Asam Amino, Peptida

dan Protein

01/06/24 1
 Asam Amino
Senyawa yang memiliki gugus amino (NH2) dan
asam karboksilat (COOH) pada molekul yang sama.
Asam 2-aminokarboksilat
Unsur dasar pembentuk peptida dan protein

01/06/24 2
 Jumlah asam amino pembentuk protein adalah 20
jenis dan disebut asam amino proteinogenik.
Sifat kimia gugus rantai samping (R) menyebabkan
perbedaan sifat asam amino
Berdasarkan struktur R, ke 20 asam amino dibagi
menjadi tujuh golongan.
Asam amino yang pertama kali ditemukan adalah
asparagin (1806) dan yang paling akhir treonin
(1938)
Asparagin pertama kali ditemukan pada asparagus;
asam glutamat ditemukan dalam gluten gandum dan
glisin berasal dari kata Yunani yang artinya manis.

01/06/24 3
 Penggolongan Asam Amino

1. Rantai Samping Alifatik

01/06/24 4
2. Rantai Samping Hidrosilik

3. Rantai Samping Aromatik

01/06/24 5
4. Rantai Samping Asam

5. Rantai Samping Amida

01/06/24 6
 6. Rantai Samping Basa

01/06/24 7
 7. Rantai Samping Mengandung Belerang

01/06/24 8
01/06/24 9
 Asam Amino Essensial
1. Valin
2. Leusin
3. Isoleusin
4. Metionin
5. Fenilalanin
6. Triptofan
7. Treonin
8. Lisin

01/06/24 10
 Sifat-Sifat Asam Amino
1. Stereokimia asam amino: C2 atom kiral
2. Pasangan enansiomer L dan D
3. Umumnya asam amino alami yang terdapat pada molekul protein
berbentuk L
4. Treonin dan isoleusin memiliki 2 atom C kiral (atom C2 dan C3)

01/06/24 11
 Sifat Optis Aktif
Sifat kimia pasangan enansiomer persis sama tetapi berbeda
sifat optis aktifnya
Enasiomer L dan D memutar sinar bidang polarisasi dengan
sudut yang sama tapi arah yang berlawanan. Levorotatory (-)
memutar ke kiri berlawanan arah jarum jam dan dektrorotatory
(+) memutar ke kanan searah putaran jarum jam.
Hasil sintesa asam amino umumnya tidak stereospesifik atau
berupa campuran rasemat
Campuran rasemat mengandung pasangan enansiomer dalam
jumlah yang sama (1:1)

01/06/24 12
 Sifat keasaman - kebasaan
Jika suatu kristal asam amino, seperti alanin dilarutkan
dalam air, maka molekul ini berbentuk ion dipolar, yang
dapat berperan sebagai asam (donor proton) dan sebagai
basa (akseptor proton)
Senyawa yang mempunyai kedua sifat ini disebut amfoter
Semua asam amino sedikitnya memiliki 2 gugus yang
dapat terionisasi sehingga dapat bermuatan +, - dan
netral, tergantung kepada pH lingkungannya.
pKa gugus karboksilat pada C2: 1.8 – 2.8
pKa gugus amino pada C2: 8.8 – 10.6
Asam amino asam dan basa memiliki gugus yang dapat
terionisasi pada rantai sampingnya.

01/06/24 13
Kurva Dissosiasi
Histidin

pKa COOH: 1.8

pKa NH2: 9.2
pKa gugus imidazol:
6.0
Pada pH 0.5 muatan
total Histidin: +2
pH 5: +1
pH 7.6: 0
pH 11: -1

01/06/24 14
 Keadaan dimana muatan positif dan muatan
negatif suatu asam amino berimbang/muatan
total nol: Titik isoelektrik
pH isoelektrik: pH dimana tercapainya
kesetimbangan tersebut
Pada titik isoelektrik, asam amino disebut
juga zwitterion
Pada pH asam, kelarutan asam amino
meningkat karena ion karboksilat mengambil
proton dari larutan, akibatnya asam amino
bermuatan+
Pada pH basa, asam amino bermuatan –

01/06/24 15
 Ikatan Peptida
Gabungan asam amino yang gugus amino
alfa dari asam amino1 berikatan dengan
gugus karboksilat alfa dari asam amino2,
membentuk ikatan peptida
Semua asam amino yang terikat pada
peptida: Residu asam amino

01/06/24 16
 Residu Ujung N: semua asam amino yang salah satu ujung rantai
mempunyai gugus amino bebas (N terminal)
Residu ujung C: semua asam amino dengan asam karboksilat
bebas pada ujung lainnya (C terminal)
Dua asam amino dapat disatukan oleh satu ikatan peptida
membentuk dipeptida
Tiga asam amino dapat disatukan oleh dua ikatan peptida
membentuk tripeptida, dan seterusnya.
Polipeptida: peptida yang mengandung >10 residu asam amino
Urutan residu asam amino dalam peptida disebut runtunan asam
amino dari molekul tersebut

