Moleculaire Biologie - Les 8 en 9

DNA, chromosomen en genomen -

Chromosomen/chromatine en toegankelijkheid

Nelleke Barendsen

2018-2019 Blok A
Opdracht

- Waar start de replicatie bij prokaryoten en hoe zie die replicatie startplaats er uit?
- Waar start de replicatie bij eukaryoten en hoe ziet die replicatie startplaats eruit?
- Waar stopt de replicatie bij prokaryoten?
- Wanneer stopt de replicatie bij eukaryoten?

- Waar start de transcriptie bij prokaryoten en hoe ziet die transcriptie startplaats eruit?
- Waar start de transcriptie voor mRNA bij eukaryoten en hoe zie die
transcriptie startplaats eruit en welke algemene transcriptie factoren moeten
binden voordat de transcriptie start?
- Hoe stopt de transcriptie bij prokaryoten?
- Hoe stopt de transcriptie bij eukaryoten?

- Waar bindt de kleine ribosomale subunit bij prokaryoten en waar start de translatie?
- Waar bindt de kleine ribosomale subunit bij eukaryoten en waar start de translatie?
- Hoe stopt de translatie bij prokaryoten?
- Hoe stopt de translatie bij eukaryoten?

3
Lesindeling

Theorie Mol Biol Les 8 en 9

Les 8
 Prokaryote genoom
Eukaryote genoom
Regulatie chromatine toegankelijkheid:
Chromatine dichtheid
Histon modificaties

Les 9
Regulatie chromatine toegankelijkheid:
DNA methylatie
Epigenetica
Overzicht cursus

Genomen, chromosomen, DNA

Toegankelijkheid

Expressie Replicatie Onderhoud

Transcriptie Mutaties
Reparatie
mRNA Recombinatie

Translatie

Eiwit
(aminozuren)
Prokaryoten en eukaryoten

Prokaryoten Eukaryoten
bacteria dieren
archaea planten
schimmels
protozoa 6
Prokaryoot genoom

Hoe is het genoom van een prokaryoot georganiseerd?

Prokaryoten hebben geen celkern of andere organellen.

Genoom meestal circulair, supercoiled en in een nucleoid (nucleus-achtig)

structuur verpakt.

Bacteriën hebben een zeer compact en efficiënt genoom: alleen strikt

noodzakelijke informatie (i.v.m. snelle deling en snelle expressie).
7
Plasmiden
Genoom
Naast het genoom zijn er ook
plasmiden aanwezig in
een prokaryote cel.

Plasmide:
- klein circulair, supercoiled DNA
- geen essentiële genen
- alleen genen met een tijdelijke
meerwaarde voor de cel
bv antibioticum resistentie
of toxine productie.

Plasmiden worden van de

ene cel naar de andere
getransporteerd mbv
F (fertility) plasmide

8
Prokaryoot DNA: supercoiling

Helix-in-helix → zeer compact.

Supercoiling kan alleen in circulair DNA, vanwege

torsie opbouw (losse uiteinden ontwinden spontaan).

Topoisomerase I - kan DNA supercoilen (positief).

Topoisomerase II (gyrase) - verwijdert een slag uit de

DNA helix, waardoor een negatieve supercoil ontstaat.

9
Fysieke structuur E. coli genoom

Nucleoid: bevat het DNA van een prokaryote cel.

Bevat naast DNA ook DNA topoisomerase I, DNA topoisomerase II) en

histon-achtige eiwitten (HU eiwitten).

HU eiwitten vormen een tetrameer waaromheen ongeveer 60 bp DNA is gewonden.

De centrale eiwitkern beschermt tegen totale ontwinding.

11
E.coli genoom zeer compact

Compact genoom i.v.m.

snelle replicatie.

Genen zitten zeer dicht op elkaar.

Geen introns.

Vrijwel geen repetitief DNA, m.u.v.

insertie sequenties.

Slechts één origin of

replication (ORI).

13
Achtergrond informatie

TED talks: Communicatie tussen bacteria

http://www.ted.com/talks/bonnie_bassler_on_how_bacteria_communicate.html

14
Lesindeling

Theorie Mol Biol Les 8 en 9

Les 8
 Prokaryote genoom
 Eukaryote genoom
Regulatie chromatine toegankelijkheid:
Chromatine dichtheid
Histon modificaties

Les 9
Regulatie chromatine toegankelijkheid:
DNA methylatie
Epigenetica
Eukaryote genomen

Nucleair
- Lineaire DNA-eiwit complexen.

