alosterik negatif Enz1. Inhibisi terjadi bukan
bagian interioir proteasom melalui proses "ubikuitinasi", karena efek "dukungan" (backing up) zat antara, tetapi karena
yaitu melekatnya satu atau lebih molekul ubikuitin secara kemampuan D untuk mengikat dan menghambat Enz1. D
kovalen. Ubikuitin adalah suatu protein kecil, sekitar 8.5 kDa biasanya berikatan di bagian alosterik (allosteric site) yang
yang sangat lestari (highly conserved) di antara berbagai secara spasial terpisah dari bagian katalitik enzim sasaran. Oleh
eukariot. Ubikuitinasi dikatalisis oleh suatu famili enzim sebab itu, inhibitor umpan-balik biasanya sedikit atau tidak
besar yang disebut E3 ligase, yang melekatkan ubikuitin ke memiliki kemiripan struktural dengan substrat enzim yang
gugus amino rantai-samping residu. dihambatnya. Sebagai contoh, NAD+ dan 3-fosfogliserat,
Jalur ubikuitin-proteasom berperan dalam penguraian substrat untuk 3-fosfogliserat dehidrogenase, yang mengatalisis
terkendali protein-protein sel tertentu, misalnya, siklin (lihat tahap pertama biosintesis serin, tidak memiliki kemiripan
Bab 35), dan dalam pembersihan spesies protein yang cacat dengan inhibitor umpan-balik serin. Pada jalur biosintesis yang
atau abnormal. Penyebab utama selektivitas dan bercabang, seperti jalur yang berperan dalam biosintesis
keserbagunaan sistem ubikuitin-proteasom adalah adanya nukleotida (lihat Bab 33), reaksi-reaksi awal memasok zat
variasi E3 ligase intrasel dan kemampuan sistem ini antara yang dibutuhkan dalam sintesis berbagai produk akhir.
membedakan berbagai keadaan konformasi atau fisik protein (Gambar 9–4) memperlihatkan hipotesis suatu jalur biosintesis
sasaran. Akibatnya, jalur ubikuitin-proteasom dapat secara bercabang; tanda panah melengkung menunjukkan kerja
selektif menguraikan protein yang integritas fisik dan inhibitor umpan-balik pada enzim sasarannya. Rangkaian S3 →
kompetensi fungsionalnya telah terganggu akibat hilang A, S4 → B, S4 → C, and S3 → → D masing-masing mewakili
atau rusaknya suatu gugus prostetik, oksidasi residu sistein rangkaian reaksi Tinier yang dihambat secara umpan-balik
atau histidin, atau deaminasi residu asparagin atau glutamin oleh produk-produk akhirnya. Oleh sebab itu, enzim titik
(lihat Bab 58). Pengenalan oleh enzim proteolitik juga dapat cabang dapat dijadikan sasaran untuk mengarahkan aliran
diatur oleh modifikasi kovalen, misalnya fosforilasi; pengikatan metabolit.
substrat atau efektor alosterik; atau pengikatan pada membran, Kinetika inhibisi umpan-balik dapat bersifat
oligonukleotida, atau protein lain. Semakin banyak bukti yang kompetitif, nonkompetitif, kompetitif parsial, atau
menunjukkan bahwa disfungsi jalur ubikuitin-proteasom ikut campuran. Lengkung umpan-balik multipel dapat
berperan dalam penimbunan spesies-spesies protein yang menyempumakan kontrol. Sebagai contoh, seperti
pelipatannya abnormal yang khas pada beberapa penyakit diperlihatkan di (Gambar 9–5), adanya produk B yang
neurodegeneratif. berlebihan menurunkan kebutuhan akan substrat S2. Namun,
S2 juga diperlukan untuk membentuk A, C, dan D. Oleh
TERSEDIA BANYAK PILIHAN UNTUK sebab itu, pada jalur ini, kelebihan B menghambat
MENGATUR AKTIVITAS KATALITIK A B
Pada manusia, induksi pembentukan protein merupakan
suatu proses multitahap kompleks yang biasanya
S1 S2 S3 S4
memerlukan waktu berjam-jam agar terjadi perubahan
bermakna kadar enzim secara keseluruhan. Sebaliknya, C
perubahan efisiensi katalitik intrinsik yang ditimbulkan oleh S5 D
pengikatan ligan (regulasi alosterik) atau oleh modifikasi
kovalen dapat mengatur aktivitas enzim dalam bilangan
detik. Akibatnya, perubahan kadar protein biasanya GAMBAR 9–4 Tempat-tempat inhibisi umpan-balik pada jalur
biosintetik bercabang. S1–S5 adalah zat antara dalam biosintesis
mendominasi saat menghadapi adaptasi jangka panjang, produk akhir A–D. Tanda panah lurus mewakili enzim yang
sedangkan perubahan efisiensi katalitik paling cocok untuk mengatalisis perubahan yang ditunjukkan. Tanda panah merah
menghadapi perubahan fluks metabolit yang cepat dan melengkung mewakili lengkung umpan-balik oleh produk akhir
sesaat. tertentu.

A B regulator alosterik memicu perubahan konformasi enzim

yang meliputi bagian aktifnya.
S1 S2 S3 S4
Efek Alosterik Mungkin pada Km atau pada Vmax
C Menyebut kinetika inhibisi alosterik sebagai "kompetitif" atau
S5 D "nonkompetitif" dengan substrat akan menimbulkan kesan
mekanistik yang menyesatkan. Kita lebih baik menyebutnya
dua kelas enzim alosterik: seri K dan seri V. Untuk enzim
GAMBAR 9–5 Inhibisi umpan-balik multipel pada jalur biosintesis alosterik seri-K, kinetika saturasi substrat bersifat kompetitif
bercabang. Diperlihatkan tumpang tindih lengkung umpan-balik
sederhana (tanda panah merah melengkung terputus-putus) adalah
dalam arti bahwa Km meningkat tanpa efek pada Vmax. Untuk
Iengkung umpan-balik multipel (tanda panah merah melengkung solid) enzim alosterik seri-V, inhibitor alosterik menurunkan Vmax
yang mengatur enzim-enzim yang dipakai bersama untuk biosintesis tanpa mempengaruhi Km. Perubahan pada Km atau Vmax
beberapa produk akhir. sering kali merupakan hasil perubahan konformasi di bagian
katalitik yang dipicu oleh terikatnya efektor alosterik pada
sintesis keempat produk akhir, tanpa memandang
kebutuhan akan ketiga produk yang lain. Untuk mengatasi bagian alosterik. Untuk enzim alosterik seri-K, perubahan
konformasi ini mungkin melemahkan ikatan antara
kesulitan potensial ini, masing-masing produk akhir biasanya
hanya menghambat aktivitas katalitik. Efek kelebihan dua substrat dan residu pengikat-substrat. Untuk enzim
atau lebih produk akhir mungkin semata-mata aditif atau alosterik seri-V, efek primernya mungkin adalah perubahan
mungkin lebih besar daripada efek masing-masing (inhibisi orientasi atau muatan residu katalitik, yang menurunkan
umpan-balik kooperatif). Secara alternatif, misalnya jalur Vmax. Namun, mungkin dijumpai efek zat antara pada Km
bercabang bertanggung jawab untuk sintesis aromatik asam dan Vmax, akibat perubahan konformasi.
amino fenilalanin, tirosin, dan triptofan pada bakteri,
beberapa isoform dari enzim dapat berkembang, yang PENGATURAN UMPAN-BALIK
masing-masing sensitif terhadap produk jalur akhir yang
berbeda. Tingkat tinggi dari setiap produk satu ujung akan
TIDAK SINONIM DENGAN INHIBISI
menghambat katalisis oleh hanya isoform tunggal, UMPAN-BALIK
mengurangi tetapi tidak menghilangkan fluks melalui bagian
Pada sel mamalia dan bakteri, sejumlah produk akhir memberi
bersama dari jalur.
"umpan-balik" dan mengontrol sintesisnya sendiri, pada banyak
Aspartat Transkarbamoilase Adalah Suatu kasus melalui inhibisi umpan-balik pada enzim biosintetik awal.
Namun, kita harus membedakan antara pengaturan umpan-
Model Enzim Alosterik balik, yakni suatu istilah fenomenologik yang tidak memiliki
Aspartat transkarbamoilase (ATCase), katalis untuk reaksi dampak mekanistik, dan inhibisi umpan-balik, yakni suatu
pertama yang khas pada biosintesis pirimidin (lihat Gambar mekanisme pengaturan aktivitas enzim. Sebagai contoh,
33–9), merupakan sasaran regulasi umpan balik oleh dua sementara kolesterol dalam makanan menurunkan sintesis
nukleotida trifosfat: sitidin trifosfat (CTP) dan adenosin kolesterol oleh hati, pengaturan umpan-balik ini tidak
trifosfat. CTP, suatu produk akhir jalur biosintetik melibatkan inhibisi umpan-balik. HMG-KoA reduktase,
pirimidin, menghambat ATCase, sementara nukleotida enzim pembatas kecepatan pada kolesterologenesis,
purin ATP mengaktifkannya. Selain itu, ATP kadar tinggi terpengaruh, tetapi kolesterol tidak menghambat aktivitasnya.
dapat mengatasi hambatan oleh CTP, sehingga sintesis Pengaturan sebagai respons terhadap kolesterol dalam
nukleotida pirimidin dapat berlanjut ketika kadar nukleotida makanan melibatkan penghambatan ekspresi gen yang
purin meningkat. menyandi HMG-KoA reduktase oleh kolesterol atau metabolit
kolesterol (represi enzim) (lihat Bab 26). Seperti disebutkan di
Bagian Alosterik & Katalitik Terpisah atas, ATP, produk dari jalur purin nukleotida, merangsang
Secara Spasial sintesis nukleotida pirimidin dengan mengaktifkan
Jacques Monod mengajukan keberadaan bagian/tempat transkarbamoilase aspartat, proses kadang-kadang disebut
alosterik yang secara fisik berbeda dari tempat katalitik. Ia sebagai "umpan maju" regulasi.
berargumen bahwa tidak adanya kemiripan struktur antara
inhibitor umpan-balik dan substrat untuk enzim yang
BANYAK HORMON BEKERJA
aktivitasnya diatur oleh inhibitor tersebut mengisyaratkan MELALUI SECOND MESSENGER
bahwa efektor ini tidak isosterik dengan substrat, tetapi
alosterik (“menempati ruang yang lain”). Enzim alosterik ALOSTERIK
adalah enzim dengan katalisis di bagian aktif yang dapat Impuls saraf dan pengikatan hormon ke reseptor di permuka-
dimodulasi oleh keberadaan efektor di bagian alosterik. an sel menyebabkan perubahan laju reaksi yang dikatalisis
Keberadaan bagian aktif dan alosterik yang secara spasial oleh enzim di dalam sel sasaran dengan menginduksi
terpisah telah dibuktikan pada beberapa enzim dengan pembebasan atau pembentukan efektor alosterik khusus yang
menggunakan banyak cara. Sebagai contoh, kristalografi disebut second messenger (perantara kedua). Perantara
sinar X mengungkapkan bahwa ATCase E coli terdiri dari primer, atau "pertama" adalah molekul hormon atau impuls
enam subunit katalitik dan enam subunit regulatorik, saraf. Second messengers mencakup 3′, 5′-cAMP, yang
mengikat nukleotida trifosfat yang memodulasi aktivitas disintesis dari ATP oleh enzim adenilil siklase sebagai
enzim tersebut. Secara umum, pengikatan suatu

respons terhadap hormon epinefrin, dan Ca2+, yang kinase, secara termodinamis lebih menguntungkan sebagai
disimpan di dalam retikulum endoplasma sebagian besar akibat penggunaan gugus fosforil energi tinggi gamma pada
sel. Depolarisasi membran akibat impuls saraf membuka ATP. Gugus fosfat dikeluarkan, bukan dengan
suatu kanal di membran yang membebaskan ion kalsium ke rekombinasi fosfat dengan ADP membentuk ATP, tetapi
dalam sitoplasma, tempat ion ini mengikat dan mengaktifkan dengan reaksi hidrolitik yang dikatalisis enzim-enzim
enzim-enzim yang berperan dalam pengendalian kontraksi yang disebut fosfatase protein. Begitu juga, asetiltransferase
otot dan mobilisasi simpanan glukosa dari glikogen, menggunakan substrat donor energi-tinggi, NAD+, sedangkan
kemudian memenuhi peningkatan kebutuhan energi dari deasetilase mengatalisis hidrolisis langsung yang membentuk
kontraksi otot. Perantara kedua lainnya adalah 3′,5′-cGMP, asetat bebas.
oksida nitrik, dan polifosfo inositol yang dihasilkan melalui
hidrolisis fosfolipid inositol oleh fosfolipase yang diatur PROTEASE DAPAT DISEKRESIKAN
hormon. Contoh spesifik peran serta perantara kedua dal am
regulasi proses seluler dapat dilihat pada Bab 18, 42, dan 50.
SEBAGAI PROENZIM YANG SECARA
KATALITIS INAKTIF
Protein tertentu disintesis dan disekresikan sebagai protein
MODIFIKASI KOVALEN prekursor inaktif yang dikenal sebagai proprotein.
REGULATORIK DAPAT BERSIFAT Proteolisis selektif, atau "parsial," mengubah suatu proprotein
melalui satu atau lebih "pemutusan" proteolitik berturut-turut
REVERSIBEL ATAU IREVERSIBEL menjadi bentuk yang memperlihatkan aktivitas khas protein
Pada sel mamalia, terdapat berbagai modifikasi kovalen matang, misalnya aktivitas kataliknya. Bentuk proprotein
regulatorik. Sebagai contoh, proteolisis parsial dan enzim disebut proenzim atau zimogen. Protein yang
fosforilasi seringkali digunakan untuk meregulasi aktivitas disintesis sebagai proprotein antara lain adalah hormon
katalitik enzim. Di sisi lain, histon dan protein pengikat- insulin (proprotein = proinsulin), enzim pencernaan pepsin,
DNA lain dalam kromatin merupakan sasaran modifikasi tripsin, dan kimotripsin (proprotein masing-masing =
ekstensif melalui asetilasi, metilasi, ribosilasi-ADP, dan pepsinogen, tripsinogen, dan kimotripsinogen), beberapa
fosforilasi. Modifikasi terakhir, yang memodulasi cara faktor pembekuan darah dan kaskade pencairan bekuan
protein dalam kromatin berinteraksi satu sama lain dan darah (lihat Bab 52 dan 55), dan protein jaringan ikat
dengan DNA sendiri, merupakan dasar untuk "sandi histon." kolagen (proprotein = prokolagen).
Perubahan yang dihasilkan pada struktur kromatin dalam Aktivasi proteolitik pada proprotein merupakan
regio yang dipengaruhi dapat membuat gen lebih mudah penyatuan kembali kedua protein yang dihasilkan oleh
diakses oleh protein yang berperan dalam transkripsinya, hidrolisis ikatan peptida adalah secara entropikal tidak
sehingga meningkatkan ekspresi gen atau, pada skala yang disukai karena modifikasi secara fisiologi ireversibel. Sekali
lebih besar, memudahkan replikasi seluruh genom (lihat Bab diaktifkan, suatu proprotein akan terus melakukan fungsi
38). Di sisi lain, perubahan struktur kromatin yang katalitik atau fungsi lainnya sampai proprotein dihilangkan
membatasi keteraksesan gen oleh faktor transkripsi, melalui degradasi atau cara lain. Oleh sebab itu, aktivasi
polimerase RNA dependen-DNA, dll sehingga menghambat zimogen mewakili mekanisme sederhana, ekonomis, tetapi
transkripsi disebut menyenyapkan (silence) ekspresi gen. satu arah untuk membatasi aktivitas laten protein hingga
keadaan yang sesuai dijumpai. Karena itu, tidak
Sandi Histon mengherankan jika proteolisis parsial sering digunakan untuk
"Sandi histon" merupakan contoh klasik epigenetik, meregulasi protein yang bekerja dalam saluran pencernaan
transmisi herediter informasi yang bukan menggunakan atau aliran darah dan bukan dalam bagian interior sel.
sekuens nukleotida yang terdapat dalam genom. Dalam hal
ini, pola ekspresi gen dalam sel "anakan" (daughter cell) yang
baru terbentuk sebagian akan ditentukan oleh suatu Proenzim Mempermudah Mobilisasi
rangkaian modifikasi kovalen histon tertentu yang terdapat Aktivitas Secara Cepat Sebagai Respons
dalam protein kromatin yang diwariskan dari sel "parental". Terhadap Kebutuhan Fisiologik
Modifikasi Kovalen "reversibel" Pembentukan dan sekresi protease sebagai proenzim yang
Asetilasi, ribosilasi-ADP, metilasi, dan fosforilasi adalah secara katalitis inaktif melindungi jaringan asal (mis.
contoh-contoh modifikasi kovalen "reversibel." Dalam hal ini, pankreas) dan autodigesti, seperti yang dapat terjadi pada
reversibel merujuk pada fakta bahwa protein yang pankreatitis. Frekuensi proses fisiologi tertentu, misalnya
dimodifikasi dapat dipulihkan ke keadaan awal yang bebas pencernaan, berlangsung intermiten, tetapi cukup teratur
modifikasi, namun, reversibel bukan merujuk pada dan dapat diperkirakan. Proses lainnya, seperti pembekuan
mekanisme restorasi itu sendiri. dinamik menentukan bahwa darah, pencairan (dissolution) bekuan darah, dan perbaikan
jika reaksi enzimatik yang menyebabkan modifikasi secara jaringan "diaktifkan" hanya sebagai respons terhadap
termodinamik menguntungkan, perubahan energi bebas kebutuhan fisiologis atau patofisiologis mendesak. Proses
yang terlibat menyebabkan reaksi ke arah sebaliknya tidak pembekuan darah dan pencairannya jelas harus
menguntungkan (unfavorable). Fosforilasi protein pada dikoordinasikan secara temporer untuk mencapai
residu seril, treonil, atau tirosil yang dikatalisis oleh protein homeostasis. Enzim-enzim yang diperlukan secara

1 13 14 15 16 146 149 245

Pro-CT
1 13 14 15 16 146 149 245

π-CT
14-15 147-148
1 13 16 146 149 245

α-CT
S S S S
GAMBAR 9–6 Representasi dua-dimensi urutan peristiwa proteolitik yang akhirnya

menghasilkan pembentukan bagian katalitik kimotripsin, yang mencakup triad katalitik Asp
102-His57-Ser195 (lihat Gambar 7–7). Proteolisis sukses yang berurutan membentuk
prokimotripsin (pro-CT), π-kimotripsin (π-Ct), dan akhirnya α-kimotripsin (α-CT), suatu
protease aktif yang ketiga peptidanya (A, B, C) tetap berkaitan melalui ikatan disulfida antar-
rantai kovalen.
intermiten, tetapi cepat sering disekresikan dalam bentuk Protein kinase memfosforilasi protein dengan mengatalisis
yang awalnya inaktif karena sintesis baru dan sekresi protein pemindahan gugus fosforil terminal pada ATP ke gugus
yang dibutuhkan mungkin kurang cepat untuk memenuhi hidroksil residu seril, treonil, atau tirosil, yang masing-masing
tuntutan patofisiologis yang mendesak, misalnya perdarahan membentuk residu O-fosfoseril, O-fosfotreonil atau O-
(liha Bab 55). fosfotirosil (Gambar 9–7). Sebagian protein kinase
menyerang rantai samping residu histidil, arginil, dan aspartil.
Aktivasi Prokimotripsin Memerlukan Bentuk protein yang belum dimodifikasi dapat dihasilkan
Proteolisis Selektif kembali melalui pengeluaran gugus fosforil secara hidrolitik
Proteolisis selektif melibatkan satu atau lebih pemutusan yang dikatalisis oleh protein fosfatase. Sel mamalia biasanya
proteolitik sangat spesifik yang mungkin disertai atau tanpa mengandung ribuan protein terfosforilasi dan beberapa ratus
disertai pemisahan peptida-peptida yang terbentuk. Hal yang protein kinase dan protein fosfatase yang mengatalisis
lebih penting, proteolisis selektif sering kali menyebabkan interkonversi protein-protein tersebut. Mudahnya interkonversi
perubahan konformasi yang "menciptakan" bagian katalitik enzim antara bentuk fosfo- dan defosfonya ikut berperan
suatu enzim. Perhatikan bahwa sementara residu esensial His terhadap se-ring digunakannya proses fosforilasi-defosforilasi
57 dan Asp 102 berada di peptida B α-kimotripsin, Ser 195 sebagai mekanisme untuk melakukan kontrol. Fosforilasi-
berada di peptida C (Gambar 9–6). Perubahan konformasi defosforilasi memungkinkan sifat fungsional enzim diubah
yang menyertai proteolisis selektif pada prokimotripsin hanya selama dibutuhkan. Setelah kebutuhannya terpenuhi,
(kimotripsinogen) menyatukan ketiga residu charge-relay enzim dapat diubah kembali ke bentuknya semula, bersiap
network ini (lihat Gambar 7–7), membentuk bagian katalitik. untuk berespons terhadap rangsangan berikutnya. Faktor
Perhatikan juga bahwa residu katalitik dan kontak dapat kedua yang mendasari luasnya pemakaian proses fosforilasi-
terletak di rantai peptida yang berbeda, tetapi masih cukup defosforilasi adalah sifat kimia gugus fosforil itu sendiri.
berdekatan dengan substrat. Untuk mengubah sifat fungsional suatu enzim, setiap
modifikasi struktur kimia enzim tersebut harus
MODIFIKASI KOVALEN REVERSIBEL memengaruhi konfigurasi tiga-dimensi protein tersebut.
MENGATUR ENZIM-ENZIM KUNCI

ATP ADP
MAMALIA Mg2+
Ribuan mamalia Protein Apakah di Kinase

PO32–
Modifikasi oleh kovalen Fosforilasi Enz Ser OH
Fosfat
Enz Ser O
Protein mamalia merupakan target dari berbagai proses

modifikasi kovalen. Modifikasi, seperti prenilasi, glikosilasi, Mg2+
Pi H2O
hidroksilasi, dan asilasi asam lemak memasukkan fitur
struktural unik ke dalam protein yang baru disintesis yang GAMBAR 9–7 Modifikasi kovalen suatu enzim oleh fosforilasi-
cenderung menetap seumur hidup protein tersebut. Di antara defosforilasi sebuah residu seril.
berbagai modifikasi kovalen yang mengatur fungsi protein,
(mis. metilasi, adenililasi) yang tersering sejauh ini adalah
fosforilasi-defosforilasi.

Tingginya densitas muatan gugus fosforil yang terikat pada melibatkan satu protein dan tidak berkaitan dengan kontrol
protein umumnya –2 pada pH fisiologis—dan hormonal dan saraf. Sebaliknya, pengaturan enzim mamalia
kecenderungannya untuk membentuk jembatan garam yang oleh fosforilasi-defosforilasi melibatkan beberapa protein dan
kuat dengan residu arginil dan lisil menyebabkan gugus ini ATP, serta berada di bawah kontrol langsung saraf dan
menjadi agen yang poten untuk memodifikasi struktur dan hormon.
fungsi protein. Fosforilasi umumnya memengaruhi efisiensi Asetilasi-deasetilasi, di sisi lain, menargetkan beberapa
katalitik intrinsik enzim atau sifat lain dengan menginduksi protein dalam jalur. Telah dihipotesiskan bahwa tingkat asetilasi
perubahan konformasi. Akitbatnya, asam amino yang enzim metabolik dimodulasi untuk tingkat besar oleh status
menjadi target bisa saja (bahkan biasanya) relatif jauh dari energi sel. Dengan model ini, tingginya tingkat asetil-KoA
bagian katalitik itu sendiri. (substrat untuk acetil transferase lisin dan reaktan di non-
enzimatik lisin asetilasi) hadir dalam sel yang bergizi akan
Protein Asetilasi: Sebuah Modifikasi mempromosikan lisin asetilasi. Ketika nutrisi kurang, tingkat
Ubiquitous Metabolik Enzim asetil-KoA drop dan rasio NAD+/NADH naik, mendukung
Asetilasi-deasetilasi kovalen telah lama dikaitkan dengan deasetilasi protein.
histon dan protein nuklir lainnya. Dalam beberapa tahun
terakhir, bagaimana-pernah, penelitian proteomik telah
mengungkapkan bahwa ribuan protein mamalia lainnya FOSFORILASI PROTEIN SANGAT
mengikuti pada modifikasi dengan kovalen asetilasi, MULTIGUNA
termasuk hampir setiap enzim hadir dalam jalur metabolik
utama seperti glikolisis, sintesis glikogen, glukoneogenesis, Fosforilasi-defosforilasi protein adalah proses yang sangat
siklus asam trikarboksilat, oksidasi-β dari asam lemak, dan multiguna dan selektif. Tidak semua protein dapat mengalami
siklus urea. Dampak peraturan potensi asetilasi-deasetilasi fosforilasi, dan dari banyak gugus hidroksil di permukaan
telah ditetapkan untuk hanya sedikit protein ini. Namun, suatu protein, hanya satu atau sebagian kecil yang menjadi
hanya termasuk banyak enzim metabolik penting, seperti sasaran. Sementara fungsi enzim yang paling sering terkena
asetil-KoA sintetase, rantai panjang asil-KoA dehidrogenase, adalah efisiensi katalitik protein, fosforilasi juga dapat
malat dehidrogenase, dehidrogenase isositrat, glutamat mengubah lokasi protein di dalam sel, kerentanan terhadap
dehidrogenase, sintetase karbamoil fosfat, dan ornitin penguraian proteolitik, atau responsivitas terhadap regulasi
transkarbamoilase. oleh ligan alosterik. Fosforilasi dapat meningkatkan efisiensi
katalitik enzim, mengubah suatu enzim menjadi bentuk aktif
Lisin asetil transferase mengkatalisis transfer gugus dari
dalam protein, sementara fosforilasi pada protein yang lain
asetil pada asetil-KoA dengan gugus ε-amino dari residu lisil,
mengubahnya menjadi bentuk yang secara intrinsik inefisien
membentuk N-asetil lisin. Selain itu, beberapa protein,
atau inaktif (Tabel 9–1).
khususnya di mitokondria, menjadi asetat oleh bereaksi
dengan asetil-KoA langsung, yaitu, tanpa intervensi dari Banyak protein dapat difosforilasi di banyak tempat.
katalis enzim. Asetilasi tidak hanya meningkatkan curah Protein-protein lain menjadi subyek pengaturan melalui
sterik dari rantai samping lisin, itu mengubah amina primer fosforilasi-defosforilasi serta melalui pengikatan ligan
dasar dan berpotensi bermuatan positif ke netral, amida non alosterik, atau melalui fosforilasi-defosforilasi dan
terionisasi. Dua kelas deasetilase protein telah diidentifikasi: modifikasi kovalen lain. Fosforilasi-defosforilasi di suatu
deasetilase histon dan sirtuin. Deasetilase histon bagian protein dapat dikatalisis oleh berbagai protein kinase
mengkatalisis pemindahan dengan hidrolisis kelompok atau protein fosfatase. Banyak protein kinase dan sebagian
asetil, regenerasi bentuk yang tidak dimodifikasi dari protein besar protein fosfatase bekerja pada lebih dari satu protein
dan asetat sebagai produk. Sirtuin, di sisi lain, menggunakan dan enzim-enzim ini sendiri mengalami interkonversi antara
NAD+ sebagai substrat, yang menghasilkan O-asetil ADP- bentuk aktif dan inaktif melalui pengikatan zat second
ribose dan nikotinamida sebagai produk selain protein
dimodifikasi. TABEL 9–1 Contoh enzim mamalia yang aktivitas katalitik
diubah oleh fosforilasi-defosforilasi kovalen
Modifikasi Kovalen Mengatur Aliran
Keadaan Aktivitas
Metabolit
Enzim Rendah Tinggi
Pada banyak aspek, tempat fosforilasi protein dan mo-
difikasi kovalen lainnya dapat dianggap sebagai bentuk Asetil-KoA karboksilase EP E
lain dari tempat alosterik. Namun, dalam hal ini, "ligan Glikogen sinase EP E
alosterik" berikatan secara kovalen ke protein. Baik
Piruvat dehidrogenase EP E
fosforilasi-defosforilasi asetilasi-deasetilasi, maupun inhibisi
umpan-balik mengendalikan secara reversibel dan jangka- HMG-KoA reduktase EP E
pendek aliran metabolit sebagai respons terhadap sinyal Glikogen fosforilase E EP
fisiologik tertentu. Ketiganya bekerja tanpa mengubah
Sitrat liase E EP
ekspresi gen. Keduanya fosforilasi-defosforilasi dan umpan
balik bekerja pada enzim-enzim awal rangkaian metabolik Fosforilase b kinase E EP
yang panjang, dan keduanya bekerja umumnya pada bagian HMG-KoA reduktase kinase E EP
alosterik daripada katalitik. Namun, inhibisi umpan-balik
Singkatan: E, defosfoenzim; EP, fosfoenzim.

messenger atau modifikasi kovalen dengan fosforilasi- karboksilase—masing-masing merupakan enzim penentu
defosforilasi. kecepatan untuk biosintesis kolesterol dan asam lemak—
Hubungan timbal-balik antara protein kinase dan difosforilasi dan diinaktifkan oleh protein kinase yang
protein fosfatase, antara konsekuensi fungsional diaktifkan oleh AMP. Ketika protein kinase ini diaktifkan
fosforilasi di tempat yang berbeda, antara tempat melalui fosforilasi oleh protein kinase lain atau sebagai
fosforilasi dan tempat alosterik, atau antara tempat respons terhadap pengikatan aktivator alosteriknya 5′-AMP,
fosforilasi dan tempat modifikasi kovalen lain merupakan kedua jalur utama yang berperan dalam pembentukan lemak
dasar jaringan regulatorik yang memadukan berbagai dari asetil-KoA terhambat.
sinyal input dari lingkungan untuk menghasilkan respons
selular terkoordinasi yang sesuai. Di jaringan regulatorik BEBERAPA PROSES REGULATORIK
yang canggih ini, masing-masing enzim berespons
terhadap sinyal lingkungan yang berbeda. Sebagai contoh,
TUNGGAL BERGABUNG
jika suatu enzim dapat difosforilasi di satu tempat oleh lebih MEMBENTUK JARINGAN KONTROL
dari satu protein kinase, enzim ini dapat diubah dari bentuk
yang secara katalitis efisien menjadi bentuk yang inefisien YANG KOMPLEKS
(inaktif), atau sebaliknya, sebagai respons terhadap salah satu Sel melakukan serangkaian proses metabolik yang harus
dari beberapa sinyal. Jika protein kinase diaktifkan sebagai diatur sebagai respons terhadap beragam faktor
respons terhadap sinyal yang berbeda dari sinyal yang lingkungan. Oleh sebab itu, enzim yang dapat saling
mengaktifkan protein fosfatase, fosfoprotein yang terbentuk bertukar dan enzim yang bertanggung jawab terhadap
menjadi penentu, efek fungsional yang umumnya berupa pertukaran tersebut tidak bekerja sebagai tombol "hidup" dan
aktivitas katalitik, mencerminkan keadaan fosforilasi. "mati" yang terpisah. Untuk dapat mempertahankan
Keadaan atau derajat fosforilasi ini ditentukan oleh aktivitas homeostasis, satuan-satuan dasar ini dihubungkan
relatif protein kinase dan protein fosfatase, suatu cerminan membentuk jaringan regulatorik terpadu
dari keberadaan dan kekuatan relatif sinyal lingkungan yang Satu contoh jaringan regulatorik semacam ini yang telah
bekerja melalui masing-masing enzim. banyak diteliti adalah siklus sel eukarotik yang mengontrol
Kemampuan banyak protein kinase dan protein fos- pembelahan sel. Setelah keluar dari keadaan inaktif
fatase untuk bekerja pada lebih dari satu protein menjadi (quiescent), atau G0, tproses pembelahan sel yang sangat
suatu cara bagi sinyal lingkungan untuk mengatur berbagai rumit berlanjut melalui serangkaian fase spesifik yang
proses metabolik secara terkoordinasi. Sebagai contoh, enzim disebut G1, S, G2, dan M (Gambar 9–8). Sistem pemantauan
3-hidroksi-3-metilglutaril-KoA reduktase dan asetil-KoA yang disebut gardu-pemeriksaan (checkpoint), menilai
Sinar UV, radiasi pengion, dll.
ATM kinase DNA DNA (damaged)

(inaktif)
ATM ATM ATM
ATM kinase
(aktif, terlepas)
G0 ATM
Siklus sel
P
G1 CHK1/2 kinase
CHK1/2 CHK1/2 (aktif)
M P
Cdc25
S Cdc25 Cdc25 fosfatase
G2 (inaktif)
P
Siklin-Cdk
Cdk Siklin Cdk Siklin (inaktif)
GAMBAR 9–8 Gambar sederhana gardu-pemeriksa (checkpoint) G1 ke S pada siklus sel

eukariot. Lingkaran memperlihatkan berbagai tahap dalam sikius sel eukariot. Genom
mengalami replikasi selama fase S, sementara dua salinan genom dipisahkan dan pembelahan sel
terjadi selama fase M. Masing-masing fase ini dipisahkan oleh fase G, atau fase pertumbuhan,
yang ditandai oleh peningkatan ukuran sel dan akumulasi berbagai prekursor yang diperlukan
untuk menyusun kompleks makromolekul besar yang terbentuk selama fase S dan M.

indikator-indikator kunci kemajuan untuk menjamin bahwa ■ Fosforilasi residu seril, treonil, atau tirosil spesifik oleh
tidak ada fase siklus yang di-mulai sebelum fase sebelumnya protein kinase—dan defosforilasinya oleh protein fosfatase—
selesai. Gambar 9–8 menjelaskan secara garis besar mengatur aktivitas banyak enzim pada manusia.
sebagian dari gardu-periksa yang mengontrol inisiasi ■ Protein kinase dan fosfatase yang ikut serta dalam kaskade
replikasi DNA yang disebut fase S. Suatu protein kinase pengendali yang berespons terhadap sinyal hormon atau
yang dinamai ATM berkaitan dengan genom. Jika DNA second messenger merupakan jaringan regulatorik yang
mengandung kerusakan double stranded break (putus pada dapat memproses dan memadukan informasi lingkungan
kedua untai), perubahan konformasi kromatin yang terjadi yang kompleks untuk menghasilkan respons sel yang sesuai
akan mengaktifkan ATM. Jika diaktifkan, salah satu subunit dan terpadu.
dimer ATM yang diaktifkan tersebut akan terlepas dan ■ Enzim metabolisme banyak dimodifikasi oleh asetilasi-
memicu serangkaian (kaskade) proses fosforilasi- deasetilasi residu lisin. Tingkat asetilasi protein ini diduga
defosforilasi protein yang diperantarai oleh CHK1 dan dipengaruhi oleh ketersediaan dari asetil-KoA, substrat asetil
CHK2 protein kinase, CDC25 protein fosfatase, dan donor untuk lisin asetil transferase, dan NAD+, substrat untuk
akhirnya suatu kompleks antara siklin dan protein-kinase deasetilase sirtuin.
dependen-siklin atau Cdk. Pengaktifan kompleks Cdk- ■ Kapasitas protein kinase, protein fosfatase, asetilase lisin, dan
siklin menghambat transisi G1 menjadi S, sehingga deasetilase lisin untuk menargetkan beberapa protein dan
mencegah replikasi DNA yang rusak. Kegagalan di gardu- beberapa situs di protein adalah kunci untuk pembentukan
jaringan regulasi terpadu.
pemeriksaan ini dapat menyebabkan mutasi DNA yang
dapat menimbulkan kanker atau penyakit lain. Masing-
masing langkah dalam kaskade tersebut merupakan jalan
untuk memantau indikator-indikator lain status sel sebelum
memasuki fase S. REFERENSI
Ciechanover A, Schwartz AL: The ubiquitin system: pathogenesis
of human diseases and drug targeting. Biochim Biophys Acta
RINGKASAN 2004;1695:3.
■ Homeostasis berkaitan dengan pemeliharaan lingkungan Elgin SC, Reuter G: In: Allis CD, Jenuwein T, Reinberg D, et al
intrasel dan intra-organ yang relatif konstan meskipun terjadi (editors): Epigenetics, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2007.
fluktuasi tajam dalam lingkungan eksternal. Hal ini dicapai Guan K-L, Xiong Y: Regulation of intermediary metabolism by
melalui perubahan-perubahan yang sesuai dalam laju reaksi protein acetylation. Trends Biochem Sci 2011;36:108.
biokimia sebagai respons terhadap kebutuhan fisiologis. Johnson LN, Lewis RJ: Structural basis for control by
■ Substrat bagi kebanyakan enzim biasanya terdapat dalam phosphorylation. Chem Rev 2001;101:2209.
konsentrasi yang mendekati Km. Hal ini mempermudah Muoio DM, Newgard CB: Obseity-related derangements in
kontrol pasif laju pembentukan produk sebagai respons metabolic regulation. Anu Rev Biochem 2006;75:403.
terhadap perubahan kadar zat-zat antara metabolik Stieglitz K, Stec B, Baker DP, et al: Monitoring the transition from
the T to the R state in E coli aspartate transcarbamoylase by x-ray
■ Kontrol aktif aliran (fluks) metabolit melibatkan perubahan crystallography: crystal structures of the E50A mutant enzyme in
konsentrasi, aktivitas katalitik, atau keduanya dari suatu enzim four distinct allosteric states. J Mol Biol 2004;341:853.
yang mengatalisis reaksi penentu/pembatas-kecepatan (rate- Tu BP, Kudlicki A, Rowicka M, et al: Logic of the yeast metabolic
limiting reaction). cycle: temporal compartmentalization of cellular processes.
■ Proteolisis selektif proenzim yang secara katalitis inaktif Science 2005;310:1152.
memicu perubahan konformasi yang membentuk bagian aktif Walsh CT: Posttranslational Modification of Proteins. Expanding
enzim. Sekresi enzim sebagai suatu proenzim inaktif Nature’s Inventory, Roberts and Company Publishers, 2006.
mempermudah mobilisasi aktivitas enzim secara cepat sebagai
respons terhadap cedera atau kebutuhan fisiologis dan dapat
melindungi jaringan asal enzim (mis. autodigesti oleh
protease).
■ Pengikatan metabolit dan second messenger pada tempat-
tempat selain di bagian katalitik enzim me-micu perubahan
konformasi yang mengubah Vmax atau Km.

10
B A B
Bioinformatika &
Biologi Komputasional
TUJUAN ■ Menjelaskan fitur utama genomik, proteomik, dan bioinformatika.

■ Mengenal potensi dan tantangan yang ditunjukkan oleh obat personal
Setelah mempelajari bab ini, genom terarah.
Anda diharapkan dapat: ■ Merangkum fitur utama dan relevansi medis proyek Encode.
■ Menjelaskan fungsi database HapMap, Entrez Gene, BLAST, dan dbGAP.
■ Menjelaskan bagaimana BLAST dan mengartikan sandi pelipatan membantu para
ilmuwan dalam penjelasan bentuk dan fungsi protein diketahui atau hipotetis.
■ Menjelaskan fitur utama rancangan dan penemuan obat berbantuan-komputer.
■ Menjelaskan penerapan potensial model komputasional di masa yang akan
datang untuk jalur tersendiri dan jalur jejaring.
■ Menguraikan secara garis besar penggunaan medic "sel virtual."
KEPENTINGAN BIOMEDIS hidup, toksin, virus, atau bakteri. Mengungkap teka-teki

biomedis secara multidimensional yang kompleks dan
Model ilmiah pertama tentang patogenesis, misalnya teori sehalus amorf menuntut akuisisi dan analisis data dengan
kuman pada penyakit oleh Louis Pasteur, bersifat biner: setiap skala yang terletak di luar kemampuan manusia untuk
penyakit memiliki satu kausa yang dapat didefinisikan. mengumpulkan, mengatur, dan meninjau tanpa bantuan.
Malaria disebabkan oleh amuba Plasmodium falciparum, Bioinformatika merujuk pada penerapan komputer dan
tuberkulosis oleh bakteri Mycobacterium tuberculosis, robotika teknologi untuk mengotomatisasi penyimpanan,
penyakit sel sabit oleh mutasi di gen yang menyandi salah pengambilan, dan analisis data ilmiah pada skala massa.
satu subunit hemoglobin, poliomielitis oleh poliovirus, dan Tujuan utama dari banyak ahli bioinformatik adalah untuk
skorbut oleh defisiensi asam askorbat. strategi untuk mengembangkan algoritma yang mampu diandalkan
mengobati atau mencegah penyakit dapat disederhanakan memprediksi struktur tiga dimensi dan sifat fungsional dari
menjadi suatu proses langsung berupa penelusuran agen kira-kira sepertiga dari semua protein secara genetik
penyebab, lalu merancang suatu cara untuk melenyapkan- disandikan saat dikategorikan sebagai "tidak diketahui" atau
nya, menetralkan efeknya, atau menghambat rute penularan- "hipotetis.” Lain adalah dengan menggunakan teknologi
nya. informasi untuk meningkatkan kecepatan dan efektivitas
Pendekatan dasar ini telah berhasil diterapkan untuk yang dokter dapat mendiagnosa dan mengobati pasien
memahami dan mengobati berbagai penyakit infeksi dan dengan menyediakan dokter dengan akses langsung ke
genetik, Namun, kini semakin jelas disadari bahwa penentu informasi penting seperti sejarah medis dan data interaksi
banyak penyakit termasuk kanker, penyakit jantung koroner, obat. Tujuan dari biologi komputasi adalah untuk
obesitas, diabetes tipe II, dan penyakit Alzheimer ini telah memungkinkan peneliti untuk melakukan eksperimen in
terbukti sia-sia. Asal-usul dan perkembangan penyakit- silico pada model virtual digital dari molekul, sel, organ, dan
penyakit yang terakhir adalah multifaktorial di alam, organisme. Ini model virtual menjanjikan besar untuk
mencerminkan hubungan timbal balik kompleks antara meningkatkan kecepatan dan memperluas ruang lingkup
susunan genetik masing-masing pasien, faktor-faktor turunan penelitian biomedis dengan membebaskan para ilmuwan dari
atau epigenetik, dan faktor lingkungan, seperti makanan, gaya bahan yang melekat, ekonomi, tenaga kerja, temporal, dan
kendala etika klinik dan laboratorium.
97

GENOMIK: SUATU 1994—Peta genetik manusia berhasil diselesaikan

1996—Peta gen manusia yang pertama berhasil
LONGSORAN INFORMASI dituntaskan
Dokter dan ilmuwan telah lama memahami genom, 1999—Single Nucleotide Polymorphism Initiative
komplemen lengkap informasi genetik mahluk hidup, dimulai
menyajikan sumber informasi yang kaya mengenai topik- 1999—Sekuens pertama sebuah kromosom manusia,
topik mulai dad metabolisme dasar, evolusi, sampai dengan nomor 22, berhasil diselesaikan
penuaan. Akan tetapi, genom manusia yang berukuran 2000—Draft pertama" genom manusia selesai
sangat besar, 3 × 109 pasangan basa nukleotida, 2003—Penentuan sekuens (sequencing) genom
mempersyaratkan pergeseran paradigma cara ilmuwan manusia pertama selesai
menggunakan ancangan penentuan sekuens DNA. Pada 2007—Perusahaan-perusahaan komersial menawarkan
tahun 1990, Amerika Serikat meluncurkan upaya multi layanan sekuens (sequencing) genom pribadi
miliar dolar, Human Genome Project (HGP, proyek genom 2008— Ilmuwan memulai penentuan sekuens genom
manusia), dengan tujuan mengembangkan teknik high- dari 1000 orang untuk menentukan tingkat
throughput otomatis, instrumentasi, dan software penggalian keberagaman genetik pada manusia
data diperlukan untuk menentukan urutan seluruh DNA dari 2010—Genom manusia Neanderthal selesai
genom Homo sapiens. 2013—Peta terintegrasi pertama variasi genetik di 1092
individu dari empat belas populasi diterbitkan
Penyelesaian proyek genom manusia pertama yang
dibutuhkan 10 tahun dan ratusan juta dolar. Namun, Saat ini juga, jumlah eukariotik, prokariotik, dan arkea
munculnya "generasi berikutnya" teknologi sekuens sejak organisme yang genom telah diurutkan nomor di ratusan.
secara dramatis mengurangi waktu dan biaya yang Koleksi ini mencakup ke atas dari empat puluh genom
diperlukan. Saat ini juga, biaya menentukan urutan genom mamalia, contohnya antara lain genom ayam, kucing, anjing,
individu kurang dari $10.000. Akibatnya, para ilmuwan gajah, tikus, kelinci, orang utan, woolly mammoth (spesies
sekarang menganalisis dan membandingkan urutan data mamut atau gajah purba), dan platipus berparuh bebek botol
DNA seluruh populasi sampel yang besar. Selain itu, berhidung lumba-lumba, kelelawar, panda, koala, walabi, dan
layanan komersial telah muncul di mana individu yang setan Tasmania. Perbandingan dengan genom Neandertal
memiliki dana yang cukup dapat memiliki urutan genom selesai, analisis awal proyek ini menunjukkan bahwa sampai
sendiri ditentukan. Ketika harga terus menurun menuju 2% DNA genom orang zaman sekarang di luar Afrika berasal
sasaran industri lain dari $1000 per sampel, jumlah orang dari Neandertal atau dari leluhur Neandertal. Urutan DNA
seeking pribadi saran medis dan perawatan berdasarkan untuk genom lebih dari seribu Homo sapiens telah ditentukan.
informasi fisiologis, medis, dan turun-temurun Akses langsung pada sekuens genom yang berasal dari
diungkapkan oleh genom mereka akan tumbuh pada mahluk-mahluk dari ketiga domain filogenetik dan akses
tingkat yang eksponensial. langsung pada algoritme yang sangat efektif yang dibutuhkan
untuk memanipulasi dan mentransformasi data yang
PROYEK GENOM MANUSIA diperoleh dari sekuens-sekuens ini telah mengubah riset dasar
Kesuksesan penuntasan proyek genom manusia (HGP, dalam bidang biologi, mikrobiologi, farmakologi, dan
Human Genome Project) merupakan puncak dari lebih enam biokimia
dekade pencapaian penting di bidang biologi molekuler,
genetika, dan biokimia. Kronologi di bawah menjabarkan Genom dan Obat
beberapa tahapan penting yang berujung pada keberhasilan Ada beberapa cara di mana revolusi genomik akan
penentuan keseluruhan sekuens genom manusia. berdampak kedokteran di abad ke-21. Yang paling
mendalam ini akan kemampuan untuk menambang urutan
1944—DNA dibuktikan merupakan bahan herediter genom individu untuk indikator peramalan kerentanan
1953—Konsep heliks ganda dikemukakan terhadap penyakit tertentu, kepekaan terhadap alergen
1966—Kode genetik berhasil dipecahkan potensial, dan penerimaan terhadap intervensi farmakologis
1972—Teknologi DNA rekombinan dikembangkan tertentu. Pelaksanaan langkah-langkah pencegahan, seperti
1977—Muncul teknologi penentuan sekuens DNA rezim diet disesuaikan, untuk mencegah atau memperbaiki
yang praktis masalah kesehatan potensial jauh sebelum gejala menjadi
1983—Gen untuk penyakit Huntington berhasil nyata harus secara dramatis mengurangi terjadinya dan
dipetakan dampaknya, serta biaya pribadi dan sosial, dari berbagai
1985—Reaksi berantai polimerase (polyrnerase chain patologi. Pengetahuan tentang urutan genom pasien
reaction, PCR) diciptakan mungkin juga akhirnya membuka jalan untuk menggunakan
1986—Penentuan sekuens DNA dapat dilakukan secara terapi gen untuk mencegah, mengobati, atau mengobati
otomatis penyakit. Kemampuan untuk mendiagnosis dan mengobati
1986—Gen untuk distrofi otot Duchenne berhasil di- pasien ditunjukan oleh pengetahuan dari genetik mereka,
sebuah pendekatan secara populer yang disebut sebagai
identifikasi
perancang obat “designer medicine,” oleh membuat obat-
1989—Gen untuk fibrosis kistik berhasil diidentifikasi
obatan menjadi lebih aman dan lebih efektif.
1990—Human Genome Project diluncurkan di
Amerika Serikat Genomik juga akan memfasilitasi pengembangan
antibiotik dan obat-obatan lainnya. Dengan membandingkan

BAB 10 Bioinformatika & Biologi Komputasional 99
genom strain patogenik dan nonpatogenik dari mikro- komputer untuk mengembangkan perangkat guna
organisme tertentu, gen yang kemungkinan menyandi pengumpulan, penyusunan, penarikan kembali, serta
determinan virulensi dapat disorot berdasarkan analisis data biologi dalam skala besar. Sumber
keberadaannya hanya pada strain virulen. Begitu juga, bioinformatika yang banyak itu (lihat bawah) dapat diakses
perbandingan genom patogen dengan pejamunya dapat lewat Internet sehingga memberi jangkauan dan dampak
mengidentifikasi gen yang hanya terdapat pada patogen. yang global. Tujuan utama proyek bioinformatika biasanya
Obat yang ditargetkan pada produk protein gen spesifik untuk mengumpulkan semua informasi relevan yang ada
patogen, secara teori, tidak akan atau hanya sedikit memberi dalam satu lokasi tunggal, sering disebut sebagai
efek samping pada pejamu yang terserang. perpustakaan atau database, dalam format yang seragam
yang membuat data dapat dimanipulasi dan dianalisis
Penentuan Sekuens Eksom dengan algoritme komputer.
Pertanda era baru ini adalah penerapan "penentuan
sekuens eksom" untuk diagnosis penyakit genetik yang Database Bioinformatika
jarang atau kriptik (tersembunyi). Eksom berisi segmen-
Ukuran dan kapabilitas database bioinformatika sangat
segmen DNA, yang disebut ekson, yang menyandi
bervariasi tergantung pada cakupan dan sifat tujuannya.
sekuens asam amino protein (lihat Bab 36). Karena ekson
Database PubMed menghimpun sitasi semua artikel
hanya membentuk sekitar 1% genom manusia, eksom
yang diterbitkan di ribuan jurnal yang ditujukan untuk
merupakan target yang jauh lebih kecil dan lebih terlacak
riset biomedis dan biologis. Saat ini, PubMed berisi lebih
daripada genom lengkap. Pembandingan sekuens eksom
dari 24 juta sitasi. Sebaliknya, RNA Helicase Database
berhasil mengidentifikasi gen-gen yang bertanggung jawab
membatasi dirinya pada sekuens, struktur, serta fungsi
atas daftar penyakit yang terus bertambah termasuk
biokimia dan selular dari satu famili enzim, RNA helikase.
retinitis pigrnentosa, sindrom Freeman-Sheldon, sindrom
Sensenbrenner, sindrom Miller, sindrom Schinzel-Giedion,
dan sindrom Kabuki serta varian penyakit degeneratif Tantangan dalam Pembentukan Database
syaraf (spino-cerebellar ataxia), penyakit radang usus, Pembentukan database yang menyeluruh dan ramah-
osteogenesis imperfekta, penyakit gigi Charcot-Marie, pengguna menghadirkan banyak tantangan. Pertama,
keterbelakangan mental, dan sklerosis lateral Sklerosis. informasi biologis memiliki berbagai bentuk. Sebagai
contoh, sandi informasi dalam genom, meskipun berjumlah
Tantangan Potensial Kedokteran Perancang
sangat besar, hanya terdiri dari urutan linier sederhana
Sementara "kedokteran perancang" berbasis genom men- empat basa nukleotida. Meskipun jumlah residu asam
janjikan efektivitas yang sangat tinggi, pengoba tan ini juga amino yang menentukan struktur primer protein sangat
mengonfrontasi kemanusiaan dengan tantangan yang sangat terkait dengan jumlah pasangan basa dalam genom,
besar dalam bidang etika, hukum, dan kebijakan umum. gambaran struktur x-ray protein mensyaratkan lokasi
Siapa yang memiliki dan mengendalikan akses terhadap setiap atom spesifik dalam ruang tiga dimensi. Kedua,
informasi ini? Dapatkan perusahaan asuransi jiwa atau perancang harus mengantisipasi dengan tepat bagaimana
kesehatan, misalnya, menolak perlindungan pada seseorang pengguna akan mencari atau menganalisa informasi dalam
berdasarkan faktor risiko yang tampak dari sekuens database, dan membuat algoritme untuk mengolah variabel-
genomnya? Apakah calon pemberi kerja memiliki hak untuk variabel ini. Bahkan tugas pencarian dalam database gen,
mengetahui faktor risiko genetik para kandidatnya? Apakah yang tampak sederhana, biasanya menggunakan (tersendiri
calon pasangan suami istri mempunyai hak untuk atau dalam berbagai kombinasi) berbagai kriteria, seperti
mengetahui faktor resiko genetik dari pasangannya? Di mana nama gen, nama protein yang disandinya, fungsi biologis
garis batas antara aplikasi medis dan pilihan terapi gen? produk gen, sekuens nukleotida dalam gen, sekuens asam
Ironisnya, resolusi untuk isu-isu ini mungkin membutuhkan amino protein yang disandinya, organisme yang memiliki
proses yang lebih panjang dan bertele-tele dibandingkan protein tersebut, atau nama peneliti yang menentukan
dengan penentuan sekuens genom manusia pertama. sekuens gen tersebut.
Misalnya, prediksi apa yang harus dilakukan jika pasien
memanifestasikan mutasi pada gen mana mutasi nukleotida
lainnya telah terbukti memiliki efek buruk? Bagaimana jika EPIDEMIOLOGI
satu-satunya data yang tersedia mengenai mutasi gen
tertentu pengamatan dihasilkan dalam organisme model
MENENTUKAN POTENSI MEDIS
seperti Drosophila melanogaster berdasarkan (lalat buah), PEMROSESAN INFORMASI
Caenorhabditis elegans (nematoda), atau tikus? Secara ironis, Kekuatan riset biomedis dasar terletak pada kemampu-an
resolusi masalah ini dapat membuktikan proses yang lebih ilmuwan laboratorium memanipulasi sasaran riset yang
panjang dan melelahkan daripada penentuan manusia homogen dan terdefinisi dengan baik pada kondisi yang
urutan genom pertama. terkontrol dengan seksama. Kemampuan untuk
memvariasikan karakteristik kualitatif dan kuantitatif secara
BIOINFORMATIKA independen (baik variabel sasaran maupun variabel input)
Bioinformatika memanfaatkan kemampuan penyimpan- membuat hubungan sebab-akibat dapat ditentukan secara
an dan pemrosesan informasi yang sangat luar biasa pada langsung dan dapat diandalkan

(reliable). Namun, manfaat ini diperoleh dengan Epidemiologi Awal Kolera

menggunakan mahluk "model," seperti tikus atau kultur lini
sel manusia, sebagai pengganti pasien manusia yang Salah satu penelitian epidemiologis tercatat pertama,
dilakukan oleh Dr. John Snow, menggunakan analisis
merupakan sasaran sebenarnya (dan penerima manfaat)
geospasial sederhana untuk melacak sumber wabah kolera.
riset ini. Hewan laboratorium tidak selalu bereaksi seperti
Epidemik kolera, tifus, dan penyakit infeksi lain relatif umum
Homo sapiens, begitu juga kultur seI fibroblas, ginjal, atau
terjadi pada kondisi London abad ke-19 yang padat dan tidak
sel lain tidak dapat mereplikasi kekompleksan manusia yang
saniter. Dengan memetakan lokasi tempat tinggal korban,
luar biasa.
Snow berhasil melacak sumber penularan pada kontaminasi
Pengamatan seksama pada perilaku di dunia yang
salah satu pompa umum yang memasok air minum untuk
sebenarnya telah terbukti sejak lama merupakan sumber warga (Gambar 10–1). Sayangnya, kapasitas kalkulasi dan
wawasan biomedis yang penting. Sebagai contoh, pembuatan grafik dengan tangan yang terbatas membuat
Hippocrates mencatat bahwa sementara penyakit keberhasilan analisis, seperti analisis Snow sangat tergantung
epidemik tertentu menyebar secara sporadik, penyakit pada hipotesis kerja yang digunakan dalam memilih variabel
endemik, seperti malaria menunjukkan hubungan jelas yang akan diukur dan diolah. Akibatnya, meskipun orang
dengan lokasi, kelompok umur tertentu, dll. London abad ke-19 menyadari bahwa pembuat topi pria
Epidemiologi mengacu pada cabang ilmu biomedis yang cenderung sering menunjukkan perilaku aneh dan irasional
menggunakan ancangan bioinformatika untuk memperluas (mis. peribahasa "segila pembuat topi/as Mad as a Hatter"),
kemampuan kita dan meningkatkan keakuratan kita hampir seabad berlalu sebelum penyebabnya terlacak pada
mengidentifikasi faktor-faktor yang ikut berperan atau senyawa merkuri yang digunakan untuk membuat felt yang
menurunkan kesehatan manusia melalui penelitian populasi merupakan bahan dasar pembuatan topi.
dunia yang sebenarnya.
Yards
50 0 50 100 150 200
Pompa X Kematian akibat kolera

X
X
E E T
S T R
D
O R
O X F D
E
A
X
N
W
.
ST
H
A
O UG
S
OR
R
B
R E
RL
D
A
T
. M
O
GT
R
O
G
X
E
E
S
T
T
N
E
T
E
R
R
T
T
E
S
E
A
D X
T
O
R
B
R
IN
G
S
TR
T
E
E
E
S
T
E
R
X
T
S
X
IT
E
U
GOLDE N
E
D
T
SQUAR E E
T
N
X R
E
O
T
C
S
A
X
V
R
I L
E
W
L
E
E
R
B
R
N
O
E
W
W
B
R
O
X E
N
G T X
EN AN
D
TS Q UADR
S
LY
T
I L
R
D
A
E
C
I C
E
P
T
GAMBAR 10–1 Peta ini, yang digambar oleh Dr. John Snow, membandingkan lokasi tempat tinggal
korban epidemi kolera London tahun 1854 (Titik) dengan lokasi pompa yang memasok air minum pada
korban (Tanda X). Air yang tercemar dari pompa di Broad Street, yang kurang lebih terletak di tengah-
tengah kumpulan korban,terbukti merupakan sumber epidemi di lingkungan ini.

Dampak Bioinformatika pada Analisis komunitas ilmiah dengan, berkualitas tinggi yang
komprehensif dan sumber diakses secara bebas dari urutan
Epidemiologis protein dan informasi struktural". Hal ini dibagi dalam dua
Seiring dengan menjadi otomatisnya pemrosesan analisis bagian. Swiss-Prot berisi entri yang fungsi yang ditugaskan,
data, kecanggihan dart angka keberhasilan analisis struktur domain, modifikasi pasca-translasi, dll telah
epidemiologis juga meningkat. Framingham Heart Study, diverifikasi oleh kurasi manual, terutama melalui
yang telah melacak sejarah pribadi dan medis lebih dari 5000 penelusuran data empiris dari literatur ilmiah dan ahli
orang yang tinggal di dalam dan sekitar Framingham, MA, ujian-inisiasi beberapa urutan perbandingan. TrEMBL, di
dan keturunannya selama lebih dari enam dekade, telah sisi lain, mengandung urutan protein secara empiris
instrumentalkan dalam identifikasi faktor risiko penyakit ditentukan dan genom yang diturunkan yang fungsinya
kardiovaskular. Saat ini, algoritme komputer kompleks potensial telah ditetapkan, atau dijelaskan, secara otomatis
memampukan peneliti mengkaji pengaruh berbagai —semata-mata atas dasar algoritma komputer. Jadi,
parameter terkait kesehatan saat melacak identitas dan sementara TrEMBL saat ini termasuk lebih dari 80 juta
sumber atau saat merekonstruksi transmisi suatu penyakit entri, Swiss-Prot mengandung sedikit lebih dari 500.000.
atau kondisi: tinggi; berat; umur; jenis kelamin; indeks massa
tubuh; pola makanan; etnisitas; riwayat medis; profesi; GenBank
penggunaan obat, alkohol, atau rokok; olahraga; tekanan
Tujuan GenBank database sekuens genetik National
darah; kebiasaan; status pernikahan; golongan darah; kadar
Institutes of Health (NIH), adalah mengumpulkan dan
kolesterol serum; dll. Bioinformatika modern yang sama
menyimpan semua sekuens nukleotida biologis yang
penting mungkin akan segera memampukan ahli
diketahui dan hasil translasinya dalam bentuk yang dapat
epidemiologi menentukan identitas dan interaksi berbagai
dilakukan pencarian (searchable form). GenBank, yang
faktor yang mendasari penyakit kompleks, seperti penyakit
dibentuk pada tahun 1979 oleh Walter Goad dari Los Alamos
kanker, sindrom kematian bayi mendadak, penyakit
National Laboratory, saat ini dikelola oleh National Center for
Alzheimer atau ebola.
Biotechnology Information di NIH. GenBank merupakan
Akumulasi sekuens genom banyak orang akan segera salah satu batu penjuru di International Sequence Database
membawa suatu dimensi baru yang luar biasa pada Collaboration, konsorsium yang mengikut-sertakan DNA
kumpulan faktor biologis, lingkungan, dart perilaku untuk Database of Japan dan European Molecular Biology
dibandingkan dengan riwayat medis masing-masing orang. Laboratory.
Salah satu hasil pertama dari penelitian-penelitian ini
adalah identifikasi gen yang bertanggung jawab atas PDB
beberapa dari >3000 gangguan Mendel yang diketahui atau
RSCB Protein Data Base (PDB) repositori (gudang data)
dicurigai, yang abnormalitas genetik kausanya masih harus
untuk struktur tiga dimensi protein, polinukleotida, dan
dicari. Kemampuan mengevaluasi kontribusi susunan
makromolekul biologis lain. PDB berisi lebih dari 95,000
genetik masing-masing orang, perilaku, lingkungan,
struktur protein tiga dimensi, dan juga protein yang terikat
makanan, dan gaya hidup serta interaksi di antara faktor-
dengan substrat, analog substrat, inhibitor, atau protein lain.
faktor ini memberi harapan bahwa pada akhirnya orang
Pengguna dapat merotasi struktur ini dengan bebas dalam
dapat menyingkapkan jawaban atas pertanyaan sepanjang
ruang tiga dimensi, menyorot asam amino tertentu, dan
masa mengapa beberapa orang menunjukkan vitalitas,
mernilih dari berbagai format, seperti pengisian ruang (space
stamina, umur, dan resistensi yang lebih besar dibandingkan
filling), pita, tulang punggung, dll. (lihat Bab 5, 6, dan
orang-orang lain—dengan kata lain, akar dari sumber
dibawah).
kesehatan dan kesejahteraan.
SUMBER BIOINFORMATIKA DAN SNP dan SNP Ber-tag

Meskipun sekuens genomik dari dua orang 99,9%
GENOMIK identik, namun DNA manusia mengandung sekitar 10 juta
Banyaknya kumpulan database yang telah dikembangkan temp at yang masing-masing berbeda hanya di satu basa
untuk penyusunan, anotasi, analisis, dan distribusi data nukleotida. Tempat-tempat ini disebut single nucleotide
biologis dan biomedis mencerminkan lebarnya dan polymorphisms atau SNP. Jika rangkaian SNP yang terletak di
beragamnya riset molekuler, biokimia, epidemiologi, dan kromosom yang sama diwariskan bersama-sama dalam blok,
klinis saat ini. Di bawah ini diberikan contoh-contoh pola SNP di masing-masing blok disebut haplotipe. Dengan
sumber bioinformatika yang utama: UniProt, GenBank, membandingkan distribusi haplotipe dalam kelompok
dan Protein Database (PDB) database yang saling individu yang memiliki beberapa perbedaan karakteristik
melengkapi secara mutual yang membahas aspek struktur fisiologis, seperti kerentanan terhadap suatu penyakit, para
makromolekul. ilmuwan biomedis dapat mengidentifikasi SNP yang
berkaitan dengan sifat fenotipe tertentu. Proses ini dapat
Uniprot dipermudah dengan berfokus pada Tag SNP, suatu subset
UniProt Knowledgebase, UniProtKB, secara bersama-sama SNP di suatu blok yang dapat memberi tanda khusus untuk
disponsori oleh Swiss Institute of Bioinformatics dan the haplotipe tertentu. Studi terperinci tentang masing-masing
European Bioinformatics Institute. UniProtKB menyatakan regio seyogianya mengungkapkan varian-varian gen yang
tujuannya adalah "untuk memberikan berperan dalam penyakit atau respons tertentu.

HapMap dbGAP
Pada tahun 2002, para ilmuwan dari Amerika Serikat, dbGAP, Database of Genotype and Phenotype (gudang
Kanada, Cina, Jepang, Nigeria, dan Inggris meluncurkan data genotipe dan fenotipe), adalah database NCBI yang
Proyek Haplotype Map (HapMap) atau peta haplotipe melengkapi Entrez Gene. dbGAP menghimpun hasil-hasil
intemasional, suatu usaha menyeluruh untuk penelitian ke dalam tautan antara genotipe dan fenotipe
mengidentifikasi SNP yang berkaitan dengan penyakit tertentu. Untuk melindungi kerahasiaan data klinis yang
manusia dan perbedaan respons terhadap obat. Database sensitif, informasi yang terdapat dalam dbGAP disusun
HapMap yang dihasilkan seyogianya membawa pada dalam bagian-bagian dengan akses terbuka dan terkontrol.
diagnosis yang lebih cepat dan lebih akurat, meningkatkan Akses terhadap data yang sensitif mensyaratkan pengguna
pencegahan, dan manajemen pasien. Pengetahuan tentang untuk mengajukan permohonan otorisasi pada komite akses
profit genetik individu juga akan digunakan untuk menjadi data.
petunjuk dalam pemilihan obat atau vaksin yang lebih aman
dan lebih efektif, proses yang disebut farmakogenomik. Database Tambahan
Marker genetik juga akan berfungsi sebagai label yang dapat Database lain yang berkaitan dengan genetik dan kesehatan
digunakan untuk mengidentifikasi dan menentukan gen manusia, antara lain OMIM, Online Mendelian
spesifik saat para ilmuwan ingin mempelajari lebih dalam Inheritance in Man, HGMD, Human Gene Mutation
mengenai proses pewarisan dan pemilihan genetik yang Database, Cancer Genome Atlas, dan GeneCards, yang
sangat penting. berusaha menghimpun semua informasi gen yang relevan
dari berbagai database di seluruh dunia untuk membentuk
ENCODE satu "kartu" yang komprehensif untuk masing-masing gen.
Identifikasi semua elemen fungsional genom akan sangat
meningkatkan pemahaman kita tentang proses-proses
molekuler yang mendasari perkembangan, kesehatan, dan
BIOLOGI KOMPUTASIONAL
penyakit manusia. Untuk mencapai tujuan ini, National Tujuan utama biologi komputasional adalah mengem-
Human Genome Research Institute (NHGRI) memulai bangkan model komputer yang menerapkan prinsip-
Proyek ENCODE (Encyclopedia Of DNA Elements). prinsip fisika, kimia, dan biologi untuk mereproduksi
ENCODE, yang berbasis di University of California di Santa perilaku molekul dan proses biologi. Tidak seperti
Cruz, merupakan upaya kolaboratif yang memadukan bioinformatika, yang terutama berfokus pada
pendekatan laboratorium dan komputasional untuk pengumpulan dan evaluasi data yang ada, biologi
mengidentifikasi setiap elemen fungsional dalam genom komputasional bersifat eksperimental dan eksploratori.
manusia. Para peneliti konsorsium dengan berbagai latar Dengan melakukan percobaan dan analisis virtual "in silica,"
belakang dan keahlian akan bekerja sama dalam yang berarti dilakukan di komputer melalui simulasi
mengembangkan dan mengevalusi berbagai teknik, komputer, biologi komputasional menawarkan janji
teknologi, dan strategi high-throughput baru yang akan percepatan yang sangat besar pada tahapan dan efisiensi
mengatasi kekurangan kita saat ini dalam mengidentifikasi penemuan ilmiah.
elemen-elemen fungsional. Biologi komputasional mencoba mengembangkan
Pada 2013, ENKODE telah menganalisis 147 jenis sel model prediktif yang akan (1) membuat struktur protein tiga
manusia yang berbeda menggunakan berbagai metode untuk dimensi dapat ditentukan secara langsung dari struktur
mengidentifikasi, atau menganotasi, fungsi. Ini termasuk situs primernya, (2) menentukan fungsi protein yang tidak
pemetaan metilasi DNA sebagai indikator diduga kontrol diketahui dari sekuens dan strukturnya, (3) menapis inhibitor
regulasi, menilai metilasi histone lokal dan kepekaan terhadap protein potensial secara in silica, dan (4) mengonstruksi sel
hidrolisis oleh deoksiribonuklease sebagai indikator aktivitas virtual yang mereproduksi perilaku dan memprediksi respons-
transkripsi (lihat Bab 35), dan mencari-situs mengikat faktor respons padanan hidupnya terhadap patogen, toksin,
transkripsi menggunakan sistem lusiferase reporter. Atas dasar makanan, dan obat. Pembuatan algoritme komputer yang
ini indikator langsung, telah diperkirakan bahwa sekitar 80% meniru perilaku protein, enzim, sel, dll, secara akurat
dari genom manusia, termasuk sebagian besar bukan menjanjikan peningkatan kecepatan, efisiensi, dan
pengkode "rongsokan" DNA, secara fungsional aktif dalam keamanan riset biomedis. Biologi komputasional juga
satu atau lebih jenis sel. membuat para ilmuwan dapat melakukan secara in silica
percobaan yang cakupan, bahaya, atau sifatnya membuat
Entrez Gene percobaan tersebut tidak dapat diakses atau tidak sesuai untuk
Entrez Gene, database yang dikelola oleh National Center pendekatan laboratorium atau klinis konvensional.
for Biotechnology Information (NCBI), menyediakan
beragam informasi mengenai gen-gen manusia. Inforrnasi IDENTIFIKASI PROTEIN
ini mencakup sekuens genom di dalam atau sekitar gen,
batas ekson-intron, sekuens mRNA (-mRNA) yang dihasilkan BERDASARKAN HOMOLOGI
dari gen, dan semua fenotipe yang berkaitan dengan mutasi Salah satu metode penting untuk identifikasi, disebut juga
tertentu pada gen tertentu. Entrez Gene juga mencantumkan, anotasi, protein dan produk gen baru adalah
jika diketahui, fungsi protein yang disandi dan dampak SNP membandingkan sekuens protein baru dengan protein yang
yang diketahui dalam regio penyandi. fungsi dan strukturnya sudah diketahui. Secara sederhana,

Bahasa Kata Penyusun suatu database sekuens nukleotida. Tidak seperti program-
English PHYSIOLOGICAL
program penyambungan sekuens yang mengandalkan susunan
French PHYSIOLOGIQUE global, algoritme BLAST menekankan regio-regio susunan
German PHYSIOLOGISCH lokal untuk mendeteksi hubungan di antara berbagai sekuens
Dutch FYSIOLOGISCH dengan hanya sebagian regio yang serupa. Pendekatan ini
Spanish FYSIOLOGICO menawarkan kecepatan dan peningkatan sensitifitas untuk
Polish FIZJOLOGICZNY
hubungan sekuens yang jauh. Sekuens input atau "yang ingin
GAMBAR 10–2 Contoh penyusunan sekuens multipel. Bahasa diketahui (query)" dipecah-pecah menjadi "kata" (ukuran
berkembang melalui cara yang mirip dengan yang terjadi pada gen dan default untuk nukleotida 11, untuk asam amino 3).
protein. Di sini diperlihatkan kata Inggris "physiological" dalam Pengaksesan kata dari database kemudian diperluas dalam
beberapa bahasa. Penyusunan ini memperlihatkan fitur-fitur yang
terkonservasi. Keidentikan dengan kata dalam bahasa Inggris dua arah.
diperlihatkan dalarn warna merah tua; kemiripan bahasa diperlihatkan
dalarn warna biru tua. Algoritme penyusunan sekuens multipel ini
mengidentifikasi huruf asam amino dan nukleotida yang terkonservasi
IDENTIFIKASI PROTEIN "TAK
dalam DNA, RNA, dan polipeptida secara analog.
DIKENAL"
Sebagian besar, 30% sampai 50%, gen dalam jumlah cukup
pencarian homologi dan pembandingan sekuens multipel besar, yang ditemukan dalam proyek penentuan sekuens
bekerja berdasarkan prinsip bahwa protein yang melakukan genom, menyandi polipeptida "tak dikenal" atau
fungsi rnirip akan berbagi domain yang lestari (conserved) hipotetikal, polipeptida ini tidak memiliki homolog atau
atau fitur sekuens lain atau motif, dan begitu juga sebaliknya fungsi yang diketahui. Ahli bio-informatika
(Gambar 10–2). Dari banyak algoritme yang dikembangkan mengembangkan perangkat yang me-mampukan ilmuwan
untuk tujuan ini, algoritme yang paling banyak digunakan menurunkan struktur tiga dimensi dan fungsi protein
adalah BLAST. kriptik langsung dari sekuens asam aminonya.
Kemampuan untuk men-ciptakan struktur dan
BLAST menyimpulkan fungsi secara in silica memberi harapan
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) dan untuk mempercepat identifikasi protein secara signifikan
algoritme penyusunan/perbandingan sekuens lainnya dan memberikan wawasan mengenai mekanisme pelipatan
berawal dari upaya para ahli biologi molekuler terdahulu protein. Pengetahuan ini akan membantu dalam
untuk menentukan apakah kemiripan sekuens yang memahami mekanisme yang mendasari berbagai penyakit
dijumpai di antara berbagai protein yang melakukan pelipatan protein, dan akan membantu insinyur molekuler
fungsi metabolik yang paralel menunjukkan adanya mendesain protein barn untuk melakukan fungsi baru.
perubahan progresif dari protein nenek-moyang yang
sama. Pertanyaan evolusioner utama yang diajukan adalah
apakah kemiripan tersebut mencerminkan (1) pewarisan Sandi Pelipatan (Folding Code)
dari protein nenek-moyang yang sama (evolusi divergen), Pembandingan protein-protein yang struktur tiga-
atau (2) seleksi independen suatu mekanisme umum untuk dimensinya telah ditentukan dengan kristalografi x-ray atau
memenuhi sebagian kebutuhan sel spesifik (evolusi spektroskopi NMR dapat mengungkapkan pola yang
konvergen), seperti yang akan diantisipasi jika salah satu menghubungkan fitur sekuens promer tertentu dengan
solusi tertentu temyata jauh lebih baik daripada alternatif struktur primer, sekunder, dan tertier—terkadang disebut
yang lain. Perhitungan jumlah minimum perubahan sandi pelipatan. Algoritme pertama yang menggunakan
nukleotida yang diperlukan untuk saling mengubah antara frekuensi asam amino terdapat dalam puntiran α, lempeng
isoform-isoform protein putatif membuat kesimpulan dapat β, lekukan, dan lup untuk memprediksi jumlah dan lokasi
ditarik berkaitan dengan apakah kemiripan dan perbedaan elemen-elemen ini dalam sekuens polipeptida dikenal
memperlihatkan suatu pola yang menunjukkan perubahan dengan topografi struktur sekunder. Algoritme dengan
progresif dari titik awal yang sama. keterandalan prediktif yang luar biasa sedang
dikembangkan dengan meneruskan proses ini, misalnya,
BLAST telah berkembang menjadi sekelompok program
dengan menimbang dampak interaksi hidrofobik dalam
yang dioptimalkan untuk menjawab rangkaian data dan
pembentukan inti protein. Namun, sementara program
kebutuhan tertentu. Dengan demikian, blastp
yang ada saat ini beroperasi dengan balk dalam menciptakan
membandingkan sekuens asam amino yang ingin diketahui
konformasi protein yang terdiri dari satu domain, proyeksi
(query) dengan suatu database sekuens protein, blastn
struktur membran protein yang mungkin dan protein yang
membandingkan sekuens nukleotida yang ingin diketahui
terdiri dari multipel domain masih tetap sulit.
dengan database sekuens nukleotida, blastx membandingkan
sekuens nukleotida yang ingin diketahui dan ditranslasikan di Menghubungkan Struktur Tiga-Dimensi
semua reading frame dengan database sekuens protein untuk dengan Fungsi
mengetahui produk translasi yang mungkin, tblastn
membandingkan sekuens protein yang ingin diketahui dengan Para ilmuwan juga berusaha mengungkapkan pola struktur
database sekuens nukleotida yang secara dinamis ditranslasikan tiga-dimensi yang berkaitan dengan fungsi fisiologis tertentu
di keenam reading frame, dan tblastx membandingkan seperti pengikatan substrat tertentu atau ligan lainnya
translasi enam-frame suatu database sekuens nukleotida yang berulang. Diagram pengisian-ruang enzim HMG-KoA
ingin diketahui dengan translasi enam-frame reduktase dan kompleksnya dengan obat lovastatin

GAMBAR 10–3 Gambar di atas adalah contoh diagram pengisian ruang HMG-KoA reduktase homodimerik dari
Pseudomonas mevalonii yang berikatan (kanan) dan tanpa berikatan (kiri) dengan obat statin lovastatin. Setiap atom
diwakili oleh bola berukuran radius gaya van der Waals-nya. Kedua rantai polipeptida berwarna abu-abu dan biru. Atom
karbon lovastatin berwarna hitam dan atom oksigen merah. Bandingkan model ini dengan contoh diagram tulang punggung
yang diberikan di Bab 5 dan 6. (Diadaptasi dari Protein Data Bank ID no. 1t02.)
(Gambar 10–3) memberi sebagian perspektif tantangan

dalam mengidentifikasi tempat pengikatan ligan dari
permulaan. Saat struktur tiga-dimensi lengkap berhasil
ditentukan atau diprediksi, permukaan protein dapat A
dipindai untuk tipe kantong dart celah yang menunjukkan
tempat pengikatan yang mungkin untuk substrat, efektor
alosterik, dll., dengan salah satu dari berbagai metode
yang ada, seperti menelusuri permukaannya dengan bola-
bola yang memiliki dimensi tertentu (Gambar 10–4).
Peta permukaan yang dibuat dengan program Graphical
Representation and Analysis of Surface Properties, biasa
disebut diagram GRASP, menyoroti lokasi gugus fungsi B
yang netral, bermuatan negatif, dan bermuatan positif pada
permukaan protein (Gambar 10–5) untuk memperoleh
gambar biomolekul yang lebih terperinci yang berikatan
dengan atau "tertambat" pada tempat itu. Prediksi struktur
ligan yang berikatan dengan protein tak dikenal, bersama
dengan karakteristik struktural dan motif sekuens lain dapat C
menjadi petunjuk yang diperlukan ilmuwan untuk membuat GAMBAR 10–4 Contoh sederhana program prediksi tempat
"tebakan terdidik" mengenai fungsi (-fungsi) biologisnya. ligan. Program prediksi tempat ligan, seperti POCKET, LIGSITE, atau
Pocket-Finder mengubah struktur tiga-dimensi protein menjadi
Inisiatif Fungsi Enzim serangkaian koordinat untuk komponen atom-atomnya. Irisan dua-
dimensi ruang yang terisi dengan koordinat-koordinat ini
Pada 2014, database UniProt urutan protein dilaporkan ditunjukkan sebagai gambaran bentuk iregular (kuning). Probe
mengandung 84 juta entri. Meskipun mengesankan dalam bundar kemudian dilewatkan secara berulang pada koordinat-
koordinat ini di sepanjang rangkaian garis yang paralel dengan
jumlah, utilitas perpustakaan ini informasi urutan secara masing-masing dari ketiga sumbu koordinat (A, B, C). Lingkaran
serius dibatasi oleh kurangnya bukti eksperimental langsung berarsir terang menunjukkan posisi probe tempat radiusnya
mendokumentasikan kemampuan fungsional dari semua tumpang tindih dengan satu atau lebih atom dalam rangkaian
tapi sebagian kecil dari protein ini. Dengan demikian, dalam koordinat Kartesian. Lingkaran berarsir lebih gelap menunjukkan
posisi-posisi tempat tidak ada koordinat atom protein yang jatuh
sebagian besar kasus fungsi diproyeksikan protein ini telah pada radius probe. Agar memenuhi syarat sebagai kantong atau
disimpulkan dengan mencari homolognya struktural. celah dalam protein, dan bukan sekedar ruang terbuka di bagian
Sementara ekstrapolasi fungsi dari bentuk secara teoritis luar protein, probe harus menjumpai atom-atom protein terletak
suara, dalam banyak kasus urutan homolog terdekat juga di sisi lain bukaan (C).
protein

GAMBAR 10–5 Contoh diagram GRASP yang menunjukkan

topografi elektrostatik protein. Gambar di atas adalah contoh
diagram pengisian-ruang protein hipotetikal. Area yang berarsir
merah menunjukkan adanya rantai samping asam amino atau gugus
lain pada permukaan protein yang diprediksi memiliki muatan negatif
pada pH netral. Biru menunjukkan adanya gugus yang diprediksi GAMBAR 10–6 Penggambaran digital sederhana dari topografi
bermuatan positif. Putih menujukkan area yang diprediksi netral permukaan molekul baik menggunakan panel segitiga atau
secara elektrostatik. perakitan bulatan.
yang fungsinya telah disimpulkan dari homolog sebelumnya. pada tempat pengikatan yang dituju "lubang" pada templat
Oleh karena itu, hubungan antara protein novel dan satu protein. Untuk mengidentifikasi ligan optimal, program
yang fungsional properti telah eksperimen diverifikasi dapat penambatan harus memperhitungkan bentuk yang sesuai dan
cukup jauh dan rawan kesalahan. Selain itu, banyak dari juga keberadaan dan posisi sifat-sifat hidrofobik, hidrofilik,
protein yang urutan telah disimpulkan dari sekuensing dan muatan yang komplementer. Langkah pertama dalam
genom tidak memiliki bahkan homolog jauh dari fungsi yang proses ini adalah untuk membangun sebuah representasi
diketahui. Didirikan pada tahun 2010, tujuan dari enzim digital dari protein yang dapat dimanipulasi komputasi tanpa
Fungsi inisiatif, sebuah konsorsium ≈80 ilmuwan terletak di melebihi kapasitas memori dan pengolahan informasi
sembilan Lembaga Akademik Amerika Utara, adalah untuk komputer host. Metode untuk mencapai protein termasuk
mengembangkan generasi baru alat bioinformatika dan mewakili ini sebagai kumpulan bulatan atau dengan membagi
komputasi lebih kuat dan dapat diandalkan untuk permukaan ke dalam segmen geometris (Gambar 10-6).
memprediksi fungsi dari urutan dan struktur protein. Setiap permukaan kemudian ditugaskan parameter matematis
yang meringkas karakteristik sterik dan fisikokimia dari
RANCANGAN OBAT BERBANTUAN bagian yang sesuai dari protein. Program komputer kemudian
mencoba untuk menentukan representasi digital serupa ligan
KOMPUTER (COMPUTER AIDED potensial, secara matematik menghitung tingkat cocok dengan
DRUG DESIGN) memasukkan parameter ke dalam rumus yang disebut fungsi
energi potensial yang mengintegrasikan interaksi menarik
Tujuan dari Rancangan Obat Berbantuan Komputer
dan menolak di antaranya.
(Computer-Aided Drug Design, CADD) adalah untuk
mengembangkan metode silico untuk mengidentifikasi target Strategi alternatif untuk skrining perpustakaan digital
obat potensial untuk secara dramatis mengurangi upaya senyawa yang dikenal adalah dengan menggunakan situs target
diinvestasikan dalam pendekatan skrining laboratorium pada protein sebagai template untuk membangun ligan
mahal dan waktu intensif. Sementara ini tidak dapat pelengkap de novo. Dalam proses ini rongga digital pertama
menghilangkan kebutuhan untuk pengujian empiris dan diisi dengan bulatan untuk menentukan ruang sterik tersedia
analisis, dapat mempersempit fokus beberapa ratus atau untuk ligan. Selanjutnya, kelompok fungsional kimia
seribu kali lipat untuk segelintir "senyawa timbal" yang diproyeksikan menguntungkan berinteraksi dengan
menjanjikan. dikenakan biaya, ikatan hidrogen yang berdekatan, dan
kelompok-kelompok fungsional lainnya pada permukaan
Skrining Perpustakaan Virtual protein ini diposisikan pada titik-titik kunci dalam model
Untuk protein yang diketahui struktur tiga-dimensinya, sterik. Terakhir, pencarian komputer cara kimiawi yang
pendekatan penambatan-molekuler menggunakan program masuk akal untuk menghubungkan kelompok-kelompok
yang berusaha mencocokkan serangkaian ligan potensial kunci ini untuk menghasilkan kandidat ligan (Gambar 10–7).

A B
O– CHn
CH2
CHn NH +
O C CH2 2
+
H
OH
C D
GAMBAR 10–7 Reverse-engineering a ligan in silico. Panel A menunjukkan representasi digital dari
situs ligan mengikat prospektif. Dalam panel B, situs mengikat diisi oleh unit bola mendefinisikan batas-
batas sterik untuk ligan prospektif. Dalam Panel C, fitur fisikokimia dasar dari situs pengikatan ditunjukkan
menggunakan putih untuk hidrofobik, merah untuk bermuatan negatif, biru untuk bermuatan positif, dan
hijau untuk permukaan hidrofilik bermuatan. Panel D menunjukkan posisi gugus fungsional yang diusulkan
cocok untuk ligan, seperti karboksilat, gugus amino, dan gugus hidrokarbon [CHn]. Proses selesai dengan
memasukkan atom tambahan dan obligasi untuk menghubungkan kelompok kunci bersama untuk
membentuk satu molekul.
Afinitas pengikatan inhibitor yang dipilih berdasarkan dengan sasaran proteinnya pada spektrum kondisi
penelitian penambatan terdahulu mengecewakan. Salah satu konformasional tahap akhir. Pengembangan komputasi awan
faktor penyebabnya adalah kesulitan dalam menetapkan dan menawarkan salah satu potensi jalan untuk memperluas
menimbang sterik, elektrostatik, dan interaksi ikatan hidrogen kapasitas komputasi yang tersedia untuk melakukan CADD.
yang digunakan dalam representasi digital dari ligan dan
protein. Kedua muncul dari sifat model kaku protein dan ligan H
yang digunakan tidak dapat mereplikasi perubahan OH

CH
2
konformasi yang terjadi pada ligan dan protein akibat
OH
O
H
pengikatan, fenomena yang disebut sebagai "induced fit" (lihat H
HO
Babb 7). Namun, menambahkan fleksibilitas konformasional
OH
HO
pada protein dan ligan membutuhkan kemampuan komputasi
H
H
yang sangat besar. Pendekatan campuran yang kemudian H
berkembang menggunakan serangkaian, atau susunan, HO
H
templat yang mewakili konformasi protein yang sedikit OH OH

CH
2
berbeda (Gambar 10–8) dan menyerupai konformer ligan O
(Gambar 10–9) atau menyerupai ligan, hanya beberapa ikatan
H
terpilih yang diperbolehkan berotasi secara bebas. Ketika OH

H
H OH
rangkaian ligan yang mungkin telah dipersempit, analisis
penambatan yang lebih canggih dapat dilakukan untuk
H
mengidentifikasi ligan afinitas tinggi yang dapat berinteraksi OH

CH
2
OH
HO O
H
H
OH H
H HO
GAMBAR 10–9 Konformer ligan sederhana. Gambar di atas

adalah tiga dari banyak konformasi pada gula, yang biasa disebut
sebagai kursi (Atas), perahu terpuntir (Tengah), dan separuh-kursi
GAMBAR 10–8 Gambaran dua dimensi serangkaian (bawah). Perhatikan bahwa perbedaan bukan hanya pada bentuk
konformasi suatu protein. Perhatikan bagaimana bentuk lokasi dan kekompakan, tetapi juga pada posisi gugus hidroksil, partisipan
ikatan berubah. potensial dalam ikatan hidrogen, seperti ditunjukkan dengan warna
merah.

Hubungan Struktur-Aktivitas identifikasi dan anotasi bagian protein yang tersisa, seperti
ketika seseorang menyelesaikan puzel jigsaw, ia memeriksa
Jika tidak ada templat struktur untuk protein yang diteliti, semua potongan yang tersisa untuk dicocokkan dengan
komputer dapat digunakan untuk membantu pencarian bagian yang kosong pada puzel. Pendekatan rekayasa terbalik
inhibitor afinitas tinggi dengan menghitung dan berhasil digunakan untuk menentukan fungsi gliserat 2-
memproyeksikan Structure-Activity Relationship (Hu- kinase tipe II pada bakteri dan mengidentifikasi sintesis folat
bungan Struktur-Aktivitas, SAR). Dalam proses ini, data "kriptik" dan perpindahan gen pada tanaman.
empiris yang menggambarkan sifat kunci dari senyawa
percobaan, seperti Ki, tingkat penyerapan, tingkat Sel Virtual
metabolisme, atau ambang tuksik ditentukan sebagai fungsi
Baru-baru ini, ilmuwan berhasil menciptakan jejaring
representasi digital dari sterik, elektrostatik, dan fitur lain dari
metabolik berkelanjutan, yang terdiri dari hampir 200
penguji molekul. Regresi atau jaringan saraf analisis matriks
protein—langkah penting menuju pembuatan sel virtual.
multidimensi yang dihasilkan kemudian diterapkan untuk
"Penemuan terpenting" ahli biologi sistem adalah replikasi
mengidentifikasi fitur molekul yang berkorelasi dengan baik
perilaku sel manusia hidup secara in silico. Manfaat potensial
dengan sifat biologis yang diinginkan. Informasi ini dapat
seI virtual semacam ini sangat besar. Sel ini bukan hanya
digunakan untuk pencarian senyawa kimia dalam database
membuat tempat optimum intervensi terapeutik dapat
untuk mengidentifikasi senyawa yang memiliki kombinasi
diidentifikasi dengan cara yang cepat dan tidak bias, tetapi efek
fitur positif versus negatif paling menjanjikan.
samping yang tidak diinginkan juga dapat disingkapkan
sebelum keputusan diambil untuk menginvestasikan.
BIOLOGI SISTEM DAN SEL VIRTUAL Kemampuan melakukan penapisan toksikologi yang cepat dan
ekonomis pada bahan-bahan mulai dari herbisida hingga
Tujuan Biologi Sistem (Systems Biology) kosmetik akan menguntungkan kesehatan manusia. Sel virtual
Adalah Membangun Diagram Sirkuit juga dapat membantu diagnosis. Dengan memanipulasi sel
virtual agar mereproduksi profil metabolik pasien,
Molekuler abnormalitas genetik yang mendasari dapat diungkapkan.
Bagaimana jika ilmuwan dapat mendeteksi, dalam se-kejap, Saling pengaruh (interplay) antara berbagai faktor lingkungan,
efek penghambatan enzim tertentu, penggantian gen tertentu, makanan, dan genetik yang ikut ber-peran pada penyakit
respons sel otot pada insulin, proliferasi sel kanker, atau multifaktonal, seperti kanker, dapat dianalisis secara sistematis
produksi beta amiloid dengan memasukkan permintaan Percobaan pendahuluan terapi gen potensial dapat dikaji dengan
(query) yang sesuai pada komputer? Bagaimana jika bisa aman dan sangat cepat secara in silica.
melakukan eksperimen pada patogen utama, seperti Ebola, Duplikasi sel hidup secara in silico merupakan tugas yang
menggunakan virus virtual benar-benar aman? Tujuan biologi sangat besar. Sel virtual bukan hanya harus mengandung
sistem adalah membangun diagram sirkuit yang setara dengan semua protein dart metabolit sel yang dimodel (mis. dari
sistem molekuler yang dapat menunjukkan dengan tepat otak, hati, saraf, otot, atau adiposa), tetapi komponen-
komponen unit fungsional tertentu dan interaksi antara komponen ini juga harus terdapat dalam konsentrasi dan
komponen-komponen ini dalam terminologi logika atau lokasi subseluler yang tepat. Model juga hams
matematika. Unit-unit fungsional ini inungkin beragam memperhitungkan dinamika fungsional komponen, afinitas
ukuran dan komplek sitasnya, mulai dari enzim dan metabolit pengikatan, efisiensi katalitik, modifikasi kovalen, dll. Agar
dalam jalur biosintetik hingga jejaring protein yang sel virtual dapat membelah atau berdiferensiasi diperlukan
mengendalikan siklus pembelahan sel, dan akhirnya hingga lompatan tajam lebih jauh lagi dalam kekompleksan dan
seluruh sel, organ, serta organisme. Kemudian, model ini kecanggihan.
dapat digunakan untuk melakukan percobaan "virtual" yang
dapat meningkatkan kecepatan dan efisiensi investigasi
empiris dengan mengidentifikasi lini investigasi yang paling
menjanjikan dan membantu evaluasi hasil. Kemampuan Peta lnteraksi Molekuler Menggunakan
melakukan percobaan virtual berada di atas jangkauan Logika Simbolik
peneliti, dalam batasan akurasi model, melebihi jangkauan Model yang dibangun oleh ahli biologi sistem dapat berupa
teknologi empiris saat ini. berbagai bentuk tergantung penggunaan yang ditujukan dan
Kemajuan signifikan sudah dan sedang dibuat. Dengan data yang tersedia sebagai penuntun pembuatannya. Jika kita
membangun jejaring molekuler virtual, ilmuwan berhasil ingin memodel flux (aliran) metabolit melalui jalur anabolik
menentukan bagaimana sianobakteri menyusun jam atau katabolik, tidak cukup hanya dengan mengetahui
sirkadian dengan menggunakan hanya empat protein. Model identitas dan reaktan yang terlibat dalam setiap reaksi yang
jalur pengisyarat reseptor sel-T mengungkapkan bagaimana dikatalis oleh enzim. Untuk mendapatkan nilai-nilai yang
untaian sirkuitnya disusun untuk menghasilkan respons seperti tepat secara matematis, kita perlu mengetahui konsentrasi
tombol terhadap rangsangan oleh peptida agonis kompleks metabolit tersebut, kuantitas setiap enzim yang ada, clan
histokompa-tibilitas mayor (major histocompatibility complex, parameter katalitiknya.
MHC) pada sel penampil antigen. Ilmuwan dapat Bagi sebagian besar pengguna, sudah cukup jika suatu
menggunakan celah yang dijumpai dalam membuat model model menjelaskan dan memprediksi sifat kualitatif
sistem molekuler dan seluler sebagai penuntun dalam interaksi antar komponen. Apakah suatu ligan alosterik

mengaktivasi atau menghambat enzim? Apakah disosiasi E Epinefrin

kompleks protein menyebabkan degradasi satu atau lebih
komponennya? Untuk tujuan ini, dibutuhkan serangkaian
simbol yang melambangkan logika simbolik interaksi ini.
Penggambaran terdahulu sering menggunakan simbol-
Reseptor
simbol yang dikembangkan sebelumnya untuk Plasma Membran
membangun diagram alir (pemrograman komputer) atau Adenilil
siklase
sirkuit elektroni (Gambar 10–10, atas). Namun akhirnya,
Gα
Proses Tahap operasi atau kerja G βγ

ATP cAMP
Terminator Titik mulai atau berhenti dalam Protein

suatu proses substrat
Keputusan Pertanyaan pembagian dalam

suatu proses C R
Pemilihan Pemilihan pada beberapa urutan Protein

yang ditentukan sebelumnya substrat
Penggabungan Penggabungan beberapa proses GAMBAR 10–11 Contoh jejaring interaksi molekuler
menjadi satu (molecular interaction network, MIN) yang menggambarkan
kaskade transduksi sinyal yang menyebabkan fosforiIasi protein
Data Menunjukkan input data pada substrat oleh subunit katalitik, C, dari protein kinase dependen-
atau dari proses AMP siklik sebagai respons terhadap epinefrin. Protein digambar-
kan sebagai persegi panjang atau bujur sangkar. Panah berkepala
Konektor Lompatan dari satu titik ke titik lain ganda menunjukkan pembentukan kompleks nonkovalen yang
digambarkan dengan titik di bagian tengah panah. Garis merah
dengan kepala bentuk-T menunjukkan interaksi penghambatan.
Panah hijau dengan kepala berongga menunjukkan interaksi
Simbol Reaksi perangsangan. Garis hijau dengan lingkaran terbuka pada bagian
ujung menunjukkan katalisis. Panah biru dengan P menunjukkan
(a) Ikatan nonkovalen (reversible) modifikasi kovalen oleh fosforilasi. (Simbol-simbol diadaptasi dari
(b) Kohn KW, et al: Molecular interaction maps of bioreg-ulatory
Modifikasi kovalen
networks: a general rubric for systems biology. Mol Biol Cell
(b’) Ikatan kovalen (lihat Gambar 13 dan 2006;17:1.)
penjelasan)
(c) Konversi stoikiometrik
ahli biologi sistem membuat simbol-simbolnya sendiri
(d) Produk muncul tanpa kehilangan kovalen (Gambar 10–10, bawah) untuk menggambarkan diagram
sirkuit molekuler ini, yang lebih lazim disebut sebagai Peta
Interaksi Molekuler (Molecular Interaction Map, MIM),
(e) Transkripsi
contoh MIM ditunjukkan pada (Gambar 10–11).
(f) Pemutusan ikatan kovalen Sayangnya, seperti pada kasus nomenklatur enzim (lihat
Bab 7), rangkaian simbol yang konsisten dan universal
(g) Degradasi masih harus dikembangkan.
(h) Reaksi in trans.

KESIMPULAN
Bidang bioinformatika dan biologi komputasional yang
Simbol Alternatif (Contigency symbols)
berkembang pesat memberi harapan besar bagi masa depan
(i) Stimulasi ilmu kedokteran dan biologi dasar. Sebagian harapan saat ini
sudah dapat dilihat dengan jelas, sementara yang lain masih
(j) Persyaratan
samar-samar, dan yang lain lagi belum terbayangkan. Tujuan
(k) Penghambat utama biologi komputasional adalah mengembangkan
perangkat komputasional yang akan meningkatkan efisiensi,
(l) Katalisis enzimatik efektivitas, dan kecepatan pengembangan obat. Ahli
epidemiologi menggunakan komputer untuk menarik pola
GAMBAR 10–10 Simbol-simbol yang digunakan untuk dalam populasi yang menunjukkan penyebab spesifik atau
membangun diagram sirkuit molekuler pada biologi sistem. (Atas)
Simbol diagram alir contoh. (Bawah) Simbol grafis untuk peta
kontributor penyakit dan kesejahteraan. Agaknya hanya
interaksi molekuler (Diadaptasi dari Kohn KW, et al: Molecular sedikit keraguan bahwa dampak pada praktik kedokteran di
interaction maps of bioregulatory networks: a general rubric for abad ke-21 akan menyamai atau mengalahkan dampak
systems biology. Mol Biol Cell 2006;17:1.) penemuan patogenesis bakteri pada abad ke-19.

RINGKASAN REFERENSI
■ Genomik menghasilkan informasi dalam jumlah sangat Altschul SF, Gish W, Miller W, et al: Basic local alignment search
banyak dan memiliki nilai potensi sangat besar bagi ilmuwan tool. J Mol Biol 1990;215:403.
dan dokter. Bamshad MJ, Ng SB, Bigham AW, et al: Exome sequencing as a tool
■ Genomik akan menjadi katalis untuk pengembangan dan for Mendelian gene discovery. Nature Rev Genetics 2011;12:745.
penyebaran obat pribadi dimana diagnosis dan pengobatan Bromberg Y: Building a genome analysis pipeline to predict gene
akan dipandu oleh pengetahuan urutan DNA individu pasien. risk and prevent disease. J Mol Biol 2013;425:3993.
Couzin J: The HapMap gold rush: researchers mine a rich deposit.
■ Bioinformatika menggunakan rancangan algoritme komputer
Science 2006;312:1131.
dan pembentukan database yang memampukan ilmuwan
Cravatt BF, Wright AT, Kozarich JW: Activity-based protein profiling:
biomedis mengakses dan menganalisis longsoran data
from enzyme chemistry to proteomic chemistry. Annu Rev
biomedis yang terus bertambah banyak.
Biochem 2008;77:383.
■ Tujuan epidemiologi adalah menarik wawasan medis dari Dark MJ: Whole genome sequencing in bacteriology: state of the
perilaku populasi manusia yang heterogen melalui penerapan art. Infect Drug Resist 2013;6:115.
perangkat statistik canggih. Ekins S, Mestres J, Testa B: In silico pharmacology for drug discovery:
■ Tantangan utama dalam pembentukan database yang ramah- methods for virtual ligand screening and profiling. Br J Pharmacol
pengguna adalah membuat cara menyimpan dan menyusun 2007;152:9.
data yang kompleks yang mengakomodasi kriteria pencarian Ekins S, Mestres J, Testa B: In silico pharmacology for drug discovery:
dalam rentang luas applications to targets and beyond. Br J Pharmacol 2007;152:21.
■ Tujuan Proyek Encode adalah untuk mengidentifikasi semua Gibson DG, Glass JL, Lartique C, et al: Creation of a bacterial
elemen fungsional dalam genom manusia. cell controlled by a chemically synthesized genome. Science
2010;329:52.
■ Database HapMap, Entrez Gene, dan dbGAP berisi data yang Guha R: On exploring structure-activity relationships. Methods Mol
berkaitan dengan hubungan mutasi genetik dengan kondisi Biol 2013;993:81.
patologis. Kaiser J: Affordable “exomes” fill gaps in a catalog of rare diseases.
■ Genomik telah menemukan urutan dari ribuan protein yang Science 2010;330:903.
data mengenai struktur dan fungsi mereka tidak tersedia. Kohn KW, Aladjem MI, Weinstein JN, et al: Molecular interaction
■ BLAST digunakan untuk mengidentifikasi protein dan gen tak maps of bioregulatory networks: a general rubric for systems
dikenal melalui pencarian homolog sekuens fungsi yang biology. Mol Biol Cell 2006;17:1.
diketahui. Laurie ATR, Jackson RM: Methods for prediction of protein–ligand
binding sites for structure-based drug design and virtual ligand
■ Ahli biologi komputasional mengembangkan program yang
screening. Curr Prot Peptide Sci 2006;7:395.
akan memprediksi struktur tiga-dimensi protein langsung dari
McInnes C: Virtual screening strategies in drug discovery. Curr Opin
sekuens primer.
Cell Biol 2007;11:494.
■ Rancangan obat berbantuan komputer mempercepat Mohamed S, Syed B: Commercial prospects for genomic sequencing
penemuan obat dengan mencoba menambatkan inhibitor technologies. Nature Rev Drug Disc 2013;12:341.
potensial pada sasaran protein yang dipilih secara in silica. Oppenheimer GM: Becoming the Framingham study 1947-1950.
■ Tujuan utama ahli biologi sistem adalah menciptakan model Am J Public Health 2005;95:602.
yang tepat untuk setiap jalur dan jejaring agar dapat Qu H, Fang X: A brief review on the human encyclopedia of
menguraikan prinsip-prinsip fungsional dan melakukan DNA elements (ENCODE) project. Genomics Proteomics
percobaan virtual. Bioinformatics 2013;11:135.
Pasic MD, Samaan S, Yousef GM: Genomic medicine: New frontiers
■ Tujuan terpenting ahli biologi sistem adalah menciptakan sal and new challenges. Clin Chem 2013;59:158.
virtual yang dapat digunakan untuk mendiagnosis dan Sudmant PH, Kitzman JO, Antonacci F, et al: Diversity of human gene
mengobati penyakit dengan lebih aman dan efisien, terutama copy number variation and multicopy genes. Science 2010;330:641.
penyakit yang bersifat multifaktorial The 1000 Genomes Project Consortium: An integrated map of genetic
■ Ahli biologi sistem biasanya membangun penggambaran variation from 1,092 human genomes. Nature 2013;491:56.
skematik yang dikenal sebagai peta interaksi molekuler. Peta Wade CH, Tarini BA, Wilfond BS: Growing up in the genomic era:
ini menggunakan logika simbolik untuk melukiskan hubungan Implications of whole-genome sequencing for children, families, and
antara komponen-komponen yang ada dalam suatu jalur atau pediatric practice. Annu Rev Genomics Hum Genet 2013;14:535.
unit fungsional lain. Wheeler DA, Wang L: From human genome to cancer genome: The
fi st decade. Genome Res 2013;23:1054.

Soal Ujian
Bagian II – Enzim: Kinetik, Mekanisme, 6. Pilih salah satu dari pernyataan berikut yang TIDAK BENAR:
Peraturan, & Bioinformatika A. Seperti yang digunakan dalam biokimia, konsentrasi
keadaan standar untuk produk dan reaktan selain proton
1. Pernapasan dangkal cepat dapat menyebabkan hiperventilasi, adalah 1 molar.
suatu kondisi di mana karbon dioksida yang dihembuskan dari B. ΔG adalah fungsi dari logaritma dari Keq.
paru-paru lebih cepat daripada yang dihasilkan oleh jaringan. C. Sebagaimana digunakan dalam kinetika reaksi, istilah
Jelaskan bagaimana hiperventilasi dapat menyebabkan "spontanitas" mengacu pada apakah reaksi seperti yang
peningkatan pH darah. tertulis disukai untuk melanjutkan dari kiri ke kanan.
D. ΔG° menunjukkan perubahan energi bebas yang menyertai
2. Seorang insinyur protein keinginan untuk mengubah situs aktif
transisi dari keadaan standar untuk keseimbangan.
kimotripsin sehingga akan membelah ikatan peptida ke sisi C-
E. Setelah mencapai keseimbangan, tingkat maju dan mundur
terminal aspartil dan glutamil residu. Insinyur protein akan
reaksi kedua penurunan ke nol.
paling mungkin berhasil jika ia menggantikan asam amino
hidrofobik di bagian bawah saku situs aktif dengan: 7. Pilih salah satu dari pernyataan berikut yang TIDAK BENAR:
A. Fenilalanin A. Enzim menurunkan energi aktivasi untuk reaksi.
B. Treonin B. Enzim sering menurunkan energi aktivasi oleh
C. Glutamin mendestabilisasi intermediet keadaan transisi.
D. Lisin C. Aktif residu situs histidin sering membantu katalisis
E. Prolin dengan bertindak sebagai donor proton atau akseptor.
D. Kovalen katalisis digunakan oleh beberapa enzim untuk
3. Pilih salah satu dari pernyataan berikut yang TIDAK BENAR: menyediakan jalur reaksi alternatif.
A. Banyak protein mitokondria kovalen dimodifikasi oleh E. Kehadiran enzim tidak berpengaruh pada ΔG°.
asetilasi kelompok epsilon-amino residu lisin. Protein
B. asetilasi adalah contoh modifikasi kovalen yang dapat 8. Pilih salah satu dari pernyataan berikut yang TIDAK BENAR:
menjadi "terbalik" di bawah kondisi fisiologis A. Bagi kebanyakan enzim, kecepatan reaksi awal, vi,
C. Peningkatan kadar asetil-KoA cenderung mendukung menunjukkan ketergantungan hiperbolik pada [S].
asetilasi protein. B. Ketika [S] jauh lebih rendah dari Km, istilah dari Km + [S]
dalam persamaan Michaelis-Menten sangat mendekati Km.
D. Asetilasi meningkatkan curah sterik dari rantai
samping asam amino yang tersubjek pada modifikasi ini. Dengan kondisi tersebut, tingkat katalisis merupakan
E. Rantai samping residu lisil asetat adalah dasar yang fungsi linear dari [S].
lebih kuat daripada residu lisil yang tidak termodifikasi. C. Konsentrasi molar substrat dan produk adalah sama
ketika tingkat reaksi enzim-dikatalisasi mencapai setengah
4. Pilih salah satu dari pernyataan berikut yang TIDAK BENAR: dari nilai maksimum potensinya (Vmax/2).
A. Katalisis asam-basa adalah fitur yang menonjol dari D. Enzim dikatakan telah menjadi jenuh dengan substrat
mekanisme katalitik protease HIV. ketika berturut-turut membesarkan [S] gagal untuk
B. Gembok-dan-kunci model Fisher yang menjelaskan peran menghasilkan peningkatan yang signifikan dalam vi.
transisi keadaan-stabilisasi dalam katalisis enzimatik. C. E. Ketika melakukan pengukuran tingkat stabil, konsentrasi
Hidrolisis ikatan peptida oleh protease serin melibatkan substrat sangat harus melebihi dari katalis enzim.
pembentukan transien enzim termodifikasi.
D. Banyak enzim memakai ion logam sebagai gugus prostetik 9. Pilih salah satu dari pernyataan berikut yang TIDAK BENAR:
atau kofaktor. A. Enzim monomer tertentu menunjukkan sigmoidal awal
E. Secara umum, enzim mengikat analog keadaan transisi laju kinetika.
lebih erat dari analog substrat. B. Persamaan timbunan digunakan untuk melakukan analisis
kuantitatif sifat koperatif enzim atau protein pembawa
5. Pilih salah satu dari pernyataan berikut yang TIDAK BENAR: seperti hemoglobin atau kalmodulin.
A. Untuk menghitung Keq, konstanta kesetimbangan C. Untuk enzim yang menunjukkan koperasi yang mengikat
untuk reaksi, membagi tingkat awal dari reaksi maju substrat, nilai n (Hill coefficient) lebih besar daripada
(laju-1) dengan kecepatan awal reaksi balik (laju-1). gabungan dikatakan menunjukkan kooperatititas positif.
B. Kehadiran enzim tidak berpengaruh pada Keq. D. Enzim yang mengkatalisis reaksi antara dua atau lebih substrat
C. Untuk reaksi dilakukan pada suhu konstan fraksi molekul dikatakan beroperasi dengan mekanisme berurutan substrat
reaktan potensial yang memiliki energi kinetik yang harus mengikat dalam urutan tetap.
cukup untuk melebihi energi aktivasi dari reaksi adalah E. Gugus prostetik mengaktifkan enzim untuk menambahkan
konstan. gugus kimia di luar yang ada pada rantai samping asam amino.
D. Enzim dan katalis lain menurunkan energi aktivasi reaksi.
E. Tanda aljabar ΔG, perubahan energi bebas Gibbs
untuk reaksi, menunjukkan arah di mana reaksi akan
dilanjutkan.
110
Soal ujian 111
10. Pilih salah satu dari pernyataan berikut yang TIDAK BENAR: C. Selama transaminasi reaksi, baik substrat terikat pada
A. IC50 adalah istilah operasional sederhana untuk enzim sebelum salah satu produk kedua.
mengekspresikan potensi inhibitor. D. Residu histidin bertindak baik sebagai asam dan
B. Lineweaver-Burk dan Dixon versi pengaturan kembali sebagai dasar selama katalisis oleh protease aspartat.
hasil dari persamaan Michaelis-Menten untuk E. Banyak koenzim dan kofaktor yang berasal dari vitamin.
menghasilkan representasi linear perilaku kinetik dan 15. Pilih salah satu dari pernyataan berikut yang TIDAK BENAR:
penghambatan.
A. Enzim interkonvertibel memenuhi peran kunci dalam
C. Sebuah plot 1/vi dibandingkan 1/[S] dapat digunakan
jaringan regulasi yang terintegrasi.
untuk mengevaluasi jenis dan afinitas untuk inhibitor.
B. Fosforilasi pada enzim sering mengubah efisiensi katalitiknya.
D. Inhibitor non kompetitif sederhana menurunkan jelas Km
untuk substrat. C. "Second messengers” bertindak sebagai ekstensi intraseluler
E. Inhibitor nonkompetitif biasanya menanggung sedikit atau pengganti untuk hormon dan impuls saraf pada
atau tidak ada kemiripan struktural untuk substrat dari reseptor permukaan sel.
reaksi enzim-dikatalisasi. D. Kemampuan protein kinase mengkatalisis reaksi balik
yang menghilangkan gugus fosforil adalah kunci untuk
11. Pilih salah satu dari pernyataan berikut yang TIDAK BENAR: fleksibilitas dari mekanisme pengaturan molekul ini.
A. Untuk enzim tertentu, konsentrasi intraseluler substrat E. Aktivasi zemogen oleh proteolisis parsial adalah ireversibel
yang cenderung dekat dengan nilai-nilai Km. dibawah kondisi fisiologis.
B. Penyerapan jalur tertentu dalam organel intraseluler
memfasilitasi tugas regulasi metabolisme.
16. Pilih salah satu dari pernyataan berikut yang TIDAK BENAR:
C. Langkah awal dalam jalur biokimia di mana kontrol regulasi
dapat efisien diberikan adalah langkah berkomitmen pertama. A. Database HapMap berfokus pada lokasi dan identitas
D. Regulasi umpan balik mengacu pada kontrol alosterik dari polimorfisme nukleotida tunggal pada manusia.
langkah awal dalam jalur biokimia oleh produk akhir jalur itu. B. Genbank adalah tempat penyimpanan data pada hasil
fenotipik gen knockouts pada manusia.
E. Kontrol metabolik yang paling efektif bila salah satu langkah
C. Protein Database atau menyimpan PDB struktur tiga
lebih cepat di jalur ditargetkan untuk regulasi.
dimensi pada protein yang ditentukan oleh x-ray kristalografi
atau spektroskopi resonansi magnetik nuklir (NMR).
12. Pilih salah satu dari pernyataan berikut yang TIDAK BENAR: D. Tujuan dari proyek ENKODE adalah untuk mengidentifikasi
A. Efek Bohr mengacu pada rilis proton yang terjadi ketika semua elemen fungsional dari genom.
oksigen mengikat deoksihemoglobin. E. BLAST membandingkan protein dan nukleotida urutan
B. Sesaat setelah kelahiran bayi manusia, sintesis dari untuk mengidentifikasi area kesamaan.
rantai-αmengalami induksi cepat sampai terdiri 50%
dari tetramer hemoglobin.
C. Rantai-β hemoglobin pada janin ada selama kehamilan.
A. Sebuah kendala utama desain obat dengan komputer
D. Thalassemia merujuk pada cacat genetik yang
adalah tuntutan yang luar biasa dalam kapasitas komputasi
mengakibatkan tidak adanya sebagian atau total dari
yang diperlukan untuk memungkinkan protein dan ligan
rantai α atau β hemoglobin
E. Konformasi kencang ikatan hemoglobin distabilkan oleh menjadi tingkat yang realistis pada fleksibilitas konformasi.
beberapa jembatan garam yang membentuk diantara subunit. B. Fleksibilitas konformasi diperlukan untuk memungkinkan
ligan dan protein untuk mempengaruhi satu sama lain seperti
yang dijelaskan oleh model gembok-dan-kunci untuk ikatan
13. Pilih salah satu dari pernyataan berikut yang TIDAK BENAR: A.
protein-ligan.
Sterik halangan oleh histidin E7 memainkan peran penting
C. Pembangunan pada sel visual bisa menyediakan
dalam melemahkan afinitas hemoglobin untuk karbon
sarana untuk cepat dan efisien mendeteksi banyak efek
monoksida (CO).
yang tidak diinginkan dari obat potensial tanpa perlu
B. Karbonat anhidrase memegang peran penting dalam
pengujian laboratorium yang mahal.
respirasi berdasarkan kapasitasnya untuk memecah 2,3-
bisfosfogliserat di paru-paru. D. Sistem biologi menggarisbawahi cara di mana hubungan
antara enzimatik atau komponen lain dalam sel
C. Hemoglobin S dibedakan dengan mutasi genetik yang
mempengaruhi kinerjanya.
menggantikan Glu6 pada subunit β dengan Val, menciptakan
patch (lapisan) lengket pada permukaannya. E. Sistem biologi sering menggunakan logika simbolik dari
D. Oksidasi dari besi heme dari keadaan +2 ke keadaan +3 program komputer dan sirkuit elektronik untuk
menghilangkan kemampuan hemoglobin untuk mengikat menggambarkan interaksi antara protein, gen, dan
oksigen. metabolit.
E. Perbedaan fungsional antara hemoglobin dan mioglobin
mencerminkan, untuk tingkat besar, perbedaan struktur
kuaternernya.
A. Jaringan charge-relay tripsin membuat situs aktif serin
nukleofil kuat.
B. Michaelis konstan adalah konsentrasi substrat di mana
laju reaksi adalah setengah-maksimal.
18. Pilih salah satu dari pernyataan berikut yang TIDAK BENAR: D. Dalam rangka mengakomodasi daya komputasi yang
A. Penggambaran GRASP menggaris bawahi area pada tersedia, simulasi docking molekul sering membatasi rotasi
permukaan protein memiliki karakter lokal positif atau negatif. bebas untuk hanya satu set kecil obligasi dalam ligan.
B. Simulasi dinamika molekul mencari untuk jenis model dan E. Mempelajari hubungan evolusi antara protein merupakan
berbagai gerakan yang secara konformasi menjalani protein salah satu cara yang paling efektif memprediksi fungsi
fleksibel. kemungkinan dari polipeptida yang baru ditemukan.
C. Para peneliti menggunakan program bola bergulir untuk
menemukan lekukan dan celah-celah pada permukaan
protein karena ini merupakan situs kemungkinan serangan
oleh protease.
B A G I A N
III Bioenergetika
11
B A B
Bioenergetika: Peran ATP

TUJUAN Setelah ■ Menyebutkan hukum termodinamika pertama dan kedua dan memahami
bagaimana hukum ini berlaku pada sistem biologis.
mempelajari bab ini, Anda
■ Menjelaskan apa yang dimaksud dengan istilah energi bebas, entropi, entalpi,
diharapkan dapat: eksergonik, dan endergonik.
■ Memahami bagaimana reaksi yang bersifat endergonik dapat berlangsung jika
dikaitkan dengan reaksi yang bersifat eksergonik dalam sistem biologis.
■ Memahami peran fosfat berenergi tinggi, ATP, dan nukleotida trifosfat lain pada
pemindahan energi bebas dari proses eksergonik ke proses endergonik, yang
membuat ATP bertindak sebagai "alat tukar energi" sel.
PERAN BIOMEDIS DALAM SUATU SISTEM, ENERGI

Bioenergetika atau termodinamika biokimia adalah tentang BEBAS ADALAH ENERGI YANG
perubahan energi yang menyertai reaksi biokimia. Sistem
biologis pada dasarnya bersifat isotermik dan mengguna- BERMANFAAT
kan energi kimia untuk menjalankan proses-proses ke- Perubahan energi bebas gibbs (∆G) adalah bagian dari
hidupan. Bagaimana seekor hewan memperoleh bahan perubahan energi total dalam suatu sistem yang tersedia
bakar yang sesuai dari makanannya untuk menghasilkan untuk melakukan kerja—yaitu, energi yang bermanfaat yang
energi ini adalah hal mendasar untuk memahami nutrisi juga dikenal sebagai potensial kimia.
dan metabolisme normal. Kematian akibat kelaparan
terjadi jika cadangan energi yang tersedia habis, dan bentuk- Sistem Biologis Mengikuti Hukum Dasar
bentuk tertentu malnutrisi berkaitan dengan ketidak-
seimbangan energi (marasmus). Hormon tiroid mengontrol Termodinamika
laju pembebasan energi (laju metabolik), dan jika terjadi Hukum pertama termodinamika menyatakan bahwa
malfungsi hormon tersebut, penyakit akan timbul. Kelebih- energi total suatu sistem, termasuk sekitarnya, tetap
an simpanan energi menyebabkan obesitas, penyakit yang konstan. Hal ini mengisyaratkan bahwa di dalam
semakin umum di masyarakat Barat, yang merupakan sistem total, energi tidak hilang atau bertambah selama
faktor risiko bagi banyak penyakit lain, termasuk penyakit perubahan. Namun, energi dapat dipindahkan dari satu
kardiovaskular dan diabetes melitus tipe 2, dan harapan bagian sistem ke bagian lain atau diubah menjadi bentuk
hidup yang rendah. energi lain. Pada sistem hidup,
113

114 Bagian III Bioenergetika
energi kimia dapat diubah menjadi panas atau menjadi A

energi listrik, radiasi, atau mekanis.
Hukum kedua termodinamika menyatakan bahwa entropi Panas
Ek
total suatu sistem pasti meningkat jika suatu proses terjadi
se
rg
D
secara spontan. Entropi adalah tingkat kekacauan atau
on
ik
ketidakteraturan sistem dan menjadi maksimal sewaktu men-
Energi bebas
dekati keseimbangan. Dalam kondisi suhu dan tekanan yang
konstan, hubungan antara perubahan energi bebas (∆G) suatu
sistem yang bereaksi dan perubahan entropi (∆S) dinyatakan
Energi kimia
oleh persamaan berikut yang menggabungkan kedua hukum nik
o
termodinamika: rg
de
En
∆G = ∆H −T∆S
dengan ∆H adalah perubahan entalpi (panas) dan T adalah
C B
suhu mutlak.
A+C B + D + Panas
Dalam reaksi biokimia, karena ∆H adalah kira-kira sama
dengan perubahan total energi internal dari reaksi atau GAMBAR 11-1 Penggabungan suatu reaksi eksergonik dengan
∆E, hubungan di atas dapat dinyatakan dengan cara berikut: reaksi endergonik.
∆G = ∆E −T∆S Perubahan metabolit A menjadi metabolit B terjadi disertai
Jika ∆G negatif, reaksi akan berlangsung secara spontan pelepasan energi bebas dan dikaitkan dengan reaksi Iain yang
disertai hilangnya energi bebas; yaitu, reaksi bersifat ekser- memerlukan energi bebas untuk mengubah metabolit C menjadi
gonik. Jika, selain itu, ∆G berukuran besar, reaksi ber- metabolit D. Digunakan istilah eksergonik dan endergonik,
langsung hampir tuntas dan pada dasarnya ireversibel. Di bukan istilah kimia normal "eksotermik" dan "endotermik"
pihak lain, jika ∆G positif, reaksi berlangsung hanya jika digunakan untuk menunjukkan bahwa proses disertai dengan
energi bebas dapat diperoleh; yi. reaksi bersifat endergonik. kerugian atau keuntungan, energi bebas dalam segala bentuk,
Selain itu, jika ∆G berukuran besar, sistem ini stabil, dengan tidak harus dalam bentuk panas. Dalam praktiknya, suatu
sedikit atau tanpa kecenderungan terjadinya reaksi. Jika ∆G proses endergonik tidak dapat berdiri sendiri, tetapi harus
nol, sistem berada dalam keseimbangan dan tidak terjadi menjadi komponen dari sistem gabungan eksergonik-ender-
perubahan netto. gonik yang perubahan netto keseluruhannya bersifat ekser-
Ketika reaktan-reaktan terdapat dalam konsentrasi 1,0 gonik. Reaksi eksergonik disebut katabolisme (secara umum,
mol/L, ∆G 0 adalah perubahan energi bebas standar. Untuk penguraian atau oksidasi molekul bahan bakar) sementara reaksi
reaksi biokimia, keadaan standar didefinisikan sebagai pH sintesis yang membentuk zat disebut anabolisme. Kombinasi
7,0. Perubahan energi bebas standar pada keadaan standar proses katabolik dan anabolik menghasilkan metabolisme.
ini dinyatakan sebagai ∆G 0'. Jika reaksi yang diperlihatkan di (Gambar 11-1) ber-
Perubahan energi bebas standar dapat dihitung dari langsung dari kiri ke kanan, proses keseluruhan harus
konstanta keseimbangan Keq. disertai oleh hilangnya energi bebas sebagai panas. Satu
mekanisme penggabungan mungkin terjadi jika terdapat zat
∆G 0′ = −RT ln K eq
′ antara obligatorik menengah (I) yang ikut serta dalam kedua
dimana R adalah konstanta gas dan T adalah suhu mutlak (lihat reaksi, yaitu,.
Bab 8). Penting dicatat bahwa ∆G yang sebenarnya mungkin A+C→1→B+D
lebih besar atau lebih kecil daripada ∆G 0' bergantung pada Sebagian reaksi eksergonik dan endergonik dalam sistem
konsentrasi berbagai reaktan, termasuk pelarut, berbagai ion, biologis bergabung dengan cara ini. Jenis sistem ini memiliki
dan protein. mekanisme inheren untuk mengendalikan secara biologis
Dalam suatu sistem biokimia, suatu enzim hanya mem- laju proses oksidatif karena zat antara obligatorik bersama
percepat tercapainya keseimbangan; tidak pernah mengubah tersebut memungkinkan laju pemakaian produk jalur
konsentrasi akhir reaktan-reaktan dalam keseimbangan. sintesis (D) menentukan laju oksidasi A melalui aksi massa.
Memang, hubungan ini memberi dasar bagi konsep
PROSES ENDERGONIK kontrol respiratorik, proses yang mencegah suatu organis-
BERLANGSUNG me terbakar tak terkendali. Perluasan konsep penggabung-
an ini diberikan oleh reaksi dehidrogenasi yang di-
DENGAN MENGAITKANNYA KE gabungkan dengan hidrogenasi oleh suatu zat pembawa
PROSES EKSERGONIK perantara (Gambar 11-2).
AH2 Pembawa BH2
Proses-proses vital misalnya reaksi sintesis, kontraksi otot,
hantaran impuls saraf, dan transpor aktif—memperoleh
A Pembawa H2 B
energi melalui keterkaitan kimia (chemical linkage), atau
coupling, dengan reaksi oksidatif. Dalam bentuknya yang GAMBAR 11-2 Penggabungan reaksi dehidrogenasi dengan
paling sederhana, tipe pengaitan/penggabungan ini dapat hidrogenasi oleh suatu pembawa perantara.
diperlihatkan, seperti di (Gambar 11-1).

BAB 11 Bioenergitika: Peran ATP 115
A NH2
N
N
Mg2+ N
N
D
E O– O– O–
Energi bebas
–
O P O P O P O CH2 O
O O O C C
H H
E ATP H H
OH OH
B C
NH2
GAMBAR 11-3 Pemindahan energi bebas dari suatu reaksi N
eksergonik ke endergonik melalui senyawa perantara berenergi N
tinggi (~ ).
Mg2+ N
N
Metode alternatif penggabungan suatu proses eksergonik
dengan endergonik adalah melalui sintesis suatu senyawa O– O– O–
dengan potensial energi tinggi dalam reaksi eksergonik dan –
O P O P O P O CH2 O
memasukkan senyawa baru ini ke dalam reaksi endergonik, O O O C C
sehingga terjadi pemindahan energi bebas dari jalur ekser- H H
gonik ke endergonik (Gambar 11-3). Keunggulan biologis
ADP H H
dari mekanisme ini adalahbahwa senyawa dengan energi
potensial tinggi, ~ , tidak seperti I pada sistem sebelumnya, OH OH
tidak harus berkaitan secara struktural dengan A, B, C, atau
GAMBAR 11-4 Adenosin trifosfat (ATP) dan adenosin difosfat
D, dapat berfungsi sebagai pemindah energi dari berbagai
diperlihatkan sebagai kompleks magnesium.
reaksi eksergonik ke berbagai reaksi atau proses endergonik
seperti biosintesis, kontraksi otot, eksitasi saraf, dan transpor
aktif. Di dalam sel hidup, senyawa pembawa atau zat antara Nilai Intermedia untuk Energi Bebas
berenergi-tinggi yang utama (disebut ~ di Gambar 11-3)
Hidrolisis ATP Memiliki Makna Bioenergetik
adalah adenosin trifosfat (ATP) (Gambar 11-4).
Penting
FOSFAT BERENERGI-TINGGI Energi bebas standar pada hidrolisis sejumlah fosfat yang
BERPERAN SENTRAL DALAM secara biokimiawi penting diperlihatkan di Tabel 11-1.
Perkiraan kecenderungan komparatif masing-masing gugus
PENGAMBILAN DAN PEMINDAHAN fosfat berpindah ke akseptor yang sesuai dapat diperoleh
dari ∆G0' hidrolisis pada suhu 37OC. Nilai untuk hidrolisis
ENERGI fosfat terminal pada ATP membagi daftar menjadi dua
Untuk mempertahankan proses-proses kehidupan, semua kelompok. Fosfat berenergi-rendah yang diwakili oleh
organisme harus mendapat pasokan energi bebas dari ester fosfat yang ditemukan pada intermediet glikolisis,
lingkungannya. Organisme autotrofik memanfaatkan proses- memiliki nilai G0' yang lebih kecil daripada nilai ATP,
proses eksergonik sederhana; misalnya energi sinar matahari sementara pada fosfat berenergi-tinggi nilainya lebih besar
(tanaman hijau), reaksi Fe2+ → Fe3+ (beberapa bakteri). Di daripada nilai ATP. Komponen kelompok fosfat berenergi-
pihak lain, organisme heterotrofik memperoleh energi bebas tinggi ini, termasuk ATP, biasanya berupa anhidrida
dengan menggabungkan metabolismenya dengan penguraian (misalnya 1-fosfat pada 1,3-bisfosfogliserat), enolfosfat
molekul organik kompleks dalam lingkungan organisme (misalnya fosfoenolpiruvat), dan fosfoguanidin (misalnya
tersebut. Pada semua organisme ini, ATP berperan sentral kreatin fosfat, arginin fosfat)
dalam pemindahan energi bebas dari proses eksergonik ke Simbol ~ menunjukkan bahwa gugus yang melekat ke
proses endergonik (Gambar 11-3). ATP adalah nukleotida ikatan, pada pemindahan ke akseptor yang sesuai, akan
yang terdiri dari adenosin nukleosida (adenin terkait dengan menyebabkan pemindahan energi bebas dalam jumlah
ribosa), dan tiga gugus fosfat (lihat Bab 32). Dalam reaksi di besar. Karena itu, sebagian orang lebih menyukai istilah
sel, berfungsi sebagai Mg2+ kompleks (Gambar 11-4). group transfer potential daripada "ikatan berenergi-tinggi".
Pentingnya fosfat dalam metabolisme perantara mulai Dengan demikian, ATP mengandung dua gugus fosfat
tampak jelas dengan ditemukannya peran ATP, adenosin berenergi tinggi, dan ADP mengandung satu, sementara
difosfat (ADP) (Gambar 11-4), dan fosfat anorganik (Pi) fosfat dalam AMP (adenosin monofosfat) adalah tipe
dalam glikolisis (lihat Bab 17). berenergi rendah karena fosfat merupakan ikatan ester
normal (Gambar 11-5).

TABEL 11-1 Energi bebas standar pada hidrolisis sebagai ADENOSIN

organofosfat yang penting secara biokimia.
O– O– O–
ΔG 0ʹ –
O P O P O P O CH2 O
Senyawa kJ/mol kkal/mol O O O C C
H H
Fosfoenolpiruvat −61.9 −14.8 $73±
H H
Karbamoil fosfat −51.4 −12.3
OH OH
–
1,3-Bisfosfogliserat −49.3 −11.8 Od–
(menjadi 3-fosfogliserat) Hidrolisis ATP4-
Od– P Od– menjadi ADP3-
Kreatin fosfat −43.1 −10.3 membebaskan daya
Od–
tolak muatan
ATP → AMP + PPi −32.2 −7.7 Fosfat yang dibebaskan +
distabilkan melalui pembentukan
ATP → ADP + Pi −30.5 −7.3 hibrid resonansi dengan 3 muatan ADP3–
negatif digunakan bersama ADENOSIN
Glukosa 1-fosfat −20.9 −5.0 antara empat atom.
PPi −19.2 −4.6 O– O–
–
O P O P O CH2 O
Fruktosa 6-fosfat −15.9 −3.8
O O C C
Glukosa 6-fosfat −13.8 −3.3 H H
Gliserol 3-fosfat −9.2 −2.2 H H

OH OH
Singkatan: PPi, pirofosfat; Pi, ortofosfat anorganik.
Catatan: Semua angka diambil dari Jencks (1976), kecuali nilai untuk PPi yang diambil GAMBAR 11-6 Perubahan energi bebas pada hidrolisis ATP
dari Frey dan Arabshahi (1995). Angka-angka berbeda di antara para peneliti, menjadi ADP.
bergantung pada kondisi saat pengukuran dilakukan.
adalah berbagai ester tiol yang melibatkan koenzim A

Posisi perantara ATP memungkinkan senyawa ini (misalnya asetil-KoA), protein pembawa asil, ester asam
berperan penting dalam pemindahan energi. Perubahan amino yang terlibat dalam sintesis protein, S-adenosil-
energi bebas yang tinggi pada hidrolisis ATP disebabkan metionin (metionin aktif), UDPGIc (uridin difosfat
oleh terbebasnya daya tolak muatan atom-atom oksigen glukosa), dan PRPP (5-fosforibosil-1-pirofosfat).
bermuatan negatif yang berdekatan dan stabilisasi
produk-produk reaksi, terutama fosfat, sebagai hibrid FOSFAT BERENERGI-TINGGI
resonansi (Gambar 11-6). "Senyawa berenergi tinggi"
lainnya BERFUNGSI SEBAGAI "ALAT TUKAR
O– O– O– ENERGI" SEL
Adenosin O P O P O P
ATP mampu berfungsi sebagai donor fosfat berenergi-tinggi
O–
O O O untuk membentuk senyawa-senyawa di bawahnya di Tabel
11-1. Demikian juga, dengan enzim yang sesuai, ADP dapat
atau Adenosin P P P
menerima fosfat berenergi-tinggi untuk membentuk ATP dari
Adenosin trifosfat (ATP) senyawa-senyawa yang terletak di atas ATP dalam tabel
tersebut. Pada akhirnya, siklus ATP/ADP menghubungkan
O– O–
proses-proses yang menghasilkan ~ dengan proses-proses yang
Adenosin O P O P
O– menggunakan ~ (Gambar 11-7), yang secara terus menerus
O O menggunakan dan membentuk kembali ATP. Hal ini terjadi
atau Adenosin P P dengan kecepatan yang sangat tinggi karena kompartemen
ATP/ADP total sangat kecil dan hanya cukup untuk
Adenosin difosfat (ADP)
mempertahankan suatu jaringan aktif selama beberapa detik.
O– Terdapat tiga sumber utama ~ yang ikut serta dalam
Adenosin O P konservasi energi atau penangkap energi:
O–
O
1. Fosforilasi oksidatif Sumber ~ yang secara kuantitatif
terbanyak dalam organisme aerobik. ATP dihasilkan
atau Adenosin P dalam matriks mitokondria seketika O2 dikurangi menjadi
Adenosin monofosfat (AMP) H2O oleh elektron melewati bawah rantai respiratori (lihat
GAMBAR 11-5 Struktur ATP, ADP, dan AMP yang memper- Bab 13).
lihatkan posisi dan jumlah fosfat berenergi-tinggi (~ ). 2. Glikolisis Pembentukan netto dua ~ berasal dari pem-
bentukan laktat dari satu molekul glukosa yang dihasil-
kan dalam dua reaksi yang masing-masing dikatalisis
oleh fosfogliserat kinase dan piruat kinase (Gambar
17-2).

BAB 11 Bioenergitika: Peran ATP 117
Fosfoenolpiruvat 1,3- Bifosfogliserat menjadi glukosa 6-fosfat, yaitu reaksi pertama pada glikolisis
Suksonil-KoA (lihat Gambar 18-2);
Fosforilasi oksidatif
Glukosa + P i → Glukosa 6-fosfat + H 2 O (1)
Kreatin P
P (∆G 0' )= +13.8 kJ/mol)
Penyim-
P
panan
sangat endergonik dan tidak dapat berlangsung dalam
ATP Kreatin
kondisi fisiologis. Dengan demikian, dalam urutan untuk
mengambil tempat, reaksi harus digabungkan dengan reaksi
Siklus ATP/ADP lain—yang lebih eksergonik—misalnya reaksi hidrolisis
P Glukosa-6-fosfat fosfat terminal ATP.
ADP
Aktivasi fosforilasi dan ATP → ADP + P i (∆G 0 ' += -30,5 kJ/mol) (2)
proses endergonik lain
Gliserol 3-fosfat
Glukosa 1,6- Jika (1) dan (2) digabungkan dalam suatu reaksi yang di-
bifosfat
katalisis oleh heksokinase, fosforilasi glukosa mudah ber-
GAMBAR 11-7 Peran siklus ATP/ADP pada transfer fosfat energi langsung dalam reaksi yang sangat eksergonik dan bersifat
tinggi. ireversibel dalam kondisi fisiologis. Banyak reaksi "aktivasi"
3. Siklus asam sitrat. Satu ~ dihasilkan secara langsung mengikuti pola ini.
dalam siklus di tahap suksinil tiokinase (Gambar 17-3).
Adenilil Kinase (Miokinase) Saling
Fosfagen berfungsi sebagai bentuk simpanan fosfat
Mengonversi Adenin Nukleotida
berenergi-tinggi dan mencakup kreatin fosfat, yang terdapat
Enzim ini terdapat di sebagian besar sel dan mengatalisis
di otot rangka, jantung, spermatozoa, dan otak vertebrata
dan arginin fosfat, yang terdapat pada otot invertebrata. reaksi berikut:
Bila ATP dengan cepat digunakan sebagai sumber energi ADENILIL
untuk kontraksi otot, maka fosfagen memungkinkan kon- KINASE
sentrasi tersebut dipertahankan, tetapi jika rasio ATP/ADP ATP + AMP 2ADP
tinggi, konsentrasi ATP dapat meningkat untuk berfungsi
sebagai simpanan fosfat berenergi-tinggi (Gambar 11-8).
Jika ATP berfungsi sebagai donor fosfat untuk membentuk Adenilil kinase adalah penting untuk pemeliharaan pada
senyawa-senyawa dengan energi bebas yang lebih rendah homeostasis energi dalam sel karena hal ini memungkinkan:
pada hidrolisis (Tabel 11-1), gugus fosfat hampir selalu 1. Fosfat berenergi-tinggi dalam ADP digunakan dalam
diubah menjadi gugus dengan energi rendah. Misalnya, pembentukan ATP.
fosforilasi gliserol membentuk gliserol 3 fosfat: 2. AMP yang dibentuk sebagai hasil beberapa reaksi
aktivasi yang melibatkan ATP, diperoleh kembali melalui
GLISEROL refosforilasi menjadi ADP.
KINASE 3. Peningkatan konsentrasi AMP jika ATP berkurang dan
Gliserol + Adenosin P P P memungkinkan AMP berfungsi sebagai sinyal metabolik
Gliserol P + Adenosin P P (alosterik) untuk meningkatkan laju reaksi katabolik,
yang pada gilirannya menghasilkan lebih banyak ATP
ATP Memungkinkan Penggabungan Reaksi (lihat Bab 14).
yang Secara Termodinamis Kurang
Menguntungkan dengan Reaksi yang Ketika ATP Membentuk AMP, Pirofosfat
Menguntungkan Anorganik (PPi) Dihasilkan
Reaksi endergonik tidak bisa berlanjut tanpa masukan ATP juga dapat dihidrolisis secara langsung menjadi AMP,
dari energi bebas. Sebagai contoh, Fosforilasi glukosa disertai pembebasan PPi (Tabel 11-1). Hal ini terjadi, sebagai
contoh, pada aktivasi asam lemak rantai panjang (Bab 22).
H Kreatin
P N kinase H2N ASIL-KoA
SINTETASE
C N H C N H
ATP + CoA • SH + R • COOH AMP + PPi + R • CO — SCoA
H3C N H3C N
ADP ATP
CH2 CH2 Reaksi ini disertai oleh hilangnya energi bebas sebagai panas,
(∆G 0° = –12.6 kJ/mol)
yang memastikan bahwa reaksi aktivasi akan berjalan ke
COO– COO–
Kreatin fosfat Kreatin
kanan dan dibantu lebih lanjut oleh pemecahan hidrolitik PPi,
yang dikatalisis oleh pirofosfatase anorganik, suatu reaksi
GAMBAR 11-8 Pemindahan fosfat berenergi-tinggi antara ATP
yang memiliki ∆G 0' besar dari -19,2 kJ/mol. Perhatikan bahwa
dan kreatin.
aktivasi melalui

Pirofosfat anorganik
Semua trifosfat ini ikut serta dalam fosforilasi di sel.
Demikian juga, berbagai nukleosida monofosfat kinase
2Pi
spesifik mengatalisis pembentukan nukleosida difosfat dari
monofosfatnya.
Pi PPi
Karena itu, adenilil kinase adalah suatu monofosfat kinase
Asil-KoA sintetase,
khusus.
dll
RINGKASAN
ATP ■ Sistem biologis menggunakan energi kimia untuk menjalankan
proses-proses kehidupan.
■ Reaksi eksergonik berlangsung secara spontan disertai hilang-
nya energi bebas (∆G negatif). Reaksi endergonik memerlukan
X2
penambahan energi bebas (∆G positif) dan hanya terjadi jika
ADP AMP digabungkan dengan reaksi eksergonik.
Adenilil
kinase ■ ATP bekerja sebagai "alat tukar energi (energy currency)" sel
yang memindahkan energi bebas yang berasal dari zat dengan
GAMBAR 11-9 Siklus fosfat dan pertukaran adenin nukleotida energi potensial tinggi ke zat dengan energi potensial yang
lebih rendah.
jalur pirofosfat menyebabkan hilangnya dua ~ dan bukan

satu, seperti yang terjadi ketika pembentukan ADP dan Pi. REFERENSI
PIROFOSFATASE de Meis L: The concept of energy-rich phosphate compounds: water,
ANORGANIK transport ATPases, and entropy energy. Arch Biochem Biophys
PPi + H2O 2Pi 1993;306:287.
Frey PA, Arabshahi A: Standard free-energy change for the
Kombinasi dari reaksi-reaksi di atas menyebabkan fosfat hydrolysis of the alpha, beta-phosphoanhydride bridge in ATP.
dapat didaur ulang dan adenin nukleotida dipertukarkan Biochemistry 1995;34:11307.
(Gambar 11-9). Harris DA: Bioenergetics at a Glance: An Illustrated Introduction.
Blackwell Publishing, 1995.
Nukleosida Trifosfat Lain Haynie D: Biological Thermodynamics. Cambridge University Press,
2008.
Ikut Serta dalam Pemindahan Fosfat Jencks WP: Free energies of hydrolysis and decarboxylation.
Berenergi-Tinggi In: Handbook of Biochemistry and Molecular Biology, vol 1.
Physical and Chemical Data. Fasman GD (editor). CRC Press,
Melalui enzim nukleosida difosfat kinase, UTP, GTP, dan 1976:296–304.
CTP dapat disintesis dari difosfatnya, misalnya, UDP Nicholls DG, Ferguson SJ: Bioenergetics, 4th ed. Elsevier, 2013.
bereaksi dengan ATP membentuk UTP.
NUKLEOSIDA
DIFOSFAT
KINASE
ATP + UDP ADP + UTP
(Uridin trifosfat)

12
B A B
Oksidasi Biologis
TUJUAN ■ Memahami arti potensial redoks dan menjelaskan bagaimana potensial redoks
dapat digunakan untuk memprediksi arah aliran elektron dalam sistem
Setelah mempeiajari bab biologis.
Anda diharapkan dapat: ■ Mengidentifikasi empat golongan enzim (oksidoreduktase) yang terlibat dalam
reaksi oksidase dan reduksi.
■ Menjelaskan kerja oksidase dan memberi contoh tempat oksidase berperan
penting dalam metabolisme
■ Menunjukkan dua fungsi utama dehidrogenase dan menjelaskan pentingnya
NAD dan dehidrogenase terkait-riboflavin dalam berbagai jalur metabolik,
seperti glikolisis, siklus asam sitrat, dan rantai respiratorik
■ Mengidentifikasi dua jenis enzim yang digolongkan sebagai hidroperoksidase;
menunjukkan reaksi yang dikatalisis enzim-enzim ini; dan menjelaskan
mengapa enzim-enzim ini penting.
■ Menyebutkan kedua tahap reaksi yang dikatalisis oleh oksigenase dan meng-
identifikasi kedua subkelompok dari golongan enzim-enzim ini.
■ Memahami peran sitokrom P450 dalam detoksifikasi obat dan sintesis steroid.
■ Menjelaskan reaksi yang dikatalisis superoksida dismutase dan menjelaskan
bagaimana reaksi ini melindungi jaringan dari toksisitas oksigen.
PERAN BIOMEDIS PERUBAHAN ENERGI BEBAS DAPAT

Secara kimiawi, oksidasi didefinisikan sebagai pengeluaran DINYATAKAN DALAM POTENSIAL
elektron dan reduksi sebagai penambahan elektron. Karena
itu, oksidasi molekul (elektron donor) oksidasi selalu disertai REDOKS
oleh pengurangan molekul kedua (akseptor elektron). Prinsip Dalam reaksi yang melibatkan oksidasi dan reduksi,
oksidasi-reduksi ini juga berlaku bagi sistem biokimia dan perubahan energi bebas setara dengan kecenderungan
merupakan konsep penting yang mendasari pemahaman reaktan mendonasikan atau menerima elektron. Oleh sebab
tentang sifat oksidasi biologis. Perhatikan bahwa banyak itu, selain menyatakan perubahan energi bebas dalam bentuk
oksidasi biologis berlangsung tanpa partisipasi oksigen ∆G0' (Bab 11), dengan cara yang sama kita dapat me-
molekular, misalnya dehidrogenasi. Kehidupan hewan tingkat nyatakannya secara numerik sebagai potensial redoks atau
tinggi bergantung mutlak pada pasokan oksigen untuk oksidasi-reduksi (E'0). Potensial redoks suatu sistem (E0)
respirasi, yaitu proses sel memperoleh energi dalam bentuk biasanya dibandingkan dengan potensial elektroda hidrogen
ATP dari reaksi terkendali hidrogen dengan oksigen untuk (0,0 volt pada pH 0,0). Namun, untuk sistem biologis,
membentuk air. Selain itu, oksigen molekular dapat ber- potensial redoks (E'0) biasanya dinyatakan pada pH 7,0,
gabung dengan berbagai zat atas bantuan enzim yang disebut dengan pH potensial elektroda hidrogen sebesar -0,42 volt.
oksigenase; banyak obat, polutan, dan karsinogen kimia Beberapa potensial redoks dari sebagian sistem redoks yang
(xenobiotik) dimetabolisme oleh enzim kelas ini yang dikenal penting pada biokimia mamalia diperlihatkan di Tabel 12-1.
sebagai sistem sitokrom P450. Pemberian oksigen dapat me- Posisi relatif sistem redoks dalam tabel memungkinkan kita
nyelamatkan nyawa pada penanganan pasien dengan ke- memperkirakan arah aliran elektron dari satu rangkaian
gagalan pernapasan atau sirkulasi. reaksi redoks ke rangkaian reaksi redoks lainnya.
119

120 BAGIAN III Bioenergetika
TABEL 12-1 Beberapa Potensial Redoks yang Penting pada AH2 1

/2O2 AH2 O2
Sistem Oksidasi Mamalia. (Red)
Oksidase Oksidase
Sistem E'0 Volt
A H 2O A H2O2
H+/H2 −0,42
(Oks)
NAD+/NADH −0,32 A B
Lipoat; oks/red −0,29

GAMBAR 12-1 Oksidasi suatu metabolit yang dikatalisis oleh
oksidase yang (A) membentuk H2O, dan (B) membentuk H2O2.
Asetoasetat/3-hidroksibutirat −0,27
Piruvat/laktat −0,19
Fe3+ dan Fe2+ sewaktu oksidasi dan reduksi. Selain itu,
Oksaloasetat/malat −0,17
terdapat dua atom Cu yang masing-masing berikatan dengan
Fumarat/suksinat +0,03 satu unit heme.
Sitokrom b; Fe /Fe +0,08
Oksidase Lainnya Adalah Flavoprotein
3+ 2+
Ubikuinon; oks/red +0,10

Enzim flavoprotein mengandung flavin mononukleotida
Sitokrom c1; Fe3+/Fe2+ +0,22 (FMN) atau flavin adenin dinukleotida (FAD) sebagai gugus
Sitokrom a; Fe3+/Fe2+ +0,29 prostetik. FMN dan FAD dibentuk dalam tubuh dari vitamin
riboflavin (lihat Bab 44). FMN dan FAD biasanya berikatan
Oksigen/air +0,82
secara erat, tetapi bukan secara kovalen—dengan protein
apoenzim masing-masing. Metaloflavoprotein mengandung
Enzim yang berperan dalam oksidasi dan reduksi disebut satu atau lebih logam sebagai kofaktor esensial. Contoh enzim
oksidoreduktase dan diklasifikasikan menjadi empat flavoprotein antara lain adalah asam L-amino oksidase, enzim
kelompok: oksidase, dehidrogenase, hidroperoksidase, dan yang terdapat di ginjal dengan spesifisitas umum untuk
oksigenase. deaminasi oksidatif asam-asam L-amino alami; xantin
oksidase, yang mengandung molibdenum dan berperan
OKSIDASE MENGGUNAKAN penting dalam perubahan basa purin menjadi asam urat (lihat
OKSIGEN SEBAGAI AKSEPTOR Bab 33), dan sangat penting pada hewan urikotelik (lihat Bab
28) dan aldehida dehidrogenase, suatu enzim terkait-FAD
HIDROGEN yang terdapat di hati mamalia yang mengandung
Oksidase mengatalisis pengeluaran hidrogen dari suatu molibdenum dan besi nonheme serta bekerja pada substrat
substrat yang menggunakan oksigen sebagai akseptor hidro- aldehida dan N-heterosiklik. Mekanisme oksidasi dan
gen.* Enzim ini menghasilkan air atau hidrogen peroksida reduksi enzim-enzim ini sangat kompleks. Bukti meng-
sebagai produk reaksi (Gambar 12-1). isyaratkan adanya reaksi dua tahap seperti diperlihatkan di
(Gambar 12-2).
Sitokrom oksidase adalah Hemoprotein
Sitokrom oksidase adalah suatu hemoprotein yang ter- DEHIDROGENASE TIDAK DAPAT
distribusi luas dalam banyak jaringan, memiliki gugus
prostetik heme yang biasa terdapat di mioglobin, hemo- MENGGUNAKAN OKSIGEN
globin dan sitokrom lain (lihat Bab 6). Enzim ini adalah SEBAGAI AKSEPTOR HIDROGEN
komponen terminal pada rantai pembawa respiratorik yang
Terdapat sejumlah besar enzim dalam kelas dehidrogenase.
terdapat di mitokondria (lihat Bab 13) dan memindahkan
Enzim-enzim ini melaksanakan dua fungsi utama:
elektron yang terbentuk dari oksidasi molekul substrat oleh
dehidrogenase ke akseptor akhirnya, yaitu oksigen. Kerja 1. Memindahkan hidrogen dari satu substrat ke substrat lain
enzim ini dihambat oleh karbon monoksida, sianida, dan dalam suatu reaksi gabungan oksidasi-reduksi (Gambar
hidrogen sulfida, dan penghambatan ini menyebabkan 12-3). Dehidrogenase ini spesifik untuk substratnya tetapi
keracunan dengan menghambat respirasi seluler. Enzim ini sering menggunakan koenzim atau pembawa hidrogen
disebut juga "sitokrom α3" Namun, sekarang diketahui yang umum, misalnya NAD+. Karena reaksi ini bersifat
bahwa heme α3 berkombinasi dengan heme lain, heme α, reversibel, sifat tersebut memungkinkan ekuivalen pe-
dalam satu protein tunggal membentuk kompleks enzim reduksi dipindahkan secara bebas di dalam sel. Reaksi
sitokrom oksidase dan karena itu enzim ini lebih tepat jenis ini yang memungkinkan oksidasi satu substrat
disebut sitokrom αα3. Kompleks ini mengandung dua dengan mengorbankan substrat lain, sangat penting agar
molekul heme, masing-masing memiliki satu atom Fe yang proses oksidatif terjadi meskipun tidak terdapat oksigen,
berpindah-pindah antara contohnya selama fase anaerob glikolisis (lihat Gambar
17-2).
2. Pemindahan elektron pada rantai respiratorik transpor
*Istilah "oksidase" kadang digunakan secara kolektif untuk me- elektron dari substrat ke oksigen (Gambar 13-3).
namakan semua enzim yang mengatalisis reaksi yang melibatkan
oksigen molekular.

BAB 12 Oksidasi biologis 121
R R R
H H
H3C N N O H3C N N O H3C N N O
Substrat
Substrat + +
NH NH NH teroksidasi
H3C N H3C N H3C N
O O H O
H H
Teroksidasi flavin Semikuinon
+
(H + e ) – +
H + e )( – Reduksi
(FAD) tengah
flavin (FADH2)
GAMBAR 12-2 Oksidoreduksi cincin isoaloksazin dalam nukleotida flavin melalui zat antara semikuinon. Dalam
reaksi oksidasi, flavin (misalnya, FAD) menerima 2 elektron dan 2 H+ dalam 2 tahap, membentuk semikuinon tengah diikuti
oleh reduksi flavin (misalnya, FADH2) dan substrat teroksidasi. Dalam membalikkan reaksi (reduksi), reduksi flavin
meninggalkan 2 elektron dan 2 H+ sehingga menjadi teroksidasi (misalnya, untuk FAD) dan substrat reduksi.
Banyak Dehidrogenase di mana reaksi reduktif diperlukan, seperti di jalur ekstra-

mitokondria sintesis asam lemak (lihat Bab 23) dan sintesis
Bergantung pada Koenzim Nikotinamid
steroid (lihat Bab 26)—dan juga di jalur pentosa fosfat (lihat
Dehidrogenase golongan ini menggunakan nikotinamida Bab 20).
adenin dinukleotida (NAD+) atau nikotinamida adenin
dinukleotida fosfat (NADP+) atau keduanya yang terbentuk Dehidrogenase Lain
di tubuh dari vitamin niasin (lihat Bab 44). Struktur pada
NAD+ ditunjukkan pada (Gambar 12-4). NADP+ memiliki
Bergantung pada Riboflavin
gugus fosfat diesterifikasi untuk 2' hidroksil dari bagian Gugus flavin seperti FMN dan FAD serupa dengan
adenosin nya, tetapi sebaliknya identik dengan NAD+. Bentuk dehidrogenase yang terdapat pada oksidase. FAD adalah
teroksidasi dari kedua nukleotida memiliki muatan positif akseptor elektron dalam reaksi dari jenis:
pada atom nitrogen dari bagian nikotinamida seperti yang
ditunjukkan pada (Gambar 12-4). Koenzim direduksi oleh H H
substrat spesifik dehidrogenase dan direoksidasi oleh akseptor 1 + FADH R
R C C R1 + FAD R C C 2
elektron yang sesuai. Koenzim-koenzim ini dapat dengan
bebas dan reversibel terdisosiasi dari apoenzim masing- H H H H
masing.
FAD menerima 2 elektron dan 2 H+ dalam reaksi (Gambar
Secara umum, dehidrogenase terkait-NAD mengatalisis
12-2), membentuk FADH2. Gugus-gugus ini umumnya
reaksi oksidoreduksi dari jenis:
terikat lebih erat pada apoenzim masing-masing daripada
OH O koenzim nikotinamid. Sebagian besar dehidrogenase terkait
riboflavin berhubungan dengan pemindahan elektron dalam
R C R1 + NAD+ R C R1 + NADH + H+
(atau ke) rantai respiratorik (lihat Bab 13). NADH dehidro-
H genase bekerja sebagai pembawa elektron antara NADH dan
Ketika substrat teroksidasi, kehilangan 2 atom hidrogen dan 2 komponen-komponen dengan potensial redoks yang lebih
elektron. Satu H+ dan kedua elektron diterima oleh NAD+ tinggi (lihat Gambar 13-3) . Dehidrogenase lain seperti
untuk membentuk NADH dan H+ lainnya dilepaskan suksinat dehidrogenase, asil-KoA dehidrogenase, dan
(Gambar 12-4). Banyak mengatalisis reaksi oksidoreduksi gliserol-3-fosfat dehidrogenase mitokondria memindahkan
dalam jalur oksidatif metabolisme, terutama dalam glikolisis ekuivalen pereduksi langsung dari substrat ke rantai respira-
(Bab 17), dalam siklus asam sitrat (Bab 16). NADH yang torik (lihat Gambar 13–5) . Peran lain dehidrogenase
dihasilkan dalam jalur ini melalui oksidasi dari bahan bakar dependen flavin adalah pada reaksi dehidrogenasi (oleh
molekul, dan NAD+ diregenerasi oleh oksidasi pada NADH dihidrolipoil dehidrogenase) lipoat tereduksi, suatu zat
karena memindahkan elektron untuk O2 melalui rantai antara dalam dekarboksilasi oksidatif piruvat dan α-
respirasi di mitokondria, proses yang menyebabkan untuk ketoglutarat ( lihat Gambar 13–5 dan 17–5). Flavoprotein
pembentukan pada ATP (lihat Bab 13). Dehidrogenase pemindah elektron (electron-transferring flavoprotein, ETF)
terkait-NADP ditemukan jalur secara karakteristik biosintesis adalah suatu pembawa perantara antara asil-KoA dehidro-
genase dan rantai respiratorik (lihat Gambar 13-5).
AH2 Pembawa BH2
(Red) (Oks) (Red) Sitokrom Juga Dapat
Dianggap Sebagai Dehidrogenase
A Pembawa–H2 B Sitokrom adalah hemoprotein yang mengandung besi dengan
(Oks) (Red) (Oks)
atom besi yang berubah-ubah antara Fe3+ dan Fe2+ selama
Dehidrogenase Dehidrogenase
spesifik untuk A spesifik untuk B
oksidasi dan reduksi. Kecuali sitokrom oksidase (telah dijelaskan
sebelumnya), sitokrom diklasifikasikan sebagai dehidrogenase.
GAMBAR 12-3 Oksidasi suatu metabolit yang dikatalisis oleh Dalam rantai respiratorik,
pasangan dehidrogenase.

H O H H O
NH2 NH2
O– O–
+ +
O P O N O P O N
O O
H+
O O
OH OH NH2 OH OH NH2
N N
N N
O P O N Substrat/produk O P O N
N teroksidasi N
O O
O– OH O O–
NAD+ + C C + NADH + H+
OH OH OH OH
H
Substrat / produk
direduksi
GAMBAR 12-4 Oksidasi dan reduksi koenzim nikotinamida. Koenzim nikotinamida terdiri dari cincin
nikotinamida terkait dengan adenosin melalui ribosa dan gugus fosfat, membentuk dinukleotida. NAD+ / NADH
yang ditampilkan, tapi NADP+ / NADPH adalah identik kecuali memiliki gugus fosfat diesterifikasi dengan 2'OH dari
adenosin tersebut. Reaksi oksidasi melibatkan transfer pada dua elektron dan satu H+ dari substrat ke cincin
nikotinamida dari NAD+ membentuk NADH dan produk teroksidasi. Hidrogen yang tersisa dari pasangan hidrogen
dihapus dari substrat tetap bebas pada ion hidrogen. NADH dioksidasi menjadi NAD+ oleh membalikkan reaksi.
sitokrom berperan sebagai pembawa elektron dari flavoprotein oleh peroksidase, hidrogen peroksida mengalami reduksi
di satu pihak dan sitokrom oksidase di pihak lain (lihat dengan mengorbankan beberapa bahan yang akan berlaku
Gambar 13–5). Beberapa sitokrom diketahui terdapat dalam sebagai akseptor elektron, misalnya askorbat (vitamin c),
rantai respiratorik adalah sitokrom b, c1, c, dan sitokrom kuinon, dan sitokrom c. Reaksi yang dikatalisis oleh
oksidase. Sitokrom juga ditemukan di lokasi lain, mis. peroksidase tidaklah sederhana, tetapi reaksi keseluruhan
retikulum endoplasma (sitokrom P450 dan b5), dan di sel adalah sebagai berikut:
tumbuhan, bakteri, dan ragi. PEROKSIDASE
H2O2 + AH2 2H2O + A
HIDROPEROKSIDASE
Di eritrosit dan jaringan lain, enzim glutation peroksidase,
MENGGUNAKAN HIDROGEN yang mengandung selenium sebagai gugus prostetik, menga-
PEROKSIDA ATAU PEROKSIDA talisis destruksi H2O2 dan hidroperoksida lipid melalui
konversi glutation tereduksi menjadi bentuk teroksidasi,
ORGANIK SEBAGAI SUBSTRAT sehingga lipid membran dan hemoglobin terlindung dari
Dua jenis enzim yang ditemukan baik di hewan maupun oksidasi oleh peroksida (lihat Bab 21).
tumbuhan termasuk ke dalam kategori hidroperoksidase ini:
peroksidase dan katalase. Katalase Menggunakan Hidrogen Peroksida
Hidroperoksidase memainkan peran penting dalam
melindungi tubuh terhadap efek berbahaya dari spesies
Sebagai Donor Elektron & Akseptor Elektron
oksigen reaktif (ROS). ROS adalah oksigen sangat reaktif Katalase adalah suatu hemoprotein yang mengandung
yang mengandung molekul seperti peroksida yang ter- empat gugus heme. Hal ini dapat bertindak sebagai
bentuk selama metabolisme normal, tetapi dapat merusak peroksidase, mengkatalis reaksi dari jenis yang ditunjukkan
jika berakumulasi. Mungkin menyebabkan penyakit yang di atas, tetapi juga mampu untuk mengkatalisis kerusakan
mencakup kanker dan aterosklerosis, serta proses penuaan pada H2O2 dibentuk oleh aksi dari oksigenase air dan
pada umumnya (lihat Bab 21, 44, 54). oksigen:
KATALASE
Peroksidase Mereduksi 2H2O2 2H2O + O2
Peroksida dengan Menggunakan Berbagai
Akseptor Elektron Reaksi ini juga mampu menggunakan satu molekul H2O2
sebagai donor elektron substrat dan molekul H2O2 lainnya
Peroksidase ditemukan dalam susu dan di leukosit, trombosit,
sebagai oksidan atau akseptor elektron. Ini adalah salah satu
dan jaringan lain yang terlibat dalam metabolisme eikosanoid
reaksi enzim tercepat dikenal, menghancurkan jutaan dari
(Bab 23). Gugus prostetik adalah protoheme. Dalam reaksi
molekul H2O2 secara potensi merusak per detik.
yang dikatalisis

Pada kebanyakan kondisi in vivo, aktivitas peroksidase (oksidase), yang mengandung besi; dan L-triptofan dioksi-
katalase tampaknya lebih cenderung terjadi. Katalase genase (triptofan pirolase) (lihat Bab 29) yang menggunakan
ditemukan dalam darah, sumsum tulang, membran mukosa, heme.
ginjal, dan hati. Peroksisom ditemukan di banyak jaringan, Monooksigenase (Hidroksilase, Oksidase
meliputi hati. Organel ini kaya akan oksidase dan katalase.
Oleh sebab itu, enzim yang menghasilkan H2O2 dikelompok- Fungsi-Campuran) Hanya Memasukkan Satu
kan dengan enzim yang mengelompokkannya. Namun, Atom Oksigen Molekular ke Dalam Substrat
sistem transpor elektron mitokondria dan mikrosom serta Atom oksigen yang lain direduksi menjadi air dengan
xantin oksidase harus dipertimbangkan sebagai sumber memerlukan suatu donor elektron atau kosubstrat (Z) agar
tambahan H2O2. reaksi ini berlangsung.
OKSIGENASE MENGATALISIS A ´ H + O 2 + ZH 2 → A ´ OH + H 2 O + Z
PEMINDAHAN LANGSUNG &
Sitokrom P450 Adalah
PENGGABUNGAN OKSIGEN KE Monooksigenase yang Penting untuk
DALAM MOLEKUL SUBSTRAT Detoksifikasi Banyak Obat & untuk
Oksigenase berhubungan dengan sintesis atau penguraian Hidroksilasi Steroid
berbagai jenis metabolit. Enzim golongan ini mengatalisis Sitokrom P450 adalah superfamili penting monooksi-
penggabungan oksigen ke dalam suatu molekul substrat dalam genase yang mengandung heme, dan lebih >50 enzim
dua tahap: (1) oksigen berikatan dengan enzim di bagian golongan ini telah ditemukan dalam genom manusia.
aktifnya, dan (2) oksigen yang terikat tersebut direduksi atau Sitokrom ini terutama bertempat di retikulum endoplasma
dipindahkan ke substrat. Oksigenase dapat dibagi menjadi dua hati dan usus, tetapi juga ditemukan di mitokondria
subkelompok, dioksigenase dan monooksigenase. beberapa jaringan. Sitokrom berpartisipasi dalam rantai
Dioksigenase Menggabungkan Kedua Atom transpor elektron di mana kedua NADH dan NADPH
dapat mendonasikan ekuivalen pereduksi. Elektron
Oksigen Molekular ke dalam Substrat
dilewatkan ke sitokrom P450 dalam dua jenis pada reaksi
Reaksi dasar yang dikatalisis oleh dioksida diperlihatkan di yang melibatkan FAD atau FMN. Sistem kelas 1 terdiri dari
bawah: FAD mengandung enzim reduktase, protein besi sulfur
A + O2 → AO2 (Fe2S2) dan protein heme P450, sedangkan sistem kelas II
mengandung sitokrom P450 reduktase yang melewati
Contoh mencakup enzim hati, homogentisat dioksige- elektron dari FADH2 ke FMN (Gambar 12-5). Sistem kelas
nase (oksidase) dan 3-hidroksiantranilat dioksigenase I dan II dikarakterisasi dengan baik, tetapi dalam beberapa
tahun terakhir lainnya sitokrom
P450 kelas I
REDUKTASE Fe2S2 P450

NAD(P)H
FAD FADH2 Fe3+ Fe2+ O2+RH H2O+ROH
Hidroksilasi
P450 kelas II
P450 REDUKTASE P450

NAD(P)H Hidroksilasi
FAD FMN FMNH2 O2+RH H2O+ROH
Sitokrom b5 O2+Oleoil KoA

b5 REDUKTASE
NADH b5 Stearoil KoA + H2O
FAD FADH2
Stearoil KoA Desaturasi
P450 REDUKTASE P450

Hidroksilasi
FAD FMN FMNH2 O2+RH H2O+ROH
GAMBAR 12-5 Sitokrom P450 dan b5 di dalam retikulum endoplasmik. Kebanyakan sitokrom
p450 kelas I atau kelas II. Sebagai tambahan sitokrom p450, sistem kelas I mengandung FAD kecil
yang mengandung reduktase dan protein besi sulfur, dan kelas II mengandung sitokrom p450
reduktase, yang menggabungkan FAD dan FMN. Sitokrom p450 mengkatalis berbagai reaksi
hidroksilasi steroid dan langkah-langkah detoksifikasi obat. Tindakan sitokrom b5 dalam konjungsi
dengan FAD mengandung sitokrom b5 reduktase dalam reaksi lemak asil koA desaturasi (misalnya,
stearoil koA desaturasi) dan juga bekerja sama dengan sitokrom p450 dalam detoksifikasi obat. Hal
ini dapat menerima elektron dari sitokrom p450 reduktase melalui sitokrom b5 reduktase dan
mendonasikannya untuk sitokrom p450.

Substrat A-H
P450-A-H
Fe3+
e– P450-A-H
P450
NADPH-Sit P450 reduktase
Fe2+
Fe3+ NADP+ FADH2 2Fe2S23+
O2
e– –
NADPH + H+ FAD 2Fe2S22+ CO
2H+ P450-A-H
Fe2+ O2
H2O
P450-A-H
Fe2+ O2–
A-OH
GAMBAR 12-6 Siklus sitokrom P450 hidroksilase. Sistem yang diperlihatkan sangat khas untuk
steroid hidroksilase pada korteks adrenal. Sitokrom P450 hidroksilase mikrosom hati tidak memerlukan
protein besi-sulfar Fe2S2. Karbon monoksida (CO) menghambat tahap yang ditandai.
P450s yang tidak masuk ke dalam salah satu kategori telah

diidentifikasikan. Pada langkah oksigen akhir menerima
SUPEROKSIDA DISMUTASE
elektron dari sitokrom P450 dan direduksi, dengan satu MELINDUNGI ORGANISME AEROB
atom yang tergabung ke dalam H2O serta lainnya ke dalam
substrat, biasanya dihasilkan di dalam hidroksilasi. DARI TOKSISITAS OKSIGEN
Rangkaian reaksi enzimatik yang secara kolektif dikenal
Pemindahan elektron tunggal ke O2 menghasilkan radikal
sebagai siklus hidroksilase (Gambar 12–6). Di retikulum
bebas anion superoksida (O2 − ), radikal bebas ini
endoplasma hati, sitokrom P450 ditemukan bersama-sama
menyebabkan terbentuknya reaksi berantai radikal bebas
dengan heme lain yang mengandung protein, sitokrom b5 (lihat Bab 21), yang berpotensi merusak. Pembentukan
dan besama memiliki peran penting dalam metabolisme
superoksida terbentuk dari oksigen di jaringan dan
dan detoksifikasi obat. Sitokrom b5 juga memiliki peran
keberadaan superoksida dismutase (SOD), enzim yang
penting sebagai desaturasi asam lemak. Bersama-sama,
bertanggung jawab untuk membersihkan zat ini di semua
sitokrom P450 dan b5 bertanggung jawab atas sekitar 75%
organisme aerob (meskipun tidak pada anaerob obligat)
modifikasi dan degradasi obat yang berlangsung di dalam
menunjukkan bahwa toksisitas potensial oksigen disebabkan
tubuh. Laju detoksifikasi banyak obat oleh sitokrom P450
oleh perubahannya menjadi superoksida.
menentukan lama kerjanya. Benzapiren, aminopirin, anilin,
morfin, dan benzamfetamin mengalami hidroksilasi se- Superoksida terbentuk jika flavin tereduksi—yang
hingga kelarutan dan ekskresinya menjadi lebih mudah. terdapat, contohnya dalam xantin oksidase—mengalami
Banyak obat seperti fenobarbital memiliki kemampuan reoksidasi secara univalen oleh oksigen molekular:
untuk menginduksi sintesis sitokrom P450.
EnZ − Flavin − H2 + O2 → EnZ − Flavin − H + O2− + H+
Sistem sitokrom P450 mitokondria ditemukan di
jaringan steroidogenik, misalnya korteks adrenal, testis,
ovarium, dan plasenta serta berhubungan dengan bio- Superoksida dapat mereduksi sitokrom c teroksidasi
sintesis hormon steroid dari kolesterol (hidroksilasi di C22
dan C20 di tempat pemutusan rantai-samping dan di posisi O2− + Cyt c (Fe3+ ) → O2 + Cyt c(Fe 2+ )
11β dan 18). Selain itu, sistem di ginjal yang mengatalisis 1α
dan 24-hidroksilase pada 25-hidroksikolekalsiferol dalam atau dihilangkan oleh superoksida dismutase, yang
−
metabolisme vitamin D—dan kolesterol 7α-hidroksilase dan mengkatalisis konversi pada O2 oksigen dan hidrogen
sterol 27-hidroksilase yang berperan dalam biosintesis asam peroksida.
empedu dari kolesterol di hati (lihat Bab 26, 41)—adalah Dalam reaksi ini, superoksida berfungsi sebagai oksidan
enzim P450. dan reduktan. Oleh sebab itu, superoksida dismutase
melindungi organisme aerob

dari efek superoksida yang berpotensi merugikan. Enzim ini ■ Jaringan terlindung dari toksisitas oksigen yang disebabkan
terdapat di semua jaringan aerob utama di mitokondria dan oleh radikal bebas superoksida oleh enzim spesirik superok-
sitosol. Meskipun terpajannya hewan oleh 100% oksigen sida dismutase.
dalam atmosfer menyebabkan peningkatan adaptif superok-
sida dismutase, terutama di paru-paru, namun pajanan
berkepanjangan menyebabkan kerusakan paru-paru dan REFERENSI
kematian. Berbagai antioksidan, misalnya α-tokoferol Babcock GT, Wikstrom M: Oxygen activation and the conservation
(vitamin E), bekerja sebagai pembersih radikal bebas dan of energy in cell respiration. Nature 1992;356:301.
mengurangi toksisitas oksigen (lihat Bab 44). Coon MJ: Cytochrome P450: Nature’s most versatile biological
catalyst. Annu Rev Pharmacol Toxicol 2005;4:1.
RINGKASAN Dickinson BC, Chang CJ: Chemistry and biology of reactive oxygen
■ Dalam sistem biologis, seperti pada sistem kimia, oksidasi species in signaling or stress responses. Nature Chem Biol
(hilangnya elektron) selalu disertai oleh reduksi suatu akseptor 2011;7:504.
elektron Harris DA: Bioenergetics at a Glance: An Illustrated Introduction.
■ Oksidoreduktase memiliki berbagai fungsi dalam metabolisme; Blackwell Publishing, 1995.
oksidase dan dehidrogenase berperan penting dalam respirasi; Johnson F, Giulivi C: Superoxide dismutases and their impact upon
hidroperoksidase melindungi tubuh dari kerusakan oleh human health. Mol Aspects Med 2005;26.
radikal bebas; dan oksigenase memerantarai hidroksilasi obat Nicholls DG, Ferguson SJ: Bioenergetics, 4th ed. Elsevier, 2013.
dan steroid.

13
B A B
Rantai Respiratorik
dan Fosforilasi Oksidatif
TUJUAN ■ Menjelaskan struktur membran ganda mitokondria dan menunjukkan lokasi

berbagai enzim.
Setelah mempelajari bab ini.
■ Memahami bahwa energi dari oksidasi substrat bahan bakar (lemak, karbohidrat,
Anda diharapkan dapat: asam amino) hampir semua dibebaskan di mitokondria sebagai ekivalen pereduksi,
yang diteruskan melalui proses yang disebut transpor elektron melalui serangkaian
pembawa atau kompleks redoks yang terdapat pada membran mitokondria dalam
yang dikenal sebagai rantai respiratorik hingga ekuivalen pereduksi akhirnya
bereaksi dengan oksigen membentuk air.
■ Menjelaskan empat kompleks protein yang terlibat dalam transfer elektron
melalui rantai respiratorik dan menjelaskan peran flavoprotein, protein besi
belerang, dan koenzim Q.
■ Memahami bagaimana koenzim Q menerima elektron dari NADH melalui
Kompleks I dan dari FADH2 melalui Kompleks II.
■ Menunjukkan bagaimana elektron diteruskan dari koenzim Q tereduksi ke
sitokrom c melalui Kompleks III dalam siklus Q.
■ Menjelaskan proses sitokrom c tereduksi dioksidasi dan oksigen direduksi
menjadi air melalui Kompleks IV.
■ Memahami bagaimana transport elektron melalui rantai respiratorik mencipta-
kan gradien proton di sepanjang membran mitokondria dalam, menyebabkan
peningkatan daya gerak proton dan menciptakan ATP melalui proses fosforilasi
oksidatif.
■ Menggambarkan struktur enzim ATP sintase dan menjelaskan bagaimana enzim
tersebut bekerja sebagai motor pemutar untuk memproduksi ATP dari ADP dan
Pi.
■ Mengidentifikasi lima kondisi yang mengendalikan laju respirasi di mitokondria
dan memahami bahwa oksidasi ekivalen pereduksi lewat rantai respiratorik dan
fosforilasi oksidatif terkait erat pada kebanyakan kondisi, sehingga satu proses
tidak dapat berlangsung jika proses lain tidak berfungsi.
■ Menunjukkan contoh-contoh racun umum yang menghambat respirasi atau
fosforilasi oksidatif dan mengidentifikasi tempat kerjanya.
■ Menjelaskan, dengan contoh, bagaimana uncoupler (pemisah kopel) dapat
bekerja sebagai racun dengan memisahkan oksidasi dari fosforilasi oksidatif
melalui rantai respiratorik, tetapi juga dapat memiliki peran fisiologis dengan
menciptakan panas tubuh.
■ Menjelaskan peran pertukaran transporter yang terdapat dalam membran
mitokondria dalam dalam memungkinkan ion dan metabolit menembus sambil
menjaga keseimbangan elektrokimia dan osmotik.
126

BAB 13 Rantai Respiratorik dan Fosforilasi Oksidatif 127
PERAN BIOMEDIS di membran dalam bersama dengan enzim rantai respi-

ratorik, ATP sintase, dan berbagai transporter membran.
Organisme aerob mampu menangkap jauh lebih banyak
proporsi energi bebas yang tersedia dalam substrat res-
piratorik daripada organisme anaerob. Sebagian besar proses
RANTAI RESPIRATORIK
ini berlangsung di dalam mitokondria yang disebut sebagai MENGOKSIDASI EKUIVALEN
"powerhouse" ("pabrik energi") sel. Respirasi digabungkan
dengan pembentukan zat antara berenergi-tinggi, yaitu PEREDUKSI & BERTINDAK SEBAGAI
ATP, oleh fosforilasi oksidatif. Sejumlah obat (misalnya POMPA PROTON
amobarbital) dan racun (misalnya sianida, karbon monok-
sida) menghambat fosforilasi oksidatif dan biasanya ber- Sebagian besar energi yang dibebaskan selama oksidasi
akibat fatal. Beberapa kelainan herediter pada mitokondria karbohidrat, asam lemak, dan asam amino terdapat di dalam
yang melibatkan komponen-komponen rantai respiratorik mitokondria sebagai ekuivalen pereduksi (reducing equi-
dan fosforilasi oksidatif pernah dilaporkan. Pasien datang valents) (_H atau elektron) (Gambar 13-2). Perhatikan
dengan miopati dan ensefalopati serta sering mengalami bahwa enzim-enzim siklus asam sitrat dan oksidasi-β (lihat
asidosis laktat. bab 22 dan 16), kompleks rantai respiratorik, dan
perlengkapan untuk fosforilasi oksidatif semua ditemukan
ENZIM SPESIFIK BERFUNGSI dalam mitokondria. Rantai respiratorik yang mengumpulkan
dan mengangkut ekuivalen pereduksi, serta mengarahkan
SEBAGAI PENANDA enzim-enzim tersebut menuju reaksi akhir dengan oksigen
KOMPARTEMEN-KOMPARTEMEN untuk menghasilkan air dan komponen fosforilasi oksidatif,
yaitu proses yang menangkap energi bebas yang dihasilkan
YANG DIPISAHKAN MEMBRAN sebagai fosfat berenergi-tinggi.
MITOKONDRIA Komponen Rantai Respiratorik Terkandung
Matriks mitokondria tertutup oleh membran ganda. dalam Empat Kompleks Protein Besar pada
Membran luar yang permeabel terhadap sebagian besar Membran Dalam Mitokondria
metabolit dan membran dalam yang permeabel selektif
Elektron mengalir melalui rantai respiratorik pada potensial
(Gambar 13-1). Membran luar ditandai oleh adanya berbagai
redoks 1,1 V dari NAD+/NADH ke O2/2H2O (lihat Tabel
enzim, termasuk asil-KoA sintetase dan gliserolfosfat asil-
12-1), yang melewati tiga kompleks protein besar; NADH-Q
transferase. Enzim lain, adenilil kinase dan kreatin kinase
oksidoreduktase (Kompleks I), tempat elektron dipindah-
ditemukan di ruang antarmembran. Fosfolipid kardiolipin
kan dari NADH ke koenzim Q (Q) (disebut juga ubikuinon)
terkonsentrasi di
(Gambar 13-6); Q-sitokrom c oksidoreduktase (Kompleks
III), yang meneruskan elektron tersebut ke sitokrom c; dan
sitokrom c oksidase (Kompleks IV), yang menuntaskan
rantai ini dengan memindahkan elektron tersebut ke O2 dan
menyebabkan elektron tereduksi menjadi H2O (Gambar 13-3).
Matriks Enzim membran dalam meliputi:
Beberapa substrat dengan potensial redoks yang lebih positif
Pembawa elektron (kompleks I-IV) daripada NAD+/ NADH (misalnya suksinat) menyalurkan
ATP sintase elektron ke Q melalui kompleks keempat, suksinat Q
Transporter membran
reduktase (Kompleks II), dan bukan kompleks I. Keempat
Enzim matriks kompleks ini terbenam di membran dalam mitokondria,
mitokondria meliputi:
Enzim siklus asam sitrat tetapi Q dan sitokrom c bersifat mobil. Q cepat berdifusi di
Ruang
Enzim oksidasi-B dalam membran, sementara sitokrom c merupakan suatu
Piruvat dehidrogenase
antar- Krista protein terlarut. Aliran elektron melalui Kompleks 1, III, dan
membran
IV menyebabkan proton terpompa dari matriks melewati
membran dalam mitokondria menuju ruang antarmembran
(Gambar 13–7).
Membran
dalam Flavoprotein dan Protein
Membran luar Besi-Belerang (Fe-S) Sebagai Komponen
Enzim membran luar meliputi:
Asil KoA sintetase Kompleks Rantai Respiratorik
Gliserolfosfat asil transferase
Flavoprotein (lihat Bab 12) adalah komponen penting
dalam Kompleks 1 dan II. Nukleotida flavin teroksidasi
GAMBAR 13-1 Struktur membran mitokondria. Perhatikan (FMN atau FAD) dapat mengalami reduksi pada reaksi yang
bahwa membran dalam mengandung banyak lipatan atau krista.
melibatkan pemindahan dua elektron (untuk membentuk
FMNH2 atau FADH2), tetapi senyawa ini juga dapat menyerap

Makanan
ATP
Pencernaan dan absorpsi

Lemak Asam lemak
+
β- Oksidasi
Gliserol O2
Siklus
Karbohidrat Glukosa, dll Asetil _ KoA asam 2H H2O
sitrat
Rantai respiratorik
Protein Asam amino
Mitokondria ADP
Sumber ekstramitokondria
ekivalen pereduksi
GAMBAR 13-2 Peran rantai respiratorik mitokondria dalam konversi energi makanan menjadi ATP. Oksidasi
nutrien utama menghasilkan ekuivalen pereduksi (2H) yang dikumpulkan oleh rantai respiratorik untuk proses
oksidasi sekaligus pembentukan ATP.
satu elektron untuk membentuk semikuinon (Gambar 12-2). terjadinya konversi suksinat menjadi fumarat dalam siklus
Protein besi-belerang (protein besi non-heme, Fe—S) asam sitrat (Gambar 16-3) dan elektron selanjutnya dipindah-
ditemukan pada Kompleks I, II, dan III. Protein-protein ini kan melalui beberapa inti Fe-S ke Q (Gambar 13-5).
dapat mengandung satu, dua, atau empat atom Fe yang Gliserol-3-fosfat (dihasilkan saat penguraian triasilgliserol atau
terikat pada atom sulfur anorganik dan atau melalui gugus dari proses glikolisis, Gambar 17-2) dan asil KoA juga
sistein-SH pada protein (Gambar 13-4). Fe—S ikut serta menyalurkan elektron ke Q melalui jalur berbeda yang melibat-
dalam reaksi pemindahan satu elektron, yaitu satu atom Fe kan flavoprotein (Gambar 13-5).
mengalami reaksi redoks antara Fe2+ dan Fe3+.
Siklus Q Menggabungkan Transfer Elektron
Q Menyerap Elektron Melalui Kompleks I dan
dengan Transpor Proton di Kompleks III
Kompleks II
NADH-Q oksidoreduktase atau kompleks I adalah suatu Elektron dipindahkan dari QH2 ke sitokrom c melalui
protein multi-subunit besar berbentuk L yang multi- Kompleks III (Q-sitokrom c oksidoreduktase):
subunit protein mengatalisis pemindahan elektron dari
NADH ke Q, bersamaan dengan pemindahan empat H+. QH2 + 2Sit cteroksidasi + 2H+matriks →
melewati membran:
Q + 2Sit ctereduksi + 4H+ruang antarmembran
NADH + Q + 5H+matriks → NAD + QH2 + 4H+ruang antarmembran Proses ini dipercayai melibatkan sitokrom c1, b1, dan bH serta
Rieska Fe-S (suatu Fe-S yang tidak-lazim dengan satu atom
Elektron dipindahkan dari NADH ke FMN, kemudian Fe yang terikat pada dua residu histidin dan bukan ke dua
menuju rangkaian inti Fe-S, dan akhirnya ke Q (Gambar
13-5). Di Kompleks II (suksinat-Q reduktase), FADH2 di-
bentuk sewaktu
Suksinat Fumarat
Kompleks II
suksinat-Q
reduktase
1/ O + 2H+
NADH + H+ 2 2
Q Sit c
NAD H2O
Kompleks I Kompleks III Kompleks IV

NADH-Q Q-sit c Sit c
oksidoreduktase oksidoreduktase oksidase
GAMBAR 13-3 Diagram aliran elektron melalui rantai respiratorik. (sit, sitokrom; Q. koenzim Q atau ubikuinon).

Pr Pr
Cys Cys
S S
Fe Pr
S S Cys
Cys Cys S
Pr Pr S Fe
A
Pr Cys S Fe S
Pr Pr
Cys Cys Fe S
S S S
S S Fe
Fe Fe Cys S
S
S S Cys
Pr
Cys Cys Pr
C
Pr Pr
B
GAMBAR 13-4 Protein besi-belerang (Fe-S). (A) Fe-S yang paling sederhana dengan satu Fe terikat
oleh empat sistein. (B) Inti 2Fe-2S (C) Inti 4Fe-4S. (Cys, sistein; Pr, apoprotein: , sulfur anorganik.)
residu sistein) (Gambar 13–5) dan dikenal sebagai siklus Q satu Q menjadi QH2, menyebabkan 2H+ diambil dari matriks
(Gambar 13-6). Q dapat berada dalam tiga bentuk, kuinon (Gambar 13-6). Perhatikan bahwa sewaktu Q membawa
teroksidasi, kuinol tereduksi, atau semikuinon (Gambar dua elektron, sitokrom hanya membawa satu, sehingga
13-6). Semikuinon terbentuk sebentar selama siklus, dan setiap oksidasi satu QH2 bergabung dengan reduksi dua molekul
satu siklus menghasilkan oksidasi 2QH2 menjadi Q, mem- sitokrom c melalui siklus Q.
bebaskan 4H+ ke dalam ruang antarmembran, dan reduksi
Gliserol-3-fosfat
4H+ 4H+ 2H+ 4H+

Ruang FAD
antarmembran Sit c Sit c
Kompleks I Kompleks II
Membran
Fe-S Q Sit b Sit b Q Fe-S
dalam Heme a + a3
mitokondria FMN Sit c1 CuACuB Sit c1 FAD
Fe-S Kompleks III Kompleks IV Kompleks III
Matriks
mitokondria
NADH + H+ NAD ETF Fumarat Suksinat
1/2O2 + 2H+ H 2O
Piruvat
Siklus asam sitrat FAD
Badan keton
Asil KoA
GAMBAR 13-5 Aliran elektron melalui kompleks rantai respiratorik, memperlihatkan tempat masuknya ekuivalen pereduksi dari berbagai
substrat penting. Q dan sit c merupakan komponen sistem yang mobil, ditunjukkan dengan tanda panah putus-putus. Aliran melalui Kompleks III
(siklus Q) diperlihatkan secara lebih rinci pada (Gambar 13-6). (ETF, flavoprotein pemindah elektron; Fe-S, protein besi-belerang;sit, sitokrom; Q,
koenzim Q atau ubikuinon.)

OH O OH
CH3O CH3
CH3
CH3O [CH2CH = CCH2]nH
OH O O
QH2: Bentuk tereduksi (kuinol) dari (QH2) Q: Bentuk teroksidasi (kuinon) penuh Q−: Bentuk semikuinon (radikal
bebas)
Sit c
Ruang
antarmembran 2H+ 2H+ Sit c
Sit c1 QH2 Q Q− QH2 Q

Membran
mitokondria
dalam
Fe-S bL bH bH bL Fe-S Sit c1
QH2
Matriks
mitokondria 2H+
GAMBAR 13-6 Siklus Q. Selama oksidasi QH2 menjadi Q, satu elektron dilepaskan ke sit c melalui Rieske Fe-S dan sit c1
dan elektron kedua dilepaskan ke sebuah Q untuk membentuk semikuinon melalui sit bL dan sit bH, disertai pembebasan 2H+
ke dalam ruang antarmembran. Proses serupa terjadi pada QH2, kedua, tetapi dalam hal ini, elektron kedua dilepaskan ke
semikuinon sehingga mereduksi semikuinon menjadi QH2, dan 2H+ diambil dari matriks. (sit, sitokrom; Fe-S, protein besi-
belerang; Q, koenzim Q atau ubikuinon.)
Oksigen Molekular Tereduksi Menjadi Air TRANSPOR ELEKTRON MELALUI

Melalui Kompleks IV RANTAI RESPIRATORIK
Sitokrom c tereduksi dioksidasi oleh kompleks IV (sitokrom
c oksidase), disertai oleh reduksi O2 menjadi dua molekul air: MENGHASILKAN GRADIEN PROTON
YANG MEMICU PEMBENTUKAN ATP
4Sit ctereduksi +O2 + 8H+matriks →
Aliran elektron melalui rantai respiratorik menghasilkan
4Sit cteroksidasi + 2H2O + 4H+ruang antarmembran ATP melalui proses fosforilasi oksidatif. Teori kemiosmo-
tik, yang dikemukakan oleh Peter Mitchell pada tahun 1961,
Pemindahan empat elektron dari sitokrom c ke O2 ini mendalilkan bahwa kedua proses ini digandeng oleh gradien
melibatkan dua gugus heme, α dan α 3, dan Cu (Gambar proton di sepanjang membran dalam mitokondria sehingga
13-5). Elektron pada awalnya dipindahkan ke sebuah inti daya gerak proton yang ditimbulkan oleh perbedaan
Cu (CuA) yang mengandung 2 atom Cu yang terikat potensial elektrokimia (negatif di sisi matriks) memicu
pada dua gugus protein sistein-SH (mirip suatu Fe-S), proses pembentukan ATP. Seperti telah diketahui, Kompleks
kemudian secara berurutan pada heme α , heme α 3, inti I, III, dan IV bekerja sebagai pompa proton. Karena
Cu kedua, CuB, yang terikat pada heme α 3, dan membran dalam mitokondria bersifat impermeabel terhadap
akhirnya pada O2. Dari delapan H+ yang dikeluarkan dari ion secara umum dan khususnya terhadap proton, proton
matriks, empat diantaranya digunakan untuk membentuk terakumulasi di ruang antarmembran yang menghasilkan
dua molekul air dan empat sisanya dipompa ke dalam daya gerak proton seperti diperkirakan dalam teori kemi-
ruang antarmembran. Jadi, untuk tiap pasangan elektron osmotik.
yang melintasi rantai respiratorik dari NADH atau ATP Sintase di Membran Berfungsi Sebagai
FADH2, 2H+ dipompa melewati membran oleh Kompleks
IV. O2 tetap terikat erat pada Kompleks IV sampai
Motor Pemutar untuk Membentuk ATP
tereduksi sempurna, dan hal ini meminimalkan pembebas- Daya gerak proton mengaktifkan ATP sintase di membran
an zat-zat antara yang berpotensi merusak, seperti anion yang jika terdapat Pi + ADP akan membentuk ATP. ATP
superoksida atau peroksida yang terbentuk jika O2 sintase terbenam di membran dalam, bersama dengan
menerima satu atau dua elektron (lihat Bab 12). kompleks rantai respiratorik (Gambar 13-7). Beberapa
subunit protein ini memiliki bentuk seperti bola yang
tersusun mengitari sebuah sumbu yang dikenal sebagai F1,
yang menonjol ke dalam matriks dan berperan

4H+ 4H+ 2H+ H+ Pemisah kopel

H+
Sit c H+
H+
H+
Ruang
antarmembran
Kompleks Kompleks Kompleks F0
Membran
I III IV
dalam Q
mitokondria
F1 H+
H+ H+
Matriks
mitokondria
NADH + H+ NAD 1 H2 O
/2O2 + 2H+
ADP + Pi ATP
Kompleks
II
Suksinat Fumarat
GAMBAR 13-7 Teori kemiosmotik tentang fosforilasi oksidatif. Kompleks I, III, dan IV bekerja sebagai pompa
proton yang menciptakan suatu gradien proton di sepanjang membran negatif di sisi matriks. Daya gerak proton yang
dihasilkan memicu sintesis ATP sewaktu proton mengalir balik ke dalam matriks melalui enzim ATP sintase (lihat
Gambar 13-8). Uncoupler pemisah kopel meningkatkan permeabilitas membran terhadap ion sehingga menurunkan
gradien proton dengan membiarkan H+ lewat tanpa melalui ATP sintase sehingga elektron yang bebas mengalir melalui
kompleks respiratorik dari sintesis ATP. (sit, sitokrom; Q, koenzim Q atau ubikuinon).
dalam mekanisme fosforilasi (Gambar 13-8). F1 melekat Dalam siklus asam sitrat selama perubahan suksinil KoA
pada suatu kompleks protein membran yang dikenal menjadi suksinat dua fosfat tambahan berenergi tinggi per
sebagai F0, yang juga terdiri dari beberapa subunit protein. mol glukosa diserap (lihat Bab 16). Semua fosforilasi ini
F0 menembus membran mitokondria dan membentuk suatu berlangsung di tingkat substrat. Untuk setiap mol substrat
kanal proton. Aliran proton melalui F0 menyebabkan F0 yang dioksidasi melalui Kompleks I, III, dan IV dalam rantai
berputar, dan memicu produksi ATP di kompleks F1 respiratorik (yaitu. melalui NADH), dibentuk 2,5 mol ATP
(Gambar 13-7 dan 13-8). Hal ini diperkirakan terjadi per separuh mol O2 yang dikonsumsi; yaitu, rasio P:O=2,5
melalui suatu binding change mechanism (mekanisme (Gambar 13-7). Di pihak lain, jika 1 mol substrat (mis.
perubahan ikatan) dengan perubahan konformasi subunit- suksinat atau 3-fosfogliserat) dioksidasi melalui Kompleks II,
β di F1 berubah sewaktu sumbu berputar dari konformasi III, dan IV, hanya 1,5 mol ATP yang terbentuk; yaitu. rasio
yang mengikat ATP secara erat ke konformasi yang P:O = 1,5. Reaksi-reaksi ini dikenal sebagai fosforilasi
membebaskan ATP dan mengikat ADP dan Pi sehingga oksidatif di tingkat rantai respiratorik. Dengan memper-
dapat dibentuk ATP berikutnya. Menurut perkiraan, untuk timbangkan angka-angka ini, dapat diperkirakan bahwa
setiap NADH yang teroksidasi, Kompleks I dan III masing- hampir 90% fosfat berenergi-tinggi yang dihasilkan dari
masing memindahkan empat proton dan Kompleks IV oksidasi sempurna 1 mol glukosa diperoleh melalui fosforilasi
memindahkan dua proton. oksidatif yang digabungkan dengan rantai respiratorik (Tabel
17-1).
RANTAI RESPIRATORIK
Kontrol Respiratorik Menjamin Pasokan ATP
MENGHASILKAN SEBAGIAN BESAR yang Konstan
ENERGI YANG DITANGKAP SELAMA Laju respiratorik mitokondria dapat dikendalikan oleh
KATABOLISME ketersediaan ADP. Hal ini terjadi karena oksidasi dan
fosforilasi berkopel erat; yaitu, oksidasi tidak dapat ber-
ADP menangkap (dalam bentuk fosfat berenergi-tinggi) cukup langsung melalui rantai respiratorik tanpa dibarengi oleh
banyak energi bebas yang dilepaskan melalui proses-proses fosforilasi ADP. Tabel 13-1 memperlihatkan lima keadaan
katabolik. ATP yang terbentuk dinamai juga "alat tukar" yang mengendalikan laju respirasi dalam mitokondria.
energi sel karena senyawa ini menyalurkan energi bebas Sebagian besar sel dalam keadaan istirahat berada di keadaan
untuk menjalankan proses-proses yang memerlukan energi 4, dan respirasi dikontrol oleh ketersediaan ADP. Jika sel
(lihat Gambar 11-6). melakukan kerja, ATP diubah menjadi ADP sehingga
Dalam reaksi glikolitik terjadi penyerapan langsung respirasi dapat meningkat yang
netto dua gugus fosfat berenergi tinggi (lihat Tabel 17-1).

tersedia dan dapat diserap berlangsung secara bertahap,

β
α α
efisien, dan terkendali—bukan eksplosif, inefisien, dan tidak
δ ATP
terkendali, seperti pada kebanyakan proses nonbiologis.
γ
β β Energi bebas sisanya yang tidak diserap sebagai fosfat
α
ADP + Pi ATP berenergi-tinggi dibebaskan sebagai panas. HaI ini jangan
dianggap sebagai "pemborosan" karena hal ini menjamin
keseluruhan sistem respiratorik cukup eksergonik untuk
digeser dari kesetimbangan sehingga ATP dapat terus
mengalir ke satu arah dan selalu tersedia. Hal ini juga ikut
b2 berperan mempertahankan suhu tubuh.
γ H+
Bagian dalam
BANYAK RACUN MENGHAMBAT
Membran
RANTAI RESPIRATORIK
mitokondria Banyak informasi mengenai rantai respiratorik diperoleh
dalam
a C C
melalui pemakaian inhibitor, dan, sebaliknya, hal ini juga
C
memberikan pengetahuan tentang mekanisme kerja be-
Bagian luar C
C C berapa racun (Gambar 13-9). Inhibitor dapat diklasifikasi-
kan sebagai inhibitor rantai respiratorik, inhibitor fosforilasi
oksidatif, dan uncoupler fosforilasi oksidatif.
H+
Barbiturat, misalnya amobarbital, menghambat pe-
GAMBAR 13-8 Mekanisme pembentukan ATP oleh ATP sintase. mindahan elektron melalui Kompleks I dengan meng-
Kompleks enzim terdiri dari sebuah subkompleks F0 yaitu suatu cakram hambat pemindahan elektron dari Fe-S ke Q. Pada dosis
subunit-subunit protein"C". Sebuah subunit γ dalam bentuk "as roda yang memadai, senyawa ini bersifat fatal in vivo. Anti-
bengkok" melekat pada subkompleks tersebut Proton-proton yang
melewati cakram unit "C" menyebabkan cakram dan subunit γ yang
misin A dan dimerkaprol menghambat rantai respiratorik di
melekat padanya berputar. Subunit γ masuk ke dalam subkompleks F1 kompleks III. Racun klasik H2S, karbon monoksida,
yang terdiri dari α tiga subunit dan tiga subunit β, yang melekat pada dan sianida menghambat Kompleks IV dan karenanya
membran dan tidak berputar. ADP dan Pi diserap secara bertahap oleh dapat menghentikan respirasi secara total. Malonat
subunit β untuk membentuk ATP, yang dilepaskan sewaktu subunit γ adalah inhibitor kompetitif kompleks II.
yang berputar memeras masing-masing subunit βsecara bergantian
dan mengubah konformasinya. Oleh karena itu,dihasilkan tiga molekul Atraktilosid menghambat fosforilasi oksidatif dengan
ATP perputaran. Untuk memperjelas, tidak semua subunit yang teiah menghambat pemindahan ADP ke dalam dan ATP keluar
berhasil diidentifikasi diperlihatkan—misalnya "as roda" tersebut juga mitokondria (Gambar 13-10). Antibiotik oligomisin meng-
memiliki sebuah subunit ε. hambat oksidasi dan fosforilasi sepenuhnya dengan meng-
hambat aliran proton melalui ATP sintase (Gambar 13-9).
selanjutnya memulihkan simpanan ATP. Dalam kondisi ter-
tentu, konsentrasi fosfat anorganik juga dapat meme- Uncoupler ("pemisah kopel") memisahkan oksidasi
ngaruhi laju fungsi rantai respiratorik. Sewaktu respirasi dalam rantai respiratorik dari fosforilasi (Gambar 13-7).
meningkat (seperti saat olah raga), sel mendekati keadaan 3 Senyawa ini bersifat toksik in vivo, menyebabkan respirasi
atau 5 sewaktu kapasitas rantai respiratorik menjadi jenuh menjadi tidak terkendali karena lajunya tidak lagi dibatasi
oleh konsentrasi ADP atau Pi. Pemisah kopel yang paling
atau PO2 menurun di bawah Km heme α3. Juga terdapat
kemungkinan bahwa transporter ADP/ATP, yang mem- sering digunakan adalah 2,4-dinitrofenol, tetapi senyawa
fasilitasi masuknya ADP sitosol ke dalam dan keluarnya ATP lain juga bekerja dengan cara serupa. Termogenin (atau
dari mitokondria, menjadi faktor penentu kecepatan. protein pemisah kopel) adalah pemisah kopel fisiologis yang
ditemukan di jaringan adiposa cokelat yang berfungsi
Oleh karena itu, mekanisme proses oksidatif biologis yang
menghasilkan panas tubuh, terutama pada neonatus dan
memungkinkan energi bebas hasil dari oksidasi bahan
hewan yang berhibernasi (Bab 25).
makanan
TABEL 13-1 Keadaan Kontrol Respiratorik TEORI KEMIOSMOTIK DAPAT
Kondisi yang Membatasi Laju Respirasi MENJELASKAN KONTROL
Keadaan 1 Ketersediaan ADP dan substrat RESPIRATORIK DAN KERJA
Keadaan 2 Hanya ketersediaan substrat PEMISAH KOPEL
Keadaan 3 Kapasitas rantai respiratorik itu sendiri, jika semua
Perbedaan potensial elektrokimia di kedua sisi membran,
substrat dan komponen berada dalam keadaan jenuh
begitu terbentuk sebagai hasil translokasi proton, akan
menghambat transpor lebih lanjut ekuivalen pereduksi
Keadaan 4 Hanya ketersediaan ADP
melalui rantai respiratorik kecuali jika terjadi translokasi-
Keadaan 5 Hanya ketersediaan oksigen balik (back-translocation) proton sepanjang membran
melalui ATP sintase. Hal ini selanjutnya bergantung pada
ketersediaan ADP dan Pi.

Malonat
Kompleks II
FAD
Suksinat
Fe-S
– Karboksin
TTFA H 2S
BAL CO
– CN–
Antimisin A
– Kompleks IV
Kompleks I Kompleks III
heme a heme a3
NADH FMN, Fe-S Q Sit b, Fe-S, Sit c1 Sit c O2
Cu Cu
Pierisidin A
– –
Pemisah kopel – Amobarbital – Pemisah –
Rotenon kopel
Oligomisin – – Oligomisin –
ADP + Pi ATP ADP + Pi ATP ADP + Pi ATP
GAMBAR 13-9 Tempat-tempat inhibisi (⊝) pada rantai respiratorik oleh obat, bahan kimia, dan antibiotik
tertentu. (BAL, dimerkaprol; TTFA, suatu agen pengikat-Fe [Fe-chelating agent]. Singkatan lain seperti di Gambar 13-5)
Pemisah kopel (misalnya dinitrofenol) bersifat amfi- membran dalam mitokondria terhadap proton sehingga
fatik (Bab 15) dan meningkatkan permeabilitas lipoid potensial elektrokimia menurun dan memintas ATP
sintase (Gambar 13-7). Dengan cara ini, oksidasi dapat
Membran
berlangsung tanpa fosforilasi.
Bagian luar
mitokondria Bagian dalam
N-Etilmaleimid
dalam
IMPERMEABILITAS RELATIF
OH– MEMBRAN DALAM MITOKONDRIA
1
N-Etilmaleimid
H2PO4– MEMERLUKAN
–
hidroksisinamat
Piruvat– TRANSPORTER PENUKAR
2 Di membran, terdapat sistem difusi pertukaran yang
H+ melibatkan protein-protein transporter (yang menembus
–
membran) untuk pertukaran anion terhadap ion OH– dan
HPO42–
kation terhadap ion H+. Sistem semacam ini diperlukan untuk
3
Malat2–
menyerap dan mengeluarkan metabolit terionisasi sementara
keseimbangan listrik dan osmotik tetap dipertahankan.
Malat2– Membran dalam mitokondria bersifat permeabel terhadap
4 molekul kecil tidak bermuatan, misalnya oksigen, air, Co2,
Sitrat3–
+ H+ NH3, dan asam monokarboksilat, misalnya 3-hidroksibutirat,
asetoasetat, dan asetat, secara khusus dalam tidak terdisosiasi
Malat2– ini, bentuk lipid lebih terlarut. Asam lemak rantai-panjang
5
diangkut ke dalam mitokondria melalui sistem karnitin
α- ketoglutarat2–
– (Gambar 22-1), dan juga terdapat carrier khusus untuk
piruvat yang melibatkan suatu simpor (symport) yang
ADP3–
6 memanfaatkan gradien H+ dari luar ke dalam mitokondria
ATP4– (Gambar 13–10). Namun, anion dikarboksilat dan
Atraktilosida trikarboksilat (misalnya, malat, sitrat) serta asam amino
memerlukan sistem transporter atau carrier spesifik untuk
GAMBAR 13-10 Sistem transporter di membran dalam memfasilitasi zat-zat ini menembus membran.
mitokondria. ➀ Transporter fosfat, ➁ simpor piruvat, ➂ trans- Transpor anion di− dan trikarboksilat berkaitan erat
porter dikarboksilat, ➃ transporter trikarboksilat, ➄ transporter α- dengan transpor fosfat anorganik, yang mudah menembus
ketoglutarat, ➅■transporter adenin nukleotida. N-Etilmaleimid,
hidroksisinamat, dan atraktilosida menghambat (⊝) sistem-sistem
dalam bentuk ion H2PO4− untuk dipertukarkan dengan OH−.
yang ditandai. Terdapat juga (tetapi tidak diperlihatkan) sistem Ambilan netto malat oleh transporter dikarboksilat me-
transporter untuk glutamat/aspartat (Gambar 13-13), glutamin, merlukan fosfat anorganik untuk dipertukarkan dalam arah
ornitin, asam amino netral, dan karnitin (Gambar 22-1). berlawanan. Ambilan netto sitrat, isositrat, atau cis-akonitat
oleh transporter trikarboksilat memerlukan malat dalam
pertukarannya. Transpor α- ketoglutarat juga

Membran
Bagian luar mitokondria Bagian dalam mis. valinomisin (K+). Pemisah kopel klasik, misalnya
dalam
dinitrofenol, pada kenyataannya adalah suatu inofor proton.
F1
ATP Sintase
Transhidrogenase Pemindah-Proton Adalah
3H+
Sumber NADPH Intramitokondria
Transhidrogenase terkait-energi, suatu protein di mem-
bran dalam mitokondria, mengkopel aliran proton menurut
ATP4–
gradien elektrokimia dari luar ke dalam mitokondria dengan
ATP4– pemindahan H dari NADH intramitokondria ke NADPH
2
ADP3– ADP3– untuk enzim-enzim intramitokondria, misalnya glutamat
dehidrogenase dan berbagai hidroksilase yang berperan
Pi–
1 dalam sintesis steroid.
H+ H+
GAMBAR 13-11 Kombinasi transporter fosfat dengan Oksidasi NADH Ekstramitokondria

transporter adenin nukleotida dalam Asintesis ATP. Simpor H
+/P yang diperlihatkan di gambar setara dengan antipor P /OH–
Diperantarai oleh Pengangkut Substrat
i i
yang diperlihatkan di (Gambar 13-10). NADH tidak dapat menembus membran mitokondria,
tetapi dihasilkan secara terus-menerus di sitosol oleh 3-
memerlukan pertukaran dengan malat. Transporter fosfogliseraldehid dehidrogenase, suatu enzim dalam
adenin nukleotida memungkinkan pertukaran ATP dan proses glikolisis (lihat Gambar 17-2). Namun, dalam
ADP, tetapi tidak AMP. Transporter ini sangat penting kondisi aerob, NADH ekstramitokondria tidak terakumulasi
agar ATP dapat keluar dari mitokondria ke tempat-tempat dan diperkirakan teroksidasi oleh rantai respiratorik di
pemakaiannya di luar mitokondria dan memungkinkan mitokondria. Pemindahan ekuivalen pereduksi melalui
ADP kembali ke dalam mitokondria untuk menghasilkan membran mitokondria memerlukan pasangan substrat yang
ATP (Gambar 13–11). Karena dalam pemindahan ini dihubungkan oleh dehidrogenase yang sesuai di kedua sisi
empat muatan negatif dikeluarkan dari matriks untuk setiap membran mitokondria. Mekanisme pemindahan yang
tiga muatan yang masuk, gradien elektrokimia yang menggunakan pengangkut gliserofosfat diperlihatkan di
melintasi membran (daya gerak proton) memicu ekspor (Gambar 13-12). Karena enzim mitokondria dihubungkan
ATP. Na+ dapat dipertukarkan dengan H+ akibat gradien dengan rantai respiratorik melalui flavoprotein dan bukan
proton. Diyakini bahwa ambilan aktif Ca2+ oleh mitokondria NAD, maka hanya 1,5 mol (bukan 2,5 mol) ATP yang
terjadi dengan pemindahan 1 muatan netto (unipor/uniport dibentuk per atom oksigen yang dikonsumsi. Meskipun
Ca+), mungkin melalui antipor (antiport) Ca2+/H+. Pelepasan pengangkut ini terdapat di beberapa jaringan (misalnya otak,
kalsium dari mitokondria difasilitasi melalui pertukaran serabut otot putih), namun sangat jarang terdapat di jaringan
dengan Na+. lain (misalnya otot jantung). Oleh karena itu, diyakini bahwa
sistem pengangkut malat kegunaannya sangat luas (Gambar
lonofor Memungkinkan Kation Spesifik 13-13). Kompleksitas sistem ini disebabkan oleh impermea-
Menembus Membran biIitas membran mitokondria terhadap oksaloasetat, yang
Ionofor (ionophores) adalah molekul lipofilik yang mem- harus bereaksi dengan glutamat untuk membentuk aspartat
bentuk kompleks dengan kation spesifik dan memfasilitasi dan α-ketoglutarat melalui transaminasi sebelum diangkut
transpor kation tersebut menembus membran biologis, melewati membran mitokondria dan dibentuk kembali
menjadi oksaloasetat di sitosol.
Membran Membran
luar dalam
Sitosol Mitokondria
NAD+ Gliserol 3-fosfat Gliserol 3-fosfat FAD

Gliserol 3-fosfat Gliserol 3-fosfat
Dehidrogenase Dehidrogenase
(Sitosolik) (Mitokondria)
NADH + H+ Dihidroksiaseton Dihidroksiaseton FADH2
fosfat fosfat
Rantai respiratorik
GAMBAR 13-12 Pengangkut ulang-alik (shuttle) gliserofosfat untuk memindahkan ekuivalen pereduksi dari
sitosol ke dalam mitokondria.

Membran
Sitosol dalam Mitokondria
NAD+ Malat Malat

NAD+
1
Malat dehidrogenase Malat dehidrogenase
NADH Oksaloasetat α-KG α-KG Oksaloasetat NADH

+ H+
+ H+
Transaminase Transaminase
Glutamat Asp Asp Glutamate
+
+ H
H
GAMBAR 13-13 Pengangkut malat untuk memindahkan ekuivalen pereduksi dari sitosol ke dalam mitokondria.
Transporter α-ketoglutarat dan transporter glutamat/aspartat (perhatikan simpor proton dengan dengan
glutamat).
Transpor lon di Mitokondria Berkaitan Proses yang memerlukan

energi
dengan Energi (mis. kontraksi otot)
ATP ADP
Mitokondria mempertahankan atau mengakumulasi kation,
seperti K+, Na+, Ca2+, Mg2+, dan Pi. Diperkirakan bahwa CKa
pompa proton primer memicu pertukaran kation ini.

ATP ADP
Sistem Pengangkut Kreatin Fosfat Kreatin Kreatin-P
Memfasilitasi Transpor Fosfat Berenergi- CKc
Tinggi dari Mitokondria

CKg
Sistem pengangkut kreatin fosfat (Gambar 13-14) ATP ADP
mendukung fungsi kreatin fosfat sebagai penyangga energi Glikolisis
dengan bekerja sebagai suatu sistem dinamik untuk Membran Sitosol
memindahkan fosfat berenergi-tinggi dari mitokondria di mitokondria luar P
jaringan aktif, seperti jantung dan otot rangka. Suatu P
isoenzim kreatin kinase (CKm) ditemukan di ruang CKm
antarmembran mitokondria, mengatalisis pemindahan fosfat
berenergi tinggi ke kreatin dari ATP yang berasal dari Ruang
ATP ADP antarmembran
transporter adenin nukleotida. Selanjutnya, kreatin fosfat
diangkut ke dalam sitosol melalui pori protein di membran Transporter
luar mitokondria sehingga tersedia untuk membentuk ATP adenin
nukleotida
M iia lam
di luar mitokondria.
em
m da
br
an
ASPEK KLINIS Fosforilasi

to
ko
oksidatif
nd
r
Pada keadaan yang dikenal sebagai disfungsi ginjal dan Matriks

miopati mitokondria infantil fatal, terjadi penurunan
hebat atau ketiadaan sebagian besar oksidoredu ktase
GAMBAR 13-14 Sistem pengangkutan kreatin fosfat di otot
jantung dan rangka. Sistem pengangkut ini memungkinkan pengang-
dalam rantai respiratorik. MELAS (ensefalopati mitokon- kutan secara cepat fosfat berenergi tinggi dari matriks mitokondria ke
dria, asidosis laktat, dan stroke) adalah suatu sindrom dalam sitosol. CKa, kreatin kinase yang berkaitan dengan kebutuhan
herediter akibat defisiensi NADH-Q oksidoreduktase ATP yang besar, misalnya kontraksi otot; CKc, kreatin kinase untuk
(Kompleks I) atau sitokrom oksidase (Kompleks IV). mempertahankan keseimbangan antara kreatin dan kreatin fosfat
serta ATP/ADP; CKg, kreatin kinase yang menggabungkan glikolisis
Sindrom ini disebabkan oleh mutasi DNA mitokondria dan dengan sintesis kreatin fosfat; CKm, kreatin kinase mitokondria yang
mungkin terlibat dalam patogenesis penyakit Alzheimer memerantarai pembentukan kreatin fosfat dari ATP yang terbentuk
dan diabetes mellitus. Sejumlah obat dan racun bekerja dalam fosforilasi oksidatif; P, protein pori di membran luar mito-
dengan menghambat fosforilasi oksidatif (lihat di atas) kondria.

RINGKASAN REFERENSI
Hinkle PC: P/O ratios of mitochondrial oxidative phosphorylation.
■ Hampir semua energi yang dibebaskan dari oksidasi karbo-
Biochem Biophys Acta 2005;1706:1.
hidrat, lemak, dan protein tersedia di mitokondria sebagai
Kocherginsky N: Acidic lipids, H(+)-ATPases, and mechanism of
ekuivalen pereduksi (´H or e−). Pereduksi ini disalurkan ke
oxidative phosphorylation. Physico-chemical ideas 30 years
rantai respiratorik, tempat zat ini melewati suatu gradien
after P. Mitchell’s Nobel Prize award. Prog Biophys Mol Biol
redoks pada pembawa menuju reaksi terakhirnya dengan oksi-
2009;99:20.
gen untuk membentuk air.
Mitchell P: Keilin’s respiratory chain concept and its chemiosmotic
■ Pembawa redoks dikelompokkan menjadi empat kompleks consequences. Science 1979;206:1148.
rantai respiratorik di membran dalam mitokondria. Tiga dari Nakamoto RK, Baylis Scanlon JA, Al-Shawi MK: The rotary
empat kompleks tersebut mampu menggunakan energi yang mechanism of the ATP synthase. Arch Biochem Biophys
dibebaskan dalam gradien redoks untuk memompa proton ke 2008;476:43.
luar membran, dan menciptakan suatu potensial elektrokimia Smeitink J, van den Heuvel L, DiMauro S: The genetics and
antara matriks dan ruang membran dalam. pathology of oxidative phosphorylation. Nat Rev Genet
■ ATP sintase menembus membran dan bertindak sebagai suatu 2001;2:342.
motor pemutar yang menggunakan energi potensial dari Tyler DD: The Mitochondrion in Health and Disease. VCH
gradien proton atau proton motive force (daya gerak proton) Publishers, 1992.
untuk membentuk ATP dari ADP dan Pi. Dengan cara ini, Wallace DC: Mitochondrial DNA in aging and disease. Sci Am
oksidasi dikopel secara erat dengan fosforilasi untuk me- 1997;277:22.
menuhi kebutuhan energi sel. Yoshida M, Muneyuki E, Hisabori T: ATP synthase—a
■ Karena membran dalam mitokondria bersifat im-permeabel marvelous rotary engine of the cell. Nat Rev Mol Cell Biol
terhadap proton dan ion lain, berbagai transporter khusus 2001;2:669.
menembus membran agar ion-ion, seperti OH-, ATP4-, ADP3-,
dan metabolit dapat lewat tanpa menghilangkan gradien
elektrokimia di kedua sisi membran.
■ Banyak racun yang sudah dikenal, misalnya sianida mampu
menghentikan respirasi dengan menghambat rantai respi-
ratorik.

Soal Ujian
ĂŐŝĂŶ///ͲŝŽĞŶĞƌŐĞƚŝŬĂ 7. Salah satu dari pernyataan berikut tentang sitokrom P450 adalah
Salah satu dari pernyataan berikut tentang perubahan energi TIDAK BENAR?
A. Dapat menerima elektron dari NADH atau NADPH.
CFCBT ͅ( EBMBNSFBLTJCJPLJNJBBEBMBI#&/"3
B. Hanya ditemukan di dalam retikulum endoplasma. Adalah
A. +JLBͅ(OFHBUJG hasil reaksi TFDBSBTQPOUBOEFOHBO
C. enzim monooksigenase.
hilangnya dari energi bebas.
D. Memainkan peran utama dalam detoksifikasi obat di dalam
B. ͅ(QPTJUJG dalam reaksi eksergonik. hati.
C. Standar perubahan energi bebas saat reaktan yang hadir E. Dalam beberapa reaksi bekerja bersama dengan sitokrom b5.
dalam konsentrasi dari 1,0 mol/L dan pH 7,0 direpresentasi
8. Sebagai satu molekul pada NADH dioksidasi melalui rantai
LBOTFCBHBJͅ(
respirasi:
D. ͅ(OFHBUJG dalam reaksi endergonik.
A. 1,5 molekul ATP yang diproduksi secara total.
E. +JLBͅ(BEBMBI SFBLTJQBEBEBTBSOZBJSFWFSTJCFM
B. 1 molekul pada ATP diproduksi sebagai elektron melewati
2. Jika dari reaksi ΔG adalah nol: kompleks IV.
A. Reaksi berjalan secara virtual dan pada dasarnya ireversibel C. 1 molekul pada ATP diproduksi sebagai elektron melewati
B. Reaksi endergonik. kompleks II.
C. Reaksi eksergonik.
D. 1 molekul pada ATP diproduksi sebagai elektron melewati .
D. Reaksi hanya berlangsung jika energi bebas dapat diperoleh.
kompleks III
E. Sistem ini pada keseimbangan dan tidak ada perubahan netto
terjadi. E. 0,5 dari molekul ATP diproduksi sebagai elektron melewati
kompleks I.
3. ΔG0' didefinisikan sebagai standar biaya energi bebas ketika:
9. Jumlah molekul ATP yang diproduksi untuk setiap molekul pada
A. Reaktan terdapat dalam konsentrasi pada 1,0 mol/L. FADH2 teroksidasi melalui rantai respirasi adalah:
B. Reaktan terdapat dalam konsentrasi dari 1,0 mol/L pada pH A. 1
7,0.
B. 2,5
C. Reaktan terdapat dalam konsentrasi dari 1,0 mmol/L pada
pH 7,0. C. 1,5
D. Reaktan terdapat dalam konsentrasi dari 1,0 µmol/L. D. 2
E. Reaktan terdapat dalam konsentrasi dari 1,0 mol / L pada pH E. 0,5
7,4. AG0' didefinisikan sebagai standar biaya energi bebas
10. Jumlah pada senyawa menghambat fosforilasi oksidatif-sintesis
ketika: pada ATP dari ADP dan fosfat anorganik dikaitkan dengan
4. Manakah dari pernyataan berikut tentang ATP adalah BENAR? oksidasi dari substrat di dalam mitokondria. Manakah dari
A. Ini mengandung tiga ikatan fosfat energi tinggi. berikut ini yang menggambarkan aksi oligomycin?
B. Hal ini diperlukan dalam tubuh untuk mendorong reaksi A. Melepaskan proton gradien melintasi membran dalam
eksergonik. mitokondria.
B. Melepaskan proton gradien melintasi membran luar
C. Hal ini digunakan sebagai penyimpanan energi dalam tubuh.
mitokondria.
D. Fungsi dalam tubuh sebagai kompleks dengan Mg2+.
C. Menghambat rantai transpor elektron secara langsung oleh
E. Hal ini disintesis oleh ATP sintase dalam keberadaan pada salah satu pengikat dari pembawa elektron di dalam
uncouplers seperti UCP-1 (termogenin). membran dalam mitokondria.
D. Menghambat pengangkutan pada ADP dalam, dan ATP dari
5. Salah satu dari enzim berikut menggunakan molekul oksigen luar, matriks mitokondria.
sebagai akseptor hidrogen? E. Menghambat pengangkutan dari proton kembali ke dalam
A. Sitokrom c oksidase Isositrat matriks mitokondria melalui ATP sintase.
B. dehidrogenase
C. Homogentisate dioksigenase 11. Jumlah pada senyawa menghambat fosforilasi oksidatif-sintesis
D. Katalase pada ATP dari ADP dan fosfat anorganik dikaitkan dengan
E. Superoksida dismutase. oksidasi pada substrat di dalam mitokondria. Manakah dari
berikut ini yang menggambarkan tindakan pada uncoupler?
6. Salah satu dari pernyataan berikut tentang sitokrom adalah A. Melepaskan proton gradien melintasi membran dalam
TIDAK BENAR? mitokondria.
A. Hemoprotein yang mengambil bagian dalam reaksi oksidasi- B. Melepaskan proton gradien melintasi membran luar
reduksi mitokondria.
B. Mengandung zat besi yang berosilasi antara Fe3+ dan Fe2+ C. Menghambat rantai transpor elektron secara langsung oleh
selama reaksi dalam berpartisipasi. salah satu pengikat dari pembawa elektron di dalam
C. Bertindak sebagai pembawa elektron dalam rantai pernapasan membran dalam mitokondria.
di dalam mitokondria. D. Menghambat pengangkutan pada ADP ke dalam, dan ATP
D. Memiliki peran penting dalam hidroksilasi pada steroid di dari luar, matriks mitokondria.
dalam retikulum endoplasma. E. Menghambat pengangkutan dari proton kembali ke dalam
E. Semua enzim dehidrogenase. matriks mitokondria melalui tangkai dari partikel primer.
137
Section III Exam Q_p137-138.indd 137 06/11/14 6:20 PM

12. Seorang siswa mengambil beberapa tablet dia ditawarkan di disko, 15. Teori kemiosmotik dari Peter Mitchell mengusulkan mekanisme
dan tanpa bertanya apa yang ia telan. Beberapa waktu kemudian ia untuk kopling erat pada transpor elektron melalui rantai respirasi
mulai hiperventilasi, dan menjadi sangat panas. Apa tindakan dengan proses dari fosforilasi oksidatif. Manakah dari pilihan
yang paling mungkin dari tablet yang telah diambil? berikut TIDAK diprediksi oleh teori?
A. Sebuah inhibitor pada sintesis ATP mitokondria. A. Proton gradien melintasi membran mitokondria bagian
B. Sebuah inhibitor pada transpor elektron mitokondria Sebuah dalam yang dihasilkan oleh transpor elektron mendorong
C. inhibitor dari transportasi pada ADP ke dalammitokondria sintesis ATP.
menjadi terfosforilasi B. Elektrokimia perbedaan potensial melintasi membran
D. Sebuah inhibitor dari transportasi pada ATP dari mitokondria mitokondria bagian dalam yang disebabkan oleh transpor
ke sitosol elektron positif pada sisi matriks.
E. Sebuah uncoupler dari transpor elektron mitokondria dan C. Proton dipompa melintasi membran mitokondria bagian
fosforilasi oksidatif dalam seperti elektron melewati bawah rantai pernapasan.
D. Peningkatan di dalam permeabilitas pada membran
13. Aliran pada elektron melalui rantai pernapasan dan produksi dari mitokondria bagian dalam ke proton uncouples proses dari
ATP biasanya secara erat digabungkan. Proses uncoupled yang transpor elektron dan fosforilasi oksidatif.
mana pada berikut ini ? E. ATP sintesis terjadi ketika perbedaan potensial elektrokimia
A. Sianida Oligomisin melintasi membran terpasang oleh translokasi pada proton
B. Termogenin kembali melintasi membran dalam mitokondria melalui
C. Karbon monoksida sebuah enzim sintase ATP.
D. Hidrogen sulfida
E.
14. Manakah dari pernyataan berikut tentang ATP sintase adalah

TIDAK BENAR?
A. Hal ini terletak di membran mitokondria bagian dalam.
B. Hal ini membutuhkan kekuatan motif proton untuk
membentuk ATP di hadapan ADP dan Pi.
C. ATP dihasilkan ketika bagian dari molekul berputar. Satu
D. molekul ATP dibentuk untuk setiap revolusi penuh
molekul.
E. F1 subkompleks adalah tetap untuk membran dan tidak
berputar.
Section III Exam Q_p137-138.indd 138 26/09/14 3:10 PM

B A G I A N
Metabolisme
IV Karbohidrat
14
Tinjauan Umum B A B
Metabolisme dan Penyediaan

Bahan Bakar Metabolik
TUJUAN ■■ Menjelaskan apa yang dimaksud dengan jalur anabolik, katabolik, dan amfibolik.
■■ Menguraikan secara garis besar metabolisme karbohidrat, lipid, dan asam
Setelah mempelajari bab ini, amino pada tingkat jaringan dan organ, dan pada tingkat subselular,
Anda diharapkan dapat: dan bagaimana bahan bakar metabolik dapat mengalami interkonversi.
■■ Menjelaskan bagaimana aliran metabolit dalam jalur metabolikdiatur.
■■ Menjelaskan bagaimana bahan bakar metabolik disediakan secara fleksibel
dalam keadaan kenyang dan puasa; pembentukan cadangan bahan
bakar metabolik dalam keadaan kenyang dan mobilisasinya saat puasa.
PERAN BIOMEDIS Kelainan metabolisme dapat terjadi karena defisiensi gizi,

defisiensi enzim, sekresi abnormal hormon, atau efek obat dan
Metabolisme adalah istilah yang digunakan untuk menjelaskan toksin.
interkonversi senyawa kimia di dalam tubuh, jalur yang diambil
Orang dewasa dengan berat badan 70 kg memerlukan
oleh tiap molekul, hubungan antar-molekul, dan mekanisme
sekitar 8-12 MJ (1920-2900 kkal) dari bahan bakar metabolik
yang mengatur aliran metabolit melalui jalur-jalur metabolisme.
Jalur metabolik digolongkan mejadi tiga kategori. (1) Jalur setiap hari, tergantung aktivitas fisiknya. Hewan yang lebih
anabolik, yaitu jalur-jalur yang berperan dalam sintesis senyawa besar memerlukan lebih sedikit dan hewan yang lebih kecil
yang lebih besar dan kompleks dari prekursor yang lebih kecil, memerlukan lebih banyak, per kg berat badannya. Serta hewan
misalnya sintesis protein dari asam amino dan sintesis cadangan dan anak yang sedang tumbuh memiliki kebutuhan yang
triasilgliserol dan glikogen. Jalur anabolik bersifat endotermik. secara proporsional lebih besar untuk memenuhi pengeluaran
(2) Jalur katabolik, yang berperan dalam penguraian molekul energi pertumbuhan. Bagi manusia kebutuhan ini terpenuhi
besar, sering melibatkan reaksi oksidatif; jalur ini bersifat dari karbohidrat (40-60%), lipid (terutama triasilgliserol,
eksotermik, yang menghasilkan ekuivalen pereduksi, dan 30-40%), dan protein (10-15%), serta alkohol. Campuran
terutama melalui rantai respiratorik, (lihat Bab 13), ATP. (3) karbohidrat, lipid, dan protein yang dioksidasi bergantung
Jalur amfibolik, yang berlangsung di "persimpangan" pada apakah subjek berada dalam keadaan puasa atau
metabolisme, bekerja sebagai penghubung antara jalur katabolik kenyang, dan bergantung pada intensitas kerja fisik.
dan anabolik, misalnya siklus asam sitrat (lihat Bab 16). Kebutuhan akan bahan bakar metabolik relatif konstan
Pengetahuan tentang metabolisme normal sangat penting sepanjang hari karena aktivitas fisik rerata meningkatkan
untuk memahami kelainan yang mendasari penyakit. laju metabolik hanya sekitar 40-50% di atas laju metabolik
Metabolisme normal mencakup adaptasi terhadap masa basal atau istirahat. Namun, kebanyakan orang mengon-
kelaparan, aktivitas fisik, kehamilan, dan menyusui. sumsi asupan harian bahan bakar metabolik mereka dalam
139

140 BAGIAN IV Metabolisme Karbohidrat
dua atau tiga kali makan sehingga terdapat kebutuhan Karbohidrat Protein Lemak
untuk membentuk cadangan karbohidrat (glikogen di hati
dan otot) dan lipid (triasilgliseol di jaringan adiposa) pada
Pencernaan dan absorbsi
periode setelah makan, yang digunakan ketika belum
terdapat asupan makanan.
Jika asupan bahan bakar metabolik selalu lebih besar Gula sederhana
Asam amino
Asam lemak
(terutama glukosa) + gliserol
daripada pengeluaran energi, kelebihan bahan bakar ini
disimpan, umumnya sebagai triasilgliserol di jaringan adiposa
sehingga timbul obesitas dan berbagai masalah kesehatan Kartabolisme
yang menyertainya. Sebaliknya, jika asupan bahan bakar
metabolik terus-menerus lebih sedikit daripada pengeluaran
energi, cadangan lemak dan karbohidrat nihil, asam amino Asetil-KoA
yang berasal dari pergantian (turnover) protein digunakan
untuk metabolisme yang menghasilkan energi, bukan untuk
sintesis protein sehingga terjadi emaciation (kurus kering),
pengecilan otot (wastirtg), dan akhimya kematian (lihat Bab Siklus
asam 2H ATP
43). sitrat
Pada keadaan kenyang, setelah makan, pasokan kar-
bohidrat berlimpah, dan bahan bakar metabolik untuk
kebanyakan jaringan adalah glukosa. Pada keadaan puasa, 2CO 2
glukosa harus dihemat untuk digunakan oleh sistem saraf
GAMBAR 14–1 Garis besar jalur-jalur untuk katabolisme
pusat (yang sangat bergantung pada glukosa) dan sel darah karbohidrat, protein, dan lemak dari makanan. Semua jalur
merah (yang bergantung sepenuhnya pada glukosa). Jadi, menghasilkan asetil-KoA yang dioksidasi di siklus asam sitrat dan
jaringan yang dapat menggunakan bahan bakar selain glukosa akhirnya menghasilkan ATP melalui proses fosforilasi oksidatif.
dapat menggunakan bahan bakar altematif; otot dan hati lemak sebagai substrat utama. Semua produk pencernaan
mengoksidasi asam lemak dan hati membentuk badan keton dimetabolisme menjadi suatu produk umum, asetil-KoA
dari asam lemak untuk diekspor ke otot dan jaringan lain. yang kernu-dian dioksidasi oleh siklus asam sitrat (lihat Bab
Sewaktu cadangan glikogen menyusut, asam-asam amino 16) (Gambar 14–1).
yang berasal dari pergantian protein digunakan untuk
giukoneogenesis (lihat Bab 19). Metabolisme Karbohidrat Berpusat
Pembentukan dan pemakaian cadangan triastigliserol pada Penyediaan dan Nasib Glukosa
dan glikogen, serta tingkat penyerapan dan oksidasi glukosa
Glukosa adalah bahan bakar utama bagi kebanyakan jaringan
oleh jaringan, sebagian besar dikontrol oleh hormon insulin
(lihat Gambar 14–2). Glukosa dimetabolisme menjadi piruvat
dan glukagon. Pada diabetes melitus, terjadi gangguan
melalui jalur glikolisis. (lihat Bab 17). Jaringan aerob
sintesis dan sekresi insulin (diabetes tipe I, terkadang disebut
memetabolisme piruvat menjadi asetil-KoA yang dapat
onset juvenil, atau diabetes dependen insulin) atau gangguan
memasuki siklus asam sitrat untuk dioksidasi sempurna
sensitivitas jaringan terhadap kerja insulin (diabetes tipe lI,
menjadi CO2 dan H2O, yang berkaitan dengan pembentukan
terkadang disebut diabetes onset dewasa, diabetes non-
ATP dalam proses fosforilasi oksidatif (Gambar 13-2).
dependen insulin) yang menyebabkan gangguan metabolik
Glikolisis juga dapat berlangsung secara anaerob (tanpa
berat. Pada hewan ternak, kebutuhan akan laktasi yang besar
oksigen), dengan produk akhir berupa laktat.
dapat menyebabkan ketosis, demikian juga kebutuhan untuk
kehamilan kembar pada domba. Glukosa dan metabolitnya juga ikut serta dalam proses
lain, misalnya sintesis polimer simpanan glikogen di otot
JALUR YANG MEMPROSES rangka dan hati (lihat Bab 18) jalur pentosa fosfat, suatu
BERBAGAI PRODUK alternatif sebagian jalur glikolisis (lihat Bab 20). Jalur ini
adalah sumber ekuivalen pereduksi (NADPH) untuk sintesis
UTAMA PENCERNAAN asam lemak dan sumber ribosa untuk membentuk nukteotida
dan asam nukleat (lihat Bab 33). Triosa fosfat membentuk
Sifat alamiah makanan menentukan pola dasar metabo-
gugus gliserol triasiIgliserol. Piruvat dan zat-zat antara siklus
lisme. Terdapat kebutuhan untuk mengolah produk pen-
asam sitrat menyediakan kerangka karbon untuk sintesis asam
cernaan karbohidrat, lipid, dan protein makanan. Produk-
amino nonesensial (dispensable) (lihat Bab 27), dan asetil-KoA
produk ini masing-masing terutama adalah glukosa, asam
adalah prekursor asam lemak (lihat Bab 23) dan kolesterol
lemak dan gliserol, serta asam amino. Pada hewan pemamah
(lihat Bab 26) dan karenanya, semua steroid yang dibentuk
biak/ruminansia (dan, dengan derajat yang lebih rendah,
oleh tubuh. Glukoneogenesis (lihat Bab 19) adalah proses
herbivora lain) selulosa dari makanan difermentasi oleh
pembentukan glukosa dari prekursor nonkarbohidrat,
mikroorganisme simbiotik menjadi asam lemak rantai-
misalnya laktat, asam amino, dan gliserol.
pendek (asetat, propionat, butirat), dan metabolisme pada
hewan-hewan ini diadaptasikan untuk memakai asam

BAB 14 Tinjauan Umum Metabolisme dan Penyediaan Bahan Bakar Metabolik 141
Makanan Triasilgfiserol Steroid

(lemak)
r i f ik a si
i sis
Glukosa Glikogen
pol
Steroidogenesis
Glukosa
te
3C O2
Li
fosfat
s
E
Makanan Asam lemak
Jalur pentosa
is
fosfat
-β
o genes
k s ida si
Glikolisis
Triosa Ribosa RNA

fosfat fosfat DNA Kolesterol
ip
O
L
Karbohidrat
Astel-KoA
Asam amino Kolesterologenesisi
Ketogenesisi
Piruvat Laktat
Badan
Asilgliserol
keton
(lemak)
m
no
CO2
Asa
ami
Siklus
asam
Asetil-KoA Asam sitrat
Protein
lemak
Kolesterol
Asam
amino
2CO 2
Siklus GAMBAR 14–3 Gambar singat metabolisme asam lemak yang

asam memperlihatkan jalur-jalur utama dan berbagai produk akhir. Badan
sitrat keton adalah asetoasetat, 3-hidroksinbutirat, dan aseton.
Asam-asam amino diperlukan untuk membentuk protein

(Gambar 14–4). Sebagian harus dipasok dari makanan
(asam amino esensial atau indispensable) karena tidak
2CO 2 dapat dibentuk di tubuh. Sisanya adalah asam amino
nonesensial (dispensable), yang berasal dari makanan,
GAMBAR 14–2 Gambaran singkat metabolisme karbohidrat tetapi juga dapat dibentuk dari zat-zat antara metabolik
yang memperlihatkan jalur-jalur utama dan produk-produk akhir.
Glukoneogenesis tidak diperlihatkan. melalui transaminasi dengan menggunakan nitrogen amino
dari asam amino lain (lihat Bab 27). Setelah deaminasi,
Metabolisme Lipid Terutama Berpusat pada gugus amino diekskresikan sebagai urea, dan kerangka
Asam Lemak dan Kolesterol karbon yang tersisa setelah transaminasi dapat (1) dioksidasi
Sumber asam lemak rantai-panjang adalah lipid makanan menjadi CO2 melalui siklus asam sitrat; (2) digunakan untuk
atau melalui sintesis de novo dari asetil-KoA yang berasal membentuk glukosa (glukoneogenesis); atau (3) untuk
dari karbohidrat atau asam amino. Asam lemak dapat membentuk badan keton atau asetil KoA yang dapat
dioksidasi menjadi asetil-KoA (oksidasi-β) atau diesteri- dioksidasi atau digunakan untuk pembentukan asam lemak
fikasi dengan gliserol, yang membentuk triasilgliserol (lihat Bab 28).
(lemak) sebagai cadangan bahan bakar utama tubuh. Beberapa asam amino juga menjadi prekursor bagi
Asetil-KoA yang dibentuk oleh oksidasi-β dapat senyawa lain, misalnya purin, pirimidin, hormon, seperti
mengalami tiga nasib (Gambar 14–3): epinefrin dan tiroksin, dan neurotransmiter.
1. Seperti asetil-KoA yartg berasal dari glikolisis, dan
senyawa ini dioksidasi menjadi CO2 + H2O melalui
JALUR METABOLIK DAPAT
siklus asam sitrat. DIPELAJARI DI BERBAGAI
2. Menjadi prekursor untuk membentuk kolesterol dan
steroid lain. TINGKAT SUSUNAN
3. Di hati, senyawa ini digunakan untuk membentuk badan Selain penelitian pada organisme keseluruhan, penelitian di
keton, asetoasetat dan 3-hidroksibutirat (lihat Bab 22), berbagai tingkat susunan dapat mengungkapkan lokasi dan
yang merupakan bahan bakar penting pada keadaan integrasi jalur-jalur metabolik. Di tingkat jaringan dan organ,
lama puasa dan kelaparan sifat substrat yang masuk dan metabolit yang keluar dari
Banyak Metabolisme Asam Amino jaringan dan organ dapat diketahui. Di tingkat subselular,
Mellibatkan Transaminasi setiap organel sel (misalnya mitokondria) atau kompartemen
(misalnya sitosol) memiliki peran tertentu yang membentuk
sebagian pola jalur metabolik subseluIar.

Protein dari makanan
Turunan nitrogen
Protein jaringan Asam amino nonprotein
TRANSAMINASI
Karbohdrat
badan keton
(glukosa)
Nitrogen amino
Asetil-KoA
di glutamat
DEAMINASI
NH3 Siklus
asam
sitrat
Urea
2CO 2
GAMBAR 14–4 Gambaran singkat metabolisme asam amino yang memperlihatkan jalur-jalur utama dan berbagai produk akhi rnya.
Di Tingkat Jaringan dan Organ, Sirkulasi peran mengatur konsentrasi berbagai metabolit larutair
Darah Mengintegrasikan Metabolisme dalam darah (Gambar 14–5). Pada kasus glukosa, hal ini
dicapai dengan menyerap glukosa yang melebihi kebutuhan
Asam amino yang berasal dari pencernaan protein ma- saat ini dan menggunakannya untuk menyintesis glikogen
kanan dan glukosa yang berasal dari pencernaan kar- (glikogenesis, Bab 18) atau asam lemak (lipogenesis, Bab
bohidrat diserap melalui vena porta hati. Hati memiliki 23).
Protein plasma
Hati
Urea Protein
Asam amino
CO2
Glukosa
Asam
amino
Glikogen
Protein
Laktat
Urea Asam amino
Alanin, dll
Eritrosit
Glukosa CO2
Glukosa fosfat
Ginjal Urine
Glikogen
Makanan
Glukosa Karbohidrat
Plasma darah Asam amino Protein Otot
Usus halus
GAMBAR 14–5 Transpor dan nasib substrat dan metabolik asam amino dan karbohidrat utama. Perhatikan
bahwa hanya terdapat sedikit glukosa bebas di otot karena glukosa cepat difosforilasi sewaktu masuk.

BAB 14 Tinjauan Umum Metabolisme dan Penyediaan Bahan Bakar Metabolik
143
Di antara waktu makan, hati bekerja mempertahankan Tidak seperti glukosa dan asam amino diserap dari usus kecil,
kadar glukosa darah dengan menguraikan glikogen triasilgliserol kilomikron tidak diserap langsung oleh hati.
(glikogenolisis, lihat Bab 18) dan bersama dengan ginjal, Senyawa ini mula-mula dimetabolisme oleh jaringan yang
dengan mengubah metabolit nonkarbohidrat, seperti laktat, mengandung lipoprotein lipase yang menghidrolisis
gliserol, dan asam amino menjadi glukosa (glukone- triasilgliserol, dan membebaskan asam lemak yang
ogenesis, lihat Bab 19). Pemeliharaan kadar glukosa darah kemudian masuk ke dalam lipid jaringan atau dioksidasi
yang memadai sangat penting bagi jaringan yang memakai sebagai bahan bakar. Sisa kilomikron dibersihkan oleh hati.
glukosa sebagai bahan bakar utama (otak) atau bahan bakar Sumber utama lain asam lemak rantai-panjang adalah sintesis
satu-satunya (eritrosit). Hati juga membentuk berbagai (lipogenesis) dari karbohidrat, di jaringan adiposa dan hati
protein plasma utama (misalnya albumin) dan mendeami- (lihat Bab 23).
nasi asam amino yang melebihi kebutuhan dan membentuk Triasilgliserol jaringan adiposa adalah cadangan bahan
urea yang diangkut ke ginjal untuk diekskresikan (Bab 28). bakar utama tubuh. Senyawa ini dihidrolisis (lipolisis) untuk
Otot rangka menggunakan glukosa sebagai bahan bakar, melepaskan gliserol dan asam lemak (bebas) ke dalam
baik secara aerob yang membentuk CO2 maupun anaerob, sirkulasi. Gliserol adalah suatu substrat untuk glukoneo-
yang membentuk laktat. Otot rangka menyimpan glikogen genesis (lihat Bab 19). Asam lemak diangkut dalam keadaan
sebagai bahan bakar untuk digunakan dalam kontraksi otot terikat pada albumin serum; asam-asam ini diserap oleh
dan membentuk protein otot dari asam amino plasma. Otot sebagian besar jaringan (kecuali otak dan eritrosit) dan
membentuk sekitar 50% massa tubuh dan karenanya diesterifikasi menjadi triasilgliserol sebaga cadangan atau
merupakan simpanan protein yang cukup besar dan dapat dioksidasi sebagai bahan bakar. Di hati, triasilgliserol yang
digunakan untuk menyuplai asam amino untuk baru dibentuk atau triasilgliserol yang berasal dari sisa
glukoneogenesis pada keadaan kelaparan (lihat Bab 19). kilomikron (lihat Gambar 25-3) disekresikan ke sirkulasi
Lipid dalam makanan (Gambar 14-6) terutama berupa dalam bentuk lipoprotein berdensitas sangat rendah (very
triasilgliserol, dan mengalami hidrolisis menjadi monoasil- low density lipoprotein, VLDL). Triasilgliserol ini
gliserol dan asam lemak di usus, yang kemudian mengalami re- mengalami nasib serupa dengan nasib yang dialami oleh
esterifikasi di mukosa usus. Di sini, lipid ini dikemas bersama kilomikron. Oksidasi parsial asam lemak di hati
protein dan disekresikan ke dalam sistem limfe lalu ke aliran menyebabkan terbentuknya badan keton (ketogenesis, Bab
darah sebagai kilomikron, yaitu lipoprotein plasma terbesar 22). Badan keton diangkut ke jaringan ekstrahepatik, tempat
(lihat Bab 25). Kilomikron juga mengandung nutrien larut-lipid badan-badan keton ini bekerja sebagai bahan bakar dalam
lainnya, termasuk vitamin A, D, E, dan K (lihat Bab 44). keadaan puasa lama dan kelaparan.
FFA
CO 2
Glukosa Asam
lemak Badan
keton
E s te rifi
is
is
k
ol
as
p i
Plasma Li TG
darah
CO2
Hati
LPL
Asam
VL
lemak
DL
E s te rifi k
LIpoprotein
is
Asam
Glukosa TG
is
lemak LPL
ol
Ki
p si
TG
lom
Li
E s te rifi k
ikr
on
Otot
is
is
ol
si
Makanan
p
Li TG MG +
Jaringan TG asam lemak TG
adiposa
Usus halus
GAMBAR 14–6 Transpor dan nasib substrat dan metabolit lipid utama. (FFA, asam lemak bebas; LPL,
lipoprotein lipase; MG, monoasilgliserol; TG, triasilgliserol; VLDL, lipoprotein berdensitas sangat rendah.)

Di Tingkat Subselular, Glikolisis asam amino. Mitokondria mengandung enzim-enzim siklus

Berlangsung di Sitosol dan asam sitrat (lihat Bab 16), oksidasi-β asam lemak dan
ketogenesis (lihat Bab 22), serta rantai respiratorik dan ATP
Siklus Asam Sitrat di Mitokondria sintase (lihat Bab 13).
Pemisahan jalur-jalur metabolisme di kompartemen Glikolisis (lihat Bab 17), jalur pentosa fosfat (lihat Bab
subselular atau organel yang berbeda memungkinkan 20), dan pembentukan asam lemak (lihat Bab 23) semua
terjadinya proses integrasi dan pengaturan metabolisme. terjadi di sitosol. Pada glukoneogenesis (lihat Bab 19),
Tidak semua jalur sama pentingnya bagi semua sel. substrat seperti laktat dan piruvat yang terbentuk di sitosol
(Gambar 14–7) menggambarkan kompartementasi sub- memasuki mitokondria untuk menghasilkan oksaloasetat
selular jalur-jalur metabolik di sel parenkim hati. sebagai prekursor untuk sintesis glukosa di sitosol.
Peran sentral mitokondria terlihat jelas karena organel
ini bekerja sebagai fokus metabolisme karbohidrat, lipid, dan
Sitosol
Glikogen
AA Protein
Ribosom
Retikulum
Jalur
Glukosa endoplasma
pentosa
fosfat
Triosa fosfat Gliserol fosfat Triasilgliserol Asam lemak
Gliserol
Glikolisis
Fosfoenolpiruvat Laktat β
i−
Piruvat
as
sid
Glukoneogenesisi
Ok
AA
is
es
Piruvat CO2
n
AA
ge
po
Li
Oksaloasetat Asetil-KoA
Badan
keton
AA Fumarat AA Sitrat
Siklus asam
sitrat AA
CO2
AA
Suksinil-KoA α- Ketoglutarat
CO2
AA
Mitokondria AA
AA
GAMBAR 14–7 Lokasi intasel dan gambaran singkat jalu-jalur metabolik utama di sel parenkim hati.
(AA → metabolisme satu atau lebih asam amino esensia; AA ↔, metabolisme satu atau lebih asam amino
nonesensial).

Membran retikulum endoplasma mengandung sistem PENGATURAN METABOLIK REAKSI

enzim untuk sintesis triasilgliserol (lihat Bab 24), dan
ribosom bertanggung jawab untuk sintesis protein (lihat
YANG DIKATALISIS OLEH ENZIM
Bab 37). Di Gambar diperlihatkan suatu jalur metabolik (Gambar
14–8),
ALIRAN METABOLIT MELALUI A↔B→C↔D
JALUR METABOLIK HARUS reaksi A ↔ B dan C ↔ D sebagai reaksi setimbang dan B → C
sebagai reaksi yang tidak-setimbang. Aliran melalui jalur seperti
DIATUR SECARA TERPADU ini dapat diatur oleh ketersediaan substrat A. Hal ini bergantung
Regulasi aliran (fluks) keseluruhan melalui suatu jalur sangat pada pasokannya dari darah yang selanjutnya bergantung pada
penting untuk menjamin agar pasokan produk dari jalur asupan makanan atau reaksi-reaksi kunci yang membebaskan
tersebut tepat sasaran. Regulasi ini dicapai dengan me- substrat dari cadangan di jaringan ke dalam aliran darah,
ngontrol satu atau lebih reaksi kunci di jalur yang misalnya glikogen fosforilase di hati (lihat Gambar 18–1) dan
bersangkutan, yang dikatalisis oleh enzim regulatorik. Iipase yang peka-hormon di jaringan adiposa (lihat Gambar
Faktor fisikokimia yang mengendalikan laju suatu reaksi 25–8). Aliran tersebut juga bergantung pada transpor substrat A
yang dikatalisis oleh enzim, misalnya konsentrasi substrat, ke dalam sel. Otot dan jaringan adiposa hanya mengambil
sangat penting dalam mengontrol laju keseluruhan suatu glukosa dari aliran darah dalam menanggapi hormon insulin.
jalur metabolik (lihat Bab 9). Selain itu, aliran ditentukan oleh pengeIuaran produk
akhir D dan ketersediaan kosubstrat atau kofaktor yang
Reaksi yang Tidak-setimbang diwakili oleh X dan Y. Enzim-enzim yang mengatalisis reaksi
Adalah Titik Kontrol Potensial yang tidak-setimbang sering berupa protein alosterik yang
Dalam suatu reaksi yang setimbang, reaksi ke depan dan ke dapat mengalami kontrol cepat "umpan-balik" atau "umpan-
belakang berlangsung dengan kecepatan setara sehingga maju" (feed-forward) oleh pemodifikasi alosterik (allosteric
tidak terjadi aliran netto ke salah satu arah. modifiers) sebagai respons cepat terhadap kebutuhan sel (lihat
Bab 9). Produk suatu jalur biosintetik sering kali menghambat
A↔C↔D enzim yang mengatalisis reaksi pertama di jalur tersebut.
In vivo, dalam kondisi "steady state", terjadi aliran netto dari Mekanisme kontrol lain bergantung pada kerja hormon yang
kiri ke kanan karena terus-menerus terjadi pasokan A dan berespons terhadap kebutuhan tubuh secara keseluruhan;
pengeluaran D. Pada praktiknya, dalam suatu jalur metabolik mekanisme-mekanisme ini dapat bekerja cepat dengan
hampir selalu terdapat satu atau lebih reaksi yang tidak mengubah aktivitas molekul enzim yang sudah ada atau
setimbang (nonequilibrium), dengan reaktan yang berada lambat dengan mengubah laju sintesis enzim (Iihat Bab 42).
dalam konsentrasi yang jauh dari keadaan setimbang. Sebagai
upaya untuk mencapai keseimbangan, terjadi kehilangan BANYAK BAHAN BAKAR METABOLIK
energi bebas dalam jumlah besar, sehingga reaksi tipe ini pada
dasarnya bersifat ireversibel. Jalur seperti ini memiliki aliran DAPAT DIPERTUKARKAN
dan arah. Enzim-enzim yang mengatalisis reaksi tidak Karbohidrat yang berlebihan dibandingkan kebutuhan
setimbang (nonequilibrium) terdapat dalam konsentrasi metabolisme penghasil energi siappakai dan pembentukan
rendah dan mengalami berbagai mekanisme regulatorik. cadangan glikogen di otot dan hati dapat dengan mudah
Namun, sebagian besar reaksi dalam jalur-jalur metabolik digunakan untuk sintesis asam lemak (dan karenanya,
tidak dapat diklasifikasikan sebagai setimbang atau tidak- triasilgliserol) di jaringan adiposa dan hati (yang kemudian
setimbang, tetapi berada di antara kedua keadaan ekstrem diekspor dalam bentuk Iipoprotein berdensitas sangat-
tersebut. rendah). Pentingnya lipogenesis pada manusia belum jelas
benar; di negara-negara Barat lemak makanan menyediakan
Reaksi Penghasil Aliran Adalah 35-45% asupan energi, sementara di negara-negara ber-
Reaksi Pertama dalam suatu kembang, dengan 60—75% asupan energi yang disediakan
Jalur yang Tersaturasi oleh Substrat oleh karbohidrat, asupan total makanan sedemikian rendah
Suatu reaksi dapat diketahui sebagai reaksi yang tidak- sehingga hanya terdapat sedikit cadangan untuk lipogenesis.
seirnbang jika Km enzim jauh lebih rendah daripada Asupan lemak yang tinggi menghambat lipogenesis di
konsentrasi substrat normal. Reaksi pertama dalam glikolisis jaringan adiposa dan hati.
yang dikatalisis oleh heksokinase (lihat Gambar 17–2), adalah Asam lemak (dan badan keton yang dibentuk dari-
suatu tahap penghasil aliran karena Km untuk glukosa sebesar nya) tidak dapat digunakan untuk sintesis glukosa. Reaksi
0,05 mmol/L jauh di bawah konsentrasi glukosa darah normal piruvat dehidrogenase yang membentuk asetil-KoA be-
sebesar 3 sampai 5 mmol/L. Sehingga reaksi-reaksi berikutnya rsifat ireversibel, dan untuk setiap unit dua-karbon dari
mengendalikan laju aliran melalui jalur tersebut. asetil-KoA yang memasuki siklus asam sitrat, terjadi
kehilangan dua atom karbon berupa karbon dioksida
sebelum oksaloasetat dibentuk kembali. Hal ini berarti
MEKANISME ALOSTERIK & bahwa asetil-KoA (dan karenanya, semua substrat yang
HORMONAL PENTING DALAM menghasilkan asetil-KoA) tidak pernah dapat digunakan

Inaktif
Enz 1
2 2
+ +
Ca2+/kalmodulin AMPc
Membran
sel
X Y Aktif
Enz1
A A B C D
Enz2
+ –
1 Aktivitas umpan
Aktivitas umpan
maju alosterik balik alosterik
positif negatif
+ or –
+ or – Sintesis protein enzim

baru di ribosom
3
Produksi nuklear
mRNA
+ –
4 5
Induksi Represi
GAMBAR 14–8 Mekanisme pengaturan suatu reaksi yang dikatalisis oleh enzim.
Angka-angka dalam lingkaran menjukan tempat-tempat kerja hormon yang mungkin. 1
perubahan permeabilitas membran; 2 perubahan enzim inaktif menjadi aktif, yang
biasanya melibatkan reaksi fosforilasi/defosforilasi; 3 perubahan laju transiasi mRNA di
tingkat ribosom; 4 induksi pembentukan mRNA baru; dan 5 represi pembentukan
mRNA. 1 dan 2 berlangsung cepat, sedangkan 3 sampai 5 adalah cara lambat untuk
mengatur aktivitas enzim.
untuk glukoneogenesis. Asam lemak dengan jumlah atom digunakan untuk glukoneogenesis, dan empat lainnya
karbon ganjil (yang relatif jarang) menghasilkan (fenilalanin, tirosin, triptofan, dan isoleusin) menghasilkan
propionil-KoA sebagai produk siklus final oksidasi-β, dan asetil-KoA dan zat-zat antara yang dapat digunakan untuk
senyawa ini dapat menjadi suatu substrat untuk glukoneogenesis. Asam-asam amino yang menghasilkan
glukoneogenesis, demikian juga gliserol yang dibebaskan asetil-KoA ini disebut sebagai ketogenik karena dalam
melalui lipolisis cadangan triasilgliserol di jaringan keadaan puasa lama atau kelaparan, sejumlah besar asetil-KoA
adiposa. digunakan untuk sintesis badan keton di hati.
Sebagian besar asam amino yang melebihi kebutuhan BAHAN BAKAR METABOLIK
untuk sintesis protein (berasal dari diet atau dari pergantian
protein jaringan) menghasilkan piruvat, atau zat antara empat DIPASOK DALAM KEADAAN
dan lima karbon pada siklus asam sitrat (lihat Bab 29). Piruvat
dapat mengalami karboksilasi menjadi oksaloasetat yang
KENYANG MAUPUN PUASA
merupakan substrat primer untuk glukoneogenesis, dan zat Glukosa Selalu Dibutuhkan oleh
antara lain pada siklus juga menghasilkan peningkatan netto
pembentukan oksaloasetat, yang kemudian tersedia untuk Sistem Saraf Pusat dan Eritrosit
glukoneogenesis. Asam-asam amino tersebut diklasifikasikan Eritrosit tidak memiliki mitokondria sehingga selalu
sebagai glukogenik. Dua asam amino (lisin dan leusin) hanya bergantung mutlak pada glikolisis (anaerob) dan jalur
menghasilkan asetil-KoA pada oksidasi sehingga tidak dapat pentosa fosfat.

Otak dapat memetabolisme badan keton untuk memenuhi Dalam Keadaan Kenyang,Terjadi
sekitar 20% kebutuhan energinya; sisanya harus dipasok oleh
Penyimpanan Bahan Bakar Metabolik
glukosa. Perubahan metabolik yang terjadi dalam keadaan
puasa dan kelaparan adalah konsekuensi dari keharusan Selama beberapa jam setelah makan, ketika produk-produk
untuk mempertahankan glukosa dan cadangan terbatas pencernaan diserap, pasokan bahan bakar metabolik berlimpah.
glikogen di hati dan otot untuk digunakan oleh otak dan sel Pada keadaan ini, glukosa adalah bahan bakar utama untuk
darah merah, dan untuk menjamin penyediaan bahan bakar oksidasi di sebagian besar jaringan; hal ini teramati sebagai
metabolik altematif untuk jaringan lain. Pada kehamilan, peningkatan kuosien respirasi (rasio karbon dioksida yang
janin membutuhkan glukosa dalam jumlah signifikan, diproduksi terhadap oksigen yang dikonsumsi) dari sekitar 0,8
demikian juga sintesis laktosa selama masa menyusui dalam keadaan puasa hingga mendekati 1 (Tabel 14–1).
(Gambar 14–9).
Glukosa 6-fosfat
Asil-KoA Gliserol 3-fosfat
Jaringan
adiposa
Triasilgliserol (TG)
cAMP
FFA Gliserol
LPL
Jaringan
ekstrahepatik FFA Darah
Gliserol
(mis. otot jantung)
Gliserol
Kilomikron Saluran
LPL TG pencerna-
(lipoprotein)
Oksidasi
an
FFA FFA
Glukosa Glukosa
Salir ekstra
glukosa (mis,
diabetes,
kehamilan,
VLDL menyusui)
Badan keton FFA GT Glukosa

Hati
Asil-KoA Gliserol 3-fosfat
Asil-KoA Glukosa 6-fosfat

sisi
g ene
neo
ko
Siklus Glu
asam 2CO 2 Asam amino, Glikogen
sitrat
laktat
GAMBAR 14–9 Hubungan metabolik antara jaringan adiposa, hati, dan jaringan ekstrahepatik.
Di jaringan seperti jantung,bahan bakar metabolik dioksidasi sesuai urutan preferensi berikut: badan
keton > asam lemak > glukosa. (FFA, asam lemak bebas; LPL, lipoprotein lipase; VLDL, lipoprotein
berdensitas sangat-rendah).

TABEL 14–1 Produksi Energi, Konsumsi Oksigen, dan Produksi Karbon Dioksida dalam Oksidasi Bahan
Bakar Metabolik
Produksi Energi O2 yang Dikonsumsi CO2 yang Dihasilkan RQ (CO2 yang dihasilkan/
(kJ/g) (L/g) (L/g) O2 yang Dikonsumsi) Energi (kJ)/L O2
Karbohidrat 16 0,829 0,829 1,00 ~20

Protein 17 0,966 0,782 0,81 ~20
Lemak 37 2,016 1,427 0,71 ~20
Alkohol 29 1,429 0,966 0,66 ~20
Ambilan glukosa oleh otot dan jaringan adiposa dikontrol jaringan dan digunakan untuk sintesis triasilgliserol, semen-
oleh insulin yang disekresikan oleh sel islet-β pankreas sebagai tara gliserol tetap berada di dalam darah dan diserap oleh
respons terhadap peningkatan kadar glukosa di darah porta. hati serta digunakan untuk glukoneogenesis dan sintesis
Dalam keadaan puasa, transporter glukosa di otot dan glikogen atau lipogenesis. Asam lemak yang tersisa di dalam
jaringan adiposa (GLUT-4) berada di vesikel intrasel. Respons darah diserap oleh hati dan direesterifikasi. Sisa kilomikron
dini terhadap insulin adalah migrasi vesikel-vesikel ini ke yang lipidnya sudah berkurang dibersihkan oleh hati, dan
permukaan sel, tempat vesikel-vesikel tersebut menyatu triasilgliserol yang tersisa diekspor, bersama dengan
dengan membran plasma dan memajankan transporter triasilgliserol yang disintesis di hati, dalam bentuk
glukosa aktif. Jaringan yang peka-insulin ini hanya menyerap lipoprotein berdensitas sangat-rendah.
glukosa dari aliran darah dalam jumlah signifikan jika terdapat Pada keadaan normal, laju katabolisme protein jaringan
hormon ini. Sewaktu sekresi insulin berkurang dalam keadaan relatif konstan sepanjang hari; peningkatan laju katabolisme
puasa, reseptor kembali diinternalisasi sehingga ambilan protein hanya terjadi pada keadaan kaheksia yang
glukosa berkurang. Namun, di otot rangka, peningkatan kadar disebabkan oleh kanker stadium lanjut dan penyakit lain.
ion kalsium sitoplasma sebagai respons terhadap stimulasi Pada keadaan puasa terjadi katabolisme protein netto dan
saraf merangsang migrasi vesikel-vesikel ini ke permukaan sel sintesis protein netto pada keadaan kenyang ketika laju
dan memajankan transporter glukosa aktif baik pada saat ada sintesis meningkat sebesar 20-25%. Pertingkatan laju sintesis
maupun tidak ada stimulasi insulin signifikan. protein sebagai respons terhadap peningkatan ketersediaan
Ambilan glukosa oleh hati tidak bergantung pada in- asam amino dan bahan bakar metabolik juga merupakan
sulin, tetapi hati memiliki suatu isoenzim heksokinase respons terhadap kerja insulin. Sintesis protein adalah suatu
(glukokinase) dengan Km tinggi sehingga ketika kadar proses yang menghabiskan banyak energi; sintesis ini dapat
glukosa yang masuk ke hati meningkat, laju sintesis glukosa memerlukan hingga 20% pengeluaran energi saat istirahat
6-fosfat juga meningkat. Hal ini melebihi kebutuhan hati setelah makan, tetapi hanya 9% pada keadaan puasa.
akan metabolisme pembentuk energi, dan digunakan Pada Keadaan Puasa Terjadi Mobilisasi
terutama untuk membentuk glikogen. Di hati dan otot
Cadangan Bahan Bakar Metabolik
rangka, insulin bekerja untuk merangsang glikogen sintetase
dan menghambat glikogen fosforilase. Sebagian glukosa Pada keadaan puasa terjadi penurunan ringan kadar glukosa
tambahan yang masuk ke hati juga dapat digunakan untuk plasma, kemudian perubahan kecil sewaktu puasa berlanjut
lipogenesis dan karenanya untuk sintesis triasilgliserol. Di menjadi kelaparan. Asam lemak bebas plasma bertambah
jaringan adiposa, insulin merangsang penyerapan glukosa, pada keadaan puasa, tetapi kemudian bertambah sedikit
konversinya menjadi asam lemak, dan esterifikasinya pada keadaan kelaparan; sewaktu puasa berlanjut, kadar
menjadi triasilgliserol. Insulin menghambat Iipolisis intrasel plasma badan keton (asetoasetat dan 3-hidroksibutirat)
dan pelepasan asam lemak bebas. sangat meningkat (Tabel 14–2, Gambar 14–10).
Produk pencernaan lipid masuk ke sirkulasi sebagai Pada keadaan puasa, ketika kadar glukosa di darah porta
kilomikron, yaitu lipoprotein plasma terbesar yang kaya akan menurun, sekresi insulin menurun dan otot rangka serta
triasilgliserol (lihat Bab 25). Di jaringan adiposa dan otot jaringan lemak menyerap lebih sedikit glukosa. Peningkatan
rangka, lipoprotein lipase ekstrasel disintesis dan diaktifkan sekresi glukagon oleh sel α pankreas menghambat glikogen
sebagai respons terhadap insulin; asam lemak tidak- sintetase, dan mengaktifkan glikogen fosforilase di hati. Glukosa
teresterifikasi yang terbentuk sebagian besar diserap oleh 6-fosfat yang terbentuk kemudian dihidrolisis oleh glukosa
TABEL 14–2 Kadar bahan bakar metabolik dalam plasma (mmol/L) pada keadaan kenyang dan puasa
Kenyang Puasa 40 Jam Kelaparan 7 hari
Glukosa 5.5 3,6 3,5

Asam lemak bebas 0.30 1,15 1,19
Badan keton Dapat diabaikan 2,9 4,5

Insu
Glukogen plasma sendiri, dan ketika keadaan puasa berlanjut, hati membentuk
lin p
lasm
a lebih banyak asetil-KoA daripada yang dapat dioksidasi.
Asetil-KoA ini digunakan untuk membentuk badan keton
(Bab 22), yaitu bahan bakar metabolik utama untuk otot
rangka dan jantung serta dapat memenuhi hingga 20%
kebutuhan energi otak. Dalam keadaan kelaparan berkepan-
jangan, glukosa membentuk kurang dari 10% keseluruhan
ak
metabolisme penghasil energi tubuh.
lem
Perubahan relatif
am
Jika tidak ada sumber glukosa lain, glikogen hati dan otot
As
las
akan habis setelah puasa sekitar 18 jam. Jika berpuasa ber-
sp
bmaa lanjut, semakin banyak jumlah asam amino yang dibebaskan
be
Glukosa darah
akibat katabolisme protein yang digunakan oleh hati dan
ginjal untuk glukoneogenesis (Tabel 14–3).
ah Gl
dar iko
on ge
ket nh
an ati
Bad
ASPEK KLINIS
Dalam keadaan puasa berkepanjangan, sewaktu cadangan
0 12 –24
jaringan adiposa terkuras, terjadi peningkatan bermakna laju
Lamanya kelaparan (Jam)
netto katabolisme protein untuk membentuk asam amino,
GAMBAR 14–10 Perubahan relatif berbagai parameter
tidak saja sebagai substrat untuk glukoneogenesis, tetapi juga
metabolik pada permulaan masa kelaparan.
sebagai bahan bakar metabolik semua jaringan. Kematian
6-fosfatase, dan glukosa dibebaskan ke dalam aliran darah timbul jika protein-protein jaringan esensial dikatabolisme
untuk digunakan oleh otak dan eritrosit. dan tidak diganti. Pada pasien dengan kakeksia akibat
Glikogen otot tidak dapat memberi kontribusi langsung pelepasan berbagai sitokin sebagai respons terhadap tumor
bagi glukosa plasma karena otot tidak memiliki glukosa 6- dan sejumlah kondisi patologis lain, terjadi peningkatan laju
fosfatase, dan kegunaan utama glikogen otot adalah katabolisme protein jaringan, serta peningkatan bermakna
menyediakan suatu sumber bagi glukosa 6-fosfat untuk laju metabolik sehingga pasien ini mengalami keadaan star-
metabolisme penghasil energi di otot itu sendiri. Narnun, vasi tahap lanjut. Sekali lagi, kematian terjadi jika protein
asetil-KoA yang terbentuk melalui oksidasi asam lemak di jaringan esensial dikatabolisme dan tidak diganti.
otot menghambat piruvat dehidrogenase yang menyebabkan Tingginya kebutuhan akan glukosa oleh janin, dan untuk
akumulasi piruvat. Sebagian besar piruvat ini mengalami membentuk laktosa pada masa menyusui, dapat menyebab-
transaminasi menjadi alanin, dengan mengorbankan asam- kan ketosis. Pada manusia, keadaan ini dapat terlihat sebagai
asam amino yang berasal dari penguraian protein otot. ketosis ringan dengan hipoglikemia; pada hewan temak yang
Alanin, dan sejumlah besar asam-asam keto yang dihasilkan sedang menyusui dan biri-biri betina dengan kehamilan
dari transaminasi ini dikeluarkan dari otot, dan diserap oleh kembar, dapat terjadi ketoasidosis yang mencolok dan
hati tempat alanin mengalami transaminasi untuk hipoglikemia berat.
menghasilkan piruvat. Asam-asam amino yang terbentuk Pada diabetes melitus tipe 1 yang tidak terkontrol, pasien
sebagian besar diekspor kembali ke otot, dan menyediakan dapat mengalami hiperglikemia, sebagian karena ketiadaan
gugus amino untuk membentuk lebih banyak alanin, insulin untuk merangsang penyerapan dan pemakaian
sementara piruvat adalah substrat utama untuk glukoneo- glukosa, dan sebagian lagi karena ketiadaan insulin
genesis di hati. menyebabkan peningkatan glukoneogenesis dari asam amino
Di jaringan adiposa penurunan insulin dan peningkatan di hati. Pada saat yang sama, ketiadaan insulin menyebabkan
glukagon menyebabkan terhambatnya lipogenesis, inaktivasi peningkatan lipolisis di jaringan adiposa, dan asam-asam
dan internalisasi lipoprotein lipase, dan pengaktifan lipase lemak bebas yang terbentuk menjadi substrat untuk
peka-hormon intrasel (Bab 25). Hal ini menyebabkan ketogenesis di hati.
peningkatan pelepasan gliserol (yaitu substrat untuk Pemakaian badan keton di otot (dan jaringan lain) dapat
glukoneogenesis di hati) dan asam lemak bebas dari jaringan terganggu karena kekurangan oksaloasetat (semua jaringan
adiposa yang digunakan oleh hati, jantung, dan otot rangka memerlukan metabolisme glukosa untuk mempertahankan
sebagai bahan bakar metabolik yang lebih disukai sehingga oksaloasetat dalam jumlah adekuat untuk aktivitas siklus
glukosa dapat dihemat. asam sitrat). Pada diabetes yang tidak terkontrol, ketosis
Meskipun dalam keadaan puasa otot cenderung me- dapat sedemikian parah sehingga terjadi asidosis berat
nyerap dan memetabolisme asam lemak bebas, namun (ketoasidosis) karena asetoasetat dan 3-hidroksibutirat
jaringan ini tidak dapat memenuhi semua kebutuhan adalah asam yang relatif kuat. Asidosis dan peningkatan
energinya melalui oksidasi-β. Sebaliknya, hati memiliki bermakna osmolalitas cairan esktrasel (terutama akibat
kapasitas lebih besar untuk oksidasi-β daripada kapasitas hiperglikemia, dan diuresis akibat ekskresi glukosa dan
yang diperlukan untuk memenuhi kebutuhan energinya badan keton dalam urin) menyebabkan koma.

TABEL 14–3 Ringkasan Gambaran Metabolik Utama Organ-Organ Penting
Produk Utama yang

Organ Jalur Utama Substrat Utama Diekspor Enzim Khusus
Hati Glikolisis, glukoneogenesis, Asam lemak bebas, Glukosa, triasilgliserol Glukokinase, glukosa 6-
hpogenesis, oksidasi-β, glukosa (dalam keadaan dalam VLDL, badan fosfatase, gliserol
siklus asam sitrat, kenyang), laktat, gliserol, keton, urea,asam urat, kinase, fosfoenol
ketogenesis, metabolisme fruktosa, asam amino, garam empedu, piruvat karboksikinase,
lipoprotein, metabolisme alkohol kolesterol, protein fruktokinase, arginase,
obat, sintesis garam plasma HMG KoA sintase, HMG
empedu, urea, asam urat, KoA Iiase, alkohol
kolesterol, protein plasma dehidrogenase
Otak Glikolisis, siklus asam sitrat, Glukosa, asam amino, Laktat, produk akhir Enzim untuk sintesis
metabolisme asam amino, badan keton pada metabolisme dan katabolisme
sintesis neurotransmiter kelaparan neurotransmiter neurotransmiter
berkepanjangan
Jantung Oksidasi-β dan siklus Badan keton, asam — Lipoprotein lipase, rantai
asam sitrat lemak bebas, laktat, transpor elektron yang
triasilgliserol VLDL dan sangat aktif
kilomikron, sebagian
glukosa
Jaringan adiposa Lipogenesis, esterifikasi Glukosa, triasilgliserel Asam lemak bebas, Lipoprotein lipase, lipase
asam lemak, lipolisis VLDL dan kilomikron gliserol peka-hormon, enzim jalur
(dalam keadaan puasa) pentosa fosfat
Otot kedut cepat Glikoiisis Glukosa, glikogen Laktat, (alanin dan asam —
keto dalam keadaan puasa)
Otot kedut lambat Oksidasi-β dan siklus Badan keton, kilomikron, — Lipoprotein lipase, rantai
asam sitrat dan triasilgliserol VLDL transpor elektron yang
sangat aktif
Ginjal Glukoneogenesis Asam lemak bebas, Glukosa Gliserol kinase,fosfoenol

laktat, gliserol, glukosa piruvat karboksikinase
Eritrosit Glikolisis anaerob, jalur Glukosa Laktat Hemoglobin, enzim

pentosa fosfat jalur pentosa fosfat
VLDL, lipoprotein berdensitas sangat rendah,
RINGKASAN ■ Di dalam sel, jalur-jalur mengalami kompartementalisasi.

Glikolisis, glikogenesis, glikogenolisis, jalur pentosa fosfat, dan
■ Produk pencernaan menyediakan bahan baku kepada jaringan
lipogenesis terjadi di sitosol. Mitokondria mengandung
untuk biosintesis molekul kompleks dan juga bahan bakar
untuk menjalankan proses-proses metabolik. enzim-enzim siklus asam sitrat, oksidasi-β asam Iemak, serta
rantai respiratorik dan ATP sintase. Membran retikulum
■ Hampir semua produk pencernaan karbohidrat, protein, dan endoplasma mengandung enzim-enzim untuk sejumlah proses
lemak dimetabolisme menjadi metabolit umum, asetil-KoA, lain, termasuk sintesis triasilgliserol dan metabolisme obat.
sebelum dioksidasi menjadi CO2 dalam siklus asam sitrat.
■ Jalur-jalur metabolik diatur oleh mekanisme cepat yang
■ Asetil-KoA juga merupakan prekursor untuk sintesis asam memengaruhi aktivitas enzim yang sudah ada, yaitu,
lemak rantai panjang dan steroid (termasuk kolesterol) dan modifikasi alosterik dan kovalen (sering sebagai respons
badan keton. terhadap kerja hormon) dan mekanisme lambat yang
■ Glukosa menyediakan kerangka karbon untuk gliserol pada memengaruhi sintesis enzim.
triasilgliserol dan asam amino nonesensial. ■ Karbohidrat dan asam amino dari makanan yang melebihi
kebutuhan dapat digunakan untuk menyintesis asam lemak
■ Produk pencernaan yang larut-air diangkut langsung ke hati
dan, triasilgliserol.
melalui vena porta hepatika. Hati mengatur kadar glukosa dan
asam amino darah. Produk pencernaan larut-lipid dan lipid ■ Pada keadaan puasa dan kelaparan, glukosa harus tetap
masuk aliran darah dan sistem limfe, dan hati membersihkan disediakan untuk otak dan sel darah merah; pada keadaan
sisa-sisanya setelah jaringan ekstrahepatik menyerap asam puasa awal, glukosa dipasok dari cadangan glikogen. Untuk
lemak. menghemat glukosa, otot dan jaringan lain tidak menyerap
glukosa jika sekresi insulin rendah; jaringan-jaringan ini lebih
menggunakan asam lemak (dan kemudian badan keton)
sebagai bahan bakar.

■ Dalam keadaan puasa, jaringan adiposa melepaskan asam

lemak bebas. Pada puasa berkepanjangan dan kelaparan,
REFERENSI
asam-asam lemak ini digunakan oleh hati untuk menyintesis Bender DA: Introduction to Nutrition and Metabolism, 5th ed. CRC
badan keton yang dtekspor ke otot untuk menjadi bahan Press, 2014.
bakar utama. Brosnan JT: Comments on the metabolic needs for glucose and the
role of gluconeogenesis. Eur J Clin Nutr 1999;53:S107–S111.
■ Sebagian besar asam amino yang berasal dari diet atau
Frayn KN: Integration of substrate fl w in vivo: some insights into
pergantian protein jaringan dapat digunakan untuk
metabolic control. Clin Nutr 1997;16:277–282.
glukoneogenesis, demikian juga gliserol dari triasilgliserol.
Frayn KN: Metabolic Regulation: A Human Perspective, 3rd ed.
■ Baik asam lemak yang berasal dari diet atau lipolisis Wiley-Blackwell, 2010.
triasilgliserol jaringan adiposa, maupun badan keton yang Zierler K: Whole body metabolism of glucose. Am J Physiol 1999;
dibentuk dari asam lemak pada keadaan puasa, tidak 276:E409–E426.
menghasilkan substrat untuk glukoneogenesis.

15
B A B
Karbohidrat yang Penting

Secara Fisiologis
TUJUAN ■ Menjelaskan apa yang dimaksud dengan glikom, glikobiologi, dan ilmu
dari glikemik.
Setelah mempelajari bab ini, ■ Menjelaskan apa yang dimaksud dengan istilah monosakarida,
Anda diharapkan dapat: disakarida, oligosakarida, dan polisakarida.
■ Menjelaskan berbagai cara struktur glukosa dan manasakarida lain
digambarakan, dan menjelaskan berbagai jenis isomerisme gula dan
struktur cincin piranosa dan furanosa.
■ Menjelaskan pembentukan glikosida dan struktur disakarida dan
polisakarida yang penting.
■ Menjelaskan apa yang dimaksud dengan indeks glikemik karbohidrat.
■ Menjelaskan peran karbohidrat dalam membran sel dan lipoprotein.
PERAN BIOMEDIS Glikemik, istilah analog dengan genomik dan proteomik,

adalah studi komprehensif dari glikom, termasuk genetik,
Karbohidrat tersebar luas dalam tumbuhan dan hewan; fisiologis, patologis, dan aspek lainnya.
senyawa ini memiliki peran struktural dan metabolik yang
penting. Pada tumbuhan, glukosa disintesis dari karbon Sejumlah yang sangat besar dari penghubung glikosida
dioksida dan air melalui fotosintesis dan disimpan sebagai dapat dibentuk antara gula. Misalnya, tiga heksosa yang
pati (kanji, starch) atau digunakan untuk menyintesis berbeda dapat dihubungkan satu sama lain untuk membentuk
selulosa dinding sel tumbuhan. Hewan dapat menyintesis lebih dari 1000 trisakarida yang berbeda. Konformasi dari gula
karbohidrat dari asam amino, tetapi sebagian besar dalam rantai oligosakarida bervariasi tergantung pada
karbohidrat hewan terutama berasal dari tumbuhan. hubungan dan kedekatan dengan molekul lain dengan
Glukosa adalah karbohidrat terpenting; kebanyakan oligosakarida yang dapat berinteraksi. Rantai oligosakarida
karbohidrat dalam makanan diserap ke dalam aliran darah mengkodekan informasi biologis dan bahwa tergantung pada
sebagai glukosa yang dibentuk melalui hidrolisis pati dan gula konstituen, urutannya, dan hubungannya.
disakarida dalam makanan, dan gula lain diubah menjadi
glukosa di hati. Glukosa adalah bahan bakar metabolik
utama pada mamalia (kecuali pemamah biak) dan bahan
KARBOHIDRAT ADALAH TURUNAN
bakar universal bagi janin. Glukosa adalah prekursor untuk ALDEHIDA ATAU KETON DARI
sintesis semua karbohidrat lain di tubuh, termasuk glikogen
untuk penyimpanan; ribosa dan deoksiribosa dalam asam ALKOHOL POLIHIDRAT
nukleat; galaktosa untuk sintesis laktosa dalam susu, dalam Karbohidrat diklasifikasikan sebagai berikut:
glikolipid, dan sebagai kombinasi dengan protein dalam
glikoprotein (lihat Bab 46) dan proteoglikan. Penyakit terkait 1. Monosakarida adalah karbohidrat yang tidak dapat
metabolisme karbohidrat antara lain diabetes mellitus, dihidrolisis menjadi karbohidrat yang lebih sederhana.
galaktosemia, penyakit penimbunan glikogen dan Monosakarida ini dapat diklasifikasikan sebagai triosa,
intoleransi laktosa. tetrosa, pentosa, heksosa, atau heptosa, bergantung pada
Glikobiologi adalah studi tentang peran dari gula dalam jumlah atom karbon (3-7); dan sebagai aldosa atau ketosa
kesehatan dan penyakit. Glikom adalah seluruh komplemen bergantung pada apakah gugus aldehida atau keton yang
dari gula pada suatu organisme, apakah bebas atau terdapat dimiliki senyawa tersebut.
dalam molekul yang lebih kompleks.
152

BAB 15 Karbohidrat yang Penting Secara Fisiologis 153
TABEL 15–1 Klasifikasi beberapa gula penting 1

HC O
A 2
Aldosa Ketosa HC OH
3
HO CH
Triosa(C3H6O3) Gliserosa Dihidroksiaseton 4
HC OH
(gliseraldehida) 5
HC OH
Tetrosa (C4H8O4) Eritrosa Eritrulosa 6
CH2OH
Pentosa (C5H10O5) Ribosa Ribulosa
Heksosa (C6H12O6) B 6
Glukosa Fruktosa CH2OH
5
HeptosA (C7H14O7) — Sedoheptulosa O
4 1
OH 2
OH OH
3
Contoh-contoh disajikan di Tabel 15–1. Selain OH
aldehida dan keton, alkohol polihidrat (alkohol gula
atau poliol), dengan gugus aldehida atau keton yang C
H 6
telah direduksi menjadi suatu gugus alkohol, juga 4 CH2OH
O
terdapat secara alami dalam makanan. Alkohol ini HO 5
dibentuk melalui reduksi monosakarida dan digunakan H

H
dalam pembuatan makanan untuk menurunkan berat 2 H
HO 3 OH 1
badan dan untuk pasien diabetes. Alkohol polihidrat
H
kurang diserap dengan baik, dan menghasilkan separuh OH
energi yang dihasilkan oleh gula. GAMBAR 15–1 d-Glukosa. (A) Bentuk rantai-lurus. (B) α-dglukosa;
proyeksi Haworth. (C) α-d-glukosa; bentuk kursi.
2. Disakarida adalah produk kondensasi dua unit
monosakarida, contohnya laktosa, maltosa, sukrosa, dan (Gambar 15–1B), yaitu proyeksi Haworth, merupakan
trehalosa. molekul dilihat dari samping dan atas bidang cincin;
3. Oligosakarida adalah produk kondensasi tiga sampai ikatan-ikatan yang terletak paling dekat dengan pengamat
sepuluh monosakarida. Sebagian besar oligosakarida digambar lebih tebal dan gelap, dan gugus hidroksil terletak
tidak dicerna oleh enzim dalam tubuh manusia. di atas atau bawah bidang cincin. Atom hidrogen melekat
4. Polisakarida adalah produk kondensasi lebih dari pada setiap karbon tidak ditampilkan dalam gambar ini.
sepuluh unit monosakarida, contohnya pati dan Cincin segi enam yang mengandung satu atom oksigen ini
dekstrin yang mungkin merupakan polimer linier sebenamya berbentuk seperti kursi (Gambar 15–1C).
atau bercabang. Polisakarida kadang-kadang diklasifi-
kasikan sebagai heksosan atau pentosan, bergantung pada Gula Memperlihatkan Berbagai
identitas monosakarida pembentuknya (masing-masing Bentuk Isomerisme
heksosa dan pentosa). Selain pati dan dekstrin, Glukosa, dengan empat atom karbon asimetrik dapat
makanannya mengandung beragam polisakarida lain membentuk 16 isomer. Tipe-tipe isomerisme terpenting
yang secara kolektif dinamai polisakarida nonpati; zat ini yang ditemukan pada glukosa adalah:
tidak dicerna oleh enzim manusia, dan merupakan
komponen utama serat dalam makanan. Contohnya 1. Isomerisme d dan l: Penggambaran suatu isomer gula
selulosa dari dinding sel tumbuhan (suatu polimer sebagai bentuk d atau bayangan cerminnya sebagai
glukosa; lihat Gambar 15-13) dan inulin, yaitu simpanan bentuk l ditentukan oleh hubungan spasial terhadap
karbohidrat pada beberapa tumbuhan (suatu polimer senyawa induk karbohidrat, yaitu gula tiga-karbon
fruktosa; lihat Gambar 15-13). gliserosa (gliseraldehida). Bentuk l dan d gula ini dan
glukosa diperlihatkan di (Gambar 15–2). Orientasi gugus
—H dan —OH pada atom karbon yang terdekat dengan
SECARA BIOMEDIS, GLUKOSA karbon alkohol primer terminal (karbon ke-5 pada
ADALAH MONOSAKARIDA glukosa) menentukan apakah gula termasuk konfigurasi
d atau l. Jika gugus —OH pada atom karbon ini terletak
TERPENTING di kanan (seperti terlihat di Gambar 15–2), gulanya
adalah isomer d jika terletak di kiri, gulanya adalah
Struktur Glukosa Dapat isomer l. Sebagian besar monosakarida alami adalah gula
Digambarkan dalam Tiga Bentuk d dan enzim yang berperan dalam metabolisme gula ini
bersifat spesifik untuk konfigurasi ini.
Rumus struktur rantai-lurus (aldoheksosa; Gambar 15–1A)
dapat menjelaskan sebagian sifat glukosa, tetapi struktur 2. Adanya atom-atom karbon asimetrik juga menyebabkan
siklik (hemiasetal yang dibentuk oleh reaksi antara gugus senyawa memiliki aktivitas optik. Jika suatu berkas
aldehida dan gugus hidroksil) secara termodinamis lebih sinar terpolarisasi-sempurna dilewatkan melalui suatu
menguntungkan dan menjelaskan sifat-sifat yang lain. larutan isomer optik, berkas sinar tersebut akan
Struktur siklik yang biasa digambar, seperti diperlihatkan di berputar ke kanan, dekstrorotatorik (+), atau ke kiri,

1 1 1
HC O HC O HO CH2
2 2 6 6
HO CH HC OH O O OH
3 3
CH2OH CH2OH 5 OH 2 5 2
OH
4 4
L-Gliserosa D-Gliserosa OH OH OH 1 CH OH
2
OH 3 3
(L-gliseraldehida) (D-gliseraldehida) OH
α-D-Fruktopiranosa β-D-Fruktopiranosa
1 1
HC O HC O 6 6
2 2 HO CH2 O 1 HO CH 2 O
HC OH HC OH CH2OH OH
3 3
HO CH HO CH 5 OH 2 5 OH 2
4 4 4 4
1
HC OH HC OH OH CH 2 OH
5 5 3 3
HO CH HC OH OH OH
6 6 α-D-Fruktofuranosa
CH2OH CH2OH β-D-Fruktofuranosa
L-Glukosa D-Glukosa GAMBAR 15–4 Bentuk piranosa dan furanosa fruktosa.
GAMBAR 15–2 Isomerisme d- dan l pada gliserosa dan glukosa.
5. Epirner: Isomer-isomer yang berbeda akibat variasi
konfigurasi —OH dan —H pada atom karbon 2, 3, dan 4
levorotatorik (-). Arah rotasi sinar terpolarisasi tidak glukosa dikenal sebagai epimer. Secara biologis, epimer
bergantung pada stereokimia gula sehingga dapat ditulis glukosa terpenting adalah manosa (mengalami epoi-
d(−), d(+), l(−), atau l(+). Sebagai contoh, bentuk alami merisasi pada karbon 2) dan galaktosa (mengalami
fruktosa adalah isomer d(−). Membingungkan, dekstro- epimerisasi pada karbon 4) (Gambar 15–5).
rotatori (+) pada suatu waktu pernah disebut D -, dan 6. Isomerisme aldosa-ketosa: Fruktosa memiliki rumus
levorotatorik L(-). Nomenklatur ini adalah usang, tapi molekul yang sama dengan glukosa, tetapi rumus
kadang-kadang dapat ditemukan; itu tidak terkait struktumya berbeda karena terdapat sebuah gugus keto
dengan isomerisme D- dan L. Dalam larutan, glukosa potensial di posisi 2, atom karbon anomerik fruktosa
bersifat dekstrorotatorik, dan larutan glukosa kadang- sementara terdapat sebuah gugus aldehida potensial di posisi
kadang dikenal sebagai dekstrosa. 1, atom karbon anomerik glukosa. Contoh dari aldosa dan
3. Struktur cincin piranosa dan furanosa: Struktur cincin ketosa gula ditunjukkan pada (Gambar 15-6 dan 15-7).
monosakarida menyerupai struktur cincin piran (cincin Secara kimiawi, aldosa mengurangi senyawa, dan beberapa
segienam) atau furan (cincin segilima) (Gambar 15–3 kali dikenal sebagai mengurangi gula. Ini memberikan dasar
dan 15–4). Untuk larutan glukosa, lebih dari 99% berada untuk tes kimia sederhana untuk glukosa dalam urin pada
dalam bentuk piranosa. diabetes mellitus yang tidak terkontrol, oleh reduksi dari
4. Anomer alfa dan beta: Struktur cincin suatu aldosa adalah larutan tembaga basa (Bab 48).
hemiasetal karena dibentuk oleh kombinasi satu gugus
aldehida dengan satu gugus alkohol. Demikian juga, Banyak Monosakarida
struktur cincin ketosa adalah hemiketal. Glukosa kristal
adalah α-d-gIukopiranosa. Struktur siklik dipertahankan
Berperan Penting Secara Fisiologis
dalam larutan, tetapi terjadi isomerisme di sekitar posisi 1, Turunan triosa, tetrosa, dan pentosa serta gula tujuh-karbon
atom karbon anomerik atau karbonil, untuk menghasilkan (sedoheptulosa) terbentuk sebagai zat antara metabolik dalam
campuran α-gIukopiranosa (38%) dan β-glukopiranosa glikolisis (lihat Bab 17) dan jalur pentosa fosfat (lihat Bab 20).
(62%). Kurang dari 0,3% memperlihatkan anomer α dan β Pentosa berperan penting dalam nukleotida, asam nukleat,
glukofuranosa. dan beberapa koenzim (Tabel 15–2). Glukosa, galaktosa,
fruktosa, dan manosa adalah heksosa terpenting secara
O O
fisiologis (Tabel 15–3). Ketosa yang penting secara
biokimiawi diperlihatkan di (Gambar 15–6), dan berbagai
aldosa penting di (Gambar 15–7).
Selain itu, turunan asam karboksilat dari glukosa juga
Piran Furan
penting, termasuk D-glukuronat (untuk pembentukan
glukuronida dan dalam glikosaminoglikan) dan turunan
HO CH2
metaboliknya, l-iduronat (dalam glikosaminoglikan)
CH2OH HC OH
O O
CH2OH CH2OH CH2OH CH2OH
O OH O O
OH OH OH
OH OH OH OH OH
OH OH
OH OH OH OH OH
OH OH OH
α-D-Glukopiranosa a−D-Glukopiranosa `-D-Galaktosa `-D-Glukosa `-D-Manosa
GAMBAR 15–5 Epimer glukosa.

GAMBAR 15–3 Glukosa dalam bentuk piranosa dan furanosa.

CHO CHO CHO
CHO CHO CHO CHO H C OH HO C H H C OH
CHO HO C H H C OH HO C H H C OH HO C H HO C H HO C H
CHO
H C OH HO C H HO C H H C OH H C OH HO C H H C OH H C OH
H C OH
H C OH H C OH H C OH H C OH H C OH H C OH H C OH H C OH
CH2OH
CH2OH CH2OH CH2OH CH2OH CH2OH CH2OH CH2OH CH2OH
D-Gliserosa
(D-gliseraldehida) D-Eritrosa D-Liksosa D-Xilosa D-Arabinosa D-Ribosa D-Galaktosa D-Manosa D-Glukosa
GAMBAR 15–6 Contoh berbagai aldosa yang penting secara fisologis.
CH2OH
CH2OH C O
CH2OH CH2OH C O HO C H
C O C O HO C H H C OH
CH2OH HO C H H C OH H C OH H C OH
C O H C OH H C OH H C OH H C OH
CH2OH CH2OH CH2OH CH2OH CH2OH
Dihidroksiaseton D-Xilulosa D-Ribulosa D-Fruktosa D-Sedoheptulosa
GAMBAR 15–7 Contoh berbagai ketosa yang penting secara fisiologis.
TABEL 15–2 Pentosa yang penting secara fisiologis (Gambar 15–8) dan l-gulonat (suatu zat antara dalam jalur
Peran Biokimiawi dan
asam uronat; lihat Gambar 20–4).
Gula Sumber Klinis
Gula Membentuk Glikosida dengan
d-Ribosa Asam nukleat Komponen strukturaf
dan zat antara asam nukleat dan Senyawa Lain & Sesamanya
metabolik koenzim, termasuk ATP,
NAD(P),dan koenzim
Glikosida dibentuk oleh kondensasi antara gugus hidroksil
flavin karbon anomerik suatu monosakarida, dan senyawa kedua yang
mungkin atau juga bukan monosakarida lain (pada kasus suatu
d-Ribulosa Zat antara metabolik Zat antara dalam jalur
pentosa fosfat aglikon). Jika gugus kedua adalah suatu hidroksil, ikatan O-
glikosida adalah suatu ikatan asetal karena terbentuk dari
d-Arabinosa Getah tumbuhan Konstituen glikoprotein
reaksi antara suatu gugus hemiasetal (dibentuk dari satu gugus
d-Xilosa Getah tumbuhan, Konstituen glikoprotein aldehida dan satu gugus -OH) dan gugus -OH lain. Jika bagian
proteoglikan, hemiasetalnya adalah glukosa, senyawa yang terbentuk adalah
glikosaminoglikan
glukosida; jika galaktosa, akan terbentuk suatu galaktosida;
l-Xilulosa Zat antara metabolik Diekskresikan dalam urine dan seterusnya. Jika gugus kedua adalah amin, ikatan N-
pada pentosuria esensial glikosidat akan terbentuk, misalnya antara adenin dan ribosa
dalam nukleotida, seperti ATP (lihat Gambar 11–4).
TABEL 15–3 Berbagai heksosa yang penting secara fisiologis
Gula Sumber Peran Biokimiawi Makna Klinis
d-Glukosa Sari buah, hidrolisis pati, gula Bahan bakar metabolik utama Diekskresikan dalam urin (glukosuria)
tebu atau bit, maltosa dan untuk jaringan;"gua darah" pada diabetes melitus yang tidak
laktosa terkontrol akibat hiperglikemia
d-Fruktosa Sari buah, madu, hidrolisis gula bit Mudah dimetabolisme melalui glukosa Intoleransi fruktosa herediter
atau tebu dan inulin, isomerisasi atau secara langsung menyebabkan penimbuna fruktosa
enzimatik sirup glukosa untuk dan hipoglikemia
pembuatan makanan
d-Galaktosa Hidrolisis laktosa Mudah dimetabolisme menjadi glukosa; Galaktosemia herediter akibat
disintesis di kelenjar payudara untuk kegagalan tubuh memetabolisme
membentuk laktosa susu. Konstituen glikolipid galaktosa menyebabkan katarak
dan glikoprotein
d-Manosa Hidrolisis getah pohon mannan Konstituen glikoprotein

COO– Maltosa, Sukrosa, & Laktosa Adalah

O
COO–
O
Disakarida Penting
OH OH
OH OH
Disakarida adalah gula yang terdiri dari dua residu mo-
OH OH
OH OH
nosakarida yang dihubungkan oleh suatu ikatan glikosida
(Gambar 15–11). Disakarida yang penting secara fisiologis
GAMBAR 15–8 `-D-Glukuronat (kiri) dan a-L-iduronat (kanan). adalah maltosa, sukrosa, dan laktosa (Tabel 15–4).
Hidrolisis sukrosa menghasilkan campuran glukosa dan
fruktosa yang disebut "invert sugar" karena fruktosa bersifat
5
HO CH2 O levorotatorik kuat dan mengubah (membalikkan) kerja
OH
dekstrorotatorik sukrosa yang lebih lemah.
4 1
POLISAKARIDA MEMILIKI
3
2
FUNGSI PENYIMPANAN &

OH
GAMBAR 15–9 2-Deoksi-D-ribofuranosa (bentuk a).

STRUKTURAL
Polisakarida mencakup beberapa karbohidrat yang penting
Glikosida banyak terdapat di alam; aglikonnya dapat secara fisiologis sebagai berikut.
berupa metanol, gliserol, suatu sterol, suatu fenol, atau Pati (kanji, starch) adalah suatu homopolimer glukosa
suatu basa, misalnya adenin. Glikosida yang penting yang membentuk rantai α-glukosida, yang disebut glukosan
dalam bidang kedokteran sehubungan dengan kerjanya di atau glukan. Pati adalah sumber utama karbohidrat dalam
jantung (glikosida jantung), semuanya mengandung makanan, yaitu sereal, kentang, kacang-kacangan, dan sayuran
steroid sebagai aglikon. Glikosida ini mencakup turunan lain. Dua konstituen utamanya adalah amilosa (13%-20%),
digitalis dan strofantus misalnya ouabain, yakni suatu yang memiliki struktur heliks tidak-bercabang, dan
inhibitor Na+–K+-ATPase di membran sel. Glikosida lain amilopektin (80%-87%), yang terdiri dari rantai-rantai
meliputi antibiotik seperti streptomisin. bercabang yang dibentuk oleh 24-30 residu glukosa yang
disatukan oleh ikatan α1 → 4 di rantai dan oleh ikatan α1 →
Gula Deoksi Kekurangan Sebuah 6 di titik percabangan (Gambar 15–12).
Atom Oksigen Seberapa banyak pati dalam makanan dihidrolisis oleh
amilase ditentukan oleh strukturnya, derajat kristalisasi
Gula deoksi adalah gula yang satu gugus hidroksilnya telah atau hidrasi (hasil proses memasak), dan apakah pati
digantikan oleh hidrogen. Contohnya deoksiribosa (Gambar terbungkus dalam dinding sel tumbuhan yang utuh (dan
15–9) dalam DNA. Gula deoksi l-fukosa (Gambar 15–15) tidak dapat dicerna) atau tidak. Indeks glikemik suatu
terdapat dalam glikoprotein; 2-deoksiglukosa digunakan makanan yang mengandung pati adalah ukuran kemudahan
dalam eksperimen sebagai inhibitor metabolisme glukosa. makanan tersebut dicerna, berdasarkan jumlah peningkat-
kan kadar glukosa darah akibat makanan tersebut
Gula Amino (Heksosamin) dibandingkan dengan glukosa atau makanan pembanding
Adalah Komponen Glikoprotein, dalam jumlah setara, misalnya roti tawar atau nasi. Indeks
glikemik berkisar antara I (atau 100%) untuk pati yang
Gangliosida, dan Glikosaminoglikan terhidrolisis sempurna dalam usus halus hingga 0 untuk pati
Gula amino mencakup d-glukosamin, suatu konstituen asam yang tidak terhidrolisis sama sekali.
hialuronat (Gambar 15–10), d-galaktosamin (juga dikenal Glikogen adalah simpanan polisakarida pada hewan dan
sebagai kondrosamin), suatu konstituen kondroitin dan d- kadang-kadang disebut pati hewani. Glikogen adalah
manosamin. Beberapa antibiotik (mis. eritromisin) mengan- struktur yang lebih bercabang dibandingkan amilopektin,
dung gula amino yang penting untuk aktivitas antibiotiknya. dan rantainya terdiri dari 12-15 residu α-d-glukopiranosa
(dalam ikatan glukosida α1 → 4) dengan percabangan
CH2OH
melalui ikatan glukosida α1 → 6. Granul glikogen otot
O (partikel-β) berbentuk bola dan mengandung hingga 60.000
residu glukosa; di hati terdapat granul serta roset granul
OH
OH OH glikogen yang serupa yang tampaknya adalah agregat
NH3+
partikeI-β.
Inulin adalah suatu polisakarida fruktosa (dan ka-
GAMBAR 15–10 Glukosamin (2-amino-d-glukopiranosa) renanya, merupakan fruktosan) yang terdapat dalam ubi dan
(bentuk α). Galaktosamin adalah 2-amino-D-galaktopiranosa. akar dahlia, artichoke, dan dandelion. Senyawa ini mudah
Baik glukosamin maupun galaktosamin terdapat sebagai larut dalam air dan digunakan untuk menentukan laju filtrasi
turunan N-asetil pada karbohidrat yang lebih kompleks, glomerulus, (lihat Bab 48), tetapi tidak dihidrolisis oleh
misalnya glikoprotein. enzim usus sehingga tidak memiliki nilai nutrisi. Dekstrin
adalah zat antara dalam hidrolisis pati.

CH2OH CH2OH OH
O O O
HO CH2 CH2OH
OH OH OH OH
OH O OH OH O O OH
OH OH OH CH2OH
Sukrosa (glukosil-fruktosa) Trehalosa (glukosil-glukosida)
CH2OH CH2OH CH2OH CH2OH

OH O O O O
OH O OH OH OH
OH OH O OH
OH OH OH OH
Laktosa (galaktosil-glukosa) Maltosa (glukosil-glukosa)
CH2OH
OH
OH
O Isomaltosa
OH CH2
O
OH
OH OH
OH
GAMBAR 15–11 Struktur dari disakarida nutrisi penting.
TABEL15–4 Disakarida yang penting secara fisiologis
Gula Komposisi Sumber Makna Klinis
Sukrosa O-α-d-glukopiranosil-(1→2)-β-d- Gula tebu dan bit, sorghum Tidak adanya sekrase (kelainan genetik yang jarang
fruktofuranosida serta bebrapa buah dan sayuran terjadi) menyebabkan intoleransi sukrosa—diare dan
kembung.
Laktosa O-α-d-galaktopiranosil-(1→4)-β-d- Susu (dan banyak sediaan Tidak adanya laktase (alaktasia) menyebabkan intoleransi
glukopiranosa farmasi sebagai pengisi obat) laktosa—diare dan kembung (flatulens); dapat
dieksresikan dalam urine pada kehamila
Maltosa O-α-d-glukopiranosil-(1→4)-α-d- Hidrolisis enzimatik pati

glukopiranosa (amilase); gandum dan seral yang
bertunas
Isomaitosa O-α-d-glukopiranosil-(1→6)-α-d- Hidrolisis enzimatik pati (titik-
glukopiranosa titik percabangan di amilopektin)
Laktulosa O-α-d-galaktopiranosil-(1→4)-β-d- Susu yang dipanskan Tidak dihidrolisis oleh enzim usus, tetapi
fruktofuranosa (sejumlah kecil), terutama difermentasikan oleh bakteri usus; digunakan sebagai
sintetik pencahar osmotik ringan
Trehalosa O-α-d-glukopiranosil-(1→1)-α-d- Ragi dan jamur, gula utama

glukopiranosida pada hemolimfe serangga
Selulosa adalah konstituen utama dinding sel tumbuhan. Kitin (chitin) adalah polisakarida struktural di eksoskeleton
Senyawa ini tidak larut dan terdiri dari unit-unit β- krustasea dan insekta, juga terdapat di jamur. Senyawa ini
glukopiranosa yang disatukan oleh ikatan β1 → 4 mem- terdiri dari unit-unit N- asetil-D-glukosamin yang disatukan
bentuk rantai lurus panjang yang diperkuat oleh ikatan- oleh ikatan glikosida β1 → 4. Pektin terjadi dalam buah-
silang hidrogen. Mamalia tidak memiliki enzim yang buahan; ektin adalah polimer asam galakturonat terkait α-1
menghidrolisis ikatan β1 → 4 sehingga tidak dapat mencerna → 4, dengan beberapa cabang galaktosa suatu / atau
selulosa. Selulosa adalah sumber utama "bulk" dalam diet, dan arabinosa, dan sebagian alkohol (Gambar 15-13).
komponen utama serat dalam diet. Mikroorganisme dalam Glikosaminoglikan (mukopolisakarida) adalah kar-
usus hewan pemamah biak dan herbivora lain dapat bohidrat kompleks yang mengandung gula amino dan asam
menghidrolisis ikatan tersebut dan memfermentasikan uronat. Karbohidrat ini dapat melekat pada suatu molekul
produk menjadi asam lemak rantai-pendek sebagai protein membentuk proteoglikan. Proteoglikan merupakan
sumber energi utama. Di kolon manusia, metabolisme bahan dasar atau bahan pembungkus jaringan ikat (lihat
selulosa oleh bakteri juga terjadi.

CH2OH CH2OH
O O
OH OH
HO O
O α1 → 6 penghubung, titik
OH OH cabang di amilopektin
dan glikogen
CH2OH CH2OH CH2 CH2OH
O O O O
OH OH OH OH
HO O O O O
OH OH OH OH
GAMBAR 15–12 Struktur dari pati dan glikogen. Amilosa merupakan polimer linear dari residu
glukosa terkait α1 → 4, yang kumparan menjadi heliks. Amilopektin dan glikogen terdiri dari rantai pendek
dari residu glukosa terkait α1 → 4 dengan poin cabang yang dibentuk oleh ikatan α1 → 6 glikosida. Molekul
berbentuk bola dengan diameter sekitar 21 nm dan dapat dilihat dengan mikrograf elektron. Massa
molekulnya sebesar 107 Da dan terdiri dari rantai-rantai polisakarida, masing-masing mengandung sekitar
13 residu glukosa. Rantai dapat bercabang atau tidak dan tersusun dalam 12 lapisan konsentrik. Rantai
bercabang (masing-masing memiliki dua cabang) ditemukan di lapisan dalam dan rantai tidak bercabang
berada di lapisan luar. Titik biru di tengah dari molekul glikogen adalah glikogenin, molekul primer untuk
sintesis glikogen
CH2OH CH2OH CH 2 OH CH2OH

O O O O
O O
O OH O
OH O OH OH
O O
HO CH2 CH2
OH OH OH OH
OH
Selulosa: polimer glukosa terkait β1 → 4
OH O
CH 3 CH2OH CH2OH CH2OH O

HO CH2 CH2
O O O O OH
O O
O OH OH O OH
OH
O
OH O
HN C CH3 HN C CH3 HN C CH3 HN C CH3 O

HO CH2 CH2
O O O O
Kitin: polimer N-asetilglukosamin terkait β1 → 4 OH
CH3 OH O
COOH COOH C O COOH O
O HO CH2 CH2
O O O
O OH
OH O OH O O OH
OH O
O
OH OH
OH OH OH
Pektin: galakturonat polimer asam terhubung α1 → 4, sebagian
alkohol, beberapa galaktosa dan / atau cabang arabinosa Inulin: polimer fruktosa terkait β2 → 1
GAMBAR 15-13 Struktur dari beberapa polisakarida nonpati penting.
158

Asam hialuronat CH3

CH2OH C O
COO– O
O NH
O O
O O COO–
O OH OH CH3 (CHOH)2
OH CH2OH
HN C CH3 OH
OH n OH
O
Asam β−g lukuronat OH OH
N-Asetilglukosamin
Fukosa Asam N-asetilneuraminat
GAMBAR 15–15 β-l-Fukosa (6-deoksi-β-l-galaktosa) dan

asam N-asetilneuraminat, suatu asam sialat.
Kondronitin 4-sulfat
CH2OH
COO– –O S O O
3
O O
O asam neuraminat (Gambar 15–15). Asam neuraminat
O OH
adalah gula sembilan-karbon yang berasal dari manosamin
HN C CH3
OH n (suatu epimer glukosamin) dan piruvat. Asam sialat adalah
O
Asam β−g lukuronat N-Asetilgalaktosamin sulfat konstituen glikoprotein maupun gangliosida.
Heparin KARBOHIDRAT TERDAPAT

COSO3– DI DALAM MEMBRAN SEL
O
& LIPOPROTEIN
O
COO– O
O OH
OH
O Sekitar 5% berat membran sel adalah karbohidrat dalam
HN SO3– n
O SO3– glikoprotein (lihat Bab 46) dan glikolipid. Terdapatnya
Glukosamin bersulfat Asam iduronal bersulfat karbohidrat di lapisan luar membran plasma (glikokaliks),
GAMBAR 15-14 Struktur beberapa polisakarida kompleks dan telah dibuktikan dengan menggunakan lektin tumbuhan,
glikosaminoglikan. aglutinin protein yang mengikat residu glikosil spesifik.
Sebagai contoh, konkanavalin A mengikat residu α-glukosil
dan α-manosil. Glikoforin adalah suatu glikoprotein integral
Bab 50). Senyawa ini menahan banyak air dan menempati membran utama pada eritrosit manusia. Glikoforin memiliki
ruang sehingga bertindak sebagai peredam atau melumasi 130 residu asam amino dan menembus membran lipid,
struktur lain, hal ini dikarenakan banyaknya gugus —OH dengan segmen polipeptida yang terletak di luar lapisan
dan muatan negatif molekul yang mempertahankan agar eksternal dan internal (sitoplasmik). Rantai karbohidrat
rantai-rantai karbohidrat tetap terpisah dengan mekanisme melekat pada bagian terminal amino di luar lapisan
repulsi. Contohnya adalah asam hialuronat, kondroitin eksternal. Karbohidrat juga terdapat dalam apo-protein B
sulfat, dan heparin (Gambar 15–14). lipoprotein plasma.
Glikoprotein (juga dikenal sebagai mukoprotein) adalah
protein yang mengandung rantai oligosakarida bercabang
atau tidak bercabang (Tabel 15–5), termasuk fukosa
RINGKASAN
■ Glikom adalah seluruh komplemen dari gula dari suatu
(Gambar 15-15). Glikoprotein dibentuk di membran sel organisme, apakah bebas atau terapat dalam molekul yang lebih
(lihat Bab 40 dan 46) dan banyak protein glikosilasi. Asam kompleks. Glikemik adalah studi tentang glikom, termasuk
sialat adalah turunan N- atau O-asli dari genetik, fisiologis, patologis, dan aspek lainnya.
■ Karbohidrat adalah konstituen utama makanan hewan dan
jaringan hewan. Karbohidrat ditandai dengan jenis dan jumlah
TABEL 15–5 Karbohidrat yang ditemukan dalam glikoprotein residu monosakarida di dalam molekulnya.
Heksosa Manosa (Man),Galaktosa (Gal) ■ Glukosa adalah karbohidrat terpenting pada biokimia mamalia
karena hampir semua karbohidrat dalam makanan diubah
Asetil heksosamin N-Asetilgiukosamin (GlcNAc),
menjadi glukosa untuk metabolisme.
N-asetilgalaktosamin (GaINAc)
■ Gula memiliki banyak stereoisomer karena mengandung
Pentosa Arabinosa (Ara), Xilosa (Xyl) beberapa atom karbon asimetrik.
Metil pentosa l-Fukosa (Fuc,lihat Gambar 15–15) ■ Monosakarida yang penting secara fisiologis adalah glukosa,
Asam sialat Turunan N-Asil dari asam neuraminat; "gula darah", dan ribosa, yakni suatu konstituen penting
asam sialat yang utama adalah asam N-asetil- nukleotida dan asam nukleat.
neuraminat (NeuAc; lihat Gambar 15–16) ■ Disakarida yang penting antara Iain adalah maltosa (glukosil
glukosa), suatu zat antara pada pencernaan pati; sukrosa
(glukosil fruktosa), yang penting sebagai konstituen makanan
yang mengandung fruktosa; dan laktosa (galaktosil glukosa),
dalam susu.

■ Pati dan glikogen masing-masing adalah bentuk polimer REFERENSI

simpanan glukosa pada tumbuhan dan hewan. Pati adalah
Champ M, Langkilde A-M, Brouns F, et al: Advances in dietary fibre
sumber energi utama dalam makanan.
characterisation. Nutrition Res Rev 2003;16:(1)71–82.
■ Karbohidrat kompleks mengandung turunan gula lain, Davis BG, Fairbanks AJ: Carbohydrate Chemistry. Oxford University
seperti gula amino, asam uronat, dan asam sialat. Press, 2002.
Karbohidrat ini meneakup proteoglikan dan glikosamino- Garg HC, Cowman KM, Hales CA: Carbohydrate Chemistry, Biology
glikan, yang berkaitan dengan elemen struktural jaringan, and Medical Applications. Elsevier, 2008.
dan glikoprotein, yaitu protein yang mengandung rantai Kiessling LL, Splain RA: Chemical approaches to glycobiology. Ann
oligosakarida; senyawa-senyawa ini ditemukan di banyak Rev Biochem 2010;79:619–653.
tempat termasuk membran sel. Lindhorst TK, Thisbe K: Essentials of Carbohydrate Chemistry and
■ Rantai oligosakarida mengkodekan informasi biologis, Biochemistry, 3rd ed. Wiley-VCH, 2007.
tergantung pada gula konstituen dan urutan serta hubungan. Sinnott M: Carbohydrate Chemistry and Biochemistry: Structure and
Mechanisms, Royal Society of Chemistry, 2007.

16
Siklus Asam Sitrat:
B A B
Jalur Sentral dari

Karbohidrat, Lipid & Asam
Amino Metabolisme
TUJUAN ■■ Menjelaskan reaksi-reaksi siklus asam sitrat dan reaksi-reaksi yang

menghasilkan ekuivalen pereduksi yang dioksidasi di rantai transpor
Setelah mempelajari bab ini, elektron mitokondria untuk menghasilkan ATP.
Anda diharapkan dapat: ■■ Menjelaskan pentingnya vitamin bagi siklus asam sitrat.
■■ Menjelaskan bagaimana siklus asam sitrat menyediakan baik rute katabolisme

asam amino maupun rute sintesinya.
■■ Menjelaskan jalur anaplerotik utama yang memungkinkan pembaruan zat-zat
antara siklus asam sitrat, dan bagaimana penggunaan oksaloaseta
untuk glukoneogenesisi diatur.
■■ Menjelaskan peran siklus asam sitrat dalam sintesis asam lemak.
■■ Menjelaskan bagaimana aktivitas siklus asam sitrat dikontrol oleh keter-

sediaan kofaktor teroksidasi.
■■ Menjelaskan bagaimana hiperamonemia dapat menyebabkan hilangnya
kesadaran
PERAN BIOMEDIS Hiperamonemia, seperti yang terjadi pada penyakit hati

tingkat lanjut, menyebabkan hilangnya kesadaran, koma, dan
Siklus asam sitrat (siklus Krebs, siklus asam trikarboksilat) konvulsi akibat aktivitas siklus asam sitrat yang terganggu,
adalah serangkaian reaksi di mitokondria yang mengoksidasi menyebabkan berkurangnya pembentukan ATP. Amonia
gugus asetil pada asetil-KoA ke CO2 dan mereduksi koenzim menguras zat-zat antara dalam siklus asam sitrat (dengan
yang ter-reoksidasi melalui rantai transpor elektron yang mengambil α-ketoglutarat untuk pembentukan glutamat dan
berhubungan dengan pembentukan ATP. glutamin) dan juga menghambat dekarboksilasi oksidatif α-
Siklus asam sitrat adalah jalur bersama terakhir untuk ketoglutarat.
oksidasi karbohidrat, lipid, dan protein karena glukosa, asam
lemak, dan sebagian besar asam amino di metabolisme menjadi
asetil-KoA atau zat-zat antara siklus ini. Siklus ini juga
SIKLUS ASAM SITRAT
berperan sentral dalam glukoneogenesisi, lipogenesisi, dan MENGHASILKAN SUBSTRAT
interkonversi asam-asam amino. Banyak proses ini
berlangsung di sebagian besar jaringan, tetapi hati adalah satu- UNTUK RANTAI RESPIRATORIK
satunya jaringan tempat semuanya berlangsung dengan tingkat Siklus diawali dengan reaksi antara gugus asetil pada
yang signifikan. Jadi, akibat yang timbul dapat parah jika, asetil-KoA dan asam dikarboksilat empat-karbon oksa-
contohnya, sejumlah besar sel hati rusak, seperti pada hepatitis loasetat yang membentuk asam trikarboksilat enam-
akut atau diganti oleh jaringan ikat (seperti pada sirosis). karbon, yaitu sitrat. Pada reaksi-reaksi berikutnya, terjadi
Beberapa defek genetik pada enzim-enzim siklus asam sitrat pembebasan dua molekul CO2 dan pembentukan ulang
yang pernah dilaporkan menyebabkan kerusakan saraf berat oksaloasetat (Gambar 16–1). Hanya sejumlah kecil
karena sangat terganggunya pembentukan ATP di sistem saraf oksaloasetat yang dibutuhkan untuk mengoksidasi asetil-
pusat. 161
Rodwell_CH16_p161-167.indd 161 27/09/14 10:57 AM

Asetil-KoA
(C2) Karbohidrat Protein Lipld
KoA
Asetil-KoA
(C2)
Oksaloaselat Sitrat H 2O Sitrat

Oksaloasetat (C6)
(C4) (C6) (C4) H 2O
Siklus asam
sitrat Cis-akonitat
(C6) H 2O
Malat
(C4) 2H
CO2 CO2 H 2O Isositrat
(C6)
GAMBAR 16–1 Siklus asam sitrat yang menggambarkan Fumarat
2H CO 2
peran katalitik oksaloasetat. (C4) α-Ketoglutarat
(C5)
2H CO 2
NAD
Suksinat
KoA dalam jumlah besar; senyawa ini dapat dianggap (C4) Suksinil-KoA
memiliki peran katalitik karena dibentuk kembali pada (C4)
2H Fp
akhir siklus. ATP
ADP
Siklus asam sitrat adalah bagian integral dari proses
penyediaan energi bebas dalam jumlah besar yang di- Q
bebaskan selama oksidasi bahan bakar terjadi. Selama
oksidasi asetil-KoA, koenzim-koenzim mengalami reduksi Sit b Fosforilasi
dan kemudian direoksidasi di rantai respiratorik yang oksidatif
dikaitkan dengan pembentukan ATP (fosforilasi oksidatif,

Sit c
Gambar 16–2; lihat juga Bab 13). Proses ini bersifat aerob
yang memerlukan oksigen sebagai oksidan terakhir dari
koenzim-koenzim yang tereduksi. Enzim-enzim pada siklus Sit aa3
asam sitrat terletak di matriks mitokondria, baik bebas 1/2 O
2
maupun terikat pada membran dalam mitokondria serta –

Anaerobiosis
membran krista, tempat enzim dan koenzim rantai (Hipoksia, anoksia)
respiratorik berada (lihat Bab 13). Rantai respiratorik
H 2O
Fp Flavoprotein
REAKSI SIKLUS ASAM Sit Sitokrom
SITRAT MEMBEBASKAN GAMBAR 16–2 Siklus asam sitrat: jalur katabolik utama untuk
EKUIVALEN PEREDUKSI & CO2 asetil-KoA pada organisme aerob. Asetil-KoA, produk katabolisme
karbohidrat, protein, dan lipid, dibawa ke sildus asam sitrat dan
Reaksi awal antara asetil-KoA dan oksaloasetat untuk dioksidasi menjadi CO2 disertai pembebasan ekuivalen pereduksi
membentuk sitrat dikatalisis oleh sitrat sintase yang (2H). Oksidasi 2H selanjutnya di rantai respiratorik menyebabkan
fosforilasi ADP menjadi ATP. Untuk satu putaran sikfus, dihasilkan 9
membentuk ikatan karbon-ke-karbon antara karbon metil ATP melalui fosforilasi oksidatif dan 1 ATP (atau GTP) dihasilkan di
pada asetil-KoA dan karbon karbonil pada oksa-loasetat tingkat substrat dari perubahan suksinil-KoA menjadi suksinat.
(Gambar 16–3). Ikatan tioester pada sitril-KoA yang
terbentuk mengalami hidrolisis dan membebaskan sitrat dan sebagai sumber asetil-KoA untuk sintesis asam lemak. Sitrat
KoASH—suatu reaksi eksotermik. hanya tersedia dalam larutan bebas untuk diangkut dari
Sitrat mengalami isomerisasi menjadi isositrat oleh mitokondria ke sitosol guna sintesis asam lemak saat
enzim akonitase (akonitat hidratase); reaksi ini terjadi akonitase dihambat oleh penumpukan produknya, yi.
dalam dua tahap: dehidrasi menjadi cis-akonitat dan isositrat.
rehidrasi menjadi isositrat. Meskipun sitrat adalah suatu Racun fluoroasetat ditemukan pada beberapa tanaman,
molekul simetris, akonitase bereaksi dengan sitrat secara konsumsi tanaman ini dapat berakibat fatal bagi hewan
asimetris sehingga dua atom karbon yang lenyap dalam pemakan rumput. Beberapa senyawa terfluorinasi yang
reaksi-reaksi berikutnya pada siklus bukanlah atom karbon digunakan sebagai obat antikanker dan bahan kimia
yang ditambahkan dari asetil-KoA. Perilaku asimetris ini industri (termasuk pestisida) dimetabolisme oleh
terjadi karena channelling—pemindahan produk sitrat fluoroasetat. Zat ini bersifat toksik karena fluoroasetil-KoA
sintase secara langsung ke bagian aktif akonitase, tanpa berkondensasi dengan oksaloasetat untuk membentuk
memasuki larutan bebas. Hal ini menghasilkan integrasi fluorositrat, yang menghambat akonitase sehingga terjadi
aktivitas siklus asam sitrat dan penyediaan sitrat di sitosol penimbunan sitrat.

BAB 16 Siklus Asam Sitrat: Jalur Sentral dari Karbohidrat, Lipid & Asam Amino Metabolisme 163
CH3 *
CO S CoA
Asetil-KoA
O
Malat Sitrat sintase
dehidrogenase C COO– CoA SH
CH2 COO – CH2 * –

COO
NADH + H+ Oksaloasetat H2O
HO C COO–
HO CH * –
COO NAD+
CH2 COO–
CH2 *COO– Sitrat
L-Malat
Akotinase
Fumarase Fe2+
Fluoroasetat
H2O
CH2 * –
COO
H2O
C COO–
H C * –
COO
CH COO–
– * C H
OOC Cis-akonitat
Fumarat
FADH2 H2O
Suksinat Akonitase Fe2+
dehidrogenase
FAD
Malonat
CH2 * –
COO
CH2 * –
COO
CH COO–
*
CH2 COO –
HO CH COO–
Suksinat Isositrat
ATP NAD+
Mg2+
CoA SH NADH + H+
ADP + Pi
Isositrat
Suksinat
tiokinase CH2 * –
COO
dehidrogenase
CH2 * –
COO
CH2 Arsenit
NADH + H+ CH COO–
O C S CoA CO2
+
Suksinil-KoA NAD O C COO–
CH2 * –
COO
Kompleks α-Ketoglutarat Oksalosuksinat
dehidrogenase CH2 Isositrat
CoA SH Mn2+ dehidrogenase
O C COO–
CO2 α-Ketoglutarat
GAMBAR 16–3 Siklus asam sitrat (Krebs). Oksidasi NADH dan FADH2 dalam rantai respiratorik menyebabkan
terbentuknya ATP melalui fosforilasi oksidatif. Untuk mengikuti perjalanan asetil-KoA melintasi siklus, dua atom karbon
pada radikal asetil diperlihatkan berlabel pada karbon karboksil (*) dan pada karbon metil (*). Meskipun dua atom karbon
lenyap sebagai CO2 dalam satu putaran siklus, namun atom-atom ini tidak berasal dari asetik-KoA yang baru memasuki
siklus, tetapi berasal dari bagian molekul sitrat yang berasal dari oksaloasetat. Namun, setelah satu putaran siklus selesai,
oksaloasetat yang terbentuk kembali kini berlabel sehingga pada putaran kedua siklus CO2 menjadi berlabel. Karena
suksinat adalah suatu senyawa simetris, pada tahap ini terjadi 'pengacahan' label sehingga keempat atom karbon
oksaloasetat tampaknya terlabel setelah satu putaran siklus. Selama glukoneogesis, sebagai label di oksaloasetat terserap
ke dalam glukosa dan glikan (Gambar 20-1). Tampak tempat-tempat inhibisi oleh fluoroasetat, malonat, dan arsenit.
Isositrat mengalami dehidrogenasi yang dikatalisis oleh α-Ketoglutarat mengalami dekarboksilasi oksidatif
isositrat dehidrogenase untuk membentuk oksalo- dalam suatu reaksi yang dikatalisis oleh suatu kompleks
suksinat, pada awalnya, yang tetap terikat pada enzim dan multi-enzim yang mirip dengan kompleks multienzim yang
mengalami dekarboksilasi menjadi α-ketoglutarat. Dekar- berperan dalam dekarboksilasi oksidatif piruvat (lihat
boksilasi ini memerlukan ion Mg2+ atau Mn2+. Terdapat Gambar 17–5). Kompleks α-ketoglutarat dehidrogenase
tiga isoenzim isositrat dehidrogenase. Salah satunya yang memerlukan kofaktor yang sama dengan kofaktor yang
menggunakan NAD+, hanya terdapat di mitokondria. Dua diperlukan kompleks piruvat dehidrogenase—tiamin difosfat,
lainnya menggunakan NADP+ dan ditemukan di mito- lipoat, NAD+, FAD, dan KoA—serta menyebabkan ter-
kondria dan sitosol. Oksidasi isositrat terkait-rantai bentuknya suksinil KoA. Kesetimbangan reaksi ini jauh lebih
respiratorik berlangsung melalui enzim yang dependen- menguntungkan pembentukan suksinil-KoA sehingga secara
NAD+. fisiologis reaksi ini harus dianggap berjalan satu arah.

Seperti halnya oksidasi piruvat (Bab 17), arsenit menghambat fosforilasi tingkat-substrat yang dikatalisis oleh suksinat
reaksi ini yang menyebabkan akumulasi substrat yaitu α- tiokinase.
ketoglutarat. Amonia dalam kadar tinggi menghambat α-
ketoglutarat dehidrogenase. VITAMIN BERPERAN PENTING
Suksinil-KoA diubah menjadi suksinat oleh enzim
suksinat tiokinase (suksinil-KoA sintetase). Reaksi ini
DALAM SIKLUS ASAM SITRAT
adalah satu-satunya contoh fosforilasi tingkat substrat Empat vitamin B (Bab 44) merupakan faktor esensial dalam
dalam siklus asam sitrat. Jaringan tempat terjadinya siklus asam sitrat sehingga juga penting dalam metabolisme
glukoneogenesis (hati dan ginjal) mengandung dua penghasil energi: (1) riboflavin, dalam bentuk flavin adenin
isoenzim suksinat tiokinase, satu spesifik untuk GDP dinukleotida (FAD), suatu kofaktor untuk suksinat
dan yang lain untuk ADP. GTP yang terbentuk dehidrogenase; (2) niasin, dalam bentuk nikotinamid adenin
digunakan untuk dekarboksilasi oksaloasetat menjadi dinukleotida (NAD), akseptor elektron untuk isositrat
fosfoenolpiruvat dalam glukoneogenesis, dan menghasil- dehidrogenase, α-ketoglutarat dehidrogenase, dan malat
kan hubungan regulatorik antara aktivitas siklus asam dehidrogenase; (3) tiamin (vitamin B1), sebagai tiamin
sitrat dan penghentian oksaloasetat untuk glukoneo- difosfat, koenzim untuk dekarboksilasi dalam reaksi α-
genesis. Jaringan non-glukoneogenik hanya memiliki ketoglutarat dehidrogenase; dan (4) asam pantotenat,
isoenzim yang menggunakan ADP. sebagai bagian dari koenzim A, kofaktor yang melekat pada
residu asam karboksilat "aktif", misalnya asetil-KoA dan
Jika metabolisme badan keton terjadi di jaringan suksinil-KoA.
ekstrahepatik, terdapat suatu reaksi alternatif yang dikatalisis
oleh suksinil-KoA-asetoasetat-KoA trans-ferase (tioforase) SIKLUS ASAM SITRAT
yang melibatkan pemindahan KoA dari suksinil-KoA ke
asetoasetat, dan membentuk asetoasetil-KoA dan suksinat BERPERAN PENTING
(lihat Bab 22). DALAM METABOLISME
Metabolisme maju suksinat yang menyebabkan ter- Siklus asam sitrat tidak saja merupakan jalur untuk ok-
bentuknya kembali oksaloasetat, memiliki rangkaian reaksi sidasi unit dengan dua-karbon, tetapi juga merupakan jalur
kimia yang sama seperti yang terjadi pada oksidasi-β asam utama untuk pertukaran berbagai metabolit yang berasal
lemak: dehidrogenasi untuk membentuk ikatan rangkap dari transaminasi dan deaminasi asam amino (lihat Bab
karbon-ke-karbon, penambahan air untuk membentuk 28 dan 29), serta menghasilkan substrat untuk sintesis
gugus hidroksil, dan dehidrogenasi lebih lanjut untuk asam amino melalui transaminasi (lihat Bab 27), serta
menghasilkan gugus okso pada oksaloasetat. untuk glukoneogenesis (lihat Bab 19) dan sintesis asam
Reaksi dehidrogenasi pertama yang membentuk mak (lihat Bab 23). Karena fungsinya dalam proses oksidatif
fumarat dikatalisis oleh suksinat dehidrogenase yang dan sintesis, siklus ini bersifat amfibolik (Gambar 16–4).
terikat pada permukaan dalam membran dalam mito-
kondria. Enzinn ini mengandung FAD dan protein Siklus Asam Sitrat Ikut Serta dalam Gluko-
besisulfur (Fe-S), dan secara langsung mereduksi neogenesis, Transaminasi, dan Deaminasi
ubikuinon dalam rantai transpor elektron. Fumarase
(fumarat hidratase) mengatalisis penambahan air pada Semua zat antara pada siklus berpotensi glukogenik karena
ikatan rangkap fumarat sehingga menghasilkan malat. dapat menghasilkan oksaloasetat, dan karenanya mampu
Malat diubah menjadi oksaloasetat oleh malat menghasilkan glukosa (di hati dan ginjal, organ yang
dehidrogenase, suatu reaksi yang memerlukan NAD+. melaksanakan glukoneogenesis; Iihat Bab 19). Enzim kunci
Meskipun keseimbangan reaksi ini jauh menguntungkan yang mengatalisis pemindahan netto keluar siklus untuk
malat, namun aliran netto reaksi tersebut adalah ke menuju glukoneogenesis adalah fosfoenolpiruvat karbok-
oksaloasetat karena oksaloasetat terus dikeluarkan (untuk sikinase yang mengatalisis dekarboksilasi oksaloasetat
membentuk sitrat, sebagai substrat glukoneogenesis, atau menjadi fosfoenolpiruvat dengan GTP yang bekerja
mengalami transaminasi menjadi aspartat) serta reoksidasi sebagai donor fosfat (Iihat Gambar 19–1). GTP yang
NADH terjadi secara kontinu. dibutuhkan untuk reaksi ini disediakan (di hati dan ginjal)
oleh isoenzim dependen-GTP suksinat tiokinase. Hal ini
SATU PUTARAN SIKLUS ASAM SIT- memastikan bahwa oksaloasetat tidak akan terkuras habis
dari siklus untuk glukoneogenesis jika hal ini akan
RAT MENGHASILKAN SEPULUH ATP menyebabkan terkurasnya zat-zat antara siklus asam sitrat,
Akibat oksidasi yang dikatalisis oleh berbagai dehidro- dan karenanya menurunkan pembentukan ATP.
genase pada siklus asam sitrat, dihasilkan tiga molekul Pemindahan netto ke dalam siklus terjadi melalui
NADH dan satu FADH, untuk setiap molekul asetil-KoA beberapa reaksi. Di antara berbagai reaksi anaplerotik
yang dikatabolisme per satu kali putaran siklus. Ekuivalen tersebut, yang terpenting adalah pembentukan oksaloasetat
pereduksi ini dipindahkan ke rantai respiratorik (lihat melalui karboksilasi piruvat yang dikatalisis oleh piruvat
Gambar 13–3), tempat reoksidasi masing-masing NADH karboksilase (Gambar 16–4). Reaksi ini penting dalam
menghasilkan pembentukan ~2,5 ATP, dan FADH2, ~1,5 mempertahankan konsentrasi oksaloasetat yang memadai
ATP. Selain itu, terbentuk 1 ATP (atau GTP) melalui untuk reaksi kondensasi dengan asetil-KoA. Jika terjadi
penimbunan asetil-KoA, zat ini akan berfungsi sebagai

Hidroksiprolin Lactate
serin
Sistein
Treonin
Glisin
Transaminase
Triptofan Alanin Piruvat Asetil-KoA
Piruvat
Karboksilase
Fosfoenoipiruvat
karboksikinase
Fosfoenol-
Glukosa Oksaloasetat
piruvat
Tirosin Transaminase
Fumarat
Fenilalanin
Aspartat
Sitrat
Isoleusin
Metionin Suksinil-KoA
Valin CO2
α-Ketoglutarat
Propionat
CO2 Transaminase
Histidin
Prolin Glutamat
Glutamin
Arginin
GAMBAR 16–4 Keterlibatan siklus asam sitrat dalam transminasi dan

glukoneogenesis. Tanda panah tebal menunjukan jalur glukoneogenesisi.
aktivator alosterik piruvat karboksilase dan inhibitor piruvat ,P" GVNBSBU EBO PLTBMPBTFUBU LBSFOB IBM JOJ NFOZFCBCLBO
dehidrogenase, sehingga pasokan oksaloasetat terjamin. QFOJOHLBUBOKVNMBIPLTBMPBTFUBUAgar oksidasi lengkap dapat
Laktat, suatu substrat penting untuk glukoneogenesis, berlangsung, oksaloasetat harus mengalami fosforilasi dan
memasuki siklus melalui oksidasi menjadi piruvat dan karboksilasi (dengan mengorbankan GTP) kemudian
kemudian mengalami karboksilasi menjadi oksaloasetat. defosforilasi menjadi piruvat (dikatalisis oleh piruvat kinase)
Glutamat dan glutamin adalah substrat anaplerotik penting dan dekarboksilasi oksidatif menjadi asetil KoA (dikatalisis
karena keduanya menghasilkan α-ketoglutarat dari reaksi oleh piruvat dehidrogenase).
yang dikatalisis oleh glutaminase dan glutamat
Pada hewan pemamah biak dengan bahan bakar me-
dehidrogenase. Transaminase aspartat secara langsung tabolik utama berupa asam lemak rantai pendek yang
menghasilkan oksaloasetat, dan berbagai senyawa yang
dibentuk oleh fermentasi bakteri, perubahan propionat,
dimetabolisme untuk menghasilkan propionil KoA, yang
produk glukogenik utama fermentasi rumen, menjadi
dapat dikarboksilasi atau dlisornerisasi menjadi suksinil
suksinil-KoA melalui jalur metilmalonil-KoA (lihat Gambar
KoA, juga merupakan substrat anaplerotik yang penting.
19–2) sangat penting.
Reaksi-reaksi aminotransferase (transaminase) mem-
bentuk piruvat dari alanin, oksaloasetat dari aspartat, dan α- Siklus Asam Sitrat Ikut Serta
ketoglutarat dari glutamat. Karena reaksi-reaksi ini bersifat
reversibel, siklus asam sitrat juga berfungsi sebagai sumber
dalam Sintesis Asam Lemak
rangka karbon untuk membentuk asam-asam amino ini. Asetil-KoA yang dibentuk dari piruvat oleh kerja piruvat
Asam-asam amino Iain berperan dalam glukoneogenesis dehidrogenase adalah substrat utama untuk sintesis asam lemak
karena rangka karbonnya menghasilkan zat-zat antara siklus rantai-panjang pada hewan bukan pemamah biak (Gambar
asam sitrat. Alanin, sistein, glisin, hidroksiprolin, serin, 16–5). (Pada hewan pemamah biak, asetil-KoA berasal
treonin, dan triptofan menghasilkan piruvat; arginin, histidin, langsung dari asetat). Piruvat dehidrogenase adalah suatu
glutamin, dan prolin menghasilkan α-ketoglutarat; isoleusin, enzim mitokondria, dan sintesis asam lemak berlangsung di
metionin, dan valin menghasilkan suksinil-KoA; tirosin dan sitosol; membran mitokondria bersifat impermeabel terhadap
fenilalanin menghasilkan fumarat (lihat Gambar 16–4). asetil-KoA. Asetil-KoA disediakan di sitosol dari sitrat yang
4JLMVTBTBNTJUSBUTFOEJSJUJEBLNFOZFEJBLBOTFCVBIKBMVS disintesis di mitokondria, dipindahkan ke sitosol, dan dipecah
dalam suatu reaksi yang dikatalisis oleh ATP-sitrat liase
VOUVL PLTJEBTJ MFOHLBQ SBOHLB LBSCPO BTBN BNJOP ZBOH
(Gambar 16–5).
NFOHIBTJMLBO[BU[BUBOUBSBTFQFSUJALFUPHMVUBSBU TVLTJOJM

Glikolisis dalam sitosol
CH3
C O
COO–
Piruvat
NAD+ Piruvat
dehidrogenase
NADH CO2
CH3
C O
SCoA CoASH
Asetil KoA
COO– COO– COO–
C O CH2 CH2
CH2 Sitrat sintase HO C COO– HO C COO–
–
COO CH2 CH2
Oksaloasetat COO– COO–
Sitrat CoASH
Liase sitrat
ADP + Pi CO2
CH3
ATP CH3 C O
C O SKoA
Piruvat karboksilase COO–
COO– Asetil KOA
C O untuk sintesis asam lemak
CH2
COO–
oksaloasetat
NADH
Dehidrogenase malat
NAD+
CO2 COO–
CH3 Enzim malat
HC OH
C O
CH2
COO– NADP+ COO–
NADPH
Piruvat Malat
GAMBAR 16–5 Peran serta siklus asam sitrat dalam ketentuan dari asetil CoA sitosol untuk
sintesis asam lemak dari glukosa. Juga lihat (Gambar 23–5).
Sitrat hanya tersedia untuk pengangkutan keluar mitokondria menjadi oksaloasetat oleh piruvat karboksilase, reaksi
ketika akonitase dihambat oleh produknya dan karena itu ATP yang tergantung koenzim adalah vitamin biotin.
mengalami saturasi oleh substratnya, dan sitrat tidak dapat
disalurkan langsung dari sitrat sintase ke akonitase. Hal ini Regulasi Siklus Asam Sitrat
menjamin agar sitrat digunakan untuk sintesis asam lemak
Bergantung Terutama pada
hanya jika jumlahnya adekuat untuk menjamin kontinuitas
aktivitas siklus. Pasokan Kofaktor Teroksidasi
Oksaloasetat dilepas oleh liase sitrat tidak dapat masuk Di sebagian besar jaringan, dengan siklus asarn sitrat yang
kembali ke mitokondria, tetapi direduksi menjadi malat, di berperan utama dalam metabolisme penghasil energi,
keluarkan dari NADH, dan malat yang mengalami aktivitas siklus asam sitrat diatur oleh kontrol respiratorik
dekarboksilasi oksidatif piruvat, mengurangi NADP + untuk melalui rantai respiratorik dan fosforilasi oksidatif (lihat Bab
NADPH. Reaksi ini, dikatalisasi oleh enzim malat, adalah 13). Oleh sebab itu, aktivitas bergantung langsung pada
sumber dari setengah NADPH diperlukan untuk sintesis pasokan NAD+, yang selanjutnya, karena keterkaitan erat
asam lemak (sisanya disediakan oleh lintasan pentosa fosfat, antara oksidasi dan fosforilasi, bergantung pada ketersediaan
Bab 20). Piruvat memasuki mitokondria dan terkarboksilasi ADP dan pada akhirnya, bergantung pada kecepatan
pemakaian ATP dalam reaksi kimia dan kerja fisik.

