BIOHEMIJSKA OSNOVA

ORGANIZACIJE ELIJE
 Kompartmentalizacija elije
Plazma membrana- ograniava eliju od spoljanjeg okruenja
(vodena sredina)

Organele su ograniene svojim membranama koji njih odvaja od

citosola

Uloga ovih membrana- sakupljanje i koncentrisanje enzima i drugih

molekula koji imaju slunu ili ak zajedniku ulogu u ogranienom
kompartmanu. Transporteri i receptori svakog sistema membrana
kontroliu sastav sredine kompartmana kao i komunikaciju elije ili
organele sa okolinom.

Svaka organela sadri razliite enzime i time ima i razliite uloge.

Npr, jedro sadri DNK, RNK i enzime koji su potebni za njihovu
sintezu.

Razliiti tipovi elija jednog organizma se kvantitativno razlikuju u

sadraju organela, ili njihove organele mogu da sadre razliite
koliine odgovarajuih enzima, a sve u skladu sa funkcijom elija.
STRUKTURA PLAZMA
MEMBRANE
SASTAV PLAZMA MEMBRANE
POZICIJA RAZLIITIH LIPIDA U
PLAZMA MEMBRANI
PROTEINI I UGLJENI HIDRATI
U SASTAVU PLAZMA
MEMBRANE
 Organele i membranski sistem
Veina organela je od citosola ograniena sistemom membrana
koji ograniava razmenu molekula i informacija sa ostalim
kompartmanima.

Uopteno, svaka organela ima posebnu i specifinu funkciju koja je

omoguena specifinim enzimima koji se u njoj nalaze, ili nekim
drugim molekulima u njoj.

Jedro sadri genetski materijal i enzimski sistem potreban za

replikaciju i transkripciju DNK, kao prvi korak sinteze proteina.

Poslednja faza sinteze proteina se odigrava na ribozomima. Za

neke proteine, ribozomi se nalaze vezani za membrani EPR
(granulirani EPR) dok se za neke druge proteine ribozomi nalaze
slobodni u citoplazmi.

EPR je ukljuen i u sintezu lipida i transport molekula u Goldi

aparat.
 U Goldi aparatu dolazi do formiranja vezikula za transport
molekula prema plazma membrani i drugim membranskim
sistemima za sekreciju.

Mitohondrije su organele u kojima dolzi do oksidacije goriva i

sinteze ATP-a

Peroksizomi sadre mnoge enzime koji su ukljueni u sintezu

vodonik peroksida.

Citosol predstavlja deo elije, bez organela i membranskog

sistema.

Lizozomi sadre kisele hidrolitike enzime koji razgrauju

proteine i druge velike molekule.

Citoskelet je fleksibilna potporna mrea proteina koja odrava

oblik elije, pozicionira organele i uestvuje u kretanju molekula
unutar elije kao i elije kao celine. Izgraen je najveim delom od
aktinskih mikrofilamenata, intermedijernih filamenata,
tubulinskih mikrotubula, i proteina koji su vezani za ove
strukture.
Organele uglavnom imaju karakteristinu
poziciju unutar elije
 Vezikularni transport kroz plazma
membranu

Vezikularni transport se deava kada membrana potpuno okrui

jedinjenje, esticu ili eliju u vezikulu. Kada vezikula fuzionie sa
drugom membranom, dolazi do oslobaanja obuhvaenog
materijala.
Endocitoza- vezikularni transport u eliju, egzocitoza transport iz
elije. Endocitoza se dalje moe podeliti na fagocitozu ukoliko
doe do formiranja vezikule oko estice (npr bakterija) i
pinocitozu ukoliko se vezikula formira oko rastvorenih molekula.

Receptorima posredovana endocitoza predstavlja formiranje

klatrinom-obloenih vezikula koje posreduju u internalizaciji
membranskih receptora u vezikule koje su sa svoje unutranje
strane sa subjedinicama klatrina.
 Biohemijska organizacija jedra
Jedro je od ostalog dela elije odvojeno dvostrukom jedarnom
membranom koju ine dve membrane koje su povezane
meusobno na nivou jedarnih pora a prostor izmeu ove dve
membrane se nalazi u kontinuitetu sa lumenom EPR.
RNK molekuli koji se sintetiu u jedru, kao i subjedinice ribozoma
se iznose u citosol, dok se proteini koji obavljaju svoju funkciju u
jedru sintetiu u citoplazmi pa se unose u jedro. Ova razmena
materijala se odvija kroz poru jedarne membrane.