Mitochondriaal
- Klein, circulair DNA.

Chloroplast
- Circulair DNA, alleen aanwezig in
plantencellen.

N.B. géén plasmiden in eukaryote cellen

(m.u.v. gist)

16
17
 Eukaryote nucleus

Specifieke gebieden in eukaryote kern, onder andere:

18
Figure 4-9
1. Chromosomale territoria

Ieder chromosoom in eigen ‘territorium’ → gescheiden door ‘kanalen’ →

bevatten enzymen en andere eiwitten die betrokken zijn bij o.a. genexpressie.

19
Figure 4-53
2. Nucleolus in de nucleus

A. Nucleus B. Nucleolus; synthese rRNA

Functies nucleolus oa:
- Synthese ribosomale RNA’s
- Modificatie ribosomale RNA’s
- Samenvoegen met ribosomale eiwitten
20
Figure 6-39/ 42
3. Nucleaire matrix
Verwijderen van:
- membranen (m.b.v. detergens)
- DNA (m.b.v. nuclease)
- histonen (m.b.v. zout extractie)

Blijven over:
- RNA’s
- Kerneiwitten exclusief histonen → nucleaire matrix → betrokken
bij chromatine dynamiek.

21
4. Barr body

Geïnactiveerd (silenced) X-chromosoom bij vrouwen.

22
Eukaryote nucleus: specifieke gebieden

Specifieke gebieden in eukaryote kern, onder andere:

1. Chromosomale territoria
2. Nucleolus
3. Nucleaire matrix
4. Barr body

23
Figure 4-9
Eukaryote genomen

Nucleair
- Lineaire DNA-eiwit complexen.
- Twee of meer homologe
chromosomen in de celkern.
- Geen relatie tussen aantal
chromosomen en complexiteit
organisme.
- Geen relatie tussen aantal
chromosomen en de grootte
van het genoom.

Mitochondriaal
- Klein, circulair DNA.

Chloroplast
- Circulair DNA alleen aanwezig in
plantencellen.

N.B. Géén plasmiden in eukaryote

cellen (m.u.v. gist) 25
DNA in de kern verdeeld over lineaire chromosomen

DNA in de kern is verdeeld over meerdere

chromosomen.

Chromosoom is een lineair DNA-eiwit

complex.

26
 Homologe chromosomen

Niet geordende chromosomen Karyogram:

op grootte en vorm geordende
homologe chromosomen

27
Figure 4-10
Karyogram: homologe chromosomen
Door Giemsa kleuring is de bandering van mitotische chromosomen
zichtbaar te maken. De gedupliceerde chromosomen liggen paarsgewijs
bij elkaar. p = korte arm (‘petit’) en q = lange arm (tov centromeer)

28
Karyogram en genetische diagnostiek: translocatie

Uitwisseling van delen van het ene chromosoom met

een andere.

Een bekende translocatie (tussen chromosoom 9 en

22) geeft het Philadelphia chromosoom. Veroorzaakt
myeloïde leukemie.

Een bepaalde translocatie tussen chromosoom 4 en

12 geeft Ataxia (aantasting motorische vaardigheden).

Tussen sommige chromosomen treedt vaker

translocatie op dan tussen andere. Waarschijnlijk
omdat deze chromosomen dicht bij elkaar liggen.

29
Figuur 4.12
Karyogram en genetische diagnostiek: translocatie

Relatief makkelijk recombinatie (uitwisseling) tussen chromosomen die bij elkaar

in de buurt liggen. Denk aan Philadelphia chromosoom (9/22) en Ataxia (4/12).

Chr 9 en 22
dicht bij elkaar,
dus makkelijk
translocatie
na breuk

30
Figure 4-53
 Complexiteit organismen en aantal genen - genoom grootte – aantal
chromosomen

Verband tussen complexiteit van organismen en:

- Aantal genen: enige correlatie

- grootte van genoom:

geen correlatie vanwege
grote stukken “ junk” DNA

- Aantal chromosomen
geen correlatie.