Selain itu, masing-masing enzim dalam siklus tersebut juga ■■ Siklus asam sitrat bersifat amfibolik karena selain oksidasi
diatur. Tempat pengaturan yang paling mungkin adalah siklus ini penting dalam penyediaan rangka karbon untuk
reaksi tak-setimbang yang dikatalisis oleh piruvat glukoneogenesis, asetil CoA untuk sintesis asam lemak, dan
dehidrogenase, sitrat sintase, isositrat dehidrogenase, dan α- interkonversi asam-asam amino.
ketoglutarat dehidrogenase. Berbagai dehidrogenase
diaktifkan oleh Ca2+ yang meningkat konsentrasinya selama
kontraksi otot dan sekresi oleh jaringan lain, saat terjadi
peningkatan kebutuhan energi. Di jaringan seperti otak, yang
REFERENSI
sangat bergantung pada karbohidrat untuk memperoleh asetil- Baldwin JE, Krebs HA: The evolution of metabolic cycles. Nature
KoA, kontroI siklus asam sitrat dapat terjadi di piruvat 1981;291:381.
Bender DA: The metabolism of “surplus” amino acids. Br J Nutr
dehidrogenase. Beberapa enzim berespons terhadap status
2012;108(suppl 2): S113.
energi seperti diperlihatkan oleh rasio [ATP]/[ADP] dan Bowtell JL, Bruce M: Glutamine: an anaplerotic precursor. Nutr-
[NADH]/[NAD+]. Oleh sebab itu, terjadi inhibisi alosterik ition 2002;18:222.
sitrat sintase oleh ATP dan asil-KoA Iemak rantai panjang. Briere JJ, Favier J, Giminez-Roqueplo A-P, et al: Tricarboxylic ac-
Aktivasi alosterik isositrat dehidrogenase dependen-NAD
id cycle dysfunction as a cause of human diseases and tumor
mitokondria oleh ADP dilawan oleh ATP dan NADH. formation. Am J Physiol Cell Physiol 2006;291:C1114.
Kompleks α-ketoglutarat dehidrogenase diatur dengan cara Brunengraber H, Roe CR: Anaplerotic molecules: current and
yang sama seperti piruvat dehidrogenase (Gambar 17–6).
future. J Inherit Metab Dis 2006;29:327.
Suksinat dehidrogenase dihambat oleh oksaloasetat, dan
De Meirleir L: Defects of pyruvate metabolism and the Krebs cy-
ketersediaan oksaloasetat, seperti dikontrol oleh malat
cle.J Child Neurol 2002;(suppl 3):3S26.
dehidrogenase, bergantung pada rasio [NADH]/[NAD+].
Depeint F, Bruce WR: Mitochondrial function and toxicity: role
Karena Km untuk oksaloasetat pada sitrat sintase setara dengan
of the B vitamin family on mitochondrial energy metabolism.
konsentrasi intrarnitokondria, konsentrasi oksaloasetat agak- Chem Biol Interact 2006;163:94.
nya mengontrol Iaju pembentukan sitrat. Gibala MJ, Young ME: Anaplerosis of the citric acid cycle: role in
Hiperamonemia, seperti yang terjadi pada penyakit liver energy metabolism of heart and skeletal muscle. Acta Physiol
tingkat lanjut dan sejumlah penyakit genetik metabolisme Scand 2000;168:657.
asam amino (jarang), menyebabkan hilang kesadaran, koma, Grunengraber H, Roe CR: Anaplerotic molecules: current and
dan konvulsi, serta dapat berakibat fatal. Hal ini disebabkan future. J Inherit Metab Dis 2006;29:327.
oleh terkurasnya α-ketoglutarat untuk membentuk glutamat Hertz L, Kala G: Energy metabolism in brain cells: effects of elev-
(dikatalisis oleh glutamat dehidrogenase), dan glutamin ated ammonia concentrations. Metab Brain Dis 2007;
(dikatalisi oleh glutamin sintetase) yang menyebabkan 22:199–218.
menurunnya konsentrasi semua zat antara siklus asam Jitrapakdee S, St Maurice M, Rayment I, et al: Structure, mecha-
sitrat, dan karena itu menurunkan produksi ATP. nism and regulation of pyruvate carboxylase. Biochem J
Kesetimbangan glutamat dehidrogenase sangat baik, dan 2008;413:369.
arah reaksi bergantung pada rasio NAD+:NADH dan Jitrapakdee S, Vidal-Puig A, Wallace JC: Anaplerotic roles of py-
konsentrasi ion amonium. Selain itu, amonia menghambat ruvate carboxylase in mammalian tissues. Cell Mol Life Sci
α-ketoglutarat dehidrogenase, dan mungkin juga piruvat 2006;63:843.
dehidrogenase. Kay J, Weitzman PDJ (editors): Krebs' Citric Acid Cycle—Half a
Century and Still Turning. Biochemical Society, 1987.
RINGKASAN Kornberg H: Krebs and his trinity of cycles. Nat Rev Mol Cell Biol
2000;1:225.
■■ Siklus asam sitrat adalah jalur akhir untuk oksidasi Ott P, Clemmesen O, Larsen FS: Cerebral metabolic disturbances
karbohidrat, lipid, dan protein. Metabolit akhir bersama in the brain during acute liver failure: from hyperammone-
ketiga zat tersebut, yaitu asetil-KoA, bereaksi dengan mia to energy failure and proteolysis. Neurochem Int
oksaloasetat untuk membentuk sitrat. Melalui serangkaian 2005;47:13.
reaksi dehidrogenasi dan dekarboksiIasi, terjadi penguraian Owen OE, Kalhan SC: The key role of anaplerosis and cataplerosis
sitrat, reduksi koenzim, pembebasan 2 CO2 dan pembentu- for citric acid cycle function. J Biol Chem 2002;277:30409.
kan kembali oksaloasetat.
Pithukpakorn M: Disorders of pyruvate metabolism and the tric-
■■ Koenzirn yang tereduksi dioksidasi oleh rantai respiratorik arboxylic acid cycle. Mol Genet Metab 2005;85:243.
yang dikaitkan dengan pembentukan ATP. OIeh sebab itu, Proudfoot AT, Bradberry SM: Sodium fluoroacetate poisoning.
siklus ini adalah jalur utama pembentukan ATP dan terletak Toxicol Rev 2006;25:2139.
di matriks mitokondria di dekat enzim-enzim rantai Rama Rao KV, Norenberg MD: Brain energy metabolism and mi-
respiratorik dan fosforilasi oksidatif. tochondrial dysfunction in acute and chronic hepatic
encephalopathy. Neurochem Int 2012;60:697.
Sumegi B, Sherry AD: Is there tight channelling in the tricarboxy-
lic acid cycle metabolon? Biochem Soc Trans 1991;19:1002.

17
B A B
Glikolisis & Oksidasi

Piruvat
TUJUAN ■■ Menjelaskan jalur glikolisis dan pengendaliannya serta menjelaskan

bagaimana glikolisis dapat beroperasi pada kondisi anaerob.
Setelah mempelajari bab ini, ■■ Menjelaskan reaksi piruvat dehidrogenase dan pengaturannya.
Anda diharapkan dapat: ■■ Menjelaskan bagaimana penghambatan pada metabolisme piruvat
menyebabkan asidosis laktat.
PERAN BIOMEDIS terapi kanker. Laktat digunakan untuk glukoneogenesis di

hati (Bab 19), yakni suatu proses yang memakan banyak
Kebanyakan jaringan setidaknya memerlukan glukosa. Di energi, dan menjadi penyebab utama hipermetabolisme
otak, kebutuhan ini bersifat substansial, dan bahkan pada yang dijumpai pada kakeksia kanker. Asidosis laktat dapat
puasa yang lama, otak hanya dapat memenuhi kebutuhan disebabkan oleh beragam hal, mencakup gangguan aktivitas
energinya dari badan keton tidak lebih dari 20%. Glikolisis, piruvat dehidrogenase, terutama pada defisiensi tiamin
yaitu jalur utama metabolisme glukosa, terjadi di sitosol (Vitamin B1).
semua sel. Jalur ini unik karena dapat berfungsi baik dalam
keadaan aerob maupun anaerob, bergantung pada
ketersediaan oksigen dan rantai transpor elektron. Eritrosit GLIKOLISIS DAPAT BERFUNGSI
yang tidak memiliki mitokondria, bergantung sepenuhnya PADA KEADAAN ANAEROB
pada glukosa sebagai bahan bakar metaboliknya, dan
memetabolisme glukosa melaIui glikolisis anaerob. Namun, Pada tahap-tahap awal penelitian tentang glikolisis di-
untuk mengoksidasi glukosa melewati piruvat (produk akhir sadari bahwa fermentasi di ragi serupa dengan peng-
glikolisis) oksigen dan sistem enzim mitokondria diperlukan, uraian glikogen di otot. Diketahui bahwa jika suatu otot
misalnya kompleks piruvat dehidrogenase, siklus asam sitrat berkontraksi dalam medium anaerob, yaitu medium dengan
(lihat Bab 16), dan rantai respiratorik (lihat Bab 13). oksigen yang telah dikeluarkan, glikogen akan lenyap dan
Glikolisis merupakan rute utama metabolisme muncul laktat. Jika oksigen dimasukkan, terjadi pemulih-
karbohidrat. Kemampuan glikolisis untuk menghasilkan an aerob dan laktat tidak diproduksi lagi. Namun, jika
ATP tanpa oksigen merupakan hal yang sangat penting kontraksi berlangsung dalam kondisi aerob, penimbunan
karena hal ini memungkinkan otot rangka bekerja keras laktat tidak terjadi dan piruvat adalah produk akhir utama
ketika pasokan oksigen terbatas, dan memungkinkan glikolisis. Piruvat dioksidasi lebih lanjut menjadi CO2 dan air
jaringan bertahan hidup ketika mengalami anoksia. (Gambar 17–1). +JLB QBTPLBO PLTJHFO CFSLVSBOH SFPLTJEBTJ
Namun, otot jantung yang beradaptasi untuk bekerja dalam /"%) EJ NJUPLPOESJB ZBOH UFSCFOUVL TFMBNB HMJLPMJTJT
keadaan aerob, memiliki aktivitas glikolitik yang relatif UFSIBNCBU EBO /"%) EJSFPLTJEBTJ EFOHBO NFSFEVLTJ
rendah dan kurang dapat bertahan hidup dalam keadaan QJSVWBU NFOKBEJ MBLUBU TFIJOHHB HMJLPMJTJT EBQBU CFSMBOKVU
iskemia. Penyakit akibat defisiensi enzim glikolitik .FTLJQVO HMJLPMJTJT EBQBU CFSMBOHTVOH EBMBN LPOEJTJ
(misalnya piruvat kinase) akan bermanifestasi terutama BOBFSPC QFOHPSCBOBO EJQFSMVLBO LBSFOB IBM JOJ NFNCBUBTJ
sebagai anemia hemolitik atau, jika defeknya mengenai otot KVNMBI"51ZBOHEJCFOUVLQFSNPMHMVLPTBZBOHUFSPLTJEBTJ
rangka (misalnya fosfofruktokinase), sebagai kelelahan. Di TFIJOHHB KBVI MFCJI CBOZBL HMVLPTB ZBOH IBSVT
sel-sel kanker yang tumbuh pesat, glikolisis berlangsung EJNFUBCPMJTNF EBMBN LPOEJTJ BOBFSPC LFUJNCBOH EBMBN
cepat dan menghasilkan banyak piruvat yang kemudian LPOEJTJ BFSPC (5BCFM 17–1 ). Di sel ragi dan beberapa
tereduksi menjadi laktat dan dikeluarkan. Hal ini mikroorganisme lain, piruvat yang dibentuk dalam glikolisis
menyebabkan terbentaknya lingkungan tumor setempat anaerob tidak direduksi menjadi laktat, tetapi mengalami
yang bersifat relatif asam, yang mungkin berdampak pada dekarboksilasi dan direduksi menjadi etanol.
168

BAB 17 Glikolisis & Oksidasi Piruvat 169
Glukosa
C6
Glikogen
(C6 ) n REAKSI-REAKSI GLIKOLISIS
MERUPAKAN JALUR UTAMA
PEMAKAIAN GLUKOSA
Persamaan keseluruhan untuk glikolisis dari glukosa menjadi
Heksosa fosfat laktat adalah sebagai berikut:
C6
Glukosa+ 2 ADP + 2 Pi → 2 Laktat + 2 ATP + 2 H2O
Semua enzim glikolisis (Gambar 17–2) ditemukan di

sitosol. Glukosa memasuki glikolisis melalui fosforilasi
Triosa fosfat Triosa fosfat menjadi glukosa 6-fosfat yang dikatalisis oleh heksokinase
C3 C3 dengan menggunakan ATP sebagai donor fosfat. Dalam
NAD + H2 O
kondisi fisiologis, fosforilasi glukosa menjadi glukosa 6-fosfat
dapat dianggap bersifat ireversibel. Heksokinase dihambat
O2 NADH
secara alosterik oleh produknya, yaitu glukosa 6-fosfat.
1/2O
+ H+ 2
Di jaringan selain hati (dan sel pulau-β pankreas),
CO2 Piruvat Laktat ketersediaan glukosa untuk glikolisis (atau sintesis gli-
+
H2O
C3 C3 kogen di otot, Bab 18, dan lipogenesis di jaringan adiposa,
Bab 23) dikontrol oleh transpor ke dalam sel yang
selanjutnya diatur oleh insulin. Heksokinase memiliki
GAMBAR 17–1 Ringkasan glikolisis. dihambat oleh
keadaan anaerob atau ketiadaan mitokondria yang mengandung afinitas tinggi (Km rendah) untuk glukosa, dan di hati
enzim-enzim respirasi kunci, mis. pada eritrosit. dalam kondisi normal enzim ini mengalami saturasi
sehingga bekerja dengan kecepatan tetap untuk
menghasilkan glukosa 6-fosfat untuk memenuhi kebutuh-
an hati.
TABEL 17-1 Pembentukan ATP Dalam Katabolisme Giukosa
ATP per Mol

Jalur Reaksi Dikatalisis oleh Metode Pembentukan ATP Glukosa
Glikolisis Gliseraldehida 3-fosfat dehidrogenase Oksidasi 2 NADH di rantai respiratorik 5a

Fosfogliserat kinase Fosforilasi tingkat substrat 2
Piruvat kinase Fosforilasi tingkat substrat 2
9
Konsumsi ATP untuk reaksi heksokinase dan fosfofruktokinase –2
Net 7
Siklus asam sitrat Piruvat dehidrogenase H 5
Isositrat dehidrogenase 5
α.-Ketoglutarat dehidrogenase 5
Suksinat tiokinase 2
Suksinat dehidrogenase 3
Malat dehidrogenase 5
Net 25
Total per mol glukosa pada kondisi aerob 32
Total per mol glukosa pada kondisi anaerob 2
'Hal ini mengisyaratkan bahwa NADH yang terbentuk dalam glikolisis diangkut ke mitokondria oleh pengangkut malat (Gambar 13-3). Jika pengangkut gliserofosfat
digunakan, hanya 1,5 ATP yang terbentuk per mol NADH. Perhatikan bahwa pemakaian glikogen dibandingkan glukosa untuk giikolisis anaerob di otot jauh lebih menguntungkan
karena produk glikogen fosforilase adalah glukosa 1-fosfat (Gambar 18-1),yang dapat berkonversi dengan glukosa 6-fosfat. Hal ini menghemat ATP yang seharusnya digunakan
oleh heksokinase sehingga jumlah bersih ATP meningkat dari 2 menjadi 3 per glukosa.

Glikogen
Glukosa-1-fosfat
Heksokinase
glukokinase Fosfoheksosa Fosfofruktokinase CH2O P
HC O HC O isomerase CH2OH CH2O P C O
HC OH ATP ADP HC OH C O ATP ADP C O CH2OH
HO CH HO CH HO CH HO CH Dihidroksiaseton
HC OH HC OH fosfat
HC OH HC OH Aldolase
Isomerase
HC OH HC OH HC OH H3PO4 HC OH
H3PO4 fosfat
CH2OH CH2O P CH2O P Fructose CH2O P triose
Glukosa
bisphosphatase
6-fosfatase CH2O P
Glukosa Glukosa-6-fosfat Fruktosa-6-fosfat Fruktosa 1,6-bifosfat
HC OH
HC O
Gliseraldehida
-3-fosfat
2 × 3 molekul gula karbon per glukosa

H3PO4 NAD+
Gliseraldehida-
3-fosfat
dehidrogenase NADH
Kinase piruvat Enolase Fosfogliseromutas Fosfogliserat

CH3 CH2 CH2OH kinase CH2O P
CH2O P
C O C O P HC O P HC OH HC OH
COOH ATP COOH COOH COOH COO P
ADP ATP ADP
Piruvat Fosfoenolpiruvat 2-fosfogliserat 3-fosfogliserat Bisfosfogliserat
GAMBAR 17–2 Jalur glikolisis. ( P , ´pO32−; pi, hOpO32−; ⊝, inhibisi.) *Karbon 1-3 fruktosa bisfosfat membentuk
dihidroksiaseton fosfat, dan karbon 4-6 membentuk gliseraldehida 3-fosfat.
Sel hati juga mengandung suatu isoenzim heksokinase, untuk membentuk fruktosa 1,6-bisfosfat. Reaksi fosfofruk-
glukokinase yang memiliki Km yang jauh lebih tinggi tokinase secara fungsional dapat dianggap ireversibel dalam
daripada konsentrasi glukosa intrasel normal. Fungsi gluko- kondisi fisiologis. Fosfofruktokinase adalah kedua diinduksi
kinase di hati adalah untuk mengeluarkan glukosa dari darah dan diatur secara alosterik, dan memiliki peran besar dalam
setelah makan sehingga mengatur konsentrasi dari glukosa mengatur laju glikolisis. Fruktosa 1,6-bisfosfat dipecah oleh
yang tersedia untuk jaringan perifer. Fungsi glukokinase aldolase (fruktosa 1,6-bisfosfat aldolase) menjadi dua triosa
menghasilkan glukosa 6-fosfat yang melebihi kebutuhan fosfat, gliseraldehida 3-fosfat dan dihidroksiaseton fosfat yang
untuk glikolisis, yang digunakan untuk sintesis glikogen dan terkonversi oleh enzim fosfotriosa isomerase.
lipogenesis. Glukokinase juga terdapat dalam sel pulau-β Glikolisis berlanjut dengan oksidasi gliseraldehida 3-fosfat
pankreas, tempat enzim ini berfungsi mendeteksi menjadi 1,3-bisfosfogliserat. Enzim yang mengatalisis reaksi
konsentrasi tinggi glukosa. Karena lebih banyak glukosa oksidasi ini, gliseraldehida 3-fosfat dehidrogenase, bersifat
terfosforilasi oleh glukokinase, terjadi peningkatan glikolisis, dependen-NAD. Secara struktural, enzim ini terdiri dari
yang menyebabkan peningkatan pembentukan dari ATP. empat polipeptida identik (monomer) yang membentuk
Hal ini menyebabkan penutupan dari saluran ATP- suatu tetramer. Empat gugus —SH terdapat di masing-
potasium, menyebabkan depolarisasi membran dan masing polipeptida dan berasal dari residu sistein di dalam
pembukaan dari saluran kalsium voltase gated (voltage- rantai polipeptida. Salah satu gugus —SH terdapat di tempat/
gated). Arus dihasilkan dari ion kalsium menyebabkan fusi bagian aktif enzim (Gambar 17–3). Substrat yang pada
pada granula sekresi insulin dengan membran sel, dan awalnya berikatan dengan gugus —SH ini, membentuk suatu
pelepasan dari insulin. tiohemiasetal yang dioksidasi menjadi suatu ester tiol;
Glukosa 6-fosfat adalah suatu senyawa penting yang hidrogen yang dikeluarkan dalam oksidasi ini dipindahkan ke
berada di pertemuan beberapa jalur metabolik: glikolisis, NAD+. Ester tiol kemudian mengalami fosforolisis; fosfat anor-
glukoneogenesis (lihat Bab 19), jalur pentosa fosfat (lihat ganik (Pi) ditambahkan yang membentuk 1,3-bisfosfogliserat,
Bab 20), glikogenesis, dan glikogenolisis (lihat Bab 18). Pada dan gugus —SH direkonstitusi.
glikolisis, senyawa ini diubah menjadi fruktosa 6-fosfat oleh Dalam reaksi berikutnya yang dikatalisis oleh fosfo-
fosfoheksosa isomerase yang melibatkan suatu isomerisasi gliserat kinase, fosfat dipindahkan dari 1,3-bisfosfogliserat ke
aldosa-ketosa. Reaksi ini diikuti oleh fosforilasi lain yang
dikatalisis oleh enzim fosfofruktokinase (fosfofruktokinase-1)

S Enz
H C O
H C OH
H C OH NAD+
H C OH
CH2 O P
CH2 O P
Gliseraldehida 3-fosfat
Kompleks enzim-substrat
HS Enz
NAD+
Koenzim
terikat
Oksidasi
substrat
O P
oleh NAD+
C O terikat
H C OH Pi
CH2 O P
1,3-Bifosfogliserat
S Enz S Enz
C O C O
* + NADH + H+
NAD
H C OH H C OH
NADH + H+ * +
NAD
CH2 O P CH2 O P
GAMBAR 17–3 Mekanisme oksidasi gliseraldehida 3-fosfat. (Enz, gliseraldehida 3-

fosfat dehidrogenase.) Enzim dihambat oleh racun —SH iodoasetat, yang karenanya mampu
menghambat glikolisis. NADH yang diproduksi pada enzim tidak berikatan pada enzim
sekuat ikatan NAD+. Jadi, NADH mudah digeser oleh molekul lain NAD+.
ADP, membentuk ATP (fosforilasi tingkat-substrat) dan 3- karena itu produk hasil reaksi tersebut tidak dapat
fosfogliserat. Sejak dua molekul dari triosa fosfat terbentuk mengalami reaksi reverse.
per molekul pada glukosa menjalani glikolisis, dua molekul Keadaan redoks jaringan kini menentukan jalur mana dari
ATP per molekul glukosa yang mengalami glikolisis. dua jalur yang diikuti. Pada kondisi anaerob, NADH tidak
Toksisitas arsen terjadi karena kompetisi arsenat dengan dapat direoksidasi melalui rantai respiratorik dan piruvat
fosfat anorganik (Pi) dalam reaksi di atas untuk direduksi oleh NADH menjadi laktat yang dikatalisis oleh
menghasilkan 1-arseno-3-fosfogliserat, yang mengalami laktat dehidrogenase. Hal ini memungkinkan oksidasi dari
hidrolisis spontan menjadi 3-fosfogliserat tanpa membentuk NADH, memungkinkan molekul lain pada glukosa untuk
ATP. 3-Fosfogliserat mengalami isomerisasi menjadi 2- menjalani glikolisis. Pada keadaan aerob, piruvat diserap ke
fosfogliserat oleh fosfogliserat mutase. Besar kemungkinan- dalam mitokondria, dan setelah menjalani dekarboksilasi
nya bahwa 2,3-bisfosfogliserat (difosfogliserat, DPG) oksidatif menjadi asetil KoA, dioksidasi menjadi CO2 oleh
merupakan zat antara dalam reaksi ini. siklus asam sitrat (lihat Bab 16). Ekuivalen pereduksi dari
Langkah berikutnya dikatalisis oleh enolase dan NADH yang dibentuk dalam glikolisis diserap ke dalam
melibatkan suatu dehidrasi yang membentuk fosfoenol- mitokondria untuk di oksidasi melalui salah satu dari dua
piruvat. Enolase dihambat oleh fluorida, dan jika peng- pembawa yang dijelaskan (lihat Bab 13).
ambilan sampel darah untuk mengukur glukosa dilakukan,
tabung penampung darah tersebut diisi oleh fluorida untuk unction
menghambat glikolisis. Enolase juga tergantung pada
kehadiran dari ion antara Mg2+ atau Mn2+. Fosfat pada
fosfoenolpiruvat dipindahkan ke ADP oleh piruvat kinase
untuk membentuk dua molekul ATP per satu molekul Hal ini berlaku untuk otot rangka, terutama serabut putih,
glukosa yang dioksidasi. Reaksi piruvat kinase ireversibel dengan kecepatan kerja (dan karenanya kebutuhannya akan
dalam kondisi fisiologis, sebagian disebabkan oleh ATP) yang dapat melebihi kecepatan penyerapan dan
terjadinya perubahan energi bebas yang besar, dan sebagian pemakaian oksigen. Glikolisis di eritrosit selalu berakhir
disebabkan oleh enol-piruvat yang merupakan produk dalam bentuk laktat karena reaksi-reaksi selanjutnya pada
langsung dari reaksi katalis-enzim, produk ini mengalami oksidasi piruvat berlangsung di mitokondria, dan eritrosit
isomerisasi spontan menjadi piruvat, oleh tidak memiliki mitokondria.

Jaringan lain yang secara normal memperoleh sebagian H C O Glukosa

besar energinya dari glikolisis dan menghasilkan laktat H C OH
antara lain adalah otak, saluran cerna, medula ginjal,
CH2 O P
retina, dan kulit. Produksi laktat juga meningkat pada
Gliseraldehida 3-fosfat
syok septik; selain itu, banyak kanker juga menghasilkan
laktat. Hati, ginjal, dan jantung biasanya menyerap laktat
Pi NAD+
dan mengoksidasinya, tetapi akan menghasilkannya pada Gliseraldehida 3-fosfat

dehidrogenase
kondisi hipoksik.
NADH + H+
Saat produksi laktat tinggi, misalnya pada olahraga
berat, syok septik, dan kakeksia kanker, sebagian besar O
laktat digunakan hati untuk glukoneogenesis (lihat Bab 19), C O P
sehingga meningkatkan laju metabolik untuk meng- Bifosfogliserat
H C OH mutase
hasilkan ATP dan GTP yang dibutuhkan. Peningkatan
CH2 O
konsumsi oksigen akibat peningkatan oksidasi bahan bakar P
metabolik untuk menghasilkan ATP dan GTP yang

1,3-Bifosfogliserat
dibutuhkan glukoneogenesis dianggap sebagai hutang
ADP COO–
oksigen setelah olahraga berat.
Fosfogliserat
Pada kondisi yang sama, laktat dapat dibentuk di sitosol, kinase
H C O P
tetapi kemudian masuk ke dalam mitokondria untuk CH2 O P

dioksidasi menjadi piruvat untuk metabolisme maju. Jalur ATP
ini menjadi jalur pemindahan ekuivalen pereduksi dari 2,3-Bifosfogliserat
sitosol ke mitokondria untuk rantai transpor elektron selain COO–

pengangkut bolak-balik gliserofosfat (lihat Gambar 13–12) H C OH Pi
dan malat (lihat Gambar 13–13). CH2 O
2,3-Biosfoglisera
P
fosfat
GLIKOLISIS DIATUR DI TIGA 3-Fosfogliserat
Piruvat
TAHAP DAN MELIBATKAN GAMBAR 17–4 Jalur 2,3-Bisfosfogliserat di eritrosit.
REAKSI TIDAK-SETIMBANG
Di eritrosit, reaksi yang dikatalisis oleh fosfogliserat kinase
Meskipun kebanyakan reaksi glikolisis bersifat reversibel,
dapat dipintas dalam batas tertentu oleh reaksi bisfosfogli-
tiga reaksi jelas bersifat eksergonik dan karena itu harus
serat mutase, yang mengatalisis perubahan 1,3-bisfosfogli-
dianggap ireversibel secara fisiologis. Ketiga reaksi tersebut,
serat menjadi 2,3-bisfosfogliserat, dan diikuti oleh hidrolisis
yang dikatalisis oleh heksokinase (dan glukokinase),
menjadi 3-fosfogliserat dan Pi, yang dikatalisis oleh 2,3-
fosfofruktokinase, dan piruvat kinase, adalah tempat-tempat
bisfosfogliserat fosfatase (Gambar 17–4). Jalur alternatif ini
utama pengendalian glikolisis. Fosfofruktokinase secara
tidak menghasilkan ATP dari glikolisis, namun jalur ini
signifikan dihambat oleh ATP dalam konsentrasi intrasel
berfungsi menyediakan 2,3- bisfosfogliserat, yang berikatan
normal; seperti dibahas di Bab 19, hambatan ini dapat cepat
dengan hemoglobin dan rnenurunkan afinitasnya terhadap
dihilangkan oleh 5'AMP yang terbentuk sewaktu ADP
oksigen sehingga oksigen lebih mudah disalurkan ke jaringan
mulai menumpuk, yang memberi sinyal akan perlunya
(lihat Bab 6).
peningkatan laju glikolisis. Sel-sel yang mampu melakukan
glukoneogenesis (membalikkan jalur glikolisis, Bab 20)
memiliki enzim-enzim berbeda yang mengatalisis reaksi OKSIDASI PIRUVAT MENJADI
untuk membalikkan tahap-tahap ireversibel ini; glukosa 6-
fosfatase, fruktosa 1,6-bisfosfatase, dan untuk membalikkan ASETIL-KoA MERUPAKAN RUTE
reaksi piruvat kinase, piruvat karboksilase dan fosfoenol-
piruvat karboksikinase. Peraturan resiprokal dari fosfofruk-
IREVERSIBEL DARI GLIKOLISIS KE
tokinase di glikolisis dan fruktosa 1,6-bisphosphatase di gluko- SIKLUS ASAM SITRAT
neogenesis dibahas dalam Bab 19. Piruvat yang terbentuk di sitosol diangkut ke dalam mi-
Fruktosa masuk ke jalur glikolisis melalui fosforilasi tokondria oleh suatu simporter proton. Di dalam mitokondria,
menjadi fruktosa 1-fosfat, dan tidak melalui tahap-tahap piruvat mengalami dekarboksilasi oksidatif menjadi asetil-KoA
regulatorik utama sehingga dihasilkan lebih banyak piruvat oleh suatu kompleks multienzim yang terdapat di membran
(dan asetil-KoA) daripada yang dibutuhkan untuk dalam mitokondria. Kompleks piruvat dehidrogenase ini
membentuk ATP. Di hati dan jaringan adiposa, hal ini analog dengan kompleks α-ketoglutarat dehidrogenase pada
menyebabkan peningkatan lipogenesis dan tingginya asupan siklus asam sitrat (lihat Bab 16). Piruvat mengalami
fruktosa berperan menyebabkan obesitas. dekarboksilasi oleh komponen piruvat dehidrogenase pada
kompleks enzim tersebut menjadi turunan hidroksietil cincin
Di Eritrosit,Tahap Pertama Glikolisis tiazol tiamin difosfat (yang terikat enzim), yang kemudian
untuk Membentuk ATP Dapat Dipintas bereaksi dengan lipoamida teroksidasi, yakni gugus prostetik

CH3 C COO– + H+
TDP
PIruvat Asetil
lipoamida
CoA-SH
HS
CH 2
H 3C
PIruvat
dehidrogenase
CH 2
C
CO2
H
TDP
H
C
N
O
H3C C OH
Hidroksietil
C H
H2 H
H 2C C N Dihidrolipoli
Lipoamida teroksidasi transasetilase
C
S S
O
Asam lipoat Rantai
samping lisin
NAD+
O
N
C
H
FADH2
H
C
SH
CH 2
Dihidrolipoli
CH 2
dehidrogenase CH3 CO S CoA
Asetil-CoA
SH
Dihidrolipoamida
FAD
NADH + H+
GAMBAR 17–5 Dekarboksilasi oksidatif piruvat oleh kompleks piruvat dehidrogenase. Asam lipoat tergabung oleh
suatu ikatan amida dengan residu lisin komponen transasetilase kompleks enzim. Zat ini membentuk lengan panjang yang
fleksibel sehingga gugus prostetik asam lipoat dapat berputar secara sekuensial antara bagian aktif dari masing-masing
enzim pada kompleks tersebut. (FAD, flavin adenin dinukleotida; NAD+, nikotinamida adenin dinukleotida;TDP,tiamin
difosfat).
pada dihidrolipoil transasetilase, untuk membentuk asetil reaksi-reaksi samping sehingga efisiensi keseluruhan me-
lipoamida (Gambar 17–5). Tiamin adalah vitamin B1 (lihat ningkat.
Bab 44) dan jika jumlahnya kurang, metabolisme glukosa akan
terganggu dan mungkin terjadi asidosis laktat dan piruvat yang Piruvat Dehidrogenase Diatur
signifikan (yang dapat mengancam nyawa). Asetil lipoamida oleh Inhibisi Produk-Akhir
bereaksi dengan koenzim A untuk membentuk asetil-KoA dan dan Modifikasi Kovalen
lipoamida tereduksi. Reaksi ini tuntas jika lipoamida yang
tereduksi tersebut direoksidasi oleh suatu flavoprotein, yaitu Piruvat dehidrogenase dihambat oleh produknya, yaitu
dihidrolipoil dehidrogenase, yang mengandung FAD. asetil-KoA dan NADH (Gambar 17–6). Enzim ini juga
Akhimya, flavoprotein tereduksi mengalami oksidasi oleh NAD diatur melalui fosforilasi (yang dikatalisis kinase) pada tiga
+, yang kemudian memindahkan ekuivalen pereduksi ke rantai residu serin komponen piruvat dehidrogenase kompleks
respiratorik. Reaksi keseluruhan adalah sebagai berikut: multienzim yang menyebabkan penurunan aktivitas enzim,
dan melalui defosforilasi (yang dikatalisis fosfatase) yang
Piruvat + NAD+ + CoA → Asetil-CoA + NADH + H+ + CO2 menyebabkan peningkatan aktivitas enzim. Kinase diaktif-
Kompleks piruvat dehidrogenase terdiri atas sejumlah kan oleh peningkatan rasio [ATP]/[ADP], [asetil-KoA]/
rantai polipeptida dari masing-masing ketiga enzim [KoA], dan [NADH]/[NAD+]. Oleh sebab itu, piruvat
komponen, dan zat-zat antaranya tidak berdisosiasi, tetapi dehidrogenase, dan dengan demikian glikolisis, dihambat
tetap terikat enzim. Kompleks enzim semacam ini, dengan jika tersedia ATP dalam jumlah memadai (dan koenzim
substrat yang dipindahkan dari satu enzim ke enzim tereduksi untuk membentuk ATP) dan jika asam lemak
berikutnya, meningkatkan laju reaksi dan menghilangkan teroksidasi. Dalam keadaan puasa, ketika konsentrasi asam

[ Asetil-KoA ] [ NADH ] [ ATP ]

[ KoA ] [ NAD+ ] [ ADP ]
+ + +
– Dikloroasetat
Asetil-CoA
– –
Ca2+
PDH kinase Piruvat
NADH + H+ CO2 Mg 2+
ATP ADP
–
PDH
–
PDH-a PDH-b
(enzim defosfo-aktif) (enzim fosfo-inaktif)
NAD+ KoA
Pi H 2O
Piruvat
PDH fosfatase
+
A B +
Mg2+, Ca2+
Insulin
(dalam jaringan adiposa)
GAMBAR 17–6 Regulasi piruvat dehidrogenase (PDH). Tanda panah dengan garis berlekuk menunjukkan
efek alosterik. (A) Regulasi melalui inhibisi produk-akhir. (B) Regulasi melalui perubahan (interkonversi) bentuk
aktif dan inaktif.
lemak bebas meningkat, terjadi penurunan proporsi enzim bakar, kelainan metabolisme tersebut sering menyebabkan
tersebut dalam bentuk aktif sehingga karbohidrat dihemat. gangguan neurologis.
Di jaringan adiposa, tempat glukosa menghasilkan asetil- Defisiensi herediter aldolase A dan defisiensi piruvat
KoA untuk lipogenesis, enzim tersebut diaktifkan sebagai kinase di eritrosit menyebabkan anemia hemolitik.
respons terhadap insulin. Kemampuan pasien dengan defisiensi fosfofroktokinase
otot untuk beraktivitas fisik menjadi rendah, terutama jika
ASPEK KLINIS mereka mengonsumsi diet tinggi-karbohidrat. Dengan
memberikan lipid sebagai bahan bakar alternatif, misalnya
Inhibisi Metabolisme Piruvat selama masa starvasi (kelaparan), ketika kadar asam lemak
Menyebabkan Asidosis Laktat bebas dan badan keton dalam darah meningkat, kemampuan
pasien melakukan kerja meningkat.
Ion merkuri dan arsenit bereaksi dengan gugus —SH asam
lipoat dan menghambat piruvat dehidrogenase, demikian
juga defisiensi tiamin dalam makanan (lihat Bab 44), yang RINGKASAN
memungkinkan terjadinya penimbunan piruvat. Banyak ■■ Glikolisis adalah jalur metabolisme glukosa (atau glikogen)
pecandu alkohol mengalami defisiensi tiamin (baik karena menjadi piruvat dan laktat di sitosol semua sel mamalia.
diet yang buruk maupun karena alkohol menghambat ■■ Glikolisis dapat berfungsi dalam keadaan anaerob dengan
penyerapan tiamin) dan dapat mengalami asidosis piruvat membentuk kembali NAD+ teroksidasi (diperlukan dalam
dan laktat yang mungkin fatal. Pasien dengan defisiensi reaksi gliseraldehida-3-fosfat dehidrogenase), dengan mere-
herediter piruvat dehidrogenase yang dapat disebabkan oleh duksi piruvat menjadi laktat.
defek pada satu atau lebih komponen kompleks enzim juga ■■ Laktat adalah produk akhir glikolisis pada keadaan anaerob
mengalami asidosis laktat terutama setelah pemberian (misalnya otot yang sedang bekerja) atau jika mitokondria
glukosa. Karena otak bergantung pada glukosa sebagai bahan untuk oksidasi piruvat lebih lanjut tidak tersedia (misalnya di
eritrosit).

■■ Glikolisis diatur oleh tiga enzim yang mengatalisis reaksi yang Kim J-W, Dang CV: Multifaceted roles of glycolytic enzymes. Trends
tak-setimbang: heksokinase, fosfofruktokinase, dan piruvat Biochem Sci 2005;30:142.
kinase. Lalau JD: Lactic acidosis induced by metformin: incidence, manage-
■■ Di eritrosit, tempat pertama dalam glikolisis untuk ment and prevention. Drug Saf 2010;33:727.
menghasilkan ATP dapat dipintas sehingga terbentuk 2,3- Levy B: Lactate and shock state: the metabolic view. Curr Opin Crit
bisfosfogliserat, yang penting untuk menurunkan afinitas Care 2006;1:315.
hemoglobin terhadap O2. Maj MC, Cameron JM, Robinson BH: Pyruvate dehydrogenase pho-
■■ Piruvat dehidrogenase, yang bergantung pada kofaktor tiamin sphatase deficiency: orphan disease or an under-diagnosed
difosfat yang berasal dari vitamin. condition? Mol Cell Endocrinol 2006;249:1.
Martin E, Rosenthal RE, Fiskum G: Pyruvate dehydrogenase comp-
■■ Keadaan yang menyebabkan gangguan metabolisme piruvat lex: metabolic link to ischemic brain injury and target of
sering menyebabkan asidosis laktat. oxidative stress. J Neurosci Res 2005;79:240.
Patel KP, O’Brien TW: The spectrum of pyruvate dehydrogenase
complex deficiency: clinical, biochemical and genetic features in
REFERENSI 371 patients. Mol Genet Metab 2012;105:34.

Patel MS, Korotchkina LG: Regulation of the pyruvate dehydrogen-
Behal RH, Buxton DB, Robertson JG, Olson MS: Regulation of the ase complex. Biochem Soc Trans 2006;34:217.
pyruvate dehydrogenase multienzyme complex. Annu Rev Nu- Philp A, Macdonald AL, Watt PW: Lactate—a signal coordinating
tr 1993;13:497. cell and systemic function. J Exp Biol 2005;208:4561.
Boiteux A, Hess B: Design of glycolysis. Philos Trans R Soc Lond B Rider MH, Bertrand L, Vertommen D, et al: 6-Phosphofructo-2-kin-
Biol Sci 1981;293:5. ase/fructose-2,6-bisphosphatase: head-to-head with a bifunc-
Cairns SP: Lactic acid and exercise performance: culprit or friend? tional enzyme that controls glycolysis. Biochem J 2004;381:561.
Sports Med 2006;36:279. Robergs RA, Ghiasvand F, Parker D: Biochemistry of exerciseindu-
Fall PJ, Szerlip HM: Lactic acidosis: from sour milk to septic sho- ced metabolic acidosis. Am J Physiol 2004;287:R502.
ck.J Intensive Care Med 2005;20:255. Sugden MC, Holness MJ: Mechanisms underlying regulation of
Fothergill-Gilmore LA: The evolution of the glycolytic pathway. of the expression and activities of the mammalian pyruvate
Trends Biochem Sci 1986;11:47. dehydrogenase kinases. Arch Physiol Biochem 2006;112:139.
Gladden LB: Lactate metabolism: a new paradigm for the third Wasserman DH: Regulation of glucose fluxes during exercise in the
millennium. J Physiol 2004;558:5. postabsorptive state. Annu Rev Physiol 1995;57:191.
Gladden LB: A lactatic perspective on metabolism. Med Sci Sports
Exerc 2008;40:477.

18
B A B
Metabolisme Glikogen
TUJUAN ■ Menjelaskan struktur glikogen dan manfaatnya sebagai cadangan karbohidrat.

■ Menjelaskan sintesis dan peruraian glikogen dan bagaimana proses-proses ini
Setelah mempelajari bab ini, diatur sebagai respons terhadap kerja hormon.
Anda diharapkan dapat: ■ Menjelaskan berbagai tipe penyakit penyimpanan glikogen.
PERAN BIOMEDIS daya tahan membutuhkan pembebasan glukosa 1-fosfat

yang lebih lambat dan lebih lama. Pembentukan titik-titik
Glikogen adalah karbohidrat simpanan utama pada hewan, percabangan di glikogen berlangsung lebih lambat daripada
setara dengan pati/kanji pada tumbuhan; glikogen adalah penambahan unit-unit glukosa ke suatu rantai linier, dan
polimer bercabang α-d-glukosa (lihat Gambar 15–12). Zat sebagian atlet olah raga tersebut melakukan carbohydrate-
ini terutama ditemukan di hati dan otot, dan dalam jumlah loading, yaitu latihan hingga kelelahan (saat glikogen otot
kecil di otak. Meskipun kandungan glikogen hati lebih besar sebagian besar terkuras) dan diikuti dengan menyantap
daripada kandungan glikogen otot, sekitar tiga-perempat makanan tinggi karbohidrat sehingga terjadi sintesis glikogen
glikogen tubuh total berada di otot karena massa otot tubuh cepat dengan titik percabangan yang lebih sedikit daripada
jauh lebih banyak daripada massa hati (Tabel 18–1). normal.
Glikogen otot merupakan sumber glukosa 1-fosfat yang
dapat cepat digunakan untuk glikolisis di dalam otot itu GLIKOGENESIS BERLANGSUNG
sendiri. Glikogen hati berfungsi untuk menyimpan dan
mengirim glukosa untuk mempertahankan kadar glukosa TERUTAMA DI OTOT DAN HATI
darah di antara waktu makan. Konsentrasi hati dari glikogen
adalah sekitar 450 mmol / L setara glukosa setelah makan, Jalur Biosintesis Glikogen Melibatkan
yang menurun ke sekitar 200 mmol / L setelah puasa Nukleotida Khusus Glukosa
semalam; setelah 12—18 jam berpuasa, glikogen hati hampir Seperti pada glikolisis, glukosa mengalami fosforilasi
seluruhnya terkuras. Meskipun glikogen otot tidak secara menjadi glukosa 6-fosfat yang dikatalisis oleh heksokinase
langsung menghasilkan glukosa bebas (karena otot tidak di otot dan glukokinase di hati (Gambar 18–1). Glukosa 6-
memiliki glukosa 6-fosfatase), piruvat yang terbentuk oleh fosfat mengalami isomerisasi menjadi glukosa 1-fosfat oleh
glikolisis di otot dapat mengalami transaminasi menjadi fosfoglukomutase. Enzim itu sendiri mengalami fosforilasi, dan
alanin yang dikeluarkan dari otot dan digunakan untuk gugus fosfat ikut serta dalam suatu reaksi reversibel dengan
glukoneogenesis di hati (lihat Gambar 19–4). Glycogen glukosa 1,6-bisfosfat sebagai zat antaranya. Kemudian, glukosa
storage disease (penyakit penimbunan glikogen) adalah 1-fosfat bereaksi dengan uridin trifosfat (UTP) untuk
sekelompok penyakit herediter yang ditandai oleh gangguan membentuk nukleotida aktif uridin difosfat glukosa
mobilisasi glikogen atau pengendapan bentuk abnormal (UDPGlc) dan pirofosfat (Gambar 18–2), yang dikatalisis
glikogen sehingga terjadi kerusakan hati dan kelemahan otot; oleh UDPGlc pirofosforilase. Reaksi berlangsung searah
beberapa penyakit penimbunan glikogen ini menyebabkan pembentukan UDPGlc karena pirofosfatase mengatalisis
kematian dini.Struktur glikogen yang sangat bercabang (lihat hidrolisis pirofosfat menjadi 2 x fosfat sehingga salah satu
Gambar 15– produk reaksi tersebut dihilangkan. UDPGlc pirofosforilase
12) menghasilkan banyak tempat untuk glikogenolisis memiliki nilai Km yang rendah untuk glukosa 1-fosfat dan
sehingga glukosa 1-fosfat dapat cepat dihasilkan untuk terdapat dalam jumlah yang relatif besar sehingga bukan
digunakan oleh otot. Atlet olah raga yang memerlukan merupakan tahap pengatur pada sintesis glikogen.
176

BAB 18 Metabolisme Glikogen 177
TABEL 18-1 Penyimpanan Karbohidrat pada Seseorang O

dengan Berat Badan 70 Kg CH2OH
HN Urasil
O
O O O N
Persentase Berat Kandungan OH
Berat Jaringan Jaringan Tubuh (g) OH O P O P O CH2 O
O
OH O– O–
Glikogen hati 5,0 1,8 kg 90 Ribosa
Glikogen otot 0,7 35 kg 245 Glukosa OH OH
Glukosa ekstrasel 0,1 10 L 10
Uridin
Tahap pertama sintesis glikogen melibatkan protein GAMBAR 18–2 Uridin difosfat glukosa (UDPGlc).
glikogenin, protein 37 kDa yang mengalami glukosilasi di
residu tirosin spesifik oleh UDPGlc. Glikogenin mengata-lisis
pemindahan tujuh residu glukosa (pada posisi 1→4) dari ikatan glikosida antara Cl glukosa UDPGlc dan C4 residu
UDPGlc untuk membentuk primer glikogen yang merupa- glukosa terminal glikogen yang membebaskan uridin difosfat
kan substrat untuk glikogen sintase. Di otot, glikogenin tetap (UDP). Penambahan sebuah residu glukosa ke rantai glikogen
melekat pada bagian tengah granul glikogen (lihat Gambar yang sudah ada, atau 'primer', terjadi di ujung luar molekul
15–12). Glikogen sintase mengatalisis pembentukan sebuah
Glikogen
(unit glukosil 1→4 dan 1→6 )x
Braching enzyme Pi
(Unit glukosil 1→4 )x

Insulin
UDP
Glikogen Glikogen
sintase cAMP fosforilase
Glikogen
primer
Glukagon
epinefrin Glukan *
transferase
Glikogenin Enzim
Uridin pengawacabangan
difosfat
glukosa (UDPGlc)
Ke jalur Glukosa bebas dari

asam uronal debranching enzyme
Pirofosfat UDPGlc pirofosforilase
anarganik PPi
2 Pi
Uridin
UDP trifosfat (UTP) Glukosa-1-fosfat
Mg2+ Fosfoglukomutase
Glukosa-6-fosfat Ke glikolisis dan jalur

pentosa fosfat
H2O ADP
Nukleosida
ATP difosfokinase ADP Glukosa-6- Mg2+ Glukokinase
fosfatase
Pi ATP
Glukosa
GAMBAR 18–1 Jalur glikogenesis dan glikogenolisis di hati. ( ,Perangsangan; ⊝ Penghambatan.) Insulin
menurunkan kadar cAMP hanya setelah kadarnya ditingkatkan oleh glukagon atau epinefrin; insulin melawan efek
keduanya.Glukagon aktif di otot jantung, tetapi tidak di otot rangka. Glukan transferase dan debranching enzyme
(enzim pengawacabangan) tampaknya merupakan enzim yang sama dengan dua aktivitas yang berbeda.

Ikatan glukosidik 1→4-

Residu glukosa tak-berlabel
Ikatan glukosidik 1→6-
Residu glukosa berlabel 14C
Glukosa- 14C
ditambahkan Ikatan 1→6- baru
Glikogen Enzim
sintase pencabangan
GAMBAR 18–3 Biosintesis glikogen. Mekanisme pembentukan cabang seperti yang

terdeteksi oleh pemberian glukosa berlabel 14C dan pemeriksaan glikogen hati pada interval
waktu tertentu.
nonpereduksi sehingga cabang-cabang molekul glikogen hidrolisis ikatan glikosida 1 → 6 untuk membebaskan glukosa
memanjang seiring dengan terbentuknya ikatan 1→4 bebas. Kerja fosforilase selanjutnya dapat berlangsung.
(Gambar 18–3). Kombinasi kerja fosforilase dan enzim-enzim lain
menyebabkan terurainya glikogen secara sempurna.
Pembentukan Cabang Menyebabkan Reaksi yang dikatalisis oleh fosfoglukomutase bersifat
Pelepasan Rantai Glikogen yang Sudah Ada reversibel sehingga glukosa 6-fosfat dapat dibentuk dari
glukosa 1-fosfat. Di hati, tetapi tidak di otot, glukosa 6-
Ketika rantai memiliki panjang sedikitnya 11 residu glukosa,
fosfatase mengatalisis hidrolisis glukosa 6-fosfat yang
sebagian rantai 1→4 (dengan panjang setidaknya 6 residu
menghasilkan glukosa yang diekspor sehingga kadar
glukosa) dipindahkan ke rantai di dekatnya oleh branching
glukosa darah meningkat. Glukosa 6-fosfatase berada dalam
enzyme (enzim pencabangan) untuk membentuk ikatan 1
lumen retikulum endoplasmik halus, dan defek genetik
→6 sehingga terbentuk titik percabangan. Cabang tumbuh
transporter glukosa-6-fosfat dapat menyebabkan varian
melalui penambahan unitunit 1 → 4-glukosil dan percabang-
penyakit penyimpanan glikogen type I (Tabel 18–2).
an selanjutnya.
Granul glikogen juga dapat ditelan oleh lisosom,
GLIKOGENOLISIS BUKAN tempat maltase asam mengatalisis hidrolisis glikogen
menjadi glukosa. Proses ini kemungkinan sangat penting
MERUPAKAN KEBALIKAN dalam homeostasis glukosa pada neonatus. Defek genetik
ketiadaan maltase asam lisosom menyebabkan penyakit
GLIKOGENESIS MELAINKAN penyim-panan glikogen tipe II (penyakit Pompe, Tabel
SUATU JALUR TERSENDIRI 18–2). Katabolisme glikogen dalam lisosom terjadi di bawah
kontrol hormonal.
Glikogen fosforilase mengatalisis tahap penentu-
kecepatan glikogenolisis dengan mengatalisis pemecahan
fosforolitik (fosforolisis; cf hidrolisis) ikatan 1→4 glikogen
untuk menghasilkan glukosa 1-fosfat (Gambar 18–4).
Terdapat beberapa isoenzim glikogen fosforilase yang
berbeda di hati, otot, dan otak, yang disandi oleh gen-gen
yang berbeda. Glikogen fosforilase membutuhkan piridoksal
fosfat (lihat Bab 44) sebagai koenzimnya. Tidak seperti
reaksi metabolisme asam amino (lihat Bab 28), dengan
aldehida sebagai gugus reaktif, pada fosforilase gugus yang
aktif secara katalitik adalah gugus fosfat.
Residu glukosil terminal dari rantai terluar molekul
glikogen dikeluarkan secara sekuensial sampai tersisa sekitar Fosforifase Glukan Debranching
transferase enzyme
empat residu glukosa di kedua sisi suatu cabang 1→6
(Gambar18–4). Debranching enzyme memiliki dua tempat Residu-residu glukosa dihubung-
katalitik yang berbeda pada satu rantai polipeptida. Satu kan oleh ikatan glukosidik1 → 4-
tempat katalitik adalah glukan transferase yang memindahkan Residu-residu glukosa dihubung-
unit trisakarida dari satu cabang ke cabang lain sehingga kan oleh ikatan glukosidik 1 → 6-
menyebabkan terpajannya titik percabangan1 → 6. Tempat

katalitik yang lain adalah 1,6-glikosidase yang mengatalisis GAMBAR 18–4 Tahap-tahap dalam glikogenolisis.

TABEL 18–2 Penyakit Penimbunan Glikogen.
Tipe Nama Defisiensi Enzim Gambaran Klinis
0 — Glikogen sintase Hipoglikemia; hiperketonemia; kematian disini
Ia Penyakit von Gierke Glukosa 6-fosfatase Akumulasi glikogen di sel tubulus ginjal dan hati; hipoglike-
mia; asidemia laktat; ketosis; hiperlipemia
Ib — Transporter glukosa 6-fosfat Seperti tipe la, neutropenia dan gangguan fungsi neutrofil
retikulum endoplasma yang menyebabkan infeksi rekuren
II Penyakit Pompa α1 → 4 dan α1 → 6 glukosidase Penimbunan glikogen di lisosom;varian onset juvenilis, hipo-
lisosom (maltase asam) tonia otot, kematian akibat gagal jantung sebelum usia 2
tahun; varian onset dewasa, distrofi otot
IIIa Dekstrinosis terbatas, penyakit Debranching enzyme hati dan Hipoglikemia puasa; hepatomegali pada masa bayi; penim-
Forbe atau Cori otot bunan polisakarida bercabang yang khas (dekstrin batas);
kelemahan otot
IIIb Dekstrinosis terbatas Debranching enzyme hati Seperti tipe Illa,tetapi tanpa kelemahan otot
IV Amilopektinosis, penyakit Branching enzyme Hepatosplenomegali; penimbunan polisakarida dengan

Andersen sedikit titik percabangan; kematian akibat gagal jantung atau
hati sebelum usia 5 tahun
V Defisiensi miofosforilase Fosforilase otot Tidak kuat beraktivitas fisik; glikogen otot sangat tinggi
sindrom McArdle (2,5-4%); laktat darah sangat rendah setelah beraktivitas fisik
VI Penyakit Hers Fosforilase hati Hepatomegali; penimbunan glikogen di hati; hipoglikemia

ringan; umumnya berprognosis baik
VII Penyakit Tarui Fosfofruktokinase I otot dan Tidak kuat beraktivitas fisik; glikogen otot sangat tinggi
eritrosit (2,5%-4%); laktat darah sangat rendah setelah beraktivitas
fisik; juga anemia hemolitik
VIII Fosforilase kinase hati Hepatomegali; penimbunan glikogen di hati; hipoglikemia

ringan; umumnya berprognosis baik
IX Fosforilase kinase hati dan otot Hepatomegali; penimbunan glikogen di hati dan otot;
hipoglikemia ringan; umumnya berprognosis baik
X Protein kinase A dependen-cAMP Hepatomegali; penimbunan glikogen di hati
AMP SIKLIK MEMADUKAN Kontrol Glikogen Fosforilase

Berbeda antara Hati dan Otot
REGULASI GLIKOGENOLISIS
Di hati peran glikogen adalah menyediakan glukosa bebas
DAN GLIKOGENESIS untuk diekspor guna mempertahankan kadar glukosa dalam
darah; di otot, peran glikogen adalah sebagai sumber glukosa
Enzim-enzim utama yang mengendalikan metabolisme
6-fosfat untuk glikolisis sebagai respons terhadap kebutuhan
glikogen—glikogen fosforilase dan glikogen sintase—diatur
akan ATP untuk kontraksi otot. Di kedua jaringan, enzim
dalam arah berlawanan oleh mekanisme alosterik dan
diaktifkan oleh fosforilasi yang dikatalisis oleh fosforilase
modifikasi kovalen karena terjadinya fosforilasi dan
kinase (untuk menghasilkan fosforilase a) dan diinaktifkan
defosforilasi reversibel protein enzim sebagai respons
oleh defosforilasi yang dikatalisis oleh fosfoprotein fosfatase
terhadap kerja hormon (lihat Bab 9). Fosforilasi glikogen
(untuk menghasilkan fosforilase b), sebagai respons terhadap
fosforilase meningkatkan aktivitasnya; fosforilase glikogen
sinyal hormon dan sinyal lain.
sintase menurunkan aktivitasnya.
Terjadi penimpaan (overriding) yang sangat cepat
Fosforilase meningkat sebagai respons terhadap AMP pada kontrol hormonal ini. Fosforilase a aktif di kedua
siklik (cAMP) (Gambar 18–5) dibentuk dari ATP oleh jaringan dihambat secara alosterik oleh ATP dan glukosa 6-
adenilil siklase pada permukaan dalam membran sel fosfat; di hati, tetapi tidak di otot, glukosa bebas juga
sebagai respons terhadap berbagai hormon, misalnya merupakan suatu inhibitor. Fosforilase otot berbeda dari
epinefrin, norepinefrin, dan glukagon. cAMP dihidrolisis isoenzim di hati karena memiliki tempat pengikatan untuk
oleh fosfodiesterase sehingga kerja hormon-hormon 5'AMP (Gambar 18-5) yang berfungsi sebagai aktivator
tersebut terhenti; di hati insulin meningkatkan aktivitas alosterik bentuk b terdefosforilasi (inaktif) enzim. 5'AMP
fosfodiesterase. bekerja sebagai sinyal poten status energi sel otot; 5'AMP
terbentuk sewaktu konsentrasi ADP mulai meningkat

NH2
N N
O O O
− N N
O P O P O P O CH 2 O
− − −
O O O
OH OH
Adenosin trifosfat (ATP)
Adenilat siklase
Pirofosfat NH2 NH 2
N N N N
O
N N H2O − N N
O CH 2 O O P O CH 2 O
Fosfodiesterase O −
−
O P O
O OH OH OH
Adenosin monofosfat siklik (cAMP) Adenosin monofosfat (5'AMP)
GAMBAR 18–5 Pembentukan dan hidrolisis dari AMP siklik (3',5' asam adenilik, cAMP).
(menunjukkan perlunya peningkatan metabolisme substrat (lihat Bab 42), dan mengikat empat Ca2+. Pengikatan Ca2+
agar ATP dapat terbentuk), akibat reaksi adenilat kinase: 2 × mengaktifkan bagian katalitik subunit y meskipun enzim
ADP ↔ ATP + 5′ AMP. berada dalam keadaan terdefosforilasi b; bentuk terfosforilasi
a baru aktif secara penuh jika terdapat Ca2+ pada kadar
tinggi.
ctivates
Glikogenolisis di Hati Dapat
Fosforilase kinase diaktifkan sebagai respons terhadap Tidak Bergantung pada cAMP
cAMP (Gambar 18–6). Peningkatan konsentrasi cAMP Di hati, terdapat pengaktifan glikogenolisis tanpa ber-
akan mengaktifkan protein kinase dependen-cAMP yang gantung pada cAMP sebagai respons terhadap perang-
mengatalisis fosforilasi oleh ATP fosforilase kinase b inaktif sangan reseptor adrenergik α1 oleh epinefrin dan
menjadi fosforilase kinase a aktif yang selanjutnya norepinefrin. HaI ini mencakup mobilisasi Ca2+ ke dalam
memfosforilasi fosforilase b menjadi fosforilase a. Di hati, sitosol, diikuti oleh stimulasi fosforilase kinase peka-Ca2
+/ kalmodulin. Glikogenolisis yang tidak-bergantung-cAMP
cAMP dibentuk sebagai respons terhadap glukagon, yang
dikeluarkan sebagai respons atas menurunnya kadar juga diaktifkan oleh vasopresin, oksitosin, dan angiotensin II
glukosa darah. Otot kurang peka terhadap glukagon; di otot, yang bekerja melalui jalur fosfatidilinositol bisfosfat atau
sinyal untuk meningkatkan pembentukan cAMP adalah efek kalsium (lihat Gambar 42–10).
norepinefrin yang disekresikan sebagai respons terhadap rasa
takut atau cemas, ketika kebutuhan akan glikogenolisis Protein Fosfatase-1 Menginaktifkan
meningkat agar aktivitas otot dapat ditingkatkan. Glikogen Fosforilase
Baik fosforilase a maupun fosforilase kinase a mengalami
Ca2+ Menyinkronkan Pengaktifan Glikogen defosforilasi dan diinaktifkan oleh protein fosfatase-1.
Fosforilase dengan Kontraksi Otot Protein fosfatase-1 dihambat oleh suatu protein, yakni
Glikogenolisis di otot meningkat beberapa ratus kali inhibitor-1, yang hanya aktif setelah terfosforilasi oleh
bersamaan dengan dimulainya kontraksi; sinyal yang sama protein kinase dependen-cAMP. Oleh sebab itu, cAMP
(peningkatan konsentrasi ion Ca2+ sitosol) berperan mengontrol baik pengaktifan maupun penginaktifan
memulai kontraksi dan glikogenolisis. Fosforilase kinase fosforilase (Gambar 18–6). Insulin memperkuat efek ini
otot yang mengaktifkan glikogen fosforilase adalah suatu dengan menghambat pengaktifan fosforilase b. Horrnon ini
tetramer dari empat subunit berbeda, α, β, γ, dan δ. melakukannya secara tidak langsung dengan meningkatkan
Subunit α dan β mengandung residu serin yang penyerapan glukosa sehingga meningkatkan pembentukan
terfosforilasi oleh protein kinase dependen-cAMP. Subunit glukosa 6-fosfat yang merupakan suatu inhibitor fosforilase
δ identik dengan protein pengikat Ca2+, yaitu kaimodulin kinase.

Rodwell_CH18_p176-184.indd 181
Epinefrin
Reseptor−β
+
Adenilil Adenilil
siklase siklase
inaktif aktif
Glikogen(n)
+ +
Fosfodiesterase Glikogen(n+1) Glukosa 1-fosfat
ATP cAMP 5′-AMP
+
Protein kinase Pi
Protein kinase dependen-cAmp
dependen-cAMP (aktif)
inaktif ADP
Fosforilase a
Komponen (aktif)
kalmodulin ADP H2O
fosforilase
Inhibitor-1
kinase
(inaktif) ATP
– +
Fosforilase kinase b Fosforilase kinase a G6P Insulin Protein
(inaktif) Ca2+ (aktif) fosfatase-1
ATP
–
+ –Ca2+
ATP Pi
Fosforilase b
ADP (inaktif)
Pi H2O
Protein
fosfatase-1
–
Inhibitor-1-fosfat
(aktif)
GAMBAR 18–6 Kontrol fosforilase di otot. Rangkaian reaksi yang tersusun sebagai suatu kaskade memungkinkan amplifikasi sinyal hormonal
di setiap tahap. (G6P, glukosa 6-fosfat; n, jumlah residu glukosa.)
07/11/14 5:48 PM
181
Aktivitas Glikogen Sintase & Fosforilase protein fosfatase-1 yang berada dalam kendali protein
Diatur Secara Timbal Balik kinase dependen-cAMP.
Ada berbagai isoenzim glikogen sintase di hati, otot,

dan otak. Seperti fosforilase, glikogen sintase terdapat
METABOLISME PENGATURAN
baik dalam keadaan terfosforilasi maupun tidak-terfos- GLIKOGEN DIPENGARUHI OLEH
forilasi, dan efek fosforilasi adalah kebalikan efek yang
dijumpai pada fosforilase (Gambar 18–7). Glikogen sintase KESEIMBANGAN AKTIVITAS
a aktif mengalami defosforilasi dan glikogen sintase b inaktif ANTARA GLIKOGEN SINTASE
mengalami fosforilasi.
Terdapat enam protein kinase berbeda yang bekerja DAN FOSFORILASE
pada glikogen sintase, dan ada paling sedikit 9 residu
serin berbeda yang dapat difosforilasi pada enzim. Pada saat yang sama dengan terjadinya pengaktifan fos-
Dua di antara protein kinase bersifat dependen-Ca2+/ forilase oleh peningkatan konsentrasi cAMP (melalui
kalmodulin (salah satunya adalah fosforilase kinase). fosforilase kinase), glikogen sintase diubah menjadi bentuk
Kinase lain adalah protein kinase dependen-cAMP yang inaktif; kedua efek diperantarai oleh protein kinase
memungkinkan hormon, melalui perantaraan cAMP, dependen-cAMP (Gambar 18–8). Jadi, inhibisi glikogeno-
menghambat sintesis glikogen secara sinkron dengan lisis meningkatkan glikogenesis netto, dan inhibisi gliko-
pengaktifan glikogenolisis. Insulin juga memacu glikoge- genesis meningkatkan glikogenolisis netto. Defosforilasi
nesis di otot secara bersamaan dengan penghambatan fosforilase a, fosforilase kinase, dan glikogen sintase b
glikogenolisis dengan meningkatkan kadar glukosa 6-fosfat dikatalisis oleh satu enzim dengan spesifisitas yang luas—
yang merangsang defosforilasi dan pengaktifan glikogen protein fosfatase-1. Selanjutnya, protein fosfatase-1
sintase. Defosforitasi glikogen sintase b dilaksanakan oleh dihambat oleh protein kinase dependen-cAMP melalui
inhibitor-1. Jadi, glikogenolisis dapat dihentikan dan
glikogenesis dirangsang secara sinkron atau sebaliknya karena
Epinefrin
Reseptor-β +
Adenilil Adenilil
siklase siklase
inaktif aktif
Fosfodiesterase
ATP cAMP 5′-AMP
Fosforilase
kinase Ca2+
+ +
Protein kinase Protein kinase
dependen-cAMP dependen-cAMP
inaktif aktif
ATP Glikogen(n+1)
Inhibitor-1 GSK
ADP
(inaktif)
Protein kinase
dependen-kalmodulin
ATP Glycogen synthase + Glikogen sintase a

b
(inactive) Ca2+ (aktif)
+
Insulin G6P
+
+
ADP
Protein
fosfatase
Glikogen(n)
H2O Pi
+ UDPG
Inhibitor-1-fosfat Protein
(aktif) fosfatase-1
–
GAMBAR 18–7 Kontrol glikogen sintase di otot. (GSK, glikogen sintase kinase; G6P, glukosa 6-fosfat; n, jumlah
residu glukosa.)

Epinefrin Fosfodiesterase
(hati, otot) Inhibitor-1
cAMP 5′-AMP Inhibitor-1
Glukosa fosfat
(hati)
Glikogen Fosforilase
sintase b kinase b
Protein kinase Protein

Protein dependen-
fosfatase-1 fosfatase-1
cAMP
Glikogen Fosforilase
sintase a kinase a
Glikogen
Siklus Fosforilase a Fosforilase b

UDPGIc
glikogen
Glukosa 1-fosfat
Protein
fosfatase-1
Glukosa (hati) Glukosa Laktat (otot)
GAMBAR 18–8 Kontrol terpadu glikogenolisis dan glikogenesis oleh protein kinase dependen-cAMP.
Reaksi-reaksi yang menyebabkan glikogenolisis akibat peningkatan kadar cAMP diperlihatkan dengan tanda panah
tebal, dan reaksi-reaksi yang dihambat oleh pengaktifan protein fosfatase-1 diperlihatkan sebagai tanda panah
putus-putus. Hal yang sebaliknya terjadi jika kadar cAMP menurun akibat aktivitas fosfodiesterase yang
menyebabkan glikogenesis.
kedua proses bergantung pada aktivitas protein kinase

dependen-cAMP. Baik fosforilase kinase maupun glikogen
RINGKASAN
■ Glikogen merupakan bentuk simpanan utama karbohidrat di
sintase dapat difosforilasi secara reversibel di lebih dari satu
dalam tubuh, terutama di hati dan otot.
tempat oleh kinase dan fosfatase yang berbeda. Fosforilasi
sekunder ini memodifikasi sensitivitas bagian/tempat utama ■ Di hati, fungsi utamanya adalah menyediakan glukosa
terjadinya fosforilasi dan defosforilasi (multisite phospho- untuk jaringan ekstrahepatik. Di otot, senyawa ini
berfungsi utama sebagai sumber bahan bakar metabolik
rylation). Fosforilasi sekunder ini juga memungkinkan
yang dapat segera digunakan oleh otot. Otot tidak memiliki
insulin menimbulican efek yang timbal-balik dengan efek glukosa 6-fosfatase dan tidak dapat melepaskan glukosa
cAMP melalui peningkatan giukosa 6-fosfat (lihat Gambar bebas dari glikogen.
18–6 dan 18–7). ■ Glikogen disintesis dari glukosa melalui jalur glikogenesis.
Senyawa ini diuraikan melalui jalur tersendiri, yaitu
ASPEK KLINIS glikogenolisis.
Penyakit Penimbunan ■ AMP siklik mengintegrasikan regulasi glikogenolisis dan

glikogenesis dengan memacu pengaktifan fosforilase dan
Glikogen Bersifat Herediter penghambatan glikogen sintase secara bersamaan. Insulin
"Penyakit penimbunan glikogen" (glycogen storage disease) bekerja secara timbal-balik dengan menghambat glikogeno-
adalah suatu istilah generik untuk menjelaskan sekelompok lisis dan merangsang glikogenesis.
penyakit herediter yang ditandai oleh pengendapan glikogen ■ Defisiensi herediter enzim-enzim spesifik dalam metabo-
dalam jumlah atau tipe abnormal di jaringan atau kegagalan lisme glikogen di hati dan otot menyebabkan penyakit
penimbunan glikogen.
memobilisasi glikogen. Penyakit-penyakit utama diringkaskan
di Tabel 18–2.

REFERENSI Ozen H: Glycogen storage diseases: new perspectives. World J

Gastroenterol 2007;13:2541.
Alanso MD, Lomako J, Lomako WM, et al: A new look at the Palm DC, Rohwer JM: Regulation of glycogen synthase from ma-
biogenesis of glycogen. FASEB J 1995;9:1126. mammalian skeletal muscle—a unifying view of allosteric and
Bollen M, Keppens S, Stalmans W: Specific features of glycogen covalent regulation. FEBS J 2013;280:2.
metabolism in the liver. Biochem J 1998;336:19. Philp A, Hargreaves M: More than a store: regulatory roles for gl-
DiMauro S, Spiegel R: Progress and problems in muscle glyco- ycogen in skeletal muscle adaptation to exercise. Am J Physiol
genoses. Acta Myol 2011;30:96. Endocrinol Metab 2012;302:E1343.
Ferrer JC, Favre C, Gomis RR, et al: Control of glycogen depo- Radziuk J, Pye S: Hepatic glucose uptake, gluconeogenesis and the
sition FEBS Lett 2003;546:127–132.. the regulation of glycogen synthesis. Diabetes Metab Res Rev
Forde JE, Dale TC: Glycogen synthase kinase 3: a key regulator 2001;17(4):250.
of cellular fate. Cell Mol Life Sci 2007;64:1930. Roach PJ, Depaoli-Roach AA: Glycogen and its metabolism:
Gazzerro E, Andreu AL: Neuromuscular disorders of glycogen
some new developments and old themes. Biochem J
metabolism. Curr Neurol Neurosci Rep 2013;13:333.
2012;441:763.
Graham TE, Yuan Z, Hill AK, et al: The regulation of muscle gl-
Roden M, Bernroider E: Hepatic glucose metabolism in humans—
ycogen: the granule and its proteins. Acta Physiol (Oxf)
its role in health and disease. Best Pract Res Clin Endocrinol
2010;199:489.
Metab 2003;17:365.
Greenberg CC, Jurczak MJ, Danos AM, et al: Glycogen branc-
Rybicka KK: Glycosomes—the organelles of glycogen metaboli-
hes out: new perspectives on the role of glycogen sm. Tissue Cell 1996;28:254.
metabolism in the integration of metabolic pathways. Am J Shearer J, Graham TE: New perspectives on the storage and orga-
Physiol Endocrinol Metab 2006;291:E1. nization of muscle glycogen. Can J Appl Physiol 2002;27:179.
Jensen J, Lai YC: Regulation of muscle glycogen synthase pho- Shin YS: Glycogen storage disease: clinical, biochemical, and
sphorylation and kinetic properties by insulin, exercise, molecular heterogeneity. Semin Pediatr Neurol 2006;13:115.
adrenaline and role in insulin resistance. Arch Physiol Wolfsdorf JI, Holm IA: Glycogen storage diseases. Phenotypic,
Biochem 2009;115:13. genetic, and biochemical characteristics, and therapy.
Jensen TE, Richter EA: Regulation of glucose and glycogen Endocrinol Metab Clin North Am 1999;28:801.
metabolism during and after exercise. J Physiol Yeaman SJ, Armstrong JL, Bonavaud SM, et al: Regulation of glyc-
2012;590:1069. ogen synthesis in human muscle cells. Biochem Soc Trans
McGarry JD, Kuwajima M, Newgard CB, et al: From dietary 2001;29:537.
glucose to liver glycogen: the full circle round. Annu Rev
Nutr 1987;7:51.
Meléndez-Hevia E, Waddell TG, Shelton ED: Optimization of
molecular design in the evolution of metabolism: the
glycogen molecule. Biochem J 1993;295:477.

19
B A B
Glukoneogenesis dan
Kontrol Glukosa Darah
TUJUAN ■ Menjelaskan peran glukoneogenesis dalam homeostatis glukosa.

■ Menggambarkan jalur glukoneogenesis, bagaimana enzim glikolisis yang tidak
Setelah membaca bab ini, reversibel dipintas, dan bagimana glikolisis dan glukoneogenesis diatur secara
Anda diharapkan dapat: timbal-balik.
■ Menjelaskan bagaimana konsentrasi glukosa plasma dipertahankan dalam
rentang yang sempit pada keadaan kenyang dan puasa.
PERAN BIOMEDIS peningkatan produksi radikal superoksida (lihat Bab 45),

yang menyebabkan kekacauan fungsi sistem imun dan
Glukoneogenesis adalah proses sintesis glukosa atau endotelial serta gangguan koagulasi darah. Glukoneogenesis
glikogen dari prekursor nonkarbohidrat. Substrat utamanya berlebih juga merupakan salah satu faktor yang ikut
adalah asam-asam amino glukogenik (Bab 29), laktat, berperan pada hiperglikemia diabetes tipe 2 akibat gangguan
gliserol, dan propionat. Hati dan ginjal adalah jaringan sensitivitas glukoneogenesis pada regulasi menurun (down-
glukoneogenik utama; ginjal memberi kontribusi hingga regulation) sebagai respons terhadap insulin.
40%, pada sintesis glukosa total dalam keadaan puasa dan
lebih dalam keadaan kelaparan. Enzim glukoneogenik GLUKONEOGENESIS MELIBATKAN
utama diekspresikan dalam usus halus, tetapi belum
diketahui dengan jelas apakah glukosa dalam jumlah GLIKOLISIS, SIKLUS ASAM SITRAT,
signifikan diproduksi di usus dalam keadaan puasa. SERTA BEBERAPA REAKSI KHUSUS
Pasokan glukosa merupakan hal yang esensial terutama
bagi sistem saraf dan eritrosit. Setelah puasa semalaman, Sawar Termodinarnik Mencegah
glikogenolisis (lihat Bab 18) dan glukoneogenesis memberi Pembalikan Sederhana Glikolisis
kontribusi yang kurang lebih sama pada glukosa darah; setelah
cadangan glikogen terkuras, glukoneogenesis menjadi semakin Tiga reaksi tidak-setimbang dalam glikolisis (lihat Bab 17)
penting. yang dikatalisis oleh heksokinase, fosfofruktokinase, dan
piruvat kinase, menghambat pembalikan sederhana glikolisis
Kegagalan glukoneogenesis biasanya bersifat fatal.
untuk membentuk glukosa (Gambar 19–1). Reaksi-reaksi
Hipoglikemia menyebabkan disfungsi otak yang dapat
ini terjadi sebagai berikut.
menyebabkan koma dan kematian. Glukosa juga penting
dalam mempertahankan kadar zat-zat antara siklus asam
sitrat (lihat Bab 16) bahkan saat asam lemak adalah sumber
Piruvat & Fosfoenolpiruvat
utama asetil-KoA di jaringan. Selain itu, glukoneogenesis Pembalikan reaksi yang dikatalisis oleh piruvat kinase
membersihkan laktat yang dihasilkan oleh otot dan eritrosit dalam glikolisis melibatkan dua reaksi endotermik.
serta gliserol yang dihasilkan oleh jaringan adiposa. Pada Piruvat karboksilase mitokondria mengatalisis karboksilasi
hewan pemamah biak, propionat adalah produk metabolisme piruvat menjadi oksaloasetat, suatu reaksi yang
karbohidrat di rumina (perut pertama pemamah biak), dan membutuhkan ATP dengan vitamin biotin sebagai ko-
merupakan substrat utama glukoneogenesis. enzim. Biotin mengikat CO2 dari bikarbonat sebagai
karboksibiotin sebelum penambahan CO2 ke piruvat (lihat
Glukoneogenesis berlebih terjkli pada pasien dengan
Gambar 44–17). Oksaloasetat yang dihasilkan direduksi
penyakit berat (critically ill patient) sebagai respons
menjadi malat, diangkut keluar dari mitokondria ke
terhadap trauma dan infeksi, yang ikut berperan pada
sitosol, dan di sitosol dioksidasi kembali menjadi
hiperglikemia dengan outcome (kesudahan) buruk.
oksaloasetat. Enzim kedua, fosfoenolpiruvat karboksi-
Hiperglikemia menyebabkan perubahan osmolalitas cairan
kinase, mengatalisis dekarboksilasi dan fosforilasi
tubuh, gangguan aliran darah, asidosis intrasel, dan
185

Pi Glukosa ATP
Glukokinase
Glukosa 6-fosfatase
Heksokinase
Glukosa 6-
H2 O ADP
fosfat
Glikogen
AMP AMP
Pi Fruktosa 6-
ATP
fosfat
Frukosa 1,6-
Fosfofruktokinase
bifosfatase
Fruktosa
H2 O ADP
1,6-bifosfat
Fruktosa cAMP
2,6-bifosfat (glukagon)
Fruktosa
2,6-bifosfat Gliseraldehida 3-fosfat Dihidroksiaseton fosfat
NAD + Pi
NADH + H+
Gliserol 3-fosfat
NADH + H + dehidrogenase
cAMP
(glukagon) 1,3-Bifosfogliserat NAD+
ADP Gliserol 3-fosfat
ADP
ATP Gliserol kinase
3-Fosfogliserat ATP
Gliserol
2-Fosfogliserat
cAMP
(glukagon)
Fosfoenolpiruvat
ADP
Piruvat kinase Alanin
GDP + CO2 Fatty
ATP acids
Phosphoenolpyruvate Piruvat Laktat
carboxykinase Citrate
+
GTP NADH + H NAD+
sol
to Piruvat
Cy n dehidrogenase
Oxaloacetate
drio
on Piruvat Acetyl-CoA
ch
NADH + H + ito CO2 + ATP
M
Mg 2 + Piruvat karboksilase
NAD +
ADP + Pi
NADH + H+
Oksaloasetat
NAD +
Malate Malat Sitrat
Siklus asam sitrat

α-Ketoglutarat
Fumarat Suksinil KoA Propionat
GAMBAR 19–1 Jalur utama dan pengaturan glukoneogenesis dan glikolisis di hati. Titik masuk asam-
asam amino glukogenik setelah transaminasi ditunjukkan oleh tanda panah yang keluar dari lingkaran (Iihat
juga Gambar 16-4). Enzim-enzim glukoneogenik kunci tertulis dalam kotak berbatas ganda. ATP yang
diperlukan untuk glukoneogenesis dipasok oleh oksidasi asam lemak. Propionat secara kuantitatif penting
hanya pada hewan pemamah biak. Tanda panah berkelok-kelok menunjukkan efek alosterik; tanda panah
putus-putus, modifikasi kovalen dengan fosforilasi reversibel. Konsentrasi alanin yang tinggi berfungsi
sebagai "sinyal glukoneogenik"dengan menghambat glikolisis di tahap piruvat kinase.
Di hati dan ginjal, reaksi suksinat tiokinase dalam siklus hubungan antara aktivitas siklus asam sitrat dan glukoneoge-
asam sitrat (Bab 17) menghasilkan GTP (bukan ATP seperti nesis, untuk mencegah pengeluaran berlebihan oksaloasetat
di jaringan lain), dan GTP ini digunakan untuk reaksi untuk glukoneogenesis yang dapat mengganggu aktivitas
fosfoenolpiruvat karboksikinase sehingga terbentuk siklus asam sitrat.

BAB 19 Glukoneogenesis dan Kontrol Glukosa Darah 187
Fruktosa 1,6-bisfosfat & Fruktosa 6-fosfat metilmalonil-KoA mutase. Pada hewan bukan-pemamah
Perubahan fruktosa 1,6-bisfosfat menjadi fruktosa 6-fosfat, biak, termasuk manusia, propionat berasal dari oksidasi-β
untuk pembalikan glikolisis, dikatalisis oleh fruktosa 1,6- asam lemak rantai-ganjil yang terdapat pada lipid hewan
bisfosfatase. Keberadaan enzim ini menentukan apakah pemamah biak (lihat Bab 22), serta oksidasi isoleusin dan
suatu jaringan mampu membentuk glukosa (atau glikogen) rantai samping kolesterol, serta merupakan substrat (relatif
tidak saja dari piruvat, tetapi juga dari triosa fosfat. Enzim ini minor) bagi glukoneogenesis. Metilmalonil-KoA mutase
terdapat di hati, ginjal, dan otot rangka, tetapi mungkin tidak adalah enzim dependen-vitamin B12, dan pada defisiensi
ditemukan di otot jantung dan otot polos. asam metilmalonat, enzim ini diekskresikan di urine
(metilmalonatasiduria).
Gliserol dibebaskan dari jaringan adiposa akibat polisis
Glukosa 6-fosfat & Glukosa lipoprotein triasilgliserol dalam keadaan kenyang; gliserol
Perubahan glukosa 6-fosfat menjadi glukosa dikatalisis oleh dapat digunakan untuk re-esterifikasi asam lemak bebas
glukosa 6-fosfatase. Enzim ini terdapat di hati dan ginjal, menjadi triasilgliserol di jaringan adiposa atau hati, atau
tetapi tidak di otot dan jaringan adiposa, akibatnya tidak menjadi substrat untuk glukoneogenesis di hati. Dalam
dapat mengekspor glukosa ke dalam aliran darah. keadaan puasa, gliserol yang dibebaskan dari lipolisis
triasilgliserol jaringan adiposa digunakan semata-mata
sebagai substrat untuk glukoneogenesis di hati dan ginjal.
Glukosa 1-fosfat & Glikogen
Pemecahan glikogen menjadi glukosa 1-fosfat dikatalisis GLIKOLISIS DAN GLUKONEOGENESIS
oleh fosforilase. Sintesis glikogen melibatkan jalur yang
berbeda melalui uridin difosfat glukosa dan glikogen sintase HARUS DIATUR SECARA TIMBAL-
(lihat Gambar 18–1). BALIK KARENA KEDUANYA MEMILIKI
Hubungan antara glukoneogenesis dan jalur glikolitik
diperlihatkan di (Gambar 19–1). Setelah transaminasi atau JALUR YANG SAMA,TETAPI
deaminasi, asam-asam amino glukogenik menghasilkan
piruvat atau zat-zat antara siklus asam sitrat. Oleh karena
BERLAWANAN ARAH
itu, reaksi yang dijelaskan sebelumnya dapat menyebabkan Sebagian besar perubahan metabolisme disebabkan oleh
perubahan laktat maupun asam amino glukogenik menjadi perubahan ketersediaan substrat baik secara langsung
glukosa atau glikogen. maupun tidak langsung melalui perubahan sekresi hormon.
Propionat adalah prekursor utama glukosa pada he- Tiga mekanisme berperan mengatur aktivitas enzim-enzim
wan pemamah biak; senyawa ini memasuki proses glu- yang berkaitan dengan metabolisme karbohidrat: (1)
koneogenesis melalui siklus asam sitrat. Setelah esterifikasi perubahan laju sintesis enzim, (2) modifikasi kovalen oleh
dengan KoA, propionil-KoA mengalami karboksilasi fosforilasi reversibel, dan (3) efek alosterik.
menjadi D-metilmalonil-KoA, yang dikatalisis oleh
propionil-KoA karboksilase, suatu enzim yang dependen Induksi dan Represi Enzim-Enzim Kunci
biotin (Gambar 19–2). Metilmalonil-KoA rasemase Memerlukan Waktu Beberapa Jam
mengatalisis perubahan D-metilmalonil-KoA menjadi L-
metilmalonfl-KoA yang kemudian mengalami isome- Perubahan aktivitas enzim di hati yang terjadi dalam
risasi menjadi suksinil-KoA yang dikatalisis oleh berbagai kondisi metabolik dicantumkan di Tabel 19–1.
CoA SH Asil-KoA CO2 + H2O Propionil-KoA

CH3 sintetase CH3 CH3
karboksilase
CH2 CH2 H C COO–
Mg2+ Biotin
COO– CO S CoA CO S CoA
ATP AMP + PPi ATP ADP + Pi
Propionat Propionil-KoA D-Metil
Malonil-KoA
Metilmalonil-KoA
rasemase
COO– Metilmalonil-KoA
CH3
mutase
CH2
Zat-zat antara –
OOC C H
siklus asam sitrat CH2 Koenzim B12
CO S CoA
CO S CoA
L-Metil-
Suksinil-KoA malonil-KoA
GAMBAR 19–2 Metabolisme propionat.

TABEL 19–1 Enzim Regulatorik dan Enzim Adaptif yang Berkaitan dengan Metabolisme Karbohidrat
Aktivitas pada
Pemberian Puasa dan Penginduksi Penekanan Aktivator Inhibitor

karbohidrat Diabetes
Glikogenolisis, glikolisis, dan oksidasi piruvat
Glikogen sintase ↑ ↓ Insulin, glukosa 6- Glukagon

fosfat
Heksokinase Glukosa 6-fosfat
Glukokinase ↑ ↓ Insulin Glukagon

Fosfofruktokinase-1 ↑ ↓ Insulin Glukagon 5'AMP, fruktosa Sitrat, ATP, glukagon
6-fosfat, fruktosa
2,6-bisfosfat,Pi
Piruvat kinase ↑ ↓ Insulin, fruktosa Glukagon Fruktosa 1,6- ATP, alanin, glukagon,
bisfosfat, insulin norepinefrin
Piruvat ↑ ↓ KoA, NAD+, insulin, Asetil KoA,NADH,ATP

dehidrogenase ADP, piruvat (asam lemak, badan
keton)
Glukoneogenesisi
Piruvat karboksilase ↓ ↑ Glukokortikoid, Insulin A ADP
glukagon, epinefrin
Fosfoenolpiruvat ↓ ↑ Glukokortikoid Insulin Glukagon

karboksikinase glukagon, epinefrin
Glukosa 6-fosfatase ↓ ↑ Glukokortikoid Insulin

glukagon, epinefrin
Enzim-enzim berperan dalam katalisis reaksi tidak-setimbang Modifikasi Alosterik Bersifat Instan
(secara fisiologis ireversibel). Efek umumnya diperkuat
Pada glukoneogenesis, piruvat karboksilase yang me-
karena aktivitas enzim yang mengatalisis reaksi dalam arah
ngatalisis sintesis oksaloasetat dari piruvat memerlukan
berlawanan bervariasi secara timbal-balik (lihat Gambar 19–
asetil-KoA sebagai aktivator alosterik. Penambahan asetil-
1). Enzim-enzim yang berperan dalam pemakaian glukosa
KoA menyebabkan perubahan struktur tersier protein, dan
(yaitu, enzim glikolisis dan lipogenesis) menjadi lebih aktif
menurunkan Km untuk bikarbonat. Hal ini berarti bahwa
jika terjadi kelebihan glukosa, dan pada keadaan ini enzim-
sewaktu terbentuk dari piruvat, asetil-KoA secara otomatis
enzim glukoneogenesis memperlihatkan penurunan aktivitas.
menjamin penyediaan oksaloasetat dan oleh karena itu,
Insulin yang disekresikan sebagai respons terhadap
oksidasi selanjutnya terjadi dalam siklus asam sitrat dengan
peningkatan kadar glukosa darah, meningkatkan sintesis
mengaktifkan piruvat karboksilase. Pengaktifan piruvat
enzim-enzim kunci glikolisis. Insulin juga melawan efek
karboksilase dan inhibisi timbal-balik piruvat dehidrogenase
glukokortikoid dan cAMP yang dipicu oleh glukagon, yang
oleh asetil-KoA yang berasal dari oksidasi asam lemak
menginduksi sintesis enzim-enzim kunci glukoneogenesis.
menjelaskan efek oksidasi asam lemak dalam merangsang
Modifikasi Kovalen oleh Fosforilasi glukoneogenesis (glukosa) dan tidak menyebabkan oksidasi
Reversibei Berlangsung Cepat piruvat. Hubungan timbal-balik antara kedua enzim ini
Glukagon dan epinefrin merupakan hormon yang berperan mengubah nasib metabolik piruvat sewaktu terjadi
menurunkan kadar glukosa darah, menghambat glikolisis, dan perubahan di jaringan dari oksidasi karbohidrat (glikolisis)
merangsang glukoneogenesis di hati dengan meningkatkan menjadi glukoneogenesis saat transisi dari keadaan kenyang
konsentrasi cAMP. Hal ini pada gilirannya mengaktifkan ke keadaan puasa (lihat Gambar 19–1). Peran utama oksidasi
protein kinase dependen-cAMP sehingga terjadi fosforilasi asam lemak dalam mendorong glukoneogenesis adalah
dan inaktivasi piruvat kinase. Keduanya juga memengaruhi memasok ATP yang diperlukan.
konsentrasi fruktosa 2,6-bisfosfat sehingga memengaruhi
glikolisis dan glukoneogenesis, seperti dijelaskan kemudian.

+ 5’AMP
Aktivitas relatif
Tidak ada AMP
0 1 2 3 4 5
ATP (mmol /L)
Intraseluler yang normal [ATP]
GAMBAR 19–3 Penghambatan dari fosfofruktokinase-1 oleh ATP dan bantuan

dari penghambatan oleh ATP.
Fosfofruktokinase (fosfof-ruktokinase-1) menempati hati adalah fruktosa 2,6-bisfosfat. Zat ini menghilangkan
posisi kunci dalam mengatur glikolisis dan juga menjadi inhibisi terhadap fosfofrukto-kinase-1 oleh ATP dan
subjek dari kontrol umpan-balik. Enzim ini dihambat oleh meningkatkan afinitas enzim tersebut terhadap fruktosa 6-
sitrat dan oleh konsentrasi normal ATP intrasel serta fosfat. Mengharnbat fruktosa 1,6-bisfosfatase dengan
diaktifkan oleh 5'AMP. Pada intraseluler yang normal [ATP] meningkatkan Km untuk fruktosa 1,6-bisfosfat.
enzim adalah menghambat sekitar 90%; penghambatan ini Konsentrasinya berada di bawah kontrol substrat
dibalik oleh 5'AMP (Gambar 19-3). (alosterik) dan hormon (modifikasi kovalen) (Gambar 19–
5'AMP berfungsi sebagai indikator status energi sel. 4).
Keberadaan adenilil sikiase di hati dan banyak jaringan lain Fruktosa 2,6-bisfosfat dibentuk melalui fosforilasi
memungkinkan penyeimbangan reaksi secara cepat fruktosa 6-fosfat oleh fosfofruktokinase-2. Protein enzim
yang sama juga berperan dalam penguraiannya karena
2ADP ↔ ATP + 5′ AMP enzim ini memiliki aktivitas fruktosa 2,6-bisfosfatase.
Oleh karena itu, ketika ATP digunakan dalam proses- Enzim bifungsional ini berada di bawah kontrol alosterik
proses yang membutuhkan energi hingga terbentuknya fruktosa 6-fosfat yang merangsang kinase dan
ADP, [AMP] meningkat. Penurunan [ATP] yang relatif kecil menghambat fosfatase. Oleh karena itu, jika pasokan
menyebabkan peningkatan [AMP], beberapa kali lipat glukosa berlebihan, konsentrasi fruktosa 2,6-bisfosfat
sehingga [AMP] berlaku sebagai amplifier metabolik meningkat, merangsang glikolisis dengan mengaktifkan
perubahan kecil [ATP] oleh karena itu, [AMP] merupakan fosfofruktokinase-1 dan menghambat fruktosa 1,6-
penanda yang sensitif untuk status energi sel. Dengan bisfosfatase. Dalam keadaan puasa, glukagon merangsang
demikian, aktivitas fosfofruktokinase-1 diatur sebagai respons pembentukan cAMP, mengaktifkan protein kinase
terhadap status energi sel untuk mengontrol jumlah karbohidrat dependen-cAMP yang pada gilirannya menginaktifkan
yang menjalani glikolisis sebelum zat ini masuk ke dalam siklus fosfofruktokinase-2 dan mengaktifkan fruktosa 2,6-
asam sitrat. Secara bersamaan, AMP mengaktifkan fosforilase bisfosfatase melalui fosforilasi. Oleh karena itu, terjadi
dan meningkatkan glikogenolisis. Konsekuensi dari inhibisi stimulasi glukoneagenesis oleh penurunan konsentrasi
fosfofruktokinase-1 adalah penumpukan glukosa 6-fosfat yang fruktosa 2,6-bisfosfat yang menginaktifkan fosfofrukto-
pada gilirannya menghambat penyerapan lebih lanjut glukosa di kinase-1 dan menghilangkan inhibisi terhadap fruktosa
jaringan ekstrahepatik dengan menghambat heksokinase. 1,6-bisfosfatase. Xilulosa 5-fosfat, zat antara pada jalur
pentosa fosfat (lihat Bab 20) mengaktifkan protein
Fruktosa 2,6-Bisfosfat Berperan fosfatase yang melakukan defosforilasi pada enzim
bifungsional, sehingga meningkatkan pembentukan
Unik dalam Mengatur Glikolisis dan fruktosa 2,6-bifosfatase dan meningkatkan laju gIikaIisis.
Glukoneogenesis di Hati Hal ini meningkatkan aliran (flux) yang melewati jalur
Aktivator alosterik positif yang paling poten untuk fos- pentosa fosfat dan glikolisis serta meningkatkan sintesis
fofruktoldnase-1 dan inhibitor fruktosa 1,6-bisfosfatase di asam lemak (lihat Bab 23).

Glikogen kontraksi otot. Saat istirahat, kecepatan aktivitas

glukosa
fosfofruktokinase sekitar sepuluh kali lipat lebih tinggi
dibandingkan fruktosa 1,6-bisfosfatase; dalam antisipasi
Fruktosa-6-fosfat terhadap kontraksi otot, aktivitas kedua enzim meningkat,
Glukagon yaitu aktivitas fruktosa 1,6-bisfosfatase sepuluh kali lipat
daripada fosfofruktokinase sehingga laju glikolisis netto
Pi
cAMP sama. Pada awal kontraksi otot, aktivitas fosfofruktokinase
meningkat lebih jauh dan aktivitas fruktosa 1,6-bisfosfatase
Protein kinase menurun sehingga Iaju netto glikolisis (dan dengan
dependen-cAMP
demikian, pembentukan ATP) meningkat sekitar 1000 kali
ADP
lipat.
ATP
F-2,6-pase F-2, 6-pase KONSENTRASI GLUKOSA

Gluconeogenesis
aktif Inaktif
PFK-2
inaktif
P
PFK-2
aktif Glikolisis
DARAH DIATUR DALAM
KISARAN YANG SEMPIT
H2O Pi Pada keadaan pascapenyerapan, kadar glukosa darah pada
kebanyakan mamalia dipertahankan antara 4,5-5,5 mmol/L.
Protein Setelah mengonsumsi karbohidrat, kadar tersebut dapat
fosfatase-2 ADP
Citrate meningkat menjadi 6,5-7,2 mmol/L, dan pada kelaparan,
Fruktosa 2,6-bifosfat kadamya dapat turun menjadi 3,3-3,9 mmol/L. Penurunan
Pi ATP mendadak glukosa darah (mis. sebagai respons terhadap
F-1,6-pase PFK-1 overdosis insulin) menyebabkan kejang karena keter-
gantungan otak pada pasokan glukosa. Namun, jika
H2O ADP
hipoglikemia terjadi perlahan sehingga pasien dapat
beradaptasi, kadar yang dapat ditoleransi menjadi jauh
Fruktosa 1,6-bifosfat lebih rendah. Kadar glukosa darah pada unggas jauh lebih
tinggi (14,0 mmol/L) dan pada pemamah biak jauh lebih
Piruvat rendah (sekitar 2,2 mmol/L, pada domba dan 3,3 mmol/L
pada hewan ternak). Kadar yang lebih rendah ini
GAMBAR19–4 Kontroi glikolisis dan glukoneogenesis di hati tampaknya berkaitan dengan kenyataan bahwa hewan
oleh fruktosa 2,6-bisfosfat dan enzim bifungsional PFK-2/F-2,6-
Pase (6-fosfofrukto-2-kinase/fruktosa 2,6-bisfosfatase). (F-1,6-Pa pemamah biak meragikan hampir semua karbohidrat dari
se, fruktosa 1,6-bisfosfatase; PFK-1, fosfofruktokinase-1 [6- makanannya menjadi asam lemak rantai-pendek, dan asam-
fosfofrukto-1-kinase].) Tanda panah berkelok menunjukkan efek asam ini umumnya menggantikan glukosa sebagai bahan
alosterik. bakar metabolik utama di jaringan dalam keadaan kenyang.
Siklus Substrat (Sia-sia) Memungkinkan GLUKOSA DARAH BERASAL

Pengaturan Secara Halus dan Respons DARI MAKANAN,
yang Cepat GLUKONEOGENESIS, &
Titik-titik kontrol dalam glikolisis dan metabolisme gli-
kogen melibatkan suatu siklus fosforilasi dan defosforilasi
GLIKOGENOLISIS
yang dikatalisis oleh glukokinase dan glukosa 6-fosfatase; Karbohidrat dalam makanan yang dapat dicema akan
fosfofruktokinase-1 dan fruktosa 1,6-bisfosfatase; piruvat menghasilkan glukosa, galaktosa, dan fruktosa yang ke-
kinase, piruvat karboksilase, dan fosfoenolpiruvat mudian diangkut ke hati melalui vena porta hepatika.
karboksikinase; serta glikogen sintase dan fosforilase. Galaktosa dan fruktosa cepat diubah menjadi glukosa di hati
Seharusnya menjadi jelas bahwa enzim-enzim yang saling (lihat Bab 20).
bertentangan ini dikendalikan sedemikian rupa sehingga Glukosa terbentuk dari dua kelompok senyawa yang
jika enzim-enzim yang berperan dalam glikolisis sedang menjalani glukoneogenesis (lihat Gambar 16–4 dan 19–1): (1)
aktif, enzim-enzim yang terlibat dalam glukoneogenesis kelompok yang terlibat dalam perubahan netto langsung
akan menjadi inaktif, jika hal demikian tidak terjadi akan menjadi glukosa, termasuk sebagian besar asam amino dan
terjadi pendauran antara zat-zat antara yang terfosforilasi propionat; dan (2) kelompok yang merupakan produk
dan yang tidak terfosforilasi dengan hidrolisis netto ATP. metabolisme glukosa di jaringan. Oleh karena itu, laktat yang
Namun demikian, di otot, baik fosfofruktokinase maupun dibentuk melalui glikolisis di otot rangka dan eritrosit, diangkut
fruktosa 1,6-bisfosfatase sedikit banyak memperlihatkan ke hati dan ginjal tempat zat ini diubah kembali menjadi
aktivitas setiap saat sehingga memang sedikit banyak terjadi glukosa, yang kembali tersedia melalui sirkulasi untuk oksidasi
pendauran substrat (sia-sia). Hal ini memungkinkan di jaringan. Proses ini dikenal sebagai siklus Cori, atau siklus
peningkatan cepat laju glikolisis yang diperlukan untuk asam laktat (Gambar 19–5).

Darah
Glukosa
Hati Otot
Glukosa 6-fosfat Glikogen Glikogen Glukosa 6-fosfat
Urea
Piruvat Laktat Laktat Piruvat
Tra
–NH2 –NH2
si
ns
Laktat
ina
am
am
ina
Darah
ns
si
Tra
Piruvat
Alanin Alanin
Alanin
GAMBAR 19–5 Siklus asam laktat (Cori) dan siklus glukosa-alanin.
Pada keadaan puasa, terjadi pengeluaran alanin yang glukosa (melalui pengangkut GLUT 2), sedangkan sel
cukup banyak dari otot rangka, jauh melebihi konsen- jaringan ekstrahepatik (selain sel-β pulau pankreas) relatif
trasinya di protein otot yang sedang dikatabolisme. Alanin impermeabel, dan pengangkut glukosa jaringan ini diatur
dibentuk melalui transaminasi piruvat yang dihasilkan oleh oleh insulin. Oleh karena itu, penyerapan glukosa dari aliran
glikolisis glikogen otot, dan diekspor ke hati tempat zat ini darah adalah tahap penentu-kecepatan dalam pemakaian
menjadi substrat bagi glukoneogenesis setelah transaminasi glukosa di jaringan ekstrahepatik. Peran berbagai protein
kembali menjadi piruvat itu adalah substrat untuk pengangkut glukosa yang terdapat di membran sel
glukoneogenesis. Siklus glukosa-alanin ini (lihat Gambar diperlihatkan di Tabel 19–2.
19–5) merupakan cara tidak-langsung pemanfaatan glikogen
otot untuk mempertahankan glukosa darah dalam keadaan Glukokinase Penting untuk Mengatur
puasa. ATP yang dibutuhkan untuk sintesis glukosa dari
piruvat di hati berasal dari oksidasi asam lemak. Glukosa Darah Setelah Makan
Glukosa juga dibentuk dari glikogen hati melalui gli- Heksokinase memiliki Km yang rendah untuk glukosa, dan di
kogenolisis (lihat Bab 18). hati, enzim ini mengalami saturasi serta bekerja dengan
kecepatan tetap pada semua kondisi normal. Dengan
demikian bertindak untuk memastikan tingkat yang
Mekanisme Metabolik dan Hormonal
memadai dari glikolisis untuk memenuhi kebutuhan hati.
Mengatur Kadar Glukosa Darah Glukokinase memiliki Km yang jauh lebih besar (afinitas
Pemeliharaan kadar glukosa darah yang stabil merupa- rendah) terhadap glukosa sehingga aktivitasnya meningkat
kan salah satu mekanisme homeostatik yang diatur paling seiring dengan peningkatan konsentrasi glukosa di vena
ketat yang melibatkan hati, jaringan ekstrahepatik, dan porta hepatika (Gambar 19–6). Enzim ini mendorong
beberapa hormon. Sel hati bersifat permeabel bebas untuk penyerapan sejumlah besar glukosa oleh hati setelah
mengonsumsi karbohidrat dari makanan,
TABEL 19–2 Pengangkut Glukosa yang Utama
Lokasi jaringan Fungsi
Pengangkut dua-arah fasilitatif

GLUT 1 Otak, ginjal, kolon, plasenta, eritrosit Penyerapan glukosa
GLUT 2 Hati, sel β pankreas, usus halus, ginjal Penyerapan atau pembebasan glukosa secara cepat
GLUT 3 Otot, ginjal, plasenta Penyerapan glukosa
GLUT 4 Otot jantung dan rangka, jaringan adiposa Penyerapan glukosa yang dirangsang oleh insulin
GLUT 5 Usus jalus Penyerapan glukosa
Pengangkut satu-arah dependen-natrium

SGLT 1 Usus halus dan ginjal Penyerapan aktif glukosa dengan melawati gradien konsentrasi

Vmax 100
Heksokinase
merangsang eksositosis insulin. Oleh karena itu, kadar
insulin dalam darah setara dengan konsentrasi glukosa darah.
Zat-zat lain yang menyebabkan pengeluaran insulin dari
pankreas adalah asam amino, asam lemak bebas, badan
keton, glukagon, sekretin, dan obat sulfonilurea
Aktivitas
50
Glukokinase tolbutamid dan gliburid. Obat-obatini digunakan untuk
merangsang sekresi insulin pada diabetes melitus tipe 2
(NIDDM, diabetes melitus nondependen insulin) melalui
kanal K+ yang peka-ATP. Epinefrin dan norepinefrin
menghambat pelepasan insulin. Insulin cepat menurunkan
0 5 10 15 20 25 kadar glukosa darah dengan meningkatkan pemindahan
Glukosa darah (mmol/L) glukosa ke dalam jaringan adiposa dan otot dengan merekrut
pengangkut glukosa (GLUT 4) dari bagian dalam sel ke
GAMBAR 19–6 Variasi dalam aktivitas heksokinase dan
glukokinase dalam memfosforilasi glukosa sering kali disertai membran plasma. Meskipun tidak secara langsung
meningkatnya kadar glukosa darah. Km untuk glukosa pada memengaruhi penyerapan glukosa oleh hati, insulin
heksokinase adalah 0,05 mmol/L dan pada glukokinase adalah 10 meningkatkan penyerapan jangka-panjang akibat kerjanya
mmol/L. pada enzim-enzim yang mengendalikan glikolisis,
glikogenesis, dan glukoneogenesis (Lihat Bab 18 dan Tabel
untuk glikogen dan sintesis asam lemak, sehingga sementara 19–1).
konsentrasi dari glukosa dalam pembuluh darah portal dapat
Glukagon adalah hormon yang dihasilkan oleh sel α
mencapai 20 mmol/L setelah makan, yang meninggalkan hati
pulau pankreas sekresinya dirangsang oleh hipoglikemia.
ke dalam sirkulasi perifer tidak normal melebihi 8-9 mmol/
Di hati, glukagon merangsang glikogenolisis dengan
L.. Glukokinase tidak dijumpai di hati hewan pemamah biak
mengaktifkan fosforilase. Tidak seperti epinefrin, glukagon
karena jumlah glukosa yang memasuki sirkulasi portal dari
tidak berefek pada fosforilase otot. Glukagon juga
usus sangat kecil.
meningkatkan glukoneogenesis dari asam amino dan laktat.
Pada kadar glukosa darah sistemik yang normal (4,5-5,5 Pada semua efek ini, glukagon bekerja melalui pembentu-
mmol/L), hati adalah penghasil glukosa netto. Namun, seiring kan cAMP (lihat Tabel 19-1). Baik glikogenolisis maupun
dengan meningkatnya kadar glukosa, pengeluaran glukosa glukoneogenesis di hati berperan menimbulkan efek
terhenti dan terjadi penyerapan netto. hiperglikemik glukagon yang kerjanya bertentangan
dengan kerja insulin. Sebagian besar glukagon endogen
Insulin Berperan Sentral dalam (dan insulin) disingkirkan dari sirkulasi oleh hati (Tabel
Mengatur Glukosa Darah 19-3).
Selain efek langsung hiperglikemia dalam meningkatkan
penyerapan glukosa ke dalam hati, hormon insulin berperan Hormon Lain yang Memengaruhi
sentral dalam mengatur glukosa darah. Hormon ini Glukosa Darah
dihasilkan oleh sel β pulau Langerhans di pankreas sebagai Kelenjar hipofisis anterior menyekresikan hormon-hor-
respons terhadap hiperglikemia. Sel-sel β pulau Langerhans mon yang cenderung meningkatkan kadar glukosa darah
bersifat permeabel bebas terhadap glukosa melalui sehingga melawan kerja insulin. Hormon-hormon ini
pengangkut GLUT 2, dan glukosa mengalami fosforilasi oleh adalah hormon pertumbuhan, ACTH (kortikotropin), dan
glukokinase. Oleh karena itu, peningkatan glukosa darah mungkin hormon "diabetogenik" lain. Sekresi hormon
akan meningkatkan aliran metabolik melalui glikolisis, pertumbuhan dirangsang oleh hipoglikemia; hormon ini
siklus asam sitrat, dan pembentukan ATP. Peningkatan menurunkan penyerapan glukosa di otot. Sebagian efek ini
[ATP] menghambat kanal K+ yang peka-ATP, dapat bersifat tidak-langsung karena hormon ini
menyebabkan depolarisasi membran sel yang mening- merangsang mobilisasi asam lemak bebas dari jaringan
katkan influks Ca2+ melalui kanal Ca2+ peka-voltase, dan adiposa yang menghambat pemakaian glukosa.
TABEL 19–3 Respons Jaringan Terhadap Insulin dan Glukagon
Hati Jaringan Adiposa Otot
Ditingkatkan oleh insulin Sintesis asam lemak Penyerapan glukosa Penyerapan glukosa
Sintesis glikogen Sintesis asam lemak Sintesis glikogen
Sintesis protein Sintesis protein
Diturunkan oleh insulin Ketogenesisi Lipolisis

Glukoneogenesisi
Ditingkatkan oleh glokosa Glikogen Lipolisis

Glukoneogenesisi
Ketogenesisi

Glukokortikoid (11-oksisteroid) disekresikan oleh korteks melitus yang tidak terkontrol), filtrasi glomerulus dapat
adrenal, dan juga disintesis di jaringan adiposa tanpa mengandung lebih banyak glukosa daripada yang dapat
diregulasi. Hormon ini bekerja dengan meningkatkan direabsorpsi, mengakibatkan glukosuria ketika ambang
glukoneogenesis melalui peningkatan katabolisme asam ginjal untuk glukosa terlampaui.
amino di hati akibat induksi pada aminotransferase (dan
Hipoglikemia Dapat Terjadi Sewaktu
enzim lain, misalnya triptofan dioksigenase) serta enzim-
enzim kunci pada glukoneogenesis. Selain itu, Kehamilan dan pada Neonatus
glukokortikoid menghambat pemakaian glukosa di jaringan Selama kehamilan, konsumsi glukosa oleh janin me-
ekstrahepatik. Dalam semua efek ini, glukokortikoid ningkat dan terdapat risiko hipoglikemia pada ibu dan
bekerja secara antagonistik terhadap insulin. Sejumlah mungkin janin, terutama jika interval antar waktu ma-
sitokin yang disekresikan oleh makrofag yang menginfiltrasi kan cukup lama atau pada malam hari. Selain itu, bayi
jaringan adiposa juga memiliki efek melawan kerja insulin; prematur dan berat lahir rendah lebih rentan mengalami
bersama dengan glukokortikoid yang disekresikan oleh hipoglikemia karena jaringan adiposa mereka terlalu
jaringan adiposa. Hal ini menjelaskan mengapa resistensi sedikit untuk menyediakan asam Iemak bebas. Enzim-
insulin sering dijumpai pada orang obesitas. enzim glukoneogenesis mungkin belum bekerja penuh pada
Epinefrin disekresikan oleh medula adrenal akibat waktu ini, dan bagaimanapun, glukoneogenesis bergantung
rangsangan yang menimbulkan stres (rasa takut, kepada pasokan asam lemak bebas untuk energi. Hanya sedikit
gembiraan, perdarahan, hipoksia, hipoglikemia, dsb) dan gliserol yang secara normal dibebaskan dari jaringan adiposa
menyebabkan glikogenolisis di hati dan otot karena yang tersedia untuk glukoneogenesis.
stimulasi fosforilase melalui pembentukan cAMP. Di otot, Kemampuan Tubuh untuk Menggunakan
glikogenolisis menyebabkan peningkatan glikolisis, sedang-
kan di hati hal ini menyebabkan pembebasan glukosa ke Glukosa Dapat Diketahui dengan Mengukur
dalam aliran darah. Toleransi Glukosa
Toleransi glukosa adalah kemampuan tubuh untuk me-
ASPEK KLINIS LEBIH LANJUT ngatur kadar glukosa darah setelah pemberian glukosa
dengan dosis uji (normalnya 1 mg/kg berat badan) (Gambar
Glukosuria Akan Terjadi Jika Ambang 19–7).
Ginjal untuk Glukosa Terlampaui Diabetes melitus (tipe 1, atau diabetes melitus
Jika glukosa darah meningkat hingga kadar yang relatif dependen-insulin; IDDM) ditandai oleh berkurangnya
tinggi 10 mmol /L, ginjal juga mulai melaksanakan efek-efek toleransi glukosa akibat berkurangnya sekresi insulin karena
regulatorik (pasif). Glukosa secara terus-menerus difiltrasi kerusakan progresif sel-sel β pulau pankreas. Toleransi
oleh glomerulus, tetapi dalam keadaan normal direabsorpsi glukosa juga terganggu pada diabetes melitus tipe 2 (diabetes
secara sempurna di tubulus ginjal melalui transpor aktif. dependen-noninsulin, NIDDM) akibat gangguan sensitivitas
Kapasitas sistem tubulus untuk menyerap glukosa terbatas jaringan terhadap kerja insulin.
hingga kecepatan sekitar 2 mmol/menit, dan pada
hiperglikemia (seperti dijumpai pada diabetes
18
16
14
Glukosa darah (mmol /L)
12
10
Diabetik
8
4
Normal
2
0
0 1 2 3
Waktu setelah pemberian glukosa (h)
GAMBAR 19–7 Uji toleransi glukosa. Kurva glukosa darah pada orang normal
dan pengidap diabetes setelah pemberian 1 g glukosa/kg berat badan per orai.
Perhatikan peningkatan awal kadar pada pengidap diabetes yang puasa. Kriteria
untuk keadaan normal adalah kembalinya kurva ke nilai awal dalam 2 jam.

Resistensi insulin yang berkaitan dengan obesitas (dan

terutama obesitas abdomen) menyebabkan hiperlipidemia,
REFERENSI
kemudian aterosklerosis dan penyakit jantung koroner, Barthel A, Schmoll D: Novel concepts in insulin regulation of
hepatic gluconeogenesis. Am J Physiol Endocrinol Metab
serta diabetes nyata (overt diabetes) yang dikenal sebagai
2003;285:E685.
sindrom metabolik. Gangguan toleransi glukosa juga terjadi
Bijland S, Mancini SJ: Role of AMP-activated protein kinase in
pada keadaan-keadaan kerusakan hati, pada beberapa
adipose tissue metabolism and inflammation. Clin Sci
infeksi, serta sebagai respons terhadap obat tertentu, dan
(Lond) 2013;124:491.
pada kondisi yang menyebabkan hiperaktivitas hipofisis atau Boden G: Gluconeogenesis and glycogenolysis in health and dia-
korteks adrenal akibat antagonisme hormon-hormon yang betes. J Investig Med 2004;52:375.
dihasilkan oleh kelenjar-kelenjar ini terhadap kerja insulin. Brealey D, Singer M: Hyperglycemia in critical illness: a review.
Pemberian insulin (seperti pada terapi diabetes melitus) J Diabetes Sci Technol 2009;3:1250.
menurunkan kadar glukosa darah dan meningkatkan Brooks GA: Cell-cell and intracellular lactate shuttles. J Physiol
pemakaian serta penyimpanannya di hati dan otot sebagai 2009;587:5591.
glikogen. Kelebihan insulin dapat menyebabkan hipo- Dzugaj A: Localization and regulation of muscle fructose 1,6-
glikemia yang menimbulkan kejang dan bahkan kematian, bisphosphatase, the key enzyme of glyconeogenesis. Adv
Enzyme Regul 2006;46:51.
kecuali jika pasien segera diberi glukosa. Peningkatan
Hers HG, Hue L: Gluconeogenesis and related aspects of glyco-
toleransi terhadap glukosa dijumpai pada insufisiensi lysis. Annu Rev Biochem 1983;52:617.
hipofisis atau adrenokorteks yang disebabkan berkurangnya Jiang G, Zhang BB: Glucagon and regulation of glucose metabo-
antagonisme terhadap insulin oleh hormon-hormon yang lism. Am J Physiol Endocrinol Metab 2003;284:E671.
biasanya dikeluarkan oleh kedua kelenjar ini. Jitrapakdee S, Vidal-Puig A, Wallace JC: Anaplerotic roles of
Kebutuhan Energi pada Glukoneogenesis pyruvate carboxylase in mammalian tissues. Cell Mol Life Sci
2006;63:843.
Menjelaskan Mengapa Diet Rendah Jitrapakdee S, St Maurice M, Rayment, et al: Structure, mecha-
Karbohidrat Menyebabkan Penurunan Berat nism and regulation of pyruvate carboxylase. Biochem J
Badan 2008;413:369.
Klover PJ, Mooney RA: Hepatocytes: critical for glucose home-
Diet karbohidrat yang sangat rendah dan hanya me- ostasis. Int J Biochem Cell Biol 2004;36:753.
ngandung 20 g karbohidrat per hari atau kurang (diban- Lim CT, Kola B: AMPK as a mediator of hormonal signalling. J
dingkan dengan asupan yang dianjurkan sebesar 100—120 g/ Mol Endocrinol 2010;44:87.
hari), tetapi dengan konsumsi lemak dan protein tanpa batas, Mather A, Pollock C: Glucose handling by the kidney. Kidney Int
Suppl 2011;120:S1.
telah dianjurkan sebagai regimen efektif untuk menurunkan McGuinness OP: Defective glucose homeostasis during infection.
berat badan, meskipun diet semacam ini bertentangan Ann Rev Nutr 2005;25:9.
dengan semua nasihat tentang diet yang bijaksana untuk Mithiuex G, Andreelli F, Magnan C: Intestinal gluconeogenesis:
kesehatan. Karena kebutuhan akan glukosa terus ada, key signal of central control of energy and glucose
glukoneogenesis yang cukup bermakna dari asam-asam homeostasis. Curr Opin Clin Nutr Metab Care 2009;12:419.
amino akan terjadi; akibatnya, kebutuhan ATP yang tinggi Mlinar B, Marc J, Janez A, et al: Molecular mechanisms of in-
sulin resistance and associated diseases. Clin Chim Acta
harus dipenuhi melalui oksidasi asam lemak. 2007;375:20.
Nordlie RC, Foster JD, Lange AJ: Regulation of glucose producti-
RINGKASAN on by the liver. Ann Rev Nutr 1999;19:379.
■ Glukoneogenesis adalah proses sintesis glukosa atau glikogen Pilkis SJ, Claus TH: Hepatic gluconeogenesis/glycolysis: regulati-
dari prekursor nonkarbohidrat. Hal ini sangat penting ketika on and structure/function relationships of substrate cycle
karbohidrat tidak tersedia dalam makanan. Substrat yang enzymes. Ann Rev Nutr 1991;11:465.
penting adalah asam amino, laktat, gliserol, dan propionat. Pilkis SJ, Granner DK: Molecular physiology of the regulation of
■ Jalur glukoneogenesis di hati dan ginjal menggunakan reaksi- hepatic gluconeogenesis and glycolysis. Ann Rev Physiol
reaksi glikolisis yang reversibel ditambah empat reaksi 1992;54:885.
tambahan untuk menghindari terjadinya reaksi-reaksi tidak- Postic C, Shiota M, Magnuson MA: Cell-specific roles of glucok-
setimbang yang ireversibel. inase in glucose homeostasis. Rec Prog Horm Res
■ Karena glikolisis dan glukoneogenesis memiliki jalur yang 2001;56:195.
sama, tetapi bekerja berlawanan arah, aktivitas keduanya harus Previs SF, Brunengraber DZ, Brunengraber H: Is there glucose
diatur secara timbal-balik. production outside of the liver and kidney? Ann Rev Nutr
■ Hati mengatur kadar glukosa darah setelah makan karena 2009;29:43.
Quinn PG, Yeagley D: Insulin regulation of PEPCK gene expres-
mengandung glukokinase dengan Km, tinggi yang mendorong
sion: a model for rapid and reversible modulation. Curr Drug
pemakaian glukosa oleh hati.
Targets Immune Endocr Metabol Disord 2005;5:423.
■ Insulin disekresikan sebagai respons langsung terhadap Ramnanan CJ, Edgerton DS: Physiologic action of glucagon
hiperglikemia; hormon ini merangsang hati untuk menyimpan on liver glucose metabolism. Diabetes Obes Metab
glukosa sebagai glikogen dan mempermudah penyerapan 2011;13(suppl 1):118.
glukosa ke dalam jaringan ekstrahepatik.
■ Glukagon disekresikan sebagai respons terhadap hipoglikemia
dan mengaktifkan baik glikogenolisis maupun glukoneogenesis
di hati, dan menyebabkan pembebasan glukosa ke dalam darah.

Reaven GM: The insulin resistance syndrome: definition and dietary Suh SH, Paik IY, Jacobs K: Regulation of blood glucose homeostasis
approaches to treatment. Ann Rev Nutr 2005;25:391. during prolonged exercise. Mol Cells 2007;23:272. Triplitt CL:
Roden M, Bernroider E: Hepatic glucose metabolism in humans— Understanding the kidneys’ role in blood glucose regulation. Am J
its role in health and disease. Best Pract Res Clin Endocrinol Manag Care 2012;18:S11.
Metab 2003;17:365. Wahren J, Ekberg K: Splanchnic regulation of glucose production.
Saggerson D: Malonyl-CoA, a key signaling molecule in mammalian Ann Rev Nutr 2007;27:329.
cells. Ann Rev Nutr 2008;28:253. Yabaluri N, Bashyam MD: Hormonal regulation of gluconeogenic
Schuit FC, Huypens P, Heimberg H, Pipeleers DG: Glucose sensing gene transcription in the liver. J Biosci 2010;35:473.
in pancreatic beta-cells: a model for the study of other glucose- Young A: Inhibition of glucagon secretion. Adv Pharmacol 2005;
regulated cells in gut, pancreas, and hypothalamus. Diabetes 52:151.
2001;50:1.

20
B A B
Jalur Pentosa
Fosfat & Jalur Lain
Metabolisme Heksosa
TUJUAN ■ Menggambarkan jalur pentosa fosfat dan perannya sebagai sumber NADPH dan
dalam sintesis ribosa untuk sintesis nukleotida.
Setelah mempelajari bab ini, ■ Menggambarkan jalur asam uronat dan perannya dalam sintesis asam
Anda diharapkan dapat: glukuronat untuk reaksi konjugasi dan (pada hewan dengan bentuk asam uronat
bukan vitamin) vitamin C.
■ Menggambarkan dan menjelaskan konsekuensi asupan fruktosa dalam jumlah
besar.
■ Menggambarkan sintesis dan peran fisiologis galaktosa.
■ Menjelaskan akibat defek genetik defisiensi glukosa 6-fosfat dehidrogenase
(favisme), jalur asam uronat (pentosuria esensial), dan metabolisme fruktosa dan
galaktosa.
PERAN BIOMEDIS oksidase) pada primata dan beberapa hewan lain

menjelaskan mengapa asam askorbat (vitamin C) makanan
Jalur pentosa fosfat adalah rute alternatif untuk meta- dibutuhkan oleh manusia, tetapi tidak oleh kebanyakan
bolisme glukosa. Jalur ini tidak menyebabkan terbentuknya mamalia lain. Defisiensi di enzim-enzim untuk metabolisme
ATP, tetapi memiliki dua fungsi utama: (1) Pembentukan fruktosa dan galaktosa menyebabkan penyakit metabolik,
NADPH untuk sintesis asam lemak (lihat bab 23) dan seperti fruktosuria esensial, intoleransi fruktosa herediter,
steroid (lihat Bab 26), dan mempertahankan glutation dan galaktosemia.
tereduksi untuk aktivitas antioksidan, dan (2) sintesis
ribosa untuk membentuk nukleotida dan asam nukleat
(lihat Bab 32). Glukosa, fruktosa, dan galaktosa adalah
JALUR PENTOSA FOSFAT
heksosa utama yang diserap dari saluran cerna, dan masing- MENGHASILKAN NADPH
masing berasal dari pati/kanji, sukrosa, dan laktosa dalam
diet. Fruktosa dan galaktosa dapat diubah menjadi glukosa, DAN RIBOSA FOSFAT
terutama di hati. Jalur pentosa fosfat (pirau heksosa monofosfat, Gambar 20–
Defisiensi genetik pada glukosa-6-fosfat dehidrogenase, 1) adalah suatu jalur yang lebih rumit daripada glikolisis (lihat
yaitu enzim pertama jalur pentosa fosfat adalah kausa utama Bab 17). Tiga molekul glukosa 6-fosfat menghasilkan tiga
hemolisis sel darah merah yang menyebabkan anemia molekul CO2 dan tiga gula 5-karbon. Zat-zat ini disusun
hemolitik. Asam glukuronat disintesis dari glukosa melalui kembali untuk menghasilkan dua molekul glukosa 6-fosfat
jalur asam uronat yang secara kuantitatif sedikit, tetapi dan satu molekul zat antara glikolitik, yaitu gliseraldehida 3-
sangat penting untuk konjugasi dan ekskresi metabolit dan fosfat. Karena dua molekul gliseraldehida 3-fosfat dapat
bahan kimia asing (xenobiotik, Bab 47) sebagai glukuronida. menghasilkan glukosa 6-fosfat, jalur ini dapat mengoksidasi
Defisiensi di jalur ini menyebabkan pentosuria esensial. glukosa secara tuntas.
Ketiadaan salah satu enzim di jalur ini (gulonolakton
196

BAB 20 Jalur Pentosa Fosfat & Jalur Lain Metabolisme Heksosa 197
Glukosa 6-fosfat Glukosa 6-fosfat Glukosa 6-fosfat

C6 C6 C6
NADP+ + H2O NADP+ + H2O NADP+ + H2O
Glukosa 6-fosfat
dehidrogenase
NADPH + H+ NADPH + H+ NADPH + H+
6-Fosfoglukonat 6-Fosfoglukonat 6-Fosfoglukonat

C6 C6 C6
NADP+ NADP +
NADP+
6-Fosfoglukonat
dehidrogenase
NADPH + H+ NADPH + H+ NADPH + H+
CO2 CO2 CO2

Ribulosa 5-fosfat Ribulosa 5-fosfat Ribulosa 5-fosfat
C5 C5 C5
3-Epimerase Keto-isomerase 3-Epimerase
Xilulosa 5-fosfat Ribulosa 5-fosfat Xilulosa 5-fosfat

C5 C5 C5
Tranketolase
Sintesis
nukleotida
RNA,DNA
Gliseraldehida 3-fosfat Sedoheptulosa 7-fosfat
C3 C7
Transaldolase
Fruktosa 6-fosfat Eritrosa 4-fosfat

C6 C4
Transketolase
Fruktosa 6-fosfat Gliseraldehida 3-fosfat

C6 C3
Fosfotriosa
Aldolase isomerase
Fosfoheksosais Fosfoheksosa
omerase isomerase
1/2 Fruktosa 1,6-bifosfat
C6
Fruktosa 1,6-
bifosfatase
1/2 Fruktosa 6-fosfat

C6
Fosfoheksosa
isomerase
Glukosa 6-fosfat Glukosa 6-fosfat

1/2 Glukosa 6-fosfat
C6 C6 C6
GAMBAR 20–1 Bagan alur jalur pentosa fosfat dan hubungannya dengan jalur glikolisis. Jalur
lengkap, seperti yang ditunjukkan,terdiri dari tiga siklus yang saling berhubungan, dengan glukosa 6-
fosfat yang menjadi substrat maupun produk akhir. Reaksi-reaksi di atas garis putus-putus bersifat
nonreversibel, sedangkan semua reaksi di bawah garis tersebut bersifat reversibel selain reaksi yang
dikatalisis oleh fruktosa 1,6-bisfosfatase.

REAKSI DI JALUR PENTOSA FOSFAT pemindahan unit dua-karbon dari xilulosa 5-fosfat ke ribosa
5-fosfat yang membentuk ketosa tujuh-karbon sedoheptulosa
BERLANGSUNG DI SITOSOL 7-fosfat dan aldosa gliseraldehida 3-fosfat. Kedua produk ini
Seperti glikolisis, enzim-enzim di jalur pentosa fosfat kemudian mengalami transaldoiasi. Transaldolase mengata-
terdapat di sitosol. Tidak seperti glikolisis, oksidasi terjadi lisis pemindahan gugus tiga-karbon dihidroksiaseton (karbon
melalui dehidrogenasi dengan menggunakan NADP+, bukan 1-3) dari ketosa sedoheptulosa 7-fosfat ke aldosa gliseral-
NAD+, sebagai penerima hidrogen. Rangkaian reaksi di jalur dehida 3-fosfat untuk membentuk ketosa fruktosa 6-fosfat
ini dapat dibagi menjadi dua fase: fase oksidatif dan aldosa empat-karbon, yaitu eritrosa 4-fosfat.
nonreversibel dan fase nonoksidatif reversibel. Pada fase Transaldolase tidak memiliki kofaktor, dan reaksinya
pertama, glukosa 6-fosfat mengalami dehidrogenasi dan berlangsung melalui pembentukan zat antara basa Schiff
dekarboksilasi untuk menghasilkan suatu pentosa, ribulosa 5- dihidroksiaseton pada gugus e-amino residu lisin enzim ini.
fosfat. Pada fase kedua, ribulosa 5-fosfat diubah kembali Dalam suatu reaksi lebih lanjut yang dikatalisis oleh
menjadi glukosa 6-fosfat melalui serangkaian reaksi yang transketolase, xilulosa 5-fosfat berfungsi sebagai donor
terutama melibatkan dua enzim: transketolase dan glikolaldehida. Dalam hal ini, eritrosa 4-fosfat adalah
transaldolase (lihat Gambar 20–1). penerima, dan produk reaksi ini adalah fruktosa 6-fosfat dan
gliseraldehida 3-fosfat.
Untuk mengoksidasi glukosa secara sempurna menjadi
PH CO2 melalui jalur pentosa fosfat, di jaringan harus terdapat
Dehidrogenasi glukosa 6-fosfat menjadi 6-fosfoglukonat enzim-enzim untuk mengubah gliseraldehida 3-fosfat
terjadi melalui pembentukan 6-fosfoglukonolakton yang menjadi glukosa 6-fosfat. Hal ini melibatkan pembalikan
dikatalisis oleh glukosa 6-fosfat dehidrogenase, yakni suatu glikolisis dan enzim glukoneogenik, yakni fruktosa 1,6-
enzim dependen-NADP (Gambar 20–1 dan 20–2). Hidrolisis bisfosfatase. Di jaringan yang tidak memiliki enzim ini,
6-fosfoglukonolakton dilakukan oleh enzim glukonolakton gliseraldehida 3-fosfat mengikuti jalur normal glikolisis
hidrolase. Tahap oksidatif kedua dikatalisis oleh 6- menjadi piruvat.
fosfoglukonat dehidrogenase yang juga memerlukan NADP
+ sebagai penerima hidrogen. Kemudian terjadi dekarbok- Dua Jalur Utama Katabolisme Glukosa
silasi disertai pembentukan ketopentosa ribulosa 5-fosfat. Tidak Banyak Memiliki Persamaan
Pada retikulum endoplasma, isoenzim glukosa 6-fosfat Meskipun glukosa 6-fosfat terdapat di kedua jalur, jalur
dehidrogenase, heksosa 6-fosfat dehidrogenase, menyediakan pentosa fosfat sangat berbeda dari glikolisis. Oksidasi
NADPH untuk reaksi hidroksilase (oksidase dengan fungsi menggunakan NADP dan bukan NAD, dan CO2, yang tidak
gabungan), serta untuk 11-β-hidroksisteroid dehidro- dibentuk pada glikolisis merupakan produk khas jalur ini.
genase-1. Enzim ini mengatalisis reduksi kortison (inaktif) Tidak ada ATP yang dihasilkan di jalur pentosa fosfat,
menjadi kortisol (aktif) di hati, sistem saraf, dan jaringan sedangkan ATP adalah produk utama glikolisis.
adiposa. Proses ini merupakan sumber utama kortisol intrasel Akan tetapi, kedua jalur ini saling terkait. Xilulosa 5-
dalam jaringan ini dan kemungkinan penting pada obesitas dan fosfat mengaktifkan protein fosfatase yang mendefosforilasi
sindrom metabolik. enzim bifungsional 6-fosfofrukto-2-kinase/fruktosa 2,6-
bifosfotase (lihat Bab 17). Defosforilasi ini akan mengaktif-
Fase Nonoksidatif Menghasilkan kan kinase dan menginaktifkan fosfatase sehingga
pembentukan fruktosa 2,6-bifosfat meningkat, hal ini
Prekursor Ribosa
meningkatkan aktivitas fosfofruktokinase-1, dan karena itu
Ribulosa 5-fosfat adalah substrat untuk dua enzim. Ri- meningkatkan aliran (flux) glikolitik. Xilulosa 5-fosfat juga
bulosa 5-fosfat 3-epimerase mengubah konfigurasi di mengaktifkan protein fosfatase yang menginisiasi translokasi
sekitar karbon 3 yang membentuk epimer xilulosa 5-fosfat, nuklear dan pengikatan DNA protein ikatan elemen respons
yang juga merupakan suatu ketopentosa. Ribosa 5-fosfat karbohidrat, dan menyebabkan peningkatan sintesis asam
ketoisomerase mengubah ribulosa 5-fosfat menjadi lemak (Bab 23) sebagai respons terhadap diet tinggi
aldopentosa-nya, ribosa 5-fosfat yang digunakan untuk karbohidrat.
sintesis nukleotida dan asam nukleat. Transketolase
memindahkan unit dua-karbon yang terdiri dari karbon 1 Ekuivalen Pereduksi Dihasilkan
dan 2 suatu ketosa ke karbon aldehida suatu gula aldosa.
OIeh sebab itu, enzim ini menyebabkan perubahan gula ketosa di Jaringan yang Khusus
menjadi aldosa dengan pengurangan dua karbon dan gula Menjalankan Sintesis Reduksi
aldosa menjadi suatu ketosa dengan penambahan dua karbon. Jalur pentosa fosfat bekerja aktif di hati, jaringan adiposa,
Reaksi tersebut memerlukan Mg2+ dan tiamin difosfat korteks adrenal, tiroid, eritrosit, testis, dan kelenjar
(vitamin B1) sebagai koenzim. Pengukuran eritrosit mamaria dalam keadaan laktasi. Aktivitas jalur ini rendah
transketolase dan aktivasinya oleh tiamin difosfat merupakan di kelenjar mamaria yang tidak dalam keadaan laktasi dan
indeks status gizi vitamin B1 (Bab 44). Gugus dua-karbon otot rangka. Jaringan-jaringan tempat jalur ini aktif
yang dipindahkan mungkin adalah glikolaldehida yang menggunakan NADPH dalam sintesis reduktif, misalnya
melekat pada tiamin difosfat. Jadi, transketolase mengatalisis sintesis asam lemak, steroid, asam amino melalui glutamat

O
–
HO C H NADP+ NADPH + H+ C H2O COO
H C OH Mg2+ H C OH Mg2+, Mn2+, H C OH
or Ca2+ or Ca2+
HO C H HO C H HO C H
O O
H C OH Glukosa 6-fofat H C OH Glukonolakton H C OH
dehidrogenase hidrolase
H C H C H C OH
CH2 O P CH2 O P CH2 O P
β-D-Glukosa 6-fosfat 6-Fosfaglukonolakton 6-Fosfoglukonat
NADP+
6-Fosfoglukonat Mg2+, Mn2+,

dehidrogenase or Ca2+
NADP+ + H+
–
COO
CHOH CH2OH H C OH
Ribosa 5-fosfat
C OH ketoisomerase C O C O
H C OH H C OH H C OH
CH2 O P CH2 O P CO2 CH2 O P
Bentuk enediol Ribulosa 5-fosfat 3-Keto 6-Fosfoglukonat
Ribulosa 5-fosfat 3-
epimerase
CH2OH CH2OH
C O C O
H C OH HO C H
HO *C H
H C OH H C OH
H *C OH
H C OH O H C OH
*CH
C 2 O P
H C Xilulosa 5-fosfat H C OH
CH2 O P CH2 O P
Ribosa 5-fosfat Sedoheptulosa 7-fosfat

ATP Transketolase
Mg2+ PRPP
Tiamin – P H *C O
sintetase 2
AMP Mg2+ H *C OH CH2OH
H C O P P *CH
C 2 O P C O
H C OH Gliseraldehida 3-fosfat HO C H
H C OH O Transaldolase H *C OH
H C H C O H *C OH
CH2 O P H C OH *CH
C 2 O P
PRPP H C OH Frukosa 6-fosfat
CH2 O P
Eritrosa 4-fosfat
CH2OH
CH2OH C O
C O Transketolase HO C H
HO C H Tiamin – P 2 H C O H C OH
Mg2+
CH2 O P CH2 O P CH2 O P
Xilulosa 5-fosfat Gliseraldehida 3-fosfat Fruktosa 6-fosfat
GAMBAR 20–2 Jalur pentosa fosfat. (p, —pO32−; prpp, 5-fosforibosil 1-pirofosfat.)

dehidrogenase, dan glutation tereduksi. Sintesis glukosa 6-

fosfat dehidrogenase dan 6-fosfoglukonat dehidrogenase juga
GLUKURONAT, SUATU
dapat diinduksi oleh insulin dalam keadaan kenyang, saat PREKURSOR PROTEOGLIKAN
lipogenesis meningkat.
DAN GLUKURONIDA
Ribosa Dapat Disintesis di TERKONJUGASI ADALAH
Hampir Semua Jaringan
Hanya sedikit atau bahkan tidak ada ribosa yang beredar dalam
PRODUK JALUR ASAM URONAT
darah sehingga jaringan harus menyintesis ribosa yang Di hati, jalur asam uronat mengatalisis perubahan glu-
diperlukan untuk sintesis nukleoticla dan asam nukleat dengan kosa menjadi asam glukuronat, asam askorbat (kecuali
menggunakan jalur pentosa fosfat (lihat Gambar 20-2). Untuk pada manusia dan spesies lain yang askorbatnya adalah
menyintesis ribosa 5-fosfat, jaringan tidak harus memiliki jalur vitamin, vitamin C), dan pentosa (Gambar 20–4). Jalur
pentosa fosfat yang berfungsi sepenuhnya. Otot hanya memiliki ini juga merupakan jalur oksidatif altematif untuk glukosa
aktivitas glukosa 6-fosfat dehidrogenase dan 6-fosfoglukonat yang seperti jalur pentosa fosfat, tidak menyebabkan
dehidrogenase yang rendah, tetapi seperti kebanyakan ja- pembentukan ATP. Glukosa 6-fosfat mengalami isomerisasi
ringan lain, otot mampu menyintesis ribosa 5-fosfat dengan menjadi glukosa 1-fosfat, yang kemudian bereaksi dengan
membalikkan fase nonoksidatifjalur pentosa fosfat dengan uridin trifosfat (UTP) untuk membentuk uridin difosfat
menggunakan fruktosa 6-fosfat. glukosa (UDPGlc) dalam suatu reaksi yang dikatalisis oleh
UDPGlc pirofosforilase, seperti terjadi pada sintesis
JALUR PENTOSA FOSFAT DAN glikogen (Bab 19). UDPGlc dioksidasi di karbon 6 oleh
UDPGlc dehidrogenase dependen-NAD dalam suatu reaksi
GLUTATION PEROKSIDASE dua-tahap untuk menghasilkan UDP-glukuronat.
MELINDUNGI ERITROSIT UDP-Glukuronat adalah sumber glukuronat untuk

reaksi-reaksi yang melibatkan penggabungannya dengan
DARI HEMOLISIS proteoglikan (lihat Bab 46) atau untuk reaksi substrat,
Di sel darah merah, jalur pentosa fosfat adalah satu-sa- misalnya hormon steroid, bilirubin, dan sejumlah obat yang
tunya sumber NADPH untuk mereduksi glutation ter- diekskresikan di urine atau empedu sebagai konjugat glu-
oksidasi yang dikatalisis oleh glutation reduktase, suatu kuronida (lihat Gambar 31–13 dan Bab 47).
flavoprotein yang mengandung FAD. Glutation tereduksi Glukuronat direduksi menjadi L-gulonat, yaitu pre-
mengeluarkan H2O2 dalam suatu reaksi yang dikatalisis oleh kursor langsung askorbat pada hewan yang mampu
glutation peroksidase, suatu enzim yang mengandung menyintesis vitamin ini dalam suatu reaksi dependen-
analog selenium sistein (selenosistein) di bagian aktifnya NADPH. Pada manusia dan primata lain, serta marmut,
(Gambar 20-3). Reaksi ini penting karena penimbunan H2O2 kelelawar, dan beberapa burung dan ikan, asam askorbat
dapat mempersingkat umur eritrosit dengan menyebabkan tidak dapat disintesis karena tidak adanya L-gulonolakton
kerusakan oksidatif di membran sel sehingga terjadi oksidase. L-Gulonat teroksidasi menjadi 3-keto-L-gulonat,
hemolisis. Pada jaringan lain, NADPH juga dapat dibentuk yang kemudian mengalami dekarboksilasi menjadi L-
melalui reaksi yang dikatalisis oleh enzim malat. xilulosa. L-Xilulosa diubah menjadi isomer oleh reduksi
dependen-NADPH menjadi xilitol, diikuti oleh oksidasi
dalam suatu reaksi dependen-NAD menjadi D-xilulosa.
Setelah diubah menjadi D-xilulosa 5-fosfat, zat ini
dimetabolisme melalui jalur pentosa fosfat.
NADPH + H+ G S S G 2H2O
Jalur
pentosa
Glutation Glutation
FAD reduktase
Se peroksidase
fosfat
2H NADP+ 2G SH H2O2
GAMBAR 20–3 Peran jalur pentosa fosfat dalam reaksi glutation peroksidase di
eritrosit. (G-SH, glutation tereduksi; G-S-S-G, glutation teroksidasi; Se, enzim yang
mengandung selenium).

H *C OH
Fosfo-
H *C O P H *C O UDP H *C O UDP
UDPGlc UDPGlc
H C OH glukomutase H C OH pirofosforilase H C OH dehidrogenase H C OH
HO C H HO C H HO C H HO C H
O O O O
H C OH H C OH H C OH H C OH
H C H C UTP PPi H C 2NAD+ 2NADH H C
+ H2O + 2H+
CH2 O P CH2OH CH2OH C O–
O
α-D-Glukosa Glukosa Uridin difosfat Uridin difosfat
6-fosfat 1-fosfat glukosa (UDPGlc) glukuronat
Glukuronida H2O
Proteoglikan
UDP
O O
C O– C O– H *C OH
NADH NADPH
CH2OH CO2 HO C H + H+ NAD+ HO C H NADP+ + H+ H C OH
C O C O HO C H HO C H
O
H C OH H C OH H C OH H C OH
HO C H HO C H HO C H H C
*CH2OH *CH2OH *CH2OH C O–
L-Xilulosa 3-Keto-L-gulonat L-Gulonat O

D-Glukuronat
NADPH + H+ H2O
Oksalat
Glikolat L-Gulonolakton CO2

O2
NADP+ Penghambatan pada
primata dan marmut Penghambatan pada
Glikolaldehida
manusis
2-Keto-L-gulonolakton
Penghambatan pada
pentosuria D-Xilulosa 1-fosfat
*CH2OH *CH2OH O O
NADH
H C OH +
NAD + H+ C O C [2H] C
HO C H HO C H D-Xilulosa HO C O C
O O
H C OH H C OH HO C O C
CH2OH D-Xilulosa CH2OH H C H C
reduktase
Oksalat
Xilitol ATP HO C H HO C H
Makanan
Mg2+
*CH2OH *CH2OH
ADP L-Dehidroaskorbat
L-Askorbat
D-Xilulosa 5-fosfat
Jalur pentosa fosfat
GAMBAR 20–4 Jalur asam uronat. (*menunjukan nasib karbon 1 glukosa PO32-.

ASUPAN FRUKTOSA serum dan akhirnya meningkatkan kadar kolesterol LDL.

Fruktokinase di hati, ginjal, dan usus, mengatalisis
DALAM JUMLAH BESAR fosforilasi fruktosa menjadi fruktosa 1-fosfat. Enzim ini
tidak bekerja pada glukosa dan, tidak seperti glukokinase,
MENIMBULKAN DAMPAK aktivitasnya tidak dipengaruhi oleh puasa atau oleh insulin
METABOLIK YANG BESAR yang dapat menjelaskan mengapa pada pengidap diabetes,
fruktosa disingkirkan dari darah dengan kecepatan normal.
Diet yang tinggi sukrosa atau sirup yang kaya-fruktosa
Fruktosa 1-fosfat dipecah menjadi D-gliseraldehida dan
(high-fructose syrup, HFS) yang digunakan dalam pem-
dihidroksiaseton fosfat oleh aldolase B, suatu enzim yang
buatan makanan dan minuman menyebabkan masuknya
terdapat di hati, yang juga berfungsi dalam glikolisis di hati
sejumlah besar fruktosa (dan glukosa) ke dalam vena
dengan memecah fruktosa 1,6-bisfosfat. D-Gliseral-dehida
porta hepatika.
memasuki proses glikolisis melalui fosforilasi menjadi
Di hati, fruktosa mengalami glikolisis yang lebih cepat gliseraldehida 3-fosfat yang dikatalisis oleh triokinase.
daripada glukosa karena zat ini memintas (bypass) tahap Kedua triosa fosfat, dihidroksiaseton fosfat dan
regulatorik yang dikatalisis oleh fosfofruktokinase gliseraldehida 3-fosfat, dapat diuraikan oleh glikolisis atau
(Gambar 20–5). Hal ini memungkinkan fruktosa menjadi substrat bagi aldolase dan dengan demikian
memenuhi jalur-jalur metabolik di hati, sehingga terjadi glukoneogenesis, yang merupakan "nasib" bagi kebanyakan
peningkatan sintesis asam lemak, esterifikasi asam lemak, fruktosa yang dimetabolisme di hati.
dan sekresi VLDL, yang dapat meningkatkan triasilgliserol
ATP
Glikogen Heksokinase
Glukokinase
Aldosa *
reduktase
Glukosa 6-fosfat D-Glukosa D-Sorbitol
NAD+
NADPH NADP+
Glukosa 6-fosfatase + H+
Fosfoheksosa
isomerase Sorbitol
dehidrogenase NADH
+ H+
Heksokinase
Fruktosa 6-fosfat D-Fruktosa Makanan
ATP
Fruktosa 1,6- Fruktokinase ATP

ATP Fosfofruktokinase
bifosfatase
Blokir pada
fruktosuria esensial
Fruktosa 1,6-bifosfat Fruktosa 1-fosfat
Penghambatan pada
intoleransi fruktosa herediter
Aldolase B
Dihidroksiaseton-fosfat
Aldolase A
Fosfotriosa Esterifikasi
Aldolase B asam lemak
isomerase
ATP
Gliseraldehida 3-fosfat D-Gliseraldehida
Triokinase
2-Fosfogliserat
Piruvat Sintesis asam lemak

GAMBAR 20–5 Metabolisme fruktosa. Aldolase A ditemukan di semua jaringan, sedangkan
aldolase B adalah bentuk utama di hati. (*tidak ditemukan di hati.)

Di jaringan ekstrahepatik, heksokinase mengatalisis galaktosa 1-fosfat uridil transferase. Perubahan UDPGal
fosforilasi sebagian besar gula heksosa, termasuk fruktosa, menjadi UDPGlc dikatalisis oleh UDPGal 4-epimerase.
tetapi glukosa menghambat fosforilasi fruktosa karena zat Reaksi ini melibatkan oksidasi, kemudian reduksi, di karbon
ini merupakan substrat yang lebih baik untuk heksokinase. 4, dengan NAD+ sebagai koenzim. UDPGlc kemudian
Bagaimanapun, sebagian fruktosa dapat dimetabolisme di bergabung dengan glikogen (lihat Bab 18).
jaringan adiposa dan otot. Fruktosa ditemukan dalam cairan Karena reaksi epimerase bersifat reversibel bebas,
semen dan di sirkulasi janin hewan berkuku dan ikan paus. glukosa dapat diubah menjadi galaktosa sehingga galaktosa
Aldosa reduktase ditemukan di plasenta biri-biri betina dan bukan merupakan bahan esensial dalam makanan. Galaktosa
berperan dalam sekresi sorbitol ke dalam darah janin. diperlukan di tubuh tidak saja untuk membentuk laktosa saat
Adanya sorbitol dehidrogenase di hati, termasuk hati janin, menyusui, tetapi juga merupakan konstituen glikolipid
bertanggung jawab untuk perubahan sorbitol menjadi (serebrosida), proteoglikan, dan glikoprotein. Dalam sintesis
fruktosa. Jalur ini juga berperan menyebabkan adanya laktosa di kelenjar mamaria, UDPGal berkondensasi dengan
fruktosa di cairan semen. glukosa untuk menghasilkan laktosa yang dikatalisis oleh
laktosa sintase (lihat Gambar 20–6).
GALAKTOSA DIBUTUHKAN
UNTUK SINTESIS LAKTOSA, Glukosa Adalah Prekursor Semua
Gula Amino (Heksosamin)
GLIKOLIPID, PROTEOGLIKAN Gula amino adalah komponen penting glikoprotein (Bab
DAN GLIKOPROTEIN 46), glikosfingolipid tertentu (mis. gangliosida; Bab 21), dan
Galaktosa berasal dari hidrolisis disakarida laktosa (gula glikosaminoglikan (Bab 50). Gula-gula amino yang utama
susu) di usus. Senyawa ini mudah diubah menjadi adalah heksosamin glukosamin, galaktosarnin, dan
glukosa di hati. Galaktokinase mengatalisis fosforilasi manosamin, serta senyawa sembilan-karbon, yaitu asam
galaktosa dengan menggunakan ATP sebagai donor fosfat sialat. Asam sialat utama yang ditemukan di jaringan
(Gambar 20–6). Galaktosa 1-fosfat bereaksi dengan UDPGlc manusia adalah asam N-asetilneuraminat (NeuAc).
untuk membentuk uridin difosfat galaktosa (UDPGal) dan Ringkasan hubungan metabolik berbagai gula amino ini
glukosa 1-fosfat, dalam suatu reaksi yang dikatalisis diperlihatkan di (Gambar 20-7).
A
Galaktosa Glikogen
Glikogen sintase
ATP
Pi Fosforilase
Mg2+ Galaktokinase
ADP Glukosa 1-fosfat

Penghambatan
pada galaktosemia
Galaktosa Fosfoglukomutase
1-fosfat UDPGlc
Galaktosa Uridi
1-fosfat uridil NAD+ difosfogalaktosa
transferase 4-epimerase Glukosa
6-fosfatase
Glukosa
1-fosfat UDPGal Glukosa 6-fosfatase Glukosa
B NAD+
Glukosa UDPGlc UDPGal
Uridin
ATP difosfogalaktosa
4-epimerase
UDPGlc
Mg2+ Heksokinase Laktosa
pirofosfolase PP i Laktosa
sintase
ADP
Fosfoglukomutase
Glukosa 6-fosfat Glukosa 1-fosfat Glukosa
GAMBAR 20–6 Jalur perubahan (A) galaktosa menjadi glukosa di hati dan (B) glukosa menjadi laktosa di
kelanjar mamaria dalam masa menyusui.

Glikogen
Glukosa 1-fosfat
ATP ADP
Glukosa Glukosa 6-fosfat
Fruktosa 6-fosfat
Glutamin
Amidotransferase
ATP ADP UTP
Glutamat
Glucosamine Glukosamin Glukosamin UDP-
6-fosfat Fosfogluko- 1-fosfat glukosamin*
Acetyl-CoA muatse
PPi
– Asetil-KoA
ATP ADP
N-Acetyl- N-Asetil- N-Asetil-

glucosamine glukosamin glukosamin Glikosaminoglikan
6-fosfat 1-fosfat (mis. heparin)
UTP
Epimerase
PP i
N-Asetil-
manosamin UDP- Glikosaminoglikan
6-fosfat N-Asetil-glukosamin* (asam hialuronat),
glikoprotein
Fosfoenolpiruvat
NAD+ Epimerase
N-Asetil- UDP-
neuraminat N-Asetil-glukosamin*
9-fosfat
Meng-
– hambat efek
alosterik
Asam silat Glikosaminoglikan

gangliosida, (kondroitin),
glikoprotein glikoprotein
GAMBAR 20–7 Ringkasan berbagai hubungan dalam metabolisme gula amino. (*Analog dengan
UDPGlc.) Nukleotida purin atau pirimidin lain dapat berkaitan dengan gula atau gula amino. Contohnya adalah
timidin difosfat (TDP)-glukosamin dan TDP-N-asetilglukosamin.
ASPEK KLINIS dengan malaria sehingga orang yang heterozigot resisten

terhadap malaria. Kelainan ini bermanifestasi sebagai
Gangguan pada Jalur Pentosa Fosfat hemolisis sel darah merah (anemia hernolitik) jika orang
yang rentan terpajan oleh stres oksidatif (Bab 45) dari infeksi,
Menyebabkan Hemolisis Eritrosit obat seperti antimalaria primakuin, dan sulfonamida, atau jika
Defek genetik pada glukosa 6-fosfat dehidrogenase yang penderita mengonsumsi kacang fava (Vicia faba—karena itu
menyebabkan gangguan dalam pembentukan NADPH, sering nama penyakitnya adalah favisme).
dijumpai pada populasi yang berasal dari Mediteranea dan Banyak mutasi yang berbeda yang dikenal dalam gen
Afro-Karibia. Gen-nya ada pada kromosom X sehingga pria untuk dehidrogenase glukosa-6-fosfat, yang mengarah ke
yang paling banyak terkena. Sekitar 400 juta orang merupakan dua varian utama dari favism. Pada varian Afro-Karibia,
pembawa gen glukosa 6-fosfat dehidrogenase termutasi enzim ini tidak stabil sehingga saat rerata aktivitas sel
sehingga mutasi ini merupakan defek genetik yang paling darah merah rendah, hanya eritrosit yang tua saja yang
umum, tetapi kebanyakan asimtomatik. Pada beberapa terpengaruh oleh stres oksidatif, dan krisis hemolitik
populasi, defisiensi glukosa 6-fosfatase begitu lazim sehingga cenderung berakhir sendiri (self-limiting). Sebaliknya,
dianggap polimorfisme genetik. Distribusi gen mutan paralel pada varian Mediteranea, enzim ini stabil, tetapi memiliki
aktivitas

yang rendah pada semua eritrosit. Krisis hemolitik pada Kurangnya fruktokinase hati menyebabkan fruktosuria
penderita varian ini lebih parah dan dapat berakibat fatal. esensial, kondisi yang jinak dan asimtomatik. Ketiadaan
Glutation peroksidase bergantung pada pasokan aldolase B yang memecah fruktosa 1-fosfat menyebabkan
NADPH yang hanya dapat dibuat melalui jalur pentosa intoleransi fruktosa herediter yang ditandai dengan
fosfat di eritrosit. Enzim ini mereduksi peroksida organik hipoglikemia dan muntah-muntah berat setelah konsumsi
dan H2O2 sebagai bagian dari pertahanan tubuh terhadap fruktosa (atau sukrosa, yang pada pencemaan menghasilkan
peroksidasi lipid. Pengukuran glutation reduktase fruktosa). Diet yang rendah fruktosa, sorbitol, dan sukrosa
eritrosit, dan pengaktifannya oleh FAD, digunakan untuk bermanfaat bagi pasien kedua penyakit ini. Salah satu
menilai status nutrisi vitamin B2 (lihat Bab 44). konsekuensi dari intoleransi fruktosa herediter dan penyakit
terkait akibat defisiensi fruktosa 1,6-bisfosfatase adalah
Gangguan pada Jalur Asam hipoglikemia yang dipicu oleh fruktosa meskipun cadangan
glikogen tinggi karena fruktosa 1-fosfat dan 1,6-bisfosfat
Uronat Disebabkan oleh
secara alosterik menghambat glikogen fosforilase hati.
Defek Enzim dan Obat Tertentu Sekuestrasi fosfat anorganik juga menyebabkan deplesi ATP
dan hiperurisemia.
Pada suatu penyakit herediter yang jarang, pentosuria
esensial, timbul L-xiIulosa dalam jumlah cukup banyak di
urine akibat tidak adanya enzim yang diperlukan untuk Fruktosa dan Sorbitol di Lensa
mereduksi L-xilulosa menjadi xilitol. Walaupun pentosuria Berkaitan dengan Katarak Diabetes
bersifat jinak, tanpa akibat klinis, xilulosa adalah gula Kedua fruktosa dan sorbitol yang ditemukan dalam lensa
pereduksi dan dapat memberi hasil positif palsu saat mata peningkatan konsentrasi pada diabetes mellitus dan hal
glukosa urine diukur dengan reagen tembaga alkalin ini mungkin berperan dalam patogenesis katarak diabetes.
(lihat Bab 48). Berbagai obat meningkatkan laju Jalur sorbitol (poliol) (tidak terdapat di hati) berperan
masuknya glukosa ke dalam jalur asam uronat. membentuk fruktosa dari glukosa (lihat Gambar 20-5) dan
Contohnya, pemberian barbital atau klorobutanol aktivitasnya meningkat seiring dengan meningkatnya
kepada tikus menyebabkan peningkatan bermakna konsentrasi glukosa di jaringan-jaringan yang tidak peka-
konversi glukosa menjadi glukuronat, L-gulonat, dan insulin, lensa, saraf perifer, dan glomerulus ginjal. Glukosa
askorbat. Aminopirin dan antipirin meningkatkan direduksi menjadi sorbitol oleh aldosa reduktase, diikuti
ekskresi L-xilulosa pada pasien dengan pentosuria. oleh oksidasi sorbitol menjadi fruktosa dengan keberadaan
Pentosuria juga terjadi setelah konsumsi buah (mis. pir) NAD+ dan sorbitol dehidrogenase (poliol dehidrogenase).
yang kaya akan pentosa dalam jumlah relatif besar Sorbitol tidak berdifusi menembus membran sel, tetapi
(pentosuria alimenter). menumpuk dan menyebabkan kerusakan osmotik. Secara
bersamaan, kadar mioinositol turun. Pada hewan percobaan,
Penyaluran Fruktosa dalam akumulasi sorbitol dan deplesi mioinositol, serta katarak
Jumlah Besar ke Hati Dapat diabetes, dapat dicegah oleh inhibitor aldosa reduktase. Satu
Memperberat Hipertriasilgliserolemia, inhibitor telah mendapat ijin untuk pengobatan neuropati
diabetik sekalipun sedikit atau tidak ada bukti bahwa
Hiperkolesterolemia, dan Hiperurisemia inhibitor dapat mencegah atau memperlambat
Di hati, fruktosa meningkatkan sintesis asam lemak dan perkembangan neuropati diabetik dengan efektif pada
triasilgliserol serta sekresi VLDL sehingga terjadi hiper- manusia.
triasilgliserolemia dan peningkatan kolesterol LDL yang
dapat dianggap berpotensi menyebabkan aterosklerosis Defisiensi Enzim di Jalur Galaktosa
(lihat Bab 26). Hal ini karena fruktosa masuk glikolisis
melalui fruktokinase, dan fruktosa 1-fosfat yang dihasilkan
Menyebabkan Galaktosemia
memintas tahap regulatorik yang dikatalisis oleh fosfofruk- Ketidakmampuan tubuh memetabolisme galaktosa terjadi
tokinase (lihat Bab 17). Selain itu, pemberian fruktosa dalam pada galaktosemia yang mungkin disebabkan oleh defek
jumlah besar secara tiba-tiba ke hati, seperti yang terjadi pada herediter galaktokinase, uridil transferase, atau 4-
pemberian infus intravena fruktosa atau setelah epimerase (Gambar 20-6A), meskipun defisiensi uridil
mengonsumsi fruktosa dalam jumlah besar, menyebabkan transferase adalah jenis defisiensi yang paling banyak
sekuestrasi fosfat anorganik di fruktosa 1-fosfat dan diketahui. Galaktosa adalah substrat bagi aldosa reduktase
berkurangnya sintesis ATP. Akibatnya, inhibisi sintesis purin yang membentuk galaktitol, yang menumpuk di lensa mata
de novo oleh ATP berkurang, dan pembentukan asam urat dan menyebabkan katarak. Keadaan umum pasien akan
meningkat, yang menyebabkan hiperurisemia (kausa gout; lebih berat jika penyakitnya disebabkan oleh defek pada
Bab 33). Karena fruktosa diabsorpsi dari usus halus melalui uridil transferase karena terjadi penimbunan galaktosa 1-
difusi yang diperantarai pembawa (pasif), dosis oral yang fosfat dan deplesi fosfat anorganik di hati. Akhirnya,
tinggi dapat menyebabkan diare osmotik. terjadi gagal hati dan perburukan keadaan mental. Pada
defisiensi uridil transferase, epimerase terdapat dalam
Defek pada Metabolisme Fruktosa jumlah memadai sehingga pasien galaktosemia masih
dapat membentuk UDPGal dari glukosa.
Menyebabkan Penyakit

Hal ini menjelaskan mengapa anak dengan kelainan ini

tetap dapat mengalami tumbuh-kembang normal tanpa
REFERENSI
dipengaruhi oleh diet bebas galaktosa yang digunakan untuk Ali M, Rellos P, Cox TM: Hereditary fructose intolerance. J Med
Gen 1998;35:353.
mengendalikan gejala penyakit.
Cappellini MD, Fiorelli G: Glucose 6-phosphate dehydrogenase
deficiency. Lancet 2008;371:64.
Dunlop M: Aldose reductase and the role of the polyol pathway in
diabetic nephropathy. Kidney Int 2000;77:S3.
RINGKASAN Grant CM: Metabolic reconfiguration is a regulated response to
■ Jalur pentosa fosfat yang terdapat di sitosol, dapat oxidative stress. J Biol 2008;7:1.
menyebabkan oksidasi sempurna glukosa, yang menghasilkan Ho HY, Cheng ML: Glucose-6-phosphate dehydrogenase—from
NADPH dan CO2 tanpa menghasilkan ATP. oxidative stress to cellular functions and degenerative diseases.
■ Jalur ini memiliki fase oksidatif yang bersifat ireversibel dan Redox Rep 2007;12:109.
menghasilkan NADPH, serta fase non-oksidatif, yang Horecker BL: The pentose phosphate pathway. J Biol Chem 2002;
reversibel dan menghasilkan prekursor ribosa untuk sintesis 277:47965.
nukleotida. Jalur lengkap hanya terdapat di jaringan yang Le KA, Tappy L: Metabolic effects of fructose. Curr Opin Clin
membutuhkan NADPH untuk melakukan sintesis reduktif, Nutr Metab Care 2006;9:469.
mis. lipogenesis atau steroidogenesis, sementara fase Leslie ND: Insights into the pathogenesis of galactosemia. Ann
nonoksidatif terdapat di semua sel yang memerlukan ribosa. Rev Nutr 2003;23:59.
Manganelli G, Fico A, Martini G, et al: Discussion on pharmacog-
■ Pada eritrosit, jalur ini memiliki fungsi utama untuk enetic interaction in G6PD deficiency and methods to identify
mencegah hemolisis dengan menghasilkan NADPH untuk potential hemolytic drugs. Cardiovasc Hematol Disord Drug
mempertahankan glutation dalam keadaan tereduksi sebagai Targets 2010;10:143.
substrat untuk glutation peroksidase. Mayes PA: Intermediary metabolism of fructose. Amer J Clin Nutr
■ Jalur asam uronat adalah sumber asam glukuronat untuk 1993;58:754.
konjugasi banyak endogen dan eksogen sebelum Van den Berghe G: Inborn errors of fructose metabolism. Ann
diekskresikan sebagai glukuronida di urin dan empedu. Rev Nutr 1994;14:41.
■ Fruktosa memintas tahap regulatorik utama pada glikolisis, Veech RL: A humble hexose monophosphate pathway metabolite
yang dikatalisis oleh fosfofruktokinase, dan merangsang regulates short- and long-term control of lipogenesis. Proc Natl
sintesis asam lemak dan sekresi triasilgliserol oleh hati. Acad Sci USA 2003;100:5578.
Wamelink MM, Struys EA, Jakobs C: The biochemistry, metabo-
■ Galaktosa disintesis dari glukosa di jaringan mamalia dalam
lism and inherited defects of the pentose phosphate pathway: a
keadaan menyusui dan jaringan lain yang memerlukan
review. J Inherit Metab Dis 2008;31:703.
galaktosa untuk sintesis glikolipid, proteoglikan, dan
Wong D: Hereditary fructose intolerance. Mol Genet Metab 2005;
glikoprotein.
85:165.

Soal ujian
Bagian IV - Metabolisme pada Karbohidrat 7. Pilihlah salah satu dari pernyataan berikut tentang
makan dan keadaan metabolik puasa yang benar!
Manakah dari berikut ini adalah definisi indeks glisemik? A. Dalam keadaan puasa glukagon bertindak untuk me-
A. Penurunan dalam konsentrasi darah dari glukagon ningkatkan aktivitas dari lipoprotein lipase di jaringan
setelah mengkonsumsi makanan dibandingkan dengan adiposa.
jumlah yang setara dengan roti putih. B. Dalam keadaan puasa, glukagon bertindak untuk
B. Kenaikan dalam kosentrasi darah dari glukosa setelah meningkatkan sintesis pada glikogen dari glukosa.
mengkonsumsi makanan. C. Dalam insulin kondisi makan bertindak untuk mening-
C. Kenaikan dalam konsentrasi darah dari glukosa setelah katkan pemecahan dari glikogen untuk mempertahankan
mengkonsumsi makanan dibandingkan dengan jumlah glukosa darah.
yang equivalen dengan roti putih. D. Dalam kondisi makan ada penurunan sekresi dari
D. Kenaikan dalam konsentrasi darah dari insulin setelah insulin dalam menanggapi peningkatan glukosa
mengkonsumsi makanan. dalam darah portal.
E. Badan keton disintesis di hati dalam keadaan puasa, dan
E. Kenaikan dalam konsentrasi darah dari insulin setelah
jumlah yang disintesis dilanjutkan puasa sampai
mengkonsumsi makanan dibandingkan dengan jumlah
kelaparan
yang equivalen dengan roti putih.
PIlihlah salah satu dari pernyataan berikut tentang makan
2. Manakah dari berikut ini akan memiliki indeks glikemik terendah? dan keadaan metabolik puasa yang benar!
A. Sebiji apel panggang A. Pada otot keadaan makan dapat mengambil glukosa
B. Sebiji kentang panggang untuk digunakan sebagai bahan bakar metabolisme
C. Sebiji apel mentah karena transpor glukosa di dalam otot dirangsang dalam
D. Sebiji kentang mentah menanggapi ke glukagon.
E. Jus apel B. Dalam kondisi makan ada penurunan sekresi dari
3. Manakah dari berikut ini akan memiliki indeks glisemik tinggi? glukagon dalam menanggapi peningkatan glukosa dalam
darah portal.
A. Sebiji apel panggang
B. Sebiji kentang panggang C. Dalam kondisi makan, glukagon bertindak untuk
C. Sebiji apel mentah meningkatkan sintesis dari glikogen dari glukosa.
D. Sebiji kentang mentah D. Glukosa plasma dipertahankan dalam kelaparan dan
E. Jus apel puasa kepanjangan oleh glukoneogenesis dari badan
keton.
4. Sebuah sampel darah diambil dari seorang wanita berusia
E. Ada peningkatan dalam tingkat metabolisme dalam
50-tahun setelah puasa semalam. Manakah yang akan
keadaan puasa.
berada pada konsentrasi yang lebih tinggi dibandingkan
setelah ia sudah makan sebuah makanan?
Pilihlah salah satu dari pernyataan berikut tentang
A. Glukosa makan dan keadaan metabolik puasa yang benar!
B. Insulin
A. Dalam keadaan puasa otot mensintesis glukosa dari
C. Badan keton
asam amino.
D. Asam lemak nonesterified
B. Dalam kondisi makan jaringan adiposa dapat mengambil
E. Triasilgliserol
glukosa untuk sintesis dari triasilgliserol karena transpor
5. Sebuah sampel darah diambil dari seorang pria berusia 25 glukosa dalam jaringan adiposa dirangsang dalam
tahun setelah ia memakan tiga potong roti dan telur rebus. menanggapi ke glukagon.
Manakah yang akan berada pada konsentrasi yang lebih
C. Badan keton disintesis dalam otot di keadaan puasa, dan
tinggi dibandingkan jika sampel darah telah diambil jumlah yang disintesis dilanjutkan puasa sampai
setelah puasa semalam? kelaparan.
A. Alanin D. Badan keton memberikan bahan bakar alternatif untuk
B. Glukagon
sel-sel darah merah dalam keadaan puasa.
C. Glukosa
D. Badan keton E. Glukosa plasma bertahap menjaga dalam kondisi
E. Asam lemak nonesterified kelaparan dan puasa kepanjangan oleh glukoneogenesis
dari asam lemak.
Sebuah sampel darah diambil dari seorang pria 40-tahun telah
berpuasa sepenuhnya selama seminggu, hanya minum air. Pilihlah salah satu dari pernyataan berikut tentang
Manakah dari berikut ini akan berada pada konsentrasi yang makan dan keadaan metabolik puasa yang benar!
lebih tinggi dibandingkan setelah puasa semalam yang normal?
A. Dalam keadaan puasa jaringan adiposa mensintesis
A. Glukosa glukosa dari gliserol dilepas oleh pemecahan dari
B. Insulin triasilgliserol.
C. Badan keton B. Dalam keadaan puasa jaringan adiposa mensintesis
D. Asam lemak nonesterified badan keton.
E. Triasilgliserol
207
Section IV Exam Q_p207-210.indd 207 06/11/14 6:22 PM

C. Dalam keadaan puasa bahan bakar utama untuk sel-sel D. Hati mengandung isoenzim dari heksokinase, glukokinase,
darah merah adalah asam lemak dilepaskan dari yang terutama penting dalam keadaan makan.
jaringan adiposa.
E. Otot dapat melepaskan glukosa ke dalam sirkulasi dari
D. Badan keton menyediakan bahan bakar utama cadangan glikogen dalam keadaan puasa.
untuk sistem saraf pusat dalam keadaan puasa.
15. Pilihlah salah satu dari pernyataan tentang tahap ini dalam
E. Glukosa plasma bertahap menjaga dalam kondisi glikolisis dikatalisis oleh fosfofruktokinase dan glukoneogenesis
kelaparan dan puasa kepanjangan oleh glukoneogenesis di oleh fruktosa 1,6-bifosfatase yang benar berikut ini?
hati dari asam amino yang dikeluarkan oleh pemecahan
dari protein otot. A. Fruktosa 1,6-bifosfatase terutama aktif di hati dalam
kondisi makan.
11. Pilihlah salah satu dari pernyataan berikut tentang keadaan B. Fruktosa 1,6-bifosfatase terutama aktif di hati dalam
metabolik makan dan puasa yang benar! kondisi makan.
C. Jika fosfofruktokinase dan fruktosa 1,6-bifosfatase
A. Asam lemak dan triasilgliserol disintesis di hati
dalam keadaan puasa. keduanya sama-sama aktif pada saat yang sama,
merupakan formasi bersih pada ATP dari ADP dan fosfat.
B. Dalam keadaan puasa bahan bakar utama untuk sistem
D. Fosfofruktokinase dihambat lebih kurang dihambat sepe-
saraf pusat adalah asam lemak dilepaskan dari jaringan
adiposa. nuhnya oleh konsentrasi fisiologis dari ATP.
E. Fosfofruktokinase sebagian besar aktif di hati dalam keada-
C. Dalam keadaan puasa bahan bakar utama metabolik bagi an puasa.
sebagian besar jaringan berasal dari asam lemak
dilepaskan pada jaringan adiposa. 16. Pilihlah salah satu dari pernyataan berikut tentang meta-
D. Pada otot tidak bisa kondisi makan mengambil glukosa bolisme glukosa dalam tenaga maksimum yang benar!
untuk digunakan sebagai bahan bakar metabolisme A. Glukoneogenesis dari laktat membutuhkan ATP kurang
karena transpor glukosa di dalam otot dirangsang dalam dari glikolisis anaerobik selama terbentuk.
merenspons ke glukagon.
B. Dalam tenaga kegunaan maksimum piruvat dioksidasi
E. Glukosa plasma bertahap dipertahankan dalam menjadi laktat di otot.
kondisi kelaparan dan puasa berkepanjangan oleh
C. Kekurangan oksigen disebabkan oleh kebutuhan untuk
glukoneogenesis di jaringan adiposa dari gliserol
menghembuskan karbon dioksida yang dihasilkan dalam
dilepaskan dari triasil-gliserol.
menanggapi asidosis.
12. Seorang pria 25 tahun mengunjungi mengeluh kedokter nya D. Kekurangan oksigen merefleksikan kebutuhan untuk
perut kram dan diare setelah minum susu. Apa penyebab paling menggantikan oksigen yang telah digunakan di otot selama
utama dari masalahnya! olahraga berat.
A. Bakteri dan ragi tumbuh berlebihan di dalam intestinal besar E. Ada asidosis metabolik akibat dari olahraga berat.
B. Infeksi oleh parasit intestinal Giardia lamblia
C. Kekurangan dari amilase pankreas 17. Pilihlah salah satu dari pernyataan berikut yang benar!
D. Kekurangan dari laktase intestinal kecil
A. Glukosa-1-fosfat dapat dihidrolisis untuk menghasilkan
E. Kekurangan intestinal sukrase-isomaltase kecil
glukosa bebas dalam hati.
13. Pilihlah salah satu dari pernyataan berikut tentang gliko- B. Glukosa-6-fosfat dapat dibentuk dari glukosa, tetapi bukan
lisis dan glukoneogenesis yang benar berikut ini! dari glikogen.
A. Semua reaksi dari glikolisis secara bebas reversibel C. Glukosa-6-fosfat tidak dapat dikonversi menjadi glukosa
menjadi glukoneogenesis. 1-fosfat dalam hati.
B. Fruktosa tidak dapat digunakan untuk glukoneo- D. Glukosa-6-fosfat terbentuk dari glikogen oleh aksi pada
genesis di hati karena tidak dapat terfosforilasi fosforilase enzim glikogen.
untuk fruktosa-6- fosfat.
E. Di hati dan sel-sel darah merah, glukosa-6-fosfat dapat
C. Glikolisis dapat berlanjut tanpa adanya oksigen hanya masuk ke dalam baik glikolisis atau jalur fosfat pentosa.
jika piruvat terbentuk dari laktat di otot.
D. Sel darah merah hanya memetabolisme glukosa oleh 18. Pilihlah salah satu dari pernyataan berikut tentang komp-
anaerobik glikolisis (dan jalur fosfat pentosa). leks piruvat dehidrogenase multienzim yang benar!
E. Kebalikan dari glikolisis adalah jalur untuk glukoneo- A. Dalam defisiensi tiamin (vitamin B1), piruvat yang
genesis di otot rangka. terbentuk dalam otot tidak dapat ditransaminasi men-
jadi alanin.
14. Pilihlah salah satu dari pernyataan berikut tentang tahap dalam
glikolisis dikatalisis oleh heksokinase dan glukoneogenesis oleh B. Dalam tiamin defisiensi (vitamin B1), piruvat yang
glukosa 6-fosfatase yang benar berikut ini! terbentuk dalam otot tidak dapat terkarboksilasi menjadi
oksaloasetat.
A. Karena heksokinase memiliki Km aktivitas rendah
dalam hati meningkat karena konsentrasi glukosa C. Reaksi dari dehidrogenase piruvat melibatkan
dalam darah portal meningkat. dekarboksilasi dan oksidasi pada piruvat,
kemudian pembentukan asetil KoA.
B. Glukosa-6-fosfatase terutama aktif dalam otot pada
keadaan puasa. D. Reaksi dari piruvat dehidrogenase mudah reversibel, sehi-
C. Jika heksokinase dan glukosa-6-fosfatase keduanya ngga asetil KoA dapat digunakan untuk sintesis dari
sama-sama aktif pada saat yang sama ada formasi piruvat, dan sebabnya glukosa.
bersih pada ATP dari ADP dan fosfat.

Soal ujian 209
E. Reaksi dari dehidrogenase piruvat mengarah ke oksidasi C. Glikogen adalah disimpan terutama di hati dan otak.
pada NADH ke NAD+, dan karenanya pembentukan dari ~ D. Insulin menghambat biosintesis dari glikogen.
2,5 × ATP per mol pada piruvat teroksidasi. E. Fosforilasa kinase adalah enzim yang memfosforilasi
fosforilase enzim glikogen dengan demikian mengurangi
19. Pilihlah salah satu dari pernyataan berikut tentang lintasan
pemecahan glikogen.
pentosa fosfat yang benar!
A. Dalam favism sel darah merah lebih rentan terhadap stres 23. Pilihlah salah satu dari pernyataan tentang metabo-
oksidatif karena kurangnya dari NADPH untuk sintesis lisme glikogen yang benar berikut ini!
asam lemak. A. Aktivitas sintase glikogen bertambah oleh glukagen.
B. Orang yang kekurangan dehidrogenase glukosa-6-fosfat
B. Glikogen fosforilase adalah enzim yang dapat diaktifkan
tidak dapat mensintesis asam lemak karena kurangnya
dengan fosforilasi dari residu serin.
NADPH di jaringan hati dan adiposa.
C. Glikogen fosforilase tidak dapat diaktifkan oleh ion
C. Jalur pentosa fosfat sangat penting dalam jaringan yang kalsium.
mensintesis asam lemak.
D. cAMP mengaktifkan sintesis glikogen.
D. Jalur pentosa fosfat adalah satu-satunya sumber NADPH E. Glikogen fosforilase memecah ikatan α1-4 obligasi gliko-
untuk sintesis asam lemak. sidik dengan hidrolisis.
E. Jalur pentosa fosfat memberikan alternatif untuk
glikolisis hanya dalam keadaan puasa.
24. Pilihlah salah satu dari pernyataan berikut tentang metabo-
20. Pilihlah salah satu dari pernyataan tentang metabolisme lisme glukosa yang benar!
glikogen yang benar berikut ini! A. Glukagon meningkatkan laju dari glikolisis.
A. Glikogen disintesis di hati dalam kondisi makan, kemudian B. Glikolisis membutuhkan NADP+.
diekspor ke jaringan lain di lipoprotein densitas rendah. C. Dalam glikolisis, glukosa adalah memecah menjadi dua
B. Cadangan glikogen di hati dan otot akan memenuhi tiga senyawa karbon.
kebutuhan energi selama beberapa hari dalam D. Tingkat substrat fosforilasi terjadi dalam sistem
puasa berkepanjangan. transpor elektron.
C. Hati mensintesis glikogen lebih ketika konsentrasi glukosa E. Produk utama dari glikolisis dalam sel darah merah adalah
darah portal hepatik dari tinggi karena aktivitas pada piruvat.
glukokinase di hati.
D. Otot mensintesis glikogen dalam kondisi makan karena 25. Pilihlah salah satu dari pernyataan tentang metabolisme
glikogen fosforilase diaktifkan dalam merespons insulin. dari gula yang benar berikut ini!
E. Konsentrasi plasma pada glikogen meningkat dalam keada- A. Fruktokinase memfosforilasi fruktosa menjadi fruktosa-6-
an makan. fosfat.
B. Fruktosa adalah gula aldosa seperti glukosa.
C. Transpor fruktosa ke dalam sel disebut dependen insulin.
21. Pilihlah salah satu dari pernyataan berikut tentang glukoneo-
D. Galaktosa adalah terfosforilasi untuk galaktosa-1-fosfat
genesis yang benar!
oleh galaktokinase.
A. Karena membentuk asetil KoA, asam lemak dapat menjadi
substrat untuk glukoneogenesis. E. Sukrosa biosintesis dari glukosa dan fruktosa dalam hati.
B. Jika oksaloasetat ditarik dari siklus asam sitrat untuk

glukoneogenesis maka dapat digantikan oleh aksi 26. Dalam glikolisis, konversi dari 1 mol pada fruktosa1,6-
dari piruvat dehidrogenase. bifosfat untuk 2 mol dari hasil piruvat dalam pembentukan:
C. Reaksi dari karbosikinase fosfoenolpiruvat adalah penting A. 1 mol NAD+ dan 2 mol dari ATP
untuk mengisi kelompok pada intermediet siklus asam B. 1 mol NADH dan 1 mol dari ATP
sitrat. C. 2 mol NAD+ dan 4 mol dari ATP
D. Penggunaan dari GTP sebagai donor fosfat dalam D. 2 mol NADH dan 2 mol dari ATP
reaksi fosfoenolpiruvat karbosikinase menyediakan E. 2 mol NADH dan 4 mol dari ATP
penghubung antara aktivitas siklus asam sitrat dan
27. Manakah dari berikut ini akan memberikan bahan bakar utama
glukoneogenesis.
untuk kontraksi otot selama tenaga maksimum jangka pendek?
E. Ada hasil yang lebih besar dari ATP dalam glikolisis
A. Glikogen otot
anaerobik daripada penggunaan untuk sintesis
B. Cadangan otot dari triasilgliserol
pada glukosa dari laktat.
C. Glukosa plasma
22. Pilihlah salah satu dari pernyataan berikut tentang metabo- D. Plasma nonesterified asam lemak
lisme karbohidrat yang benar! E. Triasilgliserol dalam plasma sangat lipo protein densitas
A. Sebuah tahap kunci dalam biosintesis dari glikogen rendah
adalah pembentukan pada UDP-glukosa.
B. Glikogen dapat dipecah menjadi glukosa-6-fosfat dalam
otot, yang kemudian melepaskan glukosa bebas oleh
aksi dari enzim glukosa-6-fosfatase.

28. Disakarida laktulosa adalah tidak dicerna, tetapi difermentasi C. Fermentasi dari hasil laktulosa di pengasaman dari isi usus
oleh bakteri usus, untuk menghasilkan 4 mol dari laktat sehingga ammonia yang dihasilkan oleh bakteri usus yang
ditambah 4 proton. Amonium (NH4+) berada dalam terperangkap sebagai amonium yang tidak dapat berdifusi
kesetimbangan dengan amonia (NH3) dalam aliran darah. ke dalam aliran darah.
Dari yang terbaik berikut menjelaskan bagaimana tindakan
laktulosa untuk mengobati hiperamonemia (peningkatan D. Fermentasi dari hasil laktulosa dalam meningkat delapan
kali lipat dalam osmolalitas dari isi usus, sehingga ada
amonium konsentrasi darah)? lebih banyak air untuk amonia dan amonium menjadi
A. Fermentasi laktulosa meningkatkan asam dari aliran larut, sehingga kurang diserap ke dalam aliran darah.
darah sehingga ada lebih amonium dan kurang amonia
E. Fermentasi dari hasil laktulosa dalam peningkatan delapan
tersedia untuk melewati dinding usus.
kali lipat dalam osmolalitas dari isi usus, sehingga ada lebih
B. Fermentasi dari hasil laktulosa di pengasaman dari isi banyak air untuk amonia dan amonium larut dalam,
usus sehingga amonia berdifusi dari aliran darah ke usus sehingga lebih menyebar untuk aliran darah ke usus.
dan terjebak sebagai amonium yang tidak bisa melewati
kembali.

B A G I A N
Metabolisme pada Lipid
V
21
B A B
Lipid yang Penting

Secara Fisiologis
TUJUAN ■ Menjelaskan lipid sederhana dan kompleks dan mengidentifikasi golongan

lipid dalam masing-masing kelompok.
Sete!oh mempelajari bab ini,
■ Menunjukkan struktur asam lemak jenuh dan tak-jenuh, menjelaskan
Anda diharapkan dapat: bagaimana panjang rantai dan tingkat ketakjenuhan memengaruhi titik
leburnya, memberi contoh, dan menjelaskan tata namanya.
■ Mengerti perbedaan antara ikatan ganda karbon cis dan trans.
■ Menjelaskan bagaimana eikosanoid terbentuk melalui modifikasi struktur asam
lemak tak-jenuh; mengidentifikasi berbagai kelompok eikosanoid dan menunjukkan
fungsi-fungsinya.
■ Menguraikan secara garis besar struktur umum triasilgliserol dan menunjukkan
fungsinya.
■ Menguraikan secara garis besar struktur umum fosfolipid dan glikosfingolipid
dan menunjukkan fungsi berbagai kelompoknya.
■ Memahami pentingnya kolesterol sebagai prekursor berbagai steroid yang
penting secara biologis, mencakup hormon steroid, asam empedu, dan
vitamin D.
■ Mengenali inti siklik yang umum untuk semua steroid dan menjelaskan
perbedaan antara bentuk "kursi" dan "perahu" pada cincin enam-karbon dan
menjelaskan bahwa cincin dapat berada dalam keadaan cis atau trans dalam
kaitan satu sama lain sehingga memungkinkan adanya berbagai
stereoisomer.
■ Menjelaskan mengapa radikal bebas merusak jaringan dan mengidentifikasi
tiga tahap dalam reaksi berantai peroksidasi lipid yang menghasilkan radikal
bebas secara terus-menerus.
■ Memahami bagaimana antioksidan melindungi lipid dari peroksidasi balk dengan
menghambat inisiasi reaksi berantai maupun dengan memutuskan reaksi
berantai dan memberi contoh fisiologis dan nonfisiologis.
■ Memahami bahwa banyak molekul lipid bersifat amfifatik, yaitu memiliki gugus
hidrofobik dan hidrofilik dalam strukturnya, dan menjelaskan bagaimana hal ini
memengaruhi perilaku lipid ini dalam Lingkungan berair dan memungkinkan
beberapa kelompok lipid, seperti fosfolipid, sfingolipid, dan kolesterol,
membentuk struktur dasar membran biologis.
211

212 BAGIAN V Metabolisme pada Lipid
BIOMEDICAL IMPORTANCE COOH
Lipid adalah sekelompok senyawa heterogen, meliputi lemak, Asam lemak jenuh (asam palmitat, C16)
minyak, steroid, malam (wax), dan senyawa terkait, yang
berkaitan lebih karena sifat fisiknya daripada sifat kimianya.
COOH
Lipid memiliki sifat umum berupa (1) relatif tidak larut
dalam air dan (2) larut dalam pelarut nonpolar misalnya eter
Asam lemak tak-jenuh tunggal (asam oleat, C18:1)
dan kloroform. Senyawa ini merupakan konstituen makanan
yang penting tidak saja karena nilai energinya yang tinggi,
tetapi juga karena vitamin larut-lemak dan asam lemak COOH
esensial yang terkandung di dalam lemak makanan alami.
Suplementasi diet dengan rantai panjang asam lemak ϖ3 Asam lemak tak-jenuh ganda (asam linoleat, C18:2)
diyakini memiliki efek menguntungkan pada sejumlah GAMBAR 21–1 Asam lemak. Contoh dari jenuh (asam
penyakit kronis, termasuk penyakit kardiovaskular, palmitat), tak-jenuh tunggal (asam oleat), dan tak-jenuh ganda
rheumatoid arthritis dan demensia. Lemak disimpan di (asam linoleat) asam lemak ditunjukkan.
jaringan adiposa, tempat senyawa ini juga berfungsi sebagai
insulator panas di jaringan subkutan dan di sekitar organ
tertentu. Lipid nonpolar berfungsi sebagai insulator listrik,
ASAM LEMAK ADALAH
dan memungkinkan penjalaran gelombang depolarisasi yang ASAM KARBOKSILAT ALIFATIK
cepat di sepanjang saraf bermielin. Kombinasi lipid dan
Asam lemak di dalam tubuh terutama terdapat sebagai
protein (lipoprotein) berfungsi sebagai pengangkut lipid
ester dalam minyak dan lemak alami, tetapi di dalam
dalam darah (lihat Bab 25 dan 26). Lipid memiliki peran
plasma terdapat dalam bentuk tak-teresterifikasi sebagai
sangat penting dalam nutrisi serta kesehatan, dan pengetahuan
asam lemak bebas, yakni suatu bentuk transpor. Asam
tentang biokimia lipid diperlukan untuk memahami banyak
lemak yang terdapat dalam lemak alami biasanya
kondisi biomedis penting,misalnya obesitas, diabetes melitus,
mengandung atom karbon berjumlah genap. Rantai
dan aterosklerosis.
tersebut dapat jenuh (tidak mengandung ikatan rangkap) atau
tidak jenuh (mengandung satu atau lebih ikatan rangkap)
LIPID DIKLASIFIKASIKAN MENJADI (Gambar 21–1).
LIPID SEDERHANA ATAU KOMPLEKS Asam Lemak Dinamai Berdasarkan
1. Lipid sederhana: Ester asam lemak dengan berbagai
Hidrokarbon Terkait
alkohol
a. Lemak (fat): Ester asam lemak dengan gliserol. Tatanama sistematik yang paling sering digunakan me-namai
Minyak (oil) adalah lemak dalam keadaan cair. asam lemak berdasarkan hidrokarbon dengan jumlah dan
b. Wax (malam): Ester asam lemak dengan alkohol susunan atom-atom karbon yang sama, dengan -oat
monohidrat berberat molekul tinggi. menggantikan akhiran -e (sistem Jenewa). Jadi, asam jenuh
berakhiran -anoat, mis. asam oktanoat (C8), dan asam tak-
2. Lipid kompleks: Ester asam lemak yang mengandung jenuh dengan ikatan rangkap memiliki akhiran -enoat, misalnya
gugus-gugus selain alkohol dan asam lemak. Lipid dapat asam oktadesenoat (asam oleat, C18).
dibagi menjadi tiga kelompok: Atom-atom karbon diberi nomor dad karbon karboksil
a. Fosfolipid: Lipid yang mengandung suatu residu asam (karbon No. 1). Atom-atom karbon yang berdekatan dengan
fosfor, selain asam lemak dan alkohol. Lipid ini sering karbon karboksil (No. 2, 3, dan 4) masing-masing juga
memiliki basa yang mengandung nitrogen dan dikenal sebagai karbon α, β, dan γ, dan karbon metil
substituen lain, misalnya alkohol pada terminal dikenal sebagai karbon ω atau n.
gliserofosfolipid adalah gliserol dan alkohol pada Berbagai perjanjian menggunakan Δ untuk menunjukkan
sfingofosfolipid adalah sfingosin, yang mengandung jumlah dan posisi ikatan rangkap (Gambar 21–2); misalnya, Δ9
gugus amino. menunjukkan sebuah ikatan rangkap di antara karbon 9 dan 10
b. Glikolipid (glikosfingolipid): Lipid yang asam lemak; ω9 menunjukkan sebuah ikatan rangkap di karbon
mengandung asam lemak, sfingosin, dan karbohidrat. ke-9 yang dihitung dari karbon ω. Pada hewan, ikatan rangkap
c. Lipid kompleks lain: Lipid seperti sulfolipid dan tambahan dimasukkan hanya antara ikatan rangkap yang sudah
aminolipid. Lipoprotein juga dapat dimasukkan ke dalam ada (misalnya ω9, ω6, atau ω3) dan karbon karboksil, sehingga
kelompok ini. dihasilkan tiga seri asam lemak yang masing-masing dikenal
3. Prekursor dan lipid turunan: Kelompok ini men-cakup sebagai famili v9, v6, dan v3.
asam lemak, gliserol, steroid, alkohol lain, aldehida
18 17 16 15 14 13 12 11 10 9 1 18:1;9 or ∆9 18:1
lemak, dan badan keton (lihat Bab 22), hidrokarbon, CH3CH2CH2CH2CH2CH2CH2CH2CH CH(CH2)7COOH
vitamin larut-lemak, dan hormon. ω or n-1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 18
Karena tidak bermuatan, asilgliserol (gliserida), kolesterol, GAMBAR 21–2 Nomenklatur untuk jumlah dan posisi ikatan
dan ester kolesteril disebut lipid netral. ganda asam lemak tak jenuh. Digambarkan menggunakan asam
oleat sebagai contoh. n —9 (n minus 9) setara dengan ω9.

BAB 21 Lipid yang Penting Secara Fisiologis 213
Asam Lemak Jenuh Tidak Mengandung gugus substituen berbeda yang melekat pada cincin
menghasilkan serangkaian prostaglandin dan tromboksan
lkatan Rangkap yang dinamai A, B, dst (lihat Gambar 23–13),—misalnya, tipe
Asam lemak jenuh dapat digambarkan berbasis asam asetat “E” prostaglandin (seperti pada PGE2) memiliki sebuah gugus
(CH3—COOH) sebagai anggota pertama rangkaian dengan keto di posisi 9, sementara tipe “F” memiliki sebuah gugus
—CH2— ditambahkan secara bertahap di antara gugus CH3 hidroksil di posisi ini. Leukotrien dan lipoksin (Gambar 21–
— dan —COOH terminal. Contoh diperlihatkan di Tabel 5) adalah kelompok ketiga turunan eikosanoid yang
21–1. Anggota-anggota lain yang lebih tinggi dari terbentuk melalui jalur lipoksigenase (lihat Gambar 23–
rangkaian ini terdapat, terutama di malam (wax). Beberapa 14). Kelompok ini masing-masing ditandai oleh adanya tiga
asam lemak rantai bercabang juga pernah diisolasi dari atau empat ikatan rangkap terkonjugasi. Leukotrien
sumber nabati dan hewani. menyebabkan bronkokonstriksi dan merupakan agen
Asam Lemak Tak-jenuh Mengandung Satu proinflamasi kuat serta berperan dalam asma.
atau Lebih Ikatan Rangkap Sebagian Besar Asam Lemak Tak-jenuh Alami
Asam lemak tak-jenuh (lihat Gambar 21–1, Tabel 21–2,
untuk contoh) dapat dibagi lagi menjadi:
Memiliki Ikatan Rangkap cis
Rantai karbon asam lemak jenuh membentuk suatu pola
1. Asam tidak-jenuh tunggal (monoetenoid, monoenoat),
zigzag jika direntangkan pada suhu rendah (Gambar 21–
mengandung satu ikatan rangkap.
1). Pada suhu yang lebih tinggi, sebagian ikatan berputar,
2. Asam tidak-jenuh ganda (polietenoid, polienoat),
menyebabkan rantai memendek, yang menjelaskan
mengandung dua atau lebih ikatan rangkap.
mengapa biomembran menjadi lebih tipis seiring dengan
3. Eikosanoid: Senyawa yang berasal dari asam lemak
meningkatnya suhu. Pada asam lemak tak-jenuh ditemukan
polienoat (20 karbon) eikosa ini (lihat Bab 23), terdiri dari
suatu tipe isomerisme geometrik, bergantung pada orientasi
prostanoid, leukotrien (LT), dan lipoksin (LX).
atom atau gugus di sekitar sumbu ikatan rangkap yang tidak
Prostanoid mencakup prostaglandin (PG), prostasiklin
memungkinkan rotasi. Jika rantai asil terletak di sisi yang
(PGI), dan tromboksan (TX).
sama dengan ikatan, terbentuk ikatan rangkap cis-, seperti
Prostaglandin terdapat pada hampir semua jaringan ma- pada asam oleat; jika rantai asil terletak di sisi berlawanan,
malia yang bekerja sebagai hormon lokal; zat ini memiliki terbentuk ikatan trans-, seperti pada asam elaidat, yaitu
aktivitas fisiologis dan farmakologis yang penting. Senyawa isomer trans asam oleat (Gambar 21–6). Ikatan rangkap
golongan ini disintesis in vivo dengan cara siklisasi bagian pada hampir semua asam lemak rantai panjang tak-jenuh
tengah rantai karbon dari asam lemak tak-jenuh ganda 20- alami berada dalam konfigurasi cis, molekul "tertekuk" 120
karbon (eikosanoat) asam lemak tak jenuh ganda (misalnya, derajat di ikatan rangkap. Oleh sebab itu, asam oleat
asam arakidonat) untuk membentuk suatu cincin memiliki bentuk V, sedangkan asam elaidat tetap "lurus.”
siklopentana (Gambar 21–3). Serangkaian senyawa terkait, Penambahan jumlah ikatan rangkap cis di suatu asam lemak
tromboksan, memiliki cincin siklopentana yang diselingi menghasilkan berbagai kemungkinan bentuk spasial
oleh sebuah atom oksigen (cincin oksana) (Gambar 21–4). molekul—misalnya asam arakidonat, dengan empat ikatan
Tiga asam lemak eikosanoat yang berbeda menghasilkan tiga rangkap cis, mengalami tekukan menjadi bentuk U
gugus eikosanoid yang ditandai oleh jumlah ikatan rangkap (Gambar 21–7). Hal ini berdampak besar bagi pengemasan
di rantai samping (lihat Gambar 23–12), misalnya, molekul di membran sel (lihat Bab 40) dan pada posisi yang
prostaglandin (PG)1, PG2, dan PG3. Gugus- ditempati oleh asam lemak dalam molekul yang Iebih
kompleks seperti fosfolipid. Ikatan rangkap trans
TABEL 21–1 Asam lemak jenuh mengubah hubungan spasial ini. Asam lemak trans
terdapat di makanan tertentu, yang terbentuk sebagai
Nama Jumlah
Umum Atom C Peristiwa
produk sampingan saturasi asam lemak selama hidroge-nasi,
atau "pengerasan" (hardening), minyak alami pada
Asetat 2 Produk akhir utama pada fermentasi pembuatan margarin. Kontribusi kecil lain berasal dari
karbohidrat oleh oragnisme pemamah biak
pencernaaan lemak ruminansia yang mengandung asam
Butirat 4 Pada lemak tertentu dalam jumlah sedikit lemak trans yang berasal dari kerja mikroorganisme dalam
(terutama mentega). Suatu produk akhir rumen. Kini diketahui bahwa konsumsi asam lemak trans
fermentasi karbohidrat oleh organisme
pemamah biaka tidak baik untuk kesehatan dan berkaitan dengan peningkatan
risiko berbagai penyakit termasuk penyakit kardiovaskular
Valerat 5
dan diabetes melitus. Hal ini menyebabkan pengembangan
Kaproat 6 teknologi untuk memproduksi margarin lembut yang rendah
Laurat 12 Spermaseti, kayu manis, biji pohon palem, atau bahkan tidak memiliki asam lemak trans.
minyak kelapa, pohon salam, mentega
Miristat 14 Pala, pohon palem, minyak kelapa, myrtle, Sifat Fisik dan Fisiologis Asam Lemak
mentega Mencerminkan Panjang Rantai dan
Palmitat 16 Banyak di semua lemak hewani dan nabati Derajat Ketidakjenuhan
Stearat 18 Titik leleh asam lemak karbon berjumlah genap me-
a
Juga terbentuk di sekum herbivora dan, terbentuk dalam jumlah yang sedikit, di ningkat seiring dengan panjang rantai dan menurun
kolon manusia. sesuai ketidakjenuhannya. Suatu triasilgliserol yang

TABEL 21–2 Asam lemak tak-jenuh yang memiliki makna fisiologis dan nutrisi
Jumlah Atom C serta Jumlah dan Posisi Nama

Ikatan Rangkap yang Umum Famili Umum Nama Sistematik Keberadaan
Asam monoenoat (satu ikatan rangkap)
16:1;9 ω7 Palmitoleat cis-9-Heksadesenoat Pada hampir semua lemak.
18:1;9 ω9 Oleat cis-9-Oktadesenoat Mungkin asam lemak tersering dalam

lemak alami, tinggi dalam olive oil
18:1;9 ω9 Eladat trans-9-Oktadesenoat Lemak terhidrogenasi dan ruminansia.
Asam dienoat (dua ikatan rangkap)
18:2;9,12 ω6 Linoleat all-cis-9,12- Jagung, kacang tanah, biji kapas, kedelai,

Oktadekadienoat dan banyak minyak nabati.
Asam trienoat (tiga ikatan rangkap)
18:3;6,9,12 ω6 γ-Linolenat all-cis-6,9,12- Sebagian tumbuhan, misalnya minyak evening primrose,

Oktadekatrienoat minyak borage; asam lemak minor pada hewan.
18:3;9,12,15 ω3 α-Linolenat all-cis-9,12,15- Sering ditemukan bersama asam linoleat, tetapi

Oktadekatrienoat terutama pada minyak biji rami.
Asam tetraenoat (empat ikatan rangkap)
20:4;5,8,11,14 ω6 Arakidonat all-cis-5,8,11,14- Ditemukan dalam lemak hewan; komponen

Eikosatetraenoat penting fosfolipid pada hewan.
Asam pentaenoat (lima ikatan rangkap)
20:5;5,8,11,14,17 ω3 Timnodonat all-cis-5,8,11,14,17- Komponen penting pada minyak ikan, misalnya hati
Eikosapentaenoat ikan cod, mackerel, menhaden, minyak salmon.
Asam heksaenoat (enam ikatan rangkap)
22:6;4,7,10,13,16,19 ω3 Servonat all-cis-4,7,10,13,16,19- Minyak ikan, minyak alga, fosfolipid dalam otak.
Dokosaheksaenoat
mengandung tiga asam lemak jenuh dengan 12 karbon v3 Asam Lemak Apakah Anti-inflamasi dan
atau lebih bersifat padat pada suhu tubuh, sedangkan jika
residu asam lemak tak jenuh ganda, itu cair di bawah 0°C.
Memiliki Kesehatan Manfaat
Dalam praktik, asilgliserol alami mengandung campuran Asam lemak ω3 asam lemak seperti `-linolenat (ALA)
asam-asam lemak yang disesuaikan untuk memenuhi peran (ditemukan dalam minyak tumbuhan), eikosapentaenoat
fungsionalnya. Misalnya, lipid membran yang seharusnya cair (EPA) (ditemukan dalam minyak ikan) dan
pada semua suhu lingkungan, lebih tidak-jenuh dibandingkan dokosaheksaenoat (DHA) (ditemukan pada minyak ikan
dengan lipid simpanan. Lipid di jaringan yang sering terkena dan minyak alga) (Tabel 21–2) memiliki efek anti-inflamasi,
udara dingin, misalnya pada hibernator atau di ekstremitas mungkin karena efeknya dalam mempromosikan sintesis
hewan, lebih tidak-jenuh. prostaglandin pada pengurangan inflamasi dan leukotrien
dibandingkan dengan ω6 asam lemak (lihat Gambar 23–12).
Dalam pandangan ini, potensi penggunaannya sebagai terapi
pada penyakit kronis yang parah di mana inflamasi
O
COOH
LTA4
GAMBAR 21–3 Prostaglandin E2 (PGE2).
OH OH
COOH
COO–
O
O LXA4
OH
OH
GAMBAR 21–4 Thromboksan A2 (TXA2). GAMBAR 21–5 Leukotrien dan struktur lipoksin. Contoh
yang ditampilkan adalah leukotrien A4 (LTA4) dan lipoksin A4 (LXA4).

18 –OOC
CH3 CH3
Bentuk trans
(asam elaidat)
120° 10
H H
C C
Bentuk cis GAMBAR 21–7 Asam Arakidonat. Empat ikatan ganda dalam
(asam oleat) C C konfigurasi cis menekuk molekul menjadi bentuk U.
9 H H
O
110°
1
O CH2 O C R1
2
R2 C O CH O
3
CH2 O C R2
1
COO– COO– GAMBAR 21–8 Triasilgliserol.
GAMBAR 21–6 Isomerisme geometrik asam lemak Δ9, 18:1
O
(asam oleat dan elaidat). Tidak ada rotasi di sekitar ikatan rangkap 1
karbon-karbon. Dalam konfigurasi cis, rantai asil berada di sisi yang H2C O C R1
sama dari ikatan, sedangkan dalam bentuk trans berada di sisi yang O
berlawanan.
R2 C O 2 H
C
merupakan kontribusi penyebab yang sedang diselidiki O
intensif. Bukti saat ini menunjukkan bahwa diet kaya asam 3
H2C O C R3
lemak ω3 yang bermanfaat, tidak hanya untuk penyakit
kardiovaskular, tetapi juga untuk penyakit degeneratif GAMBAR 21–9 Rumus proyeksi menunjukkan triasil-sn-gliserol.
kronis lainnya seperti kanker, radang sendi, dan penyakit
Alzheimer.
proyeksi pada Gambar 21–9). Enzim-enzim mudah
TRIASILGLISEROL membedakan keduanya dan hampir selalu spesifik untuk
karbon yang bersangkutan; misalnya gliserol selalu
(TRIGLISERIDA)* ADALAH terfosforilasi di sn-3 oleh gliserol kinase untuk menghasilkan
gliserol-3-fosfat dan bukan gliserol-1-fosfat (lihat Gambar
BENTUK SIMPANAN UTAMA 24–2).
ASAM LEMAK
Triasilgliserol (Gambar 21–8) adalah ester trihidrat alkohol FOSFOLIPID ADALAH KONSTITUEN
gliserol dan asam lemak. Mono- dan diasilgliserol, dengan satu
atau dua asam lemak teresterifikasi dengan gliserol, juga LIPID UTAMA PADA MEMBRAN
ditemukan di jaringan. Senyawa-senyawa ini penting dalam Fostolipid dapat dianggap sebagai turunan asam fos-fatidat
sintesis dan hidrolisis triasilgliserol (lihat Bab 24 dan 25). (Gambar 21–10), dengan fosfat yang teresterifikasi satu
kelompok OH dari gliserol dan dua kelompok lainnya OH
Karbon 1 & 3 Gliserol Tidak Identik diesterifikasi untuk dua asam lemak rantai panjang
Untuk menomori atom-atom karbon pada gliserol tanpa (gliserofosfolipid). Asam fosfatidat adalah zat antara yang
keliru, digunakan sistem -sn (penomoran stereokimia). Perlu penting dalam pembentukan triasilgliserol serta fosfogliserol
disadari bahwa karbon 1 dan 3 gliserol tidak identik jika (lihat Gambar 24–2) tetapi tidak ditemukan dalam jumlah
dilihat dalam tiga dimensi (diperlihatkan sebagai rumus banyak di jaringan. Sfingolipid seperti sfingomielin, di mana
fosfat diesterifikasi untuk sfingosin, sebuah alkohol amino
kompleks (Gambar 21–11), juga komponen membran
*Menurut terminologi baku dari International Union of Pure penting. Kedua gliserofosfolipid dan sphingolipids memiliki
and Applied Chemistry (IUPAC) dan International Union of dua ekor hidrokarbon rantai panjang yang penting untuk
Biochemistry (IUB), monogliserida, digliserida, dan trigliserida fungsi dalam membentuk bilayer lipid di membran sel (lihat
masing-masing seyogianya dinamai monoasilgliserol, diasilgliserol, Bab 40), tetapi di bekas keduanya adalah rantai asam lemak
dan triasilgliserol. Namun, istilah lama masih luas digunakan,
sementara di kedua satu yaitu asam lemak dan yang kedua
terutama dalam bidang kedokteran klinis.
adalah bagian dari molekul sfingosin (Gambar 21–12).

O Seramid
1
O CH2 O C R1 Sfingosin
2
R2 C O CH O
OH O
3
CH2 O P O– H
CH3 (CH2)12 CH CH CH CH N C R
O–
CH2 Asam lemak
Asam fosfatidat O
Asam fosfat
O P O–
CH3 +
+
A O CH2 CH2 N(CH3)3
O CH2 CH2 N CH3
CH3
Kolin
Kolin GAMBAR 21–11 Suatu sfingomielin.

+
O CH2 CH2NH3
B
transmisi saraf, sebagai asetilkolin, dan sebagai simpanan
Etanolamin gugus metil yang labil. Dipalmitoil lesitin adalah suatu zat
aktif-permukaan (surface-active agent) yang sangat efektif
NH3+ dan merupakan konstituen utama surfaktan yang
C O CH2 CH COO– mencegah, perlekatan permukaan bagian dalam pant akibat
tegangan permukaan. Ketiadaan zat ini dari paru bayi
Serin prematur menyebabkan sindrom distres pernapasan.
Sebagian besar fosfolipid memiliki sebuah radikal asil jenuh
OH OH
di posisi sn-1 tetapi radikal tak-jenuh di posisi sn-2
O H
2 3
H H gliserol.
1 4 Fosfatidiletanolamin (sefalin) dan fosfatidilserin
D H H
6
OH OH
5
(ditemukan di kebanyakan jaringan) juga ditemukan di dalam
membran sel dan berbeda dari fosfatidilkolin karena
OH H keberadaan masing-masing etanolamin atau serin yang
menggantikan kolin (Gambar 21–10). Fosfatidilkolin juga
Mioinositol berperan dalam apoptosis (kematian sel terprogram).
Sfingomielin ditemukan di leaflet (selebaran) luar lapisan
O–
ganda sel membran lipid dan sangat banyak di daerah khusus
CH2 O P O CH2 O dari membran plasma yang dikenal sebagai rakit lipid (lihat
E H C OH
O
O H C O C R3 Bab 40). Bisa juga ditemukan dalam jumlah besar di selubung
mielin yang mengelilingi serabut saraf. Sfingomielin diyakini
O CH2 R4 C O CH2
berperan dalam persinyalan sel dan apoptosis. Sfingomielin
tidak mengandung gliserol, dan hidrolisis menghasilkan asam
lemak, asam fosfat, kolin, dan sfingosin (Gambar 21–11).
Fosfatidilgliserol
Kombinasi sfingosin ditambah asam lemak yang dikenal
GAMBAR 21–10 Fosfolipid. O— yang diperlihatkan kotak biru sebagai seramida, struktur juga ditemukan di
pada asam fosfatidat diganti oleh substituen untuk membentuk glikosfingolipid (lihat bagian berikutnya di bawah).
fosfolipid: (A) 3-fosfatidilserin, (B) 3-fosfatidiletanolamin, (C) 3-
fosfatidilserin, (D) 3-fosfatidilinositol, dan (E) kardiolipin
(difosfatidilgliserol).
Fosfatidilinositol Adalah Prekursor Second
Messenger
Inositol terdapat dalam fosfatidilinositol sebagai suatu
stereoisorner, mioinositol (Gambar 21–10). Fosforilasi
Fosfatidilkolin (Lesitin) dan Sfingomielin fosfatidilinositol (fosfoinositide) merupakan komponen
Terdapat di Membran Sel minor dari membran sel, tetapi memainkan peranan
penting dalam pensinyal sel dan pertukaran (trafficking)
membran. Fosfoinositide mungkin memiliki 1, 2, atau 3
Gliserofosfolipid mengandung kolin (Gambar 21–10),
gugus fosfat terikat pada cincin inositol.
(fosfatidilkolin, biasa disebut lesitin) adalah fosfolipid yang
Fosfatidilinositol 4,5-bisfosfat (PiP2), adalah konstituen
paling banyak terdapat di membran sel dari membentuk
penting fosfolipid membran sel; jika dirangsang oleh
simpanan kolin terbesar dalam tubuh. Kolin penting dalam
agonis hormon yang sesuai, zat ini terpecah menjadi
diasilgliserol dan inositol trifosfat yang keduanya
berfungsi sebagai sinyal internal atau second messenger.

O Fosfat
O CH2
CH O
O
O C P
H2 O CH2CH2N
O– +(CH
Ekor asam lemak Gliserol 3)3 Kolin
Fosfatidilkolin
Fosfat
Sfingosin ekor
OH C O
H2 O
CH P
+
O CH2CH2N (CH3)3
NH O–
Kolin
Ekor asam lemak Ikatan

peptida
Sebuah sfingomielin
GAMBAR 21–12 Perbandingan gliserofosfolipid dan sfingolipid struktur. Kedua jenis fosfolipid memiliki
dua ekor hidrokarbon, di gliserofosfolipid keduanya rantai asam lemak (sebuah fosfatidilkolin dengan satu
jenuh dan satu asam lemak tak jenuh diperlihatkan) dan di sfingolipid satu adalah rantai asam lemak dan yang
lainnya adalah bagian dari bagian sfingosin (sebuah sfingomielin diperlihatkan). Dua ekor hidrofobik dan
kelompok kepala polar yang penting untuk fungsi fosfolipid ini dalam lapisan ganda lipid di membran sel (lihat
Bab 40).
Kardiolipin Adalah Lipid Utama Membran (Gambar 21–13), yang penting dalam metabolisme dan
interkonversi berbagai fosfolipid. Senyawa ini juga ditemukan
Mitokondria dalam lipoprotein teroksidasi dan diperkirakan berperan dalam
Asam fosfatidat adalah prekursor fosfatidilgliserol, yang pada menimbulkan aterosklerosis.
gilirannya menghasilkan kardiolipin (Gambar 21–10).
Fosfolipid ini ditemukan hanya di mitokondria dan sangat Plasmalogen Terdapat di Otak & Otot
penting untuk fungsi mitokondria. Penurunan kadar
Senyawa golongan ini membentuk sekitar 10% sampai 30%
kardiolipin atau perubahan pada struktur atau metabolismenya
dari fosfolipid otak dan otot. Secara struktural, plasmalogen
menyebabkan disfungsi mitokondria pada penuaan dan pada
menyerupai fosfatidiletanolamin, tetapi memiliki sebuah
kondisi patologis, seperti gagal jantung, hipotiroidisme, dan
ikatan ester di karbon sn-1, menggantikan ikatan ester yang
sindrom Barth (miopati kardioskeletal).
terdapat di asilgliserol. Biasanya, radikal alkilnya adalah
suatu alkohol tak-jenuh (Gambar 21–14). Pada beberapa
Lisofosfolipid Adalah Zat Antara dalam kasus, kolin, serin, atau inositol dapat menggantikan
Metabolisme Fosfogliserol etanolamin. Fungsi plasmalogen tetap kurang dipahami,
Zat ini adalah fosfoasilgliserol yang mengandung hanya tetapi telah disarankan bahwa plasmalogen mungkin
satu radikal aril, misalnya lisofosfatidilkolin (lisolesitin) memiliki efek perlindungan terhadap spesies oksigen reaktif.
O
1
O CH2 O CH CH R1
1
CH2 O C R 2
2
R2 C O CH O
HO CH O CH3
+
3
CH2 O P O CH2 CH2 NH3+
3
CH2 O P O CH2 CH2 N CH3
O–
O– CH3
Etanolamin
Kolin
GAMBAR 21–14 Plasmalogen.
GAMBAR 21–13 Lisofosfatidilkolin (lisolesitin).

GLIKOLIPID (GLIKOSFINGOLIPID) Seramid

(Asil
Glukosa Galaktosa N-Asetilgalaktosamin
sfingo-
PENTING DI JARINGAN SARAF & sin)
NeuAc Galaktosa
atau
MEMBRAN SEL Cer Glc Gal GalNAc Gal
Glikolipid adalah lipid dengan karbohidrat terpasang atau
NeuAc
rantai karbohidrat. Glikolipid tersebar luas disetiap jaringan
tubuh, terutama di jaringan saraf seperti otak. Senyawa
GAMBAR 21–16 Gangliosida GM1, suatu monosialo-
gangliosida, reseptor di usus manusia untuk toksin kolera.
golongan ini terdapat terutama di lapisan luar membran
plasma, tempat senyawa memberikan kontribusi ke
karbohidrat permukaan sel yang membentuk glikokalik sampai lima molekul asam sialat, yang menghasilkan di-,
(lihat Bab 15). trisialo gangliosida, dst.
Glikolipid utama yang terdapat di jaringan hewan adalah
glikosfingolipid. Golongan ini mengandung seramid dan satu
atau lebih gula. Galaktosilseramid (Gambar 21–15) adalah STEROID MEMILIKI BANYAK PERAN
glikosfingolipid utama di otak dan jaringan saraf lain, dan
jumlahnya relatif sedikit di jaringan lain. Senyawa ini
FISIOLOGIS PENTING
mengandung sejumlah asam lemak C24 khas, misalnya asam Kolesterol mungkin merupakan steroid yang paling banyak
serebronat. dikenal karena keterkaitannya dengan aterosklerosis dan
Galaktosilseramid dapat diubah menjadi sulfogalaktosil- penyakit jantung, itu memiliki sejumlah peran penting dalam
seramid (sulfatide) yang memiliki gugus sulfo melekat O tubuh. Ini juga penting karena merupakan prekursor bagi
dalam tiga posisi galaktosa dan terdapat dalam jumlah besar sejumlah besar steroid yang sama pentingnya serta
dalam mielin. Glukosilseramid menyerupai galaktosil mencakup asam empedu, hormon adrenokorteks, hormon
seramid, tetapi golongan kepala adalah glukosa daripada seks, vitamin D, dan glikosida jantung.
galaktosa. Glukosilseramid adalah glikosfingolipid sederhana Semua steroid memiliki inti siklik serupa yang me-
yang mendominasi di jaringan selain saraf serta juga terdapat nyerupai fenantren (cincin A, B, dan C) tempat sebuah
di otak dalam jumlah sedikit. Gangliosida adalah cincin siklopentana (D) melekat. Posisi-posisi karbon di inti
glikosfingolipid kompleks yang berasal dari glukosilseramid steroid diberi nomor seperti diperlihatkan di (Gambar 21–
yang mengandung satu atau lebih tambahan molekul asam 17). Perlu disadari bahwa dalam rumus struktur steroid,
sialat. Asam neuraminat (NeuAc; lihat Bab 15) adalah cincin heksagonal sederhana menandai suatu cincin enam
asam sialat utama yang terdapat di jaringan manusia. karbon jenuh sempuma dengan semua valensi yang dipenuhi
Gangliosida juga terdapat di jaringan saraf dalam konsentrasi oleh ikatan hidrogen, kecuali jika diperlihatkan lain; yi,
tinggi. Senyawa golongan ini tampaknya memiliki fungsi cincin ini bukan cincin benzena. Semua ikatan rangkap
reseptor dan fungsi lain untuk hormon dan racun bakteri diperlihatkan sedemikian. Rantai samping metil
seperti toksin kolera. Gangliosida yang paling sederhana di diperlihatkan sebagai ikatan-ikatan tunggal yang tidak
jaringan adalah GM3, yang mengandung sera-mid, satu melekat pada Ujung rantai (metil) yang lebih jauh. Rantai
molekul glukosa, satu molekul galaktosa, dan satu molekul samping ini biasanya terdapat di posisi 10 dan 13
NeuAc. Dalam tata-nama singkat yang digunakan, G (membentuk atom C 19 dan 18). Biasanya terdapat suatu
mewakili gangliosida; M adalah spesies yang mengandung rantai samping di posisi 17 (seperti pada kolesterol). Jika
monosialo; dan subscript 3 adalah angka yang ditentukan senyawa memiliki satu atau lebih gugus hidroksil dan tidak
berdasarkan migrasi kromatografik. GM1 (Gambar 21–16), ada gugus karbonil atau karboksil, senyawa tersebut
suatu gangliosida yang lebih kompleks yang berasal dari merupakan suatu sterol, dan namanya berakhiran -ol.
GM3, menarik secara biologis karena diketahui merupakan
reseptor di usus manusia untuk toksin kolera. Gangliosida Karena Asimetri pada Molekul Steroid,
lain dapat mengandung satu Banyak Stereoisomer yang Dapat Terbentuk
Seramid
Masing-masing dari cincin enam-karbon pada inti steroid
Sfingosin mampu berada dalam konformasi tiga-dimensi sebagai
"kursi" atau "perahu" (Gambar 21–18). Pada steroid alami,
OH O
H hampir semua cincin berada dalam bentuk "kursi", yaitu
CH3 (CH2 ) 12 CH CH CH CH N C CH(OH) (CH2 ) 21 CH3
konformasi yang lebih stabil.
CH 2 OH Asam lemak 18
(misalnya, asam serebronat) 12 17
O
11 13 16
HO H 19
D
Galaktosa O CH2 1 C
9 15
14
H OR H H 2 10 8
A B
3 3 7
5
H OH 4 6
GAMBAR 21–15 Struktur pada galaktosilseramid. GAMBAR 21–17 Inti steroid.

Chapter 21 Lipids of Physiologic Significance 219
Bentuk "Kursi" Bentuk "Perahu"
GAMBAR 21–18 Konformasi stereoisomer inti steroid.

B
HO
GAMBAR 21–21 Ergosterol.

A B
H 13 H 10
C
D
B Ergosterol Adalah Prekursor Vitamin D
10 5
9
Ergosterol terdapat pada tumbuhan dan ragi serta penting
8 14
B A
A
3
5
H
sebagai prekursor vitamin D (Gambar 21–21). Saat teradiasi
H
3
or oleh sinar ultraviolet, cincin B terbuka membentuk vitamin
H
or C 13
17 D2 dalam proses yang serupa dengan proses pembentukan
D
1 9 H
14
1 vitamin D3 dari 7-dehidrokolesterol di kulit (lihat Gambar
A
10 H 8 H 10 44–3).
5 B A B
5
3
H 3
H Poliprenoid Memiliki Senyawa Induk yang
GAMBAR 21–19 Inti steroid umum yang memperIihatkan (A) Sama seperti Kolesterol
konfigurasi all-trans antara cincin-cincin yang berdekatan dan (B) Meskipun bukan steroid, poliprenoid berkaitan dengan
konfigurasi cis antara cincin A dan B.
kolesterol karena disintesis, seperti kolesterol (lihat Gambar
26–2), dari unit-unit isopren lima-karbon (Gambar 21–22).
Dalam kaitannya satu sama lain, cincin dapat bersifat cis atau Senyawa golongan ini mencakup ubikuinon (lihat Bab 13),
trans (Gambar 21–19). Pada steroid alami, taut antara cincin yang ikut serta dalam rantai respiratorik di mitokondria, dan
A dan B dapat cis atau trans. Taut antara B dan C adalah alkohol rantai-panjang dolikol (Gambar 21–23), yang ikut
trans, demikian juga biasanya di taut C/D. Ikatan yang serta dalam sintesis glikoprotein dengan memindahkan
melekatkan gugus-gugus substituen di atas bidang cincin residu karbohidrat ke residu asparagin polipeptida (lihat Bab
(ikatan β) diperlihatkan dengan garis tebal, sedangkan ikatan 46). Senyawa isoprenoid yang berasal dari tumbuhan
yang melekatkan gugus-gugus di bawah (ikatan α) mencakup karet, kamfora, vitamin larut-lemak A, D, E, dan
ditunjukkan dengan garis putus-putus. Cincin A pada suatu K, serta β-karoten (provitamin A).
steroid 5α selalu trans terhadap cincin B, namun cis pada
steroid 5β. Gugus metil yang melekat pada C10 dan C13 PEROKSIDASI LIPID ADALAH
selalu berada dalam konfigurasi β. SUMBER RADIKAL BEBAS
Peroksidasi (auto-oksidasi) lipid yang terpajan oleh oksigen
Kolesterol Adalah Konstituen Penting di bertanggung jawab tidak saja terhadap pembusukan
Banyak Jaringan makanan (rancidity, tengik), tetapi juga kerusakan jaringan
in vivo, peroksidasi ini dapat menjadi penyebab kanker,
Kolesterol (Gambar 21–20) terdistribusi luas di semua sel
penyakit peradangan, aterosklerosis, dan penuaan. Efek
tubuh, tetapi terutama di jaringan saraf. Kolesterol adalah
merugikan diperkirakan disebabkan oleh radikal bebas,
konstituen utama membran plasma dan lipoprotein plasma
molekul yang memiliki elektron valensi tidak berpasangan,
(lihat Bab 26). Senyawa ini sering ditemukan sebagai ester
membuatnya sangat reaktif. Radikal bebas yang
kolesteril, dengan gugus hidroksil di posisi 3 yang
mengandung oksigen (misalnya, ROO•, RO•, OH•)
mengalami esterifikasi dengan suatu asam lemak rantai
diistilahkan spesies oksigen reaktif (ROS). Dihasilkan
panjang. Senyawa ini terdapat pada hewan, tetapi tidak pada
sewaktu terbentuknya peroksida dari asam lemak yang
tumbuhan atau bakteri.
mengandung ikatan rangkap yang diselingi-metilen, yi,
radikal bebas asam lemak
CH3
17 CH C CH CH
GAMBAR 21–22 Satuan isopren.

3
HO 5
6
CH2OH
GAMBAR 21–20 Kolestrol.
16
GAMBAR 21–23 Dolikol—suatu alkohol C95.

220 BAB V Metabolisme pada Lipid
Malondialdehida Endoperoksida Hidroperoksida

ROOH
GAMBAR 21–24 Peroksidasi lipid. Reaksi dimulai oleh suatu radikal bebas yang sudah ada (X•), oleh sinar, atau
oleh ion logam. Malondialdehida hanya dibentuk oleh asam lemak dengan tiga atau lebih ikatan rangkap dan
digunakan sebagai ukuran peroksidasi lipid bersama dengan etana dari dua karbon terminal asam lemak ω3 dan
pentana dari lima karbon terminal asam lemak ω6.
yang terdapat pada asam lemak tidak-jenuh ganda alami bekerja dalam fase cair untuk menangkap radikal bebas
(Gambar 21–24). Peroksidasi lipid adalah suatu reaksi superoksida (O2 • ) urat, dan vitamin E yang bekerja dalam
berantai yang menghasilkan radikal bebas secara terus- Ease lipid untuk menangkap radikal ROO• (lihat Gambar 44–
menerus dan memicu peroksidasi lebih lanjut sehingga 6).
berpotensi sangat merusak. Proses keseluruhan dapat Peroksidasi juga dikatalisis in vivo oleh senyawa heme
diperlihatkan sebagai berikut: dan oleh lipoksigenase (lihat Gambar 23–14) yang terdapat
di trombosit dan leukosit. Produk lain auto-oksidasi atau
1. Inisiasi: oksidasi enzimatik yang penting secara fisiologis adalah
ROOH + Logam(n)+→ OOR• + Logam(n −1)+ + H + oksisterol (dibentuk dari kolesterol) dan isoprostan
(dibentuk dari peroksidasi asam lemak tak-jenuh ganda
X • + RH → R • + XH seperti asam arakidonat).
2. Propagasi:
R • + O2 → ROO• LIPID AMFIPATIK MENGATUR

ROO• + RH → ROOH + R • ,etc ORIENTASINYA SENDIRI PADA
3. Terminasi:
PERTEMUAN AIR : MINYAK
Lipid Amfipatik Membentuk Membran,
ROO• + ROO• → ROOR + O2
Misel, Liposom, & Emulsi
ROO• + R • → ROOR Secara umum, lipid tidak larut dalam air karena me-
R • + R • → RR ngandung banyak gugus nonpolar (hidrokarbon). Namun,
asam lemak, fosfolipid, sfingolipid, garam empedu, dan dalam
Untuk mengendalikan dan mengurangi peroksidasi lipid, jumlah yang lebih rendah, kolesterol mengandung gugus-gugus
baik manusia dalam aktivitasnya maupun alam menggunakan polar. Jadi, sebagian molekul tersebut bersifat hidrofobik, atau
antioksidan. Propil galat, hidroksianisol terbutilasi (BHA), dan tak-larut air; dan sebagian hidrofilik, atau larut-air. Molekul
hidroksitoluen terbutilasi (BHT) adalah antioksidan yang semacam ini disebut amfipatik (Gambar 21–25). Molekul ini
digunakan sebagai zat tambahan makanan. Antioksidan alami mengalami orientasi pada pertemuan air:minyak dengan gugus
antara lain adalah vitamin E (tokoferol), yang larut-lipid, dan polar di fase air dart gugus nonpolar di fase minyak. Lapis-
urat serta vitamin C yang larut air. Beta-karoten adalah suatu ganda (bilayer) lipid amfifatik ini adalah struktur dasar pada
antioksidan pada PO2 rendah. Antioksidan terbagi menjadi dua membran biologis (lihat Bab 40). Jika lipid ini berada dalam
kelas: (1) antioksidan preventif, yang mengurangi laju inisiasi suatu konsentrasi kritis dalam medium air, lipid ini membentuk
reaksi berantai dan (2) antioksidan pemutus-rantai yang misel (micelles). Liposom dapat terbentuk melalui sonikasi
mengganggu propagasi reaksi berantai. Antioksidan preventif lipid amfifatik dalam medium cair. Liposom terdiri butir-butir
mencakup katalase dan peroksi-dase lain misalnya glutation lapis-ganda lipid yang menyelubungi bagian medium air.
peroksidase (lihat Gambar 20–3) yang bereaksi dengan Agregasi garam empedu menjadi misel dan liposom serta
ROOH; selenium, selenium yang merupakan komponen pembentukan campuran misel dengan produk pencernaan
esensial glutation peroksidase dan mengatur aktivitasnya serta lemak penting untuk mempermudah penyerapan lipid dari usus.
chelator ion logam, seperti EDTA (etilendiamintetraasetat) Liposom berpotensi untuk digunakan secara klinis—terutama
dan DTPA (dietilentriaminpentaasetat). In vivo, antioksidan jika dikombinasikan dengan antibodi spesifik-jaringan—sebagai
pemutus-rantai yang utama adalah superoksida dismutase yang

BAB 21 Lipid yang Penting Secara FisiologiS 221
Lipid Amfipatik
A
Gugus polar
atau hidrofilik
Gugus nonpolar
atau hidrofobik Fase air
Fase air Fase air "Minyak" atau

fase nonpolar
Nonpolar
phase
“Oil” or nonpolar phase
Fase air
Lapis-ganda lipid Minyak dalam emulsi air
Misel D
B C
Fase
nonpolar
Fase Fase
air air
Lapis-ganda
Kompartemen Lapis-ganda
lipid
air lipid
Liposom Liposom
(Unilamelar) (Multilamelar)
E F
GAMBAR 21–25 Pembentukan membran lipid, misel, emulsi, dan liposom dari lipid amfifatik,
misalnya fosfolipid.
pembawa obat dalam sirkulasi yang diarahkan ke organ ■ Eikosanoid dibentuk dari asam lemak tak-jenuh ganda 20-
spesifik, misalnya dalam terapi kanker. Selain itu, liposom karbon dan membentuk suatu kelompok penting senyawa yang
digunakan untuk pemindahan gen ke dalam sel vaskular serta aktif secara fisiologis dari farmakologis yang dikenal sebagai
sebagai pembawa pada pemakaian obat atau kosmetik secara prostaglandin, tromboksan, leukotrien, dan lipoksin.
topikal atau transdermal. Emulsi merupakan partikel yang jauh ■ Ester-ester gliserol secara kuantitatif adalah lipid yang paling
lebih besar, biasanya dibentuk oleh lipid nonpolar dalam medium signifikan diwakili oleh triasilgliserol ("fat"), suatu konstituen
air. Emulsi ini distabilkan oleh emulgator, seperti lipid amfifatik utama beberapa kelompok lipoprotein dan bentuk simpanan
lipid di jaringan adiposa. Fosfoasilgliserol adalah lipid
(misalnya, fosfatidilkolin), yang membentuk suatu lapisan
amfifatik dan memiliki peran penting—sebagai konstituen
permukaan yang memisahkan sebagian besar materi nonpolar
utama membran dan lapisan luar lipoprotein, sebagai surfaktan
dari fase air (Gambar 21–25). di paru, sebagai prekursor second messenger, dan sebagai
konstituen jaringan saraf
RINGKASAN ■ Glikolipid juga merupakan konstituen penting jaringan saraf,
■ Lipid memiliki sifat umum, yaitu relatif kurang larut dalam seperti otak dan lapisan luar membran sel, tempat senyawa
air (hidrofobik), tetapi larut dalam pelarut nonpolar. Lipid golongan ini berperan membentuk karbohidrat pada
amfifatik juga mengandung satu atau lebih gugus polar, yang permukaan sel.
menyebabkannya cocok sebagai konstituen membran pada
■ Kolesterol, suatu lipid amfifatik adalah suatu komponen
pertemuan air: lemak.
penting membran. Senyawa ini adalah molekul induk yang
■ Lipid yang penting secara fisiologis adalah asam lemak dan menjadi sumber terbentuknya steroid lain di tubuh, termasuk
ester-esternya, bersama dengan kolesterol dan steroid lain. hormon-hormon utama, seperti hormon adrenokorteks dan
■ Asam lemak rantai-panjang dapat bersifat jenuh, tak-jenuh hormon seks, vitamin D, dan asam empedu.
tunggal, atau tak-jenuh ganda, bergantung pada jumlah ■ Peroksidasi lipid yang mengandung asam lemak tidak-jenuh
ikatan rangkap yang ada. Sifat cair asam lemak ini melemah ganda menyebabkan terbentuknya radikal bebas yang merusak
seiring dengan pertambahan panjang rantai dan meningkat jaringan dan menimbulkan penyakit.
sesuai derajat ketidakjenuhan.

REFERENSI Gunstone FD, Harwood JL, Dijkstra AJ: The Lipid Handbook with
CD-Rom. CRC Press, 2007.
Christie WW: Lipid Analysis, 3rd ed. The Oily Press, 2003. Gurr MI, Harwood JL, Frayn K: Lipid Biochemistry. Blackwell
Dessi M, Noce A, Bertucci P, et al: Atherosclerosis, dyslipidemia and Publishing, 2002.
inflammation: the significant role of polyunsaturated fatty acids. Niki E, Yoshida Y, Saito Y, et al: Lipid peroxidation: mechanisms,
ISRN Inflamm, 2013;191:823. inhibition and biological effects. Biochem Biophys Res Commun,
Dowhan W, Bodanov H, Mileykovskaya E: Functional roles of 2005;338:668.
lipids in membranes. In: Biochemistry of Lipids, Lipoproteins Tur JA, Bibiloni MM, Sureda A, et al: Dietary sources of omega
and Membranes, 5th ed. Vance DE, Vance JE (editors). Elsevier, 3 fatty acids: public heath risks and benefits. Brit J Nutr
2008:1–37. 2012;107(suppl 2):S23.

22
B A B
Oksidasi Asam
Lemak: Ketogenesis
■■ Menggambarkan proses asam lemak diangkut di dalam darah serta diaktivasi

dan diangkut ke dalam matriks mitokondria untuk diuraikan guna memperoleh
TUJUAN energi.
Setelah mempelajari bab ini, ■■ Menguraikan secara garis besar jalur oksidasi-β yang memetabolisme asam
Anda diharapkan dapat: lemak menjadi asetil-KoA dan menjelaskan bagaimana proses ini menghasilkan
ATP dalam jumlah besar dari ekuivalen pereduksi yang dihasilkan pada oksidasi-
β dan selanjutnya memetabolisme asetil KoA melalui siklus asam sitrat.
■■ Menyebutkan tiga senyawa yang disebut "badan keton" dan menjelaskan reaksi
yang membentuk badan keton di mitokondria hati.
■■ Memahami bahwa badan keton adalah bahan bakar penting untuk jaringan
ekstrahepatik dan menunjukkan kondisi-kondisi yang lebih menguntungkan
untuk sintesis dan penggunaan badan keton.
■■ Menunjukkan tiga tahap dalam metabolisme asam lemak tempat ketogenesis
diatur.
■■ Memahami bahwa produksi badan keton yang berlebihan menyebabkan ketosis
dan, jika berkepanjangan, ketoasidosis, dan menyebutkan kondisi patologis saat
hal ini terjadi.
■■
Memberikan contoh penyakit-penyakit yang berkaitan dengan gangguan
oksidasi asam lemak.
KEPENTINGAN BIOMEDIS tung pada oksidasi asam lemak, setiap gangguan pada
oksidasi asam lemak menyebabkan hipoglikemia. Hal ini
Meskipun asam lemak mengalami oksidasi menjadi terjadi pada berbagai keadaan defisiensi karnitin atau
asetil-KoA dan disintesis dari asetil-KoA, oksidasi defisiensi enzim-enzim esensial pada oksidasi asam
asam lemak bukan merupakan pembalikan sederhana dari lemak, misalnya, kamitin palmitoiltransferase, atau
biosintesis asam lemak, tetapi merupakan proses yang inhibisi oksidasi asam lemak oleh racun, misalnya
sama sekali berbeda dan berlangsung di kompartemen sel hipoglisin.
yang berbeda. Pemisahan oksidasi asam lemak di
mitokondria dari biosintesis di sitosol memungkinkan OKSIDASI ASAM LEMAK TERJADI DI
tiap proses dikendalikan secara individual dan
diintegrasikan sesuai kebutuhan jaringan. Setiap tahap MITOKONDRIA
pada oksidasi asam lemak melibatkan turunan asil-KoA Asam Lemak Diangkut dalam Darah
yang dikatalisis oleh enzim-enzim yang berbeda,
menggunakan NAD+ dan FAD sebagai koenzim, dan Sebagai Asam Lemak Bebas
menghasilkan ATP. Proses tersebut merupakan suatu Asam lemak bebas (free fatty acids, FFA)—yang juga
proses aerob yang memerlukan keberadaan oksigen. disebut unesterified fatty acids (UFA) atau nonesterified
Meningkatnya oksidasi asam lemak merupakan ka- fatty acids (NEFA) (Bab 21)—adalah asam lemak yang
rakteristik kelaparan dan diabetes melitus, yang menye- berada dalam keadaan tidak teresterifikasi. Di plasma,
babkan pembentukan badan keton oleh hati (ketosis). FFA rantai-panjang berikatan dengan albumin, dan di sel
Badan keton bersifat asam, dan jika diproduksi secara asam-asam ini melekat pada protein pengikat-asam lemak
berlebihan dalam jangka panjang, seperti pada diabetes, sehingga pada kenyataannya asam-asam lemak ini tidak
menyebabkan ketoasidosis yang pada akhimya dapat pernah benar-benar "bebas.” Asam Iemak rantai-pendek
menyebabkan kematian. Karena glukoneogenesis bergan- lebih larut air dan terdapat dalam bentuk asam tak-
terionisasi atau sebagai anion asam lemak.
223

ATP
+
AMP + PPi Asam Lemak Rantai-Panjang Menembus
CoA
Asil-KoA
Membran dalam Mitokondria Sebagai
FFA
Turunan Karnitin
Karnitin (β-hidroksi-γ-trimetilamonium butirat), (CH3)3 N+
Karnitin Membran ĆH2ĆH(OH)ĆH2ĆOO−, tersebar luas dan terutama
Asil-KoA palmitoil
sintetase
mitokondria banyak terdapat di otot. Asil-KoA rantai-panjang (atau FFA)
transferase luar
I tidak dapat menembus membran dalam mitokondria.
Namun, dengan adanya karnitin, karnitin
palmitoiltransferase-I, yang terdapat di membran luar
KoA
mitokondria, mentransfer rantai panjang gugus asil dari KoA
Asil-KoA
ke karnitin, membentuk asilkarnitin dan melepaskan KoA.
Asilkarnitin yang mampu menembus membran dalam dan
Karnitin Asilkarnitin
memperoleh akses ke sistem oksidasi-β enzim, karnitin-
asilkarnitin translokase bekerja sebagai pengangkut penukar
(exchange transporter) di membran dalam mitokondria.
Karnitin Membran
Asilkamitin diangkut masuk, dan disertai dengan
Karnitin asilkarnitin mitokondria pengangkutan keluar satu molekul karnitin. Gugus asil
palmitoil- translokase dalam
transferase kemudian ditransfer ke KoA sehingga asil-KoA direformasi
II dan karnitin dibebaskan. Asilkarnitin kemudian bereaksi
dengan KoA yang dikatalisis oleh karnitin
palmitoiltransferase-II yang terletak di bagian dalam
KoA Karnitin Asilkarnitin membran dalam (Gambar 22-1).
Asilkarnitin Asil-KoA Oksidasi−β
OKSIDASI-β ASAM LEMAK

GAMBAR 22–1 Peran karnitin dalam pengangkutan asam
MELIBATKAN SERANGKAIAN
lemak rantai-panjang menembus membran dalam mitokondria. Asil-
KoA rantai panjang memasuki ruang antarmembran setelah
pembentukannya oleh asil-KoA sintetase, tetapi tidak bisa melewati
REAKSI PEMUTUSAN DISERTAI
membran mitokondria bagian dalam. Untuk transportasi melintasi
membran, oleh karena itu, kelompok asil ditransfer dari KoA ke
PEMBEBASAN ASETIL-KoA
karnitin oleh karnitin palmitoil transferase I (tertanam dalam Pada oksidasi-a (Gambar 22–2),terjadi pemutusan tiap dua-
membran mitokondria bagian luar). Asilkarnitin terbentuk kemudian karbon dari molekul asil-KoA yang dimulai dari ujung
dapat dibawa ke dalam matriks mitokondria oleh karnitin- asilkarnitin
karboksil. Rantai diputus antara atom karbon -α(2) dan -β(3)
translokase (tertanam dalam membran mitokondria bagian dalam)
dalam pertukaran untuk karnitin bebas. Gugus asil kemudian —karena itu dinamai oksidasi-β. Unit dua-karbon yang
ditransfer kembali ke CoA oleh karnitin palmitoil transferase II, terbentuk adalah asetil-KoA; jadi, palmitoil-KoA
mereformasi asil-KoA, dan dilepaskan karnitin ditransportasikan menghasilkan delapan molekul asetil-KoA.
kembali ke dalam ruang antarmembran melalui enzim translokase.
CoA SH
Asam Lemak Diaktifkan sebelum H3C α
Dikatabolisme ° CO S CoA
Palmitoil-KoA
Asam lemak mula-mula harus diubah menjadi suatu zat
antara aktif sebelum dapat dikatabolisme. Reaksi ini
adalah satu-satunya tahap dalam penguraian sempurna H3C α
suatu asam lemak yang memerlukan energi dari ATP.
Dengan adanya ATP dan koenzim A, enzim asil-KoA ° CO S CoA
sintetase (tiokinase) mengatalisis perubahan asam +
lemak (atau asam lemak bebas) menjadi "asam lemak CH3 CO S CoA
aktif" atau asil-KoA yang menggunakan satu fosfat Asetil-KoA
berenergi-tinggi disertai pembentukan AMP dan PPi Serangkaian pengeluaran unit asetil-KoA (C2)
(Gambar 22–1). PPi dihidrolisis oleh pirofosfatase
anorganik disertai hilangnya fosfat berenergi-tinggi
lainnya yang memastikan bahwa seluruh reaksi berlangsung
8 CH3 CO S CoA
hingga selesai. Asil-KoA sintetase ditemukan di retikulum
Asetil-KoA
endoplasma, peroksisom, serta di bagian dalam dan
membran Iuar mitokondria. GAMBAR 22–2 Gambaran singkat oksidasi-a asam lemak.

BAB 22 Oksidasi Asam Lemak: Ketogenesis 225
Oksidasi-a Rangkaian Reaksi Siklik O
Menghasilkan FADH2 dan NADH

3 2
R CH2 CH2 C O–
Asam lemak
Beberapa enzim yang secara keseluruhan dikenal sebagai CoA SH ATP
"oksidase asam lemak" ditemukan di matriks mitokondria 1

Asil-KoA 2+
sintetase Mg
atau membran dalam di dekat rantai respiratorik. Ini
mengkatalisis oksidasi asil-KoA menjadi asetil-KoA melalui O
AMP + PPi
jalur oksidasi-β. Hasil sistem dalam bentuk siklik yang R

3
CH2
2
CH2 C S CoA
menghasilkan degradasi asam lemak panjang menjadi asetil Asil-KoA
KoA. Dalam proses ini, sej umlah besar dari pengurangan

ekuivalen FADH2 dan NADH yang dihasilkan dan (luar)
digunakan untuk membentuk ATP oleh fosforilasi oksidatif Sisi C
Membran mitokondria dalam C Pengangkut karnitin
(lihat Bab 13) (Gambar 22–3). Sisi M
(dalam)
Tahap pertama adalah pengeluaran dua atom hidrogen

dari atom karbon -2(α) dan -3(β), yang dikatalisis oleh asil- O
KoA dehidrogenase dan memerlukan FAD. Hal ini R
3
CH2
2
CH2 C S CoA
menyebabkan terbentuknya ∆2-trans-enoil-KoA dan FADH2. Asil-KoA
Reoksidasi FADH2 oleh rantai respiratorik memerlukan FAD

perantaraan flavoprotein lain yang disebut flavoprotein Asil-KoA
2
pemindah-elektron (electron-transferring flavoprotein; lihat dehidrogenase 1.5 P
Bab 12). Air ditambahkan untuk menjenuhkan ikatan O

FADH2
Rantai
H 2O
rangkap dan membentuk 3-hidroksi-asil-KoA, yang dikata- R

3
CH
2
CH C S CoA
respiratorik
lisis oleh Δ2-enoil-KoA hidratase. Turunan 3-hidroksi ∆2-trans-Enoil-KoA

mengalami dehidrogenasi lebih lanjut di karbon-3 yang H 2O
dikatalisis oleh (+)-3hidroksi-asil-KoA dehidrogenase 3
∆ 2 -Enoil-KoA
untuk membentuk senyawa 3-ketoasil-KoA padanannya.

hidratase
Dalam hal ini, NAD+ adalah koenzim yang terlibat. OH O
Akhirnya, 3-ketoasil-KoA dipecah di posisi 2,3- oleh tiolase R

3
CH
2
CH2 C S CoA
(3-ketoasil-KoA-tiolase), membentuk asetil-KoA sebuah asil L(+)-3-Hydroksi-

asil-KoA
KoA baru yang lebih pendek 2 karbon dibandingkan dengan
NAD+
molekul asil-KoA semula. Asil-KoA yang terbentuk dalam
L(+)-3-hidroksiasil-
reaksi pemecahan masuk kembali ke jalur oksidatif di reaksi 4 KoA dehidrogenase 2.5 P
2 (Gambar 22–3). Dengan cara ini, sebuah asam lemak NADH + H+ H 2O
Rantai
rantai-panjang dapat diuraikan secara sempurna menjadi O
3 2
O
respiratorik
asetil-KoA (C2 unit-unit). Misalnya, setelah tujuh siklus, R C CH2 C S CoA
asam lemak C16, palmitat, akan dikonversi ke delapan 3-Ketoasil-KoA
molekul Asetil-KoA. Karena asetil-KoA dapat dioksidasi CoA SH

menjadi CO2 dan air melalui siklus asam sitrat (yang juga 5 Tiolase
terdapat di dalam mitokondria), asam lemak dapat
teroksidasi secara sempurna. O O
R C S CoA +CH3 C S CoA

Oksidasi Asam Lemak dengan Jumlah Asil-KoA Asetil-KoA
Atom Karbon Ganjil Menghasilkan

Asetil-KoA ditambah Sebuah Molekul Siklus
asam
sitrat
Propionil-KoA
Asam lemak dengan jumlah atom karbon ganjil dioksidasi 2CO2
melalui jalur oksidasi-β yang menghasilkan asetil-KoA
sampai tersisa sebuah residu tiga karbon (propionil-KoA). GAMBAR 22–3 Oksidasi-β asam lemak. Asil-KoA rantai-panjang
Senyawa ini diubah menjadi suksinil-KoA, suatu konstituen didaur melalui reaksi 2 - 5 , dengan asetil-KoA yang dipecah di setiap
siklus asam sitrat (lihat Gambar 16–2). Karena itu, residu siklus oleh tiolase (reaksi 5 ). Jika radikal asli memiliki panjang hanya
empat atom karbon, 1 2dua
3 4 moleku
3 4 5 asetil-KoA akan terbentuk pada
propionil dari asam lemak rantai-ganjil adalah satu- reaksi 5 . 1 2 3 4
satunya bagian asam lemak yang bersifat glukogenik. 1 2 3 4
Oksidasi Asam Lemak Menghasilkan asam lemak C16 (palmitat) menjadi asetil-KoA (7 × 4 =
Banyak ATP 28). Total terbentuk 8 mol asetil-KoA, dan masing-
masing menghasilkan 10 mol ATP pada oksidasi dalam
Pemindahan elektron dari FADH2 dan NADH melalui siklus asam sitrat sehingga dihasilkan 8 × 10 mol = 80
rantai respiratorik menyebabkan terbentuknya empat mol. Dua ATP harus dikurangi untuk pengaktifan awal
fosfat berenergi-tinggi (lihat Bab 13) pada tiap siklus asam lemak sehingga hasil bersih per mol palmitat adalah
dari tujuh siklus yang dibutuhkan untuk menguraikan

TABEL 22–1 Generasi pada ATP Dari Oksidasi Lengkap dari C16 Asam Lemak
Jumlah Produk Total ATP
Dibentuk (mol)/ ATP Dibentuk Dibentuk (mol)/ ATP Digunakan
Langkah Produk mol palmitat (mol)/mol Produk mol palmitat (mol)/mol palmitat
Aktivasi – 2
Oksidasi-β FADH2 7 1.5 10.5 –
Oksidasi-β H 7 2.5 17.5 –
Siklus asam sitrat A 8 10 80 –
Total ATP dibentuk (mol)/mol palmitat 108

Total ATP digunakan (mol)/mol palmitat 2
Tabel menunjukkan bagaimana oksidasi 1 mol asam lemak C16, palmitat, menghasilkan 106 mol ATP (108 terbentuk secara total-2 digunakan pada langkah aktivasi).
KETOGENESIS TERJADI JIKA LAJU

106 mol ATP, atau 106 x 30,5* = 3233 kJ (Tabel 22–1).
Jumlah ini merupakan 33% energi bebas pembakaran
asam palmitat. OKSIDASI ASAM LEMAK DI HATI
Peroksisom Mengoksidasi Asam Lemak Rantai TINGGI
yang Sangat Panjang Dalam kondisi metabolik dengan laju oksidasi asam lemak
Di peroksisom ditemukan suatu bentuk modifikasi oksidasi- yang tinggi, hati menghasilkan banyak asetoasetat dan d( -)-3-
β dan menyebabkan terbentuknya asetil-KoA dan H2O2 (dari hidroksibutirat (β-hidroksibutirat). Asetoasetat secara terus-
tahap dehidrogenase terkait-flavoprotein), yang diuraikan menerus mengalami dekarboksilasi spontan untuk
oleh katalase (lihat Bab 12). Jadi, dehidrogenasi di menghasilkan aseton. Ketiga zat ini secara kolektif dikenal
peroksisom ini tidak terkait secara langsung dengan sebagai badan keton (juga disebut badan aseton atau [secara
fosforilasi dan pembentukan ATP. Sistem ini memfasilitasi tidak tepat] "keton-keton”) (Gambar 22–5). Asetoasetat dan
oksidasi asam lemak rantai yang sangat panjang (misalnya, 3-hidroksibutirat dapat saling terkonversi oleh enzim
C20, C22). Enzim-enzim ini diinduksi oleh diet tinggi-lemak mitokondria, yakni d( –)-3-hidroksibutirat dehidrogenase;
dan pada beberapa spesies oleh obat hipolipidemik seperti keseimbangan dikendalikan oleh rasio [NAD+]/[NADH]
klofibrat. mitokondria, yi, status redoks. Konsentrasi badan keton total
Enzim-enzim pada peroksisom tidak menyerang asam dalam darah pada mamalia cukup gizi secara normal tidak
lemak rantai pendek; sekuensi oksidasi-β berakhir di melebihi 0.2 mmol/L kecuali pada pemamah biak yang
oktanoil-KoA. Gugus oktanoil dan asetil dioksidasi lebih membentuk 3-hidroksibutirat secara terus-menerus dari asam
lanjut di mitokondria. Peran lain oksidasi-β-peroksisom butirat (suatu produk fermentasi pada pemamah biak) di
adalah memperpendek rantai samping kolesterol dalam dinding perut pertamanya (rumen). In vivo, hati tampaknya
pembentukan asam empedu (lihat Bab 26). Peroksisom juga adalah satu-satunya organ pada hewan nonpemamah biak
ikut serta dalam sintesis gliserolipid eter (lihat Bab 24), yang menambahkan badan keton dalam jumlah bermakna ke
kolesterol, dan dolikol (lihat Gambar 26–2). dalam darah. Jaringan ekstrahepatik memanfaatkan asetoa-
setat dan β-hidroksibutirat sebagai substrat respirasi. Aseton
OKSIDASI ASAM LEMAK TAK-JENUH TERJADI merupakan produk limbah yang, seperti yang stabil, dapat
diekskresikan melalui paru-paru. Karena ada sintesis aktif
MELALUI MODIFIKASI JALUR-OKSIDASI-β tetapi sedikit pemanfaatan badan keton dalam hati, sementara
Ester KoA dari asam lemak tak-jenuh diuraikan oleh enzim- digunakan tetapi tidak diproduksi di jaringan ekstrahepatik,
enzim yang biasanya berperan dalam oksidasi-β sampai ada aliran bersih dari senyawa ke jaringan ekstrahepatik
terbentuk senyawa ∆3-cis-asil-KoA atau ∆4-cis-asil-KoA, (Gambar 22–6).
bergantung pada posisi ikatan rangkap (Gambar 22–4).
Senyawa mengalami isomerisasi ( ∆3cis → ∆2-trans-enoil- 3-Hidroksi-3-Metilglutaril-KoA Adalah Zat
KoA isomerase) ke tahap ∆2-t rans-KoA pada oksidasi-β Antara pada Jalur Ketogenesis
untuk menjalani hidrasi dan oksidasi selanjutnya. Setiap ∆4-
cis-asil-KoA yang tersisa, seperti dalam kasus asam linoleat, Enzim-enzim yang bertanggung jawab dalam pembentukan
atau yang masuk ke jalur di titik ini setelah diubah oleh asil- badan keton terutama berkaitan dengan mitokondria. Dua
KoA dehidrogenase menjadi ∆2-t rans-∆4-cis-dienoil-KoA, molekul asetil-KoA yang terbentuk dalam oksidasi-β menyatu
kemudian akan dimetabolisme seperti yang ditunjukkan (di
Gambar 22–4).
∗Keton jangka sebaiknya tidak digunakan karena ada keton dalam
∗
∆G untuk reaksi ATP, seperti dijelaskan di Bab 11. darah yang tidak badan keton, misalnya piruvat dan fruktosa.

O O
cis cis
12 9 C S CoA CH3 C CH3
CO2 Aseton
Linoleil-KoA
tan
on
3 Siklus
Sp
oksidasi-β 3 Asetil-KoA
O O
cis cis
6 3 C S CoA CH3 C CH2 COO–
Asetoasetat
∆3-cis-∆6-cis-Dienoil-KoA D(–)-3-Hidroksibutirat
dehidrogenase
+
∆3-cis (atau trans) → ∆2-trans-Enoil- NADH + H
KoA isomerase
cis OH
6 2 NAD+
CH3 CH CH2 COO–
s
C S oAC
n
tra
D(–)-3-Hidroksibutirat
O
∆2-trans-∆6-cis-Dienoil-KoA GAMBAR 22–5 Hubungan timbal-balik berbagai Benda keton.

2 D(−)-3-hidroksibutirat dehidrogenase adalah enzim mitokondria.
(tahap ∆ -trans-Enoil-KoA pada oksidasi-β)
1 Siklus
Oksidasi-β Asetil-KoA
membentuk 3-hidroksi-3-metilglutaril-KoA (HMG-KoA). 3-
cis
4 2 Hidroksi-3-metilglutaril-KoA liase kemudian menyebabkan
asetil-KoA terlepas dari HMG-KoA, yang menyisakan
ns
C S CoA
asetoasetat bebas. Atom-atom karbon yang terlepas di molekul
tra
Asil-KoA
dehidrogenase
O
asetil-KoA berasal dari molekul asetoasetil-KoA awal. Agar
∆2-trans-∆4-cis-Dienoil-KoA ∆4-cis-Enoil-KoA terjadi ketogenesis, kedua enzim harus terdapat di
+
H + NADPH ∆ 2-trans-∆4-cis-Dienoil-KoA mitokondria. Hal ini hanya dijumpai di hati dan epitel
reduktase
NADP + pemamah biak. d(−)-3-Hidroksibutirat secara kuantitatif
merupakan badan keton utama yang terdapat dalam darah
O dan urine.
3
C S CoA
Badan Keton Berfungsi Sebagai Bahan

ns
tra
∆3-trans-Enoil-CoA Bakar bagi Jaringan Ekstrahepatik

∆3-cis (atau trans) → ∆2-trans-Enoil-KoA Sementara mekanisme enzimatik aktif menghasilkan
isomerase
asetoasetat dari asetoasetil-KoA di hati, asetoasetat yang
telah terbentuk tidak dapat direaktivasi secara langsung
O kecuali di sitosol, tempat zat ini digunakan di jalur yang jauh
C S CoA kurang aktif sebagai prekursor dalam sintesis kolesterol (Bab
26). Inilah yang menyebabkan pembentukan netto badan
tra
2
ns
keton oleh hati.

∆2-trans-Enoil-KoA Di jaringan ekstrahepatik, asetoasetat diaktifkan
4 Siklus menjadi asetoasetil-KoA oleh suksinil-KoA-asetoasetat
oksidasi-β
KoA transferase. KoA dipindahkan dari suksinil-KoA
untuk membentuk asetoasetil-KoA (Gambar 22–8).
5 Asetil-KoA
Dengan penambahan KoA, asetoasetil-KoA dipecah
GAMBAR 22–4 Rangkaian reaksi dalam oksidasi asam lemak menjadi dua asetil-KoA oleh tiolase dan dioksidasi dalam
tak-jenuh, misalnya asam linoleat. Asam lemak ∆4-cis atau asam siklus asam sitrat. Jika kadarnya dalam darah meningkat,
lemak yang membentuk ∆4-cis-enoil-KoA masuk ke jalur di posisi-
posisi yang diperlihatkan. NADPH untuk tahap dienoil-KoA reduktase
oksidasi badan keton meningkat hingga, (pada konsentrasi
dipasok oleh sumber intramitokondria misalnya glutamat sekitar 12 mmol/L) perangkat oksidatif mengalami
dehidrogenase, isositrat dehidrogenase, dan NAD(P)H trans- kejenuhan. Jika hal ini terjadi, sejumlah besar konsumsi
hidrogenase. oksigen diperlukan untuk mengoksidasi badan keton.
Pada kebanyakan kasus, ketonemia disebabkan oleh
dan membentuk asetoasetil-KoA melalui pembalikan reaksi
meningkatnya produksi badan keton oleh hati dan bukan
tiolase. Asetoasetil-KoA, yang merupakan bahan awal untuk
karena defisiensi pemakaiannya oleh jaringan di luar hati.
ketogenesis, juga secara langsung dibentuk dari empat karbon
terminal asam lemak selama terjadinya oksidasi-β (Gambar Sementara asetoasetat dan d(−)-3-hidroksibutirat mudah
dioksidasi oleh jaringan ekstra-hepatik, aseton sulit
22–7). Kondensasi asetoasetil-KoA dengan molekul lain
dioksidasi in vivo dan umumnya dikeluarkan dari paru.
asetil-KoA oleh 3-hidroksi-3-metilglutaril-KoA sintase

Jaringan
Hati Darah
ekstrahepatik
Asil-KoA FFA
Glukosa Glukosa Asil-KoA
Asetil-KoA Urine Asetil-KoA
Badan Badan
Badan keton
keton keton
Aseton
Siklus Siklus
asam asam
sitrat sitrat
Paru-paru
2CO2 2CO2
GAMBAR 22–6 Pembentukan, pemakaian, dan ekskresi badan keton. (Jalur utama ditunjukkan oleh
tanda panah utuh.)
FFA
ATP
CoA Asil-KoA
sintetase
Esterifikasi Triasilgliserol
Asil-KoA
fosfolipid
Oksidasi-β
(Asetil-KoA)n
O O
CH3 C CH2 C S CoA

Asetoasetil-KoA
HMG-KoA
sintase
CoA SH
Tiolase OH O
H2 O CH3 C CH2 C S CoA

O
*CH2 *COO –
*CH3 *C S CoA CoA SH
3-Hidroksi-3-metil-
Asetil-KoA glutaril-KoA (Hmg-CoA)
HMG-KoA
CH3 CO S CoA liase
Asetil-KoA
Siklus O
asam
sitrat CH3 C
*CH2 *COO–
Asetoasetat
2CO2
NADH + H+
dehidrogenase
NAD+
OH
CH3 CH *CH2 *COO–

GAMBAR 22–7 Jalur ketogenesis di hati. (FFA, asam lemak bebas.)

Jaringan ekstrahepatik,
mis. otot
FFA
Asil-KoA Asetil-KoA
Hati
Oksidasi-β
Tiolase
Asetil-KoA Asetoasetil-KoA
Sukainat OAA
KoA Siklus asam sitrat
HMG-KoA Transferase
Suksinil- Sitrat
KoA 2CO2
Asertoasetat Asetoasetat
NADH + H+ NADH + H+
NAD+ NAD+
3-Hidroksibutirat 3-Hidroksibutirat
GAMBAR 22–8 Transpor badan keton dart hati serta jalur pemakaian dan oksidasi di jaringan
ekstrahepatik.
Pada ketonemia moderat, pengeluaran badan keton

melalui urine hanya mencerminkan sebagian kecil produksi
Triasilgliserol
dan pemakaian badan keton total. Karena terdapat efek
mirip-ambang ginjal (tidak terdapat ambang sejati) yang
berbeda-beda antarspesies dan individu, pengukuran Jaringan adiposa 1
ketonemia dan bukan ketonuria merupakan metode yang Lipolisis
dianjurkan untuk menilai derajat keparahan ketosis.
FFA
KETOGENESIS DIATUR DI TIGA Darah
TAHAP PENTING FFA
1. Ketosis tidak terjadi in vivo, kecuali jika terjadi pe- Hati

ningkatan kadar asam lemak bebas dalam darah yang
berasal dari lipolisis triasilgliserol di jaringan adiposa.
Asil-KoA
Asam lemak bebas (FFA) adalah prekursor badan keton Gerbang
di hati. Hati, baik dalam keadaan kenyang maupun puasa, CPT-I
2 Esterifikasi
mengekstraksi sekitar 30% asam lemak bebas yang Oksidasi−b
melewatinya sehingga pada konsentrasi tinggi, aliran asam
lemak yang melewati hati cukup banyak. Karena itu, Asilgliserol
faktor-faktor yang mengatur mobilisasi asam lemak dari Asetil-KoA

jaringan adiposa penting untuk mengontrol ketogenesis Siklus asam
3
(Gambar 22-9 dan 25-8). sitrat
Ketogenesis
2. Setelah diserap oleh hati, asam lemak bebas mengalami
oksidasi-β menjadi CO2 atau badan keton atau CO2
teresterifikasi menjadi triasilgliserol dan fosfolipid. Badan keton
Masuknya asam lemak ke dalam jalur oksidatif diatur
oleh karnitin palmitoiltransferase-I (CPT-I) (Gambar
GAMBAR 22–9 Regulasi ketogenesis. 1 - 3 1 memperIihatkan
2 3 44 55
tiga tahap penting dalam jalur metabolisme asam lemak bebas
22–1), dan asam lemak lainnya yang terserap (FFA) yang menentukan derajat ketogenesis. (CPT-I, karnitin
diesterifikasi. Aktivitas CPT-1 rendah sehingga oksidasi palmitoiltransferase-I.)
asam lemak berkurang. Pada keadaan puasa, aktivitas
enzim ini meningkat sehingga oksidasi asam lemak juga
meningkat.

Glukosa FFA VLDL

Darah
Hati
Asetil-KoA Asilgliserol
si
Insulin
rifika
+ − Asil-KoA Este
Lipogenesis Asetil-KoA
karboksilase Sitosol
−
Glucagon
Malonil-KoA Karnitin
−
palmitolil- Me
transferase I mit mbr
oko an
Palmitat ndr
ia
Asil-KoA
Mitolondria Oksidasi-β
Asetil-KoA
sis
ene
tog
Ke CO2
Badan keton
GAMBAR 22–10 Regulasi oksidasi asam lemak rantai-panjang di hati. (FFA,

asam lemak bebas; VLDL, lipoprotein berdensitas sangat rendah.) Efek⊝ regulatorik
positif dan negatif ⊝ diwakili oleh tanda panah putus-putus dan aliran substrat
oleh tanda panah utuh.
Malonil-KoA, zat antara awal pada biosintesis asam lemak terbentuk dari oksidasi asam lemak bebas akan konstan
(Gambar 23–1) yang dibentuk oleh asetil-KoA karbok- sewaktu konsentrasinya dalam serum berubah. Hal ini
silase dalam keadaan kenyang adalah inhibitor poten bagi dapat dipahami jika disadari bahwa oksidasi sempurna 1
CPT-I (Gambar 22–10). Pada keadaan-keadaan ini, asam mol palmitat menyebabkan produksi netto 106 mol ATP
lemak bebas masuk ke sel hati dalam konsentrasi rendah dan melalui oksidasi-β dan pembentukan CO2 dalam siklus
hampir semua teresterifikasi menjadi asil-gliserol dan asam sitrat (lihat atas), sementara hanya 26 mol ATP
diangkut keluar hati dalam bentuk lipoprotein berdensitas dihasilkan jika asetoasetat adalah produk akhimya dan
sangat rendah (very low density lipoproteins, VLDL). hanya 21 mol jika 3-hidroksibutirat adalah produk
Namun, seiring dengan meningkatnya konsentrasi asam akhirnya. Jadi, ketogenesis dapat dianggap sebagai
lemak bebas bersamaan onset keadaan lapar, asetil-KoA mekanisme yang memungkinkan hati mengoksidasi
karboksilase dihambat secara langsung oleh asil-KoA, dan asam lemak dalam jumlah besar meskipun terdapat
(malonil-KoA) menurun, yang membebaskan inhibisi pembatasan-pembatasan yang ditimbulkan oleh sistem
terhadap CPT-I dan memungkinkan lebih banyak asil-KoA fosforilasi oksidatif yang terkait erat.
yang mengalami oksidasi-β. Proses-proses ini diperkuat Secara teoretis, penurunan konsentrasi oksaloasetat, ter-
dalam keadaan kelaparan oleh menurunnya rasio
utama di dalam mitokondria, dapat mengganggu kemampu-
(insulin)/(glukagon). Jadi, oksidasi-β dari asam lemak an siklus asam sitrat memetabolisme asetil-KoA dan
bebas dikontrol oleh gerbang masuk CPT-I ke dalam
mengalihkan oksidasi asam lemak menuju ketogenesis.
mitokondria, dan keseimbangan ambilan asam lemak
Penurunan semacam ini dapat terjadi karena meningkatnya
bebas yang tidak dioksidasi mengalami esterifikasi.
rasio (NADH)/(NAD+) akibat meningkatnya oksidasi-β
3. Pada gilirannya, asetil-KoA yang dibentuk dalam asam lemak yang memengaruhi keseimbangan antara
oksidasi-β dioksidasi dalam siklus asam sitrat, atau oksaloasetat dan malat, hal ini menyebabkan berkurangnya
memasuki jalur ketogenesis untuk membentuk badan konsentrasi oksaloasetat, dan saat glukoneogenesis
keton. Seiring dengan meningkatnya kadar asam lemak meningkat, yang terjadi ketika kadar glukosa darah rendah.
bebas serum, semakin banyak asam lemak bebas yang Aktivasi piruvat karboksilase (mengatalisis perubahan
diubah menjadi badan keton dan semakin sedikit yang piruvat menjadi oksaloasetat) oleh asetil-KoA mengurangi
dioksidasi melalui siklus asam sitrat menjadi CO2. sebagian masalah ini, tetapi pada kondisi, seperti kelaparan
Pemisahan asetil-KoA antara jalur ketogenik dan jalur dan diabetes melitus yang tidak terkontrol, overproduksi
oksidasi menjadi CO2 diatur sedemikian rupa sehingga badan keton menyebabkan ketosis.
energi bebas total yang terserap dalam ATP yang

keduanya disebut ketosis. Bentuk dasar ketosis terjadi pada

ASPEK KLINIS keadaan kelaparan dan berupa berkurangnya karbohidrat
Gangguan Oksidasi Asam Lemak yang tersedia disertai oleh mobilisasi asam lemak bebas. Pola
umum metabolisme ini mengalami peningkatan berlebihan
Menyebabkan Penyakit yang Sering sehingga timbul keadaan patologis, seperti dijumpai pada
Disertai dengan Hipoglikemia diabetes melitus, yang tipe 2-nya kini semakin sering
Defisiensi karnitin dapat terjadi terutama pada neonatus— dijumpai di negara-negara Barat; twin lamb disease; dan
dan khususnya bayi prematur—karena kurang memadainya ketosis pada sapi menyusui. Bentuk nonpatologis ketosis
biosintesis atau kebocoran di ginjal. Defisiensi zat ini juga dite¬mukan pada kondisi pemberian makan tinggi lemak dan
dapat terjadi pada hemodialisis. Hal ini mengisyaratkan setelah berolah raga berat pada keadaan pascaabsorptif.
adanya kebutuhan mirip-vitamin akan kamitin dalam Asam asetoasetat dan 3-hidroksibutirat adalah asam
makanan pada sebagian orang. Gejala defisiensi mencakup berkekuatan sedang dan akan disangga jika terdapat di
hipoglikemia yang disebabkan oleh gangguan oksidasi asam dalam darah atau jaringan lain. Namun, ekskresi
lemak dan akumulasi lipid disertai kelemahan otot. Terapi keduanya secara terus-menerus dalam jumlah besar akan
kelainan ini adalah dengan suplementasi karnitin per oral. secara progresif mengurangi cadangan basa sehingga
Defisiensi CPT-I herediter hanya mengenai hati yang timbul ketoasidosis. Pada diabetes melitus yang tak-
menyebabkan berkurangnya oksidasi asam lemak dan terkontrol, hal ini dapat berakibat fatal.
ketogenesis, disertai hipoglikemia. Defisiensi CPT-II
terutama mengenai otot rangka, dan jika parah, hati. Obat RINGKASAN
sulfonilurea (gliburid [glibenklamid] dan tolbutamid), ■■ Oksidasi asam lemak di mitokondria menyebabkan terbentuk-
yang digunakan dalam pengobatan diabetes melitus tipe 2, nya sejumlah besar ATP melalui suatu proses yang disebut
mengurangi oksidasi asam lemak, dan karenanya, oksidasi-β yang memecah unit-unit asetil-KoA secara
hiperglikemia dengan menghambat CPT-I sekuensial dari rantai asil lemak. Asetil-KoA dioksidasi dalam
Defek herediter pada enzim-enzim oksidasi-β dan siklus asam sitrat yang juga menghasilkan ATP.
ketogenesis juga menyebabkan hipoglikemia nonketotik, ■■ Badan keton (asetoasetat, 3-hidroksibutirat, dan aseton)
koma, dan perlemakan hati. Defek dapat terjadi pada 3- dibentuk di mitokondria hati jika laju oksi-dasi asam lemak
hidroksi-asil-KoA dehidrogenase rantai-panjang dan rantai- tinggi. Jalur ketogenesis melibatkan sintesis dan pemecahan 3-
pendek (defisiensi pada enzim rantai-panjang dapat hidroksi-3-metilglutaril-KoA (HMG-KoA) oleh dua enzim
menyebabkan perlemakan hati akut pada kehamilan). kunci, HMG-KoA sintase dan HMG-KoA liase.
Defisiensi 3-Ketoasil-KoA tiolase dan HMG-KoA liase ■■ Badan keton adalah bahan bakar yang penting bagi jaringan
juga memengaruhi penguraian leusin, yakni suatu asam ekstrahepatik.
amino ketogenik (Bab 29). ■■ Ketogenesis diatur di tiga langkah krusial: (1) kontrol mobilisasi
Jamaican vomiting sickness (penyakit muntah Jamaika) asam lemak bebas dari jaringan diposa; (2) aktivitas karnitin
palmitoiltransferase-I di hati, yang menentukan proporsi aliran
timbul karena menyantap buah mentah pohon akee yang
asam lemak yang teroksidasi dan bukan yang teresterifikasi; dan
mengandung toksin hipoglisin yang meng-inaktifkan asil-
(3) pemisahan asetil-KoA antara jalur ketogenesis dan siklus
KoA dehidrogenase (rantai-sedang dan rantai-pendek), asam sitrat.
menghambat oksidasi-β dan menyebabkan hipoglikemia. ■■ Penyakit yang berkaitan dengan gangguan oksidasi asam lemak
Asiduria dikarboksilat ditandai oleh ekskresi asam C6Ć10 menyebabkan hipoglikemia, infiltrasi lemak pada berbagai
ω-dikarboksilat dan oleh hipoglikemia nonketotik, serta organ, dan hipoketonemia.
disebabkan oleh kurangnya asil-KoA dehidrogenase
■■ Ketosis bersifat ringan pada keadaan kelaparan, tetapi parah
(rantai-sedang) di mitokondria. Penyakit Refsum adalah pada diabetes melitus dan ketosis pemamah biak.
suatu penyakit neurologik yang jarang terjadi akibat kelainan
metabolik yang menyebabkan akumulasi asam fitanat yang
ditemukan dalam produk susu serta daging dan lemak
pemamah biak. Asam fitanat diperkirakan memiliki efek REFERENSI
patologis terhadap fungsi membran, prenilasi protein, dan Eaton S, Bartlett K, Pourfarzam M: Mammalian mitochondrial
ekspresi gen. Sindrom Zellweger (serebrohepatorenal) β-oxidation. Biochem J 1996;320:345.
adalah penyakit herediter jarang yang terjadi pada orang Fukao T, Lopaschuk GD, Mitchell GA: Pathways and control of
ketone body metabolism: on the fringe of lipid metabolism.
dengan ketiadaan peroksisom di semua jaringan. Pada
Prostaglandins Leukot Essent Fatty Acids 2004;70:243.
sindrom ini terjadi penimbunart asam polienoat C26Ć38 di Gurr MI, Harwood JL, Frayn K: Lipid Biochemistry. Blackwell
jaringan otak dan pasien juga memperlihatkan lenyapnya Publishing, 2002.
fungsi keseluruhan peroksisom. Penyakit ini menyebabkan Houten SM, Wanders RJA: A general introduction to the
gejala saraf berat dan sebagian besar pasien meninggal dalam biochemistry of mitochondrial fatty acid b-oxidation. J Inherit
tahun pertama kehidupan. Metab Dis 2010;33:469.
Scriver CR, Beaudet AL, Sly WS, et al (editors): The Metabolic and
Ketoasidosis Terjadi Akibat Ketosis yang Molecular Bases of Inherited Disease, 8th ed. McGraw-Hill, 2001.
Berkepanjangan Van Veldhoven PP: Biochemistry and genetics of inherited disorders
of peroxisomal fatty acid metabolism. J Lipid Res 2010;51:2863.
Adanya Badan keton dalam jumlah melebihi kadar normal Wood PA: Defects in mitochondrial beta-oxidation of fatty acids.
dalam darah atau urine masing-masing disebut ketonemia Curr Opin Lipidol 1999;10:107.
(hiperketonemia) atau ketonuria. Secara keseluruhan,

23
B A B
Biosintesis Asam
Lemak dan Eikosanoid
TUJUAN ■ Menggambarkan reaksi yang dikatalisis oleh asetil-KoA karboksilase dan

memahami mekanisme pengaturan aktivitasnya guna mengendalikan laju
Setelah mempelajan bab ini, sintesis asam lemak.
Anda diharapkan dapat: ■ Menguraikan secara garis besar struktur kompleks multienzim asam lemak sintase,
yang menunjukkan urutan enzim-enzim dalam kedua rantai peptida homodimer.
■ Menjelaskan proses sintesis asam lemak rantai panjang melalui kondensasi
berulang unit dua karbon, dengan pembentukan palmitat 16-karbon sebagai
reaksi paling menguntungkan pada kebanyakan jaringan, dan mengidentifikasi
kofaktor-kofaktor yang diperlukan.
■ Menunjukkan sumber ekivalen pereduksi (NADPH) untuk sintesis asam lemak.
■ Memahami bagaimana sintesis asam lemak diatur oleh status gizi dan
mengidentifikasi mekanisme pengendali lain yang bekerja selain memodulasi
aktivitas asetil-KoA karboksilase.
■ Mengidentifikasi asam lemak yang esensial untuk memenuhi kebutuhan gizi
dan menjelaskan mengapa asam-asam ini tidak dapat dibentuk tubuh.
■ Menjelaskan proses sintesis asam lemak tak-jenuh ganda oleh enzim desaturase
dan elongasi.
■ Menguraikan secara garis besar jalur siklooksigenase dan lipoksigenase yang
bertanggung jawab untuk pembentukan berbagai kelompok eikosanoid.
KEPENTINGAN BIOMEDIS membentuk asam lemak eikosanoik (C20) yang menghasil-

kan eikosanoid prostaglandin, tromboksan, leukotrien, dan
Asam lemak disintesis oleh sistem ekstramitokondria, lipoksin. Prostaglandin memerantarai peradangan, nyeri,
yang bertanggungjawab untuk menyintesis palmitat dari dan memicu tidur serta juga mengatur koagulasi darah dan
asetil-KoA di sitosol. Pada sebagian besar mamalia, reproduksi. Obat anti-inflamasi nonsteroid (NSAID)
glukosa adalah substrat utama untuk lipogenesis, tetapi seperti aspirin dan ibuprofen, bekerja dengan menghambat
pada hewan pemamah biak substrat tersebut adalah asetat, sintesis prostaglandin. Leukotrien berefek menimbulkan
yaitu molekul bahan bakar terpenting yang dihasilkan dari kontraksi otot dan bersifat kemotaktik serta penting dalam
makanan. Penyakit-penyakit penting pada jalur ini reaksi alergi dan peradangan.
belum pernah dilaporkan pada manusia. Namun,
inhibisi lipogenesis terjadi pada diabetes melitus tipe 1
(dependen-insulin), dan variasi dalam aktivitas jalur ini JALUR UTAMA UNTUK SINTESIS DE
memengaruhi jenis dan derajat obesitas.
Asam lemak tak-jenuh dalam fosfolipid membran sel NOVO ASAM LEMAK (LIPOGENESIS)
penting untuk mempertahankan fluiditas membran (lihat BERLANGSUNG DI SITOSOL
Bab 40). Rasio asam lemak tak-jenuh ganda terhadap asam
lemak jenuh (rasio P:S) yang tinggi dalam diet dianggap Sistem ini terdapat di banyak jaringan, meliputi hati, ginjal,
bermanfaat untuk mencegah penyakit jantung koroner. otak, paru, kelenjar mamaria, dan jaringan adiposa.
Jaringan hewan memiliki kapasitas yang terbatas untuk Kebutuhan kofaktornya mencakup NADPH, ATP, Mn2+,
mendesaturasi asam lemak, dan memerlukan asam lemak biotin, dan HCO3− (sebagai sumber CO2). Asetil-KoA
tak-jenuh ganda tertentu dalam makanan yang berasal dari adalah substrat langsungnya, dan palmitat bebas adalah
tumbuhan. Asam lemak esensial ini digunakan untuk produk akhirnya.
232

BAB 23 Biosintesis Asam Lemak dan Eikosanoid 233
ATP ADP + Pi
–
Reaksi CH3-CO S-CoA + OOC-CH3-CO S -CoA + H+
keseluruhan HCO3–Acetyl-CoA biotin
Malonil-KoA
Asetil-KoA
karboksilase
biotin-COO–
ATP ADP + Pi
Langkah 1
biotin
Asetil-KoA E1 E1 E2
E2 + HCO3–
kompleks Karboksilase
enzim biotin (E1)
karboksilase BCP BCP
biotin-COO–
biotin
E1 E2 + CH3-CO S-CoA –OOC-CH -CO S -CoA + E1 E2
Langkah 2 3
Asetil-KoA Karboksil Malonil-KoA
transferase (E2)
BCP BCP
GAMBAR 23–1 Biosintesis malonil-Koa oleh karboksilase asetil. Asetil karboksilase adalah
kompleks multienzim yang mengandung dua enzim, karboksilase biotin (E1) dan transferase karboksil
(E2) serta protein pembawa biotin (BCP). Biotin kovalen terkait dengan BCP. reaksi berlangsung dalam 2
langkah. Dalam langkah 1, dikatalisis oleh E1, biotin adalah terkarboksilasi karena menerima COO− gugus
dari HCO3− dan ATP digunakan. Dalam langkah 2, dikatalisis oleh E2, COO− dipindahkan ke asetil-KoA
membentuk malonil-KoA.
Pembentukan Malonil-KoA Adalah Tahap seperti yang diperlihatkan pada Gambar 23–2. Namun,
kristalografi x-ray struktur tiga dimensi menunjukkan bahwa
Awal dan Pengendali dalam Sintesis Asam kompleks ini berupa homodimer dengan dua subunit
Lemak identik, masing-masing mengandung 6 enzim dan satu ACP,
Bikarbonat sebagai sumber CO2 diperlukan dalam reaksi awal tersusun dalarn bentuk X (Gambar 23–2). Posisi domain
untuk karboksilasi asetil-KoA menjadi malonil-KoA dengan ACP dan tioesterase belum dapat dipastikan dengan
keberadaan ATP dan asetil-KoA karboksilase. Enzim ini kristalografi x-ray, mungkin karena keduanya terlalu
memiliki peran utama dalam pengaturan sintesis asam lemak fleksibel, tetapi kedua domain ini diperkirakan terletak dekat
(lihat di bawah). Asetil-KoA karboksilase memerlukan vitamin dengan enzim 3-ketoasilreduktase. Pemakaian satu unit
B, yaitu biotin dan protein multi-enzim yang mengandung fungsional multienzim memiliki keunggulan berupa
subunit-subunit identik dengan jumlah bervariasi, masing- tercapainya efek kompartementalisasi proses di dalam sel
masing mengandung biotin, biotin karboksilase, protein tanpa perlu membentuk sawar permeabilitas, dan sintesis
pembawa biotin karboksil, dan transkarboksilase, serta tempat semua enzim di kompleks tersebut terkoordinasi karena
alosterik regulatorik. Salah satu subunit kompleks dikode oleh satu gen.
mengandung semua komponen, dan variabel jumlah polimer Pada awalnya, suatu molekul priming asetil-KoA
bentuk subunit dalam enzim aktif (lihat Gambar 23–6). Reaksi berikatan dengan gugus´ SH sistein (Gambar 23–3, reaksi
ini berlangsung dalam dua tahap: (1) karboksilasi biotin yang 1a), sementara malonil-KoA berikatan dengan -SH di
melibatkan ATP dan (2) pemindahan gugus karboksil ke asetil- dekatnya pada 4'-fosfopantetein ACP di monomer yang lain
KoA untuk membentuk malonil-KoA. (Gambar 23–1). (reaksi 1b). Reaksi ini dikatalisis oleh malonil asetil
transasilase, untuk membentuk enzim asetil (asil)-malonil.
Kompleks Asam Lemak Sintase Adalah Gugus asetil menyerang gugus metilen di residu malonil,
Suatu Homodimer dengan Dua Rantai yang dikatalisis oleh 3-ketoasil sintase, dan membebaskan
Polipeptida yang Mengandung Enam CO2, membentuk enzim 3-ketoasil (enzim asetoasetil)
(reaksi 2), membebaskan gugus —SH sistein. Dekarboksilasi
Aktivitas Enzim memungkinkan reaksi tersebut berlangsung tuntas, dan
Setelah pembentukan malonil-KoA, asam lemak terbentuk menarik sekuens reaksi keseluruhan ke arah selanjutnya.
oleh asam lemak enzim sintase kompleks. masing-masing Gugus 3-ketoasil akan tereduksi, terdehidrasi, dan kembali
enzim dalam sistem sintase asam lemak berikatan dalam tereduksi (reaksi 3-5) untuk membentuk enzim asil-S jenuh.
kompleks polipeptida multienzim termasuk protein pembawa Molekul malonil-KoA baru berikatan dengan ´SH pada
asil (ACP), yang memiliki fungsi yang mirip dengan KoA 4'fosfopantetein, menggeser residu asil jenuh ke gugus ´SH
dalam jalur β-oksidasi (lihat Bab 22). Kompleks ini sistein bebas. Rangkaian reaksi diulang enam kali lagi
mengandung vitamin asam pantotenat dalam bentuk 4'- sampai terbentuk radikal asil 16-karbon (palmitoil) yang
fosfopantetein (lihat Gambar 44–18). Pada struktur primer jenuh. Senyawa ini dibebaskan dari kompleks enzim oleh
protein, domain-domain enzim berikatan dalam urutan aktivitas enzim keenam di kompleks, yaitu tioesterase

234 BAB V Metabolisme pada Lipid
Ketoasil Malonil/asetil Enoil Ketoasil

N- Hidratase ACP Tioesterase -C
sintase tranasilase reduktase reduktase
Urutan domain enzim pada struktur primen monomer asam lemak sintase
Ketoasil Ketoasil
reduktase Enoil Enoil reduktase
reduktase reduktase
ACP ACP
Hidratase
Tioesterase Tioesterase
Ketoasil
sintase
Malonil/asetil Malonil/asetil
tranasilase tranasilase
Homodimer asam lemak sintase
GAMBAR 23–2 Kompleks multienzim asam lemak sintase. Kompleks ini adalah suatu dimer dengan dua
monomer polipeptida identik dengan enam enzim dan protein pembawa asil (ACP) terikat pada struktur primer
dalam urutan yang diperlihatkan. Kristalografi x-ray struktur tiga-dimensi menunjukkan bahwa kedua monomer
dalam kompleks tersusun dalam bentuk-X. Posisi ACP dan tioesterase belum diketahui, tetapi keduanya
diperkirakan berdekatan dengan domain enzim 3 ketoasilreduktase.
(deasilase). Palmitat bebas harus diaktifkan menjadi asil- membran atau sawar permeabilitas yang menghalangi
KoA sebelum dapat diproses lebih lanjut melalui jalur pemindahan NADPH. Sumber lain NADPH adalah reaksi
metabolik lain. Biasanya palmitat ini mengalami yang mengubah malat menjadi piruvat yang dikatalisis oleh
esterifikasi menjadi asilgliserol, pemanjangan rantai atau "enzim malat" (NADP malat dehidrogenase) (Gambar 23–4)
desaturasi, atau esterifikasi menjadi ester kolesteril. Di dan reaksi isositrat dehidrogenase yang terjadi di luar
kelenjar mamaria, terdapat tioesterase tersendiri yang mitokondria (mungkin bukan sumber yang substansial, kecuali
spesifik untuk residu asil pada C8, C10, or C12, atau pada pemamah biak).
yang kemudian ditemukan dalam lipid susu.
Persamaan untuk sintesis keseluruhan palmitat dari
Asetil-KoA Adalah Bahan Baku Utama Asam
asetil-KoA dan malonil-KoA adalah Lemak
Asetil-KoA dibentuk dari glukosa melalui oksidasi piruvat
CH3CO—S—KoA + 7HOOCCHCO—S—KoA + 14NADPH + 14H + di dalam mitokondria. Namun, karena tidak berdifusi
→ CH3 (CH2 )14 COOH + 7CO2 + 6H2O + 8KoA—SH + 14NADP+ secara siap melintasi membran mitokondria, Asetil-KoA
mentranspor ke dalam sitosol, situs utama dari sintesis asam
Asetil-KoA yang digunakan sebagai primer membentuk lemak, membutuhkan mekanisme khusus yang melibatkan
atom karbon 15 dan 16 pada palmitat. Penambahan seluruh sitrat. Sitrat yang dibentuk setelah kondensasi asetil-KoA
unit C2 selanjutnya adalah melalui malonil-KoA. Propionil- dengan oksaloasetat di siklus asam sitrat di dalam
KoA bekerja sebagai primer untuk sintesis asam lemak mitokondria, dipindahkan ke dalam kompartemen
rantai-panjang dengan jumlah atom karbon ganjil yang ekstramitokondria melalui pengangkut trikarboksilat,
ditemukan terutama di susu dan lemak hewan pemamah dengan keberadaan KoA dan ATP, zat ini kemudian
biak. mengalami penguraian menjadi asetil-KoA dan
oksaloasetat yang dikatalisis oleh ATP-sitrat liase, yang
Sumber Utama NADPH untuk Lipogenesis aktivitasnya meningkat dalam keadaan kenyang. Asetil-
adalah Jalur Pentosa Fosfat KoA kemudian tersedia untuk membentuk malonil-KoA
NADPH berperan sebagai donor ekuivalen pereduksi pada dan sintesis palmitat (Gambar 23–4). Oksaloasetat yang
reduksi 3-ketoasil dan turunan 2-3-asil tak-jenuh (Gambar terbentuk dapat membentuk malat melalui malat
23–3, reaksi 3 dan 5). Reaksi oksidatif jalur pentosa fosfat (lihat dehidrogenase terkait-NADH, diikuti oleh pembentukan
Bab 20) adalah sumber utama hidrogen yang diperlukan untuk NADPH melalui enzim malat. NADPH kemudian dapat
sintesis reduktif asam-asam lemak. Secara bermakna, jaringan digunakan untuk lipogenesis, dan piruvat dapat diguna-kan
yang mengkhususkan din dalam lipogenesis aktif—yi, hati, untuk membentuk kembali asetil-KoA setelah diangkut ke
jaringan adiposa, dan kelenjar mamalia dalam keadaan dalam mitokondria. Jalur ini adalah cara untuk
menyusui—juga memiIiki jalur pentosa fosfat aktif. Selain itu, memindahkan ekuivalen pereduksi dari NADH
kedua jalur metabolik ditemukan di sitosol sel; sehingga tidak ada ekstramitokondria ke NADP. Cara lain adalah malat itu
sendiri dapat diangkut ke dalam membran mitokondria

*CO2
Asetil-KoA *Malonyl-CoA
C2 Asetil-KoA C3
karboksilase
1a
HS Pan 1 Cys SH 1b CoA
Malonil asetil Cn transfer from
transasilase Malonil asetil
transasilase
HS Cys 2 Pan SH CoA 2 to 1
C2
Kompleks multienzim O
asam lemak sintase
1 Cys S C CH3
O
2 Pan S C CH2 *COO – (C3 )
Enzim asil (asetil)-malonil
3-Ketoasil
2
*CO2 sintase
1 Cys SH
O O
2 Pan S C CH2 C CH3

Enzim 3-Ketoasil
(enzim asetoasetil)
NADPH + H+
3-Ketoasil
reduktase 3
+
NADP
1 Cys SH
O OH
2 Pan S C CH2 CH CH3

Pembentukan
NADPH Enzim D(–)-3-hidroksiasil
Jalur pentosa
fosfat Hidratase 4
Isositrat H 2O
dehidrogenase
Enzim
malat 1 Cys SH
2 Pan S C CH CH CH3
Enzim 2,3-asil tak-jenuh
NADPH + H+
Enoil reduktase 5
NADP+
H 2O
1 Cys SH
Tioesterase
O
Setelah daur tujuh kali
2 Pan S C CH2 CH2 CH3 (Cn )
tahap 2 – 5
Acyl enzyme
Palmitat
KUNCI: 1 , 2 , masing-masing monomer asam lemak sintase
GAMBAR 23–3 Biosintesis asam lemak rantai-panjang. Rincian mekanisme penambahan satu residu
malonil menyebabkan rantai asil tumbuh sebanyak dua atom karbon. (Cys, residu sistein; Pan, 4ʹ-
fosfopantetein.) Kotak yang diperlihatkan dalam warna biru mula-mula mengandung sebuah unit C2 yang
berasal dari asetil-KoA (seperti diperlihatkan) dan kemudian terbentuk unit Cn di reaksi 5.
untuk kembali membentuk oksaloasetat. Perhatikan bahwa spesies-spesies ini, asetat (berasal dari pencernaan
pengangkut sitrat (trikarboksilat) dalam membran karbohidrat di perut pertama hewan pemamah biak
mitokondria membutuhkan malat untuk bertukar dengan [rumen] dan diaktifkan menjadi asetil-KoA di luar
sitrat (lihat Gambar 13–10). Ada sedikit ATP-sitrat liase mitakondria) adalah sumber utama asetil-KoA.
atau enzim malat di pemamah biak, mungkin karena

Glukosa Palmitat
Glukosa-6-fosfat
NADP+
PPP NADP+
Fruktosa-6-fosfat
NADPH
NADPH + H+
+ H+
Enzim
malat
Gliseraldehida Malat
dehidrogenase Malonil-CoA
3-fosfat
NAD + Malate CO2
Gliseraldehida- ATP
3-fosfat Asetil-KoA
dehidrogenase karboksilase
NADH + H + Oksaloasetat CO2
Piruvat
Asetil-KoA
Sitol ATP- CoA

sitrat CoA ATP Asetat
liase ATP
Sitrat H+ Sitrat Isositrat
Isositrat
Bagian luar dehidrogenase
T P Membran metokondria dalam T
Piruvat Bagian
dehidrogenase dalam
Malat
Piruvat Asetil-KoA
Mitokondria
α-Ketoglutarat
Oksaloasetat Sitrat
NADH + H+
Siklus asam sitrat
NAD+
Malat α-Ketoglutarat
K
GAMBAR 23–4 Penyediaan asetil-KoA dan NADPH untuk lipogenesis. (K, α-pengangkut ketoglutarat;
P, pengangkut piruvat; PPP, jalur pentosa fosfat; T, pengangkut trikarboksilat.)
Pemanjangan Rantai Asam Lemak Status nutrisi organisme merupakan faktor utama yang
mengatur laju lipogenesis. Oleh sebab itu, laju ini tinggi pada
Terjadi di Retikufum Endoplasma hewan yang mendapat makanan cukup dan mengandung
Jalur ini (“sistem mikrosom”) memperpanjang asil-KoA proporsi karbohidrat yang tinggi. Lipogenesis berkurang
jenuh dan tak-jenuh (dari C10 ke atas) oleh dua karbon pada asupan kalori yang terbatas, diet tinggi-lemak, atau
dengan menggunakan malonil-KoA sebagai donor asetil defisiensi insulin seperti pada diabetes melitus. Keadaan
dan NADPH sebagai reduktan, dan dikatalisis oleh sistem yang terakhir ini menyebabkan peningkatan kadar asam
enzim asam lemak elongase di mikrosom (Gambar 23–5). lemak bebas plasma, dan telah dibuktikan adanya hubungan
Pemanjangan stearil-KoA di otak meningkat dengan terbalik antara lipogenesis di hati dan kadar asam lemak
cepat sewaktu mielinisasi untuk menghasilkan asam bebas serum. Lipogenesis meningkat jika makanan yang
lemak C22 dan C24 untuk sfingolipid. masuk berupa sukrosa dan bukan glukosa karena fruktosa
memintas titik kontrol fosfofruktokinase pada glikolisis
STATUS NUTRISI MENGATUR dan memenuhi jalur lipogenik (lihat Gambar 20–5).
LIPOGENESIS LIPOGENESIS DIATUR OLEH

Pada banyak hewan, kelebihan karbohidrat disimpan
dalam bentuk lemak sebagai antisipasi dalam meng- MEKANISME JANGKA-PENDEK DAN
hadapi masa-masa defisiensi kalori, misalnya kelaparan,
hibernasi, dsb dan simpanan ini juga yang menghasilkan
JANGKA-PANJANG
energi untuk digunakan di antara waktu makan pada hewan, Sintesis asam lemak rantai-panjang dikontrol dalam jangka-
termasuk manusia yang makan dengan interval tertentu. pendek oleh modifikasi alosterik dan kovalen enzim serta
Lipogenesis mengubah kelebihan glukosa dan zat-zat dalam jangka-panjang oleh perubahan ekspresi gen-gen yang
antara, misalnya piruvat, laktat, dan asetil-KoA menjadi mengatur laju sintesis enzim.
lemak yang membantu fase anabolik siklus makan tersebut.

O O
Sitosol Dimer inaktif
R CH2 C S CoA + CH2 C S CoA Mitokondria
COOH + fosforilasi
Sitrat SITRAT +
Asil-KoA Malonil-KoA – +
Pengangkut
trikarboksilat
3-Ketoasil-KoA Polimer aktif
sintase CoA SH + CO2
Asetil KoA Malonil KoA

O O
ASAM LEMAK
R CH2 C CH2 C S CoA SINTASE
3-Ketoasil-KoA Palmitoil KoA
GAMBAR 23–6 Regulasi asetil-KoA karboksilase. Asetil-KoA

NADPH + H+
karboksilase diaktifkan oleh sitrat yang mengu bah enzim ini dari dimer
3-Ketoasil-KoA inaktif menjadi bentuk polimerik aktif. Inaktivasi dipicu oleh fosforilasi
reduktase enzim dan moiekul asil-KoA rantai panjang seperti palmitoil-KoA. Selain
NADP+ itu, asil-KoA menghambat pengangkut trikarboksilat yang mengangkut
sitrat dari mitokondria ke dalam sitosol sehingga menurunkan
OH O
konsentrasi sitrat di sitosol dan membuat inaktivasi enzim menjadi lebih
R CH2 CH CH2 C S CoA menguntungkan.
3-Hidroksiasil-KoA
otomatis mengurangi sintesis asam lemak baru. Asil-KoA
juga menghambat pengangkut trikaboksilat mitokondria
3-Hidroksiasil-KoA sehingga mencegah pengaktifan enzim oleh perpindahan
dehidrase H2O sitrat dari mitokondria ke dalam sitosol (Gambar 23–6).
Asetil-KoA karboksilase juga diatur oleh hormon, se-
O perti glukagon, epinefrin, dan insulin melalui perubahan
R CH2 CH CH C S CoA pada status fosforilasinya (rincian di Gambar 23–7).
2-trans-Enoil-KoA
Piruvat Dehidrogenase Juga Diatur oleh
NADPH + H+
2-trans-Enoil-KoA
Asil-KoA
reduktase Asil-KoA menyebabkan inhibisi piruvat dehidrogenase
dengan menghambat pengangkut pertukaran ATP-ADP di
NADP+
membran dalam mitokondria, Hal ini menyebabkan
O
peningkatan rasio (ATP)/(ADP) intramitokondria sehingga
R CH2 CH2 CH2 C S CoA
konversi piruvat dehidrogenase aktif menjadi inaktif juga
Asil-KoA meningkat (lihat Gambar 17–6), ini mengatur ketersediaan
GAMBAR 23–5 Sistem elongase mikrosom untuk asetil-KoA untuk lipogenesis. Selain itu, oksidasi asil-KoA
memperpanjang rantai asam lemak. NADH juga digunakan oleh karena peningkatan kadar asam lemak bebas dapat me-
reduktase, tetapi NADPH lebih disukai. ningkatkan rasio (asetil-KoA)/(KoA) dan (NADH)/(NAD+)
di mitokondria sehingga piruvat dehidrogenase terhambat.
Asetil-KoA Karboksilase Adalah Enzim
Insulin Juga Mengatur Lipogenesis
Terpenting pada Pengaturan Lipogenesis
Melalui Mekanisme Lain
Asetil-KoA karboksilase adalah suatu enzim alosterik dan
Insulin merangsang lipogenesis melalui beberapa meka-
diaktifkan oleh sitrat, yang konsentrasinya meningkat pada
nisme lain serta dengan meningkatkan aktivitas asetil-
keadaan kenyang dan merupakan indikator banyaknya
KoA karboksilase. Hormon ini meningkatkan transpor
pasokan asetil-KoA. Sitrat memicu perubahan enzim ini dari
glukosa ke dalam sel (misalnya di jaringan adiposa), dan
bentuk dimer tidak-aktif (dua subunit kompleks enzim)
meningkatkan ketersediaan baik piruvat untuk sintesis asam
menjadi bentuk polimer aktif, dengan massa molekular
lemak maupun gliserol 3-fosfat untuk esterifikasi asam lemak
beberapa juta. Inaktivasi terjadi melalui fosforilasi enzim dan
yang baru terbentuk (lihat Gambar 24–2), serta juga
melalui molekul asil-KoA rantai-panjang, yakni suatu contoh
mengubah bentuk inaktif piruvat dehidrogenase menjadi
inhibisi umpan-balik negatif oleh produk reaksi (Gambar
bentuk aktif di jaringan adiposa tetapi tidak di hati. Insulin
23–6). Oleh karena itu, jika asil-KoA menumpuk karena zat
juga—dengan kemampuannya menekan kadar cAMP
ini tidak cukup cepat diesterifikasi atau karena peningkatan
intrasel—menghambat lipolisis di jaringan adiposa
lipolisis atau influks asam lemak bebas ke dalam jaringan, zat
sehingga mengurangi kadar asam lemak bebas dalam plasma
ini akan secara
dan asil-KoA rantai-panjang, yakni suatu inhibitor
lipogenesis.

Protein
Pi fosfatase 16 9 COOH
H2O
Asam palmitoleat (ω7, 16:1, ∆9)
Asetil-KoA Asetil-KoA 18 9 COOH

karboksilase P karboksilase
(inakif) Asam oleat (ω9, 18:1, ∆9)
(aktif)
12 9
COOH
Asetil-
18
KoA
*Asam linoleat (ω6, 18:2, ∆9,12)
ATP
AMPK ADP COOH
H2O (aktif)
18 15 12 9
Malonil-
*Asam α-linolanat (ω3, 18:3, ∆9,12,15)
KoA P
Insulin AMPKK 14 11 8 5
COOH
+
AMPK + +
20
(inaktif) *Asam arakidonat (ω6, 20:4, ∆5,8,11,14)

Pi ATP
Asil-KoA
20 17 14 11 8 5 COOH
Protein kinase
Glikagon cAMP Asam eikosapentaenoat (ω3, 20:5, ∆5,8,11,14,17)
+ + dependen-cAMP
GAMBAR 23–8 Struktur beberapa asam lemak tak-jenuh.
GAMBAR 23–7 Regulasi asetil-KoA karboksilase melalui Meskipun atom-atom karbon di molekul biasanya diberi nomor—yi,
fosforilasi/defosforilasi. Enzim diina ktifkan melalui fosforilasi oleh dinomori dari terminal karboksil—nomor ω (mis, ω7 pada asam
protein kinase yang diaktifkan oleh AMP (AMPK), yang selanjutnya palmitoleat) dihitung dari ujung kebalikan (terminal metil) molekul.
mengalami fosforilasi dan diaktifkan oleh kinase protein kinase yang Contohnya, informasi dalam tanda kurung memperlihatkan bahwa
diaktifkan oleh AMP (AMPKK). Glukagon (dan epinefrin) meningkatkan asam α-linolenat mengandung ikatan rangkap yang dimulai di karbon
cAMP sehingga mengaktifkan enzim AMPKK melalui protein kinase ketiga dari terminal metil, memiliki 18 karbon dan memiliki 3 ikatan
dependen-CAMP. Kinase enzim kinase juga diduga diaktifkan oleh asil- rangkap yang terletak di karbon ke-9, 12, dan 15 dari terminal
KoA. Insulin mengaktifkan asetil-KoA karboksilase melalui defosforilasi karboksil. (Tanda bintang: Digolongkan sebagai "asam lemak
AMPK. esensial.”)
Kompleks Asam Lemak Sintase dan Asetil-

KoA Karboksilase Adalah Enzim Adaptif berasal dari asam oleat, linoleat, dan α-linolenat melalui
Kedua enzim ini beradaptasi terhadap kebutuhan fisiologis pemanjangan rantai. Asam palmitoleat dan cleat tidak
tubuh dengan meningkatkan jumlah totalnya pada keadaan esensial dalam makanan karena jaringan dapat menyisipkan
kenyang dan menurunkan jumlahnya pada keadaan ikatan rangkap di posisi Δ9 suatu asam lemak jenuh. Asam
kelaparan, diet tinggi lemak, dan diabetes melitus. Insulin linoleat dan α-linolenat adalah satu-satunya asam lemak
adalah hormon penting yang menyebabkan ekspresi gen dan yang esensial guna mencapai nutrisi yang lengkap bagi
induksi biosintesis enzim, dan glukagon (melalui cAMP) banyak spesies hewan, termasuk manusia, dan dikenal
melawan efek ini. Menyantap lemak yang mengandung sebagai asam lemak yang secara nutrisional esensial. Pada
asam lemak tak-jenuh ganda secara terpadu mengatur sebagian besar mamalia, asam arakidonat dapat dibentuk
inhibisi ekspresi enzim-enzim kunci glikolisis dart dari asam linoleat. Ikatan rangkap dapat dibentuk di posisi
lipogenesis. Mekanisme regulasi jangka-panjang lipogenesis Δ4, Δ5, Δ6, dan Δ9 (lihat Bab 21) pada kebanyakan hewan,
memerlukan waktu beberapa hari sebelum bermanifestasi tetapi tidak pernah melewati posisi Δ9. Sebaliknya, tumbuhan
secara penuh serta memperkuat efek langsung dan segera dari mampu membentuk asam lemak yang secara nutrisional
asam Iemak bebas dan hormon, seperti insulin dan glukagon. esensial dengan menyisipkan ikatan rangkap di posisi Δ12 dan
Δ15.
SEBAGIAN ASAM LEMAK TAK- ASAM LEMAK TAK-JENUH TUNGGAL
JENUH GANDA TIDAK DAPAT DISINTESIS OLEH SISTEM Δ9
DISINTESIS OLEH MAMALIA DAN DESATURASE
SECARA NUTRISIONAL BERSIFAT Beberapa jaringan, termasuk hati, dianggap dapat mem-
ESENSIAL bentuk asam lemak tak-jenuh tunggal nonesensial dari asam
lemak jenuh. ikatan rangkap pertama yang disisipkan ke
Asam lemak tak-jenuh rantai-panjang tertentu yang secara dalam suatu asam lemak jenuh hampir selalu terletak di posisi
metabolik penting bagi mamalia diperlihatkan di Gambar
Δ9. Suatu sistem enzim—∆9 desaturase (Gambar 23–9)—di
23–8. Asam lemak polienoat C20, C22, dan C24 dan lain dapat retikulum endoplasma akan mengatalisis perubahan

Stearoil KoA ditemukan di minyak nabati (lihat Tabel 21–2) dan dalam
jumlah kecil di tubuh hewan. Asam lipid esensial
O2 + NADH + H+
diperlukan untuk membentuk prostaglandin, tromboksan,
∆9 Desaturase Sit b5 leukotrien, dan lipoksin (lihat bawah), dan asam-asam ini
juga memiliki beragam fungsi lain yang kurang diketahui.
NAD++ 2H2O Asam-asam lemak ini ditemukan dalam lemak struktural sel,
Oleoil KoA sering di posisi 2 fosfolipid, dan berkaitan dengan integritas
GAMBAR 23–9 ∆ 9
Desaturase mikrosom. struktural membran mitokondria.
Asam arakidonat terdapat di membran dan merupakan
5% sampai 15% asam lemak dalam fosfolipid. Asam dokosa-
palmitoil-KoA atau stearoil-KoA masing-masing menjadi heksaenoat (DHA; ω3, 22:6), yang disintesis sampai tingkat
palmitoleoil-KoA atau oleoil-KoA. Reaksi ini memerlukan tertentu dari asam α-linolenat atau diperoleh secara langsung
oksigen dan NADH atau NADPH. Enzim-enzim ini dari minyak ikan, terdapat dalam konsentrasi tinggi di retina,
tampaknya mirip dengan sistem monooksigenase yang korteks serebrum, testis, dan sperma. DHA sangat diperlukan
melibatkan sitokrom b5 (lihat Bab 12). untuk perkembangan otak dan retina serta dipasok melalui
plasenta dan susu. Pasien dengan retinitis pigmentosa
dilaporkan memperlihatkan kadar DHA darah yang rendah.
Pada defisiensi asam lemak esensial, asam polienoat
SINTESIS ASAM LEMAK TAK-JENUH nonesensial dari famili ω9, terutama asam Δ5,8,11-eikosatrienoat
GANDA MELIBATKAN SISTEM (ω9 20:3) (Gambar 23–10), menggantikan asam lemak
esensial dalam fosfolipid, lipid kompleks lain dan membran.
ENZIM DESATURASE DAN Rasio triena: tetraena dalam lipid plasma dapat digunakan
untuk mend iagnosis tingkat defisiensi asam lemak esensial.
ELONGASE
Ikatan-ikatan rangkap tambahan yang disisipkan ke dalam
asam lemak tak-jenuh tunggal yang sudah ada selalu EIKOSANOID DIBENTUK DAN ASAM
dipisahkan satu sama lain oleh satu gugus metilen (methylene LEMAK TAK-JENUH GANDA C20
interrupted) kecuali pada bakteri. Karena memiliki Δ9
desaturase, hewan dapat membentuk famili ω9 (asam oleat) Arakidonat dan beberapa asam lemak tak-jenuh ganda C20
asam lemak tak-jenuh secara lengkap dengan cara kombinasi lainnya menghasilkan eikosanoid, yaitu senyawa yang
pemanjangan dan desaturasi rantai ( Gambar 23–9 dan 23– secara fisiologis dan farmakologis aktif dan dikenal sebagai
10) setelah pembentukan asam lemak jenuh dengan jalur yang prostaglandin (PG), tromboksan (TX), leukotrien (LT),
dijelaskan dalam bab ini. Namun, seperti ditunjukkan di atas, dan lipoksin (LX) (lihat Bab 21). Secara fisiologis, senyawa
asam linoleat (ω6) atau α-linolenat ( ω3) yang diperlukan golongan ini dianggap bekerja sebagai hormon lokal yang
untuk sintesis anggota lain famili ω6 atau ω3 (jalur yang berfungsi melalui reseptor terkait-protein G untuk
ditunjukkan pada Gambar 23–10) dan harus dipasok dari menimbulkan efek biokimiawinya.
makanan. Linoleat dapat diubah menjadi arakidonat ( 20:4 ω6) Terdapat tiga kelompok eikosanoid yang disintesis dari
melalui γ-linolenat (18:3 v6). Kebutuhan gizi untuk asam eikosanoat C20 yang berasal dari asam lemak esensial
arakidonat dapat diabaikan jika linoleat dalam diet memadai. linoleat and `-linolenat, atau secara langsung dari
Kucing, bagaimanapun, tidak dapat melaksanakan konversi eikosapentaenoat dan arakidonat dalam makanan (Gambar
ini karena tidak adanya Δ6 desaturase dan harus mendapatkan 23–11). Arakidonat dapat diperoleh dari makanan, tetapi
arakidonat dalam makanan mereka. Sistem desaturasi dan biasanya berasal dari posisi 2 fosfolipid di membran
pemanjangan rantai sangat berkurang pada keadaan kelaparan plasma oleh kerja fosfolipase A2 (Gambar 24–6), adalah
sebagai respons terhadap pemberian glukagon dan epinefrin, substrat untuk membentuk PG2, seri TX2 (prostanoid)
dan jika tidak terdapat insulin seperti pada diabetes melitus melalui jalur siklooksigenase, atau rangkaian LT4 dan LX4
tipe 1. melalui jalur lipoksigenase, dengan kedua jalur yang
bersaing memperebutkan substrat arakidonat (Gambar 23–
GEJALA DEFISIENSI TERJADI JIKA 11).
ASAM LEMAK ESENSIAL (EFA) JALUR SIKLO-OKSIGENASE
TIDAK TERDAPAT DALAM BERPERAN DALAM SINTESIS
MAKANAN PROSTANOID
Tikus yang diberi makan diet nonlemak yang mengandung
Sintesis prostanoid (Gambar 23–12) menggunakan dua
vitamin A dan D memperlihatkan penurunan laju per-
molekul O2 dan dikatalisis oleh siklo-oksigenase (COX)
tumbuhan dan defisiensi reproduksi yang dapat dipulihkan
(juga disebut prostaglandin H sintase), yi suatu enzim
dengan penambahan asam linoleat, α-linolenat, dan
yang memiliki dua aktivitas, siklo-oksigenase dan
arakidonat ke dalam diet. Asam-asam lemak ini banyak
peroksidase. COX terdapat sebagai dua isoenzim, COX-1

Famili Famili Famili

ω9 ω6 ω3
Asam oleat Asam linoleat Asam α-linolenat
18:1 ω9 – 18:2 ω6 – 18:3 ω3
E 6 6 6
∆ DS ∆ DS ∆ DS
20:1 ω9 18:2 ω9 18:3 ω6 (GLA) 18:4 ω3
E E
E E
22:1 ω9 20:2 ω9 20:3 ω6 20:4 ω3
E 5 5
∆ DS
5 ∆ DS ∆ DS
24:1 ω9 20:3 ω9 20:4 ω6 (AA) 20:5 ω3 (EPA)
E E
Menumpuk pada
defisiensi asam 22:4 ω6 22:5 ω3
lemak esensial E E
Retikulum endoplasma
24:4 ω6 24:5 ω3
6 6
∆ DS ∆ DS
24:5 ω6 24:6 ω3
OKSIDASI-β
Peroksisom 22:5 ω6 22:6 ω3 (DHA)
GAMBAR 23–10 Biosintesis famili ω9, ω6, dan ω3 asam lemak tak-jenuh
ganda. Pada hewan, ω9, ω6, dan ω3 keluarga asam lemak tak jenuh ganda
disintesis di retikulum endoplasma dari oleat, linoleat dan β-linolenat asam,
masing-masing, dengan serangkaian reaksi elongasi dan desaturasi. Produksi 22: 5
ω6 (asam osbond) atau 22: 6 ω3 (asam dokosaheksaenoat (DHA)), bagaimanapun,
memerlukan satu siklus β-oksidasi yang terjadi di dalam peroksisom setelah
pembentukan 24: 5 ω6 atau 24: 6 ω3. AA, asam arakidonat; E, elongase; EFA, asam
lemak esensial; EPA, asam eikosapentaenoik; GLA, γ-linolenat; DS, desaturase. , –
Inhibisi.
dan COX-2. Produknya, suatu endoperoksida (PGH), Siklo-oksigenase Adalah Suatu "Enzim Bunuh
diubah menjadi prostaglandin D dan E serta tromboksan
(TXA2) dan prostasiklin (PGI2). Masing-masing jenis
Diri"
sel menghasilkan hanya satu jenis prostanoid. NSAID “Pemadaman” aktivitas prostaglandin sebagian disebabkan
aspirin menghambat COX-1 dan COX-2. NSAID lain oleh suatu sifat luar biasa siklooksigenase —yaitu
mencakup indometasin dan ibuprofen, dan biasanya menghancurkan diri sendiri; yi, itu adalah “enzim bunuh-
menghambat siklo-oksigenase dengan bersaing dengan diri.” Selain itu, inaktivasi prostaglandin oleh 15-
arakidonat. Karena inhibisi COX-1 menyebabkan iritasi hidroksiprostaglandin dehidrogenase berlangsung cepat.
lambung yang sering berkaitan dengan konsumsi NSAID, Penghambatan terhadap kerja enzim ini oleh sulfasalazin
obat-obat baru yang secara selektif menghambat atau indometasin dapat memperlama waktu-paruh
COX-2 (koksib) kini sedang dikembangkan. Namun prostaglandin dalam tubuh.
sayangnya, keberhasilan ancangan ini terbatas dan beberapa
koksib telah ditarik atau dihentikan dari pasar karena efek LEUKOTRIEN DAN LIPOKSIN
samping yang tidak diinginkan dan masalah keamanan.
Transkripsi COX-2—bukan COX-1—dihambat sepenuhnya
DIBENTUK OLEH JALUR
oleh kortikosteroid anti-inflamatorik. LIPOKSIGENASE
Leukotrien adalah suatu famili triena terkonjugasi yang
Asam Lemak Esensial Tidak Menimbulkan dibentuk dari asam eikosanoat di leukosit, sel mastositoma,
Efek Fisiologisnya Semata-Mata Melalui trombosit, dan makrofag oleh jalur lipoksigenase sebagai
Sintesis Prostaglandin respons terhadap rangsang imunologis dan nonimunologis.
Terdapat tiga lipoksigenase (dioksigenase) berbeda yang
Peran asam lemak esensial dalam membentuk membran
menyisipkan oksigen ke posisi 5, 12, dan 15 di asam
tidak berkaitan dengan pembentukan prostaglandin. Pros-
arakidonat yang menghasilkan hidroperoksida (HPETE).
taglandin tidak menghilangkan gejala-gejala defisiensi asam
Hanya 5-lipoksigenase yang membentuk leukotrien (rincian
lemak esensial, dan defisiensi asam lemak esensial tidak
di Gambar 23–13). Lipoksin adalah famili tetraena
disebabkan oleh inhibisi sintesis prostaglandin.
terkonjugasi yang juga terbentuk di leukosit. Senyawa
goiongan ini dibentuk oleh kerja kombinasi lebih dari satu
lipoksigenase (Gambar 23–13).

Makanan Membran fosfolipid
Fosfolipase Angiotensin II
Linoleat A2 + bradikinin
epinefrin
trombin
–2H
γ-Linolenat Kelompok 1 Makanan Kelompok 2

Prostanoid Prostanoid
+2C PGE1 PGD2
1 PGF1 1 PGE2
TXA1 PGF2
COOH PGI2
COOH –2H
TXA2
Leukotrien
LTA3 Leukotrien Lipoksin
8,11,14-Eikosatrienoat 5,8,11,14- LTA4 LXA4
2 LTC3
(dihomo γ-linolenat) 2 LTB4 LXB4
LTD3 Eikosatetraenoat
LTC4 LXC4
Arakidonat LTD4 LXD4
LTE4 LXE4
Kelompok 3
Prostanoid
PGD3
PGE3
1
PGF3
COOH PGI3
–2H
Eikosatetraenoat TXA3
Leukotrien
+2C 5,8,11,14,17- LTA5
Eikosapentaenoat 2 LTB5
LTC5
Oktadekatetraenoat
–2H Makanan
α-Linolenat
Makanan
GAMBAR 23–11 Tiga kelompok eikosanoid dan asal biosintesis masing-masing. 1 Jalur 2 3 siklooksigenase;
4 5 2 jalur
lipoksigenase;
3 4 5 LT, leukotrien; LX, lipoksin; PG, prostaglandin; PGI, prostasiklin;TX,tromboksan.) Subskrip menunjukkan
jumlah total ikatan rang kap di moleku I dan seri asal senyawa.
ASPEK KLINIS sindrom Sjögren-Larsson, degenerasi neuronal multisistem,

penyakit Crohn, sirosis dan alkoholisme, dan sindrom Reye.
Gejala Defisiensi Asam Lemak Esensial Peningkatan kadar asam polienoat rantai yang sangat-
panjang pernah dijumpai di otak pasien sindrom Zellweger
pada Manusia Mencakup Lesi Kulit dan (lihat Bab 22). Diet dengan rasio P:S (asam lemak tak-jenuh
Gangguan Transpor Lipid ganda:jenuh) yang tinggi mengurangi kadar kolesterol serum
Pada orang dewasa yang mengonsumsi diet biasa, belum dan dianggap bermanfaat dari segi risiko timbulnya penyakit
pernah dilaporkan terjadinya defisiensi asam lemak esensial. jantung koroner.
Namun, bayi yang mendapat makanan formula rendah lemak
dan pasien yang mendapat nutrisi hanya melalui intravena
rendah-lemak jangka-panjang memperlihatkan gejala-gejala Asam Lemak Trans Diduga Berperan dalam
defisiensi yang dapat dicegah dengan pemberian asam lemak
Berbagai Penyakit
esensial sebesar 1% to 2% kebutuhan kalori total.
Sejumlah kecil asam lemak trans-tak-jenuh ditemukan
Kelainan Metabolisme Asam Lemak pada lemak pemamah biak (misalnya lemak mentega
memiliki 2%-7%), asam-asam lemak ini berasal dari kerja
Esensial Terjadi pada Beberapa Penyakit mikroorganisme di rumen, tetapi sumber utama dalam
Kelainan metabolisme asam lemak yang mungkin berkaitan diet manusia adalah dari minyak nabati yang terhidro-
dengan insufisiensi diet pernah dilaporkan pada fibrosis genasi parsial (misalnya, margarin) (lihat Bab 21). Asam
kistik, akrodermatitis enteropatika, sindrom hepatorenal, lemak trans bersaing dengan asam lemak esensial dan

COOH
Arakidonat
Siklooksigenase
* Aspirin
2O2
– indometasin
O ibuprofen
COOH COOH
O
PGI2 OOH
Prostasiklin PGG2
Peroksidase
* O
O sintase
O C H
COOH COOH
+
C H
O
OH OH OH O OH
PGH2 Malondialdehida + HHT
COOH Isomerase Tromboksan Imidazol
O –
O O sintase
COOH COOH
O
O
OH OH OH OH OH TXA2
6-Keto PGF1α PGE2
Isomerase
Reduktase
OH OH OH
COOH COOH COOH
HO O
OH OH O OH OH
PGF2 α PGD2 TXB2
GAMBAR 23–12 Perubahan asam arakidonat menjadi prostaglandin dan tromboksan seri 2. (HHT,
hidroksiheptadekatrienoat; PG, prostaglandin; PGI, prostasiklin; TX, tromboksan.) (*Kedua aktivitas yang ditandai
bintang ini ditimbulkan oleh enzim siklooksigenase [prostaglandin H sintase]. Konversi serupa terjadi pada
prostaglandin dan tromboksan seri 1 dan 3.)
dapat memperberat defisiensi asam lemak esensial. Selain menghentikan kehamilan, mencegah atau mengurangi tukak
itu, asam-asam ini secara struktural serupa dengan asam lambung, mengontrol peradangan dan tekanan darah, serta
lemak jenuh (lihat Bab 21) serta memiliki efek setara dalam meredakan asma dan sumbatan hidung. Selain itu, PGD2
mendorong terjadinya hiperkolesterolemia dan ateroskle- adalah zat penginduksi tidur yang kuat. Prostaglandin
rosis (lihat Bab 26). meningkatkan cAMP di trombosit, tiroid, korpus
luteum, tulang janin, adenohipofisis, dan paru, tetapi
Prostanoid Adalah Zat Biologis Aktif yang menurunkan kadar cAMP di sel tubulus ginjal dan
jaringan adiposa (lihat Bab 25).
Kuat
Tromboksan disintesis di trombosit dan jika dibebaskan Leukotrien dan Lipoksin Merupakan
akan menyebabkan vasokonstriksi dan agregasi trombosit. Regulator Kuat Berbagai Proses Penyakit
Sintesis zat ini secara spesifik dihambat oleh aspirin dalam
dosis rendah. Prostasiklin (PGI2) diproduksi oleh dinding Slow-reacting substance of anaphylaxis (SRS-A) adalah
pembuluh darah dan merupakan inhibitor kuat terhadap suatu campuran leukotrien C4, D4, dan E4. Campuran
agregasi trombosit. Jadi, tromboksan dan prostasiklin leukotrien ini adalah konstriktor kuat otot-otot saluran
bersifat antagonistik. PG3 dan TX3, yang dibentuk dari napas bronkial. Berbagai leukotrien ini bersama dengan
asam eikosapentaenoat (EPA), menghambat pembebasan leukotrien B4 juga menyebabkan peningkatan permeabilitas
arakidonat dari fosfolipid dan pembentukan PG2 dan TX2. vaskular serta menarik dan mengaktifkan leukosit dan
PGI3 adalah antiagregator trombosit yang sama kuatnya merupakan regulator penting di banyak penyakit yang
seperti PGI2, tetapi TXA3 adalah agregator yang lebih lemah melibatkan peradangan atau reaksi hipersensitivitas tipe
daripada TXA2, yang mengubah keseimbangan aktivitas dan cepat, misalnya asma. Leukotrien bersifat vasoaktif, dan 5-
menye-babkan waktu pembekuan menjadi lebih lama. Pada lipoksigenase ditemukan di dinding arteri. Bukti-bukti
hewan, hanya 1 ng/mL prostaglandin plasma yang menyokong peran anti-inflamasi Iipoksin dalam fungsi
diperlukan untuk menimbulkan kontraksi otot polos. vasoaktif dan imunoregulatorik, misalnya sebagai senyawa
Penggunaan terapeutik senyawa ini antara lain adalah untuk counterregulatory (chalones) pada respons imun.
mencegah konsepsi, menginduksi persalinan aterm,

COOH
15-Lipoksigenase
12-Lipoksigenase
Arakidonat COOH
COOH
O2
HOO
OOH 1
12-HPETE 15-HPETE
5-Lipoksigenase COOH
1
COOH
OH
HO 15-HETE
OOH OH
12-HETE
COOH COOH
5-Lipoksigenase
1
5-HPETE 5-HETE
OH
H 2O OH OH
COOH
COOH
H 2O O
COOH
OH 15-Lipoksigenase OH
2
Leukotrien B4 Leukotrien A4 Lipoksin, mis, LXA 4
Glutation
3
Asam glutamat
O
NH2
Glisin Glycine
OH
O NH O NH2 NH2
O
NH NH
HO HO
HO
Sistein Asam glutamat Sistein Glisin Sistein
O S O S O S
COOH 4 COOH 5 COOH

OH OH OH
Leukotrien C4 Leukotrien D4 Leukotrien E4
GAMBAR 23–13 Perubahan asam arakidonat menjadi leukotrien dan lipoksin seri 4 melalui jalur lipoksigenase. Beberapa
konversi serupa terjadi di leukotrien seri 3 dan 5. ( 1 , peroksidase; 2 , leukotrien
2 3A 4 epoksida
4
5 hidrolase;
3 4 5 3 , glutation S-transferase;
4 , γ-glutamil-transpeptidase;
1 4 5 5 , sisteinil-glisin
1 2 3 5 dipeptidase; HETE,
1 hidroksieikosatetraenoat;
2 3 4 HPETE, hidroperoksieikosatetraenoat.)
RINGKASAN oleh sitrat dan dideaktivasi oleh asil-KoA rantai-panjang.

Defosforilasi (misalnya oleh insulin) mendorong aktivitasnya,
■ Sintesis asam lemak rantai-panjang (lipogenesis) sementara fosforilasi (mis. oleh glukagon atau epinefrin)
dilaksanakan oleh dua sistem enzim: asetil-KoA bersifat inhibitorik.
karboksilase dan sintase asam lemak.
■ Biosintesis asam lemak rantai-panjang tak-jenuh terlaksana
■ Jalur ini mengubah asetil-KoA menjadi palmitat dan melalui aktivitas enzim desaturase dan elongase, yang
memerlukan NADPH, ATP, Mn2+, biotin, dan asam masing-masing menyisipkan ikatan rangkap dan
pantotenat sebagai kofaktor memperpanjang rantai asil yang sudah ada.
■ Asetil-KoA karboksilase mengubah asetil-KoA menjadi ■ Hewan tingkat-tinggi Δ4, Δ5, Δ6, dan Δ9 desaturase, tetapi
malonil-KoA, kemudian sintase asam lemak, yakni suatu tidak dapat menyisipkan ikatan rangkap baru melewati posisi 9
kompleks multienzim yang terdiri dari dua rantai polipeptida asam lemak. Karena itu, asam lemak esensial linoleat (ω6) dan
identik yang masing-masing dengan enam aktivitas enzimatik α-linolenat (ω3) harus diperoleh dari makanan.
berbeda dan ACP, mengatalisis pembentukan palmitat dari ■ Eikosanoid berasal dari asam lemak C20 (eikosanoat) yang
satu molekul asetil-KoA dan tujuh molekul malonil-KoA.
disintesis dari asam lemak esensial dan membentuk kelompok-
■ Lipogenesis diatur di tahap asetil-KoA karboksilase oleh kelompok senyawa penting yang secara fisiologis dan
pemodifikasi alosteris, fosforilasi/defosforilasi, serta induksi farmakologis aktif, meliputi prostaglandin, tromboksan,
dan represi sintesis enzim. Enzim secara alosteris diaktifkan leukotrien, dan lipoksin

REFERENSI Lipids, Lipoproteins and Membranes, 5th ed. Vance DE, Vance JE
(editors). Elsevier, 2008;331–362.
Fitzpatrick FA: Cyclooxygenase enzymes: regulation and function. Smith S, Witkowski A, Joshi AK: Structural and functional
Curr Pharm Des 2004;10:577. organisation of the animal fatty acid synthase. Prog Lipid Res
Lands B: Consequences of essential fatty acids. Nutrients 2003;42:289.
2012;4:1338. Sul HS, Smith S: Fatty acid synthesis in eukaryotes. In: Biochemistry
McMahon B, Mitchell S, Brady HR, et al: Lipoxins: revelations on of Lipids, Lipoproteins and Membranes, 5th ed. Vance DE, Vance
resolution. Trends Pharmacol Sci 2001;22:391. JE (editors). Elsevier, 2008;155–190.
Miyazaki M, Ntambi JM: Fatty acid desaturation and chain Tong L: Acetyl-coenzyme A carboxylase: crucial metabolic enzyme
elongation in mammals. In: Biochemistry of Lipids, Lipoproteins and an attractive target for drug discovery. Cell Mol Life Sci
and Membranes, 5th ed. Vance DE, Vance JE (editors). Elsevier, 2005;62:1784.
2008;191–212. Wijendran V, Hayes KC: Dietary n-6 and n-3 fatty acid balance and
Smith WL, Murphy RC: The eicosanoids: cyclooxygenase, cardiovascular health. Annu Rev Nutr 2004;24:597.
lipoxygenase, and epoxygenase pathways. In: Biochemistry of

24
B A B
Metabolisme Asilgliserol
dan Sfingolipid
TUJUAN ■■ Memahami bahwa katabolisme triasilgliserol mencakup hidrolisis oleh lipase

menjadi asam lemak bebas dan gliserol dan menunjukkan nasib metabolit-
Setelah mempelajari bab ini, metabolit ini.
Anda diharapkan dapat: ■■ Memahami bahwa gliserol-3-fosfat adalah substrat pada pembentukan baik
triasilgliserol maupun fosfogliserol dan bahwa titik percabangan pada
fosfatidat menyebabkan sintesis inositol fosfolipid dan kardiolipin melalui
satu cabang serta triasilgliserol dan fosfolipid lain melalui cabang kedua.
■■ Menjelaskan bahwa plasmalogen dan faktor penggiat trombosit (PAF) dibentuk
melalui jalur yang kompleks mulai dari dihidroksiaseton fosfat.
■■ Melukiskan peran berbagai fosfolipase dalam degradasi dan pemodelan
kembali fosfolipid.
■■ Memahami bahwa seramid dibentuk dari asam amino serin dan merupakan
prekursor yang membentuk semua sfingolipid.
■■ Menunjukkan bagaimana sfingomielin dan glikosfingolipid masing-masing
dibentuk melalui reaksi seramid dengan fosfatidilkolin (dengan pembebasan
diasilgliserol) atau residu gula.
■■ Menyebutkan contoh proses penyakit yang disebabkan oleh defek pada
sintesis atau penguraian fosfolipid atau sfingolipid.
KEPENTINGAN BIOMEDIS membran sel berfungsi sebagai prekursor second messenger

hormon, sedangkan platelet activating factor (faktor
Asilgliserol membentuk mayoritas lipid di dalam tubuh. penggiat trombosit) adalah suatu alkilfosfolipid.
Triasilgliserol adalah lipid utama di timbunan lemak dan Glikosfingolipid yang mengandung sfingosin dan residu
di dalam makanan dan peran senyawa ini dalam transpor gula serta asam lemak dan dijumpai di lembar luar
dan penyimpanan lipid serta pada berbagai penyakit, membran plasma dengan rantai oligosakaridanya yang
seperti obesitas, diabetes, dan hiperlipoproteinemia akan menghadap keluar, membentuk bagian glikokaliks
dibahas di bab-bab selanjutnya. Sifat amfipatik fosfolipid permukaan sel dan penting (1) dalam perlekatan sel dan
dan sfingolipid menyebabkan keduanya sangat cocok pengenalan set; (2) sebagai reseptor untuk toksin bakteri
digunakan sebagai komponen lipid utama membran sel. (mis. toksin yang menyebabkan kolera); dan (3) sebagai zat
Fosfolipid juga ikut serta dalam metabolisme banyak golongan darah ABO. Telah diketahui sekitar selusin
lipid lainnya. Sebagian fosfolipid memiliki fungsi khusus; penyakit penimbunan glikolipid (glycolipid storage disease)
misalnya dipalmitoil lesitin adalah komponen utama (mis. penyakit Gaudier, penyakit Tay-Sachs) yang masing-
surfaktan paru, yang ketiadaannya menyebabkan sindrom masing disebabkan oleh defek genetik di jalur penguraian
distres pernapasan pada neonatus. Fosfolipid inositol di glikolipid di lisosom.
245

HIDROLISIS MENGAWALI Fosfatidat Adalah Prekursor Bersama dalam

KATABOLISME TRIASILGLISEROL Biosintesis Triasilgliserol, Banyak Fosfogliserol,
dan Kardiolipin
Triasilgliserol hams dihidrolisis oleh lipase menjadi Baik gliserol maupun asam lemak harus diaktifkan oleh
unsur pokoknya, yaitu asam lemak dari gliserol sebelum ATP sebelum dapat dibentuk menjadi asilgliserol. Gliserol
dapat dikatabolisme lebih lanjut. Sebagian besar proses kinase mengatalisis pengaktifan gliserol menjadi sn-gliserol
hidrolisis (lipolisis) ini terjadi di jaringan adiposa disertai 3-fosfat. Jika aktivitas enzim ini rendah atau tidak ada,
pembebasan asam lemak bebas ke dalam plasma, tempat seperti di jaringan adiposa atau otot, sebagian besar gliserol
asam-asam ini berikatan dengan albumin serum (lihat 3-fosfat dibentuk dari dihidroksiaseton fosfat oleh
Gambar 25–7). Hal ini diikuti oleh penyerapan asam lemak gliserol-3-fosfat dehidrogenase (Gambar 24–2).
bebas oleh jaringan (termasuk hati, jantung, ginjal, otot,
pam, testis, dan jaringan adiposa, tetapi otak tidak) tempat
asam-asam ini dioksidasi atau mengalami re-esterifikasi. Biosintesis Triasilgliserol
Pemakaian gliserol bergantung pada apakah jaringan Dua molekul asil-KoA yang dibentuk melalui pengaktifan
memiliki enzim gliserol kinase yang dijumpai dalam asam lemak oleh asil-KoA sintetase (lihat Bab 22), berikatan
jumlah bermakna di hati, ginjal, usus, jaringan adiposa dengan gliserol 3-fosfat untuk membentuk fosfatidat (1,2-
cokelat, dan kelenjar mamalia yang sedang laktasi. diasilgliserol fosfat). Hal ini berlangsung dalam dua tahap,
yang dikatalisis oleh gliserol-3-fosfat asiltransferase dan 1-
asilgliserol-3-fosfat asiltransferase. Fosfatidat diubah oleh
TRIASILGLISEROL DAN phosphatidate phosphohydrolase fosfatidat fosfohidrolase
dan diasilgliserol asiltransferase (DGAT) menjadi 1,2-
FOSFOGLISEROL DIBENTUK diasilgliserol dan kemudian triasilgliserol. Lipins, famili dari
MELALUI ASILASI TRIOSA FOSFAT tiga protein, memiliki aktivitas PAP dan lipins juga bertindak
sebagai faktor transkripsi yang mengatur ekspresi gen yang
Jalur-jalur utama biosintesis triasilgliserol dan fosfogli- terlibat dalam metabolisme lipid. DGAT mengatalisis satu-
serol diringkaskan di (Gambar 24–1). Zat-zat penting, satunya tahap yang spesifik untuk sintesis triasilgliserol dan
seperti triasilgliserol, fosfatidilkolin, fofatidiletanolamin, diperkirakan menentukan laju reaksi pada sebagian besar
fosfatidilinositol, clan kardiolipin, yakni suatu unsur pokok keadaan. Di mukosa usus, monoasilgliserol asiltransferase
membran mitokondria, dibentuk dari gliserol-3-fosfat. Pada mengubah monoasilgliserol menjadi 1,2-diasilgliserol di
tahap fosfatidat dan diasilgliserol, terbentuk titik-titik jalur monoasilgliserol. Sebagian besar aktivitas enzim-enzim
cabang yang signifikan di jalur tersebut. Dari ini dijumpai di retikulum endoplasma, tetapi sebagian
dihidroksiaseton fosfat dihasilkan fosfogliserol yang dijumpai di mitokondria. Meskipun protein fosfatidat
mengandung satu ikatan eter (—C—O—C—), yang paling fosfohidrolase terutama ditemukan di sitosol, bentuk aktif
dikenal adalah plasmalogen dan faktor penggiat trombosit enzim ini terikat dengan membran.
(PAF). Gliserol 3-fosfat dan dihidroksiaseton fosfat adalah
zat-zat antara dalam glikolisis, dan menjadikan keduanya
penghubung yang sangat penting antara metabolisme Biosintesis Fosfolipid
karbohidrat dan lipid (lihat Bab 14). Dalam biosintesis fosfatidilkolin dan fosfatidiletanolamin
(Gambar 24–2), kolin atau etanolamin mula-mula hams
diaktifkan melalui fosforilasi oleh ATP diikuti oleh
pengikatan ke CDP. CDP-kolin atau CDP-etanolamin
Gliserol 3-fosfat Dihidroksiaseton fosfat yang terbentuk bereaksi dengan 1,2-diasilgliserol masing-
masing untuk membentuk fosfatidilkolin atau
fosfatidiletanolamin. Fosfatidilserin dibentuk dari fosfat-
idiletanolamin secara langsung melalui reaksi dengan serin
Fosfatidat Plasmalogen PAF (Gambar 24–2). Fosfatidilserin dapat membentuk kembali
fosfatidiletanolamin melalui dekarboksilasi. Jalur alternatif
di hati memungkinkan fosfatidiletanolamin menghasilkan
Diasilgliserol Kardiolipin Fosfatidilinositol fosfatidilkolin secara langsung melalui metilasi progresif
residu etanolamin. Meskipun terdapat sumber-sumber ini,
kolin dianggap sebagai nutrien esensial pada banyak spesies
Fosfatidilkolin Triasilgliserol Fosfatidilinositol mamalia tetapi untuk manusia hal ini belum dipastikan.
Fosfatidiletanolamin 4,5-bifosfat
Pengaturan biosintesis triasilgliserol, fosfatidilkolin, dan
fosfatidiletanolamin didorong oleh ketersediaan asam lemak
GAMBAR 24–1 Gambaran singkat biosintesis asilgliserol. bebas. Asam-asam lemak yang lolos dari oksidasi umumnya
(PAF, faktor penggiat trombosit.)
diubah menjadi fosfolipid, dan jika kebutuhan ini telah
terpenuhi maka asam-asam tersebut digunakan untuk sintesis
triasilgliserol.

BAB 24 Metabolisme Asilgliserol dan Sfingolipid 247
ATP ADP
NAD+ NADH + H+
H2C OH H2C OH H2C OH
HO C H HO C H C O Glikolisis
H2C OH Gliserol kinase H2C O P Gliserol- H2C O P

3-fosfat
Gliserol sn -Gliserol Dihidroksiaseton
dehidrogenase
3-fosfat fosfat
Asil-KoA (terutama jenuh)
Gliserol-
2 3-fosfat
asiltransferase
CoA
O
H2C O C R1
HO CH
H2C OH
H2C O P
R2 C O C H 1-Asilgliserol-
3-fosfat
O H2C OH (lisofosfatidat)
2-Monoasilgliserol
Asil-KoA (biasanya tak-jenuh)
1-Asilgliserol-
3-fosfat
asiltransferase
Asil-KoA
1 CoA
Monoasilgliserol
asiltransferase O
(Usus)
H2C O C R1
KoA
R2 C O C H
O H2C O P
1,2-Diasilgliserol
fosfat
(fosfatidat)
Kolin H2O CTP
ATP
Fosfatidat CDP-DG
Kolin
fosfohidrolase sintase
kinase
P1 PP1
ADP O O
Fosfokolin
H2C O C R1 H2C O C R1
CTP
R2 C O C H R2 C O C H
CTP:
fosfokolin O H2COH O H2C O P P
sitidil
1,2-Diasilgliserol
transferase Sitidi
n CDP-diasilgliserol Kardiolipin
PP1
CDP-kolin Asil-KoA Inositol
CDP-kolin:
diasilgliserol Diasilgliserol Fosfatidil-
fosfokolin asiltransferase inositol sinthase
transferase
CMP CoA CMP
ATP ADP
O O O Kinase O
H2C O C R1 H2C O C R1 H2C O C R1 H2C O C R1
R2 C O C H R2 C O C H O R2 C O C H R2 C O C H
O H2 C O P O H 2C O C R3 O H2C O P O H2C O P Inositol P

Triasigliserol
Kolin Inosito Fosfatidilinositol 4-fosfat
l Fosfatidilinositol
Fosfatidilkolin ATP
Fosfatidilentanolamin
N-metiltransferase (–CH3)3 Kinase
Fosfatidiletanolamin Serin
CO2
ADP O
H2C O C R1
Fosfatidilserin Etanolamin
R2 C O C H
O H2C O P Inositol P
P
Fosfatidilinositol 4,5-bifosfat
GAMBAR 24–2 Biosnthesis dari triasilgliserol dan fosfolipid. 1 , jalur Monoasilgliserol;

2 2 , jalur gliserol
1 fosfat. Fosfatidiletanolamin dapat dibentuk dari
etanolamin oleh jalur yang sama dengan yang ditampilkan untuk pembentukan fosfatidilkolin dari kolin.