01/06/24 17
 In principle, another “peptide” (or
“amide”) bond can be formed at
either end of the polymer chain (note:
for peptides synthesized on the
ribosome, new bonds always form at
the C-terminus

01/06/24 18
01/06/24 19
 Hormon Peptida
Nama peptida ditulis berdasarkan residu asam amino
penyusunnya
Penulisannya ditulis dari kiri ke kanan dimulai dari N-ujung
Untuk menyingkat penulisan, residu asam amino ditulis 3
huruf atau 1 huruf saja
Efek faal dari hormon peptida berkaitan erat dengan
runtunan asam aminonya
Hormon oksitosin dan vasopresin

01/06/24 20
Proses penambahan asam
Protein
amino pada rantai peptida
dapat berlangsung terus. Jika
jumlah residu asam amino
>100, maka peptida ini:
PROTEIN
Makromolekul yang paling
berlimpah dan menyusun lebih
dari setengan berat kering
semua organisme
Protein murni dapat berbentuk
kristal
Gambar a: Kristal tripsin murni
(enzim pencernaan)
Gambar b: sitokrom c, protein
pembawa elektron pada
mitokondria a b

01/06/24 21
 Tubuh manusia mengandung lebih dari
100.000 jenis protein dengan fungsi yang
beranekaragam
Protein dapat digolongkan berdasarkan
fungsi faalnya
Protein sederhana: molekul yang hanya
tersusun dari satu atau beberapa rantai
peptida
Protein konyugasi adalah protein yang
mengandung bukan protein (gugus prostetik)
Gugus prostetik: ion logam atau molekul
organik kecil (asam fosfat, pigmen, kh dan
lipid)

01/06/24 22
 BM Protein
Protein Jumlah Jumlah
BM
Res rantai
Insulin (Sapi) 5.733 51 2
Ribonuklease (Pankreas sapi) 12.640 124 1
Lisosim (putih telur) 13.930 129 1
Mioglobin (jantung kuda) 16.890 153 1
Kimotripsin (pankreas sapi) 22.600 241 3
Hemoglobin (manusia) 64.500 574 4
Serum albumin (manusia) 68.500 ~ 550 1
Heksokinase (ragi) 102.000 ~ 800 2
Globulin (kuda) 149.900 ~ 1250 4
Glutamat dehidrogenase 1.000.000 ~ 8300 ~ 40

01/06/24 23
 Analisa Kualitatif Protein

Reaksi Ninhidrin
spesifik untuk asam
amino, peptida dan
protein
Reaksi Biuret
Larutan CuSO4
dalam suasana
basa

01/06/24 24
 Protein Konyugasi
Fosfoprotein: Kasein
Kromoprotein: protein yang terikat dengan
pigmen atau zat warna (hemoglobin, sitokrom
oksidase, rodopsin)
Glikoprotein dan mukopolisarida
(glikosaminglikan): protein yang terikat
dengan KH
Lipoprotein: kelompok protein yang banyak
terdapat dalam plasma darah, mitokondria
(kilomikron, VLDL, LDL, HDL)

01/06/24 25
 Protein Konyugasi
Golongan Gugus Prostetik Contoh
Lipoprotein Lipid β-Lipoprotein
Glikoprotein Karbohidrat γ-Globulin
Fosfoprotein Gugus fosfat Kasein susu
Hemoprotein Heme Hemoglobin
Flavoprotein Flavin nukleotida Suksinat dehidrogenase
Metaloprotein Besi, seng Ferritin, alkohol dehidro
genase

01/06/24 26
 Fungsi Protein
1. Pembentuk jaringan struktural:
kolagen, histon, keratin, fibroin, elastin,
proteoglikan
2. Pengangkut/transport: hemoglobin,
albumin, mioglobin, lipoprotein
3. Pelindung dan pertahanan:
antibodi/immonoglobulin G, fibrinogen,
trombin, bisa ular, risin
4. Pengatur aktifitas sel atau fisiologis:
insulin, hormon tumbuh, kortikotropin.
5. Katalisator: enzim laktat
dehidrogenase, glutamin sintetase
6. Penggerak; pengerutan dan
pmanjangan otot diakibatkan interaksi
protein aktin dan miosin.Tubulin
pembentuk mikrotubul.
7. Protein nutrien dan penyimpan yang
dibutuhkan untuk pertumbuhan embrio
tanaman: gliadin, ovalbumin, kasein,
ferritin
01/06/24 27
 Hemoglobin: terdapat di dalam sel darah merah,
mengikat O2 dari paru-paru ke jaringan perifer
Lipoprotein: terdapat di dalam plasma darah,
membawa lipid dari hati ke organ/jaringan lain
Ovalbumin: protein utama putih telur
Kasein: protein utama susu
Ferritin: protein penyimpan zat besi yang terdapat di
dalam jaringan mamalia
Aktin dan miosin: protein filamen yang berfungsi di
dalam sistim kontraktil otot kerangka.
Tubulin: protein pembentuk mikrotubul, kompenen
penting bagi flagella dan silia penggerak sel.
Kolagen: protein serat utama pada urat dan tulang
rawan
Elastin: protein serat yang terdapat pada persendian
Keratin: protein serat utama pada rambut, kuku dan
bulu burung

