Ulfa Nurhidayah L021181008

Andi Ilma Aprianti L021181018

Stress: 0,12

T.karang

Lamun

Estuari

PRIMER 24/10/2019
Similarity
Create triangular similarity/distance matrix
Worksheet

File: C:\Users\WINDOWS 10\Documents\Data Praktikum Polda 2019.xls

Sample selection: All
Variable selection: All

Parameters

Analyse between: Samples

Similarity measure: Bray Curtis
Standardise: No
Transform: Log(X+1)

Outputs

Worksheet: Sheet1

MDS
Non-metric Multi-Dimensional Scaling
Similarity Matrix

File: Sheet1
Data type: Similarities
Sample selection: All

Best 3-d configuration (Stress: 0,04)

Sample 1 2 3
T.karang 1 -0,16 -1,18 0,55
T. karang 2 0,92 -0,34 -0,24
T. karang 3 0,91 -0,36 -0,26
Lamun 1 -0,53 -0,10 0,42
Lamun 2 0,46 0,85 0,65
Lamun 3 0,42 0,75 0,03
Estuari 1 -0,44 0,06 -1,01
Estuari 2 -0,58 0,08 -0,28
Estuari 3 -0,99 0,23 0,15

Best 2-d configuration (Stress: 0,12)

Sample 1 2
T.karang 1 -0,02 1,38
T. karang 2 1,08 0,15
T. karang 3 1,01 0,26
Lamun 1 -0,46 0,48
Lamun 2 0,44 -1,11
Lamun 3 0,42 -0,54
Estuari 1 -0,84 -0,61
Estuari 2 -0,59 0,02
Estuari 3 -1,04 -0,04

STRESS VALUES

Repeat 3D 2D
1 0,09 0,18
2 0,04 0,16
3 0,04 0,13
4 0,04 0,12
5 0,18 0,12
6 0,04 0,12
7 0,04 0,13
8 0,19 0,30
9 0,04 0,13
10 0,04 0,13

** = Maximum number of iterations used

3-d : Minimum stress: 0,04 occurred 7 times

2-d : Minimum stress: 0,12 occurred 3 times

Outputs

Plot: Plot1

ANOSIM
Analysis of Similarities
Similarity Matrix

File: Sheet1
Data type: Similarities
Sample selection: All
One-way Analysis
Factor Values

Factor: Ekosistem
T.karang
Lamun
Estuari

Factor Groups

Sample Ekosistem
T.karang 1 T.karang
T. karang 2 T.karang
T. karang 3 T.karang
Lamun 1 Lamun
Lamun 2 Lamun
Lamun 3 Lamun
Estuari 1 Estuari
Estuari 2 Estuari
Estuari 3 Estuari

Global Test

Sample statistic (Global R): 0,588

Significance level of sample statistic: 0,4%
Number of permutations: 280 (All possible permutations)
Number of permuted statistics greater than or equal to Global R: 1

Pairwise Tests

R Significance Possible Actual Number >=

Groups Statistic Level % Permutations Permutations Observed
T.karang, Lamun 0,444 10, 10 10 1
T.karang, Estuari 0,815 10, 10 10 1
Lamun, Estuari 0,407 10, 10 10 1

SIMPER
Similarity Percentages - species contributions
Worksheet

File: C:\Users\WINDOWS 10\Documents\Data Praktikum Polda 2019.xls

Sample selection: All
Variable selection: All

Parameters

Standardise data: No
Transform: Log(X+1)
Cut off for low contributions: 90,00%
Factor name: Ekosistem
Factor groups
T.karang
Lamun
Estuari

Group T.karang

Average similarity: 78,73

,00 9,08 25,93 11,53 23,79
Merismopedia 5004,47 9,07 30,33 11,52 35,31
Tetraspora 2511,47 8

Species Av.Abund Av.Sim Sim/SD Contrib% Cum.%

Coelasphaerium 7423,60 9,65 27,52 12,26 12,26
Gleocystis 4155,40 28,02 10,66 45,98
Aphanopcapsa 1514,27 8,02 27,98 10,19 56,16
Coelastrum 1846,67 7,92 18,07 10,06 66,22
Chroococcus 480,13 6,63 25,12 8,42 74,64
Microspora 313,93 6,09 31,03 7,73 82,37
Palmella 258,53 5,64 8,98 7,16 89,53
Anabaena 203,13 1,71 0,58 2,18 91,71