CDP-Diasil- sn-Gliserol Suatu fosfolipid yang terdapat di mitokondria

gliserol 3-fosfat
adalah kardiolipin (difosfatidilgliserol; Gambar 21–10).
Senyawa ini dibentuk dari fosfatidilgliserol yang kemudian
CMP
disintesis dari CDP-diasilgliserol (Gambar 24–2) dan gliserol
Fosfatidilgliserol fosfat 3-fosfat sesuai dengan skema yang diperlihatkan di
H2 O (Gambar 24–3). Kardiolipin yang ditemukan di membran
dalam mitokondria, memiliki peranan kunci dalam struktur
dan fungsi mitokondria, dan juga diperkirakan berperan
Pi
dalam kematian sel terprogram (apoptosis).
Fosfatidilglserol
Biosintesis Gliserol Eter Fosfolipid
Dalam fosfolipid eter gliserol, salah satu atau lebih dari
karbon gliserol yang terlekat pada rantai hidrokarbon oleh
CMP
ikatan eter daripada ikatan ester. Plasmalogen dan faktor
Kardiolipin
platelet aktivasi adalah contoh penting dari jenis lipid. Jalur
(difosfatidilgliserol) ini terdapat di peroksisom. Dihidroksiaseton fosfat adalah
prekursor gugus gliserol pada fosfolipid gliserol eter
GAMBAR 24–3 Biosintesis kardiolipin. (Gambar 24–4). Senyawa ini berikatan dengan asil-KoA
untuk menghasilkan 1-asildihidroksiaseton fosfat, dan ikatan
NADPH
O R2 (CH2)2 OH
Asil-KoA + H+ NADP+
H2COH H2 C O C R1 H2 C O (CH2)2 R2 H2 C O (CH2)2 R2
O C O C O C HO C H
H2 C O P Asil- H2 C O P Sintase H2 C O P Reduktase H2 C O P
transferase
HOOC R1
Dihidroksiaseton 1- 1- 1-Alkilgliserol 3-fosfat
fosfat Asildihidroksiaseton Alkildihidroksiaseton
fosfat fosfat Asil-KoA
Asil- *
transferase
CDP-
CMP Etanolamin Pi H2 O
O H2 C O (CH2)2 R2 O H2 C O (CH2)2 R2 O H2 C O (CH2)2 R2
R3 C O C H R3 C O C H R3 C O C H
CDP-etanolamin: Fosfohidrolase
H2 C O P CH2 CH2 NH2 H2 C OH H2 C O P
alkilasilgliserol
1-Alkil-2-asilgliserol 3- fosfoetanolamin
fosfoetanolamin transferase 1-Alkil-2-asilgliserol 3-fosfat
1-Alkil-2-asilgliserol
CDP-kolin
NADPH, O2, CDP-kolin:
Desaturase
Cyt b5 alkilasilgliserol Alkil, diasil gliserol
fosfokolin
transferase
O CMP
H2 C O CH CH R2
O H2 C O (CH2)2 R2
R3 C O C H H2 O R3 COOH
R3 C O C H H2 C O (CH2)2 R2
H2 C O P (CH2)2 NH2
H2 C O P HO C H
Fosfolipase A2 H2 C O P
1-Alkenil-2-asilgliserol 3- Kolin
fosfoetanolamin
plasmalogen 1-Alkil-2-asilgliserol Kolin
3-fosfokolin 1-Alkil-2-
Asetil-KoA
lisogliserol 3-
fosfokolin
Asetiltransferase
O H2 C O (CH2)2 R2
H3 C C O C H
H2 C O P
Kolin
1-Alkil-2-asetilgliserol 3-fosfokholin PAF
GAMBAR 24–4 Biosintesis lipid eter, termasuk plasmalogen, dan faktor penggiat trombosit (PAF). Di jalur de novo
untuk sintesis PAF, asetil-KoA bergabung di tahap*, dan menghindari dua tahap terakhir di jalur yang diperlihatkan di sini.

eter dibentuk pada reaksi berikutnya, dan menghasilkan 1- O

alkildihidroksiaseton fosfat yang kemudian diubah menjadi O H2 C O C R1
1-alkilgliserol 3-fosfat. Setelah asilasi selanjutnya di posisi 2, R2 C O C H
1-alkil-2-asilgliserol 3-fosfat yang terbentuk (analog dengan H2 C O P Kolin
fosfatidat di Gambar 24–2) dihidrolisis untuk
Fosfatidilkolin
menghasilkan turunan gliserol bebas. Plasmalogen yang
membentuk sebagian besar fosfolipid di mitokondria H2 O
dibentuk melalui desaturasi turunan 3-fosfoetanoIamin Asiltransferase Fosfolipase A2

analog (Gambar 24–4). Platelet-activating factor (PAF)
R2 COOH
(faktor penggiat trombosit, 1-alkil-2-asetil-sn-gliserol-3- O
fosfokolin) disintesis dari turunan 3-fosfokolin. Senyawa ini
H2 C O C R1
dibentuk oleh banyak sel darah dan jaringan lain serta
menyebabkan agregasi trombosit pada konsentrasi serendah HO C H
10–11 mol/L. Senyawa ini juga memiliki efek hipotensif dan H2 C O P Kolin
Asil-KoA
ulserogenik serta berperan dalam berbagai respons biologis, Lisofosfatidilkolin (lisolesitin)
termasuk peradangan, kemotaksis, dan fosforilasi protein. H2 O
Fosfolipase Memungkinkan Penguraian dan Lisofosfolipase
Remodeling Fosfogliserol R1 COOH
Meskipun fosfolipid diuraikan secara aktif, masing-masing H2 C OH

bagian molekul ini mengalami pergantian pada kecepatan HO C H
yang berbeda-beda—misalnya waktu pergantian gugus fosfat H2 C O P Kolin
berbeda dengan waktu penggantian gugus 1-asil. Hal ini Gliserilfosfokolin
disebabkan adanya enzim yang memungkinkan degradasi
H2 O
parsial yang diikuti oleh resintesis (Gambar 24–5).
Fosfolipase A2 mengatalisis hidrolisis gliserofosfolipid Gliserilfosfokolin
hidrolase
untuk membentuk asam lemak bebas dan lisofosfolipid,
yang pada gilirannya mungkin direasilasi oleh asil-KoA
H2 C OH
dengan keberadaan asiltransferase. Cara lainnya,
lisofosfolipid (mis, lisolesitin) diserang oleh HO C H + Kolin
lisofosfolipase, yang membentuk basa gliseril fosforil H2 C O P
yang pada gilirannya dapat dipecah oleh suatu sn-Gliserol 3-fosfat

hidrolase yang membebaskan gliserol 3-fosfat dan basa.
Fosfolipase A1, A2, B, C, dan D menyerang ikatan yang GAMBAR 24–5 Metabolisme fosfatidilkolin (lesitin).
ditunjukkan di (Gambar 24–6). Fosfolipase A2 ditemukan di
cairan pankreas dan bisa ular serta di banyak jenis sel; SEMUA SFINGOLIPID DIBENTUK DARI
fosfolipase C adalah salah satu toksin utama yang SERAMID
dikeluarkan oleh bakteri; dan fosfolipase D dikenal terlibat
dalam transduksi sinyal mamalia. Seramid (seramida) (lihat Bab 21) disintesis di retikulum
endoplasma dari asam amino serin sesuai (Gambar 24–7).
Lisolesitin (lisofosfatidilkolin) dapat dibentuk melalui Seramid adalah molekul penyalur sinyal penting (second
suatu rute alternatif yang melibatkan lesitin: kolesterol messenger) yang mengatur berbagai jalur termasuk kematian
asiltransferase (LCAT). Enzim ini yang ditemukan di
plasma, mengatalisis pemindahan satu residu asam lemak
dari posisi kedua lesitin ke kolesterol untuk membentuk
Fosfolipase B Fosfolipase A1
ester kolesteril dan lisolesitin, dan dianggap berperan
terhadap ester kolesteril lipoprotein plasma (lihat Bab 25). O
Asam lemak jenuh rantai-panjang ditemukan terutama O

H2C O C R1
di posisi 1 fosfolipid, sedangkan asam tak-jenuh ganda (mis, Fosfolipase D

R2 C O C H
prekursor prostaglandin) lebih sering bergabung dengan O
posisi 2. Masuknya asam lemak ke dalam lesitin terjadi H2C O P O N-base
dalam tiga cara; melalui sintesis lengkap fosfolipid; Fosfolipase A2 –
O
melalui transasilasi antara ester kolesteril dan lisolesitin;
Fosfolipase C
dan melalui asilasi langsung lisolesitin oleh asil-KoA. Oleh
karena itu, dapat terjadi pertukaran asam lemak secara GAMBAR 24–6 Tempat-tempat aktivitas hidrofilik fosfolipase
terus menerus, terutama dalam kaitannya dengan pada substrat fosfolipid.
masuknya asam lemak esensial ke dalam molekul fosfolipid.

O +NH
3 Glikosfingolipid Adalah Kombinasi Seramid
−
CH3 (CH2)14 C S C oA OOC CH CH2 OH
dengan Satu atau Lebih Residu Gula
Palmitoil-KoA Serin
Glikosfingolipid yang paling sederhana (serebrosida) adalah
galaktosilseramid (GalCer) (lihat Gambar 21–15) dan
Piridoksal fosfat, Mn2+ glukosilseramid (GlcCer). adalah lipid utama pada mielin,
Serin
sedangkan GlcCer adalah glikosfingolipid utama pada
palmitoiltransferase jaringan di luar saraf serta prekursor sebagian besar
CoA SH CO2 glikosfingolipid yang lebih kompleks. GalCer (Gambar
O 24–8B) dibentuk dalam suatu reaksi antara seramid
dan UDPGal (dibentuk melalui epimerisasi UDPGlc—
CH3 (CH2)12 CH2 CH2 C C HCH2 HO
Gambar 20–6).
3-Ketosfinganin
NH3+ Sulfogalaktosilseramid dan sulfolipid lain, misalnya
sulfo(galakto)-gliserolipid dan steroid sulfat dibentuk
NADPH + H+
3-Ketosfinganin
setelah reaksi-reaksi lebih lanjut yang melibatkan 3'-
reduktase fosfoadenosin-5'-fosfosulfat (PAPS; “sulfat aktif”).
NADP+ Gangliosida disintesis dari seramid melalui penambahan
CH3(CH2)12 CH2 CH2 CH CH CH2 OH bertahap gula-gula aktif (mis, UDPGlc dan UDPGal) dan
+ asam sialat, biasanya asam N-asetil-neuraminat (Gambar
OH NH3
Dihidrosfingosin (sfinganin)
24–9). Sejumlah besar gangliosida dapat terbentuk dengan
berat molekul yang semakin besar. Sebagian besar enzim
R CO S CoA
yang memindahkan gula dari gula nukleotida (glikosil
Acyl-CoA Dihidrosfingosin N-
asiltransferase transferase) ditemukan di aparatus Golgi.
CoA SH Glikosfingolipid adalah unsur pokok lembar luar
CH3 (CH2)12 CH2 CH2 CH CH CH2 OH membran plasma dan penting dalam perlekatan sel dan
OH NH CO R
pengenalan sel. Beberapa diantaranya adalah antigen, mis.
Dihidroseramid
substansi golongan darah ABO. Gangliosida tertentu
berfungsi sebagai reseptor untuk toksin bakteri (mis, untuk
Dihidroseramid
desaturase
toksin kolera, yang kemudian mengaktifkan adenilil siklase).
2H
CH3 (CH2)12 CH CH CH CH CH2 OH ASPEK KLINIS

OH NH CO R
Seramid Defisiensi Surfaktan Paru Menyebabkan
GAMBAR 24–7 Biosintesis seramid.
Sindrom Distres Pernapasan
Surfaktan paru yang terutama terdiri dari lipid dengan
sel terprogram (apoptosis), siklus sel, serta diferensiasi dan beberapa protein dan karbohidrat, berfungsi mencegah
penuaan sel. kolapsnya alveolus. Fosfolipid dipalmitoil-fosfatidil-kolin
Sfingomielin (lihat Gambar 21–11) adalah fosfolipid dan menurunkan tegangan permukaan (surface tension) di
dibentuk ketika seramid bereaksi dengan fosfatidilkolin pertemuan udara-cairan sehingga sangat mengurangi kerja
untuk membentuk sfingomielin dan diasilgliserol (Gambar pernapasan, tetapi komponen lipid dan protein surfaktan
24–8A). Hal ini terutama terjadi di aparatus Golgi dan dalam lainnya juga penting dalam fungsi surfaktan. Defisiensi
tingkatan yang lebih kecil di membran plasma. surfaktan paru pada banyak bayi prematur menyebabkan
sindrom distres pemapasan bayi (infant respiratory distress
syndrome, IRDS). Pemberian surfaktan alami atau buatan
A Seramid Sfingomielin memiliki manfaat terapeutik.
Fosfatidilkolin Diasilgliserol
Fosfolipid dan Sfingolipid Berperan dalam
Sklerosis Multipel dan Lipidosis
Beberapa penyakit tertentu ditandai oleh kelainan jumlah
UDPGal UDP PAPS Sulfogalaktosil- lipid-lipid ini di jaringan, terutama di jaringan saraf.
Galaktosilserami seramid Penyakit-penyakit ini dapat diklasifikasikan menjadi dua
B Seramid d (serebrosida) (sulfatid)
kelompok: (1) penyakit demielinisasi sejati dan (2)
GAMBAR 24–8 Biosintesis sfingomielin (A), galaktosil- sfingolipidosis.
seramid dan turunan sulfo-nya (B). (PAPS, “sulfat aktif,” Pada skIerosis multipel, yaitu suatu penyakit
adenosin 3ʹ-fosfat-5ʹ-fosfosulfat.)
demielinisasi terjadi pengurangan fosfolipid (terutama
plasmalogen etanolamin) dan sfingolipid dari substansia alba.
Oleh sebab itu, komposisi lipid pada substansia alba mirip

UDPGlc UDP UDPGal UDP CMP-NeuAc CMP
Glukosil
Seramid seramid Ce r-Glc-Gal Ce r-Glc-Gal
(Cer-Glc)
NeuAc
(GM3)
UDP-N-Asetil
galaktosamin
UDP UDPGal
UDP
Gangliosida tingkat Ce r-Glc-Gal-GalNA c-Gal Ce r-Glc-Gal-GalNA

tinggi (disialo- dan
trisialogangliosida NeuAc NeuAc
(GM1) (GM2)
GAMBAR 24–9 Biosontesis gangliosida. (NeuAc, asam N-asetilneuraminat.)
dengan komposisi pada substansia grisea. Cairan sejumlah besar penyakit ini, meskipun pernah dilaporkan
serebrospinal memperlihatkan peningkatan kadar fosfolipid. keberhasilan penerapan terapi penggantian (terapi sulih)
Sfingolipidosis (penyakit penimbunan lipid) adalah enzim dan transplantasi sumsum tulang pada penyakit
sekelompok penyakit herediter yang disebabkan oleh defek Gaucher dan Fabry. Pendekatan lain yang menjanjikan
genetik katabolisme lipid yang mengandung sfingosin. adalah terapi pengurangan substrat untuk menghambat
Kelompok penyakit ini adalah bagian dari kelompok penyakit sintesis sfingolipid dan terapi chaperone kimiawi. Terapi gen
lisosom yang lebih luas serta memperlihatkan beberapa untuk penyakit lisosom juga sedang dalam penelitian.
gambaran tetap; (1) Terjadi penumpukan lipid kompleks yang Beberapa contoh penyakit penimbunan lipid yang penting
mengandung seramid di sel, terutama di sel neuron, dan disajikan di Tabel 24–1.
menyebabkan neurodegenerasi dan memendeknya masa Defisiensi sulfatase multipel menyebabkan
hidup. (2) Laju sintesis lipid masih normal. (3) Defek penimbunan sulfogalaktosilseramid, steroid sulfat, dan
enzimatik terletak di jalur penguraian sfingolipid di lisosom. proteoglikan akibat defisiensi kombinasi arilsulfatase A, B,
(4) Tingkat penurunan aktivitas enzim yang terkena sama di dan C serta steroid sulfatase.
semua jaringan. Belum ada pengobatan yang efektif untuk
TABEL 24–1 Contoh Sfingolipidosis

Penyakit Defisiensi Enzim Lipid yang Tertimbun Gejala Klinis
Penyakit Tay-Sachs A Cer—Glc—Gal(NeuAc) GalNa c Retardasi mental, kebutaan, kelemahan otot.

GM2 Gangliosida
Penyakit Fabry α-Galaktosidase Cer—Glc—Gal— Ruam kulit, gagal ginjal (gejala lengkap hanya
Gal pada pria; resesif terkait-kromosom X).
Globotriaosilseramid
Leukodistrofi A Cer—Gal— OSO3 Retardasi mental dan gangguan psikologis
metakromatik 3-Sulfogalaktosilseramid pada orang dewasa; demielinisasi.
Penyakit Krabbe β-Galaktosidase Cer— Gal Retardasi mental; mielin hampir tidak ada.
Galaktosilseramid
Penyakit Gaucher β-Glukosidase Cer— Glc Hati dan limpa membesar, erosi tulang
Galaktosilseramid panjang, retardasi mental pada bayi.
Penyakit Sfingomielinase Cer— p—kolin Hati dan limpa membesar, retardasi
Niemann-pick Sfingomielin mental; fatal pada usia dini.
Penyakit Farber Seramidase a cyl— Suara serak, dermatitis, deformasi

Sfingomielin Seramid tulang, retardasi mental, fatal pada usia
dini.
Singkatan: Cer, seramid; Gal, galaktosa; Glc, glukosa; NeuAc, asam N-asetilneuraminat; , tempat defisiensi reaksi enzim.

RINGKASAN REFERENSI
■■ Triasilgliserol adalah lipid utama untuk menyimpan energi, Goss V, Hunt AN, Postle AD: Regulation of lung surfactant
sedangkan fosfogliserol, sfingomielin, dan glikosfingolipid phospholipid synthesis and metabolism. Biochim Biophys Acta
bersifat amfipatik dan memiliki fungsi struktural di 2013;1831:448.
membran sel serta peran khusus lainnya. McPhail LC: Glycerolipid in signal transduction. Biochemistry of
■■ Triasilgliserol dan beberapa fosfogliserol disintesis melalui Lipids, Lipoproteins and Membranes, 4th ed. Vance DE, Vance JE
asilasi progresif gliserol 3-fosfat. Jalur ini bercabang di (editors). Elsevier, 2002:315–340.
fosfatidat, yang membentuk fosfolipid inositol dan Merrill AH: Sphingolipids. Biochemistry of Lipids, Lipoproteins
kardiolipin di satu cabang serta triasilgliserol dan fosfolipid and Membranes, 5th ed. Vance DE, Vance JE (editors). Elsevier,
etanolamin dan kolin di cabang lain 2008:363–398.
Reue K, Brindley DN: Thematic review series: glycerolipids.
■■ Plasmalogen dan faktor penggiat trombosit (PAF) adalah
Multiple roles for lipins/phosphatidate phosphatase enzymes in
fosfolipid eter yang dibentuk dari dihidroksiaseton fosfat.
lipid metabolism. J Lipid Res 2008;49:2493
■■ Sfingolipid dibentuk dari seramid (N-asilsfingosin). Ruvolo PP: Intracellular signal transduction pathways activated by
Sfingomielin terdapat di membran organel yang berperan ceramide and its metabolites. Pharmacol Res 2003;47:383.
dalam proses sekresi (mis. aparatus Golgi). Glikosfingolipid Shimizu T: Lipid mediators in health and disease: enzymes and
yang paling sederhana adalah kombinasi seramid dan satu receptors as therapeutic targets for the regulation of immunity
residu gula (mis. GalCer di mielin). Gangliosida adalah and inflammation. Annu Rev Pharmacol Toxicol 2009;49:123.
glikosfingolipid yang lebih kompleks dan mengandung lebih Scriver CR, Beaudet AL, Sly WS, et al (editors): Th Metabolic and
banyak residu gula dan asam sialat. Senyawa-senyawa ini Molecular Bases of Inherited Disease, 8th ed. McGraw-Hill, 2001.
terdapat di lapisan luar membran plasma, tempat Vance DE, Vance JE (editors): Phospholipid biosynthesis in
gangliosida ini ikut membentuk glikokaliks dan penting eukaryotes. In: Biochemistry of Lipids, Lipoproteins and
sebagai antigen dan reseptor sel. Membranes, 5th ed. Elsevier, 2008:213–244.
■■ Fosfolipid dan sfingolipid berperan dalam beberapa proses Yen CL, Stone SJ, Koliwad S, et al: Thematic review series:
penyakit, termasuk sindrom distres pernapasan pada bayi glycerolipids. DGAT enzymes and triacylglycerol biosynthesis. J
(ketiadaan surfaktan paru), sklerosis multipel Lipid Res 2008;49:2283.
(demielinisasi), dan sfingolipidosis (ketidakmampuan tubuh Yu RK, Tsai YT, Ariga T, et al: Structures, biosynthesis and functions
menguraikan sfingolipid di lisosom akibat defek herediter of gangliosides- an overview. J Oleo Sci 2011;60:537.
enzim-enzim hidrolase).

25
B A B
Pengangkutan dan
Penyimpanan Lipid
TUJUAN ■■ Mengidentifikasi empat kelompok utama lipoprotein plasma dan empat

golongan lipid utama yang dibawanya.
■■ Melukiskan struktur partikel lipoprotein.
Anda diharapkan dapat: ■■ Menunjukkan jenis-jenis utama apolipoprotein yang ditemukan pada berbagai
golongan lipoprotein.
■■ Menjelaskan bahwa triasilgliserol dibawa dari usus (setelah diserap dari
makanan) ke hati dalam kilomikron, dan dari hati ke jaringan ekstrahepatik
dalam lipoprotein berdensitas sangat rendah (VLDL), dan partikel-partikel ini
masing-masing disintesis dalam sel-sel usus dan hati, melalui proses yang
serupa.
■■ Melukiskan proses kilomikron dimetabolisme oleh lipase membentuk sisa
kilomikron yang kemudian diangkut dari peredaran darah ke hati.
■■ Menjelaskan proses VLDL dimetabolisme oleh lipase menjadi sisa VLDL
(disebut jugs lipoprotein berdensitas sedang [IDL]) yang dibersihkan oleh hati
atau diubah menjadi lipoprotein berdensitas rendah (LDL) yang berfungsi
menyalurkan kolesterol dari hati ke jaringan ekstrahepatik dan diserap melalui
reseptor LDL (apoB100,E).
■■ Menjelaskan proses lipoprotein berdensitas tinggi (HDL), yang mengembalikan
kolesterol dari jaringan ekstrahepatik ke hati dalam transpor kolesterol terbalik,
disintesis, menunjukkan mekanisme HDL menerima kolesterol dari jaringan, dan
menunjukkan proses HDL dimetabolisme dalam siklus HDL.
■■ Memahami bahwa hati berperan penting dalam transpor dan metabolisme lipid
dan bahwa sekresi VLDL hati diatur oleh makanan dan hormon.
■■ Menyadari peran LDL dan HDL masing-masing dalam memicu dan
memperlambat perkembangan ateroskierosis.
■■ Menunjukkan penyebab penyakit perlemakan hati alkoholis dan nonalkoholis.
■■ Memahami bahwa jaringan adiposa merupakan simpanan utama triasilgliserol
dalam tubuh dan menjelaskan proses asam lemak dibebaskan serta proses
regulasi asam lemak.
■■ Memahami peran jaringan adiposa cokelat dalam pembentukan panas tubuh.
menghasilkan lipoprotein yang dapat bercampur dengan

KEPENTINGAN BIOMEDIS air.
Lemak (fat) yang diserap dari makanan dan lipid yang Pada omnivora pemakan daging seperti manusia,
disintesis oleh hati dan jaringan adiposa harus diangkut ke kelebihan kalori diserap ke dalam fase anabolik siklus
berbagai jaringan dan organ untuk digunakan dan makan, yang diikuti oleh periode keseimbangan kalori
disimpan. Karena lipid tidak larut di dalam air, masalah negatif ketika organisme menggunakan simpanan kar-
cara pengangkutan lipid dalam plasma darah yang berbahan bohidrat dan lemaknya. Lipoprotein memerantarai siklus ini
dasar air dipecahkan dengan cara menggabungkan lipid dengan mengangkut lipid dari usus sebagai kilomikron—
nonpolar (triasilgliserol dan ester kolesteril) dengan lipid dan dari hati sebagai lipoprotein berdensitas sangat rendah
amfipatik (fosfolipid dan kolesterol) serta protein untuk
253

TABEL 25–1 Komposisi Lipoprotein dalam Plasma Manusia

Komposisi
Garis Tengah Densitas Protein Lipid Komponen Lipid

Lipoprotein Sumber (nm) (g/mL) (%) (%) Utama Apolipoprotein
Kilomikron Usus 90-1000 <0.95 1-2 98-99 Triasilgliserol E
Sisa kilomikron Kilomikron 45-150 <1.006 6-8 92-94 Triasilgliserol,

fosfolipid,
kolestrol
VLDL Hati (usus) 30-90 0.95-1.006 7-10 90-93 Triasilgliserol E
IDL VLDL 25-35 1.006-1.019 11 89 Triasilgliserol,

kolestrol
LDL VLDL 20-25 1.019-1.063 21 79 Kolestrol B-100
HDL Hati, usus, Fosfolipid, A-I, A-II, A-IV, C-I,

VLDL, kolestrol E
kilomikron
HDL1 20-25 1.019-1.063 32 68
HDL2 10-20 1.063-1.125 33 67

HDL3 5-10 1.125-1.210 57 43
Preβ-HDL c
<5 >1.210 A-I
Albumin/asam Jaringan adiposa >1.281 99 1 Asam lemak bebas
lemak bebas
a
Disekresikan bersama kilomikron tetapi dipindahkan ke HDL.
b
Berkaitan dengan subfraksi HDL2 dan HDL3.
c
Bagian suatu fraksi minor yang dikenal sebagai lipoprotein sangat tinggi (VHDL).
Singkatan: HDL, high-density lipoprotein (lipoprotein berdensitas tinggi); IDL, intermediate-density lipoprotein (lipoprotein berdensitas sedang); LDL, low-density lipoprotein
(lipoprotein berdensitas rendah); VLDL, very low density lipoprotein (lipoprotein berdensitas sangat rendah).
(very low density lipoproteins, VLDL)—ke sebagian besar Empat Kelompok Utama Lipoprotein Plasma
jaringan untuk di oksidasi dan ke jaringan adiposa untuk
Telah Diketahui
disimpan. Lipid dimobilisasi dari jaringan adiposa sebagai
asam lemak bebas (free fatty acids, FFA) yang melekat pada Karena lemak kurang padat daripada air, berat jenis
albumin serum. Kelainan metabolisme lipoprotein (densitas) lipoprotein menurun seiring dengan pening-katan
menyebabkan berbagai hipo- atau hiperlipoproteinemia. proporsi lipid terhadap protein (Tabel 25–1). Empat
Yang tersering adalah diabetes melitus; pada penyakit ini, kelompok utama lipoprotein yang penting secara fisiologis
terjadi defisiensi insulin yang menyebabkan mobilisasi FFA dan penting dalam diagnosis klinis telah berhasil diketahui.
secara berlebihan dibarengi rendahnya pemanfaatan Keempatnya adalah (1) kilomikron, yang berasal dari
kilomikron dan VLDL sehingga terjadi hipertriasilgli- penyerapan triasilgliserol dan lipid lain di usus; (2)
serolemia. Sebagian besar kondisi patologis lain yang MJQPQSPUFJO CFSEFOTJUBT TBOHBU SFOEBI WFSZMPX EFOTJUZ
mengenai transpor lipid terutama disebabkan oleh kelainan MJQPQSPUFJOT 7-%- , ZBOH CFSBTBM EBSJ IBUJ VOUVL FLTQPS
bawaan yang sebagian di antaranya menyebabkan USJBTJMHMJTFSPl; (3) MJQPQSPUFJO CFSEFOTJUBT SFOEBI MPX
hiperkolesterolemia dan aterosklerosis prematur (lihat EFOTJUZ MJQPQSPUFJO -%-), ZBOH NFOHHBNCBSLBO TVBUV UBIBQ
Tabel 26–1). Obesitas—terutama obesitas abdomen—adalah BLIJS NFUBCPMJTNF 7-%-; EBO (4) MJQPQSPUFJO CFSEFOTJUBT
faktor risiko peningkatan mortalitas, hipertensi, diabetes UJOHHJ IJHI EFOTJUZ MJQPQSPUFJO )%- , ZBOHCFSQFSBOEBMBN
melitus tipe 2, hiperlipidemia, hiperglikemia, dan berbagai USBOTQPS LPMFTUFSPM EBO QBEB NFUBCPMJTNF 7-%- EBO
disfungsi endokrin. LJMPNJLSPO. 5SJBTJMHMJTFSPMBEBMBIMJQJEVUBNBQBEBkilomikron
dan VLDL, sedangkan kolesterol dan fosfolipid masing-masing
LIPID DIANGKUT DI DALAM adalah lipid utama pada LDL dan HDL (Tabel 25–1).
Lipoprotein dapat dipisahkanberdasarkan sifat-sifat elektrofo-
PLASMA SEBAGAI LIPOPROTEIN retiknya menjadi α- (HDL), β- (LDL), dan pralipoprotein-β
(VLDL).
Dalam Lipoprotein Terdapat Empat Kelas
Utama Lipid Lipoprotein Terdiri dari Inti Nonpolar
Lipid plasma terdiri dari triasilgliserol (16%), fosfolipid dan Suatu Lapisan Permukaan Lipid
(30%), kolesterol (14%), dan ester kolesteril (36%) serta Amfipatik
sedikit asam lemak rantai-panjang tak-teresterifikasi (asam
Inti lipid nonpolar terutama terdiri dari triasilgliserol
lemak bebas, FFA) (4%). Fraksi yang terakhir ini, asam
dan ester kolesteril serta dikelilingi oleh satu lapisan
lemak bebas (FFA), secara metabolik adalah lipid plasma
permukaan molekul kolesterol dan fosfolipid amfipatik
yang paling aktif.

BAB 25 Pengangkutan dan Penyimpanan Lipid 255
berfungsi sebagai ligan untuk interaksi dengan reseptor

Apoprotein lipoprotein di jaringan, misalnya apo B-100 dan apo E untuk
perifer (mis, apo reseptor LDL, apo E untuk protein terkait-reseptor LDL (LDL
C)
receptor-related protein, LRP) yang diidentifikasi sebagai
Kolestrol Fosfolipid reseptor sisa, dan apo A-I untuk reseptor HDL. Namun,
bebas fungsi apo A-IV dan apo D masih belum diketahui pasti
Kolesteril
ester
meskipun apo D diperkirakan merupakan faktor penting
Triasilgliserol
dalam pernyakit neurodegeneratif manusia.
ASAM LEMAK BEBAS CEPAT

DIMETABOLISME
Inti terutama
Asam lemak bebas (FFA atau disebut juga asam lemak
mengandung tak-teresterifikasi) dalam plasma berasal dari penguraian
lipid nonpolar triasilgliserol di jaringan adiposa atau sebagai hasil kerja
Apoprotein lipoprotein lipase pada triasilgliserol plasma. FFA
integral Lapisan tunggal terutama
(mis. apo B) terdiri pada lipid amfipatik ditemukan berikatan dengan albumin, suatu pelarut yang
sangat efektif, dalam kadar yang bervariasi antara 0,1
GAMBAR 25–1 Struktur umum lipoprotein plasma. Tampak sampai 0,2 meq/mL plasma. Kadarnya akan rendah pada
kemiripan dengan struktur membran plasma. Sejumlah kecil ester
kolesteril dan triasilgliserol dapat ditemukan di lapisan permukaan dan keadaan kenyang dan meningkat menjadi 0.7-0.8 meq/mL
sedikit kolestrol bebas di bagian inti. pada keadaan kelaparan. Pada diabetes melitus tak-
terkontrol, kadar tersebut dapat meningkat hingga 2 meq/
(Gambar 25–1). Molekul-molekul ini memiliki orientasi mL.
sedemikian rupa sehingga gugus polarnya menghadap ke luar Asam lemak bebas sangat cepat dikeluarkan dari
ke medium air, seperti pada membran sel (lihat Bab 21 dan darah dan dioksidasi (memenuhi 25-50% kebutuhan
40). Unsur protein pada lipoprotein dikenal sebagai energi pada keadaan kelaparan) atau diesterifikasi untuk
apolipoprotein atau apoprotein, yang membentuk hampir membentuk triasilgliserol di jaringan. Pada keadaan
70% dari sebagian HDL dan hanya 1% kilomikron. kelaparan, lipid teresterifikasi dari sirkulasi atau di
jaringan juga akan dioksidasi, terutama di sel otot rangka
Distribusi Apolipoprotein Menentukan dan jantung, tempat simpanan lipid banyak ditemukan.
Karakteristik Lipoprotein Penyerapan asam lemak bebas (FFA) oleh jaringan
Di setiap lipoprotein terdapat satu atau lebih apolipoprotein berkaitan langsung dengan kadar asam lemak bebas (FFA)
(protein atau polipeptida). Biasanya disingkat apo diikuti di dalam plasma, yang selanjutnya ditentukan oleh laju
oleh huruf A, B, C, dll (Tabel 25–1). Beberapa lipolisis di jaringan adiposa. Setelah disosiasi kompleks asam
apolipoprotein yang integral dan tidak dapat dihapus (mis, lemak-albumin di membran plasma, asam lemak kemudian
apo B), sedangkan yang lain terikat ke permukaan dan bebas berikatan dengan protein pengangkut asam lemak
untuk dipindahkan ke lipoprotein lain, mis, apo C dan E). membran yang bekerja sebagai kotransporter trans-
membran bersama Na+. Ketika memasuki sitosol, asam
Apolipoprotein utama pada HDL (lipoprotein-α) disebut A
(Tabel 25–1). Apolipoprotein utama pada LDL ( lipoprotein- lemak bebas diikat oleh protein pengikat asam lemak
intrasel. Peran protein golongan ini dalam transpor intrasel
β) adalah apolipoprotein B (B-100), yang juga ditemukan
pada VLDL. Kilomikron mengandung bentuk apo B yang diperkirakan serupa dengan peran albumin serum dalam
terpotong (B-48) yang disintesis di usus, sementara B-100 transpor ekstrasel asam lemak rantai-panjang
disintesis di hati. Apo B-100 adalah salah satu rantai
polipeptida tunggal yang diketahui paling panjang, dan TRIASILGLISEROL DIANGKUT
memiliki 4536 asam amino dan massa molekul 550,000 Da. DARI USUS DALAM BENTUK
Apo B-48 (48% B-100) dibentuk setelah transkripsi gen apo
B-100 dengan menyisipkan sebuah sinyal perhentian pada KILOMIKRON DAN DARI HATI
transkrip mRNA oleh suatu enzim penyunting RNA. Apo C-
I, C-II, dan C-III adalah polipeptida yang lebih kecil ( massa
DALAM BENTUK LIPOPROTEIN
molekul 7000- 9000 Da) yang bebas dipindahkan dari satu BERDENSITAS SANGAT RENDAH
lipoprotein ke lipoprotein lain. Apo E, ditemukan di VLDL, Berdasarkan definisi, kilomikron ditemukan dalam kilus
HDL, dan sisa kilomikron yang juga dapat pindahkan; pada yang hanya dibentuk oleh sistem limfe yang mengaliri usus.
orang normal, apo-E membentuk 5-10% apolipoprotein Kilomikron bertanggung jawab mengangkut semua lipid
VLDL total. dari makanan ke dalam sirkulasi. Sejumlah kecil VLDL juga
Apolipoprotein melakukan beberapa peran: (1) dapat ditemukan dalam kilus; namun, sebagian besar VLDL
membentuk sebagian struktuir lipoprotein, mis, apo B; (2) plasma berasal dari hati. VLDL adalah kendaraan untuk
kofaktor enzirn, mis. C-II untuk lipoprotein lipase, A-I mengangkut triasilgliserol dari hati ke jaringan
untuk lesitin:kolesterol asiltransferase, atau inhibitor enzim, ekstrahepatik.
misalnya, apo A-II dan apo C-III untuk lipoprotein lipase, Terdapat kemiripan yang mencolok dalam mekanisme
apo C-I untuk protein pengangkut ester kolesteril; dan (3) pembentukan kilomikron oleh sel usus dan VLDL oleh

A Lumen usus B
• RER ••••
•
•••
• •• • •
• •• • •••
•
•• • •
• • • ••
•••••• •• • • •
•
• • ••
•
•
•
••• • •
•• •
• • ••
••
• • • • ••
•••••
•• • • • •
•••••••
••
••
•• ••
• • • •••
•• • ••••
•
•
G
• ••••••
• • • • • • •• • • • • •
•• • RER
••
SER ••
• • •••
•• • • •••••
• ••
• ••••••••• • • • •
•• •
•••
•
N
SER
•••• •
Kanalikulus
G
N empedu
C
VLDL
Fenestra
SD
Sel
endotel
Kapiler Pembuluh limfa ke E
darah arah duktus torasikus Sinusoid darah
GAMBAR 25–2 Pembentukan dan sekresi (A) kilomikron oleh sebuah sel usus dan (B) lipoprotein
berdensitas sangat rendah oleh sebuah sel hati. (C, kilomikron; E, endotel; G, badan Golgi; N, nukleus; RER,
retikulum endoplasma kasar; SD, ruang Disse, mengandung plasma darah; SER, retikulum endoplasma halus; VLDL,
lipoprotein berdensitas sangat rendah.) Apolipoprotein B, yang disintesis di RER, bergabung menjadi partikel
dengan triasilgliserol, kolesterol, dan fosfolipid di SER. Setelah penambahan residu karbohidrat di G, zat ini
dibebaskan dari sel melalui proses pinositosis terbalik (reverse pinocytosis). Kilomikron masuk ke dalam sistem
limfe. VLDL disekresikan ke dalam ruang Disse dan kemudian ke dalam sinusoid hati melalui fenestra di lapisan
endotel.
sel parenkim hati (Gambar 25–2), mungkin sirkulasi (Gambar 25–3 dan 25–4). Namun, Apo B, adalah
karena selain kelenjar mamae—usus dan hati adalah bagian integral partikel lipoprotein, Apo B dimasukkan ke
satu-satunya jaringan yang menyekresikan lipid dalam dalam sel dan sangat penting untuk pembentukkan
bentuk partikel. VLDL dan kilomikron yang baru kilomikron dan VLDL. Pada abetalipoproteinemia (suatu
disekresikan atau "nascent" hanya mengandung sedikit penyakit yang jarang ditemukan), tidak terbentuk
apolipoprotein C dan E, dan bentuk utuhnya diperoleh
dari HDL di dalam
TG dari makanan
Kilomikron
nasen
B-48
Usus Limfatik
halus TG
C Kilomikron
o E
A , Ap B-48
oC
Ap Jaringan
TG ekstrahepatik
E C
LDL A
(apo B-100, E) E PL, C C C
reseptor
A
HDL Ap
Kolestrol o A , A po C Lipoprotein lipase
Asam lemak
B-48
HL
TG
C Asam lemak
Hati E
Sisa Gliserol
LRP kilomikron
GAMBAR 25–3 Nasib kilomikron secara metabolik. (A, apolipoprotein A; B-48, apolipoprotein B-48; C,
apolipoprotein C; C, kolesterol dan ester kolesteril; E, apolipoprotein E; HDL, lipoprotein berdensitas tinggi; HL,
lipase hati; LRP, protein terkait-reseptor LDL; PL, fosfolipid; TG, triasilgliserol.) Hanya lipid-lipid predominan
yang diperlihatkan.

VLDL
nasen
B-100
TG
C VLDL
Ap oE
E C, B-100
C po Jaringan
A
TG ekstrahepatik
E C
LDL A
(apo B-100, E) C
reseptor E PL, C C
HDL Ap o C
Asam lemak Lipoprotein lipase
B-100
Kolestrol TG
B-100 C
E
C Asam lemak
IDL
Hati (Sisa VLDL)
LDL LDL
(apo B-100, E)
reseptor Gliserol
Penghancuran
terakhir di hati,
jaringan ekstrahepatik
(mis. iimfosit, Jaringan
fibroblast) melalui ekstrahepatik
endositosis
GAMBAR 25–4 Nasib lipoprotein berdensitas sangat rendah (VLDL) secara metabolik dan produksi
lipoprotein berdensitas rendah (LDL). (A, apolipoprotein A; B-100, apolipoprotein B-100; C, apolipoprotein C; C,
kolesterol dan ester kolesteril; E, apolipoprotein E; HDL, lipoprotein berdensitas tinggi; IDL, lipoprotein
berdensitas sedang; PL, fosfolipid; TG, triasilgliserol.) Hanya lipid predominan yang diperlihatkan. Sebagian IDL
juga mungkin dimetabolisme melalui LRP-1.
lipoprotein yang mengandung apo B dan terjadi penimbunan Lipase hati terikat pada permukaan sinusoid sel hati dan
butiran lipid di usus dan hati. dibebaskan oleh heparin. Namun, enzim ini tidak mudah
Di bawah ini, faktor-faktor yang mengendalikan sekresi bereaksi dengan kilomikron atau VLDL tetapi berhubungan
VLDL hati dibahas secara lebih rinci. dengan metabolisme HDL dan sisa kilomikron.
Baik fosfolipid maupun apo C-II diperlukan sebagai
KILOMIKRON DAN LIPOPROTEIN kofaktor untuk aktivitas lipoprotein lipase, sementara apo A-
BERDENSITAS SANGAT RENDAH II dan apo C-III berfungsi sebagai inhibitor. Hidrolisis
berlangsung sewaktu lipoprotein melekat pada enzim di
CEPAT DIKATABOLISME endotel. Triasilgliserol mengalami hidrolisis secara
Pembersihan kilomikron dari darah berlangsung cepat, progresif menjadi diasilgliserol, monoasilgliserol, dan
dengan waktu paruh eliminasi kurang dari 1 jam pada akhirnya asam lemak bebas dan gliserol. Sebagian asam
manusia. Partikel yang lebih besar dikatabolisme lebih cepat lemak bebas ini kembali ke dalam sirkulasi, melekat pada
daripada partikel yang lebih kecil. Asam-asam lemak yang albumin, tetapi kebanyakan diangkut ke dalam jaringan
berasal dari triasilgliserol kilomikron terutama disalurkan ke (Gambar 25–3 dan 25–4). Lipoprotein lipase jantung
jaringan adiposa, jantung, dan otot (80%), sementara sekitar memiliki Km yang rendah untuk triasilgliserol, yaitu sekitar
~20% menuju hati. Namun, hati tidak memetabolisme sepersepuluh Km yang dimiliki oleh enzim di jaringan
kilomikron atau VLDL secara signifikan; oleh karena itu, adiposa. Hal ini memungkinkan asam lemak dari
asam lemak di hati berasal dari metabolismenya di jaringan triasilgliserol dialihkan dari jaringan adiposa ke jantung
ekstrahepatik. pada keadaan kelaparan ketika kadar triasilgliserol plasma
menurun. Pengalihan serupa di kelenjar mamaria terjadi
Triasilgliserol Kilomikron dan VLDL sewaktu masa menyusui yang memungkinkan penyerapan
Dihidrolisis oleh Lipoprotein Lipase asam lemak triasilgliserol lipoprotein untuk memproduksi
lemak susu. Reseptor VLDL berperan penting dalam
Lipoprotein lipase terdapat di dinding kapiler darah, yang penyaluran asam lemak dari triasilgliserol VLDL ke adiposit
melekat pada endotel melalui rantai proteoglikan heparan dengan mengikat VLDL dan membawanya berkontak dengan
sulfat yang bermuatan negatif. Enzim ini ditemukan di lipoprotein lipase. Di jaringan adiposa, insulin meningkatkan
jantung, jaringan adiposa, limpa, paru, medula ginjal, sintesis lipoprotein lipase di dalam adiposit dan
aorta, diafragma, dan kelenjar mamae dalam keadaan translokasinya ke permukaan luminal endotel kapiler.
laktasi, namun tidak aktif pada hati orang dewasa. Enzim ini
Reaksi dengan lipoprotein lipase menyebabkan lenyap-
normalnya tidak ditemukan dalam darah; namun, setelah
nya 70% to 90% triasilgliserol kilomikron dan lenyapnya apo
penyuntikan heparin, terjadi pembebasan lipoprotein lipase
C (yang kembali ke HDL), tetapi bukan apo E, yang tetap
dari ikatannya dengan heparan sulfat ke dalam sirkulasi.
dipertahankan.

Kilomikron sisa (chylomicron remnant) yang terbentuk

berdiameter sekitar separuh diameter kilomikron induk dan
LDL DIMETABOLISME MELALUI
relatif kaya akan ester kolesteril dan kolesterol karena RESEPTOR LDL
berkurangnya triasilgliserol (Gambar 25–3). Perubahan Hati dan banyak jaringan ekstrahepatik mengekspresikan
serupa terjadi pada VLDL, disertai pembentukan sisa VLDL reseptor LDL (apo B-100, E). Reseptor ini dinamai
atau IDL (lipoprotein berdensitas sedang) (Gambar 25–4). demikian karena spesifik untuk apo B-100, tetapi tidak
untuk B48 yang tidak memiliki domain terminal karboksil
Hati Berperan Menyerap Lipoprotein Sisa B-100 yang mengandung ligan reseptor LDL, dan juga
Sisa kilomikron diserap oleh hati melalui endositosis yang menyerap lipoprotein yang kaya akan apo E. Sekitar 30%
diperantarai oleh reseptor, dan ester kolesteril serta LDL diuraikan di jaringan ekstrahepatik dan 70% di hati.
triasilgliserol dihidrolisis dan dimetabolisme. Penyerapannya Terdapat korelasi positif antara insidens aterosklerosis dan
diperantarai oleh apo E (Gambar 25–3), melalui dua kadar kolesterol LDL plasma. Reseptor LDL (apoB-100, E)
reseptor dependen-apo E, reseptor LDL (apo B-100, E) dan terganggu pada hiperkolesterolemia familial, suatu kondisi
LRP-1 (protein terkait reseptor-LDL). Lipase hati genetik dengan kadar kolesterol LDL darah meningkat dan
memiliki peranan ganda: (1) berfungsi sebagai ligan untuk menyebabkan aterosklerosis prematur (Tabel 26–1). Untuk
mempermudah penyerapan sisa dan (2) menghidrolisis pernbahasan lebih lanjut mengenai pengaturan reseptor
fosfolipid dan triasilgliserol sisa. LDL, lihat Bab 26.
Setelah di metabolisme menjadi IDL, VLDL dapat
diserap oleh hati secara langsung melalui reseptor LDL
HDL IKUT SERTA DALAM
(apo B-100, E) atau dapat diubah menjadi LDL. Hanya METABOLISME LIPOPROTEIN
terdapat satu molekul apo B-100 di masing-masing partikel
lipoprotein ini, dan hal ini dipertahankan selama TRIASILGLISEROL DAN KOLESTEROL
transformasi. Oleh sebab itu, setiap partikel LDL berasal dari HDL disintesis dan disekresikan dan hati dan usus (Gambar
satu partikel VLDL prekursor (Gambar 25–4). Pada 25–5). Namun, apo C dan apo E disintesis di hati dan
manusia, cukup banyak IDL yang membentuk LDL dan dipindahkan dari HDL hati ke HDL usus ketika HDL usus
merupakan penyebab meningkatnya kadar LDL pada memasuki plasma. Fungsi utama HDL adalah sebagai tempat
manusia dibandingkan pada hewan mamalia lainnya. penyimpanan apo C dan apo E yang dibutuhkan dalam
Lapis-ganda fosfolipid
Hati Usus halus
A-I Sintesis
C empedu dan PL
asam empedu C
Sintesis LCAT
C CE PL
Lipase HDL diskoid
hati Ginjal
Lipase
SR-B1 endotel
A-I
PL C
A-I Jaringan
Pra HDL-β
ABCA1
C
SR-B1
A-I A-I ABCG1

C C
CE CE
PL PL LCAT
HDL2 HDL3
GAMBAR 25–5 Metabolisme lipoprotein berdensitas tinggi (HDL) dalam transpor kolesterol terbalik. (A-I,
apolipoprotein A-I; ABCA 1, ATP-binding cassette transporter A1; ABCG1, ATP-binding cassette transporter G1; C,
kolesterol; CE, ester kolesteril; LCAT, lesitin:kolesterol asiltransferase; PL, fosfolipid; SR-B1, scavenger receptor B1.)
PraHDL-β, HDL2, HDL3—lihat Tabel 25–1. Konstituen permukaan surplus dari kerja lipoprotein lipase pada kilomikron
dan VLDL merupakan sumber lain PraHDL-β. Aktivitas lipase hati ditingkatkan oleh androgen dan menurun oleh
estrogen, yang mungkin menjadi penyebab lebih tingginya kadar HDL2 plasma pada wanita.

metabolisme kilomikron dan VLDL. HDL nasen terdiri dari dalam darah hewan yang hiperkolesterolemik akibat
lapis-ganda fosfolipid diskoid yang mengandung apo A dan makanan. HDL ini kaya akan kolestrol, dam apolipoprotein
kolesterol bebas. Lipoprotein mill serupa dengan partikel satu-satunya adalah apo E. Tampaknya, semua lipoprotein
yang ditemukan di dalam plasma pasien dengan defisiensi plasma adalah komponen satu atau lebih siklus metabolik
enzim plasma lesitin:kolesterol asiltransferase (LCAT) dan yang saling berkaitan, yang bersama-sama bertanggung
di dalam plasma pasien ikterus obstruktif. LCAT—dan jawab dalam proses kompleks pengangkutan lipid plasma.
aktivator LCAT apo A-I—berikatan dengan partikel diskoid,
dan fosfolipid permukaan serta kolesterol bebas diubah HATI BERPERAN SENTRAL DALAM
menjadi ester kolesteril dan lisolesitin (lihat Bab 24). Ester
kolesteril nonpolar bergerak menuju bagian interior TRANSPOR DAN METABOLISME
hidrofobik dari lapis-ganda, sementara lisolesitin LIPID
dipindahkan ke albumin plasma. Oleh karena itu, terbentuk
bagian inti yang nonpolar, yang membentuk HDL Hati melaksanakan fungsi-fungsi utama berikut dalam
pseudomisel sferis yang dibungkus oleh lapisan permukaan metabolisme lipid:
lipid polar dan apolipoprotein. Hai ini mempermudah 1. Hati mempermudah pencemaan dan penyerapan lipid
pengeluaran kelebihan kolesterol yang tidak teresterifikasi dari dengan menghasilkan empedu yang mengandung
lipoprotein dan jaringan seperti dijelaskan berikut. Class B kolesterol dan garam empedu yang disintesis di hati de
scavenger receptor B1 (SR-B1; reseptor pembersih kelas B1) novo atau dari penyerapan kolesterol lipoprotein (lihat
diidentifikasi sebagai reseptor HDL dengan peranan ganda Bab 26).
dalam metabolisme HDL. Di hati dan di jaringan 2. Hati secara aktif membentuk dan mengoksidasi
steroidogenik, reseptor ini mengikat HDL melalui apo A-I, asam lemak (lihat Bab 22 dan 23) dan juga
dan ester kolesteril secara selektif disalurkan ke sel meskipun membentuk triasilgliserol dan fosfolipid (lihat Bab 24).
partikelnya sendiri, termasuk apo A-I, tidak diserap. Di 3. Hati mengubah asam lemak menjadi badan keton
pihak lain, di jaringan, SR-B1 memerantarai penerimaan (ketogenesis) (lihat Bab 22).
kolesterol dari sel oleh HDL yang kemudian mengangkutnya 4. Hati merupakan bagian integral dari sintesis dan
ke hati untuk diekskresikan melalui empedu (baik sebagai metabolisme lipoprotein plasma (bab ini).
kolesterol atau setelah diubah menjadi asam empedu) dalam
proses yang dikenal sebagai transpor kolesterol terbalik Sekresi VLDL Hati Berkaitan dengan Diet
(reverse cholesterol transport) (Gambar 25–5). HDL3, yang dan Status Hormonal
dihasilkan clan HDL diskoid melalui kerja LCAT, menerima Proses-proses di dalam sel yang berkaitan dengan
kolesterol dari jaringan melalui SR-B1 dan kolesterol pembentukan dan sekresi VLDL telah dijelaskan di atas
kemudian diesterifikasi oleh LCAT, yang memperbesar (Gambar 25–2) dan diperlihatkan di (Gambar 25–6).
ukuran partikel untuk membentuk HDL2 yang kurang padat. Perakitan VLDL hepatik membutuhkan sintesis apoB100 dan
HDL3 kemudian terbentuk kembali, balk setelah penyaluran sumber triasilgliserol. ApoB100 disintesis pada polyribosome
selektif ester kolesteril ke hati melalui SR-B1 atau melalui dan translokasi ke lumen retikulum endoplasma setelah
hidrolisis triasilgliserol dan fosfolipid HDL2 oleh lipase hati terbentuk. Ketika sebagai protein memasuki lumen protein
dan lipase endotel. Pertukaran antara HDL2 dan HDL3 ini dilipidasi dengan fosfolipid bantuan dari microsomal
disebut siklus HDL (Gambar 25–5). Apo A-I bebas triglyceride transfer protein (MTP, protein pengangkut
dihasilkan oleh proses ini dan membentuk pra-HDL-a setelah triasilgliserol mikrosom), yang juga memfasilitasi transfer
berikatan dengan sejumlah kecil fosfolipid dan kolesterol. triasilgliserol yang menyeberangi membran ER, dan apoB
Kelebihan apo A-I dihancurkan di ginjal. Mekanisme mengandung VLDL2 (atau prekursor VLDL) sehingga
penting kedua untuk transpor berlawanan kolesterol partikel terbentuk. Triasilgliserol (TG) turunan dari lipolisis
melibatkan ATP-binding cassette transporter A1 (ABCA1) pada sitosolik tetesan lipid TG dan re-esterifikasi di jalur
dan G1 (ABCG1). Keduanya adalah anggota dari famili yang membutuhkan derivatif fosfolipid dan transferase asil-
protein pengangkut yang menggabungkan hidrolisis ATP diasilgliserol. TG yang tidak digunakan untuk pembentukan
dengan pengikatan suatu substrat sehingga substrat dapat VLDL1 yang akan didaur ulang ke tetesan sitosol. Setelah
dipindahkan melintasi membran. ABCG1 memerantarai perakitan di ER, VLDL2 dilakukan di vesikula COPII (lihat
pengangkutan kolesterol dari sel ke HDL, sedangkan ABCA1 Bab 49) untuk golgi, di mana berfusi dengan tetesan kaya
cenderung memicu efluks ke partikel yang kurang memiliki lipid TG untuk menghasilkan VLDL1. Asam fosfatidat
lipid, misalnya praHDL-β atau apo A-1, kemudian diubah diproduksi oleh aksi fosfolipase D ketika diaktifkan oleh
menjadi HDL3 melalui HDL diskoid (Gambar 25–5). protein pengikat GTP kecil yang disebut faktor-1 ADP-
PraHDL-β adalah bentuk paling poten HDL yang ribosilasi (ARF-1) diperlukan untuk pembentukan partikel
menginduksi efluks kolesterol dari jaringan. kaya-TG dan/atau VLDL2. Meskipun beberapa partikel
Kadar HDL bervariasi secara timbal-balik dengan kadar VLDL2 dapat disekresikan tanpa fusi, kebanyakan partikel
triasilgliserol plasma dan secara langsung dengan aktivitas yang meninggalkan sel dalam bentuk VLDL1. VLDL nasen
lipoprotein lipase. Hal ini mungkin disebabkan oleh ini kemudian memperoleh apolipoprotein C dan E dari HDL
konstituen permukaan surplus, misalnya fosfolipid dan apo dalam sirkulasi menjadi matur VLDL.
A-I, yang dibebaskan sewaktu hidrolisis kilomikron dan Sintesis triasilgliserol hati merupakan stimulus
VLDL serta ikut membentuk pra HDL-β dan HDL diskoid langsung untuk pembentukan dan sekresi VLDL. Asam-
Kadar HDL2 berbanding terbalik dengan insidens ateros- asam lemak yang digunakan mungkin berasal dari dua
klerosis, mungkin karena HDL mencerminkan efisiensi sumber: (1) sintesis di dalam hati dari asetil-KoA yang
transpor kolesterol terbalik. HDLc (HDL1) ditemukan di terutama berasal dari karbohidrat (mungkin tidak

Plasma FFA
Sitosol Esterifikasi PL
Sintesis FFA + ARF-1
Lipolisis TG PLD
& PA
Re-esterifikasi
Partikel – Lumen Golgi
INSULIN MTP kaya TG
TG VLDL1
Poliribosome ApoB100
Lumen ER VLDL2
– Vesikel INSULIN
Penurunan COPII Sekresi
SEL HATI
VLDL
nasen
Matur
VLDL
ApoC, E dari HDL
GAMBAR 25–6 Sintesis lipoprotein berdensitas sangat rendah (VLDL) di hati (Apo, apolipoprotein; ARF-1,
Faktor-1 ADP-ribosilasi; FFA, asam lemak bebas; HDL, lipoprotein berdensitas tinggi; MTP, protein pengangkut
triasilgliserol mikrosom; PA, asam fosfatidat; PL, fosfolipid; PLD, fosfolipase D; TG, triasilgliserol.) Jalur-jalur yang
diperlihatkan membentuk dasar bagi proses-proses yang dijelaskan di (Gambar 25–2). Apo B-100 disintesis pada
poliribosome dan lipid diciptakan dengan PL oleh MTP karena memasuki lumen ER. Kelebihan terdegradasi di
proteasomes. TG berasal dari lipolisis tetesan lipid sitosol diikuti dengan re-sintesis ditransfer ke dalam lumen ER
dengan bantuan MTP dan berinteraksi dengan apoB-100 membentuk VLDL2. Kelebihan TG didaur ulang ke
tetesan lipid sitosol. VLDL2 translokasi ke Golgi di vesikula COPII melebur dengan kaya TG partikel untuk
membentuk VLDL1. PA diproduksi oleh aktivasi PLD oleh ARF-1 dan dimasukkan ke dalam VLDL1 TG-kaya dan/
atau VLDL2. Kedua VLDL1 dan VLDL2 dapat disekresikan ke dalam darah. Insulin menghambat sekresi VLDL
dengan menghambat apoB-100 sintesis dan pembentukan VLDL1 dari VLDL2.
terlalu penting pada manusia) dan (2) penyerapan asam lipolisis; dan kerusakan pada gen MTP. Glukosa, di sisi lain,
lemak bebas dari sirkulasi. Sumber asam lemak pertama meningkatkan produksi VLDL dengan mendorong TG
mendominasi dalam keadaan kenyang, saat sintesis asarn lipolisis. Regulasi pembentukan VLDL di hati adalah
lemak tinggi dan kadar asam lemak bebas darah rendah. kompleks dan melibatkan interaksi antara faktor hormonal
Karena triasilgliserol normalnya tidak menumpuk di hati dan makanan yang belum sepenuhnya dipahami.
pada kondisi ini, dapat disimpulkan bahwa asam lemak
bebas diangkut dari hati dalam bentuk VLDL secepat
sintesisnya. Asam lemak bebas dari sirkulasi adalah sumber
ASPEK KLINIS
utama selama masa kelaparan, mengonsumsi diet tinggi Ketidakseimbangan Laju Pembentukan
lemak, atau pada diabetes melitus, saat lipogenesis di hati
Triasilgliserol dan Ekspornya Menyebabkan
terhambat. Faktor-faktor yang meningkatkan sintesis
triasilgliserol maupun sekresi VLDL oleh hati mencakup Perlemakan Hati
(1) keadaan kenyang (bukan lapar); (2) mengonsumsi diet Oleh karena berbagai sebab, lipid—terutama sebagai
kaya karbohidrat (terutama jika mengandung sukrosa atau triasilgliserol—dapat terakumulasi di hati (Gambar 25–6).
fruktosa), sehingga lipogenesis dan esterifikasi asam lemak Penimbunan berlebihan dianggap sebagai keadaan patologis.
meningkat; (3) tingginya kadar asam lemak bebas dalam Penyakit perlemakan hati nonalkoholis (Nonalcoholic fatty
darah; (4) konsumsi etanol; dan (5) adanya insulin dengan liver disease, NAFLD) adalah gangguan hati paling banyak
kadar tinggi dan glukagon dengan kadar rendah yang terjadi di seluruh dunia. Jika penimbunan lipid di hati
meningkatkan sintesis dan esterifikasi asam lemak serta menjadi kronik, perubahan fibrotik dan peradangan dapat
menghambat oksidasinya. terjadi dan menyebabkan steatohepatitis nonalkoholis
Insulin menekan hati VLDL sekresi baik dengan (nonalcoholic steatohepatitis, NASH), yang dapat
menghambat apo 100 sintesis dan dengan menghambat berkembang menjadi penyakit hati, antara lain sirosis,
konversi dari kecil VLDL2 ke VLDL1 oleh fusi dengan hepatokarsinoma, dan gagal ginjal.
bagian terbesar TG. Beberapa faktor lain yang diketahui Perlemakan hati (fatty liver) dibagi menjadi dua kate-
menghambat atau mencegah VLDL perakitan di hati gori utama. Tipe pertama berkaitan dengan peningkatan
meliputi antibiotik brefeldin A, yang menghambat aksi kadar asam lemak bebas plasma akibat mobilisasi lemak
ARF-1; obat hipoglikemik sulfonilurea, tolbutamida, asam dari jaringan adiposa atau dari hidrolisis triasilgliserol
lemak ω3 makanan (lihat Bab 21), dan asam orotik perantara lipoprotein oleh lipoprotein lipase di jaringan
dalam sintesis pirimidin (Bab 33) menurunkan tingkat TG ekstrahepatik. Pembentukan VLDL tidak dapat

mengimbangi meningkatnya influks dan esterifikasi asam oksidasi substrat tersebut, dan menyebabkan peningkatan
lemak bebas, sehingga terjadi penumpukan triasilgliserol esterifikasi asam lemak menjadi triasilgliserol sehingga
yang menyebabkan perlemakan hati. Hal ini terjadi selama terjadi perlemakan hati. Oksidasi etanol menyebabkan
kelaparan dan mengonsumsi diet tinggi lemak. terbentuknya asetaldehida, yang dioksidasi oleh aldehida
Kemampuan tubuh menyekresikan VLDL juga dapat dehidrogenase menjadi asetat. Meningkatnya rasio
terganggu (mis. pada kelaparan). Pada diabetes melitus (NADH)/(NAD+) juga menyebabkan meningkatnya (laktat)/
tak-terkontrol, twin lamb disease, dan ketosis pada ternak, (piruvat), sehingga terjadi hiperlaktatasidemia yang
infiltrasi lemak dapat sedemikian parah sehingga hati menurunkan ekskresi asam urat dan memperparah gout.
tampak pucat (fatty appearance) dan membesar disertai Sebagian metabolisme etanol berlangsung melalui sistem
kemungkinan disfungsi hati. pengoksidasi etanol di mikrosom (microsomal ethanol
Tipe kedua perlemakan hati biasanya disebabkan oxidizing system, MEOS) dependen sitokrom P450 yang
oleh blok metabolik dalam produksi lipoprotein melibatkan NADPH dan O2. Sistem ini meningkat
plasma sehingga terjadi penimbunan triasilgliserol. aktivitasnya pada alkoholisme kronik dan dapat ikut
Secara teoretis, lesi dapat disebabkan oleh (1) blok pada berperan meningkatkan bersihan metabolik pada kondisi
sintesis apolipoprotein (atau peningkatan degradasi ini. Etanol juga menghambat metabolisme beberapa obat,
sebelum apolipoprotein digabungkan ke dalam VLDL), (2) misalnya barbiturat, dengan berkompetisi untuk enzim-
blok pada sintesis lipoprotein dari lipid dan enzim dependen-sitokrom P450.
apolipoprotein, (3) kegagalan penyediaan fosfolipid yang Pada beberapa populasi Asia dan orang Amerika asli,
ditemukan pada lipoprotein, atau (4) kegagalan mekanisme konsumsi alkohol menyebabkan peningkatan reaksi simpang
sekretorik itu sendiri. asetaldehida akibat defek genetik pada aldehida dehidroge-
Salah satu tipe perlemakan hati yang telah diteliti secara nase mitokondria.
mendalam pada tikus disebabkan oleh defisiensi kolin yang
oleh karenanya dinamai faktor lipotropik. Antibiotik JARINGAN ADIPOSA ADALAH
puromisin, etionin (asam α-amino-γ-merkaptobutirat),
karbon tetraklorida, kloroform, fosfor, timbal, dan arsen TEMPAT PENYIMPANAN UTAMA
dapat menyebabkan perlemakan hati dan penurunan
mencolok kadar VLDL pada darah tikus. Kolin tidak akan
TRIASILGLISEROL DI TUBUH
melindungi organisme dari zat-zat ini, tetapi tampaknya Triasilgliserol disimpan di jaringan adiposa dalam bentuk
membantu proses penyembuhan. Kerja karbon tetraklorida droplet lipid besar dan secara terus-menerus mengalami
mungkin melibatkan pembentukan radikal bebas yang lipolisis (hidrolisis) dan re-esterifikasi. Kedua proses ini
menyebabkan peroksidasi lipid. Diet yang mengandung adalah jalur yang sama sekali berbeda yang melibatkan
vitamin E sedikit banyak dapat memberikan proteksi reaktan dan enzim yang berlainan. Hal ini memungkinkan
melalui efek antioksidan. Etionin diperkirakan berefek proses esterifikasi atau lipolisis diatur secara terpisah oleh
melalui penurunan ketersediaan ATP karena zat ini banyak faktor nutrisi, metabolik, dan hormon. Hasil kedua
menggantikan metionin di S-adenosilmetionin dan proses ini menentukan besamya kompartemen asam lemak
menyebabkan adenin yang ada terperangkap dan bebas di jaringan adiposa, yang pada gilirannya menentukan
menghambat sintesis ATP. Asam orotat juga menyebabkan kadar asam lemak bebas di dalam plasma. Karena kadar
perlemakan hati; zat ini diperkirakan mengganggu glikosi- asam lemak bebas ini memiliki efek paling mencolok pada
lasi lipoprotein, sehingga menghambat pembebasan, dan metabolisme jaringan lain, terutama hati dan otot, faktor-
juga mungkin mengganggu perekrutan triasilgliserol ke faktor yang bekerja pada jaringan adiposa yang mengatur
partikel. Pada perlemakan hati tipe defisiensi kolin, aliran keluar asam lemak bebas menimbulkan pengaruh yang
defisiensi vitamin E memperparah nekrosis hati. Penambah- jauh melebihi pengaruh pada jaringan itu sendiri. Selain itu,
an vitamin E atau selenium memberikan efek protektif karena penemuan dalam 20 tahun terakhir menemukan
dengan menekan peroksidasi lipid. Selain defisiensi protein, bahwa jaringan adiposa mengsekresi hormon seperti leptin
defisiensi asam lemak esensial dan vitamin (mis. asam dan adiponektin, dikenal sebagai adipokin, perannya sebagai
linoleat, piridoksin, dan asam pantotenat) dapat organ endokrin telah diakui. Leptin, mengatur homeostasis
menyebabkan infiltrasi lemak di hati. energi dengan merangsang penggunaan energi dan
membatasi asupan makanan. Jika kurang, asupan makanan
Etanol Juga Menyebabkan Perlemakan Hati mungkin tidak terkendali, menyebabkan obesitas.
Adiponektin memodulasi glukosa dan lipid metabolisme di
Perlemakan hati alkoholis adalah tahap pertama penyakit
otot dan hati, dan meningkatkan sensitivitas jaringan
hati alkoholis (alcoholic fatty liver, ALD) yang disebabkan
terhadap insulin.
alkoholisme dan akhimya menyebabkan sirosis.
Penimbunan lemak di hati disebabkan oleh kombinasi Penyediaan Gliserol 3-Fosfat Mengatur
gangguan oksidasi asam lemak dan meningkatnya
lipogenesis, yang diperkirakan disebabkan oleh perubahan
Esterifikasi: Lipolisis Dikontrol Oleh Lipase
potensial redoks [NADH]/[NAD+] di hati, dan juga oleh Peka-Hormon
interferensi kerja faktor-faktor transkripsi yang mengatur Triasilgliserol disintesis dari asil-KoA dan gliserol 3-fosfat
ekspresi berbagai enzim yang berperan di jalur ini. (lihat Gambar 24–2). Karena enzim gliserol kinase tidak
Oksidasi etanol oleh alkohol dehidrogenase menyebabkan diekspresikan di jaringan adiposa, gliserol tidak dapat
produksi berlebihan NADH, yang dihasilkan bersaing dengan digunakan untuk menghasilkan gliserol 3-fosfat yang harus
ekuivalen pereduksi dari substrat lain, termasuk asam lemak, dipasok oleh glukosa melalui glikolisis (Gambar 25-7).
untuk rantai respiratorik. Persaingan ini menghambat

Glukosa Peningkatan Metabolisme Glukosa

Darah
Insulin + Mengurangi Pembebasan Asam Lemak Bebas
Jika penggunaan glukosa oleh jaringan adiposa meningkat,
Jaringan adiposa Glukosa 6-fosfat aliran keluar asam lemak bebas berkurang. Namun,
pembebasan gliserol tetap berlanjut yang membuktikan
bahwa efek glukosa tidak diperantarai oleh penurunan laju
Glikosis lipolisis. Efek ini disebabkan oleh penyediaan gliserol 3-
CO2 PPP
Asetil-KoA fosfat yang meningkatkan esterifikasi asam lemak bebas.
Glukosa dapat menjalani beberapa jalur metabolisme di
NADPH + H+
jaringan adiposa, termasuk oksidasi menjadi CO2 melalui
CO2
siklus asam sitrat, oksidasi di jalur pentosa fosfat,
Gliserol perubahan menjadi asam lemak rantai-panjang, dan
Asil-KoA 3-fosfat
pembentukan asilgliserol melalui gliserol 3-fosfat (Gambar
Esterifikasi 25–7). Jika pemakaian glukosa tinggi, sebagian besar jumIah
yang diserap akan dioksidasi menjadi CO2 dan diubah
ATP
CoA menjadi asam lemak. Namun, seiring dengan penurunan
TG pemakaian glukosa total, semakin banyak proporsi glukosa
Asil-KoA
sintetase Lipase yang diarahkan pada pembentukan gliserol 3-fosfat untuk
peka- esterifikasi asil-KoA, yang membantu memperkecil efluks
hormon asam lemak bebas.
Lipolisis HORMON MENGATUR MOBILISASI

FFA FFA Gliserol
(kompartemen 2) (kompartemen 1) LEMAK
Lipoprotein
Lipolisis Jaringan Adiposa Dihambat
lipase oleh Insulin
Laju pengeluaran asam lemak bebas dari jaringan adiposa
FFA Gliserol
dipengaruhi oleh banyak hormon yang memengaruhi laju
esterifikasi atau laju lipolisis. Insulin menghambat pembebasan
Darah TG asam lemak bebas dari jaringan adiposa yang diikuti oleh
(kilomikron, VLDL)
penurunan asam lemak bebas dalam plasma. Hormon ini
meningkatkan lipogenesis dan sintesis asilgliserol serta
FFA Gliserol
meningkatkan oksidasi glukosa menjadi CO2 melalui jalur
pentosa fosfat. Semua efek ini bergantung pada keberadaan
GAMBAR 25–7 Metabolisme triasilgliserol di jaringan adiposa. glukosa dan sedikit banyak dapat dijelaskan berdasarkan
Lipase peka-hormon diaktifkan oleh ACTH, TSH, glukagon, epinefrin,
norepinefrin, dan vasopresin serta dihambat oleh insulin, kemampuan insulin meningkatkan penyerapan glukosa ke
prostaglandin E1, dan asam nikotinat. Rincian tentang pembentukan dalam sel adiposa melalui transporter GLUT 4. Insulin juga
gliserol 3-fosfat dari zat-zat antara glikolisis diperlihatkan di (Gambar meningkatkan aktivitas piruvat dehidrogenase, asetil-KoA
24–2). (FFA, asam lemak bebas; PPP, jalur pentosa fosfat; TG, karboksilase, dan gliserol fosfat asiltransferase, yang
triasilgliserol; VLDL, lipoprotein berdensitas sangat rendah.)
memperkuat efek-efek peningkatan penyerapan glukosa
terhadap peningkatan sintesis asam lemak dan asilgliserol.
Triasilgliserol dihidrolisis oleh lipase peka-hormon Ketiga enzim ini (lihat Bab 17, 23, 24) diatur secara terpadu
untuk membentuk asam lemak bebas dan gliserol. Lipase melalui mekanisme fosforilasi-defosforilasi.
ini berbeda dari lipoprotein lipase yang mengatalisis hidrolisis Efek utama insulin di jaringan adiposa adalah meng-
triasilgliserol lipoprotein sebelum penyerapannya ke dalam hambat aktivitas lipase peka-hormon, yang tidak hanya
jaringan ekstrahepatik (lihat atas). Karena tidak dapat mengurangi pembebasan asam lemak bebas, tetapi juga
digunakan, gliserol masuk ke darah dan diserap serta gliserol. Jaringan adiposa jauh lebih peka terhadap insulin
diangkut ke jaringan, seperti hati dan ginjal, yang memiliki ketimbang banyak jaringan lain yang menunjukkan bahwa
suatu gliserol kinase aktif. Asam-asam lemak bebas yang jaringan adiposa adalah tempat utama efek insulin in vivo.
dibentuk oleh lipolisis dapat diubah kembali di jaringan
adiposa menjadi asil-KoA oleh asil-KoA sintetase dan dire- Beberapa Hormon Mendorong Lipolisis
esterifikasi dengan gliserol 3-fosfat untuk membentuk Hormon-hormon lain mempercepat pengeluaran asam
triasilgliserol. Oleh karena itu, terjadi siklus lipolisis dan re- lemak bebas dari jaringan adiposa dan meningkatkan
esteri-fikasi yang terus-menerus di dalam jaringan (Gambar kadar asam lemak bebas di dalam plasma dengan me-
25–7). Namun, jika laju re-esterifikasi tidak dapat ningkatkan laju lipolisis simpanan triasilgliserol (Gambar
mengimbangi laju lipolisis, terjadi akumulasi asam lemak 25–8). Hormon-hormon ini mencakup epinefrin,
bebas yang kemudian berdifusi ke dalam plasma tempat asam- norepinefrin, glukagon, hormon adrenokortikotropik
asam ini berikatan dengan albumin dan meningkatkan kadar (ACTH) α- dan β-MSH (melanocyte-stimulating
asam lemak bebas plasma.

( )
Epinefrin, ACTH, Insulin, prostaglandin
norepinefrin TSH, E1, asam nikotinat
glukagon
Penyekat –
β-adrenergik ATP
+ + + –
Hormon tiroid
Lipase
Adenilil – peka-hormon b Insulin
GTP FFA
siklase (inaktif)
ATP
+ Pi +
–
Hormon pertumbuhan – Protein-
– PPi + kinase Lipase
Inhibitor cAMP dependen Mg2+ fosfatase
sintesis protein Adenosine cAMP
Triasil-
Metilxantin ADP gliserol
(mis. kafein) – Fosfodi- Lipase –
esterase peka-hormon a
(aktif)
? FFA +
P P Diasilgliserol
– + M +
Hormon tiroid cA Lipase
n
nde peka-hormon
5′ AMP
e pe –
Insulin o nd Insulin
FFA +
rn 2-Monoasilgliserol
Jalu 2-Monoasilgliserol
–
lipase
Inhibitor
Glukokortikoid sintesis protein FFA + gliserol
GAMBAR 25–8 Kontrol lipolisis jaringan adiposa. (FFA, asam lemak bebas; TSH, thyroid-stimulating hormone.)
Perhatikan rangkaian kaskade reaksi yang menimbulkan penguatan di setiap tahapnya. Stimulus lipolitik "padam" akibat
hilangnya hormon-hormon perangsang; kerja lipase fosfatase; inhibisi lipase dan adenilil siklase oleh FFA berkadar tinggi;
inhibisi adenilil siklase oleh adenosin; dan pengeluaran cAMP akibat kerja fosfodiesterase. ACTH, TSH, dan glukagon
mungkin tidak mengaktifkan adenilil siklase in vivo karena kadar masing-masing hormon yang dibutuhkan in vitro jauh
lebih tinggi daripada yang ditemukan dalam darah. Efek regulatorik positif ( ) dan negatif ( – )⊝diwakili oleh garis putus-
putus dan aliran substrat oleh garis utuh.
hormones), thyroid-stimulating hormone (TSH), hormon siklase yang bekerja melalui protein Gi. Insulin juga
pertumbuhan (GH), dan vasopresin. Banyak hormon ini merangsang fosfodiesterase dan lipase fosfatase yang
yang mengaktifkan lipase peka-hormon. Agar efeknya menginaktifkan lipase peka-hormon. Efek hormon
optimal, sebagian besar proses lipolitik ini memerlukan pertumbuhan dalam mendorong lipolisis bergantung pada
keberadaan glukokortikoid dan hormon tiroid. Hormon- sintesis protein-protein yang berperan dalam pembentukan
hormon ini bersifat fasilitatorik atau permisif dalam cAMP. Glukokortikoid meningkatkan lipolisis melalui
kaitannya dengan faktor endokrin lipolitik lainnya. sintesis protein lipase baru melalui jalur yang nondependen-
cAMP, yang dapat dihambat oleh insulin, dan juga dengan
Hormon-hormon yang bekerja cepat dalam meningkatkan transkripsi gen-gen yang terlibat dalam
mendorong lipolisis, yi. katekolamin (epinefrin dan kaskade sinyal cAMP. Temuan ini membantu menjelaskan
norepinefrin), melakukannya dengan merangsang aktivitas peran kelenjar hipofisis dan korteks adrenal dalam
adenilil siklase, yaitu enzim yang mengubah ATP menjadi meningkatkan mobilisasi lemak. Sistem saraf simpatis,
cAMP. Mekanismenya analog dengan mekanisme pe- melalui pembebasan norepinefrin di jaringan adiposa,
rangsangan glikogenolisis oleh hormon (Bab 18). cAMP, berperan sentral dalam mobilisasi asam lemak bebas. Oleh
dengan merangsang protein kinase dependen-cAMP, karena itu, meningkatnya lipolisis oleh berbagai faktor yang
mengaktifkan lipase peka-hormon. Oleh karena itu, dijelaskan di atas dapat dikurangi atau dihilangkan dengan
proses yang merusak atau mempertahankan cAMP akan denervasi jaringan adiposa atau dengan blokade ganglion.
memengaruhi lipolisis. cAMP diuraikan menjadi 5'-AMP
oleh enzim siklik 3',5'-nukleotida fosfodiesterase. Enzim ini Perilipin Mengatur Keseimbangan Antara
dihambat oleh golongan metilxantin, misalnya kafein dan Simpanan Triasilgliserol dan Lipolisis di
teofilin. Insulin melawan efek hormon-hormon lipolitik.
Lipolisis tampaknya lebih peka terhadap perubahan kadar Adiposit
insulin daripada pemakaian dan esterifikasi glukosa. Efek Perilipin, protein yang terlibat dalam pembentukan droplet
antilipolitik insulin, asam nikotinat, dan prostaglandin E1 lipid di adiposit, menghambat lipolisis pada kondisi basal
ditimbulkan oleh inhibisi sintesis cAMP di tempat adenilil dengan mencegah akses enzim lipase pada simpanan
triasilgliserol. Namun, pada stimulasi dengan hormon

yang meningkatkan degradasi triasilgliserol, perilipin Membran

Bagian luar dalam Bagian dalam
mengarahkan lipase peka-hormon ke permukaan droplet mitokondria
lipid dan memicu lipolisis. Oleh karena itu, perilipin
memungkinkan adanya koordinasi antara penyimpanan dan Norepinefrine
penguraian triasilgliserol berdasarkan kebutuhan metabolik F0
+
tubuh. F1
ATP
H+
cAMP sintase
F0
Jaringan Adiposa Manusia Kemungkinan +
Bukan Tempat Lipogenesis yang Penting Lipase

H+
Panas
Pada jaringan adiposa, tidak terjadi penggabungan bermakna peka-

hormon
glukosa atau piruvat pada asam lemak rantai-panjang, ATP-
sitrat liase, suatu enzim kunci dalam lipogenesis, +
Rantai
tampaknya tidak ditemukan, dan enzim Iipogenik lain— respiratorik
Triasil-
mis. glukosa-6-fosfat dehidrogenase dart enzim malat—tidak gliserol
mengalami perubahan adaptif. Memang, muncul anggapan H+ H+
bahwa pada manusia terdapat suatu “sindrom kelebihan
FFA
karbohidrat” akibat keterbatasan tubuh mengalihkan
kelebihan karbohidrat melalui lipogenesis. Pada unggas, Termogenin
+
lipogenesis (dirangsang oleh estrogen) terbatas di hati, yang
terutama penting sebagai tempat penyediaan Iemak untuk Asil-KoA
+
Ekivalen
pereduksi
membentuk telur.
– Panas
JARINGAN ADIPOSA COKELAT Nukleotida

MENDORONG TERMOGENESIS purin
Oksidasi-β
Jaringan adiposa cokelat terlibat dalam metabolisme
Transporter
terutama pada saat pembentukan panas diperlukan. Oleh karnitin
karena itu, jaringan ini sangat aktif pada beberapa spesies,
sebagai contoh, saat spesies tersebut bangkit dari
hibernasi, pada hewan yang terpajan cuaca dingin
(termogenesis tanpa menggigil), dan dalam pembentukan
panas pada hewan baru lahir. Meskipun tidak menonjol GAMBAR 25–9 Termogenesis di jaringan adiposa cokelat.
Aktivitas rantai respiratorik menghasilkan panas selain menyebabkan
pada manusia, jaringan adiposa cokelat terdapat pada translokasi proton (Bab 13). Proton-proton ini menghamburkan lebih
orang normal dan mungkin berperan dalam banyak panas sewaktu kembali ke kompartemen dalam mitokondria
“termogenesis yang dipicu oleh makanan.” Layak melalui termogenin dan bukan melalui F1 ATP sintase, yaitu rute yang
dicatat bahwa jaringan adiposa cokelat berkurang atau menghasilkan ATP (Gambar 13–7). Lewatnya H+ melalui termogenin
tidak ditemukan pada orang obesitas. Jaringan ini dihambat oleh nukleotida purin ketika jaringan adiposa cokelat tidak
terstimulasi. Di bawah pengaruh norepinefrin, inhibisi dihilangkan oleh
ditandai oleh aliran darah yang baik dan tingginya produksi asam lemak bebas (FFA) dan asil-KoA. Perhatikan peran
kandungan mitokondria dan sitokrom, tetapi aktivitas ganda asil-KoA dalam mempermudah kerja termogenin dan memasok
ATP sintasenya rendah. Metabolisme ditekankan pada ekuivalen pereduksi untuk rantai respiratorik. dan – menandakan ⊝
oksidasi glukosa dan asam lemak. Norepinefrin yang efek regulatorik positif dan negatif.
dibebaskan dari ujung saraf simpatis penting untuk
meningkatkan lipolisis di jaringan dan mendorong
sintesis lipoprotein lipase untuk meningkatkan RINGKASAN
pemakaian lipoprotein kaya-triasilgliserol dari sirkulasi. ■■ Karena lipid nonpolar tidak-larut di dalam air, agar dapat
Di mitokondria jaringan ini, oksidasi dan fosforilasi dipindahkan antar-jaringan di dalam plasma darah, lipid
tidak digabungkan, dan fosforilasi terjadi di tingkat tersebut dikombinasikan dengan lipid amfipatik dan protein
substrat, mis. di tahap suksinat tiokinase dan pada untuk membentuk lipoprotein yang dapat bercampur dengan
glikolisis. Oleh karena itu, oksidasi menghasilkan air.
banyak panas, dan hanya sedikit energi bebas yang ■■ Terdapat empat kelompok utama lipoprotein yang dikenal.
diserap dalam bentuk ATP. Terdapat protein Kilomikron mengangkut lipid yang dihasilkan dari
pencernaan dan penyerapan. Lipoprotein berdensitas sangat
uncoupling termogenik, termogenin, yang bekerja
rendah (VLDL) mengangkut triasilgliserol dari hati.
sebagai jalur penghantar proton untuk melepaskan
Lipoprotein berdensitas rendah (LDL) menyalurkan kolesterol
potensial elektrokimia pada membran mitokondria ke jaringan, dan lipoprotein berdensitas tinggi (HDL)
(Gambar 25–9). membawa kolesterol keluar jaringan dan mengembalikannya

ke hati untuk diekskresikan dalam proses yang dikenal Brasaemle DL: Thematic review series: adipocyte biology.
sebagai transpor kolesterol terbalik (reverse cholesterol The perilipin family of structural lipid droplet proteins:
transport). stabilization of lipid droplets and control of lipolysis. J Lipid Res
■■ Kilomikron dan VLDL dimetabolisme melalui hidrolisis 2007;48:2547.
triasilgliserolnya, dan sisa lipoprotein tetap berada di dalam Fielding CJ, Fielding PE: Dynamics of lipoprotein transport in the
sirkulasi. Sisa lipoprotein ini diserap oleh hati, tetapi sebagian circulatory system. In Biochemistry of Lipids, Lipoproteins and
sisa (IDL) yang berasal dari VLDL membentuk LDL yang Membranes, 5th ed. Vance DE, Vance JE (editors). Elsevier,
diserap oleh hati dan jaringan lain melalui reseptor LDL. 2008;533–554.
■■ Apolipoprotein merupakan gugus protein pada lipoprotein. Galic S, Oakhill JS, Steinberg GR: Adipose tissue as an endocrine
Senyawa ini berfungsi sebagai aktivator enzim (mis. apo CII organ. Mol Cell Endocrinol 2010;316:129.
dan apo A-I) atau sebagai ligan untuk reseptor sel (mis. apo Goldberg IJ, Merkel M: Lipoprotein lipase: physiology, biochemistry
A-I, apo E, dan apo B-100). and molecular biology. Front Biosci 2001;6:D388.
Lass A, Zimmermann R, Oberer M, et al: Lipolysis—a highly
■■ Triasilgliserol adalah lipid simpanan utama di jaringan regulated multi-enzyme complex mediates the catabolism of
adiposa. Sewaktu mobilisasi, asam lemak bebas dan gliserol cellular fat stores. Prog Lipid Res 2011;50:14.
dilepaskan. Asam lemak bebas adalah sumber bahan bakar Lenz A, Diamond FB: Obesity: the hormonal milieu. Curr Opin
yang penting. Endocrinol Diabetes Obes 2008;15:9.
■■ Jaringan adiposa cokelat adalah tempat "termogenesis tanpa Redgrave TG: Chylomicron metabolism. Biochem Soc Trans
menggigil." Jaringan ini dijumpai pada hewan yang 2004;32:79.
menjalani hibernasi dan hewan baru lahir serta terdapat Schreuder TC, Verwer BJ, van Nieuwkerk CM, et al: Nonalcoholic
dalam jumlah kecil pada manusia. Termogenesis terjadi fatty liver disease: an overview of current insights in
karena adanya suatu protein uncoupling, termogenin, di pathogenesis, diagnosis and treatment. World J Gastroenterol
membran dalam mitokondria. 2008;14:2474.
Schulz TJ, Tseng YH: Brown adipose tissue, development,
metabolism and beyond. Biochem J 2013;453:167.
REFERENSI Vance JE, Adeli K: Assembly and secretion of triacylglycerol-
Arner P: Human fat cell lipolysis: biochemistry, regulation rich lipoproteins. In Biochemistry of Lipids, Lipoproteins and
and clinical role. Best Pract Res Clin Endocrinol Metab Membranes, 5th ed. Vance DE, Vance JE (editors). Elsevier,
2005;19:471. 2008;507–532.

26
B A B
Sintesis,Transpor,
dan Ekskresi Kolesterol
TUJUAN ■■ Memahami pentingnya kolesterol sebagai komponen struktural esensial

membran sel dan sebagai prekursor semua steroid lain dalam tubuh, dan
menunjukkan peran patologisnya pada penyakit batu empedu kolesterol dan
Anda diharapkan dapat: perkembangan aterosklerosis.
■■ Menyebutkan lima tahap dalam biosintesis kolesterol dari asetil-KoA.
■■ Memahami peran 3-hidroksi-3-metilgiutaril KoA reduktase (HMG-KoA
reduktase) dalam mengendalikan laju sintesis kolesterol dan menjelaskan
mekanisme pengaturan aktivitasnya.
■■ Memahami bahwa keseimbangan kolesterol dalam sel diatur dengan ketat
dan menunjukkan faktor-faktor yang terlibat dalam mempertahankan
keseimbangan yang baik.
■■ Menjelaskan peran lipoprotein plasma, mencakup kilomikron, lipoprotein
berdensitas sangat rendah (VLDL), lipoprotein berdensitas rendah (LDL), dan
lipoprotein berdensitas tinggi (HDL), dalam transpor kolesterol antar jaringan
dalam plasma.
■■ Menyebutkan dua asam empedu primer utama pada mamalia, menguraikan
secara garis besar jalur sintesis asam-asam empedu ini dari kolesterol di hati,
dan memahami peran kolesterol 7α-hidroksilase dalam mengatur proses
tersebut.
■■ Memahami pentingnya sintesis asam empedu bukan hanya pada
pencernaan dan penyerapan lemak tetapi juga sebagai jalur ekskresi utama
kolesterol.
■■ Menunjukkan proses produksi asam empedu sekunder dari asam empedu
primer oleh bakteri usus.
■■ Menjelaskan apa yang dimaksud dengan "sirkulasi enterohepatik" dan
mengapa sirkulasi ini penting.
■■ Menyebutkan faktor gaya hidup yang memengaruhi konsentrasi kolesterol
plasma sehingga akhirnya memengaruhi risiko penyakit jantung koroner.
■■ Memahami bahwa golongan lipoprotein yang membawa kolesterol penting
untuk menentukan pengaruh kolesterol plasma pada perkembangan
aterosklerosis dengan VLDL atau LDL kadar tinggi bersifat merugikan dan HDL
kadar tinggi bersifat menguntungkan.
■■ Memberikan contoh kondisi herediter dan nonherediter yang memengaruhi
metabolisme lipoprotein dan menyebabkan hipo- atau hiperlipoproteinemia.
266

BAB 26 Sintesis,Transpor, dan Ekskresi Kolesterol 267
KEPENTINGAN BIOMEDIS O
CH3 C S CoA
Kolesterol terdapat di jaringan dan plasma sebagai ko-
2 Asetil-KoA
lesterol bebas atau dalam bentuk simpanan, yang ber-
ikatan dengan asam lemak rantai-panjang sebagai ester Tiolase
kolesteril. Di dalam plasma, kedua bentuk tersebut
CoA SH
diangkut dalam lipoprotein (lihat Bab 25). Kolesterol
CH3 O
adalah lipid amfipatik dan merupakan komponen
struktural esensial pada membran (mempertahankan C CH2 C S CoA
permeabilitas dan fluiditas yang tepat), serta pada lapisan O Asetoasetil-KoA O

luar lipoprotein plasma. Senyawa ini disintesis di banyak H2O CH3 C S CoA
jaringan dari asetil-KoA dan merupakan prekursor semua Acetyl-CoA
HMG-KoA sintase
steroid lain di tubuh, termasuk kortikosteroid, hormon
CoA SH
seks, asam empedu, dan vitamin D. Sebagai produk
CH3 O
tipikal metabolisme hewan, kolesterol terdapat dalam
–
makanan yang berasal dari hewan misalnya kuning telur, OOC CH2 C CH2 C S CoA
daging, hati, dan otak. Lipoprotein berdensitas rendah OH

(LDL) plasma adalah kendaraan untuk membawa kolesterol 3-Hidroksi-3-metilglutaril-KoA (HMG-
dan ester kolesteril ke banyak jaringan. Kolesterol bebas KoA) Asam empedu, kolestrol
2NADPH + 2H+
dikeluarkan dari jaringan oleh lipoprotein berdensitas Statin, mis,
tinggi (HDL) plasma dan diangkut ke hati, tempat senyawa HMG-KoA reduktase
simvastatin 2NADP
ini dieliminasi dari tubuh tanpa diubah atau setelah diubah + + CoA SH
Mevalonat
menjadi asam empedu dalam proses yang dikenal sebagai CH3
transpor kolesterol terbalik (lihat Bab 25). Kolesterol adalah –
OOC CH2 C C H2CH2 OH
unsur pokok batu empedu. Namun, peran utamanya dalam
OH
proses patologis adalah sebagai faktor pembentukan Mevalonat
aterosklerosis arteri-arteri vital, yang menimbulkan
penyakit pembuluh darah perifer, koroner, dan GAMBAR 26–1 Biosintesis mevalonat. HMG-KoA reduktase
dihambat oleh statin. Lingkaran putih dan hitam menunjukkan nasib
serebrovaskular. masing-masing karbon di gugus asetil dari asetil-KoA.
KOLESTEROL BERASAL SAMA

BANYAK DARI ASETIL-KoA DAN Pada awalnya, dua molekul asetil-KoA bersatu untuk
DARI BIOSINTESIS membentuk asetoasetil-KoA yang dikatalisis oleh tiolase
sitosol. Asetoasetil-KoA mengalami kondensasi dengan
Sekitar separuh kolesterol tubuh berasal dari proses sintesis molekul asetil-KoA lain yang dikatalisis oleh HMG-KoA
(sekitar 700 mg/hari), dan sisanya diperoleh dari makanan. sintase untuk membentuk HMG-KoA yang direduksi
Hati dan usus masing-masing menghasilkan sekitar 10%
menjadi mevalonat oleh NADPH dan dikatalisis oleh
dari sintesis total pada manusia. Hampir semua jaringan
HMG-KoA reduktase. Tahap terakhir ini adalah tahap
yang mengandung sel berinti mampu membentuk kolesterol, regulatorik utama di jalur sintesis kolesterol dan merupakan
yang berlangsung di kompartemen retikulum endoplasma tempat kerja golongan obat penurun kadar kolesterol paling
dan sitosol. efektif, yaitu statin yang merupakan inhibitor HMG-KoA
Asetil-KoA Adalah Sumber Semua Atom reduktase (Gambar 26–1).
Tahap 2—Pembentukan Unit Isoprenoid: Mevalonat
Karbon dalam Kolesterol mengalami fosforilasi secara sekuensial oleh ATP dengan tiga
Kolesterol adalah senyawa 27-karbon yang terdiri dari 4 cincin kinase, dan setelah dekarboksilasi (Gambar 26–2) terbentuk
dan suatu rantai samping (lihat Gambar 21–20). Hal ini unit isoprenoid aktif, isopentenil difosfat.
disintesis dari asetil-KoA oleh jalur panjang yang dapat Tahap 3—Enam Unit Isoprenoid Membentuk
dibagi menjadi lima tahap: (1) Sintesis mevalonat dari asetil- Skualen: Isopentenil difosfat mengalami isomerisasi melalui
KoA (Gambar 26–1); (2) (2) Pembentukan unit isoprenoid pergeseran ikatan rangkap untuk membentuk dimetilalil
dari mevalonat melalui pengeluaran CO2 (Gambar 26–2); difosfat, yang kemudian bergabung dengan molekul lain
(3) Kondensasi enam unit isoprenoid untuk membentuk isopentenil difosfat untuk membentuk zat antara sepuluh-
skualen (Gambar 26–2); (4) Siklisasi skualen menghasilkan karbon geranil difosfat (Gambar 26–2). Kondensasi lebih
steroid induk, lanosterol; (5) Pembentukan kolesterol dari lanjut dengan isopentenil difosfat membentuk farnesil
lanosterol (Gambar 26–3). difosfat. Dua molekul farnesil di fosfat bergabung di ujung
Tahap 1—Biosintesis Mevalonat: HMG-KoA (3-hidroksi- 3- difosfat untuk membentuk skualen. Pada awalnya,
metilglutaril-KoA) dibentuk melalui reaksi-reaksi yang pirofosfat anorganik dieliminasi, yang membentuk
digunakan di mitokondria untuk membentuk badan keton (lihat praskualen difosfat, yang kemudian mengalami reduksi oleh
Gambar 22–7). Namun, karena sintesis kolesterol ber- NADPH disertai eliminasi satu molekul pirofosfat anorganik
langsung di luar mitokondria, kedua jalur ini berbeda. lainnya.

ATP ADP
CH3 OH CH3 OH
2+
– Mg –
OOC C CH2 OOC C CH2
Mevalonat CH2 CH2 O
CH2 CH2 OH kinase P
Mevalonat Mevalonat 5-fosfat

ATP
Fosfomevalonat Mg2+
kinase
ADP
ADP ATP
CH3 O P CH3 OH
– Mg2+ –
OOC C CH2 OOC C CH2
Difosfomevalonat CH2 CH2 O
CH2 CH2 O PP P kinase PP P
Mevalonat 3-fosfo-5-difosfat Mevalonat 5-difosfat

CO2 + Pi
HMG-KoA Difosfo-
mevalonat
Pintas trans- dekarboksilase
CH3 CH3
Metilglutakonat
CC CH2 CC CH2
CH3 CH O P P Isopentenil- CH2 CH2 O P P

difosfat
3,3-Dimetilalil lsomerase Isopentenil
difosfat difosfat
cis-Prenil
transferase PPi
CH3 CH3
CC CH2 CC CH2
Protein berprenil
CH3 CH CH2 CH O P P
Geranil difosfat
cis-Prenil
transferase
PPi
trans-Prenil cis-Prenil
transferase transferase
Rantai samping * 2
CH
Dolikol
ubikuinon
O P P
Fernesil difosfat
Heme a NADPH + H+
Skualen sintetase Mg2+, Mn2+
2PPi NADP+
*CH2
*CH2
Skualen
GAMBAR 26–2 Biosintesis skualen, ubikuinon, dolikol, dart turunan poli-isoprena lainnya. (HMG, 3-
hidroksi-3-metilglutaril) Pada heme a sitokrom oksidase terdapat satu residu farnesil. Karbon yang ditandai oleh
tanda bintang menjadi C11 atau C12 dalam skualen. Skualen sintetase adalah suatu enzim mikrosom; semua
enzim lain yang ditandai adalah protein yang larut dalam sitosol, dan sebagian ditemukan di peroksisom.
Tahap 4—Pembentukan Lanosterol: Skualen dapat epoksida oleh oksidase berfungsi-campuran di

melipat membentuk suatu struktur yang sangat mirip retikulum endoplasma, skualen epoksidase. Gugus metil
dengan inti steroid (Gambar 26–3). Sebelum terjadi di C14 is dipindahkan ke C13 dan yang ada di C8 ke C14
penutupan cincin, skualen diubah menjadi skualen 2,3- sewaktu terjadi siklisasi, dikatalisis oleh oksidoskualen-
lanosterol siklase.

O CH3 CH3
–
CH3 C S CoA OOC CH2 C CH2 CH2OH CH3 C CH CH2–
OH
CO2 H2O
Asetil-KoA Mevalonat Unit isoprenoid
CH3 CH2 CH3 CH2

C CH2 C CH2
12 12
24 CH3 24 CH3
CH2 13 CH HC C *CH2 13 CH HC C
Skualen 11 CH3 11
* CH3
epoksidase CH2 CH CH2 CH2 CH CH2
1 CH3 1 CH3
CH2 CH 14 C CH2 CH2 CH 14 C CH2
8 Skualen 8
H2C C C CH3 epoksidase H2C C C CH3
CH3 CH3
NADPH X6
HC3 CH CH2 1/
2 O2 HC3 CH CH2
FAD
C CH2 C CH2 Skualen
O Oksidoskualen:
CH3 lanosterol CH3 CH3
CH3 siklase
H COOH 2CO2
14 14
8
NADPH O2, NADPH 8
4
O2 NAD+
HO HO HO
Lanosterol 14-Desmetil Zimosterol
lanosterol
Isomerase
21 22
18 20 23 26
24 25 24 24
12 17 NADPH NADPH
19 11 13 16 27
C D 15
14
1 9
O2
2
A
10
B
8 ∆24-Reduktase
3 5 7 3 7
4 6 5
HO HO HO
Kolestrol – Desmosterol ∆7,24-Kolestadienol
(24-dehidrokolesterol)
Triparanol
GAMBAR 26–3 Biosintesis kolesterol. Posisi-posisi yang diberi nomor adalah posisi inti steroid, sementara
lingkaran terbuka dan tertutup menunjukkan nasib masing-masing karbon di gugus asetil pada asetii-KoA. (*Lihat
pemberian label skualen di Gambar 26–2.)
Tahap 5—Pembentukan Kolesterol: Pembentukan Farnesil Difosfat Menghasilkan Dolikol

kolesterol dari lanosterol berlangsung di membran
dan Ubikuinon
retikulum endoplasma dan melibatkan pertukaran-
pertukaran di inti steroid dan rantai samping (Gambar 26– Poli-isoprenoid dolikol (lihat Gambar 21–23 dan Bab 46) dan
3). Gugus metil di C14 dan C4 dikeluarkan untuk ubikuinon (lihat Gambar 13–6) dibentuk dari farnesil
membentuk 14-desmetil lanosterol dan kemudian difosfat melalui penambahan lebih lanjut residu isopentenil
zimosterol. Ikatan rangkap di C8—C9 kemudian difosfat hingga sebanyak 16 (dolikol) atau 3–7 (ubikuinon)
dipindahkan ke C5—C6 dalam dua langkah, yang buah (Gambar 26–2). Sebagian protein pengikat-GTP di
membentuk desmosterol. Akhirnya, ikatan rangkap rantai membran sel mengalami prenilasi oleh residu farnesil atau
samping direduksi, dan menghasilkan kolesterol. geranilgeranil (20 karbon).

AMPK (inaktif)
ATP P i
+
Insulin
AMPKK Protein ?
fosfatase
AMP
P –
Glukagon
ADP AMPK (aktif) H2O
+
ATP ADP
Inhibitor-
cAMP
1-fosfat*
+
HMG-KoA
LDL-kolesterol HMG-KoA HMG-KoA

reduktase P reduktase
(aktif) (inaktif)
Kolesterol
H2O
? Insulin
P i
+
–
Oksisterol Protein
fosfatase
–
Transkripsi gen
GAMBAR 26–4 Berbagai kemungkinan mekanisme pengaturan sintesis kolesterol oleh HMG-KoA reduktase.
Insulin memiliki peran lebih dominan dibandingkan dengan glukagon. (AMPK, AMP protein kinase aktif; AMPKK, AMP
aktif protein kinase kinase.) *Lihat Gambar 18–6.
Prenilasi protein diperkirakan mempermudah melekatnya ini, aktivitas enzim juga dimodulasi secara lebih cepat melalui
protein pada membran lipoid dan mungkin juga berperan dalam modifikasi pascatranslasi. (Gambar 26–4). Insulin atau
interaksi antarprotein dan pemindahan protein di membran. hormon tiroid meningkatkan aktivitas HMG-KoA reduktase,
sementara glukagon atau glukokortikoid menurunkannya.
Aktivitasnya dimodifikasi secara reversibel oleh mekanisme
SINTESIS KOLESTEROL fosforilasi-defosforilasi, yang sebagian di antaranya
DIKONTROL OLEH PENGATURAN bergantung pada cAMP sehingga cepat berespons terhadap
glukagon. AMP-protein kinase aktif (AMPK) (sebelumnya
HMG-KoA REDUKTASE disebut HM-KoA reduktase kinase) memfosforilasi dan
Pengaturan sintesis kolesterol dilaksanakan menjelang awal menginaktivasi HMG-KoA reduktase. AMPK diaktifkan oleh
jalur reaksi, di tahap HMG-KoA reduktase. Berkurangnya fosforilasi oleh AMPK kinase (AMPK) dan modifikasi
pembentukan kolesterol pada hewan yang kelaparan disertai alosterik oleh AMP. Upaya-upaya untuk menurunkan kadar
oleh berkurangnya aktivitas enzim. Namun, proses yang kolesterol plasma pada manusia dengan menurunkan jumlah
dihambat oleh kolesterol dalam makanan hanyalah sintesis di kolesterol dalam diet memberikan hasil bervariasi. Secara
hati. HMG-KoA reduktase di hati dihambat oleh mevalonat, umum, penurunan 100 mg kolesterol dalam makanan
produk langsung jalur tersebut, dan oleh kolesterol, produk menyebabkan penurunan sekitar 0,13 mmol/L kolesterol
utamanya. Kolesterol dan metabolit-metabolitnya menekan serum.
transkripsi HMG-KoA reduktase melalui pengaktifan faktor
transkripsi sterol regulatory element-binding protein BANYAK FAKTOR YANG
(SREBP, protein pengikat elemen pengatur sterol). SREBP
adalah suatu famili protein yang mengatur transkripsi MEMENGARUHI KESEIMBANGAN
berbagai gen yang berperan dalam penyerapan dan KOLESTEROL DI JARINGAN
metabolisme kolesterol serta lipid lain oleh sel. Aktivasi
SREBP dihambat oleh Insig (insulin disebabkan gen), protein Pada jaringan, keseirnbangan kolesterol diatur sebagai berikut
yang ekspresi, namanya mengindikasi, terinduksi oleh insulin (Gambar 26–5): Peningkatan kolesterol sel terjadi karena
dan ada dalam retikulum endoplasma. Insig juga penyerapan lipoprotein yang mengandung kolesterol oleh
mempromosikan degradasi HMG-KoA reduktase. Pada reseptor, misalnya reseptor LDL atau scavenger receptor;
sintesis kolesterol dan aktivitas reduktase dijumpai adanya penyerapan kolesterol bebas dari lipoprotein yang kaya-
variasi diurnal. Selain mekanisme-mekanisme yang kolesterol ke membran sel; sintesis kolesterol; dan
mengatur laju sintesis protein hidrolisis ester kolesteril oleh enzim ester kolesteril
hidrolase. Penurunan disebabkan oleh efluks kolesterol

Reseptor- Membran sel

reseptor LDL Vesikel yang
mengalami daur Sintesis –
(apo B-100, E)
(dalam lubang reseptor
Sintesis
Regulasi-turun
dengan Lisosom kolesterol
selubung)
CE –
Endosom C ACAT
CE +
LDL CE
Kompartemen kolestrol
CE tak-tereterifikasi CE
Vesikel (terutama pada
dengan selubung membran)
Reseptor pembersih
LDL CE C
atau jalur tak-diregulasi CE
Lisosom hidrolase
LDL C
VLDL Sintesis
steroid
ABCA1 SR-B1/
ABCG1
A-1 CE A-1
LCAT PL
PL C
Preβ-HDL HDL3
GAMBAR 26–5 Faktor yang memengaruhi keseimbangan kolesterol di tingkat sel. Transpor kolesterol terbalik
(reverse cholesterol transport) dapat diperantarai oleh protein pengangkut ABCA-1 (dengan praβ-HDL sebagai
akseptor eksogen) atau SR-B1 atau ABCG-1 (dengan HDL3 sebagai akseptor eksogen). (C, kolestrol; CE, ester kolesteril;
PL, fosfolipid; ACAT, asil-KoA:kolesterol asiltransferase; LCAT, lesitin:kolesterol asiltransferase; A-I, apolipoprotein A-I;
LDL, lipoprotein berdensitas rendah; VLDL, lipoprotein berdensitas sangat rendah.) LDL dan HDL tidak diperlihatkan
sesuai ukurannya.
dari membran ke HDL melalui ABCA1, ABCG1, atau SR- untuk degradasi. Dengan mekanisme ini. Dengan cara ini,
B1 (lihat Gambar 25–5); esterifikasi kolesterol oleh ACAT aktivitas reseptor LDL di permukaan sel diatur oleh
(asil-KoA:kolesterol asiltransferase); dan pemakaian kebutuhan kolesterol untuk membentuk membran, hormon
kolesterol untuk membentuk steroid lain, misalnya steroid, atau asam empedu, dan kadar kolesterol bebas dari
hormon, atau asam empedu di hati. sel disimpan dalam batas yang relatif kecil (Gambar 26–5).
Reseptor LDL Diatur Secara Ketat KOLESTEROL DIANGKUT DI

Reseptor LDL (apo B-100, E) terdapat pada permukaan sel di ANTARA JARINGAN DALAM
cekungan yang diselubungi di sisi sitosolik membran sel oleh
suatu protein yang disebut klatrin (clathrin). Reseptor LIPOPROTEIN PLASMA
glikoprotein menembus membran dengan regio pengikat Di dalam plasma, kolesterol diangkut di dalam lipopro-tein,
B-100 yang terletak di ujung terminal amino yang terpajan. dengan proporsi paling besar sebagai ester kolesteril
Setelah terjadi pengikatan, LDL diserap secara utuh melalui (Gambar 26–6), dan pada manusia, proporsi tertinggi
proses endositosis. Apoprotein dan ester kolesteril terdapat pada LDL. Kolesterol dari makanan mencapai
kemudian dihidrolisis di lisosom, dan kolesterol keseimbangan dengan kolesterol plasma dalam beberapa
dipindahkan ke dalam sel. Reseptor didaur-ulang ke hari dan dengan kolesterol jaringan dalam beberapa
permukaan sel. Influks kolesterol ini menghambat minggu. Ester kolesteril dalam makanan dihidrolisis
transkripsi gen-gen yang menyandi HMG-KoA sintase, menjadi kolesterol, yang kemudian diserap oleh usus
HMG-KoA reduktase serta enzim-enzim lain yang berperan bersama dengan kolesterol tak-teresterifikasi dan lipid lain
dalam sintesis kolesterol serta reseptor LDL itu sendiri dalam makanan. Bersama dengan kolesterol yang disintesis
melalui jalur SREBP sehingga secara terpadu menekan di usus, kolesterol ini kemudian dimasukkan ke dalam
sintesis dan penyerapan kolesterol. Selain itu, aktivitas kilomikron (lihat Bab 25). Dari kolesterol yang diserap,
ACAT menjadi terstimulasi yang mendorong esterifikasi 80%-90% mengalami esterifikasi dengan asam lemak rantai-
kolesterol. Selain itu, penelitian terbaru menunjukkan panjang di mukosa usus. Sembilan puluh lima persen
bahwa protein proprotein konvertase subtilisin/kexin Tipe kolesterol kilomikron disalurkan ke hati dalam bentuk sisa
9 (PCSK9) mengatur daur ulang dari reseptor pada kilomikron (chylomicron remnants), dan sebagian besar
permukaan sel dengan menargetkan kolesterol yang disekresikan oleh hati dalam bentuk VLDL

SIRKULASI ENTEROHEPATIK
VENA PORTAL HEPATIK Makanan
KANTUNG
EMPEDU
Sintesis
Asam empedu
(total kompartemen 3-5 g)
SALURAN EMPEDU
Kompartemen
kolesterol
tak-teresterifikasi
Asam
empedu
Kilomikron
LDL
(reseptor
Hati apo B-100, E)
Reseptor LRP
Asam empedu
A-I
Tinja
(Sisa VLDL)
Sisa
kilomikron
LDL
(reseptor apo
B-100, E)
JARINGAN Sintesis
EKSTRAHEPATIK
GAMBAR 26–6 Transpor kolesterol antar berbagai jaringan di tubuh manusia. (ACAT, asil-KoA:kolesterol asil-
transferase; C, kolesterol tak-teresterifikasi; CE, ester kolesteril; TG, triasilgliserol; VLDL, lipoprotein berdensitas
sangat rendah; IDL, lipoprotein berdensitas sedang; LDL, lipoprotein berdensitas rendah; HDL, lipoprotein
berdensitas tinggi; LCAT, lesitin:kolesterol asiltransferase; A-I, apolipoprotein A-I; CETP, protein transfer ester
kolesteril; LPL, lipoprotein lipase; HL, lipase hati; LRP, LDL reseptor terkait protein-1.)
dipertahankan selama pembentukan IDL dan akhirnya LDL Protein Transfer Ester Kolesteril
yang diserap oleh reseptor LDL di hati dan jaringan
Mempermudah Pemindahan Ester Kolesteril
ekstrahepatik (lihat Bab 25).
dari HDL ke Lipoprotein Lain
LCAT Plasma Bertanggung Jawab Terhadap Protein transfer ester kolesteril, yang berikatan dengan
Hampir Semua Ester Kolesteril Plasma pada HDL, ditemukan dalam plasma manusia dan banyak spesies
lain. Protein ini mempermudah pemindahan ester
Manusia kolesteril dari HDL ke VLDL, IDL, dan LDL untuk
Aktivitas lecithin: cholesterol acyltransferase (LCAT) dipertukarkan dengan triasilgliserol, yang membebaskan
berkaitan dengan HDL yang mengandung apo A-I. inhibisi aktivitas LCAT pada HDL oleh produk. Oleh
Sewaktu kolesterol di HDL mengalami esterifikasi, tercipta sebab itu, pada manusia, banyak ester kolesteril yang
gradien konsentrasi yang menarik kolesterol dari jaringan dibentuk oleh LCAT mengalir ke hati melalui sisa VLDL
dan dari lipoprotein lain (Gambar 26–5 dan 26–6), (IDL) atau LDL (Gambar 26–6). HDL2 yang diperkaya
sehingga HDL dapat berfungsi dalam transpor kolesterol triasilgliserol menyalurkan kolesterolnya ke hati dalam siklus
terbalik (reverse cholesterol transport) (lihat Gambar 25–5). HDL (lihat Gambar 25–5).

Chapter 26 Cholesterol Synthesis, Transport, & Excretion 273
KOLESTEROL DIEKSKRESIKAN 7α-Hidroksilasi pada kolesterol adalah tahap regulatorik

pertama dan terpenting dalam biosintesis asam empedu dan
DARI TUBUH DI DALAM EMPEDU dikatalisis oleh kolesterol 7`-hidroksitase, suatu enzim
mikrosom P450 (lihat Bab 12) ditujukan CYP7A1. Enzim
SEBAGAI KOLESTEROL ATAU ini, suatu monooksigenase tipikal, memerlukan oksigen,
ASAM (GARAM) EMPEDU NADPH, dan sitokrom P450. Tahap-tahap hidroksilasi
selanjutnya juga dikatalisis oleh monooksigenase. Jalur
Kolesterol diekskresikan dari dalam tubuh melalui empedu,
biosintesis asam empedu pada awalnya terbagi menjadi satu
baik dalam bentuk tak-teresterifikasi maupun setelah
subjalur yang menghasilkan kolil-KoA, yang ditandai oleh
pengubahan menjadi asam empedu di hati. Koprostanol
tambahan gugus α-OH di posisi 12, dan jalur lain yang
adalah sterol utama dalam tinja; senyawa ini dibentuk dari
menghasilkan kenodeoksikolil-KoA (Gambar 26–7). Jalur
kolesterol oleh bakteri di usus bagian bawah.
kedua di mitokondria yang melibatkan 27-hidroksilasi
kolesterol oleh P450 sterol 27-hidroksilase (CYP27A1)
Asam Empedu Dibentuk dari Kolesterol sebagai langkah pertama menghasilkan cukup banyak asam
Asam empedu primer disintesis di hati dari kolesterol. empedu primer. Asam empedu primer (Gambar 26–7)
Asam-asam ini adalah asam kolat (cholic acid; ditemukan memasuki empedu sebagai konjugat glisin atau taurin.
dalam jumlah paling besar) dan asam kenodeoksikolat Konjugasi berlangsung di peroksisom hati. Pada manusia,
(chenodeoxycholic acid) (Gambar 26–7).
Vitamin C
12 17
NADPH + H+ NADP+
O2
3 7 7
HO 7α-Hidroksilase HO OH
Kolestrol 7α-Hidroksikolesterol
12α-Hidrok-
Asam silase
empedu
Defisiensi O2 O2
vitamin C
NADPH + H+ (Beberap NADPH + H+
2 KoA SH tahap) 2 KoA SH
Propionil-KoA Propionil-KoA
C S CoA
OH H
O
C N (CH2) SO3H
2
O KoA SH HO OH
OH H
HO OH Taurin 12 C S KoA Kenodeoksikolil-KoA

H
O
Asam taurokolat Glisin
(asam empedu primer)
KoA SH HO OH
H
Asam tauro- dan gliko-
Kolil-KoA kenodeoksikolat
OH H (asam empedu primer)
C N CH2COOH * Dekonjungsi
(+ dehidroksilasi-7α)
O
OH
HO OH
H COOH COOH
Asam glikokolat
(asam empedu primer)
* Dekonjungsi HO
H
HO
H
(+ dehidroksilasi-7α)
Asam deoksikolat Asam litokolat
(asam empedu sekunder) (asam empedu sekunder)
GAMBAR 26–7 Biosintesis dan penguraian asam empedu. Jalur kedua di mitokondria melibatkan
hidroksilasi kolesterol oleh 27-hidroksilase. *Dikatalisis oleh enzim-enzim mikroba.

rasio konjugat glisin terhadap taurin normalnya adalah 3:1. lebih parah. Juga terdapat hubungan terbalik antara kadar
Pada empedu yang alkalis (pH 7,6-8,4), asam-asam empedu HDL (HDL2) dan penyakit jantung koroner sehingga rasio
dan konjugatnya diasumsikan berada dalam bentuk garam kolesterol LDL:HDL merupakan parameter prediktif yang
sehingga muncul istilah "garam empedu.” penting. Hal ini konsisten dengan fungsi HDL dalam
Asam empedu primer mengalami metabolisme lebih transpor kolesterol terbalik. Kerentanan untuk mengalami
lanjut dalam usus melalui aktivitas bakteri usus sehingga aterosklerosis sangat bervariasi antar spesies, dan manusia
terjadi dekonjugasi dan dehidroksilasi-7α, yang menghasilkan adalah salah satu dari beberapa spesies yang aterosklerosisnya
asam empedu asam empedu sekunder, asam deoksikolat, dapat dipicu oleh diet tinggi kolesterol.
dan asam litokolat.
Makanan Dapat Berperan Penting dalam
Sebagian Besar Asam Empedu Kembali ke Mengurangi Kolesterol Serum
Faktor herediter memiliki peranan paling besar dalam
Hati Melalui Sirkulasi Enterohepatik
menentukan kadar kolesterol serum seseorang; namun,
Meskipun produk pencernaan lemak, termasuk kolesterol, faktor makanan dan lingkungan juga berperan, dan yang
diserap di 100 cm pertama usus halus, asam empedu primer dan paling bermanfaat adalah menggunakan asam lemak tak-
sekunder diserap hampir semata-mata di ileum, dan 98%-99% jenuh ganda dan tak-jenuh tunggal sebagai pengganti asam
dikembalikan ke hati melalui sirkulasi porta. Hal ini dikenal lemak jenuh dalam makanan. Minyak nabati, seperti minyak
sebagai sirkulasi enterohepatik (Gambar 26–6). Namun, jagung dan minyak biji bunga matahari mengandung ω6
asam litokolat, karena sifatnya yang tidak larut, tidak banyak asam lemak tak-jenuh ganda, sedangkan minyak
direabsorpsi dalam jumlah bermakna. Hanya sebagian kecil zaitun mengandung banyak asam lemak tak-jenuh tunggal.
garam empedu yang lolos dari absorpsi sehingga dikeluarkan ω3 asam lemak yang ditemukan dalam minyak ikan juga
melalui tinja. Bagaimanapun, jalur ini merupakan jalur utama menguntungkan ( lihat Bab 21). Di pihak lain, lemak
untuk eliminasi kolesterol. Setiap hari sejumlah kecil asam mentega, lemak sapi, dan minyak kelapa sawit mengandung
empedu (sekitar 3-5 g) didaur melalui usus enam sarnpai banyak asam lemak jenuh. Dibandingkan dengan
sepuluh kali dan asam empedu dalam jumlah setara dengan karbohidrat lain, sukrosa dan fruktosa menimbulkan efek
jumlah yang keluar melalui tinja dibentuk dari kolesterol, yang lebih besar dalam meningkatkan kadar lipid darah,
sehingga ukuran kompartemen asam empedu dapat terutama triasil-gliserol.
dipertahankan konstan. Hal ini dicapai melalui suatu sistem
Salah satu mekanisme yang asam lemak tak jenuh
kontrol umpan-balik.
menurunkan kadar kolesterol darah adalah dengan
peningkatan regulasi dari reseptor LDL pada permukaan sel
Sintesis Asam Empedu dengan poli- dan mono asam lemak tak-jenuh dibandingkan
Diatur di Tahap 7α-Hidroksilase dengan asam lemak jenuh, menyebabkan peningkatan
Tahap penentu laju utama dalam biosintesis asam empedu tingkat katabolik dari LDL, yang lipoprotein aterogenik
adalah di reaksi kolesterol 7α-hidroksilase (Gambar 26– utama. ω3 asam lemak diyakini menjadi pelindung karena
7). Aktivitas enzim ini diatur secara umpan-balik melalui efek anti-inflamasi dan triasilgliserol diturunkan. Selain itu,
reseptor pengikat-asam empedu nukleus, yaitu reseptor asam lemak jenuh menyebabkan terbentuknya partikel
farnesoid X (FXR). Jika ukuran kompartemen asam VLDL berukuran lebih kecil yang mengandung kolesterol
empedu dalam sirkulasi enterohepatik meningkat, FXR relatif lebih banyak serta digunakan oleh jaringan
diaktifkan dan transkripsi gen 7α-hidroksilase ditekan. ekstrahepatik secara lebih lambat ketimbang partikel yang
Asam kenodeoksikolat sangat penting untuk mengaktifkan lebih besar —kecenderungan yang dapat dianggap bersifat
FXR. Aktivitas kolesterol 7a-hidroksilase juga ditingkatkan aterogenik.
oleh kolesterol yang berasal dari makanan dan endogen serta
diatur oleh hormon insulin, glukagon, glukokortikoid, dan Gaya Hidup Memengaruhi Kadar Kolesterol
tiroid. Serum
Faktor lain yang dianggap berperan dalam penyakit jantung
ASPEK KLINIS koroner adalah tekanan darah tinggi, merokok, jenis
kelamin laki-laki, obesitas (terutama obesitas
Kolesterol Serum Berkorelasi dengan Insidens abdominal), kurang berolahraga, dan kebiasaan minum
air yang kurang mengandung mineral ketimbang air
Aterosklerosis dan Penyakit Jantung Koroner
yang kaya mineral. Faktor yang menyebabkan
Aterosklerosis adalah penyakit inflamasi yang ditandai peningkatan FFA plasma diikuti oleh meningkatnya
dengan pengendapan kolesterol dan ester kolesterol dari pembebasan triasilgliserol dan kolesterol ke dalam
lipoprotein plasma ke dinding arteri dan merupakan sirkulasi dalam bentuk VLDL adalah stres emosional
penyebab utama penyakit jantung. Meskipun peningkatan dan minum kopi. Wanita pramenopause tampaknya
kadar kolesterol plasma (>5.2 mmol/L) diyakini merupakan terlindung dari efek-efek merugikan ini, dan hal ini
faktor utama yang mendorong aterosklerosis, kini diakui diperkirakan berkaitan dengan efek positif
bahwa triasilgliserol juga merupakan suatu faktor risiko yang estrogen.Terdapat keterkaitan antara konsumsi alkohol
berdiri sendiri. Penyakit yang menyebabkan peningkatan dalam jumlah sedang dan penurunan insidens penyakit
berke-panjangan kadar VLDL, IDL, sisa kilomikron, dan LDL jantung koroner. Hal ini mungkin disebabkan oleh
dalam darah (mis, diabetes melitus, nefrosis lipid peningkatan kadar HDL akibat meningkatnya sintesis apo
hipotiroidisme, dan penyakit hiperlipidemia lainnya) A-I dan perubahan aktivitas protein transfer ester kolesteril.
sering disertai oleh aterosklerosis yang bersifat prematur dan Anggur merah dianggap bermanfaat, mungkin

karena tingginya kandungan antioksidannya. Olah raga C-like 1. Obat lain yang digunakan adalah golongan fibrat,
teratur menurunkan LDL plasma, namun meningkatkan misalnya klofibrat, gemfibrozil, dan asam nikotinat yang
HDL. Kadar triasilgliserol juga berkurang, kemungkinan bekerja terutama dengan menurunkan kadar triasilgliserol
besar karena meningkatnya sensitivitas insulin yang plasma melalui penurunan sekresi VLDL yang mengandung
meningkatkan ekspresi lipoprotein lipase. triasilgliserol dan kolesterol dari hati. Sejak PCSK9
mengurangi jumlah reseptor LDL terpapar pada membran sel
Jika Perubahan Diet Gagal, Obat memiliki efek meningkatkan kadar kolesterol darah, sehingga
Hipolipidemik Akan Menurunkan obat yang menghambat aktivitasnya berpotensi antiaterogenik
Kolesterol dan Triasilgliserol Serum dan seperti beberapa senyawa saat ini dalam uji klinis.
Suatu golongan obat yang dikenal sebagai statin telah
terbukti sangat manjur untuk menurunkan kadar koles- Kelainan Primer pada Lipoprotein Plasma
terol plasma dan mencegah penyakit jantung. Stalin (Dislipoproteinemia) Bersifat Herediter
bekerja dengan menghambat HMG-KoA reduktase dan
Defek herediter dalam metabolisme lipoprotein menyebab-
meningkatkan aktivitas reseptor LDL. Contoh obat yang saat
ini digunakan adalah atorvastatin, simvastatin, fluvastatin, kan kelainan primer hipo- atau hiperlipoproteinemia
(Tabel 26–1). Misalnya, familial hiperkolesterolemia
dan pravastatin. Ezetimib menurunkan kadar kolesterol
darah melalui penghambatan absorbsi kolesterol oleh usus (FH), menyebabkan hiperkolesterolemia parah dan juga ber-
dengan memblokir serapan melalui protein Neimann-Pick hubungan dengan aterosklerosis dini.
TABEL 26-1 Penyakit Primer Lipoprotein Plasma (Dislipoproteinemia)

Nama Defek Catatan
Hipolipoproteinemia Tidak terbentuk kilomikron, VLDL, atau LDL Jarang; asilgliserol darah rendah; terjacii akumulasi
Abetalipoproteinermia karena gangguan pada pemasukan lipid ke asilgliserol di usus dan hat). Malabsorpsi usus.Kematian
dalam apo B. dini dapat dihindari dengan pemberian vitamin larut-
lemak dalam dosis tinggi, terutama vitamin E.
Defisiensi alfa-lipoprotein familial Semua memperlihatkan HDL yang rendah Kecenderungan mengalami hipertriasilgliserolemia
Penyakit Tangier atau hampir tidak ada. akibat ketiadaan apo C-Il yang menyebabkan LPL yang
Fish-eye disease tidak-aktif. Kadar LDL rendah. Aterosklerosis pada usia
Defisiensi apo-A-I lanjut.
Hiperlipoproteinemia Hipertriasilgliserolemia akibat defisiensi Bersihan kilomikron dan VLDL melambat. Kadar LDL dan
Defisiensi lipoprotein LPL, LPL abnormal, atau defisiensi apo C-Il HDL rendah. Tidak ada risiko penyakit jantung koroner.
lipase familial (tipe I) yang menyebabkan LPL tidak aktif.
Hiperkolesterolemia familial Defek reseptor LDL atau mutasi di regio ligan Peningkatan kadar LDL dan hiperkolesterolemia, yang
(tipe IIa) apo B-100. menyebabkan aterosklerosis dan penyakit jantung.
Hiperlipoproteinemia tipe III Defisiensi pembersihan sisa lemak oleh hati Peningkatan sisa VLDL dan kilomikron dengan
familial (broad beta disease, akibat kelainan apo E. Pasien tidak memiliki berat jenis <1,019 (β-VLDL). Menyebabkan
remnant removal disease, isoform E3 dan E4 serta hanya memiliki E2, hiperkolesterolemia, xantoma, dan aterosklerosis.
disbetalipoproteinemia familial) yang tidak bereaksi dengan reseptor.a
Hipertriasilgliserolemia familial Produksi berlebihan VLDL yang sering disertai Kadar kolesterol meningkat dengan konsentrasi VLDL.
(tipe IV) oleh intoleransi glukosa dan hiperinsulinemia. LDL dan HDL cenderung subnormal. Jenis pola ini
sering berkaitan dengan penyakit jantung koroner,
diabetes melitus tipe II, obesitas, alkoholisme, dan
pemberian hormon progestasional.
Hiperalfalipoproteinemia familial Peningkatan kadar HDL. Suatu keadaan langka yang tampaknya bermanfaat
bagi kesehatan dan panjangnya usia.
Defisiensi lipase hati Defisiensi enzim ini menyebabkan akumulasi Pasien mengalami xantoma dan penyakit jantung
sisa VLDL dan HDL yang kaya-triasilgliserol koroner.
dalam jumlah besar.
Defisiensi lesitin:kolesterol Ketiadaan LCAT menyebabkan hambatan trans- Kadar ester kolesteril dan lisolesitin plasma
asiltransferase (LCAT) familial por kolesterol terbalik. HDL tetap berada dalam rendah. Kelainan yang ditemukan adalah fraksi
bentuk lempengan nasen yang tidak mampu LDL abnormal, lipoprotein X, yang juga ditemukan
menyerap dan mengesterifikasi kolesterol. pada pasien kolestasis. VLDL abnormal (β-VLDL).
Kelebihan lipoprotein(a) familial Lp(a) terdiri dan 1 mol LDL yang melekat pada 1 Penyakit jantung koroner prematur akibat aterosklerosis,
mol apo(a). Apo(a) memperlihatkan homologi ditambah trombosis akibat terhambatnya fibrinolisis.
struktural dengan plasminogen.
aTerdapat keterkaitan antara pasien yang memiliki alel apo E4 dan insidens penyakit Alzheimer. Tampaknya apo E4 berikatan lebih erat dengan p-amiloid yang ditemukan pada
plait neuritik.

Defek yang paling sering pada gen reseptor LDL, sehingga ■■ Kelebihan kolesterol diekskresikan dari hati dalam empedu
LDL tidak dibersihkan dari darah. Selain itu, penyakit sebagai kolesterol atau garam empedu. Sebagian besar garam
seperti diabetes melitus, hipotiroidisme, penyakit ginjal empedu diserap ke dalam sirkulasi porta dan dikembalikan ke
hati sebagai bagian dari sirkulasi enterohepatik.
(sindrom nefrotik), dan aterosklerosis berkaitan dengan
kelainan sekunder pola lipoprotein yang sangat serupa ■■ Peningkatan kadar kolesterol yang terdapat di VLDL, IDL,
dengan salah satu penyakit herediter primer lain. Hampir atau LDL menyebabkan aterosklerosis, sedangkan HDL dalam
kadar tinggi memberikan efek protektif.
semua penyakit primer ini disebabkan oleh defek di tahap
pembentukan, transpor, atau destruksi lipoprotein (lihat ■■ Defek herediter dalam metabolisme lipoprotein menyebabkan
Gambar 25–4, 26–5, dan 26–6). Tidak semua kelainan penyakit primer hipo- atau hiperlipoproteinemia. Penyakit
seperti diabetes melitus, hipotiroidisme, penyakit ginjal, dan
membahayakan.
aterosklerosis memperlihatkan kelainan sekunder pola
lipoprotein yang mirip dengan penyakit primer
RINGKASAN
■■ Kolesterol adaiah prekursor semua steroid lain di dalam
tubuh, misalnya kortikosteroid, hormon seks, asam empedu,
REFERENSI
dan vitamin D. Senyawa ini juga memiliki peran struktural di Agellon LB: Metabolism and function of bile acids. In Biochemistry
membran dan di lapisan luar lipoprotein. of Lipids, Lipoproteins and Membranes, 5th ed. Vance DE, Vance
JE (editors). Elsevier, 2008:423–440.
■■ Kolesterol disintesis di tubuh seluruhnya dari asetil-KoA. Banach M, Rizzo M, Obradovic M, et al: PCSK9 inhibition—a
Tiga molekul asetil-KoA membentuk mevalonat melalui novel mechanism to treat lipid disorders? Curr Pharm Des
reaksi regulatorik penting di jalur ini yang dikatalisis oleh 2013;19:3869.
HMG-KoA reduktase. Kemudian terbentuk unit isoprenoid Burg JS, Espenshade PJ: Regulation of HMG-CoA reductase in
lima-karbon, dan enam unit ini menyatu membentuk mammals and yeast. Prog lipid Res 2011;50:403.
skualen. skualen mengalami pendauran untuk membentuk Chiang JY: Bile acids: regulation of synthesis. J Lipid Res
steroid induk lanosterol yang membentuk kolesterol setelah 2009;50:1955.
mengalami kehilangan tiga gugus metil dan perubahan- Denke MA: Dietary fats, fatty acids and their effects on lipoproteins.
perubahan lain. Curr Atheroscler Rep 2006;8:466.
■■ Sintesis kolesterol di hati sebagian diatur oleh kolesterol Djoussé L, Gaziano JM: Dietary cholesterol and coronary disease
dalam makanan. Di jaringan, keseimbangan kolesterol risk: a systematic review. Curr Atheroscler Rep 2009;11:418.
dipertahankan antara faktor yang menyebabkan penambah- Fernandez ML, West KL: Mechanisms by which dietary fatty acids
an kolesterol (mis. sintesis, penyerapan melalui reseptor modulate plasma lipids. J Nutr 2005;135:2075.
scavenger atau LDL) dan faktor yang menyebabkan ber- Jiang XC, Zhou HW: Plasma lipid transfer proteins. Curr Opin
kurangnya kolesterol (mis. sintesis steroid, pembentukan Lipidol 2006;17:302.
ester kolesteril, ekskresi). Untuk mencapai keseimbangan Liscum L: Cholesterol biosynthesis. In Biochemistry of Lipids,
ini, aktivitas reseptor LDL dimodulasi oleh kadar kolesterol Lipoproteins and Membranes, 5th ed. Vance DE, Vance JE
di dalam sel. Pada transpor kolesterol terbalik, HDL (editors). Elsevier, 2008:399–422.
menyerap kolesterol dari jaringan dan LCAT mengesteri- Perez-Sala D: Protein isoprenylation in biology and disease:
fikasikannya serta mengendapkannya di bagian tengah general overview and perspectives from studies with genetically
partikel. Ester kolesteril pada HDL diserap oleh hati, baik engineered animals. Front Biosci 2007;12:4456.
secara langsung maupun setelah berpindah ke VLDL, IDL,
atau LDL melalui protein transfer ester kolesteril.

Soal Ujian
Bagian V – Metabolisme pada Lipid Karnitin dibutuhkan untuk oksidasi asam lemak KARENA:
A. Ini adalah kofaktor untuk asil-KoA sintetase, yang
Pilihlah salah satu dari pernyataan berikut mengenai molekul mengaktifkan asam lemak untuk kerusakan.
asam lemak yang BENAR! B. Rantai panjang asil-KoA ("aktivasi asam lemak") harus
A. Asam lemak terdiri dari kelompok kepala asam karboksilat memasukkan matriks mitokondria untuk dioksidasi, namun
yang melekat pada rantai karbohidrat. tidak dapat melintasi membran mitokondria bagian luar.
B. Asam lemak disebut poli tak jenuh ketika mengandung Pengalihan gugus asil dari KoA ke karnitin memungkinkan
satu atau lebih ikatan ganda karbon-karbon. translokasi terjadi.
C. Titik leleh asam lemak meningkat kejenuhannya. C. Rantai panjang asil-KoA ("aktivasi asam lemak") harus
D. Asam lemak selalu memiliki ikatan ganda dalam memasukkan matriks mitokondria untuk dioksidasi, namun
konfigurasi cis ketika masih terjadi secara alami. tidak dapat melintasi membran mitokondria bagian luar.
E. Asam lemah di dalam tubuh berbentuk asam lemak bebas Pengalihan gugus asil dari KoA ke karnitin memungkinkan
(non esterifikasi). translokasi terjadi.
Pilihlah dari berikut ini yang BUKAN fosfolipid! D. Rantai panjang asil-KoA ("aktivasi asam lemak") harus
memasukkan matriks mitokondria untuk dioksidasi,
A. Sfingomielin
namun tidak dapat melintasi membran mitokondria
B. Plasmalogen
bagian luar. Pengalihan gugus asil dari KoA ke karnitin
C. Kardiolipin (cardiolipin)
memungkinkan translokasi terjadi.
D. Galaktosilseramida
E. Ini mencegah pemecahan rantai panjang lemak asil KoA
E. Lisolesitin
dalam ruang antarmembran mitokondria.
Pilihlah salah satu dari pernyataan berikut tentang gangliosida
yang TIDAK BENAR! Pemecahan satu molekul asam C16 penuh lemak jenuh (asam
palmitat) oleh oksidasi-β mengarah pada pembentukan:
A. Gangliosida turunan dari galaktosilseramida.
A. 8 FADH2, 8 NADH dan 8 molekul asetil KoA
B. Gangliosida mengandung satu atau lebih molekul asam sialat.
C. Gangliosida ada dalam jaringan saraf dalam konsentrasi tinggi. B. 7 FADH2, 7 NADH dan 7 molekul asetil KoA
D. Gangliosida GM1 adalah reseptor untuk toksin kolera C. 8 FADH2, 8 NADH dan 7 molekul asetil KoA
di usus manusia. D. 7 FADH2, 8 NADH dan 8 molekul asetil KoA
E. Gangliosida berfungsi dalam pengenalan sel-sel. E. 7 FADH2, 7 NADH dan 8 molekul asetil KoA
Pilihlah dari berikut ini adalah antioksidan rantai-melanggar! 9. Malonil KoA, sintesis asam lemak intermediat pertama, merupakan
A. Peroksidase Glutation regulator penting dari metabolisme asam lemak KARENA:
B. Selenium A. Pembentukannya dari asetil KoA dan bikarbonat oleh enzim
C. Superoksida dismutase asetil karboksilase KoA adalah utama langkah laju terbatas
D. EDTA (Asam etilenadiaminatetraasetat) dalam sintesis asam lemak.
E. Katalase B. Malonil KoA mencegah masuknya kelompok lemak asil ke dalam
matriks mitokondria karena merupakan inhibitor poten
Setelah ini diproduksi dari asetil-KoA dalam hati, badan keton dari karnitin palmitoil transferase-I.
terutama digunakan untuk pilihlah salah satu proses berikut? C. Malonil KoA mencegah masuknya kelompok lemak asil ke
A. Ekskresi produk-produk limbah matriks mitokondria karena merupakan inhibitor poten dari
dalam
B. Penghasil energi di dalam hati karnitin palmitoil transferase-II.
C. Konversi asam lemak untuk penyimpanan energi D. Malonil KoA mencegah masuknya kelompok lemak asil ke dalam
D. Penghasil energi dalam jaringan matriks mitokondria karena merupakan inhibitor poten
E. Penghasil energi dalam sel darah merah karnitin-asilkarnitin translokase.
E. Malonil KoA menghambat sintesis pada lemak Asil koA.
Situs subselular dari pemecahan asam lemak rantai
panjang menjadi asetil-KoA melalui oksidasi-β adalah: 10. Asam α-Linoleat dianggap gizi penting pada manusia KARENA:
A. Sitosol A. Asam α-Linoleat adalah asam lemak ω3.
B. Matriks mitokondria B. Asam α-Linoleat berisi tiga ikatan ganda.
C. Retikulum Endoplasma C. Pada manusia ikatan ganda tidak dapat diubah
D. Ruang antarmembran mitokondria menjadi asam lemak melebihi posisi Δ9.
E. Aparatus Golgi D. Pada manusia ikatan ganda tidak dapat diubah
menjadi asam lemak melebihi posisi Δ12.
E. Jaringan manusia tidak dapat mengubah ikatan
ganda pada posisi Δ9 asam lemak.
277
Section V Exam 06/11/14

11. Inaktivasi karboksilase asetil-KoA disukai KETIKA: 17. Pilihlah salah satu yang terbaik berikut ini menjelaskan
A. Tingkat sitrat sitosol tinggi. aksi fosfolipase C!
B. Inaktivasi dalam bentuk polimer. C. A. Aksi melepaskan lemak rantai asil dari posisi sn-2
Tingkat palmitoil koA rendah. dari fosfolipid.
D. Trikarboksilat transporter dihambat. B. Aksi membelah fosfolipid dalam menjadi yang mengandung
E. Inaktivasi ini difosforilasi. kelompok kepala fosfat dan suatu diasilgliserol.
C. Aksi melepaskan kelompok kepala fosfolipid,
12. Pilihlah salah satu dari eikosanoid berikut ini yang disintesis
meninggalkan asam fosfatidat.
dari asam linoleat melalui jalur siklooksigenase!
D. Aksi melepaskan lemak rantai asil dari posisi sn-1
A. Prostaglandin E1 (PGE1)
pada fosfolipid.
B. Leukotrien A3 (LTA3)
E. Aksi melepaskan lemak rantai asil dari posisi sn-1 dan sn-2
C. Prostaglandin E3 (PGE3)
pada fosfolipid.
D. Lipoksin A4 (LXA4)
E. Tromboksan A3 (TXA3) 18. Penyakit Tay Sachs adalah penyakit penyimpanan lipid yang
disebabkan oleh defek genetik pada defisiensi pilihlah salah
13. Pilihlah salah satu dari enzim berikut ini yang dihambat oleh satu enzim berikut:
obat anti-inflamasi non steroid (NSAID) aspirin!
A. Galaktosidase-β B.
A. Lipoksigenase Sfingomielinase C.
B. Prostasiklin sintase Seramida
C. Siklooksigenase D. D. Heksosaminidase A
Tromboksan sintase E.
E. Glukosidase-β
Δ6 desaturase
19. Pilihlah dari lipoprotein plasma digambarkan terbaik sebagai
14. Pilihlah dari berikut ini yang merupakan produk utama berikut: disintesis di mukosa usus, mengandung konsentrasi
asam lemak sintase! tinggi triasilgliserol dan bertanggung jawab untuk pengangkutan
A. Asetil-KoA lipid dalam sirkulasi?
B. Oleat
A. Kilomikron
C. Palmitoil-KoA
B. Lipoprotein berdensitas tinggi
D. Asetoasetat
C. Lipoprotein berdensitas sedang
E. Palmitat
D. Lipoprotein berdensitas rendah
15. Asam lemak dipecah oleh penghapusan diulang dari dua E. Lipoprotein berdensitas sangat rendah
fragmen karbon sebagai asetil KoA dalam siklus oksidasi-β, dan
20. Pilihlah dari lipoprotein plasma digambarkan terbaik
disintesis oleh kondensasi berulang asetil KoA sampai rantai
sebagai berikut: disintesis di hati, mengandung konsentrasi
panjang asam lemak jenuh dengan bahkan jumlah karbon
tinggi triasilgliserol dan terutama dibersihkan dari sirkulasi
terbentuk. Sejak asam lemak perlu dipecah ketika energi adalah
oleh jaringan adiposa dan otot?
pasokan pendek dan disintesis sedang berlimpah, ada
perbedaan penting antara dua proses yang membantu sel-sel A. Kilomikron
untuk mengatur secara efisien. Pilihlah salah satu dari B. Lipoprotein berdensitas tinggi
pernyataan berikut mengenai perbedaan ini adalah SALAH! C. Lipoprotein berdensitas sedang
D. Lipoprotein berdensitas rendah
A. Pemecahan asam lemak terjadi di dalam mitokondria,
E. Lipoprotein berdensitas sangat rendah
sedangkan sintesis terjadi di sitosol.
B. Pemecahan asam lemak menggunakan NAD+ dan 21. Pilihlah dari lipoprotein plasma digambarkan terbaik sebagai
menghasilkan NADH, sementara sintesis menggunakan berikut: terbentuk dalam sirkulasi oleh pemindahan triasilgliserol
NADPH dan menghasilkan NADP. dari lipoprotein berdensitas sangat rendah, mengandung
C. Kelompok lemak asil diaktifkan untuk pemecahan kolesterol diambil dari Lipoprotein berdensitas tinggi
menggunakan koA dan untuk sintesis menggunakan memberikan kolesterol untuk jaringan ekstrahepatik?
protein pembawa asil. A. Kilomikron
D. Transpor melintasi membran mitokondria gugus asil lemak B. Lipoprotein berdensitas tinggi
dan asetil KoA, masing-masing diperlukan untuk C. Lipoprotein berdensitas sedang
pemecahan asam lemak dan sintesis. D. Lipoprotein berdensitas rendah
E. Glukagon menaikan sintesis asam lemak dan menghambat E. Lipoprotein berdensitas sangat rendah
asam lemak pemecahan.
22. Pilihlah dari berikut ini akan meningkat pada aliran darah
16. Lipase sensitif hormon, enzim yang memobilisasi asam lemak sekitar 2 jam setelah makan makanan tinggi (fat) lemak?A.
dari penyimpanan triasilgliserol dalam jaringan adiposa Kilomikron
dihambat oleh: B. Lipoprotein berdensitas tinggi
A. Glukagon C. Badan keton
B. ACTH D. Asam lemak non esterifikasi
C. Epinefrin E. Lipoprotein berdensitas sangat rendah
D. Vasopresin E.
Prostaglandin E
Section V Exam Q_p277-280.indd 03/

Soal ujian 279
23. Pilihlah dari berikut ini akan meningkat pada aliran darah 28. Manakah dari pernyataan berikut tentang asam empedu (atau
sekitar 4 jam setelah makan makanan tinggi (fat) lemak? garam empedu) adalah SALAH:
A. Kilomikron A. Asam empedu primer disintesis di hati dari kolesterol.
B. Lipoprotein berdensitas tinggi B. Asam empedu yang diperlukan untuk pemecahan
C. Badan keton lemak oleh lipase pankreas.
D. Asam lemak non esterifikasi C. Asam empedu sekunder yang diproduksi oleh
E. Lipoprotein berdensitas sangat rendah modifikasi asam empedu primer di hati.
24. Pilihlah salah satu dari proses berikut TIDAK terlibat dalam D. Asam empedu memfasilitasi absorpsi produk-produk
efluks kolesterol dari jaringan ekstrahepatik dan pengiriman ke dari pencernaan lipid di jejunum.
hati untuk ekskresi oleh HDL! E. Asam empedu yang disirkulasi antara hati dan usus kecil
dalam sirkulasi enterohepatik.
A. Efluks pada kolesterol dari jaringan pra-β HDL melalui
ABCA1. 29. Seorang pria 35 tahun dengan hiperkolesterolemia berat
B. Esterifikasi pada kolesterol untuk kolesterol ester oleh memiliki sejarah keluarga kematian di usia muda dari penyakit
LCAT untuk membentuk HDL3.
jantung dan stroke. Manakah dari berikut yang mungkin defek
C. Transfer pada ester kolesteril dari HDL ke VLDL, IDL, dan gen?
LDL oleh aksi pemindahan ester kolesteril pada protein A. Apolipoprotein E
(CETP). B. LDL reseptor
D. Efluks pada kolesterol dari jaringan ke HDL3 melalui SR-B1
C. Lipoprotein lipase
dan ABCG1.
D. PCSK9
E. Ambilan selektif ester kolesteril dari HDL2 oleh hati
E. LCAT
melalui SR-B1.
30. Protein baru-baru ini ditemukan, proprotein konvertase
25. Pilihlah salah satu dari pernyataan berikut mengenai subtilisin/kexin Tipe 9 (PCSK9), telah diidentifikasi sebagai target
kilomikron adalah BENAR! potensial untuk obat antiaterogenik KARENA:
A. Kilomikron yang dibuat di dalam sel-sel usus dan disekresi A. Dampaknya dapat menurunkan jumlah reseptor LDL terkena
ke getah bening, di mana kilomikron memperoleh pada permukaan sel, sehingga penyerapan LDL diturunkan dan
apolipoprotein B dan C. kadar kolesterol darah meningkat.
B. Inti dari kilomikron mengandung triasilgliserol dan B. Menghambat pengikatan apoB ke reseptor LDL, sehingga
fosfolipid. menghalangi penyerapan lipoprotein dan meningkatkan
C. Enzim lipase sensitif hormon bertindak pada kilomikron kadar kolesterol darah.
untuk melepaskan asam lemak dari triasilgliserol C. Hal ini meningkatkan penyerapan kolesterol dari usus. D.
ketika enzim terikat pada permukaan sel endotel pada Ini mencegah pemecahan kolesterol menjadi asam empedu
kapiler darah. di hati.
D. Sisa-sisa kilomikron berbeda dengan kilomikron dalam E. Hal ini meningkatkan sintesis dan sekresi VLDL di hati, yang
hal ini sisa kilomikron lebih kecil dan mengandung menyebabkan peningkatan pembentukan LDL dalam darah.
bagian yang lebih rendah dari triasilgliserol dan bagian
yang lebih tinggi dari kolesterol.
E. Kilomikron yang diambil oleh hati.
26. Pilihlah salah satu dari pernyataan berikut mengenai biosintesis
kolesterol adalah BENAR!
A. Langkah laju terbatas adalah pembentukan 3-hidroksi
3-metilglutaril-CoA (HMG-KoA) oleh enzim
HMG-KoA sintase.
B. Sintesis terjadi di sitosol pada sel.
C. Semua atom karbon dalam kolesterol disintesis
berasal dari asetil-KoA.
D. Skualen adalah siklik menengah pertama di jalur tersebut.
E. Substrat awal adalah mevalonat.
27. Kelas obat yang disebut statin telah terbukti sangat efektif terhadap
hiperkolesterolemia, terkait penyebab utama aterosklerosis dan
penyakit kardiovaskular. Obat ini mengurangi kadar kolesterol
plasma dengan:
A. Mencegah penyerapan kolesterol dari usus.
B. Meningkatkan ekskresi kolesterol dari tubuh melalui
konversi menjadi asam empedu.
C. Menghambat konversi 3-hidroksi-3-metilglutaril-KoA
ke mevalonat di jalur untuk biosintesis kolesterol.
D. Meningkatkan laju degradasi 3-hidroksi-3-
metilglutaril KoA reduktase.
E. Merangsang aktivitas reseptor LDL di hati.
Section V Exam 03/11/14

This page intentionally left blank
B A G I A N
Metabolisme Protein dan
VI Asam Amino
Biosintesis Asam Amino
27
B A B
yang Nonesensial
Secara Nutrisional
TUJUAN ■ Menjelaskan mengapa ketiadaan beberapa asam amino dalam makanan tidak
bersifat merugikan bagi kesehatan manusia.
Setelah mempelajari bab ini, ■ Memahami perbedaan antara asam amino "esensial" dan esensial secara
Anda diharapkan dapat: nutrisional," dan menyebutkan asam-asam amino yang nonesensial secara
nutrisional.
■ Menyebutkan siklus asam sitrat dan zat-zat antara glikolisis yang merupakan
prekursor aspartat, asparagin, glutamat, glutamin, glisin dan serin.
■ Memahani peran penting transaminase dalam metabolisme asam amino
■ Menjelaskan proses pembentukan 4 hidroksiprolin dan 5 hidroksilisin protein
seperti kolagen.
■ Memberikan penjelasan biokimia mengenai mengapa kekurangan vitamin C
(asam askorbat) yang berat menyebabkan penyakit nutrisional skorbut, dan
menjelaskan konsekuensi klinis gangguan nutrisional ini.
■ Memahami bahwa selenium, meskipun bersifat toksik, merupakan komponen
esensial beberapa protein mamalia.
■ Menguraikan secara garis besar reaksi yang dikatalisis oleh oksidase yang
memiliki fungsi campuran.
■ Menyebutkan peran tetrahidrobiopterin pada biosintesis tirosin.
■ Menunjukkan pertan tRNA yang telah dimodifikasi pada insersi kotranslasional
selenosistein ke dalam protein.
PERAN BIOMEDIS vitamin C dari makanan, dan gangguan genetik spesifik

dikaitkan dengan terganggunya kemampuan jaringan ikat
Kondisi defisiensi asam amino yang dapat terjadi akibat untuk membentuk hidroksiprolin dan hidroksilisin. Ke-
ketiadaan asam amino yang esensial secara nutrisional tidakstabilan konformasi kolagen yang terjadi menyebabkan
dalam makanan, atau asam amino ini ada, tetapi dalam gusi berdarah, pembengkakan sendi, penyembuhan luka
jumlah yang tidak memadai. Di beberapa tempat di Afrika yang lambat, dan bahkan kematian. Sindrom Menkes, yang
Barat mencakup kwasiorkar, yang timbul jika anak ditandai dengan rambut keriting (kinky hair) dan retardasi
disapih dengan makanan kurang mengandung protein; pertumbuhan, terjadi akibat kekurangan tembaga yang
dan marasmus, yaitu terjadi defisiensi baik asupan kalori merupakan kofaktor esensial untuk lisil oksidase, yaitu
maupun asam amino spesifik. Pasien yang menderita enzim yang berfungsi dalam pembentukan taut-silang
sindrom usus pendek tidak dapat menyerap kalori dan zat- kovalen yang memperkuat serat-serat kolagen. Gangguan
zat gizi dalam jumlah cukup sehingga pasien tersebut genetik biosintesis kolagen mencakup beberapa bentuk
mengalami gangguan nutrisional dan metabolik yang signifi- osteogenesis imperfekta, yang ditandai oleh tulang
kan. Kedua gangguan nutrisional skorbut, yaitu defiensi 281

282 BAGIAN VI metabolisme protein & Asam Amino
yang rapuh, dan sindrom Ehlers-Danlos, yaitu sekelompok TABEL 27-2 Enzim-enzim yang Dibutuhkan untuk Sintesis
gangguan jaringan ikat yang menyebabkan sendi tidak stabil Asam Amino dari Zat-Zat Antara Amfibolik.
dan kelainan-kelainan kulit akibat defek pada gen yang Jumlah Enzim yang Dibutuhkan untuk Menyintesis
menyandi enzim-enzim mencakup lisil hidroksilase.
Esensial Secara Nutrisional Nonesensial Secara Nutrisional
ASAM-ASAM AMINO YANG Arg a
7 Ala 1
ESENSIAL DAN YANG NONESENSIAL 1is 6 Asp 1
SECARA NUTRISIONAL Thr 6 Asn b

1
Jika diterapkan pada asam amino, istilah "esensial" dan "non- Met 5 (4 bersama) Glu 1
esensial" merupakan sebuah kekeliruan karena 20 asam amino Lys 8 Gln a
1
ini semua bersifat esensial untuk menjamin kesehatan. Dari 20 Ile 8 (6 bersama) Hyl c
1
asam amino ini, 8 diantaranya harus diperoleh dari makanan
manusia maka istilah yang paling sesuai adalah "esensial Val 6 (semua bersama) Hyp d
1
secara nutrisional". Dua belas asam amino lainnya bersifat Leu 7 (5 bersama) Pro a
3
"nonesensial secara nutrisional" karena tidak harus diperoleh 8he 10 Ser 3
dari makanan (Tabel 27-1). Perbedaan antara kedua
golongan asam amino ini diketahui pada tahun 1930-an Trp 5 (8 bersama) Gly e
1
melalui pemberian diet asam amino murni, sebagai ganti 59 Cys f
2
protein, pada subyek manusia. Penelitian biokimia berikutnya Tyrg
1
mengungkapkan reaksi dan interaksi yang terlibat dalam
biosintesis 20 asam amino ini. Kelainan akibat defisiensi asam 17
amino bersifat endemik di daerah-daerah tertentu di Afrika aDari Glu, bDari Asp, cDari Lys, dDari Pro, eDari Ser, fDari Ser ditambah S2- gdari Phe.
Barat tempat diet sangat tergantung pada padi-padian yang
sangat kurang mengandung triptofan dan lisin. Kelainan penting daripada kemampuan organisme untuk menyintesis-
nutrisional ini mencakup kwasiorkor, yang timbul jika anak nya secara biologis. Mengapa? Jika suatu nutrien tertentu ada
disapih dengan makanan yang kaya akan pati, tetapi kurang dalam makanan, organisme yang mampu menyintesis-nya
mengandung protein; dan marasmus, yaitu terjadi defisiensi akan mewariskan informasi genetik nilai kesintasan negatif
baik asupan kalori maupun asam amino spesifik. pada keturunannya. Nilai kesintasan ini adalah negatif dan
bukan nol karena untuk menyintesis DNA yang "tidak
Asam Amino yang Esensial Secara Nutrisional diperlukan" dibutuhkan ATP dan nutrien-nutrien—bahkan
Dibentuk Melalui Jalur Metabolik yang jika gen yang menyandinya tidak lagi diekspresikan. Jumlah
enzim yang dibutuhkan sel prokariot untuk me-nyintesis
Panjang asam amino yang esensial secara nutrisional relatif besar
Adanya kebutuhan nutrisional menunjukkan bahwa keter- dibandingkan jumlah enzim yang dibutuhkan untuk me-
gantungan organisme pada pasokan eksternal suatu nutrien nyintesis asam amino yang nonesensial secara nutrisional
tertentu memiliki nilai kesintasan hidup yang lebih (Tabel 27-2). Hal ini mengisyaratkan adanya keuntungan
nilai kesintasan dengan mempertahankan kemampuan
TABEL 27-1 Kebutuhan Asam Amino Manusia membuat asam amino yang "mudah" sementara melepas
kemampuan membuat asam amino yang "sulit." Jalur meta-
Esensial Secara Nutrisional Nonesensial secara Nutrisional
bolik untuk membentuk asam amino yang esensial secara
Arginina Alanin nutrisional terdapat pada tumbuhan dan bakteri, tetapi tidak
Histidin Asparagin pada manusia, dan karena itu tidak dibahas. Bab ini
Isoleusin Aspartat
menjelaskan reaksi dan zat antara yang terlibat dalam bio-
sintesis 12 asam amino yang nonesensial secara nutrisional oleh
Leusin Sistein
jaringan manusia serta gangguan nutrisional dan metabolik
Lisin Glutamat yang berkaitan dengan metabolismenya.
BIOSINTESIS ASAM
Metionin Glutamin
Fenilalanin Glisin
Treonin Hidroksiprolinb AMINO YANG NONESENSIAL
Triptofan Hidroksilisinb SECARA NUTRISIONAL
Valin Prolin
Glutamat
Serin
Glutamat, prekursor yang disebut asam amino "kelompok
Tirosin
glutamat" adalah amidasi reduktif α- ketoglutarat yang dikata-
aSecara nutrisional "semiesensial." Disintesis dengan kecepatan yang
lisis oleh glutamat dehidrogenase (Gambar 27-1).
kurang memadai untuk menunjang pertumbuhan pada anak.
bTidak diperlukan dalam pentukan protein, tetapi terbentuk selama
pemrosesan kolagen pascatranslasi.

BAB 27 Biosintesis Asam Amino yang Nonesensial Secara Nutrisional 283
–
O
O
–
O
NH3+ Glutamat Dehidrogenase, Glutamin
O– O–
Sintetase, dan Aminotransferase Memiliki
O O
α- Ketoglutarat
O
L-Glutamat
O
Peran Penting dalam Biosintesis Asam Amino
Kerja gabungan enzim glutamat dehidrogenase, glutamin
NH4 + H2O sintetase, dan aminotransferase (Gambar 27-1, 27-2, dan
27-4) mengubah ion amonium anorganik menjadi nitrogen
NAD(P)H+H+ NAD(P)+ α-amino asam amino.
GAMBAR 27-1 Reaksi dikatalisis oleh dehidrogenase glutamat Asparagin
EC 1.4.1.3).
Pengubahan aspartat menjadi asparagin dikatalisis oleh
NH3+ + asparagin sintetase (Gambar 27-5), yang mirip dengan
NH3
–
O O–
H2N
O–
reaksi glutamin sintetase (Gambar 27-2), tetapi yang me-
nyediakan nitrogen adalah glutamin dan bukan ion amonium.
O O O O
Namun, asparagin sintetase bakteri juga dapat menggunakan
L-Glutamat L-Glutamin
ion amonium. Reaksinya melibatkan pembentukan zat antara
NH4+ aspartil fosfat (Gambar 27–6). Penggabungan hidrolisis PPi
dengan Pi oleh profosfatase EC 3.6.1.1, memastikan bahwa
Mg-ATP Mg-ADP + Pi reaksi tersebut sangat menguntungkan.
GAMBAR 27-2 Reaksi dikatalisis oleh glutamin sintetase Serin
(EC 6.3.1.2).
Oksidasi gugus α-hidroksil pada zat antara glikolisis 3-
fosfogliserat oleh 3-fosfogliserat dehidrogenase mengubah-
NH3+ nya menjadi 3-fosfohidroksipiruvat. Kemudian, transaminasi
–
O3PO
O– dan defosforilasi selanjutnya menghasilkan serin (Gambar
O O 27-7).
GAMBAR 27-3 γ- Glutamil fosfat Glisin
Glisin aminotransferase dapat mengkatalisis sintesis glisin
Reaksi sintesis glutamat secara kuat, yang menurunkan dari glioksilat dan glutamat atau alanin. Tidak seperti ke-
konsentrasi pada sitotoksik ion ammonium. banyakan reaksi aminotransferase, reaksi ini sangat meng-
untungkan glisin. Jalur tambahan penting lain dalam pem-
Glutamin bentukan glisin pada mamalia adalah dari kolin (Gambar
Amidasi glutamat menjadi glutamin dikatalisis oleh glutamin 27-8) dan dari serin (Gambar 27-9).
sintetase, ( Gambar 27–2) melibatkan pembentukan zat
antara γ- glutamil fosfat (Gambar 27–3). Setelah pengikatan
berurutan glutamat dan ATP, glutamat menyerang γ-
fosforus pada ATP, membentuk γ- glutamil fosfat serta ADP. NH3 + NH3 +
O O
NH4+ kemudian terikat, dan NH3 yang menyerang γ-
glutamil fosfat. Pelepasan Pi dan proton dari gugus γ- amino –
O
–
O H 2N
–
O
zat antara tetrahedral memungkinkan pelepasan produk, O O
yaitu glutamin. L-Aspartat L-Asparagin
Alanin dan Aspartat

H2O + Gln Glu
Transaminasi piruvat membentuk alanin (Gambar 27-4).
Demikian pula, transaminasi oksaloasetat membentuk
Mg-ATP Mg-AMP + PPi
aspartat.
GAMBAR 27-5 Reaksi dikatalisis oleh asparagin sintetase (EC
O NH3+ 6.3.5.4). Perhatikan kemiripan dengan dan perbedaan dari reaksi
O– O– glutamin sintetase (Gambar 27-2).
Piruvat Alanin
O O
O NH3 +
–
Glu atau Asp α- Ketoglutarat atau oksaloasetat O
–
O3PO
O
GAMBAR 27-4 Pembentukan alanin melalui transminasi piruvat.
Donor amino dapat berupa glutamat atau aspartat. Jadi, produk lain GAMBAR 27-6 Aspartil fosfat.
adalah α- ketoglutarat atau oksaloasetat.

OH
O Prolin
O− O−
NAD+ Reaksi awal biosintesis prolin mengubah gugus γ- karboksil
P O O P O O
glutamat menjadi anhidrida asam campuran glutamat γ-
D-3-Fosfogliserat Fosfohidroksi-
piruvat fosfat (Gambar 27-3) . Reduksi berikutnya membentuk
glutamat γ- semialdehida yang kemudian mengalami pen-
α- AA
dauran spontan dan direduksi menjadi L-prolin. (Gambar
α- KA 27–10).
NH3 +
NH3+
Sistein
Pi H 2O
O−
O −
Sistein, meskipun secara nutrisional tidak esensial, namun
HO O P O O dibentuk dari metionin yang esensial secara nutrisional.
L-Serin Fosfo-L-serin Setelah pengubahan O
GAMBAR 27-7 Biosintesis serin. Oksidasi dari 3-fosfogliserat O−

dikatalisis oleh 3-fosfogliserat dehidrogenase (EC 1.1.1.95). Trans- −O O
aminasi mengkonversi fosfohidroksipiruvat ke fosfoserin. Pemindahan NH3+
hidrolitik dari gugus fosforil dikatalisasi oleh fosfoserin hidrolase (EC L-Glutamat
3.1.3.3) kemudian membentuk L-serin. ATP
CH3 2H CH3
ADP
H3C N+ CH3 N+
O
H3C CH3
Kolin Betain aldehida

−O P
3 O−
OH O
O O
Glutamat γ-
H2O
NAD+ fosfat NADPH
H3C + CH3 CH3 Pi

[CH3]
N NADP+
H H3 C N+ CH3
O− O
O−
Dimetilglisin O Betain
O O−
O
[CH2O]
NH3+
L-Glutamat
γ -semialdehida
H + CH3 [CH2O]
N NH3+ H2O
H −
O− O O
Sarkosin Glisin O
O
O−
GAMBAR 27-8 Pembentukan glisin dari kolin. Katalis ter-
masuk kolin dehidrogenase (EC 1.1.91.1), betain dehidrogenase (EC NH+
1.2.1.8), betain-homosistein N-metiltransferase, sarkosin dehidro- 1_ Pirolin – 5 – karboksilat
genase (EC 1.5.8.3), dan demetilase dehidrogenase (EC 1.5.99.2).
NADPH
Metilen
NADP+
H4 folat H4 folat
O
NH3+ NH3+
–
O O– O−
HO O O NH2 +
Serin H2O Glisin L-Prolin
GAMBAR 27-9 Interkonversi pada serin dan glisin, dikatalisis GAMBAR 27-10 Biosintesis prolin dari glutamat. Katalis untuk
oleh serin hidroksimetiltransferase (EC 2.1.2.1). Rekasi sepenuhnya reaksi-reaksi ini adalah glutamat-5-kinase (EC 2.7.2.11), glutamat
bersifat reversibel. (H4 folat, tetrahidrofolat.) semialdehida dehidrogenase (EC 1.2.1.41), dan pirolin 5-karboksilase
(EC 1.5.1.2). Cincin penutupan glutamat semialdehida spontan.

BAB 27 Biosintesis Asam Amino yang Nonesensial Secara Nutrisional 285
NH3+ fenilalanin yang secara nutrisional esensial dalam

O−
jumlah memadai, tirosin secara nutrisional menjadi
HO O tidak esensial. Karena reaksi fenilalanin hidroksilase ber-
+ L-Serin sifat ireversibel, tirosin dalam makanan tidak dapat me-
−O H3N+ S H
nggantikan fenilalanin. Katalisis oleh oksigenase yang
H2O berfungsi-campuran ini menyebabkan penggabungan satu
NH3+
O atom O2 pada posisi para fenilalanin dan mereduksi
O−
L-Homosistein atom yang lain menjadi air. Kemampuan mereduksi yang
−O H3N+ S O
terdapat pada tetrahidrobiopterin seluruhnya berasal dari
H2O NADPH (Gambar 27-12).
O
Sistationin Hidroksiprolin dan Hidroksilisin
Hidroksiprolin dan hidroksilisin terutama terdapat dalam
NH3+
kolagen. Karena tidak terdapat tRNA untuk kedua asam
O−
amino terhidroksilasi ini, tidak ada hidroksiprolin atau
HS O
H3N+ OH hidroksilisin dari makanan yang digabungkan selama sintesis
−O L-Sistein protein. Peptidil hidroksiprolin dan hidroksilisin berasal dari
+
O
prolin dan lisin, tetapi hanya setelah asam-asam amino ini
tergabung ke dalam peptida. Hidroksilasi residu peptidil
L-Homoserin
prolil dan peptidil lisil dikatalisis oleh prolil hidroksilase
GAMBAR 27-11 Perubahan homosistein dan serin menjadi dan lisil hidroksilase di kulit, otot rangka, serta jaringan
homoserin dan sistein. Sulfur pada sistein berasal dari metionin dan
kerangka karbon dari serin. Katalis adalah sistationin ß-sintetase (EC granulasi luka, selain substrat, O2 molekular, askorbat, Fe2+,
4.2.1.22) dan sistationin liase (EC 4.4.1.1). dan α-ketoglutarat (Gambar 27-13). Untuk setiap mol
prolin atau lisin yang dihidroksilasi, satu mol α-ketoglutarat
metionin menjadi homosistein (lihat Gambar 29-19), homo- didekarboksilasi menjadi suksinat. Hidroksilase ini me-
sistein dan serin membentuk sistationin, yang hidrolisisnya rupakan oksigenase fungsi campuran. Satu atom O2 masuk
membentuk sistein dan homoserin (Gambar 27-9). ke dalam prolin atau lisin, dan yang lain masuk ke suksinat
Tirosin (Gambar 27-13). Defisiensi vitamin C yang dibutuhkan oleh
kedua hidroksilase ini menyebabkan skorbut, kondisi yang
Fenilalanin hidroksilase (EC 1.14.16.1) mengubah fenila-
menyebabkan gusi berdarah, sendi bengkak, dan gangguan
lanin menjadi tirosin (Gambar 27–12). Jika diet me- penyembuhan luka akibat terganggunya stabilitas kotagen
ngandung asam amino (lihat Bab 5 dan 50).
NADP+ NADPH + H+ Valin, Leusin, dan Isoleusin
Sementara leusin, valin, dan isoleusin adalah asam-asam
amino yang esensial secara nutrisional, aminotransferase
Tetrahidro- Dihidro- jaringan saling mengonversi secara reversibel ketiga asam
biopterin biopterin
amino ini serta asam-asam α-ketonya. Jadi, asam-asam α-
O2 H2O keto ini dapat menggantikan asam aminonya dalam makan-
an.
CH2 COO
CH− CH2 CH COO−
Selenosistein, Asam Amino ke-21
NH3+ NH3+
HO Meskipun keberadaan selenosistein (Gambar 27-14) dalam
L-Fenilalanin L-Tirosin
protein jarang dijumpai, paling tidak terdapat 25 seleno-
protein pada manusia. Selenosistein terdapat di bagian
OH
O H H aktif beberapa
N
N
α-Ketoglutarat [18O] Suksinat
OH
H2N N N
H H Fe2+
18O
2 18OH
Askorbat
Tetrahidrobiopterin
Pro Pro
GAMBAR 27-12 Konversi pada fenilalanin menjadi tirosin oleh
fenilalanin hidroksilase (EC 1.14.16.1). Terdapat dua aktivitas GAMBAR 27-13 Hidroksilasi dari peptida kaya prolin. Oksigen
enzimatik berbeda. Aktivitas II mengatalisis reduksi dihidrobiopterin molekular tergabung ke dalam kedua suksinat dan prolin. Peptidil
oleh NADPH, dan aktivitas I mereduksi O2 menjadi H2O dan fenilalanin prolin 4-hidroksilase (EC 1.14.11.2) sehingga merupakan fungsi
menjadi tirosin. Reaksi ini berkaitan dengan beberapa defek oksidase campuran. Lisil 5-hidroksilase (EC 1.14.11.4) mengkatalisis
metabolisme fenilalanin yang dibahas di Bab 29. reaksi analog.

H
RINGKASAN
H Se CH2 C COO–
■ Semua vertebrata dapat membentuk asam-asam amino ter-
NH3+ tentu dari zat-zat antara amfibolik atau dari asam amino lain
O dalam makanan. Zat antara dan asam amino yang merupakan
Se + ATP + H2O AMP + Pi + H Se P O– sumber tersebut adalah α-ketoglutarat (Glu, Gln, Pro, Hyp),
oksaloasetat (Asp, Asn), dan 3-fosfogliserat (Ser, Gly).
O– ■ Sistein, tirosin, dan hidroksilisin dibentuk dari asam-asam
GAMBAR 27-14 Selenosistein (atas) dan reaksi yang dikata- amino yang secara nutrisional esensial. Serin membentuk
lisis oleg selenofosfat sintetase (EC 2.7.9.3) (bawah). kerangka karbon dan homosistein menyediakan sulfur bagi
biosintesis sistein.
■ Pada skorbut, yaitu penyakit nutrisional akibat defisiensi
enzim manusia yang mengkatalisis reaksi redoks. vitamin C, terjadi gangguan hidroksilasi peptidil prolin dan
Contoh-contohnya mencakup tioredoksin reduktase, peptidil lisin yang rnenyebabkan tidak tersedianya substrat
glutation peroksidase, dan deiodinase yang mengubah untuk pertautan-silang maturasi kolagen.
tiroksin menjadi triiodotironin. Jika ada, selenosistein ■ Fenilalanin hidroksilase mengubah fenilalanin menjadi tirosin.
ikut serta dalam mekanisme katalitik enzim-enzim ini. Reaksi yang dikatalisis oleh oksidase fungsi campuran ini
Penggantian selenosistein oleh sistein dapat menyebab- bersifat ireversibel, tirosin tidak dapat menimbulkan fenila-
kan gangguan bermakna pada aktivitas katalitik. Gang- lanin.
guan pada selenoprotein manusia diperkirakan berperan ■ Baik hidroksiprolin maupun hidroksilisin dari makanan tidak
digabungkan ke dalam protein karena tidak terdapat kodon
dalam tumorigenesis dan aterosklerosis, dan menyebabkan
atau tRNA yang menentukan insersi keduanya ke dalam
kardiomiopati akibat defisiensi selenium (penyakit
peptida.
Keshan).
■ Peptidil hidroksiprolin dan hidroksilisin terbentuk melalui
Biosintesis selenosistein memerlukan sistein, selenat hidroksilasi peptidil prolin atau lisin dalam reaksi yang
(SeO42-), ATP, tRNA spesifik, dan beberapa enzim. Serin dikatalisis oleh oksidase fungsi-campuran yang memerlukan
berperan sebagai rangka karbon selenosistein. Selenofosfat vitamin C sebagai kofaktor.
yang dibentuk dari ATP dan selenat (Gambar 27-12), ■ Selenosistein, suatu residu bagian aktif esensial pada beberapa
berfungsi sebagai donor selenium. Tidak seperti hidrok- enzim mamalia, berasal dari insersi ko-translasional dari
siprolin atau hidroksilisin, selenosistein terbentuk secara tRNA yang telah mengalami modifikasi.
kotranslasional selama penggabungannya ke dalam peptida.
Antikodon UGA pada tRNA yang tidak lazim yang disebut REFERENSI
tRNASec biasanya menandakan STOP. Kemampuan Beckett GJ, Arthur JR: Selenium and endocrine systems.
perangkat sintesis protein untuk mengidentifikasi kodon J Endocrinol 2005;184:455.
UGA spesifik-selenosistein berkaitan dengan elemen insersi Bender, DA: Amino Acid Metabolism, 3rd ed. Wiley, 2012.
selenosistein, suatu struktur stem-loop di regio mRNA yang Donovan J, Copeland PR: The efficiency of selenocysteine
tidak ditranslasikan. tRNASer mula-mula ditempeli serin incorporation is regulated by translation initiation factors.
J Mol Biol 2010;400:659.
oleh ligase yang menempelkan tRNAser. Penggantian oksi-
Kilberg MS: Asparagine synthetase chemotherapy. Annu Rev
gen serin selanjutnya oleh selenium melibatkan selenofosfat
Biochem 2006;75:629.
yang dibentuk oleh selenofosfat sintetase (Gambar 27-14). Scriver CR, Sly WS, Childs B, et al (editors): The Metabolic and
Reaksi-reaksi selanjutnya yang dikatalisis oleh enzim Molecular Bases of Inherited Disease, 8th ed. McGraw-Hill, 2001.
mengubah sisteil-tRNAsec menjadi aminoakrilil-tRNAsec dan Stickel F, Inderbitzin D, Candinas D: Role of nutrition in liver
kemudian menjadi selenosisteil-tRNAsec. Dengan adanya transplantation for end-stage chronic liver disease. Nutr Rev
faktor pemanjang spesifik yang mengenali selenosisteil- 2008;66:47.
tRNAsec, selenosistein kemudian dapat tergabung ke dalam Turanov AA, Shchedrina VA, Everley RA et al: Selenoprotein
protein. S is involved in maintenance and transport of multiprotein
complexes. Biochem J. 2014;462:555.

28
B A B
Katabolisme Protein dan

Nitrogen Asam Amino
TUJUAN ■ Menjelaskan pergantian protein, menunjukkan laju rata-rata pergantian protein

pada orang sehat, dan memberi contoh protein manusia yang diuraikan lebih
Setelah mempelajan bab ini,
cepat daripada laju rata-rata.
Anda diharapkan dapat ■ Menjelaskan proses-proses yang terlibat dalam pergantian protein baik melalui
jalur yang dependen-ATP maupun yang independen-ATP, dan menjelaskan peran
ubikuitin, reseptor permukaan sel, asialoglikoprotein darah, dan lisosom dalam
penguraian protein.
■ Menunjukkan perbedaan produk akhir katabolisme nitrogen pada mamalia
dibandingkan dengan unggas dan ikan.
■ Melukiskan peran sentral transaminase (aminotransferase), glutamat
dehidrogenase, dan glutaminase pada metabolisme nitrogen manusia.
■ Menggunakan rumus struktur untuk menggambarkan reaksi yang mengubah
NH3, CO2, dan nitrogen amida aspartat menjadi urea dan mengidentifikasi lokasi
subseluler enzim yang mengkatalisis biosintesis urea
■ Menunjukkan peran regulasi alosterik serta peran asetilglutamat dalam regulasi
langkah-langkah awal dalam biosintesis urea.
■ Menjelaskan mengapa defek metabolik pada berbagai enzim biosintesis urea,
meskipun berbeda pada tingkat malekuler, memberikan tanda dan gejala klinis
yang mirip.
■ Menjelaskan kedua pendekatan klasik dan peran spektrometri massa tandem
dalam penapisan penyakit metabolik herediter pada neonatus.
PERAN BIOMEDIS Deaminasi glutamin selanjutnya di hati melepaskan amonia

yang kemudian diubah menjadi urea yang nontoksik. Namun,
Pada orang dewasa normal, asupan nitrogen sesuai dengan jika fungsi hati terganggu, seperti pada sirosis atau hepatitis,
nitrogen yang diekskresikan. Keseimbangan nitrogen positif, peningkatan kadar amonia darah menimbulkan gejala dan
kelebihan nitrogen yang masuk daripada nitrogen yang keluar, tanda klinis. Masing-masing enzim pada siklus urea dapat
terjadi pada masa pertumbuhan dan kehamilan. Keseimbangan memberikan contoh tentang defek metabolik dan konsekuensi
nitrogen negatif, yaitu pengeluaran melebihi pemasukan, dapat fisiologisnya. Selain itu, siklus tersebut sebagai suatu keseluruh-
terjadi setelah pembedahan, kanker tahap lanjut, dan gangguan an berfungsi sebagai model molekular untuk meneliti
nutrisional kwashiorkor, serta marasmus. Kelainan genetik yang gangguan-gangguan metabolik pada manusia.
dihasilkan dari defek di dalam gen yang mengkode ubikuitin,
ligase ubikuitin, atau enzim deubikuitin yang berpartisipasi PERGANTIAN PROTEIN
dalam degradasi pada protein tertentu termasuk sindrom Penguraian dan sintesis (pergantian) protein sel yang ber-
Angelman, penyakit juvenile Parkinson, sindrom von Hippel- langsung terus-menerus terdapat di semua bentuk kehidup-
Lindau, dan polisitemia kongenital. Bab ini menjelaskan an. Setiap hari, manusia mengganti 1-2% protein tubuh
mekanisme pengubahan nitrogen asam amino menjadi urea total, terutama protein otot. Penguraian protein dengan
dan penyakit-penyakit metabolik jarang yang menyertai defek kecepatan tinggi terjadi di jaringan yang mengalami tata-
biosintesis urea. Pada manusia, amonia yang bersifat sangat ulang struktur, misalnya jaringan uterus selama kehamilan,
toksik terutama berasal dari nitrogen α-amino asam amino. otot rangka dalam keadaan kelaparan,
Oleh sebab itu, jaringan mengubah amonia menjadi nitrogen 287
amida asam amino glutamin yang nontoksik.

288 BAGIAN VI Metabolisme Protein dan Asam Amino
dan jaringan ekor kecebong sewaktu metamorfosis. Sekitar N-terminus

75% asam-asam amino yang dibebaskan dalam penguraian
Lisin 63
protein digunakan kembali, sisanya kelebihan asam amino
tidak disimpan. Asam-asam amino yang tidak langsung
digabungkan ke dalam protein baru dengan cepat diuraikan.
Porsi utama rangka karbon asam amino diubah menjadi zat-
zat antara amfibolik, sementara pada manusia, nitrogen
amino diubah menjadi urea dan diekskresi dalam urine. C-terminus
PROTEASE DAN PEPTIDASE Lisin 48
GAMBAR 28-1 Struktur tiga dimensi dari ubikuitin. Diperlihatkan
MENGURAIKAN PROTEIN MENJADI adalah α-heliks (biru), β-helai (hijau), dan R-gugus dari residu lisil
ASAM AMINO (orange). Lis48 & Lis63 situs untuk lampiran pada molekul ubikuitin
tambahan selama poliubikuitinasi. Dibuat oleh Rogerdodd di Wikipedia
Kerentanan relatif suatu protein terhadap penguraian menggunakan PyMOL, PDB id 1ubi, dan mengkredit Instansi
Bioinformatika Eropa.
dinyatakan sebagai waktu-paruhnya (t1/2), yakni waktu yang
diperlukan untuk menurunkan konsentrasinya menjadi transmembran akan mengubah lokalisasi subselulernya dan
separuh konsentrasi awal. Waktu paruh protein hati berkisar membuat protein tersebut menjadi target untuk diuraikan.
antara kurang dari 30 menit sampai lebih dari 150 jam. Enzim- Protein larut mengalami poliubikuitinasi, penempelan empat
enzim "rumah-tangga" (housekeeping enzyme) khas memiliki atau lebih molekul ubikuitin yang dikatalisis oleh ligase di
nilai t1/2 lebih dari 100 jam. Sebaliknya, enzim-enzim residu lisil 63 dan 68 (Gambar 28–1). Penguraian protein
regulatorik kunci memiliki t1/2 yang rendah yaitu 0,5-2 jam. yang ditempeli ubikuitin berlangsung di proteasom, suatu
Sekuens PEST, regio-regio yang kaya prolin (P), glutamat (E), makromolekul dengan berbagai subunit berbeda yang juga
serin (S), dan treonin (T), membuat beberapa protein menjadi melimpah pada sel eukariotik. Proteasom terdiri dari
target penguraian cepat. Protease intraselular menghidrolisis makromolekul, kompleks silinder pada protein, cincin yang
ikatan-ikatan peptida internal. Peptida-peptida yang ter- ditumpuk membentuk pori sentral yang menjadi pelabuhan
bentuk kemudian diuraikan menjadi asam amino oleh endo- situs aktif dari enzim proteolitik. Untuk degradasi, demikian
peptidase yang memutuskan ikatan-ikatan intemal peptida protein harus terlebih dahulu memasuki pori sentral. Masuk
serta oleh aminopeptidase dan karboksipeptidase yang menge- ke dalam inti diregulasi oleh dua cincin luar yang mengakui
luarkan asam amino secara sekuensial masing-masing dari protein poliubikuitinasi (Gambar 28-3 dan 28-4).
terminal amino dan karboksil. O
Penguraian yang Tidak Memerlukan ATP Ub C
Penguraian glikoprotein darah (lihat Bab 46) terjadi setelah O−
lenyapnya gugus asam sialat dari ujung-ujung nonreduktif ATP
HS E1
rantai oligosakaridanya. Asialoglikoprotein kemudian me- AMP + PPi
ngalami internalisasi oleh reseptor asialoglikoprotein sel O
hati dan diuraikan oleh protease lisosom. Protein-protein Ub C S E1
ekstraselular, protein yang terikat-membran, dan protein
intraselular yang berumur panjang diuraikan di lisosom HS E2
melalui proses-proses yang tidak memerlukan ATP. HS E1
Penguraian yang Memerlukan Ubikuitin dan O
ATP Ub C S E2
Penguraian protein regulatorik yang berumur-pendek dan H2N LYS Pr
abnormal atau terlipat-salah (misfolded) terjadi di sitosol E3
HS E2
serta memerlukan ATP dan ubikuitin. Ubikuitin yang di-
O
namai demikian karena terdapat di semua sel eukariot,
Ub C NH LYS Pr
adalah suatu polipeptida kecil (8,5 kDa, 76 residu) yang
menargetkan banyak protein intraselular untuk diuraikan. Poliubikuitinasi
Struktur primer ubikuitin tidak banyak berubah selama O
evolusi. Hanya 3 dari 76 residu yang berbeda antara
Ub Ub Ub Ub C NH LYS Pr
ubikuitin ragi dan manusia. (Gambar 28-1)
mengilustrasikan struktur tiga dimensi pada ubikuitin. GAMBAR 28-2 Reaksi-reaksi yang terlihat dalam perlekatan
Molekul-molekul ubikuitin melekat melalui ikat-an non-α- ubikuitin (UB) pada protein. Tiga enzim terlibat dalam reaksi-reaksi ini.
peptida yang terbentuk antara terminal karboksil ubikuitin E1 adalah suatu enzim pengaktivasi, E2 adalah suatu ligase, dan E3
adalah suatu transferase. Meskipun dilambangkan sebagai satu kesatu-
dan gugus E-amino residu lisil di protein sasaran (Gambar
an, terdapat beberapa jenis E1, dan lebih dari 500 jenis E2. COOH
28-2) . Residu yang terdapat di terminal amino terminal ubikuitin pertama-tama membentuk tioester. Hidrolisis
memengaruhi apakah suatu protein mengalami ubikuiti- gabungan PPi oleh pirofosfatase memastikan reaksi mudah ber-
nasi. Terminal amino Met atau Ser memperlambat ubikui- langsung. Kemudian, reaksi pertukaran tioester memindahkan ubikuitin
tinasi, sedangkan Asp atau Arg mempercepat ubikuitinasi. aktif ke E2. Selanjutnya, E3 mengkatalisis pemindahan ubikuitin ke
gugus ε- amino residu lisil protein sasaran. Ubikuitinasi berikutnya akan
Penempelan satu molekul ubikuitin pada protein menghasilkan poliubikuitinasi.

BAB 28 Katabolisme Protein dan Nitrogen Asam Amino 289
Ub yang mengkode ubikuitin, ligase ubikuitin, atau enzim

Ub deubikuitin termasuk sindrom Angelman, Penyakit auto-
Ub somal resesif juvenile Parkinson, sindrom von Hippel-
Ub Lindau, dan polisitemia kongenital. Untuk memahami aspek
lain dari penguraian protein dan ubikuitinasi, termasuk
perannya dalam siklus sel, lihat Bab 4 dan 35.
Partikel
PERTUKARAN ANTAR ORGAN
regulatorik
MEMPERTAHANKAN KADAR ASAM
Gerbang pori
AMINO YANG BERSIRKULASI
Pemeliharaan konsentrasi asam amino plasma dalam
keadaan mantap di antara waktu makan tergantung pada
keseimbangan netto antara penglepasan dari simpanan
Partikel inti protein endogen dan penggunaan oleh berbagai jaringan.
Otot membentuk lebih setengah dari semua asam amino
Situs aktif bebas, dan hati adalah tempat enzim siklus urea yang
penting untuk pembuangan kelebihan nitrogen. Oleh sebab
itu, otot dan hati memiliki peran penting dalam memper-
tahankan kadar asam amino plasma dalam sirkulasi.
Gerbang pori (Gambar 28-5) meringkaskan keadaan pascaabsorpsi.
Partikel
regulatorik Asam amino bebas, terutama alanin dan glutamin, dilepas-
kan dari otot ke dalam sirkulasi. Alanin diekstraksi terutama
oleh hati, dan glutamin diekstraksi oleh usus dan ginjal,
GAMBAR 28-3 Representasi pada struktur dari sebuah kedua jaringan ini mengubah sejumlah besar glutamin men-
proteasom. Cincin atas adalah gerbang hanya untuk memungkinkan jadi alanin. Glutamin juga berfungsi sebagai sumber amonia
protein poliubikuitinasi untuk memasuki proteasom, di mana untuk ekskresi oleh ginjal. Ginjal merupakan sumber
diimobilisasi protease internal yang mendegradasi untuk peptida. utama serin untuk diserap oleh jaringan perifer, antara lain
Untuk penemuan penguraian protein yang diperantarai hati dan otot. Asam amino rantai-bercabang, terutama valin,
ubikuitin, Aaron Ciechanover dan Avram Hershko dari dilepaskan dari otot dan diserap terutama oleh otak.
Israel serta Irwin Rose dari Amerika Serikat dianugrahi Alanin adalah asam amino glukoneogenik kunci
Hadiah Nobel dalam Bidang Kimia pada tahun 2004. (Gambar 28-6). Laju glukoneogenesis hepatik alanin jauh
Kelainan genetik yang dihasilkan dari defek di dalam gen lebih tinggi dibandingkan dengan semua asam amino yang
lain. Kapasitas glukoneogenesis hati dari alanin tidak jenuh
hingga kadar alanin mencapai 20-30 kali kadar fisiologis
normalnya. Setelah mengonsumsi makanan kaya protein,
jaringan splanknik melepaskan asam amino (Gambar 28-4)
sementara jaringan otot perifer menarik asam amino; kedua
proses terutama melibatkan asam amino rantai bercabang.
Karena itu, asam amino rantai bercabang
Ginjal
NH3
Otak
Val Ser
Usus Ala
Gln
Ala
Urea
Ala Glukosa
Muscle Hati
GAMBAR 28-4 Berakhir pada pandangan dari proteasome.
Dibuat oleh Rogerdodd di Wikipedia dan mengkredit instansi GAMBAR 28-5 Pertukaran asam amino antarorgan manusia
Bioinformatika Eropa. pascaabsorpsi normal. Diperlihatkan peran penting alanin pada
keluaran asam amino dari otot dan usus serta serapan oleh hati.

Asam α−amino Asam α- Keto

Hati Darah Otot
Transaminasi
Glukosa
α- Ketoglutarat L-Glutamat
Deaminasi
Glukosa oksidatif
Glukosa
Urea NH3 CO2
Piruvat – Piruvat
NH2
Siklus urea
–NH2
Alanin Alanin Urea
Asam amino GAMBAR 28-8 Aliran keseluruhan nitrogen dalam katabolis-

Alanin me asam amino.
air secara terus-menerus untuk mempermudah pengeluaran

amonia yang sangat toksik. Meskipun pendekatan ini cocok
untuk hewan air, unggas harus menghemat air dan mem-
GAMBAR 28-6 Siklus glukosa-alanin. Alanin disintesis di otot pertahankan berat agar tetap rendah. Unggas, yang bersifat
melalui transaminasi piruvat yang berasal dari glukosa, dilepaskan ke urikotelik, mengatasi kedua masalah ini dengan meng-
dalam aliran darah, dan diserap hati. Di hati, rangka karbon alanin ekskresikan asam urat kaya nitrogen (lihat Gambar 33-11)
diubah kembali menjadi glukosa dan dilepaskan ke dalam aliran darah, dalam bentuk guano semisolid. Banyak hewan daratan,
tempat glukosa yang tersedia dapat diserap oleh otot dan digunakan
untuk sintesis-ulang alanin. termasuk manusia, bersifat ureotelik dan mengeluarkan
urea yang nontoksik dan sangat larut air. Karena urea
tidak bersifat toksik untuk manusia, kadar urea yang tinggi
memiliki peran khusus dalam metabolisme nitrogen. Pada
dalam darah pada penyakit ginjal merupakan akibat, bukan
keadaan puasa, asam ini menjadi sumber energi otak, pada
kausa, gangguan fungsi ginjal.
keadaan kenyang, asam ini ditarik terutama oleh otot dan
disimpan oleh hati. BIOSINTESIS UREA
HEWAN MENGUBAH Biosintesis urea berlangsung dalam empat tahap: (1)
transaminasi, (2) deaminasi oksidatif glutamat, (3) transpor
NITROGEN α-AMINO MENJADI amonia, dan (4) reaksi siklus urea (Gambar 28-8). Ekspresi
BERBAGAI PRODUK AKHIR RNA semua enzim siklus urea di hati meningkat beberapa
kali lipada pada saat kelaparan, kemungkinan sekunder
Hewan mengeluarkan kelebihan nitrogen dalam bentuk untuk menambah degradasi protein untuk memberi energi.
amonia, asam urat, atau urea tergantung pada fisiologi dan
lingkungan ekologinya. Lingkungan air pada ikan teleostean, Transaminasi Memindahkan Nitrogen α-
yang bersifat amonotelik (mengeluarkan amonia), memung- Amino ke α-Ketoglutarat, Membentuk
kinkan ikan tersebut mengekskresikan Glutamat
Ginjal
Reaksi-reaksi transaminasi saling mengonversi pasangan-
pasangan asam α-amino dan asam α-keto (Gambar 28-9).
Reaksi-reaksi transaminasi, yang sangat reversibel, juga
Otak
berfungsi pada biosintesis asam amino
NH +
3 O
Ala
rSi CH
C O– C
C O–
i po R1 R1
Val g)
rkru O O
Gln Usus talal
santa
ib
erc
ab O NH +
an 3
(2
(60% Asam amino rantai bercabang) 0% A C O– CH O–
sa R2 C R2 C
m
Hati
Otot am
Ala ino O O
GAMBAR 28-7 Rangkuman pertukaran asam amino antar organ GAMBAR 28-9 Transaminasi. Reaksi bersifat reversibel penuh
segera setelah makan. dengan konstanta ekuilibrium mendekati satu.

Pyr Glu
Ala CHO CH2NH2 KG CH2NH2 CHO
E CHO E E E CH2NH2 E E E CHO
Ala Pyr KG Glu
GAMBAR 28-10 Mekanisme "ping-pong" untuk transaminasi. E—CHO and E—CH2NH2 masing-masing me-
representasikan piridoksal fosfat terikat-enzim dan piridoksamin fosfat. (Ala, alanin; Glu, glutamat; KG, α-ketoglu-
tarat; Pyr, piruvat.)
(lihat Gambar 27–4). Semua asam amino umum, kecuali

lisin, treonin, prolin, dan hidroksiprolin ikut serta dalam
L-GLUTAMAT DEHIDROGENASE
transaminasi. Transaminasi tidak terbatas pada gugus α- MENEMPATI POSISI SENTRAL
amino. Gugus δ-amino ornitin (tetapi tidak gugus ε-amino
lisin) sangat mudah mengalami transaminasi.
DALAM METABOLISME NITROGEN
Alanin-piruvat aminotransferase (alanin aminotrans Pemindahan nitrogen amino ke α-ketoglutarat membentuk
ferase EC 2.6.1.2) dan glutamat α ketoglutarat aminotrans- L-glutamat. L-glutamat dehidrogensae hati (GDH), yang
ferase (glutamat aminotransferase EC 2.6.1.1) mengatalisis dapat menggunakan NAD+ atau NADP+, membebaskan
pemindahan gugus amino ke piruvat (membentuk alanin) nitrogen ini sebagai amonia (Gambar 28-12). Perubahan
atau ke α ketoglutarat (membentuk glutamat). nitrogen α-amino menjadi amonia oleh kerja terpadu
Masing-masing aminotransferase bersifat spesifik untuk glutamat aminotransferase dan GDH sering disebut dengan
satu pasangan substrat, tetapi tidak spesifik untuk pasangan istilah "transdeaminasi." Aktivitas GDH hati secara alosteris
lain. Karena alanin juga merupakan substrat untuk glutamat dihambat oleh ATP, GTP, dan NADH serta diaktifkan oleh
aminotransferase, nitrogen α-amino dari semua asam amino ADP. Reaksi yang dikatalisis oleh GDH bersifat reversibel
yang mengalami transaminasi dapat terkonsentrasi dalam sepenuhnya dan juga berfungsi dalam biosintesis asam
glutamat. Hal ini penting karena L-glutamat adalah satu- amino (lihat Gambar 27-1).
satunya asam amino yang menjalani deaminasi oksidatif
dengan laju yang cukup tinggi di jaringan mamalia. Jadi, xidases
pembentukan amonia dari gugus α-amino terjadi terutama
melalui nitrogen α-amino L-glutamat.
Transaminasi berlangsung melalui mekanisme "ping-
pong" yang ditandai dengan penambahan substrat dan Asam L-amino oksidase di hati dan ginjal mengubah asam
penglepasan produk yang berganti-ganti (Gambar 28-10). amino menjadi suatu asam α-imino yang mengalami
Setelah pengeluaran nitrogen α-amino melalui transaminasi, dekomposisi menjadi asam α-keto disertai pembebasan ion
"rangka" karbon asam amino yang tersisa diuraikan melalui arnonium (Gambar 28-13). Flavin tereduksi mengalami
jalur yang dijelaskan di Bab 29. reoksidasi oleh oksigen molekular, dan membentuk hidrogen
Piridoksal fosfat (PLP), yaitu suatu turunan vitamin B6, peroksida (H2O2), yang kemudian terurai menjadi O2 dan
terdapat di bagian katalitik semua aminotransferase dan H2O oleh katalase, EC 1.11.1.6.
memiliki peran penting pada katalisis. Selama transaminasi,
PLP berfungsi sebagai "pembawa" gugus amino. Suatu basa Intoksikasi Amonia Bersifat Mengancam
Schiff terikat-enzim (Gambar 28-11) terbentuk antara gugus Nyawa
okso PLP terikat-enzim dan gugus α-amino asam α-amino. Amonia yang dihasilkan oleh bakteri usus dan diserap ke
Basa Schiff ini dapat mengalami tata-ulang dalam berbagai dalam darah vena porta dan amonia yang dihasilkan oleh
cara. Pada transaminasi, tata-ulang membentuk suatu jaringan cepat disingkirkan dari sirkulasi oleh hati dan
asam α-keto dan piridoksamin fosfat terikat-enzim. diubah menjadi urea. Oleh sebab itu, hanya sedikit amonia
Seperti disebutkan sebelumnya, beberapa penyakit dikait- (10-20 µg/dL) yang terdapat di darah perifer dalam keadaan
kan dengan peningkatan kadar aminotransferase dalam normal. Hal ini sangat penting karena amonia bersifat
serum (lihat Tabel 7-2). toksik bagi susunan saraf pusat. Seandainya darah porta
R COO– memintas hati, kadar amonia darah sistemik dapat me-
CH ningkat ke kadar toksik. Hal ini terjadi pada gangguan
N fungsi hati yang parah atau
NAD(P)+ NAD(P)H + H+
HO CH2
OPO3–2 NH3
H3C N
L-Glutamat α-Ketoglutarat
GAMBAR 28-11 Struktur suatu basa Schiff yang terbentuk
GAMBAR 28-12 Reaksi L-glutamat dehidrogenase. EC 1.4.1.2.
antara piridoksal fosfat dan suatu asam amino. NAD(P)+ berarti bahwa NAD+ atau NADP+ dapat berfungsi sebagai
oksidoreduktan. Reaksi bersifat reversibel, tetapi lebih condong ke
arah pembentukan glutamat.

NH3+ NH2+ dan homeostasis asam-basa. Defisiensi glutamin sintase pada

Asam amino neonatus (jarang) menyebabkan kerusakan otak yang parah,
C oksidase C
H O– O– kegagalan multiorgan, dan kematian.
R C R C
O O Glutaminase dan Asparaginase

Asam α−amino Flavin Flavin-H2 Asam α- imino
H2O
Mendeamidasi Glutamin dan Asparagin
Terdapat dua isoform glutaminase mitokondria manusia:
NH4+ glutaminase tipe hati dan tipe ginjal. Karena merupakan
H2O2 O2 O produk dari gen-gen yang berbeda, berbagai glutaminase
C memiliki perbedaan dalam hal struktur, kinetik, dan
O–
Katalase R C regulasi. Kadar glutaminase hati meningkat sebagai respons
1/2O
2 O terhadap asupan protein yang tinggi sementara glutaminase
H2O Asam α−keto tipe ginjal meningkat pada asidosis metabolik. Pembebasan
hidrolitik nitrogen amida pada glutamin sebagai amonia,
GAMBAR 28-13 Deaminasi oksidatif yang dikatalisis oleh asam yang dikatalisis oleh glutaminase (Gambar 28-15), sangat
L-amino oksidase (asam L-α-amino: O2 oksidoreduktase) EC 1.4.3.2.
Asam α-imino yang diperlihatkan dalam kurung, bukan merupakan mendukung pembentukan glutamat. Suatu reaksi yang
suatu zat antara yang stabil. analog dikatalisis oleh L-asparaginase. (EC 3.5.1.1). Oleh
sebab itu, kerja terpadu glutamin sintase dan glutaminase
atau pada hubungan kolateral antara vena porta dan vena mengatalisis interkonversi ion amonium bebas dan glutamin.
sistemik yang terjadi pada sirosis. Gejala intoksikasi
amonia mencakup tremor, berbicara pelo, penglihatan Pembentukan dan Sekresi Amonia
kabur, koma, dan akhirnya kematian. Amonia dapat bersifat Mempertahankan Keseimbangan Asam-Basa
toksik bagi otak, sebagian karena zat ini bereaksi dengan α- Ekskresi amonia yang diproduksi oleh sel tubulus ginjal ke
ketoglutarat untuk membentuk glutamat. Kadar α-ketoglu- dalam urine memfasilitasi konservasi kation dan pengaturan
tarat yang menurun ini kemudian mengganggu fungsi siklus keseimbangan asam-basa. Produksi amonia dari asam amino
asam trikarboksilat (TCA) di neuron. intraselular ginjal, terutama glutamin, meningkat pada
Glutamin Sintase Mengikat Amonia Menjadi asidosis metabolik dan menurun pada alkalosis metabolik.
Glutamin UREA ADALAH PRODUK AKHIR UTAMA
Pembentukan glutamin dikatalisis oleh glutamin sintase
mitokondria (Gambar 28-11). Karena pembentukan ikatan KATABOLISME NITROGEN PADA MANUSIA
amida digabungkan dengan hidrolisis ATP menjadi ADP Sintesis 1 mol urea memerlukan 3 mol ATP, masing-masing
dan Pi, reaksi ini sangat mendukung pembentukan glutamin. 1 mol ion amonium, dan 1 mol aspartat, serta menggunakan
Sewaktu katalisis, glutamat menyerang gugus γ-fosforil lima enzim (Gambar 28-16). Dari enam asam amino yang
ATP, membentuk γ-glutamil fosfat dan ADP. Setelah ikut serta, hanya N-asetilglutamat yang berfungsi sebagai
deprotonasi NH4+, NH3 menyerang γ-glutamil fosfat, dan aktivator enzim. Asam amino lain berfungsi sebagai pembawa
glutamil serta Pi dibebaskan. Selain menyediakan glutamin atom yang akhirnya menjadi urea. Peran metabolik utama
sebagai pembawa nitrogen, karbon, dan energi antara ornitin, sitrulin,
organ-organ (Gambar 28-5), glutamin sintase memiliki NH +
peran penting dalam detoksifikasi amonia 3
H2 N CH2 CH
C O–
C CH2
NH3+
–O O O
CH2 CH –
C CH2 C O L-Glutamin
O O H 2O
L-Glutamat
Glutaminase
Mg-ATP NH4+
Glutamin NH +
4
sintase NH +
3
Mg-ADP H 2O –O
+ Pi
CH2 CH O–
C CH2 C
NH3+
O O
H2 N CH2 CH –
C CH2 C O
L-Glutamat
O O
GAMBAR 28-15 Reaksi glutaminase dikatalisis oleh, EC 3.5.1.2.
L-Glutamin Reaksi glutaminase pada dasarnya berlangsung secara ireversibel
GAMBAR 28-14 Reaksi glutamin sintase sangat medukung dalam arah pembentukan glutamat dan NH4+. Perhatikan bahwa
nitrogen yang dikeluarkan adalah nitrogen amida, bukan nitrogen α-
pembentukan glutamin EC 6.3.1.2.
amino.

CO2 NH4+
CO2 + NH4 +
NH2
Urea C O
2 Mg-ATP + H2O Karbamoil NH2 H2O
fosfat sintase I
NH3+
5
N-Asetil-glutamat C NH
1 CH2 NH
CH2NH3+ Arginase
CH2 CH2
2 Mg-ADP + Pi
CH2 CH2
H C NH3 + H C NH3 +
COO− COO−
L-Ornitin L-Arginin
O O HC COO−
−
H 2N C O P O− Ornitin karbamoil OOC CH
transferase 4 Fumarat
−
Karbamoil O
fosfat Pi
2 Argininosuksinat liase
NH2 NH COO−
C O C NH CH
CH2 NH CH2 NH CH2
CH2 CH2 COO−
CH2 3 CH2 Arginosuksinat
H C NH3 + H C NH3 +
Arginosuksinat sintase
COO− COO−
L-Sitrulin
Mg-ATP AMP + Mg-PPi
COO−
H2N C H
CH2
COO−
L-Aspartat
GAMBAR 28-16 Reaksi dan zat antara pada biosintesis urea. Gugus-gugus yang mengandung nitrogen yang
berperan membentuk urea adalah yang diarsir. Reaksi 1 dan 2 2 31 terjadi4 35 4 di5 matriks mitokondria hati dan reaksi 3 ,
4 , dan5
11 22di31sitosol
3 4hati. CO2 (sebagai bikarbonat), ion amonium, ornitin, dan sitrulin masuk ke matriks mitokondria
4 2 55
melalui pembawa spesifik (lihat titik merah) yang terdapat di membran dalam mitokondria hati.
dan argininosuksinat pada mamalia adalah sintesis urea. fosfat, yaitu suatu senyawa dengan potensi pemindahan
Sintesis urea adalah suatu proses siklik. Pada saat ion gugus yang tinggi.
amonium, CO2, ATP, dan aspartat dikonsumsi, ornitin yang Karbamoil fosfat sintase I, enzim pembatas kecepatan
dikonsumsi pada reaksi 2 dibentuk kembali pada reaksi 5. pada siklus urea, hanya aktif jika terdapat aktivator
Oleh sebab itu, tidak terdapat pengurangan atau penambahan alosteriknya, yaitu N-asetilglutamat, yang meningkatkan
netto ornitin, sitrulin, argininosuksinat, atau arginin. Beberapa afinitas sintase ini terhadap ATP. Pembentukan 1 mol
reaksi sintesis urea berlangsung di matriks mitokondria dan karbamoil fosfat memerlukan 2 mol ATP. Satu mol ATP
reaksi lain berlangsung di sitosol (Gambar 28-16). berfungsi sebagai donor fosforil untuk pembentukan ikatan
anhidrida asam campuran pada karbamoil fosfat. ATP
Karbamoil Fosfat Sintase I Memulai kedua merupakan tenaga penggerak untuk sintesis ikatan
Biosintesis Urea amida pada karbamoil fosfat. Produk lainnya adalah 2 mol
Kondensasi CO2, amonia, dan ATP untuk membentuk ADP dan 1 mol Pi (reaksi 1, Gambar 28-16). Reaksi tersebut
karbamoil fosfat dikatalisis oleh karbamoil fosfat sintase I berlangsung secara bertahap. Reaksi bikarbonat dengan
mitokondria (EC 6.3.4.16). Bentuk sitosolik enzim ini, yaitu ATP membentuk karbonil fosfat dan ADP. Amonia
karbamoil fosfat sintase II, menggunakan glutamin dan kemudian menggeser ADP, membentuk karbamat dan
bukan amonia sebagai donor nitrogen dan berfungsi dalam ortofosfat. Fosforilasi karbamat oleh ATP kedua kemudian
biosintesis pirimidin (lihat Gambar 33-9). Oleh sebab itu, membentuk karbamoil fosfat.
kerja terpadu glutamat dehidrogenase dan karbamoil
sintase I memindahkan nitrogen amino ke karbamoil

Karbamoil Fosfat Ditambah Ornitin dan glutamat, reaksi-reaksi ini masingmasing dikatalisis
oleh N-asetilglutamat sintase (NAGS) dan N-asetil-
Membentuk Sitrulin glutamat hidrolase.
L-Ornitin transkarbamoilase (EC 2.1.3.3) mengatalisis pe-
mindahan gugus karbamoil pada karbamoil fosfat ke Asetil-KoA + l-glutamat → N-asetil-l-glutamat + KoASH
ornitin, membentuk sitrulin dan ortofosfat (reaksi 2, N-asetil-l-glutamat + H2O → l-glutamat + asetat
Gambar 28-16). Sementara reaksi tersebut terjadi di
matriks mitokondria, baik pembentukan ornitin maupun Perubahan besar dalam diet dapat meningkatkan kon-
metabolisme sitrulin selanjutnya berlangsung di sitosol. sentrasi masing-masing enzim dalam siklus urea sebesar
Oleh sebab itu, masuknya omitin ke dalam mitokondria dan 10 sampai 20 kali lipat. Kelaparan, contohnya, meningkat-
keluamya sitrulin dari mitokondria melibatkan permease kan kadar enzim, mungkin untuk menghadapi peningkatan
membran dalam mitokondria (Gambar 28-16). produksi amonia yang disebabkan oleh peningkatan
penguraian protein akibat kelaparan.
Sitrulin Ditambah Aspartat Membentuk
Argininosuksinat CIRI UMUM KELAINAN METABOLIK
Argininosuksinat sintase (EC 6.3.4.5) menghubungkan Penyakit-penyakit metabolik yang berkaitan dengan enzim
aspartat dan sitrulin melalui gugus amino aspartat (reaksi 3, biosintesis urea relatif jarang dijumpai, tetapi parah secara
Gambar 28-16) dan menyediakan nitrogen kedua pada medis. Penyakit ini sudah dikenal dengan baik serta mem-
urea. Reaksi ini memerlukan ATP dan melibatkan pem- berikan gambaran prinsip-prinsip umum penyakit metabolik
bentukan zat-antara sitrulil-AMP. Penggantian selanjutnya herediter.
AMP oleh aspartat kemudian membentuk argininosuksinat. 1. Tanda dan gejala klinis yang mirip atau identik dapat
manandai berbagai mutasi genetik yang menyandi enzim
Penguraian Argininosuksinat Menghasilkan tertentu atau pada enzim yang mengatalisis reaksi
Arginin dan Fumarat berurutan pada suatu jalur metabolik.
Penguraian argininosuksinat dikatalisis oleh arginino- 2. Terapi rasional harus didasarkan pada pemahaman
suksinat liase (EC 4.3.2.1). Reaksi ini berlangsung dengan tentang reaksi-reaksi biokimia yang dikatalisis oleh
terjadinya retensi ketiga nitrogen di arginin dan pembebasan enzim baik pada keadaan normal maupun terganggu.
rangka aspartat sebagai fumarat (reaksi 4, Gambar 3. Identifikasi zat-zat antara dan produk-produk samping-
28-16). Penambahan air ke fumarat membentuk L-malat, an yang menumpuk sebelum terjadinya blok metabolik
dan oksidasi selanjutnya (yang dependen NAD+-) mem- dapat dijadikan dasar untuk mengembangkan pemerik-
bentuk oksaloasetat. Kedua reaksi ini analog dengan saan penyaring metabolik serta dapat menunjukkan
reaksi siklus asam sitrat, tetapi dikatalisis oleh fuma- reaksi-reaksi yang terganggu.
rase dan malat dehidrogenase sitosolik. Transaminasi 4. Diagnosis pasti memerlukan pemeriksaan kuantitatif
oksaloasetat oleh glutamat amino-transferase kemudian aktivitas enzim yang dicurigai mengalami kelainan.
membentuk kembali aspartat. Karena itu, rangka karbon 5. Sekuens DNA gen yang menyandi enzim mutan tertentu
aspartat-fumarat berfungsi sebagai pembawa nitrogen glu- dibandingkan dengan gen tipe liar (wild type gene) untuk
tamat menjadi prekursor urea. mengidentifikasi mutasi (mutations) spesifik yang me-
nyebabkan penyakit.
Penguraian Arginin Membebaskan Urea dan 6. Peningkatan eksponensial pada penentuan sekuens DNA
Membentuk Kembali Ornitin gen manusia telah mengidentifikasi lusinan mutasi pada
Penguraian hidrolitik gugus guanidino arginin yang di- suatu gen yang terkena, mutasi ini jinak atau me-
katalisis oleh arginase hati (EC 3.5.3.1), membebaskan urea nyebabkan gejala-gejala dengan tingkat keparahan yang
(reaksi 5, Gambar 28-16). Produk lain, ornitin, masuk berbeda pada suatu gangguan metabolik.
kembali ke dalam mitokondria hati dan ikut serta dalam
sintesis urea putaran berikutnya. dan lisin adalah inhibitor PENYAKIT METABOLIK BERKAITAN
kuat arginase yang bersaing dengan arginin. Arginin juga
berfungsi sebagai prekursor pelemas otot poten nitrogen
DENGAN SETIAP REAKSI PADA
monoksida (NO) dalam suatu reaksi dependen-Ca2+ yang SIKLUS UREA
dikatalisis oleh NO sintase.
Cacat pada setiap enzim dalam siklus urea sudah diketahui.
Banyak mutasi penyebab telah berhasil dipetakan, dan
Karbamoil Fosfat Sintase I Adalah Enzim
cacat spesifik pada enzim yang disandi telah diidentifikasi.
Pemacu pada Siklus Urea Lima penyakit yang terdokumentasi dengan baik merepre-
Aktivitas karbamoil fosfat sintase I ditentukan oleh N- sentasikan cacat pada biosintesis enzim siklus urea.
asetilglutamat, yang kadar keadaan mantapnya ditentukan Analisis genetik molekuler berhasil menunjuk lokus mutasi
oleh keseimbangan antara laju sintesisnya dari asetil-KoA yang berkaitan dengan setiap defisiensi, setiap lokus me-
dan glutamat serta laju hidrolisisnya menjadi asetat nunjukkan variabilitas genetik dan fenotipik yang cukup
tinggi (Tabel 28-1).

TABEL 28-1 Enzim-Enzim pada Gangguan Metabolik Herediter Siklus Urea
Enzim Nomor Katalog Enzim Referensi OMIMa Gambar dan Reaksi
Karbamoilfosfat sintase 6.3.4.16 237300 28-13➀

Ornitin karbamoil transferase 2.1.3.3 311250 28-13➁
Argininosuksinat sintase 6.3.4.5 215700 28-13➂
Argininosuksinat liase 4.3.2.1 608310 28-13➃
Arginase 3.5.3.1 608313 28-13➄
aDatabase Online Mandelian Inheritance In Man: ncbi.nlm.nih.gov/omim/
Gangguan siklus urea ditandai oleh hiperamonemia, Ornitin permease

ensefalopati, dan alkalosis respiratorik. Empat dari lima
Sindrorn hiperomitinemia, hiperamonemia, dan horno-
penyakit metabolik, yaitu defisiensi karbamoil fosfat
sitrulinuria (sindrom HHH) terjadi akibat mutasi gen
sintase, ornitin karbamoil transferase, argininosuksinat
ORNT1 yang menyandi ornitin permease di membran
sintase, dan argininosuksinat liase, menyebabkan penum-
mitokondria. Kegagalan memasukkan omitin sitosol ke
pukan prekursor urea, terutama amonia dan glutamin.
dalam matriks mitokondria menyebabkan siklus urea tidak
Intoksikasi amonia paling parah jika blok metabolik terjadi
dapat berjalan sehingga terjadi hiperamonemia, sementara
pada reaksi 1 atau 2 (Gambar 28-16), karena jika sitrulin
akumulasi ornitin di sitosol menyebabkan hiperornitine-
dapat disintesis, sebagian amonia sudah dapat dibersihkan
mia. Tanpa adanya akseptor normalnya, yaitu omitin, karba-
dengan mengikatkannya secara kovalen pada suatu meta-
moil fosfat mitokondria akan mengarbamoilasikan lisin
bolit organik.
menjadi homositrulin sehingga terjadi homositrulinuria.
Gejala klinis yang umum dijumpai pada gangguan siklus
urea adalah muntah, menghindari makanan tinggi-protein, Ornitin Transkarbamoilase
ataksia intermiten, iritabilitas, letargi, dan retardasi mental
Defisiensi terkait-kromosom X yang disebut "hiperamo-
berat. Gambaran klinis yang paling dramatis terjadi pada
nemia tipe 2" mencerminkan suatu cacat pada ornitin
bayi cukup bulan yang awalnya tampak normal kemudian
transkarbamoilase (reaksi 2, Gambar 28-16). Ibu pasien
menunjukkan apnea, hipotermia, dan letargi progresif akibat
juga mengalami hiperamonemia dan tidak menyukai
kadar amonia plasma yang tinggi. Gambaran klinis dan
makanan berprotein tinggi. Kadar glutamin meningkat di
penanganan kelima gangguan ini serupa. Perbaikan
darah, cairan serebrospinal, dan urine, mungkin akibat
signifikan dan minimalisasi kerusakan otak dapat dicapai
peningkatan sintesis glutamin sebagai respons terhadap
dengan diet rendah protein yang dikonsumsi dalam jumlah
peningkatan kadar amonia jaringan.
kecil, tetapi sering untuk menghindari peningkatan
mendadak kadar amonia darah. Tujuan terapi diet adalah Argininosuksinat Sintase
untuk memasok protein, arginin, dan energi dalam jumlah
cukup untuk mendukung pertumbuhan dan perkembangan Selain pasien yang tidak memperlihatkan adanya aktivitas
sambil secara simultan meminimalkan gangguan metabolik. argininosuksinat sintase (reaksi 3, Gambar 28-16),
peningkatan Km untuk sitrulin sebesar 25 kali lipat juga
Karbamoil Fosfat Sintase I pernah dilaporkan. Dalam keadaan sitrulinemia, kadar
sitrulin dalam plasma dan cairan serebrospinal meningkat
N-Asetilglutamat bersifat esensial untuk aktivitas karbamoil dan diekskresikan 1-2 gram sitrulin setiap hari.
fosfat sintase I, EC 6.3.4.16 (reaksi 1, Gambar 28-16).
Cacat pada enzim karbamoil fosfat sintase I merupakan Argininosuksinat Liase
penyebab penyakit metabolik yang relatif jarang (frekuen-
Argininosuksinisasiduria, yang disertai oleh meningkatnya
sinya diperkirakan 1:62.000) yang dinamai "hiperamonemia
kadar argininosuksinat dalam darah, cairan serebrospinal, dan
tipe 1."
urine, bermanifestasi sebagai rambut rapuh dan bernodus
(trikoreksis nodosa). Dikenal adanya tipe awitan-dini dan
N-Asetilglutamat Sintase awitan-lanjut. Cacat metabolik terletak di argininosuksinat liase
N-Asetilglutamat sintase , EC 2.3.1.1 (NAGS), mengatalisis (reaksi 4, Gambar 28-16). Diagnosis dengan mengukur
pembentukan N-asetilglutamat dari asetil-KoA dan glutamat aktivitas argininosuksinat liase di dalam eritrosit dapat
yang esensial untuk aktivitas karbamoil fosfat sintase I. dilakukan pada darah tali pusat atau sel cairan amnion.
l-Glutamat + asetil-KoA → N-asetil-l-glutamat + KoASH
Arginase
Meskipun gambaran klinis dan biokimia defisiensi Hiperargininemia adalah suatu cacat resesif autosomal di gen
NAGS tidak dapat dibedakan dari gambaran yang timbul
arginase (reaksi 5, Gambar 28-16). Tidak seperti penyakit
akibat cacat pada karbamoil fosfat sintase I, defisiensi NAGS siklus urea lainnya, gejala-gejala awal hiperargininemia
memberi respons terhadap pemberian N-asetilglutamat. biasanya belum muncul hingga usia 2 sampai 4 tahun.

Kadar arginin dalam darah dan cairan serebrospinal ■ Transaminasi menyalurkan nitrogen asam amino menjadi
meningkat. Pola asam amino dalam urine, yang mirip glutamat. GDH menempati posisi sentral dalam metabolisme
nitrogen.
dengan pola lisin-sistinuria (lihat Bab 29), dapat mencermin-
Glutamin sintase mengubah NH3 menjadi glutamin yang
kan persaingan reabsorpsi arginin dengan lisin dan sistein di ■
nontoksik. Glutaminase membebaskan NH3 untuk digunakan
tubulus ginjal. dalam sintesis urea.
Analisis Darah Neonatus dengan Spektrometri ■ Atom-atom urea berasal dari NH3, CO2, dan nitrogen amida
Massa Tandem Dapat Mendeteksi Penyakit aspartat.
Sintesis urea di hati berlangsung sebagian di matriks
Metabolik ■
mitokondria dan sebagian di sitosol.
Penyakit metabolik yang disebabkan oleh ketiadaan atau ■ Perubahan kadar enzim dan regulasi alosterik karbamoil fosfat
gangguan fungsional enzim metabolik dapat sangat sintase I oleh N-asetilglutamat mengatur biosintesis urea.
merusak. Namun, pada banyak kasus, intervensi diet secara ■ Penyakit metabolik dapat disebabkan oleh cacat pada setiap
dini dapat menghilangkan efek-efek buruk penyakit. Oleh enzim siklus urea, ornitin permease di membran, dan NAGS.
sebab itu, deteksi dini penyakit metabolik ini merupakan ■ Kelainan metabolisme pada biosintesis urea mengilustrasikan
haI yang sangat penting. Sejak dimulainya program enam prinsip umum dari semua kelainan metabolisme.
penapisan neonatus di Amerika Serikat pada tahun 1960- ■ Spektrometri massa tandem merupakan teknik pilihan untuk
an, semua negara bagian kini melaksanakan penapisan menapis penyakit metabolik herediter pada neonatus.
metabolik terhadap neonatus meskipun cakupannya ber-
beda-beda untuk masing-masing negara bagian. Teknik
spektrometri massa tandem (lihat Bab 4) yang sangat sensitif REFERENSI
dan efektif dalam beberapa menit dapat mendeteksi lebih Adam S, Almeida MF, Assoun M et al: Dietary management of
dari 40 analit signifikan dalam deteksi gangguan metabolik. urea cycle disorders: European practice. Mol Genet Metab
Sebagian besar negara bagian menggunakan SM tandem 2013;110:439.
untuk menapis neonatus guna mendeteksi penyakit meta- Caldovic L, Morizono H, Tuchman M: Mutations and
bolik, seperti asidemia organik, aminoasidemia, penyakit polymorphisms in the human N-acetylglutamate synthase
oksidasi asam lemak, dan enzim cacat pada siklus urea. (NAGS) gene. Hum Mutat 2007;28:754.
Crombez EA, Cederbaum SD: Hyperargininemia due to liver
Sebuah artikel dalam Clinical Chemistry 2006 39:315
arginase deficiency. Mol Genet Metab 2005;84:243.
meninjau teori SM tandem, penerapannya untuk mendeteksi
Elpeleg O, Shaag A, Ben-Shalom E, et al: N-acetylglutamate
gangguan metabolik, dan situasi-situasi yang dapat me- synthase deficiency and the treatment of hyperammonemic
nyebabkan hasil positif palsu, serta berisi suatu tabel panjang encephalopathy. Ann Neurol 2002;52:845.
mengenai analit yang dapat dideteksi dan penyakit metabolik Garg U, Dasouki M: Expanded newborn screening of inherited
yang relevan. metabolic disorders by tandem mass spectrometry. Clinical and
Dapatkah Terapi Gen Memberi Harapan laboratory aspects. Clin Biochem 2006;39:315.
Gyato K, Wray J, Huang ZJ, et al: Metabolic and neuropsychological
untuk Mengoreksi Cacat pada Biosintesis phenotype in women heterozygous for ornithine
Urea? transcarbamylase deficiency. Ann Neurol 2004;55:80.
Terapi gen untuk memperbaiki cacat pada enzim-enzim Häberle J, Görg B, Rutsch F, et al: Congenital glutamine
siklus urea merupakan suatu bidang yang sedang banyak deficiency with glutamine synthetase mutations. N Engl J Med
2005;353:1926.
diteliti. Meskipun telah diperoleh hasil-hasil yang menjanji-
Häberle J, Pauli S, Schmidt E, et al: Mild citrullinemia in caucasians
kan pada model hewan dengan menggunakan vektor
is an allelic variant of argininosuccinate synthetase deficiency
adenovirus untuk mengobati sitrulinemia, saat ini terapi gen (citrullinemia type 1). Mol Genet Metab 2003;80:302.
tidak memberi solusi efektif untuk subyek manusia. Jiang YH, Beaudet AL: Human disorders of ubiquitination and
proteasomal degradation. Curr Opin Pediatr 2004;16:419.
RINGKASAN Pal A, Young MA, Donato NJ: Emerging potential of therapeutic
■ Manusia menguraikan 1-2% protein tubuhnya setiap hari targeting of ubiquitin-specific proteases in the treatment of
dengan laju yang sangat bervariasi antar protein dan keadaan cancer. Cancer Res 2014;14:721.
fisiologis. Enzim-enzim regulatorik kunci sering memiliki Pickart CM: Mechanisms underlying ubiquitination. Annu Rev
waktu paruh yang singkat. Biochem 2001;70:503.
■ Protein diuraikan melalui jalur-jalur dependen-ATP dan Scriver CR: Garrod’s foresight; our hindsight. J Inherit Metab Dis
independen-ATP. Ubikuitin menargetkan banyak protein 2001;24:93.
intraseluler untuk diuraikan. Reseptor di permukaan sel hati Scriver CR, Sly WS, Childs B, et al (editors): The Metabolic and
mengikat dan menginternalisasikan asialoglikoprotein dalam Molecular Bases of Inherited Disease, 8th ed. McGraw-Hill, 2001.
darah untuk diuraikan di lisosom. Sylvestersen KB, Young C, Nielsen ML: Advances in characterizing
■ Protein poliubikuitinasi didegradasi oleh protease pada ubiquitylation sites by mass spectrometry. Curr Opin Chem Biol
permukaan bagian dalam dari makromolekul silinder, 2013;17:49.
proteasome. Masuk ke dalam proteasom gerbang oleh pori Yi JJ, Ehlers MD: Emerging roles for ubiquitin and protein
protein berbentuk donat yang menolak masuk ke semua degradation in neuronal function. Pharmacol Rev 2007;59:206.
kecuali protein poliubikuitinasi.
■ Ikan mengekskresikan NH3 yang sangat toksik secara lang-
sung. Unggas mengubah NH3 menjadi asam urat. Vertebrata
tingkat-tinggi mengubah NH3 menjadi urea.

29
B A B
Katabolisme Rangka
Karbon Asam Amino
TUJUAN ■ Menyebutkan katabolit-katabolit dasar rangka karbon asam amino yang

umum dan nasib metabolik utama katabolit-katabolit ini.
■ Menuliskan persamaan reaksi aminotransferase (transaminase) dan
Anda diharapkan dapat: menggambarkan peran yang dimainkan oleh koenzim.
■ Menguraikan secara garis besar jalur metabolik untuk setiap asam amino
yang umum, dan menyebutkan reaksi-reaksi yang berkaitan dengan
gangguan metabolik yang bermakna secara klinis.
■ Memberikan contoh aminoasiduria yang muncul akibat cacat pada reabsorpsi
tubular glomerulus, dan akibat-akibat gangguan absorpsi triptofan di usus.
■ Menjelaskan mengapa cacat metabolik pada berbagai enzim katabolisme
asam amino spesifik memiliki tanda dan gejala klinis yang mirip.
■ Menjelaskan dampak cacat metabolik Δ1-pirolin 5 karboksilat dehidrogenase
pada katabolisme prolin dan 4-hidroksiprolin.
■ Menjelaskan cara nitrogen α- amino pada prolin dan lisin dikeluarkan melalui
proses selain transaminasi.
■ Menggambarkan analogi antara reaksi-reaksi yang ikut serta dalam
katabolisme asam lemak dan asam amino rantai bercabang.
■ Menyebutkan cacat metabolik spesifik pada hipervalinemia, maple syrup urine
disease, ketonuria rantai-bercabang intermiten, asidemia isovalerat, dan
asiduria metilmalonat.
PERAN BIOMEDIS amniosentesis. Sekarang ini, semua negara bagian Amerika

Serikat melakukan uji tapis hingga 40 macam penyakit
Bab 28 menjelaskan pengeluaran dan nasib metabolik atom metabolik pada neonatus. Pengujian ini mencakup, tetapi
nitrogen pada asam-asam L-α-amino umum. Bab ini akan tidak terbatas pada, penyakit yang terjadi karena gangguan
membahas tentang nasib metabolik sisa kerangka hidro- katabolisme asam amino. Uji penapisan yang paling dapat
karbon asam-asam amino ini. Pokok bahasan adalah enzim- diandalkan adalah yang menggunakan spektrometri massa
enzim dan zat-zat antara yang terbentuk selama konversi tandem, dengan beberapa tetes darah neonatus, untuk
kerangka karbon menjadi zat-zat antara amfibolik, dan mendeteksi katabolit-katabolit yang menyiratkan adanya
beberapa penyakit metabolik atau "kelainan metabolisme cacat metabolik. Metabolit yang terdeteksi menunjukkan
bawaan" yang berkaitan dengan proses-proses ini. Meskipun cacat metabolik sebagai penurunan atau ketiadaan aktivitas
sebagian besar gangguan katabolisme asam amino jarang enzim tertentu. Terapi terutama berupa pemberian makanan
dijumpai, penyakit-penyakit ini dapat menyebabkan ke- yang sedikit mengandung asam amino yang katabolismenya
rusakan otak ireversibel dan kematian dini jika tidak diobati. terganggu.
Oleh sebab itu, deteksi gangguan metabolik pranatal atau Mutasi pada ekson atau regio regulatorik gen yang
pascanatal dini serta pemberian terapi pada saat yang tepat menyandi enzim metabolisme asam amino dapat me-
merupakan hal yang sangat penting. Kemampuan men- nyebabkan kegagalan sintesis enzim atau sintesis enzim
deteksi aktivitas enzim pada biakan sel cairan amnion yang sebagian atau
memungkinkan penegakkan diagnosis pranatal melalui
297

seluruhnya nonfungsional. Mutasi mungkin tidak memberi TABEL 29-1 Nasib Rangka Karbon Asam L-α-Amino Umum
efek bermakna pada aktivitas enzim yang disandi sebaliknya,
mutasi yang mengganggu struktur tiga-dimensi keseluruhan Diubah Menjadi Zat-zat Antara Amfibolik yang Membentuk
atau struktur bagian katalitik atau bagian regulatorik dapat Glikogen dan Lemak
menyebabkan akibat metabolik yang parah. Efisiensi katalitik Karbohidrat Lemak (Glikogenik dan
enzim mutan yang rendah dapat diakibatkan oleh gangguan (Glikogenik) (Ketogenik) Ketogenik)
penataan posisi residu-residu yang terlibat dalam katalisis, Ala Hyp Leu Ile
atau dalam pengikatan substrat, koenzim, atau ion logam.
Arg Met Lys
Mutasi juga dapat mengganggu kemampuan enzim tertentu
untuk memberi respons dengan benar pada sinyal yang Asp Pro Phe
memodulasi aktivitasnya dengan mengubah afinitas enzim Cys Ser Trp
terhadap regulator alosterik untuk aktivitasnya. Karena
Glu Thr Tyr
berbagai mutasi dapat memberi efek yang serupa pada salah
satu faktor di atas, berbagai mutasi dapat menimbulkan Gly Val
tanda dan gejala klinis yang sama. Pada tingkat molekuler, His
gangguan-gangguan ini merupakan penyakit molekuler yang
berbeda. Untuk melengkapi pembahasan gangguan metabo-
lisme asam amino dalam bab ini, pembaca sebaiknya mem-
pelajari referensi utama yang membahas topik ini, misalnya
KATABOLISME ASAM AMINO
Scriver et al 2001. BIASANYA DIMULAI DENGAN
ASAM-ASAM AMINO TRANSAMINASI
Pengeluaran nitrogen α- amino melalui transaminasi, suatu
DIKATABOLISMEMENJADI ZAT-ZAT reaksi yang dikatalisis oleh aminotransferase atau trans-
ANTARA UNTUK BIOSINTESIS aminase (lihat Gambar 28-9), adalah reaksi katabolik semua
asam amino umum yang pertama. Kecuali prolin, hidroksi-
KARBOHIDRAT DAN LIPID prolin, treonin, atau lisin, gugus α-amino tidak berpartisipasi
Penelitian nutrisional tahun 1920-1940, diperkuat dan dalam transaminasi. Rangka hidrokarbon yang tersisa
dikonfirmasi oleh penelitian dengan asam amino berlabel kemudian diuraikan menjadi zat-zat-antara amfibolik seperti
isotopikal tahun 1940-1950, berhasil menemukan kemam- yang diringkaskan di (Gambar 29-1).
puan saling mengubah (interconvertibility) atom-atom Asparagin dan Aspartat Membentuk
karbon pada lemak, karbohidrat, dan protein. Penelitian ini
juga mengungkapkan bahwa semua atau sebagian kerangka Oksaloasetat
karbon setiap asam amino dapat diubah menjadi karbohidrat Keempat karbon asparagin dan aspartat membentuk oksalo-
(13 asam amino), lemak (satu asam amino), atau lemak dan asetat melalui reaksi-reaksi yang dikatalisis oleh asparagi-
karbohidrat (lima asam amino) (Tabel 29-1). (Gambar 29-1) nase (EC 3.5.1.1)
mengikhtisarkan seluruh aspek dalam interkonversi ini.
Ala
Cys Arg
Gly His
Hyp α-Ketoglutarat Glutamat
Gln
Ser Pro
Thr
lle
Leu lle
Trp Sitrat Suksinil-KoA Met
Val
Piruvat Siklus
sitrat
Asetil-KoA
Asetoasetil-KoA
Oksaloasetat Fumarat Tyr

Phe
Leu, Lys,
Phe, Trp,
Tyr Aspartat Asn
GAMBAR 29-1 Gambaran umum zat-zat antara amfibolik yang dibentuk dari
katabolisme asam-asam amino umum.

BAB 29 Katabolisme Rangka Karbon Asam Amino 299
O O O
C H2O HN+ 4 C PYR LAA C
–
NH2 O O–
CH2 CH2 CH2
H C NH2 Asparaginase H C NH3+ Transaminase C O
COO– COO COO–

L-Asparagin L-Aspartat Oksaloasetat
O O O
C + C C
H2O HN PYR LAA
NH2 4 O– O–
CH2 CH2 CH2
CH2 CH2 CH2

Glutaminase Transaminase
H + H + C O
C NH3 C NH3
– –
COO COO COO–
L-Glutamin L-Glutamat α-Ketoglutarat
GAMBAR 29-2 Katabolisme L-asparagin (atas) dan L-glutamin (bawah)

menjadi zat antara amfibolik. (PYR, piruvat; ALA, L-alanin.) Pada gambar ini dan
gambar-gambar selanjutnya, yang diberi warna biru merupakan bagian molekul
yang mengalami pengubahan kimiawi.
dan transaminase (Gambar 29-2, atas). Cacat metabolik cocok dengan hidup orang dewasa normal. Blok metabolik
pada transaminase, yang memiliki fungsi amfibolik sentral, pada hiperprolinemia tipe I terletak di prolin dehidro-
mungkin tidak kompatibel dengan kehidupan. Akibatnya, genase. Tidak ada kelainan yang berkaitan dengan katabo-
belum ditemukan cacat metabolik yang berkaitan dengan lisme hidroksiprolin. Blok metabolisme dalam tipe II hiper-
jalur katabolik yang pendek ini. prolinemia adalah di Δ1-pirolin-5-karboksilat dehidroge-
Glutamin dan Glutamat Membentuk α- nase, yang ikut serta dalam katabolisme arginin, ornitin, dan
hidroksiprolin (lihat bawah). Karena katabolisme prolin dan
Ketoglutarat hidroksiprolin terganggu, baik Δ1-pirolin- 5-karboksilat mau-
Katabolisme glutamin dan glutamat mirip dengan katabo- pun Δ1-pirolin- 3-hidroksi- 5-karboksilase (Gambar 29–12)
lisme asparagin dan aspartat dalam reaksi yang dikatalisis diekskresikan.
oleh glutaminase (EC 3.5.1.2) dan transaminase untuk
membentuk α-ketoglutarat (Gambar 29–2, bawah). Meski- Arginin dan Ornitin
pun glutamat dan aspartat merupakan substrat untuk trans- Reaksi awal pada katabolisme arginin adalah pengubahan
aminase yang sama, deaminasi amidanya dikatalisis oleh menjadi omitin yang diikuti dengan transaminasi omitin
enzim-enzim yang berbeda: asparaginase dan glutaminase. menjadi glutamat γ-semialdehida (Gambar 29–4). Katabo-
Mungkin karena alasan yang disebutkan sebelumnya, belum lisme berikutnya adalah glutamat-γ-semialdehida menjadi
ditemukan cacat metabolik pada jalur katabolik glutamin- α-ketoglutarat, berlangsung seperti yang dijelaskan pada
glutamat. prolin (Gambar 29-3). Mutasi pada ornitin δ-amino-
Namun, berbagai gangguan metabolik bermakna di- transferase (ornitin transaminase EC 2.6.1.13) menyebab-
asosiasikan dengan katabolisme banyak asam amino lain. kan peningkatan ornitin plasma dan urine serta menimbulkan
Gangguan-gangguan ini dirangkum dalam Tabel 29-2 dan atrofi bergirus pada koroid dan retina. Terapi berupa
dibahas pada katabolisme setiap asam amino di bawah ini. pembatasan arginin dalam diet. Pada sindrom hiperorniti-
Tabel ini menunjukkan enzim-enzim yang terganggu, nomor nemia hiperamonemia, cacat pada antiporter ornitin
katalog enzim (EC) IUB, referensi silang dengan gambar sitrulin mitokondria (lihat Gambar 28–16) mengganggu
tertentu dan nomor reaksi, dan tautan numerik pada transpor omitin ke dalam mitokondria untuk digunakan
database OMIM (Online Mendelian Inheritance in Man). pada sintesis urea.
Prolin Histidin
Katabolisme prolin berlangsung di mitokondria. Karena Katabolisme histidin berlangsung melalui urokanat, 4-
prolin tidak ikut serta dalam transaminasi, nitrogen α- amino imidazolon-5-propionat, dan N-formiminoglutamat (Figlu).
ini dipertahankan selama oksidasinya dua tahap untuk Pemindahan gugus formimino ke tetrahidrofolat menghasil-
glutamat. Oksidasi Δ1-pirolin-5-karboksilat dikatalisis oleh kan glutamat, kemudian α-ketoglutarat (Gambar 29-5).
prolin dehidrogenase, EC 1.5.99.8. Setelah oksidasi glutamat Pada defisiensi asam folat, pemindahn gugus formimino
dikatalisis oleh dehidrogenase Δ1-pirolin-5-karboksilat (juga terganggu dan terjadi ekskresi Figlu. Karena itu, ekskresi
disebut glutamat γ- semialdehida dehidrogenase, EC 1.5.1.12) Figlu setelah pemberian histidin dapat digunakan untuk
(Gambar 29-3). Terdapat dua gangguan metabolik pada mendeteksi defisiensi asam folat. Kelainan jinak pada
katabolisme prolin. Keduanya diwariskan sebagai trait resesif katabolisme histidin mencakup histidinemia dan asiduria-
autosomal urokanat akibat gangguan histidase.

300
TABEL 29-2 Penyakit Metabolik pada Metabolisme Asam Amino
Nomor Katalog Referensi Gambar dan

Enzim yang Cacat Enzim OMIMa Tanda dan Gejala Utama Reaksi
S-Adenosilhomosistein hidrolase 3.3.1.1 180960 Hipermetioninemia 29-19 ➂

Arginase 3.5.3.1 207800 Argininemia 29-4 ➀
Sistationin-β- sintase 4.2.1.22 236200 Homosistinuria 29-19 ➃
Fumarilasetoasetat hidrolase 3.7.1.12 276700 Tirosinemia tipe-I (Tirosinosis) 29-13 ➃
Glisin N-metil-transferase 2.1.1.20 606664 Hipermetioninemia 29-13 ➁
Histidin amonia liase (Histidase) 4.3.1.3 609457 Histidinemia dan asidemia urokonat 29-5 ➀
Homogentisat oksidase 1.13.11.5 607474 Alkaptonuria. Homogentisat diekskresi 29-13 ➂
p-Hidroksifenilpiruvat hidroksilase 1.13.11.27 276710 Neonatal tirosinemia 29-13 ➂
Isovaleril-KoA dehidrogenase 1.3.99.10 607036 Asidemia isovalerat 29-20 ➂
Kompleks α- asamketo dekarboksilase rantai 248600 Ketonuria rantai bercabang (MSUD) 29-20 ➀
bercabang Metionin adenosiltransferase 2.5.1.6 250850 Hipermetioninemia 29-18 ➀
Ornitin-δ- aminotransferase 2.6.1.13 258870 Ornitemia, atrofi bergirus 29-4 ➁
Fenilalanin hidroksilase 1.14.16.1 261600 Fenilketonuria klasik, tipe I 27-10 ➀
Prolin dehidrogenase 1.5.99.8 606810 Hiperprolinemia tipe I 29-3 ➀
Δ -Pirolin-5-karboksilat dehidrogenase
1
1.5.1.12 606811 Hiperprolinemia tipe II dan hiper 4-hidroksiprolinemia 29-3 ➁
Sakaropin dehidrogenase 1.5.1.7 268700 Sakaropinuria 29-15 ➁
Tirosin aminotransferase 2.6.1.15 613018 Tirosinemia tipe II 29-13 ➀
aDatabase Online Mandelian Inheritance Man: ncbi.nlm.nih.gov/omim/
07/11/14 5:56 PM
H H NH3+
H H
+N H H2N N CH2 CH O−
O− C CH2 CH2 C
C
NH O
O +
L-Arginin
L-Prolin
H2O
NAD+
Prolin Arginase
dehidrogenase 1
NADH + H+ Urea
NH3+
NH+ CH2 CH O−
O− CH2 CH2 C
C
NH3+ O
O
L-Ornitin
∆1-Pirolin-5-karboksilat
α-KG
Ornitin δ−aminotransferase
H2O Glu
L-Glutamat-γ-semialdehida
NH3+
GAMBAR 29-4 Katabolisme arginin. Penguraian L-arginin yang
CH2 CH O− dikatalisis arginase membentuk urea dan L-ornitin. Reaksi ini (garis
HC CH2 C
merah) merupakan tempat cacat metabolik herediter pada hiper-
O O argininemia. Transaminasi L-ornitin berikutnya menjadi glutamat-γ-
L-Glutamat-γ-semialdehida
semialdehida diikuti dengan konversi menjadi α-ketoglutarat
NAD+ Pada hiperglisinemia nonketotik, kelainan penguraian

∆1-Pirolin-5-karboksilat glisin bawaan yang jarang yang saat ini hanya terdapat di
2
dehidrogenase
NADH + H+ Finlandia, glisin menumpuk di semua jaringan tubuh ter-
masuk sistem saraf pusat. Cacat pada hiperoksaluria
L-Glutamat
primer adalah kegagalan tubuh mengatabolisme glioksilat
Pyr
yang terbentuk dari deaminasi glisin. Oksidasi glioksilat
Transaminase
selanjutnya menjadi oksalat menyebabkan urolitiasis, nefro-
Ala kalsinosis, dan kematian dini akibat gagal ginjal atau
α-Ketoglutarat hipertensi. Glisinuria terjadi akibat cacat pada reabsorpsi di
tubulus ginjal.
GAMBAR 29-3 Katabolisme prolin. Garis merah dan angka
2 3 4 5
dalam lingkaran menunjukkan tempat-tempat terjadinya cacat meta-
1 3 4 5
bolik herediter pada 1 hiperprolinemia tipe-I dan 2 hiperprolinemia Serin
tipe-II.
Setelah diubah menjadi glisin yang dikatalisis oleh serin
KATABOLISME GLISIN, SERIN, hidroksimetiltransferase (EC 2.1.2.1), katabolisme serin
bergabung dengan katabolisme glisin (Gambar 29-7).
ALANIN, SISTEIN, TREONIN, DAN 4-
HIDROKSIPROLIN Alanin
Transaminasi α-alanin membentuk piruvat. Mungkin karena
Glisin peran sentralnya pada metabolisme, adanya cacat metabolik
Kompleks pengurai glisin di mitokondria hati memecah pada katabolisme α-alanin tidak diketahui.
glisin menjadi CO2 dan NH4+ dan membentuk N5, N10- metilen
tetrahidrofolat. Sistin dan Sistein
Glisin + H4Folat + NAD+ → CO2 + Sistin mula-mula direduksi menjadi sistein oleh sistin
NH3 + 5,10-CH2-H4Folat + NADH + H+ reduktase EC 1.8.1.6 (Gambar 29-8). Dua jalur berbeda
Sistem pengurai glisin (Gambar 29-6) terdiri dari tiga kemudian mengubah sistein menjadi piruvat (Gambar 29-9).
enzim dan suatu "protein H" yang memiliki gugus di- Terdapat banyak kelainan pada metabolisme sistein. Terjadi
hidrolipoil yang terikat secara kovalen. (Gambar 29-6) ekskresi sistin, lisin, arginin, dan ornitin pada sistinlisinuria
juga melukiskan masing-masing reaksi dan zat-zat (sistinuria), yakni suatu kelainan pada reabsorpsi asam-asam
antara dalam penguraian glisin. amino ini di ginjal. Terlepas dari timbulnya batu sistin,
sistinuria bersifat jinak. Disulfida campuran L-sistein dan
L-homosistein (Gambar 29-10) yang diekskresikan oleh

+ S
H3N+ HN NH
–O S
CH NH3
C C
H H NADH + H+ −OOC
+ H+
O Glisin
L-Histidin
3 1
NAD+ CO2
O
O
Histidase Protein-H
NH4+
+
H HN NH O
HS
–O C HS
C C
H HS
O S
2
NH3
Urokanat
H2O NH3 + 5.10-CH2 – H4folat H4folat

Urokanase
GAMBAR 29-6 Sistem pengurai glisin di mitokondria hati.
Kompleks pengurai glisin terdiri dari tiga enzim dan suatu "protein-
+ H" yang terikat secara kovalen pada dihirolipoat. Katalis untuk
HN NH
reaksi bernomor adalah 1 glisin dehidrogenase (mengatalisis 2 3 4 5
–O CH2 karboksilasi) 2 aminometiltransferase
1 3 yang
4 5 membentuk amonia,
C CH2 O
dan 3 dihidrolipoamida dehidrogenase
1 2 4 5 (H4folat, tetrahidrofolat).
O
4-Imidazolon-5-propionat
H2O Metilen
Imidazolon H4 folat H4 folat
propionat hidrolase
NH3+ NH3+
+ CH O– CH2 O–
HN NH2 H 2C C C
–O CH2 CH O– HO O O
C CH2 C
L-Serin Glisin
O O
N-Formiminoglutamat (Figlu)
GAMBAR 29-7 Interkonversi serin dan glisin oleh serin
hidroksimetiltransferase. (H4 folat, tetrahidrofolat)
H4 folat
Glutamat
formimino NH3+
N5-Formimino transferase
H4 folat CH O−
H2C C
L-Glutamat
S O
α-Ketoglutarat O S
GAMBAR 29-5 Katabolisme L-histidin menjadi α-ketoglutarat. −O

C
CH
H2C
(H4 folat, tetrahidrofolat.) Garis merah menunjukkan tempat terjadi-
nya cacat metabolik herediter. NH3+ L-Sistin
pasien dengan sistinuria lebih larut daripada sistin dan Sistin

NADH + H+
mengurangi pembentukan batu sistin. reduktase
NAD+
Beberapa cacat metabolik menyebabkan vitamin B6-
responsif homosistinuria yang responsif dan nonresponsif NH3+
terhadap vitamin B6. Cacat ini mencakup defisiensi pada
CH O−
reaksi yang dikatalisis oleh sistationin β-sintase EC 4.2.1.22: 2 CH2 C
Serin + homosistein → sistationin + H2O SH O L-Sistein
Akibat yang ditimbulkan mencakup osteoporosis dan GAMBAR 29-8 Reduksi sistin menjadi sistein pada reaksi
retardasi mental. Gangguan pada transpor sistin yang sistin reduktase.
diperantarai oleh pembawa menyebabkan

NH3+ sistinosis (penyakit penimbunan sistin) berupa pengendap-

an kristal sistin di jaringan dan kematian dini akibat gagal
CH O−
Sistein H2C C ginjal akut. Meskipun data epidemiologi mengisyaratkan
HS O
adanya hubungan antara kadar homosistein plasma, dan
risiko penyakit kardiovaskular, tetapi peran serta homo-
[O2] sistein sebagai kausa faktor risiko kardiovaskular masih
Sistein diperdebatkan.
dioksigease
Treonin
+
NH3 Treonin aldolase (EC 4.1.2.5) memecah treonin menjadi
CH O− asetaldehida dan glisin. Katabolisme glisin telah dibahas
H2C C sebelumnya. Oksidasi asetaldehida menjadi asetat diikuti
Sistein sulfinat
−
O2S O oleh pembentukan asetil-KoA (Gambar 29-11).
Asam α- keto 4-Hidroksiprolin
Transaminase Katabolisme 4-hidroksi-L-prolin membentuk, secara beru-
Asam α- amino rutan, l-Δ1-pirolin-3-hidroksi-5-karboksilat, γ-hidroksi-l-glut-
O amat- γ-semialdehida, eritro- γ-hidroksi- l-glutamat, dan α-
keto- γ-hidroksiglutarat. Penguraian tipe aldol kemudian mem-
C O−
Sulfinilpiruvat H2C C bentuk glioksilat dan piruvat (Gambar 29-12). Cacat pada 4-
–O hidroksiprolin dehidrogenase menyebabkan hiperhi-
2S O
droksiprolinemia, yang bersifat jinak. Tidak terdapat
gangguan terkait pada katabolisme prolin.
Desulfinase SO32−
NH3+
Piruvat
H3C CH O−
CH C
Sistein
OH O
α-KA L-Treonin
Transaminase
α-AA Treonin
aldolase Glisin
O
3- C O− H3C
Merkaptopiruvat H C C CH
2
(tiolpiruvat)
HS O O
Asetaldehida
2H NADH
+ H+ H2O NAD +
H2S NAD+ Aldehida

Piruvat H OH dehidrogenase
C O− NADH + H+
H2C C
H3C O−
HS O C
3-Merkaptolaktat O
GAMBAR 29-9 Dua jalur katabolisme L-Sistein: jalur Asetat

sistein sulfinat (atas) dan jalur 3-merkaptopiruvat (bawah). KoASH Mg-ATP
Asetat
tiokinase
CH2 S S CH2
+ H2O Mg-ADP
H C NH3 CH2
COO– H C NH3+
H3C S KoA
COO– C
(Sistein) (Homosistein) O
Asetil-KoA
GAMBAR 29-10 Struktur disulfida campuran sistein dan
bomosistein. GAMBAR 29-11 Zat-zat antara pada pengubahan treonin
menjadi glisin dan asetil-KoA.

HH Seperti dijelaskan pada prolin, cacat pada glutamat-γ-

H
N +
H semialdehida dehidrogenase disertai dengan ekskresi Δ1-
OH pirolin- 3-hidroksi-5-karboksilat
O–
C
ASAM-ASAM
4-Hidroksi-L-Prolin
O
AMINO LAIN YANG MEMBENTUK
1
ASETIL-KoA
Hidroksiprolin
dehidrogenase Tirosin
2H
(Gambar 29-13) menunjukkan zat-zat antara dan enzim-
enzim yang ikut serta dalam katabolisme tirosin menjadi zat
NH+
OH antara amfibolik. Setelah transaminasi tirosin menjadi p-
O– hidroksifenilpiruvat, reaksi selanjutnya berturut-turut mem-
C
bentuk maleilasetoasetat, fumarilasetoasetat, fumarat, aseto-
O
1
asetat, dan akhirnya asetil-KoA dan asetat.
L-∆ -Pirolin-3-hidroksi-5-karboksilat
Beberapa gangguan metabolik terjadi akibat gangguan
H2O
pada jalur katabolik tirosin. Cacat metabolik pada tirosine-
Nonenzimatik
mia tipe (tirosinosis) mungkin terletak pada fumarilaseto-
asetat hidrolase EC 3.7.1.12 (reaksi 4, Gambar 29-13).
Terapi yang diberikan berupa diet rendah tirosin dan
OH NH3+ fenilalanin. Tirosinosis akut dan kronik yang tidak diobati
CH CH O– menyebabkan kematian akibat gagal hati. Metabolit-
HC CH2 C metabolit tirosin lain juga diekskresikan pada tirosinemia
O O tipe II (sindrom Richner-Hanhart), suatu cacat pada
γ-Hidroksi-L-glutamat-γ-semialdehida tirosin aminotransferase (reaksi 1, Gambar 29-13), dan
pada tirosinemia neonatus, akibat berkurangnya aktivitas
NAD+ H2O p-hidroksifenilpiruvat hidroksilase EC 1.13.11.27 (reaksi 2,
2 Dehidrogenase Gambar 29-13). Terapi yang diberikan berupa diet rendah-
NADH + H+ protein.
OH NH3+
Cacat metabolik pada alkaptonuria adalah adanya
–
kerusakan pada homogentisat oksidase (EC 1.13.11.5),
O CH CH O– Enzim ini mengatalisis reaksi 3 pada (Gambar 29-13).
C CH2 C
Urine menjadi gelap jika terpajan oleh udara akibat oksidasi
O OEritro-γ-hidroksi-L-
homogentisat yang diekskresikan. Pada tahap lanjut penyakit,
glutamat terjadi artritis dan pigmentasi jaringan ikat (okronosis) akibat
α-KA oksidasi homogentisat menjadi benzokuinon asetat yang
Transaminase mengalami polimerisasi dan berikatan dengan jaringan ikat.
Alkaptonuria pertama kali dilaporkan pada abad ke-16
α-AA
berdasarkan pengamatan pada urine yang menjadi lebih gelap
OH O
saat terpajan dengan udara, penyakit ini menjadi dasar
–O CH C O– pemikiran klasik Archibald Garrod di awal abad ke-20
C CH2 C
mengenai penyakit metabolik herediter. Namun, berdasarkan
O O keberadaan okronosis dan bukti kimia, kasus alkaptonuria
α-Keto-γ-gidroksiglutarat pertama yang diketahui adalah yang di deteksi pada tahun
1977 pada mumi Mesir yang berasal dari 1500 SM.
Suatu aldolase
O
Fenilalanin
O
Fenilalanin mula-mula diubah menjadi tirosin (lihat Gambar
–
O CH C O– 27-12). Reaksi-reaksi selanjutnya adalah reaksi yang ter-
C H3C C
jadi pada tirosin (Gambar 29-13). Hiperfenilalaninemia
O O terjadi akibat cacat pada fenilalanin hidroksilase EC
Glioksilat Piruvat 1.14.16.1 (tipe I, fenilketonuria klasik (PKU), frekuensi 1
GAMBAR 29-12 Zat-zat antara pada katabolisme hidroksiprolin. dalam 10.000 kelahiran), pada dihidrobiopterin reduktase
(α-AA, asam α−amino; α-KA, asam α-keto.) Garis merah menunjukkan (tipe II dan III), atau pada biosintesis dihidrobiopterin (tipe
tempat-tempat cacat metabolik herediter
2 3 4 pada
5 1 hiperhidroksiproli- IV dan V) (lihat Gambar 27-12). Katabolitkatabolit alterna-
1 nemia
3 4 dan
5 2 hiperprolinemia tipe II.
tif diekskresikan (Gambar 29-14). Diet rendah fenilalanin
dapat mencegah retardasi mental pada PKU.
Kuar (probe) DNA, memfasilitasi diagnosis prenatal
untuk mendeteksi adanya defek pada fenilalanin

NH3+ O
3
CH
2
1 O– α-KG 1 Glu 3 2
C 1 O– [O] 2 1
CO2
CH2 C CH2 C OH
4
PLP 4 4 3
5 9 O 5 9 O 5 9 CH2 2 O–
C
6 8 6 8 6 8
Tirosin p- O
7 7 7
transaminase hidroksifenilpiruvat
OH OH hidroksilase OH
L-Tirosin p-hidroksifenilpiruvat Homogentisat
3 O O
O
[O] O 3
Fe2+
C4 CH2 2 O– C
4 Glutation 6 8 3
O–
C 5
O– C9
5
= 8 3 –O
C
4
CH 7 CH2 9 CH2 2 O–
HC C C C
6 8 O 6 CH2 9 CH2 2 O– 5
7 7C C C Maleilasetoasetat
Homogentisat Cis, trans isomerase O O O
oksidase O O O O
Maleilasetoasetat Maleilasetoaseta Fumarilasetoasetat
t (ditulis-ulang)
–O
C
4
CH O–
CH C7
5
H 2O 4
Fumarat O
Fumarilasetoaseta 8 3 KoASH 8 3
t hidrolase H3C CH2 2 O– H3C 9 S KoA H3C 2 O–
9C C C + C
O O β-Ketotiolase O O
Asetoasetat Asetil-KoA Asetat
GAMBAR 29-13 Zat-zat antara pada katabolisme tirosin. Karbon diberi angka untuk menegaskan nasib akhirnya. (α-KG, α-ketoglutarat; Glu, glutamat; PLP, piridoksal
fosfat.) Garis merah menunjukkan kemungkinan tempat-tempat cacat metabolik herediter pada 1 tirosinemia 2 3 4 5tipe II; 2 1tirosinemia
3 4 5 neonatus; 1 3 2alkaptonuria;
4 5 dan 4
1 tirosinemia
2 3 5 tipe I, atau tirosinosis.
07/11/14 5:56 PM
305
L-Lisin
CH2 COO– NH3 NH3
CH
α-KG NADPH + H+
O−
H2C CH2 CH
+ CH2 CH2 C
NH3 1
O
L-Fenilalanin
[Sakaropin] O O
C CH2 C
α-Ketoglutarat −O
2 CH2 CH O−
Transaminase Glu +
NADP + H2O NH2 NH3
L-Glutamat H2C CH2 CH

O−
L-α-Aminoadipat- CH2 CH2 C
δ- semialdehida
CH2 COO– O
C O NH3
H2O NADH + H
+
O
HC CH2 CH O−
3 NAD
+ CH2 CH2 C
Fenilpiruvat O
L-α-Aminoadipat
O NH3
NAD+ + α-KG
NADH + H −O
C CH2 CH
O−
4 Glu CH2 CH2 C
H2O
O
NADH + H+ NAD+
α-Ketoadipat O O
CO2
O−
C CH2 C
CoASH −O
CH2 CH2 C
5 CO2 O
CH2 CH2 COO–
– CH
COO O O
Glutaril-KoA
C CH2 C
OH −O
CH2 CH2 S ~ CoA
6 +
NAD
Fenilasetat Fenilasetat CO2 +
NADH + H O O
L-Glutamin
C CH C
−O
Krotonil-KoA CH2 CH S ~ CoA
H2O GAMBAR 29-15 Reaksi-reaksi dan zat-zat antara pada

–
katabolisme L-lisin.
COO
H
CH2 N C H ε-amino lisin menjadi L-α-aminoadipat-δ-semialdehida.
C Kedua reaksi dikatalisis oleh satu enzim bifungsional,
CH2
O
aminoadipat semialdehida sintase (EC 1.5.1.8) N-terminal
CH2 dan C-terminal domain yang berisi lisin-α-ketoglutarat dan
Fenilasetilglutamat
aktivitas reduktase sakaropin dehidrogenase, masing-masing.
CONH2
Reduksi L-α-aminoadipat-δ-semialdehida menjadi L-α-amino-
GAMBAR 29-14 Jalur-jalur alternatif katabolisme fenilalanin adipat (reaksi 3) diikuti oleh transaminasi menjadi α-keto-
pada fenilketonuria. Reaksi-reaksi ini juga terjadi di jaringan hati adipat (reaksi 4). Pengubahan menjadi tioester glutaril-KoA
normal tetapi tidak bermakna.
(reaksi 5) diikuti oleh dekarboksilasi glutaril-KoA menjadi
hidroksilase atau dihidrobiopterin reduktase. Meningkatnya krotonil-KoA (reaksi 6). Reaksi-reaksi selanjutnya adalah
kadar fenilalanin darah mungkin belum terdeteksi hingga reaksi-reaksi pada katabolisme asam lemak
3-4 hari pascakelahiran. Hasil positif palsu pada bayi Cacat metabolik yang berkaitan dengan reaksi-reaksi
prematur mungkin mencerminkan enzim-enzim pada jalur katabolik lisin mencakup hiperlisinemia, Hiperlisin-
katabolisme fenilaianin yang belum matang. Uji penapisan emia dapat terjadi akibat suatu cacat pada aktivitas 1 atau 2
yang lebih kuno dan kurang dapat diandalkan adalah pada enzim bifungsional aminoadipat semialdehida sintase,
penggunaan FeC13 untuk mendeteksi fenilpiruvat dalam Hiperlisinemia akan disertai oleh peningkatan kadar saka-
urine. PKU dengan FeC13 pada urine bayi baru lahir bersifat ropin darah hanya jika cacat tersebut melibatkan aktivitas
wajib di banyak negara, tetapi di Amerika Serikat cara ini 2. metabolik herediter yang menyebabkan degenerasi
umumnya telah diganti dengan menggunakan spektrometri korteks dan striatum, dan ditandai oleh peningkatan
massa tandem. konsentrasi glutarat serta metabolit-metabolitnya, gluta-
konat dan 3-hidroksiglutarat. Tantangan dalam penanganan
Lisin cacat-cacat metabolik ini adalah membatasi asupan L-lisin
Enam reaksi pertama pada katabolisme L-lisin di hati dalam diet tanpa menyebabkan malnutrisi.
manusia membentuk krotonil-KoA, yang kemudian diurai-
kan menjadi asetil-KoA oleh reaksi-reaksi katabolisme asam Triptofan
lemak (Bab 22). Pada pembahasan selanjutnya, angka yang
diberi lingkaran merujuk pada reaksi dengan angka yang Triptofan diuraikan menjadi zat-zat antara amfibolik melalui
sama di (Gambar 29-15). Reaksi 1 dan 2 mengubah basa jalur kinurenin-antranilat (Gambar 29-16). Triptofan
Schiff yang terbentuk antara α-ketoglutarat dan gugus

NH3+ NH3+ NH3−
CH O− O2 CH O− H2O Format CH O−
H2C C H2C C H2C C
Fe2+
O C O C O
Triptofan OO Kinurenin O
oksigenase formilase
(dapat diinduksi) CH
N N NH2
H H
L-Triptofan N-L-Formilkinurenin L-Kinurenin
NH3 + CH O
NH3+
−
CH O−
H2C C H3C C O−
O2 C O H2O O C O2
O O
NADPH + H+ PLP
Kinurnin Kinureninase 3-
hidroksilase NH2 NH2 Hidroksiantranilat
OH OH oksidase
3-L-Hidroksikinurenin 3-Hidroksiantranilat
H
− H
O C CH2
H
CO2 H C H NADH + H+ NAD+ C CH2 NAD(P)H + H+ NAD(P)+ H2C CH2
C
O C C
C C
CH CH O O− O O−
O −O O −
O C −
O C −O C
C NH3+ C NH3+ NH4+ C O C O
O O O O
2-Akroleil-3-aminofumarat 2-Amino-cis, cis- Oksalokrotonat α-Ketoadipat
mukonat semialdehida
GAMBAR 29-16 Reaksi-reaksi dan zat-zat antara pada katabolisme L-triptofan. (PLP, piridoksal fosfat.)
07/11/14 5:56 PM
307
O triptofan merupakan petunjuk diagnostik adanya defisiensi

vitamin B6. Penyakit Hartnup mencerminkan gangg uan
C
transpor triptofan dan asam amino netral lain di usus dan
CH2
ginjal. Turunan-turunan indol dari triptofan yang tidak
CH O– terserap yang dibentuk oleh bakteri usus diekskresikan. Cacat
N N
+ C ini membatasi ketersediaan triptofan untuk biosintesis niasin
H2 H3
HO O dan merupakan penyebab munculnya gejala dan tanda mirip-
pelagra.
3-Hidroksikinurenin
Metionin
NH4+
Metionin bereaksi dengan ATP membentuk S-adenosil-
metionin, yakni "metionin aktif" (Gambar 29-18). Reaksi-
OH reaksi selanjutnya membentuk propionil-KoA (Gambar
29-19) dan tiga reaksi selanjutnya mengubah propionil-KoA
menjadi suksinil-KoA (lihat Gambar 19-2).
O–
C
REAKSI-REAKSI AWAL ADALAH
N
HO O
Xanturenat UMUM UNTUK KETIGA ASAM
GAMBAR 29-17 Pembentukan xanturenat pada defisiensi AMINO RANTAI-BERCABANG
vitamin B6. Pengubahan metabolit triptofan 3-hidroksikinurenin
menjadi 3-hidroksiantranilat terganggu (lihat Gambar 29-16). Oleh
Tiga reaksi pertama pada katabolisme isoleusin, leusin, dan
sebab itu, sejumlah besar 3-hidroksikinurenin diubah menjadi valin (Gambar 29-20) analog dengan reaksi-reaksi katabo-
xanturenat. lisme asam lemak (lihat Gambar 22-3). Setelah trans-
aminasi (Gambar 29-20, reaksi 1), kerangka karbon asam
2,3-oksigenase, EC 1.13.11.11 (triptofan pirolase) membuka α-keto yang dihasilkan mengalami dekarboksilasi oksidatif
cincin indol, menggabungkan molekul oksigen, dan dan konversi menjadi tioester koenzim A. Proses multitahap
membentuk N-formilkinurenin. Triptofan oksigenase, suatu ini dikatalisis oleh kompleks asam α-keto rantai-bercabang
metaloprotein porfirin besi yang dapat diinduksi di hati oleh dehidrogenase di mitokondria, komponen-komponen
kortikosteroid adrenal dan oleh triptofan, dihambat melalui kompleks ini memiliki fungsi yang identik dengan
umpan balik oleh turunan asam nikotinat, termasuk komponen-komponen kompleks PDH (pyruvat dehidydro-
NADPH. Pengeluaran gugus formil dari N-formilkinurenin genase complex) (lihat Gambar 18-5). Seperti PDH,
melalui hidrolisis dikatalisis oleh kinurenin formilase (EC kompleks asam α-keto rantai-bercabang dehidrogenase
3.5.1.9) dan menghasilkan kinurenin. Karena kinureninase terdiri dari lima komponen.
(EC 3.7.1.3) memerlukan piridoksal fosfat, ekskresi xanture-
nat (Gambar 29-17) sebagai respons terhadap pemberian
CCOO– CCOO–
+ +
H3N C H H3N C H
CH2 CH2
H2O
CH2 P P P iP + PPi CH2
+ +S
S CH2 Adenin CH2 Adenin
O O
CH3 L-Metionin CH3
Ribosa
adenosiltransferase Ribosa
HO OH HO OH
L-Metionin ATP S-Adenosil-L-metionin
("metionin aktif")
GAMBAR 29-18 Pembentukan S-adenosilmetionin. ~ CH3 merepresentasikan potensi pemindahan

gugus yang tinggi pada"metionin aktif."

NH3+
E1: asam α-keto rantai bercabang dekarboksilase
dependen tiamin pirofosfat (TPP).
H3C CH2 CH O–
S CH2 C E2: dihidrolipoil transasilase (mengandung lipoamida).
O E3: dihidrolipoamida dehidrogenase (mengandung FAD).
L-Metionin
ATP Protein kinase
Protein fosfatase.
Pi + PPi
Adapun piruvat dehidrogenase, protein kinase dan
S-Adenosil-L-metionin protein fosfatase mengatur aktivitas kompleks asam α-keto
Akseptor rantai bercabang dehidrogenase melalui fosforilasi (in-
aktivasi) dan defosforilasi (aktivasi).
CH3-Akseptor Dehidrogenasi tioester koenzim A (reaksi 3, Gambar
29-20) berlangsung seperti dehidrogenasi tioester asil
S-Adenosil-L-homosistein
lemak-KoA yang berasal dari lipid (Bab 22). (Gambar
H2O
29-21, 29-22, dan 29-23) melukiskan reaksi-reaksi berikut-
nya yang unik untuk masing-masing rangka asam amino.
Adenosin
NH3+
KELAINAN-KELAINAN METABOLIK
CH2 CH O–
H S CH2 C PADA KATABOLISME ASAM AMINO
+
O OH L-Homosistein
O
RANTAI-BERCABANG
C CH2 Sistationin
Sesuai dengan namanya, bau urine pada maple syrup urine
–
O CH β-sintase disease (ketonuria rantai-bercabang, atau MSUD) mirip
NH3+
dengan bau sirup maple atau gula hangus. Cacat biokimia
H2O
L-Serin pada penyakit tersebut melibatkan kompleks asam α-keto
dekarboksilase (reaksi 2, Gambar 29-20) . Kadar leusin,
NH3+ isoleusin, valin, asam α-keto, dan asam α-hidroksi (asam a-
CH2 CH O–
keto tereduksi) di dalam plasma dan urine meningkat,
O S CH2 C tetapi asam keto dalam urin terutama berasal dari leusin.
C CH2 O Tanda dan gejala MSUD mencakup bau sirup maple pada
–
O CH Sistationin urin, retardasi mental, gangguan neurologis, dan ketoasi-
dosis yang seringkali fatal. Mekanisme toksisitas tidak
NH3+
diketahui. Diagnosis dini yang ditegakkan dengan analisis
H2O enzimatik sangat penting untuk mencegah kerusakan otak
O SH O
dan kematian dini dengan mengganti protein dalam
C CH2 H3C C O– makanan dengan campuran asam amino yang tidak
–O CH CH2 C mengandung leusin, isoleusin, dan valin.
NH4+
NH3+ O Genetika molekuler MSUD bersifat heterogen. MSUD
L-Sistein α-Ketobutirat dapat terjadi akibat mutasi pada gen-gen yang menyandi Elα,
Elβ, E2, dan E3. Subtipe genetik MSUD dibagi berdasarkan
CoASH NAD+
lokus yang terkena. MSUD tipe 1A terjadi akibat mutasi gen
Elα, tipe IB akibat mutasi gen E1β, tipe II akibat mutasi gen
CO2 NADH + H+ E2, dan tipe III akibat mutasi gen E3 (Tabel 29-3). Pada
O ketonuria rantai-bercabang intermiten, asam α-keto dekar-
boksilase masih memiliki sebagian aktivitasnya, dan gejala
H3C C
CH2 S CoA timbul pada kehidupan tahap lanjut. Pada asidemia
Propionil-KoA isovalerat, konsumsi makanan kaya protein meningkatkan
GAMBAR 29-19 Pengubahan metionin menjadi propionil-KoA.
isovalerat, yaitu produk deasilasi isovaleril-KoA. Enzim yang
terganggu pada asidemia isovalerat adalah isovaleril-KoA
dehidrogenase EC 1.3.99.10 (reaksi 3, Gambar 29-20).
Konsumsi protein dalam jumlah berlebihan akan menyebab-
kan muntah, asidosis, dan koma. Isovaleril-KoA yang me-
numpuk dihidrolisis menjadi isovalerat dan diekskresikan.

CH3 NH3+ NH3+ NH3+

CH CH O H3C CH O CH2 CH O–
H3C CH2 C CH C H3C CH C
O CH3 O CH3 O
L-Leusin L-Valin L-Isoleusin
Asam α- keto Asam α- keto Asam α- keto

1 1 1
Asam α- amino Asam α−amino Asam α−amino
CH3 O O O
– –
CH C O H3C C O CH2 C O–
H3C CH2 C CH C H3C CH C
O CH3 O CH3 O
α-Ketoisokaproat α- Ketoisovalerat α-Keto-β-metilvalerat
KoASH KoASH KoASH
2 2 2
CO2 CO2 CO2
CH3 O O O
CH C H3C C CH C
H3C CH2 S CoA CH S KoA H3C CH S KoA
Isovaleril-KoA
CH3 CH3
Isobutiril-KoA α-Metilbutiril-KoA
3 3 3
[2H] [2H] [2H]
CH3 O O O
H
C C H2C C C C
H3C CH S β- KoA C S KoA H3C C S KoA
Metilkrotonil-KoA
CH3 CH3
Metakrilil-KoA Tiglil-KoA
GAMBAR 29-20 Tiga reaksi pertama pada katabolisme leusin, valin, dan isoleusin.
Perhatikan analogi reaksi 2 dan 3 dengan reaksi katabolisme asam lemak (lihat Gambar 22-3).
Analogi dengan katabolisme asam lemak berlanjut, seperti yang tampak di gambar-gambar
berikutnya.
CH3 O
C C
H 3C CH S KoA
β- Metilkrotonil-KoA
Biotinil-*CO2
4L
Biotin
O CH3 O
C* C C
− CH2 CH S
O KoA
β-Metilglutakonil-KoA
H 2O
5L
O O
C* H3C O HC
−
O CH2 KoA
H 2C S
β-Hidroksi-β-metilglutaril-KoA
O O 6L O
C* C C
−
O CH2 CH3 3CH
S KoA
Asetoasetat Asetil-KoA
GAMBAR 29-21 21 Katabolisme β-metil-

krotonil-KoA yang dibentuk dari L-leusin.
Tanda bintang menunjukkan atom-atom karbon
yang berasal dari C02.

O O
CH C H2C C
H3C C S KoA C S KoA
CH3
CH3
Metakrilil-KoA
Tiglil-KoA
4V H2O
H2O
4I HO O
H2C C
CH S KoA
O H O
H CH3
C C
β-Hidroksiisobutiril-KoA
H3C CH S KoA
H2O
CH3 5V
KoASH
α-Metil-β-hidroksibutiril-KoA HO O
H2C C
5I CH O–
[2H]
CH3
β-Hidroksiisobutirat
O O
NAD+
C C 6V
H3C CH S KoA NADH + H+
O O
CH3
HC C
α-Metilasetoasetil-KoA CH O–
CH3
6I KoASH Metilmalonat semialdehida
α-AA
CoASH
O O 7V
NAD +
8V α-KA
C C
+
H3C S KoA + CH2 S KoA NADH + H
O O NH 3+ O
CH3
C C H2C C
–O CH S KoA CH O–
Asetil-KoA Propionil-KoA
CH3 CH3
GAMBAR 29-22 Katabolisme tiglil-KoA selanjutnya yang Metilmalonil-KoA β-Aminoisobutirat
terbentuk dari L-isoleusin.
9V B12 Koenzyme
C
–O CH2
H2 C S KoA
C
O
TABEL 29-3 Maple Syrup Urine Disease dapat Mencer-
Suksinil-KoA
minkan Gangguan Fungsi Berbagai Komponen Kompleks
Asam α-Keto Dekarboksilase GAMBAR 29-23 Katabolisme metakrilil-KoA selanjutnya yang
dibentuk dari L-valin (lihat Gambar 29-20). (α-aa, asam α-amino; α-
Penyakit KA, asam α-keto.)
Komponen Asam α-Keto Rantai Referensi Urine Sirup
Bercabang Dekarboksilase OMIMa Maple
Eiα Asam α-keto dekarboksilase 608348 A
Elβ Asam α-keto dekarboksilase 248611 Tipe 1B
E2 Dihidrolipoil transasilase 608770 Tipe II
E3 Dihidrolipoamida 238331 Tipe III

dehidrogenase
aDatabase Online Mandelian Inheritance in Man: ncbi.nlm.nih.gov/omim/

RINGKASAN Fagiuoli S, Daina E, D'Antiga L, et al: Monogenic diseases that can

be cured by liver transplantation. J Hepatol 2013;59:595.
■ Kelebihan asam amino dikatabolisme menjadi zat-zat antara Garg U, Dasouki M: Expanded newborn screening of inherited
amfibolik yang digunakan sebagai sum-berenergi atau untuk metabolic disorders by tandem mass spectrometry. Clinical and
biosintesis karbohidrat dan lipid. laboratory aspects. Clin Biochem 2006;39:315.
■ Transaminasi adalah reaksi awal tersering pada katabolisme Geng J, Liu A: Heme-dependent dioxygenases in tryptophan
asam amino. Reaksi-reaksi seIanjutnya mengeluarkan semua oxidation. Arch Biochem Biophys 2014;44:18.
nitrogen tambahan dan merestrukturisasi rangka hidrokarbon Häussinger D, Schliess F: Glutamine metabolism and signaling in
untuk dikonversi menjadi oksaloasetat, α-ketoglutarat, the liver. Front Biosci 2007;12:371.
piruvat, dan asetil-KoA. Heldt K, Schwahn B, Marquardt I, et al: Diagnosis of maple syrup
■ Penyakit metabolik yang berkaitan dengan katabolisme glisin urine disease by newborn screening allows early intervention
mencakup glisinuria dan hiperoksaluria primer. without extraneous detoxification. Mol Genet Metab
■ Terdapat dua jalur berbeda yang mengubah sistein menjadi 2005;84:313.
piruvat. Gangguan metabolik pada katabolisme sistein Houten SM, Te Brinke H, Denis S, et al: Genetic basis of
mencakup sistin-lisinuria, penyakit penimbunan sistin, dan hyperlysinemia. Orphanet J Rare Dis 2013;8:57.
homosistinuria. Lamp J, Keyser B, Koeller DM, et al: Glutaric aciduria type 1
■ Katabolisme treonin menyatu dengan katabolisme glisin setelah metabolites impair the succinate transport from astrocytic to
treonin aldolase memecah treonin menjadi glisin dan neuronal cells. J Biol Chem 2011;286:17,777.
asetaldehida. Mayr JA, Feichtinger RG, Tort F, et al: Lipoic acid biosynthesis
■ Setelah transaminasi, rangka karbon pada tirosin diuraikan defects. J Inherit Metab Dis 2014;37:553.
menjadi fumarat dan asetoasetat. Penyakit metabolik pada Mitsubuchi H, Nakamura K, Matsumoto S, et al: Inborn errors of
katabolisme tirosin mencakup tirosinosis, sindrom Richner- proline metabolism. J Nutr 2008;138:2016S.
Hanhart, tirosinemia neonatus, dan alkaptonuria. Moshal K, Camel CK, Kartha GK, et al: Cardiac dys-synchronization
■ Gangguan metabolik pada katabolisme fenilalanin mencakup and arrhythmia in hyperhomocysteinemia. Curr Neurovasc Res
fenilketonuria (PKU) dan beberapa hiperfenilalaninemia. 2007;4:289.
■ Nitrogen pada lisin tidak mengalami transaminasi langsung. Muller E, Kolker S: Reduction of lysine intake while avoiding
Namun, efek yang sama dicapai melalui pembentukan zat malnutrition: major goals and major problems in dietary
antara sakaropin. Penyakit metabolik pada katabolisme lisin treatment of glutaryl-CoA dehydrogenase deficiency. J Inherit
mencakup hiperlisinemia amonemia periodik dan persisten. Metab Dis 2004;27:903.
Katabolisme leusin, valin, dan isoleusin memiliki banyak Nagao M, Tanaka T, Furujo M: Spectrum of mutations associated
■
analogi dengan katabolisme asam lemak. Gangguan metabolik with methionine adenosyltransferase I/III deficiency among
pada katabolisme asam amino rantai-bercabang mencakup individuals identified during newborn screening in Japan.
hipervalinemia, maple syrup urine disease, ketonuria rantai- Mol Genet Metab 2013;110:460.
bercabang intermiten, asidemia isovalerat, dan asiduria Scriver CR, Sly WS, Childs B, et al (editors): The Metabolic and
metilmalonat. Molecular Bases of Inherited Disease, 8th ed. McGraw-Hill,
2001.
Stenn FF, Milgram JW, Lee SL, et al: Biochemical identification of
REFERENSI homogentisic acid pigment in an ochronotic Egyptian mummy.
Science 1977;197:566.
Bliksrud YT, Brodtkorb E, Andresen PA, et al: Tyrosinemia type I,
Tondo M, Calpena E, Arriola G, et al: Clinical, biochemical,
de novo mutation in liver tissue suppressing an inborn splicing
molecular and therapeutic aspects of 2 new cases of
defect. J Mol Med 2005;83:406.
2-aminoadipic semialdehyde synthase deficiency. Mol Genet
Dobrowolski, SF Pey AL, Koch R, et al: Biochemical characterization
Metab 2013;110:231.
of mutant phenylalanine hydroxylase enzymes and correlation
Wilcken B, Wiley V: Newborn screening. Pathology 2008;40:104.
with clinical presentation in hyperphenylalaninaemic patients.
J Inherit Metab Dis 2009;32:10.

30
B A B
Pengubahan Asam Amino

Menjadi Produk Khusus
TUJUAN ■ Menjelaskan bagaimana asam amino berperan serta dalam berbagai proses
Setelah mempelajari bab ini, biosintesis selain sintesis protein.
■ Menguraikan secara garis besar bagaimana arginin berperan serta dalam
biosintesis kreatinin, nitrat oksida (NO), putresin, spermin, dan spermidin.
■ Menunjukkan peran serta sistein dan β- alanin pada struktur koenzim A dan
peran sistein pada struktur asam taurokolat.
■ Membahas peran glisin dalam katabolisme obat.
■ Mencatat peran glisin dalam biosintesis heme, purin, kreatinin, dan sarkosin.
■ Menyebutkan reaksi yang mengubah asam amino menjadi neurotransmiter
histamine.
■ Mencatat peran S-adenosilmetionin sebagai sumber gugus metil dalam
metabolisme.
■ Mengetahui metabolit triptofan serotonin dan melatonin, dan pengubahan
triptofan menjadi triptamin dan selanjutnya menjadi indol-3-asetat.
■ Menunjukkan peran tirosin pada pembentukan norepinefrin, epinefrin,
triiodotiroksin, dan tiroksin,
■ Melukiskan peran penting peptidil serin, treonin, dan tirosin pada jalur
transduksi sinyal dan regulasi metabolik.
■ Menguraikan secara garis besar peran glisin, arginin, dan S-adenosilmetionin
pada biosintesis kreatin.
■ Menjelaskan peran kreatin fosfat pada homeostasis energi.
■ Menjelaskan pembentukan γ-aminobutirat (GABA) dan gangguan metabolik
langka yang disebabkan cacat pada katabolisme GABA.
PERAN BIOMEDIS berfungsi sebagai prekursor materi biologis seperti heme,

purin, pirimidin, hormon, neurotransmiter, dan peptida
Beberapa protein tertentu mengandung asam-asam amino yang aktif secara biologis. Histamin berperan sentral dalam
yang telah mengalami modifikasi pascatranslasi yang banyak reaksi alergi. Neurotransmiter yang berasal dari asam
memungkinkan mereka untuk dapat melakukan fungsi amino antara lain adalah γ- aminobutirat, 5-hidroksitrip-
tertentu. Contohnya antara lain karboksilasi glutamat tamin (serotonin), dopamin, norepinefrin, dan epinefrin.
membentuk γ-karboksiglutamat yang berfungsi dalam Banyak obat yang digunakan untuk mengobati penyakit saraf
pengikatan Ca2+, hidroksilasi prolin untuk inkorporasi ke dan jiwa bekerja dengan mengubah metabolisme neuro-
dalam heliks tripel kolagen, dan hidroksilasi lisin menjadi transmiter ini. Metabolisme dan peran metabolik beberapa
hidroksilisin yang modifikasi dan pembentukan ikatan- asam α-dan non-α-amino dibahas di bawah ini.
silang selanjutnya menstabilkan serat kolagen yang sedang
mematangkan diri. Selain berfungsi sebagai bahan pem-
bangun pada sintesis protein, asam amino juga
313

Protein
Nitrat oksida
Urea
Protein Kreatin
Arginin fosfat,
kreatinin
Prolin Ornitin
Arginin
fosfat
Glutamat -γ- Putresin,

semialdehida spermidin,
spermin
Glutamat
GAMBAR 30-1 Metabolisme arginin, ornitin, dan prolin. Semua reaksi yang
bertanda panah utuh berlangsung di jaringan mamalia. Sintesis putresin dan spermin
berlangsung baik di mamalia maupun bakteri. Arginin fosfat pada otot invertebrata
berfungsi sebagai fosfagen yang analog dengan kreatin fosfat pada otot mamalia.
ASAM L-α-AMINO Sistein

Sistein ikut serta dalam biosintesis koenzim A (lihat Bab 44)
Alanin dengan bereaksi dengan pantotenat untuk membentuk 4-
Alanin berfungsi sebagai pembawa amonia dan karbon fosfopantotenoil-sistein (Gambar 30-3). Tiga reaksi enzimatik
piruvat dari otot rangka ke hati melalui siklus Cori (lihat Bab mengubah sistein menjadi taurin, yang dapat menggantikan
19), dan bersama dengan glisin membentuk fraksi utama gugus koenzim A pada kolil-KoA untuk membentuk asam
asam amino bebas di plasma. empedu asam taurokolat (lihat Bab 26). Pengubahan sistein
menjadi taurin dimulai dengan oksidasi sistein menjadi
Arginin sistein sulfinat, yang dikatalisis oleh enzim sistein dioksi-
genase nonheme Fe2+, EC 1.13.11.20. Dekarboksilasi sistein
(Gambar 30-1) mengikhtisarkan nasib metabolik arginin.
sulfinat oleh sistein sulfinat dekarboksilase membentuk
Selain berfungsi sebagai pembawa atom nitrogen pada
hipotaurin, EC 4.1.1.29
biosintesis urea (lihat Gambar 28-16), gugus guanidino
arginin digabungkan ke dalam kreatin, dan setelah peng-
H
ubahan menjadi ornitin, kerangka karbonnya menjadi R O− H_N
kerangka karbon poliamin putresin dan spermin (lihat di C + SH
bawah).
H COO−
O
Reaksi ini dikatalisis oleh NO sintase EC 1.14.13.39
4–Fosfo– Sistein
(Gambar 30-2), yaitu suatu oksidoreduktase lima-elektron pantotenat
dengan banyak kofaktor, mengubah satu nitrogen gugus CTP
guanidin arginin menjadi L-ornitin dan NO, yaitu suatu
molekul sinyal intraselular yang berfungsi sebagai neuro-
transmiter, relaksan otot halus, dan vasodilator (lihat Bab
51).
CMP + PPi
H
Arginin Sitrulin + NO R N
C SH
2 O2
O H COO−
3/2 NADPH + H+ 3/2 NADP+ 4–Fosfopantotenoil - sistein
GAMBAR 30-2 Reaksi ini dikatalisis oleh nitrat oksida sintase. GAMBAR 30-3 Reaksi ini dikatalisis oleh fosfopantotenat
sistein ligase. (EC 6.3.2.5).

BAB 30 Pengubahan Asam Amino Menjadi Produk Khusus 315
O
NH3+
HS C
O–
COO−
Sistein
Benzoat
O2
Sistein ATP KoASH
dioksigenase
NAD(P)H Fe++ AMP + PPi
O O
H NH3+
C
S
− S KoA
O
COO−
Sistein
(Sistein sulfinat) Benzoil-KoA
Glisin
Sistein sulfinat
dekarboksilase
KoASH
CO2
O
O C CH2 O–
N C
S H
−O O
NH3+ Hipurat
Hipotauri
GAMBAR 30-5 Biosintesis hipurat. Reaksi analog juga terjadi
n H2O + NAD+
pada banyak katabolit dan obat yang bersifat asam.
Hipotaurin
dehidrogenase
Histidin
NADH + H+
Dekarboksilasi histidin oleh enzim histidin dekarboksilase
O yang dependen piridoksal 5'-fosfat membentuk histamin EC
−O
S 4.1.1.22 (Gambar 30-6). Sebagai amin biogenik yang berperan
O pada reaksi alergi dan sekresi gastrik, histamin ada pada semua
NH3+ jaringan. Konsentrasinya di hipotalamus otak bervariasi
Taurin tergantung ritme sirkadian. Senyawa histidin yang terdapat di
GAMBAR 30-4 Konversi sistein menjadi taurin. Reaksi-reaksi ini dalam tubuh manusia antara lain adalah ergotionein, kamosin,
dikatalisis, secara berurutan, oleh sistein dioksigenase, sistein sulfinat dan anserin dalam makanan (Gambar 30-7). Meskipun fungsi
dekarboksilase, dan hipotaurin dekarboksilase. fisiologisnya tidak diketahui, karnosin (β-alanil-histidin) dan
homokarnosin (γ-aminobutiril-histidin) merupakan pemben-
tuk utama jaringan yang dapat tereksitasi, otak, dan otot
Oksidasi hipotaurin oleh hipotaurin dehidrogenase (EC rangka. Kadar 3-metilhistidin dalam urine pasien penderita
1.8.1.3) membentuk taurin (Gambar 30-4). penyakit Wilson sangat rendah.
Glisin Metionin
Metabolit dan obat yang diekskresikan sebagai konjugat Nasib nonprotein utama metionin adalah berubah men-
glisin larut-air. Air antara lain adalah asam glikokolat (lihat jadi S-adenosilmetionin, sumber utama gugus metil di
Bab 26) dan asam hipurat yang dibentuk dari zat aditif dalam tubuh. S-adenosilmetionin disintesis dari metio-
makanan benzoat (Gambar 30-5). Banyak obat, metabolit nin dan ATP, yaitu suatu reaksi yang dikatalisis oleh
obat, dan senyawa lain dengan gugus karboksil diekskresikan metionin
di urine sebagai konjugat glisin. Glisin tergabung ke dalam
CH2 – CH – NH3+ CO2 CH2 – CH2 – NH2
kreatin, nitrogen dan α-karbon glisin tergabung ke dalam
cincin pirol dan jembatan metilen karbon-karbon heme HN N COO −
HN N
(lihat Bab 31), dan keseluruhan molekul glisin menjadi
atom-atom purin 4, 5, dan 7 (lihat Gambar 33-1). Histidin Histamin
GAMBAR 30-6 Reaksi ini dikatalisis oleh histidin dekarboksilase.

SH jika masih ada sisa aktivitas MAT-1 dan MAT-3 dan aktivitas
+
N (CH3)3 MAT-2 normal, kadar metionin yang tinggi di jaringan akan
N NH2+
menjamin sintesis S-adenosilmetionin dalam jumlah cukup.
CH O–
CH2 C Setelah dekarboksilasi S- adenosilmetionin oleh me-
O tionin dekarboksilase, (EC 4.1.1.57), tiga karbon dan gugus
Ergotionein α-amino metionin berperan serta dalam biosintesis
poliamin spermin dan spermidin (Gambar 30-9) . Poliamin
O CH2 NH3+ ini berfungsi pada pertumbuhan dan proliferasi sel,
C CH2 merupakan faktor pertumbuhan untuk biakan sel mamalis,
NH dan menstabilkan sel utuh, organel-organel subseluler,
N NH2+
serta membran. Dosis farmakologis poliamin bersifat
CH O–
CH2 C hipotermik dan hipotensif. Karena membawa banyak
O
muatan positif, poliamin dengan mudah berikatan dengan
DNA dan RNA. (Gambar 30-9) meringkaskan biosintesis
Karnosin
poliamin dari metionin dan ornitin, dan (Gambar 30-10)
meringkaskan katabolisme poliamin.
O CH2 NH3+
C CH2
CH3
Serin
+
N N NH
H
CH2
CH
C
O– Serin ikut serta dalam biosintesis sfingosin (lihat Bab 24),
serta dalam biosintesis purin dan pirimidin, tempat senyawa
O
ini membentuk karbon 2 dan 8 purin dan gugus metil
Anserin timin (lihat Bab 33). Cacat genetik pada sistationin β-
sintase, EC 6.3.2.3
O CH2 CH2
C CH2 NH3+
Serin + Homosistein → Sistationin + H2O
NH
N NH2+
CH O– protein heme yang mengatalisis kondensasi serin dengan
CH2 C homosistein yang dependenpiridoksal 5'-fosfat untuk mem-
O bentuk sistationin, menyebabkan homosistinuria.
Homokarnosin
GAMBAR 30-7 Turunan histidin. Komponen yang diberi kotak Triptofan

berwarna tidak berasal dari histidin. Gugus SH ergotionein berasal dari Setelah terjadinya hidroksilasi triptofan menjadi 5-hid-
sistein.
roksitriptofan oleh tirosin hidroksilase hati, (EC
1.14.16.4), dekarboksilasi selanjutnya menghasilkan sero-
adenosiltransferase (MAT), EC 2.5.1.6 (Gambar 30-8). tonin (5-hidroksitriptamin), yakni suatu vasokonstriktor
Jaringan manusia memiliki tiga isoenzim MAT (MAT-1 dan kuat dan stimulator kontraksi otot polos. Katabolisme
MAT-3 di hati dan MAT-2 di jaringan nonhepatik). serotonin diawali oleh deaminasi oksidatif menjadi 5-
Meskipun hipermetioninemia dapat terjadi akibat aktivitas hidroksiindol-3-asetat, yang dikatalisis oleh monoamin
MAT-1 dan MAT-3 hepatik yang sangat berkurang, oksidase (Gambar 30-11). Stimulasi psikis yang terjadi
setelah pemberian iproniazid terjadi karena kemampuan
Metionin + Mg-ATP + H2O senyawa ini untuk memperlama kerja serotonin dengan cara
menghambat monoamin oksidase. Pada karsinoid (argenta-
finoma), sel tumor memproduksi serotonin secara ber-
Mg-PPi + Pi lebihan. Metabolit serotonin dalam urine pada pasien
karsinoid antara lain adalah N-asetilserotonin glukuronida
CH3
Adenin dan konjugat glisin 5-hidroksiindolasetat. Serotonin dan 5-
+
H3N S
+ O
metoksitriptamin dimetabolisme menjadi asam-asamnya oleh
monoamin oksidase. N-asetilasi serotonin, yang diikuti oleh
COO–
O-metilasi di badan pineal, membentuk melatonin. Mela-
tonin dalam darah diserap oleh semua jaringan termasuk
OH OH otak, tetapi cepat dimetabolisme melalui hidroksilasi diikuti
S-Adenosilmetionin oleh konjugasi dengan sulfat atau dengan asam glukuronat.
GAMBAR 30-8 Biosintesis S-adenosilmetionin, dikatalisis oleh Jaringan ginjal, hati, dan bakteri feses mengubah triptofan
metionin adenosiltransferase. menjadi triptamin, kemudian menjadi indol 3-asetat.
Katabolit utama triptofan dalam urine normal adalah 5-
hidroksiindolasetat dan indol 3-asetat.

Metionin + Mg-ATP + H2O
COO–
Mg-PPi + Pi +
H3N
CH3 NH3+
Adenin L-Ornitin
+ S
H3N
+ O
Ornitin
– dekarboksilase
COO
CO2
OH OH
S-Adenosilmetionin +
H3N
CO2
NH3+
S-Adenosilmetionin
dekarboksilase CH3 Putresin
Adenin
+ S
H3N
+ O
OH OH
S-Adenosilmetionin
terkarboksilasi Spermidin
sintase
CH3
Adenin
S
+ O
OH OH
Metiltioadenosin
+
H3N
NH3+
Spermidin
S-
Adenosilmetionin
terkarboksilasi
Spermin
sintase
Metiltio-
adenosin
+
H3N
NH3+
Spermin
GAMBAR 30-9 Zat antara dan enzim yang ikut serta dalam biosintesis spermidin dan spermin.
Tirosin untuk memetilasi amin primer norepinefrin, memben-

tuk epinefrin (Gambar 30–12). Tirosin juga merupakan
Sel saraf mengubah tirosin menjadi epinefrin dan nore-
suatu prekursor triiodotironin dan tiroksin (lihat Bab 41).
pinefrin (Gambar 30-12). Meskipun dopa juga merupakan
zat-antara dalam pembentukan melanin, berbagai enzim
menghidroksilasi tirosin di melanosit. Dopa dekarboksilase, Fosfoserin, Fosfotreonin, dan Fosfotirosin
EC 4.1.1.28, suatu enzim yang memerlukan piridoksal Fosforilasi dan defosforilasi residu seril, treonil, atau tirosil
fosfat, membentuk dopamin. Hidroksilasi selanjutnya oleh spesifik pada protein mengatur aktivitas
dopamin β- oksidase (EC 1.14.17.1), kemudian membentuk
norepinefrin. Di medula adrenal, feniletanolamin-N-metil-
transferase (EC 2.1.1.28) menggunakan S-adenosilmetionin

+H N H2+ Reaksi demetilasi yang membentuk dan menguraikan

3 N
N
sarkosin merepresentasikan sumber unit satu-karbon yang
NH3+
H
2
+
penting. FADH2 direoksidasi melalui rantai transpor
Spermin elektron (lihat Bab 13).
O2
Poliamin
Kreatin dan Kreatinin
oksidase Kreatinin dibentuk di otot dari kreatin fosfat melalui
O
dehidrasi nonenzimatik ireversibel dan penghilangan fosfat
H2O2
NH3+ β- (Gambar 30-13). Karena ekskresi kreatinin dalam urine
24 jam setara dengan massa otot, nilai ini merupakan
Aminopropionaldehida
ukuran untuk memastikan spesimen urine 24 jam sudah di-
+H N H2+ kumpulkan dengan lengkap. Glisin, arginin, dan metionin
3 N
NH3+ ikut serta dalam biosintesis kreatin. Sintesis kreatin dituntas-
Spermidin kan melalui metilasi guanidoasetat oleh S-adenosilmetionin
O2 (Gambar 30-13).
Polamin
oksidase
ASAM NON-α-AMINO
H2O2 β-Aminopropionaldehida
Asam-asam non-α- amino terdapat dalam jaringan dalam
bentuk bebas antara lain β- alanin, β-aminoisobutirat, and γ-
+H N
3 aminobutirat (GABA). β-Alanin juga terdapat dalam bentuk
NH3+ tergabung pada koenzim A, dan pada β- alanil dipeptida
Putresin karnosin, anserine, dan homokarnosin (lihat bawah) .
a-Alanin dan a-Aminoisobutirat

β-Alanin dan β-aminoisobutirat masing-masing terbentuk
NH4+ + CO2 pada katabolisme pirimidin urasil dan timin (lihat Gambar
GAMBAR 30-10 Katabolisme poliamin. 33-9). β-Alanin dalam jumlah kecil juga dihasilkan dari
hidrolisis dipeptida β-alanil oleh enzim karnosinase, EC
enzim tertentu pada metabolisme lipid dan karbohidrat 3.4.13.20. β-Aminoisobutirat juga terbentuk pada trans-
(lihat Bab 9, Gambar 18-20 dan 22-26), serta metabolisme aminasi semialdehida metilmalonat, yaitu katabolit L-valin
protein yang ikut serta dalam kaskade transduksi sinyal (lihat (lihat Gambar 29-23).
Bab 42). Reaksi awal pada katabolisme β-alanin adalah tran-
Sarkosin (N-Metilglisin) saminasi menjadi semialdehida malonat. Reaksi selanjutnya
yaitu pemindahan koenzim A dari suksinil-KoA mem-
Biosintesis dan katabolisme sarkosin (N-metilglisin) berbentuk malonil-KoA semialdehida, yang kemudian dioksi-
langsung di mitokondria. Pembentukan sarkosin dari di- dasi menjadi malonil-KoA dan mengalami dekarboksilasi
metilglisin dikatalisis oleh flavoprotein dimetilglisin dehi- menjadi zat antara amfibolik asetil-KoA. Reaksi yang analog
drogenase EC 1.5.99.2, memerlukan pteroilpentaglutamat menandai katabolisme β-aminoisobutirat. Transaminasi
tereduksi (TPG). membentuk metilmalonat semialdehida, yang diubah men-
Dimetilglisin + FADH2 + H4TPG + H2O → Sarkosin jadi zat antara amfibolik suksinil-KoA oleh reaksi 8V dan
+ N-formil-TPG 9V pada (Gambar 29-24). Gangguan pada metabolisme β-
alanin dan β-aminoisobufirat muncul akibat cacat pada
Sejumlah kecil sarkosin dapat juga dibentuk dari metilasi enzim jalur katabolik pirimidin. Di antara gangguan-
glisin, yaitu reaksi yang dikatalisis oleh S-adenosil-metionin gangguan tersebut, gangguan yang utama adalah gangguan
glisin metiltransferase. EC 2.1.1.20. yang mengakibatkan defisiensi dihidropirimidin dehidroge-
Glisin + S-Adenosilmetionin → Sarkosin nase total atau parsial (lihat Bab 33-9).
+ S-Adenosilhomosistein
a-Alanil Dipeptida
Katabolisme sarkosin menjadi glisin, yang dikatalisis oleh β-Alanil dipeptida karnosin dan anserin (N-metil-karnosin)
flavoprotein sarkosin dehidrogenase, EC 1.5.99.1, juga (Gambar 30–7) mengaktifkan misoin ATPase (EC 3.6.4.1),
memerlukan pteroilpentaglutamat tereduksi (TPG). mengelasi tembaga, dan meningkatkan penyerapan tembaga.
Sarkosin + FAD + H4TPG + H2O → Glisin + FADH2 β-alanil-imidaol menyangga PH otot rangka yang ber-
+ N-formil-TPG kontraksi secara anaerobik.

HO CH2 NH3+
CH
COO–
N
H
5-Hirdoksitriptofan
CO2
HO CH2 NH3+
CH2
O2 H
5-Hidroksitriptamin (serotonin) CH3
MAO
Asetil-KoA
[NH4+]
HO CH2 O– O CH2 NH3+
C H3C CH2
O
N KoASH N
H H
5-Hidroksiindol- 5-Metoksitriptamin
Diekskresi 3-asetat
sebagai konjugat H
HO CH2 N CH3
CH2 C
O2
O
CH3 N MAO
H
N-Asetilserotonin [NH4+]
O CH2 O– O CH2 O–
H3C C H3C C
O O
N CH3
N
H H
5-Metoksiindol- 5-Metoksiindol-
3-asetat 3-asetat
H
O CH2 N CH3
H2C H2C C
O
N
H
Diekskresi sebagai Melatonin Diekskresi
konjugat (N-asetil-5-metoksiserotonin) sebagai konjugat
GAMBAR 30-11 Biosintesis dan metabolisme serotonin dan melatonin. ([NH4+], oleh transaminasi;
MAO, monoamin oksidase; ~CH3, dari S-adenosilmetionin)
Biosintesis karnosin dikatalisis oleh karnosin sintetase (EC Hidrolisis karnosin menjadi β-alanin dan L-histidin di-
6.3.2.11) dalam suatu reaksi dua-tahap yang melibatkan katalisis oleh karnosinase, EC 3.4.13.20. Gangguan herediter
pembentukam asil-adenilat β-alanin yang terikat pada suatu defisiensi karnosinase ditandai oleh karnosinuria.
enzim dan diikuti oleh pemindahan gugus β-alanil ke L- Homokarnosin (Gambar 30-7), yang terdapat di otak
histidin. manusia dengan kadar yang lebih tinggi daripada karnosin,
disintesis di jaringan otak oleh karnosin sintetase. Karno-
ATP + β-Alanin → β-Alanil-AMP + PPi
sinase serum tidak menghidrolisis homokarnosin. Homo-
β-Alanil-AMP + l-Histidin → Karnosin + AMP karnosinosis, suatu penyakit genetik yang langka,

HO +H +
NH3+ 3N CH2 CHOO−
Glisin
CH O–
CH2 C
Lys
O Argini-glisin
L-Tirosin
amidinotransferase
H4 • biopterin Orn
Tirosin
hidroksilase +
NH2
H2 • biopterin H2N C
OH
HN CH COO−
2
HO Guanidinoasetat
NH3+
S-Adenosil-
CH O– metionin
CH2 C Guanidoasetat
metiltransferase
O S-Adenosil-
Dopa
homosistein
NH2
DOPA PLP +
dekarboksilase
H2N C
N CH2 CHOO−
CO2
OH
CH3
HO Kreatin
CH2 ATP
CH2 NH3+ Kreatin
Dopamin
kinase
ADP
O2
Dopamin NH~ P
β-oksidase Cu2+ HN C
Vitamin C N CH2 CHOO−
OH
CH3
HO
Kreatin fosfat
CH2
CH NH3+ H2O
OH Nonenzimatik
di otot
Norepinefrin Pi
Feniletolamin S-Adenolsilmetionin O
H
N-metil- NC
transferase
S-Adenosilmetionin HN C
N CH2
OH
HO CH3
Kreatinin
CH2 CH3
CH N GAMBAR 30-13 Biosintesis kreatin dan kreatinin.
H2+
OH Pengubahan gugus guanidin dan glisin pada arginin menjadi kreatin
dan kreatin fosfat. Juga diperlihatkan hidrolisis nonenzimatik kreatin
Epinefrin fosfat menjadi kreatin.
GAMBAR 30-12 Pengubahan tirosin menjadi epinefrin dan
norepinefrin di sel saraf dan adrenal. (PLP, piridoksal fosfat.) yang kemudian dapat direduksi menjadi γ- hidroksibutirat
oleh L-laktat dehidrogenase, atau dioksidasi menjadi suksinat
dan kemudian melalui siklus asam sitrat menjadi CO2 dan
menyebabkan paraplegia spastik progresif dan retardasi H2O (Gambar 30-14) . Suatu kelainan genetik yang langka
mental. pada metabolisme GABA adalah cacat pada GABA amino-
transferase EC 2.6.1.19, yakni suatu enzim yang ikut serta
dalam katabolisme GABA setelah penglepasan pascasinaps-
f-Aminobutirat nya di jaringan otak. Cacat pada suksinat semialdehida
γ-Aminobutirat (GABA) berfungsi di jaringan otak sebagai dehidrogenase EC 1.2.1.24 (Gambar 30-14) merupakan
neurotransmiter inhibitorik dengan mengubah perbedaan penyebab gangguan metabolik jarang lainnya pada katabo-
potensial transmembran. GABA dibentuk melalui dekar- lisme -γ- aminobutirat yang ditandai oleh asiduria 4-
boksilasi glutamat oleh L-glutamat dekarboksilase, EC hidrok-sibutirat. Tidak ada pengobatan yang mampu untuk
4.1.1.15 (Gambar 30-14). Transaminasi γ-aminobutirat menyertai gejala neurologis ringan sampai parah.
membentuk suksinat semialdehida,

COO–
H C NH3+
α-KA
CH2
L-Glutamat
dekarboksilase Transaminase
CH2
PLP α-AA
COO–
PLP L-Glutamat
CO2 CH2OH COO–

CH2 C O
+ – CH2 CH2
H3N CH2 CH2 CH2 COO
γ-Aminobutirat
COO– CH2
γ-Hidroksibutirat
[O] COO–
+ α-Ketoglutarat
PLP NAD
Laktat
dehidrogenase
[NH4+] NADH + H+ CO2
O Suksinat
semialdehida
C H dehidrogenase COO–
CH2 CH2
CH2 CH2
H2O NAD+ NADH + H+
COO COO–
Suksinat semialdehida Suksinat
GAMBAR 30-14 Metabolisme γ-aminobutirat (α-aa, asam α-amino; α-Ka, asam α-amino; PLP,
piridoksal fosfat.)
RINGKASAN mengubah triptofan menjadi triptamin dan kemudian menjadi

indol-3-asetat. Katabolit triptofan utama dalam urine adalah
■ Selain menyediakan peran struktural dan fungsional dalam indole-3-asetat dan 5-hidroksiindolasetat.
protein, asam α-amino juga ikut serta dalam berbagai proses Tirosin membentuk epinefrin dan norepinefrin setelah iodinasi
■
biosintesis zat lain. hormon tiroid triiodotironin dan tiroksin.
■ Arginin menyediakan gugus formamidin untuk kreatin dan ■ Interkonversi enzimatik bentuk fosfo dan defosfoserin terikat
nitrogen untuk NO. Melalui ornitin, arginin menyediakan peptida, treonin, dan tirosin berperan penting dalam regulasi
kerangka poliamin putresin, spermin, dan spermidin. metabolik, termasuk transduksi sinyal.
■ Sistein menyediakan bagian tioetanolamin pada koenzim A, ■ Glisin, arginin, dan S-adenosilmetionin ikut serta dalam
dan setelah pengubahannya menjadi taurin, yaitu bagian dari biosintesis kreatin. Kreatin fosfat berfungsi sebagai cadangan
asam empedu asam taurokolat. energi utama di otot dan jaringan otak. Ekskresi katabolitnya,
■ Glisin ikut serta dalam biosintesis heme, purin, kreatin, dan kreatin, di urine sebanding dengan massa otot.
N-metilglisin (sarkosin). Banyak obat dan metabolit obat ■ β-Alanin dan β-aminoisobutirat terdapat dalam jaringan
diekskresikan sebagai konjugat glisin, yang meningkatkan sebagai asam amino bebas. β-Alanin juga terdapat dalam
kelarutannya dalam ekskresi urin. bentuk terikat pada koenzim A, karnosin, anserin, dan homo-
■ Dekarboksilasi histidin membentuk neurotransmiter hista- karnosin. Katabolisme β-alanin melibatkan pengubahan ber-
min. Senyawa-senyawa histidin yang terdapat dalam tubuh tahap menjadi asetil-KoA. Reaksi yang analog mengatabo-
manusia mencakup ergotionein, karnosin, dan anserin lisme β-aminoisobutirat menjadi suksinil-KoA. Gangguan
dalam makanan. pada metabolisme β-alanin dan β-aminoisobutirat muncul
■ S-Adenosilmetionin, sumber utama gugus metil dalam akibat cacat pada enzim-enzim yang terlibat dalam katabolis-
metabolism, memberikan rangka karbonnya untuk biosin- me pirimidin.
tesis poliamin spermin dan spermidin. ■ Dekarboksilasi glutamat membentuk neurotransmiter inhibi-
■ Selain perannya dalam biosintesis fosfolipid dan sfingosin, torik γ-aminobutirat (GABA). Dua gangguan metabolik yang
serin membentuk karbon 2 dan 8 purin dan gugus metil langka disebabkan oleh cacat pada katabolisme GABA.
timin.
■ Metabolit triptofan yang penting antara lain adalah
serotonin dan melatonin. Jaringan ginjal dan hati, dan
juga bakteri tinja,

REFERENSI Moinard C, Cynober L, de Bandt JP: Polyamines: metabolism and

implications in human diseases. Clin Nutr 2005;24:184.
Allen GF, Land JM, Heales SJ: A new perspective on the treatment Montioli R, Dindo M, Giorgetti A, et al: A comprehensive
of aromatic L-amino acid decarboxylase deficiency. Mol Genet picture of the mutations associated with aromatic amino acid
Metab 2009;97:6. decarboxylase deficiency: from molecular mechanisms to
Blaesi EJ, Fox BG, Brunold TC: Spectroscopic and computational therapy implications. Hum Mol Genet 2014;23:5429.
investigation of iron(III) cysteine dioxygenase: implications Pearl PL, Gibson KM, Cortez MA, et al: Succinic semialdehyde
for the nature of the putative superoxo-Fe(III) intermediate. dehydrogenase deficiency: lessons from mice and men. J Inherit
Biochemistry 2014;53:5759. Metab Dis 2009;32:343.
Conti M, Beavo J: Biochemistry and physiology of cyclic nucleotide Pearl PL, Taylor JL, Trzcinski S, et al: The pediatric neurotransmitter
phosphodiesterases: essential components in cyclic nucleotide disorders. J Child Neurol 2007;22:606.
signaling. Annu Rev Biochem 2007;76:481. Pegg AE: The function of spermine. IUBMB Life 2014;66:8.
Karagiannidis I, Dehning S, Sandor P, et al: Support of the Schippers KJ, Nichols, SA: Deep, dark secrets of melatonin in
histaminergic hypothesis in Tourette syndrome: association of animal evolution. Cell 2014;159:9.
the histamine decarboxylase gene in a large sample of families. Scriver CR, Sly WS, Childs B, et al (editors): The Metabolic and
J Med Genet 2013;50:760. Molecular Bases of Inherited Disease, 8th ed. McGraw-Hill,
Komori H, Nitta Y, Ueno H, et al: Structural study reveals that 2001.
Ser-354 determines substrate specificity on human histidine Wu F, Yu J, Gehring H: Inhibitory and structural studies of novel
decarboxylase. J Biol Chem 2012;287:291. coenzyme-substrate analogs of human histidine decarboxylase.
Manegold C, Hoffmann GF, Degen I, et al: Aromatic L-amino acid FASEB J 2008;3:890.
decarboxylase deficiency: clinical features, drug therapy and
followup. J Inherit Metab Dis 2009;32:371.

31
B A B
Porfirin dan Pigmen Empedu

■ Mengidentifikasi dua zat antara amfibolik dari heme yang disintesis. Menamakan
TUJUAN ■ kunci enzim teregulasi dari biosintesis heme hepatik.
■ Menjelaskan kenapa, meskipun porfirinogen dan porfirin keduanya tetrapirol,
Setelah mempelajari bab porfirin berwarna sedangkan porfirinogen tidak berwarna.
Anda diharapkan dapat: ■ Mengapresiasi bahwa beberapa dari enzim pada biosintesis heme mito-
kondria yang lain adalah dan sitosol lain.
■ Mengindikasi tahap di dalam konversi pada heme adalah yang mana
bilirubin sitosolik dan yang mana mitokondrial.
■ Memahami penyebab dan gambar klinis umum dari berbagai porfiria. Menjelaskan
■ sifat biokimia dari penyakit kuning (jaundice), sebutkan beberapa
penyebabnya, dan menyarankan bagaimana untuk menentukan dasar-dasar
biokimia.
■ Menjelaskan apa yang dimaksud dengan "bilirubin langsung" (direct) dan
"bilirubin tidak langsung (indirect)."
PERAN BIOMEDIS (Gambar 31–2) sebagai salah satu cra mudah untuk
memperlihatkan substitusi ini. (Gambar 31–3 dan 31–4)
Biokimia porfirin dan pigmen empedu akan dibahas da- menjelaskan substituen ini pada porfirin yang dipilih.
lam bab ini. Heme disintesis dari porfirin dan besi, dan
Pembentukan kompleks dengan ion logam yang terikat
hasil degradasi heme adalah pigmen empedu dan besi.
pada atom nitrogen dari masing-masing empat cincin pirol.
Pengetahuan tentang biokimia porfirin dan heme adalah
Contohnya adalah porfirin besi, misalnya heme pada
dasar untuk memahami berbagai fungsi hemoprotein dan
hemoglobin dan porfirin yang mengandung magensium,
porfiria adalah sekelompok penyakit yang diakibatkan oleh
yaitu klorofil pigmen fotosintesis pada pertumbuhan.
kelainan-kelainan pada jalur biosintesis berbagai porfirin.
Protein heme adalah ubiquitous dalam biologi dan termasuk
Keadaan klinis yang jauh lebih sering ditemukan adalah
memiliki beragam fungsi, tetapi tidak terbatas untuk,
penyakit kuning (jaundice) yang diakibatkan oleh
transpor dan penyimpanan oksigen (misalnya, hemoglobin
peningkatan kadar bilirubin dalam plasma, peningkatan ini
dan mio-globin) serta transpor elektron (misalnya, sitokrom
disebabkan oleh pembentukan berlebihan bilirubin atau
c dan sitokrom P450). Hemes adalah tetrapirol, dari dua
kegagalan ekskresinya Penyakit kuning terjadi di berbagai
jenis, heme b dan heme c, predominan (Gambar 31-5).
penyakit mulai dari anemia hemolitik untuk hepatitis virus,
Dalam heme c gugus vinil pada heme b digantikan oleh
hingga kanker pankreas.
kovalen tioeter ikatan ke apoprotein, secara tipikal melalui
PORFIRIN residu sisteinil. Tidak seperti heme b, heme c tidak mudah
dipisahkan dari apoproteinnya. Holoproteins vertebrata
Porfirin adalah senyawa siklik yang dibentuk oleh ikatan secara umum mengikat satu mol dari heme c per mol,
empat cincin pirol melalui jembatan metin (ÓHC—) meskipun pada nonvertebrata dapat mengikat heme lebih
(Gambar 31–1). Porfirin yang terdapat di alam merupakan banyak secara signifikan. Protein yang mengandung heme
senyawa yang memiliki berbagai rantai samping yang secara luas didistribusikan di alam (Tabel 31-1).
menggantikan delapan atom hidrogen bernomor di nukleus
porfirin.
323

HC CH
HC CH
N N
H
Pirol
1 2
H H
C C
δ I α
HC C C CH
N 3
8 HC C C CH
IV NH II 1 2 A P
HN
7 HC C N C CH 8 I 3 A I A
4
HC C C CH IV II IV II
γ III β
C C 7 4 P P
H H III III
6 5
6 5 P A
Porfirin
(C20H14N4) GAMBAR 31-2 Representasi singkatan dari sebuah porfirin,
uroporfirin III. Kiri: Angka 1 sampai 8 bersesuaian dengan (Gambar
GAMBAR 31-1 Molekul porfirin. Cincin diberi nomor I, II, III, 31-1). Kanan: substituen pada uroporfirin III adalah = asetat (—
dan IV. Posisi-posisi substituen pada cincin diberi nomor 1 sampai 8. Ch2COO−) dan p = propionate (—Ch2Ch2COO−). Perhatikan asimetri
Empat jembatan metin (ÓHC—) diberi label α, β, γ, dan δ. substituen di cincin IV.
A P A P
P A A A
Uroporfirin ditemukan
pertama kali di urine,
tetapi tidak terbatas hanya
A P P P pada urine.
P A P A
Uroporfirin I UUroporfirin III
M P M P
P M M M
Koproporfirin diisolasi
pertama kali dari tinja,
tetapi juga ditemukan di
M P P P urine.
P M P M
Korproporfirin I CKroporfirin III
GAMBAR 31-3 Uroporfirin dan koproporfirin A = asetat; M = metil; P =

propionat. Perhatikan bahwa posisi dari asetat yang di arsir warna (biru muda) dan
propionat substituen terbalik dalam uroporfirin I dan II, serta koproporfirin I dan II.
M V M V
2+
M M Fe M M
Fe2+
Ferokelatase
P V P V
P M P M
Protoporfirin III Heme
(porfirin induk heme) (gugus prostetik hemoglobin)
GAMBAR 31-4 Penambahan besi ke protoporfirin III untuk membentuk

heme. V = vinil; (—CHÓCH2).

BAB 31 Porfirin dan Pigmen Empedu 325
Cys
HEME DISINTESIS DARI SUKSINIL-
S
S
Cys
KoA & GLISIN
Biosintesis heme terjadi di sebagian besar sel mamalia kecuali
N N N N eritrosit dewasa, yang kekurangan mitokondria. Sekitar 85%
Fe Fe dari sintesis heme terjadi dalam sel prekursor eritroid di dalam
N N N N
sumsum tulang, dan mayoritas pada sisa dalam hepatosit.
Biosintesis heme diinisiasi oleh kondensasi pada suksinil-koA
dan glisin dalam piridoksal fosfat tergantung reaksi yang
dikatalisis oleh mitokondria δ- aminolevulinat sintase
(ALA sintase, EC 2.3.1.37).
O OH O OH
OH
heme b
O OH
heme c
O (1) Suksinil-KoA + glisin → δ-aminolevulinat
+ KoA-SH + CO2
GAMBAR 31-5 Struktur pada heme b dan heme c. Manusia mengekspresikan dua isozim pada ALA sintase.
ALAS1 yang secara ubiquitous diekspresikan di seluruh tubuh,
sedangkan ALAS2 diekspresikan dalam sel prekursor eritrosit.
TABEL 31-1 Contoh Beberapa Hemoprotein Manusia dan Reaksi ini dikatalisis untuk biosintesis porfirin dalam hepar
Hewan yang Pentinga
mamalia. Produk awal terbentuk adalah asam α- amino-β-
Protein Fungsi ketoadipat, yang cepat didekarboksilasi membentuk δ-
aminolevulinat (Gambar 31–6, atas) .
Hemoglobin Transpor oksigen dalam darah
Dua molekul ALA dikondensasikan oleh enzim ALA
Mioglobin Penyimpanan oksigen di otot
dehidratase (4.2.1.24) membentuk porfobilinogen:
Sitokrom c Terlibat dalam rantai transpor
(2) 2 δ-aminolevulinat → porfobilinogen + 2 H2O
elektron
(Gambar 31–6, bawah). ALA dehidratase merupakan suatu
Sitokrom p450 Hidroksilasi xenobiotik enzim yang mengandung seng dan peka terhadap inhibisi oleh
Katalase Penguraian hidrogen timbal, yang dapat terjadi pada keracunan timbal.
peroksida Reaksi dikatalisis oleh sitosol hidroksimetilbilan sintase
Triptofan pirolase Oksidasi triptofan (uroporfirinogen III sintase, EC 2.5.1.61) bentuk hidroksi-
aFungsi
metilbilan:
protein-protein di atas dijelaskan di berbagai bab dalam buku ini.
(3) 4 porfobilinogen + H2O → hidroksimetilbilan + 4 NH3
COOH COOH COOH
CH2 ALA CH2 ALA CH2

sintase sintase
Suksinil-KoA CH2 CH2 CH2
(suksinat KoA • SH CO2
"aktif") C O C O C O
S CoA H C NH2 H C NH2

+
H Piridoksal
fosfat COOH H
Glisin H C NH2
α-Amino-β-ketoadipat δ-Aminolevulinat (ALA)
COOH
COOH COOH
COOH CH2 COOH CH2

2H2O
CH2 CH2 CH2 CH2
CH2 O C C C
ALA
C O H C H C CH
dehidratase
CH2 H CH2 N
NH H
NH2 NH2
Dua molekul Porfobilinogen

δ-Aminolevulinat (prekursor pertama pirol)
GAMBAR 31-6 Biosintesis porfobilinogen. ALA sintase terdapat di mitokon-

dria, sedangkan ALA dehidratase terdapat di sitosol.

HOOC COOH A P M P
A
H2C CH2 P Uroporfirinogen
A I A dekarboksilase M I M
CH2
C C IV II IV II
C CH P III P P III P
H2C N 4CO2
H P A P M
NH2
Uroporfirinogen III
Empat molekul
porfobilinogen
GAMBAR 31-8 Dekarboksilasi uroporfirinogen III menjadi
Uroporfirinogen I koproporfirinogen III di sitosol a = asetil; M = metil; p = propionil.
4NH3 sintase
Hidroksimetilbilan (5) Uroporfirinogen III → koproporfirinogen III + 4 CO2

(tetrapirol linier)
Siklisasi spontan Uroporfirinogen III Dekarboksilase yang juga mampu mengubah uroporfiri-
sintase
nogen I menjadi koproporfirinigen I
Tiga reaksi akhir dari biosintesis heme berlangsung di
A P A P A P A P
mitokondria. Koproporfirinogen III kemudian memasuki
C C H2 C
C
C C C H2 C
C
C
mitokondria, tempat senyawa ini diubah menjadi proto-
I I I II
C C C C C C C C porfirinogen III dan kemudian menjadi protoporfirin
N
H
N
H
N
H
N
H III. Reaksi-reaksi ini dikatalisis oleh koproporfirinogen
CH2 CH2 CH2 CH2
oksidase (EC 1.3.3.3), dekarboksilasi dan oksidasi dua rantai
H H H H
N N N N sisi propionat untuk membentuk protoporfirinogen III.
C C C C C C C C
IV III IV III
C C
C
H2 C C C C
C
H2 C C
(6) Koproporfirinogen III + O2 + 2 H+
P A P A A P P A
→ protoporfirinogen III + 2 CO2 + 2
H2O
Uroporfirinogen Uroporfirinogen Enzim ini hanya mampu bekerja pada koproporfirinogen
tipe I tipe III
tipe III, ini dapat menjelaskan mengapa protoporfirin tipe I
GAMBAR 31-7 Pengubahan profobilinogen menjadi umumnya tidak ditemukan di alam.
uroporfirinogen. Linierisasi dari porfobilinogen dikatalisis oleh sintase
hidroksimetilbilan uroporfirinogen sintase I juga disebut porfo- Oksidasi protoporfirinogen menjadi protoporfirin III
bilinogen (PBG) deaminase atau hidroksimetilbilan (HMB) sintase. dikatalisis oleh protoporfirinogen oksidase, EC 1.3.3.4:
(7) Protoporfirinogen III + 3 O2 → protoporfirin III
Keempat molekul porfobilinogen memadat dari arah kepala + 3 H2O2
ke ekor untuk membentuk sebuah tetrapirol linier, yaitu
Tahap terakhir sintesis heme adalah penggabungan besi
hidroksimetilbilan (Gambar 31–7, tengah).
fero dengan protoporfirin dalam suatu reaksi yang dikatalisis
Siklisasi hidroksimetilbilan dikatalisis oleh sitosol
oleh ferokelatase (heme sintase, EC 4.99.1.1):
uroporfirinogen III sintase, EC 4.2.1.75:
(4) Hidroksimetilbilan → uroporfirinogen III + H2O (8) Protoporfirin III + Fe2+ → heme + 2 H+
membentuk uroporfirinogen III (Gambar 31–7, kanan). (Gambar 31–9) ringkasan tahap-tahap, dan lokasi
HMB mengalami siklisasi secara spontan untuk membentuk intraseluler ini, dalam biosintesis pada derivatif porfirin dari
uroporfirinogen I (Gambar 31–7, kiri), tetapi pada porfobilinogen. Untuk reaksi di atas, nomor sesuai dengan
kondisi normal, uroporfirinogen yang terbentuk hampir yang di (Gambar 31–10 dan Tabel 31–2).
seluruhnya merupakan isomer III. pada porfiria tertentu
terjadi pembentukan isomer tipe I porfirinogen dalam ALA Sintase adalah Enzim Regulator Kunci
jumlah berlebihan. Perhatikan bahwa kedua uroporfirinogen dalam Biosintesis Heme di Hepar
ini memiliki cincin-cincin pirol yang dihubungkan oleh
jembatan metilen (—CH2—) bukan dengan jembatan metin, Ada dua isozim pada ALA sintase. ALAS1 diekspresikan di
yang tidak membentuk suatu sistem cincin terkonjugasi, oleh seluruh tubuh; ALAS2 diekspresikan dalam sel eritrosit
sebab itu, senyawa-senyawa ini tidak berwarna seperti prekursor. ALAS1 berperan sebagai katalis yang menentukan
semua porfirinogen. Namun, porfirinogen mudah me- kecepatan reaksi sintesis heme di hati (Gambar 31-6). Heme
ngalami auto-oksidasi menjadi porfirin berwarna. tampaknya bekerja sebagai regulator negatif pembentukan
Semua empat gugus asetat pada uroporfirinogen III ALAS1, mungkin melalui suatu molekul aporepresor
berikutnya menjalani dekarboksilasi untuk substituen metil (Gambar 31-10).
(M), membentuk koproporfirinogen III dalam reaksi sitosol
dikatalisis oleh uroporfirinogen dekarboksilase, EC 4.1.1.37
(Gambar 31-8 dan 31-9):

Porfobilinogen
Uroporfirinogen I
sintase
Hidroksimetilbilan
Uroporfirinogen III
sintase
Spontan
6H 6H
Uroporfirin III Uroporfirinogen III Uroporfirinogen I Uroporfirin I

Cahaya Cahaya
Uroporfirinogen
Sitosol
6H dekarboksilase 6H
4CO2 4CO2
Koproporfirin III Koproporfirinogen III Koproporfirinogen I Koproporfirin I

Cahaya Cahaya
Koproporfirinogen
oksidase
Protoporfirinogen III
Mitokondria
Protoporfirinogen Atau cahaya in vitro

oksidase
6H
Proporfirin III
Ferokelatase Fe2+
Heme
GAMBAR 31-9 Langkah dan lokasi seluler pada reaksi di dalam biosintesis dari porfobilinogen
pada porfirin derivatif diindikasikan, terutama heme.
Oleh sebab itu, laju sintesis ALAS1 sangat meningkat jika Dalam penelitian tentang porfirin atau turunannya dan
tidak terdapat heme dan berkurang jika senyawa tersebut spektrum sinar tampak ultraviolet sangat bermanfaat
ada. Heme juga memengaruhi translasi enzim tersebut dan (Gambar 31–11). Perhatikan pita absorpsi yang sangat
pemindahannya dari sitosol ke mitokondria. Laju pergantian mencolok di dekat 400 nm, gambaran pembeda cincin semua
ALAS1 di hati tikus biasanya cepat (waktu paruh dekitar porfirin, disebut pita Soret berdasarkan nama penemunya,
1jam), yaitu gambaran umum suatu enzim yang mengatalisis seorang ahli fisika Perancis, Charles Soret.
reaksi penentu-kecepatan. Jika porfirin yang dilarutkan dalam asam mineral kuat
Banyak obat metabolisme yang memerlukan hemo- atau dalam pelarut inorganik disinari oleh sinar ultraviolet,
protein sitokrom P450 meningkat biosintesis sitokrom P450. porfirin tersebut akan memancarkan fluoresensi merah
Penurunan konsentrasi heme intraselular akan memenga- yang kuat, fluoresensi ini sangat khas sehingga sering
ruhi depresi ALAS1 sehingga laju sintesis heme meningkat digunakan untuk mendeteksi adanya sejumlah kecil porfirin
untuk memenuhi kebutuhan sel. Biosintesis pada ALAS2 bebas. Hal yang menarik dalam penerapan sifat fotodinamik
adalah umpan balik yang tidak diregulasi oleh heme, dan porfirin adalah kemungkinan pemakaiannya dalam terapi
karena itu tidak diinduksi oleh obat ini. kanker jenis tertentu, suatu prosedur yang disebut foto-
terapi kanker. Tumor sering membentuk lebih banyak
porfirin daripada jaringan normal. Oleh sebab itu, hemato-
PORFIRIN BERWARNA DAN porfirin atau senyawa terkait dapat diberikan kepada
BERFLUORESENSI pasien yang mengidap tumor-tumor tertentu. Kemudian,
tumor diberi laser argon yang mengeksitasi porfirin dan
Berbagai porfirinogen adalah tidak berwarna, sedangkan menimbulkan efek sitotoksik.
semua porfirin adalah berwarna. Ikatan ganda terkonjugasi
dalam cincin pirol dan menghubungkan gugus metilen pada Spektrofotometri Digunakan untuk
porfirin (tidak ada di dalam porfirinogen) bertanggung Memeriksa Porfirin dan Prekursornya
jawab untuk karakteristik absorpsi dan fluoresensi spektrum
Koproporfirin dan uroporfirin bermanfaat secara klinis
ini.
karena pada porfiria. Senyawa-senyawa ini, jika terdapat di
urine atau feses, dapat dipisahkan satu sama lain melalui
ekstraksi dengan menggunakan campuran pelarut yang

Hemoprotein
Protein
Heme Aporepresor
8. Ferokelatase
Fe2+
Protoporfirin III
7. Protoporfirinogen
oksidase
Protoporfirinogen III
6. Koproporfirinogen
oksidase
Koproporfirinogen III
5.Uroporfirinogen
dekarboksilase
Uroporfirinogen III
4. Uroporfirinogen III
sintase
Hidroksimetilbilan
3. Uroporfirinogen I
GAMBAR 31-10 Zat antara, enzim, dan regulasi sintesis heme. sintase
Nomor-nomor enzim sesuai dengan nomor di kolom 1 Tabel 31-2. Porfobilinogen

Enzim 1, 6, 7, dan 8 terletak di mitokondria, yang lain di sitosol.
Regulasi sintesis heme di hati berada di ALA sintase (ALAS1) oleh 2. ALA
mekanisme represi-derepresi yang diperantarai oleh heme dan dehidratase
aporepresor hipotetisnya. Garis putus-putus menunjukkan regulasi
ALA
negatif ⊝ melalui represi. Mutasi di gen yang menyandi enzim 1
menyebabkan anemia sideroblastik terkait-kromosom X. Mutasi di 1. ALA
gen-gen yang menyandi enzim 2-8 menyebabkan porfiria. sintase –
Suksinil-KoA + Glisin
TABEL 31-2 Ringkasan Temuan Utama Pada Porfiriaa.
Enzim yang Terlibatb Jenis, Kelas, dan Nomor OMIM Gejala dan Tanda Utama Hasil Pemeriksaan Laboratorium
1. ALA sintase 2 (ALAS2) EC 2.3.1.37 Anemia sideroblastik terkait Xc Anemia Hitung sel darah merah dan
(eritropoietik) (OMIM 301300) hemoglobin menurun
2. ALA dehidratase EC 4.2.1.24 Defisiensi ALA dehidratase Nyeri perut, gejala neuropsikiatrik ALA dan koproporfirin III urine
(hati) (OMIM 125270) meningkat
3. Uroporfirinogen I sintased EC Porfiria intermiten akut (hati) Nyeri perut, gejala neuropsikiatrik ALA dan PBGe urine meningkat
2.5.1.61 (OMIM 176000)
Uroporfirinogen III sintase EC Eritropoietik kongenital Fotosensitivitas Uroporfirin I urine, feses, dan sel
4.2.1.75 (eritropoietik) (OMIM 263700) darah merah meningkat
Uroporfirinogen dekarboksilase Porfiria kutanea tarda (hati) Fotosensitivitas Uroporfirin I urine meningkat
EC 4.1.1.37 (OMIM 176100)
Koproporfirinogen oksidase EC Koproporfiria herediter (hati) Fotosensitivitas, nyeri perut, ALA, PBG, dan koproporfirin III
1.3.3.3 (OMIM 121300) gejala neuropsikiatrik urine dan koproporfirin III feses
meningkat
7. Protoporfirinogen oksidase EC Porfiria variegata (hati) (OMIM Fotosensitivitas, nyeri perut, ALA, PBG, dan koproporfirin III
1.3.3.4 176200) gejala neuropsikiatrik urine dan protoporfirin IX feses
meningkat
8. Ferokelatase EC 4.99.1.1 Protoporfiria (eritropoietik) Fotosensitivitas Protoporfirin IX feses dan sel
(OMIM 177000) darah merah meningkat
aHanya temuan biokimia pada stadium aktif penyakit yang dicantumkan. Pada beberapa penyakit di atas, kelainan biokimia tertentu dapat dideteksi pada stadium laten. Kondisi
3,5,dan 8 umumnya merupakan porfiria yang paling sering dijumpai. Kondisi 2 jarang dijumpai.
bPemberian nomor enzim di tabel ini sesuai dengan nomor yang digunakan di (Gambar 31-10).
cAnemia sideroblastik terkait-kromosom X bukan merupakan suatu porfiria, tetapi disertakan di sini karena melibatkan ALA sintase.
dEnzim ini juga disebut PBG deaminase atau hidroksimetilbilan sintase.
ePBG porfobilinogen III.
Singkatan: ALA, asam b-aminolevulenat; PBG, porfobilinogen
328

Kemungkinan berhubungan dengan potensi letalitas, tidak

5
ada defek yang diketahui dari ALAS1. Individu dengan
penurunan aktivitas (ALAS2) mengalami anemia dan bukan
porfiria (Tabel 31-2). Porfiria konsekuen dengan aktivitas
Log daya serap
4
ALA hidratase yang rendah, tetapi sangat jarang, disebut
3 porifiria defisiensi ALA dehidratase.
2
Porfiria eritropoetik kongenital
1 Secara umum, porfiria yang dijelaskan diwariskan secara
autosomal dominan, dengan pengecualian porfiria eritro-
300 400 500 600 700 poietik kongenital yang diwariskan secara resesif. Enzim
Panjang gelombang (nm)
cacat dalam porfiria eritropoetik kongenital adalah uropor-
firinogen III sintase, katalis untuk reaksi 4. Fotosensitifitas
GAMBAR 31-11 Spektrum absorpsi hematoporfirin. Tampil dan kerusakan parah di perlihatkan oleh beberapa korban dari
adalah spektrum solusi 0,01% dari hematoporfirin di 5% HCl.
porfiria eritropoietik kongenital telah menyarankan sebagai
prototipe yang disebut manusia serigala.
sesuai, kemudian keduanya dapat diidentifikasi dan diukur
dengan metode spektrofotometri. Porfiria intermiten akut
Enzim cacat dalam porfiria intermiten akut adalah sintase
KELAINAN PADA BIOSINTESIS hidroksimetilbilan (uroporfirinogen I sintase), katalis untuk
HEME reaksi 3. ALA dan PBG akan menumpuk di jaringan dan
cairan tubuh (Gambar 31-12).
Kelainan pada biosintesis heme bisa genetik atau bisa
diperoleh. Sebuah contoh dari defek yang diperoleh adalah
keracunan timbal. Timbal dapat menginaktivasi ferokelatase Blok Enzim Belakangan dalam Jalur
dan ALA dehidratase oleh mengombinasikan dengan gugus Di pihak lain, blok enzim yang terjadi belakangan dalam
tiol esensial. Tanda-tanda mencakup peningkatan kadar jalur reaksi tersebut menyebabkan penimbunan berbagai
pada protoporfirin dalam eritrosit dan peningkatan kadar porfirinogen seperti ditunjukkan di (Gambar 31-10 dan
urin dari ALA serta korproporfirin. 31-12). Produk-produk oksidasinya, turunan porfirin yang
Kelainan genetik pada metabolisme heme dan pada berhubungan, menyebabkan fotosensitivitas, yakni suatu
metabolisme bilirubin (lihat di bawah) menunjukkan fitur reaksi terhadap sinar-tampak dengan panjang gelombang
berikut dengan gangguan metabolisme pada biosintesis urea sekitar 400 nm. Mungkin sebagai akibat tereksitasi dan
(lihat Bab 28): kemudian bereaksi dengan molekul oksigen untuk mem-
bentuk radikal oksigen, radikal oksigen ini merusak lisosom
1. Tanda-tanda klinis yang mirip atau identik dan gejala
dan organel lain, membebaskan enzim-enzim degradatif dan
dapat timbul dari mutasi yang berbeda pada gen yang
menyebabkan kerusakan kulit dalam derajat yang bervariasi,
menyandi antara enzim biasa atau enzim yang
termasuk pembentukan jaringan parut.
mengkatalisis reaksi yang berturut-turut.
2. Terapi rasional membutuhkan pemahaman dari tentang
Mutasi pada berbagai gen
biokimia reaksi katalisasi enzim pada kedua individu
normal dan individu berkelainan.
3. Identifikasi pada zat antara dan produk samping yang Abnormalitas
mengakumulasi yang sebelumnya pada blok metabolik enzim sintesis
heme
dapat memberikan dasar untuk tes skrining metabolisme
yang dapat mengimplikasikan kelainan reaksi.
4. Diagnosis definitif meliputi tes kuantitatif dari aktivitas Penimbunan ALA dan Penimbunan
PBG dan atau penurunan porfirinogen pada
pada enzim-enzim diduga menjadi cacat (defektif). heme dalam sel dan cairan kulit dan jaringan
5. Perbandingan pada urutan DNA dari gen yang me- tubuh
nyandi enzim mutan yang diperoleh dengan sehingga

pada gen tipe liar dapat mengidentifikasi mutasi spesifik Gejala dan tanda
Oksidasi spontan
porfirinogen
(s) yang menyebabkan penyakit. neuropsikiatrik
menjadu porfirin
Porfiria
Tanda dan gejala pada porfiria menghasilkan baik dari Fotosensitivitas
kekurangan pada zat antara di luar blok enzimatik, maupun
dari akumulasi pada metabolit sebelum blok. Tabel 31-2 GAMBAR 31-12 Penyebab biokimiawi gejala-gejala dan tanda
enam tipe utama porfiria telah dijelaskan, terjadi akibat utama porfiria.
depepresi aktivitas enzim-enzim 2 sampai 8 seperti yang
diperlihatkan pada (Gambar 31-10).

