ORGANIZACIJA HUMANOG

GENOMA
1.1% 4%
PROTEIN-KODIRAJUI GENI
Gen predstavlja fiziku i funkcionalnu jedinicu
nasleivanja, koja prenosi poruku iz generacije u
generaciju, a ini ga deo DNK potreban za
sintezu jednog funkcionalnog proteina ili jednog
molekula RNK.

Dva tipa strukturnih gena:
- nekodirajudi RNK geni
- protein-kodirajudi geni
UDEO PROTEIN-KODIRAJUDIH GENA U GENOMU
OVEKA
Do oktobra 2004. godine potvreno 19.599 protein-
-kodirajudih gena + 2.188 potencijalnih
1,1% od ukupnog genoma ine protein-kodirajudi geni
ORGANIZACIJA PROTEIN-KODIRAJUDIH GENA
VELIINA GENA

- prosena veliina iznosi oko 27 kb
- najmanji gen 500 nukleotida, nema introna, kodira
histonski protein H4
- najvedi gen 2.4 Mb za distrofin, transkripcija 16 sati


- gen za apolipoprotein B 45 kb, protein ima 4563 AK
- gen za distrofin 2.4 Mb, protein ima 3685 AK
- protein-kodirajudi gen je definisan duinom primarnog
transkripta
RAZNOLIKOST U ORGANIZACIJI EGZONA I INTRONA
- geni bez introna su male veliine
- duina egzona nije uporediva sa duinom gena
- veliki geni imaju velike introne (izuzeci gen za kolagen tipa 7 i titin)
- evolucija favorizuje kratke introne u genima koji se uestalo transkribuju

- Raznolikost u repetitivnom DNK
sadraju
- Bidirekciona organizacija gena

- Delimino preklapajudi geni
(HLA kompleks) 9% od protein-
kodirajudih gena je preklopljeno
- Od toga 90% je transkribovano sa
suprotnih lanaca DNK
Geni unutar gena
Intron 26 NF1 gena sadri tri interna gena
Policistronske transkripcione jedinice
- kod oveka u mitohondrijalnom genomu i velikim
rRNK genskim grupama

- protein-kodirajude bicistronske transkripcione
jedinice:

- i lanci insulina, funkcionalno povezani

- ubikvitin i ribozomalni protein, funkcionalno
razliiti (kodirani od strane UBA52 i UBA80)
- Hromozom 1 ima 2.146 protein-kodirajudih gena, najvedi
je
- Hromozom Y ima 86 protein-kodirajudih gena, jedan je
od najmanjih
HROMOZOM 1 HROMOZOM Y

FUNKCIJA PROTEIN-KODIRAJUDIH GENA
Funkcija protein-kodirajudih gena je da informaciju koja se nalazi u nukleotidnoj
sekvenci DNK, procesima transkripcije i translacije, prilikom kojih kao finalni
produkt nastaje protein, pretvori u korisnu bioloku funkciju.
funkcionalno identini geni
primeri: gen za -globin
geni za histone i ubikvitin

funkcionalno slini geni
primer: -globin i -globin grupe gena
HOX homeobox familija gena

funkcionalno povezani geni
- podjedinice istih proteina
- komponente istog metabolikog puta
- specifino vezivanje (ligandi i receptori)
Familije gena
Grupa gena sa zajednikim karakteristikama
Slina DNK sekvenca
Genski proizvodi slini po funkciji i strukturi
Kriterijumi za grupisanje gena u familije (sistem
klasifikacije gena se razvija kako se sve vie zna o
strukturi i funkciji gena i njihovim odnosima).

