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Lezione Geochimica Organica
Lezione Geochimica Organica
•In chimica organica il carbonio forma sempre in totale 4 legami covalenti che possono essere di varia natura.
•4 legami
C
semplici
O
O
•Generalmente l’azoto forma in totale 3 legami che possono essere di varia natura
N N
N
H •1 legame semplice
•In chimica organica generalmente lo zolfo forma in totale 2 legami che possono essere di varia natura
S
S
•In chimica organica gli alogeni (F, Cl, Br, I) formano 1 legame.
C H C Cl O
C H
H
C N C C C O
H
R R
•metano CH4
•etano CH3-CH3
•Propano CH3-CH2-CH3
•butano CH3-CH2-CH2-CH3
•Pentano CH3-CH2-CH2-CH2-CH3
•Gruppi funzionali
•I composti organici possono essere classificati in base a
specifiche caratteristiche strutturali identificate con il nome di
gruppo funzionale, la cui definizione è quella di una porzione di
molecola che ha un comportamento chimico specifico e che
permette alla molecola intera di essere classificata in una data
classe di composti.
•Alcani
•Gli alcani appartengono alla classe degli idrocarburi, ovvero
molecole costituite solo da carbonio e idrogeno. Gli idrocarburi si
chiamano saturi perché tutti i carboni della catena della molecola
formano legami semplici.
H H H
• Etano
•Metano
• C2H6
•CH4
• CH3CH3
H H H H H H H
•3 carboni •CH
H C C H H C C C •CH H •4 carboni
H H H H H H H
•Propano •Butano
•C3H8 •C4H10
•CH3CH2CH3 •CH3CH2CH2CH3
•I residui che si formano togliendo un idrogeno, conservano la
stessa radice, ma cambiano la desinenza da –ano in –ile e saranno
pertanto metile, etile, propile, butile, pentile etc.
•alchile R- (generico)
•metile CH3-
•metilene -CH2-
•etile CH3-CH2-
•propile CH3-CH2-CH2-
•butile CH3-CH2-CH2-CH2-
•pentile CH3-CH2-CH2-CH2-CH2-
•I nomi dei residui si usano quando si presentano catene ramificate.
L’alcano prende il nome dalla catena lineare più lunga, preceduto dai
nomi dei residui che costituiscono le catene laterali (a loro volta
preceduti dal numero d’ordine dell’atomo di carbonio della catena
principale al quale il residuo è legato)
CH3 •Isoprene
H2 C C C CH2
H
•I residui che si formano togliendo un idrogeno agli alcheni,
conservano la stessa radice, ma cambiano la desinenza da –ene in –
enile e saranno pertanto:
•
•2-propenile CH2=CH-CH2-
•Per l’etenile ed il 2-propenile è ancora in uso la vecchia
•ecc. usata nella nomenclatura di
nomenclatura: vinile e allile spesso
alcuni alcheni-derivati (vedi ad esempio l'alcol vinilico ed i relativi
polimeri):
• Con il butene "inizia" il fenomeno dell'isomeria negli alcheni.
• L’isomeria è un fenomeno caratteristico dei composti organici.
•
• Si definiscono isomeri i composti chimici che presentano identica
formula grezza (e quindi medesima massa molecolare), ma diverse
caratteristiche chimiche e/o fisiche.
•
•Isomeria costituzionale (o di struttura) - i composti
differiscono per l’ordine con cui sono legati i loro atomi e
presentano pertanto diversa formula di struttura e può essere
ricondotta a tre diverse cause
•1 - Isomeria di catena
•n-butano Isobutano (2-metilpropano)
•CH3 – CH2 – CH2 – CH3 CH3 – CH – CH3
• |
• CH3
•Riassumendo
•Trans-2-butene •Cis-2-butene
•Desinenza: -ino
• DIVERSI MODI DI RAPPRESENTAZIONE DEI COMPOSTI CHIMICI:GLI ISOMERI DI
FORMULA C4H10O
•
•
•COMPOSTI AROMATICI
•I composti aromatici presentano carattere aromatico che non si
limita ad un odore particolare o gradevole, ma comprende una
elevato grado di insaturazione unito ad una certa riluttanza a dare
alcune reazioni tipiche dei doppi legami carbonio-carbonio.
•Benzene •Antracene
•Se sono presenti due o più catene di eguale lunghezza, si scieglie quella
con il maggior numero di sostituenti.
