First-principles electronic structure calculations

• 简介
• 基本任务
• 输入文件
• 输出文件
• 程序举例
• 操作界面
简介— VASP 是什么

• 全称 Vienna Ab-inito Simulation Package

• 是一个采用平面波赝势 ( 或缀加投影波 ) 方法进行
从头模拟的软件包。
• 是目前材料模拟和计算材料科学研究中非常流行
的商用软件之一。
 基本任务

crystal structure 晶体结构基本性质计算

• Electronic Structure
• Magnetic properties
• Optimize parameters
• Structural relaxation

basic characters of surface system 表面体系的基本性质的计算

......
输入文件

pseudopotentail file （赝势文件，软件本身具有，

POTCAR
用时选择合理的即可）

KPOINTS Brillouin zone sampling （ k 点取样设置文件）

POSCAR structural data （描述体系结构的文件）

INCAR steering parameters （计算控制参数文件）

 INCAR 输入文件：设置程序控制参数的值
System 、 ISTART 、 ENCUT 、 NELM 、 EDIFF 、 EDIFFG 、
GGA 、 NPAR 、 NSW 、 IBRION 、 ISIF 、 ISYM 、
LWAVE 、 LCHARG
例：静态计算 等
( 计算总能和自洽的电荷密度 )时
经验推荐自己手
SYSTEM = Silicon 设置标题，以说明所计算的体系 动设置 ENCUT,
ENCUT = 350 设置平面波切断动能 ( 不采用默认值 ) SYSTEM,
ISTART = 0 说明这次计算是一次全新的计算 ISTART,
ICHARG = 2 按体系中的原子构造初始的原子密度
ICHARG,
ISMEAR = -5 采用四面体方法
EDIFF = 1E-5 电子迭代的收敛标准是 1E-5
ISMEAR,
PREC = Accurate 精度为 Accurate EDIFF, PREC
等的值。

☺可以在一行设置多个关键词（即参数）的值，但是每个关键值之间用分
号 (;) 隔开。如 ISMEAR= 0; SIGMA= 0.2 。
☺当想不用 INCAR 中某个关键词的值时，在该行前面加上井号 (#) 注释
掉，如 #ISMEAR=0; SIGMA = 0.2
POSCAR 输入文件：描述体系结构

例 :SiC 体系的 POSCAR 文件

Cubic SiC 设置体系的名称

3.57 晶格常数或缩放系数
0.0 0.5 0.5
0.5 0.0 0.5 原胞 ( 或晶胞 ) 的基矢
0.5 0.5 0.0
1 1 每类原子的个数
Direct 确定按何种坐标来写原子位置
0.00 0.00 0.00 第一个坐标
0.25 0.25 0.25 第二个坐标
TiO2_anatase.cell
隐藏文件
 命名为 TiO2
缩放倍数为 1
基矢
体系中有 8 个
氧原子， 4 和
钛原子

各个原子的坐标
 KPOINTS 输入文件 : 控制 K 点的选取方式
• 按普通格式手动输入各个 k 点 ( 推荐用在计算能带时 )
k-points entered manually 标题或注释行，无特别意义
5 K 点的数目
Reciprocal 以字母 R 开头表示 k 点是按倒格子坐标系
0.500 0.000 0.500 1.00 前三个数是 k 点的坐标，最后一个数是相应 k
0.475 0.000 0.475 1.00 点的权重 ( 下面共 5 个 k 点 )
0.450 0.000 0.450 1.00
0.425 0.000 0.425 1.00
0.400 0.000 0.400 1.00

• 程序自动产生 K 点（最常用的，定义网格取样大小）
Automatic genetation 注释行
0 自动产生 K 点，这一行必须设为 0
Monkorst-Pack Monhkorst-Pack 方法产生 K 点
9 9 9 在各个基矢方向上分割基矢的点数
0.0 0.0 0.0 是否移动网格点以及移动多少（这里不移
动）
POTCAR 输入文件 : 赝势文件
Si 的一种势函数的部分内容
US Si
4.00000000000000000
parameters from PSCTR are:
VRHFIN =Si: s2p2
LEXCH = CA
EATOM = 115.7612 eV, 8.5082 Ry
GGA = -1.4125 -1.4408 .0293 -.9884 eV

TITEL = US Si
LULTRA = T use ultrasoft PP ?
IUNSCR = 1 unscreen: 0-lin 1-nonlin 2-no
RPACOR = 1.580 partial core radius
POMASS = 28.085; ZVAL = 4.000 mass and valenz
RCORE = 2.480 outmost cutoff radius
RWIGS = 2.480; RWIGS = 1.312 wigner-seitz radius (au A)
ENMAX = 150.544; ENMIN = 112.908 eV
EAUG = 241.945
…………
输出文件
OUTCAR : 最主要的输出文件
DOSCAR : 电子态密度文件
EIGENVAL : 本征值文件
OSZICAR : 每次迭代或原子迟豫 ( 或 MD) 的信息
CHG 和 CHGCAR : 电荷密度文件
WAVECAR : 波函数文件
CONTCAR : 原子迟豫或 MD 后的体系结构文件
IBZKPT : 布里渊区中的 k 点
PCDAT : 对关联函数
XDATCAR : 在 MD 时 , 原子位置变化的跟踪文件
PROCAR 和 PROOUT : 波函数投影或分解的文件
LOCPOT : 总的局域势
ELFCAR : 电子局域函数
程序举例
用 VASP 求 TiO2 的电子态密度和能带，分如下几步 :