Spoljanja membrana jedarne opne se nalazi u kontinuitetu sa

membranom granuliranog EPR-a.
Sinteza proteina obuhvata procese koji podrazumevaju i iznoenje
informacije iz jedra u citosol i ulazak proteina iz citosola u jedro.
Transport krot jedarne pore je specifian za molekul kao i sam
smer transporta.
 Proteini sa konanom lokalizacijom i jedru poseduju signalnu
sekvencu kojom se usmeravaju i aktivno transportuju u jedro dok
se RNK molekuli kao i ribozomalne subjedinice, koji poseduju
signal za iznoenje iz jedra, aktivno i usmereno transportuju iz
jedra.

Neki proteini, kao to su i receptori koji prepoznaju signalne

sekvence za unoenje i iznoenje molekula iz jedra, se stalno
razmenjuju izmeu jedra i citosola.

GTPaza Ran, je odgovorna za usmeravanje prilikom

transporta kroz jedarnu poru. Transport jedarnih proteina i
molekula RNK kroz kompleks pore moe da se regulie
ograniavanjem pristupa ovih molekula maineriji za transport.
Poto se signal za iznoenje iz jedra ne uklanja, proteini iz jedra
mogu vie puta da se iznose po potrebi, svaki put posle mitoze.
 Jedarna membrana

Jedarna membrana se sastoji iz

dva sloja-spoljanje i
unutraenje membrane.
Spoljanja membrana je u
kontinuitetu sa granuliranim
EPR a meumembranski
prostor sa lumenom EPR.
Molekule RNK i ribozomi se
iznose iz jedra, dok se proteini
koji su odgovorni za funkciju
jedra (histoni, DNK i RNK
polimeraze...) sintetiu u
citosolu i unose u jedro.
Ova razmena se odvija kroz
kompleks jedarne pore koja
omoguava direktnu razmenu
kroz jedarnu membranu.
Kompleks jedarne pore
Oko 100 razliitih polipeptidnih
lanaca kompleksa jedarne pore
formira 8 zubaca koji su vezano
za dva prstena (citoplazmatski
prsten ne spoljanjoj u jedarni
prsten na unutranjoj membrani)
saotovrom u sredini.

Mali molekuli, joni i proteini mase

manje od 50-kDa pasivno
difunduju kroz poru u oba smera.

RNK i veina proteina su isuvie

veliki da bi difundovali, i aktivno
se transportuju procesom za koji
je potrebna energija a koji je
selektivan prema molekulu koji se
transportuje, u jednom smeru i
moe da se regulie.
 Proteini koji se transportuju u jedro poseduju odgovarajui signal
koji im omoguava da se veu za jednu subjedinicu citosolnog
proteina- importina. Druga subjedinica molekula importina se
vezuje za citoplazmatske filamente koji su vezani za spoljanji
prsten jedarne pore.

Poto kompleks importin-protein ue u jedro, mali GTP-vezujui

protein Ran se vezuje za subjedinicu importina to dovodi do
oslobaanja transportovanog proteina u jedro. Ran-importin
kompleks se vraa u citosol, gde se Ran-GAP (GTPaza aktivirajui
protein) aktivira hidrolizom vezanog GTP na GDP i fosfat. Energija
koja se oslobodi hidrolizom GTP-a dovodi do promene
konformacije Ran proteina i kompleks se razdvaja. Slobodni
importin moe da vee sledei protein.
Ulazak u jedro
Proteini koji imaju jedarnu
lokalizaciju se vezuju za importin
koji ih prenosi kroz kompleks
jedarne pore u jedro. Monomerni
G protein Ran sadri GTP vezan
za jednu subjedinicu importina.
Ovo dovodi do disocijacije
subjedinice importina i
oslobaanja unetog proteina u
jedro. Ran-importin kompleks
izlazi kroz jedarnu poru. Na
citoplazmatskoj strani, RanGAP
(GTPaza aktivirajui protein)
dovodi do hidrolize GTP-a na
GDP, to dovodi do dalje
disocijacije ovog kompleksa.
RanGDP se vraa nazad u jedro,
gde jedan dodatni protein dovodi
do disocijacije GDP-a i vezovanja
GTP-a.
 RNK se iznose iz jedra- oznaeni su za transport iz
jedra sa signalom za iznoenje iz jedra.

Nukleoprotein formira kompleks sa proteinima koji

se nazivaju ekportini i sa Ran. Ovaj kompleks se
transportuje kroz jedarnu poru u citoplazmu, gde
RanGAP dovodi do hidrolize vezanog GTP.
U odsustvu GTP-a, komples disosuje pri emu se
RNK oslobaa u citoplazmu a eksportini i Ran se
vraaju nazad u jedro.
 MITOHONDRIJE

Sadre enzime potrebne za katabolike procese kao i za

oksidativnu fosforilaciju ime u njima nastaje najvea
koliina ATP-a. Svaka membrana je okruena sa dve
membrane.