KLASIFIKASI PADA PORFIRIA Meskipun afinitas tinggi untuk heme-Fe2+ (lihat Bab 6),
karbon monoksida yang dihasilkan tidak mengahambat
Porfiria dapat disebut eritropoietik atau hati berdasarkan pada heme oksigenase secara parah. Pada unggas dan amfibia,
organ yang paling terkena dampak, biasanya sumsum tulang biliverdin IX yang berwarna hijau diekskresikan; pada
dan hati (Tabel 31-2). Tingkat variabel dan berbeda pada heme, mamalia, suatu enzim larut dinamai biliverdin reduktase
prekursor toksik, atau metabolit mungkin menjelaskan (EC 1.3.1.24) mereduksi jembatan metilen pusat biliverdin
mengapa porfiria spesifik secara diferensial mempengaruhi untuk gugus metilen, menghasilkan bilirubin, suatu pigmen
beberapa jenis sel dan organ. Porfiria juga dapat diklasifikasi- kuning:
kan sebagai akut atau kutaneus berdasarkan gambaran klinis- Biliverdin + NADPH + H+ → bilirubin + NADP+
nya. Diagnosis tipe tertentu porfiria umunya dapat ditegakkan
berdasarkan gambaran klinis dan riwayat keluarga, pemeriksa- (Gambar 31–13) meringkas kedua dari reaksi di atas.
an fisik dan pemeriksaan laboratorium yang sesuai. Tabel 31-2
berisi daftar tanda-tanda utama, gejala, dan pada enam tipe COOH COOH
utama profiria.
Porfiria Terinduksi Obat
Sejumlah besar obat (mis. barbiturat, griseofulvin) meng-
induksi sitokrom P450. Pada pasien dengan porfiria, ini bisa N N
memicu serangan porfiria oleh menipis tingkat heme. Fe3+
derepresi kompensasi dari sintesis ALAS1 menyebabkan
N N
peningkatan kadar berbagai prekursor heme sebelum
hambatan/blok yang berpotensi merugikan.
Pengobatan dimungkinkan untuk Porfiria
Sementara pengobatan di tingkat gen akhirnya dapat men- Fero heme
jadi mungkin, ada pengobatan dari porfiria pada dasarnya
yang merupakan gejala. Pasien perlu menghindari obat-obat 3O2 + 7e–
yang dapat menginduksi sitokrom P450, mengonsumsi

karbohidrat dalam jumlag besar atau pemberian hematin
CO + Fe3+
dapat menekan ALAS1 sehingga produksi berbagai pre-
kursor heme yang merugikan dapat dikurangi. Pasien yang
HOOC COOH
memperlihatkan fotosensitivitas mungkin mendapat manfaat
pada pemberian β- karoten; senyawa ini nampaknya mengu-
rangi produksi radikal bebas sehingga fotosensitivitas ber-
kurang.
KATABOLISME HEME O N
H
N
H
N N
H
O
MENGHASILKAN BILIRUBIN Biliverdin

Dalam kondisi orang dewasa normal, setiap hari sekitar
NADPH
200 milyar eritrosit dihancurkan. Oleh sebab itu, seorang Biliverdin
dengan berat badan 70 kg mengalami pergantian sekitar 6
Reduktase
gram hemoglobin dalam setiap harinya. Globin akan NADP+
diurai menjadi asam-asam amino pembentuknya yang
kemudian dapat digunakan kembali, dan besi heme me-
HOOC COOH
masuki pul besi, juga untuk didaur ulang. Bagian porfirin
yang bebas-besi juga diuraikan, terutama di sel retikulo-
endotel hati, limpa, dan sumsum tulang.
Katabolisme heme dari semua protein heme tampaknya
dilaksanakan di fraksi mikrosom sel oleh heme oksigenase, O N N N N O
H H H H
EC 1.4.99.3. Sistem heme oksigenase adalah sistem yang dapat
Bilirubin
diinduksi oleh substrat, dan heme juga berfungsi kedua
sebagai substrat dan sebagai kofaktor untuk reaksi. Besi heme GAMBAR 31-13 Konversi dari heme feri untuk biliverdin, dan
yang mencapai heme oksigenase besi tersebut biasanya telah kemudian ke bilirubin. Sistem heme oksigenase membentuk biliverdin,
dioksidasi menjadi bentuk feri yang membentuk hemin. biliverdin reduktase mengurangi ke bilirubin. Konversi dari satu mol
pada heme-Fe3+ untuk biliverdin, karbon monoksida, dan Fe3+
Konversi dari satu mol pada heme-Fe3+ untuk biliverdin, mengkonsumsi tiga mol dari O2, ditambah tujuh elektron yang
karbon monoksida, dan Fe3+ mengkonsumsi tiga mol dari O2, disediakan oleh NADH dan NADPH-sitokrom p450 reduktase.
ditambah tujuh elektron yang disediakan oleh NADH dan
NADPH sitokrom P450 reduktase:
Fe3+-Heme + 3 O2 + 7 e- → biliverdin + CO + Fe3+

Diperkirakan bahwa 1 g hemoglobin menghasilkan 35 mg O O

bilirubin, pembentukan bilirubin harian pada orang dewasa –
OOC(CH2O)4C O C C O C(CH2O)4COO–
adalah sekitar 250-350 mg. Bilurubin terutama berasal dari
H2C CH2
hemoglobin meskipun ada juga yang berasal dari eritropoiesis
inefektif dan berbagai protein heme lain. M V M
H2C CH2
M M V
Pengubahan kimiawi heme menjadi bilirubin oleh sel II III IV I
retikuloendotel dapat diamati in vivo sebagai warna ungu O C C C O
heme dalam hematom yang secara perlahan diubah

GAMBAR 31-14 Struktur pada bilirubin diglukuronida. Gugus
menjadi pigmen kuning bilirubin. glukuronat terikat melalui ikatan ester dengan dua gugus propionat
pada bilirubin. Secara klinis, diglukuronida ini juga disebut bilirubin
Bilirubin Diangkut ke Hati terikat pada Serum "bereaksi langsung ".
Albumin
Bilirubin sebagian larut dalam air, tetapi bilirubin terikat Bilirubin Disekresikan ke Dalam Empedu
pada albumin serum yang mudah diangkut ke hati. Setiap Sekresi bilirubin terkonjugasi ke dalam empedu terjadi oleh
molekul albumin tampaknya memiliki satu tempat berafi- suatu mekanisme transpor aktif, yang mungkin menentu-
nitas tinggi dan satu tempat berafinitas rendah untuk bili- kan laju keseluruhan proses metabolisme bilirubin di hati.
rubin. Dalam 100 mL plasma, sekitar 25 mg bilirubin dapat Protein yang terlibat adalah transporter anion organik
terikat erat dengan albumin di tempat berafinitas-tinggi. multispesifik (MOAT) yang terletak di membran plasma
Bilirubin yang jumlahnya melebihi angka ini hanya dapat kanalikulus empedu. Protein ini merupakan anggota famili
terikat secara longgar sehingga mudah terlepas dan berdifusi transporter ATP-binding cassette, menangani sejumlah anion
ke dalam jaringan dan sejumlah senyawa, misalnya antibiotik organik. Transpor bilirubin terkonjugasi di hati ke dalam
dan obat lain bersaing dengan bilirubin untuk menempati empedu dapat diinduksi oleh obat-obat yang juga mampu
tempat pengikatan berafinitas-tinggi di albumin. menginduksi konjugasi bilirubin. Konjugasi dan ekskresi
bilirubin bertindak seperti suatu unit fungsional terpadu.
Metabolisme lanjut dari Bilirubin Terutama Sebagian besar bilirubin diekskresikan di dalam empedu
Terjadi di dalam Hati pada mamalia adalah bilirubin diglukuronida. Aktivitas
Katabolisme hati pada bilirubin berlangsung dalam tiga bilirubin UDP glusuronosil transferase dapat diindukasi
tahap: penyerapan oleh hati, konjugasi dengan asam gluku- oleh beberapa obat, termasuk fenobarbital. Namun, ketika
ronat, dan sekresi dalam empedu. bilirubin konjugasi ada kelainan dalam plasma manusia
(misalnya, dalam ikterus obstruktif), secara predominan
Penyerapan Bilirubin oleh sel parenkim hati monoglukuronida. (Gambar 31–15 meringkas
Bilirubin dikeluarkan dari albumin dan di serap pada
permukaan sinusoid hepatosit oleh suatu sistem yang
diperantarai oleh karier perantara yang dapat jenuh. Bahkan Darah
pada kondisi patologis sekalipun, laju sistem ini pada Bilirubin • Albumin
metabolisme bilirubin tidak dibatasi. Penyerapan netto 1. PENYERAPAN

bilirubin bergantung pada pengeluaran bilirubin melalui
jalur-jalur metabolik berikutnya. Setelah masuk ke dalam
hepatosit, bilirubin berikatan dengan protein sitosol seperti Hepatosit
glutation S transferase, sebelumnya dikenal sebagai ligandin, Bilirubin
juga untuk membantu mencegah aliran balik bilirubin ke 2. KONJUGASI
Ikterus neonatorum
dalam aliran darah. UDP-GlcUA Ikterus "toksik"
Konjugasi Bilirubin dengan Glukuronat UDP-GlcUA Sindrom Crigler-Najjar

Sindrom Gilbert
Bilirubin bersifat nonpolar dan akan tetap berada di sel (mis.

Bilirubin diglukuronida
terikat pada lipid) jika tidak dibuat larut-air. Bilirubin diubah
menjadi molekul yang lebih polar oleh konjugasi dengan 3. SEKRESI
asam glukuronat. Sebuah UDP bilirubin glukosil transferase Sindrom Dubin-Johnson
spesifik (EC 2.4.1.17) pada retikulum endoplasma mengkata-

lisis pemindahan bertahap untuk bilirubin dari dua gugus
glukosil dari UDP-glukuronat: Duktulus empedu
Bilirubin diglukuronida
Bilirubin + UDP-glukuronat → bilirubin monoglukuronida
+ UDP GAMBAR 31-15 Diagram tiga proses utama (penyerapan,
Bilirubin monoglukuronida + UDP-glukuronat → bilirubin konjugasi, dan sekresi) yang berperan dalam transfer bilirubin dari
darah ke empedu. protein tertentu hepatosit mengikat bilirubin
diglukuronida + UDP (Gambar 31–14). intraseluler dan dapat mencegah penghabisan ke dalam aliran darah.
Proses-proses yang dipengaruhi oleh sejumlah kondisi yang
menyebabkan ikterus juga diperlihatkan.

tiga proses utama yang terlibat dalam pemindahan pada TABEL 31-3 Beberapa Penyebab Hiperbilirubinemia Tak-
bilirubin dari darah ke empedu. Situs yang terpengaruh terkonjugasi dan Terkonjugasi.
dalam beberapa kondisi menyebabkan penyakit kuning juga Tak-terkonjugasi Terkonjugasi
diindikasikan.
Anemia hemolitik Obstruksi pada saluran empedu
Bilirubin Terkonjugasi Direduksi Menjadi
"Ikterus fisiologis" neonatorum Sindrom Dubin-Johnson
Urobilinogen oleh Bakteri Usus
Pada saat bilirubin terkonjugasi mencapai ileum terminal Sindrom Crigler-Najjar tipe I dan Sindrom Rotor
dan usus besar, gugus glukuronosil dikeluarkan oleh enzim II
bakteri khusus β- glukuronidase (EC 3.2.1.31). Kemudian Sindrom Gilbert Penyakit hati seperti berbagai
direduksi oleh flora feses menjadi sekelompok senyawa jenis hepatitis
tetrapirol tak-berwarna yang disebut urobilinogen. Di ileum
Hiperbilirubinmia toksik
terminal dan usus besar, sebagian kecil urobilinogen direab-
sorpsi dan diekskresi ulang melalui hati sehingga mem- Penyebab-penyebab ini dibahas secara singkat di dalam teks. penyebab umum
obstruksi saluran empedu adalah batu pada duktus biliaris komunis dan kanker kaput
bentuk siklus urobilinogen enterohepatik. Pada keadaan pankreas. Berbagai penyakit hati (misalnya berbagai jenis hepatitis) sering
abnormal, terutama jika terbentuk pigmen empedu dalam merupakan penyebab hiperbilirubinemia, yang terutama, terkonjugasi.
jumlah berlebihan atau terdapat penyakit hati yang Karena hidrofobisitasnya, hanya bilirubin tak-terkonjugasi
mengganggu siklus intrahepatik ini, urobilinogen juga dapat yang dapat menembus sawar darah otak dan masuk ke dalam
diekskresikan dalam urine. Sebagian besar urobilinogen yang susunan saraf pusat. Ensefalopati akibat hiperbilirubinemia
tak-berwarna dan dibentuk di kolon oleh flora feses (kernikterus) hanya dapat terjadi pada hiperbilirubinemia
mengalami oksidasi di tempat yang sama menjadi urobilin tak-terkonjugasi, seperti dijumpai pada hiperbilirubinemia
berwarna dan diekskresikan di tinja. Bertambah gelapnya retensi. Sebaliknya karena sifatnya yang larut-air, hanya
tinja ketika terkena udara disebabkan oleh oksidasi urobili- bilirubin terkonjungasi yang dapat muncul di urine. Oleh
nogen yang tersisa menjadi urobilin. sebab itu, ikterus kolurik (koluria adalah adanya pigmen
Pengukuran pada Bilirubin dalam Serum empedu dalam urine) hanya terjadi pada hiperbilirubinemia
Kuantisasi dari bilirubin menggunakan metode kolorimetrik regurgitasi, dan ikterus akolurik terjadi bila terdapat
berdasarkan pada pembentukan warna kemerahan-ungu bilirubin tak-terkonjugasi yang melebihi. Table 31–3 me-
ketika bilirubin bereaksi dengan asam sulfanilat diazotisasi. nyajikan beberapa penyebab hiperbilirubinemia terkonjugasi
Suatu penetapan kadar dilakukan dalam tidak terdapat dan tak-terkonjugasi. Sebuah hiperbilirubinemia moderat
menyertai anemia hemolitik. Hiperbilirubinemia sederhana
dalam penambahan metanol "bilirubin direk," yaitu
biasanya (<4 mg bilirubin per dL; <68 µmol/L) meskipun
bilirubin glukuronida. Suatu penetapan kadar dilakukan
hemolisis ekstensif, karena tinggi kapasitas pada hati yang
dengan adanya menambahkan dalam mengukur metanol
sehat untuk metabolisme bilirubin.
total bilirubin. Perbedaan antara bilirubin total dan bili-
rubin direk dikenal sebagai "bilirubin indirek," dan KELAINAN PADA METABOLISME
bilirubin tak terkonjugasi.
BILIRUBIN
HIPERBILIRUBINEMIA
"Ikterus Fisiologis" Neonatorum
MENYEBABKAN IKTERUS Hiperbilirubinemia pada neonatal tak terkonjugasi "fisiologis
Jika bilirubin darah melebihi 1 mg/dL (17,1 µmol/L), hiper- kuning" hasil dari hemolisis dipercepat dan sistem hati yang
bilirubinemia akan timbul, disebabkan oleh pembentukan masih imatur untuk menyerap, mengonjugasikan, dan me-
bilirubin yang melebihi kemampuan hati normal untuk nyekresikan bilirubin. Dalam kondisi transien ini, aktivitas
mengekskresikannya, atau kegagalan hati yang rusak untuk glukosiltransferase bilirubin, dan mungkin juga sintesis pada
mengekskresikan bilirubin yang diproduksi dalam jumlah UDP-glukuronat, direduksi. Karena yang meningkat adalah
normal. Tanpa adanya kerusakan hati, obstruksi saluran bilirubin tak-terkonjugasi, senyawa ini mampu menembus
ekskresi hati dengan menghambat ekskresi bilirubin juga sawar dareah otak jika konsentrasinya dalam plasma melebihi
akan menyebabkan hiperbilirubinemia. Pada semua keada- konsentrasi yang dapat diikat erat oleh albumin (20-25 mg/
an ini, bilirubin tertimbun di dalam darah, dan jika konsen- dL). Hal ini menyebabkan ensefalopati toksik hiperbiliru-
trasinya mencapai nilai tertentu (sekitar 2-2,5 mg/dL), binemik atau kenikterus, yang dapat menyebabkan retardasi
senyawa ini akan berdifusi ke dalam jaringan dan mewarnai- mental. Pajanan terhadap sinar biru (fototerapi) mendorong
nya menjadi kuning. Keadaan ini disebut ikterus atau ekskresi hepatik bilirubin tak-terkonjugasi dengan mengubah
jaundice. sebagian untuk derivatif yang diekskresi dalam empedu, dan
Peristiwa pada Bilirubin tak terkonjugasi fenobarbital, promotor pada metabolisme bilirubin, dapat
diadministrasikan.
dalam Darah
Hiperbilirubinemia dapat diklasifikasikan berdasarkan Defek pada Bilirubin UDP-Glusuronosil
kepada jenis bilirubin yang ada di plasma, hiperbilirubine- Transferase
mia retensi akibat produksi berlebihan, atau hiperbilirubi- Glusuronosil transferase (EC 2.4.1.17) adalah keluarga
nemia regurgitasi, akibat refluks ke dalam aliran darah besar dari enzim dengan spesifisitas substrat yang ber-
karena obstruksi empedu. beda.

Sebagian berfungsi untuk meningkatkan polaritas dari PRAHEPATIK Anemia hemolitik

berbagai obat dan metabolit obat, serta memfasilitasi ekskresi (Vaskular)
ini. Mutasi di dalam gen yang menyandi bilirubin UDP-
glusuronosil transferase dapat mengakibatkan pada enzim
yang tereduksi disandikan atau tidak ada aktivitas. Presentasi
sindrom presentasi yang merefleksikan keparahan pada
kelainan termasuk sindrom Gilbert dan dua jenis sindrom HEPATIK Penyakit hati
(hati) (mis, hepatitis, kanker)
Crigler-Najjar.
Sindrom Gilbert
Menyediakan kurang lebih 30% dari aktivitas bilirubin UDP-
glukuronosil transferase dipertahankan dalam sindrom
Gilbert dan kondisi ini tidak berbahaya. Batu empedu
Sindrom Crigler-najjar, Tipe I PASCAHEPATIK Kanker pankreas

(Sistem empedu
Penyakit ikterus kongenital berat (bilirubin serum biasanya dan pankreas)
melebihi 20 mg/dL) dan menyertai kerusakan otak pada
sindrom Crigler-Najjar tipe I merefleksikan ketidaklengkap-
an dari aktivitas UDP-glukuronosil transferase hati. Foto-
terapi menyebabkan penurunan sebagian kadar bilirubin
plasma, tetapi fenobarbital tidak memiliki efek meng-
GAMBAR 3-16 Diagram beberapa penyebab utama ikterus.
untungkan. Penyakit ini sering kali mematikan dalam 15 Prahepatik menunjukkan proses-proses di aliran darah; penyebab
bulan pertama kehidupan. utama merupakan berbagai bentuk anemia hemolitik (lihat Bab 53).
Hepatik menunjukkan proses-proses di hati, seperti berbagai tipe
Sindrom Crigler-najjar, Tipe II hepatitis atau bentuk penyakit hati lain (mis, kanker). Pascahepatik
Pada sindrom Crigler-Najjar tipe II, beberapa aktivitas mengacu pada proses-proses di saluran empedu; penyebab utama
bilirubin UDP-glukuronosil transferase dipertahankan. Oleh ikterus pascahepatik adalah obstruksi duktus biliaris komunis oleh batu
empedu (biliary calculus) atau oleh kanker kaput pankreas.
karena itu kondisi ini memiliki perjalanan yang lebih
benigna daripada sindrom tipe I. Konsentrasi bilirubin
serum biasanya tidak melebihi 20 mg/dL, dan pasien Sindrom Dubin-Johnson
sindrom ini memberikan respons dengan terapi fenobarbital Penyakit autosom resesif jinak ini bermanifestasi sebagai
dalam dosis tinggi. hiperbilirubinemia terkonjugasi pada masa kanak-kanak
Hiperbilirubinemia Toksik atau dewasa. Hiperbilirubinemia ini disebabkan oleh mutasi
pada gen yang menyandi protein yang berperan dalam
Hiperbilirubinemia tak-terkonjugasi dapat terjadi akibat
sekresi bilirubin terkonjugasi ke dalam empedu.
disfungsi hati imbas-toksin seperti yang disebabkan oleh
kloroform, arsfenamin, karbon tetraklorida, asetaminofen, Sebagai Bilirubin Terkonjugasi dapat
virus hepatitis, sirosis, dan keracunan jamur Amanita.
Penyakit-penyakit didapat ini disebabkan oleh kerusakan sel Berikatan Secara Kovalen dengan Albumin
parenkim hati yang kemudian mengganggu konjugasi Jika kadar bilirubin terkonjugasi tetap tinggi di plasma,
bilirubin. sebagian bilirubin ini dapat terikat secara kovalen dengan
albumin. Fraksi ini disebut (bilirubin δ [delta]) memiliki
Obstruksi Saluran Empedu Merupakan waktu paruh dalam plasma yang lebih lama daripada
Penyebab Tersering Hiperbilirubinemia bilirubin terkonjugasi biasa dan bilirubin ini tetap
Terkonjugasi meninggi sewaktu fase pemulihan ikterus obstruktif. Oleh
Hiperbilirubinemia terkonjugasi biasanya disebabkan oleh sebab itu menjelaskan mengapa sebagian pasien tetap
penyumbatan duktus biliaris hepatikus atau komunis, tampak ikterik setelah kadar bilirubin terkonjugasi kembali
terutama akibat batu empedu atau kanker kaput pankreas ke normal.
(Gambar 31–16). Bilirubin diglukoronida tidak dapat di-
ekskresikan kemudian mengalami regurgitasi ke vena hepa-
Urbilinogen dan Bilirubin dalam Urine
tika dan saluran limfe hati, sehingga bilirubin terkonjugasi Merupakan Indikator Klinis
muncul di darah dan urine (ikterus kolurik), selain itu, feses Pada obstruksi total saluran empedu, tidak terdapat
biasanya berwarna pucat. urobilinogen di dalam urine karena bilirubin tidak me-
Istilah ikterus kolestatik digunakan untuk mencakup miliki akses ke usus, tempat senyawa ini diubah menjadi
semua penyebab ikterus obstruktif ekstrahepatik dan juga urobilinogen. Dalam hal ini, adanya bilirubin (terkonjugasi)
mencakup kasus-kasus ikterus yang memperlihatkan hiper- di urine tanpa urobilinogen mengisyaratkan ikterus obstruk-
bilirubinemia terkonjugasi karena mikroobstruksi duktulus tif, baik intra maupun pascahepatik.
empedu intrahepatik akibat kerusakan dan pembengkakan
hepatosit seperti yang dapat terjadi pada hepatitis infeksiosa.

TABEL 31-4 Hasil Laboratorium pada Pasien Normal dan Pasien Penderita Ikterus dengan Tiga Penyebab yang Berbeda
Kondisi Bilirubin Serum Urobilinogen Urine Bilirubin Urine Urobilinogen Feses
Normal Direk: 0.1-0.4 mg/dL 0-4 mg/24 h Tidak ada 40-280 mg/24 h
Indirek: 0.2-0.7 mg/dL

Anemia hemolitik ↑Indirek Meningkat Tidak ada Meningkat
Hepatitis ↑Direk dan Indirek Menurun jika terdapat mikro- Ada jika terdapat mikro- Menurun
obstruksi obstruksi
Ikterus obstruktifa ↑Direk Tidak ada Ada Sedikit sampai tidak ada
aPenyebab tersering ikterus obstruktif (pascahepatik) adalah kanker kaput pankreas dan batu empedu yang menyumbat duktus biliaris kommunis. Adanya bilirubin dalam urine
kadang-kadang disebut koluria. Oleh sebab itu, hepatitis dan obstruksi duktus biliaris kommunis menyebabkan ikterus kolurik, sedangkan ikterus pada anemia hemolitik disebut
akoturik. Hasil laboratorium pada pasien hepatitis bervariasi, ditentukan oleh luas kerusakan sel parenkim dan tingkat mikro-obstruksi duktulus empedu. Kadar serum alanin
aminotransferase (ALT) dan aspartat aminotransferase (AST) bLasanya sangat meningkat pada hepatitis, sedangkan kadar alkali fosfatase serum meningkat pada penyakit hati
obstruktif.
Pada ikterus akibat hemolisis, peningkatan produksi Kedua ALA sintase, ALAS2, tidak diregulasi oleh tingkat heme
bilirubin menyebabkan meningkatnya pembentukan urobi- atau dengan obat-obatan yang mendorong sintesis dari
linogen, yang muncul di urine dalam jumlah besar. Pada sitokrom P450.
ikterus hemolitik, bilirubin biasanya tidak ditemukan di ■ Kelainan genetik pada tujuh dari delapan enzim yang ber-
urine sehingga kombinasi peningkatan urobilinogen dan peran dalam biosintesis heme akan menimbulkan porfiria
ketiadaan bilirubin mengisyaratkan ikterus hemolitik. herediter. Sel darah merah dan hepar adalah tempat utama
Peningkatan kerusakan darah oleh sebab apapun menyebab- ekspresi metabolik porfiria. Keluhan umumnya adalah foto-
kan peningkatan kadar urobilinogen urine. sensitivitas dan kelainan neurologis. Asupan senyawa tertentu
(mis. timbal) dapat menimbulkan porfiria didapat. Pening-
Tabel 31-4 meringkaskan hasil laboratorium yang katan jumlah porfirin atau prekursornya dapat dideteksi di
diperoleh dari pasien dengan tiga penyebab ikterus yang darah dan urine dan hal ini mempermudah diagnosis.
berbeda: anemia hemolitik (prahepatik), hepatitis (hepatik), ■ Katabolisme cincin heme diinisiasi oleh enzim heme oksi-
dan obstruksi duktus biliaris kommunis (pascahepatik). genase dan menghasilkan tetrapirol linier, biliverdin. Pe-
Lihat (Gambar 31–16). Pemeriksaan laboratorium pada nurunan berikutnya dari biliverdin di sitosol bentuk bilirubin.
darah (evaluasi terhadap kemungkinan anemia hemolitik ■ Bilirubin diangkut oleh albumin dari jaringan perifer ke hati,
dan pengukuran waktu protrombin) dan pada serum (mis. tempat senyawa ini diserap oleh hepatosit. Besi heme
elektroforesis protein; aktivitas enzim ALT, AST, dan dilepaskan dan gunakan kembali.
fosfatase alkali) juga penting untuk membantu membedakan ■ Bilirubin dibuat menjadi larut air melalui konjugasi dengan
antara penyebab ikterus prahepatik, hepatik, dan pasca- dua molekul asam glukuronida bagian yang sangat polar,
hepatik. berasal dari UDP-glukuronat, per mol bilirubin. Pelekatan
pada gugus glukuronosil dikatalisis oleh bilirubin UDP-
glukuronosil transferase, satu dari keluarga besar pada enzim
RINGKASAN dengan berbeda spesifisitas substrat yang meningkatkan
■ Heme dari hemoprotein seperti hemoglobin dan sitokrom polaritas dari berbagai obat dan metabolitnya, sehingga
merupakan porfirin yang mengandung besi terdiri dari empat memfasilitasi ekskresi ini.
cincin pirol yang bergabung dengan jembatan metin. ■ Mutasi pada hasil gen menyandi aktivitas direduksi atau tidak
■ Total dari delapan metil, vinil, dan substituen propionil pada ada aktivitas dari bilirubin UDP-glusuronosil transferase.
empat cincin pirol dari heme disusun dalam urutan spesifik. Presentasi klinis yang merefleksikan kerasnya pada mutasi
Ion logam (Fe2+ dalam hemoglobin; Mg2+ dalam klorofil) termasuk sindrom Gilbert dan dua jenis dari sindrom Crigler-
terkait dengan empat atom nitrogen dari cincin pirol. Najjar, kondisi yang keparahan tergantung pada tingkat dari
■ Biosintesis pada cincin heme melibatkan delapan reaksi enzim sisa aktivitas enzim.
katalis. Beberapa dari reaksi ini terjadi pada mitokondria, ■ Berikut sekresi bilirubin dari empedu ke usus enzim bakteri di
di dalam sitosol yang lain. usus menghasilkan urobilinogen dan urobilin, yang disekresi-
■ Proses ini dimulai dari pembentukan δ-aminolevulinat dari kan di tinja dan urine.
suksinil-KoA dan glisin. Reaksi yang dikatalisis oleh ALA ■ Pengukuran kolorimetri pada bilirubin menggunakan
sintase, regulasi enzim biosintesis heme. pembentukan warna ketika bilirubin bereaksi dengan asam
■ Sintesis dari ALAS1 meningkatkan dalam merespon sulfanilat diazotisasi. Tes dilakukan dalam tidak terdapat pada
rendahnya tingkat pada heme yang ada. Obat-obatan tertentu penambahan ukuran metanol "bilirubin direk" (yaitu,
(misalnya, fenobarbital) secara tidak langsung memicu me- bilirubin glukuronida). Tes yang dilakukan dalam adanya
nambahkan sintesis pada ALAS1 dengan menyangga sintesis pada penambahan ukuran metanol bilirubin total. Perbedaan
dari sitokrom P450, yang mengosongkan heme kolam. antara bilirubin total dan bilirubin direk, disebut "bilirubin
indirek," adalah bilirubin tak terkonjugasi.

■ Ikterus disebabkan oleh peningkatan kadar bilirubin plasma. Kim DH, Jin YH: Intestinal bacterial beta-glucuronidase activity of
Penyebab ikterus dapat diklasifikasikan menjadi prahepatik patients with colon cancer. Arch Pharm Res 2001:24;564.
(mis. anemia hemolitik), hepatik (mis. hepatitis), atau pasca- Leroyer A, Leleu B, Dehon B, et al: Influence of delta-aminolevulinic
hepatik (mis. obstruksi duktus biliaris kommunis). Pengu- acid dehydratase gene polymorphism on selected lead exposure
kuran bilirubin total dan tak-terkonjugasi dalam plasma, biomarkers in a cohort of ex-smelter workers. J Toxicol Environ
urobilinogen dan bilirubin urine, dan enzim serum tertentu Health A 2013;76:895.
serta inspeksi dan analisis sampel tinja dapat membantu Li T, Bonkovsky HL, Guo J-T: Structural analysis of heme proteins:
membedakan ketiga penyebab ini. implications for design and prediction. BMC Structural Biology
2011;11:13.
Sticova E, Jirsa M: New insights in bilirubin metabolism and their
clinical implications. World J Gastroenterol 2013;19:6398.
REFERENSI Unno M, Matsui T, Ikeda-Saito, M: Structure and catalytic
Bowman SE, Bren KL: The chemistry and biochemistry of heme c: mechanism of heme oxygenase. Nat Prod Rep 2007;24:553.
functional bases for covalent attachment. Nat Prod Rep van de Steeg E, Stránecký V, Hartmannová H, et al: Complete
2008;25:1118. OATP1B1 and OATP1B3 deficie cy causes human Rotor
Blouin JM, Duchartre Y, Costet P, et al: Therapeutic potential of syndrome by interrupting conjugated bilirubin reuptake into the
proteasome inhibitors in congenital erythropoietic porphyria. liver. J Clin Invest 2012;122:519.
Proc Natl Acad Sci USA 2013;110:18238. Watchko JF, Tiribelli C: Bilirubin-induced neurologic damage:
Deacon AC, Whatley SD, Elder GH: Porphyrins and disorders of mechanisms and management approaches. N Engl J Med
porphyrin metabolism. In: Tietz Textbook of Clinical Chemistry 2013;369:2021
and Molecular Diagnostics, 4th ed. Ch. 32. Burtis CA, Ashwood Wolkoff W: The hyperbilirubinemias. In: Harrison's Principles
ER, Bruns DE (editors). Elsevier Saunders, 2006. of Internal Medicine, 17th ed. Fauci AS et al (editors). Ch. 297.
Desnick RJ, Astrin KH: The porphyrias. In: Harrison's Principles McGraw-Hill, 2008.
of Internal Medicine, 17th ed. Fauci AS et al (editors). Ch. 352. Yoshida T, Migita CT: Mechanism of heme degradation by heme
McGraw-Hill, 2008. oxygenase. J Inorg Biochem 2000;82:33.

Soal-Soal Ujian
Bagian VI – Metabolisme Protein dan Asam Amino Pilih salah satu dari pernyataan-pernyataan berikut yang TIDAK
BENAR?
1. Pilih salah satu dari pernyataan-pernyataan berikut yang TIDAK
A. Sindrom Angelman disebabkan oleh defek pada ubikuitin E3
BENAR: ligase.
A. ∆1-Pirolin-5-karboksilat adalah zat antara dalam biosintesis B. Setelah mengonsumsi makanan kaya-protein, jaringan
dan katabolisme L-prolin. splanknik terutama melepaskan asam amino rantai-bercabang
B. Jaringan manusia dapat membentuk asam amino yang yang diserap dari jaringan otot perifer.
nonesensial secara nutrisional dari zat-zat antara amfibolik C. Laju glukoneogenesis hepatik dari glutamin jauh lebih tinggi
atau dari asam amino yang esensial secara nutrisional. daripada laju glukoneogenesis dari asam amino Iain.
C. Jaringan hati manusia dapat membentuk serin dari zat antara D. Perubahan asam α-amino menjadi asam α-keto yang dikatalisis
glikolisis 3-fosfogliserat. L-α-amino oksidase disertai dengan pelepasan NH4+.
D. Reaksi yang dikatalisis oleh fenilalanin hidroksilase E. Tanda dan gejala yang mirip atau bahkan identik dapat
mengalami interkonversi dengan fenilalanin dan tirosin. dikaitkan dengen berbagai mutasi pada gen yang menyandi
E. Kekuatan pereduksi tetrahidrobiopterin berasal dari NADPH. enzim tertentu.
2. Tentukan metabolit yang TIDAK berfungsi sebagai prekursor 7. Pilih salah satu dari pernyataan-pernyataan berikut yang TIDAK
asam amino yang esensial secara nutrisional: BENAR?
A. α-Ketoglutarat A. Sekuens PEST membuat protein-protein tertentu menjadi
B. 3-Fosfogliserat sasaran penguraian cepat.
C. Glutamat B. ATP dan ubikuitin biasanya ikut serta dalam penguraian
D. Aspartat protein terkait-membran dan protein dengan waktu-paruh
E. Histamin panjang.
C. Molekul ubikuitin melekat pada protein target melalui ikatan
3. Pilih salah satu dari pernyataan-pernyataan berikut yang TIDAK non-α peptida.
D. Penemu penguraian protein diperantarai ubikuitin mendapat
BENAR?
Hadiah Nobel.
A. Selenosistein terdapat pada bagian aktif enzim manusia E. Penguraian protein bertag ubikuitin berlangsung di
tertentu. proteasom, yaitu makromolekul multi-subunit yang terdapat
B. Selenosistein dimasukkan ke dalam protein melalui proses di semua eukariot.
pascatranslasi.
C. Transaminasi asam α-keto dari makanan dapat menggantikan 8. Untuk gangguan metabolik siklus urea, pernyataan mana yang
asam amino yang esensial secara nutrisional leusin, isoleusin, TIDAK BENAR?
dan valin.
A. Intoksikasi amonia paling berat jika blok metabolik terjadi
D. Perubahan peptidil prolin menjadi peptidil 4-hidroksiprolin
sebelum reaksi pada siklus urea, yang dikatalisis oleh
disertai dengan inkorporasi oksigen ke dalam suksinat.
argininosuksinat sintase.
E. Serin dan glisin mengalami interkonversi dalam satu reaksi
B. Gejala klinis mencakup retardasi mental dan menghindari
tunggal yang melibatkan turunan tetrahidrofolat.
makanan kaya-protein.
C. Tanda-tanda klinis dapat mencakup asidosis.
4. Pilih jawaban yang BENAR. D. Aspartat memberikan nitrogen kedua pada argininosuksinat.
Reaksi pertama pada penguraian kebanyakan asam amino umum E. Manajemen diet berfokus pada diet rendah-protein yang
melibatkan keikutsertaan: dikonsumsi dalam porsi kecil tetapi sering.
A. NAD+
B. Tiamin pirofosfat (TPP) 9. Pilih salah satu dari pernyataan-pernyataan berikut yang TIDAK
C. Piridoksal fosfat BENAR?
D. FAD A. Salah satu fungsi metabolik glutamin adalah mengikat nitrogen
E. NAD+ and TPP menjadi bentuk yang tidak toksik.
B. Glutamat dehidrogenase hati dihambat secara alosterik oleh
5. Mengidentifikasi asam amino yang merupakan kontributor utama ATP dan diaktivasi oleh ADP.
pengangkutan nitrogen ditakdirkan untuk ekskresi urea: C. Urea terbentuk baik dari amonia vang dihasilkan oleh bakteri
A. Alanin enterik (diserap) maupun amonia yang dibentuk melalui
B. Glutamin aktivitas metabolik jaringan.
C. Glisin D. Kerja terpadu glutamat dehidrogenase dan glutamat
D. Lisin aminotransferase dapat disebut transdeaminasi.
E. Ornitin E. Fumarat yang terbentuk pada biosintesis argininosuksinat pada
akhirnya membentuk oksaloasetat pada reaksi yang dikatalisis
fumarase dan malat dehidrogenase mitokondria.
336
Section VI Exam Q_p336-338.indd 336 06/11/14 6:26 PM

Soal-Soal Ujian 337
10. Pilih salah satu dari pernyataan-pernyataan berikut yang TIDAK 16. Pria berusia 30 tahun datang ke klinik dengan riwayat nveri
BENAR? abdominal intermiten, dan episode kebingungan, serta masalah
A. Treonin merupakan penyedia gugus tioetanol untuk psikiatrik. Uji laboratorium menunjukkan adanya peningkatan δ-
biosintesis koenzim A. aminolevulinat dan porfobilinogen urin. Analisis mutasional
menunjukkan adanya mutasi pada gen uroporfirinogen I sintase
B. Histamin dihasilkan melalui dekarboksilasi histidin.
C. Ornitin berfungsi sebagai prekursor baik spermin maupun (porfobilinogen deaminase). Diagnosis yang mungkin adalah:
spermidin. A. Porfiria intermiten akut.
D. Serotonin dan melatonin adalah metabolit triptofan. B. Anemia sideroblastik terkait kromosom X.
E. Glisin, arginin, dan metionin ikut serta menyumbangkan C. Porfiria eritropoietik kongenital.
atom untuk biosintesis kreatin. D. Porfiria kutanea tarda.
E. Porfiria variegate.
11. Pilih salah satu dari pernyataan-pernyataan berikut yang TIDAK
BENAR? 17. Pilih salah satu dari pernyataan-pernyataan berikut yang TIDAK
BENAR?
A. Ekskresi kreatinin adalah fungsi massa otot, dan dapat
digunakan untuk menentukan apakah pasien sudah A. Bilirubin merupakan tetrapirol siklik.
memberikan spesimen urine 24-jam lengkap. B. Bilirubin diangkut di plasma ke hati terikat pada albumin.
B. Banyak obat dan katabolit obat diekskresikan di urin sebagai C. Bilirubin kadar tinggi dapat menyebabkan kerusakan otak
konjugat lisin. pada bayi baru lahir.
C. Nasib metabolik nonprotein utama untuk metionin adalah D. Bilirubin mengandung gugus metil dan vinil.
diubah menjadi S-adenosilmetionin. E. Bilirubin tidak mengandung besi.
D. Konsentrasi histamin di hipotalamus otak menunjukkan
ritme sirkadian. 18. Wanita berusia 62 tahun datang ke klinik dengan ikterus berat
E. Dekarboksilasi glutamin membentuk neurotransmiter yang terus meningkat dalam 3 bulan terakhir. la memiliki
inhibitorik GABA (-γ-aminobutirat). riwayat nyeri abdomen atas yang berat, merambat ke belakang,
dan ia mengalami penttrunan berat badan yang cukup besar. la
12. Apa yang membedakan rute oleh masing-masing dari asam memperhatikan bahwa tinjanya kadang-kadang berwarna
amino berikut yang muncul dalam protein manusia: sangat pucat. Uji laboratorium menunjukkan bahwa kadar
5-hidroksilisin γ- bilirubin direknya sangat tinggi, dan kadar bilirubin urinnya
juga meningkat. Kadar plasma alanin aminotransterase (ALT)
karboksiglutamat
hanya sedikit meningkat, sedangkan kadar alanin fosfatase
Selenosistein sangat meningkat. Ultrasonografi abdominal tidak
menunjukkan adanya batu empedu. Dari diagnosis berikut,
13. Apa keuntungan evolusioner yang mungkin bisa diperoleh mana yang paling mungkin?
dengan fakta bahwa asam amino tertentu adalah esensial A. Sindrom Gilbert.
dietarily untuk subyek manusia? B. Anemia hemolitik.
C. Sindrom Criggler-Najjar tipe 1
14. Apa penjelasan yang dapat anda tawarkan untuk menjelaskan D. Karsinoma pankreas. Hepatitis
bahwa defek metabolik yang mengakibatkan aktivitas tidak E. karena infeksi.
lengkap pada glutamat dehidrogenase yang belum terdeteksi?
19. Laboratorium klinis secara tipikal menggunakan asam
15. Tentukan di antara molekul berikut yang BUKAN hemoprotein? sulfanilat diazotisasi untuk mengukur bilirubin serum dan
derivatifnya. Apa dasar fisik yang memungkinkan
A. Mioglobin
laboratorium untuk melaporkan hasilnya kepada dokter
B. Sitokrom c dalam hal dari kedua bentuk pada bilirubin?
C. Katalase
D. Sitokrom P450 20. Apa sinyal sintesis pada heme berlangsung?
E. Albumin
Section VI Exam Q_p336-338.indd 337 03/11/14 6:07 PM

ct
Struktur, Fungsi, &
VII Replikasi Makromolekul
Pembawa Informasi
32
B A B
Nukleotida
■ Menuliskan rumus struktur untuk menggambarkan tautomer amino- dan okso-

TUJUAN purin dan pirimidin dan menyebutkan tautomer yang mendominasi pada kondisi
fisiologis.
■ Menulis kembali rumus struktur nukleotida utama yang ada dalam DNA dan
Setelah mempelajari bab ini, RNA dan nukleotida yang lebih jarang yaitu 5-metilsitosin, 5-hidroksimeti-
Anda diharapkan dapat: lsitosin, dan pseudoridin (ψ).
■ Menggambarkan D-ribosa atau 2-deoksi-D-ribosa yang berikatan dalam
konformasi sin atau anti pada suatu purin, menyebutkan nama ikatan antara
gula dan basa, serta menunjukkan konformasi yang mendominasi pada kondisi
paling fisiologis.
■ Menomori atom-atom C dan N nukleotida pirimidin dan nukleosida purin,
mencangkup menggunakan penomoran dengan aksen untuk atom-atom C
pada gula.
■ Membandingkan potensial pemindahan gugus fosforil setiap gugus fosforil
nukleosida trifosfat.
■ Menguraikan secara garis besar peran fisologis fosfodiester siklik cAMP dan
cGMP.
■ Memahami bahwa polinukleotida merupakan makromolekul berarah yang
terdiri dari mononukleotida-mononukleotida yang dihubungkan oleh ikatan
fosfodiester 3ʹ → 5ʹ.
■ Memahami bahwa pada struktur polinukleotida yang dinyatakan dalam bentuk
singkat, misalnya pTpGpT atau TGCATCA, ujung-5'selalu ditunjukkan di sebelah
kiri dan semua ikatan fosfodiester adalah 3ʹ → 5ʹ.
■ Untuk analog sintesis spesifik basa purin dan pirimidin serta turunannya yang
telah digunakan sebagai obat antikanker, menunjukkan cara senyawa-senyawa
ini menghambat metabolisme.
PERAN BIOMEDIS membentuk suatu bagian dari banyak koenzim. Sebagai donor
dan akseptor utama gugus fosforil dalam metabolisme,
Selain berfungsi sebagai prekursor untuk asam nukleat, nukleosida tri- dan difosfat, seperti ATP dan ADP, merupakan
nukleotida purin dan pirimidin ikut serta dalam berbagai pemeran utama dalam transduksi energi yang menyertai
fungsi metabolik, seperti metabolisme energi, sintesis fosforilasi oksidatif dan interkonversi metabolik. Berkaitan
protein, pengaturan aktivitas enzim, dan transduksi sinyal. dengan gula atau lipid, nukleosida merupakan zat antara
Berkaitan dengan vitamin atau turunan vitamin, nukleotida
339

340 BAGIAN VII Struktur, Fungsi, & Replikasi Makromolekul Pembawa Informasi
H H NH2 NH O OH
6 7 4
C 5 N C 5
1 3
N C 8 N CH
2
CH
C C HC CH
H N 4 N9 2 N 6 GAMBAR 32–2 Tautomerisme gugus fungsional okso dan
3 H 1 amino purin dan pirimidin.
Purin Pirimidin
GAMBAR 32–1 Purin dan pirimidin. Atom diberi nomor menurut Purin atau pirimidin dengan gugus -NH2 merupakan basa
sistem internasional. lemah (nilai pKa 3-4), meskipun dikaitkan dengan adanya
proton pada pH rendah, namun tidak seperti anggapan
biosintesis yang penting. Turunan gula UDP-glukosa dan UDP- orang yang dikaitkan dengan gugus amino eksosiklik,
galaktosa ikut serta dalam interkonversi gula dan dalam melainkan dengan nitrogen cincin, khususnya N1 adenin,
biosintesis pati dan glikogen. Serupa dengan itu, turunan N7 guanin, dan N3 sitosin. Karakter planar purin dan
nukleosida-lipid, seperti CDP-asilgliserol, merupakan zat antara pirimidin mempermudah pembentukan ikatan erat, atau
dalam biosintesis lipid. Peran nukleotida dalam pengaturan "penumpukan" yang menstabilkan DNA untaiganda (lihat Bab
metabolik mencakup fosforilasi dependen-ATP pada enzim 34). Gugus okso dan amino purin dan pirimidin
metabolik yang penting, pengaturan alosterik enzim oleh ATP, memperlihatkan tautomerisme keto-enol dan amin-imin
ADP, AMP, dan CTP, serta pengontrolan laju fosforilasi (Gambar 32-2), meskipun kondisi fisiologis cenderung
oksidatif oleh ADP. Nukleotida siklik cAMP dan cGMP memilih bentuk amino dan okso.
berfungsi sebagai perantara kedua pada proses-proses yang
diatur secara hormonal, dan GTP serta GDP berperan penting Nukleosida Adalah N-Glikosida
pada kaskade proses-proses yang menandai jalur transduksi Nukleosida adalah turunan purin dan pirimidin yang
sinyal. Sebagai tambahan untuk peran sentral nukleotida memiliki sebuah gula yang terikat dengan nitrogen cincin
berperan dalam metabolisme, penerapan medis mencakup purin atau pirimidin. Angka yang diberi tanda aksen (mis. 2'
penggunaan analog purin dan pirimidin sintetis yang atau 3') membedakan atom-atom gula dari atom-atom basa
mengandung halogen, tiol, atau atom nitrogen lain dalam heterosiklik. Gula dalam ribonukleosida merupakan D-
kemoterapi kanker atau AIDS serta sebagai penekan respons ribosa, dan dalam deoksiribonukleosida adalah 2-deoksi-D-
imun selama transplantasi organ. ribosa. Kedua gula ini dihubungkan dengan basa heterosiklik
melalui ikatan β-N-glikosida, hampir selalu dengan N-1
SIFAT KIMIA PURIN, pirimidin atau N-9 purin (Gambar 32-3).
PIRIMIDIN, NUKLEOSIDA, Nukleotida adalah
DAN NUKLEOTIDA Nukleosida Terfosforilasi
Purin dan Pirimidin Mononukleotida adalah nukleosida yang mempunyai
sebuah gugus fosforil yang teresterifikasi menjadi sebuah
Merupakan Senyawa Heterosiklik gugus hidroksil gula. Nukleotida 3'- dan 5'- merupakan
Purin dan pirimidin merupakan struktur heterosiklik yang nukleosida yang mempunyai gugus fosforil di gugus
mengandung nitrogen, suatu struktur siklik yang hidroksil 3'- atau 5' gula. Karena sebagian besar nukleotida
mengandung karbon dan atom-atom (hetero) lain seperti adalah 5'-, awalan "5'-" biasanya dihilangkan dalam
nitrogen. Perhatikan bahwa molekul pirimidin yang lebih penyebutan namanya. Oleh sebab itu, UMP dan dAMP
kecil memiliki nama yang lebih panjang, dan purin yang adalah nukleotida yang mempunyai sebuah gugus fosforil
lebih besar memiliki nama yang lebih singkat, dan di C-5 pentosa. Gugus fosforil tambahan yang dihubungkan
bahwa cincin enam-atom keduanya diberi nomor dalam ke gugus fosforil suatu mononukleotida oleh ikatan
arah yang berlawanan (Gambar 32–1). anhidrida asam membentuk nukleosida difosfat dan
trifosfat (Gambar 32-4).
NH2 NH2 O O
N N N HN
N HN
9 1 9 1
N O H2N N O N
N N N
HO HO HO HO
O O O O
OH OH OH OH OH OH OH OH
Adenosin Sitidin Guanosin Uridin
GAMBAR 32–3 Ribonukleosida, digambar sebagai konformasi sin.

BAB 32 Nukleotida 341
NH2 NH2 NH2

N N N
N N N
O –
O O –
N N
N N
N N
HO P O P O P O CH2
O HO HO
O O– O O O
OH OH
Syn Anti
OH OH OH OH
Adenosin 5'-monofosfat (AMP)

GAMBAR 32–5 Konformasi sin dan anti pada adenosin berbeda
jika dilihat berdasrkan orientasi di sekitar ikatan N-glikosida.
Adenosin 5'difosfat (ADP)

N-Glikosida Heterosiklik Terdapat
Adenosin 5'-trifosfat (ATP)
Sebagai Konformasi Sin dan Anti
Rintangan sterik oleh basa heterosiklik membatasi rotasi di
GAMBAR 32–4 ATP, difosfatnya, dan monofosfatnya.
sekitar ikatan β-N-glikosida nukleosida dan nukleotida. Oleh
sebab itu, keduanya terdapat sebagai konformasi sin atau
anti yang tidak dapat mengalami interkonversi (Gambar 32–
5). Konformasi sin dan anti ditemukan di alam, namun
konformasi anti lebih mendominasi.
Tabel 32-1 memuat purin dan pirimidin utama serta
turunan nukleosida dan nukleotidanya. Singkatan satu huruf
TABEL 32-1 Basa Purin, Ribonukleosida, dan Ribonukleotida
Purin atau Pirimidin X=H X = Ribosa X = Ribosa Fosfat
NH2 Adenin Adenosin Adenosin monofosfat (AMP)
N N
N N
O Guanin Guanosin Guanosin monofosfat (GMP)

H N
N
H2N N N
NH2 Sitosin Sitidin Sitidin monofosfat (CMP)
O N
O Urasil Uridin Uridin monofosfat (UMP)

H
N
O N
O Timin Timidin Timidin monofosfat (TMP)

H CH3
N
O N
dX

NH2 NH2 O O
N N CH3
N N HN HN
N N N N O N O N
O O O O O O O O O O O O
P P P P
–
O O– –
O O– –
O O– –
O O–
OH OH OH H OH OH OH H
AMP dAMP UMP TMP
GAMBAR 32–6 Struktur AMP, dAMP, UMP, dan TMP.
digunakan untuk adenin (A), guanin (G), sitosin (C), timin pada tumbuhan mencakup turunan xantin kafein di kopi,
(T), dan urasil (U), baik dalam keadaan bebas maupun yang teofilin di teh, dan teobromin di biji cokelat (Gambar 32-9).
terdapat dalam nukleosida atau nukleotida. Awalan
"d" (deoksi) menunjukkan bahwa gulanya adalah 2'-deoksi- Nukleotida Adalah Asam Polifungsional
D-ribosa (mis. dATP) (Gambar 32-6).
Gugus fosforil primer dan sekunder nukleosida mamiliki
nilai pKa masing-masing sekitar 1,0 dan 6,2. Oleh se-
Modifikasi Polinukleotida bab itu, nukleotida membawa muatan negatif yang ber-
Dapat Menciptakan Struktur Baru makna pada pH fisiologis. Nilai pKa gugus fosforil sekunder
sedemikian rupa sehingga gugus ini dapat berfungsi sebagai
Dalam DNA dan RNA terdapat sejumlah kecil purin dan
pirimidin lain. Contohnya mencakup 5-metilsitosin pada donor atau akseptor proton jika nilai pH dua satuan atau
DNA bakteri dan manusia, 5-hidroksimetilsitosin pada asam lebih di atas atau di bawah netral.
nukleat bakteri dan virus, serta mono- dan di-N-adenin dan
guanin termetilasi pada RNA messenger mamalia (Gambar Nukieotida Menyerap Sinar Ultraviolet
32-7) yang berfungsi dalam pengenalan oligonukleotida dan Ikatan rangkap terkonjugasi pada turunan purin dan
dalam pengaturan waktu-paruh RNA. Nukleotida bebas pirimidin menyerap sinar ultraviolet. Meskipun spektra
mencakup hipoxantin, xantin, asam urat (Gambar 32-8) bergantung pada pH, namun pada pH 7,0 semua
yang merupakan zat-zat antara dalam katabolisme adenin nukleotida umum akan menyerap sinar yang panjang
dan guanin (lihat Bab 33). Basa heterosiklik termetilasi gelombangnya mendekati 260 nm. Oleh sebab itu,
konsentrasi nukleotida dan asam nukleat sering dinyatakan
NH2 NH2
O O
CH3 CH2OH
N N HN N HN N
O O N N O N N
N N
H H H H H
5-Metilsitosin 5-Hidroksimetilsitosin Hipoxantin Xantin

(6-oksopurin) (2,6-dioksopurin)
H3C CH3 O
N O CH3 H
HN N
N N
N HN 7 O
O N N
N H2N N
H
N N
H
Asam urat
Dimetilaminoadenin 7-Metilguanin (2,6,8-trioksipurin)
GAMBAR 32–7 Empat pirimidin dan purin yang jarang GAMBAR 32–8 Struktur hipoxantin, xantin, dan asam urat,
terdapat di alam. digambar sebagai tautomer okso.

O CH3 P
H3C N Adenin Ribosa P O SO32–
N
GAMBAR 32–11 Adenosin 3'-fosfat-5'fosfosulfat.

O N
N
CH3
membentuk konjugat glukuronida bilirubin (lihat Bab 31)
GAMBAR 32–9 Kafein, suatu trimetilxantin. Dimetilxantin dan konjugat glukuronida banyak obat, mencangkup spirin.
teobromin dan teofilin tampak serupa tetapi masing-masing tidak CTP ikut serta dalam biosintesis fosfogliserida, sfingomielin,
memiliki gugus metil di N-1 dan di N-7.
dan sfingosin lain (lihat Bab 24). Banyak koenzim
mengandung nukleotida serta struktur yang serupa dengan
nukleotida purin dan pirimidin (Tabel 32-2).
sebagai "absorbansi pada 260 nm." Efek mutagenik sinar
ultraviolet terjadi karena sinar ultraviolet yang diserap oleh
nukleotida DNA menimbulkan pengubahan kimiawi (lihat
Nukleosida Trifosfat Memiliki Potensial
Bab 35). Pemindahan Gugus yang Tinggi
Nukleotida trifosfat memiliki dua ikatan anhidrida asam dan
Nukleotida Memiliki
satu ikatan ester. Anhidrida asam, tidak seperti ester,
Berbagai Fungsi Fisiologis memiliki potensial yang tinggi untuk memindahkan gugus.
Selain fungsinya sebagai prekursor asam nukleat, ATP, GTP, ΔG0′ untuk hidrolisis masing-masing dari kedua gugus
UTP, CTP, dan turunannya masing-masing memiliki fungsi fosforil terminal (β dan γ) pada nukleosida trifosfat adalah
fisiologis tersendiri yang dibahas di bab lain. Beberapa contoh sekitar -7 kkal/mol (-30 kJ/ mol). Potensial memindahkan
adalah peran ATP sebagai transduser biologis utama untuk gugus yang tinggi pada nukleosida trifosfat purin dan
energi bebas, dan peran cAMP sebagai caraka kedua pirimidin ini bukan hanya memungkinkan keduanya
(Gambar 32-10). Konsentrasi intraselular rerata ATP, berfungsi sebagai reagen transfer gugus, terutama gugus γ-
nukleotida bebas yang paling melimpah di sel mamalia, fosforil, tetapi kadang-kadang juga memindahkan gugus
adalah sekitar 1 mmol/L. Karena cAMP dibutuhkan dalam nukleotida monofosfat yang disertai dengan pembebasan
jumlah kecil, konsentrasi cAMP intraselular (sekitar 1 nmol/ PPi. Pemutusan suatu ikatan anhidrida asam biasanya
L) adalah enam kali lipat di bawah ATP. Contoh lainnya digabungkan dengan proses-proses yang sangat endergonik,
adalah adenosin 3'-fosfat-5'-fosfosulfat (Gambar 32-11), seperti sintesis ikatan kovalen—misalnya polimerisasi
donor sulfat untuk proteoglikan bersulfat (lihat Bab 50) dan nukleosida trifosfat untuk membentuk asam nukleat (lihat
untuk konjugat sulfat obat; dan donor gugus metil S- Bab 34).
adenosiImetionin (Gambar 32-12). GTP berfungsi sebagai
regulator alosterik dan sebagai sumber energi sintesis ANALOG NUKLEOTIDA
protein, dan cGMP (Gambar 32-10) berfungsi sebagai
caraka kedua pada saat relaksasi otot polos dalam merespons
SINTETIK DIGUNAKAN
nitrit oksida (NO) (lihat Bab 51). DALAM KEMOTERAPI
Turunan-turunan UDP-gula ikut serta dalam epime- Analog sintetik purin, pirimidin, nukleosida, dan nuk-
risasi gula dan dalam biosintesis glikogen (lihat Bab 18), leotida yang cincin heterosiklik atau gugus gulanya
glukosil disakarida, dan oligosakarida glikoprotein dan mengalami modifikasi memiliki banyak kegunaan
proteoglikan (lihat Bab 46 & 50). UDP-asam glukuronat dalam kedokteran klinis.
NH2
N
N
NH2 O
N N N N
N HN
COO– CH3 CH2
N N H2N N N O
CH CH2 CH2 S
+
O CH2 O CH2
NH3+
O O
– –
O P O O P O HO OH
O O
OH OH
Metionin Adenosin
GAMBAR 32–10 cAMP, 3,5-AMP siklik, dan
cGMP, 3, 5-GMP siklik. GAMBAR 32–12 S-Adenosilmetionin.

TABLE 32-2 Banyak Koenzim dan Senyawa Terkait Efek toksik obat-obat timbul akibat terinhibisinya enzim-
Merupakan Turunan Adenosin Monofosfat enzim yang esensial untuk sintesis asam nukleat atau
akibat masuknya obat-obat ini ke dalam asam nukleat
NH2
sehingga mengganggu pembentukan pasangan basa. Para
N N Adenin ahli onkologi menggunakan 5-fluoro- atau 5-iodourasil, 3-
deoksiuridin, 6-tioguanin dan 6-merkaptopurin, 5- atau 6-
N N
O azauridin, 5- atau 6-azasitidin, serta 8-azaguanin (Gambar
32-13) yang tergabung ke dalam DNA sebelum pembelah-
R O P O CH2
an sel terjadi. Alopurinol, suatu analog purin yang
–
O n O digunakan dalam pengobatan hiperurisemia dan gout,
dapat menghambat biosintesis purin dan aktivitas xantin
oksidase. Sitarabin digunakan dalam kemoterapi kanker,
R'' O OR'
dan azatioprin, yang dikatabolisme menjadi 6-merkapto-
D-Ribosa purin, digunakan dalam transplantasi organ untuk menek-
an reaksi penolakan imunologik (Gambar 32–14).
Koenzim R R Rè n
Metionin aktif Metionina H H 0 Analog Nukleosida Trifosfat yang Tak-

terhidrolisis Berfungsi Sebagai Alat Riset
Asam amino Asam amino H H 1
adenilat
Analog nukleosida trifosfat sintetik yang tak-terhidrolisis
(Gambar 32-15) memungkinkan peneliti untuk dapat
Sulfat aktif SO32- H po32- 1 membedakan efek nukleotida yang timbul akibat transfer
3′,5′-AMP siklik H po32- 1 fosforil dengan efek yang timbul akibat didudukinya tempat
ikatan nukleotida alosterik di enzim yang bersangkutan (lihat
NADb Nikotinamida H H 2
Bab 9).
NADPb Nikotinamida PO32- H 2
FAD Riboflavin H H 2 DNA DAN RNA

Koenzim A Pantotenat H po3 2
ADALAH POLINUKLEOTIDA
2-
Menggantikan gugus fosforil. Gugus 5'-fosforil pada suatu mononukleotida dapat

a
b
R adalah turunan vitamin B.
mengesterifikasi gugus hidroksil kedua sehingga membentuk
suatu fosfodiester. Umumnya gugus —OH kedua ini adalah
3'-OH pada pentosa nukleotida kedua. 3'-OH pentosa
nukleotida kedua tersebut membentuk dinukleotida yang
O O
I
HN 5 HN
6
N
O O
N N
HO HO O
O
F O N
HN
O HN 5 8
N
H2N N
2′ O N
N H
HO H H HO OH
5-Iodo-2′-deoksiuridin 5-Fluorourasil 6-Azauridin 8-Azaguanin
SH SH OH
6 N 6 N 6
N N N1 5
N
2 4
3
N H2N N N
N N N
H H H
6-Merkaptopurin 6-Tioguanin Alopurinol
GAMBAR 32–13 Beberapa analog purin dan pirimidin sintetik.

NH2 Oleh sebab itu, DNA akan bertahan untuk waktu yang lama
sehingga dapat dideteksi di dalam fosil. RNA jauh lebih tidak
N stabil dibandingkan dengan DNA karena gugus 2'-hidroksil
RNA (tidak terdapat di DNA) berfungsi sebagai suatu
HO N O nukleofil sewaktu hidrolisis ikatan 3',5'-fosfodiester
O
berlangsung.
HO Modifikasi pascatranslasi polinukleotida yang telah
terbentuk sebelumnya dapat menghasilkan struktur-struktur
OH
lain, misalnya pseudouridin, yaitu nukleosida dengan D-
ribosa yang berikatan dengan C-5 urasil melalui ikatan
Sitarabin
karbon-ke-karbon dan bukan melalui ikatan β-N-glikosida
yang seperti biasanya. Nukleotida asam pseudouridilat (ψ)
NO2
terbentuk melalui tata-ulang UMP dari tRNA yang telah
N terbentuk sebelumnya. Demikian juga, metilasi oleh S-
adenosilmetionin UMP dari tRNA yang sudah ada
N
S membentuk TMP (timidin monofosfat) yang mengandung
H3C ribosa dan bukan deoksiribosa.
NH
N
Polinukleotida Adalah
N Makromolekul Berarah
N
Ikatan fosfodiester menghubungkan 3'-karbon dan 5'-
Azatioprin
karbon monomer-monomer yang berdekatan. Jadi, masing-
GAMBAR 32–14 Arabinosilsitosin {sitarabin) dan azatioprin. masing ujung suatu polimer nukleotida adalah berbeda. Oleh
sebab itu, kita menyebutnya dengan "ujung-5"' atau
gugus-gugus pentosanya dihubungkan oleh ikatan 3',5' "ujung-3"' polinukleotida, ujung-5' adalah ujung yang
fosfodiester untuk membentuk "tulang-punggurtg" RNA dan mempunyai 5-hidroksil bebas atau terfosforilasi.
DNA. Pembentukan sebuah dinukleotida terjadi akibat Urutan basa atau struktur primer suatu polinukleotida
eliminasi air yang terletak di antara dua mononukleotida. dapat direpresentasikan seperti pada gambar di bawah ini.
Namun, pembentukan dinukleotida dalam sistem biologis Ikatan fosfodiester diwakili oleh P atau p, basa diwakili oleh
tidak terjadi dengan cara ini karena reaksi dalam arah huruf tunggal, dan pentosa oleh garis vertikal.
sebaliknya yaitu hidrolisis ikatan fosfodiester, dari segi
A T C A
termodinamik, lebih mudah terjadi. Meskipun ΔG-nya,
sangat memungkinkan reaksi berlangsung, hidrolisis ikatan
fosfodiester DNA akan berlangsung dalam waktu yang
sangat lama jika tidak dikatalisis oleh fosfodiesterase.
P P P P OH
O O O
Pu/Py R O P O P O P O–
O– O– O– Jika semua ikatan fosfodiester adalah 3′ → 5′, notasi

Nukleosida trifosfat induk yang lebih singkat dapat dibuat:
O O O pGpGpApTpCpA
–
Pu/Py R O P O P CH2 P O Notasi ini menunjukkan bahwa 5'-hidroksil—dan bukan
O –
O –
O – 3'-hidroksil —mengalami fosforilasi. Representasi yang paling
Turunan β,γ-metilen singkat, misalnya GGATC, hanya memperlihatkan urutan
basa berujung 5' di kiri dan berujung 3' di kanan. Gugus
O O O
H fosforil dianggap ada, tetapi tidak diperlihatkan.
Pu/Py R O P O P N P O–
– – –
O O O
Turunan β,γ-imino RINGKASAN
GAMBAR 32–15 Turunan sintetik nukleosida trifosfat yang ■ Dalam keadaan fisiologis, tautomer amino dan okso purin,
gugus fosforil terminalnya tidak dapat mengalami pembebasan pirimidin, dan turunan-turunannya mendominasi.
hidrolitik. (Pu/Py, basa purin atau pirimidin; R, ribosa atau ■ Selain A, G, C, T, dan U, asam nukleat juga mengandung
deoksiribosa.) Tampak nukleosida trifosfat induk (dapat dihidrolisis;
sedikit 5-metilsitosin, 5-hidroksimetilsitosin, pseudouridin
atas) dan turunan β-metilen (tengah) dan γ-imino (bawah) yang
tidak dapat dihidrolisis. (ψ), dan basa heterosiklik N-termetilasi.

■ Sebagian besar nukleosida mengandung D-ribosa atau 2- ■ Analog sintetik basa purin dan pirimidin serta turunan-
deoksi-D-ribosa yang berikatan dengan N-1 pirimidin atau turunannya memiliki peran sebagai obat antikanker karena
N-9 purin melalui ikatan β-glikosida. Sebagian besar memiliki mampu menghambat suatu enzim dalam biosintesis
konformasi sin. nukleoticla atau karena dapat terinkorporasi ke dalam
■ Angka yang diberi tanda aksen menggambarkan posisi fosfat DNA atau RNA.
pada gula mononukleotida (mis. 3'- GMP, 5'-dCMP). Gugus
fosforil lain yang berikatan dengan yang pertama melalui REFERENSI
ikatan anhidrida asam membentuk nukleosida difosfat dan Adams RLP, Knowler JT, Leader DP: The Biochemistry of the Nu-
trifosfat. cleic Acids, 11th ed. Chapman & Hall, 1992.
■ Nukleosida trifosfat memiliki potensial pemindahan gugus Blackburn GM, Gait MJ: Nucleic Acids in Chemistry & Biology.
yang tinggi dan ikut serta dalam sintesis ikatan kovalen. IRL Press, 1990.
Fosfodiester siklik cAMP dan cGMP berfungsi sebagai cara Pacher P, Nivorozhkin A, Szabo C: Therapeutic effects of xanth-
kedua intrasetular. ine oxidase inhibitors: renaissance half a century after the
discovery of allopurinol. Pharmacol Rev 2006;58:87.
■ Mononukleotida yang berikatan melalui ikatan fosfodiester
3′ → 5′membentuk polinukleotida, yaitu makromolekul
berarah dengan ujung 3-' dan 5-' yang berbeda. Untuk
pTpGpT atau TGCATCA, ujung 5-' terletak di kiri, dan
semua ikatan fosfodiester adalah3′ → 5′.

33
B A B
Metabolisme Nukleotida
Purin dan Pirimidin
TUJUAN ■ Membandingkan dan membedakan peran asam nukleat dari makanan dan asam
nukleat yang disintesis de nova pada pembentukan purin dan pirimidin untuk
biosintesis polinukleotida.
Setelah mempelajari bab ini, ■ Menjelaskan mengapa obat antifolat dan analog asam amino glutamin
Anda diharapkan dapat: menghambat biosintesis purin.
■ Menguraikan secara garis besar reaksi-reaksi yang mengubah IMP, pertama
menjadi AMP dan GMP, dan kemudian menjadi nukleosida trifosfatnya.
■ Menjelakan pembentukan deoksiribonukleotida (dNTP) dari ribonukleotida.
■ Menunjukkan peran regulatorik PRPP pada biosintesis purin di hati dan reaksi
spesifik biosintesis purin di hati yang dihambat dengan umpan-balik oleh AMP
dan GMP.
■ Menjelaskan pentingnya pengendalian terkoordinasi pada bioasintesis
nukleotida purin dan pirimidin.
■ Menyebutkan reaksi-reaksi yang dihambat oleh obat antikanker.
■ Menuliskan struktur produk akhir katabolisme purin. Memberi penjelasan
menganai kelarutannya dan menunjukkan perannya pada gout, sindrom
Lesch-Nyhan, dan penyakit von Gierke.
■ Menyebutkan reaksi-reaksi yang jika tergantung dapat menyebabkan tanda dan
gejala patologis yang termodifikasi.
■ Menyejaskan mengapa hanya terdapat sedikit kalainan katabolisme pirimidin
yang secara klinis bermakna.
PERAN BIOMEDIS defisiensi adenosin deaminase, dan defisiensi purin nuk-

Meskipun manusia mengonsumsi diet yang kaya akan leosida fosforilase. Penyakit biosintesis pirimidin lebih jarang
nukleoprotein, purin dan pirimidin dari makanan tidak ditemukan tetapi mencakup asiduria orotat. Tidak seperti
digabungkan secara langsung ke dalam asam nukleat jaringan. asam urat berkelarutan rendah yang terbentuk dari
Manusia mensintesis asam nukleat, ATP, NAD+, koenzim A, katabolisme purin, produkakhir katabolisme pirimidin
dan sebagainya dari zat-zat antara amfibolik. Namun, injeksi (karbon dioksida, amonia, β- alanin, dan γ-aminoisobutirat)
analog purin atau pirimidin, antara lain obat antikanker sangat larut dalam air. Salah satu kelainan genetik
potensial, dapat digabungkan ke dalam DNA. Biosintesis katabolisme pirimidin adalah asiduria β- hidroksibutirat,
ribonukleotida purin dan pirimidin trifosfat (NTP) dan dNTP akibat defisiensi enzim dihidropirimidin dehidrogenase total
merupakan proses-proses yang diatur dengan sangat ketat. atau parsial. Kelainan katabolisme pirimidin ini, dikenal juga
Mekanisme umpan-balik memastikan molekul-molekul ini sebagai gabungan urasiluria-timinuria, juga merupakan
disintesis dalam jumlah yang tepat dan pada waktu yang sesuai gangguan biosintesis asam β- amino, karena pembentukan β-
dengan kebutuhan fisiologis yang bervariasi (misalnya, alanin dan β- aminoisobutirat terganggu. Bentuk nongenetik
pembelahan sel). Penyakit akibat gangguan metabolisme dapat dipicu oleh pemberian 5-fluorourasil pada pasien yang
purin pada manusia mencakup gout, sindrom Lesch-Nyhan, memiliki kadar dihidropirimidin dehidrogenase yang rendah.
347

PURIN & PIRIMIDIN TIDAK Ada tiga proses yang berperan dalam biosintesis
nukleotida purin, ketiga proses tersebut diurutkan mulai dari
ESENSIAL SECARA DIETETIK yang paling penting.
Jaringan tubuh manusia normal dapat mensintesis purin dan 1. Sintesis dari zat-zat antara amfibolik (sintesis de novo).
pirimidin dari zat-zat antara amfibolik dalam jumlah dan 2. Fosforibosilasi purin.
waktu yang sesuai untuk memenuhi kebutuhan fisiologis 3. Fosforilasi nukleosida purin.
yang bervariasi. Oleh sebab itu, asam nukleat dan nukleotida
yang dimakan bersifat nonesensial secara dietetik. Setelah
purin dan pirimidin diuraikan di saluran cerna, mononu- INOSIN MONOFOSFAT
kleotida yang dihasilkan dapat diserap atau diubah menjadi
basa purin dan pirimidin. Basa purin kemudian dioksidasi (IMP) DISINTESIS DARI ZAT
menjadi asam urat, yang dapat diabsorpsi atau diekskresi ANTARA AMFIBOLIK
dalam urin. Tidak seperti purin atau pirimidin dari makanan
(Gambar 33-2) memperlihatkan zat-zat antara dan 11
yang tidak atau sedikit digabungkan, senyawa purin atau
pirimidin dalam bentuk injeksi digabungkan ke dalam asam reaksi yang dikatalisis oleh enzim yang mengubah α-
D-ribosa 5-fosfat menjadi inosin monofosfat (IMP).
nukleat jaringan. Oleh sebab itu, penggabungan [3H] timidin
Zat antara pertama yang terbentuk pada jalur de novo
injeksi ke dalam DNA yang baru terbentuk dapat digunakan
biosintesis purin adalah 5-fosforibosil 5-pirofosfat (PRPP;
untuk mengukur Iaju sintesis DNA.
struktur II, Gambar 33-2). PRPP juga merupakan zat
antara pada biosintesis nukleotida pirimidin, NAD+, dan
BIOSINTESIS NADP+. Perakitan bertahap dari cincin purin beranggota 9
NUKLEOTIDA PURIN kemudian mengambil tempat di PRPP sebagai perancah.
Kecuali protozoa parasit, semua bentuk kehidupan lain Cabang-cabang terpisah kemudian menghasilkan AMP
mensintesis nukleotida purin dan pirimidin. Sintesis dari dan GMP dari IMP (Gambar 33-3). Pemindahan fosforil
zat-zat antara amfibolik berlangsung pada laju yang selanjutnya dari ATP mengubah AMP dan GMP menjadi
dikontrol agar sesuai dengan semua fungsi selular. Untuk ADP dan GDP. Pengubahan GDP menjadi GTP melibatkan
mencapai homeostasis, mekanisme intraselular mendeteksi pemindahan fosforil kedua dari ATP, sementara pengubahan
dan meregulasi besarnya jumlah kornpartemen nukleotida ADP menjadi ATP tercapai terutama melalui fosforilasi
trifosfat (NTP), yang meningkat selama masa pertumbuhan oksidatif (lihat Bab 13).
atau regenerasi jaringan ketika sel-sel membelah dengan
cepat.
Multifunctional Catalysts Participate
Sintesis in vivo nukleotida purin dan pirimidin ber-
in Purine Nucleotide Biosynthesis
langsung pada kecepatan yang konsisten dengan kebutuhan
fisiologis. Penelitian-penelitian awal mengenai biosintesis Pada prokariot, setiap reaksi di (Gambar 33-2) dikatalisis
nukleotida mula-mula menggunakan burung dan kemudian oleh polipeptida yang berlainan. Sebaliknya, enzim-enzim
Escherichia cali. Prekursor isotopik asam urat yang diberikan pada eukariot adalah polipeptida yang mempunyai aktivitas
sebagai makanan bagi burung dara terbukti sebagai sumber katalitik multipel dengan tempat katalitik yang berdekatan
dari setiap atom pada suatu basa purin (Gambar 33-1) dan memfasilitasi penyaluran zat-zat antara di antara tempat-
memicu dilakukannya penelitian mengenai zat-zat antara tempat tersebut. Tiga enzim multifungsional yang berbeda
dalam biosintesis purin. jaringan unggas juga berfungsi mengatalisis reaksi ③, ④, dan ⑥; reaksi ⑦ dan ⑧; serta
sebagai sumber gen klon yang menyandi enzim-enzim reaksi ⑩ dan ⑪ pada (Gambar 33–2).
biosintesis purin dan protein regulatorik yang mengontrol
laju biosintesis purin.
Obat Antifolat dan Analog Glutamin
CO2 respiratorik
Glisin
Menghambat Biosintesis Nukleotida Purin
Aspartate Penambahan karbon pada reaksi ④ dan ⑩ di (Gambar 33–
C 2)berasal dari turunan tetrahidrofolat. Meskipun jarang
N
N1
6
5
C 7 terjadi pada manusia, defisiensi purin umumnya
8 C mencerminkan defisiensi asam folat. Senyawa-senyawa yang
C
2 4
C 9 N 5,N10 -Metenil- menginhibisi pembentukan tetrahidrofolat sehingga
3
N tetrahidrofolat
10
N - Formil- N
H menghambat sintesis purin digunakan dalam kemoterapi
tetrahidro-
folat kanker. Berbagai senyawa inhibitorik dan reaksi yang
dihambat senyawa tersebut mencangkup azaserin (reaksi ⑤,
Gambar 33–2), diazanorleusin (reaksi ②, Gambar 33–2), 6-
Nitrogen amida glutamin merkaptopurin (reaksi ⑬ dan ⑭, Gambar 33–3), dan asam
GAMBAR 33–1 Sumber atom nitrogen dan karbon cincin mikofenolat (reaksi ⑭, Gambar 33–3).
purin. Atom 4, 5, dan 7 (diberi warna biru) berasal dari glisin.

Glisin 7 +
7 NH 3
NH 3+ H2C 5
H2C 5
5 5 O C4 N5,N10-
P O CH 2 P O CH 2 p O CH2 O C4 NH Metenil-
ATP AMP Glutamin Glutamat 9 O– P O H2C H4 folat H4 Folat H
+
H H NH 3 N
O O H 2O PPi O O H2C5 7 8 CH
1 2 3 4
4 1
H H Mg 2+ H H H H Mg 2+ H H C4 9 O
H OH H 3 2 O P O P PRPP Glutamil H H H H Formiltransferase NH
Amidotransferase ATP ADP + Pi O
PRPP
OH OH Sintesis OH OH OH OH OH OH R-5- P
α-D-Ribosa 5-fosfat Fosforibosil pirofosfat 5-Fosfo-β- D- Glisinamida
(I) (PRPP) (II) ribosilamin (III) ribosil-5-fosfat (IV) Formilglisinamida
ribosil-5-fosfat (V)
– OOC
Gln
+ ATP
HC NH3 VI Sintetase 5 Mg +
2
Aspartat Glu
CH2
– OOC
COO – O O ATP, Mg 2 +
– OOC
H 2O CO2 H2O Penutupan cincin N
CH C N C N N H
HC N1 6 C 8 –O 6 7 HC 6 H2C5 7 8 CH
5 5
H CH CH CH
HC 4
C 4
C C4 9 O
H 2C 3
N IX Sintetase
3
N VII Karboksilase N VII Sintetase 3
H2 N H2 N H2N HN NH
– OOC
– OOC
R-5- P R-5- P R-5- P R-5- P
Fumarate
Aminoimidazol suksinil Aminoimidazol karboksilat Aminoimidazol Formilglisinamidin
9 kerboksamida ribosil-5fosfat (IX) ribosil-5fosfat (VIII) ribosil-5fosfat (VII) ribosil-5-fosfat (VI)
Adenilosuksinase
O N 10-Formil- O O
H4 folat H4 folat H 2O
C N C N C N
H2 N C 10 H2N C 11 HN C
CH CH CH
C O C C Penutupan cincin HC C
H2N N Formiltransferase H N N N N
H IMP Siklohidrolase
R-5- P R-5- P R-5- P
Aminoimidazol karboksamida Formimidoimidazol karboksamida Inosin monofosfat (IMP)

ribosil-5-fosfat (X) ribosil-5fosfat (XI) ( XII)
GAMBAR 33–2 Biosintesis purin dari ribosa 5-fosfat dan ATP. Lihat teks untuk penjelasan. ( P , PO32- atau PO2-.)
07/11/14 7:23 PM
349
– H –
– H – OOC C C COO
OOC C C COO H2
H2 H H
O + H 2O NH – – NH 2
NH 3 OOC C C COO
N N N
HN 12 N 13 N
+
GTP, Mg 2
N N N N Adenilosuksinase N N
Adenilosuksinat
R-5- P sintase R-5- P R-5- P
Inosin monofosfat Adenilosuksinat Adenosin monofosfat
(IMP) (AMPS) (AMP)
+
NAD H 2O
14
IMP Dehidrogenase
NADH
+ H+
O Glutamin Glutamat O
N N
HN 15 HN
ATP
O N N H2N N N
H Transamidinase
R-5- P R-5- P
Xantosin monofosfat Guanosin monofosfat
(XMP) (GMP)
GAMBAR 33–3 Perubahan IMP menjadi AMP dan GMR.
"REAKSI PENYELAMATAN" "penyelamatan" dan untuk digunakan oleh jaringan-jaringan

yang tidak mampu membentuk kedua zat tersebut. Otak
MENGUBAH PURIN & manusia memiliki PRPP glutamil amidotransferase dalam
kadar yang rendah (reaksi ②, Gambar 33–2) sehingga
NUKLEOSIDANYA MENJADI bergantung sebagian pada purin eksogen. Eritrosit dan
MONONUKLEOTIDA leukosit polimorfonuldear tidak mampu mensintesis 5-
fosforibosilamin (struktur III, Gambar 33-2) sehingga
Pengubahan purin, ribonukleosida, dan deoksiribonuk-
menggunakan purin eksogen untuk membentuk nukleotida.
leosidanya menjadi mononukleotida memerlukan "reaksi
penyelamatan" reaksi ini memerlukan energi dalam jumlah
yang jauh lebih sedikit daripada sintesis de novo. Mekanisme BIOSINTESIS PURIN HEPATIK
yang lebih penting melibatkan fosforibosilasi purin bebas
(Pu) oleh PRPP (struktur II, Gambar 33-2) untuk DIATUR SANGAT KETAT
membentuk purin 5'-mononukleotida (Pu-RP). Umpan Balik AMP dan GMP Meregulasi
Pu + PR-PP → Pu-RP + PPi PRPP Glutamil Amidotransferase
Pemindahan fosforil dari PRPP yang dikatalisis oleh Biosintesis IMP memerlukan energi yang sangat banyak.
adenosin transferase dan hipoxantin-fosforibosil transferase, Selain ATP, glisin, glutamin, aspartat, dan turunan
(masing-masing, EC 2.4.2.7 & EC 2.4.2.8), mengubah tetrahidrofolat tereduksi juga dikonsumsi. Oleh sebab itu,
adenin, hipoxantin, dan guanin menjadi mononukleotidanya pengaturan ketat biosintesis purin memberi keuntungan bagi
(Gambar 33-4). kelangsungan hidup dalam menanggapi kebutuhan fisiologis
yang bervariasi. Hal yang paling menentukan dalam laju
Mekanisme penyelamatan kedua melibatkan pemindah-
biosintesis nukleotida purin de novo adalah konsentrasi
an fosforil dari ATP ke ribonukleosida purin (Pu-R):
PRPP. Konsentrasi PRPP bergantung pada laju sintesis,
Pu-R + ATP → PuR-P + ADP penggunaan, degradasi, dan regulasi PRPP. Laju sintesis
Fosforilasi nukleotida purin, yang dikatalisis oleh ade-nosin PRPP bergantung pada ketersediaan ribosa 5-fosfat dan pada
kinase (EC 2.7.1.20), mengubah adenosin dan aktivitas PRPP sintase, EC 2.7.6.1 (reaksi ② Gambar 33-5) ,
deoksiadenosin menjadi AMP dan dAMP. Begitu pula, suatu enzim yang aktivitasnya dihambat dengan umpan-balik
deoksisitidin kinase (EC 2.7.1.24) memfosforilasi deoksisi- oleh AMP, ADP, GMP, dan GDP. Oleh sebab itu,
tidin dan 2'-deoksiguanosin, membentuk dCMP dan dGMP. peningkatan kadar nukIeosida fosfat ini memberi sinyal
untuk menurunkan biosintesis PRPP secara keseluruhan
Hepar, tempat utama biosintesis nukleotida purin,
sesuai dengan kebutuhan fisiologis.
menyediakan purin dan nukleosida purin untuk

BAB 33 Metabolisme Nukleotida Purin dan Pirimidin 351
NH 2 NH 2 Ribosa 5-fosfat + ATP

PRPP PP i
N N
N N 1
N N N N
H P O H2C
PRPP
Adenin O
Adenin
2
fosforibosil ––-
H H
transferase 5-Fosforibosilamin
H H
OH OH
AMP
O O
PRPP PP i
N N
HN HN – –
N N N N
H
Hipoxantin P O H2C
O
H H IMP
Hipoxantin-guanin H H
fosforibosiltransferase OH OH
IMP
O O
AMP GMP
N N
HN HN
H2N N N H2N N N
H
Guanin ADP GDP
PRPP PP i
P O H2C
O
ATP GTP
H H
H H GAMBAR 33–5 Kontrol laju biosintesis nukleotida purin de
OH OH novo. Reaksi ① dan ② masing-masing dikatalisis oleh PRPP sintase
GMP dan PRPP glutamit amidotransferase. Garis utuh menunjukkan alur
kimia. Garis merah putus-putus menunjukkan inhibisi umpan-balik
GAMBAR 33–4 Fosforibosilasi adenin, hipoxantin, dan guanin oleh zat-zat antara dalam jalur tersebut.
masing-masing untuk membentuk AMP, IMP, dan GMP.
IMP
Umpan Balik AMP & GMP Meregulasi

– –
Pembentukannya dari IMP +
Selain regulasi di tingkat biosintesis PRPP, mekanisme lain
meregulasi pengubahan IMP menjadi ATP dan GTP proses ini AMPS XMP
dirangkum dalam (Gambar 33-6) . Umpan balik AMP
menginhibisi adenilosuksinat sintase EC 6.3.4.4 (reaksi ⑫, +
Gambar 33–3) , dan GMP menghambat IMP dehidrogenase
EC 1.1.1.205 (reaksi ⑭ , Gambar 33–3) . Lebih jauh lagi, AMP GMP
pengubahan IMP menjadi adenilosuksinat hingga menjadi
AMP (reaksi ⑫, Gambar 33–3) memperlukan GTP, dan ADP GDP
pengubahan xantinilat (XMP) menjadi GMP memerlukan
ATP. Oleh sebab itu, regulasi-silang jalur-jalur metabolisme
ATP GTP
IMP ini berfungsi menjaga keseimbangan biosintesis
nukleosida trifosfat purin dengan menurunkan sintesis sebuah GAMBAR 33–6 Regulasi pada konversi IMP menjadi
nukleotida purin jika terjadi defisiensi nukleotida-nukleotida nukleotida adenosin dan nukleotida guanosin. Garis utuh
menunjukkan alur kimia. Garis hijau putus-putus menunjuk-
lain. AMP dan GMP juga menginhibisi hipoxantin-guanin kan lengkung umpan-balik positif + dan garis merah putus-
⊝
fosforibosiltransferase, yang mengubah hipoxantin dan guanin putus menunjukkan lengkungan umpan-balik negatif – .
menjadi IMP dan GMP (Gambar 33-4), dan umpan-balik Singkatan-singkatan mencangkup AMPS (adenilosuksinat) dan
GMP menginhibisi PRPP glutamit amidotransferase (reaksi ②, XMP (xantosin monofosfat), yang strukturnya diberikan pada
(Gambar 33-3).
Gambar 33–2).

Ribonukleotida Nukleotida
reduktase purin
Ribonukleosida 2′-Deoksiribonukleosida
difosfat difosfat
Tioredoksin Tioredoksin PRPP

tereduksi teroksidasi
Tioredoksin
reduktase
ATP + Ribosa
NADP+ NADPH + H+ 5-fosfat
+ –
GAMBAR 33–7 Reduksi ribonukleosida difosfat menjadi 2'- Asparat
deoksiribonukleosida difosfat. ATP + CO2
+ Glutamin CAP
REDUKSI RIBONUKLEOSIDA – –
CAA
DIFOSFAT MEMBENTUK DHOA
DEOKSIRIBONUKLEOSIDA DIFOSFAT PRPP

OA
Reduksi 2'-hidroksil ribonukleotida purin dan pirimidin, OMP

yang dikatalisis oleh kompleks ribonukleotida reduktase, EC
UMP
1.17.4.1 (Gambar 33–7), membentuk deoksiribonuk-leosida
UDP
difosfat (dNDP) yang diperlukan baik untuk sintesis maupun CTP UTP
perbaikan DNA (lihat Bab 35). Kompleks enzim ini hanya
aktif jika sel sedang aktif mensintesis DNA. Reduksi
memerlukan tioredoksin, tioredoksin reduktase, (EC 1.8.1.9), UDP
dan NADPH. Reduktan yang terbentuk, yaitu tioredoksin TDP
tereduksi, dihasilkan oleh NADPH: tioredoksin reduktase dUDP
(Gambar 33-7). Reduksi ribonukleosida difosfat (NDP) TMP
menjadi deoksiribonukleosida difosfat (dNDP) berada di GAMBAR 33–8 Aspek regulatorik biosintesis ribonukleotida
bawah kontrol regulatorik kompleks agar tercapai produksi purin dan pirimidin dan reduksi menjadi 2'-deoksiribonukleotida-
dNTP yang seimbang untuk sintesis DNA (Gambar 33-8). nya. Garis hijau putus-putus menunjukkan lengkung umpan balik
positif. Garis merah putus-putus menunjukkan lengkung umpan balik
negatif. Singkatan zat-zat antara pada biosintesis nukleotida pirimidin
yang strukturnya diberikan pada (Gambar 33-9) adalah: (CAA,
BIOSINTESIS NUKLEOTIDA karbamoil aspartat; DHOA, dihidroorotat; OA, asam orotat; OMP,
orotidin monofosfat; dan PRPP, fosforibosil pirofosfat).
PIRIMIDIN
(Gambar 33-9) menjelaskan zat-zat antara dan
berbagai enzim dalam biosintesis nukleotida pirimidin.
Katalis reaksi awal adalah karbamoil fosfat sintase II sitosolik
(EC 6.3.5.5) , suatu enzim yang berbeda dari karbamoil fosfat satu polipeptida ini mengatalisis tiga reaksi pertama dalam
sintase I mitokondrial yang berperan dalam sintesis urea (lihat (Gambar 33-9). Enzim bifungsional kedua mengatalisis reaksi
Gambar 28–16). Oleh sebab itu, kompartementasi ⑤ dan ⑥ pada (Gambar 33-9). Kedekatan beberapa tempat
menghasilkan dua kompartemen karbamoil fosfat (untuk aktif pada polipeptida multifungsional memfasilitasi penyaluran
masing-masing proses) yang independen. PRPP, salah satu zat zat-zat antara biosintesis pirimidin yang efisien.
yang berperan pada awal sintesis nukleotida purin (Gambar
33-2), akan ikut serta pada tahap yang jauh lebih belakangan
dalam biosintesis pirimidin. Pengamatan pada komponen DEOKSIRIBONUKLEOSIDA URASIL &
reaksi pada (Gambar 33-9) akan mengungkapkan bahwa
biosintesis nukleosida purin, seperti biosintesis pirimidin, SITOSIN "DISELAMATKAN"
banyak memerlukan energi. Adenin, guanin, dan hipoxantin yang dibebaskan selama
pergantian asam nukleat, terutama RNA pembawa, diubah-
Protein Multifungsional Mengatalisis kembali menjadi nukleosida trifosfat melalui jalur yang
Reaksi Awal Biosintesis Pirimidin disebut sebagai "jalur penyelamatan". Sel mamalia tidak
banyak menggunakan ulang pirimidin bebas sedangkan
Lima dari enam aktivitas enzim pertama dalam biosintesis
"reaksi penyelamatan" mengubah ribonukleosida pirimidin
pirimidin dilakukan oleh polipeptida multifungsional. Salah

CO2 + Glutamin + ATP
Karbamoil
fosfat 1
sintase II
O Aspartat O O
–O C 4 transkar- –O C Dihidro-
+H N bamoilase orotase C
3 3 5 CH 2 4 CH 2
+ H2 N 3 5 CH 2 HN
2
C 6 H
O 1 C 2 C1
2
CH 6
3 C CH
O P + H3 N COO
– O N – O N COO –
COO H
Pi H H2O
Karbamoil Asam Asam Asam dihidroorotat
fosfat aspartat karbamoil (DHOA)
(CAP) NAD +
aspartat (CAA)
Dihidroorotat
dehidrogenase
4
NADH + H +
O O O
CO2 PP i PRPP
4 6 5
HN 3 5 HN HN
2 1 6
O N Asam orotidilat O N COO – Orotat O N COO –
dekarboksilase fosforibosil- H
R-5- P R-5- P transferase Asam orotat
UMP OMP (OA)
ATP
7
ADP NADPH + H+ NADP+

10
UDP dUDP (deoksiuridin difosfat)
Ribonukleotida H2O
ATP
reduktase
8
11
ADP
Pi
UTP dUMP
N5, N10- Metgylene H4 folate
ATP
Glutamin
Timidilat
CTP 12
sintase
sintase
9
H2 folat
NH 2 O
CH3
N HN
O N O N
R-5- -P P - P dR-5- P
CTP TMP
GAMBAR 33–9 Jalur biosintesis nukleotida pirimidin.
uridin dan sitidin serta deoksiribonuideosida pirimidin Metotreksat Menghambat

timidin dan deoksisitidin menjadi masing-masing nukleo- Reduksi Dihidrofolat
tidanya.
Reaksi yang dikatalisis oleh timidilat sintase, EC 2.1.1.45
Guanin + PRPP → GMP + PPi (reaksi ⑫ pada Gambar 33–9) adalah satu-satunya reaksi
Hipoxantin + PRPP → IMP + PPi biosintesis nukleotida pirimidin yang membutuhkan
turunan tetrahidrofolat. Selama reaksi ini, gugus metilen
Fosforiltransferase (kinase) mengatalisis pemindahan pada N5,N10-metilen-tetrahidrofolat direduksi menjadi gugus
gugus γ-fosforil dari ATP ke difosfat pada 2'-deoksisitidin, 2'- metil yang ditransfer ke posisi-5 pada cincin pirimidin, dan
deoksiguanosin, dan 2'-deoksiadenosin, mengubah mereka tetrahidrofolat dioksidasi menjadi dihidrofolat. Agar sintesis
menjadi nukleosida trifosfatnya. pirimidin selanjutnya dapat berlangsung, dihidrofolat harus
direduksi kembali menjadi tetrahidrofolat. Reduksi ini, yang
NDP + ATP → NTP + ADP dikatalisis oleh dihidrofolat reduktase, (EC 1.5.1.3), dihambat
dNDP + ATP → dNTP + ADP oleh metotreksat.

Oleh sebab itu, sel yang sedang membelah, yang harus terkoordinasi dalam biosintesisi keduanya. Jalur biosintesis
menghasilkan TMP dan dihidrofolat, sangat peka terhadap nukleotida purin dan pirimidin ditandai oleh adanya
inhibitor dihidrofolat reduktase seperti obat antikanker beberapa tempat regulasi-silang. PRPP sintesis (reaksi ①,
metotreksat. Gambar 33-2) , yang membentuk suatu prekursor yang
esensial bagi kedua proses, diinhibisi secara umpan balik
Analog Pirimidin Tertentu Merupakan oleh nukleotida purin dan pirimidin.
Substrat bagi Enzim-Enzim Biosintesis
Nukleotida Pirimidin MANUSIA MENGATABOLISME
Alopurinol dan obat antikanker 5-fluorourasil (lihat
Gambar 32–13) adalah substrat alternatif untuk orotat PURIN MENJADI ASAM URAT
fosforibosiltransferase EC 2.4.2.10 (reaksi ⑤, Gambar 33– Manusia mengubah adenosin dan guanosin menjadi asam
9) . Kedua obat ini difosforibosil dan alopurinol dikonversi urat (Gambar 33–11). Adenosin mula-mula diubah menjadi
menjadi nukleotida dengan ribosil fosfat yang menempel inosin oleh adenosin deaminase, EC 3.5.4.4. Pada mamalia
pada N-1 cincin pirimidin. selain primata tingkat tinggi, uratase, (EC 1.7.3.3) mengubah
asam urat menjadi alantoin, suatu produk yang larut air.
Namun, karena manusia tidak memiliki uratase, produk akhir
REGULASI BIOSINTESIS metabolisme purin adalah asam urat.
NUKLEOTIDA PIRIMIDIN
GOUT ADALAH GANGGUAN
Ekspresi Gen dan Aktivitas
METABOLIK KATABOLISME PURIN
Enzim Diregulasi
Berbagai cacat genetik pada PRPP sintase (reaksi ①,
Aktivitas enzim pertama dan kedua dalam biosintesis Gambar 33–2) bermanifestasi secara klinis sebagai gout. Setiap
nukleotida pirimidin dikendalikan oleh regulasi alosterik. cacat—misalnya, peningkatan Vmax, peningkatan afinitas
Karbamoil fosfat sintesis II (reaksi ①, Gambar 33–9) terhadap ribosa 5-fosfat, atau resistensi terhadap inhibisi
diinhibisi oleh UTP dan nukleotida purin tetapi diaktifkan umpan balik—menyebabkan produksi dan ekskresi berbagai
oleh PRPP. Aspartat transkarbamoilase EC 2.1.3.2 (reaksi ②, katabolit purin yang berlebihan. Ketika kadar asam urat
Gambar 33–9) diinhibisi oleh CTP tetapi diaktifkan oleh serum melebihi batas kelarutannya, terjadi kristalisasi
ATP (Gambar 33–10). Selain itu, ketiga enzim pertama dan natrium urat di jaringan lunak dan sendi sehingga
dua enzim terakhir dalam jalur ini diregulasi oleh represi dan menimbulkan reaksi inflamasi, artritis gout. Namun,
derepresi yang terkoordinasi. sebagian besar kasus gout mencerminkan gangguan
pengaturan asam urat di ginjal.
Biosintesis Nukleotida Purin dan Pirimidin
Diregulasi Secara Terkoordinasi
Biosintesis purin dan pirimidin paralel satu sama lain untuk
GANGGUAN LAIN
setiap molnya, hal ini mengisyaratkan adanya kontrol KATABOLISME PURIN
Meskipun keadaan defisiensi purin jarang dijumpai pada
manusia, banyak terdapat penyakit genetik terkait kata-
CDP 2′dCDP 2′dCTP bolisme purin. Hiperurisemia dapat dibedakan berdasarkan
– – – + apakah pasien mengekskresikan urat total dalam jumlah
ATP normal atau berlebihan. Beberapa hiper-urisemia men-
+ cerminkan cacat enzim tertentu. Hiperuri-semia lainnya
UDP 2′dUDP 2′dTTP disebabkan oleh suatu penyakit, misalnya kanker atau
– – – psoriasis yang dapat mempercepat pergantian jaringan.
+ Sindrom Lesch-Nyhan
GDP 2′dGDP 2′dGTP Sindrom Lesch-Nyhan, suatu hiperurisemia akibat pro-
– duksi berlebihan yang ditandai oleh serangan litiasis asam
+
urat berulang dan suatu sindrom aneh "mutilasi-diri",
ADP 2′dADP 2′dATP
mencerminkan cacat pada hipoxantin-guanin fosforibosil
transferase, suatu enzim dalam jalur "penyelamatan" purin
GAMBAR 33–10 Kontrol biosintesis nukleotida pirimidin. Garis (Gambar 33–4). Hal ini disertai dengan peningkatan
utuh menunjukkan alur kimia. Garis hijau putus-putus menunjukkan PRPP intraselular yang menyebabkan produksi purin secara
regulasi umpan
⊝ balik positif + , dan garis merah putus-putus
menunjukkan regulasi umpan balik negatif – berlebihan. Mutasi yang menurunkan atau melenyapkan
aktivitas hipoxantin-guanin fosforibosil transferase

NH2 mencakup delesi, mutasi frame-shift, substitusi basa, dan

N penyimpangan penggabungan mRNA.
N
N N
Penyakit Von Gierke
HO H 2C
O Produksi purin yang berlebihan dan hiperurisemia pada
penyakit von Gierke (defisiensi glukosa-6-fosfatase) terjadi
H H
H H sekunder akibat peningkatan pembentukan prekursor PRPP
OH OH ribosa 5-fosfat. Asidosis laktat yang terjadi juga meningkatkan
Adenosin ambang asam urat di ginjal sehingga meningkatkan kadar urat
H2 O total dalam tubuh.
Adenosin
deaminase Hipourisemia
NH4+
Hipourisemia dan meningkatnya ekskresi hipoxantin dan
O
O xantin disebabkan oleh defisiensi xantin oksidase, EC
N
HN
N HN 1.17.3.2 (Gambar 33–11) akibat cacat genetik atau kerusakan
N hepar yang parah. Pasien dengan defisiensi enzim berat
N H2 N N
N dapat mengalami xantinuria dan litiasis xantin.
HO H C HO H 2C
2
O O
Defisiensi Adenosin Deaminase dan
H H H H
H H H H Nukleosida Purin Fosforilase
OH OH OH OH Defisiensi adenosin deaminase (Gambar 33-11) ber-
Inosin Guanosin
kaitan dengan penyakit imunodefisiensi yang kedua
Pi Pi
Purin nukleosida jenis limfositnya, yaitu limfosit T yang berasal dari
fosforilase
timus (sel T) dan yang berasal dari sumsum tulang
Ribosa 1-fosfat (sel B), menjadi berkurang atau disfungsional. Pasien
O O mengalami imunodefisiensi yang parah. Jika tidak
N N mendapat penggantian enzim atau transplantasi sumsum
HN HN tulang, bayi sering kali meninggal akibat infeksi fatal.
N NH H2 N N NH Defisiensi nukleosida purin fosforilase (EC 2.4.2.1)
Hipoxantin Guanin berkaitan dengan defisiensi berat sel T tetapi fungsi sel B tetap
normal. Disfungsi imun terjadi akibat akumulasi dGTP dan
H2O + O2 dATP, yang menginhibisi ribonukleotida reduktase sehingga
mengurangi jumlah sel prekursor DNA. Tabel 33-1
H2O2 O HN3
merangkum gangguan-gangguan pada metabolisme purin.
N
HN
O NH
Xantin
NH
KATABOLISME PIRIMIDIN
H2O + O2 MEMRODUKSI METABOLIT
Xantin
oksidase LARUT-AIR
H2O2
Tidak seperti produk katabolisme purin yang memiliki
O
kelarutan rendah, katabolisme pirimidin membentuk produk
HN
HN yang sangat larut-air: CO2, NH3, β-alanin, dan β-
O
O NH
aminoisobutirat (Gambar 33–12). Pada manusia, β-amino-
NH isobutirat mengalami transaminasi menjadi metilmalonat
Asam urat semialdehida, yang kemudian membentuk suksinil-koA
GAMBAR 33–11 Pembentukan asam urat dari nukleosida (lihat Gambar 19-2). Ekskresi β-aminoisobutirat meningkat
purin melalui basa purin hipoxantin, xantin, dan guanin. pada leukemia dan pada pajanan radiasi sinar-X yang parah
Deoksiribonuldeosida purin diuraikan melalui enzim-enzim dan jalur akibat meningkatnya perusakan DNA. Namun, banyak
katabolik yang sama, semuanya terjadi di mukosa saluran cerna
mamalia.
orang keturunan Cina atau Jepang secara rutin
mengekskresikan β-aminoisobutirat.
Kelainan-kelainan pada metabolisme β-alanin dan β-
aminoisobutirat berasal dari cacat pada enzim katabolisme
pirimidin. Kelainan ini mencakup asiduria β-hidrok-
sibutirat, kelainan yang disebabkan oleh defisiensi

TABEL 33–1 Kelainan Metabolik Metabolisme Purin dan Pirimidin
Nomor Katalog Gambar dan

Enzim yang Cacat Enzim Referensi OMM Tanda dan Gejala Utama Rekasi
Metabolisme Purin
Hipoxantin-guanin 2.4.2.8 308000 Sindrom Lesch-Nyhan 33–4 ②
fosforibosil transferase Urisemia, mutilasi-diri
PRPP sintase 2.7.6.1 311860 Gout; artritis gout 33–2 ①
Adenosin deaminase 3.5.4.6 102700 Sistem imum sangat terganggu 33–1 ①
Nukleosida purin 2.4.2.1 164050 Kelainan autoimun, infeksi jinak 33–11 ②

fosforilase dan oportunis
Metabolisme Pirimidin
Dihidropirimidin 1.3.1.2 274270 Dapat terjadi toksisitas terhadap 33–12 ②

dehidrogenase 5-fluorourasil, juga substrat
untuk dehidrogenase ini
Orotat fosforibosil transferase 2.4.2.10 dan 4.1.1.23 258900 Asiduria asam orotat tipe 1; 33–9 ⑤ dan⑥
dan asam orotidilat anemia megaloblastik
dekarboksilase
Asam orotidilat dekarboksilase 4.1.1.23 258920 Asiduria orotatTipe 2 33—9 ⑥
enzim dihidropirimidin dehidrogenase total atau parsial EC Pada hiperurisemia terkait-produksi berlebihan PRPP,
1.3.1.2 (Gambar 33–12) . Penyakit genetik ini mencermin- terjadi prosuksi berlebihan nukleotida pirimidin dan
kan ketiadaan enzim tersebut. Salah satu kelainan pada peningkatan ekskresi β-alanin. Karena N5-N10-metilen-
katabolisme pirimidin, dikenal juga sebagai gabungan tetrahidrofolat diperlukan untuk sintesis timidilat, gangguan
urasiluria-timinuria, yang juga merupakan kelainan metabolisme folat dan vitamin B12 menyebabkan defisiensi
metabolisme asam β-amino, disebabkan oleh gangguan TMP.
pada pembentukan β-alanin dan β-aminoisobutirat. Jika
penyakit disebabkan oleh kelainan bawaan, terdapat Asiduria Orotat
beberapa komplikasi neurologis yang berat. Bentuk
nongenetik penyakit ini dipicu oleh pemberian obat Asiduria orotat yang menyertai sindrom Reye mungkin
antikanker 5-fluorourasil (lihat Gambar 32- 13) pada disebabkan oleh kerusakan parah mitokondria sehingga
pasien dengan kadar dihidropirimidin dehidrogenase yang tidak mampu menggunakan karbamoil fosfat, yang
rendah. kemudian menjadi tersedia untuk pembentukan asam orotat
sitosolik secara berlebihan. Asiduria orotat tipe I
Pseudouridin Diekskresikan tanpa mencerminkan defisiensi baik orotat fostoribosiltransferase
Mengalami Pengubahan (EC 2.1.3.3) maupun orotidilat dekarboksilase EC 4.1.1.23
(reaksi ⑤ dan ⑥), Gambar 33-9). Asiduria orotat tipe II
Tidak ada enzim manusia yang mengatalisis hidrolisis (lebih jarang) disebabkan oleh defisiensi orotidilat
atau fosforolisis pseudouridin (ψ) yang berasal dari dekarboksilase saja (reaksi ⑥, Gambar 33-9).
penguraian molekul RNA. Oleh sebab itu, nukleotida tak-
lazim ini diekskresikan dalam urine orang normal tanpa
mengalami pengubahan. Pseudouridin pertama kali Defisiensi Suatu Enzim Siklus Urea
diisolasi dari urin manusia (Gambar 33-13). Menyebabkan Ekskresi Prekursor Pirimidin
Peningkatan ekskresi asam orotat, urasil, dan uridin
PEMBENTUKAN KATABOLIT menvertai defisiensi ornitin transkarbamoilase di mito-
kondria hepar (lihat reaksi ②, Gambar 28-16). Karbamoil
PIRIMIDIN YANG BERLEBIHAN fosfat yang berlebihan kemudian keluar ke sitosol dan
merangsang biosintesis nukleotida pirimidin. Asiduria orotat
JARANG MENIMBULKAN KELAINAN ringan vang terjadi diperparah oleh makanan tinggi nitrogen.
YANG SIGNIFIKAN SECARA KLINIS
Produk-produk akhir katabolisme pirimidin sangat larut Obat Dapat Memicu Asiduria Orotat
dalam air. Hal ini menyebabkan pembentukan pirimidin
Alopurirtol (lihat Gambar 32–13), suatu substrat alternatif
yang berlebihan jarang menimbulkan gejala atau tanda
klinis. Tabel 33-1 memuat pengecualian terhadap hal ini. untuk orotat fosforibosiltransferase (reaksi ⑤, Gambar 33–9),

NH2 O
N HN NH
HO
O N O
O
H
Sitosin
1/2 O
2
NH 3 OH OH
O
O GAMBAR 33–13 Pseudouridin, dengan ribosa terikat pada
HN CH3
C5 uridin.
HN
O N
O N H
H
Urasil
Timin RINGKASAN
NADPH + H
+ ■ Asam nukleat dicerna menjadi purin dan pirimidin. Purin dan
pirimidin baru terbentuk dari zat-zat antara amfibolik
Dihidropirimidin
dehidrogenase sehingga keduanya bersifat nonesensial secara dietetik.
NADP + ■ Beberapa reaksi dalam biosintesis IMP membutuhkan
turunan folat dan glutamin. Oleh sebab itu, obat antifolat dan
O O analog glutamin menginhibisi biosintesis purin.
H HN CH3
HN H ■ IMP adalah kedua prekursor dari AMP dan dari GMP.
H
H H Glutamin menyediakan gugus 2-amino dari GMP, dan aspartat
H O N H
O N gugus 6-amino dari AMP.
H H
Dihidrourasil Dihidrotimin ■ Transfer fosforildari ATP mengkonversi AMP dan GMP untuk
ADP serta GDP. Transfer fosforil berikutnya dari ATP ke GDP
H2O H2O
membentuk GTP. ADP diubah menjadi ATP oleh fosforilasi
oksidatif.
■ Biosintesis nukleotida purin di hepar diatur secara ketat oleh
COO − COO − kompartementasi PRPP dan oleh inhibisi umpan-balik AMP
H2N CH2 CH3
H2N C dan GMP terhadap PRPP-glutamil amidotransferase.
H
C
CH2 C CH2
N N
■ Regulasi terpadu biosintesis nukleotida purin dan pirimidin
O O
H H menjamin jumlah purin dan pirimidin sesuai dengan
a-Ureidopropionat a-Ureidoisobutirat kebutuhan biosintesis asam nukleat dan kebutuhan metabolik
(N-karbamoil-a-alanin) (N-karbamoil-a-amino- lain.
isobutirat)
■ Manusia mengatabolisme purin menjadi asam urat (pKa 5,8),
b-ureidopropio-
nase yang terdapat sebagai asam yang relatif tak-larut pada pH asam
atau sebagai garam natrium urat yang lebih larut pada pH
CO2 + NH3 mendekati netral. Kristal urat adalah gambaran diagnostik gout.
Penyakit katabolisme purin yang lain adalah sindrom Lesch-
H3N + CH2 CH2 COO− H 3N + CH2 CH COO− Nyhan, penyakit von Gierke, dan hipourisemia.
a- Alanin CH3 ■ Karena katabolit pirimidin larut dalam air, produksi
a-Aminoisobutyrate berlebihan katabolit-katabolit ini tidak akan menyebabkan
kelainan klinis. Namun, ekskresi prekursor pirimidin dapat
GAMBAR 33–12 Katabolisme pirimidin. β-Ureidopropio-
terjadi karena defisiensi omitin transkarbamoilase akibat
nase hati mengatalisis pembentukan β-alanin dan β-aminolso-
butirat dari prekursor pirimidinnya. karbamoil fosfat yang berlebihan yang digunakan untuk
biosintesis pirimidin.
REFERENSI
berkompetisi dengan asam orotat. Produk nukleotida yang
Brassier A, Ottolenghi C, Boutron A, et al: Dihydrolipoamide deh-
terbentuk juga menghambat orotidilat dekarboksilase (reaksi ydrogenase deficiency: a still overlooked cause of recurrent
⑥, Gambar 33–9), sehingga terjadi asiduria orotat dan acute liver failure and Reye-like syndrome. Mol Genet Metab
orotidinuria. 6-Azauridin, setelah diubah menjadi 6- 2013;109:28.
azauridilat, juga menghambat orotidilat dekarboksilase secara Christopherson RI, Lyons SD, Wilson PK: Inhibitors of de novo
kompetitit (reaksi ⑥, Gambar 33–9), yang meningkatkan nucleotide biosynthesis as drugs. Acc Chem Res 2002;35:961.
ekskresi asam orotat dan orotidin. Empat gen yang menyandi Fu R, Jinnah HA: Genotype-phenotype correlations in Lesch-Nyhan
disease: moving beyond the gene. J Biol Chem 2012;287:2997.
transporter urat telah berhasil ditemukan. Dua dari protein
Fu W, Li Q, Yao J, et al: Protein expression of urate transporters in
yang disandi bertempat pada membran apikal sel tubulus
renal tissue of patients with uric acid nephrolithiasis. Cell
proksimal. Biochem Biophys 2014;70:449.

Kamal MA, Christopherson RI: Accumulation of 5-phosphoribosyl- Scriver CR, Sly WS, Childs B, et al (editors): The Metabolic and
1-pyrophosphate in human CCRF-CEM leukemia cells treated Molecular Bases of Inherited Disease, 8th ed. McGraw-Hill,
with antifolates. Int J Biochem Cell Biol 2004;36:957. 2001.
Martinez J, Dugaiczyk LJ, Zielinski R, et al: Human genetic disord-
ders, a phylogenetic perspective. J Mol Biol 2001;308:587. Uehara I, Kimura T, Tanigaki S, et al: Paracellular route is the ma-
jor urate transport pathway across the blood-placental barrier.
Moyer RA, John DS: Acute gout precipitated by total parenteral
Physiol Rep 2014;20:2.
nutrition. J Rheumatol 2003;30:849.
Wu VC, Huang JW, Hsueh PR, et al: Renal hypouricemia is an
Pettengill M, Robson S, Tresenriter M, et al: Soluble ecto-5’-nucle-
otidase (5’-NT), alkaline phosphatase, and adenosine ominous sign in patients with severe acute respiratory
deaminase (ADA1) activities in neonatal blood favor syndrome. Am J Kidney Dis 2005;45:88.
elevated extracellular adenosine. J Biol Chem 2013;288;
27315.

34
B A B
Struktur & Fungsi

Asam Nukleat
TUJUAN ■ Memahami struktur monomerik dan polimerik kimiawi materi genetik, asam
deoksiribonukleat, atau DNA yang terdapat dalam nukleus sel eukariot.
Setelah mempelajari bab ini, ■ Menjelaskan mengapa DNA eukariot nuklear genomik berupa untai ganda dan
Anda diharapkan dapat: sangat bermutan negatif.
■ Memahami (secara garis besar) proses informasi genetik dalam DNA dapat
diduplikasi dengan tepat.
■ Memahami proses informasi genetik DNA ditranskripsi atau disalin ke dalam
bentuk asam ribonukleat (RNA) yang sangat banyak dan berbeda.
■ Memahami bahwa satu bentuk RNA kaya-informasi, yang disebut RNA
pembawa (mRNA),selanjutnya dapat ditranslasi menjadi protein, yaitu
molekul yang memberi struktur, bentuk, dan akhirnya fungsi pada setiap sel,
jaringan, dan organ.
PERAN BIOMEDIS kapsul yang berbeda dengan memasukkan DNA murni dari
kokus pertama ke kokus kedua. Para peneliti ini menamakan
Penemuan bahwa informasi genetik dikode di sepanjang agen (kemudian dibuktikan adalah DNA) yang
suatu molekul polimerik yang hanya terdiri dari empat jenis memungkinkan pengubahan ini sebagai "transforming
unit monomerik merupakan salah satu keberhasilan ilmu factor". Kemudian, cara manipulasi genetik ini menjadi
pengetahuan terpenting pada abad ke-20. Molekul polimerik sering dilakukan. Baru-baru ini dilakukan eksperimen-
ini, asam deoksiribonukleat (DNA), merupakan dasar eksperimen serupa dengan menggunakan ragi, kultur sel
kimiawi hereditas dan disusun menjadi gen, unit dasar tumbuhan dan mamalia, serta embrio serangga dan mamalia
informasi genetik. Jalur informasi dasar—yaitu DNA sebagai resipien, dan DNA yang digandakan secara
mengarahkan sintesis RNA, yang selanjutnya mengarahkan molekular sebagai donor informasi genetik.
dan mengatur sintesis protein—telah berhasil dijelaskan. Gen
tidak berfungsi secara otonom; replikasi dan fungsi gen diatur DNA Mengandung DNA Mengandung
oleh berbagai produk gen, dan umumnya bekerja sama Sifat kimiawi unit-unit deoksinukleotida monomerik DNA
dengan komponen-komponen dari beragam jalur transduksi —deoksiadenilat, deoksiguanilat, deoksisitidilat, dan
sinyal. Pengetahuan tentang struktur dan fungsi asam nukleat timidilat—dijelaskan di Bab 32. Unit-unit monomerik
sangat penting untuk memahami genetika dan berbagai aspek DNA ini dibuat menjadi bentuk polimerik oleh ikatan 3',5'-
patofisiologi serta dasar genetik penyakit. fosfodiester sehingga membentuk untai tunggal, seperti
diperlihatkan di (Gambar 34-1), Kandungan informasi
DNA (kode genetik) terletak pada urutan rangkaian
DNA MENGANDUNG monomer-monomer (deoksiribonukleotida purin dan
INFORMASI GENETIK pirimidin). Polimer ini (seperti yang terlihat di gambar)
memiliki polaritas; salah satu ujungnya berupa terminal 5'-
Bahwa DNA mengandung informasi genetik pertama kali
hidroksil atau fosfat, sedangkan ujung lainnya berupa
dibuktikan pada tahun 1944 dalam serangkaian eksperimen
terminal 3'-fosfat atau hidroksil. Pentingnya polaritas ini
yang dilakukan oleh Avery, Mereka menunjukkan bahwa
nanti akan menjadi jelas. Informasi genetik terletak dalam
penentu genetik karakter (tipe) kapsul suatu pneumokokus
urutan unit-unit monomerik dalam suatu polimer, oleh
dapat dikirimkan ke pneumokokus lainnya dengan tipe
359

N
NH
5′ G
CH2 N NH2 NH2
N
– N
O O
O
C
–
O P
O O
H H CH2 N
O H H
– H3C
O O NH
H O T
P
O
H H CH2 N NH2
O H H
O – N
O O N
H O
A
P
H H CH2 N
O H H N
O –
O O
H O
P
H H
O H H
O –
O –
H O
P
3′ O O
GAMMBAR 34–1 Sebuah segmen salah satu untai molekul DNA yang basa-basa purin dan pirimidinnya, guanin (G),
sitosin (C), timin (T), dan adenin (A) disatukan oleh jembatan fosfodiester antara gugus-gugus 2'-deoksiribosil yang
melekat pada nukleobasa oleh ikatan N-glikosida. Perhatikan bahwa jembatan fosfodiester memiliki polaritas (arah). Sesuai
perjanjian, sekuens DNA untai-tunggal ditulis dalam arah 5' ke 3' (yaitu pGpCpTpA); G, C,T, dan A mewakili keempat basa dan
p mewakili fosfat penghubung.
sebab itu, pasti terdapat suatu mekanisme reproduksi dan A hanya dapat diperlihatkan dengan T, dan G hanya
replikasi informasi spesifik ini dengan derajat ketepatan yang dengan C, seperti diperlihatkan di (Gambar 34-3).
tinggi. Hal ini ditambah dengan data difraksi sinar-X Restriksi pembentukan pasangan basa ini menjelaskan
terhadap molekul DNA dan hasil pengamatan Chargaff pengamatan sebelumnya bahwa pada suatu molekul DNA
bahwa di dalam molekul DNA, konsentrasi nukleotida untai-ganda, kandungan A sama dengan T dan kandungan
deoksiadenosin (A) setara dengan nukleotida timidin (T) (A G sama dengan C. Kedua untai molekul heliks-ganda yang
= T), sedangkan konsentrasi deoksiguanosin (G) setara masing-masing memiliki polaritas bersifat antiparalel;
dengan deoksisitidin (C) (G = C), mendorong Watson, yaitu satu untai berjalan dalam arah 5' ke 3' dan yang lain
Crick, dan Wilkins untuk mengajukan (pada awal tahun dalam arah 3' ke 5'. Dalam molekul DNA untai-ganda,
1950-an) suatu model molekul DNA untai-ganda. Model informasi genetik terletak dalam sekuens nukleotida di salah
yang mereka ajukan diperlihatkan di (Gambar 34-2). Kedua satu untai, untai cetakan. Untai ini adalah untai DNA yang
untai heliks untai-ganda ini disatukan oleh ikatan hidrogen disalin saat sintesis asam ribonukleat (RNA) berlangsung.
antara basa purin dan pirimidin molekul linear yang Untai ini kadang-kadang disebut sebagai untai nonkoding.
bersangkutan maupun oleh ikatan hidrofobik dan van der Untai lawannya disebut sebagai untai koding karena cocok
Waals antara pasangan-pasangan basa yang berdekatan. dengan sekuens transkrip RNA yang menyandi protein
Pembentukan pasangan nukleotida purin dengan nukleotida (tetapi mengandung urasil di tempat timin; lihat Gambar
pirimidin di untai yang berlawanan bersifat sangat spesifik 34-8).
dan bergantung pada ikatan hidrogen antara A dengan T Kedua untai—yang pasangan basanya disatukan oleh
dan G dengan C (Gambar 34-2). ikatan hidrogen—berputar mengelilingi suatu sumbu
Bentuk umum DNA ini bersifat kinan (lawan kidal) sentral dalam bentuk heliks ganda. Dalam tabung reaksi,
karena jika heliks ganda dilihat dari atas ke bawah, DNA untai-ganda setidaknya mempunyai enam bentuk (A-E
residu-residu basa membentuk spiral dengan arah putaran dan Z). Bentuk-bentuk yang berbeda dari DNA berkaitan
yang sesuai dengan putaran jarum jam. Pada molekul dengan interaksi intra untai dan inter untai dan melibatkan
untai-ganda, restriksi yang ditimbulkan oleh rotasi di penyusunan ulang struktur dalam unit monomer dari DNA.
sekitar ikatan fosfodiester, antikonfigurasi utama ikatan Penataan ulang ini pada dasarnya sama dengan yang
glikosida (Gambar 32-5), dan tautomer predominan (lihat dijelaskan untuk asam amino dalam polipeptida (misalnya,
Gambar 32-2) keempat basa (A,B,T, dan C) menyebabkan Gambar 3-4). Bentuk B biasanya ditemukan

BAB 34 Struktur & Fungsi Asam Nukleat 361
pada keadaan fisiologis (rendah garam, derajat hidrasi

tinggi). Satu putaran B-DNA di sekeliling sumbu molekul
mengandung 10 pasangan basa. Jarak yang ditempuh oleh
satu putaran B-DNA yaitu sepanjang 3,4 nm (34 A). Lebar
(diameter heliks) heliks-ganda di B-DNA adalah 2 nm (20
A).
Seperti diperlihatkan di (Gambar 34-3), tiga ikatan
Alur minor hidrogen (hidrogen terikat pada atom N atau O yang
S A T S o
elektronegatif) menyatukan nukleotida deoksiguanosin
P P
S T A S
34 A dengan nukleotida deoksisitidin, sedangkan pasangan lain,
P P pasangan A-T, disatukan oleh dua ikatan hidrogen. Oleh
S C G S
P P sebab itu, ikatan G-C bersifat jauh lebih resisten terhadap
S G C S denaturasi, atau pemisahan untai, yang disebut "pelelehan",
Alur mayor daripada regio yang kaya akan A-T.
Denaturasi DNA Digunakan untuk

Menganalisis Strukturnya
Struktur untai ganda DNA dapat dipisahkan menjadi dua
untai komponen dalam larutan dengan cara meningkatkan
o suhu atau menurunkan konsentrasi garam. Kedua tumpukan
20 A
basa tidak hanya saling menjauh, tetapi juga tumpukan basa-
GAMBAR 34–2 Diagram model struktur heliks-ganda DNA basa itu sendiri terurai meskipun masih berada dalam bentuk
bentuk B menurut Watson dan Crick. Tanda panah horizontal polimer karena adanya jembatan fosfodiester. Bersamaan
menunjukkan lebar heliks ganda (20 A) dan tanda panah vertikal dengan denaturasi molekul DNA ini, terjadi peningkatan
menunjukkan jarak yang ditempuh oleh heliks ganda untuk mencapai
satu kali putaran sempurna (34 A). Satu putaran B-DNA terdiri dari 10 penyerapan optis basa purin dan pirimidin—suatu fenomena
pasangan basa (base pairs, bp) sehingga kenaikannya adalah 3,4 A per yang disebut sebagai hiperkromisitas denaturasi. Karena
bp. Sumbu tengah heliks ganda ditandai oleh gambaran batang penumpukan basa dan ikatan hidrogen antar-tumpukan,
vertikal. Tanda panah pendek menunjukkan polaritas untai molekul DNA untai ganda bersifat seperti batang yang kaku
antiparalel. Diperlihatkan alur minor dan mayor. (A, adenin; C, sitosin;
G, guanin; P, fosfat; S, gula kleoksiribosa1; T, timin.) Ikatan hidrogen
dan molekul DNA terbentuk seperti material kental dalam
antara basa-basa A/T dan G/C ditunjukkan oleh garis horizontal larutan yang akan kehilangan kekentalannya jika mengalami
pendek berwarna merah. denaturasi.
Kedua untai molekul DNA terpisah dalam kisaran suhu
tertentu. Titik tengah suhu tersebut dinamakan suhu leleh
CH3
(Tm; ruelting temperature). Tm dipengaruhi oleh komposisi
basa DNA dan konsentrasi garam larutan (atau zat terlarut
O
lainnya, lihat di bawah) dari larutan. DNA yang banyak
H H mengandung pasangan G-C (memiliki tiga ikatan hidrogen)
N N N
H meleleh pada suhu yang lebih tinggi daripada DNA yang
O N
N banyak mengandung pasangan A-T (memiliki dua ikatan
Timin hidrogen). Peningkatan 10 kali lipat konsentrasi kation
N monovalen meningkatkan T sebesar 16,6°C dengan
N
Adenin
menetralkan repulasi antar rantai intrinsik antara fosfat yang
sangat bermuatan negatif dari tulang punggung fosfodiester.
Sebaliknya, pelarut organik formamida, yang sering
H digunakan dalam eksperimen DNA rekombinasi,
N mendestabilkan ikatan hidrogen antarbasa sehingga Tm
H menurun. Penambahan formamida memungkinkan untai-
N N O untai DNA atau hibrid DNA-RNA dipisahkan pada suhu
H N yang jauh lebih rendah dan meminimalkan kemungkinan
N
O putusnya ikatan fosfodiester yang dapat terjadi pada suhu
Sitosin H yang lebih tinggi.
N N
N
Guanin Renaturasi DNA Memerlukan
H
Pencocokan Pasangan Basa
GAMBAR 34–3 Pembentukan pasangan basa DNA antara adenin
dan timin melibatkan pembentukan dua ikatan hidrogen. Di antara Hal yang penting, untai-untai DNA yang terpisah dapat
sitidin dan guanin, terbentuk tiga ikatan hidrogen. Ikatan hidrogen mengalami renaturasi atau reasosiasi jika kondisi garam dan
digambarkan sebagai garis putus putus, suhu fisiologis yang sesuai tercapai; proses penempelan-ulang
ini sering disebut sebagai hibridisasi. Laju reasosiasi ber-
gantung pada konsentrasi untai-untai komplementer.

Reasosiasi dua untai DNA komplementer suatu kromosom Oleh sebab itu, DNA superkoil adalah bentuk yang lebih
setelah transkripsi adalah suatu contoh fisiologis renaturasi disukai dalam sistem biologis. Enzim-enzim yang mengatalisis
(lihat bawah). Pada suhu dan konsentrasi garam tertentu, pengubahan topologis DNA disebut topoisomerase. Topoiso-
untai asam nukleat tertentu akan berikatan erat hanya dengan merase dapat merelaksasi atau "menyisipkan" superkoil,
untai komplementernya. Dalam kondisi yang sesuai, molekul dengan menggunakan ATP sebagai sumber energi. Homolog
hibrid juga akan terbentuk. Contohnya, DNA akan enzim ini terdapat di semua organisme dan merupakan
membentuk hibrid dengan DNA komplementer (cDNA) atau sasaran penting dalam kemoterapi kanker. Superkoil juga
dengan RNA pembawa sejenis (mRNA; lihat bawah). Jika dapat terbentuk di dalam DNA linear jika segmen tertentu
hibridisasi dikombinasikan dengan teknik elektroforesis gel dari DNA dibatasi oleh berinteraksi erat dengan protein nuklir
yang memisahkan asam nukleat berdasarkan ukuran dan yang membangun dua situs pembatas mendefinisikan domain
pelabelan kuar fluoresen atau radioaktif untuk dapat topologi.
mendeteksi sinyal, teknik analitik yang diperoleh masing-
masing disebut Southern (DNA/DNA) dan Northern (RNA- DNA BERPERAN SEBAGAI CETAKAN
DNA) blotting. Prosedur ini memungkinkan kita mengiden- UNTUK REPLIKASI & TRANSKRIPSI
tifikasi spesies asam nukleat spesifik dari campuran
Informasi genetik yang tersimpan dalam sekuens nukleotida
kompleks DNA atau RNA secara sangat spesifik dan sensitif
DNA memiliki dua fungsi. Pertama, sebagai sumber
(lihat Bab 39).
informasi bagi sintesis semua molekul protein sel dan
Terdapat Alur-Alur di Molekul DNA organisme; kedua, sebagai informasi yang diwariskan ke
keturunan atau sel anak. Kedua fungsi ini memerlukan
Pemeriksaan cermat terhadap model yang diperlihatkan
molekul DNA untuk berfungsi sebagai cetakan—pada
di (Gambar 34-2) mengungkapkan adanya alur mayor
kasus pertama untuk transkripsi informasi ke dalam RNA
dan alur minor yang memuntir di sekeliling molekul
ini sejajar dengan jembatan fosfodiester. Di alur- dan pada kasus kedua untuk replikasi informasi ke
alur ini, protein dapat berinteraksi secara spesifik dengan molekul DNA anak.
atom-atom nukleotida yang terpajan (melalui ikatan ionik OLD OLD
dan hidrofobik spesifik) sehingga protein dapat mengenali 5′ G C 3′
dan mengikat sekuens nukleotida spesifik dan juga
G C
membentuk bentuk yang unik. Pengikatan biasanya
berlangsung tanpa mengganggu pasangan basa pada C G
molekul DNA heliks-ganda. Seperti dibahas di Bab 36 dan A
38, ekspresi gen spesifik diatur oleh protein-protein
T A
regulatorik melalui interaksi semacam ini.
A T
DNA Berada dalam Bentuk
G C
Relaks dan Superkoil
G C
Pada beberapa organisme seperti bakteri, bakteriofag,
A
berbagai virus hewan yang mengandung DNA, serta or-
ganel seperti mitokondria (lihat Gambar 35-8), ujung- A T
ujung molekul DNA menyatu untuk membentuk suatu
T A
lingkaran tertutup tanpa ujung bebas yang dapat berikatan
secara kovalen. Hal ini tentu saja tidak merusak polaritas G C
molekul, tetapi menghilangkan seluruh gugus fosforil dan G C

hidroksil 3' dan 5' bebas. Lingkaran tertutup ini terdapat 3′ 5′
T A T A
dalam DNA berbentuk relaks atau superkoil. Superkoil
C G C G
terbentuk jika suatu lingkaran tertutup terpuntir di
sekeliling sumbunya sendiri atau jika potongan linear DNA C C
dupleks yang ujung-ujungnya terfiksasi terpuntir. Proses A T A T
yang memerlukan energi ini menyebabkan molekul berada
A T A T
dalam stres torsional, dan semakin besar jumlah superkoil,
semakin besar stres atau torsinya (cobalah hal ini dengan T A T A
memuntir karet gelang). Superkoil negatif terbentuk jika G C G C

molekul terpuntir dalam arah berlawanan dari putaran G G
heliks ganda kinan pada B-DNA yang searah jarum jam.
A T A T
DNA semacam ini dikatakan mengalami underwound.
Energi yang diperlukan untuk mencapai keadaan ini, pada 3′ T A 5′ 3′ T A 5′
OLD NEW NEW OLD
hakikatnya, tersimpan dalam superkoil. Oleh sebab itu, T A T A
transisi ke bentuk tain yang memerlukan energi difasilitasi
oleh underwinding (lihat Gambar 35-19). Salah satu transisi GAMBAR 34–4 Sintesis DNA mempertahankan struktur pada
DNA. Struktur untai-ganda DNA dan fungsi cetakan dari masing-
tersebut adalah pemisahan untai yang merupakan prasyarat masing untai lama (jingga) yang membentuk untai komplementer
untuk replikasi dan transkripsi DNA. baru (biru).
2. Komponen pirimidin RNA berbeda dengan DNA.

Meskipun mengandung ribonukleotida adenin, guanin,
Molekul dan shosin, namun RNA tidak memiliki timin, kecuali
induk awal pada kasus-kasus jarang yang disebutkan kemudian.
Sebagai pengganti timin, RNA mengandung ribonu-
kleotida urasil.
3. RNA terdapat dalam bentuk untai tunggal, sedangkan
DNA merupakan molekul heliks untai-ganda. Namun,
karena adanya sekuens basa komplementer dengan
polaritas berlawanan, untai tunggal RNA—seperti
diperlihatkan di (Gambar 34-7 dan Gambar 34-11) —
mampu melipat dirinya menyerupai jepitan rambut
Molekul anak sehingga memperlihatkan karakteristik untai-ganda: G
generasi pertama
berpasangan dengan C, dan A dengan U.
4. Karena molekul RNA berbentuk untai tunggal yang
komplementer dengan salah satu dari kedua untai gen,
kandungan guaninnya tidak selalu sama dengan
kandungan sitosin, demikian juga kandungan adenin
tidak selalu sama dengan kandungan urasilnya.
5. 5RNA dapat dihidrolisis oleh alkali menjadi 2',3'diester
Molekul anak siklik mononukleotida, senyawa yang tidak dapat di-
generasi kedua
bentuk dari DNA yang diberi basa karena tidak adanya
gugus 2'-hidroksil. Labilitas RNA terhadap alkali
bermanfaat untuk kepentingan diagnosis maupun
analisis.
GAMBAR 34–5 Replikasi DNA bersifat semikonservatif. Dalam lnformasi di dalam untai tunggal RNA terkandung
satu putaran replikasi, masing-masing dari kedua untai DNA digunakan
dalam sekuens nukleotida purin dan pirimidinnya
sebagai cetakan untuk membentuk untai komplementer biru. Sifat
semikonservatif replikasi pada DNA memiliki implikasi untuk biokimia ("struktur primer") di dalam polimer. Sekuens bersifat
(lihat Gambar 35-16), sitogenetik (lihat Gambar 35-2) dan kontrol komplementer dengan untai cetakan pada gen tempat
epigenetik dari ekspresi gen (lihat Gambar 38-8; 38-9). sekuens tersebut ditranskripsikan. Karena sifat komple-
menter ini, sebuah molekul RNA dapat berikatan secara
Ketika masing-masing untai molekul DNA untai-ganda spesifik sesuai hukum-hukum pembentukan pasangan basa
induk terpisah dari komplementernya pada saat replikasi, dengan untai DNA cetakannya (A-T, G-C, C-G, U-A; basa
masing-masing untai berfungsi sebagai cetakan untuk RNA dicetak tebal); molekul ini tidak akan berikatan
sintesis untai komplementer yang baru (Gambar 34–4). ("terhibridisasi") dengan untai (pengode) lain dalam gen.
Masing-masing dari kedua molekul DNA untai-ganda Sekuens molekul RNA (kecuali U menggantikan T) sama
anak yang baru terbentuk mengandung satu untai (tetapi seperti sekuens pada untai pengode gen tersebut (Gambar
lebih bersifat komplementer daripada identik) dari 34-8).
molekul DNA untai-ganda induk, kemudian disortir di
antara dua seI anak (Gambar 34–5). Masing-masing sel
anak mengandung molekul DNA dengan informasi yang everal
identik dengan informasi yang dimiliki oleh sel induk,
namun di masing-masing sel anak, molekul DNA induk
hanya mengalami semi-konservasi.
SIFAT KIMIAWI RNA BERBEDA

Molekul RNA sitoplasmik yang berfungsi sebagai cetakan
DENGAN SIFAT KIMIAWI DNA untuk sintesis protein (yaitu yang memindahkan informasi
RNA merupakan polimer ribonukleotida purin dan pi- genetik dari DNA ke perangkat pembentuk protein) disebut
rimidin yang disatukan oleh jembatan 3',5'-fosfodiester, yang RNA pembawa atau mRNA. Banyak molekul RNA
analog dengan jembatan fosfodiester pada DNA (Gambar sitoplasmik lainnya (RNA ribosom, rRNA) memiliki peran
34-6). Meskipun memiliki banyak persamaan dengan DNA, struktural yaitu ikut dalam pembentukan dan fungsi ribosom
RNA memiliki beberapa perbedaan spesifik: (organel untuk sintesis protein) atau berfungsi sebagai
1. Pada RNA, gugus gula tempat fosfat serta basa purin molekul adaptor (RNA transfer, tRNA) untuk translasi
dan pirimidin melekat adalah ribosa, bukan 2'-deok- informasi RNA menjadi sekuens spesifik asam amino
siribosa (seperti pada DNA) (lihat Gambar 19-2 dan terpolimerisasi.
32-3).

O GAMBAR 34–6 Satu

N segmen molekul asam
NH
ribonukleat (RNA) dengan
G basa purin dan pirimidin—
CH2 N
N
NH2 NH2 guanin (G), sitosin (S),
urasil (U), dan adenin (A)—
O N disatukan oleh ikatan
5′ O
C fosfodiester antara gugus-
P
O O gugus ribosil yang melekat
H H CH2 N
H H pada nukleobasa melalui
NH ikatan N-glikosida. Perha-
O
HO O
U tikan bahwa polimer memi-
P liki polaritas seperti ditun-
O jukkan oleh 3' dan 5' pada
H H CH2 N NH2
H H senyawa-senyawa fosfat.
O N
O N
HO O
A
P
H H CH2 N
H H N
O
O
HO O
P
H H
H H
O
3′
HO
P
Lengkung pembentukan ikatan peptida pada ribosom, dan ribozim

yang berperan dalam penggabungan RNA.
C G Di semua sel eukariot, terdapat spesies-spesies RNA
C G nuklear kecil (snRNA) yang tidak secara Iangsung ber-
G C peran dalam pembentukan protein tetapi berperan pen-ting
A U dalam pengolahan RNA, terutama pemrosesan mRNA.
A U Molekul yang relatif kecil ini memiliki ukuran bervariasi dari
A U 90 sampai sekitar 300 nukleotida (Tabel 34-1). Sifat-sifat
U G beberapa golongan RNA selular dijelaskan secara terperinci
U G Batang kemudian.
C C Materi genetik untuk sebagian virus hewan dan tum-
G C buhan adalah RNA dan bukan DNA. Meskipun informasi
U A genetik sebagian virus RNA tidak pernah ditranskripsikan
U A menjadi DNA, banyak virus RNA hewan— khususnya
U C retrovirus (virus HIV, sebagai contoh)—ditranskripsikan
U A oleh suatu DNA polimerase dependen-RNA (disebut juga
U G reverse transcriptase) sehingga menghasilkan salinan DNA
C G untai-ganda dari genom RNA mereka. Pada banyak kasus,
G C transkrip DNA untai-ganda yang terbentuk diintegrasikan ke
dalam genom pejamu, dan kemudian berfungsi sebagai
cetakan untuk ekspresi gen dan untuk transkripsi genom
5 3 RNA dan mRNA virus yang baru. Insersi genomik molekul
GAMBAR 34–7 Diagram struktur sekunder molekul RNA DNA "proviral" yang dapat berintegrasi dapat bersifat
untai-tunggal yang telah membentuk lengkungan batang, atau mutagenik (tergantung tempat insersi), menginaktifkan gen,
"jepitan rambut". Formasi struktur ini bergantung pada pasangan atau menghentikan ekspresinya (lihat Gambar 35–11).
basa intramolekular tertentu (garis horizontal berwarna di antara
basa-basa). Perhatikan bahwa dalam RNA, A membentuk ikatan
hidrogen dengan U. everal
Hal yang menarik, sebagian molekul RNA memi-
liki aktivitas katalitik intrinsik. Aktivitas dari enzim Pada semua organisme prokariot dan eukariot, terdapat empat
RNA ini, atau ribozim ini sering melibatkan pembelahan kelas utama molekul RNA: RNA pembawa (mRNA), RNA
suatu asam nukleat. Dua ribozim (enzim RNA) yang banyak transfer (tRNA), RNA ribosom (rRNA), dan RNA kecil.
diteliti adalah peptidil transferase yang mengatalisis Masing-masing memiliki perbedaan dalam hal kelimpahan,
ukuran, fungsi, dan stabilitas keseluruhan.

Untai DNA:
Pengode T GG A A T T G T G A GCGG A T A A C A A T T T C A C A C A GG A A A C A GC T A T G A C C A T G
Cetakan A C C T T A A C A C T CGC C T A T T G T T A A A G T G T G T C C T T T G T CG A T A C T GG T A C
Transkrip RNA: 5′ ppp A U U G U G A G C G G A U A A C A A U U U C A C A C A G G A A A C A G C U A U G A C C A U G 3′
GAMBAR 34–8 Hubungan antara sekuens suatu transkrip RNA dengan gen-gennya, untai penyandi dan cetakan
diperlihatkan bersama dengan polaritasnya. Transkrip RNA dengan polaritas 5' ke 3' bersifat komplementer dengan
untai cetakan yang polaritasnya dari 3' ke 5'. Perhatikan bahwa sekuens transkrip RNA dan polaritasnya adalah sama
dengan untai penyandi, kecuali bahwa U pada transkrip menggantikan T pada gen; nukleotida awal pada RNA memiliki
5'-trifosfat terminal (yaitu pppA-atas).
RNA Pembawa residu adenilat (tidak dikode secara genetik) berukuran

20-250 nukleotida. "Ekor" poli(A) di terminal 3'-hidroksil
Kelas ini adalah yang paling heterogen dari segi kelimpahan,
mRNA berfungsi menjaga stabilitas intraselular mRNA
ukuran, dan stabilitas; sebagai contoh, pada ragi pembuat bir,
spesifik dengan mencegah serangan 3'-eksonuklease dan juga
mRNA tertentu ada dalam jumlah 100s/sel hingga rata-rata,
memfasilitasi translasi (Gambar 37-7). Beberapa mRNA,
≤0.1/mRNA/sel pada populasi yang homogen secara genetik.
mencakup mRNA untuk sebagian histon, tidak memiliki ekor
Seperti dijelaskan pada Bab 36 dan 38, mekanisme
poli(A). Baik "ekor poli(A)" maupun "tudung" mRNA
transkripsi maupun pascatranskripsi ikut berperan dalam
ditambahkan pascatranslasi pada molekul prekursor mRNA
rentang kandungan mRNA yang sangat bervariasi ini. Pada
(pre-mRNA) oleh enzim-enzim yang bekerja bukan
sel mamalia, kelimpahan mRNA bervariasi hingga
berdasarkan cetakan. mRNA mewakili 2%-5% RNA selular
kelipatan 104. Semua anggota kelas ini berfungsi sebagai
eukariot total.
pembawa yang menyampaikan informasi dalam suatu gen ke
perangkat pembentuk protein, dan masing-masing mRNA Pada sel mamalia, mencakup sel manusia, molekul
ini berfungsi sebagai cetakan untuk membentuk polimer mRNA yang terdapat di sitoplasma bukan merupakan
asam amino dengan sekuens spesifik sehingga membentuk produk RNA yang disintesis langsung dari cetakan DNA
molekul protein spesifik, yaitu produk akhir suatu gen tetapi harus dibentuk oleh pemrosesan pre-mRNA sebelum
(Gambar 34–9). masuk ke sitoplasma. Oleh sebab itu, pada inti sel mamalia,
produk langsung transkripsi gen (transkrip primer) sangat
RNA pembawa eukariot memiliki sifat kimiawi yang heterogen dan bisa 10 hingga 50 kali lebih panjang daripada
unik. Terminal 5' mRNA ditutup oleh "tudung" 7-metil- molekul mRNA matur. Seperti dijelaskan di Bab 36, molekul
guanosin trifosfat yang berikatan dengan 2'-O-metil pre-mRNA diolah untuk membentuk molekul mRNA yang
ribonukleosida di sebelahnya pada 5'-hidroksilnya me- kemudian masuk ke dalam sitoplasma dan berfungsi sebagai
lalui tiga fosfat (Gambar 34–10). Molekul mRNA sering cetakan untuk sintesis protein.
mengandung 6-metiladenilat internal dan nukleotida 2'-O-
ribosa termetilasi lainnya. Peran "tudung" ini adalah agar
perangkat translasi dapat mengenali mRNA, dan juga
RNA Transfer
membantu stabilisasi mRNA dengan mencegah serangan Molekul tRNA memiliki panjang yang bervariasi dari 74
5'-eksonuklease. Mesin penyintesis protein mulai men- sampai 95 nukleotida, seperti banyak RNA lainnya, molekul
translasikan mRNA menjadi protein, dari ujung 5' atau ini juga dihasilkan oleh pemrosesan molekul prekursor di
terminal bertudung ke bawah. Ujung yang lain pada nukleus (lihat Bab 36). Molekul tRNA berfungsi berfungsi
molekul mRNA, terminal 3'-hidroksil, dilekati oleh polimer
DNA
5′ 3′
TABEL 34–1 Beberapa Spesies RNA Stabil Kecil yang 3′ 5′
Ditemukan Di Sel Mamalia.
mRNA
Panjang Molekul 5′ 3′
Nama (nukleotida) per Sel Lokalisasi
U1 165 1 × 106 Nukleoplasma Protein sintesis pada cetakan mRNA

5′ 3′
U2 188 5 × 105 Nukleoplasma
C Molekul protein
Ribosom N N
U3 216 3 × 105 Nukleolus N N yang selesai
N dibentuk

GAMBAR 34–9 Ekspresi informasi genetik dalam DNA menjadi
U6 106 3 × 105 Granula perikromatin bentuk transkrip mRNA dengan polaritas 5' ke 3' diperlihatkan.
mRNA kemudian ditranslasikan oleh ribosom menjadi molekul protein
4.5S 95 3 × 105 Nukleus dan sitoplasma
spesifik yang juga menunjukkan polaritas terminal-N (N) ke terminal-C
7SK 280 5 × 10 5 Nukleus dan sitoplasma (C).

OH OH
C C
H H
HC CH
H2N N N H2C 5′ O– NH2

O
P O N
HN O N
–
N O P O
O 5′
O CH3 O– P CH2 N
N
O
O
TUDUNG O
HC CH
H H
2′
3′ C C O
OCH3 NH
5′
O
O CH2 N
O
P
Ujung 5'mRNA O O
O–
HC CH
H H
3′ C C
OH
P
O
O–
GAMBAR 34–10 Struktur "tudung" melekat pada terminal 5' di sebagian besar molekul RNA pembawa
eukariot. Sebuah molekul 7-metilguanosin trifosfat (hitam) melekat pada terminal 5' mRNA (merah), yang
biasanya juga mengandung nukleotida 2'-O-metilpurin. Modifikasi ini (tudung dan gugus metil) ditambahkan
setelah mRNA ditranskripsikan dari DNA. Perhatikan bahwa γ- dan β-fosfat dari GTP ditambahkan untuk
membentuk tudung (hitam pada gambar) yang hilang pada penambahan tudung sementara γ-fosfat dari
nukleotida memulai (di sini residu A; merah pada gambar) hilang selama penambahan tudung.
adaptor untuk translasi informasi dalam sekuens nukleotida nukleotida ini ditambahkan oleh enzim nukleotidil
mRNA menjadi asam-asam amino spesifik. Terdapat paling transferase spesifik pascatranskripsi. Asam amino yang
sedikit 20 spesies molekul tRNA di setiap sel, setidaknya satu sesuai dengan tRNA dilekatkan, atau "dimuatkan", ke
(dan sering beberapa) yang berkorespondensi dengan masing- gugus 3'-OH pada bagian A lengan akseptor (lihat Gambar
masing dari 20 asam amino yang diperlukan untuk 37-1). Lengan D, TxC, dan lengan ekstra membantu
membentuk protein. Meskipun suatu tRNA spesifik berbeda penentuan tRNA spesifik. tRNA membentuk sekitar 20%
dari yang lain dalam sekuens nukleotidanya, molekul-molekul RNA selular total.
tRNA ini—karena sama kelasnya—memiliki banyak
kesamaan. Struktur primer—yaitu sekuens nukleotida— RNA Ribosom
semua molekul tRNA memungkinkan terjadinya pelipatan Ribosom adalah struktur nukleoprotein sitoplasma yang
ekstensif dan komplementaritas intra-untai untuk berfungsi sebagai perangkat pembentuk protein dari cetakan
menghasilkan struktur sekunder yang dalam dua dimensi mRNA. Di ribosom, molekul mRNA dan tRNA berinteraksi
tampak seperti daun semanggi (Gambar 34–11). untuk ditranslasikan menjadi informasi molekul protein
Semua molekul tRNA mempunyai empat lengan utama. spesifik yang ditranskripsikan dari gen. Pada periode sintesis
Lengan akseptor berakhir di nukleotida CpCpAOH. Ketiga protein aktif, sejumlah besar ribosom dapat berikatan dengan

3′ 5S, satu rRNA 5,8S, dan satu rRNA 28S; juga terdapat lebih
A-OH
C
dari 50 polipeptida spesifik. Subunit 40S berukuran lebih kecil
C dan terdiri dari satu rRNA 18S dan sekitar 30 rantai
5′ A polipeptida yang berbeda. Semua molekul RNA ribosom,
pG C
Akseptor batang kecuali rRNA 55 yang ditranskripsi secara independen,
C G
diproses dari satu molekul prekursor RNA berukuran 45S di
G C
G U nukleolus (Bab 36). Molekul RNA ribosomal yang sangat
Lengan ΤψC
A U banyak termetilasi dikemas di nukleolus dengan protein-
Lengan D U A protein ribosomal khusus. Di sitoplasma, ribosom berada
U A C U 1 dalam keadaan cukup stabil dan mampu melaksanakan
U GA CA C m A banyak siklus translasi. Fungsi molekul RNA ribosom di
D G A A
G
D
2
C U Cm G m5C U G U G C
partikel ribosom belum diketahui sepenuhnya, tetapi
Tψ molekul-molekul ini diperlukan untuk perakitan ribosomal
G C
GA G C 2 U 7
G
G A m2G A
m G dan juga berperan kunci dalam pengikatan mRNA pada
C G G ribosom dan translasinya. Studi-studi terakhir menunjukkan
C G bahwa komponen rRNA yang besar memiliki aktivitas
Lengan variabel
A U
peptidil transferase sehingga digolongkan sebagai suatu
G m5C
A ψ ribozim. rRNA (28S + 18S) mewakili sekitar 70% RNA selular
Lengan Cm A total.
antikodon
U Y
Gm A A
RNA Kecil
GAMBAR 34-11 Representasi linear dari tRNA, ragi fenilalanin- Di sel eukariot, ditemukan sejumlah besar spesies RNA kecil
tRNA. Garis lurus merupakan ikatan hidrogen intramolekul (A-U; G-C) yang berlainan yang sangat terkonservasi; beberapa cukup
antara dasar. Tiga lengan basa lengkung antikodon ditampilkan dalam
warna merah. Dalam tRNA dikenakan bagian aminoasil melekat ke stabil. Sebagian besar molekul ini berkompleks dengan
ujung 3'-CCAOH (coklat). Jenis biru menyoroti nukleotida nonprotein untuk membentuk ribonukleoprotein dan tersebar di
tradisional diperkenalkan oleh modifikasi pasca-translasi, disingkat nukleus, sitoplasma, atau keduanya. Molekul-molekul ini
sebagai berikut: M2G = 2-metilguanosin; D = 5,6-dihidrouridina; m22G memiliki ukuran bervariasi dari 20 sampai 1000 nukleotida
= N2-dimetilguanosin; Cm = O2'-metilsitidin; Gm = O2'-metilguanosin;
dan terdapat dalam 100.000- 1.000.000 salinan per sel, secara
T = 5-metiluridin; Y = wibutosin; φ = pseudouridin; M5C = 5-
metilsitidin; m7G = 7-metilguanosin; M1a = 1-metiladenosin. Sebuah keseluruhan mewakili ≤5% RNA selular.
gambar open source dari Wikipedia.
RNA Nuklear Kecil
snRNA (RNA Nuklear Kecil), suatu subset RNA kecil
setiap molekul mRNA untuk membentuk suatu susunan (Tabel 34-1), banyak terlibat dalam pemrosesan mRNA
yang disebut polisom (MJIBU(BNCBSo). dan rRNA serta regulasi gen. Dari beberapa snRNA, U1,
Komponen-komponen ribosom mamalia yang me- U2, U4, U5, dan U6 ikut serta dalam pemotongan intron dan
miliki berat molekul sekitar 4,2 x 106 dan koefisien laju pemrosesan prekursor mRNA menjadi mRNA (Bab 36).
pengendapan 80S (S = satuan Svedberg, parameter yang snRNA U7 terlibat dalam produksi ujung 3' yang tepat pada
sensitif terhadap ukuran dan bentuk molekular) diperlihat- mRNA histon—yang tidak memiliki ekor poli(A). RNA 7SK
kan di Tabel 34–2. Ribosom mamalia mengandung dua berikatan dengan beberapa protein untuk membentuk suatu
subunit nukleoprotein utama—subunit besar dengan berat kompleks ribonukleoprotein, disebut P-TEFb, yang
molekul 2,8 x 106 (60S) dan subunit kecil dengan berat memodulasi pemanjangan transkripsi gen mRNA oleh RNA
molekul 1,4 x 106 (40S). Subunit 60S mengandung satu rRNA polimerase II (lihat Bab 36).
TABEL 34–2 Komponen Ribosom Mamalia
Protein RNA
Komponen Massa (BM) Jumlah Massa Ukuran Massa Basa
Subunit 40S 1,4 × 106 33 7 × 105 18S 7 × 105 1900
Subunit 60S 2,8 × 106 50 1 × 106 5S 3.5 × 104 120
5,8S 4,5 × 104 160
28S 1,6 × 106 4700
Catatan: Subunit ribosom ditentukan berdasarkan iaju pengendapan dalam satuan Svedberg (S) (405 atau 605). Disajikan jumlah protein unik dan massa totalnya (BM) dan
komponen RNA dari masing-masing subunit daiam ukuran (satuan Svedberg), massa, dan jumlah basanya.

368 BAGIAN VII Struktur, Fungsi, & Replikasi Makromolekul Pembawa Informa
Regulatorik Nonkode Besar & Kecil RNA: bakteri juga mengatur sejumlah besar gen. sRNA sering kali
Mikro-RNA (miRNA), Peredam RNA (siRNA), merepresi tetapi terkadang mengaktivasi sintesis protein
dengan mengikat mRNA spesifik.
dan Panjang Nonkode RNA (lncRNA)
Salah satu penemuan paling menarik dan tidak terduga dalam
bidang biologi regulatorik di dekade terakhir ini adalah NUKLEASE SPESIFIK
identifikasi dan karakterisasi dari regulatorik nonprotein kode
RNA (ncRNA). NcRNA ada di dua kelas ukuran umum, besar
MENCERNA ASAM NUKLEAT
(50-1000nt) dan kecil (20-22nt). ncRNA regulatorik telah Telah lama diketahui bahwa terdapat enzim-enzim yang
dijelaskan di sebagian besar eukariota (lihat Bab 38). mampu menguraikan asam nukleat. Berbagai nuklease ini
ncRNA kecil disebut miRNA dan siRNA biasanya dapat diklasifikasikan dalam beberapa cara. Nuklease yang
menghambat dari ekspresi gen pada tingkat produksi memperlihatkan spesifisitas untuk DNA disebut sebagai
protein spesifik dengan menargetkan mRNA melalui salah deoksiribonuklease. Enzim yang secara spesifik meng-
satu dari beberapa mekanisme yang berbeda. miRNA hidrolisis RNA disebut ribonuklease. Beberapa nuklease
dihasilkan oleh pengolahan nukleofilik spesifik dari produk dapat menguraikan baik DNA maupun RNA. Di kedua
yang berbeda unit gen / transkripsi (lihat Gambar 36-17). kelas ini, terdapat enzim-enzim yang mampu memecah
Prekursor miRNA, yang 5'-menutupi dan 3'-poliadenilat, ikatan fosfodiester internal untuk menghasilkan terminal
biasanya berbagai ukuran dari sekitar 500 sampai 1000 3'-hidroksil dan 5'-fosforil atau terminal 5'-hidroksil dan 3'-
nukleotida. fosforil. Enzim-enzim ini disebut sebagai endonuklease.
Beberapa enzim mampu menghidrolisis kedua untai
Sebaliknya, siRNA dihasilkan oleh pengolahan nukleo- molekul untai-ganda, sedangkan yang lain hanya mampu
litik spesifik dari dsRNAs besar yang baik dihasilkan dari menguraikan untai tunggal asam nukleat. Beberapa
RNA endogen lainnya, atau dsRNAs diperkenalkan ke dalam nuklease hanya dapat menghidrolisis untai tunggal tak-
sel, oleh misalnya, virus RNA. Kedua siRNA dan miRNA berpasangan, sementara yang lain mampu menghidrolisis
biasanya berhibridisasi, melalui pembentukan dari RNA- untai tunggal yang ikut serta dalam membentuk molekul
RNA hibridisasi untuk target mRNA (lihat Gambar 38-19). untai-ganda. Terdapat kelas-kelas endonuklease yang
Sampai saat ini, telah diketahui ratusan jenis miRNA dan mampu mengenali sekuens spesifik dalam DNA; sebagian
siRNA pada manusia; diperkirakan terdapat ~1000 gen besar enzim ini adalah endonuklease restriksi, yang dalam
pengode miRNA manusia. Dengan spesifisitas genetik yang tahun-tahun terakhir menjadi komponen penting dalam
sangat tinggi, baik miRNA maupun siRNA merupakan agen genetika molekular dan ilmu kedokteran. Pada Tabel 39-2,
yang sangat potensial untuk pengembangan obat disajikan beberapa endonuklease restriksi yang saat ini
terapeutik. Selain itu, siRNA sering digunakan untuk diketahui.
menurunkan atau "melumpuhkan" kadar protein spesifik Beberapa nuklease mampu menghidrolisis suatu
(melalui degradasi mRNA yang diarahkan oleh homologi nukleotida hanya jika enzim tersebut terdapat di ujung suatu
siRNA) dalam konteks eksperimental di laboratorium, suatu molekul; kelas enzim ini disebut sebagai eksonuklease.
altematif teknologi gene-knockout yang sangat bermanfaat Eksonuklease bekerja hanya dalam satu arah (3′ → 5′ or 5′
(Bab 39). Memang, beberapa uji klinis terapi berdasarkan → 3′) Pada bakteri, eksonuklease 3′ → 5′adalah bagian
siRNA sedang berlangsung untuk menguji keampuhan integral perangkat replikasi DNA dan enzim-enzim ini
molekul-molekul baru sebagai obat untuk mengobati berfungsi untuk mengedit—atau memeriksa kesalahan—
penyakit manusia. pembentukan pasangan basa pada deoksiribonukleotida
Penemuan terbaru menarik lainnya di dunia RNA adalah yang baru ditambahkan.
identifikasi dan karakterisasi RNA panjang non-kode, atau
ncRNA. ncRNA panjang, seperti tersirat dari namanya, tidak
mengode protein yang memiliki panjang berkisar dari ~300 Y
sampai 1000 nukIeotida. RNA ini biasanya ditranskripsikan ■ DNA terdiri dari empat basa—A, G, C, dan T—yang disatukan
dari region besar genom eukariot yang tidak mengode dalam rangkaian linear oleh ikatan fosfodiester melalui posisi
protein (Yaitu, mRNA yang mengkode gen). Analisis 3' dan 5' gugus-gugus deoksiribosa yang berdekatan.
transkriptom dengan teknologi penentuan sekuens generasi ■ DNA tersusun menjadi dua untai oleh pembentukan pasangan
terbaru menunjukkan bahwa >90% semua DNA genom basa A ke T dan G ke C pada untai komplementer. Untai-untai
eukariot ditranskripsikan. ncRNA berperan dalam sebagian ini membentuk heliks ganda di sekeliling satu sumbu sentral.
besar transkripsi ini. ncRNA memiliki banyak peran mulai ■ Sebanyak 3 x 109 pasangan basa DNA manusia terorganisasi
dari peran dalam aspek struktural kromatin hingga regulasi menjadi komplemen haploid 23 kromosom. Sekuens dari
transkripsi gen mRNA oleh RNA polimerase II. Penelitian ketiga miliar nukleotida ini menentukan keunikan masing-
berikutnya akan lebih mengungkap ciri-ciri golongan masing individu.
molekul RNA yang penting ini. ■ DNA berperan sebagai cetakan untuk replikasinya sendiri dan
Hal yang menarik, bakteri juga memiliki RNA regu- karena itu berfungsi untuk mempertahankan genotipenya dan
latorik yang kecil dan heterogen yang disebut sRNA, untuk transkripsi sekitar 25.000 gen manusia pengode protein
serta sejumlah besar RNA regulatorik yang tidak mengode
sRNA bakteri bervariasi ukurannya dari 50 hingga 500
protein.
nukleotida, dan seperti miRNA/siRNA eukariot, sRNA

■ RNA terdapat dalam beberapa struktur untai-tunggal yang Narla A, Ebert BL: Ribosomopathies: human disorders of ribosome
berbeda, sebagian besar secara langsung atau tak-langsung dysfunction. Blood 2010;115:3196–3205.
berperan dalam sintesis protein atau regulasinya. Rangkaian Phizicky EM, Hopper AK: tRNA biology charges to the front. Ge-
linear nukleotida pada RNA terdiri dari A, G, C, dan U, dan nes Dev 2010;24:1832–1860.
gugus gulanya adalah ribosa. Skalsky RL, Cullen BR: Viruses, microRNAs, and host interactions.
Annu Rev Microbiol 2010;64:123–141.
■ Bentuk-bentuk utama RNA mencakup mRNA, rRNA, tRNA,
Teng T, Thomas G, Mercer CA: Growth control and ribosomopa-
dan snRNA (miRNA). Molekul RNA tertentu berfungsi sebagai
thies. Curr Opin Genet Dev 2013;63–71.
katalis (ribozim).
Wang G-S, Cooper TA: Splicing in disease: disruption of the splic-
ing code and the decoding machinery. Nature Rev Genetics
REFERENSI 2007;8:749.
Dunkle JA, Cate JH: Ribosome structure and dynamics during tr- Watson JD, Crick FH: Molecular structure of nucleic acids; a stru-
anslation. Annu Rev Biophys 2010;39:227–244. cture for deoxyribose nucleic acid. Nature 1953;171:737–738.
Green R, Noller HF: Ribosomes and translation. Annu Rev Bioc- Yang L, Froberg JE, Lee JT: Long noncoding RNAs: fresh perspec-
hem 1997;66:689–716. tives into the RNA world. Trends Biochem Sci 2014; 39:35–43.
Guthrie C, Patterson B: Spliceosomal snRNAs. Ann Rev Genet
1988;22:387–419.
Han J, Xiong J, Wang D, Fu XD: Pre-mRNA splicing: where and
when in the nucleus. Trends Cell Biol 2011;21:336–343.
Keene JD: Minireview: global r egulation and dynamics of ribon-
ucleic acid. Endocrinology 2010;151:1391–1397.
Moore M: From birth to death: the complex lives of eukaryotic
mRNAs. Science 2005;309:1514–1518.
Moore PB: How should we think about the ribosome? Annu Rev
Biophys 2012;41:1–19.

35
B A B
Susunan, Replikasi,
& Perbaikan DNA
TUJUAN ■ Mengetahui bahwa sekitar 3 x 109 pasangan basa yang membentuk genom
haploid manusia secara unik dibagi dalam 23 unit DNA linier, yaitu kromosom.
Manusia, yang diploid, memiliki 23 pasang kromosom : 22 autosom dan 2
Setelah mempelajari bab ini, kromosom seks.
Anda diharapkan dapat: ■ Memahami bahwa DNA genomik manusia, jika dibentangkan ujung-ke-ujung,
memiliki panjang bermeter-meter, namun tetap muat dalam nukleus sel, suatu
organel yang berdiameter hanya beberapa mikron (µ; 10-6). Pemadatan
panjang DNA ini terjadi setelah DNA berikatan dengan protein histon yang
bermuatan sangat positif; proses ini menghasilkan pembentukan kompleks
DNA-histon yang unik yang disebut nukleosom. Nukleosom memiliki DNA
yang terbungkus di sekeliling permukaan oktamer histon.
■ Menjelaskan bahwa rangkaian nukleosom terbentuk di sepanjang sekuens
linier DNA genom untuk membentuk kromatin, kromatin sendiri dapat sangat
dirapatkan dan dipadatkan, yang akhirnya menghasilkan pembentukan
kromosom.
■ Memahami bahwa meskipun kromosom adalah unit fungsional makroskopik
untuk rekombinasi DNA, pemilahan gen, dan pembelahan sel, tetapi adalah
fungsi DNA di tingkat masing-masing nukleotida yang membentuk sekuens
regulatorik yang terkait dengan gen tertentu yang esensial untuk kehidupan.
■ Menjelaskan tahap-tahap, fase siklus sel, dan molekul-molekul yang berperan
untuk replikasi, perbaikan, dan rekombinasi DNA, serta memahami efek
negatif yang ditimbulkan oleh kesalahan dalam setiap proses ini terhadap
integritas dan kesehatan sel dan organisme.
PERAN BIOMEDIS* menimbulkan penyakit jika cara-cara ini mengalami

kekacauan. Sejumlah sistem enzim ikut serta dalam
Informasi genetik dalam DNA suatu kromosom dapat replikasi, pengubahan, dan perbaikan DNA. Mutasi
ditransmisikan melalui replikasi yang tepat atau dapat saling disebabkan oleh adanya pengubahan pada urutan basa
dipertukarkan melalui sejumlah proses, antara lain tukar DNA akibat kesalahan dalam proses replikasi, pergerakan,
silang, rekombinasi, transposisi, dan konversi. Cara-cara ini atau perbaikan DNA. Frekuensinya adalah sekitar satu per
menjamin keberagaman organisme dan kemampuannya 106 pembelahan sel. Abnormalitas produk gen (baik dalam
untuk beradaptasi. Namun, cara-cara ini juga dapat fungsi maupun jumlah protein atau RNA) dapat disebabkan
oleh mutasi yang terjadi di regio penyandi DNA atau regio
*Sedapai mungkin pembahasan di bab ini dan di Bab 36, 37, dan 38
regulatoriknya. Mutasi di sel germinal akan diwariskan
menyangkut organisme mamalia yang, tentu saja, merupakan eukariot kepada keturunannya (disebut transmisi vertikal penyakit
tingkat tertinggi. Kadang-kadang kita perlu kembali ke penelitian herediter). Sejumlah faktor, mencakup virus, bahan kimia,
observasional terhadap organisme prokariot, seperti bakteri dan virus, atau sinar ultraviolet, dan radiasi pengion, meningkatkan laju
sistem model eukariot tingkat rendah, seperti Drasophda, C. Elegans, atau
khamir. Namun, dalam kasus tersebut, informasinya adalah informasi yang mutasi. Mutasi sering mengenai sel somatik sehingga
dapat diekstrapolasikan ke organisme mamalia. diwariskan ke generasi-generasi sei berikutnya, namun
hanya dalam organisme yang bersangkutan (yaitu secara
370

BAB 35 Susunan, Replikasi, & Perbaikan DNA 371
horizontal). Sudah jelas bahwa sejumlah penyakit—dan Histon Merupakan Protein

mungkin sebagian besar kanker—disebabkan oleh kombinasi
efek transmisi vertikal mutasi serta transmisi horizontal
Kromatin yang Paling Banyak
mutasi. Histon adalah suatu famili kecil protein dasar yang saling
berkaitan. Histon H1 adalah protein yang berikatan
paling longgar dengan kromatin (Gambar 35-1, 35-2, dan
35-3) dan oleh sebab itu, ikatan tersebut mudah dile-
KROMATIN ADALAH MATERI paskan dengan larutan garam setelah kromatin menjadi
semakin mudah larut. Unit susunan kromatin larut ini
KROMOSOM YANG TERDAPAT adalah nukleosom. Nukleosom mengandung empat jenis
DI DALAM NUKLEUS SEL utama histon: H2A, H2B, H3, dan H4. Struktur keempat
histon—H2A, H2B, H3, dan H4, disebut sebagai histon inti
ORGANISME EUKARIOTIKA yang membentuk nukleosom—sangat terkonservasi di antara
Kromatin terdiri dari molekul DNA untai-ganda (dsDNA) spesies meskipun ada juga varian histon yang digunakan
yang sangat panjang, protein-protein basa (histon) yang untuk tujuan khusus. Konservasi yang ekstrem ini
relatif kecil dengan massa hampir sama dengan DNA, mengisyaratkan bahwa fungsi histon adalah identik pada
protein nonhiston dalam jumlah lebih kecil (sebagian besar semua eukariot, dan bahwa keseluruhan molekul bersifat
bersifat asam dan ukurannya lebih besar dari histon), dan cukup spesifik dalam melaksanakan fungsi ini. Terminal
RNA dalam jumlah kecil. Protein nonhiston mencakup karboksil dua pertiga molekul histon bersifat hidrofobik,
enzim-enzim yang berperan dalam replikasi dan perbaikan sedangkan sepertiga terminal amino banyak mengandung
DNA, serta protein yang berperan dalam sintesis, asam amino dasar. Keempat histon inti ini setidaknya
pengolahan, dan transpor RNA ke sitoplasma. Panjang heliks dapat mengalami enam modifikasi kovalen atau
DNA untai-ganda di masing-masing kromosom adalah modifikasi pascatranslasi (pascatranslation modification,
ribuan kali lebih panjang daripada diameter nukleus sel. PTM): asetilasi, metilasi, fosforilasi, ADP-ribosilasi,
Salah satu tujuan adanya molekul-molekul pembentuk monoubikuitilasi, dan sumoilasi. Modifikasi-modifikasi
kromatin, terutama hison, adalah untuk memadatkan DNA. histon ini berperan penting dalam struktur dan fungsi
Namun, perlu dicatat bahwa histon juga berperan secara kromatin, seperti diperlihatkan di Tabel 35-1.
integral dalam regulasi gen (Bab 36, 38, dan 42); pada Histon berinteraksi dengan sesamanya dengan cara yang
dasarnya, histon berperan penting dalam semua transaksi sangat spesifik. H3 dan H4 membentuk suatu tetramer
molekular yang diarahkan oleh DNA. Penelitian-penelitian yang mengandung dua molekul dari masing-masing histon
kromatin dengan menggunakan mikroskop elektron tersebut (H3-H4)2, sedangkan H2A dan H2B membentuk
membuktikan adanya partikel-partikel bulat padat yang dimer (H2A-H2B). Pada kondisi faali, kedua oligomer
disebut nukleosom yang berdiameter sekitar 10 nm dan histon ini berikatan untuk membentuk oktamer histon yang
dihubungkan oleh filamen-filamen DNA (Gambar 35-1). komposisinya adalah (H3-H4)2- (H2A-H2B )2.
Nukleosom terdiri dari gulungan DNA di sekitar kumpulan
molekul histon. A
Pada kondisi ionik yang sesuai, jika oktamer histon
dicampur dengan DNA untai-ganda yang telah dimur-
nikan, akan terbentuk pola difraksi sinar-X yang sama
seperti pola difraksi sinar-X kromatin yang baru diisolasi.
Oktamar histon
H2AH2B
H3 H4
Histon DNA
H1
GAMBAR 35–1 Mikrograf elektron nukleosom (putih, GAMBAR 35–2 Model struktur nukleosom, DNA bergulung
berbentuk bola) yang melekat pada untai DNA (garis abu¬abu mengelilingi permukaan silinder protein datar yang terdiri dari dua
halus);Iihatjuga (Gambar 35-2). (Diproduksi ulang dengan izin dari dari masing-masing histon H2A, H2B, H3, dan H4 yang membentuk
Shao Z: Probing nanometer structures with atomic force microscopy. oktamer histon. Sebanyak—145 pasangan basa DNA, terdiri dari 1,75
News Physiol Sci, 1999;14:142-149. Courtesy of Professor Zhifeng putaran superheliks, menempel pada oktamer histon. Posisi histon
Shao, University of Virginia.) H1, jika ada, ditunjukkan oleh garis putus-putus di bagian bawah
gambar, Histon H1 berinteraksi dengan DNA saat histon H1 masuk
dan ke!uar nukleosom.

372 BAGIAN VII Struktur,Fungsi, & Replikasi Makromolekul Pembawa Informasi
Kromosom
metafase 1400 nm
Lengkung
terpadatkan 700 nm
Bentuk terkait
perancah-inti
Perancah
kromosom
Lengkung
tak-terpadatkan
300 nm
Fibril
kromatin30-nm 30 nm
mengandung
nukleosom
GAMBAR 35–3 Ditampilkan tingkat pengemasan

DNA dalam kromosom metafase (atas) hingga DNA
dupleks (bawah). DNA kromosom dikemas dan disusun H1 H1
dalam beberapa tingkatan seperti diperlihatkan (lihat Fibril kromatin Oct
Tabei 35-2). Setiap fase pemadatan atau perapatan dan 10-nm "rangkain 10 nm
Oct Oct
penyusunan (bawah sampai atas) mengurangi aksesi- manik-manik"
bilitas keseluruhan DNA sehingga sekuens DNA pada H1
kromosom metafase hampir tidak mengalami trans-
kripsi sama sekali. Seluruh lima tingkat pemadatan DNA
ini memendekkan panjang DNA ujung-ke-ujung hingga
104 kali lipat. Kondensasi dan dekondensasi sempurna
DNA linier dalam kromosom terjadi dalam rentang DNA heliks ganda
beberapa jam selama siklus sel replikatif normal (iihat telanjang 2 nm
Gambar 35-20).
Penelitian dengan menggunakan mikroskop elektron Di nukleosom, DNA membentuk superkoil berlawanan
memastikan adanya nukleosom terekonstitusi. Selain itu, arah jarum jam yang mengelilingi permukaan oktamer
rekonstitusi nukleosom dari DNA dan histon H2A, H2B, H3, histon yang berbentuk lempengan (Gambar 35-2). Sebagian
dan H4 tidak bergantung pada asal organisme atau selular besar protein histon inti berinteraksi dengan DNA di sisi-
berbagai komponen. Histon H1 dan protein nonhiston tidak dalam superkoil tanpa membentuk tonjolan meskipun ekor
dibutuhkan untuk rekonstitusi inti nukleosom. terminal amino semua histon dapat menonjol keluar dari
struktur ini dan dapat mengalami modifikasi pascatranslasi
regulatorik (lihat Tabel 35-1).

TABEL 35–1 Kemungkinan Peran Histon Termodifikasi nukleosom yang tepi-tepinya dipisahkan oleh suatu celah
tipis (30 bp DNA) dan permukaan datamya sejajar dengan
1. Asetilasi histon H3 dan H4 berkaitan dengan aktivasi atau
inaktivasi transkripsi gen. sumbu fibril (Gambar 35-3). Fibril 10 nm mungkin
membentuk superkoil lebih lanjut dengan enam atau tujuh
2. Asetilasi histon inti berkaitan dengan penyusunan kromosom
selama replikasi DNA. nukleosom per putaran sehingga membentuk serat kromatin
30 nm (Gambar 35-3). Setiap putaran superkoil adalah
3. Fosforilasi histon H1 berkaitan dengan pemadatan kromosom relatif datar, dan permukaan nukleosom putaran-putaran
selama siklus replikasi.
yang berurutan hampir sejajar satu sama lain. Histon H1
4. ADP-ribosilasi histon berkaitan dengan perbaikan DNA. nampaknya menstabilkan serat 30 nm tetapi posisi histon
5. Metilasi histon berkaitan dengan aktivasi dan represi ini dan variasi lebar celah DNA belum diketahui dengan
transkripsi gen. pasti. Nukleosom mungkin dapat membentuk beragam
6. Monoubikuitilasi berkaitan dengan aktivasi, represi,dan struktur terkumpul. Untuk membentuk suatu kromosom
'pendaman' gen heterokromatik. mitosis, panjang serat 30 nm harus dipadatkan 100 kali lipat
7. Sumoilasi histon (SUMO; smal, ubiquitin-reloted modifier)
lagi (lihat bawah).
berkaitan dengan represi transkripsi. Pada kromosom interfase, serat kromatin tampak
tersusun menjadi 30.000-100.000 bp lengkung atau domain
Tetramer (H3-H4)2 itu sendiri dapat menyebabkan DNA yang melekat pada suatu perancah (atau matriks penunjang)
memiliki sifat mirip-nukleosom sehingga berperan sentral di dalam nukleus, yang disebut matriks nuklear. Dalam
dalam membentuk nukleosom. Penambahan dua dimer domain-domain ini, sebagian sekuens DNA dapat terletak
H2A-H2B menstabilkan partikel primer dan mengikatkan secara tidak acak. Diperkirakan bahwa setiap domain
secara erat dua tambahan DNA setengah putaran yang lengkung kromatin mempunyai satu atau beberapa fungsi
sebelumnya berikatan secara longgar dengan (H3-H4)2. genetik, yang mengandung regio penyandi maupun regio
Jadi, 1,75 putaran superheliks DNA bergulung mengelilingi nonpenyandi pada gen-gen yang asalnya sama. Arsitektur
permukaan oktamer histon, melindungi 145-150 pasangan nukleus ini nampaknya bersifat dinamik dan memiliki efek
basa DNA dan membentuk partikel inti nukleosom regulatorik terhadap regulasi gen. Data terbaru menunjuk-
(Gambar 35-2). Di kromatin, partikel-partikel inti kan bahwa gen-gen atau regio-regio gen tertentu dapat
dipisahkan oleh suatu regio DNA yang terdiri dari ~30 bergerak di dalam nukleus, berpindah ke loci lain dalam
pasangan basa yang disebut "penghubung". Sebagian besar nukleus saat diaktifkan. Penelitian lebih Ianjut akan
DNA berada dalam bentuk rangkaian seri berulang struktur menentukan apakah hal ini merupakan fenomena umum
ini sehingga memberikan gambaran "rangkaian manik- dan mekanisme molekular yang berperan.
manik" jika dilihat dengan mikroskop elektron (Iihat
Gambar 35-1) BEBERAPA BAGIAN KROMATIN
Perakitan nukleosom diperantarai oleh satu dari
beberapa faktor perakit kromatin inti yang difasilitasi oleh
BERSIFAT "AKTIF" DAN YANG
chaperone histon, yaitu sekelompok protein yang LAINNYA BERSIFAT "INAKTIF"
mempunyai afinitas tinggi terhadap histon. Pada saat Secara umum, setiap sel organisme metazoa mengandung
nukleosom dibentuk, histon-histon dibebaskan dari informasi genetik yang sama. Karena itu, perbedaan antara
chaperone histon. Nukleosom tampaknya memperlihat- tipe sel dalam suatu organisme harus dapat dijelaskan oleh
kan preferensi untuk regio-regio tertentu di molekul DNA ekspresi yang berbeda dari informasi genetik yang sama.
spesifik, tetapi dasar dari distribusi nonacak ini (yang Kromatin yang mengandung gen-gen aktif (yaitu kromatin
disebut phasing) masih belum sepenuhnya dipahami. yang aktif atau berpotensi aktif secara transkripsional) telah
Phasing mungkin berkaitan dengan fleksibilitas fisik relatif dibuktikan memiliki beberapa perbedaan bila dibandingkan
sekuens-sekuens nukleotida tertentu untuk meng- dengan regio yang inaktif. Struktur nukleosom kromatin
akomodasi bagian-bagian yang kusut di dalam superkoil aktif tampaknya mengalami pengubahan, kadang-kadang
serta adanya faktor-faktor pengikat-DNA lain yang cukup mencolok, di regio-regio yang sangat aktif. DNA
membatasi tempat-tempat pengendapan nukleosom. pada kromatin aktif mengandung regio-regio besar
(panjang sekitar 100.000 basa) yang relatif lebih peka
STRUKTUR TINGKATAN YANG terhadap penguraian oleh nuklease seperti DNase I.
DNase I membuat untai-tunggal terpotong hampir di
LEBIH TINGGI MENENTUKAN semua segmen DNA (yaitu spesifisitas sekuens rendah).
Enzim ini akan mencerna DNA yang tidak terlindung
DERAJAT KEPADATAN KROMATIN atau terikat dengan protein menjadi deoksinukleotida
Pemeriksaan dengan menggunakan mikroskop elektron komponennya. Sensitivitas region kromatin aktif terhadap
pada kromatin memperlihatkan adanya dua struktur DNase hanya mencerminkan potensi transkripsi dan bukan
tingkat lebih tinggi—fibril 10 nm dan serat kromatin 30 transkripsi itu sendiri dan pada beberapa sistem dikaitkan
nm—di luar struktur nukleosom itu sendiri. Struktur dengan kurangnya 5-metildeoksisitidin (meC) pada DNA
nukleosom berbentuk piringan memiliki diameter 10 nm dan varian histon tertentu dan/atau modifikasi pasca-
dan tinggi 5 nm. Fibrl110-nm terdiri dari nukleosom- translasi (fosforilasi, asetilasi, dsbnya; lihat Tabel 35-1).

Di dalam regio kromatin aktif yang panjang terdapat

rangkaian-rangkaian nukleotida yang lebih pendek
(100-300 buah), yang memperlihatkan sensitivitas yang
lebih tinggi (10 kali lipat) terhadap DNase I. Tempat
hipersensitif ini mungkin terbentuk akibat konformasi
struktural yang mempermudah akses nuklease ke DNA.
Regio-regio ini sering terletak tepat di sebelah hulu gen aktif
dan merupakan lokasi interupsi struktur nukleosom akibat
pengikatan protein-protein faktor transkripsi regulatorik
nonhiston (penambah mengikat protein aktivator
transkripsi; lihat Bab 36 dan 38). Pada banyak kasus, jika
suatu gen dapat ditranskripsikan, gen tersebut sering
memiliki tempat hipersensitif-DNase (s) di kromatin, tepat
di sebelah hulunya. Seperti dijelaskan sebelumnya, protein
regulatorik non-histon yang berperan dalam kontrol
transkripsi dan yang terlibat dalam mempertahankan akses
ke untai cetakan menyebabkan terbentuknya tempat-tempat 5C
hipersensitif. Tempat hipersensitif juga sering memberi BR3
5C
BR3
petunjuk awal tentang keberadaan dan lokasi suatu elemen
A B
kontrol transkripsi.
Sebaliknya, kromatin yang tidak ditranskripsikan akan GAMBAR 35–4 Ilustrasi tentang korelasi erat antara
dikemas rapat sewaktu interfase seperti yang tampak pada keberadaan RNA polimerase II (Tabel 36-2) dan sintesis RNA
pembawa. Sejumlah gen, yang dilabeli A, B (atas), dan 5C, tetapi
pemeriksaan dengan mikroskop elektron dan disebut sebagai bukan gen-gen di lokus (pita) BR3 (5C, BR3, bawah) diaktifkan ketika
heterokromatin; kromatin yang aktif ditranskripsikan larva Chironomus tentans diberi kejutan panas sebesar 39 °C selama
tampak kurang padat dan disebut sebagai eukromatin. 30 menit. (A) Distribusi RNA polimerase II di kromosom IV terisolasi
dari kelenjar liur (tanda panah). Enzim dideteksi dengan
Dalam siklus sel mamalia, eukromatin umumnya mengalami imunofluoresensi dengan menggunakan antibodi terhadap
replikasi lebih awal dibandingkan dengan heterokromatin polimerase. 5C dan BR3 adalah pita spesifik kromosom IV, dan
(lihat bawah). Kromatin pada regio inaktif ini sering kali tanda panah menunjukkan "puff". (B) Autoradiogram sebuah
kromosom IV yang diinkubasi dalam 3H-uridin untuk melabeli RNA.
banyak mengandung meC, dan histon dalamnya Perhatikan korespondensi imunofluoresensi dengan adanya RNA
mengandung modifikasi kovalen tertentu tingkat yang relatif radioaktif (titik hitam). Bar = 7 μm (Diproduksi ulang dengan izin dari
rendah dari "pengaktifan" dan tingkat yang lebih tinggi dari Sass H: RNA polymerase B in polytene chromosome. Cell
"tekanan" PTM histon. 1982;28:274. Copyright O 1982. Dicetak ulang dengan izin dari
Elsevier.)
Terdapat dua jenis heterokromatin: konstitutif dan
fakultatif. Heterokromatin konstitutif selalu memadat dan
karenanya inaktif. Jenis ini ditemukan di bagian-bagian yang dipetakan, atau "diwarnai," dalam nukleus sel manusia,
dekat dengan sentromer kromosom dan di ujung kromosom meskipun tanpa pembentukan kromosom politen, yaitu
(telomer). Heterokromatin fakultatif kadang-kadang dengan menggunakan teknik FISH (fluorescence in situ
memadat tetapi pada waktu lain ditranskripsikan secara hybridization; Bab 39).
aktif sehingga tidak memadat dan tampak sebagai eukro-
matin. Dari dua anggota pasangan kromosom X pada
DNA DISUSUN MENJADI
mamalia betina, satu kromosom X hampir sama sekali inaktif KROMOSOM
secara transkripsional dan karenanya heterokromatik. Saat metafase, kromosom mamalia tampak simetri rang-
Namun, kromosom X heterokromatik mengalami dekonden- kap dua dengan kromatid bersaudara identik duplo
sasi pada saat gametogenesis dan ditranskripsikan secara aktif yang saling berhubungan di sentromer yaitu posisi relatif
pada masa mudigah dini—karena itu, kromosom ini yang khas untuk suatu kromosom (Gambar 35-5).
merupakan heterokromatin fakultatif. Sentromer adalah bagian yang kaya adenin-timin (A-T)
Beberapa sel serangga, misalnya Chironomus dan yang mengandung sekuens DNA berulang dan memiliki
Drosophila, mengandung kromosom raksasa yang telah ukuran berkisar dari 102 (ragi pembuat bir) hingga 106
direplikasikan dalam beberapa siklus tanpa ada pemisahan (mamalia) pasangan basa (bp). Sentromer metazoa diikat
dengan kromatid anak. Salinan-salinan DNA ini berjajar oleh nukleosom yang mengandung protein varian histon H3
dalam urutan yang pas dan menghasilkan kromosom CENP-A dan protein pengikat sentromer spesifik lain.
berpita yang mengandung regio-regio kromatin padat dan Kompleks ini, yang dinamai kinetokor, berperan sebagai
pita-pita jernih kromatin yang lebih longgar. Regio jangkar bagi gelendong mitosis. Oleh sebab itu, struktur ini
kromosom politen yang aktif ditranskripsikan ini mengalami esensial bagi pemisahan kromosom selama mitosis.
dekondensasi khusus menjadi "puffs" yang dapat dibuktikan
Ujung-ujung setiap kromosom mengandung struktur yang
mengandung enzim-enzim yang berperan untuk transkripsi
disebut telomer. Telomer terdiri dari pengulangan sekuens
dan merupakan tempat sintesis RNA (Gambar 35-4).
pendek yang kaya-TG. Telomer manusia memiliki pengu-
Dengan menggunakan kuar (probe) hibridisasi berlabel
langan sekuens 5'-TTAGGG-3' dengan jumlah bervariasi, yang
fluoresen yang sangat sensitif, sekuens gen tertentu dapat

Telomer TABEL 35–2 Rasio Pengemasan atau Pemadatan

(TTAGG)n Masing-Masing Tingkatan Struktur DNA
Bantuk Kromatin Rasio Pengemasan
DNA heliks ganda polos ~1.0

Fibril 10-nm nukleosom 7-10
Kromatid Kromatid
bersudara #1 bersaudara #2 Serat kromatin 30 nm nukleosom 40-60
superheliks
Kromosom metafase terkondensasi pada 8000

lengkungan
Sentromer Sentromer
(lihat Gambar 55–17). Setiap kromatid bersaudara mengan-
dung satu molekul DNA untai-ganda. Selama interfase,
pengemasan molekul DNA menjadi kurang padat daripada
pengemasan dalam kromosom yang terkondensasi sewaktu
metafase. Kromosom metafase hampir sama sekali tidak dapat
ditranskripsikan.
Genom haploid manusia terdiri dari sekitar 3 x 109 bp dan
sekitar 1,7 x 107 nukleosom. Jadi, masing-masing dari ke-23
Telomer kromatid dalam genom haploid manusia mengandung rata-
(TTAGG)n rata 1,3 x 108 nuldeotida dalam satu molekul DNA untai-
GAMBAR 35–5 Dua kromatid bersaudara pada kromosom 12 ganda. Oleh sebab itu, panjang setiap molekul DNA harus
manusia yang bermitosis. Diperlihatkan lokasi regio sentromer kaya- dipadatkan 8000-kali lipat untuk menghasilkan struktur
A+T yang menghubungkan kedua kromatid bersaudara, juga kromosom metafase yang padat. Pada kromosom metafase,
diperlihatkan dua dari empat telomer yang terdapat di bagian paling serat kromatin 30 nm juga mengalami pelipatan menjadi
ujung kromatid yang melekat satu sama lain di sentromer. (Courtesy serangkaian looped domains (domain dengan lengkung),
of Biophoto Associates/Photo Researchers, Inc.)
yang bagian proksimalnya melekat pada suatu perancah
nonhiston matriks nuklear, seperti melalui interaksi dengan
dapat memanjang hingga beberapa kilobasa. Telomerase, protein lamin yang merupakan komponen integral dari
kompleks berisi cetakan RNA multisubunit yang berkaitan membran nuklir disekelilingi inti (Gambar 35-3 dan 49-4).
dengan DNA polimerase dependen-RNA virus (reverse Rasio pengemasan masing-masing tingkatan struktur DNA
transcriptase), adalah enzim yang berperan dalam sintesis diringkaskan di Tabel 35-2. Pengemasan nuk-leoprotein di
telomer dan oleh sebab itu penting untuk mempertahankan dalam kromatid tidak berlangsung acak, seperti dibuktikan
panjang telomer. Karena pemendekan telomer dilaporkan oleh pola khas yang diamati jika kromosom dipulas dengan
berkaitan dengan transformasi keganasan dan penuaan (lihat pemulas spesifik kuinakrin atau Giemsa (Gambar 35-6).
Gambar 54–7), telomerase menjadi sasaran menarik untuk
pengem-bangan obat dan kemoterapi kanker
1 2 3 4 5
6 7 8 9 10 11 12
18 GAMBAR 35–6 Kariotipe manusia

13 14 15 16 17
(seorang pria yang memiliki konstitusi normal
45,XY). Kromosom metafase dipulas dengan
metode Giemsa dan diluruskan sesuai dengan
konversi Paris. (Courtesy of H Lawce F Conte).
19 20 21 22 XY

Antar-individu dalam satu spesies, pola pemulasan dikeluarkan dalam suatu proses yang juga menyatukan
(pemitaan) komplemen kromosom keseluruhan tidak segmen-segmen penyandi yang sesuai untuk membentuk
berbeda; namun, pola ini sangat berbeda antar spesies, mRNA matur. Dalam genom, sebagian besar sekuens
bahkan pada spesies yang berkaitan erat. Karena itu, penyandi sebuah mRNA disela (dan dengan demikian di
pengemasan nukleoprotein dalam kromosom eukariot transkrip primer) oleh paling sedikit satu—dan pada
tingkat-tinggi harus bergantung pada karakteristik- beberapa kasus hingga sebanyak 50—sekuens penyela yang
karakteristik molekul DNA yang spesifik untuk spesies. tidak menyandi protein (intron). Intron biasanya jauh
Kombinasi teknik pemulasan khusus dan mikroskopi lebih panjang daripada regio penyandi (ekson).
beresolusi-tinggi memungkinkan para ahli sitogenetik untuk Pemrosesan transkrip primer, yang mencakup pengeluaran
memetakan secara tepat ribuan gen ke regio-regio spesifik intron dan penyatuan ekson-ekson yang berdekatan,
kromosom mencit dan manusia. Dengan terungkapnya dijelaskan secara terperinci di Bab 36.
sekuens genom mencit dan manusia baru-baru ini (di Fungsi sekuens penyela, atau intron, belum jelas. Namun,
samping genom-genom lain), menjadi jelas bahwa banyak molekul prekursor mRNA dapat berbeda-beda disambung
dari metode pemetaan visual ini adalah sangat akurat. sehingga meningkatkan jumlah protein (belum terkait) yang
berbeda yang diproduksi oleh gen tunggal dan mRNA primer
transkrip gen yang sesuai. Intron dapat berfungsi untuk
Regio Penyandi Sering Disela oleh memisahkan domain-domain fungsional (ekson) informasi
Sekuens Intervensi penyandi dalam suatu bentuk yang memungkinkan tata-
Pada genom eukariot, regio DNA penyandi protein, yang ulang genetik melalui rekombinasi yang berlangsung lebih
transkripnya muncul di sitoplasma sebagai molekul mRNA cepat bila dibandingkan seandainya semua regio penyandi
tunggal, biasanya diinterbusi dalam genom eukariotik untuk suatu fungsi genetik adalah berurutan secara kontinu.
oleh urutan intervensi besar dari DNA koding Peningkatan laju tata-ulang genetik domain-domain
nonprotein. Oleh sebab itu, transkrip primer DNA fungsional memungkinkan evolusi fungsi biologis secara
(prekursor mRNA, awalnya dinamai hnRNA karena cepat. Dalam beberapa kasus, protein lain atau RNA
ukuran spesies RNA ini cukup heterogen [panjangnya] dan nonkoding berada dalam DNA intron gen tertentu (Bab 34).
sebagian besar hanya berada di nukleus), mengandung Hubungan antara DNA kromosom, kelompok gen dalam
sekuens-sekuens RNA penyela nonkoding yang harus kromosom, struktur ekson-intron gen, dan produk mRNA
final diperlihatkan di (Gambar 35-7).
Kromosom
(1–2 × 103 gen) 1.5 × 108 bp
Kelompok gen
( 20 gen) 1.5 × 106 bp
Gen 2 × 104 bp
Transkrip primer mRNA 8 × 103 nt
mRNA 2 × 103 nt
GAMBAR 35–7 Hubungan antara DNA kromosom dan mRNA. Komplemen DNA
haploid manusia yang terdiri dari 3 x 109 pasangan basa (bp) tersebar di 23 kromosom (lihat
Gambar 35-6). Gen sering kali berkelompok di dalam kromosom ini. Gen rata-rata memiliki
panjang 2 x 104 bp, mencakup regio regulatorik (daerah berarsir merah}, yang biasanya
terletak di ujung 5' gen. Di sini, regio regulatorik diperlihatkan berdekatan dengan tempat
inisiasi transkripsi (tanda panah). Sebagian besar gen eukariot memiliki ekson dan intron
yang berselang-seling. Dalam contoh ini, terdapat sembilan ekson (bagian yang berwarna
biru) dan delapan intron (bagian yang berwarna hijau). Intron dikeluarkan dari transkrip
primer oleh reaksi pemrosesan dan ekson-ekson disatukan bersama dalam sekuens untuk
membentuk mRNA matur. (nt, nukleotida.)

BANYAK GENOM MAMALIA suatu eukariot tingkat rendah), sekitar dua pertiga dari 6.200
gen diekspresikan tetapi hanya sekitar 1/5 yang dibutuhkan
YANG BERLEBIHAN DAN YANG untuk bertahan hidup pada kondisi laboratorium. Di
jaringan tipikal eukariot tingkat tinggi (misal hati dan ginjal
TIDAK DITRANSKRIPSIKAN mamalia), terjadi ekspresi aktif antara 10.000 sampai 15.000
Genom haploid masing-masing sel manusia terdiri dari 3 x gen. Tentu saja, masing-masing jaringan mengekspresikan
109 pasangan basa DNA yang dibagi menjadi 23 kromosom. kombinasi gen yang berbeda, dan bagaimana hal ini terjadi
Seluruh genom haploid mengandung jumlah DNA yang merupakan salah satu pertanyaan besar yang belum terjawab
cukup untuk menyandi hampir 1,5 juta gen berukuran dalam biologi.
rata-rata. Namun, studi-studi mengenai laju mutasi dan
kompleksitas genom organisme tinggi memberi isyarat Pada DNA Manusia, Setidaknya 30%
kuat bahwa manusia hanya memiliki <100.000 protein
yang disandi oleh ~1°/0 genom manusia yang terdiri dari Genom Terdiri dari Sekuens Berulang
DNA ekson. Estimasi terbaru memperkirakan bahwa ada DNA sekuens-berulang secara umum dapat diklasifi-
25.000 (atau kurang) gen penyandi-protein pada manusia. kasikan sebagai repetitif moderat atau sangat repetitif.
Hal ini mengisyaratkan bahwa sebagian besar DNA tidak Sekuens yang sangat repetitif terdiri dari 5-500 pasangan
menyandi protein—yang berarti bahwa informasi yang basa yang berulang dalam tandem. Sekuens-sekuens ini
terkandung di dalamnya tidak pemah ditranslasikan menjadi biasanya berkelompok di sentromer dan telomer kro-
sekuens asam arrnno molekul protein. Tentu saja, sebagian mosom dan sebagian terdapat dalam jumlah 1-10 juta
kelebihan sekuens DNA ini berfungsi untuk mengatur salinan per genom haploid. Sebagian besar sekuens-sekuens
ekspresi gen saat perkembangan, diferensiasi, dan adaptasi ini tidak ditranskripsikan dan sebagian sekuens ini berperan
terhadap lingkungan, baik dengan menyediakan tempat dalam struktur kromosom (Gambar 35-5; lihat Bab 39).
pengikatan protein regulatorik maupun dengan menyandi Sekuens repetitif moderat, yang didefinisikan sebagai
RNA regulatorik (yaitu miRNA dan ncRNA). Sebagian berjumlah kurang dari 106 salinan per genom haploid, tidak
kelebihan tersebut jelas membentuk sekuens penyela atau berkelompok tetapi tersebar di antara sekuens-sekuens unik.
intron yang memisahkan regio-regio penyandi dalam gen, Pada banyak kasus, sekuens berulang penyela yang panjang
dan sebagian lagi dari kelebihan sekuens DNA ini tampaknya ini ditranskripsikan oleh RNA polimerase II dan me-
tersusun oleh famili-famili sekuens berulang yang fungsinya ngandung tudung yang tidak dapat dibedakan dari tudung
belum diketahui pasti, meskipun sebagian RNA kecil yang yang terdapat di mRNA.
ditranskripsikan dari sekuens berulang ini dapat memodulasi
Sekuens berulang moderat diklasifikasikan, menurut
transkripsi, baik secara Iangsung dengan berinteraksi dengan
panjangnya, menjadi long interspersed repeat sequence
perangkat transkripsi maupun secara tidak langsung dengan
(LINE) atau short interspersed repeat sequence (SINE).
memengaruhi aktivitas cetakan kromatin. Hal yang menarik,
Kedua tipe tampaknya bersifat retroposon, yaitu kedua-
ENCODE Project Consortium (lihat Bab 10 dan 39)
nya berasal dari pergerakan satu lokasi ke lokasi lain
menunjukkan bahwa 1% genom yang paling banyak
(transposisi) melalui suatu RNA perantara oleh kerja
dipelajari dari sekuens genom ternyata ditranskripsikan pada
reverse transcriptase yang mentranskripsikan cetakan RNA
kadar rendah, sebagian besar dari transkripsi ini muncul
ke DNA. Genom mamalia mengandung 20.000-50.000
untuk menghasilkan lncRNA (lihat Bab 34). Penelitian
salinan LINE 6-7 kbp (ribu pasangan basa), yang
selanjutnya akan mengungkapan peran (s) transkrip-
merepresentasikan famili spesifik-spesies dari elemen
transkrip ini.
berulang. SINE lebih pendek (70-300 bp) dan mungkin
DNA genom eukariot dapat dibagi menjadi berbagai terdapat lebih dari 100.000 salinan per genom. Dari berbagai
"kelas sekuens". Kelas-kelas tersebut adalah DNA non- SINE dalam genom manusia, satu famili, yaitu famili Alu,
repetitif, atau DNA sekuens-unik dan DNA sekuens terdapat dalam jumlah sekitar 500.000 salinan per genom
berulang. Pada genom haploid, DNA sekuens-unik haploid dan membentuk ~10% genom manusia. Anggota
umumnya mencakup gen-gen salinan tunggal yang famili Alu manusia dan analognya di hewan lain
menyandi protein. DNA repetitif di genom haploid ditranskripsikan sebagai komponen integral prekursor mRNA
mencakup sekuens-sekuens yang jumlah salinannya atau sebagai molekul RNA tersendiri, mencakup RNA 4,5S
bervariasi dari 2 hingga sebanyak 107 salinan per sel. dan RNA 7S yang telah banyak diteliti. Anggota famili khusus
ini sangat terkonservasi di dalam suatu spesies dan juga di
Lebih dari Separuh DNA di Organisme antara spesies mamalia. Komponen-komponen SINEs,
Eukariot Merupakan Sekuens Unik atau mencakup anggota famili Alu, merupakan elemen yang dapat
Nonrepetitif berpindah-pindah, mampu melompat masuk dan keluar dari
berbagai tempat di dalam genom (lihat bawah). Proses
Perkiraan ini (dan distribusi DNA sekuens-berulang) transposisi ini dapat menimbulkan efek yang parah, seperti
didasarkan pada berbagai teknik hibridisasi DNA-RNA dicontohkan oleh penyisipan sekuens Alu ke dalam sebuah
dan, yang lebih baru, pada penentuan langsung sekuens gen yang bila mengalami mutasi menyebabkan neurofi-
DNA. Teknik-teknik serupa digunakan untuk memper- bromatosis. Selain itu, RNA SINE Alu B1 dan B2 terbukti
kirakan jumlah gen aktif dalam suatu populasi dari DNA meregulasi produksi mRNA pada tingkat transkripsi dan
sekuens unik. Pada ragi bir (Saccharomyces cerevisiae, penggabungan mRNA.

Cys Asn
Pro Glu Ser
OL
Tyr Ala Gln PL
Untai
ND6
ringan (L)
0.0 1.0 2.0 3.0 4.0 5.0 6.0 7.0 8.0 9.0 10.0 11.0 12.0 13.0 14.0 15.0 16.569 kb
Ser
Thr Thr His Arg Gly Lys Asp Trp f-Met Ile Leu Val Phe
Untai OH
cyt b ND5 ND4/ND4L ND3 COX3 ATPase 6/8 COX2 COX1 ND2 ND1 16S rRNA 12S rRNA
Berat (H)
PH2 PH1
GAMBAR 35–8 Peta gen mitokondria manusia. Peta memperlihatkan untai berat (untai atas) dan untai ringan (untai bawah) helai dari
pasangan 16.569 mendasarkan linierisasi. DNA mitokondria (mt) yang telah diluruskan, dan memperlihatkan gen-gen untuk subunit NADH-
koenzim Q oksidoreduktase (ND1 sampai ND6), sitokrom oksidase c (C0X1 sampai COX3), sitokrom b (CYT B), dan ATP sintase (ATPase 8 dan
6) dan untuk rRNA mt ribosom 125 dan 16S. mt RNA transfer (tRNA) gen yang mengkode dilambangkan dengan kotak kuning kecil dan
kode 3 huruf yang menunjukkan sumber asam amino yang ditentukan selama translasi mt. Asal replikasi untai berat (OH) dan untai ringan
(OL) serta promotor untuk dimulainya transkripsi untai berat (PH1 dan PH2) dan untai ringan (PL) ditunjukkan dengan tanda panah (lihat juga
Table 57–3). Gambar yang dihasilkan menggunakan mitokondria Homo sapiens, genom lengkap; Urutan: NCBI Referensi NC_012920.1 dan
anotasi di dalamnya.
Sekuens Berulang Mikrosatelit Mitokondria manusia mengandung 2 sampai 10 salinan

sebuah molekul ~16 kbp DNA untai-ganda sirkular yang
Terdapat satu kategori sekuens berulang yang berada dalam
membentuk sekitar 1% DNA total sel. mtDNA ini menyandi
keadaan susunan tandem berkelompok dan tersebar. Sekuens
RNA ribosom dan RNA transfer yang spesifik-mt dan 13
tersebut terdiri dari 2-6 bp yang berulang hingga 50 kali.
protein yang berperan penting dalam rantai respiratorik (Bab
Sekuens mikrosatelit ini paling sering dijumpai sebagai
13). Peta struktural gen-gen mitokondria manusia yang telah
pengulangan dinukleotida AC pada satu untai dan TG di
diluruskan diperlihatkan di (Gambar 35-8). Sebagian
untai pasangannya, tetapi terdapat juga beberapa bentuk lain,
gambaran mtDNA diperlihatkan di Tabel 35-3.
mencakup CG, AT, dan CA. Sekuens berulang AC terdapat
pada 50.000-100.000 lokasi di genom. Di setiap lokus, jumlah Gambaran penting pada mtDNA mitokondria manusia
pengulangan ini dapat bervariasi di kedua kromosom adalah—karena semua mitokondria dihasilkan dari ovum
sehingga terbentuk heterozigositas jumlah salinan mikro- sewaktu pembentukan zigot—materi genetik ini diwariskan
satelit tertentu pada seseorang. Hal ini merupakan sifat yang melalui cara nonmendelia maternal. Oleh sebab itu, pada
diwariskan, dan karena jumlah dan kemudahan penyakit yang disebabkan oleh mutasi mtDNA, ibu yang
pendeteksiannya dengan menggunakan reaksi berantai mengidap suatu penyakit secara teoretis akan mewariskan
polimerase (PCR) (Bab 39), pengulangan AC sangat penyakitnya kepada semua anaknya tetapi hanya anak
bermanfaat dalam membuat peta keterkaitan genetik. perempuannya yang akan mewariskan penyakitnya. Namun,
Sebagian besar gen berkaitan dengan satu atau lebih penanda pada beberapa kasus, terjadi delesi di mtDNA selama
mikrosatelit sehingga posisi relatif gen-gen di kromosom
dapat diperkirakan, demikian juga keterkaitan sebuah gen
TABEL 35–3 Gambaran Utama DNA Mitokondria Manusia
dengan penyakit. Dengan menggunakan PCR, sejumlah
besar anggota suatu keluarga dapat dengan cepat diskrining • Berbentuk sirkular, beruntai ganda, dan terdiri dari untai atau
rantaiberat (H) dan ringan (L)
untuk menemukan polimorfisme mikrosatelit tertentu.
Adanya hubungan antara polimorfisme spesifik dengan • Mengandung 16.569 bp
sebuah gen di anggota keluarga yang terkena—dan tidak- • Menyandi 13 subunit protein pada rantai respiratorik (dari total
adanya hubungan keterkaitan ini pada anggota keluarga yang sekitar 67)
tidak terkena—dapat menjadi petunjuk pertama tentang Tujuh subunit NADH dehidrogenase (kompleks I)
Sitokrom b kompleks III
dasar genetik penyakit. Tiga subunit sitokrom oksidase (kompleks IV)
Sekuens trinukleotida yang meningkat jumlahnya Dua subunit ATP sintase
(instabilitas mikrostatelit) dapat menyebabkan penyakit. • Menyandi RNA mt ribosom besar (165) dan kecil (125)
Sekuens berulang yang tak-stabil (CGG)n dilaporkan
berkaitan dengan sindrom fragile X. Pengulangan • Menyandi 22 molekul tRNA mt
trinukleotida lain yang mengalami mutasi dinamik (biasanya • Kode genetik sedikit berbeda dari kode baku
suatu peningkatan) dilaporkan menimbulkan korea UGD (kodon stop standar) dibaca sebagai Trp
AGA dan AGG (kodon standar untuk Arg) dibaca sebagai kodon stop
Huntington (CAG), distrofi miotonik (CTG), atrofi otot
spinobulbar (CAG), dan penyakit Kennedy (CAG). • Mengandung sangat sedikit sekuens yang tidak ditranslasikan
• laju mutasi tinggi (5 sampai 10 kali lebih sering daripada DNA nukleus)
SATU PERSEN DNA SEL • Perbandingan sekuens mtDNA memberi bukti mengenai asal evolusi
BERADA DI MITOKONDRIA prima dan spesies lain.
Sebagian besar polipeptida di mitokondria (sekitar 54 dari 67) Sumber: Diadaptasi dari Harding AE: Neurological disease and mitochondrial genes.
Trends Neurol Sci 1991;14:132 Copyright © 1991. Dicetak ulang dengan izin dari
dikode oleh gen-gen di nukleus, sedangkan sisanya dikode oleh Elsevier.
gen-gen yang ditemukan di DNA mitokondria (mt).

oogenesis sehingga sifat tidak diwariskan dari ibu. Sejumlah Gγ Aγ δ βδ β

penyakit disebabkan oleh mutasi mtDNA. Penyakit ini Anti-
mencakup berbagai miopati, kelainan neurologis, dan Lepore
beberapa kasus diabetes melitus. Gγ Aγ δ β
MATERI GENETIK DAPAT Gγ Aγ
DIUBAH DAN DITATA-ULANG

Pengubahan urutan basa purin dan pirimidin di sebuah gen
akibat suatu pengubahan—pengeluaran atau penyisipan— Gγ Aγ δβ
Lepore
pada satu atau lebih basa dapat menyebabkan pengubahan
produk gen atau perubahan ekspresi gen jika DNA koding GAMBAR 35–10 Proses tukar silang yang tak seimbang di regio
nonprotein yang terlibat. Pengubahan materi genetik genom mamalia yang mengandung gen-gen struktural yang
menyandi hemoglobin dan pembentukan produk rekombinan tak-
semacam ini menyebabkan mutasi yang konsekuensi-
seimbang hemoglobin Lepore delta-beta dan anti-Lepore beta-delta.
konsekuensinya dibahas secara terperinci di Bab 37. Contoh yang diberikan memperlihatkan lokasi regio tukar-silang
dalam regio-regio penyandi asam amino gen tertentu (yaitu gen
Rekombinasi Kromosom Adalah Salah Satu globin β dan δ). (Digambar dan diproduksi ulang atas izin dari Clegg JB,
Weatherall DJ: (β0 Thalassemia: Time for a reappraisal? Lancet
Cara untuk Menata-ulang Materi Genetik 1974;2:133. Copyright 0 1974. Dicetak ulang atas izin dari Elsevier.
Informasi genetik dapat dipertukarkan antara kromosom
serupa atau homolog. Proses pertukaran atau rekombinasi Hal ini biasanya menghasilkan pertukaran setara dan timbal-
terutama terjadi selama meiosis pada sel mamalia dan balik informasi genetik antara kromosom-kromosom
memerlukan penjajaran kromosom-kromosom metafase homolog. Jika kromosom-kromosom homolog ini memiliki
homolog, suatu penjajaran yang hampir selalu terjadi dengan alel yang berbeda dari gen yang sama, proses tukar-silang ini
ketepatan yang sangat baik. Proses tukar silang terjadi seperti dapat menghasilkan perbedaan keterkaitan genetik yang
yang d tperlihatkan di (Gambar 35-9). dapat diwariskan dan dapat terlihat. Pada kasus-kasus jarang
ketika penjajaran kromosom-kromosom homolog tidak
berlangsung secara tepat, proses tukar-silang atau
rekombinasi dapat menyebabkan pertukaran informasi yang
tidak seimbang. Satu kromosom dapat menerima materi
genetik yang lebih sedikit (jadi, mengalami delesi) sementara
pasangan kromosomnya menerima lebih banyak materi
genetik sehingga mengalami insersi (penyisipan) atau
duplikasi (Gambar 35-9). Tukar-silang yang tidak seimbang
terjadi pada manusia, seperti dibuktikan oleh adanya
hemoglobin yang dinamai Lepore dan anti-Lepore (Gambar
35-10). Semakin jauh dua sekuens terletak di satu
kromosom, semakin besar kemungkinan terjadinya proses
rekombinasi tukar-silang. Hal ini merupakan dasar metode
pemetaan genetik. Tukar silang yang tak seimbang
memengaruhi susunan tandem DNA repetitif apakah DNA
tersebut gen globin terkait, seperti di (Gambar 35-10), atau
DNA repetitif yang lebih banyak. Tukar-silang yang tidak
seimbang melalui penyelipan saat pembentukan pasangan
dapat menyebabkan ekspansi atau kontraksi jumlah salinan
famili sekuens berulang dan ikut berperan dalam
penambahan dan fiksasi anggota-anggota varian pada seluruh
susunan berulang.
Integrasi Kromosom Terjadi pada

Beberapa Virus
Beberapa virus bakteri (bakteriofag) mampu berekom-
binasi dengan DNA bakteri pejamu sedemikian rupa
sehingga informasi genetik bakteriofag menyatu secara
GAMBAR 35–9 Proses tukar-silang antara kromosom- linier ke dalam informasi genetik pejamu. Integrasi ini
kromosom metafase homolog untuk menghasilkan kromosom yang merupakan salah satu bentuk rekombinasi terjadi
rekombinasi. Lihat juga (Gambar 35-12). melalui mekanisme yang diilustrasikan di (Gambar 35-11).
Tulang punggung genom sirkular bakteriofag di putus,
demikian juga molekul DNA pejamu; ujung-ujung yang

B kemampuan retrovirus untuk masuk dan keluar genom

mamalia.
Bukti langsung transposisi elemen-elemen DNA kecil
A C lainnya ke dalam genom manusia diperoleh dari temuan
"gen terproses" untuk molekul imunoglobulin, molekul α-
1 2 globin, dan beberapa molekul lain. Gen terproses ini terdiri
B
dari sekuens DNA yang identik atau nyaris identik dengan
sekuens RNA pembawa untuk produk gen yang
bersangkutan. Yaitu terdapat regio 5' yang tidak
A C
ditranslasikan, regio penyandi tanpa representasi intron, dan
1 B 2 ekor 3' poli(A) yang semuanya bersambungan. Susunan
sekuens DNA vang khusus ini dihasilkan dari transkripsi
C A terbalik molekul RNA pembawa yang diproses dengan tepat
yang regio-regio intronnya telah dikeluarkan dan ditambahi
1 2 ekor poli (A). Satu-satunya mekanisme yang dapat
digunakan oleh transkrip terbalik ini untuk berintegrasi ke
C B A
dalam genom adalah proses transposisi. Pada kenyataannya,
1 2
"gen terproses" ini memiliki pengulangan pendek terminal
di kedua ujungnya, seperti dijumpai pada sekuens-sekuens
GAMBAR 35–11 Integrasi sebuah genom sirkular virus yang mengalami transposisi pada organisme tingkat rendah.
(dengan gen A, B, dan C) ke dalam molekul DNA pejamu (dengan
gen 1 dan 2) serta urutan gen yang terbentuk. Tanpa terjadinya transkripsi dan dengan demikian tanpa
seleksi genetik untuk fungsi, banyak gen terproses mengalami
sesuai disambung dengan polaritas yang sesuai. Bentuk DNA pengubahan secara acak selama evolusi sehingga kini gen-gen
bakteriofag dibuat menjadi lurus ("dilinierkan") sewaktu ini mengandung kodon nonsense yang meniadakan
berintegrasi ke dalam molekul DNA bakteri—yang biasanya kemampuan gen tersebut untuk menyandi protein utuh yang
merupakan lingkaran tertutup. Tempat integrasi atau fungsional (lihat Bab 37). Oleh sebab itu, gen-gen ini disebut
rekombinasi genom bakteriofag dengan genom bakteri sebagai "pseudogen".
dipilih melalui salah satu dari dua mekanisme berikut. Jika
bakteriofag mengandung sekuens DNA yang homolog
Konversi Gen Menghasilkan Tata Ulang
dengan sekuens di molekul DNA pejamu, terjadi proses Selain tukar silang yang tak seimbang dan transposisi, terdapat
rekombinasi yang serupa dengan yang terjadi di antara mekanisme ketiga yang dapat menimbulkan pengubahan cepat
kromosom-kromosom homolog. Namun, beberapa pada materi genetik. Sekuens-sekuens serupa pada kromosom
bakteriofag mensintesis protein yang mengikatkan tempat- homolog dan nonhomolog kadang-kadang berpasangan dan
tempat tertentu di kromosom bakteri pada tempat menghilangkan ketidakcocokan di antara sekuens tersebut. Hal
nonhomolog yang khas untuk molekul DNA bakteriofag. ini dapat menyebabkan fiksasi yang tak diinginkan pada salah
Integrasi terjadi di tempat ini dan disebut "spesifik-tempat". satu varian di seluruh famili sekuens berulang sehingga
Banyak virus hewan, terutama virus onkogenik—baik menyebabkan homogenisasi sekuens anggota famili DNA
langsung atau, dalam kasus virus RNA seperti HIV repetitif. Proses terakhir ini disebut sebagai konversi gen.
penyebab AIDS, transkrip DNA-nya dihasilkan oleh kerja
DNA polimerase dependen-RNA virus, atau reverse Pertukaran Kromatid Bersaudara
transkriptase—dapat diintegrasikan ke dalam kromosom Pada organisme eukariot diploid seperti manusia, setelah
sel mamalia. Integrasi DNA virus hewan ke dalam genom memasuki fase S, sel mengandung DNA tetraploid. DNA
hewan biasanya tidak "spesifik-tempat" tetapi memang tetraploid ini berada dalam bentuk kromatid bersaudara
memiliki kecenderungan terhadap tempat tertentu. pasangan-pasangan kromosom (Gambar 35-6). Masing-
masing kromatid bersaudara mengandung informasi genetik
Transposisi Dapat Menghasilkan yang identik karena masing-masing merupakan produk
Gen Terproses replikasi semikonservatif molekul DNA induk kromosom yang
bersangkutan. Dapat terjadi tukar-silang antara kromatid
Pada sel eukariot, elemen-elemen kecil DNA yang jelas
bersaudara yang identik secara genetis ini. Tentu saja,
bukan merupakan virus dapat mengubah dirinya keluar-
pertukaran kromatid bersaudara ini (Gambar 35-12) tidak
masuk genom pejamunya sehingga memengaruhi fungsi
memiliki konsekuensi genetik selama pertukaran terjadi akibat
sekuens-sekuens DNA tetangganya. Elemen yang dapat
tukar silang yang seimbang.
berpindah-pindah ini, kadang-kadang disebut "jumping
DNA", atau jumping gene, dapat membawa regio-regio
pengapit DNA dan, karenanya, sangat memengaruhi Tata Ulang Gen Imunogiobulin
evolusi. Seperti disebutkan sebelumnya, famili Alu sekuens Pada sel mamalia, terjadi tata ulang gen yang menarik selama
DNA repetitif moderat memiliki karakteristik struktur perkembangan dan diferensiasi. Sebagai contoh, gen VL dan
yang mirip dengan terminal retrovirus, yang dapat CL, yang enkode untuk imunoglobulin G (IgG)
menerangkan

TABEL 35–4 Tahap-thap Replikasi DNA Eukariot

1. Identifikasi asal replikasi
2. Penguraian (denaturasi) dsDNA untuk menghasilkan cetakan

ssDNA
3. Pembentukan garpu replikasi; sintesis primer RNA
4. Inisiasi sintesis dan pemanjang DNA
5. Pembentukan gelembung replikasi disertai ligasi segmen-

segmen DNA yang baru terbentuk
6. Rekonstitusi struktur kromatin
Kornberg, yang menguraikan adanya suatu enzim yang

sekarang dinamai DNA polimerase I pada E. coli. Enzim ini
memiliki banyak aktivitas katalitik, struktur yang kompleks,
dan syarat untuk trifosfat pada empat deoksiribonukleosida
adenin, guanin, sitosin, dan timin. Reaksi polimerisasi yang
dikatalisis oleh DNA polimerase I E. coli menjadi prototipe
untuk semua DNA polimerase baik pada prokariot maupun
eukariot, meskipun kini diketahui bahwa peran utama
polimerase ini adalah pengoreksian dan perbaikan.
GAMBAR 35–12 Pertukaran kromatid bersaudara antara
kromosom-kromosom manusia. Pertukaran ini dapat dideteksi Di semua sel, replikasi hanya dapat terjadi dari
dengan pewarnaan Giemsa pada kromosom sel yang bereplikasi untuk cetakan DNA untai-tunggal (ssDNA). Oleh sebab itu,
dua siklus dengan keberadaan bromodeoksiuridin. Tanda panah harus terdapat mekanisme untuk mendeteksi tempat inisiasi
menunjukkan beberapa tempat pertu-karan. Courtesy of 5 Woiff dan J
Bodycote.) replikasi dan untuk melepas ikatan DNA untai-ganda
(dsDNA) di tempat-tempat tersebut. Kemudian harus
variabel rantai ringan (VL) dan melindungi (CL) bagian dari terbentuk kompleks replikasi. Setelah replikasi terselesaikan
rantai cahaya IgG dalam molekul IgG tunggal (lihat Bab 38), di suatu bagian, untai induk dan anak harus membentuk
secara luas dipisahkan dalam garis DNA kuman. Di DNA sel kembali dsDNA. Di sel eukariot, harus berlangsung tahap
penghasil imunoglobulin yang berdiferensiasi (sel plasma), tambahan. dsDNA harus membentuk kembali struktur
gen-gen VL dan CL yang sama telah dipindahkan secara fisik kromatin, mencakup nukleosom yang ada sebelum
agar saling berdekatan di genom dan ke dalam unit replikasi dimulai. Pada sel eukariot, keseluruhan proses ini
transkripsi yang sama. Namun, tata ulang DNA selama belum diketahui secara jelas, namun pada sel prokariot
diferensiasi ini tidak menyebabkan gen VL dan CL proses replikasi sudah cukup diketahui secara terperinci,
berdampingan di DNA. DNA mengandung sekuens-sekuens dan prinsip-prinsip umumnya diperkirakan sama pada
penyela atau penyisip dengan panjang sekitar 1200 pasangan keduanya. Tahap-tahap utama tercantum di Tabel 35-4,
basa di atau dekat dengan taut regio V dan C. Sekuens diperlihatkan di (Gambar 35-13), dan dibahas, secara
tersisip tersebut ditranskripsikan menjadi RNA bersama berurutan, di bawah. Sejumlah protein, sebagian besar
dengan gen VL dan CL, dan diselingi, intronik urutan non- mempunyai efek enzimatik spesifik, terlibat dalam proses ini
IgG informasi yang tersela dikeluarkan dari RNA sewaktu (Tabel 35-5).
pemrosesan di nukleus (Bab 36 dan 38).
Asal Replikasi
Di asal replikasi/origin of replication (ori), terdapat
SINTESIS & REPLIKASI DNA hubungan antara protein pengikat-dsDNA spesifik-sekuens
DIKONTROL SECARA KETAT dengan serangkaian sekuens DNA berulang langsung. Pada
bakteriofag λ, oriλ terikat oleh protein O yang disandi oleh
Fungsi utama replikasi DNA adalah penyediaan informasi λ-pada empat tempat berdekatan. Pada E. coli, oriC terikat
genetik yang dimiliki induk untuk anaknya. Karena itu, oleh protein dnaA. Pada keduanya, terbentuk suatu
replikasi DNA harus tuntas dan dilaksanakan dengan cara kompleks yang terdiri dari 150-250 bp DNA dan
sedemikian rupa sehingga stabilitas genetik organisme dan multimer protein pengikat-DNA. Hal ini menyebabkan
spesies dapat dipertahankan. Proses replikasi DNA bersifat denaturasi lokal dan penglepasan ikatan regio DNA yang
kompleks dan melibatkan banyak fungsi sel serta beberapa kaya akan A+T di dekatnya. Di sel ragi telah diidentifikasi
prosedur verifikasi untuk memastikan ketepatan replikasi. adanya autonomously replicating sequences (ARS) atau
Sekitar 30 protein terlibat dalam replikasi kromosom replikator yang secara fungsional adalah serupa. ARS
Escherichia coli, dan proses ini adalah jauh lebih rumit mengandung sekuens 11-bp yang agak mengalami
pada organisme eukariot. Pengamatan enzimologik degenerasi dan disebut origin replication element (ORE).
pertama mengenai replikasi DNA dilakukan oleh Arthur ORE mengikat serangkaian protein yang analog dengan

Ori
Denaturasi
Regio Protein regio A + T
kaya-A + T pengikat ori Pengikatan
( ) SSB ( )
Pengikatan
faktor,
3′ pembentukan
garpu replikasi,
5′ inisiasi replikasi
Untai
pendahulu
Polimerase
Helikase
3′ Primase
5′
5′ SSB
3′
3′ Untai Protein peningkat-ori
retrograd 5′
= Polimerase
= DNA baru
= Primer RNA
Garpu replikasi = Helikase
= Primase
= SSB
GAMBAR 35–13 Tahap-tahap replikasi DNA. Gambar ini memerikan replikasi DNA pada sel E. coli, namun secara
umum tahap-tahap ini mirip dengan tahap pada eukariot. Interaksi spesifik suatu protein (protein dnaA) dengan asal replikasi
(oriC) menyebabkan penguraian lokal DNA di dekat regio kaya-A+T. DNA di bagian ini dipertahankan dalam konformasi untai-
tunggal (ssDNA) oleh protein pengikat untai-tunggal (SSB). Hal ini memungkinkan beragam protein, mencakup helikase,
primase, dan DNA polimerase, untuk mengikat dan memulai sintesis DNA. Garpu replikasi berjalan seiring dengan
berlangsungnya sintesis DNA secara kontinu (tanda panah merah panjang) di untai pendahulu dan secara diskontinu (tanda
panah hitam pendek) di untai retrograd. DNA baru selalu disintesis dafam arah 5' ke 3' karena DNA polimerase hanya mampu
menambahkan sebuah nukleotida pada ujung 3' untai DNA.
protein dnaA E. coli yang secara kolektif dinamai origin panjang sekitar 80 bp yang mudah terurai. Ini disebut DNA
recognition complex (ORC). Homolog ORC dapat ditemu- unwinding element (DUE). DUE merupakan origin of
kan di semua eukariot yang pernah diperiksa. ORE terletak replication pada sel ragi dan berikatan dengan kompleks
dekat dengan suatu sekuens yang kaya akan A+T dengan protein MCM.
Pada sel mamalia, struktur dan fungsi sekuens kon-
TABEL 35–5 Kelas-Kelas Protein yang Berperan dalam sensus yang serupa dengan ori atau ARS belum diketahui
replikasi dengan pasti, meskipun telah teridentifikasi beberapa protein
yang ikut serta dalam pengenalan dan fungsi ori dan
Protein Fungsi tampaknya cukup mirip dengan padanannya yang dijumpai
DNA polimerase Polimensasi deoksiribonukleotida pada sel ragi dari segi sekuens asam amino dan fungsinya.
Helikase Penganturan ATP penguraian prosesif DNA A
Topoisomerase Membebaskan hambatan tersional yang terjadi
Interaksi protein dengan ori mendefinisikan tempat awal
akibat penguraian yang dipicu oleh helikase
replikasi dan menghasilkan potongan pendek ssDNA yang
DNA primase A esensial untuk inisiasi sintesis untai DNA baru. Proses ini
Protein pengikat memerlukan pembentukan sejumlah interaksi antarprotein
untai-tunggal dan protein-DNA. Adanya DNA helikase memungkinkan
DNa ligase Menambat celah untai tunggal antara DNA terurai. Pada E. coli yang tidak terinfeksi, fungsi ini
rantai baru dan fragmen Okazaki di untai dilakukan oleh kompleks dnaB helikase dan protein dnaC.
retrograd

Protein pengikat DNA untai-tunggal (SSBs) menstabilkan TABEL 35–6 Perbandingan DNA Polimerase prokariot dan
kompleks ini. Pada E. coli yang terinfeksi faga λ, protein faga P Eukariot
berikatan dengan dnaB dan kompleks P/dnaB berikatan E coli Eukariot Fungsi
dengan oriλ melalui interaksinya dengan protein O. dnaB
Pengisian celah setelah replikasi, perbaikan,
bukan merupakan suatu helikase yang aktif jika berada dalam I
dan rekombinasi DNA
kompleks P/dnaB/O. Tiga protein kejut panas (dnaK, dnaJ,
dan GrpE) E. coli bekerja sama untuk mengeluarkan protein P II Pengoreksian dan perbaikan DNA
dan mengaktifkan dnaB helikase. Bersama dengan SSB, hal ini β Perbaikan DNA
menyebabkan terurainya DNA dan dimulainya replikasi aktif.
γ Sintesisi DNA mitokondria
Dengan cara ini, replikasi faga λ terlaksana dengan
mengorbankan replikasi sel E. coli pejamu. III ε Sintesis untai pendahulu, prosesif
DnaG α Primase
Pembentukan Garpu Replikasi
δ Sintesis untai retrograd, prosesif
Sebuah garpu replikasi terdiri dari empat komponen yang
terbentuk dalam urutan berikut: (1) DNA helikase ekspresi jumlah nukleotida yang ditambahkan ke rantai baru
menguraikan sebuah segmen pendek DNA dupleks induk; sebelum polimerase terlepas dari cetakan. Fungsi
(2) suatu primase menginisiasi sintesis molekul RNA yang pengoreksian adalah untuk mengidentifikasi kesalahan
esensial untuk memulai sintesis DNA; (3) DNA polimerase penyalinan dan memperbaikinya. Pada E. coli, polimerase III
menginisiasi sintesis untai anak baru; dan (4) SSBs mengikat (pol III) berfungsi di garpu replikasi. Dari semua polimerase,
ssDNA dan mencegah penguatan prematur ssDNA ke enzim ini adalah yang paling cepat mengatalisis
dsDNA. Reaksi-reaksi ini diperlihatkan di (Gambar 35-13). pemanjangan rantai dan merupakan enzim yang paling
Enzim DNA polimerase III (produk gen dnaE pada E. prosesif. Enzim ini mampu mempolimerisasikan 0,5 Mb
coli) mengikat DNA cetakan sebagai bagian dari kompleks DNA dalam satu siklus pada untai pendahulu. Pol III
multiprotein yang terdiri dari beberapa faktor aksesori merupakan kompleks protein besar (>1 MDa) dan
polimerase (β, γ, δ, δ′, dan τ). DNA polimerase hanya multisubunit pada E. coli. DNA pol III berikatan dengan dua
mensintesis DNA dalam arah 5' ke 3', dan hanya satu dari subunit identik pada "penjepit" DNA yang dapat bergeser;
beberapa tipe polimerase yang terlibat di garpu replikasi. ikatan ini sangat meningkatkan stabilitas kompleks pol III-
Karena untai DNA bersifat antiparalel (lihat Bab 34), DNA, prosesivitas (100 menjadi >50.000 nukleotida), dan
polimerase berfungsi secara asimetris. Diuntai pendahulu laju pemanjangan rantai (20-50 nt/s), menghasilkan
(forward), DNA disintesis secara kontinu. Di untai prosesivitas yang tinggi.
retrograd (lagging), DNA disintesis dalam potongan-
Polimerase I (poI I) dan II (pol II) terutama berperan
potongan pendek (1-5 kb; lihat Gambar 35- 16), yang
dalam pengoreksian dan perbaikan DNA. Sel eukariot
disebut juga fragmen Okazaki, jadi dinamai ilmuwan yang
memiliki padanan untuk masing-masing enzim ini ditambah
menemukan. Untuk setiap garpu replikasi, harus disintesis
dengan enzim DNA polimerase lain dalam jumlah besar
beberapa fragmen Okazaki (hingga 1000) secara berurutan.
yang terutama berperan dalam perbaikan DNA. Perban-
Untuk memastikan hal ini terjadi, helikase bekerja pada
dingan keduanya diperlihatkan di Tabel 35-6.
untai retrograd untuk menguraikan dsDNA dalam arah 5' ke
3'. Helikase bersama dengan primase membuat akses Pada sel mamalia, polimerase mampu mengatalisis
terakhir yang diperlukan untuk menuju cetakan. Hal ini polimerisasi dengan laju yang agak lebih lambat daripada
memungkinkan terbentuknya primer RNA dan, pada laju polimerisasi deoksinukleotida oleh kompleks DNA
gilirannya, polimerase akan memulai replikasi DNA. Proses polimerase bakteri. Laju yang melambat ini dapat disebabkan
ini merupakan rangkaian reaksi penting karena DNA oleh adanya interferensi nukleosom.
polimerase tidak dapat memulai sintesis DNA de novo.
Kompleks yang dapat berpindah antara helikase dan primase
Inisiasi & Pemanjangan Sintesis DNA
disebut juga sebagai suatu primosom. Pada saat sintesis lnisiasi sintesis DNA (Gambar 35-14) memerlukan pe-
fragmen Okazaki selesai dan polimerase dibebaskan, primer matangan oleh suatu segmen pendek RNA, dengan panjang
baru telah terbentuk. Molekul polimerase yang sama tetap sekitar 10-200 nukleotida. Pada E coli, pematangan ini
berikatan dengan garpu replikasi dan diproses untuk dikatalisis oleh dnaG (primase), pada eukariot, DNA pol α
mensintesis fragmen Okazaki yang selanjutnya. mengasintesis primer RNA ini. Proses pematangan ini
memerlukan ikatan nukleofilik oleh gugus 3'-hidroksil
primer RNA pada fosfat yang memasuki deoksinukleosida
Kompleks DNA Polimerase trifosfat pertama kali (N di Gambar 35-14) dan disertai
Dalam replikasi DNA, terdapat sejumlah molekul DNA oleh terlepasnya pirofosfat; transisi ini ke sintesis DNA
polimerase yang berbeda. Molekul-molekul ini memiliki dikatalisis oleh DNA polimerase yang sesuai (DNA pol III
tiga sifat umum yang penting: (1) pemanjangan rantai, pada E coli; DNA pol δ dan ε pada eukariot). Gugus 3'-
(2) prosesivitas (progresivitas), dan (3) pengoreksian. hidroksil yang baru melekat pada deoksiribonukleosida
Pemanjangan rantai menentukan laju (nukleotida per monofosfat kemudian secara bebas membentuk ikatan
detik; nt/s) polimerisasi yang terjadi. Prosesivitas adalah nukleofilik pada deoksiribonukleosida trifosfat yang masuk
X1
C
O
H H
H H
X2
HO C
O O Primer RNA
P
O
H H
H H
X3
HO C
O O
P
O
H H
H H
X4
HO C
O O
P
O
H H
H H
OH
OH N
C
O O O
P
dNTP yang masuk pertama O O O–
P H H
H H
kali O– O –
O
P OH H
O O–
X4
C
O O
P
O
H H
H H
N
HO C
O O
P
O
H H
H H
OH N+1
C
O O O
P
dNTP yang masuk kedua O O O–
P H H
H H
O– O O–
P OH H
O O–
GAMBAR 35–14 Inisiasi sintesis DNA pada suatu primer RNA dan penempelan
selanjutnya deoksiribonukleosida trifosfat kedua.

3′
P C
A
5′ A
G
H G
O
U
H A
O
C
H A
Primer RNA O
U
H C
O Gerakan DNA
T
H A
O
G
T
T
T
A
G
A
C
C
Polimer DNA yang memanjang
A
G
G
T
H T
O
P
G
P H
O
P 3′ A
A
C
TTP yang masuk
5′
GAMBAR 35–15 DNA yang dimulai oleh RNA menunjukkan fungsi tetakan untai komplementer
DNA induk.
berikutnya (N+1 di Gambar 35-14), juga di gugus fosfat α- dengan ikatan hidrogen saat gugus 3'-hidroksil untai yang
nya, disertai oleh pelepasan pirofosfat. Tentu saja pemilihan tumbuh menyerang dan memasukkan nukleotida baru ke
deoksiribonukleotida sesuai yang gugus 3'-hidroksil dalam polimer. Segmen-segmen DNA yang melekat pada
terminalnya akan diikat bergantung pada kesesuaian komponen inisiator RNA ini adalah fragmen Okazaki
pasangan basa dengan untaian molekul DNA sesuai rumus (Gambar 35-16). Pada mamalia, setelah banyak fragmen
yang semula diajukan oleh Watson dan Crick (Gambar Okazaki dihasilkan, kompleks replikasi mulai mengeluarkan
35-15). Ketika gugus adenin deoksiribonukleosida primer RNA, untuk mengisi celah yang ditinggalkan oleh
monofosforil berada dalam posisi cetakan, sebuah timidin penghilangannya dengan pasangan basa deoksinukleotida
trifosfat akan masuk dan fosfat α-nya akan diikat oleh yang sesuai, dan kemudian untuk menambal fragmen-
gugus 3'-hidroksiI deoksiribonukleosida monofosforil yang fragmen DNA yang baru disintesis oleh enzim yang disebut
ditambahkan paling terakhir ke polimer. Melalui proses DNA ligase.
bertahap ini, cetakan menentukan deoksiribonukleosida
trifosfat yang mana komplementer dan menahannya
Cetakan DNA
3′ 5′
5′ 3′
Untai DNA yang
Primer 10 bp 10 bp
baru terbentuk
RNA 100 bp
Fragmen Okazaki
GAMBAR 35–16 Polimerisasi diskontinu deoksiribonukleotida di untai retrograd; tampak

pembentukan fragmen Okazaki selama sintesis DNA untai retrograd. Fragmen Okazaki memiliki
panjang 100-250 nukleotida pada eukariot dan 1.000- 2.000 nukleotida pada prokariot.
Replikasi Memperlihatkan Polaritas kecuali pada beberapa virus hewan dan ragi. Namun, jelas
bahwa inisiasi diatur baik secara spasial maupun secara
Seperti telah dijelaskan, molekul DNA memiliki untai ganda
temporal karena kelompok-kelompok tempat yang
dan kedua untai bersifat antiparalel. Replikasi DNA di
berdekatan memulai replikasi secara sinkron. Letupan
prokariot dan eukariot berlangsung di kedua untai secara
replikasi, atau inisiasi replikasi DNA pada ori/replikator,
bersamaan. Namun, enzim yang mampu mempolimerisasi
dipengaruhi oleh sejumlah sifat khas struktur kromatin yang
DNA dalam arah 3' ke 5' tidak terdapat di semua organisme
baru mulai dipahami. Namun, telah jelas bahwa replikator
sehingga kedua untai DNA yang baru direplikasi tidak dapat
dan ORC terdapat secara berlebihan dibandingkan dengan
tumbuh dalam arah yang sama secara bersamaan. Meskipun
jumlah yang dibutuhkan untuk mereplikasi genom mamalia
demikian, enzim yang sama mereplikasikan kedua untai
dalam periode fase S tipikal. Oleh sebab itu, harus terdapat
pada saat yang bersamaan (pada eukariota mengkatalisis
mekanisme yang mengontrol replikator terikat-ORC yang
terdepan dan terakhir Pol ε dan Pol δ terkemuka dan sintesis
berlebihan. Memahami kontrol proses pembentukan dan
untai tertinggal; lihat Tabel 35-6. Enzim mereplikasikan satu
letupan kompleks replikasi ini merupakan salah satu
untai ("untai pendahulu") secara kontinu dalam arah 5' ke 3',
tantangan terbesar di bidang ini.
dengan arah maju secara keseluruhan. Enzim ini
mereplikasikan untai yang lain ("untai retrograd") secara Selama replikasi DNA berlangsung, harus terjadi
diskontinu sambil membentuk polimer nukleotida dalam pemisahan kedua untai agar masing-masing dapat berfungsi
letupan-letupan singkat 150-200 nukleotida, juga dalam arah sebagai cetakan melalui ikatan hidrogen dengan
5' ke 3', tetapi pada saat yang sama enzim ini menghadap ke mengikatkan basa-basa nukleotidanya ke deoksinukleosida
ujung belakang primer RNA sebelumnya dan bukan ke arah trifosfat yang datang. Pada E coli, pemisahan heliks ganda
bagian yang belum tereplikasi. Proses sintesis DNA DNA dipermudah oleh single strand DNA binding proteins
semidiskontinu ini diperlihatkan melalui diagram di (SSBs), yaitu protein yang disebut protein replikasi A
(Gambar 35-13 dan 35-16). (RPA) pada eukariot. Molekul ini menstabilkan struktur
untai-tunggal sewaktu garpu replikasi berkembang. Protein
Pembentukan Gelembung Replikasi stabilisator ini berikatan secara kooperatif dan stoikiometris
Replikasi berlangsung dari satu ori di dalam kromosom dengan untai tunggal tanpa mengganggu kemampuan
bakteri sirkular, yang secara kasar mengandung 5 x 106 bp nukleotida untuk berfungsi sebagai cetakan (Gambar 35-13).
DNA. Proses ini selesai kira-kira dalam 30 menit (laju Selain pemisahan kedua untai heliks ganda, harus terjadi
replikasi sebesar 3 x 105 bp/mnt). Keseluruhan genom penguraian molekul (satu setiap 10 pasangan nukleotida)
mamalia bereplikasi dalam waktu sekitar 9 jam, yaitu agar untai dapat memisah. Kompleks protein β DNA
periode rata-rata yang diperlukan untuk membentuk genom heksamerik menguraikan DNA pada E coli, sedangkan
tetraploid dari genom diploid di sel yang bereplikasi. Jika kompleks MCM heksamerik menguraikan DNA
suatu genom mamalia (3 x 109 bp) bereplikasi dengan eukariot. Penguraian ini terjadi dalam segmen-segmen
kecepatan yang sama seperti bakteri (yaitu 3 x 105 bp/mnt) yang berdekatan dengan gelembung replikasi. Untuk
dari satu ori, replikasi akan membutuhkan waktu lebih dari mengimbangi penguraian ini, terdapat banyak fungsi
150 jam! Organisme metazoa mengatasi masalah ini dengan "pemutar" yang tersebar di molekul DNA semua
menggunakan dua cara. Pertama, replikasi berlangsung di organisme. Fungsi pemutar ini dilakukan oleh enzim-enzim
kedua arah. Kedua, replikasi berjalan dari banyak ori di spesifik yang memasukkan "takik" pada satu untai heliks
masing-masing kromosom (pada manusia jumlah total ganda yang sedang mengalami penguraian, sehingga proses
mencapai 100). Jadi, replikasi terjadi di kedua arah di penguraian dapat berlanjut. Takik ini segera ditambal
sepanjang semua kromosom dan kedua untai direplikasi kembali tanpa memerlukan asupan energi, disebabkan oleh
secara bersamaan. Proses replikasi ini menghasilkan pembentukan ikatan kovalen berenergi-tinggi antara tulang
"geiembung replikasi" (Gambar 35-17). punggung fosfodiester yang tertakik dan enzim penambal.
Enzim-enzim penambal ini disebut DNA topoisomerase.
Berbagai tempat yang berperan sebagai awal replikasi
Proses ini dilukiskan melalui diagram di (Gambar 35-18)
DNA pada eukariot masih belum diketahui dengan pasti
Asal replikasi
"Gelombang replikasi"
3′ 5′
5′ 3′
Protein pengurai pada

garpu replikasi
Arah
replikasi
GAMBAR 35–17 Pembentukkan "gelombang replikasi" selama proses sintesis DNA. Tampak replikasi dua-arah
dan perkiraan posisi protein pengurai di garpu replikasi.

TAHAP 1 DNA topoisomerase I = E DNA ligas = E GAMBAR 35–18 Perbandingan dua jenis reaksi
penambalan DNA. Rangkaian reaksi di sebelah kiri
E + ATP E P R A
dikatalisis oleh DNA topoisomerase I dan sebelah kanan
(Enzim-AMP) oleh DNA ligase; P = fosfat; R = ribosa; A = adenin.
5′ 5′ (Sedikit dimodifikasi dan diproduksi ulang atas izin
P -E Lehninger AL: Biochemistry, edisi 2. Worth,1975.Copy-
P
Takik pada untai tunggal Terdapat takik right ©1975 oleh Penerbit Worth. Digunakan, dengan
O 3′ yang dinuat oleh enzim (E)
O 3′
untai tunggal izin, dari WH Freeman dan Penerbit.)
H H
3′ 5′ 3′ 5′
E P R A
Tahap 2
E
5′ 5′
P -E P P R A
O Pembentukan ikatan O
H energi tinggi H
Tahap 3 E P R A
(AMP)
Takik diperbaiki Takik diperbaiki
dan di sana diperbandingkan dengan penambalan yang

dependen-ATP oleh DNA ligase. Topoisomerase juga
mampu menguraikan DNA superkoil. DNA superkoil adalah
struktur tingkat-tinggi yang terbentuk di molekul DNA
sirkular yang memuntir mengelilingi suatu inti, seperti
diperlihatkan di (Gambar 35–2 dan 35–19).
Di satu spesies virus hewan (retrovirus) terdapat satu
kelas enzim yang mampu mensintesis molekul DNA untai
tunggal dan kemudian DNA untai ganda dari cetakan RNA
untai-tunggal. Polimerase ini, DNA polimerase dependen-
RNA, atau "reverse transcriptase", mula-mula mensintesis
molekul hibrid DNA-RNA dengan menggunakan genom
RNA sebagai cetakan. Suatu nuklease spesifik yang dikode-
virus, RNase H, menguraikan untai RNA cetakan yang
terhibridisasi tersebut, dan untai DNA yang tersisa
kemudian berfungsi sebagai cetakan untuk membentuk
molekul dsDNA untai ganda yang mengandung informasi
yang semula terdapat di genom RNA virus hewan tersebut.
Rekonstitusi Struktur Kromatin

Terdapat bukti bahwa susunan nukleus dan struktur GAMBAR 35–19 Pembentukan Superkoil DNA. Superkoil
kromatin berperan dalam menentukan regulasi dan inisiasi toroidal (solenoidal) left-handed, di gambar kiri, berubah menjadi
sintesis DNA. Seperti disebutkan di atas, laju polimerisasi superkoil yang memuntir menyebrang ke kanan (gambar kanan) jika
inti silindris dikeluarkan. Transisi semacam ini analog dengan transisi
di sel eukariot, yang memiliki kromatin dan nukleosom, yang terjadi ketika nukleosom terganggu oleh ekstraksi histon dari
adalah lebih lambat daripada laju polimerisasi di sel kromatin dengan menggunakan garam berkonsentrasi tinggi.
prokariot, yang tidak memiliki nukleosom. Juga jelas
bahwa struktur kromatin harus dibentuk kembali setelah

replikasi. DNA yang baru direplikasi segera disusun ke Cdk1-siklin B

dalam nukleosom dan oktamer histon yang sudah ada dan Cdk1-siklin A
baru terbentuk disebar secara acak ke masing-masing
lengan garpu replikasi. Reaksi ini difasilitasi oleh kerja
protein chaperone histone yang bekerja secara terpadu
dengan kompleks pemodelanulang kromatin. G2 M Cdk4-siklin D
Cdk6-siklin D
Sintesis DNA Berlangsung

Selama Fase S Siklus Sel G1
Pada sel hewan, mencakup sel manusia, replikasi genom S

DNA hanya terjadi di waktu tertentu selama masa hidup sel. Titik
restriksi
Periode ini disebut sebagai fase sintetik atau fase S. Fase S
biasanya secara temporal terpisah dari fase mitosis atau fase Cdk2-siklin A
M oleh periode nonsintesis yang disebut fase gap 1 (G1) dan
gap 2 (G2), yang masing-masing berlangsung sebelum dan
sesudah fase S (Gambar 35-20). Sel mempersiapkan sintesis
DNA di G1 dan mitosis di G2. Sel meregulasi proses sintesis
DNA dengan mengaturnya hanya boleh terjadi satu kali per Cdk2-siklin E
siklus sel dan hanya pada waktu tertentu pada sel yang
GAMBAR 35–21 Ilustrasi skematis titik-titik selama siklus sel
bersiap untuk membelah melalui proses mitosis. mamalia saat terjadinya aktivasi siklin dan kinase dependen-siklin
Semua sel eukariot memiliki produk gen yang tertentu. Ketebalan berbagai garis bervvarna menunjukkan tingkat
mengatur transisi dari satu fase siklus sel ke fase lainnya. aktivitas.
Siklin adalah sebuah famili protein yang konsentrasinya
substrat yang esensial untuk keberlangsungan siklus sel
meningkat dan menurun pada waktu-waktu tertentu, yaitu
(Gambar 35-21). Contohnya, kadar siklin D meningkat pada
memiliki konsentrasi yang "bersiklus" pada sepanjang siklus
fase G1 akhir dan memungkinkan berlanjutnya siklus
sel (sehingga diberi nama demikian). Pada waktu yang
melewati titik mulai (ragi) atau titik restriksi (mamalia)
sesuai, siklin mengaktifkan berbagai protein kinase
sehingga sel masuk ke fase sintesis DNA atau S dan tidak
dependen-siklin (CDK) yang memfosforilasi berbagai
dapat kembali ke fase sebelumnya.
Siklin D mengaktifkan CDK4 dan CDK6. Kedua kinase
Gelendong yang ini juga disintesis selama G1 di sel yang aktif membelah.
tidak tepat terdeteksi Siklin D serta CDK4 dan CDK6 adalah protein nukleus yang
tersusun sebagai suatu kompleks di fase G1 lanjut. Siklin-
CDK kompleks ini adalah suatu protein kinase serin-treonin
M aktif. Salah satu substrat untuk kinase ini adalah protein
retinoblastoma (Rb). Rb adalah suatu regulator siklus sel
karena protein ini mengikat dan menginaktifkan faktor
G2
transkripsi (E2F) yang penting untuk transkripsi gen-gen
Kerusakan DNA Gl
terdeteksi tertentu (gen histon, protein replikasi DNA, dsb) yang
S dibutuhkan untuk perjalanan dari fase G1 ke S. Fosforilasi Rb
Kerusakan DNA
terdeteksi oleh CDK4 atau CDK6 menyebabkan dibebaskannya E2F
dari represi trartskripsi yang diperantarai oleh Rb—Oleh
Replikasi yang sebab itu, terjadi aktivasi gen dan siklus sel berlanjut.
tidak lengkap Siklin dan CDK lain berperan dalam berbagai aspek
terdeteksi
progresi siklus sel (Tabel 35-7). Siklus E dan CDK2
GAMBAR 35–20 Proses siklus sel mamalia dipantau secara membentuk suatu kompleks di G1 akhir.
terus-menerus melalui berbagai pos pemeriksaan siklus sel. DNA,
kromosorn, dan integritas segregasi kromosom secara terus menerus
dipantau sepanjang siklus sel. Jika terdeteksi adanya DNA yang rusak TABEL 35–7 Siklin dan Kinase Dependen-Siklin yang
di fase G1 atau G2 siklus sel, jika genom tidak direplikasi secara Berperan dalam Progresivitas Siklus Sel
sempurna, atau jika perangkat segregasi kromosom normal tidak
lengkap (yaitu kerusakan gelendong), sel tidak akan masuk ke fase Siklin Kinase Fungsi
siklus tempat terdeteksi adanya cacat. Pada beberapa kasus, jika
D CDK4, CDK6 Progresi melewati titik
kerusakannya tidak dapat diperbaiki, sel akan mengalami kematian sel
restrikasi di perbatasan G1/S
terprogram (apoptosis). Perhatikan bahwa sel secara reversibel dapat
meninggalkan siklus sel selama G1 memasuki keadaan nonreplikatif A CDK2 Inisiasi sintesis DNA di fase S
disebut G0 (tidak ditampilkan, namun lihat Gambar 9-8). Ketika sinyal/ awal
kondisi yang sesuai terjadi sel G1 masuk kembali dan kemajuan secara
normal melalui siklus sel seperti yang digambarkan. B CDK1 Transisi dari G2 ke M

Siklin E cepat terurai, dan CDK2 yang dibebaskan kemudian A

membentuk kompleks dengan siklin A. Rangkaian ini I. Pengubahan satu basa
diperlukan untuk inisiasi sintesis DNA di fase S. Kompleks A . Depurinasi
antara siklin B dan CDK1 menentukan batas laju transisi G2/M B. Deaminasi sitosin menjadi urasil
di sel eukariot. C. Deaminasi adenin menjadi hipoxantin
D. Alkilasi basa
Berbagai virus penyebab kanker (onkovirus) dan gen E. Penggabungan analog basa
pemicu kanker (onkogen) mampu menghilangkan atau
mengganggu restriksi yang secara normal mengontrol II. Pengubahan dua basa
A . Dimer antartimin (pirimidin) yang diinduksi oleh sinar UV
masuknya sel mamalia dari fase G1 ke fase S. Dari B. Ikatan silang agen pengalkil bifungsional
pembahasan sebelumnya, kita dapat menduga bahwa pro-
III. Pernutusan rantai
duksi siklin yang berlebihan, ketiadaan inhibitor CDK
A . Radiasi pengion
spesifik, atau produksi atau aktivasi siklin/CDK pada saat B. Disintegrasi elemen rangka (tulang punggung) oleh radioaktivitas
yang tidak tepat dapat menyebabkan pembelahan sel C. Pembentukan radikal bebas oksidatif
menjadi abnormal atau tak terkendali. Dalam konteks ini Ikatan silang
perlu dicatat bahwa onkogen bcl yang menyebabkan limfoma A . Antara basa di untai yang sama atau berlawanan
sel B tampaknya merupakan suatu gen siklin D1. Demikian B. Antara DNA dan molekul protein (mis, histon)
juga, onkoprotein (atau protein pentransforrnasi) yang
dihasilkan oleh beberapa virus DNA mengincar represor
diperbaiki ada dalam DNA sperma atau oosit sehingga dapat
transkripsi Rb untuk diinaktivasi sehingga terjadi pembelahan
diwariskan ke keturunan. DNA dapat mengalami sangat
sel yang tidak tepat. Inaktivasi Rb (suatu gen pensupresi
banyak serangan kimia, fisik, dan biologis setiap hari
tumor) menyebabkan pertumbuhan sel yang tak terkendali
(Tabel 35-8); oleh sebab itu, pengenalan dan perbaikan lesi
dan pembentukan tumor.
DNA adalah sangat penting. Secara konsekuensi, sel
Selama fase S, seI mamalia mengandung lebih ba-nyak eukariot memiliki lima jalur perbaikan DNA utama, masing-
DNA polimerase dibandingkan dengan jumlahnya selama masing jalur memiliki banyak protein yang kadang-kadang
fase nonsintesis siklus sel. Selain itu, enzim-enzim yang dipakai bersama; protein perbaikan DNA ini biasanya
berperan dalam pembentukan substrat untuk sintesis memiliki ortolog pada prokariot. Mekanisme perbaikan
DNA—yaitu deoksiribonukleosida trifosfat juga me- DNA mencakup Perbaikan Eksisi Nukleotida, (NER);
ningkat aktivitasnya, dan aktivitas ini akan menurun Perbaikan Ketakserasian, (MMR); Perbaikan Eksisi Basa,
setelah fase sintetik sampai muncul kembali sinyal untuk BER; Rekombinasi homolog, (HR); dan Penggabungan
mensintesis kembali DNA. Selama fase S, DNA nukleus ujung nonhomolog, (NHEJ) (Gambar 35-22). Percobaan
mengalami replikasi sempurna satu kali dan hanya satu yang menguji pentingnya berbagai protein perbaikan DNA
kali. Sekali mengalami replikasi, kromatin akan ditandai ini bagi kehidupan manusia dilakukan oleh alam—mutasi
sedemikian rupa sehingga replikasi selanjutnya dicegah pada sejumlah besar gen ini menyebabkan penyakit pada
sampai kromatin tersebut kembali melewati mitosis. Proses manusia (Tabel 35-9). Selain itu, sistematis diarahkan
ini disebut pelisensian replikasi. Mekanisme molekular eksperimen gen "knoc-kout" (lihat Bab 39) dengan mencit
yang mendasari fenomena ini tampaknya melibatkan laboratorium mengungkapkan dengan jelas bahwa fungsi
disosiasi dan/atau fosforilasi siklin-CDK kemudian pemeliharaan integritas gen juga sangat penting bagi gen-gen
penguraian beberapa protein pengikat origin yang berperan ini. Dalam penelitian genetik mencit teramati bahwa mutasi
penting dalam pembentukan kompleks replikasi. Akibatnya, terarah dalam gen menginduksi cacat pada perbaikan DNA
letupan origin hanya terjadi satu kali per siklus sel. dan juga meningkatkan kerentanan terhadap kanker secara
Secara umum, pada setiap replikasi pasangan dramatis.
kromosom tertentu, kromosom akan bereplikasi secara
Salah satu mekanisme perbaikan DNA yang paling
bersamaan dan dalam periode tertentu fase S. Di kromo-
banyak diteliti adalah mekanisme yang digunakan untuk
som, kelompok-kelompok unit replikasi akan bereplikasi
memperbaiki putus pada kedua untai DNA (DSB),
secara terkoordinasi. Sifat sinyal yang mengatur sintesis
mekanisme ini akan dijelaskan dengan lebih terperinci di
DNA di tingkat ini tidak diketahui tetapi pengendalian
sini. Pada sel eukariot, ada dua jalur, yaitu HR dan NHEJ,
tersebut tampaknya merupakan sifat intrinsik yang dimiliki
yang digunakan untuk memperbaiki DSB. Mekanisme yang
masing-masing kromosom, yang diperantarai oleh beberapa
akan dipakai tergantung pada siklus sel (Gambar 35-20 dan
origin replikasi yang terdapat di kromosom tersebut.
35-21) dan tipe kerusakan DSB yang harus diperbaiki
(Tabel 35-8). Pada fase G0/G1 siklus sel, DSB diperbaiki
Semua Organisme Memiliki Mekanisme melalui jalur NHEJ, sedangkan pada fase S dan G2/M
Canggih yang Terkonservasi Secara Evolusi siklus sel, digunakan mekanisme HR. Semua tahap
untuk Memperbaiki DNA yang Rusak dalam perbaikan kerusakan DNA dikatalisis oleh
molekul-molekul yang dipertahankan secara evolusi,
Perbaikan DNA rusak sangat penting untuk menjaga
mencakup Sensor dan Transduser perbaikan DNA,
integritas genom dan untuk mencegah propagasi mutasi,
serta Mediator perbaikan kerusakan. Secara keseluruhan,
baik secara horizontal, yaitu pengubahan sekuens DNA pada
kaskade protein-protein ini ikut serta dalam respons sel
sel somatik, maupun secara vertikal, yaitu lesi yang tidak
terhadap kerusakan DNA.

AGEN PERUSAK LESI DNA YANG JALUR PER- KETEPATAN

DNA TERBENTUK BAIAN DANA PERBAIKAN
Penggabungan
Untai ganda terputus +
Radiasi pengion C ujung nonhomolog
Untai tunggal terputus (NHEJ)
Sinar-X C
C Ikatan-silang dalam untai
Obat antitumor
Ikatan-silang dalam untai Rekombinasi
C ++
homolog (HR)
Perbaikan
Sinar-UV Bulky adducts
eksisi nukleotida +++
Bahan kimia T Dimer pirimidin
(NER)
T
Radikal oksigen Tempat nirbase Untai

Perbaikan eksisi
Hidrolisis tunggal terputus Lesi +++
basa (BER)
Agen pengalkilasi 8-oxo 8-oksoguamin
G
C
T
A
G
T Ketakserasian basa
Kesalahan Perbaikan ketak-
Insers +++
replikasi A serasian (MMR)
Delesi
GAMBAR 35–22 Mamalia memiliki berbagai jalur perbaikan DNA dengan keakuratan yang
bervariasi untuk memperbaiki berbagai bentuk kerusakan DNA yang dialami oleh DNA genomik.
Skema ini berisi bahan-bahan pengrusak DNA yang utama, lesi DNA yang terbentuk (disusun dalam
skema dan diurutkan), jalur perbaikan DNA yang berfungsi untuk memperbaiki berbagai lesi, dan
ketepatan relatif jalur jalur tersebut. (Dimodifikasi, dengan izin, dari: "DNA-Damage Response in
Tissue-Specific and Cancer Stem Cells"Cell Stem Cell 8:16-29 (2011) copyright © 2011 Elsevier Inc.)
TABEL 35–9 Penyakit Manusia yang Berkaitan dengan H4K20me2) dan varian isotipe histon, seperti H2AX (lihat
Perbaikan Kerusakan DNA Tabel 35-1), poliribosa ADP polimerase, PARP, kompleks
protein MRN (subunit Mre11-Rad50-NBS1); hingga protein-
Cacat Pada Perbaikan Penggabungan Ujung Nonhomolog
Penyakit imunodefisiensi campuran berat (SCID) protein pengenal/pemberi sinyal kinase yang diaktifkan oleh
Penyakit imunodefisiensi campuran berat sensitif kerusakan DNA (ATM [Ataksia Telangiektasi Mutated],
radiasi (RS-SCID) kinase terkait-ATM, ATR, kinase protein dependen-DNA
Cacat pada Perbaikan Homolog HR) multisubunit [DNA-PK dan Ku70/801, dan kinase-kinase
Gangguan menyerupai ataksia telangiektasia (ATLD) pos pemeriksaan 1 dan 2 [CHK1, CHK2]). Berbagai kinase
Sindrom putus Nijmegen (NBS) ini memfosforilasi, dan oleh sebab itu memodulasi aktivitas
Sindrom Bloom (BS)
Sindrom Werner (WS)
banyak protein, seperti berbagai protein perbaikan DNA,
Sindrom Rothmund Thomson (RTS) kontrol pos pemeriksaan, dan protein pengontrol siklus-sel,
Kerentanan kanker peyudara 1 dan 2 (BRCA1, BRCA2) seperti CDC25A, B, C, Weel, p21, p16, dan p19 Isemua
Cacat pada Perbaikan Eksisi Nukleotida (NER) regulator siklin-CDK (lihat Gambar 9-8; dan penjelasan
Xeroderma pigmentosum berikutnya); berbagai ekso- dan endonuklease; protein
(XP) Sindrom Cockayne (CS) pengikat DNA spesifik untai tunggal DNA (RPA), PCNA dan
Trikotiodistrofi (TTD)
DNA polimerase spesifik (DNA pol delta, δ; dan eta, η)].
Cacat pada Perbaikan Eksisi Basa (BER) Beberapa (tipe) protein/enzim telah dibahas di atas dalam
Poliposisi terkait-MUTYH konteks replikasi DNA. Perbaikan DNA dan hubungannya
Cacat pada Perbaikan Ketakserasian (MMR) dengan kontrol siklus-sel merupakan bidang penelitian yang
Kanker kolorektum nonpoliposis heriditer (HNPCC) sangat aktif karena peran pentingnya dalam biologi dan
potensinya dalam menyebabkan dan mencegah kanker.
Reaksi sel terhadap kerusakan DNA dan usaha sel untuk
memperbaiki DNA berkisar dari penundaan siklus-sel
yang memungkinkan perbaikan DNA, penahanan siklus-
Integritas DNA dan Kromosom Dipantau di
sel, hingga apoptosis atau senesen (lihat Gambar 35- 23; Sepanjang Siklus Sel
dan penjelasan di bawah). Molekul-molekul yang ikut Karena pentingnya fungsi DNA dan kromosom yang
serta dalam kompleks ini serta proses yang sangat normal untuk keberlangsungan hidup, tidak menghe-
terintergrasi berkisar dari modifikasi histon spesifik- rankan jika sel eukariot mengembangkan mekanisme
kerusakan (yaitu dimetilasi lisin 20 pada Histon H4; canggih untuk memantau integritas bahan genetik.

Kerusakan DNA
PARP
Sensor KU70/80 H2AX ATRIP
MRN
Transduser DNA-PK ATM ATR
Mediator 53BP1 Brca1 H2AX H2AX

MRN MRN
DNA-PK ATM ATR
CHK2 CHK1
p53
Effectors
(a) Perbaikan DNA

PUMA
p21 BAX p16 p19
Hasil NOXA
selular
(b) Penahanan (c) Apoptosis (d) Senesens

siklus sel
GAMBAR 35–23 Mekanisme multitahap perbaikan putus pada kedua untai DNA. Dari atas
ke bawah diperlihatkan protein (kompleks protein) yang: menemukan DSB pada DNA genomik
(Sensor), mentransduksi dan mengamplifikasi kerusakan DNA yang ditemukan (Transduser dan
Mediator), serta molekul yang menentukan hasil akhir respons kerusakan DNA (Efektor).
DKerusakan DNA dapat: (a) langsung diperbaiki (perbaikan DNA), atau, melalui jalur yang
diperantarai-p53 dan tergantung pada keparahan kerusakan DNA dan gen yang diinduksi oleh
aktivasi p53, (b), siklus sel dapat ditahan oleh p21/WAF1, inhibitor kompleks CDK-siklin poten,
untuk memberi waktu pada DNA yang rusak berat untuk diperbaiki, atau (c), dan (d) jika tingkat
kerusakan DNA adalah terlalu besar untuk dapat diperbaiki, sel dapat mengalami apoptosis atau
senesens; kedua proses ini mencegah DNA yang sangat rusak tersebut untuk membelah dan oleh
sebab itu mencegah kanker atau akibat biologis merugikan lainnya. (Berdasarkan: "DNA-Damage
Response in Tissue-Specific and Cancer Stem Cells" Cell Stem Ceil 81 6-29 (2011) copyright C2011
Elsevier inc.)
Seperti dijelaskan di atas, sejumlah sistem enzim multi- pemeriksaan. Jika pada salah satu dari keempat gardu ini
subunit yang rumit telah dikembangkan untuk memperbaiki terdeteksi adanya masalah, keberlanjutan siklus diinterupsi
DNA rusak pada tingkat sekuens nukleotida. Kesalahan DNA dan transit di sepanjang siklus sel ditahan hingga kerusakan
pada tingkat kromosom juga dipantau dan diperbaiki. diperbaiki. Mekanisme molekular yang mendasari pen-
Seperti terlihat pada (Gambar 35-20), baik integritas DNA deteksian kerusakan DNA sewaktu fase G1 dan G2 sudah
maupun kromosom terus dipantau di sepanjang siklus sel. dipahami dengan lebih baik daripada kerusakan sewaktu fase
Empat tahap spesifik pemantauan ini disebut kontrol pos S dan M.

Supresor tumor p53, yaitu protein pada SDS-PAGE ■ Setelah transkripsi, sewaktu pemrosesan RNA, intron
dengan BM 53 kDA, memiliki peran penting baik pada dikeluarkan dan ekson disatukan untuk membentuk mRNA
kontrol pos pemeriksaan G1 maupun G2. p53 adalah protein matur yang muncul di sitoplasma; proses ini disebut
yang dalam keadaan normal sangat tidak stabil, suatu penggabungan RNA.
faktor transkripsi pengikat-DNA, dan salah satu dari ■ DNA di setiap kromosom direplikasikan persis sesuai dengan
famili protein yang berkaitan (yaitu p53, p63, dan p73); aturan pembentukan pasangan basa selama fase S siklus sel
protein ini terstabilkan dalam respons terhadap kerusakan berlangsung.
DNA, mungkin melalui interaksi langsung antara p53 ■ Setiap untai heliks ganda direplikasikan secara bersamaan tetapi
dengan DNA. Seperti histon yang dijelaskan sebelumnya, dengan mekanisme yang sedikit berbeda. Sebuah kompleks
p53 merupakan sasaran serangkaian regulasi pascatranslasi; protein, mencakup DNA polimerase, mereplikasikan untai
semua modifikasi ini tampaknya memodifikasi berbagai pendahulu secara kontinu dalam arah 5' ke 3'. Untai retrograd
direplikasikan secara diskontinu, dalam potongan-potongan
aktivitas biologisnya. Peningkatan kadar p53 mengaktifkan
pendek 100-250 nukleotida, dalam arah 5′ → 3′.
transkripsi berbagai gen yang secara keseluruhan menunda
transit di sepanjang siklus sel. Salah satu protein yang ■ Replikasi DNA diinisiasi di tempat-tempat khusus yang
disebut origin, atau ori, dan membentuk gelembung replikasi.
terinduksi adalah p21, yaitu suatu inhibitor CDK-siklin
Setiap kromosom memiliki banyak origin. Keseluruhan proses
poten (CKI) yang dapat menghambat semua CDK dengan ini membutuhkan waktu sekitar 9 jam pada sel manusia biasa
efisien. Jelas bahwa inhibisi CDK menahan keberlanjutan dan hanya berlangsung selama fase S siklus sel.
siklus sel (lihat Gambar 35-19 dan 35-20). Jika kerusakan
■ Berbagai mekanisme yang menggunakan berbagai sistem
DNA terlalu luas untuk diperbaiki, sel yang terkena akan
enzim digunakan untuk memperbaiki DNA sel yang rusak
mengalami apoptosis (kematian sel terprogram) dengan setelah pajanan sel pada mutagen kimia dan fisika.
cara yang dependen-p53. Pada kasus ini, p53 menginduksi
■ Sel-sel normal yang mengandung DNA yang tidak dapat
aktivasi sekumpulan gen yang menginduksi apoptosis. Sel
diperbaiki sehingga menjalin kematian sel terprogram.
yang tidak memiliki p53 fungsional tidak mengalami
apoptosis jika diberi radiasi tingkat tinggi atau agen
kemoterapeutik aktif-DNA. Tidak mengherankan bahwa p53
merupakan salah satu gen yang paling sering termutasi pada REFERENSI
kanker manusia (Bab 56). Baru-baru ini, penelitian
Blanpain C, Mohrin M, Sotiropoulou PA, et al: DNA-damage resp-
penentuan sekuens genomik pada berbagai sampel DNA onse in tissue-specific and cancer stem cells. Cell Stem Cell
tumor mengisyaratkan bahwa lebih dari 80% kanker 2011;8:16–29.
manusia memiliki mutasi yang menghilangkan fungsi
Bohgaki T, Bohgaki M, Hakem R: DNA double-strand break signa-
p53. Riset berikutnya pada mekanisme kontrol pos ling and human disorders. Genome Integr 2010;1:15–29.
pemeriksaan akan terbukti sangat berguna untuk pengem-
Campbell RM, Tummino PJ: Cancer epigenetics drug discovery and
bangan opsi terapeutik kanker yang efektif.
development: the challenge of hitting the mark. J Clin Invest.
2014;124:64–69.
RINGKASAN Campos EL, Reinberg D: Histones: annotating chromatin. Annu
■ DNA pada sel eukariot berkaitan dengan beragam protein, Rev Genet 2009;43:559–599.
membentuk suatu struktur yang disebut kromatin. Collas C, Lund EG, Oldenburg AR: Closing the (nuclear) envelope
on the genone: how nuclear lamins interact with promoters and
■ Sebagian besar DNA berkaitan dengan protein histon untuk modulate gene expression. Bioessays 2013;6:75–83.
membentuk struktur yang dinamai nukleosom. Nukleosom
terdiri dari oktamer histon yang menyelubungi sekitar 150 bp David CJ, Manley JL: Alternative pre-mRNA splicing regulation in
cancer: pathways and programs unhinged. Genes Dev
DNA.
2010;24:2343–2364.
■ Histon dapat mengalami beragam modifikasi kovalen dinamik Doolittle WF, Fraser P, Gerstein MB, et al. Sixty years of genome
yang menyebabkan timbulnya konsekuensi regulatorik
biology 2013;14:113. PMCID: PMC3663092.
penting.
Gerstein M: Genomics: ENCODE leads the way on big data. Nature
■ Nukleosom dan struktur tingkat tinggi lain yang dibentuk 2012:489:208.
darinya berfungsi untuk memadatkan DNA. Hanahan D, Weinberg RA: Hallmarks of cancer: the next generati-
■ DNA pada regio yang secara aktif ditranskripsikan relatif lebih on. Cell 2011;144:646–674.
peka terhadap serangan nuklease in vitro; beberapa regio, yang Krishnan KJ, Reeve AK, Samuels DC, et al: What causes 2008;40:
disebut tempat hipersensitif, bersifat sangat sensitif dan sering 275–279. mitochondrial DNA deletions in human cells? Nat
mengandung tempat kontrol transkripsi. Genet
Kurth I, O’Donnell M: New insights into replisome fluidity during
■ DNA (gen) yang aktif ditranskripsikan sering berkelompok
chromosome replication. Trends Biochem Sci 2013;38:195–203.
dalam regio tertentu di masing-masing kromosom. Di dalam
regio-regio ini, gen-gen dapat dipisahkan oleh DNA inaktif Lander ES, Linton LM, Birren B, et al: Initial sequencing and ana-
dalam struktur nukleosom. Pada eukariot, unit transkripsi— lysis of the human genome. Nature 2001;409:860.
yaitu bagian gen yang disalin oleh RNA polimerase—sering Luger K, Mäder AW, Richmond RK, et al: Crystal structure of the
mengandung regio-regio penyandi DNA (ekson) yang nucleosome core particle at 2.8 Å resolution. Nature
diselingi oleh sekuens-sekuens sisipan DNA yang tidak 1997;389:251–260.
menyandi (intron). Hal ini terutama berlaku untuk gen Margueron R, Reinberg D: Chromatin structure and the inheritan-
penyandi mRNA. ce of epigenetic information. Nat Rev Genet 2010;11:285–296.

Skene PJ, Henikoff S: Histone variants in pluripotency and disease.

Misteli T: The cell biology of genomes: bringing the double helix to
Development 2013;140:2513–2524.
life. Cell 2013;152:1209–1212.
Tanaka TU, Clayton L, Natsume T: Three wise centromere functi-
Navarro FJ, Weston L, Nurse P: Global control of cell growth in fi-
ssion yeast and its coordination with the cell cycle. Curr Opin ons: see no error, hear no break, speak no delay. EMBO Rep
Cell Biol 2012;24:833–837. 2013;14:1073–1083.
Nelson DL, Orr HT, Warren ST: The unstable repeats—three evol- Venter JC, Adams MD, Myers EW, et al: The sequence of the hu-
man genome. Science 2002;291:1304–1351.
ving faces of neurological disease. Neuron 2013;77:825–843.
O’Donnell M, Langston L, Stillman B: Principles and concepts of Voigt P, Tee WW, Reinberg D: A double take on bivalent promot-
ers. Genes Dev 2013;27:1318–1338.
DNA replication in bacteria, archaea, and eukarya. Cold Spring
Zaidi SK, Young DW, Montecino M, et al: Bookmarking the gen-
Harb Perspect Biol 2013 Jul 1;5:a010108.
ome: maintenance of epigenetic information. J Biol Chem
Ponicsan SL, Kugel JF, Goodrich JA: Genomic gems: SINE RNAs 2011;286:18355–183561.
regulate mRNA production. Curr Opin Genet Develop
2010;20:149–155.
Pope BD, Gilbert DM: The replication domain model: regulating
replicon firing in the context of large-scale chromosome
architecture. J Mol Biol 2013;425:4690–4695.
Pouladi MA, Morton AJ, Hayden MR: Choosing and animal mod-
el for the study of Huntington’s disease. Nat Rev Neurosci
2013;14:708–721.

36
B A B
Sintesis, Pemrosesan,
& Modifikasi RNA
TUJUAN ■ Menjelaskan molekul-molekul yang terlibat dan mekanisme sintesis RNA.

■ Menjelaskan cara RNA polimerase dependen-DNA, dalam kolaborasi dengan
serangkaian faktor pelengkap spesifik, dapat secara diferensial
Setelah mempelajari bab ini, mentranskripsikan DNA genomik untuk menghasilkan molekul prekursor mRNA
Anda diharapkan dapat: tertentu.
■ Menggambarkan struktur prekursor mRNA eukariot, yang sangat banyak
dimodifikasi di kedua ujungnya.
■ Memahami fakta bahwa sebagian besar gen penyandi mRNA mamalia diselingi
oleh banyak sekuens nonpenyandi-protein yang disebut intron, yang menyela
di antara regio penyandi protein yang disebut ekson.
■ Menjelaskan bahwa karena RNA intron tidak menyandi protein, RNA intronik
harus dikeluarkan secara spesifik dan akurat untuk menghasilkan mRNA
fungsional dari molekul prekursor mRNA dalam serangkaian proses molekular
yang disebut penggabungan RNA.
■ Menjelaskan tahap-tahap dan molekul-molekul yang mengatalisis pengga-
bungan mRNA, yaitu suatu proses yang mengubah molekul prekursor mRNA
yang telah dimodifikasi menjadi mRNA yang fungsional untuk translasi.
PERAN BIOMEDIS sintesis, pemrosesan, penggabungan, stabifitas, atau fungsi

transkrip mRNA menjadi penyebab timbulnya penyakit.
Sintesis molekul RNA dari DNA adalah suatu proses
kompleks yang melibatkan sekelompok enzim RNA
polimerase dan sejumlah protein terkait. Tahap-tahap umum
yang dibutuhkan untuk mensintesis transkrip primer adalah RNA MEMPUNYA DUA
inisiasi, elongasi, dan terminasi. Telah banyak yang diketahui
tentang inisiasi. Sejumlah regio DNA (umumnya terletak di KELAS UTAMA
sebelah hulu dari tempat inisiasi) dan faktor protein yang Semua sel eukariotik memiliki dua kelas utama RNA (Tabel
mengikat sekuens-sekuens ini untuk meregulasi inisiasi 36-1), RNA penyandi protein, atau pengirim RNA (mRNA),
transkripsi sudah teridentifikasi. RNA tertentu—khususnya dan dua bentuk berlimpah RNA penyandi non-protein
mRNA—memiliki usia hidup yang sangat beragam dalam digambarkan berdasarkan ukuran: RNA besar ribosom
sebuah sel. Molekul RNA yang disintesis dalam sel (rRNA) dan RNA non-penyandi panjang (lncRNAs) dan
mamalia merupakan molekul prekursor yang masih harus RNA non-penyandi kecil mentransfer RNA (tRNA), RNA
menjalani pemrosesan agar menjadi RNA matur yang aktif. nuklir kecil (snRNAs) dan mikro serta membungkam RNA
Kita perlu mamahami prinsip-prinsip dasar sintesis dan (miRNAs dan Sirnas). mRNA, rRNA Dan tRNA pertama
metabolisme mRNA karena modulasi proses ini berperan dalam sintesis protein, sedangkan RNA kecil
menyebabkan pengubahan laju sintesis protein yang pada berperan dalam penggabungan mRNA dan modulasi ekspresi
gilirannya dapat menyebabkan pengubahan metabolik gen dengan mengubah fungsi mRNA (Mi/SiRNA) dan / atau
dan fenotipe. Ini merupakan cara bagaimana semua ekspresi (lncRNAs). Berbagai kelas RNA ini berbeda dalam
organisme dapat beradaptasi terhadap pengubahan keberagaman, stabilitas, dan jumlahnya di sel.
lingkungan. Hal ini juga cara bagaimana struktur dan
fungsi sel yang terdiferensiasi dapat terbentuk serta
dipertahankan. Adanya kesalahan atau gangguan pada
394

BAB 36 Sintesis, Pemrosesan, & Modifikasi RNA 395
A Gen A Gen B Gen C Gen D

5′ 3′
A Tipe Jumlah Stabilitas 3′ 5′
RNA Penyandi Protein

Untai cetakan
Pembawa ≥105 spesies 2%-5% jumlah Tidak stabil hingga
(mRNA) berbeda total sangat stabil GAMBAR 36–1 Gen dapat ditranskripsikan dari kedua untai
DNA. Tanda panah menunjukkan arah transkripsi (polaritas).
RNA penyandi Non-protein (ncRNA) Perhatikan bahwa untai cetakan selalu dibaca dalam arah 3' ke 5'.
Untai yang berlawanan disebut untai penyandi karena identik
ncrNa besar (kecuali pengubahan T menjadi U) dengan transkrip mRNA (transkrip
Ribosom 28S, 18S, 80% jumlah Sangat stabil primer pada sel eukariot) yang menyandi produk protein gen
(rRNA) 5.8S, 5S total tersebut.
lncrNa ~1000s ~1%-2% Tidak stabil hingga

sangat stabil Untai yang ditranskripsikan atau disalin menjadi molekul
ncrNa kecil RNA disebut sebagai untai cetakan DNA. Untai DNA yang
satunya (untai noncetakan) sering disebut sebagai untai
Transfer rNa ~60 spesies ~15% jumlah Sangat stabil
berbeda total penyandi gen tersebut. Disebut demikian karena selain
pengubahan T menjadi U, untai ini berkorespondensi secara
Nukelus kecil ~30 spesies ≤1% of total Sangat stabil
berbeda
tepat dengan sekuens transkrip primer RNA pembawa yang
(snRNA)
menyandi produk (protein) gen. Pada suatu molekul DNA
Mikro/Peredam 100s-1000 <1% jumlah Stabil untai-ganda yang mengandung banyak gen, untai cetakan
(mi/SirNa) total
untuk masing-masing gennya tidak harus berada di untai
yang sama pada heliks ganda DNA (Gambar 36-1). Oleh
sebab itu, salah satu untai molekul DNA untai-ganda akan
RNA DISINTESIS DARI CETAKAN berfungsi sebagai untai cetakan untuk sebagian gen dan untai
DNA OLEH RNA POLIMERASE penyandi bagi gen lainnya. Perhatikan bahwa sekuens
nukleotida suatu transkrip RNA akan sama (kecuali U
Proses sintesis DNA dan RNA adalah serupa dalam hal (1) menggantikan T) seperti yang terdapat di untai penyandi.
melibatkan tahap-tahap umum inisiasi, elongasi, dan Informasi di untai cetakan dibaca dalam arah 3' ke 5'.
terminasi dengan arah 5' ke 3'; (2) melibatkan kompleks Meskipun tidak ditunjukkan pada (Gambar 36-1), ada gen-
inislasi multikomponen berukuran besar; dan (3) mengikuti gen yang tertanam di dalam gen-gen lain.
aturan pembentukan pasangan basa menurut Watson-Crick.
Namun, proses sintesis DNA dan RNA berbeda dalam RNA Polimerase Dependen-DNA
beberapa hal berikut: (1) dalam sintesis RNA, digunakan
ribonukleotida dan bukan deoksiribonukleotida; (2) di RNA, U Menginisiasi Transkripsi di
menggantikan T sebagai pasangan basa komplementer bagi A; Tempat Berbeda,Yaitu di Promotor
(3) primer tidak berperan dalam sintesis RNA karena RNA RNA polimerase dependen-DNA merupakan enzim yang
polimerase dapat menginisiasi sintesis de novo; (4) hanya berperan untuk polimerisasi ribonukleotida menjadi suatu
sebagian genom yang ditranskripsikan atau disalin menjadi sekuens yang komplementer terhadap untai cetakan gen
RNA secara aktif, sedangkan pada DNA, seluruh genom harus
disalin; satu kali dan hanya satu kali selama replikasi DNA; dan
Transkrip RNA
(5) tidak ada fungsi pengoreksian yang aktif dan efisien dalam
5′ PPP β′
transkripsi RNA. α β
Proses sintesis RNA dari cetakan DNA telah diteliti
secara mendalam pada prokariot. Meskipun regulasi sintesis 3′ 3′OH
Trnaskripsi
5′ α
RNA dan pemrosesan transkrip RNA sel mamalia berbeda
dengan proses yang terjadi pada prokariot, proses sintesis
σ 5′
RNA pada kedua kelas organisme yang jauh berbeda ini
3′
ternyata cukup mirip. Oleh sebab itu, penjelasan tentang Kompleks RNAP
sintesis RNA pada prokariot, yang sudah jauh lebih
dipahami, dapat juga diterapkan pada eukariot, meskipun GAMBAR 36–2 RNA polimerase (RNAP) mengatalisis
polimerisasi ribonukleotida menjadi sekuens RNA yang
enzim-enzim yang berperan dan sinyal-sinyal regulatoriknya komplementer terhadap untai cetakan gen. Transkrip RNA
adalah berbeda. memiliki polaritas yang sama (5' ke 3') seperti untai penyandi tetapi
mengandung U sebagai pengganti T. RNAP E. coil terdiri dari satu
Untai Cetakan DNA Ditranskripsikan kompleks inti dengan dua subunit αdan dua subunit β (β dan β' ).
Sekuens ribonukleotida dalam suatu molekul RNA bersifat Holoenzim mengandung subunit α yang terikat ke susunan inti α2ββ' .
Subunit ω tidak diperlihatkan. "Gelombang" transkripsi adalah suatu
komplementer terhadap sekuens deoksiribonukleotida di salah
area 20-bp DNA yang "meleleh", dan kompleks keseluruhan
satu untai molekul DNA untai-ganda (Gambar 34-8). mencangkup 30-75 bp, bergantung pada konformasi RNAP.

(1) Pengikatan cetakan dan

pembentukan kompleks tertutup P T
(2) Pembentukan kompleks
terbuka
P T
σ
ATP + NTP
RNAP P T
(3) Inisiasi rantai

5’
pppApNp
5′
pppApNp
T
OH
3′
(6) Terminasi rantai NTPs

dan pembebasan
RNAP 5′
pppApNp (4) Pengosongan promotor
P T
5′
pppApNp
P T
(5) Elongasi rantai NTPs

NTPs
GAMBAR 36–3 Siklus transkripsi. Transkripsi dapat diuraikan dalam enam langkah berikut: (1) Pengikatan cetakan dan
pembentukan kompleks RNA polimerase-promotor tertutup: RNA polimerase (RNAP) mengikat DNA dan mendeteksi lokasi promotor (P),
(2) Pembentukan kompleks promotor terbuka: sekali terikat pada promotor, RNAP "melelehkan" kedua untai DNA untuk membentuk suatu
kompleks promotor terbuka; kompleks ini disebut juga kompleks prainisiasi (PIC). Pemisahan untai memungkinkan polimerase mengakses
informasi penyandi pada untai cetakan DNA. (3) Inisiasi rantai: dengan menggunakan informasi penyandi pada cetakan, RNAP mengatalisis
pemasangan basa pertama (seringkali suatu purin) pada basa kedua, ribonukleosida trifosfat (berdasarkan cetakan) membentuk suatu
dinukleotida (dalam contoh ini membentuk dinukleotida 5'pppApNOH3'). (4) Pengosongan promotor: setelah panjang rantai RNA mencapai
10-20 nt, polimerase mengalami pengubahan konformasi sehingga dapat menjau h dari promotor, dan meneruskan transkripsi di sepanjang
unit transkripsi. (5) Elongasi rantai: Secara berurutan residu-residu ditambahkan ke terminal 3'-OH molekul RNA baru hingga bertemu
dengan sinyal terminasi transkripsi (T). (6) Terminasi rantai dan pembebasan RNAP: saat bertemu tempat terminasi transkripsi, RNAP
mengalami pengubahan konformasi tambahan yang menyebabkan pembebasan rantai RNA yang telah lengkap, cetakan DNA, dan RNAR
RNAP dapat berikatan kembali dengan DNA dan memulai proses pencarian promotor dan siklus tersebut berulang. Perlu dicatat bahwa
semua tahap dalam siklus transkripsi difasilitasi oleh protein lain dan seringkali merupakan sasaran regulasi faktor yang bekerja positif dan/
atau negatif.
(lihat Gambar 36-2 dan 36-3). Enzim melekat di tempat sekuens ke arah hilir tempat awal. Kesepakatan ini
khusus—promotor—di untai cetakan. Hal ini dilkuti oleh mempermudah penentuan lokasi regio tertentu, misalnya
inisiasi sintesis RNA di titik awal dan proses berlanjut hingga batas intron dan ekson. Nuldeotida di promotor yang terletak
mencapai sekuens terminasi (Gambar 36-3). Unit transkripsi di samping tempat inisiasi transkripsi disebut -1, dan angka-
didefinisikan sebagai regio DNA yang mencakup sinyal angka negatif ini bertambah seiring dengan berlanjutnya
untuk inisiasi, elongasi, dan terminasi. Produk RNA yang sekuens ke arah hulu yang menjauhi tempat TTS. Sistem
disintesis dalam arah 5' ke 3' disebut transkrip primer. Laju penomoran +/- ini merupakan cara konvensional untuk
transkripsi bervariasi dari gen ke gen tetapi dapat cukup mendefinisikan lokasi elemen-elemen regulatorik di promotor
tinggi. Di (Gambar 36-4) disajikan mikrograf elektron (Gambar36–5).
transkripsi yang sedang berlangsung. Pada prokariot, hal ini Transkrip primer yang dihasilkan oleh RNA polimerase
dapat merepresentasikan produk beberapa gen yang II—salah satu dari tiga RNA polimerase dependen-DNA
berdekatan, sedangkan pada sel mamalia biasanya
nukleus pada eukariot—segera "ditudungi" dengan tudung
merepresentasikan produk sebuah gen saja. Jika suatu unit
7-metilguanosin trifosfat (Gambar 34-10) yang menetap
transkripsi hanya berisi satu gen, terminal 5' transkrip
dan akhirnya muncul di ujung 3' mRNA sitoplasma matur.
RNA primer dan RNA sitoplasma matur bersifat identik. Oleh
Tudung ini diperlukan untuk pemrosesan lebih lanjut
sebab itu, titik awal transkripsi, atau TSS, berkorespondensi
transkrip primer menjadi mRNA, untuk translasi mRNA,
dengan nukleotida 5' mRNA. Titik ini disebut posisi +1,
dan untuk melindungi mRNA dari serangan nukleofilik oleh
demikian juga nukleotida padanannya di DNA. Angka-angka
eksonuklease 5'.
bertambah seiring dengan berlanjutnya

membentuk subunit katalisis (Gambar 36-2) . 3/" QPMJ-

NFSBTF JOUJ aa`2v, TFSJOH EJTFCVU &, CFSJLBUBO EFOHBO
GBLUPS QSPUFJO TQFTJGJL GBLUPS TJHNBO [r]) VOUVL
NFNCFOUVL IPMPFO[JN aa`2vr, BUBV Er. 4VCVOJU σ
NFNCBOUV FO[JN JOUJ NFOHFOBMJ EBO NFOHJLBU TFLVFOT
EFPLTJOVLMFPUJEB TQFTJGJL EJ SFHJP QSPNPUPS (BNCBS
VOUVLNFNCFOUVLLPNQMFLTQSBJOJTJBTJ 1*$ "EBCFSCBHBJ
HFOQFOZBOEJGBLUPSϯZBOHCFSCFEBEJTFNVBTQFTJFTCBLUFSJ
'BLUPSTJHNBNFNJMJLJQFSBOHBOEBEBMBNQSPTFTQFOHFOBMBO
QSPNPUPS QFOHJLBUBO ϯ EFOHBO 3/" QPMJNFSBTF JOUJ
NFOVSVOLBO BGJOJUBTOZB UFSIBEBQ %/" OPOQSPNPUPS
TFLBMJHVT NFOJOHLBULBO BGJOJUBT IPMPFO[JN UFSIBEBQ %/"
QSPNPUPS #FSCBHBJ GBLUPSϯ CFSTBJOH VOUVL EBQBU
CFSJOUFSBLTJEFOHBO3/"QPMJNFSBTFJOUJZBOHUFSCBUBT ZBJUV
& .BTJOHNBTJOH GBLUPSϯ JOJ CFLFSKB TFCBHBJ QSPUFJO
SFHVMBUPSJL ZBOH NFNPEJGJLBTJ TQFTJGJTJUBT QFOHFOBMBO
QSPNPUPSIPMPFO[JN3/"QPMJNFSBTFZBOHUFSCFOUVL (ZBJUV,
Eσ1, Eσ2,…). ,FNVODVMBO CFSBHBN GBLUPSϯ EBO JLBUBOOZB
GAMBAR 36–4 Representasi skematik fotomikrograf EFOHBO 3/" QPMJNFSBTF JOUJ ZBOH NFNCFOUVL IPMPFO[JN
elektron salinan-salinan gen penyandi RNA ribosom amfibi yang CBSV Eσ1, Eσ2,…, EBQBU EJLBJULBO TFDBSB UFNQPSFS EFOHBO
sedang ditranskripsikan. Pembesarannya adalah sekitar 6000x. CFSCBHBJ QSPHSBN FLTQSFTJ HFO EBMBN TJTUFN QSPLBSJPU
Perhatikan bahwa panjang transkrip meningkat seiring dengan NJTBMOZB TQPSVMBTJ QFSUVNCVIBO EBMBN CFSCBHBJ LFBEBBO
berjalannya molekul RNA polimerase di sepanjang gen RNA ribosom
dari tempat awal transkripsi (lingkaran terisi) hingga tempat
LFLVSBOHBOOVUSJFO EBOSFTQPOTUFSIBEBQTZPLQBOBT
terminasi transkripsi (lingkaran terbuka). RNA polimerase I (tidak
terlihat di sini) terletak di pangkai transkrip rRNA baru. Oleh sebab
itu, di ujung proksimal gen yang ditranskripsikan, menempel 4FM.BNBMJB.FNJMJLJ5JHB3/"1PMJNFSBTF
transkrip-transkrip pendek, sedangkan transkrip yang jauh Iebih
panjang melekat ke ujung distal gen. Tanda panah menunjukkan
%FQFOEFO%/"*OUJ#FSCFEB
arah transkripsi (5' ke 3'). Beberapa sifat yang membedakan dari polimerase nuklir
mamalia dijelaskan pada Tabel 36-2. Masing-masing RNA
RNA Polimerase Dependen-DNA Bakteri polimerase dependen-DNA ini berperan dalam transkripsi
kelompok gen berbeda. Ukuran RNA polimerase berkisar
Adalah Suatu Enzim Multisubunit dari BM 500 sampai BM 600. Enzim-enzim ini menunjukkan
RNA polimerase dependen-DNA (RNAP) pada bakteri sifat subunit yang lebih kompleks daripada RNA polimerase
Escherichia coli terdapat sebagai suatu kompleks inti prokariot. Semua enzim tersebut memiliki dua subunit besar,
berukuran sekitar 400 kDa yang terdiri dari dua subunit α yang sangat beruang sekuens kuat dan kesamaan struktural
yang identik, subunit β dan β yang mirip tetapi tidak identik, untuk β prokariotik dan subunit β', dan sejumlah subunit
dan satu subunit ω. Subunit mengikat ion Mg2+ dan yang lebih kecil—hingga 14 pada RNA
UNIT TRANSKRIPSI
Promotor Regio yang ditranskripsi

Tempat awal
transkripsi (TSS)
+1
Untai penyandi 5′ TGTTGACA TATAAT Sinyal 3′
DNA
Untai cetakan 3′ ACAACTGT ATATTA terminasi 5′
−35 −10
region region 5′ 3′
PPP OH RNA
Sekuens Sekuens
pengapit 5' pengapit 3'
GAMBAR 36–5 Promotor bakteri (yang ditunjukkan di gambar ini berasal dari E.Coli) memiliki dua regio sekuens nukleotida
yang sangat terkonservasi. Regio-regio ini terletak di 35 dan 10 bp sebelah hulu (dalam arah 5' untai penyandi) dari tempat awal
transkripsi (TSS), yang ditandai sebagai +1. Berdasarkan kesepakatan, semua nukleotida di sebelah hulu tempat inisiasi transkripsi (+1)
diberi nomor dengan tanda negatif dan disebut sebagai sekuens pengapit 5'), sementara sekuens di sebelah hilir diberi nomor dengan tanda
positif dengan TSS-nya sebagai +1. Juga berdasarkan kesepakatan, elemen sekuens regulatorik DNA promotor (seperti elemen -35 dan kotak
TATA) dijelaskan dalam arah 5' ke 3' dan berada di untai penyandi. Namun, elemen-elemen ini hanya berfungsi di DNA untai-ganda. Elemen
regulatorik transkripsi lain seringkali dapat bekerja dengan cara yang tidak tergantung arah, dan elemen-cis digambar ini digambar demikian
dalam setiap skema (lihat juga Gambar 36-8). Perhatikan bahwa transkrip yang dihasilkan dari unit transkripsi ini memiliki polaritas atau
"sense" (yaitu orientasi 5' ke 3') yang sama seperti untai penyandi. Terminasi elemen-cis terletak di ujung unit transkripsi (lihat Gambar 36-6
untuk perinciannya). Berdasarkan kesepakatan, sekuens-sekuens di sebelah hilir tempat terjadinya terminasi transkripsi disebut sekuens
pengapit

TABEL 36–2 Nomenklatur dan Sifat RNA Polimerase pirofosfatase yang terdapat di mana-mana sehingga reaksi
Dependen-DNA Inti Mamalia sintesis secara keseluruhan bersifat ireversibel. Keputusan
Bentuk RNA Sensitivitas Terhadap
untuk tetap pada promotor dalam keadaan diam atau transisi
Polimerase α-Amanitin Produk Utama ke elongasi tampaknya merupakan tahap regulatorik penting
baik pada transkripsi gen mRNA prokariot maupun eukariot.
I Insensitif rRNA
Sewaktu kompleks elongasi yang mengandung RNA
II Sensitivitas tinggi mRNA, lncRNA, polimerase berjalan di sepanjang molekul DNA, harus terjadi
miRNA, SnRNA penguraian DNA agar tersedia akses untuk berlangsungnya
III Sensitivitas sedang A pembentukan pasangan basa pada nukleotida untai penyandi.
Besarnya gelembung transkripsi ini (yaitu penguraian DNA)
pol III. Fungsi masing-masing subunit belum sepenuhnya bersifat konstan selama transkripsi dan diperkirakan sekitar
dipahami. Suatu toksin peptida dari jamur Amanita 20 pasangan basa per molekul polimerase (Gambar 36-2).
phalloides, α-amanitin, adalah inhibitor diferensial spesifik Oleh sebab itu, ukuran regio DNA yang terurai tampaknya
bagi RNA polimerase dependen-DNA nukleus eukariot dan ditentukan oleh polimerase dan tidak bergantung pada
karenanya sangat berguna sebagai alat riset (Tabel 36-2). α- sekuens DNA di dalam kompleks. RNA polimerase memiliki
Amanitin menghambat translokasi RNA polimerase selama aktivitas intrinsik "unwindase" yang membuka heliks DNA
pembentukan ikatan fosfodiester. (yaitu, lihat pembentukan PIC di atas). Kenyataan bahwa
heliks ganda DNA harus terurai dan untai-untai memisah
paling tidak sesaat untuk transkripsi menunjukkan adanya
SINTESIS RNA ADALAH SUATU suatu gangguan pada struktur nukleosom sel eukariot.
PROSES SIKLIS & MELIBATKAN Topoisomerase bekerja sebelum dan sesudah RNA poli-
merase yang sedang aktif untuk mencegah terbentuknya
INISIASI, ELONGASI, DAN tegangan superheliks yang akan menyebabkan meningkatnya
TERMINASI RANTAI RNA energi yang dibutuhkan untuk menguraikan DNA cetakan di
depan RNAP.
Proses sintesis RNA pada bakteri—yang diperlihatkan di
Terminasi sintesis molekul RNA pada bakteri disinyali
(Gambar 36-3)—berlangsung dalam siklus dan melibatkan
oleh satu sekuens di untai cetakan molekul DNA—suatu
banyak tahap. Mula-mula holoenzim RNA polimerase (Eσ) sinyal yang dikenali oleh protein terminasi, faktor rho (ρ).
harus berikatan dengan DNA dan menemukan promotor (P;
Rho adalah suatu helikase dependen-ATP yang dirangsang
Gambar 36–3). Setelah promotor ditemukan, kompleks Eσ– oleh RNA rho menguraikan kompleks elongasi transkripsi
DNA promotor mengalami pengubahan konformasi yang
tripel yang berisi RNA polimerase-RNA baru dan DNA.
tergantung suhu dan menguraikan atau melelehkan DNA di
Pada kasus-kasus tertentu, RNAP bakteri dapat mengenali
bagian dan di sekitar tempat awal transkripsi (+1). Kompleks ini sinyal terminasi yang tersandi dalam DNA secara langsung
disebut kompleks prainisiasi, atau PIC. Penguraian ini memung-
(Gambar 36-3; T) tanpa bantuan faktor rho. Setelah
kinkan tempat aktif pada Eσ mengakses untai cetakan, yang terminasi sintesis RNA, enzim memisah dari cetakan DNA
memerintahkan sekuens ribonukleotida untuk dipolimerisasi-
dan mungkin terurai menjadi enzim inti bebas (E) dan faktor
kan menjadi RNA. Nukleotida pertama (biasanya, meski tidak
ρ bebas. Dengan bantuan faktor σ-lain, enzim inti kemudian
selalu, sebuah purin) kemudian berikatan dengan tempat
mengenali promotor pada molekul mRNA Iain yang akan
pengikatan-nukleotida di subunit β enzim, dan dengan adanya disintesis. Di sel eukariot, mekanisme terminasi belum
nukleotida berikutnya yang berikatan pada polimerase, RNAP
terlalu jelas dipahami tetapi protein yang mengatalisis
mengatalisis pembentukan ikatan fosfodiester pertama, dan rantai
pemrosesan, terminasi, dan protein poliadenilasi RNA
baru kini melekat pada tempat polimerisasi di subunit β RNAP. tampaknya bergabung dengan RNA polimerase II sesaat
Reaksi ini disebut inisiasi. Perlu diperhatikan adanya analogi
setelah inisiasi (lihat bawah). Lebih dari satu molekul RNA
dengan tempat A dan P di ribosom (lihat Gambar 37-9 di bawah).
polimerase dapat mentranskripsikan untai cetakan yang
Dinukleotida baru mempertahankan trifosfat-5' nukleotida
sama dari sebuah gen secara bersamaan, tetapi proses ini
pertama (Gambar 36-3, ATP).
berfase dan berjarak sedemikian rupa sehingga dalam waktu
RNA polimerase terus menambahkan nukleotida 3 yang sama masing-masing enzim mentranskripsikan bagian
sampai ~10 setelah itu polimerase mengalami peng- sekuens DNA yang berbeda (Gambar 36-1 dan 36-4).
ubahan konformasi lagi dan menjauh dari promotor; reaksi
ini disebut pengosongan promotor. Kemudian fase elongasi
berlangsung, disini molekul RNA baru memanjang dengan KETEPATAN & FREKUENSI
arah 5'-3' seiring penambahan kontinu NTP secara siklus,
yaitu antiparalel terhadap cetakan. Enzim mempolimerisasi
TRANSKRIPSI DIKENDALIKAN
ribonukleotid-ribonukleotida dalam sekuens yang spesifik OLEH PROTEIN YANG TERIKAT
sesuai dengan untai cetakan dan diinterpretasikan sesuai
aturan pembentukan pasangan basa menurut Watson-Crick.
PADA SEKUENS DNA TERTENTU
Pirofosfat (PPi) dibebaskan setelah setiap siklus polimerisasi. Dari analisis sekuens DNA gen-gen tertentu, dikenali
Seperti yang terjadi pada sintesis DNA, Pirofosfat (PPi) ini cepat adanya sejumlah sekuens yang penting dalam transkripsi
diuraikan menjadi 2 mol fosfat inorganik (Pi) oleh gen. Dari sejumlah besar gen bakteri yang diteliti, dapat

dirancang model-model konsensus sinyal inisiasi dan sinyal RNA polimerase yang berikatan dengan promotor memiliki
terminasi transkripsi. akses ke sekuens nukleotida untai cetakan yang berada tepat
Pertanyaan "bagaimana RNAP menemukan tempat yang di sebelah hilirnya. Segera setelah proses ini dimulai,
tepat untuk memulai transkripsi?" bukan merupakan kombinasi RNA polimerase dan promotor disebut kompleks
pertanyaan yang sepele jika kompleksitas genom diper- terbuka. Bakteri-bakteri lain memiliki sekuens konsensus
timbangkan. E. coli memiliki 4 x 103 tempat inisiasi yang sedikit berbeda dalam promotornya tetapi pada
transkripsi (yaitu promotor gen) dalam 4,2 x 106 pasangan umumnya bakteri memiliki dua komponen promotor;
basa (bp) DNA. Situasi ini bahkan lebih kompleks pada sekuens-sekuens ini cenderung berada di posisi yang relatif
manusia, di mana sebanyak 150.000 situs inisiasi transkripsi tetap terhadap tempat awal transkripsi, dan pada semua
yang berbeda (unit transkripsi) didistribusikan di seluruh 3 × kasus, sekuens antara dua elemen promotor tidak memiliki
109 bp DNA. RNAP dapat terikat (dengan afinitas rendah) kemiripan, namun tetap berfungsi memberi jarak yang
pada banyak regio DNA tetapi enzim ini memindai sekuens memudahkan pengenalan sekuens -35 dan -10 oleh
DNA—dengan kecepatan ≥103 bp/dtk—sampai enzim holoenzim RNA polimerase. Beberapa set gen yang berbeda
mengenali regio-regio tertentu DNA untuk diikat dengan dalam sel bakteri sering dtkoordinasikan secara terpadu.
afinitas yang lebih tinggi. Regio ini disebut promotor, dan Salah satu cara penting untuk mencapai hal ini adalah
ikatan RNAP pada promotor inilah yang memastikan adanya fakta bahwa apa yang disebut sebagai gen-gen ko-
keakuratan inisiasi transkripsi.Proses pengenalan-pemakaian regulasi ini berbagi sekuens promotor -35 dan -10 tertentu.
promotor adalah target untuk regulasi pada bakteri dan Promotor-promotor unik ini dikenali oleh berbagai faktor o-
manusia. yang berikatan dengan RNA polimerase inti (mis, Eσ1, Eσ2,
…).
Promotor Bakteri Bersifat Relatif Sederhana
Promotor bakteri memiliki panjang 40 nukleotida (40 bp Sinyal terminasi transkripsi dependen-rho pada E. coli
atau empat putaran heliks ganda DNA), suatu regio yang tampaknya juga memiliki sekuens konsensus yang berbeda,
cukup kecil untuk dicakup oleh molekul RNA seperti diperlihatkan di (Gambar 36–6). Sekuens konsensus
holopolimerase E. coli. Di regio promotor konsensus yang terkonservasi ini, yang panjangnya sekitar 40 pasangan
terdapat dua elemen sekuens pendek yang terkonservasi. nukleotida, mengandung sebuah pengulangan terbalik
Sekitar 35 bp ke arah hulu dari tempat awal transkripsi terinterupsi yang diikuti oleh serangkaian pasangan basa AT.
terdapat sekuens konsensus yang terdiri dari delapan Sewaktu transkripsi berlanjut melalui pengulangan terbalik ini,
pasangan basa (konsensus: 5'-TGTTGACA-3') tempat transkrip yang dihasilkan dapat membentuk struktur "jepit-
terikatnya RNAP untuk membentuk apa yang disebut rambut" intramolekular yang juga diperlihatkan di (Gambar
kompleks tertutup. Lebih proksimal dari tempat awal 36-6). Transkripsi berlanjut ke dalam regio AT, dan dengan
transkripsi—sekitar sepuluh nukleotida ke arah hulu— bantuan protein terminasi ρ, RNA polimerase berhenti,
terdapat sekuens pasangan enam nukleotida yang kaya berdisosiasi dari cetakan DNA, dan membebaskan transkrip
akan A+T (konsensus: 5′-TATAAT-3′). Elemen-elemen baru.
sekuens terkonservasi ini secara bersama-sama membentuk Seperti dijelaskan dengan terperinci pada Bab 38,
promotor dan diperlihatkan secara skematis di (Gambar transkripsi gen bakteri diatur oleh protein represor dan
36-5). Sekuens yang terakhir memiliki suhu leleh yang aktivator. Protein-protein ini biasanya berikatan dengan
rendah karena sekuens tersebut tidak memiliki pasangan sekuens DNA unik dan spesifik yang terletak berdekatan
nukleotida GC. Oleh sebab itu, kotak TATA diperkirakan dengan promotor. Represor dan aktivator memengaruhi
mampu mempermudah disosiasi kedua untai DNA sehingga kemampuan RNA polimerase untuk mengikat DNA
Arah transkripsi
Untai penyandi 5′ AGCCCGC GCGGGCT TTTTTTTT 3′ DNA

Untai cetakan 3′ TCGGGCG CGCCCGA AAAAAAAA 5′
T T T T TT T T
Untai penyandi 5′ 3′
UUUUUUUU-3′ DNA
Untai cetakan 3′ U AAAAAAAA 5′
A U
G C
C G
C G
C G
G C
C G Transkrip RNA
5′
GAMBAR 36–6 Sinyal terminasi transkripsi bakteri utama mengandung pengulangan yang sifatnya terbalik (yang terdapat dalam kotak)
lalu diikuti oleh rangkaian pasangan basa AT (atas). Pengulangan terbalik ini, jika ditranskripsikan menjadi RNA, dapat menghasilkan struktur
sekunder pada transkrip RNA (bawah). Pembentukan "jepit rambut" RNA ini menyebabkan RNA polimerase berhenti beraktivitas dan kemudian
faktor term inasi ρ (rho) berinteraksi dengan polimerase ini dan menginduksi terminasi rantai melalui mekanisme yang belum dipahami
sepenuhnya.

Elemen proksimal
Promotor
promotor sebelah hulu
TFIID +1
Sp1 Sp1
CTF
GC CAAT GC Ko ta k TATA Regio penyandi tk
−25
GAMBAR 36–7 Elemen transkripsi dan faktor pengikat pada gen timidin kinase (tk) virus herpes simpleks. RNA polimerase II dependen-
DNA {tidak diperlihatkan) berikatan dengan regio yang meliputi kotak TATA (yang diikat oleh faktor transkripsi TFIID) dan TSS pada +1 (lihat juga
Gambar 36-9) untuk membentuk suatu kompleks prainisiasi multikomponen yang mampu memulai transkripsi di sebuah nukleotida (+1).
Frekuensi kejadian ini meningkat jika terdapat elemen yang bekerja-cis di hulu (kotak CAAT dan GC) yang letaknya dekat dengan promotor
(proksimal promotor) atau jauh dari promotor (elemen distal; Gambar 36-8). Elemen-cis DNA proksimal dan distal ini terikat oleh faktor
transkripsi yang bekerja-trans, dalam contoh ini adalah sp1 dan CTF (juga disebut C/EBP, NF1, NFY). Elemen cis dapat berfungsi tanpa bergantung
pada orientasi (tanda panah).
promotor dan/atau membentuk kompleks terbuka. Efek (Gambar 36-7). Regio ini memiliki sekuens TATAAAAG dan
netonya adalah menstimulasi atau menghambat pembentu- sangat mirip dengan kotak TATA (yang memiliki fungsi yang
kan PIC dan inisiasi transkripsi—akibatnya, menghambat sama) yang terletak 10 bp di sebelah hulu dari tempat awal
atau meningkatkan sintesis RNA tertentu. transkripsi mRNA prokariot (Gambar 36-5). Mutasi atau
inaktivasi kotak TATA sangat menurunkan transkripsi
Promotor Eukariot Bersifat Lebih Kompleks gen ini dan banyak gen lain yang mengandung elemen
Telah jelas bahwa sinyal di DNA yang mengontrol trans- aktif cis konsensus ini (lihat Gambar 36–7 dan 36–8).
kripsi di sel eukariot terdiri dari beberapa tipe. Dua tipe Kotak TATA biasanya terletak 25-30 bp di sebelah hulu
elemen sekuens adalah proksimal-promotor. Salah satu tempat awal transkripsi gen mamalia. Sekuens konsensus
dari kedua tipe menentukan tempat transkripsi dimulai di untuk kotak TATA adalah TATAAA meskipun telah
sepanjang DNA, dan yang lain ikut berperan dalam banyak ditemukan variasi lain. Kotak TATA manusia
mekanisme yang mengontrol kekerapan proses ini diikat oleh protein pengikat TATA (TBP) berukuran 34
berlangsung. Contohnya, gen timidin kinase virus herpes kDa, yang merupakan satu subunit dari kompleks yang
simpleks, yang menggunakan faktor transkripsi pejamu sedikitnya mengandung dua multisubunit, TFIID dan
mamalianya untuk program ekspresi gen awalnya, memiliki SAGA/PCAF. Subunit TFIID yang bukan merupakan TBP
satu tempat awal transkripsi yang unik, dan transkripsi adalah protein yang disebut faktor terkait TBP (TAF).
yang akurat dari tempat awal transkripsi ini bergantung Pengikatan kompleks TFIID TBP-TAF pada sekuens kotak
pada sekuens nukleotida yang berjarak 25 nukleotida TATA diperkirakan merupakan tahap awal pembentukan
sebelah hulu tempat awal transkripsi (yaitu di -25) kompleks transkripsi di promotor.
Ekspresi yang diregulasi Ekspresi "basal"
Elemen Elemen
regulatorik proksimal Promotor
distal promotor
+1
Eleman Elemen Elemen DPE

INR
regulatorik penguat (+) proksimal
lain dan promotor TATA Regio penyandi gen mRNA yang ditranskripsi
represor (-) (GC/GAAT, dsb)
GAMBAR 36–8 Diagram skematis yang memperlihatkan regio-regio pengontrol transkripsi di suatu gen eukariot penghasil mRNA
(hipotesis) yang ditranskripsikan oleh RNA polimerase II. Gen semacam ini dapat dibagi menjadi regio-regio penyandi dan regulatorik, seperti
didefinisikan oleh tempat awal transkripsi (tanda panah; +1). Regio penyandi mengandung sekuens DNA yang ditranskripsikan menjadi
mRNA,yang akhirnya ditranslasikan menjadi protein. Regio regulatorik mengandung dua kelas elemen. Salah satu kelas bertanggung jawab untuk
memastikan ekspresi tingkat basal. "Promotor", yang biasanya terdiri dari elemen kotak TATA dan/atau Inr dan/atau DPE, mengarahkan RNA
polimerase II ke tempat yang tepat (ketepatan). Namun, pada gen tertentu yang tidak memiliki TATA (disebut promotor tanpaTATA), elemen
inisiator (Inr) dan/atau DPE dapat mengarahkan polimerase ke tempat ini. Komponen lain, elemen-elemen hulu, menspesifikasi frekuensi
inisiasi;elemen-elemen ini dapat proksimal (50-200 bp) atau distal (1000-105 bp) terhadap promotor (seperti ditunjukkan pada gambar). DI antara
berbagai elemen proksimal, yang paling banyak diteliti adalah kotakCAAT, tetapi beberapa elemen lain (diikat oleh protein transaktivator
Sp1,NF1,AP1,dsbnya) dapat digunakan di berbagai gen. Elemen distal meningkatkan atau menekan ekspresi, beberapa diantaranya memerantarai
respons terhadap berbagai sinyal, mencakup hormon, kejutan panas, logam berat, dan bahan kimia. Ekspresi spesifik-jaringan juga melibatkan
sekuens-sekuens spesifik semacam ini. Ketergantungan semua elemen terhadap orientasi ditunjukkan oleh tanda panah di dalam kotak.
Contohnya, elemen promotor proksimal (kotakTATA, INR, DPE) harus berada dalam orientasi 5'ke 3', sementara elemen proksimal yang di hulu
seringkali bekerja maksimal dalam orientasi 5' ke 3; tetapi sebagian elemen-elemen tersebut dapat dibalik. Lokasi sebagian elemen tidak tetap
dalam kaitannya dengan tempat awal transkripsi. Sebagian elemen yang berperan mengatur ekspresi dapat berselingan dengan elemen-elemen
hulu atau dapat terletak di sebelah hilir dari tempat awal trans-kripsi.

TFIIH
TFIIF
TFIIA TFIIE
TFIID TFIIB
TATA
RNA polimerase II
+1
–50 –30 –10 +10 +30 +50
TSS
GAMBAR 36–9 Kompleks transkripsi basal eukariot. Pembentukan kompleks transkripsi basal dimulai ketika TFIID berikatan dengan kotak
TATA. Kompleks ini mengarahkan penggabungan beberapa komponen lain melalui interaksi protein-DNA dan protein-protein; TFIIA, B, E, F, H, dan
polimerase II (pol II). Kompleks keseluruhan terentang di DNA dari posisi -30 sampai +30 relatif terhadap tempat awal transkripsi (TSS; +1,
ditandai oleh panah lengkung). Struktur di tingkat atom (dengan pemeriksaan sinar X) dari RNA polimerase II saja dan subunit TBP dari TFIID yang
terikat pada DNA promotor TATA pada keberadaan TFIIB atau TFIIA telah berhasil diketahui pada resolusi 3 A. Struktur kompleks TFIID dan TFIIH
telah diketahui dengan pemeriksaan mikroskop elektron pada resolusi 30 A. Oleh sebab itu, struktur molekular perangkat transkripsi kini telah
mulai terungkap. Banyak informasi tentang struktur ini adalah konsisten dengan model yang disajikan di sini.
Beberapa gen penyandi-mRNA eukariot tidak me-miliki dan faktor ko-regulatorik lain seperti Mediator, pemodel-
kotak TATA konsensus. Pada keadaan ini, elemen cis lain, ulang kromatin, dan faktor pemodifikasi kromatin). (Lihat
sekuens inisiator (Inr) dan/atau elemen promotor hilir bawah dan Gambar 36-9 dan 36-10). Interaksi protein-
(DPE), mengarahkan perangkat transkripsi RNA polimerase DNA di kotak TATA yang melibatkan RNA polimerase II
II ke promotor dan ketika melakukan proses tersebut dan komponen perangkat transkripsi basal lain memastikan
menyebabkan transkripsi basal dimulai dari tempat yang ketepatan inisiasi.
tepat. Elemen Inr terdapat di tempat inisiasi (dari -3 sampai
Promotor dan elemen-elemen hulu cis-aktif proksimal
+5) dan terdiri dari sekuens konsensus umum TCA+1, G/TTT/
promotor, secara bersama-sama, menjamin ketepatan dan
C (A+1 menunjukkan nukleotida pertama yang ditrans-
frekuensi inisiasi suatu gen. Kotak TATA memiliki
kripsikan ie, TSS). Protein yang mengikat Inr untuk
persyaratan ketat terhadap posisi dan orientasi. Seperti pada
mengarahkan pengikatan pol II antara lain adalah TFIID.
promotor bakteri, pengubahan satu basa di salah satu elemen
Promotor yang memiliki baik kotak TATA maupun Inr dapat
cis ini dapat menimbulkan efek dramatis pada fungsi dengan
lebih kuat atau lebih sering ditranskripsikan daripada
mengurangi afinitas pengikatan faktor trans berasal sama
promotor yang hanya memiliki salah satu dari elemen-elemen
(TFIID/TBP atau Sp1, CTF, dan faktor-faktor serupa). Jarak
ini. DPE memiliki sekuens konsensus A/GGA/T CGTG dan
kotak TATA, Inr, dan DPE juga sangat penting.
terletak sekitar 25 bp arah hilir dari tempat transkripsi awal
+1. Seperti Inr, sekuens DPE juga diikat oleh subunit TAF Kelas ketiga elemen-elemen sekuens dapat mening-
TFIID. Dalam suatu survei terhadap ribuan gen penyandi katkan atau menurunkan laju inisiasi transkripsi gen
protein eukariot, sekitar 30% mengandung satu kotak TATA eukariot. Elemen-elemen ini dinamai penguat atau
dan Inr, 25% mengandung Inr dan DPE, 15% mengandung represor (peredam), bergantung pada efek yang
ketiga elemen, sementara sekitar 30% hanya mengandung Inr. ditimbulkan pada sintesis RNA. Elemen-elemen ini dapat
ditemukan di berbagai lokasi baik di hulu maupun di hilir
Pada umumnya, sekuens yang tepat berada di hulu
tempat awal transkripsi dan pada beberapa gen bahkan
tempat awal transkripsi menentukan seberapa sering proses berada di dalam bagian penyandi protein yang ditrans-
transkripsi berlangsung. Mutasi di regio ini mengurangi kripsikan. Penguat dan peredam dapat berefek ketika berada
frekuensi dimulainya transkripsi sebesar 10 sampai 20 kali ribuan atau bahkan puluhan ribu basa jauhnya dari unit
lipat. Kekhasan elemen-elemen DNA ini adalah kotak
transkripsi yang terletak di kromosom yang sama.
GC dan CAAT, yang dinamai demikian karena sekuens- Menariknya, penguat dan peredam dapat berfungsi tanpa
sekuens DNA yang ikut serta. Seperti diperlihatkan di bergantung pada orientasi. Ratusan elemen ini telah
(Gambar 36-7), masing-masing kotak tersebut mengikat ditemukan. Pada beberapa kasus, persyaratan pengikatannya
protein spesifik, Sp1 pada kasus kotak GC dan CTF oleh adalah sangat ketat; pada yang lain, dimungkinkan
kotak CAAT; keduanya berikatan melalui domain-domain terjadinya variasi sekuens. Sebagian sekuens berikatan hanya
pengikat DNA (DBD) tertentu. Frekuensi inisiasi dengan satu protein tetapi sebagian besar berikatan dengan
transkripsi merupakan konsekuensi dari interaksi protein-
beberapa protein berbeda. Secara keseluruhan, berbagai
DNA ini dan interaksi kompleks antara domain faktor pengikatan transfaktor pada elemen cis distal dan proksimal
transkripsi tertentu (berbeda dari domain DBD—apa yang promotor ini meregulasi transkripsi sebagai respons terhadap
disebut sebagai domain pengaktifan, AD) protein-protein berbagai sinyal biologis. Proses regulatorik transkripsi ini
ini dengan perangkat transkripsi lainnya (RNA polimerase memiliki peran penting dalam mengontrol ekspresi gen.
II, faktor basal atau umum, GTF, TFIIA, B, D, E, F, H

–6
–5
Aktivator-2
–4
Nuc
–3 Nuc
–2 Nuc 0
+1 +3
tiv r-1
+2
r-1
–1
ato
ato
tiv
Ak
Ak DPE
Aktivator-1 TATA INR
A
x
HAT
Pemodel-ulang
Ac Me Kompleks
kromatin
dependen-ATP
+ ko-regulator
SET
Aktivator-2
Ak
tiva Aktivator-2
Aktivator-2
tor
Akt -2
ivat
or-2
Ac
r-1
Ak tor-1
Me Me
ato
tiva
Ac Z Z Ac
tiv
Ak
Ac Ac Ac
B Aktivator-1 TATA INR DPE
Ac Me RNA Polimerase II
Mediator
+ TFIIA,B,E,F,H
TFIID
Aktivator-2
Ak
tiva
Ak tor
tiva -2
tor
-2
Ac RNA Polimerase II
tiva -1
-1
Mediator
tor
TFIIA,B,E,F,H
tor
Me
Me
tiva
Z Z Ac
Ac TFIID
Ak
Ak
Ac Ac Ac
C Aktivator-1 TATA INR DPE
GAMBAR 36–10 Pengeluaran nukleosom oleh koregulator aktif kromatin memfasilitasi pembentukan PIC dan transkripsi. Gambar A
menunjukkan gen penyandi mRNA inaktif (lihat tanda X pada TSS} dengan satu faktor transkripsi dimer (Aktivator -1; oval ungu) yang terikat pada
tempat pengikatan penguatnya (Aktivator-1). Elemen penguat ini tidak berada dalam nukleosom sehingga dapat berinteraksi dengan protein
pengikat aktivator yang berkaitan. Namun, gen ini tetap tidak aktif (tanda X pada TSS) karena sebagian dari penguat (dalam ilustrasi ini,
penguatnya bersifat bipartit dan terdiri dari Aktivator-1 dan Aktivator-2, tempat pengikatan DNA) dan seluruh promotornya tertutup nukleosom.
(B) Penguat Aktivator-1 terikat DNA berinteraksi dengan salah satu pemodel-ulang kromatin dependen-ATP dan kompleks ko-regulator
pemodifikasi kromatin. Koregulator ini (secara keseluruhan) mampu menggeser dan/atau menghilangkan nukleosom (pemodel-ulang dependen-
ATP) serta memodifikasi histon nukleosom secara kovalen dengan menggunakan asetilase (HAT; menghasilkan asetilasi [Ac]) dan metilase (SET;
menghasilkan metilasi [Me] di antara modifikasi pascatranslasi lain; Tabel 35-1) intrinsik, yang dilakukan oleh subunit-subunit dari kompleks ini.
(C) Pengubahan posisi nukleosom dan pemuatan nukleosom yang dihasilkan memungkinkan pengikatan dimer Aktivator-2 kedua pada sekuens
DNA Aktivator-2, yang menyebabkan pengikatan pera ngkat transkripsi (TFIIA, B, D, E, F, H; Polimerase II, dan Mediator) pada promotor (TATA-
INR-DPE) dan pembentukan PIC aktif, yang menyebabkan transkripsi teraktifkan.

membentuk PIC. Pada gen eukariot, situasinya lebih rumit.

Terminasi Transkripsi Diatur oleh Contohnya adalah gen penyandi mRNA, yang
Sinyal Spesifik ditranskripsikan oleh pol II. Pada kasus gen yang
Sinyal terminasi transkripsi oleh RNA polimerase II ditranskripsi pol II, fungsi faktor σ dilaksanakan oleh
eukariot masih belum banyak diketahui. Tampaknya sinyal sejumlah protein. Pembentukan PIC membutuhkan pol II
terminasi tersebut terletak jauh di hilir sekuens penyandi gen dan keenam GTF (TFIIA, TFIIB, TFIID, TFIIE, TFIIF,
eukariot. Contohnya, sinyal terminasi transkripsi untuk β- TFIIH). Berbagai GTF ini berfungsi mendorong transkripsi
globin mencit terdapat di beberapa posisi yaitu 1000-2000 RNA polimerase II pada hampir semua gen. Sebagian GTF
basa setelah tempat ekor poli(A) akhimya akan ditambahkan. ini terdiri dari banyak subunit. TFIID, yang berikatan
Tidak banyak yang diketahui tentang proses terminasi atau dengan elemen promotor kotak TATA melalui subunit TBP-
apakah terdapat peran faktor terminasi spesifik seperti faktor nya, adalah satu-satunya faktor yang mampu mengikat DNA
ρ bakteri. Namun, telah diketahui bahwa pembentukan promotor secara independen, spesifik, dan dengan afinitas
terminal 3' mRNA, yang dibentuk pascatranskripsi, terlibat tinggi. TFIID tersusun dari 15 subunit, TBP dan 14 Faktor
bersama dengan proses atau struktur yang terbentuk pada terkait TBP (TAF).
saat dan tempat inisiasi. Selain itu, pembentukan mRNA, TBP berikatan dengan kotak TATA di alur minor
dalam hal ini pembentukan ujung 3' mRNA bergantung pada DNA (sebagian besar faktor transkripsi berikatan di alur
struktur khusus yang terdapat pada terminal-C subunit mayor) dan menyebabkan pembengkokan sekitar 100
terbesar RNA polimerase II, yaitu domain terminal-C atau derajat pada heliks DNA. Pembengkokan ini diperkirakan
CTD (lihat bawah), dan proses ini tampaknya melibatkan akan mempermudah interaksi TAF dengan komponen Iain
paling tidak dua tahap. Setelah RNA polimerase II melalui kompleks inisiasi transkripsi, promotor eukariot multi-
regio unit transkripsi yang menyandi ujung 3' transkrip, komponen dan mungkin dengan faktor yang terikat pada
RNA endonuklease memutus transkrip primer pada posisi elemen-elemen di sebelah hulu. Meskipun sebelumnya
sekitar 15 basa 3' dari sekuens konsensus AAUAAA yang didefinisikan sebagai satu-satunya komponen yang dibutuh-
pada transkrip eukariot berfungsi sebagai sinyal pemutusan kan untuk transkripsi promotor gen pol II, namun TBP,
dan poliadenilasi. Akhirnya, ujung 3' yang baru terbentuk berkat ikatannya dengan TAF spesifik-polimerase, juga
ini mengalami poliadenilasi di nukleoplasma, seperti diurai- merupakan komponen penting pada kompleks inisiasi
kan di bawah ini. transkripsi pol I dan pol III, sekalipun tidak mengandung
kotak TATA.
KOMPLEKS TRANSKRIPSI EUKARIOT Pengikatan TFIID menandai suatu promotor spesifik
untuk transkripsi. Dari beberapa tahap in vitro selanjutnya,
Pada gen eukariot, terdapat suatu perangkat kompleks yang yang pertama adalah pengikatan TFIIA, kemudian TFIIB
terdiri dari hingga 50 jenis protein untuk menjamin pada kompleks TFIID-promotor. Hal ini menghasilkan suatu
keakuratan dan keteraturan transkripsi gen. Enzim RNA kompleks tripel stabil yang kemudian ditempatkan dengan
polimerase (pol I, pol II, dan pol III) mentranskripsikan lebih tepat dan terikat lebih erat pada tempat inisiasi
informasi di untai cetakan DNA menjadi RNA. Polimerase transkripsi. Kompleks ini kemudian menarik dan
ini harus mengenali suatu tempat spesifik di promotor agar menambatkan kompleks pol II-TFLIF pada promotor.
dapat memulai transkripsi di nukleotida yang tepat. Berbeda Penambahan TFIIE dan TFIIH adalah tahap final dalam
dari situasi pada prokariot, RNA polimerase eukariot saja (in pembentukan PIC. TFIIE tampaknya bersatu dengan
vitro) tidak mampu membedakan antara sekuens promotor kompleks dengan pol II-TFIIF, dan TFIIH kemudian
dan regio lain pada DNA yang bukan merupakan promotor. direkrut. Masing-masing dari proses pengikatan ini
Semua RNA polimerase eukariot membutuhkan protein lain memperbesar ukuran kompleks hingga akhirnya mencapai
yang dikenal sebagai faktor transkripsi umum (GTF). RNA sekitar 60 bp (dari -30 sampai +30 relatif terhadap +1,
polimerase II membutuhkan TFIIA, B, D (atau TBP), E, F, nukleotida tempat transkripsi dimulai) (Gambar 36-9). PIC
dan H untuk memfasilitasi pengikatan enzim spesifik- kini telah lengkap dan memungkinkan transkripsi basal
promotor dan pembentukan kompleks prainisiasi (PIC). diinisiasi dari nukleotida yang tepat. Di gen yang tidak
RNA polimerase I dan III membutuhkan GTF spesifik memiliki kotak TATA, diperlukan faktor-faktor yang sama.
polimerasenya sendiri. Selain itu, RNA polimerase II dan Pada kasus seperti ini, Inr atau DPE (lihat Gambar 36-8)
GTF tidak berespons pada protein aktivator dan hanya meletakkan kompleks tersebut agar inisiasi transkripsi
dapat mengatalisis transkripsi basal atau transkripsi yang berlangsung akurat.
tidak-diatur in vitro. Kelompok protein lain—yaitu
koaktivator, atau koreguIator—bersama dengan protein Aksesibilitas Promotor dan Pembentukan
transaktivator pengikat-DNA berinteraksi dengan Pol II/ PIC Sering Dimodulasi oleh Nukleosom
GTF dalam meregulasi laju transkripsi (lihat bawah).
Pada gen eukariot tertentu, perangkat transkripsi (pol II,
Pembentukan Kompleks Transkripsi Pol II dsb) tidak dapat mengakses sekuens promotor (yaitu
Pada bakteri, suatu kompleks holoenzim faktor σ-poli-merase TATA-INR-DPE) karena elemen promotor esensial ini
Eσ, secara selektif berikatan dengan DNA promotor untuk terbungkus oleh nukleosom (Gambar 35-2 dan 35-3 dan
36-10).

Hanya setelah faktor transkripsi mengikat DNA penguat di

Penguat TATA ORF
sebelah hulu promotor dan merekrut faktor koregulatorik
pemodifikasi dan pemodel-ulang kromatin (seperti Swi/Srif, + pol II, GTFs, Mediator
SRC-1, p300/CBP, lihat Bab 42), atau faktor P/CAF, nukleosom
yang menekan dapat dihilangkan (Gambar36-10). Setelah
promotor "terbuka" karena nukleosom telah dikeluarkan, GTF
dan RNA polimerase II dapat berikatan den menginisiasi A. Bertahap B. Holoenzim
transkripsi gen mRNA. Perhatikan bahwa pengikatan
transaktivator dan koregulator dapat peka terhadap, dan/atau TFIID
pol II
secara langsung mengontrol status modifikasi kovalen histon
dalam nukleosom pada dan di sekitar promotor dan penguat TFIIA,B,E,F,H
sehingga meningkatkan atau menurunkan kemampuan Penguat TATA ORF
TFIID Med
semua komponen lain yang dibutuhkan oleh pembentukan
PIC untuk berinteraksi dengan gen tertentu. Modifikasi ini TFIIA
yang disebut modifikasi protein dan kode epigenetik histon
dapat berperan penting dalam kontrol transkripsi gen. Mutasi B
E
pada protein yang mengatalisis (penulis sandi), menghilangkan
(penghapus sandi), atau mengikat histon termodifikasi
H pol II
(pembaca sandi) dapat menyebabkan penyakit manusia.
Fosforilasi Mengaktifkan Pol II F

Med
Pol II eukariot terdiri dari 12 subunit. Dua subunit ter-
besar (BM 220 dan 150 kDa) homolog dengan subunit β
dan β' bakteri. Selain jumlah subunit yang lebih banyak, pol pol II pol II
II eukariot berbeda dari padanannya di sel prokariot yaitu TFIIA,B,E,F,H TFIIA,B,E,F,H
bahwa enzim ini memiliki serangkaian pengulangan heptad TFIID TFIID
Med Med
dengan sekuens konsensus Tyr-Ser-Pro-Thr-Ser-Pro-Ser di
Penguat TATA ORF Penguat TATA ORF
terminal karboksil subunit terbesar pol II. Domain
pengulangan terminal karboksil (CTD) ini memiliki 26 GAMBAR 36–11 Model pembentukan kompleks prainisiasi
unit yang berulang pada sel ragi bir dan 52 unit pada sel RNA polimerase II. Gambar atas menunjukkan unit transkripsi
mamalia. CTD adalah substrat bagi beberapa enzim penyandi mRNA tipikal: penguat-promotor (TATA)-tempat inisiasi
(tanda panah bengkok) dan regio yang ditranskripsi (ORF; open
(kinase, fosfatase, prolil isomerase, glikosilase); FosforiIase reading frame). PIC terbentuk oleh paling sedikit dua mekanisme
CTD merupakan modifikasi pascatranslasi CTD pertama berbeda: (A) pengikatan bertahap GTF, pol II, dan Mediator, atau (B)
yang ditemukan. Komponen kinase TFIIH dapat melalui pengikatan satu kompleks multiprotein yang terdiri dari pol
memodifikasi CTD. CTD yang telah dimodifikasi secara II, Med, dan keenam GTF. Protein transaktivator pengikat-DNA
kovalen merupakan tempat pengikatan untuk serangkaian mengikat penguat secara spesifik dan turut memfasilitasi
pembentukan PIC (atau fungsi PIC) dengan secara langsung
protein, dan telah terbukti berinteraksi dengan banyak berikatan dengan subunitsubunit TFIID-TAF atau subunit Med
enzim pemroses dan pemodifikasi mRNA dan protein Mediator (tidak ditunjukkan, lihat Gambar 36-10); mekanisme
transpor nukleus. Pengikatan faktor-faktor ini dengan molekular mengenai interaksi protein-protein menstimulasi
CTD RNA polimerase II (dan komponen lain perangkat transkripsi masih menjadi subjek penelitian yang intensif.
basal) berfungsi untuk menggabungkan inisiasi dengan
penggabungan tudung mRNA, pembentukan ujung 3', dan untuk pengaturan transkripsi pol II yang tepat, yaitu dengan
transpor ke sitoplasma (lihat bawah). Polimerisasi pol II menunjukkan serangkaian fungsi, baik mengaktif-kan
menjadi aktif jika mengalami fosforilasi pada residu Ser maupun menekan transkripsi. Oleh sebab itu, Mediator,
dan Thr dan memperlihatkan penurunan aktivitas jika seperti TFIID, merupakan koregulator transkripsional
CTD mengalami defosforilasi. Fosforilasi/defosforilasi CTD (Gambar 36–11).
sangat penting untuk pembersihan promotor, elongasi,
terminasi, dan bahkan pemrosesan mRNA yang benar. Pol II
yang tidak memiliki ekor CTD tidak mampu mengaktifkan Peran Aktivator & Koreguiator Transkripsi
transkripsi, dan sel yang mengekspresikan pol II tetapi tidak TFIID semula dianggap sebagai protein tunggal, yaitu TBP.
memiliki CTD tidak dapat bertahan hidup. Hasil-hasil ini Namun, beberapa bukti menunjukkan bahwa TFIID ternyata
menggaris-bawahi pentingnya domain ini untuk biogenesis merupakan suatu kompleks yang terdiri dari TBP dan 14
mRNA. TAF. Bukti pertama bahwa TFIID adalah lebih kompleks
Pol II dapat berikatan dengan protein-protein lain yang daripada sekedar molekul TBP berasal dari pengamatan
dinamakan protein Med atau Mediator untuk membentuk bahwa TBP mengikat segmen DNA 10 bp, tepat di atas kotak
suatu kompleks yang kadang-kadang disebut sebagai TATA gen, sedangkan holo-TFIID meliputi regio 35 bp atau
holoenzim pol II; kompleks ini dapat terbentuk di promotor regio yang lebih besar lagi (Gambar 36-9). Bukti yang kedua
atau dalam larutan sebelum PIC terbentuk (lihat bawah). yaitu bahwa TBP memiliki berat molekul sebesar 20-40 kDa
Protein Med (lebi dari 30 protein Med1-Med31) esensial (tergantung spesiesnya), sedangkan kompleks TFIID memiliki

TABEL 36–3 Sebagian Elemen Kontrol Transkripsi RNA TABEL 36–4 Tiga Kelas Faktor Transkripsi yang
Polimerase II Mamalia, Sekuens Konsensusnya, dan Terlibat dalam Transkripsi Gen mRNA
Faktor-Faktor yang Berikatan padanya.
Mekanisme Umum Komponen Spesifik
Elemen Sekuens Konsensus Faktor
Komponen basal rNa Polimerase II, tBp, tFIIa, B, D, e, F, and h
Kotak TATA TATAAA TBP/TFIID
Koregulator taFs (tBp + taFs) = tFIID; gen tertentu
Inr T/CT/CANT/AT/CT/C TFIID
Mediator, Med
PE A/GGA/TCGTG TFIID
Pemodifikasi kromatin
Kotak CAAT CCAATC C/EBP∗, NF-Y∗
Pemodel-ulang kromatin
Kotak GC GGGCGG Sp1∗
Aktivator Sp1, atF, CtF, ap1, etc
CAACTGAC Myo D
T/CGGA/CN5GCCAA NF1∗
eksperimen in vitro. Hal esensial dalam model ini adalah
Oktamer Ig ATGCAAAT Oct1, 2, 4, 6∗ bahwa pembentukan PIC berlangsung di cetakan DNA
AP1 TGAG/CTC/AA Jun, Fos, ATF∗ tempat semua protein-protein transkripsi memiliki akses
langsung pada DNA. Aktivator transkripsi, yang memiliki
Respons serum GATGCCCATA SRF
domain autonom pengikatan dan aktivasi DNA (lihat Bab
Syok panas (NGAAN)3 HSF 38), diperkirakan berfungsi dengan menstimulasi
Catatan: Semua elemen terdaftar ditulis 5 'ke 3' dan hanya untai atas unsur dupleks
pembentukan PIC. Di sini, TAF atau kompleks mediator
ditampilkan. Daftar lengkap akan memuat ratusan contoh. Tanda bintang (*) berarti dianggap sebagai jembatan yang menghubungkan aktivator
bahwa terdapat beberapa anggota dalam famiri ini. Nukleotida dipisahkan oleh a/
bahwa salah satu indikasi dari dua nukleotida dapat di posisi itu (yaitu, T / C di posisi
di hulu dengan GTF dan pol II. Dalam pandangan ini, PIC
pertama INR menyiratkan bahwa baik T atau C dapat menempati posisi tersebut, N, tersusun secara bertahap—didorong oleh berbagai interaksi
menyiratkan salah satu dari empat basa DNA A, G , C atau T dapat menempati posisi
tertentu dalam menunjukkan cis-elemen. antara aktivator, koaktivator, dan komponen PIC—seperti
diperlihatkan di panel A (Gambar 36-11). Model ini
didukung oleh pengamatan bahwa berbagai protein ini
massa sekitar 1000 kDa. Bukti yang terakhir dan mungkin
memang dapat berikatan satu sama lain in vitro.
terpenting yaitu bahwa TBP mendukung transkripsi basal
Bukti-bukti terkini menunjukkan bahwa mungkin
tetapi tidak transkripsi yang diinduksi oleh aktivator tertentu,
terdapat mekanisme lain dalam pembentukan PIC dan
misal Sp1 yang terikat pada kotak GC. TFIID, di pihak lain,
regulasi transkripsi. Pertama, di dalam ekstrak sel
mendukung baik trankripsi basal maupun transkripsi yang
ditemukan komplek-kompleks besar GTF dan pol II yang
diperkuat oleh Sp1, Oct1, AP1, CTF, ATF, dsbnya
belum disusun, dan kompleks ini dapat berikatan dengan
(Tabe136-3). TAF adalah esensial bagi transkripsi yang
promotor dalam satu tahap. Kedua, laju transkripsi yang
diperkuat oleh aktivator ini. Mungkin terdapat beberapa
dicapai ketika aktivator ditambahkan ke konsentrasi
bentuk TFIID yang berbeda sedikit dalam komplemen
holoenzim pol II yang terbatas dapat diimbangi dengan
TAFnya. Oleh sebab itu, berbagai kombinasi TAF dengan
meningkatkan konsentrasi holoenzim pol II dan GTFs
TBP—atau satu dari beberapa faktor mirip-TBP (TLF)
tanpa keberadaan aktivator. Oleh sebab itu, setidaknya
yang baru ditemukan—berikatan dengan berbagai
pada in vitro, seseorang dapat membuat suatu kondisi
promotor, dan laporan-laporan terakhir menunjukkan
pembentukan PIC yang tidak memerlukan aktivator.
bahwa hal ini dapat berperan pada aktivasi selektif di
jaringan atau sel yang dijumpai pada berbagai promotor Pengamatan-pengamatan ini mendorong timbulnya hi-
dan pada perbedaan kekuatan promotor-promotor tertentu. potesis "rekrutmen", yang kini telah diuji secara ekspe-
TAF, karena diperlukan untuk kerja aktivator, sering rimental. Secara sederhana, peran aktivator dan koakti-
vator mungkin hanya merekrut kompleks holoenzim-
disebut sebagai koaktivator atau koregulator. Oleh sebab
itu, terdapat tiga kelas faktor transkripsi yang terlibat dalam GTF yang belum terbentuk ke promotor. Persyaratan
regulasi gen pol II: pol II dan GTF, koregulator, dan untuk aktivasi domain dielakkan jika komponen TFIID
atau holoenzim pol II ditambatkan secara artifisial,
aktivator-represor pengikat-DNA (Tabel 36-4). Cara kelas-
kelas protein ini berinteraksi untuk mengatur tempat dan dengan menggunakan teknik DNA rekombinan, pada
frekuensi transkripsi adalah suatu pertanyaan yang sangat domain pengikat DNA (DBD) suatu aktivator.
Penambatan ini, melalui komponen DBD molekul
penting dan sedang aktif diteliti. Pemikiran saat ini adalah
bahwa koregulator bekerja sebagai jembatan antara aktivator, menghasilkan struktur yang kompeten secara
transaktivator pengikat DNA dan pol II/GTF serta transkripsional, dan domain aktivasi aktivator tidak
memodifikasi kromatin. dibutuhkan lagi. Dalam pandangan ini, peran domain
aktivasi adalah untuk mengarahkan kompleks holoenzim-
Dua Model Dapat Menjelaskan Pembentukan GTF yang telah terbentuk sebelumnya ke promotor;
keduanya tidak membantu pembentukan PIC (lihat panel
Kompleks Prainisiasi B, Gambar 36-11). Dalam model ini, efisiensi proses
Pembentukan PIC yang dijelaskan di atas didasarkan pada rekrutmen secara langsung menentukan laju transkripsi
penambahan sekuensial komponen-komponen murni dalam suatu promotor.