Group Lamun

Average similarity: 78,41

Species Av.Abund Av.Sim Sim/SD Contrib% Cum.%

Coelasphaerium 9418,00 8,77 25,63 11,18 11,18
Merismopedia 6795,73 8,39 26,15 10,69 21,88
Gleocystis 5281,47 8,09 30,38 10,32 32,20
Coelastrum 2493,00 7,54 26,66 9,62 41,82
Aphanopcapsa 2289,87 7,34 26,96 9,37 51,18
Chroococcus 1163,40 6,73 25,43 8,59 59,77
Tetraspora 886,40 5,60 11,14 7,14 66,91
Palmella 258,53 4,36 6,18 5,56 72,47
Microspora 110,80 4,15 7,38 5,30 77,77
Gleokinina 73,87 3,92 24,37 5,00 82,77
Scenedesmus 48,01 3,59 16,22 4,58 87,35
Cosmarium 66,48 3,59 16,22 4,58 91,93

Group Estuari

Average similarity: 82,78

Species Av.Abund Av.Sim Sim/SD Contrib% Cum.%

Merismopedia 18743,67 8,15 23,49 9,85 9,85
Coelasphaerium 12815,87 7,77 23,46 9,38 19,23
Gleocystis 7515,93 7,37 21,38 8,90 28,13
Aphanopcapsa 5817,00 6,93 21,42 8,37 36,49
Palmellopsis 4579,73 6,92 30,52 8,36 44,86
Tetraspora 1994,40 6,15 30,19 7,43 52,29
Chroococcus 1421,93 5,67 70,31 6,85 59,14
Coelastrum 1034,13 5,54 22,43 6,70 65,84
Palmella 332,40 4,72 43,46 5,70 71,54
Microspora 258,53 4,38 60,76 5,30 76,83
Cosmarium 147,73 3,92 24,73 4,73 81,56
Gymnodinium 66,48 3,08 9,13 3,71 85,28
Scenedesmus 40,63 2,93 24,73 3,54 88,82
Gloeocapsa 227,14 2,87 3,82 3,47 92,29

Groups T.karang & Lamun

Average dissimilarity = 25,03

Group T.karang Group Lamun

Species Av.Abund Av.Abund Av.Diss Diss/SD Contrib% Cum.%
Gleokinina 0,00 73,87 2,22 9,00 8,85 8,85
Anabaena 203,13 0,00 1,88 1,28 7,53 16,38
Palmellopsis 609,40 720,20 1,78 0,85 7,10 23,48
Stichococcus 73,87 0,00 1,61 1,33 6,44 29,92
Trachelomonas 0,00 22,16 1,60 13,20 6,39 36,31
Gloeocapsa 42,47 55,40 1,16 1,16 4,63 40,94
Botryodiopsis 36,93 55,40 1,15 0,87 4,58 45,52
Chodatella 22,16 55,40 1,11 1,17 4,42 49,94
Mesotaenium 0,00 11,08 1,02 1,33 4,06 54,00
Cosmarium 16,62 66,48 1,02 1,13 4,06 58,06
Scenedesmus 73,87 48,01 0,92 1,04 3,67 61,73
Ankistrodesmus 18,47 11,08 0,90 0,88 3,59 65,32
Gloeothece 0,00 36,93 0,78 0,67 3,10 68,43
Tetraspora 2511,47 886,40 0,69 1,37 2,74 71,17
Aulocoseira 18,47 0,00 0,67 0,67 2,67 73,84
Gymnodinium 5,54 5,54 0,67 0,84 2,67 76,51
Dispora 0,00 18,47 0,66 0,67 2,65 79,16
Bohlinia 0,00 11,08 0,63 0,67 2,51 81,67
Dicellula 0,00 11,08 0,62 0,67 2,49 84,16
Microspora 313,93 110,80 0,55 2,09 2,21 86,37
Planothidiium 0,00 5,54 0,51 0,67 2,04 88,41
Achnanthes 0,00 5,54 0,51 0,67 2,02 90,43