Invaginacije unutranje membrane- kriste sadre elektron

transportni lanac i ATP sintazu.
Organizacija mitohondrija
 Unutranja mitohondrijalna membrana je veoma nepermeabilna,
to omoguava izmeu ostalog i uspostavljanje gradijenta H+ u
oksidativnoj fosforilaciji. Transport jona se deava uglavnom
aktivinim transportom koji se pokree ovim gradijentom H+.
Spoljanja membrana sadri pore koje su izgraene od proteina,
porina, i permeabilna je za molekule mase do 1000 g/mol.

Mitohondrije mogu da se dele deobom, mada najvei deo njihovih

proteina vodi poreklo iz citosola. Mitohondrije sadre malu DNK
koja kodira 13 razliih subjedinica, proteina koji su ukljueni u
oksidativnu fosforilaciju.
Vei deo enzima i proteina koji se nalaze u mitohondrijama je
kodiran jedarnom DNK i sintetie se na ribozomima u citosolu. Oni
se unose kroz pore membrane pomou receptor-
posredovanog procesa koji ukjuuje lanove hsp familije
proteina.
TRANSPORTNI SISTEMI NA UNUTRANJOJ
MITOHONDRIJALNOJ MEMBRANI
 UNOENJE
PROTEINA U
MITOHONDRIJE
 Mitohondrijalna DNK

Mitohondrijalna DNK cirkularna,

dvostrukospiralna DNK koja
sadri 37gena a oko 16500 bp.
Poreklo mitohondrijalne RNK i proteina
 Peroksizomi
Peroksizomi su organele koje se
nalaze u citoplazmi, lie na
lizozome, i ukljueni su u
reakcije oksidacije i koriste
molekularni kiselnik.

U tim reakcijama nastaje H2O2,

koji se dalje ili koristi ili
razgrauje u peroksizomima
delovanjem katalaze i drugih
enzima.

Peroksizomi uestvuju u
oksidaciji masnih kiselina
jakog dugog lanca (vie od
20C atoma) u krae masne
kiseline, prevoenje
holesterola u une kiseline i
sintezu plazmalogena.
Oivieni su jednostrukom
membranom.
Kao i mitohondrije, mogu da se
dele deobom. Oni zavise od
unosa proteina iz citosola i ne
sadre svoju DNK.
 UNOENJE
PROTEINA U
PEROKSIZOME
 Endoplazmatski retikulum
EPR predstavlja mreu membrasnkih cevi unutar elije a ine ga
glatki (ne granulirani) i granulirani EPR.
 Glatki EPR
Sadri enzime potrebne za sintezu lipida (TAG, fosfolipidi).
Sadri citochrom P450 enzime oksidacije koji su ukljueni u procese
detoksikacije kao i u sintezu steroidnih hormona.
Glikogen depoi se nalaze u delovima hepatocita koji su bogati u
negranuliranim EPR.
Granulirani EPR
Granulirani EPR je ukljuen u sintezu proteina.

Ribozomi su vezani za membranu EPR- granulirani izgled. Proteini

koji se sintetiu na ovim ribozomima se unose u EPR i dalje
transportuju u Goldi u vezikulama, da bi se dalje sekretovali iz
elije ili razgradili npr u lizozomima ili se ugradili u plazma
membranu.

Posttranslaciona modifikacija ovih proteina, kao to je N-glikozilacija i

adicija GPI sidra se deava u GEPR.
Sa druge strane, proteini koji e svoju funkciju obavljati u jedru,
motohondrijama, peroksizomima se sintetiu na ribozomima koji
su slobodni u citosolu i modifikuju se vezivanjem oligosaharida.
SORTIRANJE PROTEINA
 Goldi kompleks
Ukljuen je u modifikovanje protiene koji nastaju na
GEPR, njihovom sortiranju i distribuciji ovih proteina za
lizozome, sekretorne vezikule ili za plazma membranu.
Sastoji se od cisterni koji se dele na 3 kompartmana:
cis-Goldi mrea,konveksna i okrenuta ka jedru;
medial Goldi cisterna;
trans Goldi mrea koja je orijentisana ka plazma membrani
Funkcionalna kompartmentalizacija
Goldi aparata
Vezikularni transport u i iz Goldi
kompleksa.
COP II vezikule nastaju u glatkom
EPR i odlaze ka Goldi.
COP I vezikule uopteno odlaze iz
trans i cis Goldija ka EPR.
Vezikule koje odlaze ka plazma
membrani ili lizozomima su
klatrinske vezikule.