MOLEKUL RNA DIPROSES berlangsung di dalam nukleus. Proses-proses transkripsi,

pemrosesan RNA, dan bahkan transpor RNA dari
SEBELUM MOLEKU L TERSEBUT nukleus sangat terkoordinasi. Koaktivator transkripsi
yang disebut SAGA pada sel ragi dan P/CAF pada sel
MENJADI FUNGSIONAL manusia diperkirakan menghubungkan pengaktifan
Pada organisme prokariot, transkrip primer gen-gen transkripsi dengan pemrosesan RNA melalui perekrutan
penyandi mRNA mulai berfungsi sebagai cetakan translasi suatu kompleks kedua yang disebut TREX untuk elongasi,
bahkan sebelum transkripsi selesai. Hal ini dapat terjadi penggabungan, dan ekspor dari nukleus. TREX (transcrip-
karena tempat transkripsi tidak mengalami kompartementasi tion-export) merupakan penghubung molekular antara
ke nukleus seperti pada organisme eukariot. Oleh sebab itu, kompleks elongasi transkripsi, perangkat untuk mengga-
transkripsi dan translasi dapat berlangsung bersamaan bungkan RNA, dan ekspor dari nukleus (lihat Gambar
pada sel prokariot. Konsekuensinya, mRNA prokariot tidak 36-12). Penggabungan ini diperkirakan meningkatkan
banyak mengalami pengolahan sebelum melaksanakan ketepatan dan laju pemrosesan dan pergerakan mRNA
fungsinya dalam sintesis protein. Regulasi beberapa gen secara drastis ke sitoplasma untuk translasi.
(misal, operon Trp) mengandalkan penggabungan
transkripsi dan translasi ini. Molekul tRNA dan rRNA
Bagian Penyandi (Ekson) Sebagian Besar Gen
prokariot ditranskripsikan dalam unit-unit yang jauh lebih
panjang daripada molekul akhirnya. Pada kenyataannya, Sel Eukariot Diselingi oleh Intron
banyak unit transkripsi tRNA yang menyandi lebih dari satu Sekuens RNA yang tampak dalam RNA matur disebut ekson.
molekul tRNA. Oleh sebab itu, molekul prekursor tRNA dan Pada gen penyandi mRNA, ekson seringkali diselingi oleh
rRNA ini dibutuhkan pada prokariot untuk menghasilkan sekuens panjang DNA yang tidak ada di mRNA matur dan
molekul fungsional matur. bukan merupakan informasi genetik yang akhirnya
Hampir semua transkrip primer RNA eukariot ditranslasi menjadi sekuens asam amino molekul protein
mengalami pemrosesan ekstensif di antara waktu trans- (lihat Bab 35). Bahkan, sekuens-sekuens ini seringkali
krip tersebut disintesis hingga saat transkrip tersebut menginterupsi regio penyandi gen struktural. Sekuens
menjalankan fungsi utamanya, baik sebagai mRNA, penginterupsi ini, atau intron, terdapat di sebagian besar
miRNA, maupun sebagai komponen perangkat translasi (tetapi tidak semua) gen penyandi mRNA di eukariot tingkat
seperti rRNA atau tRNA. Pemrosesan ini terutama tinggi.
Membran
nukleus
Pori
nukleus
Faktor pemroses mRNA
(penggabungan, poliadenilasi
CTD
Sitoplasma
Pol II
5'-CAP
Prekursor mRNA baru
Faktor pengemas mRNA

(TREX +++)
GAMBAR 36–12 Transkripsi gen mRNA yang diperantarai oleh RNA polimerase II digabungkan secara kotranskripsionai dengan
pengolahan dan transpor RNA. Di sini diperlihatkan bahwa RNA pol II secara aktif mentranskripsikan sebuah gen penyandi mRNA (elongasi dari
atas ke bawah gambar). Faktor-faktor pemroses RNA (yaitu, faktor penggabung yang mengandung motif-SR/RNP serta faktor poliadenilasi dan
terminasi) berinteraksi dengan domain CTD pol II, sedangkan faktor pengemas mRNA seperti kompleks THO/TREX direkrut ke transkrip primer
mRNA baru melalui interaksi pol II secara langsung seperti yang diperlihatkan atau melalui interaksi dengan faktor penggabung/SR yang ada di
mRNA baru. Perlu diperhatikan bahwa CTD tidak digambar berdasarkan skala. CTD subunit Rpb1 pol II (terkonservasi dalam evolusi) sebenarnya
adalah 5-10 kali panjang polimerase karena banyak mengandung prolM sehingga tak-berstrukstur,dan oleh sebab itu merupakan tempat
penambatan bermakna untuk protein pemroses dan transpor RNA. Pada keduanya, rantai mRNA baru diperkirakan d iproses lebih cepat dan lebih
akurat karena rekrutmen faktor-faktor ini dengan cepat ke rantai mRNA (prekursor) yang sedang terbentuk. Setelah pemrosesan mRNA yang
sesuai, mRNA yang matur disalurkan ke pori-pori nukleus (Gambar 36-17; 46-4) yang ada di membran nukleus. Setelah diangkut melalui pori ini,
mRNA dapat berikatan dengan ribosom dan ditranslasikan menjadi protein (Diadaptasi dari Jensen et al:, Mol Cell. 20051 1:1129-1138.)

Ekson 1
Intron
Ekson 2
3′ RRM (Pengakuan RNA) dan SR (serin-arginin). Secara
Tudung 5' GG A G An Transkrip primer kolektif, kelima snRNA dan protein mengandung RNP/SR
membentuk ribonukleoprotein nukleus kecil yang disebut
kompleks snRNP. Besar kemungkinannya bahwa spliceo-
Tudung 5' GG A G An Serangan nukleofilik
pada ujung 5' intron some penta-snRNP terbentuk sebelum berinteraksi dengan
prekursor mRNA. snRNP diperkirakan menempatkan
G
Tudung 5' G OH A G An Pembentukan laso segmen-segmen RNA, ekson dan intron, untuk reaksi
penggabungan yang diperlukan. Reaksi penggabungan
dimulai dengan pemutusan di taut ekson 5' (donor atau kiri)
Tudung 5' G OH G An Pemutusan pada dan intron (Gambar 36-13). Hal ini dilakukan oleh serangan
G
ujung 3' intron

A
nukleofilik residu adenilil di sekuens titik cabang yang
terletak tepat di hulu ujung 3' intron ini. Terminal 5' yang
An + Ligasi ujung 3' ekson 1 bebas kemudian membentuk suatu lengkung atau struktur
G
Tudung 5' GG dengan ujung 5' ekson 2
A
tali jerat/laso yang disatukan oleh ikatan taklazim 5'-2'
fosfodiester ke A reaktif di sekuens cabang PyNPyPyPuAPy
(Gambar 36–14). Residu adenilil ini biasanya terletak 20-30
Intron dicerna
nukleotida sebelah hulu dari ujung 3' intron yang
dikeluarkan. Tempat percabangan mengidentifikasi tempat
GAMBAR 36–13 Pengolahan transkrip primer menjadi mRNA. penggabungan 3'. Pemutusan kedua dilakukan di taut intron
Pada transkrip hipotetis ini, ujung 5' (kiri) intron dipotong (ã) dan
terbentuk suatu "tali jerat" (lariat) antara G di ujung 5' intron dan A di dengan ekson 3' (donor atau kanan). Pada reaksi
dekat ujung 3: di sekuens konsensus UACUAAC. Sekuens ini dinamai transesterifikasi kedua ini, hidroksil 3' dari ekson hulu
tempat percabangan, dan bagian A paling 3' membentuk ikatan 5'-2' menyerang fosfat 5' pada batas ekson-intron hilir dan
dengan G. Ujung 3' (kanan) intron kemudian dipotong (⇓). struktur laso yang mengandung intron dibebaskan dan
Pemotongan ini membebaskan 'tali jerat' yang kemudian dicerna, dan
ekson 1 disatukan ke ekson 2 di residu G.
dihidrolisis. Ekson 5' dan 3' diikat untuk membentuk
sekuens kontinu.
snRNA dan protein-protein terkait dibutuhkan untuk
Pada gen penyandi mRNA manusia, ekson memiliki panjang membentuk berbagai struktur dan zat antara. U1 di dalam
rata-rata ~150 nt, sedangkan intron adalah lebih heterogen, kompleks snRNP mula-mula berikatan melalui pembentukan
dengan panjang berkisar antara 10-100 nt hingga 30.000 nt. pasangan basa ke batas ekson-intron 5'. U2 di dalam
Sekuens RNA intron dikeluarkan dari transkrip dan ekson- kompleks snRNP kemudian berikatan melalui pembentukan
ekson transkrip disatukan di nukleus sebelum molekul mRNA pasangan basa ke tempat percabangan, dan hal ini
yang terbentuk muncul di sitoplasma untuk ditranslasikan menyebabkan residu A nukleofilik terpajan. U4/U5/U6 di
(Gambar 36-13 dan 36-14). dalam kompleks snRNP memerantarai penguraian yang
dependen-ATP dan diperantarai oleh protein serta menye-
Intron Dikeluarkan dan Ekson Disatukan babkan gangguan pada pasangan basa kompleks U4-U6
sehingga U4 terlepas. U6 kemudian menjadi mampu
Berbagai mekanisme reaksi penggabungan untuk me-
berinteraksi, mula-mula dengan U2 dan kemudian dengan
ngeluarkan intron telah berhasil diungkapkan. Salah satu yang
Ul. Interaksi ini berfungsi untuk mendekatkan tempat
tersering digunakan di sel eukariot dijelaskan di bawah ini.
penggabungan 5', titik percabangan dengan A reaktifnya,
Meskipun sekuens-sekuens nukleotida dalam intron
dan tempat penggabungan 3'. Susunan ini diperkuat oleh
berbagai transkrip eukariot—dan bahkan dalam satu
U5. Pro¬ses ini juga menyebabkan terbentuknya
transkrip—adalah cukup heterogen, terdapat sekuens-
lengkung atau struktur tali jerat laso (lariat). Kedua ujung
sekuens yang cukup terkonservasi di masing-masing dari
diputus, mungkin oleh U2-U6 di dalam kompleks snRNP.
kedua taut (gabungan) ekson-intron dan di percabangan
U6 jelas bersifat esensial karena sel ragi yang kekurangan
yang terletak 20-40 nukleotida sebelah hulu dari tempat
snRNA ini tidak dapat hidup. Penting dicatat bahwa RNA
penggabungan 3' (lihat sekuens konsensus di Gambar
berfungsi sebagai agen pengatalisis. Rangkaian proses ini
36-14). Suatu kompleks multikomponen khusus, spliceo-
kemudian diulang di gen-gen yang mengandung banyak
some, berperan dalam mengubah transkrip primer menjadi
intron. Dalam hal ini, setiap gen mengikuti pola tertentu,
mRNA. Spliceosome terdiri dari transkrip primer, lima
meskipun intron tidak harus dikeluarkan sesuai urutan—1,
snRNA (U1, U2, U4, U5, dan U6), dan Iebih dari 60 protein,
kemudian 2, kemudian 3, dstnya.
yang banyak di antaranya mengandung motif protein
Sekuens konsensus
A
5′ AG G UAAGU UACUAAC 28-37 nukleotida C AG G 3′
C
5′ Ekson Intron Ekson 3′
GAMBAR 36–14 Sekuens konsensus di taut penggabungan. Tampak sekuens 5' (donor; kiri) dan 3' (akseptor; kanan). Juga diperlihatkan
sekuens konsensus ragi (UACUAAC) untuk tempat percabangan. Pada sel mamalia, sekuens konsensus ini adalah PyNPyPyPuAPy. Py adalah
pirimidin, Pu adalah purin, dan N adalah nukleotida apa saja.Tempat percabangan terletak 20-40 nukleotida di sebelah hulu dari tempat
penggabungan 3'.

Penggabungan Alternatif Menghasilkan Prekursor mRNA

1 2 3 AAUAA AAUAA (A)n
mRNA yang Berbeda
Pemrosesan molekul mRNA adalah tempat regulasi
Penggabungan selektif
ekspresi gen. Pola alternatif penggabungan mRNA terjadi
karena mekanisme kontrol perkembangan dan adapsi 1 2 3 AAUAA AAUAA (A)n
spesifik-jaringan. Hal yang menarik, penelitian terbaru
mengisyaratkan bahwa penggabungan alternatif diregulasi, Tempat donor 5' alternatif
paling tidak sebagian, oleh tanda epigenefik (yaitu Tabel
1′ 2 3 AAUAA AAUAA (A)n
35-1). Bentuk penggabungan transkripsi dan pemrosesan
mRNA ini dapat bersifat kinetik dan/atau diperantarai Tempat akseptor 3'alternatif
melalui interaksi antara modifikasi pascatranslasi histon
tertentu dan faktor penggabungan altematif yang dapat 1 2′ 3 AAUAA AAUAA (A)n
dimuat ke transkrip gen mRNA baru selama proses
transkripsi (Gambar 36-12). Tempat poliadenilasi alternatif
Seperti disebutkan sebelumnya, rangkaian kejadian 1 2 3 AAUAA (A)n

penggabungan ekson-intron umumnya mengikuti urutan
hierarki gen tertentu. Kenyataan bahwa terbentuk struktur GAMBAR 36–15 Mekanisme pemrosesan alternatif prekursor
mRNA. Bentuk pengolahan mRNA ini melibatkan inklusi atau eksklusi
RNA yang sangat kompleks selama penggabungan—dan
selektif ekson, pemakaian tempat donor 5' atau akseptor 3' alternatif,
bahwa sejurnlah snRNA dan protein ikut berperan— dan pemakaian tempat poliadenilasi yang berbeda, dan secara
menimbulkan beragam kemungkinan terhadap pengubah- dramatis meningkatkan protein diferensial penyandi potensi genom.
an urutan dan pembentukan mRNA yang berbeda-beda.
Demikian juga, pemakaian tempat-tempat terminasi- Regulasi spesifik-jaringan ekspresi gen dapat dicapai
pemutusan poliadenilasi altematif menghasilkan mRNA melalui penggabungan alternatif, seperti disebutkan di atas,
yang berbeda-beda. Beberapa contoh skematis proses ini, melalui elemen-elemen kontrol di promotor atau melalui
yang semuanya terjadi di alam, diperlihatkan di (Gambar pemakaian promotor altematif. Gen glukokinase (GK) terdiri
36-15). dari 10 ekson yang disela oleh 9 intron. Sekuens ekson 2-10
Kesalahan penggabungan dapat menyebabkan adalah identik di sel hati dan sel β pankreas, yaitu jaringan
penyakit. Paling tidak satu bentuk β-talasemia, suatu utama yang mengekspresikan protein GK. Di kedua
penyakit akibat ekspresi gen β-globin hemoglobin yang jaringan ini, ekspresi gen GK diatur dengan cara yang sangat
sangat rendah, tampaknya terjadi akibat pengubahan satu berbeda—oleh dua promotor yang berlainan. Promotor hati
nukleotida di taut ekson-intron, menghambat pengeluaran dan ekson 1L terletak dekat dengan ekson 2-10; ekson 1L
intron sehingga sintesis protein rantai β menurun atau berikatan secara Iangsung dengan ekson 2. Sebaliknya,
lenyap. Hal ini merupakan konsekuensi dari kenyataan promotor sel β pankreas terletak sekitar 30 kbp di sebelah
bahwa kerangka pembaca translasi normal mRNA terganggu hulu. Dalam hal ini, batas 3' ekson 1B terikat pada batas 5'
oleh suatu cacat pada proses mendasar penggabungan RNA, ekson 2. Ekson 1L dan promotor hati dikeluarkan sewaktu
menggarisbawahi perlunya dicapai akurasi pada proses reaksi penggabungan (lihat Gambar 36-16). Keberadaan
penggabungan antarRNA. banyak promotor yang berlainan memungkin-kan timbulnya
pola ekspresi gen (mRNA) yang spesifik untuk sel dan
jaringan. Dalam kasus GK, insulin dan cAMP (Bab 42)
Pemakaian Promotor Alternatif Adalah Suatu mengontrol transkripsi GK di hati, sedangkan glukosa
Bentuk Regulasi mengontrol ekspresi GK di sel β.
( 30 kb)
Hati ˜
1B 1L 2A 2 3 4 56 7 8 9 10
( 30 kb)
Sel-β/pituitari ˜
1B 1L 2A 2 3 4 56 7 8 9 10
GAMBAR 36–16 Pemakaian promotor alternatif di gen glukokinase (GK) hati dan sel pankreas. Regulasi gen glukokinase (GK) yang berbeda
dicapai melalui pemakaian promotor spesifik-jaringan. Promotor gen GK dan ekson 1B sel terletak sekitar 30 kbp di sebelah hulu dari promotor
dan ekson 1L hati. Masing-masing promotor memiliki struktur unik dan diatur secara berbeda. Di kedua gen, ekson 2-10 adalah identik satu sama
lain, dan protein GK yang disandi oleh mRNA sel β dan hati memiliki sifat kinetik yang identik.

RNA Ribosom & Sebagian Besar RNA Transfer Setelah transpor dari nukleus, enzim-enzim sitoplasma pada
sel mamalia dapat menambahkan dan mengeluarkan residu
Diproses dari Prekursor yang Lebih Besar adenilil dari ekor poli(A); proses ini telah dikaitkan dengan
Pada sel mamalia, tiga molekul rRNA (28S, 18S, dan 5,8S) pengubahan stabilitas dan translabilitas mRNA.
ditranskripsikan sebagai bagian dari satu molekul prekursor
Ukuran beberapa molekul mRNA sitoplasma, bahkan
besar 45S. Prekursor ini kemudian diproses di nuldeolus
setelah ekor poli(A) dikeluarkan, masih jauh lebih besar
untuk menghasilkan ketiga komponen RNA ini bagi
daripada ukuran yang diperlukan untuk menyandi protein
subunit ribosomal yang ditemukan di sitoplasma. Pada sel
spesifiknya, sering 2 sampai 3 kali lipat. NukIeotida tambahan
mamalia, gen-gen rRNA terletak di nukleolus. Di setiap sel
terdapat di regio-regio yang tidak ditranslasikan (penyandi
terdapat ratusan salinan gen-gen ini. Gen yang berjumlah
nonprotein) baik di 5' maupun di 3' regio penyandi; sekuens
besar ini diperlukan untuk membentuk salinan setiap tipe
terpanjang yang tidak ditranslasikan biasanya di ujung 3'.
rRNA dalam jumlah memadai untuk membentuk 107
Fungsi pasti sekuens 5'UTR dan 3'UTR tidak diketahui,
ribosom yang dibutuhkan pada setiap replikasi sel.
tetapi keduanya diperkirakan berperan dalam pemrosesan,
Meskipun satu molekul mRNA dapat disalin menjadi 105
transpor, penyimpanan, penguraian, dan translasi RNA;
molekul protein (merupakan amplifikasi besar), rRNA
masing-masing reaksi ini berpotensi menambah tingkat
adalah produk akhir. Tidak adanya amplifikasi ini
kontrol ekspresi gen. Banyak proses pascatranslasi yang
memerlukan jumlah gen yang banyak dan laju transkripsi
melibatkan mRNA ini terjadi di organel sitoplasma yang
yang tinggi, biasanya disinkronkan dengan laju
disebut badan P (Bab 37).
pertumbuhan sel. Demikian juga, tRNA transfer sering
disintesis sebagai prekursor, dengan sekuens tambahan 5' Mikro-RNA Berasal dari Transkrip
dan 3' dari sekuens yang membentuk tRNA matur. Sebagian
kecil tRNA mengandung intron.
Primer Besar Melalui Pemrosesan
Nukleolitik Spesifik
RNA DAPAT DIMODIFIKASI SECARA Sebagian besar miRNA ditranskripsikan oleh RNA pol II
menjadi transkrip primer yang disebut pri-miRNA. pri-
EKSTENSIF miRNA memiliki tudung 5' dan poliadenilasi 3' (Gambar
Pada hakikatnya, semua RNA mengalami modifikasi kovalen 36-17). pri-miRNA disintesis dari unit transkripsi yang
pascatranskripsi. Sudah jelas bahwa setidaknya beberapa menyandi satu atau berbagai miRNA yang berbeda; unit
modifikasi ini bersifat regulatorik. transkripsi ini terletak bebas di genom atau berada dalam DNA
intron gen lain. Oleh sebab itu, gen penyandi miRNA minimal
RNA Pembawa (mRNA) Dimodifikasi harus memiliki promotor, regio penyandi, dan sinyal
terminasi/poliadenilasi tersendiri. pri-miRNA memiliki
di Ujung 5' dan 3' struktur 2" yang ekstensif, dan struktur intramolekular ini
Seperti disebutkan sebelumnya, molekul mRNA mamalia dipertahankan dengan mengikuti pemrosesan oleh Drosha-
mengandung suatu struktur tudung 7-metilguanosin di DGCR8 nuklease; bagian yang mengandung "jepit rambut"
terminal 5' (Gambar 34-10), dan sebagian besar memiliki RNA dipertahankan dan ditranspor melalui pori nukleus;
ekor poli(A) di terminal 3'. Struktur tudung ditambahkan setelah berada dalam sitoplasma, molekul diproses menjadi
ke ujung 5' prekursor mRNA yang baru terbentuk di 21- atau 22- mer oleh dicer nuklease-TRBP kompleks.
nukleus sebelum molekul mRNA ini dipindahkan ke Akhimya, satu dari kedua untai dipilih untuk dimuat dalam
sitoplasma. Tudung 5' transkrip RNA diperlukan untuk RISC, atau kompleks peredam yang diinduksi-RNA yang
insiasi translasi yang efisien dan melindungi ujung 5' mRNA terdiri dari salah satu dari empat protein Argonaute (Ago 1 →
dari serangan eksonuklease 5′ → 3′. Metilasi sekunder 4), untuk membentuk miRNA matur, fungsional miRNA untai
molekul mRNA, di residu 2'-hidroksi dan N7 adenilil, terjadi tunggal 21-22 nt. siRNAs are pro-duced similarly. Setelah
setelah molekul mRNA muncul di sitoplasma. berada di dalam kompleks RISC, miRNA dapat memodulasi
Ekor poli(A) ditambahkan pada ujung 3' molekul mRNA fungsi mRNA oleh salah satu dari tiga mekanisme: (a)
dalam suatu tahap pemrosesan pascatranskripsi. mRNA mempromosikan degradasi mRNA langsung; (B) merangsang
mula-mula diputus sekitar 20 nukleotida di sebelah hilir dari CCR4/NOT kompleks-dimediasi degradasi ekor poli A ; atau
sekuens pengenalan AAUAA. Enzim lain, poli(A) poli- (c) penghambatan translasi dengan menargetkan faktor 5'-
merase, menambahkan ekor poli(A) yang kemudian metil tudung mengikat translasi eIF4 (Gambar 37-7 dan 37-8)
dipanjangkan hingga 200 A residu. Ekor poli(A) tampaknya atau ribosom langsung. Data terbaru mengisyaratkan bahwa
melindungi ujung 3' mRNA dari serangan 3′→5′ eksogen penyandi miRNA regulatorik dapat terkait, dan karena itu
nuklease dan memfasilitasi translasi. Keberadaan atau mengalami ko-evolusi dengan gen sasarannya.
ketiadaan ekor poli(A) tidak menentukan apakah suatu Penyuntingan RNA Mengubah mRNA
molekul prekursor di nukleus akan muncul di sitoplasma
karena semua molekul mRNA nukleus yang memiliki ekor
Setelah Transkripsi
poli(A) tidak membentuk mRNA sitoplasma, demikian juga Dogma sentral menyatakan bahwa untuk suatu gen dan
tidak ada molekul mRNA sitoplasma yang mengandung ekor produk gen terdapat hubungan linier antara sekuens
poli(A) (mRNA histon adalah yang paling mencolok dalam penyandi di DNA, sekuens mRNA, dan sekuens protein
hal ini). (Gambar 35-7).

Jalur Jalur Membran sel
pri-miRNA
miRNA siRNA
RNA Polimerase II dsRNA dsRNA

Endogen
atau eksogen
Membran
Pemrosesan nuklir
TRBP Dicer
Drosha
DGCR8 Exportin 5
TRBP
Tudung (A) A
n OH
pri-miRNA pra-mRNA Dicer
pre-miRNA Ago2
TRBP Dicer Memuat

RISC
TRBP
Ago2
TRBP Dicer
Dicer
Dupleks miRNA
Ago2
3 5
Memuat Ago1-4
RISC
Represi Translational
Ago1-4 Kompleks Ago2 Kompleks
3 5 3 5
Ago1-4 RISC RISC
3 5
eIF4F meG AAAAAA
Destabilisasi mRNA TargetLokasi Ago2

Ago1-4 dan Tindakan 3 5
3 5
me
G AA De-Adenylase represif 5 3
A A
AA AAA
Degradasi mRNA Inaktivasi mRNA
Ago1-4
3 5 me
me
G AAAAAA G
AAA
GAMBAR 36–17 Biogenesis pada mikro (mi) dan peredam (si) RNA. Gen penyandi (kiri) miRNA ditranskripsikan oleh RNA pol lI menjadi
transkrip miRNA primer (pri-miRNA) yang memiliki tudung 5' dan terpoliadenilasi seperti transkrip primer penyandi mRNA tipikal. pri-miRNA ini
mengalami pemrosesan di dalam nukleus oleh kerja Drosha-DGCRS nuklease, yang memangkas sekuens dari ujung 5' maupun 3' dan menghasilkan
pra-miRNA. RNA untai ganda yang terproses sebagian ini ditranspor melalui pori nukleus oleh eksportin-5. Sitoplasma pra-miRNA kemudian
dipangkas lebih lanjut oleh aksi dari nukleas heterodimerik disebut Dicer (Dicer-TRBP), untuk membentuk miRNA dupleks 21-22 nt Salah satu dari
hasil dua untai RNA dengan panjang 21-22 nukleotida ini dipilih, dupleks diuraikan, dan untai yang dipilih dimuat ke dalam kompleks RISC, dan
dengan demikian membentuk miRNA matur dan fungsional. Berikut target lokasi mRNA dan urutan spesifik miRNA-mRNA anil, fungsional miRNA
dapat memodulasi fungsi mRNA oleh salah satu dari tiga mekanisme: represi translasi, destabilisasi mRNA oleh deadenilasi mRNA, atau degradasi
mRNA. Jalur siRNA (Kanan) menghasilkan fungsional siRNA dari besar RNA beruntai ganda yang terbentuk baik intraseluler oleh RNA-RNA hibridisasi
(inter atau intramolekul) atau dari sumber ekstraseluler seperti virus RNA. Virus dsRNAs ini yang lagi diproses untuk ~ 22 segmen nt siRNA dsRNA
melalui Dicer nuklease heterodimerik, dimuat ke dalam Ago2 mengandung kompleks RISC, satu untai kemudian dipilih untuk menghasilkan siRNA
yang menempatkan sekuens RNA target melalui urutan-spesifik siRNA-RNA anil. Target terner kompleks RNA-siRNA-Ago2 ini menginduksi
pembelahan RNA, yang menginaktivasi sasaran RNA.
Pengubahan sekuens DNA seharusnya tercermin dalam yaitu apoB100. Di usus, gen yang sama mengarahkan
pengubahan sekuens mRNA dan, bergantung pada sintesis transkrip primer; namun, sitidin deaminase
pemakaian kodon, dalam sekuens protein. Namun, baru- mengubah kodon CAA di mRNA menjadi UAA di suatu
baru ini ditemukan pengecualian terhadap dogma ini. tempat spesifik. Alih-alih menyandi glutamin, kodon ini
Informasi penyandi dapat diubah di tingkat mRNA melalui berubah menjadi kodon terminasi (lihat Table 37-1), dan
penyuntingan RNA. Dalam hal ini, sekuens penyandi hasilnya adalah suatu protein 48-kDa (apoB48). ApoB100
mRNA berbeda dengan sekuens penyandi DNAnya. Salah dan apoB48 memiliki fungsi berbeda di kedua organ. Kini
satu contohnya adalah gen dan mRNA apolipoprotein B semakin banyak contoh yang ditemukan, mencakup
(apoB). Di hati, satu gen apoB ditranskripsikan menjadi pengubahan glutamin menjadi arginin pada reseptor
sebuah mRNA yang mengarahkan sintesis protein 100-kDa, glutamat dan beberapa pengubahan dalam mRNA

mitokondria tripanosoma, yang umumnya melibatkan ■ RNA polimerase berinteraksi dengan regio aktif-cis gen, yang
penambahan atau penghilangan uridin. Belum diketahui disebut promotor, untuk membentuk kompleks prainisiasi
seberapa luas penyuntingan RNA ini tetapi perkiraan saat ini (PIC) yang mampu melakukan inisiasi transkripsi. Pada
menyarankan bahwa <0,01% mRNA disunting dengan cara eukariot, proses pembentukan PIC Pol II membutuhkan
(selain polimerase) berbagai faktor transkripsi umurn (GTF),
ini. Baru-baru ini, penyuntingan miRNA berhasil dijelaskan,
TFIIA, B, D, E, F, dan H.
hal ini mengisyaratkan bahwa kedua bentuk mekanisme
kontrol pascatranslasi ini dapat secara kooperatif ikut serta
■ Pembentukan PIC eukariot dapat terjadi pada promotor yang
dapat terakses baik secara bertahap meIalut interaksi GTF
dalam regulasi gen.
dan RNA polimerase secara sekuensial dan teratur dengan
promotor DNA—maupun dalam satu tahap melalui
RNA Transfer (tRNA) Diproses dan pengenalan promotor oleh kompleks holoenzim GTF-RNA
Dimodifikasi Secara Ekstensif polimerase yang telah terbentuk sebelumnya.
Seperti dijelaskan di Bab 34 dan Bab 37, molekul tRNA ■ Transkripsi memperlihatkan tiga fase: inisiasi, elongasi, dan
berfungsi sebagai molekul adaptor untuk translasi mRNA terminasi. Semua fase bergantung pada elemen-cis DNA
menjadi sekuens protein. tRNA mengalami banyak tersendiri dan dapat dimodulasi oleh faktor protein yang
modifikasi basa-basa standar A, U, G, dan C, mencakup bekerja-trans yang berbeda.
metilasi, reduksi, deaminasi, dan tata-ulang ikatan ■ Adanya nukleosom dapat menghambat pengikatan
glikosidat. Modifikasi pasca transiasi molekul tRNA lebih transfaktor dan perangkat transkripsi pada elemen-cis
lanjut mencakup alkilasi nukleotida dan perlekatan terminal DNAnya, sehingga menghambat transkripsi.
CpCpAOH khas di ujung 3' molekul oleh enzim nukleotidil ■ Sebagian besar RNA eukariot disintesis sebagai prekursor
transferase. Gugus OH 3' pada ribosa A adalah titik yang mengandung kelebihan sekuens yang harus dibuang
perlekatan untuk asam amino spesifik yang akan masuk ke sebelum terjadinya pembentukan RNA yang matur dan
dalam reaksi polimerisasi pada sintesis protein. Metilasi fungsional. Reaksi pemrosesan ini dapat menjadi tahap
prekursor tRNA mamalia mungkin terjadi di nukleus, potensial tambahan untuk regulasi ekspresi gen.
sementara pemutusan dan perlekatan CpCpAOH adalah ■ Sintesis mRNA eukariot menghasilkan prekursor pra-mRNA
fungsi sitoplasma, karena gugus terminal tersebut yang mengandung banyak kelebihan RNA (intron) yang
mengalami pertukaran yang lebih cepat daripada dengan harus dibuang dengan cermat dan tepat melalui proses
pertukaran yang dialami molekul tRNA itu sendiri. Enzim penggabungan RNA agar menghasilkan mRNA fungsional
di dalam sitoplasma sel mamalia diperlukan untuk dan dapat ditranslasi, yang terdiri dari sekuens penyandi
ekson dan sekuens bukan penyandi 5' dan 3'.
melekatkan asam amino pada residu CpCpAOH (lihat Bab
37). ■ Semua tahap—dari pengubahan di cetakan, sekuens, dan
aksesibilitas DNA dalam kromatin hingga stabilitas dan
RNA DAPAT BERFUNGSI SEBAGAI translasibilitas RNA—dapat mengalami modulasi sehingga
berpotensi menjadi tempat kontrol bagi regulasi gen
KATALIS eukariot.
Selain efek katalitik yang dimiliki oleh snRNA dalam
pembentukan mRNA, RNA juga memiliki beberapa fungsi REFERENSI
enzimatik lain. Ribozim adalah molekul RNA dengan Bourbon H-M, Aguilera A, Ansari AZ, et al: A unified nomenclat-
aktivitas katalitik. Enzim-enzim ini biasanya berperan dalam ure for protein subunits of mediator complexes linking
reaksi transesterifikasi, dan sebagian besar berkaitan dengan transcriptional regulators to RNA polymerase II. Mol Cell
metabolisme RNA (penggabungan dan endoribonuklease). 2004;14:553-537.
Baru-baru ini diketahui bahwa suatu komponen rRNA Buchan JR, Parker R: Eukaryotic stress granules: the ins and outs of
ribosom dapat menghidrolisis ester aminoasil sehingga RNA translation. Mol Cell 2009;36:932-941.
ini berperan sentral dalam fungsi ikatan peptida (peptidil Decker KB, Hinton DM: Transcription regulation at the core: sim-
transferase; lihat Bab 37). Pengamatan-pengamatan ini, yang ilarities among bacterial, archaeal, and eukaryotic RNA
polymerases. Annu Rev Microbiol 2013;67:113-139.
dilakukan terhadap organel tumbuhan, ragi, virus, dan sel
eukariot tingkat tinggi, memperlihatkan bahwa RNA dapat Elkon R, Ugalde AP, Agami R: Alternative cleavage and polyaden-
berfungsi sebagai enzim. Hal ini juga menghasilkan ylation: extent, regulation and function. Nat Rev Genet
pengubahan pemikiran tentang kerja enzim dan asal 2013;14:496-506.
kehidupan itu sendiri. Marcia M, Pyle AM: Visualizing group II intron catalysis through
the stages of splicing. Cell 2012:151:497-507.
RINGKASAN Geisler S, Coller J: RNA in unexpected places: long non-coding
RNA functions in diverse cellular contexts. Nat Rev Mol Cell
■ RNA disintesis dari cetakan DNA oleh enzim dependen-DNA Biol 2013;14:699-712.
RNA polimerase. He Y, Fang J, Taatjes DJ, Nogales E: Structural visualization of key
■ Sementara bakteri hanya memiliki satu RNA polimerase steps in human transcription initiation. Nature 2013;495;
(ββα2σω) terdapat tiga RNA polimerase dependen-DNA 481-486.
nukleus pada mamalia: RNA polimerase I, II, III. Ketiga enzim Hood JL, Emeson RB: Editing of neurotransmitter receptor and ion
ini mengatalisis transkripsi gen penyandi rTNA (Pol I), channel RNAs in the nervous system. Curr Top Microbiol
mRNA/miRNA (Pol II), dan tRNA serta rRNA 5S (Pol III) Immunol 2012;353:61-90.
penyandian gen.

Hsin JP, Manley JL: The RNA polymerase II CTD coordinates trans- Murakami K, Elmlund H, Kalisman N, Bushnell DA, Adams CM,
cription and RNA processing. Genes Dev 2012;26:2119-2137. Azubel M, Elmlund D, Levi-Kalisman Y, Liu X, Gibbons BJ,
Levitt M, Kornberg RD: Architecture of an RNA polymerase II
Kassube SA, Fang J, Grob P, Yakovchuk P, Goodrich JA, Nogales E:
transcription pre-initiation complex. Science 2013;342; 1238724.
Structural insights into transcriptional repression by
noncoding RNAs that bind to human Pol II. J Mol Biol Nechaev S, Adelman K: Pol II waiting in the starting gates: regulating
2013;425:3639-3648. the transition from transcription initiation into productive
Kawauchi J, Mischo H, Braglia P, et al: Budding yeast RNA poly- elongation. Biochim Biophys Acta 2011;1809:34-45.
merases I and II employ parallel mechanisms of Ørom UA, Shiekhattar R: Long noncoding RNAs usher in a new era
transcriptional termination. Genes Dev 2008;22:1082-1092. in the biology of enhancers. Cell 2013 154:1190-1193.
Keaveney M, Struhl K: Activator-mediated recruitment of the RNA Pawlicki JM, Steitz JA: Nuclear networking fashions pre-messenger
RNA and primary microRNA transcripts for function. Trends
RNA polymerase machinery is the predominant mechanism
Cell Biol 2010; 20:52-61.
for transcriptional activation in yeast. Mol Cell 1998;1:917-924.
Kornblihtt AR, Schor IE, Alló M, Dujardin G, Petrillo E, Muñoz Proudfoot NJ: Ending the message: poly(A) signals then and now.
MJ: Alternative splicing: a pivotal step between eukaryotic Genes Dev 2011; 25:1770-1782.
Reed R, Cheng H: TREX, SR proteins and e xport of mRNA. Curr
transcription and translation. Nat Rev Mol Cell Biol 2013;
Opin Cell Biol 2005;17:269-273.
14:153-165.
Rhee HS, Pugh BF: Genome-wide structure and organization of
Mapendano CK, Lykke-Andersen S, Kjems J, et al: Crosstalk bet- eukaryotic pre-initiation complexes. Nature 2012;483:295-301.
ween mRNA 3′ end processing and transcription initiation Tian B, Manley JL: Alternative cleavage and polyadenylation: the
Mol Cell 2010;40:410-422. long and short of it. Trends Biochem Sci 2013;38:312-320. West
Mauger DM, Siegfried NA, Weeks KM: The genetic code as expre- S, Proudfoot NJ, Dye MJ, et al: Molecular dissection of
ssed through relationships between mRNA structure and mammalian RNA polymerase II transcriptional termination.
protein function. FEBS Lett 2013 587:1180-1188. Mol Cell 2008;29:600-610.

37
B A B
Sintesis Protein
& Kode Genetik
TUJUANS ■ Memahami bahwa kode genetik adalah kode nukleotida tiga-huruf yang
disandi dalam rangkaian linier DNA ekson (disusun oleh triplet A, G, C, dan T)
gen penyandi protein, dan bahwa kode tiga-huruf ini ditranslasi menjadi
Anda diharapkan dapat: mRNA (disusun oleh triplet A,G,C,dan U) untuk menentukan urutan linier
penambahan asam amino selama sintesis protein melalui proses translasi.
■ Memahami bahwa kode genetik universal bersifat degenerasi, tidak ambigu,
tidak tumpang tindih, dan tanpa jeda.
■ Menjelaskan bahwa kode genetik terdiri dari 64 kodon, 61 kodon menyandi
asam amino dan 3 kodon menginduksi terminasi sintesis protein.
■ Menjelaskan proses RNA transfer (tRNA) berfungsi sebagai agen informasi
terakhir yang menguraikan kode genetik mRNA.
■ Memahami mekanisme sintesis protein yang membutuhkan banyak energi
yang berlangsung di kompleks RNA-protein yang disebut ribosom.
■ Mengerti bahwa sintesis protein, seperti replikasi dan transkripsi DNA,
dikontrol dengan tepat oleh kerja berbagai faktor pelengkap yang berespons
terhadap input sinyal regulatorik ekstraselular dan intraselular.
PERAN BIOMEDIS INFORMASI GENETIK MENGALIR

Huruf A, G, T, dan C menyatakan nukleotida-nukleotida DARI DNA KE RNA KE PROTEIN
yang terdapat dalam DNA. Di dalam gen penyandi-protein,
Di nukleus, informasi genetik dalam sekuens nukleotida
nukleotida-nukleotida ini tersusun menjadi kode tiga-huruf
DNA ditranskripsikan menjadi sekuens nukleotida spesifik
yang disebut kodon, dan kumpulan kodon ini akan
molekul RNA. Sekuens nukleotida di transkrip RNA
membentuk kode genetik. Sintesis protein atau mutasi sulit
bersifat komplementer dengan sekuens nukleotida untai
dipahami atau dijelaskan sebelum ditemukannya kode cetakan di gen-nya, mengikuti aturan pembentukan
genetik. Kode genetik menjadi dasar untuk menjelaskan pasangan basa. Beberapa kelas RNA bekerja bersama untuk
bagaimana kelainan protein dapat menimbulkan penyakit mengarahkan sintesis protein.
genetik serta untuk menegakkan diagnosis dan mungkin Pada prokariot, terdapat korespondensi linier antara gen,
terapi bagi penyakit-penyakit ini. Selain itu, banyak RNA pembawa (mRNA) yang ditranskripsikan dari gen, dan
patofisiologi infeksi virus yang berkaitan dengan produk polipeptidanya. Situasi ini lebih rumit pada sel
kemampuan virus untuk mengganggu sintesis protein sel eukariot yang lebih tinggi karena transkrip primer berukuran
pejamu. Banyak obat antibakteri bekerja efektif karena obat jauh lebih besar daripada mRNA matur. Prekursor mRNA
ini secara selektif mengganggu sintesis protein sel bakteri yang besar mengandung regio-regio pengode/penyandi
tetapi tidak berpengaruh terhadap sintesis protein sel (ekson) yang akan membentuk mRNA matur dan sekuens-
eukariot. sekuens panjang sisipan (intron) yang memisahkan ekson-
413

414 BAGIAN VII Struktur, fungsi, & Replikasi makromolekul Pembawa Informasi
ekson. mRNA diproses di dalam nukleus dan intron, yang TABEL 37–1 Kode Genetika (Tugas Kodon di RNA
membentuk sebagian besar RNA, dikeluarkan. Ekson-ekson pembawa Mamalia)
disatukan untuk membentuk mRNA matur yang kemudian Nukleotida Kedua
diangkut ke sitoplasma untuk ditranslasikan menjadi Nukleotida Nukleotida
protein. Pertama U C A G Ketiga
Sel harus memiliki perangkat yang dibutuhkan untuk U Phe Ser Tyr Cys U
mentranslasikan informasi secara akurat dan efisien dari
Phe Ser Tyr Cys C
sekuens nukleotida mRNA menjadi sekuens asam amino
protein tertentu. Kejelasan proses ini, yang disebut translasi, Leu Ser Term Term b
A
menunggu pemecahan kode genetik. Telah disadari sejak Leu Ser Term Trp G
lama bahwa molekul mRNA itu sendiri tidak memiliki
C Leu Pro His Arg U
afinitas terhadap asam amino sehingga translasi informasi di
sekuens nukleotida mRNA untuk menjadi sekuens asam Leu Pro His Arg C
amino protein memerlukan suatu molekul adaptor Leu Pro Gln Arg A
perantara. Di satu sisi, molekul adaptor ini harus mengenali
Leu Pro Gln Arg G
sekuens nukleotida spesifik; di sisi lain, molekul tersebut juga
harus mengenali asam amino yang sesuai. Dengan molekul A Ile Thr Asn Ser U
adaptor ini, sel dapat mengarahkan asam amino spesifik ke Ile Thr Asn Ser C
posisi sekuens yang tepat di suatu protein yang sedang
Ile a
Thr Lys Arg b
A
disintesis sesuai dengan sekuens nukleotida mRNA tertentu.
Pada kenyataannya, gugus-gugus fungsional asam amino itu Met Thr Lys Arg b
G
tidak benar-benar berkontak dengan mRNA cetakannya. G Val Ala Asp Gly U
Val Ala Asp Gly C

SEKUENS NUKLEOTIDA MOLEKUL Val Ala Glu Gly A
mRNA MENGANDUNG Val Ala Glu Gly G
SERANGKAIAN KODON YANG aIstilah nukleotida pertama, kedua, dan ketiga merujuk pada masing-masing nukleo-
tida triplet kodon yang dibaca 5'-3',kiri ke kanan. A,nukleotida adenin; C,
MENENTUKAN SEKUENS ASAM nukleotida sitosin; G, nukleotida guanin; Term, kodon terminasi rantai; U,
nukleotida uridin.AUG, yang menyandi Met, berfungsi sebagai kodon inisia¬tor
AMINO PROTEIN YANG DIKODENYA pada sel marnalia dan juga menyandi metionin internal pada protein. (Singkatan-
singkatan asam amino dileid5karl di Bab 3.)
b
'Pada mitokondr;a mamalia, AUA menyandi Met dan UGA menyandiTrp,sedang-
Untuk membentuk komplemen selular protein diperlukan kan AGA dan AGG berfungsi sebagai terminator rantai.
dua puluh asam amino berbeda; jadi, setidaknya harus
terdapat 20 kodon yang berbeda untuk dapat membentuk penghentian polimerisasi asam amino menjadi protein.
kode genetik. Karena hanya terdapat empat nukleotida Sebanyak 61 kodon sisanya menyandi 20 asam amino
yang berbeda dalam mRNA, setiap kodon harus terdiri yang terjadi secara alami (Tabel 37-1). Oleh sebab itu,
lebih dari satu nukleotida purin atau pirimidin. Kodon terdapat "degenerasi" dalam kode genetik—yaitu,
yang terdiri dari dua nukleotida hanya akan menghasilkan 16 beberapa kodon menyandi asam amino yang sama.
(42) kodon spesifik, sedangkan kodon tiga nukleotida dapat Beberapa asam amino dikode oleh beberapa kodon;
menghasilkan 64 (43) kodon spesifik. contohnya, terdapat enam kodon berbeda yang menyandi
Kini diketahui bahwa setiap kodon terdiri dari rang- serin, UCU, UCC, UCA, UCG, AGU, dan AGC. Asam
kaian tiga nukleotida; yaitu suatu kode triplet (lihat Tabel amino lain, misalnya metionin dan triptofan, hanya disandi
37-1). Penguraian awal kode genetik sangat bergantung oleh satu jenis kodon. Secara umum, nukleotida ketiga
pada sintesis in vitro polimer nukleotida, terutama triplet dalam suatu kodon bersifat kurang penting dibandingkan
dalam sekuens yang berulang. Ribonukleotida triplet sintetik dengan dua kodon yang pertama dalam menentukan asam
ini digunakan sebagai mRNA untuk memprogram sintesis amino spesifik yang akan digabungkan dan hal ini yang
protein dalam tabung reaksi sehingga para peneliti dapat menjadi penyebab utama degenerasi kode genetik. Namun,
menemukan kode genetik. setiap kodon hanya menyandi satu asam amino; dengan
sangat sedikit pengecualian, kode genetik bersifat
KODE GENETIK BERSIFAT nonambigu—yaitu kodon spesifik hanya akan membentuk
satu asam amino tertentu. Perbedaan antara ambiguitas
DEGENERASI,TIDAK AMBIGU, dan degenerasi adalah suatu konsep yang penting.
TIDAK TUMPANG TINDIH, TANPA Kode yang nonambigu tetapi degenerasi dapat dije-
laskan secara molekular. Pengenalan kodon spesifik di
JEDA, & UNIVERSAL mRNA oleh molekul adaptor tRNA bergantung pada
Tiga dari 64 kodon ternyata tidak menyandi asam amino regio antikodon tRNA dan hukum pembentukan
tertentu; ketiga jenis kodon tersebut disebut kodon pasangan basa spesifik. Setiap molekul tRNA mengandung
nonsense. Kodon-kodon nonsense ini digunakan dalam sel sekuens spesifik, komplementer dengan suatu kodon, yang
sebagai sinyal terminasi; ketiganya menentukan tempat disebut antikodon.

BAB 37 Sintesis Protein & Kode Genetik 415
Untuk kodon tertentu di mRNA, hanya satu jenis molekul TABEL 37–2 Ciri Kode Genetik
tRNA yang memiliki antikodon padanannya. Karena setiap
• Degenerasi
molekul tRNA hanya dapat dimuati oleh satu jenis asam
amino maka setiap kodon hanya menyandi satu asam amino. • Tidak ambigu
Namun, sebagian molekul tRNA dapat menggunakan • Tidak tumpang-tindih
antikodon untuk mengenali lebih dari satu kodon. Dengan
• Tidak mengalami jeda
sedikit pengecualian, untuk satu kodon spesifik, hanya
satu asam amino spesifik yang dimasukkan—meskipun • Universal
untuk satu asam amino spesifik dapat digunakan lebih
dari satu kodon.
Seperti dibahas selanjutnya, tidak terjadi tumpang produksi skala besar protein-protein yang digunakan untuk
tindih kodon pada pembacaan kode genetik selama pro- tujuan terapeutik (mis, insulin dan eritropoietin). Protein-
ses sintesis protein. Oleh sebab itu, kode genetik protein ini sering diproduksi di sel nonmanusia dengan
bersifat tidak tumpang-tindih. Selain itu, begitu pembaca- menggunakan teknologi DNA rekombinan (Bab 39). Ciri
an dimulai di kodon tertentu, tidak terdapat jeda di antara penting kode genetik dicantumkan di Tabel 37-2.
kodon-kodon, dan pesan dibaca dalam rangkaian kontinu
triplet nukleotida sampai kodon stop dicapai.
Selama ini kode genetik diduga bersifat universal. Kini
TERDAPAT SETIDAKNYA SATU
telah dibuktikan bahwa molekul-molekul tRNA di SPESIES RNA TRANSFER (tRNA)
mitokondria (yang mengandung perangkat translasi
tersendiri dan terpisah) pada eukariot rendah dan euka- UNTUK MASING-MASING
riot tinggi, termasuk manusia, membaca empat kodon 20 ASAM AMINO
secara berbeda dari molekul tRNA di sitoplasma bahkan
dalam sel yang sama. Seperti disebutkan di Tabel 37-1, Molekul-molekul tRNA memiliki fungsi dan struktur
kodon AUA dibaca sebagai Met, dan UGA menyandi Trp tiga dimensi yang sangat mirip. Fungsi adaptor molekul
di mitokondria mamalia. Selain itu, di mitokondria, kodon tRNA mengharuskan setiap tRNA spesifik dimuati oleh asam
AGA dan AGG dibaca sebagai kodon stop atau kodon amino tertentu. Karena asam nukleat tidak meintliki afinitas
terminasi rantai dan bukan sebagai Arg. Oleh sebab itu, terhadap gugus fungsional spesifik asam amino, pengenalan
mitokondria hanya memerlukan 22 molekul tRNA untuk ini harus dilaksanakan oleh suatu molekul protein yang
membaca kode genetik mereka, sedangkan sistem tranlasi di mampu mengenali baik molekul tRNA spesifik maupun
sitoplasma memiliki 31 spesies tRNA secara lengkap. Di luar molekul asam amino spesifik. Diperlukan setidaknya 20
pengecualian ini, kode genetik bersifat universal. enzim spesifik untuk fungsi pengenalan spesifik ini dan
Frekuensi pemakaian masing-masing kodon asam amino untuk melekatkan 20 asam amino ke molekul tRNA tertentu
sangat bervariasi di antara spesies bahkan di antara berbagai dengan tepat. Proses pengenalan dan pemuatan yang
jaringan dalam satu spesies. Kadar tRNA spesifik umumnya membutuhkan energi ini berlangsung dalam dua tahap dan
mencerminkan bias pemakaian kodon ini. Jadi, pada kodon dikatalisis oleh satu enzim untuk masing-masing 20 asam
tertentu yang banyak digunakan akan dipecahkan amino. Enzim-enzim ini disebut aminoasil-tRNA sinte-
kodenya oleh tRNA spesifik (jumlahnya juga banyak) tase. Enzim ini membentuk suatu zat antara aktif
yang dapat mengenali kodon itu. Tabel pemakaian kodon kompleks arninoasil-AMP-enzim (Gambar 37-1). Kom-
kini menjadi semakin akurat seiring dengan semakin pleks aminoasil-AMP-enzim spesifik kemudian menge-
banyaknya gen dan genom yang telah diketahui nali tRNA spesifik tempat kompleks ini melekatkan
sekuensnya; informasi ini terbukti sangat penting untuk gugus aminoasil ke terminal 3'-hidroksil adenosil.
ATP PPi AMP + Enz
O O
HOOC HC R Enz • Adenosine O P O C CH R
H2N OH NH2
Enzim (Enz) Enz•AMP-aa tRNA tRNA-aa

(asam amino aktif)
Aminoacyl-
Asam amino (aa) tRNA synthetase
Kompleks aminoasil- Aminoasil-tRNA
AMP-enzim
GAMBAR 37–1 Pembentukan aminoasil-tRNA. Reaksi pembentukan aminoasil-tRNA ini berjalan

dua tahap dan melibatkan enzim aminoasil-tRNA sintetase. Reaksi pertama menghasilkan
pembentukan kompleks AMP-asam amino-enzim. Asam amino aktif ini kemudian dipindahkan ke
molekul tRNA yang sesuai. AMP dan enzim dibebaskan, dan enzim dapat digunakan kembali. Reaksi
pemuatan memiliki ting kat kesalahan (yaitu, mengesterifikasi asam amino yang tidak tepat pada
(tRNA) kurang dari 10-4.

Reaksi pemuatan ini memiliki tingkat kesalahan kurang pembentukan pasangan nukleotida-ke-nukleotida spesifik
dari 10-4, sehingga sangat akurat. Asam amino tetap melekat ini. Contohnya, dua kodon untuk arginin, AGA dan AGG,
pada tRNA spesifiknya dalam ikatan ester sampai asam dapat mengikat antikodon yang sama yang memiliki urasil
amino mengalami polimerisasi di posisi spesifik dalam di ujung 5'nya (UCU). Demikian juga, tiga kodon untuk
pembentukan prekursor polipeptida molekul protein. glisin—GGU, GGC, dan GGA—dapat membentuk pasangan
Regio-regio di molekul tRNA yang dibahas di Bab 34 basa dari satu antikodon, 3' CCI 5' (yaitu, I dapat
(dan diperlihatkan di Gambar 34-11) kini menjadi penting. membentuk pasangan basa dengan U, C, dan A). I adalah
Lengan ribotimidin pseudouridin sitidin (TψC) berperan suatu nukleotida inosin purin yang dibentuk melalui
dalam pengikatan aminoasil-tRNA pada permukaan deaminasi adenin (lihat Gambar 33-2 untuk mengetahui
ribosom di tempat sintesis protein. Lengan D adalah salah strukturnya)
satu tempat yang penting untuk pengenalan spesies tRNA
oleh aminoasil-tRNA sintetase padanannya. Lengan akseptor PENGUBAHAN
yang terletak di terminal 3'- hidroksil adenosil adalah tempat
melekatnya asam amino spesifik. SEKUENS NUKLEOTIDA
Regio antikodon (arm) terdiri dari tujuh nukleotida, dan MENYEBABKAN MUTASI
regio ini mengenali kodon tiga-huruf di mRNA (Gambar 37– Meskipun pengubahan awal mungkin tidak terjadi di untai
2). Sekuens yang dibaca dari arah 3' ke 5' di lengkung cetakan molekul DNA untai-ganda gen yang bersangkutan,
antikodon ini terdiri dari sebuah variabel dasar (N)–purin setelah replikasi, molekul DNA anak yang mengalami mutasi
modified (Pu *) – XYZ (antikodon)–pirimidin (Py) -pirimidie (Py) di untai cetakannya akan mengalami segregasi dan muncul
-5 '. Perhatikan bahwa arah pembacaan antikodon ini adalah dalam populasi organisme.
dari 3' ke 5', sedangkan kode genetik di Tabel 37-1 dibaca dari
arah 5' ke 3', karena kodon dan lengkung antikodon molekul
mRNA dan tRNA bersifat antiparalel dalam
Beberapa Mutasi Disebabkan
komplementaritasnya seperti semua interaksi antarmolekul oleh Substitusi Basa
di antara untai-untai asam nukleat. Pengubahan satu basa (mutasi titik) dapat berupa transisi
Degenerasi kode genetik terutama terletak di atau transversi. Pada transisi, sebuah pirimidin diganti oleh
nukleotida terakhir triplet kodon, yang mengisyaratkan pirimidin lain atau purin diganti oleh purin lain. Pada
bahwa pembentukan pasangan basa antara nukleotida transversi, sebuah purin berubah menjadi salah satu dari dua
terakhir ini dan nukleotida padanannya di antikodon jenis pirimidin atau sebuah pirimidin berubah menjadi salah
adalah tidak benar-benar mematuhi aturan Watson- satu dari dua jenis purin, seperti diperlihatkan di (Gambar
Crick. Hal ini disebut wobble ("goyang"); pembentukan 37-3).
pasangan kodon dan antikodon dapat "wobble" di tempat Jika sekuens nukleotida gen yang mengandung mutasi
ditranskripsikan menjadi sebuah molekul RNA, molekul
RNA tersebut tentu akan mengalami pengubahan basa di
Kodon
lokasi yang bersangkutan.
mRNA 5′ 3′
U • U • U Pengubahan satu basa pada molekul mRNA dapat
• A • A • A• Antikodon menimbulkan salah satu dari beberapa efek berikut saat
*
Pu Py •
•
N Lengan Py ditranslasikan:
antikodon
1. Mungkin tidak ada efek yang dapat dideteksi karena
adanya degenerasi kode; mutasi semacam ini sering
Lengan
Lengan
D
disebut sebagai silent mutation. Kemungkinan terjadinya
TψC silent mutation ini meningkat jika basa yang berubah
di molekul mRNA adalah nukleotida ketiga kodon.
Karena wobble, translasi suatu kodon menjadi paling
Lengan 5′
askeptor kurang sensitif terhadap pengubahan di posisi ketiga.
C
• 2. Efek missense akan terjadi jika asam amino lain di-
C
•
gabungkan di tempat tersebut dalam molekul protein.
3′
A Asam amino yang salah ini—atau missense, bergantung
Phe pada lokasinya di protein—mungkin dapat diterima,
Phenylalanyl-tRNA T C T A A T
GAMBAR 37–2 Pengenalan kodon oleh antikodon. Salah satu

kodon untuk fenilalanin adalah UUU. tRNA yang dimuati oleh
fenilalanin (Phe) memiliki sekuens komplementer AAA; oleh sebab
A G C G G C
itu, tRNA ini membentuk kompleks pasangan basa dengan kodon.
Regio antikodon biasanya terdiri dari suatu sekuens tujuh
Transisi Transversi
nukleotida: variabel (N), purin termodifikasi (Pu*), X,Y, Z (di sini A A
A), dan dua pirimidin (Py) dalam arah 3' ke 5' GAMBAR 37–3 Diagram mutasi transisi dan mutasi transversi.

sebagian diterima, atau tidak dapat diterima bagi fungsi dalam pembacaan kodon. Oleh sebab itu, terjadi pengubahan
molekul protein yang bersangkutan. Berdasarkan besar dalam sekuens asam amino yang dipolimerisasikan,
penelitian kode genetik yang mendalam, dapat seperti diperlihatkan di contoh 1, (Gambar 37-5). Pengubahan
disimpulkan bahwa sebagian besar pengubahan satu rangka baca menyebabkan kekacauan translasi di mRNA, di
basa menyebabkan digantikannya sebuah asam amino sebelah distal dari posisi delesi sebuah nukleotida tersebut.
oleh asam amino lainnya yang gugus fungsionalnya Sekuens asam amino yang di sebelah distal delesi tidak saja
serupa. Hal ini merupakan suatu mekanisme yang efektif mengalami kekacauan, tetapi juga dapat muncul kodon
untuk menghindari pengubahan drastis sifat fisik nonsense dalam pembacaan sehingga produksi polipeptida
molekul protein. Jika terjadi efek missense yang dapat mengalami baik kekacauan maupun penghentian dini
diterima, molekul protein yang terbentuk mungkin tidak (contoh 3, Gambar 37-5).
dapat dibedakan dari protein normal. Missense yang Jika rangkaian tiga nukleotida atau kelipatannya ter-
sebagian dapat diterima akan menghasilkan molekul delesi dari suatu regio penyandi, mRNA padanannya—jika
protein yang fungsinya parsial tetapi abnormal. Jika ditranslasikan—akan menghasilkan protein dengan jumlah
timbul efek missense yang tidak dapat diterima, molekul asam amino berkurang sesuai delesi (contoh 2, Gambar
protein yang terbentuk tidak mampu berfungsi normal. 37-5). Karena rangka baca adalah triplet, fase pembacaan
3. Dapat muncul kodon nonsense yang kemudian me- untuk kodon-kodon di sebelah distal tidak akan terganggu.
nyebabkan terminasi dini penambahan asam amino Namun, jika terjadi delesi satu atau dua nukleotida tepat
pada rantai peptida dan pembentukan hanya sebagian sebelum atau di dalam kodon terminasi normal (kodon
molekul protein yang ingin diproduksi. Besar kemung- nonsense), pembacaan sinyal terminasi normal akan
kinannya bahwa molekul protein atau fragmen peptida terganggu. Delesi semacam ini dapat menyebabkan
yang mengalami terminasi prematur ini tidak akan pembacaan di seluruh sinyal terminasi (yang telah
berfungsi. Contoh berbagai tipe mutasi dan efeknya bermutasi) hingga dijumpai kodon nonsense berikutnya
pada fungsi penyandian mRNA ditunjukkan pada (contoh 1, Gambar 37-5).
(Gambar 37-4 dan 37-5). Insersi satu, dua, atau bukan kelipatan dari tiga nuk-
Mutasi Frameshift Disebabkan oleh Delesi leotida ke dalam sebuah gen menghasilkan mRNA yang
rangka bacanya berubah saat ditranslasikan, dan efek yang
atau Insersi Nukleotida di DNA yang sama dengan yang ditimbulkan oleh delesi juga terjadi dalam
Menyebabkan Pengubahan mRNA translasi mRNA. Hal ini dapat menyebabkan kekacauan
Delesi satu nukleotida dari untai penyandi sebuah gen sekuens asam amino di sebelah distal dari insersi dan
menyebabkan pengubahan rangka baca di mRNA. terbentuknya kodon nonsense di atau sebelah distal dari
Perangkat yang mentranslasikan mRNA tidak menyadari tempat insersi, atau dapat menyebabkan pembacaan melewati
bahwa ada sebuah basa yang hilang karena tidak ada jeda suatu kodon terminasi.
Molekul protein Asam amino Kodon
Hb A, rantai β 61 Lisin AAA or AAG
Missense yang
dapat diterima
Hb Hikari, rantai β Asparagin AAU or AAC
Hb A, rantai β 6 Glutamat GAA or GAG

Missense
yang sebagian
dapat diterima
Hb S, rantai β Valin GUA or GUG
Hb A, rantai α 58 Histidin CAU or CAC
Missense yang
tidak dapat
diterima
Hb M (Boston), rantai α Tirosin UAU or UAC
GAMBAR 37–4 Contoh tiga jenis mutasi missense yang menghasilkan rantai hemoglobin
abnormal. Diperlihatkan pengubahan asam amino dan kemungkinan pengubahan di masing-masing
kodon. Mutasi rantai β hemoglobin Hikari tampaknya tidak menyebabkan kelainan fisiologis tetapi
menyebabkan pengubahan gambaran elektroforesis. Hemoglobin 5 memiliki mutasi rantai β dan fungsi
parsial; hemoglobin S mengikat oksigen tetapi mengendap jika mengalami deoksigenasi; hal ini
menyebabkan sel darah merah berbentuk sabit, dan merupakan dasar selular dan molekular penyakit
sel sabit {fihat Gambar 6-13). Hemoglobin M Boston, suatu mutasi di rantai α, memungkinkan oksidasi
besi fero heme menjadi feri sehingga sama sekali tidak dapat mengikat oksigen.

Normal Tipe awal
mRNA 5'... UAG UUUG AUG GCC UCU UGC AAA GGC UAU AGU AGU UAG... 3'
Polipeptida Met Ala Ser Cys Lys Gly Tyr Ser Ser STOP
Contoh 1 Delesi (–1) –1 U
mRNA 5'... UAG UUUG AUG GCC CUU GCA AAG GCU AUA GUA GUU AG... 3'
Polipeptida Met Ala Leu Ala Lys Ala Thr Val Val Ser
Kacau
Contoh 2 Delesi (–3) –3 UGC
mRNA 5'... UAG UUUG AUG GCC UCU AAA GGC UAU AGU AGU UAG... 3'
Polipeptida Met Ala Ser Lys Gly Try Ser Ser STOP
Contoh 3 Insertion (+1) +1 C
mRNA 5'... UAG UUUG AUG GCC CUC UUG CAA AGG CUA UAG UAG UUAG... 3'
Polipeptida Met Ala Leu Leu Gln Arg Leu STOP
Kacau
Contoh 4 Insersi (+1)

Delasi (–1) +1 U –1 C
mRNA 5'... UAG UUUG AUG GCC UCU UUG CAA AGG UAU AGU AGU UAG... 3'
Polipeptida Met Ala Ser Leu Gln Arg Tyr Ser Ser STOP
Kacau
GAMBAR 37–5 Contoh efek delesi dan insersi di sebuah gen dalam sekuens transkrip mRNA dan rantai
polipeptida hasil translasi rnRNA tersebut. Tanda panah menunjukkan tempat terjadinya delesi atau insersi, dan angka
dalam oval menunjukkan jumlah residu nukleotida yang hilang atau disisipkan. Jenis berwarna menunjukkan asam
amino dalam urutan yang benar.
Setelah terjadi delesi di suatu gen, insersi (atau sebaliknya) yang berfungsi abnormal yang juga terbentuk akibat mutasi.
dapat memulihkan rangka baca menjadi normal (contoh 4, Sebagian molekul tRNA abnormal ini mampu mengikat dan
Gambar 37-5). mRNA yang terbentuk, jika ditranslasikan, memecahkan kode kodon yang berubah sehingga menekan
akan mengandung sekuens asam amino yang kacau di antara efek mutasi di gen-gen struktural penyandi mRNA yang
tempat insersi dan delesi. Di luar pemulihan rangka baca, termutasi. Molekul tRNA supresor ini, yang biasanya
rangkaian asam amino yang terbentuk akan tepat. Kita dapat terbentuk sebagai akibat pengubahan regio antikodon,
membayangkan bahwa berbagai kombinasi delesi, insersi, atau mampu menekan mutasi missense, mutasi nonsense, dan
keduanya dapat menghasilkan suatu protein yang sebagiannya mutasi frameshift tertentu. Namun, karena molekul tRNA
abnormal, tetapi bagian abnormal ini dikelilingi oleh sekuens supresor tidak mampu membedakan kodon normal dengan
asam amino normal. Fenomena semacam ini telah dibuktikan kodon yang dihasilkan oleh mutasi genetik, keberadaan
secara meyakinkan pada sejumlah penyakit manusia. molekul ini dalam sel mikrobial biasanya akan
menyebabkan penurunan viabilitas. Contohnya, molekul
Mutasi Supresor Dapat Melawan tRNA supresor nonsense dapat menekan sinyal terminasi
Sebagian Efek Mutasi Missense, normal sehingga pembacaan berlanjut meskipun tidak tepat.
Molekul tRNA supresor frameshift dapat membaca sebuah
Nonsense, & Frameshift
kodon normal plus sebuah komponen kodon di dekatnya
Pernbahasan di atas mengenai pengubahan produk protein sehingga menyebabkan pergeseran rangka baca, meskipun
akibat mutasi gen didasarkan pada adanya molekul tRNA yang saat tak diinginkan. Molekul tRNA supresor dapat
berfungsi normal. Namun, pada organisme prokariot dan ditemukan di sel mamalia karena kejadian translasi yang
eukariot tingkat rendah, pernah ditemukan molekul tRNA

terbaca terus pernah ditemukan. Dalam konteks labora- reasosiasi subunit ini dengan subunit 60S dan
torium, tRNA supresor, bersama dengan varian aminoasil memungkinkan faktor inisiasi translasi lainnya untuk
tRNA sintetase yang termutasi, dapat digunakan untuk berikatan dengan subunit 40S.
menggabungkan asam amino tak alami ke dalam posisi
yang diinginkan dalam gen yang telah diubah dengan Pembentukan Kompleks Prainisiasi 43S
mutasi nonsense hasil rekayasa. Protein berlabel yang Langkah pertama dalam proses ini melibatkan pengikatan
dihasilkan dapat digunakan dalam studi biofisika taut-silang GTP oleh eIF-2. Kompleks biner ini kemudian berikatan
in vivo dan in vitro. Alat baru ini sangat berguna bagi ahli dengan met-tRNAi, suatu tRNA yang secara spesifik
biologi dalam mempelajari mekanisme berbagai proses berperan dalam pengikatan ke kodon inisiasi AUG
biologis. (Terdapat dua tRNA untuk metionin. Satu tRNA
menspesifikasi metionin untuk kodon inisiator, tRNA
SEPERTI TRANSKRIPSI, SINTESIS lain untuk metionin internal. Masing-masing memiliki
sekuens nukleotida yang berbeda; keduanya teramino-asilasi
PROTEIN DAPAT DIURAIKAN oleh metionil-tRNA sintetase yang sama). GTP-eIF-2-tRNAi
DALAM TIGA FASE: INISIASI, kompleks tripel ini berikatan dengan subunit ribosom 40S
untuk membentuk kompleks prainisiasi 43S, yang
ELONGASI, & TERMINASI distabilkan oleh ikatan dengan eIF-3 dan eIF-1A.
Sifat struktural umum ribosom dan proses-proses Pada sel eukariot, eIF-2 adalah satu dari dua titik kontrol
pembentukannya dibahas di Bab 34. Entitas utama ini inisiasi sintesis protein. eIF-2 terdiri dari subunit α, β, dan γ.
berfungsi sebagai perangkat untuk mentranslasikan sekuens eIF-2α mengalami fosforilasi (di serin 51) oleh setidaknya
nukleotida mRNA menjadi sekuens asam amino protein. empat protein kinase berbeda (HCR, PKR, PERK, dan
Translasi mRNA berawal di dekat terminal 5'nya GCN2) yang diaktifkan saat sel mengalami stres dan saat
dengan pembentukan terminal amino molekul protein terjadi defisiensi penggunaan energi untuk membentuk
yang sesuai. Pesan tersebut dibaca dari 5' ke 3' dan protein. Keadaan-keadaan semacam ini mencakup defisiensi
berakhir dengan pembentukan terminal karboksil protein. asam amino dan glukosa, infeksi virus, adanya kelainan
Tampak kembali konsep polaritas di sini. Seperti dijelaskan pelipatan protein intraselular dalam jumlah besar,
di Bab 36, transkripsi sebuah gen menjadi mRNAnya atau kekurangan serum, hiperosmolalitas, dan syok panas. Dalam
prekursornya mula-mula membentuk terminal 5' molekul hal ini, PKR merupakan enzim yang sangat menarik. Kinase
mRNA. Pada prokariot, hal ini memungkinkan dimulainya ini diaktifkan oleh virus dan memicu mekanisme
translasi mRNA sebelum transkripsi gen tuntas. Pada pertahanan pejamu yang mengurangi sintesis protein,
organisme eukariot, proses transkripsi berlangsung di mencakup sintesis protein virus, sehingga replikasi virus
nukleus; translasi mRNA terjadi di sitoplasma, hal ini terhambat. eIF-2α-terfosforilasi mengikat erat dan
menyebabkan transkripsi dan translasi pada organisme menonaktifkan protein daur-ulang GTP-GDP eIF-2B. Hal
eukariot tidak dapat berlangsung bersamaan dan ini menghambat pembentukan kompleks prainisiasi 43S dan
memungkinkan dilakukannya pemrosesan yang penting menghentikan sintesis protein.
untuk menghasilkan mRNA matur dari transkrip primer.
Pembentukan Kompleks Inisiasi 48S
Inisiasi Melibatkan Beberapa Terminal 5' sebagian besar molekul mRNA di sel eukariot
Kompleks Protein-RNA memiliki "tudung", seperti diuraikan di Bab 36. Tudung
Agar terjadi inisiasi sintesis protein, diperlukan translasi metil-guanosil trifosfat ini mempermudah pengikatan
molekul mRNA oleh ribosom (Gambar 37-6). Segera setelah mRNA ke kompleks prainisiasi 43S. Suatu kompleks
mRNA berikatan dengan ribosom, ribosom menemukan protein pengikat-tudung, eIF-4F (4F), yang terdiri dari
rangka baca yang tepat di mRNA, dan translasi dimulai. eIF-4E (4E) dan kompleks eIF-4G(4G)-eIF-4A (4A),
Proses ini melibatkan tRNA, rRNA, mRNA, dan setidaknya mengikat tudung melalui protein 4E. eIF-4B (4B) kemudian
10 faktor inisiasi eukariot (eIF), sebagian di antaranya mengikat dan mereduksi struktur sekunder kompleks ujung
memiliki banyak (tiga sampai delapan) subunit. GTP, ATP, 5' mRNA melalui aktivitas ATPase dan helikase dependen-
dan asam amino juga terlihat dalam proses ini. Inisiasi dapat ATP. Penyatuan mRNA dengan kompleks prainisiasi 43S
dibagi menjadi empat tahap: (1) disosiasi ribosom menjadi untuk membentuk kompleks inisiasi 48S memerlukan
subunit 40S dan 60S; (2) terikatnya suatu kompleks tripel hidrolisis ATP. eIF-3 merupakan protein kunci karena
yang terdiri dari metionil-tRNA (met-tRNAi), GTP, dan senyawa ini mengikat komponen 4G 4F secara kuat dan
eIF-2 pada ribosom 40S untuk membentuk kompleks menghubungkan kompleks ini ke subunit ribosom 40S.
prainisiasi 43S; (3) terikatnya mRNA pada kompleks Setelah pengikatan kompleks prainisiasi 43S dengan tudung
prainisiasi 40S untuk membentuk kompleks inisiasi 48S; dan mRNA dan setelah reduksi ("pencairan") struktur sekunder
(4) kombinasi kompleks inisiasi 48S dengan subunit yang berada di dekat ujung 5' mRNA melalui kerja 4B
ribosom 60S untuk membentuk kompleks inisiasi 80S. helikase dan ATP, kompleks mengalami translokasi 5' → 3'
dan memindai mRNA untuk mendeteksi kodon inisiasi
Disosiasi Ribosom yang sesuai. Secara umum kodon inisiasi adalah AUG yang
Dua faktor inisiasi, e1F-3 dan eIF-1A, berikatan dengan terletak paling dekat dengan 5' tetapi kodon inisiasi yang
subunit ribosom 40S yang baru terurai. Hal ini menghambat

3. Pembentukan
kompleks inisiasi 80S
80S
2. Pembentukan 1 1A
kompleks tripel
3 5
Disosiasi
ribosom 60S
Met-tRNAiMet Kompleks
5
40S
tripel 1 1A 1. Aktivitas mRNA
3
2 1A Cap AUG (A)n
ATP 4F = 4E + 4G 4A
Meti PAB
2
PAB
Kompleks 5 4F Cap AUG (A)n
pransiasi 43S 3 1
2B 1A 2 ATP 4B
ADP + Pi
Met i
PAB
4F Cap AUG (A)n
4B
2B 2
PAB
4F Cap (A)n Kompleks
AUG
inisiasi 48S
GDP 5 1
1A 2
3
Met i
GTP ATP
Pemindaian dependen-ATP untuk
menemukan kodon AUG
ADP + Pi
2B 2
PAB
4F Cap AUG (A)n
5
1 Pengenalan kodon AUG
3 1A
2
Met i
2B
5B
2 + Pi 60S
5 1 3
PAB
4F Tudung (A)n
5B
Tempat E Tempat A
4. Kompleks 80S aktif
Meti Kompleks
inisiasi 80S
Tempat P
Elongasi
5B
1A
GAMBAR 37–6 Diagram fase inisiasi sintesis protein di cetakan mRNA eukariot . mRNA eukariot yang mengandung tudung 5' 7meG (Cap)
dan terminal poli(A) 3' [(A)n]. Proses ini berlangsung dalam beberapa tahap: (1) Aktivasi mRNA (kanan); (2) pembentukan kompleks tripel yang
terdiri dari met-tRNAi, faktor inisiasi elF-2, dan GTP (kiri); (3) pemindaian di kompleks 43S untuk mengetahui letak kodon inisiasi AUG, yang
membentuk kompleks inisiasi 48S (tengah); dan (4) pembentukan kompleks inisiasi 805 aktif (bawah, tengah). (lihat teks untuk perinciannya.)
(GTP, ; GDP, .) Berbagai faktor inisiasi muncul dalam bentuk singkatan sebagai Iingkaran atau kotak, misalnya elF-3, 3 , elF-4F (4F), (4F). 4.F adalah
suatu kompleks yang terdiri dari 4E dan 4A yang terikat pada 4G (Iihat Gambar 37-7). Protein pengikat poli A, yang berinteraksi dengan ekor poli A
3' mRNA, disingkat PAB. Konstelasi faktor protein dan subunit ribosom 40S membentuk kompleks prainisiasi 43S. Jika terikat dengan mRNA,
kompleks ini membentuk kompleks prainisiasi 48S.

pasti ditentukan oleh sekuens konsensus Kozak yang Pembentukan Kompleks Inisiasi 805
mengelilingi AUG: Pengikatan subunit ribosom 60S pada kompleks inisiasi 48S
−3 +1 +4 melibatkan hidrolisis GTP yang terikat ke eIF-2 oleh eIF-5.
| |
GCCPuGCCAUGG Reaksi ini menyebabkan pembebasan faktor-faktor inisiasi
yang terikat pada kompleks inisiasi 48S (faktor-faktor ini
Kodon inisiasi yang paling disukai adalah jika terdapat kemudian didaur ulang) dan pengikatan cepat subunit 405
sebuah purin (Pu) di posisi -3 dan +4 relatif di sekitar AUG. dan 60S untuk membentuk ribosom 80S. Di tahap ini, met-
tRNAi terletak di tempat P ribosom, siap untuk memulai
Peran Ekor Poli(A) dalam inisiasi siklus elongasi.
Berbagai eksperimen biokimia dan genetik pada sel ragi
mengungkapkan bahwa ekor poli(A) 3' dan protein
pengikatnya, PAB1, dibutuhkan agar inisiasi sintesis Regulasi elF-4E Mengontrol Laju Inisiasi
protein berlangsung efisien. Studi-studi lebih lanjut
memperlihatkan bahwa ekor poli(A) merangsang rekrutmen Kompleks 4F sangat penting dalam mengontrol laju translasi
subunit ribosom 40S ke mRNA melalui serangkaian protein. Seperti dijelaskan sebelumnya, 4F adalah suatu
interaksi. PAB1 (Gambar 37-7), yang terikat pada ekor kompleks yang terdiri dari 4E, yang berikatan pada struktur
poli(A), berinteraksi dengan eIF-4G, dan subunit 4E eIF-4F tudung m7G di ujung 5' mRNA, dan 4G, yang berfungsi
yang terikat pada tudung suatu struktur sirkular terbentuk sebagai protein perancah. Selain mengikat 4E, 4G mengikat
dan hal ini membantu mengarahkan subunit ribosom 40S ke eIF-3, yang menghubungkan kompleks dengan subunit
ujung 5' mRNA dan mungkin juga menstabilkan mRNA dari ribosom 40S. 4E juga mengikat 4A dan 4B, kompleks
degradasi eksonukleolitik. Hal ini membantu menjelaskan ATPase-helikase yang membantu menguraikan RNA
tentang bagaimana struktur tudung dan ekor poli(A) (Gambar 37-8).
memiliki efek sinergistik pada sintesis protein. Interaksi 4E berperan dalam pengenalan struktur tudung mRNA,
antarprotein berbeda antara represor translasi mRNA suatu tahap pembatas laju translasi. Proses ini diregulasi
(umum dan spesifik) dan eIF-4E menghasilkan kontrol lebih lanjut dengan fosforilasi. Insulin dan faktor
translasi dependen-m7G tudung (Gambar 37-8). pertumbuhan mitogenik menyebabkan fosforilasi 4E di
Rantai
polipeptida
yang baru
60S + disintesis
dibebaskan
+
40S
80S 5
4A
XppG7me 4E 4G
GUA AAU
PAB PAB PAB PAB
3HO-AAAAAAA(A) A
n
Rantai
polipeptida
baru
GAMBAR 37–7 Skema sirkularisasi mRNA melalui interaksi antarprotein antara eIF4F terikat-m7G dan
protein pengikat poli A terikat-ekor poli A. elF4F, yang terdiri dari subunit elF4A, 4E, dan 4G, mengikat "tudung"
m7G-5' mRNA (-XpppG7me) di sebelah hulu kodon inisiasi translasi (AUG) dengan afinitas tinggi. Subunit elF4G
kompleks tersebut juga mengikat protein pengikat poli A(PAB) dengan afinitas tinggi. Karena PAB terikat kuat pada
ekor poli A-3' mRNA (OH-AAAAAAA(A)nA), maka dihasilkan sirkularisasi. Tampak beberapa ribosom 805 yang
sedang dalam proses mentranslasikan mRNA sirkular menjadi protein (keriting hitam), membentuk polisom. Saat
bertemu kodon terminasi (UAA), translasi berhenti kemudian diikuti dengan penglepasan dan penguraian ribosom
805 menjadi subunit 60S dan 40S dan protein yang baru dibentuk. Subunit ribosom hasil penguraian dapat didaur-
ulang untuk proses translasi lain (lihat Gambar 37-6).

Elongasi Juga Merupakan Proses Multitahap

PO4
4E-BP
yang Difasilitasi Faktor Pelengkap
4E-BP PO4 Elongasi merupakan suatu proses siklik di ribosom be-
eIF-4E eIF-4E rupa penambahan asam amino satu per satu ke rantai
Insulin peptida yang sedang terbentuk (Gambar 37-9). Sekuens
(aktivitas kinase)
eIF-4G peptida ditentukan oleh urutan kodon di mRNA. Elongasi
melibatkan beberapa tahap yang dikatalisasi oleh protein-
protein yang disebut faktor elongasi (EF). Tahap-tahap
eIF-4A
tersebut, yaitu (1) pengikatan aminoasil-tRNA pada tempat
A, (2) pembentukan ikatan peptida, (3) translokasi ribosom
di mRNA, dan (4) ekspulsi tRNA yang telah mengalami
PO4
deasilasi dari tempat-P dan tempat-E.
eIF-4G Kompleks Pengikatan Aminoasil-tRNA pada Tempat A

eIF-4E eIF-4A
eIF-4F Di ribosom 80S lengkap yang terbentuk selama proses
inisiasi, tempat A (tempat aminoasil atau akseptor) dan
tempat E (tempat keluar tRNA yang sudah terdeasilasi)
berada dalam keadaan bebas. Pengikatan aminoasil-tRNA
4F Cap AUG (A)n yang sesuai di tempat A memerlu kan pengenalan kodon
yang benar. Faktor elongasi 1A (EF1A) membentuk
GAMBAR 37–8 Pengaktifan elF-4E oleh insulin dan kompleks tripel dengan GTP dan aminoasil-tRNA yang
pembentukan kompleks e1F-4F pengikat tudung. Kompleks 4F- masuk (Gambar 37-9). Kompleks ini kemudian
tudung mRNA diperlihatkan di (Gambar 37-6 dan 37-7). Kompleks 4F
terdiri dari elF-4E (4E), elF-4A, dan elF-4G. 4E bersifat inaktif jika memungkinkan masuknya aminoasil-tRNA ke tempat A
terikat pada salah satu dari famili protein pengikat (4EBP). Insulin dan disertai oleh pembebasan EF1A•GDP dan fosfat. Hidrolisis
faktor mitogenik (rnis, IGF-1, PDGF, interleukin-2, dan angiotensin II) GTP dikatalisis oleh suatu tempat aktif di ribosom; hidrolisis
mengaktifkan jalur PI3 kinase/AKT kinase, yang mengaktifkan mTOR menginduksi pengubahan konformasi pada ribosom dan
kinase, dan menyebabkan fosforilasi 4E-BP (lihat Gambar 42-8). 4E-BP
meningkatkan afinitas untuk tRNA. Seperti diperlihatkan di
yang terfosforilasi terlepas dari 4E, dan 4E kemudian dapat
membentuk kompleks 4F dan mengikat tudung mRNA. Peptida yang (Gambar 37-9), EF1A-GDP kemudian terdaur ulang ke
sedang memanjang ini juga menginduksi fosforilasi pada 4G melalui EF1A-GTP dengan bantuan faktor protein larut lainnya dan
jalur mTOR dan MAP kinase. 4F yang terfosforilasi akan mengikat GTP.
tudung jauh lebih sering daripada 4F tak terfosforilasi.
Pembentukan Ikatan Peptida
Gugus α-amino di aminoasil-tRNA yang baru di tempat A
Ser209 (atau Thr 210). 4E yang mengalami fosforilasi melakukan serangan nukleofilik terhadap gugus karboksil
kemudian mengikat tudung jauh lebih sering daripada teresterifikasi pada peptidil-tRNA yang menempati tempat P
bentuk tak terfosforilasinya sehingga laju inisiasi meningkat. (tempat peptidil atau polipeptida). Pada inisiasi, tempat ini
Komponen jalur-jalur MAP kinase, PI3K, mTOR, RAS, dan diisi oleh inisiator met-tRNAi. Reaksi ini dikatalists oleh suatu
S6 kinase (lihat Gambar 42-8) semua bisa, di bawah kondisi peptidil transferase, komponen pada RNA 28S subunit
yang sesuai, tampaknya terlibat dalam reaksi fosforilasi ini. ribosom 60S. Hal ini merupakan contoh lain aktivitas ribozim
dan menunjukkan peran langsung penting RNA dalam
Aktivitas 4E juga diatur oleh cara kedua yang juga sintesis protein yang sebelumnya tidak diperkirakan (Tabel
melibatkan fosforilasi; telah ditemukan serangkaian protein 37-3). Karena asam amino di aminoasil-tRNA sudah
yang mengikat dan menonaktifkan 4E. Protein-protein ini "diaktifkan", tidak diperlukan lagi sumber energi untuk reaksi
mencakup 4E-BP1 (BP1, juga dikenal sebagai PHAS-1) dan ini. Reaksi ini menyebabkan melekatnya rantai peptida yang
protein terkait erat lainnya 4E-BP2 dan 4E-BP3. BP1 sedang memanjang ke tRNA di tempat A.
mengikat erat 4E. Ikatan [4E1]•[BP1] menghambat
pengikatan 4E pada 4G (untuk membentuk 4F). Karena Translokasi
interaksi ini adalah esensial bagi pengikatan 4F pada subunit tRNA yang kini terdeasilasi melekat melalui antikodon-nya
ribosom 40S dan untuk peletakan dengan tepat kompleks ini pada tempat P di salah satu ujung dan oleh ekor CCA
pada mRNA bertudung, BP-1 secara efektif menghambat terbuka di tempat keluar (E) di subunit ribosom yang lebih
inisiasi translasi. besar (bagian tengah di Gambar 37-9). Di tahap ini, faktor
Insulin dan faktor pertumbuhan lain menyebabkan elongasi 2 (EF2) mengikat dan menggeser peptidil tRNA dari
fosforilasi BP-1 di tujuh tempat unik. Fosforilasi BP-1 tempat A ke tempat P. Sebaliknya, tRNA yang terdeasilasi
menyebabkan BP-1 terlepas dari 4E, dan protein ini tidak berada di tempat E untuk kemudian meninggalkan ribosom.
dapat berikatan kembali sampai tempat-tempat kritisnya Kompleks EF2-GTP terhidrolisis menjadi EF2-GDP dan
didefosforilasi. Efek-efek terhadap aktivasi 4E ini menjelas- secara efektif menggerakkan mRNA maju satu kodon dan
kan sebagian tentang bagaimana insulin dapat menyebab- meninggalkan tempat A terbuka untuk ditempati oleh
kan peningkatan sintesis protein pasca-transkripsi yang kompleks tripel asam amino tRNA-EF1AGTP lain dan siklus
mencolok di hepar, jaringan adiposa, dan otot. elongasi selanjutnya.
Kodon Kodon Kodon

n-1 n n+1 STOP
TABEL 37–3 Bukti Bahwa rRNA Adalah Suatu Peptidil
Tudung 5' (A)n 3′ Transferase
• Ribosom dapat membuat ikatan peptida (meskipun tidak efisien)
protein dibuang atau dinonaktifkan
Tempat Tempat
E • Bagian-bagian tertentu pada sekuens rRNA sangat terkonservasi
n A
pada semua spesies
n-1 Tempat
n-2 P
Peptidil-tRNA
• Regio-regio yang dilestarikan berada di permukaan molekul RNA.
Met • RNA dapat bersifat katalitik dalam banyak reaksi kimia lainnya.
+
• Mutasi yang menyebabkan resistensi antibiotik di tingkat sintesis
protein lebih sering ditemukan di rRNA daripada di komponen
GTP + GTP protein ribosom
EFIA • Struktur kristal sinar-X subunit besar yang terikat pada tRNA
mengisyaratkan mekanisme yang terperinci
n+1 n+1
GDP Pemuatan molekul tRNA dengan gugus aminoasil

memerlukan hidrolisis sebuah ATP menjadi satu AMP,
GTP KodonKodon Kodon
n-1 n n+1 STOP yang setara dengan hidrolisis dua ATP menjadi dua ADP
Tudung 5' (A)n 3′ dan fosfat. Masuknya aminoasil-tRNA ke tempat A
menyebabkan hidrolisis satu GTP menjadi GDP. Trans-
Tempat
lokasi peptidil-tRNA yang baru terbentuk di tempat A ke
Pi + GDP
Tempat P Tempat tempat P oleh EF2 juga menyebabkan hidrolisis GTP
E n n+1 A menjadi GDP dan fosfat. Jadi, kebutuhan energi untuk
n-2
n-1
membentuk satu ikatan peptida ekuivalen dengan hidrolisis
Peptidil-tRNA dua molekul ATP menjadi ADP dan dua molekul GTP
Met menjadi GDP, atau hidrolisis empat ikatan fosfat berenergi
tinggi. Ribosom eukariot dapat memasang hingga enam
KodonKodon Kodon
n-1 n n+1 STOP
asam amino per detik; ribosom prokariot memasang hingga
Tudung 5 (A)n 3′ 18 asam amino per detik. Jadi, proses sintesis peptida yang
membutuhkan energi berlangsung sangat cepat dan akurat
sampai dicapai kodon terminasi.
Tempat Tempat Tempat
E P A
n+1
n Terminasi Terjadi Jika Dijumpai Kodon Stop
n-1
GTP + +
n-2 Jika dibandingkan dengan inisiasi dan elongasi, terminasi
EF2
Peptidil-tRNA merupakan proses yang relatif sederhana (Gambar 37-10).
Met
Setelah terjadi beberapa kali siklus elongasi yang
memuncak pada polimerisasi asam-asam amino menjadi
sebuah molekul protein, muncul kodon stop atau
Kodon Kodon terminasi pada mRNA (UAA, UAG, UGA) di tempat A.
n n+1 STOP
Tudung 5 (A)n 3′ Secara normal, tidak ada tRNA dengan antikodon yang dapat
mengenali sinyal terminasi ini. Faktor pembebas RF1
Pi + GDP + + mengenali bahwa kodon stop terletak di tempat A (Gambar
EF2 Tempat Tempat
37-10). RF1 terikat pada suatu kompleks yang terdiri dari
E n+1 A faktor pembebas RF3 dan GTP. Kompleks ini, dengan
Tempat
n
P
peptidil transferase, mendorong hidrolisis ikatan antara
n-2
n-1
peptida dan tRNA yang menempati tempat P. Jadi,
ditambahkan satu molekul air dan bukan sebuah asam
Peptidil-tRNA
Met amino. Hidrolisis ini membebaskan protein dan tRNA dari
GAMBAR 37–9 Diagram proses elongasi peptida pada sintesis tempat P. Sewaktu terjadi hidrolisis dan pembebasan,
protein. Lingkaran-lingkaran kecil yang berlabel n − 1, n, n + 1, dll, dan ribosom 80S terurai menjadi subunit 40S dan 60S, yang
seterusnya menunjukkan residu-residu asam amino pada molekul protein kemudian didaur ulang (Gambar 37-7). Oleh sebab itu,
yang baru terbentuk (Di N-terminal untuk orientasi C-terminal) dan kodon faktor-faktor pembebas adalah protein yang menghidrolisis
yang sesuai di mRNA. EF1A dan EF2 masing-masing menunjukkan faktor
elongasi 1 dan 2. Peptidil-tRNA, aminoasil-tRNA, dan tempat keluar di ikatan peptidil-tRNA ketika kodon stop menempati tempat
ribosom masing-masing ditunjukkan oleh tempat P,tempat A, dan A. mRNA kemudian dibebaskan dari ribosom, yang terurai
tempat E. menjadi komponen-komponennya (subunit 40S dan 60S),
dan siklus berikutnya dapat kembali dimulai.
STOP
Tudung 5' 3’(A)n
Tempat C
Tempat + Faktor pembebas (RF1)
E A
Tempat
P + Faktor pembebas GTP (RF)
STOP
Tudung 5' 3’(A)n
GTP
H2O
Tempat C
Tempat
E
Tempat A
P
Tudung 5' 3’(A)n
N C + + 40S + 60S + + GDP + Pi

Peptida RF1 RF3
tRNA
GAMBAR 37–10 Diagram proses terminasi sintesis protein. Tempat peptidil-tRNA, tempat arninoasil-tRNA, dan
tempat keluar masing-masing ditunjukkan dengan tempat P, tempat A, dan tempat E. Kodon terminasi (stop) ditunjukkan
oleh tiga batang vertikal dan stop. Faktor pembebas RF1 mengikat kodon stop ditempat A. Faktor pembebas RF3, yang
berikatan dengan GTP, mengikat RF1. Hidrolisis kompleks peptidil-tRNA diperlihatkan oleh masuknya H2O. N dan C
masing-masing menunjukkan asam amino terminal amino dan karboksil pada rantai polipeptida yang sedang terbentuk,
dan menggambarkan polaritas sintesis protein. Hasil terminasi dalam pelepasan mRNA, protein yang baru disintesis, tRNA
bebas, 40S dan 60S subunit, serta RF1, PDB-terikat RF3 dan Pi anorganik, seperti yang ditunjukkan di kanan bawah.
Polisom Dibentuk dari Banyak Ribosom jumlah ribosom yang melekat pada sebuah mRNA (dan
karenanya ukuran poliribosom) berbanding lurus dengan
Berbagai ribosom dapat mentranslasikan molekul mRNA yang
panjang molekul mRNA.
sama secara bersamaan. Karena ukurannya yang relatif besar,
Poliribosom yang secara aktif membentuk protein
partikel-partikel ribosom tidak dapat melekat pada mRNA
dapat berada dalam bentuk partikel bebas di sitoplasma
lebih dekat dari jarak sejauh 35 nukleotida. Ribosom-ribosom
sel atau melekat pada lembaran materi sitoplasma mem-
di molekul mRNA yang sama membentuk suatu poliribosom,
branosa yang dinamai retikulum endoplasma.
atau "polisom" (Gambar 37-7). Pada sistem tanpa restriksi,

Perlekatan partikel poliribosom pada retikulum endo- "hukuman mati" untuk mRNA. Meskipun mekanismenya
plasma menyebabkan timbulnya gambaran "kasar" yang belum jelas, mRNA tertentu tampaknya disimpan
terlihat pada pemeriksaan dengan mikroskop elektron. sementara di badan P dan kemudian diambil kembali dan
Protein yang disintesis oleh poliribosom masuk ke ruang digunakan untuk translasi protein. Hal ini mengisyaratkan
sisterna di antara lembaran-lembaran retikulum endo- adanya keseimbangan untuk mengontrol fungsi sitoplasma
plasma kasar dan diekspor dari tempat ini. Sebagian mRNA (translasi dan degradasi) oleh interaksi dinamis
protein yang diproduksi retikulum endoplasma kasar antara mRNA dengan polisom dan badan P.
dikemas oleh aparatus Golgi untuk kemudian diekspor
(lihat Bab 46). Partikel poliribosom yang berada bebas di Perangkat Sintesis Protein Dapat Berespons
dalam sitosol berperan dalam sintesis protein yang Terhadap Ancaman Lingkungan
dibutuhkan untuk fungsi intraselular. Feritin, suatu protein pengikat besi, mencegah besi
terionisasi (Fe2+) mencapai kadar toksik di dalam sel. Besi
mRNA yang Tidak Ditranslasikan Dapat bentuk elernental akan merangsang sintesis feritin dengan
Membentuk Partikel-Partikel menyebabkan pembebasan suatu protein sitoplasma yang
Ribonukleoprotein yang Berakumulasi di berikatan dengan regio spesifik di regio nontranslasi 5' di
mRNA feritin. Gangguan pada interaksi protein-mRNA
Organel Sitoplasma yang Disebut Badan P ini mengaktifkan mRNA feritin dan menyebabkan
mRNA, yang berikatan dengan protein pengemas tertentu translasi mRNA ini. Mekanisme ini menghasilkan
dan diekspor dari nukleus sebagai partikel ribo- kontrol yang cepat terhadap sintesis suatu protein yang
nukleoprotein (RNP), kadang-kadang tidak langsung mensekuestrasi Fe2+, suatu molekul yang berpotensi
berikatan dengan ribosom untuk ditranslasi. Sebaliknya, toksik (lihat Gambar 52–8). Begitu pula, tekanan
mRNA tertentu dapat berikatan dengan konstituen protein lingkungan dan kelaparan menghambat peran positif mTOR
yang membentuk badan P, yaitu kompartemen padat kecil (Gambar 37-8; Gambar 42-8) dalam memicu pengaktifan
yang menggabungkan mRNA sebagai mRNP (Gambar eIF-4F dan pembentukan kompleks 48S.
37-11). Organel sitoplasma ini mirip dengan granul berisi
mRNA kecil yang terdapat di neuron dan sel maternal Banyak Virus Memanfaatkan Perangkat
tertentu. Badan P adalah tempat represi translasi dan
peluruhan mRNA. Leblh dari 35 protein diperkirakan
Sintesis Protein Sel Pejamu
hanya berada atau terdapat dalam jumlah banyak di Perangkat sintesis protein juga dapat mengalami modi-
dalam badan P. Protein-protein ini mencakup mulai dari fikasi yang merugikan. Virus bereplikasi dengan me-
enzim pembuka tudung mRNA, RNA helikase dan RNA manfaatkan berbagai proses dalam sel pejamu, men-
eksonuklease (5'-3' dan 3'-5'), hingga komponen-komponen cakup proses sintesis protein. Beberapa mRNA virus
yang terlibat dalam fungsi miRNA dan pengendalian mutu ditranslasikan secara jauh lebih efisien daripada mRNA
mRNA. Namun, penggabungan mRNP tidak sama dengan host (mis, virus ensefalomiokarditis). Virus yang lain,
misalnya reovirus dan virus stomatitis vesikular, melaku-
kan replikasi besar-besaran sehingga jumlah mRNA-nya
sangat banyak dan memberikan keunggulan bila diban-
Badan P dingkan dengan mRNA sel pejamu dalam memperebut-
kan faktor translasi yang terbatas jumlahnya. Virus Iain
menghambat sintesis protein host dengan mencegah
pengikatan mRNA dengan ribosom 40S.
Poliovirus dan picornavirus lainnya memperoleh ke-
unggulan selektif dengan mengganggu fungsi kompleks 4F.
mRNA berbagai virus ini tidak memiliki struktur tudung
untuk mengarahkan pengikatan subunit ribosom 40S (lihat
atas). Subunit ribosom 40S berkontak dengan internal
ribosomal entry site (IRES) dalam suatu reaksi yang
memerlukan 4G dan bukan 4E. Virus memperoleh
GAMBAR 37–11 Badan P adallah organel sitoplasma yang keunggulan selektif dengan memiliki suatu protease yang
memodulasi metabolisme mRNA. Diperfihatkan fotomikrograf dua sel menyerang 4G dan mengeluarkan tempat pengikatan 4E
mamalia dengan satu konstituen protein badan P yang berhasil terminal amino. Kini kompleks 4E-4G (4F) tidak dapat
divisualisasi dengan menggunakan antibodi berlabel fluoresen spesifik.
terbentuk sehingga subunit ribosom 40S tidak dapat
Badan P tampak seperti lingkaran terang dengan berbagai ukuran di
sitoplasma. Membran sel ditunjukkan oleh garis putih utuh, nukleus diarahkan ke mRNA bertudung, jadi translasi di sel pejamu
oleh garis putus-putus. Nukleus juga dipulas dengan pewarna fluoresen terhambat. Fragmen 4G dapat mengarahkan Iangsung
yang memiliki spektrum emisi/eksitasi fluoresen yang berbeda dengan pengikatan subunit ribosom 405 pada mRNA yang mengan-
antibodi berlabel yang digunakan untuk mengidentifikasi badan P; pulas dung IRES sehingga translasi mRNA virus berlangsung
nukleus masuk di antara pasangan-pasangan basa DNA. Dimodifikasi
dari http://www.mcb.arizona.edu/parker/WHAT/what.htm. (Digunakan
sangat efisien (Gambar 37-12). Virus-virus ini juga
dengan izin dari Dr Roy Parker.) mendorong defosforilasi BP1 (PHAS-1) sehingga translasi
dependen-tudung (4E) berkurang (Gambar 37-8).

4G keberadaan peptida-peptida terminal amino tertentu

4E (Gambar 5-11). Enzim-enzim spesifik kemudian melakukan
(Cellular)
hidroksilasi dan oksidasi di residu asam amino spesifik di
Tudung AUG
dalam molekul prokolagen untuk menghasilkan ikatan silang
4G
4E yang meningkatkan kestabilan. Peptida terminal amino
4G dikeluarkan dari molekul kolagen untuk menghasilkan bentuk
4E
IRES AUG (Viral) akhir—molekul kolagen yang kuat dan tak-larut. Banyak
terdapat modifikasi pascatranslasi protein lainnya. Contohnya,
Protease umum dijumpai modifikasi kovalen berupa asetilasi,
poliovirus
fosforilasi, metilasi, ubikuitilasi, dan glikosilasi (lihat Bab 5;
Tabel 35-1).
4G Cap AUG (Cellular)
4E
4G
BERBAGAI ANTIBIOTIK BEKERJA
IRES AUG (Viral) DENGAN CARA MENGHAMBAT
GAMBAR 37–12 Picornavirus mengganggu kompleks 4F. Kom- SINTESIS PROTEIN BAKTERI
pleks 4E-4G (4F) mengarahkan subunit ribosom 40S ke mRNA ber-
tudung tipikal (lihat teks). 4G saja sudah cukup untuk mengarahkan SECARA SELEKTIF
subunit 40S ke internal ribosomal entry site (IRES) mRNA virus. Untuk
memperoleh keunggulan selektif, virus tertentu (mis, poliovirus)
Ribosom pada bakteri dan ribosom pada mitokondria sel
memiliki protease yang memecah tempat pengikatan 4E dari ujung eukariot tingkat tinggi berbeda dengan ribosom mamalia
terminal amino 4G. 4G yang telah "buntung" ini dapat mengarahkan yang dijelaskan di Bab 34. Ribosom bakteri berukuran lebih
subunit ribosom 40S ke mRNA yang memiliki IRES, tetapi tidak ke kecil (70S bukan 80S) dan memiliki komplemen molekul
mRNA yang memiliki tudung (yaitu, mRNA sel pejamu). Lebar tanda
panah menunjukkan laju inisiasi translasi dari kodon AUG di masing-
RNA dan protein yang berbeda dan agak lebih sederhana.
masing contoh. Virus lain menggunakan proses berbeda untuk Perbedaan ini dapat dimanfaatkan untuk kepentingan
mengarahkan inisiasi translasi menjadi sesuai dengan mRNA virus klinis karena banyak antibiotik yang manjur berinteraksi
melalui elernen IRES. secara spesifik dengan protein dan RNA ribosom
prokariot sehingga hanya menghambat sintesis protein
PEMROSESAN PASCATRANSLASI bakteri. Hal ini menyebabkan berhentinya pertumbuhan
MEMENGARUHI AKTIVITAS bakteri atau kematian bakteri. Anggota paling bermanfaat
dari golongan antibiotik ini (mis, tetrasiklin, linkomisin,
BANYAK PROTEIN eritromisin, dan kloramfenikol) tidak berinteraksi dengan
Sebagian virus hewan, terutama HIV, poliovirus, dan virus komponen ribosom eukariot sehingga tidak toksik bagi
hepatitis A, membentuk berbagai protein polisistronik eukariot. Tetrasiklin mencegah pengikatan aminoasil-tRNA
panjang dari satu molekul mRNA yang panjang. Molekul ke tempat A bakteri. Kloramfenikol dan antibiotik golongan
protein yang ditranslasikan dari mRNA panjang ini makrolid bekerja dengan mengikat rRNA 23S, yang menarik
kemudian diputus di tempat-tempat tertentu untuk dalam kaitan dengan baru disadarinya peran rRNA pada
menghasilkan beberapa protein spesifik yang dibutuhkan pembentukan ikatan peptida melalui aktivitas peptidil
untuk fungsi virus. Pada sel hewan, banyak protein sel transferasenya. Perlu dikemukakan bahwa kemiripan erat
disintesis dari cetakan mRNA sebagai molekul prekursor antara ribosom mitokondria dan ribosom prokariot dapat
yang kemudian harus dimodifikasi agar diperoleh bentuk menimbulkan penyulit pada pemakaian sebagian antibiotik.
protein aktif. Prototipenya adalah insulin, yaitu protein Antibiotik jenis lain menghambat sintesis protein di
berberat molekul rendah dengan dua rantai polipeptida dan semua ribosom (puromisin) atau hanya di ribosom sel
jembatan disulfida antar dan intrarantai. Molekul insulin eukariot (sikloheksimid). Puromisin (Gambar 37-13)
disintesis sebagai sebuah prekursor rantai tunggal, atau adalah suatu analog struktural tirosinil-tRNA. Puromisin
prohormon, yang melipat agar jembatan disulfida dapat digabungkan melalui tempat A di risobom ke posisi terminal
terbentuk. Suatu protease spesifik kemudian memotong karboksil peptida tetapi menyebabkan pembebasan prematur
segmen yang menghubungkan kedua rantai untuk polipeptida. Puromisin, sebagai analog tirosinil-tRNA,
membentuk molekul insulin fungsional (lihat Gambar secara efektif menghambat sintesis protein baik di prokariot
41-12). maupun di eukariot. Sikloheksimid menghambat peptidil
Banyak peptida lain disintesis sebagai proprotein yang transferase di subunit ribosom 60S eukariot, mungkin
memerlukan modifikasi sebelum memiliki aktivitas biologis. melalui ikatan dengan suatu komponen rRNA.
Banyak modifikasi pascatranslasi berupa pengeluaran Toksin difteri, suatu eksotoksin Corynebacterium
residu-residu asam amino di terminal amino oleh diphtheriae yang terinfeksi oleh faga lisogenik spesifik,
aminopeptidase spesifik. (lihat Gambar 41–14). Kolagen, mengatalisis ADP-ribosilasi EF-2 di asam amino unik
protein yang banyak ditemukan di ruang ekstrasel eukariot diftamid di sel mamalia. Modifikasi ini menonaktifkan EF-2
tingkat tinggi, disintesis sebagai prokolagen. Tiga molekul sehingga secara spesifik menghambat sintesis protein
polipeptida prokolagen, biasanya dengan sekuens yang tidak mamalia. Banyak hewan (mis, mencit) resisten terhadap
sama, berpadu dengan cara tertentu yang bergantung pada toksin difteri. Resistensi ini lebih disebabkan oleh ketidak-

N(CH3)2 ■ mRNA dibaca secara kontinu dari kodon awal/start (AUG) hingga
kodon terminasi/stop (UAA, UAG, UGA).
N
N
■ Open reading frame (ORF) mRNA adalah serangkaian kodon,
masing-masing menentukan asam amino spesifik, yang
N menentukan sekuens asam amino yang tepat dari suatu
HOCH2 O N
protein.
H H ■ Sintesis protein, seperti sintesis DNA dan RNA, mengikuti
H H
polaritas 5' ke 3' dan dapat dibagi menjadi tiga proses: inisiasi,
NH OH elongasi, dan terminasi.
■ Protein mutan terbentuk jika terjadi substitusi satu basa yang
O C CH CH2 OCH3
menyebabkan terbentuknya kodon yang menyandi asam
NH2 amino lain di posisi tertentu, jika terbentuk kodon stop yang
menyebabkan pembentukan protein 'buntung', atau jika terjadi
penambahan atau pengurangan basa yang mengubah rangka
baca sehingga terjadi kesalahan pembacaan kodon-kodon.
NH2 ■ Berbagai senyawa, mencakup beberapa antibiotik, meng-
N hambat sintesis protein dengan cara memengaruhi satu atau
N
lebih tahap-tahap yang berperan dalam sintesis protein.
O–
N
tRNA O P O CH2 O N
O
REFERENSI
H
H H
H Crick FH, Barnett L, Brenner S, et al: General nature of the genetic
code for proteins. Nature 1961;192:1227-1232.
O OH Decker CJ, Parker R: P-bodies and stress granules: possible roles in the
control of translation and mRNA degradation. Cold Spring Harb
O C CH CH2 OH
Perspect Biol 2012; 4:a012286.doi: 10.1101/cshperspect.a012286.
NH2 Hinnebusch AG: Molecular mechanism of scanning and start codon
selection in eukaryotes. Microbiol Mol Biol Rev 2011;75:434–467.
GAMBAR 37–13 Perbandingan struktur antibiotik puromisin Jenner L, Melnikov S, Garreau de Loubresse N, et al: Crystal structu-
(atas) dan bagian terminal 3' tirosinil-tRNA (bawah).
re of the 80S yeast ribosome. Curr Opin Struct Biol 2012;
22:759–767.
mampuan toksin difteri menembus membran sel Kimball SR, Jefferson, LS: Control of translation initiation through
daripada insensitivitas EF-2 mencit terhadap ADP- integration of signals generated by hormones, nutrients, and
ribosilasi oleh NAD yang dikatalisasi oleh toksin difteri, exercise. J Biol Chem 2009;285:29027–29032.
Kozak M: Structural features in eukaryotic mRNAs that modulate
Risin, suatu molekul sangat toksik yang diisolasi dari biji
the initiation of translation. J Biol Chem 1991;266:1986–1970.
jarak, menonaktifkan RNA ribosom 28S eukariot dengan
Liu CC, Schultz PG: Adding new chemistries to the genetic code.
menyebabkan pengeluaran atau penguraian secara N- Annu Rev Biochem 2010;79:413–444.
glikolitik satu adenin. Maquat LE, Tarn WY, Isken O: The pioneer round of translation:
Banyak senyawa-senyawa ini—terutama puromisin dan features and functions. Cell 2010;142:368–374.
sikloheksimid tidak bermanfaat secara klinis, tetapi penting Mauger DM, Siegfried NA, Weeks KM: The genetic code as expres-
untuk menjelaskan peran sintesis protein dalam regulasi sed through relationships between mRNA structure and protein
proses-proses metabolik, terutama induksi enzim oleh function. FEBS Lett 2013 587:1180–1188.
hormon. Moore PB, Steitz TA: The roles of RNA in the synthesis of protein.
Cold Spring Harb Perspect Biol 2011;3:a003780. doi: 10.1101/
cshperspect.a003780.
RINGKASAN Silvera D, Formenti SC, Schneider RJ: Translational control in can-
■ Rangkaian aliran informasi genetik yaitu dari DNA → RNA → cer. Nat Rev Cancer 2010;10:254–266.
protein. Sonenberg N, Hinnebusch AG: Regulation of translation initiation
in eukaryotes: mechanisms and biological targets. Cell
■ Informasi genetik di regio struktural suatu gen di-
2010;136:731–745.
transkripsikan menjadi sebuah molekul RNA sedemikian rupa
Spriggs KA, Bushell M, Willis AE: Translational regulation of gene
sehingga sekuens RNA ini menjadi komplementer dengan
sekuens di salah satu untai DNA. expression during conditions of cell stress. Mol Cell
2010;40:228–237.
■ RNA ribosom (rRNA), RNA transfer (tRNA), dan RNA Thompson SR: Tricks an IRES uses to enslave ribosomes. Trends
pembawa (mRNA) terlibat langsung dalam sintesis protein. Microbiol 2012;20:558–566.
■ miRNA meregulasi fungsi mRNA di tingkat translasi dan/atau Wang Q, Parrish AR, Wang L: Expanding the genetic code for biolo-
stabilitas. gical studies. Chem Biol 2009;16:323–336.
■ Informasi di mRNA berada dalam urutan kodon-kodon yang Weatherall DJ: Thalassaemia: the long road from bedside to genome.
masing-masing panjangnya tiga nukleotida. Nat Rev Genet 2004;5:625–631.
Wilson DN: Ribosome-targeting antibiotics and mechanisms of bac-
terial resistance. Nat Rev Microbiol 2013;12:35–48.

38
B A B
Regulasi Ekspresi Gen

TUJUAN ■ Menjelaskan banyak tahap yang terlibat dalam proses vektorial ekspresi gen,
mulai dari modulasi bersasaran pada jumlah saiinan gen, tata ulang gen,
Setelah mempelajari bab ini, transkripsi, pemrosesan dan transpor mRNA dari nukleus, translasi, hingga
Anda diharapkan dapat: modifikasi pascatranslasi dan degradasi protein, semua dapat mengalami kontrol
regulatorik, baik positif maupun negatif. Perubahan satu atau iebih proses-
proses ini dapat meningkatkan atau menurunkan jumiah dan/atau aktivitas
produk gen yang terkait.
■ Memahami bahwa faktor transkripsi pengikat DNA, protein yang mengikat
sekuens DNA spesifik yang sering terletak di dekat elemen promoter transkripsi,
dapat mengaktifkan atau menekan transkripsi gen.
■ Mengetahui bahwa faktor transkripsi pengikat DNA sering kali merupakan
protein modular dengan domain-domain yang berbeda secara struktural dan
fungsional, yang dapat mengontrol transkripsi gen mRNA secara langsung atau
tidak langsung melalui kontak dangan RNA polimerase atau ko-faktornya, atau
melalui interaksi dengan ko-regulator yang memodulasi struktur nukleosom
melalui modifikasi kovalen dan/atau perombakan.
■ Memahami bahwa proses regulatorik yang diarahkan oleh nukleosom biasanya
meningkatkan atau menurunkan aksesibilitas DNA yang bersangkutan, seperti
sekuens penguat (enhancer) atau promotor meskipun modifikasi nukleosom juga
dapat menciptakan tempat pengikatan baru untuk ko-regulator lain.
■ Memahami bahwa proses-proses transkripsi, pemrosesan mRNA, dan ekspor
RNA nukleus, semua terpadu.
PERAN BIOMEDIS
Organisme mengubah ekspresi gen dalam menanggapi isyarat Selain kontrol tahap transkripsi, ekspresi gen juga dapat
perkembangan genetik atau program, tantangan lingkungan, dimodulasi oleh amplifikasi gen, tata-ulang gen, modifikasi
atau penyakit, oleh jumlah modulasi, tata ruang, dan/atau pascatranskripsi, dan stabilisasi RNA, kontrol translasi,
pola temporal ekspresi gen. Proses perubahan ekspresi gen modifikasi protein, kompartementalisasi protein, dan
telah diteliti secara mendalam dan sering menggunakan stabilisasi protein. Banyak mekanisme yang mengontrol
modulasi transkripsi gen. Kontrol transkripsi pada akhirnya ekspresi gen digu-nakan untuk berespons terhadap isyarat
dapat dicapai dengan pengubahan interaksi protein-protein lingkungan, faktor pertumbuhan, hormon, agen
regulatorik spesifik yang berikatan dengan berbagai regio lingkungan, dan obat. Disregulasi ekspresi gen dapat
DNA di gen yang dikontrol. Hal ini dapat menimbulkan efek menyebabkan penyakit manusia. Jadi, pemahaman
positif atau negatif terhadap transkripsi. Kontrol transkripsi terhadap prosesproses di tingkat molekular ini akan
dapat menyebabkan ekspresi gen spesifik-jaringan, seta mendorong pengembangan bahan atau obat yang dapat
regulasi gen yang dipengaruhi oleh hormon, faktor mengubah mekanisme patofisiologik, atau menghambat
pertumbuhan, logam berat, dan bahan kimia. fungsi atau menghentikan pertumbuhan organisme
patogenik.
428

BAB 38 Regulasi Ekspresi Gen 429
EKSPRESI TEREGULASI GEN terinduksi sebenarnya mengalami derepresi di tingkat

molekular (lihat Bab 9 untuk penjelasan tentang istilah-istilah
DIPERLUKAN BAGI ini).
PERKEMBANGAN, DIFERENSIASI,
DAN ADAPTASI SISTEM BIOLOGIS
Informasi genetik yang terdapat di setiap sel somatik normal MEMPERLIHATKAN TIGA JENIS
suatu organisme metazoa pada umumnya identik.
Pengecualian yang dapat digandakan tertanam secara genetik RESPONS TEMPORAL TERHADAP
ditemukan pada beberapa sel yang gen-nya telah diperkuat SUATU SINYAL REGULATORIK
atau ditata ulang untuk melakukan fungsi-fungsi sel khusus.
(Gambar 38-1) melukiskan tingkat atau jumlah ekspresi gen
Tentu saja di berbagai keadaan penyakit integritas
dalam tiga tipe respons temporal terhadap suatu sinyal
kromosom diubah (yaitu, kanker; Gambar 56-11) kadang-
penginduksi. Respons tipe A ditandai oleh meningkatnya
kadang bahkan pada tingkat kromosom utuh (misalnya,
derajat ekspresi gen yang bergantung pada keberlangsungan
trisomi 21, yang menyebabkan sindrom Downs). Ekspresi
keberadaan sinyal penginduksi. Jika sinyal penginduksi
informasi genetik harus diatur sewaktu ontogeni dan
dihilangkan, jumlah ekspresi gen menurun ke tingkat basal,
diferensiasi organisme dan komponen-komponen selularnya
tetapi jumlah ekspresi dapat kembali meningkat jika sinyal
berlangsung. Selain itu, agar organisme dapat beradaptasi
spesifik kembali muncul. Tipe respons ini sering diamati
terhadap lingkungannya dan untuk menghemat energi dan
pada prokariot sebagai tanggapan terhadap perubahan
nutrien, ekspresi informasi genetik harus disesuaikan dengan
mendadak konsentrasi suatu nutrien intrasel. Respons ini
sinyal eksternal dan hanya akan berespons saat diperlukan.
juga dijumpai pada organisme tingkat tinggi setelah
Seiring dengan perkembangan organisme, muncul
mekanisme-mekanisme regulatorik yang lebih canggih
membuat organisme dan sel-selnya mampu memberi Tipe A
respons yang dibutuhkan agar tetap bisa bertahan hidup di

lingkungan yang kompleks. Sel mamalia memiliki informasi
Ekspresi gen
genetik 1000 kali lebih banyak informasi genetik

dibandingkan dengan yang dimiliki oleh bakteri Escherichia
coli. Banyak dari informasi genetik tambahan ini terlibat
dalam regulasi ekspresi gen sewaktu diferensiasi jaringan dan
berbagai proses biologis dalam organisme multisel dan juga
berfungsi untuk memastikan bahwa organisme yang Waktu
Sinyal
bersangkutan dapat mengatasi tantangan lingkungan yang
kompleks.
Secara sederhana, regulasi gen hanya memiliki dua tipe: Tipe B
regulasi positif dan regulasi negatif (Tabel 38-1). Jika

ekspresi informasi genetik meningkat secara kuantitatif akibat
Ekspresi gen
adanya elemen regulatorik tertentu, regulasi dikatakan positif;

jika ekspresi informasi genetik berkurang oleh adanya elemen
regulatorik spesifik, regulasi disebut negatif. Elemen atau
molekul yang memerantarai regulasi negatif dinamai
regulator negatif, silencer, atau represor; yang meme- Pemulihan
rantarai regulasi positif dinamai regulator positif, enhancer, Waktu
atau aktivator. Negatif ganda (double negative) akan Sinyal
memberi efek positif. Sehingga suatu efektor yang menghambat
Tipe C
fungsi regulator negatif akan tampak seperti menghasilkan
regulasi positif. Banyak sistem yang tampak
Ekspresi gen
TABEL 38–1 Efek Regulasi Positif dan Negatif pada Ekspresi

gen
Laju Ekspresi Gen
Regulasi Negatif Regulasi Positif Waktu

Sinyal
Regulator ada Menurun Meningkat GAMBAR 38–1 Diagram respons tingkat ekspresi gen terharap
sinyal regulator spesifik (seperti hormon sebagai fungsi waktu).
Regulator tidak ada Meningkat Menurun

terpajan oleh penginduksi, seperti hormon, nutrien, atau Operon dan mRNA polisistronik umum dijumpai pada
faktor pertumbuhan (lihat Bab 42). bakteri, tetapi tidak pada eukariot.
Respons tipe B memperlihatkan peningkatan jumlah Gen yang dapat diinduksi (inducible gene) adalah gen
ekspresi gen yang bersifat transien meskipun sinyal regulatorik yang ekspresinya meningkat sebagai respons terhadap
masih ada. Setelah sinyal regulatorik berhenti dan sel penginduksi atau aktivator, yaitu suatu sinyal regulatorik
dibiarkan pulih, dapat terlihat adanya respons transien positif yang spesifik. Secara umum, gen yang dapat diinduksi
sekunder terhadap sinyal regulatorik berikutnya. Fenomena memiliki laju transkripsi basal yang relatif rendah. Sebaliknya,
respons-desensitisasi-pemulihan ini menandai cara kerja gen-gen dengan laju transkripsi basal yang tinggi sering
banyak agen farmakoIogis, tetapi juga merupakan gambaran mengalami penekanan (down-regulation) oleh represor.
sejumlah besar proses alami tubuh. Respons jenis ini sering Ekspresi sebagian gen bersifat konstitutif yang berarti
terjadi selama perkembangan suatu organisme, ketika hanya bahwa gen-gen ini diekspresikan dengan laju yang cukup
diperlukan kemunculan sesaat gen-gen tertentu meskipun konstan dan tidak mengalami regulasi. Gen-gen ini sering
sinyalnya tetap ada. disebut sebagai housekeeping genes. Akibat mutasi,
Pola respons tipe C memperlihatkan, sebagai sebagian produk gen yang dapat diinduksi diekspresikan
respons terhadap sinyal regulatorik, peningkatan derajat secara konstitutif. Mutasi yang menyebabkan ekspresi
ekspresi gen yang menetap tanpa batas meskipun sinyal konstitutif gen yang semula diregulasi disebut mutasi
telah berhenti. Dalam pola ini, sinyal berfungsi sebagai konstitutif.
pemicu. Jika telah dimulai, ekspresi gen di sel tidak dapat
dihentikan bahkan pada sel anak; oleh karena itu, respons
adalah perubahan yang bersifat ireversibel dan dapat Analisis Metabolisme Laktosa di E coli
diwariskan. Tipe respons ini biasanya terjadi sewaktu Menyebabkan Penemuan Prinsip Dasar dari
timbulnya fungsi-fungsi di jaringan atau organ. Gene Transkripsi Aktivasi dan Represi
Organisme Uniselular dan Multiselular Pada tahun 1961 Jacob dan Monod melaporkan model
Sederhana Merupakan Model Studi Ekspresi operon mereka dalam sebuah makalah klasik. Hipotesis
mereka banyak didasarkan pada pengamatan terhadap
Gen dalam Sel Mamalia yang Sangat Penting regulasi metabolisme laktosa oleh bakteri usus E. coli.
Analisis terhadap regulasi ekspresi gen sel prokariot Mekanisme molekular yang bertanggung jawab dalam
membantu kita memahami prinsip-prinsip bahwa infor- regulasi gen-gen yang terlibat dalam metabolisme laktosa kini
masi mengalir dari gen ke suatu RNA messenger ke suatu menjadi salah satu mekanisme yang paling dipahami dalam
molekul protein spesifik. Studi-studi ini dibantu oleh setiap organisme. β-Galaktosidase menghidrolisis laktosa β-
berbagai analisis genetik canggih yang dapat dilakukan pada galaktosida menjadi galaktosa dan glukosa. Gen struktural
organisme prokariot dan eukariot tingkat rendah, antara lain untuk β-galaktosidase (lacZ) berkumpul bersama dengan
ragi roti (Saccharomyces cerevisiae) dan lalat buah gen-gen yang berperan dalam masuknya laktosa ke dalam
(Drosophila melanogaster). Dalam tahun-tahun terakhir, sel (lacY) dan pembentukan tiogalaktosida transasetilase
prinsip-prinsip yang ditetapkan dari penelitian-penelitian (lacA). Gen-gen struktural untuk ketiga enzim ini, bersama
terdahulu, ditambah oleh berbagai teknik biologi dengan promotor lac dan operator lac (suatu regio regu-
molekular, telah menghasilkan kemajuan pesat dalam latorik), secara fisik menyatu untuk membentuk operon
analisis tentang regulasi gen pada organisme eukariot lac seperti diperlihatkan di (Gambar 38-2). Penataan gen-
tingkat tinggi, termasuk mamalia. Di bab ini, pembahasan gen struktural dan gen-gen regulatorik semacam ini
awal akan berpusat pada sistem prokariot. Studi-studi memungkinkan dilakukannya ekspresi terpadu ketiga enzim
genetik tidak akan diuraikan, tetapi fisiologi ekspresi gen yang berkaitan dengan metabolisme laktosa. Masing-masing
akan diulas. Namun, hampir semua kesimpulan mengenai gen yang berkaitan ini ditranskripsikan menjadi satu
fisiologi ini berasal dari studi genetik dan dipastikan oleh molekul mRNA polisistronik besar yang mengandung
penelitian biokimia dan genetik molekular.
Beberapa Aspek Ekspresi Gen CRE

Promotor
Operator
Prokariot Bersifat Unik lacI lacZ lacY lacA
Sebelum kita membahas fisiologi ekspresi gen, perlu di- TSS
operon lac
definisikan terlebih dahulu beberapa istilah genetik dan
regulatorik khusus pada sistem prokariot. Pada prokariot, GAMBAR 38–2 Hubungan posisional gen-gen struktural dan
gen-gen yang terlibat dalam jalur metabolik sering terdapat regulatorik pada operator lac. lacZ menyandi β-galaktosidase, lacY
dalam susunan linier yang disebut operon, misalnya operon menyandi suatu permease, dan lacA menyandi tiogalaktosida
transasetilase. lacI menyandi protein represor poreator lac. Juga
lac. Operon dapat diatur oleh satu regio regulatorik atau ditampilkan adalah transkripsi awal situs untuk lac operon transkripsi
promotor. Sistron (cistron) adalah unit ekspresi genetik (TSS). Perhatikan bahwa situs pengikatan untuk protein lacI (yaitu, lac
terkecil. Satu mRNA yang menyandi lebih dari satu protein represor) yang operator lac (Operator) tumpang tindih promotor lac.
yang ditranslasikan terpisah disebut sebagai mRNA Segera hulu promotor lac operon adalah situs pengikatan (CRE) untuk
cAMP protein, CAP, regulator positif dari lac operon transkripsi yang
polisistronik. Contohnya, mRNA operon lac polisistronik
mengikat. Lihat (Gambar 38-3) untuk detail lebih lanjut.
ditranslasikan menjadi tiga protein terpisah (lihat bawah).

banyak kodon mulai (AUG) dan stop (UAA) translasi yang arah sumbu bertitik) dalam suatu regio dengan panjang 21
independen untuk setiap sistron. Oleh karena itu, setiap pasangan basa, seperti diperlihatkan di bawah:
protein ditranslasikan secara terpisah, dan protein-protein ini Setiap saat, hanya dua dari empat subunit represor yang
tidak diproses dari satu protein prekursor besar. tampaknya berikatan dengan operator, dan dalam regio 21-
Konvensial sekarang untuk mempertimbangkan bahwa pasangan basa hampir setiap basa dari masing-masing
gen berisi sekuens regulatorik serta regio yang menyandi pasangan terlibat dalam pengenalan dan pengikatan LacI.
transkrip primer. Meskipun terdapat banyak pengecualian Pengikatan terutama terjadi di alur mayor tanpa
dalam sejarah, sebuah gen umumnya ditulis dalam huruf kecil menginterupsi sifat heliks-ganda berpasangan basa DNA
miring dan protein yang disandinya, jika disingkat, ditulis operator. Lokus operator terletak antara tempat promotor,
tegak dengan huruf pertama berupa huruf besar. Contohnya, tempat RNA polimerase dependen-DNA melekat untuk
gen lacl menyandi protein represor Lacl. Jika E. coli diberi memulai transkripsi, dan tempat inisiasi transkripsi gen lacZ
laktosa atau suatu analog laktosa spesifik dalam kondisi yang yaitu gen struktural untuk β-galaktosidase (Gambar 38-2).
tidak menekan (mis. konsentrasi laktosa yang tinggi, glukosa Jika melekat pada lokus operator, molekul represor LacI
nihil atau sangat rendah dalam medium; lihat bawah), ekspresi menghambat transkripsi gen-gen struktural distal lacZ, lacY,
aktivitas β- galaktosidase, galaktosida permease, dan dan lacA dengan mengganggu ikatan RNA polimerase ke
tiogalaktosida transasetilase meningkat 100 sampai 1000 kali promoter; RNA polimerase dan represor LacI tidak dapat
Iipat. Hal ini disebut respons tipe A, seperti diperlihatkan di terikat secara efektif pada operon lac pada saat yang sama.
(Gambar 38-1). Kinetika induksi dapat berlangsung sangat Jadi, molekul represor LacI adalah suatu regulator negatif;
cepat; mRNA spesifik-lac terinduksi penuh dalam 5-6 menit keberadaan molekul ini (dan tanpa adanya penginduksi; lihat
setelah penambahan laktosa ke dalam biakan; protein β- bawah) menyebabkan ekspresi gen-gen lacZ, lacY, dan lacA
galaktosidase terinduksi penuh maksimal dalam 10 menit. sangat rendah. Dalam keadaan normal terdapat 20-40
Pada kondisi terinduksi penuh, dapat ditemukan hingga 5000 molekul tetramer represor di sel, suatu konsentrasi (20-40 10
molekul β-galaktosidase per sel, suatu jumlah yang 1000 kali −9
mol/L) tetramer yang memadai untuk menempati >95%
lipat kadar basal (tak-terinduksi). Jika sinyal (penginduksi) satu elemen operator lac di bakteri setiap saat, sehingga
dihilangkan, yaitu, penginduksi, sintesis dari tiga enzim terjadi transkripsi gen operon lac basal yang rendah (tetapi
penurunan tersebut. tidak nol) meskipun tidak terdapat sinyal penginduksi.
Jika diberi laktosa dan glukosa sebagai sumber karbon, Analog laktosa yang mampu menginduksi operon lac
E.coli mula-mula memetabolisme glukosa, lalu secara sementara ia sendiri berfungsi sebagai substrat untuk β-
temporer berhenti tumbuh sampai gen-gen operon lac galaktosidase adalah contoh gratuitous inducer (peng-
terinduksi sehingga organisme ini memiliki kemampuan induksi tak bersyarat). Penambahan laktosa atau gratuitous
untuk memetabolisme laktosa sebagai sumber energinya. inducer, seperti IPTG ke bakteri yang sedang tumbuh dalam
Meskipun laktosa sudah ada sejak awal fase pertumbuhan medium dengan sumber karbon yang sulit digunakan
bakteri, narnun sel tidak menginduksi enzim-enzim yang (misalnya suksinat) menyebabkan induksi cepat enzim-
diperlukan untuk katabolisme laktosa sampai glukosa habis enzim operon lac. Sejumlah kecil gratuitous inducer atau
terpakai. Fenomena ini semula diduga disebabkan oleh represi laktosa mampu masuk ke dalam sel meskipun tidak terdapat
operon lac oleh suatu katabolit glukosa sehingga diberi nama permease. Molekul represor LacI—baik yang melekat pada
represi katabolit. Kini diketahui bahwa represi katabolit pada lokus operator maupun yang bebas dalam sitosol—memiliki
kenyataannya diperantarai oleh suatu catabolite gene afinitas yang tinggi terhadap penginduksi. Pengikatan
activator protein (CAP) bersama dengan cAMP (Gambar penginduksi pada molekul represor memicu perubahan
17-5). Protein ini juga dinamai protein regulatorik cAMP konformasi di struktur represor dan menyebabkannya
(CRP). Ekspresi sejumlah besar sistem enzim yang dapat terlepas dari DNA operator karena afinitasnya terhadap
diinduksi atau operon dalam E. coli dan prokariot lain peka operator kini berkurang 104 kali (K, sekitar 10-9 mol/L)
terhadap represi katabolit, seperti dibahas kemudian. daripada LacI tanpa adanya IPTG. Sekarang RNA polimerase
dependen-DNA dapat mengikat promoter (lihat Gambar
Fisiologi induksi operon lac di tingkat molekular telah
36-3 dan 36-8), dan transkripsi akan dimulai meskipun
banyak dipahami (Gambar 38-3). Ekspresi gen lacl normal
proses ini relatif inefisien (lihat bawah). Dengan cara ini,
pada operon lac bersifat konstitutif; gen ini diekspresikan
penginduksi menekan operon lac dan memungkinkan
dengan laju yang tetap sehingga terbentuk subunit-subunit
terjadinya transkripsi gen struktural untuk β-
represor lac. Empat subunit identik dengan berat molekul
galaktosidase, galaktosida permease, dan tiogaIaktosida
38.000 membentuk satu molekul represor Lac tetramerik.
transasetilase. Translasi mRNA polisistronik dapat terjadi
Molekul protein represor Lacl, yaitu produk lacl, memiliki
bahkan sebelum transkripsi selesai. Derepresi operon lac
afinitas (konstanta disosiasi, Kd sekitar 10-13 mol/L) tinggi
memungkinkan sel membentuk enzim-enzim yang
untuk lokus operator. Lokus operator adalah suatu regio di
diperlukan untuk mengatabolisme laktosa sebagai sumber
DNA untai ganda dengan dua simetri rotasional ganda dan
energi. Berdasarkan fisiologi yang baru dijelaskan, ekspresi
satu palindrom terbalik (ditunjukkan oleh tanda panah ke
(diinduksi oleh IPTG) plasmid yang transfeksikan dan
mengandung promotor-operator lac yang terikat pada
struktur rekayasa yang sesuai sering digunakan untuk
mengekspresikan protein rekombinan mamalia pada E. coli.

432 Bagian VII Struktur, Fungsi, & Replikasi Makromolekul Pembawa Informasi
A Operator
Promotor
CRE
gen lacl gen lacZ gen lacY gen lacA
No inducer
RNA polimerase tidak dapat
RNAP
mengikat promotor sehingga tidak
terjadi transkripsi gen lacZ, lacY, lacA
RNA
polimerase
Subunit
represor
Represor
(tetramer)
B Operator
Promotor
CRE
gen lacl gen lacZ gen lacY gen lacA
RNA polimerase tidak dapat mengikat

promotor dengan efisien karena cAMP-CAP
Penginduksi RNAP
berikatan di sebelah hulu sehingga tidak
dan
RNA terjadi transkripsi
glukosa
polimerase
Subunit
represor
Represor
inaktif
Penginduksi
C CAP-cAMP
lacl RNAP lacZ lacY lacA
RNAP RNAP RNAP

Dengan
penginduksi
dan tanpa RNA polimerase mentranskripsikan gen
glukosa
Represor mRNA
inaktif
Penginduksi Protein Protein Protein

β-galaktosidase permease transasetilase
GAMBAR 38–3 Mekanisme represi dan derepresi pada operon Iac. Jika tidak terdapat penginduksi (A),
produk-produk gen lacl yang disintesis secara konstitutif membentuk suatu molekul represor tetramer yang
mengikat lokus operator. Ikatan represor-operator mencegah pengikatan RNA polimerase dan akibatnya
menghambat transkripsi gen struktural lacZ, lacY, dan lacA menjadi mRNA polisistronik. Jika penginduksi ada, tetapi
glukosa juga ada dalam medium kultur (B), molekul represor tetramer diubah konformasinya oleh penginduksi, dan
tidak dapat mengikat lokus operator secara efisien (afinitas pengikatan berkurang >1000 kali lipat). RNA polimerase
tidak akan mengikat promotor dengan efisien dan menginisiasi transkripsi sehingga operon tidak ditranskripsikan.
Namun, jika penginduksi ada dan glukosa dihilangkan dari medium (C), adenil siklase akan diaktifkan dan cAMP
diproduksi. cAMP berikatan erat dengan protein pengikatnya Cyclic AMP Activator Protein, atau CRP. Kompleks
camp-CAP mengikat sekuens pengenalannya {CRE, cAMP Resportse Element) yang terletak di ~15 bp di sebelah hulu
promotor. Interaksi antarprotein langsung antara CAP terikat-CRE dan RNA polimerase meningkatkan pengikatan
promotor >20 kali lipat; sehingga RNA polimerase dapat mentranskripsikan gen-gen struktural lacZ, lacY,dan lacA,
dan molekul mRNA polisistronik yang terbentuk dapat ditranslasikan menjadi molekul-molekul protein β-
galaktosiciase, permease, dan transasetilase seperti yang diperlihatkan, sehingga laktosa dapat dikatabolisme
sebagai sumber tunggal karbon untuk pertumbuhan.

Agar RNA polimerase dapat secara efisien membentuk 1

PIC di tempat promotor, juga harus terdapat catabolite gene
activator protein (CAP, protein aktivator gen katabolit)
tempat cAMP terikat. Bakteri menimbun cAMP melalui
mekanisme tersendiri hanya jika kekurangan sumber karbon.
2
Jika terdapat glukosa—atau gliserol dalam konsentrasi yang
memadai untuk tumbuh bakteri akan kekurangan cAMP
untuk berikatan dengan CAP karena glukosa menghambat
adenilil siklase, yaitu enzim yang mengubah ATP menjadi
cAMP (lihat Bab 41). Jadi, jika ada glukosa atau gliserol, tidak
terbentuk CAP jenuh-cAMP sehingga RNA polimerase
dependen-DNA tidak dapat memulai transkripsi operon lac 3
dengan kecepatan maksimum. Namun, jika terdapat
kompleks CAP-cAMP yang berikatan dengan DNA tepat di
Jalur Jalur
sebelah hulu dari tempat promotor, transkripsi dapat lisogenik l itik
berlangsung pada tingkat maksimal (Gambar 38-3). Studi-
4 6
studi menunjukkan bahwa suatu regio CAP berkontak
langsung dengan subunit α RNA polimerase dan interaksi
antar protein ini mempermudah pengikatan RNAP pada
promotor. Jadi, regulator CAP-cAMP bekerja sebagai
regulator positif karena keberadaannya dibutuhkan untuk
5 10 7
ekspresi gen yang optimal. Karena itu, operon lac dikontrol
oleh dua faktor trans pengikat-DNA berbeda yang dimodulasi
oleh ligan; satu yang bekerja secara positif (kompleks cAMP-
CRP) untuk memfasilitasi pengikatan RNA polimerase ke Radiasi
ultraviolet Induksi
promotor dan satu yang bekerja secara negatif (represor LacI) 9 8
yang mengantagonis ikatan promotor RNA polimerase.
Aktivitas maksimal operon lac terjadi jika kadar glukosa
rendah (cAMP tinggi disertai pengaktifan CAP) dan terdapat
laktosa (Lacl tidak dapat berikatan dengan operator).
GAMBAR 38–4 Infeksi bakteri E.colioleh bakteriofaga. Infeksi
Jika gen lacI mengalami mutasi sedemikian sehingga bakteri E.coil oleh fag lamda dimulai ketika sebuah partikel virus
produknya, LacI, tidak mampu mengikat DNA operator, melekatkan dirinya ke reseptor spesifik di sel bakteri (1) dan
organisme akan memperlihatkan ekspresi konstitutif menyuntikkan DNAnya (garis hijau tua) kedalam sel (2,3). Infeksi
operon lac. Melalui suatu cara yang tidak lazim, organisme dapat berkembang melalui dua jalan bergantung dari kedua set gen
virus mana yang aktif. Di jalur lisogenik, DNA virus terintegrasi ke
dengan mutasi gen lacl (menghasilkan protein Lacl yang dalam kromosom bakteri (merah) (4,5), tempat DNA tersebut
menghambat pengikatan suatu penginduksi pada represor) bereplikasi secara pasif ketika sel dan DNA bakteri membelah diri.
akan tetap mengalami represi meskipun terdapat molekul Virus dorman yang terintegrasi secara genomik ini disebut profaga,
penginduksi, karena penginduksi tidak dapat berikatan dan sel yang mengandungnya disebut lisogen. Di jalur infeksi litik,
dengan represor di lokus operator untuk menderepresi DNA virus mereplikasikan dirinya sendiri (6) dan mengarahkan sintesis
protein-protein virus (7). Sekitar 100 partikel virus baru terbentuk.
operon. Demikian juga, bakteri yang mengandung mutasi di Virus yang berproliferasi ini menyebabkan lisis, atau pecahnya, sel (8).
lokus operator lac tersebut sehingga sekuens operator tidak Profaga dapat"diinduksi" oleh bahan perusak DNA misalnya radiasi
dapat berikatan dengan molekul represor normal akan ultraviolet (9). Bahan penginduksi tersebut menyebabkan perubahan
secara terus-menerus mengekspresikan gen operon lac. sedernikian sehingga terjadi pengaktifan set gen yang berbeda. DNA
Mekanisme regulasi positif dan negatif setara dengan virus keluar dari kromosom (10) dan bereplikasi;virus melanjutkan
perkembangan melalui jalur litik (Diproduksi ulang dengan izin, dari
mekanisme yang dijelaskan untuk sistem lac di sini dapat Ptashne M, Johnson AD, Pabo CO. A genetic switch in a bacterial
ditemukan di sel eukariot (lihat bawah). virus. Sci Am [Nov] 1982;247:128).
Perubahan Genetik Bakteriofaga Lamda (k) 45.000 bp-nya ke cialam sel (Gambar 38-4). Tergantung
pada status gizi sel tersebut, DNA lamda akan terintegrasi
Merupakan Paradigma Bagi Interaksi Protein- ke dalam genom pejamu (jalur lisogenik) dan tetap
DNA dan Regulasi Transkripsi Sel Eukariot dorman sampai diaktifkan (lihat bawah), atau bereplikasi
Seperti beberapa virus eukariot (mis. herpes simpleks, sampai terbentuk sekitar 100 salinan virus lengkap, yi.
HIV), beberapa virus bakteri ternyata juga dapat berada virus yang terkemas dalam protein, yang akan
dalam keadaan dorman di dalam kromosom pejamu atau menyebabkan lisis pejamu (jalur litik). Partikel virus yang
bereplikasi di dalam bakteri dan akhimya menyebabkan Iisis baru terbentuk kemudian dapat menginfeksi pejamu lain
dan kematian bakteri pejamu. Sebagian E.coli mengandung yang rentan. Pada kondisi tumbuh yang buruk cenderung
virus "temperate" semacam ini, yi. bakteriofaga lamda (λ). terjadi lisogeni sedangkan kondisi tumbuh yang baik
Ketika menginfeksi suatu organisme, lamda menyuntikkan memicu pertumbuhan lamda jalur litik.

Gen unuk represor cl Gen untuk Cro

A
OR
mRNA represor
OR3 OR2 O R1
promotor represor cl promotor cro

cro mRNA
T A C C T C T G G C G G T G A T A
C
A T G G A G A C C G C C A C T A T
GAMBAR 38–5 Organisasi genetik dari gaya hidup lambda "saklar molekul." Operator
kanan (OR) ditunjukkan dalam meningkatkan detail dalam rangkaian dari gambar. Operator adalah
suatu regio di DNA virus dengan panjang sekitar 80 pasangan basa (A) . Di sebelah kiri terletak gen
yang menyandi represor lamda (cl) , dan di sebelah kanan terdapat gen (cro) yang menyandi
protein regulator Cro. Jika regio operator diperbesar (B) , regio ini tampak mencakup tiga sub regio,
OR1,OR2, dan OR3, masing-masing memiliki panjang 17 pasangan basa. Regio adalah tempat
pengenalan yang baik λ ci represor dan protein Cro dapat mengikat. Tempat pengenalan
bertumpang tindih dengan dua promotor—sekuens basa tempat RNA polimerase berikatan untuk
mentranskripsikan gen-gen ini menjadi mRNA (garis bergelombang), yang ditranslasikan menjadi
protein. Tempat OR1 diperbesar (C) untuk memperlihatkan sekuens basanya. (Diproduksi ulang
atas izin Ptashne M, Johnson AD, Pabo CO.A genetic switch in a bacterial virus. Sci Am [Nov]
1982;247:128).
Jika terintegrasi ke dalam genom pejamu dalam keadaan Right operator 80-bp, OR dapat dibagi lagi menjadi tiga
dorman, lamda akan tetap berada dalam keadaan tersebut elemen DNA aktif-cis 17-bp yang diskret dan terpisah secara
sampai diaktifkan oleh terpajannya bakteri pejamu oleh teratur yang mewakili situs mengikat untuk salah satu dari
agen-agen perusak DNA. Sebagai respons terhadap dua protein regulator bakteriofag lambda. Hal yang perlu
rangsangan mengganggu tersebut, bakterlofaga dorman diperhatikan, yaitu sekuens nukleotida ketiga tempat yang
"terinduksi" dan mulai melakukan transkripsi dan kemudian tersusun secara tandem ini serupa, tetapi tidak identik
translasi gen-gen dari genomnya sendiri yang diperlukan (Gambar 38-5B). Ketiga elemen cis, yang disebut OR1, OR2,
untuk pemutusan dari kromosom pejamu, replikasi DNA- dan OR3 operator, dapat terikat pada protein cI atau Cro.
nya, dan sintesis selubung proteinnya serta enzim-enzim Namun, afinitas relatif cI dan Cro terhadap masing-masing
litik. Proses ini bekerja seperti pemicu atau respons tipe C elemen ini bervariasi, dan perbedaan afinitas pengikatan ini
(Gambar 38-1); jika lamda sudah mengalami induksi, tidak sangat penting bagi bekerjanya "perubahan molekular"
ada titik balik sampai sel mengalami lisis dan bakteriofaga lisogenik atau litik pada faga. Regio DNA antara gen cro dan
yang telah bereplikasi dibebaskan. Perubahan (switch) dari represor juga mengandung dua sekuens promotor yang
keadaan dorman atau profaga menjadi infeksi litik ini telah mengarahkan pengikatan RNA polimerase dalam orientasi
dipahami di tingkat genetik dan molekular dan akan tertentu sehingga enzim ini mulai mentranskripsikan gen-gen
diuraikan secara rinci di sini, meskipun lebih sedikit di dekatnya. Salah satu promotor mengarahkan RNA
dipahami di tingkat molekular, virus HIV dan herpes dapat polimerase untuk mentranskripsikan gen arah ke kanan, dan
berperilaku serupa, transisi dari aktif ke keadaan aktif dari karenanya, mentranskripsikan gen cro dan gen-gen distal
infeksi. lainnya, sedangkan promotor yang lain mengarahkan
Proses perubahan genetik litik/lisogenik di lamda ini transkripsi gen represor cI dalam arah ke kiri (Gambar
berpusat di sekitar suatu regio 80-bp di genom DNA untai- 38-5B).
gandanya yang disebut sebagai "right operator" (OR) (Gambar Produk gen represor cI, protein represor kDa 236 asam
38-5A). Right operator diapit di sisi kiri oleh gen struktural amino λ cI terdapat sebagai sebuah molekul dengan dua
untuk protein represor lamda, protein cI, dan di sisi kanan domain yang domain terminal aminonya berikatan dengan
oleh gen struktural yang menyandi protein regulatorik lain DNA operator dan domain terminal karboksil yang
yang dinamai cro. Jika lamda berada dalam keadaan profaga mendorong ikatan. Asosiasi satu protein represor dengan
—terintegrasi ke dalam genom pejamu—gen represor cI protein lainnya untuk membentuk dimer. Dimer molekul
adalah satu-satunya gen lamda yang diekspresikan. Jika represor ini berikatan dengan DNA operator jauh lebih erat
bakteriofaga mengalami pertumbuhan litik, gen represor cI daripada bentuk monomernya (Gambar 38-6A sampai
tidak diekspresikan, tetapi gen cro—serta banyak gen lain di 38-6C).
lamda—diekspresikan. Jika gen represor aktif, gen cro Produk gen cro, protein Cro 9 kDa 66 asam amino,
menjadi padam, dan jika gen cro aktif, gen represor cI memiliki satu domain, tetapi juga berikatan dengan DNA
akan padam. Seperti yang akan kita lihat, kedua gen ini saling operator dengan lebih erat dalam bentuk dimer (Gambar
mengatur satu sama lain dan karenanya, akan menentukan 38-6D). Domain tunggal protein Cro tersebut memerantarai
jalur pertumbuhan litik dan lisogenik bakteriofaga lamda. dimerisasi dan pengikatan operator.
Keputusan antara transkripsi gen represor dan transkripsi gen Pada bakteri lisogenik—bakteri yang mengandung
cro adalah suatu contoh paradigmatik perubahan transkripsi profaga lamda dorman—dimer represor lamda cenderung
molekul. berikatan dengan OR1, namun juga melalui interaksi
kooperatif, meningkatkan pengikatan dimer represor lain

A B C D
COOH Asam amino COOH COOH COOH COOH

132 – 236
Cro
NH2 Asam amino NH2 NH2 NH2 NH2

1 – 92
OR1 OR3
GAMBAR 38–6 Skema struktur molekular cI (represor lamda, diperlihatkan di A, 8, dan C) dan
Cro (D). Protein represor lamda adalah suatu rantai polipeptida dengan panjang 236 asam amino.
Rantai ini melipat diri sehingga berbentuk halter dengan dua substruktur: domain terminal amino
(NH2) dan domain terminal karboksil (COOH). Kedua domain dihubungkan oleh suatu regio rantai
yang lebih tidak terstruktur dan lebih rentan terhadap pemutusan oleh protease (ditunjukkan oleh
dua tanda panah di A). Molekul represor tunggal (monomer) cenderung menyatu untuk membentuk
dimer; dimer dapat terurai kembali menjadi monomer. (B) Dimer dijaga keutuhannya terutama oleh
kontak antara domain-domain terminal karboksil (berarsir). Dimer represor berikatan dengan (dan
dapat terlepas dari) tempat pengenalan di regio operator; dimer ini memperlihatkan afinitas berbeda
pada ketiga tempat operator, OR1> OR2> OR3 (C). Yang berkontak dengan DNA (berarsir) adalah
domain pengikatan DNA (DBD) molekul represor. Cro (D) memiliki satu domain dengan bagian-bagian
yang mendorong dimerisasi dan bagian lain yang mendorong pengikatan dimer pada operator. cro
menunjukkan afinitas terbesar pada OR3, berlawanan dengan kecenderungan pengikatan sekuens
protein cl (Diproduksi ulang atas izin Ptashne M, Johnson AD, Pabo CO:A genetic switch in a bacterial
virus. Sci Am [Nov] 1982;247:128).
(sebesar 10 kali lipat) pada OR2 (Gambar 38-7) . Dari ketiga Dengan status lisogenik (diperantarai cI) yang stabil
subregio operator, afinitas represor terhadap OR3 adalah dan represif ini, bagaimana mungkin bakteriofaga lamda
yang paling kecil. Pengikatan represor pada OR1 memiliki masuk ke siklus litik tersebut. Namun, proses ini ternyata
dua efek besar. Penempatan OR1 oleh represor menghambat berlangsung secara cukup efisien. Jika suatu sinyal perusak
pengikatan RNA polimerase pada promotor kanan dan DNA, misalnya sinar ultraviolet, mengenai bakteri pejamu
dengan cara ini mencegah ekspresi cro. Kedua, seperti lisogenik, terbentuklah fragmen-fragmen DNA untai-
disebutkan di atas, dimer represor yang terikat pada OR1 tunggal yang mengaktifkan suatu ko-protease spesifik yang
meningkatkan pengikatan dimer represor pada OR2. dikode oleh gen bakteri dan disebut sebagai recA (Gambar
Pengikatan represor pada OR2 menimbulkan efek penting 38-7). recA protease yang aktif ini menghidrolisis bagian
berupa peningkatan pengikatan RNA polimerase pada dari protein represor yang menghubungkan domain
promotor kiri yang bertumpang tindih dengan OR3 sehingga terminal amino dan terminal karboksil molekul (lihat
meningkatkan transkripsi dan ekspresi gen represor. Gambar 38-6A). Pemutusan domain-domain represor ini
Peningkatan transkripsi ini diperantarai oleh interaksi menyebabkan disosiasi dimer represor, yang pada
antarprotein langsung antara RNA polimerase yang terikat gilirannya menyebabkan terlepasnya molekul represor dari
pada promotor dan represor yang terikat pada OR2, mirip OR2 dan akhirnya dari OR1. Efek pengeluaran represor dari
dengan yang dijelaskan mengenai protein CAP dan RNA OR1 dan OR2 sudah dapat diperkirakan. RNA polimerase
polimerase pada operon lac. Karena itu, represor λ cI lamda segera memperoleh akses ke promotor kanan dan mulai
merupakan suatu regulator negatif, karena dapat mencegah mentranskripsikan gen cro, dan efek penguatan represor di
transkripsi cro, sekaligus merupakan regulator positif OR2 pada transkripsi kiri menjadi lenyap (Gambar 38-7).
karena dapat meningkatkan transkripsi gennya sendiri, yaitu Protein Cro yang baru terbentuk juga berikatan dengan
cI. Efek ganda represor ini berperan menstabilkan keadaan regio operator sebagai suatu dimer, tetapi urutan
dorman bakteriofaga lamda; represor tidak saja mencegah preferensinya berlawanan dengan urutan represor (Gambar
ekspresi gen-gen yang diperlukan untuk lisis, tetapi represor 38-7). Yaitu Cro berikatan paling erat dengan OR3, tetapi
juga mendorong ekspresi dirinya sendiri untuk menstabilkan tidak terdapat efek kerja sama Cro di OR3 pada pengikatan
keadaan diferensiasi ini. Jika konsentrasi protein represor Cro ke OR2. Pada konsentrasi Cro yang lebih tinggi, protein
intrasel menjadi sangat tinggi, kelebihan represor ini akan ini akan berikatan dengan OR2 dan akhirnya dengan OR1.
berikatan dengan OR3 dan menyebabkan berkurangnya Ditempatinya OR3 oleh Cro segera menghentikan
transkripsi gen represor dari promotor kiri, dengan transkripsi dari promotor cI kiri, dan dengan demikian
memblok pengikatan RNAP ke promotor cI, sampai mencegah ekspresi lanjutan dari gen represor. Oleh sebab itu,
konsentrasi represor turun dan represor melepaskan dirinya perubahan molekular secara total akan "mengarah" ke jalur
dari OR3. Hal yang menarik, pada eukariot juga diamati litik. Gen cro kini diekspresikan, dan gen represor sama sekali
adanya contoh protein represor serupa yang memiliki dipadamkan. Proses ini ireversibel, dan gen-gen lamda
kemampuan mengaktifkan transkripsi. lainnya mulai diekspresikan sebagai bagian dari siklus litik.

Profage
OR3 OR2 OR1
RNA polimerase
TSS
TSS
Promotor represor Promotor Cro
OR3 OR2 OR1

Induksi (1)
recA
Promotor represor Promotor cro
Radiasi ultraviolet
OR3 OR2 OR1
IInduksi (2)

Pertumbuhan litik dini
OR3 OR2 OR1
GAMBAR 38–7 Diperlihatkan konfigurasi perubahan (litikilisogenik) empat tahap pada siklus hidup bakteriofaga lamda. Jalur
lisogenik (jika virus tetap dorman sebagai profaga) dipilih jika dimer represor berikatan dengan OR1 sehingga kemungkinan besar OR2 akan
segera terisi oleh dimer lain karena sifat koperasi dari cI-OR mengikat DNA. Pada profaga (atas), dimer represor yang terikat pada OR1 dan OR2
mencegah RNA polimerase berikatan dengan promotor kanan sehingga sintesis Cro terhambat (kontrof negatif). Represor juga
meningkatkan pengikatan polimerase pada promotor kiri (kontrol positif), yang menyebabkan transkripsi gen represor menjadi mRNA (garis
bergelombang) dan lebih banyak represor yang disintesis sehingga keadaan lisogenik dapat dipertahankan. Profaga mengalami induksi
(tengah) jika radiasi ultraviolet mengaktifkan protease recA, yang memutus monomer-monomer represor. Oleh sebab itu, terjadi pergeseran
keseimbangan monomer bebas, dimer bebas, dan dimer terikat, dan dimer meninggalkan tempat operator. RNA polimerase tidak lagi
didorong untuk berikatan dengan promotor kiri sehingga represor tidak lagi disintesis. Seiring dengan berlanjutnya induksi, semua tempat
operator menjadi kosong, dan polimerase dapat berikatan dengan promotor kanan dan Cro disintesis (cro ditampilkan TSS ). Sewaktu tahap
awal pertumbuhan litik, satu dimer Cro berikatan dengan OR3 (lingkaran berarsir biru muda), yaitu tempat yang afinitasnya tertinggi.
Akibatnya, RNA polimerase tidak dapat berikatan dengan promotor kiri, tetapi promotor kanan tetap dapat diakses. Polimerase terus terikat
di tempat tersebut, mentranskripsikan cro dan gen-gen litik dini. Selanjutnya terjadi pertumbuhan litik (bawah) (Diproduksi ulang dengan
izin dari Ptashne M, Johnson AD, Pabo CO. A genetic switch in a bactenal virus. Sci Am [Nov] 1982;247:128).

Jika konsentrasi represor Cro menjadi cukup tinggi, represor gen yang sama. Pembentukan organ, jaringan, dan sel khusus
ini akhirnya akan menempati OR1 dan mengurangi ekspresi serta fungsinya pada organisme utuh bergantung pada
gennya sendiri, suatu proses yang diperlukan agar tahap- perbedaan ekspresi gen.
tahap akhir siklus litik dapat dituntaskan. Sebagian perbedaan ekspresi ini terjadi karena per-
Struktur tiga dimensi Cro dan protein represor lamda bedaan regio kromatin yang tersedia untuk transkripsi di sel
berhasil diketahui dengan kristalografi sinar-X, dan model dari berbagai jaringan. Contohnya, DNA yang mengandung
tentang mekanisme pengikatan serta efek keduanya pada kelompok gen β-globin berada dalam keadaan kromatin
proses-proses molekular dan genetik di atas telah diajukan "aktif" di retikulosit, tetapi kromatin "inaktif" di sel otot.
dan diuji. Keduanya berikatan dengan DNA menggunakan Semua faktor yang terlibat dalam penentuan kromatin aktif
motif domain pengikatan DNA helix-turn-helix (lihat belum berhasil diungkap. Adanya nukleosom dan kom-
bawah). Sampai saat ini, sistem ini memberi pemahaman pleks histon dan DNA (lihat Bab 35) jelas menjadi
terbaik tentang proses-proses molekular yang terlibat dalam penghalang bagi pengikatan faktor transkripsi dengan regio
pengaktifan dan represi gen. DNA spesifik. Oleh sebab itu, dinamika pembentukan dan
Analisis terinci terhadap represor lamda mendorong perombakan struktur nukleosom merupakan bagian pe-
terbentuknya konsep penting bahwa protein regulatorik nting dari regulasi gen eukariot.
transkripsi memiliki beberapa domain fungsional. Contoh- Modifikasi kovalen histon, disebut juga sebagai kode
nya, represor lamda mengikat DNA dengan afinitas tinggi. histon, merupakan penentu penting aktivitas gen. Histon
Monomer represor membentuk dimer, dimer berinteraksi mengalami berbagi modifikasi pascatranslasi (Tabel 35-1).
satu sama lain, dan represor berinteraksi dengan RNA Modifikasi ini bersifat dinamis dan reversibel. Asetilasi
polimerase untuk meningkatkan atau memblok pengikatan dan deasetilasi histon adalah modifikasi yang paling
promotor atau untuk pembentukan kompleks terbuka RNAP dipahami. Temuan mengejutkan bahwa aktivitas histon
(lihat Gambar 36-3). Pertemuan protein-DNA dan tiga asetilase dan aktivitas enzimatik lainnya berkaitan dengan
pertemuan antarprotein semuanya melibatkan domain- koregulator yang terlibat dalam regulasi transkripsi gen
domain tersendiri pada molekul represor. Seperti akan (lihat Bab 42); hal ini memberi konsep baru tentang
terlihat di bawah (lihat Gambar 38-19), hal tersebut regulasi gen. Asetilasi diketahui terjadi di residu lisin di
merupakan ciri yang dimiliki oleh sebagian besar (mungkin ekor terminal amino molekul histon, dan selalu berkaitan
semua) molekul yang mengatur transkripsi. dengan transkripsi, atau alternatif, potensi transkripsi.
Asetilasi histon mengurangi muatan positif ekor dan
REGULASI TRANSKRIPSI GEN kemungkinan ikut serta menurunkan afinitas histon
terhadap DNA yang bermuatan negatif. Modifikasi kovalen
EUKARIOT MELIBATKAN ASPEK histon ini menciptakan tempat pengikatan baru untuk
protein lain seperti kompleks pemodel-ulang kromatin yang
KHUSUS dependen-ATP, kompleks ini mengandung subunit-subunit
Sebagian besar DNA pada sel prokariot tersusun menjadi dengan domain struktural yang dapat secara spesifik
gen-gen, dan karena DNA tidak dipadatkan dengan histon mengikat histon yang telah mengalami modifikasi pasca-
nukleosomal selalu memiliki potensi untuk ditrans-kripsikan translasi (PTM) oleh koregulator. Kompleks ini dapat
jika trans-faktor positif atau negatif yang sesuai diaktifkan. meningkatkan aksesibilitas sekuens DNA yang berdekatan
Pada sel mamalia dijumpai situasi yang sama sekali berbeda, dengan mengeluarkan histon nukleosom. Kemudian, kerja
yaitu relatif sedikit dari DNA total tersusun menjadi gen sama koregulator (pemodifikasi kromatin dan pemodel-
penyandi mRNA dan regio-regio regulatorik terkaitnya. ulang kromatin) dapat membuka promotor gen dan regio
Fungsi DNA ekstra ini sedang diteliti (yaitu, Bab 39; Proyek regulatorik, dan memungkinkan pengikatan trans-faktor lain
ENCODE). Selain itu, seperti dijelaskan di Bab 35, DNA dan RNA polimerase II dan GTF (lihat Gambar 36-10 dan
pada sel eukariot mengalami pelipatan ekstensif dan dikemas 36- 11). Deasetilasi histon yang dikatalisis korepresor
menjadi kompleks protein-DNA yang disebut kromatin. transkripsi akan menimbulkan efek yang sebaliknya.
Histon adalah bagian penting dari kompleks ini karena Berbagai protein dengan aktivitas asetilase dan deasetilase
membentuk struktur yang dikenal sebagai nukleosom (lihat spesifik berikatan dengan berbagai komponen perangkat
Bab 35) dan juga faktor signifikan dalam mekanisme transkripsi. Protein yang mengatalisis PTM histon kadang-
regulatorik gen seperti diuraikan di bawah. kadang disebut "penulis kode", sementara protein yang
mengenali, berikatan, dan mengintepretasi PTM histon ini
disebut "pembaca kode", dan enzim yang memindahkan
Cetakan Kromatin Memiliki Peran Penting PTM histon ini disebut "penghapus kode". Secara kolektif,
pada Kontrol Transkripsi Gen Eukariot PTM histon mewakili sumber informasi regulatorik yang
Struktur kromatin merupakan tingkat kontrol transkripsi sangat dinamis dan berpotensi kaya-informasi. Aturan dan
gen lainnya. Seperti dibahas di Bab 35, terdapat regio-regio mekanisme yang mengatur spesifisitas berbagai proses ini
besar dalam kromatin yang inaktif secara transkripsional, sedang diteliti. Beberapa contoh spesifik diperlihatkan di Bab
sementara yang lainnya aktif atau berpotensi aktif. Dengan 42. Berbagai perusahaan komersial sedang mengembangkan
sedikit pengecualian, setiap sel mengandung komplemen

obat yang secara spesifik mengubah kemampuan protein mengacu pada fakta bahwa mekanisme regulatorik ini tidak
yang memodulasi kode histon. mengubah sekuens DNA yang diregulasi tetapi hanya
Terdapat bukti bahwa metilasi residu deoksisitidin, mengubah pola ekspresi DNA tersebut. Mekanisme
5MeC, (dalam sekuens 5'-meCpG-3') di DNA dapat epigenetik memainkan peran penting dalam pencapaian,
menimbulkan perubahan dalam kromatin sedemikian rupa pemeliharaan, dan reversibilitas keadaan transkripsional.
sehingga transkripsi aktifnya terlambat, seperti dijelaskan di Ciri penting mekanisme epigenetik adalah keadaan trans-
Bab 35. Contohnya, pada hati mencit, hanya gen-gen kripsional yang diatur (aktif/padam) dapat bertahan selama
ribosom tak termetilasi yang dapat diekspresikan, dan beberapa putaran pembelahan sel. Pengamatan ini
terdapat bukti bahwa banyak virus hewan tidak ditrans- menunjukkan bahwa pasti ada mekanisme yang kokoh
kripsikan jika DNAnya termetilasi. Demetilasi akut residu untuk memelihara dan secara stabil melanjutkan keadaan
5MeC di regio spesifik gen hormon tiroid yang dapat epigenetik ini.
diinduksi dilaporkan berkaitan dengan peningkatan laju
transkripsi gen. Namun, belum dapat disimpulkan secara Terdapat dua benhik sinyal epigenetik, sinyaI
umum bahwa DNA termetilasi tidak aktif secara trans- epigenetik cis dan trans; sinyal-sinyal ini diilustrasikan
kripsional, bahwa semua kromatin inaktif mengalami secara skematik di (Gambar 38-8). Proses pengisyaratan
metilasi, atau bahwa DNA aktif tidak termetilasi. (signaling) trans sederhana berisi umpan-balik trans-
kripsional positif yang diperantarai oleh transaktivator yang
Terakhir, pengikatan faktor transkripsi spesifik pada
dapat berdifusi dan jumlahnya banyak; transaktivator ini
elemen DNA yang sesuai dapat menyebabkan perombakan
terbagi antara sel induk dan sel anak pada setiap
struktur nukleosom. Banyak gen eukariot memiliki beberapa
pembelahan sel seperti digambarkan pada (Gambar 38-8A).
elemen DNA pengikat protein. Pengikatan serial faktor-
Selama keadaan tidak berubah, faktor transkripsi
faktor transkripsi pada elemen-elemen ini—secara kombina-
diekspresikan dalam kadar yang cukup untuk semua sel
torik—dapat secara langsung merusak struktur nukleosom,
anak mewarisi sinyal epigenetik-trans (faktor transkripsi),
mencegah pembentukan ulang, atau merekrut melalui
sel-sel ini akan memiliki fenotipe selular dan molekular
interaksi antarprotein kompleks koregulator multiprotein
yang sesuai dengan yang ditentukan gen target (yang lain)
yang memiliki kemampuan untuk memodifikasi atau
aktivator transkripsi. (Gambar 38-8) panel B memperlihat-
meremodeling nukleosom secara kovalen. Reaksi-reaksi ini
kan contoh cara sinyal epigenetik cis (seperti tanda metilasi
menyebabkan perubahan struktural di tingkat kromatin yang
5MeCpG spesifik) diwariskan secara stabil pada kedua sel
pada akhimya meningkatkan aksesibilitas DNA untuk faktor
anak setelah pembelahan sel. DNA dengan metilasi hemi
lain dan perangkat transkripsi.
(hanya satu dari untai ganda DNA yang mengalami
DNA eukariot yang berada di regio "aktif" suatu modifikasi 5MeC) yang terbentuk sewaktu replikasi DNA
kromatin dapat ditranskripsikan. Seperti di sel prokariot, mengarahkan metilasi untai yang baru direplikasi pada
promotor menentukan tempat RNA polimerase akan kerja pemeliharaan DNA metilase yang berjumlah besar.
memulai transkripsi, tetapi promotor sel mamalia (Bab 36) Metilase 5MeC ini menyebabkan kedua untai DNA anak
lebih rumit. Kompleksitas tambahan ditambahkan oleh memiliki tanda epigenetik cis lengkap.
elemen atau faktor yang meningkatkan atau menekan
transkripsi, menentukan ekspresi spesifik jaringan, dan Sinyal epigenetik cis dan trans menghasilkan keadaan
memodulasi kerja berbagai molekul efektor adalah hal yang ekspresi yang stabil dan dapat diwariskan; karena itu
menambah kerumitan. Akhirnya, penelitian-penelitian menunjukkan respons ekspresi gen tipe C (lihat Gambar
terkini me-nyarankan bahwa pengaktifan dan represi gen 38-1). Namun, perlu diingat bahwa kedua keadaan ekspresi
mungkin terjadi jika gen tertentu masuk atau keluar dari ini bersifat reversibel jika sinyal epigenetik trans atau cis
berbagai kompartemen atau lokasi subnukleus. dihilangkan, contohnya dengan memadamkan ekspresi
faktor transkripsi yang mendorong (sinyal trans) atau
dengan menghilangkan sinyal epigenetik cis DNA (melalui
Mekanisme Epigenetik Memiliki Peran demetilasi DNA). Telah diketahui adanya enzim-enzim yang
Penting dalam Kontrol Transkripsi Gen dapat (setidaknya in vitro) menghilangkan modifikasi pasca
Molekul-molekul dan biologi regulatorik yang dijelaskan di translasi (PTM) dan 5MeC pada protein.
atas memiliki peran penting dalam regulasi transkripsi. Di Keadaan epigenetik (aktif/padam) yang stabil dapat
tahun-tahun terakhir ini memang peran modifikasi kovalen dipengaruhi oleh berbagai mekanisme molekular. Pada
DNA, protein histon (dan nonhiston), serta ncRNA yang (Gambar 38-9) diperlihatkan tiga cara tanda epigenetik cis
baru ditemukan mendapat perhatian sangat besar dalam dapat diteruskan melalui putaran replikasi DNA. Contoh
bidang riset regulasi gen, terutama melalui penelitian pertama transmisi tanda epigenetik melibatkan pewaris-
mengenai cara modifikasi dan/atau molekul kimia mengubah an tanda 5MeC DNA dan berlangsung seperti dijelas-
pola ekspresi gen secara stabil tanpa mengubah sekuens gen kan pada (Gambar 38-8). Contoh kedua transmisi
DNA. Bidang studi ini diberi nama epigenetik. Seperti keadaan epigenetik mengilustrasikan cara PTM histon
disebutkan dalam Bab 35, salah satu aspek dari nukleosom (dalam contoh ini, histon yang tertrimetilasi
mekanisme ini adalah modifikasi pascatranslasi (PTM) pada Lisin K-27 H3; H3K27me3) dapat diwariskan. Dalam
histon yang disebut juga kode histon atau kode epigenetik contoh ini, segera setelah replikasi DNA, nukleosom
histon. Kata "epigenetik" berarti "di atas genetik" dan dengan tanda H3K27me3 maupun tanpa tanda H3 secara

Sinyal epigenetik trans
Sinyal epigenetik cis
GAMBAR 38–8 Sinyal epigenetik cis dan trans. (A) Contoh sinyal epigenetik yang bekerja trans. Protein
transaktivator pengikat DNA (lingkaran kuning) ditranskripsikan dari gennya (batang kuning) yang terletak di kromosom
tertentu (biru). Protein yang diekspresikan dapat berdifusi bebas antara kompartemen nukleus dan sitoplasma. Perhatikan
bahwa kelebihan transaktivator masuk kembali ke nukleus setelah pembelahan sel, mengikat gennya sendiri, dan
mengaktifkan transkripsi pada kedua sel anak. Daur ini memantapkan kembali lengkung umpan-balik (feedback loop) yang
sudah ada sebelum pembelahan sel, sehingga menghasilkan ekspresi protein aktivator transkripsi yang stabil pada kedua
sel. (B) Suatu sinyal epigenetik cis; suatu gen (merah muda) yang terletak di kromosom tertentu (biru), membawa sinyal
epigenetik cis (bendera kuning kecil) dalam regio regulatorik di sebelah hulu unit transkripsi gen merah muda. Dalam hal
ini, sinyal epigenetik berkaitan dengan transkripsi gen aktif dan produ ksi produk gen selanjutnya (lingkaran merah muda).
Sewaktu replikasi DNA, kromatid yang baru bereplikasi berfungsi sebagai cetakan yang menghasilkan dan mencetak
penambahan sinyal epigenetik, atau tanda, yang sama pada kromatid yang baru disintesis dan belum bertanda. Akibatnya,
kedua sel anak mengandung gen merah muda yang memiliki keadaan penandaan epigenetik cis yang sama; hal ini
memastikan ekspresi memiliki pola yang identik di kedua sel. Lihat teks untuk mengetahui lebih rinci (Gambar diambil dari:
Roberto Bonasio, R,Tu, S, Rei nberg D (201 0),"Molecular Signal of Epigenetic States': Science 330:612-616. Dicetak ulang
dengan izin dari AAAS).
acak terbentuk kembali pada kedua untai DNA anak. nukleosom secara lokal. Sekali lagi, mekanisme ini
Policomb repressive complex2 (PRC2), yang tersusun atas menghasilkan transmisi tanda epigenetik yang stabil.
subunit-subunit EED-SUZ12-EZH2 dan RbAP, mengikat Penelitian selanjutnya diperlukan untuk dapat meng-
nukleosom yang telah membawa tanda H3K27me3 melalui ungkapkan rincian lengkap proses epigenetik ini di
subunit EED. Pengikatan PRC2 ke tanda histon tingkat molekular, menentukan seberapa banyak kerja
menstimulasi aktivitas metilase subunit PRC2 dari EZH2 mekanisme ini, dan mengidentifikasi semua komplemen
sehingga terjadi metilasi lokal pada H3 nukleosom. Oleh molekul yang terlibat serta gen-gen yang diregulasi.
sebab itu, metilasi H3 histon menghasilkan transmisi tanda Sinyal epigenetik sangat penting dalam regulasi gen; hal ini
epigenetik H3K27me3 yang lengkap dan stabil pada kedua dibuktikan dengan fakta bahwa mutasi dan/atau ekspresi
kromatid. Terakhir, penargetan lokus/sekuens spesifik berlebih molekul-molekul yang ikut serta dalam kontrol
sinyal epigenetik cis histon nukleosom dapat dicapai oleh epigenetik menyebabkan penyakit manusia.
kerja ncRNA seperti digambarkan pada (Gambar 38-9),
panel C. Di sini, ncRNA spesifik berinteraksi dengan Elemen DNA Tertentu Meningkatkan atau
sekuens DNA target dan kompleks RNA-DNA yang
terbentuk dikenali oleh RBP, suatu protein pengikat-RNA.
Menekan Transkripsi Gen Eukariot
Kompleks RNA-DNA-RBP kemudian merekrut (kemung- Selain perubahan besar pada kromatin yang memengaruhi
kinan melalui protein adaptor spesifik [A]) chromatin aktivitas transkripsi, elemen-elemen DNA tertentu memper-
modifying complex (CMC) yang memodifikasi histon mudah atau meningkatkan inisiasi di promotor dan karena
itu disebut enhancer (penguat).

me
A
me
me
me
me
me
me
me
Perangkat
replikasi
RbAP
EED
EZH2
SUZ12
A
RBP CMC
C
Perangkat
replikasi A
RBP CMC
GAMBAR 38–9 Mekanisme transmisi dan propagasi (penerusan) sinyal epigenetik mengikuti putaran replikasi DNA. (A)
Propagasi sinyal 5MeC (bendera kuning; lihat Gambar 38-8B). (B) Propagasi sinyal epigenetik tanda PTM histon (H3K27) yang
diperantarai oleh kerja PRC2 CMC, sebuah kromatin memodifikasi kompleks, atau CMC. PRC2 terdiri dari EED, EZH2 histon
termetilasi, subunit RbAP dan SUZ12. Perhatikan bahwa dalam konteks ini PRC2 merupakan pembaca kode histon (melalui
domain pengikat histon termetilasi di EED) sekaligus penulis kode histon (melalui domain SET histon metilase dalam EZH2).
Penempatan sinyal epigenetik cis PTM yang berlokasi spesifik ditargetkan melalui pengenalan tanda H3K27me pada histon
nukleosom yang telah jadi (bendera kuning). (C) Contoh lain transmisi sinyal epigenetik histon (bendera kuning), perbedaannya
di sini penargetan sinyal diperantarai oleh kerja ncRNA kecil yang bekerja secara terpadu dengan protein pengikat-RNA (RBP),
protein Adaptor (A), dan CMC. Lihat teks untuk mengetahui keterangan lebih rinci. (Gambar diambil dari: Roberto Bonasio, R,Tu,
S, Rein berg D (2010), "Molecuiar Signals of Epigenetic States': Science 330:612-616. Dicetak ulang dengan izin dari AAAS.)
Elemen enhancer, yang biasanya terdiri dari beberapa teknologi DNA rekombinan—lihat Bab 39. Elemen penguat
tempat pengikatan untuk protein transaktivator, memiliki tidak menghasilkan produk yang kemudian bekerja pada
perbedaan yang terlihat jelas dengan promotor. Enhancer promotor karena elemen ini hanya aktif jika terdapat di
dapat memberikan pengaruh positif pada transkripsi bahkan dalam molekul DNA yang sama seperti (yaitu, cis, atau
ketika dipisahkan oleh 10.000 pasangan basa dari promotor; secara fisik terkait ke) promotor. Protein-protein pengikat
Enhancer dapat bekerja saat diarahkan ke arah mana pun; enhancer bertanggung jawab atas efek ini. Mekanisme pasti
dan enhacer dapat bekerja di sebelah hulu (5') maupun hilir cara aktivator transkripsi ini bekerja masih diperdebatkan.
(3') promotor. Enhancer bersifat "promiskuitas" artinya Yang jelas, faktor trans pengikat enhancer telah dibuktikan
elemen tersebut dapat merangsang semua promotor yang berinteraksi dengan beragam protein transkripsi lain.
berada di sekitarnya dan dapat bekerja pada lebih dari satu Interaksi ini mencakup koaktivator pemodifikasi kromatin,
promotor. Enhancer SV40 dapat menimbulkan pengaruh, mediator, serta masing-masing komponen dari perangkat
contohnya pada transkripsi β-globin dengan meningkatkan transkripsi RNA polimerase II basal. Pada akhirnya,
transkripsinya 200 kali lipat di sel yang mengandung baik pengikatan DNA enhancer-transfaktor menyebabkan
penguat SV40 maupun gen β-globin pada plasmid yang peningkatan pengikatan perangkat transkripsi basal pada
sama (lihat bawah dan Gambar 38-10); dalam hal ini, promotor. Elemen penguat dan protein pengikat terkait
enhancer SV40 gen β-globin dibuat dengan menggunakan sering menyebarkan hipersensitivitas nuklease ke regio-regio

(Elemen respons Promotor Gen struktural TABEL 38–2 Ringkasan Sifat Elemen Enhancer
enhancer)
• Bekerja meskipun terietak jauh dari promotor
A SV40 β globin β globin • Bekerja meskqpun terletak di sebelah hulu atau hilir dari promotor
• Bekerja pada kedua orientasi
• Dapat bekerja dengan promotor homolog atau heterolog

B SV40 β globin β globin
• Bekerja dengan mengikat satu atau lebih protein
• Kerja dengan merekrut kromatin-memodifikasi kompleks koregulatori

C mt tk hGH • Bekerja dengan mempermudah pengikatan kompleks transkripsi
basal ke promotor terkait-cis
D GRE PEPCK CAT
tisme sehingga infeksi tidak meluas. Elemen penguat yang

GAMBAR 38–10 Skema menggambarkan metode yang
digunakan untuk mempelajari organisasi dan tindakan enhancer dan mengontrol induksi gen β- interferon, yang terletak antara
lainnya cis-acting elemen regulasi. Gen-gen gabungan (chimeric) nukleotida -110 dan -45 (relatif terhadap tempat awal
model ini yang semuanya dibentuk oleh teknik rekombinasi DNA (Bab transkripsi (+1) , kini telah diketahui. Penguat ini terdiri
39) in vitro, terdiri dari suatu gen reporter (struktural) yang menyandi dari empat elemen cis berkelompok, yang masing-masing
suatu protein yang mudah diukur dan secara normal tidak diproduksi diikat oleh faktor trans yang berbeda. Salah satu elemen cis
oleh sel yang diteliti, sebuah promotor yang menjamin akurasi inisiasi
transkripsi, dan elemen regulatorik putatif. Dalam keadaan apa pun, terikat oleh transacting factor NF-kB (lihat Gambar 42–10
transkripsi tingkat tinggi dari chimeric yang diindikasikan bergantung dan 42–13), satu lagi terikat oleh anggota famili IRF
pada keberadaan enhancer yang merangsang transkripsi ≥100 kali (interferon regulatory factor, faktor regulasi interferon) faktor
lipat di atas kadar transkripsional basal (yaitu, transkripsi gen trans, dan yang ketiga oleh faktor risleting leusin (leucine
gabungan yang sama, yang hanya mengandung promotor yang berfusi
zipper) heterodimerik ATF-2/c-Jun (lihat bawah). Faktor
dengan gen struktural). Contoh (A) dan (B) menggambarkan
kenyataan bahwa enhancer (mis. SV40) bekerja di kedua orientasi dan keempat adalah faktor transkripsi arsitektural yang banyak
pada promotor heterolog. Contoh (C) menggambarkan bahwa elemen ditemukan dan dikenal sebagai HMG I(Y). HMG I(Y), jika
regulatorik metalotionein (mt) (yang di bawah pengaruh kadmium berikatan dengan tempat pengikatan yang kaya akan A+T,
atau seng menginduksi transkripsi gen mt endogen dan karenanya menginduksi pelengkungan signifikan DNA. Di sepanjang
protein mt pengikat logam) akan bekerja melalui Herpes simplex virus
(HSV) promotor timidin kinase (tk) untuk meningkatkan transkripsi
enhancer terdapat empat tempat pengikatan HMG I(Y) ini.
gen hormon pertumbuhan (GH) manusia. Kontruksi genetik hasil Tempat-tempat ini berperan penting dalam membentuk
rekayasa ini dimasukkan ke dalam pronukleus (jantan) mudigah struktur 3D tertentu, bersama dengan ketiga faktor trans yang
mencit sel dengan stadium satu sel kemudian mudigah dimasukkan ke telah disebutkan di depan, dengan menginduksi serangkaian
dalam uterus induk angkat agar berkembang menjadi hewan pelengkungan DNA. Oleh sebab itu, HMG I(Y)
transgenik. Keturunan mencit telah diciptakan dalam kondisi tersebut,
dan penambahan ion seng ke dalam air minum sebagian keturunan menginduksi pembentukan kooperatif suatu struktur unik
mencit menyebabkan peningkatan ekspresi hormon pertumbuhan di 3D stereospesifik tempat keempat faktor aktif ketika sinyal
hati. Dalam hal ini, hewan transgenik ini berespons terhadap infeksi virus terdeteksi oleh sel. Struktur yang dibentuk oleh
peningkatan kadar hormon pertumbuhan dengan ukuran tubuh yang kerjasama keempat faktor ini disebut enhanceosome β -
dua kali lipat lebih besar dibandingkan hewan normal sesamanya.
interferon (lihat Gambar 38-11) yang diberi nama demikian
Contoh (D) menggambarkan bahwa elemen respons glukokortikoid
(GRE) akan bekerja melalui promotor homolog (gen PEPCK) atau karena kemiripan strukturalnya dengan nukleosom (juga
heterolog (tidak diperlihatkan; yaitu. tk), promotor SV40, promotor struktur DNA protein tiga dimensi unik yang membungkus
(β- globin, dll) untuk meregulasi ekspresi gen reporter chloram- DNA mengelilingi suatu susunan protein; lihat Gambar 35-1
phenicol acetyl transferase (CAT). dan 35-2). Enhanceosome, sekali terbentuk, memicu
peningkatan tajam transkripsi gen β-interferon setelah infeksi
tempat elemen berada (Bab 35). Ringkasan mengenai sifat- virus. Yang menginduksi transkripsi gen β-interferon bukan
sifat penguat disajikan di Tabel 38-2. sekedar ditempatinya elemen-elemen cis yang berhadapan
Salah satu sistem penguat pada mamalia yang paling linier oleh protein—namun pembentukan enhanceosome
dikenal adalah sistem pada gen β-interferon. Gen ini ter- yang menyediakan permukaan untuk rekrutmen koaktivator
induksi saat sel mamalia terinfeksi virus. Salah satu tujuan sel, inilah yang menyebabkan peningkatan pembentukan PIC di
setelah terinfeksi oleh virus, yaitu berusaha meningkatkan promotor yang terkait-cis dan pengaktifan transkripsi.
respons antivirus—jika tidak dapat menyelamatkan sel yang Elemen cis-acting yang menurunkan atau menyebabkan
terinfeksi, diusahakan agar organisme secara keseluruhan represi ekspresi gen spesifik juga pernah diidentifikasi.
terbebas dari infeksi virus. Untuk mencapai hal ini, salah satu Karena hanya sedikit dari elemen ini yang diteliti,
mekartisme yang dilakukan sel adalah memproduksi mekanisme kerjanya secara umum sulit diketahui—
interferon. Famili protein ini disekresikan oleh sel yang meskipun, seperti pengaktifan gen, modifikasi kovalen histon
terinfeksi virus. Interferon berinteraksi dengan sel-sel sekitar dan protein lain di tingkat kromatin oleh korepresor
agar replikasi virus dapat dihambat melalui berbagai mekar- multisubunit yang direkrut (represor) mungkin berperan.

HMG PRDIV HMG PRDI-III PRDII HMG NRDI HMG Begitu pula, dengan memfusi elemen penguat spesifik-jaringan
yang diketahui (atau diperkirakan) pada gen reporter (lihat
HMGI-Y bawah) dan memasukkan konstruksi penguat-reporter
chirneric ini dengan operasi mikro pada mudigah stadium
satu sel, kita dapat menciptakan hewan transgenik (lihat Bab
ATF-2 39), dan menguji dengan seksama apakah elemen penguat
cJun tersebut benar-benar meregulasi ekspresi dalam cara yang
NF-κB spesifik-jaringan atau sel. Ancangan hewan transgenik ini
IRF(IRF3/7)
terbukti sangat berguna dalam mempelajari ekspresi gen yang
spesifik-jaringan.
HMGI
Gen Reporter Digunakan untuk Mendefinisi-
cJun ATF-2 kan Penguat dan Elemen Regulatorik Lainnya
Yang Memodulasi Ekspresi Gen
HMGI NF-κB Dengan meligasi regio-regio DNA yang dicurigai me-
HMGI
IRF3 ngandung sekuens regulatorik pada berbagai gen reporter
(pendekatan gen gabungan atau reporter) (Gambar 38-10,
IRF7
HMGI
Promotor uji
penguat-promotor gen Gen reporter
GAMBAR 38–11 Pembentukan dan struktur putatif enhanceosome 5′ 3′ 5′ LUCIFERASE 3′
yang terbentuk pada penguat gen β- interferon manusia. Di bagian atas Gen reporter
disaijkan diagram distribusi elemen-cis multipel (HMG, PRDIV, PRDI-III, penguat-promotor uji
PRDII, NRDI) yang membentuk penguat gen β-interferon. Penguat yang mendorong
transkripsi gen CAT
utuh memerantarai induksi transkripsional gen β-interferon (lebih dari
100 kali lipat) ketika sel manusia terinfeksi virus. Berbagai elemen-cis
LUC
pada penguat modular ini masing-masing mewakili tempat pengikatan
untuk faktor-trans HMG 1(Y), cJun-ATF-2, IRF3-IRF7, dan NF-KB. Faktor-
faktor ini berinteraksi dengan elemen-elemen DNA ini secara obligatorik,
teratur, dan sangat kooperatif seperti ditunjukkan oleh tanda panah. Transfeksi sel
Pengikatan awal empat protein HMG 1(Y) memicu pembengkokan tajam menggunakan CaPO4 atau
kompleks DNA-Lipid kationik
DNA di penguat, yang menyebabkan seluruh regio 70-80 bp melengkung
tajam. Lengkungan ini merupakan hal integral bagi keberhasilan
pengikatan faktor-faktor trans lain karena lengkungan ini menyebabkan Bagi dan kultur-ulang
faktor yang terikat pada DNA mampu melakukan interaksi antarprotein Sebuah fraksi dari sel
penting dan langsung yang berperan baik dalam pembentukan dan tertransfeksi
Sel mengambil dan
stabilitas enhanceosome serta menghasilkan permukaan tiga-dimensi
mengekspresikan
unik yang berfungsi merekrut koregulator pemodifikasi kromatin yang gen reporter chimeric
memiliki aktivitas enzimatik (mis. Swi/Snf: ATPase, pemodel ulang Kontrol Hormon
kromatin dan P/CAF: histon asetiltransferase) maupun perangkat Panen 24 jam
Rodwell_CH38_p428-450.indd 442 kemudian Ukur aktivitas
transkripsi umum (RNA polimerase 11 dan GTF). Meskipun empat dari lusiferase
lima elemen-cis (PRDIV, PRDI-III, PRDII, NRDI) secara independen dapat
sedikit merangsang (sekitar sepuluh kali lipat) transkripsi gen reporter di Identifikasi
sel yang ditransfeksikan (lihat Gambar 38-10 dan 38-12), namun kelima elemen kontrol
elemen-cis, dalam urutan yang sesuai, diperlukan untuk membentuk
GAMBAR 38–12 Pemakaian gen reporter untuk mendefinisikan
suatu penguat yang dapat merangsang transkripsi gen mRNA dengan
elemen regulatorik DNA. Suatu fragmen DNA berisi elemen cis
baik (yi. ≥100 kali lipat) sebagai respons terhadap infeksi virus pada sel
regulatorik (segitiga, persegi, lingkaran dalam diagram) dari gen yang
manusia. Perbedaan ini menunjukkan kebutuhan ketat akan arsitektur
diteliti—dalam contoh ini, sekitar 2 kb DNA pengapit 5' dan promotor
enhanceosome yang sesuai agar aktivasi-trans menjadi efisien. Pada
terkaitnya—diligasi dengan suatu vektor plasmid yang mengandung
banyak gen mamalia lain diperkirakan terbentuk enhanceosome serupa
gen reporter yang sesuai—dalam hal ini, enzim kunang-kunang
yang melibatkan faktor cis dan trans tersendiri.
(firefly) lusiferase, disingkat LUC. Seperti tercantum dalam (Gambar
38-10) dalam percobaan ini, gen reporter tersebut (secara normal)
tidak boleh ada dalam sel yang ditransfeksi. Oleh sebab itu, deteksi
Ekspresi Spesifik-Jaringan Dapat Disebabkan aktivitas enzim dalam ekstrak sel berarti bahwa sel telah berhasil
ditransfeksi oleh plasmid. Biasanya kita menko-transfeksi reporter lain
oleh Kerja Penguat atau Represor, atau (tidak ditunjukkan di gambar ini), seperti lusiferase Renilla, sebagai
Kombinasi Kedua Elemen Regulatorik Cis- kontrol efisiensi transfeksi. Kondisi assay untuk lusiferase kunang-
kunang dan Renilla berbeda sehingga keduanya dapat diukur secara
Acting bergantian meng¬gunakan ekstrak sel yang sama. Peningkatan aktivitas
Banyak gen kini diketahui mengandung elemen-elemen lusiferase di atas kadar basal, misalnya, setelah penambahan satu atau
penguat atau aktivator di berbagai lokasi yang relatif terhadap lebih hormon, memiliki arti bahwa regio DNA yang disisipkan ke dalam
plasmid gen reporter mengandung elemen respons hormon (hormone
regio penyandinya. Selain mampu meningkatkan transkripsi response element, HRE) fungsional. Dapat diciptakan potongan DNA
gen, sebagian elemen penguat ini jelas memiliki kemampuan yang semakin pendek, regio-regio dengan delesi internal, atau regio
melakukannya secara spesifik jaringan. dengan mutasi titik untuk disisipkan untuk menentukan lokasi elemen
respons (lihat Gambar 38-13)
Konstruksi gen reporter lnduksi transkripsi terhadap terutama pada mamalia, jauh lebih rumit. Sinyal-sinyal yang
dengan jumlah sekuens gen penambahan hormon A, B
pengapit 5' yang bervariasi atau C pada biakan mewakili sejumlah rangsangan lingkungan kompleks
A B C dapat menyatu pada satu gen. Respons gen ini terhadap
LUC + + + sinyal-sinyal tersebut dapat memiliki beberapa karakteristik
LUC – + + fisiologis. Pertama, respons dapat mencakup aspek yang
LUC – + + cukup luas. Hal ini dicapai melalui keseimbangan antara
LUC – – + respons positif dan aditif dengan efek negatif dan represif.
LUC – – + Pada sebagian kasus, yang dominan adalah respons positif
LUC – – – atau negatif. Yang juga diperlukan adalah mekanisme ketika
5′ LUC – – – suatu efektor, seperti hormon, dapat mengaktifkan sebagian
–2000 –1000 +1 gen di sebuah sel sementara menekan gen lain dan tidak ber-
Posisi nukleotida pengaruh pada gen lainnya lagi. Jika semua proses ini
digabungkan dengan faktor-faktor elemen spesifik jaringan,
HRE HRE HRE
fleksibilitas yang besar dapat diperoleh. Variabel-variabeI
A B C fisiologis ini jelas memerlukan susunan yang jauh lebih
GAMBAR 38–13 Pemetaan elemen respons hormon (HRE) (A), rumit daripada sekadar "hidup-mati". Susunan elemen DNA
(B), dan (C) dengan menggunakan pendekatan gen reporter- di promotor menentukan—bersama faktor-faktor terkait—
transfeksi. Suatu famili gen reporter, yang dibentuk seperti dijelaskan bagaimana suatu gen akan berespons dan berapa lama suatu
di (Gambar 38-10 dan 38-12), dapat ditransfeksikan secara individual respons akan bertahan. Beberapa contoh sederhana disajikan
ke sel resipien. Dengan menganalisis kapan respons hormon tertentu di (Gambar 38-14).
lenyap dibandingkan dengan delesi titik pada ujung 5', kita dapat
mengetahui lokasi elemen respons hormon spesifik.
Domain Transkripsi Dapat Didefinisikan
dengan Regio Kontrol Lokus dan Insulator
38-12, dan 38-13), kita dapat menentukan regio mana di
sekitar gen struktural yang memiliki pengaruh pada ekspresi Besarnya jumlah gen di sel eukariot dan beragamnya faktor
gen tersebut. Potongan-potongan DNA yang diperkirakan regulatorik transkripsi menyebabkan penyusunan menjadi
mengandung elemen regulatorik diligasi pada gen reporter masalah. Mengapa sebagian gen mengalami
yang cocok dan dimasukkan ke dalam sel pejamu (Gambar
38-12). Ekspresi basal gen reporter akan meningkat jika DNA
mengandung suatu penguat. Penambahan hormon atau
logam berat ke medium biakan akan meningkatkan ekspresi 3
1 2
gen reporter jika DNA mengandung elemen respons hormon
(HRE) atau logam (MRE) (Gambar 38-13). Lokasi elemen Gen A
dapat diketahui dengan menggunakan potongan-potongan
4
DNA yang semakin pendek, delesi, atau mutasi titik (Gambar 1
3
38-13).
Gen B
Strategi ini, biasanya menggunakan biakan sel yang
ditransfeksi (yi. sel yang diinduksi untuk menyerap DNA
2
eksogen), menyebabkan teridentifikasinya lusinan penguat,
represor, elemen spesifik-jaringan, serta elemen respons 1
3
obat, logam berat, dan hormon. Aktivitas suatu gen di
5
banyak keadaan mencerminkan interaksi berbagai elemen Gen C
DNA cis-acting ini dengan faktor-faktor trans-acting terkait.
GAMBAR 38–14 Kombinasi elemen DNA dan protein
Secara keseluruhan, hasil akhir transkripsi ditentukan oleh menghasilkan keberagaman respons suatu gen. Gen A diaktifkan
keseimbangan antara pengisyaratan positif dan negatif pada (lebar tanda panah menunjukkan tingkat) oleh kombinasi protein
perangkat transkripsi. Tantangannya sekarang adalah aktivator transkripsi 1, 2, dan 3 (mungkin dengan koaktivator, seperti
menguraikan mekanisme terjadinya hal ini di tingkat diperlihatkan di Gambar 36-10). Gen B diaktifkan, dalam hal ini secara
molekular sehingga kita mungkin akhirnya memiliki lebih efektif, oleh kombinasi 1,3, dan 4; perhatikan bahwa faktor
transkripsi 4 tidak berkontak langsung dengan DNA dalam contoh ini.
kemampuan untuk memodulasi transkripsi gen dalam Aktivator dapat membentuk suatu jembatan linier yang
konteks terapi. menghubungkan perangkat basal dengan promotor, atau hal ini
dicapai dengan membentuk lengkungan pada DNA. Pada keduanya,
Kombinasi Elemen DNA dan Protein Terkait tujuannya adalah untuk mengarahkan perangkat transkripsi basal ke
promotor. Gen C diinaktifkan oleh kombinasi faktor transkripsi 1, 5,
Menghasilkan Keberagaman Respons dan 3; dalam hal ini, faktor 5 diperlihatkan menghambat pengikatan
esensial faktor 2 dengan DNA, seperti terjadi di contoh A. Jika
Gen prokariot sering diatur secara "mati-hidup" (on-off) aktivator 1 membantu represor 5 berikatan dan jika pengikatan
sebagai respons terhadap pengaruh lingkungan seder- aktivator 1 memerlukan ligan (titik solid), dapat dilihat bagaimana
hana. Sebagian gen eukariot diatur dengan cara "hidup- ligan dapat mengaktifkan satu gen di suatu sel (gen A) dan menekan
mati" sederhana ini, tetapi proses di kebanyakan gen, gen yang lain (gen C) di sel yang sama.

transkripsi di sel tertentu sementara yang lain tidak? Jika 1. Pengikatan harus berlangsung dengan afinitas tinggi
penguat dapat mengatur beberapa gen dari kejauhan pada tempat spesifik dan dengan afinitas rendah pada
puluhan ribu basa dan tidak bergantung pada posisi dan DNA lain.
orientasi, bagaimana cara agar penguat tersebut tidak 2. Sebagian kecil protein berkontak langsung dengan
memicu transkripsi semua gen di dekatnya yang terkait DNA; bagian protein sisanya, selain menyediakan
secara cis? Sebagian solusi masalah ini dicapai dengan domain trans-aktivasi, dapat terlibat dalam dimerisasi
menyusun kromatin dalam unit-unit fungsional yang monomer protein pengikat, dapat menyediakan
membatasi pola ekspresi gen. Hal ini dapat dicapai dengan permukaan kontak untuk membentuk heterodimer,
memerintahkan kromatin membentuk struktur dengan menyediakan satu atau lebih tempat untuk mengikat
matriks nukleus atau entitas fisik lain, atau kompartemen di ligan, atau dapat menyediakan permukaan untuk
dalam nukleus. Cara lain, sebagian regio dikontrol oleh berinteraksi dengan koaktivator atau korepresor.
elemen DNA kompleks yang disebut locus control regions 3. Interaksi protein-DNA dipertahankan oleh ikatan
(LCR, regio kontrol lokus). LCR—dengan protein terkaitnya hidrogen, interaksi ionik, dan gaya van der Waals.
—mengontrol ekspresi sekelompok gen. LCR yang paling 4. Motif yang ditemukan di berbagai protein ini bersifat
dikenal adalah regio yang mengontrol ekspresi famili gen unik; keberadaan motif dalam suatu protein yang
globin pada regio DNA yang besar. Mekanisme lain adalah fungsinya belum diketahui mengisyaratkan bahwa
melalui penggunaan insulator. Elemen DNA ini yang juga protein tersebut dapat berikatan dengan DNA.
berikatan dengan satu atau lebih protein, mencegah penguat
bekerja pada promotor di sisi lain insulator pada domain 5. Protein dengan motif helix-turn-helix atau leucine
transkripsi yang Iain. Karena itu, insulator berfungsi sebagai zipper membentuk dimer simetrik, dan tempat
pengikatan DNA-nya adalah palindrom simetris.
elemen perbatasan (boundary element) transkripsi.
Pada protein dengan motif zinc finger, tempat
pengikatan diulang dua sampai sembilan kali. Ciri
BEBERAPA MOTIF PADA ini memungkinkan terjadinya interaksi kooperatif
PROTEIN FAKTOR TRANSKRIPSI antara tempat-tempat pengikatan dan meningkat-
kan derajat dan afinitas pengikatan.
REGULATORIK BERISI DOMAIN
PENGIKAT DNA Motif Helix-Turn-Helix
Spesifisitas yang berperan dalam kontrol transkripsi Motif pertama yang diuraikan adalah helix-turn-helix.
mengharuskan protein-protein regulatorik berikatan Analisis terhadap struktur 3D regulator transkripsi Cro
dengan afinitas dan spesifisitas tinggi pada bagian DNA mengungkapkan bahwa setiap monomer terdiri dari tiga
yang tepat. Tiga motif unik—helix-turn-helix, zinc finger lembar β antiparalel dan tiga α-heliks (Gambar 38-15).
(jari seng), dan leucine zipper (risleting leusin)— Dimer dibentuk oleh ikatan lembar-lembar β3 antiparalel.
membentuk sebagian besar interaksi spesifik protein-DNA Heliks α3, membentuk permukaan untuk mengenali DNA,
ini. Contoh protein yang mengandung motif-motif ini dan bagian molekul sisanya tampaknya berperan
disajikan di Tabel 38-3. menstabilkan struktur-struktur ini. Garis tengah rata-rata
Pembandingan aktivitas pengikatan protein-protein yang satu heliks α adalah 1,2 nm, yang kira-kira setara dengan
ukuran alur mayor dalam DNA bentuk B.
mengandung motif-motif tersebut menghasilkan beberapa
generalisasi penting. Domain pengenal DNA pada masing-masing monomer
Cro berinteraksi dengan 5 bp dan tempat pengikatan dimer
TABEL 38–3 Contoh Faktor Transkripsi yang Mengandung terentang sejauh 3,4 nm yang memungkinkan dimer masuk
Berbagai Motif Pengikatan DNA pas ke dalam separuh putaran alur mayor permukaan
yang sama (Gambar 38-15). Analisis sinar-X terhadap
Motif Pengikatan Organisme Protein Regulatorik
represor λ cI, CAP (protein reseptor cAMP pada E. coli),
Helix-turn-helix E coli Represor lac CAP represor triptofan, dan represor faga 434 juga
Faga Represor λcI, cro, dan 434 memperlihatkan struktur helix-turn-helix dimerik yang juga
terdapat pada protein pengikat DNA di sel eukariot (lihat
Mamalia Protein homeobox Tabel 38-3).
Zinc finger E coli Protein gen 32

Ragi Gal4
Motif Zinc finger
Drosophila Serendipity, hunchback Zinc finger ("jari seng") adalah motif pengikatan DNA
Xenopus tFIIIa kedua yang struktur tingkat atomnya berhasil diungkap.
Mamalia Famili reseptor steroid, Diketahui bahwa protein TFIIIA, suatu regulator positif
Sp 1 transkripsi gen RNA 5S, memerlukan seng agar dapat
Leucine zipper Ragi GCN4
bekerja. Analisis struktural dan biofisik mengungkapkan
Mamalia
bahwa masing-masing molekul TFIIIA mengandung
C/eBp, fos, Jun, Fra-1,
protein pengikat CRE sembilan ion seng dalam kompleks terkoordinasi berulang
(CreB), c-myc, n-myc, I-myc

Sumbu simetri
dua kali lipat
α2
α3
α1
N C
β1 α2
34 Å β2
β3
α3
Sumbu
simetri dua β3
kali lipat β2
α3 β1
α2
C N α1
α3
34 Å
α2
GAMBAR 38–15 Gambaran skematis struktur tiga-dimensi protein Cro dan pengikatannya pada DNA melalui motif
helix-turn-helix (kiri). Monomer Cro terdiri dari tiga lembar β antiparalel (β1-β3) dan tiga heliks alfa (α1-α3). Motif helix-
turn-helix terbentuk karena heliks α3 dan α2 tersusun 90 derajat satu sama lain oleh suatu lengkungan yang terdiri dari
empat asam amino. Heliks α3, pada Cro adalah permukaan yang mengenali DNA (berarsir). Dua monomer berikatan
melalui lembar β3 antiparalel untuk membentuk sebuah dimer yang memiliki sumbu simetri dua kali lipat (kanan). Dimer
Cro berikatan dengan DNA melalui heliks α3, masing-masing dengan kontak sekitar 5 bp pada permukaan alur mayor yang
sama (lihat Gambar 34-2 dan 38-6). Jarak antara titik-titik sepadan pada dua heliks α DNA adalah 34 A, yaitu lebar satu
putaran lengkap pada heliks ganda. (Sumbangan B Matthews).
yang terbentuk oleh residu sistein-ke-sistein tersusun putaran alur mayor. Seperti halnya domain pengenal
rapat diikuti oleh 12-13 asam amino, kemudian pasangan DNA pada protein helix-turn-helix, setiap jari seng
histidin-ke-histidin (Gambar 38-16). Pada beberapa keada- TFIIIA berkontak dengan 5 bp DNA. Pentingnya motif
an terutama pada famili reseptor hormon steroid-tiroid di ini pada kerja hormon steroid ditekankan oleh "experiment
nukleus pasangan His-His diganti oleh pasangan Cys-Cys of nature" (percobaan oleh alam). Mutasi satu asam amino di
kedua. Protein yang mengandung jari seng tampaknya salah satu dari dua jari seng pada protein reseptor
terletak di salah satu permukaan heliks DNA, dengan jari- 1,25(OH)2-D3 menyebabkan resistensi terhadap kerja
jari yang tersusun berselang-seling dalam satu hormon ini dan sindrom klinis rakitis.
Motif Leucine Zipper

Analisis cermat terhadap suatu sekuens 30 asam amino di
regio terminal karboksil enhancer binding protein (protein
pengikat penguat) C/EBP mengungkapkan adanya suatu
struktur baru, yaitu, motif leucine zipper. Seperti
diperlihatkan di (Gambar 38-17), regio protein ini
membentuk suatu heliks αyang mengandung pengulangan
C C C H
Zn Zn
periodik residu leusin di setiap posisi ketujuh. Hal ini
C C C H terjadi untuk delapan putaran heliks dan empat
pengulangan Ieusin. Struktur serupa telah ditemukan pada
sejumlah protein lain yang berkaitan dengan regulasi
Jari seng Cys-Cys Jari seng Cys-Cys
transkripsi pada sel mamalia dan ragi. Struktur ini
GAMBAR 38–16 Jari seng adalah serangkaian domain berulang memungkinkan dua monomer identik atau nonidentik
(dua sampai sembilan). Setiap inti jari seng berbentuk koordinasi (mis. Jun-Jun atau Fos-Jun) untuk "zip together" (menyatu)
tetrahedral dengan seng. Pada kasus TFIIIA, koordinasi disediakan oleh
pasangan residu sistein (C) yang dipisahkan 12-13 asam amino dari dalam kumparan yang bergelung dan membentuk
sepasang residu histidin (H). Pada protein jari seng yang lain, pasangan kompleks dimerik ketat (Gambar 38-17). Interaksi antar-
kedua juga terdiri dari residu C. Jari seng berikatan dengan alur mayor, protein ini dapat berfungsi meningkatkan ikatan domain-
dengan jari-jari yang berdekatan berkontak dengan 5 bp di permukaan domain pengikat DNA yang terpisah dengan sasaran
heliks yang sama.
masing-masing (Gambar 38-17).

A B
L
L
22 L
15 NH2
L
8
1 F
L
I E V
RD N
4 5
COOH
COOH
2 T
R 7 R
Q S
T R
Q
NH2
S 3 6 D
K E
R D
G R
GAMBAR 38–17 Motif leucine zipper. (A) memperlihatkan analisis roda heliks dari suatu bagian terminal karboksil protein pengikat DNA C/EBP.
Sekuens asam amino diperlihatkan dari ujung-ke-ujung hingga sumbu heliks α. Roda heliks terdiri dari tujuh jari-jari yang berkorespondensi dengan tujuh
asam amino yang membentuk dua putaran heliks α. Perhatikan bahwa residu leusin (L) terdapat di setiap posisi ketujuh (dalam skema ini residu asam
amino C/EBP 1,8,15,22; lihat tanda panah). Protein lain dengan "Ieucine zipper" memiliki pola roda heliks serupa. (B) adalah model skematis domain
pengikat DNA pada C/EBP. Dua rantai polipeptida C/EBP yang identik disatukan dalam bentuk dimer oleh domain leucine zipper masing-masing
polipeptida (ditandai oleh persegi dan oval yang melekat padanya). Ikatan ini tampaknya diperlukan untuk menahan domain-domain pengikat DNA pada
setiap polipeptida (persegi berarsir) dalam konformasi yang tepat untuk mengikat DNA. (Sumbangan S McKnight).
DOMAIN PENGIKAT DNA & Gal4-DBD-Gal4-AD

AD
+1
DOMAIN TRANS-AKTIVASI A
DBD
GAL1 gene Aktif
TERPISAH PADA SEBAGIAN

UASGAL/Penguat
BESAR PROTEIN REGULATORIK LexA-DBD-Gal4-AD

AD
DBD +1
Pengikatan DNA dapat menyebabkan perubahan kon-

formasi umum yang memungkinkan protein yang berikatan B GAL1 gene Inaktif
mengaktifkan transkripsi, atau kedua fungsi ini dapat UASGAL/Penguat
dilakukan oleh domain yang berbeda dan independen.

Berbagai eksperimen mengisyaratkan bahwa hal terakhirlah LexA DBD-Gal4-AD
AD +1
yang berlaku. DBD
Produk gen GAL1 berperan dalam metabolisme ga- C GAL1 gene Aktif
laktosa pada sel ragi. Transkripsi gen ini dikontrol secara Operator lexA
positif oleh protein GAL4 yang berikatan dengan upstream

activator sequence (UAS) atau penguat, melalui domain
GAMBAR 38–18 Eksperimen pertukaran domain memperlihat-
terminal amino. Domain pengikat DNA (DBD) 73-asam kan sifat independen domain pengikat DNA dan domain aktivasi
amino terminal amino pada GAL4 dikeluarkan dan diganti transkripsi. Promotor gen GAL1 mengandung upstream activating
oleh DBD LexA, suatu protein pengikat DNA dari E. coli. sequence (UAS) atau penguat yang berikatan dengan faktor transkripsi
Penggantian domain ini menghasilkan suatu molekul yang regulatorik GAL4 (A). GAL4, seperti protein cl lamda, bersifat modular
tidak mengikat UAS GAL1 dan, tentu saja, tidak dan memiliki DBD terminal-N dan domain aktivasi (AD) terminal-C. Saat
faktor transkripsi GAL4 mengikat penguat/UAS GAL1, terjadi aktivasi
mengaktifkan gen GAL1 (Gambar 38-18). Namun, jika transkripsi gen GAL (Aktif). Suatu protein gabungan (chimeric protein),
operator lexA—sekuens DNA yang secara normal diikat oleh dengan domain pengikat DNA terminal amino GAL4 yang dikeluarkan
DBD lexA—disisipkan ke dalam regio promotor gen GAL dan diganti oleh DBD protein LexA E. coli (LexA DBD-GAL4 AD) gagal
sehingga menggantikan penguat GAL1 normal, protein merangsang transkripsi GAL1 karena DBD LexA tidak dapat mengikat
penguat/UAS GAL1 (B). Sebaliknya (C), protein fusi DBD LexA-AD GAL4
hibrid akan berikatan dengan promotor ini (di operator lexA)
memang meningkatkan transkripsi GAL1 jika operator lexA (sasaran
dan mengaktifkan transkripsi GAL1. Eksperimen ini yang alami DBD LexA) disisipkan ke dalam regio promotor GAL1 yang
telah dilakukan berulang kali, memberi bukti kuat bahwa menggantikan UAS GAL1 normal.
regio terminal karboksil GAL4 menyebabkan aktivasi
transkripsi. Data ini juga memperlihatkan bahwa DBD dan
domain transaktivasi (AD) terpisah dan tidak berinteraksi.

TABEL 38–4 Pada Sel Eukariot, Ekspresi Gen Diatur oleh

2
Domain Transkripsi dan Berbagai Cara Lain di Tingkat RNA
aktivitas 1-4
• Amplifikasi gen
Domain pengikat ligan 3
1 • Tata-ulang gen
4 • Pemrosesan RNA
Domain pengikat DNA • Alternatif penggabungan (Alternate splicing) mRNA
• Transpor mRNA dari nukleus ke sitoplasma
• Regulasi stabilitas mRNA
• Pemisahan kompartemen
GAMBAR 38–19 Protein yang mengatur transkripsi memiliki
beberapa domain. Faktor transkripsi hipotetis ini memiliki sebuah • Pembungkaman atau aktivasi ncRNA
domain pengikat DNA (DBD) yang berbeda dari domain pengikat
ligan (LBD) dan beberapa domain aktivasi (AD) (1-4). Protein lain
mungkin tidak memiliki DBD atau LBD dan semua dapat memiliki banyak kemajuan telah dibuat dalam beberapa tahun terakhir
domain (dengan jumlah bervariasi) yang berkontak dengan protein dalam memahami dari ekspresi gen eukariotik. Namun,
lain, termasuk ko-regulator dan protein pada kompleks transkripsi karena kebanyakan organisme eukariot menganclung jauh
basal (lihat juga Bab 41 dan 42).
lebih banyak informasi genetik dibandingkan dengan
Hierarki yang berperan dalam perakitan kompleks aktivasi prokariot, dan karena manipulasi gen-gen tersebut sangat
transkripsi gen mencakup berbagai protein yang mengikat sulit, aspek molekular regulasi gen eukariot jauh lebih sedikit
DNA dan melakukan transaktivasi; berbagai protein lain dipahami dibandingkan dengan contoh-contoh yang
yang membentuk kompleks antarprotein yang menjemba- dikemukakan sebelumnya. Bagian ini secara singkat
tani protein pengikat-DNA ke protein trans-activating; dan menguraikan beberapa jenis regulasi gen pada sel eukariot.
protein lain yang membentuk kompleks antarprotein dengan
komponen koregulator atau perangkat transkripsi basal. ncRNAs Memodulasi Ekspresi Gen dengan
Oleh sebab itu, satu protein dapat memiliki beberapa Mengubah Fungsi mRNA
permukaan atau domain yang memiliki fungsi berbeda
Seperti tercantum dalam Bab 35 kelas baru ditemukan
(Gambar 38–19). (Tidak ditampilkan di sini, tapi DNA
dari mana-mana RNA noncoding eukariotik, disebut mi/
mengikat protein represor diorganisir sama dengan
siRNA dan lncRNA kontribusi penting dalam
dipisahkan DBD dan membungkam domain). Seperti
mengontrol ekspresi gen. Mekanisme kerja dari miRNA
dijelaskan di Bab 36, tujuan utama pembentukan berbagai
dan siRNA kecil yang dapat dipahami. RNA dengan panjang
kompleks ini adalah mempermudah penyusunan dan/atau
sekitar 22 nukleotida ini meregulasi sifat dapat
aktivitas perangkat transkripsi basal pada promotor terkait-
diterjemahkan (translatability) mRNA tertentu, baik dengan
cis.
menghambat translasi, maupun menginduksi penguraian
REGULASI GEN PADA PROKARIOT mRNA; meskipun dalam beberapa kasus, miRNA terbukti
merangsang fungsi mRNA (translasi). Setidaknya sebagian
DAN EUKARIOT BERBEDA DALAM dari modulasi aktivitas mRNA oleh miRNA diperkirakan
BEBERAPA ASPEK PENTING berlangsung di badan P (Gambar 37-11). Kerja miRNA dapat
menyebabkan perubahan dramatis pada pembentukan protein
Selain transkripsi, sel eukariot menggunakan beragam dan ekspresi gen. ncRNAs dikaitkan dengan berbagai penyakit
mekanisme untuk mengatur ekspresi gen (Tabel 38-4). manusia, seperti penyakit jantung, kanker, peletihan otot,
Dibandingkan dengan gen prokariot, dalam ekspresi gen infeksi virus, dan diabetes.
eukariot lebih banyak tahap berperan, terutama dalam miRNAs dan siRNAs, seperti faktor transkripsi pengikat
pemrosesan RNA, dan tahap-tahap ini memberikan tempat DNA yang dijelaskan di atas, bersifat aktif-trans; dan sekali
tambahan bagi pengaruh regulatorik yang tidak terdapat disintesis dan diproses, miRNA berinteraksi dengan protein
pada prokariot. Tahap-tahap pemrosesan RNA pada spesifik dan mengikat mRNA sasaran (lihat Gambar 36–17).
eukariot ini yang diuraikan secara rinci di Bab 36, mencakup Pengikatan miRNA pada sasaran mRNA mengikuti aturan
pembentukan tudung (capping) di ujung 5' transkrip primer, pembentukan pasangan basa normal. Secara umum, jika
penambahan ekor poliadenilat ke ujung 3' transkrip, dan pembentukan pasangan basa miRNA-mRNA memiliki satu
eksisi regio-regio intron untuk menggabungkan (splicing) atau lebih ketaksesuaian (mismatch), translasi mRNA
ekson pada molekul mRNA matur. Sampai saat ini, analisis "sasaran" dihambat, sedangkan jika pembentukan pasangan
terhadap ekspresi gen eukariot membuktikan bahwa regulasi basa miRNA-mRNA sempurna pada 22 nukleotida, mRNA
berlangsung di tingkat transkripsi, pemrosesan RNA yang bersangkutan diuraikan.
nukleus, stabilitas mRNA, dan translasi. Selain itu, Dengan semakin terungkapnya peran penting miRNA,
amplifikasi dan tata-ulang gen memengaruhi ekspresi gen. banyak ilmuwan dan perusahaan bioteknologi aktif mempe-
Karena munculnya teknologi DNA rekombinan dan DNA lajari biogenesis, transpor, dan fungsi miRNA dengan
throughput yang tinggi dan pengurutan RNA (Bab 39),

harapan dapat digunakan untuk menyembuhkan penyakit mRNA rantai berat dan ringan IgG disandi oleh
manusia. Waktu yang akan menjawab seberapa besar dan beberapa segmen berbeda yang berulang secara tandem di sel
universal regulasi gen yang diperantarai miRNA. germinativum. Oleh sebab itu, contohnya, rantai ringan IgG
terdiri dari domain atau segmen variabel (VL), joining (taut,
Gen Eukariot dapat Mengalami Amplifikasi penghubung, JL), dan konstan (CL). Untuk subset tertentu
atau Tata-ulang Sewaktu Perkembangan atau rantai ringan IgG, terdapat sekitar 300 segmen penyandi gen
VL yang berulang secara tandem, lima sekuens penyandi JL
Sebagai Respons Terhadap Obat yang tersusun secara tandem, dan sekitar 10 segmen
Sewaktu tahap awal perkembangan organisme metazoa, penyandi gen CL. Semua regio penyandi multipel ini terletak
terjadi peningkatan mendadak kebutuhan akan molekul- di daerah yang sama pada kromosom yang sama, dan
molekul spesifik, seperti molekul RNA ribosom dan RNA masing-masing jenis segmen penyandi (VL, JL, and CL)
messenger untuk berbagai protein yang membentuk organ berulang secara tandem dalam urutan kepala-ke-ekor dalam
seperti cangkang telur. Salah satu cara untuk meningkat-kan regio pengulangan. Dengan memiliki berbagai segmen VL,
laju pembentukan molekul tersebut adalah dengan JL, dan CL yang dapat dipilih, sebuah sel imun memiliki lebih
meningkatkan jumlah gen yang tersedia untuk transkripsi banyak pilihan sekuens yang dapat diolah untuk
molekul-molekul spesifik ini. Di antara berbagai sekuens memperoleh fleksibilitas dan spesifisitas imun. Namun, unit
DNA berulang terdapat ratusan salinan gen RNA ribosom. transkripsi rantai ringan IgG fungsional tertentu—seperti
Gen-gen ini terdapat secara berulang di DNA gamet dan semua unit transkripsi "normal" pada mamalia—hanya
karena itu diwariskan dalam jumlah salinan yang besar dari mengandung sekuens penyandi untuk satu protein. Jadi,
generasi ke generasi. Pada beberapa organisme spesifik, sebelum rantai IgG tertentu dapat diekspresikan, harus
misalnya lalat buah (Drosophila), selama oogenesis dilakukan rekombinasi satu sekuens penyandi VL, JL, dan CL
berlangsung terjadi amplifikasi beberapa gen yang sudah untuk menghasilkan satu unit transkripsi berdampingan
ada, misalnya gen-gen untuk protein khorion (cangkang tanpa segmen-segmen yang tidak digunakan (yi. sekitar 300
telur). Kemudian, gen-gen yang mengalami amplifikasi ini, segmen VL empat segmen JL, dan sembilan segmen CL
yang mungkin dihasilkan oleh proses inisiasi berulang sisanya yang tidak digunakan). Delesi informasi genetik yang
sewaktu sintesis DNA, menghasilkan tempat-tempat untuk tidak digunakan ini dilakukan melalui proses rekombinasi
transkripsi gen (Gambar 36-4 dan 38-20). Sisi gelap dari DNA selektif yang mengeluarkan DNA penyandi yang tidak
amplifikasi gen spesifik adalah fakta bahwa pada sel manusia dibutuhkan sambil mempertahankan sekuens-sekuens
resistensi obat dapat mengembangkan pada pengobatan penyandi yang diperlukan: satu sekuens VL satu sekuens JL,
terapi diperpanjang karena amplifikasi dan ekspresi dan satu sekuens CL. (Sekuens VL dapat mengalami
peningkatan dari gen yang menyandi protein yang baik mutagenesis titik tambahan untuk meningkatkan
menurunkan, atau pompa, obat untuk sel target. variabilitas, karena itu diberi nama demikian). Oleh sebab
Seperti disinggung di Bab 36, pada genom mamalia itu, sekuens rekombinasi yang baru membentuk satu unit
sekuens-sekuens penyandi yang berperan menghasilkan transkripsi yang kompeten bagi transkripsi yang diperantarai
molekul protein spesifik sering tidak bersambungan. Hal ini oleh RNA polimerase II menjadi mRNA monosistronik.
terutama teriihat pada gen penyandi antibodi. Seperti Meskipun gen-gen IgG merupakan salah satu contoh tata-
diuraikan secara rinci di Bab 52, imunoglobulin terdiri dari ulang DNA terarah pemodulasi ekspresi gen yang paling
dua polipeptida yang disebut rantai berat (sekitar 50 kDa) dan banyak diteliti, namun di dalam literatur telah banyak
rantai ringan (sekitar 25 kDa). mRNA yang menyandi kedua dilaporkan penyebab lain tata-ulang DNA regulatorik.
subunit protein ini dikode oleh sekuens-sekuens gen yang
banyak mengalami perubahan sandi sekuens DNA. Ber- Mekanisme Kontrol Lain adalah Pemrosesan
bagai perubahan sandi DNA ini merupakan aspek integral RNA Alternatif
dalam keberagaman pengenalan yang menjadi hal pokok
dalam fungsi sistem imurtologi. Selain memengaruhi efisiensi pemakaian promotor, sel
eukariot menerapkan pemrosesan RNA alternatif untuk
mengontrol ekspresi gen. Hal ini dapat tercapai jika
Tidak diamplifikasi s36 s38 digunakan promotor, tempat-tempat penggabungan intro-
ekson atau tempat poliadenilasi altematif. Kadang-kadang di
s36 s38 dalam sebuah sel terbentuk heterogenitas, tetapi biasanya
yang terjadi adalah transkrip primer yang sama diproses
secara berbeda di jaringan yang berbeda. Beberapa contoh
Diamplifikasi dari masing-masing regulasi tipe ini diberikan di bawah.
Pemakaian tempat awal transkripsi alternatif meng-
hasilkan ekson 5' yang berbeda pada mRNA rantai ringan
miosin dan amilase mencit, glukokinase tikus, dan aktin dan
GAMBAR 38–20 Gambaran skematis amplifikasi gen protein alkohol dehidrogenase Drosophila. Tempat poliadenilasi
khorion s36 dan s38. (Diproduksi ulang atas izin Chisholm R. Gene alternatif di transkrip primer rantai berat imunoglobulin μ
amplification during deveiopment. Trends Biochem Sci 1982;7:161. menghasilkan mRNA yang panjangnya 2700 basa (μm) atau
Copyright © 1982. Dicetak ulang atas izin Elsevier). 2400 basa (μs). Hal ini menghasilkan regio terminal karboksil
berbeda pada protein yang disandi sedemikian rupa sehingga Delesi UTR 5' menghasilkan pemanjangan waktu paruh
protein μm tetap melekat pada membran limfosit B dan mRNA c-myc selama tiga kali sampai lima kali lipat.
imunoglobulin μs disekresikan. Penggabungan dan pem- Pemendekan regio penyandi mRNA histon menyebabkan
rosesan alternatif menghasilkan pembentukan tujuh mRNA pemanjangan waktu-paruh. Suatu bentuk autoregulasi pada
α-troponrdosin unik di tujuh jaringan yang berbeda. Belum stabilitas mRNA secara tidak langsung melibatkan regio
jelas bagaimana keputusan penggabungan-pemrosesan ini penyandi. Bentuk bebas tubulin berikatan dengan empat
diambil atau apakah langkah-langkah ini dapat diatur. asam amino pertama suatu rantai tubulin nasen sewaktu
keluar dari ribosom. Hal ini tampaknya mengaktifkan RNase
Regulasi Stabilitas RNA Messenger Adalah yang berkaitan dengan ribosom yang kemudian mencerna
Mekanisme Kontrol Lainnya mRNA tubulin.
Struktur-struktur di ujung 3', termasuk ekor poli(A),
Meskipun sebagian besar mRNA pada sel mamalia sangat
meningkatkan atau menurunkan stabilitas mRNA spesifik.
stabil (waktu paruh dalam hitungan jam), sebagian bertukar
Ketiadaan ekor poli(A) dilaporkan berkaitan dengan
sangat cepat (waktu paruh 10-30 menit). Pada beberapa penguraian cepat mRNA, dan pengeluaran ekor poli(A)
keadaan, stabilitas mRNA menjadi subjek regulasi. Hal ini
dari sebagian RNA menyebabkan destabilisasi RNA
memiliki dampak penting karena biasanya terdapat
tersebut. mRNA histon tidak memiliki ekor poli(A) tetapi
hubungan langsung antara jumlah mRNA dan translasi
memiliki sekuens di dekat terminal 3' yang dapat
mRNA menjadi proteinnya. Dengan demikian, perubahan membentuk suatu struktur lengkung (stem-loop), dan hal
stabilitas mRNA tertentu memiliki dampak besar pada
ini tampaknya menimbulkan resistensi terhadap serangan
proses-proses biologis.
eksonukleolitik. mRNA histon H4, contohnya, diuraikan
RNA messenger terdapat di sitoplasma sebagai partikel dalam arah 3' ke 5', tetapi hanya setelah satu pemotongan
ribonukleo protein (RNP). Sebagian protein ini melindungi endonukleolitik pada sekitar sembilan nukleotida dari ujung
mRNA dari pencernaan oleh nuklease, sementara yang lain 3' di regio struktur lengkung putatif tersebut. Struktur
(dalam keadaan tertentu) dapat memacu serangan nuklease. lengkung di sekuens noncoding 3' juga penting untuk
Diduga bahwa mRNA mengalami stabilisasi atau regulasi (oleh besi) mRNA yang menyandi reseptor
destabilisasi oleh interaksi protein-protein dengan berbagai transferin. Struktur lengkung juga berkaitan dengan stabilitas
struktur atau sekuens ini. Efektor tertentu, misalnya mRNA pada bakteri yang mengisyaratkan bahwa mekanisme
hormon, dapat mengatur stabilitas mRNA dengan mening- ini dapat sering digunakan.
katkan atau menurunkan jumlah protein-protein ini.
Sekuens-sekuens Iain di ujung 3' mRNA eukariot ter-
Tampaknya bahwa ujung-ujung molekul mRNA tentu tampaknya terlibat dalam destabilisasi molekul ini.
berperan dalam stabilitas mRNA (Gambar 38-21). Sebagian destabilisasi ini diperantarai oleh kerja miRNA
Struktur tudung 5' pada mRNA eukariot mencegah serangan spesifik, seperti yang dijelaskan di atas. Selain itu, bagian
oleh eksonuklease 5', dan ekor poli(A) menghambat kerja yang menarik adalah regio yang kaya akan AU, banyak dari
eksonuklease 3'. Pada molekul mRNA yang memiliki regio ini mengandung sekuens AUUUA. Sekuens ini muncul
struktur-struktur ini, diperkirakan bahwa satu pemotong- di mRNA yang memiliki waktu-paruh yang sangat singkat,
an endonukleolitik memungkinkan eksonuklease menye- termasuk sebagian yang menyandi sitokin dan protein
rang dan mencerna keseluruhan molekul. Struktur onkogen. Pentingnya regio ini diperkuat oleh suatu
(sekuens) lain di regio 5' yang tidak ditranslasikan (5' eksperimen dengan dilakukannya penambahan sekuens yang
untranslated region, UTR 5'), regio penyandi, dan UTR 3' berkorespondensi yang mengandung sekuens AULTUA
diperkirakan mendorong atau menghambat efek UTR 3' mRNA colony stimulating factor (CSF; memiliki
endonukleolitik inisial ini (Gambar 38-21). Beberapa contoh waktu-paruh singkat) pada ujung 3' mRNA β-globin. mRNA
ilustratif akan diberikan di bawah ini. β-globin hibrid ini, bukannya menjadi sangat stabil, kini
5-UTR 3-UTR
Tudung 5' AUG Penyandi UAA AUUUA A–(A)n–AOH 3′
GAMBAR 38–21 Struktur satu mRNA eukariot tipikal yang memperlihatkan elemen-elemen yang terlibat
dalam mengatur stabilitas mRNA. mRNA eukariot tipikal memiliki satu sekuens nonpenyandi 5', atau regio yang
tidak ditranslasikan 5` (UTR 5',5' untranslated regio), satu regio penyandi, dan satu regio yang tidak ditranslasikan
(UTR 3'). Semua mRNA memiliki tudung di ujung dan sebagian besar memiliki sekuens poliadenilat (panjang 100-200
nukleoticia) di ujung 3'. Tudung 5' dan ekor poli(A) 3' melindungi mRNA dari serangan eksonuklease dan diikat oleh
protein spesifik yang berinteraksi untuk memfasilitasi translasi (lihat Gambar 37-7). Struktur lengkung (stem-loop) di
5' dan 3' NCS (noncoding sequence, sekuens nonpenyandi), dan regio yang kaya akan AU di 3' NCS diperkirakan
menjadi tempat pengikatan untuk protein-protein spesifik yang memodulasi stabilitas mRNA. Sasaran miRNA
biasanya adalah sekuens dalam UTR 3'.
450 BAGIAN VII Structure, Function, & Replication of Informational Macromolecules
memiliki waktu-paruh singkat yang khas untuk mRNA

CSF. Banyak metabolisme mRNA ini tampaknya ber-
REFERENSI
langsung di badan P sitoplasma. Bonasio R, Tu S, Reinberg D: Molecular signals of epigenetic states.
Science 2010;330:612–616.
Dari beberapa contoh di atas, jelaslah bahwa pada
Elkon R, Ugalde AP, Agami R: Alternative cleavage and polyade-
sejumlah mekanisme yang digunakan untuk meregulasi
nylation: extent, regulation and function. Nat Rev Genet
stabilitas mRNA dan juga fungsinya—sama seperti be- 2013;14:496–506.
berapa mekanisme yang mengatur sintesis mRNA.
Geisler S, Coller J: RNA in unexpected places: long non-coding
Regulasi terpadu terhadap kedua proses ini menyebabkan RNA functions in diverse cellular contexts. Nat Rev Mol Cell
sel memiliki kemampuan adaptasi yang tinggi. Biol 2013;14:699–712.
Hsin JP, Manley JL: The RNA polymerase II CTD coordinates tran-
RINGKASAN scription and RNA processing. Genes Dev 2012;26:2119–2137.
■ Hampir semua sel somatik metazoa memiliki konstitusi Ishihama A: Prokaryotic genome regulation: a revolutionary par-
genetik identik. adigm. Proc Jpn Acad Ser B Phys Biol Sci. 2012;88:485–508.
Jacob F, Monod J: Genetic regulatory mechanisms in protein synt-
■ Fenotipe (spesifisitas jaringan atau sel) ditentukan oleh
hesis. J Mol Biol 1961;3:318–356.
perbedaan dalam ekspresi gen dari komplemen gen-gen ini.
Klug A: The discovery of zinc fingers and their applications in ge-
■ Perubahan ekspresi gen memungkinkan sel untuk bisa ne regulation and genome manipulation. Annu Rev Biochem
beradaptasi terhadap perubahan lingkungan, isyarat 2010;79:213–231.
perkembangan, dan sinyal fisiologis. Kornblihtt AR, Schor IE, Alló M, Dujardin G, Petrillo E, Muñoz MJ:
■ Ekspresi gen dapat dikontrol di berbagai tingkatan oleh Alternative splicing: a pivotal step between eukaryotic
perubahan dalam transkripsi, pemrosesan RNA, lokalisasi, transcription and translation. Nat Rev Mol Cell Biol
dan stabilisasi atau utilisasi. Amplifikasi dan tata-ulang gen 2013;14:153–165.
juga memengaruhi ekspresi gen. Lemon B, Tjian R: Orchestrated response: a symphony of transcrip-
■ Kontrol transkripsi bekerja di tingkat interaksi protein-DNA tion factors for gene control. Genes Dev 2000;14:2551–2569.
dan interaksi antarprotein. Interaksi ini memperilhatkan Margueron R, Reinberg D: The polycomb complex PRC2 and its
modularitas dornain protein dan spesifisitas yang tinggi. mark in life. Nature 2011;469:343–349.
Nabel CS, Kohli RM: Demystifying DNA demethylation. Science
■ Di dalam faktor transkripsi telah ditemukan beberapa kelas 2011;333:1229–1230.
domain pengikat-DNA yang berbeda-beda. Ørom UA, Shiekhattar R: Long noncoding RNAs usher in a new
■ Pada eukariot, modifikasi kromatin dan DNA memiliki peran era in the biology of enhancers. Cell 2013;154:1190–1193.
penting untuk mengontrol transkripsi dengan memodulasi Pawlicki JM, Steitz JA: Nuclear networking fashions pre-messeng-
aksesibilitas dan menentukan perekrutan ko-aktivator dan ko- er RNA and primary microRNA transcripts for function.
represor spesifik ke gen sasaran. Trends Cell Biol 2010;20:52–61.
■ Beberapa mekanisme epigenetik untuk mengontrol gen Ptashn A Genetic Switch, 2nd ed. Cell Press and Blackwell Scien-
berhasil dijelaskan dan mekanisme molekular yang mendasari tific Publications, 1992.
proses-proses ini pada tingkat molekular mulai terungkap. Pugh BF: A preoccupied position on nucleosomes. Nat Struct Mol
Biol 2010;17:923.
■ ncRNAs memodulasi ekspresi gen. miRNA dan siRNA
Roeder RG: Transcriptional regulation and the role of diverse coa-
memodulasi translasi dan stabilitas mRNA; mekanisme-
ctivators in animal cells. FEBS Lett 2005;579:909–915.
mekanisme ini melengkapi kontrol transkripsi untuk
Schleif RF: Modulation of DNA binding by gene-specific transcri-
meregulasi ekspresi gen.
ption factors. Biochemistry 2013:52:6755–6765.
Small EM, Olson EN: Pervasive roles of microRNAs in cardiovas-
cular biology. Nature 2011;469:336–342.
Weingarten-Gabbay S, Segal E: The grammar of transcriptional
regulation. Human Genetics 2014;133:701-711.
Zhang Z, Pugh BF: High-resolution genome-wide mapping of the
primary structure of chromatin. Cell 2011;144:175–186.
Genetika Molekular,
39
B A B
DNA Rekombinan, dan

Teknologi Genomik
■ Mejelaskan prosedur dasar dan metode-metode yang terlibat dalam teknologi

TUJUAN DNA rekombinasi dan rekayasa genetik.

■ Memahami logika di balik metode-metode yang digunakan untuk menyintesis,
menganalisis, dan menentukan sekuens DNA dan RNA.
Anda diharapkan dapat
■ Menjelaskan cara mengindentifikasi dan menghitung jumlah setiap protein,
baik protein yang larut maupun yang tidak larut (yaitu, terikat membran atau
berada dalam suatu kompartemen intrasel) serta protein yang terikat pada
sekuens tertentu RNA dan DNA genomik.
PERAN BIOMEDIS* hepatitis B) dan pemeriksaan diagnostik (mis. pemerik-

saan Ebola dan AIDS). (4) Teknologi ini digunakan untuk
Perkembangan DNA rekombinan, microarray DNA densitas- mendiagnosis penyakit yang sudah diketahui dan mem-
tinggi, pemeriksaan penyaring hasil-tinggi (high-throughput), perkirakan risiko timbulnya suatu penyakit serta respons
analisis skala genom biaya-rendah, penentuan sekuens DNA, individu terhadap farmakologi obat. (5) Teknik-teknik
dan metodologi genetika molekular lain menimbulkan khusus telah membawa banyak kemajuan yang luar biasa
revolusi dalam bidang biologi dan berdampak semakin besar dalam ilmu kedokteran forensik. (6) Teknologi ini
pada ilmu kedokteran klinis. Penyakit genetik manusia telah memungkinkan ditemukannya terapi gen untuk seperti
banyak dipelajari melalui analisis silsilah dan penelitian penyakit sel sabit, talasemia, defisiensi adenosin deaminase,
terhadap protein yang terkena, tetapi pada banyak kasus dan penyakit lain.
dengan kelainan genetik spesifik yang tidak diketahui,
berbagai pendekatan ini tidak dapat digunakan. Teknologi- TEKNOLOGI DNA REKOMBINAN
teknologi baru di atas telah mengatasi berbagai kendala ini
dengan langsung menuju molekul DNA untuk memperoleh MELIBATKAN ISOLASI DAN
informasi. Manipulasi suatu sekuens DNA dan pembentukan
molekul kimerik (campuran/gabungan)—apa yang disebut
MANIPULASI DNA UNTUK
sebagai rekayasa genetik—merupakan suatu metode untuk MENGHASILKAN MOLEKUL
meneliti cara kerja suatu segmen DNA tertentu. Berbagai
perangkat biokimia dan genetika molekular baru serta CHIMERIC
penentuan sekuens DNA secara langsung memungkinkan Isolasi dan manipulasi DNA, termasuk penyambungan
para peneliti menyelidiki dan memanipulasi sekuens genom sekuens ujung-ke-ujung dari sumber yang sangat berbeda
serta meneliti seluruh komplemen RNA selular, profil untuk menghasilkan molekul gabungan (chimeric mole-
protein, dan keadaan modifikasi pascatranslasi (PTM) protein cules, misalnya molekul yang mengandung sekuens DNA
di tingkat molekular. manusia dan bakteri tanpa bergantung pada sekuensnya),
Teknologi ini perlu dipahami karena beberapa alasan: adalah intisari dari riset DNA rekombinan. Untuk me-
(1) Teknologi ini memberikan pendekatan rasional untuk lakukan hal ini diperlukan beberapa teknik unik dan reagen
memahami dasar molekular sejumlah penyakit. misalnya khusus.
hiperkolesterolemia familial, penyakit sel sabit, talasemia, Enzim Restriksi Memotong Rantai DNA di
fibrosis kistik, distrofi otot, serta penyakit multifaktorial yang
lebih kompleks seperti penyakit vaskular dan jantung, Lokasi Spesifik
penyakit Alzheimer kanker, obesitas dan diabetes. (2) Endonuklease tertentu—enzim yang memotong DNA di
Teknologi ini memungkinkan protein manusia dapat sekuens spesifik di dalam molekul DNA (berbeda dengan
diproduksi dalam jumlah besar untuk terapi (mis. insulin, eksonuklease, yang mencerna molekul DNA dari ujung-
hormon pertumbuhan, aktivator plasminogen jaringan). (3) ujungnya)—adalah alat kunci dalam riset DNA rekombinan.
Kita dapat memperoleh protein untuk membuat vaksin (mis. Enzim-enzim ini disebut enzim restriksi (restriction enzyme)
karena keberadaan enzim-enzim ini dalam bakteri tertentu
∗Lihat daftar istilah di akhir bab ini. 451

menghambat pertumbuhan virus bakteri tertentu yang TABEL 39–1 Endonuklease Restriksi Tertentu dan
disebut bakteriofaga. Enzim restriksi memotong DNA, dari Spesifitas Sekuensnya
manapun asalnya, menjadi potongan-potongan pendek dan Tempat Pemutusan
unit dengan cara yang spesifik-sekuens atau memotong pada Endonuklease Sekuens yang Dikenali Bakteri Sumber
sekuens tertentu—berbeda dengan metode enzimatik, kimiawi,
↓
atau fisik lain, yang memutus DNA secara acak. Enzim
BamHI GGATCC Bacillus
pertahanan ini (telah ditemukan hingga ratusan) melindungi CCTACC amyloliquefaciens H
DNA bakteri dari genom DNA organisme asing (terutama ↑
faga infektif) dengan secara spesifik menginaktivasi DNA
↓
faga yang menyerang melalui digesti. Sistem interferon yang BgIII AGATCT Bacillus globigii
dirangsang RNA virus (Bab 38; Gambar 38-11) memberikan TCTAGA
perlindungan molekular yang sama melawan virus RNA pada ↑
sel mamalia. Namun, endonuklease restriksi hanya terdapat ↓
di dalam sel yang juga memiliki enzim yang memetilasi EcoRI GAATTC Escherichia coli RY13
sekuens spesifik (site-specific) tersebut pada DNA pejamu, CTTAAC
dan menyebabkannya tidak dapat menjadi substrat untuk ↑
digesti bagi enzim restriksi khusus tersebut. Oleh sebab itu, ↓
DNA metilase site-specific dan enzim restriksi yang memiliki EcoRII CCTGG Escherichia coli R245
GGACC
target yang sama selalu berada berpasangan dalam suatu
↑
bakteri.
↓
Enzim restriksi diberi nama sesuai bakteri asalnya. HindIII AAGCTT Haemophilus
Contohnya, EcoRI berasal dari Escherichia coli, dan BamHI TTCGAA influenzae Rd
berasal dari Bacillus amyloliquifaciens (Tabel 39-1). Tiga ↑
huruf pertama adalah nama enzim restriksi yang terdiri dari ↓
huruf pertama genus (E) dan dua huruf pertama spesies (co). HhaI GCGC Haemophilus
Huruf-huruf ini dapat diikuti oleh nama galur (R) dan angka CGCG haemolyticus
romawi (I) untuk menunjukkan urutan penemuan (mis. ↑
EcoRI, dan EcoRII). Masing-masing enzim mengenali dan ↓
memotong sekuens DNA untai-ganda spesifik dengan HpaI GTTAAC Haemophilus
panjang 4-7 pb. Potongan-potongan DNA ini menghasilkan CAATTC Parainfluenza
↑
ujung tumpul (blunt ends) (mis. HpaI) atau ujung tumpang-
tindih (lengket atau kohesif) (mis. BamHI) (Gambar 39-1), ↓
MstII CCTnAGG Microcoleus strain
bergantung pada mekanisme yang digunakan oleh enzim.
GGAnTCC
Ujung lengket (sticky end) terutama bermanfaat dalam ↑
menciptakan molekul DNA hibrid atau chimeric (lihat
↓
bawah). Jika keempat nuldeoficla terdistribusi secara acak PstI CTGCAG Providencia stuartii
dalam sebuah molekul DNA, kita dapat menghitung GACGTC 164
seberapa sering suatu enzim akan memotong panjang sebuah ↑
DNA. Untuk setiap posisi di dalam molekul DNA, terdapat ↓
empat kemungkinan (A, C, G, dan T); oleh sebab itu, TaqI TCGA Thermus aquaticus YTI
sebuah enzim restriksi yang mengenali sekuens 4 pb akan AGCT
memotong, secara rata-rata, satu kali setiap 256 pb (44), ↓
sedangkan enzim lain yang mengenali sekuens 6 pb akan Singkatan: A, adenin; C, sitosin; G, guanin; T, timin. Tanda panah menunjukkan
memotong setiap 4096 pb (46). Sepotong DNA memiliki tempat pemutusan; bergantung pada tempat pemutusan, ujung hasil pemutusan
DNA untai ganda disebut ujung lengket (BamHI) atau ujung tumpul (HpoI).Panjang
rangkaian linier khas tempat-tempat untuk berbagai enzim sekuens yang dikenal dapat mencapai 4 pb (Taql), 5 pb (EcoRII),6 pb (EcoRI), atau 7
yang ditentukan oleh sekuens linier basa-basanya; karena itu, pb (I),atau lebih panjang. Berdasarkan kaidah, sekuens ini ditulis dalam arah 5' atau
3' untuk untai atas masing-masing sekuens pengenal, dan untai bawah diperlihatkan
suatu peta restriksi (restriction map) dapat dibuat. Jika DNA dengan polaritas yang berlawanan (yi. 3' atav 5'). Perhatikan bahwa sebagian besar
dicerna (didigesti) oleh enzim tertentu, ujung semua fragmen sekuens yang dikenal adalah palindrom (yi. sekuens yang dibaca sama dari arah yang
berlawanan di kedua untai. Residu yang disebut n berarti bahwa semua nukleotida
memiliki sekuens DNA yang sama. Fragmen-fragmen yang dapat berada di tempat tersebut.
dihasilkan dapat diisolasi dengan elektroforesis pada gel
agarosa atau poliakrilamid (lihat pembahasan tentang blot Enzim Restriksi , Endonuklease,
transfer, di bawah); hal ini adalah tahap penting dalam Rekombinase & DNA Ligase Digunakan
melakukan kloning DNA dan berbagai analisis DNA lain, untuk Membuat Molekul DNA Chimeric
yang merupakan pemakaian utama enzim-enzim ini.
Ligasi fragmen-fragmen DNA dengan ujung-lengket atau
Sejumlah enzim lain yang bekerja pada DNA dan RNA ujung kohesif yang komplementer secara teknis mudah
merupakan bagian penting dari teknologi DNA rekom- dilakukan, tetapi sering diperlukan teknik-teknik khusus
binan. Banyak dari enzim tersebut dibahas di bab ini dan di untuk mengatasi masalah yang inheren pada pendekatan
bab-bab selanjutnya (Tabel 39-2). ini. Ujung-ujung lengket pada suatu vektor dapat kembali

BAB 39 Genetika Molekular, DNA Rekombinan, dan Teknologi Genomik 453
A. Ujung lengket atau bertingkat
5′ G G A T C C 3′ 5′ G G A T C C 3′
BamH I
+
3′ C C T A G G 5′ 3′ C C T A G G 5′
B. Ujung tumpul
5′ G T T A A C 3′ 5′ G T T A A C 3′
HpaI
+
3′ C A A T T G 5′ 3′ C A A T T G 5′
GAMBAR 39–1 Hastil pencernaan endonuklease restriksi. Pencernaan dengan

endonuklease restriksi dapat menyebabkan terbentuknya fragmen-fragmen DNA dengan
ujung lengket, atau kohesif (A) atau ujung tumpul (B); tulang punggung fosfodiester, garis
hitam; ikatan hidrogen antaruntai antara basa-basa purin dan pirimidin, biru. Hal ini adalah
hal yang penting dipertimbangkan dalam merancang strategi pengklonan.
saling berikatan, tanpa disertai penambahan netto DNA. kan terminal transferase, kedua molekul hanya dapat
Ujung-ujung lengket antar fragmen juga dapat bersambungan satu sama lain sehingga masalah-masalah
bersambungan sehingga terbentuk insert tandem yang yang disebut sebelumnya dapat diatasi. Prosedur ini disebut
heterogen. Ujung-ujung lengket juga dapat tidak terpajan homopolimer tailing (penyambungan homopolimer).
atau berada dalam posisi yang tepat. Untuk mengatasi Sebagai altematif, linker (penghubung) oligonukleotida
masalah-masalah ini, digunakan suatu enzim yang dupleks sintetik berujung-tumpul yang mengandung
menghasilkan ujung-ujung tumpul. Ujung tumpul dalam sekuens pengenal untuk sekuens enzim restriksi diligasi
diligasi secara langsung; namun, ligasinya tidak berarah. ke DNA berujung-tumpul. Ligasi ujung-tumpul Iangsung
Oleh sebab itu, ada dua altematif yang dapat digunakan: dilakukan dengan menggunakan enzim bakteriofaga T4
ujung baru ditambahkan dengan menggunakan enzim DNA ligase. Meskipun kurang efisien dibandingkan dengan
terminal transferase atau ujung lengket sintetis ditambah- ligasi ujung-lengket, teknik ini memiliki keunggulan dapat
kan. Jika poli d(G) ditambahkan ke ujung 3' vektor dan menyatukan pasangan ujung DNA apa pun. Jika metode
poli d(C) ditambahkan ke ujung 3' DNA asing mengguna- ujung tumpul atau homopolymer tailing yang digunakan,
TABEL 39–2 Enzim yang Digunakan dalam Riset DNA Rekombinan
Enzim Reaksi Kegunaan Utama
Fosfatase A Pengeluaran gugus 5' PO4 sebelum pemberian label oleh

kinase juga digunakan untuk mencegah ligas-diri
DNa ligase Mengatalisis ikatan antara molekul DNA Menyatukan molekul=molekul DNA
DNa polimerase I A Menyintesis cDNA untai-ganda nick translation;

pembentukan ujung tumpul dari ujung lengket
DNA polimerase suhu stabil Menyintesis DNA pada suhu yang lebih Reaksi rantai polimerase (sintesis DNA)
tinggi (60-80oC)
DNase I A Nick translation; pemetaan tempat-tempat hipersensitif,

pemetaan interaksi protein-DNA
Eksonuklease III A Penentuan sekuens DNA; pemetaan interaksi protein-

DNA
λ Eksonuklease A Penentuan sekuens DNA

Polinukleotida kinase A A
H A A
S1 nuklease Pengaluaran "hairpin" ('jepit-rambut') dalam sintesis cDNA;

penelitian pemetaan RNA (baik ujung 5' maupun 3')
Transferase terminal A Penyambungan hemopolimer

Rekombinase (CRE, INT, FLP) Mengkatalisis rekombinasi situs- Pada molekul DNA generasi spesifik chimeric, bekerja
spesifik antara DNA yang mengandung baik in vitro dan in vivo
sekuen target yang homolog
CrISper-Cas9 Nuklease terarah-DNA terterget-RNA Perubahan genom dan modulasi genong dari ekspresi gen

sisipan tidak mudah diambil kembali. Secara alternatif, ujung Sistem CRISPR telah diadaptasi untuk digunakan dalam sel
kohesif yang tepat dapat ditambahkan melalui penggunaan eukariotik, termasuk sel-sel manusia. Variasi pada peng-
pada PCR amplifikasi (lihat di bawah). gunaan dari CRISPR memungkinkan untuk penghapusan
Sebagai tambahan untuk penggunaan dari pembatasan gen, penelitian gen dan bahkan modulasi transkripsi gen.
endonuklease ilmuwan telah mulai memanfaatkan Jadi CRISPR telah menambahkan sebuah teknologi baru,
rekombinase prokariotik atau eukariotik tertentu seperti sangat efisien dan sangat spesifik menarik untuk toolbox
situs P bakteri lox, yang dikenal oleh rekombinase CRE, pada metode untuk analisis genetik dari sel mamalia.
bakteriofag tempat λ att dikenal oleh fag λ dikodekan protein Kesamaan dari penargetan dan inaktivasi gen metode RNA-
INT atau ragi tempat FRT dikenal oleh rekombinase ragi Flp. diarahkan CRISPR-Cas dan mi/siRNA-dimediasi represi dari
Semua sistem rekombinase ini mengkatalisis penggabungan ekspresi pada eukariota lebih tinggi yang notable.
spesifik dari dua fragmen DNA yang membawa sekuen
pengenal dan melaksanakan rekombinasi homolog (lihat Pengklonan Memperbanyak DNA
Gambar 35-9) antara tempat pengenal yang relevan. Baru- Suatu klon (clone) adalah populasi besar molekul, bakteri,
baru ini sistem regulasi penelitian DNA/gen baru disebut atau sel identik yang berasal dari satu nenek moyang.
CRISPR-Cas9 (Clustered Regularly Interspersed Short Pengklonan molekular memungkinkan kita memproduksi
Palindromic Repeats-CRISPR associated gene 9) telah molekul DNA yang identik dalam jumlah besar, yang
dikembangkan. Sistem CRISPR, ditemukan di banyak kemudian dapat diteliti karakternya atau digunakan untuk
bakteri, merupakan bentuk dari memperoleh kekebalan tujuan lain. Teknik ini didasarkan pada kenyataan bahwa
terhadap infeksi oleh bakteriofag, yang melengkapi sistem molekul DNA chimeric atau hibrid dapat dibentuk dalam
dari endonuklease restriksi dan metilase dijelaskan di atas. vektor pengklonan (cloning vector)—biasanya plasmid
CRISPR menggunakan penargetan berbasis RNA untuk bakteri, faga, atau kosmid—yang kemudian terus bereplikasi
membawa nuklease Cas9 ke keluar DNA (atau di sel pejamu dalam sistem kontrolnya sendiri. Dengan cara
komplementer). Dalam bakteri ini kompleks CRISPR-RNA- ini, DNA kimerik dapat diperbanyak. Prosedur umum
Cas9 maka degradasi dan menginaktivasi DNA target. diperlihatkan pada (Gambar 39-2).
Endonuklease C T
restriksi T
A
EcoRI A
A
A
T DNA manusia
G T
C
DNA plasmid sirkular DNA plasmid linie
dengan ujung lengket
Pemutusan
endonuklease
restriksi EcoRI
AATT C G
G A G A
A A
T T
G C TTAA
CT T CT T
T A TA Anne
A A C al Potongan DNA manusia yang
Ligase G dipotong dengan nuklease
DNA restriksi EcoRI mengandung
C ujung lengket dicerna
C
T G T dengan EcoRI
G
T A T A
A A
GA A GA A
T T
C T C T
Molekul DNA plasmid dengan sisipan DNA
manusia (molekul DNA rekombinan)
GAMBAR 39–2 Pemakaian nuklease restriksi untuk mem buat molekul DNA rekombinan atau chimeric yang baru.
Saat dimasukan kembali ke dalam sel bakteri (melalui proses yang disebut transformasi diperantarai-DNA), biasanya hanya
satu plasmid yang diserap oleh satu sel, dan DNA plasmid tidak hanya mereplikasi dirinya sendiri tetapi juga potongan DNA
baru yang secara fisik menempel padanya. Penyatuan ujung-ujung lengket, seperti yang ditunjukkan pada gambar,
biasanya menghasilkan sekuens DNA yang sama dengan sekuens yang dikenali oleh enzim restriksi semula, sisipan DNA
klon dapat dipotong keluar secara bersih dari lingkaran plasmid rekombinan dengan endonuklease ini. Jika campuran
semua potongan DNA yang dihasilkan dari penambahan DNA manusia lengkap dengan satu nuklease restriksi digunakan
sebagai sumber DNA manusia, sekitar satu juta jenis molekul DNA rekombinan akan dihasilkan, masing-masing DNA
rekombinan terdapat dalam keadaan murni dalam klon bakterinya. (Dimodifikasi dan diproduksi ulang dengan izin dari
Cohen SN. The manipulation of genes. Sci Am [Juli] 1975;233:25. Hak Cipta e The Estate of Bunji Tagawa).

Plasmid bakteri adalah molekul DNA dupleks kecil faga, dan kosmid untuk beberapa aplikasi pemetaan gen
melingkar yang fungsi alaminya memberikan resistensi eukariot dan pengklonan. Perbandingan vektor-vektor ini
antibiotik terhadap sel pejamu. Plasmid memiliki beberapa disajikan pada Tabel 39-3.
sifat yang menyebabkannya sangat bermanfaat sebagai Karena insersi (penyisipan) DNA ke dalam regio
vektor pengklonan. Plasmid terdapat sebagai salinan tunggal fungsional vektor akan mengganggu kerja regio ini, fungsi
atau multipel di dalam bakteri dan bereplikasi tanpa esensial vektor perlu diperhatikan agar tidak terganggu.
bergantung pada DNA bakteri sebagai episomes (yaitu, Konsep ini dapat dimanfaatkan, namun, untuk memberikan
genom di atas atau di luar genom bakteri) saat menggunakan teknik yang kuat ganda seleksi positif/negatif. Contohnya,
terutama mesin replikasi penjamu. Sekuens DNA lengkap vektor plasmid umum pBR322 memiliki gen-gen resistensi
dari banyak plasmid telah diketahui; oleh sebab itu, tersedia Tetrasiklin (tet) dan Ampisilin (amp). Satu tempat enzim
lokasi pasti tempat pemutusan enzim restriksi untuk restriksi Pst, di dalam gen resistensi Amp sering digunakan
menyisipkan DNA asing. Plasmid lebih kecil dibandingkan sebagai tempat insersi sepotong DNA asing. Selain memiliki
dengan kromosom pejamu sehingga mudah dipisahkan dari ujung-ujung lengket (Tabel 39-1 dan Gambar 39-1), DNA
kromosom, dan DNA yang diinginkan (yang telah disisipkan yang dimasukkan di bagian ini merusak gen resistensi amp
ke dalam plasmid) dapat dikeluarkan dengan mudah dengan (bla) yang mengkodekan β-laktamase, dan membuat bakteri
memotong plasmid dengan enzim spesifik yang mengenali membawa plasmid Amp-sensitif. Oleh sebab itu, sel yang
tempat restriksi yang sama dengan tempat penyisipan mengandung plasmid induk yang memberikan resistensi
potongan DNA asal. terhadap kedua antibiotik, dapat dengan mudah dibedakan
Faga (virus bakteri) biasanya memiliki molekul DNA dan dipisahkan dari sel yang mengandung plasmid chimeric,
linier tempat DNA asing dapat disisipkan ke dalamnya di yang hanya resisten terhadap tetrasiklin (Gambar 39–3).
beberapa tempat restriksi. DNA chimeric dikumpulkan YAC memiliki fungsi seleksi, replikasi, dan segregasi yang
setelah faga menjalani siklus litiknya dan menghasilkan bekerja baik pada sel bakteri maupun ragi sehingga dapat
partikel-partikel faga infektif yang matang. Keunggulan utama diperbanyak di kedua organisme tersebut.
vektor faga adalah bahwa sementara plasmid menerima Selain vektor-vektor yang dijelaskan pada Tabel 39-3
potongan DNA dengan panjang sekitar 6-10 kb, faga dapat yang dirancang terutama untuk perbanyakan di dalam sel
menerima potongan DNA dengan panjang 10-20 kb; bakteri, vektor juga dikembangkan untuk memperbanyak sel
keterbatasan jumlah ini akibat keterbatasan jumlah DNA mamalia dan ekspresi gen (cDNA)/protein sisipan. Vektor-
yang dapat ditambahkan ke dalam kepala faga selama vektor ini semuanya didasarkan pada berbagai virus eukariot
propagasi virus. yang mengandung genom RNA atau DNA. Contoh penting
Fragmen DNA yang lebih besar dapat diklon dalam vektor virus semacam ini adalah vektor yang menggunakan
kosmid (cosmid) yang memadukan keunggulan plasmid genom adenovirus (Ad), atau virus terkait-adenovirus
dan faga. Kosmid adalah plasmid yang mengandung (AAV) (berbasis DNA) dan retrovirus (berbasis RNA).
sekuens-sekuens DNA (disebut juga cos-sites) yang Meskipun ukuran sekuens DNA yang dapat disisipkan agak
diperlukan untuk mengemas DNA lambda menjadi partikel terbatas, vektor pengklon virus mamalia ini dapat
faga. Vektor ini tumbuh dalam bentuk plasmid di dalam mengatasi kekurangan ini karena vektor ini akan
bakteri, tetapi karena banyak DNA lambda yang tidak menginfeksi berbagai jenis sel secara efisien. Karena alasan
diperlukan telah dikeluarkan, DNA chimeric yang dapat ini, berbagai vektor virus mamalia beberapa dengan kedua
ditambahkan di dalam kepala partikel faga lebih banyak. gen seleksi positif dan negatif (alias dipilih "penanda") seperti
Tidak jarang kosmid membawa sisipan DNA chimeric disebutkan di atas untuk pBR322, sedang diteliti (untuk
dengan panjang 35-50 kb. Bahkan potongan DNA yang lebih penggunaan dalam terapi gen) dan banyak digunakan dalam
besar dapat dimasukkan ke dalam bacterial artificial percobaan laboratorium.
chromosome (BAC, kromosom artifisial bakteri), yeast
artificial chromosome (YAC, kromosom artifisial ragi), atau Suatu Perpustakaan Mengandung Kumpulan
vektor berbasis bakteriofag E. coli P-1 (PAC). Vektor-vektor Klon Rekombinan
ini akan menerima dan memperbanyak potongan DNA Kombirtasi enzim restriksi dan berbagai vektor pengklon
(DNA insert) dengan panjang beberapa ratus kilobasa atau memungkinkan kita mengemas genom keseluruhan suatu
lebih dan umumnya telah menggantikan vektor plasmid, organisme ke dalam sebuah vektor. Kumpulan klon
rekombinan yang berbeda-beda ini disebut perpustakaan.
TABEL 39–3 Kapasitas Pengklonan Berbagai Vektor Peng- Perpustakaan genomik (genomic library) dibuat dari
klonan yang Bisa Digunakan DNA total suatu turunan sel atau jaringan. Perpustaka-
an cDNA (cDNA library) terdiri dari salinan DNA
Vektor Ukuran DNA yang dimasukan (kb)
komplementer dari populasi mRNA suatu jaringart. Per-
Plasmid pUC19 0,01-10 pustakaan DNA genomik sering dibuat dengan melakukan
A 10-20
digesti parsial DNA total dengan enzim restriksi yang
memotong DNA secara sering (mis. pemotong empat basa
Kosmid 35-50 seperti TaqI). Tujuannya adalah untuk menghasilkan
BaC, p1 50-250 fragmen yang agak besar sehingga sebagian besar gen akan
YaC 500-3000
tetap utuh. Vektor BAC, YAC, dan PI lebih disukai karena
vektor-vektor ini dapat menerima fragmen DNA yang
Gen resistensi Gen resistensi

ampisilin tetrasiklin
EcoRI EcoRI
Gen resistensi
HindIII tetrasiklin HindIII
PstI
BamHI BamHI
Dipotong hingga
PstI SalI terbuka dengan PstI PstI SalI
Kemudian sisipkan
DNA yang dipotong
Ampr Amps
dengan PstI
r
Tet Tetr
Host pBR322 pBR322 Chimeric
GAMBAR 39–3 Suatu metode untuk skrining adanya fragmen-fragmen DNA yang disisipkan dalam rekombinan. Dengan
menggunakan plasmid pBR322, sepotong DNA disisipkan ke dalam tempat PstI. Insersi ini mengganggu gen yang mengode suatu
protein yang menghasilkan resistensi ampisilin bagi bakteri pejamu. Oleh sebab itu, sel yang mengandung plasmid gabungan
tidak lagi dapat bertahan jika ditanam pada medium substrat yang mengandung antibiotik ini. Sehingga, perbedaan sensitivitas
terhadap tetrasiklin dan ampisilin dapat digunakan untuk membedakan berbagai klon plasmid yang mengandung suatu sisi pan.
Skema serupa, yang berdasarkan pembentukan suatu fusi in-frome sisipan DNA baru yang menghasilkan potongan peptida yang
mampu melengkapi suatu bentuk inaktif β-galaktosidase (komponen operon lac) yang buntung di terrninal-N (Gambar 38-2)
memungkinkan terbentuknya koloni biru-putih pada lempeng agar yang mengandung suatu zat warna yang dapat dihidrolisis
oleh β-galaktosida. Koloni positif-β galaktosidase tampak biru; koloni ini berisi plasmid yang mengandung sisipan DNA,
sangat besar sehingga memberikan kemungkinan lebih jumlah DNA atau RNA yang dipisahkan dengan elektrofo-
besar untuk mengisolasi sebuah gen penyandi mRNA resis melalui berbagai gel. Probe (pelacak) umumnya adalah
eukariot yang utuh pada satu fragmen DNA. potongan DNA atau RNA yang diberi label nukleotida yang
Vektor tempat gen yang disisipkan melalui teknologi mengandung 32P—atau nukleotida yang berlabel fluoresen
DNA rekombinan benar-benar menghasilkan protein disebut (sekarang lebih banyak digunakan). Hal yang penting, kedua
vektor ekspresi. Vektor semacam ini sekarang sering modifikasi (label dengan 32P atau fluoresen) tidak meme-
digunakan untuk mendeteksi molekul cDNA spesifik dalam ngaruhi sifat hibridisasi probe asam nukleat berlabel yang
perpustakaan dan menghasilkan protein melalui teknik terbentuk. Agar efektif, probe harus mengenali suatu sekuens
rekayasa genetik. Vektor-vektor ini dikonstruksi secara komplementer. Suatu cDNA yang disintesis dari mRNA
khusus agar mengandung promotor yang sangat aktif dan tertentu (atau oligonukleotida sintetik) dapat digunakan
dapat diinduksi, kodon-kodon inisiasi fase translasi yang untuk menskrining perpustakaan cDNA dalam mencari
sesuai, sinyal penghentian transkripsi dan translasi, serta cDNA yang lebih panjang atau perpustakaan genomik untuk
sinyal pengolah protein yang sesuai, jika diperlukan. mencari sekuens komplementer dalam regio pengode suatu
Sebagian vektor ekspresi bahkan mengandung gen yang gen. Probe cDNA/oligonukleotida/cRNA digunakan untuk
mengode inhibitor protease, sedemikian rupa sehingga mendeteksi fragmen DNA pada blot transfer Southern dan
produk akhir meningkat. Hal yang menarik, dengan semakin untuk mendeteksi dan quantitat RNA blot transfer Northern
murahnya biaya sintesis DNA sintetik, banyak peneliti (lihat di bawah).
menyintesis keseluruhan cDNA (gen) yang diinginkan
(dalam segmen-segmen 100-150 nt), berisi pilihan kodon- Teknik Blotting dan Hibridisasi Memungkin-
kodon pejamu yang digunakan untuk ekspresi agar dapat kan Kita Memvisualisasi Fragmen Spesifik
memaksimalkan produksi protein. Efisiensi sintesis DNA Untuk memvisualisasi fragmen DNA atau RNA tertentu di
sintetik sekarang ini memungkinkan kita untuk menyintesis antara ribuan molekul "pencemar" dalam campuran
seluruh gen bahkan genom lengkap secara de novo. sampel diperlukan perpaduan sejumlah teknik, yang secara
Kemajuan ini memberikan kemungkinan-kemungkinan baru kolektif disebut blot transfer. (Gambar 39-4) memperlihat-
dan menggairahkan dalam biologi sintetik sekaligus ber- kan prosedur blot transfer Southern (DNA), Northern
potensi menimbulkan masalah etis. (RNA), dan Western (protein). (Nama yang pertama berasal
dari nama orang yang merancang teknik tersebut [Edward
Probe Mencari Gen atau Molekul cDNA Southern], dan nama-nama yang lain semula adalah jargon
Spesifik dalam Perpustakaan atau Sampel laboratorium, tetapi sekarang menjadi istilah yang disepa-
kati). Prosedur-prosedur ini bermanfaat dalam menentukan
Berbagai molekul dapat digunakan sebagai probe untuk
berapa banyak salinan suatu gen yang terdapat dalam
"melacak" perpustakaan dalam mencari molekul gen atau
jaringan tertentu atau apakah terjadi perubahan pada suatu
cDNA tertentu atau untuk menentukan dan mengetahui
gen (delesi, penyisipan /insersi, atau tata-ulang) karena

Blot DNA Blot RNA Blot Protein Semua prosedur hibridisasi yang dibahas pada bagian ini
Southern Northern Western bergantung pada sifat pasangan basa spesifik dari untai-untai
asam nukleat komplementer seperti dijelaskan di atas.
DNA RNA Protein
Pasangan yang cocok sempurna (cocok di semua basa) akan
segera terhibridisasi dan tahan terhadap suhu tinggi dalam
Elektroforesis
reaksi hibridisasi dan pencucian. Pasangan yang tidak cocok
Gel sempurna tidak akan dapat menoleransi kondisi yang berat
atau ketat (stringent condition) ini (yi. peningkatan suhu
dan konsentrasi garam yang rendah) sehingga hibridisasi
tidak akan pernah terjadi atau terganggu pada tahap
pencucian. Saat ini telah diciptakan kondisi-kondisi hibridi-
Pindahkan ke kertas sasi yang mampu mendeteksi cukup satu ketidak-cocokan
pasangan basa (bp) antara probe dan sasaran.
cDNA* cDNA* Antibodi* Tambahkan probe Untuk Menentukan Sekuens DNA Tersedia
Teknik Manual dan Otomatis
Buat gambar pengikatan
Segmen-segmen molekul DNA spesifik yang diperoleh
probe spesifik dengan teknologi DNA rekombinan dapat dianalisis untuk
menentukan sekuens nukleotidanya. Metode ini bergantung
GAMBAR 39–4 Prosedur blot transfer. Pada blot transfer pada kemampuan untuk memperoleh molekul DNA identik
Southern, DNA yang diisolasi dari suatu sel atau jaringan dicerna oleh dalam jumlah besar. Persyaratan ini dapat dipenuhi dengan
satu atau lebih enzim restriksi. Campuran ini diteteskan ke dalam melakukan klon fragmen yang bersangkutan, melalui teknik-
sebuah sumur pada gel agarosa atau poliakrilamid dan dipajankan
teknik yang dijelaskan di atas, atau dengan metode PCR
dengan arus listrik searah. DNA, karena bermuatan negatif, akan
bermigrasi ke arah anoda; fragmen yang lebih kecil akan bergerak (polymerase chain reaction, reaksi berantai polimerase) (lihat
paling cepat. Setelah waktu tertentu, DNA dalam gel akan mengalami bawah). Metode enzimatik manual (Sanger) menggunakan
denaturasi akibat pajanan terhadap basa lemah dan dipindahkan ke dideoksinukleotida spesifik yang menghentikan sintesis untai
atas kertas nitroselulosa atau nilon sehingga rnenghasilkan replika DNA di nukleotida tertentu sewaktu untai sedang disintesis
identik dari pola pada gel, dengan menggunakan teknik blotting yang
dirancang oleh Southern. DNA akan terikat pada kertas karena pajanan
pada cetakan murni. Reaksi disesuaikan sedemikian rupa
terhadap panas atau sinar UV, dan kertas kemudian dipajankan pada sehingga diperoleh populasi fragmen-fragmen DNA yang
probe cDNA beriabel, yang berhibridisasi dengan untai komplementer mencerminkan penghentian di setiap nukleotida. Dengan
pada kertas saring. Setelah dicuci bersih, kertas dipajankan dengan melekatkan suatu label radioaktif di ujung tempat penghenti-
film sinar X atau layar pencitraan (imaging screen), yang dirancang an, kita dapat memisahkan fragmen-fragmen sesuai ukuran
untuk memperlihatkan pita spesifik yang sesuai dengan fragmen DNA
yang dikenali oleh sekuens di probe cDNA. Teknik blot RNA (Northern) dengan menggunakan elektroforesis gel poliakrilamid.
pada hakikatnya serupa. RNA dielektroforesis sebelum blot transfer. Autoradiograf dibuat, dan masing-masing fragmen meng-
Elektroforesis ini memiliki beberapa tahap berbeda dari elektroforesis hasilkan suatu citra (pita) pada film sinar-X atau plat
pada blot transfer DNA, terutama untuk memastikan bahwa RNA tetap pencitraan (imaging plate). Citra ini dibaca untuk memper-
utuh, dan umumnya agak lebih sulit. Pada protein, atau blot Western,
oleh sekuens DNA (Gambar 39-5). Pada penentuan sekuens
protein dielektroforesis dan dipindahkan ke kertas khusus (mengikat
protein dengan kuat) kemudian dilacak dengan antibodi spesifik atau DNA secara otomatis, digunakan teknik yang tidak mem-
molekul probe lain. (Tanda bintang menunjukkan pemberian label, erlukan pemakaian radioisotop. Teknik yang paling sering
baik dengan bahan radioaktif maupun fluoresen). Pada blot digunakan adalah prosedur otomatis yang menggunakan
Southwestern (lihat teks; tidak diperlihatkan), blot protein, yang mirip empat label fluoresen berbeda—satu label mewakili masing-
dengan blot yang diperlihatkan pada "Western," dipajankan dengan
masing nukleotida. Masing-masing label memancarkan
asam nukleat berlabel, dan kompleks protein-asam nukleat yang
terbentuk kemudian dideteksi dengan autoradiografi atau pencitraan sinyal spesifik jika tereksitasi oleh berkas laser pada panjang
(imaging). gelombang tertentu yang kemudian diukur oleh detektor
densitif dan direkam oleh komputer. Mesin penentu sekuens
DNA terbaru menggunakan nukleotida berlabel fluoresen,
karena tahap elektroforesis yang sesuai memisahkan molekul
tetapi mendeteksi penggabungan menggunakan optika
berdasarkan ukurannya. Kadang-kadang, jika terjadi peru-
mikroskopik. Mesin-mesin ini berhasil menurunkan biaya
bahan sebuah basa tertentu atau perubahan tempat restriksi,
penentuan sekuens DNA dengan drastis, lebih dari 100 kali
prosedur-prosedur ini dapat mendeteksi adanya mutasi titik.
lipat. Reduksi biaya ini telah membawa kita pada era
(yaitu, Gambar 39–9 bawah). Teknik blot transfer Northern
penentuan genom individu. Contohnya, dengan teknologi
dan Westem masing-masing digunakan untuk mengetahui
baru ini, sekuens salah satu penemu heliks ganda, yaitu,
ukuran dan jumlah molekul RNA dan protein spesifik.
James Watson, berhasil ditentukan secara lengkap.
Teknik hibridisasi keempat, blot Southwestern, meneliti
interaksi protein-DNA (tidak diperlihatkan). Pada metode Sintesis Oligonukleotida Kini Rutin Dilakukan
ini. protein dipisahkan dengan elektroforesis, di-blot pada
Sintesis kimiawi otomatis oligonukleotida yang panjangnya
membran, direnaturasi, dan dianalisis untuk melihat apakah
sedang (sekitar 100 nukleotida) dengan sekuens tertentu kini
ada interaksi dengan sekuens tertentu; analisis dilakukan
menjadi prosedur laboratorium yang rutin dilakukan.
dengan menginkubasi dengan probe asam nukleat berlabel
Masing-masing siklus sintetik memerlukan waktu hanya
spesifik.
Rekasi dengan label radioaktif Sekuens untai asal:
ddG
C
ddA
ddT
ddGTP ddATP ddTTP ddCTP – A – G – T – C – T – T – G – G – A – G – C – T – 3′
dd
A
A
G
A
A
A
A
G
G
G
T
T
T
Elektroforesis
T
T
C
G
A
G
C
G
C
A
T
T
C
Gel lempeng
T
C
T
T
T
G
A
A
C
C
T
T
C
T
A
T
T
G
T
T
A
C
A
T
A
G A T C A G T C T T G G A G C T C
C
Basa terakhir (hasil terminasi) C
GAMBAR 39–5 Penentuan sekuens DNA dengan metade terminasi sekuens yang dirancang oleh Sanger. Susunan yang menyerupai tangga
menggambarkan, dari bawah ke atas, semua fragmen yang semakin panjang pada untai DNA asli. Dengan mengetahui reaksi dideoksinukleotida
spesifik mana yang berlangsung untuk menghasilkan masing-masing campuran fragmen, kita dapat menentukan sekuens nukleotida dari ujung
tidak berlabel ke ujung berlabel (*) dengan membaca gel ke arah atas. Hukum pasangan-basa Watson dan Crick (A-T, G-C) rnenentukan sekuens
untai yang lain (komplementernya). (Tanda bintang menandakan tempat pemberian label radioaktif) Gambar (kiri dan tengah) adalah produk
sintesis fragmen DNA hipotetik, sekuensnya seperti yang diperlihatkan (tengah, atas). Gambar (kanan) adalah autoradiogram dari serangkaian
reaksi penentuan sekuens DNA yang sebenarnya, menggunakan empat dideoksinukleotida berlabel 32P (ditunjukkan di bagian atas autoradiogram
yang telah dipindai yi, Dideoksi(dd)G, ddA, ddT, ddC). Elektroforesis berlangsung dari atas ke bawah. Sekuens DNA yang diperoleh dituliskan di
sebelah kanan gel. Perhatikan hubungan log-linier antara jarak migrasi (yi. dari atas ke bawah gel) dan panjang fragmen DNA. Penentu sekuens
yang banyak digunakan sekarang tidak lagi menggunakan elektroforesis gel untuk fraksinasi (pemisahan fragmen) produk sintesis berlabel, tetapi
pada platform penentuan sekuens NGS (new generation sequencing, penentuan sekuens generasi baru), sintesis dibarengi dengan pemantauan
(salah satu dari empat) dXTP berlabel fluoresen yang ditambahkan.
beberapa menit sehingga keseluruhan molekul dapat dibuat untai DNA cetakan yang mengandung sekuens target;
dengan menyintesis segmen-segmen yang relatif pendek dan primer (ditambahkan dalam jumlah besar) dibiarkan
dapat disambung satu sama lain. Seperti disebutkan menempel pada DNA (tipikal 5°C-75°C); dan masing-
sebelumnya, proses ini berhasil diperpendek dan dapat masing untai disalin oleh suatu DNA polimerase yang
diparalelkan secara bermakna sehingga kita dapat dimulai di tempat primer, dengan adanya keempat dXTP
menyintesis 100 sampai 1000 salinan sekuens oligo- (lagi kelebihan luas). Kedua untai DNA masing-masing
nukleotida tertentu secara simultan. Oligonukleotida kini berfungsi sebagai cetakan untuk sintesis DNA baru dari
menjadi hal yang tidak tergantikan untuk penentuan sekuens kedua primer. Siklus berulang denaturasi panas, penempelan
DNA, skrining perpustakaan, assay pengikatan protein- primer pada sekuens komplementernya, dan pemanjangan
DNA, reaksi berantai polimerase (PCR) (Iihat bawah), site- primer yang telah menempel oleh DNA polimerase
directed mutagenesis (mutagenesis tempat terarah), menghasilkan perbanyakan eksponensial segmen DNA
pembuatan gen sintetik, dan berbagai penerapan lainnya. dengan panjang tertentu (digandakan setelah setiap satu
siklus). Penggantian dengan DNA polimerase tahan-panas
Metode Reaksi Berantai Polimerase dari Thermus aquaticus (atau DNA polimerase yang setara
(Polymerase Chain Reaction, PCR) dari bakteri termofilik lain), yaitu, suatu organisme yang
hidup dan bereplikasi pada suhu 70-80 °C. DNA polimerase
Memperbanyak Sekuens DNA termostabil menahan inkubasi pendek di lebih dari 90°, suhu
PCR adalah metode amplifikasi suatu sekuens DNA tertentu. yang diperlukan untuk benar-benar mengubah sifat DNA.
Pengembangan metode PCR berhasil merevolusi cara kita Ini polimerase DNA termostabil telah membuat otomatisasi
mempelajari DNA dan RNA. PCR merupakan cara yang PCR menjadi mungkin.
sensitif, selektif, dan sangat cepat untuk memperbanyak
Sekuens DNA sependek 50-100 pb dan sepanjang 10 kb
sekuens DNA yang diinginkan. Spesifisitas didasarkan pada
dapat diamplifikasi. Dua puluh siklus akan menghasilkan
pemakaian dua primer oligonukleotida yang terhibridisasi ke
amplifikasi 106 (yi. 220) dan 30 siklus 109 (230) kali lipat. Satu
sekuens komplementer di untai DNA yang berlawanan dan
siklus membutuhkan waktu ≤5-10 menit jadi molekul besar
mengapit sekuens target (Gambar 39-6). Sampel DNA mula- sekalipun dapat diamplifikasi dengan cepat.
mula dipanaskan (>90°C) untuk memisahkan kedua

PCR memungkinkan DNA di dalam sebuah sel, folikel

Sekuens target rambut, atau spermatozoa diperbanyak dan dianalisis. Oleh
Mulai sebab itu, PCR jelas digunakan dalam bidang kedokteran
forensik. PCR juga digunakan (1) untuk mendeteksi agen
infeksi, terutama virus laten; (2) menegakkan diagnosis
Siklus !
genetika pranatal; (3) mendeteksi polimorfisme alel; (4)
menentukan tipe jaringan yang tepat untuk transplantasi; dan
(5) meneliti evolusi, dengan menggunakan DNA dari sampel
arkeologis; (6) untuk analisis RNA kuantitatif setelah
penyalinan RNA dan pengbitungan jumlah mRNA dengan
teknik yang disebut sebagai metode RT-PCR (salinan cDNA
Aiklus 2
dari mRNA yang dihasilkan oleh reverse transcriptase retro-
virus); atau (7) untuk mengukur tingkat penempatan
(occupancy) protein-DNA in vivo dengan assay imunopre-
sipitasi kromatin untuk memfasilitasi penentuan sekuens
NGS (lihat di bawah). PCR juga banyak digunakan dalam
bidang ilmu pengetahuan dasar, dan setiap tahun
dikembangkan pemakian baru metode ini.
APLIKASI PRAKTIS TEKNOLOGI DNA

REKOMBINAN SANGAT BANYAK
Siklus 3 Isolasi gen penyandi mRNA spesifik (kurang lebih 1000 pb)
dari genom keseluruhan memerlukan suatu teknik yang akan
membedakan satu dari sejuta bagian. Identifikasi suatu regio
regulatorik dengan panjang yang mungkin hanya 10 pb
memerlukan sensitivitas satu bagian per 3 x 108; suatu
penyakit seperti anemia sel sabit disebabkan oleh perubahan
satu basa, atau satu bagian dari 3 x 109. Teknologi DNA
rekombinan cukup kuat untuk melaksanakan semua tugas
ini.
Pemetaan Gen Menentukan Lokasi Gen

Spesifik di Kromosom Tertentu
Penentuan lokasi gen dapat mendefinisikan peta genom
manusia. Hal ini sudah menghasilkan informasi bermanfaat
dalam mendefinisikan penyakit manusia. Hibridisasi sel
somatik dan hibridisasi in situ adalah dua teknik yang
digunakan untuk melakukan hal ini. Pada hibridisasi in situ,
suatu prosedur yang lebih sederhana dan langsung, probe
radioaktif ditambahkan pada olesan kromosom metafase
pada kaca objek. Daerah pasti hibridisasi diketahui dengan
melapiskan emulsi fotografik di atas kaca, dan setelah
pajanan, membatasi butiran-butiran dengan identifikasi
histologik kromosom. Fluorescence in situ hybridization
(FISH, hibridisasi in situ dengan fluoresensi), yang
Siklus 4–n menggunakan probe berlabel fluoresen dan bukan radioaktif,
adalah teknik sangat sensitif yang juga digunakan untuk
GAMBAR 39–6 Reaksi berantai polimerase digunakan tujuan ini. Dengan teknik ini, sering diketahui lokasi gen di
untuk memperbanyak sekuens gen tertentu. DNA untai-ganda
dipanaskan untuk memisahkannya menjadi untai-untai tunggal. pita atau regio tertentu pada kromosom. Sebagian gen
Untai-untai ini mengikat dua primer tertentu yang ditujukan pada manusia yang lokasinya diketahui dengan cara ini
sekuens spesifik di untai yang berlawanan dan yang menentukan dicantumkan pada Tabel 39-4. Tabel ini hanyalah suatu
segmen yang akan diperbanyak, DNA polimerase memperpanjang contoh karena puluhan ribu gen telah berhasil dipetakan
primer di kedua arah dan menyintesis dua untai komplementer
terhadap dua untai asli. Siklus ini diulang beberapa kali dan sebagai hasil dari penentuan sekuens genom manusia. Jika
menghasilkan perbanyakan produk dengan panjang dan sekuens kelainan sudah diketahui terletak di suatu regio DNA yang
tertentu. Perhatikan bahwa 4 dXTPs dan dua primer yang hadir luas memiliki struktur gen yang khas, salinan cDNA sintetik dari
kelebihan agar tidak membatasi untuk polimerisasi/amplifikasi. gen dapat dikonstruksi (hanya berisi exon penyandi seperti
mRNA) dan diekspresikan dalam vektor yang sesuai serta
dianalisis fungsinya—atau peptida yang susunannya
TABEL 39–4 Lokasi Gen Manusiaa Variasi sekuens DNA, atau polimorfisme, terjadi pada
sekitar 1 dari setiap 500-1000 nukleotida. Perbandingan
Gen Kromosom Penyakit
sekuens nukleotida James Watson, salah satu penemu
Insulin 11p15 Diabetes struktur DNA, baru-baru ini mengidentifikasi sekitar
Prolaktin 6p23-q12 Sindrom Sheehan 3.300.000 polimorfisme nukleotida tunggal (SNP, single
nucleotide polymorphism) relatif terhadap "standar" (genom
Hormon pertumbuhan 17q21-qter Defisiensi hormon
acuan manusia yang pertama kali ditentukan sekuensnya).
pertumbuhan Hal yang menarik, >80% SNP yang ditemukan pada DNA
Watson pernah ditemukan di orang lain. Ditemukan juga
α-Globin 16p12-pter α-Talasemia
delesi dan insersi DNA genomic (yaitu, copy number
β-Globin 11p12 β-Talasemia, sel sabit variation/variasi jumlah salinan, CNV) serta subtitusi satu
basa. Pada orang sehat, perubahan ini jelas terjadi di regio-
Adenosin deaminase 20q13-qter Defisiensi adenosin regio DNA yang tidak mengode protein (noncoding regions)
deaminase atau di tempat yang tidak menyebabkan perubahan fungsi
protein yang dikode. Polimorfisme struktur DNA yang dapat
Fenilalanin hidroksilase 12q24 Fenilketonuria diwariskan ini dapat berkaitan dengan penyakit tertentu
Hipoxantin-guanin Xq26-q27 Sindrom Lesch- dalam suatu keluarga besar dan dapat digunakan untuk
fosforibosiltransferase Nyhan mencari gen spesifik yang terlibat, seperti digambarkan di
DNA segment G8 4p Korea Huntington
bawah. Hal ini juga dapat digunakan dalam berbagai aplikasi
di bidang kedokteran forensik.
a'Tabel ini menunjukkan lokasi beberapa gen di kromosom dan penyakit yang
berkaitan dengan defisiensi atau produksi produk gen yang abnormal. Kromosom
yang bersangkutan ditunjukkan oleh angka atau huruf pertama. Angka dan huruf
Variasi Gen yang Menyebabkan Penyakit
Iain merujuk pada lokasi pasti, seperti didefinisikan dalam McKusick, Victor A, MD. Para ahli genetika klasik mengajarkan bahwa sebagian
Mendelian Inheritonce in Man: Catalogs of Autosomal Dominont, Autosomoi
Recessive, and X-Linked Phenotypes. Hak Cipta © 1983 Johns Hopkins University Press. besar penyakit genetik disebabkan oleh mutasi titik yang
Dicetak ulang dengan izin dari Johns Hopkins Universily Press. menghasilkan protein abnormal. Hal ini mungkin masih
diperkirakan dari open reading frame di regio pengode, berlaku, tetapi jika saat membaca bab-bab sebelumnya kita
dapat disintesis. Antibodi yang ditujukan pada peptida ini memperkirakan bahwa penyakit genetik dapat ditimbulkan
dapat digunakan untuk menilai apakah peptida ini oleh gangguan pada salah satu dari tahap-tahap mulai dari
diekspresikan pada orang normal dan tidak dijumpai pada replikasi, transkripsi, pemrosesan/transport RNA, hingga
mereka yang mengidap sindrom genetik yang bersangkutan. protein sintesis, PTM dan/atau lokalisasi subselular dan
keadaan fisik (yaitu, agregasi dan polimerisasi) satu akan
Protein Dapat Diproduksi untuk Kepentingan membuat penilaian yang tepat. Hal ini dilukiskan dengan
Riset, Diagnosis, dan Komersial baik oleh pemeriksaan gen β- globin. Gen ini terletak
dalam suatu kelompok (cluster) di kromosom 11 (Gambar
Tujuan praktis riset DNA rekombinan adalah menghasilkan 39-7) , dan versi yang diperbesar dari gen ini diperlihatkan
bahan yang dapat digunakan dalam bidang biomedis. pada (Gambar 39-8). Gangguan pembentukan β- globin
Teknologi ini memiliki dua manfaat berbeda: (1) Dapat menyebabkan berbagai penyakit dan disebabkan oleh
menghasilkan bahan dalam jumlah besar yang tidak dapat berbagai lesi di dalam dan di sekitar gen β- globin (Tabel
diperoleh dari metode pemurnian konvensional (mis. 39-5) .
interferon, plasminogen activating factor jaringan, dll.). (2)
Dapat menghasilkan zat yang terdapat pada manusia (mis. Mutasi Titik
Insulin dan hormon pertumbuhan). Keunggulan kedua hal Contoh klasik mutasi titik adalah penyakit sel sabit yang
ini jelas terlihat. Meskipun tujuan utama adalah disebabkan oleh mutasi satu basa dari 3 x 109 basa dalam
menghasilkan produk—umumnya protein—untuk terapi genom, suatu substitusi DNA T-ke-A, yang pada
(insulin) dan diagnosis (pemeriksaan AIDS) penyakit pada gilirannya menyebabkan perubahan A-ke-U pada mRNA
manusia dan hewan lain serta untuk mencegah penyakit yang sesuai dengan kodon keenam dari gen β-globin.
(vaksin hepatitis B), masih terdapat potensi penerapan Kodon yang berubah ini mengode asam amino yang
komersial lain, terutama dalam bidang agrikultur. Salah satu berbeda (valin dan bukan asam glutamat), dan hal ini
contoh penerapan dalam bidang agrikultur adalah upaya menyebabkan kelainan struktur molekul β-globin
untuk merekayasa tumbuhan yang lebih tahan terhadap menyebabkan agregasi hemoglobin dan "sickling" pada sel
kekeringan atau suhu ekstrem, lebih efisien menyerap darah merah. Mutasi titik (point mutation) lain di dalam
nitrogen, atau menghasilkan benih yang mengandung asam dan di sekitar gen β-globin menyebabkan penurunan
amino esensial lengkap (beras, gandum, jagung, dstnya). produksi atau, pada sebagian kasus, tidak diproduksinya β-
globin; talasemia-β terjadi karena mutasi-mutasi ini.
Teknologi DNA Rekombinan Digunakan Talasemia ditandai oleh kelainan pada sintesis subunit
dalam Analisis Molekular Penyakit hemoglobin, sehingga talasemia-β terjadi jika produksi β-
Variasi Gen Normal globin kurang memadai). (Gambar 39-8) memperlihatkan
Sekuens DNA memiliki variasi normal seperti halnya aspek- bahwa mutasi titik yang mengenai setiap proses dari
aspek struktur manusia yang lebih jelas terlihat. banyak proses yang terlibat dalam pembentukan mRNA
normal (dan

Hemoglobinopati
Talasemia βo
Talasemia βo
Hemoglobin Lepore
Talasemia (Aγδβ)ο tipe III
GAMBAR 39–7 Gambaran skematis kelompok gen β-globin dan lesi pada beberapa penyakit genetik. Gen β-
globin terletak di kromosom 11 dan berkaitan erat dengan dua gen γ-globin dan gen δ-globin. Famili gen β
tersusun dalam urutan 5'-ε-Gγ-Aγ-Ψβ-δ-β-3:Lokus ε diekspresikan pada masa mudigah dini (sebagai α2,ε2). Gen γ
diekspresikan pada masa janin, menghasilkan hemoglobin janin (HbF, α2, γ2). Hemoglobin dewasa terdiri dari HbA
(α2 β2) atau HbA, (α2,δ2). Ψβ adalah suatu pseudogen yang memiliki homologi sekuens dengan β, tetapi
mengandung mutasi-mutasi yang mencegah ekspresinya. Suatu regio pengendali lokus (locus control region, LCR)
yang terletak di sebelah hulu (5') dari gen ε mengendalikan laju transkripsi keseluruhan kelompok gen β-globin.
Delesi (balok padat) lokus β menyebabkan talasemia-β (defisiensi atau tidak terbentuknya [βo dari β-globin). Delesi
δ dan β menyebabkan hemoglobin Lepore (hanya hemoglobin yang ada). Inversi (Aγδβ)° di regio ini (balok
terbesar) merusak fungsi gen dan juga menyebabkan talasemia (tipe III). Masing-masing tipe talasemia cenderung
ditemukan pada kelompok orang tertentu, misal nya inversi delesi (Aγδβ)° terjadi pada orang dari India. Banyak
delesi lain di regio ini telah berhasil dipetakan, dan masing-masing menyebabkan suatu jenis talasemia.
TABEL 39–5 Peubahan Struktur Gen a-Globin

karenanya protein normal) diperkirakan berperan sebagai
penyebab talasemia-β. Perubahan Fungsi yang Terpengaruh Penyakit
Delesi, Insersi, dan Tata-ulang DNA Mutasi titik Pelipatan protein Penyakit sel sabit
Studi terhadap bakteri, virus, ragi, lalat buah, dan sekarang Kontrol transkripsional Talasemia-β
manusia memperlihatkan bahwa potongan-potongan DNA
dapat berpindah dari satu tempat ke tempat lain dalam Mutasi frameshift Talasemia-β
dan mutasi nonsense
genom. Delesi sepotong DNA penting, tata-ulang (rearran-
Pengolahan RNA
gement) DNA dalam suatu gen, atau insersi atau amplifikasi
sepotong DNA dalam suatu regio pengode atau regio Pengolahan RNA Talasemia-β
regulatorik, semuanya dapat menyebabkan perubahan Delasi Pembentukan mRNA Talasemia-β0
ekspresi gen yang berakibat timbulnya penyakit. Sekali lagi,
Hemoglobin Lepore
analisis molekular terhadap talasemia menghasilkan banyak
contoh dari proses-proses di atas—terutama delesi—sebagai
Tata-ulang Pembentukan mRNA Talasemia-β tipe III
penyebab penyakit (Gambar 39-7). Kelompok gen (gene
cluster) globin tampaknya sangat rentan terhadap lesi ini.
Delesi pada kelompok α-globin, yang terletak di kromosom utara, Filipina, orang berkulit hitam, dan Mediterania
16, menyebabkan talasemia-α. Pada banyak delesi, terdapat memiliki lesi yang berbeda, yang semuanya menyebabkan
keterkaitan etnik yang erat, sehingga orang keturunan Eropa tidak terbentuknya hemoglobin A dan talasemia-α.
5′ E1 I1 E2 I2 E3 3′
GAMBAR 39–8 Mutasi di gen β-globin yang menyebabkan β-talasemia. Gen β-globin diper-
lihatkan dalam orientasi 5' ke 3'. Daerah bergaris miring menunjukkan regio 5' dan 3' yang tidak
ditranslasikan. Pembacaan dari arah 5' ke 3; daerah berarsir adalah ekson 1-3 dan daerah yang kosong
adalah intron 1 (I1) dan 2 (I2). Mutasi yang memengaruhi kontrol transkripsi (•) terletak di regio
pengapit DNA 5'. Contoh mutasi nonsense (△), mutasi dalam pengokahan mRNA (◇), dan mutasi
pemutusan RNA (◯) pernah diidentifikasi dan diperlihatkan pada gambar ini. Di sebagian regio, telah
banyak ditemukan mutasi-mutasi lain. Mutasi-mutasi ini ditandai oleh tanda kurung besar.

Analisis serupa dapat dibuat untuk berbagai penyakit menjadi

lain. Mutasi titik biasanya ditemukan dengan menentukan ↓
sekuens gen yang dicurigai, walaupun kadang-kadang, jika CCTGTGG Untai pengode
mutasi tersebut merusak atau menciptakan tempat enzim GGACACC Untai cetakan
↑
restriksi, teknik analisis fragmen restriksi dapat digunakan
untuk menentukan lesi. Delesi atau insersi DNA yang lebih dan merusak tempat pengenalan (recognition site) untuk
besar dari 50 bp sering dapat dideteksi dengan prosedur blot enzim restriksi MstII (CCTNAGG; yang ditandai oleh tanda
Southern, sedangkan assay berbasis PCR dapat mendeteksi panah tegak lurus kecil; Tabel 39-1).
perubahan yang jauh lebih kecil dalam struktur DNA. Tempat MstII yang lain 5' dan 3' dari tempat ini
(Gambar 39-9) tidak terpengaruh sehingga akan terpotong.
Oleh sebab itu, inkubasi DNA dari orang normal (AA),
Analisis Silsilah heterozigot (AS), dan homozigot (SS) menghasilkan tiga pola
Penyakit sel sabit sekali lagi merupakan contoh yang sangat blot transfer Southem yang berbeda (Gambar 39-9). Hal
baik tentang cara penerapan teknologi DNA rekombinan menggambarkan bagaimana suatu silsilah DNA dapat dibuat
dalam studi tentang penyakit manusia. Penggantian T oleh A dengan menggunakan prinsip-prinsip yang dibahas pada bab
di untai cetakan DNA dalam gen β-globin mengubah ini. Analisis silsilah telah diterapkan pada sejumlah penyakit
sekuens di regio yang sesuai dengan kodon keenam dari genetik dan paling bermanfaat pada penyakit yang
disebabkan oleh delesi dan insersi atau kasus-kasus jarang
dengan tempat pemutusan enzim restriksi yang terpengaruh,
CCTGAGG Untai pengkode seperti pada contoh yang disajikan di sini.
GGACTCC Untai cetakan
A. Tempat restriksi MstII di sekitar dan di dalam gen β-globin
Normal (A) 5′ 3′
1.15 kb 0.2
kb
Sabit (S) 5′ 3′
1.35 kb
B. Analisis silsilah
P1 P2
O1 O2 O3 O4
P1 O1 O2 O3 O4 P2
Ukuran
fragmen
1.35 kb
1.15 kb
0.20 kb
AS AS SS AA AS AS Genotipe yang dihasilkan
GAMBAR 39–9 Analisis silsilah pada penyakit sel sabit. Bagian atas gambar (A) memperlihatkan bagian pertarna dari gen β- globin dan
tempat-tempat enzim restriksi MstII di gen β- globin normal (A) dan sel sabit (S). Pencernaan dengan enzim restriksi Mstll menghasilkan fragmen-
fragmen DNA dengan panjang 1,15 kb dan 0,2 kb pada orang normal. Perubahan T-ke-A pada orang dengan penyakit sel sabit menghilangkan salah
satu dari ketiga tempat Mstll di sekitar gen β-globin; karena itu sebagai respons terhadap Mstll, satu fragmen restriksi dengan panjang 1,35 kb
dihasilkan. Perbedaan ukuran ini mudah dideteksi dengan blot Southern. (B) Analisis silsilah memperlihatkan tiga kemungkinan: AA = normal (lingkaran
tak berarsir); AS = heterozigot (lingkaran setengah terarsir, persegi setengah terarsir); SS = homozigot (persegi terarsir). Pendekatan ini mengunkinkan
kita menegakkan diagnosis pranatal penyakit sel sabit (persegi berarsir). Lihat teks.

DNA utuh 5′ Gen X 3′
1
2
Fragmen 3
4
5
Probe awal
*
GAMBAR 39–10 Teknik chromosome walking. Gen X akan diisolasi dari sebuah potongan besar DNA.
Lokasi pasti gen ini tidak diketahui, tetapi tersedia sebuah probe (∗——) yang diarahkan ke suatu fragmen DNA
(dalam gambar ini diperlihatkan di ujung 5'), demikian juga perpustakaan klon yang mengandung rangkaian-
rangkaian fragmen sisipan DNA yang bertumpang tindih. Agar sederhana, hanya lima fragmen yang
diperlihatkan pada gambar ini. Probe awal hanya akan melakukan hibridisasi dengan klon yang mengandung
fragmen 1 yang kemudian dapat diisolasi dan digunakan untuk sebagai probe untuk melacak fragmen 2.
Prosedur ini diulang sampai fragmen 4 berhibridisasi dengan fragmen 5, yang mengandung sekuens lengkap gen X.
Sebuah metode konseptual mirip pada sekuen DNA tumpang tindih digunakan untuk merakit sekuens berdekatan
dibaca dihasilkan langsung oleh NGS/sekuens hasil tinggi dari fragmen DNA genom.
Analisis semacam ini sekarang dipermudah oleh reaksi PCR, SNP dalam genom satu orang terkenal telah berhasil
yang dapat mengamplifikasi DNA sehingga dapat meng- dipetakan secara independen melalui upaya pemetaan SNP
hasilkan cukup DNA untuk analisis hanya dengan beberapa yang merupakan bagian dari International HapMap Project
sel bernukleus. dan sekarang ditambah dengan sekuens genom.
RFLP dan SNP bersifat herediter, dan keduanya ter-
Diagnosis Pranatal segregasi menurut hukum Mendel. Pemakaian utama SNP/
Jika lesi genetiknya telah dipahami dan tersedia probe RFLP (kini telah diketahui ribuan) adalah menentukan
spesifik, diagnosis pranatal dapat dilakukan. DNA dari sel penyakit-penyakit herediter yang defisit fungsionalnya tidak
yang berasal dari hanya 10 mL cairan amnion (atau dari diketahui. SNP/RFLP dapat digunakan untuk membentuk
biopsi vilus korion) dapat dianalisis dengan blot transfer kelompok bertaut (linkage groups), yang pada gilirannya,
Southem, dan volume lebih kecil jika tes basa PCR melalui proses chromosome walking, akhirnya akan dapat
digunakan. Janin dengan pola restriksi AA dalam (Gambar menentukan lokus penyakit. Pada chromosome walking
39-9) tidak terkena penyakit sel sabit dan bukan merupakan (Gambar 39-10), suatu fragmen yang mewakili salah satu
pembawa sifat (carrier). Janin dengan pola SS akan mengidap ujung dari sebuah potongan panjang DNA digunakan untuk
penyakit ini. Kini tersedia probe untuk tipe analisis semacam mengisolasi fragmen lain yang tumpang-tindih, tetapi
ini pada banyak penyakit genetik. memperpanjang yang pertama. Arah perpanjangan ditentu-
kan oleh peta restriksi, dan prosedur diulang secara
Restriction Fragment Length Polymorphism berurutan sampai diperoleh sekuens yang diinginkan.
Kumpulan DNA genomik manusia (diklon di BAC atau PAC
(RFLP) dan Polimorfisme Nukleotida Tunggal kemudian dipetakan) telah tersedia secara komersial.
(Single Nucleotide Polymorphism (SNPs1) Penyakit-penyakit terkait-kromosom X sangat cocok untuk
Perbedaan sekuens DNA yang disebutkan di atas dapat pendekatan chromosome walking, karena hanya satu alel
menyebabkan variasi tempat-tempat restriksi dan, ka- yang diekspresikan. Oleh sebab itu, 20% RFLP yang telah
renanya, variasi panjang fragmen restriksi. Demikian juga, diketahui terletak pada kromosom X, dan peta keterkaitan
polimorfisme nukleotida tunggal (single nucleotide (dan sekuens genomik) lengkap kromosom ini telah
polymorphism, SNP), dapat dideteksi dengan metode PCR ditentukan. Gen untuk penyakit terkait kromosom X, distrofi
yang sensitif. Perbedaan herediter dalam pola digesti enzim otot tipe Duchenne, ditemukan dengan menggunakan RFLP.
restriksi (mis. variasi DNA yang terjadi pada lebih dari 1% Demikian juga, defek pada penyakit Huntington diketahui
populasi umum) dikenal sebagai restriction fragment length terletak di regio terminal lengan pendek kromosom 4, dan
polymorphisms (RFLP). RFLP dan SNP yang lengkap untuk defek yang menyebabkan penyakit ginjal polikistik diketahui
genom manusia telah berhasil dibuat. Hal ini terbukti berkaitan dengan lokus α- globin di kromosom 16. Sekuen
bermanfaat dalam Human Genome Analysis Project dan genom tergantung pada ini "tumpang tindih" antara fragmen
merupakan komponen penting dalam upaya untuk DNA sekuens untuk merakit sekuen DNA genomik lengkap.
memahami berbagai penyakit gen-tunggal dan penyakit
multigen. RFLP terjadi karena perubahan satu-basa (mis.
penyakit sel sabit) atau akibat delesi atau insersi (CNV) DNA Polimorfisme DNA Mikrosatelit
ke dalam fragmen restriksi (mis. talasemia) dan telah Dalam genom manusia terdapat unit-unit pengulangan tandem
terbukti sebagai alat diagnostik yang bermanfaat. RFLP telah DNA yang pendek (2-6 pb), herediter, dan muncul sekitar
ditemukan di lokus-lokus gen tertentu dan dalam sekuens- 50.000 sampai 100.000 kali (Bab 35). Unit-unit tersebut meng-
sekuens yang fungsinya tidak diketahui; karena itu, RFLP gantikan RFLP sebagai lokus penanda untuk berbagai pelacakan
dapat mengganggu fungsi gen atau mungkin tidak memiliki genom karena lebih sering ditemukan—dan mengingat
konsekuensi biologis. Seperti disebutkan sebelumnya, 80% pemakaian rutin metode-metode PCR yang sensitif.
RFLP & VNTR dalam Kedokteran Forensik transkripsi pengikat DNA. Perkembangan ini dan beberapa
perkembangan baru lain di bidang terapi gen dan biologi sel
Unit-unit variable numbers of tandemly repeats (VNTR) punca menjanjikan potensi terapi baru untuk penyembuhan
adalah salah satu tipe "insersi" yang sering dijumpai dan penyakit manusia. Akhirnya, menghasilkan iPSC dari sel
menyebabkan RFLP. VNTR dapat diwariskan dan unit-unit pasien yang sakit juga memberikan kesempatan untuk
ini bermanfaat untuk memastikan keterkaitan genetik membuat model otentik untuk studi dari laboratorium dasar
dengan suatu penyakit dalam suatu keluarga atau kelompok; molekuler penyakit manusia.
atau unik bagi suatu individu sehingga berfungsi sebagai
sidik-jari molekular individu tersebut. Hewan Transgenik
Penentuan Sekuens DNA Genomik Terapi sulih gen sel somatik yang dijelaskan di atas jelas
tidak akan diwariskan ke keturunan. Strategi lain untuk
Secara Langsung mengubah turunan sel germinativum pernah dirancang,
Seperti disebutkan sebelumnya, kemajuan terbaru dalam tetapi baru dicoba pada hewan eksperimental. Sejumlah
teknologi penentuan sekuens DNA, yang disebut platform tertentu gen-gen yang disuntikkan ke dalam ovum mencit
penentuan sekuens generasi baru (next generation yang telah dibuahi akan bergabung ke dalam genom dan
sequencing, NGS), atau hasil tinggi (HTS) platform sekuen, ditemukan baik di dalam sel somatik maupun sel
berhasil menurunkan biaya penentuan sekuens DNA per germinativum. Ratusan hewan transgenik telah diciptakan,
basa secara dramatis. Penentuan sekuens genom manusia dan hewan-hewan ini bermanfaat untuk analisis efek
awalnya memerlukan biaya sekitar USD 350.000.000. Biaya spesifik-jaringan pada ekspresi gen dan efek pembentukan
penentuan sekuens genom manusia diploid (3 x 109 pb) yang berlebihan produk gen (mis. produk dari gen hormon
sama menggunakan platform NGS diperkirakan <0,03% pertumbuhan atau onkogen) dan dalam menemukan gen
biaya asalnya. Baru-baru ini teknologi telah dikembangkan yang berperan dalam perkembangan—suatu proses yang
untuk memungkinkan sekuens genom manusia sebesar $ sebelumnya sulit diteliti. Pendekatan transgenik berhasil
1000 (US). Penurunan biaya drastis ini telah merangsang digunakan untuk memperbaiki suatu defisiensi genetik pada
berbagai inisiatif internasional untuk menentukan sekuens mencit. Ovum yang telah dibuahi yang diperoleh dari mencit
genom lengkap ribuan orang dari latar belakang berbagai ras dengan hipogonadisme genetik disuntik dengan DNA yang
dan etnik dengan tujuan untuk mengetahui tingkat mengandung sekuens pengode untuk protein prekursor
polimorfisme DNA/genom yang sebenarnya ada dalam gonadotropin-releasing hormone (GnRH). Gen ini diekspresi-
populasi. Sangat melimpahnya informasi genetik yang kan dan diatur secara normal di dalam hipotalamus sejumlah
dihasilkan dan semakin murahnya biaya penentuan sekuens mencit yang dihasilkan, dan hewan-hewan ini tetap normal
DNA genomik secara dramatis meningkatkan kemampuan dalam segala aspek. Keturunan hewan-hewan ini juga tidak
kita mendiagnosis dan, akhirnya menangani penyakit memperlihatkan tanda-tanda defisiensi GnRH. Oleh sebab
manusia. Jelas, saat penentuan sekuens genom personal itu, hal ini merupakan bukti ekspresi transgen di dalam sel
menjadi hal yang umum, perubahan dramatis akan terjadi somatik dan keberlangsungannya di dalam sel germinativum.
dalam praktik pengobatan karena terapi akhirnya akan
disesuaikan dengan tataan genetik setiap orang. Peraturan Gene Tertarget oleh
Gangguan atau Knockout, Knockin,
Terapi Gen dan Biologi Sel Punca (Stem Cell) Perubahan, dan Ekspresi Terkendalikan
Penyakit yang disebabkan oleh defisiensi suatu produk gen Berbagai kemajuan teknis telah diizinkan untuk pasti,
(Tabel 39-4) berdasarkan teori semua dapat diobati dengan modifikasi tertarget pada gen mamalia. Metode yang tepat
terapi sulih (replacement therapy). Strateginya adalah digunakan untuk direkayasa genetik genom mamalia telah
dengan mengklon salinan gen normal (mis. gen yang berevolusi dari ridak menarik, metode efisiensi rendah
mengode adenosin deaminase) ke dalam suatu vektor yang berdasarkan seleksi obat positif dan negatif dan
akan mudah diserap dan digabungkan ke dalam genom sel rekombinasi homolog (Knockout/Knockin) ke sistem
pejamu. Sel prekursor sumsum tulang kini diteliti untuk CRISPR-Cas9 baru-baru ini dijelaskan di atas. Tujuan dari
tujuan ini karena sel-sel ini diperkirakan akan menetap di semua metode ini akhirnya menghasilkan sebuah famili
sumsum tulang dan bereplikasi di tempat tersebut. Gen dari varian genetik pada gen yang diinginkan yaitu: (A)
yang dimasukkan akan mulai mengarahkan ekspresi tidak ada, atau lengkap kehilangan-pada-fungsi alel; (B)
produk proteinnya, dan hal ini akan mengoreksi defisiensi resesif, kehilangan pada fungsi alel; dan (C) idealnya,
di sel pejamu. dominan gain-pada fungsi alel. Ini perubahan genetik yang
dihasilkan dalam sel induk berpotensi majemuk, yang
Sebagai alternatif untuk "penggantian" gen defek dalam
akhirnya memungkinkan untuk pengenalan dan propagasi
menyembuhkan penyakit manusia, banyak ilmuwan meneliti
di seluruh model organisme (flys, ikan, cacing, tikus, dll).
kemungkinan mengidentifikasi dan mengarakterisasi sel
Memiliki ketiga dari varian genetik memungkinkan satu
punca pluripoten yang merniliki kemampuan berdiferensiasi
untuk secara pasti membedah mekanisme dari tindakan
menjadi jenis sel apa pun dalam tubuh. Hasil terbaru dari
pada gen apapun. Namun, analisis genetik yang rumit dari
bidang ini menunjukkan bahwa sel somatik manusia dewasa
banyak gen adalah fakta bahwa fungsi (s) sangat penting
dapat dengan mudah diubah menjadi sel punca pluripoten
untuk kelangsungan hidup. Untuk menyiasati masalah ini
terinduksi (iPSC, induced pluripotent stem cell) melalui
jenis sel atau varian genetik spesifik jaringan harus
transfeksi dengan cDNA yang menyandi beberapa faktor
dihasilkan. Rintangan ini telah diatasi melalui penggunaan transkripsi di sel hidup pada tingkat nukleotida di seluruh
penguat sel dan jaringan spesifik yang dapat mendorong genom (genome wide). Informasi transkriptom semacam ini
kondisi (yaitu, eksperimen terkontrol) ekspresi rekom- memungkinkan kita memperkirakan kumpulan protein yang
binase penargetan (yaitu, lox-CRE) dan/atau atau nuklease mungkin diekspresikan di dalam sel, jaringan, atau organ
(CRISPR-Cas) yang menghasilkan gen diluar, baik tidak tertentu dalam keadaan normal dan sakit berdasarkan mRNA
ada atau pencapaian disebabkan atau gain-pada-fungsi alel. yang terdapat di sel-sel tersebut.
Alternatifnya, dipilih kehilangan-pada-fungsi dapat dihasil- Yang melengkapi metode penentuan profil transkrip
kan melalui ekspresi siRNA setara dengan merobohkan dengan hasil-tinggi (hight-throuhput) ini adalah pengem-
produksi pada produk gen spesifik. Metode kolektif ini bangan metode baru untuk memetakan lokasi, atau
memungkinkan untuk tes genetik dan biokimia canggih dari penempatan (occupancy) protein tertentu yang spesifik yang
fungsi gen dan memungkinkan para ilmuwan untuk terikat pada tempat tertentu dalam sel hidup. Metode ini,
menyelidiki struktur dan fungsi gen mamalia dalam konteks diilustrasikan di (Gambar 39-11), disebut imunopresipitasi
fisiologis. Luar biasa wawasan mekanistik molekuler telah kromatin (chromatin immunoprecipitation, ChIP). Protein
memiliki, dan akan terus menjadi, diperoleh dalam etiologi ditaut-silangkan in situ dalam sel atau jaringan, kromatin
molekul dari penyakit manusia melalui ini dan pendekatan diisolasi, dipotong-potong, dan kompleks protein-DNA
biokimia lainnya. Waktu menyenangkan terbentang di depan! spesifik dimumikan menggunakan antibodi yang mengenali
protein tertentu, atau isoform protein. DNA yang terikat
Penentuan Profil RNA dan Protein, serta dengan protein ini diperoleh kembali dan dianalisis
Pemetaan Interaksi Protein-DNA menggunakan PCR dan elektroforesis gel, penentuan sekuens
Revolusi "-omik" dalam beberapa dekade terakhir telah langsung (ChIP-SEQ), atau analisis microarray (ChIP-chip).
memuncak dengan diketahuinya sekuens nukleotida genom Ada dua versi dari mendeteksi pembacaan sekuens DNA.
keseluruhan, termasuk genom dalam pertunasan dan Pada bagian pertama DNA imunopurifikasi langsung dikenai
pemecahan sel ragi, berbagai bakteri, lalat buah, cacing NGS / hasil tinggi sekuens DNA (CHIP-Seq); dalam versi
Caenorhabditis elegans, tumbuhan, mencit, tikus, ayam, kedua, imunopurifikasi, kompleks protein-DNA terikat-
monyet dan terutama manusia. Semakin banyak genom lain silang diperlakukan dengan eksonuklease untuk menghapus
yang berhasil diketahui sekuensnya dengan cara yang sekuens DNA terikat-silang yang tidak pada kontak intim
semakin cepat. Ketersediaan semua informasi sekuens DNA dengan protein yang menarik; ini disebut CHIP-Exo.
ini disertai kemajuan dalam bidang rekayasa genetik men- Metode ChIP-SEQ dan ChIP-chip memungkin-kan peneliti
dorong dikembangkannya beberapa metodologi revolusioner untuk menganalisis lokasi satu protein di seluruh genom
yang kebanyakan didasarkan pada teknologi microarray lengkap dan semua kromosom. CHIP-Exo memiliki
densitas-tinggi (highdensity microarray technology) atau keuntungan tambahan yang memungkinkan peneliti untuk
NGS. Dengan microarray, sekarang kita memiliki kemampu- memetakan in vivo penempatan protein pada resolusi
an untuk menempatkan ribuan sekuens DNA yang dapat nukleotida tingkat tunggal. Akhirnya, metode untuk
diuraikan, dikenal, dan spesifik pada sebuah "kaca obyek sensitivitas tinggi, hasil-tinggi spektrometri massa metabolit
mikroskop" dengan luas beberapa sentimeter persegi. Dengan (metabolomik), berbagai molekul kecil (lipid, lipidomik;
menggabungkan microarray DNA semacam ini dengan karbohidrat, glikomik, dll) dan sampel protein kompleks
deteksi prohe asam nukleat berlabel fluoresen yang sangat (proteomik) telah dikembangkan. Metode-metode spek-
sensitif dan berasal dari mRNA, para peneliti dapat trometri massa yang lebih baru memungkinkan kita
menghasilkan profil ekspresi genetik (mis. kandungan mRNA mengidentifikasi ratusan hingga ribuan protein dalam sampel
sel spesifik) dengan cepat dan akurat dari contoh sel dan yang diekstraksi dari sangat sedikit sel (<1 gram). Analisis ini
jaringan sebanyak 1 gram atau kurang dari 1 gram. Oleh sekarang dapat digunakan untuk menghitung jumlah protein
sebab itu, informasi transkriptom (keseluruhan kumpulan dalam dua sampel dan mengukur tingkat modifikasi
RNA sel) untuk sel atau jaringan tersebut dapat cepat pascatranslasi (PTM) tertentu, misalnya fosforilasi; dan
diperoleh dalam waktu hanya beberapa hari. Pada penentuan dengan menggunakan antibodi spesifik, menentukan
sekuens NGS, mRNA diubah menjadi cDNA dengan interaksi protein-protein spesifik. Informasi penting ini
transkripsi terbalik, dan cDNA ini diperbanyak dengan PCR memberi tahu peneliti mana dari sekian banyak mRNA yang
kemudian ditentukan sekuensnya secara langsung; metode ini terdeteksi dalam penelitian pemetaan transkriptom yang
disebut RNA-Seq. Metode ini memungkinkan deskripsi benar-benar ditransIasikan menjadi protein, yang umumnya
transkriptom secara keseluruhan. Laporan terbaru dalam menjadi penentu utama fenotipe.
literatur telah menggunakan RNA-Seq untuk menggambar- Cara genetik baru untuk mengidentifikasi interaksi protein-
kan transkriptom sel tunggal, dan ketika digabungkan dengan protein dan fungsi protein juga telah dirancang. Knockdown
sensitivitas tinggi massa proteomik didasarkan spektrometri (penghentian) ekspresi gen secara sistematis di seluruh genom,
(lihat di bawah) dengan yakin menentukan profil ekspresi dengan menggunakan SiRNA (mriRNA) atau genetic
gen. interaction screen letal sintetik, telah diterapkan untuk menilai
Kemajuan metodologi terbaru (GRO-Seq, Global Run- kontribusi masing-masing gen terhadap berbagai proses dalam
On sequencing, dan NET-seq, native elongating transcript sistem model (ragi, cacing, lalat) dan sel mamalia (manusia dan
sequencing) memungkinkan penentuan sekuens RNA dalam mencit). Pemetaan jaringan spesifik interaksi antarprotein yang
kompleks tripel RNA polimerase-DNA-RNA yang sedang mencakup genom keseluruhan telah dilakukan dengan
memanjang; metode-metode ini memungkinan penguraian
Protein pengikat
DNA spesifik
Reaksikan sel dengan formaldehida

X untuk menaut-silangkan protein pada
DNA (X ) in situ
Elemen-cis
spesifik
lisis sel, sonikasi kromatin untuk

memotong-motongnya menjadi
X fragmen-fragmen 500-1000 pb Dibagi
menjadi dua bagian (a) dan (b)
(a) (b)
Tambahan antibodi spesifik ke (a) dan

isolasi kompleks tripel igG-antigen-DNA
IgG
Ikatan silang kebalikan dari sampel (a)

X
dan (b) dengan panas, mencerna
n protein dengan protease untuk
memulihkan DNA terikat-IgG (a) dan
DNA genom total (b)
Gunakan metode biokimia sensitif untuk

menghitung jumlah sekuens DNA spesifik
yang berikatan dengan antibodi, (a) vs.
relatif terhadap jumlah segmen DNA yang
sama dalam DNA genomik total (b).
Menganalisa Peningkatan ratio (kelipatan) =
occupancy in vivo
Gel Foresis- Langsung Hasil-Tinggi

elektro (CHIP) Hibridisasi Sekuens DNA - atau + Pencernaan
Microarray Eksonuklease [ChIP-Seq(–)]
(CHIP-chip) [ChIP-Exo(+)]
GAMBAR 39–11 Garis besar teknik chromatin immunoprecipitation (ChIP). Metode ini
memungkinkan analisis lokasi pasti suatu protein (atau protein modifikasi jika antibodi yang
sesuai tersedia; mis. Histon terfosforilasi atau terasetilasi, faktor transkripsi, dll.) pada elemen
sekuens tertentu di sel hidup. informasi kuantitatif atau semikuantitatif dapat diperoleh dengan
resolusi mendekati tingkat nukleotida, tergantung metode yang digunakan untuk menganalisis
DNA imunopurifikasi (dimurnikan secara imunologi). Occupancy (penempatan) protein-DNA di
seluruh genom dapat diukur dengan dua cara. Pertama, ChIP-chip, metode yang menggunakan
pembacaan hibridisasi. Pada ChIP-chip, DNA genomik total dilabel dengan satu fluorfor tertentu
dan DNA imunopurifikasi dilabel dengan fluorfor yang memiliki spektrum berbeda. DNA dengan
label berbeda ini dicampur dan dihibridisasi di "chip" (kaca obyek mikroskop)' microarray yang
mengandung fragmen DNA spesifik, atau yang lebih umum sekarang, oligonukleotida sintetik
dengan panjang 50-70 nukleotida. Oligonukleotida spesifik-gen ini diendapkan dan ditempelkan
secara kovalen pada koordinat (dikenal dengan X, Y) yang ditentukan sebelumnya pada kaca
obyek. DNA berlabel akan berhibridisasi, kaca obyek dibilas dan hibridisasi pada setiap probe
oligonukleotida spesifik-gen diukur dengan menggunakan pemindaian laser berdiferensial dan
fotodeteksisensitif pada resolusi mikron. Intensitas sinyal hibridisasi dihitung dan rasio sinyal DNA
imunopurifikasi/ DNA genomik digunakan untuk menilai tingkat occupancy. Metode kedua,
disebut ChIP-seq, menentukan sekuens DNA imunopurifikasi secara langsung dengan
menggunakan NGS/metode penentuan sekuens mendalam (deep sequencing). Dua varian CHIP-
Seq ditampilkan: "standar" CHIP-Seq dan CHIP-Exo. Kedua pendekatan berbeda dalam
kemampuan untuk menyelesaikan dan memetakan lokasi dari protein terikat pada DNA genom.
Standar resolusi CHIP-Seq adalah resolusi ~ ± 50 nt, sementara CHIP-Exo memiliki dekat tingkat
resolusi nt tunggal. Kedua pendekatan mengandalkan algoritma bioinformatika efisien untuk
berurusan dengan dataset yang sangat besar yang dihasilkan. CHIP-chip dan teknik CHIP-Seq
memberikan (semi-) ukuran kuantitatif dari in vivo penempatan protein. Meskipun disini tidak
skhematis, metode yang serupa disebut RIP (RNA imunopresipitasi) atau CLIP (protein-RNA terikat
silang dan immunopresipitasi), yang berbeda terutama dalam metode protein-RNA terikat silang,
dapat mencetak in vivo pengikatan protein spesifik untuk spesies RNA tertentu (biasanya mRNA,
meskipun setiap spesies RNA dapat dianalisis dengan teknik ini).

Protein
fusi AD
"MANGSA
(3)
Y
Protein
X fusi
"UMPAN"
(2)
DBD
Reporter gene
(1)
GAMBAR 39–12 Skema sistem dua-hibrid untuk mengidentifikasi dan menentukan karakter interaksi antarprotein. Dalam skema
ini, diperlihatkan berbagai komponen dasar dan operasi sistem dua-hibrid, yang awalnya dirancang oleh Fieids dan Song (Nature 340:245-246
[1989]) sehingga berguna dalam sistem ragi pembuat roti. (1) Gen reporter, baik suatu penanda selektif (selectable marker) (misalnya, sebuah
gen yang mendorong pertumbuhan prototrofik, dalam medium spesifik maupun yang menghasilkan enzim untuk penilaian kalorimetrik
koloni, seperti p-galaktosidase) yang hanya diekspresikan saat faktor transkripsi mengikat bagian hulu penguat terkait-cis (bagian yang
berwarna merah tua). (2) Protein fusi "umpan" (DBD-X) dihasilkan oleh gen chimeric yang mengekspresikan domain pengikat DNA (DBD)
modular (DBD sering diperoleh dari protein Gal 4 ragi atau protein Lex A bakteri, keduanya merupakan protein pengikat DNA dengan afinitas
dan spesifisitas yang tinggi) yang difusi dalam-rangkaian (in-frame) ke dalam protein yang sesuai, dalam skema ini X. Pada percobaan dua-
hibrid, kita menguji apakah suatu protein dapat berinteraksi dengan protein X. Protein mangsa X dapat difusi seluruhnya atau sering kali hanya
sebagian dari protein X yang diekspresikan dalam-rangkaian dengan DBD. (3) Protein "mangsa" (Y-AD) yang merupakan gabungan protein
spesifik yang difusi dalam-rangkaian pada domain aktivasi transkripsi (AD yang sering berasal dari protein virus Herpes Simpleks VP 16 maupun
protein Gal 4 ragi). Sistem ini merupakan tes yang bermanfaat untuk interaksi antarprotein, antara protein X dan Y karena pada ketiadaan
transaktivator fungsional yang mengikat penguat tertentu, tidak terjadi transkripsi gen reporter (yi. lihat Gambar 38-16). Oleh sebab itu, kita
mengamati transkripsi hanya jika terjadi interaksi protein X-protein Y sehingga menghubungkan AD fungsional ke unit transkripsi terkait cis,
yang pada kasus ini mengaktifkan transkripsi gen reporter. Pada keadaan ini, protein DBD-X itu sendiri tidak dapat mengaktifkan transkripsi
reporter karena domain-X yang disatukan dengan DBD tidak mengandung suatu AD. Demikian juga, protein Y-AD itu sendiri tidak akan dapat
mengaktifkan transkripsi gen reporter karena protein tersebut kekurangan DBD untuk mengarahkan Y-AD pada penguat. Hanya jika kedua
protein tersebut diekspresikan dalam suatu sel serta mengikat penguat, dan melalui interaksi protein-protein DBD-X-Y-AD dan membentuk
kembali "protein biner (binary protein)" transaktivator fungsional, aktivasi transkripsi gen reporter dan sintesis mRNA dapat terjadi (garis dari AD
ke gen reporter).
menggunakan varian-varian high-throughput (hasil tinggi) studi-studi tersebut mengandalkan metode statistik; dan
dari tes interaksi dua hibrid (Gambar 39-12). Metode teknologi baru ini, bersama dengan membanjimya informasi
sederhana namun kuat ini dapat dilakukan pada sel bakteri, sekuens DNA, mendorong dikembangkannya bidang
ragi, atau sel Kd ~ 10-6 mol/L atau lebih ketat dapat mudah bioinformatika (Bab 11) dan biologi sistem, disiplin baru
dideteksi dengan metode ini. Bersama-sama, teknologi- yang tujuannya adalah membantu menangani, menganalisis,
teknologi ini merupakan alat yang sangat hebat untuk dan mengintegrasikan "banjir" informasi biologi yang
mengurai kerumitan biologi manusia. penting ini. Teknologi baru ini, ditambah dengan luapan
data eksperimen, telah lebih jauh menyebabkan per-
kembangan bidang dari sistem biologi, disiplin yang
tujuannya adalah untuk menganalisis secara kuantitatif, dan
SISTEM BIOLOGI BERTUJUAN mengintegrasikan luapan dari informasi penting secara
UNTUK MENGINTEGRASIKAN biologis. Di masa mendatang, studi-studi yang melibatkan
bioinformatika, direkayasa, biofisika, genetika, penentuan
LUAPAN DARI DATA -OMIC DALAM profil transkrip-protein/PTM, dan biologi sistem akan
menghasilkan revolusi pemahaman kita tentang fisiologi dan
RANGKA UNTUK MENGURAIKAN ilmu kedokteran dan obat-obatan dan akhirnya kesehatan
PRINSIP REGULASI BIOLOGIS manusia.
FUDAMENTAL
RINGKASAN
Teknik-teknik microarray, penentuan sekuens DNA hasil- ■ Dalam pengklonan DNA, segmen tertentu DNA dikeluarkan
tinggi, dua-hibrid, ChIP-Seq knockdown genetik, dan dari lingkungan normalnya dengan PCR atau salah satu dari
eksperimen identifikasi protein dan metabolit dengan berbagai endonuklease restriksi. Segmen ini kemudian
spektrometri massa telah menghasilkan data dalam jumlah diligasikan ke dalam suatu vektor tempat segmen DNA
yang sangat besar. Selama ini, penanganan data dan tersebut dapat diperbanyak dan diproduksi dalam jumlah
interpretasi informasi yang sangat banyak didapatkan dari besar.

