Professional Documents
Culture Documents
ABSTRACT
This research was aimed to clone and identify penicillin V acylase (PVA) gene of Bacillus sp. BAC4 by genomic library.
Chromosome DNA of Bacillus sp. BAC4 was isolated by Wang method. pHB201 of E. coli was isolated by alkali lyses
method. Recombinant DNA of Bacillus sp. BAC4 chromosome fragment and pHB201 was made by ligase process using T4
DNA ligase. Transformation of E. coli using this recombinant plasmid was carried out according to Mandel-Higa method.
The results indicated that chromosome DNA fragment of Bacillus sp. BAC4 was bigger 23 kb with purity 1,3. Plasmid DNA
fragment of E coli was 6,5 kb. Transformants laboring pHB201 recombinant plasmid was screen as blue-white colonies in a
medium containing IPTG/X-gal and chloramphenicol.
2004 Jurusan Biologi FMIPA UNS Surakarta
DNA rekombinan, peneliti berusaha menambahkan dengan menggunakan pembuatan pustaka genom.
sifat-sifat unggul ke dalam suatu organisme, sehingga Jika telah didapatkan klon yang positif terhadap uji
diharapkan menjadi organisme yang menguntungkan aktivitas PVA, akan dilihat bagaimana ekspesi serta
kehidupan manusia (Glick dan Pasternack, 1994). aktivitas PVA dalam E. coli.
Pustaka genom (genomic library) adalah Penelitian ini bertujuan untuk mengklon dan meng-
kumpulan klon rekombinan dalam bentuk plasmid, identifikasi gen PVA dari Bacillus sp. BAC4. Studi
phage atau kosmid yang membawa fragmen molekul perbandingan gen PVA dan aktivitas enzim PVA dari
DNA tertentu secara independen, berukuran tertentu beberapa spesies akan memberikan pengertian yang
dan merupakan kumpulan keseluruhan informasi lebih mendalam mengenai hubungan antara struktur
genetik suatu organisme (Winnaker et al., 1987). dan fungsi enzim dari beberapa bakteri.
Kebolehjadian suatu gen spesifik dalam kumpulan
klon rekombinan dipengaruhi oleh panjang fragmen
DNA dan tingkat kompleksitas genom. Semakin tinggi BAHAN DAN METODE
tingkat suatu spesies, maka semakin kompleks
genomnya. Beberapa tahap penting yang dapat Bahan
menentukan keberhasilan pembuatan pustaka genom Mikroorganisme, yaitu Bacillus sp. BAC4 dan
adalah penyiapan fragmen DNA, penyiapan vektor, E.coli JM109 diperoleh dari Laboratorium Rekayasa
reaksi ligasi, dan perbanyakan DNA dalam sel inang. Genetika, Pusat Penelitian Antar Universitas, Institut
Pustaka genom dapat dibuat dengan memurnikan Teknologi Bandung. Diperlukan pula enzim restriksi
DNA kromosom dan memotong DNA tersebut secara HindIII, enzim T4 ligase, enzim RNAse, protenase-K,
parsial dengan enzim restriksi tertentu, baik melalui dan DNA standar. Bahan untuk ekstraksi DNA, yaitu
variasi konsentrasi enzim maupun variasi waktu gliserol, media LB (Luria Bertani medium) padat,
inkubasi. Fragmen tersebut diharapkan mewakili medium LB cair, bufer lisis terdiri dari 0,15 M NaCl,
keseluruhan gen pada suatu organisme. Selanjutnya 0,1 M EDTA pH 8 dan 10 mg lizosim, SDS 10%,
fragmen DNA diinsersikan ke vektor yang sesua,i NaClO4 5 M, kloroform:isoamil alkohol (24:1), etanol
sehingga dihasilkan vektor rekombinan. Hasil 95%, etanol 70 %, bufer TEN terdiri dari 10 mM Tris
pengemasan (packing) dapat ditransfeksi ke dalam HCl pH 8, 1 mM EDTA pH 8, dan 100 mM NaCl,
sel inang yang sesuai, sedangkan bila menggunakan RNAse, proteinasi K, fenol:kloroform:isoamilalkohol
vektor plasmid, hanya dilakukan transformasi dengan (25:24:1 v/v/v), dan ddH2O.