VB:
Chinese muntjak veel meer
chromosomen dan nauw verwante
Indische muntjak

Figure 4-14
Het humane genoom is lang niet het grootst

32
Figuur 1.37
Humane
genoom

33
Noodzaak tot compact maken

“Hoogte” van een nucleotide: 0,34 nm

Grootte humaan genoom: 6x109 nucleotiden

2,04 meter/cel (gemiddeld 4,4 cm/chromosoom)

2,04 x 1x1013 cellen = 2x1013 meter/lichaam = 2x1010 km/lichaam

Afstand zon-aarde: 149476000 km

Dus ~68x heen en terug ….

twee meter DNA in celkern van 6 μm doorsnede

40 km draad in een tennisbal!

36
Packaging van eukaryoot DNA

Chromosoom is een lineair DNA molecuul om histon eiwitten heen gewikkeld

Nucleosomen zoals zichtbaar onder de electronen microscoop (Beads-on-a-string).

Interfase DNA

Figure 4-21 + 4-22

 Overzicht organisatie niveaus

Geheel Ontvouwen

Interfase (transcriptie mogelijk)

Gecondenseerd tijdens mitose

Figuur 4.61 https://www.youtube.com/watch?v=gbSIBhFwQ4s&t=35s

 Overzicht organisatie niveaus

Geheel Ontvouwen

Interfase (transcriptie mogelijk)

Gecondenseerd tijdens mitose

Figuur 4.61 https://www.youtube.com/watch?v=gbSIBhFwQ4s&t=35s

‘Beads on a string’ chromatine

Chromatine: DNA + eiwitten

Massaverdeling chromatine:
• 1/3e DNA
• 1/3e histon eiwitten
• 1/3e overige DNA bindende eiwitten

Nucleosoom: Histon hetero-octameer met twee DNA loops (samen 147 bp) en een
stuk linker DNA (60 à 80 bp).

Histon + twee
Linker DNA loops

Nucleosoom Histon hetero-octameren 40

DNA vouwt over de histon core

41
Figure 4-22+4-25
 Overzicht organisatie niveaus

Geheel Ontvouwen

Interfase (transcriptie mogelijk)

Gecondenseerd tijdens mitose

Figuur 4.61 https://www.youtube.com/watch?v=gbSIBhFwQ4s&t=35s

Chromatine structuur: nucleosomen zijn verpakt in een 30-nm chromatine fiber

Uiteinden van de histon eiwitten zijn heel flexibel en helpen

bij het vormen van de 30-nm fiber.

30-nm fiber:
Histon H1 is de “linker” tussen
twee nucleosomen 43
Figure 4-28 + 4-29
 Overzicht organisatie niveaus

http://www.youtube.com/wa
tch?feature=player_detailpa
ge&v=N5zFOScowqo

44
Figuur 4.61
Chromatine loops (vervolg)

Loops later ook in hogere eukaryoten ontdekt (inclusief

de mens).

Een humane loop is 50.000 à 200.000 bp groot en kan

een handvol genen bevatten.

Compactering van chromatine wordt lokaal gereguleerd.

O.h.a. actieve genexpressie in loops mogelijk, silencing

in compact axis chromatine.

Axis-chromatine is aan nucleaire matrix gehecht d.m.v.

specifieke AT-rijke gebieden en bepaalde eiwitten (o.a.
topoisomerase II).

45
Lesindeling

Theorie Mol Biol Les 8 en 9

Les 8
 Prokaryote genoom
 Eukaryote genoom
 Regulatie chromatine toegankelijkheid:
Chromatine dichtheid
Histon modificaties

Les 9
Regulatie chromatine toegankelijkheid:
DNA methylatie
Epigenetica
Noodzaak van toegankelijkheidsregulatie

Transcriptie, replicatie, reparatie en recombinatie van DNA zijn afhankelijk van

de binding van eiwitten. Deze eiwitten (transcriptie factoren, enzymen,
topoisomerases etc.) moeten op de juiste positie aan DNA kunnen binden.

Deze positie moet dus beschikbaar/toegankelijk zijn voor eiwitten. De cel

reguleert DNA toegankelijkheid door:

1) Variatie in chromatinedichtheid (globaal).

beïnvloeden elkaar

2) Histon en DNA modificaties (lokaal).

Toegankelijk maken van het DNA is een

randvoorwaarden voor gen-activatie

De feitelijke activering van een gen hangt af

van de aanwezigheid van de juiste transcriptie-
factoren

48
Euchromatine en heterochromatine in normale cellen

Euchromatine

Heterochromatine

49
Chromatinedichtheid

Mitotisch chromatine
Heel compact, ontoegankelijk

Constitutief heterochromatine
Compact, o.a. telomeren,
centromeren en gebieden met genen
die in een cel niet tot expressie
hoeven/kunnen komen (silenced).

