Colonization vs Infection

Colonization
• The presence of microorganisms in or on a host with growth 
and multiplication but without tissue invasion or damage
• Understanding this concept is essential in the planning and 
implantation of epidemiological studies in a healthcare 

Infection v. Colonization
infection prevention and control program
• Confusing colonization with infection can lead to spurious 
associations that may lead to expensive, ineffective, and time‐
consuming interventions
Multi Drug‐Resistant Organisms Management in Long Term Care  • Colonization may become infection when changes in the host 
Facilities Workshop occur

Louisiana Office of Public Health
Healthcare‐Associated Infections Program

Objectives Colonization: Definition

By the end of the presentation, attendees will be able to:
• Define colonization
• Differentiate colonization from infections
• Apply appropriate laboratory test by common LTC infectious 
agents
• Understand the necessity of communicating infectious status  • Subclinical or unapparent infection: presence of
upon patient transfer
• Colonization: presence of a microorganism on/in a host, with 
growth and multiplication of the organism, but without 
interaction between host and organism (no clinical expression, 
no immune response).
• Carrier: individual which is colonized + more
 
microorganism and interaction between host and 
microorganism (sub clinical response, immune response). 
Often the term colonization is applied for relationship host‐
agent in which the immune response is difficult to elicit.
• Contamination:  Presence of a microorganism on a body 
surface or an inanimate object.

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Colonization vs Infection

Spectrum: No Exposure ‐ Exposure ‐ Colonization ‐

Carrier Infection ‐ Disease
A carrier is an individual that harbors a specific microorganism  Host + Infectious agent What is “Exposed” ?
in the absence of discernible clinical disease and serve as a   No foothold: Exposed Means of transmission:
potential source of infection. A carrier may be an individual  Foothold, no reaction Being in the same room as an
who is: Colonization infectious tuberculous patient
Carrier or with a person with HIV
• colonized  Specific information:
Foothold: epithelial attachment
Eating a meal or eating the
• infected and asymptomatic Multiplication: Infection
contaminated food item?
• in incubation period before disease Direct cytotoxicity
Exposure definition relies on
Toxins information that may not be all
• convalescent from acute disease
Tissue disruption known.
The carrier status may be short or lengthy. Tissue injury
Dissemination
Think about carrier as
•Source Asymptomatic
Symptomatic
•Explanation for person who 
apparently is not infected

Flora at Colonization Sites

Infection OROPHARYNX
CONJUNCTIVA
Staphylococci
Streptococcus viridans group NASOPHARYNX
Corynebacteria
• The replication of organisms in host tissue which may cause  Streptococcus pyogenes Staphylococci
Haemophilus
disease Streptococcus pneumoniae Streptococci
Staphylococci Moraxella catarrhalis
• Infection: defines the entrance and development of an  SKIN
Moraxella catarrhalis Neisseria spp
infectious agent in a human or animal body, whether or not it  Staphylococci
Neisseria spp Haemophilus spp
develops into a disease Corynebacteria
Corynebacterium spp Propionibacteria
• Caused by an infectious agent: all micro‐ or macro‐organisms  Haemophilus spp UPPER INTESTINE
Candida
capable of producing an infection or an infectious disease Anaerobes: Bacteroides Streptococci Malassezia furfur
Candida albicans Lactobacillus spp
• Infectious disease: an illness caused by a specific infectious  Candida spp
agent or its toxic product that results from transmission of  GENITOURINARY TRACT
that agent or its product from an infected person, animal, or  Staphylococci, Streptococci LOWER INTESTINE
reservoir to a susceptible host Enterococci Aerobic G- bacilli: E.coli, Klebs
Lactobacillus spp, Corynebacterium Enterobacter, Proteus, Serratia
Neisseria spp, Anaerobes Providencia, Bacteroides, Anaerobic
Candida albicans Enterococci, Streptococci, Candida

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Colonization vs Infection

Skin Hand Flora

RESIDENT  FLORA  Colonization Protects the Host
• Survives on the skin more than 
24 hours Normal flora protects against infectious diseases originating at mucous
membranes.
• Not easily removed, hours of 
scrubbing  There are several mechanisms for protection:
• Complete stelirization ‐ Non specific stimulation of immune responsiveness
impossible TRANSIENT FLORA ‐ Specific cross reactive immunization
• Low virulence • Survive on skin less than 24 hours ‐ Competitive bacterial interference
• Staphylococci, diphteroides,
• Easily removed with soap and water
• mostly Gram + , • Acquired during contacts with 
• very few Gram ‐ contaminated areas mouth, nose, 
perineal area, genitals, anal area, 
Germ free animals reared in good health succumb rapidly from
catheter, bedpan, urinal, patient care   
overwhelming infection when transferred with normal healthy
casual contact
animals
• May have high virulence Number of bacteria to colonize gut
• Enterobacteria, Gram ‐ bacilli,   Normal animal, 10,000,000
Pseudomonas...
 Germ free animal, 100

