BIOLOŠKA KEMIJA ISPIT

MOJA SKRIPTICA
2020. Demi Lisiak
Izvanredna situacija polaganja ispitnog roka, putem
interneta poradi Corona virusa 2019.
PANDEMIJE.
U ovom trenutku ne osjećam ni p od pandemije.
 BIOLOŠKE MAKROMOLEKULE
• Općenito, procese u ljudskom tijelu možemo opisati
proučavajući brojne kompleksne procese i njihov
način odvijanja
• Makromolekule (makro-velika; molekula-molekula-
sastavljena od više atoma; dakle molekula velikog
Mr-a)
• Sintagma biološka makromolekula označava
makromolekule koje se mogu sintetizirati u živom
organizmu
• Imamo osnovne skupine bioloških
markomolekula kojih ima 4:
• Ugljikohidrati
• Proteini
• Lipidi
• Nukleinske kiseline
 FOKUS JE NA ČOVJEKU
• “osnovna” gradivna jedinica čovjeka koju
uzimamo u ovom slučaju, gledajući iz biološkog
aspekta, nije struna, već je eukariotska stanica
• eukariotska (grčki prijevod:pravi lješnjak)
odnosi se na aspekt u kojemu stanica koju
promatramo, u ovom slučaju osnovna čovječja
stanica nazvana eukariotskom sadrži pravu
jezgru
• Gledano iz kemijskog aspekta, fizičkog aspekta
osnovna gradivna jedinica prostora jest struna ili
pak kemijski element, no time zaključujemo da ako
se u eukariotskoj stanici sintetiziraju (stvaraju)
nekakve biološke makromolekule (npr Mr=50 000)
to znači da su sastavljene sigurno od manjih
podjedinica, atoma i elemenata, poput vodika
H(Mr=1,008)
• Dakle, gledano iz biološkog aspekta ipak
promatramo malo krupnije tvorevine u usporedbi s
egzaktnijim kemijsko-fizikalnim postupcima gdje
značajnu važnost pridajemo čak jednom elektronu
 STANICA KAO POJAM
• Pridjev eukariotska stanica, dan je iz gledišta raspodjele
svih živućih organizama prema domenama ( Marta
Rogošić/Tomljanović-studira živine na PMF-u-Biologija);
• Postoje nekakve podjele tih živina koje svrstavamo i
klasificiramo prema nekakvim danim kategorijama, kako
bismo se lakše snašli, kao što u judou djelimo ljude
samo prema dvama parametrima
• Ta raspodjela će uslijediti kasnije jer će mi trebati i za
Mikrobe i za Farmakognoziju, no sada se fokusiramo na
eukariotsku stanicu kao pojam
• Gledano iz biološkog aspekta, odnosno humanog, u
fokusu nam je čovjek kao posebna specija i jedinka, ta
eukariotska biološka stanica opisana u 6. razredu
osnovne, u funkcionalnim ljudskim sustavima, kasnije jest
samo prototip prema kojemu opisujemo ostale
funkcionalne i djelotvorne stanice u ljudskim sustavima
(analogija s predmetom Anatomija s fiziologijom) to jest
stanicama poput hondrocita, osteocita, fibrocita...etc.)
Gdje ni sami medicinari ne znaju u principu točnu funkciju
pojedinih navedenih stanica kao glavnih gradivnih jedinica
• U principu, oni kažu da je funkcija slična (MATICA), no
građa se ipak malo razlikuje, analogija sa slovom a, tj
ulogom slova a, kao prvim slovom abecede u odabranom
području ruske književnosti
EUKARIOTSKA STANICA-BILJNA-
PROTOTIP
 DUBINA EUKARIOTSKE STANICE
• Dakle, na navedenom crtežu ne raspoznajemo
komlpeksniju grau od onoga što vidimo, no ipak postoji
kompleksnija podjela;
• Navedena imena tj. nazivi predstavljaju takozvane
stanične organele, od kojih svaki ima zasebnu ulogu to jest
funkciju kojom potpomaže funkcioniranju cijelokupne
zajednice nazvane stanicom, organel vakuole pripada
biljnoj eukariotskoj stanici dok ga u čovjeku ne nalazimo..