Facultatief heterochromatine
Soms compact, soms los, afhankelijk
van of een cel bepaalde genen nodig
heeft op een bepaald moment.

Euchromatine
Licht, los, altijd toegankelijk voor
DNA-bindende eiwitten (transcriptie,
replciatie, reparatie, recombinatie).

Figuur 4.61 50
 Facultatief heterochromatine
RNA synthese in een
(polyteen) chromosoom tijdens interfase.
Heterochromatine:
- facultatief, kan overgaan in euchromatine
- constitutief, permanent

Chromatine structuur hangt af van

de eiwitten die aan de specifieke
DNA sequenties binden.

Chromatine loops decondenseren

als de genen in de loops tot
expressie worden gebracht.

In de interfase is in normale chromosomen geen verandering van

DNA loops waarneembaar met een lichtmicroscoop.

Tijdens de mitose zijn de afzonderlijke chromosomen beter zichtbaar,

maar dan vindt nauwelijks transcriptie plaats en kan dus nog steeds geen
verandering in loops bestudeerd worden tijdens de transcriptie.
51
Figure 4-52
Drosophila experimenten - Barrières

Heterochromatine spreidt zich niet uit naar de gebieden van euchromatine

door de aanwezigheid van speciale barrière sequenties.

Als de barrière wordt weggehaald kan het heterochromatische gebied zich

verder uitbreiden in het euchromatische gebied.

Figuur 4.31a 53
Drosophila experimenten - Position effect

Het gen White zorgt voor rode pigment ontwikkeling in het oog van
een fruitvlieg (Drosophila melanogaster).

Als het gen in de buurt van heterochromatine terecht komt, en de

barrière is verdwenen, dan wordt de expressie ervan verminderd
(silencing) en blijft het oog deels wit.

De plaats van een gen (in/bij heterochromatine of euchromatine)

beïnvloedt dus de expressie ervan.
Figuur 4.32 54
Drosophila experimenten - Overerving chromatine dichtheidspatroon

Weghalen barrière: heterochromatine breidt zich tijdens de vroege ontwikkeling

van Drosophila uit en silenced bepaalde genen (afhankelijk van hun positie).

Deze uitbreiding gebeurt niet in alle cellen in dezelfde mate en de mate van
uitbreiding blijkt overerfbaar tussen moeder- en dochtercellen.

Figuur 4.31b 55
Verschil insulators en barriers

Cis regulatory elements

Bijv. enhancers (bindingplaats voor
activator, een specifieke transcriptie factor).

Insulator
Functionele scheiding van genen (voorkomt
‘kortsluiting’).

Barrier
Scheidt heterochromatine van
euchromatine.

Figuur 7.24 56
Genetische en epigenetisch overerving

Informatie ligt vast in Extra ‘laag’ van informatie door o.a.

basenvolgorde. modificaties van DNA of histonen.

Overerfbaar naar dochtercellen Overerfbaar naar dochtercellen

en naar nageslacht. en soms naar nageslacht.

(In principe) stabiel. Reversibel.

57
Dynamische nucleosomen (spontaan)

DNA laat snel los van de histon core en windt zich vervolgens
weer snel om de histon core.
Het DNA wordt hierdoor toegankelijk voor DNA bindende eiwitten.

58
Chromatine remodeling complex

Het ‘opschuiven’ van de histon core over het DNA (ATP afhankelijk) maakt
delen van het DNA beschikbaar voor andere DNA bindende eiwitten
(bijvoorbeeld transcriptie eiwitten of reparatie eiwitten).

59
Chromatine remodeling complex (vervolg)

Histon eiwitten kunnen worden verwijderd of worden vervangen

door histon varianten (andere eigenschappen → andere functie).

60
Figure 4-27
Histon modificaties (epigenetica)

Door histon modificatie worden specifieke eiwitten aangetrokken.

Deze nieuwe eiwitten bepalen of een gen aan of uit staat.
Figuur 4.34 (Gene silencing) 61
Histonen zijn eiwitten: eiwitten bestaan uit aminozuren

Een eiwit is een lineaire

onvertakte polymeer
(polypeptide) bestaande uit
aminozuren.

N-terminus en C-terminus.