metode kejutan panas (heat shock) ke dalam sel
inang (Boulnois et al., 1987) Cara kerja
Spesies Bacillus sangat cocok untuk produksi Penentuan aktivitas enzim PVA. Uji pendahulu-
enzim, kecuali B. cerus dan B. anthracis. Mikroba an dilakukan dengan mengukur aktivitas enzim PVA
jenis Bacillus tidak menghasilkan toksin, mudah dalam Bacillus sp. BAC4 menggunakan metode
ditumbuhkan, dan tidak memerlukan substrat yang Konferld (1978). Aktivitas PVA diukur berdasarkan
mahal. Kemampuan Bacillus untuk bertahan pada jumlah 6-APA yang dibebaskan. Satu unit aktivitas
temperatur tinggi, tidak adanya hasil samping meta- didefinisikan sebagai jumlah enzim yang dibutuhkan
bolisme, dan kemampuannya untuk menghasilkan untuk menghasilkan 1 mol 6-APA permenit pada
0
sejumlah besar protein ekstra seluler membuat suhu 37 C.
Bacillus merupakan organisme favorit untuk industri. Isolasi DNA kromosom Bacillus sp. BAC4.
Saat ini Bacillus subtilis dipakai sebagai organisme Isolasi DNA kromosom Bacillus sp. BAC4 dilakukan
inang untuk studi DNA-rekombinan (Doi et al., 1992). dengan metode Wang (Doi dan McGloughlin, 1992).
Dalam penelitian ini, gen PVA dari Bacillus sp. Tingkat kemurnian DNA ditentukan dengan spektro-
BAC4 akan diklon ke dalam vektor plasmid meng- fotometer sinar UV pada panjang gelombang 260 dan
gunakan pustaka genom. Pustaka genom dibuat 280 nm. Karakterisasi DNA dilakukan menggunakan
dengan memurnikan DNA kromosom Bacillus sp. elektroforesis gel agarosa dengan konsentrasi gel
BAC4 dan memotong DNA tersebut secara parsial 0,8%. Konsentrasi larutan DNA kromosom hasil
dengan enzim restriksi tertentu melalui variasi isolasi dapat diperkirakan dengan membandingkan
konsentrasi enzim. Fragmen tersebut diharapkan intensitas warna pitanya dalam gel agarosa dengan
mewakili seluruh gen yang terdapat pada suatu intensitas pita standar yang telah diketahui ukuran
organisme. Selanjutnya fragmen DNA diinsersikan ke dan konsentrasinya.
vektor yang sesuai sehingga menghasilkan vektor Isolasi DNA plasmid pHB201 dari E. coli. Isolasi
rekombinan. Hasil pengemasan (packing) ditransfeksi ini dilakukan dengan metode lisis alkali. Lisis sel
ke dalam sel inang yaitu E. coli. Ekspresi skrining bakteri dilakukan secara kimia menggunakan
dilakukan untuk melihat aktivitas PVA klon kombinasi larutan EDTA dan lisozim, suatu senyawa
rekombinan. Pengukuran aktivitas enzim PVA yang merusak protein tanpa merusak molekul DNA
didasarkan pada jumlah 6-APA yang dibebaskan maupun RNA. Proses lisis sel ini dipercepat dengan
pada reaksi hidrolisis enzimatik penisilin V. penambahan SDS, yang akan menghilangkan mole-
Dari uraian di atas ingin diketahui apakah kloning kul lipid sehingga membran sel dapat terbuka secara
gen PVA dari Bacillus sp. BAC4 dapat dilakukan perlahan. Pada metode ini, sebagian besar protein
SUSANTI VH dan ARIANI – Kloning gen PVA dari Bacillus 3
dan RNA tidak larut. Penambahan fenol:kloroform: lisozim dan SDS. DNA dipisahkan dari debris sel dan
isoamilalkohol (25:24:1) diharapkan dapat meng- protein melalui ekstraksi menggunakan campuran
ekstrak protein, sedangkan molekul RNA didegradasi kloroform:isoamilalkohol (24:1 v/v). Kloroform dapat
dengan menggunakan RNase. mendenaturasi protein dan melarutkan lipid serta
Tingkat kemurnian DNA diukur menggunakan dapat memisahkan fasa organik dan fasa air, se-
spektrofotometer sinar UV pada panjang gelombang dangkan isoamilalkohol akan membantu pemisahan
260 dan 280 nm. Karakterisasi DNA plasmid kedua fasa ini agar lebih sempurna. Pemurnian DNA
dilakukan dengan elektroforesis gel agarosa dengan dilakukan menggunakan campuran fenol:kloroform:
konsentrasi gel 0,8%. Konsentrasi larutan DNA isoamilalkohol (25:24:1 v/v/v). Penggunaan campuran
plasmid hasil isolasi dapat diperkirakan dengan ini menyebabkan terjadinya presipitasi protein tetapi
membandingkan intensitas warna pitanya dalam gel DNA dan RNA tetap berada dalam fasa air.