01/06/24 28
 Fibroin: protein serat utama pada serat sutra
dan jaring laba-laba
Immunoglobulin: protein yang dibuat limfosit
untuk melindungi dan melawan serangan
bakteri, virus dan protein asing lainnya.
Fibrinogen dan trombin: protein yang
berfungsi dalam proses koagulasi darah,
menjaga tubuh kehilangan darah jika sistim
pembuluh terluka
Bisa ular, toksin bakteri: protein yang
berfungsi dalam pertahanan tubuh
Insulin: protein/hormon yang mengatur
metabolisme gula

01/06/24 29
 Bentuk Protein

Berdasarkan bentuk dan sifat-sifat

fisik tertentu, protein dibagi
menjadi 2 golongan:
a. Protein globular, berbentuk
seperti bola dan larut dalam air
b. Protein serat, berbentuk seperti
batang panjang dengan kekuatan
mekanis tinggi dan tidak larut air

01/06/24 30
 Konformasi Rantai
Rantai peptida dari protein sejenis selalu
terlipat dengan cara yang sama

Pelipatan rantai peptida membentuk molekul

protein tertentu: Konformasi rantai protein

Faktor yang menentukan: runtunan residu

asam amino suatu protein

01/06/24 31
 Pelipatan rantai peptida dipengaruhi oleh beberapa
gaya/ikatan yang terjadi diantara gugus rantai
samping asam amino dalam rantai peptida yang
sama atau antar rantai peptida

Jenis gaya/ikatan yang menyebabkan terbentuknya

pelipatan protein:
1. Ikatan H di dalam dan diantara masing-masing
rantai peptida
2. Ikatan kovalen, seperti ikatan peptida dan ikatan
disulfida
3. Ikatan tak kovalen, seperti ikatan elektrostatik/ion,
ikatan tidak mengutub/hidrofob dan ikatan van
der walls

01/06/24 32
 Ikatan Disulfida: terbentuk diantara dua
gugus –SH sistein, yang dapat
mengakibatkan menggulungnya rantai
peptida tunggal atau menghubungkan dua
rantai peptida terpisah
Ikatan ion=jembatan garam, terbentuk di
antara ion karboksilat bermuatan negatif dari
rantai samping aspartat atau glutamat dan
ggs amino bermuatan positif dari rantai
samping lisin atau arginin
Ikatan H, terbentuk diantara pemberi H, yaitu
N-H amida dari suatu ikatan peptida dan
penerimanya, yaitu karbonil dari ikatan
peptida lainnya

01/06/24 33
 Struktur Protein
Struktur Primer
Runtunan residu asam amino yang terdapat
pada rantai peptida

Struktur Sekunder
Bentuk konformasi rantai peptida yang stabil
oleh adanya gaya/ikatan yang terdapat pada
rantai peptida, seperti struktur alfa heliks,
lembaran terlipat beta dan beta turn.

01/06/24 34
 Struktur Tersier
merupakan konformasi struktur 3
dimensi protein yang aktif biologis.
Bentuk struktur ini ditentukan dengan
cara difraksi sinar x terhadap kristal
protein murni.

Dari hasil analisa itu diperoleh data

kerapatan/densiti elektron di dalam
kristal dan dengan bantuan komputer
dapat ditentukan struktur molekul
protein tersebut
01/06/24 35
 Struktur Kuartener
Molekul protein umumnya berbentuk
kovalen simetris yang terikat dengan
adanya ikatan non kovalen sehingga
membentuk komplek yang disebut
Oligomer dan komponen individualnya
disebut subunit atau monomer
(umumnya terdapat 2 – 12 monomer)

01/06/24 36
Struktur Sekunder

1. Alfa Heliks
Merupakan rantai peptida
yang melilit membentuk spiral
yang berputar ke kanan
Bentuk heliks ini stabil karena
adanya ikatan H di dalam satu
rantai peptida, yang terbentuk
antara atom H (dari NH) dan
atom O (dari CO) dengan
jarak 4 residu asam amino
Satu putaran/lilitan penuh
mengandung 3.6 residu asam
amino

01/06/24 37
 Struktur Sekunder
2. Struktur Lembaran Terlipat Beta

Terdiri dari beberapa

rantai peptida yang
tersusun bersisian
membentuk struktur yang
menyerupai lembaran
yang terlipat-lipat
Bentuk struktur ini stabil
karena adanya ikatan H
yang terbentuk diantara
rantai peptida
Antiparalel dan paralel

01/06/24 38
Struktur Sekunder
3. Struktur Beta Turn
Terdiri dari empat residu asam amino membentuk sudut
180°
Bentuk struktur ini stabil karena adanya ikatan hidrogen
antara residu asam amino 1 dan asam amino 4.