•
•GLI ISOMERI DI STRUTTURA DELL'ESANO
•
•I NOMI IUPAC DEGLI ISOMERI DELL'ESANO
•
•
•
•Gruppi Funzionali Contenenti un Atomo Elettronegativo Legato al
Carbonio con un Legame Singolo
•Gruppo
•Nome •Esempio • Nome IUPAC •Nome Comune
Funzionale
• • • •
•Nitrile •H3C-CN •Etanonitril •Acetonitrile
e
•Acido •Acido
carbossilic •H3CCO2H •Acido acetico
Etanoico
o
•N,N- •N,N-
•Ammide •H3CCON(CH3)2 Dimetiletan Dimetilacetam
ammide mide
•
•I clorofluorocarburi (CFC, nome •CCl3F
commerciale Freon) non sono tossici,
non infiammabili, inodori e non corrosivi •Triclorofluorom
e perciò sono usati come mezzo di etano
trasferimento del calore nei sistemi di • Freon-11
refrigerazione. Tuttavia i CFC risultano
già da tempo dannosi per l’ambiente
poiché distruggono l’ozono stratosferico.
Infatti stazionano nell’atmosfera senza •CCl2F2
decomporsi per poi salire verso la
stratosfera e reagire con l’ozono. • Diclorodifluoro
metano
•Al momento si tende a sostituirli con
gli idrofluorocarburi (HFC) e gli • Freon-12
idroclorofluorocarburi (HCFC).
•CHCl2CF3
•CH2FCF3 •HCF-134a
•HCFC-123
•ALCOLI
•Gli alcoli sono i composti con cui lo studente ha, sicuramente, la
maggiore familiarità (Es: etanolo, metanolo) e il loro gruppo
identificativo (gruppo funzionale) è un ossidrile (-OH) legato a un
gruppo alchilico R.
•In generale un alcol può essere rappresentato nel seguente
modo:
•Desinenza: -olo
H H H
H C OH H C C OH
• Metanolo • Etanolo
H • oppure
H H • oppure
CH3SH CH3CH2SH
•Metantiolo •Etantiolo
•Desinenza: -tiolo
•ETERI
•Il gruppo funzionale degli eteri è rappresentato da un ossigeno
legato a due carboni sostituiti e può essere indicato genericamente
con ROR’ dove R e R’ possono essere uguali o diversi.
•R •R
CH3OCH3 •R’ CH3OCH2CH3 •R’
CH3CH2OCH2CH3
• Dietil etere
•o
• Etere dietilico
•Conosciuto anche come etere •Desinenza: -etere
etilico, è famoso il suo uso come
anestetico
•AMMINE
•Possono essere considerate derivati organici dell’ammoniaca (NH3)
•Un carbonio legato all’azoto •Due carboni legati all’azoto •Tre carboni legati all’azoto
quindi ammina primaria quindi ammina secondaria quindi ammina terziaria
CH3
CH3
CH3 NH2 CH3 N
CH3 NH
CH3
•Metilammina •Dimetilammina •Trimetilammina
•(RNH2) •(R2NH) •(R3N)
•Desinenza: -ammina
•ALDEIDI E CHETONI
•Entrambi i composti sono caratterizzati dalla presenza di un
particolare gruppo funzionale che non abbiamo finora mai
incontrato, il gruppo carbonilico, in cui uno dei carboni della catena
principale è interessato in un doppio legame con un ossigeno.
O O
O
C C
C
R H R R'
O O O
C C C
OH R OH
O O
O
R'
C C
C
R OR' R N
R OH
R''
•Acido •Estere •Ammide
carbossilico
•COSA SONO:
•Strutturalmente il naftalene
•8 •1 si può considerare derivante
•7 •2 dalla fusione di due molecola di
benzene
•3 e indicano le diverse posizioni
•6
sulla molecola
•5 •4
I numeri sono la notazione IUPAC
delle diverse posizioni sull’anello
•STRUTTURA MOLECOLARE:
•Planare, ciclica, formata da una sequenza di atomi
di C ibridati sp2, ciascuno con un orbitale Pz
•Queste carattersitiche
semioccupato
•definiscono il composto
•Possiede un totale di 10 elettroni, rispettando la
regola di Hückel che definisce i composti aromatici • come aromatico
in base al numero di elettroni del sistema coniugato
•Naftalene: il più semplice degli idrocarburi policiclici aromatici
•L’analisi con i raggi X dimostra che, a differenza del benzene, non tutti
•i legami C-C sono uguali
•1.365 Å
•1.404 Å
•Naftalene: il più semplice degli idrocarburi policiclici aromatici
•Il sistema presenta una elevata stabilità termodinamica (61 kcal/mole), dovuta
appunto alle sue caratteristiche di aromaticità.