Shifts in Colonization Flora Clinical Infection

 Clinical infection: Clinical infection may result in signs and 
symptoms. Some of these may be less obvious or very 
• General shift towards Gram‐negative flora in hospitals, LTCF and  minor. At the end of the spectrum is the individual with 
other health care facilities no sign, no symptoms who has a asymptomatic infection 
or subclinical infection. 
• Modification of the skin environment due to skin changes still 
poorly understood
• Invasive procedures provides portal of entry to different flora Asymptomatic infection does not mean that “all is quiet”. 
It may cover  some very active processes as in the 
• Antibiotic therapy:  asymptomatic phase of HIV infection, tuberculosis 
• In a study of patients on ampicillin long term Rx, 90% colonized by  infection, hepatitis B carrier state.
ampicillin‐resistant Enterobacteriae, controls only 10% 

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Colonization vs Infection

True Infection NOT Colonization Sufficient Time to Develop Infection

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• Infections are accompanied by signs and  • diseases with specific incubation period: stay 
symptoms: in hospital  incubation period
•  fever,  malaise
•  in localized infections: swelling due to  • numerous infections do not have well set 
inflammation, heat, pain, erythema (tumor, dolor,  incubation periods (for example, staphylococci, 
rubor, calor) E.coli infections) 
• Use definitions which establish minimum  ‐ these infections rarely develop in less than 
characteristics for infection 2 days
• NHSN criterion: Infection present after the 3rd 
• Remember: Immunocompromised patients do  hospital day (day of hospital admission is day 
not show signs of infection as normal patients.   1).
Neutropenic patients (  500 neutrophils 
/mm3) show no pyuria, no purulent sputum, 
little infiltrate and no large consolidation on 
chest X‐ray

NO Infection at Time of Admission Methicillin‐Resistant

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Excluded:
•Transplacental
infections
•Reactivation of old
infections (ex Shingles)
•Infections considered
extensions of infections
present at admission
• establish prior negativity Staphylococcus aureus (MRSA)
• check history, symptoms and signs Colonization Infection
• Approximately 30% of the  • Occurs when a bacterial 
• documented at time of admission, lab tests  population is colonized 
& chest X‐rays done  strain undergoes 
with MRSA uncontrolled growth
‐normal physical examination
• Organism lives on the skin  • Can be localized to a 
‐absence of signs and symptoms for long periods of time 
specific area such as a  
‐normal chest X‐ray generally in warm, damp, 
wound or spread 
‐negative culture or lack of culture dark areas of the body
• Nose
through the bloodstream 
Example:  If urine cultures are collected at  • Throat
(bacteremia)
day 7 of hospitalization and none 
• Armpits
was collected before, it implies that no 
signs of infection were present in urine  • “South of the border”
before

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Colonization vs Infection

Vancomycin‐resistant
Clostridium difficile (CDIFF)
Enterococci (VRE)
Colonization Infection Colonization Infection
• Asymptomatic • Presence of diarrheal  • Acquired by susceptible  • Weakened hosts have an 
• CDIFF is detected in the 
absence of symptoms of  symptoms (3+ unformed  hosts in an environment  increased likelihood of 
infection stools in 24h) with a high rate of  developing infection 
• The number of colonized  • Stool tests positive for  patient colonization with  following colonization
patients is higher than 
symptomatic CDI cases among  CDIFF toxins or VRE, e.g. intensive care  • PCR is used to detect 
hospital patients • Detection of toxigenic  units, oncology units
• Absence of diarrhea without 
infections and outbreaks
CDIFF or 
colonoscopic histopathologic • Can lead to infection 
findings of  • Colonoscopic findings 
pseudomembranous colitis  demonstrating ulcerative  depending on the health 
and colitis of the patient
• Detection of CDIFF or
• Presence of CDIFF toxins

No tests of cure!!!!

Carbapenem‐resistant
Urinary Tract Infections
Enterobacteriacea (CRE)
Colonization Infection • The prevalence of asymptomatic bacteriuria (ASB), bacterial 
• Organism can be found on  • Cause infections when they  colonization of the urinary tract without local signs or symptoms of 
the body but is not causing  enter the body through  infection, ranges from 23‐50% in non‐catheterized NH/SNF residents 
any symptoms or disease medical devices like central  to 100% among those with long‐term urinary catheters.
• Strains can go on to cause  lines, urinary catheters, or  • Differentiating ASB from symptomatic UTI can lead to inappropriate 
infections in sterile sites of  wounds  antibiotic use and its related complications. 
the body
• Treatment options include  • High prevalence of ASB and the challenges with diagnosing 
• Generally colonized in the 
GI tract tigecycline, colistin, and  symptomatic UTI in NH/SNF residents have led to antibiotic overuse 
polymixin B in this population. 
• Overuse increases the likelihood of adverse events and 
complications of previous antibiotic treatment (e.g., CDI) along with 
emergence, transmission, and acquisition of MDROs.
• Appropriate diagnosis and management of symptomatic UTI is a 
critically important issue in the NH/SNF setting. 