01/06/24 39
 Protein Serat
Protein serat menghasilkan struktur
ekstrasellular yang stabil secara mekanis.
Sebagian besar protein ini terdiri dari
sejumlah besar struktur sekunder; alfa
heliks atau lembaran terlipat beta.

01/06/24 40
 Protein Serat
Protein serat utama pada
rambut, bulu (wool), dan kuku
1. Alfa Keratin
Struktur ini tersusun dari empat
rantai peptida alfa heliks yang
saling melilit kearah kiri
membentuk superheliks
delapan superheliks yang
bergabung disebut protofilament
Protofilament yang kemudian
bergabung dengan protofilamen
lainnya membentuk intermediat
filament (terdapat pada rambut,
diameter 10 nm)

01/06/24 41
 Kestabilan struktur ini terjadi karena
adanya ikatan disulfida di dalam dan
diantara rantai peptida
Kestabilan ikatan disulfida dapat
dimanfaatkan dalam usaha ‘Hair Style’

01/06/24 42
 2. Beta Keratin/Fibroin

Protein serat utama pada serat

sutra dan jaring laba-laba
Struktur ini tersusun dari beberapa
lapisan lembaran terlipat beta
Lebih dari 80% residu asam amino
penyusunnya terdiri dari: glisin,
serin dan alanin, 3 asam amino
dengan gugus R terpendek

01/06/24 43
 3. Kolagen
Protein serat utama yang terdapat
pada mamalia, mencapai 25% dari
jumlah total protein tubuh
Kolagen terbentuk dari 3 rantai
peptida, masing-masing rantai
berstruktur kolagen heliks (putar kiri,
1 putaran mengandung 3,3 residu
asam amino)
Kolagen mengandung asam amino
khusus dan terdiri dari 30% glisin,
10% prolin dan 10% hidroksiprolin

01/06/24 44
 Protein Globular
Merupakan protein dengan struktur yang
lebih komplek dibandingkan protein serat.
Meskipun demikian struktur protein ini dan
konformasi rantai peptidanya dapat
ditentukan dengan cara kristalografi dan
penentuan struktur kristal dengan metoda
difraksi sinar x
Umumnya protein ini terdiri dari sejumlah
besar struktur sekunder; alfa heliks dan
lembaran terlipat beta sekaligus.

01/06/24 45
 Insulin
1. Struktur Primer
Insulin merupakan protein pertama yang runtunan asam amino pada
rantai peptidanya teridentifikasi.Molekul ini mempunyai dua rantai
peptida, rantai A dengan 21 dan rantai B dengan 30 residu asam
amino. Kedua rantai disambung oleh dua jembatan disulfida dan satu
internal

01/06/24 46
 Insulin
2. Struktur Sekunder
Konformasi rantai peptida yang stabil
oleh adanya ikatan H. Rantai peptida
insulin mengandung 57% struktur alga
heliks, 6% struktur lembaran terlipat
beta, 10% beta turn dan 27% struktur
acak

01/06/24 47
01/06/24 48
 Struktur Tersier dan Kuartener

01/06/24 49
 Insulin
Struktur Tersier
Dari hasil analisis kristalografi sinar
x monomer insulin diperoleh hasil
bahwa pada rantai peptida A
terdapat 2 alfa heliks pendek dan
rantai B satu alfa heliks yang lebih
panjang

01/06/24 50
 Insulin
Struktur Kuartener
Di dalam darah insulin berbentuk
dimer.
Insulin yang terdapat di dalam sel
pankreas berbentuk heksamer
yang distabilisasi oleh ion Zn+2

01/06/24 51
 Denaturasi
Protein dengan bentuk konformasi
normal dan aktif biologis
merupakan protein dalam keadaan
alami (natif)
Perubahan bentuk konformasi
protein menyebabkan protein tidak
aktif akibat putusnya ikatan
disulfida atau terganggunya gaya
tarik lemah : Denaturasi Protein

01/06/24 52
 Denaturasi
Denaturasi terjadi
karena:
1. Pemanasan
2. pH ekstrim
3. Pelarut organik
4. Larutan Urea pekat
5. detergent

01/06/24 53