Alle 20 aminozuren hebben

dezelfde structuur, waarbij
R een variabele groep is.

Figure 3-1
62
Twintig aminozuren; twintig R-groepen

63
Panel 3-1
Voorbeelden van histon modificaties

Enkele belangrijke histon modificaties:

- Acetylering van lysine
- Methylering van lysine
- Phosphorylering van serine

De modificaties zijn reversibel.

De modificaties kunnen de lading van
het betreffende aminozuur veranderen.

Figuur 4.33 64
Histon acetylering

HDAC

Enzymen die acetyl groepen aan histon eiwitten toevoegen of weghalen:

HAT – histon acetyltransferase voegt acetyl groep toe aan lysine

HDAC - histon deacetylases haalt acetyl groep weg van lysine

65
Gevolgen lysine acetylering in histonen

HAT (histon acetyltransferase) koppelt acetylgroep aan lysines

• Lysine verliest positieve lading en trekt negatief geladen DNA niet langer aan
• Verminderde affiniteit van histonen voor DNA
• Verhoogde toegankelijkheid DNA voor andere eiwitten
• Transcriptie genexpressie mogelijk

HDAC (histon deacetylase) verwijdert acetylgroep van lysine

• Affiniteit histon voor DNA verhoogd
• Strakkere ‘packing’
• Verlaagde toegankelijkheid
• Gene silencing.

N.B. De modificaties zijn in principe dus reversibel, maar kunnen bijdragen aan
het (overerfbare) ‘geheugen’ van een cel. 66
Opdrachten

TRUE/FALSE
Decide whether this statement is true or false, and then explain why.

Deacetylation of histone tails allows nucleosomes to pack together into

tighter arrays, which usually reduces gene expression.

67
 Opdrachten Antwoord

TRUE/FALSE
True. Deacetylation increases the positive charge on the histone tails by
unmasking the positive charges on lysines. The increased charge tends to
stabilize chromatin structure, perhaps by allowing the tails to interact more
strongly with the DNA.

68
Histon code
Combinatie van chemische modificaties van histonen die er voor zorgt dat
bepaalde eiwitten op een bepaald moment op de juiste plek in actie komen
(m.b.v. een code reader complex).

69
Figuur 4.38
Afkortingen aminozuren

Aminozuren worden
met 1 letter of
3 letters afgekort

R = arginine
K = lysine
S = serine
 Voorbeelden histon code

Door verschillende modificaties van het H3 histon eiwit,

komen verschillende genen tot expressie of worden genen
juist gesilenced.
Figuur 4.39 71
Lesindeling

Theorie Mol Biol Les 8 en 9

Les 8
 Prokaryote genoom
 Eukaryote genoom
 Regulatie chromatine toegankelijkheid:
Chromatine dichtheid
Histon modificaties

Les 9
 Regulatie chromatine toegankelijkheid:
DNA methylatie
Epigenetica
Mono-allelic expression

Slechts één van de twee kopieën van

een gen komt tot expressie.

Keuze tussen allelen is random.

Identieke tweeling:
Zelfde nucleotide sequentie
Verschil in histon modificaties en DNA
methylering

75
Genetische en epigenetisch overerving

Informatie ligt vast in Extra ‘laag’ van informatie door o.a.

basenvolgorde. modificaties van DNA of histonen.

Overerfbaar naar dochtercellen Overerfbaar naar dochtercellen

en naar nageslacht. en soms naar nageslacht.

(In principe) stabiel. Reversibel.

76
Epigenetica

Epigenetica bestudeert overerfbare veranderingen in gen functie of fenotype die

niet het gevolg zijn van veranderingen in de nucleotide sequentie van het DNA.

Behoudt van chromatine structuur

• Covalente modificaties van histon eiwitten (histon code)
• DNA methylatie
• Een combinatie van deze mechanismen.