agarosa dengan intensitas pita standar yang telah Penghilangan RNA dilakukan dengan penambahan
diketahui ukuran dan konsentrasinya. RNase.
Pemotongan DNA kromosom dan DNA plasmid.
Pemotongan DNA plasmid, DNA asing, dan DNA 50
rekombinan dilakukan menggunakan enzim restriksi 45
tertentu dengan kondisi tertentu (Sambrook et al., 40
1989). Enzim restriksi yang dipergunakan adalah
35
enzim HindIII untuk memotong DNA plasmid dan
Aktivitas PVA (U/ml)
30
DNA asing. Hasil pemotongan DNA dengan enzim
25
restriksi diamati dengan elektroforesis gel agarosa.
20
Ligasi DNA kromosom ke dalam DNA vektor
(pHB201). Ligasi fragmen DNA asing ke dalam vektor 15
Gambar 2. Elektroferogram Hasil Isolasi DNA Kromosom Gambar 3. Elektroforegram hasil isolasi DNA plasmid
Bacillus sp. BAC4 (1 = marker DNA /HindIII; 2, 3 = DNA pHB201 (isi kesemua sumur merupakan pHB201 dari
kromosom hasil isolasi). berbagai tabung).
Ukuran DNA plasmid tersebut tidak dapat diban- gel agarose (0,8%) terhadap hasil pemotongan DNA
dingkan dengan standar I karena konformasi molekul- kromosom dan DNA plasmid disajikan pada Gambar
nya berbeda. DNA /HindIII memiliki konformasi linier, 4. Hasil pemotongan DNA plasmid dengan enzim
sedangkan DNA plasmid memiliki konformasi HindIII memberikan satu pita berukuran 6,5 kb.
covalently closed circular (ccc). Oleh karena itu DNA Ligasi antara fragmen DNA kromosom dengan
plasmid perlu dipotong menggunakan enzim restriksi plasmid pHB201 dilakukan dengan enzim T4 DNA
tertentu sehingga konformasinya menjadi linier dan ligase secara acak. Hasil ligasi dapat dianalisis
dapat dibandingkan dengan marker DNA /HindIII. dengan elektroforesis gel agarose (0,8%) karena
Pemotongan DNA kromosom dan DNA plasmid mempunyai komposisi yang berbeda dibandingkan
pHB201 hasil isolasi dilakukan dengan enzim restriksi molekul sebelumnya (Gambar 5). Campuran reaksi
HindIII. Enzim ini disolasi dari Haemophilus influenze ligasi kemungkinan mengandung molekul DNA
Rd dan mempunyai urutan pengenal AAGCTT. rekombinan yang dikehendaki, molekul vektor yang
Pemotongan DNA kromosom dan DNA plasmid tidak mengalami ligasi, fragmen DNA kromosom yang
dengan enzim HindIII akan menghasilkan ujung tidak mengalami ligasi, dan molekul vektor yang telah
lengket AGCT (Brown, 1991). Analisis elektroforesis melingkar kembali tanpa adanya insersi DNA.
a b
Gambar 4. Elekroferogram DNA kromosom dan DNA plasmid pHB201 yang telah dipotong dengan enzim HindIII (1a =
marker DNA /HindIII, 2a, 3a, 4a = DNA kromosom yang telah dipotong. 1b = marker DNA /HindIII, 2b,5b = plasmid
pHB201 yang belum dipotong, 4b= DNA plasmid pHB201 yang telah dipotong).
SUSANTI VH dan ARIANI – Kloning gen PVA dari Bacillus 5
KESIMPULAN