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Colonization vs Infection

Urinary Tract Infections Testing Methods Summary

Organism Testing Indication Appropriate Specimen
• Recommendations
MRSA Wound infection with puss or  Culture or molecular test 
• Do not text asymptomatic patients  drainage of drainage
• Urine is not sterile
Clostridium difficile Diarrheal episodes of 3 or more  Loose/watery stools that 
• Bacteria are present at low levels in the urine of healthy people  stools in a consecutive 24h  form to the shape of the 
not suffering from a urinary tract infection period container
CRE Depends on site of infection, but  Varies depending on site 
Seek and ye shall find… generally aches, pain, fever of infection

Inappropriate surveillance of urinary  Appropriate surveillance of urinary tract  VRE Back pain, trouble urinating,  Culture of peri‐rectal/anal 

tract infections infections fever, chills, body aches;  swabs or stool specimens
red/warm wound with swelling 
Screening all patients’ urine, regardless  Test the urine of symptomatic persons  and drainage
of presence of symptoms, upon admit to  (fever, dysuria, frequency, etc.) that you 
the facility. If organisms are identified,  suspect have urinary tract infections. MDRSP Fever, chills, sweats, aches and  Urine or sputum Gram 
you will be compelled to treat people  pains, headache, malaise stains or antigen tests –
who are not experiencing disease. likely to be coordinated 
by an acute care hospital

Multidrug‐resistant Streptococcus Transferring patients to other

pneumoniae (MDRSP) facilities
• Implement systems to 
Colonization Infection
designate patients 
• Asymptomatic  • Causes invasive diseases  known to be colonized 
nasopharyngeal  such as sepsis,  or infected with a 
colonization meningitis, and  targeted MDRO 
pneumonia • Notify receiving 
healthcare facilities 
and personnel prior to 
• Resistant to penicillin and other broad‐spectrum agents such as  transfer of such 
macrolides and fluroquinolones patients within or 
• Prevention is primarily through Pneumococcal vaccines against the  between facilities
bacteria Streptococcus pneumoniae

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Colonization vs Infection

General recommendations for

Summary
all healthcare settings
• Make MDRO prevention and control an  organizational patient  • Infection means that germs are in or on the body and make 
safety priority you sick, which results in signs and symptoms such as fever, 
• Implement systems to communicate information about  pus from a wound, a high white blood cell count, diarrhea, or 
reportable MDROs to state public health authorities pneumonia.
• Support participation of the facility in coalitions to combat  • Colonization means germs are on the body but do not make 
emerging or growing MDRO problems you sick. People who are colonized will have no signs or 
• Provide education and training on risks and prevention of  symptoms.
MDRO transmission  during orientation and periodic  • Judicious surveillance and screening practices are essential to 
educational updates for healthcare personnel antibiotic stewardship
• Monitor antimicrobial susceptibility reports • Although MDROs cause concern, they may be managed 
appropriately across a spectrum of provider types

Patient Placement in LTCFs References

• When single‐patient rooms are available, assign priority for  • Bogaert D, De Groot R, and Hermans PW. Streptococcus 
these rooms to patients with known or suspected MDRO  pneumoniae colonisation: the key to pneumococcal disease. Lancet 
Infect Dis. 2004 Mar;4(3):144‐54.
colonization or infection
• Centers for Disease Control and Prevention. Carbapenem‐resistant 
• Give highest priority to these patients who have conditions  Enterobacteriaceae (CRE) infection: clinician FAQs. Accessed 24 Jan 
that may facilitate transmission, e.g. uncontained secretions  2017. Available at https://www.cdc.gov/hai/organisms/cre/cre‐
or excretions clinicianfaq.html. 
• Centers for Disease Control and Prevention.  Prevention of 
• When single‐patient rooms are not available, cohort patients  transmission of multidrug resistant organisms. Accessed 24 Jan 
with the same MDRO in the same room or patient‐care area 2017. Available at https://www.cdc.gov/hicpac/mdro/mdro_5.html. 
• When cohorting patients with the same MDRO is not possible,  • Luis F‐K et al. Asymptomatic Clostridium difficile colonization: 
place MDRO patients in rooms with patients who are at low  epidemiology and clinical implications. BMC Infect Dis. 2015;15:516.
risk for acquisition of MDROs and associated outcomes from  • Zirakzadeh A and Patel R. Vancomycin‐resistant enterococci: 
colonization, infection, detection, and treatment. Mayo Clin Proc. 
infection and are likely to have short lengths of stay
2006 Apr;81(4):529‐36.