Gen expressie regulatie

 Genomic imprinting
 Mono-allelische expressie

78
Figure 7-53
Epigenetica: histon modificatie en DNA methylatie

Histon modificatie en DNA methylatie

• Dynamische nucleosomen
• Chromatin remodeling complex
• Verplaatsen van histonen over het DNA
• Vervangen van histonen (subunits)
• Chemische modificaties van histonen
• (De-)Acetylering van lycines
79
 DNA methylering

Methylering van cytosine

Geen effect op base paring

Overerving van
methyleringspatroon
Maintenance methyltransferase

Ondanks handhaving patroon wel

dynamisch, vooral tijdens
ontwikkeling

Controle genexpressie

80
Figure 7-43 + 7-44
Chromatine modificatie: Gene silencing door DNA methylering en histon deacetylering
DNA methylering op
cytosines (C) van
“CpG eilanden” HAT

HDAC

CpG eilanden vaak

upstream van genen

gemethyleerd CpG
eiland bindt MeCP’s

MeCP trekt HDAC

aan
HDAC
HDAC de-acyleert
histonen

chromatine wordt compact en

niet meer toegankelijk voor
transcriptie-initiatie complex

geen gen-expressie MeCP: methyl-CpG-binding protein

(gene-silencing) HDAC: histon deacetylase
81
Veranderen van CG sequenties in TG sequenties gedurende evolutie

Deaminering cytosine → uracil

DNA repair mechanisme verwijdert uracil.
deaminering
Cellen van gewervelden voegen aan de
C in de CG sequentie een CH3 groep
uracil toe.

5-methylcytosine ondergaat vaak

deaminering, zodat dit veranderd
wordt in een T.

T is een normale base van het DNA,

en wordt niet verwijderd.

In de loop van de evolutie is veel

CG in TG veranderd.

deaminering
Na verloop van tijd veel
gemethyleerde C’s gemuteerd naar
T
CpG eilanden upstream van huishoudgenen

Verdwijnen van CG ongelijk verdeelt over het genoom

 veel CG aanwezig in zogenaamde CpG eilanden

CpG eilanden vaak 5’ van “huishoudgenen”

(upstream)

In kiemcellen veel genen inactief → veel

gemethyleerde C’s → grote kans op mutatie van
mC in T.

Huishoudgenen zijn ook in kiemcellen actief →

ongemethyleerd → geen mutatie van C in T →
behoud van CpG eilanden in promotoren van
huishoudgenen.

83
Figure 7-85
Voorbeeld CpG eiland

cytosine 5-methylcytosine

84
In tumor cellen vaak overexpressie van histon deacetylases
(voorbeeld niet leren)

Kwaadaardige tumorcellen vaak overexpressie van HDAC

→ epigenetische silencing van tumor genen via chromatine remodelling

Anti-tumor medicijn Romidepsine, is een HDAC inhibitor

85
HDAC inhibitor Romidepsin
(voorbeeld niet leren)
HAT
HAT
Als HDAC geremd wordt door een HDAC inhibitor,
zoals romidepsin, kan de acetyl groep niet meer
van het eiwit afgehaald worden. HDAC

Histon eiwitten blijven geacetyleerd en daarmee

toegankelijk voor transcriptie factoren.

Let op:
Er zijn naast histon eiwitten ook andere
eiwitten die geacetyleerd en
ge-deacetyleerd kunnen worden.

Niet alle HDAC’s hebben betrekking

op de-acetylering van histon eiwitten.

86
Gen expressie regulatie

Histon reader en writer complexen

voorkomen gen expressie.

DNA methylatie op nabij gelegen

cytosines in DNA

Binding van DNA methyl bindende

eiwitten → bevat HDAC
activiteit

HDAC de-acyleert histonen.

chromatine wordt compact

niet meer toegankelijk voor

transcriptie-initiatie complex

geen gen-expressie
(gene-silencing)

Doorgegeven aan dochter cellen

87
Figure 7-45
Genomic imprinting
Genomic imprinting:
Het wel of niet tot
expressie komen van
een gen afhankelijk van
welke ouder het gen is
verkregen.

Door verschil in
methylering
komt het ene allel
wel tot expressie en het
andere niet:
Genomic imprinting

De meeste genen
worden gesilenced als
het DNA gemethyleerd
is.
Uitzondering hierop is
IGF2, daarbij wordt de
insulator gemethyleerd,
(niet leren)
88
Figure 7-48
Genomic imprinting and mono-allelic expression
Genomic imprinting - Door verschil in methylering komt ene allel wel en het andere allel
niet tot expressie, afhankelijk van welke ouder het allel is verkregen.

Mono-allelic expression - Slechts één van de twee kopieën van een gen komt tot
expressie. Keuze tussen allelen is random.

89
Epigenetica
Epigenetica:

- Histon modificatie
- DNA methylering

- Transcriptie factoren
- RNA interference

- Prion eiwitten

90
Figure 7-53
Epigenetica
Epigenetica bestudeert overerfbare veranderingen in gen functie of fenotype die
niet het gevolg zijn van veranderingen in de nucleotide sequentie van het DNA.