(1). 生成 4 个输入文件 :
POSCAR 、 POTCAR 、 INCAR 、 KPOINTS

(2). 优化晶格参数 , 求出能量最低所对应的晶格参数；

(3). 固定晶格常数静态计算，得到后面计算要用到的电荷密度；

(4). 静态计算之后，固定电荷密度 , 分别做非自洽的能带和态密度

计 算；

(5). 从输出文件 EIGENVAL 、 DOSCAR 中提取数据 , 画图 。

(1). 生成 4 个输入文件 : POSCAR POTCAR KPOINTS INCAR
TiO2
1.00000000000000
3.776000000000000 0.000000000000000 0.000000000000000
SYSTEM = TiO2
0.000000000000000 3.776000000000000 0.000000000000000
PREC = Accurate
0.000000000000000 0.000000000000000 9.486000000000001
K-Points
8 4 NSW = 200
0
Direct ENCUT = 400 VASP 提供的
Monkhorst Pack
ISTART = 0 0.0000000000000000 0.2080000000000000
0.0000000000000000 各种 POTCAR
ICHARG = 2 4 4 4
0.5000000000000000 0.5000000000000000 0.7080000000000000
0 0 0
IBRION = 1 0.5000000000000000
0.0000000000000000 0.4580000000000000
ISIF = 3
0.5000000000000000 0.0000000000000000 0.9580000000000000
EDIFFG = -0.010.0000000000000000 0.5420000000000000
0.5000000000000000
ADDGRID= .True.
0.0000000000000000 0.5000000000000000 0.0420000000000000
ISMEAR = 0 0.5000000000000000 0.2920000000000000
0.5000000000000000
SIGMA = 0.1 0.0000000000000000 -0.2080000000000000
0.0000000000000000
0.0000000000000000 0.0000000000000000 0.0000000000000000
0.5000000000000000 0.5000000000000000 0.5000000000000000
0.0000000000000000 0.5000000000000000 0.2500000000000000
0.5000000000000000 0.0000000000000000 0.7500000000000000
(2). 优化晶格参数

• 运行 VASP ，从输出文件 CONTCAR 中查看优化之后的晶

格常数。
（ 3 ）固定晶格常数静态计算，得到后面计算要用到的电荷
密度。
TiO2
1.00000000000000
SYSTEM = TiO2
3.7845101342259402
PREC = Accurate 0.0000000000000000
0.0000000000000000
NSW = 0 K-Points
0.0000000000000000
ENCUT = 400 3.7845101342259402
0 VASP 提供的
0.0000000000000000
ISTART = 0 Monkhorst Pack 各种 POTCAR
0.0000000000000000
ICHARG = 2 0.0000000000000000
4 4 4
9.5188386396340263
IBRION = -1 0 0 0
8ISMEAR
4 =0
Direct
SIGMA = 0.10
0.0000000000000000
# ISIF = 2 0.0000000000000000 0.2089585899816485
0.5000000000000000
IALGO = 48 0.5000000000000000 0.7089585899816486
0.0000000000000000 0.5000000000000000 0.4589585899816485
0.5000000000000000 0.0000000000000000 0.9589585899816486 将 CONTCAR
0.5000000000000000 0.0000000000000000 0.5410414100183514 中得到的数据
0.0000000000000000 0.5000000000000000 0.0410414100183514 拷贝到
0.5000000000000000 0.5000000000000000 0.2910414100183515
POSCAR 中
0.0000000000000000 0.0000000000000000 0.7910414100183514
0.0000000000000000 0.0000000000000000 0.0000000000000000
0.5000000000000000 0.5000000000000000 0.5000000000000000
(4). 静态计算之后，进行能带计算

k-points along high symmetry

SYSTEM = TiO2 lines
PREC = Accurate 5252626
NSW = 0 Line-mode
ENCUT = 400 rec
ISTART = 1 0.000 0.000 0.000 ! gamma VASP 提供的
ICHARG = 11 0.000 0.500 0.000 ! X 各种 POTCAR
# IBRION = -1 0.000 0.500 0.000 ! X
# ISMEAR = -5 0.000 0.500 0.500 ! R
# ISIF = 3 0.000 0.500 0.500 ! R
IALGO = 48 0.000 0.000 0.500 ! Z
NELMDL = -5 0.000 0.000 0.500 ! Z
ISPIN = 2 0.000 0.000 0.000 ! gamma
NELMDL = -5 0.000 0.000 0.000 ! gamma
0.500 0.500 0.000 ! M
0.500 0.500 0.000 ! M
0.500 0.500 0.500 ! A
0.500 0.500 0.500 ! A
0.000 0.000 0.500 ! Z
运行 VASP, 从输出文件 EIGENVAL 中提出数据作图