■ Manipulasi DNA untuk mengubah strukturnya sehingga Kodzius R, Kojima M, Nishiyori H, et al: CAGE: cap analysis of gene
disebut sebagai rekayasa genetik adalah elemen kunci dalam expression. Nat Meth 2006;3:211–222.
pengklonan (mis. pembuatan molekul kimerik) dan juga Liebler DC, Zimmerman LJ: Targeted quantitation of proteins by
dapat digunakan untuk mempelajari fungsi fragmen DNA mass spectrometry. Biochemistry 2013;52:3797–3806.
tertentu dan menganalisis cara gen-gen tersebut diatur. Martin JB, Gusella JF: Huntington’s disease: pathogenesis and
management. N Engl J Med 1986;315:1267.
■ Berbagai teknik yang sangat sensitif sekarang dapat diterapkan Myers RM, Stamatoyannopoulos J, Snyder M, et al: A user’s guide
untuk isolasi dan karakterisasi dari gen dan kuantisasi produk
to the encyclopedia of DNA elements (ENCODE). PLoS Biol
dari gen di kedua statis (yaitu, keseimbangan) dan dinamis 2011;9:e1001046.
mode (kinetik). Metode ini memungkinkan untuk identifikasi Petrocca F, Altschuler G, Tan SM, et al: A genome-wide siRNA screen
dari gen yang bertanggung jawab untuk penyakit, dan untuk identifies roteasome addiction as a vulnerability of basal-like tri-
studi regulasi gen/bagaimana dari gen rusak menyebabkan ple-negative breast cancer cells. Cancer Cell 2013;24:182–196.
penyakit.
Sampson TR, Weiss DS: Exploiting CRISPR/Cas systems for biotec-
■ Genom mamalia sekarang dapat tepat direkayasa untuk knockin hnology. Bioessays 2014;36:34–38.
(menambah/mengganti gen), knockout (menghapus atau Plass C, Pfister SM, Lindroth AM, et al: Mutations in regulators of
menonaktifkan) dan/atau secara aktif dan secara kondisional the epigenome and their connections to global chromatin
memanipulasi gen spesifik menggunakan penelitian genom patterns in cancer. Nat Rev Genet. 2013 Nov;14(11):765–780.
enzim baru (rekombinase) dan sistem enzim-RNA (CRISPR- Rhee HS, Pugh BF: Comprehensive genome-wide protein-DNA
Cas). interactions detected at single-nucleotide resolution. Cell
2011;147:1408–1419.
Takahashi K, Tanabe K, Ohnuki M, et al: Induction of pluripotent
stem cells from adult human fibroblasts by defi ed factors. Cell
REFERENSI 2007;131:861.
Abecasis GR, Auton A, Brooks LD, et al: The 1000 Genomes Proje- Telese F, Gamliel A, Skowronska-Krawczyk D: “Seq-ing” insights
ct Consortium. An integrated map of genetic variation from into the epigenetics of neuronal gene regulation. Neuron
1,092 human genomes. Nature 2012;491:56–65. 2013;77:606–623.
Brass AL, Dykxhoorn DM, Benita Y, et al: Identifi ation of host Wang L, Wheeler DA: Genomic sequencing for cancer diagnosis
proteins required for HIV infection through a functional and therapy. Ann Rev Medicine 2014;65:25.1–25.16.
genomic screen. Science 2008;319:921. Wang T, Wei JJ, Sabatini, DM, Lander ES: Genetic screens in human
Churchman LS, Weissman JS: Nascent transcript sequencing visu- cells using the CRISPR-Cas9 system. Science 2014;343:80–84.
alizes transcription at nucleotide resolution. Nature 2011;469: Weatherall DJ: The New Genetics and Clinical Practice, 3rd ed. Ox-
368–373. ford University Press, 1991.
Core LJ, Waterfall JJ, Lis JT: Nascent RNA sequencing reveals wid- Wernig M, Meissner A, Foreman R, et al: In vitro reprogramming
espread pausing and divergent initiation at human promoters. of fibroblasts into a pluripotent ES-cell-like state. Nature
Science 2008;322:1845–1848. 2007;448:318.
Costanzo M, Baryshnikova A, Myers CL, et al: Charting the gene- Wheeler DA, Srinivasan M, Egholm M, et al: The complete genome
tic interaction map of a cell. Curr Opin Biotechnol 2011 of an individual by massively parallel DNA sequencing. Nature
Feb;22(1):66–74. 2008;451:872.
Deng Q, Ramsköld D, Reinius B, et al: Single-cell RNA-seq reveals
dynamic, random monoallelic gene expression in mammalian
cells. Science 2014;343:193–196.
Denny JC, Bastarache L, Ritchie MD, et al: Systematic comparison DAFTAR ISTILAH
of phenome-wide association study of electronic medical ARS: Aufonomously replicating sequence (sekuens yang bereplikasi
record data and genome-wide association study data. Nat
si secara otonom); origin of replication (awal replikasi) pada sel
Biotechnol 2013;31:1102–1111.
ragi
Gandhi TK, Zhong J, Mathivanan S , et al: Analysis of the human
protein interactome and comparison with yeast, worm and fly Autoradiografi: Deteksi molekul radioaktif (mis. DNA, RNA,
interaction datasets. Nat Genet 2006;38:285. protein) melalui visualisasi efek molekul tersebut pada film
Gibson DG, Glass JI, Lartigue C, et al: Creation of a bacterial cell fotografik atau film sinar-X.
controlled by a chemically synthesized genome. Science Bakteriofaga: Virus yang menginfeksi bakteri.
2010;329:52–56. Blunt-ended DNA: Dua untai dari suatu dupleks DNA dengan
Gilchrist DA, Fargo DC, Adelman K: Using ChIP-chip and ChIP- ujung-ujung yang sama rata.
seq to study the regulation of gene expression: genome-wide CAGE: Analisis ekspresi gen menggunakan tudung. Metode yang
localization studies reveal widespread regulation of memungkinkan penangkapan selektif, amplifikasi, pengklonan,
transcription elongation. Methods 2009;48:398–408. dan oenentuan sekuens mRNA melalui struktur tudung 5'.
Green, MR, Sambrook J: Molecular Cloning: A Laboratory Manual. cDNA: Molekul DNAuntai-tunggal yang komplementer terhadap
Fourth Edition, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2012. suatu molekul mRNA dan disintesis dari molekul mRNA
Horvath P, Barrangou R: CRISPR/Cas, the immune system of ba- tersebut oleh kerja reverse transcriptase.
cteria and archaea. Science 2010;327:167–170. Isaacs FJ, Carr Molekul chimeric: Suatu molekul (mis. DNA, RNA, protein) yang
PA, Wang HH, et al: Precise manipulation of chromosomes in vi- mengandung sekuens-sekuens yang berasal dari dua spesies
vo enables genome-wide codon replacement. Science yang berbeda.
2011;333:348–353. ChIP, chromatin immunoprecipitation: Teknik untuk menentu-
kan lokasi pasti suatu protein, atau isoform protein, atau lokasi Eksinuklease: Nuklease eksisi yang berperan dalam perbaikan DNA
genomik apa pun dalam sel hidup. Metode ini berdasarkan dengan cara pertukaran nukleotida.
pertautan-silang (cross-linking) dala sel hidup, disrupsi sel, Eksom: Sekuens nukleotida semua potongan ekson mRNA dalam
fragmentasi DNA, dan imunopresipitasi dengan antibodi suatu sel, jaringan, organ, atau organism. Eksom berbeda dengan
spesifik yang memurnikan protein yang tertaut-silang dengan transkriptom yang merupakan kumpulan seluruh transkrip
DNA. Taut-silang dibuka kembali, DNA yang berikatan genom; eksom merupakan suatu bagian dari sekuens RNA yang
dimurnikan dan sekuens yang termurnikan diukur dengan membentuk transkriptom.
salah satu dari beberapa metode. Ekson: Sekuens sebuah gen yang dinyatakan (diekspresikan) sebagai
ChIP-chip, chromatin immunoprecipitation yang dianalisis de- mRNA
ngan pembacaan hibridisasi chip (kaca obyek) microarray: Eksonuklease: Suatau enzim yang memutus nukleotida dari ujung 3'
Metode berbasis hibridisasi yang menggunakan teknik atau 5' DNA atau RNA
chromatin immunoprecipitation (ChIP) untuk memetakan in Fingerprinting: Pemakaian RFLP atau sekuens berulang DNA untuk
vivo pengikatan protein tertentu pada kromatin di seluruh membuat suatu pola fragmen DNA yang unik pada setiap orang.
genom dalam sel hidup. Pengikatan sekuens ditentukan dengan FISH: Fluorescent in situ hybridization (hibridisasi in situ dengan fl-
menempelkan sampel DNA berlabel fluoresen pada microarray uoresensi), metode yang digunakan untuk memetakan lokasi
(array). sekuens DNA spesifik dalam nuk-leus yang difiksasi.
ChIP-Exo, kromatin immunopresipitasi diuji melalui NGS/dalam Footprinting: DNA dengan protein yang terikat padanya akan resis-
pembacaan sekuens setelah pengobatan kompleks protein- ten terhadap pencemaan oleh enzim DNase. Jika reaksi
DNA immuno-diendapkan dengan Eksonuklease. Sebuah sequencing dilakukan dengan menggunakan DNA ini, akan
variasi pada CHIP-Seq (lihat di bawah) yang memungkinkan terdeteksi suatu daerah terlindung yang mencerminkan jejak
nukleotida tingkat presisi dalam pemetaan dan deskripsi DNA (footprint) protein tersebut, karena nuklease tidak dapat
elemen cis terikat oleh protein tertentu. memutus DNA yang langsung berikatan dengan protein.
ChIP-Seq, chromatin immunoprecipitation yang dianalisis de- GRO-Seq, global run-on sequencing: Pada metode ini, transkrip na-
ngan pembacaan NGS/penentuan sekuens mendalam: Lokasi sen (transkrip yang baru terbentuk) ditangkap dan ditentukan
pengikatan DNA genomik pada ChIP ditentukan dengan sekuensnya dengan NGS/ penentuan sekuens mendalam (deep
penentuan sekuens mendalam (deep sequencing), dan bukan sequencing). Metode ini memungkinkan pemetaan lokasi
dengan hibridisasi terhadap microarray. kompleks transkripsi aktif.
Hairpin (jepit rambut): Rangkaian heliks ganda yang dibentuk
CLIP: sebuah metode yang menggunakan ikat silang UV untuk
oleh pasangan basa antara sekuens-sekuens komplementer yang
menginduksi lampiran kovalen protein yang berbeda untuk
berdekatan di dalam RNA atau DNA untai tunggal.
RNA tertentu in vivo. RNA yang terikat-protein selanjutnya
dapat dimurnikan dari lisat sel dengan immunopresipitasi dan Hibridisasi: Penyatuan kembali secara spesifik untai-untai asam
sekuens berikutnya. nukleat yang komplementer (DNA dengan DNA, DNA dengan
RNA, atau RNA dengan RNA).
Klon: Sejumlah besar organisme, sel, atau molekul yang identik
dengan satu organisme, sel, atau molekul induk. Insert (sisipan): Tambahan panjang pasangan basa ini dalam
Copy number variation (CNV, variasi jumlah salinan): Perubah- DNA, yang umumnya dimasukkan dengan teknologi DNA
an jumlah salinan suatu regio DNA genomik tertentu antara rekornbinan.
dua orang atau lebih. CNV dapat mencapai 106 pb DNA dan Intron: Sekuens suatu gen pcnyandi mRNA yang ditranskripsikan,
termasuk delesi atau insersi. tetapi kemudian dieksisi sebelum ditranslasikan. Gen tRNA ada
Kosmid: Suatu plasmid tempat disisipkannya sekuens DNA dari juga yang mengandung intron.
bakteriofage lamda yang diperlukan untuk mengemas DNA Perpustakaan: Kumpulan fragmen-fragmen klon yang mewakili
(cos sites); hal ini memungkinkan DNA plasmid dikemas keseluruhan genom. Perpustakaan dapat berupa DNA genomik
secara in vivo. (yang di dalamnya terdapat intron maupun ekson) atau cDNA
CRISPER/Cas: Sebuah prokariotik "sistem imun" resistensi pada (yang hanya mewakili ekson).
gen eksternal dari bakteriofag. Sistem menyediakan versi Ligasi: Pernyataan dua rangkaian DNA atau RNA menjadi satu me-
bakteri imun yang diperoleh. CRISPR (Clustered Regularly lalui ikatan fosfodiester yang dikatalisis oleh enzim; enzim
Interspaced Short Palindromic Repeats) RNA spacer yang tersebut masing-masing adalah DNA dan RNA ligase.
diturunkan bergabung dengan nuklease Cas untuk Lines: Long interspersed repeat sequences (Sekuens berulang panjang
menargetkan dan secara spesifik membelah DNA pada fase yang diselingi dengan sela).
fag, sehingga menonaktifkan genom invasi dan melindungi Polimorfisme mikrosatelit: Heterozigositas suatu pengulangan mi-
bakteri dari infeksi fag produktif dan lisis. krosatelit tertentu pada seseorang.
Proyek ENCODE : Proyek ensiklopedia elemen DNA: upaya dari Sekuens berulang mikrosatelit: Sekuens berulang yang tersebar
beberapa laboratorium genom manusia yang terinci dan atau berkelompok dengan panjang 2-5 pb dan diulang hingga
informatif secara biokimia dengan menggunakan metode 50 kali. Dapat ditemukan di 50-100 ribu lokasi di dalam
penentuan penentuan sekuens hasil-tinggi untuk mengiden- genom.
tifikasi dan membentuk katalog elemen fungsional dalam satu miRNAs: MikroRNA, spesies RNA dengan panjang 21-22 nukleoti-
bagian terbatas pada satu kromosom manusia.
da yang berasal dari unit transkripsi RNA polimerase II, panjang
Endonuklease: Enzim yang memutus ikatan internal di dalam 500-1500 pb melalui pengolahan RNA. RNA tersebut, yang
DNA atau RNA ditcmukan baru-baru ini, diperkirakan berperan penting dalam
Kode epigenetik: Pola modifikasi DNA kromosom (yi. metilasi regulasi gen.
sitosin) dan modifikasi pascatranslasi histon nukleosom.
Perubahan keadaan modifikasi ini dapat menyebabkan NET-seq, native elongating sequencing: Analisis ujung 3' rantai
perubahan besar dalam ekspresi gen. Perlu dicatat bahwa mRNA nasen eukariot seluruh genom yang dipetakan dengan
sekuens DNA yang terlibat tidak berubah. resolusi tingkat nukleotida. Kompleks elongasi RNA polimerase
II ditangkap melalui imunopurifikasi dengan IgG anti-Pol II RT-PCR: Metode yang digunakan untuk menghitung kadar mRNA
dan RNA nasen yang mengandung gugus 3'OH bebas ditag dengan mengandalkan langkah pertama penyalinan cDNA dari
melalui ligasi dengan linker RNA kemudian diperbanyak mRNA yang dikatalisis oleh reverse transcriptase sebelum
dengan PCR dan ditentukan sekuensnya dengan deep amplifikasi dan kuantitasi oleh PCR.
sequencing. Sinyal: Produk akhir yang diamati ketika sekuens tertentu DNA
Translasi takik (Nick Translation): Suatu teknik pelabelan DNA atau RNA terdeteksi dengan autoradiografi atau metode lain
berdasarkan kemampuan DNA polimerase E. coli untuk yang serupa. Hibridisasi dengan polinukleotida radioaktif
menguraikan satu untai DNA yang telah tertakik (nicked) komplementer (mis. blot Southern atau Northern) sering
dan kemudian menyintesis kembali untai tersebut; jika suatu digunakan untuk menghasilkan sinyal.
nukleosida trifosfat radioaktif digunakan, untai yang Sines: Short interspersed repeat sequences (Sekuens berulang pen-
dibentuk kembali tersebut akan berlabel dan dapat digunakan dek yang diselingi dengan sela).
sebagai probe beradioaktif.
siRNAs: Silencing RNA (RNA pembungkam), dengan panjang 21-25
Blot Northem: Metode untuk memindahkan RNA dari gel agarosa
nt dan dibentuk oleh degradasi nukleolitik selektif RNA untai-
atau gel poliakrilamid ke filter nitroselulosa untuk mendeteksi
ganda yang berasal dari sel atau virus. SiRNA yang menempel di
RNA dengan probe yang tepat.
berbagai tempat spesifik pada target di dalam RNA menyebabkan
Oligonuldeotida: Sekuens nukleotida tertentu yang pendek dan didegradasi mRNA ("gen knockdown" ).
satukan oleh ikatan fosfodiester biasa.
Ori: Origin of replication (asal/pangkal replikasi) DNA. SNP: Single nucleotide polymorphism (polimorfisme nukleotida
PAC: Vektor pengklon berkapasitas tinggi (70-95 kb) yang didasar- tunggal). Merujuk pada fakta bahwa variasi genetik nukleotida
kan pada bakteriofaga E. coli litik P1 yang bereplikasi di dalam tunggal di sekuens genom terdapat pada lokus-lokus tersendiri
bakteri sebagai suatu elemen ekstrakromosom. di sepanjang kromosom. Pengukuran perbedaan SNP alel
bermanfaat dalam studi-studi pemetaan gen.
Palindrom: Sekuens DNA dupleks yang sama jika kedua untai di-
baca arah berlawanan. snRNA: Small nuclear RNA (RNA kecil di dalam nukleus). Famili
Olasmid: Molekul DNA yang kecil, sirkular, dan ekstrakromosom- RNA ini dikenal melalui perannya dalam pengolahan mRNA.
al yang bereplikasi tanpa bergantung pada DNA pejamu. Blot Southem: Metode untuk memindahkan DNA dari gel agarosa
Polymerase chain reaction (PCR: reaksi berantai polimerase): ke filter nitroselulosa, tempat DNA dapat dideteksi dengan
Metode enzimatik untuk mengode secara berulang (sehingga probe yang sesuai (mis. RNA atau DNA komplementer).
memperbanyak) kedua untai DNA yang membentuk sekuens Southwestern blot: Metode untuk mendeteksi interaksi protein-
gen tertentu. DNA dengan menambahkan probe DNA berlabel ke suatu
Primosom: Kompleks helikase dan primase bergerak (mobile) membran transfer yang mengandung protein renaturasi.
yang berperan dalam replikasi DNA. Spliceosome: Kompleks makromolekul yang berperan dalam speli-
Probe (pelacak): Molekul yang digunakan untuk mendeteksi kebe- cing mRNA prekursor. Spliceosome terdiri dari sedikitnya lima
radaan suatu fragmen DNA atau RNA, contohnya kolom RNA nukleus kecil (snRNA; U1, U2, U4, U5, dan U6) dan
bakteri yang dibentuk dari perpustakaan genetik atau sewaktu banyak protein.
analisis oleh teknik transfer blot; probe yang sering digunakan Splicing: Pengeluaran intron dari RNA disertai oleh penyatuan ek-
adalah molekul cDNA, oligodeoksinukleotida sintetik dengan son-eksonnya.
sekuens tertentu, atau antibodi terhadap protein spesifik. DNA berujung lekat (Sticky-ended DNA): Untai-untai tunggal
komplementer pada DNA yang menonjol dari ujung-ujung
Proteom: Keseluruhan kumpulan protein yang diekspresikan di da-
berlawanan DNA dupleks atau dari ujung-ujung molekul
lam suatu organisme.
dupleks yang berbeda (lihat juga blunt ended DNA,
Pseudogen: Segmen DNA tak-aktif yang muncul melalui mutasi
sebelumnya).
gen induk yang aktif; biasanya terbentuk melalui transposisi
salinan cDNA suatu mRNA. Tandem: Digunakan untuk mendeskripsikan banyak salinan dari
DNA rekombinan: DNA yang mengalami perubahan karena pe- sekuens yang sama (mis. DNA) yang terletak berderet-deret.
nyisipan suatu sekuens deoksinukleotida yang sebelumnya Transferase terminal: Suatu enzim yang menambahkan nukleoti-
tidak terdapat dalam molekul DNA yang sudah ada dengan da dari satu tipe (mis. residu deoksiadenonukleotidil) pada
cara enzimatik atau kimiawi. ujung 3' untai DNA.
Enzim restriksi: Suatu endodeoksinuklease yang menyebabkan Transkripsi: Sintesis asam nukleat yang diarahkan oleh DNA ceta-
pemutusan kedua untai DNA di tempat-tempat yang sangat kan; biasanya adalah sintesis RNA yang diarahkan oleh DNA.
spesifik, yang ditentukan oleh sekuens basa. Transkriptom: Keseluruhan kumpulan RNA yang diekspresikan
Reverse transcription (transkripsi terbalik): Sintesis DNA yang dalam suatu sel, jaringan, organ, dan organisme.
diarahkan oleh RNA yang dikatalisis oleh reverse transcriptase. Transgenik: Menjelaskan insersi DNA baru ke dalam sel germina-
RNA-Seq: Metode yang mengubah populasi RNA sel, melalui li- tivum dengan menyuntikkan DNA tersebut ke dalam nukelus
gasi linker dan PCR, menjadi cDNA yang kemudian ovum.
ditentukan sekuensnya dengan deep sequencing untuk Translasi: Sintesis protein dengan menggunakan mRNA sebagai
menentukan sekuens lengkap dari semua RNA dalam cetakan.
persiapan. Vektor : Plasmid atau bakteriofag tempat DNA asing dapat dima-
RIP: Sebuah metode RNA immunopresipitasi, dilakukan seperti sukkan ke dalamnya untuk tujuan pengklonan.
CHIP, yang digunakan untuk mencetak mengikat spesifik Blot Western: Metode untuk memindahkan protein ke filter nitro-
dari sebuah protein untuk suatu DNA spesifik in vivo. RIP selulosa, tempat protein dapat dideteksi dengan pelacak yang
menggunakan formalin terikat silang untuk menginduksi sesuai (mis. antibodi).
lampiran kovalen protein untuk RNA (lihat juga CLIP).
Soal ujian
Bagian VII – Struktur, Fungsi, & Replikasi B Sebuah kelompok fosfat, guanin, dan deoksiribosa
Makromolekul Pembawa Informasi C. Sitosin dan ribose
D. Timin dan deoksiribosa
1. Manakah dari pernyataan berikut tentang β, γ-metilen dan β,γ- E. Sebuah kelompok fosfat dan adenin
derivatif imino dari purin dan trifosfat pirimidin yang BENAR?
6. Tulang punggung pada molekul DNA terdiri dari yang
berikut ini?
A. Mereka adalah obat antikanker potensi .
A. Gula dan basa nitrogen berseling B.
B. Mereka merupakan prekursor dari vitamin B.
Basa nitrogen itu sendiri
C. Mereka mudah menjalani pemindahan hidrolitif dari
C. Kelompok fosfat itu sendiri
fosfat terminal
D. Kelompok fosfat dan gula berseling
D. Mereka dapat digunakan untuk memimplikasi keter
E. Lima karbon gula itu sendiri
libatan trifosfat nukleotida oleh efek selain mentransfer fos-
foril. 7. Obligasi interkoneksi yang menghubungkan nukleotida dari
E. Mereka bekerja sebagai prekursor polinukleotida. RNA dan DNA yang disebut:
2. Manakah dari pernyataan berikut tentang struktur nukleotida A. Obligasi N-glikosidik
yang TIDAK BENAR? B. Hubungan 3'-5'-fosfodiester
C. Fosfomonoester
A. Nukleotida adalah asam polifungsional.
D. Hubungan -2'-fosfodiester
B. Kafein dan teobromin berbeda struktural hanya berbeda
E. Ikatan asam nukleat peptida
dengan jumlah dari kelompok metil melekat ke cin-
cin nitrogen mereka. 8. Manakah komponen dari DNA dupleks yang menyebabkan
C. Atom dari bagian cincin purin dari pirimidin diberi no- molekul memiliki muatan negatif netto pH fisiologis?
mor dalam arah yang sama dari pirimidin. A. Deoksiribosa
D. NAD+, FMN, “metionin aktif” dan semua koenzim A ada- B. Ribosa
lah turunan dari ribonukleotida. C. Kelompok fosfat
E. Siklik 3', 5' AMP dan GMP (cAMP dan cGMP) bekerja D. Ion klorin
sebagian pengirim kedua dalam biokimia manusia. E. Adenin
3. Manakah dari pernyataan berikut tentang metabolisme purin 9. Manakah fitur molekul yang terdaftar menyebabkan DNA
nukleotida yang TIDAK BENAR? dupleks untuk menunjukkan sebuah lebar konstan dekat
A. Langkah awal dalam biosintesis purin adalah pembentu- sepanjang sumbu panjang?
kan dari PRPP (fosforibosil 1-pirofosfat). A. Sebuah basa nitrogen purin selalu berpasangan dengan
B. Inosin monofosfat (IMP) adalah prekursor dari kedua basa nitrogen purin lain.
AMP dan GMP. B. Sebuah basa nitrogen pirimidin selalu berpasangan de-
C. Asam orotik adalah sebuah intermedia dalam biosintesis ngan basa nitrogen pirimidin lain.
pirimidin nukleotida. C. Sebuah basa nitrogen pirimidin selalu berpasangan de-
D. Manusia mengatabolis uridin dan pseudouridin oleh re- ngan basa nitrogen purin.
aksi analog. D. Repulasi antara kelompok fosfat membuat untai jarak
E. Reduktase ribonukleotida mengkonversi difosfat nukelo- yang sama terlepas.
sida ke difosfat deokiribonukleosida yang sesuai. E. Daya tarik antara kelompok fosfat membuat untai jarak
4. Manakah dari pernyataan berikut ini adalah yang TIDAK yang sama terlepas.
BENAR?
10. Model untuk replikasi DNA pertama kali diusulkan oleh
A. Gangguan metabolisme jarang hanya berhubungan de- Watson dan Crick mengemukakan bahwa setiap yang baru
ngan cacat pada katabolisme dari purin direplikasi terdampar ganda putri molekul DNA dupleks.
B. Disfungsi imun berhubungan baik dengan sebuah gang-
A. Terdiri dari dua untai pada molekul DNA induk
guan deaminase adenosin dan dengan sebuah gang-
guan purin fosforilase nukleosida. B. Hanya terkandung dua untai baru disintesis dari DNA
C. Sindrom Lesch-Nyhan mencerminkan cacat dalam hipok- C. Berisi dua untai yang campuran acak dari DNA baru
santin guanin fosforibosil transferase. dan lama dalam setiap untai
D. Xantin litiasis bisa menjadi defektif parah pada xantin ok- D. Terdisi dari satu untai berasal dari DNA dupleks asli
sidase. parental dan satu untai yang baru disintesis
E. Hiperurisemia dapat hasil kondisi seperti kanker ditandai E. Terdiri dari sekuens nukleotida sama sekali berbeda
dengan omset jaringan ditingkatkan. dari salah satu untai DNA parental
5. Manakah dari komponen-komponen berikut ditemukan di
DNA?
A. Sebuah kelompok fosfat, adenin, dan ribose
471
Section VII Exam Q_p471-476.indd 471 06/11/14 6:30 PM

11. Melalui mana nama mekanisme RNA disintesis dari DNA. A. Eukromatin konstitutif
A. Duplikasi replikasi B. Teterokromatin fakultatif
B. Translasi C. Eukromatin
C. Reparasi translesi D. Heterokromatin konstitutif
D. Transesterifikasi 19. Manakah dari berikut hipotesis bahwa status fisik dan
E. Transkripsi fungsional dari suatu regio tertentu pada kromatin genom
tergantung pada pola dari modifikasi pascatranslasi histon
12. Manakah dari kekuatan atau interaksi yang tercantum di tertentu (PTM), dan / atau status metilasi DNA?
bawah memainkan peran dominan dalam mendorong RNA
A. Kode morse
pembentukan struktur sekunder dan tersier?
B. Hipotesis PTM
A. Repulsi hidrofilik C. Hipotesis badan nukleus
B. Pembentukan dari pelengkap regio pasangan basa D. Kode epigenetik
C. Interaksi hidrofobik E. Kode genetik
D. Interaksi van der Waals
E. Formasi jembatan garam 20. Apa nama dari peregangan berulang yang tidak biasa dari
DNA terlokalisasi di ujung semua kromosom eukariotik?
13. Nama enzim yang mensintesis RNA dari cetakan DNA ber-
A. Kinetokor
untai ganda.
B. Telomer
A. Polimerase-RNA dependen-RNA C. Sentriol
B. RNA konvertase dependen-DNA D. Kromomer
C. Replikase dependen-RNA E. Mikromer
D. RNA polimerase dependen-DNA
E. Transkriptase membalikan 21. Mengingat bahwa DNA polimerase tidak dapat mensintesis
DNA tanpa primer, molekul apa yang berfungsi sebagai
14. Menentukan perbedaan karakteristik yang paling menonjol primer untuk enzim ini selama replikasi DNA?
berkaitan dengan ekspresi gen antara eukariota dan pro-
A. Gula lima karbon
kariota.
B. Deoksiribosa itu sendiri
A. Panjang nukleotida RNA ribosomal C. Sebuah molekul RNA pendek
B. Mitokondria D. Protein dengan kelompok hidroksil bebas
C. Lisosom dan peroksisom E. Fosfomonoester
D. Penyerapan dari bahan genom dalam nukleus
E. Klorofil 22. Replikasi DNA yang diskontinu terjadi selama replikasi
dikatalisis melalui produksi dari segmen DNA kecil disebut
Istilah dengan benar yang menggambarkan perkiraan jumlah A. Fragmen Okazaki
bp dari DNA______, yang dipisahkan menjadi B. Potongan Toshihiro
_____kromosom di atipikal sel manusia diploid dalam keadaan C. Oligonukleotida Onishi
nonreplikatin? D. Helai Crick
A. 64 milyar, 23 E. Fragmen Watson
B. 6,4 triliun, 46 23. Molekul apa atau pasokan energi apa yang menggerakkan
C. 23 milyar, 64 pelepasan dari strain mekanik oleh girase DNA?
D. 64 milyar, 46
E. 6,4 milyar, 46
A. Konversi pirimidin jadi purin
16. Berapa perkiraan jumlah pasangan basa terkait dengan B. Hidrolisis pada GTP
nuk-leosom tunggal? C. Hidrolisis pada ATP
A. 146 D. Glikolisis
B. 292 E. Sebuah molekul proton gradien atau energi
C. 73 24. Apa nama dari fase pada siklus sel antara kesimpulan dari
D. 1460 pembelahan sel dan awal dari sintesis DNA?
E. 900
A. G1
17. Semuanya kecuali satu dari histon berikut ditemukan berada B. S
dalam superheliks terbentuk antara DNA dan ostamer histone; C. G2
histone ini adalah D. M
A. Histone H2B E. G0
B. Histone H3 25. Apa tahap dari siklus sel yang merupakan kunci kinerja,
C. Histone H1 seperti CDK, diaktifkan?
D. Histone H3
A. Tepat sebelum mitosis
E. Hisone H4
B. Pada awal dari fase S
18. Kromatin dapat didefinisikan secara luas sifat aktif dan C. Menjelang akhir dari fase G1
represi; sebuah subkelas dari kromatin yang secara khusus D. Pada akhir dari fase G2
tidak aktif pada waktu tertentu dalam kehidupan organisme E. Semua yang di atas
dan / atau susunan tertentu diferensiasi sel disebut
Section VII Exam Q_p471-476.indd 472 04/11/14 9:20 AM

Soal ujian 473
26. Apa jenis penyakit ini sering dikaitkan dengan gangguan dari
kemampuan sel untuk mengatur/mengontrol divisi sendiri? D. Pascatransional
E. Prematur
A. Penyakit ginjal 34. Promotor RNA polimerase II terletak di sisi mana dari unit
B. Kanker transkripsi?
C. Empisema A. Internal
D. Diabetes B. 3' hilir
E. Penyakit jantung C. Dekat C-terminus
27. Apakah mekanisme molekuler yang bertanggung jawab atas D. Dekat N-terminus
penurunan cepat dalam aktivitas Cdk yang mengarah untuk E. 5 'hulu
keluar dari fase M dan masuk ke G1? 35. Berkenaan dengan mRNA eukariotik, salah satu dari berikut
A. Penurunan konsentrasi siklin mitosis ini adalah bukan properti normal dari mRNA.
B. Penurunan konsentrasi siklin G1 C. A. mRNA eukariotik memiliki modifikasi khusus pada 5'
Kenaikan konsentrasi siklin G2 (tudung) dan 3' (ekor poli (A)) termini.
D. Kenaikan konsentrasi siklin mitosis B. Ditempelkan pada ribosom ketika ditranslasikan.
E. Kenaikan konsentrasi siklin G1 C. Ditemukan dalam sitoplasma dalam peroksisom.
28. Yang mana situs RNA polimerase mengikat pada cetakan D. Sebagian besar memiliki segmen noncoding signifikan
DNA sebelum inisiasi dari transkripsi. yang tidak merakit langsung dari asam amino
E. Sekuens nukleotida berisi kontinu yang menyandi poli-
A. Taut intron/ekson
peptida tertentu.
B. Membaca terbuka kerangka DNA
C. Terminator 36. Ikatan yang menghubungkan nukleotida inisiasi dari mRNA
D. Kodon inisiator metionin dengan struktur tudung 5me-G adalah 3
E. Promotor A. 3'-5 'jembatan fosfodiester
29. Gen rRNA eukariotik besar, seperti 18S dan 28S gen penyandi- B. 5'-5 'jembatan trifosfat
RNA, ditranskripsi oleh yang mana dari RNA polimerase C. 3'-3 'jembatan trifosfat
berikut? D. 3'-5 'jembatan trifosfat
E. 5'-3 'jembatan trifosfat
A. RNA polimerase III
B. RNA polimerase d dependen−RNA 37. Apa fitur sekuens dari mRNA matur tercantum di bawah ini
C. RNA polimerase I diperkirakan untuk melindungi mRNA dari degradasi?
D. RNA polimerase II A. Modifikasi pascatranslasi spesial
E. Mitokondria RNA polimerase B. 3' Ekor poli (C)n
30. RNA polimerase eukariotik semua memiliki persyaratan untuk C. Tudung 5me-G
variasi besar pada protein aksesori untuk memungkin-kan D. Intron
untuk mengikat promotor dan membentuk kompleks E. Struktur tali
transkripsi fisiologis yang relevan; protein ini disebut 38. Apakah bisa konsekuensi dari mRNA tidak akurat me-
A. Faktor transkripsi basal atau umum nyambung untuk menjadi RNA?
B. Aktivator A. Sebuah kesalahan basa tunggal di taut disatukan akan me-
C. Faktor aksesori nyebabkan delesi besar.
D. Faktor elongasi B. Sebuah kesalahan basa tunggal di taut disatukan akan
E. Polipeptida fasilitator menyebabkan insersi besar.
C. Sebuah kesalahan basa tunggal di taut disatukan akan
menyebabkan inversi besar
31. Segmen DNA yang dari transkrip primer disalin atau ditrans- D. C dan E.
kripsi disebut E. Sebuah kesalahan basa tunggal di taut disatukan akan
A. Untai penyandi perubahan membaca kerangka dan menghasilkan
B. Domain metionin inisiator mRNA mitranslasi.
C. Unit translasi
D. Transkriptom 39. Apakah kompleks makromolekul yang berasosiasi dengan
E. Kodon awal intron selama penyambungan mRNA?
A. Splicer
32. Apa kelas dari DNA adalah sistron rDNA eukariotik? B. Dicer
A. DNA salinan tunggal C. Badan nuklear
B. DNA sangat repetitif D. Splikeosom
C. DNA cukup repetitif E. Slicer
D. DNA sekuens gabungan
40. Apa reaksi yang mengkatalisis membalikan transkriptase ?
33. Modifikasi pada nukleotida terjadi dari pra-tRNA, pre-rRNA A. Translasi dari RNA ke DNA
dan pre-mRNA B. Transkripsi dari DNA ke RNA
A. Pascaprandial C. Konversi dari ribonukleotida ke deoksiribonukleotida
B. Pascamitotik D. Transkripsi dari RNA ke DNA
C. Pretranskripsional E. Konversi dari ribonukleotida ke deoksinukleotida di he-
liks ganda DNA

41. RNAi atau dsRNA-memediasi menengahi interferensi RNA Inisiator tRNA ditempatkan di dalam kompleks 80S aktif yang
A. Ligasi RNA dari tiga "tempat" ribosom kanonik selama sintesis protein
B. Pembungkam RNA
C. Inversi RNA A. Tempat E
D. Restorasi RNA B. Tempat I
E. Menekan RNA C. Tempat P
42. Sementara kode genetik memiliki 64 kodon, hanya ada 20 D. Tempat A
asam amino terjadi natural. Akibatnya, beberapa asam E. Faktor pelepasan situs pengikatan
amino yang disandikan lebih dari satu kodon. Fitur pada 50. Nama enzim yang membentuk ikatan peptida selama protein
kode genetik adalah sebuah ilustrasi dari kode genetik sintesis dan menentukan komposisi kimianya.
menjadi A. Pepsintase, protein
A. Regenerasi B. Transferase peptidil, RNA
B. Duplikasi C. Peptidase, glikolipid
C. Nonoverlapping D. Transferase peptidil, protein
D. Overlapping E. GTPase, glikopeptida
E. Redundant
51. Mutasi di tengah dari membaca pembuka kerangka yang
43. Kode genetik mengandung ____ kodon terminasi? membuat kodon berhenti diistilahkan
A. 3 A. Mutasi frameshift
B. 21 B. Mutasi missens
C. 61 C. Mutasi tidak nonsense
D. 64 D. Mutasi titik
E. 20 E. Mutasi nonsense
44. Jika tRNA memiliki urutan 5'-CAU-3 ', apa kodon ini akan 52. Apakah direksionalitas dari sintesis polipeptida?
mengenali (mengabaikan goyangan pasangan basa). A. Terminal-C ke arah terminal-N
A. 3′-UAC-5′ B. Terminal-N ke arah 3'
B. 3′-AUG-5′ C. Terminal-N ke arah terminal-C
C. 5′-ATG-3′ D. Arah 3′ ke 5′
D. 5′-AUC-3′ E. Arah 5′ ke 3′
E. 5′-AUG-3′
53. Manakah dari elemen akting-cis berikut biasanya berada
45. Apa yang ada di ujung 3' dari semua fungsional, matur berdekatan atau tumpang tindih dengan banyak promotor
tRNA? prokariotik?
A. Lengkungan kloverlef A. Regulator gen
B. Antikodon B. Struktural gen (s)
C. Sekuens CCA C. Represor
D. Kodon D. Operator
E. Terminator
46. Kebanyakan sintetase aminoasil-tRNA memiliki aktivitas
yang dibagi dengan polimerase DNA. Kegiatan ini adalah 54. Apa istilah yang diterapkan untuk segmen dari kromosom
fungsi __________. bakteri di mana gen untuk enzim dari jalur metabolisme
A. Pengoreksian B. tertentu yang clustered dan subjek untuk mengkoor-dinasikan
Hidrogenase C. kontrol?
Proteolitik A. Operon
D. Helikase B. Operator
E. Endonukleolitik C. Promotor
D. Terminal kontroler
47. Tiga fase yang berbeda dari sintesis protein, dalam sekuens
E. Asal
yang BENAR adalah
A. Inisiasi, Terminasi, elongasi 55. Apa istilah yang diterapkan untuk koleksi lengkap dari
B. Terminasi, inisiasi, elongasi protein yang terdapat dalam tipe sel tertentu?
C. Inisiasi, elongasi, terminasi A. Genom
D. Elongasi, inisiasi, terminasi B. Koleksi peptida
E. Elongasi, terminasi, inisiasi C. Transkriptom
D. Translatom
48. Manakah asam amino yang merupakan dasarnya untuk
E. Proteoma
asam amino memulai semua protein?
A. Sistein 56. Bagaimana formasi nukleosom pada DNA genomik mem-
B. Threonin pengaruhi fase inisiasi dan/atau fase perpanjangan dari
C. Triptofan transkripsi?
D. Metionin A. Nukleosom menghambat akses dari enzim yang terlihat
E. Asam glutamat dalam semua tahap transkripsi.
B. Nukleosom merekrut histone dan memodifikasi enzim

Soal ujian 475
DNA, dan tindakan dari enzim direkrut ini mem- 63. Manakah dari asam amino histone berikut biasanya
pengaruhi akses pada protein transkripsi menjadi DNA. diasetilisasi?
C. Nukleosom menginduksi degradasi DNA yang mengko- A. Lisin
tak histon DNA. B. Arginin
D. Nukleosom tidak berpengaruh signifikan terhadap trans- C. Asparagin
kripsi. D. Histidin
E. Leusin
57. Manakah jenis dari molekul berinteraksi dengan situs inti
64. Tempatkan langkah-langkah berikut dalam rangka; apa
promotor gen mRNA eukariotik untuk memfasilitasi asosiasi
langkah-langkah yang terjadi secara berurutan selama kejadian
dari RNA polimerase II?
aktivasi transkripsi berikut dari aktivator penggerak transkripsi
A. Faktor terminasi untuk aktivator tempat mengikat yang serumpun pada DNA
B. Sekuens-spesifik faktor transkripsi (transaktivator) genom.
C. Faktor elongasi
D. GTPase 1. Kompleks kromatin remodeling mengikat inti histon di
E. Secara general, atau faktor transkripsi basal (yaitu, GTFs) regio sasaran.
2. Tindakan gabungan dari berbagai kompleks molekul
58. Kebanyakan faktor transkripsi eukariotik mengandung meningkatkan aksesibilitas promotor untuk mesin
setidaknya dua domain, yang masing-masing memediasi
transkripsi.
aspek yang berbeda dari fungsi faktor transkripsi; domain ini
adalah 3. Aktivator merekrut koaktivator ke regio pada kromatin
ditargetkan untuk transkripsi.
A. Domain RNA-mengikat dan domain represi
4. Mesin transkripsi merakit di tempat di mana transkripsi
B. Aktivasi domain dan domain represi
akan dimulai.
C. Domain DNA-mengikat dan domain aktivasi
D. Domain DNA-mengikat dan domain mengikat ligan 5. Koaktivator yang mengaktivasi inti histone dari nuk-
E. Domain RNA-mengikat dan domain aktivasi leosom dekatnya.
59. Faktor transkripsi terikat pada peningkat merangsang inisiasi A. 1–2–3–4–5

dari transkripsi pada promotor inti terikat-cis melalui aksi dari B. 3–1–5–2–4
perantara disebut C. 3–5–1–2–4
D. 5–3–1–2–4
A. Koaktivator
E. 3–5–1–4–2
B. Protein kotranskripsi
C. Ko-represor 65. Apa strategi dalam penelitian faktor transkripsi
D. Reseptor memungkinkan untuk identifikasi simultan dari semua tempat
E. Koordinator genom terikat dengan faktor transkripsi yang diberikan di
bawah himpunan dari kondisi fisiologis?
60. Apa reaksi antara protein transkripsi sangat memperluas
keragaman dari faktor regulasi yang dapat dihasilkan dari A. Pemetaan penghapusan sistematis
sejumlah kecil dari polipeptida? B. Sensitivitas DNAse I
C. Kromatin imunopresipitasi-Sekuens (CHIP-seq)
A. Rekombinasi B.
D. FISH
Homodimerizer C.
E. Fluoresensi seumur hidup serupa mikroskop
Heterosigositas D.
Heterodimerisasi E.
Trimerizasi 66. Sekuens yang memperpanjang antara tudung 5' metilguanosin
hadir pada mRNA eukariotik untuk inisiasi AUG kodon?
61. Regio gen yang berisi kotak TATA dan memperluas ke tempat
transkripsi awal (TSS) sering disebut ________. A. Kodon berhenti
A. Tempat polimerase B. Ekson terakhir
B. Initiator C. Intron terakhir
C. Pemilih awal D. 3′ UTR
D. Inti promotor E. 5′ UTR
E. Operator 67. Manakah dari fitur berikut dari mRNA eukariotik berkon-
62. Manakah dari mekanisme yang memungkinkan berikut tentang tribusi penting untuk pesan paruh?
bagaimana meningkat dapat menstimulasi transkripsi dari jarak A. 5' sekuens UTR
jauh yang sekarang ini dianggap benar? B. Promotor
A. Peningkat revesibel dapat eksisi DNA intervensi antara C. Operator
peningkat dan promotor D. 3' UTR dan ekor poli (A)
B. RNA polimerase II rajin mengikat ke peningkat sekuens. E. Intron pertama
C. Melepaskan peningkat DNA.
D. Peningkat dapat mencari melalui DNA dan mengikat lang-
sung ke terkait promotor.
E. Peningkatan dan inti promotor dibawa ke proksimitas de-
kat melalui pembentukan putaran DNA dimediasi oleh
protein pengikat DNA.

B A G I A N Biokimia Komunikasi
VIII Ekstrasel dan Intrasel
40
B A B
Membran:
Struktur dan Fungsi
Robert K. Murray, MD, PhD & P. Anthony Weil, PhD
TUJUAN ■ Mengetahui bahwa membran biologis terutama tersusun atas lapis-ganda

lipid dan protein serta glikoprotein yang berikatan. Lipid utamanya adalah
Setelah mempelajari bab fosfolipid, kolesterol, dan glikosfingolipid.
Anda diharapkan dapat: ■ Memahami bahwa membran adalah struktur asimetri dan dinamis yang
mengandung berbagai protein integral dan perifer.
■ Mengetahui struktur membran model mosaik fluid dan memahami bahwa
model ini diterima secara umum dengan rakit lipid, kaveola, dan taut celah
sebagai ciri khususnya.
■ Memahami konsep difusi pasif, difusi terfasilitasi,transpor aktif, endositosis, dan
eksositosis.
■ Mengerti bahwa transporter, kanal ion, Na+-K+-ATPase, reseptor, dan taut
celah merupakan kontributor penting pada fungsi membran
■ Mengetahui bahwa berbagai gangguan terjadi akibat kelainan struktur dan
fungsi membran, mencakup hiperkolesterolemia familial,fibrosis kistik,
sferositosis herediter, dan banyak lagi.
KEPENTINGAN BIOMEDIS Membran juga membentuk berbagai kompartemen

khusus di dalam sel. Membran intrasel semacam ini
Membran adalah struktur yang sangat fluid dan dinamis membantu membentuk banyak struktur-struktur yang
yang tersusun atas lapis-ganda lipid dan protein terkait. berbeda secara morfologis (organel), misalnya
Membran plasma membentuk kompartemen tertutup di mitokondria, RE, Golgi, granula sekretorik, lisosom, dan
sekeliling sitoplasma dan menjadi perbatasan sel. nukleus. Membran melokalisir enzim, berfungsi sebagai
Membran plasma memiliki permeabilitas selektif dan elemen integral dalam penggabungan eksitasi-respons,
bekerja sebagai penghalang (sawar), sehingga perbedaan dan menjadi tempat untuk transduksi energi, seperti
komposisi antara bagian dalam dan luar sel dapat dalam fotosintesis (kloroplas) dan fosforilasi oksidatif
dipertahankan. Permeabilitas selektif untuk substrat dan (mitokondria).
ion-ion terutama dimungkinkan oleh adanya protein
Perubahan pada komponen membran dapat meme-
spesifik yang disebut transporter (pengangkut) atau kanal
ngaruhi keseimbangan air dan fluks ion sehingga dapat
ion. Membran plasma juga mempertukarkan zat dengan
memengaruhi banyak proses di dalam sel. Defisiensi atau
lingkungan ekstrasel melalui eksositosis serta endositosis,
perubahan spesifik pada komponen membran tertentu
dan terdapat bagian-bagian khusus di struktur membran—
(mis. akibat mutasi gen yang menyandi protein
taut celah (gap junction)—tempat sel-sel yang berdekatan
membran) menyebabkan berbagai penyakit (lihat
mempertukarkan zat-zatnya. Selain itu, membran plasma
Tabel 40–7). Secara singkat, fungsi normal sel bergantung
berperan penting dalam interaksi antarsel dan dalam
pada kenormalan membran.
penyaluran sinyal trans-membran.
477

478 BAGIAN VIII Biokimia Komunikasi Ekstrasel dan Intrasel
PEMELIHARAAN LINGKUNGAN Sitosol sel mengandung protein dengan kadar tinggi yang
berfungsi sebagai dapar intrasel utama. Cairan ekstrasel
NORMAL INTRA- DAN EKSTRASEL ditandai oleh kandungan Na+ serta Ca2+ yang tinggi, dan Cl−
adalah anion utamanya. Perbedaan ion dipertahankan karena
MERUPAKAN HAL MENDASAR berbagai membran yang ditemukan di sel. Membran ini
BAGI KEHIDUPAN memiliki lipid dan protein komposisi khusus. Fraksi dari
konstituen protein pada protein membran khusus untuk
Kehidupan berawal di lingkungan yang mengandung air;
menghasilkan dan mempertahankan diferensial komposisi
jadi, berbagai reaksi enzim, proses di tingkat sel serta subsel,
ionik dari ekstra dan kompartemen intraseluler.
dan seterusnya berkembang untuk berfungsi dalam
lingkungan tersebut, terbungkus di dalam suatu sel.
MEMBRAN ADALAH
Air Internal Tubuh Mengalami
MOLEKUL DENGAN STRUKTUR
Kompartementalisasi
Air membentuk sekitar 60% massa tubuh tanpa-lemak (lean KOMPLEKS YANG TERDIRI
body mass) pada tubuh manusia dan terdistribusi dalam dua DARI LIPID, PROTEIN, DAN
kompartemen besar.
KARBOHIDRAT
Cairan Intrasel (CIS) Kita terutama akan membahas membran yang terdapat di
Kompartemen ini mengandung dua-pertiga air tubuh dalam sel eukariot, meskipun banyak prinsip yang dijelaskan
total dan membentuk lingkungan yang bermanfaat bagi juga berlaku bagi membran prokariot. Berbagai membran sel
sel untuk (1) membentuk, menyimpan, dan menggunakan memiliki lipid yang berbeda (lihat di bawah) dan komposisi
energi; (2) memperbaiki diri; (3) bereplikasi; dan (4) melaku- protein. Rasio protein untuk lipid di membran yang berbeda
kan fungsi khusus sel. disajikan pada (Gambar 40-1), dan bertanggung jawab
untuk banyak fungsi yang berbeda dari organel sel.
Cairan Ekstrasel (CES)
Kompartemen ini mengandung sekitar sepertiga air tubuh
total dan terdistribusi antara plasma dan kompartemen
interstisium. Cairan ekstrasel adalah suatu sistem penyalur.
Mielin 0.23
Cairan ini membawa ke sel nutrien (mis. glukosa, asam
lemak, asam amino), oksigen, berbagai ion serta trace
Sel hati
mineral, dan berbagai molekul regulator (hormon) yang mencit
0.85
mengoordinasikan fungsi sel-sel yang terpisah jauh.
Membran plasma
Cairan ekstrasel mengeluarkan CO2 produk sisa, dan zat Sel batang
1.0
retina (bovine)
toksik atau zat yang telah didetoksifikasi dari lingkungan
sekitar sel. Eritrosit
manusia 1.1
Komposisi Ion Cairan Intrasel dan
Ekstrasel Sangat Berbeda Ameba 1.3
Lingkungan internal kaya akan serta K dan Mg , serta + 2+
fosfat adalah anion anorganik utamanya, seperti Sel HeLa 1.5

diperlihatkan pada Tabel 40-1.
Membran luar
1.1
TABEL 40–1 Perbandingan Konsentrasi Rata-Rata Berbagai mitokondria
Molekul di Luar dan di Dalam Sel Mamalia
Retikulum
sarkoplasma 2.0
Zat Cairan Ekstrasel Cairan Intrasel
Na+ 140 mmol/L 10 mmol/L Membran

3.2
dalam mitokondria
K +
4 mmol/L 140 mmol/L
Ca2+ (bebas) 2.5 mmol/L 0.1 μmol/L 0 1 2 3 4
Mg 2+
1.5 mmol/L 30 mmol/L Rasio protein terhadap lipid
Cl– 100 mmol/L 4 mmol/L GAMBAR 40–1 Rasio protein terhadap lipid di berbagai
HCO −
27 mmol/L 10 mmol/L membran. Protein sama atau melebihi jumlah lipid di hampir
3
semua membran. Pengecualian yang mencolok adalah mielin, suatu
PO43− 2 mmol/L 60 mmol/L insulator listrik yang terdapat di banyak serabut saraf.
Glukosa 5.5 mmol/L 0-1 mmol/L
Protein 2 g/dL 16 g/dL

BAB 40 Membran: Struktur dan Fungsi 479
Membran adalah struktur tertutup mirip-lembaran yang Glikosfingolipid

tersusun oleh lapis-ganda lipid asimetrik dengan permukaan Glikosfingolipid (GSL) adalah lemak yang mengandung
dalam dan luar yang berbeda. Struktur berbentuk lembaran gula dan membentuk tulang punggung seramid. Golongan
ini adalah susunan nonkovalen yang dalam air terbentuk ini mencakup galaktosil- dan glukosil-seramid
spontan akibat sifat amfipatik lipid dan di membran terdapat (serebrosida) dan gangliosida (Struktur glikosfingolipid ini
banyak protein yang melakukan fungsi-fungsi tertentu. dijelaskan pada Bab 21), dan senyawa golongan ini terutama
ditemukan di membran plasma sel, menghadapkan
komponen gulanya ke bagian eksterior sel.
Lipid Utama pada Membran Mamalia
Adalah Fosfolipid, Glikosfingolipid, dan Sterol
Sterol yang terbanyak ditemukan pada membran sel hewan
Kolesterol
adalah kolesterol (lihat Bab 21). Terutama terletak di
Fosfolipid membran plasma, tetapi juga dapat ditemukan dalam jumlah
Dari dua kelas fosfolipid utama yang terdapat di membran, yang lebih sedikit di membran mitokondria, kompleks Golgi,
fosfogliserida adalah fosfolipid terbanyak dan terdiri dari dan nukleus. Kolesterol terselip di antara fosfolipid membran
tulang punggung gliserol tempat melekat dua asam lemak dengan gugus hidroksilnya pada permukaan yang
dalam ikatan ester dart satu alkohol terfosforilasi (Gambar menghadap lingkungan cair dan sisanya di dalam lapisan
40–2). Konstituen asam lemak biasanya adalah molekul membran. Dari sudut pandang nutrisional, perlu diketahui
dengan jumlah karbon genap, terutama yang bahwa kolesterol tidak ada dalam tumbuhan
mengandung 16 atau 18 karbon. Asam-asam lemak ini Semua lipid di atas dapat dipisahkan satu sama lain dan
tidak bercabang dan mungkin jenuh atau tak-jenuh dikuantitasi dengan teknik-teknik, seperti kromatografi
dengan satu ikatan rangkap. Fosfogliserida paling kolom, lapis tipis, dan gas-cair serta strukturnya dapat
sederhana adalah asam fosfatidat, yaitu 1,2-diasilgliserol diketahui dengan spektrometri massa dan teknik-teknik lain
3-fosfat, suatu zat antara kunci dalam pembentukan (lihat Bab 4).
semua fosfogliserida lain (lihat Bab 24). Pada sebagian
besar fosfogliserida yang ada di membran, 3-fosfat Lipid Membran Bersifat Amfipatik
mengalami esterifikasi menjadi suatu alkohol, misalnya Semua lipid utama pada membran mengandung bagian
kolin, etanolamin, gliserol, inositol, atau serin (lihat Bab hidrofobik dan hidrofilik sehingga disebut amfipatik. Jika
21). Fosfatidikolin biasanya merupakan fosfogliserida yang bagian hidrofobiknya dipisahkan dari bagian lain
massanya paling besar pada membran sel manusia. molekul, bagian ini tidak akan larut dalam air, tetapi
Kelas utama kedua pada fosfolipid adalah sfingomielin larut dalam minyak. Sebaliknya, jika bagian hidrofilik
(lihat Gambar 21–13), yang mengandung tulang dipisahkan dari bagian molekul lainnya, bagian ini tidak
punggung sfingosin dan bukan gliserol. Suatu asam lemak akan larut dalam minyak, tetapi larut dalam air. Sifat
melekat pada gugus asam amino sfingosin melalui ikatan amfipatik fosfolipid diperlihatkan pada (Gambar 40–3)
amida yang membentuk seramid. Saat gugus hidroksil serta (Gambar 21–24). Oleh sebab itu, gugus kepala polar
primer pada sfingosin mengalami esterifikasi menjadi pada fosfolipid dan gugus hidroksil kolesterol bertemu
fosforilkolin, sfingomielin terbentuk. Sfingomielin, seperti dengan lingkungan air;
diisyaratkan oleh namanya, banyak ditemukan di selubung
mielin. Gugus
kepala
pola
Asam lemak
O Ekor
hdrokarbon
1
R1 C O CH2 Apolar
R2 C O 2
CH O–
O 3
CH2 O P O R3
S U S S
O
GAMBAR 40–3 Diagram fosfolipid atau lipid membran
Gliserol-PO4 Alkohol lainnya. Gugus kepala polar besifat hidroftlik, dan ekor hidrokarbon
bersifat hidrofobik atau lipofilik. Asam-asam lemak di ekor dapat
GAMBAR 40–2 Suatu fosfogliserida yang memperlihatkan bersifat jenuh (S) atau tak-jenuh (U); yang jenuh biasanya melekat
komponen asam lemak (R1 dan R2), gliserol, dan alkohol pada karbon 1 gliserol dan yang tak-jenuh pada karbon 2 (lihat
terfosforilasi. Asam lemak jenuh biasanya menempel pada karbon 1 Gambar 40–2). Perhatikan lengkungan di ekor asam lemak tak-
gliserol, dan asam lemak tak jenuh pada karbon 2. Pada asam jenuh (U), yang penting untuk meningkatkan fluiditas membran.
fosfatidat, R3 adalah hidrogen.

situasi serupa berlaku bagi gugus gula GSL (lihat bawah). kecil (mis, ∼200 nm) sehingga potensinya untuk membentuk
Asam lemak jenuh memiliki ekor lurus, sedangkan asam membran menjadi terbatas. Deterjen umumnya membentuk
lemak tak-jenuh yang umumnya terdapat dalam bentuk cis misel.
di membran membentuk ekor "melengkung" (Gambar 40–3; Fosfolipid dan molekul amfipatik serupa dapat
lihat juga Gambar 21–1, 21–6). Karena jumlah ikatan membentuk struktur lain, lapisan bimolekular, atau lapisan-
rangkap dalam lipid rantai samping bertambah, jumlah ganda lipid (lipid bilayer), juga dapat memenuhi persyaratan
lipatan di ekor meningkat. Seiring dengan bertambahnya termodinamik molekul amfipatik dalam lingkungan air.
lengkungan pada ekor, lipid menjadi semakin kurang Lapisan-ganda merupakan struktur kunci dalam membran
terkemas rapat dan membran menjadi lebih fluid. Masalah biologis. Lapisan-ganda memiliki bentuk lembaran sehingga
yang disebabkan oleh adanya asam lemak trans di lipid bagian hidrofobik fosfolipid terlindung dari lingkungan air,
membran dijelaskan di Bab 21. sementara bagian hidrofilik terpajan ke air (Gamabr 40–5 dan
Deterjen adalah molekul amfipatik yang penting dalam Gambar 21–24). Ujung atau tepi lembar lapisan ganda dapat
biokimia serta pekerjaan rumah tangga. Struktur molekular dihilangkan dengan melipat lembaran kembali ke lembar itu
suatu deterjen tidak banyak berbeda dari struktur sendiri sehingga terbentuk vesikel tertutup tanpa tepi.
fosfolipid. Deterjen tertentu banyak digunakan untuk Lapisan-ganda yang tertutup merupakan salah satu sifat
melarutkan protein membran. Ujung hidrofobik deterjen membran yang paling penting. Lapis-ganda ini tidak
mengikat bagian hidrofobik protein, yang menggeser permeabel terhadap sebagian besar molekul larut-air karena
sebagian besar ikatan lipidnya. Ujung polar deterjen berada molekul-molekul ini tidak akan larut dalam inti hidrofobik
be-bas, dan menyebabkan protein terlarut dalam bentuk lapisan-ganda. Lapisan-ganda lipid terbentuk melalui
kompleks deterjen-protein yang biasanya juga mengandung penataan diri, yang didorong oleh efek hidrofobik (lihat Bab
sedikit sisa lipid. 2). Saat molekul-molekul lipid menyatu dalam suatu lapisan-
ganda, entropi molekul pelarut di sekitarnya meningkat
Lipid Membran Membentuk Lapis-Ganda karena pembebasan air yang imobil.
Karakter amfipatik fosfolipid menunjukkan bahwa terdapat Dua pertanyaan muncul dari pembahasan di atas.
dua bagian molekul yang memiliki kelarutan tak-sama. Pertama, berapa banyak materi biologis yang larut-lipid dan
Namun, dalam pelarut seperti air, fosfolipid spontan karenanya dapat masuk ke dalam sel dengan mudah? Gas,
mengorganisir diri ke dalam misel (Gambar 40–4 dan seperti oksigen, CO2, dan nitrogen—molekul kecil dengan
Gambar 21–24), perakitan yang termodinamika memenuhi interaksi terbatas dengan pelarut—mudah berdifusi
persyaratan kelarutan dua regio yang berbeda secara kimia menembus bagian hidrofobik membran. Koefisien
dari molekul-molekul. Misel adalah salah satu struktur permeabilitas beberapa ion dan sejumlah molekul lain di
seperti ini; bagian hidrofobik terlindung dari air sementara lapisan-ganda lipid diperlihatkan pada (Gambar 40–6). Tiga
gugus polar hidrofilik terbenam di dalam lingkungan air. elektrolit yang diperlihatkan Na+, K+, dan Cl− menembus
Namun, misel biasanya berukuran relatif lapisan-ganda jauh lebih lambat dibandingkan dengan air.
Secara umum, koefisien permeabilitas molekul kecil dalam
suatu lapisan-ganda lipid berkorelasi dengan kelarutannya
dalam pelarut nonpolar. Contohnya, steroid lebih mudah
menembus lapisan-ganda lipid dibandingkan dengan
elektrolit. Koefisien permeabilitas air yang sangat tinggi itu
sendiri mengherankan, tetapi sebagian dapat diterangkan
Berair
Hidrofilik
Hidrofobik
Hidrofilik
Berair
GAMBAR 40–5 Diagram potongan suatu membran lapisan-

ganda yang dibentuk dari molekul-molekul fosfolipid. Ekor asam
GAMBAR 40–4 Diagram potongan melintang sebuah misel. lemak tak-jenuh melengkung dan menyebabkan terbentuknya lebih
Gugus kepala polar terendam dalam air, sementara ekor hidrokarbon banyak ruang antar gugus-gugus kepala polar sehingga ruang gerak
hidrofobik dikelilingi oleh hidrokarbon lain sehingga terlindung dari lebih besar. Hal ini sebaliknya menyebabkan peningkatan fluiditas
air. Misel adalah struktur bulat yang relatif kecil (dibandingkan dengan membran. (Sedikit dimodifikasi dan diproduksi ulang dengan izin dari
lapisan-ganda lipid). Stryer L: Biochemistry, 2nd ed. Freeman, 1981. Hak cipta ©1981 oleh
W. H. Freeman and Company.)

K+ Triptofan Indol untuk menghasilkan plot hidropati (hydropathy plot). Nilai

Na +
Cl– Glukosa Urea, H2O yang melebihi 20 kkal mol−1 konsisten dengan—tetapi tidak
gliserol
membuktikan—intepretasi bahwa sekuens hidrofobik
merupakan segmen transmembran.
Aspek lain pada interaksi lipid dan protein adalah bahwa
10–14 10–12 10–10 10–8 10–6 10–4 10–2 sebagian protein tertambat (anchored) pada salah satu
Koefisien pemeabilitas (cm/s) lembar lapisan-ganda melalui ikatan kovalen ke lipid
Rendah Tinggi
Permeabilitas tertentu, proses ini disebut lipidasi protein. Lipidasi dapat
terjadi pada ujung terminal protein (N- atau C-) atau
GAMBAR 40–6 Koefisien permeabilitas air, beberapa ion, dan secara internal. Peristiwa protein umum lipidasi adalah: C-
molekul kecil lain di membran lapisan-ganda lipid. Koefisien
permeabilitas adalah ukuran kemampuan suatu molekul berdifusi terminal isoprenilasi protein, kolesterilasi dan
melintasi sawar permeabilitas. Molekul yang cepat bergerak glikofosfatidilinositol (GPI; lihat Bab 46); terminal-N
menembus suatu membran dikatakan memiliki koefisien miristoilasi protein dan sistein internal yang S-prenilasi
permeabilitas yang tinggi. (Sedikit dimodifikasi dan diproduksi ulang dan S-asilasi. Lipidasi tersebut hanya terjadi pada bagian
dengan izin dari Stryer L: Biochemistry, 2nd ed. Freeman, 1981. Hak
cipta © 1981.) tertentu dari protein.
oleh ukurannya yang kecil dan ketiadaan relatif muatan. Membran yang Berbeda Memiliki Komposisi
Banyak obat bersifat hidrofobik dan dapat dengan mudah
menembus membran dan masuk ke dalam sel. Protein yang Berbeda
Pertanyaan kedua berkaitan dengan molekul yang Jumlah berbagai protein di suatu membran bervariasi
tidak larut-lipid. Bagaimana cara untuk mempertahan- mulai kurang dari selusin di retikulum sarkoplasma sel otot
kan gradien konsentrasi transmembran molekul yang hingga lebih dari 100 di membran plasma. Protein adalah
tak-larut lipid? Jawabannya adalah karena membran molekul fungsional utama membran dan membentuk
mengandung protein, banyak dari protein ini terentang enzim, pompa dan transporter, kanal, komponen
di lapis-ganda lipid. Protein semacam ini membentuk struktural, antigen (mis. untuk histokompatibilitas), dan
kanal untuk memindahkan ion dan molekul kecil serta reseptor untuk berbagai molekul. Karena setiap
berfungsi sebagai transporter (pengangkut) molekul yang membran memiliki komplemen protein yang berbeda,
tidak akan dapat melewati lapisan-ganda seandainya tidak tidak ada struktur membran yang khas. Sifat enzimatik
terdapat protein tersebut. Proses-proses tersebut dijelaskan berbagai membran diperlihatkan pada Tabel 40–2.
di bawah.
Membran Adalah Struktur Dinamik
Protein Membran Berikatan dengan Lapis-
Membran dan komponennya adalah struktur dinamik.
Ganda Lipid Lipid dan protein di membran mengalami pertukaran/
Fosfolipid membran berfungsi sebagai pelarut untuk protein pergantian (turnover) seperti yang terjadi di kompartemen
membran, dan menciptakan suatu lingkungan agar protein sel lainnya. Berbagai lipid memiliki laju pertukaran berbeda,
tersebut dapat berfungsi. Seperti diuraikan pada Bab 5, dan laju pertukaran masing-masing spesies protein membran
struktur α- heliks protein memperkecil karakter hidrofilik dapat sangat bervariasi. Membran itu sendiri bahkan dapat
ikatan peptida itu sendiri. Oleh sebab itu, protein dapat mengalami pertukaran lebih cepat dibandingkan dengan
bersifat amfipatik dan menjadi bagian integral membran
dengan membentuk bagian hidrofiliknya yang menonjol di
permukaan bagian dalam dan luar membran, tetapi TABEL 40–2 Enzim Penanda pada Berbagai Membrana
berhubungan dengan bagian hidrofobik yang menembus inti
Membran Enzim
hidrofobik lapisan-ganda. Pada kenyataannya, bagian-bagian
protein membran yang menembus membran mengandung Plasma 5ʹ-Nukleotidase
cukup banyak asam amino hidrofobik dan hampir selalu Adenilil siklase
memiliki banyak lembar α-heliks. Bagi banyak membran,
Na+-K+-ATPase
rangkaian dengan panjang sekitar 20 asam amino dalam
susunan α-heliks akan menembus lapisan-ganda tersebut. Endoplasmic reticulum Glukosa-6-fosfatase
Kita dapat memperkirakan apakah sekuens asam amino Golgi apparatus
tertentu dalam suatu protein sesuai dengan sekuens untuk Cis GlcNAc transferase I
lokasi transmembran. Hal ini dapat dilakukan dengan Medial Golgi manosidase II
melihat suatu tabel yang mencantumkan hidrofobisitas Trans Galaktosil transferase
masing-masing dari 20 asam amino umum dan nilai
(TGN, Jejaring Golgi Trans) Sialil transferase
energi bebas untuk memindahkan asam amino dari
bagian dalam suatu membran ke air. Asam amino Membran dalam mitokondria ATP sintase
hidrofobik memiliki nilai positif; asam amino polar memiliki aMembran mengandung banyak protein dan sebagian di antaranya memiliki aktivitas
nilai negatif. Nilai energi bebas total untuk memindahkan enzimatik. Sebagian enzim ini terdapat hanya di membran tertentu sehingga dapat
digunakan sebagai penanda untuk mengikuti pemurnian membran-membran ini.
rangkaian 20 asam amino dalam protein kemudian diplotkan

konstituen-konstituennya. Hal ini dibahas lebih rinci di mempertukarkan lipid, tetapi tidak menyebabkan transfer
bagian mengenai endositosis. netto.
Indikator lain sifat dinamik membran adalah bahwa Dalam kaitannya dengan glikosfingolipid dan gliko-
berbagai penelitian telah membuktikan bahwa lipid dan protein juga terdapat asimetri lain; gugus gula molekul-
protein tertentu memperlihatkan difusi lateral di bidang molekul ini menonjol keluar dari membran plasma dan
membrannya. Sebagian protein tidak memperlihatkan tidak terdapat di permukaan dalam sehingga sel "disalut
difusi lateral karena tertambat pada aktin sitoskeleton. gula."
Sebaliknya, gerakan transversal lipid menembus membran
(flip-flop) berlangsung sangat Iambat (lihat bawah) dan tidak Membran Mengandung Protein Integral dan
berlangsung sama sekali pada protein membran.
Perifer
Membran Adalah Struktur Asimetrik Protein-protein membran sebaiknya diklasifikasikan menjadi
dua jenis: integral dan perifer (Gambar 40–7). Sebagian
Protein memiliki orientasi yang unik di membran, hal ini
besar protein membran termasuk dalam jenis integral, yang
menyebabkan permukaan luar berbeda dengan permuka-
berarti bahwa protein-protein ini berinteraksi secara luas
an dalam. Asimetri luar-dalam ini juga disebabkan oleh
dengan fosfolipid dan memerlukan deterjen untuk
lokasi ekstemal karbohidrat yang melekat pada protein
melarutkannya. Protein-protein ini biasanya juga menembus
membran. Selain itu, enzim-enzim tertentu terletak hanya di
lapisan-ganda lipid sebagai sekumpulan segmen
bagian luar atau dalam membran.
transmembran α-heliks. Protein integral biasanya globular
Pada membran juga terdapat keheterogenan regional dan amfipatik. Protein tersebut terdiri dari dua Ujung
(regional heterogeneities). Sebagian, seperti yang terdapat hidrofilik yang dipisahkan oleh regio hidrofobik di bagian
di tepi vilosa sel mukosa, hampir dapat dilihat secara tengah dan menembus inti hidrofobik lapisan-ganda.
makroskopis. Yang lain, seperti yang terdapat di taut celah Seiring dengan terungkapnya struktur berbagai protein
(gap junction), taut erat (tight junction), dan sinaps, integral membran, menjadi semakin jelas bahwa protein
menempati bagian membran yang jauh lebih kecil dan tertentu (mis. molekul pengangkut, kanal ion, berbagai
karenanya membentuk asimetri lokal yang jauh lebih kecil. reseptor, dan protein G) menembus lapisan-ganda
Pada fosfolipid juga terdapat struktur asimetri bagian berkali-kali sementara protein membran sederhana (mis.
dalam-luar. Fosfolipid yang mengandung kolin glikoforin) menembus membran hanya satu kali (lihat
(fosfatidilkolin dan sfingomielin) terletak terutama di Gambar 42–4 dan 52–5). Protein integral juga terdistribusi
lapisan luar molekul; aminofosfolipid (fosfatidilserin dan secara asimetris me-nembus lapisan-ganda membran.
fosfatidiletanolamin) terutama terletak di lembar bagian Orientasi asimetrik ini terbentuk sewaktu protein disisipkan
dalam. Jelaslah, jika asimetri ini memang harus ada, ke dalam lapisan-ganda lipid sewaktu biosintesis di RE.
terdapat mobilitas transversal yang terbatas (flip-flop) pada Mekanisme molekular yang berperan dalam penyisipan
fosfolipid membran. Pada kenyataannya, fosfolipid di protein ke dalam membran dan topik penyusunan membran
lapisan-ganda sintetik memperlihatkan flip-flop dengan dibahas pada Bab 49.
kecepatan yang sangat lambat; waktu paruh asimetri dapat Protein perifer tidak berinteraksi langsung dengan inti
diukur dalam beberapa minggu. hidrofobik fosfolipid di dalam lapisan-ganda sehingga tidak
Mekanisme yang berperan membentuk asimetri lipid memerlukan deterjen untuk membebaskannya. Protein ini
belum dipahami sepenuhnya. Enzim-enzim yang terlibat terikat pada bagian hidrofilik protein integral tertentu dan
dalam sintesis fosfolipid terletak di sisi sitoplasmik vesikel gugus kepala fosfolipid serta dapat dibebaskan dengan
membran mikrosom. Terdapat berbagai translokase pemberian larutan garam dengan kekuatan ionik yang
(flippase) yang memindahkan fosfolipid tertentu (mis. tinggi. Contohnya, ankirin, suatu protein perifer, terikat
fosfatidilkolin) dari lembar dalam ke lembar luar. pada sisi dalam protein integral "band 3" di membran
Tampaknya juga terdapat beberapa protein spesifik yang eritrosit. Spektrin, suatu struktur sitoskeleton di dalam
cenderung mengikat masing-masing fosfolipid di kedua eritrosit yang pada gilirarmya berikatan dengan ankirin
lembar lapisan-ganda, yang ikut berperan menentukan sehingga berperan penting dalam pemeliharaan bentuk
distribusi asimetrik molekul-molekul lipid ini. Selain itu, bikonkaf eritrosit.
phospholipid exchange proteins mengenali fosfolipid spesifik
dan memindahkannya dari satu membran (mis. retikulum MEMBRAN ARTIFISIAL
endoplasma [RE]) ke membran lain (mis. mitokondria dan
peroksisom). Satu pertanyaan yang terkait adalah bagaimana DIGUNAKAN UNTUK
lipid dapat memasuki membran. Hal ini belum diteliti
sebanyak cara protein memasuki membran (lihat Bab 49)
MENGETAHUI FUNGSI MEMBRAN
dan pengetahuan tentang hal ini masih relatif sedikit. Dengan teknik-teknik yang tepat, kita dapat membuat
Banyak lipid membran disintesis di RE. Paling sedikit ada sistem membran artifisial. Sistem ini umumnya terdiri
tiga jalur yang diketahui: (1) Transpor dari RE di vesikel, dari campuran satu atau lebih fosfolipid alami atau
yang kemudian memindahkan lipid yang terkandung ke sintetik yang dapat diproses (mis. dengan menggunakan
membran penerima; (2) Masuk dengan cara kontak langsung sonikasi ringan) untuk membentuk vesikel bulat dengan
satu membran (mis. RE) dengan membran lain, difasilitasi lipid-lipidnya membentuk lapisan-ganda. Vesikel
oleh protein tertentu. (3) Transpor melalui protein semacam ini yang dikelilingi oleh lapisan-ganda lipid,
pertukaran fosfolipid (dikenal juga sebagai protein pemindah dengan bagman dalam berair, disebut liposom (lihat
lipid) yang disebutkan sebelumnya, proses ini hanya Gambar 21–24).

Rantai karbohidrat
Protein integral
Protein perifer
Lipid
GAMBAR 40–7 Model mosaik cair pada struktur membran. Membran terdiri dan suatu lapisan lipid
bimolekular dengan protein tersisip di dalamnya atau terikat pada salah satu permukaannya. Protein
membran integral terbenam kuat di dalam lapisan-lapisan lipid. Sebagian protein ini menembus seluruh
ketebalan lapisan-ganda dan disebut protein transmembran, sementara yang lain terbenam di lembar
bagian luar atau dalam lapisan-ganda lemak. Protein perifer terikat secara lemah pada permukaan dalam
atau luar membran. Banyak dari protein dan semua glikolipid memiliki rantai oligosakarida yang terpajan ke
arah luar. (Diproduksi ulang, dengan izin, dari Junqueira LC, Carneiro J: Basic Histology: Text & Atlas, 10th
ed., McGraw-Hill, 2003.)
Beberapa keuntungan dan pemakaian sistem membran seperti gunung es (protein membran) yang mengapung di
artifisial dalam penelitian tentang fungsi membran adalah Taut dan didominasi oleh molekul fosfolipid. Bukti-bukti awal
sebagai berikut: untuk model ini adalah temuan bahwa protein integral
1. Kandungan lipid membran dapat diubah-ubah, dan tertentu (yang dideteksi dengan teknik pelabelan fluoresen)
mem ungkinkan pemeriksaan sistematis terhadap efek secara cepat dan acak mengalami redistribusi di dalam
berbagai komposisi lipid pada fungsi tertentu. membran plasma suatu sel hibrid yang dibentuk dengan
2. Enzim atau protein membran murni dapat dimasukkan menginduksi penyatu an dua sel induk berbeda (manusia dan
ke dalam vesikel ini untuk memperkirakan faktor apa mendt) secara artifisial. Studi biofisika protein integral
(mis. lipid spesifik atau protein tambahan) yang menunjukkan bahwa protein ini menembus membran dan
dibutuhkan protein agar dapat berfungsi. memiliki sifat globular. Selanjutnya dibuktikan bahwa
3. Lingkungan sistem ini dapat dikendalikan secara ketat dan fosfolipid juga mengalami redistribusi cepat di bidang
diubah-ubah secara sistematis (mis. kon-sentrasi ion, ligan). membran. Difusi di dalam bidang membran yang disebut
4. Ketika dibentuk, iposom dapat dibuat untuk meme- difusi lateral ini dapat berlangsung sangat cepat untuk suatu
rangkap senyawa tertentu di dalam dirinya, misalnya obat fosfolipid; pada kenyataannya, di bidang membran, satu
dan gen. Kini muncul minat untuk menggunakan liposom molekul fosfolipid dapat bergerak beberapa mikrometer per
sebagai alat untuk mendistribusikan obat ke jaringan detik.
tertentu, dan jika suatu komponen (mis. antibodi terhadap Perubahan fase—dan dengan demikian perubahan
molekul permukaan sel tertentu) dapat dimasukkan ke fluiditas membran—TBOHBUCFSHBOUVOHQBEBLPNQPTJTJMJQJE
dalam liposom sehingga komponen tersebut dapat NFNCSBO. 1BEB TVBUV MBQJTHBOEB MJQJE SBOUBJ IJESPGPCJL
membidik jaringan atau tumor tertentu, dampak BTBNBTBN MFNBL EBQBU UFSUBUB BUBV UFSJLBU TBOHBU SBQJ
terapeutiknya akan sangat besar. DNA yang dimasukkan TFIJOHHB NFNCFOUVL TUSVLUVS ZBOH BHBL LBLV. 4FJSJOH
ke dalam liposom tampaknya menjadi kurang sensitif EFOHBO NFOJOHLBUOZB TVIV SBOUBJ QJOH IJESPGPCJL
terhadap serangan oleh nuklease; pendekatan ini mungkin NFOHBMBNJ transisi EBSJ keadaan teratur MFCJI NJSJQHFM
terbukti bermanfaat dalam terapi gen.
BUBV GBTF LSJTUBM LF LFBEBBO tak-teratur NFOKBEJ CFOUVL
ZBOH "suhu transisi" (Tm). Rantai asam lemak yang lebih
panjang dan jenuh berinteraksi lebih kuat satu sama lain
MODEL MOSAIK CAIR UNTUK melalui rantai hidrokarbonnya yang Iebih panjang sehingga
STRUKTUR MEMBRAN TELAH memiliki nilai Tm lebih tinggi—yi. suhu yang lebih tinggi
diperlukan untuk meningkatkan fluiditas lapisan-ganda. Di
DITERIMA SECARA LUAS pihak lain, ikatan tak-jenuh yang terdapat dalam
Model mosaik cair (fluid mosaic model) struktur membran konfigurasi cis cenderung meningkatkan fluiditas lapis-
yang diajukan pada tahun 1972 oleh (Gambar 40–7) kini ganda dengan menurunkan kepadatan ikatan rantai samping
tanpa mengurangi hidrofobisitas (Gambar 40–3 dan 40–5).
telah diterima secara luas. Model ini sering disamakan

Lipidasi integral,
Fosfolipid membran sel umumnya mengandung paling sedikit dan non lipidasi Kolestrol-sfingomielin-
integral pada dan membran
satu asam lemak tak-jenuh dengan sedikitnya satu ikatan protein pensinyal glikosfingolipid-
rangkap cis. transmembran diperbanyak
“mikrodomain”
Kolesterol memodifikasi fluiditas membran. Pada suhu
di bawah Tm, senyawa ini mengganggu interaksi ekor-ekor
hidrokarbon asam lemak sehingga meningkatkan fluiditas.
Pada suhu di atas Tm, kolesterol mengurangi keteracakan
karena senyawa ini lebih kaku dibandingkan dengan ekor
hidrokarbon asam lemak dan tidak dapat bergerak dengan
derajat yang sama di membran sehingga membatasi Sitoskeleton aktin Membran periferal
lipidasi-mengikat
fluiditas. Pada rasio kolesterol-fosfolipid yang tinggi, suhu- protein
suhu transisi tidak dapat dibedakan. pensinyalan
terikat aktin
Fluiditas membran memengaruhi fungsi membran secara
bermakna. Seiring dengan meningkatnya fluiditas GAMBAR 40–8 Diagram skematis suatu rakit lipid.
membran, permeabilitas membran terhadap air dan Diperlihatkan dalam bentuk skema beberapa rakit lipid (arsir
molekul hidrofilik kecil lainnya juga meningkat. Mobilitas membran merah) yang menggambarkan lokal mikrodomain kaya lipid
lateral protein integral meningkat seiring dengan ditunjukkan dan protein pensinyalan (biru, hijau, kuning).Rakit lipid
distabilkan melalui interaksi (langsung dan tidak langsung) dengan
meningkatnya fluiditas membran. Jika tempat aktif protein
sitoskeleton aktin (rantai heliks merah; lihat Gambar 51–3). (Gambar
integral yang berperan dalam suatu fungsi hanya terdapat di dimodifikasi dari: The lipid raft hypothesis revisited—new insights on
bagian hidrofiliknya, perubahan fluiditas lipid mungkin tidak raft composition and function from super-resolution fluorescence
banyak berpengaruh pada aktivitas protein; namun, jika microscopy. Bioessays 2012;34:739-747. Wiley Periodical, Inc. Hak
protein berperan dalam fungsi transpor yang komponen cipta © 2012.)
transpornya menembus membran, efek fase lipid dapat
mengubah laju transpor secara signifikan. Reseptor insulin
adalah contoh yang sangat baik untuk perubahan fungsi merupakan bagian yang banyak diteliti, dan gagasan-gagasan
akibat perubahan fluiditas (lihat Gambar 42–8). Seiring mengenai keduanya serta kemungkinan peran kedua struktur
dengan meningkatnya konsentrasi asam lemak tak-jenuh di tersebut dalam berbagai penyakit terus berkembang pesat.
membran (dengan mengkultur sel dalam medium yang Taut erat (tight junction) adalah struktur lain yang
akan kaya molekul ini), fluiditas akan meningkat. Hal ini ditemukan pada membran permukaan. Struktur ini sering
mengubah reseptor sehingga reseptor mengikat lebih terletak di bawah permukaan apikal sel epitel dan mencegah
banyak insulin. Pada suhu tubuh normal (37°C), lapis- difusi makromolekul di antara sel. Taut erat terdiri dari
ganda lipid berada dalam keadaan cair. Bakteri dapat berbagai protein, termasuk okludin, berbagai klaudin, dan
memodifikasi komposisi lipid membrannya untuk junctional adhesion molecules (molekul perekat taut).
menyesuaikan diri terhadap perubahan suhu. Struktur khusus lain yang ditemukan di membran
Rakit Lemak, Kaveol, dan Taut Erat (Tight permukaan antara lain adalah desmosom, taut adheren, dan
mikrovili; sifat kimiawi dan fungsi struktur-struktur ini tidak
Junction) Adalah Struktur Khusus Membran dibahas di bab ini. Sifat taut celah (gap junction) akan
Plasma dijelaskan di bawah.
Membran plasma mengandung beberapa struktur khusus
yang sifat biokimiawinya telah cukup banyak diteliti.
Rakit lipid (lipid raft) adalah area khusus di lembar
eksoplasmik lapisan-ganda lipid yang diperkaya oleh
Luar
kolesterol, sfingolipid, dan protein tertentu (Gambar 40– Membran
8). Struktur ini tampaknya berperan dalam transduksi plasma
sinyal dan proses lain. Diperkirakan bahwa pengelompokan
komponen-komponen tertentu sistem sinyal dapat
meningkatkan efisiensi fungsi komponen-komponen
tersebut.
Kaveola (caveolae) mungkin berasal dari rakit lipid. Dimer
Banyak struktur ini (bahkan mungkin semua) mengandung kaveolin
kaveolin-1, yang mungkin berperan dalam pembentukan-
nya dari rakit. Dengan mikroskop elektron, kaveola Dalam
tampak sebagai indentasi (cekungan) berbentuk vas di
membran sel menghadap sitosol (Gambar 40–9). Protein GAMBAR 40–9 Diagram skematis sebuah kaveola. Kaveola
yang terdeteksi di kaveola antara lain adalah berbagai adalah suatu invaginasi di membran plasma. Protein kaveolin
komponen sistem transduksi sinyal (mis. reseptor insulin tampaknya berperan penting dalam pembentukan kaveola, dan
terdapat sebagai dimer. Setiap monomer kaveolin melekat pada
dan sebagian protein G), reseptor folat, dan nitrogen lembar dalam membran plasma melalui tiga molekul palmitoil (tidak
monoksida sintase endotel (eNOS). Kaveola dan rakit lemak diperlihatkan).

SELEKTIVITAS MEMBRAN TABEL 40–3 Pemindahan Bahan dan Informasi

Melalui Membran
MEMUNGKINKAN PENYESUAIAN Pergerakan molekul kecil melalui membran
KOMPOSISI DAN FUNGSI SEL Difusi (pasif dan terfasilitasi)
Jika membran plasma relatif impermeabel, bagaimana Transpor aktif
sebagian besar molekul masuk ke dalam sel? Bagaimana Pergerakan molekul besar melalui membran
selektivitas pergerakan ini terbentuk? Jawaban atas
Endositosis
pertanyaan semacam ini penting untuk memahami cara
Eksositosis
sel menyesuaikan diri terhadap lingkungan ekstrasel yang
terus berubah. Organisme metazoa juga harus memiliki Transmisi sinyal melalui membran
cara untuk berkomunikasi di antara sel yang berdekatan Reseptor permukaan sel
dan berjauhan sehingga proses-proses biologis kompleks 1. Transduksi sinyal (mis.glukagon → cAMP)
dapat dilaksanakan. Sinyal-sinyal ini harus sampai di dan 2 Internalisasi sinyal (disertai oleh endositosis, misalnya reseptor LDL)
disalurkan oleh membran, atau harus dibentuk sebagai Pergerakan ke reseptor intrasel (hormon steroid; suatu bentuk
konsekuensi dari interaksi dengan membran. Sebagian difusi)
mekanisme utama yang digunakan untuk melaksanakan Kontak dari komunikasi antarsel
berbagai tugas ini dicantumkan di Tabel 40–3. Difusi pasif (sederhana) adalah aliran zat terlarut dari konsentrasi
tinggi ke konsentrasi rendah akibat pergerakan termal acak
Mekanisme Pasif yang Melibatkan
Difusi terfasilitasi adalah transpor pasif rat terlarut dari
Transporter dan Kanal Ion Memindahkan konsentrasi tinggi ke konsentrasi rendah, yang diperantarai oleh
Banyak Molekul Kecil Melalui Membran transporter (pengangkut) protein spesifik
Molekul dapat secara pasif menembus membran lapisan- Transpor aktif adalah transpor zat terlarut melewati membran
dengan arah ke konsentrasi yang lebih tinggi sehingga
ganda lipid dengan mengikuti gradien (selisih/perbedaan) membutuhkan energi (biasanya berasal dari hidrolisis ATP);
elektrokimiawi melalui proses difusi sederhana atau difusi dibutuhkan transporter spesifik (pompa)
terfasilitasi (facilitated diffusion). Pergerakan spontan
lstilah-istilah lain yang digunakan dalam tabel ini dijelaskan nanti di dalam bab
menuju keseimbangan ini berlawanan dengan transpor aktif ini atau di suatu tempat dalam teks ini.
yang memerlukan energi karena proses ini merupakan
pergerakan melawan suatu gradien elektrokimiawi. (Gambar
40–10) memperlihatkan skema mekanisme-mekanisme ini.
Molekul yang
diangkut
Protein
Protein
pembawa
kanal
Lapis-ganda Gradien
lipid elektrokimia
En
er
gi
Difusi Difusi
sederhana terfasilitas
Transpor pasif Transpor aktif
GAMBAR 40–10 Banyak molekul kecil yang tak-bermuatan bergerak bebas melalui lapis-
ganda lipid dengan difusi sederhana. Molekul Tak-bermuatan berukuran besar, dan beberapa
molekul kecil tak-bermuatan dipindahkan melalui protein pembawa spesifik (transporter) atau
melalui kanal atau pori. Transpor pasif selalu mengikuti gradien elektrokimiawi (ditunjukkan
secara skematis, kanan), dan menuju keseimbangan. Transpor aktif berlangsung melawan gradien
elektrokimiawi dan memerlukan masukan energi, sementara transpor pasif tidak memerlukannya.
(Digambar dan diproduksi ulang, dengan izin, dari Alberts B, et al: Molecular Biology of the Cell.
Garland, 1983.)

Difusi sederhana adalah aliran pasif solut (zat terlarut) TABEL 40–4 Perbandingan Antara Transporter dan
dari konsentrasi tinggi ke konsentrasi rendah akibat Kanal Ion
pergerakan termal acak. Difusi terfasilitasi adalah transpor Transporter Kanal Ion
pasif solut dari konsentrasi tinggi ke konsentrasi rendah yang
diperantarai oleh transporter protein spesifik. Transpor aktif Mengikat zat terlarut dan Membentuk pori pada
mengalarni perubahan membran
adalah transpor solut menembus membran melawan gradien konformasi, memindahkan zat
konsentrasi sehingga membutuhkan energi (biasanya berasal terlarut melintasi membran
dari hidrolisis ATP); transpor ini melibatkan transporter
Terlibat dalam transpor pasif Hanya terlibat dalam
spesifik (pompa). transpor pasif
(difusi terfasilitasi) dan aktif
Seperti dijelaskan di atas, sebagian zat terlarut, misalnya
Transpor lebih lambat (secara Transpor lebih cepat
gas dapat masuk ke dalam sel melalui difusi dengan bermakna) daripada melalui (secara bermakna) daripada
mengikuti gradien elektrokimiawi melalui membran dan kanal ion melalui transporter
tidak memerlukan energi metabolik. Difusi pasif sederhana Catatan: Transporter juga dikenal sebagai pembawa (carried) atau permease.
suatu zat terlarut melalui membran dibatasi oleh: (1) agitasi Transporter aktif sering disebut pompa.
termal molekul spesifik tersebut; (2) gradien konsentrasi di

kedua sisi membran; dan (3) kelarutan molekul yang
bersangkutan (koefisien permeabilitas, Gambar 40–6) di Difusi terfasilitasi melibatkan transporter atau kanal
dalam inti hidrofobik lapisan-ganda lipid. Kelarutan ion tertentu (Gambar 40–11). Transporter lain (biasanya
berbanding terbalik dengan jumlah ikatan hidrogen yang digerakkan oleh ATP) terlibat dalam transpor aktif. Di
harus diputuskan agar suatu zat yang terlarut dalam fase air membran biologis, terdapat berbagai transporter dan kanal
eksternal terserap ke dalam lapisan-ganda hidrofobik. yang mengarahkan masuknya ion ke dalam sel atau ke luar
Elektrolit yang sulit larut dalam lipid, tidak membentuk sel. Tabel 40–4 merangkum beberapa hal perbedaan penting
ikatan hidrogen dengan air, tetapi mernperoleh selubung air antara transporter dan kanal ion.
dari hidrasi oleh interaksi elektrostatik. Ukuran selubung
berbanding lurus dengan densitas muatan (charge density)
elektrolit. Elektrolit dengan densitas muatan besar memiliki Transporter adalah Protein Spesifik yang
selubung hidrasi yang lebih besar sehingga laju difusinya lebih Terlibat dalam Difusi Terfasilitasi serta
lambat. Na+, contohnya, memiliki rapat muatan yang lebih
besar dibandingkan dengan K+. Jadi, Na+ yang terhidrasi Transpor Aktif
lebih besar di bandingkan dengan K+ terhidrasi; oleh sebab Fungsi sistem transpor dapat dijelaskan berdasarkan jumlah
itu, terhidrasi cenderung bergerak lebih mudah untuk molekul yang dipindahkan dan arah pemindahannya
menembus membran. (Gambar 40–12) atau berdasarkan apakah pergerakan
mendekati atau menjauhi keseimbangan. Penggolongan
Faktor berikut memengaruhi difusi netto suatu bahan:
berikut terutama tergantung pada jumlah molekul yang
(1) Gradien konsentrasinya di kedua sisi membran—Zat
dipindahkan dan arahnya. Sistem unipor memindahkan satu
terlarut berpindah dari konsentrasi tinggi ke konsentrasi
jenis molekul dalam dua arah (bidirectional). Pada sistem ko-
rendah; (2) Potensial listrik di kedua sisi membran: Zat
transpor, pemindahan satu zat terlarut tergantung pada
terlarut bergerak ke arah larutan yang memiliki muatan
stoikiometri simultan atau pemindahan berurutan zat terlarut
berlawanan. Bagian dalam sel biasanya memiliki muatan
lain. Sistem simpor memindahkan dua zat terlarut ke arah
negatif; (3) Koefisien permeabilitas zat terhadap membran;
yang sama. Contohnya transporter proton-gula pada
(4) Gradien tekanan hidrostatik di kedua sisi membran:
bakteri dan transporter Na+-gula (untuk glukosa dan
Peningkatan tekanan akan meningkatkan laju dan
mendorong tumbukan antara molekul dan membran; dan
(5) Suhu, peningkatan suhu akan meningkatkan gerakan
partikel dan karenanya meningkatkan frekuensi tumbukan
antara partikel ekstemal dan membran. Lapis ganda
lipid
Transpor membran
molekul-molekul kecil Unipor Simpor Antipor
Pasif Aktif terutama melalui Ko-transpor

transporter yang
digerakan-ATP GAMBAR 40–12 Skema jenis-jenis sistem transpor. Transporter
Difusi sederhana Terfasilitasi (pompa) dapat digolongkan berdasarkan arah pergerakan dan apakah satu atau
lebih molekul unik yang digerakan. Unipor juga dapat memfasilitasi
pergerakan dalam arah yang berlawanan, tergantung konsentrasi
Melalui berbagai Melalui kanal ion molekul yang ditranspor di dalam dan di luar sel. (Digambar dan
transporter
diproduksi kembali, dengan izin, dari Alberts B, et al: Molecular
Biology of the Cell. Garland, 1983.)
GAMBAR 40–11 Skema dua jenis transpor membran
molekul-molekul kecil.

beberapa gula lain) serta transporter Na+-asam amino pada Difusi terfasilitasi ini menunjukkan sifat-sifat yang berbeda
sel mamalia. Sistem antipor memindahkan dua molekul dari sifat-sifat difusi sederhana. Laju difusi terfasilitasi, sistem
dengan arah yang berlawanan (mis, Na+ ke dalam dan Ca2+ ke unipor, dapat terjenuhkan; yi. jumlah tempat yang terlibat
luar). dalam difusi zat terlarut tertentu tampaknya terbatas. Banyak
Molekul hidrofilik yang tidak dapat melintas bebas sistem difusi terfasilitasi bersifat stereospesifik tetapi, seperti
melalui membran lapis-ganda akan melintas secara pasif difusi sederhana, didorong oleh gradien elektrokimia
dengan difusi terfasilitasi atau transpor aktif. Transpor transmembran.
pasif didorong oleh gradien transmembran substrat. Mekanisme "ping-pong" (Gambar 40–14) membantu
Transpor aktif selalu berlawanan dengan gradien listrik atau menjelaskan difusi terfasilitasi. Pada model ini, protein
kimia sehingga membutuhkan energi, biasanya ATP. Kedua pembawa (carrier) terdapat dalam dua konformasi utama.
jenis transpor ini membutuhkan protein pembawa spesifik Pada keadaan "ping," pembawa terpajan pada konsentrasi
(transporter) dan keduanya menunjukkan spesifisitas zat terlarut yang tinggi, dan molekul zat terlarut mengikat
untuk ion, gula, dan asam amino. Transpor pasif dan aktif tempat spesifik protein pembawa. Pengikatan menginduksi
mirip dengan interaksi substrat-enzim. Poin kemiripan perubahan konformasi yang memajankan pembawa pada
kedua transpor ini dengan kerja enzim adalah sebagai konsentrasi zat terlarut yang lebih rendah (keadaan
berikut: (1) Ada tempat pengikatan spesifik untuk zat "pong"). Proses ini bersifat reversibel seluruhnya dan fluks
terlarut. (2) Pembawanya bersifat terjenuhkan sehingga netto di kedua sisi membran tergantung pada gradien
transpor memiliki laju transpor maksimum (Vmax; konsentrasi. Laju zat terlarut memasuki sel melalui difusi
Gambar 40–13). (3) Zat terlarut memiliki konstanta terfasilitasi ditentukan oleh faktor-faktor berikut: (1)
pengikatan (Km) sehingga keseluruhan sistem memiliki Km gradien konsentrasi di kedua sisi membran; (2) jumlah
(Gambar 40–13). (4) Inhibitor pesaing yang berstruktur pembawa yang tersedia (hal ini merupakan tahap
mirip menghambat transpor. Oleh sebab itu, transporter pengontrol utama); (3) afinitas interaksi zat terlarut-
mirip dengan enzim, tetapi umumnya tidak memodifikasi pembawa; (4) kecepatan perubahan konformasi pada
substratnya. pembawa bermuatan dan tak-bermuatan.
Ko-transporter menggunakan gradien salah satu substrat Hormon dapat meregulasi difusi terfasilitasi dengan
yang diciptakan oleh transpor aktif untuk mendorong mengubah jumlah transporter yang tersedia. Insulin,
pergerakkan substrat lain. Gradien Na+ yang diciptakan oleh melalui jalur pengiriman sinyal (signaling pathway) yang
Na+-K+-ATPase digunakan untuk mendorong terjadinya rumit, dapat meningkatkan transpor glukosa dalam lemak
transpor sejumlah metabolit penting. ATPase merupakan dan otot dengan merekrut transporter glukosa (GLUT) dari
contoh transpor primer, yang sangat penting, sementara cadangan intrasel. Insulin juga meningkatkan transpor
sistem yang dependen-Na+ merupakan contoh transpor asam amino di hati dan jaringan lain. Salah satu kerja
sekunder yang bergantung pada gradien yang diciptakan oleh terpadu hormon glukokortikoid adalah untuk meningkatkan
sistem lain. Oleh sebab itu, penghambatan Na+-K+-ATPase transpor asam amino ke hati, tempat asam amino berfungsi
dalam sel menghambat juga penyerapan zat (mis. glukosa) sebagai substrat untuk glukoneogenesis. Hormon
yang dependen-Na+. pertumbuhan meningkatkan transpor asam amino di semua
sel, dan estrogen melakukan hal ini di uterus. Sedikitnya ada
Difusi Terfasilitasi Diperantarai oleh lima sistem pembawa asam amino di sel hewan. Masing-
Berbagai Transporter Spesifik masing sistem bersifat spesifik untuk sekelompok asam
Beberapa zat terlarut berdifusi mengikuti gradien elektro- amino yang mirip, dan sebagian besar bekerja sebagai sistem
kimianya melintasi membran lebih cepat daripada yang simpor Na+ (Gambar 40–12).
diperkirakan dari ukuran, muatan, atau koefisien partisinya.
Hal ini terjadi karena terlibatnya transporter spesifik. Kanal Ion Adalah Protein Transmembran
yang Memungkinkan Masuknya Berbagai
100
Difusi
Vmax lon Secara Selektif
Membran alami mengandung kanal-kanal transmembran
Laju Maksimum %
pasif
Difusi diperantarai
pembawa
atau struktur mirip-pori dan terdiri dari protein yang
membentuk kanal ion selektif. Kanal konduktifkation
50 memiliki garis tengah rerata sekitar 5-8 nm. Permeabilitas
suatu kanal bergantung pada ukuran, tingkat hidrasi, dan
tingkat densitas muatan suatu ion. Kanal spesifik untuk Na+,
K+, Ca2+, dan Cl− telah berhasil diidentifikasi. Fungsional α-
subunit dari saluran Na+ secara skematik diilustrasikan
Km dalam (Gambar 40–15). Kanal ini tampak terdiri dari empat
Konsentrasi zat terlarut α-subunit, masing-masing subunit terdiri dari enam domain
transmembran α-heliks, terminal karboksil dan amino
GAMBAR 40–13 Perbandingan kinetika antara difusi yang terletak di sitoplasma, dengan lengkung ekstrasel dan
diperantarai (difasilitasi) pembawa dan difusi pasif. Laju pergerakan intrasel. Ujung terminal amino- dan karboksil dari subunit-α
dalam difusi pasif sebanding dengan konsentrasi zat terlarut, yang terletak di sitoplasma. Pori yang sebenarnya dalam
sedangkan prosesnya bersifat dapat terjenuhkan jika pembawa
terlibat. Konsentrasi pada kecepatan setengah-maksimum sama kanal melalui ion Na+ lolos dibentuk oleh interaksi antara
dengan konstanta pengikatan (Km) pembawa untuk zat terlarut. (Vmax, empat domain, menghasilkan struktur tersier oleh interaksi
laju maksimum.) antara empat set pada 5,6 α- heliks dari domain I ke IV.

Ping Pong
Gradien zat terlarut

transpor
GAMBAR 40–14 Model "ping-pong"pada difusi terfasilitasi. Pembawa protein (struktur biru) dalam lapis-
ganda lipid berikatan dengan zat terlarut pada konsentrasi tinggi di satu sisi membran. Terjadi perubahan
konformasi ("ping" menjadi "pang"), dan zat terlarut dilepaskan di sisi yang menguntungkan keseimbangan baru
(gradien konsentrasi zat terlarut ditunjukkan secara skematis, kanan). Pembawa yang tak-bermuatan kemudian
kembali ke konformasi asalnya ("pong" menjadi "ping") untuk menyelesaikan siklus.
Kanal Na+
otak tikus
I II III IV
Outside
11 2 3 4 5 6 1 2 3 4 5 6 1 2 3 4 5 6 1 2 3 4 5 6
Inside
C
GAMBAR 40–15 Diagram struktur kanal ion (kanal Na+ pada otak). Angka Romawi
menunjukkan empat domain (I-IV) dari saluran Na+ α- subunit. Domain transmembran α- heliks dari
setiap domain diberi nomor 1 sampai 6. Empat subunit biru berbayang di domain yang berbeda
mewakili bagian tegangan-sensing (pengindera) dari α- subunit. Pori-pori sebenarnya yang
dilewati oleh ion (Na+) tidak diperlihatkan, tapi dibentuk oleh aposisi dari 5 dan 6 transmembran
α- heliks domain I-IV (berwarna kuning). Area tertentu dari subunit yang terlibat dalam pembukaan
dan penutupan saluran juga tidak diindikasikan. (Berdasarkan WK Catterall. Dimodifikasi dan
diproduksi ulang, dengan izin, dari Hall ZW: An Introduction to Molecular Neurobiology. Sinauer,
1992.)
Kanal Na+ sering tegangan sensitif atau gerbang (gated); karbonil yang diberikan oleh subunit-subunitnya. Karbonil
sensor tegangan saluran dibentuk melalui interaksi domain menggantikan air yang terikat dari ion; dan karena itu,
I-IV empat α- heliks-4 terbentuk ketika domain berinteraksi membatasi ukurannya menjadi dimensi yang tepat untuk
I sampai IV. Pori 5 sampai 8 nm ini merupakan pusat dari lewatnya aliran melalui kanal. Banyak variasi ditemukan
struktur kanal tersier. pada struktur di atas, tetapi pada dasarnya semua kanal ion
Kanal ion bersifat sangat selektif, yang umumnya hanya Na+. Namun, terdiri dari subunit-subunit transmembran
memungkinkan lewatnya satu jenis ion (Na+, Ca2+, dstnya). yang menyatu membentuk sebuah pori di tengah tempat
Filter selektivitas pada kanal K+ terbuat dari cincin gugus lewatnya ion secara selektif.

TABEL 40–5 Beberapa Ciri Kanal Ion Kanal

Regio heliks
• Terdiri dari subunit-subunit protein transmembran. Lapis-ganda lipid

• Sebagian besar sangat selektif untuk satu ion; beberapa nonselektif.
• Memungkinkan ion impermeabel untuk menembus membran
pada kecepatan mendekati batas difusi.
• Memungkinkan fluks ion sebanyak 106-107/dtk.
• Aktivitasnya diatur.
• Jenis-jenis yang utama adaiah berpintu-tegangan, berpintu-ligan,
dan berpintu-mekanis. K+
• Biasanya sangat terkonservasi antar spesies.
• Sebagian besar sel memiliki beragam kanal Na+, K+, Ca2+, dan Cl–.
• Mutasi di gen yang mengode kanal dapat menyebabkan
penyakit spesifik.a GAMBAR 40–16 Diagram skematis struktur sebuah
• Aktivitasnya dipengaruhi oleh obat-obatan tertentu. kanal K+ (KvAP) dari Streptomyces lividans. Diperlihatkan
sebuah ion K+ dalam rongga besar berisi air di dalam interior
a
Beberapa penyalot yang disebabkan oleh mutasi kanal ion dibahas secara singkat di Bab
49. membran. Dua regio heliks protein kanal terorientasi dengan
ujung-ujung karboksilatnya menunjuk ke arah lokasi K+. Kanal
Membran sel saraf mengandung kanal ion yang telah ini dilapisi oleh oksigen karboksil. (Dimodifikasi, dengan izin, dari
terbukti berperan dalam pembentukan potensial aksi. Doyle DA, et al: The structure of the potassium channel: molecular basis
of K+ conduction and selectivity. Science 1998;280:69. Dicetak ulang
Aktivitas sebagian kanal ini dikontrol oleh neurotrans-miter;
dengan izin dari AAAS.)
oleh sebab itu, aktivitasnya dapat diatur.
Kanal ion terbuka secara transien dan karenanya
memiliki pintu/gerbang “gated.” Gerbang ini dapat molekul protein EJTFLJUBSnZBTFIJOHHB K+ EBQBUMFXBUEFOHBO
dikontrol dengan membuka atau menutupnya. Pada DFQBUEBOEFOHBOTFMFLUJWJUBTZBOHUJOHHJ.
kanal berpintu ligan (ligand-gated channel), suatu 4UVEJTUVEJ MBJO UFSIBEBQ LBOBM JPO CFSQJSJUVUFHBOHBO
molekul spesifik berikatan dengan reseptor dan membuka )W"1 QBEB "FSPQZSVN QFSOJY CFSIBTJM NFOHVOHLBQLBO
kanal. Kanal berpintu-tegangan (voltage-gated channel) CBOZBL DJSJ NFLBOJTNF QFOHJOEFSBBOUFHBOHBO EBO
membuka (atau menutup) sebagai respons terhadap NFLBOJTNF CVLBUVUVQ HFSCBOH PMFI UFHBOHBO. ,BOBM JOJ
perubahan potensial membran. Kanal berpintu-mekanis EJCFOUVL PMFI FNQBU TVCVOJU NBTJOHNBTJOH EFOHBO FOBN
(mechanically gated channel) berespons terhadap rang- segmen transmembran. Salah satu dari enam segmen (S4 dan
sang mekanis (tekanan dan sentuhan). Beberapa sifat sebagian S3) adalah sensor tegangan. Segmen-segmen ini
kanal ion dicantumkan pada Tabel 40–4 dan 40–5. berperilaku seperti dayung bermuatan (charged paddle)
(Gambar 40–17), yaitu segmen ini dapat bergerak melalui
Penelitian Terinci Terhadap Kanal K+ dan interior membran yang memindahkan empat muatan positif
Kanal Berpintu-Tegangan Memberikan (karena 4 residu Arg di masing-masing subunit) dari satu
Banyak Pemahaman Mengenai Kerja Kanal- permukaan membran ke permukaan lain sebagai respons
Kanal ini terhadap perubahan tegangan. Terdapat empat sensor
tegangan di masing-masing kanal yang berkaitan dengan
Terdapat sedikitnya empat ciri kanal ion yang harus diteliti: pintu/gerbang. Bagian pintu kanal terbentuk dari heliks S6
(1) struktur keseluruhannya; (2) cara kanal ini menyalurkan (satu dari masing-masing subunit). Pergerakan bagian kanal
ion dengan sedemikian cepat; (3) selektivitasnya; dan (4) ini sebagai respons terhadap perubahan tegangan secara
sifat-sifat pintu/gerbangnya. Seperti yang dijelaskan efektif menutup kanal atau membukanya kembali sehingga
kemudian, telah banyak dicapai kemajuan dalam menjawab memungkinkan arus ion untuk lewat.
masalah-masalah sulit ini.
Kanal K+ (KvAP) BEBMBITVBUVQSPUFJONFNCSBOJOUFHSBM
lonofor Adalah Molekul yang Berfungsi
ZBOH UFSEJSJ EBSJ FNQBU TVCVOJU JEFOUJL NBTJOHNBTJOH Sebagai Pengangkut Ulang-alik Membran
EFOHBO EVB TFHNFO USBOTNFNCSBO ZBOH NFNCFOUVL bagi Beragam Ion
TFCVBI TUSVLUVS LFNBI UFSCBMJL (Gambar 40–16). #BHJBO Mikroba tertentu menyintesis molekul organik siklik kecil,
LBOBMZBOHNFOFOUVLBOTFMFLUJWJUBTJPO filter selektivitas ionofor (mis. valinomisin), yang berfungsi sebagai
CFSVLVSBO QBOKBOH 12 Å (SFMBUJG QFOEFL TFIJOHHB K+ UJEBL pengangkut ulang-alik untuk pergerakan ion (ion K+ pada
IBSVT CFSKBMBO KBVI NFOFNCVT NFNCSBO) EBO UFSMFUBL EJ valinomisin) menembus membran. Ionofor ini
VKVOHMFCBSLFNBIUFSCBMJL 3POHHBCFTBSUFSJTJBJSEBOEJQPM mengandung inti hidrofilik yang berikatan dengan ion
IFMJLTZBOHEJQFSMJIBULBOQBEB Gambar 40–16 NFNCBOUV spesifik dan dikelilingi oleh regio hidrofobik perifer. Ion
NFOHBUBTJ FOFSHJ FMFLUSPTUBUJL ZBOH SFMBUJG CFTBS EBO spesifik mengikat dalam pusat hidrofilik molekul, yang
NFOHIBMBOHJLBUJPONFOFNCVTNFNCSBO. 'JMUFSTFMFLUJWJUBT kemudian berdifusi melalui membran efisien memberikan
EJMBQJTJ PMFI BUPN PLTJHFO LBSCPOJM (EJCFSJLBO PMFI TFLVFOT ion yang bersangkutan ke sitosol. Ionofor lain, seperti
TVGYG), NFNCFOUVL CFCFSBQB CBHJBO ZBOH EBQBU polipeptida gramisidin (suatu antibiotik) yang telah banyak
CFSJOUFSBLTJ EFOHBO K+. Ion K+, yang mengalami dehidrasi diteliti, mengalami pelipatan membentuk kanal berongga.
sewaktu memasuki filter selektivitas yang sempit tersebut,
masuk pas ke dalam filter, sedangkan Na+ terlalu kecil untuk
berinteraksi secara benar dengan atom oksigen karbonil Toksin mikroba, misalnya toksin difteri dan komponen
sehingga ditolak. Jika dua ion K+, berdekatan satu sama lain komplemen serum yang telah aktif dapat menimbulkan
di filter akan saling tolak-menolak. Penolakan ini mengatasi lubang-lubang besar di membran sel sehingga makro-
interaksi antara K+ dan molekul memiliki akses langsung ke lingkungan internal sel.

TABEL 40–6 Tipe-Tipe Utama Transporter yang

Sensor Membran Digerakkan-ATP
tegangan
Eksterior
Tipe Contoh dan Lokasi Subselular
Tipe-P Ca2+ ATPase (SR); Na+-K+-ATPase (PM)
Tipe-F mt ATP sintase pada fosforilasi oksidatif

Tipe-V ATPase yang memompa proton ke dalam
lisosom dan vesikel sinaptik
Transporter ABC Protein CFTR (PM); protein MDR-1 (PM)
Gerbang Interior sel P (pada tipe-P) mengacu pada fosforilasi (protein ini melakukan fosforilasi diri/
Gerbang autophosphoryfation).
terbuka tertutup
K+ F (pada tipe-F) mengacu pada faktor penggabung energi.
V (pada tipe-V) vakuola.
GAMBAR 40–17 Diagram skematis kanal berpintu-tegangan ABC mengacu pada ATP-binding cassette transporter (semua memilikl dua
domain pengikat nukleotida dan dua segmen transmembran).
pada Aeorpyum pernix. Sensor tegangan berperilaku seperti dayung
SR, retikulum sarkoplasma otot; PM, membran plasma; mt, mitokondria;
bermuatan yang bergerak di bagian dalam membran. Empat sensor CFTR, protein cystic Obrosis transmembrane regulator, Cl– suatu transporter, dan
tegangan (hanya dua yang diperlihatkan di sini) terhubung secara protein yang diduga menyebabkan fibrosis sistik (lihat di bagian selanjutnya bab
mekanis dengan pintu/gerbang kanal. Masing-masing sensor memiliki ini serta di Bab 57); protein MDR-1 (multidrug resistance-1 protein), protein yang
empat muatan positif yang dihasilkan oleh residu arginin. memompa banyak agen kemoterapi keluar sel kanker dan karena itu merupakan
kontributor penting pada resistensi sel kanker tertentu terhadap terapi.
(Dimodifikasi, dengan izin, dari Sigworth FJ: Nature 2003;423:21. Hak
cipta © 2003. Macmillan Publishers Ltd.)
Seperti diperlihatkan pada Tabel 40-6, empat

Toksin α-hemolisin (diproduksi oleh spesies tertentu golongan utama transporter aktif yang digerakkan ATP
Streptococcus) terdiri dari tujuh subunit yang menyatu (transporter tipe P, F, V, dan ABC) berhasil ditemukan.
membentuk β-barel (seperti gentong) yang memungkinkan Nomenklatur dijelaskan pada keterangan tabel. Contoh
metabolit seperti ATP keluar dari sel dan menyebabkan lisis pertama golongan P, Na+-K+-ATPase, dibahas di bawah. Ca2
sel. +
ATPase otot dibahas di Bab 51. Golongan kedua adalah
tipe-F. Anggota terpenting golongan ini adalah ATP sintase
Akuaporin Adalah Protein yang Membentuk mitokondria, dijelaskan di Bab 13. Transporter aktif tipe-V
Kanal Air di Membran Tertentu memompa proton ke dalam lisosom dan struktur lain.
Pada sel tertentu (mis. sel darah merah, sel duktulus Transporter ABC yang mencakup protein CFTR, suatu
koligentes ginjal), perpindahan air melalui difusi sederhana kanal klorida yang ikut serta menyebabkan fibrosis sistik
diperkuat oleh perpindahan melewati kanal air. Kanal ini (dijelaskan di bagian selanjutnya bab ini dan di Bab 58).
terdiri dari protein-protein transmembran tet-ramerik yang Anggota lain yang penting pada golongan ini adalah
dinamai akuaporin. Sekitar 10 akuaporin berbeda (AP-1 protein MDR-1 (multidrug resistance-1 protein).
sampai AP-10) telah berhasil diidentifikasi. Kristalografi dan Transporter ini akan memompa banyak obat, termasuk agen
penelitian-penelitian lain berhasil mengungkapkan cara antikanker, ke luar sel. Mekanisme ini merupakan penyebab
kanal-kanal ini membiarkan air mengalir tetapi ion dan penting sel kanker menunjukkan resistensi terhadap
proton tidak. Pada dasarnya, pori terlalu sempit untuk dapat kemoterapi meskipun juga ada mekanisme lain.
dilalui ion. Proton tidak dapat lewat karena atom oksigen air
berikatan dengan dua residu asparagin yang melapisi kanal, Na+-K+-ATPase Membran Plasma adalah
membuat air tidak dapat ikut berperan dalam penerusan H+,
dan akibatnya mencegah masuknya proton. Mutasi di gen
Enzim Penting dalam Meregulasi
yang mengode AP-2 telah dibuktikan menjadi penyebab Konsentrasi Intrasel Na+ dan K+
salah satu tipe diabetes insipidus nefrogenik, suatu kondisi Secara umum, sel mempertahankan konsentrasi Na+ yang
ketidakmampuan memekatkan urin. rendah dan konsentrasi K+ yang tinggi (Tabel 40–1),
bersama dengan potensial listrik netto negatif di dalam sel.
SISTEM TRANSPOR AKTIF Pompa yang mempertahankan gradien ion ini adalah
ATPase yang diaktifkan oleh Na+ dan K+ (Na+-K+-
MEMBUTUHKAN SUMBER ENERGI ATPase). Na+-K+-ATPase molekul ini memompa tiga Na+
Proses transpor aktif berbeda dengan difusi karena mo- dan dua K+ ke dalam sel (Gambar 40–18). ATPase
lekul diangkut berlawanan dengan gradien konsentrasi adalah protein membran integral yang memiliki domain
sehingga membutuhkan energi. Energi bisa berasal dari transmembran yang memungkinkan terjadinya aliran ion,
hidrolisis ATP, pergerakan elektron, atau dari cahaya. dan domain sitosol yang terpasang hidrolisis ATP untuk
Pemeliharaan gradien elektrokimia dalam sistem biologi pengangkutan. Molekul ini memiliki pusat katalitik untuk
bersifat sangat penting sehingga menghabiskan sekitar 30% ATP dan Na+ di sisi sitoplasma (bagian dalam sel)
pemakaian energi total dalam sel. membran plasma (PM), dan sementara ada K+ tempat
pengikat terletak di sisi ekstrasel membran.

Bagian dalam Bagian luar (sinyal) dengan membiarkan ion mengalir keluar-masuk
Membran membran hanya di bagian membran yang bebas dari insulasi
3 Na+
(pada simpul Ranvier). Membran mielin mengandung
ATP banyak lipid yang membuatnya memiliki sifat insulasi yang
3 Na+
sangat baik. Protein di membran mielin relatif sedikit; protein
yang ada tampaknya berfungsi menyatukan berbagai lapisan-
Mg2+
ganda membran untuk membentuk struktur insulator
2 K+ hidrofobik yang impermeabel terhadap ion dan air. Penyakit
ADP
+ tertentu, misalnya sklerosis multipel dan sindrom Guillain-
Pi
2 K+ Barré, ditandai oleh demielinasi dan gangguan hantaran
saraf.
GAMBAR 40–18 Stoikiometri pompa Na+-K+-ATPase. Pompa ini
memindahkan tiga ion Na+ dari bagian dalam sel ke luar dengan
membawa masuk dua ion K+ dari luar ke dalam sel untuk setiap
molekul ATP yang dihidrolisis menjadi ADP oleh ATPase terkait-
TRANSPOR GLUKOSA MELIBATKAN
membran. Ouabain dan glikosida jantung lainnya menghambat
pompa ini dengan bekerja pada permukaan ekstrasel membran.
BEBERAPA MEKANISME
(Sumbangan R Post.) Pembahasan tentang transpor glukosa meringkaskan banyak
dari pokok-pokok bahasan yang disebutkan di dalam bab ini.
Fosforilasi oleh ATP menginduksi perubahan konformasi Glukosa hams masuk ke dalam sel sebagai tahap pertama
dalam protein ini, yang menyebabkan pemindahan tiga ion pemakaian energi. Ada sejumlah transporter glukosa
Na+ dari sisi dalam ke sisi luar membran plasma. Dua (GLUT) yang terlibat, jumlahnya bervariasi di berbagai
molekul K+ mengikat ke situs pada protein pada permukaan jaringan (lihat Tabel 19–2). Di dalam adiposit dan otot
luar dari membran sel, proses ini menyebabkan defosforilasi rangka, glukosa masuk melalui sistem transpor spesifik
protein dan pemindahan ion K+ melintasi membran ke (GLUT4) yang ditingkatkan oleh insulin. Perubahan
bagian dalam sel. Oleh sebab itu, tiga ion Na+ diangkut transpor terutama disebabkan oleh perubahan Vmax
keluar untuk setiap dua ion K+ yang masuk. Hal ini (diperkirakan karena peningkatan atau penurunan
menyebabkan ketidakseimbangan muatan antara bagian transporter aktif), tetapi perubahan pada Km juga mungkin
dalam dan bagian luar sel, yaitu membuat bagian dalam lebih berperan.
negatif (efek elektrogenik). Ouabain atau digitalis (dua obat Transpor glukosa dalam usus halus melibatkan ber-
jantung penting) menghambat Na+-K+-ATPase melalui bagai aspek dari prinsip-prinsip transpor yang dibahas
pengikatan domain ekstraselnya. Enzim ini dapat sebelumnya. Glukosa dan Na+ berikatan dengan simporter
mengkonsumsi sejumlah besar energi ATP sel. Na+-K+- Na+-glukosa yang terletak di permukaan apikal. Na+
ATPase dapat dapat digabung dengan berbagai transporter berpindah ke dalam sel mengikuti gradien elektrokimia dan
lain, misalnya transporter yang berperan dalam transpor "menyeret" glukosa bersamanya (Gambar 40–19). Jadi,
glukosa (lihat bawah). semakin besar gradien Na+, semakin banyak glukosa yang
masuk; dan jika Na+ di cairan ekstrasel rendah,
dZE^D/^//DWh>^^Z& pengangkutan glukosa akan terhenti. Untuk mempertahan-
kan gradien Na+ yang curam, simpor Na+-glukosa ini
D>/d<E<E>/KEE bergantung pada gradien yang diciptakan oleh Na+-K+-
WKDW ATPase, yang mempertahankan konsentrasi Na+ intrasel
tetap rendah. Mekanisme serupa digunakan untuk
Membran yang membentuk permukaan sel neuron
memindahkan gula lain serta asam amino melintasi lumen
mempertahankan suatu asimetri voltase (tegangan) bagian luar
apikal pada sel yang terpolarisasi, seperti sel yang
serta bagian dalam (potensial listrik) dan mudah tereksitasi
ditemukan di usus dan ginjal. Dalam hal ini, perpindahan
oleh listrik karena adanya kanal berpintu-tegangan. Jika
transelular gula melibatkan satu komponen tambahan: suatu
dirangsang secara tepat oleh suatu sinyal kimiawi yang
unipor (Gambar 40–19) yang memungkinkan glukosa yang
diperantarai oleh suatu reseptor membran sinaps spesifik (lihat
terakumulasi di dalam sel berpindah melintasi membran
pembahasan tentang transmisi sinyal biokimia, di bawah),
basolateral dan melibatkan uniporter glukosa (glucose
kanal-kanal di membran terbuka sehingga memungkinkan
uniporter, GLUT2).
terjadinya influks cepat Na+ atau Ca2+ (dengan atau tanpa
efluks K+), sehingga perbedaan voltase segera berkurang Pengobatan diare berat (seperti yang terjadi pada
dan segmen membran yang bersangkutan mengalami kolera) memanfaatkan informasi di atas. Pada kolera (lihat
depolarisasi. Namun, berkat kerja pompa ion di mem-bran, Bab 57), dapat terjadi pengeluaran cairan dalam jumlah
gradien listrik tersebut segera dipulihkan. besar sebagai tinja cair dalam waktu, yang sangat singkat
sehingga terjadi dehidrasi berat dan mungkin kematian.
Jika sejumlah besar area membran mengalami depolari-
Terapi rehidrasi oral, yang terutama terdiri dari NaCl dan
sasi dengan cara ini, gangguan elektrokimia ini akan
glukosa, telah dikembangkan oleh World Health
menjalar seperti gelombang merambati membran, dan
Organization (WHO). Transpor glukosa dan Na+ menembus
menghasilkan impuls saraf. Selubung mielin, yang
epitel usus memaksa (melalui osmosis) perpindahan air
dibentuk oleh sel Schwann, membungkus serabut saraf dan
dari lumen usus ke dalam sel usus sehingga terjadi rehidrasi.
membentuk insulator listrik yang mengelilingi sebagian
Pemberian glukosa saja atau NaCl saja akan kurang efektif.
besar saraf dan sangat mempercepat penjalaran gelombang

SIMPOR NATRIUM-GLUKOSA LUMEN terbentuk ketika sebagian membran plasma mengalami

Glukosa + invaginasi, membungkus sedikit cairan ekstrasel dari isinya.
Na
Vesikel kemudian terlepas sewaktu fusi membran plasma
(Simpor) MEMBRAN APIKAL menutup leher vesikel di tempat asal invaginasi (Gambar
40–20). Vesikel ini menyatu dengan struktur membran
SITOSOL
lain dan memindahkan isinya ke kompartemen sel lain
atau bahkan kembali ke eksterior sel. Sebagian besar vesikel
Glukosa
Na
+
+
endositotik menyatu dengan lisosom primer untuk
K
membentuk lisosom sekunder yang mengandung enzim
hidrolitik sehingga merupakan organel khusus yang
berfungsi sebagai "tempat sampah" intrasel. Isi
MEMBRAN makromolekul dicerna untuk menghasilkan asam amino,
GLUT2 BASOLATERAL
(Unipor)
+ +
gula sederhana, atau nukleotida, dan zat-zat ini berdifusi
Na K
Na+-K+-ATPase
keluar vesikel untuk digunakan kembali oleh sel.
Glukosa Endositosis memerlukan (1) energi, biasanya dari hidrolisis
CAIRAN EKSTRASEL ATP; (2) Ca2+; dan (3) elemen kontraktil di dalam sel
GAMBAR 40–19 Perpindahan transelular glukosa di dalam (mungkin sistem mikrofilamen) (lihat Bab 50).
sebuah sel usus. Glukosa mengikuti Na+ menembus membran epitel Terdapat dua jenis umum endositosis. Fagositosis
luminal. Gradien Na+ yang mendorong simpor ini diciptakan oleh terjadi hanya di sel tertentu, misalnya makrofag dan
pertukaran Na+-K+, yang terjadi di membran basal dan berhadapan granulosit. Fagositosis melibatkan ingesti partikel besar
dengan komparternen cairan ekstrasel melalui kerja Na+-K+-ATPase.
Glukosa dengan konsentrasi tinggi di dalam sel dipindahkan “downhill” misalnya virus, bakteri, sel, atau debris. Makrofag sangat
ke cairan ektrasel oleh difusi terfasilitasi (suatu mekanisme unipor) aktif melakukan fagositosis dan dapat menelan 25% dari
melalui GLUT2 (suatu pengangkut glukosa, lihat Tabel 19–2). Simpor volume partikel-partikel tersebut per jam. Dalam
natrium-glukosa sebenarnya mengangkut 2 Na+ untuk setiap glukosa. melakukannya, makrofag dapat menginternalisasi 3% dari
membran plasmanya setiap menit atau seluruh membrannya
SEL MEMINDAHKAN setiap 30 menit.
Pinositosis (“proses minum pada sel”) adalah sifat
MAKROMOLEKUL TERTENTU alamiah semua sel dan menyebabkan sel dapat menyerap
MENEMBUS MEMBRAN PLASMA cairan dan isi cairan.
MELALUI ENDOSITOSIS DAN A B
EKSOSITOSIS
Proses yang menyerap molekul besar disebut endositosis.
Sebagian molekul ini (mis. polisakarida, protein, dan
polinukleotida), bila dihidrolisis di dalam sel, akan
menghasilkan nutrien. Endositosis merupakan mekanisme
untuk mengatur kandungan komponen membran
tertentu, rnisalnya reseptor hormon. Endositosis dapat
digunakan untuk mempelajari lebih banyak mengenai
fungsi sel. DNA dari satu jenis sel dapat digunakan untuk
mentransfeksi sel yang lain dan mengubah fungsi atau
fenotipe sel yang ditransfeksikan tersebut. Dalam CP
eksperimen ini sering digunakan sebuah gen spesifik, dan
ini merupakan cara unik untuk meneliti dan menganalisis
regulasi gen yang bersangkutan. Transfeksi DNA
bergantung pada endositosis; endositosis berperan dalam
masuknya DNA ke dalam sel. Eksperimen semacam ini V
sering memanfaatkan kalsium fosfat karena Ca2+
merangsang endositosis dan mengendapkan DNA sehingga CV
DNA lebih mudah diendositosis (lihat Bab 39). Sel juga
mengeluarkan makromolekul melalui eksositosis. GAMBAR 40–20 Dua jenis pinositosis. Vesikel endositotik (V)
terbentuk akibat invaginasi sebagian membran plasma. Pinositosis
Endositosis dan eksositosis, keduanya melibatkan fase-cair (A) bersifat acak dan tidak terarah. Absorptif (endositosis
pembentukan vesikel dengan atau dan membran plasma. yang diperantarai oleh reseptor) (B) bersifat selektif dan berlangsung
di coated pits (CP) yang dilapisi oleh protein klatrin (materi berbulu).
Endositosis Melibatkan Penelanan Bagian- Pengikatan sasaran dilakukan oleh reseptor (simbol cokelat) yang
spesifik untuk beragam molekul. Hal ini menyebabkan terbentuknya
Bagian Membran Plasma coated vesicle (CV).
Semua sel eukariot secara terus-menerus mendaur-ulang
sebagian membran plasmanya. Vesikel endositotik

Terdapat dua tipe. Pinositosis fase-cair adalah suatu oleh konsekuensi sekunder atau tersier pinositosis,
proses nonselektif yang menyerap suatu zat terlarut misalnya oleh produk metabolik seperti kolesterol—yang
melalui pembentukan vesikel kecil berbanding lurus dibebaskan saat penguraian LDL. Penyakit pada reseptor
dengan konsentrasi di cairan ekstrasel sekitar. LDL dan internalisasinya secara medis merupakan
Pembentukan vesikel ini adalah suatu proses yang sangat penyakit penting dan dibahas di Bab 25 dan Bab 26.
aktif. Contohnya, fibroblas menginternalisasi membran Pinositosis absorptif glikoprotein ekstrasel mengha-
plasmanya dengan kecepatan sekitar sepertiga kecepatan ruskan glikoprotein membawa sinyal pengenal karbo-
makrofag. Proses ini berlangsung lebih cepat hidrat spesifik. Sinyal pengenal ini diikat oleh molekul
dibandingkan proses pembuatan membran. Luas permuka- reseptor di membran yang memiliki peran seperti reseptor
an dan volume sel tidak banyak berubah sehingga membran LDL. Reseptor galaktosil di permukaan hepatosit sangat
harus diganti oleh eksositosis atau dengan daur-ulang penting dalam pinositosis absorptif asialogliko protein dari
secepat penggunaan melalui endositosis. sirkulasi (lihat Bab 46). Hidrolase asam yang diserap oleh
Tipe lain pinositosis, pinositosis absorptif atau pinositosis absorptif pada fibroblas dikenali berdasarkan
endositosis diperantarai-reseptor, terutama berperan dalam gugus manosa 6-fosfatnya. Yang menarik, gugus manosa 6-
penyerapan makromolekul tertentu yang tempat fosfat juga tampaknya berperan penting dalam pengarahan
pengikatannya ada di membran plasma. Reseptor berafinitas hidrolase asam intrasel ke lisosom sel tempat gugus tersebut
tinggi ini memungkinkan pemekatan selektif ligan dari disintesis (lihat Bab 46).
medium, meminimalkan penyerapan cairan atau Pada endositosis yang diperantarai oleh reseptor
makromolekul larut lain yang tidak terikat, serta sangat terdapat sisi buruk, yaitu bahwa virus yang menyebabkan
meningkatkan laju masuknya makromolekul spesifik ke penyakit seperti hepatitis (mengenai sel hati), poliomielitis
dalam sel. Vesikel yang terbentuk selama pinositosis (mengenai neuron motorik), dan AIDS (mengenai sel T)
absorptif berasal dari invaginasi (pits) yang diselubungi oleh memulai kerusakan melalui mekanisme ini. Toksisitas
suatu materi filamentosa di sisi sitoplasmik sehingga diberi besi juga berawal dari penyerapan yang berlebihan melalui
nama coated pits (lubang berselubung). Mated filamentosa endositosis.
dibentuk oleh protein klatrin (clathrin) pada banyak sistem.
Protein ini memiliki struktur berkaki tiga (disebut
Eksositosis Melepaskan Makromolekul
triskelion), dengan masing-masing kaki yang dibentuk oleh
satu rantai ringan dan satu rantai berat klatrin. Polimerisasi Tertentu dari Sel
klatrin menjadi vesikel diarahkan oleh assembly particles Sebagian besar sel membebaskan makromolekul ke
(parfikel-partikle penyusun) yang terdiri dari empat protein eksterior melalui eksositosis. Proses ini juga berperan
adaptor. Protein-protein ini berinteraksi dengan sekuens dalam remodeling membran, ketika komponen-
asam amino tertentu di reseptor yang menjadi muatan, komponen yang disintesis di retikulum endoplasma dan
memastikan selektivitas penyerapan. Lipid fosfatidilinositol aparatus Golgi diangkut dalam vesikel ke membran
4,5-bifosfat (PIP2) (lihat Bab 21) juga berperan penting plasma. Sinyal untuk eksositosis (lihat dibawah) sering
dalam pembentukan vesikel. Selain itu, diperlukan protein berupa hormon yang jika hormon tersebut berikatan
dinamin yang mengikat dan menghidrolisis GTP untuk dengan reseptor di permukaan sel, memicu perubahan
membebaskan vesikel berselubung klatrin dari permukaan konsentrasi Ca 2+ secara lokal dan singkat. Ca2+ memicu
sel. . Di sebagian coated pits dapat membentuk hampir 2% eksositosis.(Gambar 40–21) menyajikan perbandingan
dari permukaan sel. Aspek lain dari vesikel dibahas di Bab mekanisme eksositosis dan endositosis.
49. Molekul yang dibebaskan melalui eksositosis memiliki
paling sedikit tiga nasib: (1) Menjadi protein membran dan
Salah satu contohnya, molekul lipoprotein berdensitas tetap berikatan dengan permukaan sel; (2) Menjadi bagian
rendah (LDL) dan reseptornya (Bab 25), mengalami dari matriks ekstrasel, misalnya kolagen dan
internalisasi melalui coated pits yang mengandung reseptor glikosaminoglikan; (3) Dapat memasuki cairan ekstrasel
LDL. Vesikel endositosis yang mengandung LDL dan dan memberi sinyal kepada sel lain. Insulin, hormon
reseptomya ini berfusi dengan lisosom di dalam sel. paratiroid, dan katekolamin, semuanya terkemas dalam
Reseptor dibebaskan dan didaur ulang ke membran granula dan diproses di dalam sel untuk dibebaskan jika
permukaan sel, tetapi apoprotein LDL diuraikan dan ester timbul stimulasi yang sesuai.
kolesteril dimetabolisme. Sintesis reseptor LDL diatur
Eksositosis Endositosis
GAMBAR 40–21 Perbandingan mekanisme endositosis dan eksositosis. Pada eksositosis terjadi kontak dua lapis-tunggal permukaan dalam
(sisi sitoplasmik), sementara endositosis terbentuk dari kontak dua lapis-tunggal permukaan luar.

BERBAGAI SINYAL DISALURKAN mengandung beberapa konekson. Beragam koneksin

ditemukan di berbagai jaringan. Mutasi gen yang mengode
MELALUI MEMBRAN koneksin dilaporkan berkaitan dengan sejumlah penyakit,
termasuk kelainan kardiovaskular, salah satu jenis ketulian,
Sinyal biokimiawi spesifik, misalnya neurotransmiter,
dan penyakit bentuk Charcot-Marie-Tooth terkait-X (suatu
hormon, dan imunoglobulin berikatan dengan reseptor
penyakit neurologis penyebab demielinisasi).
spesifik (protein integral) yang terpajan dengan bagian luar
membran sel dan memindahkan informasi melalui membran
ini ke sitoplasma. Proses ini yang dinamai pengiriman VESIKEL EKSTRASELULAR
sinyal transmembran (transmembrane signaling), melibat-
kan pembentukan sejumlah molekul sinyal, termasuk (EKSOSOM) MENUNJUKKAN
nukleotida siklik, kalsium, fosfoinositida, dan diasil- NOVEL, DAN MEKANISME
gliserol (lihat Bab 42). Banyak tahap pada pengiriman sinyal
melibatkan fosforilasi reseptor dan protein di sebelah hilir TIDAK DIAPRESIASI SEBELUMNYA
jalur.
PADA KOMUNIKASI SEL-SEL
Dalam dekade terakhir kelas kecil, heterogen, vesikel
TAUT CELAH MEMUNGKINKAN dikeluarkan, secara luas disebut vesikel ekstraseluler, telah
ALIRAN LANGSUNG MOLEKUL diidentifikasi dan dikarakterisasi. Vesikel ekstraseluler telah
terlibat sebagai, mediator penting baru komunikasi sel-sel
DARI SATU SEL KE SEL LAIN yang cenderung berkontribusi secara penting untuk kedua
Taut celah (gap junction) adalah struktur yang memung- normal dan patologis fisiologi. Vesikel ini, tertutup oleh
kinkan pemindahan langsung molekul kecil (hingga 1200 lapisan ganda lipid, agak heterogen dalam ukuran (30-2000
Da) dari satu sel ke sel tetangganya. Struktur ini terdiri dari nm diameter), dan dihasilkan oleh setidaknya dua
satu famili protein yang disebut koneksin dan mekanisme yang berbeda (Gambar 40–23): mikrovesikel
membentuk struktur heksagonal yang terdiri dari 12 dihasilkan secara berkembang dari membran plasma dari sel
protein ini. Enam koneksin membentuk hemichannel sumber; sementara eksosom dihasilkan secara dari badan
(setengah kanal) koneksin dan bersatu dengan struktur multivesicular (MVB), suatu komponen pada sistem
serupa di sel sebelahnya untuk membentuk kanal perdagangan endositik membran yang dijelaskan di atas (yi,
konekson sempurna (Gambar 40–22). Satu taut celah lihat Gambar 40–12). Eksosom disekresikan dari sel
Tutup Buka
A B
Koneksi
n Monomer koneksi
Membran plasma
Celah interselular
Celah 2-4 nm Saluran hidrofilik
C Skema pada
transpor sel ke sel
termediasi konekson
GAMBAR 40–22 Diagram skematis sebuah taut celah (gap junction). Diperlihatkan secara
skematik (A) hubungan antara sel-sel yang mengandung konekson; (B) membuka dan menutup saluran
koneksin lengkap; dan (C) aliran molekul (biru, panah merah) antara gugus tiga sel. Satu konekson
dibentuk oleh dua hemikonekson. Masing-masing hemikonekson dibentuk oleh enam molekul koneksin.
Zat terlarut berukuran kecil dapat berdifusi melalui kanal di bagian tengah yang merupakan mekanisme
langsung komunikasi antarsel. Perhatikan bahwa koneksin menghubungkan sel-sel yang berada dalam 2
sampai 4 nm satu sama lain. Sumber gambar: http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/b/b7/
Gap_cell_junction-en.svg.

BAB 40 Membran: Struktur dan FungsI 495
Badan multi-vesicular (MVB)
Fusi MVB dan

Sel sumber rilis eksosom
Tunas
membran
Eksosome Mikrovesikel
Fusi
membran Pinositosis,
sel fagositosis
Presentasi Pensinyalan Transfer

antigen sel MHC Reseptor
mRNA miRNA Protein Antigen DNA

lncRNA genomik
m7G poli(A)
sel target
GAMBAR 40–23 Komunikasi sel-sel melalui vesikel ekstraseluler. Ditampilkan adalah

mekanisme yang diusulkan untuk pembentukan dan produksi eksosom dan mikrovesikel
melalui endositosis (eksosom) dan membran pemula (mikrovesikel) dari sel sumber. Vesikel
yang diproduksi dalam badan multivesicular (MVB) dapat tereksositosis berikut fusi dengan
membran plasma seperti yang ditunjukkan, atau bertunas ke dalam ruang ekstraselular.
Semua proses ini melibatkan pengumpulan protein, lipid, dan molekul sinyal yang
sebelumnya terlibat dalam eksositosis dan pemula (tidak ditampilkan). Setelah dilepaskan
dari sel sumber eksosome dan/atau mikrovesikel yang dihasilkan mencari sel target, dan tipe
berikut interaksi sel vesikel-target yang ditampilkan, melepaskan isinya (lihat panah hitam
dalam sel target). vesikel yang berbeda telah terbukti mengandung RNA (mRNA, Mirna,
lncRNA; lihat Bab 36) dan DNA, protein bioaktif tertentu dan lipid; antigen; dan molekul kecil
biologis aktif. Secara penting, vesikel ekstraseluler telah terbukti memiliki kedua efek biologis
positif dan negatif pada sel target di kedua keadaan normal dan patologis.
sumber setelah fusi dari MVB dan plasma membran. Dalam Kadar vesikel bervariasi dari sel sumber ke sel sumber
kedua kasus vesikel ekstraseluler (eksosom dan dan bahkan telah dilaporkan berbeda dari sel sumber yang
mikrovesikel) akhirnya fusi ke sel target mereka untuk sama tumbuh di bawah kondisi yang berbeda. Muatan
memberikan yang berbeda “pay-load.” Sayangnya, vesikel dapat mencakup berbagai protein sitoplasma dan
mengingat penemuan terbaru dari vesikel ekstraseluler, nuklir, protein terikat membran berkisar dari kanal reseptor,
nama yang tepat dan istilah yang digunakan untuk kompleks histokompatibilitas utama (MHC) lipid rakit-
menggambarkan vesikel, kargo, dan sumber yang relevan berinteraksi protein, DNA, mRNA, besar dan kecil ncRNAs,
serta sel target bervariasi. Selain itu, istilah "mikrovesikel" serta protein kecil dan bioaktif molekul kecil (Gambar 40–23).
dan "eksosom" seringkali disatukan hanya sebagai Mengingat keragaman dan luas dari isi vesikel/eksosome,
"exosomes.” tidaklah mengherankan bahwa struktur ini

telah terlibat dalam jangkauan biologi yang sangat luas. ular tertentu, yang bisanya mengandung fosfolipase), atau
Selain itu, mengingat kandungan protein membran mereka glikosfingolipid (mis. pada sfingolipidosis) dapat
dan fakta bahwa vesikel ekstraseluler muncul untuk memengaruhi fungsi membran.
menargetkan sel-sel spesifik recipient, nilai potensi eksosom
sebagai sistem pengiriman terapi menerima signifikasi
keuntungan dan perhatian di industri farmasi dan Fibrosis Kistik Disebabkan oleh Mutasi di
bioteknologi. Masa depan kerja akan menentukan apakah Gen Pengode CTFR, Suatu Transporter
ini area baru dan menarik dari penelitian biomedis di vesikel Klorida
ekstraseluler hidup sampai dengan janjinya.
Fibrosis kistik (FK) adalah penyakit genetik resesif yang
banyak dijumpai pada orang berkulit putih di Amerika Utara
dan bagian tertentu Eropa utara. Penyakit ini ditandai oleh
MUTASI YANG MENGENAI infeksi bakteri kronik pada saluran napas serta sinus,
PROTEIN MEMBRAN maldigesti lemak akibat insufisiensi eksokrin pankreas,
infertilitas pada pria karena gangguan perkembangan vas
MENYEBABKAN PENYAKIT deferens, dan peningkatan kadar klorida dalam keringat (>60
Berdasarkan fakta bahwa membran terdapat di sedemikian mmol/L). Sekarang diketahui bahwa mutasi di gen yang
banyak orgariel dan berperan dalam sedemikian banyak menyandi protein cysctic fibrosis transtnernbrane regulator
proses, tidaklah mengejutkan bahwa mutasi yang mengenai protein (CTFR) yang menyebabkan FK. CTFR adalah suatu
protein membran dapat menyebabkan beragam penyakit transporter Cl− yang diregulasi AMP siklik. Ciri klinis utama
atau gangguan. Beberapa mutasi langsung memengaruhi FK dan informasi lebih lanjut mengenai gen yang
fungsi protein membran, tetapi sebagian besar mutasi menyebabkan FK dan mengenai CFTR diberikan di Kasus 5,
menyebabkan salah-pelipatan protein dan gangguan lalu Bab 57.
lintas (lihat Bab 49) protein membran dari tempat
sintesisnya di RE ke membran plasma atau tempat intrasel
lain. Contoh penyakit atau gangguan akibat kelainan di TABEL 40–7 Sebagian Penyakit atau Keadaan
protein membran tercantum di Tabel 40–7. Contoh-contoh Patologik Akibat atau Berkaitan dengan Kelainan
ini terutama mencerminkan mutasi di protein membran Membrana
plasma, kecuali satu gangguan mengenai fungsi lisosom Penyakit Kelainan
(penyakit sel I).
Akondroplasia (OMIM 100800) Mutasi di gen yang mengode
Protein pada membran plasma dapat digolongkan reseptor faktor pertumbuhan
menjadi reseptor, transporter, kanal ion, enzim, dan fibroblas 3
komponen struktural. Anggota golongan-golongan ini sering Hiperkolesterolemia familial Mutasi di gen yang mengode
mengalami glikosilasi sehingga mutasi yang mengenai (OMIM 143890) reseptor LDL
proses glikosilasi (lihat Bab 46) dapat mengubah fungsinya. Fibrosis kistik (OMIM Mutasi di gen yang mengode
Mutasi di reseptor dapat menyebabkan defek pada 219700) protein CFTR, suatu pengangkut Cl–
pengiriman sinyal transmembran, suatu hal yang banyak Sindrom panjang QT Mutasi di gen yang mengode
terjadi pada kanker (lihat Bab 56). Banyak penyakit atau kongenital (OMIM 192500) kanal ion di jantung
gangguan genetik yang dilaporkan disebabkan oleh mutasi Penyakit Wilson (OMIM Mutasi di gen yang mengode
yang mengenai berbagai protein yang berperan dalam 277900) suatu ATPase dependen tembaga
transpor asam amino, gula, lemak, urat, anion, kation, air, Penyakit sel l (OMIM Mutasi di gen yang mengode
dan vitamin yang melalui membran plasma. 252500) GlcNAc fosfotransferase dan
Mutasi di gen yang mengode protein di membran lain menyebabkan ketiadaan sinyal
juga dapat merugikan. Contohnya, mutasi di gen yang Man 6-P untuk hidroiase tertentu
di dalam lisosom
mengode protein membran mitokondria yang berperan
dalam fosforilasi oksidatif dapat menyebabkan penyakit Sferositosis herediter (OMIM Mutasi di gen yang mengode
182900) spektrin atau protein struktural
neurologik dan gangguan lain (mis, neuropati optik
lain di membran sel darah merah
herediter Leber [LHON], sejumlah keberhasilan terapi gen
Metastasis sel kanker Kelainan di rantai oligosakarida
untuk penyakit ini dilaporkan).
glikoprotein dan glikoiipid
Protein membran juga dapat mengalami gangguan membran yang dianggap penting
oleh keadaan selain mutasi. Pembentukan autoantibodi
terhadap reseptor asetilkolin di otot rangka menyebabkan Hemogiobinuria nokturnal Mutasi yang menyebabkan
miastenia gravis. Iskemia dapat cepat memengaruhi paroksismal (OMIM 311770) gangguan penambatan jangkar
integritas berbagai kanal ion di membran. Ekspresi GPI (lihat Bab 46) pada protein
berlebihan glikoprotein-P (MDR-1), suatu pompa obat, tertentu di membran sel darah
merah
menyebabkan resistensi multiobat (multidrug resistance,
MDR) pada sel-sel kanker. Kelainan konstituen membran aPenyakit yang tercantum di sini dibahas lebih lanjut di bab-bab lain. Tabel ini
menyajikan contoh mutasi yang mengenai reseptor, pengangkut, kanal ion (sindrom
selain protein juga dapat merugikan. Dalam kaitannya QT panjang kongenital) enzim,dan protein struktural. Contoh gangguan atau
dengan lipid, kelebihan kolesterol (mis, pada hiper- defisiensi glikosilasi glikoprotein juga disajikan. Sebagian besar penyakit ini mengenai
kolesterolemia familial), lisofosfolipid (mis. setelah digigit membran plasma.

RINGKASAN ■ Kanal ion berpintu-ligan atau berpintu-tegangan sering

digunakan untuk memindahkan molekul bermuatan (Na+, K+,
■ Membran adalah struktur kompleks yang tersusun atas Ca2+, dsbnya) menembus membran mengikuti gradien
molekul-molekul yang mengandung lipid, protein, dan elektrokimianya.
karbohidrat. ■ Molekul besar dapat masuk atau keluar sel melalui mekanisme,
■ Struktur dasar semua membran adalah lapis-ganda seperti endositosis atau eksositosis. Pada proses ini, molekul sering
lipid. Lapisan-ganda ini dibentuk oleh dua lembaran kali harus berikatan dengan reseptor, yang menyebabkan
fosfolipid dengan gugus-gugus kepala polar hidrofilik spesifisitas proses ini.
tersusun menjauhi satu sama lain dan terpajan dengan
■ Vesikel ekstraseluler (eksosom) memungkinkan gerakan
lingkungan air di permukaan luar serta dalam
langsung dari makromolekul dari sel ke sel melalui vesikel
membran. Ekor nonpolar hidrofobik molekul ini sating
kecil. Muatan eksosom dapat mencakup lipid tertentu,
berhadapan, ke arah bagian tengah membran.
protein (reseptor, kanal, sinyal protein) DNA, RNA dan
■ Membran adalah struktur yang dinamik. Lipid dan molekul bioaktif kecil. Area ini baru penyelundupan
protein tertentu memperlihatkan difusi lateral yang cepat. membran dan komunikasi sel-sel memiliki potensi yang luar
Flip-flop berlangsung lambat untuk lipid dan tidak terjadi biasa untuk mempengaruhi pemikiran dan praktek tentang
pada protein. biologi normal dan abnormal.
■ Model mosaik fluid merupakan model yang baik untuk ■ Mutasi yang mengenai struktur protein membran (reseptor,
membahas struktur membran. transporter, kanal ion, enzim, dan protein struktural) dapat
■ Protein membran diklasifikasikan sebagai protein integral menyebabkan penyakit; contohnya fibrosis kistik dan
jika protein-protein tersebut terbenam erat di lapisan-ganda hiperkolesterolemia familial.
lipid dan sebagai protein perifer jika protein-protein tersebut
melekat ke bagian luar atau dalam membran.
■ Sekitar 20 atau lebih membran berbeda yang terdapat pada REFERENSI
sebuah sel mamalia memiliki fungsi dan komposisi berbeda Alberts B, Johnson A, Lewis J, et al: Molecular Biology of the Cell,
dan membran ini menentukan kompartemen atau 5th ed. Garland Science, 2008.
lingkungan khusus di dalam sel yang memiliki fungsi Cooper GM, Hausman RE: The Cell, A Molecular Approach. Sinauer
spesifik (mis. lisosom). Assoc Inc., 2013.
■ Molekul hidrofobik tertentu berdifusi secara betas Doherty GJ, McMahon HT: Mechanisms of endocytosis. Annu Rev
menembus membran, tetapi pergerakan molekul lainnya Biochem 2009;78:857.
terbatas karena ukuran, muatan, atau kelarutannya. Lodish H, Berk A, Kaiser CA, et al: Molecular Cell Biology, 7th ed.
WH Freeman & Co, 2012.
■ Untuk mempertahankan gradien molekul-molekul tersebut
Longo N: Inherited defects of membrane transport. In: Harrison’s
di kedua sisi membran, digunakan berbagai mekanisme pasif
Principles of Internal Medicine, 17th ed. Fauci AS, et al (editors).
dan aktif (biasanya dependen-ATP).
Chapter 359. McGraw-Hill, 2008.
■ Zat terlarut tertentu, misalnya glukosa, masuk ke dalam sel
Pollard TD, Earnshaw WC: Cell Biology, 2nd ed. Saunders Elsevier, 2008.
melalui difusi terfasilitasi, mengikuti gradien dari
Raposo G, Stoorvogel W: Extracellular vesicles: exosomes,
konsentrasi tinggi ke konsentrasi rendah dengan
microvesicles, and friends. J Cell Biol 2013;200:373-383.
menggunakan protein pembawa spesifik, atau transporter.
Singer SJ: Some early history of membrane molecular biology.
■ Tipe-tipe utama pompa yang digerakkan-ATP digolongkan Annu Rev Physiol 2004;66:1.
menjadi transporter tipe P (mengalami fosforilasi), tipe F Vance DE, Vance J (editors): Biochemistry of Lipids, Lipoproteins and
(faktor energi), tipe V (vakuola), dan ABC. Anggota Membranes, 5th ed. Elsevier, 2008.
golongan-golongan ini mencakup Na+-K+-ATPase dan Ca2+ Voelker DR: Genetic and biochemical analysis of non-vesicular lipid
ATPase di retikulum sarkoplasma; mt ATP sintase; lisosom traffic. Annu Rev Biochem 2009;78:827.
ATPase yang mengasamkan; dan protein CFTR serta protein
MDR-1.

41
B A B
Keragaman
Sistem Endokrin
TUJUAN ■ Menjelaskan prinsip-prinsip dasar kerja hormon endokrin,termasuk penentu

respons sel target hormon dan penentu konsentrasi hormon sel target.
■ Memahami luasnya keragaman dan mekanisme kerja hormon endokrin.
■ Mengerti tahap-tahap rumit yang ikut serta dalam produksi, pengangkutan,
dan penyimpanan hormon.
ACTH Hormon adrenokortikotropik IGF-I Insulin-like growth factor-I (faktor pertumbuhan I mirip-
ANF Faktor natriuretik atrium insulin)
cAMP Adenosin monofosfat siklik LH Luteotropic hormone (hormon luteotropik)
CBG Globulin pengikat kortikosteroid LPH Lipotropin
CG Gonadotropin korionik MIT Monoiodotirosin
cGMP Guanosin monofosfat siklik MSH Melanocyte-stimulating hormone (hormon perangsang
CLIP Corticotropin-like intermediate lobe peptide (peptida melanosit)
lobus intermedius mirip-kortikotropin) OHSD Hidroksisteroid dehidrogenase
DBH Dopamin β-hidroksilase PNMT Feniletanolamin-N-metiltransterase
DHEA Dehidroepiandrosteron POMC Pro-opiomefanokortin
DHT Dihdrotestosteron SHBG Sex hormone-binding globulin (globulin pengikat hormon seks)
DIT Diiodotirosin StAR Steroidogenic acute regulatory (protein)
DOC Deoksikortikosteron TBG Globulin pengikat tiroksin
EGF Epidermal growth factor (faktor pertumbuhan epidermis) TEBG Globulin pengikat testosteron-estrogen
FSH Follicle-stimulating hormone (hormon perangsang folikel) TRH Thyrotropin-releasing hormone (hormon pembebas tirotropin)
GH Hormon pertumbuhan TSH Thyrotropin-stimulating hormone (hormon perangsang
tirotropin)
KEPENTINGAN BIOMEDIS definisi klasiknya, hormon adalah suatu zat yang disintesis di
satu organ dan diangkut oleh sistem sirkulasi untuk bekerja di
Kelangsungan hidup organisme multisel bergantung pada jaringan lain. Namun, deskripsi awal ini terlalu rnernbatasi
kemampuannya untuk beradaptasi terhadap lingkungan yang karena hormon dapat bekerja pada sel-sel di sekitarnya (kerja
terus-menerus berubah. Mekanisme komunikasi antarsel sangat parakrin) dan pada sel tempat hormon berasal (kerja autokrin)
diperlukan untuk adaptasi ini. Sistem saraf dan sistem tanpa hangs masuk ke dalam sirkulasi sistemik. Telah ber-
endokrin melaksanakan komunikasi antarsel di seluruh kembang beragam hormon—masing-masing dengan
tubuh. Sistem saraf semula dipandang sebagai suatu sistem mekanisme kerja dan biosintesis, penyimpanan, sekresi,
komunikasi yang terfiksasi/menetap, sementara sistem pengangkutan, serta metabolisme tersendiri—untuk meng-
endokrin menghasilkan hormon, yaitu perantara yang hasilkan respons homeostasis. Keragaman biokimiawi ini
bergerak bebas (mobile). Pada kenyaatannya, kedua sistem adalah topik pada bab ini.
regulatorik ini mengalami konvergensi yang luar biasa.
Contohnya, regulasi saraf sistem endokrin penting dalam KONSEP SEL TARGET
produksi dan sekresi sebagian hormon; banyak
neurotransmiter menyerupai hormon dalam proses sintesisnya, Pada manusia terdapat sekitar 200 jenis sel yang ter-
pengangkutan, serta mekanisme kerjanya; dan banyak hormon diferensiasi. Hampir semua dari 75 triliun sel pada seorang
disintesis di sistem saraf. Kata "hormon" berasal dari bahasa manusia menjadi target dari satu atau lebih dari 50+ hormon yang
Yunani yang berarti rnernbangkitkan untuk beraktivitas. Sesuai diketahui, tetapi hanya sebagian kecil yang menghasilkan
hormon.
498

BAB 41 Keragaman Sistem Endokrin 499
TABEL 41–1 Penentu Konsentrasi Suatu Hormon di Sel

Target
Laju sintesis dan sekresi hormon.
Kandungan
Kedekatan letak sel target dengan sumber hormon (efek pengenceran). CES
(Konstanta disosiasi; Kd) hormon dengan protein pengangkut
spesifik di plasma (jika ada).
Perubahan bentuk inaktif atau aktif suboptimal hormon menjadi Hormon
bentuk aktif penuh.
Reseptor
Laju bersihan hormon dari plasma oleh jaringan lain atau melalui
1 2 3 4 5 6 Tipe sel
proses pencernaan, metabolisme, atau ekskresi.
GAMBAR 41–1 Spesifisitas dan seiektivitas reseptor hormon.

Konsep sel target adalah suatu cara yang berguna untuk Berbagai jenis molekul beredar dalam cairan ekstrasel (ECF), tetapi
mempelajari kerja hormon. Dahulu, diduga bahwa hormon hanya beberapa molekul yang dikenali oleh reseptor hormon.
Reseptor harus memilih molekul ini di antara molekul-molekul lain
memengaruhi satu jenis sel—atau hanya beberapa jenis—dan yang konsentrasinya tinggi. Gambar sederhana ini memperlihatkan
bahwa hormon memicu efek biokimia atau fisiologis yang bahwa sebuah sel dapat tidak memiliki reseptor hormon (1), memiliki
unik. Kini kita mengetahui bahwa suatu hormon dapat me- satu reseptor (2+5+6), memiliki reseptor untuk beberapa hormon (3),
mengaruhi beberapa jenis sel; bahwa lebih dari satu hormon atau memiliki reseptor, tetapi tanpa hormon di sekitarnya (4).
dapat memengaruhi satu jenis sel; dan bahwa hormon dapat
menimbulkan berbagai efek pada satu sel atau berbagai sel. konsentrasi mikro- sampai milimolar (10−6 sampai 10−3
Dengan ditemukannya reseptor hormon spesifik intrasel dan
mol/L). Oleh sebab itu, sel target harus membedakan tidak
di permukaan sel, definisi target telah diperluas untuk
saja antara berbagai hormon yang terdapat dalam jumlah
mencakup semua sel termpat hormon (ligan) berikatan
kecil, tetapi juga antara satu hormon dan molekul-molekul
dengan reseptornya, baik respons biokimiawi atau
serupa yang konsentrasinya 106- sampai 109 kali lebih
fisiologisnya sudah terungkap maupun belum.
banyak. Derajat diskriminasi yang tinggi ini dihasilkan oleh
Beberapa faktor menentukan respons sel target ter- molekul-molekul pengenal yang berkaitan dengan sel yang
hadap suatu hormon. Faktor-faktor ini dapat dipandang disebut reseptor. Hormon memulai efek biologisnya
dalam dua kategori umum: (1) sebagai faktor yang dengan mengikat reseptor spesifik, dan karena setiap sistem
memengaruhi konsentrasi hormon di sel target (Tabel 41–1) kontrol yang efektif juga harus memiliki cara untuk dipicu
dan (2) sebagai faktor yang memengaruhi respons oleh hormon umumnya berhenti jika efektor terlepas dari
sebenarnya sel target terhadap hormon (Tabel 41–2). reseptornya ( lihat Gambar 38–1; respons tipe A) .
RESEPTOR HORMON BERPERAN Sel target didefinisikan berdasarkan kemampuannya

untuk mengikat hormon tertentu melalui reseptornya
SENTRAL secara selektif. Agar interaksi hormon-reseptor reIevan
secara fisiologis, beberapa ciri biokimiawi pada interaksi
Reseptor Melakukan Diskriminasi Secara ini berperan penting: (1) pengikatan harus spesifik, yi.
Tepat dapat digeser oleh agonis atau antagonis; (2) pengikatan
Salah satu tantangan besar yang dihadapi dalam membuat harus dapat menjadi jenuh; dan (3) pengikatan harus
sistem komunikasi berbasis-hormon bekerja diperlihatkan pada terjadi dalam rentang konsentrasi dari respons biologis yang
(Gambar 41–1). Hormon terdapat dalam konsentrasi sangat diharapkan.
rendah di cairan ekstrasel, umumnya dalam kisaran ato-
sampai nanomolar (10−15 sampai 10−9 mol/L). Konsentrasi ini Di Reseptor Terdapat Domain Pengenal
jauh lebih rendah dibandingkan dengan konsentrasi banyak dan Domain Penggabung
molekul yang mirip secara struktural (sterol, asam amino, Semua reseptor memiliki paling sedikit dua domain
peptida, protein) dan molekul lain yang beredar pada kisaran fungsional. Domain pengenal (recognition domain)
mengikat ligan hormon dan regio kedua menghasilkan
TABEL 41-2 Penentu Respons Sel Target sinyal yang menggabungkan/menghubungkan pengenalan
hormon tersebut ke beberapa fungsi intrasel.
Jumlah, aktivitas relatif, dan ditempati atau tidaknya reseptor
spesifik di membran plasma atau sitoplasma atau nukleus.
Penggabungan ini (coupling, transduksi sinyal) terjadi
melalui dua cara umum. Hormon protein dan polipeptida
Metabolisme (pengaktifan atau inaktivasi) hormon di sel serta katekolamin berikatan dengan reseptor yang ada di
target.
membran plasma lalu menghasilkan sinyal yang mengatur
Adanya faktor lain di dalam sel yang diperlukan untuk respons berbagai fungsi intrasel, sering dengan mengubah aktivitas
hormon.
suatu enzim. Sebaliknya, hormon steroid, retinoid, dan
Peningkatan (up-regulation) atau penekanan (down-regulation) tiroid berinteraksi dengan reseptor intrasel, dan kompleks
reseptor sebagai konsekuensi interaksinya dengan ligan.
reseptor-ligan inilah yang secara langsung menghasilkan
Desensitisasi sel setelah pengikatan hormon dengan reseptornya, sinyal yang umumnya memengaruhi laju transkripsi gen-gen
termasuk down-regulation reseptor. tertentu.

Domain yang berperan dalam pengenalan hormon

dan pembentukan sinyal telah dikenali di reseptor
HORMON DAPAT DIKLASIFIKASIKAN
hormon katekolamin dan polipeptida protein. DENGAN BEBERAPA CARA
Reseptor hormon steroid, tiroid, dan retinoid memiliki Hormon dapat diklasifikasikan sesuai komposisi kimia, sifat
beberapa domain fungsional: satu domain mengikat kelarutan, letak reseptor, dan sifat sinyal yang digunakan
hormon; yang lain mengikat regio DNA tertentu;
untuk menyampaikan efek hormon di dalam sel. Klasifikasi
domain ketiga berperan dalam interaksi dengan protein
yang didasarkan pada dua sifat terakhir disajikan pada Tabel
koregulator lain yang menyebabkan pengaktifan (atau
41–3, dan gambaran umum masing-masing kelompok
penekanan) transkripsi gen; dan domain keempat
disajikan pada Tabel 41–4.
mungkin menentukan pengikatan ke satu atau lebih
Hormon di kelompok pertama bersifat lipofilik. Setelah
protein lain yang memengaruhi lalu-lintas reseptor di disekresikan, hormon ini berikatan dengan protein
dalam sel (lihat Gambar 38–19). pembawa/pengangkut di plasma, suatu proses yang
Fungsi ganda pengikatan dan penggabungan ini mengatasi masalah kelarutan sambil memperlama waktu-
mendefinisikan suatu reseptor, dan penggabungan paruh hormon dalam plasma. Persentase relatif hormon
pengikatan hormon ke transduksi sinyal—sehingga disebut bentuk terikat dan bentuk bebas ditentukan oleh jumlah,
sebagai receptor-effector coupling (penggabungan/ afinitas pengikatan, dart kapasitas pengikatan protein
penyambungan reseptor ke efektor)—inilah yang pengangkut. Hormon bebas, yaitu bentuk yang secara
merupakan tahap pertama dalam amplifikasi respons biologis aktif, mudah menembus membran plasma
hormon. Peran ganda ini juga membedakan reseptor sel lipofilik semua sel dan bertemu dengan reseptor di
target dari protein pembawa di plasma yang mengikat sitosol atau nukleus sel target. Kompleks ligan-reseptor
hormon tetapi tidak menghasilkan sinyal (lihat Tabel 41–6). dianggap sebagai perantara intrasel pada kelompok ini.
Kelompok utama kedua terdiri dari hormon larut-air
Reseptor Adalah Protein yang berikatan dengan reseptor spesifik yang menembus
membran plasma sel sasaran. Hormon yang berikatan
Beberapa kelas reseptor hormon peptida telah didefinisikan. dengan reseptor permukaan sel berkomunikasi dengan proses
Contohnya, reseptor insulin adalah suatu heterotetramer metabolik intrasel melalui molekul perantara yang disebut
yang tersusun atas dua salinan dua subunit protein (α2β2) second messengers (hormon itu sendiri adalah perantara
yang disatukan oleh banyak ikatan disulfida tempat subunit pertama), yang dihasilkan sebagai konsekuensi dari
α ekstrasel mengikat insulin dan subunit β (yang menembus interaksi ligan-reseptor. Konsep second messenger berasal
membran) menyalurkan sinyal melalui domain tirosin dari pengarnatan bahwa epinefrin berikatan dengan
protein kinase yang ada di bagian sitoplasma polipeptida ini. membran plasma sel tertentu dan meningkatkan cAMP
Reseptor untuk faktor pertumbuhan mirip-insulin I (IGF-I) intrasel. Hal ini diikuti oleh serangkaian eksperimen bahwa
dan faktor pertumbuhan epidermis (EGF) umumnya cAMP dibuktikan memerantarai efek sejumlah besar
memiliki struktur serupa dengan reseptor insulin. hormon. Hormon yang menggunakan mekanisme ini
Reseptor hormon pertumbuhan dan prolaktin juga diperlihatkan di Kelompok II.A Tabel 41–3. Faktor
menembus membran plasma sel target, tetapi tidak natriuretik atrium (atrial natriuretic factor, ANF)
memiliki aktivitas protein kinase spesifik. Namun, menggunakan cGMP sebagai second messenger (Kelompok
terikatnya ligan ke reseptor ini menyebabkan asosiasi dan II.B). Beberapa hormon yang banyak di antaranya semula
aktivasi jalur protein kinase yang sama sekali berbeda, yaitu diperkirakan memengaruhi cAMP, tampaknya mengguna-
jalur JakStat. Reseptor hormon polipeptida dan kan ion kalsium (Ca2+) atau metabolit fosfoinositida
katekolamin yang menyalurkan sinyal dengan mengubah kompleks (atau keduanya) sebagai sinyal second messenger
laju produksi cAMP melalui G-protein, ditandai oleh intrasel. Hormon-hormon ini diperlihatkan di Kelompok
adanya tujuh domain yang menembus membran plasma. II.C dalam tabel tersebut. Perantara intrasel untuk
Pengaktifan protein kinase dan pembentukan AMP siklik Kelompok II.D adalah kaskade protein kinase-fosfatase.
(cAMP, asam 3′5′-adenilat; lihat Gambar 18–5) adalah efek Beberapa dari anggota kelompok ini telah berhasil
lanjutan dari reseptor kelas ini (lihat Bab 42 untuk rincian diidentifikasi, dan satu hormon dapat menggunakan lebih
lebih lanjut). dari satu kaskade kinase. Beberapa hormon dapat
Studi pembandingan beberapa reseptor steroid yang dimasukkan ke dalam lebih dari satu kategori, dan
berbeda-beda dengan reseptor hormon tiroid mengung- pengelompokan ini dapat berubah dengan munculnya
kapkan adanya sekuens asam amino di regio tertentu, informasi-informasi baru.
terutama di bagian domain yang mengikat DNA, yang
sangat terkonservasi. Hal ini menyadarkan kita bahwa
reseptor tipe steroid atau tiroid adalah anggota dari suatu
KERAGAMAN SISTEM ENDOKRIN
superfamili besar reseptor nukleus. Banyak anggota dari Hormon Disintesis di Berbagai Susunan Sel
famili ini belum diketahui ligannya sampai saat ini sehingga
Hormon disintesis di organ-organ yang dirancang semata-
disebut reseptor yatim (orphan receptor). Superfamili
mata untuk tujuan spesifik ini, misalnya tiroid
reseptor nukleus ini berperan penting dalam mengatur
(triiodotironin), adrenal (glukokortikoid serta mineral-
transkripsi gen oleh hormon, seperti dijelaskan pada Bab 42.
okortikoid), dan hipofisis (TSH, FSH, LH, hormon

TABEL 41–3 Klasifikasi Hormon Berdasarkan Mekanisme TABEL 41–4 Gambaran Umum Kelompok-Kelompok
Kerja Hormon
I. Harmon yang berikatan dengan reseptor intrasel
Androgen Kelompok I Kelompok II
Kakitrial (1,25[OH]2-D3)
Tipe Steroid, Polipeptida,
Estrogen
iodotironin, protein,
Glukokortikoid
kalsitriol, retinoid glikoprotein,
Mineralokortikoid katekolamin
Progestin
Asam retinoat Kelarutan Lipofilik Hidrofilik
Harmon tiroid (T3 dan T4)
II. Harmon yang berikatan dengan reseptor di permukaan sel Protein pengangkut Ya Tidak
A. Second messenger berupa cAMP Waktu-paruh plasma Lama (jam sampai hari) Singkat (menit)
Katekolamin α2-adrenergik
Katekolamin β-adrenergik Reseptor Intrasel Membran plasma
Harmon adrenokortikotropik (ACTH) Mediator Kompleks hormon cAMP, cGMP,
Hormon antidiuretik (vasopresin) reseptor Ca2+, metabolit
Kalsitonin kompleks
Gonadotropin korion manusia (CG) fosfoinositol,
Corticotropin-releasing hormone kaskade kinase
Follicle-stimulating hormone (FSH)
Glukagon
Lipotropin (LPH)
Luteinizing hormone (LH)
Melanocyte-stimulating hormone (MSH)
untuk menghasilkan 1,25(OH)2-D3 (kalsitriol). Di bawah ini
Hormon paratiroid (PTH) dibahas contoh keragaman dalam sintesis hormon ini yang
Somatostatin masing-masing telah berkembang untuk memenuhi tujuan
Thyroid-stimulating hormone (TSH) tertentu.
B. Second messenger berupa cGMP
Faktor natriuretik atrium
Nitrit oksida
Hormon Secara Kimiawi Beragam
C. Second messenger berupa kalsium atau fosfatidilinositol (atau keduanya) Hormon disintesis dari beraneka ragam bahan dasar
Asetilkolin (muskarinik) kimiawi. Banyak yang berasal dari kolesterol. Hormon-
Katekolamin α1-adrenergik
Angiotensin II
hormon ini mencakup glukokortikoid, mineralokortikoid,
Hormon antidiuretik (vasopresin) estrogen, progestin, dan 1,25(OH)2-D3 (Gambar 41–2).
Kolesistokinin Pada sebagian kasus, hormon steroid menjadi molekul
Gastrin prekursor bagi hormon lain. Contohnya, progesteron adalah
Gonadotropin-releasing hormone
Oksitosin hormon sejati, tetapi juga merupakan prekursor dalam
Platelet-derived growth factor (PDGF) pembentukan glukokortikoid, mineralokortikoid,
Substansi P testosteron, dan estrogen. Testosteron adalah zat antara
Thyrotropin-releasing hormone (TRH) obligatorik dalam biosintesis estradiol dan dalam
D. Second messenger berupa kaskade kinase atau fosfatase
Adiponektin pembentukan dihidrotestosteron (DHT). Dalam contoh-
Somatomamotropin korionik contoh ini yang diuraikan secara lebih rinci di bawah,
Faktor pertumbuhan epidermis (EGF) produk akhir ditentukan oleh jenis sel dan rangkaian enzim
Eritropoetin (EPO)
Faktor pertumbuhan fibroblas (FGF)
terkait di dalam tempat prekursor tersebut berada.
Hormon pertumbuhan (GH) Asam amino tirosin adalah titik awal dalam pembentu-
Insulin kan katekolamin dan hormon tiroid, yakni tetraiodotironin
Faktor pertumbuhan mirip-insulin I dan II
Leptin
(tiroksin; T4) dan triiodotironin (T3) (Gambar 41–2). T3 dan
Nerve growth factor (NGF) T4 bersifat unik karena kedua hormon ini memerlukan
Platelet-derived growth factor penambahan iodium (sebagai I−) untuk bioaktivitasnya.
Prolaktin Karena iodium dalam makanan sangat sedikit di banyak
belahan dunia, dikembangkanlah mekanisme rumit untuk
menimbun dan mempertahankan I−.
pertumbuhan, prolaktin, ACTH). Sebagian organ dirancang Banyak hormon berupa polipeptida atau glikoprotein.
untuk melakukan dua fungsi berbeda, tetapi berkaitan erat. Hormon-hormon ini memiliki ukuran bervariasi dari
Contohnya, ovarium menghasilkan oosit matang dan thyrotropin-releasing hormone (TRH), yang kecil, suatu
hormon reproduktif estradiol dan progesteron. Testis tripeptida, hingga polipeptida rantai-tunggal, seperti hormon
menghasilkan spermatozoa matang dan testosteron. adrenokortikotropik (ACTH; 39 asam amino), hormon
Hormon juga diproduksi di sel khusus di dalam organ lain, paratiroid (PTH; 84 asam amino), dan hormon pertumbuhan
misalnya usus halus (peptida mirip glukagon), tiroid (GH; 191 asam amino) (Gambar 41–2). Insulin adalah suatu
(kalsitonin), dan ginjal (angiotensin II). Terakhir, sintesis heterodimer rantai AB masing-masing dari 21 dan 30 asam
sebagian hormon memerlukan sel parenkim lebih dari amino. Follicle-stimulating hormone (FSH), luteinizing
satu organ—misalnya kulit, hati, dan ginjal diperlukan hormone (LH), thyroid-stimulating hormone (TSH), dan
chorionic gonadotropin (CG) adalah hormon glikoprotein
dengan struktur heterodimerik αβ. Rantai α di semua hormon

A. Turunan kolesterol OH
CH2OH CH3
OH OH C O C O
OH OH
CH2
HO OH
HO O O HO
17β- Estradiol Testosteron Kortisol Progesteron 1,25(OH)2-D3
B. Tyrosine derivatives
HO H
O H
OH O CH2CH COOH HO C C NH2

NH2 H H
T3 Norepinefrin
HO H
O H CH3
OH O CH2CH COOH HO C C NH
NH2 H H
T4 Epinefrin
C. Peptida dengan berbagai ukuran 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11

12
ser ser ser ser ser ser ser ser ser ser
ser
13
ser
Regio terkonservasi, dibutuhkan untuk aktivitas biologis yang lengkap
1 2 3 ser
24 23 22 21 20 19 18 17 16
ser 14
(pyro) ser ser ser ser ser
NH2 25
15
26
Regio yang berubah, tidak dibutuhkan untuk aktivitas biologis

TRH 27
28
29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39
D. Glikoprotein (TSH, FSH, LH) ACTH
Subunit α sama
Subunit β unik
GAMBAR 41–2 Keragaman kimiawi hormon. (A) Turunan kolesterol; (B) Turunan tirosin; (C) Peptida dengan
berbagai ukuran; Catatan: Asam piroglutamik (pyro) adalah varian disiklisasi dari asam glutamat yang rantai
samping karboksil dan gugus amino bebas siklus untuk membentuk laktam. (D) Glikoprotein (TSH, FSH, dan LH)
dengan subunit α yang sama dan subunit β yang unik.
ini identik, dan rantai β menentukan keunikan masing- terdapat juga hormon lain yang diubah menjadi bentuk aktif
masing. Hormon-hormon ini memiliki massa molekular dari molekul prekursor di perifer (T3 and DHT). Semua
dalam kisaran 25-30 kDa bergantung pada derajat glikosilasi contoh ini dibahas secara lebih rinci di bawah.
dan panjang rantai β.
Hormon Disintesis dan Dimodifikasi dalam BANYAK HORMON DIBUAT

Berbagai Cara Agar Aktivitasnya Sempurna DARI KOLESTEROL
Sebagian hormon disintesis dalam bentuk akhir dan segera
disekresikan. Hormon yang termasuk dalam kelompok ini Steroidogenesis Adrenal
adalah hormon yang berasal dari kolesterol. Hormon lain, Hormon steroid adrenal disintesis dari kolesterol, kolesterol
seperti katekolamin disintesis dalam bentuk akhir dan sebagian besar berasal dari plasma, tetapi sebagian kecil
disimpan di sel penghasilnya, hormon yang lain lagi, disintesis in situ dan asetil-KoA melalui mevalonat dan
seperti insulin, disintesis dari molekul prekursor di sel skualen. Banyak dari kolesterol di adrenal mengalami
penghasil, kemudian diproses dan disekresikan jika terdapat esterifikasi dan disimpan dalam butiran lipid di sitoplasma.
rangsang fisiologis (konsentrasi glukosa plasma). Akhimya, Jika adrenal mendapat rangsangan dari ACTH, terjadi

pengaktifan esterase, dan kolesterol bebas yang terbentuk Sintesis Mineralokortikoid

diangkut ke dalam mitokondria, tempat enzim pemutus Pembentukan aldosteron mengikuti jalur mineralokortikoid
rantai samping sitokrom P450 (P450scc) mengubah dan terjadi di zona glomerulosa. Pregnenolon diubah
kolesterol menjadi pregnenolon. Pemutusan rantai samping
menjadi progesteron oleh kerja dua enzim retikulum end
melibatkan serangkaian hidroksilasi, mula-mula di C22 dan
oplasma halus, 3a-hidroksisteroid dehidrogenase (3a-
kemudian di C20, diikuti oleh pemutusan rantai samping
OHSD) dan Δ5,4-isomerase. Progesteron mengalami
(pengeluaran fragmen enam-karbon isokaproaldehida)
hidroksilasi di posisi C21 untuk membentuk 11-deoksikorti-
untuk menghasilkan steroid 21-karbon (Gambar 41–3,
kosteron ( DOC), yaitu suatu mineralokortikoid (peretensi-
atas). Untuk memindahkan kolesterol ke P450scc di membran
Na+) aktif. Hidroksilasi selanjutnya, di C11, menghasilkan
dalam mitokondria diperlukan protein regulatorik akut
kortikosteron yang memiliki aktivitas glukokortikoid dan
steroidogenik (steroidogenic acute regulatory protein, StAR)
merupakan mineralokortikoid lemah (memiliki kurang dari
yang dependen-ACTH.
5% kekuatan aldosteron). Pada beberapa spesies (mis.
Semua hormon steroid mamalia dibentuk dari
hewan pengerat), senyawa ini adalah glukokortikoid yang
kolesterol via pregnenolon melalui serangkaian reaksi yang
paling kuat. Agar mineralokortikoid dan glukokortikoid
terjadi di mitokondria atau retikulum endoplasma sel
dapat beraktivitas diperlukan hidroksilasi C21, tetapi
pembentuk. Diperlukan hidroksilase yang memerlukan oksigen
kebanyakan steroid dengan gugus hidroksil C17 lebih banyak
molekular dan NADPH, sedangkan reaksi dehidrogenase,
memiliki aktivitas glukokortikoid dan sedikit mineralo-
isomerase, dan liase juga dibutuhkan untuk tahap-tahap
kortikoid. Di zona glomerulosa yang tidak memiliki enzim
tertentu. Dalam steroidogenesis adrenal terdapat spesifisitas sel.
retikulum endoplasma halus 17α-hidroksilase, terdapat
Contohnya, 18-hidroksilase dan 19-hidroksisteroid
suatu enzim mitokondria 18-hidroksilase. 18-hidroksilase
dehidrogenase yang diperlukan untuk sintesis aldosteron,
(aldosteron sintase) bekerja pada kortikosteron untuk
ditemukan hanya di sel-sel zona glomerulosa (bagian luar
membentuk 18-hidroksikortikosteron, yang diubah menjadi
korteks adrenal), sehingga biosintesis mineralokortikoid ini
terbatas di bagian ini. Gambaran skematis jalur-jalur yang aldosteron melalui konversi 18-alkohol menjadi aldehida.
berperan dalam sintesis ketiga kelas utama steroid adrenal Distribusi enzim yang unik ini dan regulasi khusus zona
disajikan pada (Gambar 41–4). Enzim-enzim diperlihatkan glomerulosa oleh K+ dan angiotensin II mendorong beberapa
dalam boks persegi, dan modifikasi di tiap tahap diberi arsir. peneliti berpendapat bahwa, selain adrenal terdiri atas dua
kelenjar, korteks adrenal sebenarnya adalah dua organ yang
terpisah.
Pemutusan rantai samping kolesterol 21 CH3

C C C C
C C C 20 C O
C 18
H
12 17 C
ACTH 11 13 16
C D (cAMP) 19 14 15
+ C C C C
1 9
P450scc 2 10 8 O C
A B 3 5 7
HO HO 4 6
Kolesterol Pregnenolon + isokaproaldehida
Struktur hormon steroid dasar

CH2OH CH3
OH OH C O C O
HO OH
HO O O O
17β- D-Estradiol Testosteron Gugus Kortisol Progesteron
Gugus estrana (C18) androstana (C19) Gugus pregnana (C21)
GAMBAR 41–3 Pemutusan rantai samping kolesterol dan struktur dasar hormon steroid. Cincin sterol dasar di¬identifikasi oleh huruf
A-D. Atom karbon diberi nomor 1-21, dimulai dari cincin A (lihat Gambar 26-3).

Kolesterol
SCC CH3 CH3
17α-Hidroksilase
C O C O O
17,20-Lyase
–OH
HO HO HO
Pregnenolon 17-Hydroxypregnenolone Dehydroepiandrosterone
3β-Hidroksisteroid dehidrogenase dan δ5,4 i somerase

CH3 CH3
C O C O O
–OH
P450c17
P450c17
O O O
Progesteron 17-Hidroksiprogesteron ∆4 androsten-3,17-dion
21-Hidroksilase
CH2OH CH2OH
C O C O
–OH
O O
11-Deoksikortikosteron 11-Deoksikortisol
11β-Hydroxylase
CH2OH CH2OH
C O C O
HO HO –OH
O O
Kortikosteron Kortisol
18-Hidroksilase
18-Hidroksidehidrogenase
CH2OH
O
C O
H C
HO
O
Aldosterone
GAMBAR 41–4 Jalur-jalur yang berperan dalam sintesis tiga kelas utama steroid
adrenal (mineralokortikoid, glukokortikoid, dan androgen). Enzim diperlihatkan dalam
kotak persegi, dan modifikasi di tiap tahap diberi arsir. Perhatikan bahwa aktivitas 17α-
hidroksilase dan 17,20-liase adalah bagian dari satu enzim, yang dinamai P450c17.
(Sedikit dimodifikasi dan diproduksi ulang dengan izin dari Harding BW: Dalam:
Endocrinology, vol 2. DeGroot LJ (editor). Grune & Stratton, 1979. Hak cipta © 1979
Elsevier Inc. Dicetak ulang dengan izin dari Elsevier.)
Sintesis Glukokortikoid kortikosteron atau aldosteron, bergantung pada jenis sel).

Sintesis kortisol memerlukan tiga hidroksilase yang ter-letak 17α-Hidroksilase adalah suatu enzim retikulum endoplasma
di zona fasikulata dan retikularis korteks adrenal yang halus yang bekerja pada progesteron atau yang Iebih sering
bekerja secara berurutan pada posisi C17, C21, dan C11. Dua pregnenolon. 17α-Hidroksiprogesteron mengalami hidrok-
reaksi pertama berlangsung cepat, sedangkan hidroksilasi C11 silasi di C21 untuk membentuk 11-deoksikortisol yang
relatif lambat. Jika posisi C11 adalah yang pertama kali kemudian mengalami hidroksilasi di C11 untuk membentuk
dihidroksilasi, kerja 17`-hidroksilase terganggu dan yang kortisol, hormon glukokortikoid alami yang paling kuat pada
diikuti adalah jalur mineralokortikoid (membentuk manusia. 21-Hidroksilase adalah enzim retikulum endoplasma

halus, sementara 11β-hidroksilase adalah enzim mitokondria. Di Jaringan Perifer, Dihidrostestosteron

Oleh sebab itu, dalam steroidogenesis terjadi perpindahan (DHT) Dibentuk dari Testosteron
berulang substrat masuk dan keluar mitokondria.
Testosteron dimetabolisme melalui dua jalur. Satu
Sintesis Androgen melibatkan oksidasi di posisi 17, dan yang lain melibatkan
reduksi di ikatan rangkap cincin A dan 3-keton.
Androgen atau prekursor androgen utama yang dihasilkan
Metabolisme jalur pertama terjadi di banyak jaringan,
oleh korteks adrenal adalah dehidroepiandrosteron (DHEA).
termasuk hati, dan menghasilkan 17-ketosteroid yang
Sebagian besar 17-hidroksipregnenolon mengikuti jalur
umumnya inaktif atau kurang aktif dibandingkan dengan
glukokortikoid, tetapi sebagian kecil mengalami fisi oksidatif
senyawa induk. Metabolisme oleh jalur kedua, yang kurang
dan pengeluaran rantai samping dua-karbon melalui kerja
efisien, terutama terjadi di jaringan target dan menghasilkan
17,20-liase. Aktivitas liase sebenamya adalah bagian dari
metabolit poten dihidrostestosteron (DHT).
enzim yang sama (P450c17) yang mengatalisis 17α-
hidroksilasi. Karena itu ini adalah protein berfungsi ganda. Produk metabolik yang paling signifikan dari testosteron
Aktivitas liase penting balk bagi adrenal maupun gonad dan adalah DHT karena di banyak jaringan, termasuk prostat,
bekerja hanya pada molekul yang mengandung 17α- genitalia eksterna, dan beberapa bagian kulit, DHT ini
hidroksi. Pembentukan androgen adrenal meningkat nyata merupakan bentuk hormon yang aktif. Kandungan DHT
jika biosintesis glukokortikoid dihambat oleh ketiadaan dalam plasma pria dewasa adalah sekitar sepersepuluh dari
adanya salah satu hidroksilase (sindrom adrenogenital). kadar testosteron, dan sekitar 400 μg DHT diproduksi setiap
DHEA sebenarnya adalah suatu prohormon, karena kerja 3β- hari dibandingkan dengan sekitar 5 mg testosteron. Sekitar
OHSD dan Δ5,4-isomerase isomerase mengubah androgen 50-100 μg DHT disekresikan oleh testis. Sisanya diproduksi
lemah DHEA menjadi androstenedion yang lebih poten. dari testosteron di perifer dalam suatu reaksi yang dikatalisis
Sejumlah kecil androstenedion juga dibentuk di adrenal oleh oleh 5`-reduktase yang dependen-NADPH (Gambar 41–6).
kerja liase pada 17α-hidroksiprogesteron. Reduksi Oleh sebab itu, testosteron dapat dianggap suatu
androstenedion di posisi C17 menyebabkan terbentuknya prahormon karena zat ini diubah menjadi senyawa yang
testosteron, yaitu androgen adrenal yang paling poten. jauh lebih kuat (DHT) dan karena sebagian besar
Sejumlah kecil testosteron dihasilkan di adrenal melalui perubahan ini terjadi di luar testis. Sebagian estradiol
mekanisme ini, tetapi sebagian besar dari konversi ini dibentuk dari aromatisasi testosteron di jaringan perifer,
berlangsung di testis. terutama pada pria.
Steroidogenesis di Ovarium
Steroidogenesis di Testis
Estrogen adalah suatu famili hormon yang disintesis di
Androgen testis disintesis di jaringan interstisium oleh sel berbagai jaringan. 17β-EstradioI adalah estrogen primer
Leydig. Prekursor langsung steroid-steroid gonad, seperti yang berasal dari ovarium. Di sebagian spesies, estron, yang
steroid adrenal adalah kolesterol. Tahap penentu disintesis di banyak jaringan, berjumlah lebih banyak. Pada
kecepatan, seperti di adrenal adalah penyaluran kolesterol kehamilan, estriol diproduksi relatif lebih banyak, dan
ke membran dalam mitokondria oleh protein pengangkut senyawa ini berasal dari plasent. Jalur umum dan lokalisasi
StAR. Jika telah berada di lokasi yang tepat, kolesterol subselular enzim-enzim yang berperan dalam tahap awal
diproses oleh enzim pemutus rantai samping P450scc. sintesis estradiol sama dengan jalur lokalisasi enzim yang
Perubahan kolesterol menjadi pregnenolon di adrenal, terlibat dalam biosintesis androgen. Beberapa hal yang khas
ovarium, dan testis identik. Namun, di dua jaringan untuk ovarium diperlihatkan pada (Gambar 41–7).
terakhir, reaksi dipicu oleh LH dan bukan oleh ACTH.
Estrogen dibentuk oleh aromatisasi androgen dalam
Perubahan pregnenolon menjadi testosteron memer- suatu proses kompleks yang melibatkan tiga tahap
lukan kerja lima aktivitas enzim yang terkandung dalam hidroksilasi yang masing-masing memerlukan O2 dan
tiga protein: (1) 3β-hidroksisteroid dehidrogenase (3β- NADPH. Kompleks enzim aromatase diperkirakan ter-
OHSD) dan Δ5,4-isomerase; (2) 17α-hidroksilase dan 17,20- masuk suatu P450 mono-oksigenase. Estradiol dibentuk jika
liase; dan (3) 17β-hidroksisteroid dehidrogenase (17β- substrat kompleks enzim ini adalah testosteron, sedangkan
OHSD). Sekuens ini yang dinamai jalur progesteron (atau estron terbentuk dari aromatisasi androstenedion.
Δ4), diperlihatkan di sisi kanan (Gambar 41–5).
Sumber berbagai steroid ovarium sulit diungkapkan,
Pregnenolon juga dapat diubah menjadi testosteron oleh
tetapi diketahui terjadi perpindahan substrat antara dua tipe
jalur dehidroepiandrosteron (atau Δ5), yang diperlihatkan
sel. Sel theca adalah sumber androstenedion dan
di sisi kiri (Gambar 41–5). Rute Δ5 tampaknya paling
testosteron. Keduanya diubah oleh enzim aromatase di sel
sering dilalui di testis manusia.
granulosa masing-masing menjadi estron dan estradiol.
Pada testis tikus, lima aktivitas enzim ini terletak di fraksi
Progesteron, suatu prekursor bagi semua hormon steroid,
mikrosom, dan terdapat keterkaitan fungsional erat antara
diproduksi dan disekresikan oleh korpus luteum sebagai
aktivitas 3β-OHSD dan Δ5,4-isomerase dan antara 17α-
produk-akhir dari hormon karena sel korpus luteum tidak
hidroksilase dan 17,20-liase. Pasangan-pasangan enzim ini,
mengandung enzim yang dapat mengubah progesteron
yang keduanya terkandung dalam satu protein, diperlihatkan
menjadi hormon steroid lain (Gambar 41–8).
di sekuens reaksi umum pada (Gambar 41–5).
Cukup banyak estrogen yang dihasilkan melalui
aromatisasi androgen di jaringan perifer. Pada pria, the

CH3 CH3
C O C O
HO HO
Pregnenolon Progesterone
17α-Hidroksilase* 17α-Hydroxylase*
CH3 CH3
C O C O
OH OH
HO 3β–Hidroksisteroid dehidrogenase dan δ5,4 isomerase O

17α-Hidroksipregnenolon 17α-Hidroksiprogesteron
17,20-Liese* 17,20-Liase*
O O
HO O
Dehidroepiandrosteron Androstenedion
17β-Hidroksisteroid 17β-Hidroksisteroid
dehidrogenase dehidrogenase
OH OH
HO O
∆5-Androstenediol Testosteron
GAMBAR 41–5 Jalur biosintesis testosteron. Jalur di sisi kiri gambar

disebut jalur Δ5 atau dehidroepiandrosteron; jalur di sisi kanan disebut jalur Δ4
atau progesteron. Tanda bintang menunjukkan bahwa aktivitas 17α-
hidroksilase dan 17,20-liase berada di satu protein, P450c17.

OH OH
5α-reduktase
NADPH
O O
H
Testosteron Dihidrotestosteron (DHT)
GAMBAR 41–6 Dihidrotestosteron dibentuk dari testosteron melalui kerja enzim 5α-
reduktase.
Kolesterol Pregninolon 17α- Dehidroepiandrosteron
Progesterone Hidroksip4regnenalon Androstenedion
17α-Hidroksiprogesteron
Testosteron
Aromatase
Aromatase
O OH
Metabolit
lain
HO HO
Estron (E1) 17β-Estradiol (E2)
16α-Hldroksilase Metabolit lain

OH
OH
HO
Estriol
GAMBAR 41–7 Biosintesis estrogen. (Sedikit dimodifikasi dan diproduksi ulang dengan izin dari
Ganong WF: Review of Medical Physiology, 21st ed. McGraw-Hill, 2005.)
aromatisasi perifer testosteron menjadi estradiol (E2) keganasan saluran reproduksi wanita lainnya.
membentuk 80% produksi estradiol. Pada wanita,
androgen adrenal adalah substrat yang penting karena 1,25(OH)2-D3 (Kalsitriol) Disintesis dari
hampir 50% E2 yang diproduksi selama kehamilan Turunan Kolesterol
berasal dari aromatisasi androgen. Perubahan andros-
1,25(OH)2-D3 dihasilkan oleh serangkaian kompleks reaksi
tenedion menjadi estron adalah sumber utama estrogen enzimatik yang melibatkan transpor molekul-molekul
pada wanita pascamenopause. Aktivitas aromatase prekursor dalam plasma ke sejumlah jaringan berbeda
terdapat di sel adiposa dan juga di hati, kulit, dan (Gambar 41–9). Salah satu prekursor ini adalah vitamin D
jaringan lain. Peningkatan aktivitas enzim ini dapat —sebenamya bukan suatu vitamin, tetapi nama umum ini
berperan menyebabkan “estrogenisasi” yang menandai terlanjur menetap. Molekul aktif, 1,25(OH)2-D3, diangkut
penyakit-penyakit, seperti sirosis hati, hipertiroidisme, ke organ lain tempat zat ini mengaktifkan proses-proses
penuaan, dan obesitas. Inhibitor aromatase memberi biologis dengan cara serupa yang dilakukan oleh
harapan sebagai obat bagi kanker payudara dan mungkin hormon steroid.

Asetat
Kulit
Kolesterol
Sejumlah kecil prekursor untuk membentuk 1,25(OH)2-D3
CH3 terdapat dalam makanan (minyak hati ikan, kuning telur),
C O tetapi sebagian besar prekursor untuk membentuk
1,25(OH)2-D3 diproduksi di lapisan malpighi epidermis dari
7-dehidrokolesterol dalam suatu reaksi fotolisis non-
enzimatik yang diperantarai oleh sinar ultraviolet. Besar
konversi ini berkaitan langsung dengan intensitas pajanan
dan berbanding terbalik dengan derajat pigmentasi kulit.
HO Terdapat penurunan 7-dehidrokolesterol di epidermis yang
Progesteron berkaitan dengan usia dan mungkin dengan keseimbangan
negatif kalsium yang terjadi pada usia lanjut.
CH3
C O Hati
Suatu protein pengangkut spesifik yang dinamai protein
pengikat vitamin D mengikat vitamin D3 dan metabolit-
metabolitnya serta memindahkan vitamin D3 dari kulit
atau usus ke hati, tempat vitamin ini mengalami 25-
hidroksilasi, yaitu reaksi obligatorik pertama dalam
O pembentukan 1,25(OH)2-D3. 25-Hidroksilasi terjadi di
retikulum endoplasma dalam suatu reaksi yang
Progesteron
memerlukan magnesium NADPH, oksigen molekular, dan
suatu faktor sitoplasma yang belum diketahui. Dua enzim
GAMBAR 41–8 Biosintesis progesteron di korpus luteum.
Sinar matahari
7-Dehidrokolesterol Pravitamin D3 Vitamin D3
Kulit Hati
25-Hidroksilase
Metabolit 25-Hidroksikolekalsiferol (25[OH]-D3)

lain
24-Hidroksilase 1 α- Hidroksilase
24,25(OH)2-D3 Ginjal 1,25(OH)2-D3
1,24,25(OH)3-D3
24
27
25 OH
26
CH2 CH2
HO HO HO OH
7-Dehidrokolesterol Vitamin D3 1,25(OH)2-D3
GAMBAR 41–9 Pembentukan dan hidroksilasi vitamin D3. 25-Hidroksilasi berlangsung di hati, dan hidroksilasi lain
terjadi di ginjal. 25,26(OH)2-D3 dan 1,25,26(OH)3-D3. Struktur kimia 7-dehidrokolesterol, vitamin D3, dan 1,25(OH)2-D3 juga
diperlihatkan (Dimodifikasi dan diproduksi ulang dengan izin dari Ganong WF: Review of Medical Physiology, 21st ed.
McGraw-Hill, 2005.)

yang terlibat: sitokrom P450 reduktase yang dependen- O

NADPH dan sitokrom P450. Reaksi ini tidak diatur dan juga H C OH
berlangsung dengan efisiensi rendah di ginjal dan usus.
HO C C NH2
25(OH)2-D3 masuk ke dalam sirkulasi, tempat zat ini
menjadi bentuk utama vitamin D yang terdapat dalam Tirosin
H H
plasma, dan diangkut ke ginjal oleh protein pengikat vitamin

Tirosin
D. hidroksilase
O
Ginjal HO
H C OH
25(OH)2-D3 adalah suatu agonis lemah dan harus
dimodifikasi oleh hidroksilasi di posisi C1 agar memiliki HO C C NH2
aktivitas biologis penuh. Hal ini terjadi di mitokondria H H

Dopa
tubulus kontortus proksimal ginjal oleh suatu reaksi
mono-oksigertase tiga-komponen yang memerlukan Dopa
dekarboksilase
NADPH, Mg2+, oksigen molekular, dan paling tidak tiga
enzim: (1) suatu flavoprotein, feredoksin reduktase ginjal;
HO
(2) suatu protein besi-sulfur, feredoksin ginjal; dan (3) H H
sitokrom P450. Sistem ini menghasilkan 1,25(OH)2-D3, HO C C NH2
yang merupakan metabolit vitamin D alami yang paling
H H
poten. Dopamin
Dopamine
KATEKOLAMIN DAN HORMON β-hisroksilase
TIROID DIBUAT DARI TIROSIN

HO H
Katekolamin Disintesis dalam Bentuk Akhir O H
dan Disimpan di Granula Sekretorik HO C C NH2
Tiga amina—dopamin, norepinefrin, dan epinefrin— H H

Norepinefrin
disintesis dari tirosin di sel kromafin medula adrenal.
Produk utama medula adrenal adalah epinefrin. Senyawa PNMT
ini membentuk sekitar 80% katekolamin di medula, dan

tidak dibentuk di jaringan ekstramedula. Sebaliknya,
sebagian besar norepinefrin yang terdapat di organ yang HO H
dipersarafi oleh saraf simpatis dibentuk in situ (sekitar 80% O H CH3
jumlah total), dan sebagian besar sisanya dibentuk di ujung HO C C NH

saraf lain dan mencapai lokasi target melalui sirkulasi. H H
Epinefrin dan norepinefrin dapat diproduksi dan disimpan Epinefrin
di sel yang berbeda di medula adrenal dan jaringan kromafin
GAMBAR 41–10 Biosintesis katekolamin. (PNMT,
lainnya. feniletanolamin-N-metiltransferase.)
Perubahan tirosin menjadi epinefrin memerlukan
empat tahap berurutan: (1) hidroksilasi cincin; (2)
dekarboksilasi; (3) hidroksilasi rantai samping untuk sintesis, tirosin hidroksilase diatur melalui beragam cara.
membentuk norepinefrin; dan (4) N-metilasi untuk Mekanisme terpenting adalah inhibisi umpan-balik oleh
menghasilkan epinefrin. Jalur biosintesis dan enzim yang katekolamin yang bersaing dengan enzim untuk
berperan diperlihatkan di (Gambar 41–10). memperebutkan kofaktor pteridin. Katekolamin tidak dapat
menembus sawar darah-otak; jadi, di otak senyawa tersebut
Tirosin Hidroksilase Membatasi Laju harus disintesis secara lokal. Pada penyakit susunan saraf
Biosintesis Katekolamin pusat tertentu (mis. penyakit Parkinson), terdapat defisiensi
Tirosin adalah prekursor langsung katekolamin, dan tirosin lokal sintesis dopamin. l-Dopa, prekursor dopamin, mudah
hidroksilase adalah enzim penentu laju kecepatan dalam menembus sawar darah-otak dan karenanya menjadi obat
biosintesis katekolamin. Tirosin hidroksilase ditemukan yang penting dalam pengobatan penyakit Parkinson.
dalam bentuk larut dan bentuk terikat-partikel hanya di
jaringan yang menyintesis katekolamin; enzim ini berfungsi
sebagai suatu oksidoreduktase, dengan tetrahidropteridin
Dopa Dekarboksilase Terdapat di Semua Jaringan
sebagai kofaktor, untuk mengubah l-tirosin menjadi l- Enzim larut ini memerlukan piridoksal fosfat untuk mengubah
hidroksifenilalanin (l-dopa). Sebagai enzim penentu laju L-dopa menjadi 3,4-dihidroksifeniletilamin (dopamin).

Senyawa yang mirip L-dopa, misalnya α-metildopa, adalah 7:1. Pada defisiensi iodium, rasio ini menurun, demikian
inhibitor kompetitif reaksi ini. α-Metildopa adalah obat yang juga perbandingan DIT:MIT. Tiroglobulin, yakni suatu
efektif untuk mengobati beberapa jenis hipertensi. molekul besar dengan sekitar 5000 asam amino, menghasilkan
konformasi yang diperlukan untuk penggabungan tirosil dan
Dopamin a-hidroksilase (DBH) Mengatalisis organifikasi iodium yang dibutuhkan dalam pembentukan
Perubahan Dopamin Menjadi Norepinefrin hormon tiroid diaminoacid. Molekul ini disintesis di bagian
DBH adalah suatu mono-oksigenase dan menggunakan basal sel dan berpindah ke lumen untuk menjadi tempat
askorbat sebagai donor elektron, tembaga sebagai termpat penyimpanan T3 dan T4 di koloid; di tiroid normal, jumlah
aktif, dan fumarat sebagai modulator. DBH berada di fraksi hormon ini cukup untuk beberapa minggu. Dalam beberapa
sel medula yang berbentuk partikel, mungkin di granula menit setelah stimulasi tiroid oleh TSH, koloid masuk kembali ke
sekretorik; oleh sebab itu, perubahan dopamin menjadi sel dan terjadi peningkatan mencolok aktivitas fagolisosom.
norepinefrin terjadi di organel ini. Berbagai protease asam dan peptidase menghidrolisis
tiroglobulin menjadi asam-asam amino pembentuknya,
Feniletanofamin-N-metil Transferase (PNMT)
termasuk T4 dan T3, yang dikeluarkan ke ruang ekstra sel (lihat
Mengatalisis Pembentukan Epinefrin Gambar 41–11). Oleh sebab itu, tiroglobulin adalah suatu
PNMT mengatalisis N-methylation metilasi norepinefrin prohormon yang sangat besar.
untuk membentuk epinefrin di sel pembentuk-epinefrin
pada medula adrenal. Karena PNMT bersifat larut, muncul
Metabolisme lodida Melibatkan Beberapa
dugaan bahwa perubahan norepinefrin menjadi epinefrin Tahap Diskret
berlangsung di sitoplasma. Sintesis PNMT diinduksi oleh Tiroid mampu memekatkan I− dengan melawan gradien
hormon glukokortikoid yang mencapai medula melalui elektrokimiawi yang kuat. Ini adalah suatu proses yang
sistem porta intra-adrenal. Sistem khusus ini menciptakan membutuhkan energi dan terhubung dengan pengangkut I−
gradien konsentrasi 100 kali lipat dibandingkan dengan yang bergabung (dependen) pada Na+-K+-ATPase di tiroid.
konsentrasi di darah arteri sistemik, dan konsentrasi infra- Rasio iodida di tiroid terhadap iodida di serum (rasio T:S)
adrenal yang tinggi ini tampaknya diperlukan untuk adalah gambaran aktivitas pengangkut ini. Aktivitas ini
menginduksi PNMT. terutama dikontrol oleh TSH dan berkisar dari 500:1 pada
hewan yang terus menerus dirangsang oleh TSH hingga
T3 dan T4 Menggambarkan Keragaman 5:1 atau kurang pada hewan yang menjalani
Sintesis Hormon hipofisektomi (tidak memiliki TSH). Rasio T:S pada
Pembentukan triiodotironin (T3) dan tetraiodotironin manusia dengan diet iodium normal adalah sekitar 25:1.
(tiroksin; T4) (lihat Gambar 41–2) menggambarkan Tiroid adalah satu-satunya jaringan yang dapat
banyak prinsip keragaman yang dibahas dalam bab ini. mengoksidasi I− menjadi unsur dengan valensi yang lebih
Kedua hormon ini memerlukan sebuah unsur yang langka tinggi, yakni suatu langkah yang hams dilakukan pada
(iodium) agar memiliki bioaktivitas; keduanya disintesis organifikasi I− dan biosintesis hormon tiroid. Tahap ini
sebagai bagian dari sebuah molekul prekursor yang sangat melibatkan suatu peroksidase yang mengandung heme dan
besar (tiroglobulin); kedua hormon ini disimpan dalam terjadi di permukaan lumen sel folikel. Tiroperoksidase,
reservoar intrasel (koloid); dan terdapat konversi T4 menjadi suatu protein tetramerik dengan massa molekular 60 kDa,
T3, (hormon yang jauh lebih aktif) di jaringan perifer. memerlukan hidrogen peroksida (H2O2) sebagai zat
pengoksidasi. H2O2 dihasilkan oleh suatu enzim yang
Hormon tiroid T3 dan T4 bersifat unik karena iodium
dependen-NADPH yang mirip dengan sitokrom c reduktase.
(sebagai iodida) adalah komponen yang esensial bagi
Sejumlah senyawa menghambat oksidasi I− sehingga
keduanya. Di sebagian besar tempat di dunia, iodium
penyatuan unsur ini ke dalam MIT dan DIT juga terganggu.
adalah komponen tanah yang jarang ditemukan sehingga
Senyawa yang terpenting dalam hal ini adalah obat
kandungannya dalam makanan rendah. Untuk
tiourea. Obat ini digunakan sebagai obat antitiroid karena
memperoleh dan menyimpan unsur penting ini serta
kemampuannya untuk menghambat biosintesis hormon
untuk mengubahnya menjadi suatu bentuk yang dapat
tiroid di tahap ini. Jika terjadi iodinasi, iodium tidak
dimasukkan ke dalam senyawa organik telah berkembang
mudah meninggalkan tiroid. Tirosin bebas dapat mengalami
suatu mekanisme yang kompleks. Pada saat yang sama,
iodinasi, tetapi senyawa ini tidak digunakan untuk
tiroid harus menyintesis tironin dari tirosin, dan sintesis ini
membentuk protein karena tidak ada tRNA yang mengenali
berlangsung di dalam tiroglobulin (Gambar 41–11).
tirosin beriodium.
Tiroglobulin adalah prekursor T4 dan T3. Senyawa ini Penggabungan dua molekul DIT untuk membentuk T4—
adalah suatu protein besar yang terglikosilasi dan teriodinasi atau sebuah MIT dan DIT untuk membentuk T3—terjadi di
dengan massa molekular 660 kDa. Karbohidrat membentuk dalam molekul tiroglobulin. Enzim penggabung (coupling
8%-10% dari berat tiroglobulin dan iodida sebanyak 0.2%-1%, enzyme) yang berbeda belum ditemukan, dan karena ini
bergantung pada kandungan iodium dalam makanan. merupakan suatu proses oksidatif, diperkirakan bahwa
Tiroglobulin tersusun dari dua subunit besar. Protein ini terdapat tiroperoksidase yang mengatalisisreaksi ini dengan
mengandung 115 residu tirosin yang masing-masing merangsangpembentukan radikal bebas iodotirosin.
berpotensi mengalami iodinasi. Sekitar 70% iodida di dalam Hipotesis ini didukung oleh pengamatan bahwa obat yang
tiroglobulin berada dalam bentuk prekursor inaktif, sama menghambat oksidasi I− juga menghambat proses
monoiodotirosin (MIT) dan diiodotirosin (DIT), penggabungan. Hormon tiroid yang terbentuk tetap
sementara 30% berada dalam residu iodotironil, T4 dan T3. merupakan bagian integral dari tiroglobulin sampai
Jika pasokan iodium memadai, rasio T4:T3 adalah sekitar tiroglobulin terurai, seperti yang dijelaskan di atas.

Ruang folikel dengan koloid

MIT MIT T3 MIT
DIT DIT DIT DIT
Oksidasi Iodinasi* Penggabungan*
Tgb DIT T4
Tgb Tgb
Peroksidase MIT MIT MIT DIT
H2O2 DIT DIT DIT T4
–
I
Fagositosis
O2 dan
Tgb
pinositosi
NADPH NADP+
H+
Lisosom
Sel tiroid Tgb
Lisosom
Tgb sekunder
Tyrosine
Hidrolisis
Deiodinasi* MIT
–
I
Deiodinase DIT
I–
Konsentrasi* T3, T4
+ +
Na –K -ATPase Pelepasan
Trans-
porter
Ruang ekstrasel
T3, T 4
I–
GAMBAR 41-11 Model metabolisme iodium di folikel tiroid. Diperlihatkan sebuah sel folikel yang
menghadap lumen folikel (atas) dan ruang ekstrasel (bawah). lodida masuk ke tiroid terutama melalui suatu
transporter (kiri bawah). Pembentukan hormon tiroid terjadi di ruang folikel melalui serangkaian reaksi, yang
banyak di antaranya diperantarai oleh peroksidase. Hormon tiroid yang disimpan dalam koloid di ruang folikel,
dibebaskan dari tiroglobulin oleh hidrolisis di dalam sel tiroid. (DIT, diiodotirosin; MIT, monoiodotirosin; Tgb,
tiroglobulin; T3, triiodotironin; T4, tetraiodotironin).Tanda bintang menunjukkan tahap atau proses yang akan
menyebabkan gondok kongenital dan sering menimbulkan hipotiroidisme jika mengalami defisiensi enzim
herediter.
Deiodinase mengeluarkan I− dari molekul mono- dan bagian dari sebuah molekul prekursor besar, yaitu
diiodotirosin inaktif di tiroid. Mekanisme ini menghasilkan I proinsulin. Hal ini secara konseptual serupa dengan contoh
− dalam jumlah substansial yang digunakan dalam biosintesis
pada hormon tiroid yang hanya dapat dibentuk dalam
T3 dan T4. Deiodinase perifer di jaringan target, misalnya konteks molekul yang jauh lebih besar. Beberapa hormon
hipofisis, ginjal, dan hati secara selektif mengeluarkan I− dari lain disintesis sebagai bagian dad molekul prekursor besar,
posisi 5' T4 untuk menghasilkan T3 (lihat Gambar 41–2), bukan karena kebutuhan struktural khusus, tetapi lebih
yaitu molekul yang jauh lebih aktif. Dalam hal ini, T4 dapat sebagai mekanisme untuk mengontrol jumlah hormon aktif
dianggap sebagai suatu prohormon, meskipun senyawa ini yang tersedia. PTH dan angiotensin II adalah contoh dari
juga memiliki beberapa aktivitas intrinsik.
regulasi jenis ini. Contoh menarik lain adalah protein
Beberapa Hormon Dibentuk dari POMC, yang dapat diproses menjadi berbagai hormon
dengan cara yang spesifik di setiap jaringan. Contoh-contoh
Prekursor Peptida yang Lebih Besar
ini akan dibahas secara lebih rinci kemudian.
Pembentukan jembatan disulfida dalam insulin meng-
haruskan hormon ini disintesis mula-mula sebagai

Insulin Disintesis Sebagai Praprohormon dan memiliki perpanjangan terminal amino heksapeptida
yang sangat basa. Produk gen primer dan prekursor
Dimodifikasi di Dalam Sel β langsung proPTH adalah praproPTH yang terdiri dari 115
Insulin memiliki suatu struktur heterodimer AB dengan satu asam amino. Senyawa ini berbeda dengan proPTH karena
jembatan disulfida dalam-rantai (intrachain) (A6-A11) dan memiliki perpanjangan terminal amino 25 asam amino NH2-
dua antar-rantai (A7–B7 dan A20–B19) (Gambar 41–12). yang bersifat hidrofobik, seperti sekuens sinyal atau leader
Rantai A dan B dapat disintesis di laboratorium, tetapi lain yang menandai protein yang disekresikan. Struktur
upaya-upaya untuk menyintesis secara biokimiawi molekul lengkap praproPTH dan sekuens proPTH serta PTH
insulin yang matur kurang memberi hasil. Penyebab hal ini diperlihatkan di (Gambar 41–13). PTH1–34 memiliki
menjadi jelas ketika diketahui bahwa insulin disintesis aktivitas biologis penuh, dan regio 25-34 merupakan bagian
sebagai suatu praprohormon (berat molekul sekitar 11,500), yang terutama berikatan dengan reseptor.
yaitu prototipe untuk peptida yang diproses dari molekul
Biosintesis PTH dan sekresi selanjutnya diatur oleh
prekursor yang lebih besar. Sekuens pra- atau leader yang
konsentrasi kalsium terionisasi (Ca2+) plasma melalui suatu
hidrofobik dan terdiri dari 23 asam amino mengarahkan
proses kompleks. Penurunan mendadak Ca2+ menyebabkan
molekul ke dalam sistema retikulum endoplasma dan
peningkatan mencolok mRNA PTH, dan hal ini diikuti oleh
kemudian dikeluarkan. Proses ini menghasilkan molekul
peningkatan laju sintesis dan sekresi PTH. Namun, sekitar
proinsulin dengan BM 9000, yang membentuk konformasi
80-90% proPTH yang disintesis tidak dapat disimpan
yang dibutuhkan untuk membuat jembatan disulfida yang
sebagai PTH yang utuh di sel atau dalam medium inkubasi
sesuai dan efisien. Seperti diperlihatkan di (Gambar 41–
pada sistem eksperimental. Dari temuan ini, disimpulkan
12), sekuens proinsulin yang dimulai dari terminal amino,
bahwa sebagian besar proPTH yang disintesis cepat
adalah rantai B—peptida penghubung (C)—rantai A.
diuraikan. Kemudian ditemukan bahwa laju penguraian ini
Molekul proinsulin mengalami serangkaian pemutusan
menurun jika konsentrasi Ca2+ rendah, dan meningkat jika
peptida spesifik-tempat yang menyebabkan terbentuknya
konsentrasi Ca2+ tinggi. Efek ini diperantarai oleh reseptor
insulin matur dan peptida C dalam jumlah molar yang
Ca2+ pada permukaan sel paratiroid. Selama pencernaan
setara. Reaksi-reaksi pemutusan enzimatik ini diringkaskan
proteolitiknya berlangsung, fragmen-fragmen PTH yang
di (Gambar 41–12).
sangat spesifik (Gambar 41–13) dihasilkan. Sejumlah
Hormon Paratiroid (PTH) Disekresikan Sebagai enzim proteolitik, termasuk katepsin B dan D, dapat
ditemukan di jaringan paratiroid. Katepsin B memutus PTH
Peptida 84-Asam Amino
menjadi dua fragmen: PTH1–36 dan PTH37–84. PTH37–84 tidak
Prekursor langsung PTH adalah proPTH, yang berbeda diuraikan lebih lanjut; namun, PTH1–36 secara cepat dan
dengan hormon asli dengan 84-asam amino karena
20
Leu Ser Gly Ala Gly Pro

Pro Gln Gly
Leu Gly
Ala Gly
Leu Peptida penghubung Leu
Glu Glu
10
Gly Val
Ser Gln
Leu
31 Gly
Gln
Val
Lys
Gln
Arg
Leu
1 Gly
H
OO
Asp
Ile
–C
Glu
NH 2
Val Asn 21
Ala
–
Glu Cys
1 Phe S
Gln S Tyr Glu 1
Val Asn
Cys
Asn Cys
Rantai A Glu Arg
Thr Leu
Gln Ser Gln S Arg
Ile Cys Ser Leu Tyr
S Thr 30
Mis 10
Leu S Lys
Cys
Gly
Insulin S Thr
Pro
Tyr
Ser Phe
Mis Rantai B Phe
Leu Gly
10 Val Glu Glu Arg
Ala Leu Gly
Tyr Leu Val Cys
20
GAMBAR 41–12 Struktur proinsulin manusia. Molekul insulin dan peptida C dihubungkan di dua tempat oleh
ikatan dipeptida. Pemotongan awal oleh suatu enzim yang mirip-tripsin (tanda panah terbuka) yang diikuti oleh
beberapa pemotongan oleh enzim yang mirip-karboksipeptidase (tanda panah solid) menyebabkan terbentuknya
molekul insulin heterodimer (AB) (berwarna) dan peptida C (putih).

Sekuens (pra) leader

–6 –10 –20 –31
Sekuens Lys Gly Asp Ser Arg Ala Leu Phe Cys Ile Ala Leu Met Val Ile Met Val Lys Val Met Asp Lys Ala Ser Met Met NH 2
Ser
Pro Val
Lys (2) (1)
Lys
–1 Arg (3)
1 Ala
Val
Ser
Glu
10 20
Ile Gln Phe Met His Asn Leu Gly Lys His Leu Ser Ser Met Glu Arg Val Glu Trp Leu Arg
Lys
Lys
Leu
Sekuens aktivitas biologis penuh
Gln
30
Asp
Val
His
Asn
Sekuens fragmen C
Phe
50 40 Val
Ala
Asn Asp Glu Lys Lys Arg Pro Arg Gln Ser Ser Gly Asp Arg Tyr Ala Ile Ser Ala Gly Leu
Val
Leu (4)
60
Val (5)
Glu
Ser
His
Gln
Lys O
70 80
Ser
Leu Gly Glu Ala Asp Lys Ala Asp Val Asp Val Leu Ile Lys Ala Lys Pro Gln C
OH
GAMABR 41–13 Struktur hormon praproPTH sapi. Tanda panah menunjukkan tempat pemutusan oleh
enzim-enzim pemroses di kelenjar paratiroid dan di hati setelah sekresi hormon terjadi (1-5). Regio molekul
yang secara biologis aktif (berwarna) diapit oleh sekuens-sekuens yang tidak dibutuhkan untuk aktivitas
reseptor target. (Sedikit dimodifikasi dan diproduksi ulang dengan izin dari Habener JF: Recent advances in
parathyroid hormone research. Clin Biochem 1981;14:223. Hak cipta © 1981. Dicetak ulang dengan izin dari
Elsevier.)
progresif dipecah menjadi dipeptida dan tripeptida. tekanan darah, kehilangan cairan atau darah) atau
Sebagian besar proteolisis PTH terjadi di dalam kelenjar, mengurangi konsentrasi NaCl akan merangsang pelepasan
tetapi sejumlah penelitian memastikan bahwa PTH, setelah renin. Saraf simpatis ginjal yang berakhir di sel
disekresikan, diuraikan secara proteolitik di jaringan lain, jukstaglomerulus memperantarai efek postural dan susunan
terutama hati, dengan mekanisme serupa. saraf pusat pada pelepasan renin tanpa bergantung pada efek
baroreseptor dan garam, yakni suatu mekanisme yang
Angiotensin II Juga Disintesis dari Prekursor melibatkan reseptor β-adrenergik. Renin bekerja pada
Besar substrat angiotensinogen untuk menghasilkan dekapeptida
angiotensin I.
Sistem renin-angiotensin berperan dalam mengatur tekanan
darah dan metabolisme elektrolit (melalui pembentukan Angiotensin-converting enzyme (ACE, enzim pengubah
aldosteron). Hormon primer yang terlibat dalam proses ini angiotensin), suatu glikoprotein yang ditemukan di paru, sel
adalah angiotensin II, suatu oktapeptida yang dibentuk dari endotel, dan plasma, mengeluarkan dua asam amino
angiotensinogen (Gambar 41–14). Angiotensinogen, sebuah terminal karboksil dari dekapeptida angiotensin I untuk
α2-globulin besar yang dibuat di hati, adalah substrat renin, membentuk angiotensin II dalam suatu langkah yang
sebuah enzim yang dihasilkan di sel jukstaglomerulus dianggap tidak menentukan kecepatan biosintesis. Berbagai
arterial aferen ginjal. Posisi sel-sel jukstaglomerulus analog nonapeptida dari angiotensin I dan senyawa lain
menyebabkan sel-sel ini sangat peka terhadap perubahan bekerja sebagai inhibitor kompetitif ACE dan digunakan
tekanan darah, dan banyak regulator faali pelepasan renin untuk mengobati hipertensi yang dependen-renin. Berbagai
yang bekerja melalui baroreseptor ginjal. Sel jukstaglo- analog ini dinamai angiotensin-converting enzyme
merulus juga peka terhadap perubahan konsentrasi Na+ dan (inhibitor ACE). Angiotensin II meningkatkan tekanan
Cl− di cairan tubulus ginjal; jadi, setiap kombinasi faktor darah dengan menyebabkan vasokonstriksi arteriol dan
yang menurunkan volume cairan (dehidrasi, penurunan merupakan suatu zat vasoaktif yang sangat poten. Senyawa
ini menghambat pelepasan renin dari sel jukstaglomerulus

Angiotensinogen
Asp-Arg-Val-Tyr-Ile-His-Pro-Phe-His-Leu-Leu (Sekitar 400 asam amino lebih)
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10
Angiotensin I (Ang 1-10)

Asp-Arg-Val-Tyr-Ile-His-Pro-Phe-His-Leu
Ang 1-9 Ang 2-10
Ang 1-7 Ang II (Ang 1-8) Ang III (2-8)
MAS R Angiotensin 1 Angiotensin 1

Reseptor (AT1) Reseptor (AT1) Reseptor
Vasodilasi Apoptosis Vasokonstriksi Pelepasan

proliferasi Anti-sel Na+ dan resorpsi vasopresin Kontrol
(Ginjal/Jantung) cairan Hipertrofi sentral pada
proliferasi sel (Ginjal/ tekanan darah
Jantung) (Otak)
GAMBAR 41–14 Pembentukan, metabolisme dan aktivitas fisiologis yang dipilih pada
angiotensin. Ketiga bentuk yang paling aktif secara biologis dari angiotensin (Ang), Ang 1-7, Ang 1-8 (Ang
II) dan Ang 2-8 (Ang III) ditunjukkan. Angka-angka yang menunjukkan asam amino ada di setiap Ang diberi
nomor relatif terhadap urutan Ang 1-10 (Ang I). Semua bentuk Ang berasal oleh proteolisis dikatalisasi oleh
sejumlah protease yang berbeda. Pemrosesan awal 400+ asam amino prekursor Angiotensinogen yang
panjang dikatalisis oleh Renin, sementara beberapa peristiwa proteolitik lainnya dikatalisis oleh
angiotensin converting enzyme 1 (ACE 1 atau ACE2). Reseptor terikat oleh bentuk Ang yang berbeda, serta
hasil fisiologis reseptor pengikatan reseptor (bawah).
dan merupakan perangsang kuat pembentukan aldosteron. pregnenolon dan perubahan kortison menjadi 18-
Hal ini menyebabkan retensi Na+, ekspansi volume, dan hidroksikortikosteron serta aldosteron, dapat melibatkan
peningkatan tekanan darah. perubahan-perubahan konsentrasi kalsium intrasel dan
Pada sebagian spesies, angiotensin II diubah menjadi metabolit fosfolipid melalui mekanisme yang serupa dengan
heptapeptida angiotensin III (Gambar 41–14), yakni suatu mekanisme yang dijelaskan pada Bab 42.
stimulator produksi aldosteron yang sama potennya. Pada
manusia, kadar angiotensin II plasma empat kali lebih besar Pemrosesan Kompleks Menghasilkan Famili
dibandingkan dengan kadar angiotensin III sehingga Peptida Pro-Opiomelanokortin (POMC)
sebagian besar efek ditimbulkan oleh oktapeptida. Famili POMC terdiri dari peptida-peptida yang bekerja
Angiotensin II dan III cepat diinaktifkan oleh angiotensinase. sebagai hormon (ACTH, LPN, MSH) dan senyawa lain
Angiotensin II berika tan dengan reseptor spesifik di sel yang dapat berfungsi sebagai neurotransmiter, atau
glomerulosa korteks adrenal. Interaksi hormon reseptor neuromodulator (endorfin) (Gambar 41–15). POMC
tidak mengaktifkan adenilil siklase, dan cAMP tampaknya disintesis sebagai molekul prekursor yang terdiri dari 285
tidak memerantarai kerja hormon ini. Kerja angiotensin II, asam amino dan diproses secara berbeda di berbagai
yaitu merangsang perubahan kolesterol menjadi bagian hipofisis.

POMC (1–134) Pada peptida ini terjadi tambahan modifikasi spesifik-

jaringan yang ekstensif, yang memengaruhi aktivitas
ACTH (1–39) β-LPH (42–134) peptida-peptida tersebut. Modifikasi-modifikasi tersebut
mencakup fosforilasi, asetilasi, glikosilasi, dan amidasi.
Mutasi reseptor α-MSH berkaitan dengan obesitas
awitan dini yang sering dijumpai. Pengamatan ini
α-MSH CLIP γ-LPH β-Endorfin
(1–13) (18–39) (42–101) (104–134) menyebabkan perhatian kembali diarahkan pada hormon
peptida POMC.
β-MSH γ-Endorfin
(84–101) (104–118)
TERDAPAT VARIASI
α-Endorfin PENYIMPANAN DAN SEKRESI
(104–117)
HORMON
GAMBAR 41–15 Produk pemecahan proopiomelanokortin
(POMC). (CLIP, corticotropin-like intermediate lobe peptide, peptida Seperti dinyatakan sebelumnya, hormon steroid dan
lobus intermedius yang mirip dengan kortikotropin; LPH, 1,25(OH)2-D3 disintesis dalam bentuk akhir yang aktif.
lipotropin; MSH, melanocyte-stimulating hormone, hormon
perangsang melanosit.) Keduanya juga disekresikan setelah terbentuk sehingga tidak
ada reservoar intrasel kedua hormon ini. Katekolamin yang
Gen POMC diekspresikan di lobus anterior dan juga disintesis dalam bentuk aktif, disimpan dalam granula di
intermedius hipofisis. Sekuens yang paling terkonservasi di sel kromafin medula adrenal. Sebagai respons terhadap
antara berbagai spesies adalah sekuens yang terdapat di dalam rangsangan saraf yang sesuai, granula ini dibebaskan dari sel
fragmen terminal amino, regio ACTH, dan regio β-endorfin. melalui eksositosis, dan katekolamin dilepaskan ke dalam
POMC atau produk-produk terkaitnya ditemukan di sirkulasi. Di sel-sel kromafin tersedia pasokan cadangan
beberapa jaringan vertebrata lain, termasuk otak, plasenta, katekolamin untuk pemakaian beberapa jam.
saluran cema, saluran reproduksi, paru, dan limfosi. Hormon paratiroid (PTH) juga disimpan dalam
Protein POMC diproses secara berbeda di lobus anterior vesikel penyimpanan. Hampir 80-90% proPTH yang
dibandingkan dengan di lobus intermedius. Lobus disintesis diuraikan sebelum memasuki kompartemen
intermedius hipofisis bersifat rudimenter pada manusia penyimpanan akhir ini, khususnya jika kadar Ca2+ di sel
dewasa, tetapi lobus ini aktif pada janin manusia serta paratiroid tinggi (lihat uraian sebelumnya). PTH
wanita hamil selama masa gestasi lanjut dan juga aktif pada disekresikan jika terjadi penurunan Ca2+ di sel paratiroid yang
banyak spesies hewan. Pemrosesan protein POMC di mengandung persediaan hormon untuk beberapa jam.
jaringan perifer (usus, plasenta, saluran reproduksi pria) Pankreas manusia mengeluarkan sekitar 40-50 unit
mirip dengan yang terjadi di lobus intermedius. Terdapat insulin setiap hari; yang menggambarkan sekitar 15-20%
tiga kelompok peptida dasar: (1) ACTH yang dapat hormon yang disimpan di sel β. Insulin dan peptida C (lihat
menghasilkan a-MSH dan peptida lobus intermedius yang Gambar 41–12) biasanya disekresikan dalam jumlah
mirip-kortikotropin (corticotrophin-like intermediate lobe ekuimolar. Oleh sebab itu, rangsangan misalnya glukosa,
peptide/CLIP); (2) β-lipotropin (β-LPH), yang dapat yang menyebabkan sekresi insulin, memicu pemrosesan
menghasilkan γ-LPH, β-MSH, dan β-endorfin (dan proinsulin menjadi insulin sebagai bagian penting dari
karenanya α- dan γ-endorfin); dan (3) sebuah peptida respons sekretorik.
terminal amino besar yang menghasilkan γ-MSH (tidak Di dalam tiroglobulin yang tersimpan di koloid di lumen
ditunjukkan). Keragaman produk-produk ini disebabkan folikel tiroid, terkandung pasokan T3 dan T4 untuk
oleh adanya banyak kelompok asam amino dibasic yang pemakaian beberapa minggu. Kedua hormon ini dapat
berpotensi menjadi tempat pemutusan oleh enzim yang dibebaskan jika terdapat rangsangan dari TSH. Ini adalah
mirip-tripsin. Masing-masing dari peptida yang disebutkan contoh prohormon yang paling 'berlebihan' karena sebuah
sebelumnya didahului oleh residu Lys-Arg, Arg-Lys, Arg- molekul yang mengandung sekitar 5.000 asam amino harus
Arg, atau Lys-Lys. Setelah segmen prahormon dikeluarkan, dibentuk untuk kemudian diuraikan agar menghasilkan
pemutusan berikutnya, baik di lobus anterior maupun beberapa molekul hormon aktif T4 dan T3.
intermedius adalah di antara ACTH dan β-LPH, yang Keragaman penyimpanan dan sekresi hormon di-
menghasilkan sebuah peptida terminal amino dengan ACTH gambarkan pada Tabel 41–5.
dan sebuah segmen β-LPH (Gambar 41–15). ACTH1–39
kemudian dipotong dari peptida terminal amino, dan di TABEL 41–5 Keragaman Penyimpanan Hormon
lobus anterior pada hakikatnya tidak lagi terjadi
pemotongan. Di lobus intermedius, ACTH1–39 dipotong Hormon Pasokan Disimpan di Sel
menjadi α-MSH (residu 1-13) dan CLIP (18-39); β-LPH Steroid dan 1,25(OH)2-D3 Tidak ada
(42-134) diubah menjadi γ-LPH (42- 101) dan β-endorfin
Katekolamin dan PTH Beberapa jam
(104-134). β-MSH (84-101) berasal dari γ-LPH, sedangkan γ-
MSH (50-74) diturunkan dari fragmen terminal-N-POMC Insulin Beberapa hari
(1-74). T3 dan T4 Beberapa minggu

BEBERAPA HORMON MEMILIKI TABLE 41–7 Perbandingan T4 dan T3 dalam Plasma
PROTEIN PENGANGKUT DI PLASMA Hormon Bebas
Hormon Total Persentase t1/2 dalam

Hormon kelompok I bersifat hidrofobik dan karenanya tidak
(µg/dL) dari Total ng/dL Molaritas Darah (hari)
terlalu larut dalam plasma. Hormon ini, terutama hormon
steroid dan tiroid, memiliki protein pengangkut khusus dalam T4 8 0.03 Sekitar 3.0 × 10–11 6.5
plasma yang memiliki beberapa fungsi. Pertama, protein 2,24
pengangkut ini mengatasi masalah kelarutan sehingga dapat T3 0.15 0.3 Sekitar 0.6 × 10–11 1.5
menyalurkan hormon ke sel sasaran. Protein ini juga dapat 0,4
menjadi reservoar hormon dalam sirkulasi yang substansial,
seperti pada kasus hormon tiroid. Hormon, jika terikat pada dibandingkan dengan T3 (Tabel 41–7). Waktu-paruh plasma
protein pengangkut, tidak dapat dimetabolisme sehingga T4 empat sampai lima kali dibandingkan dengan T3. Fraksi
waktu-paruh plasmanya (t½) meningkat. Afinitas ikatan suatu tak-terikat (bebas) yang berjumlah kecil merupakan
hormon pada protein pengangkutnya menentukan rasio penentu aktivitas biologis. Jadi, meskipun jumlah
hormon bebas versus hormon terikat. Hal ini penting karena total keduanya sangat berbeda, jumlah fraksi bebas
hanya bentuk hormon bebas yang aktif secara biologis. Secara T3 mendekati jumlah T4, dan karena T3 secara intrinsik
umum, konsentrasi hormon bebas dalam plasma sangat lebih aktif dibandingkan dengan T4, sebagian besar
rendah, yaitu berkisar dari 10−15 sampai 10−9 mol/L. Protein aktivitas biologis disebabkan oleh T3. TBG tidak mengikat
pengangkut dalam plasma dan reseptor hormon perlu hormon lain.
dibedakan. Keduanya mengikat hormon, tetapi dengan
karakteristik yang sangat berbeda (Tabel 41–6). Glukokortikoid Diangkut oleh Globulin
Hormon hidrofilik—umumnya kelompok II dan Pengikat Kortikosteroid
struktur peptida—larut dalam plasma dan tidak Hidrokortison (kortisol) juga beredar di plasma dalam
memerlukan protein pengangkut. Hormon, seperti bentuk bebas dan terikat. Protein pengikat utama dalam
hormon pertumbuhan, ACTH, dan TSH beredar dalam plasma adalah suatu α-globulin yang disebut transkortin,
bentuk bebas dan aktif serta memiliki waktu-paruh plasma atau corticosteroid-binding globulin (CBG, globulin
yang sangat singkat. Pengecualian yang penting adalah IGF- pengikat kortikosteroid). CBG dihasilkan di hati, dan
I yang diangkut dalam bentuk terikat dengan anggota famili pembentukannya, seperti halnya TBG, ditingkatkan oleh
protein pengikat. estrogen. CBG mengikat sebagian besar hormon jika kadar
kortisol plasma berada dalam kisaran normal; sebagian kecil
Hormon Tiroid Diangkut oleh Globulin kortisol terikat pada albumin. Aviditas pengikat membantu
Pengikat Tiroid menentukan waktu-paruh biologis berbagai glukokortikoid.
Banyak prinsip yang dibahas sebelumnya tergambar dalam Kortisol berikatan erat dengan CBG dan memiliki t½ 1.5-2
pembahasan tentang protein pengikat tiroid. Separuh sampai jam, sementara kortikosteron, yang berikatan secara lemah,
dua pertiga T4 dan T3 di dalam tubuh berada dalam reservoar memiliki t½ kurang dari 1 jam (Tabel 41–8). Kortisol tak-
di luar tiroid. Sebagian besar hormon ini beredar dalam terikat (bebas) membentuk sekitar 8% jumlah total dan
bentuk terikat, yi, terikat dengan protein pengikat spesifik, mencerminkan fraksi yang secara biologis aktif. Pengikatan
thyroxine-binding globulin (TBG, globulin pengikat pada CBG tidak terbatas pada glukokortikoid.
tiroksin). suatu glikoprotein dengan massa molekul 50 kDa, Deoksikortikosteron dan progesteron berinteraksi dengan
mengikat T4 dan T3 serta memiliki kapasitas mengikat 20 μg/ CBG dengan afinitas yang cukup tinggi sehingga dapat
dL plasma. Pada keadaan normal, TBG mengikat—secara bersaing dengan kortisol. Aldosteron, mineralokortikoid
nonkovalen—hampir semua T4 dan T3 dalam plasma, dan alami yang paling poten, tidak memiliki protein pengangkut
protein ini mengikat T4 dengan afinitas lebih besar spesifik dalam plasma. Steroid gonad berikatan secara lemah
dengan CBG (Tabel 41–8).
TABEL 41–6 Perbandingan Reseptor dengan Protein
Pengangkut TABEL 41–8 Perkiraan Afinitas Steroid Untuk Protein Pengikat
Protein Dalam Serum
Gambaran Reseptor Pengangkut
SHBGa CBGa
Konsentras Sangat rendah Sangat tinggi
(ribuan/sel) (miliaran/μL) Dihidrostestosteron 1 >100
Afinitas ikatan (Kd) Tinggi (kisaran pmol/ Rendah (kisaran Testosteron 2 >100
L sampai nmol/L) μmol/L) Estradiol 5 >10
Spesifisitas ikatan Sangat tinggi Rendah Estron >10 >100
Saturabilitas Ya Tidak Progesteron >100 Sekitar 2
Dapat terlepas (reversibilitas) Ya Ya Kortisol >100 Sekitar 3
Transduksi sinyal Ya Tidak Kortikosteron >100 Sekitar 5
a
Afinitas dinyatakan sebagai Kd (nmol/L).

Sejumlah proses modifikasi mengubah aktivitas hormon.

Steroid Gonad Diangkut oleh Globulin ■
Contohnya, banyak hormon disintesis dari molekul prekursor
Pengikat Harmon Seks yang lebih besar.
Sebagian besar mamalia, termasuk manusia, memiliki β- ■ Komplemen enzim dalam suatu sel memungkinkan sel
globulin dalam plasmanya yang mengikat testosteron secara tersebut membentuk kelas tertentu hormon steroid.
spesifik dengan afinitas yang cukup tinggi, dan kapasitas ■ Sebagian besar hormon yang larut-lipid terikat pada protein
terbatas (Tabel 41–8). Protein ini yang biasanya disebut sex- pengangkut yang agak spesifik di dalam plasma.
hormone-binding globulin (SHBG, globulin pengikat
hormon seks) atau globulin pengikat testosteronestrogen
(TEBG), dihasilkan di hati. Produksi protein ini REFERENSI
ditingkatkan oleh estrogen (wanita memiliki konsentrasi Bain DL, Heneghan AF, Connaghan-Jones KD, et al: Nuclear receptor
SHBG serum dua kali lipat dibandingkan pria), penyakit structure: implications for function. Ann Rev Physiol 2007;69:201.
hati tertentu, dan hipertiroidisme; produksinya menurun Bartalina L: Thyroid hormone-binding proteins: update 1994.
oleh androgen, usia lanjut, dan hipotiroidisme. Banyak Endocr Rev 1994;13:140.
keadaan tersebut juga memengaruhi produksi CBG dan Cheung E, Kraus WL: Genomic analyses of hormone signaling and
TBG. Karena SHBG dan albumin mengikat 97%-99% gene regulation. Annu Rev Physiol 2010;72:191–218.
testosteron dalam darah, hanya sebagian kecil fraksi Cho YM, Fujita Y, Kieffer TJ: Glucagon-like peptide-1: glucose
hormon dalam sirkulasi yang berada dalam bentuk bebas homeostasis and beyond. Annu Rev Physiol 2014;76:535–559.
Cristina Casals-Casas C, Desvergne B: Endocrine disruptors:
(aktif secara biologis). Fungsi utama SHBG dapat
from endocrine to metabolic disruption. Annu Rev Physiol
membatasi bentuk bebas testosteron dalam serum.
2011;73:23.135–162.
Testosteron berikatan dengan SHBG dengan afinitas yang Dai G, Carrasco L, Carrasco N: Cloning and characterization of the
lebih tinggi dibandingkan dengan yang dilakukan oleh thyroid iodide transporter. Nature 1996;379:458.
estradiol (Tabel 41–8). Oleh sebab itu, perubahan kadar DeLuca HR: The vitamin D story: a collaborative effort of basic
SHBG menyebabkan perubahan yang lebih besar pada kadar science and clinical medicine. FASEB J 1988;2:224.
testosteron bebas dibandingkan dengan perubahannya pada Douglass J, Civelli O, Herbert E: Polyprotein gene expression:
kadar estradiol bebas. generation of diversity of neuroendocrine peptides. Annu Rev
Estrogen terikat pada SHBG dan progestin pada CBG. Biochem 1984;53:665.
SHBG mengikat estradiol dengan kekuatan lima kali lipat Farooqi IS, O’Rahilly S: Monogenic obesity in humans. Ann Rev
Med 2005;56:443.
lebih rendah dibandingkan ikatannya dengan testosteron
Fan W, Atkins AR, Yu RT, et al: Road to exercise mimetics:
atau DHT, sementara afinitas progesteron dan kortisol
targeting nuclear receptor in skeletal muscle. J Mol Endocrinol
terhadap protein ini kecil (Tabel 41–8). Progesteron dan 2013;51:T87–T100.
kortisol berikatan dengan CBG dengan afinitas yang nyaris Mazziotti G, Giustina A: Glucocorticoids and the regulation of
setara; sebaliknya, CBG memiliki aviditas rendah terhadap growth hormone secretion. Nat Rev Endocrinol 2013;9:265–276.
estradiol dan bahkan lebih kecil lagi terhadap testosteron, Miller WL: Molecular biology of steroid hormone biosynthesis.
DHT, atau estron. Endocr Rev 1988;9:295.
Protein-protein pengikat ini juga merupakan reservoar Nagatsu T: Genes for human catecholamine-synthesizing enzymes.
hormon dalam sirkulasi, dan karena kapasitas pengikatan- Neurosci Res 1991;12:315.
nya yang relatif besar, protein-protein ini dapat menjadi Russell DW, Wilson JD: Steroid 5 alpha-reductase: two genes/two
enzymes. Annu Rev Biochem 1994;63:25.
penyangga terhadap perubahan mendadak kadar hormon
Russell J, Bar A, Sherwood LM, et al: Interaction between
dalam plasma. Karena laju pembersihan metabolik berbagai calcium and 1,25-dihydroxyvitamin D3 in the regulation of
steroid ini berbanding terbalik dengan afinitas pengikatan- preproparathyroid hormone and vitamin D3 receptor mRNA in
nya dengan SHBG, estron dibersihkan lebih cepat avian parathyroids. Endocrinology 1993;132:2639.
dibandingkan dengan estradiol, yang selanjutnya dibersihkan Steiner DF, Smeekens SP, Ohagi S, et al: The new enzymology
lebih cepat dibandingkan dengan testosteron atau DHT. of precursor processing endoproteases. J Biol Chem
1992;267:23435.
RINGKASAN Taguchi A, White M: Insulin-like signaling, nutrient homeostasis,
and life span. Ann Rev Physiol 2008;70:191.
■ Untuk suatu hormon, keberadaan reseptor spesifik
menentukan sel target.
■ Reseptor adalah protein yang mengikat hormon spesifik dan
menimbulkan sinyal intrasel (penggabungan reseptor-efektor).
■ Sebagian hormon memiliki reseptor intrasel; yang lain
mengikat reseptor di membran plasma.
■ Hormon disintesis dari sejumlah molekul prekursor, termasuk
kolesterol, tirosin per se, dan semua asam amino penyusun
peptida dan protein.

42
B A B
Kerja Hormon dan

Transduksi Sinyal
T U J U A N ■ Menjelaskan peran stimuli, pelepasan hormon,pembentukan sinyal,

dan respons efektor pada berbagai proses fisiologis yang diregulasi
Setelah mempelajari bab ini, oleh hormon.
Anda diharapkan dapat: ■ Menjelaskan peran reseptor dan protein G pengikat GTP pada transduksi
sinyal hormon, terutama yang berkaitan dengan pembentukan second
messengers.
■ Memahami pola komunikasi-silang jalur transduksi sinyal yang kompleks
dalam memerantarai proses fisiologis yang rumit.
■ Mengerti peran penting interaksi protein-Ligan, antarprotein, modifikasi
pascatranslasi protein (mis.fosforilasi dan asetilasi), dan protein-DNA dalam
memerantarai proses fisiologis yang diarahkan oleh hormon.
■ Memahami bahwa reseptor yang dimodulasi hormon, second messenger, dan
molekul sinyal terkait merupakan sumber pengembangan obat potensial yang
kaya mengingat peran penting molekul-molekul ini dalam regulasi fisiologi.
KEPENTINGAN BIOMEDIS HORMON MENYALURKAN SINYAL

Adaptasi homeostasis suatu organisme terhadap lingkungan UNTUK MEMENGARUHI
yang terus berubah sebagian besar terlaksana melalui
perubahan aktivitas dan jumlah protein. Hormon adalah MEKANISME HOMEOSTASIS
bagian penting yang memfasilitasi perubahan ini. Tahap-tahap umum yang berperan menghasilkan res-pans
Interaksi hormon-reseptor menyebabkan terbentuknya terpadu terhadap rangsangan tertentu dilukiskan pada
sinyal intrasel yang dapat mengatur aktivitas gen-gen (Gambar 42–1). Rangsangan tersebut dapat berupa
tertentu sehingga mengubah jumlah protein tertentu di tantangan atau ancaman terhadap organisme, organ, atau
sel target, atau memengaruhi aktivitas protein spesifik, integritas sebuah sel di dalam organisme tersebut. Pengenalan
termasuk enzim dan pengangkut atau protein kanal rangsangan adalah tahap pertama dalam respons adaptif.
(channel protein). Sinyal dapat memengaruhi lokasi Di tingkat organisme, hal ini umumnya melibatkan sistem
protein di sel dan dapat memengaruhi proses-proses saraf dan indera khusus (penglihatan, pendengaran, nyeri,
umum, misalnya sintesis protein, pertumbuhan sel, penciuman, dan pengecapan). Di tingkat organisme atau sel,
dan replikasi, sering kali melalui efek pada ekspresi pengenalan melibatkan faktor-faktor fisikokimiawi, misalnya
gen. Molekul pembentuk sinyal lainnya—termasuk pH, tekanan O2, suhu, pasokan nutrien, metabolit yang
sitokin, interleukin, faktor pertumbuhan, dan metabolit mengganggu, dan osmolaritas. Pengenalan yang tepat akan
—menggunakan sebagian mekanisme umum dan jalur menyebabkan pelepasan satu atau lebih hormon yang akan
transduksi sinyal yang sama. Pembentukan dan mengelola pembentukan respons adaptif yang diperlukan.
pelepasan hormon dan molekul regulatorik lain secara Demi kepentingan pembahasan ini, hormon dikategorikan
berlebihan, terlalu sedikit, atau tidak tepat adalah seperti yang dijelaskan Tabel 41–4, yaitu, didasarkan pada
penyebab utama penyakit. Banyak obat yang bertujuan lokasi reseptor selular spesifiknya dan jenis sinyal yang
untuk mengoreksi atau memengaruhi jalur-jalur tersebut dihasilkan. Hormon kelompok I berinteraksi dengan
yang dibahas di bab ini. reseptor intrasel dan hormon kelompok II dengan tempat
518

BAB 42 Kerja Hormon dan Transduksi Sinyal 519
Rangsangan Pengenalan
Group I hormones Hormon kelompok II Pelepasan hormon
Kompleks hormon-reseptor Berbagai sinyal berbeda Pembentukan sinyal
Efek
Transkripsi Kanal Translokasi Modifikasi

gen transporter protein protein
Respons terpadu terhadap stimulus
GAMBAR 42–1 Keterlibatan hormon dalam respons terhadap suatu rangsangan.

Tantangan terhadap integritas organisme akan memicu respons yang mencakup pengeluaran satu
atau lebih hormon. Hormon ini menghasilkan sinyal pada atau di dalam sel target dan sinyal-
sinyal ini mengatur berbagai proses biologis yang merupakan respons terpadu terhadap
rangsangan atau tantangan. Lihat (Gambar 42–8) untuk contoh spesifik.
pengenalan reseptor yang terletak pada permukaan ekstrasel

membran plasma sel target. Sitokin, interleukin, dan faktor
pertumbuhan juga hams dipertimbangkan dalam kategori −
ini. Molekul-molekul ini yang sangat penting dalam adaptasi
Sitoplasma
homeostasis, adalah hormon dalam arti bahwa senyawa + +
−
tersebut dihasilkan di sel spesifik, memiliki kerja autokrin,
TRE TRE TRE
parakrin, dan endokrin, berikatan dengan reseptor di
permukaan sel, dan mengaktifkan banyak jalur transduksi
sinyal yang digunakan oleh hormon kelompok II. GRE GRE GRE
+
PEMBENTUKAN SINYAL hsp
+
hsp Nukleus
Kompleks Ligan-Reseptor Adalah Sinyal
untuk Hormon Kelompok I GAMBAR 42–2 Regulasi ekspresi oleh dua gen hormon kelas I,
hormon tiroid dan glukokortikoid. Hormon steroid hidrofobik mudah
Hormon kelompok I yang lipofilik berdifusi melalui
memasuki kompartemen sitoplasma sel target dengan difusi melalui
membran plasma semua sel, tetapi hanya berikatan dengan membran plasma. Hormon glukokortikoid (segitiga solid) menjumpai
reseptor intrasel yang spesifik dan berafinitas tinggi pada reseptornya (GR) di sitoplasma, tempat GR terdapat dalam bentuk
sel target. Reseptor-reseptor ini dapat terletak di sitoplasma kompleks dengan heat shock protein 90 (hsp). Pengikatan ligan
atau nukleus sel target. Kompleks hormon-reseptor mula- menyebabkan disosiasi hsp dan perubahan konformasi reseptor.
Kompleks reseptor-ligan kemudian menembus membran nukleus dan
mula mengalami reaksi pengaktifan. Seperti diperlihatkan di berikatan dengan DNA dengan spesifisitas dan afinitas tinggi pada
(Gambar 42–2), pengaktifan reseptor terjadi melalui paling elemen respons glukokortikoid (GRE). Proses ini memengaruhi
sedikit dua mekanisme. Contohnya, glukokortikoid berdifusi arsitektur sejumlah koregulator transkripsi (segitiga hijau), dan terjadi
menembus membran plasma dan menjumpai reseptornya di peningkatan transkripsi. Sebaliknya, hormon tiroid dan asam retinoat
( ) secara langsung masuk ke nukleus, tempat reseptor heterodi-
sitoplasma sel target. Pengikatan ligan-reseptor menyebabkan meriknya (TR-RXR; lihat Gambar 42–12) telah terikat pada elemen
perubahan konformasi pada reformasi yang selanjutnya respons yang sesuai (berikatan dengan kompleks represor transkripsi)
menyebabkan disosiasi heat shock protein 90 (hsp90) dari (lingkaran merah). Pengikatan hormon-reseptor terjadi, yang sekali
reseptor. Tahap ini tampaknya penting untuk memindahkan lagi menginduksi perubahan konformasi pada reseptor dan
menyebabkan reorganisasi interaksi reseptor (TR)-koregulator (yaitu,
reseptor glukokortikoid ke dalam nukleus. Reseptor ini juga molekul seperti N-CoR atau SMRT [lihat Tabel 42–6]). Terikatnya ligan
mengandung sekuens-sekuens lokalisasi nukleus yang menyebabkan disosiasi kompleks represor dari reseptor sehingga
membantu proses translokasi tersebut dari sitoplasma ke dapat terbentuk kompleks aktivator, yang tersusun atas TR-TRE dan
nukleus. Reseptor yang teraktifkan berpindah ke nukleus koaktivator. Kemudian terjadi transkripsi gen secara aktif.
(Gambar 42–2) dan berikatan kuat dengan sekuens DNA
spesifik yang disebut hormone response element (HRE,
elemen respons hormon). Dalam kasus yang diperlihatkan,
elemen ini adalah elemen respons glukokortikoid atau GRE.
Urutan konsensus untuk HRE diperlihatkan pada Tabel 42–1.

TABEL 42–1 Sekuens DNA pada Beberapa Elemen Respons Gen

Harmon (Hormone Response Element, HREs)a
TRANSKRIPSI
Hormon atau
Efektor HRE Sekuens DNA
Transkrip primer Penguraian
Glukokortikoid GRE
GGTACA nnn TGTTCT Nukleus MODIFIKASI/PEMROSESAN
Progestin PRE
Mineralokortikoid MRE mRNA Penguraian
Androgen ARE
TRANSPOR
Estrogen ERE AGGTCA — TGACCT
mRNA Aktif inaktif

Hormon tiroid TRE
AGGTCA n1-5 AGGTCA TRANSLASI
Asam retinoat RARE Sitoplasma
Vitamin D VDRE Modifikasi dan
Protein
cAMP CRE TGACGTCA degradasi
aHuruf menunjukkan nukleotida; N berarti salah satu dari keempat basa dapat GAMBAR 42–3 “Jalur infomasi”. Informasi mengalir dari gen ke
digunakan di posisi tersebut. Tanda panah yang menunjukkan arah berlawanan transkrip primer ke mRNA ke protein. Hormon dapat memengaruhi
menggambarkan palindrom terbalik yang kurang sempurna dan terdapat di banyak setiap tahap yang terlibat dan dapat memengaruhi laju pemrosesan,
HRE; pada sebagian kasus, hal ini disebut “half binding sites,” atau half-sites, karena
penguraian, atau modifikasi berbagai produk tersebut.
masing-masing mengikat satu monomer reseptor. GRE, PRE, MRE, dan ARE terdiri
dari sekuens DNA yang sama. Spesifisitas dapat dihasilkan oleh konsentrasi intrasel
ligan atau reseptor hormon, oleh sekuens DNA pengapit yang tidak termasuk dalam ini menimbulkan efek dominannya dengan memodulasi
konsensus, atau oleh elemen tambahan lain. Kelompok kedua HRE mencakup HRE
untuk hormon tiroid, estrogen, asam retinoat, dan vitamin D. HRE-HRE kelompok ini transkripsi gen, tetapi hormon-hormon tersebut—dan banyak
serupa kecuali orientasi dan jarak antara palindrom-palindrom separuhnya. Jarak hormon dalam kelas lain yang dibahas di bawah—dapat
menentukan spesifisitas hormon. VDRE (N = 3), TRE (N = 4), dan RARE (N = 5)
berikatan dengan direct repeats (pengulangan langsung) dan bukan ke inverted bekerja di setiap tahap dalam "jalur informasi" yang
repeats (pengulangan terbalik). Anggota lain dari superfamili reseptor steroid, diperlihatkan di (Gambar 42–3), untuk mengontroI ekspresi
reseptor retinoid X (RXR), membentuk heterodimer dengan VDR,TR, dan RARE dan
berbagai heterodimer ini merupakan faktor transacting. cAMP memengaruhi
gen tertentu dan, akhirnya, memengaruhi respons biologis.
transkripsi gen melalui CRE. Efek Iangsung steroid terhadap sitoplasma dan berbagai organel
dan membran juga telah dibicarakan. Baru-baru ini terungkap
bahwa mikroRNA mungkin memerantarai sebagian kerja
Percepatan transkripsi gen biasanya terjadi jika reseptor hormon peptida insulin.
berligan yang terikat pada DNA berfungsi sebagai tempat
pengikatan berafinitas tinggi bagi satu atau lebih protein HORMON KELOMPOK II (PEPTIDA
koaktivator. Sebaliknya, hormon tertentu, misalnya hormon
tiroid dan retinoid berdifusi dari cairan ekstrasel menembus DAN KATEKOLAMIN) MEMILIKI
membran plasma dan langsung masuk ke dalam nukleus. RESEPTOR MEMBRAN DAN
Dalam hal ini, reseptor yang bersangkutan telah terikat pada
HRE (untuk contoh ini, elemen respons hormon tiroid MENGGUNAKAN PERANTARA
[TRE]). Namun, reseptor yang terikat pada DNA ini tidak
dapat mengaktifkan transkripsi karena terdapat dalam suatu
INTRASEL
kompleks bersama sebuah korepresor. Kompleks reseptor Banyak hormon bersifat larut-air, tidak memiliki protein
korepresor ini berfungsi sebagai represor aktif transkripsi gen. pengangkut (oleh sebab itu memiliki waktu paruh dalam
Asosiasi ligan dengan reseptor ini menyebabkan disosiasi plasma singkat), dan memicu suatu respons dengan
satu atau beberapa korepresor. Reseptor berligan kini mengikat suatu reseptor di membran plasma (lihat Tabel
mampu mengikat satu atau lebih koaktivator dengan afinitas 41–3 dan 41–4). Mekanisme kerja hormon kelompok ini
tinggi sehingga terjadi perekrutan RNA polimerase II dan paling baik dibahas berdasarkan sinyal intrasel yang
GTF dan pengaktifan transkripsi gen. Hubungan reseptor dihasilkannya. Sinyal-sinyal ini mencakup cAMP (AMP
hormon dengan reseptor nukleus lainnya serta dengan siklik; asam 3′, 5′-adenilat; lihat Gambar 18–5), suatu
koregulator dibahas secara lebih rinci kemudian. nukleotida yang berasal dari ATP melalui kerja adenilil
siklase; cGMP, suatu nukleotida yang dibentuk oleh guanilil
Dengan secara selektif memengaruhi transkripsi gen
siklase; Ca2+; dan fosfatidilinositida; molekul kecil yang
dan pembentukan mRNA target, jumlah protein yang
disebut second messengers (perantara kedua) karena
terbentuk akan berubah dan proses metabolik akan ter-
sintesisnya dipicu oleh keberadaan hormon primer
pengaruh. Pengaruh masing-masing hormon ini cukup
(molekul) yang mengikat reseptornya. Banyak dari second
spesifik; secara umum, hormon memengaruhi kurang dari
messenger ini memengaruhi transkripsi gen seperti
1% gen, mRNA, atau protein pada sel target; terkadang hanya
dijelaskan di alinea sebelumnya; tetapi second messenger ini
beberapa yang dipengaruhi. Efek hormon steroid, tiroid, dan
juga memengaruhi beragam proses biologis lain seperti
retinoid pada nukleus sel sudah cukup banyak diketahui.
diperlihatkan di (Gambar 42–3), tapi lihat juga (Gambar
Sebagian besar bukti menunjukkan bahwa hormon-hormon
42–6 dan 42–8).

TABEL 42–2 Subklasifikasi Hormon Kelompok II.A protein terikat-nukleotida guanin, dikenal sebagai reseptor
terkait-protein G (G protein-coupled receptor, GPCR).
Hormon yang Merangsang Hormon yang Menghambat
Adenilil Siklase (HS) Adenilil Siklase (HI) Sampai saat ini, ratusan gen reseptor terkait protein G telah
diidentifikasi. GPCRs kelompok ini mewakili famili reseptor
ACTH Asetilkolin permukaan sel terbesar pada manusia. Berbagai macam
ADH α2-Adrenergik respons diperantarai GPCR.
β-Adrenergik Angiotensin II cAMP Adalah Sinyal Intrasel untuk Banyak
Kalsitonin Somatostatin
Respons
CRH
AMP siklik adalah sinyal second messenger intrasel pertama
FSH yang berhasil diidentifikasi pada sel mamalia. Terdapat
Glukagon beberapa komponen yang membentuk suatu sistem untuk
hCG membentuk, menguraikan, dan melaksanakan efek cAMP
LH (Tabel 42–2).
LPH Adenilil Siklase
MSH
Berbagai hormon peptida dapat merangsang (s) atau
PTH menghambat (i) pembentukan cAMP dari adenilil siklase
TSH melalui aksi protein G. Protein G yang dikode oleh
sedikitnya sepuluh gen berbeda (Tabel 42–3). Dua sistem
paralel, satu sistem stimulatorik (s) dan satu inhibitorik (i)
Reseptor Terkait-Protein G (G Protein-
menyatu pada sebuah molekul katalitik (C). Masing-masing
Coupled Receptor, GPCR) terdiri dari sebuah reseptor, Rs atau Ri, dan satu kompleks
Banyak hormon kelompok II mengikat reseptor yang regulatorik, Gs dan Gi. Gs dan Gi masing-masing adalah
bergabung dengan efektor melalui perantara pengikat- protein-G heterotrimer yang tersusun oleh subunit `, a,
GTP (protein-G). Reseptor semacam ini biasanya dan f. Karena subunit α pada Gs berbeda dari subunit pada
memiliki tujuh domain hidrofobik yang menembus Gi, protein tersebut, yang merupakan produk gen berbeda
membran plasma. Hal ini dilukiskan oleh tujuh silinder disebut αs dan αi. Subunit α mengikat nukleotida guanin.
yang sating berhubungan dan memanjang menembus Subunit β dan γ selalu berikatan (βγ) dan tampaknya
lapisan ganda lipid di (Gambar 42–4). Reseptor kelas ini berfungsi sebagai heterodimer. Pengikat-an sebuah hormon
yang menghasilkan sinyal melalui perantara protein ke Rs atau Ri menyebabkan
N N
H
E E
γ γ
β β αs
αs
TP
G
P
D
G
C C
Tanpa hormon: efektor tidak aktif Hormon berikatan (H): efektor aktif
GAMBAR 42–4 Komponen pada sistem efektor reseptor hormon-protein G. Reseptor yang
bergabung dengan efektor melalui protein G (GPCR) biasanya memiliki tujuh domain yang menembus
membran (di sini ditampilkan sebagai silinder panjang). Tanpa adanya hormon (kiri), kompleks protein G
heterotrimerik (α,β,γ) adalah bentuk terikat-guanosin difosfat (GDP) yang inaktif dan mungkin tidak
berikatan dengan reseptor. Kompieks ini melekat pada membran plasma melalui gugus-gugus terprenilasi
di subunit βγ (garis bergelombang) dan mungkin oleh gugus-gugus termiristoilasi di subunit α (tidak
diperlihatkan). Jika hormon (H) terikat ke reseptor, diperkirakan terjadi perubahan bentuk reseptor—
seperti ditunjukkan oleh miringnya domain-domain yang menembus membran—dan pengaktifan kompleks
protein G. Hal ini terjadi karena pertukaran GDP dengan guanosin trifosfat (GTP) di subunit α, setelah α dan
βγ berpisah. Subunit α berikatan dengan efektor (E) dan mengaktifkannya. Efektor dapat berupa adenilil
sikiase, kanal Ca2+, Na+, atau Cl– (αs), atau dapat juga merupakan suatu kanal K+ (αi), fosfolipase Cβ (αq), atau
cGMP fosfodiesterase (αt); lihat Tabel 42–3. Subunit βγ juga dapat menimbulkan efek langsung pada E.
(Dimodifikasi dan diproduksi ulang dengan izin dari Granner DK. Dalam: Principles and Practice of
Endocrinology and Metabolism, ed ke-2. Becker KL (editor). Lippincott, 1995.)

TABEL 42–3 Kelas dan Fungsi Beberapa Proteina
Kelas
atau tipe Rangsangan Efektor Efek
Gs
αs Glukagon, β-adrenergik ↑Adenilil siklase Glukoneogenesis, lipolisis,

↑kanal Ca2+, Cl–, dan Na+ glikogenolisis Penciuman
αolf Bau jantung ↑Adenilil siklase
Gi
αi-1,2,3 Asetilkolin, α2-adrenergik ↓Adenilil siklase Denyut jantung melambat
↑kanal kalium
M2 kolinergik ↓kanal kalsium
αo Opioid, endorfin ↑kanal kalium Aktivitas listrik
αt Sinar ↑cGMP fosfodiesterase neuron Penglihatan
Gq
αq M1 kolinergik
α1-Adrenergik ↑Fosfolipase C- ↓Kontraksi otot
α11 α 1-Adrenergik β1 ↑Fosfolipase dan ↓Tekanan
G12 C-β2 darah
α12 Trombin Rho Perubahan bentuk sel
a
Empat kelompok utama famili protein-G mamalia (Gs, Gi, Gq, dan G12) berdasarkan homologi sekuens protein. Perwakilian anggota dari masing-masing kelompok
diperlihatkan dalam tabel ini bersama dengan rangsangan dan efektor yang dikenal serta efek biologis yang telah diketahui. Telah diidentifikasi sembilan isoform
adenilil siklase (isofrom I—IX). Semua isoform dirangsang oleh αs; isoform αi menunjukkan tipe V dan VI, dan α0 menghambat tipe I dan V. Paling tidak 16 subunit α
berbeda berhasil diidentifikasi.
Sumber: Dimodifikasi dan diproduksi ulang dengan izin dari Granner DK: Dalam: Principles and Practice of Endocrinology and Mefabolism, ed ke-2. Becker KL
(editor). Lippincott, 1995.
pengaktifan G yang diperantarai oleh reseptor, yang fosfolipase C. Protein G terlibat dalam banyak proses
memerlukan pertukaran GDP dengan GTP pada α seiring biologis penting selain kerja hormon. Contoh yang penting
dengan terlepasnya βγ dari α. adalah penciuman (αOLF) dan penglihatan (αt). Sebagian
Protein αs memiliki aktivitas GTPase intrinsik. Bentuk contoh dicantumkan di Tabel 42–3. GPCRs berperan dalam
aktif, αs·GTP, diinaktifkan sewaktu hidrolisis GTP menjadi sejumlah penyakit dan merupakan sasaran utama obat.
GDP; kompleks Gs trimerik (αβγ) kemudian dibentuk kembali
dan siap untuk sikius pengaktifan berkutnya. Toksin kolera Protein Kinase
dan pertusis masing-masing mengatalisis ribosilasi-ADP αs dan Seperti dijelaskan pada Bab 38, pada sel prokariot, cAMP
αi−2 (Tabel 42–3). Pada kasus αs, modifikasi ini mengganggu berikatan dengan suatu protein spesifik yang disebut protein
aktivitas GTPase intrinsik; jadi, αs tidak dapat berikatan regulatorik katabolit (catabolite regulatory protein, CRP)
kembali dengan βγ sehingga mengalami pengaktifan yang berikatan secara langsung dengan DNA dan
ireversibel. Ribosilasi-ADP terhadap αi−2 mencegah lepasnya memengaruhi ekspresi gen. Sebaliknya, pada sel eukariot,
αi−2 dari βγ, dan oleh sebab itu tidak terbentuk αi−2 bebas. Hal cAMP berikatan dengan protein kinase, dan disebut protein
ini menyebabkan aktivitas αs di sel tidak mengalami kinase A (PKA), yaitu suatu molekul heterotetramerik yang
hambatan. terdiri dari dua subunit regulatorik (R) dan dua subunit
Terdapat famili besar protein G, dan protein-protein ini katalitik (C) ketika terikat sebagai kompleks tetramerik.
adalah bagian dari superfamili GTPase. Famili protein G Pengikatan cAMP R2C2 hasil tetramer menyebabkan reaksi
diklasifikasikan berdasarkan homologi sekuens menjadi berikut:
empat subfamili, seperti diperlihatkan di Tabel 42–3. 4cAMP + R2C2  R2 . 4cAMP + 2c
Terdapat 21 gen subunit α, 5 β, dan 8 γ. Berbagai kombinasi
subunit-subunit ini menghasilkan kemungkinan pembentuk- Kompleks R2C2 tidak memiliki aktivitas enzimatik, tetapi
an kompleks αβγ dan siklase yang besar jumlahnya. pengikatan cAMP oleh R membebaskan R dari C, sehingga C
Subunit-subunit α dan kompleks βγ memiliki efek yang menjadi aktif (Gambar 42–5). Subunit C yang telah aktif
independen dari efek pada adenilil siklase (lihat Gambar mengatalisis pemindahan fosfat γ ATP ke residu serin atau
42–4 dan Tabel 42–3). Sebagian bentuk αi merangsang kanal treonin di berbagai protein. Tempat fosforilasi konsensus
K+ dan menghambat kanal Ca2+, dan sebagian molekul αs adalah -ArgArg/Lys-X-Ser/Thr- dan -Arg-Lys-X-X-Ser-,
memiliki efek sebaliknya. Anggota dari famili Gq mengaktif- dan X dapat merupakan asam amino apa saja.
kan kelompok enzim fosfolipase C. Kompleks βγ dikaitkan Aktivitas protein kinase semula dilaporkan sebagai “cAMP-
dengan stimulasi kanal K+ dan mengaktifkan dependent” atau “cAMP-independent.” Klasifikasi ini telah

pertumbuhan dan replikasi sel, dapat dilakukan oleh proten

ATP • Mg2+ R 2C 2 kinase spesifik, fosfatase spesifik, atau oleh substrat spesifik
PKA inaktif
Adenilil untuk fosforilasi. Substrat-substrat ini membantu menentuk-
siklase
an jaringan target dan terlibat dalam penentuan tingkat
aktif cAMP
suatu respons di sel tertentu. Contohnya, efek cAMP pada
Fosfodiesterase transkripsi gen diperantarai oleh protein pengikat elemen
C2
+ R2 respons siklik AMP (cyclic AMP response element binding
Membran 5′-AMP PKA aktif
sel protein, CREB). CREB berikatan dengan elemen respons
Mg2+ • ATP cAMP (CRE) (lihat Tabel 42–1) dalam keadaan tidak
Protein Fosfoprotein terfosforilasi dan merupakan aktivator transkripsi yang
lemah. Jika terfosforilasi oleh PKA, CREB mengikat
Fosfatase koaktivator protein pengikat-CREB CBP/p300 (lihat
bawah) dan akibatnya menjadi aktivator transkripsi yang
Efek jauh lebih paten. CBP dan p300 terkait memiliki aktivitas
fisiologi
asetil-transferase, dan karena itu berfungsi sebagai
GAMBAR 42–5 Regulasi proses-proses sel oleh hormon melalui koregulator transkripsional aktif-kromatin (lihat Bab 36, 38).
protein kinase dependen-cAMP (PKA). PKA terdapat dalam bentuk Hal yang menarik, CBP/p300 juga dapat mengasetilasi faktor
inaktif sebagai heterotetramer R2C2 yang terdiri dari dua subunit transkripsi tertentu sehingga merangsang kemampuannya
regulatorik (R) dan dua subunit katalitik (C). cAMP yang dihasilkan oleh
kerja adenilil sikiase (diaktifkan seperti diperlihatkan di Gambar 42–4) mengikat DNA dan memodulasi transkripsi.
mengikat subunit regulatorik PKA. Hal ini menyebabkan terlepasnya
subunit regulatorik dan katalitik dan mengaktivasi subunit katalitik.
Subunit katalitik aktif kemudian memfosforilasi sejumlah protein target
Fosfodiesterase
pada residu serin dan treonin. Fosfatase mengeluarkan fosfat dari Kerja yang ditimbulkan oleh hormon yang meningkatkan
residu-residu ini sehingga menghentikan respons fisiologis. konsentrasi cAMP dapat dihentikan melalui beberapa
Fosfodiesterase juga dapat menghentikan respons dengan mengubah
cAMP menjadi 5ʹ-AMP. cara, termasuk hidrolisis cAMP menjadi 5′-AMP oleh
fosfodiesterase (lihat Gambar 42–5). Adanya enzim-enzim
hidrolitik ini menjamin pergantian sinyal (cAMP) yang
berubah karena fosforilasi protein kini diketahui sebagai cepat sehingga proses biologis cepat berhenti jika rangsang
mekanisme regulatorik penting. Saat ini telah diketahui hormon dihentikan. Paling tidak terdapat 11 anggota
beberapa ratus protein kinase. Berbagai kinase memiliki famili enzim fosfodiesterase. Enzim-enzim ini dikendalikan
hubungan dalam sekuens dan struktur di dalam domain oleh substratnya, yaitu cAMP dan cGMP; oleh hormon;
katalisis, tetapi masing-masing adalah molekul unik dengan dan oleh perantara intrasel misalnya kalsium, mungkin
variabilitas yang cukup besar dari segi komposisi subunit, berat melalui kalmodulin. Inhibitor fosfodiesterase, terutama
molekul, otofosforilasi, Km untuk ATP, dan spesifisitas substrat. turunan xantin bermetil seperti kafein, meningkatkan cAMP
Aktifitas kinase dan protein fosfatase dapat menjadi target intrasel dan menyerupai atau memperlama kerja hormon
melalui interaksi dengan protein pengikat kinase tertentu. melalui sinyal ini.
Dalam hal PKA, protein penarget ini disebut AKAP (A kinase
anchoring protein). Protein ini berfungsi sebagai perancah yang Fosfoprotein Fosfatase
melokalisasi (mengarahkan) PKA mendekati substrat sehingga
memfokuskan aktifitas PKA pada substrat fisiologis dan Karena pentingnya fosforilasi protein, tidaklah mengherankan
memudahkan regulasi biologis spatiotemporal (keruang- bahwa regulasi reaksi defosforilasi protein adalah mekanisme
waktuan) sekaligus memungkinkan protein yang biasa dan kontrol penting yang lain (lihat Gambar 42–5). Fosfoprotein
digunakan bersama untuk menghasilkan respons fisiologis. fosfatase itu sendiri diatur oleh reaksi fosforilasi-defosforilasi
Berbagai AKAP berhasil dijelaskan; AKAP dapat berikatan dan oleh berbagai mekanisme lain, misalnya interaksi
dengan PKA dan kinase lain, serta dengan substrat-substrat antarprotein. Pada kenyataannya, spesifisitas substrat
fosfatase, fosfodiestase (yang menghidrolisis cAMP), dan fosfoserin-fosfotreonin fosfatase mungkin ditentukan oleh
protein kinase. Secara multifungsi AKAP memfasilitasi subunit-subunit regulatorik tersendiri yang pengikatannya
lokalisasi sinyal, tingkat (produksi dan penghancuran pada diatur oleh hormon. Peran regulasi oleh defosforilasi protein
sinyal), spesifisitas dan dinamika. yang paling banyak diteliti adalah tentang metabolisme
glikogen di otot (lihat Gambar 18–6 sampai 18–8).
Dilaporkan terdapat dua jenis utama fosfoserin-fosfotreonin
fosfatase. Tipe I cenderung mendefosforilasi subunit β
Fosfoprotein fosforilase kinase, sedangkan tipe II mendefosforilasi subunit
Efek cAMP di sel eukariot diduga diperantarai oleh α. Fosfatase tipe I berperan dalam regulasi glikogen sintase,
fosforilasi-defosforilasi protein, terutama pada residu serin fosforilase, dan fosforilase kinase. Fosfatase ini sendiri
dan treonin. Pengendalian setiap efek cAMP, termasuk diatur oleh fosforilasi subunit-subunit tertentunya, dan
bermacam-macam proses, seperti steroidogenesis, sekresi, reaksi-reaksi ini dibalik oleh kerja salah satu fosfatase tipe
pengangkutan ion, metabolisme karbohidrat dan lemak, II. Selain itu, terdapat dua inhibitor protein stabil-panas
induksi enzim, regulasi gen, transmisi di sinaps, serta yang mengatur aktivitas fosfatase tipe I.

Inhibitor-1 mengalami fosforilasi dan diaktifkan oleh protein Ca2+ sitosol. Selain itu, terdapat Ca2+-ATPases yang
kinase dependen-cAMP; dan inhibitor-2 yang dapat berupa memompa Ca2+ dari sitosol ke lumen retikulum
suatu subunit fosfatase inaktif, juga mengalami fosforilasi, endoplasma. Terdapat tiga cara untuk mengubah Ca2+
mungkin oleh glikogen sintase kinase-3. Fosfatase yang sitosol: (1) Hormon tertentu (kleas II.C, Tabel 41–3) dengan
bekerja pada fosfotirosin juga penting dalam transduksi mengikat reseptor yang merupakan kanal Ca2+, meningkat-
sinyal (lihat Gambar 42–8). kan permeabilitas membran terhadap Ca2+, sehingga me-
ningkatkan influks Ca2+. (2) Hormon juga secara tidak
cGMP Juga Merupakan Sinyal Intrasel langsung mendorong influks Ca2+ dengan memodulasi
GMP siklik dibentuk dari GTP oleh enzim guanilil siklase potensial membran plasma. Depolarisasi membran
yang terdapat dalam bentuk larut dan terikat-membran. membuka kanal Ca2+ berpintu-tegangan dan memungkin-
Masing-masing isoenzim ini memiliki sifat fisiologi kan influks Ca2+. (3) Ca2+ dapat dimobilisasi dari retikulum
tersendiri. Atriopeptin, suatu famili peptida yang endoplasma, dan mungkin dari cadangan di mitokondria.
diproduksi oleh jaringan atrium jantung, menyebabkan Suatu observasi penting yang menghubungkan Ca2+ den
natriuresis, diuresis, vasodilatasi, dan inhibisi sekresi gan kerja hormon berkaitan dengan pengertian target
aldosteron. Berbagai peptida ini (mis. faktor natriuretik kerja Ca2+ di dalam sel. Penemuan regulator aktivitas
atrium) mengikat dan mengaktifkan guanilil siklase bentuk fosfodiesterase yang dependen-Ca2+ merupakan dasar bagi
terikat-membran. Hal ini menyebabkan meningkatnya pemahaman yang lebih luas tentang cara interaksi Ca2+
cGMP hingga 50 kali lipat pada beberapa kasus, dan hal dengan cAMP di dalam set.
ini diperkirakan memerantarai efek-efek yang disebutkan
di atas. Bukti lain menyatakan ada hubungan antara Kalmodulin
cGMP dengan vasodilatasi. Serangkaian senyawa, Protein regulatorik dependen-kalsium adalah kalmodulin,
termasuk nitroprusid, nitrogliserin, nitrat oksida, natrium yakni suatu protein 17-kDa yang struktur dan fungsinya
nitrit, dan natrium azida, menyebabkan relaksasi otot polos homolog dengan protein otot troponin C. Kalmodulin
dan merupakan vasodilator kuat. Senyawa-senyawa ini memiliki empat tempat untuk mengikat Ca2+, dan jika
meningkatkan cGMP dengan mengaktifkan guanilil siklase keempat tempat ini mengikat Ca2+ timbul perubahan
bentuk larut, dan inhibitor cGMP fosfodiesterase (obat konformasi yang mencolok, yang memungkinkan
sildenafil [Viagra], misalnya) meningkatkan dan kalmodulin mengaktifkan enzim dan kanal ion. Interaksi
memperpanjang respons ini. Peningkatan cGMP Ca2+ dengan kalmodulin (yang menyebabkan perubahan
mengaktifkan protein kinase dependent-cGMP (PKG), aktivitas kalmodulin) secara konseptual serupa dengan
yang pada gilirannya memfosforilasi sejumlah protein pengikatan cAMP dengan PKA yang menyebabkan
otot polos. Hal ini diperkirakan berperan dalam relaksasi pengaktifan PKA. Kalmodulin mungkin merupakan salah
otot polos dan vasodilatasi. satu dari banyak subunit protein kompleks dan terutama
berperan dalam mengatur berbagai kinase dan enzim
Beberapa Hormon Bekerja Melalui Kalsium dalam pembentukan dan penguraian nukleotida siklik.
atau Fosfatidilinositol Daftar sebagian enzim yang diatur secara langsung atau
Kalsium yang terionisasi, Ca2+, adalah regulator penting tak-langsung oleh Ca2+, mungkin melalui kalmodulin,
pada berbagai proses sel, termasuk kontraksi otot, disajikan di Tabel 42–4.
penggabungan rangsangan-sekresi, kaskade pembekuan Selain efeknya pada enzim dan pengangkutan ion, Ca2+/
darah, aktivitas enzim, dan eksitabilitas membran. Ca2+ kalmodulin juga mengatur aktivitas banyak elemen
kalsium ini juga merupakan perantara intrasel efek hormo struktural sel. Elemen-elemen ini mencakup kompleks aktin-
miosin di otot polos yang berada di bawah kendali β-
Metabolisme Kalsium adrenergik, dan berbagai proses yang diperantarai
Konsentrasi kalsium Ca2+ ekstrasel adalah sekitar 5 mmol/L mikrofilamen di sel nonkontraktil, termasuk motilitas sel,
dan diatur secara ketat. Meskipun cukup banyak kalsium perubahan bentuk sel, mitosis, pembebasan granula, dan
yang berikatan dengan organel intrasel, seperti mitokondria endositosis.
dan retikulum endoplasma, namun konsentrasi kalsium
bebas atau bentuk terionisasi (Ca2+) di dalam sel sangat TABEL 42–4 Enzim dan Protein yang Diatur oleh Kalsium
rendah: 0.05-10 µmol/L. Meskipun terdapat gradien atau Kalmodulin
konsentrasi yang sangat besar ini dan gradien • Adenilii siklase
transmembran yang baik, namun Ca2+ tertahan sehingga • Protein kinase dependen-Ca2+
tidak dapat masuk ke dalam sel. Karena peningkatan Ca2+ • Ca2+–Mg2+-ATPase
yang berkepanjangan di sel bersifat sangat toksik, • Protein kinase dependen-Ca2+-fosfolipid
sejumlah besar energi dikeluarkan untuk memastikan • Nukleotida siklik fosfodiesterase
bahwa Ca2+ intrasel terkontrol. Suatu mekanisme • Beberapa protein sitoskeleton
penukaran Na+/Ca2+ yang memiliki kapasitas tinggi, namun • Sebagian kanal ion (mis, kanal kalsium tipe-l)
dengan afinitas rendah memompa Ca2+ keluar sel. Terdapat • Nitrat oksida sintase
juga pompa Ca2+/proton dependen-ATPase yang • Fosforilase kinase
mengeluarkan Ca untuk ditukar dengan H+. Pompa ini
2+ • Fosfoprotein fosfatase 2B
memiliki afinitas tinggi terhadap Ca2+ tetapi kapasitasnya • Beberapa reseptor (mis. reseptor glutamat tipe-NMDA)
rendah dan mungkin berperan mengatur penyesuaian kadar

Kalsium Adalah Mediator Kerja Hormon Reseptor permukaan sel, misalnya reseptor untuk asetilkolin,
Peran Ca dalam kerja hormon diperkirakan dengan
2+ hormon antidiuretik, dan katekolamin tipe-α1, jika ditempati
pengamatan bahwa efek banyak hormon adalah (1) berkurang oleh ligan masing-masing, merupakan aktivator fosfolipase
pada medium bebas-Ca2+atau jika kalsium intrasel berkurang; C yang poten. Pengikatan reseptor dan pengaktifan
(2) dapat ditiru oleh bahan-bahan yang meningkatkan Ca2+ fosfolipase dihubungkan oleh isoform Gq (Tabel 42–3 dan
sitosol, misalnya ionofor kalsium A23187; dan (3) Gambar 42–6). Fosfolipase C mengatalisis hidrolisis
memengaruhi fluks kalsium sel. Regulasi metabolisme glikogen fosfatidilinositol 4,5-bisfosfat menjadi inositol trifosfat (IP3)
dan 1,2-diasilgliserol (Gambar 42–7). Diasilgliserol (DAG)
di hati oleh vasopresin dan katekolamin β-adrenergik adalah
contoh yang baik; Gambar 18–6 dan 18–7.) itu sendiri mampu mengaktifkan protein kinase C (PKC),
yang aktivitasnya juga bergantung pada Ca2+ (lihat
Sejumlah enzim metabolik penting diatur oleh Ca2+, Gambar 21–10; 24–1, 24–2, dan 55–7). IP3, yang
fosforilasi, atau keduanya, termasuk glikogen sintase, piruvat berinteraksi dengan reseptor intrasel spesifik merupakan
kinase, piruvat karboksilase, gliserol-3-fosfat dehidrogenase, pembebas Ca2+ yang efektif dari tempat penyimpanan intrasel
dan piruvat dehidrogenase (lihat Gambar 19–1). di retikulum endoplasma. Oleh sebab itu, hidrolisis
Metabolisme Fosfatidilinositida Memengaruhi fosfatidilinositol 4,5-bisfosfat menyebabkan pengaktifan
PKC dan mendorong peningkatan Ca2+ sitoplasma. Seperti
Kerja Hormon Dependen-Ca2+
diperlihatkan di (Gambar 42–4), pengaktifan protein G
Sebagian sinyal hams membentuk komunikasi antara juga dapat menimbulkan efek langsung pada kanal Ca2+.
reseptor hormon di membran plasma dan reservoar Ca2+ Hasil dari peningkatan Ca2+ sitosol yang terjadi,
intrasel. Hal ini dilaksanakan oleh produk-produk mengaktifkan kinase dependen-Ca2+-kalmodulin dan banyak
metabolisme fosfatidilinositol. enzim dependen-Ca2+-kalmodulin lainnya.
2+
Ca
Reseptor
Protein G
Fosfolipase C
PIP2 Diasilgliserol
Retikulum endoplasma +
Protein kinase C
2+
Ca
2+ Inositol–P3
Ca
Kanal
(IP3) (PKC)
2+
Ca
2+
Ca
Kalmodulin
Mitokondria
2+-Kalmodulin
Ca
+ +
Kalmodulin Kalmodulin
kinase spesifik kinase multifungsi
Protein Fosfoprotein
Protein
lain Respons fisiologis
GAMBAR 42–6 Interaksi hormon-reseptor tertentu menyebabkan pengaktifan fosfolipase C (PLC). Aktivasi PLC
tampaknya melibatkan suatu protein G spesifik, yang juga mungkin mengaktifkan kanal kalsium. Fosfolipase C
menyebabkan terbentuknya inositol trifosfat (IP3), yang membebaskan simpanan Ca2+, intrasel dan diasilgliserol (DAG),
suatu aktivator kuat protein kinase C (PKC). Pada skema ini, PKC aktif memfosforilasi substrat spesifik yang kemudian
mengubah proses fisiologis. Demikian juga, kompleks Ca2+–kalmodulin dapat mengaktifkan kinase spesifik yang dua
diantaranya diperlihatkan di sini. Efek-efek ini menyebabkan fosforilasi substrat, dan hal ini menyebabkan perubahan
respons fisiologik. Gambar ini juga memperlihatkan bahwa dapat masuk sel melalui kanal Ca2+ dapat masuk sel melalui
kanal Ca2+ berpintu-tegangan atau -ligan. Ca2+ intrasel juga diatur melalui penyimpanan dan pembebasan oleh
mitokondria dan retikulum endoplasma. (Sumbangan JH Exton.)

R1 R2 Insulin Menyalurkan Sinyal Melalui

P
Beberapa Kaskade Kinase
OH OH P
Fosfolipase C
R1 R2 OH Reseptor untuk insulin, faktor pertumbuhan epidermis
1,2-Diasilgliserol
(EGF), dan IGF-I memiliki aktivitas protein kinase
OH (DAG) intrinsik yang terletak di domain sitoplasma. Aktivitas
P + ini terpicu jika reseptor mengikat ligannya. Reseptor
P
Fosfatidinositol 4,5-bifosfat
1 6
kemudian mengalami autofosforilasi di residu tirosin, dan
OH OH P
(PIP2) hal ini memicu serangkaian kejadian kompleks (diringkas
di Gambar 42–8). Reseptor insulin yang telah
2 5
OH
terfosforilasi kemudian memfosforilasi substrat reseptor
insulin (terdapat paling sedikit empat dari molekul ini
3 4
P
Inositol 1,4,5-trifosfat yang dinamai IRS 1–4) di residu tirosin. IRS yang telah
(IP3)
terfosforilasi berikatan dengan domain homologi Src 2
GAMBAR 42–7 Fosfolipase C memutus PIP2 menjadi diasilgliserol (SH2) berbagai protein yang secara langsung terlibat dalam
dan inositol trisfosfat. R1 umumnya berupa stearat, dan R2 biasanya memerantarai berbagai efek insulin. Salah satu protein ini,
berupa arakidonat. IP3 dapat mengalami defosforilasi (menjadi I-1,4-P2 PI-3 kinase, menghubungkan pengaktifan reseptor insulin
inaktif) atau fosforilasi (menjadi I-1,3,4,5-P4 yang berpotensi aktif).
dengan kerja insulin melalui pengaktifan sejumlah
molekul, termasuk kinase PDK1 (kinase-1 dependen-
fosfoinositida). Enzim ini menyalurkan sinyal melalui
Zat steroidogenik—termasuk ACTH dan cAMP di beberapa kinase lain, termasuk PKB (disebut juga AKT),
korteks adrenal; angiotensin II, K+, serotonin, ACTH, dan SKG, dan aPKC (lihat keterangan (Gambar 42–8) untuk
cAMP di zona glomerulosa adrenal; LH di ovarium; dan LH definisi dan singkatan). Jalur alternatif di hilir PKDI
dan cAMP di sel Leydig testis—dilaporkan menyebabkan mencakup p70S6K dan mungkin berbagai kinase lain yang
peningkatan asam fosfatidat, fosfatidilinositol, dan belum teridentifikasi. Jalur utama kedua melibatkan mTOR.
polifosfoinositida (lihat Bab 21) di jaringan target masing- Enzim ini secara langsung diatur oleh asam amino dan
masing. Juga terdapat beberapa contoh lain. insulin serta esensial untuk aktivitas p70S6K. Jalur ini
Peran yang mungkin dilakukan oleh Ca2+ dan memperjelas perbedaan antara cabang PKB dan p70S6K
produk penguraian polifosfoinositida dalam kerja hormon di sebelah hilir dari PKD1. Kedua jalur ini terlibat dalam
disajikan di (Gambar 42–6). Pada skema ini, protein kinase translokasi protein, aktivitas enzim, dan regulasi oleh insulin,
C aktif dapat memfosforilasi substrat spesifik yang gen-gen yang berperan dalam metabolisme (Gambar 42–8).
kemudian mengubah proses fisiologis. Demikian juga, Protein lain yang mengandung domain SH2 adalah GRB2,
kompleks Ca2+-kalmodulin dapat mengaktifkan kinase yang mengikat IRS-1 dan menghubungkan fosforilasi tirosin
tertentu. Kinase ini kemudian memodifikasi substrat ke beberapa protein yang menyebabkan pengaktifan suatu
sehingga mengubah respons fisiologis. kaskade treonin dan serin kinase. Jalur yang memperlihatkan
bagaimana interaksi insulin-reseptor ini mengaktifkan jalur
Sebagian Hormon Bekerja Melalui Kaskade mitogen-activated protein (MAP) kinase dan efek anabolik
Protein Kinase insulin diperlihatkan di (Gambar 42–8). Peran pasti berbagai
protein penambat, kinase, dan fosfatase belum sepenuhnya
Protein kinase tunggal, seperti PKA, PKC, dan Ca2+-
diketahui.
kalmodulin (CaM)-kinases, yang menyebabkan fosforilasi
residu serin dan treonin di protein target, berperan sangat
penting dalam kerja hormon. Penemuan bahwa reseptor
Jalur Jak/STAT Digunakan
EGF mengandung aktivitas tirosin kinase intrinsik yang
diaktifkan oleh pengikatan ligan EGF merupakan suatu oleh Hormon dan Sitokin
terobosan penting. Reseptor IGF-I dan insulin juga Pengaktifan tirosin kinase juga dapat memicu kaskade
mengandung aktivitas tirosin kinase intrinsik yang fosforilasi dan defosforilasi yang melibatkan efek beberapa
diaktifkan oleh ligan. Beberapa reseptor—umumnya yang protein kinase lain serta efek pengimbang yang dimiliki
berperan pada pengikatan ligan yang terlibat dalam kontrol fosfatase. Untuk memulai kaskade ini digunakan dua
pertumbuhan, diferensiasi, dan respons peradangan— mekanisme. Sebagian hormon, seperti hormon
memiliki aktivitas tirosin kinase intrinsik atau berkaitan pertumbuhan, prolaktin, eritropoietin, dan sitokin,
dengan protein yang merupakan protein kinase. Gambaran memulai kerjanya dengan mengaktifkan suatu tirosin
menonjol lain pada kelas kerja hormon ini adalah bahwa kinase, tetapi aktivitas ini bukan merupakan bagian
kinase-kinase ini cenderung memfosforilasi residu tirosin, integral dari reseptor hormon. Interaksi hormon-reseptor
dan fosforilasi tirosin jarang terjadi (<0.03% dari total mendorong pengikatan dan pengaktifan protein sitoplasma
fosforilasi asam amino) di sel mamalia. Gambaran menonjol tirosin kinase, seperti Tyk-2, Jak1, atau Jak2.
ketiga adalah bahwa interaksi ligan-reseptor yang Berbagai kinase ini memfosforilasi satu atau lebih
menyebabkan proses fosforilasi tirosin memicu kaskade protein sitoplasma yang kemudian berikatan dengan
yang dapat melibatkan beberapa protein kinase, fosfatase, protein-protein penambat lain melalui pengikatan ke
dan protein regulatorik lain. domain SH2. Salah satu dari berbagai interaksi ini

Respons terhadap hiperglikemia: Insulin
Insulin
Pembentukan sinyal:
membran sel
P-Y Y-P Y Y
IRS 1-4 IRS 1-4

Y Y
P-Y Y-P GRB2/mSOS
PI3
kinase
PTEN + +
p21Ras
Transduksi sinyal: Raf-1
PDK1 MEK
MAP
mTOR kinase
+
PKB/AKT
SGK
aPKC
? p70S6K
Efek biologis: Translokasi protein Aktivitas enzim Transkripsi gen Pertumbuhan sel
Transporter glukosa Reseptor insulin PEPCK Heksokinase II Sintesis DNA

Reseptor insulin Protein fosialase Glukagon Glukokinase Induksi transkripsi
Molekul/Target: Fosfodiesterase*
Reseptor IGF-II IGFBP1 > 100 molekul gen respons awal
Molekul-molekul lain lain
GAMBAR 42–8 Jalur pembentukan sinyal insulin. Jalur pembentukan sinyal insulin adalah contoh yang sangat
baik untuk paradigma "pengenalan → pembebasan hormon → pembentukan sinyal → efek” yang diringkaskan di
(Gambar 42–1). Insulin dibebaskan ke dalam aliran darah dari sel β-pankreas sebagai respons terhadap hiperglikemia.
Pengikatan insulin pada reseptor insulin (IR) heterotetramerik membran plasma spesifik-sel target menyebabkan
terpicunya serangkaian proses di dalam sel. Pertama, stimulasi aktivitas tirosin kinase intrinsik di reseptor insulin
menandai awal proses. Pengaktifan reseptor menyebabkan peningkatan fosforilasi tirosin (konversi residu Y spesifik
→ Y-P) dalam reseptor. Satu atau lebih molekul substrat reseptor insulin (IRS) (IRS 1-4) dengan tirosin
terfosforilasi kemudian berikatan dengan reseptor tirosin yang terfosforilasi. Protein IRS berinteraksi dengan IR
aktif melalui domain PH (plectsrin homology) dan domain PTB (phosphotyrosine binding) di terminal-N. Protein IRS
yang tertambat pada IR mengalami fosforilasi pada tirosinnya dan residu P-Y yang terbentuk pada tempat
penambatan untuk beberapa protein sinyal lain (yi, PI-3 kinase, GRB2, dan mTOR). GRB2 dan PI3K berikatan dengan
residu P-Y IRS melalui domain SH (Src Homology). Pengikatan residu Y-P IRS menyebabkan stimulasi aktivitas
berbagai molekul sinyal intrasel seperti GTPase, protein kinase,dan lipid kinase, semua molekul ini memiliki peran
penting pada kerja metabolik insulin. Pada gambar ini diperlihatkan dua jalur yang paling banyak dipelajari.
Pertama, fosforilasi sebuah molekul IRS (mungkin IRS-2) menyebabkan tertambat dan diaktifkannya kinase lipid, PI-3
kinase; PI-3K yang menghasilkan lipid-lipid inositol baru yang dapat berfungsi sebagai molekul “second messenger”.
Hal ini, sebaliknya, mengaktifkan PDK1 dan kemudian beragam molekul pembentuk sinyal lain di sebelah hilir
termasuk protein kinase B (PKB/AKT), SGK, dan aPKC. Jalur alternatif melibatkan pengaktifan p70S6K dan mungkin
berbagai kinase lain yang belum teridentifikasi. Kedua, fosforilasi IRS (mungkin IRS-1) menyebabkan tertambatnya
GRB2/mSOS dan pengaktifan GTPase kecil, p21Ras, yang memicu suatu kaskade protein kinase yang mengaktifkan
isoform-isoform Raf-1, MEK, dan p42/p44 MAP kinase. Berbagai protein kinase ini penting dalam regulasi proliferasi
dan diferensiasi beberapa jenis sel. Jalur mTOR merupakan jalur alternatif untuk mengaktifkan p70S6K dan
tampaknya terlibat dalam pembentukan sinyal nutrien serta kerja insulin. Masing-masing dari kaskade ini dapat
memengaruhi berbagai proses fisiologis yang berbeda, seperti diperlihatkan (translokasi protein, protein / aktivitas
enzim, transkripsi gen, pertumbuhan sel). Masing-masing dari proses fosforilasi bersifat reversibel melalui kerja
fosfatase spesifik. Contohnya, fosfatase lipid PTEN mendefosforilasi produk reaksi PI-3 kinase sehingga bersifat
antagonis terhadap jalur dan menghentikan sinyal. Pada masing-masing boks diperlihatkan contoh efek utama
insulin. Tanda bintang setelah fosfodiesterase menunjukkan bahwa insulin secara tidak langsung memengaruhi
aktivitas banyak enzim dengan mengaktifkan fosfodiesterase dan mengurangi kadar cAMP intrasel. (aPKC, protein
kinase atipikal; GRB2, protein pengikat reseptor faktor pertumbuhan 2; IGFBP, protein pengikat faktor pertumbuhan
mirip-insulin; IRS 1–4, isoform substrat reseptor insulin 1–4; MAP kinase, protein kinase yang diaktifkan oleh
mitogen; MEK, MAP kinase kinase dan ERK kinase; mSOS, mammalian son of sevenless; mTOR, mammalian target of
rapamycin (target rapamisin pada mamalia); p70S6K, protein S6 kinase ribosom p70; PDK1, kinase dependen-
fosfoinositida; PI-3 kinase, fosfatidilinositol 3-kinase; PKB, protein kinase B; PTEN, phosphatase and tensin homolog
deleted on chromosome 10; SGK, kinase yang diatur oleh serum dan glukokortikoid.)

528 BAGIAN VIII Biokimia Komunkasi Ekstrasel dan Intrasel
menyebabkan pengaktifan satu famili protein sitosol yang Regulasi transkripsi oleh NF-κB diperantarai oleh berbagai
disebut signal transducers and activators of transcription koaktivator, misalnya protein pengikat CREB (CBP), seperti
(STAT). Protein STAT yang telah terfosforilasi kemudian dijelaskan di bawah (Gambar 42–13).
mengalami dimerisasi dan berpindah ke nukleus, mengikat Hormon glukokortikoid adalah obat yang bermanfaat
elemen DNA spesifik, seperti elemen respons interferon untuk mengobati beragam penyakit peradangan dan
(IRE), dan mengaktifkan transkripsi. tat ini diperlihatkan imunologik. Efek anti-inflamasi dan imunomodulatorik
pada (Gambar 42–9). Proses-proses penambatan SH2 lain senyawa ini sebagian dijelaskan oleh kemampuannya
dapat menyebabkan pengaktifan PI-3 kinase, jalur MAP menghambat NF-κB dan efek-efek ikutannya. Terdapat tiga
kinase (melalui SHC atau GRB2), atau fosfolipase C yang bukti inhibisi NF-κB oleh glukokortikoid: (1) Glukokortikoid
diperantarai oleh protein G (PLCγ) disertai pembentukan meningkatkan mRNA IκB, yang menyebabkan meningkat-
diasilgliserol dan pengaktifan protein kinase C. Jelaslah nya protein IκB dan peningkatan efisiensi sekuestrasi NF-κB
bahwa terdapat kemungkinan “komunikasi-silang” jika di sitoplasma. (2) Reseptor glukokortikoid bersaing dengan
hormon-hormon yang berbeda mengaktifkan berbagai jalur NF-κB untuk berikatan dengan koaktivator. (3) Reseptor
transduksi sinyal ini. glukokortikoid secara Iangsung berikatan dengan subunit
p65 NF-κB dan menghambat pengaktifannya (Gambar 42–
Jalur NF-j B Diatur oleh Glukokortikoid 10).
Faktor transkripsi NF-κB adalah suatu kompleks
heterodimer yang biasanya terdiri dari dua subunit yang HORMON DAPAT MEMENGARUHI
dinamai p50 dan p65 (Gambar 42–10). Secara normal, NF-
κβ tersekuestrasi dalam sitoplasma dalam bentuk yang secara
EFEK BIOLOGIS SPESIFIK DENGAN
transkripsional inaktif oleh anggota dari famili inhibitor NF- MEMODULASI TRANSKRIPSI
κB (IκB). Rangsangan dari luar sel, misalnya suatu sitokin
Sinyal yang dihasilkan oleh proses-proses di atas perlu
proinflamasi, spesies oksigen reaktif, dan mitogen
diterjemahkan menjadi suatu tindakan yang memungkinkan
menyebabkan pengaktifan kompleks IκB kinase, IKK, yaitu
sel beradaptasi secara efektif terhadap suatu tantangan
struktur hoteroheksamer yang terdiri dari subunit α, β, dan
(Gambar 42–1). Sebagian besar adaptasi ini terlaksana
γ. IKK memfosforilasi IκB di dua residu serin, dan hal ini
melalui perubahan laju transkripsi gen-gen tertentu. Dari
menyebabkan IκB mengalami ubikuitinasi dan degradasi
banyak pengamatan, muncul pandangan yang sekarang
olch proteasom. Setelah IκB terurai, NF-κB bebas kini dapat
berlaku tentang cara hormon memengaruhi transkripsi.
berpindah ke nukleus, tempat faktor ini berikatan dengan
Sebagian pengamatan tersebut adalah: (1) Gen-gen yang
sejumlah promotor gen dan mengaktifkan transkripsi,
aktif ditranskripsikan terletak di regio kromatin “terbuka”
terutama gen-gen yang terlibat dalam respons peradangan.
kromatin (didefinisikan berdasarkan kerentanan terhadap
enzim DNase I), yang memungkinkan faktor transkripsi
mengakses DNA. (2) Gen memiliki regio regulatorik, dan
Ligan
R R R R R R
JAK AKJ P JAK JAK P P JAK JAK P
P P P P STAT P
P
P P SH2 PP P
X
x = SHC Dimerisasi
GRB2 dan
PLCγ translokasi
PI-3K ke nukleus
GAMBAR 42–9 Inisiasi transduksi sinyal oleh reseptor yang terkait dengan Jak
kinase. Reseptor (R) yang berikatan dengan prolaktin, hormon pertumbuhan,
interferon, dan sitokin tidak memiliki aktivitas tirosin kinase endogen. Setelah mengikat
ligan, reseptor-reseptor ini mengalami dimerisasi dan terjadi fosforilasi protein terkait
(Jak1, Jak2, atau TYK). Jak-P, suatu kinase aktif, memfosforilasi reseptor di residu
tirosin. Protein-protein STAT berikatan dengan reseptor yang terfosforilasi dan
kemudian protein tersebut mengalami fosforilasi oleh Jak-P. Protein STAT yang
terfosforilasi, STAT mengalami dimerisasi, berpindah ke nukleus, mengikat elemen
DNA spesifik,dan mengatur transkripsi. Residu fosfotirosin dari reseptor juga berikatan
dengan beberapa protein yang mengandung domain SH2 (X-SH2). Hal ini menyebabkan
pengaktifan jaiur MAP kinase (melalui SHC atau GRB2), PLCγ, atau PI-3 kinase.

Aktivator NF-KB
Sitokin proinflamasi
Infeksi bakteri dan
virus Spesies oksigen
reaktif Mitogen
Membran plasma
Pengikat membran
dan reseptor
intraselular Kompleks
IKK
γγ
P P Proteasom
α α IκB
β β Ubikuitin
1
IκB p50 p65

Sitoplasma
p50 p65
NUkleus
2
Koaktivator
3
p50 p65
Gen target
GAMBAR 42–10 Regulasi jalur NF-κβ. NF-κβ terdiri dari dua subunit, p50 dan p65, yang
jika berada di nukleus mengatur transkripsi banyak gen yang penting untuk respons
peradangan. NF-κβ dihambat untuk masuk ke nukleus oleh IκB, suatu inhibitor NF-κB. IκB
berikatan dengan—dan menutupi—sinyal yang mengarahkan NF-κB ke nukleus. Protein
sitoplasma ini mengalami fosforilasi oleh kompleks IKK yang diaktifkan oleh sitokin, spesies
oksigen reaktif, dan mitogen. IκB yang terfosforilasi dapat mengalami ubikuitinasi dan terurai
sehingga pegangannya pada NF-κB terlepas. Glukokortikoid, suatu zat anti-inflamasi kuat,
diperkirakan dapat memengaruhi paling tidak tiga tahap dalam proses ini (1, 2, 3), seperti
dijelaskan di teks.
faktor transkripsi berikatan dengan regio ini untuk Sekuens konsensus yang diperlihatkan pada Tabel 42–1
memodulasi frekuensi permulaan transkripsi. (3) diperoleh melalui analisis terhadap beberapa gen yang
Kompleks hormon-reseptor dapat merupakan salah satu diatur oleh hormon tertentu dengan menggunakan
dan faktor transkripsi ini. Sekuens DNA yang diikat oleh sistem reporter heterolog sederhana (lihat Gambar 38–
faktor transkripsi ini dinamai elemen respons hormon 10). Meskipun HRE sederhana ini berikatan dengan
(HRE; lihat Tabel 42-1 untuk contoh). (4) Selain itu, kompleks hormon-reseptor lebih erat daripada DNA di
sinyal-sinyal lain yang dihasilkan oleh hormon dapat sekitarnya—atau DNA dan sumber lain—serta menyebab-
memodifikasi lokasi, jumlah, atau aktivitas faktor kan gen reporter peka terhadap hormon, namun segera
transkripsi sehingga memengaruhi pengikatan dengan menjadi jelas bahwa mekanisme alami regulasi gen tentunya
elemen regulatorik atau elemen respons. (5) Anggota jauh lebih rumit. Glukokortikoid, progestin, mineralo-
sebuah superfamili besar reseptor nukleus bekerja sama kortikoid, dan androgen memiliki efek fisiologis yang sangat
dengan—atau dengan cara serupa dengan—reseptor berbeda. Bagaimana mungkin spesifisitas yang diperlukan
hormon yang dijelaskan sebelumnya. (6) Reseptor- untuk efek ini dicapai melalui regulasi ekspresi gen oleh HRE
reseptor nukleus ini berinteraksi dengan kelompok besar lain yang sama (Tabel 42–1)? Pertanyaan seperti ini mendorong
molekul koregulatorik untuk memengaruhi transkripsi gen- dilakukannya eksperimen-eksperimen yang mengkaji model
gen tertentu. regulasi transkripsi yang sangat kompleks. Contohnya, HRE
harus berikatan dengan elemen DNA lain (dan protein
Beberapa Elemen Respons Hormon (HRE) pengikat terkait) agar dapat berfungsi optimal. Kemiripan
yang Telah Diketahui sekuens yang ditemukan di antara reseptor-reseptor hormon
Elemen respons hormon (hormone response element, HRE) steroid, terutama di domain pengikat-DNAnya (DNA-
menyerupai elemen penguat, yaitu bahwa elemen ini tidak binding domain, DBD), mendorong ditemukannya super-
semata-mata bergantung pada posisi dan lokasi atau famili protein reseptor di nukleus. Protein-protein ini—dan
orientasi. Elemen-elemen ini umumnya ditemukan dalam sejumlah besar protein koregulator—memungkinkan variasi
beberapa ratus nukleotida sebelah hulu (5′) dan tempat interaksi DNA-protein dan antarprotein yang luas dan
inisiasi transkripsi, namun dapat juga terletak di regio spesifisitas yang dibutuhkan untuk kontrol fisiologik yang
penyandi gen, di intron. HRE didefinisikan berdasarkan ketat. Skema susunan semacam ini dilukiskan pada
strategi yang dilukiskan di (Gambar 38–11). (Gambar 42–11).

530 BAGIAN VIII Biokimia Komunkasi Ekstrasel dan Intrasel
masing akan menspesifikasi pengikatan reseptor vitamin D,

AFE
HR
E tiroid, dan asam retinoat ke elemen respons konsensus yang
E
sama (Tabel 42–1). Pada separuh terminal karboksil reseptor
AF terdapat domain pengikat ligan (ligand binding domain,
AF
R LBD) multi-fungsional. LBD mengikat secara selektif
R hormon atau metabolit sehingga menentukan respons
AF p160
biologis tertentu. LBD juga mengandung domain-domain
yang memerantarai pengikatan heat shock protein,
p300
dimerisasi, lokalisasi di nukleus, dan transaktivasi. Fungsi
gio gen terakhir ini difasilitasi oleh transcription activation function
Re ndi
Pol II ya (domain AF-2), terminal karboksil, yang membentuk suatu
PIC en
p permukaan yang dibutuhkan untuk interaksi tersebut dengan
koaktivator. DBD dipisahkan dari LED oleh regio engsel
(hinge region) yang sangat bervariasi. Regio ini menentukan
fleksibilitas reseptor sehingga konformasi domain pengikat
GAMBAR 42–11 Unit transkripsi respons hormon. Unit DNA dapat berubah-ubah. Yang terakhir, terdapat regio
transkripsi respons hormon adalah suatu susunan elemen DNA dan
protein-protein terikat yang berinteraksi, melalui interaksi
terminal amino, yang sangat bervariasi, yang mengandung
antarprotein, dengan sejumlah molekul koaktivator atau korepresor. domain transaktivasi lain AF-1. Domain AF-1 mungkin
Komponen esensial adalah elemen respons hormon yang mengikat menentukan fungsi fisiologis tertentu melalui pengikatan ke
reseptor (R) terikat-ligan (). Hal yang juga penting berupa elemen protein koregulator yang lain. Regio reseptor ini, melalui
faktor aksesori (accessory factor element, AFE) dengan faktor pemakaian pro-motor yang berbeda, tempat penggabungan
transkripsinya. Lebih dan dua lusin faktor aksesori (AF) ini, yang sering
adalah anggota superfamili reseptor nukleus, dilaporkan berkaitan alternatif, dan berbagai tempat inisiasi translasi,
dengan efek hormon pada transkripsi. Berbagai AF dapat berinteraksi menyebabkan reseptor memiliki isoform-isoform yang
satu sama lain, berinteraksi dengan reseptor nukleus berligan,atau identitas DBD dan LBD-nya sama, tetapi menimbulkan
berinteraksi dengan koregulator. Komponen-komponen ini ber- respons fisiologis berbeda karena ikatan berbagai koregulator
komunikasi dengan kompleks transkripsi basal, membentuk PIC
dengan domain AF-1 terminal yang bervariasi ini.
polimerase II (yi. RNAP II dan protein-protein GTF; Gambar 36–10)
melalui suatu kompleks koregulatorik yang dapat terdiri dan satu atau Reseptor dalam jumlah besar ini dapat dapat disortir
lebih anggota famili p160, korepresor, terkait-mediator, atau CBP/ menjadi kelompok-kelompok dengan berbagai cara. Di sini
p300 (lihat Tabel 42–6). Ingat (Bab 36, 38) bahwa banyak koregulator reseptor-reseptor ini dibahas berdasarkan cara reseptor
transkripsi memiliki aktifitas enzimatik intrinsik, yang secara kovalen
memodifikasi DNA, protein transkripsi, dan histon yang terdapat pada
tersebut berikatan dengan elemen DNA masing-masing
nukleosom (tidak ditunjukkan di gambar ini) di penguat (HRE, AFE) dan (Gambar 42–12). Reseptor hormon klasik untuk
promotor, atau di sekitarnya. Hormon, reseptor hormon, kromatin, glukokortikoid (GR), mineralokortikoid (MR), estrogen
DNA, dan perangkat transkripsi secara keseluruhan berpadu (ER), androgen (AR), dan progestin (PR) berikatan sebagai
memroses sinyal hormon untuk meregulasi transkripsi secara homodimer ke sekuens berulang terbalik. Reseptor hormon
fisiologis.
lain, seperti tiroid (TR), asam retinoat (RAR), and vitamin D
(VDR) serta reseptor yang mengikat berbagai ligan
Terdapat Suatu Famili Besar Protein metabolik misalnya PPAR α, β, dan γ, FXR, LXR, PXR/SXR,
Reseptor di Nukleus dan CAR berikatan sebagai heterodimer, dengan reseptor
retinoid X (RXR) sebagai mitra, ke sekuens pengulangan
Superfamili reseptor nukleus terdiri dan beragam faktor
langsung (lihat Gambar 42–12 dan Tabel 42–5). Kelompok
transkripsi yang ditemukan karena kemiripan sekuens di
lain reseptor yatim yang ligannya belum diketahui berikatan
domain pengikat-DNA (DBD) faktor transkripsi tersebut.
sebagai homodimer atau monomer ke sekuens pengulangan
Famili ini, yang kini memiliki lebih dari 50 anggota,
langsung.
mencakup reseptor hormon nukleus yang dibahas
sebelumnya, sejumlah reseptor lain yang ligannya ditemukan Seperti yang diperlihatkan pada Tabel 42–5, penemuan
setelah reseptor diidentifikasi, dan banyak reseptor putatif superfamili reseptor nukleus telah menghasilkan pemahaman
penting tentang cara berbagai metabolit dan xenobiotik
atau reseptor yatim yang ligannya perlu ditemukan.
mengatur ekspresi gen, dan oleh sebab itu mengatur
Berbagai reseptor di nukleus ini memiliki beberapa ciri
metabolisme, detoksifikasi, dan eliminasi produk tubuh
struktural umum (Gambar 42–12). Semuanya memiliki normal dan zat eksogen, misalnya obat. Tidaklah
domain pengikat DNA (DNA-binding domain, MD) yang mengherankan, bidang ini menjadi lahan subur penelitian
terletak di tengah yang memungkinkan reseptor berikatan
untuk mencari intervensi terapeutik baru.
pada elemen respons dengan berafinitas tinggi. DBD
mengandung dua motif zinc finger (jari-seng) (lihat Gambar Sejumlah Besar Koregulator Reseptor
38–14) yang mengarahkan pengikatan sebagai homodimer,
heterodimer (biasanya dengan mitra reseptor retinoid X Nukleus Juga Ikut Serta Mengatur Transkripsi
[RXR]), atau monomer. Elemen respons target terdiri dari Pemodelan-ulang krornatin (modifikasi histon, metilasi
satu atau dua sekuens konsensus DNA half-site yang DNA), modifikasi faktor transkripsi oleh berbagai aktivitas
tersusun sebagai pengulangan terbalik atau langsung. Jarak enzim, dan komunikasi antara reseptor nukleus dan
antara DNA half-site membantu menentukan spesifisitas perangkat transkripsi basal dilakukan oleh interaksi
pengikatan. Oleh sebab itu, secara umum, suatu antarprotein dengan satu atau lebih kelas molekul
pengulangan langsung (direct repeats) dengan regio koregulator. Jumlah molekul koregulator ini kini melebihi
pengulangan tiga, empat, atau lima nukleotida masing- 100, belum termasuk variasi spesies dan varian lain.

A/B C D E F
N AF-1 DBD Hinge LBD AF-2 C
× ×
GR, MR, PR TR, RAR, VDR COUP-TF, TR2, NUR77

AR, ER PPARα, β, γ HNF-4, TLX
FXR, CAR, LXR,
PXR/SXR
Reseptor: Kelompok steroid Bermitra RXR Yatim

Pengikatan: Homodimer Heterodimer Homodimer
Ligan: Steroid 9-Cis RA + (x) ?
Elemen DNA: Pengulangan Pengulangan langsung Pengulangan langsung
terbalik
GAMBAR 42–12 Superfamili reseptor nukleus. Anggota famili ini dibagi
menjadi enam domain struktural (A–F). Domain A/B juga disebut AF-1, atau regio
modulator, karena terlibat dalam mengaktifkan transkripsi. Domain C terdiri dari
domain pengikat DNA (DBD). Regio D mengandung engsel, yang menghasilkan
fleksiblitas antara DBD dan domain pengikat ligan (LBD, regio E). Bagian terminal-C
regio E mengandung AF-2, domain lain yang penting untuk pengaktifan transkripsi.
Regio F belum sepenuhnya diketahui. Fungsi domain-domain ini dibahas secara
lebih rinci di teks. Reseptor yang ligannya diketahui, misalnya hormon steroid,
berikatan sebagai homodimer pada separuh bagian regio pengulangan terbalik.
Reseptor lain membentuk heterodimer dengan RXR pada elemen pengulangan
langsung. Mungkin terdapat nukleotida penyela dengan satu sampai lima basa
antara berbagai pengulangan langsung ini (DR1–5). Kelas reseptor lain yang
ligannya belum diketahui (reseptor yatim) berikatan sebagai homodimer ke
pengulangan langsung dan kadang-kadang sebagai monomer ke half-site tunggal.
TABEL 42–5 Reseptor Nukleus Dengan Ligan Khususa
Reseptor Mitra Ligan Proses yang Dipengaruhi
Peroksisom PPARα RXR (DR1) Asam lemak Proliferasi peroksisom
Diaktifkan oleh proliferator PPARβ Asam lemak

PPARγ Asam lemak Metabolisme lipid dan karbohidrat
Eikosanoid, tiazolidinedion
Farnesoid X FXR RXR (DR4) Farnesol, asam empedu Metabolisme asam empedu
Hati X LXR RXR (DR4) Oksisterol Metabolisme kolesterol
Xenobiotik X CAR RXR (DR5) Androstana Fenobarbital Proteksi dari obat tertentu, metabolit toksik, dan
Xenobiotik xenobiotik
PXR RXR (DR3) Pregnana
Xenobiotik
aBanyak anggota superfamili reseptor nukleus ditemukan dengan pengklonan, dan ligan padanannya kemudian diidentifkasi. Ligan-ligan ini bukan hormon dalam
definisi klasik, tetapi ligan-ligan ini memiliki fungsi serupa, yaitu mengaktifkan anggota tertentu superfamili reseptor nukleus. Reseptor yang dijelaskan di sini
membentuk heterodimer dengan RXR dan memiliki sekuens nukleotida bervariasi yang memisahkan elemen-elemen pengikat pengulangan langsung (DR1-5). Reseptor-
reseptor ini mengatur berbagai gen yang mengode sitokrom p450s (CYP), protein pengikat di sitosol, dan transporter ATP-binding cassette (ABC) untuk memengaruhi
metabolisme dan melindungi tel dari obat dan zat yang merugikan.
Yang pertama ditemukan adalah protein pengikat CREB, CBP/p300 juga berikatan dengan koaktivator famili p160
CBP. CBP, melalui domain terminal amino, mengikat yang dijelaskan di bawah dan dengan sejumlah protein lain,
serin 137 yang terfosforilasi pada CREB dan memerantarai termasuk faktor transkripsi virus Ela, p90rsk protein kinase,
transaktivasi sebagai respons terhadap cAMP. Oleh sebab dan RNA helikase A. Hal yang penting dicatat bahwa CBP/
itu, CBP dianggap sebagai koaktivator. CBP dan molekul p300 juga memiliki aktivitas histon asetiltransferase
terkaitnya, p300, berinteraksi secara langsung dan tidak- (HAT) intrinsik. Sebagian efek CBP/p300, yang tampaknya
langsung dengan sejumlah molekul pembentuk sinyal, bergantung pada aktivitas enzim intrinsik dan
termasuk protein aktivator 1 (AP-1), signal transducer kemampuannya berfungsi sebagai perancah scaffold untuk
and activators of transcription (STATS), reseptor pengikatan protein lain, dilukiskan pada (Gambar 42-11).
nukleus, dan CREB (Gambar 42–13). Koregulator lain dapat memiliki fungsi serupa.

Hormon GH, Prl,

Insulin, GPCR kelompok I Sitokin, dll
EGF, dll
TNF, dll
Jak
cAMP Asam retinoat,
RAS IRS
estrogen, Membran
plasma
vitamin D,
NFκB•IκB
MEK glukokortikoida,
PKA dll STATs
MAPK NFκB
Reseptor-reseptor
CREB nukleus Membran
STATs nukleus
AP-1 NFκB
CBP
p300
GAMBAR 42–13 Beberapa jalur transduksi sinyal menyatu di CBP/p300.

Banyak ligan yang berikatan dengan membran atau reseptor nukleus akhirnya
menyatu di CBP/p300. Beberapa jalur transduksi sinyal yang berbeda digunakan.
(EGF, faktor pertumbuhan epidermis; GH, hormon pertumbuhan; Prl, prolaktin;
TNF, faktor nekrosis tumor; singkatan lain terdapat di teks.)
Beberapa famili lain molekul koaktivator telah TABEL 42–6 Beberapa Protein Koregulator pada Mamalia
ditemukan. Anggota koaktivator famili p160, yang I. Famili 300-kDa koaktivator
kesemuanya memiliki berat sekitar 160 kDa, mencakup (1)
SRC-1 dan NCoA-1; (2) GRIP 1, TIF2, dan NCoA-2; dan A. CBP Protein pengikat CREB
(3) p/CIP, ACTR, AIB1, RAC3, dan TRAM-1 (Tabel 42– B. p300 Protein 300 kDa
6). Nama-nama yang berbeda untuk anggota-anggota dalam II. Koaktivator famili 160-kDa
satu subfamili sering mencerminkan variasi spesies atau varian A. SRC-1,2,3 Koaktivator reseptor steroid 1, 2
sambungan minor. Terdapat sekitar 35% kesamaan asam dan 3
amino antara anggota-anggota subfamili yang berbeda. NCoA-1 Koaktivator reseptor nukleus 1
Koaktivator p160 memiliki beberapa sifat. Koaktivator ini (1)
B. TIF2 Transcriptional intermediary factor
berikatan dengan reseptor nukleus secara agonis dan
2
bergantung (dependen) pada domain transaktivasi AF-2,
GRIP1 Glucocorticoid receptor-interacting
(2) memiliki motif basic helix-loop-helix (bHLH) terminal
protein
amino yang terkonservasi (lihat Bab 38), (3) memiliki
NCoA-2 Koaktivator reseptor nukleus 2
domain transaktivasi terminal karboksil yang lemah dan
C. p/CIP p300/CBP cointegrator-associated
domain transaktivasi terminal amino yang lebih kuat di
regio yang diperlukan untuk interaksi CBP-p160, (4) protein 1
ACTR
mengandung paling sedikit tiga motif LXXLL yang Aktivator reseptor tiroid dan asam
dibutuhkan untuk interaksi antarprotein dengan koaktivator retinoat
AIB
lain; dan (5) sering memiliki aktivitas HAT. Peran HAT Amplified in breast cancer
sangat menarik karena mutasi domain HAT RAC3 Koaktivator terkait-reseptor 3
menyebabkan banyak faktor transkripsi ini tidak TRAM-1 Molekul aktivator TR 1
berfungsi. Pendapat saat ini adalah bahwa aktivitas HAT III. Korepresor
mengasetilasi histon dan menyebabkan remodeling A. NCoR Korepresor reseptor nukleus
(pemodelan-ulang) kromatin menjadi lingkungan yang
B. SMRT Silencing mediator for RXR and TR
efisien untuk transkripsi. Karena itu, asetilasi/deasetilasi
IV. Protein terkait-mediator
histon berperan penting dalam ekspresi gen. Terakhir,
perlu dicatat bahwa substrat protein lain untuk asetilasi yang A. TRAPs Thyroid hormone receptor-associated
proteins
diperantarai-HAT telah dilaporkan, misalnya aktivator
transkripsi pengikat DNA dan koregulator lain. Proses PTM B. DRIPs Vitamin D receptor-interacting
proteins
(modifikasi pascatranslasi) lain yang nonhiston mungkin juga
merupakan faktor penting bagi respons regulatorik secara C. ARC Activator-recruited cofactor
keseluruhan.
Sejumlah kecil protein, termasuk NCoR dan SMRT,
membentuk famili korepresor. Protein-protein ini

berfungsi, paling tidak sebagian, seperti telah dijelaskan pada Beene DL, Scott JD: A-kinase anchoring proteins take shape.
(Gambar 42–2). Famili lain mencakup TRAP, DRIP, dan Current Opinion in Cell Biol 2007;19:192.
ARC (Tabel 42–6). Protein-protein ini merupakan subunit Brummer T, Schmitz-Perffer C, Daly RJ: Docking proteins. FEBS
Mediator (lihat Bab 36) dan memiliki ukuran antara 80 kDa Journal 2010; 277:4356–4369.
Cheung E, Kraus WL: Genomic analyses of hormone signaling and
sampai 240 kDa serta diperkirakan terlibat dalam
gene regulation. Annu Rev Physiol 2010;72:191–218.
pembentukan hubungan antara kompleks reseptor nukleus-
Darnell JE Jr, Kerr IM, Stark GR: Jak-STAT pathways and
koaktivator ke RNA polimerase II dan komponen lain transcriptional activation in response to IFNs and other
perangkat transkripsi basal. extracellular signaling proteins. Science 1994;264:1415.
Peran pasti berbagai koaktivator ini saat ini sedang Dasgupta S, Lonard DM, O’Malley BW: Nuclear receptor
dalam penelitian mendalam. Banyak protein ini memiliki coactivators: master regulators of human health and disease.
Annu Rev Med 2014:65:279–292.
aktivitas enzimatik intrinsik. Hal ini sangat menarik
Fantl WJ, Johnson DE, Williams LT: Signalling by receptor tyrosine
mengingat fakta bahwa asetilasi, fosforilasi, metilasi,
kinases. Annu Rev Biochem 1993;62:453.
sumoilasi, dan ubikuitinasi—serta proteolisis dan Hanoune J, Defer N: Regulation and role of adenylyl cyclase
trans¬lokasi selular—telah diperkirakan mengubah aktivitas isoforms. Annu Rev Pharmacol Toxicol 2001;41:145.
sebagian koregulator dan targetnya. Jaken S: Protein kinase C isozymes and substrates. Curr Opin Cell
Tampaknya kombinasi koregulator-koregulator tertentu Biol 1996;8:168.
—demikian juga berbagai kombinasi aktivator dan inhibitor Kobilka BK: Structural insights into adrenergic receptor function
—bertanggung jawab menentukan efek yang dipicu oleh and pharmacology. Trends Pharmacol Sci. 2011;32:213-218.
Lee C-H, Olson P, Evans RM: Mini-review: lipid metabolism,
ligan melalui berbagai reseptor. Selain itu, interaksi-
metabolic diseases and peroxisome proliferators-activated
interaksi ini pada promotor tertentu bersifat dinamik. Dalam
receptor. Endocrinology 2003;144:2201.
beberapa hal, kompleks yang berisi lebih dari 45 faktor Métivier R, Gallais R, Tiffoche C, et al: Cyclical DNA methylation of
transkripsi pernah ditemukan pada sebuah gen. a transcriptionally active promter. Nature 2008;452:45.
Métivier R, Reid G, Gannon F: Transcription in four dimensions:
nuclear receptor-directed initiation of gene expression. EMBO
RINGKASAN Journal 2006;7:161.
Montminy M: Transcriptional regulation by cyclic AMP. Annu Rev
■ Hormon, sitokin, interleukin, dan faktor pertumbuhan Biochem 1997;66:807.
menggunakan berbagai mekanisme petal-bentuk sinyal untuk Morris AJ, Malbon CC: Physiological regulation of G protein-linked
mempermudah respons adaptif sel. signaling. Physiol Rev 1999;79:1373.
■ Kompleks ligan-reseptor berfungsi sebagai sinyal awal bagi O’Malley B: Coregulators: from whence came these “master genes.”
anggota famili reseptor nukleus. Mol Endocrinology 2007;21:1009.
■ Hormon kelas/kelompok II dan hormon katekolamin yang Ratman D, Vanden Berghe W, Dejager, L et al: How glucocorticoid
berikatan dengan reseptor di permukaan sel, menghasilkan receptors modulate the activity of other transcription factors: a
berbagai sinyal intrasel. Sinyal-sinyal ini mencakup kaskade scope beyond tethering. Mol Cell Endocrinol. 2013;380:41–54.
cAMP, cGMP, Ca2+, fosfatidilinositida, dan protein kinase. Reiter E, Ahn S, Shukla AK: Molecular mechanism of β-arrestin-
biased agonism at seven-transmembrane receptors. Annu Rev
■ Banyak respons hormon terjadi melalui perubahan laju
Pharmacol Toxicol. 2012;52:179–197.
transkripsi gen spesifik.
Rosenfeld MG, Lunyak VV, Glass CK: Sensors and signals: a
■ Superfamili protein reseptor nukleus berperan penting dalam coactivator/corepressor/epigenetic code for integrating signal-
mengatur transkripsi gen. dependent programs of transcriptional response. Genes and Dev
■ Reseptor-reseptor nukleus ini, yang dapat memiliki hormon, 2006;20:1405.
metabolit, atau obat sebagai ligannya, berikatan dengan Sonoda J, Pei L, Evans RM: Nuclear receptors: decoding metabolic
elemen DNA spesifik sebagai homo-dimer atau heterodimer disease. Fed of European Biochem Soc 2007;582:2.
dengan RXR. Sebagian—reseptor yatim—tidak diketahui Spiegelman BM: Banting Lecture 2012: Regulation of adipogenesis:
ligannya, tetapi berikatan dengan DNA dan memengaruhi toward new therapeutics for metabolic disease. Diabetes
transkripsi. 2013;62:1774–1782.
■ Famili besar protein koregulator lain menyebabkan Tang X, Tang G, Ozcan S: Role of microRNAs in diabetes. Biochim
pemodelan-ulang kromatin, modifikasi faktor transkripsi lain, Biophys Acta 2008;1779:697.
dan menghubungkan reseptor nukleus ke perangkat Telese F, Gamliel A, Skowronska-Krawczyk D: “Seq-ing” insights
transkripsi basal. into the epigenetics of neuronal gene regulation. Neuron
2013;77:606–623.
Walton KM, Dixon JE: Protein tyrosine phosphatases. Annu Rev
REFERENSI Biochem 1993;62:101.
Ahmadian M, Suh JM, Hah N, et al: PPARγ signaling and
metabolism: the good, the bad and the future. Nat Med
2013;19:557–566.
Arvanitakis L, Geras-Raaka E, Gershengorn MC: Constitutively
signaling G-protein-coupled receptors and human disease.
Trends Endocrinol Metab 1998;9:27.

Soal ujian
BAGIAN VIII – Biokimia Komunikasi Ekstrasel C. Kanal-kanal ion.
dan Intrasel D. Reseptor-reseptor yang secara spesifik mengenali dan
mengikat molekul perantara (messenger) tertentu.
1. Mengenai lipid membran, pilih pemyataan yang SALAH. E. Membran nukleus utuh.
A. Fosfolipid utama secara massa pada membran 6. Sebutkan istilah yang biasa digunakan untuk molekul perantara
manusia adalah umumnya fosfatidilkolin. (messenger) yang mengikat protein reseptor transmembran:
B. Glikolipid terdapat di lembaran dalam dan luar
A. Inhibitor kompetitif
membran plasma.
B. Ligan
C. Asam fosfatidat merupakan prekursor fosfatidilserin,
C. Kurva Scatchard
tetapi sfingomielin tidak.
D. Substrat
D. Fosfatidilkolin dan fosfatidiletanolamin terutama
E. Kunci
terdapat di lembaran luar membran plasma.
E. Flip-flop (gerakan transversal menembus membran) 7. Pada pengiriman sinyal autokrin:
fosfolipid pada membran berlangsung sangat lambat. A. Molekul perantara (messenger) mencapai sel target
2. Mengenai protein membran, pilih pemyataan yang SALAH. melalui jalur aliran darah.
B. Molekul perantara hanya berjalan dalam jarak pendek
A. Karena pertimbangan sterik, heliks-alfa tidak mungkin
di ruang ekstrasel di sekitar sel yang menghasilkan pesan.
terdapat di membran.
C. Sel yang menghasilkan perantara mengekspresikan reseptor
B. Hidropati membantu kita memperkirakan apakah suatu
pada permukaannya, reseptor ini dapat berespons terhadap
segmen protein terutama hidrofobik atau hidrofilik.
perantara tersebut.
C. Protein tertentu tertambat di lembaran luar membran plasma
D. Molekul perantara biasanya terurai dengan cepat sehingga
melalui struktur-struktur glikofosfatidilinositol (GPI).
hanya dapat bekerja dalam jarak pendek.
D. Adenilil siklase adalah enzim penanda untuk membran
plasma. 8. Terlepas dari cara pembentukan sinyal, proses pengikatan ligan
E. Mielin memiliki kandungan lipid yang sangat tinggi dipropagasi melalui second messenger atau perekrutan protein.
dibandingkan dengan protein. Apa hasil akhir dari proses pengikatan ini?
3. Mengenai transpor membran, pilih pernyataan yang SALAH. A. Protein yang ada di bagian tengah jalur sinyal intrasel
mengalami pengaktifan.
A. Kalium memiliki densitas muatan yang lebih rendah
B. Protein yang ada di bagian awal jalur sinyal intrasel
dibandingkan dengan natrium dan cenderung bergerak
lebih cepat melalui membran daripada natrium.
C. Protein yang ada di bagian awal jalur sinyal ekstrasel
B. Aliran ion melalui kanal-kanal ion merupakan contoh
transpor pasif.
D. Protein yang ada di bagian awal jalur sinyal intrasel
C. Difusi terfasilitasi memerlukan transporter protein.
diinaktifasi.
D. Penghambatan Na+-K+-ATPase akan menghambat penyerapan
E. Protein yang ada di bagman akhir jalur sinyal intrasel
glukosa yang dependen-natrium di sel usus.
E. Insulin, dengan merekrut transporter glukosa ke membran
plasma, meningkatkan penyerapan glukosa di sel lemak, 9. Ciri apa dari superfamili reseptor nukleus yang mengisyaratkan
tetapi tidak di otot. bahwa protein-protein ini berasal dari moyang yang sama?
4. Mengenai Na+-K+-ATPase, pilih pemyataan yang SALAH. A. Semua anggotanya berikatan dengan ligan yang sama
dengan afinitas tinggi.
A. Kerja ATPase ini mempertahankan konsentrasi natrium
B. Semua anggotanya bekerja di dalam nukleus.
intrasel yang tinggi dibandingkan dengan kalium.
C. Semua anggotanya mengalami fosforilasi regulatorik.
B. ATPase ini dapat menghabiskan hingga 30% ATP total
D. Semua anggotanya memiliki regio dengan kemiripan/
suatu sel.
identitas sekuens asam amino yang tinggi.
C. ATPase ini dihambat oleh digitalis, yi. obat yang berguna
E. Semua anggotanya mengikat DNA.
untuk kondisi jantung tertentu.
D. ATPase terdapat di membran plasma sel. 10. Efek apa yang dimiliki penguraian kompleks reseptor-ligan
E. Fosforilase berperan dalam mekanisme kerjanya sehingga setelah internalisasi pada kemampuan sel berespons jika
ATPase ini dikelompokkan sebagai transporter aktif langsung terpajan lagi pada hormon yang sama?
yang digerakkan ATP tipe-P. A. Respons sel melemah akibat penurunan jumlah
5. Molekul apa yang memampukan sel berespons terhadap molekul reseptor sel.
sinyal ekstrasel tertentu? B. Respons sel menguat akibat kompetisi reseptor-ligan
A. Karbohidrat reseptor spesifik yang bertempat di permukaan yang melemah.
membran plasma sebelah dalam. C. Respons sel tidak berubah pada stimuli berikutnya.
B. Lapis-ganda lipid plasma. D. Respons hormon sel bersifat bimodal; menguat sebentar
kemudian melemah.
534
Section VIII Exam Q_p534-536.indd 534 06/11/14 6:31 PM

Soal ujian 535
11. Biasanya, apa reaksi pertama setelah protein reseptor tirosin C. 6 – 3 – 5 – 1 – 7 – 2 – 4

kinase (RTK) mengikat ligannya? D. 6 – 7 – 3 – 5 – 1 – 2 – 4
A. Trimerisasi reseptor E. 6 – 3 – 5 – 4 – 7 – 2 – 1
B. Degradasi (penguraian) reseptor 17. Mana reseptor yang anenggabung protein G heterotrimerik pada
C. Denaturasi reseptor adenilil siklase melalui pengaktifan subunit Gα terikat GTP?
D. Disosiasi reseptor
A. Famili Gs
E. Dimerisasi reseptor
B. Famili Gq
12. Dimana domain katalitik kinase protein reseptor-tirosin kinase C. Famili Gi
terdapat? D. Famili G12/13
A. Di permukaan ekstrasel reseptor, bersebelahan langsung E. Famili Gx
dengan domain pengikat ligan. 18. Apa yang harus terjadi untuk mencegah stimulasi berlebihan
B. Pada domain sitoplasma reseptor. oleh hormon?
C. Pada protein independen yang mengikat reseptor dengan
A. Hormon harus terurai.
cepat setelah pengikatan ligan.
B. Protein G hams didaur-ulang kemudian diuraikan.
D. Pada bagian yang menembus membran (trans-membran)
C. Reseptor harus dicegah agar tidak terus mengaktifkan
dari reseptor.
protein G.
13. Subunit-subunit protein G heterotrimerik disebut D. Reseptor harus berdimerisasi.
subunit __,__, dan__ . 19. Mana dari hormon berikut yang disebut hormon "lari-atau-
A. α, β, dan χ lawan" yang disekresi oleh medula adrenal?
B. α, β, dan δ A. Epinefrin
C. α, γ, dan δ B. Oksitosin
D. α, β, dan γ C. Insulin
E. γ, δ, dan η D. Glukagon
14. Pada reseptor-reseptor di bawah ini, reseptor mana yang E. Somatostatin
dapat menyebabkan aliran ion melintasi membran plasma 20. Hormon mana yang disekresi oleh sel α pankreas sebagai
saat terikat dengan ligannya? respons terhadap kadar glukosa darah yang rendah?
A. Receptor tyrosine kinases (RTK) A. Insulin
B. G protein–coupled receptors (GPCR) B. Glukagon
C. G protein coupled receptors C. Estradiol
D. Reseptor hormon steroid D. Epinefrin
E. Kanal berpintu ligan E. Somatostatin
15. Mana di antara zat-zat berikut yang BUKAN merupakan 21. Di antara molekul-molekul berikut, molekul mana yang
ligan alami yang mengikat G protein–coupled receptors? menginduksi ekspresi gen yang menyandi enzim glukoneogenik,
A. Hormon seperti fosfoenolpiruvat karboksikinase, di sel hati?
B. Hormon steroid A. cGMP
C. Kemoatraktan B. Insulin
D. Turunan opium C. ATP
E. Neurotransmiter D. cAMP
16. Urutkan proses-proses pembentukan sinyal berikut dalam E. Kolesterol
urutan yang BENAR. 22. Apa yang terjadi pada protein kinase A (PKA) setelah pengikatan
1. Protein G berikatan dengan reseptor aktif membentuk dengan cAMP?
kompleks reseptor-protein G. A. Subunit-subunit regulatorik PKA mengalami disosiasi sehingga
2. Pembebasan GDP oleh protein G. mengaktifkan subunit katalitik.
3. Perubahan konformasi lengkung (loop) reseptor di B. Subunit-subunit katalitik PKA kemudian berikatan dengan dua
sitoplasma. subunit regulatorik sehingga mengaktifkan subunit katalitik.
4. Pengikatan GTI' oleh protein G. C. Subunit-subunit regulatorik penghambat mengalami disosiasi
5. Peningkatan afinitas reseptor untuk protein G pada dari subunit-subunit katalitik sehingga menginaktifkan enzim
permukaan sitoplasma membran. secara keseluruhan.
6. Pengikatan hormon atau neurotransmiter dengan G protein– D. Subunit-subunit regulatorik perangsang mengalami disosiasi
coupled receptor. dari subunit-subunit katalitik sehingga menghambat enzim.
E. Fosfodiesterase berikatan dengan subunit-subunit katalitik
7. Perubahan konformasi pada subunit α protein G.
sehingga terjadi inaktivasi enzim.
A. 6 – 3 – 5 – 1 – 2 – 4 – 7
B. 6 – 5 – 4 – 1 – 7 – 2 – 3
Section VIII Exam Q_p534-536.indd 535 07/11/14 6:04 PM

This page intentionally left blank
vip.persianss.ir
B A G I A N Topik Khusus (A)
IX
43
B A B
Nutrisi, Pencernaan,
dan Penyerapan
David A. Bender, PhD & Peter A. Mayes , PhD, DSc
TUJUAN ■ Menjelaskan pencernaan dan penyerapan karbohidrat, lipid, protein, vitamin,

dan mineral.
Setelah mempelajari bab ■ Menjelaskan bagaimana kebutuhan energi diukur dan diperkirakan dan
ini, Anda diharapkan dapat. bagaimana pengukuran kuosien respiratorik dapat mengestimasi campuran
bahan bakar metabolik yang sedang dioksidasi.
■ Menggambarkan akibat kekurangan gizi: marasmus, kakeksia, dan kwasiorkor.
■ Menjelaskan bagaimana kebutuhan protein ditentukan dan mengapa sebagian
protein lebih banyak dibutuhkan dibandingkan protein yang lain dalam
menjaga keseimbangan nitrogen.
PERAN BIOMEDIS Di seluruh dunia, adalah lebih banyak orang kelebihan

berat badan dan obesitas daripada orang kekurangan gizi.
Selain air, diet harus mengandung bahan bakar meta- Defisiensi vitamin A, besi, dan iodium merupakan masalah
bolik (terutama karbohidrat dan lipid), protein (untuk kesehatan besar di banyak negara, dan defisiensi vitamin
pertumbuhan dan pergantian protein jaringan), serat (untuk dan mineral lain adalah penyebab penting terjadinya
membentuk massa di lumen usus), mineral (mengandung penyakit kesehatan. Di negara maju, defisiensi gizi jarang
unsur-unsur dengan fungsi metabolik khusus), serta vitamin dijumpai meskipun terdapat kelompok-kelompok orang
dan asam lemak esensial (senyawa organik yang dibutuhkan yang rentan. Asupan mineral dan vitamin yang cukup
dalam jumlah kecil untuk fungsi metabolik dan fisiologis untuk mencegah defisiensi dapat kurang adekuat untuk
lain). Polisakarida, triasilgliserol, dan protein yang mem- memperoleh kesehatan optimal dan umur panjang.
bentuk sebagian besar diet, masing-masing harus dihidrolisis Sekresi asam lambung berlebihan yang berkaitan dengan
menjadi monosakarida, asam lemak, dan asam amino unsur infeksi Helicobarter pylori, dapat menyebabkan timbulnya
pokoknya sebelum diserap dan digunakan. Mineral dan tukak lambung dan duodenum; perubahan kecil dalam
vitamin harus dibebaskan dari matriks makanan yang komposisi empedu dapat menyebabkan kristalisasi kolesterol
kompleks sebelum dapat diserap dan digunakan. menjadi batu empedu; kegagalan sekresi eksokrin pankreas
Secara umum, undernutrition (kurang gizi) tersebar luas (seperti pada fibrosis kistik) menyebabkan kurang gizi dan
dan menyebabkan gangguan pertumbuhan, penurunan sistem steatore. Intoleransi laktosa terjadi karena defisiensi laktase
imun, dan berkurangnya kapasitas kerja. Sebaliknya, di dan menyebabkan diare serta rasa tidak enak di perut saat
negara-negara maju, terjadi konsumsi makanan yang ber- mengonsumsi laktosa. Penyerapan peptida utuh yang me-
lebihan (terutama lemak) yang menyebabkan obe-sitas, rangsang respons antibodi menyebabkan reaksi alergi; celiac
serta timbulnya diabetes, penyakit kardiovaskular, dan disease merupakan reaksi alergi terhadap gluten gandum.
beberapa bentuk kanker.
537

538 BAGIAN IX Topik Khusus (A)
PENCERNAAN DAN Mamalia laut mensekresi susu tinggi-lemak yang tidak

mengandung karbohidrat, dan tinjanya tidak mengandung
PENYERAPAN KARBOHIDRAT laktase.
Pencernaan karbohidrat adalah dengan hidrolisis untuk
membebaskan oligosakarida, kemudian mono- dan disakarida.
Terdapat Dua Mekanisme Berbeda untuk
Peningkatan glukosa darah setelah pemberian sejumlah Penyerapan Monosakarida di Usus Halus
dosis-uji karbohidrat dibandingkan dengan peningkatan Glukosa dan galaktosa diserap oleh proses yang dependen-
glukosa darah setelah pemberian glukosa dalam jumlah natrium. Keduanya diangkut oleh protein pengangkut
setara (sebagai glukosa atau dari makanan berpati acuan) yang sama (SGLT 1), dan bersaing satu sama lain
dikenal sebagai indeks glikemik. Glukosa dan galaktosa untuk dapat diserap oleh usus (Gambar 43-1). Monosaka-
memiliki indeks glikemik 1 (atau 100%), demikian juga rida lain diserap melalui proses difusi yang diperantarai oleh
laktosa, maltosa, isomaltosa, dan trehalosa, yang meng- pembawa. Karena fruktosa dan gula alkohol tidak diang-
hasilkan monosakarida jika mengalami hidrolisis. Fruk- kut secara aktif, kedua zat tersebut hanya diserap sesuai
tosa dan gula alkohol diserap lebih lambat dan memiliki dengan gradien konsentrasi, dan setelah asupan yang
indeks glikemik yang lebih rendah, demikian juga sukrosa. agak tinggi, sebagian dapat tertinggal di lumen usus
Indeks glikemik tepung bervariasi antara hampir 1 (atau dan menjadi substrat bagi fermentasi bakteri. Asupan
hampir 100%) hingga hampir 0 akibat perbedaan laju hidro- fruktosa dan gula alkohol dalam jumlah besar dapat
lisis, dan untuk polisakarida nontepung (lihat Gambar menyebabkan diare osmotik.
15-13), indeksnya 0. Makanan yang memiliki indeks
glikemik rendah dianggap lebih bermanfaat karena kurang PENCERNAAN DAN PENYERAPAN
menimbulkan fluktuasi dalam sekresi insulin. Polisakarida
tepung dan nontepung resisten merupakan substrat untuk LIPID
fermentasi bakteri di usus besar, dan butirat serta asam Lipid utama dalam makanan adalah triasilgliserol dan,
lemak rantai pendek lain yang terbentuk merupakan sumber dalam jumlah yang lebih sedikit, yaitu fosfolipid. Kedua-
bahan bakar yang bermakna bagi enterosit usus. Terdapat nya adalah molekul hidrofobik, dan harus dihidrolisis dan
bukti bahwa butirat juga memiliki aktivitas antiproliferasi diemulsifikasi menjadi butiran yang sangat halus
sehingga memberi perlindungan terhadap kanker kolorektal.
Amilase Mengatalisis Hidrolisis Tepung Glukosa
Protein
transporter
SGLT1
Hidrolisis tepung (starch) dikatalisis oleh amilase liur dan Glukosa Na+
pankreas, yang mengkatalisis hidrolisis acak ikatan glikosida Galaktosa Glukosa
Fruktosa Galaktosa
α (1 → 4) menghasilkan dekstrin, kemudian campuran
glukosa, maltosa, dan maltriosa serta dekstrin bercabang kecil GLUT 5
(dari titik-titik cabang di amilopektin Gambar 15–12).
Disakaridase Adalah Enzim Brush Border
Disakaridase, maltase, sukrase-isomaltase (suatu enzim Brush
border
bifungsional yang mengatalisis hidrolisis sukrosa dan iso-
maltosa), laktase, dan trehalase terletak di brush border sel
mukosa usus, tempat monosakarida dan zat lain yang berasal
Pompa
dari diet diserap. Defisiensi laktase bawaan jarang terjadi Na+ -K+
Epitel
usus
pada bayi; kelainan ini menyebabkan intoleransi laktosa
Na+ ATP
dan hambatan pertumbuhan jika bayi diberi diet susu
ibu atau formula bayi biasa. Defisiensi sukrase isomaltase 3Na+
Glukosa
bawaan terjadi di antara orang Inuit, menyebabkan Fruktosa 2K+
intoleransi sukrosa, dengan diare persisten dan hambatan Galaktosa 2K+
ADP
pertumbuhan jika diet mengandung sukrosa. + Pi
Pada sebagian besar mamalia dan manusia, aktivitas
laktase mulai menurun setelah penyapihan, dan aktivitas
Ke kapiler
ini hampir seluruhnya hilang pada masa akhir remaja, GLUT 2
dan menyebabkan intoleransi laktosa. Laktosa tetap berada GAMBAR 43-1 Pengangkutan glukosa, fruktosa dan galaktosa
di lumen usus dan menjadi substrat bagi fermentasi bakteri melalui epitel usus. Pengangkutan SGLT1 dihubungkan ke pompa Na+ -K+
yang menghasilkan laktat sehingga menyebabkan mulas dan sehingga glukosa dan galaktosa dapat diangkut melawan gradien
diare setelah konsumsi laktosa dalam jumlah relatif besar. konsen-trasinya. Pengangkutan fasilitatif independen-Na+ GLUT 5
Pada dua kelompok populasi, orang-orang yang berasal Eropa memungkin-kan fruktosa, serta glukosa, diangkut mengikuti penurunan
gradien konsentrasi kedua zat tersebut. Semua gula keluar dari sel
utara dan suku nomadik Afrika sub-Sahara dan Arab Saudi, melalui pengangkut fasilitatif GLUT 2.
laktase tetap ada setelah penyapihan sampai masa dewasa.