A neda mi se prekrižiti natpis jer su svi ostali organeli
podudarni u ovom slučaju s čovječjom..osim jebene
vakuole.
 FUNKCIJA STANICE
• Svi dobro znamo da se događajem, koji je dan
danas svima tajna, a nazivamo ga BIG BANG,
kojim je navodno nastao svemir, u svemir,
čudom, sudarom nečega, oslobodila ogromna
količina neke tvari koje je bilo dovoljno u
odnosu na neku drugu tvar, pa smo mi tu tvar
nazvali ELEMENTOM, kao osnovnom
gradivnom jedinicom, zvijezde, Zemlje,
Jupitera, Venere, čovjeka, crva
• Upravo u tome i je tajna, života, što sve što vidimo,
sačinjavaju isti ‘’elementi’’ nazvani kemijskima, a u principu
su gradivni... Mali leptir dimenzija 3x2 cm^3 i zvijezda
dimenzija većih od planeta zvijezde, nemjerljivih, navodno
su sačinjeni od istih elemenata...
• U principu poanta ovog romantičnog zavođenja, dok gledam
film (16.3.2020.- u samoizolaciji, film ( The Social Network
2010.), o osnivaču Facebooka, čiji čin je uskratio mnogima
upravo promišljanja o ovakvim tajnama svemira i života, pa
pičokice danas lijepe gole slikice na facebook, i nečije već
slikane slike,kojekakve plagijate, svi smo ogromni umjetnici,
a čika Zuckerberg je samo htio upoznati srodnu dušu da s
njome može nastaviti biti čudni autistični humanoid poput
mene, samo što je on haker, a ja sam imala potencijala za
koješta, matišicu. Sad gubim tijek priče pa se vraćam na tu
jebenu stanicu.
 FUNKCIJA STANICE, SADA ZAISTA
• Dakle funkcija stanice, navedene kao eukariotskom, jest da proizvodi
uz pomoć postojećih elemenata, te kojekakvih nakupina tih
elemenata kojima moram znati imena, upravo te nakupine
makromolekula koje su donekle zanimljive za proučavati, ako kažem
da je u fizici sve relativno,nema smisla niti završiti ovu skriptu, niti
polagati ispit, već bi trebalo potegnuti okidač i evaporirati u
zvijezdanu prašinu
• Nekakva najosnovnija podjela ljudskih, eukariotskih stanica jest na
somatske (tjelesne) i spolne ili gonadne;
• Prema tom prototipu biološke stanice iz 6. osnovne., kod kasnije
navedenih osteocita, hondroblasta i tome slično ne treba ići u toliku
dubinu, već zapamtiti ono što se kaže, a to je da svaka od njih sadrži
jezgru po uzoru na taj prototip...
 OPIS GRADIVNIH JEDINICA EUKARIOTSKE
STANICE
• Podjela organela-kao gradivnih jedinica:
• Prema posjedovanju dvostruke membrane, to jest
ovojnice: 2 organela; jezgra
mitohondriji
• Prema funkciji, u slučaju somatske (tjelesne)-čovječje:
• Jezgra sadržava MAKROBIOLOŠKU MOLEKULU DNA;
• Na ribosomima se sintetizira makrobiološka molekula
DNA i RNA(mRNA,tRNA,rRNA), a bogami i sinteza
makrobiološke molekule proteina
Sintez proteina,ssinteza dna i rna
 1. skupina makrobioloških molekula
PROTEINI
• Aminokiseline su gradivne jedinice proteina; u
organizmu ih ima 20+-2; proteogenih (riječ
proteogeno označava sposobnost ugradnje u
polipeptidni lanac, tj. lanac proteina) sama riječ
amionikselina govori o njenoj građi dakle COOH-
‘’kisela skupina-karboksilna’’ te ‘’amino skupina –
NH2’’;
• Svaka aminokiselina ima osnovnu građu koja varira
dodatkom ostalih kemijskih atoma,molekula,skupina
• Ovo je njena osnovna građa
• R jest nazvan bočnim ogrankom
• On varira, ali variraju i ogranci
• Odnosno ostali broj skupina od C do COOH;
• U skripti iz biološke pogledaj detaljnu podjelu
• pri pH<7 , znači u kiselom području je
nabijena NH3+ skupina, dok je u pH>7
nabijena karboksilna skupina COO-;
• Što je to pI? To se definira kao izoelektrična točka, pri
kojoj se pri određenom pH za koji vrijedi pH=pI;
definira neutralno stanje (stanje u kojem je ukupni
naboj aminokiseline jednak 0) te date aminokiseline;
• pI=suma pojedinih pKa1,pKa2/2; vrijednosti skupina
(koje disociraju očito NH3, COOH) za pojedine bočne
ogranke; definirana je različito, pogledaj u skripti
• ‘’kisele’’ aminokiseline imaju pI u kiselom području
koje se definira pri pH<7 ;
• a ‘’bazične’’ aminokiseline imaju pI u bazičnom
području koje se definira pri pH>7;
 I dalje o aminokiselinama..