Groups T.karang & Estuari

Average dissimilarity = 27,02

Group T.karang Group Estuari

Species Av.Abund Av.Abund Av.Diss Diss/SD Contrib% Cum.%
Palmellopsis 609,40 4579,73 2,80 1,58 10,35 10,35
Gloeothece 0,00 313,93 1,89 1,33 6,98 17,33
Bohlinia 0,00 60,94 1,84 4,77 6,82 24,14
Anabaena 203,13 18,47 1,53 1,23 5,65 29,80
Gymnodinium 5,54 66,48 1,49 2,02 5,53 35,33
Stichococcus 73,87 0,00 1,48 1,33 5,47 40,80
Trachelomonas 0,00 55,40 1,41 1,33 5,21 46,01
Cosmarium 16,62 147,73 1,34 1,66 4,96 50,97
Mesotaenium 0,00 48,01 1,31 1,31 4,86 55,83
Gloeocapsa 42,47 227,14 1,20 1,21 4,43 60,25
Ankistrodesmus 18,47 36,93 0,98 0,89 3,64 63,89
Chodatella 22,16 11,08 0,94 1,05 3,47 67,36
Scenedesmus 73,87 40,63 0,87 1,19 3,21 70,57
Gonium 0,00 55,40 0,78 0,67 2,90 73,46
Botryodiopsis 36,93 0,00 0,76 0,67 2,81 76,27
Merismopedia 5004,47 18743,67 0,66 3,34 2,45 78,72
Achnanthes 0,00 18,47 0,63 0,67 2,32 81,04
Aphanopcapsa 1514,27 5817,00 0,62 2,93 2,30 83,35
Aulocoseira 18,47 0,00 0,62 0,67 2,28 85,62
Gleokinina 0,00 11,08 0,55 0,67 2,03 87,66
Melosira 0,00 11,08 0,54 0,67 2,00 89,66
Chroococcus 480,13 1421,93 0,49 2,04 1,80 91,45

Groups Lamun & Estuari

Average dissimilarity = 22,80

Group Lamun Group Estuari

Species Av.Abund Av.Abund Av.Diss Diss/SD Contrib% Cum.%
Palmellopsis 720,20 4579,73 2,61 1,53 11,44 11,44
Gloeothece 36,93 313,93 1,58 1,25 6,92 18,36
Gymnodinium 5,54 66,48 1,41 2,02 6,17 24,53
Gleokinina 73,87 11,08 1,39 1,68 6,12 30,65
Bohlinia 11,08 60,94 1,26 1,70 5,53 36,18
Chodatella 55,40 11,08 1,13 1,22 4,95 41,13
Gloeocapsa 55,40 227,14 1,07 1,21 4,70 45,84
Mesotaenium 11,08 48,01 0,93 1,43 4,10 49,93
Ankistrodesmus 11,08 36,93 0,89 0,90 3,92 53,85
Trachelomonas 22,16 55,40 0,83 1,99 3,66 57,51
Achnanthes 5,54 18,47 0,74 0,94 3,26 60,77
Gonium 0,00 55,40 0,74 0,67 3,24 64,01
Botryodiopsis 55,40 0,00 0,73 0,67 3,22 67,22
Anabaena 0,00 18,47 0,58 0,67 2,55 69,78
Dispora 18,47 0,00 0,58 0,67 2,53 72,31
Dicellula 11,08 0,00 0,54 0,67 2,35 74,66
Melosira 0,00 11,08 0,51 0,67 2,24 76,90
Tetraspora 886,40 1994,40 0,51 1,24 2,24 79,14
Merismopedia 6795,73 18743,67 0,47 4,06 2,04 81,18
Planothidiium 5,54 0,00 0,44 0,67 1,93 83,11
Navicula 0,00 5,54 0,42 0,67 1,85 84,96
Cyclotella 0,00 5,54 0,42 0,67 1,85 86,80
Coelastrum 2493,00 1034,13 0,41 2,79 1,82 88,62
Franceia 5,54 0,00 0,41 0,67 1,80 90,42
code samples s n d j; h lamda
T. Karang 1 14 22193.24 1.29902 0.757139 0.867778 0.163435
T. Karang 2 14 19456.48 1.316331 0.723181 0.828858 0.194685
T. Karang 3 16 32237.26 1.444964 0.676133 0.814146 0.196739
mean 14.66667 24628.99 1.353439 0.718818 0.836927 0.184953
SE 14.88889 5494.649 0.065103 0.033214 0.022627 0.015238
Manggrove 1 15.18519 27356.52 1.663941 0.67757 0.850535 0.175258
Manggrove 2 14.91358 31439.5 1.834717 0.628406 0.817575 0.196415
Manggrove 3 14.99588 30951.98 1.64407 0.58702 0.73687 0.239181
Mean 15.03155 24219.83 1.327698 0.600185 0.721914 0.170738
SE 14.98034 7811.387 0.480709 0.207637 0.251522 0.058736
Estuari 1 15.00259 52707.56 1.839501 0.635453 0.840208 0.199819
Estuari 2 15.00483 55815.5 1.55538 0.617648 0.775316 0.212984
Estuari 3 14.99592 58419.3 1.822257 0.614533 0.812548 0.207993
Mean 15.00111 36090.2 1.521034 0.571056 0.725811 0.182641
SE 15.00062 15736.43 0.400964 0.131664 0.173885 0.048067
coulomn S Mean SE
T. Karang 14.66667 14.66667
Mangrove 15.03155 15.03155
Estuari 15.00111 15.00111