Transport vezikula kao i transport

organela i sekretornih proteina se
deava du mikrotubula (struktura
koje formira protein tubulin)
 Lizozomi
Organele za unutarelijsko varenje, oiviene jednom
membranom koja onemoguava oslobaanje njihovih
hidrolitikih enzima u citosol.

Imaju centralnu ulogu u razliitim procesima- uklanjanje

stranog materijala, recikliranje komponenti, destrukcija
infektivnog materijala, reakcija u povredi, remodelovanje
tkiva, involucija tkiva tokom razvoja, normalni obrt elijskih
organela i elija u celini.
 U lizozomalne enzime spadaju nukleaze, fosfataze, glikozidaze,
esteraze, i proteaze koje se nazivaju KATEPSINI. Ovi enzimi su
hidrolaze, koji hidrolizuju amidne, estarske i druge veze adicijom
molekula vode. Mnogi od proizvoda lizozomalnog varenja, npr AK,
se ponovo vraaju u citosol- recikliranje komponenata.

Optimalan pH za vei deo ovih hidrolaza je oko pH 5.5.

Ovaj nizak pH se odrava delovanjem v-ATPaza (vezikularne
ATPaze), koje aktivno upumpavaju H+ u lizozome.
Citosol i ostali unutarelijski kompartmani imaju pH oko 7.2
Lizozomi u receptorom-
posredovanoj endocitozi pomou
klatrinom obloenih vezikula.

1. Endocitozna vezikula fuzionie i

formira rani endozom.
2. Sortiranje sadraja vezikula a
receptori, klatrin i lipidi se vraaju
na plazma membranu.
3. Transportne vezikule iz trans-
Goldi mree donose kisele
hidrolaze do kasnih endozoma.
4. U lizozomima, koji sadre
koncentrovane hidrolaze, dolazi
do razgradnje proteina i drugih
molekula, poreklom iz
endocitoznih vezikula.
2. FAGOCITOZA I AUTOFAGIJA
Nastajanje klatrinskih vezikula

Ligandi koji ulaze u eliju endocitozom posredovanom receptorima, vezuju se za

Re na membrani. Adaptorni proteini se vezuju za unutarelijski deo Re i za
klatrin i obezbeuju formiranje vezikule.
G protein- dinamin, omoguava odvajanje vezikule od membrane uz hidrolizu
GTP-a
 FORMIRANJE OBLOENIH VEZIKULA
Uloga adaptina i dinamina

Adaptin- selektivnost. Posreduje u vezivanju kargo receptora i klatrina

Dinamin- GTP vezujui protein koji pomae konano odvajanje i formiranje
vezikule
Dinamin
NASTANAK COPII VEZIKULE

Arf- GDP
Arf- GTP
SNARE proteini- specifinost usmeravanja i
usidravanja
 NASTANAK trans-SNARE
KOMPLEKSA

SNARE struktura heliksa

 Citoskelet

Struktura elije, oblik njene povrine i raspored organela su

organizovane pomou 3 osnovne proteinske
komponente: mikrotubula izgraenih od tubulina koji
pomera i pozicionira organele i vezikule; tankih
filamenata izgraenih od aktina koji formiraju citoskelet; i
intermedijernih filamenata koji su izgraeni od razliitih
fibroznih proteina.
Aktin i tubulin, koji su ukljueni u kretanje elije su
dinamine strukture sastavljene od stalno asocirajuih i
disocirajuih globularnih subjedinica.
Intermedijerni filamenti su sastavljeni od stabilnih fibroznih
proteina koji se kreu mnogo sporije.
 Mikrotubuli

Cilindrine tvorevine, sastavljene od tubulinskih

subjedinica, a nalaze se u svim elijama koje imaju jedro
i u trombocitima. Odgovorne su za pozicioniranje
organela u citoplazmi, kretanje vezikula (fagocitoza,
egzocitoza) kao i u kretanju vezikula izmeu ER, Goldi i
endozoma.