BAB 43 Nutrisi, Pencernaan, dan Penyerapan 539
(misel berdiameter 4-6 nm) sebelum dapat diserap. sehingga menurunkan kandungan kolesterol tubuh ke-
Vitamin larut-lemak A, D, E, dan K serta berbagai lipid seluruhan, dan karenanya konsentrasi kolesterol plasma.
lain (termasuk kolesterol) diserap dalam bentuk larut
dalam misel lipid. Penyerapan vitamin larut lemak ter- PENCERNAAN DAN PENYERAPAN
ganggu pada diet yang lemaknya sangat rendah.
Hidrolisis triasilgliserol dimulai oleh lipase mulut dan PROTEIN
lambung, yang menyerang ikatan ester sn-3 yang Protein native (alami) resisten terhadap pencernaan karena
membentuk 1,2-diasilgliserol dan asam lemak bebas, yang beberapa ikatan peptida dapat diakses oleh enzim proteolitik
bertindak sebagai agen pengemulsi. Lipase pankreas tanpa mendenaturasi protein-protein dalam makanan ter-
disekresikan ke dalam usus halus, dan memerlukan protein lebih dahulu (oleh pemanasan sewaktu dimasak dan oleh
pankreas lain, yaitu kolipase, agar dapat bekerja. Enzim ini kerja asam lambung).
spesifik untuk ikatan ester primer, posisi 1 dan 3 dalam
Beberapa Kelompok Enzim yang Mengatalisis
triasilgliserol—dan menghasilkan 2-monoasilgliserol dan
asam lemak bebas sebagai produk akhir utama pencernaan Pencernaan Protein
triasilgliserol di lumen. Inhibitor dari lipase pankreas yang Terdapat dua kelas utama enzim pencernaan proteolitik
digunakan untuk menghambat hidrolisis triasilgliserol dalam (protease), dengan spesifisitas yang berbeda untuk asam
pengobat-an dari obesitas berat. Esterase pankreas di lumen amino yang membentuk ikatan peptida yang akan dihidro-
usus menghidrolisis mono asilgliserol, tetapi monoasil- lisis. Endopeptidase menghidrolisis ikatan peptida antara
gliserol merupakan substrat yang buruk, dan hanya sekitar asam-asam amino spesifik di seluruh molekul. Enzim ini
25% triasilgliserol yang tercerna dihidrolisis sempurna bekerja pertama kali, menghasilkan sejumlah besar fragmen
menjadi gliserol dan asam lemak sebelum absorpsi (Gambar yang lebih kecil. Pepsin dalam getah lambung mengatalisis
43-2). Garam empedu, yang terbentuk di hati dan hidrolisis ikatan peptida yang berdekatan dengan asam
disekresikan dalam empedu, memungkinkan emulsifikasi amino yang memiliki rantai samping besar (metionin dan
produk pen-cernaan lipid menjadi misel bersama dengan asam amino rantai bercabang dan aromatik). Tripsin,
fosfolipid dari makanan dan kolesterol yang disekresi ke kimotripsin, dan elastase disekresi ke dalam usus halus oleh
dalam empedu (sekitar 2 g/hari) serta kolesterol dari pankreas. Tripsin mengatalisis hidrolisis ester arginin dan
makanan (sekitar 0,5 g/hari). Misel kurang dari 1 µm dengan lisin, ester kimotripsin asam amino aromatik, dan ester
dia-meter, bersifat larut sehingga produk pencernaan, elastase asam amino alifatik netral kecil. Eksopeptidase
termasuk vitamin larut-lemak, dapat diangkut melalui mengatalisis hidrolisis ikatan peptida, satu per satu, dari
lingkungan berair di lumen usus dan berkontak erat dengan ujung peptida. Karboksipeptidase yang disekresikan di
brush border sel mukosa sehingga produk dapat diserap oleh getah pankreas, membebaskan asam amino dari terminal
epitel. Garam empedu tetap dalam lumen usus, tempat karboksil bebas; aminopeptidase yang disekresikan oleh sel
mukosa usus, membebaskan asam amino dari terminal
sebagian besar garam tersebut diserap dari ileum ke dalam
amino. Dipeptidase dan tripeptidase di brush border sel
sirkulasi enterohepatik (Bab 26).
mukosa usus mengkatalisis hidrolisis dipeptida dan tripep-
Di dalam epitel usus, 1-monoasilgliserol dihidrolisis men- tida, yang bukan merupakan substrat bagi aminopeptidase
jadi asam lemak dan gliserol, dan 2-monoasilgliserol menga- dan karboksipeptidase.
lami reasetilasi menjadi triasilgliserol melalui jalur monoasi- Protease disekresikan sebagai zimogen inaktif; tempat
lgliserol. Gliserol yang dibebaskan di lumen usus diserap ke aktif enzim ditutupi oleh sebuah regio kecil rantai peptida
dalam vena porta hepatika; gliserol yang dibebaskan di dalam yang dikeluarkan oleh hidrolisis ikatan peptida spesifik.
epitel digunakan kembali untuk sintesis triasilgliserol melalui Pepsinogen diaktifkan menjadi pepsin oleh asam lambung
jalur asam fosfatidat normal (Bab 24). Asam lemak rantai- dan oleh pepsin aktif. Di usus halus, tripsinogen, prekursor
panjang mengalami esterifikasi untuk menghasilkan triasil- tripsin, diaktifkan oleh enteropeptidase, yang disekresikan
gliserol di sel mukosa dan bersama dengan produk lain pen- oleh sel epitel duodenum; tripsin kemudian dapat mengaktif-
cernaan lipid disekresikan sebagai kilomikron ke dalam kan kimotripsinogen menjadi kimotripsin, proelastase men-
pembuluh limfe, dan masuk ke aliran darah melalui duktus jadi elastase, prokarboksipeptidase menjadi karboksipepti-
torasikus (Bab 25). Asam lemak rantai-sedang dan pendek dase, dan proaminopeptidase menjadi aminopeptidase.
diserap terutama ke dalam vena porta hepatika sebagai asam
lemak bebas.
Asam Amino Bebas dan Peptida Kecil Diserap
Kolesterol diserap dalam bentuk terlarut dalam misel lipid oleh Mekanisme yang Berbeda
dan sebagian besar teresterifikasi di mukosa usus sebelum Produk akhir kerja endopeptidase dan eksopeptidase adalah
digabungkan ke dalam kilomikron. Stanol dan sterol tumbuh- campuran asam-asam amino bebas dipeptida dan tripeptida,
an (dengan cincin B terjenuhkan) bersaing dengan kolesterol dan oligopeptida, yang semuanya diserap. Asam amino
untuk esterifikasi, tetapi merupakan substrat yang buruk, bebas diserap melalui mukosa usus oleh transpor aktif yang
sehingga jumlah kolesterol tak-teresterifikasi meningkat di sel dependen-natrium. Terdapat beberapa jenis pengangkut
mukosa. Kolesterol tak-teresterifikasi dan sterol lain diangkut asam amino, dengan spesifisitas sesuai rantai-samping
secara aktif keluar sel mukosa dan masuk ke dalam lumen asam amino (besar atau kecil, netral, asam, atau basa).
usus. Hal ini berarti stanol dan sterol tumbuhan secara efektif Berbagai asam amino yang dibawa oleh pengangkut
menghambat penyerapan bukan hanya kolesterol dari makan- masing-masing akan saling bersaing untuk diserap dan
an, tetapi juga kolesterol dalam jumlah lebih besar yang diambil oleh jaringan. Dipeptida dan tripeptida masuk ke
disekresikan ke dalam empedu, brush border sel mukosa usus,

540
Saluran
Lumen Epitel usus limfa
usus (lakteal)
1 Lipase
Asil Asil
2 pankreas
Asil Asil
3
Asil OH
FA
Triasilgliserol, 100% 1,2-Diasilgliserol OH Asil
Jalur monoasilgliserol
Asil Asil
Lipase
OH Asil
pankreas
72%
FA
OH Asil
Penyerapan
dari Asil Triasilgliserol Asil
misel garam OH Asil
empedu
2-Mono- Kilomikron
asilgliserol
Isomerase Asil-KoA
sintetase Asil
Asil- Jalur asam fosfatidat
FA Asil
ATP, KoA KoA
Asil Asil
OH
Asil-KoA ATP
OH sintetase KoA
6% FA
1-Mono-
asilgliserol Asil OH OH
ATP
Lipase OH OH OH
pankreas Gliserol
OH Lipase usus OH P
kinase
FA
Gliserol Gliserol
OH 3-fosfat
OH
OH Vena porta
Gliserol
Glikolisis
22%
Gliserol
GAMBAR 43–2 Pencernaan dan penyerapan triasilgliserol. Angka-angka yang disajikan untuk persentase penyerapan dapat sangat bervariasi,
tetapi menujukkan peran relatif ketiga rute yang diperlihatkan.
07/11/14 6:02 PM
tempat keduanya dihidrolisis menjadi asam amino bebas radikal bebas oleh garam besi, penyerapan diatur secara
yang kemudian diangkut ke vena porta hepatika. Peptida ketat. Besi inorganik diangkut ke sel mukosa oleh pengang-
yang relatif besar dapat diserap secara utuh, baik melalui kut ion logam divalen terikat-proton, dan diakumulasi
penyerapan ke dalam sel mukosa usus (transelular) atau intrasel melalui pengikatan dengan feritin. Besi meninggal-
melalui celah antarsel (paraselular). Banyak dari peptida ini kan sel mukosa melalui protein transpor feroportin, tetapi
berukuran cukup besar untuk merangsang pembentukan hanya jika di dalam plasma terdapat transferin yang dapat
antibodi hal ini merupakan dasar timbulnya reaksi alergi diikat olehnya. Jika transferin telah jenuh oleh besi, setiap
terhadap makanan. besi yang telah tertimbun di sel mukosa akan keluar
PENCERNAAN DAN PENYERAPAN ketika sel tersebut terkelupas. Ekspresi gen feroportin (dan
kemungkinan juga gen untuk pengangkut ion logam divalen)
VITAMIN DAN MINERAL diturunkan oleh hepsidin, suatu peptida yang disekresi di
hati saat cadangan besi tubuh memadai. Sebagai respons
Vitamin dan mineral dibebaskan dari makanan sewaktu
terhadap hipoksia, anemia, atau pendarahan, sintesis hep-
pencernaan, meskipun hal ini tidak berlangsung sempurna,
sidin direduksi sehingga meningkatkan sintesis feroportin
dan ketersediaan vitamin dan mineral bergantung pada jenis
dan meningkatkan penyerapan besi (Gambar 43-3). Akibat
makanan, dan terutama untuk mineral, adanya senyawa-
adanya sawar mukosa ini, hanya sekitar 10% besi dalam
senyawa pengikat (chelating compounds). Vitamin larut-
makanan yang diserap, dan hanya 1-5% dari banyak
lemak diserap dalam misel lipid yang terbentuk sewaktu
makanan nabati
pencernaan lemak; vitamin larut air dan sebagian besar
Besi inorganik diserap dalam bentuk Fe2+ (tereduksi)
garam mineral diserap dari usus halus melalui transpor
sehingga keberadaan bahan-bahan pereduksi akan mening-
aktif atau difusi yang diperantarai oleh pembawa (carrier)
katkan penyerapan. Senyawa yang paling efektif adalah
dan diikuti oleh pengikatan pada protein intrasel untuk
vitamin C, dan walaupun asupan 40-80 mg vitamin C/hari
mencapai penyerapan konsentratif. Penyerapan vitamin B12
lebih dari cukup untuk memenuhi kebutuhan, namun asupan
memerlukan protein pengangkut khusus, faktor intrinsik
20-50 mg untuk sekali makan akan meningkatkan penyerap-
(Bab 44); penyerapan kalsium bergantung pada vitamin D;
an besi, terutarna pada pengobatan anemia defisiensi besi
penyerapan seng mungkin memerlukan ligan pengikat-seng
dengan menggunakan garam besi. Alkohol dan fruktosa juga
yang disekresikan oleh kelenjar eksokrin pankreas, dan
meningkatkan penyerapan besi. Besi heme dari daging
penyerapan besi bersifat terbatas (lihat bawah).
diserap secara terpisah, dan lebih tersedia daripada besi in-
Penyerapan Kalsium Bergantung pada organik. Namun, penyerapan besi inorganik dan besi heme
Vitamin D terhambat oleh kalsium segelas susu saat makan akan me-
Selain perannya dalam mengatur homeostasis kalsium, nurunkan ketersediaan besi secara bermakna.
vitamin D dibutuhkan untuk menyerap kalsium di usus. KESEIMBANGAN ENERGI:
Untuk menyerap kalsium diperlukan sintesis protein
pengikat kalsium intrasel, yaitu kalbindin, yang diinduksi KELEBIHAN DAN KEKURANGAN
oleh vitamin D. Vitamin D juga bekerja merekrut pengang-
kut (transporter) kalsium secara cepat suatu proses yang
NUTRISI
Setelah memperoleh air, kebutuhan tubuh yang pertama
tidak bergantung pada sintesis protein baru.
adalah bahan bakar metabolik lemak, karbohidrat, asam
Asam fitat (inositol heksafosfat) dalam sereal berikatan amino dari protein (Tabel 16-1). Asupan makanan yang
dengan kalsium di lumen usus sehingga mencegah penye- melebihi pengeluaran energi menyebabkan obesitas,
rapannya. Mineral lain, termasuk seng, juga diikat oleh fitat. sementara asupan yang lebih rendah daripada pengeluaran
Hal ini menjadi masalah terutama pada orang yang mengon- menyebabkan kurus (emaciation) dan penciutan otot,
sumsi produk gandum utuh yang dibuat tanpa ragi dalam marasmus, dan kwasiorkor. Baik obesitas maupun
jumlah besar; ragi mengandung suatu enzim, fitase, yang kekurangan nutrisi yang berat berhubungan dengan me-
memdefosforilasi fitat sehingga senyawa ini menjadi inaktif. ningkatnya mortalitas. Indeks massa tubuh = berat (dalam
Konsentrasi asam lemak yang tinggi di lumen usus, akibat kg)/tinggi2 (dalam m) saat ini sering digunakan untuk
gangguan penyerapan lemak, juga dapat mengurangi penye- mengekspresikan obesitas relatif; kisaran yang ideal adalah
rapan kalsium dengan membentuk garam kalsium yang antara 20 dan 25.
tidak-larut; asupan oksalat yang tinggi kadang-kadang dapat
menyebabkan defisiensi karena kalsium oksalat bersifat Kebutuhan Energi Diperkirakan dengan
tidak-larut. Mengukur Pengeluaran Energi
Penyerapan Besi Dibatasi dan Diatur Secara Pengeluaran energi dapat ditentukan secara langsung dengan
mengukur pengeluaran panas dari tubuh, tetapi pengeluaran
Ketat, tetapi Ditingkatkan oleh Vitamin C dan ini biasanya diperkirakan secara tidak langsung dari kon-
Alkohol sumsi oksigen. Terjadi pengeluaran energi ~20 kJ/liter
Meskipun defisiensi besi adalah masalah yang umum oksigen yang dikonsumsi, tanpa memandang apakah bahan
dijumpai baik di negara maju maupun negara berkembang, bakar yang dimetabolisme adalah karbohidrat, lemak, atau
sekitar 10% populasi berisiko secara genetik mengalami protein (Tabel 16-1).
kelebihan besi (hemokromatosis), dan untuk mengurangi
risiko efek samping dari pembentukan nonenzimatik

Lumen usus Sel mukosa duodenal Aliran darah

Pengangkut
heme
Heme Heme
Heme oksigenase Fe3+

transferin
Pengangkut
logam divalen Feroportin
Fe2+ Fe 2+
Fe2+ Fe3+
–
Askorbat,
dll apotransferin
Fe3+
Feritin
Fe3+ Regulasi
penurunan oleh
hepsidin
GAMBAR 43-3 Penyerapan besi. Hepsidin yang disekresi hati menyebabkan
regulasi penurunan sintesis feroportin dan membatasi penyerapan besi.
Pengukuran rasio volume karbon dioksida yang di- berat badan, usia, jenis kelamin, dan tingkat aktivitas fisik.
hasilkan: volume oksigen yang dikonsumsi (respiratory Berat badan memengaruhi BMR karena pada tubuh yang
quotient, RQ) adalah indikasi adanya campuran bahan bakar lebih besar jumlah jaringan yang aktif juga lebih besar.
metabolik yang sedang dioksidasi (Tabel 14-1). Penurunan BMR seiring dengan pertambahan usia, bahkan
Terdapat teknik yang lebih baru dan memungkinkan kita jika berat badan tetap, terjadi karena jaringan otot diganti-
memperkirakan pengeluaran energi total selama periode 1-2 kan oleh jaringan adiposa, yang secara metabolik kurang
minggu, dengan menggunakan air berlabel isotop ganda, aktif. Demikian juga, wanita memiliki BMR yang secara
2H 18O. 2H keluar dari tubuh hanya melalui air, sedangkan
2 bermakna lebih rendah daripada pria dengan berat badan
18O keluar dalam bentuk air dan karbon dioksida; perbedaan dan usia yang sama, karena tubuh wanita secara proporsional
kecepatan pengeluaran kedua label ini memungkinkan kita mengandung lemak lebih banyak.
memperkirakan produksi karbon dioksida total, dan karena
itu konsumsi oksigen dan pengeluaran energi juga dapat
Kebutuhan Energi Meningkat Seiring dengan
diperkirakan (Gambar 43–4). Aktivitas
Laju metabolik basal (basal metabolic rate, BMR) Cara yang paling bermanfaat untuk menyatakan pe-
adalah pengeluaran energi oleh tubuh dalam keadaan ngeluaran energi untuk aktivitas fisik adalah dengan kelipat-
istirahat, tetapi tidak tidur, dalam kondisi netralitas suhu an BMR. Hal ini dikenal sebagai rasio aktivitas fisik (PAR)
yang terkontrol, yang diukur sekitar 12 jam setelah makan atau ekuivalen metabolik pada tugas (MET). Aktivitas yang
terakhir, dan bergantung pada berat badan, usia, dan jenis menetap hanya menggunakan 1,1-1,2 x BMR. Sebaliknya,
kelamin. Pengeluaran energi total bergantung pada laju olah raga berat, seperti naik tangga, cross-country menaiki
metabolik basal, energi yang dibutuhkan untuk aktivitas fisik bukit, dapat menggunakan 6-8 x BMR. Keseluruhan tingkat
dan biaya energi untuk menyintesis bahan bakar cadangan aktivitas fisik (PAL) adalah jumlah dari PAR pada kegiatan
dalam keadaan kenyang. Oleh sebab itu, kebutuhan energi yang berbeda, dikalikan dengan waktu yang dibutuhkan
seseorang dapat dihitung berdasarkan untuk kegiatan itu, dibagi dengan 24 jam.
100 Sepuluh Persen Energi yang Dihasilkan dari
Makanan Dapat Digunakan untuk
80 Membentuk Cadangan
Pengayaan isotop relatif
Terjadi peningkatan bermakna laju metabolik setelah makan

60 (termogenesis yang dipicu oleh makan). Sebagian kecil
peningkatan ini adalah energi yang digunakan untuk
40
menyekresikan enzim pencernaan dan mengangkut produk
2H pencernaan secara aktif; sebagian besar terjadi karena tubuh
menyintesis cadangan glikogen, triasilgliserol, dan protein.
20
18O Terdapat Dua Bentuk Kekurangan Gizi yang
0
Ekstrem
0 5 10 15 20 25 Marasmus dapat terjadi pada orang dewasa dan anak, dan
Hari sejak menelan air berlabel ganda dijumpai pada kelompok-kelompok rawan di semua po-
GAMBAR 43-4 Air berganda secara isotop berlabel untuk pulasi. Kwasiorkor hanya mengenai anak,
estimasi pada pengeluaran energi.

dan dilaporkan hanya dijumpai di negara-negara yang Dahulu diperkirakan bahwa penyebab kwasiorkor adalah
sedang berkembang. Gambaran perbedaan antara keduanya kurangnya protein, dengan asupan energi yang lebih atau
adalah pada kwasiorkor terjadi retensi cairan sehingga kurang adekuat, namun analisis terhadap diet anak yang
timbul edema, serta infiltrasi lemak di hati. Marasmus mengalami kwasiorkor memperlihatkan bahwa anggapan
adalah keadaan kurus yang ekstrem; keadaan ini merupakan ini tidak tepat. Defisiensi protein menyebabkan hambatan
hasil akhir dari keseimbangan energi negatif yang ber- pertumbuhan, dan anak yang mengidap kwasiorkor lebih
kepanjangan. Bukan hanya cadangan lemak tubuh telah baik pertumbuhannya daripada mereka yang mengidap
habis terkuras, namun otot juga mengalami penciutan, dan marasmus. Selain itu, edema mulai membaik pada awal
seiring dengan perkembangan penyakit, protein di hati, pengobatan, saat anak masih mendapat diet rendah protein.
jantung, dan ginjal juga menghilang. Asam-asam amino yang Hampir semua kwasiorkor dipicu oleh infeksi. Ber-
dibebaskan oleh katabolisme protein jaringan digunakan tumpang tindih dengan keadan defisiensi makanan secara
sebagai sumber bahan bakar metabolik dan substrat gluko- keseluruhan, defisiensi nutrien antioksidan, seperti seng,
neogenesis untuk mempertahankan pasokan glukosa bagi tembaga, karoten, serta vitamin C dan E. Letupan respirato-
otak dan sel darah merah (Bab 20). Akibat berkurangnya rik sebagai respons terhadap infeksi menyebabkan ter-
sintesis protein, resporis imun terganggu dan risiko terjadi- bentuknya radikal bebas halogen dan oksigen sebagai bagian
nya infeksi meningkat. Terjadi gangguan proliferasi sel dari efek sitotoksik makrofag yang terstimulasi. Tambahan
mukosa usus yang menyebabkan berkurangnya luas area stres oksidan ini dapat memicu terjadinya kwasiorkor.
permukaan mukosa usus, dan penurunan absorbsi nutrien
yang tersedia. KEBUTUHAN PROTEIN DAN ASAM
Pasien dengan Kanker Stadium Lanjut dan AMINO
AIDS Mengalami Malnutrisi Kebutuhan Protein Dapat Ditentukan dengan
Pasien dengan kanker stadium lanjut, infeksi HIV dan AIDS, Mengukur Keseimbangan Nitrogen
serta sejumlah penyakit kronik lainnya sering mengalami Keadaan nutrisi protein dapat ditentukan dengan meng-
kekurangan gizi, suatu kondisi yang disebut kakeksia. ukur asupan (dari makanan) dan pengeluaran senyawa
Secara fisik, mereka memperlihatkan semua tanda maras- bernitrogen dari tubuh. Meskipun asam nukleat juga me-
mus, tetapi kehilangan protein tubuh lebih parah daripada ngandung nitrogen, namun protein adalah sumber nitrogen
yang terjadi pada kelaparan. Sekresi sitokin sebagai res- utama dari makanan, dan pengukuran asupan nitrogen
pons terhadap infeksi dan kanker meningkatkan katabolis- total dapat memberikan perkiraan yang baik tentang asupan
me protein jaringan oleh jalur proteasom ubiquitin depen- protein (mg N x 6,25 = mg protein, karena pada sebagian
den-ATP sehingga meningkatkan pengeluaran energi. Hal besar protein mengandung 16% N). Pengeluaran N dari
ini berbeda dari marasmus yang terjadi pengurangan sintesis tubuh terutama dalam bentuk urea dan sebagian kecil
protein, tetapi tidak berpengaruh pada katabolisme. Pasien dalam senyawa lain di urine, protein yang tidak-tercerna
mengalami keadaan hipermetabolik, yaitu terjadi peningkat- di tinja; juga terjadi pengeluaran dalam jumlah signifikan
an bermakna BMR. Selain pengaktifan jalur katabolisme melalui keringat dan kulit yang terlepas. Perbedaan antara
protein proteasom ubiquitin, ada tiga faktor lain yang terlibat. asupan dan pengeluaran senyawa bernitrogen dikenal sebagai
Banyak tumor memetabolisme glukosa secara anaerob keseimbangan nitrogen. Terdapat tiga keadaan yang
untuk membebaskan laktat. Laktat ini kemudian diguna- dapat dijelaskan. Pada orang dewasa sehat, keseimbangan
kan untuk glukoneogenesis di hati, yang bersifat menguras nitrogen berada dalam ekuilibrium, yaitu asupan setara
energi sejumlah 6 ATP untuk setiap mol glukosa yang didaur dengan pengeluaran, dan tidak terjadi perubahan dalam
(lihat Gambar 19-4). Terjadi peningkatan stimulasi uncoup- kandungan protein total tubuh. Pada anak yang sedang
ling proteins mitokondria oleh sitokin sehingga terjadi ter- tumbuh, wanita hamil, dan orang yang dalam masa
mogenesis dan peningkatan oksidasi bahan bakar meta- penyembuhan dari kehilangan protein, ekskresi senyawa
bolik. Terjadi pendauran lemak yang sia-sia karena lipase bernitrogen lebih sedikit daripada asupan yang di-
peka-hormon yang diaktifkan oleh suatu proteoglikan (disek- peroleh dari makanan dan terjadi retensi netto nitrogen di
resikan oleh tumor) menyebabkan pembebasan asam lemak tubuh dalam bentuk protein keseimbangan nitrogen
dari jaringan adiposa dan reesterifikasi asam lemak menjadi positif. Jika terjadi respons terhadap trauma atau infeksi,
triasilgliserol (yang menghabiskan ATP) di hati untuk atau jika asupan protein kurang memadai untuk meme-
diekspor dalam bentuk VLDL. nuhi kebutuhan, terjadi kehilangan netto nitrogen protein
Kwasiorkor Mengenai Anak yang Kekurangan dari tubuh keseimbangan nitrogen negatif. Kecuali saat
Gizi menggantikan kehilangan protein, keseimbangan nitrogen
dapat dipertahankan pada level asupan protein tertentu
Selain penciutan jaringan otot, berkurangnya mukosa
di atas kebutuhan. Asupan protein yang tinggi tidak
usus, dan menurunnya respons imun seperti dijumpai pada
menyebabkan keseimbangan nitrogen positif meskipun hal
marasmus, anak dengan kwasiorkor juga memperlihatkan
ini meningkatkan laju katabolisme protein, tetapi laju
beberapa gambaran khas. Gambaran yang paling khas
katabolisme protein juga meningkat sehingga keseimba-
adalah edema, akibat berkurangnya konsentrasi protein
ngan nitrogen dipertahankan walaupun dengan laju pertu-
plasma. Selain itu, terjadi pembesaran hati akibat penim-
karan protein yang lebih tinggi.
bunan lemak.

Sintesis dan katabolisme protein menghabiskan banyak Asam-asam amino dapat dibagi menjadi dua kelompok:
ATP, dan peningkatan laju pertukaran protein ini menjelas- esensial dan nonesensial. Terdapat sembilan asam amino
kan peningkatan termogenesis yang dipicu makanan pada esensial atau tidak tergantikan, yang tidak dapat disintesis
orang-orang yang mengonsumsi diet tinggi protein. oleh tubuh: histidin, isoleusin, leusin, lisin, metionin,
Katabolisme protein jaringan yang berlangsung terus fenilalanin, treonin, triptofan, dan valin. Jika salah satu dari
menerus menimbulkan kebutuhan akan protein makanan, asam amino ini tidak ada atau kurang memadai, berapapun
bahkan pada orang dewasa yang tidak tumbuh lagi; meski- jumlah asupan protein total, keseimbangan nitrogen tidak
pun sebagian asam amino yang dibebaskan dapat digunakan dapat dipertahankan karena akan terjadi kekurangan asam
kembali, kebanyakan digunakan untuk glukoneogenesis saat amino yang bersangkutan untuk sintesis protein.
puasa. Studi-studi tentang keseimbangan nitrogen memper- Dua asam amino, sistein dan tirosin dapat disintesis
lihatkan bahwa kebutuhan harian rata-rata adalah 0,66 g di tubuh, tetapi hanya dari prekursor asam amino
protein/kg berat badan (atau 0,825 untuk adanya variasi esensial sistein dari metionin dan tirosin dari fenilalanin.
individual), sekitar 55 g/hari atau 0,825% dari asupan energi. Oleh sebab itu, asupan sistein dan tirosin dari makanan
Asupan protein rata-rata di negara maju berkisar 80-100 g/hari, memengaruhi kebutuhan akan metionin dan fenilalanin.
yaitu. 14-15% dari asupan energi. Karena pada anak yang Sebelas asam amino lainnya dianggap nonesensial atau dapat
sedang tumbuh terjadi penambahan protein di dalam tubuhnya, digantikan, karena asam-asam amino tersebut dapat disintesis
secara proporsional kebutuhan mereka lebih besar daripada asalkan protein total dalam diet memadai. Jika salah satu dari
kebutuhan orang dewasa dan harus berada dalam keseimbangan asam amino ini dikeluarkan dari diet, keseimbangan nitrogen
nitrogen positif. Meskipun demikian, kebutuhannya relatif kecil masih dapat dipertahankan. Namun, hanya tiga asam amino,
dibandingkan dengan kebutuhan untuk pergantian protein. Di yaitu alanin, aspartat, dan glutamat, yang dianggap benar-
sebagian negara, asupan protein mungkin kurang memadai benar dapat digantikan; ketiganya disintesis dari zat-zat
untuk memenuhi kebutuhan ini sehingga terjadi hambatan perantara metabolik yang umum (piruvat, oksaloasetat, dan
pertumbuhan. Hanya sedikit bahkan tidak ada bukti yang α-ketoglutarat). Asam-asam amino sisanya dianggap non-
menunjukkan bahwa atlet dan binaragawan membutuhkan esensial, tetapi pada keadaan tertentu kebutuhannya dapat
protein dalam jumlah besar; dengan hanya mengonsumsi diet melebihi kemampuan tubuh menyintesis asam amino ter-
normal dalam jumlah lebih besar (menyuplai sekitar 14% energi sebut.
dari protein), tubuh akan mendapat lebih dari cukup protein
untuk meningkatkan sintesis protein otot—persyaratan utama RINGKASAN
adalah meningkatkan asupan energi untuk meningkatkan ■ Pencernaan melibatkan hidrolisis molekul makanan menjadi
sintesis protein. molekul yang lebih kecil untuk diserap melalui epitel saluran
cerna. Polisakarida diserap sebagai monosakarida, triasilglise-
Terjadi Kehilangan Protein Tubuh Sebagai rol sebagai 2-monoasilgliserol, asam lemak dan gliserol, dan
Respons Terhadap Trauma dan Infeksi protein sebagai asam amino dan peptida kecil.
Salah satu reaksi metabolik terhadap trauma besar, misalnya ■ Gangguan pada pencernaan terjadi sebagai akibat (1) defisiensi
luka bakar, patah anggota badan, atau pembedahan, adalah enzim, misalnya laktase dan sukrase; (2) malabsorpsi, misalnya
meningkatnya katabolisme protein jaringan, baik sebagai glukosa dan galaktosa akibat defek pada kotransporter Na+-
glukosa (SGLT 1); (3) penyerapan polipeptida yang belum di-
respons terhadap sitokin dan hormon glukokortikoida,
hidrolisis sehingga timbul respons imun, misalnya pada celiac
maupun sebagai akibat penggunaan berlebih treonin dan
disease; dan (4) pengendapan kolesterol dari empedu sebagai
sistein dalam sintesis protein fase-akut. Protein tubuh total batu empedu.
dapat hilang hingga 6-7% dalam 10 hari. Tirah baring yang ■ Selain air, diet harus mengandung bahan bakar metabolik
berkepanjangan menyebabkan hilangnya protein karena (karbohidrat dan lemak) untuk pertumbuhan dan aktivitas
atrofi otot. Katabolisme protein dapat meningkat sebagai tubuh, protein untuk sintesis protein jaringan, serat untuk
respons terhadap sitokin, dan protein tersebut tidak diganti membentuk massa dalam usus, mineral untuk fungsi meta-
seluruhnya tanpa rangsangan olah raga. Kehilangan protein bolik spesifik (Bab 44), asam lemak tak-jenuh ganda famili
ini diganti selama masa konvalesens, saat terjadi keseim- n-3 dan n-6 tertentu, dan vitamin, senyawa organik yang
bangan nitrogen positif. Sekali lagi, seperti pada kasus atlet, dibutuhkan dalam jumlah kecil untuk fungsi esensial lain
diet normal sudah cukup untuk memungkinkan terjadinya (Bab 44).
penggantian ini. ■ Kekurangan gizi terjadi dalam dua bentuk ekstrem: maras-
mus, pada dewasa dan anak, dan kwasiorkor pada anak.
Kebutuhan Tidak Hanya untuk Protein, tetapi Penyakit kronis juga dapat menyebabkan kekurangan gizi
Juga Asam Amino Spesifik (kakeksia) akibat hipermetabolisme.
■ Kelebihan gizi berhubungan dengan kelebihan asupan energi,
Tidak semua protein setara secara nutrisional. Sebagian dan berkaitan dengan penyakit kronis tak menular, seperti
protein dibutuhkan dalam jumlah yang lebih banyak untuk obesitas, diabetes tipe 2, aterosklerosis, kanker, dan hipertensi.
mempertahankan keseimbangan nitrogen karena protein
yang berbeda mengandung kombinasi asam amino yang
berbeda pula. Tubuh membutuhkan asam amino dalam
proporsi yang tepat untuk menggantikan protein tubuh.

■ Sintesis protein memerlukan dua puluh asam amino

berbeda yang sembilan di antaranya merupakan protein
esensial dalam diet manusia. Jumlah protein yang dibutuh-
kan dapat ditentukan dengan mengukur keseimbangan
nitrogen dan dipengaruhi oleh kualitas protein yaitu jumlah
asam amino esensial yang terdapat dalam protein dari
makanan dibandingkan dengan jumlah yang dibutuhkan
untuk sintesis protein jaringan.
REFERENSI
Bender DA: Introduction to Nutrition and Metabolism, 5th ed.
CRC Press, 2014.
Bender DA, Bender AE: Nutrition: A Reference Handbook.
Oxford University Press, 1997.
Fuller MF, Garllick PJ: Human amino acid requirements: can the
controversy be resolved? Ann Rev Nutr 1994;14:217.
Geissler C, Powers HJ (editors): Human Nutrition, 12th ed. Elsevier, 2010.
Gibney MJ, Lanham-New S, Cassidy A, et al: Introduction to Human
Nutrition, The Nutrition Society Textbook Series, 2nd ed.
Wiley–Blackwell, 2009.
Institute of Medicine: Dietary Reference Intakes for Energy,

Carbohydrate, Fiber, Fat, Fatty Acids, Cholesterol, Protein, and
Amino Acids (Macronutrients). National Academies Press, 2002.
Pencharz PB, Ball RO: Different approaches to define individual
amino acid requirements. Ann Rev Nutr 2003;23:101.
Royal College of Physicians: Nutrition and Patients—A Doctor’s
Responsibility. Royal College of Physicians, 2002. Swallow DM:
Genetic influences on carbohydrate digestion.
Nutr Res Rev 2003;16:37.
World Health Organization Technical Report Series 894:

Obesity—Preventing and Managing the Global Epidemic.
WHO, 2000.
World Health Organization Technical Report Series 916: Diet and
the Prevention of Chronic Diseases. WHO, 2003.
World Health Organization Technical report Series 935: Protein and
Amino Acid Requirements in Human Nutrition. WHO, 2007.

44
B A B
Mikronutrien Vitamin
dan Mineral
TUJUAN ■ Menguraikan bagaimana asupan referensi untuk vitamin dan mineral ditetapkan
dan menjelaskan mengapa asupan referensi yang diterbitkan oleh berbagai
Setelah mempelajari bab lembaga berwenang nasional dan internasional tidak sama.
Anda diharapkan dapat: ■ Menyebutkan vitamin dan menguraikan metabolisme, fungsi utama, penyakit
defisiensi yang terkait dengan asupan tidak memadai, dan toksisitas pada
asupan vitamin yang berlebihan.
■ Menjelaskan mengapa garam mineral diperlukan dalam diet.
PERAN BIOMEDIS dijumpai karena diet yang kurang umumnya berkaitan

dengan keadaan defisiensi multipel. Bagaimanapun, ter-
Vitamin adalah kelompok nutrien organik yang dibutuhkan
dapat sindrom spesifik yang berkaitan dengan defisiensi
dalam jumlah kecil untuk berbagai fungsi biokimia dan
masing-masing vitamin, misalnya beriberi (tiamin); keilosis,
umumnya tidak dapat disintesis oleh tubuh sehingga harus
glossitis, seborea (riboflavin); pelagra (niasin); anemia mega-
dipasok dari makanan.
loblastik, asiduria metilmalonat, dan anemia pernisiosa
Vitamin larut-lipid adalah senyawa hidrofobik yang (vitamin B12); anemia megaloblastik (asam folat); dan skor-
dapat diserap secara efisien hanya jika penyerapan lemak but (vitamin C).
berlangsung normal. Seperti lipid lain, vitamin ini diangkut
Elemen mineral anorganik yang memiliki fungsi di dalam
dalam darah dalam bentuk lipoprotein atau melekat pada
tubuh harus tersedia dalam makanan. Jika asupan kurang
protein pengikat spesifik. Vitamin kelompok ini memiliki
memadai, dapat muncul tanda-tanda defisiensi, seperti
beragam fungsi, misalnya vitamin A untuk penglihatan dan
anemia (besi), kretinisime dan gondok (iodium). Sebaliknya
diferensiasi sel; vitamin D untuk metabolisme kalsium dan
jika berlebihan, dapat timbul gejala-gejala toksisitas.
fosfat serta diferensiasi sel; vitamin E untuk antioksidan;
dan vitamin K untuk pembekuan darah. Selain diet yang Penentuan Kebutuhan Mikronutrien
tidak adekuat, kondisi yang memengaruhi pencernaan dan Bergantung pada Kriteria Kecukupan yang
penyerapan vitamin larut-lipid, misalnya diet yang sangat
rendah lemak, dan penyakit sistem empedu, dapat me-
Dipilih
nyebabkan sindrom defisiensi vitamin, termasuk buta senja Untuk setiap zat gizi, terdapat kisaran asupan antara nilai
dan xeroftalmia (vitamin A); rakitis pada anak dan osteo- yang jelas inadekuat yang menyebabkan keadaan defisiensi
malasia pada dewasa (vitamin D); gangguan neurologis dan klinis, dan nilai yang jauh melebihi kapasitas metabolik
anemia hemolitik pada neonatus (vitamin E); dan tubuh sehingga timbul gejala-gejala toksisitas. Di antara
perdarahan pada neonatus (vitamin K). Toksisitas dapat kedua keadaan ekstrem ini terdapat tingkat asupan yang
terjadi akibat asupan vitamin A dan D yang berlebihan. cukup untuk kesehatan normal dan untuk mempertahankan
Vitamin A dan karoten (yang banyak diantaranya merupa- integritas metabolik. Persyaratan adalah ditentukan dalam
kan prekursor vitamin A), dan vitamin E adalah antioksi- studi deplesi/replesi, di mana orang-orang yang telah ber-
dan (Bab 45) dan mungkin berperan mencegah ateros- henti dari nutrisi sampai ada perubahan metabolik, maka
klerosis dan kanker, meskipun dalam kelebihan ini juga direplesi dengan nutrisi sampai abnormalitas yang dinorma-
dapat bertindak sebagai perusak pro-oksidan. lisasikan. Kebutuhan akan nutrien untuk setiap orang tidak
Vitamin larut-air terdiri dari vitamin B dan vitamin C; sama bahkan jika dihitung berdasarkan ukuran tubuh atau
keduanya terutama berfungsi sebagai kofaktor enzim. pengeluaran energi. Rentang kebutuhan individual dapat
Asam folat berfungsi sebagai pembawa unit satu-karbon. berkisar hingga 25% dari angka rata-rata. Oleh sebab itu,
Defisiensi salah satu dari vitamin B kompleks jarang untuk menilai kecukupan diet, perlu dibuat suatu tingkat
referensi asupan yang cukup tinggi untuk memastikan
546

BAB 44 Mikronutrien: Vitamin dan Mineral 547
bahwa tidak tetjadi defisiensi atau risiko toksisitas. Jika Walaupun tampaknya satu molekul β- karoten meng-
dianggap bahwa kebutuhan individual secara statistik ber- hasillkan dua molekul retinol, tidak demikian dalam praktik-
distribusi normal di sekitar kebutuhan rerata yang diamati, nya; 6 µg β- karoten setara dengan 1 µg retinol jadi. Karena
kisaran ±2 x simpang baku (standard deviation, SD) di itu, jumlah total vitamin A dalam makanan dinyatakan
sekitar rerata akan mencakup 95% kebutuhan populasi. sebagai mikrogram ekivalensi retinol = µg vitamin A jadi +
Karena itu, asupan referensi ditetapkan sebesar kebutuhan 1/6 x µg β karoten + 1/2 x µg karetonoid provitamin A lain.
rerata plus 2 x SD sehingga memenuhi atau melebihi Sebelum vitamin A murni tersedia untuk analisis kimia,
kebutuhan 97,5% populasi. kandungan vitamin A dalam makanan ditentukan dengan
Asupan referensi dan acuan yang direkomendasikan assay biologis dan hasilnya dinyatakan sebagai unit internasi-
untuk vitamin dan mineral diterbitkan oleh berbagai onal (international unit, IU). 1 IU = 0,3 μg retinol; 1 μg
lembaga berwenang nasional dan internasional (Tabel 44-1 retinol = 3,33 IU. Meskipun tidak digunakan lagi, IU kadang-
sampai 44-4) karena perbedaan intepretasi data yang ada, kadang masih digunakan dalam pelabelan makanan. Pada
dan adanya data percobaan baru di berbagai publikasi yang tahun 2001, USA/ Canadian Dietary Reference Values (Nilai
lebih baru. Acuan Diet USA/ Orang Kanada) memperkenalkan istilah
ekivalensi aktifitas retinol (retinol activity equivalent, RAE)
VITAMIN ADALAH SEKELOMPOK untuk memperhitungkan penyerapan dan metabolisme
SENYAWA HETEROGEN DENGAN karetonoid yang tidak sempurna; 1 RAE = 1 µg all- trans-
retinol, 12 µg β- karoten, 24 µg α-karoten atau β- kripto-
BERBAGAI FUNGSI METABOLIK xantin. Berdasarkan hal ini, aktifitas 1 iu vitamin A setara
Suatu vitamin didefinisikan sebagai senyawa organik yang dengan 3,6 µg β- karoten atau 7,2 µg karotenoid provitamin
harus ada pada diet dalam jumlah kecil untuk memper- A lain.
tahankan integritas metabolik normal. Defisiensi vitamin Vitamin A Memiliki Fungsi dalam Penglihatan
menyebabkan penyakit spesifik yang dapat disembuhkan
Di retina, retinaldehida berfungsi sebagai gugus prostetik
atau dicegah hanya dengan memperbaiki kandungan vita-
protein opsin peka-sinar, yang membentuk rodopsin (pada
min yang bersangkutan dalam diet (Tabel 44-5). Namun,
sel batang) dan iodopsin (pada sel kerucut). Semua sel
vitamin D yang dibentuk di kulit dari 7-dehidrokolesterol
kerucut mengandung hanya satu tipe opsin, dan hanya peka
setelah pajanan oleh sinar matahari, dan niasin, yang dapat
terhadap satu warna. Di epitel pigmen retina, all-trans-
dibentuk dari asam amino esensial triptofan, tidak benar-
retinol mengalami isomerisasi menjadi 11-cis-retinol dan
benar memenuhi definisi ini.
dioksidasi menjadi 11-cis-retinaldehida. Senyawa ini bere-
aksi dengan sebuah residu lisin di opsin, membentuk holo-
VITAMIN LARUT-LIPID protein rodopsin. Seperti diperlihatkan di (Gambar 44-2),
penyerapan sinar oleh rodopsin menyebabkan isomerisasi
DUA KELOMPOK SENYAWA retinaldehida dari 11-cis menjadi all-trans, dan perubahan
MEMILIKI AKTIVITAS VITAMIN A bentuk opsin. Hal ini menyebabkan pembebasan retinal-
dehida dari protein, dan inisiasi impuls saraf. Penyusunan
Retinoid terdiri dari retinol, retinaldehida, dan asam bentuk awal rodopsin, batorodopsin, yang tereksitasi terjadi,
retinoat (vitamin A jadi [preformed], hanya ditemukan dalam proses iluminasi selama pikodetik. Kemudian terjadi
dalam makanan yang berasal dari hewan); karotenoid yang serangkaian perubahan konformasi yang menyebabkan
terdapat di tumbuhan terdiri dari karoten dan senyawa terbentuknya metarodopsin II, yang memicu suatu kaskade
terkait; banyak yang merupakan prekursor vitamin A penguatan nukleotida guanin dan kemudian impuls saraf.
karena senyawa-senyawa ini dapat diuraikan untuk meng- Tahap terakhir adalah hidrolisis untuk membebaskan all-
hasilkan retinaldehida, kemudian retinol dan asam retinoat trans-retinaldehida dan opsin. Kunci dalam inisiasi siklus
(Gambar 44-1) . α-, β- , dan γ- karoten serta kriptoxantin penglihatan adalah ketersediaan 11-cis-retinaldehida dan
secara kuantitatif adalah karotenoid provitamin A ter- begitu pula dengan vitamin A. Pada keadaan defisiensi, baik
penting. β- karoten dan karotenoid provitamin A lainnya waktu untuk beradaptasi ke keadaan gelap maupun kemam-
diuraikan di mukosa usus oleh karoten dioksigenase, meng- puan untuk melihat di cahaya temaram terganggu.
hasilkan retinaldehida yang direduksi menjadi retinol,
diesterifikasi, dan disekresikan dalam kilomikron bersama
Asam Retinoat Berperan dalam Regulasi
dengan esterester yang dibentuk dari retinol makanan. Ekspresi Gen dan Diferensiasi Jaringan
Aktivitas karoten dioksigenase di usus rendah sehingga Peran utama vitamin A adalah mengontrol diferensiasi dan
dalam sirkulasi dapat muncul β- karoten (berasal dari pergantian sel. Asam all-trans-retinoat dan asam 9-cis-
makanan) dalam jumlah yang relatif besar. Sementara retinoat (Gambar 44-1) mengatur pertumbuhan, perkem-
bagian utama yang diserang oleh karoten dioksigenase bangan, dan diferensiasi jaringan; keduanya memiliki efek
adalah ikatan sentral β- karoten, namun pemutusan asi- berbeda di jaringan yang berbeda. Seperti hormon tiroid dan
metrik juga terjadi, menghasilkan pembentukan 8' - , 10' - , steroid serta vitamin D, asam retinoat berikatan dengan
dan 12' - apokarotenal, yang dioksidasi menjadi asam reseptor di nukleus yang mengikat elemen respons DNA dan
retinoat, tetapi tidak dapat digunakan sebagai sumber retinol mengatur transkripsi gen spesifik.
atau retinaldehida.

TABEL 44-1 Asupan Gizi Referensi Vitamin dan Mineral, inggris 1991
Vit B1 Vit B2 Niasin Vit B6 Vit B12 Folat Vit C Vit A Vit D Ca P Mg Fe Zn Cu Se I
Umur (mg) (mg) (mg) (mg) (lg) (lg) (mg) (lg) (lg) (mg) (mg) (mg) (mg) (mg) (mg) (lg) (lg)
0-3 bulan 0,2 0,4 3 0,2 0,3 50 25 350 8,5 525 400 55 1,7 4,0 0,2 10 50
4-6 bulan 0,2 0,4 3 0,2 0,3 50 25 350 8,5 525 400 60 4,3 4,0 0,3 13 60
7-9 bulan 0,2 0,4 4 0,3 0,4 50 25 350 7 525 400 75 7,8 5,0 0,3 10 60
10-12 bulan 0,3 0,4 5 0,4 0,4 50 25 350 7 525 400 80 7,8 5,0 0,3 10 60
1-3 tahun 0,5 0,6 8 0,7 0,5 70 30 400 7 350 270 85 6,9 5,0 0,4 15 70
4-6 tahun 0,7 0,8 11 0,9 0,8 100 30 500 − 450 350 120 6,1 6,5 0,6 20 100
7-10 tahun 0,7 1,0 12 1,0 1,0 150 30 500 − 550 450 200 8,7 7,0 0,7 30 110
Pria
11-14 tahun 0,9 1,2 15 1,2 1,2 200 35 600 − 1000 775 280 11,3 9,0 0,8 45 130
15-18 tahun 1,1 1,3 18 1,5 1,5 200 40 700 − 1000 775 300 11,3 9,5 1,0 70 140
19-50 tahun 1,0 1,3 17 1,4 1,5 200 40 700 − 700 550 300 8,7 9,5 1,2 75 140
50+ tahun 0,9 1,3 16 1,4 1,5 200 40 700 10 700 550 300 8,7 9,5 1,2 75 140
Wanita
11-14 tahun 0,7 1,1 12 1,0 1,2 200 35 600 − 800 625 280 14,8 9,0 0,8 45 130
15-18 tahun 0,8 1,1 14 1,2 1,5 200 40 600 − 800 6254 300 14,8 7,0 1,0 60 140
19-50 tahun 0,8 1,1 13 1,2 1,5 200 40 600 − 700 550 270 14,8 7,0 1,2 60 140
50+ tahun 0,8 1,1 12 1,2 1,5 200 40 600 10 700 550 270 8,7 7,0 1,2 60 140
Hamil +0,1 +0,3 − − − + 100 +10 +100 10 − − −
Menyusui +0,1 +0,5 +2 − +0,5 +60 +30 +350 10 +550 +440 + 50 +6,0 +0,3 +15
Sumber: Department of Health. Dietary Reference Values for Food Energy and Nutrients for the United Kingdom. HMSO, London, 1991.
TABEL 44-2 Asupan Referensi Populasi Vitamin dan Mineral, Uni Eropa, 1993
Vit A Vit B1 Vit B2 Niasin Vit B6 Folat Vit B12 Vit C Ca P Fe Zn Cu Se I

Umur (lg) (mg) (mg) (mg) (mg) (lg) (lg) (mg) (mg) (mg) (mg) (mg) (mg) (lg) (lg)
6-12 bulan 350 0,3 0,4 5 0,4 50 0,5 20 400 300 6 4 0,3 8 50
1-3 tahun 400 0,5 0,8 9 0,7 100 0,7 25 400 300 4 4 0,4 10 70
4-6 tahun 400 0,7 1,0 11 0,9 130 0,9 25 450 350 4 6 0,6 15 90
7-10 tahun 500 0,8 1,2 13 1,1 150 1,0 30 550 450 6 7 0,7 25 100
Pria
11-14 tahun 600 1,0 1,4 15 1,3 180 1,3 35 1000 775 10 9 0,8 35 120
15-17 tahun 700 1,2 1,6 18 1,5 200 1,4 40 1000 775 13 9 1,0 45 130
18+ tahun 700 1,1 1,6 18 1,5 200 1,4 45 700 550 9 9,5 1,1 55 130
Wanita
11-14 tahun 600 0,9 1,2 14 1,1 180 1,3 35 800 625 18 9 0,8 35 120
15-17 tahun 600 0,9 1,3 14 1,1 200 1,4 40 800 625 17 7 1,0 45 130
18+ tahun 600 0,9 1,3 14 1,1 200 1,4 45 700 550 16 1
7 1,1 55 130
Hamil 700 1,0 1,6 14 1,3 400 1,6 55 700 550 1

7 1,1 55 130
Menyusui 950 1,1 1,7 16 1,4 350 1,9 70 1200 950 16 12 1,4 70 160
Sumber: Scientific Committee for Food Nutrient and energy intakes for the European Community, Commission of the European Communities, Luxembourg, 1993. 1No figure given
for iron in pregnancy

TABEL 44-3 Batasan Diet yang Dianjurkan dan Asupan yang Diterima untuk Vitamin dan Mineral, USA dan Kanada, 1997-2001
Vit A Vit D Vit E Vit K Vit B1 Vit B2 Niasin Vit B6 Folat Vit B12 Vit C Ca P Fe Zn Cu Se I
Umur (μg) (μg) (mg) (μg) (mg) (mg) (mg) (mg) (μg) (μg) (mg) (mg) (mg) (mg) (mg) (mg) (μg) (μg)
0-6 bulan 400 5 4 2,0 0,2 0,3 2 0,1 65 0,4 40 210 100 − 2,0 200 15 110
7-12 bulan 500 5 5 2,5 0,3 0,4 4 0,3 80 0,5 50 270 275 11 3 220 20 130
1-3 tahun 300 5 6 30 0,5 0,5 6 0,5 150 0,9 15 500 460 7 3 340 20 90
4-8 tahun 400 5 7 55 0,5 0,6 8 0,6 200 1,2 25 800 500 10 5 440 30 90
Pria
9-13 tahun 600 5 11 60 0,9 0,9 12 1,0 300 1,8 45 1300 1250 8 8 700 40 120
14-18 tahun 900 5 15 75 1,2 1,3 16 1,3 400 2,4 75 1300 1250 11 11 890 55 150
19-30 tahun 900 5 15 120 1,2 1,3 16 1,3 400 2,4 90 1000 700 8 11 900 55 150
31-50 tahun 900 5 15 120 1,2 1,3 16 1,3 400 2,4 90 1000 700 8 11 900 55 150
51-70 tahun 900 10 15 120 1,2 1,3 16 1,7 400 2,4 90 1200 700 8 11 900 55 150
>70 tahun 900 15 15 120 1,2 1,3 16 1,7 400 2,4 90 1200 700 8 11 900 55 150
Wanita
9-13 tahun 600 5 11 60 0,9 0,9 12 1,0 300 1,8 45 1300 1250 8 8 700 40 120
14-18 tahun 700 5 15 75 1,0 1,0 14 1,2 400 2,4 65 1300 1250 15 9 890 55 150
19-30 tahun 700 5 15 90 1,1 1,1 14 1,3 400 2,4 75 1000 700 18 8 900 55 150
31-50 tahun 700 5 15 90 1,1 1,1 14 1,3 400 2,4 75 1000 700 18 8 900 55 150
51-70 tahun 700 10 15 90 1,1 1,1 14 1,5 400 2,4 75 1200 700 8 8 900 55 150
>70 tahun 700 15 15 90 1,1 1,1 14 1,5 400 2,4 75 1200 700 8 8 900 55 150
Hamil 770 5 15 90 1,4 1,4 18 1,9 600 2,6 85 1000 700 27 11 1000 60 220
Menyusui 900 5 16 90 1,4 1,6 17 2,0 500 2,8 120 1000 700 9 12 1300 70 290
(Angka-angka untuk bayi di bawah 12 bulan adalah angka kecukupan asupan, berdasarkan pengamatan asupan rerata bayi yang terutama diberi diet air susu ibu; untuk zat gizi selain angka vitamin K adalah RDA, berdasarkan
kebutuhan rerata yang diperkirakan + 2 SD; angka untuk vitamin K adalah angka kecukupan asupan, berdasarkan asupan rerata yang diamati.)
Sumber: Standing Committee on the Scientific Evaluation of Dietary Reference Intakes, Food and Nutrition Board, Institute of Medicine Dietary Reference Intakes for calcium, phosphorus, magnesium, vitamin D and fluoride,
1997; dietary reference intakes for thiamin, riboflavin, niacin, vitamin B6, folate, vitamin B12, pantothenic acid, biotin and choline, 1998; dietary reference intakes for vitamin C, vitamin E, selenium and carotenoids, 2000;
dietary reference intakes for vitamin A, vitamin K, arsenic, boron, chromium, copper, iodine, iron, manganese, molybdenum, nickel, silicon, vanadium and zinc, 2001, National Academy Press, Washington DC.
07/11/14 6:05 PM
549
TABEL 44-4 Asupan Nutrien yang Direkomendasikan untuk Vitamin, FAO 2001
Vit A Vit D Vit K Vit B1 Vit B2 Niasin Vit B6 Folat Vit B12 Vit C Panto Biotin
Umur (µg) (µg) (µg) (mg) (mg) (mg) (mg) (µg) (µg) (mg) (mg) (µg)
0-6 bulan 375 5 5 0,2 0,3 2 0,1 80 0,4 25 1,7 5
7-12 bulan 400 5 10 0,3 0,4 4 0,3 80 0,5 30 1,8 6
1-3 tahun 400 5 15 0,5 0,5 6 0,5 160 0,9 30 2,0 8
4-6 tahun 450 5 20 0,6 0,6 8 0,6 200 1,2 30 3,0 12
7-9 tahun 500 5 25 0,9 0,9 12 1,0 300 1,8 35 4,0 20
Pria
10-18 tahun 600 5 35-55 1,2 1,3 16 1,3 400 2,4 40 5,0 30
19-50 tahun 600 5 65 1,2 1,3 16 1,3 400 2,4 45 5,0 30
50-65 tahun 600 10 65 1,2 1,3 16 1,7 400 2,4 45 5,0 30
>65 tahun 600 15 65 1,2 1,3 16 1,7 400 2,4 45 5,0 30
Wanita
10-18 tahun 600 5 35-55 1,1 1,0 16 1,2 400 2,4 40 5,0 25
19-50 tahun 600 5 55 1,1 1,1 14 1,3 400 2,4 45 5,0 30
50-65 tahun 600 10 55 1,1 1,1 14 1,5 400 2,4 45 5,0 30
>65 tahun 600 15 55 1,1 1,1 14 1,5 400 2,4 45 5,0 30
Hamil 800 5 55 1,4 1,4 18 1,9 600 2,6 55 6,0 30
Menyusui 850 5 55 1,5 1,6 17 2,0 500 2,8 70 7,0 35
Sumber: Food and Agriculture Organization of the United Nations and World Health Organization, Human Vitamin and Mineral Requirements, FAO, 2001.
TABEL 44-5 Vitamin
Vitamin Fungsi Penyakit Defisiensi
Larut-Lipid
A Retinol, β- Pigmen penglihatan di retina; regulasi ekspresi gen dan diferensiasi sel (β- Buta senja, xeroftalmia, keratinisasi kulit
karoten karoten adalah suatu antioksidan)
D Kalsiferol Memelihara keseimbangan kalsium; meningkatkan penyerapan Rakitis = gangguan mineralisasi tulang;
Ca2+ di usus dan memobilisasi mineral tulang; regutasi ekspresi gen dan osteomalasia = demineralisasi tulang
diferensiasi sel
E Tokoferol, Antioksidan, terutama di membran sel; berperan dalam pembentukan Sangat jarang—disfungsi saraf serius
tokotrienol sinyal sel
K Filokuinon: Koenzim dalam pembentukan γ-karboksiglutamat dalam enzim pembekuan Gangguan pembekuan darah, penyakit
menakuinon darah dan matriks tulang perdarahan
Larut-air
B1 Tiamin Koenzim dalam piruvat dan α-ketoglutarat dehidrogenase, dan Kerusakan saraf perifer (beriberi) atau lesi
transketolase; mengatur saluran CI- dalam hantaran saraf susunan saraf pusat (sindrom WerMcke-
Korsakoff)
B2 Riboflavin Koenzim dalam reaksi oksidasi dan reduksi (FAD dan FMN); gugus prostetik Lesi di sudut mulut, bibir, dan lidah,
flavoprotein dermatitis seboroik
Niasin Asam nikotinat, Koenzim dalam reaksi oksidasi dan reduksi, bagian fungsional NAD dan Pelagra—dermafitis fotosensitif, psikosis
nikotinamida NADP; berperan dalam regulasi kalsium intrasel dan pembentukan sinyal sel depresif
B6 Piridoksin, piridoksal, Koenzim dalam transaminasi dan dekarboksilasi asam amino dan glikogen Penyakit metabolisme asam amino, kejang
piridoksamin fosforilase; modulasi kerja hormon steroid
Asam folat Koenzim dalam pemindahan fragmen satu-karbon Anemia megaloblastik
B12 Kobalamin Koenzim dalam pemindahan fragmen satu-karbon dan metabolisme asam Anemia pernisiosa = anemia megaloblastik
folat dengan degenerasi korda spinalis
Asam pantotenat Bagian fungsional KoA dan protein pembawa asil; sintesis dan metabolisme Kerusakan saraf perifer (melalgia
asam lemak nutrisional atau "burning foot syndrome")
H Biotin Koenzim pada reaksi karboksilasi dalam glukoneogenesis dan sintesis asam Gangguan metabolisme lemak dan
lemak; berperan dalam regulasi siklus sel karbohidrat, dermatitis
C Asam askorbat Koenzim dalam hidroksilasi prolin dan lisin pada sintesis kolagen; Skorbut—gangguan penyembuhan luka,
antioksidan; meningkatkan penyerapan besi berkurangnya sementum gigi, perdarahan
subkutis

H3C CH3 CH3

CH3 CH3 H3C CH3 CH2OH
H3C CH3
H3C CH3 CH3 All-trans-retinol

CH3 CH3
CH3
β-Karoten
CH3
H3C CH3
CH3 CH3 CH3 CH3
H3C CH3 H3C CH3 11-cis-Retinol
CH2OH CHO
CH3 H3C
CH3 Retinol CH3 Retinaldehida CH2OH
CH3
H3C CH3
CH3 CH3 CH3
H3C CH3 H3C CH3 11-cis-retinaldehida
COOH
CH3 H3C
CH3 CH3 HC=O
C=O
H3C H2N
Asam all-trans-retinoat
COOH CH3 Residu lisin
H3C CH3 di opsin NH
Asam 9-cis-retinoat
GAMBAR 44-1 β-karoten dan berbagai vitamer vitamin A

CH3 H3C
C=O
utama. Tanda bintang memperlihatkan tempat pemutusan β-karoten Rodopsin (ungu visual)
HC=N
oleh karoten dioksigenase untuk menghasilkan retinaldehida.
–15 NH
CAHAYA 10 det
Terdapat dua famili reseptor retinoid nukleus: reseptor asam
retinoat (RAR) mengikat asam all-trans-retinoat atau asam CH3 CH3 C=O
H3C CH3
9-cis-retinoat, dan reseptor retinoid X (RXR) mengikat asam C=N
9-cis-retinoat. Reseptor retinoid X juga membentuk dimer CH3 NH
dengan vitamin D, tiroid, dan reseptor hormon yang bekerja
Perubahan konformasi di protein
Fotorodopsin
di nukelus lainnya. Defisiensi vitamin A mengganggu fungsi 45 pdet
vitamin D karena ketiadaan asam 9-cis-retionat untuk Batorodopsin
5'GMP
Kanal Na+ tertutup
membentuk dimer reseptor aktif. Reseptor retinoid X kosong 30 ndet
cGMP
membentuk dimer dengan diisi vitamin D dan reseptor Lumirodopsin

Kanal Na+ terbuka
hormon tiroid, tetapi tidak hanya ini ekspresi gen tidak 75 µdet Inaktif Fosfodiesterase
diaktifkan, dapat menekannya, sehingga defisiensi vitamin A Metarodopsin I
aktif
memiliki efek yang lebih parah pada vitamin D dan fungsi 10 mdet GDP Transducin-GTP
hormon tiroid secara sederhana gagal untuk mengaktifkan Metarodopsin II
ekspresi gen. Sementara kelebihan vitamin A juga Menit GTP Transducin-GDP Pi
mengganggu fungsi vitamin D, karena pembentukan Metarodopsin III
homodimer RXR, yang berarti RXR yang tersedia tidak
cukup untuk membentuk homodimer dengan reseptor CH3 CH3
H3C CH3 H
vitamin D. C=O
Defisiensi Vitamin A Merupakan Masalah CH3 All-trans-retinaldehida + opsin
Kesehatan Masyarakat yang Penting di GAMBAR 44-2 Peran retinaldehida dalam siklus penglihatan
Seluruh Dunia
Defisiensi vitamin A merupakan penyebab kebutaan ter- sehingga vitamin A dalam bentuk lisis membran tidak-
penting yang dapat dicegah. Tanda paling awal defisiensi ini terikat merusak jaringan. Gejala toksisitas berpengaruh
adalah kurangnya kepekaan terhadap sinar hijau yang diikuti pada susunan saraf pusat (nyeri kepala, mual, ataksia, dan
dengan gangguan beradaptasi terhadap cahaya temaram, dan anoreksia, semuanya berkaitan dengan peningkatan tekanan
diikuti dengan buta senja. Defisiensi yang berkepanjangan cairan serebrospinal); hati (hepatomegali disertai perubahan
akan menyebabkan xeroftalmia: keratinisasi kornea dan ke- histologis dan hiperlipidemia); homeostasis kalsium (pene-
butaan. Vitamin A juga berperan penting dalam diferensiasi balan tulang panjang, hiperkalsemia, dan kalsifikasi jaringan
sel sistem imun, dan bahkan defisiensi ringan menyebabkan lunak); dan kulit (kekeringan berlebihan, deskuamasi, dan
peningkatan kerentanan terhadap infeksi. Sintesis protein alopesia).
pengikat retinol juga berkurang sebagai respons terhadap
infeksi (protein ini adalah suatu protein fase akut negatif),
VITAMIN D ADALAH SUATU
yang mengurangi konsentrasi vitamin dalam sirkulasi dan HORMON
semakin memperlemah respons imun. Vitamin D bukan hanya vitamin karena senyawa ini dapat
Kelebihan Vitamin A Bersifat Toksik disintesis di kulit, dan pada kebanyakan kondisi hal tersebut
Kapasitas tubuh untuk memetabolisme vitamin A hanya merupakan sumber utama vitamin D. Sumber dari makanan
terbatas, dan asupan yang berlebihan dapat menyebabkan hanya diperlukan jika pajanan terhadap matahari kurang
penimbunan yang melebihi kapasitas protein pengikat memadai.

OH
Isomerisasi termal
CAHAYA Kolekalsiferol
(kalsiol; vitamin
HO D3) CH2
CH3
7-Dehidrokolesterol Pravitamin D
HO
GAMBAR 44-3 Pembentukan vitamin D di kulit.
Fungsi utama vitamin D adalah mengatur homeostasis dan diperkaya mengalami hidroksilasi serupa untuk menghasilkan
penyerapan kalsium; sebagian besar kerja vitamin ini dipe- erkalsitriol. Di hati, kolekalsiferol dihidroksilasi menjadi bentuk
rantarai oleh reseptor nukleus yang mengatur ekspresi gen. turunan 25-hidroksi, yaitu kalsidiol. Senyawa ini dibebaskan ke
Vitamin D juga berperan dalam meregulasi proliferasi dan sirkulasi dalam keadaan terikat pada globulin pengikat vitamin
diferensiasi gen. Terdapat bukti bahwa asupan yang agak D yang merupakan bentuk simpanan utama vitamin ini. Di
lebih tinggi daripada yang dibutuhkan untuk memper- ginjal, kalsidiol mengalami 1-hidroksilasi untuk menghasilkan
tahankan homeostasis kalsium dapat menurunkan risiko metabolit aktif 1,25-hidroksivitamin D (kalsitriol) atau 24-
resistensi insulin, obesitas, dan sindrom metabolik, serta hidroksilasi untuk menghasilkan metabolit yang mungkin in-
berbagai kanker. Defisiensi, yang menyebabkan rakitis pada aktif, 24,25-dihidroksivitamin D (24-hidroksikalsidiol). Be-
anak dan osteomalasia pada dewasa, terus menjadi masalah berapa jaringan, selain yang adalah terlibat dalam homeostasis
kesehatan di belahan bumi utara, tempat pajanan matahari kalsium, mengambil kalsidiol dari sirkulasi dan mempersatukan
kurang memadai. kalsitriol yang bertindak dalam sel di mana ia disintesis.
Vitamin D Disintesis di Kulit
7-Dehidrokolesterol (suatu zat perantara dalam sintesis Metabolisme Vitamin D Mengatur dan Diatur
kolesterol yang menumpuk di kulit) mengalami reaksi nonenzi- oleh Homeostasis Kalsium
matik jika terpajan oleh sinar ultraviolet, yang menghasilkan
Fungsi utama vitamin D adalah mengontrol homeostasis
pravitamin D (Gambar 44-3). Pravitamin D menjalani reaksi
kalsium, dan selanjutnya, metabolisme vitamin D diatur oleh
lebih lanjut dalam waktu beberapa jam untuk membentuk
faktor-faktor yang berespons terhadap konsentrasi kalsium
kolekalsiferol yang diserap ke dalam aliran darah. Di daerah
dan fosfat plasma. Kalsitriol bekerja untuk mengurangi
yang beriklim sedang, konsentrasi vitamin D plasma paling
sintesis dirinya sendiri dengan menginduksi 24-hidroksilase
tinggi pada akhir musim panas dan paling rendah pada akhir
dan menekan 1-hidroksilase di ginjal. Fungsi utama vitamin
musim dingin. Di belahan dunia yang melewati sekitar lintang
D adalah mempertahankan konsentrasi kalsium plasma.
40o utara atau selatan, radiasi ultraviolet dengan panjang
Kalsitriol mencapai hal ini melalui tiga cara: senyawa ini
gelombang yang sesuai sangatlah rendah pada musim dingin.
meningkatkan penyerapan kalsium di usus; senyawa ini
Vitamin D Dimetabolisme Menjadi Metabolit mengurangi ekskresi kalsium (dengan merangsang penye-
Aktif, Kalsitriol, di Hati dan Ginjal rapan di tubulus distal ginjal); dan senyawa ini memobilisasi
Kolekalsiferol, baik yang disintesis di kulit maupun dari mineral tulang. Selain itu, kalsitriol berperan dalam sekresi
makanan, mengalami dua kali hidroksilasi untuk meng- insulin, sintesis dan sekresi hormon paratiroid dan tiroid,
hasilkan metabolit aktif, 1,25-dihidroksivitamin D atau kal- inhibisi pembentukan interleukin oleh limfosit T aktif
sitriol (Gambar 44-4). Ergokalsiferol dari makanan yang
OH OH
Kalsiol-25-hidroksilase Kalsidiol-1-hidroksilase
CH2 CH2 CH2 Kalsitriol

Kalsidiol (1,25-hidroksikolekalsiferol)
Kolekalsiferol (25-hidroksikolekalsiferol)
HO HO HO OH
(kalsiol; vitamin D3)
Kalsidiol-24-hidroksilase Kalsidiol-24-hidroksilase
OH OH
OH OH
Kalsidiol-1-hidroksilase
CH2 CH2
24-hidroksikalsidiol Kalsitetrol
HO HO OH
GAMBAR 44-4 Metabolisme vitamin D

R1
dan imunoglobulin oleh limfosit B aktif, diferensiast sel HO
prekursor monosit, dan modulasi proliferasi sel. Pada keba- O
R2
nyakan efek ini, vitamin D berfungsi layaknya suatu hormon R3
CH3
Tokoferol
steroid, berikatan dengan reseptor di nukleus dan mening-
R1
katkan ekspresi gen meskipun senyawa ini juga memiliki efek HO
cepat pada pengangkut kalsium di mukosa usus.
R2 O
Asupan Vitamin D yang Lebih Tinggi Mungkin R3
CH3
Tokotrienol
Menguntungkan GAMBAR 44-5 Vitamer vitamin E. Pada α-tokoferol dan toko-

Makin banyak bukti menunjukkan bahwa status vitamin D yang trienol R1, R2, dan R3 adalah gugus —CH3. Pada β-vitamer R2 adalah H,
lebih tinggi bersifat protektif terhadap berbagai kanker, ter- pada γ-vitamer R1 adalah H, dan pada δ-vitamer R1 dan R2 adalah H.
masuk kanker prostat dan kolon, serta melawan pradiabetes dan
sindrom metabolik. Asupan yang diinginkan mungkin agak (Gambar 44–5). Berbagai vitamer berbeda memiliki potensi
lebih tinggi dibandingkan asupan referensi yang ada saat ini, dan biologis berbeda; yang paling aktif adalah D-α-tokoferol, dan
mungkin tidak dapat diperoleh dari makanan yang tidak di- asupan vitamin E biasanya dinyatakan dalam miligram
perkaya (unfortified food). Kebutuhan ini dapat dipenuhi ekuivalen D-α-tokoferol. DL-α-tokoferol sintetik tidak memi-
dengan meningkatkan pajanan terhadap sinar matahari, tetapi liki potensi biologis yang sama dengan senyawa alami.
hal ini berisiko menyebabkan kanker kulit.
Defisiensi Vitamin D Vitamin E Adalah Antioksidan Larut-Lemak
Mengenai Anak dan Dewasa Utama di Membran Sel dan Lipoprotein
Pada penyakit defisiensi vitamin D rakitis, tulang anak Plasma
kekurangan mineral akibat buruknya penyerapan kalsium. Fungsi utama vitamin E adalah sebagai antioksidan pemutus
Serupa timbul akibat defisiensi sewaktu lonjakan pertum- rantai yang menangkap radikal-bebas di membran sel dan
buhan di masa remaja. Osteomalasia pada dewasa terjadi lipoprotein plasma dengan bereaksi dengan radikal peroksida
akibat demineralisasi tulang, terutama pada wanita yang lipid yang dibentuk oleh peroksidasi asam lemak tak jenuh
jarang terkena sinar matahari, sering terjadi setelah bebe- ganda (Bab 45). Produk radikal tokoferoksil relatif tidak
rapa kali hamil. Meskipun vitamin D esensial bagi pencegah- reaktif, dan akhirnya membentuk senyawa nonradikal.
an dan pengobatan osteomalasia pada usia lanjut, namun Umumnya, radikal tokoferoksil direduksi kembali menjadi
tidak banyak bukti yang menunjukkan bahwa vitamin ini tokoferol oleh reaksi dengan vitamin C dari plasma (Gambar
bermanfaat untuk mengobati osteoporosis. 44-6). Radikal monodehielroaskorbat yang terbentuk kemu-
Kelebihan Vitamin D Bersifat Toksik dian mengalami reaksi enzimatik atau nonenzimatik untuk
Sebagian bayi peka terhadap asupan vitamin D serendah menghasilkan askorbat dan dehidroaskorbat yang keduanya
50 µg/hari sehingga terjadi peningkatan konsentrasi kal- bukan merupakan radikal.
sium plasma. Keadaan ini dapat menyebabkan kontraksi
pembuluh darah, peningkatan tekanan darah, dan kalsi- Defisiensi Vitamin E
nosis—kalsifikasi jaringan lunak. Paling sedikit dalam Pada hewan percobaan, defisiensi vitamin E menyebabkan
beberapa kasus, hiperkalsemia dalam respon terhadap resorpsi janin dan atrofi testis. Defisiensi vitamin E dalam
asupan rendah pada vitamin D adalah karena defek makanan pada manusia tidak diketahui meskipun pasien
genetik dari kalsidiol 24 hidroksilase, enzim yang menye- dengan malabsorpsi lemak berat, fibrosis kistik, dan
babkan inaktivasi pada vitamin. Meskipun asupan ber- beberapa bentuk penyakit hati kronik mengidap defisiensi
lebihan vitamin D dari makanan bersifat toksik, pajanan karena mereka tidak mampu menyerap vitamin atau me-
berlebihan terhadap sinar matahari tidak menyebab- ngangkutnya, yang memperlihatkan kerusakan saraf dan
kan keracunan vitamin D karena terbatasnya kapasitas membran otot. Bayi prematur lahir dengan cadangan
untuk membentuk prekursor, 7-dehidrokolesterol, dan vitamin yang kurang memadai. Membran eritrosit sangat
pajanan berkepanjangan pravitamin D oleh sinar rapuh akibat peroksidasi sehingga terjadi anemia hemolitik.
matahari menyebabkan terbentuknya senyawa-senyawa
inaktif.
VITAMIN K DIBUTUHKAN UNTUK
VITAMIN E TIDAK MEMILIKI FUNGSI
MEMBENTUK BERBAGAI PROTEIN
METABOLIK YANG JELAS
Belum ada fungsi khas vitamin E yang disepakati secara PEMBEKUAN DARAH
tegas. Vitamin ini berfungsi sebagai antioksidan larut-lipid Vitamin K ditemukan sebagai hasil penelitian terhadap
di membran sel, tempat banyak dari fungsinya dapat dilaku- penyebab gangguan perdarahan, penyakit perdarahan (sweet
kan oleh antioksidan sintetik, dan penting dalam memper- clover) pada hewan ternak dan ayam yang diberi makan diet
tahankan fluiditas membran sel. Senyawa ini juga memiliki bebas-lemak. Faktor yang hilang dalam makanan ayam
peran (relatif tidak jelas) dalam pembentukan sinyal sel. tersebut adalah vitamin K, sementara
Vitamin E adalah nama generik untuk dua famili senyawa,
tokoferol dan tokotrienol

Reaksi rantai
radikal bebas
PUFA OO PUFA OOH
TocOH TocO Fosfolipase

O2 R
A2
PUFA H
(pada fosfolipid)
Membran
Sitosol
Vitamin Cox, Vitamin Cred, PUFA OOH,

GS SG GSH H2O2 GSH
Glutation
Superoksida Katalase Se Peroksidase
dismutase
O2
–
H2O, GS SG
Superoksida PUFA OH
GAMBAR 44-6 Interaksi antara antioksidan dalam fase lipid (membran sel) dan fase cairan (sitosol).
(R•, radikal bebas; PUFA-OO•, radikal peroksil asam lemak tak jenuh ganda di fosfolipid membran; PUFA-OOH,
asam lemak hidroksiperoksi tak jenuh, ganda di fosfolipid membran, dibebaskan ke dalam sitosol sebagai
asam lemak hidroksiperoksi tak jenuh ganda oleh kerja fosfolipase A2; PUFA-OH, asam lemak hidroksi tak
jenuh ganda; Toc-OH vitamin E [α-tokoferol]; TocO•, radikal tokoferoksil; Se, selenium; GSH, glutation
reduktase; GS-SG, glutation teroksidasi, yang direduksi menjadi GSH setelah bereaksi dengan NADPH, yang
dikatalisis oleh glutation reduktase; PUFA-H, asam lemak tak jenuh ganda.)
makanan hewan ternak mengandung dikumarol, suatu

antagonis vitamin tersebut. Antagonis vitamin K digunakan
untuk mengurangi koagulasi darah pada pasien yang berisiko
O
mengalami trombosis; antagonis yang paling banyak di- CH3
gunakan adalah warfarin.
Tiga senyawa yang memiliki aktivitas biologis vitamin H
O 3
K (Gambar 44-7): filokuinon, yang terdapat normal Filokuinon
dalam sumber makanan, sayuran hijau; menakuinon,
yang disintesis oleh bakteri usus, dengan panjang rantai O
samping yang berbeda-beda; serta menadion dan mena- CH3
diol diasetat, senyawa buatan yang dapat dimetabolisme
H
menjadi filokuinon. Menakuinon diserap dalam jumlah ter- O n
tentu, tetapi belum jelas jumlah menakuinon yang aktivitas Menakuinon CH3
biologisnya dapat menginduksi tanda-tanda defisiensi C O

vitamin K dengan hanya pemberian diet rendah-filokuinon OH O
tanpa menghambat kerja bakteri usus. CH3 CH3
Vitamin K Adalah Koenzim untuk Karboksilasi OH O

Glutamat dalam Modifikasi Pascasintesis Menadiol
C O
Protein Pengikat Kalsium CH3
Vitamin K adalah kofaktor untuk karboksilasi residu gluta- Menadiol diasetat
(asetomenafton)
mat pada modifikasi pascasintesis protein untuk membentuk
asam amino tak-lazim γ-karboksiglutamat (Gla) (Gambar GAMBAR 44-7 Vitamer vitamin K. Menadiol (atau menadion) dan
menadiol diasetat adalah senyawa sintetik yang diubah menjadi mena-
44-8). Pada awalnya, vitamin K hidrokuinon dioksidasi kuinon di hati.
menjadi epoksida,

OOC CH COO Vitamin K Juga Penting dalam Sintesis

CH2
Protein Pengikat Kalsium Lain dan Tulang
HN CH C O
Sejumlah protein lain menjalani karboksilasi glutamat yang
Residu karboksiglutamat dependen-vitamin K menjadi γ-karboksiglutamat, antara lain
protein Gla matriks dan osteokalsin di tulang, nefrokalsin di
Non- CO2
enzimatik ginjal, dan produk gen spesifik henti pertumbuhan (growth
arrest) Gas6, yang berperan baik pada regulasi diferensiasi
CH2 COO O2 CH COO dan perkembangan di sistem saraf maupun pada kontrol
CH2 CH2 apoptosis di jaringan-jaringan lain. Semua protein yang me-
HN CH C O HN CH C O ngandung γ-karboksiglutamat ini mengikat kalsium, yang
Vitamin K
epoksidase menyebabkan perubahan konformasi sehingga dapat ber-
Residu glutamat Karbanion glutamat
interaksi dengan fosfolipid membran. Pembebasan osteokal-
O
OH
CH3
sin ke dalam sirkulasi menunjukkan indeks status vitamin D.
CH3
O
OH
R
O
R
VITAMIN LARUT-AIR
Vitamin K hidrokuinon Vitamin K epoksida
NADP+
Disulfida
Vitamin K kuinon
Sulfhidril
Vitamin K epoksida
VITAMIN B1 (TIAMIN) BERPERAN
PENTING DALAM METABOLISME
Kuinon reduktase O reduktase
reduktase
Sulfhidril CH3 Disulfida
NADPH
R KARBOHIDRAT
O
Vitamin K kuinon
Tiamin memiliki peran sentral dalam metabolisme penghasil
energi, dan khususnya metabolisme karbohidrat (Gambar
GAMBAR 44-8 Peran vitamin K dalam pembentukan γ-karbok- 44-9) . Tiamin difosfat adalah koenzim untuk tiga kom-
siglutamat.
pleks multienzim yang mengkatalisis reaksi dekarboksilasi
yang mengaktifkan sebuah residu glutamat di substrat oksidatif: piruvat dehidrogenase dalam metabolisme kar-
protein menjadi sebuah karbanion, yang bereaksi secara bohidrat (Bab 17); α-ketoglutarat dehidrogenase dalam
nonenzimatis dengan karbon dioksida untuk membentuk γ- siklus asam sitrat (Bab 16); dan asam keto dehidrogenase
karboksiglutamat. Vitamin K epoksida direduksi menjadi rantai bercabang pada metabolisme leusin, isoleusin, dan
kuinon oleh reduktase peka-warfarin, dan kuinon direduksi valin (Bab 29). Pada masing-masing kasus, tiamin difosfat
menjadi hidrokuinon aktif oleh reduktase peka-warfarin yang menyediakan sebuah karbon reaktif pada gugus tiazol
sama atau suatu reduktase kuinon yang tidak peka-warfarin. yang membentuk suatu karbanion, yang kemudian me-
Dengan adanya warfarin, vitamin K epoksida tidak dapat nambah gugus karbonil pada, misalnya piruvat. Senyawa
direduksi, tetapi menumpuk dan diekskresikan. Jika tambahan kemudian mengalami dekarboksilasi dan me-
vitamin K (sebagai kuinon) terdapat dalam diet dengan ngeluarkan CO2. Tiamin difosfat juga merupakan koenzim
jumlah yang cukup, vitamin K ini dapat direduksi menjadi untuk transketolase, pada jalur pentosa fosfat (Bab 21).
hidrokuinon aktif oleh enzim insensitif-warfarin, dan kar- Tiamin trifosfat memiliki peran dalam hantaran saraf;
boksilasi dapat berlanjut, dengan pemakaian stoikiometrik senyawa ini memfosforilasi (sehingga mengaktifkan) kanal
vitamin K dan ekskresi epoksida. Vitamin K dosis tinggi klorida di membran saraf.
adalah antidotum untuk keracunan warfarin.
Protrombin dan beberapa protein lain pada sistem Defisiensi Tiamin Memengaruhi Sistem Saraf
pembekuan darah (Faktor VII, IX, dan X, dan protein S dan
C, Bab 52) masing-masing mengandung 4-6 residu γ- dan Jantung
karboksiglutamat. γ-Karboksiglutamat menangkap ion kal- Defisiensi tiamin dapat menyebabkan tiga sindrom ter-
sium sehingga protein-protein pembekuan darah dapat ber- sendiri: suatu neuritis perifer kronik, beriberi, yang dapat
ikatan dengan membran. Pada defisiensi vitamin K, atau berkaitan atau tidak dengan gagal jantung dan edema;
dengan adanya warfarin, suatu prekursor abnormal pro- beriberi pernisiosa (fulminan) akut (shoshin beriberi) dengan
trombin (praprotrombin) yang tidak atau sedikit mengan- gejala yang predominan berupa gagal jantung dan kelainan
dung γ-karboksiglutamat, dan tidak dapat mengikat kalsium, metabolik tanpa neuritis perifer;
akan dilepaskan ke dalam sirkulasi.
O O H3C
H3C N NH2 H3C CH2
CH2 CH2OH CH2 CH2 O P O P O
N
N S
CH2 N O O
S
Tiamin Tiamin difosfat Karbanion
GAMBAR 44-9 Tiamin, tiamin difosfat, dan bentuk karbanion.

dan ensefalopati Wernicke disertai psikosis Korsakoff, radikal superoksida dan perhidroksil serta hidrogen peroksida.
yang terutama berkaitan dengan penyalahgunaan alkohol Oleh sebab itu, flavin oksidase berperan signifikan dalam stres
dan narkotik. Peran tiamin difosfat dalam piruvat dehidro- oksidan total di tubuh (Bab 45).
genase memiliki arti bahwa pada defisiensi terjadi gang- Defisiensi Riboflavin Banyak Dijumpai, tetapi
guan perubahan piruvat menjadi asetil KoA. Pada orang
dengan diet karbohidrat yang relatif tinggi, hal ini me- Tidak Mematikan
nyebabkan meningkatnya kadar laktat dan piruvat plasma, Meskipun riboflavin berperan sentral dalam metabolisme
yang dapat menyebabkan asidosis laktat yang mengancam lipid dan karbohidrat, dan defisiensi riboflavin terjadi di
jiwa. banyak negara, namun defisiensi ini tidak mematikan karena
penghematan riboflavin di jaringan sangat efisien. Riboflavin
Status Nutrisi Tiamin dapat Dinilai dari yang dilepaskan dari katabolisme enzim dengan cepat digabung-
kan ke enzim yang baru dibentuk. Defisiensi riboflavin ditandai
Pengaktifan Transketolase Eritrosit oleh keilosis, deskuamasi dan peradangan lidah, dan derma-
Pengaktifan apo-transketolase (protein enzim) yang terdapat titis seboroik. Status gizi riboflavin dinilai dengan mengukur
pada produk hasil Iisis eritrosit oleh penambahan tiamin pengaktifan glutation reduktase eritrosit oleh FAD yang
difosfat secara in vitro telah dijadikan indeks status nutri- ditambahkan in vitro.
sional tiamin.
NIASIN BUKAN SUATU VITAMIN
VITAMIN B2 (RIBOFLAVIN) SEJATI
BERPERAN PENTING DALAM Niasin ditemukan sebagai nutrien sewaktu penelitian tentang
pelagra dilakukan. Niasin bukan suatu vitamin sejati karena
METABOLISME PENGHASIL ENERGI zat ini dapat disintesis dalam tubuh dari asam amino esen-
Riboflavin menyediakan gugus-gugus reaktif koenzim sial triptofan. Dua senyawa, asam nikotinat dan nikotina-
flavin mononukleotida (FMN) dan flavin adenin di- mida, memiliki aktivitas biologis niasin; fungsi metaboliknya
nukleotida (FAD) (Gambar 44-10). FMN dibentuk oleh adalah sebagai cincin nikotinamida pada koenzim NAD dan
fosforilasi riboflavin dependen-ATP, sementara FAD disin- NADP dalam reaksi oksidasi/reduksi (Gambar 44-11). Sekitar
tesis oleh reaksi lebih lanjut dengan ATP dengan gugus AMP 60 mg triptofan setara dengan 1 mg niasin dalam makanan.
yang dipindahkan ke FMN. Sumber utama riboflavin dalam Kandungan niasin dalam makanan dinyatakan sebagai:
makanan adalah susu dan produk susu. Selain itu, karena mg niasin ekuivalen = mg niasin yang sudah ada + 1/60 ×
warnanya yang kuning terang, riboflavin sering digunakan mg triptofan
sebagai aditif makanan. Karena sebagian besar niasin dalam sereal tidak dapat di-
Koenzim Flavin Adalah Pembawa Elektron gunakan secara biologis, jumlah ini tidak diperhitungkan.
dalam Reaksi Oksidoreduksi NAD Adalah Sumber ADP-Ribosa
Reaksi-reaksi ini mencakup rantai respiratorik mitokondria, Selain perannya sebagai koenzim, NAD adalah sumber ADP-
enzim-enzim kunci dalam oksidasi asam lemak dan asam ribosa untuk ADP-ribosilasi protein dan poli ADP-ribosilasi
amino, dan siklus asam sitrat. Reoksidasi flavin tereduksi nukleoprotein yang berperan dalam mekanisme perbaikan
dalam oksigenase dan oksidase fungsi-campuran berlangsung DNA. Ribosa-ADP siklik dan asam nikotinat adenin dinukleo-
melalui pembentukan radikal flavin dan flavin hidroperoksida, tida, yang dibentuk
disertai pembentukan intermediat
OH OH OH OH OH OH O
CH2 CH CH CH CH2OH CH2 CH CH CH CH2 O P O
H3C N N O H3C N N O O
N N N N
H3C H3C
O O
Riboflavin FMN
NH2
OH OH OH O O N N
CH2 CH CH CH CH2 O P O P O CH2 N N
O
H3C N N O O O
N N
H3C OH OH
O
FAD
GAMBAR 44-10 Riboflavin dan koenzim flavin mononukleotida (FMN) dan flavin
adenin dinukleotida (FAD).

COO CONH2 O
CH2OH CH2OH
HOCH2 Kinase O POCH2
N N OH OH
Niasin (asam nikotinat dan nikotinamida) Lihat juga (Gambar 7-2) Fosfatase O N
N CH3 CH3
GAMBAR 44-11 Niasin (asam nikotinat dan nikotinamida). Piridoksin Piridoksin fosfat
dari NAD, bekerja meningkatkan kalsium intrasel sebagai Oksidase

respons terhadap neurotransmitter dan hormon. O
HC=O HC=O
Pelagra Disebabkan oleh Defisiensi Triptofan HOCH2 OH
Kinase O POCH2 OH
dan Niasin N CH3

Fosfatase O
N CH3
Pelagra ditandai oleh dermatitis fotosensitif. Seiring dengan Piridoksal Piridoksin fosfat
perkembangan penyakit, timbul demensia dan mungkin
diare. Pelagra yang tidak diobati dapat menyebabkan ke- Aminotransferase Oksidase
matian. Meskipun etiologi nutrisional pelagra telah dipasti- O

CH2NH2 CH2NH2
kan, dan triptofan atau niasin mencegah atau menyembuh- Kinase
HOCH2 OH O POCH2 OH
kan penyakit ini, namun faktor tambahan, termasuk defisi-
O
ensi riboflavin atau vitamin B6 (keduanya diperlukan N CH3
Fosfatase N CH3
untuk membentuk nikotinamida dari triptofan) dapat ber- Piridoksamin Piridoksamin fosfat
peran penting. Pada sebagian besar ledakan kasus pelagra,
GAMBAR 44-12 Interkonversi berbagai vitamer vitamin B6.
wanita dua kali lebih banyak terkena daripada pria, yang
mungkin diakibatkan inhibisi metabolisme triptofan oleh Sekitar 80% vitamin B6 total dalam tubuh adalah piridok-
metabolit-metabolit estrogen. sal fosfat di otot, sebagian besar berkaitan dengan gliko-
Pelagra Dapat Terjadi Akibat Penyakit gen fosforilase. Bentuk ini tidak dapat digunakan pada
Meskipun Asupan Triptofan dan Niasin keadaan defisiensi, tetapi dibebaskan jika terjadi kelaparan,
saat cadangan glikogen terkuras, dan kemudian dapat di-
Memadai gunakan, terutama di hati dan ginjal untuk memenuhi
Sejumlah penyakit genetik yang menyebabkan gangguan peningkatan kebutuhan glukoneogenesis dari asam amino.
metabolisme triptofan dilaporkan berkaitan dengan tim-
bulnya pelagra meskipun asupan triptofan dan niasin tampak- Vitamin B6 Memiliki Beberapa Peran dalam
nya memadai. Penyakit Hartnup adalah penyakit genetik yang Metabolisme
jarang dijumpai, pada penyakit ini terjadi gangguan pada Piridoksal fosfat adalah suatu koenzim bagi banyak enzim
mekanisme pengangkutan triptofan di membran sel sehingga yang terlibat dalam metabolisme asam amino, khususnya
terjadi malabsorpsi di usus dan kegagalan mekanisme resorpsi di transaminasi dan dekarboksilasi. Vitamin ini juga merupa-
ginjal. Pada sindrom karsinoid, terjadi metastasis tumor kan kofaktor glikogen fosforilase, dan gugus fosfat penting
primer sel enterokromafin di hati yang menyintesis 5-hidrok- untuk katalisis. Selain itu, B6 penting bagi kerja hormon
sitriptamin. Produksi 5-hidroksitriptamin yang berlebihan steroid. Piridoksal fosfat mengeluarkan kompleks hormon-
dapat membentuk 60% dari metabolisme triptofan total tubuh reseptor dari ikatan dengan DNA dan menghentikan kerja
dan menimbulkan pelagra karena terjadi pengalihan yang hormon. Pada defisiensi vitamin B6, terjadi peningkatan ke-
menghindari sintesis NAD. pekaan terhadap kerja estrogen, androgen, kortisol, dan
Niasin Bersifat Toksik Jika Berlebihan vitamin D konsentrasi rendah.
Asam nikotinat digunakan untuk mengobati hiperlipidemia Defisiensi Vitamin B6 Jarang Dijumpai
dan jika digunakan dalam kisaran 1-6 g/hari dapat me- Meskipun gejala klinis defisiensi jarang dijumpai, namun
nyebabkan dilatasi pembuluh darah dan flushing serta iritasi terdapat bukti bahwa cukup banyak orang yang status
kulit. Asupan asam nikotinat dan nikotinamida yang me- vitamin B6 nya marginal. Defisiensi tingkat sedang menye-
lebihi 500 mg/hari juga menyebabkan kerusakan hati. babkan kelainan metabolisme triptofan dan metionin. Pe-
ningkatan kepekaan terhadap kerja hormon steroid mungkin
VITAMIN B6 PENTING DALAM penting dalam pembentukan kanker dependen-hormon
pada payudara, uterus, dan prostat, dan status vitamin B6
METABOLISME ASAM AMINO DAN mungkin memengaruhi prognosis.
GLIKOGEN, JUGA DALAM KERJA Status Vitamin B6 Dinilai dengan Mengukur
HORMON STEROID Transaminase Eritrosit
Terdapat enam senyawa yang memiliki aktivitas vitamin B6 Metode yang paling luas digunakan untuk menilai status
(Gambar 44-12): piridoksin, piridoksal, piridoksamin, dan vitamin B6 adalah dengan pengaktifan transaminase eritrosit
turunan 5'-fosfatnya. Koenzim aktif adalah piridoksal 5'- oleh piridoksal fosfat yang ditambahkan secara in vitro, dan
fosfat. dinyatakan sebagai koefisien pengaktifan.

Pengukuran dari konsentrasi plasma pada vitamin tetapi preparat vitamin B12 yang dibuat melalui fermentasi
adalah juga digunakan. oleh bakteri sudah tersedia.
Penyerapan Vitamin B12
Vitamin B6 Menyebabkan Neuropati
Memerlukan Dua Protein Pengikat
Sensorik Jika Berlebihan Vitamin B12 diserap dalam keadaan terikat pada faktor
Timbulnya neuropati sensorik pernah dilaporkan pada intrinsik, suatu glikoprotein kecil yang disekresikan oleh sel
pasien yang mengonsumsi 2-7 g piridoksin per hari untuk parietal mukosa lambung. Asam lambung dan pepsin mem-
berbagai alasan (terdapat sedikit bukti bahwa vitamin ini bebaskan vitamin dari ikatan dengan protein dalam
efektif dalam mengobati sindrom prahaid). Penghentian makanan dan menyebabkan vitamin dapat berikatan dengan
pemberian dosis tinggi ini meninggalkan kerusakan residual; koba-lofilin, suatu protein pengikat yang disekresikan di air
laporan lain menyatakan bahwa asupan melebihi 100-200 liur. Di duodenum, kobalofilin mengalami hidrolisis
mg/hari berkaitan dengan kerusakan saraf. sehingga vitamin dibebaskan untuk berikatan dengan faktor
VITAMIN B12 HANYA DITEMUKAN intrin-sik. Oleh sebab itu, insufisiensi pankreas dapat
menjadi faktor dalam timbulnya defisiensi vitamin B12, yang
DALAM MAKANAN YANG BERASAL me-nyebabkan ekskresi vitamin B12 yang terikat pada
DARI HEWAN kobalo-filin. Faktor intrinsik hanya mengikat vitamer
vitamin B12 aktif dan bukan korinoid lain. Vitamin B12
Istilah "vitamin B6" digunakan sebagai penjelasan umum bagi diserap dari sepertiga distal ileum melalui reseptor yang
golongan kobalamin—yaitu golongan korinoid (senyawa mengikat kompleks faktor intrinsik vitamin B12, tetapi tidak
mengandung kobalt yang memiliki cincin korin [corrin]) mengikat faktor intrinsik atau vitamin dalam bentuk bebas.
dengan aktivitas biologis vitamin (Gambar 44-13). Sebagian Ada sirkulasi enterohepatik besar pada vitamin B12, dengan
korinoid yang merupakan faktor pertumbuhan bagi mikro- ekskresi dalam empedu, maka reabsorpsi setelah mengikat
organisme tidak hanya tidak memiliki aktivitas vitamin B12, faktor intrinsik di dalam ileum.
tetapi mungkin juga bersifat antimetabolit terhadap vita-
min. Walaupun disintesis secara eksklusif oleh mikroorga- Terdapat Tiga Enzim Dependen-Vitamin B12
nisme, pada kenyataannya vitamin B12 hanya ditemukan Metilmalonil KoA mutase, leusin aminomutase, dan metionin
dalam makanan yang berasal dari hewan dan tidak ada sintase (Gambar 44-14) adalah enzim yang dependen pada
tumbuhan yang merupakan sumber vitamin ini. Hal ini vitamin B12. Metilmalonil KoA dibentuk sebagai zat perantara
berarti bahwa vegetarian ketat (vegan) berisiko mengalami dalam katabolisme valin dan oleh karboksilasi propionil KoA
defisiensi vitamin B12. Sejumlah kecil vitamin yang dibentuk yang berasal dari katabolisme isoleusin, kolesterol, dan (jarang)
oleh bakteri di permukaan buah mungkin memadai untuk asam lemak dengan jumlah atom karbon ganjil, senyawa ini
memenuhi kebutuhan juga terbentuk secara langsung dari propionat, produk utama
H3C
CH2CONH2 fermentasi mikroba dalam hewan pemamah biak. Metilmalonil
CH2CH2CONH2
KoA mengalami penyusunan kembali yang dependen-
H3C
H2NCOCH2CH2 N vitamin Bi, menjadi suksinil KoA, yang dikatalisis oleh metil-
CH3
H2NCOCH2
N
R
CH3
malonil KoA mutase (Gambar 20-2). Aktivitas enzim ini
Co+ N
H3C sangat berkurang pada defisiensi vitamin B12, yang me-
H3C N CH2CH2CONH2 nyebabkan akumulasi metilmalonil KoA dan ekskresi asam
H2NCOCH2
CH3 metilmalonat dalam urine, yang menjadi alat untuk menilai
CH3
CH2
status nutrisional vitamin B12.
CH2
SH H 3C S
C O
(CH 2 )2 (CH 2 )2
NH
CH2 O H C NH 3+ H C NH 3+
H3C C O P O N CH3 COO – COO –

H
O HO N Homosistein Metionin
CH3
Metionin
sintase
HOCH2 O Metilkobalamin
Metil B12 H4 folat

GAMBAR 44-13 Vitamin B12. Empat tempat koordinasi di atom
H 4 folat
kobalt sentral oleh atom nitrogen cincin korin, dan satu oleh GAMBAR 44-14 Homosistein dan "perangkap folat". Defisiensi
nitrogen nukleotida dimetilbenzimidazol. Tempat koordinasi keenam vitamin B12 menyebabkan gangguan metionin sintase sehingga terjadi
mungkin ditempat oleh: CN− (sianokobalamin), OH− (hidroksikobala- akumulasi homosistein dan terperangkapnya folat sebagai metiltetra-
min), H2O (akuokobalamin, —CH3 (metilkobalamin), atau 5ʹ-deoksi- hidrofolat.
adenosin (adenosilkobalamin).

Defisiensi Vitamin B12, Menyebabkan Anemia jumlah µg folat makanan + 1,7 x µg asam folat (digunakan
untuk memperkaya makanan).
Pernisiosa
Anemia pernisiosa terjadi jika defisiensi vitamin B12 Tetrahidrofolat Adalah Pembawa Unit Satu
mengganggu metabolisme asam folat yang menyebabkan Karbon
defisiensi folat fungsional, mengganggu eritropoiesis se- Tetrahidrofolat dapat membawa fragmen-fragmen satu-
hingga prekursor imatur eritrosit dibebaskan ke dalam karbon yang melekat pada N-5 (gugus formil, formimino,
sirkulasi (anemia megaloblastik). Penyebab tersering anemia atau metil), N-10 (formil), atau jembatan N-5-N-10 (gugus
pernisiosa adalah kegagalan penyerapan vitamin B12 dan metilen atau metenil). 5-Formil-tetrahidrofolat lebih stabil
bukan defisiensi dari makanan. Hal ini dapat terjadi akibat daripada folat sehingga digunakan dalam farmasi (dikenal
gangguan sekresi faktor intrinsik akibat penyakit autoimun sebagai asam folinat) atau senyawa sintetik/rasemat (leu-
yang menyerang sel parietal atau karena terbentuknya antibodi kovorin). Titik masuk utama untuk fragmen satu-karbon
antifaktor intrinsik. Terjadi degenerasi korda spinal yang ke dalam folat adalah metilen tetrahidrofolat (Gambar
ireversibel pada anemia pernisiosa, sebagai akibat kegagalan 44-16) yang dibentuk oleh reaksi glisin, serin, dan kolin
metilasi satu residu arginin di protein basa mielin. Hal ini dengan tetrahidrofolat. Serin adalah sumber terpenting
merupakan akibat defisiensi metionin di sistem saraf pusat, folat substitusi untuk reaksi biosintetik, dan aktivitas serin
dan bukan defisiensi folat sekunder. hidroksimetiltransferase diatur oleh status substitusi folat
dan ketersediaan folat. Reaksi ini bersifat reversibel, dan di
TERDAPAT BANYAK BENTUK FOLAT hati dapat membentuk serin dari glisin sebagai substrat
untuk glukoneogenesis. Metilen-, metenil-, dan 10-formil-
DALAM MAKANAN tetrahidrolat dapat saling dikonversi. jika folat satu karbon
Bentuk aktif asam folat (pteroil glutamat) adalah tetra- tidak diperlukan, terjadi oksidasi formil tetrahidrofolat
hidrofolat (Gambar 44-15). Folat dalam makanan dapat untuk menghasilkan karbon dioksida yang berfungsi mem-
memiliki hingga tujuh residu glutamat tambahan yang pertahankan kompartemen folat bebas.
dihubungkan oleh ikatan γ- peptida. Selain itu, semua folat
dengan tambahan satu karbon di (Gambar 44-15) juga dapat Inhibitor Metabolisme Folat
ditemukan dalam makanan. Tingkat penyerapan berbagai Digunakan Sebagai Obat Antibakteri,
bentuk folat ini bervariasi, dan asupan folat dihitung sebagai Antimalaria, dan Kemoterapi Kanker
ekuivalen folat dalam makanan Metilasi deoksiuridin monofosfat (dUMP) menjadi timidin
monofosfat (TMP), yang dikatalisis oleh timidilat sintase,
COO
esensial untuk membentuk DNA. Fragmen satu karbon meti-
O
OH
H H len tetrahidrofolat direduksi menjadi gugus metil disertai
CH2 N N CH
N N
5
10
C
H pembebasan dihidrofolat yang kemudian direduksi kembali
H2N N N CH2 menjadi tetrahidrofolat oleh dihidrofolat reduktase. Timi-
H Tetrahidrofolat (THF) CH2 dilat sintase dan dihidrofolat reduktase terutama aktif di
C O
jaringan yang laju pembelahan selnya tinggi. Metotreksat,
suatu analog 10-metil-tetrahidrofolat, menghambat di-
(Glu)n
hidrofolat reduktase dan digunakan sebagai obat antikan-
ker. Dihidrofolat reduktase pada sebagian bakteri dan parasit
HC O HC O
OH OH
berbeda dari enzim yang terdapat pada manusia; inhibitor
H H H
N N CH2 N
N N CH2 N enzim-enzim ini dapat digunakan sebagai obat antibakteri
5-Formil THF 10-Formil THF (mis. trimetoprim) dan obat antimalaria (mis. pirimeta-
H2N N N H2N N N
H H min).
HC NH
CH2
Defisiensi Vitamin B12 Menyebabkan
OH OH
N
H
N CH2
H
N
N N CH2 N Defisiensi Folat Fungsional—"Perangkap
H2N N N
5-Formimino THF
H2N N N
5,10-Metilen THF
Folat"
H H
Jika berfungsi sebagai donor metil, S-adenosil metionin mem-
CH3 bentuk homosistein, yang dapat mengalami remetilasi oleh
OH
H H OH CH metil-tetrahidrofolat dan dikatalisis oleh metionin sintase, a
N N CH2 N
N N
+
CH2 N vitamin B12–suatu enzim dependen-vitamin B12 (Gambar
H2N N N 5-Metil THF H2N N N 5,10-Metenil THF 44-14). Karena reduksi metilen-tetrahidrofolat menjadi
H H metil-tetrahidrofolat bersifat ireversibel dan sumber utama
GAMBAR 44-15 Asam tetrahidrofolat dan berbagai folat tetrahidrofolat untuk jaringan adalah metil-tetrahidrofolat,
substitusi satu-karbon. peran metionin sintase menjadi vital, dan

Sumber unit satu-karbon Sintesis dengan unit satu-karbon
Serin
Serin
Glisin Metilen-THF Metil-THF Metionin
Kolin TMP + dihidrofolat
Histidin Formimino-THF Metilen-THF DNA
Formil-metionin
Format Formil-THF Purin
CO2
GAMBAR 44-16 Sumber dan pemakaian folat substitusi satu-karbon.
merupakan penghubung antara fungsi folat dan vitamin B12. atau penambahan folat ke dalam makanan dapat mengu-
Gangguan metionin sintase pada defisiensi vitamin B12 rangi risiko timbulnya sebagian kanker. Namun, terdapat be-
menyebabkan penimbunan metil-tetrahidrofolat "perangkap berapa bukti bahwa suplemen folat meningkatkan laju trans-
folat". Oleh sebab itu, terdapat defisiensi fungsional folat formasi polip kolorektum praneoplastis menjadi kanker,
sebagai efek sekunder dari defisiensi vitamin B12. sehingga meningkatkan risiko orang-orang dengan polip ini
Defisiensi Folat Menyebabkan Anemia mendapat kanker kolorektum jika mereka diberi asupan folat
yang tinggi.
Megaloblastik
Defisiensi asam folat itu sendiri atau defisiensi vitamin B12
Penambahan Folat ke Dalam Makanan
yang menyebabkan defisensi fungsional asam folat, meme- Menimbulkan Risiko Bagi Sebagian Orang
ngaruhi sel yang cepat membelah karena sel ini sangat mem- Suplemen folat akan memperbaiki anemia inegatoblastik
butuhkan timidin untuk membentuk DNA. Secara klinis, akibat defisiensi vitamin B12, namun mempercepat terjadi-
defisiensi ini memengaruhi sumsum tulang, menyebabkan nya kerusakan saraf (ireversibel) yang ditemukan pada
anemia megaloblastik. defisiensi vitamin B12. Asupan tinggi pada asam folat dapat
Suplemen Asam Folat Mengurangi Risiko menyebabkan kedok defisiensi vitamin B12. Hal ini ter-
utama masalah bagi orang tua, karena gastritis atrofi yang
Cacat Tabung Saraf dan berkembang dengan bertambahnya usia menyebabkan
Hiperhomosisteinemia dan Mungkin kegagalan pada sekresi asam lambung, dan oleh karena itu
Mengurangi Insidens Penyakit gagal untuk melepaskan vitamin B12 dari protein diet.
Karena hal ini, meskipun banyak negara telah mengadopsi
Kardiovaskular dan Beberapa Kanker pengayaan mandatori dari tepung dengan asam folat untuk
Suplemen folat 400 µg/hari yang dimulai sebelum konsepsi mencegah defek tuba neuralis, yang lain tidak memiliki.
menyebabkan penurunan bermakna insidens spina bifida Terdapat juga antagonisme antara asam folat dan obat
dan cacat tabung saraf (neural tube defect) lainnya. Karena antikonvulsan yang digunakan dalam pengobatan epilepsi,
hal ini, beberapa negara mengharuskan pengayaan tepung dan, seperti disebutkan sebelumnya, terdapat beberapa
dengan asam folat. Peningkatan homosistein darah adalah bukti bahwa suplemen folat meningkatkan risiko kanker
faktor risiko penting untuk aterosklerosis, trombosis, dan kolorektum pada orang-orang dengan polip kolorektum
hipertensi. Keadaan ini terjadi akibat gangguan pemben- praneoplastis.
tukan metil-tetrahidrofolat oleh metilen-tetrahidrofolat
reduktase sehingga terjadi defisiensi fungsional folat yang DEFISIENSI BIOTIN DALAM
menyebabkan kegagalan remetilasi homosistein menjadi
metionin. Orang dengan varian metilen-tetrahidrofolat MAKANAN SAMPAI SAAT INI
reduktase abnormal (5-10% dari populasi) tidak mengalami BELUM DIKETAHUI
hiperhomosisteinemia jika asupan folatnya relatif tinggi.
Struktur biotin, biositin, dan karboksibiositin (zat perantara
Sejumlah uji kaji suplemen folat terkontrol-plasebo (biasanya
metabolik aktif) diperlihatkan di (Gambar 44-17). Biotin
bersama dengan vitamin B6 dan B12) menunjukkan efek
tersebar luas di banyak makanan sebagai biositin (ε-
penurunan homosistein plasma yang diperkirakan, tetapi di
amino-biotinillisin), yang dibebaskan pada proteolisis.
luar penurunan insidensi stroke, tidak ada efek pada
Senyawa ini disintesis oleh flora usus melebihi kebutuhan.
penyakit kardiovaskular.
Defisiensi belum ditemukan, kecuali pada orang yang hanya
Terdapat juga bukti bahwa status folat yang rendah mendapat nutrisi parenteral total selama berbulan-bulan,
menyebabkan gangguan metilasi area-area CpG di DNA, dan sejumlah kecil orang yang memakan putih telur mentah
yang merupakan faktor dalam perkembangan kanker kolo- dalam jumlah yang sangat banyak, putih telur mengandung
rektum dan kanker lain. Sejumlah penelitian menyarankan avidin suatu protein yang mengikat biotin dan menyebabkan
bahwa suplementasi folat vitamin ini tidak dapat diserap.

O O C OH O C NH CH2 CH2 SH
HN NH
Biotin CH2 CH2
COO CH2 CH2

S
NH NH
O C O C O
HN NH Biotinillisin (biositin) CHOH CHOH
C O NH2
H H3C C CH3 H3C C CH3 O
C N O N N
S CH
O CH2OH CH2 O P O P O CH2 N N
NH O
H
O O O
OOC N NH Karboksi-biositin Asam pantotenat Koenzim A (CoASH)
C O O OH
H
S C N O P O
CH
O O
NH
GAMBAR 44-18 Asam pantotenat dan Koenzim A.
GAMBAR 44-17 Biotin, biositin, dan karboksi-biositin. Tanda bintang menunjukkan tempat asilasi oleh asam lemak.
Biotin Adalah Koenzim dari Enzim Karboksilase

Biotin berfungsi memindahkan karbon dioksida dalam CH2OH CH2OH CH2OH
sejumlah kecil reaksi: asetil-KoA karboksilase (Gambar HO CH2

O
HO CH2
O
HO CH2
O
23-1), piruvat karboksilase (Gambar 19-1), propionil-KoA O O O
karboksilase (Gambar 19-2), dan metilkrotonil-KoA karbok-
silase. Holokarboksilase sintetase mengataltsis pemindahan
biotin menjadi residu lisin dari apo-enzim untuk mem-
OH OH
.
O OH O O
Askorbat Monodehidroaskorbat Dehidroaskorbat

bentuk residu biositin dari holoenzim. Zat antara reaktif (semidehidroaskorbat)
adalah 1-N-karboksibiositin, yang dibentuk dari bikar- GAMBAR 44-19 Vitamin C.
bonat dalam sebuah reaksi dependen-ATP. Gugus karboksi
kemudian diubah menjadi substrat untuk karboksilasi. orde passerine sebagian besar ikan, dan invertebrata; bina-
Biotin juga memiliki peranan dalam mengatur siklus sel, tang lain menyintesis vitamin C sebagai zat antara dalam
yang bekerja dengan melakukan biotinilisasi pada inti jalur asam uronat pada metabolisme glukosa (Gambar
protein utama. 21-4). Pada spesies yang menganggapnya sebagai suatu
ASAM PANTOTENAT SEBAGAI vitamin, terdapat penghalang pada jalur karena ketiadaan
glukonolakton oksidase. Asam askorbat dan dehidroaskorbat
BAGIAN DARI KoA DAN ACP memiliki aktivitas sebagai vitamin.
BERFUNGSI SEBAGAI PEMBAWA Vitamin C adalah Koenzim untuk Dua
GUGUS ASIL Kelompok Hidroksilase
Asam askorbat memiliki peranan khusus dalam hidroksilase
Asam pantotenat memiliki peran utama dalam metabolisme
yang mengandung tembaga dan hidroksilase yang mengan-
gugus asil saat berbentuk sebagai gugus fungsional pantetein
dari koenzim A atau protein pembawa asil (ACP) (Gambar dung besi terkait-α-ketoglutarat. Asam ini juga meningkat-
kan aktivitas beberapa enzim lain secara in vitro, walaupun
44-18). Gugus pantetein dibentuk setelah penggabungan
hal ini merupakan aktivitas pengurangan yang tidak spesifik.
pantotenat dan sistein, yang menyediakan gugus prostetik —
Selain itu, asam ini memiliki beberapa efek nonenzim akibat
SH dari KoA dan ACP. KoA ikut serta dalam reaksi siklus
aktivitasnya sebagai agen pereduksi dan pemadam radikal
asam sitrat (Bab 16), oksidasi asam lemak (Bab 22), asetilasi
oksigen (Bab 45).
dan sintesis kolesterol (Bab 26). ACP berperan serta dalam
sintesis asam lemak (Bab 23). Vitamin ini banyak terdapat Dopamin β-hidroksilase merupakan enzim yang
pada semua bahan makanan, dan defisiensi vitamin pada mengandung-tembaga yang terlibat dalam sintesis kate-
manusia belum pernah dilaporkan secara jelas selain dalam kolamin (norepinefrin dan epinefrin), dari tirosin pada
penelitian yang menjelaskan deplesi secara khusus. medula adrenal dan sistem saraf pusat. Selama hidroksilasi,
Cu+ dioksidasi menjadi Cu2+; Proses reduksi kembali men-
ASAM ASKORBAT MERUPAKAN jadi Cu+, khususnya memerlukan askorbat yang dioksidasi
VITAMIN HANYA UNTUK BEBERAPA menjadi monodehidroaskorbat.
Sejumlah hormon peptida memiliki amida terminal
SPESIES karboksi yang berasal dari terminal residu glisin. Glisin ini
Vitamin C (Gambar 44-19) adalah suatu vitamin bagi dihidroksilasi pada α-karbon oleh enzim mengandung-
manusia dan primata lain, marmut, kelelawar, burung dari tembaga,

peptidilglisin hidroksilase yang sekali lagi memerlukan TABEL 44-6 Klasifikasi Mineral Berdasarkan Fungsinya
askorbat untuk mereduksi Cu2+.
Fungsi Mineral
Sejumlah enzim hidroksilase yang memerlukan askorbat
dan mengandung besi memiliki mekanisme reaksi yang Fungsi struktural Kalsium, magnesium, fosfat
sama, yaitu hidroksilasi subtrat dihubungkan dengan dekar-
boksilasi oksidatif α-ketoglutarat. Banyak dari enzim-enzim Fungsi yang berhubungan dengan membran Natrium, kalium
ini terlibat dalam modifikasi prekursor protein. Prolin dan Fungsi sebagai gugus prostetik di Kobalt, tembaga besi,
lisin hidroksilase dibutuhkan untuk modifikasi pascasintesis enzim molibdenum, selenium, seng
dari prokolagen menjadi kolagen, dan prolin hidroksilase Berperan mengatur atau berperan Kalsium, kromium, yodium,
juga dibutuhkan untuk pembentukan osteokalsin dan kom- dalam kerja hormon magnesium, magan, natrium,
ponen C1q dari komplemen. Aspartat β— hidroksilase di- kalium
butuhkan untuk modifikasi pascasintesis prekursor protein Diketahui sebagai zat esensial, tetapi Silikon, vanadium, nikel, timah
C, protease dependen-vitamin K yang menghidrolisis faktor fungsinya tidak diketahui
V aktif pada jalur pembekuan darah (Bab 52). Trimetilisin Memiliki pengaruh dalam tubuh, Flourida, litium
dan γ—butirobetain hidroksilase dibutuhkan untuk sintesis tetapi perannya belum dipastikan
karnitin. Dapat ada dalam makanan dan Aluminium, arsen, antimon,
bersifat toksik jika berlebihan boron, bromin, kadmium,
Defisiensi Vitamin C Menyebabkan Skorbut sesium, germanium, timah
hitam, merkuri, perak, stronsium
Tanda-tanda defisiensi vitamin C adalah perubahan kulit,
kerapuhan kapiler darah, perlunakan gusi, gigi tanggal, dan
fraktur tulang. Banyak dari gejala tersebut dapat berkaitan adalah secara genetik berisiko terhadap kelebihan zat besi,
dengan kurangnya sintesis kolagen. yang menyebabkan pembentukan pada radikal bebas sebagai
hasil dari reaksi nonenzim pada ion besi dalam larutan
Asupan Vitamin C yang Lebih bebas ketika kapasitas dari besi mengikat protein telah
Tinggi Mungkin Memberikan Manfaat melebihi. Makanan yang tumbuh pada tanah dengan
Pada asupan di atas sekitar 100 mg/hari, kapasitas tubuh selenium yang tinggi menyebabkan keracunan, dan asupan
untuk memetabolisme vitamin C mengalami kejenuhan, natrium yang berlebihan menyebabkan hipertensi pada
dan asupan yang lebih tinggi akan diekskresi dalam urine. orang yang rentan.
Walapun demikian, tambahan aturan lain menyatakan
bahwa vitamin C meningkatkan absorpsi besi anorganik,
RINGKASAN
dan hal ini bergantung pada adanya vitamin dalam usus. ■ Vitamin adalah nutrisi organik dengan fungsi metabolik
Oleh sebab itu, peningkatan asupan vitamin C mungkin esensial, yang umumnya dibutuhkan dalam jumlah sedikit
memberikan manfaat. Terdapat sangat sedikit bukti baik pada makanan karena vitamin tidak dapat disintesis oleh
tubuh. Vitamin larut-lipid (A, D, E, dan K) adalah molekul
yang menyatakan bahwa vitamin C dosis tinggi dapat
hidrofobik yang membutuhkan absorpsi lemak normal untuk
mencegah selesma meskipun vitamin ini dapat mengurangi
penyerapan yang efisien dan mencegah timbulnya gejala
durasi dan beratnya gejala. akibat defisiensi.
MINERAL DIBUTUHKAN UNTUK ■ Vitamin A (retinol), terdapat pada daging, dan pro-vitamin (β-
karoten), yang ditemukan pada tumbuhan, membentuk retinalde-
FUNGSI BIOKIMIA DAN FISIOLOGIS hida yang digunakan untuk penglihatan, dan asam retinoat yang
berfungsi untuk mengontrol ekspresi gen.
Banyak mineral esensial (Tabel 44-6) terdistribusi luas dalam
■ Vitamin D adalah prohormon steroid yang menghasiIkan
makanan, dan kebanyakan orang yang mengonsumsi diet
hormon aktif turunan kalsitriol untuk mengatur metabolisme
campuran kemungkinan mendapatkan asupan yang kalsium dan fosfat; defisiensi vitamin D menyebabkan rakitis
memadai. Jumlah yang dibutuhkan per hari bervariasi, mulai dan osteomalasia. Vitamin D juga berperan mengontrol
dari beberapa gram untuk natrium, kalsium, beberapa diferensiasi sel dan sekresi insulin.
miligram per hari (yi. besi, seng), sampai mikrogram per hari ■ Vitamin E (tokoferol) adalah antioksidan yang paling penting
untuk trace elements. Secara umum, defisiensi mineral terjadi dalam tubuh yang bekerja pada fase lipid di membran sebagai
jika makanan yang dikonsumsi berasal dari tanah yang pelindung terhadap efek radikal bebas.
mungkin kurang memiliki beberapa mineral (yi. yodium dan ■ Vitamin K berfungsi sebagai kofaktor untuk karboksilase yang
selenium, defisiensi keduanya terjadi pada banyak daerah di bekerja pada residu glutamat protein prekursor dari faktor
dunia). jika makanan berasal dari berbagai daerah, defisiensi pembekuan dan protein tulang sehingga keduanya dapat meng-
mineral mungkin lebih jarang terjadi. Meskipun demikian, ikat kalsium.
defisiensi besi merupakan masalah umum karena jika besi ■ Vitamin Iarut air yang berfungsi sebagai kofaktor enzim. Tiamin
yang hilang dari tubuh relatif tinggi (mis. darah menstruasi adalah kofaktor pada dekarboksilasi oksidatif asam α-keto dan
yang banyak), akan sulit mencapai asupan yang memadai niasin transketolase pada jalur fosfat pentosa. Riboflavin dan
untuk menggantikan besi yang hilang. Namun, 10% dari niasin adalah kofaktor penting dalam reaksi oksidoreduksi, secara
berturut-turut terdapat pada enzim flavoprotein serta dalam NAD
populasi (dan lebih di beberapa area)
dan NADP.
■ Asam pantotenat terdapat dalam koenzim A dan protein
pembawa asil yang berfungsi sebagai pembawa gugus asil pada
reaksi metabolik.

■ Vitamin B6 sebagai piridoksal fosfat adalah koenzim untuk FAO/WHO: Human Vitamin and Mineral Requirements: Report
beberapa enzim pada metabolisme asam amino, termasuk of a Joint FAO/WHO Expert Consultation: Bangkok, Thailand.
transaminase, dan glikogen fosforilase. Biotin adalah koen- Food and Nutrition Division of the United Nations Food and
zim untuk beberapa enzim karboksilase. Agriculture Organization, 2000.
■ Vitamin B12 dan asam folat ikut serta dalam menyediakan Geissler C, Powers HJ: Human Nutrition, 12th ed. Elsevier, 2010.
residu satu karbon untuk sintesis DNA dan reaksi-reaksi Gibney MJ, Lanham-New S, Cassidy A, et al: Introduction to Human
lain; defisiensinya menyebabkan anemia megaloblastik. Nutrition, The Nutrition Society Textbook Series, 2nd ed.
■ Vitamin C adalah antioksidan larut-air yang mempertahan- Wiley–Blackwell, 2009.
kan vitamin E dan banyak kofaktor logam dalam bentuk Institute of Medicine: Dietary Reference Intakes for Calcium,
tereduksi. Phosphorus, Magnesium, Vitamin D and Fluoride.
National Academy Press, 1997.
■ Elemen mineral anorganik yang memiliki fungsi dalam
Institute of Medicine: Dietary Reference Values for Thiamin,
tubuh harus tersedia pada makanan. Jika asupannya tidak
Riboflavin, Niacin, Vitamin B6, Folate, Vitamin B12, Pantothenic
mencukupi, akan terjadi defisiensi, dan jika berlebihan
Acid, Biotin and Choline. National Academy Press, 2000.
dapat menjadi racun.
Institute of Medicine: Dietary Reference Values for Vitamin C,
Vitamin E, Selenium and Carotenoids. National Academy Press,
REFERENSI 2000.
Bender DA: Nutritional Biochemistry of the Vitamins, 2nd ed. Institute of Medicine: Dietary Reference Intakes for Vitamin A,
Cambridge University Press, 2003. Vitamin K, Arsenic, Boron, Chromium, Copper, Iodine, Iron,
Bender DA, Bender AE: Nutrition: A Reference Handbook. Oxford Manganese, Molybdenum, Nickel, Silicon, Vanadium and Zinc.
University Press, 1997. National Academy Press, 2001.
Department of Health: Dietary Reference Values for Food Energy Scientific Advisory Committee on Nutrition of the Food Standards
and Nutrients for the United Kingdom. Her Majesty’s Stationery Agency: Folate and Disease Prevention. The Stationery Office, 2006.
Office, 1991.

45
B A B
Radikal Bebas dan

Nutrien Antioksidan
TUJUAN ■ Menjelaskan kerusakan yang dibuat radikal bebas pada DNA, lipid, dan
protein, serta penyakit-penyakit yang berkaitan dengan kerusakan radikal.
Setelah mempelajari bab ini, ■ Menjelaskan sumber-sumber utama radikal oksigen di dalam tubuh.
Anda diharapkan dapat: ■ Menjelaskan mekanisme dan faktor-faktor makanan yang bersifat melindungi
terhadap kerusakan radikal.
■ Menjelaskan bagaimana antioksidan dapat juga bertindak sebagai prooksidan,
dan mengapa uji kaji intervensi nutrien antioksidan umumnya memberi hasil
yang mengecewakan.
PERAN BIOMEDIS Radikal yang paling merusak dalam sintesis biologis

adalah radikal oksigen (terkadang disebut spesies oksigen
Radikal bebas terbentuk di dalam tubuh pada kondisi nor- reaktif) terutama superoksida, •O2−, hidroksil, •OH, dan peri-
mal. Zat ini menyebabkan kerusakan pada asam nukleat, hidroksil, O2H•. Kerusakan jaringan akibat radikal oksigen
protein, dan lipid di membran sel dan lipoprotein plasma. sering disebut kerusakan oksidatif, dan faktor-faktor yang
Radikal bebas dapat menyebabkan kanker, aterosklerosis, melindungi terhadap kerusakan radikal oksigen dikenal se-
dan penyakit arteri koroner, serta penyakit autoimun. Peneli- bagai antioksidan.
tian epidemiologi dan laboratorium menunjukkan se-jumlah
nutrien antioksidan protektif: selenium, vitamin C, dan β- Radikal Dapat Merusak DNA, Lipid, dan
karoten (juga karotenoid lain), serta berbagai senyawa polife- Protein
nolik yang berasal dari makanan tumbuhan. Banyak orang Interaksi radikal dengan basa-basa DNA dapat menyebabkan
mengonsumsi suplemen salah satu atau lebih nutrien anti- perubahan kimia yang, jika tidak diperbaiki (Bab 35), dapat
oksidan. Namun, uji kaji intervensi menunjukkan bahwa diwariskan ke sel anak. Kerusakan radikal pada asam lemak
suplemen antioksidan hanya memberi sedikit manfaat, tak jenuh di membran sel dan lipoprotein plasma menyebab-
kecuali pada orang yang awalnya memang defisien, dan kan pembentukan peroksida lipid, kemudian dialdehida yang
banyak uji kaji β- karoten dan vitamin E menunjukkan sangat reaktif yang dapat memodifikasi protein dan basa-
peningkatan mortalitas pada mereka yang mengonsumsi basa asam nukleat secara kimia. Protein juga dapat meng-
suplemen-suplemen tersebut. alami modifikasi kimia langsung dengan berinteraksi dengan
Reaksi Radikal Bebas adalah Reaksi Rantai radikal. Kerusakan oksidatif pada residu tirosin di protein
yang Meneruskan-Diri dapat menyebabkan pembentukan dihidrofenilalanin yang
dapat mengalami reaksi non-enzimatik yang menyebabkan
Radikal bebas adalah spesies molekular yang sangat reaktif pembentukan radikal oksigen lebih lanjut (Gambar 45-1).
dengan elektron tak-berpasangan; molekul ini hanya ada
Beban radikal tubuh total dapat diperkirakan dengan
dalam waktu sangat singkat (dalam waktu 10-9 sampai 10-12
mengukur produk peroksidasi lipid. Peroksida lipid
det) sebelum molekul ini berkolisi dengan molekul lain dan
dapat diukur dengan assay oksidasi fero pada jingga
mengambil atau mendonasi elektron agar mencapai stabi-
xilenol (FOX, ferrous oxidation in xylenol orange). Pada
litas. Dengan melakukan hal ini, radikal ini membentuk
kondisi asam, peroksida ini mengoksidasi Fe2+ menjadi
radikal baru, yaitu molekul yang berkolisi dengannya. Cara
Fe3+, yang membentuk kromofor dengan jingga xilenol.
utama memadamkan radikal bebas, dan menghentikan
Dialdehida yang terbentuk dari peroksida lipid dapat
reaksi rantai ini, adalah jika dua radikal bereaksi, saat
diukur dengan reaksi dengan asam tiobarbiturat yang
elektron-elektron tak-berpasangan menjadi berpasangan
membentuk aduk fluoresen merah hasil assay ini biasa-
pada salah satu molekul induk. Hal ini sangat jarang terjadi
nya dilaporkan sebagai zat reaktif asam tiobarbiturat
karena waktu paruh setiap radikal yang sangat pendek dan
total, TBARS. Peroksidasi asam lemak tak-jenuh ganda
konsentrasi radikal di jaringan yang sangat rendah.
n-6 membentuk pentana dan
564

BAB 45 Radikal Bebas dan Nutrien Antioksidan 565
Modifikasi asam amino di apoprotein di LDL
Peroksidasi lipid di LDL
Dialdehida
Makrofag menelan LDL termodifikasi
Antibodi dibentuk terhadap protein modifikasi
Modifikasi asam amino di protein
Peroksidasi lipid di membran
Dialdehida
Putus untai dan

modifikasi basa di DNA
GAMBAR 45-1 Kerusakan jaringan oleh radikal.
asam lemak tak-jenuh ganda n-3 membentuk etana, ke- protein yang dikenali sebagai zat asing (nonself) oleh sistem
duanya dapat diukur dari udara pernapasan yang diem- imun. Antibodi yang dihasilkan juga bereaksi-silang dengan
buskan. protein jaringan normal sehingga memicu penyakit auto-
imun.
Kerusakan Radikal Dapat Menyebabkan
Modifikasi kimia protein atau lipid di lipoprotein den-
Mutasi, Kanker, Penyakit Autoimun, dan sitas tinggi (LDL) plasma menghasilkan LDL abnormal yang
Ateroskterosis tidak dikenali oleh reseptor LDL hati, sehingga tidak diber-
Kerusakan radikal pada DNA di sel germativum di ovarium sihkan oleh hati. LDL termodifikasi diserap oleh reseptor
dan testis dapat menyebabkan mutasi menurun; pada sel penyapu makrofag. Makrofag yang gembung oleh lipid me-
somatik, hasilnya dapat berupa inisiasi kanker. Dialdehida nginfiltrasi di bawah endotel. pembuluh darah (terutama jika
yang terbentuk sebagai akibat dari peroksidasi lipid diinduksi sebelumnya sudah ada kerusakan pada endotel), dan di-
radikal di membran sel juga dapat memodifikasi basa-basa di bunuh oleh kolesterol tak-teresterifikasi kadar tinggi yang
DNA. dikumpulkannya. Hal ini terjadi pada perkembangan plak
Modifikasi kimia asam amino di protein baik oleh aterosklerosis yang, pada kasus ekstrim, dapat hampir
kerja radikal langsung maupun sebagai hasil reaksi dengan seluruhnya menutup suatu pembuluh darah.
produk peroksidasi lipid diinduksi-radikal, menghasilkan

Terdapat Berbagai Sumber Radikal Oksigen di untuk membunuh mikroorganisme yang difagositosis.
Ledakan respiratorik oksidase (NADPH oksidase) adalah
Dalam Tubuh flavoprotein yang mereduksi oksigen menjadi superoksida
Radiasi pengion (x-ray dan UV) dapat melisis air sehingga
terbentuk radikal hidroksil. Ion logam transisi, mencakup Cu NADPH + 2O2 → NADP+ + 2•O2− + 2H+
+, Co2+, Ni2+, dan Fe2+ dapat bereaksi (non-enzimatik)
Penanda kerusakan radikal plasma pada lipid meningkat
dengan oksigen atau hidrogen peroksida, juga membentuk cukup tinggi sebagai respons bahkan terhadap infeksi ringan.
radikal hidroksil. Nitrat oksida (faktor relaksasi yang berasal Oksidasi koenzim flavin tereduksi di mitokondria (Bab
dari endotel) sendiri merupakan radikal, dan, yang lebih 13) dan rantai transpor elektron mikrosom berlangsung
penting, dapat bereaksi dengan superoksida menghasilkan dalam serangkaian tahapan. Pada proses ini, radikal semi-
peroksinitrit, yang terurai menjadi radikal hidroksil (Gam- kuinon flavin distabilkan oleh protein yang terikat padanya,
bar 45-2). dan membentuk radikal oksigen sebagai zat antara transien.
Ledakan respiratorik makrofag aktif (Bab 53) adalah Walaupun produk akhirnya bukan suatu radikal, terjadi
peningkatan penggunaan glukosa melalui jalur pentosa fosfat "kebocoran"radikal karena sifat radikal yang tak dapat di-
(Bab 20) untuk mereduksi NADP+ menjadi NADPH, dan duga, dan sekitar 3%-5% dari 30 mol konsumsi oksigen
peningkatan penggunaan oksigen untuk mengoksidasi NAD- harian orang dewasa diubah menjadi oksigen singlet, hidro-
PH untuk menghasilkan radikal oksigen (dan halogen) se- gen peroksida, dan superoksida, perhidroil, dan
bagai agen sitotoksik
Nitrat oksida sintase
Radiasi pengion
Makrofag aktif
Ion logam transisi + O2
Oksidasi flavin tereduksi di mitokondria
GAMBAR 45-2 Sumber-sumber radikal.

BAB 45 Radikal Bebas dan Nutrien Antioksidan 567
radikal hidroksil, dan bukan mengalami reduksi sempurna untuk mengalami reaksi menjadi produk nonradikal. Demi-
menjadi air. Proses ini menyebabkan pembentukan sekitar kian pula, ubikuinon dan karoten bekerja sebagai antioksi-
1,5 mol spesies oksigen reaktif setiap hari. dan perangkap radikal yang larut-lipid di membran dan lipo-
protein plasma.
Terdapat Berbagai Mekanisme Perlindungan
Terhadap Kerusakan Radikal Antioksidan Juga Dapat Menjadi Pro-Oksidan
Ion logam yang mengalami reaksi nonenzimatik untuk Meskipun askorbat merupakan suatu antioksidan, yang
membentuk radikal oksigen biasanya tidak bebas dalam bereaksi dengan superoksida dan hidroksil untuk meng-
larutan, tetapi terikat pada protein dan berfungsi menyum- hasilkan monodehidroaskorbat dan hidrogen peroksida atau
bang gugus prostetik, atau pada protein transpor atau air, askorbat juga dapat menjadi sumber radikal superoksida
penyimpanan spesifik, sehingga ion-ion ini tidak reaktif. Besi melalui reaksi dengan oksigen, dan radikal hidroksil melalui
terikat pada transferin, feritin, dan hemosiderin, tembaga reaksi dengan ion Cu2+ (Tabel 45-1). Namun, kerja prooksi-
terikat pada seruloplasmin, dan ion logam lain terikat pada dan ini membutuhkan askorbat dalam konsentrasi relatif
metalotionein. Pengikatan ini pada protein transpor, suatu tinggi yang kemungkinan tidak akan dicapai di jaringan
protein yang terlalu besar untuk dapat disaring ginjal, juga karena sekali konsentrasi askorbat plasma mencapai sekitar
mencegah kehilangan ion-ion logam melalui urine. 30 mmol/L, nilai ambang ginjal tercapai, dan pada asupan
sekitar 100- 120 mg/hari, vitamin diekskresikan dalam urine
Superoksida dihasilkan secara tidak sengaja serta se-
secara kuantitatif terhadap asupan.
bagai spesies oksigen reaktif yang dibutuhkan untuk sejum-
lah reaksi yang dikatalisis enzim. Suatu famili superoksida Terdapat cukup banyak bukti epidemiologis yang mengi-
dismutase mengatalisis reaksi antara superoksida dan pro- syaratkan bahwa karoten bersifat protektif terhadap kanker
ton untuk menghasilkan oksigen dan hidrogen peroksida: paru dan berbagai kanker lain. Namun, dua uji kaji inter-
•O − + 2H+ → H O
vensi besar pada tahun 1990-an menunjukkan pening-katan
2 2 2 kematian karena kanker paru (dan kanker lain) pada orang-
Hidrogen peroksida kemudian dibersihkan oleh katalase dan orang yang diberi suplemen β- karoten. Masalahnya adalah
berbagai peroksidase: 2H2O2 → 2H2O + O2. Sebagian besar meskipun β- karoten merupakan antioksidan-penangkap
enzim yang menghasilkan dan membutuhkan superoksida radikal di bawah kondisi tekanan parsial oksigen yang
adalah peroksisom, serta superoksida dismutase, katalase, dan rendah, seperti pada sebagian besar jaringan; pada tekanan
peroksidase. parsial oksigen yang tinggi (seperti di paru) dan terutama
Peroksida yang terbentuk oleh kerusakan radikal pada pada konsentrasi tinggi, β- karoten merupakan pro-oksidan
lipid di membran dan lipoprotein plasma direduksi men-jadi yang bersifat autokatalitik sehingga dapat menginisiasi
asam lemak hidroksi oleh glutation peroksidase, suatu enzim kerusakan radikal pada lipid dan protein.
yang dependen-selenium (karena itu asupan selenium yang Bukti epidemiologis juga menunjukkan bahwa vitamin E
memadai penting untuk memaksimalkan aktivitas anti- bersifat melindungi terhadap aterosklerosis dan penyakit
oksidan), dan glutation teroksidasi direduksi oleh glutation kardiovaskular. Namun, meta analisis uji kaji intervensi
reduktase dependen-NADPH (Gambar 21-3). Peroksida dengan vitamin E menunjukkan peningkatan mortalitas
lipid juga direduksi menjadi asam lemak melalui reaksi pada orang-orang yang mengonsumsi suplemen (dosis ting-
dengan vitamin E, membentuk radikal tokoferoksil yang gi). Uji-uji kaji ini semua menggunakan α-tokoferol, dan
relatif stabil, karena elektron yang tidak berpasangan dapat vitamer vitamin E lain yang ada dalam makanan, tetapi
terletak di salah satu dari tiga posisi di dalam molekul bukan suplemen, mungkin penting. Secara in vitro, lipopro-
(Gambar 45-3). Radikal tokoferoksil yang terdapat dalam tein plasma membentuk lebih sedikit ester kolesterol hidrok-
waktu cukup lama untuk mengalami reduksi balik menjadi siperoksida saat diinkubasi dengan sumber konsentrasi
tokoferol melalui reaksi dengan vitamin C di permukaan sel rendah radikal hidroksil jika vitamin E dihilangkan diban-
atau lipoprotein (lihat Gambar 44–6). Radikal monodehidro- dingkan dengan jika vitamin E masih ada. Masalahnya
askorbat yang terbentuk kemudian mengalami reduksi enzi- tampaknya adalah vitamin E bekerja sebagai antioksidan
matik kembali ke askorbat atau reaksi nonenzimatik 2 mol dengan membentuk radikal stabil yang ada dalam waktu
monodehidroaskorbat menghasilkan masing-masing 1 mol cukup lama untuk mengalami metabolisme menjadi produk
askorbat dan dehidroaskorbat. nonradikal. Hal ini berarti bahwa radikal tersebut juga ter-
Askorbat, asam urat, dan berbagai polifenol yang berasal dapat dalam waktu cukup lama untuk menembus lebih
dari tumbuhan bekerja sebagai antioksidan perangkap radi- dalam pada lipoprotein, menyebabkan kerusakan radikal
kal yang larut-air, membentuk radikal yang relatif stabil dan yang lebih parah, dan bukan berinteraksi dengan antioksidan
terdapat dalam waktu cukup lama larut-air di permukaan lipoprotein.
CH3 CH2 CH3

O HO O
H3C O CH3 H3C O CH3 H3C O CH3

CH3 CH3 CH3
GAMBAR 45-3 Delokalisasi dari elektron yang tidak berpasangan di dalam tokoferoksil radikal.

C β-Karoten menjadi antioksidan hanya pada konsentrasi

oksigen rendah; pada konsentrasi oksigen yang lebih tinggi, β-
Peran antioksidan: karoten merupakan prooksidan autokatalitik. Vitamin E
Askorbat + •O2− → H2O2 + monodehidroaskorbat; membentuk radikal stabil yang dapat mengalami reaksi
katalase dan peroksidase mengatalisis reaksi: 2H2O2 → 2H2O + O2 dengan antioksidan larut-air atau menembus lebih jauh ke
Askorbat + • OH→ H2O + monodehidroaskorbat dalam lipoprotein dan jaringan sehingga meningkatkan
kerusakan radikal.
Peran pro-oksidan:
■ Radikal adalah penting dalam sel sinyal, dan terutama da-lam
Askorbat + O2 → •O2− + monodehidroaskorbat sinyal untuk apoptosis dari sel-sel yang telah mengalami
Askorbat + Cu2+ → Cu+ + monodehidroaskorbat; kerusakan DNA. Sangat mungkin bahwa konsentrasi tinggi
pada antioksidan, sehingga jauh dari perlindungan terhadap
Cu+ + H2O2 → Cu2+ + OH− + •OH kerusakan jaringan, bisa memadamkan radikal sinyal, se-
hingga mengizinkan kelangsungan hidup terus-menerus pada
sel yang rusak, sehingga meningkatkan, bukan menurunkan,
Nitrik oksida dan radikal lainnya adalah penting risiko dari perkembangan kanker.
dalam sel sinyal, dan terutama dalam sinyal terhadap ke-
matian sel terprogram (apoptosis) dari sel yang telah men-
derita DNA dan kerusakan lainnya. Sangat mungkin bahwa
REFERENSI
Asplund K: Antioxidant vitamins in the prevention of cardiovascular
konsentrasi tinggi pada antioksidan, sehingga jauh dari
disease: a systematic review. J Intern Med 2002;251:372.
perlindungan terhadap kerusakan jaringan, bisa meredam- Bjelakovic G, Nikolova D, Gluud LL, et al: Mortality in randomised
kan radikal sinyal, dan sehingga mengizinkan kelangsungan trials of antioxidant supplements for primary and secondary
hidup terus-menerus pada sel yang rusak, sehingga mening- prevention. JAMA 2007;297:842.
katkan, bukan menurunkan, risiko dari perkembangan Burton G, Ingold K: β-Carotene, an unusual type of lipid
kanker. antioxidant. Science 1984;224:569.
Carr A, Frei B: Does vitamin C act as a pro-oxidant under
RINGKASAN physiological conditions? FASEB J 1999;13:1007.
■ Radikal bebas merupakan spesies molekular yang sangat Cordero Z, Drogan D, Weikert C, et al: Vitamin E and risk of
reaktif dengan elektron tak-berpasangan. Radikal bebas dapat cardiovascular diseases: a review of epidemiologic and clinical
bereaksi dengan, dan memodifikasi, protein, asam nukleat, trial studies. Crit Rev Food Sci Nutr 2010;50;420.
dan asam lemak di membran sel dan lipoprotein plasma. Dotan Y, Lichtenberg D, Pinchuk I: No evidence supports vitamin E
■ Kerusakan radikal pada lipid dan protein di lipoprotein indiscriminate supplementation. Biofactors 2009;35:469.
plasma merupakan faktor risiko terjadinya aterosklerosis dan Halliwell B, Gutteridge JM, Cross CE: Free radicals, antioxidants and
penyakit arteri koroner; kerusakan radikal pada asam nukleat human disease: where are we now? J Lab Clin Med 1992;119:598.
dapat menginduksi mutasi menurun dan kanker; kerusakan Imlay JA: Cellular defenses against superoxide and hydrogen
radikal pada protein dapat menyebabkan terjadinya penyakit peroxide. Ann Rev Biochem 2008;77:755.
autoimun. Imlay JA: Pathways of oxidative damage. Ann Rev Microbiol
2003;57:395.
■ Radikal oksigen muncul sebagai akibat dari pajanan terhadap
Klaunig JE, Kamendulis LM: The role of oxidative stress in
radiasi pengion, reaksi nonenzimatik ion logam transisi,
carcinogenesis. Ann Rev Pharm Tox 2004;44:239.
ledakan respiratorik makrofag aktif, dan oksidasi normal
Miller ER, Pastor-Barriuso R, Dalal D, et al: Meta-analysis: high-dosage
koenzim flavin tereduksi.
vitamin E supplementation may increase all-cause mortality.
■ Perlindungan terhadap kerusakan radikal diberikan oleh Ann Intern Med 2005;142:37.
enzim yang membersihkan ion superoksida dan hidrogen Omenn GS, Goodman GE, Thornquist MD, et al: Effects of a
peroksida, reduksi enzimatik peroksida lipid yang berkaitan combination of beta carotene and vitamin A on lung cancer and
dengan oksidasi glutation, reaksi nonenzimatik peroksida lipid cardiovascular disease. N Engl J Med 1996;334:1150.
dengan vitamin E, dan reaksi radikal dengan senyawa seperti Various authors: Symposium: antioxidant vitamins and β-carotene
vitamin C dan E, karoten, ubikuinon, asam urat, dan polifenol in disease prevention. Amer J Clin Nutr 1995;62(suppl 6):12995.
dari makanan, yang membentuk radikal yang relatif stabil Various authors: Symposium proceedings: molecular mechanisms of
yang ada dalam waktu cukup lama untuk mengalami reaksi protective effects of vitamin E in atherosclerosis.
menjadi produk nonradikal. J Nutr 2001;131:366.
■ Kecuali pada orang-orang yang awalnya memang defisien, uji Zeisel SH: Antioxidants suppress apoptosis. J Nutr 2004;134:3179S.
kaji intervensi vitamin E dan β-karoten umumnya menunjuk-
kan peningkatan mortalitas pada orang yang mengonsumsi
suplemen.

46
B A B
Glikoprotein
■ Menjelaskan khususnya glikoprotein, dalam kesehatan dan penyakit

TUJUAN ■ Mengetahui gula-gula utama yang terdapat dalam glikoprotein.
■ Mengetahui beberapa kelas utama glikoprotein (terikat-N, terikat-O, dan terikat-
GPI).
■ Menjelaskan fitur utama dari jalur pada biosintesis dan degradasi dari glikopro-
tein.
■ Memahami pentingnya produk-akhir glikasi lanjut sebagai penyebab kerusakan
jaringan pada diabetes melitus.
■ Mengetahui konsep bahwa sejumlah besar mikroorganisme, seperti virus influ-
enza, menempel pada permukaan sel melalui rantai gula.
PERAN BIOMEDIS
Glikoprotein adalah protein yang mengandung rantai oligo-
GLIKOPROTEIN TERSEBAR LUAS
sakarida (glikan) secara kovalen terikat untuk asam amino. DAN MELAKUKAN BERBAGAI
Diperkirakan bahwa sekitar 50% protein organisme eukariot
mengandung gula sehingga glikosilasi (penempelan gula FUNGSI
dengan bantuan enzim) adalah modifikasi pascatranslasi Glikoprotein dijumpai di sebagian besar organisme, dari bak-
tersering pada protein. Protein juga banyak mengalami gli- teri hingga manusia. Banyak virus juga mengandung glikopro-
kosilasi reversibel dengan gula tunggal (N-asetilglukosamin) tein, dan beberapa di antaranya telah banyak diteliti, sebagian
terikat untuk serin atau residu treonin yang juga merupakan karena glikoprotein ini berperan kunci dalam pelekatan virus
situs untuk fosforilasi reversibel. Ini merupakan mekanisme pada sel (mis. HIV-1 dan virus influenza A). Banyak protein
penting dari regulasi metabolik. Pelekatan nonenzimatik dengan beragam fungsi adalah glikoprotein (Tabel 46-1);
gula pada protein juga dapat terjadi, dan disebut sebagai gli- kandungan karbohidrat glikoprotein ini berkisar dari 1%
kasi. Proses ini memiliki konsekuensi patologis yang serius hingga lebih dari 85% berat. Struktur glikan dari glikoprotein
(mis. pada diabetes melitus yang tidak-terkontrol). berubah dalam merespon sinyal yang terlibat dalam diferen-
Glikoprotein adalah salah satu kelas karbohidrat kompleks siasi sel, fisiologi normal, dan transformasi neoplastik. Ini
atau glikokonjugat istilah setara digunakan untuk menamakan adalah hasil dari pola ekspresi yang berbeda dari glikosiltrans-
molekul yang mengandung satu atau lebih rantai karbohidrat ferase di bawah kondisi yang berbeda. Tabel 46-2 beberapa
terikat secara kovalen pada protein (untuk membentuk gliko- daftar pada fungsi utama dari rantai glikan pada glikoprotein.
protein atau proteoglikan) atau lipid (untuk membentuk gliko-
lipid). (Proteoglikan dibahas di Bab 50 dan glikolipid di Bab
RANTAI OLIGOSAKARIDA BERISI
21). Hampir semua protein plasma pada manusia kecuali albu- KODE INFORMASI BIOLOGIS Informasi
min adalah glikoprotein. Banyak protein membran sel (Bab biologis dalam urutan dan keterkaitan dari gula dalam
40) mengandung karbohidrat dalam jumlah substansial, dan glikan berbeda dari yang dalam DNA, RNA, dan protein
banyak protein membran adalah berlabuh ke bilayer lipid oleh dalam satu hal penting; itu adalah sekunder daripada
rantai glikan. Sejumlah substansi golongan darah merupakan informasi utama. Pola pada glikosilasi dari protein yang
glikoprotein, sementara yang lain berupa glikosfingolipid. diberikan kurang bergantung pada urutan asam amino nya
Hormon tertentu (mis. gonadotropin korion) adalah glikopro- dari pada pola dari berbagai ekspresi glikosiltransferase
tein. Masalah utama pada kanker adalah metastasis (lihat Bab dalam sel yang adalah terlibat dalam glikoprotein sintesis,
56) dan berpendapat bahwa perubahan struktur glikoprotein
dan glikokonjugat lain pada permukaan sel kanker penting
dalam fenomena metastasis.
569

TABEL 46-1 Beberapa Fungsi yang Dilakukan Glikoprotein aktivitas sel. Oleh sebab itu, pengungkapan apa yang disebut
kode gula kehidupan (salah satu tujuan mendasar gliko-
Fungsi Glikoprotein
mika) menjelaskan semua interaksi yang dilakukan gula dan
Molekul struktural Kolagen molekul yang mengandung gula serta akibat interaksi ini
Pelumas dan bahan pelindung Musin pada perilaku sel.
Molekul pengangkut Molekul
imunologik
Transferin, seruloplasmin
Imunoglobulin, antigen
TERSEDIA TEKNIK UNTUK
histokompatibilitas MENDETEKSI, MEMURNIKAN,
Hormon Chorionic gonadotropin, thyroid-
stimulating hormone MENGANALISIS STRUKTUR, DAN
Enzim (TSH) Beragam, mis. fosfatase alkali SINTESIS GLIKOPROTEIN
Tempat pengenalan- Berbagai protein yang terlibat
Berbagai metode yang digunakan untuk mendeteksi, memur-
dalam interaksi antarsel (mis.
pelekatan sel
sperma-oosit), virus-sel, bakteri sel,
nikan, dan menganalisis struktur glikoprotein dicantumkan di
dan hormon-sel. Tabel 47-3. Metode konvensional yang digunakan untuk
Protein plasma pada ikan air dingin memurnikan protein dan enzim juga dapat diterapkan pada
Antibeku
pemurnian glikoprotein. Jika suatu glikoprotein telah dimur-
Berinteraksi dengan Lektin, selektin (lektin perekat sel), nikan, struktur rantai glikannya sering dapat diidentifikasi
karbohidrat spesifik antibodi
dengan menggunakan spektrometri massa dan spektroskopi
Reseptor Berbagai protein yang NMR beresolusi tinggi serta microarray glikan. Analisis
berperan dalam kerja hormon
dan obat glikoprotein dapat dipersulit oleh kenyataan bahwa gliko-
Regulasi lipat pada protein
Kalneksin, kalretikulin protein sering terdapat sebagai glikoform; molekul ini adalah
yang adalah diekspor dari sel
protein dengan sekuens asam amino yang identik, tetapi
Regulasi pada diferensiasi Notch dan analognya, protein kunci menunjukkan microheterogeneity pada rantai glikan. Sifat
dan perkembangan dalam perkembangan
ikatan antara berbagai gula pada glikoprotein sangat penting
Hemostasis (dan trombosis) Glikoprotein spesifik di membran
dalam menentukan struktur dan fungsi molekul ini.
permukaan trombosit
Kemajuan mengesankan juga dicapai dalam bidang
kimia sintetik, yang memungkinkan sintesis glikan kompleks
afinitas pada glikosiltransferase berbeda untuk substrat kar-
yang dapat diuji dalam hal aktivitas biologis
bohidrat, dan ketersediaan relatif dari substrat karbohidrat
yang berbeda. Karena dari ini adalah microheterogeneity
TABEL 46-3 Beberapa Metode Penting yang Digunakan
pada glikoprotein. Tidak semua dari rantai glikan pada gliko-
untuk Meneliti Glikoprotein
protein yang diberikan adalah lengkap; beberapa yang di-
potong. Metode Fungsi
Informasi biologis yang dikandung gula diekspresikan Reagen asam Mendeteksi glikoprotein sebagai pita
melalui interaksi antara berbagai gula dan protein (misalnya periodik-Schiff merah muda setelah pemisahan
lektin; lihat bawah) atau molekul lain. Interaksi ini menye- lnkubasi biakan sel
elektroforesis.
Menghasifkan deteksi glikoprotein sebagai
babkan perubahan dengan gula radioaktif pita radioaktif setelah pemisahan elektrofo-
resis.
TABEL 46-2 Beberapa Fungsi Rantai Oligosakarida Pemberian Pergeseran yang terjadi dalam migrasi elek-
Glikoprotein. endoglikosidase atau troforesis membantu membedakan berbagai
• Memodulasi sifat fisikokimia, misalnya kelarutan, kekentalan, muatan, eksoglikosidase atau protein dengan ikatan N-glikan, O-glikan, atau
konformasi, denaturasi. fosfolipase yang sesuai GPI dan juga antara manosa kompIeks dan N-
glikan kompleks.
• Menyediakan tempat pengikatan yang berbagai molekul, virus
bakteri, dan sejumlah parasit. Kromatografi Untuk memurnikan glikoprotein atau gliko-
kolom sefarosa-lektin peptida yang mengikat lektin digunakan.
• Menyediakan permukaan sel sinyal rekognisi.
Analisis komposisi Mengidentifikasi gula yang dikandung
• Melindungi terhadap proteolisis. setelah hidrolisis asam gliko-protein serta stoikiometrinya.
• Pastikan lipat yang benar pada protein yang adalah diekspor dari sel
dan menargetkan protein dilipat secara tidak benar untuk transportasi Spektrometri massa Menyediakan informasi tentang massa mole-
dari retikulum endoplasmik kembali ke sitosol untuk katabolisme. kul, komposisi, sekuens, dan kadang-kadang
• Melindungi hormon peptida dan protein plasma lainnya percabangan suatu rantai
terhadap pembersihan oleh hati. Spektroskopi NMR Mengidentifikasi gula spesifik, sekuens,
• Mengizinkan penjangkaran pada protein ekstraseluler di dalam mem- ikat-an, dan sifat anomerik ikatan
bran sel, dan pada protein intraseluler di dalam organel subselular glikosidiknya.
seperti retikulum endoplasma dan Golgi. Analisis metilasi (ikatan) Menentukan ikatan antara berbagai gula.
• Migrasi intraseluler langsung, sortasi dan sekresi pada protein. Microarray untuk Memungkinkan deteksi pada urutan
mendeteksi urutan glikan gli-kan spesifik dengan hasil yang tinggi.
• Mempengaruhi perkembangan embrio dan sel dan diferensiasi jaringan.
• Mungkin memengaruhi tempat metastasis yang dipilih oleh sel kanker

BAB 46 Glikoprotein 571
dan farmakologisnya. Selain itu, telah dikembangkan juga

berbagai metode vang memanfaatkan organisme sederhana,
GULA NUKLEOTIDA BERFUNGSI
misalnya ragi untuk menyekresikan glikoprotein manusia SEBAGAI DONOR GULA DI BANYAK
yang memiliki nilai terapeutik (mis. eritropoietin) ke me-
dium sekitarnya. REAKSI BIOSINTESIS
Sejumlah glikosidase adalah berguna dalam menentukan Penting untuk dipahami bahwa pada kebanvakan reaksi
struktur dan fungsi dari glikoprotein. Eksoglikosidase biosintesis, bukan gula bebas atau gula terfosforilasi yang
seperti neuraminidase dan galaktosidase mengkatalisasi bereaksi, tetapi gula nukleotida yang cocok (lihat Gambar
hidrolisis pada terminal asam N-asetilneuraminik dan galak- 18–2). Gula-gula nukleotida umum yang terlibat dalam
tosa. Menggunakan sekuensial ini menghilangkan termi-nal biosintesis glikoprotein dicantumkan di Tabel 46-4; penye-
N-asam asetilneuraminik dan residu galaktosa kedua bab sebagian gula nukleotida mengandung UDP dan yang
terakhir dari sebagian besar glikoprotein. Endoglikosidase lain guanosin difosfat (GDP) atau sitidin monofosfat (CMP).
membelah rantai oligosakarida secara internal, di residu N- Sebagian besar gula nukleotida dibentuk di sitosol,
asetilglukosamin spesifik dekat ke tulang punggung polipep- umumnya dari reaksi yang melibatkan nukleosida trifosfat.
tida. Ini adalah yang berguna dalam melepaskan rantai Asam sialat-CMP terbentuk di nukleus. Di jaringan mama-lia,
oligosakarida besar untuk analisis struktural. pembentukan uridin difosfat galaktosa(UDP-Gal) me-
merlukan dua reaksi, dikatalisasi oleh UDP glukosa firofos-
DELAPAN GULA MENDOMINASI forilase dan UDP-glukosa epimerase:
GLIKOPROTEIN MANUSIA
Sekitar 200 monosakarida ditemukan di alam; namun, hanya
delapan yang sering dijumpai di rantai oligosakarida gliko-
protein (Tabel 46-4 dan Bab 15). Asam N-asetilneuraminat UDP-Glc
(NeuAc) biasanya ditemukan di terminal rantai oligosaka- Firofosforilase
rida, yang melekat pada residu galaktosa (Gal) atau N- UTP + Glukosa 1-fosfat
asetilgalaktosamin subterminal (GalNAc). Gula lain yang ter- UDP-Glc + Pirofosfat
cantum umumnya ditemukan di posisi yang lebih dalam.
Sulfat sering ditemukan di glikoprotein yang biasanya me- UDP-Glc
Epimerase
lekat pada Gal, GalNac, atau GlcNac. UDP-Glc UDP-Gal
TABEL 46-4 Gula utama yang Ditemukan pada Glikoprotein Manusiaa

Gula Tipe Singkatan Gula Nukleotida Keterangan
Galaktosa Heksosa Gal UDP-Gal Sering dijumpai subterminal terhadap NeuAc pada glikoprotein terkait-
N. Juga ditemukan di inti trisakarida proteoglikan.
Glukosa Heksosa Glc UDP-Glc Terdapat selama biosintesis glikoprotein terkait-N, tetapi biasanya tidak
terdapat dalam glikoprotein matur. Terdapat di beberapa faktor
pembekuan.
Manosa Heksosa Man GDP-Man Gula umum pada glikoprotein terkait-N.
Asam N- Asam sialat NeuAc CMP-NeuAc Sering merupakan gula terminal pada glikoprotein terkait-N dan -O.
asetilneuraminat (sembilan atom Asam sialat jenis lain juga ditemukan, tetapi NeuAc adalah spesies utama
C) pada manusia.Gugus asetil juga mungkin terdapat sebagai spesies O-
asetil dan N-asetil.
Fukosa Deoksiheksosa Fuc GDP-Fuc Mungkin eksternal di glikoprotein terkait-N dan -O atau internal, yang
berkaitan dengan residu GIcNAc yang melekat pada Asn pada spesies
terkait-N.Mungkin juga terdapat secara internal yang melekat pada OH
Ser (mis. pada t-PA dan faktor pembekuan tertentu).
N-Asetilgalaktosamin Aminoheksosa GalNAc UDP-GalNAc Terdapat pada glikoprotein terkait-N dan -O.
N-Asetilgalaktosamin Aminoheksosa GlcNAc UDP-GlcNAc Pada glikoprotein terkait-N, gula melekat pada rantai polipeptida melalui
Asn; juga ditemukan di tempat lain pada oligosakarida protein ini.
Banyak protein nukleus memiliki GlcNAc melekat pada OH Ser atau Thr
sebagai gula tunggal.
Xilosa Pentosa Xyl UDP-Xyl Pada banyak proteoglikan, Xyl melekat pada OH Ser. Sebaliknya, Xyl
melekat pada dua residu Gal, membentuk suatu trisakarida penghubung.
Xyl juga ditemukan di t-PA dan faktor pembekuan tertentu.
aStruktur glikoprotein diberikan di Bab 15.

Karena banyak reaksi glikosilasi terjadi di lumen TABEL 46-5 Beberapa Lektin Penting
aparatus Golgi, sistem pengangkut (permease, transporter)
Lektin Contoh atau Keteranngan
diperlukan untuk memindahkan gula nukleotida melintasi
membran Golgi. Sistem yang memindahkan UDP-Gal, GDP- Lektin kacang polong (legume) Konkavalin A, lektln kacang polong.
Man, dan CMP-NeuAc. Sistem-sistem ini adalah sistem Aglutinin kecambah gandum Digunakan secara luas dalam studi
antipor (antiport system); yaitu. Influks satu molekul gula permukaan sel normal dan sel kanker.
nukleotida yang diimbangi oleh efluks satu molekul nuk- Risin Glikoprotein sitotoksik turunan dari
leotida padanan (mis. UMP, GMP, atau CMP) yang dibentuk benih tanaman jarak.
dari gula nukleotida. Mekanisme ini menjamin konsentrasi Toksin bakteri Toksin kolera dan Ecoll yang tidak
masing-masing gula nukleotida di dalam aparatus Golgi. tahan panas.
UMP terbentuk dari UDP-Gal dalam reaksi dikatalisis oleh Hemaglutinin virus Bertanggung jawab untuk pelekatan
galaktosil transferase dan nukleosida difosfat fosfatase: influenza sel-inang dan fusi membran.
Lektin tipe C Ditandai oleh domain pengenalan
karbohidrat yang dependen-Ca2+
(CRD); termasuk di dalamnya adalah
Galaktosil transferase reseptor asialoglikoprotein mamaiia,
selektin, dan protein pengikat manosa.
UDP-Gal + Protein Protein Gal + UDP
Nukleosida
Lektin tipe S Lektin hewani pengikat galaktosida β
difosfat dengan peran dalam interaksi antarsei
fosfatase dan interaksi sel-matriks.
UDP UMP + Pi
Lektin tipe P Reseptor manosa 6-P.
Lektin tipe I Anggota superfamili imunoglobulin,
contohnya sialoadhesin yang
memerantarai adhesi makrofag ke
RESEPTOR ASIALOGLIKOPROTEIN berbagai sei.
MAMALIA BERPERAN DALAM

PEMBERSIHAN GLIKOPROTEIN aglutinasi atau presipitasi. Lektin pertama kali ditemukan
pada tumbuhan dan mikroba, tetapi kini diketahui banyak
TERTENTU DARI PLASMA OLEH lektin yang berasal dari hewan. Reseptor asialoglikoprotein
mamalia yang dijelaskan sebelumnya adalah contoh pen-ting
HEPATOSIT suatu lektin hewan. Lektin tanaman yang sebelumnya
Banyak hormon peptida, dan sebagian besar protein plasma disebut fitohemaglutinin, karena dari kemampuan untuk
adalah glikoprotein. Pengobatan pada protein dengan neu- mengaglutinasi sel-sel darah merah dengan mereaksikan
raminidase menghilangkan bagian terminal asam N-asetil- dengan permukaan sel glikoprotein. lektin tidak didenatu-
neuraminik , mengekspos residu galaktosa subterminal. rasi dalam kacang-kacangan kurang matang dapat menye-
Asialoglikoprotein ini dibersihkan dari sirkulasi sangat jauh babkan pengupasan berat dari mukosa usus oleh aglutinasi
lebih cepat daripada glikoprotein utuh. Sel hati mengandung sel mukosa. Sebagian lektin penting dicantumkan Table 46–
suatu reseptor asialoglikoprotein yang mengenali gugus Gal 5.
pada banyak protein plasma terdesialilasi dan menyebabkan Banyak lektin yang telah berhasil dimurnikan dan ter-
endositosis protein serta katabolisme ini. sedia di pasaran; tiga lektin tumbuhan yang telah digunakan
secara luas dalam eksperimen dicantumkan di Tabel 46-6.
Lektin digunakan untuk memurnikan glikoprotein tertentu,
LEKTIN DAPAT DIGUNAKAN UNTUK sebagai alat untuk melacak profil glikoprotein permukaan
MEMURNIKAN GLIKOPROTEIN DAN sel, dan sebagai reagen untuk menghasilkan sel mutan yang
defisien dalam enzim tertentu yang terlibat dalam biosintesis
MENELITI FUNGSINYA rantai oligosakarida.
Lektin adalah protein pengikat-karbohidrat yang menye- TABEL 46-6 Tiga Lektin Tumbuhan dan Gula Tempat Lektin
babkan aglutinasi sel atau mengendapkan glikokonjugat; Tersebut Berinteraksi
sejumlah lektin merupakan glikoprotein. Imunoglobulin
Lektin Singkatan Gula
yang bereaksi dengan gula tidak dianggap lektin. Lektin me-
ngandung paling sedikit dua tempat pengikatan gula; protein Konkanavalin A ConA Man dan Glc
dengan satu tempat pengikatan gula tidak akan mampu Lektin kedelai Gal dan GalNAc
menggumpalkan sel atau mengendapkan glikokonjugat. Spe-
Aglutinin WGA Glc dan NeuAc
sifisitas suatu lektin biasanya ditentukan oleh gula karena kecambah gandum
gula paling baik menghambat kemampuannya untuk menye-
babkan

TERDAPAT TIGA KELAS UTAMA Rantai glikan mungkin menjadi bergaris atau bercabang.
Banyak protein mengandung lebih dari satu jenis rantai gula;
GLIKOPROTEIN contohnya, glikoforin, suatu glikoprotein penting di mem-
Berdasarkan sifat ikatan antara rantai-rantai polipeptida dan bran sel darah merah (Bab 53), mengandung oligosakarida
rantai oligosakaridanya, glikoprotein dapat dibagi menjadi terkait-O dan -N.
tiga kelas utama (Gambar 46-1); ada kelas kecil lainnya pada
glikoprotein: GLIKOPROTEIN MENGANDUNG
1. Glikoprotein yang mengandung ikatan O-glikosidat BEBERAPA JENIS IKATAN O-
(yaitu. terkait-O), yang melibatkan rantai samping hid-
roksil serin atau treonin dan sebuah gula, misalnya N- GLIKOSIDAT
asetil-galaktosamin (GalNAc-Ser[Thr]) Paling sedikit terdapat empat subkelas ikatan O-glikosidat
2. Glikoprotein yang mengandung ikatan N-glikosidat pada glikoprotein manusia:
(yaitu. terkait-N), yang melibatkan nitrogen amida 1. Ikatan GalNAc-Ser (Thr) seperti diperlihatkan di (Gam-
asparagin dan N-asetilglukosamin (GlcNAc-Asn) bar 46-1) adalah ikatan predominan. Biasanya residu Gal
3. Glikoprotein yang berikatan dengan asam amino ter- atau NeuAc melekat pada GaINAc, tetapi ditemukan
minal karboksil suatu protein melalui gugus fosforileta- banyak variasi dalam komposisi gula dan panjang rantai
nolamin yang berikatan dengan suatu oligosakarida (gli- oligosakarida ini. Tipe ikatan ini ditemukan dalam
kan), yang selanjutnya berikatan melalui glukosamin ke musin (lihat bawah).
fosfatidilinositol (PI). Glikoprotein terikat-glikosilfosfa- 2. Proteoglikan mengandung trisakarida Gal-Gal-Xyl-
tidilinositol (terkait-GPI, atau GPI-anchored). Di sam- Ser (apa yang disebut sebagai link trisaccharide).
ping fungsi-fungsi lainnya, anggota kelas ini berperan
3. Kolagen (lihat Bab 50) mengandung ikatan Gal-hidrok-
dalam mengarahkan glikoprotein ke area apikal atau
silisin.
basolateral membran plasma beberapa sel epitel terpo-
larisasi (lihat Bab 40 dan penjelasan di bawah). 4. Banyak protein nukleus (mis. faktor transkripsi ter-
tentu) dan protein sitosol mengandung rantai samping
Jumlah rantai oligosakarida yang melekat pada satu protein
yang terdiri dari satu GlcNAc yang melekat pada residu
dapat bervariasi dari satu hingga 30 atau lebih, dengan rantai
serin atau treonin (GlcNAc-Serr[Thr]).
gula yang panjangnya berkisar dari satu atau dua residu
hingga struktur yang jauh lebih besar.
CH2OH NH2
OH C O
α Protein
H
C C O CH2 C
OH H
Glisin
H C H Ser
C
Etanolamin
H H N P
C O Manosa
CH3 Etanolamin P Manosa

A
Manosa
CH2OH Glukosamin
H C O H H O Inositol
β
PI-PLC P Asam lemak tambahan
C OH C N C CH2 C
H
HO Membra
C C Asn n plasma
C
H H N
C O
B CH3
GAMBAR 46-1 Tiga jenis utama pada glikoprotein.(A) terkait-O (N-asetilgalaktosamin pada serin), (B) terkait-N (N-asetilglukosamin pada
asparagin), dan (C) terkait glikosilfosfatidilinositol (GPI). Struktur GPI yang diperlihatkan adalah struktur yang menghubungkan
asetilkolinesterase dengan membran plasma sel darah merah manusia . Diperlihatkan tempat kerja PI-fosfolipase C (PI-PLC), yang membebaskan
enzim dari membran mengikat ditunjukkan. GPI khusus ini mengandung sebuah asam lemak tambahan yang melekat pada inositol dan juga gugus
fosforiletanolamin tambahan yang melekat pada bagian tengah dari tiga residu manosa. Variasi yang dijumpai di antara berbagai struktur GPI
mencakup identitas asam amino terminal karboksil, molekul yang melekat pada residu manosa, dan sifat pasti gugus lipid.

Musin Mengandung Banyak Oligosakarida Biosintesis Glikoprotein Terkait-O

Terkait-O dan Memperlihatkan Menggunakan Gula Nukleotida
Pengulangan Sekuens Asam Amino Karena kebanyakan terikat pada membran atau disekresikan,
Musin adalah glikoprotein dengan dua ciri utama: tingginya their mRNA glikoprotein umumya ditranslasikan di poliri-
kandungan oligosakarida terkait-O (kandungan karbohi- bosom terkait-membran (Bab 37). Rantai glikan dibentuk
drat musin umumnya lebih daripada 50%); dan, adanya oleh donasi bertahap gula dari gula nukelotida, dikatalisasi
sekuens peptida berulang depan jumlah bervariasi (VN- oleh glikoprotein glikosiltransferase. Ada 41 jenis yang ber-
TR) di bagian tengah rangka (tulang-punggung) polipepti- beda pada glikoprotein glikosiltransferase. Famili dari gliko-
danya, tempat rantai O-glikan melekat dalam kelompok- siltransferase adalah yang dinamai untuk donor nukleotida
kelompok kecil. Sekuens-sekuens ini kaya akan serin, treo- gula, dan subfamili pada dasar dari ikatan yang terbentuk
nin, dan prolin; bahkan hingga 60% dari kebutuhan antara gula dan substrat akseptor; pemindahan dapat terjadi
makanan untuk treonin dapat dipertanggungjawabkan oleh dengan retensi atau inversi dari konformasi pada C-1 dari
sintesis pada musin. Meskipun didominasi oleh O-glikan. gula. Pengikatan pada gula nukleotida untuk enzim menye-
musin sering mengandung sejumlah rantai N-glikan. Bebe- babkan perubahan konformasional di dalam enzim yang
rapa sifat penting dari musin diringkas dalam Tabel 46-7. mengizinkan pengikatan dari substrat akseptor. Glikosil-
Kedua musin sekresi dan membran-terikat terjadi. transferase menunjukkan tingkat tinggi pada spesifisitas
Mukus disekresi oleh pencernaan, pernapasan, dan saluran untuk substrat akseptor, secara tipikal hanya bekerja pada
reproduksi adalah larutan yang mengandung sekitar 5% produk dari reaksi sebelumnya. Tahapan yang berbeda
musin. Musin sekretorik umumnya memiliki struktur oligo- dalam pembentukan glikan, dan karenanya glikosiltransfera-
merik, dengan monomer-monomer yang disatukan oleh se yang berbeda, adalah terletak di regio yang berbeda dari
ikatan disulfida, dan karenanya massa molekul yang sangat Golgi, sehingga ada pemisahan spasial dari langkah-langkah
tinggi. Mukus memperlihatkan viskositas (kekentalan) yang yang berbeda dalam proses tersebut. Tidak semua pada
tinggi dan sering membentuk gel pada kontennya dari rantai glikan dari glikoprotein yang diberikan adalah leng-
musin. Tingginya kandungan O-glikan menyebabkan pe- kap; beberapa yang terpotong, menuju ke microheterogeneity.
manjangan struktur mesin. Hal ini sebagian dapat dijelaskan Tidak ada urutan konsensus yang dikenal untuk menentukan
oleh interaksi sterik antara gugus-gugus GalNAc dan asam- serin dan residu treonin adalah terglikosilasi, tetapi gugus
asam amino sekitar, yang menyebabkan kekakuan rantai gula pertama biasanya inkorporasi N-asetilgalaktosamin.
sehingga konformasi musin sering menjadi seperti batang Gambaran utama biosintesis glikoprotein terkait-O diring-
kaku. Interaksi nonkovalen antarmolekul di antara berbagai kaskan di Tabel 46-8.
gula di rantai-rantai glikan yang berdekatan berperan meng-
hasilkan bentuk gel. Tingginya kandungan residu NeuAc dan GLIKOPROTEIN TERKAIT-N
sulfat pada banyak musin menyebabkan musin bermuatan MENGANDUNG SEBUAH IKATAN
negatif.
Dalam kaitannya dengan fungsi, musin membantu Asn-GLcNAc
melumasi dan membentuk sawar fisik protektif pada per- Glikoprotein terkait-N ini merupakan kelas utama glikopro-
mukaan epitel. Kepadatan rantai oligosakarida menyebabkan tein dan telah banyak diteliti karena kebanyakan glikoprotein
protease sulit mendekati rangka polipeptida sehingga musin yang paling mudah diakses. Glikoprotein terkait-N dibeda-
sering resisten terhadap kerja enzim ini. kan oleh adanya ikatan Asn-GlcNAc (Gambar 46-1). Ter-
Membran musin terikat berpartisipasi dalam interaksi dapat tiga kelas utama oligosakarida terkait-N: kompleks,
sel sel. Musin juga cenderung "menutupi" antigen permu- hibrid, dan kaya-manosa. Ketiga tipe memiliki suatu penta-
kaan tertentu. Banyak sel kanker membentuk musin dalam sakarida yang sama Man3G1cNAc2, terikat untuk asparagin,
jumlah besar; mungkin musin dapat menutupi antigen tetapi berbeda dalam cabang luarnya (Gambar 46-2).
permukaan tertentu pada sel ini sehingga melindungi sel dari
pelacakan sistem imun. Musin juga mengandung epitop TABEL 46-8 Ringkasan Ciri utama O-Glikosilasi
karbohidrat dan peptida spesifik kanker. Sebagian epitop ini
• Melibatkan serangkaian glikoprotein glikosiltransferase terikat-
digunakan untuk merangsang respons imun terhadap sel membran yang bekerja secara bertahap; masing-masing transferase
kanker. umumnya spesifik untuk jenis ikatan tertentu.
TABEL 46-7 Beberapa Sifat Musin • Enzim yang terlibat terletak di berbagai subkompartemen
Ditemukan dalam sekresi saluran cerna, napas, dan reproduksi serta di aparatus Golgi.
membran berbagai sel.
• Setiap reaksi glikosilasi melibatkan gula-nukleotida yang sesuai.
Memperlihatkan kandungan rantai O-glikan yang tinggi, yang biasanya
mengandung NeuAc. • Dolikol-P-P-oligosakarida tidak terlibat, juga glikosidase; dan
Mengandung sekuens berulang asam amino yang kaya akan serin, reaksi tidak dihambat oleh tunikamisin.
teronin, dan prolin. • O-Glikosilasi terjadi pascatranslasi di residu Ser dan Thr tertentu.
Struktur yang memanjang menyebabkan tingginya daya viskoelastisitas.
Sangat resisten terhadap proteolisis
Membentuk sawar fisik protektif pada permukaan epitel, berperan

dalam interaksi antarsel, dan mungkin mengandung atau menutupi
antigen permukaan tertentu.

Asam Asam
sialat sialat
Gal Gal Gal Man Man Man
GlcNAc GlcNAc GlcNAc Man Man Man Man Man
Man Man Man Man Man Man
Man Man Man
GlcNAc GlcNAc GlcNAc
GlcNAc GlcNAc GlcNAc
Asn Asn Asn
Kompleks Hibrid Kaya-manosa
GAMBAR 46-2 Struktur tipe-tipe utama oligosakarida terkait-asparagin. Daerah

di dalam kotak adalah inti pentasakarida yang umum dijumpai pada semua gliko-
protein terkait-N.
Kebanyakan oligosakarida tipe kompleks mengandung sebelum rantai oligosakarida kemudian dipindahkan utuh ke
dua, tiga, empat, atau lima cabang luar. Cabang oligosakarida residu Asn yang sesuai pada apoglikoprotein akseptor
sering disebut sebagai antena sehingga dapat ditemukan sewaktu sintesis di poliribosom terkait membran berlang-
struktur bi-, tri-, tetra-, dan penta antena. Glikoprotein tipe sung. Ini demikian modifikasi kotranslasional. Dalam
kompleks umumnya mengandung residu GlcNAc, residu Glc- banyak dari glikoprotein terkait-N ada urutan konsensus
NAc sering membentuk disakarida N-asetillaktosamin. Rantai pada Asn-X-Ser / Thr (di mana X = setiap asam amino selain
glikan terkait-N sering mengandung unit N -asetillaktosamin prolin) untuk menentukan situs dari glikosilasi; di lain ada-
berulang [Galβ1-3/4GlcNAcβ1-3]n— sering ditemukan pada lah tidak ada urutan konsensus yang jelas untuk glikosilasi.
rantai glikan terkait-N. Substansi golongan darah I/i termasuk Seperti ditunjukkan dalam (Gambar 46-4), langkah per-
dalam kelas ini. Pada tipe kompleks terdapat beragam jumlah tama adalah reaksi antara UDP-N-asetilglukosamin dan ke
rantai, dan salah satunya ditunjukkan di (Gambar 46-2). dolikol fosfat, membentuk N-asetilglukosamin-dolikol piro-
Rantai kompleks lain dapat berakhir di Gal atau Fuc. fosfat. Kedua N-asetilglukosamin ditambahkan dari UDP-N-
Oligosakarida kaya-manosa biasanya memiliki 2-6 residu asetil-glukosamin, diikuti oleh penambahan pada lima
Man tambahan yang terikat pada inti pentasakarida. Molekul molekul manosa dari PDB-manosa. Dolikol pirofosfat oligo-
hibrid mengandung fitur dari kedua kelas lainnya. sakarida kemudian ditranslokasi ke dalam lumen dari reti-
kulum endoplasmik, dan manosa lanjut serta glukosa mole-
kul lanjut ditambahkan, untuk membentuk akhir dolikol
Biosintesis Glikoprotein Terkait-N Melibatkan pirofosfat oligosakarida, menggunakan manosa fosfat doli-
kol dan glukosa dolikol fosfat sebagai donor.
Dolikol-P-P-Oligosakarida
Kehadiran dari pentasakarida umum dalam glikoprotein
terkait-N dijelaskan oleh fakta pentasakarida membagikan
H CH3 CH3
sebuah awal me-kanisme umum pada biosintesis awal, di
mana oligosakarida bercabang yang disintesis melekat ke HO CH2 CH2 C CH2 CH2 CH C CH2 CH2 CH C CH3
dolikol pirofosfat (Gambar 46-3) pada sisi sitosolik dari CH3

n
membran retikulum endoplasmik, kemudian ditranslokasi ke
lumen dari retikulum endoplasmik, di mana pentasakarida GAMBAR 46-3 Struktur fosfat dolikol. Gugus di dalam tanda
mengalami glikosilasi lanjut, kurung adalah suatu unit isopren (n= 17-20 unit isoprenoid).

UDP-GIcNAc
Dol-P
Tunikamisin
UMP
GIcNAc P P Dol M M
M
UDP-GIcNAc M M
M (GIcNAc)2 P P Dol
UDP G G G M M M
P Dol
GIcNAc GIcNAc P P Dol
GDP-M Dol and G Dol
M P P
(M)6 (GIcNAc)2 P P Dol

GDP
P Dol
M GIcNAc GIcNAc P P Dol
M M P Dol
M (GIcNAc)2 P P Dol
(GDP-M)4 (GDP)4 M M M
GAMBAR 46-4 Jalur biosintesis dolikol-P-P-oligosakarida. Perhatikan bahwa lima residu manosa internal pertma
diberikan oleh GDP-manosa, sedangkan residu manosa yang lebih eksternal dan residu glukosa didonasikan oleh
dolikol-P-manosa dan dolikol-P-glukosa. (UDP, uridin difosfat; Dol, dolikol;P, fosfat; UMP, uridin monofosfat; GDP,
guanosin difosfat.
Dolikol pirofosfat oligosakarida kemudian ditransfer ke GLIKOPROTEIN & KALNEKSIN PASTIKAN

residu akseptor asparagin dari rantai protein baru lahir. Fitur
utama dari N-glikosilasi tercantum pada Tabel 46-9. MELIPAT BENAR PADA PROTEIN DALAM
Untuk membentuk rantai kaya-manosa, hanya residu RETIKULUM ENDOPLASMA
Glc ditambah residu Man perifer tertentu yang dikeluarkan. Kalneksin adalah suatu protein yang terdapat di membran
Untuk membentuk rantai oligosakarida tipe kompleks, retikulum endoplasma; mengikat dengan kalneksin men-
residu Glc dan empat residu Man dikeluarkan oleh glikosi- cegah glikoprotein mengalami agregasi. Ini adalah lektin,
dase di retikulum endoplasma dan badan Golgi, (G1cNAc, mengenali urutan karbohidrat spesifik di dalam rantai glikan
Gal, dan NeuAc) ditambahkan oleh kerja dikatalisis oleh dari glikoprotein. Glikoprotein yang dilipat secara tidak
glikosiltransferase yang terletak di aparatus Golgi. Rantai benar menjalani deglycosylation parsial, dan adalah ditarget-
hibrid dibentuk oleh pemrosesan kan untuk menjalani transportasi dari retikulum endoplas-
mik kembali ke sitosol untuk katabolisme.
TABEL 46-9 Ringkasan Gambaran Utama N-Glikosilasi
Kalneksin mengikat glikoprotein yang memiliki struk-
• Oligosakarida Glc3, Man9 (GlcNAc)2 dipindahkan dari dolikol-P-P- tur inti mono glikosilasi yang residu glukosa terminalnya
oligosakarida dalam suatu reaksi yang dikatalisis oleh oligosakarida sudah dikeluarkan sehingga hanya glukosa paling dalam
protein transferase, yang dihambat oleh tunikamisin. yang masih melekat. Kalneksin dan glikoprotein yang me-
ngikatnya membentuk kompleks dengan ERp57, suatu
• Pemindahan terjadi ke residu Asn spesifik dalam sekuens Asn-X-Ser/Thr,
dan X adalah semua residu kecuali Pro, Asp, atau Glu.
homolog protein disulficle isomerase (PDI) yang mengata-
lasis saling-tukar ikatan disulfida sehingga memudahkan
• Pemindahan dapat terkjadi secra kotranslasional di retikulum endoplasma
pelipatan yang benar. Glikoprotein yang terikat dibebaskan
• Oligosakarida yang terikat pada protein kemudian diproses secara parsial dari kompleks dengan kalneksin-ERp57 saat glukosa yang
oleh glukosidase dan manosidase; jika tidak terjadi penambahan gula
lain, hasilnya adalah rantai yang kaya akan manosa.
terakhir dihidrolisis oleh glukosidase II dan meninggalkan
RE jika terlipat dengan benar. Jika tidak terlipat benar,
• Jika pemrosesan terjadi hingga mencapai inti heptasakarida
(Man5[GlcNAc]2), maka terbentuk rantai kompleks oleh penambahan
glikoprotein dikenali oleh glukosiltransferase RE dan
GlcNAc, terjadi pengeluaran dua Man, dan penambahan bertahap diglukosilasi ulang; yang akan mengikat kembali kompleks
masing-masing gula dalam reaksi yang dikatalisis oleh tranferase spesifik kalneksin-Erp57. Jika sekarang sudah terlipat dengan benar,
(mis. GlcNAc, Gal, NeuAc tranferase) yang menggunkan gula nukleotida glikoprotein mengalami deglukosilasi dan disekresikan. Jika
yang sesuai. tidak bisa dilipat dengan benar, ditranslokasi ke luar RE ke
dalam sitosol untuk katabolisme. Glukosiltransferase indera
parsial, yang membentuk rantai kompleks di satu lengan pada lipatan dari
dan struktur Man di lengan yang lain.

glikoprotein dan hanya mereglukosilasi protein salah-lipat. Oleh sebab itu, EPO perlu diperoleh dari sel inang yang
Protein larut kalretikulin tampaknya memiliki fungsi serupa memiliki pola glikosilasi yang konsisten dengan waktu-paruh
dengan kalneksin normal dalam plasma.
Aktivitas enzim pemroses glikoprotein di berbagai jenis
Beberapa Faktor Mengatur Glikosilasi sel kanker kini banyak dianalisis. Sel-sel ini sering terbukti
Glikoprotein menyintesis rantai oligosakarida yang berbeda (mis. sering
memperlihatkan cabang yang lebih banyak) daripada rantai
Glikosilasi glikoprotein adalah suatu proses rumit yang yang dibuat oleh sel kontrol. Hal ini dapat terjadi karena sel
melibatkan banyak enzim, diperkirakan bahwa sekitar 1% kanker mengandung pola glikosiltransferase yang berbeda
genom manusia dapat terlibat dalam proses glikosilasi. Se- dari yang diperlihatkan oleh sel normal padanannya, akibat
tidaknya ada sepuluh transferase GlcNAc yang berbeda. pengaktifan atau penekanan gen tertentu. Perbedaan rantai
Terdapat juga beragam spesies glikosiltransferase Iainnya (mis. oligosakarida dapat memengaruhi interaksi adhesif antara sel
sialiltransferase). Faktor yang mengontrol tahap pertama bio- kanker dan sel jaringan induk normalnya sehingga berperan
sintesis glikoprotein terkait-N (yi. penyusunan dan pemin- dalam metastasis.
dahan oligosakarida) tidak hanya mencakup ketersediaan
pada nukleotida gula, mencakup keberadaan akseptor yang BEBERAPA PROTEIN TERIKAT PADA
sesuai di protein, kadar Dol-P jaringan, dan aktivitas oligo-
sakarida: protein transferase.
MEMBRAN PLASMA MELALUI
Beberapa faktor yang diketahui terlibat dalam regulasi STRUKTUR GLIKOSILFOSFATIDIL
pemrosesan oligosakarida dicantumkan di Tabel 47-11.
Variasi spesies di antara berbagai enzim pengolah penting
INOSITOL
Kelas utama ketiga dari glikoprotein adalah protein mem-
dalam kaitannya dengan pembuatan glikoprotein untuk
bran terikat adalah yang berlabuh ke lapisan ganda lipid oleh
tujuan terapeutik melalui teknologi DNA rekombinan.
ekor glikosilfosfatidilinositol (GPI) (Gambar 46-1). GPI
Contohnya, eritropoietin rekombinan (epoetin alfa; EPO)
terikat adalah cara yang paling umum di mana berbagai
kadang-kadang diberikan kepada pasien dengan jenis anemia
protein yang terjangkar ke membran sel.
kronik tertentu untuk merangsang eritropoiesis. Waktu-
Protein adalah berlabuh ke leaflet luar dari membran
paruh EPO dalam plasma dipengaruhi oleh sifat pola gliko-
plasma atau inner (luminal) leaflet pada membran di vesikel
silasinya, dengan pola tertentu yang berkaitan dengan waktu-
sekretorik oleh asam lemak dari fosfatidilinositol. Fosfatidili-
paruh singkat sehingga sangat membatasi periode efektivitas
nositol yang dihubungkan melalui N-asetilglukosamin ke
terapeutiknya.
rantai glikan mengandung berbagai gula, termasuk manosa
TABEL 46-10 Beberapa Faktor yang Memengaruhi Aktivitas dan glukosamin. Selanjutnya, rantai oligosakarida dihubung-
Enzim Pengolah Glikoprotein
kan melalui fosforiletanolamin dalam suatu ikatan amida ke
Faktor Keterangan asam amino terminal karboksil protein yang melekat. Kons-
tituen tambahan ditemukan pada banyak struktur GPI;
Tipe sel Tipe sel yang berbeda mengandung profil enzim
pemroses yang berbeda. struktur glikoprotein yang diperlihatkan di (Gambar 46-1)
mengandung tambahan fosforiletanolamin yang melekat
Enzim Glikosiltransferase tertentu hanya bekerja pada
sebelumnya rantai oligosakarida yang telah diproses oleh enzim
pada bagian tengah dari tiga gugus Man glikan dan satu
lain.a asam lemak tambahan yang melekat pada GlcN. Contoh
Perkembangan Profil selular enzim-enzim pengolah dapat berubah
sebagian protein yang ditambatkan oleh jenis ikatan ini
selama perkembangan jika gen enzim tersebut disajikan di Tabel 46–11.
diaktifkan atau dipadamkan. Paling tidak terdapat tiga kemungkinan fungsi ikatan tipe ini:
Lokasi intrasel Contohnya, jika suatu enzim diharuskan tersisip ke 1. Jangkar GPI mungkin meningkatkan mobilitas suatu
dalam membran RE (mis. HMG-KoA reduktase), protein di membran plasma dibandingkan dengan mobi-
enzim ini tidak pernah menjumpai enzim pemroses
yang terdapat di badan Golgi.
litas yang diamati untuk protein yang mengandung
sekuens transmembran. Hal ini mungkin tidak meng-
Konformasi Perbedaan konformasi pada protein yang berbeda
protein dapat mempermudah atau menghambat akses
herankan karena jangkar GPI melekat hanya ke lembar
enzim pemroses ke rantai oligosakarida yang sama. luas lapis ganda yang tertambat
Spesies Sel yang sama (mis. fibroblas) dari spesies yang TABEL 46-11 Beberapa Protein Terkait-GPI
berlainan dapat memperlihatkan perbedaan pola
• Asetilkolinesterase (membran sel darah merah)
enzim pemroses.
• Fosfatase alkali (usus, plasenta)
Kanker Sel kanker dapat memperlihatkan enzim pemroses
yang berbeda dari yang ditemukan di sel normal • Decay-accelerating factor (membran sel darah merah)
padanannya.
• 5ʹ-Nukleotidase (limfosit T, sel lain)
aContohnya, sebelum α-manosidase II Golgi bekerja diperlukan kerja GlcNAc trans-
• Antigen Thy-1 (otak, limfosit T)
ferase I.
• Berbagai glikoprotein permukaan (Trypanosoma brucei)

melalui kedua lembar lapisan ganda. Peningkatan mobi- mengarah ke pembentukan N-asetilglukosamin, memberikan
litas ini mungkin penting untuk mempercepat respons dari O-terkait N-asetilglukosamin transferase peran dalam
terhadap rangsangan yang sesuai. penginderaan nutrisi dalam sel. Terlalu banyak O-glikosilasi
2. Sebagian jangkar GPI berkaitan dengan jalur-jalur dengan N-asetilglukosamin (dan karenanya fosforilasi diku-
transduksi sinyal, sehingga protein yang tidak memiliki rangi) pada protein target terlibat dalam resistensi insulin
domain transmembran dapat juga menjadi reseptor dan toksisitas glukosa dalam diabetes mellitus, serta
untuk hormon dan sinyal sel-permukaan lainnya. penyakit neurodegeneratif.
3. Struktur GPI dapat mengarahkan protein tertentu ke
domain apikal dan basolateral membran plasma sel epitel
PRODUK AKHIR GLIKASI LANJUT
terpolarisasi tertentu. (AGE) DIPERKIRAKAN MERUPAKAN
Biosintesis jangkar GPI rumit dan dimulai di retikulum
endoplasma, dan kemudian melekat pada protein setelah PENYEBAB PENTING KERUSAKAN
sintesis ribosom sudah lengkap. Produk translasi primer JARINGAN PADA DIABETES
pada protein GPI-berlabuh tidak hanya mempunyai urutan
sinyal terminal amino yang mengarahkan ke dalam retiku- MELITUS
lum endoplasmik selama sintesis, tetapi juga karboksi ter- Glikasi menunjukkan pelekatan nonenzimatik gula (terutama
minal domain hidrofobik yang bertindak sebagai sinyal glukosa) pada gugus amino protein serta molekul lain (mis.
untuk lampiran dari GPI jangkar. Tahap pertama dalam sin- DNA, lipid). Glikasi dibedakan dari glikosilasi karena gliko-
tesis dari GPI jangkar adalah insersi pada asam lemak dari silasi adalah pelekatan gula yang dikatalisis enzim. Saat glu-
fosfatidilinositol ke dalam permukaan luminal pada mem- kosa melekat ke protein, produk antara yang terbentuk men-
bran retikulum endoplasmik, diikuti oleh glikosilasi, dimulai cakup basa Schiff. ditata-ulang lebih lanjut dengan penataan
dengan esterifikasi dari N-asetil glukosamin untuk kelompok ulang Amadori menjadi ketoamina (lihat Gambar 46-5),
fosfat dari fosfatidilinositol. Sebuah fosfoetanolamin gugus dan akhir reaksi glikasi disebut produk-akhir glikasi lanjut
terminal ditambahkan ke rantai glikan lengkap. Karboksi (AGE). Rangkaian reaksi keseluruhan dikenal sebagai reaksi
hidrofobik terminal domain dari protein tersebut dipindah- Maillard, reaksi ini berperan dalam pencokelatan bahan
kan oleh kelompok amino dari etanolamin di dalam reaksi makanan tertentu yang terjadi pada penyimpanan atau pengo-
transamidasi yang membentuk terikat amida antara GPI lahan (mis. pemanasan) dan menyediakan banyak beberapa
jangkar dan residu aspartat di dalam protein. rasa makanan.
AGE menjadi perhatian bidang kedokteran karena
BEBERAPA PROTEIN MENJALANI menyebabkan kerusakan jaringan pada diabetes melitus.
GLIKOSILASI REVERSIBEL SECARA Kadar glukosa darah sering kali meningkat secara konsisten
sehingga memicu peningkatan glikasi. Glikasi kolagen dan
CEPAT protein lain di matriks ekstrasel mengubah sifatnya (mis, me-
Banyak protein, termasuk protein nuklir pori, protein dari ningkatkan taut-silang kolagen). Taut-silang dapat menye-
sitoskeleton, faktor transkripsi dan protein yang terkait babkan penimbunan berbagai protein plasma di dinding
dengan kromatin, sebagai protein onkogen nuklir dan pro- pembuluh darah; khususnya, penimbunan LDL dapat ikut
tein penekan tumor, menjalani O-glikosilasi dengan gugus serta menyebabkan aterogenesis. AGE tampaknya berperan
gula tunggal, N-asetilglukosamin. Ini adalah glikosilasi rever- dalam kerusakan mikrovaskular dan makrovaskular pada
sibel secara cepat. Situs serin dan treonin dari glikosilasi diabetes melitus (Gambar 46-6). Sel endotel dan makrofag
adalah sama dengan fosforilasi pada protein, dan glikosilasi juga memiliki reseptor AGE di permukaannya. Penyerapan
serta fosforilasi terjadi secara timbal balik dalam merespon protein terglikasi oleh reseptor ini dapat
untuk sinyal seluler. HC O
O-terkait N-asetilglukosamin transferase yang mengkatalisis HC OH
HO CH
glikosilasi ini menggunakan UDP N-asetilglukosamin seba-
HC OH
gai donor gula, dan memiliki aktivitas fosfatase, sehingga HC OH
dapat secara langsung mengganti serin atau treonin fosfat CH2OH
dengan N-asetilglukosamin. Tidak ada urutan konsensus NH NH NH
absolut untuk reaksi, tapi sekitar setengah situs yang adalah C O C O C O
R CH R CH R CH
subjek untuk glikosilasi timbal balik dan fosforilasi adalah non-enzimatik Penataan-ulang
NH3+ HC N H2C NH
Pro-Val-Ser. Enzim diaktifkan oleh fosforilasi dalam HC OH C O
Amino terminal
merespon tindakan insulin, dan N-asetilglukosamin dihapus pada protein HO CH HO CH
(meninggalkan situs tersedia untuk fosforilasi) oleh N-asetil HC OH HC OH
glukosaminidase. HC OH HC OH
CH2OH CH2OH
Kedua aktivitas dan peptida spesifisitas dari O terkait N- Basa Schiff aminoketone (AGE)
asetilglukosamin transferase tergantung pada konsentrasi
dari UDP-N-asetilglukosamin. Tergantung pada jenis sel,
hingga 2% sampai 5% dari metabolisme glukosa adalah GAMBAR 46-5 Pembentukan AGE dari glukosa.
dengan cara pada jalur heksosamin

Hiperglikemia
↑Pembentukan AGE
Protein terglikasi pada Perlekatan dengan

ECM dan plasma reseptor AGE sel
↑Taut-silang Pengikatan protein ke Pengaktifkan NFkB

kolagen membran dasar kapiler
meningkatkan
ketebalan
↑Pembebasan sitokin
Protein lengkap Membran dasar ↑Aktifitas prokoagulan
(mis. LDL) rusak (mis. Disfungsi endotel
membran
giomerulus
GAMBAR 46-6 Beberapa akibat dari pembentukan AGE.
mengaktifkan faktor transkripsi NF-kB (lihat Bab 52), mem- dan pada reaksi ini enzim, seperti protease dan
bentuk berbagai molekul proinflamasi dan sitokin. Karena hialuronidase serta isi lain akrosom sperma dibebaskan.
itu, AGE diyakini merupakan salah satu kontributor bermak- Pembebasan enzim-enzim ini membantu sperma menembus
na pada beberapa temuan patologis diabetes. zona pelusida dan mencapai membran plasma (MP) oosit.
Pelekatan nonenzimatik glukosa pada hemoglobin A Glikoprotein lain, PH-30, berperan penting dalam peng-
yang ada di sel darah merah pembentukan HbAic. Hal ini ikatan MP sperma pada MP oosit serta fusi selanjutnya
terjadi pada orang sehat dan meningkat pada pasien diabetes kedua membran ini. Interaksi ini memungkinkan sperma
melitus dengan kontrol glikemik yang buruk, yang kadar masuk dan membuahi oosit. Fertilisasi dapat dihambat
gula darahnya meningkat. Seperti dijelaskan pada Bab 6, oleh obat atau antibodi yang mengganggu fungsi normal ZP3
pengukuran HbA1c telah menjadi bagian yang sangat penting dan PH-30 dan yang kemudian dapat digunakan sebagai
dari manajemen pasien diabetes melitus. agen kontrasepsi.
Selektin Berperan Utama dalam Peradangan
GLIKOPROTEIN BERPERAN DALAM dan Homing Limfosit
Leukosit berperan penting dalam banyak fenomena imuno-
BANYAK PROSES BIOLOGIS DAN logis dan peradangan. Langkah-langkah awal pada banyak
PENYAKIT fenomena ini adalah interaksi antara leukosit dalam darah
dan sel endotel sebelum leukosit keluar dari sirkulasi. Leu-
Seperti tercantum di Tabel 46-1, glikoprotein memiliki beragam kosit dan sel endotel mengandung lektin spesifik, disebut
fungsi; sebagian telah dijelaskan di bab ini dan yang lain selektin, yang ikut serta dalam pelekatan antarsel. Selektin
dijelaskan di bagian lain buku ini (mis. molekul pengangkut, adalah protein transmembran pengikat-Ca2+ rantai-tunggal;
molekul imunologik, dan hormon). Ini juga penting dalam terminal amino selektin mengandung domain lektin yang
pembuahan dan peradangan, dan sejumlah penyakit yang terlibat dalam pembentukan ikatan dengan ligan karbohidrat
disebabkan oleh kelainan sintesis dan penguraian glikoprotein. spesifik.
Interaksi antara L-selektin pada permukaan neutrofil dan
Glikoprotein Penting dalam Pembuahan and glikoprotein lain pada permukaan sel endotel sementara,
Untuk mencapai membran plasma sebuah oosit, sperma sehingga permukaan endotel dapat menggelinding. Selama
harus menembus zona pelusida (ZP), suatu selubung ini neutrofil diaktifkan, terjadi perubahan bentuk neutrofil
nonselular tebal transparan yang mengelilingi oosit. Yang dan pelekatan sel ini secara erat pada endotel. Adhesi ini
perlu dicatat adalah ZP3, suatu glikoprotein terkait-O adalah hasil dari interaksi antara integrin (lihat Bab 53) pada
yang berfungsi sebagai reseptor untuk sperma. Suatu pro- neutrofil dan immunoglobulin terkait protein pada sel-sel
tein pada permukaan sperma berinteraksi secara spesifik endotel. Setelah adhesi, neutrofil menembus dinding endo-
dengan rantai oligosakarida ZP3. Interaksi ini, melalui pe- tel. Agar hal ini terjadi, neutrofil menyisipkan pseudopodia
nyaluran sinyal transmembran, memicu reaksi akrosom, ke dalam taut antara sel-sel endotel, menyelip di antara taut
ini, menembus membran basal, dan kemudian bebas ber-
migrasi di ruang ekstravaskular.

Selektin mengikat oligosakarida tersialisasi dan terfu- TABEL 46-13 Gambaran Utama Penyakit Kongenital
kosilasi. Sulfat lipid (lihat Bab 21) mungkin juga menjadi Glikosilasi
ligan. Sintesis senyawa seperti antibodi monoklonal yang • Penyakit resesif autosom.
menghambat interaksi ligan-selektin dan karenanya dapat • Penyakit multisistem yang dahulu mungkin belum dikenal.
menghambat respons peradangan. Sel-sel kanker sering
memiliki ligan selektin ligan di permukaannya yang bahwa • Umumnya mengenai susunan saraf pusat sehingga terjadi retardasi
berbagai ligan ini berperan dalam invasi dan metastasis sel psikomotor dan gambaran lain.
kanker. • Penyakit tipe I disebabkan oleh mutasi di gen yang menyandi enzim
(mis. fosfomanomutase-2 [PMM-2], yang menyebabkan CDG Ia)
Kelainan Sintesis Glikoprotein Mendasari yang terlibat dalam sintesis dolikol-P-P-oligosakarida.
Penyakit-Penyakit Tertentu • Penyakit tipe II disebabkan oleh mutasi di gen yang menyandi enzim
(mis. GlcNAc transferase-2 yang menyebabkan CDG IIa yang terlibat
Tabel 46-12 mencantumkan sejumlah penyakit dengan
dalam pemrosesan rantai N-glikan.
kelainan sintesis glikoprotein yang berperan penting.
• Sekitar 15 penyakit berbeda telah dikenali.
Seperti dinyatakan sebelumnya, banyak sel kanker memper-
lihatkan beragam profil rantai oligosakarida di permukaan- • Isoelectric focusing of transferrin adalah pemeriksaan biokimia yang
bermanfaat untuk membantu menegakkan diagnosis penyakit
nya, yang sebagian di antaranya berperan dalam metastasis.
golongan ini; terputusnya rantai oligosakarida pada protein ini me-
Gambaran utama dari penyakit kongenital glikosilasi ngubah pola isoelectric focusing-nya.
(CDG) diringkaskan di Tabel 46-13. • Manosa oral terbukti bermanfaat dalam mengobati CDG Ia.
Leukocyte adhesion deficiency (LAD) II adalah suatu Singkatan: CDG, penyakit glikosilasi kongenital.
penyakit jarang yang mungkin disebabkan oleh mutasi
yang memengaruhi aktivitas pengangkut GDP-fukosa di urine karena lisis sel darah merah, terutama sewaktu tidur,
badan Golgi. Ketiadaan ligan terfukosilasi untuk selektin yang terakhir ini dapat mencerminkan sedikit penurunan
menyebabkan pengguliran (rolling) neutrofil sangat me- pH plasma sewaktu tidur yang meningkatkan kerentanan
nurun. Pasien mengalami infeksi bakteri berulang yang eritrosit mengalami lisis oleh sistem komplemen (lihat Bab
parah serta gangguan psikomotor dan retardasi mental. 52). Defek dasar pada PNH adalah mutasi somatik di gen sel
Kondisi ini tampaknya berespons terhadap fukosa oral. hematopoietik tertentu enzim yang menghubungkan gluko-
Hemoglobinuria nokturnal paroksismat (PNH) adalah samin dengan fosfatidilinositol di struktur GPI. Oleh sebab
suatu anemia ringan didapat yang ditandai oleh keberadaan itu, terjadi penurunan protein yang melekat melalui GPI di
hemoglobin dalam membran sel darah merah. Dua protein menarik perhatian:
decay accelerating factor (DAF) dan CD59 berinteraksi
TABEL 46-12 Beberapa Penyakit Akibat atau yang dengan komponen tertentu sistem komplemen untuk men-
Melibatkan Kelainan dalam Biosintesis Glikoprotein cegah efek hemolifik komplemen. Namun, jika terjadi defisi-
Penyakit Kelainan ensi protein tersebut, sistem komplemen dapat bekerja pada
membran sel darah merah untuk menimbulkan hemolisis.
Kanker Peningkatan percabangan glikan permuka-
an sel atau presentasi ligan selektin mung- Penelitian terhadap distrofi otot kongenital (CMD)
kin penting dalam metastasis adalah disebabkan oleh gangguan dalam sintesis glikan pro-
Penyakit kongenital Lihat Tabel 46–13. tein α-distroglikan (α-DG). Protein ini menonjol dari
glikosilasia membran permukaan sel otot dan berinteraksi dengan
HEMPASb (OMIM Kelainan pada enzim tertentu (mis. mano- laminin-2 (merosin) di lamina basal. Jika glikan α-DG tidak
224100) sidase II dan enzim lain) yang berperan terbentuk dengan benar (akibat mutasi di gen-gen yang me-
dalam biosintesis N-glikan, terutama yang nyandi glikosiltransferase tertentu), maka hal ini menyebab-
mengenai membran sel darah merah. kan gangguan dalam interaksi α-DG dengan laminin.
Artritis reumatoid dilaporkan berkaitan dengan perubahan
Leukocyte adhesion Mungkin akibat mutasi yang mengenai glikosilasi molekul imunoglobulin G (IgG) darah (Bab 52),
deficiency, tipe II (OMIM suatu pengangkut GDP-fukosa di aparatus
266265) Golgi sehingga terjadi gangguan fukosilasi
molekul ini tidak memiliki galaktosa di regio Fcnya dan
berakhir di GlcNAc. Protein pengikat manosa suatu lektin-
Hemoglobinuria Defek didapat pada biosintesis struktur
nokturnal paroksismal GPI3 decay accelerating factor (DAF) dan
C yang disintesis aleh sel hati dan disekresikan ke dalam
(PNH) (OMIM 311770) CD59. darah, mengikat manosa, GlcNAc, dan gula tertentu lainnya.
Oleh sebab itu, protein ini dapat mengikat molekul IgG
Penyakit sel I (OMIM Defisiensi GlcNAc fosfotransferase, yang
252500) menyebabkan kelainan penyaluran enzim agalaktosil, kemudian mengaktifkan sistem komplemen se-
lisosom tertentu. hingga terjadi peradangan kronik di membran sinovium
aAngka OMIM untuk penyakit kongenital glikosilasi tipe Ia adalah 212065.
sendi.
bMultinuklear eritroblastik herediter dengan hasil uji lisis serum yang terasidifikasi Mannose-binding protein juga mengikat gula-gula di
positif (Hereditary Erythroblastic Multinuclearity with a Positive Acidified Serum atas jika gula-gula tersebut terdapat pada permukaan bakteri,
lysis test) (anemia diseritropoietik kongenital tipe II). Anemia ini adalah bentuk
anemia yang relatif ringan. Penyakit ini mencerminkan paling tidak adanya jamur, dan virus tertentu, menyiapkan berbagai patogen ini
berbagai glikoprotein dengan kelainan rantai N-glikan di membran sel darah untuk opsonisasi dan destruksi oleh sistem komplemen. Hal
merah yang berperan menyebabkan sel mudah lisis.
cGlikosilfosfatidilinositol.
ini adalah contoh imunitas bawaan (innate immunity), yang
tidak melibatkan imunoglobulin atau limfosit T.

TABEL 46-14 Gambaran Utama Beberapa Penyakita Akibat Penguraian rantai oligosakarida glikoprotein melibatkan se-
Defisiensi Glikoprotein Hidrolaseb rangkaian hidrolase lisosom, mencakup α-neuraminidase, β-
• Biasanya memperlihatkan retardasi mental dan kelainan neurologis galaktosidase, β- heksosaminidase, α-dan β- manosidase, α-N-
lain, dan pada sebagian penyakit viseromegali atau wajah kasar (atau asetilgalaktosaminidase, α-fukosidase, endop-β-N-asetil glu-
keduanya). kosaminidase, dan aspartilglukosaminidase. Defek genetis
• Variasi keparahan dari ringan sampai progresif cepat. aktivitas enzim-enzim ini dapat terjadi sehingga penguraian
• Pewarisan resesif autosom. glikoprotein menjadi tidak normal. Akumulasi glikoprotein
• Dapat memperlihatkan distribusi etnik (mis. aspartilglikosaminuria
yang terurai secara abnormal ini di jaringan dapat menye-
sering dijumpai di Finlandia). babkan berbagai penyakit. Penyakit kelompok ini yang paling
• Penyakit vakuolisasi sel pada pemeriksaan dengan mkroskop. banyak dikenal antara lain adalah manosidosis, fukosidosis,
sialidosis, aspartilglikosaminuria, dan penyakit Schindler, yang
• Keberadaan produk penguraian yang abnormal (mis. oligosakarida yang
menumpuk akibat difisiensi enzim) di urine, dapat dideteksi dengan masing-masing disebabkan oleh defisiensi α-manosidase, α-
TLC dan diketahui karakteristiknya dengan GLC-MS. fukosidase, α-neuraminidase, aspartilglukosaminidase, dan α-
• Diagnosis pasti ditegakkan dengan pemeriksaan enzim yang sesuai, N-asetilgalaktosaminidase. Beberapa fitur utama dari penyakit
sering dengan menggunakan leukosit. ini tercantum dalam Tabel 46-14.
• Kemungkinan diagnosis pranatal dengan pemeriksaan enzim yang sesuai
GLIKAN BERPERAN DALAM IKATAN
• Saat ini belum ada pengobatan definitif.
aα-Manosidosis, β-manosidosis, fukosidosis, sialidosis, aspartilglikosaminuria, dan VIRUS, BAKTERI, DAN PARASIT
TERTENTU DENGAN SEL MANUSIA
penyakit Schindler.
bNomor OMIM: α-manosidosis, 248500; β-manosidosis, 248510; fukosidosis 230000;
sialidosis, 256550; aspartilglikosaminuria, 208400; penyakit Schindler 609241.

Gambaran utama glikan dan gambaran yang menjelaskan
Defisiensi protein ini pada bayi akibat mutasi menyebabkan sejumlah besar aktivitas biologik senyawa ini adalah bahwa
bayi yang bersangkutan sangat rentan mengalami infeksi senyawa ini mengikat secara spesifik berbagai molekul,
berulang. misalnya protein atau glikan lain. Satu aspek dari hal ini
adalah kemampuan senyawa ini mengikat virus tertentu dan
Penyakit Sel I Disebabkan oleh Gangguan
banyak bakteri.
Penyaluran Enzim Lisosom Virus influenza A mengikat molekul reseptor glikopro-
Man-6-P berfungsi sebagai penanda kimiawi untuk mengarah- tein pada permukaan sel yang mengandung NeuAc melalui
kan enzim-enzim lisosom tertentu ke organel tersebut. Penya- suatu protein yang dinamai hemaglutinin (H). Virus ini
kit sel I adalah penyakit jarang yang ditandai oleh retardasi juga memiliki neuraminidase (N) yang berperan kunci
psikomotor progresif berat danberbagai tanda fisik, dengan dalam memungkinkan elusi progeni yang baru terbentuk
kematian yang biasanya terjadi pada dekade pertama. Sel dari sel yang terinfeksi. Jika proses ini dihambat, penyebaran
biakan dari pasien penyakit sel I terbukti tidak memiliki virus akan jauh berkurang. Inhibitor enzim ini (mis. zana-
hampir semua enzim lisosom normal; oleh sebab itu, di dalam mivir, oseltamivir) kini tersedia untuk digunakan dalam
lisosom tertimbun beragam molekul yang belum terurai dan mengobati pasien influenza. Virus influenza digolongkan
membentuk badan inklusi. Sampel plasma dari pasien dengan berdasarkan tipe hemaglutinin dan neuraminidase yang di-
penyakit ini diketahui memperlihatkan aktivitas enzim lisosom milikinya. Terdapat paling tidak 16 jenis hemaglutinin dan
yang sangat tinggi; hal ini menyiratkan bahwa enzim lisosom sembilan jenis neuraminidase. Karena itu, virus influenza
memang disintesis tetapi gagal mencapai tujuannya di dalam unggas digolongkan sebagai H5N1.
sel sehingga disekresikan. Biakan sel dari pasien dengan penya- Human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1), yang
kit ini dapat menyerap enzim lisosom yang ditambahkan dari oleh sebagian besar orang diperkirakan menyebabkan
luar (berasal dari orang normal) yang menunjukkan bahwa sel AIDS, melekat pada sel melalui salah satu glikoprotein per-
mengandung reseptor normal pada permukaannya untuk mukaan (gp120) dan menggunakan glikoprotein permu-
menyerap (secara endositosis) enzim lisosom. Enzim lisosom kaan lainnya (gp41) untuk menyatu dengan membran sel
dari orang normal mengandung penanda pengenalan Man-6-P pejamu. Antibodi terhadap gp 120 dibentuk saat terjadi
yang dijelaskan sebelumnya, Biakan sel dari pasien dengan infeksi dengan HIV-1, dan ada ketertarikan untuk meng-
penyakit sel I kemudian terbukti mengalami defisiensi aktivitas gunakan protein ini sebagai vaksin. Salah satu masalah
GlcNAc fosfotrans-ferase yang terletak di aparatus Golgi. Dua utama pendekatan ini adalah struktur gp 120 dapat berubah
lektin bertindak sebagai protein reseptor Man-6-P. Tampak- relatif cepat akibat mutasi, memudahkan virus menyela-
nya kedua reseptor berfungsi dalam penyortiran enzim-enzim matkan diri dari sifat menetralkan antibodi yang ditujukan
lisosom intrasel ke dalam vesikel-vesikel berselubung klatrin padanya.
yang berlangsung di Golgi. Vesikel-vesikel ini kemudian
Helicobacter pylori diyakini menjadi penyebab utama
meninggalkan aparatus Golgi dan menyatu dengan kompar-
ulkus peptik. Studi-studi telah membuktikan bahwa bakteri
temen pralisosom.
ini berikatan dengan paling tidak dua glikan berbeda yang
Defisiensi Genetik Glikoprotein Hidrolase terdapat pada permukaan sel epitel lambung. Demikian
Lisosom Menyebabkan Penyakit, Seperti α- juga, banyak bakteri yang menyebabkan diare juga di-
ketahui melekat pada sel di permukaan usus melalui glikan
Manosidosis yang terdapat dalam glikoprotein atau glikolipid.

Pelekatan Plasmodium falciparum salah satu jenis plasmodia ■ Telah dikenal sejumlah penyakit yang berkaitan dengan
yang menyebabkan malaria pada sel-sel manusia diperantai kelainan sintesis dan penguraian glikoprotein. Glikoprotein
juga berperan dalam banyak penyakit lain, termasuk influ-
oleh GPI yang terdapat pada permukaan parasit.
enza, AIDS, artritis reumatoid, fibrosis kistik, dan tukak
lambung.
RINGKASAN
■ Glikoprotein adalah protein yang tersebar luas dengan bera- REFERENSI
gam fungsi dan mengandung satu atau lebih rantai karbohi- Chandrasekeran A, Srinivasan A, Raman R, et al: Glycan
drat yang diikat secara kovalen. topology determines human adaptation of avian H5N1 virus
■ Komponen karbohidrat pada suatu glikoprotein berkisar dari hemagglutinin. Nat Biotechnology 2008;26:107.
1% hingga lebih dari 85% beratnya dan dapat membentuk Freeze HH: Congenital disorders of glycosylation: CDG-I, CDG-II,
struktur sederhana atau kompleks. Ada delapan gula yang ter- and beyond. Curr Mol Med 2007;7:389.
utama dijumpai pada rantai gula glikoprotein manusia: xilosa, Haltiwanger RS, Lowe JB: Role of glycosylation in development.
fukosa, galaktosa, glukosa, manosa, N-asetilgalak-tosamin, N- Annu Rev Biochem 2004;73:491–537.
asetilglukosamin, dan asam N-asetilneuraminat. Hart GW, Slawson C, Ramirez-Correa G, Lagerlof O. Cross-talk
■ Paling tidak rantai oligosakarida tertentu pada glikoprotein between O-Glc N-acylation and phosphorylation: roles in
menyandi informasi bialogis; rantai-rantai ini juga penting bagi signaling, transcription and chronic disease. Annu Rev Biochem
glikoprotein dalam memodulasi kelarutan dan kekentalannya, 2011;80:825–858.
dalam melindungi diri terhadap proteolisis, dan dalam aktivitas Kiessling LL, Splain RA: Chemical approaches to glycobiology.
biologisnya. Annu Rev Biochem. 2010;79:619.
■ Glikosidase menghidrolisis ikatan spesifik di oligosakarida Kornfeld R, Kornfeld S: Assembly of asparagine-linked
dan digunakan untuk mengeksplorasi struktur dan fungsi oligosaccharides. Annu Rev Biochem 1985;54:631.
glikoprotein. Lowe JB, Marth JB: A genetic approach to mammalian glycan
■ Lektin adalah protein pengikat karbohidrat yang berperan function. Annu Rev Biochem 2003;72:643–691.
dalam pelekatan sel dan banyak proses biologis lain. Ohtsubo K, Marth JD: Glycosylation in cellular mechanisms of
■ Kelas utama glikoprotein adalah terkait-O (melibatkan satu health and disease. Cell 2006;126:855.
OH serin atau treonin), terkait-N (melibatkan N gugus amida Pilobelli KT, Mahal LK: Deciphering the glycocode: the complexity
asparagin), dan terkait-glikosilfosfatidiIinositol (GPI). and analytical challenge of glycomics. Curr Opin Chem Biol
2007;11:300.
■ Musin adalah suatu kelas glikoprotein terkait-O yang terdis-
Sansom C, Markman O: Glycobiology. Scion Publishing, 2007.
tribusi pada permukaan sel epitel saIuran cerna, napas, dan
Spiro RG: Protein glycosylation: nature, distribution, enzymatic
reproduksi.
formation, and disease implications of glycopeptide bonds.
■ Retikulum endoplasma dan aparatus Golgi berperan besar
Glycobiology 2002;12:43R–53R.
dalam reaksi glikosilasi yang terlibat dalam biosintesis gliko-
Taylor ME, Drickamer K: Introduction to Glycobiology. 3rd edition,
protein.
Oxford University Press, 2011.
■ Rantai oligosakarida glikoprotein terkait-O disintesis secara Udenfriend S, Kodukula K: How glycosylphosphatidyl anchored
bertahap berupa penambahan gula yang didonasikan oleh membrane proteins are made. Annu Rev Biochem 1995;64:
gula nukleotida dalam reaksi yang dikatalisis oleh glikoprotein 563–591.
glikosiltransferase. Varki A, Cummings RD, Esko JD, et al: Essentials of Glycobiology.
■ Sebaliknya, sintesis glikoprotein terkait-N melibatkan suatu 2nd ed. Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2008.
dolikol-P-P-oligosakarida spesifik dan berbagai glikotransfe- Werz DB, Seeberger PH: Carbohydrates are the next frontier in
rase serta glikosidase. Bergantung pada enzim dan protein pharmaceutical research. Chemistry 2005;11:3194.
prekursor di jaringan, dapat terbentuk oligosakarida terkait-N
tipe kompleks, hibrid, atau kaya-manosa.
■ Glikoprotein berperan dalam banyak proses biologis. Contoh-
nya, glikoprotein ini ditemukan berperan utama dalam pem-
buahan dan peradangan.

47
B A B
Metabolisme Xenobiotik
TUJUAN ■ Membahas cara obat dan xenobiotik lain dimetabolisme dalam tubuh.
■ Menguraikan dua fase umum metabolisme xenobiotik, yang pertama terutama
Setelah mempelajari bab ini, melibatkan reaksi hidroksilasi yang dikatalisis oleh spesies sitokrom P450 dan
Anda diharapkan dapat: yang kdeua melibatkan reaksi konjugasi yang dikatalisis oleh berbagai enzim.
■ Menunjukkan peran penting glutation dalam metabolisme
■ Memahami bahwa xenobiotik dapat menyebabkan efek farmakologik, toksik,
imunologik, dan karsinogenik.
PERAN BIOMEDIS dalam makanan nabati, dan berbagai senyawa yang melalui
satu dan lain cara, sampai di lingkungan kita, misalnya
Kini semakin banyak manusia yang terpajan oleh berbagai
polychlorinated biphenyls (PCB) dan insektisida tertentu.
bahan kimia asing (xenobiotik), kedua senyawa alami dalam
Lebih dari 200.000 bahan kimia buatan ada di lingkungan.
makanan nabati, dan senyawa sintetik dalam obat-obatan,
Sebagian besar bahan kimia ini mengalami metabolisme,
aditif makanan, dan polutan lingkungan. Pengeta-huan
terutama di hati. Sedangkan metabolisme pada xenobiotik
tentang metabolisme xenobiotik adalah penting untuk
secara umum dianggap sebagai proses dari detoksifikasi,
memahami farmakologi dan terapi, toksikologi, dan penge-
kadang-kadang metabolit dari senyawa itu sendiri bersifat
lolaan penyakit. Semua area ini melibatkan baik adminis-
inert atau tidak berbahaya yang secara biologis aktif. Ini
trasi, atau eksposur, xenobiotik. Banyak dari xenobiotik
mungkin diinginkan, dalam aktivasi dari prodrug untuk
dalam makanan nabati memiliki efek berpotensi meng-
senyawa aktif, atau mungkin tidak diinginkan, dalam pem-
untungkan (misalnya, bertindak sebagai antioksidan, Bab
bentukan pada karsinogen atau mutagen dari prekursor
45), dan pengetahuan dari metabolisme ini akan mengizin-
inert.
kan ekstrapolasi dari pengukuran in vitro pada aktivitas
Untuk menyederhanakan, metabolisme xenobiotik dibagi
antioksidan untuk in vivo bertindak protektif.
Memahami mekanisme yang terlibat dalam metabolisme menjadi dua fase. Pada fase 1, reaksi utama adalah hidrok-
xenobiotik akan mengizinkan perkembangan dari mikro- silasi yang dikatalisis oleh anggota suatu kelas enzim yang
organisme transgenik dan nabati yang mengandung gen disebut monooksigenase atau sitokrom P450. Hidroksilasi
dapat menghentikan kerja suatu obat, meskipun tidak selalu
yang menyandi enzim untuk metabolisme pada senyawa
demikian. Selain hidroksilasi, enzim-enzim ini mengatalisis
spesifik yang dapat digunakan untuk mengkonversi polutan
berbagai reaksi, termasuk reaksi yang melibatkan deaminasi,
berpotensi senyawa berbahaya menjadi senyawa tidak
dehalogenasi, desulfurasi, epoksidasi, peroksigenasi, dan
berbahaya. Demikian pula, organisme transgenik dapat
reduksi. Reaksi-reaksi yang melibatkan hidrolisis (mis. yang
digunakan untuk biosintesis dari obat-obatan dan bahan
dikatalisis oleh esterase) dan reaksi lain yang tidak dikatalisis
kimia lainnya.
oleh P450 juga terjadi di fase 1.
MANUSIA MENGHADAPI RIBUAN Fase 1 metabolisme merender senyawa yang lebih reaktif,
memperkenalkan kelompok senyawa yang dapat terkonju-
XENOBIOTIK YANG HARUS gasi dengan asam glukuronat, sulfat, asetat, glutation, atau
DIMETABOLISME SEBELUM asam amino di fase 2 metabolisme. Ini menghasilkan senya-
wa polar yang larut dalam air dan dapat sehingga mudah
DIEKSKRESIKAN diekskresi dalam urin atau empedu. Xenobiotik sangat hidro-
Suatu xenobiotik (Yunani: xenos, " orang asing") adalah se- fobik akan bertahan dalam jaringan adiposa hampir tanpa
nyawa yang asing bagi tubuh. Kelas-kelas utama xenobiotik batas jika tidak dikonversi ke bentuk yang lebih polar.
yang relevan dari segi medis adalah obat, karsinogen kimia,
dan berbagai senyawa 583

Pada kasus tertentu, reaksi metabolik fase 1 mengubah Hal ini didasarkan pada asam amino berdasarkan homo-logi
xenobiotik dari senyawa yang secara biologis in-aktif dari enzim. Singkatan dasar CYP menandakan suatu
menjadi aktif. Dalam hal ini, xenobiotik asal disebut sebagai sitokrom p450. Singkatan ini diikuti oleh angka Arab yang
"prodrug" atau "prokarsinogen". Pada kasus lain, reaksi fase menunjukkan famili; berbagai sitokrom P450 dimasukkan
1 tambahan (mis. reaksi hidroksilasi lebih lanjut) mengubah dalam famili yang sama jika memperlihatkan 40% atau lebih
senyawa aktif menjadi bentuk yang kurang aktif atau inaktif kesamaan sekuens asam amino. Angka Arab ini diikuti oleh
sebelum konjugasi. Pada kasus yang lain lagi, reaksi konju- sebuah huruf besar yang menujukkan subfamili; P450
gasi ini sendiri yang mengubah produk aktif pada reaksi fase dimasukkan dalam subfamili yang sama jika sitokrom ter-
1 menjadi bentuk yang kurang atau tidak aktif, yang kemudi- sebut memperlihatkan kesamaan sekuens lebih dari 55%.
an diekskresikan dalam urine atau empedu. Konjugasi sangat Masing-masing P450 kemudian secara acak diberi angka
jarang meningkatkan aktivitas biologis suatu xenobiotik. Arab di subfamili. Oleh sebab itu, CYP1A1 menandakan
suatu sitokrom P450 yang merupakan anggota famili 1 dan
BERBAGAI ISOFORM SITOKROM subfamili A serta merupakan anggota pertama dari subfamili
tersebut. Tata-nama untuk gen yang menyandi sitokrom
P450 MENGHIDROKSILASI P450 identik dengan yang digunakan di atas kecuali bahwa
huruf miring digunakan, gen yang menyandi CYP1A1 di-
BERAGAM XENOBIOTIK PADA FASE namai CYP1A1. Famili dari sitokrom P450 di jaringan
1 METABOLISME manusia, dan fungsi pokok ini, adalah ditunjukkan pada
Tabel 47-1.
Hidroksilasi adalah reaksi utama pada fase 1. Enzim-enzim
yang berperan disebut monooksigenase atau sitokrom Pada mamalia, sitokrom P450 adalah terdapat dalam
P450. Pada manusia, diperkirakan terdapat sekitar 57 gen jumlah tertinggi di sel hati dan enterosit tapi mungkin ter-
sitokrom P450. dapat di semua jaringan. Di hati dan sebagian besar jaringan
Sitokrom P450 diberi nama demikian karena enzim ini lainnya, terdapat
ditemukan saat diketahui bahwa preparat mikrosom yang TABEL 47-1 Famili dari sitokrom P450 di Jaringan Manusia
telah direduksi secara kimiawi dan kemudian dipajankan
Famili Fungsi Member
dengan karbon monoksida memperlihatkan puncak tersen-
diri di 450 nm. Sekitar 50% dari obat yang sering dikon- CYP1 Obat dan metabolisme 3 subfamili
sumsi manusia dimetabolisme oleh berbagai isoform sito- steroid (terutama estrogen)
krom P450. Enzim-enzim ini juga bekerja pada berbagai CYP2 Obat dan metabolisme steroid 13 subfamili
karsinogen dan polutan. Enzim-enzim sitokrom P450 yang CYP3 Obat dan metabolisme 1 subfamili
utama dalam metabolisme obat adalah anggota famili CYP1, steroid (termasuk
CYP2, dan CYP3 (lihat bawah). Sebagai tambahan perannya testosteron)
CYP4 Asam arakidonat dan 6 subfamili
dalam metabolisme pada xenobiotik, sitokrom P450 adalah metabolisme asam lemak
penting di dalam metabolisme dari sejumlah pada senyawa
CYP5 Tromboksan A2 sintase 1 subfamili
fisiologis contohnya, sintesis dari hormon steroid (lihat Bab
26) dan konversi dari vitamin D untuk metabolit aktif, CYP7 Biosintesis asam empedu dan steroid 2 subfamili
kalsitriol (lihat Bab 44 7α hidroksilase
Secara keseluruhan reaksinya dikatalisasi oleh sitokrom CYP8 Berbagai, termasuk prostasiklin sintase 2 subfamili
P450 adalah: dan sintesis asam empedu Biosintesis
RH + O2 + NADPH + H+ → R-OH + H2O + NADP CYP11 steroid 2 subfamili
Peran dari NADPH adalah untuk mengurangi sitokrom CYP17 Biosintesis steroid, hidroksilase 17α 1 subfamili
P450; mengurangi sitokrom kemudian mengurangi oksigen
ke air dan gugus hidroksil yang diintroduksi ke dalam
CYP19 Biosintesis steroid, aromatase 1 subfamili
substrat. Mekanisme reaksi kompleks (lihat Gambar 12-6).
Telah dibuktikan melalui pemakaian 18O2 bahwa satu atom CYP20 Fungsi tidak dikenal 1 subfamili
oksigen masuk ke R-OH dan satu atom memasuki air. Nasib CYP21 Biosintesis steroid 2 subfamili
ganda oksigen ini menyebabkan mono-oksigenase dulu
CYP24 Vitamin D katabolisme 1 subfamili
disebut sebagai "oksidase berfungsi campuran" (mixed-
function oxidase). CYP26 Hidroksilase asam retinoat Berbagai, 3 subfamili
termasuk sintesis asam empedu dan
Isoform Sitokrom P450 Membentuk CYP27
kalsidiol 1α hidroksilase.
3 subfamili
Superfamili Enzim yang Mengandung Heme CYP39 1 subfamili

7 Alpa hidroksilasi pada 24-
Karena besarnya jumlah isoform (sekitar 150 dalam ber- hidroksi kolesterol
bagai macam organisme, termasuk bakteri) yang telah di- CYP46 Kolesterol 24-hidroksilase 1 subfamili
temukan, adalah penting untuk memiliki nomenklatur
yang sistematis untuk enzim dan gen ini. CYP51 Biosintesis kolesterol 1 subfamili

BAB 47 Metabolisme Xenobiotik 585
terutama terdapat di membran retikulum endoplasma lain yang tidak diaktif oleh sitokrom P450, sehingga jeruk
halus, yang membentuk sebagian dari fraksi mikrosom jika bali meningkatkan aktivitas ini. Obat yang terpengaruh
jaringan mengalami fraksionasi subselular. Di mikrosom termasuk statin, omeprazole, antihistamin dan antideprsan
hati, sitokrom P450 dapat membentuk hingga 20% dari benzodiazepin.
protein total. P450 ditemukan di sebagian besar jaringan, Sitokrom P450 tertentu terdapat dalam bentuk polimor-
meskipun dalam jumlah kecil bila dibandingkan dengan di fik (isoform genetik) yang sebagian di antaranya memper-
hati. Di adrenal, enzim golongan ini ditemukan di mitokon- lihatkan aktivitas katalitik rendah. Pengamatan akan hal ini
dria, selain di retikulum endoplasma; berbagai hidroksilase penting untuk menjelaskan variasi respons terhadap obat
yang terdapat di organ ini berperan penting dalam biosin- yang diamati pada banyak pasien dan oleh karena itu tindak-
tesis kolesterol dan steroid. Sistem sitokrom P450 mitokon- an obat berkepanjangan dan akumulasi dari obat dalam
dria berbeda dari sistem mikrosom karena sistem ini meng- tubuh. Satu lain yang menarik adalah polimorfisme yang
gunakan flavoprotein terkait-NADPH, adrenodoksin re- terdapat pada CYP2A6, yang terlibat dalam metabolisme
duktase, dan suatu protein sulfur-besi nonheme, yaitu adre- nikotin menjadi konitin. Telah diketahui tiga alel CYP2A6:
nodoksin. Selain itu, isoform-isoform P450 spesifik yang satu wild type dan dua alel nol atau inaktif. Menurut penga-
berperan dalam biosintesis kolesterol umumnya jauh lebih matan, pada kelompok orang dengan alel nol yang metabo-
terbatas dalam hal spesifisitas substratnya. lisme nikotinnya terganggu, kemungkinan menjadi pecandu
Terdapat paling tidak enam isoform sitokrom P450, rokok dependen tembakau. Kelompok orang ini lebih jarang
masing-masing dengan spesifisitas substrat yang luas dan merokok, kemungkinan disebabkan karena konsentrasi
agak tumpang-tindih, sehingga jangkauan yang sangat luas nikotin darah dan otak yang tetap tinggi dalam waktu yang
dari xenobiotik dapat dimetabolisme oleh satu atau lain dari lebih lama dibandingkan pada mereka dengan alel wild type.
sitokrom P450. Inhibisi CYP2A6 diperkirakan dapat menjadi cara baru
NADPH, bukan NADH, berperan dalam mekanisme untuk mencegah atau mengobati kecanduan rokok.
reaksi sitokrom P450, dalam reaksi dikatalisis oleh NADPH- Tabel 47-2 meringkaskan beberapa gambaran penting
sitokrom P450 reduktase. Elektron dipindahkan dari NAD- sitokrom P450.
PH ke NADPH-sitokrom P450 reduktase dan kemudian ke TABEL 47-2 Beberapa Sifat Sitokrom P450 pada Manusia
sitokrom P450. Hal ini menyebabkan aktivasi reduktif oksi-
gen molekular dan satu atom oksigen kemudian disisipkan • Berperan dalam fase 1 metabolisme berbagai xenobiotik, termasuk
mungkin 50% obat obat klinis digunakan; sitokrom mungkin meningka-
ke dalam substrat. Sitokrom b5, hemoprotein lain yang di- tkan, mengurangi, atau tidak memengaruhi aktivitas berbagai obat.
temukan di membran retikulum endoplasma halus (Bab 12),
• Berperan dalam metabolisme banyak senyawa endogen (mis. steroid).
dapat terlibat sebagai donor elektron pada beberapa kasus.
Sebagian besar isoform sitokrom P450 dapat diinduksi.
• Semuanya adalah hemoprotein.
Contohnya, pemberian fenobarbital atau banyak obat lain
menyebabkan hipertrofi retikulum endoplasma halus dan • Sering memperlihatkan spesifisitas substrat yang luas sehingga dapat
peningkatan tiga sampai empat kali lipat jumlah sitokrom bekerja pada banyak senyawa; akibatnya, berbagai P450 berbeda dapat
mengatalisis pembentukan produk yang sama.
P450 dalam 4-5 hari. Dalam kebanyakan kasus ini melibat-
kan peningkatan transkripsi mRNA. Namun, beberapa kasus • Katalis yang sangat serbaguna, dan mungkin mengatalisis sekitar 60
induksi melibatkan stabilisasi mRNA, stabilisasi enzim, atau jenis reaksi. Namun, pada dasarnya sistem ini mengatalisis reaksi-reaksi
yang melibatkan introduksi satu atom oksigen ke dalam substrat dan
mekanisme lain (mis. suatu efek terhadap transiasi). satu atom oksigen ke dalam air.
Induksi sitokrom P450 menimbulkan dampak klinis
penting karena induksi ini adalah suatu mekanisme bioki- • Produk hidroksilasinya lebih larut air daripada substrat yang
biasanya lipofilik sehingga ekskresi menjadi lebih mudah.
miawi interaksi obat. Sebagai contoh, antikoagulan war-
farin dimetabolisme oleh CYP2C9, yang disebabkan oleh • Hati mengandung paling banyak,tetapi juga ditemukan di hampir semua
jaringan,termasuk usus halus, otak, dan paru.
fenobarbital. Induksi dari CYP2C0 oleh fenobarbital akan
meningkatkan metabolisme pada warfarin, sehingga mengu- • Terdapat di retikulum endoplasma halus atau di mitokondria (hormon
rangi kemanjurannya, dan dosis harus ditingkatkan. Contoh steroidogenik).
yang lain adalah induksi enzim yang melibatkan CYP2E1, • Pada beberapa kasus, produknya bersifat mutagenik atau karsinogenik.
yang diinduksi oleh konsumsi etanol. Sitokrom P450 ini • Banyak yang memiliki massa molekul sekitar 55 kDa
memetabolisme pelarut tertentu yang banyak digunakan dan • Banyak yang dapat diinduksi, merupakan salah satu penyebab terjadi-
juga memetabolisme komponen yang ditemukan dalam asap nya interaksi obat.
rokok, yang banyak di antaranya terbukti merupakan pro- • Banyak yang dapat diinduksi, merupakan salah satu penyebab terjadi-
karsinogen. Jika aktivitas CYP2E1 disebabkan oleh etanol, nya interaksi obat.
ini dapat meningkatkan risiko karsinogenisitas. • Sebagian memperlihatkan polimorfisme genetik yang dapat me-
Senyawa terbentuk secara alami dalam makanan juga nimbulkan metabolisme obat atipikal.
dapat mempengaruhi sitokrom P450. Jeruk bali mengan- • Aktivitasnya dapat berubah di jaringan yang sakit (mis.sirosis) sehingga
dung berbagai dari furanokumarin, yang menghambat sito- memengaruhi metabolisme obat.
krom P450 dan mempengaruhi metabolisme pada banyak • Penentuan profil genotipe P450 pasien (mis. untuk mendeteksi poli-
obat. Beberapa obat yang diaktifkan oleh sitokrom P450, morfisme) mungkin dapat digunakan untuk menyesuaikan terapi obat
sehingga jeruk bali akan mengurangi aktivitasnya; secara individual

REAKSI KONJUGASI ke retikulum endoplasmik untuk konjugasi dengan asam

glukuronat, dan ekskresi dalam empedu (lihat Bab 31). Me-
MENYIAPKAN XENOBIOTIK UNTUK ngikat dari karsinogen disekap, sehingga mencegah tindakan
pada DNA.
DIEKSKRESIKAN PADA FASE 2 Hati memiliki aktivitas yang sangat tinggi dari glutation
METABOLISME S-transferase; in vitro seluruh kolam dari glutation dapat
Pada reaksi fase 1, xenobiotik umumnya diubah menjadi habis dalam beberapa menit pada eksposur untuk substrat
turunan terhidroksilasi yang lebih polar. Pada reaksi fase 2, xenobiotik. Aktivitas dari glutation S-transferase ter-upregu-
turunan ini dikonjugasikan dengan molekul lain, misalnya lasi dalam banyak tumor, menyebabkan resistensi terhadap
asam glukuronat, sulfat, atau glutation. Pengkonjugasian ini kemoterapi.
menyebabkan xenobiotik menjadi lebih larut air dan akhir- Konjugat glutation dapat diangkut keluar dari hati, di
nya diekskresikan melalui urine atau empedu. mana adalah substrat untuk ekstraseluler γ- transpeptidase-
glutamil dan dipeptidases. Resultan sistein S-konjugat ada-
Lima Tipe Reaksi Fase 2 Dijelaskan di Sini lah diambil oleh jaringan lain (terutama ginjal) dan N-diase-
Glukuronidasi tilasi untuk menghasilkan asam merkaturat (N-asetil sistein
Glukuronidasi bilirubin dibahas di Bab 31; reaksi-reaksi S-konjugat) yang diekskresikan dalam urin. Beberapa gluta-
tempat xenobiotik mengalami glukuronidasi pada dasarnya tion hepatik S-konjugat memasuki kanalikuli empedu, di
serupa using Asam UDP-glukuronat adalah donor glukuro- mana yang rusak untuk sistein S-konjugat yang kemudian
nil, dan berbagai glukuronosiltransferase yang terdapat baik diangkat ke dalam hati untuk N-asetilasi, dan kembali dieks-
di retikulum endoplasma maupun sitosol adalah katalisnya. kresikan dalam empedu.
Molekul-molekul, seperti 2-asetilaminofiuoren (suatu karsi- Sebagai tambahan perannya dalam fase 2 metabolisme,
nogen), anilin, asam benzoat, meprobamat (obat penenang), glutation memiliki sejumlah dari peran lainnya dalam meta-
fenol, dan banyak steroid diekskresikan sebagai glukuronida. bolisme:
Glukuronida dapat melekat ke gugus oksigen, nitrogen, atau 1. Ikut serta dalam dekomposisi hidrogen peroksida, yang
sulfur substrat. Glukuronidasi mungkin merupakan reaksi berpotensi toksik dalam reaksi yang dikatalisis oleh
konjugasi yang paling sering terjadi. glutation peroksidase
Sulfasi 2. Merupakan reduktan dan antioksidan intrasel penting
yang membantu mempertahankan gugus SH esensial
Sebagian alkohol, arilamin, dan fenol mengalami sulfasi. enzim dalam keadaan tereduksi. Keterlibatannya dalam
Donor sulfat dalam reaksi ini dan reaksi sulfasi biologis lain anemia hemolitik akibat defisiensi glukosa 6-fosfat de-
(mis. sulfasi steroid, glikosaminoglikan, glikolipid, dan gliko- hidrogenase dibahas di Bab 20 dan 53.
protein) adalah adenosin 3'-fosfat-5'-fosfosulfat (PAPS) 3. Pada pengangkutan asam amino tertentu yang me-
(Bab 24); senyawa ini dinamai "sulfat aktif". nembus membran di ginjal, diduga terdapat suatu sik-lus
metabolik yang melibatkan GSH sebagai pembawa.
Konjugasi dengan Glutation Reaksi pertama dalam siklus tersebut diperlihatkan di
Glutation S-transferase bawah.
Amino acid + GSH → Asam amino γ-glutamil
Tripeptide glutation (γ-glutamilsisteinilglisin) adalah pen-
+ Sisteinilglisin
ting dalam metabolisme fase II pada senyawa elektrofilik,
membentuk glutation S-konjugat yang diekskresi dalam urin Reaksi ini membantu memindahkan asam amino ter-
dan empedu. Reaksi dikatalisis oleh glutation S-transferase tentu menembus membran plasma, asam amino tersebut
adalah: kemudian dihidrolisis dari kompleksnya dengan GSH dan
GSH tersebut disintesis kembali dari sisteinilglisin. Enzim
R + GSH → R−S−G
yang mengatalisis reaksi di atas adalah γ-glutamiltransferase
di mana R adalah senyawa elektrofilik. (GGT). Enzim ini terdapat di dalam membran plasma sel
Ada empat kelas dari sitosolik glutation S-transferase dan tubulus ginjal dan sel duktulus empedu, dan di dalam
dua kelas pada membran mikrosomal enzim terikat, serta retikulum endoplasma hepatosit. Enzim ini memiliki nilai
secara struktural kelas kappa yang berbeda yang ditemukan diagnostik karena pada berbagai penyakit hepatobiliaris ter-
dalam mitokondria dan peroksisom. Glutation S-transferase jadi pembebasan enzim ini ke dalam darah yang berasal dari
adalah homo atau heterodimer paling sedikit tujuh jenis sel hati. (lihat Bab 48).
pada subunit yang berbeda, dan subunit yang berbeda Reaksi Lain
disebabkan oleh xenobiotik yang berbeda.
Dua reaksi lain yang terpenting adalah asetilasi dan metilasi.
Karena glutation S-transferase juga mengikat sejumlah
pada ligan yang tidak substrat, termasuk bilirubin, steroid Asetilasi—Asetilasi diwakili oleh
hormon dan beberapa karsinogen dan metabolitnya, ter-
X + Asetil-KoA → Asetil-X + KoA
kadang yang dikenal sebagai ligandin. Glutation S-transf-
erase mengikat bilirubin di situs yang berbeda dari situs dengan X mewakili suatu xenobiotik. Seperti reaksi asetilasi
katalitik, mengangkut dari aliran darah ke hati, kemudian lain, asetil-KoA (asetat aktif) adalah donor asetil.

BAB 47 Metabolisme Xenobiotik 587
Reaksi ini dikatalisis oleh asetiltransferase yang terdapat di untuk pasien dengan penyakit ini perlu disesuaikan.
dalam sitosol berbagai jaringan, terutama hati. Obat isoni-
azid yang digunakan untuk mengobati tuberkulosis, me- RESPONS TERHADAP XENOBIOTIK
ngalami asetilasi. Individu dapat diklasifikasikan sebagai
asetilator cepat atau lambat karena terdapat bentuk poli- MENCAKUP EFEK FARMAKOLOGIK,
morfik asetiltransferase. Asetilator lambat lebih rentan me- TOKSIK, IMUNOLOGIK, DAN
ngalami efek toksik tertentu isoniazid karena obat ini akan
menetap lebih lama pada kelompok orang tersebut. KARSINOGENIK
Metilasi—Beberapa xenobiotik mengalami metilasi oleh Ada sangat sedikit xenobiotik, termasuk obat-obatan, yang
metiltransferase dengan menggunakan S-adenosilmetionin tidak memiliki efek beracun jika dosisnya cukup besar.
(Gambar 29-18) sebagai donor metil. Walaupun efek toksik xenobiotik sangat luas, secara garis
AKTIVITAS ENZIM YANG besar dapat dikelompokkan ke dalam tiga kelompok besar
(Gambar 47-1).
MEMETABOLISME XENOBIOTIK 1. Kovalen pengikat pada metabolit xenobiotik untuk mak-
romolekul termasuk DNA, RNA, dan protein dapat me-
DIPENGARUHI OLEH USIA, JENIS nyebabkan cedera sel (sitotoksisitas), yang parah hingga
KELAMIN, DAN FAKTOR LAIN mengakibatkan kematian sel. Misalnya, dalam merespon
Terdapat berbagai faktor yang memengaruhi aktivitas kerusakan DNA, mekanisme perbaikan DNA dari sel
enzim-enzim yang memetabolisme xenobiotik. Aktivitas yang diaktifkan. Bagian dari respon ini melibatkan pemin-
enzim-enzim ini dapat menunjukkan perbedaan bermakna dahan dari kelipatan unit ribosa ADP ke pengikat protein
di antara spesies. Oleh sebab itu, sebagai contoh, kemung- DNA, dikatalisasi oleh poli (ADP ribosa polimerase).
Sumber dari ADP ribosa adalah NAD, dan sebagai res-
kinan toksisitas atau karsinogenisitas xenobiotik pada satu
pons terhadap kerusakan DNA yang parah ada penipisan
spesies tidak sama dengan spesies lain. Terdapat perbedaan
cukup banyak pada NAD. Pada gilirannya ini menyebab-
signifikan dalam aktivitas enzim di antara individu, dan
kan pembentukan ATP sangat terganggu, dan kematian
banyak di antaranya disebabkan oleh faktor genetik. Aktivi-
sel.
tas sebagian enzim ini bervariasi sesuai usia dan jenis
kelamin. 2. Metabolit reaktif suatu xenobiotik dapat berikatan dengan
Asupan berbagai xenobiotik dapat menyebabkan induksi protein dan mengubah antigenisitasnya. Dengan sendiri-
enzim. Oleh sebab itu, dalam mengevaluasi respons biokimi- nya tidak akan menstimulasi produksi antibodi, tetapi
awi terhadap xenobiotik, penting diketahui apakah yang ber- tidak jadi ketika terikat untuk protein. Antibodi yang di-
sangkutan telah terpajan bahan-bahan penginduksi ini. hasilkan bereaksi tidak hanya dengan protein dimodifikasi
Metabolit xenobiotik tertentu dapat menghambat atau tetapi juga dengan protein tidak dimodifikasi, sehingga
merangsang aktivitas enzim-enzim yang memetabolisme secara potensial menirukan penyakit autoimun.
xenobiotik. Hal ini juga dapat memengaruhi dosis obat ter- 3. Reaksi spesies aktif karsinogen kimiawi dengan DNA di-
tentu yang diberikan kepada pasien. Berbagai penyakit (mis. perkirakan sangat penting dalam proses karsinogenesis
sirosis hati) dapat memengaruhi aktivitas enzim yang meme- kimiawi.
tabolisme obat sehingga kadang-kadang dosis berbagai obat GSH S-transferase atau
Sitokrom P450 epoksida hidrolase
Xenobiotik Metabolit reaktif Metabolit nontoksik
Pengikatan kovalen
dengan makromolekul
Cedera sel Hapten Mutasi
Pembentukan antibodi Kanker
Cedera sel
GAMBAR 47-1 Skema sederhana ini memperlihatakan bagaimana metabolisme suatu xenobiotik dapat
menyebabkan cedera sel, kerusakan imunologis, atau kanker. Dalam hal ini, pengubahan xenobiotik men-
jadi suatu metabolit reaktif dikatalisis oleh sitokrom P450, dan pengubahan metabolit reaktif (mis.
suatu epoksida) menjadi metabolit nontoksik dikatalisis oleh GSH S-transferase atau epoksida
hidrolase.

Epoksida hidrolase
Sekitar 57 gen sitokrom P450 ditemukan di jaringan manusia.
C C + H2O C C
OH OH ■ Sitokrom P450 umumnya terletak di retikulum endoplasma
O sel dan terutama banyak terdapat di hati.
Epoksida Dihidrodiol
■ Sitokrom P450 umumnya mudah diinduksi. Hal ini berdam-
GAMBAR 47-2 Reaksi pada epoksida hidrolase. pak penting dalam berbagai fenomena, seperti interaksi obat.
■ Sitokrom P450 terdapat juga di mitokondria dan terlibat
Beberapa bahan kimia (mis. benzo [α] piren) perlu di- dalam biosintesis kolesterol dan steroid. Enzim ini mengguna-
aktifkan oleh monooksigenase di retikulum endoplasma kan protein sulfur yang mengandung besi nonheme, adreno-
agar menjadi karsinogenik (sehingga disebut karsino- doksin yang tidak diperlukan oleh isoform mikrosom.
gen tak-langsung). Karena itu, aktivitas monooksigenase ■ Reaksi fase 2 dikatalisis oleh enzim seperti glukuroniltrans-
dan enzim-enzim lain yang memetabolisme xenobiotik ferase, sulfotransferase, dan glutation S-transferase, yang
dapat membantu menentukan apakah senyawa tersebut masing-masing menggunakan asam UDP-glukuronat, PAPS
menjadi karsinogenik atau "terdetoksifikasi". (sulfat aktif), dan glutation sebagai donor.
Enzim epoksida hidrolase menarik perhatian karena ■ Glutation tidak saja berperan penting dalam reaksi fase 2, te-
enzim ini dapat menimbulkan efek protektif terhadap kar- tapi juga sebagai bahan pereduksi intrasel.
sinogen tertentu. Produk-produk dari aksi sitokrom P450 ■ Xenobiotik dapat menimbulkan berbagai efek biologis, ter-
masuk respons farmakologis, toksisitas, reaksi imunologis, dan
pada beberapa substrat prokarsinogen adalah epoksida.
kanker.
Epoksida bersifat sangat reaktif dan mutagenik atau karsi-
nogenik. Epoksida hidrolase seperti sitokrom P450 yang
juga terdapat di membran retikulum endoplasma. Bekerja
pada senyawa ini dan mengubahnya menjadi dihidrodiol REFERENSI
yang jauh kurang reaktif. Reaksi yang dikatalisis oleh epok-
Caskey CT: Using genetic diagnosis to determine individual
sida hidrolase ditunjukkan pada (Gambar 47-2). therapeutic utility. Annu Rev Med 2010;61:1.
Cupp MJ, Tracy TS: Cytochrome P450: new nomenclature and
RINGKASAN clinical implications. Am Fam Physician 1998;57(1):107–116.
■ Xenobiotik merupakan senyawa kimia yang asing bagi tubuh, Human Cytochrome P450 (CYP) Allele Nomenclature Committee.
misalnya obat, zat aditif makanan, dan polutan lingkungan http://www.imm.ki.se/CYPalleles/
serta senyawa alami dalam makanan nabati. Ingelman-Sundberg M: Pharmacogenomic biomarkers for
■ Xenobiotik dimetabolisme dalam dua fase. Reaksi utama fase 1 prediction of severe adverse drug reactions. N Engl J Med
adalah hidroksilasi yang dikatalisasi oleh berbagai monooksi- 2008;358:637.
genase, juga dikenal sebagai sitokrom P450. Pada fase 2, spesies Kalant H, Grant DM, Mitchell J (editors): Principles of Medical
yang telah terhidroksilasi dikonjugasikan dengan berbagai se- Pharmacology, 7th ed. Saunders Elsevier, 2007. (Chapters 4 [Drug
nyawa hidrofilik, misalnya asam gIukuronat, sulfat, atau gluta- Biotransformation by Riddick DS] and 10 [Pharmacogenetics and
tion. Penggabungan kedua fase ini menyebabkan perubahan Pharmacogenomics by Grant DM and Kalow W] are particularly
senyawa lipofilik menjadi senyawa larut-air yang dapat dieks- relevant to this chapter).
kresikan dalam urin atau empedu. Katzung BG, Masters SB, Trevor AJ (editors): Basic & Clinical
Pharmacology, 12th ed. McGraw-Hill, 2011.
■ Sitokrom P450 mengatalisis reaksi yang memasukkan satu
Lee C, Morton CC: Structural genomic variation and personalized
atom oksigen yang berasal dari oksigen molekular ke dalam
medicine. N Engl J Med 2008;358:740.
substrat, yang menghasilkan produk terhidroksilasi. NADPH
Pharmacogenomics. Human Genome Project Information. http://
dan NADPH sitokrom P450 reduktase berperan dalam
www.ornl.gov/sci/techresources/Human_Genome/medicine.
mekanisme reaksi kompleks.
pharma.shtml
■ Semua sitokrom P450 adalah hemoprotein dan umumnya
Rang HP, Dale MM, James M, Ritter JM, Rod J, Flower RJ: Rang &
memiliki spesifisitas substrat yang luas, bekerja pada banyak
Dale's Pharmacology, 7th ed. Churchill Livingstone, 2011.
substrat endogen dan eksogen.

48
B A B
Biokimia Klinis
David A. Bender, PhD, Joe Varghese, MBBS, MD, Molly Jacob, MBBS,
MD, PhD, & Robert K. Murray, MD, PhD
■ Menjelaskan pentingnya pada uji laboratorium dalam kedokteran klinis dan hewan.
T U J U A N ■ Menjelaskan apa yang dimaksudkan oleh kisaran referensi untuk hasil tes.
■ Menjelaskan perbedaan antara presisi dan akurasi pada metode assay,
Setelah mempelajari bab ini, serta menjelaskan sensitivitas dan spesifisitas pada metode assay.
■ Menjelaskan apa yang dimaksudkan oleh sensitivitas, spesifisitas dan nilai
prediktif dari uji laboratorium.
■ Daftar teknik yang secara umum digunakan di laboratorium diagnostik
menghasil-kan tes biokimia dan menjelaskan prinsip pada masing-masing metode.
■ Daftar penyebab yang mengakibatkan tingkat abnormalitas pada analit
dalam darah.
■ Menjelaskan mengapa konsentrasi plasma tinggi dari enzim adalah
dianggap menjadi indikator pada kerusakan jaringan.
■ Menjelaskan dalam garis besar persyaratan yang berbeda untuk mengukur enzim
dalam sampel plasma dan menggunakan enzim untuk mengukur suatu analit.
■ Menggambarkan tes utama yang dapat digunakan untuk mengakses ginjal, hati, dan
fungsi tiroid; menggambarkan penanda dari risiko kardiovaskular dan fungsi
gastrointestinal.
digunakan dan hanya membutuhkan jumlah terbatas pada

PERAN UJI LABORATORIUM DALAM pelatihan untuk memberikan hasil yang dapat diandalkan.
KLINIS Tes lainnya adalah masih dilakukan di laboratorium rumah
Uji laboratorium pada satu atau jenis lain adalah bagian sakit atau oleh laboratorium kimia klinik swasta, dengan
esensial dari pengobatan. Tes biokimia dapat digunakan sampel yang dikirimkan oleh rujukan dokter. Beberapa tes
untuk skrining penyakit, untuk konfirmasi (atau sebaliknya) yang kurang umum diminta dan mungkin secara teknis lebih
dari diagnosis dibuat pada pemeriksaan klinis, untuk menuntut yang dilakukan hanya di pusat-pusat spesialis. Ini
memantau perkembangan pada penyakit dan hasil dari sering melibatkan teknik spesialis untuk mempelajari penya-
pengobatan (Table 48–1). Sampel darah dan urin adalah kit metabolik langka (dan terkadang baru saja ditemukan).
paling umum digunakan; kadang-kadang feses, air liur, atau Sebagai tambahan, pengujian sampel dari atlet (dan pacuan
cairan serebrospinal dapat digunakan. Pada kesempatan kuda) untuk obat peningkatan kinerja dan substansi ter-
langka, sampel jaringan biopsi dapat digunakan. Sebagian larang lainnya biasanya dilakukan di luar hanya dalam jum-
dari pengetahuan dan pemahaman dari penyebab mendasar lah yang terbatas pada laboratorium secara khusus berlisensi.
pada penyakit metabolik dan efek dari penyakit pada meta-
bolisme telah datang dari analisis pada metabolit dalam PENYEBAB KELAINAN KADAR
darah dan urine, serta dari pengukuran dari enzim dalam
darah. Sehingga, pengetahuan yang telah diizinkan untuk
ANALIT YANG DIUKUR DI
pengobatan lanjut pada penyakit dan pengembangan dari LABORATORIUM
obat yang lebih baik. Sejumlah besar kondisi dan gangguan dapat menyebabkan
Kemajuan dalam teknologi mean banyak tes yang dahulu abnormalitas pada kadar laboratorium klinik. Beberapa
hanya dilakukan di laboratorium spesialis sekarang dapat diantaranya diberikan di Tabel 48-2. Cedera jaringan, cedera
dilakukan di samping tempat tidur, di kantor dokter atau tersebut menghasilkan kerusakan membran sel dan pening-
kedokteran hewan praktek, bahkan terkadang di rumah katan permeabilitas membran plasma sel yang terkena.
pasien sendiri, dengan mesin ter-otomatis yang mudah
589

ϱϵϬ BAGIAN IX Topik Khusus (A)
TABEL 48-1 Penggunaan Utama Uji Biokimia dengan TABEL 48–2 Penyebab Umum Abnormalitas Analit dengan
Contoh untuk Masing-masingnya. Contoh untuk Masing-masingnya.
Diagnosis penyakit tertentu Kondisi fisiologis tertentu
Penggunaan kadar cardiac troponin I (cTI) plasma pada diagnosis dini Kadar hCG tinggi pada kehamilan, kadar laktat darah tinggi
infark miokard. setelah olahraga berat.
Menyarankan terapi rasional penyakit Perubahan volume cairan tubuh
Peningkatan kadar kolesterol lipoprotein berdensitas rendah (LDL) me- Hipernatremia (kadar natrium serum tinggi) dapat menyertai
rupakan indikasi untuk terapi dengan obat penurun kolesterol dehidrasi akibat pengeluaran keringat dan muntah
(seperti statin) pada orang yang memiliki risiko penyakit kardiovaskular.
Perubahan keseimbangan pH
Digunakan sebagai uji untuk diagnosis penyakit tertentu Pengukuran Kadar bikarbonat serum rendah pada asidosis metabolik (mis.
kadar thyroid stimulating hormone (TSH) di diagnosis hipotiroidisme ketoasi-dosis diabetik) dan tinggi pada alkalosis metabolik (mis.
kongenital. muntah-muntah berat)
Pemantauan terhadap perkembangan penyakit Perubahan fungsi endokrin
Aktivitas alanin transaminase (ALT) serum digunakan untuk memantau TSH serum rendah pada hipertiroidisme primer dan tinggi pada
perkembangan hepatitis virus. hipo-tiroidisme primer
Membantu penilaian respons penyakit terhadap obat Perubahan keadaan nutrisional
Pada pasien dengan hipo- atau hipertiroidisme, pengukuran kadar TSH Albumin seru, rendah pada malnutrisi protein-energi (protein-
energy malnutrition, PEM)
Mengungkapkan penyebab dasar dan mekanisme penyakit Cedera atau kematian sel (nekrosis)
Mendemonstrasikan sifat defek genetik pada fibrosis kistik Serum kreatin kinase MB meningkat pada infarksi miokardial;
Aminale pankreas serum meningkat pada pankreatitis akut
Hal ini menyebabkan kebocoran molekul intrasel ke dalam Proses peradangan akut atau kronis (termasuk infeksi)
darah (mis. kebocoran troponin ke dalam darah setelah in- Protein reaktif-C meningkat pada kondisi peradangan
fark miokard). Dalam kasus lain, sintesis molekul tertentu Penyakit genetik
meningkat atau menurun (mis. protein reaktif-C [CRP] pada Kadar fenilalanin plasma meningkat pada fenilketonuria;
amonium serum meningkat pada gangguan siklus urea
keadaan peradangan atau hormon spesifik pada gangguan
endokrin tertentu). Gagal ginjal dan hati menyebabkan Gagal organ
penimbunan sejumlah molekul (mis. masing-masing kreati- Kadar kreatinin dan urea serum meningkat pada gagal ginjal;
serum amonium dan bilirubin meningkat pada gagal hati
nin dan amonia) dalam darah karena ketidakmampuan
organ yang bersangkutan untuk mengekskresikan atau me- Trauma
Mioglobin serum dapat meningkat setelah cedera/trauma otot
metabolisme analit yang bersangkutan.
Kanker
KISARAN REFERENSI Berbagai penanda tumor (lihat Bab 56) meningkat pada kanker ter-
tentu, mis. α- fetoprotein pada kanker hepatoselular, antigen spesifik
Untuk setiap senyawa yang diukur (analit), ada kisaran dari prostat pada kanker prostat
nilai sekitar pertengahan atau mean yang bisa dianggap Obat
menjadi normal. Ini adalah hasil dari variasi biologis antara Obat yang digunakan dalam kemoterapi kanker meningkatkan
asam urat serum
individu. Sebagai tambahan, variasi hari-ke-hari atau minggu
Racun
-ke-minggu dapat terjadi di hasil untuk individu yang sama. Racun organofosforus menurunkan aktivitas butirilkolinesterase
Oleh karena itu, langkah pertama dalam membangun setiap dalam darah
uji laboratorium baru untuk skrining, atau diagnosis, penya- Lain-lain
kit, atau pemantauan pengobatan, adalah untuk menentukan Stres dapat meningkatkan kadar kortisol dan katekolamin serum.
kisaran dari hasil dalam populasi orang sehat. Untuk bebe-
rapa tes, ini juga akan berarti menentukan rentang normal Untuk beberapa tes, hasil dari laboratorium yang berbeda
dari analit pada orang berbeda usia. Kisaran normal dari akan berbeda, biasanya karena menggunakan metode yang
beberapa analit akan berbeda antara pria dan wanita, dan berbeda dari pengukuran. Setiap laboratorium menetapkan set
mungkin ada perbedaan antara kelompok etnis yang berbeda sendiri dari kisaran referensi untuk analisis berkinerja. Bebe-
untuk dipertimbangkan. rapa laboratorium melaporkan hasil sebagai nilai yang akan
Jika hasil yang diperoleh untuk target kelompok populasi dibandingkan dengan kisaran referensi. Lainnya melaporkan
yang sehat (tergantung pada usia, jenis kelamin, dan mung- hasil sebagai jumlah dari standar deviasi jauh dari mean yang
kin etnis) yang secara statistik terdistribusi secara normal disebut Z-skor. Hal ini memungkinkan dokter untuk melihat
(yaitu, hasil menunjukkan distribusi Gaussian simetrikal di seberapa jauh dari hasil mean adalah kata lain, bagaimana
sekitar mean), maka kisaran bisa diterima atau normal abnormal itu. Terkadang hasilnya akan dilaporkan sebagai 5
diambil menjadi ± 2x standar deviasi sekitar mean. Kisaran atau 10 (atau lebih) waktu di atas batas tingkat normal.
ini mencakup 95% dari populasi target, dan dikenal sebagai Menggunakan dari kisaran 95% sebagai kisaran referensi
kisaran referensi. Nilai di luar kisaran referensi adalah memiliki konsekuensi unfortunasi. Secara kebetulan, 5% dari
dianggap tidak normal, meriting investigasi lebih lanjut. Jika "normal" hasilnya akan luar kisaran referensi. Ini pertama
hasil dari populasi yang sehat tidak terdistribusi secara sta- menjadi jelas di tahun 1970, ketika analisa multikanal di-
tistik normal, tapi miring, maka langkah selanjutnya mani- kembangkan yang mampu menentukan 20 atau lebih analit
pulasi statistik diperlukan sebelum kisaran referensi 95% dalam setiap sampel.
dapat dikembangkan.

BAB 48 Biokimia Klinis 591
Hampir setiap sampel memberi satu hasil yang luar kisaran 2. Bagaimana hasil akurat adalah? Ini adalah ukuran dari
referensi, tetapi jika orang yang sama memberi contoh seberapa dekat hasilnya adalah untuk nilai sebenarnya.
beberapa hari kemudian, hasilnya ternyata abnormal (Gambar 48-2) menunjukkan hasil dari tes dengan dua
sekarang dalam kisaran referensi, meskipun secara kebetulan metode yang berbeda atau dengan metode yang sama
hasil untuk analit lain sekarang mungkin di luar berkisar tetapi dalam dua laboratorium yang berbeda. Keduanya
referensi. Oleh karena itu, adalah kewajiban pada dokter memiliki presisi yang sama, tetapi nilai mean ini sangat
untuk meminta hanya tes yang relevan dengan diagnosis berbeda. Hal ini tidak mungkin untuk mengatakan dari
presumtif, dan tidak meminta untuk layar biokimia lengkap. informasi yang laboratorium benar (dan ini adalah bagian
dari alasan mengapa laboratorium membangun kisaran
VALIDITAS HASIL LABORATORIUM referensi ini sendiri). Ada sejumlah dari skema kontrol
Lab diagnostik yang baik harus menjalani inspeksi dan kualitas nasional atau regional di mana semua laborato-
prosedur regulasi secara teratur prosedur ini menilai validitas rium yang berpartisipasi dikirim (menggabungkan) sampel
hasil laboratorium dan memastikan pengendalian mutu hasil darah atau urin yang sama. Setiap laboratorium mengukur
laporannya. Tindakan-tindakan ini akan memastikan bahwa berbagai analit dalam menggabungkan sampel. Hasil yang
nilai konsentrasi, aktivitas, atau jumlah zat dalam spesimen diperoleh oleh semua laboratorium adalah diplot sebagai
yang dilaporkan laboratorium klinik merupakan nilai terbaik kurva distribusi. Mean dari nilai-nilai ini dihitung dan
yang dapat diperoleh dengan metode, reagen, dan instrumen dianggap mejadi "nilai sebenarnya." Seperti skema kontrol
yang digunakan, serta tenaga teknis yang terlibat dalam kualitas memungkinkan setiap laboratori-um
memperoleh dan memproses spesimen. Selain itu, tenaga berpartisipasi untuk menentukan seberapa dekat hasil-
medis perlu memiliki pengetahuan dasar mengenai validitas hasilnya kepada "nilai sebenarnya."
hasil laboratorium dan intepretasinya. 3. Bagaimana metode sensitif adalah? Dengan kata lain,
Dalam membangun tes baru, atau metode baru, empat seberapa kecil dari analit dapat ditentukan secara andal?
pertanyaan telah dijawab: Apa batas bawah pada deteksi yang handal? Ini secara
1. Bagaimana metode tepat adalah? Ini adalah ukuran dari jelas penting ketika hasil di bawah kisaran referensi
reproduksibilitas pada metode ini. Jika sampel yang sama adalah signifikan secara klinis, atau ketika sampel adalah
dianalisis berkali-kali, berapa banyak variasi akan terlihat benar dianalisis untuk narkotika atau meningkatkan
dalam hasil yang diperoleh? (Gambar 48-1) mengilustrasi- kinerja zat-zat yang dilarang dalam olahraga kompetitif.
kan ini. Dalam contoh ini, satu set dari hasil jauh lebih tepat 4. Bagaimana metode spesifik adalah? Pertanyaan ini
daripada yang lain (Ada perbedaan antara kedua dalam berkaitan dengan masalah dari keyakinan bahwa assay
penyebaran dari hasil di sekitar titik tengah), meskipun secara aktual mengukur analit pada bunga. Misalnya,
memiliki hasil yang rata-rata sama. metode sekarang usang dari mengukur glukosa dalam
Presisi yang tidak mutlak, tetapi tunduk pada variasi yang darah atau urin digunakan sebuah solusi tembaga alka-
melekat dalam kompleksitas metode yang digunakan, lin (Cu2+), yang dikurangi menjadi Cu+ oleh glukosa.
stabilitas reagen, akurasi standar primer yang digunakan, Namun, senyawa pereduksi lainnya dalam urin atau
kecanggihan peralatan yang digunakan untuk pengujian, darah, seperti xylosa atau vitamin C, juga mengurangi
dan keterampilan tenaga teknis yang terlibat. glukosa memberikan nilai secara palsu yang tinggi.
metode modern pada mengukur glukosa tergantung
pada enzim Glukosa Oksidase, yang hanya bereaksi
Hasil mean
dengan glukosa, sehingga sangat spesifik.
Mean hasil A Rata-rata hasil B
Jumlah dari hasil
Jumlah hasil
Konsentrasi pada analit
GAMBAR 48-1 Presisi dari suatu metode analisis. Grafik menun- Konsentrasi pada analit
jukkan hasil dari suatu analit diukur beberapa kali dalam sampel yang
sama, baik dengan dua metode analisis yang berbeda atau dengan GAMBAR 48-2 Akurasi dari sebuah metode analisis. Dua metode
metode yang sama di dua laboratorium yang berbeda. Dalam kedua analisis yang berbeda, dilakukan pada beberapa sampel, atau metode
kasus, hasil mean adalah sama. Namun, salah satu metode atau yang sama dilakukan di dua laboratorium yang berbeda, dengan
laboratorium, diperlihatkan dengan warna biru, memiliki penyebaran menyebarkan dari hasil yang sama, dan karenanya deviasi standar
rendah dari hasil, dan karenanya standar deviasi rendah, dan presisi yang sama dan presisi yang sama. Namun, nilai rata-rata dari analit
tinggi, sementara yang lain, ditampilkan dalam warna merah, memiliki diperoleh untuk dua metode atau laboratorium sangat berbeda; itu
penyebaran tinggi dari hasil, standar deviasi yang tinggi, dan presisi tidak mungkin untuk membedakan mana hasil lebih dekat dengan nilai
rendah. sebenarnya.

Presipitat merah- Di sini, secara tidak menguntungkan, dua istilah yang sama,
Cu++ coklat Cu2O
sensitivitas dan spesifisitas, yang digunakan, tetapi dengan
HC O COOH arti yang sangat berbeda yang digunakan dalam menetapkan
HC OH Reagen tembaga alkalin HC OH metode analisis.
HO CH HO CH
Sensitivitas adalah persentase hasil positif pada pasien
HC OH HC OH
HC OH
Glukosa oksidase
HC OH
yang menderita penyakit ("benar positif"). Tes untuk
CH2OH CH2OH fenilketonuria adalah sangat sensitif; tes positif diperoleh di
Glukosa O2 H2O2 Glukonat semua yang memiliki penyakit (100% sensitivitas). Carcino-
embryonic antigen (CEA) memiliki sensitivitas lebih rendah
ABTS (tanpa warna)
dari ideal, hanya 72% pasien karsinoma kolon memberi hasil
Peroksidase
positif jika penyakitnya ekstensif, dan hanya 20% memberi
Teroksidasi ABTS (biru)
hasil positif jika penyakitnya tahap awal.
[ABTS = 2,2'-azo-di-
3-etilbenzotiazoli sulfonat] Spesifisitas mengacu pada persentase hasil negatif pada
H2O
orang-orang yang tidak menderita penyakit. Tes untuk
GAMBAR 48-3 Spesifisitas pada sebuah metode analisis. fenilketonuria adalah sangat spesifik; 99,9% dari individu
Pengukuran pada glukosa darah dengan dua metode. reduksi kimia normal memberikan hasil negatif. Hanya 0,1% memberikan
pada Cu2+ dalam larutan alkalin akan mendeteksi tidak hanya glukosa, hasil positif palsu. Uji CEA untuk karsinoma kolon memiliki
tetapi setiap gula pereduksi lainnya dan zat-zat lain seperti vitamin C. spesifisitas yang variabel; sekitar 3% nonperokok memberi
oksidasi enzimatik pada glukosa menggunakan oksidase adalah reaksi
spesifik; tidak ada senyawa lain akan teroksidasi dan berkontribusi
hasil positif palsu (spesifisitas 97%) dan 20% perokok mem-
pada nilai yang diperoleh. beri hasil positif palsu (spesifisitas 80%).
Namun, salah satu produk dari aksi oksidase glukosa Sensitivitas dan spesifisitas pada tes yang berbanding ter-
pada glukosa adalah hidrogen peroksida; langkah kedua balik dengan satu sama lain. Jika memotong titik yang di-
dalam alat tes ini adalah untuk mengurangi hidrogen tetapkan terlalu tinggi, maka sangat sedikit orang yang sehat
peroksida diproduksi untuk air dan oksigen, menggu- akan memberikan hasil positif palsu, tetapi banyak orang
nakan peroksidase. Suatu senyawa tidak berwarna yang dengan penyakit ini dapat memberikan hasil negatif palsu.
berubah biru ketika teroksidasi oleh oksigen yang dihasil- Sensitivitas akan menjadi rendah, tetapi spesifisitas akan
kan juga hadir dalam media alat tes. konsentrasi tinggi tinggi. Sebaliknya, jika memotong titik terlalu rendah maka
pada vitamin C, seperti yang akan terlihat ketika pasien sebagian atau semua orang dengan penyakit akan terdeteksi
mengambil suplemen vitamin, mengurangi pewarna kem- (pada tes akan memiliki sensitivitas tinggi). Namun, lebih
bali ke bentuk tidak berwarna, sehingga memberikan hasil banyak orang bebas penyakit mungkin memberikan hasil
negatif palsu (Gambar 48-3). positif palsu (pada tes akan memiliki rendahnya spesifisitas).
Dengan demikian, sering, terdapat imbal antara sensitivi-
PENILAIAN PADA VALIDITAS KLINIS tas dan spesifisitas dari pengujian.
DARI TES LABORATORIUM Nilai prediktif suatu pengujian yang positif (nilai
prediktif positif) menunjukkan persentase hasil positif yang
Di atas empat kriteria yang harus ditetapkan untuk setiap benar-benar positif. Demikian pula, nilai prediktif suatu
metode analitis. Sebagai tambahan, nilai klinis pada tes pengujian yang negatif (nilai prediktif negatif) menunjukkan
harus ditetapkan oleh pengambilan ke konsiderasi sensiti- persentase hasil negatif yang benar-benar negatif. Hal ini ber-
vitas, spesifisitas dan nilai prediktif positif dan negatif (Tabel kaitan dengan prevalensi penyakit.
48-3).
TABEL 48-3 Sensitivitas, Spesifisitas, dan Nilai Prediktif Negatif dari Laboratorium Uji
Apakah Pasien Menderita penyakit
Ya Tidak
Positif Positif sejati (a) Positif palsu (b)

Apa Hasil Pengujian ?
Negatif Negatif palsu (c) Negatif sejati (d)
Sensitivitas = Positif sejati (a) x 100

Jumlah pasien yang menderita penyakit (a + c)
Positif sejati (d) x 100
Spesifisitas =
Jumlah pasien yang tidak menderita penyakit (b + d)
Positif sejati (a) x 100
Nilai prediktif positif =
Jumlah pasien yang mendapat hasil uji positif (a + b)
Negatif sejati (d) x 100
Nilai prediktif negatif =
Jumlah pasien yang mendapat hasil uji negatif (c + d)

Misalnya, pada sekelompok pasien di bangsal urologi, Antikoagulan yang berbeda digunakan untuk pengumpulan
prevalensi penyakit ginjal lebih tinggi daripada populasi pada sampel plasma, tergantung pada assay yang akan dilaku-
umum. Dalam kelompok ini, kadar kreatinin serum akan kan: sitrat, EDTA atau oksalat, yang semuanya dari kalsium
memiliki nilai prediktif lebih tinggi dibandingkan populasi kelat dan menghambat koagulasi. Heparin, yang bertindak
umum. Formula untuk menghitung sensitivitas, spesifisitas, dengan mengaktifkan antitrombin III, adalah antikoagulan
dan nilai prediktif uji diagnostik ditunjukkan pada Tabel 48–3. lain yang umum digunakan. Untuk pengukuran pada glukosa
Suatu uji diagnostik yang ideal adalah yang memiliki darah, kalium fluorida ditambahkan, sebagai inhibitor dari
sensitivitas 100% dan spesifisitas 100% dan 100% nilai glikolisis oleh sel darah merah.
prediktif. Namun, hal ini tidak berlaku untuk sebagian besar,
bahkan semua, pengujian yang tersedia saat ini. Sebelum TEKNIK YANG DIGUNAKAN DALAM
meminta suatu pemeriksaan, penting untuk mengetahui KIMIA KLINIK
apakah sensitivitas, spesifisitas, dan nilai prediktif peme-
riksaan tersebut memadai untuk memberikan informasi yang Kebanyakan reaksi kimia klinis rutin melibatkan menghu-
berguna. Hasil yang diperoleh harus memengaruhi diagno- bungkan reaksi kimia atau enzimatik untuk perkembangan
sis, prognosis, atau terapi atau menyebabkan pemahaman dari produk berwarna yang diukur oleh spektrofotometri
yang lebih baik tentang proses penyakit dan menguntung- absorpsi. Senyawa yang berbeda mengabsorpsi cahaya pada
kan pasien. panjang gelombang yang berbeda; energi dari cahaya yang
diserap merangsang elektron untuk orbital tidak stabil
SAMPEL UNTUK ANALISIS (Gambar 48-4). Absorbansi dari cahaya pada panjang gelom-
bang spesifik dalam kisaran terlihat atau ultraviolet propor-
Sampel umum untuk analisis adalah darah dan urin. Darah sional secara langsung dengan konsentrasi pada produk akhir
dikumpulkan ke dalam tabung dengan atau tanpa antikoa- yang berwarna, dan karenanya dengan konsentrasi pada
gulan, tergantung pada apakah plasma atau serum diperlu- analit dalam sampel. Meskipun pada satu waktu analisis
kan untuk estimasi. Secara umum kurang, sampel pada air tersebut dilakukan secara manual, saat ini sebagian assay yang
liur, cairan serebrospinal, atau feses dapat digunakan. otomatis, dan instrumen tunggal dapat membawa ke luar
Ada perbedaan antara pengukuran dari suatu analit beberapa assay pada sampel tunggal.
dalam sampel darah dan dalam urin. Konsentrasi dari suatu Dalam spektrofotometri absorpsi mengeksitasi elektron
analit dalam darah merefleksikan tingkat pada waktu sam- kembali ke keadaan basal ini dalam rangkaian dari kuantum
pel diambil, sedangkan sampel urin merupakan ekskresi kecil melompat, memancarkan energi yang diabsorpsi sebagai
kumulatif dari analit selama waktu periode. Perbedaan lain- panas. Untuk beberapa senyawa elektron kembali ke keadaan
nya adalah bahwa hal itu biasa untuk melaporkan hasil pada energi yang lebih rendah di lompatan kuantum tunggal,
tes darah sebagai jumlah dari analit (atau aktivitas enzim) memancarkan cahaya dari panjang gelombang yang lebih
per mililiter atau liter dari darah (atau plasma atau serum). tinggi (energi yang lebih rendah) dibandingkan cahaya yang
Pelaporan konsentrasi pada analit dalam urin dengan cara menarik. Ini adalah fluoresensi, dan teknik ini dikenal se-
yang sama tidak berguna, karena volume urine sangat ter-
bagai spektrofotometri fluoresensi atau spektrofotofluoro-
gantung sebagian besar pada asupan cairan. Dalam beberapa
metri. Sampel diiluminasi dengan cahaya dari panjang ge-
kasus pasien diminta untuk memberikan sampel urin 24 jam lombang spesifik, dan cahaya yang dipancarkan diukur, pada
lengkap; ini adalah prosedur yang membosankan, dan sulit sudut kanan ke arah dari panjang gelombang iluminasi (lihat
untuk mengetahui apakah ada benar-benar telah terkumpul
Gambar 48-4). Sekali lagi intensitas pada fluoresensi pro-
24 jam lengkap. Secara alternatif, konsentrasi pada analit di-
porsional dengan konsentrasi dari fluorophore, dan karenanya
laporkan per mol kreatinin. Ekskresi kreatinin cukup kons-
konsentrasi pada analit. Uranium memungkinkan kedua
tan dari hari ke hari untuk satu individu, tetapi bervariasi
spesifisitas yang lebih besar dan sensitivitas pada analisis.
antara individu karena terutama tergantung pada massa otot,
Spesifisitas lebih besar daripada untuk spektrofotometri
karena kreatinin terbentuk secara non enzimatik dari krea-
absorpsi karena kedua panjang gelombang yang menarik dan
tin dan kreatin fosfat, yang sebagian besar adalah di otot
panjang gelombang yang dipancarkan adalah spesifik untuk
rangka.
fluorophore, sedangkan untuk spektrofotometri absorpsi
Terlepas dari pengukuran pada gas darah, untuk sampel hanya ada satu panjang gelombang harus ditetapkan, bahwa
arteri yang diperlukan, sampel darah yang biasanya dari cahaya yang diserap. Uranium lebih sensitif karena lebih
darah vena. Glukosa darah sering diukur dalam darah kapiler mudah untuk mendeteksi emisi pada sejumlah kecil cahaya
dari tusukan jari. Beberapa analisis menggunakan seluruh dari absorpsi.
darah; lainnya memerlukan baik serum atau plasma. Untuk
Secara meningkat, terutama di pusat-pusat penelitian dan
sampel serum, darah dibiarkan membeku, maka sel-sel
spesialis, beberapa analit yang diukur dalam sampel yang
merah dan gumpalan fibrin yang dihilangkan oleh sentrifu-
sama menggunakan kromatografi cairan tekanan tinggi
gasi. Untuk sampel plasma, darah dikumpulkan ke dalam
untuk memisahkan analit, diikuti oleh kolorimetri, fluori-
tabung yang berisi antikoagulan, dan sel darah merah yang
metri , atau deteksi elektrokimia, atau terkait dengan spek-
dihilangkan oleh sentrifugasi. Perbedaan antara serum dan
trometri massa untuk mengidentifikasi senyawa.
plasma adalah plasma mengandung protrombin dan faktor-
faktor pembekuan lainnya, termasuk fibrinogen, sementara
serum tidak.

Fluoresensi spektrometri
Spektroskopi absorpsi
Mengeksitasi Mengeksitasi
Tingkat energi
Tingkat energi
hν hν hν’
Awal Awal
Kisi difraksi
Kisi difraksi
Sampel Dalam
kuvet
Sampel Kisi difraksi

Dalam Detektor cahaya
kuvet Sumber cahaya
Sumber cahaya
Detektor cahaya
GAMBAR 48-4 Absorpsi dan spektrometri fluoresensi. In absorptionDalam spektrometri absorbsi, ditunjukkan
di sebelah kiri, elektron mengeksitasi untuk tingkat energi yang lebih tinggi tidak stabil dengan absorpsi pada cahaya,
dan kemudian kembali ke tingkat energi basal melalui serangkaian dari lompatan kuantum kecil. Energi yang
dilepaskan sebagai panas. Perbedaan antara intensitas pada cahaya yang menarik dan yang ditularkan melalui
sampel, absorbansi, sebanding dengan konsentrasi dari bahan penyerap dalam kuvet (dan panjang jalan kuvet
tersebut). Dalam spektrometri fluoresensi, ditampilkan di sebelah kanan, elektron mengeksitasi kembali ke tingkat
energi basal di lompatan kuantum tunggal. Energi yang dilepaskan sebagai cahaya dari energi yang lebih rendah
(panjang gelombang lebih tinggi) daripada cahaya yang menarik. Intensitas pada cahaya yang dipancarkan, diukur
pada sudut kanan lampu menarik, sebanding dengan konsentrasi dari bahan penyerap dalam kuvet (dan panjang
jalan kuvet tersebut).
Metode tersebut membentuk dasar dari metabolomik, studi hanya pada substrat tunggal, atau kisaran kecil pada substrat
dari seluruh susunan pada metabolit dalam sampel tunggal, terkait secara erat, sementara reaksi kimia sederhana
dan metabonomics, studi dari perubahan analit dalam mungkin merespon untuk variasi dari analit (mungkin tidak
menanggapi suatu obat atau pengobatan eksperimental dari terkait). Misalnya, seperti yang ditunjukkan pada (Gambar
beberapa jenis. 48-3), variasi dari mengurangi senyawa akan bereaksi dengan
Secara historis, elektrolit seperti sodium dan potasium reagen tembaga alkalin untuk memberikan hasil positif palsu
diukur oleh api fotometri, mengukur cahaya yang dipan- untuk glukosa, sedangkan assay enzimatik menggunakan
carkan ketika ion diintroduksi ke dalam api yang jelas. oksidase glukosa hanya akan memberikan hasil positif untuk
Sodium memberikan api kuning dan potasium satu yang glukosa, dan tidak senyawa pereduksi lainnya.
ungu. Saat ini dan ion-ion lainnya yang diukur menggunakan Ketika enzim digunakan untuk mendeteksi analit, faktor
ion spesifik elektroda. Dalam beberapa kasus, ion logam pembatas dalam assay harus analit itu sendiri; enzim dan
yang diukur oleh spektrometri absorpsi atom. Berikut sam- reagen lainnya harus hadir berlebihan. Lebih penting, kon-
pel diintroduksi ke dalam api, dan diiluminasi pada panjang sentrasi dari analit dalam sampel harus disesuaikan berada di
gelombang spesifik. Energi cahaya yang diabsorpsi merang- bawah Km dari enzim, sehingga ada perubahan besar dalam
sang elektron ke orbital yang tidak stabil, dan absorbsi pada laju reaksi dengan perubahan kecil dalam konsentrasi dari
cahaya secara langsung proporsional dengan konsentrasi dari analit (regio A pada Gambar 48-5).
elemen dalam sampel, seperti kasus untuk spektrofotometri Ketika sel-sel yang rusak atau mati, isinya bocor ke dalam
absorpsi. aliran darah. Pengukuran pada enzim dalam plasma sehingga
Enzim dalam Kimia Klinik dapat digunakan untuk mendeteksi kerusakan jaringan;
informasi diperoleh dari pola pada enzim dibebaskan (dan
Enzim penting di kimia klinis dalam tiga cara yang berbeda:
enzim jaringan iso spesifik). Peningkatan aktivitas enzim
untuk mengukur analit dalam sampel, untuk mengukur akti-
dalam plasma di atas kisaran normal sering menunjukkan
vitas dari enzim sendiri dalam sampel, dan sebagai tes pada
tingkat pada keparahan dari kerusakan jaringan. Ketika assay
status vitamin gizi.
untuk menentukan aktivitas pada enzim dalam plasma,
Menggunakan enzim untuk mengukur konsentrasi dari faktor pembatas harus enzim itu sendiri. Konsentrasi pada
suatu analit memberikan tingkat tinggi pada kespesifikan substrat yang ditambahkan harus jauh melebihi Km dari
pada assay, karena pada umumnya enzim akan bertindak enzim, sehingga enzim bertindak di atau dekat Vmax,

Vmax
(rasio pada aktivitas dalam sampel dipreinkubasi dengan
B koenzim: bahwa tanpa). Kisaran referensi untuk koefisien
aktivasi yang ditetapkan dengan cara yang sama seperti
untuk tes lainnya. Seperti aktivasi enzim assay yang tersedia
untuk tiamin (vitamin B1, menggunakan transketolase sel
Laju pada reaksi
darah merah), riboflavin (vitamin B2, menggunakan sel darah

merah glutation reduktase), dan vitamin B6 (menggunakan
satu atau yang lain dari transaminase sel darah merah).
A
Kompetitif Ligan mengikat Assay dan
Immunoassay
Jika ada protein yang akan mengikat suatu analit, dan ter-
ikat dan bebas analit (ligan) dapat dipisahkan dan diukur,
Konsentrasi pada substrat
Km maka dimungkinkan untuk merancang sebuah assay untuk
analit. Mungkin yang paling sederhana seperti ligan peng-
GAMBAR 48-5 Penggunaan pada enzim untuk mengukur analit
ikat assay adalah untuk hormon kortisol, yang diangkut
dan pengukuran dari aktivitas enzim dalam sampel biologis. Pada
konsentrasi dari substrat (analit) atau di bawah Km dari enzim (regio A dalam aliran darah terikat dengan mengikat globulin
di grafik), ada peningkatan yang sangat tajam dalam laju reaksi dengan kortisol spesifik. Sangat mudah untuk mempersiapkan sam-
perubahan kecil dalam konsentrasi dari analit, sehingga enzim terkait pel plasma yang mengandung globulin pengikat yang telah
assay memiliki sensitivitas terbesar selama kisaran ini pada konsen- distrip dari ligan (kortisol) oleh inkubasi dengan alumi-
trasi. Pada konsentrasi dari substrat secara besar di atas Km dari
enzim, seperti enzim yang mendekat Vmax, (regio B dalam grafik), nium oksida atau arang. Hal ini sudah menggunakan secara
adalah jumlah pada enzim dalam sampel yang membatasi untuk laju relatif besar menggabungkan sampel plasma dan memberi-
dari pembentukan produk, sehingga ini adalah kisaran yang sesuai kan globulin pengikat untuk sejumlah besar pada assay.
dari konsentrasi substrat digunakan untuk pengukuran pada aktivitas Hormon ini diekstrak dari masing-masing sampel untuk
enzim dalam sampel biologis.
dianalisis, menggunakan pelarut organik, dievaporasi
dan bahkan perubahan secara relatif besar dalam konsentrasi sampai kering, kemudian dilarutkan dalam etanol dan
pada substrat tidak memiliki efek yang signifikan pada laju penyangga yang cocok, dengan penambahan dari jumlah
reaksi (regio B dalam Gambar 48-5). Dalam prakteknya, ini pengusut pada aktivitas spesifik yang tinggi hormon radio-
berarti bahwa konsentrasi pada substrat ditambahkan sekitar aktif. Masing-masing sampel kemudian diinkubasi dengan
20 kali lipat lebih tinggi dari Km dari enzim. globulin pengikat pada 37°C dan kemudian didinginkan
Jika enzim memiliki vitamin turunan koenzim yang sampai 4°C. Arang ditambahkan untuk menyerap ligan
penting untuk aktivitas, maka pengukuran aktivitas pada tidak terikat, dan dengan cepat dihilangkan oleh sentrifu-
enzim dalam sel darah merah dan tanpa menambahkan gasi. Radioaktivitas dalam supernatan diukur. Ini memberi-
koenzim dapat digunakan sebagai indeks pada status gizi kan jumlah pada ligan terikat, dan diekspresikan sebagai
vitamin. Ini memberikan indikasi pada status gizi fungsional, persentase dari total radioaktivitas ditambahkan ke setiap
sedangkan pengukuran dari vitamin dan derivatif umumnya sampel. Kurva standar dikonstruksi menggunakan jumlah
mereflesikan asupan buruk daripada kecukupan fisiologis. yang telah diketahui pada hormon, sehingga konsentrasi
Asumsi yang mendasarinya bahwa sel-sel darah merah harus dari hormon dalam sampel dapat ditentukan.
bersaing dengan jaringan lain dalam tubuh untuk apa Berbagai variasi dari hormon lain dan analit lain dapat
mungkin menyediakan terbatas pada koenzim. Oleh karena diukur dengan cara yang sama, dengan menaikkan baik
itu sejauh mana enzim sel darah merah disaturasi dengan antibodi monoklonal atau antisera poliklonal terhadap ana-
koenzim yang akan merefleksikan ketersediaan pada koen- lit, misalnya, dengan menyuntikkan analit secara kovalen
zim selama periode dari waktu yang sesuai dengan kehidup- terikat untuk protein ke dalam binatang. Antiserum ter-
an setengah dari sel darah merah. Seperti assay terdiri dari hadap hormon ditingkatkan pada seekor kelinci tunggal
menginkubasi dua sampel dari lisat sel darah merah: dengan dapat digunakan untuk ribuan assay. Setiap kumpulan pada
satu telah dipreinkubasi, dan satu tanpa, penambahan pada antiserum harus, diuji untuk spesifisitas hormon (memasti-
koenzim; maka substrat ditambahkan ke keduanya, dan akti- kan bahwa itu tidak juga mengikat hormon terkait, masalah
vitas pada enzim diukur. Di dalam sampel dipreinkubasi utama dengan hormon steroid), dan untuk sensitivitas. Di
tanpa penambahan pada koenzim, hanya itu enzim yang mana protein yang mengikat adalah antibodi atau anti-
memiliki koenzim terikat (holoenzim) akan menjadi aktif. Di serum, assay ini biasanya disebut radioimmunoassay.
dalam sampel yang dipreinkubasi dengan koenzim, setiap
Di dalam varian dari assay mengikat kompetitif, antibodi
apoenzim (protein enzim inaktif tanpa koenzim terikat) akan
terikat secara kovalen ke permukaan pada manik-manik. Hal
diaktifkan untuk holoenzim. Ada, karena itu, selalu baik
ini kemudian mudah untuk memisahkan ligan terikat dan
tidak ada perubahan dalam aktivitas enzim pada penam-
bebas hanya dengan membilas manik-manik dengan es
bahan dari koenzim, mengindikasikan saturasi lengkap pada
penyangga dingin, meninggalkan ligan terikat melekat pada
enzim dengan koenzim, atau peningkatan aktivitas, meref-
manik-manik untuk pengukuran pada radioaktivitas terikat.
leksikan aktivasi dari apoenzim ditambahkan oleh koenzim.
Hasilnya yang dilaporkan sebagai enzim koefisien aktivasi

Secara alternatif, antibodi dapat terikat secara kovalen ke kapiler diambil oleh tumit tusukan, dan dihapuskan di atas
permukaan pada tabung tes, atau masing-masing dengan kertas penyerap untuk dikirim ke laboratorium untuk ana-
baik dalam plate multi baik. Setelah inkubasi, sampel dari lisis.
medium inkubasi diambil untuk pengukuran dari radioakti- Tes skrining pertama tersebut untuk kesalahan pada meta-
vitas yang tidak terikat. bolisme bawaan adalah tes penghambatan bakteri Guthrie.
Semakin bertambah, dalam rangka untuk meminimal- Sebuah cakram dari kertas yang mengandung sampel darah
kan eksposur terhadap bahan radioaktif, secara fluoresensi diletakkan ke sebuah agar plate yang telah diunggulkan
berlabel ligan atau antibodi yang digunakan. Sebuah perkem- dengan fenilalanin yang membutuhkan ketegangan dari
bangan lebih lanjut adalah assay sandwich, di mana dua Bacillus subtilis, bersama-sama dengan inhibitor kompetitif
antibodi yang berbeda terhadap ligan yang digunakan, dari serapan fenilalanin ke dalam bakteri (β-thienylalanine)
masing-masing mengikat ke regio yang berbeda dari analit. pada konsentrasi tersebut bahwa akan bersaing dengan
Antibodi pertama secara kovalen terikat pada permukaan fenilalanin pada tingkat secara normal ditemukan dalam
masing-masing dengan baik dari beberapa plate dengan baik, darah, sehingga bakteri tidak akan tumbuh. Jika konsentrasi
dan sampel ditambahkan serta diinkubasi. Setelah pengha- pada fenilalanin lebih dari yang biasanya ditemukan dalam
pusan pada pembilasan medium inkubasi, antibodi kedua darah, maka akan diambil oleh bakteri lebih dari inhibitor,
ditambahkan, mengapit analit antara dua antibodi. Antibodi dan bakteri akan membentuk koloni terlihat pada agar-agar.
kedua adalah dilabel dengan isotop radioaktif atau fluorofor, Di sebagian besar pusat, tes penghambatan bakteri telah
sehingga memungkinkan pengukuran dari antibodi kedua digantikan oleh teknik kromatografi yang memungkinkan
terikat, dan karenanya terikat ligan. Di dalam beberapa deteksi dari berbagai pada metabolit abnormal, dan karena-
kasus, antibodi kedua diberi label dengan enzim, dan pengu- nya deteksi dari berbagai kesalahan metabolisme bawaan
kuran pada antibodi kedua terikat, dan karenanya terikat yang berbeda.
ligan, adalah dengan pengukuran dari aktivitas pada enzim
yang kini terikat untuk dinding pada setiap sel dari plate, PENGUJIAN FUNGSI ORGAN
setelah membilas untuk menghapus pada antibodi kedua Pengujian yang memberikan informasi mengenai fung-
terikat dan menambahkan kelebihan pada substrat enzim. Ini si organ tertentu sering dikelompokkan bersama sebagai
adalah enzyme linked immunosorbent assay (ELISA). uji fungsi organ. Pengujian dikelompokkan tersebut meli-
Dipstick Kimia Kering puti tes ginjal, hati, dan fungsi tiroid.
Untuk sejumlah dari assay enzim atau antibodi dan rea-gen Uji Fungsi Ginjal
dapat dikombinasikan pada strip plastik yang diran-cang
Uji fungsi ginjal yang utama dicantumkan di Tabel 48–4.
secara khusus. Untuk pengukuran dari glukosa darah, sampel
Analisis urine lengkap (urinalisis) ini mencakup penilaian
darah jari ditempatkan pada strip tes dan konsentrasi dari
ciri fisik dan kimia urine. Ciri fisik yang dinilai mencakup
glukosa diukur dengan menggunakan alat genggam yang
volume urine (pemeriksaan ini memerlukan sampel urine
disebut glukometer. Ini menyediakan metode sederhana dan
yang ditentukan waktunya, biasanya 24 jam), bau, warna,
dapat diandalkan untuk memperkirakan glukosa di samping
tampilan (jernih atau keruh), berat jenis, dan pH. Protein,
tempat tidur di bangsal rumah sakit, klinik dokter atau bahkan
glukosa, darah, badan keton, garam empedu, dan pigmen
di rumah. Untuk tes urin, beberapa assay yang berbeda dapat
empedu merupakan kandungan abnormal pada urine, yang
dimasukkan sebagai butiran terpisah pada tongkat plastik
muncul pada berbagai kondisi penyakit (Tabel 48–5).
disebut dipstick misalnya, untuk mendeteksi atau tingkat
estimasi secara semikuantitatif dari glukosa, badan keton, pro- TABEL 48–4 Pemeriksaan Fungsi Ginjal yang Utama
tein, dan beberapa analit lain pada waktu yang sama. Dipstick Analisis urine
serupa yang tersedia untuk mendeteksi hormon gonadotropin • Ciri fisik penilaian volume, warna, bau, tampilan, berat jenis, dan pH.
korionik (hCG) dalam urin, sebagai tes kehamilan di rumah. • Ciri kimia memeriksa adanya protein, gula pereduksi, badan keton,
darah, garam empedu, dan pigmen empedu.
Skrining Neonatus untuk Kesalahan pada • Mikroskop memeriksa adanya sel darah putih, sel darah merah, dan
Metabolisme Bawaan endapan cast.
Penanda serum untuk fungsi ginjal
Banyak dari kesalahan pada metabolisme bawaan dapat • Kreatinin serum
menyebabkan retardasi mental yang sangat parah jika pengo- • Urea serum (atau nitrogen urea darah [BUN])
batan tidak diinisiasi cukup awal. Untuk kondisi seperti
Perkiraan laju filtrasi glomerulus (GFR)
fenilketonuria dan penyakit urin sirup mapel, pembatasan • Bersihan kreatinin
diet pada asam amino yang tidak dimetabolisme secara • Bersihan inulin
normal (fenilalanin di fenilketonuria, rantai asam amino
Pemeriksaan untuk fungsi tubular ginjal
bercabang leusin, isoleusin, dan valin di penyakit urin sirup
• Uji deprivasi air
mapel) sangat penting untuk pengelolaan pada kondisi. Oleh • Uji asidifikasi urine
karena itu, biasanya di sebagian besar perkembangan negara
untuk menyaring neonatus dari kondisi tersebut. Konsen- Urea dan kreatinin diekskresi di urine; konsentrasi
trasi menyinggung asam amino diukur dalam sampel darah serum ini dapat digunakan sebagai penanda pada fungsi
yang secara normal diambil seminggu setelah lahir, ketika ginjal karena serum konsentrasi meningkat sebagai fungsi
enzim yang dipengaruhi pada penyakit yang seharusnya ginjal memburuk. Kreatinin dianggap sebagai penanda fungsi
mencapai ekspresi penuh. Paling umum, sampel darah ginjal yang lebih baik dibandingkan urea karena kadar

TABEL 48-5 Kandungan Abnormal Urine

Kandungan Signifikansi Klinis Contoh Kondisi yang Dapat Ditemui
Protein Proteinuria glomerulus mengacu pada adanya albumin dalam urine Sindrom nefrotik, glomerulonefritis akut, nefropati
akibat adanya kebocoran pada membran basal glomerulus diabetik, dll.
Proteinuria overflow adalah akibat adanya protein berbobot molekul Mieloma multipel (rantai ringan imunoglobulin di-
rendah dalam kadar sangat tinggi dalam plasma yang difiltrasi oleh temukan di urine, menyebabkan proteinuria Bence-
glomerulus sehingga muncul juga dalam urine. Jones)
Proteinuria tubulus mengacu pada adanya protein berbobot molekul Sindrom Fanconi, nefrotoksisitas akibat antibiotik
rendah (seperti β2-mikroglobulin) dalam urine, akibat gangguan reabsor- aminoglikosida, logam berat, dll.
psi protein ini oleh tubulus proksimal.
Proteinuria pascarenal mengacu pada adanya protein di urine Infeksi saluran kemih (UTI) yang mengakibatkan eksu-
yang berasal dari saluran kemih. dat peradangan di urine.
Glukosa Glukosuria hiperglikemik adanya glukosa dalam urine biasanya terjadi Diabetes melitus tak-terkontrol.
saat glukosa plasma meningkat di atas ambang ginjal ~ 180mg/dL.
Glukosuria ginjal adanya glukosa dalam urine akibat reabsorpsi Sindrom Fanconi dan defek bawaan pada sodium
glukosa dalam tubulus proksimal. glucose transporter 2 (SGLT2)
Badan keton Kadar yang terdeteksi dalam urine (ketonuria) dijumpai pada kondisi yang Ketoasidosis diabetik dan ketoasidosis kelaparan.
ditandai dengan peningkatan ketogenesis.
Darah Hematuria mengacu pada adanya sel darah merah dalam urine, Batu ginjal atau infeksi saluran kemih
akibat perdarahan ke dalam saluran kemih.
Hemoglobinuria mengacu pada adantya hemoglobin dalam urine, Transfusi tak-serasi, malaria, dll.
yang terjadi akibat hemolisis intravaskular.
Garam empedu Adanya zat ini dalam urine berkaitan dengan penyumbatan saluran kemih. Batu empedu atau karsinoma kaput pankreas yang
dan pigmen menyumbat duktus empedu.
empedu
darahnya tidak berpengaruh secara bermakna oleh faktor trasi analit dalam plasma, dan V = volume urine yang di-
nonginjal sehinga kreatinin merupakan indikator fungsi hasilkan per menit (dihitung dengan membagi volume urine
ginjal yang spesifik. Sejumlah faktor "praginjal" dan faktor yang dikumpulkan dalam 24 jam dengan 1440 [24 x 60]).
"pascaginjal" meingkatkan kadar urea darah secara ber- Sebuah senyawa yang berguna untuk pengukuran pada
makna. klirens ginjal memiliki konsentrasi darah cukup konstan,
Biasanya protein yang diekskresikan di urin selama 24 diekskresikan hanya dalam urin, secara bebas disaring pada
jam kurang dari 150 mg dan albumin kurang dari 30 mg. glomerulus, dan yang tidak direabsorbsi atau disekresi oleh
Ini tidak terdeteksi dengan uji rutin, kandungan protein tubulus ginjal. Meskipun klirens kreatinin umumnya diukur,
urine yang lebih tinggi dari nilai tersebut disebut pro- itu melebihkan GFR karena disekresi oleh tubulus ginjal ke
teinuria, proteinuria merupakan tanda penting penyakit tingkat kecil. Bersigan inulin dianggap sebagai metode baku
ginjal. Penyebab proteinuria yang paling umum adalah emas (glod standar) untuk pengukuran GFR, karena
hilangnya integritas membran basal, glomerulus (pro- pemeriksaan ini memenuhi semua kriteria penting untuk
teinuria glomerulus), seperti yang di umpai pada sindrom suatu zat digunakan dalam uji bersihan. Namun, tidak seperti
nefrotik dan nefropati diabetik. Protein utama yang kreatinin, inulin merupakan senyawa eksogen yang harus
ditemukan pada proteinuria glomerulus adalah albumin. infus intravena dengan laju yang konstan.
Penyebab penting lainnya dari proteinuria tercantum pada
Tabel 48-5. Mikroalbuminuria didefinisikan sebagai ada- Uji Fungsi Hati (LFT)
nya 30-300 mg albumin dalam urine 24 jam. Ini adalah
Uji fungsi hati (LFT, liver function test) adalah sekelompok
penanda awal dari kerusakan ginjal pada diabetes mellitus.
pengujian yang membantu penegakkan diagnosis, peman-
Meskipun kreatinin serum dianggap sebagai penanda tauan terapi, dan penilaian prognosis penyakit hati (Table
spesifik untuk fungsi ginjal, peningkatan bermakna kadar 48–6). Setiap pemeriksaan menilai aspek fungsi hati ter-
darahnya hanya dapat dilihat setelah laju filtrasi glomerulus tentu. Peningkatan kadar bilirubin serum terjadi karena
(GFR) berkurang sekitar 50%. Karena itu, kreatinin merupa- banyak kausal dan menyebabkan ikterus. Dalam obstruksi
kan parameter dengan sensitivitas yang buruk. Di sisi lain, pada saluran empedu (ikterus obstruktif), hal ini terutama
bersihan kreatinin, yang memberi estimasi GFR, membantu bilirubin terkonjugasi yang meningkat. Pada penyakit hepa-
deteksi dini gagal ginjal. Bersihan mengacu pada volume toseluler, baik bilirubin terkonjugasi dan tidak terkonjugasi
plasma yang telah dibersihkan seluruhnya dari zat tertentu yang sering meningkat, merefleksikan ketidakmampuan pada
oleh ginjal dalam satuan waktu (biasanya menit). Bersihan hati untuk mengambil, konjugasi dan mengeluarkan bili-
dihitung dengan rumus: rubin ke dalam empedu (lihat Bab 31). Jumlah protein serum
Bersihan (mL/min) = (U × V)/P dan tingkat albumin yang rendah pada penyakit hati kronis,
seperti sirosis. Waktu protrombin (PT, Bab 55) dapat diper-
U = konsentrasi analit yang diukur dalam sampel urine panjang pada gangguan akut dari hati karena gangguan sin-
yang ditentukan waktunya (biasanya 24 jam); P = konsen- tesis pada faktor pembekuan.

TABEL 48–6 Uji Fungsi Hati Penting
Uji Aspek dari Fungsi Hati Dinilai Kegunaan Utama
Tingkat bilirubin serum (total dan Indikator pada kemampuan hati untuk mengambil, Aids dalam diagnosis diferensial pada penyakit
terkonjugasi) konjugasi dan mengeluarkan bilirubin (konjugasi dan kuning (lihat Tabel 31-3).
fungsi ekskretori).
Jumlah protein serum dan albumin Mengukur pada fungsi biosintesis hati, karena hati Indikator pada penyakit hati kronis.
adalah situs utama dari sintesis kebanyakan protein
plasma.
Waktu protrombin Ukuran dari fungsi biosintesis dari hati, karena bebe- Indikator dari keparahan pada penyakit hati akut dan
rapa faktor koagulasi disintesis di dalam hati. kronis.
Enzim serum:
Transaminase aspartat (AST) Berfungsi sebagai penanda dari cedera hepatosit yang Aktivitas dari AST serum dan ALT adalah indikator
mengandung AST dalam kelimpahan. awal dari kerusakan hati. Ini juga membantu dalam
respon pemantauan terhadap pengobatan.
Alanin transaminase (ALT) Berfungsi sebagai penanda dari cedera hepatosit yang
mengandung AST dalam kelimpahan.
Fosfatase alkali (ALP) Berfungsi sebagai penanda dari obstruksi biliaris. Aids di diagnosis dari obstruksi pada saluran empedu.
Amonia darah Indikator pada kemampuan dari hati untuk Kadar meningkat pada sirosis hati dengan hipertensi
mendetoksifikasi amonia. portal dan gangguan pada siklus urea.
Aktivitas alanin serum (ALT) dan aspartat aminotrans- Kadar tiroksin total dipengaruhi oleh perubahan kadar
ferase (AST) serum (lihat Bab 28) meningkat secara ber- globulin pengikat tiroid (TBG) meskipun tidak ada penyakit
makna beberapa hari sebelum awitan ikterus pada hepatitis tiroid. Saat ini, kadar tiroksin total dalam serum jarang diukur
virus akut. ALT dianggap lebih spesifik untuk hati diban- karena pemeriksaan yang dapat diandalkan seperti tiroksin
dingkan AST, karena AST dapat meningkat pada kasus bebas sudah tersedia. Pemeriksaan lain, seperti pengukuran
cedera otot jantung atau rangka sementara ALT tidak. Akti- auto-antibodi tiroid. Misalnya, penyakit Grave sering dikait-
vitas alkalin fosfatase (ALP) serum meningkat pada ikterus kan dengan adanya antibodi anti reseptor TSH, sementara
obstruktif. Aktivitas ALP serum yang tinggi juga dapat tiroiditis autoimun (tiroiditis Hashimoto) dikaitkan dengan
dijumpai pada penyakit-penyakit tulang. adanya antibodi antitiroid peroksidase (antimikrosom).
Hati juga merupakan tempat utama detoksifikasi amo-
nia (pada siklus urea, Bab 28). Peningkatan kadar amonia TABEL 48-7 Diagnosis Laboratorium Gangguan Tiroid
darah merupakan tanda penting kegagalan hati dan memi-
Kadar TSH
liki peran penting dalam patogenesis ensefalopati hepatik
pada pasien sirosis hati dan hipertensi portal. Kadar amo- Tinggi Rendah
nia darah juga meningkat pada kelainan siklus urea.
Tinggi Hipertiroidisme Hipertiroidisme
Rasio albumin:globulin (rasio A:G) sering memberikan Kadar sekundera primer
informasi klinis yang bermanfaat. berkisar antara 1,2:1 sam- Tiroksin
Bebas Rendah Hipotiroidisme Hipotiroidisme
pai 1,6:1. Rasio A:G terbalik dapat dijumpai pada kondisi primer sekundera
kadar albumin rendah (hipoalbuminemia) atau jika globulin aHiper dan hipotiroidisme sekunder lebih jarang daripada hiper dan hipotiroidisme
sangat tinggi, mis. pada multipel mieloma. Rasio A:G ter- primer.
balik sering kali merupakan pemeriksaan pertama yang
memunculkan kecurigaan adanya multipel mieloma. Uji Fungsi Adrenal
Uji Fungsi Tiroid Diagnosis klinis hiperfungsi (sindrom Cushing) atau hiper-
Kelenjar tiroid mensekresikan hormon tiroid tiroksin atau fungsi (penyakit Addison) adrenal dikonfirmasi dengan uji
tetra-iodotironin (T4) dan tri-iodotironin (T3). Kondisi fungsi adrenal. Sekresi kortisol dari kelenjar adrenal menun-
klinis yang berkaitan dengan peningkatan dan penurunan jukkan variasi diurnal beraturan, kadar kortisol serum paling
sintesis hormon tiroid (masing-masing hipertiroidisme dan tinggi pada beberapa jam pertama di pagi hari dan paling
hipotiroidisme) banyak terjadi. Diagnosis klinis penyakit rendah di tengah malam. Gangguan variasi diurnal adalah
tiroid dikonfirmasi dengan serum pengukuran hormon salah satu tanda pertama hiperfungsi adrenal. Karena itu,
menstimulasi serum tiroid dan tiroksin bebas dan tri- perkiraan kortisol serum dalam sampe darah yang diambil
iodotironin. pukul 8 pagi dan tengah malam dapat digunakan untuk uji
Pengukuran hormon perangsang tiroid (TSH) sering tapis. Diagnosis hiperfungsi adrenal ditegakkan oleh adanya
kali merupakan pemeriksaan pertama yang dilakukan untuk kegagalan supresi kadar kortisol pukul 8 pagi setelah pem-
menilai fungsi tiroid. Konsentrasi TSH dalam serum tinggi berian deksametason 1 mg (suatu glukokortikoid sintetik
pada hipotiroidisme primer dan rendah atau tak-terdeteksi proten) di malam hari (uji supresi deksametason). Peng-
pada hipertiroidisme primer. Pengukuran kadar tiroksin ukuran adrenocorticotropic hormone (ACTH) dapat mem-
bebas akan membantu menegakkan diagnosis saat diperoleh bantu membedakan antara hiperkortisolisme akibat produksi
nilai TSH yang abnormal (Table 48–7). ACTH berlebih (dependen-ACTH) dan produksi

ACTH normal atau tersupresi (independen ACTH). Kega- kan untuk menguji alaktasia. Pada pasien alactasic, ini
galan peningkatan kadar kortisol serum setelah pemberian adalah dosis yang cukup besar untuk menyebabkan nyeri
dosis tunggal sinakten (suatu analog ACTH sintetik) bersifat abdomen parah dan diare berair eksplosif karena pada meta-
diagnostik untuk hipofungsi adrenal (uji stimulasi Synac- bolisme bakteri usus dari laktosa tidak terserap. Sebuah tes
then). Uji biokimia dan teknik pencitraan lain (pindai CT yang lebih baru melibatkan administrasi hanya sejumlah
atau MRI) mungkin dibutuhkan untuk menegakkan diag- kecil pada disakarida, diikuti oleh pengukuran dari hidrogen
nosis penyebab pasti hiperfungsi atau hipofungsi adrenal. dihembuskan dalam napas sebagai akibat dari metabolisme
bakteri usus.
Penanda pada Risiko Kardiovaskular dan
Infark Miokard
Seperti dibahas dalam Bab 25, plasma kolesterol total, dan RINGKASAN
terutama rasio pada LDL:HDL kolesterol menyediakan ■ Uji laboratorium dapat memberikan informasi yang berguna
indeks dari risiko pada pengembangan aterosklerosis. Lipo- untuk diagnosis dan pengobatan pada penyakit serta mem-
protein plasma pada mulanya dipisahkan dengan sentrifu- berikan informasi tentang metabolisme normal dan patologi
gasi, maka klasifikasi oleh densitas. Kemudian metode dari penyakit.
terlibat pemisahan oleh elektroforesis. Saat ini, plasma koles- ■ Kisaran referensi dari suatu analit adalah kisaran ± 2 x standar
terol total diukur, kemudian lipoprotein yang mengandung deviasi sekitar nilai mean untuk populasi kelompok di
apoprotein B (lihat Tabel 25-1) yang diendapkan mengguna- bawah konsiderasi. Nilai di luar kisaran referensi ini adalah
sugestif dari abnormalitas yang ciri lebih lanjut investigasi.
kan kation divalen, memungkinkan pengukuran dari koles-
terol terkait dengan HDL. ■ Ketelitian dari suatu metode analisis adalah ukuran dari
reproduktifitas tersebut; akurasi pada metode adalah ukuran
Elektrokardiogram mungkin tidak selalu menunjukkan
dari seberapa dekat hasilnya adalah untuk nilai sebenarnya.
perubahan tipikal setelah infark miokard. Dalam situasi
■ Sensitivitas dari suatu metode analisis adalah ukuran dari
seperti itu, elevasi di tingkat serum dari troponin jantung seberapa kecil pada analit dapat dideteksi. Spesifisitas adalah
atau kreatin kinase MB isoenzim memberikan konfirmasi untuk senyawa lain yang hadir dalam sampel dapat mem-
pada terjadinya infark miokard, karena kedua dari tanda berikan hasil positif palsu.
tersebut adalah spesifik untuk otot jantung. ■ Sensitivitas adalah persentase hasil positif pada pasien yang
menderita penyakit. Sensitivitas adalah persentase hasil negatif
Penanda pada Fungsi Gastrointestinal pada orang yang tidak menderita penyakit.
■ Sampel untuk analisis adalah biasanya darah dan urin, mes-
Infeksi gastrik dengan Helicobacter pylori, penyebab men- kipun air liur, feses dan cairan serebrospinal juga digunakan
dasar pada ulkus peptik terbesar, terutama dengan men- kadang-kadang. Sampel darah dapat dikumpulkan dalam
deteksi antibodi terhadap organisme dalam plasma atau tabung yang mengandung antikoagulan (untuk sampel plas-
feses. Namun, H. pylori, memiliki urease aktif, dan menghid- ma) atau diluar (untuk sampel serum).
rolisis urea untuk amonium dan karbon dioksida; produksi ■ Banyak uji laboratorium bergantung pada produksi dari produk
ini pada amonium memungkinkan organisme untuk ber- berwarna yang dapat diukur dengan spektrofotometri absorpsi
tahan hidup dalam kondisi dari asam lambung. Tes diagno- atau uranium.
stik awal, dan satu yang masih digunakan untuk mengkon- ■ Banyak senyawa dapat diukur dengan kromatografi cair tekanan
firmasi pemberantasan atau persistensi pada infeksi setelah tinggi, terkadang dalam konjungsi dengan spektro-metri massa.
pengobatan antibiotik, didasarkan pada pemberian dosis Pengukuran pada sejumlah besar dari analit dalam sampel
[13C] urea, kemudian mengukur isotop dalam karbon diok- adalah dasar dari metabolomik, dan pada met-abonomics, yang
sida dihembuskan. Tukak lambung atipikal, karena sekresi merupakan efek dari penyakit, obat atau perawatan lainnya
berlebihan pada gastrin (umumnya hasil dari gastrin men- pada metabolisme.
sekresi tumor, suatu gastrinoma) dapat diuji oleh pengu- ■ Enzim dapat digunakan untuk menyediakan metode assay
kuran dari konsentrasi plasma puasa pada gastrin oleh sensitif dan spesifik untuk analit. Dalam kasus ini harus ada
kelebihan pada enzim dalam sampel, sehingga faktor pembatas
immunoassay.
adalah konsentrasi dari analit dalam sampel.
Pada pankreatitis akut, aktivitas plasma pada amilase Banyak enzim yang dilepaskan ke dalam aliran darah dari sel-sel
■
meningkat, meskipun dalam kasus-kasus ringan mungkin pada penyakit yang hampir mati, dan pengukuran ini dapat
normal, karena amilase cukup kecil untuk beberapa yang memberikan informasi diagnostik dan prognostik yang ber-
akan disaring di glomerulus dan diekskresikan dalam urin. guna. Dalam rangka untuk menentukan aktivitas dari enzim
Ini bahwa pengukuran pada amilase urine juga berguna dalam sampel, harus ada kelebihan pada substrat, sehingga
dalam diagnosis dari kondisi ini. Tingkat lipase pankreas faktor pembatas yang memberikan jumlah dari enzim.
serum juga meningkat pada pankreatitis akut dan dianggap ■ Banyak analit (dan terutama hormon) yang diukur dengan
menjadi lebih spesifik untuk pankreatitis daripada amilase, assay mengikat kompetitif, baik menggunakan protein yang
yang juga disintesis di dalam kelenjar air liur. mengikat terjadi secara alami atau antiserum atau antibodi
monoklonal untuk mengikat ligan. Jumlah jejak pada aktivitas
Kekurangan Disaccharidase yang sebelumnya diuji
tinggi ligan spesifik radioaktif, atau secara fluoresen berlabel
dengan memberikan dosis secara relatif besar dari tersangka ligan atau mengikat protein yang digunakan.
menyinggung disakarida dan mengukur peningkatan di
glukosa darah. Secara tipikal, dosis dari 50 g laktosa diguna-

REFERENSI
Beckett G, Walker S, Rae P, Ashby P: Clinical Biochemistry. 8th ed.
Wiley-Blackwell, 2010.
Bishop ML, Fody EP, Schoeff LE: Clinical Chemistry Techniques,
Principles, Correlations. 6th ed. Wolters Kluwer, Lippincott
Williams & Wilkins, 2010.
Burtis CA, Ashwood ER, Bruns DE (editors): Tietz Textbook of
Clinical Chemistry and Molecular Diagnostics. 4th ed. Elsevier
Saunders, 2006.
Gaw A, Murphy MJ, Cowan RA, et al: Clinical Biochemistry. 4th ed.
Churchill Livingstone, 2008.
Kratz A, Pesce MA, Fink DJ: Appendix: Laboratory Values of
Clinical Importance. Harrison’s Principles of Internal
Medicine.
17th ed. Fauci AS et al (editors). McGraw-Hill, 2008.
Krieg AF, Gambino R, Galen RS: Why are clinical laboratory tests
performed? When are they valid? JAMA 1975;233:76.
Lab Tests Online: www.labtestsonline.org (A comprehensive web
site provided by the American Association of Clinical Chemists
that provides accurate information on many laboratory tests).
Laposaka M: Laboratory Medicine. McGraw-Hill Lange, 2010.
Marshall WJ, Bangert SK, Lapsley M: Clinical Chemistry. 7th ed.
Mosby, 2012.
MedlinePlus: http://www.nlm.nih.gov/medlineplus/encyclopedia.
html (The A.D.A.M. Medical Encyclopedia includes over 4000
articles about diseases, lab tests and other matters)

Soal-soal ujian
BAGIAN IX – Topik Khusus (A) D. Sisa-sisa kilomikron berbeda dari kilomikron dalam bahwa
ini adalah lebih kecil dan mengandung proporsi yang lebih
1. Manakah dari berikut ini akan meningkat pada aliran darah rendah dari triasilgliserol.
sekitar 1 jam sampai 2 jam setelah makan makanan tinggi lemak? E. Kilomikron yang diambil oleh hati.
A. Kilomikron
7. Sterol dan stanol tumbuhan menghambat absorpsi pada
B. Lipoprotein densitas tinggi Badan
kolesterol dari saluran gastrointestinal. Berikut ini penjelasan
C. keton
terbaik, bagaimana sterol dan stanol tumbuhan bereaksi?
D. Asam lemak non esterifikasi
E. Lipoprotein densitas sangat rendah A. Ini adalah digabungkan ke dalam kilomikron di tempat
pada kolesterol.
2. Manakah dari berikut ini akan meningkat pada aliran darah B. Ini bersaing dengan kolesterol untuk esterifikasi di dalam
sekitar 4 jam sampai 5 jam setelah makan-makanan tinggi lemak? lumen usus, sehingga kurang kolesterol diesterifikasi.
A. Kilomikron C. Ini bersaing dengan kolesterol untuk esterifikasi di dalam
B. Lipoprotein densitas tinggi Badan sel mukosa, dan kolesterol tidak diesterifikasi secara aktif
C. keton diangkut keluar dari sel ke dalam lumen usus.
D. Asam lemak non esterifikasi D. Ini bersaing dengan kolesterol untuk esterifikasi di dalam
E. Lipoprotein densitas sangat rendah sel mukosa, dan kolesterol tidak diesterifikasi adalah tidak
digabungkan ke dalam kilomikron.
3. Manakah dari berikut ini adalah definisi terbaik dari indeks E. Ini menggantikan kolesterol dari misel lipid, sehingga tidak
glisemik? tersedia untuk absorpsi.
A. Peningkatan dari glukagon di dalam konsentrasi darah
8. Manakah dari satu pernyataan berikut mengenai metabolisme
setelah mengkonsumsi makanan dibandingkan dengan
setelah jumlah yang ekuivalen pada roti putih. energi BENAR?
B. Peningkatan pada glukosa di dalam konsentrasi darah A. Jaringan adiposa tidak memberikan kontribusi untuk
setelah mengkonsumsi makanan. tingkat metabolisme basal (BMR).
C. Peningkatan pada glukosa di dalam konsentrasi darah B. Tingkat aktivitas fisik (PAL) adalah jumlah dari rasio aktivitas
setelah mengkonsumsi makanan dibandingkan dengan fisik untuk kegiatan yang berbeda sepanjang hari, dikalikan
setelah jumlah yang ekuivalen pada roti putih. dengan waktu yang dihabiskan di setiap aktivitas,
D. Peningkatan pada insulin di dalam konsentrasi darah diekspresikan sebagai kelipatan dari BMR.
setelah mengkonsumsi makanan. C. Rasio aktivitas fisik (PAR) adalah biaya energi dari aktivitas
E. Peningkatan pada insulin di dalam konsentrasi darah fisik sepanjang hari.
setelah mengkonsumsi makanan dibandingkan dengan D. Tingkat metabolisme istirahat (RMR) adalah pengeluaran
setelah jumlah yang ekuivalen pada roti putih. energi dari tubuh ketika sedang tidur.
E. Biaya energi pada aktivitas fisik dapat ditentukan oleh
4. Manakah dari berikut ini akan memiliki indeks glikemik rendah? mengukur produksi quotient pernapasan (RQ) selama kegiatan
A. Sebuah apel matang tersebut.
B. Sebuah kentang matang
C. Sebuah apel metah 9. Seorang pasien dengan kanker kolorektal metastatik telah
D. Sebuah kentang mentah kehilangan berat badan 6 kg selama satu bulan terakhir.
Manakah dari berikut ini adalah penjelasan terbaik untuk
E. Jus apel
menurunkan berat badannya?
5. Manakah dari berikut ini akan memiliki indeks glisemik tinggi? A. Karena pada tumor adalah edema.
A. Sebuah apel matang B. Kemoterapi menyebabkan mual dan kehilangan nafsu
B. Sebuah kentang matang makan.
C. Sebuah apel metah C. Tingkat metabolisme basal nya tumbang sebagai akibat dari
D. Sebuah kentang mentah katabolisme protein yang disebabkan oleh faktor nekrosis
E. Jus apel tumor dan sitokin lainnya.
D. Tingkat metabolisme basal nya telah meningkat sebagai
6. Manakah dari satu pernyataan berikut mengenai kilomikron akibat dari glikolisis anaerobik di dalam tumor dan biaya
adalah BENAR? energi pada glukoneogenesis dari laktat yang dihasilkan di
A. Kilomikron yang terbuat di dalam sel-sel usus dan hatinya.
disekresi ke getah bening, di mana memperoleh E. Tumor memiliki kebutuhan energi yang sangat tinggi untuk
apolipoprotein B dan C. proliferasi sel.
B. Inti dari kilomikron mengandung triasilgliserol dan
fosfolipid 10. Seorang anak 5 tahun tiba di sebuah pusat pengungsi di Afrika
C. Hormon enzim sensitif lipase bertindak pada Timur terhambat dalam pertumbuhan (hanya 89% dari tinggi
kilomikron untuk melepaskan asam lemak dari yang diharapkan untuk usia) tetapi tidak edematosa.
triasilgliserol ketika terikat pada permukaan sel endotel Pertimbangan anda terhadap anak ini adalah ?
di kapiler darah. A. Penderitaan dari kwasiorkor
B. Penderitaan dari kwasiorkor marasmus
C. Penderitaan dari marasmus 601
Section IX Exam 06/11/14

D. Penderitaan dari gizi. C. Vitamin B6

E. Kurang makan tetapi tidak dianggap secara klinis D. Vitamin D
malnutrisi. E. Vitamin K
11. Seorang anak 5 tahun tiba di sebuah pusat pengungsi di Afrika 17. Kekurangan dari yang satu pada vitamin ini dapat
Timur terhambat dalam pertumbuhan (hanya 55% dari tinggi menyebabkan anemia megaloblastik?
yang diharapkan untuk usia) tetapi tidak edematosa. A. Vitamin B6
Pertimbangan anda terhadap anak ini adalah ? B. Vitamin B12
A. Penderitaan dari kwasiorkor C. Vitamin D
B. Penderitaan dari kwasiorkor marasmus D. Vitamin E
C. Penderitaan dari marasmus E. Vitamin K
D. Penderitaan dari gizi.
18. Manakah satu dari kriteria berikut terhadap adekuat vitamin
E. Kurang makan tetapi tidak dianggap secara klinis dapat didefinisikan sebagai "Tidak ada tanda-tanda dari
malnutrisi.
kekurangan dalam kondisi normal, tetapi setiap trauma atau
12. Manakah dari berikut ini adalah definisi pada keseimbangan stres mengungkapkan keadaan berbahaya cadangan tubuh dan
nitrogen? dapat mempresipitasi tanda-tanda klinis"?
A. Asupan protein sebagai persentase dari total asupan energi A. Respon abnormal untuk beban metabolik
B. Perbedaan antara asupan protein dan ekskresi pada B. Penyakit defisiensi klinis
senyawa bernitrogen C. Defisiensi tersembunyi
C. Rasio dari ekskresi pada bernitrogen senyawa/asupan D. Saturasi tidak lengkap pada cadangan tubuh.
protein. E. Defisiensi subklinis
D. Rasio dari asupan protein / ekskresi pada senyawa
bernitrogen. 19. Manakah satu dari kriteria berikut pada vitamin kecukupan
E. Jumlah dari asupan protein dan ekskresi pada senyawa dapat didefinisikan sebagai abnormalitas metabolisme dalam
bernitrogen kondisi normal?
A. Respon abnormal untuk beban metabolik
13. Manakah satu dari pernyataan berikut mengenai B. Penyakit defisiensi klinis
keseimbangan nitrogen adalah BENAR?
C. Defisiensi tersembunyi
A. Jika asupan pada protein lebih besar dari persyaratan, akan D. Saturasi tidak lengkap pada cadangan tubuh.
selalu ada keseimbangan nitrogen positif. E. Defisiensi subklinis
B. Dalam keseimbangan nitrogen ekskresi pada metabolit
bernitrogen lebih besar dari asupan diet dari senyawa 20. Manakah dari berikut ini adalah definisi terbaik dari asupan gizi
bernitrogen. referensi (RNI) atau direkomendasikan jumlah harian (RDA),
C. Dalam keseimbangan nitrogen positif ekskresi pada dari vitamin atau mineral?
metabolit bernitrogen kurang dari asupan diet pada A. Satu standar deviasi di atas rata-rata kebutuhan dari
senyawa bernitrogen. kelompok populasi di bawah konsiderasi
D. Keseimbangan nitrogen adalah rasio dari asupan senyawa B. Salah satu standar deviasi di bawah rata-rata kebutuhan
bernitrogen / output dari metabolit bernitrogen dari tubuh. dari kelompok populasi di bawah konsiderasi
E. Keseimbangan nitrogen positif berarti bahwa ada kerugian C. Rata-rata kebutuhan dari kelompok populasi di bawah
bersih dari protein tubuh. konsiderasi
D. Dua standar deviasi di atas kebutuhan rata-rata dari
14. Dalam rangkaian dari eksperimen untuk menentukan kebutuhan kelompok populasi di bawah konsiderasi
asam amino, volunter sehat dewasa muda yang diberi makan E. Dua standar deviasi di bawah rata-rata kebutuhan dari
campuran dari asam amino sebagai sumber protein tunggal ini. kelompok populasi di bawah konsiderasi
Manakah dari campuran berikut akan menyebabkan
keseimbangan nitrogen negatif (asumsi bahwa semua asam 21. Berapa persentase pada populasi akan telah berhadapan
amino lainnya adalah disediakan dalam jumlah yang memadai)? kebutuhan ini untuk vitamin atau mineral jika asupan sama
A. Satu yang kekurangan alanin, glisin, dan tirosin Satu dengan RNI atau RDA?
B. yang kekurangan arginin, glisin, dan sistein Satu yang A. 2,5%
C. kekurangan asparagin, glutamin, dan sistein Satu yang B. 5%
D. kekurangan lisin, glisin, dan tirosin C. 50%
E. Satu yang kekurangan prolin, alanin, dan glutamat D. 95%
E. 97,5%
15. Manakah dari vitamin berikut memberikan kofaktor untuk
reaksi reduksi dalam sintesis asam lemak? 22. Berapa persentase pada populasi akan telah berhadapan
A. Folat kebutuhan ini untuk vitamin atau mineral jika asupan ini
B. Niasin adalah sama dengan asupan nutrisi referensi yang lebih rendah
C. Riboflavin (LRNI)?
D. Tiamin A. 2,5%
E. Vitamin B6 B. 5%
C. 50%
16. Kekurangan dari yang satu pada vitamin ini merupakan D. 95%
penyebab utama pada kebutaan di seluruh dunia? E. 97,5%
A. Vitamin A
B. Vitamin B12
Section IX Exam Q_p601-606.indd 602 04/11/14 10:46 AM

Soal Ujian 603
23. Berapa persentase pada populasi akan berhadapan C. Oksidasi dari asam amino dalam protein membran sel
kebutuhan ini untuk vitamin atau mineral jika asupan ini D. Oksidasi dari asam amino dalam protein mitokondria
adalah sama dengan kebutuhan rata-rata? E. Oksidasi pada asam lemak tak jenuh dalam lipoprotein
A. 2,5% plasma
B. 5%
31. Manakah dari jenis kerusakan radikal oksigen yang dapat
C. 50%
menyebabkan perkembangan dari aterosklerosis dan
D. 95%
penyakit jantung koroner?
E. 97,5%
A. Modifikasi kimia pada basa DNA dalam sel somatik
24. Untuk orang yang asupan pada vitamin atau mineral sama B. Modifikasi kimia dari DNA dalam sel garis kuman
dengan kebutuhan rata-rata, apa probabilitas bahwa tingkat dari C. Oksidasi dari asam amino dalam protein membran sel
asupan cukup untuk memenuhi kebutuhan individu nya? D. Oksidasi dari asam amino dalam protein mitokondria
A. 2,5% E. Oksidasi pada asam lemak tak jenuh dalam lipoprotein
B. 5% plasma
C. 50% 32. Manakah dari jenis kerusakan radikal oksigen yang dapat
D. 95% menyebabkan perkembangan dari kanker?
E. 97,5%
A. Modifikasi kimia pada basa DNA dalam sel somatik
25. Untuk orang yang asupan pada vitamin atau mineral sama B. Modifikasi kimia dari DNA dalam sel garis kuman
dengan LRNI, apa probabilitas bahwa tingkat dari asupan cukup C. Oksidasi dari asam amino dalam protein membran sel
untuk memenuhi kebutuhan individu nya? D. Oksidasi dari asam amino dalam protein mitokondria
A. 2,5% E. Oksidasi pada asam lemak tak jenuh dalam lipoprotein
5% plasma
B.
C. 50% 33. Manakah dari jenis kerusakan radikal oksigen yang dapat
D. 95% menyebabkan perkembangan dari mutasi turun-temurun?
E. 97,5% A. Modifikasi pada basa DNA dalam sel somatik
B. Modifikasi kimia pada DNA dalam sel garis kuman
26. Untuk orang yang asupan pada vitamin atau mineral sama
C. Oksidasi dari asam amino dalam protein membran sel
dengan RNI, apa probabilitas bahwa tingkat dari asupan cukup
D. Oksidasi dari asam amino dalam protein mitokondria
untuk memenuhi kebutuhan individu nya?
E. Oksidasi pada asam lemak tak jenuh dalam lipoprotein
A. 2,5% plasma
B. 5%
C. 50% 34. Manakah satu dari terbaik berikut yang menjelaskan aksi
D. 95% antioksidan pada vitamin E?
E. 97,5% A. Ini membentuk radikal stabil yang dapat dikurangi kembali ke
vitamin E aktif oleh reaksi dengan vitamin C.
27. Manakah satu dari berikut ini BUKAN sumber pada radikal B. Ini adalah radikal, sehingga ketika bereaksi dengan radikal
oksigen?
produk non radikal lain terbentuk.
A. Aksi dari superoksida dismutase C. Hal ini dikonversi ke radikal yang stabil melalui reaksi dengan
B. Aktivasi dari makrofag vitamin C.
C. Reaksi non enzimatik dari ion logam transisi D. Hal ini larut dalam lipid dan dapat bereaksi dengan radikal
D. Reaksi dari β-karoten dengan oksigen bebas dalam plasma darah yang dihasilkan dari nitrit oksida
E. Radiasi ultraviolet (NO) formasi oleh endotelium vaskular.
E. Teroksidasi vitamin E dapat dikurangi kembali ke vitamin aktif
28. Manakah satu dari berikut ini memberikan perlindungan
terhadap oksigen kerusakan radikal ke jaringan? 35. Manakah satu dari terbaik berikut ini menjelaskan glycome?
A. Aksi dari superoksida dismutase A. DNA Pengkode untuk glikosiltransferase
B. Aktivasi dari makrofag B. Komplemen lengkap pada semua karbohidrat di dalam tubuh
C. Reaksi non enzimatik dari ion logam transisi C. Komplemen lengkap pada gula bebas dalam sel dan jaringan
D. Reaksi dari β-karoten dengan oksigen D. Komplemen lengkap pada glikoprotein dan glikolipid di dalam
E. Radiasi ultraviolet tubuh
E. Komplemen lengkap pada glikosiltransferase di dalam tubuh
Manakah satu dari berikut ini adalah TIDAK hasil dari aksi radikal
oksigen? 36. Manakah dari metode berikut TIDAK BISA digunakan untuk
A. Aktivasi dari makrofag menentukan struktur pada glikoprotein?
B. Modifikasi dari basis dalam DNA A. Microarray karbohidrat
C. Oksidasi dari asam amino di apoprotein pada LDL B. Degradasi menggunakan endoglikosidase dan eksoglikosidase
D. Peroksidasi dari asam lemak tak jenuh dalam membran C. Analisis genom
E. Istirahat untai dalam DNA D. Spektrometri massa
E. Kromatografi lektin sepharosa
30. Manakah dari jenis berikut pada kerusakan oksigen radikal dapat
menyebabkan perkembangan dari penyakit tiroid autoimun?A. 37. Manakah dari berikut ini BUKAN fungsi dari glikoprotein?
Modifikasi kimia pada basa DNA dalam sel somatik A. Jangkar protein di permukaan sel
B. Modifikasi kimia dari DNA dalam sel garis kuman B. Melindungi protein plasma terhadap pembersihan oleh
hati

C. Menyediakan sistem transportasi untuk folat ke dalam sel 44. Manakah dari berikut ini adalah TIDAK aktivitas dari sitokrom
D. Menyediakan sistem transportasi untuk penyerapan dari P450?
densitas rendah lipoprotein ke dalam hati A. Aktivasi dari vitamin D
E. Memberikan sinyal rekognisi permukaan sel B. Hidroksilasi dari prekursor hormon steroid
C. Hidroksilasi dari xenobiotik
38. Manakah dari berikut ini TIDAK konstituen dari glikoprotein?
D. Hidroksilasi dari asam retinoat
A. Fukosa
E. Metilasi dari xenobiotik
B. Galaktosa
C. Glukosa 45. Manakah dari terbaik berikut menjelaskan reaksi dari sitokrom
D. Mannose P450?
A. RH +O2 +NADP+ → R-OH +H2O +NADPH RH +
E. Sukrosa B. O2 +NAD+ → R-OH +H2O +NADH RH +O2 +
39. Manakah dari berikut ini digunakan sebagai donor gula dalam C. NADPH → R-OH +H2O +NADP+ RH +O2 +
sintesis pentasakarida umum dari glikoprotein terkait–N? D. NADPH → R-OH +H2O2 +NADP+ RH +O2 +
E. NADH → R-OH +H2O +NAD+
A. CMP asam N-asetilneuraminik
B. Dolikol pirofosfat N-asetilglukosamin 46. Manakah dari berikut ini adalah komponen lipid yang disukai dari
C. Dolikol pirofosfat mannosa sistem sitokrom P450?
D. GDP fukosa A. Dolikol fosfat
E. UDP-N-asetilglukosamin B. Fosfatidilkolin
40. Manakah dari berikut ini TIDAK digunakan sebagai donor C. Fosfatidiletanolamin
gula dalam sintesis dari glikoprotein terkait–N dalam D. Fosfatidilinositol
retikulum endoplasma? E. Fosfatidilserin
A. Dolikol pirofosfat fruktosa 47. Manakah dari terbaik berikut ini menjelaskan interaksi obat
B. Dolikol pirofosfat galaktosa antara fenobarbital dan warfarin?
C. Dolikol pirofosfat mannosa A. Fenobarbital menginduksi CYP2C9, dan hasil ini dalam
D. Dolikol pirofosfat N-asetilglukosamin penurunan katabolisme dari warfarin.
E. Dolikol pirofosfat Asam N-asetilneuraminik B. Fenobarbital menginduksi CYP2C9, dan hasil ini dalam
41. Manakah satu dari terbaik berikut ini menjelaskan pelekatan peningkatan katabolisme dari warfarin.
pada pentapeptida umum untuk apoprotein dalam sintesis dari C. Fenobarbital merepresi CYP2C9, dan hasil ini dalam
glikoprotein terkait–N? peningkatan katabolisme dari warfarin.
D. Warfarin menginduksi CYP2C9, dan hasil ini dalam penurunan
A. Glikasi langsung dari asam amino terminal amino dari
katabolisme dari fenobarbital.
peptida E. Warfarin menginduksi CYP2C9, dan hasil ini dalam
B. Pemindahan dari regio terminal amino dari peptida dalam peningkatan katabolisme dari fenobarbital.
reaksi transaminasi
C. Pemindahan dari regio terminal amino dari peptida dalam 48. Manakah dari terbaik berikut ini menjelaskan efek dari
reaksi transaminasi polimorfisme pada CYP2A6?
D. Pemindahan dari regio terminal karboksi dari peptida A. Orang dengan alel aktif adalah semakin sedikit menjadi perokok
dalam reaksi transaminasi dependen tembakau karena sitokrom ini menginaktivasi nikotin
E. Pemindahan dari regio terminal karboksi dari peptida untuk kotinin.
dalam reaksi transaminasi B. Orang dengan inaktif (tidak ada) alel adalah semakin sedikit
42. Manakah dari berikut ini bukan glikoprotein? menjadi perokok dependen tembakau karena sitokrom ini
menginaktivasi nikotin untuk kotinin.
A. Kolagen
C. Orang dengan inaktif (tidak ada) alel adalah semakin sedikit
B. Immunoglobulin G
menjadi perokok dependen tembakau karena sitokrom ini
C. Serum albumin
mengaktifkan nikotin untuk kotinin.
D. Stimulasi hormon tiroid D. Orang dengan inaktif (tidak ada) alel adalah lebih banyak
E. Transferin menjadi perokok tembakau karena sitokrom ini menginaktivasi
43. Manakah satu dari pernyataan berikut adalah TIDAK nikotin untuk kotinin.
E. Orang dengan inaktif (tidak ada) alel lebih banyak menjadi
BENAR?
perokok tembakau karena sitokrom ini mengaktifkan nikotin
A. Calnexin memastikan lipatan yang benar dari glikoprotein di
untuk kotinin.
dalam retikulum endoplasma.
B. Dolikol pirofosfat oligosakarida mendonasikan semua dari 49. Manakah dari berikut ini BUKAN fungsi dari glutathion?
gula yang ditemukan dalam glikoprotein terkait–N. Musin A. Koenzim untuk pengurangan dari hidrogen peroksida
C. mengandung didominasi glikan terkait O. B. Konjugasi pada bilirubin
D. Asam N-asetilneuraminik secara umum ditemukan di C. Konjugasi pada beberapa produk dari tahap I metabolisme dari
termini dari N-terkait rantai gula dari glikoprotein. Rantai xenobiotik
E. gula terkait-O dari glikoprotein adalah dibangun atas oleh D. Transportasi pada asam amino melintasi membran sel
bertahap tambahan pada gula dari nukleotida gula. E. Transportasi pada bilirubin dalam aliran darah
Section IX Exam Q_p601-606.indd 04/1

Soal Ujian 605
50. Manakah dari terbaik berikut ini menjelaskan kisaran 54. Manakah dari terbaik berikut menjelaskan penggunaan
referensi untuk uji laboratorium? pada tes aktifasi enzim untuk menilai status nutrisi vitamin?
A. Kisaran ± 1 × standar deviasi sekitar nilai rata-rata A. Menambahkan kofaktor turunan vitamin untuk inkubasi
B. Kisaran ±1.5× standar deviasi sekitar nilai rata-rata mengkonversi apoenzim sebelumnya tidak aktif dalam
C. Kisaran ±2× standar deviasi sekitar nilai rata-rata holoenzim aktif.
D. Kisaran ±2.5× standar deviasi sekitar nilai rata-rata B. Menambahkan kofaktor turunan vitamin untuk inkubasi
E. Kisaran ±3× standar deviasi sekitar nilai rata-rata mengkonversi holoenzim sebelumnya tidak aktif dalam
apoenzim aktif.
51. Manakah dari pernyataan berikut tentang uji laboratorium C. Menambahkan kofaktor turunan vitamin untuk inkubasi
adalah TIDAK BENAR? mengkonversi holoenzim sebelumnya tidak aktif dalam
A. Nilai prediktif dari tes adalah tingkat yang secara benar akan apoenzim aktif.
memprediksi apakah atau tidak seseorang memiliki penyakit. D. Menambahkan kofaktor turunan vitamin untuk inkubasi
B. Sensitivitas dan spesifisitas dari tes adalah terbalik mengkonversi apoenzim sebelumnya tidak aktif dalam
berkaitan. holoenzim aktif.
C. Sensitivitas dari tes adalah ukuran pada berapa banyak E. Menambahkan kofaktor turunan vitamin untuk inkubasi
orang dengan penyakit ini akan memberikan hasil yang mengarah ke reduksi dalam aktivitas enzim.
positif.
D. Spesifisitas dari tes adalah ukuran pada berapa banyak 55. Manakah dari berikut ini akan digunakan untuk
orang dengan penyakit ini akan memberikan hasil yang mempersiapkan serum dari sampel darah?
positif. A. Sebuah tabung polos
E. Spesifisitas dari tes adalah ukuran pada berapa banyak B. Sebuah tabung berisi sitrat
orang tanpa penyakit akan memberikan hasil negatif. C. Sebuah tabung berisi EDTA
D. Sebuah tabung berisi oksalat
52. Manakah dari berikut ini adalah BENAR ketika enzim
E. Tabung dievakuasi untuk mengecualikan oksigen
digunakan untuk mengukur analit dalam sampel darah?
A. Konsentrasi dari substrat harus sekitar 20 kali Km dari enzim. 56. Manakah dari berikut ini akan digunakan untuk mengambil
B. Konsentrasi dari substrat harus sama dengan Km dari enzim. sampel darah untuk analisis gas darah?
C. Konsentrasi dari substrat harus sama dengan atau lebih A. Sebuah tabung polos
rendah dari Km dari enzim. B. Sebuah tabung berisi sitrat
D. Konsentrasi dari substrat dalam assay tersebut tidak C. Sebuah tabung berisi EDTA
penting. D. Sebuah tabung berisi oksalat
E. Konsentrasi dari substrat harus sekitar 1/20 dari Km dari E. Tabung dievakuasi untuk mengecualikan oksigen
enzim.
57. Manakah dari terbaik berikut menjelaskan perbedaan antara
53. Manakah dari berikut ini adalah BENAR ketika enzim yang klirens kreatinin dan inulin clearance sebagai tes dari fungsi ginjal?
diukur dalam sampel darah? A. Clearance kreatinin lebih tinggi dari inulin clearance karena
A. Konsentrasi dari substrat harus sekitar 20-kali Km dari kreatinin secara aktif disekresi dalam tubulus ginjal distal.
enzim. B. Clearance kreatinin lebih tinggi dari inulin clearance karena
B. Konsentrasi dari substrat harus sama dengan Km dari enzim. inulin secara aktif disekresi dalam tubulus ginjal proksimal.
C. Konsentrasi dari substrat harus sama dengan atau lebih C. Clearance kreatinin lebih tinggi dari inulin clearance karena
rendah dari Km dari enzim. inulin secara aktif disekresi dalam tubulus ginjal distal.
D. Konsentrasi dari substrat dalam pengujian tersebut tidak D. Clearance kreatinin lebih rendah dari inulin clearance karena
penting. kreatinin secara aktif disekresi dalam tubulus ginjal distal.
E. Konsentrasi dari substrat harus sekitar 1/20 dari Km dari E. Clearance kreatinin lebih rendah dari inulin clearance karena
enzim. inulin tidak sama sekali tersaring di glomerulus.