Behoudt van chromatine structuur

• Covalente modificaties van histon eiwitten (histon code)
• DNA methylatie
• Een combinatie van deze mechanismen.

Gen expressie regulatie

 Genomic imprinting
 Mono-allelische expressie

Figuur 7.77 91
Epigenetica: X-inactivatie

Bij vrouwen bijna hele X-chromosoom geïnactiveerd: X-inactivatie

Tijdens embryonale ontwikkeling

Productie van XIST RNA → binding aan X-chromosoom →vorming van

heterochromatine → inactivatie X-chromosoom.

Condensed X chromosoom: Barr body

92
Epigenetica: X - inactivatie

Vrouw XX; Man XY.

Compensatie mechanisme voor

te veel gen producten van het X
chromosoom bij vrouwen.

Random condensatie van 1

X-chromosoom in vrouwelijke
embryo.

Inactivatie X-chromosoom
tijdens duizenden celdelingen,
maar reversibel in kiemcellen

93
Figure 7-50
Vrouwelijke ‘tortoise shell’ katten

Gen voor oranje pigment ligt op één X-chromosoom, gen voor zwart
pigment op het andere.

Mannetjes
• Helemaal oranje óf helemaal zwart.
• Afhankelijk van het gen dat op het X-chromosoom ligt dat hij erft.

Vrouwtjes
• Gevlekt.
• Iedere vlek is afkomstig van de
embryonale stamcel waarin het ene óf
het andere X-chromosoom (random) is
gesilenced.

94
Down syndroom en genetische veranderingen
(NRC-weekend 19 april 2014

Extra chromosoom bij Down stoort alle genen

Patiënten met het Down-syndroom hebben niet alleen last van extra activiteit van hun
genen op het derde chromosoom 21 in hun lichaamscellen. Ook de genactiviteit op andere
chromosomen is verhoogd of verlaagd. Er zijn genen op chromosoom 21 die de
genactiviteit op alle andere chromosomen beïnvloeden (Nature, 17 april).
Het idee was dat het syndroom van Down ontstaat door de overactiviteit van genen
van chromosoom 21. Daarvan hebben mensen met Down er drie in plaats van de
gebruikelijke twee. Als een gen op chromosoom 21 wordt aangeschakeld om eiwit te
maken, dan komt er te veel eiwit. Dat kan de groei en de stofwisseling verstoren.
De genetische ontregeling blijkt echter veel groter. Op andere chromosomen zijn
reeksen naast elkaar liggende genen actiever, of juist minder actief. Dat is gevonden
door cellen te vergelijken van een eeneiige tweeling, waarvan het ene meisje het
syndroom van Down had en het andere gezond was. De cellen waren daardoor identiek,
op dat extra chromosoom na. 95
Opdrachten

TRUE/FALSE
Decide whether each of these statements is true or false, and then explain why.

The four core histones are relatively small proteins with a very high proportion of
positively charged amino acids; the positive charge helps the histones bind tightly
to DNA, regardless of its nucleotide sequence.

96
 Opdrachten Antwoord

TRUE/FALSE
True. All the core histones are rich in lysine and arginine, which have basic—
positively charged—side chains that can neutralize the negatively charged
DNA backbone.

97
Leren en DNA methylering (3 september 2011)

Methylering (van DNA) in individuele

zenuwcellen in muizenhersenen veranderde
als muizen iets nieuws leerden.

Sommige genen kregen nieuwe methylgroepen,

andere raakten ze juist kwijt.
De veranderingen bleven tot 24 uur aanwezig.

De genen waarin veranderingen optraden,

zorgen bijvoorbeeld voor synapsgroei,
signaaloverdracht en differentiatie van neuronen.

Wellicht speelt methylering een rol bij zaken als

Leren, geheugen, dag-nachtritme,
verslaving en psychische stoornissen. – hoewel
de veranderingen niet langer dan 24 uur
stand houden.

Wellicht zetten deze tijdelijke veranderingen

processen in de hersenen in gang, die
uiteindelijk leiden tot permanente veranderingen.

Ze hopen dat deze kennis leidt tot medicijnen

die aangrijpen op de methylering.

99
Milieuverontreiniging en
DNA methylering
(NRC-Next 7 maart 2012)

100