Familije gena
Funkcionalno slini geni su povremeno u klasterima, ali i
rasuti u genomu
Klasine genske familije
Visok stepen homologije (histonske i globinske
familije)

Genske familije odreene konzerviranom
aminokiselinskom sekvencom
DEAD box (Asp-Glu-Ala-Asp)
WD familija ponovaka (Try-Asp)
Genske superfamilije
Funkcionalno povezani produkti
Primeri:
1. Superfamilija imunoglobulina- razlika na
nivou sekvenci; funkcionalna slinost
2. Globinska superfamilija- alfa-globina, beta-
globin, neuroglobin
3. Superfamilija G-protein receptora-ligand
zavisni receptori
- Ig superfamilija
- elijski receptori
Slina struktura domena
Organizacija gena u familijama gena
Klasifikacija:
1. Gusto grupisani geni (histonska familija)
2. Geni raireni na razliitim hromozomskim
lokacijama (viestruki genski klasteri)

Organizacija u okviru jednog klastera
Postoje zahvaljujudi tandemskim genskim
duplikacijama
Razliite organizacije:
1. Tandemska genska organizacija
2. Bliski klasteri
3. Sloeni klasteri
Klasteri genskih familija
Hormon rasta 5 kopija (67kb)
a globin 7 kopija (50kb)
Hox geni 38 klastera po 4
Olfaktorni receptori 1000 u 25 velikih
klastera
HLA teki lanac klaster gena
Genski fragmenti
Pseudogeni
Truncated geni




Rasute familije gena
Rasuti na dve ili vie lokacija
Vode poreklo od:
1. Stranih genoma- kombinacija
mitohondrijalnog i bakterijskog genoma
2. Prastarih gena- funkcionali lanovi sa
znaajnom homologijom
3. Retrotranspozicije- transkripcija RNK sa
manjeg broja kodirajudih gena
Rasute familije gena
Pax 9 kopija
Aktin >20 kopija
Alu elementi 1.1 milion
LINE elementi (L1) 200-500,000
Pseudogeni defektna kopija gena koja sadri
vie egzona funkcionalnog gena
Neprocesovani sadre egzonske i intronske
sekvence nastali tandemskim duplikacijama
Procesovani sadre samo egzonske sekvence
nastali retrotranspozicijom
Retrogeni procesovani pseudogen koji se nalazi
nizvodno od aktivnog promotora i transkribuje se
Genski fragmenti defektna kopija gena koja
sadri manji deo sekvence ili jedan egzon
RNK geni

Vedina gena kodira polipeptide, a manji broj su RNK
geni
Mitohondrijalni genom: 65% gena kodira zrele RNK
molekule (24 od 37 gena)
Jedarni genom: 6000 RNK gena
Vedina poznatih RNK gena sintetiu molekule koji
pomau u generalnom procesu ekspresije gena

Funkcija u deliji
RNK klasa Potklase Broj tipova funkcija Organizacija gena
rRNK (120-5000nt) 12S, 16S, 5S, 5.8S,
18S, 28S
1 od svakog ribozomi mtDNK; klasteri
tRNK (70-80nt) mtDNK i citolazmatske 22 mtDNK i 49 translacija mtDNK; klasteri
snRNK (60-360nt) Splajsozomne/ne 9/vie Procesovanje RNK;
regulacija
Klasteri/single-copy
snoRNK (60-300nt) C/D box; H/ACA box 246; 94 Sazrevanje rRNK U intronima
scaRNK 25 sazrevanje snRNK U intronima
RNK ribonukleaze
(260-320nt)
2 Obrada tRNK i rRNK Single-copy
mscRNK (80-500nt) BC200; 7SL RNK;
TERC; luna RNK; Y
RNK
1; 3; 1; 3; 4 Razliita regulatorna
funkcija
Single-copy/klasteri
miRNK (22nt) >70 familija Oko 1000 Regulacija ekspresije Unutar gena
piRNK 89 klastera >15000 Kontrola transpozicije Oko 170 piRNK gena
po klasteru
Endo siRNK (21-22nt) mnogo >10000 (kod mieva) Regulacija ekspresije klasteri
Duge ncRNK (>1kb) mnogo >3000 Regulacija ekspresije Single-copy
Ribozomalni RNK (rRNK) geni
16S i 23S mitondrijalni rRNK molekuli
4 tipa citoplazmatinih rRNK
28S, 5.8S i 18S rRNK - na kratkim kracima hromozoma
13, 14, 15, 21 i 22
5S rRNK 1q41-42