Takoe formiraju deobno vreteno. Mrea mikrotubula

(minus kraj) poinje u jedru, kao centriol i iri se upolje
ka plazma membrani (plus kraj). Proteini koji su udrueni
sa mikrotubulima (MAP) vezuju mikrotubule za druge
komponente u eliji- oblik elije i polarnost.
Mikrotubuli se satoje od
polimerizovanih nizova
tubulinskih heterodimera, koji
grade 13 protofilamenata
organizovanih oko upljeg
jezgra.
Mikrotubuli rastu na raun
dodavanja dimera koji
sadre vezan GTP za plus
kraj polimera.
Kinezin i dinein su motorni
proteini koji prenose teret
npr vezikule, du
mikrotubula.
 Motorni proteini kinezini i citoplazmatski dineini, koriste energiju ATP-a
kako bi pomerali teret du mikrotubula. Kinezini pomeraju vezikule,
organele prema + kraju mikrotubula, uglavnom prema plazma membrani.
Citoplazmatski dineini, su veliki proteini koji pomeraju vezikule i organele
prema kraju tj prema jedru. Takoe su ukljueni u pozicioniranje Goldi
kompleksa i kretanje hromozoma tokom mitoze.

Postoje 3 razliita tubulinska polipeptida (, i ) slinog sastava AK koji su

kodirani vezanim genima; i dimeri polimerizuju i formiraju mikrotubule, i
- tubulin je prisutan samo u centrozomima.
Dimeri tubulina izgraeni od jedne i jedne subjedinice sadre vezan
GTP, koji dovodi do konformacione promene dimera koja favorizuje adiciju
dimera na polimer tubulina. Dimer moe i da asocira i da disosuje sa oba
kraja tubulina, ali kraj na koji se bre dodaju dimeri (+ kraj) pokazuje
tendenciju rasta a kraj na koji se dodaju sporije (- kraj) pokazuje
tendenciju skraenja.
GTP hidrolizuje na GDP, vezivanje tubulinskih subjedinica slabi to dovodi
do disocijacije (dinamina nestabilnost). Time su brzina i smer rasta
odreeni bre rastuim krajem mikrotubula.
 Aktinski filamenti
Formiraju mreu koja kontrolie oblik elije i
kretanje povrine elije-kretanje, deoba,
kontrakcija.

Aktin se nalazi u svim ivim elijama. Polimer

aktina se naziva F-aktin, i sastavljen je od
helikoidno araniranih globularnih subjedinica
G-aktina.Unutar polimera, svaka subjedinica
G-aktina poseduje vezan ATP ili ADP koji
odrava konformaciju aktina.

Polimer aktina je dinamina struktura. Nove

subjedinice G-aktina koje sadre ATP se
stalno kombinuju sa F-aktinskim polimerom
na + kraju. Kako se F-aktin produava
(raste), vezani ATP hidrolizuje na ADP tako
da vei deo polimera sdari G-aktin-ADP
subjedinice.

Konformacija ADP-aktin favorizuje

disocijaciju sa kraja polimera ime polimer
raste samo u smeru + kraja. Ovaj usmereni
rast je odgovoran za neke oblike kretanja
elije i promene njenog oblika.- formiranje
pseudopodija, migracija elija tokom razvoja
embriona, kretanje leukocita kroz tkivo...
 Intermedijerni Filamenti

Sastavljeni su iz polimera fibroznih proteina i obezbeuju

strukturnu potporu membranama elija i oslonac za vezivanje
drugih komponenata.

Svaka subjedinica IF se sastoji iz dugog, nalik tapu, helikoidnog

jezgra sa globularnim razdvajajuim domenima (N i C kraj).

Svaki segment -heliksa dve subjedinice se umotavaju jedni oko

drugoga i formiraju namotanu strukturu a kombinovanjem sa
drugim dimerom nastaje tetramer.

Zavisno od tipa filamenta, dimeri mogu biti homo ili hetero

Tetrameri se povezuju svojim krajevima i formiraju
protofilamente i oko 8 protofilamenata se kombinuje kako bi
nastali filamenti. Povezivanje filamenata je kontrolisano
fosforilacijom.
 Za razliku od aktina, 50 razliitih IF je sastavljeno iz razliitih
proteina. Neki od ovih proeina su zajedniki za sve elije (jedarni
laminin...) Neki su specifini za odreeni tip elije (citokeratin u
epitelnim elijama). Oni obezbeuju unutranju mreu koja
pomae odravanje oblika elije i poveava otpornost na
mehaniko dejstvo.
Centralno vlakno keratinskog monomera je uglavnom heliksne strukture.
Specifini kiseli keratinski monomer se udruuje sa specifinim baznim
keratinskim monomerom i dobija se uvijeni heterodimer. Dva dimera u
antiparalelnoj organizaciji formiraju tetramer, a tetrameri se organizuju u
smeru glava-rep i daju protofilamente.
Najee 8 protofilamenata daje filament. Filament je deblji od aktivnkog
vlakna ali je tanji od mikrotubula.
INTERMEDIJERNI FILAMENTI