Evrimsel genomiks

Molekler biyologlar evrimsel

biyologlara dntrd
Model organizma vs allan herhangi
bir organizma (tr) ztln
andrmakta
ki alma sistemi ekseninde ytlyor
Hipotez-model kurumu eksenli
populasyon biyolojisi yaklam: bir
problem matematiksel olarak soyut
biimde tanmlanr, veriler modele
uygunluklar asndan snanr-basit,
gereklie ou kez uymayan,
genomik verilerin modelden byk
sapma gstermesi ile tipik.
HMS Beaglen gezisine benzer; ne ile
karlalaca bilinmeden yaplan
keif yolculuu: genomlarn nasl
farkllatn gsterebilmesiyle tipik-
klasik model kurgusundan bamsz
olmakla-tpk 1800lerin doa tarihi
almalarndaki gibi-byk bir bilme
iath yaratan veri kataloglama ile tipik
(Clark, 2006). TANIMLAYICI
GENOMKS.
TANIMLAYICI GENOMKS
Genom yapsnn iaret ettii gerekler
Duplikasyonlarn genetik eitlilik yaratc rol
- insan genomundaki duplikasyonlarn 1/3ten fazlasnn empanze
genomunda blunmamas; duplikasyon srecinin, en yakn ortak
atadan bu yana, tekli nkleotid yer deitirim srecinin yaptndan
daha fazla nkleotid deiimi oluturmas.
sinteninin devam ettirilmesindeki deikenlik
- rastgele bir olgu ya da ilevsel bir nedeni olan genomik bir
organizasyon dzeyine dikkat eken bir durum?
TANIMLAYICI GENOMKS
Genom bykl analizleri: ilevsel
nedensellii olan genom klmeleri
- genlere ihtiya duyulmad zaman-zellikle parazitik bir yaam
tercihi ile-genlerin yitirilmesi.
Parazitik bitkilerin fotosentezde i gren nemli genlerinden bazlarn
yitirmesi
Carsonella ruddii
Genomu en kk organizma-
bakteriyel (psilid ve afid)
simbiyont ~169 Mb
182 ORF : yarsndan fazlas
(% 52.2) yalnzca translasyon
ve aa sentezine ayrlm
Son derece youn ve akan
genlerden olumu bir genom
Pek ok yaamsal ilev geni
bulunmuyor
zsu ile beslenen pslid ve
afidlerde aa azlna bal
konvergent (Buchnera ile)
evrim
Buchneria aphidicola BCc
~416 Mb genom
362 protein kodlayc gen
Gen yitimi ile genom klmesi
Trp ve riboflavin sentezi yapamyor
(konak kstlanabiliyor)
DNA onarm olduka indirgenmi
(yksek mutasyon oran)
Nkleotid, kofaktr,hcre zar ve
tanm sistemi bileenlerinin
sentezine ilikin ciddi gen yitimi
Ancak pasif metabolit deiimine
olanak veren serbest-difuzyon
Dizileri olduka hzl evrimleiyor
dS>dN : Protein kodlayan genlerinin
ou saflatrc (purifying) seilim
altnda
Serratia symbiotica (bir dier
simbiyont)
Baz genel yapsal zellikler
Hareketli genetik element yaygnl-
horizontal transfer-tr flogenisinden sapma
ntrogression izleri
levsel motifler-korunmu blgeler
nsan 19. kromozomu; APOE
Genom bykl evrimi
Prokaryot gen repartuar dinamii
ki tr arasndaki farklln genom
dalm: insan ve empanze
Deniz kestanesi genomu
814 milyon DNA baz
23.500 gen
Sanlandan daha karmak
baklk ve alg-duyu sistemi
nsan ve dier omurgallarda
da temel ilevi olan pek ok
gen
sinekler ve solucanlarda
bulunan bir ok geni iermiyor
Kolopterler,yengeler v.b.den
daha ok omurgalya benziyor
Trlemenin genomiksi
D. melanogaster : Hzl eleen-yava eleen
erkek baars
Microarray ile transkript deikenlii
3557 gen etkisine iaret eden transkript deiimi
Kresel genomiks
Kresel genomiks
Okunan 7.7 milyon dizi (6.3 milyar b..)
Evrimsel, taksonomik, biyokimyasal farkllk yaratacak binlerce
protein : 6.12 milyon protein
Bugne dek varl bilinmeyen yzlerce protein