Transportni RNK (tRNK) geni
Preko 500 citoplazmatinih tRNK molekula su kodirani od
strane jedarnih gena, a 324 tRNK pseudogena
Citoplazmatine tRNK su grupisane u 49 grupa prema
specifinostima njihovih antikodona
(61 kodon 46 vrsta humanih tRNK,
promenljivost na tredoj baznoj poziciji kodona)
tRNK geni se nalaze dispergovani kroz ceo humani genom
(nema ih na 22 i Y hromozomu)
280 tRNK gena na hromozomu 6 (4 Mb na 6p2) i
hromozomu 1, a dosta ih se nalazi i na hromozomu 7
Mali jedarni RNK (snRNK) geni
snRNK i snoRNK se kodiraju vedinom dispergovanim, umereno
velikim familijama gena
Heterogena grupa snRNK molekula ukljuuje mnoge koji su
bogati uridinom nazvanim npr. U3 snRNK
U1, U2, U4, U5 i U6 veda subjedinica splajsozoma; iseca GU-
AG veze introna
U4atac, U6atac, U11 i U12 manja subjedinica splajsozoma;
AU-AC introni
U2 RNK geni su locirani na 17q21-22 (visoko promenljiv u broju
jedinica ponavljanja, 6-30), RNU2 lokus
U1 RNK geni su grupisani na 1p36.1 (30 kopija), RNU1 lokus
Mali nukleolarni RNK (snoRNK) geni
Velika grupa snoRNK je vedinom uposlena u jedarcetu da
upuduje ili navodi modifikacije baza vezane rRNK, ali se za
njih takoe smatra da izvode modifikacije baza i drugih
stabilnih RNK (U6 snRNK); 60-300nt
C/D grupe snoRNK metilacija 2-O riboze specifinih za
mesto (105-107 varijacija ovih metilacija u rRNK)
H/ACA snoRNK ukljueni u pseudouridilacije koje su
specifine za mesto (uridinpseudouridin; 95 potrebno za
rRNK)
snoRNK geni se esto nalaze unutar introna drugih gena
(vedina je sa jednom kopijom i dispergovana)
Mali Cajal body RNK (scaRNK) geni
Uloga u procesovanju snRNK
25 gena, svaki kodira posebnu scaRNA
U okviru introna drugih gena i prepisuje ih RNK polimeraza II
Mikro RNK molekuli (miRNK)
Priblino 22 nukleotida dugaki RNK molekuli koji funkcioniu
kao antisens regulatori drugih gena
Izvedeni iz 70 nukleotida dugakih prekursora (sadre
invertovani ponovak koji doputa dvolananu RNK ukosnicu)
Dicer RNAza III ribonukleaza obrada prekursorske RNK
Vre inhibiciju translacije potiskujudi sintezu proteina ciljnog
gena; kod biljaka su znaajni kao razvojni regulatori; dobro su
evoluciono ouvani
utvreno oko 700 humanih miRNK gena (dispergovani, ima i
dokaza grupisanja)
7 miRNK gena unutar 0,8 regiona na hromozomu 13
Piwi-protein-interacting RNK (piRNK)
Nalaze se u germinativnim delijskim linijama
24-31 nt
Glavna uloga u kontroli transpozona koji se premetaju putem
retrotranspozicije
Uloga i u kontroli ekspresije gena
Do sada naeno 15000 razliitih piRNK kod oveka i
predstavljaju najvarijabilniju RNK familiju
89 genomskih intervala duine 10-75kb
Multigenski transkripti koji sadre hiljade piRNK se obrauju
Endogene male interferirajude RNK (siRNK)
Jedna od najvarijabilnijih klasa RNK
Rezultat su produkcije ograniene koliine dsRNK koja nastaje
spontano u deliji (npr. usled sluajne transkripcije pseudogena)
Geni koji kodiraju umerene do velike regulatorne RNK
molekule
Rastudi broj gena kodiraju umerene do velike nekodirajude
RNK sa poznatim ili oekivanim regulatornim funkcijama
Ukljuuju gene koji specifikuju 7SK RNK (negativni
transkripcioni regulator elongacije RNK polimeraze II), SRA1
RNK (steroid receptor aktivator), XIST (centralan u inaktivaciji
X hromozoma epigenetska regulacija)