B A G I A N
Topik Khusus (B)
X
49
B A B
Lalu Lintas Intrasel

dan Penyortiran Protein
TUJUAN ■ Mengetahui bahwa sejumlah besar protein diarahkan oleh sekuens sinyal ke tujuan
tepatnya dan bahwa aparatus Golgi memiliki peran penting dalam penyortiran protein.
■ Memahami bahwa sinyal khusus berperan dalam penyortiran protein ke
Anda diharapkan dapat: mitokondria, nukleus, dan peroksisom.
■ Memahami bahwa peptida sinyal terminal N amino memiliki peran kunci dalam
mengarahkan protein yang baru dibentuk ke dalam lumen retikulum endoplasma.
■ Mengetahui bahwa chaperones mencegah pelipatan yang salah pada protein-
protein lain, mekanisme yang ada untuk membuang protein-protein yang salah
melipat, dan bahwa retikulum endoplasma bertindak sebagai bagian pengontrol
kualitas.
■ Mengerti bahwa ubikuitin merupakan molekul kunci dalam penguraian protein.
■ Mengenali peran penting vesikel transpor dalam transpor intrasel.
■ Memahami bahwa banyak penyakit terjadi akibat mutasi gen yang menyandi
protein yang terlibat dalam transpor intrasel dan familiar dengan istilah penyakit
konformasi serta penyakit defisiensi proteostasis.
KEPENTINGAN BIOMEDIS BANYAK PROTEIN DIARAHKAN KE

Protein harus berpindah dari poliribosom, tempat sintesisnya, TEMPATNYA YANG TEPAT OLEH
ke banyak tempat berbeda di dalam sel untuk melakukan fungsi
khususnya. Sebagian protein dipersiapkan untuk menjadi SEKUENS SINYAL
komponen organel tertentu, sedangkan yang lain diarahkan ke Jalur-jalur biosintesis protein di sel dapat dianggap sebagai
sitosol atau untuk diekspor, dan sebagian lagi akan satu sistem penyortiran yang besar. Banyak protein
ditempatkan di berbagai membran sel. Jadi, terdapat lalu- membawa sinyal (biasanya, tetapi tidak selalu, berupa
lintas protein intrasel. Pencerahan besar dalam bidang ini sekuens spesifik asam amino) yang mengarahkan protein ini
adalah penemuan oleh Blobel pada tahun 1970 bahwa untuk ke tempat tujuan untuk menjamin bahwa protein tersebut
dapat mencapai lokasinya yang tepat, protein umumnya akan sampai di membran atau kompartemen sel yang tepat;
mengandung informasi (sinyal atau sekuens penyandi) yang sinyal-sinyal ini merupakan komponen mendasar bagi sistem
mengarahkan protein tersebut ke tempat yang tepat. penyortiran. Sekuens sinyal biasanya dikenali dan
SeteIah sejumlah sinyal tersebut diketahui (lihat Tabel 49–1 ), berinteraksi dengan bagian-bagian komplementer protein
menjadi jelas bahwa penyakit tertentu terjadi akibat mutasi yang berfungsi sebagai reseptor untuk protein yang
yang memengaruhi sinyal-sinyal ini. Di bab ini kita membahas mengandungnya.
lalu lintas intrasel protein dan penyortirannya serta secara Keputusan penting tentang penyortiran sudah
singkat mendiskusikan sebagian penyakit yang ditimbulkan dilakukan secara dini pada biosintesis protein, saat protein
oleh adanya kelainan dalam proses ini.
607

608 BAGIAN X Topik Khusus (B)
Proteins
Mitokondria
TABEL 49–1 Beberapa Sekuens atau Molekul yang Nukleus
Mengarahkan Protein ke Organel Spesifik (1) Sitosol
Peroksisom
Sekuens atau Senyawa Sitosol
Pengarah Organel Target Poliribosom
Membran RE
Peptida sinyal terminal-N ER
Membran AG
Sekuens KDEL terminal-karboksil Lumen ER (2) RE kasar Membran plasma
(Lys-Asp-Glu-Leu) di protein yang
Sekretorik
bertempat di RE di vesikel COPI
Enzim lisosom
Sekuens di-asam (mis, Asp-X- Membran Golgi
Glu) di protein membran di GAMBAR 49–1 Dua cabang penyortiran protein. Protein
vesikel COPII disintesis di sitosol (bebas) poliribosom atau membran terikat
poliribosom di RE kasar. Protein mitokondria yang tercantum dikode
Sekuens terminal amino Matriks mitokondria
oleh gen-gen nukleus. (RE, retikulum endoplasma; AG, aparatus
(20-50 residu) Golgi.)
NLS (mis, Pro2-Lys3-Arg-Lys-Val) Nukleus
PTS (mis, Ser-Lys-Leu) Peroksisom atau mengikuti rute transpor utama protein intrasel ke
Manosa 6-fosfat Lisosom aparatus Golgi. Keseluruhan jalur RE → aparatus Golgi→
membran plasma sering disebut jalur sekretorik atau
Singkatan: NLS, sinyal lokalisasi nukleus; PTS, sekuens pengaral matriks-
peroksisomal.
eksositotik. Protein yang diarahkan ke aparatus Golgi,
membran plasma, dan beberapa tempat lain, atau untuk
disekresikan diangkut dalam vesikel transpor (Gambar 49–
poliribosom (bebas maupun terkait-membran). Hipotesis 2 ); penjelasan singkat mengenai pembentukan partikel
sinyal diusulkan oleh Blobel dan Sabatini pada tahun 1971 penting ini akan diberikan kemudian. Protein lain yang
sebagian untuk menjelaskan perbedaan antara poliribosom ditetapkan untuk disekresikan diangkut dalam vesikel
bebas dan poliribosom terkait membran. Namun, jika rantai sekretorik (Gambar 49–2). Vesikel ini mencolok di
polipeptida (sedang memanjang) yang menempel pada pankreas dan kelenjar tertentu lainnya. Mobilisasi dan
poliribosom tidak memiliki peptida sinyal terminal-N pengeluaran vesikel ini diatur dan sering disebut “sekresi
(peptida sinyal terminal-N) rantai tersebut tidak akan yang diatur (regulated secretion).” Sebaliknya, transpor
berinteraksi dengan membran retikulum endoplasma (RE) vesikel yang berlangsung terus-me-nerus melalui jalur
(poliribosom terkait membran), dan memfasilitasi sekretorik disebut sebagai “transpor konstitutif.” Alur
pemindahan protein ke dalam lumen ER. Di sisi lain, enzim ke lisosom menggunakan sinyal manosa-6-fosfat
poliribosom sintesis protein kurang peptida sinyal akan dijelaskan di Bab 46.
mempertahankan gerakan bebas di sitosol (sitosol
poliribosom). Sebuah aspek penting dari hipotesis sinyal Aparatus Golgi Berperan dalam Glikosilasi
bahwa semua ribosom memiliki struktur yang sama, dan dan Penyortiran Protein
bahwa perbedaan antara ribosom terkait membran dan bebas Aparatus Golgi memiliki dua peran besar dalam sintesis
bergantung sepenuhnya pada sebelumnya protein membawa protein. Pertama, aparatus Golgi berperan dalam
yang memiliki peptida sinyal. Karena banyak protein pemrosesan rantai oligosakarida membran dan
membran disintesis pada poliribosom terkait-membran, glikoprotein terkait-N lain serta mengandung enzim yang
hipotesis sinyal memain-kan peran penting dalam konsep berperan dalam glikosilasi-O (lihat Bab 46). Kedua,
perakitan membran. Regio ER mengandung poliribosom aparatus Golgi berperan dalam penyortiran berbagai protein
melekat disebut RE kasar, dan perbedaan antara dua tipe sebelum penghantarannya ke tujuan intrasel yang tepat.
hasil ribosom di dua cabang dari jalur protein-menyortir, Semua bagian aparatus Golgi ikut serta dalam peran
disebut cabang sitosolik dan cabang ER kasar (RER) pertama, sedangkan jaringan trans-Golgi (TGN, trans-
(Gambar 49–1 ). Golgi network) khusus berfungsi dalam peran kedua dan
Protein yang dibentuk oleh poliribosom sitosolik diarah- sangat kaya akan vesikel.
kan menuju mitokondria, inti nukleus, dan peroksisom dengan
sinyal yang spesifik, atau tetap berada di sitosol jika kekurangan Chaperone Apakah Protein Itu Menstabilkan
sinyal. Semua protein yang mengandung sekuens target yang Protein yang tidak-terlipat atau secara parsial
kemudian dipindahkan sesudah itu merupakan suatu
praprotein. Pada sejumlah kasus, peptida kedua juga Dilipat
dipindahkan, dan pada kejadian ini protein asal diketahui Chaperone molekul adalah protein yang menstabilkan
sebagai praproprotein (contoh, preproalbumin; lihat Bab 52). intermediat dilipat atau sebagian dilipat, sehingga saat untuk
Protein yang disintesis dan disortir di cabang RE melipat benar, dan mencegah interaksi yang tidak benar, untuk
(Gambar 49–1) mencakup banyak protein yang diarahkan memerangi pembentukan struktur non fungsional. Sebagian
ke berbagai membran (mis. membran RE, aparatus Golgi besar chaperone memperlihatkan aktivitas ATPase dan
[GA], membran plasma [PM]) dan untuk disekresikan mengikat ADP serta ATP. Aktivitas ini penting untuk efek
enzim lisosom juga termasuk. Oleh sebab itu, protein chaperone dalam pelipatan. Kompleks chaperone-ADP sering
semacam ini dapat berada di membran atau lumen RE, memiliki afinitas tinggi terhadap

BAB 49 Lalu Lintas Intrasel dan Penyortiran Protein 609
Membran plasma
Endosom akhir
Klatrin
Endosom
Lisosom awal
Vesikel sekretorik
Vesikel
transpor
Vesikel sekretorik tak-matur
Kompleks TGN
Golgi
trans
medial
cis
COP I
COP I
ERGIC
COP II
Retikulum
endoplasma
Amplop Nukleus
nukleus
GAMBAR 49–2 Diagram cabang retikulum endoplasma kasar pada penyortiran protein. Protein yang baru disintesis
disisipkan ke dalam membran atau lumen RE dari poliribosom terkait-membran (lingkaran-lingkaran hitam kecil yang tertabur di
bagian sitosolik RE). Protein-protein yang diangkut keluar RE diangkut dalam vesikel COPII ke cis-Golgi (transpor anterograd).
Pergerakan protein melalui Golgi tampaknya terutama oleh maturasi sisternal. Di (TGN), pintu keluar Golgi, protein dipisah-
pisahkan dan disortir. Protein sekretorik dikumpulkan di vesikel sekretorik, protein yang ditetapkan untuk membran plasma
atau yang disekresikan secara konstitutif diangkut ke permukaan sel dalam vesikel transpor. Vesikel terbungkus-klatrin terlibat
dalam endositosis, mengangkut muatan ke endosom akhir dan ke lisosom. Manosa 6-fosfat (tidak diperlihatkan, lihat Bab 46)
bertindak sebagai sinyal untuk pengangkutan enzim ke lisosom. Vesikel COPI terlibat dalam penarikan kembali protein dari
Golgi ke RE (transpor retrograd) dan dapat terlibat dalam sebagian transpor intra-Golgi. Muatan biasanya melewati
kompartemen ERGIC ke aparatus Golgi (ERGIC) kompartemen ke AG. (Sumbangan E Degen.)
protein yang tidak-terlipat, yang jika terikat, merangsang TABEL 49–2 Beberapa Sifat Protein Chaperone
pembebasan ADP untuk digantikan oleh ATP. Selanjutnya, • Terdapat di beragam spesles dari bakteri hingga manusia
kompleks chaperone-ATP, membebaskan segmen-segmen
• Banyak yang disebut heat-shock proteins (Hsp)
protein yang telah melipat dengan benar, dan siklus yang
melibatkan pengikatan ADP dan ATP ini diulangi sampai • Sebagian dapat terinduksi oleh keadaan yang menyebabkan penguraian
(unfolding) protein yang baru dibentuk (mis. peningkatan suhu dan
protein dibebaskan. Chaperone yang diperlukan untuk berbagai bahan kimia)
penargetan yang benar pada protein untuk lokasi
• Umumnya mengikat bagian hidrofobik protein tak-terlipat dan
subselularnya. Sejumlah sifat penting dari protein ini mencegah agregasinya
tercantum dalam Tabel 49–2 .
• Berfungsi sebagai mekanisme pengontrol kualitas atau penyunting
Chaperonin adalah kelompok besar chaperone untuk mendeteksi protein yang salah-lipat (misfolded) atau cacat
kedua. Protein ini membentuk kompleks dengan struktur lainnya
seperti-gentong; pada kompleks ini, protein tak terlipat • Sebagian besar chaperone memperlihatkan aktivitas ATPase, dengan
diikat dan dijauhkan dari protein lain sehingga mendapat ATP atau ADP yang terlibat dalam interaksi protein-pengantar
waktu dan kondisi yang sesuai untuk melipat dengan • Ditemukan di berbagai kompartemen sel, misalnya sitosol,
tepat. Struktur chaperonin bakteri GroEL telah dipelajari mitokondria, dan lumen retikulum endoplasma
secara terperinci. GroEL bersifat polimerik, memiliki
struktur seperti-dua cincin, masing-masing tersusun atas
tujuh subunit identik,

dan sekali lagi ATP berperan dalam kerjanya. Hsp60 protein sebagai reseptor (mis, Tom20/22 ) bagi protein yang datang
peredam panas adalah ekuivalen pada GroEL dalam dan protein yang lain sebagai komponen (mis, Tom40 ) pori
eukariota. transmembran yang harus dilewati oleh protein-protein ini.
Protein harus berada dalam keadaan tidak terlipat agar
PROTEIN SITOSOLIK MENYORTIR dapat melewati kompleks, dan hal ini mungkin terjadi karena
pengikatan (dependen-ATP) pada beberapa protein
CABANG MENGARAHKAN chaperone Hsp70 (Gambar 49–3). Di mitokondria, protein
PROTEIN UNTUK ORGANEL ini berperan dalam translokasi, penyortiran, pelipatan,
penyusunan, dan penguraian protein yang diimpor. Untuk
SUBSELULAR impor diperlukan suatu proton-motive force melintasi
Protein disintesis melalui sitosol menyortir cabang baik membran bagian dalam; gaya ini terbentuk dari potensial
mengandung sinyal serapan, memungkinkan untuk listrik di antara kedua sisi membran (bagian dalam negatif)
mengambil ke dalam organel subselular yang benar, atau, jika dan gradien pH (lihat Bab 13). Sekuens leader yang
ditujukan untuk sitosol, tidak memiliki sinyal sasaran. bermuatan positif dapat dibantu menembus membran oleh
Penyerapan spesifik sinyal protein langsung ke mitokondria, muatan negatif di matriks. Prasekuens dipotong di matriks
nukleus, dan peroksisom (Tabel 49–1). Sejak sintesis protein oleh matrix-processing protease (MPP). Kontak dengan
selesai sebelum pengangkutan terjadi, proses ini disebut molekul chaperones lain yang terdapat di matriks
translokasi pascatranslasi. Mekanisme yang terlibat sekarang merupakan hal yang esensial agar keseluruhan proses impor
akan dipertimbangkan pada gilirannya. berlangsung tuntas. Interaksi dengan mt-Hsp70 (mt =
mitokondria; Hsp = heat shock protein; 70 = sekitar 70 kDa)
Kebanyakan Protein Mitokondrial Terimpor memastikan impor yang tepat ke dalam matriks dan
mencegah kesalahan pelipatan atau agregasi, sementara
Mitokondria mengandung banyak protein. Tiga belas
interaksi dengan sistem mt-Hsp60–Hsp10 memastikan
protein (terutama komponen membran pada rantai
pelipatan yang tepat. Agar interaksi protein impor dengan
transpor elektron) disandi oleh genom mitokondria (mt)
chaperone di atas dapat berlangsung, diperlukan hidrolisis
dan disintesis di organel tersebut dengan menggunakan
ATP.
sistem pembentuk protein miliknya sendiri. Namun,
sebagian besar (paling tidak beberapa ratus) dikode oleh Rincian bagaimana praprotein mengalami translokasi
gen nukleus, disintesis di luar membran mitokondria belum sepenuhnya diketahui. Terdapat kemungkinan bahwa
pada poliribosom sitosol, dan harus diimpor. Sel ragi potensial listrik yang berkaitan dengan membran mitokondria
terbukti merupakan sistem yang sangat bermanfaat untuk bagian dalam menyebabkan perubahan konformasi di
menganalisis mekanisme impor protein mitokondria, praprotein-tidak terlipat yang sedang ditranslokasikan. Selain
sebagian karena kita dapat menciptakan berbagai mutan itu, kenyataan bahwa matriks lebih negatif daripada ruang
yang berhasil memperjelas proses-proses mendasar yang antarmembran dapat "menarik" terminal amino praprotein
terlibat. Sebagian besar kemajuan dibuat dalam studi yang bermua tan positif untuk masuk ke dalam matriks.
tentang protein yang terdapat di matriks mitokondria, Diperlukan kontak erat antara bagian-bagian membran di
misalnya subunit F1 ATPase. Hanya jalur impor protein membran dalam dan luar yang terlibat dalam translokasi.
matriks yang akan dibahas secara rinci di sini. Keterangan di atas menjelaskan jalur utama protein yang
Dan poliribosom di sitosol, protein matriks harus me- ditujukan untuk matriks mitokondria. Namun, protein-
lewati membran dalam dan luar mitokondria untuk protein tertentu tersisip ke dalam membran luar
mencapai tujuannya. Perjalanan melewati kedua membran ini mitokondria yang difasilitasi oleh kompleks TOM. Protein
disebut translokasi. Protein-protein ini memiliki suatu sekuens lain berhenti di ruang antarmembran, dan sebagian terselip
leader terminal amino (prasekuens), dengan panjang sekitar di membran dalam. Sementara sebagian lainnya berlanjut
20-50 asam amino (lihat Tabel 49–1), yang tidak terlalu ke matriks dan kemudian kembali ke membran dalam atau
terkonservasi, tetapi amfipatik dan mengandung banyak asam ruang antarmembran. Sejumlah protein mengandung dua
amino yang hidrofobik dan bermuatan positif (mis, Lys atau sekuens sinyal—satu untuk memasuki matriks mitokondria
Arg). Prasekuens setara dengan suatu peptida sinyal yang dan yang lain untuk memerantarai relokasi selanjutnya
memerantarai perlekatan poliribosom pada membran RE (mis, ke membran dalam). Protein mitokondria tertentu
(lihat bawah), tetapi dalam hal ini mengarahkan protein ke tidak mengandung prasekuens (mis. sitokrom c, yang terletak
matriks. Beberapa ciri umum perjalanan suatu protein dari di ruang antarmembran), dan protein lainnya yang
sitosol ke matriks mitokondria ditunjukkan di (Gambar 49–3). mengandung prasekuens internal. Secara keseluruhan,
protein menggunakan mekanisme dan rute untuk mencapai
Translokasi diyakini terjadi secara pascatranslasi, setelah
tujuan akhir protein tersebut di mitokondria.
protein matriks dibebaskan dari polirisobom sitosol.
Sebelum translokasi, terjadi interaksi dengan sejumlah Gambaran umum yang berlaku untuk impor protein
protein sitosol yang berfungsi sebagai chaperones (molekul ke dalam organel, termasuk mitokondria dan beberapa
pengantar/pendamping; lihat bawah) dan sebagai faktor organel lain yang akan dibahas di bawah, diringkaskan di Tabel
pengarah. 49–3 .
Terdapat dua kompleks translokasi yang jelas terletak
di membran luar dan dalam mitokondria, masing-masing
Sinyal Terlokalisasi Berperan dalam
disebut TOM (translocase-of-the-outer membrane) dan TIM Pengangkutan Makromolekul Masuk
(translocase-of-the-inner membrane). Masing-masing dan Keluar Nukleus
kompleks telah dianalisis dan terbukti keduanya terdiri dari
Pada sebuah sel eukariot yang aktif, diperkirakan terdapat
sejumlah protein yang sebagian di antaranya berfungsi
lebih dari satu juta makromolekul per menit yang diangkut

Keadaan tak-terlipat
SITOSOL
Hsp 70
Sekuens
pengarah-matriks
Tom 40 Tom 20/22
OMM
Tim 23/17
Tim 44
IMM
Protease Hsp70 matriks

matriks Protein
matur
Sekuens pengarah
GAMBAR 49–3 Gambaran skematis masuknya protein ke dalam matrik mitokondria. Protein tak-terlipat yang disintesis di poliribosom
sitosol dan mengandung sekuens pengarah-matriks berinteraksi dengan chaperone sitosol Hsp 70, selanjutnya, protein berinteraksi dengan
reseptor membran luar mitokondria (Tom) 20/22, dan dipindahkan ke kanal impor yang berdekatan Tom 40 (Tom, translocon of the outer
membrane). Protein kemudian ditranslokasi melintasi kanal; kanal pada membran mitokondria dalam terutama tersusun atas protein Tim 23 dan
Tim 17 (Tim, translocon of the inner membrane). Di bagian dalam membran mitokondria dalam, protein kemudian berinteraksi dengan chaperone
matriks Hsp 70, yang kemudian berinteraksi dengan protein membran Tim 44. Hidrolisis ATP oleh Hsp 70 mitokondria mungkin membantu
translokasi dapat berlangsung, begitu pula interior elektronegatif matriks. Selanjutnya, sekuens pengarah dipotong oleh enzim pemroses matriks,
dan protein yang diimpor mencapai bentuk akhirnya, atau dapat berinteraksi dengan suatu chaperonin mitokondria sebelum mencapai bentuk
akhir. Pada ternpat translokasi, membran mitokondria luar dan dalam sating berdekatan. OMM, membran mitokondria luar; IMM, membran
mitokondria dalam. (Dimodifikasi, dengan izin, dari Lodish H, et al: Molecular Cell Biology, 6th ed. W.H. Freeman & Co, 2008.)
TABEL 49–3 Sebagian Gambaran Umum Impor Protein ke

Organel antara nukleus dan sitoplasma. Berbagai makromolekul ini
mencakup histon, protein ribosom, dan subunit ribosom,
• Impor suatu protein ke dalam sebuah organel biasanya terjadi
dalam tiga tahap: pengenalan, translokasi, dan pematangan. faktor transkripsi, dan molekul mRNA. Transpor ini
• Sekuens pengarah di protein dikenali di sitoplasma atau pada
berlangsung dua arah dan terjadi melalui kompleks pori
permukaan organel. nukleus (nuclear pore complex, NPC). NPC adalah struktur
• Lipatan protein umumnya dibuka untuk translokasi, suatu keadaan kompleks dengan massa sekitar 15 kali massa ribosom dan
yang dipertahankan di sitoplasma oleh chaperone (molekul tersusun atas agregat dari 30 protein berbeda. Garis tengah
pengawal). sebuah NPC adalah sekitar 9 nm. Molekul yang lebih kecil
• Perjalanan suatu protein melintasi membran memerlukan energi daripada sekitar 40 kDa dapat melewati kanal NPC melalui
dan chaperone organel pada sisi trans membran. difusi, tetapi untuk molekul yang lebih besar tersedia
• Siklus pengikatan dan pelepasan protein dengan chaperone mekanisme translokasi khusus. Mekanisme-mekanisme ini
menyebabkan rantai polipeptida protein tertarik menembus
sedang diteliti secara mendalam, tetapi beberapa fitur
membran.
penting telah berhasil terungkap.
• Protein-protein lain di dalam organel mengatalisis pelipatan
protein yang sering meiekatkan kofaktor atau oligosakarida dan Di sini kita terutama akan membahas impor makro-
menyusunnya menjadi monomer atau oligomer aktif. molekul tertentu ke dalam nukleus. Gambaran umum yang
Sumber : Data dari McNew JA, Goodman JM: The targeting and assembly of peroxisomal muncul adalah bahwa protein yang akan dipindahkan (molekul
proteins: some old rules do not apply. Trends Biochem Sci 1998;21:54. Dicetak ulang kargo) membawa suatu nuclear localization signal (NLS).
dengan izin dari Elsevier.
Salah satu contoh NLS adalah sekuens asam amino

(Pro)2-(Lys)3-Arg-Lys-Val (Tabel 49–1), yang jelas dari kedua molekul ini yang terikat ke Ran—diperkirakan
mengandung banyak residu basa. Molekul kargo akan sangat penting untuk memahami peran Ran dalam
berinteraksi dengan salah satu famili protein larut yang memindahkan kompleks ke satu arah menembus NPC. Jika
disebut importin, dan kompleks ini kemudian bersandar molekul kargo dibebaskan di dalam nukleus, importin
(docks) di NPS. Famili protein lainnya yang disebut Ran mengalir balik ke sitoplasma untuk digunakan kembali.
memiliki fungsi regulatorik penting dalam interaksi (Gambar 49–4) meringkaskan sebagian hal pokok proses-
kompleks dengan NPC dan dalam translokasinya menembus proses tersebut.
NPC. Protein-protein Ran adalah GTPase monomerik kecil Protein yang serupa dengan importin, disebut sebagai
di nukleus, dan seperti GTPase lainnya, berada dalam bentuk eksportin, berperan dalam ekspor sejumlah besar
terikat-GTP atau terikat-GDP. Protein ini sendiri diatur oleh makromolekul (berbagai protein, molekul tRNA, subunit-
guanine nucleotide exchange factor (GEF), yang terletak di subunit ribosom, dan molekul mRNA tertentu) dari
nukleus, dan GTPase-accelerating protein (GAP) Ran, nukleus. Molekul kargo untuk diekspor membawa nuclear
yang terutama terdapat di sitoplasma. Bentuk terikat-GTP export signal (NES). Protein-protein Ran terlibat dalam
Ran cenderung berada di nukleus dan bentuk terikat-GDP proses ini, dan kini dipastikan bahwa proses impor dan
cenderung di sitoplasma. Konformasi dan aktivitas molekul ekspor memiliki sejumlah kesamaan. Famili importin dan
Ran bervariasi bergantung pada apakah GTP atau GDP yang eksportin disebut sebagai karyoferin.
terikat padanya (keadaan terikat pada GTP bersifat aktif; lihat
Sistem lain berperan dalam translokasi sebagian besar
pembahasan tentang protein G di Bab 42). Asimetri antara
molekul mRNA. mRNA ini diekspor dari nukleus ke
nukleus dan sitoplasma—dalam kaitannya dengan salah satu
sitoplasma sebagai kompleks ribonukleoprotein (RNP) yang
(Terlipat)
C + I
NLS
I
GAP
C R R
GDP P H2O GTP
1
Sitoplasma
Amplop
NPC
nukleus
Nukleoplasma Berikatan dengan NLS
α
C = Kargo
R GTP
I = Importin (S)
GEF R = Ran β
GDP
I Berikatan dengan protein
GDP
C + R di NPC
R GAP = GTPase-accelerating protein
GTP GEF = Guanine nucleotide
C GTP exchange factor
I NLS = Sinyal lokalisasi nukleus
NPC = Kompleks pori nukleus
GAMBAR 49–4 Skema (disederhanakan) masuknya protein ke dalam nukleoplasma. Molekul

kargo (C) di sitoplasma berinteraksi melalui NLS-Nya membentuk kompleks dengan importin (I). (baik
importin α saja maupun importin α dan importin β.) Kompleks ini kemudian berinteraksi dengan Ran
(R)·GDP dan melintasi NPC ke dalam nukleoplasma. Di nukleoplasma, Ran·GDP diubah menjadi Ran·GTP
oleh (GEF), menyebabkan perubahan konformasi Ran sehingga molekul kargo dibebaskan. Kemudian
kompleks importin-Ran·GTP meninggalkan nukleoplasma melalui NPC untuk kembali ke sitoplasma. Di
sitoplasma, akibat kerja GTPase-accelerating protein (GAP), yang mengubah GTP menjadi GDP, importin
dibebaskan untuk ikut serta dalam siklus impor berikutnya. Ran·GTP adalah bentuk aktif kompleks, dan
bentuk Ran·GDP diperkirakan inaktif. Direksionalitas (keterarahan) diyakini ada pada seluruh proses
dengan terlepasnya Ran·GTP di sitoplasma. (Dimodifikasi, dengan izin, dari Lodish H, et al: Molecular Cell
Biology, 6th ed. W.H. Freeman & Co, 2008.)

menempel pada protein yang disebut pengekspor mRNP. plasmalogen, kolesterol, asam empedu), purin, asam amino,
Pengekspor mRNA merupakan molekul heterodinamik dan hidrogen peroksida. Peroksisom dibungkus satu lapis
(yi. terdiri dari dua subunit berbeda, TAP [disebut juga membran dan berisi lebih dari 50 enzim; katalase dan urat
Nfx1] dan Nxt-1) yang membawa molekul RNP melalui oksidase adalah enzim penanda untuk organel ini. Protein-
NPC. Ran tidak berperan. Sistem ini tampaknya proteinnya disintesis di poliribosom sitosol dan dilipat
menggunakan hidrolisis ATP oleh suatu RNA helikase sebelum diimpor. Jalur impor sejumlah protein dan
(Dbp5) agar translokasi dapat berlangsung. enzimnya telah diteliti, sebagian adalah komponen matriks
GTPase monomerik kecil lain (mis. ARF, Rab, Ras, (Gambar 49–5) dan sebagian lagi komponen membran.
dan Rho) penting dalam berbagai proses sel lain, seperti Paling tidak dua sekuens pengarah matrik-peroksisom
pembentukan dan transpor vesikel (ARF dan Rab; lihat (PTS, peroxisomal-matrix targeting sequences) telah
bawah), proses pertumbuhan dan diferensiasi tertentu (Ras), diketahui. Salah satunya, PTS1, adalah suatu tripeptida
dan pembentuk aktin sitoskeleton (Rho). Proses yang (yi, Ser-Lys-Leu [SKL], tetapi variasi terhadap sekuens ini
melibatkan GTP dan GDP juga penting dalam transpor telah ditemukan) yang bertempat di terminal karboksil
protein melintasi membran RE (lihat bawah). sejumlah protein matriks, termasuk katalase. Yang kedua,
PTS2, berada di terminal-N dan ditemukan pada setidaknya
empat protein matriks (mis. tiolase). Kedua sekuens ini tidak
PROTEIN YANG DIIMPOR KE DALAM
dipotong setelah protein masuk ke dalam matriks. Protein
PEROKSISOM MEMILIKI SEKUENS yang mengandung sekuens PTS1 membentuk kompleks
PENGARAH UNIK dengan protein reseptor sitosol (Pex5) dan protein yang
Peroksisom merupakan organel penting yang berperan mengandung sekuens PTS2 membentuk kompleks dengan
dalam aspek metabolisme sejumlah besar molekul, protein reseptor lain (Pex7). Kompleks yang dihasilkan
mencakup asam lemak dan lipid-lipid lain (mis. kemudian berinteraksi
Katalase (terlipat)
PTS (terminal-C)
Pex 5
Pex 5
Pex14
Membran
peroksisom
Kompleks Matriks
Pex2/10/12
PTS utuh
GAMBAR 49–5 Skema masuknya protein ke dalam matriks peroksisom. Protein yang akan
diimpor ke dalam matriks disintesis di poliribosom sitosol, mencapai bentuk terlipatnya sebelum
impor, dan memiliki sekuens pengarah-peroksisom terminal-C (PTS). Protein ini berinteraksi dengan
protein reseptor sitosol Pex5, dan kompleks ini kemudian berinteraksi dengan reseptor pada
membran peroksisom, Pex14. Selanjutnya, kompleks protein-Pex 14 melewati kompleks 2/10/12 di
membran peroksisom dan ditranslokasi. Pex 5 kembali ke sitosol. Protein mempertahankan PTS-nya di
dalam matriks. (Dimodifikasi, dengan izin, dari Lodish H, et al: Molecular Cell Biology, 6th ed. W.H.
Freeman & Co, 2008.)

dengan kompleks reseptor membran, Pex2/10/12, yang

mentranslokasi kompleks protein yang akan diimpor ke
PROTEIN MENYORTIR MELALUI
dalam matriks. Protein yang berperan dalam transpor lebih CABANG RE KASAR YANG MEMILIKI
lanjut protein ke dalam matriks juga ada. Pex5 didaur-ulang
ke sitosol. Sebagian besar protein membran peroksisom PEPTIDA SINYAL TERMINAL-N
diketahui tidak mengandung kedua sekuens pengarah di Seperti ditunjukkan sebelumnya, cabang RE kasar adalah
atas, tetapi mengandung sekuens lain. Sistem impor dapat cabang kedua yang terlibat dalam sintesis dan penyortiran
menangani oligomer utuh (mis. katalase tetramerik). protein. Di cabang ini, protein memiliki peptida sinyal
Impor protein matriks membutuhkan ATP, sedangkan impor terminal-N dan disintesis pada poliribosom terkait-
protein membran tidak. membran. Secara umum translokasi ke dalam lumen RE
kasar sebelum lanjut menyortir (Gambar 49–2). Membran
Sebagian Besar Kasus Sindrom Zellweger protein tertentu dipindahkan langsung ke membran RE
tanpa melewati lumen.
Disebabkan oleh Mutasi di Gen yang Sebagai karakteristik peptida sinyal terminal-N
Berperan dalam Biogenesis Peroksisom diringkaskan pada Tabel 49–5 .
Ketertarikan mengenai impor protein ke dalam peroksisom Ada banyak bukti yang mendukung hipotesis sinyal,
didorong oleh studi-studi tentang sindrom Zellweger. mengonfimasi bahwa peptida sinyal terminal-N berperan
Keadaan ini muncul sejak lahir dan ditandai oleh dalam proses translokasi protein melintasi membran ER.
gangguan saraf berat dan pasien seringkali meninggal Sebagai contoh, protein mutan yang mengandung peptida
dalam waktu setahun. Jumlah peroksisom dapat bervariasi sinyal yang berubah dengan asam amino hidrofobik diganti
dari hampir normal hingga sancta sekali tidak ada pada oleh asam amino hidrofilik; protein ini tidak disisipkan ke
sebagian pasien. Temuan biokimiawi mencakup akumulasi dalam lumen RE. Protein non membran ( mis. α-globin)
asam lemak rantai yang sangat panjang, kelainan sintesis yang memiliki peptida sinyal (dilekatkan dengan rekayasa
asam empedu, dan penurunan plasmalogen yang mencolok. genetika) dapat disisipkan ke dalam lumen RE, atau bahkan
Penyakit ini dipercayai disebabkan oleh mutasi di gen-gen disekresikan.
yang menyandi protein tertentu—apa yang disebut sebagai
peroksin—yang berperan dalam berbagai tahap Translokasi protein ke RE mungkin Co-
biogenesis peroksisom (misalnya impor protein yang
dijelaskan sebelumnya), atau di gen-gen yang menyandi translasi atau Pascatranslasi
enzim peroksisom itu sendiri. Dua keadaan lainnya yang Kebanyakan protein nasen ditransfer melintasi membran ER
terkait erat adalah adrenoleukodistrofi neonatus dan ke dalam lumen dengan jalur kotranslasional, disebut
penyakit Refsum infantilis. Sindrom Zellweger dan kedua demikian karena proses terjadi selama sintesis protein
keadaan ini mencerminkan suatu spektrum dengan berlangsung. Proses elongasi bagian yang tersisa dari protein
gambaran yang tumpang-tindih, dengan sindrom Zellweger yang disintesis mungkin memfasilitasi bagian dari protein
adalah jenis yang paling parah (banyak protein yang nascent melintasi lapisan ganda lipid. Itu adalah penting
terkena) dan penyakit Refsum infantilis yang paling ringan bahwa protein disimpan dalam keadaan tidak dilipat
(hanya satu atau beberapa protein yang terkena). Tabel 49–4 sebelum memasuki kanal melakukan—sebaliknya, mungkin
mencantumkan gambaran penyakit ini dan penyakit- tidak dapat memperoleh akses ke kanal. Jalur melibatkan
penyakit terkait. sejumlah protein khusus dan hasil dalam 5 langkah diringkas
di bawah ini dan di (Gambar 49–6).
TABEL 49–4 Gangguan Akibat Kelainan Peroksisom Tahap 1: Sekuens sinyal muncul dari ribosom dan
berikatan dengan signal recognition particle (SRP). Signal
Nomor OMIM a
recognition particle (SRP) berisi enam protein yang terkait
Sindrom Zellweger 214100 dengan molekul RNA yang terkait dengan itu. Kedua
Adrenoleukodistrofi neonatus 202370
molekul RNA dan protein yang memainkan berbagai peran
(seperti mengikat molekul lain) dalam fungsinya. Proses ini
Penyakit Refsum infantilis 266510
menahan (secara teniporer) perpanjangan rantai polipeptida
Asidemia hiperpipekolat 239400
Kondrodisplasia pungtata rizomelik 215100
R
Adrenoleukodistrofi 300100
Adrenoleukodistrofi pseudoneonatus 264470 • Biasanya, tetapi tidak selalu, terletak di terminal amino
Sindrom pseudo-Zellweger 261515 • Mengandung sekitar 12-35 asam amino
Hiperoksaluria tipe 1 259900 • Metionin biasanya adalah asam amino di terminal amino
Akatalasemia 115500 • Mengandung kelompok asam amino hidrofobik di bagian
Defisiensi glutaril-KoA oksidase 231690 sentral (sekitar 6-12)
• Regio dekat terminal-N biasanya memiliki muatan netto positif
Sumber: Diproduksi ulang dengan izin, dari Seashore MR, Wappner RS: Genetics
in Primary Care & Clinical Medicine. Appleton & Lange, 1996. • Residu asam amino di tempat pemotongan bervariasi, tetapi residu
aOMIM, Online Mendelian Inheritance in Man. Setiap angka menunjukkan suatu -1 dan -3 relatif terhadap tempat pemotongan harus kecil dan netral
referensi, tempat informasi mengenai masing-masing dari penyakit di atas dapat
ditemukan

3´ mRNA
5´ Sekuens tunggal
3´
5´ SRP
Tahap 1
Tahap 2 Tahap 3 Tahap 4
5´ 3´ 5´ 3´ 5´ 3´
Reseptor
Translokon SRP
Sinyal peptidase
Lumen retikulum
endoplasma Tahap 5
GAMBAR 49–6 Pengarahan kotranslasional protein sekretorik ke RE . Tahap 1: Saat sekuens sinyal muncuI dari ribosom,
sekuens tersebut dikenali dan diikat oleh signal recognition particle (SRP). Tahap 2: SRP membawa kompleks ke membran RE
tempat kompleks berikatan dengan reseptor SRP (SR). Tahap 3: SRP dibebaskan, ribosom berikatan dengan translokon, dan
sekuens sinyal disisipkan ke dalam kanal membran. Tahap 4: Sekuens sinyal membuka translokon.Translasi dimulai kembali
dan rantai polipeptida yang memanjang ditranslokasi melintasi membran. Tahap 5: Pemotongan sekuens sinyal oleh sinyal
peptidase membebaskan polipeptida ke dalam lumen RE. (Direproduksi, dengan izin, dari Cooper GM, Hausman RE: The Cell: A
Molecular Approach. Sinauer Associates, Inc, 2009.)
(penahanan elongasi) setelah sekitar 70 asam amino konduktans (sifat hantaran) sepanjang membran RE ketika
mengalami polimerisasi. menutup. Tertutupnya kanal saat protein tidak sedang
Tahap 2: Kompleks protein nasen-ribosom-SRP ber- ditrans-lokasi mencegah ion-ion, seperti kalsium dan molekul
gerak ke membran RE, tempat kompleks ini berikatan lain keluar melalui kanal dan menyebabkan disfungsi sel.
dengan reseptor SRP (SRP-R), protein membran RE yang Tahap 5: Pemotongan peptida sinyal oleh sinyal
terdiri dari subunit α dan a, yang terakhir mencakup peptidase terjadi, dan protein/polipeptida yang telah
membran ER. SRP menuntun kompleks ke SR, yang sepenuhnya dipindahkan dibebaskan ke dalam lumen RE.
mencegah pembebasan dini polipeptida yang sedang Peptida sinyal kemungkinan diuraikan oleh protease. Ribosom
memanjang ke sitosol. dibebaskan dari membran RE dan mengalami disosiasi
Tahap 3: SRP dibebaskan, translasi dimulai kembali, menjadi dua jenis subunit.
ribosom berikatan dengan translokon (kompleks Sec 61), Protein sekretori dan protein larut yang ditentukan
dan peptida sinyal disisipkan ke dalam kanal di translokon. berada di organel sebelah distal RE akan menembus lapisan
SRP dan kedua subunit SR dapat mengikat GTP, SRP dan ganda membran secara sempurna dan dikeluarkan ke
SR harus dalam bentuk GTP untuk dapat berinteraksi. Jika dalam lumen RE. Sejumlah besar protein sekretorik
protein-protein ini berikatan, hidrolisis GTP distimulasi, mengalami glikosilasi di terminal-N. Rantai N-glikan,
SRP dibebaskan, dan ribosom berikatan dengan translokon, jika ada, ditambahkan oleh enzim oligosakarida:protein
memungkinkan peptida sinyal untuk masuk. transferase (lihat Bab 46) sewaktu protein ini melintasi
Tahap 4: Peptida sinyal menginduksi pembukaan kanal bagian dalam membran RE—suatu proses yang disebut
di translokon dengan mengikat residu hidrofobik tertentu glikosilasi kotranslasional. Kemudian, glikoprotein ini
pada translokon sehingga menyebabkan sumbat (ditunjukkan berada di lumen aparatus Golgi, tempat terjadinya
di bagian bawah translokon di Gambar 49–6) berpindah. perubahan-perubahan lebih lanjut pada rantai glikan (Bab
Polipeptida yang sedang memanjang kemudian ditranslokasi 46) sebelum protein didistribusikan di dalam sel atau
melintasi membran, didorong oleh sintesisnya yang sedang disekresi.
berlangsung. Translokon terdiri dari tiga protein membran Sebaliknya, protein yang terbenam di membran RE serta
(kompleks Sec 61) yang membentuk kanal penghantar serta membran-membran lain di sepanjang jafur sekretorik
protein di membran RE yang dapat dilewati oleh protein hanya ditranslokasi sebagian melintasi membran RE (tahap 1-4,
yang baru dibentuk. Kanal ini tampaknya membuka hanya di atas).
jika terdapat peptida sinyal, dan mempertahankan

Hsp70 PROTEIN MENGIKUTI BEBERAPA

1 2
RUTE UNTUK DISISIPKAN KE DALAM
Sec
3
ATAU DILEKATKAN PADA MEMBRAN
Membran
62/63
RETIKULUM ENDOPLASMA
RE Rute yang diikuti oleh protein agar dapat tersisip ke
translokon
dalam membran RE adalah sebagai insersi kontrans-
Sec61 lasional; penyisipan pascatranslasi; retensi di AG diikuti oleh
BiP pengambilan ke RE; dan pengangkutan retrograde dari AG.
ATP ATP
ADP
ADP Penyisipan Kotranslational membutuhkan
ATP
ADP ATP
Pemberhentian transfer Sekuen atau Internal
Penyisipan Sekuen
GAMBAR 49–7 Pasca translasional translokasi pada protein ke
dalam RE. 1. Protein disintesis di sitosol dicegah dari lipat oleh protein (Gambar 49–8) memperlihatkan berbagai cara protein
pendamping seperti anggota famili Hsp70. Sekuens sinyal terminal-N didistribusikan dalam membran. Secara khusus, terminal
memasukkan ke dalam kompleks translokon Sec61 dan chaperone amino protein tertentu (mis. reseptor LDL) dapat ditemukan
sitosol dilepaskan. BiP berinteraksi dengan protein dan Sec62 / 63 pada permukaan ekstrasitoplasma, sementara untuk protein
kompleks dan ATP terkait yang dihidrolisis menjadi ADP. 2. Protein
dicegah dari bergerak kembali ke sitosol oleh BiP terkait dan mengikat
yang lain (mis. reseptor asialoglikoprotein), terminal
berurutan BiP dan hidrolisis ATP menarik protein ke dalam lumen. 3. karboksil terdapat pada permukaan ini. Proses-proses
Ketika seluruh protein di dalam, ADP dipertukarkan untuk ATP dan BiP biosintesis awal pada membran RE harus diketahui untuk
dilepaskan. menjelaskan hal ini. Reseptor LDL memasuki membran RE
dengan cara yang serupa dengan yang dilakukan oleh protein
sekretorik (Gambar 49–6); sebagian reseptor ini
menyebrangi membran RE, peptida sinyalnya dipotong, dan
Protein ini dapat menyisip ke dalam membran RE melalui pe- terminal aminonya menonjol ke dalam lumen (lihat juga
mindahan lateral melalui dinding translokon (lihat di bawah). Gambar 49–14). Namun, reseptor ini dipertahankan di
Translokasi pascatranslasi protein ke RE terjadi pada membran karena mengandung suatu segmen yang sangat
eukariota, meskipun kurang umum daripada rute hidrofobik halt- or stop-transfer signal dan menyebabkan
kotranslasional. Proses (Gambar 49–7) melibatkan retensi dalam membran (Gambar 49–9). Sekuens ini
kompleks translokon Sec61, kompleks Sec62/Sec63 yang memiliki terminal-N akhir dalam lumen ER dan terminal-C
juga terkait membran, dan protein chaperone dari famili di sitosol; sinyal berhenti transfer membentuk segmen
Hsp70. Beberapa hal tersebut mencegah protein lipat dalam transmembran tunggal protein dan domain membran-
sitosol, tapi salah satu darinya, protein pengikat rantai penahannya. Protein ini diyakini keluar translokon ke
berat imunoglobulin (binding immunoglobulin protein, membran dengan pintu gerbang (gate) lateral yang yang
BiP), adalah dalam lumen RE. Protein akan translokasi membuka dan menutup secara terus menerus mengizinkan
awalnya yang mengikat tranlokon, dan chaperone sitosol sekuens hidrofobik untuk memasuki lapisan ganda lipid.
dilepaskan. Akhir terkemuka peptida kemudian mengikat
BiP di lumen. ATP terkait untuk BiP berinteraksi dengan Bagian kecil membran RE, tempat beradanya reseptor
Sec62/63, ATP dihidrolisis menjadi ADP memberikan energi LDL yang baru disintesis, kemudian membentuk tonjolan
untuk berpindah ke depan protein, sedangkan terkait BiP- (buds off) menjadi komponen suatu vesikel transpor yang
ADP mencegahnya bergerak mundur ke dalam sitosol. Hal akhirnya berfusi dengan membran plasma sehingga terminal-
ini kemudian dapat ditarik melalui dengan berurutan C menghadap sitosol dan terminal-N kini menghadapi luar sel
mengikat molekul BiP dan hidrolisis ATP. Ketika seluruh (Gambar 49–14) . Sebaliknya, reseptor asialoglikoprotein
protein telah memasuki ke lumen, ADP dipertukarkan tidak memiliki peptida sinyal terminal-N yang dapat dipotong
untuk ATP, mengizinkan BiP akan dibebaskan. Selain tetapi memiliki sekuens insersi internal, yang masuk ke dalam
fungsinya dalam protein penyortiran untuk lumen RE, BiP membran, tetapi tidak dipotong. Sekuens ini berfungsi sebagai
mendorong pelipatan yang tepat dengan mencegah jangkar, dan terminal karboksilnya dikeluarkan melalui membran
agregasi dan akan mengikat rantai berat imunoglobulin yang ke dalam lumen RE. Sitokrom P450 ini berlabuh dengan cara
salah-lipat (secara temporer) dan banyak protein lain, yang sama, tapi terminal-N, bukan terminal-C, diekstrusi ke
mencegah protein tersebut meninggalkan RE. lumen. Disposisi yang lebih kompleks pengangkut
Terdapat bukti bahwa membran RE berperan dalam transmembran (mis, untuk glukosa) yang mungkin memiliki
transpor retrograd berbagai molekul dari lumen RE ke melintasi membran hingga 12 kali, dapat dijelaskan oleh
sitosol. Molekul-molekul ini mencakup glikoprotein, nyataan bahwa α-heliks transmembran dapat berfungsi
glikopeptida, dan oligosakarida. Paling tidak sebagian molekul sebagai sekuens insersi yang tidak terpotong dan sebagai halt-
ini diuraikan di proteasom (lihat bawah). Peran serta transfer signal, secara berturut-turut. Masing-masing
translokon pada retrotranslokasi belum jelas; satu atau lebih pasangan segmen heliks disisipkan sebagai suatu jepit
kanal lain mungkin ikut berperan. Bagaimana pun faktanya, rambut. Sekuens yang menentukan struktur suatu protein di
terdapat lalu-lintas dua-arah menembus membran RE. membran disebut sekuens topogenik.

C N Lumen RE/eksterior sel

N
RE/Membran
plasma
C
C N C
Sitosol
Tipe protein
transmembran: I II III IV
GAMBAR 49–8 Variasi cara protein disisipkan ke dalam membran. Skema ini, yang menggambarkan
sejumlah orientasi. Orientasi terbentuk pertama kali di membran RE, tetapi dipertahankan ketika
vesikel melepas dan menyatu dengan membran plasma (lihat Gambar 46–14), sehingga terminal
awalnya menghadap lumen RE selalu menghadap luar sel. Protein transmembran tipe I (mis, reseptor LDL
dan hemaglutinin influenza) hanya sekali menembus membran dan terminal aminonya terdapat di bagian
eksterior membran. Protein transmembran tipe II (mis, reseptor asialoglikoprotein dan transferin) juga
menembus membran satu kali, tetapi dengan terminal karboksil di sebelah eksterior. Protein
transmembran tipe III (mis, sitokrom P450, sebuah protein membran RE) peletakannya serupa dengan
protein tipe I, tetapi tidak memiliki peptida sinyal yang dapat dipotong. Protein transmembran tipe IV (mis,
G-protein-coupled receptors dan pengangkut glukosa) menembus membran beberapa kali (7 kali untuk G-
protein-coupled receptor dan 12 kali untuk pengangkut glukosa); protein ini juga disebut protein membran
politopik. (C, terminal karboksil; N, terminal amino.)
Sitosol C
5´ 3´ 5´ 3´ 5´ 3´ 5´ 3´
Sinyal Sekuens Dilihat dari atas Dilihat dari atas

peptidase stop-transfer
N
Sekuens N
sinyal
Sekuens
Lumen retikulum stop-transfer
endoplasma
GAMBAR 49–9 Penyisipan protein membran dengan sekuens sinyal yang dapat dipotong dan satu sekuens stop-transfer.
Sekuens sinyal dipotong saat rantai polipeptida melintasi membran, sehingga terminal amino rantai polipeptida terpajan di lumen
RE. Namun, translokasi rantai polipeptida melintasi membran tertahan saat translokon rnengenali sekuens stop-transfer
transmembran sehingga translokon menutup dan memungkinkan protein keluar kanal secara lateral dan menjadi tertambat pada
membran RE. Translasi yang berlanjut menyebabkan protein yang menembus-membran dengan terminal karboksinya ada di
bagian sitosol. (Direproduksi, dengan izin, dari Cooper GM, Hausman RE: The Cell: A Molecular Approach. Sinauer Associates, Inc,
2009.)

Reseptor LDL, reseptor asialoglikoprotein, dan transporter TABEL 49–6 Sebagian Chaperone dan enzim yang Terlibat
glukosa adalah contoh protein transmembran tipe I, tipe dalam Pelipatan yang Terletak di Retikulum Endoplasma
II, dan tipe IV dan ditemukan dalam membran plasma, Kasar
sedangkan sitokrom p450 adalah anggota tipe III protein • BiP (protein pengikat rantai berat imunoglobulin)
yang tetap di membran RE (Gambar 49–8). • GRP94 (glucose-regulated protein)
• Kalneksin
Sintesis Poliribosom Bebas dan Perlekatan • Kalretikulin
Pascatranslasinya pada Membran Retikulum • PDI (protein disulfida isomerase)

• PPI (peptidil prolil cis-trans isomerase)
Endoplasma
Protein dapat memasuki membran RE pascatranslasi melalui Chaperone penting lainnya adalah kalneksin, suatu
pintu lateral dalam translokon dalam cara yang mirip dengan protein pengikat kalsium yang terletak di membran RE.
molekul disortir secara kotranslasional. Salah satu contoh Protein ini mengikat beragam protein, termasuk antigen
adalah sitokrom b5, yang tampaknya langsung masuk ke histokompatibilitas campuran (MHC) dan bermacam-
membran RE setelah translasi, dibantu oleh beberapa macam protein plasma. Seperti disebutkan pada Bab 46,
chaperones. kalneksin mengikat spesies glikoprotein ter-monoglikosilasi
yang terjadi selama pemrosesan glikoprotein, yang akan
Rute Lain Termasuk Retensi di Aparatus menahannya dalam RE sampai glikoprotein terlipat
Golgi dengan Perolehan Kembali ke RE serta dengan benar. Kalretikulin, yang juga merupakan protein
pengikat kalsium memiliki sifat serupa dengan kalneksin;
Transpor Retrograd dari Aparatus Golgi
protein ini tidak terikat-membran. Chaperone bukan satu-
Sejumlah protein memiliki sekuens asam amino KDEL (Lys- satunya protein di lumen RE yang berkaitan dengan
Asp-Glu-Leu) di terminal karboksilnya (lihat Tabel 49–1). pelipatan protein yang tepat. Terdapat dua enzim yang
Protein yang mengandung KDEL mula-mula bergerak ke GA berperan aktif dalam pelipatan. Protein disulfida
di vesikel pengangkut COP II (COPII) (lihat bawah). Proses isomerase (PDI) mendorong pembentukan dan
ini dikenal sebagai transpor vesikuler anterograd. Dalam GA penggantian cepat ikatan-ikatan disulfida sampai diperoleh
berinteraksi di sana dengan protein reseptor KDEL spesifik, susunan yang tepat. Peptidil prolil isomerase (PPI)
yang menahan protein ini secara sementara. Protein ini mempercepat pelipatan protein yang mengandung prolin
kemudian kembali dalam vesikel transpor COPI menuju RE dengan mengatalisis isomerisasi cis-trans ikatan-ikatan X-
(transpor vesikuler retrograde), tempat protein ini terlepas Pro, dan X adalah residu asam amino apapun.
dari reseptor sehingga diperoleh kembali. Sekuens HDEL (H =
Protein yang salah-lipat (misfolited) atau tidak terlipat
histidin) memiliki fungsi yang mirip. Proses-proses di atas
sempurna berinteraksi dengan chaperone, chaperone
menghasilkan lokalisasi netto protein larut tertentu ke dalam
menahan protein tersebut di RE dan mencegahnya diekspor
lumen RE.
ke tujuan akhir. Jika interaksi semacam ini berlangsung
Beberapa protein tanpa-KDEL lain juga hergerak ke
dalam jangka waktu yang panjang, protein yang salah lipat
Golgi dan kemudian kembali, melalui transpor vesikular
biasanya dibuang melalui penguraian terkait retikulum
retrograd, ke RE untuk disisipkan di sana. Protein-protein
endoplasma (endoplasmic reticulum-associated
ini mencakup komponen vesikel yang harus didaur
degradation, ERAD). Hal ini mencegah penumpukan
ulang, serta protein membran RE tertentu. Protein-
protein salah-lipat yang berbahaya. Pada sejumlah penyakit
protein ini sering memiliki sinyal terminal-C yang bertempat
genetik, seperti fibrosis kistik, terjadi penahanan protein
di sitosol yang kava akan residu basa.
salah-lipat di RE, dan pada beberapa kasus, protein yang
Dengan demikian, berbagai rute berperan dalam
tertahan masih menunjukkan sebagian aktivitas
penyusunan protein-protein membran RE; situasi serupa
fungsional. Seperti akan dibahas selanjutnya dalam bab ini,
mungkin berIaku untuk membran lain (mis. membran
terdapat perhatian besar untuk menemukan obat yang akan
mitokondria dan membran plasma). Pada beberapa kasus
berinteraksi dengan protein semacam ini dan mendorong
sudah diketahui adanya sekuens pengarah yang pasti (mis.
pelipatan serta ekspor (keluar RE) yang tepat.
sekuens KDEL).
Topik biogenesis membran dibahas lebih lanjut di bab
ini. PROTEIN YANG GAGAL MELIPAT
FUNGSI RE SEBAGAI MENGALAMI DEGRADASI
PENGENDALIAN KUALITAS ENDOPLASMIK
Menjaga homeostasis di RE penting agar sel berfungsi
KOMPARTEMEN DARI SEL normal. Saat lingkungan dalam lumen RE yang khas
Setelah memasuki ER, protein yang baru disintesis mencoba terganggu (mis. perubahan Ca2+ RE, perubahan keadaan
untuk melipat dengan bantuan chaperone dan enzim lipat, redoks, pajanan terhadap berbagai toksin atau beberapa
dan status lipat dipantau oleh chaperone dan juga enzim virus), hal ini dapat menyebabkan kapasitas pelipatan
(Tabel 49–6). protein menurun dan protein salah-lipat menumpuk.
Penumpukan protein salah-lipat di RE disebut sebagai

TABEL 49–7 Beberapa Penyakit Konformasi yang Peptida

Disebabkan oleh Abnormalitas Transpor Intrasel Protein
dan Enzim Spesifik Akibat Mutasia
Penyakit Protein yang Terkena
Proteasom
Defisiensi α1-Antitripsin α1-Antitripsin
dengan penyakit hati
Sindrom Chediak-Higashi Regulator lalu-lintas lisosom

Defisiensi gabungan faktor V dan ERGIC53, suatu lektin Poliubikuitin
VIII pengikat manosa
Fibrosis kistik CFTR
Diabetes mellitus [sejumlah kasus] Reseptor insulin (subunit α)
Hiperkolesterolemia familial, Reseptor LDL
Kanal Protein target
dominan autosom
Penyakit Gaucher β-Glukosidase
Hemofilia A dan B Faktor VIII dan IX
Hemokromatosis herediter HFE ER
Sindrom Hermansky-Pudiak Subunit β3A kompleks
adaptor AP-3
Penyakit sel-I N-asetilglukosamin 1- GAMBAR 49–10 Diagram skematis proses-proses pada
fosfotransferase ERAD. Suatu protein sasaran yang salah-lipat mengalami transpor
retrograd melalui membran RE ke dalam sitosol, tempat protein ini
Sindrom okuloserebrorenai Lowe PIP2 5-fosfatase mengalami poliubikuitinasi. Setelah mengalami poliubikuitinasi,
Penyakit Tay-Sachs β-Heksoaminidase protein memasuki proteasom, untuk mengalami penguraian di
dalamnya menjadi peptida-peptida kecil yang akan keluar dan
Penyakit von Willebrand Faktor von Willebrand mungkin menjalani beberapa nasib. Molekul ubikuitin yang terlepas
Singkatan : PIP2, fosfatidilinositol 4,5-bifosfat. kemudian didaur ulang. Beberapa protein, seperti Sec61, Derlin 1
aLihat Schroder M, Kaufman RJ: The mammalian unfolded protein response. Annu Rev dan ligases ERAD E3, Hrd1 dan Doa10, potensi kandidat kanal ERAD.
Biochem 2005;74:739 and Olkonnen V, Ikonen E: Genetic defects of intracellular Namun, tidak ada bukti yang jelas untuk menunjukkan bahwa kanal
membrane transport. N Eng J Med 2000;343:10095. ada dan mekanisme alternatif yang melibatkan gangguan membran
juga telah diajukan.
stres RE. Sel telah mengembangkan suatu mekanisme yang proteasomes ada di sitosol. Energi untuk translokasi
disebut respon protein yang tidak terlipat (unfolded protein tampaknya paling tidak sebagian dipasok oleh p97, AAA-
response, UPR) untuk mengukur tingkat protein salah-lipat ATPase (salah satu famili ATPase yang berkaitan dengan
dan menginisiasi mekanisme pembentukan sinyal intrasel berbagai aktivitas sel), rute pasti yang dilewati protein salah-
untuk mengompensasi kondisi stres dan mengembalikan lipat saat kembali ke membran RE masih diteliti. Sejumlah
homeostasis RE. UPR diinisiasi oleh sensor stres RE, yang kandidat telah disarankan mungkin kanal transmembran
merupakan protein transmembran yang terbenam dalam untuk ERAD. Ini termasuk Sec61, kompleks yang
membran RE. Aktivasi sensor-sensor stres ini menyebabkan bertanggung jawab untuk protein masuk ke dalam RE,
tiga efek mendasar: (1) inhibisi sementara terhadap degradasi dalam RE protein 1 (derlin1), dan ERAD E3
translasi untuk menurun-kan jumlah protein yang baru ligase, Hrd1 dan Doa10. Namun, meskipun tampaknya
dibentuk, (2) induksi respons transkripsional yang beralasan untuk mengasumsikan bahwa protein harus
menyebabkan peningkatan ekspresi chaperone RE (3) keluar RE melalui pori-pori membran, ada, hingga kini,
peningkatan sintesis protein yang terlibat dalam degradasi tidak ada bukti definitif bahwa kanal tersebut ada, dan
protein salah-lipat RE (dibahas di bawah). Karena itu, UPR mungkin bahwa mekanisme yang sama sekali berbeda
meningkatkan kapasitas pelipatan RE dan mencegah digunakan. Misalnya, telah menyarankan bahwa gangguan
penumpukan produk protein tidak produktif dan mungkin membran proses yang sama dengan yang mengarah pada
toksik, selain respons Iainnya untuk mengembalikan pembentukan tetesan (droplets) lipid sitosolik, atau
homeostasis sel. Namun, jika kesalahan pelipatan tetap ada, disebabkan oleh aksi protein rhomboid, yang mengatur
jalur ke-matian sel (apoptosis) diaktifkan. Pemahaman UPR proteolisis antarmembran, mungkin dilibatkan.
yang lebih lengkap akan memberikan pendekatan baru Chaperone yang terdapat lumen RE (mis. BiP) dan
dalam menangani penyakit yang melibatkan stres RE dan disitosol mengarahkan protein salah-lipat ini keproteasom.
pelipatan protein yang defek (lihat Tabel 49–7). Sebelum memasuki proteasom, sebagian besar protein
Protein yang salah-lipat di RE terdegradasi oleh jalur mengalami ubikuitin (lihat alinea berikutnya) dan dibawa ke
ERAD (Gambar 49–10). Protein yang salah-lipat di RE proteasomes oleh protein pengikat-poliubikuitin. Ubikuitin
secara selektif akan diangkut kembali menembus RE ligase terdapat dalam membran RE.
(retrotranslokasi atau dislokasi) untuk memasuki

Ubikuitin adalah Molekul Kunci Dalam dari sekitar empat cincin dengan inti berongga yang berisi
situs aktif protease, dan satu atau dua tudung atau partikel
Penguraian Protein regulatorik yang mengenali poli ubikuitinisasi substrat dan
Terdapat dua jalur utama penguraian protein dalam eukariot. memulai degradasi (Gambar 49–11). Protein sasaran dibuka
Satu jalur melibatkan protease lisosom dan tidak memerlukan lipatannya oleh ATPase yang ada di tudung protease.
ATP Jalur lain melibatkan ubikuitin dan dependen ATP. Jalur Protease dapat menghidrolisis berbagai ikatan peptida.
ini berperan besar dalam penguraian protein, dan terutama Protein sasaran harus melewati bagian tengah ini agar dapat
berkaitan dengan pembuangan protein salah-lipat dan enzim diuraikan menjadi peptida-peptida kecil, yang kemudian
regulatorik dengan waktu-paruh yang singkat. Penelitian keluar dari proteasom untuk diuraikan lebih lanjut oleh
tentang ubikuitin telah berkembang pesat, dan ubikuitin peptidase sitosol. Protein terlibat dengan normal atau
diketahui terlibat dalam regulasi siklus sel (penguraian siklin), abnormal adalah substrat bagi proteasom. Molekul
perbaikan DNA, inflamasi dan respon imun (lihat Bab 52), ubikuitin yang telah dibebaskan dapat didaur ulang.
penciutan otot, infeksi virus, dan banyak proses fisiologis dan Proteasom berperan penting dalam menyajikan peptida-
patologis lainnya. Ubikuitin adalah protein kecil (76 asam peptida kecil yang dihasilkan oleh degradasi berbagai virus
amino), sangat terkonservasi, dan berperan kunci dalam dan molekul lain kepada molekul histokompatibilitas
menandai berbagai protein yang selanjutnya akan diuraikan di mayor kelas I, yakni suatu langkah utama dalam penyajian
proteasom. Mekanisme perlekatan ubikuitin pada protein antigen kepada limfosit T.
sasaran (mis. bentuk CFTR yang salah-lipat, protein yang
berperan dalam timbulnya fibrosis kistik; lihat Bab 40)
diperlihatkan di (Gambar 49–12) dan melibatkan tiga enzim: VESIKEL TRANSPOR ADALAH
enzim pengaktif (E1), enzim pengkonjugat (E2), dan ligase PEMAIN KUNCI DALAM LALU-
(E3). Terdapat sejumlah tipe enzim pengkonjugat, dan yang
mengejutkan, terdapat ratusan ligase yang berbeda. Ligase yang LINTAS PROTEIN INTRASEL
menentukan spesifisitas substrat. Jika molekul ubikuitin telah Sebagian besar protein yang disintesis di poliribosom terkait-
melekat pada protein, sejumlah molekul lain juga melekat membran dan ditetapkan untuk menuju aparatus Golgi atau
sehingga protein sasaran mengalami poliubikuitinisasi. membran plasma mencapai tempat tempat ini dalam vesikel
Diperkirakan bahwa paling sedikit empat molekul ubikuitin transpor. Seperti yang ditunjukkan dalam Tabel 49–8,
harus melekat agar molekul sasaran mengalami penguraian di
proteasom. Ubikuitin dapat dipotong dari protein sasaran oleh O
enzim-enzim deubikuitinisasi dan ubikuitin yang telah bebas Ub C

O−
dapat digunakan kembali.
ATP
HS E1
Protein yang Telah Mengalami AMP + PPi
O
Ubikuitinisasi Diuraikan di Proteasom
Ub C S E1
Protein sasaran yang telah mengalami ubikuitinisasi
memasuki proteasom yang terletak di sitosol. Proteasom HS E2
adalah suatu struktur silindris yang relatif besar dan terdiri HS E1
O
Ub C S E2
U
U
U
H2N LYS Pr
U
U 1 E3
HS E2
ATPase O
Ub C NH LYS Pr
Partikel Poliubikuitinasi
Situs aktif 2
regulator O
protease
Ub Ub Ub Ub C NH LYS Pr
GAMBAR 49–12 Rangkaian reaksi dalam penambahan ubikuitin

pada protein sasaran. Gugus COO− terminal karboksil pada ubikuitin
Peptida dihubungkan melalui ikatan tioester dengan gugus SH pada (E1).
3 dilepaskan Ubikuitin yang telah aktif dipindahkan ke gugus SH dari enzim konjugasi.
Dalam reakdi yang dikatalisis oleh E3, ubikuitin dipindahkan dari E2 ke
GAMBAR 49–11 Degradasi protein di proteasom. 1. Regulator gugus ε-amino Lisisn pada protein sasaran. Proses ubikuitinisasi ini
partikel mengakui protein ubikuitin yang dibuka oleh ATPase ada di dalam kemudian diulang sehingga terbentuk rantai poliubikuitin. (LYS Pr,
regulator partikel atau topi. 2. Situs aktif protease dalam inti dari ikatan protein sasaran.)
peptida penyerangan proteasom dan mendegradasi protein. 3. Peptida
dilepaskan ke sitosol untuk degradasi lebih lanjut oleh peptidase sitosol.

TABEL 49–8 Beberapa Jenis Vesikel dan Fungsinya Sar1 adalah protein yang terlibat dalam tahap 1 dari
pembentukan vesikel COPII, sedangkan ARF terlibat dalam
Vesikel Fungsi
pembentukan COPI dan vesikula berlapis-klatrin. Fungsi dari
COPI Berperan dalam transpor intra- berbagai protein yang terlibat dalam pengolahan vesikel dan
aparatus Golgi dan transpor retrograd singkatan yang digunakan diperlihatkan Table 49–9.
dari aparatus Golgi ke RE
Terdapat beberapa tahap umum dalam pembentukan
COPII Berperan dalam ekspor dari RE vesikel transpor, pengarahan vesikel, dan fusi dengan
ke ERGIC atau aparatus Golgi
membran target, terlepas dari membran yang membentuk
Klatrin Berperan dalam transpor di lokasi vesikel atau tujuan intraselnya. Sifat protein pembungkus,
pasca-aparatus Golgi mencakup
GTPase, dan faktor pengarahnya berbeda-beda tergantung
membran plasma, TGN, dan endosom
pada asal terbentuknya vesikel dan tujuan akhirnya.
Vesikel sekretorik Berperan dalam sekresi yang Transpor vesikular anterograd dari RE ke Golgi melibatkan
diregulasi dari organ-organ, seperti
pankrea (mis. sekresi insulin) vesikel COPII adalah contoh terbaik dipelajari. Prosesnya
dianggap terjadi delapan tahap (Gambar 49–13). Konsep
Vesikel dari TGN ke Membawa protein ke membran
membran plasma plasma dan juga berperan dalam
dasarnya adalah bahwa setiap vesikel transpor dimuat
sekresi konstitutif dengan kargo tertentu dan juga satu atau lebih protein v-
SNARE yang mengarahkan ke sasaran. Masing-masing
Singkatan : RE, retikulum endoplasma; ERGIC, ER-GA intermediate compartment; membran sasaran mengandung satu atau lebih protein t-
GA, Aparatus Golgi; PM, membran plasma; TGN, jaringan trans-Golgi.
Catatan : Setiap vesikel memiliki susunan protein pembungkus sendiri. Klatrin berikatan SNARE padanannya, yaitu protein yang berinteraksi dengan
dengan berbagai protein adaptor, membentuk berbagai jenis vesikel klatrin, protein v-SNARE, interaksi ini memerantarai fusi membran-
berbagai vesikel klatrin ini memiliki sasaran intrasel berbeda.
vesikel dependenprotein SNARE. Selain itu, protein Rab juga
membantu mengarahkan vesikel ke membran spesifik dan
ada beberapa tipe vesikel. Tipe lain dari vesikel mungkin terlibat dalam penambatan (tethering), sebelum penyandaran
masih harus ditemukan. (docking) vesikel pada membran sasaran.
Setiap vesikel telah menetapkan sendiri protein selubung.
Klatrin digunakan dalam vesikel ditujukan untuk eksositosis Tahap 1: Pembentukan tunas dimulai ketika Sar1
(lihat pembahasan tentang reseptor LDL di Bab 25 dan 26), diaktifkan oleh pengikatan pada GTP, dan ditukar untuk
begitu juga vesikel tertentu yang membawa kargo ke lisosom. GDP melalui kerja Sec12 (Tabel 49–9), beralih dari sebuah
Protein ini terdiri dari tiga spiral saling mengunci, yang larut ke bentuk terkait membran dengan menyebabkan
berinteraksi untuk membentuk kisi sekitar vesikel. Vesikel perubahan konformasi yang mengekspos ekor hidrofobik.
yang terlibat dalam transpor anterograd (COPII) dari RE ke Oleh karena itu menjadi membenamkannya pada membran
aparatus Golgi dan dalam transpor retrograd (COPI) dari RE, membentuk titik fokus untuk penyusunan vesikel.
Golgi ke RE umumnya bebas-klatrin. Mengangkut dan Tahap 2: Berbagai protein selubung berikatan dengan
sekresi vesikel yang membawa kargo dari AG (aparatus Sar·GTP. Selanjutnya, protein kargo membran berikatan
Golgi) ke MP (membran plasma) juga bebas-klatrin. Disini
kita terutama berfokus pada COPII, COPI dan vesikel
berselubung klatin. Setiap jenis vesikel ini memiliki TABEL 49–9 Beberapa Faktor yang Berperan dalam
komplemen protein berbeda pada selubungnya. Agar lebih Pembentukan Vesikel yang Tidak Berselubung-Klatrin
jelas, vesikel tidak berselubung-klatrin dalam buku ini dan Pengangkutannya
disebut vesikel transpor. Prinsip-prinsip mengenai • ARF: faktor ribosilasi ADP, suatu GTPase yang berperan dalam
penyusunan berbagai jenis vesikel ini umumnya serupa, pembentukan COPI serta vesikel berselubung-klatrin.
meskipun beberapa rincian dari perakitan untuk COPII dan • Protein selubung: suatu famili protein yang ditemukan di vesikel
vesikula berlapis-klatrin berbeda dari yang untuk COPII berselubung. Vesikel transpor berbeda memiliki komplemen protein
(lihat di bawah). selubung yang berbeda.
• NSF: Faktor peka-NEM, suatu ATPase.
Model Vesikel Transpor Melibatkan SNARE • Sar1: Suatu GTPase yang berperan penting dalam penyusunan
dan Faktor Lain vesikel COPII.
• Sec12: Suatu guanine nucleotide exchange factor (GEF) yang
Vesikel terletak di jantung transpor intrasel banyak protein. mengubah Sar1·GDP menjadi Sar1·GTP atau sebaliknya.
Yang sangat krusial terutama penggunaan pendekatan • α-SNAP: Soluble NSF attachment protein. Bersama dengan NSF,
genetik untuk mempelajari vesikel di ragi oleh Schekman protein ini berperan dalam disosiasi kompleks SNARE.
dkk, serta pengembangan sistem bebas-sel untuk mempe- • SNARE: Reseptor SNAP. SNARE adalah molekul kunci dalam fusi
lajari pembentukan vesikel oleh Rothman dkk. Contohnya, vesikel dengan membran akseptor.
dengan mikroskop elektron, pembentukan tunas vesikel dari • t-SNARE: Target SNARE.
preparat Golgi yang diinkubasi bersama sitosol, ATP dan
• v-SNARE: Vesikel SNARE.
GTP-γ dapat diamati. Mekanisme keseluruhannya rumit,
• Protein Rab: Famili protein terkait-Ras (GTPase monomerik) yang
dan melibatkan berbagai protein membran dan sitosol, GTP,
pertama kali diamati pada otak tikus. Protein-protein menjadi aktif
ATP, dan taktor-faktor tambahan. Pembentukan tunas, jika mengikat GTP. Molekul Rab berbeda menambatkan vesikel
penambatan (tethering) , penyandaran (docking) , dan fusi berbeda pada membran akseptor.
membran adalah tahap-tahap kunci dalam siklus hidup • Protein efektor Rab: Suatu famili protein yang berinteraksi dengan
vesikel dengan Sar, ARF, dan Rab GTPase bekerja sebagai molekul Rab; sebagian protein bekerja menambatkan vesikel ke
pengalih molekular (molecular switches). membran akseptor.

SNARE-V Protein
penambat
GTP
5 PENGARAHAN 6 PENYANDARAN
2 PEMBENTUKAN GTP DAN PENAMBATAN G
T SNARE-T
TUNAS P
GTP GTP
3 TERLEPAS
GTP 4 PEROMBAKAN
SELUBUNG GTP
Kargo GTP
Berkas
4-heliks
Protein
GTP G 7 FUSI
selubung T
GTP GEF P
GDPSar1·GDP GTP Rab1·GTP NSF
SNARE-V GDP (ATPase)
GTP Sar1·GTP GDP Rab1·GDP Kargo
GTP α-SNAP
SNARE-V Kargo
Sec12p SNARE-T
GDP
GDP Protein selubung
Membran donor GDP
(ER) 1 INISIASI
8 DAUR-ULANG
Membran
akseptor (cis
Golgi)
GAMBAR 49–13 Model tahap-tahap dalam satu siklus transpor anterograd yang melibatkan vesikel COPII. Tahap 1: Sar1 diaktifkan bila GDP
ditukar GTP dan menjadi melekat dalam membran RE untuk membentuk titik fokus untuk pembentukan tunas. Tahap 2: Protein selubung mengikat
Sar1·GTP dan protein kargo menjadi terlampir dalam vesikel. Tahap 3: Melepas, format vesikel dilapisi lengkap. Vesikel berpindah melalui sel
bersama mikrotubulus atau filamen aktin. Tahap 4: vesikel adalah perombakan selubung ketika GTP terkait terhidrolisis dengan GDP oleh sar1. Tahap
5: Molekul Rab melekat vesikel setelah beralih dari Rab. GDP untuk Rab. GTP, sebuah GEF spesifik (lihat Tabel 49–9). protein Rab efektor pada
membran sasaran mengikat Rab·GTP, penambatan vesikel pada membran sasaran. Tahap 6: Pasangan v-SNARE dengan kognitif SNARE-t dalam
membran target untuk membentuk bundel empat heliks yang docks vesikel dan memulai fusi. Tahap 7: Ketika SNARE-v dan SNARE-t sangat sejajar,
vesikel berfusi dengan membran dan isi dilepaskan. GTP kemudian dihidrolisis dengan GDP, dan Rab·molekul GDP dilepaskan ke dalam sitosol.
Sebuah ATPase (NSF) dan α- SNAP (lihat Tabel 49–9) disosiasi bundel empat heliks antara SNARE-v dan SNARE-t sehingga dapat digunakan kembali.
Tahap 8: Rab dan SNARE protein yang didaur ulang untuk berkeliling lanjut dari vesikel fusi. (Diadaptasi, dengan izin, dari Rothman JE: Mechanisms
of intracellular protein transport. Nature 1994;372:55.)
dengan protein selubung baik secara langsung maupun Tahap 3: Tunas terlepas, menyelesaikan pembentukan
melalui protein perantara yang menempel pada protein vesikel berselubung. Kurvatur membran RE dan interaksi
selubung, dan protein-protein ini kemudian menjadi antar protein serta protein-lipid di dalam tunas memudah-
tertutup dalam vesikel yang sesuai. Protein kargo larut di kan pemutusan tunas dart tempat keluar RE. Vesikel
dalam vesikel berikatan dengan region reseptor. Sejumlah bergerak melalui sel di sepanjang mikrotubula atau
sekuens sinyal pada molekul kargo telah diidentifikasi (Tabel sepanjang filamen aktin.
49–1). Sebagai contoh sekuens KDEL mengarahkan protein Tahap 4: Perombakan selubung (melibatkan disosiasi
tertentu yang berada di RE dalam aliran retrograd ke RE Sar dan cangkang protein selubung) terjadi setelah
dalam vesikel COPI. Sekuens di-asam (mis. Asp-X-Glu, X = hidrolisis GTP terikat menjadi GDP oleh Sar1, yang
asam amino manapun) dan sekuens hidrofobik pendek pada dipicu oleh protein selubung spesifik. Sar1 demikian
protein membran terlibat dalam interaksi dengan protein memainkan peran kunci dalam kedua perakitan dan disosiasi
selubung vesikel COPII. Tidak semua molekul kargo protein selubung. GTP-f-S (analog GTP yang tidak dapat
memiliki sinyal penyortir. Beberapa protein sekretorik yang dihidrolisis, sering digunakan dalam penelitian peran GTP
sangat melimpah bergerak ke berbagai tempat di sel dalam dalam proses biokimia) menghambat perombakan
vesikel transpor melalui aliran curah (bulk flow); yaitu selubung pada vesikel berselubung, menyebabkan
protein ini masuk ke dalam vesikel transpor pada konsentrasi penumpukan vesikel berselubung, sehingga memudahkan
yang sama dengan konsentrasinya dalam organel. Tingkat vesikel ini untuk dipelajari. Uncoating diperlukan untuk
persis aliran curah masih belum jelas, tetapi tampaknya terjadinya fusi.
kebanyakan protein disortir secara aktif (dipekatkan) ke Tahap 5: Pengarahan vesikel dicapai melalui perlekatan
dalam vesikel transpor dan aliran curah hanya digunakan molekul Rab pada vesikel. Seperti disebutkan sebelumnya,
hanya oleh sekelompok protein kargo. Protein selubung lain suatu famili protein mirip-Ras yang disebut famili protein Rab
ditambahkan untuk menyelesaikan pembentukan tunas. diperlu-kan pada beberapa tahap transpor protein intrasel,
Protein selubung memicu pembentukan tunas, ikut serta sekresi yang diregulasi, dan endositosis. GTPase monomerik
dalam pembentukan kurvatur tunas serta membantu kecil yang melekat pada permukaan sitosolik dengan tunas
menyortir protein. vesikel dalam keadaan terikat-GTP dan terdapat juga

pada membran akseptor. Molekul Rab·GDP di sitosol diubah dan vesikel lain regio basolateral. Pada sel-sel tertentu,
menjadi molekul Rab·GTP oleh GEF spesifik dan molekul protein mula-mula diarahkan ke membran basolateral,
ini menempel pada veskel (Tabel 49–9). Molekul Rab·GTP kemudian diendositosis, dan ditranspor melintasi sel
selanjutnya berinteraksi dengan protein efektor Rab pada dengan transitosis ke regio apikal. Mekanisme lain untuk
membran untuk menambatkan vesikel pada membran. menyortir protein ke regio apikal (atau pada kasus tertentu
Tahap 6: SNARE-v berpasangan dengan SNARE-t ke regio basolateral) melibatkan jangkar glikosilfosfatidil-
padanannya pada membran sasaran untuk menyandarkan inositol (GPI) yang dijelaskan di Bab 46. Struktur ini sering
vesikel dan memulai fusi. Biasanya satu SNARE-v di vesikel juga terdapat dalam rakit lipid (lihat Bab 40).
berpasangan dengan tiga SNARE-t di membran akseptor Setelah protein dalam jalur sekretorik sampai di cis-Golgi
membentuk berkas empat-heliks yang kuat. Dalam vesikel dari RE dalam vesikel, protein dapat bergerak melalui Golgi
sinaptik satu v-snare ditunjuk sinaptobrevin. Toksin ke trans-Golgi dalam vesikel, atau dengan proses yang
botulinum B adalah salah satu toksin yang dikenal paling disebut maturasi sisternal, di mana sisterna yang bergerak
letal dan penyebab keracunan makanan paling berat. Salah dan berubah menjadi satu sama lain, atau mungkin dalam
satu komponen dari toksin ini adalah protease yang sebagian kasus dengan difusi melalui sambungan
tampaknya hanya memotong sinaptobrevin, sehingga intrasisternal yang dijumpai pada beberapa jenis sel. Dalam
menghambat pelepasan asetilkolin pada taut model ini, elemen vesikular dari RE berfusi satu sama lain
neuromuskular dan dapat berakibat fatal, bergantung pada untuk membentuk cis-Golgi, yang kemudian dapat bergerak
dosis toksin yang tertelan. ke depan menjadi Golgi medial, dst. Vesikel COPI
Tahap 7: Fusi vesikel dengan membran akseptor mengembalikan enzim Golgi (mis. glikosiltransferase) dari
berlangsung setelah SNARE-v dan SNARE-t berikatan erat. sisterna distal Golgi ke sisterna yang lebih proksimal (mis.
Setelah fusi vesikel dan pembebasan isi vesikel terjadi, GTP cis).
dihidrolisis menjadi GDP, dan molekul Rab·GDP
dibebaskan ke dalam sitosol. Saat SNARE pada membran
yang satu berinteraksi dengan SNARE pada membran yang Pembentukan pada Vesikel COPI Dihambat
lain, menghubungkan kedua membran, hal ini disebut oleh Brefeldin
sebagai kompleks trans-SNARE atau pin SNARE. Interaksi Metabolit fungi brefeldin A menghambat ATP berikatan
antara SNARE pada membran yang sama membentuk dengan ARF, sehingga menghambat pembentukan vesikel
kompleks cis-SNARE. Untuk merombak berkas empat COPI. Dengan adanya brefeldin A, aparatus Golgi
heliks antara SNARE-v dan SNARE-t agar dapat digunakan tampaknya runtuh ke RE. Brefeldin A melakukan ini
kembali, dua protein lain diperlukan. Ini adalah sebuah mungkin dengan menghambat guanine nucleotide exchanger
ATPase (NSF) dan `-SNAP (lihat Tabel 49–9). NSF yang terlibat dalam pembentukan vesikel COPI. Brefeldin A
menghidrolisis ATP dan energi yang dibebaskan terbukti menjadi alat yang berguna untuk mempelajari
mendisosiasi (merombak) berkas empat heliks sehingga beberapa aspek struktur dan fungsi Golgi.
protein SNARE dapat digunakan untuk siklus fusi membran
berikutnya.
Tahap 8: Komponen-komponen tertentu, seperti Beberapa Protein Menjalani Pemrosesan
protein Rab dan SNARE, didaur-ulang untuk siklus fusi Lanjut Sementara dalam Vesikel
vesikel berikutnya.
Beberapa protein mengalami pemrosesan lebih lanjut
Selama siklus di atas, SNARES, protein penambat, Rab,
melalui proteolisis sementara berada dalam vesikel transpor
dan semua protein lain berkolaborasi untuk menghantar-
kan vesikel dan isinya ke tempat yang tepat. atau sekretorik. Sebagai contoh, albumin disintesis oleh
hepatosit sebagai preproalbumin (lihat Bab 52). Peptida
sinyalnya dihilangkan, diubah menjadi proalbumin.
Beberapa Vesikel Bertranspor Melalui
Selanjutnya, proalbumin, saat sedang berada dalam vesikel
Jaringan Trans-Golgi transpor, diubah menjadi albumin oleh kerja furin (Gambar
Protein di area apikal atau basolateral membran plasma sel 49–14). Enzim ini memotong heksapeptida mulai dari
epitel terpolarisasi dapat ditranspor ke tempat ini di vesikel terminal-C proalbumin sampai tempat asam amino dibasa
transpor yang terbentuk dari TGN. Berbagai protein Rab (ArgArg). Albumin matur yang dihasilkan disekresi ke
tampaknya mengarahkan beberapa vesikel ke regio apikal dalam plasma. Hormon seperti insulin (lihat Bab 41)
MASUK KE RE DI DALAM VESIKEL SEKRETORI
Sinyal
peptidase Furin
Preproalbumin Proalbumin Albumin

+ Peptida sinyal + Heksapeptida
GAMBAR 49–14 Pengolahan preproalbumin albumin. Sinyal peptida akan dihapus dari
preproalbumin ketika bergerak ke dalam RE. Furin memotong proalbumin pada ujung terminal
karboksil suatu dipeptida basa (ArgArg) sedangkan protein yang ada di dalam vesikel sekretorik.
Albumin matur disekresi ke dalam plasma.

Protein membran Permukaan eksterior
mengalami pemotongan proteolitik serupa saat berada dalam

vesikel sekretorik.
KOMPLEKS ADALAH C
Membran
PEMBENTUKAN MEMBRAN Lumen plasma
Terdapat banyak membran sel, mulai dari membran plasma N Sitoplasma

N
yang memisahkan isi sel dari lingkungan eksternal pada Protein
Integral
membran internal pada organel subselular sebuah
mitokondria seperti dan RE. Meskipun struktur bilayer Membran
lipid umum ini serupa dalam semua membran, keduanya vesikel C
berbeda dalam protein dan lipid konten spesifiknya dan
masing-masing tipe memiliki fitur sendiri yang spesifik (lihat
Bab 40). Tidak ada skema yang dapat menjelaskan secara
memuaskan mengenai pembentukan salah satu dari berbagai
membran ini. Transpor protein, termasuk protein membran,
ke berbagai bagian sel di dalam vesikel juga telah diuraikan.
Beberapa hal umum mengenai pembentukan membran
masih perlu dibahas di bawah. N
N
Sewaktu Pembentukan Membran C

Berlangsung, Asimetri Protein dan Lipid
Tetap Dipertahankan
Vesikel terbentuk dari membran RE dan aparatus Golgi, baik
secara alami maupun dengan homogenisasi, mem-
perlihatkan asimetri transversus baik pada protein maupun N N
lipidnya. Asimetri ini dipertahankan selama fusi vesikel
transpor dengan membran plasma. Bagian dalam vesikel
setelah fusi menjadi bagian luar membran plasma, dan sisi C
sitoplasma vesikel tetap menjadi sisi sitoplasma membran C
(Gambar 49–15). Fosfolipid adalah kelas utama lipid di GAMBAR 49–15 Fusi sebuah vesikel dengan membran plasma
membran. Enzim yang berperan dalam sintesis fosfolipid mempertahankan orientasi setiap protein integral yang terbenam di
terletak di permukaan sitoplasmik sisterna (struktur seperti lapisan-ganda vesikel. Pada awalnya, terminal amino protein
kantung) dari RE. Sewaktu disintesis di tempat tersebut, menghadap ke lumen atau rongga dalam dari sebuah vesikel. Setelah
fosfolipid mungkin menyusun dirinya menjadi lapisan fusi, terminal amino terletak pada permukaan eksterior membran
plasma. Lumen vesikel dan bagian luar sel setara satu dengan yang lain
bimolekular, yang secara termodinamis stabil sehingga secara topologis. (Digambar ulang dan dimodifikasi dengan izin dari
memperbesar membran dan mungkin mendorong Lodish HF, Rothman JE: The assembly of cell membranes. Sci Am [Jan]
terlepasnya vesikel lipid darinya. Diperkirakan bahwa 1979;240:43.)
vesikel-vesikel ini bergerak ke sisi yang lain, dan
memberikan lipid vesikel tersebut ke membran lain. Protein
sitosol yang menyerap fosfolipid dari satu membran dan Lipid dan Protein Mengalami Pergantian
melepaskannya ke membran lain (yi, phospholipid exchange dengan Kecepatan Berbeda di Membran
proteins; protein penukar fosfolipid) dibuktikan ada; yang Berbeda
protein tersebut mungkin ikut berperan menentukan
komposisi lipid spesifik di berbagai membran. Telah dibuktikan bahwa waktu-paruh lipid membran RE hati
Perlu dicatat bahwa komposisi lipid RE, Golgi, dan tikus umumnya lebih singkat daripada waktu-paruh
membran plasma berbeda, membran Golgi dan membran proteinnya, sehingga laju pergantian lipid dan protein
plasma mengandung kolesterol, sfingomielin, dan tidak bergantung satu sama lain. Memang, lipid yang
glikosfingolipid dalam kadar tinggi, dan lebih sedikit berbeda terbukti memiliki waktu-paruh yang berbeda.
fosfogliserida dibandingkan dengan membran RE. Selain itu, waktu-paruh protein dari berbagai membran ini
Sfingolipid terkemas lebih padat pada membran sangat bervariasi, dan sebagian protein memperlihatkan
dibandingkan dengan fosfogliserida. Perbedaan ini waktu-paruh yang singkat (bilangan jam) dan yang lain
memengaruhi struktur dan fungsi membran. Sebagai contoh, dengan waktu paruh lama (bilangan hari). Oleh sebab itu,
ketebalan lapis-ganda aparatus Golgi dan membran plasma masing-masing lipid dan protein membran RE tampaknya
lebih tebal dibandingkan RE, hal ini memengaruhi jenis disisipkan secara relatif independen; hal ini juga berlaku
protein transmembran yang ada pada organel-organel ini. untuk banyak membran.
Demikian pula, rakit lipid (lihat Bab 40) diyakini dibentuk Biogenesis membran adalah suatu proses rumit yang
di aparatus Golgi. masih perlu dipelajari lebih jauh. Salah satu indikasi

TABEL 49–10 Gambaran Utama pada Pembentukan Membran mengembalikan fungsi protein. Ketiga pendekatan ini,
• Lipid dan protein disisipkan secara independen ke dalam membran.
bagaimanapun, sejauh ini telah dites pada hewan percobaan
dan sistem in vitro dan efektivitasnya pada manusia masih
• Masing-masing lipid dan protein membran mengalami pertukaran
secara independen dan pada kecepatan yang berbeda-beda.
harus dibentuk.
• Sekuens topogenik [mis, sinyal (terminal amino atau internal) dan
stop-transfer] penting dalam menentukan insersi dan penempatan
RINGKASAN
protein di membran. ■ Banyak protein diarahkan ke tujuannya oleh sekuens sinyal.
Keputusan penyortiran terutama dibuat ketika protein
• Protein membran di bagian dalam vesikel transpor terlepas dari reti-
dipisahkan antara poliribosom sitosol dan poliribosom terkait-
kulum endoplasma dalam perjalanannya ke aparatus Golgi; penyor-
tiran final banyak protein membran terjadi di jaringan trans-Golgi.
membran berdasarkan ada-tidaknya suatu peptida sinyal
terminal-N.
• Sekuens penyortiran spesifik menuntun protein ke organel tertentu
misalnya lisosom, peroksisom, dan mitokondria. ■ Protein disintesis di poliribosom sitosolik ditargetkan oleh
urutan tertentu sinyal untuk mitokondria, nukleus, peroksisom,
dan retikulum endoplasma. Protein yang kekurangan sinyal tetap
berada di sitosol.
kerumitan ini adalah jumlah modifikasi pascatranslasi yang ■ Protein disintesis di poliribosom membran terkait awalnya
mungkin dialami oleh protein membran sebelum mencapai memasuki membran RE atau lumen, dan banyak yang akhirnya
tahap matang. Modifikasi-modifikasi ini mencakup ditujukan untuk membran lainnya termasuk membran plasma
pembentukan disulfida, proteolisis, pembentukan multimer, dan bahwa dari aparatus Golgi, untuk lisosom dan sekresi
glikosilasi, penambahan jangkar glikofosfatidilinositol melalui eksositosis melalui transpor dari RE → AG → MP di
(GPI), sulfasi pada gugus tirosin atau karbohidrat, vesikel transpor.
fosforilasi, asilasi, dan prenilasi—suatu daftar yang jelas ■ Sejumlah reaksi glikosilasi terjadi di kompartemen-kompartemen
belum lengkap. Bagaimanapun, telah banyak kemajuan yang Golgi, dan protein disortir lebih lanjut di jaringan trans-Glogi.
telah dicapai; Tabel 49–10 meringkaskan sebagian hal
■ Chaperone molekuler menstabilisasi protein tidak dilipat atau
penting pada pembentukan membran yang telah diketahui
secara parsial dilipat. Chaperone yang diperlukan untuk sasaran
hingga saat ini. yang benar protein untuk lokasi subselular.
■ Dalam translokasi pascatranslasi, protein diangkut ke organel
sasarannya setelah sintesis selesai. Protein ditujukan untuk
Berbagai Gangguan Terjadi Akibat Mutasi di mitokondria, nukleus, dan peroksisom mengikuti rute ini, serta
Gen yang Menyandi Protein yang Berperan minoritas pada protein ditargetkan ke RE.
dalam Transpor Intrasel ■ Sebagian besar protein memasuki lumen RE dengan jalur
kotranslasional, di mana translokasi terjadi selama sintesis
Beberapa gangguan yang mencerminkan fungsi peroksisom protein sedang berlangsung.
yang abnormal dan abnormalitas sintesis protein di RE serta ■ Protein tertanam dalam membran RE dapat disisipkan secara
sintesis protein lisosom telah disebutkan sebelumnya dalam kotranslasional, pascatranslasi atau setelah diangkut ke GA
bab ini (masing-masing Tabel 49–4 dan 49–7). Sejumlah (transpor anterograd), retensi transien dan kembali ke RE
besar mutasi lain yang memengaruhi pelipatan protein dan (transpor retrograd).
transpor intraselnya keberbagai organel penah dilaporkan, ■ Penumpukan berbahaya dari protein yang salah-lipat memicu
termasuk gangguan neurodegeneratif mis. penyakit respon protein yang tidak terlipat dan terdegradasi melalui jalur
Alzheimer, penyakit Huntington, dan penyakit Parkinson. ERAD. Protein menandai degradasi dengan penambahan
Penguraian penyebab berbagai gangguan konformasi ini sejumlah molekul ubikuitin dan kemudian masukkan sitosol di
berperan seara signifikan dalam pemahan kita akan patalogi mana protein dipecah dalam proteasom.
molekular. Istilah “penyakit defisiensi proteostasis” juga ■ Berbagai jenis vesikel transpor yang dilapisi dengan protein yang
digunakan untuk penyakit akibat salah-lipat protein. berbeda. Vesikel klatrin berlapis ditujukkan untuk eksositosis dan
Proteostasis adalah gabungan kata dari protein homeostasis. lisosom, sementara selubung protein I dan protein II yang terkait
Proteostasis normal dihasilkan oleh keseimbangan banyak dengan vesikel COPI dan vesikel COPII, masing-masing yang
faktor, seperti sintesis, pelipatan, lalu-lintas, agregrasi, dan bertanggung jawab transpor retrograd dan transpor anterograd.
penguraian normal. Jika salah satu faktor ini terganggu (mis.
oleh mutasi, penuaan, dan stres, atau trauma sel), berbagai ■ Memproses vesikel transpor yang kompleks dan membutuhkan
gangguan dapat terjadi, tergantung pada protein yang banyak faktor protein. Tunas dari membran donor diikuti oleh
terlibat. gerakan melalui sitosol, penambatan, perkaitan, dan fusi dengan
membran sasaran.
Potensial terapi untuk berbagai penyakit yang
disebabkan oleh disfungsi protein karena salah-lipat ■ Protein-protein tertentu (mis. prekursor albumin dan insulin)
mengalami proteolisis saat berada dalam vesikel transpor, yang
ditujukan untuk mengoreksi kesalahan konformasi. Salah
menghasilkan protein matur.
satu pendekatan yang menjanjikan adalah untuk
menggunakan chaperone seperti Hsp70 untuk mem- ■ GTPase kecil (mis. Ran, Rab) dan GEF memiliki peran kunci
promosikan lipat yang tepat. Selain itu, geldanamisin pada banyak aspek lalu-lintas intrasel.
antibiotik telah terbukti untuk mengaktifkan protein heat ■ Vesikel terbentuk dari membran pada aparatus RE dan aparatus
shock. Molekul obat kecil yang bertindak sebagai chaperone Golgi yang asimetris di kedua lipid dan protein konten. Asimetri
kimia juga telah terbukti mencegah salah-lipat dan dipertahankan selama fusi vesikel transpor dengan membran

plasma, sehingga bagian dalam vesikel setelah fusi menjadi Alder NN, Johnson AE: Cotranslational membrane protein
luar membran plasma, dan sisi sitoplasma dari vesikel tetap biogenesis at the endoplasmic reticulum. J Biol Chem
menghadap sitosol. 2004;279:22787.
■ Asimetri lipid dan protein dipertahankan selama Bonifacino JS, Glick BS: The mechanisms of vesicle budding and
pembentukan membran. Lipid dan protein disisipkan fusion. Cell 2004;116:153.
secara independen dan menyerahkan pada laju yang Chaudhuri TK, Paul S: Protein misfolding diseases and chaperone-
berbeda. Rincian dari proses perakitan kompleks tetap based therapeutic approaches. FEBS J 2006;273:1331.
yang akan didirikan. Cooper GM, Hausman RE: The Cell: A Molecular Approach. Sinauer
Associates, Inc. 2009. (An excellent textbook of cell biology, with
■ Sejumlah penyakit terbukti disebabkan oleh mutasi gen
comprehensive coverage of trafficking and sorting.)
atau oleh faktor lain yang memengaruhi pelipatan berbagai
Hampton RY, Sommer T: Finding the will and the way of ERAD
protein. Kondisi ini disebut sebagai penyakit konformasi,
substrate retrotranslocation. Curr Opin Cell Biol 2012;24:460.
atau penyakit defisiensi proteostasis. Metode terapi yang
Hebert DN, Molinari M: In and out of the ER: protein folding,
menjanjikan termasuk penggunaan chaperone seperti
quality control, degradation and related human diseases. Physiol
Hsp70 dan molekul kecil yang dapat mencegah salah-lipat
Rev 2007;87:1377.
dan mengembalikan fungsi protein.
Lai E, Teodoro T, Volchuk A: Endoplasmic reticulum stress:
signaling the unfolded protein response. Physiology 2007;22:193.
Neupert W, Herrmann JM: Translocation of proteins into
mitochondria. Annu Rev Biochem 2007;76:723.
REFERENSI Platta HW, Erdmann R: The peroxisomal protein import machinery.
Alberts B, Johnson A, Lewis J, et al: Molecular Biology of the Cell, 5th FEBS Lett 2007;581;2811.
ed. Garland Science, 2008. (An excellent textbook of cell biology, Stewart M: Molecular mechanisms of the nuclear protein import
with comprehensive coverage of trafficking and sorting.) cycle. Nature Rev Mol Cell Biol 2007;8:195.

50
B A B
Matriks Ekstrasel
TUJUAN ■ Memahami pentingnya matriks ekstrasel (MES) dan komponen-komponennya

bagi kesehatan dan penyakit.
Setelah mempelajari bab ■ Menjelaskan sifat-sifat struktural dan fungsional kolagen dan elastin, protein
ini, Anda diharapkan dapat: utama MES.
■ Menunjukkan ciri utama fibrilin, fibronektin, dan laminin, protein penting MES
lain.
■ Menguraikan sifat dan ciri umum sintesis dan penguraian glikosaminoglikan
dan proteoglikan, dan perannya pada MES.
■ Memberikan penjelasan singkat mengenai ciri biokimia tulang dan tulang
rawan.
KEPENTINGAN BIOMEDIS KOLAGEN ADALAH PROTEIN

Sebagian besar sel mamalia terletak di jaringan tempat sel-sel TERBANYAK DALAM DUNIA
ini dikelilingi oleh suatu matriks ekstrasel (MES) kompleks
yang sering disebut sebagai “jaringan ikat,” yang HEWAN
melindungi organ dan juga menyediakan elastisitas yang Kolagen, komponen utama sebagian besar jaringan ikat,
diperlukan (misalnya, dalam pembuluh darah, paru-paru, membentuk sekitar 25% protein mamalia. Kolagen
dan kulit). MES mengandung tiga kelas utama biomolekul: membentuk rangka ekstrasel bagi semua hewan metazoa
protein struktural (1), sebagai contoh, kolagen, elastin, dan dan terdapat pada hampir semua jaringan hewan. Di
fibrilin, protein khusus tertentu (2) misalnya fibronektin jaringan manusia, telah ditemukan paling sedikit 28 tipe
dan laminin, yang membentuk mesh serat yang tertanam kolagen berbeda yang dibentuk oleh lebih dari 30 rantai
dalam proteoglikan (3). MES terbukti berperan dalam polipeptida berbeda (masing-masing dikode oleh gen
banyak proses fisiologis dan patologik—misalnya, MES terpisah) (Tabel 50–1). Meskipun beberapa dari tipe ini
berperan besar dalam perkembangan, peradangan, dan terdapat dalam jumlah kecil, namun kolagen tersebut
penyebaran sel kanker. Keterlibatan komponen tertentu MES mungkin berperan penting dalam menentukan sifat fisik
telah terbukti pada artritis reumatoid dan osteoartritis. suatu jaringan tertentu. Selain itu, sejumlah protein (mis.
Beberapa penyakit (mis. osteogenesis imperfekta dan komponen C1q sistem komplemen, protein surfaktan paru
sejumlah tipe sindrom Ehlers-Danlos) disebabkan oleh SP-A dan SP-D) yang tidak diklasifikasikan sebagai kolagen
kelainan genetik pada sintesis kolagen. Pada kelompok memiliki domain-domain mirip-kolagen dalam strukturnya;
kelainan genetik yang disebut mukopolisakaridosis, yang protein semacam ini kadang-kadang disebut "kolagen
terganggu adalah komponen-komponen proteoglikan nonkolagen.”
tertentu (glikosaminoglikan; GAGs). Selama proses penuaan
terjadi perubahan pada MES. Bab ini menjelaskan biokimia KOLAGEN MEMILIKI STRUKTUR
dasar tiga kelas utama biomolekul yang terdapat di MES dan
menggambarkan peran biomedis molekul tersebut. Fitur HELIKS TRIPEL
biokimia utama dari dua bentuk khusus MES—tulang dan Semua tipe kolagen memiliki struktur heliks tripel. Pada
tulang rawan—dan sejumlah penyakit yang melibatkan beberapa kolagen, keseluruhan molekulnya adalah heliks
keduanya juga dibahas secara singkat. tripel, sementara pada yang lain heliks tripel mungkin hanya
membentuk sebagian struktur. Kolagen tipe I matur, yang
627

TABEL 50–1 Tipe Kolagen dan Distribusi Jaringannya
Tipe Distribusi Tipe Distribusi
I Sebagian besar jaringan ikat, termasuk tulang, XV Terkait dengan kolagen berdekatan dengan membran basal
tendon, kulit dalam banyak jaringan termasuk di mata, otot, pembuluh mikro
II Tulang rawan, vitreous humor XVI Banyak jaringan
III Jaringan ikat yang lentur misalnya kulit, paru, dan sistem XVII Epitel, Hemidesmosom kulit
vaskular
IV Membran basal XVIII Terkait dengan kolagen berdekatan dengan membran
basal, berdekatan homolog struktural XV
V Komponen minor di jaringan yang mengandung kolagen tipe XIX Jarang, membran basal, sel rabdomiosarkoma
VI I Otot dan sebagian besar jaringan ikat XX Banyak jaringan, epitel kornea secara khusus
VII Taut dermal-epidermal XXI Banyak jaringan
VIII Endotel, jaringan lain XXII Taut jaringan, termasuk tulang rawan-cairan sinovial, folikel
rambut-dermis
IX Jaringan yang mengandung kolagen tipe II XXIII Terbatas pada jaringan, terutama transmembran dan memberikan bentuk
X Tulang rawan hipertrofik XXIV Perkembangan kornea dan tulang
XI Jaringan yang mengandung kolagen tipe II XXV Otak
XII Jaringan yang mengandung kolagen tipe I XXVI Testis, ovarium
XIII Banyak jaringan, termasuk taut neuromuskular dan kulit XXVII Tulang rawan embrio dan jaringan berkembang lainnya, tulang
rawan pada orang dewasa
XIV Jaringan yang mengandung kolagen tipe I XXVIII Membran basal sekitar sel Schwann
mengandung sekitar 1000 asam amino, termasuk dalam tipe Tipe-tipe kolagen yang membentuk serat panjang
pertama; pada tipe ini, setiap subunit polipeptida atau rantai berbentuk batang di jaringan disusun oleh ikatan lateral unit-
alfa terpuntir menjadi heliks poliprolin putar-kiri (left- unit heliks tripel tersebut menjadi fibril (10-300 nm dalam
handed) tiga residu per puntiran. Tiga dari rantai alfa ini diameter) suatu susunan “quarter staggered” sedemikian
kemudian bergulung menjadi superheliks putar-kanan rupa sehingga masing-masing subunit bergeser secara
(right-handed), membentuk molekul seperti batang dengan longitudinal dari tetangganya sedikit lebih pendek daripada
garis tengah 1,4 nm dan panjang sekitar 300 nm (Gambar seperempat panjangnya (Gambar 50–1). Fibril, pada
50–1). Gambaran mencolok pada kolagen adalah adanya gilirannya, berasosiasi menjadi serat tebal (1-20 µm dalam
residu glisin di setiap posisi ketiga bagian heliks tripel rantai diameter). Karena susunan “quarter staggered” menghasilkan
alfa. Hal ini diperlukan karena glisin adalah satu-satunya gaps secara teratur antara molekul heliks tiga dalam susunan,
asam amino yang cukup kecil untuk terakomodasi di ruang susunan ini menentukan gambaran berpita pada serat
terbatas yang terdapat di bagian tengah heliks tripel. tersebut di jaringan ikat. Dalam beberapa jaringan, misalnya
Struktur berulang, ini yang dituliskan sebagai (Gly-X-Y)n, tendon, serat berasosiasi ke bundel lebih besar, yang mungkin
adalah persyaratan mutlak untuk membentuk heliks tripel. memiliki diameter hingga 500 µm. Serat kolagen juga
Sementara X dan Y dapat berupa asam amino apa pun, selanjutnya distabilkan oleh pembentukan ikatan-silang
sekitar 100 posisi X berupa prolin dan sekitar 100 posisi Y kovalen, baik di dalam maupun di antara unit-unit heliks
berupa hidroksiprolin. Prolin dan hidroksiprolin tripel. Ikatan-silang ini terbentuk melalui kerja lisil oksidase,
menyebabkan kekakuan molekul kolagen. Hidroksiprolin suatu enzim dependen-tembaga yang secara oksidatif
dibentuk melalui hidroksilasi pasca-translasi residu prolin mendeaminasi gugus ε-amino residu lisin dan hidroksilisin
terikat-peptida yang dikatalisis oleh enzim prolil tertentu menghasilkan aldehida reaktif. Aldehida ini dapat
hidroksilase, yang kofaktornya adalah asam askorbat membentuk produk kondensasi aldol dengan aldehida lain
(vitamin C) dan α-ketoglutarat. Lisin di posisi Y juga dapat yang berasal dari lisin atau hidroksilisin atau membentuk basa
mengalami modifikasi pasca-translasi menjadi Schiff dengan gugus ε-amino lisin atau hidroksilisin yang
hidroksilisin melalui kerja lisil hidroksilase, suatu enzim tidak teroksidasi. Reaksi-reaksi ini, setelah penataan-ulang
dengan kofaktor serupa. Sebagian hidroksilisin ini mungkin kimiawi lebih lanjut, menghasilkan ikatan-silang kovalen
mengalami modifikasi lebih lanjut oleh penambahan stabil yang penting bagi kekuatan regang (tensile strength)
galaktosa atau galaktosil-glukosa melalui ikatan O- serat. Histidin juga mungkin terlibat dalam ikatan-silang
glikosidat (lihat Bab 46), yaitu tempat glikosilasi yang tertentu.
unik untuk kolagen. Fibril utama pembentuk kolagen di kulit dan tulang
serta di tulang rawan, masing-masing, adalah tipe I dan II,

BAB 50 Matriks Ekstrasel 629
–Gly – X – Y – Gly – X – Y – Gly – X – Y – Sekuens asam amino dengan heliks tripel terinterupsi (FACIT), sebagai nama
yang mengindikasikan, memiliki gangguan dalam domain
G G
Y
G G Y G Rantai alfa heliks tripel; filamen berbintik-bintik terdiri dari rantai
X Y X X
Y
X X
panjang molekul kolagen yang memiliki penampilan
berbintik-bintik biasa; kolagen VII merupakan bagian utama
dari serabut-serabut penambat (anchoring fibrils) pada
1.4 nm Heliks tripel
jaringan epitel; kolagen transmembran memiliki intrasel
pendek domain terminal-N dan domain ekstraseluler dengan
heliks tripel panjang terinterupsi; multipleksin adalah kolagen
dengan beberapa domain heliks tripel dan interupsi.
Molekul heliks tripel
N C (300 nm) Kolagen Mengalami Modifikasi
Pascatranslasi yang Ekstensif
67 nm Fibril
Kolagen yang baru disintesis menjalani modifikasi
Zona Zona
pascatranslasi ekstensif sebelum menjadi bagian dari serat
Over- Gap
lap
kolagen ekstrasel matur (Tabel 50–2). Seperti kebanyakan
protein yang disekresikan, kolagen disintesis di ribosom
GAMBAR 50–1 Gambaran molekular struktur kolagen dari dalam suatu bentuk prekursor, prapro-kolagen, yang
sekuens primer hingga berupa serat. Masing-masing rantai
mengandung sebuah sekuens sinyal (leader) yang
polipeptida terpuntir membentuk heliks tiga residu yang terputar ke
kiri (Gly-X-Y) per putaran, dan semua rantai ini kemudian bergulung mengarahkan rantai polipeptida ke dalam lumen
membentuk superheliks terputar ke kanan. Heliks triple kemudian retikulum endoplasma. Sewaktu memasuki retikulum
dirakit menjadi susunan “quarter staggered” untuk membentuk fibril. endoplasma, sekuens leader ini dikeluarkan secara
Susunan ini menyebabkan area dimana ada tumpang tindih lengkap enzimatis. Hidroksilasi residu prolin dan lisin serta
dari molekul bergantian dengan area dimana ada celah, memberikan
fibril penampilan terikat biasa. (Sedikit dimodifikasi dan direproduksi,
glikosilasi hidroksilisin di molekul prokolagen juga
dengan izin, dari Eyre DR: Collagen: molecular diversity in the body’s berlangsung di sini. Molekul prokolagen mengandung
protein scaffold. Ilmu 1980;207:1315. Dicetak ulang dengan izin dari perpanjangan polipeptida (peptida perpanjangan) sebesar
AAAS.) 20-35 kDa di kedua ujung terminal amino dan karboksilnya
yang keduanya tidak ditemukan pada kolagen matang. Kedua
peptida perpanjangan ini mengandung residu sistein.
meskipun kolagen lainnya juga mengadopsi struktur ini.
Sementara propeptida terminal amino hanya membentuk
Sebagai tambahan, namun, ada banyak nonfibril membentuk
ikatan disulfida intra-rantai, propeptida di terminal karboksil
kolagen dan struktur serta fungsinya dideskripsikan secara
membentuk ikatan disulfida intra- dan antar-rantai.
singkat di bagian bawah.
Pembentukan rantai-rantai disulfida ini membantu
registrasi tiga molekul kolagen untuk membentuk heliks
Beberapa Jenis Kolagen Apakah tidak tripel yang memuntir dari ujung terminal karboksil.
Membentuk Fibril Setelah heliks tripel terbentuk, hidroksilasi lebih lanjut
prolin atau lisin atau glikosilasi hidroksiprolin tidak dapat
Beberapa jenis kolagen tidak membentuk fibril di jaringan terjadi. Penyusunan diri (self-assembly) ini merupakan
(Gambar 50–2). Kolagen jenis ini ditandai oleh interupsi prinsip penting dalam biosintesis kolagen.
heliks tripel oleh rangkaian protein yang tidak memiliki
sekuens berulang Gly-X-Y. Sekuens non-Gly-X-Y ini
menghasilkan struktur globular di sela-sela struktur heliks TABEL 50–2 Urutan dan Lokasi Pemrosesan Prekursor
tripel. Jaringan seperti kolagen misalnya jenis jaringan Kolagen Fibrilar
bentuk IV dalam membran basal; kolagen fibril berasosiasi
Intrasel
1. Pemutusan peptida sinyal

Fibril membentuk Seperti jaringan 2. Hidroksilasi residu prolil dan beberapa residu lisil;
I, II, III, V, XI, XXIV, XXVII IV, VIII, X FACIT glikosilasi beberapa residu hidroksilisil
IX, XII, XIV, XVI,
XIX, XX, XXI, XXII 3. Pembentukan ikatan S–S intra- dan antar-rantai di peptida
perpanjangan
Multipleksin KOLAGEN
4. Pembentukan heliks tripel
XV, XVIII Filamen berbintik-bintik
VI, XXVI, XXVIII Ekstrasel
Transmembran XIII, 1. Pemutusan propeptida terminal amino dan karboksil
XVII, XXIII, XXV Serabut-serabut
penambatan (anchoring 2. Pembentukan serat kolagen dalam susunan quarter-staggered
fibrils)
VII 3. Deaminasi oksidatif gugus ε-amino residu lisil dan hidroksilisil
menjadi aldehida
GAMBAR 50–2 Klasifikasi kolagen sesuai dengan struktur 4. Pembentukan ikatan-silang intra- dan antar-rantai melalui basa
membentuk. FACIT, kolagen fibril terkait dengan heliks tripel
Schiff dan produk kondensasi aldol
terputus; multipleksin, beberapa domain heliks tripel dan interupsi.

Setelah kolagen disekresikan dari sel melalui aparatus TABEL 50–3 Penyakit Akibat Mutasi di Gen Kolagen atau
Golgi, enzim-enzim ekstrasel yang disebut prokolagen Defisiensi Aktivitas Enzim-Enzim Pascatranslasi yang
aminoproteinase dan prokolagen karboksiproteinase Berperan dalam Biosintesis Kolagen
mengeluarkan peptida perpanjangan secara berturut-turut di Gen atau Enzim Penyakita
ujung terminal amino dan karboksil, masing-masing
COL1A1, COL1A2 Osteogenesis imperfekta, tipe
membentuk unit monomerik kolagen, disebut tro- 1b Osteoporosis
pokolagen. Pemutusan propeptida-propeptida ini dapat Sindrom Ehlers-Danlos, tipe VII
terjadi di dalam kriptus atau lipatan membran sel. Setelah autosom dominan
propeptida dikeluarkan, molekul kolagen heliks tripel yang COL2A1 Osteoartritis
mengandung sekitar 1000 asam amino per rantai, secara kondrodisplasia berat
spontan membentuk serat kolagen. Struktur ini distabilkan COL3A1 Sindrom Ehlers-Danlos,
lebih lanjut oleh pembentukan ikatan-silang antar- dan subtipe vaskular
intra-rantai melalui kerja lisil oksidase, seperti telah
COL4A3-COL4A6 Sindrom Alport (termasuk bentuk
dijelaskan. autosomal dan terkait-kromosom X)
Sel-sel yang mengeluarkan kolagen juga mengeluarkan COL7A1 Epidermolisis bulosa, distrofik
fibronektin, yakni suatu glikoprotein besar yang terdapat
di permukaan sel, di matriks ekstrasel, dan di darah (lihat COL10A1 Kondrodisplasia
metafisis Schmid
bawah). Fibronektin berikatan dengan prakolagen yang
beragregasi dan mengubah kinetika pembentukan serat di COL5A1, COL5A2, COL1A1 Sindrom Ehlers-Danlos,
subtipe klasikal
matriks perisel. Fibronektin dan prokolagen di matriks
berikatan dengan proteoglikan heparan sulfat dan COL3A1, tenascin XB (TNXB) Sindrom Ehlers-Danlos,
kondroitin sulfat (lihat bawah). Pada kenyataannya, subtipe hipermobilitas
kolagen tipe IX, suatu tipe kolagen minor tulang rawan, Lisil hidroksilase Sindrom Ehlers-Danlos,
mengandung rantai proteoglikan. Interaksi semacam ini subtipe kifoskoliosis
dapat berfungsi untuk meregulasi pembentukan serat ADAM metallopeptidase Sindrom Ehlers-Danlos,
kolagen dan menentukan orientasinya di jaringan. dengan trombospondin subtipe dermatosparaksis
motif tipe 1 (ADAMTS2)
Setelah terbentuk, kolagen menjadi relatif stabil secara (disebut juga
metabolis. Namun, dalam keadaan kelaparan dan pada Prokolagen N-
berbagai peradangan terjadi peningkatan pemecahan proteinase)
Lisil hidroksilase Penyakit Menkesc
kolagen. Pembentukan kolagen yang berlebihan terjadi pada
sejumlah penyakit, misalnya sirosis hepatis. a
Keterkaitan genetik dengan gen-gen kolagen telah dibuktikan untuk beberapa
penyakit yang tidak tercantum di sini.
b
Dikenal paling tidak empat tipe osteogenesis Imperfekta;sebaglan besar mutasi di
Sejumlah Penyakit Genetik & Disebabkan semua ripe adalah di gen COL1A1 dan COL1A2.
Akibat defisiensi tembaga (lihat Bab 52).
c
oleh Kelainan Sintesis Kolagen

Sekitar 30 gen menyandi kolagen, dan ditunjuk sesuai
dengan jenis prokolagen serta konstituen rantai α, disebut
rantai proα. . Kolagen mungkin homotrimerik,
mengandung tiga rantai identik proα, or homotrimerik, di Sindrom Ehlers-Danlos (sebelumnya disebut Kutis
mana rantai proα berbeda. Sebagai contoh, kolagen tipe I hiperelastika), terdiri dari sekelompok penyakit herediter yang
adalah heterotrimerik, mengandung dua rantai proα1(I) gambaran klinis utama berupa hiperekstensibilitas kulit,
dan satu proα2(I) (jumlah arab mengacu pada rantai proα, fragilitas abnormal jaringan, dan peningkatan mobilitas sendi.
dan angka romawi dalam kurung mengindikasikan tipe Gambaran klinisnya bervariasi, dan mencerminkan
kolagen), sedangkan tipe II kolagen adalah homotrimerik, heterogenitas genetik yang ekstensif. Sejumlah pada bentuk
memiliki tiga rantai proα1(II). Gen kolagen memiliki COL dari penyakit yang disebabkan oleh defek genetik pada protein
prefiks diikuti oleh tipe di angka arab, maka A dan jumlah yang terlibat dalam sintesis dan perakitan pada diketahui tipe
rantai proα disandikan. Jadi COL1A1 dan COL1A2 adalah kolagen I, III dan V, dan sejak 1997 Villefranche klasifikasi
gen untuk rantai proα1 dan rantai proα 2 pada kolagen tipe dari 6 subtipe berdasarkan fenotipe dan defek molekular telah
I, COL2A1 adalah gen untuk rantai proα1 dari kolagen tipe digunakan (Tabel 50–4). Hipermobilitas, pembuluh darah
II, dan sebagainya. dan subtipe klasik yang lebih umum, sementara tiga lainnya,
Jalur biosintesis kolagen bersifat kompleks yang kifoskoliosis, artrokalasis dan dermatosparaksis sangat
melibatkan paling tidak delapan tahap pascatranslasi yang jarang. Subtipe vaskular adalah yang paling serius karena
dikatalisis enzim. Oleh sebab itu, tidaklah mengherankan jika kecenderungan untuk putusnya spontan arteri atau usus,
sejumlah penyakit (Tabel 50–3) disebabkan oleh mutasi di merefleksikan kelainan pada kolagen tipe III. Pasien dengan
gen kolagen atau di gen yang menyandi sebagian enzim kifoskoliosis menunjukkan kurvatur progresif tulang belakang
yang berperan dalam modifikasi pascatranslasi ini. Penyakit (skoliosis) dan tendensi untuk putusnya okular karena
yang mengenai tulang (mis. osteogenesis imperfekta) dan kekurangan lisil hidroksilase. Defisiensi prokolagen N-
tulang rawan (mis. kondrodisplasia) akan dibahas kemudian proteinase (ADAM metaloproteinase dengan trombospondin
di bab ini. motif tipe 1 [ADAMTS2]), menyebabkan pembentukan yang

TABEL 50–4 Klasifikasi Villefranchea dari Sindrom Subtipe Ehlers Danlos
Nama Subtipe Defek Insiden Tanda Klinis
Hipermobilitas <ŽůĂŐĞŶƚŝƉĞ///, ƚĞŶĂƐŬŝŶX b

1:10.000-15.000 Hipermobilitas sendi, kelainan kulit, osteoartritis, sakit parah
Klasikal <ŽůĂŐĞŶƚŝƉĞ I ĚĂŶ V 1:20.000-30.000 Serupa dengan subtipe hipermobilitas, tetapi dengan kelainan kulit
yang lebih berat dan perubahan sendi lebih ringan
Vaskular <ŽůĂŐĞŶƚŝƉĞ/// 1:100.000 Pembuluh darah rapuh dan organ, perawakannya kecil, kulit
tipis dan translusen, mudah memar
Kifoskoliosis >ŝƐŝůŚŝĚƌŽŬƐŝůĂƐĞ Kasus <60 Kelengkungan tulang belakang (skoliosis), kelemahan yang parah
otot, mata rapuh, hiperekstensibel dan kulit memar
Artrokalasis <ŽůĂŐĞŶƚŝƉĞ/ Kasus <40 Sendi sangat longgar dan kedua pinggul dislokasi
Dermatosparaksis D ŵĞƚĂůůŽƉĞƉƚŝĚĂƐĞ Kasus <10 Sangat rapuh dan kulit kendur
ĚĞŶŐĂŶŵŽƚŝĨƚƌŽŵďŽƐƉŽŶĚŝŶ
ƚŝƉĞϭ(ADAMTS2)c
aBeighton P, De Paepe A, Steinmann B, et al: Ehlers-Danlos syndromes: revised nosology, Villefranche, Ehlers-Danlos National Foundation (USA) dan Ehlers-Danlos Dukungan
Kelompok (UK). Am J Med Genet 1998;64:31–37.
bSebuah glikoprotein diekspresikan dalam jaringan ikat seperti kulit, sendi dan
otot. cJuga disebut prokolagen N-proteinase.
abnormal tipis, fibril kolagen iregular, hasilnya di

dermatosparaksis, dimanifestasikan oleh diberi tanda kulit
ELASTIN MEMBERIKAN
rapuh dan kendur. EKSTENSIBILITAS DAN RECOIL
Sindrom Alport (hereditary nephritis) adalah nama PADA PARU, PEMBULUH DARAH,
yang dig unakan untuk sejumlah penyakit genetik (baik
terkait-kromosom X maupun autosomal) yang mengenai DAN LIGAMENTUM
struktur serat kolagen tipe IV, kolagen utama yang terdapat Elastin adalah protein jaringan ikat yang berperan atas sifat
di membran basal glomerulus ginjal, telinga bagian dalam ekstensibilitas (daya regang) dan kelenturan elastic recoil
dan mata (lihat pembahasan tentang laminin, di bawah). jaringan. Meskipun distribusinya tidak seluas kolagen, namun
Telah dibuktikan terjadi mutasi di beberapa gen yang elastin terdapat dalam jumlah besar, terutama di jaringan
menyandi serat kolagen tipe IV. Tanda awal adalah yang memerlukan sifat fisik ini, misalnya paru, pembuluh
hematuria, dan pasien akhirnya dapat mengalami gagal ginjal arteri besar, dan beberapa ligamentum elastik. Elastin juga
tahap-akhir. Pemeriksaan dengan mikroskop elektron ditemukan di kulit, tulang rawan telinga, dan beberapa
memperlihatkan kelainan yang khas pada struktur membran jaringan lain dalam jumlah yang lebih sedikit. Berbeda dari
basal dan lamina densa. kolagen, tampaknya hanya ada satu tipe genetik elastin,
Pada epidermolisis bulosa, kulit mengalami cedera dari meskipun terdapat varian-varian yang dihasilkan melalui
timbul lepuh akibat trauma ringan. Bentuk distrofik alternative splicing (lihat Bab 36) hnRNA elastin. Elastin
disebabkan oleh mutasi di COL7A1, yang mengenai struktur disintesis sebagai suatu monomer larut berberat molekul sekitar
kolagen tipe VII. Kolagen ini membentuk serabut halus yang 70 kDa yang disebut tropoelastin. Sebagian prolin
melekatkan lamina basal pada serat kolagen di dermis. tropoelastin mengalami hidroksilasi menjadi hidroksiprolin
Serabut-serabut penambat (anchoring fibrils) tersebut oleh prolil hidroksilase, meskipun tidak terdapat hidroksilisin
terbukti sangat berkurang pada bentuk penyakit ini, dan dan hidroksilisin terglikosilasi. Tidak seperti kolagen,
mungkin menyebabkan pembentukan lepuh. Epidermolisis tropoelastin tidak disintesis dalam bentuk pro- disertai
bulosa simpleks, varian lain, disebabkan oleh mutasi di keratin peptida perpanjangan. Selain itu, elastin tidak mengandung
5 (lihat Bab 51). sekuens Gly-X-Y berulang, struktur heliks tripel, atau gugus
Skorbut mengenai struktur kolagen. Namun, penyakit karbohidrat.
ini disebabkan oleh defisiensi asam askorbat (vitamin C) Setelah disekresikan dari sel, residu-residu lisil tertentu
(lihat Bab 44), dan bukan merupakan penyakit genetik. pada tropoelastin mengalami deaminasi oksidatif menjadi
Tanda-tanda utamanya adalah gusi berdarah, perdarahan aldehida oleh lisil oksidase, enzim yang juga berperan dalam
subkutis, dan gangguan penyembuhan luka. Tanda-tanda ini proses ini pada kolagen. Namun, ikatan silang utama yang
mencerminkan gangguan sintesis kolagen akibat defisiensi terbentuk di elastin adalah desmosin, yang dihasilkan oleh
prolil dan lisil hidroksilase, dan kedua enzim ini
pemadatan tiga dari aldehida-aldehida yang berasal dari lisin
memerlukan asam askorbat sebagai kofaktor serta terlibat
ini dengan suatu lisin nonmodifikasi untuk membentuk
dalam modifikasi pascatranslasi yang memberikan molekul
ikatan-silang tetrafungsional yang khas untuk elastin. jika
kekakuan kolagen.
telah mengalami ikatan-silang dalam bentuk matang
Pada penyakit Menkes, defisiensi tembaga menyebabkan ekstraselnya, elastin menjadi sangat tidak larut dan sangat
defek pada taut-silang kolagen dan elastin oleh enzim stabil serta memiliki laju pergantian yang rendah. Elastin
dependen-tembaga lisil oksidase. (Penyakit Menkes dibahas
memperlihatkan berbagai konformasi kumparan acak yang
di Bab 52.)
memungkinkan protein ini teregang dan kemudian pulih
(recoil) sewaktu melaksanakan fungsi fisiologisnya.

TABEL 50–5 Perbedaan Utama Antara Kolagen dan Elastin
Kolagen Elastin
1. Banyak tipe genetik Satu tipe genetik

2. Heliks tripel Tidak ada heliks tripel; konformasi kumparan acak yang memungkinkan peregangan
3. Struktur berulang (Gly-X-Y)n Tidak ada struktur berulang (Gly-X-Y)n
4. Adanya hidroksilisin Tidak ada hidroksilisin
5. Mengandung karbohidrat Tidak mengandung karbohidrat

6. Ikatan-silang aldol intramolekul Ikatan-silang desmosin intramolekul
7. Adanya peptida perpanjangan sewaktu biosintesis Tidak ada peptida perpanjangan sewaktu biosintesis
Tabel 50–5 meringkaskan perbedaan utama antara (mis. menyebabkan kelemahan tunika media aorta, yang
kolagen dan elastin. menyebabkan dilatasi aorta asendens). Abraham Lincoln
Delesi di gen elastin (terletak di 7q11.23) dijumpai pada mungkin mengidap kelainan ini. Sebagian besar kasus
sekitar 90% orang dengan sindrom Williams-Beuren, suatu disebabkan oleh mutasi di gen (di kromosom 15) untuk
penyakit perkembangan yang mengenai jaringan ikat dan fibrilin-1; mutasi missense pernah dideteksi di beberapa
susunan saraf pusat. Mutasi, dengan memengaruhi pasien sindrom Marfan. Mutasi ini menyebabkan
pembentukan elastin, mungkin menjadi penyebab stenosis terbentuknya fibrilin yang abnormal dan/atau jumlah fibrilin
aorta supravalvular yang sering ditemukan pada penyakit yang diendapkan di matriks ektrasel lebih rendah. Terdapat
ini. Fragmentasi atau, dengan kata lain, penurunan elastin bukti bahwa sitokin TGF-β secara normal berikatan dengan
dijumpai pada kondisi-kondisi seperti emfisema paru, cutis fibrilin-1, pengikatan menurun dalam sindrom Marfan
laxa, dan penuaan kulit. menyebabkan gangguan di TGF-β sinyal yang berkontribusi
terhadap patologi ditemukan dalam kondisi. Temuan ini
dapat digunakan untuk mengembangkan terapi untuk
FIBRILIN ADALAH KOMPONEN penyakit ini dengan menggunakan obat yang
STRUKTUR MIKROFIBRIL mengantagonis TGF-β (misalnya, antagonis reseptor
angiotensin II, Losartan).
Mikrofibril baik-baik saja serat seperti helai 10 sampai 12 Mutasi pada gen fibrillin-1 juga telah diidentifikasi baru-
nm diameter yang menyediakan perancah untuk deposisi baru ini sebagai penyebab displasia akromikrik dan displasia
elastin di ECM. Fibrilin adalah glikoprotein besar (sekitar geofisik, yang ditandai dengan tubuh pendek, penebalan kulit,
350 kDa) yang merupakan komponen struktural utama dari dan sendi kaku. Mutasi di gen ini dikaitkan dengan timbulnya
serat ini. Fibril disekresikan (berikutnya ke pembelahan araknodaktili kontraktural kongenital. Kemungkinan
proteolitik) ke dalam ECM oleh fibroblas dan menjadi rangkaian kejadian yang menyebabkan timbulnya sindrom
dimasukkan ke dalam mikrofibril tidak larut. Fibrilin-1 Marfan diringkaskan (Gambar 50–3).
adalah fibrilin utama ini, tapi fibrilin-2 dan fibrilin-3 juga
telah diidentifikasi, dan fibrilin-2 dianggap penting dalam
deposisi mikrofibril awal pertumbuhan. Protein lain
termasuk protein mikrofibril terkait (MAPS), fibrilin dan Mutasi di gen (pada kromosom 15)
untuk fibrillin-1, glikoprotein besar yang
anggota pada famili ADAMTS juga terkait dengan ada di mikrofibril terkait-elastin
mikrofibril. Fibrillin mikrofibril ditemukan di serat elastis
dan juga dalam bundel elastin bebas di mata, ginjal, dan
Abnormalitas pada struktur fibrillin-1
tendon.
Struktur ligamen penunjang mata,
Sindrom Marfan Disebabkan Oleh Mutasi Di periosteum, dan media aorta yang terkena.
Kadar TGF-β (lihat teks) yang meningkat
Gen Untuk Fibril-1 dapat ikut berperan pada patologi.
Sindrom Marfan adalah penyakit herediter jaringan ikat yang
relatif umum; penyakit ini diwariskan melalui autosom Ektopia lentis, araknodaktili, dan
dominan. Sindrom Marfan mengenai mata (mis. dilatasi aorta asenden
menyebabkan dislokasi lensa, yang dikenal sebagai ektopia
lentis), sistem rangka (sebagian besar pasien menjadi tinggi GAMBAR 50–3 Kemungkinan rangkaian kejadian yang
menyebabkan timbulnya tanda-tanda utama yang ditunjukkan
dan memperlihatkan jari yang panjang [araknodaktili] dan pasien sindrom Marfan.
hiperekstensibilitas sendi dan sistem kardiovaskular

Fibronektin
RGD
Fibronektin Fibronektin
fibrin Kolagen Sel Heparin Fibrin
N- -C
Tipe motif I Tipe motif II Tipe motif II Regio variabel
GAMBAR 50–4 Gambaran skematis fibronektin monomer. fibronektin adalah suatu dimer
yang disatukan oleh jembatan disulfida (tidak diperlihatkan) di dekat terminal karboksil
monomer. Domain-domain ini terdiri dari berbagai kombinasi tiga motif struktural (I, II, atau III)
dan memiliki sejumlah mengikat protein domain. Empat fibronektin mengikat dan ada juga
domain untuk kolagen, heparin, fibrin, dan pengikatan sel.Perkiraan letak sekuens RGD pada
fibronektin, yang berinterksi dengan berbagai reseptor integrin fibronektin di permukaan sel,
ditunjukkan oleh tanda panah.
FIBRONEKTIN ADALAH kolagen, fibronektin, dan laminin, yaitu protein-protein

utama pada matriks ekstrasel, dengan sel tipikal (mis.
GLIKOPROTEIN PENTING YANG fibroblas) yang terdapat di matriks.
Reseptor fibronektin berinteraksi secara tidak langsung
BERPERAN DALAM PERLEKATAN dengan mikrofilamen aktin (lihat Bab 51) yang terdapat di
DAN MIGRASI SEL sitosol (Gambar 50–6). Sejumlah protein, yang secara
bersama-sama dikenal sebagai protein perlekatan
Fibronektin adalah glikoprotein utama matriks ekstrasel,
(attachment proteins), ikut berperan; protein-protein ini
yang juga ditemukan dalam bentuk larut dalam plasma.
mencakup talin, vinkulin, `-aktinin dan paksilin. Talin
Protein ini terdiri dari dua subunit identik, masing-masing
berinteraksi dengan reseptor dan vinkulin, sementara dua
sekitar 230 kDa, yang disatukan oleh jembatan disulfida di
yang terakhir berinteraksi dengan aktin. α-aktinin juga
dekat terminal karboksilnya. Gen yang menyandi
mengikat aktin, sementara paksilin mengikat integrin.
fibronektin berukuran sangat besar, mengandung sekitar 50
Seperti kompleks protein besar membentuk focal adhesions
ekson; RNA yang dihasilkan oleh transkripsinya mengalami
yang bukan saja sel anchor dalam ECM, tetapi juga
banyak penjalinan alternatif (alternative splicing), dan
menyampaikan sinyal dari luar yang mempengaruhi perilaku
hampir 20 mRNA berbeda pernah dideteksi di berbagai
sel. Dengan demikian, interaksi fibronektin dengan
jaringan. Fibronektin mengandung tiga tipe motif berulang
reseptornya merupakan salah satu cara yang menyebabkan
(I, II, dan III), yang tersusun menjadi beberapa domain
bagian eksterior sel dapat berkomunikasi dengan interior
fungsional (paling tidak tujuh); fungsi domain-domain ini
sehingga memengaruhi perilaku sel.
antara lain adalah mengikat, heparin (lihat bawah), serta
fibrin, kolagen, DNA, dan permukaan sel (Gambar 50–4).
Kolagen
Sekuens asam amino reseptor fibronektin pada fibroblas
telah berhasil diketahui, dan protein ini adalah anggota
kelas integrin transmembran (lihat Bab 55). Integrin
adalah heterodimer, yang mengandung berbagai jenis Heparin Fibronektin
rantai polipeptida α dan β. Fibronektin mengandung BAGIAN LUAR
sekuens Arg-Gly-Asp (RGD) yang berikatan dengan S-S
S-S
reseptor. Sekuens ini dibagi oleh sejumlah protein lain yang
ada dalam ECM yang mengikat integrin ada dalam sel α β
membran plasma, dan peptida sintetik yang mengandung
Reseptor
sekuens RGD menghambat pengikatan fibronektin pada integrin Membran plasma
permukaan sel. (Gambar 50–5) melukiskan interaksi
Kolagen Fibronektin
a Talin
a b b Vinkulin BAGIAN DALAM
Protein tudung
α-Aktin
a b
Aktin
Laminin
GAMBAR 50–6 Gambar skematis dari fibronektin berinteraksi
GAMBAR 50–5 Gambar skematis sebuah sel yang berinteraksi dengan aktin dalam sitosol melalui reseptor fibronektin integrin.
melalui protein utama ECM. a dan b menunjukkan rantai polipeptida Agar lebih mudah, protein-protein perekat digambarkan sebagai
α dan β pada integrin. (Digambar ulang setelah Yamada KM: Adhesive kompleks.
recognition sequences. J Biol Chem 1991;266:12809.)

Fibronektin juga berperan dalam migrasi sel, dengan lamina. Muatan negatif ini menolak albumin dan sebagian
menyediakan tempat peningkatan untuk sel sehingga sel besar protein plasma, yang bermuatan negatif pada pH
dapat berjalan melalui MES. Jumlah fibronektin di sekitar sel darah. Struktur normal glomerulus dapat mengalami
yang mengalami transformasi sangat berkurang, dan hal ini kerusakan parah pada jenis-jenis tertentu glomerulonefritis
dapat menjelaskan kegagalan sel-sel ini berinteraksi dengan (mis. disebabkan oleh antibodi terhadap berbagai
MES. komponen membran glomerulus). Hal ini mengubah pori
serta jumlah dan disposisi berbagai makromolekul
LAMININ ADALAH KOMPONEN bermuatan negatif yang disebut di atas, dan albumin dalam
jumlah besar (dan protein plasma tertentu lainnya) dapat
PROTEIN UTAMA PADA LAMINA mengalir ke urine dan menyebabkan albuminuria berat.
BASAL PROTEOGLIKAN DAN
Lamina basal adalah bagian khusus matriks ekstrasel yang
mengelilingi sel epitel dan beberapa sel lain (mis. sel otot). GLIKOSAMINOGLIKAN
Laminin (suatu glikoprotein dengan ukuran sekitar 850 kDa
dan panjang 70 nm) terdiri dari tiga rantai polipeptida Glikosaminoglikan yang Ditemukan dalam
memanjang (α, β, dan γ) yang terhubung untuk membentuk Proteoglikan Terbentuk dari Pengulangan
suatu bentuk memanjang (lihat Gambar 51–11, di sini Disakarida
laminin disebut merosin). Terdapat beberapa varian genetik
Proteoglikan adalah protein yang mengandung
laminin, tetapi rinciannya tidak akan dibahas di bab ini. Di
glikosaminoglikan-glikosaminoglikan yang disatukan oleh
lamina basal, bentuk laminin jaringan yang melekat untuk
ikatan kovalen (GAGs) (lihat Bab 15). Telah ditemukan
jaringan kolagen tipe IV oleh entaktin (juga disebut
sedikitnya 30 jenis proteoglikan, dan dinamai sindekan,
nidogen), glikoprotein yang mengandung urutan RGD dan
betaglikan, serglisin, perlekan, agrekan, versikan, dekorin,
sulfat proteoglikan heparan, perlecan. Kolagen berinteraksi
biglikan, dan fibromodulin. Protein yang terikat secara
dengan laminin (bukan secara langsung dengan permukaan
kovalen pada glikosaminoglikan dinamai “protein inti.”
sel), yang pada gilirannya berinteraksi dengan integrin atau
Proteoglikan bervariasi dalam jaringan distribusi, sifat protein
protein lain, seperti distroglikan (lihat Bab 51) sehingga
inti, melekat glikosaminoglikan, dan fungsinya; protein ini
anchoring lamina ke sel (Gambar 50–7).
terbukti sulit untuk diisolasi dan ditentukan karakteristiknya,
Di glomerulus ginjal, lamina basal ditunjan oleh dua tetapi pemakaian teknologi DNA rekombinan mulai
lembaran terpisah (satu berasal dari sel endotel dan yang menghasilkan informasi penting tentang struktur protein
lain dari sel epitel), masing-masing terletak di sisi tersebut. Jumlah karbohidrat dalam suatu proteoglikan
berlawanan lamina; ketiga lapisan ini membentuk membran biasanya jauh lebih banyak daripada jumlah karbohidrat pada
glomerulus. Lamina basal glomerulus ginjal yang relatif glikoprotein dan mungkin membentuk hingga 95% dari
tebal berperan penting dalam filtrasi glomerulus, yang beratnya. (Gambar 50–8 dan 50–9) memperlihatkan struktur
mengatur lewatnya molekul besar (sebagian besar protein umum satu proteoglikan khusus, agrekan, yaitu tipe utama yang
plasma) melalui glomerulus ke dalam tubulus ginjal. ditemukan di tulang rawan. Agrekan berukuran sangat besar
Membran glomerulus memungkinkan lewatnya molekul (sekitar 2 × 103 kDa), dengan struktur keseluruhannya yang
kecil semudah air, misalnya inulin (5.2 kDa). Di pihak lain, mirip dengan sikat botol. Protein ini mengandung satu untai
hanya sejumlah kecil protein albumin (69 kDa), protein panjang asam hialuronat (salah satu tipe GAG) (lihat Bab 15)
plasma utama, yang dapat melewati glomerulus normal. Hal tempat protein penghubung (link protein) melekat secara non-
ini dijelaskan oleh dua kenyataan: (1) Pori-pori di membran kovalen. Sebaliknya, protein penghubung tersebut berinteraksi
glomerulus berukuran cukup besar untuk memungkinkan secara nonkovalen dengan molekul protein inti tempat
lewatnya molekul yang berukuran hingga 8 nm. (2) menonjolnya rantai GAG lain (dalam hal ini keratan sulfat dan
Albumin berukuran lebih kecil daripada ukuran pori ini, kondroitin sulfat). Rincian lebih lanjut tentang makromolekul
tetapi tidak dapat lewat dengan mudah karena dihambat ini diberikan dalam pembahasan tentang tulang rawan di
oleh muatan negatif heparan sulfat dan glikoprotein bawah.
tertentu yang mengandung asam sialat yang terdapat di
Terdapat paling sedikit tujuh glikosaminoglikan (GAG):
asam hialuronat (hialuronan), kondrotin sulfat, keratan
Integrin Distroglikan Enaktin Perlacan sulfat I dan II, heparin, heparan sulfat, dan dermatan sulfat.
GAG adalah suatu polisakarida tidak bercabang yang terbentuk
Sel dari disakarida berulang yang salah satu komponennya selalu
epitelial merupakan gula amino (karena itu dinamai GAG), baik D-
glukosamin atau D-galaktosamin. Komponen lain pada
disakarida berulang (kecuali pada keratan sulfat) adalah asam
Laminin Lamina uronat, baik asam L-glukuronat (GlcUA) atau 5′-epimernya,
basal
Tipe asam L-iduronat (IdUA). Kecuali asam hialuronat, semua GAG
kolagen IV
mengandung gugus sulfat, baik sebagai O-ester atau N-sulfat
GAMBAR 50–7 Struktur lamina basal. Laminin melekat tipe (pada heparin dan heparan sulfat). Asam hialuronat
kolagen IV melalui enaktin dan perlecan (membentuk lamina basal) merupakan pengecualian karena tampaknya ada sebagai
dan lapisan sel epitel melalui integrin dan distroglikan.

seperti definisi tentang proteoglikan. Baik GAG maupun

proteoglikan terbukti sulit diteliti, sebagian karena
kompleksitas kedua molekul tersebut. Walaupun demikian,
keduanya adalah komponen utama matriks ekstrasel; GAG dan
proteoglikan memiliki sejumlah peran biologis penting; dan
kedua zat tersebut terlibat dalam sejumlah proses penyakit-
karena itu, minat terhadap GAG dan proteoglikan meningkat
pesan.
Biosintesis Glikosaminoglikan Mencakup

Perlekatan pada Protein Inti, Pemanjangan
Rantai, dan Penghentian Pembentukan Rantai
Perlekatan pada Protein Inti
Ikatan antara GAG dan protein inti umumnya berupa salah
satu dari tipe.
1. Ikatan O-glikosidat antara xilosa (Xyl) dab Ser, suatu
ikatan yang khas bagi proteoglikan. Ikatan ini dibentuk
oleh pemindahan satu residu Xyl ke Ser dari UDP-xilosa.
Dua residu Gal kemudian ditambahkan ke residu Xyl yang
membentuk trisakarida penghubung (link trisaccharides),
Gal-Gal-Xyl-Ser. Pertumbuhan rantai lebih lanjut pada
GAG terjadi di Gal terminal.
2. Ikatan O-glikosidat terbentuk antara GalNAc (N-
GAMBAR 50–8 Mikrograf elektron lapangan gelap pada asetilgalaktosamin) dan Ser (Thr) (lihat Gambar 46–1A),
agregat proteoglikan. Subunit-subunit proteoglikan dan rangka yang terdapat di keratan sulfat II. Ikatan ini dibentuk oleh
filamentosa tampak sangat memanjang. (Diproduksi ulang, dengan pemberian residu GalNAc ke Ser (atau Thr), dengan
izin, dari Rosenberg L, Hellman W, Kleinschmidt AK: Electron
microscopic studies of proteoglycan aggregates from bovine articular menggunakan UDP-GalNAc sebagai donor.
cartilage. J Biol Chem 1975;250:1877.) 3. Ikatan N-glikosilamin antara GlcNAc (N-asetilglukosamin
dan nitrogen amida Asn, seperti yang ditemukan pada
glikoprotein terkait-N (lihat Gambar 46–1B). Sintesisnya
Asam hialuronat diperkirakan melibatkan dolikol-PP oligosakarida.
Protein penghubung Pembentukan protein inti berlangsung di retikulum
Keratan sulfat endoplasma, dan pembentukan setidaknya sebagian ikatan-
Kondroitin sulfat ikatan tersebut juga berlangsung di sini. Sebagian besar dari
tahap-tahap akhir biosintesis rantai GAG dan modifikasi
Protein inti
selanjutnya berlangsung di aparatus Golgi.
Pemanjangan Rantai
Gula nukleotida yang tepat dan glikosiltransferase yang
Subunit sangat spesifik dan terletak di aparatus Golgi diperlukan
untuk menyintesis rantai oligosakarida GAG. Hubungan
“satu enzim, satu ikatan” tampaknya berlaku di sini, seperti
pada kasus tipe-tipe tertentu ikatan yang terdapat di
glikoprotein. Sistem enzim yang berperan dalam
pemanjangan rantai mampu melakukan perbanyakan GAG
kompleks secara tepat.
Penghentian Pembentukan Rantai

Hal ini tampaknya disebabkan oleh (1) sulfasi, terutama di
GAMBAR 50–9 Gambaran skematis proteoglikan agrekan. posisi-posisi gula tertentu, dan (2) progresi rantai GAG yang
(Diproduksi ulang, dengan izin, dari Lennarz WJ: The Biochemistry of sedang tumbuh menjauhi bagian membran tempat katalisis
Glycoproteins and Proteoglycans. Plenum Press, 1980. Diproduksi
ulang dengan izin dari Springer Science and Business Media.)
berlangsung.
Modifikasi Lebih Lanjut

polisakarida dalam GAG, tidak terdapat bukti yang jelas Setelah rantai GAG terbentuk, terjadi banyak modifikasi
bahwa senyawa ini melekat secara kovalen pada protein, kimiawi, misalnya introduksi gugus sulfat ke GalNAc dan

gugus lain serta epimerisasi residu GlcUA menjadi IdUA. menyebabkan air tertarik oleh tekanan osmotik ke dalam
Enzim-enzim yang mengkatalisis sulfasi dinamai sulfo- matriks ekstrasel dan berperan menentukan turgor. GAG
transferase dan menggunakan 3′-fosfoadenosin-5′-fosfosulfat juga berbentuk gel pada konsentrasi yang relatif rendah.
[PAPS; sulfat aktif] (lihat Bab 32) sebagai donor sulfat. Enzim Karena sifat rantai polisakarida GAG yang panjang dan
yang terletak di aparatus Golgi ini sangat spesifik, dan sulfasi di kemampuannya menjadi gel, proteoglikan dapat berfungsi
posisi yang berbeda (mis. karbon 2, 3, 4, dan 6) pada gula sebagai saringan, menghambat lewatnya makromolekul
akseptor dikatalisis oleh enzim tersendiri. Epimerase besar ke dalam matriks ekstrasel, tetapi memungkinkan
mengkatalisis perubahan glukuronil menjadi residu iduronil. difusi molekul kecil secara relatif bebas. Sekali lagi, karena
strukturnya yang memanjang dan sering membentuk agrerat
makromolekul yang sangat besar, proteoglikan menempati
Proteoglikan Penting dalam Organisasi volume yang besar di matriks relatif terhadap protein.
Struktur dari Matriks Ekstraseluler
Proteoglikan adalah molekul yang sangat kompleks dan
Berbagai Glikosaminoglikan
ditemukan di setiap jaringan tubuh, terutama di matriks
ekstasel atau "substansi dasar". Molekul ini berikatan satu Memperlihatkan Perbedaan Struktur dan
sama lain dan juga dengan komponen struktural utama Memiliki Distribusi yang Khas
matriks, kolagen dan elastin, dengan cara yang cukup Tujuh GAG yang disebutkan di atas berbeda satu sama lain
spesifik. Beberapa proteoglikan berikatan dengan kolagen dalam sejumlah sifat berikut: komposisi gula amino,
dan yang lain dengan elastin. Interaksi ini penting dalam komposisi asam uronat, ikatan antara komponen-
menentukan susunan struktural matriks. Beberapa komponennya, panjang rantai disakarida, ada tidaknya
proteoglikan (mis. dekorin) juga dapat berikatan dengan gugus sulfat dari posisi perlekatannya pada gula konstituen,
faktor pertumbuhan misalnya TGF-β, yang memodulasi sifat protein inti tempat GAG tersebut melekat, sifat ikatan
efek sitokin ini pada sel. Selain itu, beberapa diantaranya pada protein inti, distribusi di tingkat jaringan dan
berinteraksi dengan protein perekat tertentu, seperti
subselular, serta fungsi biologisnya.
fibronektin dan laminin (lihat atas), yang juga terdapat
matriks. GAG yang terdapat pada proteoglikan adalah Struktur (Gambar 50–10) dan distribusi masing-masing
polianion dan karenanya mengikat polikation dan kation, GAG akan dibahas secara singkat. Gambaran utama ketujuh
misalnya Na+ dan K+. Kemampuan yang terakhir ini GAG diringkaskan di Table 50–6.
β1,4 β1,3 β1,4 β1,3 β1,4

Asam hialuronat: GlcUA GlcNAc GlcUA GlcNAc
β1,4 β1,3 β1,4 β1,3 β1,3 β1,4 β

Kondroitin sulfat: GlcUA GalNAc GlcUA Gal Gal Xyl Ser
4- atau 6-Sulfat
β
an) GlcNAc Asn (keratan sulfat I)
A c, M
Keratan sulfat (GlcN
β1,4 β1,3 β1,4 β1,3
I dan II: GlcNAc Gal GlcNAc Gal 1,6
α
6-Sulfat 6-Sulfat GalNAc Thr (Ser) (keratan sulfat II)
Gal-NeuAc
6-Sulfat
Heparin dan α1,4 α1,4 α1,4 β1,4 α1,4 β1,3 β1,3 β1,4 β
heparin sulfat: IdUA GlcN GlcUA GlcNAc GlcUA Gal Gal Xyl Ser
2-Sulfat SO3– or Ac
β1,4 α1,3 β1,4 β1,3 β1,4 β1,3 β1,3 β1,4 β
Dermatan sulfat: IdUA GalNAc GlcUA GalNAc GlcUA Gal Gal Xyl Ser
2-Sulfat 4-Sulfat
GAMBAR 50–10 Ringkasan struktur glikosaminoglikan dan perlekatannya ke protein inti. (Ac, asetil; Asn, L-
asparagin; Gal, D-galaktosa; GalN, D-galaktosamin; GlcN, D-glukosamin; GlcUA, asam D-glukuronat; IdUA,
asam L-iduronat; Man, D-manosa; NeuAc, asam N-asetilneuraminat; Ser, L-serin; Thr, L-treonin; Xyl, L-xilosa.) Struktur
ringkas ini hanyalah representasi kualitatif dan tidak mencerminkan, contohnya, komposisi asam uronat
glikosaminoglikan hibrid misalnya heparin dan dermatan sulfat, yang mengandung baik asam L-iduronat maupun D-
glukuronat. Juga jangan diasumsikan bahwa substituen yang diperlihatkan selalu ada, misalnya, sebagian besar residu
asam iduronat di heparin mem bawa satu gugus 2ʹ-sulfat, sebagian kecil dari residu ini mengalami sulfasi pada
dermatan sulfat. Diperlihatkan adanya trisakarida penghubung (Gal-GalXyl) pada kondroitin sulfat, heparin, serta
heparin dan dermatan sulfat. (Sedikit dimodifikasi dan diproduksi ulang, dengan izin, dari Lennarz WJ: The
Biochemistry of Glycoproteins and Proteoglycans. Plenum Press, 1980. Diproduksi ulang dengan izin dari Springer
Science and Business Media.)

TABEL 50–6 Sifat-Sifat Utama Glikosaminoglikan
GAG Gula Sulfata Ikatan protein Lokasi
Asam Hialuronat GlcNAc, GLcUA Tidak ada Belum ada bukti kuat Kulit, cairan sinovium, tulang, tulang
rawan, vitreous humor, jaringan embrio
Kondroitin Sulfat GalNAc, GlcUA GalNAc Xyl-Ser; berkaitan dengan AH Tulang rawan, tulang, CNS
melalui protein penghubung
Keratan Sulfat I dan II GlcNAc, Gal GlcNAc GlcNAc-Asn (KS I) Kornea, tulang rawan, jaringan ikat longgar
GalNAc-Thr (KS II)
Heparin Gln, IdUA GlcN Ser Sel Mast, hati, paru-paru, kulit
GlcN
IdUA
Heparan sulfat GlcN, GlcUA GalNAc, GlcN Xyl-Ser Kulit, membran basal
Dermatan sulfat IdUA, (GlcUA) GalNAc Xyl-Ser ginjal Kulit, distribusi luas
IdUA
aSulfat melekat pada berbagai posisi gula (lihat Gambar 50–10). Perhatikan bahwa semua GAG (kecuali keratan sulfat) mengandung asam uronat (asam iduronat atau
glukuronat).
Asam Hialuronat Namun, dua GAG berbeda dalam lapisan struktural dengan
Asam Hialuronat terdiri dan rantai tak-bercabang unit-unit protein inti, dan karena itu sekarang diketahui bahwa
disakarida berulang yang mengandung GlcUA dan GlcNAc. distribusi dari dua tipe bukanlah jaringan khusus klasifikasi
Asam hialuronat terdapat di bakteri dari tersebar luas di didasarkan pada kaitan protein yang berbeda. Di mata,
berbagai hewan dan jaringan, termasuk cairan sinovium, berada antara fibril kolagen dan memainkan peran sangat
korpus vitreous mata, tulang rawan, dan jaringan ikat penting dalam transparansi kornea. Perubahan komposisi
longgar. Diperkirakan berperan penting untuk memungkin- proteoglikan ditemukan di bekas luka kornea menghilang
kan terjadi migrasi sel selama morfogenesis dan pe- ketika menyembuhkan kornea.
nyembuhan luka. Kemampuan menarik air ke dalam matriks
ekstrasel sehingga "melonggarkan" matriks mungkin penting Heparin
dalam hal ini. Tingginya konsentrasi asam hialuronat dan Disakarida berulang pada senyawa ini mengandung glu-
kondroitin sulfat di tulang rawan berperan menentukan sifat kosamin (GlcN) dan salah satu dan dua asam uronat
kompresibilitas (lihat bawah) jaringan ini. (Gambar 50–11). Sebagian besar dan kelompok amino
residu GlcN mengalami N-sulfasi, tetapi beberapa
Kondroitin Sulfat (Kondroitin 4-sulfat mengalami asetilasi. GlcN juga membawa sebuah sulfat yang
dan Kondroitin 6-sulfat) menempel pada karbon 6.
Proteoglikan yang terhubung dengan kondroitin sulfat oleh Sekitar 90% residu asam uronat adalah IdUA. Pada
ikatan Xyl-Ser O-glikosidat merupakan komponen mencolok awalnya, semua asam uronat adalah GlcUA, tetapi 5′-
pada tulang rawan (lihat bawah). Disakarida berulang pada epimerase mengubah sekitar 90% residu GlcUA menjadi
senyawa ini serupa dengan yang ditemukan pada asam IdUA setelah rantai polisakarida terbentuk. Molekul protein
hialuronat, yang mengandung GlcUA tetapi dengan GalNAc proteoglikan heparin bersifat unik, yang hanya terdiri dari
menggantikan GlcNAc. GalNAc diganti dengan sulfat di residu serin dan glisin. Sekitar dua-pertiga residu serin
posisi 4′ atau 6′ dengan sekitar satu sulfat per unit disakarida. mengandung rantai GAG, biasanya 5-15 kDa tetapi kadang-
Kondroitin sulfat memiliki peran penting dalam kadang jauh lebih besar. Heparin ditemukan di granula sel
mempertahankan struktur ECM. Kondroitin sulfat terletak mast dan juga di hati, paru, dan kulit. Heparin adalah
di bagian-bagian tulang endokondral yang mengalami antikoagulan penting. Molekul ini berikatan dengan faktor
klasifikasi serta juga ditemukan di tulang rawan. Kondroitin IX dan XI, tetapi interaksinya yang paling penting adalah
sulfat ditemukan dalam jumlah tinggi dalam ECM dari dengan antitrombin plasma (dibahas di Bab 55). Heparin
sistem saraf pusat dan, di samping fungsi strukturalnya, juga dapat berikatan secara spesifik dengan lipoprotein
diduga bertindak sebagai molekul sinyal dalam pencegahan lipase yang terdapat di dinding kapiler, yang menyebabkan
perbaikan ujung saraf setelah cedera/luka. enzim ini dibebaskan ke dalam sirkulasi.
Keratan Sulfat I dan II Heparan Sulfat

Seperti diperlihatkan di (Gambar 50–10), keratan sulfat Molekul ini terdapat di banyak permukaan sel sebagai suatu
terdiri dari unit-unit disakarida berulang Gal-GlcNAc yang proteoglikan dan terletak ekstrasel. Heparan sulfat
mengandung sulfat yang melekat pada posisi 6′ GlcNAc atau mengandung GlcN dengan N-sulfat yang lebih sedikit
kadang-kadang Gal. Keratan sulfat I awalnya diisolasi dari daripada heparin, dan tidak seperti heparin, asam uronat
kornea, sementara keratan sulfat II berasal dari tulang rawan. predominannya adalah GlcUA.

CH2OSO3– CH2OSO3– CH2OSO3– CO2– CH2OSO3–

O O O O O O O
CO2– CO2–
O OH OH O OH OH O OH OH O OH
O O O O
HNSO3– OSO3– HNSO3– OH HNSO3– OH HNAc
GlcN IdUA GlcN IdUA GlcN GlcUA GlcNAc
GAMBAR 50–11 Struktur heparin. Potongan polimer memperlihatkan gambaran struktural khas heparin;
namun, rangkaian unit disakarida berulang dipilih secara sembarang. Selain itu, juga dapat ditemuakan residu
glukosamin non-O-sulfated atau 3-O-sulfated. (Dimodifikasi, digambar, dan diproduksi ulang, dengan izin, dari Lindahl
U, et al: Structure and biosynthesis of heparin-like polysaccharides. Fed Proc 1977;36:19.)
Heparan sulfat berikatan dengan membran plasma sel, defisiensi enzim spesifik yang terjadi pada kelainan
dengan protein intinya yang sebetulnya menembus herediter metabolisme (inborn errors of metabolism)
membran. Di membran, molekul ini dapat berfungsi sebagai tertentu. Jika mengenai GAG, kelainan herediter
reseptor dan juga dapat ikut serta memerantarai metabolisme ini dinamai mukopolisakaridosis (Tabel 50–
pertumbuhan sel dan komunikasi antarsel. Perlekatan sel 8).
pada substratumnya dalam biakan diperantai paling tidak Penguraian GAG dilaksanakan oleh serangkaian
sebagai oleh heparan sulfat. Proteoglikan ini juga ditemukan hidrolase lisosom. Enzim-enzim ini mencakup
di membran basal ginjal bersama dengan kolagen tipe IV endoglikosidase tertentu, berbagai eksoglikosidase, dan
dan laminin (lihat atas), tempat molekul ini berperan besar sulfatase yang umumnya bekerja secara berurutan untuk
dalam menentukan selektivitas muatan filtrasi glomerulus. menguraikan berbagai GAG. Sebagian enzim ini
dicantumkan pada Tabel 50–8.
Dermatan Sulfat Berbagai mukopolisakaridosis (MPSs) (Tabel 50–8)
Zat ini tersebar luas di jaringan hewan. Strukturnya mirip memiliki mekanisme kausa yang sama, seperti diperlihatkan
dengan struktur kondroitin sulfat, kecuali bahwa di tempat di (Gambar 50–12). Penyakit golongan ini diwariskan dengan
GlcUA dalam ikatan β-1,3 pada GalNAc senyawa ini cara resesif autosom, dengan sindrom Hurler dan sindrom
mengandung IdUA dalam ikatan α-1,3 pada GalNAc. Hunter yang mungkin merupakan mukopolisakaridosis yang
Pembentukan IdUA terjadi, seperti pada heparin dan heparan paling banyak dipelajari. Tidak ada yang biasa. Secara umum,
sulfat, oleh 5′-epimerisasi GlcUA. Karena hal ini diatur oleh kondisi ini kronis dan progresif dan mempengaruhi beberapa
derajat sulfasi dan karena sulfasi berlangsung tidak sempurna, organ. Banyak pasien menunjukkan organomegali (mis,
dermatan sulfat mengandung keduanya, baik disakarida IdUA- hepato- dan splenomegali; kelainan parah dalam
GalNAc maupun GlcUA-GalNAc. Dermatan sulfat memiliki pengembangan tulang rawan dan tulang; penampilan wajah
distribusi luas di jaringan, dan merupakan GAG utama di abnormal; dan keterbelakangan mental. Selain itu, cacat pada
kulit. Bukti menunjukkan hal itu mungkin memainkan pendengaran, visi dan sistem kardiovaskular dapat hadir.
bagian dalam pembekuan darah, perbaikan luka dan pemeriksaan diagnostik meliputi analisis GAG dalam urin
ketahanan terhadap infeksi.
Proteoglikan juga ditemukan di lokasi intrasel, misalnya TABEL 50–7 Beberapa Fungsi Glikosaminoglikan dan
nukleus; fungsinya diorganel ini belum diketahui. Molekul ini Proteoglikan
terdapat di beberapa granula penyimpanan atau sekretorik, • Berfungsi sebagai komponen struktural matriks ekstrasel
misalnya granula kromafin medula adrenal. Diperkirakan • Berinteraksi secara spesifik dengan kolagen, elastin, fibronektin,
bahwa proteoglikan berperan dalam pengeluaran isi granula- laminin, dan protein lain, misalnya faktor pertumbuhan
granula tersebut. Berbagai fungsi GAG diringkaskan pada • Sebagai polianion, mengikat polikation dan kation
Tabel 50–7.
• Ikut serta menentukan tugor berbagai jaringan
• Bekerja sebagai penyaring di matriks ekstrasel
Defisiensi Enzim yang Menguraikan
• Mempermudah migrasi sel (AH)
Glikosaminoglikan Menyebabkan
• Berperan dalam kompresibilitas tulang rawan di bagian-bagian
Mukopolisakaridosis tubuh yang menerima beban (AH, KS)
Ekso- dan endoglikosidase menguraikan GAGs. Seperti • Berperan dalam transparasi kornea (KS I dan DS)
kebanyakan biomolekul lain, GAG mengalami pergantian • Berperan dalam stuktur sklera (DS)
(turnover), yaitu disintesis dan diuraikan. Pada jaringan • Bekerja sebagai antikoagulan (heparin)
dewasa, GAG umumnya memperlihatkan pergantian yang
• Merupakan komponen membran plasma, kedua zat ini dapat
lambat, dengan waktu-paruh dalam bilangan hari sampai bekerja sebagai reseptor dan ikut serta dalam perlekatan sel dan
minggu. interaksi antarsel (mis. HS)
Pemahaman tentang jalur penguraian GAG, seperti pada • Menentukan selektivitas-muatan glomerulus ginjal (HS)
kasus glikoprotein (lihat Bab 46) dan glikosfingolipid (lihat • Komponen dari vesikel sinaps dan vesikel lain (mis. HS)
Bab 24), telah sangat dibantu oleh pengungkapan berbagai
Singkatan: KS, kondroitin sulfat; DS, dermatan sulfat; ECM, matriks ekstraselular;
AH, asam hialuronat; HS, heparan sulfat; KS I, keratan sulfat I.

TABEL 50–8 Mukopolisakaridosis
Nama Penyakit Nama Alternatifa Defek Enzim GAG Terkena Dampak Gejala
Hurler-, Sindrom MPS I α-L-Iduronidase Dermatan sulfat, Retardasi mental, wajah

Scheie-Hurler- heparan sulfat kasar, hepatosplenomegali,
Scheie kekeruhan kornea
Sindrom Hunter MPS II Iduronate sulfatase Dermatan sulfat, Retardasi mental
heparan sulfat
Sindrom Sanfilippo A MPS IIIA Heparan sulfat-N-sulfataseb Heparan sulfat Keterlambatan dalam
pengembangan, disfungsi motorik
Sindrom Sanfilippo B MPS IIIB α-N-Asetilglukosaminidase Heparan sulfat Seperti MPS IIIA
Sindrom Sanfilippo C MPS IIIC α-Glukosaminida Heparan sulfat Seperti MPS IIIA
N-asetiltransferase
Sindrom Sanfilippo D MPS IIID N-asetilglukosamin 6- Heparan sulfat Seperti MPS IIIA
Sindrom Morquio A MPS IVA sulfatase Galaktosamin 6- Keratan sulfat, Displasia skeletal,
kondroitin 6-sulfat tubuh pendek
sulfatase
Sindrom Morquio B MPS IVB β-Galaktosidase Keratan sulfat Seperti MPS IVA
Sindrom Maroteaux- MPS VI N-Asetilgalaktosamin Dermatan sulfat Tulang belakang yang bengkok,
Lamy tubuh pendek, displasia
4-sulfatasec skeletal, kelainan jantung
Sindrom Sly MPS VII β-Glukuronidase Dermatan sulfat, Displasia skeletal,

heparan sulfat, tubuh pendek,
kondroitin 4- hepatomegali,
sulfat, kondroitin kekeruhan kornea
6-sulfat
Sindrom Natowicz MPS IX Hialuronidase Asam hialuronat Kaku sendi, tubuh pendek
aNama MPS V dan MPS VIII tidak lagi
digunakan. bDisebut juga sulfaminidase.

cDisebut juga arilsufatase B.
atau jaringan sampel biopsi; menguji kadar logam diduga berbagai oligosakarida yang berasal dari glikoprotein dan
enzim yang rusak dalam sel darah putih, fibroblas atau serum; gangliosida tertentu di jaringan. Penyakit sel-I (ML-II) dan
dan menguji gen-gen tertentu. diagnosis prenatal sekarang pseudo-polidistrofi Hurler (MLIII) dijelaskan di Bab 46.
kadang-kadang mungkin menggunakan sel cairan amniotik Kata “mukolipidosis” dipertahankan karena masih relatif
atau sampel biopsi vilus korion. Pada sebagian kasus, dapat digunakan secara luas di bidang klinis, tetapi nama tersebut
diperoleh riwayat mukopolisakaridosis dalam keluarga. kurang tepat untuk kedua penyakit terakhir ini karena
Kata “mukolipidosis” diperkenalkan untuk menamai mekanisme penyebabnya melibatkan mislokasi enzim
penyakit dengan gambaran kombinasi yang umum dijumpai lisosom tertentu. Kelainan genetik pada katabolisme rantai
pada mukopolisakaridosis dan sfingolipidosis (lihat Bab 24). oligosakarida glikoprotein (mis. manosidosis, fukosidosis)
Pada sialidosis (mukolipidosis I, ML-I), terjadi penimbunan juga diuraikan di Bab 46. Sebagian besar kelainan ini ditandai
oleh peningkatan ekskresi berbagai fragmen glikoprotein di
Mutasi (atau mutasi-mutasi) pada gen yang urin, yang menumpuk karena blok metabolik, seperti pada
menyandi hidrolase lisosom yang berperan pada kasus mukolipidosis.
penguraian satu atau lebih GAG
Hialuronidase adalah enzim penting yang berperan
dalam katabolisme asam hialuronat dan kondroitin
Defek pada hidrolase lisosom sulfat. Zat ini adalah endoglikosidase yang tersebar luas
dan memotong ikatan heksosaminidat. Dari asam
Penumpukan substrat di berbagai jaringan, hialuronat, enzim akan menghasilkan suatu tetrasakarida
mencakup hati, limpa, tulang, kulit, dan susunan saraf
pusat
dengan struktur (GlcUAβ-1,3-GlcNAc-β-1,4)2, yang
GAMBAR 50–12 Skema sederhana penyebab dapat diuraikan lebih lanjut oleh β-glukuronidase dan β-
mukopolisakaridosis, misalnya sindrom Hurler. Penimbunan N-asetilheksosaminidase. Sebuah defek genetik di
berlebihan GAG di jaringan yang disebutkan di gambar masing-masing hialuronidase menyebabkan MPS IX, gangguan
dapat menyebabkan hepatomegali, splenomegali, gangguan penyimpanan lisosomal di mana asam hialuronat
pertumbuhan, wajah kasar, dan retardasi mental.
terakumulasi pada sendi.

Proteoglikan Keterkaitan dengan Penyakit TABEL 50–9 Protein Utama yang Terdapat di Tulanga
Utama dan Penuaan Protein Keterangan
Asam hialuronat mungkin penting dalam migrasi sel Kolagen
tumor melalui matriks ekstrasel. Sel tumor dapat
Kolagen tipe I Sekitar 90% dari protein tulang
menginduksi fibroblas untuk menyintesis GAG ini dalam total. Terdiri dari dua rantai
jumlah sangat besar sehingga sel tumor dapat mudah α1(I) dan satu α2(I).
menyebar. Sebagian sel tumor kurang memiliki heparan
Kolagen tipe V Komponen minor.
sulfat di permukaannya, dan hal ini mungkin berperan
menyebabkan kurangnya daya lekat sel tumor. Protein nonkolagen
Bagian intima dinding arteri mengandung proteoglikan Protein plasma Campuran bebagai
asam hialuronat dan kondroitin sulfat, dermatan sulfat, dan protein plasma.
heparan sulfat. Dari berbagai proteoglikan, dermatan sulfat Proteoglikanb KS-PG I Mengandung dua rantai GAG;
berikatan dengan lipoprotein beridensitas rendah. Selain itu, (biglikan) yang ditemukan di jaringan lain.
dermatan sulfat tampaknya merupakan GAG utama yang KS-PG II (dekorin) Mengandung satu rantai GAG;
disintesis oleh sel otot polos arteri. Dermatan sulfat mungkin yang ditemukan di jaringan lain.
berperan penting dalam pembentukan plak aterosklerotik KS-PG III Spesifik-tulang.
karena sel inilah yang berproliferasi pada lesi ateroskleroik
di arteri. Protein SPARC tulang
c
Tidak spesifik-tulang.
(osteonektin)
Pada berbagai jenis artritis, proteoglikan mungkin
berfungsi sebagai autoantigen, sehingga berperan dalam ciri- Osteokalsin (Protein Gla Mengandung residu γ-karboksi-
tulang) glutamat (Gla) yang mengikat
ciri patologis penyakit tersebut. Jumlah kondroitin sulfat di hidroksiapatit. Spesifik-tulang.
tulang rawan menurun seiring pertambahan usia, sedangkan
jumlah keratan sulfat dan asam hialuronat meningkat. Osteopontin Tidak spesifik-tulang. Terglikosilasi
dan terfosforilasi.
Perubahan-perubahan ini mungkin berperan menyebabkan
osteoartritis, demikian juga peningkatan aktivitas enzim Sialoprotein tulang Spesifik-tulang. Sangat
terglikosilasi, dan tersulfasi di
agrekanase, yang berfungsi menguraikan agrekan. Perubahan
tirosin.
jumlah GAG tertentu di kulit juga dijumpai pada penuaan
dan hal ini membantu menjelaskan perubahan-perubahan Protein morfogenetik Suatu famili (delapan atau lebih)
tulang (BMPs) protein dengan berbagai efek di
khas yang terlihat di organ ini pada usia lanjut. tulang; banyak yang menginduksi
Dalam beberapa tahun terakhir telah menjadi jelas pertumbuhan tulang ektopik.
bahwa selain peran struktural mereka di ECM, fungsi Osteoprotegerin Menghambat osteoklastogenesis.
proteoglikan sebagai molekul sinyal yang mempengaruhi
perilaku sel, dan sekarang diyakini berperan dalam penyakit aProtein nonkolagen dilaporkan memiliki berbagai fungsi,termasuk peran dalam
mineralisasi; namun, sebagian besar fungsi ini masih spekulatif. Kecil
beragam seperti fibrosis, penyakit jantung dan kanker. kemungkinannya bahwa protein nonkolagen yang tidak spesifik-tulang berperan
kunci dalam mineralisasi. Sejumlah protein lain juga terdapat di tulang, termasuk
suatu tyrosine-rich acidic matrix protein (TRAMP), beberapa faktor pertumbuhan
TULANG ADALAH JARINGAN IKAT (mis. TGFβ), dan enzim yang berperan dalam sintesis kolagen (mis. lisil oksidasel).
bKS-PG,kondrortin sulfat-proteoglikan; ini serupa dengan dermatan sulfat PG
YANG MENGALAMI MINERALISASI (DS-PGs) tulang rawan (TABEL 50-9).

cSPARC, secreted protein acidic and rich in cysteine.
Tulang mengandung materi organik dan anorganik. Materi

organiknya sebagian besar berupa protein. Protein utama di
tulang tercantum pada Tabel 50–9; kolagen tipe I adalah
protein terbanyak, yang membentuk 90%-95% materi osteoblas (Gambar 50–13). Osteosit sel ini juga tampaknya
organik. Kolagen tipe V juga terdapat dalam jumlah kecil, ikut serta dalam pemeliharaan matriks tulang. Adalah
demikian juga sejumlah protein nonkolagen yang sebagian di keturunan dari osteoblas dan sangat berumur panjang,
antaranya relatif spesifik untuk tulang. Komponen inorganik dengan setengah hidup rata-rata 25 tahun.
atau mineral terutama adalah kristal hidroksiapatit— Osteoklas adalah sel multinukleus yang berasal dari sel
Ca10(PO4)6(OH)2—bersama dengan natrium, magnesium, tunas hematopoietik pluripoten. Osteoklas memiliki domain
karbonat, dan fluorida; sekitar 99% kalsium tubuh membran apikal, dan memperlihatkan tepi bergelombang
terkandung dalam tulang (lihat Bab 44). Hidroksiapatit (ruffled border) yang berperan utama dalam penyerapan
memberi tulang kekuatan dan ketahanan yang diperlukan tulang (Gambar 50–14). Suatu ATPase pemindah proton
untuk melakukan fungsi fisiologisnya. mengeluarkan proton melewati tepi bergelombang ke dalam
Tulang adalah suatu struktur dinamik yang mengalami area resorpsi, yang merupakan lingkungan mikro ber-pH
siklus remodeling terus menerus, berupa resorpsi yang diikuti rendah yang diperlihatkan pada gambar. Hal ini menurunkan
oleh pengendapan jaringan tulang baru. Remodeling ini pH lokal menjadi 4,0 atau kurang sehingga hidroksiapatit
memungkinkan tulang beradaptasi terhadap sinyal fisik (mis. lebih mudah larut Ca2+, H3PO4 dan H2CO3 serta air,
peningkatan beban yang harus disangga) dan sinyal hormon. memungkinkan terjadinya demineralisasi. Terjadi pembebas-
an protease asam lisosom yang mencerna protein-protein
Jenis sel utama yang berperan dalam penyerapan
matriks yang kini dapat diakses. Osteoblas—sel mononukleus
dan pengendapan tulang adalah osteoklas dan

Osteoklas Masenkim Matriks yang baru terbentuk (osteoid)

Osteoblas Osteosit Matriks tulang
GAMBAR 50–13 Gambaran skematis sel-sel utama yang terdapat di tulang

membranosa. Osteoblas (berwarna lebih muda) sedang menyintesis kolagen tipe I, yang
membentuk matriks yang memerangkap sel. Sewaktu hal ini berlangsung, osteoblas secara
bertahap berdiferensiasi menjadi osteosit. (Diproduksi ulang, dengan izin, dari Junqueira
LC, Carneiro J: Basic Histology: Text & Atlas, 10th ed. McGraw-Hill, 2003.)
Kapiler darah
Nukleus
Osteoklas
Golgi
Nukleus
Lisosom
CO2 + H2CO3 H2CO3 H+ + HCO3–

Bagian zona bebas
sirkumferens
Tepi
bergelombang
Lingkungan mikro ber-pH

Matriks tulang rendah dan enzim lisosom
GAMBAR 50–14 Gambaran skematis beberapa aspek peran osteokias dalam resorpsi
tulang. Enzim lisosom dan ion hidrogen dibebaskan ke dalam lingkungan mikro terbatas
yang tercipta oleh perlekatan antara matriks tulang dan zona bebas perifer osteoklas.
Pengasaman lingkungan terbatas ini mempermudah larutnya kalsium fosfat dari tulang dan
merupakan pH optimal bagi aktivitas hidrolase lisosom. Oleh sebab itu, matriks tulang dapat
dikeluarkan dan produk resorpsi tulang diserap ke dalam sitoplasma osteokias, mungkin
dicerna lebih lanjut dan dipindahkan ke kapiler. Persamaan kimia yang diperlihatkan di
gambar merujuk kepada kerja karbonat anhidrase II, yang dijelaskan di teks. ((Diproduksi
ulang, dengan izin, dari Junqueira LC, Carneiro J: Basic Histology: Text & Atlas, 10th ed.
McGraw-Hill, 2003.)

yang berasal dari prekursor mesenkim pluripoten—

menyintesis sebagian besar protein yang ditemukan di
BANYAK PENYAKIT
tulang (Tabel 50–9) serta berbagai faktor pertumbuhan dan METABOLIK DAN GENETIK
sitokin. Sel ini bertanggung jawab bagi pengendapan
matriks tulang baru (osteoid) dan mineralisasi selanjutnya. MELIBATKAN TULANG
Osteoblas mengontrol mineralisasi dengan meregulasi Beberapa contoh penting penyakit metabolik dan genetik
lewatnya ion kalsium dan fosfat melalui membran yang mengenai tulang dicantumkan di Tabel 50–10.
permukaannya, fosfatase alkali, enzim dalam membran sel, Osteogenesis imperfekta (tulang rapuh) ditandai oleh
yang digunakan untuk menghasilkan ion fosfat dari fosfat fragilitas tulang yang abnormal. Sklera sering terlalu tipis dan
organik. Mekanisme yang terlihat dalam mineralisasi belum translusen serta mungkin tampak biru karena defisiensi
sepenuhnya dipahami, tetapi beberapa faktor diperkirakan jaringan ikat. Delapan tipe (I-VIII) kondisi ini telah diakui.
berperan. Fosfatase alkali ikut serta dalam mineralisasi, Tipe I sampai IV mengalami mutasi di gen COL1A1 atau
tetapi ini saja belum memadai. Vesikel kecil (vesikel COL1A2 atau keduanya. Tipe I adalah ringan, tetapi tipe II
matriks) yang mengandung kalsium dan fosfat pernah parah dan bayi yang lahir dengan kondisi biasanya tidak
dilaporkan ditemukan di tempat mineralisasi, tetapi bertahan hidup. Telah tercatat lebih dari 100 mutasi di kedua
perannya masih belum jelas. Sebagai tambahan, kolagen gen ini dan mencakup delesi gen parsial dan duplikasi.
tipe I tampaknya dibutuhkan, dengan mineralisasi yang Mutasi lain memengaruhi penjalinan RNA (RNA splicing),
pertama kali terlihat di celah-celah antara molekul yang dan tipe yang tersering menyebabkan digantikannya glisin
berdampingan. Fosfoprotein asam, misalnya sialoprotein oleh asam amino lain yang lebih besar sehingga mengganggu
tulang dan osteopontin, yang berfungsi sebagai tempat pembentukan heliks tripel. Secara umum, mutasi-mutasi ini
nukleasi. Protein-protein ini mengandung motif (mis. menyebabkan berkurangnya ekspresi kolagen atau
rangkaian poli-Asp dan poli-Glu) yang mengikat kalsium menimbulkan kelainan struktur rantai pro yang kemudian
dan mungkin membentuk perancah awal untuk membentuk fibril abnormal, yang memperlemah
mineralisasi. Beberapa makromolekul, misalnya proteoglikan keseluruhan struktur tulang. Jika terdapat satu rantai yang
dan glikoprotein tertentu, juga dapat berfungsi sebagai abnormal, rantai tersebut dapat berinteraksi dengan dua
inhibitor nukleasi. rantai normal, tetapi protein tidak dapat melipat sehingga
terjadi penguraian enzimatis semua rantai. Hal ini dinamai
Pada orang dewasa sehat, diperkirakan bahwa sekitar 4%
“bunuh diri prokolagen” (procolagen suicide) dan
tulang kompakta diperbarui setiap tahun, sementara sekitar
merupakan salah satu contoh mutasi negatif dominan, suatu
20% tulang trabekular diganti (lebih sedikit tulang padat
akibat yang sering dijumpai jika suatu protein terdiri dari
ditemukan di ujung tulang panjang dekat dengan sendi).
banyak subunit berbeda. Tipe V ke VIII yang kurang umum
Banyak faktor berperan dalam regulasi metabolisme
dan disebabkan oleh mutasi pada gen untuk protein yang
tulang. Sebagian faktor merangsang osteoblas (mis. hormon
terlibat dalam mineralisasi tulang selain kolagen.
paratiroid dan 1,25-dihidroksikolekalsiferol [lihat Bab 44])
dan yang lain menghambatnya (mis. kortikosteroid). Osteopetrosis (marble bone disease), yang ditandai oleh
Hormon paratiroid dan 1,25-dihidroksikolekalsiferol juga meningkatnya kepadatan tulang, disebabkan oleh
merangsang osteokias, sementara kalsitonin dan estrogen ketidakmampuan tubuh meresorpsi tulang. Salah satu
menghambatnya. bentuk penyakit ini disertai oleh asidosis tubulus ginjal dan
kalsifikasi otak. Penyakit ini disebabkan oleh mutasi di gen
(terletak di kromosom 8q22) yang menyandi karbonat
TABEL 50–10 Sebagian Penyakit Metabolik dan Genetik yang Mengenai Tulang dan Tulang Rawan
Penyakit Keterangan Penyakit Keterangan
Dwarfisme (cebol) Sering disebabkan oleh defisiensi Osteoporosis Sering pada masa pascamenopause atau pada
hormon pertumbuhan, tetapi juga penyebab lain, bersifat lebih gradula dan
memiliki banyak penyebab lain. terkait-usia; sejumlah kecil kasus disebabkan
oleh mutasi di gen COL1A1 dan COL1A2 serta
mungkin di gen reseptor vitamin D (VDR)
Rakitis Akibat defisiensi vitamin D sewaktu Osteoartritis Umur terkait degenerasi tulang rawan, mutasi
masa anak. di berbagai genesaa seperti VDR, ER-α dan
COL2A1
Osteomalasia Akibat defisiensi vitamin D sewaktu Kondrodisplasia Akibat mutasi di gen COL2A1
dewasa.
Hiperparatiroidisme Kelebihan parathormon Sindrom Pfeiffer, sindrom Mutasi di gen yang menyandi reseptor faktor
menyebabkan resorpsi tulang. Jackson-Weiss dan Crouzonb pertumbuhan fibroblas (FGFR) 1 dan/atau 2
Osteogenesis imperfekta Akibat berbagai mutasi di gen Akondroplasi dan Mutasi di gen yang menyandi FGFR3
COL1A1 dan COL1A2 yang mengenai displasia tanatoforikc
sintesis dan struktur kolagen.
aHanya sejumlah kasus yang sedikit.
bSindrom Pfeiffer, Jackson-Weiss, dan Crouzon adalah sindrom kraniosinostosis; kraniosinostosis adalah kata yang
menandakan fusi prematur sutura di tengkorak.
cDisplasia tanatoforik merupakan displasia tulang bersifat mematikan yang tersering pada neonatus.

anhidrase II (CA II), satu dari empat isozim karbonat TABEL 50–11 Protein Utama yang Ditemukan di Tulang Rawan
anhidrase yang terdapat di jaringan manusia. Reaksi yang
Protein Keterangan
dikatalisis oleh karbonat anhidrase diperlihatkan di bawah
Protein kolagen
CO2 + HO2 ↔ HO2CO3 ↔ HO+ + HCO−3
Kolagen tipe II 90%–98% kolagen total di tulang rawan
sendi.Terdiri dari tiga rantai α 1(II).
Pada osteoklas yang berperan dalam resorpsi tulang, KA
II tampaknya memberikan proton untuk menetralkan ion Kolagen V, VI, IX, X, XI Tipe IX berikatan sIlang dengan
OH− yang tertinggal di dalam sel ketika ion H+ dipompa kolagen tipe II. Tipe XI mungkin
melalui tepi bergelombang (lihat atas). Oleh sebab itu, jika membantu mengontrol diameter serat
fibril tipe.
aktivitas KA II berkurang pada osteoklas, resorpsi normal Protein non-kolagen
tulang tidak terjadi dan timbul osteopetrosis. Mekanisme
Proteoglikan Proteoglikan utama di tulang rawan.
kalsifikasi otak belum jelas, sedangkan asidosis tubulus ginjal
mencerminkan kurangnya aktivitas KA II di tubulus ginjal. Agrekan Ditemukan di beberapa tipe tulang rawan.
Osteoporosis adalah pengurangan massa jaringan tulang Large non-aggregating

per satuan volume yang progresif dan generalisata serta proteoglycan
DS-PG I (biglikan)a DS- Serupa dengan CS-PG I di tulang.
menyebabkan kelemahan tulang. Primer tipe 1 kondisi umum PG II (dekorin) Serupa dengan CS-PG II di tulang.
terjadi pada wanita setelah menopause, sedangkan primer tipe
2 atau osteoporosis senilis terjadi pada kedua jenis kelamin Kondronektin Mungkin berperan dalam pengikatan
kolagen tipe II pada permukaan tulang
posting 75 tahun, meskipun lebih umum pada wanita (rasio rawan.
perempuan: laki-laki 2:1). Rasio mineral terhadap elemen Ankorin C II Mungkin menghubungkan kolagen
tipe II dengan permukaan kondrosit.
organik tidak berubah di tulang normal sisanya. Fraktur
berbagai tulang, misalnya kaput femur, mudah terjadi dan aProtein inti DS-PG I dan DS-PG II homolog dengan protein inti KS-PG I dan CS-PG II
yang terdapat di tulang (TABEL 50-11). Kemungkinan penjelasannya adalah bahwa

menimbulkan beban besar baik bagi pasien maupun anggaran osteoblas tidak memiliki epimerase yang dibutuhkan untuk mengubah asam
sistem kesehatan masyarakat. Di antara berbagai faktor lain, glukuronat menjadi asam iduronat dan asam iduronat ini ditemukan pada dermatan
estrogen serta interleukin-1 dan -6 tampaknya berkaitan erat sulfat.
dengan timbulnya osteoporosis.
Tulang rawan adalah suatu jaringan avaskular dan
memperoleh sebagian besar nutriennya dari cairan sinovium.
KOMPONEN UTAMA TULANG Tulang rawan memperlihatkan pergantian (turnover) yang
lambat tetapi kontinyu. Berbagai proteases (mis. kolagenase
RAWAN ADALAH KOLAGEN TIPE II dan stromalisin) yang disintesis oleh kondrosit dapat
DAN PROTEOGLIKAN TERTENTU menguraikan kolagen dan protein lain yang terdapat di
tulang rawan. Interleukin-1 (IL-1) dan faktor nekrosis tumor
Protein-protein utama tulang rawan hialin (jenis utama α (TNFα) tampaknya merangsang pembentukan protease-
tulang rawan) tercantum di Tabel 50–11. Kolagen tipe II protease ini, sedangkan transforming growth factor β (TGFβ)
adalah protein utama (Gambar 50–15), dan sejumlah tipe dan faktor pertumbuhan mirip-insulin 1 (IGF-I) umumnya
minor kolagen lainnya juga ada. Selain komponen-komponen menimbulkan pengaruh anabolik pada tulang rawan.
ini, tulang rawan elastik mengandung elastin dan tulang
rawan fibroblastik mengandung kolagen tipe I. Tulang rawan
mengandung sejumlah proteoglikan, yang berperan penting DASAR MOLEKULAR
dalam kompresibilitasnya. Agrekan (sekitar 2 × 103 kDa) KONDRODISPLASIA MENCAKUP
adalah proteoglikan utama. Seperti diperlihatkan di (Gambar
50–16), molekul ini memiliki struktur yang sangat kompleks MUTASI DI GEN YANG MENYANDI
dan mengandung beberapa GAG (asam hialuronat,
kondroitin sulfat, dan keratan sulfat) serta protein
KOLAGEN TIPE II DAN RESEPTOR
penghubung dan protein inti. Protein inti mengandung tiga FAKTOR PERTUMBUHAN FIBROBLAS
domain: A, B, dan C. Asam hialuronat berikatan secara
nonkovalen dengan domain A protein inti serta dengan Kondrodisplasia adalah sekelompok heterogen penyakit
protein penghubung, yang menstabilkan interaksi protein inti herediter yang mengenai tulang rawan. Penyakit kelompok
dengan asam hialuronat. Rantai keratan sulfat terletak di ini bermanifestasi sebagai perawakan cebol dengan anggota
domain B, sedangkan rantai kondroitin sulfat terletak di badan yang pendek dan beragam kelainan tulang lainnya.
domain C; kedua tipe GAG ini terikat secara kovalen pada Sebagian disebabkan oleh berbagai mutasi di gen COL2A1,
protein inti. Protein inti juga mengandung rantai yang menyebabkan pembentukan kolagen tipe II abnormal.
oligosakarida terikat-O dan -N. Salah satu contoh adaiah sindrom Stickler yang
Proteoglikan lain yang ditemukan di tulang rawan bermanifestasi sebagai degenerasi tulang rawan sendi dan
memiliki struktur yang lebih sederhana daripada agrekan. korpus vitreous mata.
Kondronektin berperan dalam perlekatan kolagen tipe Kondrodisplasia yang paling dikenal adalah akondroplasia,
II pada kondrosit (sel-sel di tulang rawan). yaitu penyebab tersering perawakan cebol dengan anggota
badan yang pendek. Pasien memiliki anggota badan yang
pendek, ukuran torso/badan normal makrosefalus, dan berbagai
kelainan tulang lainnya.

Asam hialuronat
Serat kolagen tipe II
Asam hialuronat
Protein penghubung
Kondroitin sulfat
Proteoglikan
Protein inti
Kolagen (tipe II)
GAMBAR 50–15 Gambaran skematis susunan molekul di matriks tulang rawan. Protein
penghubung mengikatkan secara nonkovalen protein inti (merah) proteoglikan dengan
molekul asam hialuronat linier (warna lebih gelap). Rantai samping kondroitin sulfat pada
proteoglikan secara elektrostatik berikatan dengan serat kolagen, yang membentuk matriks
berikatan-silang. Gambar oval membatasi bagian yang diperbesar di sebelah bawah gambar
ini. (Diproduksi ulang, dengan izin, dari Junqueira LC, Carneiro J: Basic Histology: Text & Atlas,
10th ed. McGraw-Hill, 2003.)
Domain A Domain B Domain C
Regio
pengikatan
hialuronat
Protein Oligosakarida
inti terikat-N
Protein
penghubung
Keratan Kondroitin Oligosakarida

Asam hialuronat sulfat sulfat terikat-O
GAMBAR 50–16 Diagram skematis agrekan dari tulang rawan hidung sapi. Di sebelah kiri
diperlihatkan sebuah untai asam hiaiuronat. Protein inti (sekitar 210 kDa) memiliki tiga domain
utama. Domain A, di ujung terminal aminonya, berinteraksi dengan sekitar lima disakarida berulang di
hialuronat. Protein penghubung berinteraksi baik dengan hialuronat maupun domain A yang
menstabilkan interaksi keduanya. Sekitar 30 rantai keratan sulfat melekat, melalui ikatan GalNAc-Ser,
pada domain B. Domain C mengandung sekitar 100 rantai kondroitin sulfat yang melekat melalui
ikatan Gal-Gal-Xyl-Ser sekitar 40 rantai oligosakarida terkait-O. Di dekat terminal karboksil protein inti
juga ditemukan satu atau lebih rantai glikan terkait-N. (Moran LA, et al: Biochemistry, 2nd ed., ©
1994, pp. 9–43. Adapted by permission of Pearson Education, Inc., Upper Saddle River, NJ.)

Mutasi nukleotida 1138 pada gen yang

■ Biosintesis kolagen adalah suatu proses kompleks, yang
menyandi FGFR3 di kromosom 4 melibatkan banyak modifikasi pascatranslasi, termasuk
hidroksilasi prolin dan lisin.
Penggantian Gly (kodon 380) dengan Arg pada FGFR3 ■ Penyakit yang berkaitan dengan gangguan sintesis kolagen
mencakup skorbut, osteogenesis imperfekta, sindrom Ehlers-
Danlos (banyak tipe), dan penyakit Menkes.
Gangguan fungsi FGFR3
■ Elastin menghasilkan ekstensibilitas (daya regang) dan recoil
elastik bagi jaringan. Elastin tidak memiliki hidroksilisin,
Perkembangan & pertumbuhan tulang rawan yang
sekuens Gly-X-Y, struktur heliks tripel, dan gula, tetapi
abnormal menyebabkan dwartisme
dengan anggota tubuh pendek & gambaran klinis lain mengandung ikatan-silang desmosin dan isodesmosin yang
tidak ditemukan pada kolagen.
■ Fibrilin-1 terletak di mikrofibril. Mutasi di gen untuk fibrilin-1
GAMBAR 50–17 Skema sederhana penyebab akondroplasia. menyebabkan sindrom Marfan. Sitokin TGF-β tampaknya ikut
Pada sebagian besar kasus yang diteliti sejauh ini,mutasinya adalah berperan dalam patologi kardiovaskular.
translasi G ke A di nukleotida 1138, menyebabkan digantikannya
residu Gly oleh residu Arg di bagian transmembran reseptor. ■ Glikosaminoglikan (GAG) dibentuk oleh disakarida berulang
yang mengandung asam uronat (glukuronat atau iduronat) atau
heksosa (galaktosa) dan heksosamin (galaktosamin atau
Keadaan ini sering diwariskan dengan cara autosom dominan, glukosamin). Sulfat juga sering ditemukan.
tetapi banyak kasus disebabkan oleh mutasi baru. Dasar ■ GAG utama adalah asam hialuronat, kondroitin 4- dan 6-sulfat,
molekular akondroplasia diringkaskan di (Gambar 50–17). keratan sulfat I dan II, heparin, heparan sulfat, dan dermatan
Akondroplasia bukan suatu penyakit kolagen, tetapi sulfat.
disebabkan oleh mutasi di gen yang mengode reseptor faktor ■ GAG disintesis oleh kerja serangkaian enzim spesifik
pertumbuhan fibroblas 3 (FGFR3). Faktor pertumbuhan (glikosiltransferase, epimerase, sulfotransferase, dsbnya) dan
fibroblas (fibroblast growth factors) adalah suatu famili yang diuraikan oleh kerja berbagai hidrolase lisosom. Defisiensi
terdiri dari sedikitnya sembilan protein yang memengaruhi genetik hidrolase lisosom menyebabkan mukopolisakaridosis
pertumbuhan dan diferensiasi set yang berasal dari mesenkim (mis. sindrom Hurler).
dan neuroektoderm. Reseptornya adalah protein trans- ■ GAG terdapat di jaringan dalam bentuk terikat dengan
membran dan membentuk suatu subkelompok famili reseptor berbagai protein (protein penghubung dan protein inti), yang
tirosin kinase. FGFR3 adalah salah satu anggota dari membentuk proteoglikan. Struktur-struktur ini sering memiliki
subkelompok (beranggota empat) ini dan memerantarai kerja berat molekul sangat besar dan memiliki banyak fungsi di
jaringan.
FGF3 pada tulang rawan. Pada hampir semua kasus
akondroplasia yang telah diteliti, mutasi diketahui melibatkan ■ Banyak komponen matriks ekstrasel berikatan dengan protein
permukaan sel yang dinamai integrin; hal ini membentuk jalur
nukleotida 1138 dan menyebabkan substitusi glisin oleh
yang digunakan oleh lingkungan eksterior sel untuk
arginin (residu nomor 380) di domain transmembran protein berkomunikasi dengan bagian interior sel.
sehingga protein menjadi inaktif. Pada orang yang tidak
■ Tulang dan tulang rawan adalah bentuk khusus matriks
mengidap penyakit ini tidak ditemukan mutasi tersebut. ekstrasel. Kolagen tipe I dan hidroksiapatit adalah konstituen
Yang cukup mengherankan, mutasi lain di gen yang utama tulang. Kolagen II dan proteoglikan tertentu adalah
sama dapat menyebabkan hipokondroplasia, displasia konstituen utama tulang rawan.
tanatoforik (tipe I dan II) (bentuk lain dari dwartisme ■ Penyebab molekular sejumlah penyakit herediter pada tulang
dengan anggota badan yang pendek) dan fenotipe (mis. osteogenesis imperfekta) dan tulang rawan (mis.
SADDAN (akondroplasia berat dengan hambatan kondrodistrofi) kini mulai terungkap berkat penerapan
perkembangan dan akantosis nigrikan [hiperpigmentasi kulit teknologi DNA rekombinan.
cokelat sampai hitam]).
Seperti ditunjukkan di Tabel 50–10, displasia tulang
lainnya (termasuk sindrom-sindrom kraniosinostosis REFERENSI
tertentu) juga disebabkan oleh mutasi di gen yang menyandi Baldridge D, Shchelochkov O, Kelley B, Lee B: Signaling pathways in
reseptor FGF. Tipe lain displasia tulang, displasia diastrofik human skeletal dysplasias. Annu Rev Genomics Human Genet
diketahui disebabkan oleh mutasi di pengangkut sulfat. 2010;11:189.
Couchman JR: Transmembrane signaling proteoglycans. Annu Rev
Cell Develop Biol 2010;26:89.
RINGKASAN Fauci AS, Braunwald E, Kasper DL, et al: Harrison’s Principles of
■ Komponen utama matriks ekstrasel adalah protein struktural Internal Medicine, 17th ed. McGrawHill, 2008. (Chapter 357,
kolagen, elastin, dan fibrilin-1; sejumlah protein khusus (mis. Heritable Disorders of Connective Tissue; Chapter 355, Lysosomal
fibronektin dan laminin); dan berbagai proteoglikan. Storage Diseases; Chapter 326, Osteoarthritis; Chapter 346, Bone
■ Kolagen adalah protein paling banyak di dunia hewan; sekitar and Mineral Metabolism in Health and Disease; Chapter 349,
28 tipe telah berhasil diisolasi. Semua kolagen mengandung Paget Disease and Other Dysplasias of Bone).
rangkaian heliks tripel panjang atau pendek dan struktur
berulang (Gly-X-Y)n.

Kadler KE, Baldock C, Bella J, Boot-Handford RP: Collagens at a Rowe RG, Weiss SJ: Navigating ECM barriers at the invasive front:
glance. J Cell Sci 2007;120:1955. the cancer cell–stroma interface. Annu Rev Cell Develop Biol
Karsenty G, Kronenberg HM, Settembre C: Genetic control of bone 2009;25:567.
formation. Ann Rev Cell Develop Biol 2009;25:629. Scriver CR, Beaudet AL, Valle D, et al (editors): The Metabolic and
Khosla S, Westendorf JJ, Oursler MJ: Building bone to reverse Molecular Bases of Inherited Disease, 8th ed. McGraw-Hill,
osteoporosis and repair fractures. J Clin Invest 2008;118:421. 2001. (This comprehensive four-volume text and the updated
Muiznieks LD, Keeley FW: Molecular assembly and mechanical online version [see Chapter 1] contain chapters on disorders
properties of the extracellular matrix: a fibrous protein of collagen biosynthesis and structure, Marfan syndrome, the
perspective. Biochim Biophys Acta 2013;1832:866. mucopolysaccharidoses, achondroplasia, Alport syndrome, and
Neufeld EF: From serendipity to therapy. Annu Rev Biochem craniosynostosis syndromes.)
2011;80. (Describes pioneering work on the causes and Shoulders MD, Raines RT: Collagen structure and stability. Ann Rev
treatment of mucopolysaccharidoses.) Biochem 2009;78:929.

51
B A B
Otot dan Sitoskeleton

Peter J. Kennelly, PhD and Robert K. Murray, MD, PhD
TUJUAN ■ Memahami gambaran biokimia umum kontraksi otot rangka, jantung, dan
polos.
Setelah mempelajari bab ini, ■ Mengetahui pengaruh biologis nitrit oksidasi (NO).
Anda diharapkan dapat: ■ Menunjukkan bahan bakar metabolik berbeda untuk lari cepat dan lari
maraton.
■ Mengetahui struktur dan fungsi umum komponen utama sitoskeleton, yaitu
mikrofilamen, mikrotubulus, dan filamen intermedia.
■ Memahami dasar-dasar hipertermia maligna, distrofi otot Duchenne dan
Becker, kardiomiopati herediter, sindrom Hutchinson-Gilford (progeria),
dan beberapa penyakit kulit akibat keratin abnormal.
PERAN BIOMEDIS OTOT MENGUBAH ENERGI

Protein berperan penting dalam pergerakan baik di KIMIAMENJADI ENERGI MEKANIS
tingkat organ (mis. otot rangka, jantung, dan usus) mau-
pun di tingkat sel. Pada bab ini diuraikan peran protein Otot adalah transduser (mesin) biokimia utama yang
spesifik dan molekul kunci lainnya (mis. Ca2+) dalam mengubah energi potensial (kimiawi) menjadi energi
kontraksi otot. Ulasan singkat mengenai protein kinetik (mekanis). Otot, jaringan tunggal terbesar di tubuh
sitoskeleton juga disajikan. manusia, membentuk sekitar 25% massa tubuh saat lahir,
Pengetahuan tentang dasar molekular sejumlah pe- lebih dari 40% pada orang dewasa muda, dan sedikit lebih
nyakit yang mengenai otot telah banyak mengalami kecil dari 30% pada usia lanjut. Pada bab ini akan dibahas
kemajuan beberapa tahun belakangan. Pemahaman tentang aspek-aspek ketiga jenis otot yang terdapat pada vertebrata:
dasar molekular distrofi otot tipe Duchenne sangat rangka, jantung, dan polos. Baik otot rangka maupun
meningkat ketika diketahui bahwa penyakit ini disebabkan jantung tampak bergaris-garis (striata, lurik, serat-lintang)
oleh mutasi di gen yang menyandi distrofin. Kemajuan pada pemeriksaan dengan mikroskop; otot polos tidak
signifikan juga dicapai dalam pemahaman tentang dasar memiliki pola garis (non-striata). Meskipun otot rangka
molekular hipertermia maligna, suatu komplikasi serius bagi berada dalam kontrol kesadaran, namun kontrol bagi otot
sebagian pasien yang menjalani anestesia jenis tertentu. Gagal jantung dan polos bersifat involunter.
jantung adalah kondisi medis yang sangat sering dijumpai
dengan beragam sebab; terapi rasional penyakit ini
Sarkoplasma Sel Otot Mengandung ATP,
mensyaratkan pemahaman tentang biokimia gagal jantung. Fosfokreatinin, dan Enzim Glikolisis
Salah satu kelompok kondisi yang menyebabkan gagal jantung Otot lurik terdiri dari sel-sel serabut otot multinukleus yang
adalah kardiomiopati yang sebagian diantaranya bersifat dikelilingi oleh membran plasma yang dapat tereksitasi oleh
genetis. Nitrit oksida (NO) diketahui merupakan regulator listrik, yaitu sarkolema. Sel serabut otot individual yang
utama tonus otot polos. Banyak vasodilator yang luas panjangnya dapat menyamai panjang keseluruhan otot,
digunakan—misalnya nitrogliserin, yang digunakan untuk mengandung berkas banyak miofibril yang tersusun sejajar
mengobati angina pektoris—bekerja dengan meningkatkan yang terbenam dalam cairan intrasel dan disebut
pembentukan NO. Otot, sebagian karena massanya, sarkoplasma. Di dalam cairan ini terdapat glikogen,
berperan penting dalam metabolisme keseluruhan tubuh. senyawa berenergi tinggi ATP dan fosfokreatin, serta
647

A
Otot
Fasikulus otot
C
20–100 mm
Serat otot
H Z A I
Pita Garis Pita Pita
D
1–2 mm
Miofibril
Z – Sarkomer – Z
GAMBAR 51–1 Struktur otot volunter. Sarkomer adalah regio di antara garis Z (Gambar
oleh Sylvia Colard Keene. Diproduksi ulang dengan izin dari Bloom W, Fawcett DW. A Textbook
of Histology, ed ke-10. Saunders, 1975).
enzim-enzim glikolisis. garis tengah sekitar 16 nm dan tersusun dalam potongan

melintang membentuk heksagon (Gambar 51–2, tengah;
Sakromer Adalah Unit Fungsional Otot potongan melintang dalam arah kanan)
Gambaran umum otot volunter di beberapa tingkat or- Filamen tipis (garis tengah sekitar 7 nm) terletak di
ganisasi disajikan di (Gambar 51–1). pita I dan memanjang ke dalam pita A, tetapi tidak sampai
Jika miofibril diperiksa di bawah mikroskop elektron, ke dalam zona H-nya (Gambar 51–2). Filamen tipis
dapat diamati pita gelap dan terang bergantian (pita anis- mengandung protein aktin, tropomiosin, dan troponin
otropik, yang berarti bersifat birefringen [bias ganda] dalam (Gambar 51–3). Di pita A, filamen tipis tersusun
sinar terpolarisasi; dan pita isotropik, yang berarti tidak mengelilingi filamen tebal (miosin) sebagai susunan
berubah oleh sinar terpolarisasi). Oleh sebab itu, masing- heksagonal sekunder. Masing-masing filamen tipis terletak
masing pita ini disebut sebagai pita A dan I. Bagian tengah secara simetris di antara tiga filamen tebal (Gambar 51-2,
pita A (pita H) tampak kurang padat dibandingkan bagian tengah, potongan melintang tengah), dan masing-masing
pita lainnya. Pita I terbagi dua oleh sebuah garis Z yang sangat filamen tebal dikelilingi secara simetris oleh enam filamen
padat dan sempit (Gambar 51–2). tipis.
Sarkomer didefinisikan sebagai regio antara dua garis Z Filamen tebal dan tipis berinteraksi melalui jembatan-
(Gambar 51–1 dan 51–2) dan berulang di sepanjang aksis silang (cross-bridges) yang muncul setiap 14 nm di
sebuah fibril dengan jarak 1500-2300 nm yang bergantung sepanjang filamen tebal. Seperti diperlihatkan di (Gambar
pada keadaan kontraksi. 51-2), jembatan-silang (digambar sebagai mata-panah di
Gambaran lurik pada otot volunter dan jantung pada setiap ujung filamen miosin, tetapi tidak memanjang penuh
pemeriksaan mikroskop cahaya terjadi karena derajat melintasi filamen tipis) memiliki polaritas berlawanan di
organisasi organ ini yang tinggi, dan sebagian besar sel kedua ujung filamen tebal. Kedua kutub filamen tebal
serabut otot tersusun sehingga sarkomernya berada dalam dipisahkan oleh sebuah segmen 150 nm (pita M, tidak
susunan sejajar (Gambar 51–1). dinamai pada gambar) yang terbebas dari proyeksi.
Filamen Tebal Mengandung Miosin; Filamen Model Jembatan-Silang Filamen Geser

Tipis Mengandung Aktin, Tropomiosin, dan Merupakan Dasar dari Pengembangan
Troponin Konsep Tentang Kontraksi Otot Saat Ini
Jika miofibril diperiksa di bawah mikroskop elektron, tampak Model ini diajukan secara independen pada tahun 1950-an
bahwa masing-masing miofibril terdiri dari dua jenis filamen oleh Henry Huxley dan Andrew Huxley serta rekan-rekan
longitudinal. Salah satu tipe, filamen tebal terbatas di pita A, mereka. Model ini sebagian besar didasarkan pada
mengandung terutama protein miosin. Filamen ini memiliki pengamatan morfologik yang cermat pada otot dalam

BAB 51 Otot dan Sitoskeleton 649
Pita H
A. Teregang
Pita I Pita A Garis Z
2300 nm
α-Aktinin
Filamen aktin
diameter 6 nm Filamen miosin
diameter 16 nm
Potongan melintang:
B. Berkontraksi
Filamen Diameter 6 nm
tipis
Filamen Diameter 16 nm
tebal
1500 nm
GAMBAR 51–2 Susunan filamen di otot lurik. (A) Teregang. Diperlihatkan posisi pita I, A,dan H
dalam keadaan teregang ini. Filamen tipis sebagian bertumpang tindih dengan ujung-ujung filamen tebal,
dan filamen tipis diperlihatkan tertambat pada garis Z (sering disebut lempeng Z). Di bagian bawah
(Gambar 51-2A), "mata panah', yang menunjuk ke arah berlawanan, diperfihatkan keluar dari filamen
miosin (tebal). Empat filamen aktin (tipis) diperlihatkan melekat pada dua garis Z melalui α-aktinin. Bagian
tengah tiga filamen miosin, yang bebas dari mata panah, disebut pita M (tidak ditulis). Tampak potongan
melintang melalui pita M, yang melewati suatu daerah tempat filamen miosin dan aktin bertumpang
tindih dan melalui suatu daerah yang hanya terisi oleh filamen aktin. (B) Berkontraksi. Filamen-filamen
aktin tampak bergeser di sepanjang sisi serabut miosin menuju satu sama lain. Panjang filamen tebal
(ditunjukkan oleh pita A) dan filamen tipis (jarak antara garis Z dan tepi pita H di dekatnya) tidak berubah.
Namun, panjang sarkomer berkurang (dari 2300 nm menjadi 1500 nm), dan panjang pita H dan I juga
berkurang karena terjadinya tumpang-tindih antara filamen tebal dan tipis. Pengamatan morfologik ini
menyumbangkan sebagian dari dasar model pergeseran filamen pada kontraksi otot.
keadaan istirahat, teregang, dan berkontraksi. Pada dasar- lentur ini mempermudah kontak kepala dengan filamen tipis
nya, ketika otot berkontraksi tidak terjadi perubahan panjang jika diperlukan, tetapi segmen ini juga cukup mudah ditekuk
filamen tebal dan tipis, tetapi zona H dan pita 1 memendek untuk diakomodasi di ruang antarfilamen.
(lihat deskripsi Gambar 51–2). Oleh sebab itu, susunan
filamen yang saling menjalin harus bergeser/meluncur AKTIN DAN MIOSIN MERUPAKAN
melewati satu sama lain sewaktu kontraksi. Jembatan-silang
(cross-bridge) yang menghubungkan filamen tebal dan
PROTEIN UTAMA OTOT
tipis di tahap-tahap tertentu siklus berkontraksi Massa otot terbentuk dari 75% air dan lebih dari 20%
menghasilkan dan mempertahankan tegangan otot. protein. Dua protein utama adalah aktin dan miosin.
Tegangan (tension) yang terbentuk sewaktu kontraksi otot Monomer G-aktin (43 kDa; G, globular) membentuk
setara dengan overlap (tumpang-tindih) filamen dan jumlah 25% protein otot berdasarkan berat. Pada kekuatan ionik
jembatan silang. Setiap kepala jembatan-silang terhubung fisiologis dan dengan keberadaan Mg2+, G-aktin meng-
dengan filamen tebal melalui sebuah segmen fibrosa lentur alami polimerisasi secara nonkovalen untuk membentuk
yang dapat menekuk keluar dari filamen tebal. Segmen filamen heliks-ganda tak-larut yang disebut F-aktin

650 sectio
G-aktin
F-aktin
6–7 nm
Tropomiosin Troponin
TpC
38.5 nm
TpI
TpT
35.5 nm
Filamen tipis yang terbentuk
GAMBAR 51–3 Gambaran skematis filamen tipis yang memperlihatkan konfigurasi ruang ketiga komponen protein
utamanya: aktin, miosin, dan tropomiosin. Panel atas memperlihatkan masing-masing molekul G-aktin. Panel tengah
memperlihatkan monomer-monomer aktin yang tersusun menjadi F-aktin. Diperlihatkan juga masing-masing
molekultropomiosin (dua untai yang saling menggulung) dan troponin (terdiri dari tiga subunit). Panel bawah
memperlihatkan susunan filamen tipis, yang terdiri dari F-aktin, tropomiosin, dan tiga subunit troponin (TpC Tpl, dan TpT).
(Gambar 51-3). Serabut F-aktin memiliki tebal 6-7 nm dan miosin), dan aktivitas ATPase intrinsiknya sangat
memiliki puncak atau struktur berulang setiap 35,5 nm. meningkat dalam kompleks ini. Terdapat isoform-isoform
Miosin adalah suatu famili protein, dengan paling sedikit miosin yang jumlahnya dapat bervariasi pada keadaan
12 kelas yang telah berhasil diidentfikasi dalam genom patologis, fisiologis, dan anatomis yang berbeda.
manusia. Miosin yang dibahas pada bab ini adalah miosin- Struktur aktin dan kepala miosin telah diteliti dengan
II, dan jika miosin disebut di teks ini, spesies inilah yang kristalografi sinar-X; studi-studi ini memastikan sejumlah
dimaksud, kecuali jika disebutkan lain. Miosin-I adalah suatu temuan sebelumnya mengenai struktur keduanya dan juga
spesies monomer yang berikatan dengan membran sel. Miosin-I menghasilkan banyak informasi baru.
dapat berfungsi sebagai penghubung antara mikrofilamen dan
membran sel di lokasi tertentu. Digesti Terbatas Miosin dengan Protease
Miosin membentuk 55% protein otot berdasarkan berat Membantu Mengungkapkan Struktur dan
dan membentuk filamen tebal. Miosin adalah heksamer Fungsi Miosin
asimetris dengan massa molekul sekitar 460 kDa. Miosin
memiliki sebuah ekor fibrosa yang terdiri dari dua heliks Jika miosin dicerna oleh tripsin, dua fragmen miosin
yang saling menggulung. Masing-masing heliks memiliki (meromiosin) akan dihasiIkan. Meromiosin ringan (light
sebuah bagian kepala globular yang melekat pada satu sisi meromyosin, LMM) terdiri dari agregat serabut α-heliks tak-
(Gambar 51-4). Heksamer terdiri dari satu pasang rantai larut dari ekor miosin (Gambar 51-4). LMM tidak
panjang (heavy [H]) yang masing-masing memiliki massa memperlihatkan aktivitas ATPase dan tidak mengikat F-
molekul 200 kDa, dan dua pasang rantai pendek (light [L]) aktin.
masing-masing dengan massa molekular 20 kDa. Rantai L Meromiosin berat (heavy meromysin, HMM; massa
dibedakan lagi, yakni satu rantai disebut rantai ringan molekul sekitar 340 kDa) adalah protein larut yang
esensial dan yang lain rantai ringan regulatorik. Miosin otot memiliki satu bagian fibrosa dan satu bagian globular
rangka mengikat aktin untuk membentuk aktomiosin (aktin- (Gambar 51–4). Protein ini memperlihatkan aktivitas

L L L L
L L
G G G G HMM S-1
9 nm G G
L L L L
L L Papain
HMM
Tripsin
HMM S-2
134 nm LMM
85 nm
GAMBAR 51–4 Diagram sebuah molekul miosin yang memperlihatkan dua α-heliks yang saling menggulung
(bagian fibrosa), regio globular atau kepala (G), rantai ringan (L), dan efek pemutusan proteolitik oleh tripsin dan
papain. Bagian globular (kepala miosin) mengandung sebuah tempat pengikatan aktin dan tempat pengikatan rantai L
serta melekat pada bagian molekul miosin sisanya.
laju ATPase miosin untuk membebaskan produk- produk-

nya, ADP dan Pi. Oleh sebab itu, meskipun F-aktin tidak
memengaruhi tahap hidrolisis itu sendiri, namun kemam-
puannya dalam memacu pelepasan produk-produk yang
dihasilkan oleh ATPase sangat mempercepat laju katalisis
secara keseluruhan.
PERUBAHAN KONFORMASI
KEPALA MIOSIN MEMACU
KONTRAKSI OTOT
Bagaimana hidrolisis ATP menghasilkan gerakan yang
GAMBAR 51–5 Dekorasi filamen aktin dengan fragmen-fragmen
dapat terlihat kasat mata? Kontraksi otot pada haki-
S-1 miosin membentuk "mata panah". (Sumbangan JA Spudich).
katnya terdiri dari perlekatan dan pembebasan siklik
kepala S-1 miosin ke filamen F-aktin. Proses ini juga
ATPase dan mengikat F-aktin. Pencemaan HMM dengan dapat disebut sebagai siklus penyusunan dan perombakan
papain menghasilkan dua subfragmen, S-1 dan S-2. jembatan silang. Pelekatan aktin pada miosin diikuti oleh
Fragmen S-2 bersifat seperti serabut, tidak memiliki perubahan konformasi yang sangat penting di kepala S-1
aktivitas ATPase, dan tidak berikatan dengan F-aktin. dan bergantung pada nukleotida mana yang tersedia (ADP
S-1 (massa molekul sekitar 115 kDa) memperlihatkan atau ATP). Perubahan ini menghasilkan power stroke
aktivitas ATPase, mengikat rantai L, dan tanpa adanya ATP (kayuhan bertenaga), yang mendorong pergerakan filamen
akan mengikat dan menghiasi aktin dengan "mata aktin melewati filamen miosin. Energi untuk power stroke
panah" (Gambar 51–5). Baik S-1 maupun HMM pada akhirnya dipasok oleh ATP yang dihidrolisis menjadi
memperlihatkan aktivitas ATPase yang mengalami akselerasi ADP dan Pi. Namun, kayuhan bertenaga itu sendiri terjadi
100 sampai 200 kali lipat bila berkompleks dengan F-aktin. karena perubahan konformasi di kepala miosin saat ADP
Seperti dibahas kemudian, F-aktin sangat meningkatkan meninggalkannya.

652 BAGIAN x Topik Khusus (B)
Kepala 1
ADP Filamen tipis
miosin Pi
(aktin)
Filamen tebal
Filamen tebal
(miosin) LMM
2 S-2 S-1
ATP Jembatan -
silang
Filamen tipis
GAMBAR 51–7 Representasi jembatan-silang yang aktif

diantara filamen tebal dan tipis. Diagram ini diadaptasi oleh AF Huxley
GAMBAR 51–6 Hidrolisis ATP menjalankan siklus asosiasi dan dari HE Huxley: The mechanism of muscular contraction. Science
disoasiasi aktin dan miosin dalam lima reaksi yang dijelaskan dalam 1969;164:1356. HE Huxley berpendapat bahwa gaya yang terlibat
teks. (Reproduksi dengan izin dari McGraw-Hill Higher Education.) dalam kontraksi otot berasal dari kecenderungan kepala miosin (S-1)
berputar secara relatif terhadap filamen tipis dan disalurkan ke
filamen tebal oleh bagian S-2 molekul miosin yang berlaku sebagai
Proses-proses biokimia utama selama satu siklus
penghubung yang tidak dapat diregangkan. Titik-titlk fleksibel di
kontraksi dan relaksasi otot dapat disajikan dalam lima tahap masing-masing ujung S-2 memungkinkan S-1 berputar dan me-
seperti diperlihatkan di (Gambar 51–6): mungkinkan variasi pemisahan antara filamen-filamen. Gambar di atas
didasarkan pada proposal HE Huxley, tetapi juga menyertakan elemen
1. Dalam fase relaksasi kontraksi otot, kepala S-1 pada elastik (kumparan di bagian S-2) dan elemen pemendekan secara
miosin menghidrolisis ATP menjadi ADP dan Pi, bertahap (stepwise-shortening elements; di sini digambarkan sebagai
tetapi produk-produk ini tetap terikat. ADP-Pi- empat tempat interaksi antara bagian S-1 dan filamen tipis). (Lihat
miosin yang terbentuk telah mengalami penguatan dan Huxley AF, Simmons RM: Proposed mechanism of force generation in
striated muscle. Nature [Lond] 1971;233:533). Kekuatan pengikatan
disebut konformasi berenergi-tinggi. bagian-bagian yang melekat lebih kuat pada posisi 2 daripada posisi 1
2. Ketika kontraksi otot distimulasi (melalui proses-proses dan lebih kuat pada posisi 3 daripada posisi 2. Kepala miosin dapat
yang melibatkan Ca2+, troponin, tropomiosin, dan aktin, terlepas dari posisi 3 pada pemakaian satu molekul ATP; hal ini adalah
proses utama sewaktu terjadinya pemendekan. Posisi kepala miosin
yang dijelaskan kemudian), aktin dapat diakses dan
tampak bervariasi dari sekitar 90° hingga sekitar 45°, seperti
kepala S-1 miosin menemukannya, mengikatnya, dan ditunjukkan pada teks. (S-1, kepala miosin; 5-2, bagian molekul miosin;
membentuk kompleks aktin-miosin-ADP-Pi. LMM, meromiosin ringan) (lihat teks untuk Gambar 51-4) (Diproduksi
3. Pembentukan kompleks ini mendorong pembebasan Pi, ulang dari Huxley AF: Muscular contraction. J Physiol 1974;243:1.
yang memicu power stroke. Hal ini diikuti oleh Dengan izin dari penulis dan Journai of Physiology).
pembebasan ADP dan disertai oleh perubahan
konformasi mencolok di kepala miosin dalam kaitannya Jika kadar ATP intrasel turun (mis. setelah kematian),
dengan ekornya (Gambar 51-7), yang menarik aktin ATP tidak tersedia untuk mengikat kepala S-1 (tahap 4),
sekitar 10 nm ke arah pusat sarkomer. Ini adalah pozver aktin tidak terlepas, dan relaksasi (tahap 5) tidak terjadi.
stroke (kayuhan bertenaga). Miosin sekarang dikatakan Hal ini merupakan penjelasan dari timbulnya kaku mayat
berada dalam keadaan berenergi rendah, yang ditunjukkan (rigor mortis), yakni mengerasnya tubuh yang terjadi setelah
sebagai aktin-miosin. kematian.
Dari perhitungan diperkirakan bahwa efisiensi kon-
4. Molekul ATP lain mengikat kepala S-1, dan mem-
traksi adalah sekitar 50%; efisiensi mesin pembakaran
bentuk kompleks aktin-miosin-ATP.
internal adalah kurang dari 20%.
5. Miosin-ATP memiliki afinitas yang rendah terhadap
aktin, dan oleh sebab itu aktin terlepas. Langkah ter-
akhir ini adalah komponen kunci pada relaksasi dan Tropomiosin dan Kompleks Troponin yang
bergantung pada pengikatan ATP dengan kompleks Terdapat di Filamen Tipis Melakukan Fungsi
aktin-miosin. Kunci di Otot Rangka
Siklus lain kemudian dimulai dengan hidrolisis ATP Di otot lurik, terdapat dua protein lain yang jumlahnya
(langkah 1 pada Gambar 51-6), yang membentuk kembali sedikit, tetapi memiliki fungsi penting. Tropomiosin adalah
konformasi berenergi-tinggi. suatu molekul fibrosa yang terdiri dari dua rantai, alfa dan
Oleh sebab itu, hidrolisis ATP digunakan untuk men- beta, yang melekat pada F-aktin di alur antara filamen-
jalankan siklus, power stroke yang terjadi karena perubahan filamennya (Gambar 51–3). Tropomiosin terdapat di
konformasi kepala S-1 yang terjadi sewaktu ADP semua otot dan struktur mirip-otot. Kompleks troponin
dibebaskan. Bagian engsel (hinge region) miosin (disebut bersifat unik bagi otot lurik dan terdiri dari tiga
sebagai titik fleksibel di masing-masing ujung S-2 dalam teks polipeptida. Troponin T (TpT) mengikat tropomiosin dan
Gambar 51-7) memungkinkan S-1 bergerak leluasa dan juga dua komponen troponin lainnya. Troponin I (TpI)
menemukan filamen aktin. menghambat interaksi F-aktin-miosin dan juga mengikat
komponen-komponen troponin lain. Troponin C (TpC) Tubulus T

Sarkolema
adalah polipeptida pengikat-kalsium yang secara struktural
dan fungsional analog dengan kalmodulin, suatu protein Reseptor
dihidropiridin
pengikat-kalsium penting yang tersebar luas di alam. Setiap
molekul troponin C atau kalmodulin mengikat empat Kanal Kalsekuestrin
pelepas Ca2+
molekul ion kalsium, dan kedua molekul ini memiliki massa
molekul sebesar 17 kDa.
Ca2+
Ca2+
Ca2+ Berperan Sentral dalam Pengaturan Sisterna Ca2+
Ca2+
Kontraksi Otot Sisterna
Kontraksi semua otot terjadi melalui mekanisme umum yang

Kalsekuenstrin Ca2+ ATPase
dijelaskan sebelumnya. Otot dari organisme yang berbeda 2+
Ca
dan dari sel dan jaringan berbeda dalam organisme yang
sama dapat memiliki mekanisme molekular yang berbeda Ca2+
dalam mengatur kontraksi dan relaksasinya, pada semua
sistem, Ca2+ berperan kunci dalam regulasi. Terdapat dua
Sarkomer
mekanisme umum mengenai regulasi kontraksi otot:
berbasis-aktin dan herbasismiosin. Mekanisme pertama GAMBAR 51–8 Diagram hubungan di antara sarkolema
bekerja di otot rangka dan jantung, dan yang kedua di otot (membran plasma), tubulus T, dan dua sisterna retikulum
polos. sarkoplasma pada otot rangka (skala tidak sesuai). Tubulus T
memanjang ke dalam dari sarkolema. Gelombang depolansasi yang
dipicu oleh impuls saraf, disalurkan dari sarkolema lalu menyusuri
Regulasi Berbasis-Aktin Terjadi di Otot Lurik tubutus T. Gelombang tersebut kemudian disalurkan ke kanal pelepas
Regulasi berbasis-aktin pada otot terjadi pada otot rangka Ca2+ (reseptor rianodin), mungkin melalui interaksi antara kanal
dan jantung vertebrata, yang keduanya merupakan otot tersebut dengan reseptor dihidropi ridin (slow Ca2+ voltage channel),
yang diperlihatkan terletak berdekatan. Pengeluaran Ca2+ dari kanal
bergaris. Pada mekanisme umum yang dijelaskan di atas pelepas Ca2+ ke dalam sitosol memicu kontraksi. Kemudian Ca2+
(Gambar 51-6), satu-satunya faktor yang dapat membatasi dipompa kembali ke dalam sisterna retikulum sarkoplasma oleh Ca2+
siklus kontraksi otot adalah ATP. Pada keadaan istirahat, ATPase (pompa Ca2+) dan disimpan di sana, sebagian terikat pada
sistem otot rangka terhambat; untuk mengaktifkan kon- kalsekuestrin.
traksi, penghambatan ini dihilangkan. Inhibitor otot rangka
adalah sistem troponin, yang terikat pada tropomiosin dan pengikat-Ca2+ spesifik yang disebut kalsekuestrin. Sar-
F-aktin di filamen tipis (Gambar 51-3). Pada otot lurik, komer dikelilingi oleh suatu membran yang dapat
tidak terdapat kontrol kontraksi, kecuali jika sistem tereksitasi (sistem tubulus T) dan terdiri dari kanal-kanal
tropomiosin-troponin terdapat bersama dengan filamen melintang (T) yang berkaitan erat dengan retikulum
aktin dan miosin. Seperti dijelaskan sebelumnya, tropo- sarkoplasma.
miosin terletak di sepanjang alur F-aktin, dan tiga Jika sarkolema tereksitasi oleh impuls saraf, sinyal
komponen troponin—TpT, TpI, dan TpC—terikat pada disalurkan ke dalam sistem tubulus T dan kanal pelepas Ca2+
kompleks F-aktin-tropomiosin. TpI mencegah terikatnya di retikulum sarkoplasma di dekatnya membuka, yang
kepala miosin ke tempat perlekatannya di F-aktin dengan membebaskan Ca2+ dari retikulum sarkoplasma ke dalam
mengubah konformasi F-aktin melalui molekul tropomiosin sarkoplasma. Konsentrasi Ca2+ di sarkoplasma meningkat
atau hanya dengan menggulirkan tropomiosin ke posisi yang cepat hingga 10-5 mol/L. Tempat-tempat pengikatan Ca2+ di
secara langsung menghambat bagian F-aktin yang seharusnya TpC pada filamen tipis dengan cepat diisi oleh Ca2+.
ditempeli oleh kepala miosin. Keduanya mencegah TpC-4Ca2+ berinteraksi dengan TpI dan TpT untuk
pengaktifan ATPase miosin yang diperantarai oleh mengubah interaksi tropomin-tropomin tersebut dengan
pengikatan kepala miosin pada F-aktin. Oleh sebab itu, tropomiosin. Dengan demikian, tropomiosin tergeser atau
sistem TpI menghambat siklus kontraksi di tahap 2 pada mengubah konformasi F-aktin sehingga kepala miosin-ADP-
Gambar 51-6. Hal ini menjelaskan keadaan penghambatan Pi (Gambar 51-6) dapat berinteraksi dengan F-aktin untuk
pada otot lurik saat istirahat. memulai siklus kontraksi.
Kanal pelepas Ca2+ juga dikenal sebagai reseptor
Retikulum Sarkoplasma Mengatur Kadar Ca2+ rianodin (rynnodine receptor, RYR). Terdapat dua isoform
Intrasel Otot Rangka dari reseptor ini, RYR1 dan RYR2, dan RYR1 terdapat di
Dalam sarkoplasma otot yang beristirahat, konsentrasi otot rangka dan RYR2 di otot jantung dan otak. Rianodin
Ca2+ adalah10-8 sampai 10-7 mol/L. Keadaan istirahat adalah suatu alkaloid tumbuhan yang mengikat RYR1 dan
dicapai karena Ca2+ dipompa ke dalam retikulum RYR2 secara spesifik dan memodulasi aktivitas keduanya.
sarkoplasma (RS) melalui kerja suatu sistem transpor aktif Kanal pelepas Ca2+ adalah suatu homotetramer yang terdiri
yang disebut Ca2+ATPase (Gambar 51-8), yang memicu dari empat subunit 565 kDa. Kanal ini memiliki sekuens-
relaksasi. Retikulum sarkoplasma adalah suatu jalinan sekuens transmembran di terminal karboksilnya, dan
kantung-kantung bermembran yang halus. Di dalam sekuens-sekuens inilah yang mungkin membentuk kanal Ca2
retikuIum sarkoplasma, Ca2+ terikat pada protein +. Bagian lain protein menonjol ke dalam sitosol,
Depolarisasi saraf TABEL 51–1 Rangkaian Kejadian dalam Kontraksi dan

Relaksasi Otot Rangka
Depolarisasi otot rangka Tahap dalam kontraksi
Pelepasan impuls neuron motorik.

Depolarisasi membran tubulus transvarsus Pembebasan transmiter (asetilkolin) di motor endplate.
Terikatnya asetilkolin pada reseptor asetikkolin nikotinik.
Meningkatnya hataran Na+ dan K+ di membran endoplate.
Pergerakan muatan kanal voltase Ca2+ lambat
5. Pembentukan potensial endplate.
pada membran tubulus transversus
6. Pembentukan potensial aksi di serat obat.
7. Penyebaran depolarisasi ke arah dalam di sepanjang tubulus
Pembukaan kanal pelepasan Ca2+ (PYR1) 8. Pembebasan Ca2+ dari sisterna terminal retikulum sarkoplasma dan
difusi ke filamen tebal dan tipis.
GAMBAR 51–9 Kemungkinan rangkaian kejadian yang me- 9. Pengikatan Ca2+ pada troponin C, yang memajankan tempat pengikatan
miosin pada aktin.
nyebabkan terbukanya kanal pelepas Ca2+ (RYR). Seperti diuraikan di
teks, kanal voitase Ca2+ dan kanal pelepas Ca2+ dibuktikan berinteraksi 10. Pembentukan ikatan-silang antara aktin dan miosin dan pergeseran (sliding)
filamen tipis pada filamen tebal sehingga terjadi pemendekan otot
satu sama lain in vitro melalui regio-regb spesifik di rantai polipeptida
keduanya (DHPR, reseptor dihidropiridin; RYR1, reseptor rianodin 1).
Tahap dalam relaksasi
Ca2+ dipompa kembali ke dalam retikuksm sarkoplasma.
2. Pembebasan Ca2+ dari troponin.
3. Penghentian interaksi antara aktin dan miosin.
menjembatani celah antara retikulum sarkoplasma dan
membran tubulus transversus. Kanal ini bergerbang ligan, Sumber: Direproduksi, dengan izin, dari Ganong WF:Review of medicai Physiology,
Ca2+ dan ATP bekerja secara sinergis in vitro meskipun ed ke-21. McGraw-Hill,2012.
belum jelas bagaimana kanal ini bekerja in vivo.

Kemungkinan rangkaian proses yang terjadi sehingga kanal Mutasi di Gen yang Menyandi Kanal Penge-
membuka diperlihatkan di (Gambar 51-9). Kanal tersebut luaran Ca" adalah Salah Satu Penyebab
terletak sangat dekat dengan reseptor dihidropiridin Hipertermia Maligna pada Manusia
(dihydropyridine receptor, DHPR), suatu kanal kalsium
bergerbang tegangan pada sistem tubulus transversus Sebagian orang dengan predisposisi genetik tertentu
(Gambar 51-8). Eksperimen-eksperimen in vitro yang mengalami reaksi berat, yang disebut hipertermia maligna
menggunakan pendekatan kromatografi kolom afinitas (HM), jika terpajan oleh anestetik tertentu (mis. halotan)
menunjukkan bahwa suatu sekuens 37 asam amino pada dan pelemas otot rangka tipe pendepolarisasi (mis.
RYR1 berinteraksi dengan satu lengkung spesifik pada suksinilkolin). Reaksi terutama berupa kekakuan otot
DHPR. rangka, hipermetabolisme, dan demam tinggi. Faktor
utama yang menyebabkan penyakit ini adalah tingginya
Relaksasi terjadi jika kadar Ca2+ sarkoplasma turun
konsentrasi Ca2+ sitosol di otot rangka. Pasien dapat
di bawah 10-7 mol/L akibat resekuestrasinya ke dalam
meninggal mendadak akibat fibrilasi ventrikel atau
retikulum sarkoplasma oleh Ca2+ATPase. Oleh sebab itu,
bertahan hidup namun kemudian meninggal akibat
TpC-4Ca2+ kehilangan Ca2+nya. Akibatnya, troponin,
penyulit serius lain, kecuali jika hipertermia maligna ini
melalui interaksi dengan tropomiosin, menghambat
segera dikenali dan diterapi. Terapi yang tepat adalah
interaksi lebih lanjut kepala miosin dan F-aktin, dan dengan
menghentikan pemberian anestetik yang bersangkutan dan
adanya ATP, kepala miosin terlepas dari F-aktin.
memberikan obat dantrolen (dantrolene) intravena.
Oleh sebab itu, Ca2+ mengontrol kontraksi dan relaksasi Dantrolen adalah suatu pelemas otot rangka yang bekerja
otot rangka melalui mekanisme alosterik yang diperantarai dengan menghambat pengeluaran Ca2+ dari retikulum
oleh TpC, TpI, TpT, tropomiosin, dan F-aktin. sarkoplasma ke dalam sitosol sehingga mencegah
Penurunan konsentrasi ATP di sarkoplasma (mis. oleh peningkatan Ca2+ sitosol, seperti yang terjadi pada
pemakaian berlebihan sewaktu siklus kontraksi relaksasi atau hipertermia maligna.
pengurangan pembentukarunya, seperti yang dapat terjadi Hipertermia maligna juga terjadi pada babi. Hewan
pada iskemia) menimbulkan dua efek besar: (1) Ca2+ ATPase homozigot yang rentan hipertermia maligna berespons
(pompa Ca2+) di retikulum sarkoplasma berhenti mem- terhadap stres dengan suatu reaksi fatal (porcine stress
pertahankan konsentrasi Ca2+ yang rendah di sarkoplasma. syndrome) yang serupa dengan hipertemia maligna pada
Oleh sebab itu, terjadi interaksi kepala miosin dan F-aktin. manusia. Jika terjadi sebelum penyembelihan, reaksi ini
(2) Tidak terjadi pelepasan kepala miosin dari F-aktin (yang sangat mengurangi kualitas daging babi sehingga diperoleh
dependen-ATP), dan terjadi rigiditas (kontraktur). Keadaan produk inferior. Kedua kejadian ini dapat menimbulkan
rigor mortis (kaku mayat), setelah kematian, adalah kerugian bermakna pada industri daging babi.
kelanjutan dari proses ini. Temuan tingginya kadar Ca2+ sitosol otot pada hi-
Kontraksi otot adalah suatu keseimbangan dinamik pertermia maligna mengisyaratkan bahwa kondisi ini
perlekatan dan pembeba san kepala miosin dari F-aktin, yang mungkin disebabkan oleh kelainan Ca2+ ATPase atau kanal
diatur secara detail melalui sistem saraf. pelepas Ca2+. Tidak ada kelainan yang terdeteksi pada Ca2+
Tabel 51-1 meringkaskan proses keseluruhan dalam ATPase, tetapi penentuan sekuens cDNA untuk protein kanal
kontraksi dan relaksasi otot rangka. pelepas Ca2+ terbukti bermanfaat, terutama pada babi.
Mutasi di gen RYR1 TABEL 51–2 Beberapa Protein Penting lain di Otot
Protein Lokasi Komentar atau Fungsi
Protein kanal pelepas Ca2+ (RYR1)
berubah (mis. penggantian Cys menjadi Arg615) Titin Terentang dari garis Protein terbesar di tubuh
Z ke garis M Berperan dalam relaksasi otot.
Kanal yang termutasi lebih mudah membuka Nebulin Dari garis Z di Mungkin mengatur
dan terbuka lebih lama, sehingga sepanjang filamen pembentukan dan
membanjiri sitosol dengan Ca2+ aktin panjang filamen aktin.
α-Aktinin Melekatkan aktin Menstabilkan filamen aktin.

pada garis 2
Kadar Ca2+ intrasel yang tinggi menyebabkan otot terus
berkontraksi (kekakuan): Ca2+ yang tinggi juga merangsang Desmin Terletak di samping Melekat pada membran
penguraian glikogen, glikolisis, dan metabolisme aerob filamen aktin plasma (plasmalema).
(menyebabkan pembentukan panas yang berlebihan
Distrofin Melekat pada Berkurang pada distrofi otot
plasmalema Duchenne. Mutasi gen-nya
GAMBAR 51–10 Skema sederhana penyebab hipertermia maligna juga dapat menyebabkan
(OMIM 145600). Banyak mutasi titik berbeda yang ditemukan pada gen kardiomiopati dilatasi.
RYR1, dan sebagian di antaranya berkaitan dengan central core disease
Kalsineurin Sitosol Suatu protein fosfatase yang diatur
(OMIM 117000). Diperkirakan bahwa setidaknya 50% keluarga dengan
oleh kalmodulin. Mungkin
anggota yang mengidap hipertermia maligna berkaitan dengan gen berperan penting dalam hipertrofi
RYR1. Sebagian orang dengan mutasi di gen yang menyandi DHPR juga jantung dan dalam mengatur
pernah terdeteksi; mutasi di gen-gen lain untuk protein yang berperan jumlah keduatan otot lambat dan
dalam aspek tertentu metabolisme otot juga mungkin akan ditemukan. cepat.
Protein Tersusun Mengikat miosin dan titin.
Semua cDNA dari babi dengan hipertermia maligna yang peningkat transversal di pita A Berperan dalam
miosin C sarkomer mempertahankan integritas
sejauh ini diteliti memperlihatkan substitusi T untuk C1843 struktur sarkomer.
sehingga terjadi substitusi Cys untuk Arg615 di kanal
pengeluaran Ca2+. Mutasi ini memengaruhi fungsi kanal,
yaitu bahwa kanal lebih mudah terbuka dan terbuka lebih mitokondria di bagian tengah sejumlah besar serabut otot
lama; hasil akhirnya adalah pembebasan massif Ca2+ ke tipe I (lihat uraian selanjutnya). Kerusakan pada mitokondria
dalam sitosol yang akhimya menyebabkan kontraksi otot yang dipicu oleh tingginya kadar Ca2+ intrasel akibat kelainan
yang terus-menerus. fungsi RYR1 tampaknya menjadi penyebab kelainan
Pada manusia, gambarannya lebih rumit karena morfologis yang ditemukan.
hipertermia maligna memperlihatkan heterogenitas genetik.
Anggota dari sejumlah keluarga yang mengidap hipertermia MUTASI DI GEN YANG MENYANDI
maligna tidak memperlihatkan keterkaitan genetik dengan
gen RYR1. Sebagian orang yang rentan terhadap hipertermia
DISTROFIN MENYEBABKAN
maligna terbukti memperlihatkan mutasi yang sama dengan DISTROFI OTOT DUCHENNE
mutasi pada babi, dan yang lain memperlihatkan beragam Sejumlah protein lain memiliki berbagai peran dalam
mutasi titik di lokus-lokus berbeda di gen RYR1. Pada struktur dan fungsi otot. Protein-protein ini mencakup titin
keluarga tertentu dengan hipertensi maligna, ditemukan adanya (protein terbesar yang diketahui), nebulin, α-aktinin,
mutasi yang mengenai DHPR. Mutasi yang memengaruhi desmin, distrofin, dan kalsineurin. Sebagian sifat protein-
protein otot lain, seperti kalsekuestrin-1, yi. suatu protein protein ini diringkaskan di Table 51–2.
pengikat Ca2+ retikulum sarkoplasma yang memodulasi Distrofin menarik perhatian. Mutasi di gen yang
fungsi RyRI, juga mungkin menyebabkan hipertemia menyandi protein ini dibuktikan sebagai penyebab distrofi
maligna. (Gambar 51-10) meringkaskan kemungkinan otot Duchenne dan distrofi otot Becker yang lebih ringan.
rangkaian kejadian pada hipertermia maligna. Hal yang Mutasi gen ini juga terlibat pada sejumlah kasus kardiomiopati
menjanjikan dari temuan-temuan ini adalah bahwa jika dilatasi (lihat di bawah). Seperti diperlihatkan pada (Gambar
mutasi-mutasi lain dapat dideteksi maka dapat diIakukan 51-11), distrofin membentuk satu bagian dari kompleks
pemeriksaan penapisan dengan menggunakan pelacak DNA protein yang besar yang menempel atau berinteraksi dengan
yang sesuai untuk memeriksa orang yang berisiko plasmalema. Distrofin menghubungkan sitoskeleton aktin
mengalami hipertermia maligna sewaktu anestesia diberikan. dengan matriks ekstrasel dan tampaknya dibutubkan untuk
Pemeriksaan penyaring yang ada saat ini (mis. uji kafein- penyusunan taut sinaptik. Gangguan pada proses-proses ini
halotan in vitro) relatif kurang dapat diandalkan. Individu oleh pembentukan distrofin yang abnormal diperkirakan
yang terkena kemudian dapat diberi anestesi alternatif yang merupakan faktor penting pada penyebab terjadinya distrofi
tidak akan membahayakan jiwa mereka. Dengan menerap- otot Duchenne. Mutasi di gen-gen yang menyandi sebagian
kan praktek-praktek pemeliharaan ternak yang sesuai, komponen kompleks sarkogtikan yang diperlukan pada
hipertermia maligna pada babi dapat dihilangkan. (Gambar 51-11) berperan menyebabkan distroti otot timb-
Kondisi lain yang disebabkan oleh mutasi di gen RYR1 girdle dan bentuk kongenital distrofi otot tertentu.
adalah central core disease. Penyakit ini adalah suatu Mutasi di gen-gen yang menyandi beberapa gliko-
miopati yang jarang dan bermanifestasi pada masa bayi siltransferase yang terlibat dalam sintesis rantai gula α-
berupa hipotonia dan kelemahan otot proksimal. distroglikan diketahui menyebabkan distrofi otot kon-
Pemeriksaan mikroskop elektron memperlihatkan hilangnya genital tipe tertentu (lihat Bab 46).
Ekstrasel
Merosin
(Laminin-2)
Distroglikan
Sarkoglikan
Membran plasma
Distrofin
Sintrofin
Aktin
GAMBAR 51–11 Organisasi distrofin dan protein lain dalam kaitannya dengan membran plasma sel otot. Distrofin
adalah bagian dari sebuah kompleks oligomerik besar yang berkaitan dengan beberapa kompleks protein lain. Kompleks
distroglikan terdiri dari α-distroglikan,yang berikatan dengan protein lamina basal merosin (juga dinamai laminin-2,Iihat Bab
50), dan α-distroglikan, yang mengikat α-distroglikan dan distrofin. Sintrofin mengikat terminal karboksil distrofin. Kompleks
sarkoglikan terdiri dari empat protein transmembran: α-, β-, γ -, dan δ-sarkoglikan. Fungsi kornpleks sarkoglikan dan sifat
interaksi di dalam kompleks dan antara kompleks ini dan kompleks lain belum jelas. Kompleks sarkoglikan hanya terbentuk di
otot lurik, dan subunit-subunitnya cenderung berikatan satu sama lain, yang mengisyaratkan bahwa kompleks mungkin
berfungsi sebagai suatu kesatuan. Mutasi di gen yang menyandi distrofin menyebabkan distrofi otot Duchenne dan Becker;
mutasi di gen-gen yang menyandi berbagai sarkoglikan terbukti menyebabkan distrofi limb-girdie (mis. OMIM 604286) dan
mutasi di gen yang menyandi protein otot lain menyebabkan distrofi otot jenis lain. Mutasi pada gen yang menyandi
glikosiltransferase yang berperan dalam sintesis rantai glikan α-distroglikan menyebabkan distrofi otot kongenital tertentu.
(Diproduksi ulang, dengan izin, dari Duggan DJ et al. Mutations in the sarcoglycan genes in patients with myopathy. N Engi 1
Med 1997;336:618. Hak cipta e 1997 Massachusetts Medical Society. Hak cipta dilindungi undang-undang).
OTOT JANTUNG MENYERUPAI Terdapat korelasi kasar antara fosforilasi Tpl dan
peningkatan kontraksi otot jantung yang diinduksi oleh
OTOT RANGKA DALAM BANYAK katekolamin. Hal ini mungkin berperan menyebabkan efek
ASPEK inotropik (peningkatan kontraktilitas) senyawa β-adrenergik
pada jantung. Beberapa perbedaan antara otot rangka,
Gambaran umum kontraksi otot di jantung mirip dengan jantung, dan polos diringkaskan di Tabel 51-3.
kontraksi yang dijumpai di otot rangka. Otot jantung, seperti
otot rangka, adalah otot lurik (serat-lintang) dan mengguna- Ca2+ Memasuki Miosit Melalui Kanal Ca2+
kan sistem aktin-miosin-tropomiosin-troponin yang diurai- dan Keluar Melalui Penukar Na+-Ca2+ dan
kan sebelumnya. Tidak seperti otot rangka, otot jantung Ca2+ ATPase
memperlihatkan ritmisitas intrinsik, dan masing-masing
Seperti dinyatakan sebelumnya, Ca2+ ekstrasel berperan
miosit berkomunikasi satu sama lain karena se-sel ini
penting dalam kontraksi otot jantung tetapi tidak pada otot
membentuk sinsitium. Sistem tubulus T di otot jantung
rangka. Hal ini berarti bahwa Ca2+ masuk dan keluar miosit
lebih berkembang, sedangkan retikulum sarkoplasma
secara teratur. Pada bab ini akan dibahas secara singkat tiga
kurang ekstensif dan oleh sebab itu pasokan intrasel Ca2+
protein transmembran yang berperan dalam proses ini.
untuk kontraksi menjadi lebih sedikit. Oleh sebab itu, otot
jantung mengandalkan Ca2+ ekstrasel untuk berkontraksi;
Kanal Ca2+
jika isolat otot jantung kekurangan Ca2+, isolat tersebut
berhenti berdenyut dalam waktu sekitar 1 menit, sementara Ca2+ masuk ke dalam miosit melalui kanal ini. Pintu masuk
otot rangka dapat terus berkontraksi dalam waktu lebih lama utama adalah kanal Ca2+ tipe lambat atau tipe L (long-
tanpa pasokan Ca2+ ekstrasel. AMP siklik berperan lebih duration current, large conductance; arus durasi-panjang,
menonjol di otot jantung ketimbang di otot rangka. cAMP hantaran besar), yang memiliki gerbang voltase serta
memodulasi kadar Ca2+ intrasel melalui pengaktifan beragam membuka sewaktu depolarisasi yang diinduksi oleh
protein kinase; enzim-enzim ini memfosforilasi berbagai penyebaran potensial aksi jantung dan menutup ketika
protein pengangkut di sarkolema dan retikulum sarkoplasma potensial aksi menurun. Kanal ini setara dengan reseptor
Serta di kompleks regulatorik troponin-tropomiosin, yang dihidropiridin pada otot rangka (Gambar 51-8). Kanal Ca2+
memengaruhi kadar intrasel Ca2+ atau respons terhadapnya. tipe lambat diregulasi oleh protein kinase dependen-cAMP
TABEL 51–3 Beberapa Perbedaan Antara Otot Rangka, Jantung dan Polos
Otot Rangka Otot Jantung Otot Polos
Berserat-lintang 1. Berserat-lintang 1. Tidak berserat-lintang

Tanpa sinsitium 2. Sinsitium 2. Sinsitium
Tubulus T kecil 3. Tubulus T besar 3. Tubulus T umumnya rudimenter.
Retikulum sarkoplasma berkembang 4. Retikulum sarkoplasma ada dan 4. Retikulum sarkoplasma umumnya rudimen-
sempurna dan pompa Ca2+ berkerja cepat. pompa Ca2+ berkerja relatif cepat. ter dan pompa Ca2+ berkerja lambat.
Plasmalema tidak memiliki banyak Plasmalema mengandung beragam 5. Plasmalema mengandung beragam reseptor
reseptor hormon. reseptor (mis. a dan b-adrenergik). (mis. a dan b-adrenergrik.
Impuls saraf memicu kontraksi. Memiliki ritmisitas intrinsik. 6. Kontraksi dipicu oleh implus
Ca2+ cairan ekstrasel tidak penting untuk Ca2+ cairan ekstrasel penting untuk saraf, hormon, dsbnya.
kontraksi. kontraksi. 7. Ca2+ cairan ekstrasel penting untuk
Memiliki sistem troponin. 8. Memiliki sistem troponin. kontraksi.
Kaldesmon tidak berperan. 9. Kaldesmon tidak berperan. Daur Tidak memiliki sistem penting untuk
Daur jembatan-silang yang sangat cepat. jembatan-silang yang relatif kontraksi.
cepat. Kaldesmo adalah protein regulatorik penting.
10. Daur jembatan-silang lambat yang
memungkinkan kontraksi lambat berkepan-
jangan dan penurunan pemakaian ATP.
(stimulatorik) dan cGMP-protein kinase (inhibitorik). Serta

K+ Na+ ↑Na+ Ca2+ Penukar
dihambat oleh apa yang disebut sebagai penghambat kanal Na+K+ATPase
Na+:Ca2+
kalsium (mis. verapamil). Kanal Ca2+ cepat (atau T, transien)
juga terdapat di plasmalema, meskipun dalam jumlah yang Digitalis Membran
jauh lebih sedikit; kanal ini mungkin berperan dalam fase menghambat plasma
awal peningkatan Ca2+ mioplasma.
Peningkatan Ca2+ yang terjadi di mioplasma bekerja ↑K+ ↑Na+ ↑Ca2+
pada kanal pelepas Ca2+ retikulum sarkoplasma untuk
membukanya. Hal ini disebut pembebasan Ca2+ yang Daya
dipicu oleh Ca2+ (Ca2+-induced Ca2+ release, CICR). kontraksi
otot
Diperkirakan bahwa sekitar 10% Ca2+ yang terlibat dalam
kontraksi masuk ke sitosol dari cairan ekstrasel dan 90% dari GAMBAR 51–12 Skema cara obat digitalis (digunakan dalam
retikulum sarkoplasma. Namun, 10% yang pertama ini terapi beberapa kasus gagai jantung) meningkatkan kontraksi
jantung. Digitalis menghambat Na+K+ATPase (Iihat Bab 40). Hal ini
penting karena laju peningkatan Ca2+ di mioplasma penting, menyebabkan lebih sedikit Na+ yang dipompa ke luar miosit jantung
dan masuknya ion melalui kanal Ca2+ banyak membantu hal dan konsentrasi Na+ intrasel meningkat sehingga merangsang penukar
ini. Na+Ca2+ agar lebih banyak Na+ dikeluarkan dan dan lebih banyak Ca2+
masuk ke dalam miosit. Peningkatan konsentrasi Ca2+ intrasel yang
Penukar Ca2+-Na+ dihasilkan meningkatkan daya kontraksi otot.
Ini adalah rute utama pengeluaran Ca2+ dari miosit. Pada dalam pengeluaran Ca2+, tetapi dipercayai berperan kurang
miosit dalam keadaan istirahat, penukar ini membantu penting dibandingkan dengan penukar Ca2+-Na+.
mempertahankan kadar Ca2+ bebas intrasel yang rendah Perlu dicatat bahwa terdapat beragam kanal ion (Bab 40)
dengan menukar satu Ca2+ untuk tiga Na+. Energi untuk di sebagian besar sel, untuk Na+, K+, Ca2+, dsbnya. Banyak
pemindahan Ca2+ melawan gradien untuk keluar sel berasal dari kanal ini telah berhasil diklon dalam tahun-tahun
dari gerakan mengikuti gradien Na+ dari plasma masuk ke terakhir dan susunan kanal-kanal ini pada membran masing-
dalam sel. Pertukaran ini berperan dalam relaksasi tetapi masing telah diteliti (frekuensi masing-masing kanal
dapat berjalan dalam arah yang berlawanan sewaktu eksitasi. menembus membran, lokasi tempat pemindahan ion di
Karena adanya penukar Ca2+-Na+ ini, segala hal yang protein, dsbnya). Berbagai kanal ini dapat diklasifikasikan
menyebabkan penambahan Na+ intrasel (Na+i), akan seperti ditunjukkan pada Tabel 51-4. Otot jantung kaya akan
kemudian menyebabkan penambahan Ca2+i sehingga kanal ion, dan kanal-kanal ini juga penting pada otot rangka.
kontraksi menjadi lebih kuat. Hal ini disebut efek inotropik Mutasi di gen-gen yang menyandi kanal ion dibuktikan
positif. Salah satu contoh adalah ketika obat digitalis berperan menimbulkan sejumlah penyakit otot yang jarang
digunakan untuk mengobati gagal jantung. Digitalis dijumpai. Penyakit ini dan penyakit-penyakit akibat mutasi
menghambat Na+-K+ ATPase sarkolema, yang mengurangi kanal ion diberi nama channelopathies (kanalopati);
pengeluaran Na+ sehingga meningkatkan Na+. Hal ini sebagian tercantum di Tabel 51-5.
kemudian menyebabkan Ca2+ meningkat, melalui penukar
Ca2+-Na+. Peningkatan Ca2+i, meningkatkan daya kontraksi
otot jantung (lihat Gambar 51-12) yang bermanfaat pada
Kardiomiopati Herediter Disebabkan oleh
gagal jantung. Gangguan Metabolisme Energi Jantung atau
Kelainan Protein Miokardium
Ca2+ ATPase Kardiomiopati herediter adalah semua kelainan struktural
Pompa Ca2+ ini, yang terletak di sarkolema, juga berperan atau fungsional miokardium ventrikel akibat penyebab
TABEL 51–4 Tipe-tipe Utama Kanal Ion di Sel di Tabel 51-6, penyebab kardiomiopati herediter terbagi
dalam dua kelas besar: (1) gangguan metabolisme energi
Tipe Keterangan jantung yang terutama mencerminkan mutasi di gen-gen
Bergabung ligan eksternal Membentuk sebagai respons terhadap yang menyandi enzim atau protein yang berperan dalam
molekul eksternal spesifik, misalnya oksidasi asam lemak (sumber utama energi untuk
asetilkolin.
miokardium) dan fosforilasi oksidatif; (2) mutasi di gen-gen
Bergerbang ligan internal Membuka atau menutup sebagai yang menyandi protein yang berperan dalam atau
respons terhadap molekul intrasel
memengaruhi kontraksi miokardium, misalnya miosin,
spesifik, misalnya suatu nukleotida
siklik. tropomiosin, troponin, dan protein C pengikat miosin
jantung. Mutasi di gen-gen yang menyandi protein-protein
Bergebang tegangan Membuka sebagai respons terhadap
perubahan potensial membran, misal- terakhir ini menyebabkan kardiomiopati hipertrofik familial,
nya saluran Na+, K+, dan Ca2+ di jantung yang akan dibahas sekarang.
Bergerbang mekanisme Membuka sebagian respons terhadap
perubahan tekanan mekanis. Mutasi di Gen Rantai Berat β-Miosin Jantung
adalah Salah Satu Penyebab Kardiomiopati
TABEL 51–5 Beberapa Penyakit (Channelopathies) Akibat Hipertrofik Familial
Mutasi di Gen yang Menyandi Konstituen Polipeptida Kardiomiopati hipertrofik familial adalah salah satu
Kanal lon
penyakit jantung herediter tersering. Pasien memperlihat-
Kanal Ion dan Organ kan hipertrofi—sering massif—satu atau kedua ventrikel,
Utama yang Terkena
Penyakita yang dimulai pada usia muda, dan tidak berkaitan dengan
Kanal pelepasan Ca2+ (RYR1)
Central core disease (OMIM) penyebab ekstrinsik apapun, misalnya hipertensi. Sebagian
117000 Otot rangka
besar penyebab diwariskan dengan cara autosom dominan;
Kanal natrium
Paralisis periodik Hiperkalemik
Otot rangka
sisanya bersifat sporadik. Hingga saat ini, penyebab
(OMIM 170500)
penyakit ini tidak diketahui. Namun, keadaan berbuah
Paralisis periodik hipokalemik Kanal voltase Ca2+ tipe lambat ketika penelitian-penelitian terhadap satu keluarga yang
(OMIM 170400) (DHPR) Otot rangka
terkena memperlihatkan bahwa suatu mutasi missense (yi.
Hipertermia maligna (OMIM
Kanal pelepas Ca2+ (PYR1) substitusi satu asam amino oleh asama amino lain) di gen
145600) Otot rangka rantai panjang β- miosin merupakan penyebab penyakit
Miotonia kongenita (OMIM Kanal klorida ini. Studi-studi selanjutnya memperlihatkan adanya sejum-
160800) Otot rangka
lah mutasi missense di gen ini, dan semua menyandi untuk
a
Channelopathies lain mencakup sindrom QT panjang (OMIM 192500); pseudoaldost- residu yang sangat terkonservasi. Beberapa orang mem-
eronisme (sindrom Liddle; OMIM 177200); hipoglikemia hiperinsuli nemik
persisten pada bayi (OM1M 601820); nefrolitiasis herediter resesif terkait- perlihatkan mutasi lain, misalnya pembentukan gen hibrid
kromosom X tipe II pada bayi (sindrom Dent; OMIM 300009); dan miotonia rantai panjang α/β-miosin. Pasien dengan kardiomiopati
generalisata,resesif (penyakit Becker;OMIM 255700),Kata"miotonia" menandakan
setiap penyakit ketika otot tidak mengalami relaksasi setelah berkontraksi. hipertrofik familial dapat memperlihatkan gambaran klinis
Sumber: Data dari Ackerman NJ, Clapham DE. Ion channeh-basic science and clini- yang sangat bervariasi. Hal ini sebagian disebabkan oleh
cal disease. N Engl J Med 1997;336:1575.
heterogenitas genetik; yi. mutasi di sejumlah gen lain (mis.
gen yang menyandi aktin jantung, tropomiosin, troponin I
TABEL 51–6 Penyebab Biokimiawi Kardiomiopati
Hereditera dan T jantung, rantai pendek miosin regulatorik dan
esensial, protein C pengikat miosin jantung, titin, serta
Penyebab Protein atau Proses yang Terkena tRNA-glisin dan tRNA-isoleusin mitokondria) juga dapat
Kelainan bawaaan Masuknya karnitin ke dalam menyebabkan kardiomiopati hipertrofik familial. Selain itu,
oksidasi asam lemak sel dan mitokondria mutasi di tempat berbeda di gen untuk rantai panjang β-
Enzim tertentu pada miosin sedikit banyak dapat memengaruhi fungsi protein
oksidasi asam lemak untuk tingkat yang lebih besar atau lebih kecil. Mutasi
Gangguan fosforilasi Protein yang dikode oleh gen missense berkelompok di regio kepala dan kepala-batang
oksidase mitokondria mitokondria rantai panjang miosin. Salah satu hipotesisnya adalah bahwa
Protein yang dikode oleh gen nukeleus polipeptida mutan ("polipeptida racun") menyebabkan
Kelainan protein kontraktil Rantai panjang b-miosin, troponin, terbentuknya miofibril abnormal yang akhirnya menyebab-
dan struktual miokardium tropomiosin, distrofin kan hipertrofi kompensatorik. Sebagian mutasi mengubah
muatan asam amino (mis. substitusi arginin untuk
a
Mutasi (mis. mutasi titik, atau pada sebagian kasus delesi) di gen-gen (nukleus atau
glutamin), mungkin memengaruhi konformasi protein
mitokondria) yang menyandi berbagai molekul protein, enzim, atau tRNA secara mencolok sehingga fungsi protein terganggu. Pasien
merupakan penyebab mendasar kardiomiopati herediter. Beberapa kondisi
bersifat ringan, sementara yang lain parah dan mungkin merupakan bagian dari
dengan mutasi ini memiliki usia harapan hidup yang secara
suatu sindrom yang mengenai jaringan lain. bermakna lebih pendek daripada mereka yang mutasinya
sumber: pidasarkan pada Kelly DP, Strauss AVV: inhented cardionlyopathies. N Engl J
Med 1994;330:913.
tidak menyebabkan perubahan muatan. Oleh sebab itu,
penentuan mutasi secara pasti pada kardiomiopati
herediter. Terdapat kardiomiopati jenis non-herediter, tetapi hipertrofik familial ini mungkin penting dari segi prognosis;
penyakit ini tidak akan dihabas di sini. Seperti diperlihatkan penentuan ini dapat cfflakukan dengan memanfaatkan
Terutama mutasi missonse di gen rantai panjang yang mengandung banyak aktivitas ATPase. Miosin otot polos
β-miosin pada kromosom 14 mengandung rantai pendek yang mencegah pengikatan kepala
miosin pada F-aktin; rantai pendek ini harus mengalami
Rantai polipeptida mutan ("polipeptida racun") fosforilasi sebelum membolehkan F-aktin mengaktifkan
menyebabkan pembentukan miofibril abnormal ATPase miosin. Aktivitas ATPase yang tercapai menghidrolisis
ATP sekitar 10 kali lebih lambat daripada aktivitas serupa di
Hipertrofi kompensatorik pada salah satu otot rangka. Fosfat pada rantai pendek miosin mungkin
atau kedua ventrikel membentuk chelate dengan Ca2+ yang terikat ke kompleks
tropomiosin-TpC-aktin, sehingga laju pembentukan jem-
Kardiomegali dan berbagai tanda serta batan silang antara kepala miosin dan aktin meningkat.
gejala jantung, mencakup mati mendadak Fosforilasi rantai pendek memulai siklus kontraksi lekat-lepas
pada otot polos.
GAMBAR 51–13 Skema sederhana timbulnya kardiomiopati
hipertrofik familial (OMIM 192600) akibat mutasi di gen yang Kinase Rantai Pendek Miosin Diaktifkan oleh
menyandi rantai panjang β-miosin. Mutasi di gen yang menyandi
protein lain (lihat teks) juga dapat menimbulkan penyakit ini. Kalmodulin-4Ca2+ dan Kemudian
reaksi berantai polimerase pada DNA genomik yang
Memfosforilasi Rantai Ringan
diperoleh dari satu sampel limfosit darah. (Gambar 51-13) Sarkoplasma otot polos mengandung suatu kinase rantai pendek
adalah skema sederhana rangkaian proses yang menyebabkan miosin yang bergantung pada kalsium. Pengaktifan kinase
kardiomiopati hipertrofik familial. rantai pendek miosin oleh Ca2+ membutuhkan pengikatan
Jenis lain kardiomiopati adalah kardiomiopati dilatasi. kalmodulin-4Ca2+ pada subunit kinasenya (Gambar 51-14).
Mutasi di gen-gen yang menyandi distrofin, protein LIM Kinase rantai pendek yang diaktifkan oleh kalmodulin-4Ca2+
otot (disebut demikian karena diketahui mengandung memfosforilasi rantai pendek, yang kemudian berhenti
domain kaya-sistein yang semula terdeteksi di tiga protein: menghambat interaksi miosin-F-aktin. Kemudian siklus
Lin-II, Is1-1, dan Mec-3), cyclic response-element binding kontraksi dimulai.
protein (CREB), desmin, dan lamin diduga berperan Di otot polos terdapat jalur non-dependen-Ca2+ lain
menyebabkan penyakit ini. Dua protein pertama membantu untuk memulai kontraksi. Jalur ini melibatkan Rho kinase,
penyusunan perangkat kontraktil sel otot jantung, dan CREB yang diaktifkan oleh beragam rangsang (tidak diperlihatkan
berperan dalam regulasi sejumlah gen di sel-sel ini. Riset di Gambar 51-14). Enzim ini rnemfosforilasi fosfatase rantai
terkini tidak saja berhasil mengungkapkan penyebab pendek miosin, menghambatnya, dan karenanya meningkat-
molekular kardiomiopati, tetapi juga mendeteksi mutasi yang kan fosforilasi rantai pendek. Rho kinase juga secara
menyebabkan gangguan perkembangan jantung (mis. cacat langsung memfosforilasi rantai pendek miosin. Kedua efek
septum) dan aritmia (mis. karena mutasi yang mengenai ini meningkatkan kontraksi otot polos.
kanal ion).
Ca2+ Juga Mengatur Kontraksi Otot Polos Kalmodulin

Miosin kinase
(inaktif)
Sementara semua otot mengandung aktin, miosin, dan 10–5 mol/L Ca2+ 10–7 mol/L Ca2+
tropomiosin, hanya otot lurik vertebrata yang mengandung
sistem troponin. OIeh sebab itu, mekanisme yang mengatur Ca2+ • kalmodulin
kontraksi di berbagai sistem kontraktil tentunya berbeda-
beda.
Otot polos memiliki struktur molekul yang serupa dengan
ATP
struktur yang dijumpai di otot lurik, tetapi sarkomernya tidak Ca2+ • Kalmodulin-
miosin kinas (aktif)
menyatu sehingga menimbulkan gambaran serat-lintang. Otot
polos mengandung molekul α- aktinin dan tropomiosin, seperti ADP
L-miosin (menghambat
halnya otot rangka. Otot polos tidak memiliki sistem troponin, interaksi miosin-aktin)
dan rantai pendek molekul miosin otot polos berbeda dari
rantai pendek miosin otot rangka. Regulasi kontraksi otot polos
adalah berbasis-miosin, tidak seperti otot lurik yang berbasis- pL-miosin (tidak
aktin. Namun, seperti otot lurik, kontraksi otot polos menghambat interaksi
miosin-aktif)
diregulasi oleh Ca2+.
H2PO4–
Fosforilasi Rantai Pendek Miosin Memicu
Kontraksi Otot Polos Fosfatase
Ketika miosin otot polos berikatan dengan F-aktin tanpa GAMBAR 51–14 Regulasi kontraksi otot polos oleh Ca2+. pL-miosin
adanya protein otot lain seperti tropomiosin, maka aktivitas adalah rantai pendek miosin yang telah mengalami fosforilas. L-miosin
adalah rantai pendek yang terdefosforilase (Diadaptasi, dengan izin, dari
ATPase tidak terdeteksi. Ketiadaan aktivitas ini tidak seperti Adelstein RS, Eisenberg R: Regulation and kinetics of actin–myosin ATP
situasi yang dijelaskan untuk miosin dan F-aktin otot rangka, interaction. Annu Rev Biochem 1980;49:921. Copyright © 1980 oleh
Annual Reviews, www.annualreviews.org.)
Otot Polos Melemas Jika Konsentrasi Ca2+ fosforilasi memperlihatkan penurunan signifikan afinitas
terhadap kalmodulin-Ca2+ sehingga kurang peka terhadap
Turun di Bawah 10-7 Molar
pengaktifan. Oleh sebab itu, peningkatan cAMP meredam
Relaksasi otot polos terjadi jika Ca2+ sarkoplasma turun di respons kontraksi otot polos terhadap peningkatan tertentu
bawah 10-7mol/L. Ca2+ terlepas dari kalmodulin, yang pada Ca2+ sarkoplasma. Mekanisme molekular ini dapat menjelas-
akhirnya terlepas dari kinase rantai pendek miosin sehingga kan efek relaksasi yang ditimbulkan oleh stimulasi β-
kinase ini menjadi inaktif. Tidak ada fosfat baru yang adrenergik pada otot polos.
melekat pada rantai ringan p (p-light chain), dan protein
Protein lain yang tampaknya memiliki peran dependen-
fosfatase rantai pendek, yang secara terus menerus aktif dan
Ca2+ dalam mengatur kontraksi otot polos adalah kaldesmon
tidak bergantung pada kalsium, mengeluarkan fosfat yang
(87 kDa). Protein ini banyak ditemukan di otot polos dan
masih ada dari rantai pendek. Rantai pendek-p miosin yang
juga di jaringan bukan otot. Pada konsentrasi Ca2+ yang
terdefosforilasi kemudian menghambat pengikatan kepala
rendah, protein ini mengikat tropomiosin dan aktin. Hal ini
miosin pada F-aktin dan aktivitas ATPase. Kepala miosin
mencegah interaksi aktin dengan miosin sehingga otot
terlepas dari F-aktin jika terdapat ATP, tetapi kepala ini tidak
tetap dalam keadaan relaksasi. Pada konsentrasi Ca2+ yang
dapat melekat kembali karena adanya rantai pendek-p
lebih tinggi, Ca2+-kalmodulin mengikat kaldesmon, membe-
terdefosforilasi; karena itu terjadilah relaksasi.
baskannya dari aktin. Aktin kemudian bebas untuk
Tabel 51-7 meringkaskan dan membandingkan regulasi berikatan dengan miosin sehingga kontraksi dapat terjadi.
interaksi aktin-miosin (pengaktifan ATPase miosin) di otot Kaldesmon juga mengalami proses fosforilasi-defosforilasi;
lurik dan otot polos. jika terfosforilasi, protein ini tidak dapat mengikat aktin
Kinase rantai pendek miosin tidak secara langsung sehingga aktin bebas berinteraksi dengan miosin. Kaldesmon
dipengaruhi atau diaktifkan oleh cAMP. Namun, protein juga mungkin ikut serta menyusun struktur perangkat
kinase yang diaktifkan oleh cAMP dapat memfosforilasi kontraktil di otot polos. Banyak dari efek kaldesmon telah
kinase rantai pendek miosin (bukan rantai ringan itu dibuktikan in vitro, namun makna fisiologisnya masih dalam
sendiri). Kinase rantai pendek miosin yang telah mengalami penelitian.
Seperti dituliskan pada Tabel 51-3, siklus jembatan-
TABEL 51–7 Interaksi Aktin-Miosin di Otot Lurik dan Polos silang yang lambat memungkinkan otot polos berkontraksi
lambat dan berkepanjangan (mis. di organ dalam dan
Otot Polos (dan Sel
pembuluh darah) dengan pemakaian ATP yang lebih sedikit
Otot Serat-Lintang Bukan Otot) dibandingkan pemakaian pemakaiannya di otot lurik.
Kemampuan otot polos mempertahankan gaya/kekuatan
Protein filamen Aktin Aktin
otot Miosin Miosina
pada kecepatan kontraksi yang rendah disebut sebagai latch
Tropomiosin Tropomiosin state; hal ini adalah gambaran penting otot polos, dan dasar
Troponin molekularnya yang pasti masih sedang diselidiki.
(Tpl, TpT, TpC)
Interaksi sponstan F- Ya Tidak Nitrit Oksida (NO) Melemaskan Otot Polos

aktin dan miosin saja
(pengaktifan spontan
Pembuluh Darah serta Memiliki Banyak
ATPase miosin oleh Fungsi Biologis Penting Lainnya
F-aktin)
Asetilkolin adalah suatu vasodilator yang bekerja dengan
Inhibitor interaksi F- Sistem troponin Rantai ringan menyebabkan relaksasi otot polos pembuluh darah. Namun,
aktin-miosin (Tpl) miosin yang tidak
senyawa ini tidak bekerja langsung pada otot polos.
(inhibitor pengaktifan terfosforilasi
ATPase dependen-F- Pengamatan kunci adalah bahwa jika sel endotel dikupas
aktin) dari sel otot polos di bawahnya, asetilkolin tidak lagi
Kontraksi diaktifkan oleh Ca2+ Ca2+ memiliki efek vasodilator. Temuan ini menunjukkan bahwa
vasodilator, seperti asetilkolin pada awalnya berinteraksi
Efek langsung Ca2+ 4Ca2+ berikatan dengan sel endotel pembuluh darah halus melalui reseptor.
4Ca2+ berikatan
dengan TpC dengan kalmodulin Reseptor ini dikaitkan dengan siklus fosfoinositida, yang
akhirnya menyebabkan pembebasan Ca2+ intrasel melalui
Efek Ca2+ yang terikat TpC·4Ca2+ Kairnodulin.4Ca2+
pada protein mengantagonisasi mengaktifkan kinase kerja inositol trifosfat. Pada gilirannya, peningkatan Ca2+
inhibisi Tpl pada rantai pendek mlosin menyebabkan pembebasan endothelium-derived relaxing
interaksi F-aktif- yang memfosforilasi factor (EDRF, faktor pelemas yang berasal dari endotel),
miosin rantai pendek-p
miosin. Rantai pendek-
yang berdifusi ke otot polos sekitar. Di otot polos, senyawa
(memungkinkan F-
aktin p yang terfosforilasi ini bereaksi dengan gugus heme suatu guanilil siklase larut,
mengaktifkan tidak lagi menghambat yang menyebabkan pengaktifan enzim ini, pengaktifan ini
ATPase) interaksi F-aktin- menyebabkan kadar intrasel cGMP meningkat (Gambar
miosin
(memungkinkan 51-15). Hal ini pada gilirannya merangsang aktivitas protein
pengaktifan ATPase kinase dependen-cGMP tertentu yang mungkin mem-
oleh F-aktin) fosforilasi protein-protein otot spesifik, dan yang
a
Rantai ringan miosin berbeda di otot lurik dan otot polos.
Gliseril Asetilkolin NO sintase mengatalisis oksidasi lima-elektron sebuah

trinitrat
nitrogen amidin pada arginin. L-hidroksiarginin adalah zat
antara yang tetap terikat erat pada enzim. NO sintase adalah
R Sel
endotel suatu enzim yang sangat kompleks, menggunakan lima
Arginin kofaktor redoks: NADPH, FAD, FMN, heme, dan tetrahidro-
biopterin. NO juga dapat dibentuk dari nitrit yang berasal
↑Ca2+ + NO Sintesis
dari vasodilator seperti gliserol trinitrat sewaktu metabolisme
NO + Sitrutin zat ini berlangsung. NO memiliki waktu-paruh sangat singkat
(sekitar 3-4 detik) di jaringan karena bereaksi dengan oksigen
dan superoksida. Produk reaksi dengan superoksida adalah
peroksinitrit (ONOO−), yang terutai untuk membentuk
radikal OH· yang sangat reakstif. NO dihambat oleh
GTP
hemoglobin dan protein heme lainnya yang mengikatnya
Guanilil
Nitral Nitrit ON + siklase secara erat. Kini tersedia inhibitor kimiawi NO sintase yang
dapat sangat mengurangi pembentukan NO. Pemberian
cGMP cGMP
protein inhibitor semacam ini kepada hewan dan manusia
kinase menyebabkan vasokonstriksi dan peningkatan tekanan darah
+
yang meneolok, yang menunjukkan bahwa NO sangat penting
dalam mempertahankan tekanan darah in vivo. Efek
Relaksasi kardiovaskular penting lainnya adalah bahwa dengan
Sel otot polos
meningkatkan sintesis cGMP, senyawa ini dapat bekerja
GAMBAR 51–15 Diagram yang memperlihatkan pembentukan sebagai inhibitor agregasi trombosit (lihat Bab 51).
nitrit oksida (NO) dari arginin di sel endotel dalam suatu reaksi yang Sejak ditemukannya peran NO sebagai vasodilator, minat
dikatalisis oleh NO sintase. Interaksi suatu agonis (mis. asetilkolin)
penelitian atas substansi ini meningkat pesat. NO ternyata
dengan reseptor (R) mungkin menyebabkan pembebasan Ca2+
intrasel melalui inositol trifosfat yang dihasilkan oleh jalur memiliki beragam peran fisiologik yang melibatkan hampir
fosfoinositida sehingga terjadi pengaktifan NO sintase. NO kemudian semua jaringan di tubuh (Tabel 51-9). Telah teridentifikasi
berdifusi ke otot polos sekitar, tempat senyawa ini menyebabkan tiga isoform NO sintase yang masing-masing telah berhasil
pengaktifan guanilil siklase, pembentukan cGMP, stimulasi c-GMP-
protein kinase, dan akhirnya relaksasi. Tampak vasodilator
diklon, dan letak gen-gen ketiganya di kromosom manusia
nitrogliserin yang masuk ke dalam sel otot polos, tempat juga telah diketahui. Eksperimen-eksperimen knockout gen
metabolismenya menyebabkan pembentukan NO. telah dilakukan terhadap ketiga isoform tersebut dan hal ini
membantu memastikan fungsi NO.
Sebagai ringkasan, penelitian pada dekade terakhir telah
menyebabkan relaksasi; namun, rincian proses ini masih
menunjukkan bahwa NO memiliki peranan penting dalam
dalam proses klarifikasi. Vasodilator penting untuk arteri
banyak proses fisiologis dan patologis.
koronaria, nitrogliserin, yang digunakan secara luas untuk
meredakan angina pektoris, bekerja dengan meningkatkan
pembebasan EDRF dan, karenanya, cGMP intrasel. BEBERAPA MEKANISME MEMULIH-
Yang cukup mengejutkan, EDRF ternyata adalah gas
nitrit oksida (NO). NO dibentuk oleh kerja enzim NO
KAN SIMPANAN ATP DI OTOT
sintase yang berada di sitosol. NO sintase bentuk endotel dan ATP yang dibutuhkan sebagai sumber energi konstan untuk
neuron diaktifkan oleh Ca2+ (Tabel 51-8). Substratnya siklus kontraksi-relaksasi dapat dihasilkan (1) melalui glikolisis,
adalah arginin, dan produknya adalah sitrulin dan NO. dengan menggunakan glukosa darah atau glikogen otot,
TABEL 51–8 Ringkasan Tata Nama NO Sintase dan Efek Knockout Gennya pada Mencit
Subtipe Namaa Keterangan Hasil Knockout Gen pada Mencitb
1 nNOS Aktivitas bergantung pada peningkatan Ca2+ pertama Stenosis pilorus, resisten terhadap kayuhan
kali diidentifikasi di neuron; diaktifkan oleh kalmodilin. vaskular, perilaku seksual agresif (jantan)
2 iNOSc Independen terhadap peningkatan Ca2+ Lebih rentan terhadap infeksi jenis tertentu
mencolok pada makrofag
3 eNOS Aktivitas bergantung pada peningkatan Ca2 Peningkatan tekanan darah rata-rata
+pertama kali ditemukan di sel endotel
e,endotelial;i,inducibie (dapat diinduksi); n, neuronal. bKnockout gen dilakukan melalui rekombinasi homolog pada mencit. Enzim disebut neuronal, inducible (makrofag), dan endo-
a
telial karena ini adalah ternpat-tempat enzim tersebut pertama kali ditemukan. Namun, ketiga enzim pernah ditemukan di ternpat lain, dan enzim neuronal juga dapat diinduksi.
Masing-masing gen telah berhasil diklon, dan }okasinya di kromosom pada manusia sudah dapat diperkirakan.
Sumber: Diadaptasi dari Snyder SH: NO. Nature 1995;377:196.

TABEL 51–9 Beberapa Fungsi Fisiologis dan Keterlibatan diaktifkan oleh Ca2+, epinefrin, dan AMP. Untuk menghasil-
Patologis Nitrit Oksida (NO) kan glukosa 6-fosfat untuk glikolisis di otot rangka, glikogen
• Vasodilator, penting dalam mengatur tekanan darah. fosforilase b harus diaktifkan menjadi fosforilase a melalui
• Berperan dalam ereksi penis; sildenafil sitrat (Viagra) memengaruhi
fosforilasi oleh fosforilase b kinase (lihat Bab 18). Ca2+
proses ini dengan menghambat cGMP fosfodiesterase. meningkatkan pengaktifan fosforilase b kinase, juga melalui
• Neurotransmiter di otak dan sistem saraf otonom perifer.
fosforilasi. Oleh sebab itu, Ca2+ memicu kontraksi otot dan
mengaktifkan jalur untuk menghasilkan energi yang di-
• Peran dalam potensiasi jangka-panjang.
perlukan. Hormon epinefrin juga mengaktifkan gliko-
genolisis di otot. AMP, yang dihasilkan oleh penguraian ADP
• Peran dalam neurotoksisitas.
ketika otot berkontraksi, juga dapat mengaktifkan fosforilase
• Kadar NO yang rendah berkaitan dengan penyebab pilorospasme b tanpa menyebabkan fosforilasi. Pada penyakit McArdle,
pada stenosis pilorus hipertrofik infantilis.
salah satu penyakit penimbunan glikogen (glycogen storage
• Mungkin berperan dalam relaksasi otot rangka. disease), glikogen fosforilase b otot berada dalam keadaan
• Mungkin merupakan bagian dari sistem imun primitif. inaktif (Bab 18).
• Menghambat perlekatan, pengaktifan, dan agregasi trombosit.
Pada Keadaan Aerob, Otot Menghasiikan
ATP Terutama Melalui Fosforilasi Oksidatif
(2) melalui fosforilasi oksidatif, (3) dari kreatin fosfat, dan (4) Sintesis ATP melalui fosforilasi oksidatif memerlukan
dari dua molekul ADP dalam reaksi yang dikatalisis oleh pasokan oksigen. Otot yang memiliki kebutuhan tinggi akan
adenilil kinase (Gambar 51- 16). Jumlah ATP di otot rangka oksigen akibat kontraksi terus menerus (mis. untuk
hanya cukup untuk menghasilkan energi untuk kontraksi mempertahankan postur), menyimpannya dengan mengikat-
beberapa detik, sehingga ATP harus terus menerus diperbarui kan oksigen pada gugus heme mioglobin. Karena gugus
dari salah satu atau lebih sumber di atas, bergantung pada heme, otot yang mengandung mioglobin tampak merah,
kondisi metabolik. Seperti dibahas kemudian, terdapat paling sedangkan otot dengan sedikit atau tanpa mioglobin tampak
sedikit dua jenis serabut yang berbeda di otot rangka, satu putih. Glukosa, yang berasal dari glukosa darah atau dari
terutama aktif dalam kondisi aerob dan yang lain dalam glikogen endogen, dan asam lemak yang berasal dari
kondisi anaerob; jelaslah, keduanya menggunakan masing- triasilgliserol jaringan lemak adalah substrat utama yang
masing sumber energi di atas dengan derajat yang berbeda. digunakan untuk metabolisme aerob di otot.
Otot Rangka Mengandung Banyak Glikogen Kreatin Fosfat Merupakan Cadangan Energi
Sarkoplasma otot rangka mengandung banyak glikogen, Utama di Otot
yang terdapat dalam granula yang terletak dekat dengan pita Kreatin fosfat mencegah deplesi cepat ATP dengan cara
I. Pembebasan glukosa dari glikogen bergantung pada menyediakan fosfat berenergi-tinggi yang dapat digunakan
glikogen fosforilase otot spesifik (Bab 18), yang dapat untuk membentuk kembali ATP dari ADP. Kreatin fosfat
Kreatin fosfat
Glikogen otot
Kreatin
fosfokinase ADP
Fosforilase
otot Kreatin
Glukosa 6-P
Glikolisis
Kontraksi
ATP otot
ATPase
Fosforilasi miosin
oksidatif
ADP + Pi
AMP
ADP
Adenilil
kinase
GAMBAR 51–16 Berbagai sumber ATP di otot.

dibentuk dari ATP dan kreatin (Gambar 51-16) pada saat TABEL 51–11 Jenis Serabut Otot dan Sumber Bahan Bakar
otot beristirahat dan kebutuhan akan ATP tidak terlalu Utama pada Pelari Cepat dan Pelari Maraton
besar. Enzim yang mengatalisis fosforilasi kreatin adalah Pelari Cepat (100 m) Pelari Maraton
kreatin kinase (CK), suatu enzim spesifik-otot yang secara
klinis bermanfaat untuk mendeteksi penyakit otot akut atau Terutama menggunakan Terutama menggunakan serabut
serabut tipe II (glikolitik) tipe I (oksidatif)
kronik.
Kreatin fosfat adalah sumber energi Fosforilasi oksidatif adalah
OTOT RANGKA MENGANDUNG utama sewaktu 4-5 detik pertama sumber energi utama di seluruh
Glukosa yang berasal dari Glukosa darah dan asam lemak
SERABUT KEDUT TIPE LAMBAT glikogen otot dan dimetabolisme bebas adalah sumber bahan bakar
oleh glikolisis anaerob adalah utama
(MERAH) DAN CEPAT (PUTIH) sumber bahan bakar utama
Di otot rangka dapat dideteksi jenis-jenis serabut yang Glikogen otot cepat habis. Glikogen otot habis perlahan
berbeda. Salah satu klasifikasi membagi jenis serabut menjadi
tipe I (kedut lambat, slow twitch), tipe IIA (kedut cepat-
oksidatif), dan tipe IIB (kedut cepat-glikolitik). Untuk anaerob, dengan menggunakan glikogen otot sebagai sum-
menyederhanakannya, hanya akan dibahas dua tipe: tipe I ber glukosa. Dua tempat utama kontrol metabolik adalah di
(kedut lambat, oksidatif) dan II (kedut cepat, glikolitik) glikogen fosforilase dan di PFK-1. Glikogen fosforilase
(Tabel 51-10). Serabut tipe I tampak merah karena diaktifkan oleh Ca2+ (dibebaskan dari retikulum sarkoplasma
mengandung mioglobin dan mitokondria; metabolisme sewaktu kontraksi), epinefrin, dan AMP. PFK-1 diaktifkan
serabut ini bersifat aerobik, dan serabut-serabut ini oleh AMP, P, dan NH3. Pembuktian terhadap efisiensi
mempertahankan kontraksi yang relatif menetap. Serabut proses-proses ini adalah aliran melalui glikolisis dapat
tipe II, karena tidak memiliki mioglobin dan mengandung meningkat hingga 1000 kali lipat sewaktu lari cepat.
sedikit mitokondria, terlihat putih; serabut ini memperoleh Sebaliknya, dalam maraton, metabolisme aerob adalah
energi dari glikolisis anaerob dan memperlihatkan durasi sumber utama ATP. Sumber bahan bakar utama adalah
kontraksi yang relatif singkat. Proporsi kedua tipe serabut glukosa darah dan asam lemak bebas, yang terutama berasal
bervariasi di antara otot tubuh, bergantung pada fungsi (mis. dari penguraian triasilgliserol di jaringan adiposa, yang
apakah otot tersebut terlibat dalam kontraksi berkepan- dirangsang oleh epinefrin. Glikogen hati diuraikan untuk
jangan, misalnya untuk mempertahankan postur). Proporsi mempertahankan kadar glukosa darah. Glikogen otot juga
juga bervariasi sesuai latihan; contohnya, jumlah serabut tipe merupakan sumber bahan bakar, tetapi senyawa ini
I di otot tungkai tertentu meningkat pada atlet yang berlatih diuraikan jauh lebih lambat daripada sewaktu Iari cepat.
maraton, sedangkan jumlah serabut tipe II meningkat pada Telah diperhitungkan bahwa jumlah glukosa dalam darah,
pelari cepat. glikogen di hati, glikogen di otot, dan triasilgliserol di
jaringan adiposa cukup untuk memasok otot dengan energi
Pelari Cepat Menggunakan Kreatin Fosfat sewaktu maraton dilakukan masing-masing selama 4 menit,
dan Glikolisis Anaerob untuk Membentuk 18 menit, 70 menit, dan sekitar 4000 menit. Namun, laju
oksidasi asam lemak oleh otot lebih lambat daripada laju
ATP, Sedangkan Pelari Maraton oksidasi glukosa sehingga oksidasi glukosa dan asam lemak
Menggunakan Fosforilasi Oksidatif adalah sumber utama energi dalam maraton.
Berdasarkan kedua jenis serabut di otot rangka dan Sejumlah prosedur telah dilakukan oleh para atlet untuk
beragamnya sumber energi yang dijelaskan di atas, menarik mengatasi kelelahan otot dan kurangnya kekuatan. Tindakan
kiranya jika kita membandingkan keterlibatan keduanya ini mencakup penambahan (loading) karbohidrat,
dalam lari cepat (mis. 100 meter) dan dalam maraton (42,2 penambahan soda (natrium bikarbonat), doping darah
km; sedikit lebih dari 26 mil) (Tabel 51- 11). (pemberian sel darah merah), dan ingesti kreatin dan
Sumber utama energi dalam lari cepat 100 meter adalah androstenedion.
kreatin fosfat (4-5 detik pertama) dan kemudian glikolisis
TABEL 51–10 Karakteristik Serat Otot Rangka Tipe I dan OTOT RANGKA MERUPAKAN
Tipe II
CADANGAN UTAMA PROTEIN
Tipe I Kedut Lambat Tipe II Kedut Cepat
ATPase miosin Rendah Tinggi

DALAM TUBUH
Pada manusia, protein otot rangka adalah sumber utama energi
Pemakian energi Rendah Tinggi
simpanan nonlemak. Hal ini menjelaskan berkurangnya massa
Mitokondria Banyak Sedikit otot dalam jumlah besar, terutama pada orang dewasa, akibat
Warna Merah Putih kekurangan kalori berkepanjangan.
Mioglobin Ya Tidak Studi tentang penguraian protein jaringan in vivo sulit
Kecepatan kontraksi Lambat Cepat dilakukan, karena asam-asam amino yang dibebaskan selama
penguraian protein intrasel dapat digunakan kembali secara
Durasi Berkepanjangan Singkat
ekstensif untuk membentuk protein di dalam sel. Asam- TABEL 51–13 Beberapa sifat Mikrofilamen dan
asam amino tersebut dipindahkan ke organ lain untuk Mikrotubulus
masuk ke jalur anabolik. Namun, aktin dan miosin Mikrofilamen Mikrotubulus
mengalami metilasi oleh suatu reaksi pascatranslasi yang
membentuk 3-metilhistidin. Selama penguraian aktin dan Protein (s) Aktin α- dan β-t ubulin
miosin intrasel, terjadi pembebasan 3-metilhistidin yang Garis tengah 8–9 nm 25 nm
diekskresikan ke dalam urin. Pengeluaran asam amino Fungsi Struktural, motilitas Struktural,
termetilasi melalui urine ini dapat dijadikan indeks yang motilitas, polaritas
handal untuk mengetahui laju penguraian protein miofibril
di otot manusia. Catatan: Sebagian sifat filamen intermedia dijelaskan pada Tabel 51–14.
Berbagai gambaran metabolisme otot, yang sebagian propulsi-diri, morfogenesis, membelah diri, endositosis,
besar dibahas di bab-bab lain buku ini, diringkaskan pada eksositosis, transpor intrasel, dan mengubah bentuk sel.
Tabel 51-12. Fungsi-fungsi sel ini dilakukan oleh jaringan struktur
filamentosa intrasel yang luas yang merupakan sitoskeleton.
SITOSKELETON MELAKUKAN Sitoplasma sel bukanlah suatu kantung cairan, seperti yang
BERBAGAI FUNGSI SEL semula diduga. Pada hakikatnya semua sel eukariot
mengandung tiga jenis struktur filamentosa: filamen aktin
Sel nonotot juga melakukan kerja mekanis, antara lain
(dikenal juga sebagai mikrofilamen), mikrotubulus, dan
TABEL 51–12 Ringkasan Gambaran Utama Biokimia Otot filamen intermedia. Masing-masing jenis filamen dapat
Rangka yanga Brekaitan dengan Metabolismenyaa dibedakan secara biokimiawi dan dengan mikroskop elektron.
• Otot rangka berfungsi dalam kondisi aerob (istirahat) maupun Beberapa sifat dari ketiga struktur ini diringkaskan pada
anaerob (mis, lari cepat), jadi baik glikolisis aerob maupun anaerob Tabel 51-13 dan 51-14.
bekerja, bergantung pada kondisi.
• Otot rangka mengandung mioglobin untuk menyimpan oksigen. Sel Non-otot Mengandung Aktin yang
• Otot rangka mengandung jenis serabut berbeda-beda yang terutama cocok
untuk kondisi anaerob (serabut kedut cepat) atau aerob (serabut kedut
Membentuk Mikrofilamen
lambat). G-aktin terdapat di sebagian besar atau di seluruh sel tubuh.
• Aktin, miosin, tropomiosin, kompleks troponin (TpT, Tpl, dan TpC), Dengan konsentrasi magnesium dan kalium klorida yang
ATP, dan Ca2+ adalah konstituen kunci dalam kaitannya dengan sesuai, zat ini secara spontan mengalami polimerisasi
kontraksi. membentuk filamen F-aktin heliks-ganda seperti yang
• Ca2+ ATPase, kanal pelepasan Ca2+, dan kalsekuestrin adalah protein- terlihat di otot. Paling tidak terdapat dua jenis aktin di sel
protein yang berperan dalam berbagai aspek metabolisme Ca2+ di otot.
• Insulin bekerja pada otot rangka untuk meningkatkan penyerapan TABEL 51–14 Kelas-Kelas Filamen Intermedia pada Sel
glukosa. Eukariot dan Distribusinya
• Dalam keadaan kenyang, sebagian besar glukosa digunakan untuk
membentuk glikogen, yang berfungsi menyimpan glukosa untuk Protein Massa Molekul (kDa) Distribusi
digunakan sewaktu olah raga: beberapa atlet lari jarak jauh melakukan
Lamin
"preloading" glukosa untuk meningkatkan simpanan glikogen mereka.
• Epinefrin merangsang glikogenolisis di otot rangka, tetapi A, B, dan C 65-75 Lamina nukleus
glukagon tidak demikian karena ketiadaan reseptornya. Keratin
• Otot rangka tidak dapat secara langsung memengaruhi glukosa darah Sel epitel, ranbut, kuku
Tipe I (asam) 40-60
karena tidak mengandung glukosa-6-fosfatase.
Tipe II (basa) 50-70 Seperti pada tipe I
• Laktat yang dihasilkan oleh metabolisme anaerob di otot rangka
(asam)
dialirkan ke hati yang menggunakannya untuk membentuk glukosa
dan kemudian disalurkan kembali ke otot (siklus Cori). Mirip-vimentin
• Otot rangka mengandung fosfokreatin yang berfungsi sebagai Vimentin 54 Berbagai sel mesenkim
simpanan energi untuk kebutuhan jangka-pendek (hitungan detik).
• Asam lemak bebas dalam plasma adalah sumber utama energi, Desmin 53 Otot
terutama datam kondisi tari maraton dan dalam keadaan kelaparan Sel glia
Glial fibrillary 50
berkepanjangan.
acid protein
• Dalam keadaan kelaparan, otot rangka dapat menggunakan badan
keton. Periferin 66 Neuron
• Otot rangka adalah tempat utama metabolisme asam amino Neurofilamen
rantai bercabang yang digunakan sebagai sumber energi.
Rendah (L), 60-130 Neuron
• Proteolisis otot sewaktu kelaparan menghasilkan asam amino untuk sedang (M),
glukoneogenesis. dan tinggi (H)
• Asam amino utama yang berasal dari otot adalah alanin (yang ditujukan Merujuk kepada massa molekularnya.
a
terutama untuk glukoneogenesis di hati dan membentuk sebagian dari

Catatan: Filamen intermedia memiliki garis tengah sekitar 10 nm dan berbagai fungsi.
siklus glukosa-alanin) dan glutamin (ditujukan terutama untuk usus dan Sebagai contoh, keratin tersebar luas di sel epitel dan melekat melalui protein
ginjal). adaptor ke desmosom dan hemidesmosom. Lamin berfungsi menunjang membran
nukleus.
Tabel ini menunjukkan sekaligus materi-materi dan baerbagai bab dalam buku ini.
a
α Tubulin
° Tubulin
24 nm
5 nm (+) Ujung
Dimer tubulin
Potongan melintang Potongan longitudinal (heterodimer)
(Subunit-subunit dilihat pada sediaan pewarnaan negatif)
GAMBAR 51–17 Skema mikrotubulus. Sudut kiri atas memperlihatkan ilustrasi mikrotubulus seperti terlihat pada
mikroskop elektron setelah flksasi dengan asam tanat dalam glutaraldehida. Subunit tubulin yang tidak berwarna dibuat terlihat
dengan asam tanat pekat. Potongan melintang tubulus menunjukkan cincin dengan 13 subunit dimer yang tersusun dalam
spiral. Perubahan pada panjang mikrotubulus adalah akibat penambahan atau berkurangnya masing-masing subunit tubulin.
Penataan khas mikrotubulus (tidak diperlihatkan di gambar ini) ditemukan di sentriol, badan basal, silia, dan flagela. (Diproduksi
ulang, dengan izin, dari Junqueirai LC, Carneiro Kelley RO: Basic Histology, 7th ed. Appleton & Lange,1992.)
nonotot: β-aktin dan γ-aktin. Kedua jenis aktin ini dapat (micratubule-associated protein [MAP], yang salah satunya
ditemukan di sel yang sama dan mungkin bahkan bersama- adalah tau) dan berperan penting dalam pembentukan dan
sama mengalami polimerisasi pada filamen yang sama. Di stabilisasi mikrotubulus. Mikrotubulus berada dalam keada-
sitoplasma, F-aktin membentuk mikrofilamen 7-9,5 nm an instabilitas dinamik, terbentuk dan terurai secara terus
yang sering terdapat sebagai berkas yang terlihat sebagai menerus. Struktur ini memperlihatkan polaritas (ujung plus
jalinan kusut. Berkas-berkas ini tampak jelas tepat di bawah dan minus); hal ini penting untuk pertumbuhannya dari
membran plasma banyak sel dan disebut sebagai stress fibers sentriol dan untuk kemampuannya mengarahkan gerakan
(serabut stres). Serabut stres ini lenyap jika motilitas sel intrasel. Contohnya, pada transpor di akson, protein kinesin,
meningkat atau sel mengalami transformasi ganas akibat dengan aktivitas ATPase mirip-miosin, menggunakan hidro-
pengaruh virus onkogenik atau bahan kimia. lisis ATP untuk memindahkan vesikel menyusuri akson ke
Meskipun tidak tersusun seperti di otot, filamen aktin di sel arah ujung positif mikrotubulus. Aliran zat dalam arah
nonotot berinteraksi dengan miosin untuk menghasilkan berlawanan, ke arah ujung negatif, dijalankan oleh dinein
pergerakan sel. sitosol, protein lain dengan aktivitas ATPase. Demikian juga
dengan dinein aksonema yang berperan menggerakkan silia
dan flagela. Protein lain, dinamin, menggunakan GTP dan
Mikrotubulus Mengandung `- & a-Tubulin terlibat dalam endositosis. Kinesin, dinein, dinamin, dan
Mikrotubulus, yaitu suatu komponen integral sitos-keleton miosin disebut sebagai penggerak molekular.
sel, terdiri dari selang-selang berukuran garis tengah 25 nm Tidak adanya dinein di silia dan flagela menyebabkan
dan sering sangat panjang di sitoplasma (1ihat Gambar silia dan flagela tidak dapat bergerak sehingga terjadi
51-17). Mikrotubulus penting untuk membentuk dan kemandulan pada pria, situs inversus, dan infeksi saluran
memegang peranan dalam berfungsinya gelendong mitotik napas kronik, suatu penyakit yang disebut sindrom
(mitotic spincile), oleh sebab itu terdapat di semua sel Kartagener (OMIM 244400). Mutasi di gen yang berperan
eukariot. Struktur ini juga terlibat dalam gerakan intrasel dalam sintesis dinein pernah dideteksi pada orang yang
vesikel endositik dan eksositik serta membentuk komponen menderita penyakit ini.
struktural utama silia dan flagela. Mikrotubulus adalah Obat tertentu berikatan dengan mikrotubulus sehingga
komponen utama akson dan dendrit, yang keduanya mengganggu pembentukan dan penguraian struktur ini.
berperan mempertahankan struktur dan ikut serta dalam Obat-obat ini mencakup kolkisin (digunakan untuk
aliran aksoplasmik zat di sepanjang tonjolan neuron tersebut. mengobati artritis gout akut), vinblastin (suatu alkaloid
Mikrotubulus adalah silinder yang terdiri dari 13 vinka yang digunakan untuk mengobati tipe kanker
protofilamen yang tersusun longitudinal, masing-masing tertentu), paklitaksel (Taxol) (efektif untuk kanker
terdiri dari dimer α-tubulin dan β-tubulin, dua protein yang ovarium), dan griseofulvin (suatu obat antijamur).
berkaitan erat dengan massa molekul sekitar 50 kDa. Dimer
tubulin tersusun menjadi protofilamen dan kemudian
Filamen Intermedia Berbeda dari
menjadi lembaran dan kemudian silinder. Suatu pusat Mikrofilamen dan Mikrotubulus
penyusun mikrotubulus, yang terletak mengelilingi sebuah Di dalam sel terdapat suatu sistem serabut yang terdiri dari
pasangan sentriol, menjadi cikal bakal terbentuknya filamen-filamen dengan periodisitas aksial 21 nm dan garis
mikrotubulus baru. Spesies ketiga tubulin, γ-tubulin, tengah 8-10 nm, yang merupakan pertengahan antara
tampaknya berperan penting dalam pembentukan ini. mikrofilamen (6 nm) dan mikrotubulus (23 nm). Seperti
Pembentukan mikrotubulus membutuhkan GTP. Berbagai ditunjukkan di Tabel 51-14, terdapat empat kelas filamen
protein dilaporkan berkaitan dengan mikrotubulus intermedia.
Keempatnya adalah molekul fibrosa panjang, dengan Filamen intermediat sangat menonjol di sel saraf;
domain batang di bagian tengah, sebuah kepala terminal neurafflamen diklasifikasikan sebagai rendah, sedang, atau
amino, dan sebuah ekor terminal karboksil. Filamen ini tinggi berdasarkan massa molekulnya. Distribusi filamen
membentuk struktur, seperti tambang, dan filamen matang intermedia di sel normal dan abnormal (mis. kanker) dapat
terdiri dari tetramer yang dikemas secara heliks. Filamen diteliti dengan menggunakan teknik imunofluoresen, dengan
intermedia adalah komponen struktural penting pada sel, memanfaatkan antibodi dengan spesifisitas yang sesuai.
dan sebagian besar adalah komponen sitoskeleton yang Antibodi terhadap filamen intermedia spesifik ini juga dapat
relatif stabil, tidak cepat dibentuk dan diuraikan serta tidak digunakan oleh ahli patologi untuk membantu menentukan
lenyap sewaktu mitosis, seperti yang terjadi pada aktin dan asal tumor ganas dediferensiasi tertentu. Tumor semacam ini
banyak filamen mikrotubulus. masih dapat mempertahankan jenis filamen intermedia yang
Pengecualian penting untuk ini adalah lamin yang dimiliki oleh sel asalnya.
setelah mengalami fosforilasi, terurai ketika mitosis dan Sejumlah penyakit kulit yang terutama ditandai dengan
muncul kembali ketika mitosis berakhir. Lamin membentuk lepuh terbukti disebabkan oleh mutasi di gen-gen yang
suatu jalinan yang berhadapan dengan membran dalam menyandi berbagai keratin. Dua dari penyakit kelompok ini
nukleus. adalah epidermolisis bulosa simpleks (OMIM 131800) dan
Mutasi di gen yang menyandi lamin A dan lamin C keratoderma palmoplantar epidermolitik (OMIM 144200).
menyebabkan sindrom progeria Hutchinson-Gilford (pro- Lepuh pada penyakit ini mungkin mencerminkan
geria) [OMIM 176670], yang ditandai dengan penuaan dini berkurangnya kemampuan berbagai lapisan kulit untuk
dan gambaran lain. Pada penyakit ini, bentuk prelamin A menahan stres mekanis akibat kelainan pada struktur
yang mengalami farnesilasi (lihat Gambar 26-2 untuk mikrofilamennya.
struktur farnesil) menumpuk, karena tempat proteolitik
normal untuk memotong bagian lamin A yang mengalami
farnesilasi diubah oleh mutasi. A merupakan komponen RINGKASAN
penting perancah struktural yang mempertahankan integritas ■ Miofibril otot rangka mengandung filamen tebal dan tipis.
nukleus sel. Akumulasi prelamin A yang mengalami Filamen tebal mengandung miosin. Filamen tipis mengandung
farnesilasi tampaknya membuat nuklei tidak stabil, aktin, tropomiosin, dan kompleks troponin (troponin T, I, dan
mengubah bentuknya, dan dengan cara tertentu hal ini C).
menyebabkan terjadinya tanda-tanda penuaan dini. ■ Model jembatan-silang filamen geser adalah dasar dari
Percobaan pada mencit menunjukkan bahwa pemberian pandangan terkini tentang kontraksi otot. Dasar dari model ini
inhibitor farnesiltransferase dapat mengurangi perkem- adalah bahwa filamen-filamen yang saling tumpang tindih
bangan nuklei dengan bentuk aneh. Anak-anak yang terkena bergeser satu sama lain sewaktu otot berkontraksi dan
kondisi ini sering kali meninggal pada usia remaja akibat jembatan-silang antara miosin dan aktin menghasilkan dan
aterosklerosis. Skema singkat terjadinya progeria diperlihat- mempertahankan ketegangan otot.
kan pada (Gambar 51-18). ■ Hidrolisis ATP digunakan untuk menggerakkan filamen. ATP
Keratin membentuk suatu famili besar, dengan sekitar berikatan dengan kepala miosin dan terhidrolisis menjadi
30 anggota yang telah diketahui. Seperti ditunjukkan pada ADP dan Pi oleh aktivitas ATPase kompleks aktomiosin.
Tabel 51-14, terdapat dua tipe utama keratin: semua keratin ■ Ca2+ berperan utama dalam inisiasi kontraksi otot dengan
adalah heterodimer yang tersusun dari satu anggota dari mengikat troponin C. Di otot rangka, retikulum sarkoplasma
masing-masing kelas. mengatur distribusi Ca2+ ke sarkomer, sementara aliran masuk
C2+ melalui kanal Ca2+ di sarkolema sangat penting bagi otot
Vimentin tersebar luas di sel mesoderm, sementara jantung dan polos.
desmin, glial fibrillary acidic protein, dan periferin berkaitan
■ Banyak kasus hipertermia maligna pada manusia disebabkan
dengan vimentin. Semua anggota famili mirip-vimentin oleh mutasi di gen yang menyandi kanal pelepas Ca2+.
dapat membentuk polimer satu sama lain.
■ Ada sejumlah perbedaan antara otot-otot skelet dan otot
jantung: terutama karena otot jantung mengandung berbagai
Mutasi di gen yang menyandi lamin A dan C reseptor pada permukaannya.
(protein-protein ini terbentuk melalui penjalinan alternatif)
■ Sejumlah kasus kardiomiopati hipertrofik familial disebabkan
oleh mutasi missense di gen yang menyandi rantai panjang β-
miosin. Mutasi di gen yang menyandi sejumlah protein lain
Lamin A abnormal tidak dapat melakukan fungsi normalnya juga pernah ditemukan.
sebagai perancah nukleus. Selain itu, penumpukan lamin A ■ Otot polos, tidak seperti otot rangka dan otot jantung, tidak
yang mengalami farnesilasi menyebabkan pembentukan
nuklei yang abnormal, yang mungkin mengakibatkan mengandung sistem troponin; kontraksi dipicu oleh fosforilasi
berbagai efek pada fungsi nukleus rantai pendek miosin.
■ Nitrit oksida adalah regulator otot polos vaskuIar; hambatan
pembentukarmya dari arginin menyebabkan peningkatan
Tanda dan gejala penuaan dini (progeria)
mendadak tekanan darah yang menunjukkan bahwa regulasi
tekanan darah adalah salah satu dari banyak fungsinya.
GAMBAR 51–18 Skema terjadinya progeria (sindrom ■ Distrofi otot tipe Duchenne disebabkan oleh mutasi di gen
Hutchinson-Gilford, OMM 176670). (terletak di kromosom X) yang menyandi protein distrofin.
■ Pada manusia ditemukan dua tipe serabut otot: putih Kull FJ, Endow SA: Force generation by kinesin and myosin cytos-
(anaerob) dan merah (aerob). Pertama, terutama digunakan keleton proteins. J Cell Sci 2013;126:9.
pada lari cepat, dan yang kedua, dalam olah raga aerobik Murad F: Nitric oxide and cyclic GMP in cell signalling and drug
berkepanjangan. Sewaktu lari cepat dilakukan, otot development. N Engl J Med 2006;355:2003.
menggunakan kreatin fosfat dan glikolisis sebagai sumber Murphy RT, Starling RC: Genetics and cardiomyopathy: where are
energi; dalam maraton, oksidasi asam lemak sangat penting we now? Cleve Clin J Med 2005;72:465.
pada fase-fase terakhir. Neubauer S: The failing heart—an engine out of fuel. N Engl J Med
■ Sel non-otot melaksanakan berbagai kerja mekanis yang 2007;356:1140.
dilakukan oleh struktur-struktur yang membentuk sitoskeleton Pritchard RH, Shery Huang YY, Terentiev EM: Mechanics of bio-
(rangka sel). Struktur-struktur ini mencakup filamen aktin logical networks: from the cell cytoskeleton to connective
(mikrofilamen), mikrotubulus (terutama terdiri dari α-tubulin tissue. Soft atter 2014;10:1864.
dan β-tubutin), dan filamen intermedia. Filamen intermedia Sanders KM: Regulation of smooth muscle excitation and contra-
mencakup lamin, keratin, protein mirip-vimentin, dan ction. Neurogastroenterol Motil 2008;20 Suppl 1:39.
neurofilamen. Mutasi pada gen yang menyandi lamin A Scriver CR, Beaudet AL, Valle D, et al (editors): T he Metabolic and
menyebabkan progeria, suatu kondisi yang ditandai dengan Molecular Bases of Inherited Disease, 8th ed. McGraw-Hill, 2001.
terjadinya penuaan dini. Mutasi pada gen untuk keratin Sequeira V, Nijenkamp LL, Regan JA, van der Velden J:
tertentu menyebabkan sejumlah penyakit kulit. The physiological role of cardiac cytoskeleton and its alterations
in heart failure. Biochim Biophys Acta 2014;1838:700.
Sweeney HL, Houdusse A: Structural and functional insights into
REFERENSI the myosin motor mechanism. Annu Rev Biophys 2010;39:539.
Taimen P, Pfle haar K, Shimi T, et al: A progeria mutation reveals
Barrett KE, Barman SM, Boitano S, et al: Ganong’s Review of Medical functions for lamin A in nuclear assembly, architecture, and
Physiology, 24th ed. McGraw-Hill Lange, 2012. chromosome organization. Proc Natl Acad Sci USA
Blanchoin L, Bouiemaa-Paterski R, Sykes C, Plastino J: Actin dyna- 2009;106(49):20788.
mics, architecture, and mechanics in cell motility. Physiol Rv
2014;94:235.
Brosnan JT, Brosnan ME: Creatine: endogenous metabolite, dietary
and therapeutic supplement. Annu Rev Nutr 2007;27:241.
Cooper GM, Hausman RE: The Cell: A Molecular Approach, 5th
ed. Sinauer Associates Inc., 2009.

52
B A B
Protein Plasma dan

Imunoglobulin
Peter J. Kennelly, PhD, Robert K. Murray, MD, PhD, Molly
Jacob, MBBS, MD, PhD & Joe Varghese, MBBS, MD
■ Menyebutkan fungsi-fungsi utama darah

TUJUAN ■ Menjelaskan fungsi utama pada serum albumin.
Setelah mempelajari bab ini, ■ Menjelaskan bagaimana haptoglobin melindungi ginjal terhadap pembentukan
Anda diharapkan dapat: pada endapan besi yang merusak.
■ Menggambarkan peran dari feritin, transferin, dan seruloplasmin di homeostasis
besi.
■ Menjelaskan mekanisme yang transferin, reseptor transferin, dan berinteraksi protein
HFE untuk dapat meregulasi sintesis pada hepcidin, tombol regulator dari homeostasis
besi.
■ Menjelaskan bagaimana homeostasis besi dapat terganggu oleh kekurangan diet
atau gangguan tertentu.
■ Menjelaskan struktur dan fungsi utama lima kelas imunoglobulin dan
penggunaan antibodi monoklonal.
■ Menjelaskan bagaimana tubuh kita adalah dapat untuk mensintesis sampai satu
juta imunoglobulin yang berbeda memanfaatkan kurang dari 150 gen. Menjelaskan
■ bagaimana sistem komplemen menjadi aktif dan kemudian lisis invasi
mikroorganisme.
■ Menjelaskan bagaimana sistem imun adaptif tubuh berbeda dari sistem imun
tubuh bawaan.
■ Menetapkan istilah lektin.
■ Menguraikan perbedaan kunci antara poliklonal dan antibodi monoklonal.
■ Menjelaskan fitur yang penting dari autoimun dan imunodefisiensi gangguan.
mencegah protease digunakan untuk menghancurkan invasi

PERAN PENTING patogen dan sel-sel mati atau defektif dari kerusakan jaring-
Protein yang beredar dalam plasma darah memainkan peran an sehat. Bersirkulasi imunoglobulin disebut antibodi mem-
penting dalam fisiologi manusia. Albumin memfasilitasi bentuk garis depan pada sistem imun tubuh.
transit pada asam lemak, steroid hormon, dan ligan lainnya Gangguan dalam produksi pada protein plasma dapat
antara jaringan. Transferin membantu penyerapan dan memiliki konsekuensi kesehatan yang serius. Defisiensi
distribusi pada besi, komponen dari banyak metaloprotease dalam kunci komponen dari kaskade pembekuan darah
secara kritikal penting. Fibrinogen bersirkulasi berfungsi dapat mengakibatkan memar berlebihan dan perdarahan
sebagai dengan mudah dimobilisasi building block dari (hemofilia). Orang yang kekurangan seruloplasmin plasma,
tautan fibrin yang menyediakan fondasi pada pembekuan pada tubuh pembawa tembaga utama, adalah subyek untuk
digunakan untuk menutup pembuluh yang cedera. Pem- degenerasi hepatolentikular (penyakit Wilson), sementara
bentukan gumpalan adalah dipicu oleh kaskade pada faktor emfisema dikaitkan dengan kekurangan genetik dalam
koagulasi darah, protease laten yang secara normal beredar produksi pada bersirkulasi α1 antiproteinase. Produksi
sebagai proprotein tidak aktif, atau zimogen. Plasma juga menyimpang dari imunoglobulin mencirikan banyak sekali
mengandung beberapa protein yang berfungsi sebagai gangguan autoimun, seperti diabetes tipe 1, asma, dan
inhibitor pada enzim proteolitik. Antitrombin membantu artritis rematoid, yang mempengaruhi lebih dari satu dalam
membatasi pembentukan pada bekuan ke sekitar dari luka, setiap tiga puluh
sementara α1 antiproteinase dan α2 makroglobulin
668

BAB 52 Protein Plasma dan Imunoglobulin 669
TABEL 52-1 Prevalensi dari Pilihan Penyakit autoimun antara TABEL 52-2 Fungsi Utama Darah
AS Populasi
1. Respirasi mengangkut oksigen dari paru ke jaringan dan CO2 dari
Nilai Preverensi rata- Persentase jaringan ke paru.
Penyakit autoimun
rata (per 100.000) wanita 2. Nutrisi mengangkut zat makanan yang diserap.
3. Ekskresi mengangkut zat sisa metabolik ke ginjal, paru, kulit dan
Penyakit Graves / 1152 88
usus yang dibuang.
hipertiroidisme
4. Memelihara keseimbangan asam-basa normal dalam tubuh.
Artritis reumatoid 860 75 Mengatur keseimbangan air melalui efek darah pada pertukaran air
Tiroiditis / 792 95 antara cairan yang beredar dan cairan jaringan.
hipotiroidisme Mengatur suhu tubuh melalui distribusi panas tubuh.
Vitiligo 400 52 7. Membentuk pertahanan terhadap infeksi melalui sel darah putih
Diabetes tipe 1 192 48 dan antibodi dalam sirkulasi.
anemia pernisiosa 151 67 8. Mengangkut hormon dan mengatur metabolisme.
Multipel sklerosis 9. Mengangkut metabolit.
58 64
Glomerulonefritis 10. Koagulasi.
40 32
primer
Sistemik lupus 24 88 PLASMA MENGANDUNG
eritematosus
IgA glomerulonefritis 23 67 CAMPURAN PROTEIN YANG
KOMPLEKS
Sindrom Sjogren 14 94
Protein plasma sebenarnya adalah campuran kompleks yang
Myasthenia gravis 5 73
mencakup tidak saja protein-protein sederhana, tetapi juga
Penyakit Addison 5 93
protein terkonjugasi, misalnya (glikoprotein) dan berbagai
Skleroderma 4 92 tipe (lipoprotein). Berdasarkan pada kelarutan relatif ini di
hadapan pada pelarut organik seperti etanol, atau peng-
Sumber: Data dari Jacobson DL, Gange SJ, Rose NR, Graham NMH: Epidemiologi dan
diperkirakan beban populasi pada penyakit autoimun yang dipilih di Amerika Serikat. garaman agen seperti amonium sulfat, peneliti awal dipisah-
J Clin Immunol Immunopathol 1997; 84: 223. kan protein plasma menjadi tiga kelompok: fibrinogen,
albumin, dan globulin. Selanjutnya, ilmuwan klinis dipe-
residen dari Amerika Utara (Tabel 52-1). Insufisiensi dalam kerjakan elektroforesis dalam matriks selulosa asetat untuk
produksi pada antibodi protektif, seperti terjadi di banyak menganalisis komposisi protein dari plasma. Berikut pe-
orang yang terinfeksi oleh human imunodefisiensi virus misahan elektroforesis, setelah pemulasan, menjadi lima pita,
(HIV) atau pasien yang diberikan obat imunosupresan, yang masing-masing dinamai fraksi albumin, α1, α2, β, dan γ
merender imunitas lemah, sangat rentan terhadap infeksi (Gambar 52-1) Dimensi relatif dan massa molekular dari
oleh mikrobial dan patogen virus, dan rentan terhadap beberapa protein plasma adalah ditunjukkan pada (Gambar
penyebaran ini. Sementara akar penyebab dari penyakit yang 52-2).
berhubungan protein plasma seperti hemofilia adalah secara Konsentrasi Protein Plasma Penting dalam
relatif mudah, orang lain dalam banyak gangguan autoimun
tertentu timbul karena kompleks saling mempengaruhi dan
Menentukan Distribusi Cairan Antara Darah
samar dari faktor genetik, diet, nutrisional, lingkungan, dan dan Jaringan
medis. Protein total dalam plasma manusia memiliki konsentrasi
sekitar 7,0-7,5 g/dL bagi manusia. Tekanan osmotik (teka-
DARAH MEMILIKI BANYAK FUNGSI nan onkotik) yang ditimbulkan oleh protein plasma adalah
Sebagai kesempatan utama dimana jaringan adalah saling sekitar 25 mmHg. Karena tekanan hidrostatik dalam arte-
terhubung satu sama lain dan lingkungan sekitarnya, darah riol adalah sekitar 37 mm Hg, dengan interstitial (jaringan)
yang bersirkulasi di seluruh tubuh kita melakukan berbagai tekanan dari 1 mm Hg menentang itu, kekuatan ke arah
fungsi. Ini termasuk memberikan nutrisi dan oksigen, meng- luar bersih sekitar 11 mm Hg mendorong cairan keluar ke
hapus produk limbah, menyampaikan hormon, dan mem- dalam ruang interstitial. Di venula, tekanan hidrostatik
pertahankan terhadap infeksi mikroorganisme (Tabel 52-2). adalah sekitar 17 mmHg, dengan tekanan onkotik dan inter-
Fungsi-fungsi yang tidak terhitung ini adalah dilakukan oleh stisium, seperti diuraikan sebelumnya; karena itu, terdapat
beragam kumpulan pada komponen yang termasuk entitas gaya netto sekitar 9 mmHg yang menarik air kembali ke
seluler seperti sel darah merah, trombosit, dan leukosit (lihat dalam sirkulasi. Tekanan-tekanan di atas sering disebut
Bab 53 dan 54), dan air, elektrolit, metabolit, nutrisi, protein, sebagai gaya Straling. Jika konsentrasi protein plasma
dan hormon yang terdiri plasma. sangat berkurang (mis. akibat malnutrisi protein berat),
cairan tidak ditarik kembali ke kompartemen intravaskular.
Tertimbun di ruang ekstravaskular, yakni suatu keadaan
yang dikenal sebagai edema.

+ –
A C Albumin α1 α2 β γ
+ –
Albumin α1 α2 β γ
B D
GAMBAR 52-1 Teknik elektroforesis zona selulosa asetat. (A) Sejumlah kecil serum atau cairan lain dioleskan
pada strip selulosa asetat. (B) Dilakukan elektroforesis sampel dalam larutan penyangga elektrolit. (C) Tampak pita-
pita protein terpisah di posisi-posisi yang khas setelah dipulas. (D) Pemindahan strip selulosa asetat dengan
densitometer mengubah pita menjadi puncak-puncak khas albumin, α1-globulin, β2-globulin, dan γ-globulin
(Diproduksi, dengan izin, dari Parslow TG et al (editor): Medical Immunology, 10th ed. McGraw-Hill, 2001.)
Sebagian Besar Protein Plasma Disintesis di yang disintesis di dalam endotelium vaskular. Satu penge-
cualian prominen adalah γ- globulin, yang adalah disintesis
Hati di dalam limfosit. Kebanyakan protein plasma adalah secara
Kira-kira 70% sampai 80% dari semua protein plasma adalah
kovalen dimodifikasi oleh penambahan pada salah satu
disintesis di dalam hati. Ini termasuk albumin, fibrinogen,
rantai oligosakarida terkait-N atau —O, atau keduanya (lihat
transferin, dan sebagian besar komponen dari komplemen
Bab 46). Albumin adalah salah satu pengecualian utama;
dan kaskade pembekuan darah dengan pengecualian dari
protein ini tidak mengandung residu gula. Rantai oligosa-
faktor von Willebrand, yang
karida memiliki berbagai fungsi (Tabel 46-2). Pengeluaran
residu asam sialat terminal mempercepat pembersihan pada

Harper&#39;s Illustrated Biochemistry 30th Ed

Uploaded by

Document Information

Copyright

Available Formats

Share this document

Share or Embed Document

Sharing Options

Did you find this document useful?

Is this content inappropriate?

Copyright:

Available Formats

Harper&#39;s Illustrated Biochemistry 30th Ed

Uploaded by

Copyright:

Available Formats

A LANGE medical book

Victor W. Rodwell, PhD Peter J. Kennelly, PhD

00_Rodwell_FM_pi-xii.indd 1 03/11/14 4:58 PM

eBook conversion by codeMantra

Peter A. Mayes, PhD, DSc Joe Varghese, MBBS, MD, DNB

00_Rodwell_FM_pi-xii.indd 3 03/11/14 4:58 PM

ION 10 Bioinformatika & Biologi 97

1 Biokimia & Kedokteran 1 ION

11 Bioenergetika : Peran ATP 113

13 Rantai Respiratorik & Fosforilasi

7 Enzim : Mekanisme Kerja 60 15 Karbohidrat yang Penting Secara

00_Rodwell_FM_pi-xii.indd 7 03/11/14 4:58 PM

17 Glikolisis & Oksidasi Piruvat 168 28 Katabolisme Protein & Nitrogen

V Metabolisme Lipid 211

21 Lipid yang Penting Secara Fisiologis 211

27 Biosintesis Asam Amino yang Nonesensial 39 Genetika Molekular, DNA Rekombinan,

00_Rodwell_FM_pi-xii.indd 8 05/11/14 4:35 PM

VIII Ekstrasel & Intrasel

42 Kerja Hormon & Transduksi

52 Protein Plasma & Imunoglobulin 668

53 Sel Darah Merah 689

IX Topik Khusus (A) 537

43 Nutrisi, Pencernaan, &

44 Mikronutrien Vitamin XI Topik Khusus (C) 711

& Mineral 546

00_Rodwell_FM_pi-xii.indd 9 07/11/14 6:36 PM

00_Rodwell_FM_pi-xii.indd 11 03/11/14 4:58 PM

00_Rodwell_FM_pi-xii.indd 12 07/11/14 2:18 PM

Biokimia dan Kedokteran

PENTINGNYA BIOMEDIS BIOKIMIA DIMULAI DENGAN

Rodwell_CH01_p001-005.indd 1 03/11/14 3:33 PM

penyakit Anemia sel Atero- Diabetes

Rodwell_CH01_p001-005.indd 2 03/11/14 3:33 PM

Rodwell_CH01_p001-005.indd 3 03/11/14 3:33 PM

Transkriptomik Proteomik Glikomik Lipidomik

Biologi sel punca

Diagnosis molekular Biologi sistem Biologi sintetik

Rodwell_CH01_p001-005.indd 4 03/11/14 3:33 PM

Rodwell_CH01_p001-005.indd 5 03/11/14 3:33 PM

TUJUAN ■ Menjelaskan sifat-sifat air yang berperan untuk tegangan permukaan,

KEPENTINGAN BIOMEDIK mempertahankan pH cairan ekstrasel di antara 7,35 dan

Rodwell_CH02_p006-014.indd 6 03/11/14 3:35 PM

GAMBAR 2–1 Molekul air memiliki geometri tetrahedral. R R II

elektrogen, meninggalkannya inti hidrogen dengan muatan RI R III

Rodwell_CH02_p006-014.indd 7 03/11/14 3:35 PM

Gaya-gaya ini, yang dapat bersifat menarik atau menolak, .50

Energi interaksi (kkaI mol–1)

Biomolekul Melipat untuk Menempatkan 0

Gugus Polar & Bermuatan pada –0.25

Rodwell_CH02_p006-014.indd 8 03/11/14 3:35 PM

Rodwell_CH02_p006-014.indd 9 03/11/14 3:35 PM

Rodwell_CH02_p006-014.indd 10 07/11/14 5:39 PM

Sekarang Kita menyatakan kekuatan relatif asam dan basa lemah

(a) (b) Perhatikan bahwa pKa terkait dengan Ka seperti pH dengan

Rodwell_CH02_p006-014.indd 11 03/11/14 3:35 PM

Dikalikan −1: 0.6 –0.6

Rodwell_CH02_p006-014.indd 12 03/11/14 3:35 PM

pH akhir 5,18 5,60 5,95 6,69

Rodwell_CH02_p006-014.indd 13 04/11/14 6:46 PM

■ Senyawa yang mengandung O atau N dapat berperan sebagai

Rodwell_CH02_p006-014.indd 14 03/11/14 3:35 PM

Asam amino & Peptida

KEPENTINGAN BIOMEDIS proksimal, melindungi dari kerusakan untuk sintesis protein

Rodwell_CH03_p015-024.indd 15 03/11/14 6:09 PM

Harper's Illustrated Biochemistry 30th Ed

Harper's Illustrated Biochemistry 30th Ed