•Questo valore è però inferiore al doppio della energia di risonanza del benzene
•(36x2 = 72 Kcal/mole). Le caratteristiche di aromaticità del naftalene sono,
pertanto, meno “ideali” di quelle del benzene.
• Idrocarburi policiclici con più di due anelli aromatici
•8 •9 •1
•2
•7
•Antracene •Energia di risonanza 84 Kcal/mol
•6 •3
•5 •10 •4
•6
•5 •7
•4
•8 •Fenantrene
•3 •Energia di risonanza 92 Kcal/mol
•2 •9
•1 •10
•Idrocarburi aromatici superiori
•fluorene
•acenaftene •acenaftilene
•fluorantene •crisene
•pirene
•Benzo[a]antracene •dibenzo[a,h]antracene
•Benzo[a]pirene
•Idrocarburi aromatici superiori
•Indeno[1,2,3cd]pirene •Benzo[g,h,i]perilene
•Le proprietà chimico-fisiche degli IPA
NO2 NO2
O 2N
•Gli IPA come inquinanti acquatici
•Gli IPA rappresentano anche importanti inquinanti delle acque.
•Qui sono generati, in quantità notevole, dalla produzione di
distillati del catrame di carbone, come il cresoto, un conservante
del legno.
•Gli IPA derivano anche dalla fuoriuscita del petrolio dalle
petroliere, dalle raffinerie, e dai punti di trivellazione del petrolio
in mare aperto.
•Nell’acqua potabile, il livello rappresentativo degli IPA ammonta a
pochi ng/l, tanto da essere considerato una fonte trascurabile di
tali composti.
•A seconda della loro pressione di vapore, i composti si trovano allo
stato gassoso o condensato sulla superficie di particelle. Composti
come il naftalene, il fluorene ed il fenantrene (Pressione di vapore
•> 10-2 torr) si trovano in fase gassosa, mentre altri composti quali
il benzo[b]perilene ( Pressione di vapore <10-6 torr) si trovano in
fase condensata sulla superficie delle particelle.
•Una volta immessi nell’atmosfera, il destino degli IPA adsorbiti
sulle particelle dipende dalle reazioni che possono subire (ad es.
fotodegradazioni) e dalle dimensioni delle particelle stesse
•Gli IPA come inquinanti acquatici
•Il meccanismo di precipitazione al suolo o in mare delle particelle,
ovviamente, dipende dalle dimensioni delle stesse.
•A seconda del tipo di contributo dato alla precipitazione, dai diversi
agenti atmosferici, si può avere una “dry deposition”( precipitazione
gravitazionale, diffusione) o una “wet deposition” (neve, nebbia, pioggia).
•Gli IPA adsorbiti sulle particelle, prima o poi raggiungono la superficie
terrestre, cadendo sul suolo o su un bacino acquifero, mentre gli IPA
presenti in atmosfera in fase gassosa, nella zona di interfaccia aria-
acqua si ripartiscono tra le due fasi secondo il coefficiente di
trasferimento aria/acqua.
•Il fattore responsabile della incorporazione degli IPA nei sedimenti, è
la sedimentazione del materiale sospeso.
•La dispersione dipende da fattori quali la solubilità in acqua, la velocità
di degradazione ed i fenomeni di risospensione di sedimenti inquinati.
•La solubilità in acqua decresce con il peso molecolare: composti più
solubili hanno maggiore capacità di dispersione, al contrario, composti
meno solubili hanno maggiore tendenza ad associarsi alle particelle
sospese nell’acqua, quindi ad essere inglobati nei sedimenti.
•Assunzione degli IPA nell’uomo
• Un apporto importante avviene attraverso l’atmosfera.
•Un contributo significativo deriva dalla dieta.
•Questi composti, infatti, si formano anche durante la cottura dei cibi a
temperature troppo elevate (cibi grigliati, affumicati)
•I vegetali a foglia larga, come lattuga e spinaci, possono rappresentare
una fonte ancora più rilevante di IPA cancerogeni, per la deposizione di
tali sostanze, trasportate con l’aria sulle foglie durante la crescita.
•Contribuiscono significativamente anche i cereali consumati allo stato
grezzo.
•IPA derivano anche dal fumo di sigaretta.
•Come si formano gli IPA
CH CH
CH CH
H H H H
H H H
•Il radicale può addizionare ulteriori H
molecole di acetilene dando luogo a
catene laterali che formano anelli HCCH HCCH
benzenici condensati
H
•Il meccanismo di cancerogenesi degli IPA
•Gli IPA non sono di per sé agenti cancerogeni, ma lo sono alcuni derivati
in cui essi vengono convertiti dall’organismo nel tentativo di renderli
idrosolubili, e quindi più facilmente eliminabili.