• Nekakav graf nađi u skripti; definiraju se samo konačna
stanja tih nabijenih oblika aminokiselina, dok se za
prijelazna stanja između konačnih nabijenih, uzima n
mogućih, pa ih stoga ni ne navodimo, mikropromjene..
• Aminokiseline dijelimo prema raznim parametrima
• Podjela prema onima koje jesu esencijalne ( esencija;
dakle koje moramo unijeti u organizam hranom
bogatom proteinima; a samim time i aminokiselinama;
(meso,mlijeko..etc)), i one koje su neesencijalne dakle
koje već egzistiraju u organizmu
 I dalje o aminokiselinama
• Esencijalne aminokiseline ( ima ih 9/20+-2
navedene): dakle one koje moramo unijeti u
organizam mesom,sirom.. NEVEGANSKOM
HRANOM; a to su: fenilalanin,[1] histidin,
[2] izoleucin,[3] leucin,[4] lizin,[5] metionin,
[6] treonin,[7] triptofan[8] i valin.[9]
• Neesencijalne su ostale aminokiseline
 Spajanje aminokiselina PEPTIDNOM
VEZOM/NASTAJANJE PROTEINA
• Imamo navedene aminokiselene koje se spajaju u
polipeptidni lanac putem peptidne veze; nazvali
smo ju PEPTIDNOM jer je specifična veza a nastaje
uz izdvajanje vode H20;, samo između tih dvaju
skupina; a u principu definirana je kao veza između
jedne karboksi skupine jedne aminokiseline i jedne
amino skupine druge aminokiseline; znaš to...

• Usmjerenje N--->C;
• Peptidna veza definirana kutem psi i fi,
ramachandranov dijagram....
• Hidroliza peptidne veze; reakcija s vodom;
deltarG<0-egzergona; deltarS>0;
• Nastajanje peptidne veze; stvaranje;
• deltarG>0-endergona; deltarS<0;
• Karakteristike peptidne veze koje žele da nabiflamo:
parcijalna dvostruka veza zbog rezonantne strukture;
planarna iako nije..;
• Može biti cis i trans pri čemu je trans stabilnija ( niže
energije)
• Nauči crtati ta sranja; takozvane tripeptide,
dipeptide;
• BITNO: kiseline zvane aromatskim kojih ima
tri:fenilalanin,tirozin,triptofan; navodno
apsorbiraju svjetlost valne duljine 280nm;
SUMA: okosnicu polipeptidnog lanca čine
ponavljajuće sekvence
NH3CCNCCNCCNCCNCOOH
KONAČNO SMO SINTETIZIRALI PROTEIN!!!

• Protein definiramo kao heterobiopolimer

nastao povezivanjem aminokiselina
peptidnom vezom;
• Imamo definirane takozvane 4 strukture
proteina: do kvartarne... One su opisane na
prezama iz BIOKEMIJE pod brojkom 4.. Stoga
sad to ovdje neću navoditi
Neki od proteina koje žele da naučimo:

• Proteaza-protein-enzim-katalaza;
• Biološki katalizatori nsu išto što i enzimi..:
tripsin enzim koji kida iza lizina i arginina;
• ATP-sintaza mitohondrijska-??