计算得到的能带图
(4). 静态计算之后，同时进行态密度计算

SYSTEM = TiO2
PREC = Accurate
NSW = 0 K-Points
ENCUT = 400 0 VASP 提供的
ISTART = 1 Monkhorst Pack 各种 POTCAR
ICHARG = 11 8 8 8
#IBRION = -1 0 0 0
ISMEAR = 0
SIGMA = 0.1
# ISIF = 2
IALGO = 48
NPAR=1
LORBIT = 10
NELMDL = -5
运行 VASP, 从输出文件 DOSCAR 中提出数据作出总态密度
和分态密度图

80
TDOS
60
40
DOS(1/eV)

20
0
4 Ti 3d
3 O 2p
2
1
0
-7 -6 -5 -4 -3 -2 -1 0 1 2 3 4 5 6 7
Energy（eV）
WinSCP 和 putty 软件操作说
明
 WinSCP

• SCP 是安全 copy 协议的意思。

Safety copy protocol
• winSCP 是一个实现了这个协议的 windows exe 程序。
就像 FlashFXP 和 FTP 的关系一样。

• 将软件拷贝在自己电脑上，无须安装，
直接双击图示的快捷方式即可
 ! 用户名： class
打开后的界面 密 码：
vasp2011

写好上面标注的内容后点 login 进
入
 分
别
双
击
进
进入后的界面， 入
自
左侧为自己电 己
脑 windows ， 姓
右侧为 linux 下 名
内容 对
应
的
文
件
夹
里
 1 ）以” 01gaoxiao” 为例，进入
之后的界面如图；加深标记的
INCAR 、 KPOINTS 、 POSCAR
是需要自己写的三个输入文件；
2 ）双击即可打开文件进行写入。
3 ）写完 3 个输入文件保存即可。
 前面的部分是输入文件的书写过
程，写好输入文件之后需要使用 putty 软件
提交任务，下面主要讲解如何提交任务和
几个常用的命令。
 Putty —— 远程登录工具

• Putty 是一个免费的、 Windows 32 平台下的

telnet 、 rlogin 和 ssh 客户端，但是功能丝毫不逊色于商
业的 telnet 类工具。用它来远程管理 Linux 十分好用。
• 其主要优点如下：
◆ 完全免费 ;
◆ 在 Windows 9x/NT/2000 下运行的都非常好 ;
◆ 全面支持 ssh1 和 ssh2 ；
◆ 绿色软件，无需安装，下载后在桌面建个快捷方式即
可使用；
◆ 体积很小，操作简单，所有的操作都在一个控制面板
中实现。
使用方法和 WinSCP 一样，无须安装，直接
将文件
拷贝到
夹 自己电脑上，双击图示的快
捷方式即可打开。

注意： Putty 中，选中即为复制，右击即

为粘贴，和 windows 下不同！
 Linux 下常用命令

PBS 提交作业用到的命令
• ls / 查看某目录下的文件
• cd / 改变当前目录 qsub — 用于提交作业脚本
• cd ../ 格式则退回到上一级目
qstat — 用于查询作业状态信息
录。
qstat –n— 列出分配给此作业的结点
• cp / 拷贝文件
qdel — 用于删除已提交的作业
• rm / 删除文件或目录
• man / 查看某命令相关用法
• mv / 移走目录或改文件名
• cat / 显示某个文件的内容
填写好以上标记的几项
后打开即可。
! 用户名： class

密 码：
vasp2011
 vasp2011

1) 输入用户名
2) 回车
3) 输入密码
4) 回车
ls 命令：用于查看当前所在的目录下有哪些输入文件
使用方法：输入 ls ，回车
 cd 命令：用于进入当前目录下的某个文件
夹
使用方法：输入 cd+ 空格 + 要进入的文件
夹 名称，如： cd 01gaoxiao
提交作业的命令： qsub 空格 pbs ，回车即可
如图所示
qsub pbs 提交作业之后，系统会自动分配给一个作业号
如下图的 3729.cluster.hpc.org
qdel ：删除作业命令
使用方法： qdel 空格 + 作业号
如： qdel 3279.cluster.hpc.org
 qstat 命令：查看作业的状态
使用方法：输入 qstat 后回车即可
qstat 命令

qstat 之后，查看 S 下面对应的状态：

• 若为 R ，则表示作业正常运行，若为 Q ，则表示机器被
占满，任务正等待运行，稍等即可。
• 若 qstat 之后看不到自己的作业，则有两种情况： 1 ）作
业已经计算完毕； 2 ）作业出错，回去检查输入文件是否
有错误，可以参考 out 文件中的输出内容来判断。
保存文件

• 直接在 WinSCP 中单击选中要保存的文件，将其

拖拽到左侧 windows 下的目录中，在弹出的对话
框中选择 copy 即可，之后就能在自己电脑上相应
的目录下找到该文件了。
Thank you