•Benzo[a]piren-7,8-diidro-7,8-diolo
O H
H
O
P O
-O
N
O- H N O
H
H
NH2
N •Il diolo epossidico viene legato al
N HO DNA attraverso attacco nucleofilo,
OH ad esempio da parte della adenina.
•L’attacco covalente del grosso
O residuo idrocarburico rappresenta
un evidente danno per il DNA.
O H Questo danno provoca delle
H
P
O mutazioni e, con le mutazioni, una
-O O
N maggiore probabilità di
O- H N cancerogenesi.
H
H
NH
N
N
HO
HO
OH
Esistono molti altri composti organici che hanno un forte impatto sulla
salute
Impatto sulla salute dei COV
•I composti organici volatili a seconda della formula di struttura essi sono divisi
in alifatici o
alcani (ciclici e aciclici) e aromatici. Dal punto di vista degli effetti sulla salute,
gli idrocarburi aromatici sono i più pericolosi; tra gli idrocarburi aromatici
semplici, il più importante è il Benzene. È questa una sostanza liquida e
incolore; poco stabile in acqua, per le sue caratteristiche lipofile, nel corpo
umano lo si trova soprattutto nei tessuti più grassi.
Il benzene può essere assunto sia per via orale che per inalazione; a seconda
della dose assunta può provocare episodi di intossicazione acuta, e anche la
morte. Questa sostanza è pericolosa inoltre per le sue proprietà cancerogene:
in letteratura sono riportati parecchi casi di accertata relazione tra
l'esposizione al benzene e l'insorgenza di fenomeni cancerosi, in particolare di
forme di leucemia. Tra i composti organici volatili più pericolosi per la salute
vanno segnalati anche gli idrocarburi policiclici aromatici (IPA); questi
costituiscono un numeroso gruppo di composti organici formati da uno o più
anelli benzenici. Sostanze scarsamente solubili in acqua ed altamente lipofile, si
presentano in genere adsorbite sul particolato. L’assorbimento degli IPA può
avvenire per inalazione di polveri, aerosol o vapori, per ingestione di alimenti
contaminati o attraverso la cute. Per quanto riguarda le conseguenze sulla
salute, mentre non sono stati rilevati casi di effetti tossicologici acuti, per
parecchie specie si è sicuramente riscontrato un forte effetto cancerogeno, sia
in esperimenti di laboratorio che tramite indagini epidemiologiche.
•CFC Clorofluorocarburi
•Non tossici, non infiammabili: contengono C, H, Cl e F.
•Usi: aerosol spray, agenti per schiuma, materiale per contenitori, solventi, e refrigeranti.
•Gruppo degli alocarboni, la dizione della specie è sulla base del numero di atomi di C, H, F, e Cl:
•Tali reazioni sono favorite dall’innesco di attività umane,e.g. NO esplosioni nucleari + aeroplani
I
1.5 II
III
H/C
1.0
0.5
IV
0.0
0.00 0.05 0.10 0.15 0 .20 0. 25
O/C
Degradation of complex organic moleculae starts with
DIAGENESIS
Consortia of
bacteria
•abiogenesis
• biogenesis (Diagenesis and catagenesis during
sediment burial)
Biogenesis includes (Schoell,
1988):
•Thermogenesis
•Bacterial decomposition
Thermogenesis: in a common sense this term indicates the
production of heat within a body of a mammal due to
burning of food.
metano
•CH4 + O2 --> CO2 + H2O
•Principalmente all’interfaccia tra
strati anossici e ossidanti del suolo.
•Genus: Methylomonas
•METANOGENI
•Archaea, ubiquitari in ambienti riducenti
•Anaerobici
•H2 + CO2 --> CH4
•Autotrofi (fix CO2), chemolithotrofi (uso di H2 come
donatore e- )
•Alcune importanti specie: Methanococcus,
Methanosarcina
• in grado di usare zolfo elementare come accettore e-
Substratum Organic Macromolecoles
Hydrolysis
Methanogenesis
•Processo cinetico
e…
•irreversibile
•T
•biogenesis •thermogenesis
•o
rig
in e
•abiotic
biogenesis thermogenesis
Among the 50 described species of
methanogens bacteria at least two are
extremophiles:
•depth
cracking (prevalent) and reforming
(thermogenesis) •Light alkanes
inorganic synthesis
Origine e composizione chimica
•Ambiente vulcanico ?