• Regulacijski proteini: inzulin-peptidni hormon
(općenita podjela hormona:
aminokiselinski?;peptidni;steroidni)-biokemija
predavanje; sastoji se od 2 polipeptidna lanca;
• Inzulin potiče sintezu glikogena, masnih kiselina i
proteina, a potiče glikolizu;
• Još malo o inzulinu;
• Transportni proteini: hemoglobin,
mioglobin,serumski albumin; aquaporini,
transportni proteini
• Skladišni proteini: fazeolin,kazein,ovoalbumin...
• Skeletni proteini: keratin, kolagen,elastin,fibroin;
sve ih nalazimo u izvanstaničnom matrixu;
• Motilni i kontraktilni: aktin i miozin
• Nekakva osnovna podjela prema građi proteina: na fibrilarne i na
globularne;
• Svila: fibroin+gumasti amorfni protein=sericin;
• Fibroin-građen je od antiparalelnih beta ploča koji sadrže naizmjenični
sekvon; Gly-Ser-Gly-Ala-Gly
• Kolagen-vlaknasti protein, opisan u skripti iz biokemije; predavanje 4;
• Enzim prolil hidroksilaza pretvara prolin u hidroksiprolin;
• Paukova mreža je građena od sličnog proteina sericinu;
• Struktura alfa-keratina ubrzo-Nkraj-310ak-Ckraj; alfa uzvojnica; jedan
od 50 intermedijarnih gradivnih proteina; tj intermedijarnih vlakana;
opisano na papiru;
• NATIVNA KONFORMACIJA; energetski najstabilniji oblik funkcionalnog
proteina;
• Obrambeni protein: imunoglobulin Ig; B, T
limfociti, luči ih ______ ; stvaraju se gdje?
Stvaraju se naknadno nisu kodirani u jezgrinim
genima,nego se stvaraju naknadno izgradnjom
imunološkog sustava;
• Razlikujemo 5 teških vrsta: IgA,
IgG,IgD,IgM,IgE;
• Struktura obrambenih tijela i imunoglobulina;
• 5 vrsta enzima-LD1,LD2,LD3,LD4,LD5
 Tehnike pročišćavanja proteina:
• Svježe tkivo homogeniziramo
homogenizatorom i pripremimo ga za analizu;
• Centrifugiranje;
• a) po gustoći
• B) diferencijalno centrifugiranje; pa odvajanje
membrana staničnih organela,na temelju
veličine...
• SDS-Sephadex,dextran, polimer glukoze;
• Kromatografija:
• Anionski vezani izmjenjivači-na sebi imaju
vezane katione, a izmjenjuju anione iz uzorka;
• Kationski vezani izmjenjivači-na sebi imaju
vezane anione a izmjenjuju katione iz uzorka;
 UGLJIKOHIDRATI
• (CnH2nOn)x
• Gradivne jedinice drugih ugljikohidrata, dakle
monosaharidi,grade kompleksnije sastavnice;
• Lijevi šećeri, a desne aminokiseline
• O-glikozidna; N-glikozidna; S i N i C glikozidna
veza;
• U skriptici; nacrtane
 NUKLEINSKE KISELINE
• DEOKSIRIBONUKLEINSKA DNA
• RIBONUKLEINSKA RNA-(mRNA,tRNA,rRNA)
• Nukleotidi-sastoje se od jedne ili više fosfatnih
skupina, dušične baze, i šećera ,imena
nukleotida;
• Imamo podjelu dušičnih
baza:purinske,pirimidinski
• Nabaci slike
 DNA
• Dopuni iz preza, Sanjinih vezano za DNA i
RNA, te sinteze?