15.2
15
14.8
14.6
14.4
14.2
T. Karang Mangrove Estuari
couomn n Mean SE
T. Karang 24628.99 24628.99
Mangrove 24219.83 24219.83
Estuari 36090.2 36090.2

45000
40000
35000
30000
25000
20000
15000
10000
5000
0
T. Karang Mangrove Estuari

Couloumn d Mean SE
T. Karang 24628.99 24628.99
Mangrove 24219.83 24219.83
Estuari 36090.2 36090.2

50000

40000

30000

20000

10000

0
T. Karang Mangrove Estuari
Couloumn J Mean SE
T. Karang 1.353439 1.353439
Mangrove 1.327698 1.327698
Estuari 1.521034 1.521034

1.8
1.6
1.4
1.2
1
0.8
0.6
0.4
0.2
0
T. Karang Mangrove Estuari

Couloumn h Mean SE
T. Karang 0.836927 0.836927
Mangrove 0.721914 0.721914
Estuari 0.725811 0.725811

1
0.9
0.8
0.7
0.6
0.5
0.4
0.3
0.2
0.1
0
T. Karang Mangrove Estuari
Couloumn Lamnda Mean SE
T. Karang 0.184953 0.184953
Mangrove 0.170738 0.170738
Estuari 0.182641 0.182641

0.195
0.19
0.185
0.18
0.175
0.17
0.165
0.16
0.155
0.15
T. Karang Mangrove Estuari

INTERPRETASI

 Pola dari struktur spesies berdasarkan data nMDS plot mengartikan dari nilai stres yang
diperoleh sebanyak 0.12 menunjukkan bahwa tingkat kerapatan ketiga ekosistem saling
memiliki kesamaan yang cukup dominan . Dimana ekosistem mangrove dan ekosistem terumbu
karang memiliki kesamaan yang sama berbeda halnya dengan ekosistem estuari yang tingkat
kesamaannya jauh lebih kecil. Yang penjabaran kerapatan setiap stasiun dapat dirincikan
sebagai berikut:
 Sample 1 2 3
 T.karang 1 -0,16 -1,18 0,55
 T. karang 2 0,92 -0,34 -0,24
 T. karang 3 0,91 -0,36 -0,26
 Lamun 1 -0,53 -0,10 0,42
 Lamun 2 0,46 0,85 0,65
 Lamun 3 0,42 0,75 0,03
 Estuari 1 -0,44 0,06 -1,01
 Estuari 2 -0,58 0,08 -0,28
 Estuari 3 -0,99 0,23 0,15
  Hasil ANOSIM-nya: Tingkat beda nyatanya berdasarkan nilai Significance Level 0,4% sebesar
9,65;28,02,8,08. 1menunjukkan bahwa rata –ratanya tidak berbeda nyata.

Berdasarkan Global R atau tingkat ukuran perbedaannya yaitu sebesar 0,588; dan tingkat kesamaannya
sebesar 1,4% atau 0,14; yang dimana besaran nilai global R ≥ 4
Sehingga, dari tabel diatas kita dapat menarik kesimpulan bahwa semakin besar nilai global R maka
semakin rendah nilai dari Significance Level % , sebaliknya semakin rendah nilai global R maka nilai dari
Significance Level % akan semakin tinggi, yang artinya semakin rendah tingkat perbedaan maka semakin
tinggi tingkat kepercayaan dari ANOSIM tersebut.
 Nilai similarity:
a. T.Karang : 78,73; di mana spesies dominan yaitu Coelasphaerium, Gleocystis,dan
Aphanopcapsa yang nilai rata-ratanya berturut turut sebesar 9,65;28,02,8,08
b. Lamun : 78,41; dimana spesies dominan yaitu Coelasphaerium, Merismopedia,dan Gleocystis
nilai rata ratanya berturut –turut 8,77.8,39.8,09
c. Eustuaria: 82,78; spesies dominan yaitu, Merismopedia, Coelaspharium, dan Gleocystis nilai
rata ratanya berturut- turut 8,15.7,77.7,37
 Nilai Dissimilarity
a. T.Karang dan Lamun: 25,03; spesies dominan yaitu Gleokinina,Anabaena, dan Pallmellopsis nilai rata-
ratanya berturut turut 9,00.1,28.0,85
b. T.Karang dan Estuari : 27,02; spesies dominan yaitu , Pallmellopsis dan Gloeothhece,Bohlinia nilai
rata-ratanya berturut-turut 2,80;1,89;dan 1,84.
Lamun dan Estuarii : 22,80
c. ; ; spesies dominan yaitu Pallmellopsis, Gloeothhece, dan Gymnodinium nilai rata-ratanya berturut-
turut 2,61;1,58;dan 1,41.