Main chemical features of organic gas fraction
• natural • total •relative abundances
environment abundaces
•geothermal
• low-to medium methane, high C2-C9 • aromatics, alkanes, alkenes,
hetherocyclics
•fields hydrocarbons
•high T
hydrotermal
active
systems
volcanic systems
low-temperature
systems
(aromatics) (alkanes)
•Summarizing
Aromatics
0,00
1,00
•Hydrothermal
0,25
0,75 •(isobutene, propene)
0,50
0,50
•“Geothermal and
0,75
0,25 natural gases”
•(isobutene)
1,00
0,00
0,00 0,25 0,50 0,75 1,00
Alkenes x 10 Alkanes
•Hydrothermal/Magmatic
•(ethene, propene)
Fluid composition: the organic gas
fraction
•More than 100 different C6+ organic
compounds were recognized:
• 75% Hydrocarbons
• 10%Sulfides, thiophenes, furans
• 5% N-, O-bearing compounds
• 5% Halocarbons
•Compositional speciation relating different areas at
common conditions
MAGMATIC HYDROTHERMAL
alkenes O-substitutes
3.9%0%3.87%
27%
0.499%
Cl-substitutes
aromatics 49.5% alkenes
26.9% 49.5% 3.5%
0.5% cyclics
29.3% 2.1%
3.47%
16.9%
2.09%
0.127%
0.874%
0.0313%
Cl-substitutes
aromatics 22.6%S-substitutes 43.9% 0.87%
17% 29% alkanes S-substitutes
alkanes 44% 0.13%
22.5% O-substitutes
0.03%
LOW TEMPERATURE
aromatics
alkenes cyclics
8.34%
0.5%
SOIL GASES
8.3% 1.4% aromatics alkenes
0.47%
1.41% 5.37% 6.61%
0%
O-substitutes
13% 13% 14.2%
O-Substitutes
Cl-substitutes
69.3%
4.58% 4.97%
2.82%
6.52%
Cl-substitutes S-substitutes
alkanes S-substitutes 62.3%
4.6% alkanes
69% 2.8%
La degradazione di materia
organica pre-esistente non è
l’unica possibilità, neanche in
natura (…?)
Abiogenic synthesys of
hydrocarbons and equilibrium
reactions
ridges
3
10 Sistemi naturali
Z. ophiolite
sediment-
covered (non coerenti con i
ridges
2
10
sistemi italiani)
mescolati con
igneous processi genetici
thermogenic
1 rocks
10
precambrian
shield
4
t o CH
cold emissions
3
10 PROCESSI
e…
2 ed
og
en
CO r SISTEMI
e
sis
2
10
high-T
1 volcanic
10 fluids
-70 -60 -50 -40 -30 -20 -10
13
C-CH4
Dati extraitaliani
4
10 Kivu lake
microbial
activity Azerbaijan mud volcanoes
CH4/(C2H6+C3H8)
Afar
4
t o CH
3
10
Chilean geoth. Syst.
uction
Kizildere Turkey
2 ed
og
en
CO r
e
sis
2
10 Nisyros
Socorro
Tatun Taiwan
1
10
Yellowstone
-70 -60 -50 -40 -30 -20 -10
13
C-CH4
Stima delle temperature profonde in sistemi
vulcanici e geotermici
300-340 °C 340-390 °C
3
4
10 Latera M anziana
Am iata
520 °C Pantelleria Temnperature calcolate
Larderello
CH4/(C2H6+C3H8+C6H6)
+ oxidizing
3
10
2
CO2 sono in accordo con
10
400-420 °C Panarea quelle misurate o
2
calcolate con altri
10
450 °C Solfatara geotermometri
…le condizioni redox
1
10
controllano la
1
10 produzione/consumo di
CH4,
i.e. determinando I
-25 -30 -20 -25 -15 -20
13 rapporti C1/C2+ !!
C-CH4
Frazionamento su serie di idrocarburi
13C
Processi Biogenici (polimerizzazione)
I batteri sintetizzano preferibilmente l’isotopo leggero
• Polimerizzazione catalitica
• Riduzione di CO (sintesi F-T)
• Metamorfismo su rocce carbonatiche con
grafite
• Generiche interazioni acqua-roccia
catalizzate da metalli
Per questi differenti processi, il frazionamento del 13C nella serie
C1-C4 assume andamenti diversi (trend comunque negativo)
Frazionamento su serie di idrocarburi
D
Processi Biogenici (polimerizzazione)
I batteri sintetizzano preferibilmente l’isotopo leggero
prodotti arricchiti in 1H