 Sinteza proteina
• https://
www.youtube.com/watch?v=2BwWavExcFI
• https://www.youtube.com/watch?v=gG7uCsk
UOrA

• DNA replikacija https://

www.youtube.com/watch?v=TNKWgcFPHqw
 Sinteza proteina
• Unutar jezgre, unutar stanice, na slici, se nalaze
u čovjeka 23 para kromosoma dakle 46 ukupno
kromosoma, unutar kojih je satkan ljudski
genom;
• 1 kromosom se sastoji od 4 kromatide te je
vezan na sjecištu njih, izgleda poput slova X;
• On je satkan od DNA lanca koji omotava
histone, proteine; te je gusto kondenziran
unutar tog kromosoma izgleda slova X
• Na tu DNA, razmotanu unutar jezgre nadovezuje se
RNA polimeraza; enzim koji kida lance dvostruke
uzvojnice DNA i na rastavljeni lanac DNA se
nadovezuju se baze (dušične) koje plutaju u jezgrici,
a potom se sintetizira mRNA slaganjem tih
aminokiselinica ,unutar jezgrice koja naknadno šiba
van u citoplazmu;
• I onda u citoplazmi,nastala mRNA u jezgri se veže
na ribosome, i potom se na nju nadovezuju tRNA u
obliku djeteline, od kojih svaka tRna biva kodirana
trima aminokiselinama, koje donose svaka po
jednu aminokiselinicu i tako stvaramo polipeptidni
lanac, odnosno protein; te aminokiseline se
međusobno povezuju peptidnim vezama
 UMNAŽANJE DNA
• Ispružimo ju, razmotamo, potom na nju
nadovežemo, enzim helikazu; odnosno
gurnemo ju u enzim, koja rastavlja vodikove
veze i parove bazica, te time imamo dva lanca
DNA usmjerenja (5’3’;te 3’5’); enzim
primaza započinje proces, nakon njega se na
semikonzervirani lanac nadovezuje DNA
polimeraza, koja dodaje pojedine dušične baze,
na lanac DNA rastućeg slijeda 5’3’; ili 3’5’;
• DNA polimeraza izrezuje vezane primere, te
nadovezuje druge slijedove aminokiselinica na
lance; na taj način od 1 DNA lanca dobivamo 2
novonastala semikonzervativna lanca to znači
da jedan lanac od njih ima stari zapis
gena...konzervativni stari lanac;
 LIPIDI
VELIKA PODJELA: napiši ju:
• Hidrofobne ili amfipatske molekule;
• Masne kiseline, 14-20C atoma;
• ZASIĆENE MASNE KISELINE:
• 12:0 LAURINSKA CH3(CH2)10COOH
• 14:0 MIRISTINSKA CH3(CH2)12COOH
• 16:0 PALMITINSKA CH3(CH2)14COOH
• 18:0 STEARINSKA CH3(CH2)16COOH
 Grčka riječ lipos=mast
• Osnovna strukturna komponenta ćelijskih
membrana;
• Prenositelji nervnih ćelijica;
• Kontakti među ćelijicama;
• Hormonsko djelovanje;
 Lipidi:
• Jednostavni :masti i ulja (triacilgliceroli
tzv.trigliceridi-esteri masnih kiselina i glicerola)

• Složeni: fosfolipidi-glicerofosolipidi,derivati L
fosfatidinske kiselinice;sfingofosfolipidi derivati
sfingozina;
• Sfingolipidi-derivati amino-alkohola sfingozina
• Steroidi
• Glikolipidi, glicero i sfingoglikolipidi
• Glicerol 1,2,3 trihidroksiglicerol
• 18:0; 18:1; ovaj index desno označava broj
dvostrukih veza
• DHA i EPA
• Linolna kiselina i linolenska kiselina; dvostruka
veza; sačinjava nezasićene masne kiseline,
koje nazivamo uljima;
• Reakcije masnih kiselina:
• 1.STVARANJE SOLI: kiselinica+lužina=sol+H20
• 2.STVARANJE ESTERA: alkohol+kiselina=ester
uz oduzimanje vodice
• 3.LIPIDNA PEROKSIDACIJA: kvarenje hrane i
starenje